lowQualScore : 333333333333333333333333333333 1111 111111 333333333 33333333333333333333333333 2222222 111111111111111 1111 11111 11111111 1111 2222222 111 1111111 1111111 111111 22222222222 22222 22 222222 111 3333 1111111111111 11 1111111 111111 333 11111 222222222
lowQualScore : 33333 1 1 11 33 2 33 222 3333 1 666666666666666666666666666666 66 444 88 1 1 1 9999 4444 2 55 4 4 55 88 2 2222 2 444444 5 2 33 666666666 2 33 999 55 5 7 22222222222222222222222222 2 333 2 0000000 111111111111111 2 8888 4444 2 4 6666 2 2 2 3 1 1 888888 222 1 1 1 55 1 3 3 22222 22 1 22222222 66666 4 5555 3 44 555 8 6 0000000 555 4 4444444 4 4444444 1 2 88 444444 3 6 3 0 1 22222222222 222 3 0 888 666 4 3 3 3 88 666 2 5 33333 66 5 22 2 2 2 666666 2 2 2 9999 5 444 5 2 0000 7777777777777 00 2 444 2 5555555 333333 555 2 2 7 77777 33 2 888 2 4 2 2 2 33 2 4444 55555 2 9999 6 33 2 8888 55 1 88 22 3 44 3 88888 777777777 0 1 8888888 1 33 1 1 77 3 22 1 1
lowQualScore : ..... . . .. .. . .. ... .... . .............................. .. ... .. . . . .... .... . .. . . .. .. . .... . ...... . . .. ......... . .. ... .. . . .......................... . ... . ....... ............... . .... .... . . .... . . . . . . ...... ... . . . .. . . . ..... .. . ........ ..... . .... . .. ... . . ....... ... . ....... . ....... . . .. ...... . . . . . ........... ... . . ... ... . . . . .. ... . . ..... .. . .. . . . ...... . . . .... . ... . . .... ............. .. . ... . ....... ...... ... . . . ..... .. . ... . . . . . .. . .... ..... . .... . .. . .... .. . .. .. . .. . ..... ......... . . ....... . .. . . .. . .. . .
lowQualScore : 88888 4 4 99 33 8 88 666 8888 5 222222222222222222222222222222 22 888 33 7 7 8 0000 2222 2 33 4 4 33 33 2 3333 4 777777 0 5 44 999999999 5 44 444 99 0 5 66666666666666666666666666 5 999 2 2222222 666666666666666 1 7777 5555 1 2 2222 0 0 0 8 9 8 222222 999 5 5 5 00 5 0 0 00000 00 5 66666666 33333 2 5555 1 22 888 0 2 9999999 666 4 4444444 4 4444444 7 7 66 000000 3 3 3 3 5 77777777777 444 3 7 444 444 4 6 3 3 33 666 7 3 55555 77 1 66 5 5 5 333333 7 7 7 9999 3 666 3 7 0000 3333333333333 00 5 111 4 3333333 666666 999 5 5 5 33333 44 5 111 4 7 4 4 2 11 2 7777 99999 2 2222 7 11 2 9999 00 8 66 55 6 33 5 99999 888888888 7 7 8888888 6 88 6 6 66 0 00 5 5
consensus : TTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--T--T-T---AN-A-T-TTTAA---ATTTT--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAN-GGTAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCA-A-A--A---A--T-T-TGAA------------CGT----C--N---T-TTG---TTGA-GTT--NC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-TTAC----ATAAAG-ATTGCTTTCA-CA--GAAAA---TACC-ATGTTTAAAACAAA-A--T-GAGA-T-GCGA-G-------AAACACT-A-------GAAACTGTT--TAAC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATAT-TC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGC-TCG-AGCCTTGGTT-T-ACA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-NAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-G---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-AT-CT--AAA--N----TNTGA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
Reference ( gi|5 ) : TTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--C--T-T---AG-A-T-TTTAA---AGTTT--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAT-GATAT-TT----CGAA-T-GG--T--A--GC--A-A--A---A--T-T-TGAA------------TGT----T--T---T-TTG---TTGA-GTT--TT---AAGT------------GG-G-A----TA----C-A-GCA-AT-T-A-C-AAT-T-CT-T-TGCA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-TTAC----ATAAAG-ATTGCTTTCA-CA--GAAAA---TACC-ATGTTCAAAACAAA-A--T-TAGA-T-GTGA-G-------AAACACT-A-------GAAACTATT--TAAT-TTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATAT-TC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAA-TCG-AGGCTTGGTT-T-ACA-T-A-CA-A-AG-AATT-GT-GAAT-GC-C-GT-AT-CTC--ATCTT-------------G-AAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-A-TT-C-A-A---A-T--T-TAA-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--AAA-AT-CT--AAA--C----TGTAA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|2 : TTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--GAAG--CT-A-AA--A-A-TGG--T--T-T---AC-A-T-TTTTA---TATTT--C---ATTT--TT-AAT-G--TTACA----AT----G-C--T-CAA--CCGT-TAT-GACAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCAAA-A--A---A--T-TATGAA------------CGA----C--A---T-TTG----TGA-GTT--GC---AAGT------------GGAG-AT---TA----T-A-GCA-TT-C-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TA-T-A-AACA--AGCC-TGCGATC-CATTTTTTG--T-TT--AC-
gi|1 : taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgtacaattctcgtgcaatgtaaacaaggctcgagccttgtttaaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatgTTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--GAAG--CT-A-AA--A-A-TGG--T--T-T---AC-A-T-TTTTA---TATTT--C---ATTT--TT-AAT-G--TTACA----AT----G-C--T-CAA--CCGT-TAT-GACAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCAAA-A--A---A--T-TATGAA------------CGA----C--A---T-TTG----TGA-GTT--GC---AAGT------------GGAG-AT---TA----T-A-GCA-TT-C-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TA-T-A-AACA--AGCC-TGCGATC-CATTTTTTG--T-TT--AC-a
gi|3 : taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgtacaattctcgtgcaatgtaaacaaggctcgagccttgtttaaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatgTTAAAGGGGCATG-----GGC-AATGTTT--T--G-A----C-A-AA--A-A-T-GGGT--T-T---AG-A-T-T---G---AG----------------------AT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAC-GGGAT-TTAATTCTAA-T-GG--TC-A--GC--A-A--A---A--AAT-TGAAACGTTTTCCAATTTT----T--T---T-TTGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGG-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T--GCT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAAC-C-----TTG--T-TT---T-AT-TTAC----A-AAAG-ATTGCCT-CA-CA--GAAAAAAATACC-ATG------------------AGA-T-GTGA-G-------AAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT--TAAC-T-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCT-TC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGC-TC--AGCCTCTGTT-TAACA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT--AAT-GCGT-GT-ATGCTC--A-CTT-------------GTTAAC-CCAA---CAA-ATTAAATTTG----A-C-G-TT-CAA-A---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGCTT----GTACC-----CA-A-G--TG----G-C----AT--TGTAAAC-ATTAAG-AA--AT-G--AAA-AT-CT--AAA--C-------GA---------------T-TT-TAGC-C-CCA--AAACG-T-GTCCATGTCCCTTTa
gi|9 : TTAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--T--T-C---AA-A-T-TTTAG---ATTTC--C---ATTT--TC-AAT-CT-ATTTA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAG-GGTAT-TG----CTAA-TGGG--C--A--GCA-A-A--A---A--T-T-TGAA------------CGT----C--A---T-TTG---TTGA-GTT--AC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CACT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-TG----T-----TTA--C-CT--AC-AT-TTGA----ATA
gi|19 : ataattgtgttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacatatactagcaTTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CATTT--TGAG-AG--CT----A--A-A-T-G--T--T-T---AC-ATT-TTTAC---ATTTT--T---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----a
gi|16 : TTAAAGGG-CATG------AC-A-ACTTT--T--G-AG--CT-A-AACAA-G-T-T--C--C-T---AG-A-T-TT-GA---ATTTT--C---ATTT--TC-CAT-G--TTAC-----AT------C--T-C-A--C--T-
gi|29 : tatcgtattcatgaacttttttctaatttttagagatcagattacTTAAGGGGACATG-----GAC-A-CGTTA--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-ttaaat
gi|14 : TTAAAGGAGGACGAATGGGAC-A-CGTTC--T--G--G--C--A-TA--A-A-T-G--TA-T-C---AT-A-T-TTAAG---ATTTTCCC---ATTT--TA-ACT-G--TTACAC---AT----G-G--T-C-AT-C--T-TAGAGGTAT-TT----T-AA-T-GGCTC--A--GC--A-AACA---A--T-T-TTAA------------tcctaat
gi|34 : TTAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AG--TT-cttccatattgtt
gi|31 : aTTAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AA--CT-ggaa
gi|18 : TTAAAGGGATATG-----GAC-A-CGTTT--G--A-AG--CT-A-AA--T-A-T-T--A--T-G---GC-A-T-TT--------TTT--T---ATGT--TTAAAT-ATGCTATA----AT------C--T-T-AGGT--T-TAC-TATTT-TT----CGaactatgaa
gi|20 : tgaccatctaagaaatataaTCAAAGGGAAAAG-----GAC-A-CGTTT--G--G-AG--CT-A-------------------T---GA-A-T-TGTAT---ATTTG--C---ATTT--TT-AAT-ta
gi|22 : TTAAAGGGACATA-----AAC-A-CATTC--T--G-AG--CT-----------T----C--T--------A-T-TT--------TTC--C---ATTC--TT-AA--GT-TTACaaagcgt
gi|17 : TTTAAGGAACATG-----GAC-T-CAGTT--T--G-AA--CTAA-AA--A-A-T-T--C--A-A---AA-A-T-TTTAT---A-TTC--C---TTTTAATT-AAT-GT-ta
gi|11 : aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatccTAAAGGGACATG-----GAC-A-CATTC--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--T--T-C---AA-A-T-ATTAG---ATTTC--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----T-A--T-C-A--C--T-TAG-GGTAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GC--A-A--A---AA-T-T-TGAA------------CGT----C--A---T-TTG---TTGA-GTT--AC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CACT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-TGAGC-C-----TTG--T-TT--TT-GT-TTAC----ATA----ATTGTGTTCA-GAATGAAAA---
