lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 222222222222222222 3333333333 1111111111 111 666666666666666666666666666666666666666 3333333 333333 333 111111111 333333333333333333333333333333333 1111111111111 33333333333333333333333333 1111111111111111111 333333333 11111 111111 55555555555555555555 1
lowQualScore : 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 33333 5 5 888888888888888888 66 66 0000000000 5 3333333333 5 5 333 66 5 7 4 8 999999999999999999999999999999999999999 3 0000000 444 4 99 6 222222 4 000 777 4 111111111 111111111111111111111111111111111 88 3 5555555555555 5 2 5 2 33 33 88888888888888888888888888 33 66 1 4444444444444444444 5555 444 666666666 33 5 2 2 33 2 5 3 3 66666 3 666 4 4 777 4 4 99 55 111111 4 7777 88888888888888888888 3
lowQualScore : . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ..... . . .................. .. .. .......... . .......... . . ... .. . . . . ....................................... . ....... ... . .. . ...... . ... ... . ......... ................................. .. . ............. . . . . .. .. .......................... .. .. . ................... .... ... ......... .. . . . .. . . . . ..... . ... . . ... . . .. .. ...... . .... .................... .
lowQualScore : 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 11111 7 7 222222222222222222 99 99 5555555555 0 0000000000 0 0 888 99 0 1 6 9 777777777777777777777777777777777777777 4 4444444 444 0 55 2 555555 0 555 000 0 222222222 888888888888888888888888888888888 66 4 7777777777777 3 7 3 7 77 77 66666666666666666666666666 77 33 2 3333333333333333333 7777 777 666666666 77 3 7 7 77 9 7 1 1 77777 6 444 0 0 000 0 0 55 55 555555 0 8888 88888888888888888888 3
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAA---AAGCATTCAGAT-CAAAA--T--TTGA----AAA---TAG-GNAG-T-CTATGGCAGAA--T--AC-A--C-CATT-----TAACAAAANT-----------AAT--CCCT--GCGGA---GTTT---A-TAAAAA--------------------GCT--CC-CGGC--TT---CGCAAGCGC------GGGG---T-A-T-TG--AC--TTGATGT-CATACAATC--CC-TA-CA-----CAAAAATG-C---ACTT-TA--ATAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCAC-A-TGTA--T--ACCTA--------TTTTTT-CAG-CAGTGT-ATATT-ACAT-G---TA-T--AAC-------T---TC-------TAT-TA--T--------------------TTCAA---CA---CA------------T-TG-CAG-GAAAG----AA--TG-T--A-TA-TTT----C-GTG---CAT-N--GT--T--A--C-T-------------GTA---TC--CA-AA-AC--AAT----A----CTTT-G-A-AC-ATGT----------A--ATGN----C-A-TCTTC-A---AA---------------------G---------------A-------A-------------------------T-------------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GCG-AAA-T--AGTG-------ATA----TTT-TCT----A--AT----TTT--A-TCG--CTGAG-GG-GAA-------AATG----GA----AT--CTTAA---A--CG--G------AT----C-ACCAA--A-C-----TGGTT-GG--CG-G--------TA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-TCT-GACAT-AAA---GAC-TCAATA-T---GCA---GTCG--TCAACCC-TCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A-----A--CCTAG--AGG---GTCGA-------NAA--TT-A-TAG------AT-----TAAT---ATA-------TT-T-T-CTT-CG-TTT---T--AA-TTT-----CAATTT--------T-GGTT-GTT-----T---G--GA--AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG----GA----TAA------TT-CT-AA-A-------ATA----TGGCA-N---A-A-C--G--TTTTA----------------CGC--------CC-C----GT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T--TT-AATC-AG-AA-----AA---TC-T-T---C--AA-AANTTG-AAAGCT-TT--CTAA--T---GT---GCA--TG-GT----C---GCAGTACAT-----TACG-T-TT-GT--TTCACC---AG-AAA--ACAA---CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCT-------------AC-AATA-A-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--T--A--T--TTTAAAA--TCGG-A---------A------GA----GA---G-C-------TAC--A-T-TA-TT--GC-A-G-C-TAC-G-TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTACAA-GA-AAT-TCATA--TGCA-TGC-ATGGTT
Reference ( gi|4 ) : CCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA-------AAGCATTCAGATTCAAAA--T--TTGA----AAA---TAG-GAA----CTATG-CAGAA--T--AC-A--T-CATT-----TAACAAAGG------------AAT--CCCT--GCG-A---TTTT---A-TGAAAA--------------------GCT--CC-AAGC--T----AGCAAGCG-------GGGG---T-A-T-TG--ACCTTTGATGT-CATACAATCATCC-TA-CA-----CAAACATG-C---ACTT-TA--GTAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCAC-T-TGTA--T--ACCCA--------TCTTTT-CAG-CAATGT-ATATT-ACAT-G---TA-T--AAC------CT---TC-------TAT-TA-CT--------------------TTCAA---CA---CA------------T-TG-CAG-GAAAG----AG--TG-T--A-TA-TTT----CAGTG---CA--A--GT--T--A--C-T-------------GTA---TC--AA-AA-AC--AAT----A----CGTT-G-A-AC-ATGC----------A--ATGG----CGA-TATTC-A---AA---------------------G---------------A-------A-------------------------T-------------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GCG-AAA-T--A-TG-------ATA----TTT-TCT----A--AT----TTT--A-TCG--CTGAGTGG-GAA-------AA------GG----AT--CTTAA---A--C---A------AT----C-ACCAA--A-C-----TGGTT-GG--CGTA--------TA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-TAT-GACATTAAA---GACATCAATA-T---GCA---GTC---TCA--CC-TCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A-----A--CCTAGGAAGT---GTCGA-------TAA--TT-A-TAG------AT-----TAA----ATA-------TT-T-T-CT--CG-TTT---T--AA-TT------CAATTT--------T-GGTT-GTT-----T---G--GA--AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG----AA----TGA------TT-CT-AA-A-------ATA----TGGCA-G---A-A-C--G--CTTTA----------------CGC--------CCGC----GT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T--T--AATCCAG-AA-----AA---TC-T-T---C--AA-AATTTG-AAAGCTATT--CTAG--A---GT---GCA--TG-AT----C---GCAGTACAT-----TACG-T-TT-GT--TTCACC---AG-AAAT-ACAA---CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCT-------------AC-AATA-A-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--T--A--T--TTTAAAA--TCGG-A---------A------GA----GA---G-A-------TAC--A-T-TA-TT--GC-A-G-C-TACAA-TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTACAA-GACAATCTCATA--GGAT-TGC-ATGGTTA
gi|2 : CCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAA---AAGCATTCAAA---AAAAGAT--TGGATCTGAAA---TAG-GGAATT-CTATGGCAGAAATT--GG-A--C-CATTCATTTTAACAAAATT-----------AATTTCCCT--GCG-GAAGGTTA---A-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCT--CCCGGGC--TTCGCAGC--GCG-------GGGG---T-A-T-TGGAAC--TTGATTT-CATACAAAAATCCCTA-CA-----CCAAAATGGC---ATTTATA--AAAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCAC----------------A--------T--TTT-CAGGCAGT-T-ATTAT-ACAT-G---TA-TTAAAC------AAGGATC-------TAT--A-TT--------------------TTCAAAAACA---CA------------T-TG-CAG-GAAAG----GGAATG-T--AATA-TTT----CGTTG---CATTG--GT--TTTA--CCT-------------GTA---TC--CA-AACACCCAA-----A----CTTT-G-A-AC-ATGT----------A--ATGT----C-A-TCTTCCA---AA---------------------G---------------A-------AAAAACCCAAGATGATGATATATAGGT-------------TGC-------TAGGGGCA--TCC-AA--TCA-ATT-T-GCGTACA-TTAG-TG-------ATA----TTT-TTTTT--A--AT----TTTTTA-TCG--CTGA-TGAAGAA-------AAATGGGGGA----AT--CTTAATA-A--CGGAA------AT----CCACCCA--A-TAACCTTGGTT-GGGTCATG--------TAA--GTC--TATAGTCTCTTCA---AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAAT-A-TCTGGACAAAAAAGGGGACCTCAATATT---GCA---GTTCGGTCAACCT-TCTTTAAT-AT-
gi|1 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaCCCCCCCCCCCCCAAGAA----AAGCATTCAGAT-CAAAA--T--TTGA----GAAAATTAG-GCAGATCCTATGACAGAA--TCGACTA--TTCATT-----TG-CAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA---TT-----A-T---AG--------------------GCT--CC-GAAC--TT---CGCAAGCGTGGAGGTAGGA---T-A-TATG--ACTTTGAATGT-CATACAATC--CC-TACCA-----CAAA-ATG-CCTTATTT-TAACGTGACG-C-TTA-----AAA-GTAGGC-CCACATATGTATTT--ACCTATAATTTTGTCTTTT--AA-C-ATGT-ATATTAACAT-GGGATA-T--AAC------TT---TCATATTTATAT-TT-CTAATGGTTTCATTGTTGAGAATTCAA---CA----A------------TATG-CAGAGAAAGTTATAG---G-T--A-TA-TTT----TCGTG---CAT-T--GTTCT--A--C-T-------------GTtat
gi|3 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaataCCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAA--CGGTTGA----AAA---TAGAGAT----TTATG-CAGAA--TG-AC-AGTC-CATT-----TA-CAAAGA------------ATT--CCCT--GCGGA---GTTT---A---ATAA--------------------GCT--CC-CGGCCTT----CGCAAGCG-------CGGAAAAT-AAT-TG--AC--TTGATGTTCATACA-TC--CT-TA-CAAAACCCAAAATTG-C---ACTTATA---TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCAC-A-TTTA--TT-ACCTA--------TTTTTT-CAG-CA-TGTTATATT-ACATTG---TA-T--AAC-------T---TC-------TATATAAC-----------------------CCA---CA---CA------------G-GG-GAA-ATAAG----AA--TG-TTTA-TA-TTT----C-GTG---CG--A--TTG-T--A--C-T-------------GTAA--TCCTAA-AA-AC--AAT----A----CTTTTG-A-A--ATGT----------ATAATGTTCCTCTC-TTTTC-A---AA---------------------GGAAACCAGATGTTATA-------A-------------------------TATC----------TTT-------TAG---CAA-TC--AT--CGA-ATT-T-GCG-AAT-T--A-GG-------ATA----TTT-TCT----T--ATG---TTT--A-TCG--CTGAG--A-GAA-------AATG----GA----AT--CTTTA---A--C---GCGGAACAT----C-ACCAA----C-----TG-TT-GT--CACG--------TA---GTC---A--GT-CTTTCA---AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-TCT-GACGATAAA---AGGATCAATA-T---GCATCCGTG---CCAGCCC-TTCTTAAT-ATTA----TCA--TTAT---A-----A--CCTA---AGG---GTAGA-------CAA--TT-A-TAG------AT-----TAAT---ATA-------TT-T-TTCT--CT-TTT---T--TA-TTTCCCCCCAATTC--------T-GGTG-GTT-----T---GAAGA--AA----TAAATT--CT---AG-AATTTTC-AC-AAC---------------------------------------ATG----T---------A-A-C--G--TTTTA----------------CGC--------TC-C----GT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG--AA----GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T--TT-AATTCAG-AA-----AA---TC-T-CTTCC--AACAACTTG-AAAACGCTT--CTAA--T---GT---GCA---G-GT----G---CCAGTAC-------TACA-G-TT-ATG-TTCAC----AG-AAAC-ACA----CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCT-------------ACCAATA-A-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--T--A--T--TTTAAAT--CCGG-G---------A------GA-----A---G-C-------TAC--A-T-TA-TT--GC-A-G-C-T--AA-TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTACAA----AAT-TCATA--TGCA-TGC-ATGGTTtatgatccaaacgggagaagttgtattctagtgacacatgtagaatgggcatcttcaaattttatacccagatagatctaaagtgtacaagtgctagcatcattcacatttcgcgcaaatagggttagttatatttttttcgtaatcctttctatcgctgagaagcaaggagtggaatcttaatcgaaaatctaccaaatctggttgcgtaaatcgaagtaaatgtttagtctttataaagttcaatttttgatttaatcccccctcctctaataatctgacataaaactcaatatgcagtcgtcaaccttatatcatatattaccactcataaaggcgggtcgaaaattcatagtcgggtattaacattattttttcttccgttttttaatttcaatttgttgctggaagaaataaattcttgcatattcgacaacttgagaaatttctaaattaaaaaatatgcataatgtttaacgtgtttttaactgcttctatgattcttctcgtattaagatgtgaaacagattgttttttttaatgtgaaatttaataaggacaattaatctttcaaaattgaaagcttctaatgtgcattgtgcagtacatacgcttcgttgcatcctgagaaacaaacaattttttcaaatttttatagtaagccccctatctacaataatgtagccaactctccttttctttttattttttaattcaacaggagagatactaattattgcaagctacagttgtaacaagtaggtctctgaagtgaacctcctctcatggttttacaaggaaattcatatgcagtcgat
gi|11 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagata-----TAACAAAT-------------AAT--CCCT--GCG-A---GTTT---AATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCT--CC-CGGC--TT---CGCAAGCGC------GGGG---T-A-T-TG--AC--TTGATGT-CATACAATC--CC-TA-CA-----CAAA-ATG-C---ACTT-----ATAA---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGT-CCAC------A--------------------TTTT-CAG-C-ATGT-ATATT-ACAT-G---TA-T--AAC------TTAGATC-------TA--TA--T--------------------TTCAA---CA---CA------------T-TG-CAG-GAAAG----AA--TG-T--A-TA-TTT----C-GTG---CAT-T--GT--T--A--C-T-------------GTA---TC--CA-AA-AC--AAT----A----CTTT-G-A-AC-ATGT----------A--ATGT----C-A-TCTTC-A---AA---------------------G---------------AAAACCAGA-------------------------TGATGAATTATAAGTGC-------TAG---CA--TC--A---TCA-ATT-T-GCG-AAA-T--AGTG-------ATA----TTT-TCT----A--AT----TTT--A-TCG--CTGA--GA-GAA-------AATG----GA----AT--CTTAA---A--CGA-A------AT----C-ACC-A--A-C-----TGGTT-GT--CA-G--------TA---GTCTATA--GTCTCTC-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAAT-A-TCT-GACA-TAAA---GAC-TCAATA-T---GCtccg
gi|15 : CG-A---TTTTTTAA-T-AAAA--------------------GCCTCCC-AAGC--TT---CGCAAGCG-------CGGG---TTA-T-TG--AC--TTGATGT-CATACAAT--TCC-TA-CA-----CAAA
gi|7 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA--------------------GCC--CC-CGGC--TTC--A-CAATCGC------GGGG---T-A-T-TG--AC--TTGAT-T-TATACAATC--CC-TA-CA-----CAAA-ATG-A---TCTT--------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCAC-A-TGTA--T--A--------------TTTA-CCG-TAGT----TATT-ACAA-G---TG-T--AATCACTTGCT---TC-------TATGTA-----------------------GTCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-TA-TGG-GAAAA----AA--TGCT--A-TAGTTT----TAATG---CA--ATTGT--T--ATGC-T-------------GTAGTGCC--AAGAG-AC--AAT----AACTGTGTT-G-A-AC-ATGT----------A--TGGG----CAT-TCTTA-A---AAGAGAAAAGCGCAGCAATGCATG---------------A-------A-------------------------T-------------TACAAGTGTCTAG---CAATTC--AT--GCA-ATTGT-GCGCAAA-T--AGTGAGT----ATG----TTT-CCT----A--AT----TTT--A-TCGGTCTGAGattattc
gi|22 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat-C---ACCT-TAT-ACAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCAC-A-TGTA------CCTA--------TTTTTTTCAG-CATGGT-ATAT--ACAT-G---TAAT--AAC-------T---TC-------TAA-TA--T--------------------TTCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG----AA--TG-T--A-a
gi|8 : caaaattcAAGC-CCAC-A-TACA--TTTACTTA--------TTTTTT-CAG-CA-TGT-ATATA-GCAT-G---CA-T--AGC-------T---TC-------TA---G-AT--------------------TTCAA---CAGTGCA------------T-TG-CAG-GAAAG----CA--TG-T--G-TA-TTT----C-GTG---CA--TT-GC--T--A--C-TATCGTCTGATTTAGTA---TC---------C--ACTTTTTA----CACT-GTATAC-ATGT----------A--ATGG----C-A-TCTTC-G---AA---------------------G---------------A-------AAATGGATAATGAAT-----------TACAAG--------TGC-------TAG---CA--TC--A-------ACT-G-GCG-AAAAT--AGTG-------ATACAAGTAT-TTT----A--GT----GAC--A-TAA--CTGCCTGG-GAAGGGACAAAATG----GA----AT--CTTGAGA-A--CGA-A------AT----C-ACCAATCA-G-----TCATTAGG--C-----------TA---GTC--TAT-ATATCAC-A---AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAAT-A-TCT-GACAT-AAA---AAC-TCAATA-TAATGCA---GTCG--TCA--CCATCTTTGAT-AT-A----TTA--T--T---A-----T--CATAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----CAATGT-ATACAATTTTTTAT-T-TT--CGATTT---T--AT-TTTGAA--CAATTT--------T-GGTT-GTT-----T---G--GA--Aatag
gi|24 : gaTT-CAG-CA-TGT-ATATT-ACAT-G---TA-T--AAC-------T---TC-------TAC--A--T--------------------TTCAA---CA---CA------------T-TG-CAG-GAAAA----A---TG-T--A-TA-TTTGGTGCATTGTTACA--A--TC--T--A--C-T-------------GTG---TC--CA-AA-AC--AAT----A----CTTT-G-A-AC-Aggaataaatcct
gi|21 : A-AA-TC--AAT----A----CTTT-G-G-ACTATGCTAGAAAACAGA--ATGA----TGAATATAC-ATTCAA---------------------G-------------------------------------------------T-------------TGC-------TAG---CA--TCCCATCATCA-ATA-T-GCG-AAA-T--GGTG--------TA----TTTATCT----A--AT----TTT--AATTG--CTGA------AG-------AT------GG----ATATCTTAG---AAGC---G------ATATCAC-ACCCA----C-----TGGTT-AG--TCAG--------TA---GTC--TA--TT-TCGA-T---AG--TTCA--TCTTGAcac
gi|1 : tatccc---------------A-------A-------------------------G-------------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCACATT-TCGCGCAAA-T--A-GGGTTAGTTATA----TTT-TTTTCGTA--ATCCTTTCT--A-TCG--CTGAGAAG-CAA-------GG------AGTGGAAT--CTTAATCGA--A---A------AT----CTACCAA--ATC-----TGGTT-G---CGTAAATCGAAGTAAATGTT--TA--GT-CTTT-ATAAAG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAAT-AATCT-GACAT--AA---AAC-TCAATA-T---GCA---GTCG--TCAA-CC-T------T-AT-A----TCA--T-AT---ATTACCA--CTCATAAAGGCGGGTCGA-------AAA--TTCA-TAGTCGGGTAT-----TAACATTATT-------TT-T-T-CTTCCG-TTT---TTTAA-TTT-----CAATTT-----------GTT-GCT-----G---GAAGA--AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTG----AG----AAA------TTTCT-AA-ATTAAAAAATA----TG-CA-T---A-A-T--G--TTTAA----------------CGTGTTTTTAACTGCTTCTAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA--T--TT-AATA-AG-GACAATTAA---TC-T-TT--C--AA-AATT-G-AAAGCT--T--CTAA--T---GT---GCA--TT-GT--------GCAGTACAT------ACG-C-TTCGT--TGCATCCTGAG-AAAC-A-AA---CAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCT-------------AC-AATA-A-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--T--AT-T--TTTTAAT--TCAACA---------G------GA----GA---G-A-------TACTAA-T-TA-TT--GCAA-G-C-TACAGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTACAA-GGAAAT-TCATA--
gi|27 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaatacccccccccccccaagaaaagcattcagatcaaaatttgagaaaattaggcagatcctatgacagaatcgactattcatttgcagaagtgtttttaataaaattctttcgcggattataggctccgaacttcgcaagcgtggaggtaggatatatgactttgaatgtcatacaatccctaccacaaaatgccttattttaacgtgacgcttaaaagtaggcccacatatgtatttacctataattttgtcttttaacatgtatattaacatgggatataactttcatatttatatttctaatggtttcattgttgagaattcaacaatatgcagagaaagttataggtatattttcgtgcattgttctactgttatgatccaaacgggagaagttgtattctagtgacacatgtagaatgggcatcttcaaattttatacccagatagatctaaagtgtacA-T--AGTG-------ATA----TTT-TAT----ATAAG----CTT--A-TCA--CTGAGGAGAGAA-------AATG----GA----AT--CTTAA---A--C---G------Atgcagtcgat
gi|9 : CCACCCCCCCACTATCTCTAAT-A-TCT-GA-AT--AA---GACGT------------------------A--CC-TTTTTAAT-AT-ACTTATCA--C-ATTAAA-----A--ACTAAG--GG---GTCG--------CAA--TT-A-TAG------AT-----TAAAT--ATA-------TT-T-T-TC--CG-TTT---T--AATTT------CAAATT--------T-GGTT-GTT-----T---A--AAAGAA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG----GAAAATTTA------TT-CTAAA-A-------ATA----TTGCA-ATGTA-A-C--GTATTTTAACGATGATGACTAGTCTGC--------TC-C----GTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T--T--AATCAAG--A-----AA---TC-T-T---T--AA-AA-TTG-AAAGCTA-T--CTAT------GT---GCAT-TG-AT---------CAGTACA------TACG-T-TT-G---TTCA-----AG-GAA--ACAA---CAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCT-------------ACAAATA-A-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--T--A-----TTTAAAA--TCGG-A---------G------AA----GA---G-C-------TAC--ATT-TA-TT--GC-A-G-C-TAGCA-TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTACAA-GA-AAT-GCATA--TGCA-TGC-ATGGTTaacca
gi|10 : C-TGTTTAATTATTA----TCAATT-AT---G-----AGACCTAG--AGG---GTCGA-------AAA--TT-AATAG------GTCCATATAATT--ATAA------TT-TGT-CT--CG-TTA---T--AA-TT------TAATTTCAAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA--AA----GAATT---CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG----GG----TAAAGTTATTT-AT-AT-A-------ATAGCATTAGTA-----A-A-CAAG--ATTTA----------------CGT--------CTCC----GT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--TTCT--AATGCAGAAA-----AA---TC-TCT---CATAA-AATTGGTAAAGC--TT--CTAATCG---GT---GCA--GG-------C---CCAGT-CA-------ACGAT-TT-GA--TTCAC-----G-AATTAACAA---AAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCT-------------AC-AATA-A-TGT-A--G----CC-CT---TCCTTTT---T--T--A--T--TTT-AAA--TCGT-A---------A------GA----GA---G-AG------TAC--A-T-TA-TT--GC-A-GTC-TAC-A-T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC-A-GA-AAT-TCATATTGAACATGCAATGGTTtcca
gi|13 : accttt-----TAAT---ATA-------TT-T-T-TTT-CG-TTTCTTT--AT-TT------CA-TGT--------T-GGTT-GTT-----TATTG--GA--AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTGGGATAT----TAA------TTGCT-TA-A-------ATA----TG-CATGT--A-A-C--G--TTCTA----------------CGC--------TC-C----GT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA--T--TT-AATC-AG-AG-----AT---TCCT-T---C--AA-AAAGTG-AAAAGCATTGTCTAA--T---GTTGGGCAATTG-------T---GCAGTACAT-----TACG-TGTT-GT--TCT--C---AG-AA----CAA---GAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTT-------------AC-AATA-A-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCT--A--T--TTTAAAAT-TCGG-A---------A------GA----AG---GCC-------TAC--A-TGTA-TT--GC-A-G-CGTAC-A-TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTAC
gi|12 : g-------TT-T-T-CTT-CG-TTT---TTAAA-CTTTC---CAATTT--------TTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA--AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG----GA----TAAATA---TT-CTTAACA-------ATA----TGGCATG---A-AGT--G--CTT-A----------------C-C--------CCG----------GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTA-T--AATC-AG-AA-----AAAATTC-T-T---C--AA-AAGTTGGAAAG---TT--CT-G--ATTGGT---GCA--TA-GTGTGGC---GTAGTACACA----TACG-T-TT-GT--T-CAC----AG-AAA---CAA---CAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CT-------------A---ATA-AATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T-----A--T--TTTAAAAATTCGG-A---------A------GA----GA---G-GGGT----TAC--A-T-TA-TTTTGC-AAG-C-TACCA-TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTACAAGGAAAATTCAATA--TG----GC-ATGGtaataaattatacatgcaatgacttt
gi|14 : --AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTGGA--AA----TTA------TT-CT-TA-A-------TTA----TA-CA-T---ATA-C--G--CT---------------------C--------CC-------T---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA--T--TTAAAT--AG-AA-----AT---TT-T-T---C--AA-A-CTTG-GCAGCT--T--CTAA--T---GT---GCA--C--AT----TTGTGCAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT--TTC--C---AG-AAA---CAA---TTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCT-------------GC-AATA-A-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTT-T---T--TCAA--T--TTAAAAA--TCGG-----------A------GA----GA---G-C-------TAC--A-T-TT-CT--GT-AGG-C-T-CTG-TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTACAA-T-CAAT-TCATgcaaatgtgtttcca
