lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 11 6666 44 2222 2 22 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 33
lowQualScore : 6 22 3333 66 6 7777 4 0 3 11 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 6666666 6 3 22
lowQualScore : . .. .... .. . .... . . . .. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .. ....... . . ..
lowQualScore : 0 00 0000 00 0 0000 0 0 0 00 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 2222222 7 0 00
consensus : NNNNNNNNNNTTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACANGTTTGANANNTGACGTTTTGTATGCAACAACTATAGAAT---A-----TG---TCTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AATTCAAG-TNC-CA----------AT---------T-------ACCAA----A-----G------A-ANCTTG-----C---CATTAG-ANCAGA---CATA-AAT-T----GTAT---CTANTTGTG-ATTC-AT-----T-ACAAAT-TTTGT--CGTAA--TTTGC-AG--CA-NA-ATCA--A------TG--TATGAACAT-----AT-T-----T---GT-----TT----GCAAAGCAG-A------ACTA-A-----CA---------AACA----CC------------G----G---------TA-------AG--------------ACCGAATTTTA--TTCTG------ATCAA--AT------TTTAGATTTTNGCT-ACATTGATCGTTNTTTCTGTCACACTTCTAC
Reference ( gi|2 ) : AAAAAATAACTTCAAGGATGGCATTTCCTTGTATCTATTCAACAAATT-GATATGTGATATTTTGTAT-CAA-AACTATAGAATA-AA-----TGCCTTCTTTTGGTACACAGAGAAGTGGGTGTCA-CGATTCT---T-GTTTT-TGTTTCAA---TA------TT--AGTTTAA--TGC-CA----------AT---------T-------ACCAA----A-----G------A-ACTTTG-----C---C-TTAG-ATGAGG---CGCA-AAT-T----GTAT---CTAGTTGTG-ATTT-AT-----T-ACAAAT-GTTGT--CCTAA--ATTGT-GG--TA-GA-ATTA--A------TG--TATGAACAC-----AT-------T---GA-----TT----GCAAAGCAG-A------CCTA-A-----TA---------AACA----CC------------G----G---------TA-------AG--------------ACCGAA-TTTA--CTCTG------ATCAATGAT------TTTAGATTTTAGCTTATATTGATCGTTATTTCTGTGTCACTTCTACC
gi|1 : TTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACATGTT-GAGAGCTGACGTTTTGTG---AACAACTATAGAAT---A-----TG---TAGTTTGAAACATAGAAAAGTGGATGCTGCCGGTCTT---T-ATTTTATGTGT--A---GA------TT--AATTCAA--GGT-CACACACTGTTCAT---------A-------ACTAA----A-----GCGGCTTA-AATTTT-----C---A-TTAC-AACAG-----ACA-AAT-T----GAAT---ACAAATATG-ATTC-AT-----T-ACAAAA-TTTGCAGCGTAATTACTGT--G--TA-TG-ATTA--T------TG---ATT-ACATTTCTGAT-------T---GT-----TT----GCAAAGTAG-A------ACTA-A-----CA---------AGGAAAATCCAATGAAACATAAG----G---------T--------AG--------------ACCGAATTTTA--TTCTG------AT-----GT------TT----TTTTAGTT--CATTGAT-GTTCTTTCTGTCATACTTCT
gi|5 : aaacatatgcaAAATTTGATACATG-TATTTTGTATGCAACAAGTATAGAATATAAATACGTGCATGCTTTGGGCACACATAAAAATGG--ATTA-AG-------------TT-TAGTTCAA---TA------TTTCATTCTAT--TTT-C-----------AT---------T--------CCAA----A-----G------G-ACCTTGAAATTC---CATCAGCAT-------CATT-AAT-T----ATA-----TACTTGCA-ATTC-ATGACAGTGACAAAT-TTTGT--TGTAA--TATGC-AG--TA-TA-ATCA----------C--TATGTACAT-----CTGTA----T---GT-----TT----GCAAAGCAG-A------ACTACATGTATTA---------AATA----TT------------G----GCAAATTTAATA-------AGATATATTATGGTGTACCGAGTTTTATTTTCTG------GTAAA----------TTTAGACTTTTGC--ACATTAATCGTtactgctctagtatcatgtaatagttacactggtgttataaggtactagtacttca
gi|3 : tttggacccgttgTTTTGTATGCAACAACTAT-------------------TCCTTTGA---ACAGAAAAGTGGCTCTTC-CTATTCT---T-AT-----GT----A---T-------TT--A--TCAG--GGC-CG-----------T---------T--------CTAA----ATCTCTG------A-AATT-------C---CATTAG-AGCAGA---TATA-GAT-T----ATAC-------TTTTG-ATTC-AT-----T-TCAAAA-TTTGT--CG-AA--GTTTTCAA--CA-TA-ATTATTA------TG--TATGAACAT-----ATTTCTGTCT---GT-----TT----GCTTAGTAG-A------ACTA-A-----TGTATAAGGGCAATC----TC------------GTAAAG---------TAATTAAGTAG--------------GTCGAA-TTTC--CTCTG------A--AA--AC------TATAGATTT
gi|7 : TCTTCTGACATACATCAAA-TGTGT-TCG-CGATTCT---T-GTTTT-TGTGTCAA---TACATGTATC--AGATTAAG-TTCACA----------ATAATTTTATAT-------ACTAGTGGGA-----G------ATAATT-------C---CATT----TGAGC---CG-A-CAT-TCATGGTAA---TTACTTGTG-GTTT-AT-----C-ACACAT-TTCGT--CCTAC--TTTGC-AGAACA-GACATTA---------TG--TA--AACAT-----GT-------TCCAGA------------CAAAAGAT-A------ACTA-A-----TA---------AA-A----AA------------G----GTGAATTC--TA-------AG---------------CCGAA-TTTT--GTCTGACATTTATCAA-AAT------TTT-GAGTTTA-CTTgttttatctgtcatacttccacaacttacagttttgtatcattttatatagtaacactgtcgtaataatatacataatgacatca
gi|15 : ACACAGAAAAGTGGGTGTCA-TGGTTCT---TGGTTTT-TGTGTCAA---GG------TT--At
gi|10 : cTGTCG-TAGTTCTAAGT-ATTTT-TGTGTCAAGTTTA------TT--TATTAAAGATCA-CA----------AT---------CTGTTCAAACCAA----A-----G------A-ACCTTGAAATTC---CATTAG-AGCAAA---CGTATCATGC----ATAT---CTAGT---G-ATTT-AT-----T-GCAAAT-CGTAT--CCTAA--TTTGC-AA--CA-GA-AACA--A------TGTTTATAAACAC-----
gi|8 : ---------T-------ACCAA----A-----G------G-ACCT-G-----AAAAT-TCAG-AAGAGAATTCAAG-AAC-T----GTATAAACTA--T-TG-ATTT-AT-----T-AC-AAC-ATTGT--CATAA--TTTGC-AGCATA-AA-CACA--A------GG--TATGAAGAT-----AT-------TC--TATCCTCTT----ACAAAGCAGAA------ACTA-A-----T----------AACA----CC------------gcatttgtctttt
gi|4 : acgcgttaagatataaattttgcatgcaggaggtatggaatatatatttctttcgaaaataaatggggtttgtatgacaaatttaaggtcaacgatgttttcaAGTTGTATATTTTAT-----T-GCAGATCGTT----CCTAA--TTTGC-AG--CATAA-ATTA--AACACTATC--TATTAACAC-----ATATC----T---GT-----CTTTTCGCAAAGCAG-AACTAGGCCTA-T-----CA---------AACA----CT------------G----G---------CA-------Actaggaaat
gi|11 : catggctcttgatttttgcgtgttttaacaaggtcgtgatttttacaccaagttgaaattcccatcattgcttgcaaa-----TT----GCAAAGTAA-A------ACTA-T-----CA---------AACA----CT------------G----G---------TA-------Aattcaatagaataaacagtgtactggacaaattatcttagggatattaattaaatatatttgcacattggtaatcatttatgtcataccttcacaatttttaattttttttttcatataataacactagtgtaataaaatacatagtggcataaa
gi|13 : gaaatttcatttgaacagatataggttaaatacttttgattccttacaattttgaatagatttgctaaatatcactgcttgaaaaatatttacttatgtctttT----GAAAAGCAG-A------TCTG-A------A---------AACA----CT-------------------------------------G--------------ACCAAA-TTCA--TAAAG------ACCATAGATAGACCCTTTAGATTATTGC--ACATTGATCATTATTTCTGTCACACTTCTACattcaatgaggtatatctgaattccctctgaaaatt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGAGATTTAATATTTCGCATGCAAAACACTAAGAATATATTCCTTTGACATAAAGAAAATTAGGCATGACATTTTTTATTTTGTCAAGGTTAGTTCAATGTCAACTTTCCAATGCGGAGGACTTTATAACTAAAATTCCATTGGAACAAACAATATATGCTGTATCTACTATTAGCCCTTTTTAATACAAACTGTATACTAATTTGCTGCATAAACAATATATATGAAGATATTTCTTTTTACATAGCATATATCAAATAAAACACTGACAAATT
Unaligned ( gi|9 ): TCCACTAAAGCTGACCAATGCGAATAATACATACTTGTAATTCATTTGAAATCTTCCTTAATTTGCAGCATACTTACTGCGTATGACTGTTTGGATAGAGAACTAATGAACAATGGCAAAACAATATTATAAGATATAATTCAAACCGAATTTCCTCTCTGAATAAAACAAATTTGCACATTGATCATTATTTTCCATTAAATTTCTACAACTTGCAACTT
Unaligned ( gi|12 ): GCAGAACTACATGTAATAAACATTAATCGGTAAACTCAAAAAGAAGAATACGCGGTACACCGAATTTCGTTGGATGATTTTTAGATATCTGCACGTTGGTCGTT
Unaligned ( gi|14 ): TTTATAAAACAGCACATTTAAAGGCTGGTAAATTTAATAAGATATAAGCTACACCAACATTTTTCTGACAATTTTAGAATTTTGAACATTCATCG
Unaligned ( gi|16 ): TACGTCTTAGCTCTAATAGGTTTTTTCTTGTTTGATTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 2 1 111 5555555555555555555 2222222222 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 2222222222 111111 111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 77 4 0 2 3 11 0 1 22 333 2 6 6 1 6666666666666666666 7 0 3 0000000000 88888 111111 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 1 3 666666666666 88 2222222222 000000 99999 3 3 111111 3 1 3 888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 33 3 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 2
lowQualScore : .. . . . . .. . . .. ... . . . . ................... . . . .......... ..... ...... . . ............................................................................................ . . . ............ .. .......... ...... ..... . . ...... . . . ... ..................................................................... .... .. . . ......................................................................................................................................................................................... . .. .
