lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       111111111111111111111                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                          11      1111           33333333                                                444444      2222222222222222222222            1               111111                    1111111111111    1      1                                                3333333                11   111                      111                                                        1111111         222222222                           1      1              222              1                2222222222222   222     1                             22     7777777777777777777777777777777777777777             1111                         1111                              3333    22222222222    11         1111    22                                       111111    22222222222222222        111       22222222       222222        111111111                     111  5555555555555555555         11111   3    11                     11          11     11    11              111    22222               1  1    1   1            11          555555555555    22222   222      333        22222  1   222222  111                  222     33    11            2        22            666666666666666666666       33     1         1             77777     2        2   2   2      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   99 4 4 33 4 4  1111 7  666  3 33333333  55 55 55    3 55 2  55       4 4  4    4      000000 8    7777777777777777777777   555 3  3 0      55       999999     99999 3  88    8888888888888 4  2 0    8           4    3 4    4  4 4 4  4   4   8   55 1111111    0 4  777    11   111 4      55      4  55 111  4 55   777  8888  55  8 4  55  4   7777    8    4     4444444         000000000  4  66 66  4 4     555    0  5   0 5      5     222 5  66  5 5 5 0   777     66   9999999999999   000     0       666   5   66          33     7777777777777777777777777777777777777777     5 5   5 3333 55  6       888 0    66 0000       0  66 888 5 5     5    0000    33333333333 5  11 5    66 0000    55     5      9999  5   6  6    6   88   999999    77777777777777777   6    111       44444444  6    444444 6  99  888888888  6  99     99   99  111  1111111111111111111      1  66666   3    88  0   99  8  88    8 11          11 0 8 11 8  11   8 0 8    8 444    99999               0  0    0   0            33     7    000000000000    11111   333      666        44444  0   666666  111                  111     55    88          3 0        66   6        666666666666666666666  3    00     5    3    5             00000     0   3    0   0   8      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   .. . . .. . .  .... .  ...  . ........  .. .. ..    . .. .  ..       . .  .    .      ...... .    ......................   ... .  . .      ..       ......     ..... .  ..    ............. .  . .    .           .    . .    .  . . .  .   .   .   .. .......    . .  ...    ..   ... .      ..      .  .. ...  . ..   ...  ....  ..  . .  ..  .   ....    .    .     .......         .........  .  .. ..  . .     ...    .  .   . .      .     ... .  ..  . . . .   ...     ..   .............   ...     .       ...   .   ..          ..     ........................................     . .   . .... ..  .       ... .    .. ....       .  .. ... . .     .    ....    ........... .  .. .    .. ....    ..     .      ....  .   .  .    .   ..   ......    .................   .    ...       ........  .    ...... .  ..  .........  .  ..     ..   ..  ...  ...................      .  .....   .    ..  .   ..  .  ..    . ..          .. . . .. .  ..   . . .    . ...    .....               .  .    .   .            ..     .    ............    .....   ...      ...        .....  .   ......  ...                  ...     ..    ..          . .        ..   .        .....................  .    ..     .    .    .             .....     .   .    .   .   .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   55 0 0 55 0 0  4444 3  444  6 22222222  00 00 00    6 00 1  00       0 0  0    0      000000 0    5555555555555555555555   555 6  6 9      55       555555     11111 6  66    5555555555555 0  0 7    0           0    2 0    0  0 0 0  0   0   0   55 2222222    7 0  000    00   000 0      55      0  55 000  0 55   000  5555  55  0 0  55  0   0000    9    4     4444444         777777777  4  11 11  4 4     333    0  0   0 0      0     111 0  99  0 0 0 0   111     99   8888888888888   666     0       222   0   99          44     6666666666666666666666666666666666666666     0 0   0 0000 44  2       888 1    99 6666       4  99 888 0 0     0    0000    11111111111 0  99 0    99 6666    11     7      6666  7   7  7    7   33   222222    77777777777777777   7    777       22222222  7    555555 7  22  333333333  7  22     22   22  777  7777777777777777777      7  00000   2    00  8   44  0  88    0 00          00 8 0 00 0  00   0 6 0    0 000    44444               0  0    0   0            88     3    333333333333    00000   333      777        55555  0   000000  000                  000     55    55          0 0        00   0        000000000000000000000  0    00     0    0    5             00000     0   0    0   0   5      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                         NNTTAGATAG--A-T-A--G-A-TA----T-TT---AT-T-----GG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT----T-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACATA-TTAA-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---CT--AGTCCT-CT---TCTT--GCA---G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTAT-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATTTA-GA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT--GAG--------A----AAAA--TTTAA-CAAGTTT-C-TTT-CAA--AAATTTCTCTATGATGGT-----------T--G---------------T--------ATTTT-T-GAC-AAT--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTA----CATA------T-A--T-TA--C-AAAA--T----CTTT-CATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTGCTTT---T-CTA-GTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACAT-G---ATAAAAAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TAT---CCTTTGT--TTTATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTTTTCTCAGTAATAAAATGAAAATCCTAAGTNATTTGACAATGGGAGAAAATATTTGTCCAAGAAATTGTCCAAGAATTNTTGTGCGGATTGTTGCNTTATAAATTTTATGCACTNAAAGAAGTATTTTNCAGACAGTAAATTAGATGT
Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                                                                         TATTAGATAG--A-T-A--G-A-TA----T-TT---AT-T-----G--CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----A-C-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT----T-A------A-TA-TTGTTAGAAAAGTACATG-TACATA-TTAA-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---C---AGTCCT-CT---TCTT--GCA---G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTAT-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATTTA-GA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT--GAG--------A----AAA---TTTAA-CAAGTTT-C-TTT-CAA--AAATTTCTCTA-GATGG------------T--G---------------T--------ATTTT-T-GAC-ACT--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTG----CATA------T-A--T-TA--C-AAAA--T----CTTTCCATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTGCTTT---T-CTAGGTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACAT-G---ATAAAGAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TAT---CCTTTG---TTTATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTTTTTTCAGTAAT-AAATGAAAATCCTAAGTTA-TTGACAAT-AGAAGAAATATTT----------T----------TTTTTGTGCGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACT-----AAGTA-TTTTCAGA-AGT-AATAAGATGTAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                           TTA-ACAG--A-T-ACAG-A-TA----TATT---AT-T-----GG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT----T-A------A-TA-T-GTTAAAAAAGTACATG-TACATA-TTAA-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---CT--AGTCCT-CT---TCTT--GCA---G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTAT-GTTA--TTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTTAA-CTTTTT-GAATA--TA-GA--TA-T-A-T-GTG-A-TC-TT--GAGA-------A----AAA---TTTAA-CAAGTTT-CTTTT-CAA--AAATTTCTCTATGATGGT-----------T--G---------------T--------A-TTT-T-GAC-AAA--TT-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCG--TTTA----CATA------T-A--T-TA--A-AAAA--T----CTTT-CATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA---TG--AC---CT-------------------TTCTGCTTT---T-CTA-GTGA-GTATATC-AAT--TA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-AGA-ACAT-G---ATAAA-AATTTAGTTTGGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CT
gi|1                          :                                                                                            atacacagatcgaactagtagtcacaaaaaataattatattctccctcactttgttcgtccgaatatgaattaatgataatctatgtaatactatgaaaacacaacagaaacacaatttggaatgttgttcgttagaacgtttTTAGATAT--T-T-A--GGA-TA----T-TT---AT-TTATTGG--CA--A--A--CACA-C--ACTT--AACATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----AAC-ATGT----------------------TCAC--A-ATCA-CTGCAT--GTCCTCAA-----GCAAA-----A-CAC-TATT----C-A------AGTAATTGTTA-AAAAGTACATG-TA-A-A-TTA--GT-AAT-GA-ATT-ATG-TAT--AAACT---AGTCCT-CT---TCTT--GC----G-A-CATTCTTCTAGA-TA--A---AAAT--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG----GTAT-GTTA-TTTTT-------AGCAATTTT--G--GGG-AT-TT--AAACT-A-TTAAA-AACAGA-GC-TTT-A-CTTTTTTGAATATT-A-GA--TACT-A-T-GTG---TCTTT--GAG--------A----AAAA--TTTAAGCAAGTTT-C-TTT-CAA--AAATTTCTCTT-TATTG------------T--G---------------TTGT-----ATTTTGT-GAC-AAT--TATAATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCA-TT--G---C-AACCCGT-TTTAACA-CATA------T-AC-T-TA--C-AAAAAAT----CTTTCCATGT--GTGGTAATA-GA-C-T-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GAT----GTGTGCA--------CT-CAGT---C--TTCA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTGTAAC---CT-------------------TTCTGCTTT---TTCTTAGTGA--TATATC-TAT-GT--TGCAAC--AGCCGTTAAA--ATTTA--T-CA--AAAAATA-ACAT-G---ATAAAAA--TTAGTTTTGGTGAATGTA-TAAATTTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TATCGCCTTTTT---TTTATACT----TCCGCAAGCA---AA-TGGATTGGTTTGACTTTTTTTCAGTAAT--AATGAAAATCCTAAGTTATTTGACAAT-GGAGAAAATATTT----------TTGTCCAAGAATTTTTGT-CGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACTTAAAGAAGTATTTTTCAGA-AGTAAATTAGATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                atttgaatatttTAGATAG--A-T-A--G-A-TA----T-T----AT-T-----GG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----AAC-ATGT----------------------TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT----C-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACATA-TTAA-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---CT--AGTCCT-CT---TCTT--GCA---G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GT-T-GTTA-TTTTG-------AGCAAGGTT--G-------T-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GCTTTT-A-CTTTTT-GAATA-TTA-GA--TA-T-A-T-GTG-A-T-TTT--GAGA-------A----AAA---TTTAA-CAAGTTT---TTT-CAA--AAATTTCTCTATGATGGT-----------T--G---------------T--------ATTTT-T-GAC-AAT--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCATTT--G---C-A-CCCTT-TTTGTGTTTATA------T-A--T-TA--C--AAA--T----CTTTC--TGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT--TCT-TCC--TTT------TCTA-------TTG-------CAA-G--T---GTGTGCA--------CT-CAGT------T-CATTTA----C----TATCT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTGC-TT---T-CTA-GT----TATATC-TAT-GTA-T-CA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACAT-GTTTATAA--AATTTAGTgttccaaatttatgcttgaaggtgtctctagtccacaaggtaatctacccaaatctgctctgcaaaggacattactagttttaactatgtactctaatatttccttttaaactttatactgaaatttcatatgatgaattttcaccaatggttcagtgtaaataccccaattcaacaatatagaagaattggtgttaattataagaatcaaaaagttttccatattaattttccatggtatccaaaccaataattttcttcatcttaaaataagcttttctggccttttccataagcactgatatgctaaaattcaagtttcccattacatgttcaaggttaattccagcataaaagaatttagacactgtctgaagtacatttctgtcataggtaactcttgacacaactatttccatttgaatttagaataaaggaattttagaatttttcacaattacctgtatatttcaatttgaaacagaattttttcaaggatatcaacatcctgtagtccagctcttactattctgatataaacaatatcatccagcaatacaa
gi|3                          : gtatatgtaacatttatcaatgtatatactgctcatgtaatgaagtacaagtgggtaatctggctcacatactgtactagtttgtaggggtggtttgatgaactgtttgtgatgtaggccccctacaagctcttgtcgattatatcatgcagtaacttataattagattctttgtaaattataagtagatcaatattattataattagatcatatattacttataattagatagaTAGATAGC-A-T-A--G-A-TACCTTT-TT---AT-T-----GG-CAAAC--A--AACA-C--A-TT--ACA-TAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----AAC-ATGT-------TGC---A---------CA---A-AT-AGCGGCAT--GTCCTCAA-----GTAAA-----AACA--TATT----CCA------A-TAATTGTTA-AAAAGTACATG--ACATA-TTAACGTGA-T--A-GTT-ATGCTATCGA---C---TGTCTGGCT---TCTTTGGCAC--GCAGCATT--TCTAGA-TATAA---AA-T--ACA---CT----TG--TTTG-ATCGAA-ATGGA--GTATAGTTA-TTTTG-------AGTAATTTT--GTGGG--AT-TT--A--CT-AATTAAACA-CAGAAGC-TTT-AACTTTTT-GAATATT-A-GAACTA-TTACT-GTG-A-TCTTTTTGAG--------A----AAAAAATTTAAACAAGTTT-C-TTTTCAACAAAATTTCTCT--GATGA------------T--G---------------TGGGTTGTAATTTT-T-GAC-AATCATA-AATAGAAAAT---GAAATT--CATCTATCTTCAATTTAGAACT-A-CCTGTGTTTGAATTCATA------GAA--T-TAG-CAAAAA--T----CTTT-CATGTCGGTGGTA-TACGACCAT-GTGGTCT-TCCTATTT------TCTAAAGTCCCTTGCATGGTACAA-GATT---TTGTGCACGAGCTATCC-CAGTTACT--T-CA--TGATAAC----TA-CTTAGATGA--TTG--ACGGACTCACTTATCTTGTGTCTATCTTCTGCTTC---TACTA-GTGAGGTATATCTAATAGTA-TGCA-CCTACAGTTTAAAATATT-AAGT-CACTAAA-ATAGGCATCG---AAAAA----TTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAT-TTTCTTGCAGATTCTTTCCTTGT-AACATTTTGGAATGGTACCTGAGTATAT---CCTTTGTATTCTATACTTATATCC-CAG--GTATAA-T-GATTGTAatcaataatacttataat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       agatgTAGGTAG--AAT-A--G-A-TA----TCTT---AT-T-----GG-CA--C--A--AACA-CGAAATT--ACAATAA-T-T--GCAACAGGCCCAA--A-CAATGTCAAAGAATGT---G-TCT-T--TCG---A-AT-ATCTGCAT--TTCCTC-------GCAAA-----A-TA--Tgtt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                             AGATATTTA-C-A--G-A-TA----T-TT---AT-T-----GG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC----AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTT-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAATTAAAA-CA--TATT----T-ACATGTAA-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACATA-TTAA-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---CT--AGCCCT-CT---TCTT--GCA---G-AACATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                             