lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         333333333333333333333333333333                                                           1111      111111          333333333                    33333333333333333333333333                2222222    111111111111111                    1111                                                     11111         11111111                    1111                                 2222222   111      1111111         1111111            111111                       22222222222                                                                      22222          22          222222                    111         3333   1111111111111 11                1111111  111111                       333                               11111                                                                222222222                                                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                33333   1 1     11 33 2  33  222  3333 1 666666666666666666666666666666   66 444    88  1   1  1     9999  4444 2 55 4 4 55 88 2  2222   2  444444  5 2  33 666666666 2 33 999 55 5 7    22222222222222222222222222 2   333    2   0000000    111111111111111 2 8888  4444 2 4   6666 2 2 2   3 1  1 888888 222  1 1 1    55    1 3     3 22222   22 1  22222222   66666      4     5555 3  44     555    8     6        0000000   555    4 4444444       4 4444444  1   2  88 444444   3  6     3  0   1   22222222222  222   3  0             888      666 4   3  3  3   88      666  2 5  33333   66 5   22  2 2   2 666666 2  2    2  9999 5  444  5  2   0000   7777777777777 00   2    444   2 5555555  333333 555  2 2 7 77777 33 2 888  2  4 2  2 2  33   2 4444     55555  2 9999  6 33 2 8888  55       1     88  22  3 44   3  88888   777777777 0 1 8888888  1 33 1  1   77 3   22     1 1              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .....   . .     .. .. .  ..  ...  .... . ..............................   .. ...    ..  .   .  .     ....  .... . .. . . .. .. .  ....   .  ......  . .  .. ......... . .. ... .. . .    .......................... .   ...    .   .......    ............... . ....  .... . .   .... . . .   . .  . ...... ...  . . .    ..    . .     . .....   .. .  ........   .....      .     .... .  ..     ...    .     .        .......   ...    . .......       . .......  .   .  .. ......   .  .     .  .   .   ...........  ...   .  .             ...      ... .   .  .  .   ..      ...  . .  .....   .. .   ..  . .   . ...... .  .    .  .... .  ...  .  .   ....   ............. ..   .    ...   . .......  ...... ...  . . . ..... .. . ...  .  . .  . .  ..   . ....     .....  . ....  . .. . ....  ..       .     ..  ..  . ..   .  .....   ......... . . .......  . .. .  .   .. .   ..     . .              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                88888   4 4     99 33 8  88  666  8888 5 222222222222222222222222222222   22 888    33  7   7  8     0000  2222 2 33 4 4 33 33 2  3333   4  777777  0 5  44 999999999 5 44 444 99 0 5    66666666666666666666666666 5   999    2   2222222    666666666666666 1 7777  5555 1 2   2222 0 0 0   8 9  8 222222 999  5 5 5    00    5 0     0 00000   00 5  66666666   33333      2     5555 1  22     888    0     2        9999999   666    4 4444444       4 4444444  7   7  66 000000   3  3     3  3   5   77777777777  444   3  7             444      444 4   6  3  3   33      666  7 3  55555   77 1   66  5 5   5 333333 7  7    7  9999 3  666  3  7   0000   3333333333333 00   5    111   4 3333333  666666 999  5 5 5 33333 44 5 111  4  7 4  4 2  11   2 7777     99999  2 2222  7 11 2 9999  00       8     66  55  6 33   5  99999   888888888 7 7 8888888  6 88 6  6   66 0   00     5 5              
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--T--T-T---AN-A-T-TTTAA---ATTTT--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAN-GGTAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCA-A-A--A---A--T-T-TGAA------------CGT----C--N---T-TTG---TTGA-GTT--NC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-TTAC----ATAAAG-ATTGCTTTCA-CA--GAAAA---TACC-ATGTTTAAAACAAA-A--T-GAGA-T-GCGA-G-------AAACACT-A-------GAAACTGTT--TAAC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATAT-TC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGC-TCG-AGCCTTGGTT-T-ACA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-NAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-G---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-AT-CT--AAA--N----TNTGA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--C--T-T---AG-A-T-TTTAA---AGTTT--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAT-GATAT-TT----CGAA-T-GG--T--A--GC--A-A--A---A--T-T-TGAA------------TGT----T--T---T-TTG---TTGA-GTT--TT---AAGT------------GG-G-A----TA----C-A-GCA-AT-T-A-C-AAT-T-CT-T-TGCA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-TTAC----ATAAAG-ATTGCTTTCA-CA--GAAAA---TACC-ATGTTCAAAACAAA-A--T-TAGA-T-GTGA-G-------AAACACT-A-------GAAACTATT--TAAT-TTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATAT-TC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAA-TCG-AGGCTTGGTT-T-ACA-T-A-CA-A-AG-AATT-GT-GAAT-GC-C-GT-AT-CTC--ATCTT-------------G-AAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-A-TT-C-A-A---A-T--T-TAA-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--AAA-AT-CT--AAA--C----TGTAA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--GAAG--CT-A-AA--A-A-TGG--T--T-T---AC-A-T-TTTTA---TATTT--C---ATTT--TT-AAT-G--TTACA----AT----G-C--T-CAA--CCGT-TAT-GACAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCAAA-A--A---A--T-TATGAA------------CGA----C--A---T-TTG----TGA-GTT--GC---AAGT------------GGAG-AT---TA----T-A-GCA-TT-C-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TA-T-A-AACA--AGCC-TGCGATC-CATTTTTTG--T-TT--AC-
gi|1                          : taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgtacaattctcgtgcaatgtaaacaaggctcgagccttgtttaaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatgTTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--T--GAAG--CT-A-AA--A-A-TGG--T--T-T---AC-A-T-TTTTA---TATTT--C---ATTT--TT-AAT-G--TTACA----AT----G-C--T-CAA--CCGT-TAT-GACAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCAAA-A--A---A--T-TATGAA------------CGA----C--A---T-TTG----TGA-GTT--GC---AAGT------------GGAG-AT---TA----T-A-GCA-TT-C-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TA-T-A-AACA--AGCC-TGCGATC-CATTTTTTG--T-TT--AC-a
gi|3                          : taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgtacaattctcgtgcaatgtaaacaaggctcgagccttgtttaaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatgTTAAAGGGGCATG-----GGC-AATGTTT--T--G-A----C-A-AA--A-A-T-GGGT--T-T---AG-A-T-T---G---AG----------------------AT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAC-GGGAT-TTAATTCTAA-T-GG--TC-A--GC--A-A--A---A--AAT-TGAAACGTTTTCCAATTTT----T--T---T-TTGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGG-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T--GCT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAAC-C-----TTG--T-TT---T-AT-TTAC----A-AAAG-ATTGCCT-CA-CA--GAAAAAAATACC-ATG------------------AGA-T-GTGA-G-------AAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT--TAAC-T-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCT-TC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGC-TC--AGCCTCTGTT-TAACA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT--AAT-GCGT-GT-ATGCTC--A-CTT-------------GTTAAC-CCAA---CAA-ATTAAATTTG----A-C-G-TT-CAA-A---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGCTT----GTACC-----CA-A-G--TG----G-C----AT--TGTAAAC-ATTAAG-AA--AT-G--AAA-AT-CT--AAA--C-------GA---------------T-TT-TAGC-C-CCA--AAACG-T-GTCCATGTCCCTTTa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--T--T-C---AA-A-T-TTTAG---ATTTC--C---ATTT--TC-AAT-CT-ATTTA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAG-GGTAT-TG----CTAA-TGGG--C--A--GCA-A-A--A---A--T-T-TGAA------------CGT----C--A---T-TTG---TTGA-GTT--AC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CACT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-TG----T-----TTA--C-CT--AC-AT-TTGA----ATA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ataattgtgttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacatatactagcaTTAAAGGGGCATG-----GAC-A-CATTT--TGAG-AG--CT----A--A-A-T-G--T--T-T---AC-ATT-TTTAC---ATTTT--T---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----a
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGG-CATG------AC-A-ACTTT--T--G-AG--CT-A-AACAA-G-T-T--C--C-T---AG-A-T-TT-GA---ATTTT--C---ATTT--TC-CAT-G--TTAC-----AT------C--T-C-A--C--T-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tatcgtattcatgaacttttttctaatttttagagatcagattacTTAAGGGGACATG-----GAC-A-CGTTA--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-ttaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGAGGACGAATGGGAC-A-CGTTC--T--G--G--C--A-TA--A-A-T-G--TA-T-C---AT-A-T-TTAAG---ATTTTCCC---ATTT--TA-ACT-G--TTACAC---AT----G-G--T-C-AT-C--T-TAGAGGTAT-TT----T-AA-T-GGCTC--A--GC--A-AACA---A--T-T-TTAA------------tcctaat
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AG--TT-cttccatattgtt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aTTAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AA--CT-ggaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGATATG-----GAC-A-CGTTT--G--A-AG--CT-A-AA--T-A-T-T--A--T-G---GC-A-T-TT--------TTT--T---ATGT--TTAAAT-ATGCTATA----AT------C--T-T-AGGT--T-TAC-TATTT-TT----CGaactatgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgaccatctaagaaatataaTCAAAGGGAAAAG-----GAC-A-CGTTT--G--G-AG--CT-A-------------------T---GA-A-T-TGTAT---ATTTG--C---ATTT--TT-AAT-ta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAAAGGGACATA-----AAC-A-CATTC--T--G-AG--CT-----------T----C--T--------A-T-TT--------TTC--C---ATTC--TT-AA--GT-TTACaaagcgt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTAAGGAACATG-----GAC-T-CAGTT--T--G-AA--CTAA-AA--A-A-T-T--C--A-A---AA-A-T-TTTAT---A-TTC--C---TTTTAATT-AAT-GT-ta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatccTAAAGGGACATG-----GAC-A-CATTC--T--G-AG--CT-A-AA--A-A-T-G--T--T-C---AA-A-T-ATTAG---ATTTC--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----T-A--T-C-A--C--T-TAG-GGTAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GC--A-A--A---AA-T-T-TGAA------------CGT----C--A---T-TTG---TTGA-GTT--AC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CACT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-TGAGC-C-----TTG--T-TT--TT-GT-TTAC----ATA----ATTGTGTTCA-GAATGAAAA---
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTT--C--G-AA--CT-A-AA--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAAGGGGCATG-----GAC-A-CAATT--T--G-TG--CT-G-AA--A-A-T-gcaat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgcatTAAAAGGACATG-----GAC-A-CAGTT--T--G-AG--CT-A-AA--T-A-T----CTAT-T---GG-A-T-T
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAAGGGACATA-----AAC-A-CATTC--T--G-AG--CT-----------T----C--T--------A-T-TT--------TTC--C---ATTC--TT-AA--GT-TTACT----AT----
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAAGGGGCATG-----GAC-A-CATTT--T--G-AGAGCT-A-AA--T-A-T-G--T--T-T---ACCA-T-TTTTAGC-ATTTT--T---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAT-GGTAT-TT----CTAA-T-AG--TCCA--GCAAA-A--A---A--T-T-TGAA------------CGC----T--CA--T-TTG---TTGA-GTT--TC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-ACGT-A-C-AAT-T-CT-CGTGCA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TTAAAA-AT-TTA-----ATAAAG-ATTGC-TTCA-CA--GAAAA---TACCAATGTTTTAAACAAA-AC-T-TAGA-A-GCGA-G-------AAACACT-A-------GACACTATT--T-AC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TAT-TC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGA-TCGCAGGCTT-GTT-T-ATA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT-GAAT-GC-T-ATAAT-CTC--CACTT-------------G-CAAC-TC-A---CAA-A-------TG----T-C-G-TT-C-ATA---ATT--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATGTC-A---TA-ACGGTTG-A--G-C----AT--TGT-AAC-ATTAA--AA--AT-G--AAATAT-A---AAA--A----TGTAA-AC------CA-T--T-TT-TAG--CTTCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taAAAGGGGCATG-----GAC-A-CATTT--T--G-AGAGCT-A-AA--T-A-T-G--T--T-T---ACCA-T-TTTTAGC-ATTTT--T---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--C--T-TAT-GGTAT-TT----CTAA-T-AG--TCCA--GCAAA-A--A---A--T-T-TGAA------------CGC----T--CA--T-TTG---TTGA-GTT--TC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-ACGT-A-C-AAT-T-CT-CGTGCA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TTAAAA-AT-TTA-----ATAAAG-ATTGC-TTCA-CA--GAAAA---TACCAATGTTTTAAACAAA-AC-T-TAGA-A-GCGA-G-------AAACACT-A-------GACACTATT--T-AC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TAT-TC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGA-TCGCAGGCTT-GTT-T-ATA-T-AGCG-A-AG-AATT-GT-GAAT-GC-T-ATAAT-CTC--CACTT-------------G-CAAC-TC-A---CAA-A-------TG----T-C-G-TT-C-ATA---ATT--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATGTC-A---TA-ACGGTTG-A--G-C----AT--TGT-AAC-ATTAA--AA--AT-G--AAATAT-A---AAA--A----TGTAA-AC------CA-T--T-TT-TAG--CTTCA--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTTaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taAAAGGGACATG-----GAC-A-CGTTT--TG-G-GG--CT-A-AA--A-T-C-G--T--T-T---AG-A-T-----------TTT--C---ATTTC-TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C----C-A--C--T-TG--GGTACAAG----CTAA-T-GG--TC-A--GC--A-A--A---AATT-T-TGAA------------CGTCAAAT--TTAAT-TTG---TTGG-GTTA-AC---AAGT------------GA-GCA----TA----C-ACGC--AT-T-A-C-AAT-T-CT-T-CGCT-A---TGTT-A-AACAG-AGGC-T--GAGC-CATGT-TTG--T-TT--AC-CT-ATAT-----TGAAG-A-TGCTTTTA-TA--aaa
