lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22 11 99999999999999999 1 1111111 11111 77777777777 1111 1111111111 11111 1 2222222222222 111 22222 2222222222222 333333333333333 11 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 3 11 1 4 44 22222222222222222 66 4 1 5 5 55 4 4 666 0 7777777 00000 55 00000000000 55 55 4 2222 55 55 4444444444 11111 88 3 2 0000000000000 1 222 77777 77 1 5 3 666 2222222222222 99999 6 9999 5 2 4 000000000000000 33 1 6 66666 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 6
lowQualScore : . .. . . .. ................. .. . . . . .. . . ... . ....... ..... .. ........... .. .. . .... .. .. .......... ..... .. . . ............. . ... ..... .. . . . ... ............. ..... . .... . . . ............... .. . . ..... . . ......................................................................................... . .
lowQualScore : 7 44 7 0 44 22222222222222222 11 0 2 9 0 55 0 0 666 5 5555555 00000 55 44444444444 55 55 0 0000 55 55 7777777777 00000 11 6 1 0000000000000 0 777 88888 66 7 2 0 222 0000000000000 11111 2 0000 1 0 5 999999999999999 88 2 5 00000 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0
consensus : GTTTNATATC--AGGTCCAAGNAATNGCTAT-CAC---AAC-----GA--TTCTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GACACAGGGGG--ANC--TGTGTTT-----CCACGA--CA---AC-GAA--C--TAC--AC-AA---NAG--CCA--CCATACC-----CG---CCGTCNTTAACG-TC-ACCTGTCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGACTNCCGGGA-GTCACCTACCCTANTGGA--TA--CNGT---C--AATA-----CGCATTT--AACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTNTACGGTANG----TGT---GGACGTTTTATT--ATTNTATGAACATGTANCNAGTTTTTCGCNGATTTTATNNCAATGCCNCAGTA-ATGCACNTTCAGTAAGAAGAGAGACANAGACGAATCNANGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
Reference ( gi|3 ) : GTTTGATATC--AGGTCCAAGCAATCACTATGCAC---AAC-----GA--TTTTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACTACCGA--C-AG-GACACAGGGGG--AGT--TGTGTTT-----CCACGA--TA---AC-GAATAC--TAC--AC-AA---CAG--CCA--CCATACC-----CG---CCGTCATTAACG-TC-ACGTGTCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGACTACAAGGA-GTTATCTACCCTAGTGGA--TA--CAGT---C--AATA-----CGCGTAT--AATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTATG----TGT---AGACATTTTATT--ATTGTATTAGCGTATAACTAGT-----AC--------TGC--ATACCACAGTATATACATGCTCAGT----------ATACA-ACGAATTAAAGAAAACATCCGTCCACGGCAACGATCTTCAGA
gi|1 : GTTTTATATCTCAGGTCCAAGCAATGGCT-----T---AACTGGAAGA--TTTTTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACGAA--T-AG-GACACAGGGTA--AAT--TGTGTTT-----CCACGA--CA---AT-GAAAAC--TAC--AC-AA---CAG--CCA--CCATACC-----CG---CCGTC
gi|5 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatTTAATATCC-AGATTCGACAAATCACTA--CACTGGAA------GA--TTTTTGGGGTTTTCAC-TGTACGTATCAAATACAACAGA--C-AA-AACACAGGGAG--AAT--TGTGTTT-----CCATGA--CA----C-AAG--C--TAC--AC-AA---GAG--CCA--CCATACC-----CG---CCGTCCTTAACG-TC-ACCTGTCTA------------TCTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GCGACTATCAGGA-A--ACCT-TCCTGCTGGT--TA--TAGT---A--CCTA-----CGCATTC--AATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTCCATGGTACGT---TGT---TG-TATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacggtatgtctgggtgttttattacttcatgaatatatatcaagtttttcacttgaatgctccagtaatgcacctttagtacagagacgaattcaaaaagttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|2 : gTGATATC--AGGTGCAAGCAATGCCTATGGTG---GTC-----GA--TTCTTGGGATTTTCGT-TATACGTTTCAAACACAACCGA--G-AG-GACTCAGGGAC--ACG--TGTGTTT-----CCACGA--CA----C-AAA--C--TAC--AC-AA---GAA--GCA--CCATACC-----AG---CCGTCGTTACCG-TCGAC-TGCCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGA------GGA-GTTACCTACCCTAGTGGA--TA--CAGT---C--AATA-----CGCATTT--AATGAGCTTTGTGAGGTAGAAGTTTACGGTATG----ATT---GGATTTGTTTTTAAATTTTATGAACATGTAACTAGT-----GCAGATTTTATTCCAATGCCACAATA-ATACACGTTCAGTAAGAAGAGAGATACA-ACGAATCAATGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAtccataaatggaaccttaacatcatgcgtttgcataactttgaaattaat
gi|6 : TATCTAAGGTCCAGGAAGCCGTTATG------GTC-----GA--TTTGCTGGATTTTTCC-TCTTCGTATCTAACACCAC-GT--CTAA-GAT-C-GGCGGCCATC--TTTGTTT-----CCATGAGCTACAGACTGTAGACCGTAC--ACCAA---CAG----A----AAACC-----AG---ACA--ATAAGC--------TGTTCT------------GTTCATGGACGATATGTTATATACTACAACGAGCGGAGATC----GGATGTTACCTATCCTAGTTAT--TA--CTCA---C--AATA-----CGCATTT--AATGAACTGTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTGAG----TGTCTGAATCGTTTTATT--TTTATtttct
gi|10 : atgtatcactTC--AGGTTCAAGTAATAGCT-----T---AACTGGAAGA--TTCTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACAGA--C-AG-GACACATGGAG--AAT--TGTGTTT-----CCGCGA--CA----C-AAG--C--TAC--AC-AA---GAG--CCA--CCATACC-----CG---CCGTCCTTAACG-TC-ACCTGTCAA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---AAGAAAATCGGGG-GTGACCTACCCTAGTGGA--TA--CAGT---C--AATA-----CGCATAT--AATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTCATGGTATG----Tt
gi|9 : tcTC--AGATCCACGTAATAACC-T-CACTGGAA------GA--TTTCTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GACACAAGAAG--ACT--TGTGTTT-----CCATGA--CA----C-AAA--C--TAC--AC-AA---GAG--CCA--CCATACC-----CG---CCGTCCTTAACG-TC-ACCTGTCCA------------GTTCACGGACAATACGTAATCTACTACAACGA---AAGACTACAAGGA-GTTACCTACCCTAGCGGA--TA--TGAT---C--CATA-----CGCATTT--AATGAACTGTGTGAAGTAGAAGTTTACGGTA
gi|8 : tttttC--AGATGCCAGTAAT-GCT-TACAC---CACTC---GA--TTCCTTGGTTTCTCGG-TGTACATATCGAACACAACCAA--C-AAAGAT---GACGG--AGTACTGTGTTT-------------TA---AA-GA-CAC--GACGTAC-AA---CAGATCCA--CAATACC------GAACCCGACA--AACC-TA-ACATGTCCT------------GGACACGGACGTTACGTCATCTACTATAACGA---GAGGCTCCAGGGT-GTCACTTATCCTCCTGGA--TA--T--T---C--TACA-----GGCGCATTCAACGAACTCTGTGAACTGGAAGTATACGGTA
