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lowQualScore                  :        . .  .....       .  .  .  . ..   . .    .   .    .     .     ...  .  .. .   . . .     .  .   . ...    .           ..  .    .....     . .               .  .  .          . ... ..   ..     ..  .. .    . .   .      .  . . .....  .       .  .      .     . ..     .   .      . .    .      .   .   .  .    .      . .   ....      . . .  ....   . .  ...    . .   ..       ........ .. .   . .  ...  ..  ..   .        .  .    .     ..  . .   . .     ......        
lowQualScore                  :        7 7  77777       7  7  7  7 77   9 3    3   7    9     9     444  3  88 1   1 1 1     9  9   9 000    9           22  1    66666     3 1               3  5  6          3 222 33   44     66  99 3    3 3   3      3  3 3 33333  3       2  1      1     1 22     1   1      1 1    1      1   1   1  1    2      1 7   5555      1 1 1  5555   1 1  555    2 2   22       22222222 22 1   1 1  444  33  33   3        3  7    3     66  3 3   3 3     888888        
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Reference ( gi|7 )            :   TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CG-A--GGAAC-ATCT-AGT-CATC-CTGGA-GTTGG---GGAAAAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTA-C---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCC-CAGGAAGAGTCTTTGGC-AAAAA-GGACAGGGAA-T---GT-TGGG-AGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-G-T-----TT-TTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATA-CT-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-C-AGAGAGGGC--TTCAGCGT
gi|10                         :   TGTTC-G-TC-----CGTCGAT--C--------------C-ATCT-AGTCCATC-CTGGA-GTTGG---GG--AAAT-TAT-G-C-TCTGT-GG-GTA-C---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCC-C-GGAAGAGTCTTTGGCAAAAAA-AGACAGGGAA-T---GG-TGGG-AGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GTT-----TT-TTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-T--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATA-CT-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-A-CTG--TCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-C-AGAGA-GGCTTTTCAGCG
gi|5                          :   TGTTC-GGTC-----CGTCGAT-GC-GA-CG-A--GGGACCATCT-AGT-CATC-CTGGA-GTTGGTTGGGGAAAAT-TATTG-T-TCTGTTGG-GTA-C---GCAG-ATGACTGTCGA--GT-CCAATC-T-GGGCC---GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAAGGACAGGGAA-T---GT-GGAA-AGCTG--TTT-G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT---------TT-TTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT----TCAAC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TG-CCT-CGC-ATA-CT-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCTGG-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-TGCTG--TCTTGGG--------C--T-GCCTT-GC---TC--CCA-ACG-TGCCATG--GT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-C-AGAGAGGGCT-TTCAGCG
gi|4                          :   TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-AC-GA-CG-A--GGACC-ATCT-AGT-CATC-CTGGA-GTTGG---GGGAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTA-C---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAA--------CC-C-GGAAGAGCCTTTGGC-AAAAA-GGACAGGGAA-T---GG-TGGC-AGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTCGCT-CT-G-T-----TC-TTCCTGG-TC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-TTGT-TGGCCT-CGC-ATA-CG-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-A-TGGCTCTCG-T-GGG--CCTTGGGGCCCCCCTT--T-GCC-TGGC---TCGGCC--ATG-TGCCATGT-TTGGATG-TTAAA--GG-C-TTTCC-AGAGAGGCT--TTCAGCGT
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Alignments
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lowQualScore                  :           . .  .....       .  .  .   ..  .       .    .   .     .     ...  .  .. .   . . .     .  .    ...    .           ..  .      ...   .  ..               .      .         . ...  .   .      ..  .. .    . .   .      .  .  .....    .     .  .      .     . ..     .   .      . .    .      .   .    . .    .      . .   ....      . . .  ....   . .  ...    . .   ..       ........ .. .   . .  ...  ..  ..   .        . ..    .     ..  . .   .      ..            