gi|4                          :                         ttaaaggggcatgggcaatgttttgacaaaaatgggtttagattgagatttacaatgctcacttacgggatttaattctaatggtcagcaaaaaattgaaacgttttccaatttttttttggttttgaggtttccaaagtttttgggaaaaagggatacagcacttacaattcttgctatgtaaacaaggctcgaaccttgttttatttacaaaagattgcctcacagaaaaaaataccatgagatgtgagaaaaactatatatagaaaactgtttaactgtgttcagaatgaacttgtaattttggggaaaaatctgctttaaacagaacgAAAGGGGCATG-----GACCA-CGTTTCTT--G-AG--CT-A-AA--A-AAT-G--T--T-C---A--A-TGTTTTG---ATTTC--C---ATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--TGC-A--CG-T-TAG-GGTAT-TC----TAAA-T-GG--TC-A--GC--G-C--ACACA--TGT-TGAA------------TCT----T--C---AATTG---TTGA-GTTA-CG---AAGA------------GA-G-A----TG----C-AAGCA-CTCT-G-C-AAT-T-CT-T-CACA-----TG-T-AGAACT--AAGC-C-CGAGCGC-----TTG--T-TT--TG-TT-TTAC----ATAAAG-AT-GCTTCCA-CA--GAAAT---TACC-ATGTTTAAAACAAA-A--T-GAGA----TGA-G-------AATCACTGA-------GGAACTGTT--TAA--TTGTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT-------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGAC-TTA-AGCTTCTGTT-T-ACATT-A-TG-T-GGCAATT-GT-AGGT-GC-T-GT-AT-C-C--A-CTT-------------G-TACC-TCAA---CAA-A-------TGA---A-C-G-GT-C-ATA---A-T--T-TGT-GCAGG-A-CCAA-TT--AGA-A------ACC-G---TA-A-G--TG-A--GTC----ATAGTGTAAACTCTTAA--AA--AT-G--GAA-AC-CT--AAA--T----TTGCA-A-------CA----T-TT-TAG--C-TCA--GAACG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAAGGGGCATG-----GAC-A-CGTTC--T--G-AG--CT---AA--A-A-T-G--T--TGC---AA-A-T-TT--A---GGTTTC-C---ATTT--TT-AAGAGT-TTACACT--AT----GAC--T-C-A--C--T-TAC-G--GT-TT----CTAATT-GG--T--CCTGC--ACA--A---A--T-TATGAC------------CGT----T--CA--T-TTG---TTGA-GGT--AC---AAGT-------------G-G-A----TA----C-A-GCA-CC-T-A-C-AAT-TGCC-A-CATA-A---TG-T-A-AACAG-AAGC-T-TAAGT-C-----ATG--T-TT--TTGAT-TTAC----CTATA--ATTGC
gi|10                         :                           aaaggggcatggaccacgtttcttgagctaaaaaatgttcaatgttttgatttccatttttaatgtttacaatgctgcacgttagggtattctaaatggtcagcgcacacatgttgaatcttcaattgttgagttacgaagagagatgcaagcactctgcaattcttcacatgtagaactaagcccgagcgcttgttttgttttacataaagatgcttccacagaaattaccatgtttaaaacaaaatgagatgagaatcactgaggaactgtttaattgtgcttcagaaaacttgtaatatgaaaaatctgccttaaacggaacatattAAAGAGGCATG-----CAC-A-CGTTT--T--G-AA--CA-A-AA--A-A---G--T--T-C---AA-A-T-TTTAG---ATTGC--C---AATT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--TTC-A--C--T-AAA-G-TAT-TT----CTAA-T-GG--CCAG--GA--A-A--A---A--T-T-TTAA------------TGC----A--T---C-T-G---TTGA-CTT--CC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-GCA-CT-T-G-C-AAT-T-CT-T-TGTT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-C-CGAGC-CA----TTA--TATTGAAT-ATGCTACTAATATAAAC-GTTCCATTTA-CA--GCAGA---T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cttctaatttgaaaaaaaAAGGACATG-----GAC-A-CGTTT--G--A-AG--CT-A-AAT-T-T-T-A--T--C-T---AG-G-T-TTT-A---GGTTT--
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atatttC-A-CATCT--T--A-AG--CT-A-AA--ACA-T----T--T-C---AA-A-T-TTT------GTTT--TTATATTT--TT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-T-A--A--C-TAA-AGTAT-GT------AATT-GG--TCAG--GA--A-A--A---A--C-T-TGAT------------TGT----C--C---A-GTT---TTGA-GTT--AC---AAGT------------GA-G-A----TA----C-A-ACA-CT-C-A-CAAAT-T-CT-T-TGTT-T---TG-T---AATA--AGGC-T-CGTGC-T-----AAG--T-TT--AC-AC-ATGT-----TAAAT-A-TGCT------A--GTAAA---CGTT-TTATTAAAAGCAAG-ATTT-TAAATT-ACAA-GTCATTTTGAACACA-A-------TAAACAGTT--T--C-TAGTG-TTT---------CTCTCAA-TCT---------CAGTTT-GTTTTAAACGTGATAT---TTCTAT---TATGTATC----TATATGTAAAC---AA-A-CA--AG-CTG-ACGCCT-TTT-T-ACA-TAA-CA-AGAT-AAAT-GT-G-GT-GCTT-AT-AT-CTCTAATC-T-------------G-A----TCAA----AA-C-------CG----A-C-A-TT-A-A-AT--G-T--T-TG-----TG-A-CC---TT--A-A-A----AT----G---TT-A-G--TG-AAGG-CTCAAAT--TG-AAA--ATTAAC-AA--ATGG--AAA-AT------AA--C----TTAAA-A-------CA-T--a
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -A-CGTTC--T--G-AG--CT-A-GA--A-A-T-G--T--T-TTCAAA-A-TGCTTAA---ATTTC--C---ATTTCTTT-AAT-GT-TTACA----AT----G-C--T-C-A--A--T-TAT-GGTAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GCA-A-A--A---A--T-G-TGAT------------GGT----C--A---T-TTG---TTGC-GTTACTT-----GT------------GA-G-A----AA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-CT-T---CATA---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-A-----ATG--T-AT--AT-GT-TCAC----CTAgtcacaaactc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                      ttgttcactatgtaaacaaggatcgagcctggatttttttacatagagattgcttcacagaaaataccatgtttaaaacaaaatgagatgtcggaatcactaggaactgtttaattgtgttcagaatgaacttgtaatatgacaaaaatatgatttaaacggaacgtatactagcatattcaatgT--T--G-AG--CT-TTGG--A-A-T-G--T--T-C---AA-A-G-TTTA------TTTTCC---ATTT--TT-AAT-GT-TTACAATTGAT----G-CT-T-C-A--C--TAAAT---TAT-TT----CTAA-T-GG--TC-A--GT--A-A--AT--A--T-T-TTAA------------TGT----C--A---G-TTG---TTGA-
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -T-TTTAAGTTATTTT--CC--ATTTG-TT-AAT--T-TT-CA----ATTTGAG-CCTT-C-A--C--T-----AACAT-TT----TAA----GG--T--C--AC--A-A--AC--A--T-T-T-AA------------TGT----CGGT---T-TTG---ATCA-GAT--T-----AGA------------GA-T-A----TA------A-GCA--C-C-A-C-ATT-T-ATCT-TGTT-A---TG-T-A-AA-A--AGGCGT-C-AGC-------TTG--T-TT--G---T-TTAC----ATATAG-AT-ACAT-AA-TA--GAAA----TATC-ACGTTTAAAACAAA-C--T-GAGA-TTGAGA-G-------AAACACT-A-------GAAACTGTT--TA---TTGTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATAT-TT-AA-CATGTGTAAAC--TTA-G-CA------CG-AGCCTTA--T-T-ACA-A-AACA-A-AG-AATTTGT-GAGT-GT-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-TAAC-TCAA----AA-C-------TGG---A-C-A-AT-C-A-A---G-T--T-TTT-CC-TG-A-CC-AATT--ACA-------TACT-T---TA-G-T--TA-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-AT-AAA-AA-CA--AAA--T----T-TGA-A--------A-TG-T-TT-TAG--C-TTA--AGATG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ---T-TTG---TTAG-GTT--TC---AAGT------------GA-G-A----TA-------------------------T-CT-T-TGCT-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----Tcatgtcacaaactc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TG---TTGAAGTT--AC---AAGT------------AA-G-A----TA----C-A-GCG-GT-TCA-C-AAA-T-CA-T-CGCT-A---TG-TTA-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TTA-AT-GT-TTAC----AAAAAG-ATTGCTTT-G-TA--GAAAA---TATC-ATGTTTAAAACCAATA--T-GAGGTT-GTGAGG-------AAACACT-A-------GACACTGTTA-TAA---TGTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TAT-TCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGC-TCG--GACCTTGTT-T-ACA-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ggaatgcttaatcaagttattctagtcgctcagtaaaaaaaaaagaaattcaaaTA---TTG--GTT--TT---AAAC------------AT-G-A----TATTTTC-T-ACA-A----AGC-AATCT-TT-T-TGTA-AACAT--T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--A-------AC----ATAGCG-ATgaatgactcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggaatgcttaatcaagttattctagtcgctcagtaaaaaaaaaagaaattcaaatgttgaagttacaagtaagatacagcggttcacaaatcT--TT---AAAC------------GG-A-ACGTATA----CTA-GCATAT-T---C-AATGT-AG-G-TG-A-A---CA-T-A-TACA--TTGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT---------ATGAAGAATTGtgaggttgtgaggaaacactagacactgttataatgtgtttagaatagaacttctaatttgaaaaaaaaatctgcttaaatggcgttagtagctattcaaatatgtgtaagcaaaatcatggctcggaccttgtttacagaatgactcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttgttcactatgtaaacaaggatcgagcctggatttttttacatagagattgcttcacagaaaataccatgtttaaaacaaaatgagatgtcggaatcactaggaactgtttaattgtgttcagaatgaacttgtaatatgacaaaaatatga---AAGT------------GA-G-G----CA----C-A-GCA-CT-T-A-C-AAT-T-TT-T-CGCT-A---TG-T-A-AAtaagtgctgtttctcacaagtaacgcaacaaatgaccatcacatttttgctgaccattagaaataccataattgagcattgtaaacattaaagaaatggaaatttaagcattttgaaaacatttctagctcagaacgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A-C-AAT-T-AT-G-TA-A-A---CA-A-A-AACA--AGGC-T-CAAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-gt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactT-T-GT-T-CACT-A---TG-T-A-AACA--AGGA-T-CGAGC-C-----TGGATT-TT------T-TTAC----ATAGAG-ATTGCTT-CA-CA--GAAAA---TACC-ATGTTTAAAACAAA-A--T-GAGA-T-GTCG-G-------AATCACT-A-------GGAACTGTT--TAAT-T-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATAT-TC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGC-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-A-TG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-TT-CTC--A-CAA-------------G-TAAC-GCAA---CAA-A-------TG----A-C-C-AT-C-A-C---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-T--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAAAGAA--AT-G--GAA-AT-TT--AAG--CATTTTGAAA-A-------CA-T--T-TC-TAG--C-TCA--GAACG-T-gttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T-T-TGAT-A---TG-T-A-A-CA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-T
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CA-A---TA-T-A-AT-----GGC-T-CGGGC-C-----TTG--T-TT--AC-A---TA-----ACAAAGAATTGC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cttctaatttgaaaaaaaatctgctgtaaatggaacgtttatattagtagcatattA-A---TG-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG----TT--AC-AT-aagtgctgtatctcacttggaagtcaacagatgcattaaaatttttcctggccattagaaatactttagtgaagcattgtaaacattaaaattggcaatctaaaatttgaacttttttgttcaaaacgtgtgcatgcctcttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttgatG-T-A-AACATAAGGC-T--GAGTGC-----TTG--T-------------------ACAAAA-ATTGCTATCGTCA--GAAAA----ATT-AT--TCAGAA-ATA-A--TAGAGA-T-GTGA---------AAACACA-A-------GACACTGTTGGTAATATTGTG-TT---AAT------------T-T-GAAAA-------CT-ACTTTAAATGGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-A--TTGC----ACGAGA-ATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgta-T-A-AACA--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-A--TTGC----ACGAGA-ATTGaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaaaggggcatggacacattttgagagctaaatatgtttaccatttttagcatttttatttttaatgtttacaatgctcacttatggtatttctaatagtccagcaaaaaatttgaacgctcatttgttgagtttcaagtgagatacagcaacgta--AGGC-T-CGAGC-C-----TTG--T-TT--AC-AT-aaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttgttaggtttcaagtgagatatctttgctTG--T-TT---T-GT-TTAC----ATATAG-ATTAC-ATAA-TA--GAAAA---TACC-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TAAT-T-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATAT-TC-AAATGTAGGTAAAC--AA-----------------GCCTTGTT-T-ACA-T-AGTG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-TAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTT-GC-TG-C-CC-A-TT--AGC-A----ATACC-C---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TAAATAG-ATTGA--AA--AT-G--GAA-AT-CT--AAA--A----TTTGA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--GAACG-T-GTCCATGTCCCTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           a--TAAT-T-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaT-TTGTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATAT-TC-AA-TATA----------------ATGGC-TCG--GGCCTTGTT-T-ACA-T-AACA-A-AG-AATT-GC-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-GAAG-TCAA---CAG-A-------TG------C-A-TT-A-A-A---A-T--T-TTT-CC-TG-G-CC-A-TT--AGA-A----ATACT-----TT-A-G--TGAA--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--TT-G--GCA-AT-CT--AAA--A----TTTGA-A-------C--T--T-TT-TTG--T-TCA--AAACG-T-GTGCATGCCTCTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AG---CATCT-TT-A--TGTA---AAAC--AAA-A-CAAGCGCTCG--GGCTTAGTTCT-ACA-T-G-TG-A-AG-AATT-GCAGAGT-GC-TTGC-AT-CTC---TCTTC------------G-TAAC-TCAA---CAA-T-------TG----A-AGA-TT-C-A-ACATG-T--G-TGC-GC-TG-A-CC-A-TT--TAG-A----ATACC-C---TA-ACG--TGCA--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-AT-CA--AAA--C----ATTGA-A-------CATT--T-TT-TAG--C-TCAAGAAACG-TGGTCCATGCCCCTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   