lowQualScore : 1111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 555555 0000000000000000000000 22 111 1 77777777777777777777 33333333333333 44444444 2222 11 111 3333333333333333333333 33333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111 1111 111 1111111 1111111111111111 2222222222222 222222222222 2222222222222222 111111111
lowQualScore : 0 5 2 2 777777 2222222222222222222222 77 111 1 2 77777777777777777777 99 4 6 00000000000000 88 8 11111111 1111 22 6 111 6 6 6 6 4444444444444444444444 1 33333333 99 2 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 2 2 888 5 0 1 5 66 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 1 1 888 22222 5 3 7777 11 5 4 5 4 333 6666666 7777777777777777 3333333333333 666 99999 999999999999 555 555 3 3 2222222222222222 2 66666 33 66 444444444 66666 33 33 33 555 3
lowQualScore : . . . . ...... ...................... .. ... . . .................... .. . . .............. .. . ........ .... .. . ... . . . . ...................... . ........ .. . . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . ... . . . . .. ....................................................................... . . . ... ..... . . .... .. . . . . ... ....... ................ ............. ... ..... ............ ... ... . . ................ . ..... .. .. ......... ..... .. .. .. ... .
lowQualScore : 5 5 5 5 555555 0000000000000000000000 33 777 0 2 88888888888888888888 22 0 7 88888888888888 88 0 22222222 5555 00 3 777 7 7 7 7 2222222222222222222222 0 55555555 22 2 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 9 1 000 7 0 1 0 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 7 333 66666 7 6 0000 44 0 0 0 2 000 5555555 5555555555555555 3333333333333 444 11111 333333333333 444 444 1 1 8888888888888888 9 77777 77 33 666666666 22222 44 44 99 000 1
consensus : TTNAGATAANANTGCAATGCAAAATATTCTGNNCCGGAGGACAAA-AGGTATATTGACTAA---GTCGGTAAACAGGAAGT-----CGANGT--GTCGGACAGGTCTG--AANTC-GGTA----AGCGC-GATA-TGGGACC-CCT-----ACTGATGAAGTG-ATATANCAAATATCA---AG-TGGC-T-GC-G-A-TANG--TAGTTTC--AGAGAAAAGTGCGA--C-----AAAA--TNT-GCGCTAT---C-ANAATA-NCGCT--GAAAATATT-------NCA-------AAGTCGG--NA---AACAGGAA-NTAG-GTGTCGGANAGGTCTGAA--NTCGGTAA-CACGAT--A--GGG--ACC-CC-T--T-----GATGAA-GT---NAT--ATACCAAATGTCAA----GTGGCT-GTGAT-A---T-G-C--A-TTT-CNGA-GAAAAATGC-GAC--GAAAAAATAT----------T-T-----GTT----T---CAC---GTTGGA--------AAAATN-TTGA--CTAAGT-CG------G-TA--------AACA-GGAAGTNGAC--ATG-CGAA-AGGT-CTG--AA------TTC-GGTA----AGCG---C-GG-T-A-T-GGGACC---CCT-----ACTGATGAAG--T----ATATACCAAATAT---CAA-GTGGCT-GTGAT---ATGCGGTTT-CNGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATATTTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-TA-T-------A------C-C-----CCC--CC--CCCCC--------TC-----CT--TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
Reference ( gi|2 ) : TTGAGATAACAGTGTGATG-AAAATATT-TGATTTGG----CAAATGGGTATATTGATGAA---GTCGGTTAACAGGAAGT-----TGAAGA--GT--GAAAGGTCTG--AATTC-GGTA----AGCGG-GGTA-TGGGACC-CCT-----A--GATGAAGTA-ATATAAAAAATGTCA---AG-TGGC-T-GT-G-A-TACA--CAGTTTC--AGTTAAAAATGTGA--C-----AAAA--TAT-G----AT---C-ACAATA-CGACC--AAAAATATT-------GAA-------AAGTCGG--GC---AACAGGAA-TTGGCATGT--GAAAGGTCTTAA--TTCGGTAAGCACGGT--A--GGG--ACC-CC-T--T-----GATGAA-GT---CAT--ACACCAAATATCAA----TTGGCT-GTGAT-A---T-G-C--A-TTT-CAGA-GAGAAGTGC-GAC--GAAAAAATAT----------T-T-----ATT----T---CAC---ATTGGA--GACTCCAAAATT-TTAAG-CTAAGT-CG------T-TT--------AACA-G-AAGTTGAC--ATG-CGAA-AGGT-CTG--AA------TTC-GGTA----AGCG---C-G--T-A-T-GGGACC---CCT-----A--GATGAAG--T---CATACACCAAATAT---CAA-TTGGCT-GTGAT---ATGCAGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATATTTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-TA-T-------A------C-C-----CCC--CC--CCCCT--------TC-----CT--TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|1 : TTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATT-TGTTCCGGAGGACAAA-AGGTAAATTGATTAATCCATC--TTAACAGATAGTACATGCGATGA--GT--C----GTGTG--GATTA-GGTA----AGCGG---TA-TGG-ACC-CCT-----A--AATGAAGTA--TATACCAAATATCA---AG-TG-C-T-GTTGCA-TACG--TAGTTTC--AAAGAAAAGTACAA--G-----AAAA--TATTG----ATTCCC-ACAATATCGACT--AAAAA-AT----------A-------ATGTCAGAGGC---AACAGGAG-T------------AAGGTCTGAA--TTCAGTAAG-GCAGTTTA--TGG--ACC-CC-T--A-----AATGAATAT---TAT--ACA--AAATGACAA----G-GGCT--TG-T-A---TTG-CCGA-GTT-CAGA-GAAAA-TGC-GAC--GAAAATACATGTTACATGTGT-T-----GTT----T---C--------GGACGGATTATGGAATTATTGA--CTAAGC-CG------GATT--------AACA-GGAAGTTAACCAAAG-C-AA-AGAT-CTG--GA------TTC-GG-A----AGC----C-GGTT-A-T-AGGACA---CC------A--GATGAAG--T----ATATACCAAATAT---CAAATTGGCT-GTAAT-----GCAGTTT-CATAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAA
gi|5 : gactcgaatagattgaactaatcggtaacaaggaagtcacaagtgaaaaaactgaattcgcgtaatgcgctatgctgggacatctaatgaagtatagtataccaaatatcaagtggcggcgatatggcagctTTAAAATAACACTG----G-AAAATATTCTAAGTCG------AAA-----ATATTCA---A---GTCGGA-AACAGGAAGT--------AGATTGTCGGACAGGTCTG--AAATC-GGAT----CCCAC-GATA-TGGGACC-ACC-----ACTGATGa
gi|28 : aaatcggtaaacaggaagtaggtgtcggacaggtctgaaatcggatcccacgataatgggaccacctgctgatgatggatatcaaaggtcatgaggctacgataaaattaattgctgagtaaagtgttaatgaaaatttgcgctaTATTGACTAA---GTCGGATAACAGGAAGT-----TAA
gi|5 : ttgtttcagacggaatAA---ATCGGTAAACAGGAAGT-------AGGT--GTCGGACAGGTCTG--AAATC-GGAT----CCCAC-GATAATGGGACCACCT-----GCTGATGATG-G-ATATCAAAG--GTCA---TG-AGGC-T-AC-G-A-TAAAATTAATTGCTGAGT--AAAGTGTTAATG-----AAAA--TTT-GCGCTAT---T-AAAATA-ACACTG-GAAAATATTCTAAGTCGAAAATATTCAAGTCGG--A----AACAGGAA-GTAGATTGTCGGACAGGTCTGAA--ATCGGATCCCACGAT--AT-GGG--ACCACCAC--T-----GATGc
gi|7 : AA---ATCGGTAAACAGGAAGT-------AGGT--GTCGGACAGGTCTG--AAATC-GG
gi|6 : aaaggtcatgaggctacgataattaattgctgagtaaagtgttacaaaatttgcgctattaagaataacacctggaaaatattccA---GTCAGTAAACAGGAAGT-----TGACAT--GT--GTAAATTCTG--AATTC-AATA----AGCAC-GGTA-TGGGGCC-CCT-----T--TATGAAGTG-ATATACCAAATATCA---AG-TGGG-T-GT-A-A-TATG--CAGTTTC--AGAGAAAAATGCGA--TG----AAAA--TAT-atcccacgat
gi|9 : AAGTCTGGGAATTCCAGTATTAAAGCGGTAATA--GGGACC-CCTTCTAAA--GATGAAGTATTTATAACCAAT-CCA---AG-T-GC-TAGT-G-ATTATG--TCTTTTC--AGATAAGAATTGGA--CTGAAAAAAA--TAT-ctattttggatggacggatgtaaaacagtatacccccctccccccctccttcagagcg
gi|3 : AAATATCAGACAGCTGGCCT-GT-G---------TGGTTCC--TGAGAAAAATGTGA--C-----AGAAATTGT-G-----T---C-----TA-TTGTT--AAAAATATT-------TCT-------AAGTTGC--GTCCAAACAGGAAGTTGACATGC--GCA-GATTGGAAACTGCATTA--CACGAT--A--CAGTTGTC-CA-TACT-----GATGC---T---C-T--GTGCCAAATATCAGGAAGCTGGCT-----T-G---T-G----G-TTC-CTGA-GAAAAATGT-GAC--AGAAA----T----------T-T-----GTC--------CAT---GTTA----------AAAATA-TT----CTAAGTTCG------T-CA--------AACA-G-AAGTTGAC--ATG-CGGC-AGAT-TGG--AAAAC---TGC-GTTA----CACGATACAG--T-A-T-G---TC---CAT-----ACTGATG--C--T---C-TGTGCCAAATATA--CAG-GAAGCT-GGGTT---ATGTGGTTT-CTGAGAA-AAATG--TGAC----AGCAAAAT-TTTG-Tttgtttttggac
gi|7 : AAAGGTCA---TG-AGGC-T-AC-G-A-TAAT--TAATTGCTGAGT--AAAGTGTTA--C-----AAAA--TTT-GCGCTAT---TAAGAATA-ACACCTGGAAAATATT-------CCA-------AA-TCGG--TA---AACAGGAA-GTAG-GTGTCGGACAGGTCTGAA--ATCGGgacccgacgcc
gi|5 : -------AAATCGG--TA---AACAGGAA-GTAG-GTGTCGGACAGGTCTGAA--ATCGGATCCCACGAT--AATGGG--ACC-AC-C--T-----GCTGA---T---GATGGATATCAAAGGTCAT----GAGGCT-ACGAT-AAAAT-T-A--A-TTG-CTGA-GTAAAGTGTTAAT--GAAAA----T----------T-TGCGCTATTAAAAT---AAC---ACTGGA---------AAATA-TT----CTAAGT-CGAAAATAT-TCAAGTCGGAAACAGG-AAGTAGAT---TGTCGGACAGGT-CTG--AA------ATC-GGAT----CCCA---C-GA-T-A-T-GGGACC---ACC-----ACTGATGatcccacgat
gi|6 : AGTCAG--TA---AACAGGAAGTTGACATGT--GTAAATTCTGAA--TTCAATAAGCACGGT--AT-GGG--GCC-CC-T--T-----TATGAA-GT---GAT--ATACCAAATATCAA----GTGGGT-GTAAT-A---T-G-C--AGTTT-CAGA-GAAAAATGC-GAT--G--AAAATAT----------C-T-----ATT----T---
gi|9 : GTATTAA--AGCGGTAA------T--A--GGG--ACC-CC-T--TCTAAAGATGAA-GTATTTAT--A-ACCAA-T-CCAA----GTG-CTAGTGATTA---T-GTC--T-TTT-CAGATAAGAATTG--GACTGAAAAAAATAT----------T-T-----GTT----T----------TTGGA--tggatggacggatgtaaaacagtatacccccctccccccctccttcagagcg
gi|4 : aagtctgggaattccaGACT-GTGGT-AAA-T-A-T--A-GTTGCTGA-GAAATATAT-GAC--GAAAAA-TGT----------TGT-----AGA----GGAGCACTGTATTGGA--------AAAATT-CCAAGTCC---T-CG------G-CA--------AACA-GGAAGTAGAT--ATC-TGAA-AGATTCTA--AAAATACATCC-TACA----A-----------T-A-T----ATCTTGCCT-----A--TATAAAGCTT---GATGCA--AAATATGAGCAG-TT---C-GTGAT---ATATGGTTG-CTATGAT-TTATG--TGAA----G--AAAAGGT--G-----A----GACGGAA----TGA----CG---G-----AAA---GTG---T--AAAA---C---A-G-TA---------A------C-C-----CCC--TC--CCCCT---------C-----CT--TC--GG--AGCG---GGG-GTAc
gi|5 : aatgntaaaaAAAT-CG------G-TA--------AACA-GGAAGTAGGT--GTC-GGAC-AGGT-CTG--AA------ATC-GGAT----CCCA---C-GA-TAA-T-GGGACCA--CCT-----GCTGATGATG--------GATATCAAAGGT---CAT-GAGGCT-ACGATAAAAT-TAATTG-CTGAGTA-AAGTGT-TAAT----G--AAAAT
gi|6 : AGT-CA------G-TA--------AACA-GGAAGTTGAC--ATG-TGTA-AATT-CTG--AA------TTC-AATA----AGCA---C-GG-T-A-T-GGGGCC---CCT-----T--TATGAAG--T---GATATACCAAATAT---CAA-GTGGGT-GTAAT---ATGCAGTTT-CAGAGAA-AAATG--CGAT----G--AAAATATCTA-TTTTG----GATGG------------ACG---G-----AT------G---T--AAAA---C---A-G-TA-T-------A------C-C-----CCCCTCC--CCCCC--------TC-----CT--TC--AG--AGCG---ttgcgctattaaaataacactggaaaatattctaagtcgaaaatattcaagtcggaaacaggaagtagattgtcggacaggtctgaaatcggatcccacgatatgggaccaccactgatg