gi|7 : ttttttgAC---ATC-----GAGGTTTCTAGGATTT-CATCTCTACATATCCAACACAACGAA--C-AG--ACA-AGATGGTCATC--TGTGTTT-----CCGCGA--TA----C-GA-T-C--TAT--AC-AA---AAT--CCA--CCATACC-----GC---CCGTGGTCAACA-CA-ACCTGTCCA------------GTACACGGACAATACGTTATTTATTACAACGA---AAGACTCTCAGGA-ACTACTTATCCTTCTGGT--TA--TTTT---C--CCTT-----TGCATAC--AACGAACTATGTGAGGTTGAAGTATATGGTAAG----Ta
gi|4 : ctttgttttgcagacaaaaataacatttat-----GA--TTCTTGGGGTTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AA-GACAGAAGGAA--AAC--TATGCTT-----CCACGA--CA---A---AA-GC--TAC--AC-AAGAGCAA--CCATACCANNNN-----NN---NNNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNN---N--NNNNNNNNNCGCATTT--AATGAACTGTGTGAGGTAGAGGTCTATGGTACGTTGCTGT----GACATTTCATT--AATG
gi|13 : tccaggttctacaaatggatttactgccaGGTTTCTCGG-TCTACATATCGAACACAAACAATAC-AG-AAGAC--GGGG--TAC--TGTGTTCTAATGCCACGA--TG--------------TAC--AC-CA---AAG--ACA--CAATGCCGAGTACG---CC------AACTCTC-ACATGTCCT------------GGGTACGGACGCTACGTCATCTACTATAACGA---GAGACTCCCGAAT-GTCACTTACCCTGCCGGA--TA--T--T---CCAAGTA-----CGCATTC--AACGATCTCTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTAAG----Tgaaccgaaccaacacacattcgtataatcttgaagttaa
gi|12 : ccttACC-----CGT--CCGTGAAAAACA-TC-ACGTGTCCAAACAAATCACCTGTGTATGGGAGATACGTCATTTACTATAACCA---GAGACGGTCAGAT-ATCATATACC--AAGGGAACTACTCAG-------AATT-----TGCCTAT--AACGACTTGTGTGAAGTGGAGGTGTACGGTA
gi|11 : gttggctggatatatgctgtttatatccaacaccactaataaggacgatggcgatttctgtacgtactattttaaatatgaaagaaacgAACA-TC-AACTGTTCT------------ATTTATGGAAGATACGTCATATACTACAATGAACGGAAACC----GGATGTCGATTATCCTAAT-----TA--CTATTCGC--AGTA-----TGCTTTC--AATGAACTATGTGAAGTAGAGGTCTATGGTAa
gi|1 : ttttataggtcccacattatatgtttcacgaatggctggctttttcctgtttgtttccaacactacgtccaaagacgacggatatctttgttttcatgaaatacagaacgtaagcggtacgcctttagaagaccagACGGTATG----TCT---GGGTGTTTTATT--ACTTCATGAATATATATCAAGTTTTTCACT-------TGA--ATGCTCCAGTA-ATGCACCTTTAGT----------ACAGAGACGAATTCAAAAA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATTTCACTATCCCTTCGATCTATATCTGGTATGTTTCATTATACATGTTCTGTTAAGAATGAATCCAACAA
Unaligned ( gi|15 ): TAATACATGTGTACTTAGAACTGTAGAAGAGTAAGCATGATTTCCCTATTTTCGATATTTTATGCCAGGAAATACA
Unaligned ( gi|16 ): AAAATGAGAAATTTGTATATAACTTTACAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111
lowQualScore : 11 666666666666666 11 2 111111111111 1111111111111 1111111111111111111 333333333333 111111111111111111111 1 8888888888888888 44444444
lowQualScore : 1 66 0 1 33 333333333333333 55 55 0 3 0 3 55 3 3 3 4 1 00 1 3 2 55 777 55 666 1 2 55 444444444444 3 55 3 7777777777777 0 555 888 3 1 1 444 4444444444444444444 0 1 1 1 111111111111 99 1 0 0 1 1 444444444444444444444 1 3 0 1 2222222222222222 11 1 88888888 3 4
lowQualScore : . .. . . .. ............... .. .. . . . . .. . . . . . .. . . . .. ... .. ... . . .. ............ . .. . ............. . ... ... . . . ... ................... . . . . ............ .. . . . . . ..................... . . . . ................ .. . ........ . .
lowQualScore : 0 77 9 0 33 666666666666666 55 00 5 6 3 6 00 6 6 6 4 0 00 0 6 2 00 000 00 444 0 0 00 777777777777 3 55 3 6666666666666 2 888 888 9 8 0 999 8888888888888888888 7 0 0 0 222222222222 22 0 2 7 0 0 000000000000000000000 0 3 7 0 7777777777777777 77 0 33333333 0 0
consensus : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCTAT-NACTGGAA-C--GA--TT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAGGGAG--AACTGTGTTTCCACGA-CA-CG--AN--CT--ACAC---AAGAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTCGTTAACG-TCACCTGTCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACGT---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAGT-----GC-----TTACT-CAATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGT--------A-ACA-A-ACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
Reference ( family-8930 ) : GTTTNATATC--AGGTCCAAGNAATNGCTAT-CAC---AA-C--GA--TT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAGGGGG--ANCTGTGTTTCCACGA-CAACG--AA--CT--ACAC---AANAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTCNTTAACG-TCACCTGTCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGACTNCCGGGAGTCACCTACCCTANTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTNTACGGTANGTG--TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACATGTANCNAGTTTTTCGCNGATTTTATNNCAATGCCNCAGTA-ATGCACNTTCAGTAAGAAGAGAGACANAGACGAATCNANGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
gi|1 : GTTTTATATCTCAGGTCCAAGCAATGGCT-T-AACTGGAA----GA--TT--TTTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACGAA--T-AG-GAC-ACAGGGTA--AATTGTGTTTCCACGA-CAATGAAAA--CT--ACAC---AACAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTC
gi|1 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatACGGTATGTC--TG----GG-TGTTTTATT--ACTTCATGAATATATATCAAGTTTTTCAC-----TTG----AATGCTCCAGTA-ATGCACCTTTAGT----------ACAGAGACGAATTCAAAAA--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacggtatgtctgggtgttttattacttcatgaatatatatcaagtttttcacttgaatgctccagtaatgcacctttagtacagagacgaattcaaaaagttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|10 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatgttttatatctcaggtccaagcaatggcttaactggaagatttttgggattttcgttatatgtatcaaacacaacgaataggacacagggtaaattgtgtttccacgacaatgaaaactacacaacagccaccatacccgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTC--AGGTTCAAGTAATAGCT-T-AACTGGAA----GA--TT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACAGA--C-AG-GAC-ACATGGAG--AATTGTGTTTCCGCGA-CA-CA--AG--CT--ACAC---AAGAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTCCTTAACG-TCACCTGTCAA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---AAGAAAATCGGGGGTGACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTCATGGTATGTgttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|11 : tcAACA-TCAACTGTTCT------------ATTTATGGAAGATACGTCATATACTACAATGAACGGAAA---CCGGATGTCGATTATCCTAAT-----TACTATTCGC--AG-TA-----TGCTTTCAATGAACTATGTGAAGTAGAGGTCTATGGTA