C-AA-T-TATGTAAAC--AAA-AACAAGGC-TCA-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-AGTG-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-TAAC-TCAA---CAA-A-------TG----A-C-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATACC-C---TA-A-G--TG-A--T-A----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-AT-CT--AAT--A----TTTGA-A-------CA-T--T-TT-TAG--C-TCA--GAATG-T-GTCCATGTCCCTTTtccacagaaattaccatgtttaaaacaaaatgagatgagaatcactgaggaactgtttaattgtgcttcagaaaacttgtaatatgaaaaatctgccttaaacggaacatattgcaattataggtaaatcaaaaacatgacttaagcttctgtttacattatgtggcaattgtaggtgctgtatccacttgtacctcaacaaatgaacggtcataatttgtgcaggaccaattagaaaccgtaagtgagtcatagtgtaaactcttaaaaatggaaacctaaatttgcaacattttagctcagaacgtgtccatgccccttt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tGTAAAT--AAA-A-CAAGGT-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-A-GC-A-AG-AATT-GT-AAGT-GC-T-GT-AT-CCC--TTTTTCCCAAAAACTTTGG-AAACCTCAAAACCAA-AAAAAAATTGGAAAA-C-G-TTTC-A-A---T-T--T-TTT-GC-TG-A-CC-A-TT--AGA-ATTAAATCCC-G---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAT-CTC----------------A-AT-CT--AAA--C----C-------------CA-T--T-TT-TG-----TCA--AAACATT-GCCCATGCCCCTTTtgttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttAA-A-CAAGGC-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-TTG-CACG-AG-AATT-GT-ACGTTGC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-AAAC-TCAA---CAA-A-------TG----AGC-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTTTGC-TGGA-CT-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-A--AAA-ATGCTAAAAA--T----GGTAA-A-------CA-T--A-TT-TAGCTC-TCA--AAATG-T-GTCCATGCCCCTTTaaaagattgcctcacagaaaaaaataccatgagatgtgagaaaaactatatatagaaaactgtttaactgtgttcagaatgaacttgtaattttggggaaaaatctgctttaaacagaacgtataaaagcatcttcaatataggtaaacaaacatggctcagcctctgtttaacatagcgaagaattgtaatgcgtgtatgctcacttgttaacccaacaaattaaatttgacgttcaaaatttttgctgaccattagcttgtacccaagtggcattgtaaacattaagaaatgaaaatctaaacgattttagccccaaaacgtgtccatgtcccttt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taAA-A-CAAGGC-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-TTG-CACG-AG-AATT-GT-ACGTTGC-T-GT-AT-CTC--A-CTT-------------G-AAAC-TCAA---CAA-A-------TG----AGC-G-TT-C-A-A---A-T--T-TTTTGC-TGGA-CT-A-TT--AGA-A----ATACC-A---TA-A-G--TG-A--G-C----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-A--AAA-ATGCTAAAAA--T----GGTAA-A-------CA-T--A-TT-TAGCTC-TCA--AAATG-T-GTCCATGCCCCTTTaaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ta-TCG-AGCCTTG-TT-T-ACA-T-AGCA-A-AG-A------------------T-AT-CTC--A-CTT-------------G-AAAC-CTAA---CAA-A-------aaaaatttaataaagattgcttcacagaaaataccaatgttttaaacaaaacttagaagcgagaaacactagacactatttacttgtgttcagaatgaacttgtaatttgaaaaaaaaaatctgcttcaattggaatgtacacaagctattcaatatggtaaacaaaaaatggatcgcaggcttgtttatatagcgaagaattgtgaatgctataatctccacttgcaactcacaaatgtcgttcataattttttgctgaccattagaaatgtcataacggttgagcattgtaacattaaaaatgaaatataaaaatgtaaaccatttttagcttcaaaacgtgtccatgcccctttaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TCAA---CAA-C-------TG----A-C-A-TT-A-A-A---A-TATT-TA---C-TG-A-CC-A-TT--AGA-A----ATAAT-----TT-A-G--TGAA--G-CATCAAT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-G--GAA-A--AT--AAA--C----TTTGA-A-------CA-T--T-CCAAAG--C-TCA--Agcct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AA---CAATA-------TG----G-A-AGTT-A-A-A---A-T--TGTTT-GC-TG-AGCC-A-TT--A-A-A----ATACCTC---TA-A-GA-TG-A--C-C----ATG-TGTAA-C-AGTTA--AA--AT-GGGAAA-AT-CT--TAA--A----TATGATA-------CA-T--T-TA-T-G--C--CA--GAACG-T-GTCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttaaaggaggacgaatg-TG-A-CC-A-TCTAAGA-A----ATA-------TA-A-C--GA-A--A-A----AT--AGTAAAC--CTAA--GATTATAG--CAT-AT-TT--AAA--C-----ATAA-AAAAATGCCA-TAATATT-TAG--C-TTC--AAACG-T-GTCCATATCCCTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TT--AGA-G----AT--C-AGATTACA-G--TG-A--G------AT---GTAA-C-ATGGA--AA--AT-G--AAA-AT-TC--AAAT-C----TAGGA-A-------CT-T--G-TT-TAG--C-TCA--AAAGT-T-GT-CATGCCCTTTaata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tatcgtattcatgaacttttttctaattt----AT--TGTAAAC-ATTAA--AA--AT-A--AAA-AT-GT--AAA--AA---TGTAA-A-------CA------TT-TAGCTC-TCA--AAATG-T-GTCCATGCCCCTTTaattaaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AT-ATTTA--AA--CC-T--AAA-AC-CT--AGA---------TAA-A--------A-T--T-T---AG--C-TTC--AAACG-T-GTCCATGTCCTTaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AC-ATTAATTAA--AA-G--GAA--T-AT--AAAATT----TTTGA-A-------T--T--T-TT-TAG--T-TCA--AACTG-A-GTCCATGTTCCTTa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatccttt-ATTAA--AA--AT-G--CAA-AT-AT--ACA----------------------A-T--T-CA-TAG--C-TCC--AAACG-T-GTCCTTTTCCCTTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A-AT-CC--AA----------TAG-A-------TA-T--T-T---AG--C-TCA--AACTG-T-GTCCATGTCCTTTTgaaaagcgt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             t-A-------TA-T--T-TT-CAG--C-ACA--AATTG-T-GTCCATGCCCCTTT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgc-T--T-TT-TAG--C-TCA--TAACG-T-GTCCATGTCCCCTTa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TT-TAG--T-TCG--AAACG-T-GTCCATGCCCCTTTaatcctaat
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AA--C-TCA--GAACG-T-GTCCATGTCCCTTTagcaat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aAG--T-TCA--GAACG-T-GTCCATGTCCCTTTaaggaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GCAGTGGATCACTTATATGAGCTAAGACATCTATTAATGTCACCAATCCTCAATTTTTAATTGATTTTAAATCTAGTTACTGATATTTTAATGGTCAGCAAAAATTATTATAATCGATCATTATTGTTGATCATTCAAGT
Unaligned ( gi|21 ): AAACTAAACAGTTTCAAATTTTATTTTTCTATTTTTAATGTTTATACAGTGCTTAACTA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                     111111111111111     11       1111111                                11111                                           11                   2222222222222222                              222222222222                             11                                   33333                111                                1                       1111111           222222                         11111111                                                              111111111               22                                                             1111111            1                                11   1111                               11                              1111111                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    0  2    2 2 2     55 22   55     666666666666666 33  11 2 2   7777777      6 3 44  3    33 44        00000 55 3   3 3  9999 3    88888888     3 7    33      4 8888    8  5555555555555555 8888  777    9999 55 1 3  3  333333333333        8  8   666      55   11  1    3 3        3      3    55   55555        2    0  333    55         8      0       5 0     88888  5        5 6666666         4 000000     3        3          33333333           3  1             55       777 5     4  4   3       666666666        8      11   4     6     4    4    0   4   8  4  8  4    55          3 1111111 3 77     3 0  7  3     3   3  7      3      55   4444  3 3 3 6666  77    44   2     00      33   44 5  33 1 2 33 33 0000000   2   2 5                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    .  .    . . .     .. ..   ..     ............... ..  .. . .   .......      . . ..  .    .. ..        ..... .. .   . .  .... .    ........     . .    ..      . ....    .  ................ ....  ...    .... .. . .  .  ............        .  .   ...      ..   ..  .    . .        .      .    ..   .....        .    .  ...    ..         .      .       . .     .....  .        . .......         . ......     .        .          ........           .  .             ..       ... .     .  .   .       .........        .      ..   .     .     .    .    .   .   .  .  .  .    ..          . ....... . ..     . .  .  .     .   .  .      .      ..   ....  . . . ....  ..    ..   .     ..      ..   .. .  .. . . .. .. .......   .   . .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    2  1    1 1 1     00 99   88     444444444444444 99  66 7 7   2222222      2 1 22  1    55 66        77777 00 6   6 6  3333 6    88888888     6 3    55      0 5555    9  1111111111111111 5555  000    5555 55 0 6  6  666666666666        0  0   333      00   77  6    3 3        6      6    00   44444        6    8  000    55         9      5       0 0     00000  0        0 2222222         0 333333     6        6          22222222           6  5             00       000 7     0  0   8       777777777        0      66   0     4     4    4    9   4   9  4  9  4    44          6 8888888 6 55     6 9  3  6     6   6  3      6      44   3333  3 3 3 5555  33    22   9     77      99   66 7  99 0 0 99 99 6666666   9   9 7                       
consensus                     :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAN-GGT-ATTT----CT--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-T----TGAA-CG-TCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACGTTTACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA---A-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCN-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATNT-AA--AATTT--G--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 )      :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAN-GGT-ATTT----CT--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-T----TGAA-CG-TCNT-----------T----TG---TTGA-G--T--TNC-AA-GT------------GAGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACATTTACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA---ACTTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-NAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCG-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATCT-AA--ANTNT--G--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGCA-AAAAAT-T----TGAA-CGCTCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAAAAATTTA-ATAAAGATTGC-TTCACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-T----ACTTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AATGT--A--A-ACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taCTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAG-A-------T-G--CATTA-A-AA-TT-TTTCC-TGG-CC-ATTAGA-AATACTT-TA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGG--CAATCT-AA--AATTT--G--A-A-C-T-TTT-TTG-T-TCAAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGACA-TGGA-C-A-CATTC--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--CAA-A-T-ATTA--G---ATTTCC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----TA--T-CAC-T-TAG-GGT-ATTT----CT--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-T----TGAA-CG-TCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TAC-AA-GT------------GAGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT-CACTATGT-A-AACAAGGC-TTGAGC-CTTG--TTT--TTGTTTACATA---ATTGTGTTCAGAATGAAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTT-TACATAATTGTG-TTCAGAAT-G-----------------AAAAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgttttTCAACAA-C-------T-G-ACATTA-A-AA-TA-TTTAC-TGA-CC-ATTAGA-AATAATT-T-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAA-AT-AA--ACTTT--G--A-A-CAT-TCCAAAG-C-TCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TG--TTT---TGTTTACATATAGATTAC-ATAATA--GAAAATACC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13                         : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTGGATC-A-CTTATA-T--GAG--CTAAG-AC-A-TC-----TAT--TA--A-T-GTCACCA---ATCCTC-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-AAT-----C--T--AG-T-TACTGAT-ATTT-----T--AATGG-T-CAGC--AAAAAT-TATTATAAT-CGATCATTA---------T----TG---TTGA----TCATTC-AA-GT------------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AACAATA-------T-GGAAGTTA-A-AA-TTGTTTGC-TGAGCC-ATTA-A-AATACCTCTAA-GA-TG-A-C-C----ATG-TGTA--A-C-AGTTA--AAATGGGAAAATCT-TA--AATAT--G--ATA-CAT-TTA-T-G-C--CAGAACGTGTCC