gi|33 : TAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--C--G-AA--CT-A-AA--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|30 : TAAAGGGGCATG-----GAC-A-CAATT--T--G-TG--CT-G-AA--A-A-T-gcaat
gi|27 : ttgcatTAAAAGGACATG-----GAC-A-CAGTT--T--G-AG--CT-A-AA--T-A-T----CTAT-T---GG-A-T-T
gi|23 : TAAAGGGACATA-----AAC-A-CATTC--T--G-AG--CT-----------T----C--T--------A-T-TT--------TTC--C---ATTC--TT-AA--GT-TTACT----AT----
gi|2 : AAAGGGGCATG-----GAC-A-CATTT--T--G-AGAGCT-A-AA--T-A-T-G--T--T-T---ACCA-T-TTTTAGC-ATTTT--T---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAT-GGTAT-TT----CTAA-T-AG--TCCA--GCAAA-A--A---A--T-T-TGAA------------CGC----T--CA--T-TTG---TTGA-GTT--TC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-ACGT-A-C-AAT-T-CT-CGTGCA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TTAAAA-AT-TTA-----ATAAAG-ATTGC-TTCA-CA--GAAAA---TACCAATGTTTTAAACAAA-AC-T-TAGA-A-GCGA-G-------AAACACT-A-------GACACTATT--T-AC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TAT-TC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGA-TCGCAGGCTT-GTT-T-ATA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT-GAAT-GC-T-ATAAT-CTC--CACTT-------------G-CAAC-TC-A---CAA-A-------TG----T-C-G-TT-C-ATA---ATT--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATGTC-A---TA-ACGGTTG-A--G-C----AT--TGT-AAC-ATTAA--AA--AT-G--AAATAT-A---AAA--A----TGTAA-AC------CA-T--T-TT-TAG--CTTCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|1 : taAAAGGGGCATG-----GAC-A-CATTT--T--G-AGAGCT-A-AA--T-A-T-G--T--T-T---ACCA-T-TTTTAGC-ATTTT--T---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAT-GGTAT-TT----CTAA-T-AG--TCCA--GCAAA-A--A---A--T-T-TGAA------------CGC----T--CA--T-TTG---TTGA-GTT--TC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-ACGT-A-C-AAT-T-CT-CGTGCA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TTAAAA-AT-TTA-----ATAAAG-ATTGC-TTCA-CA--GAAAA---TACCAATGTTTTAAACAAA-AC-T-TAGA-A-GCGA-G-------AAACACT-A-------GACACTATT--T-AC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TAT-TC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGA-TCGCAGGCTT-GTT-T-ATA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT-GAAT-GC-T-ATAAT-CTC--CACTT-------------G-CAAC-TC-A---CAA-A-------TG----T-C-G-TT-C-ATA---ATT--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATGTC-A---TA-ACGGTTG-A--G-C----AT--TGT-AAC-ATTAA--AA--AT-G--AAATAT-A---AAA--A----TGTAA-AC------CA-T--T-TT-TAG--CTTCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTTaaa
gi|3 : taAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTT--TG-G-GG--CT-A-AA--A-T-C-G--T--T-T---AG-A-T-----------TTT--C---ATTTC-TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C----C-A--C--T-TG--GGTACAAG----CTAA-T-GG--TC-A--GC--A-A--A---AATT-T-TGAA------------CGTCAAAT--TTAAT-TTG---TTGG-GTTA-AC---AAGT------------GA-GCA----TA----C-ACGC--AT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TGTT-A-AACAG-AGGC-T--GAGC-CATGT-TTG--T-TT--AC-CT-ATAT-----TGAAG-A-TGCTTTTA-TA--aaa
gi|4 : ttaaaggggcatgggcaatgttttgacaaaaatgggtttagattgagatttacaatgctcacttacgggatttaattctaatggtcagcaaaaaattgaaacgttttccaatttttttttggttttgaggtttccaaagtttttgggaaaaagggatacagcacttacaattcttgctatgtaaacaaggctcgaaccttgttttatttacaaaagattgcctcacagaaaaaaataccatgagatgtgagaaaaactatatatagaaaactgtttaactgtgttcagaatgaacttgtaattttggggaaaaatctgctttaaacagaacgAAAGGGGCATG-----GACCA-CGTTTCTT--G-AG--CT-A-AA--A-AAT-G--T--T-C---A--A-TGTTTTG---ATTTC--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--TGC-A--CG-T-TAG-GGTAT-TC----TAAA-T-GG--TC-A--GC--G-C--ACACA--TGT-TGAA------------TCT----T--C---AATTG---TTGA-GTTA-CG---AAGA------------GA-G-A----TG----C-AAGCA-CTCT-G-C-AAT-T-CT-T-CACA-----TG-T-AGAACT--AAGC-C-CGAGCGC-----TTG--T-TT--TG-TT-TTAC----ATAAAG-AT-GCTTCCA-CA--GAAAT---TACC-ATGTTTAAAACAAA-A--T-GAGA----TGA-G-------AATCACTGA-------GGAACTGTT--TAA--TTGTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT-------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGAC-TTA-AGCTTCTGTT-T-ACATT-A-TG-T-GGCAATT-GT-AGGT-GC-T-GT-AT-C-C--A-CTT-------------G-TACC-TCAA---CAA-A-------TGA---A-C-G-GT-C-ATA---A-T--T-TGT-GCAGG-A-CCAA-TT--AGA-A------ACC-G---TA-A-G--TG-A--GTC----ATAGTGTAAACTCTTAA--AA--AT-G--GAA-AC-CT--AAA--T----TTGCA-A-------CA----T-TT-TAG--C-TCA--GAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|4 : AAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AG--CT---AA--A-A-T-G--T--TGC---AA-A-T-TT--A---GGTTTC-C---ATTT--TT-AAGAGT-TTACACT--AT----GAC--T-C-A--C--T-TAC-G--GT-TT----CTAATT-GG--T--CCTGC--ACA--A---A--T-TATGAC------------CGT----T--CA--T-TTG---TTGA-GGT--AC---AAGT-------------G-G-A----TA----C-A-GCA-CC-T-A-C-AAT-TGCC-A-CATA-A---TG-T-A-AACAG-AAGC-T-TAAGT-C-----ATG--T-TT--TTGAT-TTAC----CTATA--ATTGC
gi|10 : aaaggggcatggaccacgtttcttgagctaaaaaatgttcaatgttttgatttccatttttaatgtttacaatgctgcacgttagggtattctaaatggtcagcgcacacatgttgaatcttcaattgttgagttacgaagagagatgcaagcactctgcaattcttcacatgtagaactaagcccgagcgcttgttttgttttacataaagatgcttccacagaaattaccatgtttaaaacaaaatgagatgagaatcactgaggaactgtttaattgtgcttcagaaaacttgtaatatgaaaaatctgccttaaacggaacatattAAAGAGGCATG-----CAC-A-CGTTT--T--G-AA--CA-A-AA--A-A---G--T--T-C---AA-A-T-TTTAG---ATTGC--C---AATT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--TTC-A--C--T-AAA-G-TAT-TT----CTAA-T-GG--CCAG--GA--A-A--A---A--T-T-TTAA------------TGC----A--T---C-T-G---TTGA-CTT--CC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-G-C-AAT-T-CT-T-TGTT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-C-CGAGC-CA----TTA--TATTGAAT-ATGCTACTAATATAAAC-GTTCCATTTA-CA--GCAGA---T
gi|24 : cttctaatttgaaaaaaaAAGGACATG-----GAC-A-CGTTT--G--A-AG--CT-A-AAT-T-T-T-A--T--C-T---AG-G-T-TTT-A---GGTTT--
gi|6 : atatttC-A-CATCT--T--A-AG--CT-A-AA--ACA-T----T--T-C---AA-A-T-TTT------GTTT--TTATATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-T-A--A--C-TAA-AGTAT-GT------AATT-GG--TCAG--GA--A-A--A---A--C-T-TGAT------------TGT----C--C---A-GTT---TTGA-GTT--AC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-ACA-CT-C-A-CAAAT-T-CT-T-TGTT-T---TG-T---AATA--AGGC-T-CGTGC-T-----AAG--T-TT--AC-AC-ATGT-----TAAAT-A-TGCT------A--GTAAA---CGTT-TTATTAAAAGCAAG-ATTT-TAAATT-ACAA-GTCATTTTGAACACA-A-------TAAACAGTT--T--C-TAGTG-TTT---------CTCTCAA-TCT---------CAGTTT-GTTTTAAACGTGATAT---TTCTAT---TATGTATC----TATATGTAAAC---AA-A-CA--AG-CTG-ACGCCT-TTT-T-ACA-TAA-CA-AGAT-AAAT-GT-G-GT-GCTT-AT-AT-CTCTAATC-T-------------G-A----TCAA----AA-C-------CG----A-C-A-TT-A-A-AT--G-T--T-TG-----TG-A-CC---TT--A-A-A----AT----G---TT-A-G--TG-AAGG-CTCAAAT--TG-AAA--ATTAAC-AA--ATGG--AAA-AT------AA--C----TTAAA-A-------CA-T--a
gi|8 : -A-CGTTC--T--G-AG--CT-A-GA--A-A-T-G--T--T-TTCAAA-A-TGCTTAA---ATTTC--C---ATTTCTTT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--A--T-TAT-GGTAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCA-A-A--A---A--T-G-TGAT------------GGT----C--A---T-TTG---TTGC-GTTACTT-----GT------------GA-G-A----AA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T---CATA---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-A-----ATG--T-AT--AT-GT-TCAC----CTAgtcacaaactc
gi|12 : ttgttcactatgtaaacaaggatcgagcctggatttttttacatagagattgcttcacagaaaataccatgtttaaaacaaaatgagatgtcggaatcactaggaactgtttaattgtgttcagaatgaacttgtaatatgacaaaaatatgatttaaacggaacgtatactagcatattcaatgT--T--G-AG--CT-TTGG--A-A-T-G--T--T-C---AA-A-G-TTTA------TTTTCC---ATTT--TT-AAT-GT-TTACAATTGAT----G-CT-T-C-A--C--TAAAT---TAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GT--A-A--AT--A--T-T-TTAA------------TGT----C--A---G-TTG---TTGA-
gi|6 : -T-TTTAAGTTATTTT--CC--ATTTG-TT-AAT--T-TT-CA----ATTTGAG-CCTT-C-A--C--T-----AACAT-TT----TAA----GG--T--C--AC--A-A--AC--A--T-T-T-AA------------TGT----CGGT---T-TTG---ATCA-GAT--T-----AGA------------GA-T-A----TA------A-GCA--C-C-A-C-ATT-T-ATCT-TGTT-A---TG-T-A-AA-A--AGGCGT-C-AGC-------TTG--T-TT--G---T-TTAC----ATATAG-AT-ACAT-AA-TA--GAAA----TATC-ACGTTTAAAACAAA-C--T-GAGA-TTGAGA-G-------AAACACT-A-------GAAACTGTT--TA---TTGTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATAT-TT-AA-CATGTGTAAAC--TTA-G-CA------CG-AGCCTTA--T-T-ACA-A-AACA-A-AG-AATTTGT-GAGT-GT-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-TAAC-TCAA----AA-C-------TGG---A-C-A-AT-C-A-A---G-T--T-TTT-CC-TG-A-CC-AATT--ACA-------TACT-T---TA-G-T--TA-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-AT-AAA-AA-CA--AAA--T----T-TGA-A--------A-TG-T-TT-TAG--C-TTA--AGATG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|25 : ---T-TTG---TTAG-GTT--TC---AAGT------------GA-G-A----TA-------------------------T-CT-T-TGCT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----Tcatgtcacaaactc
gi|7 : TG---TTGAAGTT--AC---AAGT------------AA-G-A----TA----C-A-GCG-GT-TCA-C-AAA-T-CA-T-CGCT-A---TG-TTA-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TTA-AT-GT-TTAC----AAAAAG-ATTGCTTT-G-TA--GAAAA---TATC-ATGTTTAAAACCAATA--T-GAGGTT-GTGAGG-------AAACACT-A-------GACACTGTTA-TAA---TGTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TAT-TCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGC-TCG--GACCTTGTT-T-ACA-