gi|18 : TT-----T--A---------ATA--AAA--T--TT-AATT-AG-AA-----AT---TC-T-T---C--AG-AATT-G-AAAGCT--T--CTAAT-AT--AT---GCA--TACATG---T---GCAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT--TCC--C---AG-AAA---------CAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCT-------------GC-AATT-A-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--T--AT-T--TTTAAAA--TCG------------A------GA----GG---G-C-------TAC--A-T-TA-CT---------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTATAA-TA-AAT-TCATgcaat
gi|20 : aTG-AAAGCT--T--CTAA--T---GT---GCA--TG-------T---GCAGTACAC------ACG-C-TT-GT--T-CAC----AG-AAA---CAA---CAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-N-------------NN-NNNN-N-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--N--N--N--NNNNNNN--NNNN-N---------N------NN----NN---N-N-------NNN--N-N-NN-NN--NN-N-N-N-NNC-A-TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTACAA-GA-AAT-TCATA-------TGC-ATGgc
gi|13 : AGT-CAT-----TGCA-T-GT-ATAATTTATT---AGTAAAA-ACAAAGTCAA-CTT---C-----------------------A-G--GAAG----C----CC--TACCTTATCATGTACGCTGC-AATACA-TGT-A--GGC--C---T---TCTTC-C---G--A--A--T--TTTAAAA--T-AG-A---------A------GAAAAGGA---G-AGGGC---CAC--A-T-TA-TT--GT-A-caatgatttt
gi|9 : gtaatatatttttttcgtttctttatttcatgttggttgtttattggaaaggaataattcctagagtattcgacaacttgggatattaattgcttaaatatgcatgtaacgttctacgctccgtgactatttcgtttagatgaaagttatgttcttacaatttgaaatgaaatttaatcagagattccttcaaaaagtgaaaagcattgtctaatgttgggcaattgtgcagtacattacgtgttgttctcagaacaagaatttgtccaaatatgtaggctccccctattC--TAGCT-------------GC-AATA-AATGT-A--GCT--C---T---TCTCCG----------A--T--TTTAAAT--AAGA-A---------A------AA----GA---G-AGGGCT--TGC--A-T-TATTT--GT-A-G-A-TAtt
gi|10 : ccacccccccactatctctaatatctgaataagacgtacctttttaatatacttatcacattaaaaactaaggggtcgcaattatagattaaatatatttttccgttttaatttcaaatttggttgtttaaaagaagaaattctatattttgaacacttggaaaatttattctaaaaatattgcaatgtaacgtattttaacgatgatgactagtctgctccgtgaagactatcgtttagtgaagttgtttttttaatgaaattaatcaagaaatctttaaaattgaaagctatctatgtgcattgatcagtacatacgtttgttcaaggaaacaacaatttttccaaatagaagaccccCT-------------GC-AATA-A-TGT-A---CT--CT-CT---------C---T--T--A--CGATTTAAAA--TAAA-A---------A------AG----GAAGGG-C-------TAC--A-T-TA-TT--GT-A-G-A-TAcatgtaagtaaggtcctgagtgaccttatttttacaagaaatgcatatgcatgcatggtttcca
gi|14 : acctttctgtttaattattatcaattatgagacctagagggtcgaaaattaataggtccatataattataatttgtctcgttataatttaatttcaaattgttggtttgtttcaaagaaagaattctagatattcgacaacttgggtaaagttatttatataatagcattagtaaacaagatttacgtctccgtgatctatgggcgctccttaaacacggttttttaatgaaattctaatgcagaaaaatctctcataaaattggtaaagcttctaatcggtgcaggcccagtcaacgatttgattcacgaattaacaaaacttttactcccaaaataggtaaaggtccccCT-------------AC-AGAA-A-TGT-A--GCT--CT-CT---CC---G----------A--T--TTTTAAA--TTGA-A---------AAAAGTAGA----GG---G-C-------TAA--A-T-TA-TT--GC-A-G-C-TATAG-TA-T---tctacattaagtagtcctggatgaccttattttacagaaattcatattgaacatgcaatggtt
gi|18 : aataattcctagatagtcaacaaattggaaattattcttaattatacatatacgctccctggctatcgtctacatgagatgtttttaaatttaataaaatttaaatagaaatttttcaaacttggcagcttctaatgtgcacatttgtgcagtacatgtatgtatgtttgtttccagaaacaattattttaaCT-------------AC-AGTA-A-TGT-A--GCC--CT-C-------TCG----------A--T--TTTAAAA--ATAA-AAAAAAAGTTA------GA----GG---G-T-------TAC--A-T-AA-TT--GC-A-G-C-TAgctctgtgtaacagtaaccttagttttacaatcaattcatgcaat
gi|12 : atttaataaaatttaattagaaattcttcagaattgaaagcttctaatatatgcatacatgtgcagttcatgtatacgtttgttcccagaaacaatttttcaaatagtataggccct-AATA-A-TGT-A--ACC--CC-TC---TCTT--C---C--G--AATT--TTTAAAA--TAGA-A---------A------AG----GA---G-AAGGGCTTTAC--ATT-TA-TT--gatctgtgtaaccttatttttataataaattcatgc
gi|25 : ttttcttcgtttttaaactttccaatttttggttgtcgtccgtggaaagaataatttaaccgtgagatattcgaccaacttggataaatattcttaacaatatggcatgaagtgcttaccccgggctgatttctaaggatggaaaagttgtttttgttaatgaaagttataatcagaaaaaattcttcaaaagttggaaagttctgattggtgcatagtgtggcgtagtacacatacgtttgttcacagaaacaacaattttccaaaaacaagcctattaagccccactA-TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTACAA-GA-AAT-TCATA--TGCA-TGCAATGGTTttgcaagctaccatgtaagtaggtcctgagatgagaccttattttttacaaggaaaattcaatatggcatgggcaaatgtgtttcca
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|19 ): GGTTACATGTAATGGGGCATCTTCCAAAAGAAAAAACCCATGAAAAATGATGAATTACAAGAAATTGGTGATATTTTTTTCTATTTTTATATACTGCAGGAGAAGGAAAATGGAAATCTAAGTCTAGACCTTTTATTTATCCCCCCTTCCCTTCTAAATATTCTGACAAAAAAGGAACTAAATATGCGACCAGTCGTCCAGCTATTTTTTAATA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 5555555555555555 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 111 22222222 111 555555555555555555555555 2222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 1 333333333333333333333333 111111 1111111 11111111111 111 2222222222222 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11 1111 1 111111 1111 111111111111111 2222222222222222222222222222 11111 66666666666666666666666666666666666666666666 11 2222222222 11 111111 22222 1111 1111111111 111111 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 111111111 333333333333 111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 444444444444444 3333333 22222222 22222 111 222222222222222222222222222222222 1111111 11111 222222 111111 1
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 1 33333 9 222222222 22222222222 5555555555555555 11 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 6 5 5 000 66666666 000 5 6 5 5 888888888888888888888888 4 1111 4 4 777 4 66 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 222 888888888888 4 4 4 99999 4 4 00 66 666 5 0 1 888 66 666666666666666666666666 111111 4 66 66 8888888 22222222222 777 222 4 4 2222222222222 888888 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444 777 00 4 66 4444 4 4 4 66 3 8 4 888888 4444 4 777 444444444444444 4 4 55 5555555555555555555555555555 4 00000 66 99999999999999999999999999999999999999999999 5 888 33 5 0000000000 66 66 33 111111 5 5 5 5 5 5 5 66666 666 888 5 0000 0 3333333333 66 5 5 666666 9999 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 888888888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 444444444444444 0000000 444 4 4 77777777 00000 4 4 111 4 55 777777777777777777777777777777777 99 0 4 4 4 99 55 4 4 777 999999 4 5555555 11111 4 4 55 8 4 4 4 111111 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 7777 3 3 3 777 5
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... ................ .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . ... ........ ... . . . . ........................ . .... . . ... . .. ..................................................... ... ... ............ . . . ..... . . .. .. ... . . . ... .. ........................ ...... . .. .. ....... ........... ... ... . . ............. ...... . ......................................................................................................................... ....... ... .. . .. .... . . . .. . . . ...... .... . ... ............... . . .. ............................ . ..... .. ............................................ . ... .. . .......... .. .. .. ...... . . . . . . . ..... ... ... . .... . .......... .. . . ...... .... ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ......... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................. . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............... ....... ... . . ........ ..... . . ... . .. ................................. .. . . . . .. .. . . ... ...... . ....... ..... . . .. . . . . ...... . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 0 55555 0 888888888 88888888888 2222222222222222 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 2 4 7 000 44444444 000 7 6 7 0 111111111111111111111111 4 6666 4 4 888 4 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 222 999999999999 4 4 4 66666 4 4 66 99 222 0 0 0 888 99 666666666666666666666666 000000 4 11 11 1111111 44444444444 888 222 0 0 7777777777777 333333 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444 888 66 4 11 3333 4 4 4 11 3 0 0 555555 0000 0 000 111111111111111 0 0 55 1111111111111111111111111111 4 44444 11 33333333333333333333333333333333333333333333 0 888 88 0 0000000000 99 99 66 222222 0 0 0 0 0 0 0 55555 222 888 0 6666 7 6666666666 99 4 0 666666 3333 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 111111111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 222222222222222 4444444 444 0 0 11111111 77777 0 0 000 0 55 000000000000000000000000000000000 55 7 0 0 0 55 55 0 0 000 444444 0 5555555 77777 0 0 55 0 0 0 0 444444 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 7777 6 6 6 888 0
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAA-AGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAAT-GC---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCA-GCA-GTGTATATTA-CAT-G---T-AT--AA-------C----T--------------TCTA---------T-TA-TT------TC---AACA---CA------------T-T-GCAG-GAAA--G--A-ATG-T--ATA--TTT-C-G-TGC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A--CA----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATGG--C--A-TCT----T-C-----------------------A---AA---------------------G---------------A-------A-------------------------T-------------TGC-------TA---GCA--T-C--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--A--T----TTT-AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AAT---GGA-ATCTT--A--A--ACG--A-AA--TC-AC-CAA--A-----CTGGTT-G-G-----CG--GT-A---GTC--TA-GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-CT-GAC-AT-AAAAG--GA-C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATA----TGGCA---T--A-ACG--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---TG---GT-----GCAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AAT-AATGT--AGCC--C-T-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA---G-CTACA-T-TA--TTGC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGNAG--T-CTATGGCAGAA--T-ACA--CCATT-----TA---ACAAA-ANT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAAT-GC---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTAT--ACCTA-T-------TTTTTCA-GCA-GTGTATATTA-CAT-G---T-AT--AA-------C----T--------------TCTA---------T-TA-TT------TC---AACA---CA------------T-T-GCAG-GAAA--G--A-ATG-T--ATA--TTT-C-G-TGC-ATNG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A--CA----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATGN--C--A-TCT----T-C-----------------------A---AA---------------------G---------------A-------A-------------------------T-------------TGC-------TA---GCA--T-C--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--A--T----TTT-AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AAT---GGA-ATCTT--A--A--ACG--G-A---TC-AC-CAA--A-----CTGGTT-G-G-----CG--GT-A---GTC--TA-GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-CT-GAC-AT-AAA----GA-C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATA----TGGCA---N--A-ACG--T-TTTA----------------CG-C-------------CC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---TG---GT----CGCAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AAT-AATGT--AGCC--C-T-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA---G-CTACA-T-TA--TTGC-A-G-C-TA-C-G--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGA-AGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-T-GCCTTATTT-TA-ACGTGA---C----GCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTATTTACCTA-TAATTTTGTCTTTTA-ACA--TGTATATTAACAT-GGGAT-AT--AA-------C----TTTCATATTTATATTTCTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTC---AACA----A------------TAT-GCAGAGAAA--GTTATAGG-T--ATA--TTTTC-G-TGC-ATTG---TTCTA--C-------T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA--GA----AGTTGT-ATT---CTAGTGACAC-ATGT----------AGAATGGG-C--A-TCT----T-CAAATTTTATACCCAGATAGATCTA---AA---------------------GTGTAC----------A-------A-------------------------G-------------TGC-------TA---GCA--T-C--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--A--TCCTTTCT-AT-CG--CTG-------AG-A--AGCA--AGGAGT---GGA-ATCTT--A--A--TCG--A-AAA-TCTAC-CAA--AT----CTGGTT-GCGTAAATCGAAGT-AAATGTT--TA-GT-CTTT-ATAAAG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAAT-AAT-CT-GAC-AT-AAA-----A-C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--TT--------AT-A----TCA--T-AT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT---C-----AA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATA----TG-CA---T--A-ATG--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---TT---GT-----GCAGTACAT------ACG-C-TTCGT-TGCATCCTGAGAA--A-CAA-ACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCTA-C-AAT-AATGT--AGCCAAC-T-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGAT--A-CTA-A-T-TA--TTGCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTATTA----TCAATT-AT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT---C-----AAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATAGCATTAGTA---A--ACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA----G---GC----C-CAGT-CA-------ACGAT-TT-GA-TTCAC-----GAATTA-ACA-AAAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCTA-C-AAT-AATGT--AGCC--C-T--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA---GAGTACA-T-TA--TTGC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACAAA---T-----------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAAT-GC---ACTT----A--TAA---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGT-CCACA------------------------TTTTCA-GCA--TGTATATTA-CAT-G---T-AT--AA-------C----TTAGA----------TCTA-----------TA-TT------TC---AACA---CA------------T-T-GCAG-GAAA--G--A-ATG-T--ATA--TTT-C-G-TGC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A--CA----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATGT--C--A-TCT----T-C-----------------------A---AA---------------------G---------------AAAACCAGA-------------------------TGATGAATTATAAGTGC-------TA---GCA--T-C--A---TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--A--T----TTT-AT-CG--CTG-------A--G--AG-A--A--AAT---GGA-ATCTT--A--A--ACGA-A-A---TC-AC-C-A--A-----CTGGTT-G-T-----CA--GT-A---GTCTATA-GTCTCTC-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAAT-A-T-CT-GAC-AT-AAA----GA-C-TCAAT---A-TG----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC-C-----AA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATA----TGGCA---T--G-AAG--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TA---GTGTGGCGTAGTACACA----TACG-T-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CT----AATAAATGTAAAGCC--CTT-CT---CCTTTTC------TA-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGAGGGG-TTACA-T-TATTTTGCAA-G-C-TACC-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATAT---G---GC-ATGG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT---C-----A--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATA----TG-CA---TGTA-ACG--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--TT---GT-----GCAGTACAT-----TACG-TGTT-GT-TCT--C---AGAA-----CA-AGAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTTA-C-AAT-AATGT--GGCC--C-T-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG---GCCTACA-TGTA--TTGC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGC-gcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTA----TA-CA---T--A----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATTT---GT-----GCAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT-TTC--C---AGAA--A--CA-ATTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCTG-C-AAT-AATTT--AGCC--C-T-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA---G-CTACA-T-TT--CTGT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA-T--C-AAT-TC-ATatgacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAAgcaat
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---TACATGT-----GCAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT-TC--CC---AGA-------A-ACAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCTG-C-AAT-TATGT--AACC--C-T-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG---G-CTACA-T-TA--CT---------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATGT----------A--ATGGGGC--A-TCT----T-CCA---------------------A---AA---------------------G---------------A-------A-------------------------AAAACCCA------TGA--------A---AAA--T-G--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--T--T----TTT-ATATA--CTGC------AG-G--AG-A--A--------GGA-A---------A--ATG--G-A----------AA--T-----CTA-------------------A---GTC--TA-GA-CCTT-----------------TT-ATTT--ATCCCCCCT--TCCCT-TCTA-AAT-A-TTCT-GAC-AA-AAAAGG-AA-C-TAAAT---A-TGCGACCAGTC--GT--CCAGCTATTTTTTAAT-Agc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACAAA-ATT-----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGC---ATTTATA-A--AAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCACA------------------------TTTTCAGGCA-GT-TATTATA-CAT-G---T-ATTAAA-------CAAGGA--------------TCTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGG--A-ATG-TA-ATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTTT--AC-C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AAC---ACCCA----A------ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATGT--C--A-TCT----TCC-----------------------A---AA---------------------G---------------A-------AAAAACCCAAGATGATGATATATAGGT-------------TGC-------TAGGGGCA--TCC--AA--TCA-ATT-T-GC--GTACATT-AGTG------ATATT--TTT-T---TT----A--ATTT----TTT-AT-CG--CTG-------AT-GAAGA-A--A--AATGGGGGA-ATCTT--AATA--ACG--G-AAATCC-AC-CCA--ATAACCTTGGTT-G-GGT---CAT-GTAA---GTCTATA-GTCTCTTCA---AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAAT-A-T-CTGGAC-AA-AAAAGGGGACC-TCAAT---ATTG----CAGTTCGGT--CAACC--TTCTTTAAT-AT-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---TG---------TGCAGTACAC------ACG-C-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-NN-N-NNN-NNNNN--NNNN--N-N-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN---N-NNNNN-N-NN--NNNN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----AT-CA----A----T-ACT---TT---GG-ACTATGCTAGAAAACAGA--ATGA--TGAA-TAT----A-C-----------------------ATTCAA---------------------G-------------------------------------------------T-------------TGC-------TA---GCA--T-CCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--A--T----TTTAAT-TG--CTG-------AA-G------------AT---GGATATCTTAGA--A--GCG--ATA---TC-ACACCC--A-----CTGGTT-A-GT----CA--GT-A---GTC--TA-TT-TCGA-T---AG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATT-CC---ACCT-TATA--CAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCACAT--G--T--ACCTATT-------TTTTTCA-GCA-TGGTATA-TA-CAT-G---TAAT--AA-------C----T--------------TCTA---------A-TA-TT------TC---AACA---CACG----------T-TGGCAG-GAAA--G--A-ATG-T--A