gi|16                         :                                                                                                                                                           ttaaaggaggacgaatgTTAAAGGG-CA-TG-A-C-A-ACTTT--T--GAG--CTAAA-C--A-AG-----T-TCCTAG-A---TTTG--A---ATTTTC-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC-AT-----C--T-CAC-TGTAA-TCTGATCT----CT--AAAAA-T-TAGA--AAAAAG-T----T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGG--AA-TAT-AA--AATTTTTG--A-A-T-T-TTT-TAG-T-TCAAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18                         :                                                                                                              aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TGGA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATATTA-TGGCATTT-T--TTT-A-TGTTTA--A---ATATGCTA-TAATC-TTAG--G--TTTACTAT----TT--T-TCG-T-TA----T-ATTT----CTTAGATGG-T-CA
gi|19                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--TGAGAG--CT--A-A--A-TG-----T-T--TAC-ATT-TTTA--C---ATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----ta
gi|2                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGCA-AAAAAT-T----TGAA-CGCTCAT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAAAAATTTA-ATAAAGATTGC-TTCACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-T----ACTTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AATGT--A--A-ACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                          taTCAAAGGGAAA-AGGA-C-A-CGTTT--G--GAG--CTA--------------------TGA-A-T-TGTA--T---ATTTGC-A-T--TT-TTAAT-aaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAG--AAAAAT-AA--AATTT--G--A-A-ACT-GTT-TAG-T-aaagcgt
gi|22                         :                                                                                                                                                                           aTTAAAGGGACA-TAAA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTCC-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----AT--AGTA--AAC--TTAA--GAATGG--A------AA--AATA---G--A------------AG-C-TCAGAATGTGTTTATGTCCCTTTta
gi|24                         :                                                                                                                                                                               tAAGGACA-TGGA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATT--T-TA-----T-C--TAG-G-T-TTTA--G---GTTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atatttT-----------T----TG---TTAG-G--T--TTC-AA-GT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27                         :                                                                                                                                                                             TAAAAGGACA-TGGA-C-A-CAGTT--T--GAG--CTAAA-T--A-TC-----TAT--TGG-A-T-T
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C-AA-GT------------GAGGCACA-GC-ACT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AA
gi|29                         :                                                                                                                                                                            TTAAGGGGACA-TGGA-C-A-CGTTA--T--GAG--CTAAA-A--A-t
gi|3                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGG-C-AATGTTT--T--GA----CAAA-A--A-TGGG---T-T--TAG-A-T-T--------------------------GAG-A--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAC-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-T-CAGC--AAAAAA-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTTT----TGGTTTTGA-GGTT--TCC-AAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GC-ACT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTG--TTT---TATTTACA-AAAGATTGCCT-CACA--GAAAA------------AAATACC-A-TGAGA-T-GTGA-GAAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TA---ACT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GTAA-TGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAA-ATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGCTTGTACC--CAA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGA--AAATCT-AA--AC-----G--A-------TTT-TAGCC-CCAAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CAATT--T--GTG--CTGAA-A--A-TA-----T-
gi|31                         :                                                                                                                                                                        ttgcTTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--T--GAA--CT
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACATTaactatgaa
gi|33                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--C--GAA--CTAAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--T--GAG--TTgcaat
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTTGTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAAggaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                             tAAAGGGGCA-TGGA-CCA-CGTTTCTT--GAG--CTAAA-A--AATG-----T-T--CAATG-T-TTTG--A----TTTCC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--TGCACGT-TAG-GGT-ATTC----TA--AATGG-T-CAGCGCACACATGT----TGAATCT-TCAA-----------T----TG---TTGA-G--T--TACGAA-GA------------GAGATGCAAGC-ACTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTG--TTT--TGTTTTACATAAAGAT-GCTTCCACA--GAAATTACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T---GA-GAATCACTGA-------GGAACTGTT-TA---A-TTGTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAA-A-------T-GAACGGTC-ATAA-TT-TGTGCAGGA-CCAATTAGA-A--ACCG-TAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGG--AAACCT-AA--ATTTG--C--A-A-CA--TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----C-T--TAG-A-T-TTTA--A---AGTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAAA-T-T----TGAA-TG-TTTT-----------T----TG---TTGA-G--T--TTT-AA-GT------------GGGATACA-GC-AAT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT--ACATTTACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACC-ATGTTCAAAACAAA-A-TTAGA-T-GTGA-GAAACACT-A-------GAAACTATT-TA---ATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAA-A-------T-G-ACATTC-A-AA-TT-TAAGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGA--AAATCT-AA--ACTGT--A--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                        AT-G-T-TTTA--AGTTATTTTCCA-T--TTGTTAAT----TTT-CAATTTGAGCCTT-CAC-T-AAC-----ATTT-----T--AA-GG-T-CA-C--AAACAT-T----T-AA-TG-TCGG-----------T----T----TTGA--------TC-AG-ATTA----------GAGATATAAGC-ACC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTG--TTT--G--TTTACATATAGAT-ACAT-AATA--GAAA-TATC-ACGTTTAAAACAAA-C-TGAGA-TTGAGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA-----TTGTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AA-C-------TGG-ACAATC-A-AG-TT-TTTCC-TGA-CCAATT--A-CATACTT-TAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATAT--AAAAAC-AA--AATTT--G--A-A--ATGTTT-TAG-C-TTAAGATGTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAT----GC--T-TAA-T-CAA-GTT-ATT-----CT--AGTCGCT-CAGT--AAAAAA-------AAA-AG-AAAT-----------TCAAATG---TTGAAG--T--TAC-AA-GT------------AAGATACA-GC-GGT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTA-ATGTTTACAAAAAGATTGCTTT-GTA--GAAAATATC-ATGTTTAAAACCAATA-TGAGGTT-GTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATA---A--TGTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAgtcacaaactc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATTTT-----TTTACATAGAGATTGCTT-CACA--GAAAATACC-ATGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GTCG-GAATCACT-A-------GGAACTGTT-TA---A-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTTG-TTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAA-A-------T-G-ACCATC-A-CA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGG--AAATTT-AAGCATTTT--GAAA-A-CAT-TTC-TAG-C-TCAGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TA---A-TTGTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--AA---------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGC-CC-ATTAGC-AATACCC-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGG--AAATCT-AA--AATTT--G--A-A-CAT-TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGTCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                          1111111111111111111111111111111111111                                                     111        11111                       11111111       222222222222222222                             222222222222            111111           11                                   333333                   1                1               1                       1111111                                       11111111                                                              111111111               22                                                            1111111            1                                  1111                               11                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    0  2  55555  2 2 2     55 22   55     8888888888888888888888888888888888888    33 5 2 33  2    66 33      2  88888888 3  3 3 3  000 1 3    00000 44     6  6   55   3  22222222 0  8  333333333333333333 7777  666    888 55   88    333333333333        8   111111      55   11  1    3 3        3      3    55   555555   4     2    0  2 7    55          0     0       5 0     88888  5        5 6666666         4  0  3   3        3          33333333           3  1             55       777 5     4  4   3       666666666        8      11   4     6     4    4  2     4   8  4  8  4    4      0     3333333 4 55     4 2  8       4     8      4      1   3333  3 3 3 7777  55    55   3     11    0     1 6  44 0   33 66  666 2   2   2 5                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    .  .  .....  . . .     .. ..   ..     .....................................    .. . . ..  .    .. ..      .  ........ .  . . .  ... . .    ..... ..     .  .   ..   .  ........ .  .  .................. ....  ...    ... ..   ..    ............        .   ......      ..   ..  .    . .        .      .    ..   ......   .     .    .  . .    ..          .     .       . .     .....  .        . .......         .  .  .   .        .          ........           .  .             ..       ... .     .  .   .       .........        .      ..   .     .     .    .  .     .   .  .  .  .    .      .     ....... . ..     . .  .       .     .      .      .   ....  . . . ....  ..    ..   .     ..    .     . .  .. .   .. ..  ... .   .   . .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    2  1  33333  1 1 1     00 99   88     9999999999999999999999999999999999999    99 7 9 99  9    11 99      9  77777777 3  3 3 3  999 0 3    99999 66     7  7   00   6  00000000 7  0  333333333333333333 7777  444    000 55   66    666666666666        0   555555      00   77  6    3 3        6      6    00   222222   0     6    8  4 0    55          0     5       0 0     00000  0        0 2222222         0  7  6   6        6          22222222           6  5             00       000 7     0  0   8       777777777        0      66   0     4     4    4  7     4   9  4  9  4    4      8     0000000 0 11     0 0  0       0     0      0      0   0000  6 6 6 7777  00    00   1     55    2     0 2  22 5   99 88  666 9   9   9 7                       
consensus                     :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 )      :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taCTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAGA-------T-G--CATTA-A-AA-TTTTTCC-TGGCC-ATTAGA-AATACTTTA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGGCAATCT-AA--AATTT--G--AA-C-T-TTT-TTG-T-TCAAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CATTC--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--CAA-A-T-ATTA--G---ATTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----TA--T-CA-C-T-TA-G-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TAC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CACTATGT-A-AACAAGGC-TTGAGC-CTTG--TTT-TTG--TTT-ACATA---ATTGTGTTCAGAATGAAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TAATT-GTG-TTCAGAAT-G-----------------AAAAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaTCAACAAC-------T-G-ACATTA-A-AA-TATTTAC-TGACC-ATTAGA-AATAATTT-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAA-AT-AA--ACTTT--G--AA-CAT-TCCAAAG-C-TCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TG--TTT--TG--TTT-ACATATAGATTAC-ATAATA--GAAAATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13                         : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTG-----GATC-A-CTTATA-T--GAG--CTAAG-AC-A-TC-----TAT--TA--A-T-GTCACCA---ATCCT--C-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-A-AT-----C--T--A-G-T-TA-CTGAT-ATTT-----T--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-TATTATAAT-CGAT----CA-------TTAT----TG---TTGA---TCATTC--AAGT------------