tatactattaataacactatagtatatgatacAGATAT--A-C-AT-G-A-TA----T-TTCTCAT-T-----GG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCCAA--A-C-ATGTC-AAGAATGT-----TTA-T--ACAT--ATAT-A-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                                     attacagacagtaatataatacagtatagaaaggtaagtgaggtatatggatatacAGACAG--A-T-A--G-A-TA----T-TT---AT-TG----G--CA--C--A--AACA-C--AA-T--ACAAaataataaaaatctacataca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                       agatagacATAG--A-TCA--G-AATA----T-TT---ATGT-----G--CA--C--A----CA-C--A-TT--ACAATAA----G-GCAA---GCCC----AAC-ATGTC-AAGA-CGT---A-T-A-T--TCAC--A-AT-AATTGCAT--GTC-TCA------GCAAA-------CA--TATT----T-A--------TA-TTGTTA-AAAAGTACATGCTAC-TA-TTAA-GT-A-T-GAGATT-A-G-TAT--A---CT--AGTCCT-CT---TTCT--GCA---G-AGGCTT--TCTAGAATA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-TTG-A--GTAT-GTTA-TTTTG--------GCAATTTTCGG--GG--AT-TTTTA--CT-A-TTAAA-A-CAGAAGC-TTT-A-CTTATT-GAATATT---AA--TA-T-A-TCGTG-A--CTTT--GAG--------A----AAA---ATTAA-CA-GTTT-C-TT--CAA--AAATTTCTCTATGATGG------------TTTG---------------T--------ATTTT-T--AC-AAT--TA-AA-AGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTA----CATA------T-A--TATA--C-ATAA--T----CTTT--AGATC-CTGGTA-T--GA-CAT-G--GTCT-TCCT-TTT-------CTA-------TT--------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTGCTTTTCAT-CTA-GTGG-TTA-ATC-AAT-GTATTGCA-C--AGCGTCTAAA--G-T-A--TCCA--AAA-AGT-ACAT-G---ATAAAAATTTTAGTTTTGGTGAAT-TATTAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TT--------ATCG--TT-TAT---CCTTTGT--TTTATACT------C-CAG--A---AATT-GATTGTATTGAGCTTTTC---GTAATAAAATG--AATCCTAAGTGA-TTGACAATGGGAAAAAATATTTGTCCAAGAAAT----------TTGTTGTG-GAATT-TTGCGTTAT-AATTTTATGCACTA----AAGTA-TTTGCAGACAGT-AAT-AGATGT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                               ACAG--A-T-AA-G-A-TAA---T-TT---AT-T-----GGACA--C--AGCAACA-C--AATTGAACAA-AA-TGTG-GCAA-AGGGCCGCTAA-C-ATGTC-A-GAATGT---AATTA-TCTTC-C--A-AT-A-TTGCAT--GTCCT-A------GCAAG-----A-CA--TATT----T-AG-----A-TA-TTGT--AAAAAGTACATG-TACATAATTAA-GT-A-TCGA-ATTCATGGTAT--A---CGCTAGTTTC-CT---TCTTCTGCAAGAG-AGCATT---CTAGA-TT--AT--AA-T--ACAACTCT----TG--TTCG-AT--GA-ATG-AATGTAT-GTTAGTTTTG-------AGCAATTTT--G--GGG-ATCTT--A--CTGA-TTAAA---CAGA-GC-TTTCA-CTTTTT-GAATATTAAAGA--TA-T-A-T-ATGCACTCTTT--GGG--------AGAAAAAA---TTAAA-CAAATTTTC-TTT-CAA--AAAATTCTCTC-TATGGGCGTTTGGGGTTT--G---------------T--------ATTTT-TTGAC-AAT--TA-AA-AGAAGATATAGAAATTAGC----ATCTTTAATT--G---CAA-CGTGC-TTTA----CATAG-----T-GACT-TAAGC-AAAC--TGTAACTTTTGAAGTC-GTGATA--G-GA-CATGGT-GTCTATCCC-TTTGTGCTCTTTA-------GTG-------CAAGGACTCTGGTGTGCA--------CTGCAGT---TCGT-CA--TG----CGCTATA-CT--GATGAATTTG--A----CT-------------------TTCTGTCTT---T-tccaaaattttatgcttgaaaggtgtactcattgtccacagggcaatctcccaaatcgcgctcaaggagcatactaggtttacattactccttaatatttccttttaaacctttatatgaaattttctatgactgaaatttcaccaaatgtgttagtgtaaacacccaaactcacaaacaatatagagattgggtattagagaatcaaaaaagttttccaactatttacatggattatccaaaccaagaaattttcttaatcttaaaaaataagcttttctgtcctttccaaagactgacattgcta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  ----T-TT---AT-T-----GG-CA--CTAA--AACAGC--AAT---ACAATAAAT-TGCGCAA-AGGCCCCA--A-CGATGTT-TCCAATGTGTGA-TTACT--TCTCCAA-AT-A-CTGCAA--TTCCTCAATGCAGGCAAA-----A-CAAGTGTTC---T-A------A-TAATTGTTAAAAAAGTA-A-G-TACATA-TTGA-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---CT--AGGTGT-GTGTGTCT---ACA---G-TGC-TC--TCTAGA-TA--A---AA-TTAACA---CT-----G--TT-GTAT--GATATG-A--GTATTGTGA-TTGTGTTTCGTTAGCAATTTG--GT-GA--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A--AGA-GC-TTT-A-CTTTTT-G-ATA-TTA-GA--TA-T-A-TGGGG-A-TCTTT--GAG--------A----AAAAT-CTTAA-CAAGTTT-C-TAT-CG-------CGCCATA-GACGG------------T--GTGTGTGTGTGCTTTCT--------ATTTT-T-GACAACT--TA-AATAGAAAAT---G-AATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCAT-TTTA----CATA------T-A--T-TA--C-AAAA--T----Cacaatagtgatgtagtaggtca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TC-AAATATGT---A-TCA-T--TCAC--T-AT-A-CTGCATATGTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT----T-A------A-TA-CGGTTA-AAAAGTACATG-CACAGA----A-GT-A-T-GA-ATT-ATG-TAT--A---CT--AGTCCT-CT---TCTT--GCA---G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTAT-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATA-TTA-GA--TA-T-A-C-ATG-A-TCTTT--GAGTACTTCTAA----AAA---TTTAA-CAAGTTT-C-TTT-CAA--AAATTTCTCTATGATGGT-----------T--G---------------T--------ATTTT-T-AAC-AAT--T------------------ATT--C----ATCTTCAATT--G---C-C-CCCGT-TTTG----CATATACATTT-A--T-TA--C-AAAA--T----CTTT-CATGTC-GTGGTA-TA-GA-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttaatatttggatttaagatgtttaaagggcacatatgctatagaccttttaatttaagca-----A-CG--TATTCATAT-A------A-TA-TGG--AGACACATACATC-AACA-----GA-AT-T-T-AA-ATT-----CAT--T---T---AGTC-T-AT---TCTT--TCA---T-AGCAAT--TCTTGA-TA--ATACGA-T--ACA---TTATGTTGCATT-G-AT--GA-TTG-A--GCAT-GTTG-TTTTT-------AGT-TTTTT--G--GGGAAT-TT--A---T-A--TAGA-A-TAG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTT

Unaligned ( gi|14 ): TTATATAAATTTCATATAAATGAATTTTTATCAATATATTAGTATAAATACTCCATATCTTACAACAATAGAGAAGAATTGGTAT
Unaligned ( gi|16 ): TAAATAGTTAAAATACATTACTTTAAGATAGAGATGATATACAAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 111111111111111111111                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   11111111     11     1111                                                             111                  111111111111            1               111111                        111111    1          1                                             11                                                                                                               1111111         11                                                        2222                                2222222                         11111        111           111111  1111111                                                                                 2222    11111111111    11    11111                                                   111111    11111111111111111        111       22222222       111111        111111111                     111  4444444444444444444          11111111       11                                                                                                               11          11  33333333    11  1    11     111        11111      111111                                                   2          1           666666666666666666666       11                             55555         1    2              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   22222222 3 3 22  3  0000 6  555     3  44 44 44    3 44 1  44       3 3  3    3      777   7    9999  1   888888888888    44 3  3 0      55       777777     99999 3  88    4 4 555555 4  2          0       4     4     4  4 4 4  4   4  4 4   55 11        3  666   55 55  666 3 3      55      7  55 666  3 55   666  7777  55  7 3  55  3   4 55   4 4    4     3333333         77 99  99  4  55 55  4 4     4 4    8  4   8 4      4     1111   66  4 4 4 8   555     9999   2222222      4    8    4    4   55555   66   333       4   222222  7777777  4   8    4      4 66  4  4       777      66 9999          66 777 4 4     4    6666    88888888888 4  00 4  11111  66     999     5      6666  5   5  5    5   55   666666    99999999999999999   5    000       00000000  5    999999 5  77  444444444  5  77     77   77  000  4444444444444444444     5    88888888  5    55      6   6   6    6 99          99   6 99 6  99    7777     6  1    66               8  8       8  8          11     3    33  55555555    33  0    33     777        77777  8   999999  8  8                88       7 7   7           1 3          2  7        111111111111111111111  1    33     6    1    7             00000     7   4    3   7 7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   ........ . . ..  .  .... .  ...     .  .. .. ..    . .. .  ..       . .  .    .      ...   .    ....  .   ............    .. .  . .      ..       ......     ..... .  ..    . . ...... .  .          .       .     .     .  . . .  .   .  . .   .. ..        .  ...   .. ..  ... . .      ..      .  .. ...  . ..   ...  ....  ..  . .  ..  .   . ..   . .    .     .......         .. ..  ..  .  .. ..  . .     . .    .  .   . .      .     ....   ..  . . . .   ...     ....   .......      .    .    .    .   .....   ..   ...       .   ......  .......  .   .    .      . ..  .  .       ...      .. ....          .. ... . .     .    ....    ........... .  .. .  .....  ..     ...     .      ....  .   .  .    .   ..   ......    .................   .    ...       ........  .    ...... .  ..  .........  .  ..     ..   ..  ...  ...................     .    ........  .    ..      .   .   .    . ..          ..   . .. .  ..    ....     .  .    ..               .  .       .  .          ..     .    ..  ........    ..  .    ..     ...        .....  .   ......  .  .                ..       . .   .           . .          .  .        .....................  .    ..     .    .    .             .....     .   .    .   . .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   33333333 6 6 33  6  4444 7  888     3  66 66 66    3 66 2  66       6 6  6    6      333   3    4444  1   444444444444    66 3  3 0      00       777777     11111 6  66    0 0 555555 0  0          6       0     0     0  0 0 0  0   0  0 0   55 00        6  444   00 00  444 6 6      00      3  00 444  6 00   444  7777  00  3 6  00  6   0 55   0 0    0     0000000         55 55  55  0  55 55  0 0     0 0    9  4   9 4      4     1111   11  4 4 4 9   333     4444   2222222      4    9    4    4   66666   11   999       4   111111  2222222  4   9    4      4 11  4  6       888      11 4444          11 888 4 4     4    7777    66666666666 4  66 4  11111  11     444     0      1111  0   7  7    7   99   444444    77777777777777777   7    000       77777777  7    666666 7  99  333333333  7  99     99   99  000  3333333333333333333     7    44444444  7    77      7   7   7    7 22          22   7 22 7  22    7777     7  7    77               0  0       0  0          00     2    88  00000000    88  0    88     000        88888  0   000000  0  0                00       3 3   3           0 7          0  3        777777777777777777777  0    33     7    0    3             00000     3   0    3   3 3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                          NNTTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATT-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TGACAA-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTG----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TA-GTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAAA-TA-ACATG-ATAAAAAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAATTT-TT-GCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TATC--CTTTG--TTTTATACT----TCC-CAG--A---AA-TG-ATTGTATTGAGCTTTTTTCAGTAATAAAATGAAAATCCTAAGTTA-TTGACAATGGGAGAAAATATTT-T--------T----------TTTTTGTGCGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACT-----AAGTATTTT-CAGA-AGTAAATTAGATGT
Reference ( family-875 )      :                                                                                                                                                                                                                                          NNTTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATT-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TGACAA-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTA----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TA-GTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAAA-TA-ACATG-ATAAAAAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAATTT-TT-GCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TATC--CTTTG--TTTTATACT----TCC-CAG--A---AA-TG-ATTGTATTGAGCTTTTCTCAGTAATAAAATGAAAATCCTAAGTNATTTGACAATGGGAGAAAATATTTGTCCAAGAAATTGTCCAAGAATTNTTGTGCGGATTGTTGCNTTATAAATTTTATGCACTNAAAGAAGTATTTTNCAGACAGTAAATTAGATGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                            TTAGATATTTAGG--A-T-A--TT-TA----T-TT---ATTGG-CA--A--A--CACA-C--ACTT--AACATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGT----------------------TCAC--A-ATCA-CTGCAT--GTCCTCAA-----GCAAA-----A-CAC-TATT-C-A------AGTAATTGTTAAAAA-GTACATG-TA-A--ATTA--GT-AAT-GA-ATT-AT-G-TAT--AAACTAGTCCT-CT---TCT--T--GC-----G-A-CATTCTTCTAGA-TA--A---AAAT--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG----GTA-T-GTTA-TTTTT-------AGCAATTTT--G--GGG-AT-TT--AAACT-A-TTAAA-AACAGA-GC-TTT-A-CTTTTTTGAATATT--AGA--TACT-A-T-GTG---TCTTT----GAG-------AAAAAT-TTAAGCAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-TTAT-----TGT--G---TT-GTA-TTTTGTGACAA-T--TATAATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCA-TT--G---C-AACCCGT-TTTAACA-CATA------T-AC-T-TA--C-AA-----AAAATCTTT-CCATGT--GTGGTAATA-GA-C-T-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GAT----GTGTGCA--------CT-CAGT---C--TTCA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTGTAAC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-TCTTA-GTGA--TATATC-TAT-GT--TGCAAC--AGCCGTTAAA--ATTTA--T-CA--AAAAATA-ACATG-ATAAAAA--TTAGTTTTGGTGAATGTA-TAAATTT-TTTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TATCGCCTTTT--TTTTATACT----TCCGCAAGCA---AA-TGGATTGGTTTGACTTTTTTTCAGTAATAA--TGAAAATCCTAAGTTATTTGACAATGG-AGAAAATATTT----------TTGTCCAAGAATTTTTGT-CGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACTTAAAGAAGTATTTTTCAGA-AGTAAATTAGATG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  atttgaatatttAGATA-----TTTA-C-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTT-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAATTAAAA-CA--TATT-T-ACATGTAA-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGCCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AACATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-gttccaaatttatgcttgaaggtgtctctagtccacaaggtaatctacccaaatctgctctgcaaaggacattactagttttaactatgtactctaatatttccttttaaactttatactgaaatttcatatgatgaattttcaccaatggttcagtgtaaataccccaattcaacaatatagaagaattggtgttaattataagaatcaaaaagttttccatattaattttccatggtatccaaaccaataattttcttcatcttaaaataagcttttctggccttttccataagcactgatatgctaaaattcaagtttcccattacatgttcaaggttaattccagcataaaagaatttagacactgtctgaagtacatttctgtcataggtaactcttgacacaactatttccatttgaatttagaataaaggaattttagaatttttcacaattacctgtatatttcaatttgaaacagaattttttcaaggatatcaacatcctgtagtccagctcttactattctgatataaacaatatcatccagcaatacaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                              tatactattaataacactatagtatatgatacAGATA-----T--A-C-AT-GA-TA----T-TTCTCATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCCA--AAC-ATGTC-AAGAATGT-----TTA-T--ACAT--ATAT-A-C