gi|12 : ttttataggtcccacattatatgtttcacgaatggctggctttttcctgtttgtttccaacactacgtccaaagacgacggatatctttgttttcatgaaatacagaacgtaagcggtacgcctttagaagaccagAC------C-----CGTCCGTGAAAAACA-TCACGTGTCCAAACAAATCACCTGTGTATGGGAGATACGTCATTTACTATAACCA---GAGACGGTCAGATATCATATACC--AAGGGAACTAC--T---CAGAA-TT-----TGCCTATAACGACTTGTGTGAAGTGGAGGTGTACGGTA
gi|13 : gttggctggatatatgctgtttatatccaacaccactaataaggacgatggcgatttctgtacgtactattttaaatatgaaagaaacg--CTTGGT-TTCTCGG-TCTACATATCGAACACAAACAATAC-AG-AAG-AC--GGGG--TACTGTGTTCTAATGC-CA-CG--AT--GT--ACAC---CAAAGACA--CAATGC------CGAGTACG-CC------AACTCTCACATGTCCT------------GGGTACGGACGCTACGTCATCTACTATAACGA---GAGACTCCCGAATGTCACTTACCCTGCCGGA--TATT-C---C--AAGTA-----CGCATTCAACGATCTCTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTAAGTa
gi|2 : cTGATATC--AGGTGCAAGCAATGCCTAT-GGT---GGTC--GA--TT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTTTCAAACACAACCGA--G-AG-GAC-TCAGGGAC--ACGTGTGTTTCCACGA-CA-CA--AA--CT--ACAC---AAGAAGCA--CCATAC------C-----AG-CCGTCGTTACCG-TCGACTGCCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGA------GGAGTTACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAGCTTTGTGAGGTAGAAGTTTACGGTATGAT--TG----GA-TTTGTTTTTAAATTTTATGAACATGTAACTAGT-----GCAGATTTTATTCCAATGCCACAATA-ATACACGTTCAGTAAGAAGAGAGATACA-ACGAATCAATGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
gi|3 : GTTTGATATC--AGGTCCAAGCAATCACTATGCAC---AA-C--GA--TT--TTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACTACCGA--C-AG-GAC-ACAGGGGG--AGTTGTGTTTCCACGA-TAACG--AATACT--ACAC---AACAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTCATTAACG-TCACGTGTCCA------------GTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GAGACTACAAGGAGTTATCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCGTATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTATGTG--TA----GA-CATTTTATT--ATTGTATTAGCGTATAACTAG--------------TACTGC-ATACCACAGTATATACATGCTCAGT--------ATACA---ACGAATTAAAGAAAACATCCGTCCACGGCAACGATCTTCAGAtttct
gi|4 : C--AGGTTCTACAAATGGAT-T-TAC---TG-CCAGA--TT--CTTGGGGTTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AA-GAC-AGAAGGAA--AACTATGCTTCCACGA-CAA-A--AG--CT--ACACAAGAGCAACCATACCANNN------N-----NN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN---N--NN-NNNNNNNCGCATTTAATGAACTGTGTGAGGTAGAGGTCTATGGTACGT---TGCTGTGA-CATTTCATT--A
gi|5 : tcTTAATATCC-AGATTCGACAAATCACTA--CACTGGAA----GA--TT--TTTGGGGTTTTCAC-TGTACGTATCAAATACAACAGA--C-AA-AAC-ACAGGGAG--AATTGTGTTTCCATGA-CA-CA--AG--CT--ACAC---AAGAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTCCTTAACG-TCACCTGTCTA------------TCTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGA---GCGACTATCAGGAA--ACCT-TCCTGCTGGT--TATAGT---A--CC-TA-----CGCATTCAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTCCATGGTACGT------------TGTTGTATT--TTTCCATAAAatggaaccgaaccaacacacattcgtataatcttgaagttaa
gi|6 : gTATCTAAGGTCCAGGAAGCCGTTAT-GGT------C--GA--TTTGCT--GGATTTTTCC-TCTTCGTATCTAACACCAC-GT--CTAA-GAT--C-GGCGGCCATCTTTGTTTCCATGAGCTACA--GA--CTGTAGAC---CGTA--CA--CCA-ACAGAAAAC-----CA---GACAATAA-G-----CTGTTCT------------GTTCATGGACGATATGTTATATACTACAACGA---GCGGAGATCGGATGTTACCTATCCTAGTTAT--TACTCA---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTGAGTGTCTG----AATCGTTTTATT--TTTATtggaaccttaacatcatgcgtttgcataactttgaaattaat
gi|7 : atgtatcactAAATAACATTTAT--AC---AT-C--GAGGTT--TCTAGGATTT-CATCTCTACATATCCAACACAACGAA--C-AG--AC-A-AGATGGTCATCTGTGTTTCCGCGA-TA-CG--AT--CT--ATAC---AAAATCCA--CCATAC------C-----GC-CCGTGGTCAACA-CAACCTGTCCA------------GTACACGGACAATACGTTATTTATTACAACGA---AAGACTCTCAGGAACTACTTATCCTTCTGGT--TATTTT---C--CC-TT-----TGCATACAACGAACTATGTGAGGTTGAAGTATATGGTAAGTt
gi|8 : ctttgttttgcagacaaC--AGATGCCAGTAATGCTTA--CAC---CA-CTCGA--TT--CCTTGGTTTCTCGG-TGTACATATCGAACACAACCAA--C-AAAGATGAC--GGAG--TACTGTGTTTTAAAGA-CA-CG--AC--GT--ACAA---CAGATCCA--CAATAC------CGAA--C--CCGACA--AACC-TAACATGTCCT------------GGACACGGACGTTACGTCATCTACTATAACGA---GAGGCTCCAGGGTGTCACTTATCCTCCTGGA--TAT--T---C--TA-CAGG---CGCATTCAACGAACTCTGTGAACTGGAAGTATACGGTA
gi|9 : ttttttgTC--AGATCCACGTAATAACC-T-CACTGGAA----GA--TT--TCTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAAGAAG--ACTTGTGTTTCCATGA-CA-CA--AA--CT--ACAC---AAGAGCCA--CCATAC------C-----CG-CCGTCCTTAACG-TCACCTGTCCA------------GTTCACGGACAATACGTAATCTACTACAACGA---AAGACTACAAGGAGTTACCTACCCTAGCGGA--TATGAT---C--CA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTAGAAGTTTACGGTAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATTTCACTATCCCTTCGATCTATATCTGGTATGTTTCATTATACATGTTCTGTTAAGAATGAATCCAACAA
Unaligned ( gi|15 ): TAATACATGTGTACTTAGAACTGTAGAAGAGTAAGCATGATTTCCCTATTTTCGATATTTTATGCCAGGAAATACA
Unaligned ( gi|16 ): AAAATGAGAAATTTGTATATAACTTTACAAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333333 111111 1111111111111111111 222222222222 66666666666666666 1 99999999999999 44444444
lowQualScore : 0 66 0 1 55 777777777777777 55 0 3 0 3 55 3 3 3 88 55 1 3 3 55 666 55 7777 3 666 55 000000 666 00 3 44 3 2 2 444 1 1 1 444 4444444444444444444 0 1 1 5 4 333333333333 99 1 0 22222222222222222 3 00000000000000 88888888 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ............... .. . . . . .. . . . .. .. . . . .. ... .. .... . ... .. ...... ... .. . .. . . . ... . . . ... ................... . . . . . ............ .. . . ................. . .............. ........ . .