gi|7 : ggaatgcttaatcaagttattctagtcgctcagtaaaaaaaaaagaaattcaaaTA---TTG--GTT--TT---AAAC------------AT-G-A----TATTTTC-T-ACA-A----AGC-AATCT-TT-T-TGTA-AACAT--T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--A-------AC----ATAGCG-ATgaatgactcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|8 : ggaatgcttaatcaagttattctagtcgctcagtaaaaaaaaaagaaattcaaatgttgaagttacaagtaagatacagcggttcacaaatcT--TT---AAAC------------GG-A-ACGTATA----CTA-GCATAT-T---C-AATGT-AG-G-TG-A-A---CA-T-A-TACA--TTGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT---------ATGAAGAATTGtgaggttgtgaggaaacactagacactgttataatgtgtttagaatagaacttctaatttgaaaaaaaaatctgcttaaatggcgttagtagctattcaaatatgtgtaagcaaaatcatggctcggaccttgtttacagaatgactcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|28 : ttgttcactatgtaaacaaggatcgagcctggatttttttacatagagattgcttcacagaaaataccatgtttaaaacaaaatgagatgtcggaatcactaggaactgtttaattgtgttcagaatgaacttgtaatatgacaaaaatatga---AAGT------------GA-G-G----CA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-TT-T-CGCT-A---TG-T-A-AAtaagtgctgtttctcacaagtaacgcaacaaatgaccatcacatttttgctgaccattagaaataccataattgagcattgtaaacattaaagaaatggaaatttaagcattttgaaaacatttctagctcagaacgt
gi|11 : -A-C-AAT-T-AT-G-TA-A-A---CA-A-A-AACA--AGGC-T-CAAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-gt
gi|8 : taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactT-T-GT-T-CACT-A---TG-T-A-AACA--AGGA-T-CGAGC-C-----TGGATT-TT------T-TTAC----ATAGAG-ATTGCTT-CA-CA--GAAAA---TACC-ATGTTTAAAACAAA-A--T-GAGA-T-GTCG-G-------AATCACT-A-------GGAACTGTT--TAAT-T-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATAT-TC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGC-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-A-TG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-TT-CTC--A-CAA-------------G-TAAC-GCAA---CAA-A-------TG----A-C-C-AT-C-A-C---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-T--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAAAGAA--AT-G--GAA-AT-TT--AAG--CATTTTGAAA-A-------CA-T--T-TC-TAG--C-TCA--GAACG-T-gttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacat
gi|32 : T-T-TGAT-A---TG-T-A-A-CA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-T
gi|10 : CA-A---TA-T-A-AT-----GGC-T-CGGGC-C-----TTG--T-TT--AC-A---TA-----ACAAAGAATTGC
gi|32 : cttctaatttgaaaaaaaatctgctgtaaatggaacgtttatattagtagcatattA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG----TT--AC-AT-aagtgctgtatctcacttggaagtcaacagatgcattaaaatttttcctggccattagaaatactttagtgaagcattgtaaacattaaaattggcaatctaaaatttgaacttttttgttcaaaacgtgtgcatgcctcttt
gi|15 : tttgatG-T-A-AACATAAGGC-T--GAGTGC-----TTG--T-------------------ACAAAA-ATTGCTATCGTCA--GAAAA----ATT-AT--TCAGAA-ATA-A--TAGAGA-T-GTGA---------AAACACA-A-------GACACTGTTGGTAATATTGTG-TT---AAT------------T-T-GAAAA-------CT-ACTTTAAATGGA
gi|2 : -T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-A--TTGC----ACGAGA-ATTG
gi|1 : taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgta-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-A--TTGC----ACGAGA-ATTGaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|25 : taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgta--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-aaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|12 : tttgttaggtttcaagtgagatatctttgctTG--T-TT---T-GT-TTAC----ATATAG-ATTAC-ATAA-TA--GAAAA---TACC-
gi|9 : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TAAT-T-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATAT-TC-AAATGTAGGTAAAC--AA-----------------GCCTTGTT-T-ACA-T-AGTG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-TAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTT-GC-TG-C-CC-A-TT--AGC-A----ATACC-C---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TAAATAG-ATTGA--AA--AT-G--GAA-AT-CT--AAA--A----TTTGA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--GAACG-T-GTCCATGTCCCTTT
gi|11 : a--TAAT-T-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaa
gi|35 : taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaT-TTGTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAA
gi|10 : CTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATAT-TC-AA-TATA----------------ATGGC-TCG--GGCCTTGTT-T-ACA-T-AACA-A-AG-AATT-GC-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-GAAG-TCAA---CAG-A-------TG------C-A-TT-A-A-A---A-T--T-TTT-CC-TG-G-CC-A-TT--AGA-A----ATACT-----TT-A-G--TGAA--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--TT-G--GCA-AT-CT--AAA--A----TTTGA-A-------C--T--T-TT-TTG--T-TCA--AAACG-T-GTGCATGCCTCTTT
gi|4 : AG---CATCT-TT-A--TGTA---AAAC--AAA-A-CAAGCGCTCG--GGCTTAGTTCT-ACA-T-G-TG-A-AG-AATT-GCAGAGT-GC-TTGC-AT-CTC---TCTTC------------G-TAAC-TCAA---CAA-T-------TG----A-AGA-TT-C-A-ACATG-T--G-TGC-GC-TG-A-CC-A-TT--TAG-A----ATACC-C---TA-ACG--TGCA--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-AT-CA--AAA--C----ATTGA-A-------CATT--T-TT-TAG--C-TCAAGAAACG-TGGTCCATGCCCCTTT
gi|11 : C-AA-T-TATGTAAAC--AAA-AACAAGGC-TCA-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-AGTG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-TAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-C---TA-A-G--TG-A--T-A----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-AT-CT--AAT--A----TTTGA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--GAATG-T-GTCCATGTCCCTTTtccacagaaattaccatgtttaaaacaaaatgagatgagaatcactgaggaactgtttaattgtgcttcagaaaacttgtaatatgaaaaatctgccttaaacggaacatattgcaattataggtaaatcaaaaacatgacttaagcttctgtttacattatgtggcaattgtaggtgctgtatccacttgtacctcaacaaatgaacggtcataatttgtgcaggaccaattagaaaccgtaagtgagtcatagtgtaaactcttaaaaatggaaacctaaatttgcaacattttagctcagaacgtgtccatgccccttt
gi|3 : tGTAAAT--AAA-A-CAAGGT-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-A-GC-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CCC--TTTTTCCCAAAAACTTTGG-AAACCTCAAAACCAA-AAAAAAATTGGAAAA-C-G-TTTC-A-A---T-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-ATTAAATCCC-G---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAT-CTC----------------A-AT-CT--AAA--C----C-------------CA-T--T-TT-TG-----TCA--AAACATT-GCCCATGCCCCTTTtgttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacat
gi|2 : ttAA-A-CAAGGC-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-TTG-CACG-AG-AATT-GT-ACGTTGC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-AAAC-TCAA---CAA-A-------TG----AGC-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTTTGC-TGGA-CT-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-A--AAA-ATGCTAAAAA--T----GGTAA-A-------CA-T--A-TT-TAGCTC-TCA--AAATG-T-GTCCATGCCCCTTTaaaagattgcctcacagaaaaaaataccatgagatgtgagaaaaactatatatagaaaactgtttaactgtgttcagaatgaacttgtaattttggggaaaaatctgctttaaacagaacgtataaaagcatcttcaatataggtaaacaaacatggctcagcctctgtttaacatagcgaagaattgtaatgcgtgtatgctcacttgttaacccaacaaattaaatttgacgttcaaaatttttgctgaccattagcttgtacccaagtggcattgtaaacattaagaaatgaaaatctaaacgattttagccccaaaacgtgtccatgtcccttt
gi|1 : taAA-A-CAAGGC-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-TTG-CACG-AG-AATT-GT-ACGTTGC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-AAAC-TCAA---CAA-A-------TG----AGC-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTTTGC-TGGA-CT-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-A--AAA-ATGCTAAAAA--T----GGTAA-A-------CA-T--A-TT-TAGCTC-TCA--AAATG-T-GTCCATGCCCCTTTaaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|25 : ta-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-AGCA-A-AG-A------------------T-AT-CTC--A-CTT-------------G-AAAC-CTAA---CAA-A-------aaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|12 : -TCAA---CAA-C-------TG----A-C-A-TT-A-A-A---A-TATT-TA---C-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATAAT-----TT-A-G--TGAA--G-CATCAAT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-A--AT--AAA--C----TTTGA-A-------CA-T--T-CCAAAG--C-TCA--Agcct
gi|14 : AA---CAATA-------TG----G-A-AGTT-A-A-A---A-T--TGTTT-GC-TG-AGCC-A-TT--A-A-A----ATACCTC---TA-A-GA-TG-A--C-C----ATG-TGTAA-C-AGTTA--AA--AT-GGGAAA-AT-CT--TAA--A----TATGATA-------CA-T--T-TA-T-G--C--CA--GAACG-T-GTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|18 : ttaaaggaggacgaatg-TG-A-CC-A-TCTAAGA-A----ATA-------TA-A-C--GA-A--A-A----AT--AGTAAAC--CTAA--GATTATAG--CAT-AT-TT--AAA--C-----ATAA-AAAAATGCCA-TAATATT-TAG--C-TTC--AAACG-T-GTCCATATCCCTTT
gi|16 : -TT--AGA-G----AT--C-AGATTACA-G--TG-A--G------AT---GTAA-C-ATGGA--AA--AT-G--AAA-AT-TC--AAAT-C----TAGGA-A-------CT-T--G-TT-TAG--C-TCA--AAAGT-T-GT-CATGCCCTTTaata
gi|19 : tatcgtattcatgaacttttttctaattt----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-A--AAA-AT-GT--AAA--AA---TGTAA-A-------CA------TT-TAGCTC-TCA--AAATG-T-GTCCATGCCCCTTTaattaaat
gi|24 : AT-ATTTA--AA--CC-T--AAA-AC-CT--AGA---------TAA-A--------A-T--T-T---AG--C-TTC--AAACG-T-GTCCATGTCCTTaa
gi|17 : AC-ATTAATTAA--AA-G--GAA--T-AT--AAAATT----TTTGA-A-------T--T--T-TT-TAG--T-TCA--AACTG-A-GTCCATGTTCCTTa
gi|20 : aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatccttt-ATTAA--AA--AT-G--CAA-AT-AT--ACA----------------------A-T--T-CA-TAG--C-TCC--AAACG-T-GTCCTTTTCCCTTT