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 attacagacagtaatataatacagtatagaaaggtaagtgaggtatatggatatacTAGTC-T-AT---TCT--T--TC---A-T-AGCAAT--TCTTGA-TA--ATACGA-T--ACA---TTATGTTGCATT-G-AT--GA-TTG-A--GCA-T-GTTG-TTTTT-------AGT-TTTTT--G--GGGAAT-TT--A---T-A--TAGA-A-TAGaataataaaaatctacataca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                          acgtattcatataatatggagacacatacatcaacagaatttaaattcattTAGGTA-----G--AAT-A--GA-TA----TCTT---ATTGG-CA--C--A--AACA-CGAAATT--ACAATAA-T-T--GCAACAGGCCCA--AACAATGTCAAAGAATGT---G-TCT-T--TCG---A-AT-ATCTGCAT--TTCCTC-------GCAAA-----A-TA--T
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                              AGACA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AA-T--ACAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agatagacATACT----TCC-CAG--A---AA-TG-ATTGTATTGAGCTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ATA-----G--A-TCA--GAATA----T-TT---ATGTG-CA--C--A----CA-C--A-TT--ACAATAA----G-GCAA---GCCC---AAC-ATGTC-AAGA-CGT---A-T-A-T--TCAC--A-AT-AATTGCAT--GTC-TCA------GCAAA-------CA--TATT-T-A--------TA-TTGTTAAAAA-GTACATGCTAC-T-ATTAA-GT-A-T-GAGATT-A--G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TTC--T--GC---A-G-AGGCTT--TCTAGAATA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-TTG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG--------GCAATTTTCGG--GG--AT-TTTTA--CT-A-TTAAA-A-CAGAAGC-TTT-A-CTTATT-GAATATT---AA--TA-T-A-TCGTG-A--CTTT----GAG-------AAAAAT-T-AA-CA-G-TTTC-TT------CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TTTGTA-TTTT-T-ACAA-T--TA-AA-AGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTA----CATA------T-A--TATA--C-AT-----AA--TCTTT---AGATC-CTGGTA-T--GA-CAT-G--GTCT-TCCT-TTT-------CTA-------TT--------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTTTCAT-C--TA-GTGG-TTA-ATC-AAT-GTATTGCA-C--AGCGTCTAAA--G-T-A--TCCA--AAAA-GT-ACATG-ATAAAAATTTTAGTTTTGGTGAAT-TATTAAATTT-TT-GCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TT--------ATCG--TT-TATC--CTTTG--TTTTATACT------C-CAG--A---AATTG-ATTGTATTGAGCTTTTC---GTAATAAAATG--AATCCTAAGTGA-TTGACAATGGGAAAAAATATTTGTCCAAGAAAT----------TTGTTGTG-GAATT-TTGCGTTAT-AATTTTATGCACTA----AAGTA-TTTGCAGACAGTAA--TAGATGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                             TAGATA-----GC-A-T-A--GA-TACCTTT-TT---ATTGG-CAAAC--A--AACA-C--A-TT--ACA-TAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGT-------TGC---A---------CA---A-AT-AGCGGCAT--GTCCTCAA-----GTAAA-----AACA--TATT-CCA------A-TAATTGTTAAAAA-GTACATG--ACAT-ATTAACGTGA-T--A-GTT-AT-GCTATCGA--CT-GTCTGGCT---TCT--TTGGC---ACGCAGCATT--TCTAGA-TATAA---AA-T--ACA---CT----TG--TTTG-ATCGAA-ATGGA--GTA-TAGTTA-TTTTG-------AGTAATTTT--GTGGG--AT-TT--A--CT-AATTAAACA-CAGAAGC-TTT-AACTTTTT-GAATATT--AGAACTA-TTACT-GTG-A-TCTTTTTGAGAA-------AAAAAT-TTAAACAAG-TTTC-TTTT----CAACAAAA---TTTCTCTGATGA-----TGTGGG---TT-GTAATTTT-TGACAA-TCATA-AATAGAAAAT---GAAATT--CATCTATCTTCAATTTAGAACT-A-CCTGTGTTTGAATTCATA------GAA--T-TAG-CAAA-----AA--TCTTT-C-ATGTCGGTGGTA-TACGACCAT-GTGGTCT-TCCTATTT------TCTAAAGTCCCTTGCATGGTACAA-GATT---TTGTGCACGAGCTATCC-CAGTTACT--T-CA--TGATAAC----TA-CTTAGATGA--TTG--ACGGACTCACTTATCTTGTGTCTATCTTCTG-CTTC---TAC--TA-GTGAGGTATATCTAATAGTA-TGCA-CCTACAGTTTAAAATATT-AAGT-CACTAAAA-TAGGCAT---CGAAAAA-TTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAATTTTCTT-GCAGATTCTTTCCTTGT-AACATTTTGGAATGGTACCTGAGTATATC--CTTTGTATTCTATACTTATATCC-CAG--GTATAA-TG-ATTGTAtccaaaattttatgcttgaaaggtgtactcattgtccacagggcaatctcccaaatcgcgctcaaggagcatactaggtttacattactccttaatatttccttttaaacctttatatgaaattttctatgactgaaatttcaccaaatgtgttagtgtaaacacccaaactcacaaacaatatagagattgggtattagagaatcaaaaaagttttccaactatttacatggattatccaaaccaagaaattttcttaatcttaaaaaataagcttttctgtcctttccaaagactgacattgcta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                        agatgTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-T----ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGT----------------------TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-C-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GT--T-GTTA-TTTTG-------AGCAAGGTT--G-------T-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GCTTTT-A-CTTTTT-GAATA-T-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-T-TTT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTT--TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TGACAA-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCATTT--G---C-A-CCCTT-TTTGTGTTTATA------T-A--T-TA--C--A-----AA--TCTTT-C--TGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT--TCT-TCC--TTT------TCTA-------TTG-------CAA-G--T---GTGTGCA--------CT-CAGT------T-CATTTA----C----TATCT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-C-TT---T-C--TA-GT----TATATC-TAT-GTA-T-CA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAAA-TA-ACATGTTTATAAAATTTAGTgtt
gi|5                          : gtatatgtaacatttatcaatgtatatactgctcatgtaatgaagtacaagtgggtaatctggctcacatactgtactagtttgtaggggtggtttgatgaactgtttgtgatgtaggccccctacaagctcttgtcgattatatcatgcagtaacttataattagattctttgtaaattataagtagatcaatattattataattagatcatatattacttataattagatagaTTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTG--CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---A-C-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-TTGTTAGAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--C-AGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATT-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT----GAG--------AAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-A-GA-----TG---G----T-GTA-TTTT-TGACAC-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTG----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTTCC-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TAGGTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAAA-TA-ACATG-ATAAAGAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAATTT-TT-GCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TATC--CTTTG---TTTATACT----TCC-CAG--A---AA-TG-ATTGTATTGAGCTTTTTTCAGTAAT-AAATGAAAATCCTAAGTTA-TTGACAATAGAAG-AAATATTT-T-------------------TTTTTGTGCGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACT-----AAGTATTTT-CAGA-AGT-AATAAGATGTatcaataatacttataat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                          taTTA-ACA-----G--A-T-ACAGA-TA----TATT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-T-GTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA--TTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTTAA-CTTTTT-GAATA---TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TC-TT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTTCTTTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA--TTT-TGACAA-A--TT-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCG--TTTA----CATA------T-A--T-TA--A-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA---TG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TA-GTGA-GTATATC-AAT--TA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAAA-GA-ACATG-AT-AAAAATTTAGTTTGGGTGAAT-TA-TAAATTT-TT-GCAGATTCTT--CTaa