lowQualScore : 2 77 9 0 66 111111111111111 00 5 6 3 6 00 6 6 6 66 99 5 6 6 00 000 00 7777 6 444 00 555555 444 88 6 44 3 5 2 666 0 8 9 999 8888888888888888888 7 0 1 4 4 888888888888 22 0 2 00000000000000000 3 00000000000000 33333333 0 0
consensus : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAGT-C-----TT-ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
Reference ( family-8930 ) : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AN--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAGTGC-----TT-ACT-C-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTA-ACA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
gi|1 : GTTTTATATCTCAGGTCCAAGCAATGGCT----TA-ACTGGAA-GATT--TTTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACGAA--T-AG-GAC-ACAG--GGTAAATTGTGTTTCCACGACAA-TGAAAA--CT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-C
gi|1 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatACGGTATG-TC--TG----GG-TGTTTTATT--ACTTCATGAATATATATCAAGTTT-----TTCACT-TGAATGCTCCAGTA-ATGCACCTTTAGTACAGA----------GACGAATTCAAAAA--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacggtatgtctgggtgttttattacttcatgaatatatatcaagtttttcacttgaatgctccagtaatgcacctttagtacagagacgaattcaaaaagttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|10 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatgttttatatctcaggtccaagcaatggcttaactggaagatttttgggattttcgttatatgtatcaaacacaacgaataggacacagggtaaattgtgtttccacgacaatgaaaactacacaacagccaccatacccgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTC--AGGTTCAAGTAATAGCT----TA-ACTGGAA-GATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACAGA--C-AG-GAC-ACAT--GGAGAATTGTGTTTCCGCGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCAAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAAAGAAAATCGGGGGTGACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTCATGGTATG-T---gttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|11 : tcAACA-TCAACTGTTCTATTTATGGAAGATACGTCATATACTACAATGAACGGAAACCGGATGTCGATTATCCTAAT-----TACTATTCGC--AG-TA-----TGCTTTCAATGAACTATGTGAAGTAGAGGTCTATGGTA
gi|12 : ttttataggtcccacattatatgtttcacgaatggctggctttttcctgtttgtttccaacactacgtccaaagacgacggatatctttgttttcatgaaatacagaacgtaagcggtacgcctttagaagaccag-TCACCTGT---GT--ATGGGAGATACGTCATTTACTATAACCAGAGACGGTCAGATATCATATACC--AAGGGAACTAC--T---CAGAA-TT-----TGCCTATAACGACTTGTGTGAAGTGGAGGTGTACGGTA
gi|13 : gttggctggatatatgctgtttatatccaacaccactaataaggacgatggcgatttctgtacgtactattttaaatatgaaagaaacgacccgtccgtgaaaaacatcacgtgtccaaacaaa--CTTGGT-TTCTCGG-TCTACATATCGAACACAAACAATAC-AG-AAG-ACGG--GGT--ACTGTGTTCTAATGCC-A-CG--AT--GT--ACACC----AA-AGA---CA--CAATGC------C---GA--GTACGCCAACTCTCACATGTCCTGGGTACGGACGCTACGTCATCTACTATAACGAGAGACTCCCGAATGTCACTTACCCTGCCGGA--TATT-C---C--AAGTA-----CGCATTCAACGATCTCTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTAAG-T---a
gi|2 : cTGATATC--AGGTGCAAGCAATGCCT---ATG-G-TGGT-CGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTTTCAAACACAACCGA--G-AG-GAC-TCAG--GGACACGTGTGTTTCCACGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AAG---CA--CCATAC------C---AGCCGT-CGTTACCG-TCGACTGCCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGA------GGAGTTACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAGCTTTGTGAGGTAGAAGTTTACGGTATGAT---TG----GA-TTTGTTTTTAAATTTTATGAACATGTAACTAGTGCAGATTTT-ATTCC-AATGCCACAATA-ATACACGTTCAGTA-AGAAGAGAGATACAACGAATCAATGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
gi|3 : GTTTGATATC--AGGTCCAAGCAATCACT---ATGCAC---AACGATT--TTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACTACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGGGAGTTGTGTTTCCACGAT-AACG--AATACT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CATTAACG-TCACGTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACAAGGAGTTATCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCGTATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTATG-TG--TA----GA-CATTTTATT--ATTGTATTAGCGTATAACTAG---------T-ACT-G-CATACCACAGTATATACATGCTCAGTATAC-----------AACGAATTAAAGAAAACATCCGTCCACGGCAACGATCTTCAGAtttct
gi|4 : C--AGGTTCTACAAATGGAT----TT-ACTGCCA-GATT--CTTGGGGTTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AA-GAC-AGAA--GGAAAACTATGCTTCCACGAC-A-AA--AG--CTACACAAG----AGCAAC---CATACCANNN------N---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN---N--NN-NNNNNNNCGCATTTAATGAACTGTGTGAGGTAGAGGTCTATGGTACG-T---TGCTGTGA-CATTTCATT--A
gi|5 : tcTTAATATCC-AGATTCGACAAATCACT---A-C-ACTGGAA-GATT--TTTGGGGTTTTCAC-TGTACGTATCAAATACAACAGA--C-AA-AAC-ACAG--GGAGAATTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCTATCTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGCGACTATCAGGAA--ACCT-TCCTGCTGGT--TATAGT---A--CC-TA-----CGCATTCAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTCCATGGTACG-T---T---------GTTGTATT--TTTCCATAAATGatggaaccgaaccaacacacattcgtataatcttgaagttaa
gi|6 : gTATCTAAGGTCCAGGAA---GCC---GTT-A-TGGT-CGATTTGCT--GGATTTTTCC-TCTTCGTATCTAACACCAC-GT--CTAA-GAT--CGGC-GGCCATCTTTGTTTCCATGA---------G--CT--ACAGACTGTAG-ACCGTACA--CCA-ACAGAAAAC---CA--GA-CAATAA-G-----CTGTTCTGTTCATGGACGATATGTTATATACTACAACGAGCGGAGATCGGATGTTACCTATCCTAGTTAT--TACTCA---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTGAG-TGTCTG----AATCGTTTTATT--TTTATgaaccttaacatcatgcgtttgcataactttgaaattaat
gi|7 : atgtatcactGGTT--TCTAGGATTT-CATCTCTACATATCCAACACAACGAA--C-AG--AC-A-AGATGGTCATCTGTGTTTCCGCGAT-A-CG--AT--CT--ATACA----AA-ATC---CA--CCATAC------C---GCCCGT-GGTCAACA-CAACCTGTCCAGTACACGGACAATACGTTATTTATTACAACGAAAGACTCTCAGGAACTACTTATCCTTCTGGT--TATTTT---C--CC-TT-----TGCATACAACGAACTATGTGAGGTTGAAGTATATGGTAAG-T---t
gi|8 : ctttgttttgcagacaaaaataacatttatacatcgaC--AGATGCCAGTAATG-CTTACACC-ACT----CGATT--CCTTGGTTTCTCGG-TGTACATATCGAACACAACCAA--C-AAAGATGAC----GGAGTACTGTGTTTTAAAGAC-A-CG--AC--GT--ACAAC----AG-ATC---CA--CAATAC------CGAAC-CCGA-CA--AACC-TAACATGTCCTGGACACGGACGTTACGTCATCTACTATAACGAGAGGCTCCAGGGTGTCACTTATCCTCCTGGA--TAT--T---C--TA-CAGG---CGCATTCAACGAACTCTGTGAACTGGAAGTATACGGTA
gi|9 : ttttttgTC--AGATCCACGTAATAACC----TC-ACTGGAA-GATT--TCTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAA--GAAGACTTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACAATACGTAATCTACTACAACGAAAGACTACAAGGAGTTACCTACCCTAGCGGA--TATGAT---C--CA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTAGAAGTTTACGGTAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATTTCACTATCCCTTCGATCTATATCTGGTATGTTTCATTATACATGTTCTGTTAAGAATGAATCCAACAA
Unaligned ( gi|15 ): TAATACATGTGTACTTAGAACTGTAGAAGAGTAAGCATGATTTCCCTATTTTCGATATTTTATGCCAGGAAATACA
Unaligned ( gi|16 ): AAAATGAGAAATTTGTATATAACTTTACAAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333333 111111 1111111111111111111 222222222222 666666666666666666 1 66666666666666 44444444
lowQualScore : 0 66 0 1 55 777777777777777 55 0 3 0 3 55 3 3 3 88 55 1 3 3 55 777 55 7777 3 666 55 000000 666 00 3 44 3 2 2 444 1 1 1 444 4444444444444444444 0 1 1 5 4 333333333333 99 1 0 888888888888888888 3 77777777777777 88888888 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ............... .. . . . . .. . . . .. .. . . . .. ... .. .... . ... .. ...... ... .. . .. . . . ... . . . ... ................... . . . . . ............ .. . . .................. . .............. ........ . .