gi|27 : A-AT-CC--AA----------TAG-A-------TA-T--T-T---AG--C-TCA--AACTG-T-GTCCATGTCCTTTTgaaaagcgt
gi|30 : t-A-------TA-T--T-TT-CAG--C-ACA--AATTG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|29 : ttgc-T--T-TT-TAG--C-TCA--TAACG-T-GTCCATGTCCCCTTa
gi|33 : -TT-TAG--T-TCG--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTTaatcctaat
gi|34 : AA--C-TCA--GAACG-T-GTCCATGTCCCTTTagcaat
gi|31 : aAG--T-TCA--GAACG-T-GTCCATGTCCCTTTaaggaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGGATCACTTATATGAGCTAAGACATCTATTAATGTCACCAATCCTCAATTTTTAATTGATTTTAAATCTAGTTACTGATATTTTAATGGTCAGCAAAAATTATTATAATCGATCATTATTGTTGATCATTCAAGT
Unaligned ( gi|21 ): AAACTAAACAGTTTCAAATTTTATTTTTCTATTTTTAATGTTTATACAGTGCTTAACTA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11 1111111 11111 11 2222222222222222 222222222222 11 33333 111 1 1111111 222222 11111111 111111111 22 1111111 1 11 1111 11 1111111
lowQualScore : 0 2 2 2 2 55 22 55 666666666666666 33 11 2 2 7777777 6 3 44 3 33 44 00000 55 3 3 3 9999 3 88888888 3 7 33 4 8888 8 5555555555555555 8888 777 9999 55 1 3 3 333333333333 8 8 666 55 11 1 3 3 3 3 55 55555 2 0 333 55 8 0 5 0 88888 5 5 6666666 4 000000 3 3 33333333 3 1 55 777 5 4 4 3 666666666 8 11 4 6 4 4 0 4 8 4 8 4 55 3 1111111 3 77 3 0 7 3 3 3 7 3 55 4444 3 3 3 6666 77 44 2 00 33 44 5 33 1 2 33 33 0000000 2 2 5
lowQualScore : . . . . . .. .. .. ............... .. .. . . ....... . . .. . .. .. ..... .. . . . .... . ........ . . .. . .... . ................ .... ... .... .. . . . ............ . . ... .. .. . . . . . .. ..... . . ... .. . . . . ..... . . ....... . ...... . . ........ . . .. ... . . . . ......... . .. . . . . . . . . . . .. . ....... . .. . . . . . . . . .. .... . . . .... .. .. . .. .. .. . .. . . .. .. ....... . . .
lowQualScore : 2 1 1 1 1 00 99 88 444444444444444 99 66 7 7 2222222 2 1 22 1 55 66 77777 00 6 6 6 3333 6 88888888 6 3 55 0 5555 9 1111111111111111 5555 000 5555 55 0 6 6 666666666666 0 0 333 00 77 6 3 3 6 6 00 44444 6 8 000 55 9 5 0 0 00000 0 0 2222222 0 333333 6 6 22222222 6 5 00 000 7 0 0 8 777777777 0 66 0 4 4 4 9 4 9 4 9 4 44 6 8888888 6 55 6 9 3 6 6 6 3 6 44 3333 3 3 3 5555 33 22 9 77 99 66 7 99 0 0 99 99 6666666 9 9 7
consensus : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAN-GGT-ATTT----CT--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-T----TGAA-CG-TCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACGTTTACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA---A-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCN-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATNT-AA--AATTT--G--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 ) : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAN-GGT-ATTT----CT--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-T----TGAA-CG-TCNT-----------T----TG---TTGA-G--T--TNC-AA-GT------------GAGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACATTTACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA---ACTTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-NAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCG-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATCT-AA--ANTNT--G--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1 : AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGCA-AAAAAT-T----TGAA-CGCTCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAAAAATTTA-ATAAAGATTGC-TTCACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-T----ACTTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AATGT--A--A-ACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10 : taCTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAG-A-------T-G--CATTA-A-AA-TT-TTTCC-TGG-CC-ATTAGA-AATACTT-TA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGG--CAATCT-AA--AATTT--G--A-A-C-T-TTT-TTG-T-TCAAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11 : TAAAGGGACA-TGGA-C-A-CATTC--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--CAA-A-T-ATTA--G---ATTTCC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----TA--T-CAC-T-TAG-GGT-ATTT----CT--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-T----TGAA-CG-TCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TAC-AA-GT------------GAGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT-CACTATGT-A-AACAAGGC-TTGAGC-CTTG--TTT--TTGTTTACATA---ATTGTGTTCAGAATGAAAA
gi|11 : TGTT-TACATAATTGTG-TTCAGAAT-G-----------------AAAAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|12 : taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgttttTCAACAA-C-------T-G-ACATTA-A-AA-TA-TTTAC-TGA-CC-ATTAGA-AATAATT-T-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAA-AT-AA--ACTTT--G--A-A-CAT-TCCAAAG-C-TCAA
gi|12 : TG--TTT---TGTTTACATATAGATTAC-ATAATA--GAAAATACC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13 : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTGGATC-A-CTTATA-T--GAG--CTAAG-AC-A-TC-----TAT--TA--A-T-GTCACCA---ATCCTC-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-AAT-----C--T--AG-T-TACTGAT-ATTT-----T--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-TATTATAAT-CGATCATTA---------T----TG---TTGA----TCATTC-AA-GT------------
gi|14 : AACAATA-------T-GGAAGTTA-A-AA-TTGTTTGC-TGAGCC-ATTA-A-AATACCTCTAA-GA-TG-A-C-C----ATG-TGTA--A-C-AGTTA--AAATGGGAAAATCT-TA--AATAT--G--ATA-CAT-TTA-T-G-C--CAGAACGTGTCC
gi|16 : ttaaaggaggacgaatgTTAAAGGG-CA-TG-A-C-A-ACTTT--T--GAG--CTAAA-C--A-AG-----T-TCCTAG-A---TTTG--A---ATTTTC-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC-AT-----C--T-CAC-TGTAA-TCTGATCT----CT--AAAAA-T-TAGA--AAAAAG-T----T
gi|17 : tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGG--AA-TAT-AA--AATTTTTG--A-A-T-T-TTT-TAG-T-TCAAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18 : aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TGGA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATATTA-TGGCATTT-T--TTT-A-TGTTTA--A---ATATGCTA-TAATC-TTAG--G--TTTACTAT----TT--T-TCG-T-TA----T-ATTT----CTTAGATGG-T-CA
gi|19 : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--TGAGAG--CT--A-A--A-TG-----T-T--TAC-ATT-TTTA--C---ATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----ta
gi|2 : AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGCA-AAAAAT-T----TGAA-CGCTCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAAAAATTTA-ATAAAGATTGC-TTCACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-T----ACTTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AATGT--A--A-ACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|20 : taTCAAAGGGAAA-AGGA-C-A-CGTTT--G--GAG--CTA--------------------TGA-A-T-TGTA--T---ATTTGC-A-T--TT-TTAAT-aaa
gi|21 : --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAG--AAAAAT-AA--AATTT--G--A-A-ACT-GTT-TAG-T-aaagcgt
gi|22 : aTTAAAGGGACA-TAAA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTCC-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23 : ----AT--AGTA--AAC--TTAA--GAATGG--A------AA--AATA---G--A------------AG-C-TCAGAATGTGTTTATGTCCCTTTta
gi|24 : tAAGGACA-TGGA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATT--T-TA-----T-C--TAG-G-T-TTTA--G---GTTT
gi|25 : atatttT-----------T----TG---TTAG-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27 : TAAAAGGACA-TGGA-C-A-CAGTT--T--GAG--CTAAA-T--A-TC-----TAT--TGG-A-T-T
gi|28 : C-AA-GT------------GAGGCACA-GC-ACT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AA
gi|29 : TTAAGGGGACA-TGGA-C-A-CGTTA--T--GAG--CTAAA-A--A-t
gi|3 : TTAAAGGGGCA-TGGG-C-AATGTTT--T--GA----CAAA-A--A-TGGG---T-T--TAG-A-T-T--------------------------GAG-A--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAC-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-T-CAGC--AAAAAA-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTTT----TGGTTTTGA-GGTT--TCC-AAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTG--TTT---TATTTACA-AAAGATTGCCT-CACA--GAAAA------------AAATACC-A-TGAGA-T-GTGA-GAAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TA---ACT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GTAA-TGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAA-ATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGCTTGTACC--CAA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGA--AAATCT-AA--AC-----G--A-------TTT-TAGCC-CCAAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30 : TAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CAATT--T--GTG--CTGAA-A--A-TA-----T-
gi|31 : ttgcTTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--T--GAA--CT
gi|32 : TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACATTaactatgaa
gi|33 : TAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--C--GAA--CTAAA-
gi|34 : TTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--T--GAG--TTgcaat
gi|35 : aTTGTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAAggaa
gi|4 : tAAAGGGGCA-TGGA-CCA-CGTTTCTT--GAG--CTAAA-A--AATG-----T-T--CAATG-T-TTTG--A----TTTCC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--TGCACGT-TAG-GGT-ATTC----TA--AATGG-T-CAGCGCACACATGT----TGAATCT-TCAA-----------T----TG---TTGA-G--T--TACGAA-GA------------GAGATGCAAGC-ACTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTG--TTT--TGTTTTACATAAAGAT-GCTTCCACA--GAAATTACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T---GA-GAATCACTGA-------GGAACTGTT-TA---A-TTGTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAA-A-------T-GAACGGTC-ATAA-TT-TGTGCAGGA-CCAATTAGA-A--ACCG-TAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGG--AAACCT-AA--ATTTG--C--A-A-CA--TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5 : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----C-T--TAG-A-T-TTTA--A---AGTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAAA-T-T----TGAA-TG-TTTT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTT-AA-GT------------GGGATACA-GC-AAT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACATTTACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACC-ATGTTCAAAACAAA-A-TTAGA-T-GTGA-GAAACACT-A-------GAAACTATT-TA---ATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAA-A-------T-G-ACATTC-A-AA-TT-TAAGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGA--AAATCT-AA--ACTGT--A--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6 : AT-G-T-TTTA--AGTTATTTTCCA-T--TTGTTAAT----TTT-CAATTTGAGCCTT-CAC-T-AAC-----ATTT-----T--AA-GG-T-CA-C--AAACAT-T----T-AA-TG-TCGG-----------T----T----TTGA--------TC-AG-ATTA----------GAGATATAAGC-ACC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTG--TTT--G--TTTACATATAGAT-ACAT-AATA--GAAA-TATC-ACGTTTAAAACAAA-C-TGAGA-TTGAGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA-----TTGTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AA-C-------TGG-ACAATC-A-AG-TT-TTTCC-TGA-CCAATT--A-CATACTT-TAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATAT--AAAAAC-AA--AATTT--G--A-A--ATGTTT-TAG-C-TTAAGATGTG
gi|7 : AAT----GC--T-TAA-T-CAA-GTT-ATT-----CT--AGTCGCT-CAGT--AAAAAA-------AAA-AG-AAAT-----------TCAAATG---TTGAAG--T--TAC-AA-GT------------AAGATACA-GC-GGT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTA-ATGTTTACAAAAAGATTGCTTT-GTA--GAAAATATC-ATGTTTAAAACCAATA-TGAGGTT-GTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATA---A--TGTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAgtcacaaactc
gi|8 : ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATTTT-----TTTACATAGAGATTGCTT-CACA--GAAAATACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GTCG-GAATCACT-A-------GGAACTGTT-TA---A-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTTG-TTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAA-A-------T-G-ACCATC-A-CA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGG--AAATTT-AAGCATTTT--GAAA-A-CAT-TTC-TAG-C-TCAGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9 : -TA---A-TTGTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--AA---------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGC-CC-ATTAGC-AATACCC-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGG--AAATCT-AA--AATTT--G--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGTCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 111 11111 11111111 222222222222222222 222222222222 111111 11 333333 1 1 1 1111111 11111111 111111111 22 1111111 1 1111 11
lowQualScore : 0 2 55555 2 2 2 55 22 55 8888888888888888888888888888888888888 33 5 2 33 2 66 33 2 88888888 3 3 3 3 000 1 3 00000 44 6 6 55 3 22222222 0 8 333333333333333333 7777 666 888 55 88 333333333333 8 111111 55 11 1 3 3 3 3 55 555555 4 2 0 2 7 55 0 0 5 0 88888 5 5 6666666 4 0 3 3 3 33333333 3 1 55 777 5 4 4 3 666666666 8 11 4 6 4 4 2 4 8 4 8 4 4 0 3333333 4 55 4 2 8 4 8 4 1 3333 3 3 3 7777 55 55 3 11 0 1 6 44 0 33 66 666 2 2 2 5
lowQualScore : . . ..... . . . .. .. .. ..................................... .. . . .. . .. .. . ........ . . . . ... . . ..... .. . . .. . ........ . . .................. .... ... ... .. .. ............ . ...... .. .. . . . . . .. ...... . . . . . .. . . . . ..... . . ....... . . . . . ........ . . .. ... . . . . ......... . .. . . . . . . . . . . . . ....... . .. . . . . . . . .... . . . .... .. .. . .. . . . .. . .. .. ... . . . .
lowQualScore : 2 1 33333 1 1 1 00 99 88 9999999999999999999999999999999999999 99 7 9 99 9 11 99 9 77777777 3 3 3 3 999 0 3 99999 66 7 7 00 6 00000000 7 0 333333333333333333 7777 444 000 55 66 666666666666 0 555555 00 77 6 3 3 6 6 00 222222 0 6 8 4 0 55 0 5 0 0 00000 0 0 2222222 0 7 6 6 6 22222222 6 5 00 000 7 0 0 8 777777777 0 66 0 4 4 4 7 4 9 4 9 4 4 8 0000000 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0000 6 6 6 7777 00 00 1 55 2 0 2 22 5 99 88 666 9 9 9 7
consensus : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 ) : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1 : AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10 : taCTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAGA-------T-G--CATTA-A-AA-TTTTTCC-TGGCC-ATTAGA-AATACTTTA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGGCAATCT-AA--AATTT--G--AA-C-T-TTT-TTG-T-TCAAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11 : TAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CATTC--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--CAA-A-T-ATTA--G---ATTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----TA--T-CA-C-T-TA-G-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TAC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CACTATGT-A-AACAAGGC-TTGAGC-CTTG--TTT-TTG--TTT-ACATA---ATTGTGTTCAGAATGAAAA
gi|11 : -TAATT-GTG-TTCAGAAT-G-----------------AAAAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|12 : taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaTCAACAAC-------T-G-ACATTA-A-AA-TATTTAC-TGACC-ATTAGA-AATAATTT-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAA-AT-AA--ACTTT--G--AA-CAT-TCCAAAG-C-TCAA
gi|12 : TG--TTT--TG--TTT-ACATATAGATTAC-ATAATA--GAAAATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13 : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTG-----GATC-A-CTTATA-T--GAG--CTAAG-AC-A-TC-----TAT--TA--A-T-GTCACCA---ATCCT--C-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-A-AT-----C--T--A-G-T-TA-CTGAT-ATTT-----T--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-TATTATAAT-CGAT----CA-------TTAT----TG---TTGA---TCATTC--AAGT------------
gi|14 : TTAAAGGAGGA-CGAATGGGA-C-A-CGTTC--T--G-G--C-ATA-A--A-TG-----TAT--CAT-A-T-TTAA--G---ATTTTCCC-A-T--TT-TAACT-G---TTACACAT----GG--T-CATC-T-TAGA-GGT-ATTT-----T--AATGGCTC-AGC--AAACAA-T-T----TTAA-CT-TC---CA-------TA-T----TG---TT
gi|16 : TTAAAGGG-CA-TG------A-C-A-ACTTT--T--GAG--CTAAA-C--A-AG-----T-TCCTAG-A---TTTG--A---ATTTT--C-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC--AT-----C--T-CA-C-TGTA-A-TCTGATCT----CT--AAAAA-TT-AGA--AAA-AA-G-T----T
gi|17 : tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGGAA-TAT-AA--AATTTTTG--AA-T-T-TTT-TAG-T-TCAAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18 : aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATATTA-TGGCATTT-T--TTT-A-TGTTTA--A---ATATG--CTA-TAATC-TTAG--G--TTTACT-AT----TT--T-TC-G-T-TA-----T-ATTT----CTTAGATGG-TC-A
gi|19 : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--TGAGAG--CT--A-A--A-TG-----T-T--TAC-ATT-TTTA--C---ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----ta
gi|2 : AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|20 : ta-ATTAA--AAATGCAAATAT-AC--AATT---------CAT------AG-C-TCCAAACGTGTCCTTTTCCCTTTaaa
gi|21 : --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAGAAAAAT-AA--AATTT--G--AA-ACT-GTT-TAG-T-gaaaagcgt
gi|22 : aTTAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23 : TAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACT-AT----ta
gi|24 : AAGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATT--T-TA-----T-C--TAG-G-T-TTTA--G---GTTT
gi|25 : atattt-------T--T----TG---TTAG-G-T--TTC--AAGT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27 : TAAAAGGACA-TG-----GA-C-A-CAGTT--T--GAG--CTAAA-T--A-TC-----TAT--TGG-A-T-T
gi|28 : C--AAGT------------GAGGCACA-GCA-CT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AA
gi|29 : TTAAGGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTA--T--GAG--CTAAA-A--A-t
gi|3 : TTAAAGGGGCA-TG-----GG-C-AATGTTT--T--GA----CAAA-A--A-TGGG---T-T--TAG-A-T-T----------------------------GAG-A--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-C-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-A-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTT--T----TGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTG--TTT--TA--TTT-ACA-AAAGATTGCCT-CACA--GAAAA------------AAATACC-A-TGAGA-T-GTGA-GAAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TAACT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GT-AATGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAAATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGCTTGTACCC-AA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGAAAATCT-AA--A---C--G--A------TTT-TAGCC-CCAAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30 : TT--G--CA-TAT-TTT-CAG-C-ACAAATTGTGTCCATGCCCCTTT