gi|7                          :                                                                                                 atacacagatcgaactagtagtcacaaaaaataattatattctccctcactttgttcgtccgaatatgaattaatgataatctatgtaatactatgaaaacacaacagaaacacaatttggaatgttgttcgttagaacgtttACA-----G--A-T-AA-GA-TAA---T-TT---ATTGGACA--C--AGCAACA-C--AATTGAACAA-AA-TGTG-GCAA-AGGGCCGCTAAC-ATGTC-A-GAATGT---AATTA-TCTTC-C--A-AT-A-TTGCAT--GTCCT-A------GCAAG-----A-CA--TATT-T-AG-----A-TA-TTGT--AAAAAGTACATG-TACATAATTAA-GT-A-TCGA-ATTCATGG-TAT--ACGCTAGTTTC-CT---TCTTCT--GCAAGA-G-AGCA-T--TCTAGATTA--T---AA-T--ACAACTCT----TG--TTCG-AT--GA-ATG-AATGTA-T-GTTAGTTTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--ATCTT--A--CTGA-TT-AA-A-CAGA-GC-TTTCA-CTTTTT-GAATATTAAAGA--TA-T-A-T-ATGCACTCTTT----GGGAGA----AAAAAT-TAAA-CAAATTTTC-TTT-----CAA--AAAAT-TCTCTCT-ATGGGCGTTTG---GGGTTT-GTATTTTT-TGACAA-T--TA-AA-AGAAGATATAGAAATTAGC----ATCTTTAATT--G---CAA-CGTGC-TTTA----CATAG-----T-GACT-TAAGC-AAACTGTAA--CTTTT-G-AAGTC-GTGATA--G-GA-CATGGT-GTCTATCCC-TTTGTGCTCTTTA-------GTG-------CAAGGACTCTGGTGTGCA--------CTGCAGT---TCGT-CA--TG----CGCTATA-CT--GATGAATTTG--A----CT-------------------TTCTGTCTTT---A-CAATA-GTGATGTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       ----T-TT---ATTGG-CA--CTAA--AACAGC--AAT---ACAATAAAT-TGCGCAA-AGGCCCC--AACGATGTT-TCCAATGTGTGA-TTACT--TCTCCAA-AT-A-CTGCAA--TTCCTCAATGCAGGCAAA-----A-CAAGTGTTCT-A------A-TAATTGTTAAAAAAGTA-A-G-TACAT-ATTGA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGGTGT-GTGTGTC---T--AC---A-G-TGC-TC--TCTAGA-TA--A---AA-TTAACA---C-----TG--TT-GTAT--GATATG-A--GTATT-GTGA-TTGTGTTTCGTTAGCAATTTG--GT-GA--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A--AGA-GC-TTT-A-CTTTTT-G-ATA-T-TAGA--TA-T-A-TGGGG-A-TCTTT----GAG-------AAAAATCTTAA-CAAG-TTTC-TATCGCGCCAT--AGACGGTGTGTGT-GTG------TGC--T---TT-CTA-TTTT-TGACAACT--TA-AATAGAAAAT---G-AATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCAT-TTTA----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCgtaggtca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TC-AAATATGT---A-TCA-T--TCAC--T-AT-A-CTGCATATGTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-CGGTTAAAAA-GTACATG-CACAG-A---A-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATA-T-TAGA--TA-T-A-C-ATG-A-TCTTT----GAGTACTTCTAAAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TAACAA-T--T------------------ATT--C----ATCTTCAATT--G---C-C-CCCGT-TTTG----CATATACATTT-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-

Unaligned ( gi|14 ): TTATATAAATTTCATATAAATGAATTTTTATCAATATATTAGTATAAATACTCCATATCTTACAACAATAGAGAAGAATTGGTAT
Unaligned ( gi|16 ): TAAATAGTTAAAATACATTACTTTAAGATAGAGATGATATACAAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   11111111     11     1111                                                             111                  111111111111            1               111111                        111111    1          1                                             11                                                                                                               1111111         11                                                        2222                                2222222                         11111        111           111111  1111111                                                                                 2222    11111111111    11    11111                                                   111111    11111111111111111        111       22222222       111111        111111111                     111  4444444444444444444          11111111       11                                                                                                               11          11  33333333    11  1   11      111        11111      111111                               2                   1        1             99999999999999999999       11                             44444     1        1              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   22222222 3 3 22  3  0000 6  555     3  44 44 44    3 44 1  44       3 3  3    3      777   7    9999  1   888888888888    44 3  3 0      55       777777     99999 3  88    4 4 555555 4  2          0       4     4     4  4 4 4  4   4  4 4   55 11        3  666   55 55  666 3 3      55      7  55 666  3 55   666  7777  55  7 3  55  3   4 55   4 4    4     3333333         77 99  99  4  55 55  4 4     4 4    8  4   8 4      4     1111   66  4 4 4 8   555     9999   2222222      4    8    4    4   55555   66   333       4   222222  7777777  4   8    4      4 66  4  4       777      66 9999          66 777 4 4     4    6666    88888888888 4  00 4  11111  66     999     5      6666  5   5  5    5   55   666666    99999999999999999   5    000       00000000  5    999999 5  77  444444444  5  77     77   77  000  4444444444444444444     5    88888888  5    55      6   6   6    6 99          99   6 99 6  99   6   6     6  1    66               8  8    8   8            11     3    33  55555555    33  0   33      777        77777  8   999999  8 8                  7       3     7             3        2    7     7  77777777777777777777       33     6         7             66666     3        3   7 7        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   ........ . . ..  .  .... .  ...     .  .. .. ..    . .. .  ..       . .  .    .      ...   .    ....  .   ............    .. .  . .      ..       ......     ..... .  ..    . . ...... .  .          .       .     .     .  . . .  .   .  . .   .. ..        .  ...   .. ..  ... . .      ..      .  .. ...  . ..   ...  ....  ..  . .  ..  .   . ..   . .    .     .......         .. ..  ..  .  .. ..  . .     . .    .  .   . .      .     ....   ..  . . . .   ...     ....   .......      .    .    .    .   .....   ..   ...       .   ......  .......  .   .    .      . ..  .  .       ...      .. ....          .. ... . .     .    ....    ........... .  .. .  .....  ..     ...     .      ....  .   .  .    .   ..   ......    .................   .    ...       ........  .    ...... .  ..  .........  .  ..     ..   ..  ...  ...................     .    ........  .    ..      .   .   .    . ..          ..   . .. .  ..   .   .     .  .    ..               .  .    .   .            ..     .    ..  ........    ..  .   ..      ...        .....  .   ......  . .                  .       .     .             .        .    .     .  ....................       ..     .         .             .....     .        .   . .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                   33333333 6 6 33  6  4444 7  888     3  66 66 66    3 66 2  66       6 6  6    6      333   3    4444  1   444444444444    66 3  3 0      00       777777     11111 6  66    0 0 555555 0  0          6       0     0     0  0 0 0  0   0  0 0   55 00        6  444   00 00  444 6 6      00      3  00 444  6 00   444  7777  00  3 6  00  6   0 55   0 0    0     0000000         55 55  55  0  55 55  0 0     0 0    9  4   9 4      4     1111   11  4 4 4 9   333     4444   2222222      4    9    4    4   66666   11   999       4   111111  2222222  4   9    4      4 11  4  6       888      11 4444          11 888 4 4     4    7777    66666666666 4  66 4  11111  11     444     0      1111  0   7  7    7   99   444444    77777777777777777   7    000       77777777  7    666666 7  99  333333333  7  99     99   99  000  3333333333333333333     7    44444444  7    77      7   7   7    7 22          22   7 22 7  22   7   7     7  7    77               0  0    0   0            00     2    88  00000000    88  0   88      000        88888  0   000000  0 0                  3       7     3             3        0    3     3  00000000000000000000       33     7         3             77777     3        3   3 3        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                          NNTTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATT-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TGACAA-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTG----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TA-GTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACATG-ATAAAAAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TAT--CCTTTG--TTTTATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTTTTTTCAGTAAT-AAATGAAAATCCTAAGTTA-TTGACAATGGGAGAAAATATTT-T--------T---------TTTTTGTGCGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACT-----AAGTA-TTTTCAGA-AGTAAATTAGATGT