gi|16 : --------AACA-G-GAGTTGAC--ATG-CGAGCAGAT-TGG--AA------TGC-TGTA----
gi|9 : gtca-AAGT-CTGGGAA------TTCCAGTATTAAAGCG-----G--T-AATAGGGACC---CCTTCTAAA--GATGAAG--TATTTATA-ACCAA-T-C---CAA-GTG-CTAGTGATT--ATGTCTTTT-CAGATAA-GAATT--GGACTGAAA--AAAATATTTGTTTTTG----GACtcacaatcaagttacaccataacggctgctctgtgcc
gi|12 : AA-TTGCCT-G--AT----TGCAGGTT-CAGAGAACAAGTGGCCGACT---G--AAAATATT-G-TTCGGCGAAGACGACC----CGG---ACG---G-----ACA---G-AGGTT--AAAA---C---A---TA-T-------A------C-C-----CCC--CC--CCCC---------TC-----CT--TC--
gi|13 : aataccatgtT---ATAAAGTTTGCTGAGAA-AA-TA--TTAC----G--AAAA-----G-TGTGA----GGCAAAC----GGG----CGAATG-----ACA---A-T---G--AAAA---C---A-G-TT-TCC-----A------C-C-----CCC--CCA-CCCCC--------TC-----CTAAT---GG--AGCG---GGC-GTAT
gi|21 : TG----GACGGAA----TGATGGATG---G-----ACA---G-G---TGTAAAA---C---A-G-TA---------A------C-C-----CCC--CC--CCCCC--------CC-----CT--NC--aata
gi|14 : cagaTG----GACGGAATGACGGATG-ACG---GCGTGGACAAG-G-G---TGAAAAA---C---A-G-TA-T-------ATA----C-CAGTTGCCC--TC--CCTCT--------TC------T--TC--GG--AGCAAGCGGG-ATAT
gi|19 : gTG----GGAGGTG----GGG---ACG---A-----ACA---G-G--------AT---T---A-T-TA-T-------A------A-C-----CCC--CC--CCCCC--------CA-----CT--TC--CGCTCGCG---GGG-GTATata
gi|23 : gcagaA----AGA---ACA---G-----ACA---G-GGG-T--AATA---C---A-G-TA-T-------A------A-C-----ACC-------------------TC-----CT--TC--GG--AGCG---GGG-aa
gi|11 : ----GGA---ACA---G-----AC------G---T--AAAA---C---A-GGTAAT-------C------C-C-----CCC--CC--CCCCTCCTTCCTCTC-----CT--TC--GG--AGCG---GGG-GTATcttatat
gi|18 : A---ACG---G-----ACA---G-GATTT--AAAAATAC---A-G-CG-TTCGTACCA------C-C-----TCC--CC--CCACC--------TC-----CT--TCGAGG--AGCG---GGGAGTATaataattagtttaatgatctgaaccaaaaagatttcaaatgtaattcagaactgctaatataagaac
gi|22 : ---G-----ACACGCG-G---T--AAAA---C---AAG-TAAT-------A------C-C-----CC--------------------TC-----CG--TC--GG--AGCG---CGG-GTATaaa
gi|25 : ggac--AAAA---CCCCA-G-TA-T-------AACCCCCC-C-----CCC--CC--CCCCC--------CC-----CT--TC--AG--AGCG---GGG-GTATaatta
gi|17 : AAA---C---A-G-T--T-------A------TGC-----CCC--CC--CCCCC--------TC-----CT--TT--GG--AGC----GGG-GTATa
gi|30 : aagtatccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-------A------C-C-----CCC--CCACCCCCT--------CCTCACTCT--TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|32 : a-----CCC--CC--CCCCC--------TC-----CT--TT--GG--AGCA---GGG-GTATaa
gi|15 : CCCC--------TC-----CT--TC--GG--AGCG---GGG-GTATaaaa
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TCGTAAATGCGGTTCAACAGAGTTGTACACGGCAGTTGGACTGTGTTACAACGTTACAGTTTGTCCATATGATGTCGTGCATTCAGGAGTGTGGCCTATCGTGGTTTTCTGAGAAATGTGACAAGAAATTTCTGTG
Unaligned ( gi|10 ): GAAAAACCTAAATTAGTTTCAATAGTCAAAAAAATTATTAAGTTTGTCAACAAAAGGAAGTGGATCATGTTGTGTGCAGATATGGTATAAACTGTGATTAACAGTATCTCCGTACTGAAGGTAACTCTGTG
Unaligned ( gi|20 ): CAAATCAAAAGCCTGGCTTATGTGGTTTTCTGAGAAAATGTGACAGATACCATTTTGTTGACGCCGACG
Unaligned ( gi|24 ): CTGGCTTATGTGGTTTCTGAGAAAAACATGAGAGAAAAATTTTGTGACGCCGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGTTTCTGAGAAAAATGTTTGACACACGATTTTGTGAACGCCGACGACGC
Unaligned ( gi|27 ): TGGTTTCTGAAAAAAATGTGACAGAAGAGTTTGTGACGCCGTCGACGA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGAAAAATGTGACAGAAAATTTGGTGACTCTGACGACGACGACGC
Unaligned ( gi|31 ): AGAAAAATGTGACATAAAATTTTGTGACACCGATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 2222 2 11 2222 4444444444444444444 1 1 1111111 1 333 22222 11111 1111111 33333333333333 222222222 111 55555555555555555555555555 222222222222 111111 11111 11 11 22222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111111 111111 1 111 22222222222 111 111 333333 111111 1111 1111 33333333333333 111111111111 222222222222 1111111111111111 111111
lowQualScore : 1 5 1 1 5 0 22 3333 0 7 44 8888 2 4 6666666666666666666 00 1 0 0 5555555 2 0 666 3 66666 1 2 2 99 2 66666 6 1 4 2 3333333 1 00000000000000 222222222 111 44 22222222222222222222222222 1 444444444444 99 1 6 555555 33333 999 888 2 44 44 8 99999999999999999 8 1 6 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 000 55 66666666 666666 1 1 77 2 0 5 77 000 5 66666666666 77 5 5 333 000 777777 0 999999 5 77 3333 77777 5 1 4 1 4 8 66 3333 66 22 00000000000000 5 8888 333333333333 555 88888 444444444444 555 555 2 2 2 7777777777777777 2 66666 33 5 88888888 000000 33 33 444 2
lowQualScore : . . . . . . .. .... . . .. .... . . ................... .. . . . ....... . . ... . ..... . . . .. . ..... . . . . ....... . .............. ......... ... .. .......................... . ............ .. . . ...... ..... ... ... . .. .. . ................. . . . .. ................................................... . ... .. ........ ...... . . .. . . . .. ... . ........... .. . . ... ... ...... . ...... . .. .... ..... . . . . . . .. .... .. .. .............. . .... ............ ... ..... ............ ... ... . . . ................ . ..... .. . ........ ...... .. .. ... .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 0 00 5555 0 7 00 0000 5 0 8888888888888888888 55 0 0 0 5555555 5 0 888 2 00000 0 2 2 22 5 33333 7 5 0 5 7777777 0 88888888888888 555555555 777 33 22222222222222222222222222 0 888888888888 22 0 7 888888 22222 222 666 5 22 44 0 00000000000000000 0 0 8 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 99 99999999 444444 4 0 99 2 4 7 99 000 7 44444444444 99 7 7 000 000 333333 7 999999 0 22 1111 66666 0 1 4 0 4 2 11 9999 11 11 88888888888888 0 5555 999999999999 888 33333 555555555555 000 000 9 9 9 3333333333333333 7 22222 44 0 55555555 000000 22 77 777 9
consensus : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATT-TGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGA-TTAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGGAAAGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATA-CG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCG--A--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AATATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGANAG--GTCTGAANTCG-G-TNA-CGCGGT--A-CGGAC-C-CC-TTAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCT-G-TG-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAAGT-C---GG-TNAA------CAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--T-A-T-GGGACC---CCTA-T---GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
Reference ( family-94 ) : TTNAGATAANANTGCAATGCAAAATATTCTGNNCCGGAGGACAAA-AGGTATATTGA-CTAA---GTCGGTAAACAGGAAGT-----CG-ANGTGTCGGACAGGTCTGAANTCG-GTAA-GCGCGAT-A-TGGGACC-CCTACTGATGAAGTG--ATATANCAAATATCAAGTG--GCTGCGATA-NG--TAG-TTTCAGAGAAAAGTGCG--A--CAAAATNTGCGCT----ATCAN-AATANCG-CT--GAA---AATATTNCA--------------AAGTCG-GN--AAACAGGAANTAG-G-TGT-CGGANAG--GTCTGAANTCG-G-TAA-CACGAT--A-GGGAC-C-CC-TTGATGAAGTNATATACCAAATGTCAAGTGGCT-G-TG-ATA--TGC--A-TTT-CNGAGAAAAATGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATNTTGA-CTAAGT-C---GG-TAAA------CAGGAAGTNGAC--ATGCGAAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--T-A-T-GGGACC---CCTACT---GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CNGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|1 : TAGATTGAACTAA----TCGGTAACAAGGAAGT-----CACAAGTG----AAAAAACTGAATTCGCGTAATGCGCTAT-GCTGGGACA-TCTA---ATGAAGTATAGTATACCAAATATCAAGTG--GCGGCGATATGG--CAGCTTTCAGA-AAAAGTACAATA--CAAAATATTTGTTCCGGAGGAC-AAAA--G-GT--AAATTGATTAATCCA-----------------TC---T--TAACAGATAGTAC-A-TG--CGATGAGTCGTGTGGATTAG-G-TAA--GCGGT--A-TGGAC-C-CC-TAAATGAAGT-ATATACCAAATATCAAGT-GCT-GTTGCATA--CGT--AGTTT-CAAAGAAAAGT---ACAAGAAAATA-----------TTGAT-T-------C--CC-----------------ACAATATCGA-CTAAA----------AAATAATGTCAG--AGGCAAC--AGGAGTAAGGT-CTG--AA---TTC-AGTA--AG---G---CAGTTT-A-T--GGACC---CCTA-----AATGAA-T-ATT--ATACAAAATGA-CAAG--GGCT----TG-T-ATTGCCGAGTT-CAGAGAA-AA-TG--CGAC----G--AAAATACATGTTACATGTGTTG-TTTCG----GACGGA
gi|1 : gactcgaaTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATT-TGTTCCGGAGGACAAA-AGGTAAATTGA-TTAATCCATC--TTAACAGATAGTACATGCG-ATGAGTCG------TGTGGATTAG-GTAA-GCG--GT-A-TGG-ACC-CCTA--AATGAAGT---ATATACCAAATATCAAGTGCTGTTGC-ATA-CG--TAG-TTTCAAAGAAAAGTACA--A--GAAAATATTGATT----CCCAC-AATATCGACT--AAA---AA-AT---A--------------ATGTCA-G-------AGGCAACAG-G-AGT-----AAG--GTCTGAATTCA-G-TAA-GGCAGTTTA-TGGAC-C-CC-TAAATGAA-TATTATACAAAATGACAAG-GGCTTG-T--AT---TGCCGA-GTT-CAGAGAAAA-TGCGACGAAAATACATGTTACATGTGTTGTT-T-------CGGAC---GGATTATG------GAATTATTGA-CTAAGC-C---GGATTAA------CAGGAAGTTAACCAAAGC-AAAGAT-CTG--GA---TTC-GG-A--AGC------CGG--TTA-T-AGGACA---CC-A-----GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAATTGGCT-G--TA---A-TG-CAGTTT-CATAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAAttatggaattattgactaagccggattaacaggaagttaaccaaagcaaagatctggattcggaagccggttataggacaccagatgaagtatataccaaatatcaaattggctgtaatgcagtttcatagaaaagtgcgacgaaaaa
gi|11 : gactcgaatagattgaactaatcggtaacaaggaagtcacaagtgaaaaaactgaattcgcgtaatgcgctatgctgggacatctaatgaagtatagtataccaaatatcaagtggcggcgatatggcagct----GGA---ACA---G-----AC------G---T--AAAA---C---A-GGT-AAT-------C------C-CC-----CC--CC-CCCCTCCTTCCTCTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATa
gi|12 : AATAC-CATG-TAATT-GCCTGAT---TG-CAGGTT-CAGAGAACAAGTGGCCGACT---G--AAAATAT------------T-G-TTCGGCGAAGACGACC----CGG---ACG---G-----ACA---G-AGGTT--AAAA---C---A---T-A-T-------A------C-CC-----C---CC-CCCC--------CTCCT------TC--aataattagtttaatgatctgaaccaaaaagatttcaaatgtaattcagaactgctaatataagaac
gi|13 : GTTTGCTGAGAA-AA-TA--TTAC----G--AAAA-----------------G-TGTGA----GGCAAAC----GGG----CGAATG-----ACA---A-T---G--AAAA---C---A-G-T-T-TCC-----A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTAA----T---GG--AGCG---GGC-GTAT
gi|14 : tataaaTG----GACGGAATGACGGATG-ACG---GCGTGGACAAG-G-G---TGAAAAA---C---A-G-T-A-T-------A------TACCAGTTGCC--CT-CCCT--------CTTCT------TC--GG--AGCAAGCGGG-ATATaata
gi|15 : gCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATata
gi|17 : AAA---C---A-G-TTA-T-------G------C-CC-----CC--CC-CC-C--------CTCCT------TT--GG--AGC----GGG-GTATaaaaattttaactcgcaaaaataaatgattttacaatgtaaatgcaactacactgtcaagaac
gi|18 : aagtatccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---ACG---G-----ACA---G-GATTT--AAAAATAC---A-G-C-G-TTCGTACCA------C-CT-----CC--CC-CCAC--------CTCCT------TCGAGG--AGCG---GGGAGTAT
gi|19 : TG----GGAGGTG----GGG---ACG---A-----ACA---G-G--------AT---T---A-T-T-A-T-------A------A-CC-----CC--CC-CCCC--------CCACT------TC--CGCTCGCG---GGG-GTATaaa
gi|2 : gcagaTTGAGATAACAGTGTGATG-AAAATATT-TGATTTGG----CAAATGGGTATATTGA-TGAA---GTCGGTTAACAGGAAGT-----TG-AAGAGT--GAAAGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGGGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--ATATAAAAAATGTCAAGTG--GCTGTGATA-CA--CAG-TTTCAGTTAAAAATGTG--A--CAAAATATG--------ATCAC-AATACGA-CC--AAA---AATATTGAA--------------AAGTCG-GG--CAACAGGAATTGGCA-TGT---GAAAG--GTCTTAATTCG-G-TAAGCACGGT--A-GGGAC-C-CC-TTGATGAAGTCATACACCAAATATCAATTGGCT-G-TG-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAGAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTATT-T-------C--AC---A--TTGGAGACTCCAAAATTTTAAGCTAAGT-C---GT-TTAA------CAG-AAGTTGAC--ATGCGAAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CG---T-A-T-GGGACC---CCTA-----GATGAAGTCA-T--ACACCAAATAT-CAAT-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------TTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATaa
gi|21 : TG----GACGGAA----TGATGGATG---G-----ACA---G-G---TGTAAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------NC--
gi|22 : caga---G-----ACACGCG-G---T--AAAA---C---AAG-T-AAT-------A------C-CC-----C-------------------TCCG------TC--GG--AGCG---CGG-GTAT
gi|23 : ggacA----AGA---ACA---G-----ACA---G-GGG-T--AATA---C---A-G-T-A-T-------A------A-CA-----CC------------------TCCT------TC--GG--AGCG---GGG-aatta
gi|25 : --AAAA---CCCCA-G-T-A-T-------AACCCCCC-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------TC--AG--AGCG---GGG-GTATcttatat
gi|28 : ----------TTGTT-T-------C--A----G--ACGGA------AT--TATTGA-CTAAGT-C---GG-ATAA------CAGGAAGTTAAC--a
gi|3 : AAATATCAGACA--GCTGGCCTG-TG--TGG-TTCCTGAGAAAAATGTG--A--CAGAAATTGTG-------TC-----TATTG-TT--AAA---AATATTTCT--------------AAGTTGCGTCCAAACAGGAAGTTG-A-CATGCG--CAG--ATTGGAAACTGCA-TTA-CACGAT--A-CAGTTGT-CC-ATACTGATGCTCTGTGCCAAATATCAGGAAGCT-G-GC-TTG--TG---G-TTC-CTGAGAAAAATGTGACAGAAA----T----------TTGTC---------C--AT---G--TT--A------AAAATATT---CTAAGTTC---GT-CAAA------CAG-AAGTTGAC--ATGCGGCAGAT-TGG--AAAACTGC-GTTA--CAC--GATACAG--T-A-T-G---TC---CATACT---GATGC--T-C-T--GTGCCAAATATACAGG-AAGCT-G--GGTT-A-TG-TGGTTT-CTGAGAA-AAATG--TGAC----AGCAAAAT-T------------TTG-T
gi|30 : -------A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTCACTCTTC--GG--AGCG---GGG-GTATgacccgacgcc
gi|32 : aC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TT--GG--AGCA---GGG-GTATaa
gi|4 : AATGNTAAAAGACT-G-TG-GTAAATAT--A-GTTGCTGAGAAATATATGACGAAAAA---------------TGTTGTAGAGGAGC--ACTGTA--TTGGA------AAAATT-----CCAAGT-CCTCGG-CAAA------CAGGAAGTAGAT--ATCTGAAAGATTCTA--AA-------AATAC-ATCCTA---CAA--T-A-T----ATCTTGCCTAT-----ATAAAGC-T-TG-ATGCAAAATAT--GAG-CAGTTCG--TGAT-A-TA-TGGTTG-CTATGAT-TTATG--TGAA----G--AAAAGGT--------------G-----A----GACGGAA----TGA----CG---G-----AAA---GTG---T--AAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--TC-CCC---------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAaaaa
gi|5 : AA---ATCGGTAAACAGGAAGT--------AGGTGTCGGACAGGTCTGAAATCG-GATC-CCACGATAA-TGGGACCACCTGCTGATGA--TG--G-ATATCAAAGGTCATGAG--GCTACGATA-AAATTAA-TTGCTGAGTAAAGTGTT--AATGAAAATTTGCGCT----ATTAA-AATAACA-CTG-GAA---AATATTCTAAGTCGAAAATATTCAAGTCG-G---AAACAGGAAGTAG-ATTGT-CGGACAG--GTCTGAAATCG-GATCC-CACGAT--ATGGGAC-CACCACTGATG
gi|6 : AGT-C---AG-TAAA------CAGGAAGTTGAC--ATGTGTAAATT-CTG--AA---TTC-AATA--AGC--A---CGG--T-A-T-GGGGCC---CCT--T---TATGAAGTGA-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGGT-G--TAAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAATG--CGAT----G--AAAATAT------------CTA-TTTTG----GATGG------------ACG---G-----AT------G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CCCTCC-CCCC--------CTCCT------TC--AG--AGCG---
gi|7 : AAAGGTCATGAG--GCTACGATA-AT--TAA-TTGCTGAGTAAAGTGTT--A--CAAAATTTGCGCT----ATTAAGAATAACA-CCTGGAA---AATATTCCA--------------AA-TCG-GT--AAACAGGAAGTAG-G-TGT-CGGACAG--GTCTGAAATCG-GATCC-CACGAT--
gi|9 : AAGT-CTGGGAA---TTCCAGTATTAAA--G---CGG--T-AATAGGGACC---CCTTCTAAAGATGAAGT-A-TTTATAACCAAT-C-CAAG-TG-CTAG--TGATTA-TG-TCTTTT-CAGATAA-GAATT--GGACTGAAA--AAAATAT------------TTGTTTTTG----GAC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TCGTAAATGCGGTTCAACAGAGTTGTACACGGCAGTTGGACTGTGTTACAACGTTACAGTTTGTCCATATGATGTCGTGCATTCAGGAGTGTGGCCTATCGTGGTTTTCTGAGAAATGTGACAAGAAATTTCTGTG
Unaligned ( gi|10 ): GAAAAACCTAAATTAGTTTCAATAGTCAAAAAAATTATTAAGTTTGTCAACAAAAGGAAGTGGATCATGTTGTGTGCAGATATGGTATAAACTGTGATTAACAGTATCTCCGTACTGAAGGTAACTCTGTG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAAACAGGAGTTGACATGCGAGCAGATTGGAATGCTGTATCACAATCAAGTTACACCATAACGGCTGCTCTGTGCC
Unaligned ( gi|20 ): CAAATCAAAAGCCTGGCTTATGTGGTTTTCTGAGAAAATGTGACAGATACCATTTTGTTGACGCCGACG
Unaligned ( gi|24 ): CTGGCTTATGTGGTTTCTGAGAAAAACATGAGAGAAAAATTTTGTGACGCCGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGTTTCTGAGAAAAATGTTTGACACACGATTTTGTGAACGCCGACGACGC
Unaligned ( gi|27 ): TGGTTTCTGAAAAAAATGTGACAGAAGAGTTTGTGACGCCGTCGACGA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGAAAAATGTGACAGAAAATTTGGTGACTCTGACGACGACGACGC
Unaligned ( gi|31 ): AGAAAAATGTGACATAAAATTTTGTGACACCGATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222 1 111 44444444444444444 1 11 111 1 222 2222 1111 11 33333333333333333333333333 111 55555555555555555555555555 3333333333333 111 11 11 11 11 22222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 22222222 11111111 111 22222222222 11 111 111 33333333 111111 1111 1111 33333333333333 111111111111 222222222222 1111111111111111 111111
lowQualScore : 1 5 1 5 1 3333 5 1 4 777 2 1 44444444444444444 3 0 0 88 444 2 0 000 3 3333 0 1 6 99 2 9999 6 1 1 2 44 88 1 44444444444444444444444444 111 6 77777777777777777777777777 3 0000000000000 111 1 6 6 1 33 11 22 8 4 2 11 44 99999999999999999 8 1 6 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 555 00000000 5 66666666 4 77 1 0 5 77 000 5 66666666666 33 5 333 000 44444444 0 999999 5 77 3333 77777 5 1 4 4 8 66 3333 66 22 00000000000000 5 8888 333333333333 555 88888 444444444444 555 555 2 2 2 7777777777777777 2 66666 33 5 88888888 000000 33 33 444 2
lowQualScore : . . . . . .... . . . ... . . ................. . . . .. ... . . ... . .... . . . .. . .... . . . . .. .. . .......................... ... . .......................... . ............. ... . . . . .. .. .. . . . .. .. ................. . . . .. ................................................... . ... ........ . ........ . .. . . . .. ... . ........... .. . ... ... ........ . ...... . .. .... ..... . . . . . .. .... .. .. .............. . .... ............ ... ..... ............ ... ... . . . ................ . ..... .. . ........ ...... .. .. ... .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 5555 5 0 0 555 5 0 55555555555555555 0 2 0 88 888 5 0 222 2 5555 2 0 3 22 5 0000 7 5 0 5 33 33 0 88888888888888888888888888 777 7 33333333333333333333333333 5 0000000000000 777 0 7 7 0 00 00 66 0 0 5 88 22 00000000000000000 0 4 4 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 000 77777777 7 44444444 3 99 0 4 7 99 000 7 44444444444 66 7 000 000 66666666 7 999999 0 22 1111 66666 0 1 4 4 2 11 9999 11 11 88888888888888 0 5555 999999999999 888 33333 555555555555 000 000 9 9 9 3333333333333333 7 22222 44 0 55555555 000000 22 77 777 9
consensus : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTC-GAAAGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTG-TG-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------GT-C---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