gi|31 : TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAA--CTa
gi|32 : TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTaactatgaa
gi|33 : TAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--C--GAA--CTAAA-
gi|34 : TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAG--TTgcaat
gi|35 : aTT-GTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAAggaa
gi|4 : tAAAGGGGCA-TG-----GA-CCA-CGTTTCTT--GAG--CTAAA-A--AATG-----T-T--CAATG-T-TTTG--A----TTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--TGCA-CGT-TA-G-GGT-ATTC----TA--AATGG-TC-AGCGCACA-CA-TGT----TGAATCT-T----CA-------A--T----TG---TTGA-G-T--TACG-AAGA------------GAGATGCAAGCA-CTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTG--TTT--TG--TTTTACATAAAGAT-GCTTCCACA--GAAATTACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T---GA-GAATCACTGA-------GGAACTGTT-TAATT-GTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAAA-------T-GAACGGTC-ATAA-TTTGTGCAGGACCAATTAGA-A--ACCGTAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGGAAACCT--A--AATTT--GC-AA-CA--TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5 : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----C-T--TAG-A-T-TTTA--A---AGTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAA-A--T-T----TGAA-TG-T----TT-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTT--AAGT------------GGGATACA-GCA-AT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTCAAAACAAA-A-TTAGA-T-GTGA-GAAACACT-A-------GAAACTATT-TAATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAAA-------T-G-ACATTC-A-AA-TTTAAGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGAAAATCT-AA--ACTGT--A--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6 : AT-G-T-TTTA--AGTTATTTT--CCA-T--TTGTTAAT----TTT-CA-ATTTGAGCCTT-CA-C-T-AA-C-----ATTT-----T--AA-GG-TC-A-C--AAA-CA-T-T----T-AA-TG-T----CG-------G--T----T----TTGA-------TC--AGATTA----------GAGATATAAGCA-CC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTG--TTT---G--TTT-ACATATAGAT-ACAT-AATA--GAAA-TATCA-CGTTTAAAACAAA-C-TGAGA-TTGAGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA-TT-GTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AAC-------TGG-ACAATC-A-AG-TTTTTCC-TGACCAATT--A-CATACTTTAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATATAAAAAC-AA--AATTT--G--AA--ATGTTT-TAG-C-TTAAGATGTG
gi|7 : A-AT----GC--T-TA-A-T-CA-A-GTT-ATT-----CT--AGTCGCTC-AGT--AAA-AA-A-------AAA-AG-A----AA-------T--TCAAATG---TTGAAG-T--TAC--AAGT------------AAGATACA-GCG-GT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAATG--TTT-ACAAAAAGATTGCTTT-GTA--GAAAATATCA-TGTTTAAAACCAATA-TGAGGTT-GTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATAA-T-GTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAgtcacaaactc
gi|8 : ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATTTT------TTT-ACATAGAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GTCG-GAATCACT-A-------GGAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTTG-TTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAAA-------T-G-ACCATC-A-CA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGGAAATTT-AAGCATTTT--GAAAA-CAT-TTC-TAG-C-TCAGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9 : -TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--AA---------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGCCC-ATTAGC-AATACCCTAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGGAAATCT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGTCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 111 11111 11111111 222222222222222222 222222222222 111111 11 333333 1 1 1 1111111 11111111 111111111 22 1111111 1 1111 11
lowQualScore : 0 2 55555 2 2 2 55 22 55 8888888888888888888888888888888888888 33 5 2 33 2 66 33 2 88888888 3 3 3 3 000 1 3 00000 44 6 6 55 3 22222222 0 8 333333333333333333 7777 666 888 55 88 333333333333 8 111111 55 11 1 3 3 3 3 55 555555 4 2 0 2 7 55 0 0 5 0 88888 5 5 6666666 4 0 3 3 3 33333333 3 1 55 777 5 4 4 3 666666666 8 11 4 6 4 4 2 4 8 4 8 4 4 0 3333333 4 55 4 2 8 4 8 4 1 3333 3 3 3 7777 55 55 3 11 0 1 6 44 0 33 66 666 2 2 2 5
lowQualScore : . . ..... . . . .. .. .. ..................................... .. . . .. . .. .. . ........ . . . . ... . . ..... .. . . .. . ........ . . .................. .... ... ... .. .. ............ . ...... .. .. . . . . . .. ...... . . . . . .. . . . . ..... . . ....... . . . . . ........ . . .. ... . . . . ......... . .. . . . . . . . . . . . . ....... . .. . . . . . . . .... . . . .... .. .. . .. . . . .. . .. .. ... . . . .
lowQualScore : 2 1 33333 1 1 1 00 99 88 9999999999999999999999999999999999999 99 7 9 99 9 11 99 9 77777777 3 3 3 3 999 0 3 99999 66 7 7 00 6 00000000 7 0 333333333333333333 7777 444 000 55 66 666666666666 0 555555 00 77 6 3 3 6 6 00 222222 0 6 8 4 0 55 0 5 0 0 00000 0 0 2222222 0 7 6 6 6 22222222 6 5 00 000 7 0 0 8 777777777 0 66 0 4 4 4 7 4 9 4 9 4 4 8 0000000 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0000 6 6 6 7777 00 00 1 55 2 0 2 22 5 99 88 666 9 9 9 7
consensus : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 ) : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1 : AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10 : taCTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAGA-------T-G--CATTA-A-AA-TTTTTCC-TGGCC-ATTAGA-AATACTTTA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGGCAATCT-AA--AATTT--G--AA-C-T-TTT-TTG-T-TCAAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11 : TAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CATTC--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--CAA-A-T-ATTA--G---ATTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----TA--T-CA-C-T-TA-G-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TAC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CACTATGT-A-AACAAGGC-TTGAGC-CTTG--TTT-TTG--TTT-ACATA---ATTGTGTTCAGAATGAAAA
gi|11 : -TAATT-GTG-TTCAGAAT-G-----------------AAAAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|12 : taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaTCAACAAC-------T-G-ACATTA-A-AA-TATTTAC-TGACC-ATTAGA-AATAATTT-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAA-AT-AA--ACTTT--G--AA-CAT-TCCAAAG-C-TCAA
gi|12 : TG--TTT--TG--TTT-ACATATAGATTAC-ATAATA--GAAAATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13 : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTG-----GATC-A-CTTATA-T--GAG--CTAAG-AC-A-TC-----TAT--TA--A-T-GTCACCA---ATCCT--C-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-A-AT-----C--T--A-G-T-TA-CTGAT-ATTT-----T--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-TATTATAAT-CGAT----CA-------TTAT----TG---TTGA---TCATTC--AAGT------------
gi|14 : TTAAAGGAGGA-CGAATGGGA-C-A-CGTTC--T--G-G--C-ATA-A--A-TG-----TAT--CAT-A-T-TTAA--G---ATTTTCCC-A-T--TT-TAACT-G---TTACACAT----GG--T-CATC-T-TAGA-GGT-ATTT-----T--AATGGCTC-AGC--AAACAA-T-T----TTAA-CT-TC---CA-------TA-T----TG---TT
gi|16 : TTAAAGGG-CA-TG------A-C-A-ACTTT--T--GAG--CTAAA-C--A-AG-----T-TCCTAG-A---TTTG--A---ATTTT--C-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC--AT-----C--T-CA-C-TGTA-A-TCTGATCT----CT--AAAAA-TT-AGA--AAA-AA-G-T----T
gi|17 : tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGGAA-TAT-AA--AATTTTTG--AA-T-T-TTT-TAG-T-TCAAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18 : aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATATTA-TGGCATTT-T--TTT-A-TGTTTA--A---ATATG--CTA-TAATC-TTAG--G--TTTACT-AT----TT--T-TC-G-T-TA-----T-ATTT----CTTAGATGG-TC-A
gi|19 : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--TGAGAG--CT--A-A--A-TG-----T-T--TAC-ATT-TTTA--C---ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----ta
gi|2 : AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|20 : ta-ATTAA--AAATGCAAATAT-AC--AATT---------CAT------AG-C-TCCAAACGTGTCCTTTTCCCTTTaaa
gi|21 : --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAGAAAAAT-AA--AATTT--G--AA-ACT-GTT-TAG-T-gaaaagcgt
gi|22 : aTTAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23 : TAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACT-AT----ta
gi|24 : AAGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATT--T-TA-----T-C--TAG-G-T-TTTA--G---GTTT
gi|25 : atattt-------T--T----TG---TTAG-G-T--TTC--AAGT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27 : TAAAAGGACA-TG-----GA-C-A-CAGTT--T--GAG--CTAAA-T--A-TC-----TAT--TGG-A-T-T
gi|28 : C--AAGT------------GAGGCACA-GCA-CT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AA
gi|29 : TTAAGGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTA--T--GAG--CTAAA-A--A-t