Reference ( family-875 )      :                                                                                                                                                                                                                                          NNTTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATT-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TGACAA-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTG----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TA-GTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACATG-ATAAAAAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TAT--CCTTTG--TTTTATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTTTTTTCAGTAATAAAATGAAAATCCTAAGTTA-TTGACAATGGGAGAAAATATTT-T--------T---------TTTTTGTGCGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACT-----AAGTA-TTTTCAGA-AGTAAATTAGATGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                            TTAGATATTTAGG--A-T-A--TT-TA----T-TT---ATTGG-CA--A--A--CACA-C--ACTT--AACATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGT----------------------TCAC--A-ATCA-CTGCAT--GTCCTCAA-----GCAAA-----A-CAC-TATT-C-A------AGTAATTGTTAAAAA-GTACATG-TA-A--ATTA--GT-AAT-GA-ATT-AT-G-TAT--AAACTAGTCCT-CT---TCT--T--GC-----G-A-CATTCTTCTAGA-TA--A---AAAT--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG----GTA-T-GTTA-TTTTT-------AGCAATTTT--G--GGG-AT-TT--AAACT-A-TTAAA-AACAGA-GC-TTT-A-CTTTTTTGAATATT--AGA--TACT-A-T-GTG---TCTTT----GAG-------AAAAAT-TTAAGCAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-TTAT-----TGT--G---TT-GTA-TTTTGTGACAA-T--TATAATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCA-TT--G---C-AACCCGT-TTTAACA-CATA------T-AC-T-TA--C-AA-----AAAATCTTT-CCATGT--GTGGTAATA-GA-C-T-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GAT----GTGTGCA--------CT-CAGT---C--TTCA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTGTAAC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-TCTTA-GTGA--TATATC-TAT-GT--TGCAAC--AGCCGTTAAA--ATTTA--T-CA--AAAAATA-ACATG-ATAAAAA--TTAGTTTTGGTGAATGTA-TAAATTTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TATCGCCTTTT--TTTTATACT----TCCGCAAGCA---AA-TGGATTGGTTTGACTTTTTTTCAGTAAT--AATGAAAATCCTAAGTTATTTGACAAT-GGAGAAAATATTT-T--------TGTCCAAGAATTTTTGT-CGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACTTAAAGAAGTATTTTTCAGA-AGTAAATTAGATG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  atttgaatatttAGATA-----TTTA-C-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTT-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAATTAAAA-CA--TATT-T-ACATGTAA-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGCCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AACATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-gttccaaatttatgcttgaaggtgtctctagtccacaaggtaatctacccaaatctgctctgcaaaggacattactagttttaactatgtactctaatatttccttttaaactttatactgaaatttcatatgatgaattttcaccaatggttcagtgtaaataccccaattcaacaatatagaagaattggtgttaattataagaatcaaaaagttttccatattaattttccatggtatccaaaccaataattttcttcatcttaaaataagcttttctggccttttccataagcactgatatgctaaaattcaagtttcccattacatgttcaaggttaattccagcataaaagaatttagacactgtctgaagtacatttctgtcataggtaactcttgacacaactatttccatttgaatttagaataaaggaattttagaatttttcacaattacctgtatatttcaatttgaaacagaattttttcaaggatatcaacatcctgtagtccagctcttactattctgatataaacaatatcatccagcaatacaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                              tatactattaataacactatagtatatgatacAGATA-----T--A-C-AT-GA-TA----T-TTCTCATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCCA--AAC-ATGTC-AAGAATGT-----TTA-T--ACAT--ATAT-A-C
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 attacagacagtaatataatacagtatagaaaggtaagtgaggtatatggatatacTAGTC-T-AT---TCT--T--TC---A-T-AGCAAT--TCTTGA-TA--ATACGA-T--ACA---TTATGTTGCATT-G-AT--GA-TTG-A--GCA-T-GTTG-TTTTT-------AGT-TTTTT--G--GGGAAT-TT--A---T-A--TAGA-A-TAGaataataaaaatctacataca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                          acgtattcatataatatggagacacatacatcaacagaatttaaattcattTAGGTA-----G--AAT-A--GA-TA----TCTT---ATTGG-CA--C--A--AACA-CGAAATT--ACAATAA-T-T--GCAACAGGCCCA--AACAATGTCAAAGAATGT---G-TCT-T--TCG---A-AT-ATCTGCAT--TTCCTC-------GCAAA-----A-TA--T
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                              AGACA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AA-T--ACAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         agatagacATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ATA-----G--A-TCA--GAATA----T-TT---ATGTG-CA--C--A----CA-C--A-TT--ACAATAA----G-GCAA---GCCC---AAC-ATGTC-AAGA-CGT---A-T-A-T--TCAC--A-AT-AATTGCAT--GTC-TCA------GCAAA-------CA--TATT-T-A--------TA-TTGTTAAAAA-GTACATGCTAC-T-ATTAA-GT-A-T-GAGATT-A--G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TTC--T--GC---A-G-AGGCTT--TCTAGAATA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-TTG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG--------GCAATTTTCGG--GG--AT-TTTTA--CT-A-TTAAA-A-CAGAAGC-TTT-A-CTTATT-GAATATT---AA--TA-T-A-TCGTG-A--CTTT----GAG-------AAAAAT-T-AA-CA-G-TTTC-TT------CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TTTGTA-TTTT-T-ACAA-T--TA-AA-AGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTA----CATA------T-A--TATA--C-AT-----AA--TCTTT---AGATC-CTGGTA-T--GA-CAT-G--GTCT-TCCT-TTT-------CTA-------TT--------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTTTCAT-C--TA-GTGG-TTA-ATC-AAT-GTATTGCA-C--AGCGTCTAAA--G-T-A--TCCA--AAA-AGT-ACATG-ATAAAAATTTTAGTTTTGGTGAAT-TATTAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TT--------ATCG--TT-TAT--CCTTTG--TTTTATACT------C-CAG--A---AATT-GATTGTATTGAGCTTTTC---GTAATAAAATG--AATCCTAAGTGA-TTGACAATGGGAAAAAATATTTGTCCAAGAAAT---------TTGTTGTG-GAATT-TTGCGTTAT-AATTTTATGCACTA----AAGTA-TTTGCAGACAGTAA--TAGATGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                             