lowQualScore                  :           5 5  22222       5  5  5   99  5       0    7   7     7     000  6  33 9   9 9 9     7  7    333    7           99  9      555   5  33               1      3         1 555  1   2      33  22 1    1 1   1      1  1  77777    9     7  9      9     9 99     9   9      9 9    9      9   9    9 9    7      9 6   1111      9 9 9  1111   9 9  999    9 6   99       44444444 99 9   9 9  000  88  88   1        1 44    1     22  1 1   1      22            
consensus                     :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG---GGAAAA-T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
Reference ( family-955 )      :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG---GGAAAAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
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gi|10                         : ttcgaTGTTC-G-TC-----CGTCGAT----------------CCATCT-AGTCCATC-CTGGA-GTTGG---GGAAA--T-TAT-G-C-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAAAGACAGGGAA-T---GG-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTTTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-T--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-A-CTG--TCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCGa
gi|11                         :      TGTTC-G-TCAGATCCGTCGAT-GT-GA-CGA--GG-ACCATCT-AAT
gi|11                         :                                                                                               T-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAATC-T-GCG---------GAGTCTCTGGT-AGTAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-CT-GT-----TCTA-CCTCG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCGGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATGC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TT--TC--Agggtacgcagatgactggtgaggccaatctgcggagtctctggtagtaaggacagggaatggtggcagctgttgcagggttgatggctctgttctacctcgcctgtctgcggttctcggcaacagcgatcctgttggcctcgcatgctttggcacccttgtgtacagctgatcgccatgctcctctgtcttgggctgcctgctttcag
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gi|19                         :      TGTTT-G-TC-----AGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-A-CATTA-GGTC-ATT-CTGGG-G
gi|2                          :     tTGTTCCG-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CAA--GA-ACCATCTTAGTC-TAC-CTGGG-GTTGG---GGAAA--T-CAT-G-T-TCTGT-AG-GT-C---GCAG-ATGACTGACGA--GGGCCAACC-T-GCGCCTCGGGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GGCAGGGAAAT---GGGTGG-CAGCTGGTTT--G-C-GG-G-TTG-CTGGCT-GT--T-----TCTT-CCTGG-CA-TGCCTGGTGGTTTC--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCG-CGC-ATAC-T-TTGGCCACCCT-T-TGTTGTAACAGCT-G-GTTC----GAT-A-TG---CTCC-T-CTGGTCCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATGTTTCAATTGG-CTTTT-CAGAGAG-GCTTTTTAGCG
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gi|6                          :      TGTTC-G-TC------GTCGAT-GC-GA-CGA--GG--CCATCTTAGTT--TC-CTGGA-GTTGG---GGAAA--T-TAT-GGT-TCTGG-GG-A------GCAACATGACTGATGA--GG-CCAACC-TTGCGCCC--GGAGAGGTCTCTG-C-AGAA-G-GACAGGGAA-T---G--TG--CAGCTG--CTTGG-CAGGTA-TTG-TTGGCTACT-TG-----TCTT-CCTGGGCC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGCGAAC-AGCGAT-C-CTGT--GGC-T-CGC-ATACCT-TTGGACACC-T-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCCTA-TG---CTCC-TTCTG--TCTTGGG--------CATT-ACT-C-GC---TCA-CCTTACG-TGTCATGTATT-GAT---TAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCG
gi|7                          :     tTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-AACATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG---GGAAAAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCCA-GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GT-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGC-TTCAGCGT
gi|8                          :        TTC-G-TC-----CGTCGATTGC-GA-CGAAGGG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-TTTGG-------AAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-ATACC--GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGATTAGTCTTTGGC-AAATAG-GACAAGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGAGAT-C-CTGT-TGGCCT-CAC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTCGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATAT-TT-GATA-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|9                          :      gttTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATTT-AGTC-ATC-TTGGG-GTTGG---GGAAA--T-CAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GACTGGGAA-T---GG-TGG-TAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTC-CCTGG-CC-TGCCTG-CGATT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGTCT-CGC-ATAC-T-TTGA-CACCCT-TGTGT----ACATCT-G-A-TC----ACC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-AATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA----CTTTCAGCGT





Alignments
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lowQualScore                  :           . .  .....       .  .  .   ..  .       .    .   .     .     ....     ..    . . .     .  .    ...    .           ..  .      ...   .  ..               .      .         . ...  .   .      ..  .. .    . .   .      .  .  .....    .     .  .      .     . ..     .   .      . .    .      .   .    . .    .      . .   ....      . . .  ....   . .  ...    . .   ..       ........ .. .   . .  ...  ..  ..   .        . ..    .     ..  . .   .      ..            
lowQualScore                  :           5 5  22222       5  5  5   99  5       0    7   7     7     1111     88    7 9 9     7  7    333    7           99  9      555   5  33               1      3         1 555  1   2      33  22 1    1 1   1      1  1  77777    9     7  9      9     9 99     9   9      9 9    9      9   9    9 9    7      9 6   1111      9 9 9  1111   9 9  999    9 6   99       44444444 99 9   9 9  000  88  88   1        1 44    1     22  1 1   1      22            
consensus                     :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG----GGAAA--TTAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
Reference ( family-955 )      :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG----GGAAAA-TTAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
gi|1                          :           -G-TC-----TGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATT-CCGAT-GTTGG----GGAAAT-CTAT-G-CATCTGT-GGAATACAGAACAG-ATGACGGA-GA--GG-CCAACCAT-GCGGCC--G--AGAGTCCCCTGC-AGTAAG-AGCAGGGAA-TCCAGG-TGG-CAGCTG--TT--G-C-GG-G-TTGATTGGCT-CTGGTTATAGTTTC-CCTGG-CCTTGCCTG-CGGTT-CCTTCAGC-AACGAGCGATCC-CTGT-TGGGCT-CGC-AAGC-TATTGG-CACCTTGTGTGT----ACAGCT-G-A-TCGTCAGTC-A-TGA--CGCCAT-CTG--ACT--GG--------T--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGG-TC-GATG-ATGAA--GGCC-CCT-CA-AGTGAGGCTTT
gi|10                         : ttcgaTGTTC-G-TC-----CGTCGAT----------------CCATCT-AGTCCATC-CTGGA-GTTGG----GGAAA--TTAT-G-C-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAAAGACAGGGAA-T---GG-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTTTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-T--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-A-CTG--TCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCGa
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gi|11                         :                                                                                               T-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAATC-T-GCG---------GAGTCTCTGGT-AGTAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-CT-GT-----TCTA-CCTCG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCGGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATGC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TT--TC--Agggtacgcagatgactggtgaggccaatctgcggagtctctggtagtaaggacagggaatggtggcagctgttgcagggttgatggctctgttctacctcgcctgtctgcggttctcggcaacagcgatcctgttggcctcgcatgctttggcacccttgtgtacagctgatcgccatgctcctctgtcttgggctgcctgctttcag
gi|12                         :                                                                                                                                   tgttcgtcagatccgtcgatgtgacgaggaccatctaaACAAGGAA-G---GG-TGGGCAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-TT-GT-----TCTG-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTC-C--TCAG---AC-AACGAT-C-CTGTGTGGACT-CGC-AT---T-TTGG-CA-ACT-TGTGT----ACAGCT-GAA-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--TGGCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCCTGC-TC-G-CA-TCGAA--GG---TTT-CAGTGAG-GGTTTCCAGTGg
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gi|18                         :    gtTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATG-CTGGA-GTTGG----GG-AAG-TTAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGAT
gi|19                         :      TGTTT-G-TC-----AGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-A-CATTA-GGTC-ATT-CTGGG-G
gi|2                          :     tTGTTCCG-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CAA--GA-ACCATCTTAGTC-TAC-CTGGG-GTTGG----GGAAA--TCAT-G-T-TCTGT-AG-GT-C---GCAG-ATGACTGACGA--GGGCCAACC-T-GCGCCTCGGGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GGCAGGGAAAT---GGGTGG-CAGCTGGTTT--G-C-GG-G-TTG-CTGGCT-GT--T-----TCTT-CCTGG-CA-TGCCTGGTGGTTTC--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCG-CGC-ATAC-T-TTGGCCACCCT-T-TGTTGTAACAGCT-G-GTTC----GAT-A-TG---CTCC-T-CTGGTCCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATGTTTCAATTGG-CTTTT-CAGAGAG-GCTTTTTAGCG
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gi|6                          :      TGTTC-G-TC------GTCGAT-GC-GA-CGA--GG--CCATCTTAGTT--TC-CTGGA-GTTGG----GGAAA--TTAT-GGT-TCTGG-GG-A------GCAACATGACTGATGA--GG-CCAACC-TTGCGCCC--GGAGAGGTCTCTG-C-AGAA-G-GACAGGGAA-T---G--TG--CAGCTG--CTTGG-CAGGTA-TTG-TTGGCTACT-TG-----TCTT-CCTGGGCC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGCGAAC-AGCGAT-C-CTGT--GGC-T-CGC-ATACCT-TTGGACACC-T-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCCTA-TG---CTCC-TTCTG--TCTTGGG--------CATT-ACT-C-GC---TCA-CCTTACG-TGTCATGTATT-GAT---TAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCG
gi|7                          :     tTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-AACATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG----GGAAAAATTAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCCA-GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GT-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGC-TTCAGCGT
gi|8                          :        TTC-G-TC-----CGTCGATTGC-GA-CGAAGGG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-TTTGG-------AAA-TTAT-G-T-TCTGT-GG-ATACC--GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGATTAGTCTTTGGC-AAATAG-GACAAGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGAGAT-C-CTGT-TGGCCT-CAC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTCGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATAT-TT-GATA-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|9                          :      gttTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATTT-AGTC-ATC-TTGGG-GTTGG----GGAAA--TCAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GACTGGGAA-T---GG-TGG-TAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTC-CCTGG-CC-TGCCTG-CGATT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGTCT-CGC-ATAC-T-TTGA-CACCCT-TGTGT----ACATCT-G-A-TC----ACC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-AATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA----CTTTCAGCGT





Alignments
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lowQualScore                  :           . .  .....       .  .  .   ..  .       .    .   .     .     .....  ..   .. .   . . .     .  .    ...    .           ..  .      ...   .  ..               .      .         . ...  .   .      ..  .. .    . .   .      .  .  .....    .     .  .      .     . ..     .   .      . .    .      .   .    . .    .      . .   ....      . . .  ....   . .  ...    . .   ..       ........ .. .   . .  ...  ..  ..   .        . ..    .     ..  . .   .      ..            
lowQualScore                  :           5 5  22222       5  5  5   99  5       0    7   7     7     11111  99   99 9   9 9 9     7  7    333    7           99  9      555   5  33               1      3         1 555  1   2      33  22 1    1 1   1      1  1  77777    9     7  9      9     9 99     9   9      9 9    9      9   9    9 9    7      9 6   1111      9 9 9  1111   9 9  999    9 6   99       44444444 99 9   9 9  000  88  88   1        1 44    1     22  1 1   1      22            
consensus                     :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
Reference ( family-955 )      :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
gi|1                          :           -G-TC-----TGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATT-CCGAT-GTTGG-----GG--AAA--TCTAT-G-CATCTGT-GGAATACAGAACAG-ATGACGGA-GA--GG-CCAACCAT-GCGGCC--G--AGAGTCCCCTGC-AGTAAG-AGCAGGGAA-TCCAGG-TGG-CAGCTG--TT--G-C-GG-G-TTGATTGGCT-CTGGTTATAGTTTC-CCTGG-CCTTGCCTG-CGGTT-CCTTCAGC-AACGAGCGATCC-CTGT-TGGGCT-CGC-AAGC-TATTGG-CACCTTGTGTGT----ACAGCT-G-A-TCGTCAGTC-A-TGA--CGCCAT-CTG--ACT--GG--------T--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGG-TC-GATG-ATGAA--GGCC-CCT-CA-AGTGAGGCTTT
gi|10                         : ttcgaTGTTC-G-TC-----CGTCGAT----------------CCATCT-AGTCCATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-C-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAAAGACAGGGAA-T---GG-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTTTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-T--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-A-CTG--TCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCGa
gi|11                         :      TGTTC-G-TCAGATCCGTCGAT-GT-GA-CGA--GG-ACCATCT-AAT
gi|11                         :                                                                                                   T-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAATC-T-GCG---------GAGTCTCTGGT-AGTAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-CT-GT-----TCTA-CCTCG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCGGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATGC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TT--TC--Agggtacgcagatgactggtgaggccaatctgcggagtctctggtagtaaggacagggaatggtggcagctgttgcagggttgatggctctgttctacctcgcctgtctgcggttctcggcaacagcgatcctgttggcctcgcatgctttggcacccttgtgtacagctgatcgccatgctcctctgtcttgggctgcctgctttcag