gi|24 : TTCA-GCA--TGTATATTA-CAT-G---T-AT--AA-------C----T--------------TCTA---------C--A-TT------TC---AACA---CA------------T-T-GCAG-GAAA-----A-ATG-T--ATA--TTT-G-G-TGC-ATTG---TT--A--CAATCTACT-------------GT----G-T-CC--A--AA----A--CA----A----T-ACT---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : --TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : aA-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAA--G----CTT-AT-CA--CTG-------AG-G--AG-AGAA--AAT---GGA-ATCTT--A--A--ACG--A-A------AC-CAtccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CAAAGAAT-------------T--CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATT-GC---ACTT-AT-A--TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCACAT--TTATT-ACCTA-T-------TTTTTCA-GCATGT-TATATTA-CATTG---T-AT--AA-------C----T--------------TCTA---------TATA-AC------CC---A-CA---CA------------G-G-GGAA-ATAA--G--A-ATG-TTTATA--TTT-C-G-TGCGATTG---T---A--C-------T-------------GT----AAT-CCTAA--AA----A--CA----A----T-ACT---TTT--GA-A--ATGT----------ATAATGTT-C--C-TCTCTTTT-C-----------------------A---AA---------------------GGAAACCAGATGTTATA-------A-------------------------TATC----------TTT-------TA---GCAA-T-C--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--A--TG---TTT-AT-CG--CTG-------AG-A--G--A--A--AAT---GGA-ATCTT--T--A--ACGCGG-AACATC-AC-CAA--------CTG-TT-G-T-----CAC-GT-A---GTC---A-GT-CTTTCA---AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-T-CT-GACGAT-AAAAG--GA---TCAAT---A-TG----CATCC--GTGCCAGCC--CTTCTTAAT-ATTA----TCA--TTAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTT---CCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACA----TG------T--A-ACG--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA----G---GT----GCCAGTAC-------TACA-G-TT-ATGTTCA-C---AG-A--A-ACACACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCTACC-AAT-AATGT--AGCC--C-TGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A---G-CTACA-T-TA--TTGC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACAAA-GG------------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACAT-GC---ACTT-TA-G--TAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCACTT--GTAT--ACCCA-T-------CTTTTCA-GCA-ATGTATATTA-CAT-G---T-AT--AA-------CC---T--------------TCTA---------T-TACTT------TC---AACA---CA------------T-T-GCAG-GAAA--G--A-GTG-T--ATA--TTT-CAG-TGC-A-AG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A--CA----A----T-ACG---TT---GA-AC-ATGC----------A--ATGG--CG-A-TAT----T-C-----------------------A---AA---------------------G---------------A-------A-------------------------T-------------TGC-------TA---GCA--T-C--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--A--T----TTT-AT-CG--CTG-------AGTG--GG-A--A--AA-----GG-ATCTT--A--A--ACA----A---TC-AC-CAA--A-----CTGGTT-G-G-----CGT-AT-A---GTC--TA-GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-AT-GAC-ATTAAA----GA-CATCAAT---A-TG----CAGTC---T--CA--C--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT----C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATA----TGGCA---G--A-ACG--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---TG---AT----CGCAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--ATACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AAT-AATGT--AGCC--C-C-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA---G-ATACA-T-TA--TTGC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAAT-GA---TCTT---------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTAT--A--------------TTTACC-GTA-GT---TATTA-CAA-G---T-GT--AATCACTTGC----T--------------TCTA---------TGTA--G------TC---AACAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAA--A--A-ATGCT--ATAGTTTT-A-A-TGCAATTG---TT--ATGC-------T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A--CA----A----TAACTGTGTT---GA-AC-ATGT----------A--TGGG--C--ATTCT----T-A-----------------------A---AAGAGAAAAGCGCAGCAATGCATG---------------A-------A-------------------------T-------------TACAAGTGTCTA---GCAATT-C--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--A--T----TTT-AT-CGGTCTG-------AG-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACATTTACTTA-T-------TTTTTCA-GCA--TGTATATAG-CAT-G---C-AT--AG-------C----T--------------TCTA---------G--A-TT------TC---AACAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAA--G--C-ATG-T--GTA--TTT-C-G-TGC-ATTG---CT--A--C-------TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A-----------CTTTTTA----C-ACT---GT---AT-AC-ATGT----------A--ATGG--C--A-TCT----T-C-----------------------G---AA---------------------G---------------A-------AAATGGATAATGAAT-----------TACAAG--------TGC-------TA---GCA--T-C--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--G--T----GAC-AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G--GACA--A--AAT---GGA-ATCTT--G--AGAACG--A-AA--TC-AC-CAATCA-----GTCATTAG-G-----C----T-A---GTC--TATATATCAC-A---AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAAT-A-T-CT-GAC-AT-AAA----AA-C-TCAATATAA-TG----CAGTC--GT--C-ACC--ATCTTTGAT-AT-A----TTA--T--T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAAC-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACTATCTCTAAT-A-T-CT-GA--AT-AA-----GA-C------------G----TA-------------C--CTTTTTAAT-AT-ACTTATCA--C-ATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATA----TTGCAATGT--A-ACGTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCAT--TG---AT------CAGTACA------TACG-T-TT-G--TTCA-----AGGA--A-ACA-ACAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCTA-CAAAT-AATGCA-AGCC--C-T-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA---G-CTACATT-TA--TTGC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 55555555555555 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 1 111 22222222 111 5555555555555555555555555555 22 11111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 1 333333333333333333333 111111 111111111111111111111 111 2222222222222 11111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 11 1111111 1 111111 1111111111111 2222222222222222 11 111 555555555555555555555555555555 111 22222222222222 11 111111 2222222222 1111 1111111111 111111 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 111111111 333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 3333333333333 3333333 22222222 22222 111 222222222222222222222222222222222 1111111 111 111 111111 1111 111
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 0 33333 9 111111111 22222222222 77777777777777 11 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 0 2 5 000 66666666 000 5 1 5 5 2222222222222222222222222222 4 4 11 1 4 4 00000 66 4 00000000000000000000000000000000000000000000 777 222 888888888888 4 4 4 22 4 4 66 4 66 666 5 0 888 66 66 999999999999999999999 111111 4 66 66 777777777777777777777 777 222 4 4 2222222222222 99999 4 4 9999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444444 777 00 5555555 4 4 4 66 3 4 8 888888 8888 4 777 4444444444444 99 4 55 4444444444444444 66 66 777 4 66 22 222 4 4 8 5 555555555555555555555555555555 333 66 11111111111111 66 66 33 111111 5 5 5 5 5 5 2222222222 888 5 0000 0 3333333333 66 5 5 666666 9999 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 888888888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 0000000000000 4 4 0000000 444 4 4 77777777 00000 4 4 111 4 55 777777777777777777777777777777777 99 0 444 4 4 55 55 8 777 777 55 4 5555555 4 555 4 4 55 4 8 4 4 000 55 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 0000 3 3 3 111 9
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... .............. .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . ... ........ ... . . . . ............................ . . .. . . . ..... .. . ............................................ ... ... ............ . . . .. . . .. . .. ... . . ... .. .. ..................... ...... . .. .. ..................... ... ... . . ............. ..... . . .... ..................................................................................................... ....... ... .. ....... . . . .. . . . ...... .... . ... ............. .. . .. ................ .. .. ... . .. .. ... . . . . .............................. ... .. .............. .. .. .. ...... . . . . . . .......... ... . .... . .......... .. . . ...... .... ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ......... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................ . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............. . . ....... ... . . ........ ..... . . ... . .. ................................. .. . ... . . .. .. . ... ... .. . ....... . ... . . .. . . . . ... .. . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 2 55555 0 222222222 88888888888 66666666666666 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 1 4 7 000 44444444 000 7 7 7 0 8888888888888888888888888888 4 4 22 1 4 4 33333 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666 888 222 999999999999 4 4 4 22 4 4 11 4 99 222 0 0 888 99 99 888888888888888888888 000000 4 11 11 222222222222222222222 888 222 0 0 7777777777777 44444 4 4 4444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444 888 66 9999999 4 4 4 11 3 0 0 555555 5555 0 000 1111111111111 55 0 55 2222222222222222 11 11 888 4 11 22 222 4 4 9 0 888888888888888888888888888888 888 99 22222222222222 99 99 66 222222 0 0 0 0 0 0 2222222222 888 0 6666 7 6666666666 99 4 0 666666 3333 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 111111111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 4444444444444 0 0 4444444 444 0 0 11111111 77777 0 0 000 0 55 000000000000000000000000000000000 55 7 111 0 0 55 55 0 000 000 55 0 5555555 0 000 0 0 55 0 0 0 0 444 00 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 0000 6 6 6 000 4
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-GTGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--G--C-A-TCT----TC-----------------------A---AA---------------------G---------------AA-------------------------TA------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-GTGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--G--C-A-TCT----TC-----------------------A---AA---------------------G---------------AA-------------------------T-------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-TG-CCTTATTT-TA-ACGTGA---C----GCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTA---TTTACC-TATAATTTTGTC-T-TTTAA-CA--TGTATATTAACAT-GGGAT-AT--AAC-TTTCATATTTATATTT----CTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTCAA---CA----A------------TAT-GCAGAGAAAGTTATAGG-T--A-TA--TTTTC-GT-GC-ATTG---TTCTA--C-------T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA-G--A----AGTTGT-ATT---CTAGTGACAC-ATGT----------AGAATG--GG-C-A-TCT----TCAAATTTTATACCCAGATAGATCTA---AA---------------------GTGTAC----------AA-------------------------G-------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--ATCCTTTCT--AT-CG--CTG-------AG-A--AGCA--AGGAGTGG---A-ATCTT--AA--TCG---AA-AATCTAC-CAA--ATC-----TGGTT-GCGTAAATCGAAGTAAATGTT--TA--GT-CTTT-ATAAAG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAAT-AAT-CT-GAC-ATAAAA-------C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--TT--------AT-A----TCA--T-AT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT---C-----AA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATATG-CA---T-----AAT--G--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----T---GT-G-CAGTACAT------ACG-C-TTCGT-TGCATCCTGAGAA--A-CAA-ACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGATA---CTA-A-T-TATT--GCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTATTA----TCAATT-AT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT---C-----AAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATA--GCA---TTAGTAAACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA---------G---GC-C-CAGT-CA-------ACGAT-TT-GA-TTCAC-----GAATTA-ACA-AAAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA-GA--GTACA-T-TATT--GC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACAAA--T-----------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAA-TG-C---ACTT----A--TAA---C-TTAGCC-TAAA-GTAGGT-CCACAT----------------------------T-TTCAG-CA--TGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------TAGATCTA---------T--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--T--C-A-TCT----TC-----------------------A---AA---------------------G---------------AAAACCAGATGATGAATTA--------TAAG----TGC-------TAG---CA--TC--AT---CA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------A--G--AG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-TC-AC-C-A--A-C-----TGGTT-G-T-----CA--GTA---GTCTATA--GTCTCTC-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAA--G-A---C-TCAAT---A-TG----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC-C-----AA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATATGGCA---T-----GAA--G--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TAGTGTG---GC-G-TAGTACACA----TACG-T-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CTA----ATAAATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T---A-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGA-GGGGTTACA-T-TATTTTGC-AAG-C-TA-CCA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATATG--GCATG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT---C-----A--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATATG-CA---TGT---AAC--G--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--T-----T---GT-G-CAGTACAT-----TACG-TGTT-GT-TCT--C---AGAA-----CA-AGAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTTA-C-AATAA-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG-GC--CTACA-TGTATT--GC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGCAATGggcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTATA-CA---T-----A-----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATT-----T---GT-G-CAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT-TTC--C---AGAA--A--CA-ATTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCTG-C-AATAA-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA-G---CTACA-T-TTCT--GT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA----------TC-A-AT---TCATGCAATacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAA
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---T-----ACATGT-G-CAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT-TC--CC---AGA-------A-ACAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCTG-C-AATTA-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG-G---CTACA-T-TACT-----------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATGT----------A--ATG--GGGC-A-TCT----TCCA---------------------A---AA---------------------G---------------AA-------------------------AAAACCCATGA--------AA---AA--TG--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--TT----TTT--ATATA--CTGC------AG-G--AG-A--A-----GG---A-A------AA--TGG---AA-A-TC---------------------T-A-------------A---GTC--TA--GA-CCTT-----------------TT-ATTT--ATCCCCCCT--TCCCT-TCTA-AAT-A-TTCT-GAC-AAAAAAGGAA---C-TAAAT---A-TGCGACCAGTC--GT--CCAGCTATTTTTTAAT-Agc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACAAAATT-----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGC---ATTTATA-A--AAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCACAT----------------------------T-TTCAGGCA-GT-TATTATA-CAT-G---T-ATTAAAC-AAGGA----------T----CTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGGA-ATG-T--AATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTTT--A--CC------T-------------GT----A-T-CC--A--AAC---A-CCCA----A------ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--T--C-A-TCT----TCC----------------------A---AA---------------------G---------------AAAAAACCCAAGATGATGATATATAGGT-------TGC-------TAGGGGCA--TCC-AA--TCA-ATT-T-GC--GTACA-TTAGTG------ATA----TTT-T---TTTT--A--AT----TTTTTAT-CG--CTG-------AT-GAAGA-A--A--AATGGGGGA-ATCTT--AATAACGG--AA-A-TCCAC-CCA--A-TAACCTTGGTT-G-GGT---CAT-GTAA--GTC--TATAGTCTCTTCA---AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAAT-A-T-CTGGAC-AAAAAAGG-GGACC-TCAAT---ATTG----CAGTTCGGT--CAACC--TTCTTTAAT-AT-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----G----T-G-CAGTACAC------ACG-C-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-NN-N-NNNNN-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN-N---NNNNN-N-NNNN--NN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----ATC--A----A----T-ACT---TT---GG-ACTATGCTAGAAAACAGA--ATGATG--A-A-TAT----AC-----------------------ATTCAA---------------------G------------------------------------------T-------TGC-------TAG---CA--TCCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--AT----TTTA-AT-TG--CTG-------AA-G------------ATGG---ATATCTTAGAA--GCG---AT-A-TC-ACACCC--A-C-----TGGTT-A-GT----CA--GTA---GTC--TA--TT-TCGA-T---AG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATTC-C---ACCT-TATA--CAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCACAT--GTA-------CC-TAT-------TT-TTTTCAG-CA-TGGTATA-TA-CAT-G---TAAT--AAC-T--------------T----CTA---------A-TA-TT------TCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-
gi|24 : -TTCAG-CA--TGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------C--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAA---A-ATG-T--A-TA--TTT-G-GT-GC-ATTG---TT--A--CAATCTACT-------------GT----G-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : -A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : A-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAAG----CTT--AT-CA--CTG-------AG-G--AG-AGAA--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-CC-Atccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CAAA-GA-----------ATT--CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATTG-C---ACTT-AT-A--TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCACAT--TTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CATGT-TATATTA-CATTG---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------TATA-AC------CCA----CA---CA------------G-G-GGAA-ATAAG--A-ATG-TTTA-TA--TTT-C-GT-GCGATTG---T---A--C-------T-------------GT----AAT-CCTAA--AA----A-C--A----A----T-ACT---TTT--GA-A--ATGT----------ATAATG--TT-C-C-TCTCTTTTC-----------------------A---AA---------------------GGAAACCAGATGTTATAA-------------------------TATC----TTT-------TAG---CAA-TC--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--ATG---TTT--AT-CG--CTG-------AG-A--G--A--A--AATGG---A-ATCTT--TA--ACGCGGAACA-TC-AC-CAA----C-----TG-TT-G-T-----CAC-GTA---GTC---A--GT-CTTTCA---AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-T-CT-GACGATAAAAGG-A-----TCAAT---A-TG----CATCC--GTGCCAGCC--CTTCTTAAT-ATTA----TCA--TTAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTT---CCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACATG------T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA---------G---GT-GCCAGTAC-------TACA-G-TT-ATGTTCA-C---AG-A--A-ACACACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCTACC-AATAA-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACAAAGG------------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACATG-C---ACTT-TA-G--TAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCACTT--GTA---T--ACC-CAT-------CT-T-TTCAG-CA-ATGTATATTA-CAT-G---T-AT--AACCT--------------T----CTA---------T-TACTT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-GTG-T--A-TA--TTT-CAGT-GC-AA-G---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A-C--A----A----T-ACG---TT---GA-AC-ATGC----------A--ATG--G--CGA-TAT----TC-----------------------A---AA---------------------G---------------AA-------------------------T-------TGC-------TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AGTG--GG-A--A--AA--G---G-ATCTT--AA--AC-----A-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CGT-ATA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-AT-GAC-ATTAAAG--A---CATCAAT---A-TG----CAGTC---T--CA--C--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT----C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---G-----AAC--G--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---T-----G---ATCG-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--ATACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---ATACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-A---TCTT---------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATATTT-ACCGTAG-------TTAT-TACA---A-GTGTA-ATCA-CTT-G-----------C-T--------------T----CTA---------TGTA--G------TCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAAA--A-ATGCT--A-TAGTTTT-A-AT-GCAATTG---TT--ATGC-------T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A-C--A----A----TAACTGTGTT---GA-AC-ATGT----------A--TGG--G--C-ATTCT----TA-----------------------A---AAGAGAAAAGCGCAGCAATGCATG---------------AA-------------------------T-------TACAAGTGTCTAG---CAATTC--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--AT----TTT--AT-CGGTCTG-------AG-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACA---TTTACT-TAT-------TT-T-TTCAG-CA--TGTATATAG-CAT-G---C-AT--AGC-T--------------T----CTA---------G--A-TT------TCAA---CAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAAG--C-ATG-T--G-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---CT--A--C-------TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A----------C--TTTTTA----C-ACT---GT---AT-AC-ATGT----------A--ATG--G--C-A-TCT----TC-----------------------G---AA---------------------G---------------AAAATGGATAATGAAT-----------TACAAG--TGC-------TAG---CA--TC--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--GT----GAC--AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G--GACA--A--AATGG---A-ATCTT--GAGAACG---AA-A-TC-AC-CAATCA-G-----TCATTAG-G-----C----TA---GTC--TAT-ATATCAC-A---AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAAA---A---C-TCAATATAA-TG----CAGTC--GT--C-ACC--ATCTTTGAT-AT-A----TTA--T--T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAAC-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACTATCTCTAAT-A-T-CT-GA--ATAA---G-A---C------------G----TA-------------C--CTTTTTAAT-AT-ACTTATCA--C-ATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATATTGCAATGT-----AAC--GTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCA---T-----T---GA-T-CAGTACA------TACG-T-TT-G--TTCA-----AGGA--A-ACA-ACAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCTA-CAAATAA-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA-G---CTACATT-TATT--GC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 55555555555555 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 1 111 22222222 111 5555555555555555555555555555 22 11111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 1 333333333333333333333 111111 111111111111111111111 111 2222222222222 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1111111 1 111111 1111111111111 2222222222222222 11 111 555555555555555555555555555555 111 22222222222222 11 111111 2222222222 1111 1111111111 111111 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 111111111 333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 3333333333333 3333333 22222222 22222 111 222222222222222222222222222222222 1111111 111 111 111111 1111 111