lowQualScore : 55 0 0 5 0 77 6 0 00 222 5 7 7 7 0000000000000000000 6 2 4 9999999999 66666 555555 0 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 0 6 555555555555 66 4444444444 555555 11111 6 6 333333 6 0 3 888 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555 66 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 77 2
consensus : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAATTTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAATA--T------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCGC-GGTTCT---T-AT------TTT-TGTGTCAA---TA------TT-AGTTCAAG-TNC---CA------A-T---------T-------ACCAA-----A-----GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAG-A---C--ATA--AAT--TGTAT---CTACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTA-ATTTGCAGCATA-A--TCA--A------T--G--TA-TGA---------ACA--T-AT----T------T--G----------T----TT----GCAAAG-CAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGAAT------TTT----------A--TT--CTG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
Reference ( family-953 ) : NNNNNNNNNNTTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACANGTTTGANANNTGACGTTTTGTATGCAACA-ACTATAGAATA--T------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCGC-GGTTCT---T-AT------TTT-TGTGTCAA---TA------TT-AATTCAAG-TNC---CA------A-T---------T-------ACCAA-----A-----GAANCTTG-----------CCATT-AGANCAG-A---C--ATA--AAT--TGTAT---CTANTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCGTA-ATTTGCAGCANA-A--TCA--A------T--G--TA-TGA---------ACA--T-AT----T------T--G----------T----TT----GCAAAG-CAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGAAT------TTT----------A--TT--CTG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTNGC-TACATTGATCGTT-NTTTCTGTCACACTTCTAC
gi|1 : TTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACATGTT-GAGAGCTGACGTTTTGTG---AACA-ACTATAGAATA--T------G---T-----AGTTTGAAACATAGAAAAGTGGATGCTGCCGGTCTT---T-AT------TTTATGTGT--A---GA------TT-AATTCAAG-GTCACACACTGTTCA-T---------A-------ACTAA-----A-----GCGGCTTAAATTT------TCATT-ACAACAG-A---C--A----AAT--TGAAT---ACAAATATGA------TTCAT-----T-ACAA-A-----------ATTTGCAGCGTA-A--TTACTG------T--G--TA-TGATTATTGATTACA--T-TTCTGAT------T--G----------T----TT----GCAAAG-TAG-AACTA-A----------CAAGGAAAATC-CAATGAAACATAAG----G---------T--------A----G--------------ACCGAAT------TTT----------A--TT--CTG------AT-------GT------T---T--------------T-------T-----------TTAGT-T-CATTGAT-GTT-CTTTCTGTCATACTTCT
gi|10 : aaacatatgcaTGTCGT-AGTTCTAAGT-AT------TTT-TGTGTCAAGTTTA------TT-TATTAAAGATCA---CA------A-T---------CTGTTCAAACCAA-----A-----GAACCTTGAAATT------CCATT-AGAGCAA-A---C--GTAT-CATG-CATAT---CTA---GTGA------TTTAT-----T-GCAA-ATCGTATCCTA-ATTTGCAACAGA-A--ACA--A------T--GTTTA-TAA---------ACACGC-AT----T------T--G----------T----CT----tactgctctagtatcatgtaatagttacactggtgttataaggtactagtacttca
gi|11 : -----GAAATTT-------------CATT-TGAACAG-A---T--ATA--GGT--TAAAT-----ACTTTTGA------TTCCT-----T-ACAA--TTTTG-AATAGATTTGC--TAAATA--TCA--C------T--G--CT-TGA---------AAAA-T-AT----T------T--ACTTATGTCTTT----TT----GCAAAG-TAA-AACTA-T----------CAAACA----C-T------------G----G---------TA-------A----ttt
gi|12 : GCAGA-A--CTAC-A------T--G--TAATAA---------ACA--TTAA----T------C--G---------------------GTAAACTCAA-AAAGA-A-----------GAATA----CGC------------G----G---------TA-------C-------------------ACCGAAT------TTC----------G--TTGGATG------AT--------T------T---T------TAG----AT-------A-----------TCTGC--ACGTTGGTCGTT-attcaatgaggtatatctgaattccctctgaaaatt
gi|13 : T----GAAAAG-CAG-ATCTG-A-----------AAACA----C-T------------G-------------------------------------------ACCAAAT------TC-----------A--TA--AAG------ACCATAG--ATAGACCCT---T------TAG----AT-------T-----------ATTGC--ACATTGATCATT-ATTTCTGTCACACTTCTAC
gi|15 : CACACAGAAAAGTGGGTGTCAT-GGTTCT---TGGT------TTT-TGTGTCAA---GG------TT-Atgctt
gi|2 : TTCAAGGATGGCATTTCCTTGTATCTATTCAACAAATT-GATATGTGATATTTTGTAT-CAA-A-ACTATAGAATAAAT------GCCTT-----CTTTTGGTACACAGAGAAGTGGGTGTCAC-GATTCT---T-GT------TTT-TGTTTCAA---TA------TT-AGTTTAA--TGC---CA------A-T---------T-------ACCAA-----A-----GAACTTTG-----------CC-TT-AGATGAG-G---C--GCA--AAT--TGTAT---CTAGTTGTGA------TTTAT-----T-ACAA-ATGTTGTCCTA-AATTGTGGTAGA-A--TTA--A------T--G--TA-TGA---------ACA--C-A-----T------T--G----------A----TT----GCAAAG-CAG-ACCTA-A----------TAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGAA-------TTT----------A--CT--CTG------ATCA--ATGAT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTAGCTTATATTGATCGTT-ATTTCTGTGTCACTTCTAC
gi|3 : aaaaaataacTTTTGTATGCAACA-ACTAT-------------------T-----CCTTTGA---ACAGAAAAGTGG----CTC---TTCC---T-AT------TCT-TATGT--A---T-------TT-A--TCAGG--GC---CG--------T---------T--------CTAA-----ATCTCTGAAATT-------------CCATT-AGAGCAG-A---T--ATA--GAT--TATA-------CTTTTGA------TTCAT-----T-TCAA-AATTTGTCGAA-GTTTTCAACATA-A--TTATTA------T--G--TA-TGA---------ACA--T-AT----TTCTGTCT--G----------T----TT----GCTTAG-TAG-AACTA-ATGTATAAGGGCAATC-----T-C------------GTAAAG---------TAATTAAGTA----G--------------GTCGAAT------TTC-------------CT--CTG------A--A--A--AC------T---A------TAG----AT-------T-----------T---------------GTT-TTATCTGTCATACTTCCACc
gi|4 : -GGCTCT---TGAT------TTT-TGCGT--G---TT------TT-AA--CAAG-GTCG--TG------A-T---------TTTTAC--ACCAA-----GTT---GAAA-TTC-----------CCATC-ATTGCTT-G---C--AAA--AGT--TGTAT---AT--------------TTTAT-----T-GCAG-ATCGT-TCCTA-ATTTGCAGCATA-AA-TTA--AACACTAT--C--TA-TTA---------ACACAT-AT----C------T--G----------T----CTTTTCGCAAAG-CAG-AACTA-GGCCTAT----CAAACA----C-T------------G----G---------CA-------AATTCA--------------ATAGAATAAACAGTGT----------A------CTG------GACA--A--AT------TATCT------TAGGGATAT-------TAATTAAATATATTTGC--ACATTGGTAATC-ATTTATGTCATACCTTCACaacttacagttttgtatcattttatatagtaacactgtcgtaataatatacataatgacatca