gi|12                         :                                                                                                                                       tgttcgtcagatccgtcgatgtgacgaggaccatctaaACAAGGAA-G---GG-TGGGCAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-TT-GT-----TCTG-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTC-C--TCAG---AC-AACGAT-C-CTGTGTGGACT-CGC-AT---T-TTGG-CA-ACT-TGTGT----ACAGCT-GAA-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--TGGCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCCTGC-TC-G-CA-TCGAA--GG---TTT-CAGTGAG-GGTTTCCAGTGg
gi|13                         :       GTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-G-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGGA-T---GG-TGG-CATCTG--TT--G-CAGG-A-TTG-CTGGCT-CT-GC-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--T
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gi|16                         :      TGTTC---TC-----CTTCGAT-GC-GAACGA--GG-ACCATCT-A-TC-ATCGCTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-AAT-G-T-TCTGT--G-GTCC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCATC----GCCGCC--AGGAGAGTCTCTGGT-AG
gi|17                         :      TGTTC-G-TC-----CG----------A-TGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAA
gi|18                         :    gtTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATG-CTGGA-GTTGG-----GG--AAG--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGAT
gi|19                         :      TGTTT-G-TC-----AGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-A-CATTA-GGTC-ATT-CTGGG-G
gi|2                          :     tTGTTCCG-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CAA--GA-ACCATCTTAGTC-TAC-CTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-CAT-G-T-TCTGT-AG-GT-C---GCAG-ATGACTGACGA--GGGCCAACC-T-GCGCCTCGGGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GGCAGGGAAAT---GGGTGG-CAGCTGGTTT--G-C-GG-G-TTG-CTGGCT-GT--T-----TCTT-CCTGG-CA-TGCCTGGTGGTTTC--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCG-CGC-ATAC-T-TTGGCCACCCT-T-TGTTGTAACAGCT-G-GTTC----GAT-A-TG---CTCC-T-CTGGTCCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATGTTTCAATTGG-CTTTT-CAGAGAG-GCTTTTTAGCG
gi|3                          :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-ACAGA-CGGAGGG-ACCACTC-AGTC-ATC-CTGGAAGTTGG-----GGCGAAT--T-TTT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGAGGGG-CCAA--------CCC--GGAAGAGCCTTT-GC-AAAAAG-GACAGGGAA-TG--GG-TGG-CAGCTG--TT--GCCAGG-GTTTG-CTCGC--CT-GT-----TCTT-CCTGGTCC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-CTTTGT-TGGCCTCCGCTATAC-G-TTGG-CACCCT-TACGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-ATTG---CTCC-TCCTG--TCTTGGG--------C--T-G-C-T-GCCTTCC--CC--ATGTTGCCATGT-TTGGATG--TAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|4                          :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-AC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--GAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC--------C--GGAAGAGCCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTCGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-TC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-TTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-G-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-A-TGGCTCTCG-T-GGG--CCTTGGGGCCCCCCTT--T-GCC-TGGC---TCGGCC--ATG-TGCCATGT-TTGGATG-TTAAA--GG-C-TTTCCAGAGA--GGCTTTCAGCGT
gi|5                          :      TGTTC-GGTC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GGGACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGGTTGGGGA--AAA--T-TATTG-T-TCTGTTGG-GTAC---GCAG-ATGACTGTCGA--GT-CCAATC-T-G-GGCC--GGAAGAGTCTTTGGCAAAAAAG-GACAGGGAA-T----G-TGGAAAGCTGT-TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-C---T-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT----TCAAC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-T-GCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCTGG-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-TGCTG--TCTTGGG--------C--T-GCCTT-GC---TC--CCA-ACG-TGCCATGG-T--GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCG
gi|6                          :      TGTTC-G-TC------GTCGAT-GC-GA-CGA--GG--CCATCTTAGTT--TC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-GGT-TCTGG-GG-A------GCAACATGACTGATGA--GG-CCAACC-TTGCGCCC--GGAGAGGTCTCTG-C-AGAA-G-GACAGGGAA-T---G--TG--CAGCTG--CTTGG-CAGGTA-TTG-TTGGCTACT-TG-----TCTT-CCTGGGCC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGCGAAC-AGCGAT-C-CTGT--GGC-T-CGC-ATACCT-TTGGACACC-T-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCCTA-TG---CTCC-TTCTG--TCTTGGG--------CATT-ACT-C-GC---TCA-CCTTACG-TGTCATGTATT-GAT---TAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCG
gi|7                          :     tTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-AACATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAAAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCCA-GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GT-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGC-TTCAGCGT
gi|8                          :        TTC-G-TC-----CGTCGATTGC-GA-CGAAGGG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-TTTGG---------AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-ATACC--GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGATTAGTCTTTGGC-AAATAG-GACAAGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGAGAT-C-CTGT-TGGCCT-CAC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTCGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATAT-TT-GATA-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|9                          :      gttTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATTT-AGTC-ATC-TTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-CAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GACTGGGAA-T---GG-TGG-TAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTC-CCTGG-CC-TGCCTG-CGATT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGTCT-CGC-ATAC-T-TTGA-CACCCT-TGTGT----ACATCT-G-A-TC----ACC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-AATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA----CTTTCAGCGT





Alignments
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lowQualScore                  :           2 2  66666       2  2  2   66  2       5    2   2     2     77777  33   33 2   2 2 2     2  2    777    2           33  2      666   1  77               3      3         3 888  3   6      77  44 3    3 3   3      3  3  77777    2     5  2      2     2 33     2   2      2 2    2      2   2    2 2    5      2 1   6666      2 2 2  6666   2 2  777    2 8   33       00000000 33 2   2 2  555  66  66   3        3 77    3     44  3 3   3      66            
lowQualScore                  :           . .  .....       .  .  .   ..  .       .    .   .     .     .....  ..   .. .   . . .     .  .    ...    .           ..  .      ...   .  ..               .      .         . ...  .   .      ..  .. .    . .   .      .  .  .....    .     .  .      .     . ..     .   .      . .    .      .   .    . .    .      . .   ....      . . .  ....   . .  ...    . .   ..       ........ .. .   . .  ...  ..  ..   .        . ..    .     ..  . .   .      ..            