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 0 33333 9 111111111 22222222222 77777777777777 11 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 0 2 5 000 66666666 000 5 1 5 5 2222222222222222222222222222 4 4 11 1 4 4 00000 66 4 00000000000000000000000000000000000000000000 777 222 888888888888 4 4 4 22 4 4 66 4 66 666 5 0 888 66 66 999999999999999999999 111111 4 66 66 777777777777777777777 777 222 4 4 2222222222222 99999 4 4 9999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 777 00 5555555 4 4 4 66 3 4 8 888888 8888 4 777 4444444444444 99 4 55 4444444444444444 66 66 777 4 66 22 222 4 4 8 5 555555555555555555555555555555 333 66 11111111111111 66 66 33 111111 5 5 5 5 5 5 2222222222 888 5 0000 0 3333333333 66 5 5 666666 9999 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 888888888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 0000000000000 4 4 0000000 444 4 4 77777777 00000 4 4 111 4 55 777777777777777777777777777777777 99 0 444 4 4 55 55 8 777 777 55 4 5555555 4 555 4 4 55 4 8 4 4 000 55 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 0000 3 3 3 111 9
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... .............. .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . ... ........ ... . . . . ............................ . . .. . . . ..... .. . ............................................ ... ... ............ . . . .. . . .. . .. ... . . ... .. .. ..................... ...... . .. .. ..................... ... ... . . ............. ..... . . .... .......................................................................................... ... ... .. ....... . . . .. . . . ...... .... . ... ............. .. . .. ................ .. .. ... . .. .. ... . . . . .............................. ... .. .............. .. .. .. ...... . . . . . . .......... ... . .... . .......... .. . . ...... .... ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ......... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................ . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............. . . ....... ... . . ........ ..... . . ... . .. ................................. .. . ... . . .. .. . ... ... .. . ....... . ... . . .. . . . . ... .. . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 2 55555 0 222222222 88888888888 66666666666666 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 1 4 7 000 44444444 000 7 7 7 0 8888888888888888888888888888 4 4 22 1 4 4 33333 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666 888 222 999999999999 4 4 4 22 4 4 11 4 99 222 0 0 888 99 99 888888888888888888888 000000 4 11 11 222222222222222222222 888 222 0 0 7777777777777 44444 4 4 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 888 66 9999999 4 4 4 11 3 0 0 555555 5555 0 000 1111111111111 55 0 55 2222222222222222 11 11 888 4 11 22 222 4 4 9 0 888888888888888888888888888888 888 99 22222222222222 99 99 66 222222 0 0 0 0 0 0 2222222222 888 0 6666 7 6666666666 99 4 0 666666 3333 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 111111111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 4444444444444 0 0 4444444 444 0 0 11111111 77777 0 0 000 0 55 000000000000000000000000000000000 55 7 111 0 0 55 55 0 000 000 55 0 5555555 0 000 0 0 55 0 0 0 0 444 00 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 0000 6 6 6 000 4
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-GTGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--G--C-A-TCT----TC-----------------------A---AAG---------------AAAA-------------------T--A----TG------------CT---AG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-GTGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--G--C-A-TCT----TC-----------------------A---AAG---------------AA---------------------T--A----TG------------CT---AG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-TG-CCTTATTT-TA-ACGTGA---C----GCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTA---TTTACC-TATAATTTTGTC-T-TTTAA-CA--TGTATATTAACAT-GGGAT-AT--AAC-TTTCATATTTATATTT----CTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTCAA---CA----A------------TAT-GCAGAGAAAGTTATAGG-T--A-TA--TTTTC-GT-GC-ATTG---TTCTA--C-------T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA-G--A----AGTTGT-ATT---CTAGTGACAC-ATGT----------AGAATG--GG-C-A-TCT----TCAAATTTTATACCCAGATAGATCTA---AAG---------------TG---------------------T--ACAAGTG------------CT---AG---CA--TC--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--ATCCTTTCT--AT-CG--CTG-------AG-A--AGCA--AGGAGTGG---A-ATCTT--AA--TCG---AA-AATCTAC-CAA--ATC-----TGGTT-GCGTAAATCGAAGTAAATGTT--TA--GT-CTTT-ATAAAG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAAT-AAT-CT-GAC-ATAAAA-------C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--TT--------AT-A----TCA--T-AT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT---C-----AA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATATG-CA---T-----AAT--G--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----T---GT-G-CAGTACAT------ACG-C-TTCGT-TGCATCCTGAGAA--A-CAA-ACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGATA---CTA-A-T-TATT--GCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTATTA----TCAATT-AT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT---C-----AAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATA--GCA---TTAGTAAACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA---------G---GC-C-CAGT-CA-------ACGAT-TT-GA-TTCAC-----GAATTA-ACA-AAAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA-GA--GTACA-T-TATT--GC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACAAA--T-----------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAA-TG-C---ACTT----A--TAA---C-TTAGCC-TAAA-GTAGGT-CCACAT----------------------------T-TTCAG-CA--TGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------TAGATCTA---------T--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--T--C-A-TCT----TC-----------------------A---AAG---------------AAAACCAGATGATGAATTA----T--AAG--TG------------CT---AG---CA--TC--AT---CA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------A--G--AG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-TC-AC-C-A--A-C-----TGGTT-G-T-----CA--GTA---GTCTATA--GTCTCTC-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAA--G-A---C-TCAAT---A-TG----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC-C-----AA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATATGGCA---T-----GAA--G--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TAGTGTG---GC-G-TAGTACACA----TACG-T-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CTA----ATAAATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T---A-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGA-GGGGTTACA-T-TATTTTGC-AAG-C-TA-CCA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATATG--GCATG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT---C-----A--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATATG-CA---TGT---AAC--G--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--T-----T---GT-G-CAGTACAT-----TACG-TGTT-GT-TCT--C---AGAA-----CA-AGAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTTA-C-AATAA-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG-GC--CTACA-TGTATT--GC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGCAATGggcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTATA-CA---T-----A-----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATT-----T---GT-G-CAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT-TTC--C---AGAA--A--CA-ATTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCTG-C-AATAA-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA-G---CTACA-T-TTCT--GT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA----------TC-A-AT---TCATGCAATacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAA
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---T-----ACATGT-G-CAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT-TC--CC---AGA-------A-ACAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCTG-C-AATTA-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG-G---CTACA-T-TACT-----------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATGT----------A--ATG--GGGC-A-TCT----TCCA---------------------A---AAG---------------AAAAAACC---------------C--A----TG------------A----AA---AA--TG--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--TT----TTT--ATATA--CTGC------AG-G--AG-A--A-----GG---A-A------AA--TGG---AA-A-TC---------------------T-A-------------A---GTC--TA--GA-CCTT-----------------TT-ATTT--ATCCCCCCT--TCCCT-TCTA-AAT-A-TTCT-GAC-AAAAAAGGAA---C-TAAAT---A-TGCGACCAGTC--GT--CCAGCTATTTTTTAAT-Agc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACAAAATT-----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGC---ATTTATA-A--AAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCACAT----------------------------T-TTCAGGCA-GT-TATTATA-CAT-G---T-ATTAAAC-AAGGA----------T----CTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGGA-ATG-T--AATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTTT--A--CC------T-------------GT----A-T-CC--A--AAC---A-CCCA----A------ACT---TT---GA-AC-ATGT----------A--ATG--T--C-A-TCT----TCC----------------------A---AAG---------------AAAAAACCCAAGATGATGATATAT--AGGT-TG------------CT---AGGGGCA--TCC-AA--TCA-ATT-T-GC--GTACA-TTAGTG------ATA----TTT-T---TTTT--A--AT----TTTTTAT-CG--CTG-------AT-GAAGA-A--A--AATGGGGGA-ATCTT--AATAACGG--AA-A-TCCAC-CCA--A-TAACCTTGGTT-G-GGT---CAT-GTAA--GTC--TATAGTCTCTTCA---AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAAT-A-T-CTGGAC-AAAAAAGG-GGACC-TCAAT---ATTG----CAGTTCGGT--CAACC--TTCTTTAAT-AT-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----G----T-G-CAGTACAC------ACG-C-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-NN-N-NNNNN-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN-N---NNNNN-N-NNNN--NN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----ATC--A----A----T-ACT---TT---GG-ACTATGCTAGAAAACAGA--ATGATG--A-A-TAT----AC-----------------------ATTCAAG--------------------------------------T-------TG------------CT---AG---CA--TCCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--AT----TTTA-AT-TG--CTG-------AA-G------------ATGG---ATATCTTAGAA--GCG---AT-A-TC-ACACCC--A-C-----TGGTT-A-GT----CA--GTA---GTC--TA--TT-TCGA-T---AG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATTC-C---ACCT-TATA--CAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCACAT--GTA-------CC-TAT-------TT-TTTTCAG-CA-TGGTATA-TA-CAT-G---TAAT--AAC-T--------------T----CTA---------A-TA-TT------TCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-
gi|24 : -TTCAG-CA--TGTATATTA-CAT-G---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------C--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAA---A-ATG-T--A-TA--TTT-G-GT-GC-ATTG---TT--A--CAATCTACT-------------GT----G-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : -A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : A-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAAG----CTT--AT-CA--CTG-------AG-G--AG-AGAA--AATGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-CC-Atccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CAAA-GA-----------ATT--CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATTG-C---ACTT-AT-A--TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCACAT--TTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CATGT-TATATTA-CATTG---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------TATA-AC------CCA----CA---CA------------G-G-GGAA-ATAAG--A-ATG-TTTA-TA--TTT-C-GT-GCGATTG---T---A--C-------T-------------GT----AAT-CCTAA--AA----A-C--A----A----T-ACT---TTT--GA-A--ATGT----------ATAATG--TT-C-C-TCTCTTTTC-----------------------A---AAGGAAACCAGATGTTATAA---------------------T--A----T-------------CTTTTAG---CAA-TC--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--ATG---TTT--AT-CG--CTG-------AG-A--G--A--A--AATGG---A-ATCTT--TA--ACGCGGAACA-TC-AC-CAA----C-----TG-TT-G-T-----CAC-GTA---GTC---A--GT-CTTTCA---AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-T-CT-GACGATAAAAGG-A-----TCAAT---A-TG----CATCC--GTGCCAGCC--CTTCTTAAT-ATTA----TCA--TTAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTT---CCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACATG------T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA---------G---GT-GCCAGTAC-------TACA-G-TT-ATGTTCA-C---AG-A--A-ACACACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCTACC-AATAA-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACAAAGG------------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACATG-C---ACTT-TA-G--TAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCACTT--GTA---T--ACC-CAT-------CT-T-TTCAG-CA-ATGTATATTA-CAT-G---T-AT--AACCT--------------T----CTA---------T-TACTT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-GTG-T--A-TA--TTT-CAGT-GC-AA-G---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A-C--A----A----T-ACG---TT---GA-AC-ATGC----------A--ATG--G--CGA-TAT----TC-----------------------A---AAG---------------AA---------------------T-------TG------------CT---AG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AGTG--GG-A--A--AA--G---G-ATCTT--AA--AC-----A-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CGT-ATA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAAT-A-T-AT-GAC-ATTAAAG--A---CATCAAT---A-TG----CAGTC---T--CA--C--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT----C-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---G-----AAC--G--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---T-----G---ATCG-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--ATACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---ATACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-A---TCTT---------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATATTT-ACCGTAG-------TTAT-TACA---A-GTGTA-ATCA-CTT-G-----------C-T--------------T----CTA---------TGTA--G------TCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAAA--A-ATGCT--A-TAGTTTT-A-AT-GCAATTG---TT--ATGC-------T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A-C--A----A----TAACTGTGTT---GA-AC-ATGT----------A--TGG--G--C-ATTCT----TA-----------------------A---AAGAGAAAAGCGCAGC--AA---------------------TGCA----TGAATTACAAGTGTCT---AG---CAATTC--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--AT----TTT--AT-CGGTCTG-------AG-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACA---TTTACT-TAT-------TT-T-TTCAG-CA--TGTATATAG-CAT-G---C-AT--AGC-T--------------T----CTA---------G--A-TT------TCAA---CAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAAG--C-ATG-T--G-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---CT--A--C-------TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A----------C--TTTTTA----C-ACT---GT---AT-AC-ATGT----------A--ATG--G--C-A-TCT----TC-----------------------G---AAG---------------AAAATGGATAATGAAT-------T--ACAAGTG------------CT---AG---CA--TC--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--GT----GAC--AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G--GACA--A--AATGG---A-ATCTT--GAGAACG---AA-A-TC-AC-CAATCA-G-----TCATTAG-G-----C----TA---GTC--TAT-ATATCAC-A---AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAAT-A-T-CT-GAC-ATAAAA---A---C-TCAATATAA-TG----CAGTC--GT--C-ACC--ATCTTTGAT-AT-A----TTA--T--T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAAC-----AA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACTATCTCTAAT-A-T-CT-GA--ATAA---G-A---C------------G----TA-------------C--CTTTTTAAT-AT-ACTTATCA--C-ATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT---C-----AA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATATTGCAATGT-----AAC--GTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCA---T-----T---GA-T-CAGTACA------TACG-T-TT-G--TTCA-----AGGA--A-ACA-ACAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCTA-CAAATAA-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA-G---CTACATT-TATT--GC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 55555555555555 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 1 111 22222222 111 5555555555555555555555555555 2 11111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 11 1 333333333333333333333 1111 111111111111111111111 11111111 1111 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 1 111111 1111111111111 2222222222222222 11 555555555555555555555555555555 111 22222 11111 11 111111 2222222222 1111 1111111111 1111 11 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 22222 333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 3333333333333 3333333 22222222 22222 111 222222222222222222222222222222222 1111111 111 111 111111 1111 111
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 0 33333 9 111111111 22222222222 77777777777777 11 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 0 2 5 000 66666666 000 5 1 5 5 2222222222222222222222222222 4 4 2 4 4 4 00000 66 4 00000000000000000000000000000000000000000000 777 222 888888888888 4 4 4 22 4 00 4 66 666 5 0 888 66 66 999999999999999999999 3333 4 4 66 66 777777777777777777777 4 777 777 4 4 11111111 66 3333 4 4 9999 00 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 4 66 5555555 4 4 4 66 3 4 8 888888 8888 4 777 4444444444444 99 4 55 3333333333333333 66 66 777 4 66 22 777 4 4 4 8 5 555555555555555555555555555555 333 66 11111 44444 66 66 33 111111 5 5 5 5 5 5 2222222222 888 5 0000 0 3333333333 66 5 5 5 5 4444 55 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 88888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 0000000000000 4 4 0000000 444 4 4 77777777 00000 4 4 111 4 55 777777777777777777777777777777777 99 0 444 4 4 55 55 8 777 777 55 4 5555555 4 555 4 4 55 4 8 4 4 000 55 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 0000 3 3 3 111 9
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... .............. .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . ... ........ ... . . . . ............................ . . . . . . ..... .. . ............................................ ... ... ............ . . . .. . .. . .. ... . . ... .. .. ..................... .... . . .. .. ..................... . ... ... . . ........ .. .... . . .... .. ............................................................................. ... . .. ....... . . . .. . . . ...... .... . ... ............. .. . .. ................ .. .. ... . .. .. ... . . . . . .............................. ... .. ..... ..... .. .. .. ...... . . . . . . .......... ... . .... . .......... .. . . . . .... .. ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ..... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................ . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............. . . ....... ... . . ........ ..... . . ... . .. ................................. .. . ... . . .. .. . ... ... .. . ....... . ... . . .. . . . . ... .. . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 2 55555 0 222222222 88888888888 66666666666666 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 1 4 7 000 44444444 000 7 7 7 0 8888888888888888888888888888 4 4 3 4 4 4 33333 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666 888 222 999999999999 4 4 4 22 4 66 4 99 222 0 0 888 99 99 888888888888888888888 9999 4 4 11 11 222222222222222222222 4 888 888 0 0 66666666 11 3333 4 4 4444 66 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 4 11 9999999 4 4 4 11 3 0 0 555555 5555 0 000 1111111111111 55 0 55 7777777777777777 11 11 888 4 11 22 888 4 4 4 9 0 888888888888888888888888888888 888 99 22222 11111 99 99 66 222222 0 0 0 0 0 0 2222222222 888 0 6666 7 6666666666 99 4 0 0 7 2222 88 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 11111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 4444444444444 0 0 4444444 444 0 0 11111111 77777 0 0 000 0 55 000000000000000000000000000000000 55 7 111 0 0 55 55 0 000 000 55 0 5555555 0 000 0 0 55 0 0 0 0 444 00 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 0000 6 6 6 000 4