lowQualScore : 2 77 9 0 66 111111111111111 00 5 6 3 6 00 6 6 6 66 99 5 6 6 00 666 00 7777 6 444 00 555555 444 88 6 44 3 5 2 666 0 8 9 999 8888888888888888888 7 0 1 4 4 888888888888 22 0 2 000000000000000000 3 00000000000000 33333333 0 0
consensus : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
Reference ( family-8930 ) : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TCTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
gi|1 : GTTTTATATCTCAGGTCCAAGCAATGGCT----TA-ACTGGAA-GATT--TTTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACGAA--T-AG-GAC-ACAG--GGTAAATTGTGTTTCCACGACAA-TGAAAA--CT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-C
gi|1 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatACGGTATG-TC--TG----GG-TGTTTTATT--ACTTCATGAATATATATCAAG------TTTTTCACT-TGAATGCTCCAGTA-ATGCACCTTTAGTACAGA----------GACGAATTCAAAAA--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacggtatgtctgggtgttttattacttcatgaatatatatcaagtttttcacttgaatgctccagtaatgcacctttagtacagagacgaattcaaaaagttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|10 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatgttttatatctcaggtccaagcaatggcttaactggaagatttttgggattttcgttatatgtatcaaacacaacgaataggacacagggtaaattgtgtttccacgacaatgaaaactacacaacagccaccatacccgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTC--AGGTTCAAGTAATAGCT----TA-ACTGGAA-GATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACAGA--C-AG-GAC-ACAT--GGAGAATTGTGTTTCCGCGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCAAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAAAGAAAATCGGGGGTGACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTCATGGTATG-T---gttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|11 : tcAACA-TCAACTGTTCTATTTATGGAAGATACGTCATATACTACAATGAACGGAAACCGGATGTCGATTATCCTAAT-----TACTATTCGC--AG-TA-----TGCTTTCAATGAACTATGTGAAGTAGAGGTCTATGGTA
gi|12 : ttttataggtcccacattatatgtttcacgaatggctggctttttcctgtttgtttccaacactacgtccaaagacgacggatatctttgttttcatgaaatacagaacgtaagcggtacgcctttagaagaccag-TCACCTGT---GT--ATGGGAGATACGTCATTTACTATAACCAGAGACGGTCAGATATCATATACC--AAGGGAACTAC--T---CAGAA-TT-----TGCCTATAACGACTTGTGTGAAGTGGAGGTGTACGGTA
gi|13 : gttggctggatatatgctgtttatatccaacaccactaataaggacgatggcgatttctgtacgtactattttaaatatgaaagaaacgacccgtccgtgaaaaacatcacgtgtccaaacaaa--CTTGGT-TTCTCGG-TCTACATATCGAACACAAACAATAC-AG-AAG-ACGG--GGT--ACTGTGTTCTAATGCC-A-CG--AT--GT--ACACC----AA-AGA---CA--CAATGC------C---GA--GTACGCCAACTCTCACATGTCCTGGGTACGGACGCTACGTCATCTACTATAACGAGAGACTCCCGAATGTCACTTACCCTGCCGGA--TATT-C---C--AAGTA-----CGCATTCAACGATCTCTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTAAG-T---a
gi|2 : cTGATATC--AGGTGCAAGCAATGCCT---ATG-G-TGGT-CGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTTTCAAACACAACCGA--G-AG-GAC-TCAG--GGACACGTGTGTTTCCACGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AAG---CA--CCATAC------C---AGCCGT-CGTTACCG-TCGACTGCCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGA------GGAGTTACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAGCTTTGTGAGGTAGAAGTTTACGGTATGAT---TG----GA-TTTGTTTTTAAATTTTATGAACATGTAACTAGTGCAGATTTT--ATTCC-AATGCCACAATA-ATACACGTTCAGTA-AGAAGAGAGATACAACGAATCAATGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
gi|3 : GTTTGATATC--AGGTCCAAGCAATCACT---ATGCAC---AACGATT--TTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACTACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGGGAGTTGTGTTTCCACGAT-AACG--AATACT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CATTAACG-TCACGTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACAAGGAGTTATCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCGTATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTATG-TG--TA----GA-CATTTTATT--ATTGTATTAGCGTATAACTAG---------T--ACT-G-CATACCACAGTATATACATGCTCAGTATA-C----------AACGAATTAAAGAAAACATCCGTCCACGGCAACGATCTTCAGAtttct
gi|4 : C--AGGTTCTACAAATGGAT----TT-ACTGCCA-GATT--CTTGGGGTTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AA-GAC-AGAA--GGAAAACTATGCTTCCACGAC-A-AA--AG--CTACACAAG----AGCAAC---CATACCANNN------N---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN---N--NN-NNNNNNNCGCATTTAATGAACTGTGTGAGGTAGAGGTCTATGGTACG-T---TGCTGTGA-CATTTCATT--A
gi|5 : tcTTAATATCC-AGATTCGACAAATCACT---A-C-ACTGGAA-GATT--TTTGGGGTTTTCAC-TGTACGTATCAAATACAACAGA--C-AA-AAC-ACAG--GGAGAATTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCTATCTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGCGACTATCAGGAA--ACCT-TCCTGCTGGT--TATAGT---A--CC-TA-----CGCATTCAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTCCATGGTACG-T---T---------GTTGTATT--TTTCCATAAATGatggaaccgaaccaacacacattcgtataatcttgaagttaa
gi|6 : gTATCTAAGGTCCAGGAA---GCC---GTT-A-TGGT-CGATTTGCT--GGATTTTTCC-TCTTCGTATCTAACACCAC-GT--CTAA-GAT--CGGC-GGCCATCTTTGTTTCCATGA---------G--CT--ACAGACTGTAG-ACCGTACA--CCA-ACAGAAAAC---CA--GA-CAATAA-G-----CTGTTCTGTTCATGGACGATATGTTATATACTACAACGAGCGGAGATCGGATGTTACCTATCCTAGTTAT--TACTCA---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTGAG-TGTCTG----AATCGTTTTATT--TTTATgaaccttaacatcatgcgtttgcataactttgaaattaat
gi|7 : atgtatcactGGTT--TCTAGGATTT-CATCTCTACATATCCAACACAACGAA--C-AG--AC-A-AGATGGTCATCTGTGTTTCCGCGAT-A-CG--AT--CT--ATACA----AA-ATC---CA--CCATAC------C---GCCCGT-GGTCAACA-CAACCTGTCCAGTACACGGACAATACGTTATTTATTACAACGAAAGACTCTCAGGAACTACTTATCCTTCTGGT--TATTTT---C--CC-TT-----TGCATACAACGAACTATGTGAGGTTGAAGTATATGGTAAG-T---t
gi|8 : ctttgttttgcagacaaaaataacatttatacatcgaC--AGATGCCAGTAATG-CTTACACC-ACT----CGATT--CCTTGGTTTCTCGG-TGTACATATCGAACACAACCAA--C-AAAGATGAC----GGAGTACTGTGTTTTAAAGAC-A-CG--AC--GT--ACAAC----AG-ATC---CA--CAATAC------CGAAC-CCGA-CA--AACC-TAACATGTCCTGGACACGGACGTTACGTCATCTACTATAACGAGAGGCTCCAGGGTGTCACTTATCCTCCTGGA--TAT--T---C--TA-CAGG---CGCATTCAACGAACTCTGTGAACTGGAAGTATACGGTA
gi|9 : ttttttgTC--AGATCCACGTAATAACC----TC-ACTGGAA-GATT--TCTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAA--GAAGACTTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACAATACGTAATCTACTACAACGAAAGACTACAAGGAGTTACCTACCCTAGCGGA--TATGAT---C--CA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTAGAAGTTTACGGTAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATTTCACTATCCCTTCGATCTATATCTGGTATGTTTCATTATACATGTTCTGTTAAGAATGAATCCAACAA
Unaligned ( gi|15 ): TAATACATGTGTACTTAGAACTGTAGAAGAGTAAGCATGATTTCCCTATTTTCGATATTTTATGCCAGGAAATACA
Unaligned ( gi|16 ): AAAATGAGAAATTTGTATATAACTTTACAAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333333 111111 1111111111111111111 222222222222 555555555555555555 1 66666666666666 44444444
lowQualScore : 0 66 0 1 55 777777777777777 55 0 3 0 3 55 3 3 3 88 55 1 3 3 55 777 55 7777 3 666 55 000000 666 00 3 44 3 2 2 444 1 1 1 444 4444444444444444444 0 1 1 5 4 333333333333 99 1 0 888888888888888888 3 77777777777777 88888888 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ............... .. . . . . .. . . . .. .. . . . .. ... .. .... . ... .. ...... ... .. . .. . . . ... . . . ... ................... . . . . . ............ .. . . .................. . .............. ........ . .