lowQualScore                  :           5 5  22222       5  5  5   99  5       0    7   7     7     11111  99   99 9   9 9 9     7  7    333    7           99  9      555   5  33               1      3         1 555  1   2      33  22 1    1 1   1      1  1  77777    9     7  9      9     9 99     9   9      9 9    9      9   9    9 9    7      9 6   1111      9 9 9  1111   9 9  999    9 6   99       44444444 99 9   9 9  000  88  88   1        1 44    1     22  1 1   1      22            
consensus                     :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
Reference ( family-955 )      :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
gi|1                          :           -G-TC-----TGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATT-CCGAT-GTTGG-----GG--AAA--TCTAT-G-CATCTGT-GGAATACAGAACAG-ATGACGGA-GA--GG-CCAACCAT-GCGGCC--G--AGAGTCCCCTGC-AGTAAG-AGCAGGGAA-TCCAGG-TGG-CAGCTG--TT--G-C-GG-G-TTGATTGGCT-CTGGTTATAGTTTC-CCTGG-CCTTGCCTG-CGGTT-CCTTCAGC-AACGAGCGATCC-CTGT-TGGGCT-CGC-AAGC-TATTGG-CACCTTGTGTGT----ACAGCT-G-A-TCGTCAGTC-A-TGA--CGCCAT-CTG--ACT--GG--------T--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGG-TC-GATG-ATGAA--GGCC-CCT-CA-AGTGAGGCTTT
gi|10                         : ttcgaTGTTC-G-TC-----CGTCGAT----------------CCATCT-AGTCCATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-C-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAAAGACAGGGAA-T---GG-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTTTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-T--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-A-CTG--TCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCGa
gi|11                         :      TGTTC-G-TCAGATCCGTCGAT-GT-GA-CGA--GG-ACCATCT-AAT
gi|11                         :                                                                                                   T-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAATC-T-GCG---------GAGTCTCTGGT-AGTAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-CT-GT-----TCTA-CCTCG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCGGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATGC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TT--TC--Agggtacgcagatgactggtgaggccaatctgcggagtctctggtagtaaggacagggaatggtggcagctgttgcagggttgatggctctgttctacctcgcctgtctgcggttctcggcaacagcgatcctgttggcctcgcatgctttggcacccttgtgtacagctgatcgccatgctcctctgtcttgggctgcctgctttcag
gi|12                         :                                                                                                                                       tgttcgtcagatccgtcgatgtgacgaggaccatctaaACAAGGAA-G---GG-TGGGCAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-TT-GT-----TCTG-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTC-C--TCAG---AC-AACGAT-C-CTGTGTGGACT-CGC-AT---T-TTGG-CA-ACT-TGTGT----ACAGCT-GAA-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--TGGCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCCTGC-TC-G-CA-TCGAA--GG---TTT-CAGTGAG-GGTTTCCAGTGg
gi|13                         :       GTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-G-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGGA-T---GG-TGG-CATCTG--TT--G-CAGG-A-TTG-CTGGCT-CT-GC-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--T
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gi|16                         :      TGTTC---TC-----CTTCGAT-GC-GAACGA--GG-ACCATCT-A-TC-ATCGCTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-AAT-G-T-TCTGT--G-GTCC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCATC----GCCGCC--AGGAGAGTCTCTGGT-AG
gi|17                         :      TGTTC-G-TC-----CG----------A-TGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAA
gi|18                         :    gtTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATG-CTGGA-GTTGG-----GG--AAG--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGAT
gi|19                         :      TGTTT-G-TC-----AGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-A-CATTA-GGTC-ATT-CTGGG-G
gi|2                          :     tTGTTCCG-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CAA--GA-ACCATCTTAGTC-TAC-CTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-CAT-G-T-TCTGT-AG-GT-C---GCAG-ATGACTGACGA--GGGCCAACC-T-GCGCCTCGGGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GGCAGGGAAAT---GGGTGG-CAGCTGGTTT--G-C-GG-G-TTG-CTGGCT-GT--T-----TCTT-CCTGG-CA-TGCCTGGTGGTTTC--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCG-CGC-ATAC-T-TTGGCCACCCT-T-TGTTGTAACAGCT-G-GTTC----GAT-A-TG---CTCC-T-CTGGTCCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATGTTTCAATTGG-CTTTT-CAGAGAG-GCTTTTTAGCG
gi|3                          :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-ACAGA-CGGAGGG-ACCACTC-AGTC-ATC-CTGGAAGTTGG-----GGCGAAT--T-TTT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGAGGGG-CCAA--------CCC--GGAAGAGCCTTT-GC-AAAAAG-GACAGGGAA-TG--GG-TGG-CAGCTG--TT--GCCAGG-GTTTG-CTCGC--CT-GT-----TCTT-CCTGGTCC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-CTTTGT-TGGCCTCCGCTATAC-G-TTGG-CACCCT-TACGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-ATTG---CTCC-TCCTG--TCTTGGG--------C--T-G-C-T-GCCTTCC--CC--ATGTTGCCATGT-TTGGATG--TAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|4                          :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-AC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--GAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC--------C--GGAAGAGCCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTCGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-TC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-TTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-G-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-A-TGGCTCTCG-T-GGG--CCTTGGGGCCCCCCTT--T-GCC-TGGC---TCGGCC--ATG-TGCCATGT-TTGGATG-TTAAA--GG-C-TTTCCAGAGA--GGCTTTCAGCGT