Reference ( family-94 ) : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATTAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGGAAAGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGANAGGTC---TGAANTCG-G-TNA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTTAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTG-TG-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------GT-C---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|1 : TAGATTGAACTA---ATCGGTAACAAGGAAGT-----CACAAGTG----AAAAAACTGAATTCGCGTAATGCGCTAT-GCTGGGACA-TCTA---ATGAAGTATAGTATACCAAATATCAAGTG--GCGGCGATATGG-CAGCTTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGAC-AAAA--G-GT--AAATTGATT-AATCCA-----------------TC---T--TAACAGATAGTAC-A-TGC---GATGAGTCGTGTGGATTAG-G-TAA--GCGG--TAT-GGAC-CCCTAAATGAAGT-ATATACCAAATATCAAGT-GCTGTTGCATA--CGT--AGTTT-CAAAGAAAAGT---ACAAGAAAATA-----------TTGAT-T-------C--CC-----------------ACAATATCGA-CTAAAAAATAATGT-C---AG------AGGCA----AC--AGGAGTAAGGT-CTG--AA---TTC-AGTA--AG---G---CAGTTTA-T--GGACC---CCT----A--AATGAA-T-ATT--ATACAAAATGA-CAAG--GGCT----TG-T-ATTGCCGAGTT-CAGAGAA-AA-TG--CGAC----G--AAAATACATGTTACATGTGTTG-TTTCG----GACGGA
gi|1 : gactcgaaTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGACAAA-AGGTAAATTGATTAATCCATC--TTAACAGATAGTACATGCG-ATGAGTC------GTGTGGATTAG-GTAA---GCGGT-A-T-GGACC-CCTA--AATGAAGTA---TATACCAAATATCAAGTGCTGTTGC-ATACG--TAG-TTTCAAAGAAAAGTACAA--GAAAATATTGATT----CCCAC-AATATCGACTA-AAA---AATAATGTCA--------------GAGGC-------AACAGG-AGTA-------------AGGTC---TGAATTCA-G-TAA-GGCAGTTTAT-GGAC-CCCTAAATGAA-TATTATACAAAATGACAAGGGCTTG-T--AT---TGCCGA-GTT-CAGAGAAAA-TGCGACGAAAATACATGTTACATGTGTTGTT-T-------CGGAC---GGATTATG------GAATTATTGA-CTAA--------GC-C---GGATTAACAGGAAGTTAACCAAAGC-AAAGAT-CTG--GA---TTC-GG-A--AGC------CGGT-TA-T-AGGACA---CC-----A--GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAATTGGCT-G--TA---A-TG-CAGTTT-CATAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAAttatggaattattgactaagccggattaacaggaagttaaccaaagcaaagatctggattcggaagccggttataggacaccagatgaagtatataccaaatatcaaattggctgtaatgcagtttcatagaaaagtgcgacgaaaaa
gi|11 : gactcgaatagattgaactaatcggtaacaaggaagtcacaagtgaaaaaactgaattcgcgtaatgcgctatgctgggacatctaatgaagtatagtataccaaatatcaagtggcggcgatatggcagct----GGA---ACA---G-----AC------G---T--AAAA---C---A-GGT-AAT-------C------C-CC-----CC--CC-CCCCTCCTTCCTCTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATa
gi|12 : AATAC-CATG-TAATT-GCCTGAT---TG-CAGGTT-CAGAGAACAAGTGGCCGACT---G--AAAATAT------------T-G-TTCGGCGAAGACGACC----CGG---ACG---G-----ACA---G-AGGTT--AAAA---C---A---T-A-T-------A------C-CC-----C---CC-CCCC--------CTCCT------TC--aataattagtttaatgatctgaaccaaaaagatttcaaatgtaattcagaactgctaatataagaac
gi|13 : GTTTGCTGAGAA-AA-TA--TTAC----G--AAAA-----------------G-TGTGA----GGCAAAC----GGG----CGAATG-----ACA---A-T---G--AAAA---C---A-G-T-T-TCC-----A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTAA----T---GG--AGCG---GGC-GTAT
gi|14 : tataaaTG----GACGGAATGACGGATG-ACG---GCGTGGACAAG-G-G---TGAAAAA---C---A-G-T-A-T-------A------TACCAGTTGCC--CT-CCCT--------CTTCT------TC--GG--AGCAAGCGGG-ATATaata
gi|15 : gCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATata
gi|17 : AAA---C---A-G-TTA-T-------G------C-CC-----CC--CC-CC-C--------CTCCT------TT--GG--AGC----GGG-GTATaaaaattttaactcgcaaaaataaatgattttacaatgtaaatgcaactacactgtcaagaac
gi|18 : aagtatccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---ACG---G-----ACA---G-GATTT--AAAAATAC---A-G-C-G-TTCGTACCA------C-CT-----CC--CC-CCAC--------CTCCT------TCGAGG--AGCG---GGGAGTAT
gi|19 : TG----GGAGGTG----GGG---ACG---A-----ACA---G-G--------AT---T---A-T-T-A-T-------A------A-CC-----CC--CC-CCCC--------CCACT------TC--CGCTCGCG---GGG-GTATaaa
gi|2 : gcagaTTGAGATAACAGTGTGATG-AAAATATTTGATTTGG----CAAATGGGTATATTGATGAA---GTCGGTTAACAGGAAGT-----TG-AAGAGT--GAAAGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGGGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--ATATAAAAAATGTCAAGTG--GCTGTGATACA--CAG-TTTCAGTTAAAAATGTGA--CAAAATATG--------ATCAC-AATACGA-CC--AAA---AAT-ATTGAA--------------AAGTCG-GG--CAACAGGAATTGGCA-TGT---GAAAGGTC---TTAATTCG-G-TAAGCACGG--TAG-GGAC-CCCTTGATGAAGTCATACACCAAATATCAATTGGCTG-TG-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAGAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTATT-T-------C--AC---A--TTGGAGACTCCAAAATTTTAAGCTAA--------GT-C---GT-TTAACAG-AAGTTGAC--ATGCGAAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CG---TA-T-GGGACC---CCT----A--GATGAAGTCA-T--ACACCAAATAT-CAAT-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------TTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATaa
gi|21 : TG----GACGGAA----TGATGGATG---G-----ACA---G-G---TGTAAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------NC--
gi|22 : caga---G-----ACACGCG-G---T--AAAA---C---AAG-T-AAT-------A------C-CC-----C-------------------TCCG------TC--GG--AGCG---CGG-GTAT
gi|23 : ggacA----AGA---ACA---G-----ACA---G-GGG-T--AATA---C---A-G-T-A-T-------A------A-CA-----CC------------------TCCT------TC--GG--AGCG---GGG-aatta
gi|25 : --AAAA---CCCCA-G-T-A-T-------AACCCCCC-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------TC--AG--AGCG---GGG-GTATcttatat
gi|28 : ----------TTGTT-T-------C--A----G--ACGGA------AT--TATTGA-CTAA--------GT-C---GG-ATAACAGGAAGTTAAC--a
gi|3 : AAATATCAGACA--GCTGGCCTGTG--TGG-TTCCTGAGAAAAATGTGA--CAGAAATTGTG-------TC-----TATTG-TT--AAA---AAT-ATTTCT--------------AAGTTGCGTCCAAACAGGAAGTTG-A-CATGCG--CAGATT---GGAAACTGCA-TTA-CACGA--TAC-AGTTGTCCATACTGATGCTCTGTGCCAAATATCAGGAAGCTG-GC-TTG--TG---G-TTC-CTGAGAAAAATGTGACAGAAA----T----------TTGTC---------C--AT---G--TT--A------AAAATATT---CTAA--------GTTC---GT-CAAACAG-AAGTTGAC--ATGCGGCAGAT-TGG--AAAACTGC-GTTA--CAC--GATACAG--TA-T-G---TC---CAT----ACTGATGC--T-C-T--GTGCCAAATATACAGG-AAGCT-G--GGTT-A-TG-TGGTTT-CTGAGAA-AAATG--TGAC----AGCAAAAT-T------------TTG-T
gi|30 : -------A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTCACTCTTC--GG--AGCG---GGG-GTATgacccgacgcc
gi|32 : aC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TT--GG--AGCA---GGG-GTATaa
gi|4 : AATGNTAAAAGACTG-TG-GTAAATAT--A-GTTGCTGAGAAATATATGACGAAAAA---------------TGTTGTAGAGGAGC--ACTGTA--TTGGA------AAAAT--T---CCAA--------GT-CCTCGG-CAAACAGGAAGTAGAT--ATCTGAAAGATTCTA--AA-------AATAC-ATCCTA---CAA--TA-T----ATCTTGCCT----A-T-ATAAAGC-T-TG-ATGCAAAATAT--GAG-CAGTTCG--TGAT-A-TA-TGGTTG-CTATGAT-TTATG--TGAA----G--AAAAGGT--------------G-----A----GACGGAA----TGA----CG---G-----AAA---GTG---T--AAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--TC-CCC---------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAaaaa
gi|5 : AA---ATCGGTAAACAGGAAGT--------AGGTGTCGGACAGGTCTGAAATCG-GATC-CCACGATAA-TGGGACCACCTGCTGATGA--TG--G-ATATCAAAGGTCATGAG--GCTACGATAAAATTAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTAATGAAAATTTGCGCT----ATTAA-AATAACA-CTG-GAA---AAT-ATTCTAAGTCGAAAATATTCAAGTCG-G---AAACAGGAAGTAG-ATTGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-GATCC-CACGA--TATGGGAC-C
gi|6 : A--------GT-C---AG-TAAACAGGAAGTTGAC--ATGTGTAAATT-CTG--AA---TTC-AATA--AGC--A---CGG--TA-T-GGGGCC---CCT------TTATGAAGTGA-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGGT-G--TAAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAATG--CGAT----G--AAAATAT------------CTA-TTTTG----GATGG------------ACG---G-----AT------G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CCCTCC-CCCC--------CTCCT------TC--AG--AGCG---accactgatg
gi|7 : AAAGGTCATGAG--GCTACGATAAT--TAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTA--CAAAATTTGCGCT----ATTAAGAATAACA-CCTGGAA---AAT-ATTCCA--------------AA-TCG-GT--AAACAGGAAGTAG-G-TGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-G-
gi|9 : AAGT-CTGGGAA---TTCCAGTATTAAA--G---CGG--TAATAGGGACC---CCTTCTAA-AGATGAAGT-A-TTTATAACCAAT-C-CAAG-TG-CTAG--TGATTA-TG-TCTTTT-CAGATAA-GAATT--GGACTGAAA--AAAATAT------------TTGTTTTTG----GACatcccacgat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TCGTAAATGCGGTTCAACAGAGTTGTACACGGCAGTTGGACTGTGTTACAACGTTACAGTTTGTCCATATGATGTCGTGCATTCAGGAGTGTGGCCTATCGTGGTTTTCTGAGAAATGTGACAAGAAATTTCTGTG
Unaligned ( gi|10 ): GAAAAACCTAAATTAGTTTCAATAGTCAAAAAAATTATTAAGTTTGTCAACAAAAGGAAGTGGATCATGTTGTGTGCAGATATGGTATAAACTGTGATTAACAGTATCTCCGTACTGAAGGTAACTCTGTG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAAACAGGAGTTGACATGCGAGCAGATTGGAATGCTGTATCACAATCAAGTTACACCATAACGGCTGCTCTGTGCC
Unaligned ( gi|20 ): CAAATCAAAAGCCTGGCTTATGTGGTTTTCTGAGAAAATGTGACAGATACCATTTTGTTGACGCCGACG
Unaligned ( gi|24 ): CTGGCTTATGTGGTTTCTGAGAAAAACATGAGAGAAAAATTTTGTGACGCCGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGTTTCTGAGAAAAATGTTTGACACACGATTTTGTGAACGCCGACGACGC
Unaligned ( gi|27 ): TGGTTTCTGAAAAAAATGTGACAGAAGAGTTTGTGACGCCGTCGACGA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGAAAAATGTGACAGAAAATTTGGTGACTCTGACGACGACGACGC
Unaligned ( gi|31 ): AGAAAAATGTGACATAAAATTTTGTGACACCGATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222 1 111 4444444444444444444 1 11 111 1 222 2222 1111 11 33333333333333333333333333 111 55555555555555555555555555 22222222222 111 11 11 11 11 3333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 22222222 11111111 111 22222222222 11 111 111 33333333 111111 1111 1111 33333333333333 111111111111 222222222222 1111111111111111 111111