lowQualScore : 2 77 9 0 66 111111111111111 00 5 6 3 6 00 6 6 6 66 99 5 6 6 00 666 00 7777 6 444 00 555555 444 88 6 44 3 5 2 666 0 8 9 999 8888888888888888888 7 0 1 4 4 888888888888 22 0 2 000000000000000000 3 00000000000000 33333333 0 0
consensus : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
Reference ( family-8930 ) : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
gi|1 : GTTTTATATCTCAGGTCCAAGCAATGGCT----TA-ACTGGAA-GATT--TTTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACGAA--T-AG-GAC-ACAG--GGTAAATTGTGTTTCCACGACAA-TGAAAA--CT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-C
gi|1 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatACGGTATG-TC--TG----GG-TGTTTTATT--ACTTCATGAATATATATCAAG------TTTTTCACT-TGAATGCTCCAGTA-ATGCACCTTTAGTACAGA----------GACGAATTCAAAAA--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacggtatgtctgggtgttttattacttcatgaatatatatcaagtttttcacttgaatgctccagtaatgcacctttagtacagagacgaattcaaaaagttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|10 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatgttttatatctcaggtccaagcaatggcttaactggaagatttttgggattttcgttatatgtatcaaacacaacgaataggacacagggtaaattgtgtttccacgacaatgaaaactacacaacagccaccatacccgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTC--AGGTTCAAGTAATAGCT----TA-ACTGGAA-GATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACAGA--C-AG-GAC-ACAT--GGAGAATTGTGTTTCCGCGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCAAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAAAGAAAATCGGGGGTGACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTCATGGTATG-T---gttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|11 : tcAACA-TCAACTGTTCTATTTATGGAAGATACGTCATATACTACAATGAACGGAAACCGGATGTCGATTATCCTAAT-----TACTATTCGC--AG-TA-----TGCTTTCAATGAACTATGTGAAGTAGAGGTCTATGGTA
gi|12 : ttttataggtcccacattatatgtttcacgaatggctggctttttcctgtttgtttccaacactacgtccaaagacgacggatatctttgttttcatgaaatacagaacgtaagcggtacgcctttagaagaccag-TCACCTGT---GT--ATGGGAGATACGTCATTTACTATAACCAGAGACGGTCAGATATCATATACC--AAGGGAACTAC--T---CAGAA-TT-----TGCCTATAACGACTTGTGTGAAGTGGAGGTGTACGGTA
gi|13 : gttggctggatatatgctgtttatatccaacaccactaataaggacgatggcgatttctgtacgtactattttaaatatgaaagaaacgacccgtccgtgaaaaacatcacgtgtccaaacaaa--CTTGGT-TTCTCGG-TCTACATATCGAACACAAACAATAC-AG-AAG-ACGG--GGT--ACTGTGTTCTAATGCC-A-CG--AT--GT--ACACC----AA-AGA---CA--CAATGC------C---GA--GTACGCCAACTCTCACATGTCCTGGGTACGGACGCTACGTCATCTACTATAACGAGAGACTCCCGAATGTCACTTACCCTGCCGGA--TATT-C---C--AAGTA-----CGCATTCAACGATCTCTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTAAG-T---a
gi|2 : cTGATATC--AGGTGCAAGCAATGCCT---ATG-G-TGGT-CGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTTTCAAACACAACCGA--G-AG-GAC-TCAG--GGACACGTGTGTTTCCACGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AAG---CA--CCATAC------C---AGCCGT-CGTTACCG-TCGACTGCCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGA------GGAGTTACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAGCTTTGTGAGGTAGAAGTTTACGGTATGAT---TG----GA-TTTGTTTTTAAATTTTATGAACATGTAACTAGTGCAGATTTT--ATTCC-AATGCCACAATA-ATACACGTTCAGTA-AGAAGAGAGATACAACGAATCAATGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
gi|3 : GTTTGATATC--AGGTCCAAGCAATCACT---ATGCAC---AACGATT--TTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACTACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGGGAGTTGTGTTTCCACGAT-AACG--AATACT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CATTAACG-TCACGTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACAAGGAGTTATCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCGTATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTATG-TG--TA----GA-CATTTTATT--ATTGTATTAGCGTATAACTAG---------T--ACT-G-CATACCACAGTATATACATGCTCAGTATA-C----------AACGAATTAAAGAAAACATCCGTCCACGGCAACGATCTTCAGAtttct
gi|4 : C--AGGTTCTACAAATGGAT----TT-ACTGCCA-GATT--CTTGGGGTTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AA-GAC-AGAA--GGAAAACTATGCTTCCACGAC-A-AA--AG--CTACACAAG----AGCAAC---CATACCANNN------N---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN---N--NN-NNNNNNNCGCATTTAATGAACTGTGTGAGGTAGAGGTCTATGGTACG-T---TGCTGTGA-CATTTCATT--A