gi|3 : TTAAAGGGGCA-TG-----GG-C-AATGTTT--T--GA----CAAA-A--A-TGGG---T-T--TAG-A-T-T----------------------------GAG-A--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-C-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-A-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTT--T----TGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTG--TTT--TA--TTT-ACA-AAAGATTGCCT-CACA--GAAAA------------AAATACC-A-TGAGA-T-GTGA-GAAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TAACT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GT-AATGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAAATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGCTTGTACCC-AA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGAAAATCT-AA--A---C--G--A------TTT-TAGCC-CCAAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30 : TT--G--CA-TAT-TTT-CAG-C-ACAAATTGTGTCCATGCCCCTTT
gi|31 : TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAA--CTa
gi|32 : TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTaactatgaa
gi|33 : TAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--C--GAA--CTAAA-
gi|34 : TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAG--TTgcaat
gi|35 : aTT-GTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAAggaa
gi|4 : tAAAGGGGCA-TG-----GA-CCA-CGTTTCTT--GAG--CTAAA-A--AATG-----T-T--CAATG-T-TTTG--A----TTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--TGCA-CGT-TA-G-GGT-ATTC----TA--AATGG-TC-AGCGCACA-CA-TGT----TGAATCT-T----CA-------A--T----TG---TTGA-G-T--TACG-AAGA------------GAGATGCAAGCA-CTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTG--TTT--TG--TTTTACATAAAGAT-GCTTCCACA--GAAATTACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T---GA-GAATCACTGA-------GGAACTGTT-TAATT-GTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAAA-------T-GAACGGTC-ATAA-TTTGTGCAGGACCAATTAGA-A--ACCGTAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGGAAACCT--A--AATTT--GC-AA-CA--TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5 : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----C-T--TAG-A-T-TTTA--A---AGTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAA-A--T-T----TGAA-TG-T----TT-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTT--AAGT------------GGGATACA-GCA-AT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTCAAAACAAA-A-TTAGA-T-GTGA-GAAACACT-A-------GAAACTATT-TAATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAAA-------T-G-ACATTC-A-AA-TTTAAGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGAAAATCT-AA--ACTGT--A--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6 : AT-G-T-TTTA--AGTTATTTT--CCA-T--TTGTTAAT----TTT-CA-ATTTGAGCCTT-CA-C-T-AA-C-----ATTT-----T--AA-GG-TC-A-C--AAA-CA-T-T----T-AA-TG-T----CG-------G--T----T----TTGA-------TC--AGATTA----------GAGATATAAGCA-CC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTG--TTT---G--TTT-ACATATAGAT-ACAT-AATA--GAAA-TATCA-CGTTTAAAACAAA-C-TGAGA-TTGAGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA-TT-GTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AAC-------TGG-ACAATC-A-AG-TTTTTCC-TGACCAATT--A-CATACTTTAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATATAAAAAC-AA--AATTT--G--AA--ATGTTT-TAG-C-TTAAGATGTG
gi|7 : A-AT----GC--T-TA-A-T-CA-A-GTT-ATT-----CT--AGTCGCTC-AGT--AAA-AA-A-------AAA-AG-A----AA-------T--TCAAATG---TTGAAG-T--TAC--AAGT------------AAGATACA-GCG-GT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAATG--TTT-ACAAAAAGATTGCTTT-GTA--GAAAATATCA-TGTTTAAAACCAATA-TGAGGTT-GTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATAA-T-GTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAgtcacaaactc
gi|8 : ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATTTT------TTT-ACATAGAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GTCG-GAATCACT-A-------GGAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTTG-TTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAAA-------T-G-ACCATC-A-CA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGGAAATTT-AAGCATTTT--GAAAA-CAT-TTC-TAG-C-TCAGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9 : -TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--AA---------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGCCC-ATTAGC-AATACCCTAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGGAAATCT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGTCCCTTT
blockSeqs : G AATGG T C A CT GA AG TATTATGGCATTTTTTTATGTTTAAA CC T A AA G TT AT C TTGAGCCT G T G G CT G G AATTC TA C C GC C TTATTA A TTTTCCAATTTTTTT CAAA GTT GG CA CA TTTTGGGAAAAA A ACGT AT GT T T G G G AT AAAAA T T G T AT A T C TTGA G G TATATAG A T C A TTTGAA T T TT TAG A A A A CAAAAAC C TG A A C T A G A G C T T TTAAATT G AA A T T A A T T CGGT A A T ATCA AG TA T TT C A GC TT AA CCA G A C T
blockSeqs : . . . . . A . . ACATCTATTAATGTCACCAA . C . . . T . . TA . . . . GA A . C . C . . . ATT T ATCATTA . . AG . G TA A CTCT . C A . . . . . AATG . A T T . . . . TTGT . . . . . . . TTTGAA . A . . A . . A AAAATC . TG . G . . G . . . . . . . . A . T . . A . T G . . . . . . . AG A . . . C CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATGTTTACCATTTTTAGCA . . . . . T . . GG . . . . G G . C . . . . . TGT . TCCATA . . G . . . . GTTC . T T . . . . . TTG . A C C . . . . AGC . . . . . . . TTTGAA . T . . A . . A ATATAC . GG . G . . A . . . . . . . . T . . . . . . A G . . . . . . . G A . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AATGTATCATATTTAAGA . . . . . T . . TT . . . . A C . C . . . . . TT . CTCAT . . G . . . . CTT . C T . . . . . ACA . A T T . . . . TGT . . . . . . . TATGAC . T . . A . . A AAAAA . G . A . . G . . . . . . . . A . . . . . . C G . . . . . . . . A . . . . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CAAGTTCCTAGATTTGAA . . . . . T . . GC . . . . T G . C . . . . . TT . TCAT . . G . . . . CTT . T T . . . . . ACA . A T T . . . . TGT . . . . . . . TTTTG . C . . A . . G AAAAC . G . A . . G . . . . . . . . A . . . . . . G G . . . . . . . . A . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AATGTTTACATTTTTACA . . . . . T . . GC . . . . C G . T . . . . . GT . TCAA . . G . . . . CTT . C T . . . . . TG . T A . . . . . TGT . . . . . . . TTGAA . T . . A . . G AAAC . A . A . . A . . . . . . . . A . . . . . . A G . . . . . . . . A . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTTTATCTAGGTTTTAGG . . . . . G . . GC . . . . G G . C . . . . . AT . TTTT . . G . . . . ATT . T A . . . . . TA . A T . . . . . T . . . . . . . TTTAA . T . . A . . A AA . G . G . . A . . . . . . . . A . . . . . . T T . . . . . . . . C . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AAATGTTCAATGTTTTGA . . . . . T . . GC . . . . T A . C . . . . . TT . TCGG . . . . . . . CC . C T . . . . . TG . G T . . . . . . TTTGA . T . . . . . A T . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A T . . . . . . . . C . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AATGTTCAAATATTAGA . . . . . T . . GC . . . . C T . . . . . . . TT . AAAT . . . . . . . . . C T . . . . . G . . . . . . . . . TATG . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . C . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AATGCTTAGATTTTAAA . . . . . T . . C . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AATGGGTTTAGATT . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTCTATT . . . . . . . . . . C . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTCTATT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ** AATGCTTAATTTTAGA********************* TT****** TCGT************** CTT*** C* CG**** TTTGAA** AAAAC**** G*** CA*
originalCons : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
finalCons : TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAAAATGCTTAATTTTAGA---------------------TTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AATT------TGAA-CGTCGT--------------T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCACTT---ACAATT--CTTC-GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTCG----TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTTGAA--AAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAACAAAAC----ATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAAG---TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AACA-T-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555 11111 1111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 111111 11 3333333 22 1 1 111 1111111 11111 111111111 22 1111111 1 1111 11
lowQualScore : 1 2 2 2 2 55 66 1 7777777777777777777777777777777777777 0 6 3 44 3 99999 0 00000 55 4 4 4 2222 4 11111111 4 8 66 33333333333333333333333333333333333333333 777 000 66 99 666666666666 8 555555 55 33 2 3 3 3 3 4444444 4 1 1 1 11 0 0 5 0 000 5 5 6666666 4 44 3 3 66666 3 1 55 777 5 3 3 44 444444444 7 22 3 4 4 4 3 4 8 4 8 4 4 3 0000000 3 6 3 0 6 3 3 3 6 3 44 2222 3 3 3 6666 66 33 2 00 33 1 5 33 2 0 33 55 2 4 2 2 2 2 4 33
lowQualScore : . . . . . .. .. . ..................................... . . . .. . ..... . ..... .. . . . .... . ........ . . .. ......................................... ... ... .. .. ............ . ...... .. .. . . . . . ....... . . . . .. . . . . ... . . ....... . .. . . ..... . . .. ... . . . .. ......... . .. . . . . . . . . . . . . ....... . . . . . . . . . . .. .... . . . .... .. .. . .. .. . . .. . . .. .. . . . . . . . ..