gi|14                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGAGGA-CGAATGGGA-C-A-CGTTC--T--G-G--C-ATA-A--A-TG-----TAT--CAT-A-T-TTAA--G---ATTTTCCC-A-T--TT-TAACT-G---TTACACAT----GG--T-CATC-T-TAGA-GGT-ATTT-----T--AATGGCTC-AGC--AAACAA-T-T----TTAA-CT-TC---CA-------TA-T----TG---TT
gi|16                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGG-CA-TG------A-C-A-ACTTT--T--GAG--CTAAA-C--A-AG-----T-TCCTAG-A---TTTG--A---ATTTT--C-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC--AT-----C--T-CA-C-TGTA-A-TCTGATCT----CT--AAAAA-TT-AGA--AAA-AA-G-T----T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGGAA-TAT-AA--AATTTTTG--AA-T-T-TTT-TAG-T-TCAAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18                         :                                                                                                              aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATATTA-TGGCATTT-T--TTT-A-TGTTTA--A---ATATG--CTA-TAATC-TTAG--G--TTTACT-AT----TT--T-TC-G-T-TA-----T-ATTT----CTTAGATGG-TC-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--TGAGAG--CT--A-A--A-TG-----T-T--TAC-ATT-TTTA--C---ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----ta
gi|2                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ta-ATTAA--AAATGCAAATAT-AC--AATT---------CAT------AG-C-TCCAAACGTGTCCTTTTCCCTTTaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAGAAAAAT-AA--AATTT--G--AA-ACT-GTT-TAG-T-gaaaagcgt
gi|22                         :                                                                                                                                                                           aTTAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACT-AT----ta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                AAGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATT--T-TA-----T-C--TAG-G-T-TTTA--G---GTTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atattt-------T--T----TG---TTAG-G-T--TTC--AAGT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27                         :                                                                                                                                                                             TAAAAGGACA-TG-----GA-C-A-CAGTT--T--GAG--CTAAA-T--A-TC-----TAT--TGG-A-T-T
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C--AAGT------------GAGGCACA-GCA-CT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AA
gi|29                         :                                                                                                                                                                            TTAAGGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTA--T--GAG--CTAAA-A--A-t
gi|3                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GG-C-AATGTTT--T--GA----CAAA-A--A-TGGG---T-T--TAG-A-T-T----------------------------GAG-A--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-C-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-A-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTT--T----TGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTG--TTT--TA--TTT-ACA-AAAGATTGCCT-CACA--GAAAA------------AAATACC-A-TGAGA-T-GTGA-GAAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TAACT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GT-AATGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAAATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGCTTGTACCC-AA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGAAAATCT-AA--A---C--G--A------TTT-TAGCC-CCAAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT--G--CA-TAT-TTT-CAG-C-ACAAATTGTGTCCATGCCCCTTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAA--CTa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTaactatgaa
gi|33                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--C--GAA--CTAAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAG--TTgcaat
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTT-GTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAAggaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                             tAAAGGGGCA-TG-----GA-CCA-CGTTTCTT--GAG--CTAAA-A--AATG-----T-T--CAATG-T-TTTG--A----TTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--TGCA-CGT-TA-G-GGT-ATTC----TA--AATGG-TC-AGCGCACA-CA-TGT----TGAATCT-T----CA-------A--T----TG---TTGA-G-T--TACG-AAGA------------GAGATGCAAGCA-CTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTG--TTT--TG--TTTTACATAAAGAT-GCTTCCACA--GAAATTACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T---GA-GAATCACTGA-------GGAACTGTT-TAATT-GTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAAA-------T-GAACGGTC-ATAA-TTTGTGCAGGACCAATTAGA-A--ACCGTAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGGAAACCT--A--AATTT--GC-AA-CA--TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----C-T--TAG-A-T-TTTA--A---AGTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAA-A--T-T----TGAA-TG-T----TT-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTT--AAGT------------GGGATACA-GCA-AT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTCAAAACAAA-A-TTAGA-T-GTGA-GAAACACT-A-------GAAACTATT-TAATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAAA-------T-G-ACATTC-A-AA-TTTAAGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGAAAATCT-AA--ACTGT--A--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                             AT-G-T-TTTA--AGTTATTTT--CCA-T--TTGTTAAT----TTT-CA-ATTTGAGCCTT-CA-C-T-AA-C-----ATTT-----T--AA-GG-TC-A-C--AAA-CA-T-T----T-AA-TG-T----CG-------G--T----T----TTGA-------TC--AGATTA----------GAGATATAAGCA-CC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTG--TTT---G--TTT-ACATATAGAT-ACAT-AATA--GAAA-TATCA-CGTTTAAAACAAA-C-TGAGA-TTGAGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA-TT-GTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AAC-------TGG-ACAATC-A-AG-TTTTTCC-TGACCAATT--A-CATACTTTAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATATAAAAAC-AA--AATTT--G--AA--ATGTTT-TAG-C-TTAAGATGTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-AT----GC--T-TA-A-T-CA-A-GTT-ATT-----CT--AGTCGCTC-AGT--AAA-AA-A-------AAA-AG-A----AA-------T--TCAAATG---TTGAAG-T--TAC--AAGT------------AAGATACA-GCG-GT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAATG--TTT-ACAAAAAGATTGCTTT-GTA--GAAAATATCA-TGTTTAAAACCAATA-TGAGGTT-GTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATAA-T-GTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAgtcacaaactc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATTTT------TTT-ACATAGAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GTCG-GAATCACT-A-------GGAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTTG-TTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAAA-------T-G-ACCATC-A-CA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGGAAATTT-AAGCATTTT--GAAAA-CAT-TTC-TAG-C-TCAGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--AA---------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGCCC-ATTAGC-AATACCCTAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGGAAATCT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGTCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                          1111111111111111111111111111111111111                                                     111        11111                       11111111       222222222222222222                             222222222222            111111           11                                   333333                   1                1               1                       1111111                                       11111111                                                              111111111               22                                                            1111111            1                                  1111                               11                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    0  2  55555  2 2 2     55 22   55     8888888888888888888888888888888888888    33 5 2 33  2    66 33      2  88888888 3  3 3 3  000 1 3    00000 44     6  6   55   3  22222222 0  8  333333333333333333 7777  666    888 55   88    333333333333        8   111111      55   11  1    3 3        3      3    55   555555   4     2    0  2 7    55          0     0       5 0     88888  5        5 6666666         4  0  3   3        3          33333333           3  1             55       777 5     4  4   3       666666666        8      11   4     6     4    4  2     4   8  4  8  4    4      0     3333333 4 55     4 2  8       4     8      4      1   3333  3 3 3 7777  55    55   3     11    0     1 6  44 0   33 66  666 2   2   2 5                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    .  .  .....  . . .     .. ..   ..     .....................................    .. . . ..  .    .. ..      .  ........ .  . . .  ... . .    ..... ..     .  .   ..   .  ........ .  .  .................. ....  ...    ... ..   ..    ............        .   ......      ..   ..  .    . .        .      .    ..   ......   .     .    .  . .    ..          .     .       . .     .....  .        . .......         .  .  .   .        .          ........           .  .             ..       ... .     .  .   .       .........        .      ..   .     .     .    .  .     .   .  .  .  .    .      .     ....... . ..     . .  .       .     .      .      .   ....  . . . ....  ..    ..   .     ..    .     . .  .. .   .. ..  ... .   .   . .                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    2  1  33333  1 1 1     00 99   88     9999999999999999999999999999999999999    99 7 9 99  9    11 99      9  77777777 3  3 3 3  999 0 3    99999 66     7  7   00   6  00000000 7  0  333333333333333333 7777  444    000 55   66    666666666666        0   555555      00   77  6    3 3        6      6    00   222222   0     6    8  4 0    55          0     5       0 0     00000  0        0 2222222         0  7  6   6        6          22222222           6  5             00       000 7     0  0   8       777777777        0      66   0     4     4    4  7     4   9  4  9  4    4      8     0000000 0 11     0 0  0       0     0      0      0   0000  6 6 6 7777  00    00   1     55    2     0 2  22 5   99 88  666 9   9   9 7                       
consensus                     :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 )      :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              taCTTCTAA-T-TTGAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAGA-------T-G--CATTA-A-AA-TTTTTCC-TGGCC-ATTAGA-AATACTTTA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGGCAATCT-AA--AATTT--G--AA-C-T-TTT-TTG-T-TCAAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CATTC--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--CAA-A-T-ATTA--G---ATTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----TA--T-CA-C-T-TA-G-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TAC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CACTATGT-A-AACAAGGC-TTGAGC-CTTG--TTT-TTG--TTT-ACATA---ATTGTGTTCAGAATGAAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TAATT-GTG-TTCAGAAT-G-----------------AAAAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--aaaatctgcattaaacggaacat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaTCAACAAC-------T-G-ACATTA-A-AA-TATTTAC-TGACC-ATTAGA-AATAATTT-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAA-AT-AA--ACTTT--G--AA-CAT-TCCAAAG-C-TCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TG--TTT--TG--TTT-ACATATAGATTAC-ATAATA--GAAAATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13                         : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTG-----GATC-A-CTTATA-T--GAG--CTAAG-AC-A-TC-----TAT--TA--A-T-GTCACCA---ATCCT--C-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-A-AT-----C--T--A-G-T-TA-CTGAT-ATTT-----T--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-TATTATAAT-CGAT----CA-------TTAT----TG---TTGA---TCATTC--AAGT------------
gi|14                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGAGGA-CGAATGGGA-C-A-CGTTC--T--G-G--C-ATA-A--A-TG-----TAT--CAT-A-T-TTAA--G---ATTTTCCC-A-T--TT-TAACT-G---TTACACAT----GG--T-CATC-T-TAGA-GGT-ATTT-----T--AATGGCTC-AGC--AAACAA-T-T----TTAA-CT-TC---CA-------TA-T----TG---TT
