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gi|2 : CCCGCGGTCT-C-GT-AGTACTCA-GC-CG--AACA------------C-ACTTGGTCACACAACCGG-GTTTCTGT-ATGTTTGAT-GT--ACT-TC-T-T-AA-TAGG---CA-GA-T-AATTCTCGAAC---CAAT-GCAAA-TTGAACGTA--G-CACCGCACA----T---G-A-GT-TT------CGTTG-TGTGGGCCCTTGTCTATCTA-G-G---T--T--CA-T------T-C---TCT-TA-------GCC-CCCTT-TGGTGGAGGCA-G-TATAC------------------TTCATCAT--TTG----CTTGT------GAATG---AAATGT-A--ATGAAT---G--ATTTGCT-ATAA---------TTTG---A-T-TGATA--A-T-----A-AT--------T-C-AT----T-GCCAG----T--TTTT-----CAGAGTTCT---T----------------------T-TT--TGGTC-CCAA-ATAT-TCTATAAGGGTTGTC------AC-----C-G---TG---CTGGTTT-CCC-GTG-GGC-GT------GA-TATATTAAT--TACAGGTAC-AT-GA-T----GT-T--TAA--AAT-TGTG-C-GGAGGGATTGGGCACAAATGCTAGAATTGTAGATATAATATTATATAAATAATATATAATTATAAAATAGATATTAATTGTTCAA----A-----TCATTATGA-C-A-TTT----TGAAACCTCCACTTCTCACACAG-TA-CGAGT--AGGTCA---AGTAA--A---TAGA--C-GACGTCTAAT-A-ACTACGGCGG---------------------G--CTGTCGG--C------------AAAA-TA-TA-----AGCATTTT-G--TTTTTG-TA-TC-ATA-TA--CG-AAAATATAtt
gi|10 : CCTCGGT-T-C-GA-AGTAT--A-GT-GG--AAAAAAATATAAAAAAT-ATT--GT-ATA-AACTGGTTTTTA-GACATGT--GAT-GT--ATA-TCAT-T-TA-TGGG---TA-GA-T-AATT-TC-AGC---CAAT-G-AAA-TTG--CGA---G-CG--GTACAG---G---G-C-GT-TC------GATTG--G--------T----------------------CA-T------T-C---TC--TG-------GCCGCCTTT-CG-----AGCT-G-TGAACA----C--AA--GT-T--T------T--T------CTTGT---TT---AT--CTGAAAG--A--ATGAA----G--ATTTACA-G-AA---------TTTG---A-A-TT-----A-T----AT-ATC-AT--A-T-C-AT----G--TCAG----G--TTTG-----TAGAG---T---T----------------------T-TT--TGGTC-CCAA-A-CT-TCAAG--GTGTT-TC------AT-----CTC---TG---GT--TTC-CCC-TTG-GAC-TT---------TATAT----------GGTAC-AT-AA-T----ATGT--AAAG-ATT-TATA-AGGGA--CATTTTGCAC-AATgt
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gi|18 : ttttccgcggttcgtagtatagcggaaaattattgtataaacgggtttttagtcatgtgatgtatgtcattaatgggcagataatttcaaccagtgaaattgcgtgaggtacaggtgttcgattgtgtgtctcaggtgatcattctctagccgcccttcgagcagtaaacacacgttttattgtttatgtgaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TTGTTCAA----T-----G-GCTATA--C-A-TTT----TAAGCTGG--A-TTTTCA---AA-TA------------------------AA--TAGT--C-GACGTCTAGTAA-GGTCTTGCGGAC-----------------------TGTCCG--C------------AAAA-TG-TA-----AGCATTTT-C-TTTTTTGTTA-TC-ATA-TAT--GAAAAgtg
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gi|15 : gattatttctatgtgtaggtgtaggttatgtttatgcctgcatattcgtatttatggtatatatacatatttgtttttttcgaatttcaatttgcacttgctgtacatgtatacggtaccccctatctttgtgtttTCTAAATA-ACTA--ACGAG----------------G---G--CTGTC-GAGC------------AAAAATAATA-----AGCATTTT-G-CTTacttaatt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-931 ) : TGTGTAGGGTGCTGTANGTTATGNT--TANGCCTGCGTATTANCGTATTTGTGGTGGGTGATAGGTATGGCAGTANTTGTGGTTTTCTCGGANTCNAGTTGGTGCACTGTGCGTGTTCAGTA----------CATGNATGACGGTANCCCCCCTTAATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGG-GC-TGTCG-GC-AAAAT-ATAAGC--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ATCAT-ATACG------AAAA-TATAGTGGATAC-----TTANTTT-TTTCCCGCGGT-T-C-GT-AGT-AT--A-GC-GG--AAAA------------T-ATT--GT---ATAAA-----CGGGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-CATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