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-TG-TATATTA-CA-TG---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA---AAA-------------------T---A-A--------------TG------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AG-G--AG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GTCTCTC-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CAGTG-TATATTA-CA-TG---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA---AAA-------------------T---A----------------TG------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AG-G--GG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-TG-CCTTATTT-TA-ACGTGA---C----GCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTA---TTTACC-TATAATTTTGTC-T-TTTAA-CA-TG-TATATTAACA-TGGGAT-AT--AAC-TTTCATATTTATATTT----CTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTCAA---CA----A------------TAT-GCAGAGAAAGTTATAGG--TA-TA--TTTTC-GT-GC-ATTG---TTCTA--C-------T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA-G--A----AGTTGT-AT-T---CTAGTGACAC-ATG--T-----AGAATG-GG-C-A-TC----TTC--AAATTTTATACCCAGATAGATCTAAAGTG----------------T---ACAAG------------TG------------CTAG---C-A--TC--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--ATCCTTTCT--AT-CG--CTG-------AG-A--AGCA--AGGAGTGG---A-ATCTT--AA--TC---G-AA-AATCTAC-CAA--ATC-----TGGTT-GCGTAAATCGAAGTAAATGTT--TA--GT-CTTT-ATAAAG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAA-TAAT-CT-GAC-ATAAAA-------C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--TT--------A-T-A----TCA--TAT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT-----CAA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATATG-CA---T-----AAT--G--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----T---GT-G-CAGTACAT------ACG-C-TTCGT-TGCATCCTGAGAA--A-CAA-ACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGATA---CTA-A-T-TATT--GCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTA-TTA----TCAATTAT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT-----CAAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATA--GCA---TTAGTAAACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA---------G---GC-C-CAGT-CA-------ACGAT-TT-GA-TTCAC-----GAATTA-ACA-AAAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA-GA--GTACA-T-TATT--GC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACAAA--T-----------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAA-TG-C---ACTT----A--TAA---C-TTAGCC-TAAA-GTAGGT-CCACAT----------------------------T-TTCAG-CA-TG-TATATTA-CA-TG---T-AT--AAC-T--------------TAGATCTA---------T--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-T--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA---AAACCAGATGATGAATTA----T---AAG--------------TG------------CTAG---C-A--TC--AT---CA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------A--G--AG-A--A--AATGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-C-A--A-C-----TGGTT-G-T-----CA--GTA---GTCTATA--GTCTCTC-A---AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAA--G-A---C-TCAAT---A-TG----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC---CAA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATATGGCA---T-----GAA--G--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TAGTGTG---GC-G-TAGTACACA----TACG-T-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CTA----ATAAATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T---A-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGA-GGGGTTACA-T-TATTTTGC-AAG-C-TA-CCA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATATG--GCATG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT-----CA--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATATG-CA---TGT---AAC--G--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--T-----T---GT-G-CAGTACAT-----TACG-TGTT-GT-TCT--C---AGAA-----CA-AGAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTTA-C-AATAA-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG-GC--CTACA-TGTATT--GC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGCAATGggcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTATA-CA---T-----A-----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATT-----T---GT-G-CAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT-TTC--C---AGAA--A--CA-ATTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCTG-C-AATAA-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA-G---CTACA-T-TTCT--GT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA----------TC-A-AT---TCATGCAATacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAA
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---T-----ACATGT-G-CAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT-TC--CC---AGA-------A-ACAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCTG-C-AATTA-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG-G---CTACA-T-TACT-----------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATG--T-----A--ATG-GGGC-A-TC----TTCCAAAA---------------GA---AAAAACC---------------C---A----------------TG------------A-AA---A-A--TG--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--TT----TTT--ATATA--CTGC------AG-G--AG-A--A-----GG---A-A------AA--TG---G-AA-A-TC---------------------T-A-------------A---GTC--TA--GA-CCTT-----------------TT-ATTT--ATCCCCCCT--TCCCT-TCTA-AA-TA-TTCT-GAC-AAAAAAGGAA---C-TAAAT---A-TGCGACCAGTC--GT--CCAGCTATTTTTTAAT-A-gc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACAAAATT-----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGC---ATTTATA-A--AAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCACAT----------------------------T-TTCAGGCAGT--TATTATA-CA-TG---T-ATTAAAC-AAGGA----------T----CTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGGA-ATG--TAATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTTT--A--CC------T-------------GT----A-T-CC--A--AAC---A-CCCA----A------AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-T--C-A-TC----TTCC-AAA---------------GA---AAAAACCCAAGATGATGATATAT---AGGT-------------TG------------CTAGGGGC-A--TCC-AA--TCA-ATT-T-GC--GTACA-TTAGTG------ATA----TTT-T---TTTT--A--AT----TTTTTAT-CG--CTG-------AT-GAAGA-A--A--AATGGGGGA-ATCTT--AATAAC---GGAA-A-TCCAC-CCA--A-TAACCTTGGTT-G-GGT---CAT-GTAA--GTC--TATAGTCTCTTCA---AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAA-TA-T-CTGGAC-AAAAAAGG-GGACC-TCAAT---ATTG----CAGTTCGGT--CAACC--TTCTTTAAT-A-T-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----G----T-G-CAGTACAC------ACG-C-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-NN-N-NNNNN-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN-N---NNNNN-N-NNNN--NN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----ATC--A----A----T-AC-T---TT---GG-ACTATG--CTAGAAA--ACA-G--A-A-T----------GAT---------------GA---ATA-------------------T---ACATTCAAGT-------TG------------CTAG---C-A--TCCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--AT----TTTA-AT-TG--CTG-------AA-G------------ATGG---ATATCTTAGAA--GC---G-AT-A-TC-ACACCC--A-C-----TGGTT-A-GT----CA--GTA---GTC--TA--TT-TCGA-T---AG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATTC-C---ACCT-TATA--CAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCACAT--GTA-------CC-TAT-------TT-TTTTCAG-CATGG-TATA-TA-CA-TG---TAAT--AAC-T--------------T----CTA---------A-TA-TT------TCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG--A-ATG--TA-
gi|24 : -TTCAG-CA-TG-TATATTA-CA-TG---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------C--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAA---A-ATG--TA-TA--TTT-G-GT-GC-ATTG---TT--A--CAATCTACT-------------GT----G-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : -A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : A-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAAG----CTT--AT-CA--CTG-------AG-G--AG-AGAA--AATGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-CC-Atccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CAAA-GA-----------ATT--CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATTG-C---ACTT-AT-A--TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCACAT--TTA---TT-ACC-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-TGTTATATTA-CATTG---T-AT--AAC-T--------------T----CTA---------TATA-AC------CC-A---CA---CA------------G-G-GGAA-ATAAG--A-ATGTTTA-TA--TTT-C-GT-GCGATTG----T--A--C-------T-------------GTA---A-T-CCTAA--AA----A-C--A----A----T-ACTT---TT---GA-A--ATGTAT-----A--ATGTT--C-C-TCTCTTTTC--AAA---------------GG---AAA-------------------CCAGA----------------TGTTATAATATCTTTTAG---CAA--TC--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--ATG---TTT--AT-CG--CTG-------A--G--AG-A--A--AATGG---A-ATCTT--TA--ACGCGG-AACA-TC-AC-C-A--A-C-----T-GTT-G-T-----CAC-GTA---GTC---A--GTCTTTC-A---AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-T-CT-GACGATAAAAGG-A-----TCAAT---A-TG----CATCC--GTGCCAGCC--CTTCTTAAT-ATT-A----TCAT-TAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTTCCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACATG------T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA---------G---GT-GCCAGTAC-------TACA-G-TT-ATGTTCA-C---AG-A--A-ACACACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCTACC-AATAA-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACAAAGG------------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACATG-C---ACTT-TA-G--TAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCACTT--GTA---T--ACC-CAT-------CT-T-TTCAG-CAATG-TATATTA-CA-TG---T-AT--AACCT--------------T----CTA---------T-TACTT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-GTG--TA-TA--TTT-CAGT-GC-AA-G---TT--A--C-------T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A-C--A----A----T-AC-G---TT---GA-AC-ATG--C-----A--ATG-G--CGA-TA----TTC--AAA---------------GA---A---------------------T--------------------TG------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG-------AGTG--GG-A--A--AA--G---G-ATCTT--AA--AC------A-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CGT-ATA---GTC--TA--GT-TCTT-A---AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-AT-GAC-ATTAAAG--A---CATCAAT---A-TG----CAGTC---T--CA--C--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT------CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---G-----AAC--G--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---T-----G---ATCG-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--ATACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---ATACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-A---TCTT---------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATATTT-ACCGTAG-------TTAT-TACA---AGTG-TA-ATCA-CT-TG-----------C-T--------------T----CTA---------TGTA--G------TCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAAA--A-ATGC-TA-TAGTTTT-A-AT-GCAATTG---TT--ATGC-------T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A-C--A----A----TAAC-TGTGTT---GA-AC-ATG--T-----A--TGG-G--C-ATTC----TTA--AAA---------------GA---GAAAAGCGCAGCAATG------C---A----------------TGAATTACAAGTGTCTAG---C-AATTC--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--AT----TTT--AT-CGGTCTG-------AG-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACA---TTTACT-TAT-------TT-T-TTCAG-CA-TG-TATATAG-CA-TG---C-AT--AGC-T--------------T----CTA---------G--A-TT------TCAA---CAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAAG--C-ATG--TG-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---CT--A--C-------TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A----------C--TTTTTA----C-AC-T---GT---AT-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--GAA---------------GA---AAA-------------------T---GGATAATGAATTACAAGTG------------CTAG---C-A--TC--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--GT----GAC--AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G--GACA--A--AATGG---A-ATCTT--GAGAAC---G-AA-A-TC-AC-CAATCA-G-----TCATTAG-G-----C----TA---GTC--TAT-ATATCAC-A---AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAA---A---C-TCAATATAA-TG----CAGTC--GT--C-ACC--ATCTTTGAT-A-T-A----TTA--T-T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAA--CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACTATCTCTAA-TA-T-CT-GA--ATAA---G-A---C------------G----TA-------------C--CTTTTTAAT-A-T-ACTTATCA--CATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATATTGCAATGT-----AAC--GTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCA---T-----T---GA-T-CAGTACA------TACG-T-TT-G--TTCA-----AGGA--A-ACA-ACAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCTA-CAAATAA-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA-G---CTACATT-TATT--GC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 55555555555555 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 1 111 22222222 111 5555555555555555555555 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 11 1 333333333333333333333333333333333 1111 111111111111111111111 11111111 1111 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1 111111 1111111111111 222222222222 11 555555555555555555555555555555 111 111111111111111 11 111111 2222222222 1111 1111111111 1111 11 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 22222 333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 3333333333333 3333333 22222222 22222 111 222222222222222222222222222222222 1111111 111 111 111111 1111 111
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 0 33333 9 111111111 22222222222 77777777777777 11 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 0 2 5 000 66666666 000 5 1 5 5 6666666666666666666666 4 999 4 1 00 4 777 4 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 222 888888888888 4 4 4 22 4 00 4 66 666 5 0 333333333333333333333333333333333 3333 4 4 66 66 777777777777777777777 4 777 777 4 4 11111111 66 3333 4 4 9999 00 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 4 66 5555555 4 4 4 66 3 4 8 888888 8888 4 777 4444444444444 99 4 55 000000000000 4 66 66 4 777 4 66 22 777 4 4 4 8 5 555555555555555555555555555555 333 66 555555555555555 66 66 33 111111 5 5 5 5 5 5 2222222222 888 5 0000 0 3333333333 66 5 5 5 5 4444 55 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 88888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 0000000000000 4 4 0000000 444 4 4 77777777 00000 4 4 111 4 55 777777777777777777777777777777777 99 0 444 4 4 55 55 8 777 777 55 4 5555555 4 555 4 4 55 4 8 4 4 000 55 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 0000 3 3 3 111 9
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... .............. .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . ... ........ ... . . . . ...................... . ... . . .. . ... . .. ...................................................... ... ... ............ . . . .. . .. . .. ... . . ................................. .... . . .. .. ..................... . ... ... . . ........ .. .... . . .... .. ................................................................................................. ... . .. ....... . . . .. . . . ...... .... . ... ............. .. . .. ............ . .. .. . ... . .. .. ... . . . . . .............................. ... .. ............... .. .. .. ...... . . . . . . .......... ... . .... . .......... .. . . . . .... .. ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ..... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................ . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............. . . ....... ... . . ........ ..... . . ... . .. ................................. .. . ... . . .. .. . ... ... .. . ....... . ... . . .. . . . . ... .. . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 2 55555 0 222222222 88888888888 66666666666666 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 1 4 7 000 44444444 000 7 7 7 0 6666666666666666666666 4 888 4 9 66 4 888 4 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 222 999999999999 4 4 4 22 4 66 4 99 222 0 0 222222222222222222222222222222222 9999 4 4 11 11 222222222222222222222 4 888 888 0 0 66666666 11 3333 4 4 4444 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 4 11 9999999 4 4 4 11 3 0 0 555555 5555 0 000 1111111111111 55 0 55 666666666666 4 11 11 4 888 4 11 22 888 4 4 4 9 0 888888888888888888888888888888 888 99 111111111111111 99 99 66 222222 0 0 0 0 0 0 2222222222 888 0 6666 7 6666666666 99 4 0 0 7 2222 88 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 11111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 4444444444444 0 0 4444444 444 0 0 11111111 77777 0 0 000 0 55 000000000000000000000000000000000 55 7 111 0 0 55 55 0 000 000 55 0 5555555 0 000 0 0 55 0 0 0 0 444 00 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 0000 6 6 6 000 4
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------A-------------------T---------------A------A--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------A-------------------T---------------A------A--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-TG-CCTTATTT-TA-ACGTGA---C----GCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTATTTACCTA-TAATTTTGTCTTTTAA-CA-T-G-TATATTAA-CA-TGGGAT-AT--AA-------C-TTTCATATTTATATTT----CTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTCAA---CA----A------------TAT-GCAGAGAAAGTTATAGG--TA-TA--TTTTC-GT-GC-ATTG---T-------TCTA--C-T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA-G--A----AGTTGT-AT-T---CTAGTGACAC-ATG--T-----AGAATG-GG-C-A-TC----TTC--AAATTTTATACCCAGATAGATCTAAA----------G-------------------TGTACA----------A------G--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--ATCCTTTCT--AT-CG--CTG--------A-G-AAGCA--AGGAG-TGG---A-ATCTT--AA--TC---G-AA-AATCTAC-CAA--ATC-----TGGTT-GCGTAAATCGAAGTAAATGTT--TA--GTCTTT-ATAA--AG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAA-TAAT-CT-GAC-ATAAAA-------C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--TT--------A-T-A----TCA--TAT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT-----CAA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATATG-CA---T-----AAT--G--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----T---GT-G-CAGTACAT------ACG-C-TTCGT-TGCATCCTGAGAA--A-CAA-ACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGATA---CTA-A-T-TATT--GCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTA-TTA----TCAATTAT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT-----CAAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATA--GCA---TTAGTAAACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA---------G---GC-C-CAGT-CA-------ACGAT-TT-GA-TTCAC-----GAATTA-ACA-AAAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA-GA--GTACA-T-TATT--GC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACAAA--T-----------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAA-TG-C---ACTT----A--TAA---C-TTAGCC-TAAA-GTAGGT-CCACAT------------------------TTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------TAGATCTA---------T--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-T--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------ACCAGATGATGAATTA----T---------------A------AG-TG----------------CTAG---C-A--TC--AT---CA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A---GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-C-A--A-C-----TGGTT-G-T-----CA--GTA---GTCTATA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAA--G-A---C-TCAAT---A-TG----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC---CAA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATATGGCA---T-----GAA--G--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TAGTGTG---GC-G-TAGTACACA----TACG-T-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CTA----ATAAATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T---A-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGA-GGGGTTACA-T-TATTTTGC-AAG-C-TA-CCA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATATG--GCATG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT-----CA--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATATG-CA---TGT---AAC--G--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--T-----T---GT-G-CAGTACAT-----TACG-TGTT-GT-TCT--C---AGAA-----CA-AGAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTTA-C-AATAA-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG-GC--CTACA-TGTATT--GC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGCAATGggcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTATA-CA---T-----A-----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATT-----T---GT-G-CAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT-TTC--C---AGAA--A--CA-ATTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCTG-C-AATAA-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA-G---CTACA-T-TTCT--GT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA----------TC-A-AT---TCATGCAATacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAA
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---T-----ACATGT-G-CAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT-TC--CC---AGA-------A-ACAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCTG-C-AATTA-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG-G---CTACA-T-TACT-----------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATG--T-----A--ATG-GGGC-A-TC----TTCCAAAA---------------GA----AA----------A-------------------A---------------ACCC---A--TG----------------A-AA---A-A--TG--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--TT----TTT--ATATA--CTGC-------A-G-GAG-A--A------GG---A-A------AA--TG---G-AA-A-TC---------------------T-A-------------A---GTC--TA--GACC-------------------TTTT-ATTT--ATCCCCCCT--TCCCT-TCTA-AA-TA-TTCT-GAC-AAAAAAGGAA---C-TAAAT---A-TGCGACCAGTC--GT--CCAGCTATTTTTTAAT-A-gc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACAAAATT-----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGC---ATTTATA-A--AAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCACAT------------------------TTTCAGGCA---G-T-TATTATACA-TG---T-ATTAAA-------C-AAGGA----------T----CTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGGA-ATG--TAATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTT-------T--A--CCT-------------GT----A-T-CC--A--AAC---A-CCCA----A------AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-T--C-A-TC----TTCC-AAA---------------GA----AA----------AAACCCAAGATGATGATATAT---------------A------GGTTG----------------CTAGGGGC-A--TCC-AA--TCA-ATT-T-GC--GTACA-TTAGTG------ATA----TTT-T---TTTT--A--AT----TTTTTAT-CG--CTG--------ATG-AAG-A--A--AAATGGGGGA-ATCTT--AATAAC---GGAA-A-TCCAC-CCA--A-TAACCTTGGTT-G-GGT---CAT-GTAA--GTC--TATAGTCTCTTC--A--AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAA-TA-T-CTGGAC-AAAAAAGG-GGACC-TCAAT---ATTG----CAGTTCGGT--CAACC--TTCTTTAAT-A-T-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----G----T-G-CAGTACAC------ACG-C-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-NN-N-NNNNN-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN-N---NNNNN-N-NNNN--NN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----ATC--A----A----T-AC-T---TT---GG-ACTATG--CTAGAAA--ACA-G--A-A-T----------GAT---------------GA----AT----------A-------------------T---------------ACATTCAAGTTG----------------CTAG---C-A--TCCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--AT----TTTA-AT-TG--CTG--------A-A-G----------A-TGG---ATATCTTAGAA--GC---G-AT-A-TC-ACACCC--A-C-----TGGTT-A-GT----CA--GTA---GTC--TA-----TTT-C--GATAG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATTC-C---ACCT-TATA--CAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCACAT--G---T-ACCTATT-------TTTTTCAG-CA-TGG-TATA-TA--CA-TG---TAAT--AA-------C-T--------------T----CTA---------A-TA-TT------TCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG--A-ATG--TA-
gi|24 : TTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA-----------CA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAA---A-ATG--TA-TA--TTT-G-GT-GC-ATTG---TTACAATCT--A--C-T-------------GT----G-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : -A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : A-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAAG----CTT--AT-CA--CTG--------A-G-GAG-AGAA--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-CC-Atccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CAAA-GA-----------ATT--CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATTG-C---ACTT-AT-A--TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCACAT--TTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-GTTATATTA--CATTG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------TATA-AC------CC-A---CA---CA------------G-G-GGAA-ATAAG--A-ATGTTTA-TA--TTT-C-GT-GCGATTG-----------T--A--C-T-------------GTA---A-T-CCTAA--AA----A-C--A----A----T-ACTT---TT---GA-A--ATGTAT-----A--ATGTT--C-C-TCTCTTTTC--AAA---------------GG----AAACCAGATGTTA-------------------T---------------A------A--TATCTT------------TTAG---CAA--TC--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--ATG---TTT--AT-CG--CTG--------A---GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--TA--ACGCGG-AACA-TC-AC-C-A--A-C-----T-GTT-G-T-----CAC-GTA---GTC---A--GTCTTT-C--A--AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-T-CT-GACGATAAAAGG-A-----TCAAT---A-TG----CATCC--GTGCCAGCC--CTTCTTAAT-ATT-A----TCAT-TAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTTCCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACATG------T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA---------G---GT-GCCAGTAC-------TACA-G-TT-ATGTTCA-C---AG-A--A-ACACACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCTACC-AATAA-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACAAAGG------------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACATG-C---ACTT-TA-G--TAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCACTT--GTAT--ACCCA-T-------CTTTTCAG-CAAT-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------CCT--------------T----CTA---------T-TACTT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-GTG--TA-TA--TTT-CAGT-GC-AA-G---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A-C--A----A----T-AC-G---TT---GA-AC-ATG--C-----A--ATG-G--CGA-TA----TTC--AAA---------------GA----A-------------------------------T-------------------------TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-GTGGG-A--A--AA---G---G-ATCTT--AA--AC------A-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CGT-ATA---GTC--TA--GT-TCT-T--A--AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-AT-GAC-ATTAAAG--A---CATCAAT---A-TG----CAGTC---T--CA--C--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT------CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---G-----AAC--G--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---T-----G---ATCG-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--ATACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---ATACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-A---TCTT---------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA------TA-T-------TT----AC-CG-TAG-T-TATTA--CA-AG---T-GT--AATCACTTGC-T--------------T----CTA---------TGTA--G------TCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAAA--A-ATGC-TA-TAGTTTT-A-AT-GCAATTG---T-------T--ATGC-T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A-C--A----A----TAAC-TGTGTT---GA-AC-ATG--T-----A--TGG-G--C-ATTC----TTA--AAA---------------GA----GA----------AAAGCGCAG-----------C---------------A------A--TGCATGAATTACAAGTGTCTAG---C-AATTC--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--AT----TTT--AT-CGGTCTG--------A-G-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACATTTACTTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATAG--CA-TG---C-AT--AG-------C-T--------------T----CTA---------G--A-TT------TCAA---CAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAAG--C-ATG--TG-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---C-------T--A--C-TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A----------C--TTTTTA----C-AC-T---GT---AT-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--GAA---------------GA----AA----------A-------------------TGGATAATGAATTACAA------G--TG----------------CTAG---C-A--TC--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--GT----GAC--AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G-GAC-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--GAGAAC---G-AA-A-TC-AC-CAATCA-G-----TCATTAG-G-----C----TA---GTC--TAT-ATATCA-C--A--AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAA---A---C-TCAATATAA-TG----CAGTC--GT--C-ACC--ATCTTTGAT-A-T-A----TTA--T-T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAA--CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACTATCTCTAA-TA-T-CT-GA--ATAA---G-A---C------------G----TA-------------C--CTTTTTAAT-A-T-ACTTATCA--CATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATATTGCAATGT-----AAC--GTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCA---T-----T---GA-T-CAGTACA------TACG-T-TT-G--TTCA-----AGGA--A-ACA-ACAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCTA-CAAATAA-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA-G---CTACATT-TATT--GC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 55555555555555 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 1 111 22222222 111 5555555555555555555555 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 11 1 333333333333333333333333333333333 1111 111111111111111111111 11111111 1111 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 1 111111 1111111111111 222222222222 11 555555555555555555555555555555 111 111111111111111 11 111111 2222222222 1111 1111111111 1111 11 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 22222 333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 3333333333333 3333333 22222222 22222 111 222222222222222222222222222222222 1111111 111 111 111111 1111 111
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 0 33333 9 111111111 22222222222 77777777777777 11 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 0 2 5 000 66666666 000 5 1 5 5 6666666666666666666666 4 999 4 1 00 4 777 4 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 222 888888888888 4 4 4 22 4 00 4 66 666 5 0 333333333333333333333333333333333 3333 4 4 66 66 777777777777777777777 4 777 777 4 4 11111111 66 3333 4 4 9999 00 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 4 66 5555555 4 4 4 66 3 4 8 888888 8888 4 777 4444444444444 99 4 55 000000000000 4 66 66 4 777 4 66 22 777 4 4 4 8 5 555555555555555555555555555555 333 66 555555555555555 66 66 33 111111 5 5 5 5 5 5 2222222222 888 5 0000 0 3333333333 66 5 5 5 5 4444 55 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 88888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 0000000000000 4 4 0000000 444 4 4 77777777 00000 4 4 111 4 55 777777777777777777777777777777777 99 0 444 4 4 55 55 8 777 777 55 4 5555555 4 555 4 4 55 4 8 4 4 000 55 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 0000 3 3 3 111 9
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... .............. .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . ... ........ ... . . . . ...................... . ... . . .. . ... . .. ...................................................... ... ... ............ . . . .. . .. . .. ... . . ................................. .... . . .. .. ..................... . ... ... . . ........ .. .... . . .... .. ................................................................................................. ... . .. ....... . . . .. . . . ...... .... . ... ............. .. . .. ............ . .. .. . ... . .. .. ... . . . . . .............................. ... .. ............... .. .. .. ...... . . . . . . .......... ... . .... . .......... .. . . . . .... .. ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ..... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................ . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............. . . ....... ... . . ........ ..... . . ... . .. ................................. .. . ... . . .. .. . ... ... .. . ....... . ... . . .. . . . . ... .. . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 2 55555 0 222222222 88888888888 66666666666666 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 1 4 7 000 44444444 000 7 7 7 0 6666666666666666666666 4 888 4 9 66 4 888 4 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 222 999999999999 4 4 4 22 4 66 4 99 222 0 0 222222222222222222222222222222222 9999 4 4 11 11 222222222222222222222 4 888 888 0 0 66666666 11 3333 4 4 4444 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 4 11 9999999 4 4 4 11 3 0 0 555555 5555 0 000 1111111111111 55 0 55 666666666666 4 11 11 4 888 4 11 22 888 4 4 4 9 0 888888888888888888888888888888 888 99 111111111111111 99 99 66 222222 0 0 0 0 0 0 2222222222 888 0 6666 7 6666666666 99 4 0 0 7 2222 88 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 11111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 4444444444444 0 0 4444444 444 0 0 11111111 77777 0 0 000 0 55 000000000000000000000000000000000 55 7 111 0 0 55 55 0 000 000 55 0 5555555 0 000 0 0 55 0 0 0 0 444 00 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 0000 6 6 6 000 4
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------A-------------------T---------------A------A--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------A-------------------T---------------A------A--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-TG-CCTTATTT-TA-ACGTGA---C----GCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTATTTACCTA-TAATTTTGTCTTTTAA-CA-T-G-TATATTAA-CA-TGGGAT-AT--AA-------C-TTTCATATTTATATTT----CTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTCAA---CA----A------------TAT-GCAGAGAAAGTTATAGG--TA-TA--TTTTC-GT-GC-ATTG---T-------TCTA--C-T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA-G--A----AGTTGT-AT-T---CTAGTGACAC-ATG--T-----AGAATG-GG-C-A-TC----TTC--AAATTTTATACCCAGATAGATCTAAA----------G-------------------TGTACA----------A------G--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--ATCCTTTCT--AT-CG--CTG--------A-G-AAGCA--AGGAG-TGG---A-ATCTT--AA--TC---G-AA-AATCTAC-CAA--ATC-----TGGTT-GCGTAAATCGAAGTAAATGTT--TA--GTCTTT-ATAA--AG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------T-CCTCTAA-TAAT-CT-GAC-ATAAAA-------C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--TT--------A-T-A----TCA--TAT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT-----CAA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATATG-CA---T-----AAT--G--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----T---GT-G-CAGTACAT------ACG-C-TTCGT-TGCATCCTGAGAA--A-CAA-ACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--TAAG----C----CCCCTATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGATA---CTA-A-T-TATT--GCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTA-TTA----TCAATTAT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT-----CAAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATA--GCA---TTAGTAAACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA---------G---GC-C-CAGT-CA-------ACGAT-TT-GA-TTCAC-----GAATTA-ACA-AAAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAAGGTCC----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA-GA--GTACA-T-TATT--GC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACAAA--T-----------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAA-TG-C---ACTT----A--TAA---C-TTAGCC-TAAA-GTAGGT-CCACAT------------------------TTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------TAGATCTA---------T--A-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-T--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------ACCAGATGATGAATTA----T---------------A------AG-TG----------------CTAG---C-A--TC--AT---CA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A---GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-C-A--A-C-----TGGTT-G-T-----CA--GTA---GTCTATA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCC----CCCT-CATCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAA--G-A---C-TCAAT---A-TG----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC---CAA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATATGGCA---T-----GAA--G--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TAGTGTG---GC-G-TAGTACACA----TACG-T-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--TAAG----C----CC--CA-CTA----ATAAATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T---A-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGA-GGGGTTACA-T-TATTTTGC-AAG-C-TA-CCA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATATG--GCATG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT-----CA--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATATG-CA---TGT---AAC--G--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--T-----T---GT-G-CAGTACAT-----TACG-TGTT-GT-TCT--C---AGAA-----CA-AGAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--TAGG----CTCCCCC--TATTTA-C-AATAA-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG-GC--CTACA-TGTATT--GC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGCAATGggcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTATA-CA---T-----A-----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATT-----T---GT-G-CAGTACATGTATGTATG-T-TT-GT-TTC--C---AGAA--A--CA-ATTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--TA---------------TAGCTG-C-AATAA-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA-G---CTACA-T-TTCT--GT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA----------TC-A-AT---TCATGCAATacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAA
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---T-----ACATGT-G-CAGTTCATGTA--TACG-T-TT-GT-TC--CC---AGA-------A-ACAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTATAGG----C----CCT-TAGCTG-C-AATTA-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG-G---CTACA-T-TACT-----------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATG--T-----A--ATG-GGGC-A-TC----TTCCAAAA---------------GA----AA----------A-------------------A---------------ACCC---A--TG----------------A-AA---A-A--TG--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--TT----TTT--ATATA--CTGC-------A-G-GAG-A--A------GG---A-A------AA--TG---G-AA-A-TC---------------------T-A-------------A---GTC--TA--GACC-------------------TTTT-ATTT--ATCCCCCCT--TCCCT-TCTA-AA-TA-TTCT-GAC-AAAAAAGGAA---C-TAAAT---A-TGCGACCAGTC--GT--CCAGCTATTTTTTAAT-A-gc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACAAAATT-----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGC---ATTTATA-A--AAAATCC-TTGCCTTTAAA-GTAGGT-CCACAT------------------------TTTCAGGCA---G-T-TATTATACA-TG---T-ATTAAA-------C-AAGGA----------T----CTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGGA-ATG--TAATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTT-------T--A--CCT-------------GT----A-T-CC--A--AAC---A-CCCA----A------AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-T--C-A-TC----TTCC-AAA---------------GA----AA----------AAACCCAAGATGATGATATAT---------------A------GGTTG----------------CTAGGGGC-A--TCC-AA--TCA-ATT-T-GC--GTACA-TTAGTG------ATA----TTT-T---TTTT--A--AT----TTTTTAT-CG--CTG--------ATG-AAG-A--A--AAATGGGGGA-ATCTT--AATAAC---GGAA-A-TCCAC-CCA--A-TAACCTTGGTT-G-GGT---CAT-GTAA--GTC--TATAGTCTCTTC--A--AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC---CATCTAA-TA-T-CTGGAC-AAAAAAGG-GGACC-TCAAT---ATTG----CAGTTCGGT--CAACC--TTCTTTAAT-A-T-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----G----T-G-CAGTACAC------ACG-C-TT-GT-T-CAC----AGAA--A--CA-ACAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--TATGT---C----CC--TAT-NN-N-NNNNN-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN-N---NNNNN-N-NNNN--NN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----ATC--A----A----T-AC-T---TT---GG-ACTATG--CTAGAAA--ACA-G--A-A-T----------GAT---------------GA----AT----------A-------------------T---------------ACATTCAAGTTG----------------CTAG---C-A--TCCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--AT----TTTA-AT-TG--CTG--------A-A-G----------A-TGG---ATATCTTAGAA--GC---G-AT-A-TC-ACACCC--A-C-----TGGTT-A-GT----CA--GTA---GTC--TA-----TTT-C--GATAG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATTC-C---ACCT-TATA--CAA---CCTTAGCCCTAAA-ATAGGCTCCACAT--G---T-ACCTATT-------TTTTTCAG-CA-TGG-TATA-TA--CA-TG---TAAT--AA-------C-T--------------T----CTA---------A-TA-TT------TCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG--A-ATG--TA-