gi|16                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGG-CA-TG------A-C-A-ACTTT--T--GAG--CTAAA-C--A-AG-----T-TCCTAG-A---TTTG--A---ATTTT--C-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC--AT-----C--T-CA-C-TGTA-A-TCTGATCT----CT--AAAAA-TT-AGA--AAA-AA-G-T----T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGGAA-TAT-AA--AATTTTTG--AA-T-T-TTT-TAG-T-TCAAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18                         :                                                                                                              aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATATTA-TGGCATTT-T--TTT-A-TGTTTA--A---ATATG--CTA-TAATC-TTAG--G--TTTACT-AT----TT--T-TC-G-T-TA-----T-ATTT----CTTAGATGG-TC-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--TGAGAG--CT--A-A--A-TG-----T-T--TAC-ATT-TTTA--C---ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----ta
gi|2                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CATTT--T--GAGAGCTAAA-T--A-TG-----T-T--TACCA-T-TTTT--AGC-ATTTT--T-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAA-AAAT-T----TGAA-CGCT----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGA-A-GCGA-GAAACACT-A-------GACACTATT-TACTT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATT-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--AAA-A-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAAA-------T-G-TCGTTC-ATAATTTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATGTCATAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-GAAATATAAA--AATGT--A--AACCAT-TTT-TAG-CTTCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ta-ATTAA--AAATGCAAATAT-AC--AATT---------CAT------AG-C-TCCAAACGTGTCCTTTTCCCTTTaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAGAAAAAT-AA--AATTT--G--AA-ACT-GTT-TAG-T-gaaaagcgt
gi|22                         :                                                                                                                                                                           aTTAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGACA-TA-----AA-C-A-CATTC--T--GAG--C-------------------T--TCT-A-T-T----------TTTC--C-A-T--TC-TTAA--G--TTTACT-AT----ta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                AAGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTT--G--AAG--CTAAATT--T-TA-----T-C--TAG-G-T-TTTA--G---GTTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atattt-------T--T----TG---TTAG-G-T--TTC--AAGT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27                         :                                                                                                                                                                             TAAAAGGACA-TG-----GA-C-A-CAGTT--T--GAG--CTAAA-T--A-TC-----TAT--TGG-A-T-T
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C--AAGT------------GAGGCACA-GCA-CT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AA
gi|29                         :                                                                                                                                                                            TTAAGGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTA--T--GAG--CTAAA-A--A-t
gi|3                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GG-C-AATGTTT--T--GA----CAAA-A--A-TGGG---T-T--TAG-A-T-T----------------------------GAG-A--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-C-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-A-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTT--T----TGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTG--TTT--TA--TTT-ACA-AAAGATTGCCT-CACA--GAAAA------------AAATACC-A-TGAGA-T-GTGA-GAAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TAACT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-TTGGGGAAAAATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC---AA-A-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GT-AATGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAAATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGCTTGTACCC-AA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGAAAATCT-AA--A---C--G--A------TTT-TAGCC-CCAAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TT--G--CA-TAT-TTT-CAG-C-ACAAATTGTGTCCATGCCCCTTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAA--CTa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTaactatgaa
gi|33                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--C--GAA--CTAAA-
gi|34                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TG-----GA-C-A-CGTTC--T--GAG--TTgcaat
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTT-GTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATT-T-GAAAAggaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                             tAAAGGGGCA-TG-----GA-CCA-CGTTTCTT--GAG--CTAAA-A--AATG-----T-T--CAATG-T-TTTG--A----TTTC--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--TGCA-CGT-TA-G-GGT-ATTC----TA--AATGG-TC-AGCGCACA-CA-TGT----TGAATCT-T----CA-------A--T----TG---TTGA-G-T--TACG-AAGA------------GAGATGCAAGCA-CTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTG--TTT--TG--TTTTACATAAAGAT-GCTTCCACA--GAAATTACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T---GA-GAATCACTGA-------GGAACTGTT-TAATT-GTGCTTCAGAA---AACTTGTAA-TAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAAAA-A-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAAA-------T-GAACGGTC-ATAA-TTTGTGCAGGACCAATTAGA-A--ACCGTAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGGAAACCT--A--AATTT--GC-AA-CA--TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----C-T--TAG-A-T-TTTA--A---AGTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-T-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAA-A--T-T----TGAA-TG-T----TT-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTT--AAGT------------GGGATACA-GCA-AT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACA--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTCAAAACAAA-A-TTAGA-T-GTGA-GAAACACT-A-------GAAACTATT-TAATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAAA-------T-G-ACATTC-A-AA-TTTAAGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGAAAATCT-AA--ACTGT--A--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                             AT-G-T-TTTA--AGTTATTTT--CCA-T--TTGTTAAT----TTT-CA-ATTTGAGCCTT-CA-C-T-AA-C-----ATTT-----T--AA-GG-TC-A-C--AAA-CA-T-T----T-AA-TG-T----CG-------G--T----T----TTGA-------TC--AGATTA----------GAGATATAAGCA-CC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTG--TTT---G--TTT-ACATATAGAT-ACAT-AATA--GAAA-TATCA-CGTTTAAAACAAA-C-TGAGA-TTGAGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TA-TT-GTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAA-T-T-TAAAA------TCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AAC-------TGG-ACAATC-A-AG-TTTTTCC-TGACCAATT--A-CATACTTTAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATATAAAAAC-AA--AATTT--G--AA--ATGTTT-TAG-C-TTAAGATGTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-AT----GC--T-TA-A-T-CA-A-GTT-ATT-----CT--AGTCGCTC-AGT--AAA-AA-A-------AAA-AG-A----AA-------T--TCAAATG---TTGAAG-T--TAC--AAGT------------AAGATACA-GCG-GT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTAATG--TTT-ACAAAAAGATTGCTTT-GTA--GAAAATATCA-TGTTTAAAACCAATA-TGAGGTT-GTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATAA-T-GTG-TTTAGAATAGAACTTCTAA-T-T-TGAAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--AAA-ATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAgtcacaaactc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATTTT------TTT-ACATAGAGATTGCTT-CACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GTCG-GAATCACT-A-------GGAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-TAT-GACAAAAA---TAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTTG-TTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAAA-------T-G-ACCATC-A-CA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCATAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGGAAATTT-AAGCATTTT--GAAAA-CAT-TTC-TAG-C-TCAGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAA-----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--AA---------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGCCC-ATTAGC-AATACCCTAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGGAAATCT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAGAACGTGTCCATGTCCCTTT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       G  AATGG  T C A     CT GA   AG     TATTATGGCATTTTTTTATGTTTAAA               CC T A AA  G    TT AT      C  TTGAGCCT G  T G G  CT  G G    AATTC TA     C  C   GC   C  TTATTA      A  TTTTCCAATTTTTTT    CAAA  GTT    GG  CA   CA    TTTTGGGAAAAA        A   ACGT        AT   GT  T    T G        G      G    AT   AAAAA    T     T       G T    AT          A             T C     TTGA   G        G TATATAG         A     T   C        A          TTTGAA             T  T             TT       TAG A     A  A   A       CAAAAAC          C      TG   A     A     C    T  A     G   A  G  C  T    T            TTAAATT G AA     A T  T       A     A      T      T   CGGT  A A T ATCA  AG    TA   T     TT          C A  GC     TT AA  CCA G   A   C T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     A  .    .      ACATCTATTAATGTCACCAA                     .  C . .   .    T  .       .  TA       .  . . .  GA  A .    C     .      C  .   .    .  ATT         T  ATCATTA            .     .      AG  .    G     TA                  A   CTCT        .    C   A    . .        .      .    .    AATG     .     A       T T    .           .             . .     TTGT   .        . .               .     .   .        .          TTTGAA             .  A             .        .   A     .  .   A       AAAATC           .      TG   .     G     .    .  G     .   .  .  .  .    .            .       . A      . T  .       .     A      .      T   G     . . . .     .     .    .     AG          A .  .      .  C   CA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      TATGTTTACCATTTTTAGCA                     .  . . .   .    T  .       .  GG       .  . . .  G   G .    C     .      .  .   .    .  TGT         .  TCCATA             .     .      G   .    .     .                   .   GTTC        .    T   T    . .        .      .    .    TTG      .     A       C C    .           .             . .     AGC    .        . .               .     .   .        .          TTTGAA             .  T             .        .   A     .  .   A       ATATAC           .      GG   .     G     .    .  A     .   .  .  .  .    .            .       . T      . .  .       .     .      .      A   G     . . . .     .     .    .     G           A .  .      .  .   CA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      AATGTATCATATTTAAGA                       .  . . .   .    T  .       .  TT       .  . . .  A   C .    C     .      .  .   .    .  TT          .  CTCAT              .     .      G   .    .     .                   .   CTT         .    C   T    . .        .      .    .    ACA      .     A       T T    .           .             . .     TGT    .        . .               .     .   .        .          TATGAC             .  T             .        .   A     .  .   A       AAAAA            .      G    .     A     .    .  G     .   .  .  .  .    .            .       . A      . .  .       .     .      .      C   G     . . . .     .     .    .     .           A .  .      .  .   AC  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      CAAGTTCCTAGATTTGAA                       .  . . .   .    T  .       .  GC       .  . . .  T   G .    C     .      .  .   .    .  TT          .  TCAT               .     .      G   .    .     .                   .   CTT         .    T   T    . .        .      .    .    ACA      .     A       T T    .           .             . .     TGT    .        . .               .     .   .        .          TTTTG              .  C             .        .   A     .  .   G       AAAAC            .      G    .     A     .    .  G     .   .  .  .  .    .            .       . A      . .  .       .     .      .      G   G     . . . .     .     .    .     .           A .  .      .  .   TA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      AATGTTTACATTTTTACA                       .  . . .   .    T  .       .  