lowQualScore : 1 5 1 5 1 3333 5 1 1 777 2 1 3333333333333333333 0 0 88 444 2 0 000 3 3333 0 1 6 99 2 9999 6 1 1 2 44 88 1 44444444444444444444444444 111 6 77777777777777777777777777 3 77777777777 1 111 1 6 6 1 33 11 22 8 1 2 11 1 8 3333333333333333 8 1 6 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 555 00000000 5 66666666 77 1 0 5 77 000 5 66666666666 33 5 333 000 44444444 0 999999 5 77 3333 77777 5 1 4 4 8 66 3333 66 22 00000000000000 5 8888 333333333333 555 88888 444444444444 555 555 2 2 2 7777777777777777 2 66666 33 5 88888888 000000 33 33 444 2
lowQualScore : . . . . . .... . . . ... . . ................... . . .. ... . . ... . .... . . . .. . .... . . . . .. .. . .......................... ... . .......................... . ........... . ... . . . . .. .. .. . . . .. . . ................ . . . .. .................................................... . ... ........ . ........ .. . . . .. ... . ........... .. . ... ... ........ . ...... . .. .... ..... . . . . . .. .... .. .. .............. . .... ............ ... ..... ............ ... ... . . . ................ . ..... .. . ........ ...... .. .. ... .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 5555 5 0 0 555 5 0 5555555555555555555 2 0 88 888 5 0 222 2 5555 2 0 3 22 5 0000 7 5 0 5 33 33 0 88888888888888888888888888 777 7 33333333333333333333333333 5 77777777777 0 777 0 7 7 0 00 00 66 0 0 5 88 0 2 2222222222222222 0 4 4 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 000 77777777 7 44444444 99 0 4 7 99 000 7 44444444444 66 7 000 000 66666666 7 999999 0 22 1111 66666 0 1 4 4 2 11 9999 11 11 88888888888888 0 5555 999999999999 888 33333 555555555555 000 000 9 9 9 3333333333333333 7 22222 44 0 55555555 000000 22 77 777 9
consensus : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------G-TC---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
Reference ( family-94 ) : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------G-TC---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|1 : TAGATTGAACTA---ATCGGTAACAAGGAAGT-----CACAAGTG---AA-AAAACTGAATTCGCGTAATGCGCTAT-GCTGGGACA-TCTA---ATGAAGTATAGTATACCAAATATCAAGTG--GCGGCGATATGG-CAGCTTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGAC-AAAA--G-GT--AAATTGATT-AATCCA-----------------TC---T--TAACAGATAGTAC-A-TGC---GATGAGTCGTGTGGATTAG-G-TAA--GCGG--TAT-GGAC-CCCTAAATGAAGTA-TATACCAAATATCAAGTG-CTGTTGCATA--CGT--AGTTT-CAAAGAAAAGT---ACAAGAAAATAT----------TGATT-C-------CC-AC-------------------AATATCGA-CTAAAAAATAATG-TC---AG------AGGCA----AC--AGGAGTAAGGT-CTG--AA---TTC-AGTA--AG---G---CAGTTTA-T--GGACC---CCT----A--AATGAA-T-ATT--ATACAAAATGA-CAAG--GGCT----TG-T-ATTGCCGAGTT-CAGAGAA-AA-TG--CGAC----G--AAAATACATGTTACATGTGTTG-TTTCG----GACGGA
gi|1 : gactcgaaTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGACAAA-AGGTAAATTGATTAATCCATC--TTAACAGATAGTACATGCG-ATGAGTC------GTGTGGATTAG-GTAA---GCGGT-A-T-GGACC-CCTA--AATGAAGTA---TATACCAAATATCAAGTGCTGTTGC-ATACG--TAG-TTTCAAAGAAAAGTACAA--GAAAATATTGATT----CCCAC-AATATCGACTA-AAA---AATAATGTCA--------------GAGGC-------AACAGG-AGTA-------------AGGTC---TGAATTCA-G-TAA-GGCAGTTTAT-GGAC-CCCTAAATGAA-TATTATACAAAATGACAAGGGCTTGT---AT---TGCCGA-GTT-CAGAGAAAA-TGCGACGAAAATACATGTTACATGTGTTGTT-T-------CGGAC---GGATTATG------GAATTATTGA-CTAA--------G-CC---GGATTAACAGGAAGTTAACCAAAGC-AAAGAT-CTG--GA---TTC-GG-A--AGC------CGGT-TA-T-AGGACA---CC-----A--GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAATTGGCT-G--TA---A-TG-CAGTTT-CATAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAAttatggaattattgactaagccggattaacaggaagttaaccaaagcaaagatctggattcggaagccggttataggacaccagatgaagtatataccaaatatcaaattggctgtaatgcagtttcatagaaaagtgcgacgaaaaa
gi|11 : gactcgaatagattgaactaatcggtaacaaggaagtcacaagtgaaaaaactgaattcgcgtaatgcgctatgctgggacatctaatgaagtatagtataccaaatatcaagtggcggcgatatggcagct----GGA---ACA---G-----AC------G---T--AAAA---C---A-GGT-AAT-------C------C-CC-----CC--CC-CCCCTCCTTCCTCTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATa
gi|12 : AATAC-CATG-TAATT-GCCTGAT---TG-CAGGTT-CAGAGAACAAGTGGCCGACT---G--AAAATAT------------T-G-TTCGGCGAAGACGACC----CGG---ACG---G-----ACA---G-AGGTT--AAAA---C---A---T-A-T-------A------C-CC-----C---CC-CCCC--------CTCCT------TC--aataattagtttaatgatctgaaccaaaaagatttcaaatgtaattcagaactgctaatataagaac
gi|13 : GTTTGCTGAGAA-AA-TA--TTAC----G--AAAA-----------------G-TGTGA----GGCAAAC----GGG----CGAATG-----ACA---A-T---G--AAAA---C---A-G-T-T-TCC-----A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTAA----T---GG--AGCG---GGC-GTAT
gi|14 : tataaaTG----GACGGAATGACGGATG-ACG---GCGTGGACAAG-G-G---TGAAAAA---C---A-G-T-A-T-------A------TACCAGTTGCC--CT-CCCT--------CTTCT------TC--GG--AGCAAGCGGG-ATATaata
gi|15 : gCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATata
gi|17 : AAA---C---A-G-TTA-T-------G------C-CC-----CC--CC-CC-C--------CTCCT------TT--GG--AGC----GGG-GTATaaaaattttaactcgcaaaaataaatgattttacaatgtaaatgcaactacactgtcaagaac
gi|18 : aagtatccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---ACG---G-----ACA---G-GATTT--AAAAATAC---A-G-C-G-TTCGTACCA------C-CT-----CC--CC-CCAC--------CTCCT------TCGAGG--AGCG---GGGAGTAT
gi|19 : TG----GGAGGTG----GGG---ACG---A-----ACA---G-G--------AT---T---A-T-T-A-T-------A------A-CC-----CC--CC-CCCC--------CCACT------TC--CGCTCGCG---GGG-GTATaaa
gi|2 : gcagaTTGAGATAACAGTGTGATG-AAAATATTTGATTTGG----CAAATGGGTATATTGATGAA---GTCGGTTAACAGGAAGT-----TG-AAGAGT-GAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGGGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--ATATAAAAAATGTCAAGTG--GCTGTGATACA--CAG-TTTCAGTTAAAAATGTGA--CAAAATATG--------ATCAC-AATACGA-CC--AAA---AAT-ATTGAA--------------AAGTCG-GG--CAACAGGAATTGGCA-TGT---GAAAGGTC---TTAATTCG-G-TAAGCACGG--TAG-GGAC-CCCTTGATGAAGTCATACACCAAATATCAATTGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAGAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTATT-T-------C--AC---A--TTGGAGACTCCAAAATTTTAAGCTAA--------G-TC---GT-TTAACAG-AAGTTGAC--ATGCGAAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CG---TA-T-GGGACC---CCT----A--GATGAAGTCA-T--ACACCAAATAT-CAAT-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------TTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATaa
gi|21 : TG----GACGGAA----TGATGGATG---G-----ACA---G-G---TGTAAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------NC--
gi|22 : caga---G-----ACACGCG-G---T--AAAA---C---AAG-T-AAT-------A------C-CC-----C-------------------TCCG------TC--GG--AGCG---CGG-GTAT
gi|23 : ggacA----AGA---ACA---G-----ACA---G-GGG-T--AATA---C---A-G-T-A-T-------A------A-CA-----CC------------------TCCT------TC--GG--AGCG---GGG-aatta
gi|25 : --AAAA---CCCCA-G-T-A-T-------AACCCCCC-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------TC--AG--AGCG---GGG-GTATcttatat
gi|28 : ----------TTGTT-T-------C--A----G--ACGGA------AT--TATTGA-CTAA--------G-TC---GG-ATAACAGGAAGTTAAC--a
gi|3 : AAATATCAGACA--GCTGGCCTGTG--TGG-TTCCTGAGAAAAATGTGA--CAGAAATTGTG-------TC-----TATTG-TT--AAA---AAT-ATTTCT--------------AAGTTGCGTCCAAACAGGAAGTTG-A-CATGCG--CAGATT---GGAAACTGCA-TTA-CACGA--TAC-AGTTGTCCATACTGATGCTCTGTGCCAAATATCAGGAAGCTGG-C-TTG--TG---G-TTC-CTGAGAAAAATGTGACAGAA----AT----------TTG-T-C-------C--AT---G--TT--A------AAAATATT---CTAA--------GTTC---GT-CAAACA-GAAGTTGAC--ATGCGGCAGAT-TGG--AAAACTGC-GTTA--CAC--GATACAG--TA-T-G---TC---CAT----ACTGATG--CT-C-T--GTGCCAAATATACAGG-AAGCT-G--GGTT-A-TG-TGGTTT-CTGAGAA-AAATG--TGAC----AGCAAAAT-T------------TTG-T
gi|30 : -------A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTCACTCTTC--GG--AGCG---GGG-GTATgacccgacgcc
gi|32 : aC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TT--GG--AGCA---GGG-GTATaa
gi|4 : AATGNTAAAAGACTGT-G-GTAAATAT--A-GTTGCTGAGAAATATATGACGAAAAA---------------TGTTGTAGAGGAGC--ACTGTA--TTGGA------AAAAT--T---CCAA--------G-TCCTCGG-CAAACAGGAAGTAGAT--ATCTGAAAGATTCTA--AA-------AATAC-ATCCTA---CAA--TA-T----ATCTTGCCT----A-T-ATAAAGC-T-TG-ATGCAAAATAT--GAG-CAGTTCG--TGAT-A-TA-TGGTTG-CTATGAT-TTATG--TGAA----G--AAAAGGT--------------G-----A----GACGGAA----TGA----CG---G-----AAA---GTG---T--AAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--TC-CCC---------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAaaaa
gi|5 : AA---ATCGGTAAACAGGAAGT--------AGGTGTCGGACAGGTCTGAAATCG-GATC-CCACGATAA-TGGGACCACCTGCTGATGA--TG--G-ATATCAAAGGTCATGAG--GCTACGATAAAATTAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTAATGAAAATTTGCGCT----ATTAA-AATAACA-CTG-GAA---AAT-ATTCTAAGTCGAAAATATTCAAGTCG-G---AAACAGGAAGTAG-ATTGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-GATCC-CACGA--TATGGGAC-C
gi|6 : A--------G-TC---AG-TAAACAGGAAGTTGAC--ATGTGTAAATT-CTG--AA---TTC-AATA--AGC--A---CGG--TA-T-GGGGCC---CCT------TTATGAAGTGA-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGGT-G--TAAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAATG--CGAT----G--AAAATAT------------CTA-TTTTG----GATGG------------ACG---G-----AT------G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CCCTCC-CCCC--------CTCCT------TC--AG--AGCG---accactgatg
gi|7 : AAAGGTCATGAG--GCTACGATAAT--TAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTA--CAAAATTTGCGCT----ATTAAGAATAACA-CCTGGAA---AAT-ATTCCA--------------AA-TCG-GT--AAACAGGAAGTAG-G-TGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-G-