TAGATA-----GC-A-T-A--GA-TACCTTT-TT---ATTGG-CAAAC--A--AACA-C--A-TT--ACA-TAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGT-------TGC---A---------CA---A-AT-AGCGGCAT--GTCCTCAA-----GTAAA-----AACA--TATT-CCA------A-TAATTGTTAAAAA-GTACATG--ACAT-ATTAACGTGA-T--A-GTT-AT-GCTATCGA--CT-GTCTGGCT---TCT--TTGGC---ACGCAGCATT--TCTAGA-TATAA---AA-T--ACA---CT----TG--TTTG-ATCGAA-ATGGA--GTA-TAGTTA-TTTTG-------AGTAATTTT--GTGGG--AT-TT--A--CT-AATTAAACA-CAGAAGC-TTT-AACTTTTT-GAATATT--AGAACTA-TTACT-GTG-A-TCTTTTTGAGAA-------AAAAAT-TTAAACAAG-TTTC-TTTT----CAACAAAA---TTTCTCTGATGA-----TGTGGG---TT-GTAATTTT-TGACAA-TCATA-AATAGAAAAT---GAAATT--CATCTATCTTCAATTTAGAACT-A-CCTGTGTTTGAATTCATA------GAA--T-TAG-CAAA-----AA--TCTTT-C-ATGTCGGTGGTA-TACGACCAT-GTGGTCT-TCCTATTT------TCTAAAGTCCCTTGCATGGTACAA-GATT---TTGTGCACGAGCTATCC-CAGTTACT--T-CA--TGATAAC----TA-CTTAGATGA--TTG--ACGGACTCACTTATCTTGTGTCTATCTTCTG-CTTC---TAC--TA-GTGAGGTATATCTAATAGTA-TGCA-CCTACAGTTTAAAATATT-AAGT-CACTAAA-ATAGGCAT---CGAAAAA-TTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAT-TTTCTTGCAGATTCTTTCCTTGT-AACATTTTGGAATGGTACCTGAGTATAT--CCTTTGTATTCTATACTTATATCC-CAG--GTATAA-T-GATTGTAtccaaaattttatgcttgaaaggtgtactcattgtccacagggcaatctcccaaatcgcgctcaaggagcatactaggtttacattactccttaatatttccttttaaacctttatatgaaattttctatgactgaaatttcaccaaatgtgttagtgtaaacacccaaactcacaaacaatatagagattgggtattagagaatcaaaaaagttttccaactatttacatggattatccaaaccaagaaattttcttaatcttaaaaaataagcttttctgtcctttccaaagactgacattgcta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                        agatgTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-T----ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGT----------------------TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-C-A------A-TA-TTGTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GT--T-GTTA-TTTTG-------AGCAAGGTT--G-------T-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GCTTTT-A-CTTTTT-GAATA-T-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-T-TTT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTT--TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TGACAA-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCATTT--G---C-A-CCCTT-TTTGTGTTTATA------T-A--T-TA--C--A-----AA--TCTTT-C--TGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT--TCT-TCC--TTT------TCTA-------TTG-------CAA-G--T---GTGTGCA--------CT-CAGT------T-CATTTA----C----TATCT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-C-TT---T-C--TA-GT----TATATC-TAT-GTA-T-CA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACATGTTTATAAAATTTAGTgtt
gi|5                          : gtatatgtaacatttatcaatgtatatactgctcatgtaatgaagtacaagtgggtaatctggctcacatactgtactagtttgtaggggtggtttgatgaactgtttgtgatgtaggccccctacaagctcttgtcgattatatcatgcagtaacttataattagattctttgtaaattataagtagatcaatattattataattagatcatatattacttataattagatagaTTAGATA-----G--A-T-A--GA-TA----T-TT---ATTG--CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---A-C-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-TTGTTAGAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--C-AGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTT--G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATATT-TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TCTTT----GAG--------AAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-A-GA-----TG---G----T-GTA-TTTT-TGACAC-T--TA-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCGT-TTTG----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTTCC-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA--TTG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TAGGTGA-GTATATC-AAT-GTA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-ATA-ACATG-ATAAAGAATTTAGTTTTGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTTGTAAACA--TTG-------ATCT--GT-TAT--CCTTTG---TTTATACT----TCC-CAG--A---AA-T-GATTGTATTGAGCTTTTTTCAGTAAT-AAATGAAAATCCTAAGTTA-TTGACAATAGAAG-AAATA-TT-T--------T---------TTTTTGTGCGGATTGTTGCTTTATAAATTTTATGCACT-----AAGTA-TTTTCAGA-AGT-AATAAGATGTatcaataatacttataat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                          taTTA-ACA-----G--A-T-ACAGA-TA----TATT---ATTGG-CA--C--A--AACA-C--AATT--ACAATAA-T-TG-GCAA-AGGCCC---AAC-ATGTC-AAGAATGT---A-TTA-T--TCAC--A-AT-A-CTGCAT--GTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-T-GTTAAAAAAGTACATG-TACAT-ATTAA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA--TTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTTAA-CTTTTT-GAATA---TAGA--TA-T-A-T-GTG-A-TC-TT----GAG-------AAAAAT-TTAA-CAAG-TTTCTTTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA--TTT-TGACAA-A--TT-AATAGAAAAT---GAAATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCG--TTTA----CATA------T-A--T-TA--A-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-CAT-GT-GTCT-TCCT-TTT------TCTA-------TTG-------CAA-GATT---GTGTGCA--------CT-CAGT---C--T-CA--TG----C----TA-CT--GATAA---TG--AC---CT-------------------TTCTG-CTTT---T-C--TA-GTGA-GTATATC-AAT--TA-TGCA-C--AGCGTTTAAA--ATT-A--T-CA--AAA-AGA-ACATG-AT-AAAAATTTAGTTTGGGTGAAT-TA-TAAA-TTT-TTGCAGATTCTT--CTaa
gi|7                          :                                                                                                 atacacagatcgaactagtagtcacaaaaaataattatattctccctcactttgttcgtccgaatatgaattaatgataatctatgtaatactatgaaaacacaacagaaacacaatttggaatgttgttcgttagaacgtttACA-----G--A-T-AA-GA-TAA---T-TT---ATTGGACA--C--AGCAACA-C--AATTGAACAA-AA-TGTG-GCAA-AGGGCCGCTAAC-ATGTC-A-GAATGT---AATTA-TCTTC-C--A-AT-A-TTGCAT--GTCCT-A------GCAAG-----A-CA--TATT-T-AG-----A-TA-TTGT--AAAAAGTACATG-TACATAATTAA-GT-A-TCGA-ATTCATGG-TAT--ACGCTAGTTTC-CT---TCTTCT--GCAAGA-G-AGCA-T--TCTAGATTA--T---AA-T--ACAACTCT----TG--TTCG-AT--GA-ATG-AATGTA-T-GTTAGTTTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--ATCTT--A--CTGA-TT-AA-A-CAGA-GC-TTTCA-CTTTTT-GAATATTAAAGA--TA-T-A-T-ATGCACTCTTT----GGGAGA----AAAAAT-TAAA-CAAATTTTC-TTT-----CAA--AAAAT-TCTCTCT-ATGGGCGTTTG---GGGTTT-GTATTTTT-TGACAA-T--TA-AA-AGAAGATATAGAAATTAGC----ATCTTTAATT--G---CAA-CGTGC-TTTA----CATAG-----T-GACT-TAAGC-AAACTGTAA--CTTTT-G-AAGTC-GTGATA--G-GA-CATGGT-GTCTATCCC-TTTGTGCTCTTTA-------GTG-------CAAGGACTCTGGTGTGCA--------CTGCAGT---TCGT-CA--TG----CGCTATA-CT--GATGAATTTG--A----CT-------------------TTCTGTCTTT---A-CAATA-GTGATGTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       ----T-TT---ATTGG-CA--CTAA--AACAGC--AAT---ACAATAAAT-TGCGCAA-AGGCCCC--AACGATGTT-TCCAATGTGTGA-TTACT--TCTCCAA-AT-A-CTGCAA--TTCCTCAATGCAGGCAAA-----A-CAAGTGTTCT-A------A-TAATTGTTAAAAAAGTA-A-G-TACAT-ATTGA-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGGTGT-GTGTGTC---T--AC---A-G-TGC-TC--TCTAGA-TA--A---AA-TTAACA---C-----TG--TT-GTAT--GATATG-A--GTATT-GTGA-TTGTGTTTCGTTAGCAATTTG--GT-GA--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A--AGA-GC-TTT-A-CTTTTT-G-ATA-T-TAGA--TA-T-A-TGGGG-A-TCTTT----GAG-------AAAAATCTTAA-CAAG-TTTC-TATCGCGCCAT--AGACGGTGTGTGT-GTG------TGC--T---TT-CTA-TTTT-TGACAACT--TA-AATAGAAAAT---G-AATT--C----ATCTTCAATT--G---C-A-CCCAT-TTTA----CATA------T-A--T-TA--C-AA-----AA--TCgtaggtca
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TC-AAATATGT---A-TCA-T--TCAC--T-AT-A-CTGCATATGTCCTCA------GCAAA-----A-CA--TATT-T-A------A-TA-CGGTTAAAAA-GTACATG-CACAG-A---A-GT-A-T-GA-ATT-AT-G-TAT--A--CTAGTCCT-CT---TCT--T--GC---A-G-AGCATT--TCTAGA-TA--A---AA-T--ACA---CT----TG--TT-G-AT--GA-ATG-A--GTA-T-GTTA-TTTTG-------AGCAATTTTG-G--GG--AT-TT--A--CT-A-TTAAA-A-CAGA-GC-TTT-A-CTTTTT-GAATA-T-TAGA--TA-T-A-C-ATG-A-TCTTT----GAGTACTTCTAAAAAT-TTAA-CAAG-TTTC-TTT-----CAA--AAA---TTTCTCT-ATGA-----TG---G---TT-GTA-TTTT-TAACAA-T--T------------------ATT--C----ATCTTCAATT--G---C-C-CCCGT-TTTG----CATATACATTT-A--T-TA--C-AA-----AA--TCTTT-C-ATGTC-GTGGTA-TA-GA-