gi|5 : catAAATTTGATACATG-TATTTTGTATGCAACA-AGTATAGAATA--TAAATACG---TGCATGCTTTGGGCACACATAAAAATGGAT-----------T---A-AG------TTT-AGT-TCAA---TA------TTTCATTCTAT-TTT---CA--------T---------T--------CCAA-----A-----GGACCTTG-----------AAATT-CCATCAGCAT--C--ATT--AAT--TATAT-----ACTTGCAA------TTCATGACAGTGACAA-ATTTTGTTGTA-ATATGCAGTATA-A--TCA------------C--TA-TGT---------ACATCT-GT----A------T--G----------T----TT----GCAAAG-CAG-AACTACATGTAT-----TAAATA----T-T------------G----GCAAATTTAATA-------A----GATATATTATGGTGTACCGAGT------TTT----------ATTTT--CTG------GT-A--A--A-------T---T------TAG----AC-------T-----------TTTGC--ACATTAATCGTaatttttaattttttttttcatataataacactagtgtaataaaatacatagtggcataaa
gi|6 : tttggacccgttgTTGAGATTTAATATTTCGCATGCAAAACACTA-AGAATA--T------A---TT----CCTTTGACATAAAGAAAATTAGGCATGAC-ATTTTT---T-AT------TT----TGTCAA---GG------TT-AGTTCAA--TGT---CA------ACT---------T-------TCCAATGCGGA-----GGACTTTATAACTAAAATTCCATT-GGAACAA-A---CA-ATA--TATGCTGTAT---CTAC-TATTAGCCCTTTTTAA-----T-ACAA-ACTGTATACTA-ATTTGCTGCATA-A--ACAATA------T--A--TA-TGA---------AGA--T-AT----TTC----T--T----------T----TT----ACATAG-CAT-A--TA-T----------CAAATA----
gi|7 : ---T-----CTTCTGACATACATCAAA-TGTGT-TCGC-GATTCT---T-GT------TTT-TGTGTCAA---TACATGTATC-AGATTAAG-TTCA--CA------A-TAATTTTATAT-------ACTAGTGGG-A-----GATAATT------------CCATT-TGAGCCG-A---C--ATT--CAT--GGTAA---TTACTTGTGG------TTTAT-----C-ACAC-ATTTCGTCCTA-CTTTGCAGAACA-G--ACA--T------T--A--TG-TAA---------ACA--T-GT----T------CCAG---------------------ACAAAA-GAT-AACTA-A----------TAAA-A----A-A------------G----GTGAATTC--TA-------A----G---------------CCGAAT------TTT----------G---T--CTGACATTTATCA--A--AA------T---T------TTG----AG-------T-----------TTaaacactgacaaatt
gi|8 : TTAAGATATAA-ATTTTGCATGCAGGA-GGTATGGAATA--T------A---TATTT-CTTTCGA-----AAATAAATGGG--------GTTTG---T-ATGACAAATTT-AAGGTCAACGATG------TT---TTCA-----------------------------T-------ACCAA-----A-----GGACCTGA-----------AAATTCAGAAGAG-AATTC--AAG--AAC--TGTATAAACTATT---GA------TTTAT-----T-ACAACATT--GTCATA-ATTTGCAGCATA-AACACA--A------G--G--TA-TGA---------AGA--T-AT----TC-----T--A----------TCCTCTT----ACAAAG-CAGAAACTA-A----------T-AACA----C-C------------acttt
gi|9 : acgcg-----------CCACT-AAAGCTG-A---CCAATGCGAAT--AATAC---ATACTTGTAA------TTCAT-----T-TGAA-ATCTT-CCTTA-ATTTGCAGCATA-C--TTA--C------TGCG--TA-TGA----------------------C------T--G----------T----TT----GGATAG--AG-AACTA-A----------TGAACA----A-T------------G----G---------CA-------A----A--------------AC--AAT------ATTATAAGATATAA--TT--CAA------ACCG--A--AT------T---TCCTCTCTGA----ATAAAACAAA-----------TTTGC--ACATTGATCATTATTTTCCATTAAATTTCTACctaggaaat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTTATAAAACAGCACATTTAAAGGCTGGTAAATTTAATAAGATATAAGCTACACCAACATTTTTCTGACAATTTTAGAATTTTGAACATTCATCG
Unaligned ( gi|16 ): TACGTCTTAGCTCTAATAGGTTTTTTCTTGTTTGATTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 5555555555555555555 2222222222 11111 22222222222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 11111 111111 3333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 77 1 5 1 2 7 8 0 1 44 2 6 6 1 6666666666666666666 7 0 3 3333333333 11111 4 5 33333333333 55555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 666 33333333 88 44444 2 000000 99999 3 3 555 2 3 555 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 0
lowQualScore : .. . . . . . . . . .. . . . . ................... . . . .......... ..... . . ........... ..... ........................................................................... . . ... ........ .. ..... . ...... ..... . . ... . . ... ............. ............................................... . . .................................................................................................................................................................................... .. . .. .
lowQualScore : 55 0 5 0 5 3 0 8 0 66 5 7 7 7 0000000000000000000 6 2 4 9999999999 00000 0 0 11111111111 77777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 4 444 66666666 66 44444 0 555555 11111 6 6 222 0 6 555 8888888888888 44444444444444444444444444444444444444444444444 2 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 77 3
consensus : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAATA--T------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G-TTC-CA--------A-T---------T-------ACCAA-----A-----GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--ATA--AAT--TGTATNTACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
Reference ( family-953 ) : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAATA--T------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G-TNC-CA--------A-T---------T-------ACCAA-----A-----GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--ATA--AAT--TGTATCTACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
gi|1 : TTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACA--TGTTGAGAGCTGACGTTTTGTG---AACA-ACTATAGAATA--T------G---T-----AGTTTGAAACATAGAAAAGTGGATGCTGCCGGTCTT---T-ATTTTATGTGT--A---GA------TT--AATTCAA----G-GTCACACACTGTTCA-T---------A-------ACTAA-----A-----GCGGCTTAAATTT------TCATT-ACAACAGA---C----A--AAT--TGAATACAAATATGA------TTCAT-----T-ACAA-----------AATTTGCAGCGT-AA--TTACT----GT--G--TATGATTATTGATTACA--TTTCTGAT------T--G----------T----TTGCAAAGTAG-AACTA-A----------CAAGGAAAATC-CAATGAAACATAAG----G---------T--------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------AT-------GT------T---T--------------T-------T-----------TTAGT--TCATTGAT-GTT-CTTTCTGTCATACTTCT
gi|10 : aaacatatgcaTGTCG-TAGTTCTAAGT-ATTTT-TGTGTCAAGTTTA------TT--TATTAAA----GATCA-CA--------A-T---------CTGTTCAAACCAA-----A-----GAACCTTGAAATT------CCATT-AGAGCAAA---C--GTAT-CATG-CATATCTA---GTGA------TTTAT-----T-GCAA-ATCGTATCCTAATTTGCAACAG-AA--ACA------AT--GTTTATAA---------ACACGCAT----T------T--G----------T----CTtactgctctagtatcatgtaatagttacactggtgttataaggtactagtacttca
gi|11 : -----GAAATTT-------------CATT-TGAACAGA---T--ATA--GGT--TAAAT--ACTTTTGA------TTCCT-----T-ACAA--TTTTGAATAGATTTGCTAAAT-A---TCA------CT--G--CTTGA---------AAAA-TAT----T------T--ACTTATGTCTTT----TTGCAAAGTAA-AACTA-T----------CAAACA----C-T------------G----G---------TA-------A----ttt
gi|12 : AATA----CGC------------G----G---------TA-------C-------------------ACCGA-AT------TTC----------G--TTGGATG------AT--------T------T---T------TAG----AT-------A-----------TCTGC--ACGTTGGTCGTT-attcaatgaggtatatctgaattccctctgaaaatt