---CAAT-G-AAA-TTG--CG--T---G-CG--GTACA----G---G-TGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GGTCA-T------T-C---TC--T-A-------GCCGCCCTT-CGA-----GCA-G-TANACA----C----AA--GT---TTTC-TTGTT------CTTGTTT--G---ATGGTAAAAGT-A---ATGAA----G---ATTTGCA-ATAA----T-T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-TAA-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-AT-TC--A-A--AGGGTT-TC------AC-----CTC---TG---TT--TTTCCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--TT-A----TACAGGTAC-ATG-AT----GTTT--AAATATT-TGTG-CGGGAGGAATTTTGCACAA----------TGTAG-GTA-AA---TA-TATAG-AT--TATATA--TAT-------ATG-T---TTGTT-CAA----T-----TCACTATG--C-A-TTT----TGAAATATTTA-TTTTC-A---AATA-C-AGT--A--TCA----ATAAA-------------A--T-AGT------CG--GCG-----TCTAAT-AA-A---CTACGGCGGGC----GCTGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-TTTTTTG-TA-TCTATCAT-ATACGAAAAATATATTGGAT
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gi|12 : tagTAAAACT-ACA-ATGAATACGG---GTTT-TA-ATAAAATGTAT--TT-CG---A-----ACA--G--AA-AT--AT--A-TTCA--TG-------------CAAAG---TTTT-CCA--AG--T--TGGTTTCTTTTTTTTTTTATTTTTT--TTGGTC-CC-AA-A-AT-TC--A-A--G----T-TC------AT-----CTC---TT---TT--TTT-CTC-CATG---C-TT------GAATATA--CT------------TAC-ATGA-T----ATTT--AAATATT-TGTGAGGGGAGGGG--TTG-AC----AA----------TGT--------AA---TAT-TAT--A--ATA-----T-TA--TA------------------TTGTTCAATAGTACTCATGATG--C-ATTTT----TGAAA-ATATA----TC-A---AATA-T-AAT--A--TGA----ATAAA-------------A--TAAGTC-----CCGCG-----CCTTAT-A
gi|13 : T-TTTCCCGCGTT-T-G-GA-AGT-AT--A-GCAGG--AAAA------------A-TTT--GT---ATTGATGTTCCGAATGTTCTATAAATGT--TAT-GAATG-T-G-C-C-TATTGG---C---------T-TT-AGC---CAAT-C-AGA-T-----G--T---T-AG--G-ATA----GTTAG-TGGT--C-A-----GTG-TAGG--------GCA---CG-AGAATT-GGTCA-T------T-C---TC--T-A-------GCCGTCTTT-CGT-----GCT-G-TTAGCA----CCA--AA--AT---TCT-C-------------------------ATA----T-A---AT------------TTTGTA-----------T--TT-TG---G-T-TGACA------A-ATTTAT--A-T-CT--TG-------------CCCAG---TTT--CAG--AG--TAAT----------------------TT--TTG----CC-AA-A-AT-----------GGTTT-TT------AT-----CTC---TG---T---TTT-CCC-C-TG-GGT-CT------GA-Tcgtatgtaagctgtcg
gi|14 : T--A--TTA----ATAAA-------------A--A-AGT-------GGCA-----TTTACT-AA-----CTACGCCG-----GG----T-TGTT---AGCAA--------AATATG-----ACT--ATATT-A-CTTTTg
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gi|16 : TGTGTAGG----TGTAGGTTATGTT--TATGCCTGCATATT--CGTATT----TA--TGGTATATATA-CA-TATTTGTTTTTTTCGAATTTCAATT--TGCACT-TGC-TGT------A----------CATGTATACGGTA-CCCC-CT--ATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGGGCTGTCG-GC-AAAAT-ATAAGC--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ATCAT-ATACG------AAAATTATATTGGATAC-----TTAAT
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gi|5 : ttttccgcggttcgtagtatagcggaaaattattgtataaacgggtttttagtcatgtgatgtatgtcattaatgggcagataatttcaaccagtgaaattgcgtgaggtacaggtgttcgattgtgtgtctcaggtgatcattctctagccgcccttcgagcagtaaacacacgttttattgtttatgtgaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCCCG--GT-T-C-GTTAGT-AT--A-GC-GGGAAAAA------------T-ATT--GT---ATAAA-----CGGGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-CATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---TAAT-G-AAA--TG--CGTCT---G-CG--GTACA----G---GTTGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GGTCA-T------TCC---TC--T-A-------GCCGCCCTT-CGA-----GCA-G-TATACA----C-----A--GT---TTT-CTTG-----------TT--G---AT-GT-AAAGT-A---ATGAA----G---ATTTGC--ATAA------T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-T-A-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AACA-AT-TC--A-A--AGGGTT-TC------AC-----CTC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--T-------TACAGGTAC-ATGA-T----GTTTTAAAATATT-TGTG-CGGG-GGAATTTTGCAC----AA----------TGTA--G----AA---T-TGTAG--A-TATA-----TATA----------------------TTGTTCAA------TCACTATG--CAA-TTT----TGAAA-ATTTA-TTTTCAA---AATA-T-TGT--A--TCA----AT-AA-------------A--T-AGT------CGGCG-----TCTAAT--A-A---CTACGGC------GG---GC-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-GTTTTTGTTATTT---TATCAT-ATACG-AAAATATAGTG
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Reference ( family-931 ) : TGTGTAGG----TGTAGGT-ATGGT--TATGCCTGCGTATT-GCGTATT----TA--TGATATATATG-CA-TATTTGTTTTTTTCGAATTTCAATT--TGCACT-TGC-TGTTCA--TA----------CATGTATACGGTA-CCCCCCT--ATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGGGCTGTCG-GC-AAAAT-ATAAGC--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ATCAT-ATACG------AAAA-TATAGTGGATAC-----TTANTCT-TTTCCCGCGGT-T-C-GT-AGT-AT--A-GC-GG--AAAA------------T-ATT--GT---ATAAA-----CGGGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-CATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---CAAT-G-AAA-TTG--CG--T---G-CG--GTACA----G---G-TGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GGTCA-T------T-C---TC--T-A-------GCCGCCCTT-CGA-----GCA-G-TANACA----C----AA--GT---TTT-CTTGTT-T-TG---TTT--G---ATGGTAAAAGT-A---ATGAA----G---ATTTGCA-ATAA----T-T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-TAA-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-AT-TC--A-A--AGGGTT-TC------AC-----CTC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--TT-A----TACAGGTAC-ATGA-T----GTTT--AAATATT-TGTG-CGGGAGGAATTTTGCAC----AA----------TGTA--G-TA-AA---TATGTAG--ATTATA-----TATA--TA---T--------------TTGTTCAAT-----TCACTATG--C-A-TTT----TGAAATATTTA-TTTTC-A---AATA-C-AGT--A--TCA----ATAAA-------------A--T-AGT------CGGCG-----TCTAAT-AA-A---CTACGGCG-----GG---GC-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-TTTTTTG-----T---TATCAT-ATACG-AAAATATAGTGTAT
gi|1 : TGTGTAGG----TGTAGGT-ATGGTAATATGCCTGCATAT--ACGTATC----TA--TGA-ATATATG-CA-TATTTGTTTTTT--GAATTTCAATT--TACACT-TGC-TGTTCA--TAACTTTTCAAACATGTATACGGTA-TCCGCC---ATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGGGCTGTCG-GC-AAAAT-ATACGT--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ACCAT-ATACG------AAAA-TATAATGGATAC-----TTATTTT-TTTCCCGCGGT-T-C-GT-AGT-AT--A-GC-GG--AAAA------------T-ATT--GT---ATAAA-----CTGGT-GTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-TATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---CAAT-G-AAA-TTG--CG--T---G-CG--GTACA----G---G-TGTT--CAA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GG-CA-T------T-C---TC--T-A-------GCCACCCTT-CGA-----GCA-G-TAAACA----C----AA--GT---TTT-CTTGTTCT-TG---TTTAAG---ATGGTAAAAGT-A---ATGAA----G---ATTTGCA-ATAA----T-T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-TAA-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTTACAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-ATATC--A-AGGAGGGTT-TC------AC-----CTC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--TTAA----TACAGGTAC-ATGA-T----GTTA--AAGTATT-TGTG-TGGGAGGAATTTTGCAC----AA----------TGTAGTG-TA-GA---TATATAG--ATTATA-----TATA--TATGTT--------------TTGTTCAAT-----TCATTATG--C-A-TTT----TGAAATATTTA-TTTTC-A---AATA-T-AGT--A--TCA----ATAAA-------------ACGT-AGT------C-GCG-----TCTAAT-AA-A---CTACGGCG-----GGCGTGC-TGTC----GCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-TTTTTTG-----TATCTATC-T-AT-CGAAAAATATATCGTAT
gi|10 : CCTCGGT-T-C-GA-AGT-AT--A-GT-GG--AAAAAAATATAAAAAAT-ATT--GT---ATAAA-----CTGGT-TTTTAGACATGT--GAT-GTATA-TCA-T-T-TATGGG---TA-GAT-AATT-TC-AGC---CAAT-G-AAA-TTG--CG--A---G-CG--GTACA----G---GGCGTT--CGA-----TTG------------------------------GTCA-T------T-C---TC--T-G-------GCCGCCTTT-CGA-----GCT-G-TGAACA----C----AA--GT---TTTTCTTGTT-T--A---TCT--G---A------AAG--A---ATGAA----G---ATTTACA-G-AA----T-T--T---G---A-A-TTA------TAT-ATC-AT--A-T-CA--TG-------------TCAGG---TTTG-TAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-CT-TC--A-A--GGTGTT-TC------AT-----CTC---TG---GT--TTC-CCC-T-TG-GAC-TT---------TATA--T-----------GGTAC-ATAA-T----ATGT--AAAGATT-TATA-AGGGA--CATTTTGCAC----AA----------Tg
gi|11 : AAT-G-AAAATTG--CG--TTAAG-CG--GTACGAAAGG---G-TGTCTCCGAGAAAATTGGTGTG--------TCT---CA-GG---TTGGTCA-TGGTGTCT-C---TC--T-AAAATGAGGCCACAGTT-CGA-----GCA-GATAAACAATCAC----AAAAGT---TTT-CTTGTT-G-AGAAATAT--GT--ATGTT--AAGT-AAACATGAA----AGCTGTTCGCATAAAA----T-TTGTT-TGTGAA-TGTCGCA--ATTAA-AT---T--ACT-CAATTGAGGACAAGGATATTCTAG---CTAT-CAAGTAGCTT--T----------------------TT--TTGGTA-AC-AC-ATAT-CA--A-A--AGGGTT-TCTTCGAGATCTTTGCTC---TG---TT--TTT-CCCTC-TG-GGCATT------GA-TATG--TT-A----Ta
gi|12 : tagTAAAACT-ACA-ATGAATACGG---GTTT-TA-ATAAAATGTAT--TT-CG---A-----ACA--G--AA-AT--AT--A-TTCA--TG-------------CAAAG---TTTT-CCA--AG--T--TGGTTTCTTTTTTTTTTTATTTTTT--TTGGTC-CC-AA-A-AT-TC--A-A--G----T-TC------AT-----CTC---TT---TT--TTT-CTC-CATG---C-TT------GAATATA--CT------------TAC-ATGA-T----ATTT--AAATATT-TGTGAGGGGAGGGG--TTG-AC----AA----------TGT--------AA---TAT-TAT--A--ATA-----T-TA--TA------------------TTGTTCAATAGTACTCATGATG--C-ATTTT----TGAAA-ATATA----TC-A---AATA-T-AAT--A--TGA----ATAAA-------------A--TAAGTC-----CCGCG-----CCTTAT-A
gi|13 : T-TTTCCCGCGTT-T-G-GA-AGT-AT--A-GCAGG--AAAA------------A-TTT--GT---ATTGATGTTCCGAATGTTCTATAAATGT--TAT-GAATG-T-G-C-C-TATTGG---C---------T-TT-AGC---CAAT-C-AGA-T-----G--T---T-AG--G-ATA----GTTAG-TGGT--C-A-----GTG-TAGG--------GCA---CG-AGAATT-GGTCA-T------T-C---TC--T-A-------GCCGTCTTT-CGT-----GCT-G-TTAGCA----CCA--AA--AT---TCT-C-------------------------ATA----T-A---AT------------TTTGTA-----------T--TT-TG---G-T-TGACA------A-ATTTAT--A-T-CT--TG-------------CCCAG---TTT--CAG--AG--TAAT----------------------TT--TTG----CC-AA-A-AT-----------GGTTT-TT------AT-----CTC---TG---T---TTT-CCC-C-TG-GGT-CT------GA-Tcgtatgtaagctgtcg