GC       .  . . .  C   G .    T     .      .  .   .    .  GT          .  TCAA               .     .      G   .    .     .                   .   CTT         .    C   T    . .        .      .    .    TG       .     T       A .    .           .             . .     TGT    .        . .               .     .   .        .          TTGAA              .  T             .        .   A     .  .   G       AAAC             .      A    .     A     .    .  A     .   .  .  .  .    .            .       . A      . .  .       .     .      .      A   G     . . . .     .     .    .     .           A .  .      .  .   CA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      TTTTATCTAGGTTTTAGG                       .  . . .   .    G  .       .  GC       .  . . .  G   G .    C     .      .  .   .    .  AT          .  TTTT               .     .      G   .    .     .                   .   ATT         .    T   A    . .        .      .    .    TA       .     A       T .    .           .             . .     T      .        . .               .     .   .        .          TTTAA              .  T             .        .   A     .  .   A       AA               .      G    .     G     .    .  A     .   .  .  .  .    .            .       . A      . .  .       .     .      .      T   T     . . . .     .     .    .     .           C .  .      .  .   CA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      AAATGTTCAATGTTTTGA                       .  . . .   .    T  .       .  GC       .  . . .  T   A .    C     .      .  .   .    .  TT          .  TCGG               .     .      .   .    .     .                   .   CC          .    C   T    . .        .      .    .    TG       .     G       T .    .                                                                   .     .   .        .          TTTGA              .  T             .        .   .     .  .   A       T                .      G    .     .     .    .  .     .   .  .  .  .    .            .       . A      . .  .       .     .      .      A   T     . . . .     .     .    .     .           C .  .      .  .   CA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      AATGTTCAAATATTAGA                        .  . . .   .    T  .       .  GC       .  . . .  C   T .    .     .      .  .   .    .  TT          .  AAAT               .     .      .   .    .     .                   .   .           .    C   T    . .        .      .    .    G        .     .       . .    .                                                                   .     .   .        .          TATG               .  A             .        .   .     .  .   .       .                .      G    .     .                                                  .       . .      . .  .       .     .      .      C   G     . . . .     .     .    .     .           C .  .      .  .   CA  .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      AATGCTTAGATTTTAAA                        .  . . .   .    T  .       .  C        .  . . .  A   . .    .     .      .  .   .    .  A                                 .     .               .     .                                   .    .   T    . .        .      .    .    .                                                                                                       .   .        .          .                  .  .             .                                                                                                                                                                                   . . . .     .     .    .     .           A .  .      .  .   C   .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      AATGGGTTTAGATT                           .  . . .   .    .  .       .  C        .  . . .  .   . .    .     .      .  .                                                                                                                  .   .    . .                                                                                                                                                         .                                                                                                                                                                                                                                              .     .           T .  .      .  .   T   .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      TTCTATT                                  .  . . .   .    .  .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .     .           C .  .      .  .   A   .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .      TTCTATT                                  .  . . .   .    .  .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .  .   .   .   .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .      . . .     .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                   **     AATGCTTAATTTTAGA*********************                                                                                            TT******       TCGT**************                                                     CTT***           C*                                   CG****                                                                                                                          TTTGAA**                                                              AAAAC****                                                                                                                                   G***                                                              CA*
originalCons                  :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAA-A--A-TG-----T-T--TAN-A-T-TTTA--A---ATTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AA-T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTT-ACG--TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAA-T-T-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--AAA-A-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AA-CAT-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
finalCons                     :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TG-----GA-C-A-CGTTT--T--GAG--CTAAAAATGCTTAATTTTAGA---------------------TTTT--C-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACA-AT----GC--T-CA-C-T-TA-N-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAA-AATT------TGAA-CGTCGT--------------T----TG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCACTT---ACAATT--CTTC-GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTG--TTTCG----TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACA--GAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGA-T-GCGA-GAAACACT-A-------GAAACTGTT-TAATT-GTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTTGAA--AAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAACAAAAC----ATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAAA-------T-G-ACGTTC-A-AA-TTTTTGC-TGACC-ATTAGA-AATACCNTAAG---TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGGAAATNT-AA--AATTT--G--AACA-T-TTT-TAG-C-TCAAAACGTGTCCATGCCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                   5555555555555555555555555555555555555                                11111             1111      11111111                   55555555555555555555555555555555555555555          111            222222222222            111111           11                                 3333333                   22             1               1      111             1111111                                          11111                                                             111111111               22                                                             1111111            1                                     1111                               11                                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    1  2    2 2 2     55    66  1  7777777777777777777777777777777777777    0 6 3 44  3    99999     0  00000 55 4   4 4  2222 4    11111111     4  8   66     33333333333333333333333333333333333333333   777    000 66   99    666666666666        8   555555      55   33  2    3 3        3      3       4444444   4 1        1  1 11             0     0       5 0      000   5       5 6666666         4  44     3        3             66666          3  1             55       777 5     3  3   44      444444444        7      22   3     4     4    4  3     4   8  4  8  4    4           3 0000000 3 6      3 0  6  3     3   3  6      3      44   2222  3 3 3 6666  66    33   2     00      33    1 5  33  2 0 33 55 2 4   2 2  2   2 4  33                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    .  .    . . .     ..    ..  .  .....................................    . . . ..  .    .....     .  ..... .. .   . .  .... .    ........     .  .   ..     .........................................   ...    ... ..   ..    ............        .   ......      ..   ..  .    . .        .      .       .......   . .        .  . ..             .     .       . .      ...   .       . .......         .  ..     .        .             .....          .  .             ..       ... .     .  .   ..      .........        .      ..   .     .     .    .  .     .   .  .  .  .    .           . ....... . .      . .  .  .     .   .  .      .      ..   ....  . . . ....  ..    ..   .     ..      ..    . .  ..  . . .. .. . .   . .  .   . .  ..                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                    1  5    5 5 5     99    99  5  0000000000000000000000000000000000000    8 7 3 66  3    66666     2  22222 55 0   0 0  1111 0    66666666     0  0   11     66666666666666666666666666666666666666666   888    000 11   55    000000000000        9   999999      55   66  5    3 3        6      6       9999999   4 1        9  0 00             0     5       0 0      555   0       0 2222222         0  33     6        6             77777          6  5             00       000 7     6  6   00      666666666        3      44   6     9     0    0  0     0   0  0  0  0    0           3 8888888 3 7      3 0  7  3     3   3  7      3      33   4444  1 1 1 1111  88    99   7     00      44    0 0  44  5 5 22 66 4 7   4 4  4   4 7  44                     
consensus                     :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--TGAG--CTAAA--A-A-T----GC-----T--TA--AT-TTT-A--G-ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAC-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------T-T----TGAA-CG-T----CA-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--CG---TTT-ACATAAAGATTGCTT-CACAGAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT-GCGAG-AAACACT-A-------GAAACTGTT-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--A-AAA-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCN-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATCT-AA--AA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
Reference ( family-879 )      :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--TGAG--CTAAA--A-A-T----GC-----T--TA--AT-TTT-A--G-ATTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAN-GGT-ATTT----CT--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------T-T----TGAA-CG-T----CG-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT-CGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--CG---TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACAGAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT-GCGAG-AAACACT-A-------GAAACTGTT-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--A-AAA-CATGGCTCG-AGCCTTGGTTT-ACATAGCGAAG-AATT-GTGAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCN-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATNT-AA--AA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--TGAGAGCTAAA--T-A-T----GT-----T--TACCAT-TTTTA--GCATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAAAAA--------T-T----TGAA-CGCT----CA-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACAGAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGAA-GCGAG-AAACACT-A-------GACACTATT-TAC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--A-AAA-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AA-TGT--A--A-ACCAT-T-TT-TAG-CTTC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taCTTCTAATTT-GAAAAAAAA--TCT-GCTGTAAATGGAACGTTTATATTAGTAGCATATTC-AA-TATA----------------ATGGCTCG-GGCCTTG-TTT-ACATAACAAAG-AATT-GCAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-GAAGTCAACAG-A-------T-G--CATTA-A-AA-TT-TTTCC-TGG-CC-ATTAGA-AATACTT-TA--G--TG-AAG-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AATTGG--CAATCT-AA--AA-TTT--G--A-A-C-T-T-TT-TTG-T-TC--AAAACGTGTGCATGCCTCTTTaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                C-AA-T-TATGTAAAC--A-AAAACAAGGCTCA-AGCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCC-TAA-G--TG-A-T-A----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAATCT-AA--TA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AGAATGTGTCCATGTCCCTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            t-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAA----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--tgttcagaatgaaaaaaaatctgcattaaacggaacat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taaagggacatggacacattctgagctaaaaatgttcaaatattagatttccatttttaatgtttacaattatcacttagggtatttctaatggtcagcaaaaatttgaacgtcatttgttgagttacaagtgagatacagcacttacaattcttcactatgtaaacaaggcttgagccttgtttttgtttacaTCAACAA-C-------T-G-ACATTA-A-AA-TA-TTTAC-TGA-CC-ATTAGA-AATAATT-T-A-G--TGAA-G-CATCAAT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGG--AAA-AT-AA--AC-TTT--G--A-A-CAT-T-CCAAAG-C-TC--AA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGTTT--TG---TTT-ACATATAGATTAC-ATAATAGAAAATACCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttttgtttacatatagattacataatagaaaatacc
gi|13                         : ttgagctttggaatgttcaaagtttattttccatttttaatgtttacaattgatgcttcactaaattatttctaatggtcagtaaatattttaatgtcagttgttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGTGGATC-A-CTTATA-TGAG--CTAAG--ACA-T-----C-----TATTA--AT-GTC-ACCA-ATCCTC-AAT--TT-TTAATTGATTTTA-AAT-----C--T--AG-T-TACTGAT-ATTT-----T--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------T-TATTATAAT-CGAT----CA-------TTATTG---TTGA---TCATTC--AAGT------------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AACAATA-------T-GGAAGTTA-A-AA-TTGTTTGC-TGAGCC-ATTA-A-AATACCTCTAA-GA-TG-A-C-C----ATG-TGTA--A-C-AGTTA--AAATGGGAAAATCT-TA--AA-TAT--G--ATA-CAT-T-TA-T-G-C--C--AGAACGTGTCC
gi|16                         :                                                                                                                                                           ttaaaggaggacgaatgTTAAAGGG-CA-TG-A-C-A-ACTTT--TGAG--CTAAACAA-G-T----TC-----C--TA--GA-TTT-G--A-ATTTTC-A-T--TT-TCCAT-G---TTAC-AT-----C--T-CAC-TGTAA-TCTGATCT----CT--AAAAA-TT-AGA--AAAAA---------G-T----T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tatcgtattcatgAC-ATTAATTAAAAGG--AA-TAT-AA--AA-TTTTTG--A-A-T-T-T-TT-TAG-T-TC--AAACTGAGTCCATGTTCCTTttaaat
gi|18                         :                                                                                                              aattctagattataaaaatgcacagatataaaactatattactgtaaccgtatagatcctttTTAAAGGGATA-TGGA-C-A-CGTTT--GAAG--CTAAA--T-A-TTATGGCATTTTT--TT--ATGTTT-A--A-ATATGCTA-TAATC-TTAG--G--TTTACTAT----TT--T-TCG-T-TA----T-ATTT----CTTAGATGG-TC-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATAA--AAATGT-AA--AAATGT--A--A-A-CAT-T-T---AG-C-TCTCAAAATGTGTCCATGCCCCTTTta
gi|2                          :                                                                                                                                                                              AAAGGGGCA-TGGA-C-A-CATTT--TGAGAGCTAAA--T-A-T----GT-----T--TACCAT-TTTTA--GCATTTTT-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GGT-ATTT----CT--AATAG-TCCAGC--AAAAAA--------T-T----TGAA-CGCT----CA-------T--TTG---TTGA-G-T--TTC--AAGT------------GAGATACA-GCAACG-T-ACAATT--CTCGTGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--AAAAATTT-A-ATAAAGATTGCTT-CACAGAAAATACCAATGTTTTAAACAAA-ACTTAGAA-GCGAG-AAACACT-A-------GACACTATT-TAC-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTCAATTGGAATGT--ACACAAG---C-TATTC-AA-TAT-GGTAAAC--A-AAA-AATGGATCGCAGGCTT-GTTT-ATATAGCGAAG-AATT-GTGAATGC-TATAAT-CTCCA-CTTG-CAACTC-ACAA-A-------T-G-TCGTTC-ATAATTT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATGTCA-TAACGGTTG-A-G-C----AT--TGT---AAC-ATTAA--AAAT-G--AAATATAAA--AA-TGT--A--A-ACCAT-T-TT-TAG-CTTC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTTaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                          taTCAAAGGGAAA-AGGA-C-A-CGTTT--GGAG--CT-------A-T----G----------A--AT-TGT-A--T-ATTTGC-A-T--TT-TTAAT-aaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --TA-A-G-C----AC--TGTATAAAC-ATTAA--AAATAG--AAAAAT-AA--AA-TTT--G--A-A-ACT-G-TT-TAG-T-Taaagcgt
gi|22                         :                                                                                                                                                                           aTTAAAGGGACA-TAAA-C-A-CATTC--TGAG--CT---------T-----C-----T------AT-T---------TTTCC-A-T--TC-TTAA--G--TTTACacta
gi|23                         :                                                                                                                                                                             TAAAGGGACA-TAAA-C-A-CATTC--TGAG--CT---------T-----C-----T------AT-T---------TTTCC-A-T--TC-TTAA--G--TTTACTAT----ta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --AAACCT-AA--AA-CCT--A--G-A-TAA-AATT-TAG-C-TT--CAAACGTGTCCATGTCCTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atattt-------T--TTG---TTAG-G-T--TTC--AAGT------------GAGATA-----------------T--CTT-TGCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTa
gi|27                         :                                                                                                                                                                             TAAAAGGACA-TGGA-C-A-CAGTT--TGAG--CTAAA--T-A-T----
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          C--AAGT------------GAGGCACA-GCA-CT-T-ACAATT--TTT-CGCTATGT-A-AActattggatt
gi|29                         :                                                                                                                                                                            TTAAGGGGACA-TGGA-C-A-CGTTA--TGAG--CTAAA--A-A-t
gi|3                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGG-C-AATGTTT--TGA----CAAA--A-A-T----G-------------GG-TTT-A--G-ATT--------------GAG-A--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAC-GGG-ATTTAATTCT--AATGG-TC-AGC--AAAAA---------A-T----TGAAACG-TTTTCCAATTTTTTT--TTGGTTTTGA-GGT--TTCCAAAGTTTTTGGGAAAAAGGGATACA-GCA-CT-T-ACAATT--CTT--GCTATGT-A-AACAAGGC-TCGAAC-CTTGTTT--TA---TTT-ACA-AAAGATTGCCT-CACAGAAAA------------AAATACC-A-TGAGAT-GTGAG-AAAAACT-ATATATAGAAAACTGTT-TAA-CTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATTTTGGGGAAAA--ATCT-GCTTTAAACAGAACGT--ATAAAAG---CATCTTC-AA-TATAGGTAAAC----AAA-CATGGCTC--AGCCTCTGTTTAACATAGCGAAG-AATT-GT-AATGCGTGT-ATGCT-CA-CTTGTTAACCCAACAA-ATTAAATTT-G-ACGTTCAA-AA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGCTTGTACCC--AA-G--TG---G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAG-AAATGA--AAATCT-AA--A----C--G--A-------T-TT-TAGCC-CC--AAAACGTGTCCATGTCCCTTTtcctaat
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TT--G--C-A-TAT-T-TT-CAG-C-AC--AAATTGTGTCCATGCCCCTTT
gi|31                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--TGAA--CTa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TT-TGATATGT-A-A-CAAGGC-TCGAGC-CTTGTTT--aactatgaa
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTacatt
gi|33                         :                                                                                                                                                                   tttgatatgtTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--CGAA--CTAAA--t
gi|34                         :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGACA-TGGA-C-A-CGTTC--TGAG--TTgcaat
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                a-TTGTG-TTCAGAAT-GAGCTTGTAATTT-GAAAAggaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                             tAAAGGGGCA-TGGA-CCA-CGTTTCTTGAG--CTAAA--A-AAT----GT-----T--CA--ATGTTT-T--G-ATTTCC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--TGCACGT-TAG-GGT-ATTC----TA--AATGG-TC-AGCGCACACA---------TGT----TGAATCT-T----CA-------A--TTG---TTGA-G-T--TACG-AAGA------------GAGATGCAAGCA-CTCT-GCAATT--CTT-CAC-ATGT-AGAACTAAGC-CCGAGCGCTTGTTT--TG---TTTTACATAAAGAT-GCTTCCACAGAAATTACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT---GAG-AATCACTGA-------GGAACTGTT-TAA-TTGTGCTTCAGAA---AACTTGTAATAT-G-----AAAAATCT-GCCTTAAACGGAAC----ATATT-G---CA-AT------TATAGGTAAATCAA-AAA-CATGACTTA-AGCTTCTGTTT-ACATTATGTGGCAATT-GTAGGTGC-TGT-AT-C--CA-CTTG-TACCTCAACAA-A-------T-GAACGGTC-ATAA-TT-TGTGCAGGA-CCAATTAGA-A--ACCG-TAA-G--TG-A-GTC----ATAGTGTA--AACTCTTAA--AAATGG--AAACCT--A--AA-TTT--GC-A-A-CA--T-TT-TAG-C-TC--AGAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                            TTAAAGGGGCA-TGGA-C-A-CGTTT--TGAG--CTAAA--A-A-T----GC-----T--TAG-AT-TTT-A--A-AGTTTC-A-T--TT-TTAAT-G--TTTACAAT----GC--T-CAC-T-TAT-GAT-ATTT----CG--AATGG-T--AGC--AAAA----------T-T----TGAA-TG-T----TT-------T--TTG---TTGA-G-T--TTT--AAGT------------GGGATACA-GCA-AT-T-ACAATT--CTT-TGCAATGT-A-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTTA-CA---TTT-ACATAAAGATTGCTTTCACAGAAAATACCA-TGTTCAAAACAAA-A-TTAGAT-GTGAG-AAACACT-A-------GAAACTATT-TAATTTGTG-TTTAGAAT-GAACTTGTAA-TT-GAAAAAAAAAATCT-GCTTTAAATGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TATAGGTAAAC--A-AAA-CATGAATCG-AGGCTTGGTTT-ACATA-CAAAG-AATT-GTGAATGC-CGT-AT-CT-CATCTTG-AAACTCAACAA-A-------T-G-ACATTC-A-AA-TT-TAAGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATGA--AAATCT-AA--AC-TGT--A--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AAAACGTGTCCATGCCCCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                -----T--TA--AG-TT-------ATTTTCCA-T--TTGTTAAT----TTT-CAATTTGAGCCTT-CAC-T-AAC-----ATTT-----T--AA-GG-TC-A-C--AAACA---------T-T----T-AA-TG-T----CG-------G--TT----TTGA-------TC--AGATTA----------GAGATATAAGCA-CC---ACATTTATCTT--GTTATGT-A-AA-AAGGCGTC-AGC--TTGTTT---G---TTT-ACATATAGAT-ACAT-AATAGAAA-TATCA-CGTTTAAAACAAA-C-TGAGATTGAGAG-AAACACT-A-------GAAACTGTT-TA--TTGTG-TTCAAAAT-GA-CTTGTAATTT--------AAAATCTTGCTTTTAATAAAACGT--TTACTAG---CATATTT-AA-CATGTGTAAAC--T-------TAGCACG-AGCCTTA--TT-ACAAAACAAAG-AATTTGTGAGTGT-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAA-AA-C-------TGG-ACAATC-A-AG-TT-TTTCC-TGA-CCAATT--A-CATACTT-TAG-T--TA-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAA--AAATAT--AAAAAC-AA--AA-TTT--G--A-A--ATGT-TT-TAG-C-TT--AAGATGTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAT----GC--T-TAA-T-CAA-GTT-ATT-----CT--AGTCGCTC-AGT--AAAAAAAAAAGAAAT-T----CAAA----------------------TG---TTGAAG-T--TAC--AAGT------------AAGATACA-GCG-GT-TCACAAAT--CAT-CGCTATGTTA-AACAAGGC-TCGAGC-CTTGTTTAATG---TTT-ACAAAAAGATTGCTTT-GTAGAAAATATCA-TGTTTAAAACCAATA-TGAGGTTGTGAGGAAACACT-A-------GACACTGTTATAA--TGTG-TTTAGAATAGAACTTCTAATTT-G-AAAAAAAAATCT-GC-TTAAATGG--CGT---TAGTAG---C-TATTCAAA-TATGTGTAAGC--A-AAATCATGGCTCG-GACCTT-GTTT-ACAGAATGAaacatgtcacaaactc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggTT--GTT-CACTATGT-A-AACAAGGA-TCGAGC-CTGGATT--TT---TTT-ACATAGAGATTGCTT-CACAGAAAATACCA-TGTTTAAAACAAA-A-TGAGAT-GTCGG-AATCACT-A-------GGAACTGTT-TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAACTTGTAATAT-G---ACAAAAATAT-GATTTAAACGGAACGT--ATACTAG---CATATTC-AA-TGTAGGTGAAC--ATATA-CATTGCTCG-AGCCTT-GTTT-ACATA-TGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-TT-CT-CA-CAAG-TAACGCAACAA-A-------T-G-ACCATC-A-CA-TT-TTTGC-TGA-CC-ATTAGA-AATACCA-TAA-T--TG-A-G-C----AT--TGTA--AAC-ATTAAAGAAATGG--AAATTT-AAGCAT-TTT--GAAA-A-CAT-T-TC-TAG-C-TC--AGAACGTctcaaggacgtattgtcattaagtgtgttatgttccactggcgagtaaataacttaaacagttagtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TAA-TTGTG-TTCAGAAT-GAA----------------AAAAAATCT-GCATTAAACGGAACAT--ATACTAG---CATATTC-AAATGTAGGTAAAC--A-A--------------GCCTTG-TTT-ACATAGTGAAG-AATT-GTAAGTGC-TGT-AT-CT-CA-CTTG-TAACTCAACAA-A-------T-G-ACGTTC-A-AA-TT-TTTGC-TGC-CC-ATTAGC-AATACCC-TAA-G--TG-A-G-C----AT--TAAA--TAG-ATTGA--AAATGG--AAATCT-AA--AA-TTT--G--A-A-CAT-T-TT-TAG-C-TC--AGAACGTGTCCATGTCCCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTAAACATAAGGCTGAGTGCTTGTACAAAAATTGCTATCGTCAGAAAAATTATTCAGAAATAATAGAGATGTGAAAACACAAGACACTGTTGGTAATATTGTGTTAATTTGAAAACTACTTTAAATGGA
Unaligned ( gi|26 ): AAATTGTATATTCTAACAAACGCATTCAAGATTATATGCATACA