gi|13 : gcagaactacatgtaataaacattaatcggtaaactcaaaaagaagTGAAAAGCAG-ATCTG-A-----------AAACA----C-T------------G-------------------------------------------ACCAA-AT------TC-----------A--TAA--AG------ACCATAG--ATAGACCCT---T------TAG----AT-------T-----------ATTGC--ACATTGATCATT-ATTTCTGTCACACTTCTAC
gi|14 : --------------ACCAACAT------TTT--------------TC--TG------AC----A--AT------T---T------TAG----AA-------T-----------TTTGA--ACATTCATCGtgctt
gi|15 : tttataaaacagcacatttaaaggctggtaaatttaataagatataagctacCACACAGAAAAGTGGGTGTCA-TGGTTCT---TGGTTTT-TGTGTCAA---GG------TT--A
gi|2 : TTCAAGGATGGCATTTCCTTGTATCTATTCAACAAAT-T-GATATGTGATATTTTGTAT-CAA-A-ACTATAGAATAAAT------GCCTT-----CTTTTGGTACACAGAGAAGTGGGTGTCA-CGATTCT---T-GTTTT-TGTTTCAA---TA------TT--AGTTTAA------TGC-CA--------A-T---------T-------ACCAA-----A-----GAACTTTG-----------CC-TT-AGATGAGG---C--GCA--AAT--TGTATCTAGTTGTGA------TTTAT-----T-ACAA-ATGTTGTCCTAAATTGTGGTAG-AA--TTA------AT--G--TATGA---------ACA--CA-----T------T--G----------A----TTGCAAAGCAG-ACCTA-A----------TAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-A-------TTT----------A--CTC--TG------ATCA--ATGAT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTAGCTTATATTGATCGTT-ATTTCTGTGTCACTTCTAC
gi|3 : aaaaaataacTTTTGTATGCAACA-ACTAT-------------------T-----CCTTTGA---ACAGAAAAGTGG----CT-C--TTCC---T-ATTCT-TATGT--A---T-------TT--A--TCAG----G--GC-CG----------T---------T--------CTAA-----ATCTCTGAAATT-------------CCATT-AGAGCAGA---T--ATA--GAT--TATA----CTTTTGA------TTCAT-----T-TCAA-AATTTGTCGAAGTTTTCAACAT-AA--TTATT----AT--G--TATGA---------ACA--TAT----TTCTGTCT--G----------T----TTGCTTAGTAG-AACTA-ATGTATAAGGGCAATC-----T-C------------GTAAAG---------TAATTAAGTA----G--------------GTCGA-AT------TTC-------------CTC--TG------A--A--A--AC------T---A------TAG----AT-------T-----------T---------------GTT-TTATCTGTCATACTTCCACc
gi|4 : GGCTCT---TGATTTT-TGCGT--G---TT------TT--AA--CAA----G-GTCGTG--------A-T---------TTTTAC--ACCAA-----GTT---GAAA-TTC-----------CCATC-ATTGCTTG---C--AAA--AGT--TGTATAT--------------TTTAT-----T-GCAG-ATCGT-TCCTAATTTGCAGCATAAA--TTAAACACTAT--C--TATTAAC-------ACA--TAT----C------T--GTCTT------T----TCGCAAAGCAG-AACTA-GGCCTAT----CAAACA----C-T------------G----G---------CA-------AATTCA--------------ATAGA-ATAAACAGTGT----------A----C--TG------GACA--A--AT------TATCT------TAGGGATAT-------TAATTAAATATATTTGC--ACATTGGTAATC-ATTTATGTCATACCTTCACaacttacagttttgtatcattttatatagtaacactgtcgtaataatatacataatgacatca
gi|5 : catAAAT-TTGATACATG-TATTTTGTATGCAACA-AGTATAGAATA--TAAATACG---TGCATGCTTTGGGCACACATAAAAATGGAT-----------T---A-AGTTT-AGT-TCAA---TA------TTTCA-TTCTA----T-TTT-CA----------T---------T--------CCAA-----A-----GGACCTTGAAATT------CCATC-AG--CAT----C--ATT--AAT--TATAT--ACTTGCAA------TTCATGACAGTGACAA-ATTTTGTTGTAATATGCAGTAT-AA--TCA----------C--TATGT---------ACATCTGT----A------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTACATGTAT-----TAAATA----T-T------------G----GCAAATTTAATA-------A----GATATATTATGGTGTACCGA-GT------TTT----------ATTTTC--TG------GT-A--A--A-------T---T------TAG----AC-------T-----------TTTGC--ACATTAATCGTaatttttaattttttttttcatataataacactagtgtaataaaatacatagtggcataaa
gi|6 : tttggacccgttg-TTGAGATTTAATATTTCGCATGCAAAACACTA-AGAATA--T------AT--T-----CCTTTGACATAAAGAAAATTAGGCATGA-CATTTTT---T-ATTT----TGTCAA---GG------TT--AGTTCAA------TGT-CA--------ACT---------T-------TCCAATGCGGA-----GGACTTTATAACTAAAATTCCATT-GGAACAAA---CA-ATA--TATGCTGTATCTAC-TATTAGCCCTTTTTAA-----T-ACAA-ACTGTATACTAATTTGCTGCAT-AA--ACAAT----AT--A--TATGA---------AGA--TAT----TTC----T--T----------T----TTACATAGCAT-A--TA-T----------CAAATA----
gi|7 : ---T-----CTTCTGACATACATCAAA-TGTGT-TCG-CGATTCT---T-GTTTT-TGTGTCAA---TACATGTATC--AGATTAA----G-TTCACA--------A-TAATTTTATAT-------ACTAGTGGG-A-----GATAATT------------CCATT-TGAGCCGA---C--ATT--CAT--GGTAATTACTTGTGG------TTTAT-----C-ACAC-ATTTCGTCCTACTTTGCAGAAC-AG--ACA------TT--A--TGTAA---------ACA--TGT----T------CCAG-----------------ACAAAAGAT-AACTA-A----------TAAA-A----A-A------------G----GTGAATTC--TA-------A----G---------------CCGA-AT------TTT----------G---TC--TGACATTTATCA--A--AA------T---T------TTG----AG-------T-----------TTaaacactgacaaatt
gi|8 : -TTAAGATATAA-ATTTTGCATGCAGGA-GGTATGGAATA--T------A---TATTT-CTTTCGA-----AAATAAATGGG------------------GTTTG-TATGACAA----A------TTTAAGGTCAACGATG-TTTTCA--------------------T-------ACCAA-----A-----GGACCTGA-----------AAATTCAGAAGAGAATTC--AAG--AAC--TGTATAAACTATTGA------TTTAT-----T-ACAACATT--GTCATAATTTGCAGCAT-AAACACA------AG--G--TATGA---------AGA--TAT----TC-----T--A----------TCCTCTTACAAAGCAGAAACTA-A----------T-AACA----C-C------------acttt
gi|9 : acgcg-----------CCACT-AAAGCTGA---CCAATGCGAAT--AATACATACTTGTAA------TTCAT-----T-TGAA-ATCTT-CCTTAATTTGCAGCAT-AC--TTA------CTGCG--TATGA---------------------C------T--G----------T----TTGGATAG-AG-AACTA-A----------TGAACA----A-T------------G----G---------CA-------A----A--------------AC--A-AT------ATTATAAGATATAA--TTC--AA------ACCG--A--AT------T---TCCTCTCTGA----ATAAAACAAA-----------TTTGC--ACATTGATCATTATTTTCCATTAAATTTCTACctaggaaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TACGTCTTAGCTCTAATAGGTTTTTTCTTGTTTGATTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 5555555555555555 2222222222 11111 22222222222 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 111111 3333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 77 1 5 1 2 1111 1 44 2 6 6 1 99 1111111111111111 7 0 3 3333333333 11111 4 5 33333333333 55555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 666 000000000 66666 1 44 000000 99999 3 3 555 2 3 555 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 0
lowQualScore : .. . . . . .... . .. . . . . .. ................ . . . .......... ..... . . ........... ..... .......................................................................... . . ... ......... ..... . .. ...... ..... . . ... . . ... ............. ............................................... . . .................................................................................................................................................................................... .. . .. .