lowQualScore : 1 5 5 5 5 99 99 5 0000000000000000000000000000000000000 8 7 3 66 3 66666 2 22222 55 0 0 0 1111 0 66666666 0 0 11 66666666666666666666666666666666666666666 888 000 11 55 000000000000 9 999999 55 66 5 3 3 6 6 9999999 4 1 9 0 00 0 5 0 0 555 0 0 2222222 0 33 6 6 77777 6 5 00 000 7 6 6 00 666666666 3 44 6 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8888888 3 7 3 0 7 3 3 3 7 3 33 4444 1 1 1 1111 88 99 7 00 44 0 0 44 5 5 22 66 4 7 4 4 4 4 7 44
consensus : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--TGAG--CTAAA--A-A-T----GC-----T--TA--AT-TTT-A--G-ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAC-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--CG---TTT-ACATAAAGATTGCTT-CACAGAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT-GCGAG-AAACACT-A-------GAAACTGTT-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--A-AAA-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCN-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATCT-AA--AA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 ) : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--TGAG--CTAAA--A-A-T----GC-----T--TA--AT-TTT-A--G-ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAN-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------T-T----TGAA-CG-T----CG-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--CG---TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACAGAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT-GCGAG-AAACACT-A-------GAAACTGTT-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--A-AAA-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCN-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATNT-AA--AA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1 : AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--TGAGAGCTAAA--T-A-T----GT-----T--TACCAT-TTTTA--GCATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAAAAA--------T-T----TGAA-CGCT----CA-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACAGAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGAA-GCGAG-AAACACT-A-------GACACTATT-TAC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--A-AAA-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AA-TGT--A--A-ACCAT-T-TT-TAG-CTTC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10 : taCTTCTAATTT-GAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAG-A-------T-G--CATTA-A-AA-TT-TTTCC-TGG-CC-ATTAGA-AATACTT-TA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGG--CAATCT-AA--AA-TTT--G--A-A-C-T-T-TT-TTG-T-TC--AAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11 : C-AA-T-TATGTAAAC--A-AAAACAAGGCTCA-AGCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCC-TAA-G--TG-A-T-A----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATCT-AA--TA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AGAATGTGTCCATGTCCCTTT
gi|11 : t-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAA----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--tgttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacat
gi|12 : taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaTCAACAA-C-------T-G-ACATTA-A-AA-TA-TTTAC-TGA-CC-ATTAGA-AATAATT-T-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAA-AT-AA--AC-TTT--G--A-A-CAT-T-CCAAAG-C-TC--AA
gi|12 : TGTTT--TG---TTT-ACATATAGATTAC-ATAATAGAAAATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13 : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTGGATC-A-CTTATA-TGAG--CTAAG--ACA-T-----C-----TATTA--AT-GTC-ACCA-ATCCTC-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-AAT-----C--T--AG-T-TACTGAT-ATTT-----T--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------T-TATTATAAT-CGAT----CA-------TTATTG---TTGA---TCATTC--AAGT------------
gi|14 : AACAATA-------T-GGAAGTTA-A-AA-TTGTTTGC-TGAGCC-ATTA-A-AATACCTCTAA-GA-TG-A-C-C----ATG-TGTA--A-C-AGTTA--AAATGGGAAAATCT-TA--AA-TAT--G--ATA-CAT-T-TA-T-G-C--C--AGAACGTGTCC
gi|16 : ttaaaggaggacgaatgTTAAAGGG-CA-TG-A-C-A-ACTTT--TGAG--CTAAACAA-G-T----TC-----C--TA--GA-TTT-G--A-ATTTTC-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC-AT-----C--T-CAC-TGTAA-TCTGATCT----CT--AAAAA-TT-AGA--AAAAA---------G-T----T
gi|17 : tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGG--AA-TAT-AA--AA-TTTTTG--A-A-T-T-T-TT-TAG-T-TC--AAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18 : aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TGGA-C-A-CGTTT--GAAG--CTAAA--T-A-TTATGGCATTTTT--TT--ATGTTT-A--A-ATATGCTA-TAATC-TTAG--G--TTTACTAT----TT--T-TCG-T-TA----T-ATTT----CTTAGATGG-TC-A
gi|19 : ----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATAA--AAATGT-AA--AAATGT--A--A-A-CAT-T-T---AG-C-TCTCAAAATGTGTCCATGCCCCTTTta
gi|2 : AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--TGAGAGCTAAA--T-A-T----GT-----T--TACCAT-TTTTA--GCATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAAAAA--------T-T----TGAA-CGCT----CA-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACAGAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGAA-GCGAG-AAACACT-A-------GACACTATT-TAC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--A-AAA-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AA-TGT--A--A-ACCAT-T-TT-TAG-CTTC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTTaa
gi|20 : taTCAAAGGGAAA-AGGA-C-A-CGTTT--GGAG--CT-------A-T----G----------A--AT-TGT-A--T-ATTTGC-A-T--TT-TTAAT-aaa
gi|21 : --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAG--AAAAAT-AA--AA-TTT--G--A-A-ACT-G-TT-TAG-T-Taaagcgt
gi|22 : aTTAAAGGGACA-TAAA-C-A-CATTC--TGAG--CT---------T-----C-----T------AT-T---------TTTCC-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23 : TAAAGGGACA-TAAA-C-A-CATTC--TGAG--CT---------T-----C-----T------AT-T---------TTTCC-A-T--TC-TTAA--G--TTTACTAT----ta
gi|24 : --AAACCT-AA--AA-CCT--A--G-A-TAA-AATT-TAG-C-TT--CAAACGTGTCCATGTCCTT
gi|25 : atattt-------T--TTG---TTAG-G-T--TTC--AAGT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27 : TAAAAGGACA-TGGA-C-A-CAGTT--TGAG--CTAAA--T-A-T----
gi|28 : C--AAGT------------GAGGCACA-GCA-CT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AActattggatt
gi|29 : TTAAGGGGACA-TGGA-C-A-CGTTA--TGAG--CTAAA--A-A-t
gi|3 : TTAAAGGGGCA-TGGG-C-AATGTTT--TGA----CAAA--A-A-T----G-------------GG-TTT-A--G-ATT--------------GAG-A--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAC-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------A-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTT--TTGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTGTTT--TA---TTT-ACA-AAAGATTGCCT-CACAGAAAA------------AAATACC-A-TGAGAT-GTGAG-AAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TAA-CTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTTTGGGGAAAA--ATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC----AAA-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GT-AATGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAA-ATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGCTTGTACCC--AA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGA--AAATCT-AA--A----C--G--A-------T-TT-TAGCC-CC--AAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30 : TT--G--C-A-TAT-T-TT-CAG-C-AC--AAATTGTGTCCATGCCCCTTT
gi|31 : TTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--TGAA--CTa
gi|32 : TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--aactatgaa
gi|32 : ATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTacatt
gi|33 : tttgatatgtTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--CGAA--CTAAA--t
gi|34 : TTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--TGAG--TTgcaat
gi|35 : a-TTGTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATTT-GAAAAggaa
gi|4 : tAAAGGGGCA-TGGA-CCA-CGTTTCTTGAG--CTAAA--A-AAT----GT-----T--CA--ATGTTT-T--G-ATTTCC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--TGCACGT-TAG-GGT-ATTC----TA--AATGG-TC-AGCGCACACA---------TGT----TGAATCT-T----CA-------A--TTG---TTGA-G-T--TACG-AAGA------------GAGATGCAAGCA-CTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTGTTT--TG---TTTTACATAAAGAT-GCTTCCACAGAAATTACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT---GAG-AATCACTGA-------GGAACTGTT-TAA-TTGTGCTTCAGAA---AACTTGTAATAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAA-AAA-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAA-A-------T-GAACGGTC-ATAA-TT-TGTGCAGGA-CCAATTAGA-A--ACCG-TAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGG--AAACCT--A--AA-TTT--GC-A-A-CA--T-TT-TAG-C-TC--AGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5 : TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--TGAG--CTAAA--A-A-T----GC-----T--TAG-AT-TTT-A--A-AGTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAAA----------T-T----TGAA-TG-T----TT-------T--TTG---TTGA-G-T--TTT--AAGT------------GGGATACA-GCA-AT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTTA-CA---TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACAGAAAATACCA-TGTTCAAAACAAA-A-TTAGAT-GTGAG-AAACACT-A-------GAAACTATT-TAATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-TT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--A-AAA-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAA-A-------T-G-ACATTC-A-AA-TT-TAAGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGA--AAATCT-AA--AC-TGT--A--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6 : -----T--TA--AG-TT-------ATTTTCCA-T--TTGTTAAT----TTT-CAATTTGAGCCTT-CAC-T-AAC-----ATTT-----T--AA-GG-TC-A-C--AAACA---------T-T----T-AA-TG-T----CG-------G--TT----TTGA-------TC--AGATTA----------GAGATATAAGCA-CC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTGTTT---G---TTT-ACATATAGAT-ACAT-AATAGAAA-TATCA-CGTTTAAAACAAA-C-TGAGATTGAGAG-AAACACT-A-------GAAACTGTT-TA--TTGTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAATTT--------AAAATCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AA-C-------TGG-ACAATC-A-AG-TT-TTTCC-TGA-CCAATT--A-CATACTT-TAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATAT--AAAAAC-AA--AA-TTT--G--A-A--ATGT-TT-TAG-C-TT--AAGATGTG
gi|7 : AAT----GC--T-TAA-T-CAA-GTT-ATT-----CT--AGTCGCTC-AGT--AAAAAAAAAAGAAAT-T----CAAA----------------------TG---TTGAAG-T--TAC--AAGT------------AAGATACA-GCG-GT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTTAATG---TTT-ACAAAAAGATTGCTTT-GTAGAAAATATCA-TGTTTAAAACCAATA-TGAGGTTGTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATAA--TGTG-TTTAGAATAGAACTTCTAATTT-G-AAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--A-AAATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAaacatgtcacaaactc
gi|8 : ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATT--TT---TTT-ACATAGAGATTGCTT-CACAGAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT-GTCGG-AATCACT-A-------GGAACTGTT-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATAT-G---ACAAAAATAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTT-GTTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAA-A-------T-G-ACCATC-A-CA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGG--AAATTT-AAGCAT-TTT--GAAA-A-CAT-T-TC-TAG-C-TC--AGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9 : -TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAA----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--A-A--------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGC-CC-ATTAGC-AATACCC-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGG--AAATCT-AA--AA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AGAACGTGTCCATGTCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA