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lowQualScore                  :         ...      ....     .   .      .     .  .       ....    .        ..    ...       .        ......     .     .  ....             . . .....     .      .......................................        ..  .     . .....           ........................    .  . ..  .     .  . .   .    .     .         .    .........  .  .   .  ..             .            ....  .      .    .            ........... .    .  .     .               ......    .        . .  ................            .     .....         ........  . .    .   ...........     .     ....      .  .      ................................... .                     .  .  . ...    .   ..     .. .   .  .        .   .   .        ..           . .    .. ....        ..      ..  ....  .  ...     ............     .   .. .      . ...             .        .   .    ...    ...................   .   ...   .   ....    .     .                 ..              ...  .       ..            
lowQualScore                  :         777      2222     7   7      5     7  7       2222    7        22    777       5        222222     2     2  4444             0 0 66666     8      333333333333333333333333333333333333333        00  2     2 88888           888888888888888888888888    0  2 88  0     2  0 0   0    0     8         5    000000000  0  2   8  22             3            3333  3      3    0            00000000000 3    0  5     3               333333    3        7 0  7777777777777777            0     22222         22222222  0 2    0   00000000000     0     5555      5  0      33333333333333333333333333333333333 0                     5  5  5 222    5   88     55 2   5  0        5   5   0        88           0 5    55 5555        88      88  2222  0  222     222222222222     7   22 2      2 555             0        0   0    000    0000000000000000000   0   000   0   5555    0     0                 33              000  5       00            
consensus                     :    TCACT---CACTCA----GTCCT-CTCTGCACCGNCTGTT-GC-TTGAGGCG---GCTG-CAAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTGGGGGNCG-TTTCTGGGGTTAG-T-C--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTNTC--TACGGTCCT-CC-G---CCA-GGTTTCTTTAGGNCGCCCACGG-TTTCTCTTCCCTT-------GTGGG------------GTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGC-AGGG-AGTCCCGTGGCATGCGGTAG--AT---G-TG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCT----CA-TGGATG-GGTTCCGATCCTGTTCT-----TCT---ATGAAGTTTNGATAT-GGTGTTAGGCCGGAA------TATC-TTGAGGATNCGTC-CAGGC-CCTG-TCT-GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTN----GT-GGTCTT-CCA------GCA--TTCTG-ATCCAT--GCAGGAGNACACTCAGG---ACG--TTGC----T--T-----CTAAA-----T-GATCTTGGTGTGAATGCTGAGNCCNGTGGACTTCCANACG--GGCTTN-AACATNGC-AAAAGCTTGGTTNGCC-TTGCTGAC--CCTGGCGTTGA-TNTCCTCGT-CG-CAGTCGCCNNCTGTTGTNGCTT--TG-CTN--CCCAG--GT--AAAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATCGAAGGGTGAACAGCAAAAGATATTATTTTTTTTTTTGTTTAACCCAGGTGGATTTGTNTTTTCTGAGGGNTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCGGGCCGATGGTGT--TTGGCAACCT-CGCTCAGTCTTTC
Reference ( gi|1 )            :    TCACT---CACTCA----ATCCT-CTCTGCACCGCCTGTT-GC-TTGAGGCG---GCTG-CAAGATGT--CTCC---ACTTGGCGCGGTCTGC------TGCTATTCTGGAGGCCA-TTTCTGGGGTTAG-T-C--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTTTC--TATGGCCCT-CC-G---CCATGGTTTCTTTGGGTCGCCCACAG-TGTCTCTTCCCTT-------GTGGG------------GTCC-AGCG--TAAAGCTATTCCT-GGC-AGGG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAG--AT---G-TG-TCTTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCT----CA-TGGATG-GGTTATGATCCTGTTCT-----TCTATCATGAAGTTTTGATAT-GGTGTTAGGCCAGAA------TATC-TTGAGGATACATCACAAACACTTGTTCC-GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCAATGGTAGTT----GT-GATCTT-CCA------GTA--TTCTG-ATCCA---ATAAGAGTACGCTCAGG---ATG--TTGC----T--T-----CT--------T-GGTCTTGGTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGTCTTCCAGATG--GGCTTG-AGCATGGC-AAAAGCTTGGTTAGCC-TTGCTGAC--TCTGGTGTTGA-TGTCTTCAT-CA-CAATCGCCAATTGTTGTTACTT--TG-CTG--CCCAA--GT--AGAC-AAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGATGG---TGTTTTTTCTGAGGGTTTGAGATTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTGTAATTGGCAACCT-TGCTCAGTCTTTC
gi|14                         :    TCAAT---CACTCA----GTTCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GC-TTGGGGCT---GCTG-CAAAATAT--CTCC---ACTTGGCACGGTATGC------TGCTATTCTGGGGGATG-TTTCTGGGGTTAGTT-C--TC-TGCTCTTTTGCT----C-----TT
gi|4                          : cacTCACTGATCATTCA----GTTCT-CTCCGTGTCGGCTGGC-AC-TTGCGGCG---ACTG-CACGGGAT--CTCC---ATCTGACTCTGTCTGCAGATGCTGCTGCTCGGGATGCGG-TATCCGGGCTCAG-T-C-------CTC-TCAGCT----CGGAAGTCTCGCGTTACGG---T-GC-GTGTCCA-GGTCTCCTCCAGCCTCCC-------TTTCTTCCCCTTCCTCCGGCGGATCCCCCTCCGGTGTCC-ACTG--GAGGGCTG-TCCT-AGTAAGAG-AGTAAGGTGGCATTCTGCAG--AC---GATG-TTCCAACCAT-TGCGATCGCCTTG-CTTAGACTATTTCTGCCATTGGATC-CATTCCTGTCCTGTTCCATAGATCT-TCA------TTGGAGAT-GGTATTCGGCCGGAA------GATT-CTTAGGATGCGTCGCAGGTTTCTGGTCTGGAAGACTTCTAGCTTTCT-----TTCAATGGTGGCG----GT-GAACTT-CCA------ACA--TTCTA-CGCTATATACAGGAGAATACTCGGG---ATG----GA-------T-----CT--------T-GATCTTCGTGTGGGCACTGA
gi|15                         : tatTCACT---TACTCA----ATCCC-CTCTGCACCGTCTGTT-GC-TTGAGCCGAAAAATG-CAGAATGTTCCTCCCAAATATTGCACGGTT--C------TG-TATTCTGGGG
gi|6                          :   acCACT---CACTCACTGCATCCT-C-CTGCACCGGCTGTT-GCTTTGAGGCG---GCTGCCAAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTTGGGGACAGTTTCT--GGTTAG-T-CAATCTTGCTCTTTAGCT----C-----GT------AAAGGTCCT-CCTT---CCAGATTTTCTTTAGGTCGCCCACGGTTTTCTCTTCATTT-------GTTGG------------GTCCAAGCGAATAGAGCTATTCTTGGGC-AGGGAAGTCCTGTGGCATGC-GTAG--AT---ATTGTTCCTAG-CATACTCCAGAGACGTTATTCGAACTATCT----CA-TGGATGTGGTTCTGATCCTGTTCT-----TCT---ATGAAGagtgagt