lowQualScore : 55 0 5 0 5 7777 0 66 5 7 7 7 22 8888888888888888 6 2 4 9999999999 00000 0 0 11111111111 77777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 4 444 222222222 99999 0 44 555555 11111 6 6 222 0 6 555 8888888888888 44444444444444444444444444444444444444444444444 2 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 77 3
consensus : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G----TTC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--A-TA--AAT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
Reference ( family-953 ) : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G----TTC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--A-TA--AAT--TGTATNTACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
gi|1 : TTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACA--TGTTGAGAGCTGACGTTTTGTG---AACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----AGTTTGAAACATAGAAAAGTGGATGCTGCCGGTCTT---T-ATTTTATGTGT--A---GA------TT--AATTCAA----G----GTCACACACTGTTCAT---------A-------ACTAA-----A--GCGGCTTAAATTT------TCATT-ACAACAGA---C-----A--AAT--TGAATACAAATATGA------TTCAT-----T-ACAA-----------AATTTGCAGCGT-AA--TTACT----GT--G--TATGATTATTGATTACA--TTTCTGAT------T--G----------T----TTGCAAAGTAG-AACTA-A----------CAAGGAAAATC-CAATGAAACATAAG----G---------T--------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------AT-------GT------T---T--------------T-------T-----------TTAGT--TCATTGAT-GTT-CTTTCTGTCATACTTCT
gi|10 : aaacatatgcaTGTCG-TAGTTCTAAGT-ATTTT-TGTGTCAAGTTTA------TT--TATTAAA----G----ATCACA--------AT---------CTGTTCAAACCAA-----A--GAACCTTGAAATT------CCATT-AGAGCAAA---C--G-TA--TCA--TGCATAT-CTAGTGA------TTTAT-----T-GCAA-ATCGTATCCTAATTTGCAACAG-AA--ACA------AT--GTTTATAA---------ACACGCAT----T------T--G----------T----CTtactgctctagtatcatgtaatagttacactggtgttataaggtactagtacttca
gi|11 : --GAAATTT-------------CATT-TGAACAGA---T--A-TA--GGT--T--AAATACTTTTGA------TTCCT-----T-ACAA--TTTTGAATAGATTTGCTAAAT-A---TCA------CT--G--CTTGA---------AAAA-TAT----T------T--ACTTATGTCTTT----TTGCAAAGTAA-AACTA-T----------CAAACA----C-T------------G----G---------TA-------A----ttt
gi|12 : AATA----CGC------------G----G---------TA-------C-------------------ACCGA-AT------TTC----------G--TTGGATG------AT--------T------T---T------TAG----AT-------A-----------TCTGC--ACGTTGGTCGTT-attcaatgaggtatatctgaattccctctgaaaatt
gi|13 : gcagaactacatgtaataaacattaatcggtaaactcaaaaagaagTGAAAAGCAG-ATCTG-A-----------AAACA----C-T------------G-------------------------------------------ACCAA-AT------TC-----------A--TAA--AG------ACCATAG--ATAGACCCT---T------TAG----AT-------T-----------ATTGC--ACATTGATCATT-ATTTCTGTCACACTTCTAC
gi|14 : --------------ACCAACAT------TTT--------------TC--TG------AC----A--AT------T---T------TAG----AA-------T-----------TTTGA--ACATTCATCGtgctt
gi|15 : tttataaaacagcacatttaaaggctggtaaatttaataagatataagctacCACACAGAAAAGTGGGTGTCA-TGGTTCT---TGGTTTT-TGTGTCAA---GG------TT--A
gi|2 : TTCAAGGATGGCATTTCCTTGTATCTATTCAACAAA--TTGATATGTGATATTTTGTAT-CAA-A-ACTATAGAATAAAT------GCCTT-----CTTTTGGTACACAGAGAAGTGGGTGTCA-CGATTCT---T-GTTTT-TGTTTCAA---TA------TT--AGTTTAA---------TGC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAACTTTG-----------CC-TT-AGATGAGG---C--G-CA--AAT--TGTATCTAGTTGTGA------TTTAT-----T-ACAA-ATGTTGTCCTAAATTGTGGTAG-AA--TTA------AT--G--TATGA---------ACA--CA-----T------T--G----------A----TTGCAAAGCAG-ACCTA-A----------TAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-A-------TTT----------A--CTC--TG------ATCA--ATGAT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTAGCTTATATTGATCGTT-ATTTCTGTGTCACTTCTAC
gi|3 : aaaaaataacTTTTGTATGCAACA-ACTAT-------------------T-----CCTTTGA---ACAGAAAAGTGG----CT-C--TTCC---T-ATTCT-TATGT--A---T-------TT--A--TCAG----GGCCGTTC-TA--------AA---------T-------CTCT---------GAAATT-------------CCATT-AGAGCAGA---T--A-TA--GAT--T----ATACTTTTGA------TTCAT-----T-TCAA-AATTTGTCGAAGTTTTCAACAT-AA--TTATT----AT--G--TATGA---------ACA--TAT----TTCTGTCT--G----------T----TTGCTTAGTAG-AACTA-ATGTATAAGGGCAATC-----T-C------------GTAAAG---------TAATTAAGTA----G--------------GTCGA-AT------TTC-------------CTC--TG------A--A--A--AC------T---A------TAG----AT-------T-----------T---------------GTT-TTATCTGTCATACTTCCACc
gi|4 : GGCTCT---TGATTTT-TGCGT--G---TT------TT--AA--CAA----G----GTCGTG--------AT---------TTTTAC--ACCAA-----GTTGAAA-TTC-----------CCATC-ATTGCTTG---C--A-AA--AGT--TGTATAT--------------TTTAT-----T-GCAG-ATCGT-TCCTAATTTGCAGCATAAA--TTAAACACTAT--C--TATTAAC-------ACA--TAT----C------T--GTCTT------T----TCGCAAAGCAG-AACTA-GGCCTAT----CAAACA----C-T------------G----G---------CA-------AATTCA--------------ATAGA-ATAAACAGTGT----------A----C--TG------GACA--A--AT------TATCT------TAGGGATAT-------TAATTAAATATATTTGC--ACATTGGTAATC-ATTTATGTCATACCTTCACaacttacagttttgtatcattttatatagtaacactgtcgtaataatatacataatgacatca
gi|5 : catAAAT-TTGATACATG-TATTTTGTATGCAACA-AGTATAGAAT--ATAAATACG---TGCATGCTTTGGGCACACATAAAAATGGAT-----------T---A-AGTTT-AGT-TCAA---TA------TTTCA-TTCTA----T----TTT-CA---------T---------T--------CCAA-----A--GGACCTTGAAATT------CCATC-AG--CAT----C--A-TT--AAT--T--ATATACTTGCAA------TTCATGACAGTGACAA-ATTTTGTTGTAATATGCAGTAT-AA--TCA----------C--TATGT---------ACATCTGT----A------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTACATGTAT-----TAAATA----T-T------------G----GCAAATTTAATA-------A----GATATATTATGGTGTACCGA-GT------TTT----------ATTTTC--TG------GT-A--A--A-------T---T------TAG----AC-------T-----------TTTGC--ACATTAATCGTaatttttaattttttttttcatataataacactagtgtaataaaatacatagtggcataaa
gi|6 : tttggacccgttg-TTGAGATTTAATATTTCGCATGCAAAACACTA-AGAAT--AT------A---TT----CCTTTGACATAAAGAAAATTAGGCATGA-CATTTTT---T-ATTTT----GTCAA---GG------TT--AGTTCAA----T----GTC-AA--------CT---------T-------TCCAATGCGGA--GGACTTTATAACTAAAATTCCATT-GGAACAAA---C--AATA--TATGCTGTATCTACT-ATTAGCCCTTTTTAA-----T-ACAA-ACTGTATACTAATTTGCTGCAT-AA--ACAAT----AT--A--TATGA---------AGA--TAT----TTC----T--T----------T----TTACATAGCAT-A--TA-T----------CAAATA----
gi|7 : ---T-----CTTCTGACATACATCAAA-TGTGT-TCG-CGATTCT---T-GTTTT-TGTGTCAA---TACATGTATC--AGATTAA----G----TTCACA--------ATAATTTTATAT-------ACTAGTGGG-A--GATAATT------------CCATT-TGAGCCGA---C--A-TT--CAT--GGTAATTACTTGTGG------TTTAT-----C-ACAC-ATTTCGTCCTACTTTGCAGAAC-AG--ACA------TT--A--TGTAA---------ACA--TGT----T------CCAG-----------------ACAAAAGAT-AACTA-A----------TAAA-A----A-A------------G----GTGAATTC--TA-------A----G---------------CCGA-AT------TTT----------G---TC--TGACATTTATCA--A--AA------T---T------TTG----AG-------T-----------TTaaacactgacaaatt
gi|8 : -TTAAGATATAA-ATTTTGCATGCAGGA-GGTATGGAAT--AT------A---TATTT-CTTTCGA-----AAATAAATGGG------------------GTTTG-TATGACAA----A------TTTAAGGTCAACGATG----TTTTCA-------------------T-------ACCAA-----A--GGACCTGA-----------AAATTCAGAAGAGAATTC--A-AG--AAC--TGTATAAACTATTGA------TTTAT-----T-ACAACATT--GTCATAATTTGCAGCAT-AAACACA------AG--G--TATGA---------AGA--TAT----TC-----T--A----------TCCTCTTACAAAGCAGAAACTA-A----------T-AACA----C-C------------acttt
gi|9 : acgcg-----------CCACT-AAAGCTGA---CCAA-TGCGAAT--AATACATACTTGTAA------TTCAT-----T-TGAA-ATCTT-CCTTAATTTGCAGCAT-AC--TTA------CTGCG--TATGA---------------------C------T--G----------T----TTGGATAG-AG-AACTA-A----------TGAACA----A-T------------G----G---------CA-------A----A--------------AC--A-AT------ATTATAAGATATAA--TTC--AA------ACCG--A--AT------T---TCCTCTCTGA----ATAAAACAAA-----------TTTGC--ACATTGATCATTATTTTCCATTAAATTTCTACctaggaaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TACGTCTTAGCTCTAATAGGTTTTTTCTTGTTTGATTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 2222 5555555555555555 2222222222 11111 22222222222 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 111111 3333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 77 1 5 1 2 1111 1 44 2 6 6 1 99 1111111111111111 7 0 3 3333333333 11111 4 5 33333333333 55555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 666 000000000 66666 44 000000 99999 3 3 555 2 3 555 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 0
lowQualScore : .. . . . . .... . .. . . . . .. ................ . . . .......... ..... . . ........... ..... .......................................................................... . . ... ......... ..... .. ...... ..... . . ... . . ... ............. ............................................... . . .................................................................................................................................................................................... .. . .. .