gi|5                          :      TGTTC-GGTC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GGGACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGGTTGGGGA--AAA--T-TATTG-T-TCTGTTGG-GTAC---GCAG-ATGACTGTCGA--GT-CCAATC-T-G-GGCC--GGAAGAGTCTTTGGCAAAAAAG-GACAGGGAA-T----G-TGGAAAGCTGT-TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-C---T-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT----TCAAC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-T-GCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCTGG-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-TGCTG--TCTTGGG--------C--T-GCCTT-GC---TC--CCA-ACG-TGCCATGG-T--GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCG
gi|6                          :      TGTTC-G-TC------GTCGAT-GC-GA-CGA--GG--CCATCTTAGTT--TC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-GGT-TCTGG-GG-A------GCAACATGACTGATGA--GG-CCAACC-TTGCGCCC--GGAGAGGTCTCTG-C-AGAA-G-GACAGGGAA-T---G--TG--CAGCTG--CTTGG-CAGGTA-TTG-TTGGCTACT-TG-----TCTT-CCTGGGCC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGCGAAC-AGCGAT-C-CTGT--GGC-T-CGC-ATACCT-TTGGACACC-T-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCCTA-TG---CTCC-TTCTG--TCTTGGG--------CATT-ACT-C-GC---TCA-CCTTACG-TGTCATGTATT-GAT---TAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCG
gi|7                          :     tTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-AACATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAAAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCCA-GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GT-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGC-TTCAGCGT
gi|8                          :        TTC-G-TC-----CGTCGATTGC-GA-CGAAGGG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-TTTGG---------AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-ATACC--GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGATTAGTCTTTGGC-AAATAG-GACAAGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGAGAT-C-CTGT-TGGCCT-CAC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTCGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATAT-TT-GATA-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|9                          :      gttTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATTT-AGTC-ATC-TTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-CAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GACTGGGAA-T---GG-TGG-TAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTC-CCTGG-CC-TGCCTG-CGATT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGTCT-CGC-ATAC-T-TTGA-CACCCT-TGTGT----ACATCT-G-A-TC----ACC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-AATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA----CTTTCAGCGT


blockSeqs                     :           C G  AGATC       T  A  A   AG  G       T    C   G     A     TTGGG  CG   AA .   T G .     T  .    C      C           GG  G      TT    C  CG               A      A         A G    G   G      GT  TG C    T T   .      A  .  .        T     T  .      G     T .      G   .      . T    G      C   T    C .    C      . A   TGTA      G A T  .      T T  GCT    . C   GT       GCCCCCCT AT G   T G  CTT  GG  TT   T        A TG    T     TT  . T   C      G 
blockSeqs                     :           . .  .           .  .  .   AG  .       T    .   .     .     .      .    .  .   . . .     .  .    .      .           .   .      T     C  A                .      .         . .    .   A      T   .  .    . .   .      .  .  .        .     G  .      .     . .      .   .      . .    .      .   .    . .    A      . G   .         . . .  .      . .  .      . G   .        .        .  .   . .  .    A   A    .        . TG    .     .   . .   .      G 
blockSeqs                     :           . .  .           .  .  .   .   .       .    .   .     .     .      .    .  .   . . .     .  .    .      .           .   .      T     G  .                .      .         . .    .   .      .   .  .    . .   .      .  .  .        .     .  .      .     . .      .   .      . .    .      .   .    . .    .      . G   .         . . .  .      . .  .      . T   .        .        .  .   . .  .    .   .    .        . T     .     .   . .   .      G 
blockSeqs                     :           . .  .           .  .  .   .   .       .    .   .     .     .      .    .  .   . . .     .  .    .      .           .   .      G     C  .                .      .         . .    .   .      .   .  .    . .   .      .  .  .        .     .  .      .     . .      .   .      . .    .      .   .    . .    .      . G   .         . . .  .      . .  .      . .   .        .        .  .   . .  .    .   .    .        . C     .     .   . .   .      G 
blockSeqs                     :           . .  .           .  .  .   .   .       .    .   .     .     .      .    .  .   . . .     .  .    .      .           .   .      T     C  .                .      .         . .    .   .      .   .  .    . .   .      .  .  .        .     .  .      .     . .      .   .      . .    .      .   .    . .    .      . G   .         . . .  .      . .  .      . .   .        .        .  .   . .  .    .   .    .        . C     .     .   . .   .      G 
blockSeqs                     :           . .  .           .  .  .   .   .       .    .   .     .     .      .    .  .   . . .     .  .    .      .           .   .      T     G  .                .      .         . .    .   .      .   .  .    . .   .      .  .  .        .     .  .      .     . .      .   .      . .    .      .   .    . .    .      . A   .         . . .  .      . .  .      . .   .        .        .  .   . .  .    .   .    .        . C     .     .   . .   .      G 
blockSeqs                     :           . .  .           .  .  .   .   .       .    .   .     .     .      .    .  .   . . .     .  .    .      .           .   .      T     C  .                .      .         . .    .   .      .   .  .    . .   .      .  .  .        .     .  .      .     . .      .   .      . .    .      .   .    . .    .      . A   .         . . .  .      . .  .      . .   .        .        .  .   . .  .    .   .    .        . C     .     .   . .   .      . 