gi|10                         :     CACT---CAC-CA----ATCCTTCTC-GCACCGGCTGTTTGC-TTGAGGT-----CTG-CAAGATGT---TCC---ACTTGGCAGGGTCTGC------TTC-A-TCTGGGGG-CG-TTTCTGGGCTTAG-T-C---C-TGCTCTTTA-------C-----TTTATC--TATGGATCTCCC-G---CCA-GGTTTCTTGAAGGTGCCGACGG-T
gi|7                          : atcctcCT---CACTTA----GTCCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GC-TTGAGGCG---GCTG-CAAGATGT--CTCC---ACTTGGTACGGTCTGC------TGCTACTCTGG-GGTCG-TTTCTGTGGTTAG-TCC--TC-TGCTCTTTAGCTGAGGC-----TTTTTC--TATGGTCCT-CC-G---ACA-GGTTTCTCTAGGACGCCCACGG-TGTCTCTTCCCTT-------GTGGG------------GTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGC-AGAG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAGAAATTGAG-TG-TTTTAAACA--CTCtt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                 atcactG-TTTCTCTCCCCTT-------GTGGA------------GTAC-AGAG--TAGAGCTATTCTT-GGC-AGGG-AGTCCCGTGGCATGCGATAG--CT---A-CG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCT----CA-TGGATG-GGCTCTGATCTTGTTCT-----TCT---ATGAAGTt
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcgtcaATATTGGTGTTAGGACAGAAAGACCGTATCGTTGAGGATTCGTCTCAAACACT-GTTCT-GAATACCTCAAG-TTTTTGTATACTCGATGGTA-TT----GTGGGTCTTCCCA------GCAATTTCAGTATCCAT--TTAAGAGTACACTCAGAC--GTGCCTTGCAAAATAGT-----CT--------TGGGTCTTCGTGTGAATGCCGAGGCGAGT-GTC-TCCAGACG--GGCTTGAAACATGGCGAAAAGCTT-GTTGGCCTTTGCAGACTGTCGGGCGTTGATTGTCTTGGTACACCAATCGCCATCTGTTG-TACTT--TGACTGCCCCCAA--GTTAAAAC-CAACTC-tgtcttctgctggatgtactggtgtcgatgagacattaggctaatgtcgtccgcatagtctatgtcttctagagatgtcatcagggtccactgtattcctg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttcgttcattcgtG-TTTCT-----TTCAGTGGCCATGCAAAGT-GGTCTT-CCATGAACAGCT--TTCTG-ATCCAT--GCAGGAGGATGTAAAGGGGAATG--CTGT----T--GAAGAACTAAA-----T-GATCTTGGTATGGATGTTGAGTCCTGTGGATTTCCATATGTGAGCTTT-AACTTTGC-AAAAGCTTGGTTTACC-TTTCTGAT--CCTGGTGTTCA-TTTCCTCGT-TG-CAGTTGCCCATTGTAGTGGC-T--TG-CTT--CCTAG------AAACTGAACTC-CT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgatccattctttccagcagttcttcattagggatgtggcattaggccataagatcttattgtacctagagctaagaggaatctgg--T-----CT--------T-AAT-TAGGTGTAAATGTTAAGTCCTGTGGATTTCCATACG--GGCCTC-ATCATTGC-AAAAGCTTGATTTGCC-TTGTTGAT--CATGATGTTGA-TTTCCTTGT-CG-CAGTTGCCCGTTGTTGTAGCTC--TG-CTT--TCCAGCTGT--ATGT-GAACTCATTG-----TCCTCTA---GTtaacaataacatcctctanactagctgttgatgattattgggctcacttgtaagacctgtgtcaatttgatgttgaccttctgtctgattttgctagctacgacactgagatggtctgtcttctgctgggtatcttagtgtctgttagataggaggtgggggtcatcaacaaaatccaggttctctaggactgagctctgcagtgtccactacagtccctgtc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gcactctgaaccatgcagaaaaacattgtagttgaaaacAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAATGC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTGATATATCTTCAAAGAGCGGAGTGTCATCGAAGGGTGAACAGCAAAAGATATTATTTTTTTTTTTGTTTAACCCAGGTGGATTTGTGTTT----AGGGGTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTGGTTCAGGCCAATTGTG---TTGGCAACCTACGCTCAGACTTTC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTGAGTCTTTCTTTTGTTGATTG--TCGGTCCGATGATGT--TT-GCAACCT-CGTTCAGTCTTtgtcttctgctaggatgtcctggttgtcga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCGATGGTGT---TGGCAACCT-CGCTCAGTCTTcttttggatgtcctggtgtcgatgggacattaggccaatgtcgtccgcatagtccaggtcttctagaaatgccatcagggtccactttattct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CCGTATTTTGTTGTAAGTGATCGCTGGTGCTGGCAAGTACATGTAGTGCTATGTCGTCTGTATAGTCCAGGTCCTCCAGTTTGGATGTCACGTGCACATTCCATCTTATTCCTGTGTTATTTTCTGTTGTTTGT






Alignments
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lowQualScore                  :              000    5  4    5   0      1     5    5     0000     5       77    000                666666              111              6  44444            0000000000  111111  4  8      8    8  8          1     0   6     7777     4444444444444            8    11             8       8     4         1       0  0      2   0             0             3   0   0  1  2           11  7777      7  00000 8    8           2   3333333   8  5     1   4444444444444444444444    0       8     77777          3 88888  8      8   999999   99    99 6             1     2   44444    5555555555555555555555  2    222222222              1  1    4      1   11     99 2   1  8            1   8        11           8 1    1  8888        22       77 111   8  222     777777 2  8      5   88          444             3       3    3    00000000000000000000000000       777   1   7       1                       33  2           111 0        8             
lowQualScore                  :              ...    .  .    .   .      .     .    .     ....     .       ..    ...                ......              ...              .  .....            ..........  ......  .  .      .    .  .          .     .   .     ....     .............            .    ..             .       .     .         .       .  .      .   .             .             .   .   .  .  .           ..  ....      .  ..... .    .           .   .......   .  .     .   ......................    .       .     .....          . .....  .      .   ......   ..    .. .             .     .   .....    ......................  .    .........              .  .    .      .   ..     .. .   .  .            .   .        ..           . .    .  ....        ..       .. ...   .  ...     ...... .  .      .   ..          ...             .       .    .    ..........................       ...   .   .       .                       ..  .           ... .        .             