lowQualScore : 55 0 5 0 5 7777 0 66 5 7 7 7 22 8888888888888888 6 2 4 9999999999 00000 0 0 11111111111 77777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 4 444 222222222 99999 44 555555 11111 6 6 222 0 6 555 8888888888888 44444444444444444444444444444444444444444444444 2 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 77 3
consensus : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G----TTC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--A-TA--AAT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
Reference ( family-953 ) : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G----TTC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--A-TA--AAT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
gi|1 : TTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACA--TGTTGAGAGCTGACGTTTTGTG---AACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----AGTTTGAAACATAGAAAAGTGGATGCTGCCGGTCTT---T-ATTTTATGTGT--A---GA------TT--AATTCAA----G----GTCACACACTGTTCAT---------A-------ACTAA-----A--GCGGCTTAAATTT------TCATT-ACAACAGA---C-----A--AAT--TGAATACAAATATGA------TTCAT-----T-ACAA-----------AATTTGCAGCGT-AA--TTACT----GT--G--TATGATTATTGATTACA--TTTCTGAT------T--G----------T----TTGCAAAGTAG-AACTA-A----------CAAGGAAAATC-CAATGAAACATAAG----G---------T--------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------AT-------GT------T---T--------------T-------T-----------TTAGT--TCATTGAT-GTT-CTTTCTGTCATACTTCT
gi|10 : aaacatatgcaTGTCG-TAGTTCTAAGT-ATTTT-TGTGTCAAGTTTA------TT--TATTAAA----G----ATCACA--------AT---------CTGTTCAAACCAA-----A--GAACCTTGAAATT------CCATT-AGAGCAAA---C--G-TA--TCA--TGCATAT-CTAGTGA------TTTAT-----T-GCAA-ATCGTATCCTAATTTGCAACAG-AA--ACA------AT--GTTTATAA---------ACACGCAT----T------T--G----------T----CTtactgctctagtatcatgtaatagttacactggtgttataaggtactagtacttca
gi|11 : --GAAATTT-------------CATT-TGAACAGA---T--A-TA--GGT--T--AAATACTTTTGA------TTCCT-----T-ACAA--TTTTGAATAGATTTGCTAAAT-A---TCA------CT--G--CTTGA---------AAAA-TAT----T------T--ACTTATGTCTTT----TTGCAAAGTAA-AACTA-T----------CAAACA----C-T------------G----G---------TA-------A----ttt
gi|12 : AATA----CGC------------G----G---------TA-------C-------------------ACCGA-AT------TTC----------G--TTGGATG------AT--------T------T---T------TAG----AT-------A-----------TCTGC--ACGTTGGTCGTT-attcaatgaggtatatctgaattccctctgaaaatt
gi|13 : gcagaactacatgtaataaacattaatcggtaaactcaaaaagaagTGAAAAGCAG-ATCTG-A-----------AAACA----C-T------------G-------------------------------------------ACCAA-AT------TC-----------A--TAA--AG------ACCATAG--ATAGACCCT---T------TAG----AT-------T-----------ATTGC--ACATTGATCATT-ATTTCTGTCACACTTCTAC
gi|14 : --------------ACCAACAT------TTT--------------TC--TG------AC----A--AT------T---T------TAG----AA-------T-----------TTTGA--ACATTCATCGtgctt
gi|15 : tttataaaacagcacatttaaaggctggtaaatttaataagatataagctacCACACAGAAAAGTGGGTGTCA-TGGTTCT---TGGTTTT-TGTGTCAA---GG------TT--A
gi|2 : TTCAAGGATGGCATTTCCTTGTATCTATTCAACAAA--TTGATATGTGATATTTTGTAT-CAA-A-ACTATAGAATAAAT------GCCTT-----CTTTTGGTACACAGAGAAGTGGGTGTCA-CGATTCT---T-GTTTT-TGTTTCAA---TA------TT--AGTTTAA---------TGC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAACTTTG-----------CC-TT-AGATGAGG---C--G-CA--AAT--TGTATCTAGTTGTGA------TTTAT-----T-ACAA-ATGTTGTCCTAAATTGTGGTAG-AA--TTA------AT--G--TATGA---------ACA--CA-----T------T--G----------A----TTGCAAAGCAG-ACCTA-A----------TAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-A-------TTT----------A--CTC--TG------ATCA--ATGAT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTAGCTTATATTGATCGTT-ATTTCTGTGTCACTTCTAC
gi|3 : aaaaaataacTTTTGTATGCAACA-ACTAT-------------------T-----CCTTTGA---ACAGAAAAGTGG----CT-C--TTCC---T-ATTCT-TATGT--A---T-------TT--A--TCAG----GGCCGTTC-TA--------AA---------T-------CTCT---------GAAATT-------------CCATT-AGAGCAGA---T--A-TA--GAT--T----ATACTTTTGA------TTCAT-----T-TCAA-AATTTGTCGAAGTTTTCAACAT-AA--TTATT----AT--G--TATGA---------ACA--TAT----TTCTGTCT--G----------T----TTGCTTAGTAG-AACTA-ATGTATAAGGGCAATC-----T-C------------GTAAAG---------TAATTAAGTA----G--------------GTCGA-AT------TTC-------------CTC--TG------A--A--A--AC------T---A------TAG----AT-------T-----------T---------------GTT-TTATCTGTCATACTTCCACc
gi|4 : GGCTCT---TGATTTT-TGCGT--G---TT------TT--AA--CAA----G----GTCGTG--------AT---------TTTTAC--ACCAA-----GTTGAAA-TTC-----------CCATC-ATTGCTTG---C--A-AA--AGT--TGTATAT--------------TTTAT-----T-GCAG-ATCGT-TCCTAATTTGCAGCATAAA--TTAAACACTAT--C--TATTAAC-------ACA--TAT----C------T--GTCTT------T----TCGCAAAGCAG-AACTA-GGCCTAT----CAAACA----C-T------------G----G---------CA-------AATTCA--------------ATAGA-ATAAACAGTGT----------A----C--TG------GACA--A--AT------TATCT------TAGGGATAT-------TAATTAAATATATTTGC--ACATTGGTAATC-ATTTATGTCATACCTTCACaacttacagttttgtatcattttatatagtaacactgtcgtaataatatacataatgacatca
gi|5 : catAAAT-TTGATACATG-TATTTTGTATGCAACA-AGTATAGAAT--ATAAATACG---TGCATGCTTTGGGCACACATAAAAATGGAT-----------T---A-AGTTT-AGT-TCAA---TA------TTTCA-TTCTA----T----TTT-CA---------T---------T--------CCAA-----A--GGACCTTGAAATT------CCATC-AG--CAT----C--A-TT--AAT--T--ATATACTTGCAA------TTCATGACAGTGACAA-ATTTTGTTGTAATATGCAGTAT-AA--TCA----------C--TATGT---------ACATCTGT----A------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTACATGTAT-----TAAATA----T-T------------G----GCAAATTTAATA-------A----GATATATTATGGTGTACCGA-GT------TTT----------ATTTTC--TG------GT-A--A--A-------T---T------TAG----AC-------T-----------TTTGC--ACATTAATCGTaatttttaattttttttttcatataataacactagtgtaataaaatacatagtggcataaa