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lowQualScore                  :           . .  .....       .  .  .   ..  .       .    .   .     .     .....  ..   .. .   . . .     .  .    ...    .           ..  .      ...   .  ..               .      .         . ...  .   .      ..  .. .    . .   .      .  .  .....    .     .  .      .     . ..     .   .      . .    .      .   .    . .    .      . .   ....      . . .  ....   . .  ...    . .   ..       ........ .. .   . .  ...  ..  ..   .        . ..    .     ..  . .   .      ..            
lowQualScore                  :           5 5  22222       5  5  5   99  5       0    7   7     7     11111  99   99 9   9 9 9     7  7    333    7           99  9      555   5  33               1      3         1 555  1   2      33  22 1    1 1   1      1  1  77777    9     7  9      9     9 99     9   9      9 9    9      9   9    9 9    7      9 6   1111      9 9 9  1111   9 9  999    9 6   99       44444444 99 9   9 9  000  88  88   1        1 44    1     22  1 1   1      22            
consensus                     :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
Reference ( family-955 )      :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCGT
gi|1                          :           -G-TC-----TGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATT-CCGAT-GTTGG-----GG--AAA--TCTAT-G-CATCTGT-GGAATACAGAACAG-ATGACGGA-GA--GG-CCAACCAT-GCGGCC--G--AGAGTCCCCTGC-AGTAAG-AGCAGGGAA-TCCAGG-TGG-CAGCTG--TT--G-C-GG-G-TTGATTGGCT-CTGGTTATAGTTTC-CCTGG-CCTTGCCTG-CGGTT-CCTTCAGC-AACGAGCGATCC-CTGT-TGGGCT-CGC-AAGC-TATTGG-CACCTTGTGTGT----ACAGCT-G-A-TCGTCAGTC-A-TGA--CGCCAT-CTG--ACT--GG--------T--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGG-TC-GATG-ATGAA--GGCC-CCT-CA-AGTGAGGCTTT
gi|10                         : ttcgaTGTTC-G-TC-----CGTCGAT----------------CCATCT-AGTCCATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-C-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAAAGACAGGGAA-T---GG-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTTTCCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-T--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-A-CTG--TCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCGa
gi|11                         :      TGTTC-G-TCAGATCCGTCGAT-GT-GA-CGA--GG-ACCATCT-AAT
gi|11                         :                                                                                                   T-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAATC-T-GCG---------GAGTCTCTGGT-AGTAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-CT-GT-----TCTA-CCTCG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCGGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATGC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TT--TC--Agggtacgcagatgactggtgaggccaatctgcggagtctctggtagtaaggacagggaatggtggcagctgttgcagggttgatggctctgttctacctcgcctgtctgcggttctcggcaacagcgatcctgttggcctcgcatgctttggcacccttgtgtacagctgatcgccatgctcctctgtcttgggctgcctgctttcag
gi|12                         :                                                                                                                                       tgttcgtcagatccgtcgatgtgacgaggaccatctaaACAAGGAA-G---GG-TGGGCAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-ATGGCT-TT-GT-----TCTG-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTC-C--TCAG---AC-AACGAT-C-CTGTGTGGACT-CGC-AT---T-TTGG-CA-ACT-TGTGT----ACAGCT-GAA-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--TGGCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCCTGC-TC-G-CA-TCGAA--GG---TTT-CAGTGAG-GGTTTCCAGTGg
gi|13                         :       GTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-G-GCGCCC--GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGGA-T---GG-TGG-CATCTG--TT--G-CAGG-A-TTG-CTGGCT-CT-GC-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--T
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           AGC-AAC-AGCGAC-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TGTGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTAC-T-CTG--TCTTAGG--------C--T-ACC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAAAGA--GGCTTTCAGCGT
gi|16                         :      TGTTC---TC-----CTTCGAT-GC-GAACGA--GG-ACCATCT-A-TC-ATCGCTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-AAT-G-T-TCTGT--G-GTCC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCATC----GCCGCC--AGGAGAGTCTCTGGT-AG
gi|17                         :      TGTTC-G-TC-----CG----------A-TGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAA
gi|18                         :    gtTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATG-CTGGA-GTTGG-----GG--AAG--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGAT
gi|19                         :      TGTTT-G-TC-----AGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-A-CATTA-GGTC-ATT-CTGGG-G
gi|2                          :     tTGTTCCG-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CAA--GA-ACCATCTTAGTC-TAC-CTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-CAT-G-T-TCTGT-AG-GT-C---GCAG-ATGACTGACGA--GGGCCAACC-T-GCGCCTCGGGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GGCAGGGAAAT---GGGTGG-CAGCTGGTTT--G-C-GG-G-TTG-CTGGCT-GT--T-----TCTT-CCTGG-CA-TGCCTGGTGGTTTC--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCG-CGC-ATAC-T-TTGGCCACCCT-T-TGTTGTAACAGCT-G-GTTC----GAT-A-TG---CTCC-T-CTGGTCCTTGGA--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-GATGTTTCAATTGG-CTTTT-CAGAGAG-GCTTTTTAGCG
gi|3                          :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-ACAGA-CGGAGGG-ACCACTC-AGTC-ATC-CTGGAAGTTGG-----GGCGAAT--T-TTT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGAGGGG-CCAA--------CCC--GGAAGAGCCTTT-GC-AAAAAG-GACAGGGAA-TG--GG-TGG-CAGCTG--TT--GCCAGG-GTTTG-CTCGC--CT-GT-----TCTT-CCTGGTCC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-CTTTGT-TGGCCTCCGCTATAC-G-TTGG-CACCCT-TACGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-ATTG---CTCC-TCCTG--TCTTGGG--------C--T-G-C-T-GCCTTCC--CC--ATGTTGCCATGT-TTGGATG--TAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|4                          :      TGTTC-G-TC-----CGTCGAT-AC-GA-CGA--GG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--GAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC--------C--GGAAGAGCCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTCGCT-CT-GT-----TCTT-CCTGG-TC-TGTCTG-TGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-TTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-G-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GTC-A-TGGCTCTCG-T-GGG--CCTTGGGGCCCCCCTT--T-GCC-TGGC---TCGGCC--ATG-TGCCATGT-TTGGATG-TTAAA--GG-C-TTTCCAGAGA--GGCTTTCAGCGT
gi|5                          :      TGTTC-GGTC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GGGACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGGTTGGGGA--AAA--T-TATTG-T-TCTGTTGG-GTAC---GCAG-ATGACTGTCGA--GT-CCAATC-T-G-GGCC--GGAAGAGTCTTTGGCAAAAAAG-GACAGGGAA-T----G-TGGAAAGCTGT-TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-C---T-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT----TCAAC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-T-GCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCTGG-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-TGCTG--TCTTGGG--------C--T-GCCTT-GC---TC--CCA-ACG-TGCCATGG-T--GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGCTTTCAGCG
gi|6                          :      TGTTC-G-TC------GTCGAT-GC-GA-CGA--GG--CCATCTTAGTT--TC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAA--T-TAT-GGT-TCTGG-GG-A------GCAACATGACTGATGA--GG-CCAACC-TTGCGCCC--GGAGAGGTCTCTG-C-AGAA-G-GACAGGGAA-T---G--TG--CAGCTG--CTTGG-CAGGTA-TTG-TTGGCTACT-TG-----TCTT-CCTGGGCC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGCGAAC-AGCGAT-C-CTGT--GGC-T-CGC-ATACCT-TTGGACACC-T-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCCTA-TG---CTCC-TTCTG--TCTTGGG--------CATT-ACT-C-GC---TCA-CCTTACG-TGTCATGTATT-GAT---TAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GCTTTTCAGCG
gi|7                          :     tTGTTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-AACATCT-AGTC-ATC-CTGGA-GTTGG-----GG--AAAAAT-TAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAATC-T-GCGCCCA-GGAAGAGTCTTTGGC-AAAAAG-GACAGGGAA-T---GT-TGG-GAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGCCT-CGC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TT-GATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGAG-GGC-TTCAGCGT
gi|8                          :        TTC-G-TC-----CGTCGATTGC-GA-CGAAGGG-ACCATCT-AGTC-ATC-CTGGA-TTTGG---------AAA--T-TAT-G-T-TCTGT-GG-ATACC--GCAG-ATGACTGATGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGATTAGTCTTTGGC-AAATAG-GACAAGGAA-T---GG-TGG-CAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TTTT-CCTGG-CC-TGTCTG-CGGTT-C--TCAGC-AAC-AGAGAT-C-CTGT-TGGCCT-CAC-ATAC-T-TTGG-CACCCT-TATGT----ACAGCT-G-A-TC----GCC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTCGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATAT-TT-GATA-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA--GGCTTTCAGCG
gi|9                          :      gttTC-G-TC-----CGTCGAT-GC-GA-CGA--GG-ACCATTT-AGTC-ATC-TTGGG-GTTGG-----GG--AAA--T-CAT-G-T-TCTGT-GG-GTAC---GCAG-ATGACTGGTGA--GG-CCAACC-T-GCGCCC--GGAAGAGTCTCTGGC-AGTAAG-GACTGGGAA-T---GG-TGG-TAGCTG--TT--G-CAGG-G-TTG-CTGGCT-CT-GT-----TCTC-CCTGG-CC-TGCCTG-CGATT-C--TCAGC-AAC-AGCGAT-C-CTGT-TGGTCT-CGC-ATAC-T-TTGA-CACCCT-TGTGT----ACATCT-G-A-TC----ACC-A-TG---CTCC-T-CTG--TCTTGGG--------C--T-GCC-T-GC---TC--CC--ACG-TGCCATGT-TC-AATG-TTAAA--GG-C-TTT-CAGAGA----CTTTCAGCGT