lowQualScore                  :              000    7  0    7   1      0     7    7     7777     7       99    000                444444              000              7  00000            8888888888  222222  6  0      0    0  0          0     8   7     0000     0000000000000            0    00             0       0     6         4       0  0      5   0             0             2   0   0  2  0           00  8888      0  88888 0    0           8   6666666   0  0     0   4444444444444444444444    8       0     00000          2 00000  0      0   222222   22    22 7             0     5   77777    3333333333333333333333  5    555555555              0  0    0      0   00     00 2   0  0            0   0        00           0 0    4  8888        00       44 888   0  000     888888 2  0      7   88          000             3       7    3    00000000000000000000000000       777   0   3       0                       88  0           666 8        0             
consensus                     :         TCACT---CACT-CAGTCCT-CTCTGCACCGNCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTGGGGGNC-GTTTCTGGGGTTAG-TC--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTTTC--TATGG-TCCTCC-GCCA-GG-TTTCTTTAGGNCGCCCACGG-TTTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCTGTGGCATGCGGTAGATG-TG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATGG-ATG-GGTTCCGATCCTGTTCT--TCT---ATGAAGTTTC----G-ATAT-GGTGTTAGGCCAGAA------TATC-TTGAGGATNCGT--C-CAGA-C-CCT-G-T-CC-GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GT-GGTCTT-CCA------GCA--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGNACGCTCAGG---ACGTTG----CTT-----CTAAA-----TGGTCTT-G-------GTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGATTTCCAGACG--GGCTT-NAGCATGGC-AAAAGCTTGGTTNGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTTGA-TGTCTTCGT-CG-CAATCGCCANTTGTTGTNGCT--TTG-CT--NCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTG-ACAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TGTTTTTTCTGAGGGTTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTGT--TTGGCAACCT-CGCTCAGTCTTTC
Reference ( family-8513 )     :         TCACT---CACT-CAGTCCT-CTCTGCACCGNCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTGGGGGNC-GTTTCTGGGGTTAG-TC--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTNTC--TACGG-TCCTCC-GCCA-GG-TTTCTTTAGGNCGCCCACGG-TTTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCCGTGGCATGCGGTAGATG-TG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATGG-ATG-GGTTCCGATCCTGTTCT--TCT---ATGAAGTTTN----G-ATAT-GGTGTTAGGCCGGAA------TATC-TTGAGGATNCGT--C-CAGG-C-CCT-G-T-CT-GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTN----GT-GGTCTT-CCA------GCA--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGNACACTCAGG---ACGTTG----CTT-----CTAAA-----TGATCTT-G-------GTGTGAATGCTGAGNCCNGTGGACTTCCANACG--GGCTT-NAACATNGC-AAAAGCTTGGTTNGCC-TTGCTGAC--CCTGGCGTTGA-TNTCCTCGT-CG-CAGTCGCCNNCTGTTGTNGCT--TTG-CT--NCCCAG--GT--AAAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATCGAAGGGTGAACAGCAAAAGATATTATTTTTTTTTTTGTTTAACCCAGGTGGATTTGTNTTTTCTGAGGGNTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCGGGCCGATGGTGT--TTGGCAACCT-CGCTCAGTCTTTC
gi|1                          :         TCACT---CACT-CAATCCT-CTCTGCACCGCCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGCGCGGTCTGC------TGCTATTCTGGAGGCC-ATTTCTGGGGTTAG-TC--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTTTC--TATGG-CCCTCC-GCCATGG-TTTCTTTGGGTCGCCCACAG-TGTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAAAGCTATTCCT-GGCAGGG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAGATG-TG-TCTTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATGG-ATG-GGTTATGATCCTGTTCT--TCTATCATGAAGTTTT----G-ATAT-GGTGTTAGGCCAGAA------TATC-TTGAGGATACAT--CACAAA-CACTT-GTT-CC-GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCAATGGTAGTT----GT-GATCTT-CCA------GTA--TTCT--G-ATCCA-ATAAGAGTACGCTCAGG---ATGTTG----CTT-----CT--------TGGTCTT-G-------GTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGTCTTCCAGATG--GGCTT-GAGCATGGC-AAAAGCTTGGTTAGCC-TTGCTGAC--TCTGGTGTTGA-TGTCTTCAT-CA-CAATCGCCAATTGTTGTTACT--TTG-CT--GCCCAA--GT--AGAC-AAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTG-ACAG-AAAA---ATTA-------------------CAGATGG---TGTTTTTTCTGAGGGTTTGAGATTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTGTAATTGGCAACCT-TGCTCAGTCTTTC
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gi|14                         :         TCAAT---CACT-CAGTTCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GGGGCT---GCTGC-AAAATAT--CTCC---ACTTGGCACGGTATGC------TGCTATTCTGGGGGAT-GTTTCTGGGGTTAGTTC--TC-TGCTCTTTTGCT----C-----TT
gi|15                         :      cacTCACT---TACT-CAATCCC-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGCCGAAAAATGC-AGAATGTTCCTCCCAAATATTGCACGGTT--C------TG-TATTCTGGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             acCCGATGGTGT--T-GGCAACCT-CGCTCAGTCTTagtgagt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAATGCctgttggatgtcctggtgtcgatgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTTCT--TC----ATTAGG--------G-ATGT-GGCATTAGGCCATAA------GATC-TT----ATT-GTACC-TAGA-G-CTA-A-G-AG-GAAT--CT-GGG-TTTCT-----TTCAGTGGCCATGCAAAGT-GGTCTT-CCATGAACAGCT--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGGATGTAAAGGGGAATGCTG----TTGAAGAACTAAA-----TGATCTT-G-------GTATGGATGTTGAGTCCTGTGGATTTCCATATGTGAGCTT-TAACTTTGC-AAAAGCTTGGTTTACC-TTTCTGAT--CCTGGTGTTCA-TTTCCTCGT-TG-CAGTTGCCCATTGTAGTGGC---TTG-CT--TCCTAG------AAACTGAACTC-CT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgatccattctttccagcaTTC----G-ATAT-GGTGTTAGACCAGAA------TATC-TTGAGGATACGT--C----------T-G------GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GT-GGTCTT-CCA------GCA--TTCT--G-ATTCATGTAAGAGTACACTCAGG---ACATTG----CTT-----CTAAAGATCTTGGTCTT-G-------GTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGGCTTCCAGATG--GGCTT-GAGCATGGC-GAAAGCTTGATTGGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTAGA-TGTCTTTAT-CA-CAATCGTCATCTGCTGTTACTAAATG-CT--GCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTG-ACAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TATTTTTTCTGAGGGTTTAAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCCCAGTCTTTCtaacaataacatcctctanactagctgttgatgattattgggctcacttgtaagacctgtgtcaatttgatgttgaccttctgtctgattttgctagctacgacactgagatggtctgtcttctgctgggtatcttagtgtctgttagataggaggtgggggtcatcaacaaaatccaggttctctaggactgagctctgcagtgtccactacagtccctgtc
gi|4                          :   tcgtcaTCACTGATCATT-CAGTTCT-CTCCGTGTCGGCTGGC-ACTT-GCGGCG---ACTGC-ACGGGAT--CTCC---ATCTGACTCTGTCTGCAGATGCTGCTGCTCGGGATGCG-GTATCCGGGCTCAG-TC-------CTCTC-AGCT----CGGAAGTCTCGCGTTACGG-TGCGTG-TCCA-GG-TCTCCTCCAGCCTCCC-----TTTCTTCCCCTTCCTCCGGCGGATCCCCCTCCGGTGTCC-ACTG--GAGGGCTGTCCTA-GTAAGAG-AGTAAGGTGGCATTCTGCAGACGATG-TTCCAACCAT-TGCGATCGCCTTG-CTTAGACTATTTC-TGCCATT-GGATCCATTCCTGTCCTGTTCC---ATAGATCTTCATTGG-AGAT-GGTATTCGGCCGGAA------GATT-CTTAGGATGCGT--CGCAGGTT-TCTGG-T-CTGGAAGACTTCTAGCTTTCT-----TTCAATGGTGGCG----GT-GAACTT-CCA------ACA--TTCTACG-CTATATACAGGAGAATACTCGGG---A---TG----GAT-----CT--------TGATCTT-C-------GTGTGGGCACTGAtgtcttctgctggatgtactggtgtcgatgagacattaggctaatgtcgtccgcatagtctatgtcttctagagatgtcatcagggtccactgtattcctg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatTTC----GTATATTGGTGTTAGGACAGAAAGACCGTATCGTTGAGGATTCGT--CTCAAA-C-ACT-G-TTCT-GAATACCTCAAG-TTTTTGTATACTCGATGGTA-TT----GTGGGTCTTCCCA------GCAATTTCA--GTATCCATTTAAGAGTACACTCA-G---ACGTGC----CTTG----CAAAA-----TAGTCTT-GGGTCTTCGTGTGAATGCCGAGGCGAGTG--TCTCCAGACG--GGCTTGAAACATGGCGAAAAGCTT-GTTGGCCTTTGCAGACTGTCGGGCGTTGATTGTCTTGGTACACCAATCGCCATCTGTTGTA-CT--TTGACTGCCCCCAA--GTTAAAAC-CAACTC-
gi|6                          : ttcgttcaTCACT---CACTGCA-TCCT-C-CTGCACCGGCTGTT-GCTTTGAGGCG---GCTGCCAAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTTGGGGACAGTTTCT--GGTTAG-TCAATCTTGCTCTTTAGCT----C-----GT------AAAGG-TCCTCCTTCCA-GATTTTCTTTAGGTCGCCCACGGTTTTCT----CTTCA-------------TTTGTTGGGTCCAAGCGAATAGAGCTATTCTTGGGCAGGGAAGTCCTGTGGCATGC-GTAGATATTGTTCCTAG-CATACTCCAGAGACGTTATTCGAACTATCTCATGG-ATGTGGTTCTGATCCTGTTCT--TCT---ATGAAG
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atcact------GCA--CTCT--G-AACCATGCAGAAAAACATT--GT---A-GTTGAAAACTC-----TTAA-----------TTAG-------GTGTAAATGTTAAGTCCTGTGGATTTCCATACG--GGCCT-CATCATTGC-AAAAGCTTGATTTGCC-TTGTTGAT--CATGATGTTGA-TTTCCTTGT-CG-CAGTTGCCCGTTGTTGTAGCT--CTG-CT--TTCCAGCTGT--ATGT-GAACTCATTG-----TCCTCTA---GTaattgagtgttttaaacactct
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CCGTATTTTGTTGTAAGTGATCGCTGGTGCTGGCAAGTACATGTAGTGCTATGTCGTCTGTATAGTCCAGGTCCTCCAGTTTGGATGTCACGTGCACATTCCATCTTATTCCTGTGTTATTTTCTGTTGTTTGT






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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     GG-TTTCT----CTCCC-------------CTTGTGGAGTAC-AGAG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCCGTGGCATGCGATAGCTA-CG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATG-GATG-GGCTCTGATCTTGTTC--TTCTAT---GAAGTcttttggatgtcctggtgtcgatgggacattaggccaatgtcgtccgcatagtccaggtcttctagaaatgccatcagggtccactttattct
gi|14                         :         TCAAT---CACT-CAGTTCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GGGGCT---GCTGC-AAAATAT--CTCC---ACTTGGCACGGTATGC------TGCTATTCTGGGGGAT-GTTTCTGGGGTTAGTTC--TC-TGCTCTTTTGCT----C-----TT
gi|15                         :      cacTCACT---TACT-CAATCCC-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGCCGAAAAATGC-AGAATGTTCCTCCCAAATATTGCACGGTT--C------TG-TATTCTGGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acCCGATGGTGT--T-GGCAACCT-CGCTCAGTCTTagtgagt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAATGCctgttggatgtcctggtgtcgatgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTTC--TTC-AT---TAGG--------G-ATGT-GGCATTAGGCCATAA------GATC-TT----ATT-GTACC-TAGA-G-CTA-AG-AG-GAAT--CT-GGG-TTTCT-----TTCAGTGGCCATGCAAAGTGG-TCTTCC-ATGAACAGCT--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGGATGTAAAGGGGAATGCTG----TTGAAGAACTAAA-----TGATCTT-GG-------TATGGATGTTGAGTCCTGTGGATTTCCATATGTGAGCTT-TAACTTTGC-AAAAGCTTGGTTTACC-TTTCTGAT--CCTGGTGTTCA-TTTCCTCGT-TG-CAGTTGCCCATTGTAGTGGC-T--TG-CT--TCCTAG------AAACTGAACTC-CT