gi|5 : tcTTAATATCC-AGATTCGACAAATCACT---A-C-ACTGGAA-GATT--TTTGGGGTTTTCAC-TGTACGTATCAAATACAACAGA--C-AA-AAC-ACAG--GGAGAATTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCTATCTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGCGACTATCAGGAA--ACCT-TCCTGCTGGT--TATAGT---A--CC-TA-----CGCATTCAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTCCATGGTACG-T---T---------GTTGTATT--TTTCCATAAATGatggaaccgaaccaacacacattcgtataatcttgaagttaa
gi|6 : gTATCTAAGGTCCAGGAA---GCC---GTT-A-TGGT-CGATTTGCT--GGATTTTTCC-TCTTCGTATCTAACACCAC-GT--CTAA-GAT--CGGC-GGCCATCTTTGTTTCCATGA---------G--CT--ACAGACTGTAG-ACCGTACA--CCA-ACAGAAAAC---CA--GA-CAATAA-G-----CTGTTCTGTTCATGGACGATATGTTATATACTACAACGAGCGGAGATCGGATGTTACCTATCCTAGTTAT--TACTCA---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTGAG-TGTCTG----AATCGTTTTATT--TTTATgaaccttaacatcatgcgtttgcataactttgaaattaat
gi|7 : atgtatcactGGTT--TCTAGGATTT-CATCTCTACATATCCAACACAACGAA--C-AG--AC-A-AGATGGTCATCTGTGTTTCCGCGAT-A-CG--AT--CT--ATACA----AA-ATC---CA--CCATAC------C---GCCCGT-GGTCAACA-CAACCTGTCCAGTACACGGACAATACGTTATTTATTACAACGAAAGACTCTCAGGAACTACTTATCCTTCTGGT--TATTTT---C--CC-TT-----TGCATACAACGAACTATGTGAGGTTGAAGTATATGGTAAG-T---t
gi|8 : ctttgttttgcagacaaaaataacatttatacatcgaC--AGATGCCAGTAATG-CTTACACC-ACT----CGATT--CCTTGGTTTCTCGG-TGTACATATCGAACACAACCAA--C-AAAGATGAC----GGAGTACTGTGTTTTAAAGAC-A-CG--AC--GT--ACAAC----AG-ATC---CA--CAATAC------CGAAC-CCGA-CA--AACC-TAACATGTCCTGGACACGGACGTTACGTCATCTACTATAACGAGAGGCTCCAGGGTGTCACTTATCCTCCTGGA--TAT--T---C--TA-CAGG---CGCATTCAACGAACTCTGTGAACTGGAAGTATACGGTA
gi|9 : ttttttgTC--AGATCCACGTAATAACC----TC-ACTGGAA-GATT--TCTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAA--GAAGACTTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACAATACGTAATCTACTACAACGAAAGACTACAAGGAGTTACCTACCCTAGCGGA--TATGAT---C--CA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTAGAAGTTTACGGTAa
blockSeqs : TA T AG TACACCACTC TG C A TA T A G AT AG A . A . ATA AC CTGT C GTA TA AGAAAA GAA A GC C T T AAA T C A AAC NNNNNNNNNNNNN A C T A TGCTGTGA AA T TGCAGATTTTATTCC T AGAAGAGAGATAC AACATCCG G A
blockSeqs : C C GC TAACTGGAA . . C . . . . C AC A . . . G . . . . . . . . GT . T G CGG T C A A TATTCGCAGTA G G A . GTCTGAAT . G TACTG . TAC .
blockSeqs : . C CA ATGGTGGTC . . C . . . . . GG C . . . T . . . . . . . . AT . A T CTC T C C A TCAGAATT C T T . GTAGA . C
blockSeqs : . A GG ATGCACAAC . . C . . . . . AA G . . . A . . . . . . . . NN . A T CTA A T G A TCCAAGTA T T T . TGGA . A
blockSeqs : . A CA TTACTGCCA . . C . . . . . AG A . . . G . . . . . . . . CT . N N NNN A T G N AGTCAATA C T C . T .
blockSeqs : . A AA ACACTGGAA . . A . . . . . CC A . . . G . . . . . . . . AA . A T CTA N N N T AGTCAATA G C C .
blockSeqs : . T G GTTATGGTC . . G . . . . . TC T . . . G . . . . . . . . GT . T T AGA A T C T AGTACCTA C C A .
blockSeqs : . T G TCACTGGAA . . C . . . . . AG T . . . T . . . . . . . . CT . A A CTC T T G T TCACAATA G T A .
blockSeqs : . . C . . . . . AG A . . . C . . . . . . . . A . T A CTC A C C A TTTCCCTT A A
blockSeqs : . . . . . . . . T C . . . A . . . . . . . . . A T CTA T T C A TCTACAGG C A
blockSeqs : . . . . A . G . GATCCATA G T
blockSeqCons : ** ** GTGGA*******
originalCons : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-T---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
finalCons : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACG-TGTGGA-------CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATTTCACTATCCCTTCGATCTATATCTGGTATGTTTCATTATACATGTTCTGTTAAGAATGAATCCAACAA
Unaligned ( gi|15 ): TAATACATGTGTACTTAGAACTGTAGAAGAGTAAGCATGATTTCCCTATTTTCGATATTTTATGCCAGGAAATACA
Unaligned ( gi|16 ): AAAATGAGAAATTTGTATATAACTTTACAAGCA
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333333 111111 1111111111111111111 333333333333 555555555555555555 1 66666666666666 44444444
lowQualScore : 0 66 0 1 55 777777777777777 55 0 3 0 3 55 3 3 3 88 55 1 3 3 55 777 55 7777 3 666 55 000000 666 00 3 44 3 2 2 444 1 1 1 444 4444444444444444444 0 1 1 5 111111111111 99 1 0 888888888888888888 3 77777777777777 88888888 1 1
lowQualScore : . .. . . .. ............... .. . . . . .. . . . .. .. . . . .. ... .. .... . ... .. ...... ... .. . .. . . . ... . . . ... ................... . . . . ............ .. . . .................. . .............. ........ . .