gi|9 : AAGT-CTGGGAA---TTCCAGTATTAAA--G---CGG--TAATAGGGACC---CCTTCTAA-AGATGAAGT-A-TTTATAACCAAT-C-CAAG-TG-CTAG--TGATTA-TG-TCTTTT-CAGATAA-GAATT--GGACTGAAA--AAAATAT------------TTGTTTTTG----GACatcccacgat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TCGTAAATGCGGTTCAACAGAGTTGTACACGGCAGTTGGACTGTGTTACAACGTTACAGTTTGTCCATATGATGTCGTGCATTCAGGAGTGTGGCCTATCGTGGTTTTCTGAGAAATGTGACAAGAAATTTCTGTG
Unaligned ( gi|10 ): GAAAAACCTAAATTAGTTTCAATAGTCAAAAAAATTATTAAGTTTGTCAACAAAAGGAAGTGGATCATGTTGTGTGCAGATATGGTATAAACTGTGATTAACAGTATCTCCGTACTGAAGGTAACTCTGTG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAAACAGGAGTTGACATGCGAGCAGATTGGAATGCTGTATCACAATCAAGTTACACCATAACGGCTGCTCTGTGCC
Unaligned ( gi|20 ): CAAATCAAAAGCCTGGCTTATGTGGTTTTCTGAGAAAATGTGACAGATACCATTTTGTTGACGCCGACG
Unaligned ( gi|24 ): CTGGCTTATGTGGTTTCTGAGAAAAACATGAGAGAAAAATTTTGTGACGCCGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGTTTCTGAGAAAAATGTTTGACACACGATTTTGTGAACGCCGACGACGC
Unaligned ( gi|27 ): TGGTTTCTGAAAAAAATGTGACAGAAGAGTTTGTGACGCCGTCGACGA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGAAAAATGTGACAGAAAATTTGGTGACTCTGACGACGACGACGC
Unaligned ( gi|31 ): AGAAAAATGTGACATAAAATTTTGTGACACCGATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222 1 111 4444444444444444444 1 11 111 1 222 2222 1111 11 33333333333333333333333333 111 55555555555555555555555555 22222222222 111 11 11 11 11 3333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 22222222 11111111 111 22222222222 11 111 111 33333333 111111 1111 1111 33333333333333 111111111111 222222222222 1111111111111111 111111
lowQualScore : 1 5 1 5 1 3333 5 1 1 777 2 1 3333333333333333333 0 0 88 444 2 0 000 3 3333 0 1 6 99 2 9999 6 1 1 2 44 88 1 44444444444444444444444444 111 6 77777777777777777777777777 3 77777777777 1 111 1 6 6 1 33 11 22 8 1 2 11 1 8 3333333333333333 8 1 6 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 555 00000000 5 66666666 77 1 0 5 77 000 5 66666666666 33 5 333 000 44444444 0 999999 5 77 3333 77777 5 1 4 4 8 66 3333 66 22 00000000000000 5 8888 333333333333 555 88888 444444444444 555 555 2 2 2 7777777777777777 2 66666 33 5 88888888 000000 33 33 444 2
lowQualScore : . . . . . .... . . . ... . . ................... . . .. ... . . ... . .... . . . .. . .... . . . . .. .. . .......................... ... . .......................... . ........... . ... . . . . .. .. .. . . . .. . . ................ . . . .. .................................................... . ... ........ . ........ .. . . . .. ... . ........... .. . ... ... ........ . ...... . .. .... ..... . . . . . .. .... .. .. .............. . .... ............ ... ..... ............ ... ... . . . ................ . ..... .. . ........ ...... .. .. ... .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 5555 5 0 0 555 5 0 5555555555555555555 2 0 88 888 5 0 222 2 5555 2 0 3 22 5 0000 7 5 0 5 33 33 0 88888888888888888888888888 777 7 33333333333333333333333333 5 77777777777 0 777 0 7 7 0 00 00 66 0 0 5 88 0 2 2222222222222222 0 4 4 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 000 77777777 7 44444444 99 0 4 7 99 000 7 44444444444 66 7 000 000 66666666 7 999999 0 22 1111 66666 0 1 4 4 2 11 9999 11 11 88888888888888 0 5555 999999999999 888 33333 555555555555 000 000 9 9 9 3333333333333333 7 22222 44 0 55555555 000000 22 77 777 9
consensus : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------G-TC---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
Reference ( family-94 ) : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------G-TC---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|1 : TAGATTGAACTA---ATCGGTAACAAGGAAGT-----CACAAGTG---AA-AAAACTGAATTCGCGTAATGCGCTAT-GCTGGGACA-TCTA---ATGAAGTATAGTATACCAAATATCAAGTG--GCGGCGATATGG-CAGCTTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGAC-AAAA--G-GT--AAATTGATT-AATCCA-----------------TC---T--TAACAGATAGTAC-A-TGC---GATGAGTCGTGTGGATTAG-G-TAA--GCGG--TAT-GGAC-CCCTAAATGAAGTA-TATACCAAATATCAAGTG-CTGTTGCATA--CGT--AGTTT-CAAAGAAAAGT---ACAAGAAAATAT----------TGATT-C-------CC-AC-------------------AATATCGA-CTAAAAAATAATG-TC---AG------AGGCA----AC--AGGAGTAAGGT-CTG--AA---TTC-AGTA--AG---G---CAGTTTA-T--GGACC---CCT----A--AATGAA-T-ATT--ATACAAAATGA-CAAG--GGCT----TG-T-ATTGCCGAGTT-CAGAGAA-AA-TG--CGAC----G--AAAATACATGTTACATGTGTTG-TTTCG----GACGGA
gi|1 : gactcgaaTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGACAAA-AGGTAAATTGATTAATCCATC--TTAACAGATAGTACATGCG-ATGAGTC------GTGTGGATTAG-GTAA---GCGGT-A-T-GGACC-CCTA--AATGAAGTA---TATACCAAATATCAAGTGCTGTTGC-ATACG--TAG-TTTCAAAGAAAAGTACAA--GAAAATATTGATT----CCCAC-AATATCGACTA-AAA---AATAATGTCA--------------GAGGC-------AACAGG-AGTA-------------AGGTC---TGAATTCA-G-TAA-GGCAGTTTAT-GGAC-CCCTAAATGAA-TATTATACAAAATGACAAGGGCTTGT---AT---TGCCGA-GTT-CAGAGAAAA-TGCGACGAAAATACATGTTACATGTGTTGTT-T-------CGGAC---GGATTATG------GAATTATTGA-CTAA--------G-CC---GGATTAACAGGAAGTTAACCAAAGC-AAAGAT-CTG--GA---TTC-GG-A--AGC------CGGT-TA-T-AGGACA---CC-----A--GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAATTGGCT-G--TA---A-TG-CAGTTT-CATAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAAttatggaattattgactaagccggattaacaggaagttaaccaaagcaaagatctggattcggaagccggttataggacaccagatgaagtatataccaaatatcaaattggctgtaatgcagtttcatagaaaagtgcgacgaaaaa
gi|11 : gactcgaatagattgaactaatcggtaacaaggaagtcacaagtgaaaaaactgaattcgcgtaatgcgctatgctgggacatctaatgaagtatagtataccaaatatcaagtggcggcgatatggcagct----GGA---ACA---G-----AC------G---T--AAAA---C---A-GGT-AAT-------C------C-CC-----CC--CC-CCCCTCCTTCCTCTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATa
gi|12 : AATAC-CATG-TAATT-GCCTGAT---TG-CAGGTT-CAGAGAACAAGTGGCCGACT---G--AAAATAT------------T-G-TTCGGCGAAGACGACC----CGG---ACG---G-----ACA---G-AGGTT--AAAA---C---A---T-A-T-------A------C-CC-----C---CC-CCCC--------CTCCT------TC--aataattagtttaatgatctgaaccaaaaagatttcaaatgtaattcagaactgctaatataagaac
gi|13 : GTTTGCTGAGAA-AA-TA--TTAC----G--AAAA-----------------G-TGTGA----GGCAAAC----GGG----CGAATG-----ACA---A-T---G--AAAA---C---A-G-T-T-TCC-----A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTAA----T---GG--AGCG---GGC-GTAT
gi|14 : tataaaTG----GACGGAATGACGGATG-ACG---GCGTGGACAAG-G-G---TGAAAAA---C---A-G-T-A-T-------A------TACCAGTTGCC--CT-CCCT--------CTTCT------TC--GG--AGCAAGCGGG-ATATaata
gi|15 : gCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATata
gi|17 : AAA---C---A-G-TTA-T-------G------C-CC-----CC--CC-CC-C--------CTCCT------TT--GG--AGC----GGG-GTATaaaaattttaactcgcaaaaataaatgattttacaatgtaaatgcaactacactgtcaagaac
gi|18 : aagtatccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---ACG---G-----ACA---G-GATTT--AAAAATAC---A-G-C-G-TTCGTACCA------C-CT-----CC--CC-CCAC--------CTCCT------TCGAGG--AGCG---GGGAGTAT
gi|19 : TG----GGAGGTG----GGG---ACG---A-----ACA---G-G--------AT---T---A-T-T-A-T-------A------A-CC-----CC--CC-CCCC--------CCACT------TC--CGCTCGCG---GGG-GTATaaa
gi|2 : gcagaTTGAGATAACAGTGTGATG-AAAATATTTGATTTGG----CAAATGGGTATATTGATGAA---GTCGGTTAACAGGAAGT-----TG-AAGAGT-GAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGGGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--ATATAAAAAATGTCAAGTG--GCTGTGATACA--CAG-TTTCAGTTAAAAATGTGA--CAAAATATG--------ATCAC-AATACGA-CC--AAA---AAT-ATTGAA--------------AAGTCG-GG--CAACAGGAATTGGCA-TGT---GAAAGGTC---TTAATTCG-G-TAAGCACGG--TAG-GGAC-CCCTTGATGAAGTCATACACCAAATATCAATTGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAGAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTATT-T-------C--AC---A--TTGGAGACTCCAAAATTTTAAGCTAA--------G-TC---GT-TTAACAG-AAGTTGAC--ATGCGAAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CG---TA-T-GGGACC---CCT----A--GATGAAGTCA-T--ACACCAAATAT-CAAT-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------TTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATaa
gi|21 : TG----GACGGAA----TGATGGATG---G-----ACA---G-G---TGTAAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------NC--
gi|22 : caga---G-----ACACGCG-G---T--AAAA---C---AAG-T-AAT-------A------C-CC-----C-------------------TCCG------TC--GG--AGCG---CGG-GTAT
gi|23 : ggacA----AGA---ACA---G-----ACA---G-GGG-T--AATA---C---A-G-T-A-T-------A------A-CA-----CC------------------TCCT------TC--GG--AGCG---GGG-aatta
gi|25 : --AAAA---CCCCA-G-T-A-T-------AACCCCCC-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------TC--AG--AGCG---GGG-GTATcttatat
gi|28 : ----------TTGTT-T-------C--A----G--ACGGA------AT--TATTGA-CTAA--------G-TC---GG-ATAACAGGAAGTTAAC--a
gi|3 : AAATATCAGACA--GCTGGCCTGTG--TGG-TTCCTGAGAAAAATGTGA--CAGAAATTGTG-------TC-----TATTG-TT--AAA---AAT-ATTTCT--------------AAGTTGCGTCCAAACAGGAAGTTG-A-CATGCG--CAGATT---GGAAACTGCA-TTA-CACGA--TAC-AGTTGTCCATACTGATGCTCTGTGCCAAATATCAGGAAGCTGG-C-TTG--TG---G-TTC-CTGAGAAAAATGTGACAGAA----AT----------TTG-T-C-------C--AT---G--TT--A------AAAATATT---CTAA--------GTTC---GT-CAAACA-GAAGTTGAC--ATGCGGCAGAT-TGG--AAAACTGC-GTTA--CAC--GATACAG--TA-T-G---TC---CAT----ACTGATG--CT-C-T--GTGCCAAATATACAGG-AAGCT-G--GGTT-A-TG-TGGTTT-CTGAGAA-AAATG--TGAC----AGCAAAAT-T------------TTG-T