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgatccattctttccagcaTTC----G-ATAT-GGTGTTAGACCAGAA------TATC-TTGAGGATACGT--C----------T-G-----GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GTGG-TCTTCC-A------GCA--TTCT--G-ATTCATGTAAGAGTACACTCAGG---ACATTG----CTT-----CTAAAGATCTTGGTCTT-GG-------TGTGAATGCTGAGGCCGGTGGGCTTCCAGATG--GGCTT-GAGCATGGC-GAAAGCTTGATTGGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTAGA-TGTCTTTAT-CA-CAATCGTCATCTGCTGTTACTAAATG-CT--GCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TATTTTTTCTGAGGGTTTAAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCCCAGTCTTTCtaacaataacatcctctanactagctgttgatgattattgggctcacttgtaagacctgtgtcaatttgatgttgaccttctgtctgattttgctagctacgacactgagatggtctgtcttctgctgggtatcttagtgtctgttagataggaggtgggggtcatcaacaaaatccaggttctctaggactgagctctgcagtgtccactacagtccctgtc
gi|4                          :   tcgtcaTCACTGATCATT-CAGTTCT-CTCCGTGTCGGCTGGC-ACTT-GCGGCG---ACTGC-ACGGGAT--CTCC---ATCTGACTCTGTCTGCAGATGCTGCTGCTCGGGATGCG-GTATCCGGGCTCAG-TC-------CTCTC-AGCT----CGGAAGTCTCGCGTTACGG-TGCGTG-TCCA-GG-TCTCCTCCAGCCTCCC-----TTTCTTCCCCTTCCTCCGGCGGATCCCCCTCCGGTGTCC-ACTG--GAGGGCTGTCCTA-GTAAGAG-AGTAAGGTGGCATTCTGCAGACGATG-TTCCAACCAT-TGCGATCGCCTTG-CTTAGACTATTTC-TGCCATT-GGATCCATTCCTGTCCTGTTCCAT---AGATCTTCATTGG-AGAT-GGTATTCGGCCGGAA------GATT-CTTAGGATGCGT--CGCAGGTT-TCTGGT-CTGGAAGACTTCTAGCTTTCT-----TTCAATGGTGGCG----GTGA-ACTTCC-A------ACA--TTCTACG-CTATATACAGGAGAATACTCGGG---A---TG----GAT-----CT--------TGATCTT-CG-------TGTGGGCACTGAtgtcttctgctggatgtactggtgtcgatgagacattaggctaatgtcgtccgcatagtctatgtcttctagagatgtcatcagggtccactgtattcctg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatTTC----GTATATTGGTGTTAGGACAGAAAGACCGTATCGTTGAGGATTCGT--CTCAAA-C-ACT-GT-TCTGAATACCTCAAG-TTTTTGTATACTCGATGGTA-TT----GTGGGTCTTCCCA------GCAATTTCA--GTATCCATTTAAGAGTACACTCAG----ACGTGC----CTTG----CAAAA-----TAGTCTT-GGGTCTTCGTGTGAATGCCGAGGCGAGTG--TCTCCAGACG--GGCTTGAAACATGGCGAAAAGCTT-GTTGGCCTTTGCAGACTGTCGGGCGTTGATTGTCTTGGTACACCAATCGCCATCTGTTGTA-CTT--TGACTGCCCCCAA--GTTAAAAC-CAACTC-
gi|6                          : ttcgttcaTCACT---CACTGCA-TCCT-C-CTGCACCGGCTGTT-GCTTTGAGGCG---GCTGCCAAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTTGGGGACAGTTTCT--GGTTAG-TCAATCTTGCTCTTTAGCT----C-----GT------AAAGG-TCCTCCTTCCA-GATTTTCTTTAGGTCGCCCACGGTTTTCT----CTTCA-------------TTTGTTGGGTCCAAGCGAATAGAGCTATTCTTGGGCAGGGAAGTCCTGTGGCATGC-GTAGATATTGTTCCTAG-CATACTCCAGAGACGTTATTCGAACTATCTCATG-GATGTGGTTCTGATCCTGTTC--TTCTAT---GAAG
gi|7                          :         cacCT---CACT-TAGTCCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGTACGGTCTGC------TGCTACTCTGGGG-TC-GTTTCTGTGGTTAG-TCC-TC-TGCTCTTTAGCTGAGGC-----TTTTTC--TATGG-TCCTCC-GACA-GG-TTTCTCTAGGACGCCCACGG-TGTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGAG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcact------GCA--CTCT--G-AACCATGCAGAAAAACATT--GT---A-GTTGAAAACTC-----TTAA-----------TTAGG-------TGTAAATGTTAAGTCCTGTGGATTTCCATACG--GGCCT-CATCATTGC-AAAAGCTTGATTTGCC-TTGTTGAT--CATGATGTTGA-TTTCCTTGT-CG-CAGTTGCCCGTTGTTGTAGCTC--TG-CT--TTCCAGCTGT--ATGT-GAACTCATTG-----TCCTCTA---GTaattgagtgttttaaacactct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TTGATATATCTTCAAAGAGCGGAGTGTCATCGAAGGGTGAACAGCAAAAGATATTATTTTTTTTTTTGTTTAACCCAGGTGGATTTGTGTTT----AGGGGTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTGGTTCAGGCCAATTGTG---TTGGCAACCTACGCTCAGACTTTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     GG-TTTCT----CTCCC-------------CTTGTGGAGTAC-AGAG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCCGTGGCATGCGATAGCTA-CG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATG-GATG-GGCTCTGATCTTGTTC--TTCTAT---GAAGTcttttggatgtcctggtgtcgatgggacattaggccaatgtcgtccgcatagtccaggtcttctagaaatgccatcagggtccactttattct
gi|14                         :         TCAAT---CACT-CAGTTCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GGGGCT---GCTGC-AAAATAT--CTCC---ACTTGGCACGGTATGC------TGCTATTCTGGGGGAT-GTTTCTGGGGTTAGTTC--TC-TGCTCTTTTGCT----C-----TT
gi|15                         :      cacTCACT---TACT-CAATCCC-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGCCGAAAAATGC-AGAATGTTCCTCCCAAATATTGCACGGTT--C------TG-TATTCTGGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acCCGATGGTGT--T-GGCAACCT-CGCTCAGTCTTagtgagt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAATGCctgttggatgtcctggtgtcgatgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTTC--TTC-AT---TAGG--------G-ATGT-GGCATTAGGCCATAA------GATC-TT----ATT-GTACC-TAGA-G-CTA-AG-AG-GAAT--CT-GGG-TTTCT-----TTCAGTGGCCATGCAAAGTGG-TCTTCC-ATGAACAGCT--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGGATGTAAAGGGGAATGCTG----TTGAAGAACTAAA-----TGATCTT-GG-------TATGGATGTTGAGTCCTGTGGATTTCCATATGTGAGCTT-TAACTTTGC-AAAAGCTTGGTTTACC-TTTCTGAT--CCTGGTGTTCA-TTTCCTCGT-TG-CAGTTGCCCATTGTAGTGGC-T--TG-CT--TCCTAG------AAACTGAACTC-CT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgatccattctttccagcaTTC----G-ATAT-GGTGTTAGACCAGAA------TATC-TTGAGGATACGT--C----------T-G-----GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GTGG-TCTTCC-A------GCA--TTCT--G-ATTCATGTAAGAGTACACTCAGG---ACATTG----CTT-----CTAAAGATCTTGGTCTT-GG-------TGTGAATGCTGAGGCCGGTGGGCTTCCAGATG--GGCTT-GAGCATGGC-GAAAGCTTGATTGGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTAGA-TGTCTTTAT-CA-CAATCGTCATCTGCTGTTACTAAATG-CT--GCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TATTTTTTCTGAGGGTTTAAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCCCAGTCTTTCtaacaataacatcctctanactagctgttgatgattattgggctcacttgtaagacctgtgtcaatttgatgttgaccttctgtctgattttgctagctacgacactgagatggtctgtcttctgctgggtatcttagtgtctgttagataggaggtgggggtcatcaacaaaatccaggttctctaggactgagctctgcagtgtccactacagtccctgtc