lowQualScore : 2 77 9 0 66 111111111111111 00 5 6 3 6 00 6 6 6 66 99 5 6 6 00 666 00 7777 6 444 00 555555 444 88 6 44 3 5 2 666 0 8 9 999 8888888888888888888 7 0 1 4 222222222222 22 0 2 000000000000000000 3 00000000000000 33333333 0 0
consensus : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACGT---TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
Reference ( family-8930 ) : GTTTGATATC--AGGTCCAAGNAATGGCT---ATN-ACTGGAACGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGAGAACTGTGTTTCCACGAC-A-CG--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CGTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACCGGGNGTCACCTACCCTAGTGGA--TACNGT---C--AA-TA-----CGCATTTAACGAACTNTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTACGTG--TG----GA-CGTTTTATT--ATTNTATGAACGTATAACTAG------TTTT--ACT-N-AATGCCACAGTA-ATACACGTTCAGTACAGA----------AACGAATTAAAGAA--------TCCACGNCAACGNTCTTCAGA
gi|1 : GTTTTATATCTCAGGTCCAAGCAATGGCT----TA-ACTGGAA-GATT--TTTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACGAA--T-AG-GAC-ACAG--GGTAAATTGTGTTTCCACGACAA-TGAAAA--CT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-C
gi|1 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatACGGTATGTC--TG----GG-TGTTTTATT--ACTTCATGAATATATATCAAG------TTTTTCACT-TGAATGCTCCAGTA-ATGCACCTTTAGTACAGA----------GACGAATTCAAAAA--------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacggtatgtctgggtgttttattacttcatgaatatatatcaagtttttcacttgaatgctccagtaatgcacctttagtacagagacgaattcaaaaagttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|10 : gatatatatgcactgcaaaatgacgaggaatagttatgatgagtttgatatcgatatatcatttaaataatatgcttcttatgttttatatctcaggtccaagcaatggcttaactggaagatttttgggattttcgttatatgtatcaaacacaacgaataggacacagggtaaattgtgtttccacgacaatgaaaactacacaacagccaccatacccgccgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTC--AGGTTCAAGTAATAGCT----TA-ACTGGAA-GATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACAGA--C-AG-GAC-ACAT--GGAGAATTGTGTTTCCGCGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCAAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAAAGAAAATCGGGGGTGACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTCATGGTATGTgttgatgagcgtagtgagattttttttctgaatt
gi|11 : tcAACA-TCAACTGTTCTATTTATGGAAGATACGTCATATACTACAATGAACGGAAACCGGATGTCGATTATCCTAAT-----TACTATTCGC--AG-TA-----TGCTTTCAATGAACTATGTGAAGTAGAGGTCTATGGTA
gi|12 : ttttataggtcccacattatatgtttcacgaatggctggctttttcctgtttgtttccaacactacgtccaaagacgacggatatctttgttttcatgaaatacagaacgtaagcggtacgcctttagaagaccag-TCACCTGT---GT--ATGGGAGATACGTCATTTACTATAACCAGAGACGGTCAGATATCATATACC--AAGGGAACTAC--T---CAGAA-TT-----TGCCTATAACGACTTGTGTGAAGTGGAGGTGTACGGTA
gi|13 : gttggctggatatatgctgtttatatccaacaccactaataaggacgatggcgatttctgtacgtactattttaaatatgaaagaaacgacccgtccgtgaaaaacatcacgtgtccaaacaaa--CTTGGT-TTCTCGG-TCTACATATCGAACACAAACAATAC-AG-AAG-ACGG--GGT--ACTGTGTTCTAATGCC-A-CG--AT--GT--ACACC----AA-AGA---CA--CAATGC------C---GA--GTACGCCAACTCTCACATGTCCTGGGTACGGACGCTACGTCATCTACTATAACGAGAGACTCCCGAATGTCACTTACCCTGCCGGA--TATT-C---C--AAGTA-----CGCATTCAACGATCTCTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTAAGTa
gi|2 : cTGATATC--AGGTGCAAGCAATGCCT---ATG-G-TGGT-CGATT--CTTGGGATTTTCGT-TATACGTTTCAAACACAACCGA--G-AG-GAC-TCAG--GGACACGTGTGTTTCCACGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AAG---CA--CCATAC------C---AGCCGT-CGTTACCG-TCGACTGCCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGA------GGAGTTACCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAGCTTTGTGAGGTAGAAGTTTACGGTATGAT--TG----GA-TTTGTTTTTAAATTTTATGAACATGTAACTAGTGCAGATTTT--ATTCC-AATGCCACAATA-ATACACGTTCAGTA-AGAAGAGAGATACAACGAATCAATGAA--------TTCATATCAACGTTCTTCAAA
gi|3 : GTTTGATATC--AGGTCCAAGCAATCACT---ATGCAC---AACGATT--TTTGGGATTTTCGT-TATACGTATCAAACACTACCGA--C-AG-GAC-ACAG--GGGGAGTTGTGTTTCCACGAT-AACG--AATACT--ACACA----AC-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CATTAACG-TCACGTGTCCAGTTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGAGACTACAAGGAGTTATCTACCCTAGTGGA--TACAGT---C--AA-TA-----CGCGTATAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTTTACGGTATGTG--TA----GA-CATTTTATT--ATTGTATTAGCGTATAACTAG---------T--ACT-G-CATACCACAGTATATACATGCTCAGTATA-C----------AACGAATTAAAGAAAACATCCGTCCACGGCAACGATCTTCAGAtttct
gi|4 : C--AGGTTCTACAAATGGAT----TT-ACTGCCA-GATT--CTTGGGGTTTTCGT-TATACGTATCAAACACAACCGA--C-AA-GAC-AGAA--GGAAAACTATGCTTCCACGAC-A-AA--AG--CTACACAAG----AGCAAC---CATACCANNN------N---NNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN---N--NN-NNNNNNNCGCATTTAATGAACTGTGTGAGGTAGAGGTCTATGGTACGT---TGCTGTGA-CATTTCATT--A
gi|5 : tcTTAATATCC-AGATTCGACAAATCACT---A-C-ACTGGAA-GATT--TTTGGGGTTTTCAC-TGTACGTATCAAATACAACAGA--C-AA-AAC-ACAG--GGAGAATTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AG--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCTATCTCACGGACGATACGTCATCTACTACAACGAGCGACTATCAGGAA--ACCT-TCCTGCTGGT--TATAGT---A--CC-TA-----CGCATTCAATGAACTCTGTGAGGTAGAGGTCCATGGTACGT------------TGTTGTATT--TTTCCATAAATGatggaaccgaaccaacacacattcgtataatcttgaagttaa
gi|6 : gTATCTAAGGTCCAGGAA---GCC---GTT-A-TGGT-CGATTTGCT--GGATTTTTCC-TCTTCGTATCTAACACCAC-GT--CTAA-GAT--CGGC-GGCCATCTTTGTTTCCATGA---------G--CT--ACAGACTGTAG-ACCGTACA--CCA-ACAGAAAAC---CA--GA-CAATAA-G-----CTGTTCTGTTCATGGACGATATGTTATATACTACAACGAGCGGAGATCGGATGTTACCTATCCTAGTTAT--TACTCA---C--AA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTGGAAGTTTATGGTGAGTGTCTG----AATCGTTTTATT--TTTATgaaccttaacatcatgcgtttgcataactttgaaattaat
gi|7 : atgtatcactGGTT--TCTAGGATTT-CATCTCTACATATCCAACACAACGAA--C-AG--AC-A-AGATGGTCATCTGTGTTTCCGCGAT-A-CG--AT--CT--ATACA----AA-ATC---CA--CCATAC------C---GCCCGT-GGTCAACA-CAACCTGTCCAGTACACGGACAATACGTTATTTATTACAACGAAAGACTCTCAGGAACTACTTATCCTTCTGGT--TATTTT---C--CC-TT-----TGCATACAACGAACTATGTGAGGTTGAAGTATATGGTAAGTt
gi|8 : ctttgttttgcagacaaaaataacatttatacatcgaC--AGATGCCAGTAATG-CTTACACC-ACT----CGATT--CCTTGGTTTCTCGG-TGTACATATCGAACACAACCAA--C-AAAGATGAC----GGAGTACTGTGTTTTAAAGAC-A-CG--AC--GT--ACAAC----AG-ATC---CA--CAATAC------CGAAC-CCGA-CA--AACC-TAACATGTCCTGGACACGGACGTTACGTCATCTACTATAACGAGAGGCTCCAGGGTGTCACTTATCCTCCTGGA--TAT--T---C--TA-CAGG---CGCATTCAACGAACTCTGTGAACTGGAAGTATACGGTA
gi|9 : ttttttgTC--AGATCCACGTAATAACC----TC-ACTGGAA-GATT--TCTGGGATTTTCGT-TATATGTATCAAACACAACCGA--C-AG-GAC-ACAA--GAAGACTTGTGTTTCCATGAC-A-CA--AA--CT--ACACA----AG-AGC---CA--CCATAC------C---CGCCGT-CCTTAACG-TCACCTGTCCAGTTCACGGACAATACGTAATCTACTACAACGAAAGACTACAAGGAGTTACCTACCCTAGCGGA--TATGAT---C--CA-TA-----CGCATTTAATGAACTGTGTGAAGTAGAAGTTTACGGTAa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATTTCACTATCCCTTCGATCTATATCTGGTATGTTTCATTATACATGTTCTGTTAAGAATGAATCCAACAA
Unaligned ( gi|15 ): TAATACATGTGTACTTAGAACTGTAGAAGAGTAAGCATGATTTCCCTATTTTCGATATTTTATGCCAGGAAATACA
Unaligned ( gi|16 ): AAAATGAGAAATTTGTATATAACTTTACAAGCA