gi|30 : -------A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTCACTCTTC--GG--AGCG---GGG-GTATgacccgacgcc
gi|32 : aC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TT--GG--AGCA---GGG-GTATaa
gi|4 : AATGNTAAAAGACTGT-G-GTAAATAT--A-GTTGCTGAGAAATATATGACGAAAAA---------------TGTTGTAGAGGAGC--ACTGTA--TTGGA------AAAAT--T---CCAA--------G-TCCTCGG-CAAACAGGAAGTAGAT--ATCTGAAAGATTCTA--AA-------AATAC-ATCCTA---CAA--TA-T----ATCTTGCCT----A-T-ATAAAGC-T-TG-ATGCAAAATAT--GAG-CAGTTCG--TGAT-A-TA-TGGTTG-CTATGAT-TTATG--TGAA----G--AAAAGGT--------------G-----A----GACGGAA----TGA----CG---G-----AAA---GTG---T--AAAA---C---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--TC-CCC---------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAaaaa
gi|5 : AA---ATCGGTAAACAGGAAGT--------AGGTGTCGGACAGGTCTGAAATCG-GATC-CCACGATAA-TGGGACCACCTGCTGATGA--TG--G-ATATCAAAGGTCATGAG--GCTACGATAAAATTAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTAATGAAAATTTGCGCT----ATTAA-AATAACA-CTG-GAA---AAT-ATTCTAAGTCGAAAATATTCAAGTCG-G---AAACAGGAAGTAG-ATTGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-GATCC-CACGA--TATGGGAC-C
gi|6 : A--------G-TC---AG-TAAACAGGAAGTTGAC--ATGTGTAAATT-CTG--AA---TTC-AATA--AGC--A---CGG--TA-T-GGGGCC---CCT------TTATGAAGTGA-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGGT-G--TAAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAATG--CGAT----G--AAAATAT------------CTA-TTTTG----GATGG------------ACG---G-----AT------G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CCCTCC-CCCC--------CTCCT------TC--AG--AGCG---accactgatg
gi|7 : AAAGGTCATGAG--GCTACGATAAT--TAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTA--CAAAATTTGCGCT----ATTAAGAATAACA-CCTGGAA---AAT-ATTCCA--------------AA-TCG-GT--AAACAGGAAGTAG-G-TGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-G-
gi|9 : AAGT-CTGGGAA---TTCCAGTATTAAA--G---CGG--TAATAGGGACC---CCTTCTAA-AGATGAAGT-A-TTTATAACCAAT-C-CAAG-TG-CTAG--TGATTA-TG-TCTTTT-CAGATAA-GAATT--GGACTGAAA--AAAATAT------------TTGTTTTTG----GACatcccacgat
blockSeqs : G T C . A . T A T TCC G T ACATGCGATGAGTC . G AA G A CTG A AT A T CT G AAAT . T A G CA AT A CGCTATTAAGAATAACACCTG . A AGTCGAAAATATTCAAGTCGGA A GATTGTCGG A . T C A A GC TT TG G A G AT G C GGTAAATATAG G A G GC ATACATGTTACATGTGTTGTTTCGGACGGATTATG A AAG . T CTCGGCA CA A T GG AAC C CACGATA T A AGG TTG TCTAAAG ATTT A TT GCC ATTA . A G C G GC TGAA GC TA TT T CGAA AATGACGGATG AAT CGTGG AGGGTGA ATA CCC A . T TTCGTACCA A AGTTG CT A . CACTCT GA CT AGC A
blockSeqs : T G . G T TGAAGAGTGAA . C A G . A A T A T . C CG . T A T TG . A GATTCCCACAATATCGACTA . . AAGTTGCGTCCA A GACATGCG C . T . . A G . T . T G CA T G ATTGCCGAG . A A GC AAATATTTATTTCACATTGGAGACTCC T GA . . GGATT . A . . . . CATCCTA . . AG . ACTG CAT . T CG ATA . A . . G . T . TA TT . . AATGATGG . . GAGGTT . . . . . TAACCCCC . . . A . AA . . . .
blockSeqs : . . A AGGTGTCGGAC . . A . . G . G G C . G CA . C T G TG . T CGCTATTAAAATAACACTG . . AAGTCGGGC A GGTGTCGG C . A . . T C . G . T . TC A G GATATGCAT . T A GT AATGTTGTAGAGGAGCACTGTATTGGA A GA . . GTTT . G . . . . TTAAAG . . GG . AG TTG . T AG TTA . A . . G . . . GG CT . . ACGGG . . GGATTT . . . . . TCCA . . . . . . . . . .
blockSeqs : T A . G TG . G T G TT . T ATCACAATACGACC . . AATCGGTA A GCATGTG C . A . . C C . C . A A CTTGTGGT . T . AT ATTTGTCCATGTTA A . . . GGAT . A . . . . AGCG . . GG . AG GAT . A G ATA . G . . A . . . TA TT . . TGGGG . . CGCGGT . . . . . ATA . . . . . . . . . .
blockSeqs : T A . . AT . G T G TT . T TGTCTATTGTT . . GAGGC . . . . A . . . . . . GTCA . T . . . . AGCA . . G . AT AT . C G ATA . G . . A . . . TA T . . AAGGA . . GGTGT . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AGTA . . . . . AGC . . . . TT CT . T G AT . A . . A . . . T . . . AATGA . . GGGGT . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T G A . C . . A . . . . . . . . . . GTGT . . . . . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATG . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GGT . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CG** ** CGCTATCACAATANCACTN******* *** AAGTCGGGN***************** GNTGTCGG*** *** C* NTGTGCGG******** GC GA* ******** GNTN**** AGCG******* ** GG* T* G*** TT************ GGGGT******* TA************** ********
originalCons : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCT----ATCAC-AATANCG-CT--AAA---AAT-ATTCCA--------------AAGTCG-GT--AAACAGGAAGTAG-A-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTGT-G-ATA--TGC--A-TTT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------G-TC---GG-TNAACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---G-G---T--AAAA---C---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
finalCons : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGT-A-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--CAAAATNTGCGCTATCACAATANCACTN-------AAA---AAT-ATTCCAAAGTCGGGN-----------------AACAGGAAGTAGNTGTCGG---ACAGGTC---TGAANTCG-G-TAAC-GCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNGGCTGTNTGTGCGG--------TT-CAGAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAA--------G-TCGNTN----AACAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTAAGCG-------CGG--TA-TGG-GACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAGT-GGCTG---TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATATTT------------G-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACAGGGGT-------AAAA---C---A-G-T-ATA--------------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TCGTAAATGCGGTTCAACAGAGTTGTACACGGCAGTTGGACTGTGTTACAACGTTACAGTTTGTCCATATGATGTCGTGCATTCAGGAGTGTGGCCTATCGTGGTTTTCTGAGAAATGTGACAAGAAATTTCTGTG
Unaligned ( gi|10 ): GAAAAACCTAAATTAGTTTCAATAGTCAAAAAAATTATTAAGTTTGTCAACAAAAGGAAGTGGATCATGTTGTGTGCAGATATGGTATAAACTGTGATTAACAGTATCTCCGTACTGAAGGTAACTCTGTG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAAACAGGAGTTGACATGCGAGCAGATTGGAATGCTGTATCACAATCAAGTTACACCATAACGGCTGCTCTGTGCC
Unaligned ( gi|20 ): CAAATCAAAAGCCTGGCTTATGTGGTTTTCTGAGAAAATGTGACAGATACCATTTTGTTGACGCCGACG
Unaligned ( gi|24 ): CTGGCTTATGTGGTTTCTGAGAAAAACATGAGAGAAAAATTTTGTGACGCCGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGTTTCTGAGAAAAATGTTTGACACACGATTTTGTGAACGCCGACGACGC
Unaligned ( gi|27 ): TGGTTTCTGAAAAAAATGTGACAGAAGAGTTTGTGACGCCGTCGACGA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGAAAAATGTGACAGAAAATTTGGTGACTCTGACGACGACGACGC
Unaligned ( gi|31 ): AGAAAAATGTGACATAAAATTTTGTGACACCGATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222 1 111 4444444444444444444 1 11 2 1 222 2222 1111 11111 222222222222222222222222222 555555555555555555555555555 33333333333 111 11 11 11 11 11 333333333333 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 111 111 22222222222 11 111 111 33333333 111111 1111 1111 33333333333333 111111111111 111 1111111111111111 111111
lowQualScore : 1 5 1 5 1 3333 5 1 1 777 2 1 3333333333333333333 0 0 88 0 2 0 000 3 3333 0 1 6 99 2 9999 6 1 1 2 44 66666 1 666666666666666666666666666 99 6 333333333333333333333333333 3 33333333333 1 111 1 6 6 1 33 11 22 8 1 2 11 1 11 999999999999 6 99 6 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 555 55 555 444 000 4 77 1 0 5 77 000 5 66666666666 33 5 333 000 44444444 0 999999 5 77 3333 77777 5 1 4 4 8 66 3333 66 22 00000000000000 5 8888 333333333333 555 88888 8888 222 2 555 2 2 2 7777777777777777 2 66666 33 5 88888888 000000 33 33 444 2
lowQualScore : . . . . . .... . . . ... . . ................... . . .. . . . ... . .... . . . .. . .... . . . . .. ..... . ........................... .. . ........................... . ........... . ... . . . . .. .. .. . . . .. . .. ............ . .. . .. .................................................... . ... .. ... ... ... . .. . . . .. ... . ........... .. . ... ... ........ . ...... . .. .... ..... . . . . . .. .... .. .. .............. . .... ............ ... ..... .... ... . ... . . . ................ . ..... .. . ........ ...... .. .. ... .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 5555 5 0 0 555 5 0 5555555555555555555 2 0 88 0 5 0 222 2 5555 2 0 3 22 5 0000 7 5 0 5 33 77777 0 777777777777777777777777777 22 7 888888888888888888888888888 5 55555555555 0 777 0 7 7 0 00 00 66 0 0 5 88 0 00 222222222222 0 00 4 66 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 000 99 777 777 000 3 99 0 4 7 99 000 7 44444444444 66 7 000 000 66666666 7 999999 0 22 1111 66666 0 1 4 4 2 11 9999 11 11 88888888888888 0 5555 999999999999 888 33333 4444 777 9 000 9 9 9 3333333333333333 7 22222 44 0 55555555 000000 22 77 777 9
consensus : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGTA-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--C--AAAATNTGCG-CT----ATTAC-AATANC-AC-TNAA--AAAT-ATTCCAAAGTCG--------------GG---NAACAGGAAGTAG-N-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNG--GCTGCG-TA--TGT--AGTT-CA-GAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAAG-TC---GGNNAA---CAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACAGG-GGT---AAA-AC---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