gi|4                          :   tcgtcaTCACTGATCATT-CAGTTCT-CTCCGTGTCGGCTGGC-ACTT-GCGGCG---ACTGC-ACGGGAT--CTCC---ATCTGACTCTGTCTGCAGATGCTGCTGCTCGGGATGCG-GTATCCGGGCTCAG-TC-------CTCTC-AGCT----CGGAAGTCTCGCGTTACGG-TGCGTG-TCCA-GG-TCTCCTCCAGCCTCCC-----TTTCTTCCCCTTCCTCCGGCGGATCCCCCTCCGGTGTCC-ACTG--GAGGGCTGTCCTA-GTAAGAG-AGTAAGGTGGCATTCTGCAGACGATG-TTCCAACCAT-TGCGATCGCCTTG-CTTAGACTATTTC-TGCCATT-GGATCCATTCCTGTCCTGTTCCAT---AGATCTTCATTGG-AGAT-GGTATTCGGCCGGAA------GATT-CTTAGGATGCGT--CGCAGGTT-TCTGGT-CTGGAAGACTTCTAGCTTTCT-----TTCAATGGTGGCG----GTGA-ACTTCC-A------ACA--TTCTACG-CTATATACAGGAGAATACTCGGG---A---TG----GAT-----CT--------TGATCTT-CG-------TGTGGGCACTGAtgtcttctgctggatgtactggtgtcgatgagacattaggctaatgtcgtccgcatagtctatgtcttctagagatgtcatcagggtccactgtattcctg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatTTC----GTATATTGGTGTTAGGACAGAAAGACCGTATCGTTGAGGATTCGT--CTCAAA-C-ACT-GT-TCTGAATACCTCAAG-TTTTTGTATACTCGATGGTA-TT----GTGGGTCTTCCCA------GCAATTTCA--GTATCCATTTAAGAGTACACTCAG----ACGTGC----CTTG----CAAAA-----TAGTCTT-GGGTCTTCGTGTGAATGCCGAGGCGAGTG--TCTCCAGACG--GGCTTGAAACATGGCGAAAAGCTT-GTTGGCCTTTGCAGACTGTCGGGCGTTGATTGTCTTGGTACACCAATCGCCATCTGTTGTA-CTT--TGACTGCCCCCAA--GTTAAAAC-CAACTC-
gi|6                          : ttcgttcaTCACT---CACTGCA-TCCT-C-CTGCACCGGCTGTT-GCTTTGAGGCG---GCTGCCAAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTTGGGGACAGTTTCT--GGTTAG-TCAATCTTGCTCTTTAGCT----C-----GT------AAAGG-TCCTCCTTCCA-GATTTTCTTTAGGTCGCCCACGGTTTTCT----CTTCA-------------TTTGTTGGGTCCAAGCGAATAGAGCTATTCTTGGGCAGGGAAGTCCTGTGGCATGC-GTAGATATTGTTCCTAG-CATACTCCAGAGACGTTATTCGAACTATCTCATG-GATGTGGTTCTGATCCTGTTC--TTCTAT---GAAG
gi|7                          :         cacCT---CACT-TAGTCCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGTACGGTCTGC------TGCTACTCTGGGG-TC-GTTTCTGTGGTTAG-TCC-TC-TGCTCTTTAGCTGAGGC-----TTTTTC--TATGG-TCCTCC-GACA-GG-TTTCTCTAGGACGCCCACGG-TGTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGAG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcact------GCA--CTCT--G-AACCATGCAGAAAAACATT--GT---A-GTTGAAAACTC-----TTAA-----------TTAGG-------TGTAAATGTTAAGTCCTGTGGATTTCCATACG--GGCCT-CATCATTGC-AAAAGCTTGATTTGCC-TTGTTGAT--CATGATGTTGA-TTTCCTTGT-CG-CAGTTGCCCGTTGTTGTAGCTC--TG-CT--TTCCAGCTGT--ATGT-GAACTCATTG-----TCCTCTA---GTaattgagtgttttaaacactct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TTGATATATCTTCAAAGAGCGGAGTGTCATCGAAGGGTGAACAGCAAAAGATATTATTTTTTTTTTTGTTTAACCCAGGTGGATTTGTGTTT----AGGGGTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTGGTTCAGGCCAATTGTG---TTGGCAACCTACGCTCAGACTTTC


blockSeqs                     :              GAT    G  A    T          G     T    T     GAAA     C       TC    CAA                AGATGC              ACA              T  AATCT            CGGAAG      TCGCGT     A      T    .  T          G         T     TCCC     TCCGGCGGATCCC            A    AA             G       A               G       A  T      C   A             A             A  C    T  C  T          TG   T  .      T   ATTG T    T               AGACCGT   G  G     T   CGCAGGTTTCTGGTCTG                C     GTATA          A GCAAA    G      C TGAACA   AT    AC T             G     A  GGGAATGCTGTTGAAGAACTAAA                A  GTCTTCG                T    A          TG     GA A      G            T   T        TG           T      C  ACAC        CA       GG   AA  A  GCC     GTTA   A  T      A   AT          AGA             G        A   C    GAT    TTTTTTTTTTTGTTTAACC       ATT       T                               GT              T            A
blockSeqs                     :              .      .  G    .          T     .    .     T        .       .     .                  .                   AT               .  CTC              GAGGC       TATC       .      .    .  .          C         .     .        .                        .    .              .       .               T       T  .      C   .             .             A  .    .  A  C          .    C  .      C   .    .    .               G         .  T     A   ACCTAGAGCTAAGAG                  .     G              G T        .      . .        .     .  .             T     C  GACATTGCTTCTAAAGATCT                   .  .                      G    G          .      T  G      .            G   .        .            .      T  TG          AT       TA   .   .  T       CTGT   G  .      .   T           .               .        .   .    .      .                         .         .                               .               T            .