gi|14 : T--A--TTA----ATAAA-------------A--A-AGT-------GGCA-----TTTACT-AA-----CTACGCCG-----GG----T-TGTT---AGCAA--------AATATG-----ACT--ATATT-A-CTTTTg
gi|14 : tTTTACTAACTACGCCGGGTTGTTA-GC-AAAAT-ATGACT--ATATTA-CT-------TTTGCA-AACAG-ATGTG------ACGA-TAAAGTTGATACTGTCATTAATCT-TTgcaaacagatgtgacgataaagttgatactgtcattaatctttgcatcatttatgatgtgacaaatatacctttttcgcatgttttccccgaaaatccttctttacatttacagtaaaagctttcgtggtcctccgagggaatacattgaccttccgataaacatggtgtaacggcacatggatctgtagaacaaatgaataca
gi|15 : ttattaataaaaaagtggcaGTATAGGGTGCTGTATGT-ATGG----AGGCCTGCGTATTAGCGTATTGTGATGGGTGATAGGTATGGCAGTAGTTGTGGTTTTCGGAATCAAGTTGGTGCACTGTGCGTGTTCAGTTG----------GATG---ACGGTAACCCCCCTTAATCTTTGTGTTTCTAAATAACTAACGAGGGCTGTCGAGCAAAAATAATAAGC--ATTTTGCTTCCCTCTCTTCGTTCATCATCATACGGAACCCAAAA-T-CAGTGG--AC-----TCACTCTATTTgcatcatttatgatgtgacaaatatacctttttcgcatgttttccccgaaaatccttctttacatttacagtaaaagctttcgtggtcctccgagggaatacattgaccttccgataaacatggtgtaacggcacatggatctgtagaacaaatgaataca
gi|16 : TGTGTAGG----TGTAGGTTATGTT--TATGCCTGCATATT--CGTATT----TA--TGGTATATATA-CA-TATTTGTTTTTTTCGAATTTCAATT--TGCACT-TGC-TGT------A----------CATGTATACGGTA-CCCC-CT--ATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGGGCTGTCG-GC-AAAAT-ATAAGC--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ATCAT-ATACG------AAAATTATATTGGATAC-----TTAAT
gi|17 : gattatttcta--G-TAACAT--AT--A-C-CA--TG-------------CCCAG---ATTT-CA-------C--T----------------------TTACTTGATC-CA-AA-A-AC-TC--A-A--AAGGTT-TC------AT-----C------G---GT--ATT-CCC-C-TG-CGC-TC------CA-TACA--TT-A----t
gi|18 : atgacataaccatgtcgataaacaaaaccatgtcgataaaatattacaaccTA-----T-TA--TA---T--------------T-GTTCAAT-----G-GCTATA--C-A-TTT----TAAGCTGG--A-TTTTC-A---AAT----------------------AA-------------A--T-AGT------CGACG-----TCTAGT-AA-G---GTCTTGC------GG---AC-TGTC---CGCAA--------AATGTA-----AGC--ATTTT-C-TTTTTTG-----T---TATCAT-ATATG-AAAATAGAGTGaagggtc
gi|19 : atac-ATT--AT---AAAAA-----CGG-T-TTTTAGT-ATATA-GAT-GTATGTTCA-T-TACATGTG---CATGATCAATT-T--AACTCTTAAT-G-TGA--TG--CG--T---G--G--ATGCA--------G-T-TT--CG------TTG-TGTG---------CT---CATGG---TGGGTCA-G------T-CGGGTCGGT-A-------GCCGCCg
gi|2 : CCCGCGGTCT-C-GT-AGT-ACTCA-GC-CG--AACA------------C-ACTTGGTCACACAAC-----CGGGT-TTCT-GT-ATGTTTGAT-GTACT-TC--T-T-AATAGG---CA-GAT-AATTCTCGAAC---CAAT-GCAAA-TTGAACG--TA--G-CACCGCACA----T---G-AGTT--TCG-----TTG-TGTGGGCCCTTGTCTATCTA-GG---T---TCA-T------T-C---TC--TTA-------GCC-CCCTT-TGGTGGAGGCA-G-TATAC--------------------TT-CATCAT-T-TG---CTT--GTGAATG--AAATGT-A---ATGAAT---G---ATTTGCT-ATAA----T-T--T---G---A-T-TGATA--A-TAA------T----T-CA--TT-------------GCCAG---TTTTTCAG--AG--T--TCTT-------------------TT--TTGGTC-CC-AA-ATAT-TCT-ATA--AGGGTTGTC------AC-----CG----TG---CTGGTTT-CCC-G-TG-GGC-GT------GA-TATA--TT-AAT--TACAGGTAC-ATGA-T----GTTT--AAA-A-T-TGTG-C-GGAGGGATTGGGCAC----AAATGCTAGAATTGTA--GATATAATATTATATAA--ATAATA-----TATAATTA---TAAAATAGATATTAATTGTTCAAA-----TCATTATGA-C-A-TTT----TGAAACCTCCACTTCTC-ACACAGTA-CGAGT--AGGTCA----AGTAA-------------A--T-AGA------CGACG-----TCTAAT--A-A---CTACGGC------GG---GC-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G--TTTTTG---------TATCAT-ATACG-AAAATATAGT
gi|20 : TATTCA-------TCAATA-G--C-A-TTTGTT-TTAAACATTCA-TTT----------A-T-AAT--G--TCATTTTGTAAA-------------T--T-AATAAATCCCGACG--------AATTAA-ATGTCTACGGCA-----GG----C-TGTC---GGCAA--------AACA-A-----GACTTGTTTT-G-TTTATT
gi|20 : aAATGTCTACGGCAGGCTGTCG-GC-AAAAC-A-AGACTTGTTTTGTTT-------ATT
gi|21 : atattcatcaatagcatttgttttaaacattcatttataatgtcattttgtaaattaataaatcccgacgaattaTTTACA-G-AA----T-T--TTCTT---A-C-ATGCA--A-TAA--C--AC--C-T-CA--TA-------------CCCAT---TTTT---G--GG----------------------------------GGTC-GC-AA-A-CT-TC--A-A--AGGGTT-TT------A-------TC---AA---TT--TTC-ACC-C-GG-GGC-CC------TA-TAGAAGCT-A----CACAGGCA
gi|24 : aat---CTACGGCA-----GA---GCATGTC---GGCAA--------A--ACA-----AG---ATGGT-G-TTGTTTA-----T---TA
gi|3 : agttagatgtTTCCGCGGT-T-C-GT-AGT-AT--A-GC-GGAAAAAA------------T-ATT--GT---AAAAA-----CCG-----TTGG----GT-------TATG-TCA-TAT-CATAGGAAACA-GAT---TT-TC-CAA---CAATCG-CAA--GG--CG--T---GACGCCGTACA----G---GTTGTTTCCGA-----AT--TGTG--------TCT---CA-GA---G-AGTCA-T------T-C---TTCAT-A-------GCC-CCCTT-CGA-----GCA-G-TATACA----CG---AA--GTCAATTT-CTTGTT-T-AG---C-----------GTAAAGATAA---ATGGA----G---ATTTGCATATA-----------T-AG---A-T-TTGCAGGG-TAC-AT--ATAAA-T-CA--TGC------------CCCAGTCCTCTT-CAG--AG--TTAT----------------------TT--TTGGTCACCAAA-A-AT-TCTAA-A--AGGGTT-TC------AC-----CTTCCATGTCTTT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--TT-AAAATTACA-GTACAATGA-TGCACGTTTAAAAATATTATGTG-CGG--GGGATTTTGCACCTAGAT----------TGTA--G-TA-TA----ATGT----ATTATGGTTTTTATA--AA---T--------------CT------T-----TCACTATGATCGA-TTTATACTG-AATA--TA-GTTTC-AT--AATATT-AGTCGA--TCAAGG-ATAAAC------------AACT-AAC------C--CA-----TCGGGT-AATA---CTACGGGGGGTGTGG---GC-TGTTGCGGGCAATAGAGAAGAATGTATACTTAGC--ATTTTCGCTTTTTTG-----T---TATCATCATACG-AAA
gi|4 : -TTTTCCGCGGT-T-C-GT-AGT-AT--A-GC-GG--AAAA------------TTATT--GT---ATAAA-----CGGGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-AATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---CAGT-G-AAA-TTG--CG--T---G-AG--GTACA----G---G-TGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GATCA-T------T-C---TC--T-A-------GCCGCCCTT-CGA-----GCA-G-TAAACA----C----AC--GT---TTT-ATTGTT-TATG---Ttt
gi|4 : GGGGAATTTTGCAC----AA----------TGTA--G----AA---T-TGTAG--AT---G-----TATG--TA---T--------------T-GTTCAAT-----CC-CTATG--C-A-TTC----TGAAAT--TTA-TTTTC-A---AATA-CCAGT--A--TCA----ATAAA----------------C-AGT------CGGCG-----TCTAAT-AA-----CTACGGCG-----GG----C-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-TGTTTTG-----T---TATCAT-ATACG-AAAATATAGTGgaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggggaattttgcacaatgtagaattgtagatgtatgtattgttcaatccctatgcattctgaaatttattttcaaataccagtatcaataaacagtcggcgtctaataactacggcgggctgtcggcaaaatataagcattttgtgttttgttatcatatacgaaaatatagtg
gi|5 : ttttccgcggttcgtagtatagcggaaaattattgtataaacgggtttttagtcatgtgatgtatgtcattaatgggcagataatttcaaccagtgaaattgcgtgaggtacaggtgttcgattgtgtgtctcaggtgatcattctctagccgcccttcgagcagtaaacacacgttttattgtttatgtgaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCCCG--GT-T-C-GTTAGT-AT--A-GC-GGGAAAAA------------T-ATT--GT---ATAAA-----CGGGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-CATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---TAAT-G-AAA--TG--CGTCT---G-CG--GTACA----G---GTTGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GGTCA-T------TCC---TC--T-A-------GCCGCCCTT-CGA-----GCA-G-TATACA----C-----A--GT---TTT-CTTG-----------TT--G---AT-GT-AAAGT-A---ATGAA----G---ATTTGC--ATAA------T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-T-A-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AACA-AT-TC--A-A--AGGGTT-TC------AC-----CTC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--T-------TACAGGTAC-ATGA-T----GTTTTAAAATATT-TGTG-CGGG-GGAATTTTGCAC----AA----------TGTA--G----AA---T-TGTAG--A-TATA-----TATA----------------------TTGTTCAA------TCACTATG--CAA-TTT----TGAAA-ATTTA-TTTTCAA---AATA-T-TGT--A--TCA----AT-AA-------------A--T-AGT------CGGCG-----TCTAAT--A-A---CTACGGC------GG---GC-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-GTTTTTGTTATTT---TATCAT-ATACG-AAAATATAGTG
gi|6 : GCGGT-TTC-GTCAGT-AT--ACGC-GG--ACAC------------TTATT--GT---ATAAA-----CGG-T-TTTTAGTCATGT--GATCGTATG-TCAAT-T-AATGGG---CAAGAT-A-TT-TC-AAA---CCAG-G-AAA-TTG--CG--T---G-AG--GTACA----G---G--GTT--CGA-----TTG-TGTT--------CCT---CA-GG---T-GATCA-T------CGCA--TC--T-A--------CCGCCCTTTCGA-----GCATG-TACACA----C--------GCC--TTT-ATTGTT-T-TA---T-----------GTGAAAG--A---TTGAA----G---ATTTACA--TAA----T-T--TT--GCT-A-T-TTGCA--G-TAA--T--A---A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--T-GGTC-AC-TA-A-AT-TC--A-A--AGGGTT-TT------AC------TC---TG---TT--TTTTCCC-C-TGCGGC-TT------GA-TAAA--TT-A----CA-AGGTAC-ATGAAT----GTTT--AAATATT-TGTG-TGGG-GGAATTTTGCAC----A-----------TGTA----CG-AA---T-TGTAAGAATTGT------TATGG-TA---T--------------T-GTTCAAC-----TCACTATG--CTA-TTTC---TGAAAT--TTA-TTTTC-A---AATA-C-AGT-----TCA----ATAA-----------------C-AGT------CGGCGCG---TCTAAT-AA------TACGGCA-----GG---GC-TGTC---GGCAA--------AATAAT-----AGC--ATTTT-G-TGTTTTG-----T---TATCAT-ATACG-AAA
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gi|8 : TTCCGCGGT-T-CAGT-AGT-AT--A-GC-GG--AAAAA-----------T-ATT--GT---ATAAA-----TGAGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-CATGGG---CA-AAT-AATT-TT-AGC---CAAT-G-AAA-TTG--CA--T---G-TG--GTACA----G---G-TGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GGTCA-T------G-C---TC--T-A-------GCCACCTTT-CAA-----GCA-G-TAAACA----CAATTAA--AT---TTT-CTTG-A-T-TA---T--------ATG----AAAT-A---ATGAA----G---ATATACA-A-AA------T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-T-A-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CTTAG---TTTT-TTG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-AG-TC--A-A--GGGGTT-TC------A-------TC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--TT-A----CAT-GAT----CGA-T----GTTT--AAATAAT-TGTG-TTGGA--AATTTTGCAC----AA----------TGTA--GATA-AA---TA---AT--ATTAT------TATA--TA---C--------------T--TTCAAT-----
gi|9 : AAGT-A---ATGAA----G---ATTTGCA--TAA----T-T--TT--G---A-T-TTCAA--G-TAA--T--AT--A-T-CA--TT-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-AT-TC--A-A--AGGGTT-TC------AC-----CAC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGT-TTCAAATTGA-TATA--TT-A------CAGGTGC-ATGA-T----GTTT--AAATATT-TGTG-TGGG-GGAATTTTGCAC----AA----------TGTA--G----AA---T-TGTAG--AG---A-----TATA--TA---T--------------T-GTTCAAT------CATTATG--C-A-TTT----TGAAAT--TTA-TTTTC-A---AATA-CTAGT--A--TCA----ATAAATATTCGGTGTCTAA--T-AACTA----CGGCGGGCTGTCTAAT-AA-----CTACGGTG-----GG----C-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-TTTTTTG-----T---TATCAT-ATACG-AAAATATA
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originalCons : TGTGTAGG----TGTAGGT-ATGGT--TATGCCTGCGTATT-GCGTATT----TA--TGATATATATG-CA-TATTTGTTTTTTTCGAATTTCAATT--TGCACT-TGC-TGTTCA--TA----------CATGTATACGGTA-CCCCCCT--ATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGGGCTGTCG-GC-AAAAT-ATAAGC--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ATCAT-ATACG------AAAA-TATAGTGGATAC-----TTANTCT-TTTCCCGCGGT-T-C-GT-AGT-AT--A-GC-GG--AAAA------------T-ATT--GT---ATAAA-----CGGGT-TTTTAGTCATGT--GAT-GTATG-TCA-T-T-CATGGG---CA-GAT-AATT-TC-AAC---CAAT-G-AAA-TTG--CG--T---G-CG--GTACA----G---G-TGTT--CGA-----TTG-TGTG--------TCT---CA-GG---T-GGTCA-T------T-C---TC--T-A-------GCCGCCCTT-CGA-----GCA-G-TANACA----C----AA--GT---TTT-CTTGTT-T-TG---TTT--G---ATGGTAAAAGT-A---ATGAA----G---ATTTGCA-ATAA----T-T--TT-TG---A-T-TTGCA--G-TAA-AT--AT--A-T-CA--TG-------------CCCAG---TTTT-CAG--AG--T--T----------------------TT--TTGGTC-CC-AA-A-AT-TC--A-A--AGGGTT-TC------AC-----CTC---TG---TT--TTT-CCC-C-TG-GGC-TT------GA-TATA--TT-A----TACAGGTAC-ATGA-T----GTTT--AAATATT-TGTG-CGGGAGGAATTTTGCAC----AA----------TGTA--G-TA-AA---TATGTAG--ATTATA-----TATA--TA---T--------------TTGTTCAAT-----TCACTATG--C-A-TTT----TGAAATATTTA-TTTTC-A---AATA-C-AGT--A--TCA----ATAAA-------------A--T-AGT------CGGCG-----TCTAAT-AA-A---CTACGGCG-----GG---GC-TGTC---GGCAA--------AATATA-----AGC--ATTTT-G-TTTTTTG-----T---TATCAT-ATACG-AAAATATAGTGTAT
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15 : ttattaataaaaaagtggcaGTATAGGGTGCTGTATGT-ATGG----AGGCCTGCGTATTAGCGTATTGTGATGGGTGATAGGTATGGCAGTAGTTGTGGTTTTCGGAATCAAGTTGGTGCACTGTGCGTGTTCAGTTG----------GATG---ACGGTAACCCCCCTTAATCTTTGTGTTTCTAAATAACTAACGAGGGCTGTCGAGCAAAAATAATAAGC--ATTTTGCTTCCCTCTCTTCGTTCATCATCATACGGAACCCAAAA-T-CAGTGG--AC-----TCACTCTATTTgcatcatttatgatgtgacaaatatacctttttcgcatgttttccccgaaaatccttctttacatttacagtaaaagctttcgtggtcctccgagggaatacattgaccttccgataaacatggtgtaacggcacatggatctgtagaacaaatgaataca
gi|16 : TGTGTAGG----TGTAGGTTATGTT--TATGCCTGCATATT--CGTATT----TA--TGGTATATATA-CA-TATTTGTTTTTTTCGAATTTCAATT--TGCACT-TGC-TGT------A----------CATGTATACGGTA-CCCC-CT--ATCTTTGTGTTTTCTAATAACTACGGCGGGCTGTCG-GC-AAAAT-ATAAGC--ATTTTGTTT-------TTTGTT-ATCAT-ATACG------AAAATTATATTGGATAC-----TTAAT
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gi|18 : atgacataaccatgtcgataaacaaaaccatgtcgataaaatattacaaccTA-----T-TA--TA---T--------------T-GTTCAAT-----G-GCTATA--C-ATTT----T--A-AG--C--T-GGA-TTTTC-A---AAT---------------------AA-------------A--T-AGT--CGACG-----TCTAGT-AA-G---GTCTTGC------GG---AC-TGTC---CGCAA--------AATGTA-----AGC--ATTTT-C-TTTTTTG-----T---TATCAT-ATATG-AAAATAGAGTGaagggtc
gi|19 : atac-ATT--AT---AAAAA-----CGG-T-TTTTAGT-ATATA-GAT-GTATGTTCA-T-TACATGTG---CATGATCAATT-T--AACTCTTAAT-G-TGA--TG--CG--T---G--G--ATGCA--------G-T-TT--CG------TTG-TGTG---------CT---CATGG---TGGGTCA-G------T-CGGGTCGGT-A-------GCCGCCg
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