gi|6 : tttggacccgttg-TTGAGATTTAATATTTCGCATGCAAAACACTA-AGAAT--AT------A---TT----CCTTTGACATAAAGAAAATTAGGCATGA-CATTTTT---T-ATTTT----GTCAA---GG------TT--AGTTCAA----T----GTC-AA--------CT---------T-------TCCAATGCGGA--GGACTTTATAACTAAAATTCCATT-GGAACAAA---C--AATA--TATGCTGTATCTACT-ATTAGCCCTTTTTAA-----T-ACAA-ACTGTATACTAATTTGCTGCAT-AA--ACAAT----AT--A--TATGA---------AGA--TAT----TTC----T--T----------T----TTACATAGCAT-A--TA-T----------CAAATA----
gi|7 : ---T-----CTTCTGACATACATCAAA-TGTGT-TCG-CGATTCT---T-GTTTT-TGTGTCAA---TACATGTATC--AGATTAA----G----TTCACA--------ATAATTTTATAT-------ACTAGTGGG-A--GATAATT------------CCATT-TGAGCCGA---C--A-TT--CAT--GGTAATTACTTGTGG------TTTAT-----C-ACAC-ATTTCGTCCTACTTTGCAGAAC-AG--ACA------TT--A--TGTAA---------ACA--TGT----T------CCAG-----------------ACAAAAGAT-AACTA-A----------TAAA-A----A-A------------G----GTGAATTC--TA-------A----G---------------CCGA-AT------TTT----------G---TC--TGACATTTATCA--A--AA------T---T------TTG----AG-------T-----------TTaaacactgacaaatt
gi|8 : -TTAAGATATAA-ATTTTGCATGCAGGA-GGTATGGAAT--AT------A---TATTT-CTTTCGA-----AAATAAATGGG------------------GTTTG-TATGACAA----A------TTTAAGGTCAACGATG----TTTTCA-------------------T-------ACCAA-----A--GGACCTGA-----------AAATTCAGAAGAGAATTC--A-AG--AAC--TGTATAAACTATTGA------TTTAT-----T-ACAACATT--GTCATAATTTGCAGCAT-AAACACA------AG--G--TATGA---------AGA--TAT----TC-----T--A----------TCCTCTTACAAAGCAGAAACTA-A----------T-AACA----C-C------------acttt
gi|9 : acgcg-----------CCACT-AAAGCTGA---CCAA-TGCGAAT--AATACATACTTGTAA------TTCAT-----T-TGAA-ATCTT-CCTTAATTTGCAGCAT-AC--TTA------CTGCG--TATGA---------------------C------T--G----------T----TTGGATAG-AG-AACTA-A----------TGAACA----A-T------------G----G---------CA-------A----A--------------AC--A-AT------ATTATAAGATATAA--TTC--AA------ACCG--A--AT------T---TCCTCTCTGA----ATAAAACAAA-----------TTTGC--ACATTGATCATTATTTTCCATTAAATTTCTACctaggaaat
blockSeqs : GC T T T C AAT G AT G C C A AA AAATACGTGCATG C G GTGTCATGG AAGT . C TACATGTA TAAGG TGTCAACTTTCCAATGCGGAGGACTTTATAACTAAAATT C ATT CAATGCGA GCTGT AG GCCCTT GACAG G C GTA C A ACA AACACTATC AAAATATTTACTTATGTCTTT T A GGCCTATCAAACACTGGCAAATTCAATAGAATAAACAGTGTACTGGACAAATTATCTTAGGGATATTAATTAAATATA TT C AT
blockSeqs : AA A AT G C . A . ATATTT T G GTGTCACGA TG . C GTTTA TCAT GATCACAATCTGTTCAAACCAAAGAACCTTGAAATT . . AATAT TGC TT . . . . TTG T . A ATGTT ACATATTTCTGTCTGT C . CATGTATTAAATATTGGCAAATTTAATAAGATATATTATGGTGTACCGAGTTTTATTTTCTGGTAAATTTAGACT . C A
blockSeqs : T T G A . A . GCCTT C G GCATGACAT TG . C GG TAT GTTCACAATAATTTTATATACTAGTGGGAGATAATT . . GTAT TGT TG . . . . TTG C . T TTATG ACACATATCTGTCTTT C . ATGAACAATGGCAAAACAATATTATAAGATATAATTCAAACCGAATTTCCTCTCTGAATAAAACAAA . C A
blockSeqs : A A G G . G . ATT C A GTTCGCGA T . C TA AGT GGTCGTGATTTTTACACCAAGTTGAAATTC . . ATAG TGT TT . . . . TTG G . T ATATA AGATATTCTATCCTC T . ATGTATAAGGGCAATCTCGTAAAGTAATTAAGTAGGTCGAATTTCCTCTGAAAACTATAGATT . C T
blockSeqs : . . . . . T C T CTC T . C TT AGT TTTTCATTCCAAAGGACCTTGAAATT . . GCAA GGT TG . . . . TTG C . T CTGCG ACACGCATTTGT C . ATAAAAAAGGTGAATTCTAAGCCGAATTTTGTCTGACATTTATCAAAATTTTGAGT . A A
blockSeqs : . A AT A . C TA AGA CGATGTTTTCATACCAAAGGACCTGA . . ATAG TGT TG . . . . GTA G . T CTG ACATCTGTATGT C . AAAACACTGACCAAATTCATAAAGACCATAGATAGACCCTTTAGATT . C
blockSeqs : . . G T . C GG AA GGCCGTTCTAAATCTCTGAAATT . . AAAA AAT AT . . . . TCG C . T ATG AGATATTTCTTT C . ATAAACACCGGTAAGACCGAATTTACTCTGATCAATGATTTTAGATT . C
blockSeqs : T . . T A TGCCAATTACCAAAGAACTTTG . . ATTA T TG . . . . GT C . A TTA ACATGTTCCAG G . . .
blockSeqs : . . . A . . ATTC T A . . . . TT A . A AGG ACACATTGA C .
blockSeqs : . . AAGA T . . . . . G T . T C CTGT . .
blockSeqCons : ATT************* GTTACG**** ATAA***** TTG CTATG******** ACATATTTCTGTCTGT*******************************
originalCons : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAAT--AT------G---T-----CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTGTCG-CGGTTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G----TTC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--A-TA--AAT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCA------AT--G--TATGA---------ACA--TAT----T------T--G----------T----TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
finalCons : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAAT--ATATT-------------CTTTTGACACACAGAAAAGTGGGTTACG----TTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA----G----TTC-CA--------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---CATAA-----AT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCAT-AA--TCACTATG--------TATGAACATATTTCTGTCTGT-------------------------------TTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TACGTCTTAGCTCTAATAGGTTTTTTCTTGTTTGATTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 4444444444444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 111111 111111 2222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 77 1 5 1 2 7 8 0 1 44 2 6 6 1 9999999999999999 7 0 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 0 666 00000000 66666 2 000000 99999 3 3 55 4 2 111111 2 0 7777777777777777 55555 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1 66 0
lowQualScore : .. . . . . . . . . .. . . . . ................ . . . ..................................................................................................................................... . . ... ........ ..... . ...... ..... . . .. . . ...... . . ................ ..... . . .................................................................................................................................................................................... .. . .. .
lowQualScore : 55 0 5 0 5 3 0 8 0 66 5 7 7 7 4444444444444444 6 2 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 4 444 22222222 99999 0 555555 11111 6 6 33 3 0 888888 0 5 8888888888888888 99999 2 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 77 3
consensus : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAATATA----------T----TCTTTTGACACACAGAAAAGTGG--G--T--C-GC---G-TTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA-G----TTC---CA------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--ATA--AAT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCATAA--T---CACTATGTATGAACA-----T-------ATTTCTGTCTGTTTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
Reference ( family-953 ) : NNNNNNNNNNTTCAAGGATGGCANTTCCTTGTATCCANTCGACAAAT-TTGAGATNTGATATTTTGTATGCAACA-ACTATAGAATATA----------T----TCTTTTGACACACAGAAAAGTGG--G--T--T-AC---G-TTCT---T-ATTTT-TGTGTCAA---TA------TT--AGTTCAA-G----TTC---CA------AT---------T-------ACCAA-----A--GAANCTTG-----------CCATT-AGAGCAGA---C--ATA--AAT--TGTATATACTTGTGA------TTCAT-----T-ACAA-ATTTTGTCCTAATTTGCAGCATAA--T---CACTATGTATGAACA-----T-------ATTTCTGTCTGTTTGCAAAGCAG-AACTA-A----------CAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------ATCA--A--AT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTTGC--ACATTGATCGTT-NTTTCTGTCATACTTCTAC
gi|1 : TTTAAAAATG--AATTCCT-ATATCCAGTAGACA--TGTTGAGAGCTGACGTTTTGTG---AACA-ACTATAGAATATG----------T-----AGTTTGAAACATAGAAAAGTGGATG--C--T-GCCG-G-TCTT---T-ATTTTATGTGT--A---GA------TT--AATTCAA-G----GTCACACACTGTTCAT---------A-------ACTAA-----A--GCGGCTTAAATTT------TCATT-ACAACAGA---C--A----AAT--TGAATACAAATATGA------TTCAT-----T-ACAA-A----------ATTTGCAGCGTAA--T---TACTGTGTATGATTA-----TTGATTACATTTCTGATTGTTTGCAAAGTAG-AACTA-A----------CAAGGAAAATC-CAATGAAACATAAG----G---------T--------A----G--------------ACCGA-AT------TTT----------A--TTC--TG------AT-------GT------T---T--------------T-------T-----------TTAGT--TCATTGAT-GTT-CTTTCTGTCATACTTCT
gi|10 : aaacatatgca---G-TTCTAAGT-ATTTT-TGTGTCAAGTTTA------TT--TATTAAA-G----ATCA--CA------AT---------CTGTTCAAACCAA-----A--GAACCTTGAAATT------CCATT-AGAGCAAA---C--GTA--TCA--TGCATAT-CTAGTGA------TTTAT-----T-GCAA-ATCGTATCCTAATTTGCAACAGAA--A---CAATGTTTATAAACA-----C-------GCATTTGTCTTTTtactgctctagtatcatgtaatagttacactggtgttataaggtactagtacttca
gi|11 : tgtcgta--GAAATTT-------------CATT-TGAACAGA---T--ATA--GGT--T--AAATACTTTTGA------TTCCT-----T-ACAA--TTTTGAATAGATTTGCTAAATA---T---CACT--GCTTGAAAAATATTT-------ACTTATGTCTTTTTGCAAAGTAA-AACTA-T----------CAAACA----C-T------------G----G---------TA-------A----
gi|12 : AATA----CGC------------G----G---------TA-------C-------------------ACCGA-AT------TTC----------G--TTGGATG------AT--------T------T---T------TAG----AT-------A-----------TCTGC--ACGTTGGTCGTT-attcaatgaggtatatctgaattccctctgaaaatt
gi|13 : gcagaactacatgtaataaacattaatcggtaaactcaaaaagaagTGAAAAGCAG-ATCTG-A-----------AAACA----C-T------------G-------------------------------------------ACCAA-AT------TC-----------A--TAA--AG------ACCATAG--ATAGACCCT---T------TAG----AT-------T-----------ATTGC--ACATTGATCATT-ATTTCTGTCACACTTCTAC
gi|14 : --------------ACCAACAT------TTT--------------TC--TG------AC----A--AT------T---T------TAG----AA-------T-----------TTTGA--ACATTCATCGtgctt
gi|15 : tttataaaacagcacatttaaaggctggtaaatttaataagatataagctacCACACAGAAAAGTGG--G--T--G-TCATGG-TTCT---TGGTTTT-TGTGTCAA---GG------TT--A
gi|2 : TTCAAGGATGGCATTTCCTTGTATCTATTCAACAAAT-T-GATATGTGATATTTTGTAT-CAA-A-ACTATAGAATAAA----------TGCCTTCTTTTGGTACACAGAGAAGTGG--G--TGTC-AC---GATTCT---T-GTTTT-TGTTTCAA---TA------TT--AGTTTAA------TGC---CA------AT---------T-------ACCAA-----A--GAACTTTG-----------CC-TT-AGATGAGG---C--GCA--AAT--TGTATCTAGTTGTGA------TTTAT-----T-ACAA-ATGTTGTCCTAAATTGTGGTAGAA--T---TA--ATGTATGAACA-----C-------AT-------TGATTGCAAAGCAG-ACCTA-A----------TAAACA----C-C------------G----G---------TA-------A----G--------------ACCGA-A-------TTT----------A--CTC--TG------ATCA--ATGAT------T---T------TAG----AT-------T-----------TTAGCTTATATTGATCGTT-ATTTCTGTGTCACTTCTAC
gi|3 : aaaaaataacTTTTGTATGCAACA-ACTAT-----------------------TCCTTTGA---ACAGAAAAGTGG--C--T--C--------TTCC---T-ATTCT-TATGT--A---T-------TT--A--TCAG-GGCCGTTC---TA------AA---------T-------CTCT---------GAAATT-------------CCATT-AGAGCAGA---T--ATA--GAT--T----ATACTTTTGA------TTCAT-----T-TCAA-AATTTGTCGAAGTTTTCAACATAA--T---TATTATGTATGAACA-----T-------ATTTCTGTCTGTTTGCTTAGTAG-AACTA-ATGTATAAGGGCAATC-----T-C------------GTAAAG---------TAATTAAGTA----G--------------GTCGA-AT------TTC-------------CTC--TG------A--A--A--AC------T---A------TAG----AT-------T-----------T---------------GTT-TTATCTGTCATACTTCCACc
gi|4 : ---G-CTCT---TGATTTT-TGCGT--G---TT------TT--AA--CAA-G----GTCG--TG------AT---------TTTTAC--ACCAA-----GTTGAAA-TTC-----------CCATC-ATTGCTTG---C--AAA--AGT--TGTATAT--------------TTTAT-----T-GCAG-ATCGT-TCCTAATTTGCAGCATAAATTAAACACTATCTATTAACA-----C-------ATATCTGTCTTTTCGCAAAGCAG-AACTA-GGCCTAT----CAAACA----C-T------------G----G---------CA-------AATTCA--------------ATAGA-ATAAACAGTGT----------A----C--TG------GACA--A--AT------TATCT------TAGGGATAT-------TAATTAAATATATTTGC--ACATTGGTAATC-ATTTATGTCATACCTTCACaacttacagttttgtatcattttatatagtaacactgtcgtaataatatacataatgacatca
gi|5 : catgAAAT-TTGATACATG-TATTTTGTATGCAACA-AGTATAGAATATAAATACGTGCAT----GCTTTGGGCACACATAAAAATGG--A--T--T-AA---G-TT-----T-A------GT-TCAA---TA------TTTCA-TTCTA-T----TTT---CA-------T---------T--------CCAA-----A--GGACCTTGAAATT------CCATC-AG--CAT----C--ATT--AAT--T--ATATACTTGCAA------TTCATGACAGTGACAA-ATTTTGTTGTAATATGCAGTATAA--T---CACTATGT----ACA----------------TCTGTATGTTTGCAAAGCAG-AACTACATGTAT-----TAAATA----T-T------------G----GCAAATTTAATA-------A----GATATATTATGGTGTACCGA-GT------TTT----------ATTTTC--TG------GT-A--A--A-------T---T------TAG----AC-------T-----------TTTGC--ACATTAATCGTaatttttaattttttttttcatataataacactagtgtaataaaatacatagtggcataaa
gi|6 : tttggacccgttg-TTGAGATTTAATATTTCGCATGCAAAACACTA-AGAATATA----------T----TCCTTTGACATAAAGAAAATTAG--GCAT--G-AC---ATTTTT---T-ATTT----TGTCAA---GG------TT--AGTTCAA-T----GTC---AA------CT---------T-------TCCAATGCGGA--GGACTTTATAACTAAAATTCCATT-GGAACAAA---CA-ATA--TATGCTGTATCTAC-TATTAGCCCTTTTTAA-----T-ACAA-ACTGTATACTAATTTGCTGCATAA--A---CAATATATATGAAGA-----T-------ATTTCT-T---TTTACATAGCAT-A--TA-T----------CAAATA----
gi|7 : ----TCTTCTGACATACATCAAA-TGT--G--T--TCGC---GATTCT---T-GTTTT-TGTGTCAA---TACATGTATC--AGATTAA-G----TTCA--CA------ATAATTTTATAT-------ACTAGTGGG-A--GATAATT------------CCATT-TGAGCCGA---C--ATT--CAT--GGTAATTACTTGTGG------TTTAT-----C-ACAC-ATTTCGTCCTACTTTGCAGAACAG--A---CATTATGTA--AACA-----T-------GTTCCAG-------ACAAAAGAT-AACTA-A----------TAAA-A----A-A------------G----GTGAATTC--TA-------A----G---------------CCGA-AT------TTT----------G---TC--TGACATTTATCA--A--AA------T---T------TTG----AG-------T-----------TTaaacactgacaaatt
gi|8 : -TTAAGATATAA-ATTTTGCATGCAGGA-GGTATGGAATATATAT-------T----TCTTTCGA-----AAATAAATGG--G-----------------------GTTTG-TATGACAA----A------TTTAAGGTCAACGATGTTTT---CA-----------------T-------ACCAA-----A--GGACCTGA-----------AAATTCAGAAGAGAATTC--AAG--AAC--TGTATAAACTATTGA------TTTAT-----T-ACAACA--TTGTCATAATTTGCAGCATAA--A---CACAAGGTATGAAGA-----T-------A-TTCTATCCTCTTACAAAGCAGAAACTA-A----------T-AACA----C-C------------acttt
gi|9 : acgcg-----------CCACT-AAAGCTGA---CCAATGCGAAT--AATACATACTTGTAA------TTCAT-----T-TGAA-ATCTT-CCTTAATTTGCAGCATAC--T---TACTGCGTATGA------------------------CTGTTTGGATAG-AG-AACTA-A----------TGAACA----A-T------------G----G---------CA-------A----A--------------AC--A-AT------ATTATAAGATATAA--TTC--AA------ACCG--A--AT------T---TCCTCTCTGA----ATAAAACAAA-----------TTTGC--ACATTGATCATTATTTTCCATTAAATTTCTACctaggaaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TACGTCTTAGCTCTAATAGGTTTTTTCTTGTTTGATTTTTTTT