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lowQualScore                  :              000    5  4    5   0      1     5    5     0000     5       77    000                666666              111              6  44444            0000000000  111111     8      8    8  8          1     0   6     7777     4444444444444            8    11             8       8               1       0  0      2   0             0             3  0    0  1  2          11   3  444    7   7777 8    8               3333333   8  5     1   8 9999999999999999999999999    0       8     77777          3 77777    8      8 999999   99    99 6             1  0  2    77777777777777777777777777777777                        3    4          11     99 1      8            1   8        11           8      1  8888        11       77 0 11  8  222     777777 1  8      5   88          444             3        3   3    333    3333333333333333333       333       7                               33              444          8             
lowQualScore                  :              ...    .  .    .   .      .     .    .     ....     .       ..    ...                ......              ...              .  .....            ..........  ......     .      .    .  .          .     .   .     ....     .............            .    ..             .       .               .       .  .      .   .             .             .  .    .  .  .          ..   .  ...    .   .... .    .               .......   .  .     .   . .........................    .       .     .....          . .....    .      . ......   ..    .. .             .  .  .    ................................                        .    .          ..     .. .      .            .   .        ..           .      .  ....        ..       .. . ..  .  ...     ...... .  .      .   ..          ...             .        .   .    ...    ...................       ...       .                               ..              ...          .             
lowQualScore                  :              000    7  0    7   1      0     7    7     7777     7       99    000                444444              000              7  00000            8888888888  444444     0      0    0  0          0     8   7     0000     0000000000000            0    00             0       0               4       0  0      5   0             0             2  0    0  2  0          00   8  000    0   0000 0    0               6666666   0  0     0   0 4444444444444444444444444    8       0     00000          2 66666    0      0 222222   22    22 7             0  7  5    33333333333333333333333333333333                        2    0          00     00 4      0            0   0        00           0      4  8888        66       44 8 00  0  000     888888 4  0      7   88          000             3        3   3    333    3333333333333333333       333       3                               88              000          0             
consensus                     :         TCACT---CACT-CAGTCCT-CTCTGCACCGNCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTGGGGGNC-GTTTCTGGGGTTAG-TC--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTTTC--TATGG-TCCTCC-GCCA-GG-TTTCTTTAGGNCGCCCACGG-TTTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCTGTGGCATGCGGTAGATG-TG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATG-GATG-GGTTCCGATCCTGTTC--TTCTAT---GAAGTTTC----G-ATAT-GGTGTTAGGCCAGAA------TATC-TTGAGGATNCGT-CNCAGA-----CGC-T-----GTTC-GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GTGG-TCTTCC-A------GCA--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGNACGCTCAGGA-GT-TGCT--T--G-AAGA-TCT-AA-T----GGTCTTGGTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGATTTCCAGACG--GGCTT-NAGCATGGC-AAAAGCTTGGTTNGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTTGA-TGTCTTCGT-CG-CAATCGCCANTTGTTGTNGCTT--TG-CT--NCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TGTTTTTTCTGAGGGTTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCTCAGTCTTTC
Reference ( family-8513 )     :         TCACT---CACT-CAGTCCT-CTCTGCACCGNCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTGGGGGNC-GTTTCTGGGGTTAG-TC--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTTTC--TATGG-TCCTCC-GCCA-GG-TTTCTTTAGGNCGCCCACGG-TTTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCTGTGGCATGCGGTAGATG-TG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATG-GATG-GGTTCCGATCCTGTTC--TTCTAT---GAAGTTTC----G-ATAT-GGTGTTAGGCCAGAA------TATC-TTGAGGATNCGT-CCCAGA-----G---T-----G----GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GTGG-TCTTCC-A------GCA--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGNACGCTCAGGA-GT-TGCT--C--G-AAGA-TCT-AA-T----GGTCTTGGTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGATTTCCAGACG--GGCTT-NAGCATGGC-AAAAGCTTGGTTNGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTTGA-TGTCTTCGT-CG-CAATCGCCANTTGTTGTNGCTT--TG-CT--NCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TGTTTTTTCTGAGGGTTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCTCAGTCTTTC
gi|1                          :         TCACT---CACT-CAATCCT-CTCTGCACCGCCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGCGCGGTCTGC------TGCTATTCTGGAGGCC-ATTTCTGGGGTTAG-TC--TC-TGCTCTTTAGCT----C-----TTTTTC--TATGG-CCCTCC-GCCATGG-TTTCTTTGGGTCGCCCACAG-TGTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAAAGCTATTCCT-GGCAGGG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAGATG-TG-TCTTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATG-GATG-GGTTATGATCCTGTTC--TTCTATCATGAAGTTTT----G-ATAT-GGTGTTAGGCCAGAA------TATC-TTGAGGATACAT-CACAAA-----CACTT-----GTTCCGAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCAATGGTAGTT----GTGA-TCTTCC-A------GTA--TTCT--G-ATCCA-ATAAGAGTACGCTCAGGATGT-TGCT------------TCT----T----GGTCTTGGTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGTCTTCCAGATG--GGCTT-GAGCATGGC-AAAAGCTTGGTTAGCC-TTGCTGAC--TCTGGTGTTGA-TGTCTTCAT-CA-CAATCGCCAATTGTTGTTACTT--TG-CT--GCCCAA--GT--AGAC-AAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGATGG---TGTTTTTTCTGAGGGTTTGAGATTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTGTAATTGGCAACCT-TGCTCAGTCTTTC