gi|24 : TTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA-----------CA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAA---A-ATG--TA-TA--TTT-G-GT-GC-ATTG---TTACAATCT--A--C-T-------------GT----G-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : -A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : A-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAAG----CTT--AT-CA--CTG--------A-G-GAG-AGAA--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-CC-Atccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CAAA-GA-----------ATT--CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATTG-C---ACTT-AT-A--TAA---C-TTAGCCCTAAAAGTAGGC-CCACAT--TTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-GTTATATTA--CATTG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------TATA-AC------CC-A---CA---CA------------G-G-GGAA-ATAAG--A-ATGTTTA-TA--TTT-C-GT-GCGATTG-----------T--A--C-T-------------GTA---A-T-CCTAA--AA----A-C--A----A----T-ACTT---TT---GA-A--ATGTAT-----A--ATGTT--C-C-TCTCTTTTC--AAA---------------GG----AAACCAGATGTTA-------------------T---------------A------A--TATCTT------------TTAG---CAA--TC--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--ATG---TTT--AT-CG--CTG--------A---GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--TA--ACGCGG-AACA-TC-AC-C-A--A-C-----T-GTT-G-T-----CAC-GTA---GTC---A--GTCTTT-C--A--AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCC-CCCT-CC-ATAATTA-T-CT-GACGATAAAAGG-A-----TCAAT---A-TG----CATCC--GTGCCAGCC--CTTCTTAAT-ATT-A----TCAT-TAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTTCCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACATG------T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA---------G---GT-GCCAGTAC-------TACA-G-TT-ATGTTCA-C---AG-A--A-ACACACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAG----------CC--TATCTACC-AATAA-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACAAAGG------------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACATG-C---ACTT-TA-G--TAA---C-TTAGTCCTAAA-GTAGGC-CCACTT--GTAT--ACCCA-T-------CTTTTCAG-CAAT-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------CCT--------------T----CTA---------T-TACTT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-GTG--TA-TA--TTT-CAGT-GC-AA-G---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A-C--A----A----T-AC-G---TT---GA-AC-ATG--C-----A--ATG-G--CGA-TA----TTC--AAA---------------GA----A-------------------------------T-------------------------TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-GTGGG-A--A--AA---G---G-ATCTT--AA--AC------A-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CGT-ATA---GTC--TA--GT-TCT-T--A--AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-AT-GAC-ATTAAAG--A---CATCAAT---A-TG----CAGTC---T--CA--C--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT------CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---G-----AAC--G--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---T-----G---ATCG-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--ATACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---ATACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-A---TCTT---------A---C-TTAG-CCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTA------TA-T-------TT----AC-CG-TAG-T-TATTA--CA-AG---T-GT--AATCACTTGC-T--------------T----CTA---------TGTA--G------TCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAAA--A-ATGC-TA-TAGTTTT-A-AT-GCAATTG---T-------T--ATGC-T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A-C--A----A----TAAC-TGTGTT---GA-AC-ATG--T-----A--TGG-G--C-ATTC----TTA--AAA---------------GA----GA----------AAAGCGCAG-----------C---------------A------A--TGCATGAATTACAAGTGTCTAG---C-AATTC--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--AT----TTT--AT-CGGTCTG--------A-G-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACATTTACTTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATAG--CA-TG---C-AT--AG-------C-T--------------T----CTA---------G--A-TT------TCAA---CAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAAG--C-ATG--TG-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---C-------T--A--C-TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A----------C--TTTTTA----C-AC-T---GT---AT-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--GAA---------------GA----AA----------A-------------------TGGATAATGAATTACAA------G--TG----------------CTAG---C-A--TC--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--GT----GAC--AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G-GAC-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--GAGAAC---G-AA-A-TC-AC-CAATCA-G-----TCATTAG-G-----C----TA---GTC--TAT-ATATCA-C--A--AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---T-CCCGTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAA---A---C-TCAATATAA-TG----CAGTC--GT--C-ACC--ATCTTTGAT-A-T-A----TTA--T-T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAA--CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACTATCTCTAA-TA-T-CT-GA--ATAA---G-A---C------------G----TA-------------C--CTTTTTAAT-A-T-ACTTATCA--CATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATATTGCAATGT-----AAC--GTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCA---T-----T---GA-T-CAGTACA------TACG-T-TT-G--TTCA-----AGGA--A-ACA-ACAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G---AAGAC--C----CC--TATCTA-CAAATAA-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA-G---CTACATT-TATT--GC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
blockSeqs : G AAAA A T GG TCTG . ATT G TGACAGT CATTTTAA ATT TT . GAAGG A A AATAATTCGGGATTTAAGGG A G C AA A . GA CT . T AAA AT . AAACC A G . ATAAA ATC C T A T ACATTTACTTAT G TG T A TA T . A TA TCACTTGCTTCTATGTAG AAA GTG GCTCGATGTGTC . G . GG . TT A GT CA T G CTACTATCGTCTGATTTA A G G TA AG CTTTTTAC T GTG . . T CTAGAA . GGG G T TCTT CA GAGAAAAGCGCAGCAATGCATGAATTACAAGTGT GGG A AT CCATCAT . G . AA T A T AGT CAAG A TTT TTAAT TT A GT CCTGGGAAGG . GA . A GGG T AG TA GCG G C . C A CAATAACCTTGGTTGGGTCAT A TA TAGTCTCTTCA GT . TA CCTCCC A T . T G G AGGGGACC ATA T CGAC CGGTCAAC TA G T T T CTTA AT TAAAAAC GGA . AAACATTATAA . A GTCCATA A TT ACAA TTTTA G C . A ATAATTT CCCCC A G T T GTCCGTG AGG GGAA T AA GTG . G C . AAATTTATTCTAAAAATATTGCAATGTAACGTATTTTAACGATGATGACTAGTCTGC G GAA T G GGGC . AGGA GAA A T G TACAATTTGAA . G C T GC A . AAT TCT C T C A GT A ATTGT AT CG TGG TAGTGTG C C TGTATGT AT . G TCACC TTAA C T TAC . CA AACAAGCCTATTAAGC T CC A A AA . T AAC . TC T ATT . GGG T G TT . A T G CC . A . G A GCT . . GT GA . G TT T GGA C C A TGA A
blockSeqs : G A A . . . . T . ATTGGA TAA GA . . GAG A A AAATTCGGGATAA . . . G . . . . . . . . . . T . . TATAC . . C . . TTATTACCTAT . AT . A . . . . . CAAGGATCTATATTT . G CG . . . . . C . . C . A TTACAATCTACT . . . . . CACCCAA . . . . . TAT . TT . . . C GAAAAAACCCAAGATGATGATATATAGGTTG . . . CAAT . . . . C . T . . . . ATAAG A . . CAG . . . . . . . GA . . . . . . AATCAGTCATTAGGC . . TATATCACA . . A CCCCAC . . . . . . AGGAAC . . . GTGCCAGC . T . . . . T GAGACC G . AA . . AT . T . . C . . . TTTA GAA . . . . TCAAA AG GAA T . . . . . . TAAAGTTATTTATATAATAGCATTAGTAAACAAGATTTACGTC . . . . TTC . GA A G . . AAATTTA . . A . CC . . . C . . . G G . GCTT . TG . CATTT . . TGTAT TG . . TCAC ATA . . G . . TAGGTAAAGGTCC . CA . . . . G . . . . TT . A . . . . G . . CA . . . . . . . . A . . . T . G . . . G A
blockSeqs : . A . . . . . . . TACA TAA GG . . AG . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . ATAT . . C . . GTATACCCAT . TA . A . . . . . CTTAGATCTATATT . . . . . . . . . . . C . . GTTTTACCT . . . . . ATCAAT . . . . . T . T . . . . GAAAACCAGATGATGAATTATAAGTG . . . ATC . . . . . . . . . . . TATG . . . ATG . . . . . . . . . . . . . . CCACTGGTTAGTCA . . GTCTCTCA . . . CCTCC . . . . . . AGACA . . . GTCCAG . C . . . . . AACC G . AC . . AT . T . . T . . . TCTT TC . . . . TATTG . . T . . . . . . ATATTAATTGCTTAAATATGCATGTAACGTTCTACGC . . . . GT . CA A G . . GTTA . . . . C . . . . . . . A . . TATT . . . TACAT . . CAT T . . TCAC AA . . . . . TATGTAGGCTCCC . C . . . . . . . . . AT . C . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . G . T . . . . A
blockSeqs : TA T . . AT . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAGT . . C . . GTACCTATT . T . A . . . . . CCTTCTATTACTT . . . . . . . . . . . G . . TTATGCT . . . . . ACAATA . . . . . T . T . . . . GAAAATGGATAATGAATTACAAGTG . . . ATT . . . . . . . . . . . AAT . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . AAACTGGTTGGCGT . . GTCTTTCA . . . CCCCC . . . . . . AGGA . . . GTCAC . T . . . . . AACC A . AT . . GT . T . . T . . . TT . . . . . TGAA . . A . . . . . . TAAATATTCTTAACAATATGGCATGAAGTGCTTAC . . . . TC . T A G . . TA . . . . C . . . . . . . C . . TAT . . . ATT . . TT T . . CAC AA . . . . . TAGTATAGGC . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . T . . . . A
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . AT . . C . . GTATAT . T . A . . . . . CTTCTATATAAC . . . . . . . . . . . C . . TTACT . . . . . ACAAT . . . . . T . G . . . . GGAAACCAGATGTTATAATATCTT . . . ATG . . . . . . . . . . . ATT . . . AA . . . . . . . . . . . . . . AACTGGTTGTCA . . TTTCGAT . . . TCCC . . . . . . GAC . . . TCA . C . . . . . ATCA . . C . . AT . T . . C . . . TT . . . . . TG . . T . . . . . . TGATTCTAAAATATGGCAGAACGCTTTACGC . . . . TC . A A G . . TA . . . . T . . . . . . . C . . TT . . . TG . . TT T . . CTC A . . . . . TAGTATGTC . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . CTTCTAATATT . . . . . . . . . . . A . . TTACT . . . . . ACAAT . . . . . C . G . . . . GAATATACATTCAAGTTG . . . AT . . . . . . . . . . . AAT . . . AG . . . . . . . . . . . . . . AACTGTTGTCAC . . GTTCTTA . . . CCC . . . . . . AAC . . . . . C . . . . . . . T . . . TT . . . . . TG . . A . . . . . . AATTATTCTTAATTATACATATACGC . . . . T . A . G . . TA . . . . T . . . . . . . T . . TT . . . TG . . C C . . TCC A . . . . . TAGAAGACC . C . . . . . . . . . N . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . CTTCTACATT . . . . . . . . . . . C . . TACT . . . . . ACAAT . . . . . T . G . . . . GAAAAAACCCATG . . . AT . . . . . . . . . . . AAT . . . AG . . . . . . . . . . . . . . TA . . GACC . . CCT . . . . . . GAC . . . . T . . . . . . . . TT . . . . . TA . . A . . . . . . TTCACAACATGTAACGTTTTACGC . . . . C . G . . . . TA . . . . C . . . . . . . . . . TT . . . TT . . T G . . CCC A . . . . . TAGTAAGC . N . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CTTCTAGATT . . . . . . . . . . . . . . . ACAAT . . . . . T . G . . . . GAATTG . . . A . . . . . . . . . . . AAT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . C . . . . . . . . . . TT . . . G . . T T . . CAC . . . . . . TAGTAG . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGT . . . A . . TT . . . G . . . T . . TCA . . . . . . TACTA . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TAA******** G************* ** ****** ** *** ATAT**** GTATACCTAT************ ** *** ** C** TTACT**************************** **** ACAAT**************** *** ** G*** ****** AAT********** ** AACTGGTTGTCAT***************** *** GTCTCTCA******* ** CCTCC* AGAC****** GTCAC***** AACC************ *** AT*********** T**** TT********* TG********** TC***** A***** G*** TA**************** ** ***** CCC***** AA*** TAGTAGGC************************* ** ** *** T****** ** *** ****** T*** G***
originalCons : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACAAAAGT-----------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTT-TA-A--TAA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATG-G--C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------A-------------------T---------------A------A--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAA--A-C-----TGGTT-G-G-----CG--GTA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCT-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGG-A---C-TCAAT---A-TG----CAGTC--GT--CAACC--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TAT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TTCACC---AGAA--A-ACA-ACAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--TAAG----C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
finalCons : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATTTAA--------CAAAG-------------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-C---ACTTATAT----AA---C-TTAGCCCTAAA-GTAGGC-CCACATGTATACCTAT------------TTTTTCAG-CA-T-G-TATATTA--CA-TG---T-AT--AA-------C-T--------------T----CTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG--TA-TA--TTTC--GT-GC-ATTGTTACT----------------------------GT----A-T-CC--A--AAACAAT----------------AC-T---TT---GA-AC-ATG--T-----A--ATGG---C-A-TC----TTC--AAA---------------GA----AA----------A-------------------T---------------A------A--TG----------------CTAG---C-A--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CTAAT----------TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--AC---G-AA-A-TC-AC-CAACTGGTTGTCAT-----------------GTA---GTC--TAGTCTCTCA-------AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCC-T-CCTCTAA-TA-T-CT-GAC-ATAAAAGAC------TCAAT---A-TG----CAGTCGTCAC-----C--CTCTTTAAT-A-T-A----TCA--TATAACC------------TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAGAT-----------T-AAT----ATAT----TT-----TCT-TC-G-TTTT---------AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTTTG----------GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-ATTC-----GT-TTAA-----TG--AAAG---TTG-T-TTTTTA----------------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TACG-T-TT-GT-TCCC-----AGAAAA---CA-ACAA-TTT---TC-C--AAATAGTAGGC-------------------------CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAAT------CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTAT---TTTTAC-AAG---A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 11 2222 111 44444 1 222222222 22222222222 666666666666 11 11 11111 1 77777777777777777777 333333 111 11111 111111 1111 55555555555555555555555 111 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111 222222222222 11 1 333333333333333333333333333333333 111111 111111111111111111111 111 11111111 11 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1111111 1 111111 1111111111111 11111111 11 111 11111111111 22222222222222222222 111111111111111 11 1111111 1 11111111 1111 111111111111111 111111 2222222222222222 111 111 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111 11111111111 22222 333333333333 111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222 111 222222222222222222 11111 111 222222 11 3333333333333 3333333 11111111 11111 111 2222222222222222222222222222222222 1111111 111 111 111111 1111 111
lowQualScore : 2 0000 3 0 33 1111 777 0 33333 9 111111111 22222222222 8 000000000000 99 11 77777 3 3 77777777777777777777 5 5 5 000000 5 5 77 77 77 0 5 000 77 5 22222 6 5 5 1 5 222222 2222 5 6 77 5 5 88888888888888888888888 4 000 66 00 4 777 4 66 33333333333333333333333333333333333333333333333333 777 222 888888888888 4 4 4 22 4 4 66 4 66 666 5 0 333333333333333333333333333333333 111111 4 66 66 777777777777777777777 777 222 4 4 44444444 55 4 4 9999 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 00 5555555 4 4 4 66 3 4 8 888888 8888 4 777 4444444444444 99 4 55 88888888 444 4 66 66 4 777 4 66 22 222 4 4 66 8 55555555555 66666666666666666666 66 555555555555555 66 66 33 0000000 5 5 0 5 5 0 77777777 5 5 888 0000 0 777777777777777 5 5 666666 9999 3333333333333333 222 111 66666666666 6 6 0000000000000 5 33333 0000 22222 5 5 5 5 55555555555 88888 5 5 5 5 111111111111 333 7777 5 66 777 5 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 888 5 5 0000000 5 555555 000 9999 5 5 333333333333333333 66 4 8 4 555 4 11111 777 222 4 4 4 9 99 4 000000 55 11 777 0000000000000 4 4 0000000 4 4 4 4 4 4 33333333 88888 4 4 4 111 4 55 5555555555555555555555555555555555 99 0 444 4 4 55 55 8 777 777 55 4 5555555 4 555 4 4 55 4 8 4 4 000 55 3 666 3 3 666 3 3 88 55 000000 3 6666 3 0000 3 3 3 111 9
lowQualScore : . .... . . .. .... ... . ..... . ......... ........... . ............ .. .. ..... . . .................... . . . ...... . . .. .. .. . . ... .. . ..... . . . . . ...... .... . . .. . . ....................... . ... .. .. . ... . .. .................................................. ... ... ............ . . . .. . . .. . .. ... . . ................................. ...... . .. .. ..................... ... ... . . ........ .. . . .... .. ........................................................................................................... ... .. ....... . . . .. . . . ...... .... . ... ............. .. . .. ........ ... . .. .. . ... . .. .. ... . . .. . ........... .................... .. ............... .. .. .. ....... . . . . . . ........ . . ... .... . ............... . . ...... .... ................ ... ... ........... . . ............. . ..... .... ..... . . . . ........... ..... . . . . ............ ... .... . .. ... . . . . ................................................................................................ . ... . . ....... . ...... ... .... . . .................. .. . . . ... . ..... ... ... . . . . .. . ...... .. .. ... ............. . . ....... . . . . . . ........ ..... . . . ... . .. .................................. .. . ... . . .. .. . ... ... .. . ....... . ... . . .. . . . . ... .. . ... . . ... . . .. .. ...... . .... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 8888 2 0 88 2222 555 2 55555 0 222222222 88888888888 0 000000000000 00 00 00000 3 5 99999999999999999999 7 7 7 000000 7 7 99 99 99 7 7 000 99 7 55555 2 4 7 7 7 777777 1111 7 6 99 7 0 00000000000000000000000 4 888 33 66 4 888 4 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333 888 222 999999999999 4 4 4 22 4 4 11 4 99 222 0 0 222222222222222222222222222222222 000000 4 11 11 222222222222222222222 888 222 0 0 33333333 00 4 4 4444 66 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 66 9999999 4 4 4 11 3 0 0 555555 5555 0 000 1111111111111 55 0 55 55555555 666 4 11 11 4 888 4 11 22 222 4 4 11 9 55555555555 66666666666666666666 99 111111111111111 99 99 66 9999999 0 0 0 0 0 4 88888888 0 0 888 6666 7 000000000000000 4 0 666666 3333 8888888888888888 888 777 88888888888 7 7 5555555555555 7 77777 6666 55555 4 0 0 0 11111111111 11111 0 0 0 0 888888888888 999 2222 3 11 888 0 0 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 0 0 1111111 0 555555 111 0000 0 0 111111111111111111 11 4 9 4 222 4 11111 888 222 4 4 4 7 55 0 000000 55 00 000 4444444444444 0 0 4444444 0 0 0 0 0 0 88888888 33333 0 0 0 000 0 55 0000000000000000000000000000000000 55 7 111 0 0 55 55 0 000 000 55 0 5555555 0 000 0 0 55 0 0 0 0 444 00 6 444 6 6 444 6 6 66 00 555555 6 3333 6 0000 6 6 6 000 4
consensus : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACA-AAGT-----------AATT-CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-CAC-TTATA-T-AA----C-TTAGCCCT--AAA-GTAGGC-CCACAT--GTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-GT-ATATTA--CAT-G---T-AT--AA-------C-T--------------TCTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT-----A--ATGG--C-A-TCT----TC--AAA---------------GA----AA---------------A-------------------T---------------A------A--TG----------------C----TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-T--C-ACC----AA--C--TGGTT-G------TC-ANG-TA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCC-TCCTCT-AAT-A-TCT-GAC-ATAAAAG--A----C-TCAATA-T---G----CAGTC--GT--C-A-CC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TAC-G-T-T-T-G-TT----CC--CAGAA--A-ACA-A-CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--T--A-GG--C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
Reference ( family-870 ) : NNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----AAA---TAGGGAG--T-CTATGGCAGAA--T-ANA--CCATT-----TA---ACA-AAG------------AAT--CCCT--GCGGA--GTTTA-TAAAAA--------------------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----CAAAAATG-CAC-TTATA-T-AA----C-TTAGCCCT--AAA-GTAGGC-CCACAT--GTAT--ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-GT-ATATTA--CAT-G---T-AT--AA-------C-T--------------TCTA---------T-TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT-----A--ATGG--C-A-TCT----TC--AAA---------------GA----AA---------------A-------------------T---------------A------A--TG----------------C----TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-G-GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-T--C-ACC----AA--C--TGGTT-G------TC-ATG-TA---GTC--TA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCCCCTCC-TCCTCT-AAT-A-TCT-GAC-ATAAAAG--A----C-TCAATA-T---G----CAGTC--GT--C-A-CC--CTCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAG--AGG---GTCG---------ANAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAANTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GA----TA--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AANTTG--AAA-GC-T-T-TCTA--AT--GT---GCA---T-----G---GT-G-CAGTACAT-----TAC-G-T-T-T-G-TT----CC--CAGAA--A-ACA-A-CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--T--A-GG--C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT-CT---CCTTTTC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTT
gi|1 : CCCCCCCCCCCCCAAGAAAA----GCATTCAGAT-CAAAAT--TTGA----GAAAATTAGGCAGATC-CTATGACAGAA--T-CGA--CTATT-----CATTTGCAGAAGTGTTTTTAATAAAAT--TCTTTCGCGGA----TTA-TAG-----------------------GCTCCGA-A-C-TTCGCAAGCGTGGAGGTAGGATA-TATG--AC--TTTGAATGT-CATACAA---TC--CCTACCA-----CAAAA-TG-C-C-TTATT-TTAA----C-GTGACGCTTAAAA-GTAGGC-CCACATATGTATTTACCTA-TAATTTTGTCTTTTAA-CA-T-GT-ATATTAA-CAT-GGGAT-AT--AA-------C-TTTCATATTTATATTTCTAATGGTTTCAT-TG-TTGAGAATTCAA---CA----A------------TAT-GCAGAGAAAGTTATAGG-T--A-TA--TTTTC-GT-GC-ATTG---T-------TCTA--C-T-------------GTTATGA-T-CC--A--AACGGGA-G--A----AGTTGT-ATT---CTAGTGACAC-ATGT-----AGAATGGG-C-A-TCT----TC--AAATTTTATACCCAGATAGATCTAAA---------------G-------------------TGTACA----------A------G--TG----------------C----TAG---CA--TC--AT--TCACATT-TCGC--GCAAA-T-AGGGTTAGTTATA----TTT-T---TTTCGTA--ATCCTTTCT--AT-CG--CTG--------A-G-AAGCA--AGGAG-TGG---A-ATCTT--AA--TCG---AA-AAT--CTACC----AAATC--TGGTT-GCGTAAATCGAAG-TAAATGTT--TA--GTCTTT-ATAA--AG--TTCAATTTTTGATTT--AATCCCCCC------TCCTCT-AAT-AATCT-GAC-ATAAAA--------C-TCAATA-T---G----CAGTC--GT--C-A-AC--CT------T-AT-A----TCA--T-AT---ATTA--CCACTCATAA--AGGCGGGTCG---------AAAATTCA-TAGTCGGGTAT-----T-AACATT-ATTT----TT-----TCT-TCCG-TT-----T--TTTAATTT-----CAA-TT-T---GTT-GCT-----G---GAAGA---AA----TAAATT--CT---TGCA-TATTCGAC-AACTTGAGA----AA--T------TT-CT-AA-ATTAAAAAATATG-CA---T-----AAT--G--T-TTAA----------------CG-TGTTTTTAACTGCTTC-TAT---GA-TT-CT--T-CTCGTATTA-AGATGTG--AAACAGATTG-T-TTTT-----TTTA---------ATGTGAAA-TT-TAA-T-A-AG-GACAATTAA---TC---T-TTC-A-AAATTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----T---GT-G-CAGTACAT------AC-G-C-T-TCG-TTGCATCC--TGAGA--A-ACA-AACAA-TTT---TTTC--AAA--------TTTTTATA-G--T--A-AG--C----CCCCTATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCCAACT-CT---CCTTTTCTTTT--TA-TTTTTTAA--TTCAACAGGAGAGATA---CTA-A-T-TATT--GCAA-G-C-TA-C-AGTTG-TAACAA-GT-AGG---TCTCTGAAG--T--GAACCTCCT-CTCA-TGGTTTTAC-AAGG--A-AAT-TC-ATAT---GCA
gi|10 : aacaacatgacaattcacgcaggaagagttaaggaaatcgattagattgtttatttcattataatgcacatttccaaaaactactaggaattgatttcggtatattatgtatatacatcttatactcagtttgaaaaaaagaaacattttgagtataaaagtgtactgagggtttatacgtggctaccttacttcaatagtattactgctaagtgaagtgggcgttatagagaacaagacagcacatatgcattgcttacaaaataatacaaaaaagaatctcaatagaaggacatgatctatgtttattttgggggcccccatgctgttataatacaaaagaattatctaaaatacaagtacgaagattattggtgaaaaaaatcaaacaaaccgtttagataacttgctaggattattttatacgtttcaatcttcgggtaagttgatgctttaaaacatttttggtggtttatttatatgctttgtattaagtaaacattgattttagatttagtctaattcattatagcttaccacattcgttacttaaatggattttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacattattgctgtgtgaaaagaacgcatgcatcattatatgtacattatgttgtcttctcttattaaactggtcaaaagtaggaaata--CTGTTTAATTATTA----TCAATT-AT---G--AGACC-----TAG--AGG---GTCG---------AAAATT-AATAG------GTCCATAT-AA---TTATAA----TT-----TGTCTC-G-TTATAATT--T--AATTT-----CAAATTGTT-GGTTTGTT-----TCAAA--GA---AA----GAA-TT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-GG----TA--AAGTTATTT-AT-AT-A-------ATA--GCA---TTAGTAAACAAG--A-TTTA----------------CGTC-------------TC-CGT---GATCT-ATGGG-C--GC-TCC-T----TA--AAC---ACGG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TTCTAA-TGC-AGAAA-----AA---TC---TCTCATA-AAATTGGTAAA-GC---T-TCTA--ATCGGT---GCA---------G---GC-C-CAGT-CA-------AC-GAT-T-T-GATT----CA--C-GAATTA-ACA-A-AAC-TTTTACTC-CCAAAA--------T------AGG--TAAA-GGTCC----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CT--T---CCTTTT----T--TA-TTTT-AAA--T----CGTAAGAGA-GA--GTACA-T-TATT--GC-A-GTC-TA-C-A--T--T---AA-GT-A-G---TC-CTG-GA--T--GA------C-CTTA----TTTTAC--A-G--A-AAT-TC-ATATTGAACATGCAATGGTTgtcgat
gi|11 : accttt-----TA---ACA-AAT------------AAT--CCCT--GCG-A--GTTTAATAAAAAAAATTCGGGATAA-------GCTCCCG-G-C-TTCGCAAGCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-CAC-T--TA-T-AA----C-TTAG-CCT--AAA-GTAGGT-CCACA------------------------TTTTCAG-CA-T-GT-ATATTA--CAT-G---T-AT--AA-------C-TTAGA----------TCTA-----------TA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-ATGT-----A--ATGT--C-A-TCT----TC--AAA---------------GA----AAACCAGATGATGAATTA-------------------T---------------A------AG-TG----------------C----TAG---CA--TC--A---TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-AGTG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A---GAG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-T--C-ACC----AA--C--TGGTT-G------TC-A-G-TA---GTCTATA--GTCTCT-C--A--AG--TTCA--TTTTGATTT--ACCCCCCCC---CC-TCATCT-AAT-A-TCT-GAC-AT-AAAG--A----C-TCAATA-T---G----C
gi|12 : T----TT-----TCT-TC-G-TT-----T--TTAAACTTTC---CAA-TT-TTTGGTT-GTCGTCCGT---G--GA---AAGAA-TAATTTAACCGTGAG-A-TATTCGACCAACTTG-GA----TA--AATA---TT-CTTAACA-------ATATGGCA---T-----GAA--G--TGCTTA----------------C----------------CC-CG----GG-CTGAT--T-----T-CTA-AGGA-TGGAAAA---GTTG-T-TTTTGT---T--A---------ATG--AAAGTTATAA-T-C-AG-AA-----AAAATTC---T-TCA-A-AAGTTGG-AAA-G----T-TCTG--ATTGGT---GCA---TAGTGTG---GC-G-TAGTACACA----TAC-G-T-T-T-G-TT----CA--CAGAA--A--CA-A-CAA-TTT---TC-C--AAAAACAAGCCT------A-T--T--A-AG--C----CC--CA-CTA----ATAAATGT-AAAGCC--CTTCT---CCTTTTC---T---A-TTTTAAAAATT----CGGAAGAGA-GGGGTTACA-T-TATTTTGC-AAG-C-TA-CCA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AGA-TGAGA------C-CTTATT--TTTTAC-AA-GGAA-AAT-TCAATATG--GCATG
gi|13 : -----T-AA---T-ATAT----TT-----TTT-TC-G-TT-----TCTT--TATTT-----CA--TG-TT-GGTT-GTT-----TATTG--GA---AAGGAATAATTC--CT---AG-AGTATTCGAC-AACTTG-GGATATTA--A------TTGCT-TA-A-------ATATG-CA---TGT---AAC--G--T-TCTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--TTC--GT-TTAGA----TG--AAA---GTTA-TGTTCT-----T--ACAATTTGAAATG--AAA-TT-TAA-T-C-AG-AG-----AT---TCC--T-TCA-A-AAAGTG--AAAAGCAT-TGTCTA--AT--GTTGGGCAA--T-----T---GT-G-CAGTACAT-----TAC-G-TGT-T-G-TT----CT--CAGAA-----CA-A-GAA-TTTG--TC-C--AAA--------T------ATG--T--A-GG--CTCCCCC--TATTTA-C-AATAA-TGT-G--GCC--CT-CT---CCTTTTC---TTCTA-TTTTAAAAT-T----CGGAAGAAG-GC--CTACA-TGTATT--GC-A-G-CGTA-C-A--TGAT---AAGGT-AGGGCTTC-CTG-AAGTT--GA------C-TTTG-T--TTTTACTAA-T--A-AAT-----TAT---ACATGCAATGggcaaatgtgtttcca
gi|14 : g---AA----TAATTC--CT---AG-A-TAGTCAAC-AAATTG-GA----AATTA------TT-CT-TA-A-------TTATA-CA---T-----A-----------TA----------------CG-C-------------TC-CCT---GG-CT-AT----C--GT-CTACA----TG--AGA-----TG-T-TTTTAAATTT--A---------ATA--AAA-TT-TAA-A-T-AG-AA-----AT---TT---T-TCA-A-A-CTTG--GCA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCACATT-----T---GT-G-CAGTACATGTATGTAT-G-T-T-T-G-TT----TC--CAGAA--A--CA-A-TTA-TTT---T-----AAA--------T------A-C--T--A--------------TAGCTG-C-AATAA-TTT-A--GCC--CT-CT---ACTTTTT---T--CA-ATTTAAAAA-T----CGGA-GAGA-G---CTACA-T-TTCT--GT-AGG-C-TC-T-G--TG-T---AA-----------C-----AG--T--AA------C-CTTA-G--TTTTAC-AA----------TC-A-AT---TCATGCAATacttt
gi|15 : TTTAATAAAAG--------------------CCTCCCAAG-C-TTCGCAAGCGCGGGT------TA-T-TG--AC--TT--GATGT-CATACAA---TT--CCTAC-A-----CAAAA
gi|18 : tgcttaaaacattttttgaataaattaaaaatcaagctttaatttattgtacatattgcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatttTT-----T--A---------ATA--AAA-TT-TAA-T-T-AG-AA-----AT---TC---T-TCA-G-AA-TTG--AAA-GC---T-TCTAATAT--AT---GCA---T-----ACATGT-G-CAGTTCATGTA--TAC-G-T-T-T-G-TT----CC--CAGA-------A-A-CAA-TTT---TT-C--AAA--------T------A-GTAT--A-GG--C----CCT-TAGCTG-C-AATTA-TGT-A--ACC--CT-CTAACTTTTTTT---T--TATTTTTAAAA--T----CG--AGAGG-G---CTACA-T-TACT-----------------------------GT-AGG---AT-CTG-TG--T--AA------C-CTTA-T--TTTTAT-AA-T--A-AAT-TC-ATttattc
gi|19 : a-AC-ATGT-----A--ATGGGGC-A-TCT----TCCAAAA---------------GA----AA---------------A-------------------A---------------ACCC---A--TG----------------A-----AA---AA--TG--AT----G-AAT-T-ACAAG-AAA-TTGGTG------ATA----TTT-TTTTCT----A--TT----TTT--ATATA--CTGC-------A-G-GAG-A--A------GG---A-A------AA--TGG---AA-A-T--C--------------------------------TA--A---GTC--TA--GACC-------------------TTTT-ATTT--ATCCCCC---CTTC-CCTTCTAAAT-ATTCT-GAC-AAAAAAGGAA----C-TAAATA-T---GCGACCAGTC--GTC-C-A-GCTATTTTTTAAT-Agc
gi|2 : ggttCCCCCCCCCCCCTCACCTCCCCCCAAGAAAAA---GCATTCAAAA-AAAGAT--TGGATCTGAAA---TAGGGAA--TTCTATGGCAGAAATT-GGA--CCATTCATTTTA---ACA-AAATT----------AATTTCCCT--GCGGAAGGTTAA-TAAAAAAATAATTCGGGATTTAAGGGGCTCCCG-GGC-TTCGCA-GCGCGGGGG-----TA-T-TGGAAC--TT--GATTT-CATACAAAAATC--CCTAC-A-----CCAAAATGGCAT-TTATA-A-AAAATCC-TTGCCTTT--AAA-GTAGGT-CCACAT------------------------TTTCAGGCA---GT--TATTATACAT-G---T-ATTAAA-------C-AAGGA----------TCTA---------T-AT-TT------TCAAAAACA---CA------------T-T-GCAG-GAAAGGGA-ATG-T--AATA--TTT-C-GTTGC-ATTGGTTT-------T--A--CCT-------------GT----A-T-CC--A--AAC---A-CCCA----A------ACT---TT---GA-AC-ATGT-----A--ATGT--C-A-TCT----TCC-AAA---------------GA----AA---------------AAACCCAAGATGATGATATAT---------------A------GGTTG----------------C----TAGGGGCA--TCC-AA--TCA-ATT-T-GC--GTACA-TTAGTG------ATA----TTT-T---TTTT--A--AT----TTTTTAT-CG--CTG--------ATG-AAG-A--A--AAATGGGGGA-ATCTT--AATAACGG--AA-A-T--CCACCCAATAA--CCTTGGTT-GGG----TC-ATG-TAA--GTC--TATAGTCTCTTC--A--AG--TTCA--TTTTGATTTA-ACCCCCCCCCCTCC--CATCT-AAT-A-TCTGGAC-AAAAAAG--GGGACC-TCAATATT---G----CAGTTCGGT--CAA-CC--TTCTTTAAT-AT-
gi|20 : aaattcccatctcttaattgcccttaatattaaaaacaaatgaccaattccaccgcaaagcgccaagagtaagaaaatcgattcatgattgtaatttttcattattaatgcacattcaatataaactacttggaattgattccgcttatcattattatgtattaacatcctttgcttctcatttgaaaaaagagccaaattttgaaagtataaatgttgtaatgatatacgtgggctatacctctaaattattttatggcaagagcttcttatagagaataacaaaaacaacacaacattgcatggccacaaaaattataacaaaaagcaaaattcgattcgtaaaacttgaatgccatgctgtttaaatataaaatacttatctaaacataatccaacgcacggaagaataattaaaaaatcataacagaaaaccgttaataaacttgccatagggtatttgctttaacgcttttcaatcctcccaggtattgatgcttaaaacatttttggtgtatttatgctaatgtaacattgagtttaggattaagatctaaaattcattacaagcttgtaccatacccatttctgttacttaaatgaggttttcaacattgaaataaaaaaacatcccaagctataatttattgtaccataaatttgcttgaaaaggaaaggggcatgcaatcctatatgtacattattgttgtcttcctctattaaagttcataaagggtaggaaccaTG--AAA-GC-T-T--CTA--AT--GT---GCA---T-----G----T-G-CAGTACAC------AC-G-C-T-T-G-TT----CA--CAGAA--A--CA-A-CAA-TTT---TC-C--TAA--------T------A-G--T--ATGT--C----CC--TAT-NN-N-NNNNN-NNN-N--NNN--NN-NN---NNNNNNN---N--NN-NNNNNNNN--N----NNNNNNNNN-N---NNNNN-N-NNNN--NN-N-N-N-NN-C-A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-TTG-AG--T--GA------C-ATAA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGATTtat
gi|21 : T----A-T-CC--C--AA----ATC--A----A----T-ACT---TT---GG-ACTATGCTAGAAA--ACAG--A-A-T----------GAT---------------GA----AT---------------A-------------------T---------------ACATTCAAGTTG----------------C----TAG---CA--TCCCATCATCA-ATA-T-GC--G-AAA-T-GGTG-------TA----TTTAT---CT----A--AT----TTTA-AT-TG--CTG--------A-A-G----------A-TGG---ATATCTTAGAA--GCG---AT-A-TCAC-ACC----CA--C--TGGTTAG------TC-A-G-TA---GTC--TA-----TTT-C--GATAG--TTCA--TCTTGAtt
gi|22 : -----CAAAATTC-CACCTTATA-C-AA----CCTTAGCCCT--AAA-ATAGGCTCCACAT--G--T--ACCTATT-------TTTTTCAG-CA-TGGT-ATA-TA--CAT-G---TAAT--AA-------C-T--------------TCTA---------A-TA-TT------TCAA---CA---CACG----------T-TGGCAG-GAAAG--A-ATG-T--A-
gi|24 : TTCAG-CA-T-GT-ATATTA--CAT-G---T-AT--AA-------C-T--------------TCTA-----------CA-TT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAA---A-ATG-T--A-TA--TTT-G-GT-GC-ATTG---TTACAATCT--A--C-T-------------GT----G-T-CC--A--AA----A-C--A----A----T-ACT---TT---GA-AC-Aatag
gi|25 : -A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-TC-ATAT---GCATGCAATGGTTcac
gi|27 : A-T-AGTG------ATA----TTT-T---AT----ATAAG----CTT--AT-CA--CTG--------A-G-GAG-AGAA--AA-TGG---A-ATCTT--AA--ACG---AA-A-C--C-Atccac
gi|3 : CCTCCCCCCCAAGAAAAAAAAGC-TTCAGAT-CAGAACGGTTGA----AAA---TAGAGA---T-TTATG-CAGAA--TGACAGTCCATT-----TA----CA-AAG------------AATT-CCCT--GCGGA--GTTTA---ATAA--------------------GCTCCCG-G-CCTTCGCAAGCGCGGAAAA----TAAT-TG--AC--TT--GATGTTCATACA----TC--CTTAC-AAAACCCAAAATTG-CAC-TTATA-T-AA----C-TTAGCCCT--AAAAGTAGGC-CCACAT--TTATT-ACCTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-GTTATATTA--CATTG---T-AT--AA-------C-T--------------TCTA---------TATA-AC------CCA----CA---CA------------G-G-GGAA-ATAAG--A-ATG-TTTA-TA--TTT-C-GT-GCGATTG---T----------A--C-T-------------GT----AAT-CCTAA--AA----A-C--A----A----T-ACT---TTT--GA-A--ATGT-----ATAATGTT-C-C-TCTCTTTTC--AAA---------------GG----AA---------------ACCAGATGTTA---------T---------------A------A--TA----------------TCTTTTAG---CAA-TC--AT--CGA-ATT-T-GC--G-AAT-T-AG-G------ATA----TTT-T---CT----T--ATG---TTT--AT-CG--CTG--------A-G--AG-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--TA--ACGCGGAACA-T--C-ACC----AA--C--TG-TT-G------TC-ACG-TA---GTC---A--GTCTTT-C--A--AGGTTTCA--CTTTGATTTTAACCCCCCCCCCCCC-TCC-AT-AATTA-TCT-GACGATAAAAG--G----A-TCAATA-T---G----CATCC--GTGCC-AGCC--CTTCTTAAT-ATTA----TCA--TTAT---A--A--CC-----TA---AGG---GTAG---------ACAATT-A-TAG------AT-----T-AA---T-ATAT----TT-----TTC-TC-T-TT-----T--T--TATTTCCCCCCAA-TT-CT-GGTG-GTT-----T---GAAGA---AA----TAAATT--CT---AG-A--ATT-----------------------------TT-C--AC-A-------ACATG------T-----AAC--G--T-TTTA----------------CG-C-------------TC-CGT---GA-CT-AT--G-T--GT-TAG-A----TG---AA---GTTG-C-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT-TAATT-C-AG-AA-----AA---TCTCTT-CCA-ACAACTTG--AAA-ACGC-T-TCTA--AT--GT---GCA---------G---GT-GCCAGTAC-------TACAG-T-TAT-G-TT----CA--CAG-A--A-ACACA-CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--T--A-G--------CC--TATCTACC-AATAA-TGT-A--GCC--CTGCT---CCATTTC---T--TA-TTTTAAAT--C----CGGGAGA-A-G---CTACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA---A--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------CGCTTA-T--TTTTAC-A-----A-AAT-TC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
gi|4 : aaacatggagtttagattaagattctaaattcattatagctgtaacacattcggggtttacttaacatggttctttagcatgaataagattcaagctataatttattgtacatatgtttgaaagaaagcaagcactatatgtacatattgttgtctgcctttgattaaagttcaaagtagataCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCAA----AA---GCATTCAGATTCAAAAT--TTGA----AAA---TAGGAA-----CTATG-CAGAA--T-ACA--TCATT-----TA---ACA-AAGG-----------AAT--CCCT--GCG-A--TTTTA-TGAAAA--------------------GCTCCAA-G-C-T-AGCAAGCG-GGGG------TA-T-TG--ACCTTT--GATGT-CATACAA---TCATCCTAC-A-----CAAACATG-CAC-TT-TAGT-AA----C-TTAGTCCT--AAA-GTAGGC-CCACTT--GTAT--ACCCA-T-------CTTTTCAG-CAAT-GT-ATATTA--CAT-G---T-AT--AA-------CCT--------------TCTA---------T-TACTT------TCAA---CA---CA------------T-T-GCAG-GAAAG--A-GTG-T--A-TA--TTT-CAGT-GC-AA-G---T-------T--A--C-T-------------GT----A-T-CA--A--AA----A-C--A----A----T-ACG---TT---GA-AC-ATGC-----A--ATGG--CGA-TAT----TC--AAA---------------GA----A------------------------------------T-------------------------TG----------------C----TAG---CA--TC--AT--TCA-ATT-T-GC--G-AAA-T-A-TG------ATA----TTT-T---CT----A--AT----TTT--AT-CG--CTG--------A-GTGGG-A--A--AA---G---G-ATCTT--AA--AC-----A-A-T--C-ACC----AAA-C--TGGTT-G------GC-GTA-TA---GTC--TA--GT-TCT-T--A--AG--TTCA--TTTGGATTT--ACCCCCCCCCCTCCCTCCTCT-AAT-A-TAT-GAC-ATTAAAG--A----CATCAATA-T---G----CAGTC---T--C-A-CC---TCTTTAAT-AT-A----TCA--T-AT---A--A--CC-----TAGGAAGT---GTCG---------ATAATT-A-TAG------AT-----T-AA-----ATAT----TT-----TCT--C-G-TT-----T--T--AATT------CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GA---AA----TAGTTT--CT---AG-A-TATTCGAC-AACTTG-AA----TG--A------TT-CT-AA-A-------ATATGGCA---G-----AAC--G--C-TTTA----------------CG-C-------------CCGCGT---GA-CT-AT--T-C--GT-TTA-A----TG--AAA---GTTG-T-TTTT-----T--A---------ATG--AAA-TT--AA-T-CCAG-AA-----AA---TC---T-TCA-A-AATTTG--AAA-GC-TAT-TCTA--GA--GT---GCA---T-----G---ATCG-CAGTACAT-----TAC-G-T-T-T-G-TT----TCACCAGAA--ATACA-A-CAA-TTT---TC-C--AAA--------T------A-G--T--A-AG--C----CC--TATCTA-C-AATAA-TGT-A--GCC--CC-CT---TCTTTGC---T--TA-TTTTAAAA--T----CGGAAGAGA-G---ATACA-T-TATT--GC-A-G-C-TA-CAA--TG-T---AA-GT-AGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--ACAATCTC-ATAG---GATTGC-ATGGTTtccg
gi|7 : ccAA--------------------GCCCCCG-G-C-TTCACAATCGCGGGG------TA-T-TG--AC--TT--GAT-T-TATACAA---TC--CCTAC-A-----C-AAAATG-ATC-TT-------A----C-TTAG-CCT--AAA-GTAGGC-CCACAT--GTAT--A--------------TTTACCG-TA---GT--TATTA--CAA-G---T-GT--AATCACTTGC-T--------------TCTA---------TGTA--G------TCAA---CAG--CAGCTCGATGTGTCT-T-ATGG-GAAAA--A-ATGCT--A-TAGTTTT-A-AT-GCAATTG---T-------T--ATGC-T-------------GT----AGTGCC--AAGAG----A-C--A----A----TAACTGTGTT---GA-AC-ATGT-----A--TGGG--C-ATTCT----TA--AAA---------------GA----GA---------------AAAGCGCAG-----------C---------------A------A--TGCATGAATTACAAGTGTC----TAG---CAATTC--AT--GCA-ATTGT-GC--GCAAA-T-AGTGAGT---ATG----TTT-C---CT----A--AT----TTT--AT-CGGTCTG--------A-G-a
gi|8 : ttcgttacctaaataggtttttagcatgaataaataaaatatcaagctataatttattgtacatattgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAAGC-CCACAT--ACATTTACTTA-T-------TTTTTCAG-CA-T-GT-ATATAG--CAT-G---C-AT--AG-------C-T--------------TCTA---------G--A-TT------TCAA---CAGTGCA------------T-T-GCAG-GAAAG--C-ATG-T--G-TA--TTT-C-GT-GC-ATTG---C-------T--A--C-TATCGTCTGATTTAGT----A-T-CC--A----------C--TTTTTA----C-ACT---GT---AT-AC-ATGT-----A--ATGG--C-A-TCT----TC--GAA---------------GA----AA---------------A-------------------TGGATAATGAATTACAA------G--TG----------------C----TAG---CA--TC--A-------ACT-G-GC--G-AAAAT-AGTG------ATACAAGTAT-T---TT----A--GT----GAC--AT-AA--CTGCCTGGGAAG-G-GAC-A--A--AA-TGG---A-ATCTT--GAGAACG---AA-A-T--C-ACC----AA--T--CAGTC-A------TT-AGGCTA---GTC--TAT-ATATCA-C--A--AG--TTGA--GATTAATTT--ACCCCCTCCCCT---TCCCGT-AAT-A-TCT-GAC-ATAAAA---A----C-TCAATA-TAATG----CAGTC--GT--C-A-CC--ATCTTTGAT-AT-A----TTA--T--T---A--T--CA-----TAG--AGG---ATCGAAACATTATAAAATT-A-TAG------GT-----C-AA---T-GTATACAATTTTTTATTT-TC-GATT-----T--T--ATTTTGAA--CAA-TT-TT-GGTT-GTT-----T---G--GAAGGAA----TAAATC--CT---a
gi|9 : gaCCACCCCCCCACT-ATCTCT-AAT-A-TCT-GA--ATAA--G--A----C------------G----TA--------------C--CTTTTTAAT-AT-ACTTATCA--C-ATTAAA--A--AC-----TAA--GGG---GTCG----------CAATT-A-TAG------AT-----TAAA---T-ATAT----TT-----T-T-CC-G-TT-----T--T--AATTT-----CAA-AT-TT-GGTT-GTT-----T---A--AAAG-AA----GAAATT--CT---AT-A-T-TTTGAA-CACTTG-GAAAATTT--A------TT-CTAAA-A-------ATATTGCAATGT-----AAC--GTAT-TTTAACGATGATGACTAGTCTG-C-------------TC-CGTGAAGA-CT-A---T-C--GT-TTA-G----TG---AA---GTTGTT-TTTT-----T--A---------ATG--AAA--T-TAA-T-C-AA-GA-----AA---TC---T-TTA-A-AA-TTG--AAA-GC-T-A-TCT---AT--GT---GCA---T-----T---GA-T-CAGTACA------TAC-G-T-T-T-G-TT-----C--AAGGA--A-ACA-A-CAATTTT---TC-C--AAA--------T------A-G--A--A-GAC-C----CC--TATCTA-CAAATAA-TGCAA--GCC--CT-CT---CTTTTTC---T--TA--TTTAAAA--T----CGGAGAAGA-G---CTACATT-TATT--GC-A-G-C-TAGC-A--TG-T---AA-GTAAGG---TC-CTG-AG--T--GA------C-CTTA-T--TTTTAC-AA-G--A-AAT-GC-ATAT---GCATGC-ATGGTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): GCCCGTTTCACAAAAAGGTGGTAAATTTCAGCGTAACTTGTGGCCGACAACTAGTACACCAAAATTAGGACCGGCCTAAATCGCGTTTCACAAATTAAAAAGAGCGTATCGCGGGCGTAAATTTCGCGAGTTTAGTTCTAGACTTTGAGCATGCGCAAATACCTATATGATTTTGGTTTTGAGACTATTTTAAAACATCGAGGTGGATCAATGTGGTTTTAAGAAAATAATTATGAAACTTAAACAGAAATATAACTTCCAAATGTAATAGTATTTTGATAAATAAAGGCCCAAAACTCTGGTTATTTTAAGCAAATACATATTATAAGGGGATATTTGGTGTGAATTCGAAAATCAAGAAAATCCCCATTTTAATTGCATAATATTAACAAATTGAACAATTACCGCAAGGAAGGAGTTAAGGAAAATCGACATGATGTATTTCATTATAATGCACATTTCAATTAAACTACTAGGAATTATTCGGTATATATGATATGTATATACATCTTGCTCATTTTTAAAAAGAAGCATTTTGAGTATAAAAGTGTACCTGATATACGATGGCATACCTCTGAAATTATTACTGCTAAGGAGTCTTATAGCAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAATAAGAATTTATGTAACTTGATGACATGCTGTTATACATGTAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAGACAAAACCGTTATATAACTTGGCTAGTG
Unaligned ( gi|6 ): GCGTTGTACAATAGGGTGCTAAATATCAGGGCTGATTAGGCCGACTAACTAAGTTAAGCAAAAAATATAGACCTGGCTTGGAAAAATTTGGCGATTCTCACAAAGAGCGCTATACGTTGGGAATATTTCGATTCGAGTTTTAGTCTCAGTTATTTTGAAGCATGTGCATCAATCATATATGAACTTTTGGTTTGAGGGTATTTTAAAACATCGAGGTGGACAATGTGTTTTTAAAGAAAATAAGGGTGAATGGGACAATTTGCCGAGAAATAGGACGAAGGTAGGTGTTTTCCAAAATGTAATGTATTTGATATTATGGGCCTTCAAATACATTGGTTGATTGTTTAAGACAAATATCATTTATAGGTGTGCATTTCTTTGGGTGGTGATTGAATTAACGAAATCCTAAACTTTCTAATTAAATTGCAGGTTAAGGGTAATTTAACAAATAGTTGAAAATGGGGCAACAAGGAAGAGTTAAGGAAATCGATATCGATGTATTTCATTATAAGCACATCTTTATACAACCTAGGTTAGTTAATTATATATATTCGGTATTGATTCATTGGTTTTTTATTTTAGCTAATTTGAATAAAAGAAGTTATTTATTGAAGTATAAAGTGTGCGTTGATCAATCATTTTTGCGAGTACATATGGAAATATTCCTGCTAATTGGAGTTTATAGAGA
Unaligned ( gi|16 ): ACGTAACGAATTTATGTAACTGATGCATGCTGTTATATTACTTATCTAAATACAACGTTCAAACAATTANTTCAAACAGTTAGAAATTAAACAAAATAGTTTAAAACTTGTGATGTATTTGTCACTTTTCAATCTGCGGTATTGATGCTCAAAACGTTTTTGATGGTATGCATACTAGGTAAACATCGATATTAAATTATATTAGGATCTAACTTCATTATAAGCTGTAAACAGTCGTTACTTAAATCGGTTTTTGTAGCATGAATAAATGAAATATCAAGCT
Unaligned ( gi|17 ): TAAGTTATGAAAATAACGTGTTTACTATATGGTCATCTGCGTGGCATACCTCTGAAATATTACTGCTAAGAAGTCTTGTAGAGAACAAACACACACATGCATGCACAAAATATACAAAAATAATTTATGTATAACTGATGCATGCTGTTATAATACTTATCTAAATACAACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAACCGTTAATAACTTACTAGGTATTTGTTACGTTTCA
Unaligned ( gi|23 ): CGGTAAAAAATCAAAACAAAAACCGTTTAATAACTCTGCTACGGTATTGTTACGTTTCAATCTCCGGTATTGATGCTTAAAACATTTTTTGAATAAATTAAAAATCAAGCTTTAATTTAT
Unaligned ( gi|26 ): TGCATGTTGTTATAACACTTATCTAAATACGACGCACGAAGAATTAAAAATCAAACAAAAC
Unaligned ( gi|28 ): TAATACTTATCTAAATACAACGAACGAAGAATTAAAAATCAAACAAA