Reference ( family-94 ) : TTNAGATAANAGTGCGATGCAAAATATTTGNTCCGGAGGACAAATGGGTANATTGATNAA---ATCGGTNAACAGGAAGT-----CG-AAGNGTCGAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGCGGTA-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--GTATACCAAATGTCANGCG--GCTGCGATACG--TAG-TTTCNGAGAAAAGTGCGA--C--AAAATNTGCG-CT----ATCAC-AATANC-AC-TNAA--AAAT-ATTCCAAAGTCG--------------GG---NAACAGGAAGTAG-N-TGT-CGGACAGGTC---TGAANTCG-G-TAA-CGCGG--TAC-GGAC-CCCTNAATGAAGTNNTATACCAAATATCAAGNG--GCTGTN-TG--TGC--GGTT-CA-GAGAAAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTGTT-T-------C--AC---G--TTGGA------AAAATATTGA-CTAAG-TC---GNTNAA---CAGGAAGTTGAC--ATGCGNAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CGG--TA-T-GGGACC---CCT----A-TGATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CGGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACAGG-GGT---AAA-AC---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAT
gi|1 : TAGATTGAACTA---ATCGGTAACAAGGAAGT-----CACAAGTG---AA-AAAACTGAATTCGCGTAATGCGCTATGCTGGGACA-TCTA---ATGAAGTATAGTATACCAAATATCAAGTG--GCGGCGATATGG-CAGCTTTCAGA-AAAAGTACAATAC--AAAATATTTG-TTCCGGAGGAC-AAAAGG----TAAATTGATT-AATCCA---TCT-------------------TAACAGATAGTAC-A-TGC---GATGAGTCGTGTGGATTAG-G-TAA--GCGG--TAT-GGAC-CCCTAAATGAAGTA-TATACCAAATATCAAGTGCTGTTGCA-TA--CGT--AGTTTCA-AAGAAAAGT---ACAAGAAAATAT----------TGATT-C-------CC-AC-------------------AATATCGA-CTAAA------AAATAATGTCAG--AGGCAAC--AGGAGTAAGGT-CTG--AA---TTC-AGTA--AG---G---CAGTTTA-T--GGACC---CCT----A--AATGAA-T-ATT--ATACAAAATGA-CAAG--GGCT----TG-T-ATTGCCGAGTT-CAGAGAA-AA-TG--CGAC----G--AAAATACATGTTACATGTGTTG-TTTCG----GACGGA
gi|1 : gactcgaaTTCAGA-AAAAGTACAATACAAAATATTTGTTCCGGAGGACAAA-AGGTAAATTGATTAATCCATC--TTAACAGATAGTACATGCG-ATGAGTC------GTGTGGATTAG-GTAA---GCGGTA-T-GGACC-CCTA--AATGAAGTA---TATACCAAATATCAAGTGCTGTTGC-ATACG--TAG-TTTCAAAGAAAAGTACAA--G--AAAATATTGA-TT----CCCAC-AATATCGAC-TAAA--AAATAATGTCAGA------------------GG---CAACAGG-AGTA-------------AGGTC---TGAATTCA-G-TAA-GGCAGTTTAT-GGAC-CCCTAAATGAA-TATTATACAAAATGACAAGGG--CTTGTA-T---TGCCGAGTT-CA-GAGAAAA-TGCGACGAAAATACATGTTACATGTGTTGTT-T-------CGGAC---GGATTATG------GAATTATTGA-CTAAG-CCG--GATTAA---CAGGAAGTTAACCAAAGC-AAAGAT-CTG--GA---TTC-GG-A--AGC------CGGT-TA-T-AGGACA---CC-----A--GATGAAGT-A-T--ATACCAAATAT-CAAATTGGCT-G--TA---A-TG-CAGTTT-CATAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAAttatggaattattgactaagccggattaacaggaagttaaccaaagcaaagatctggattcggaagccggttataggacaccagatgaagtatataccaaatatcaaattggctgtaatgcagtttcatagaaaagtgcgacgaaaaa
gi|11 : gactcgaatagattgaactaatcggtaacaaggaagtcacaagtgaaaaaactgaattcgcgtaatgcgctatgctgggacatctaatgaagtatagtataccaaatatcaagtggcggcgatatggcagct----GGA---ACA---G-----AC-----GT---AAA-AC---A-GGT-AAT-------C------C-CC-----CC--CC-CCCCTCCTTCCTCTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATa
gi|12 : AATAC-CATG-TAATT-GCCTGAT---TG-CAGGTT-CAGAGAACAAGTGGCCGACT---G--AAAATAT------------T-G-TTCGGCGAAGACGACC----CGG---ACG---G-----ACAGA-GGTT--AAA-AC---A---T-A-T-------A------C-CC-----CC---C-CCCC--------CTCCT------TC--aataattagtttaatgatctgaaccaaaaagatttcaaatgtaattcagaactgctaatataagaac
gi|13 : GTTTGCTGAGAA-AA-TA--TTAC----G--AAAA-----------------G-TGTGA----GGCAAAC----GGG----CGAATG-----ACAAT-G-----AAA-AC---A-G-T-T-TCC-----A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTAA----T---GG--AGCG---GGC-GTAT
gi|14 : tataaaTG----GACGGAATGACGGATG-ACG---GCGTGGACAAG-GGTGA-AAA-AC---A-G-T-A-T-------A------TACCAGTTGCC--CT-CCCT--------CTTCT------TC--GG--AGCAAGCGGG-ATATaata
gi|15 : gCCC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATata
gi|17 : AA-AC---A-G-TTA-T-------G------C-CC-----CC--CC-CC-C--------CTCCT------TT--GG--AGC----GGG-GTATaaaaattttaactcgcaaaaataaatgattttacaatgtaaatgcaactacactgtcaagaac
gi|18 : aagtatccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---ACG---G-----ACAGG-ATTTAAAAATAC---A-G-C-G-TTCGTACCA------C-CT-----CC--CC-CCAC--------CTCCT------TCGAGG--AGCG---GGGAGTAT
gi|19 : TG----GGAGGTG----GGG---ACG---A-----ACAGG-ATT---A----------T-T-A-T-------A------A-CC-----CC--CC-CCCC--------CCACT------TC--CGCTCGCG---GGG-GTATaaa
gi|2 : gcagaTTGAGATAACAGTGTGATG-AAAATATTTGATTTGG----CAAATGGGTATATTGATGAA---GTCGGTTAACAGGAAGT-----TG-AAGAGT-GAA-AGGTCTGAATTCG-GTAA-GCGGGGTA-TGGGACC-CCTA--GATGAAGTA--ATATAAAAAATGTCAAGTG--GCTGTGATACA--CAG-TTTCAGTTAAAAATGTGA--C--AAAATATG---------ATCAC-AATACG-AC--CAA--AAAT-ATTGAAAAGTCG--------------GG---CAACAGGAATTGG-CATGT---GAAAGGTC---TTAATTCG-G-TAAGCACGG--TAG-GGAC-CCCTTGATGAAGTCATACACCAAATATCAATTG--GCTGTGATA--TGC--ATTT-CA-GAGAGAAGTGCGACGAAAAAATAT----------TTATT-T-------C--AC---A--TTGGAGACTCCAAAATTTTAAGCTAAG-TC---GTTTAA---CAG-AAGTTGAC--ATGCGAAAGGT-CTG--AA---TTC-GGTA--AGC--G---CG---TA-T-GGGACC---CCT----A--GATGAAGTCA-T--ACACCAAATAT-CAAT-TGGCT-G--TGAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAGTG--CGAC----G--AAAATAT------------TTG-TTTTG----GACGGAA----GGA---ACG---G-----ACA---GGT---AAA-AC---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CC--CC-CCCC--------TTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTATaa
gi|21 : TG----GACGGAA----TGATGGATG---G-----ACAGG-TGT---AAA-AC---A-G-T-A-A-------C------C-CC-----CC--CC-CCCC--------C-CCT------NC--
gi|22 : caga---G-----ACACGCGGT---AAA-AC---AAG-T-AAT-------A------C-CC-----C-------------------TCCG------TC--GG--AGCG---CGG-GTAT
gi|23 : ggacA----AGA---ACA---G-----ACAGG-GGT---AAT-AC---A-G-T-A-T-------A----------------------ACAC--------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-aatta
gi|25 : ---AAA-ACCCCA-G-T-A-T-------AACCCCCC-CC-----CC--CC-CCCC--------CCCCT------TC--AG--AGCG---GGG-GTATcttatat
gi|28 : ----------TTGTT-T-------C--A----G--ACGGA------AT--TATTGA-CTAAG-TC---GGATAA---CAGGAAGTTAAC--a
gi|3 : AAATATCAGACA--GCTGGCCTGTG--TGG-TTCCTGAGAAAAATGTGA--C--AGAAATTGTGTCT----ATTG------------TTAA--AAAT-ATTTCTAAGTTG--------------CGTCCAAACAGGAAGTTG-A-CATGCG--CAGATT---GGAAACTGCA-TTA-CACGA--TAC-AGTTGTCCATACTGATGCTCTGTGCCAAATATCAGGAA--GCTGGC-T---TGT--GGTT-CCTGAGAAAAATGTGACAGAA----AT----------TTG-T-C-------C--AT---G--TT--A------AAAATATT---CTAAGTTC---GTCAAA---CA-GAAGTTGAC--ATGCGGCAGAT-TGG--AAAACTGC-GTTA--CAC--GATACAG--TA-T-G---TC---CAT----ACTGATG--CT-C-T--GTGCCAAATATACAGG-AAGCT-G--GGTT-A-TG-TGGTTT-CTGAGAA-AAATG--TGAC----AGCAAAAT-T------------TTG-T
gi|30 : -------A------C-CC-----CC--CCACCCC--------CTCCTCACTCTTC--GG--AGCG---GGG-GTATgacccgacgcc
gi|32 : aC-----CC--CC-CCCC--------CTCCT------TT--GG--AGCA---GGG-GTATaa
gi|4 : AATGNTAAAAG--ACTGTGGTAAATAT--AGTTGCT-GAGAAATATATGACGAAAAA---------------TGTTGTAGAGGAGC--ACTGTA--TTGGA------AAAAT--T---CCAAG-TCCTCGGCAAA---CAGGAAGTAGAT--ATCTGAAAGATTCTA--AA-------AATAC-ATCCTA---CAA--TA-T----ATCTTGCCT----A-T-ATAAAGC-T-TG-ATGCAAAATAT--GAG-CAGTTCG--TGAT-A-TA-TGGTTG-CTATGAT-TTATG--TGAA----G--AAAAGGT--------------G-----A----GACGGAA----TGA----CG---G-----A-AAG-TGT---AAA-AC---A-G-T-A---------A------C-CC-----CC--TC-CCC---------CTCCT------TC--GG--AGCG---GGG-GTAaaaa
gi|5 : AA---ATCGGTAAACAGGAAGT--------AGGTGTCGGACAGGTCTGAAATCG-GATC-CCACGATAATGGGACCACCTGCTGATGA--TG--G-ATATCAAAGGTCATGAG--GCTACGATAAAATTAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTA--ATGAAAATTTGCG-CT----ATTAA-AATAAC-AC-TGGA--AAAT-ATTCT-AAGTCGAAAATATTCAAGTCGG---AAACAGGAAGTAGAT-TGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-GATCC-CACGA--TATGGGAC-C
gi|6 : AG-TC---AGTAAA---CAGGAAGTTGAC--ATGTGTAAATT-CTG--AA---TTC-AATA--AGC--A---CGG--TA-T-GGGGCC---CCT------TTATGAAGTGA-T--ATACCAAATAT-CAAG-TGGGT-G--TAAT-A-TG-CAGTTT-CAGAGAA-AAATG--CGAT----G--AAAATAT------------CTA-TTTTG----GATGG------------ACG---G-----AT-----GT---AAA-AC---A-G-T-A-T-------A------C-CC-----CCCTCC-CCCC--------CTCCT------TC--AG--AGCG---accactgatg
gi|7 : AAAGGTCATGAG--GCTACGATAAT--TAA-TTGCTGAGTAAAGTGTTA--C--AAAATTTGCG-CT----ATTAAGAATAAC-ACCTGGA--AAAT-ATTCCAAA-TCG--------------GT---AAACAGGAAGTAG-G-TGT-CGGACAGGTC---TGAAATCG-G-
gi|9 : AAGT-CTGGGAA---TTCCAGTATTAAA--G---CGG--TAATAGGGACC---CCTTCTAA-AGATGAAGT-A-TTTATAACCAAT-C-CAAG-TG-CTAG--TGATTA-TG-TCTTTT-CAGATAA-GAATT--GGACTGAAA--AAAATAT------------TTGTTTTTG----GACatcccacgat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TCGTAAATGCGGTTCAACAGAGTTGTACACGGCAGTTGGACTGTGTTACAACGTTACAGTTTGTCCATATGATGTCGTGCATTCAGGAGTGTGGCCTATCGTGGTTTTCTGAGAAATGTGACAAGAAATTTCTGTG
Unaligned ( gi|10 ): GAAAAACCTAAATTAGTTTCAATAGTCAAAAAAATTATTAAGTTTGTCAACAAAAGGAAGTGGATCATGTTGTGTGCAGATATGGTATAAACTGTGATTAACAGTATCTCCGTACTGAAGGTAACTCTGTG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAAACAGGAGTTGACATGCGAGCAGATTGGAATGCTGTATCACAATCAAGTTACACCATAACGGCTGCTCTGTGCC
Unaligned ( gi|20 ): CAAATCAAAAGCCTGGCTTATGTGGTTTTCTGAGAAAATGTGACAGATACCATTTTGTTGACGCCGACG
Unaligned ( gi|24 ): CTGGCTTATGTGGTTTCTGAGAAAAACATGAGAGAAAAATTTTGTGACGCCGA
Unaligned ( gi|26 ): TGGTTTCTGAGAAAAATGTTTGACACACGATTTTGTGAACGCCGACGACGC
Unaligned ( gi|27 ): TGGTTTCTGAAAAAAATGTGACAGAAGAGTTTGTGACGCCGTCGACGA
Unaligned ( gi|29 ): TGAGAAAAATGTGACAGAAAATTTGGTGACTCTGACGACGACGACGC
Unaligned ( gi|31 ): AGAAAAATGTGACATAAAATTTTGTGACACCGATGCCA