gi|10                         :          CACT---CAC--CAATCCTTCTC-GCACCGGCTGTTTGCTT-GAGGT-----CTGC-AAGATGT---TCC---ACTTGGCAGGGTCTGC------TTC-AT-CTGGGGG-C-GTTTCTGGGCTTAG-TC---C-TGCTCTTTA-------C-----TTTATC--TATGGATCTCCC-GCCA-GG-TTTCTTGAAGGTGCCGACGG-TTT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     GG-TTTCT----CTCCC-------------CTTGTGGAGTAC-AGAG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGGG-AGTCCCGTGGCATGCGATAGCTA-CG-TCCTAGCCAT-CTCCAGCGACGTT-TTCGAACTATCTCATG-GATG-GGCTCTGATCTTGTTC--TTCTAT---GAAGTcttttggatgtcctggtgtcgatgggacattaggccaatgtcgtccgcatagtccaggtcttctagaaatgccatcagggtccactttattct
gi|14                         :         TCAAT---CACT-CAGTTCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GGGGCT---GCTGC-AAAATAT--CTCC---ACTTGGCACGGTATGC------TGCTATTCTGGGGGAT-GTTTCTGGGGTTAGTTC--TC-TGCTCTTTTGCT----C-----TT
gi|15                         :      cacTCACT---TACT-CAATCCC-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGCCGAAAAATGC-AGAATGTTCCTCCCAAATATTGCACGGTT--C------TG-TATTCTGGGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCTCAGTCTTagtgagt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAATGCctgttggatgtcctggtgtcgatgg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GTTC--TTC-AT---TAGG--------G-ATGT-GGCATTAGGCCATAA------GATC-TT----ATT-GTACCTAGA-----G---CTAAGAG----GAAT--CT-GGG-TTTCT-----TTCAGTGGCCATGCAAAGTGG-TCTTCC-ATGAACAGCT--TTCT--G-ATCCATGCAGGAGGATGTAAAGGG-GAATGCTGTT--G-AAGA-ACT-AAAT----GATCTTGGTATGGATGTTGAGTCCTGTGGATTTCCATATGTGAGCTT-TAACTTTGC-AAAAGCTTGGTTTACC-TTTCTGAT--CCTGGTGTTCA-TTTCCTCGT-TG-CAGTTGCCCATTGTAGTGGC-T--TG-CT--TCCTAG------AAACTGAACTC-CT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgatccattctttccagcaTTC----G-ATAT-GGTGTTAGACCAGAA------TATC-TTGAGGATACGT-C--------------T-----G----GAATACCTCAAG-TTTCTG----CTCGATGGTAGTT----GTGG-TCTTCC-A------GCA--TTCT--G-ATTCATGTAAGAGTACACTCAGGACAT-TGCT--TCTA-AAGA-TCT----T----GGTCTTGGTGTGAATGCTGAGGCCGGTGGGCTTCCAGATG--GGCTT-GAGCATGGC-GAAAGCTTGATTGGCC-TTGCTGAC--TCTGGCGTAGA-TGTCTTTAT-CA-CAATCGTCATCTGCTGTTACTAAATG-CT--GCCCAA--GT--AGAC-GAACTC-TTG-TACATCTTCCA---GTGGAGTGCCATC-AAGGGTGA-CAG-AAAA---ATTA-------------------CAGGTGG---TATTTTTTCTGAGGGTTTAAGTTTTTCTTTTGTTGATTG--TCAGGCCGATGGTG---TTGGCAACCT-CGCCCAGTCTTTCtaacaataacatcctctanactagctgttgatgattattgggctcacttgtaagacctgtgtcaatttgatgttgaccttctgtctgattttgctagctacgacactgagatggtctgtcttctgctgggtatcttagtgtctgttagataggaggtgggggtcatcaacaaaatccaggttctctaggactgagctctgcagtgtccactacagtccctgtc
gi|4                          :   tcgtcaTCACTGATCATT-CAGTTCT-CTCCGTGTCGGCTGGC-ACTT-GCGGCG---ACTGC-ACGGGAT--CTCC---ATCTGACTCTGTCTGCAGATGCTGCTGCTCGGGATGCG-GTATCCGGGCTCAG-TC-------CTCTC-AGCT----CGGAAGTCTCGCGTTACGG-TGCGTG-TCCA-GG-TCTCCTCCAGCCTCCC-----TTTCTTCCCCTTCCTCCGGCGGATCCCCCTCCGGTGTCC-ACTG--GAGGGCTGTCCTA-GTAAGAG-AGTAAGGTGGCATTCTGCAGACGATG-TTCCAACCAT-TGCGATCGCCTTG-CTTAGACTATTTC-TGCCATT-GGATCCATTCCTGTCCTGTTCCAT---AGATCTTCATTGG-AGAT-GGTATTCGGCCGGAA------GATT-CTTAGGATGCGT-CGCAGGTTTCTGGTCT-----G----GAAGACTTCTAGCTTTCT-----TTCAATGGTGGCG----GTGA-ACTTCC-A------ACA--TTCTACG-CTATATACAGGAGAATACTCGGGA----TG-----------GA-TCT----T----GATCTTCGTGTGGGCACTGAtgtcttctgctggatgtactggtgtcgatgagacattaggctaatgtcgtccgcatagtctatgtcttctagagatgtcatcagggtccactgtattcctg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatTTC----GTATATTGGTGTTAGGACAGAAAGACCGTATCGTTGAGGATTCGT-CTCAAA-----CAC-T-----GTTCTGAATACCTCAAG-TTTTTGTATACTCGATGGTA-TT----GTGGGTCTTCCCA------GCAATTTCA--GTATCCATTTAAGAGTACACTCAGAC-GT-GCCT--T--GCAAAA-T---AG-TCTTGGGTCTTCGTGTGAATGCCGAGGCGAGTG--TCTCCAGACG--GGCTTGAAACATGGCGAAAAGCTT-GTTGGCCTTTGCAGACTGTCGGGCGTTGATTGTCTTGGTACACCAATCGCCATCTGTTGTA-CTT--TGACTGCCCCCAA--GTTAAAAC-CAACTC-
gi|6                          : ttcgttcaTCACT---CACTGCA-TCCT-C-CTGCACCGGCTGTT-GCTTTGAGGCG---GCTGCCAAGATGT--CTCC---ACTTGGCACGGTCTGC------TGCTATTCTTGGGGACAGTTTCT--GGTTAG-TCAATCTTGCTCTTTAGCT----C-----GT------AAAGG-TCCTCCTTCCA-GATTTTCTTTAGGTCGCCCACGGTTTTCT----CTTCA-------------TTTGTTGGGTCCAAGCGAATAGAGCTATTCTTGGGCAGGGAAGTCCTGTGGCATGC-GTAGATATTGTTCCTAG-CATACTCCAGAGACGTTATTCGAACTATCTCATG-GATGTGGTTCTGATCCTGTTC--TTCTAT---GAAG
gi|7                          :         cacCT---CACT-TAGTCCT-CTCTGCACCGTCTGTT-GCTT-GAGGCG---GCTGC-AAGATGT--CTCC---ACTTGGTACGGTCTGC------TGCTACTCTGGGG-TC-GTTTCTGTGGTTAG-TCC-TC-TGCTCTTTAGCTGAGGC-----TTTTTC--TATGG-TCCTCC-GACA-GG-TTTCTCTAGGACGCCCACGG-TGTCT----CTTCC-------------CTTGTGGGGTCC-AGCG--TAGAGCTATTCTT-GGCAGAG-AGTCCTGTGGCATGCAGTAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atcact------GCA--CTCT--G-AACCATGCAGAAAAACATT--GTA-GT-TG---------AAAACTCTTAA-T--------TAGGTGTAAATGTTAAGTCCTGTGGATTTCCATACG--GGCCT-CATCATTGC-AAAAGCTTGATTTGCC-TTGTTGAT--CATGATGTTGA-TTTCCTTGT-CG-CAGTTGCCCGTTGTTGTAGCTC--TG-CT--TTCCAGCTGT--ATGT-GAACTCATTG-----TCCTCTA---GTaattgagtgttttaaacactct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTGATATATCTTCAAAGAGCGGAGTGTCATCGAAGGGTGAACAGCAAAAGATATTATTTTTTTTTTTGTTTAACCCAGGTGGATTTGTGTTT----AGGGGTTGAGTTTTTCTTTTGTTGATTGGTTCAGGCCAATTGTG---TTGGCAACCTACGCTCAGACTTTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CCGTATTTTGTTGTAAGTGATCGCTGGTGCTGGCAAGTACATGTAGTGCTATGTCGTCTGTATAGTCCAGGTCCTCCAGTTTGGATGTCACGTGCACATTCCATCTTATTCCTGTGTTATTTTCTGTTGTTTGT