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lowQualScore                  :              66666666666666666 11 999      1      1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    0      44444444      7777    2       
consensus                     :  AATCGTAACTAC-----------TGTA--C--T---CGGCTA-TTTCCG-------------T------------------AA----CC-----G-----G---------TTAC-GGAAAA------N-GACGAG----CGTG-ATCCGAA
Reference ( gi|7 )            :  AATCGTAACTAC---G-------TGTA--C--T---CGGCTA-TTTCCG-------------T------------------GA----CC-----T-----A---------TTAC-GGAAAA------T-GACGAG----CGTG-ATCCGAA
gi|3                          :  AATCGTAACTAC--------------------T---CTGCTA-TTTCCG-------------TAGTAGTTGATGCTCAAATGAATTTTC-----T-----G---------TTAC-GGAAAA------T-GACGAA----CGTG-ACTCGA
gi|14                         :  AATCGTAACT---------------T---C--T---CGAGTT-TTTCCG-------------T------------------AA----AA-----G-----G---------TTAC-GGAAAA------G-GTCGAG----TATT-ATTCG
gi|2                          : cAATCGTAACTATTCAGCTATTTCTGTAGCCGGT---CAGCTA-TTTCCA-------------T------------------AG----CT-----G-----A---------TCAC-AGGAAA------G-AACAAG----TGTG-ATCTG
gi|12                         :  cATCGTAACTAC--------------------T---CGGCTG-TTTGCG-------------T------------------AAA---CC-----G-----G---------TTAC-GGAAAA------T-GACGAG----CGTGTGTCCGAgttg
gi|1                          :   ATCGTAATTAC--------------------T---CG-CTA-TTTCCAGGTACCGAAGATTT------------------GAA---CC-----G-----G---------TTACTGGAAAGATAGATT-AACGAG----CGTG-ATCCGAt
gi|5                          : accTTGTAACTAC-----------------T--T---CGGCTAGTCCCCG-------------T------------------AA----CC-----G-----AAAACAGGC-TTAC-GGAAAA------TCGACGAG----CATG-ATCCGAttg
gi|15                         :    TCACAAC-AC---G-------TGTA--C--TACTCGGCTA-TCCCCA-------------T------------------AA----CT---------------------------GAAAA------T-GGCGAG----CGTG-ATCCGtt
gi|9                          :     CGTAACCAC---T-------TGT-------------CTA-TTTCTG-------------T------------------AA----CCGAAT-T-----ACCGG-----TTAC-GAAAAA------G-GACAAA----AGTG-ATCCG
gi|6                          :    aaGTAACTAC---G-------TATA--C--T---CGGCTA-TTCCCG-------------T------------------AA----CTGAA--T-----ATCCGG----TTAC-GGAAAA------T-GGCGAG----TGTG-ATCC
gi|11                         :                          GTA--C--T---CGGGTA-TTTCCG-------------T------------------AA----CAAAAAAT-----G---------TTAC-AGAAAA------T-GACGAG----CGTG-ATCCGAca
gi|13                         :                   atcgtgaGTA--C--T---CGGCTA-TTTCCA---------------------------------A----TC-----TTTCCGG---------TTAC-GGAAAA------A-GACGAG----CATG-GTCC
gi|16                         :                      gtaaaTA--C--T---CGGCTA-TTTCCC-------------T------------------AA----CC-----T-----G---------TCAG-GGAAAA------T-GATGAG----CGTG-ATCCGtatt
gi|19                         :                        aacTA--C--T---CAGCTA-TTTC----------------------------------AA----CC-----G-----T---------TTAC-GGAAAA------G-GACGGG----CTTG-ATCCGAt
gi|14                         :                        aacTA--C--T---CGACCT-TTTCCG-------------T------------------AA----CC-----T-----T---------TTAC-GGAAAA------t
gi|8                          :        caatcgtaacttctcgagtTA--C--T---CAGCTA-TTTCCG-------------T------------------CA----CCGCAAATGAACGG---------TTAC-AGAAAA------A-GAATAG----AGTG-ATCttattcg
gi|10                         :                  taatgttacTA--C--T---CGTCTA-TTTCCGAAACTGCAAT---T------------------AA----AC-----G-----A---------TTAT-GGAATA------G-GACGAA----CCTG-ATC
gi|18                         :                     cgtagcTA--C--T---CGGTTC-TTTACG-------------T------------------AA----CC-----G-----AAGTTTCTGGTTAC-GGAAAA------G-GACt
gi|4                          :                     ttgtaacA--C--T---CTGCTA-TTTCCG-------------T------------------AA----CC-----G-----G---------TTAC-GGAACG--------GACGAG----CGAG-ATCCGAA
gi|20                         :                     accgattgtgacatcatagtata-TTTCCG---------------------------------------------------G---------TTAC-GGAAAA------A-GACGAGTGCATGTG-ATCCGAt
gi|17                         :                                                                                                     tc---------TTAC-GGAAAA------G-GACGAT----CGTG-ATCCGAgtg





Alignments
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lowQualScore                  :                                 66666666666666666666 33       2     0000000000000  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    2      8888888      4444    2       
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lowQualScore                  :                                 33333333333333333333 11       2     1111111111111  77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    0      8888888      5555    1       
consensus                     :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA
Reference ( family-798 )      :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA
gi|1                          :                       ATCGTAATTA-----------C-T----------CG-CTA-TTTCCAGG----------TACCGAAGATTTGAA-----C----------CG----------------------G--------TTACTGGAAAGATAGATTAACGAG----CGTG-ATCCGA
gi|10                         :                                              accTA--C--TCGTCTA-TTTCC--GAAACTGCAATTA------------A-----A----------CG----------------------A--------TTAT-GGAATAG------GACGAA----CCTG-ATCttg
gi|11                         :                 cgtagcATCGTGA------------------GTA--C--TCGGGTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------AAAAAAT-----------------G--------TTAC-AGAAAAT------GACGAG----CGTG-ATCCGAt
gi|12                         :                       ATCGTAACTA-----------C-T----------CGGCTG-TTTGC--G----------TA------------AA----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAT------GACGAG----CGTGTGTCCGA
gi|13                         :                                               -GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--------------A------------ATCTTTC----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAA------GACGAG----CATG-GTCCt
gi|14                         :                 gtaaaAATCGTAACT-----------------T---C--TCGAGTT-TTTCC--G----------TA------------A-----A----------AG----------------------G--------TTAC-GGAAAAG------GTCGAG----TATT-ATTCGtatt
gi|15                         :                                                cTA--C--TCGGCTA-TCCCC--A----------TA------------A-----C----------TG--------------------------------------AAAAT------GGCGAG----CGTG-ATCCG
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gi|17                         :                                                                                                    aac----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAG------GACGAT----CGTG-ATCCGAt
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gi|19                         :                                                 TA--C--TCAGCTA-TTTC---------------A------------A-----C----------CG----------------------T--------TTAC-GGAAAAG------GACGGG----CTTG-ATCCGA
gi|2                          :                   aacAATCGTAACTATTCAGCTATTTC-T-GTAGCCGGTCAGCTA-TTTCC--A----------TA------------G-----C----------TG----------------------A--------TCAC-AGGAAAG------AACAAG----TGTG-ATCTGt
gi|20                         :                                                                                                c-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAA------GACGAGTGCATGTG-ATCCGAgttg
gi|3                          :                 tctttAATCGTAACTA-----------C-T------C--T--GCTA-TTTCC--G----------TA------------G-----T----------AGTTGATGCTCAAATGAATTTTCTG--------TTAC-GGAAAAT------GACGAA----CGTG-ACTCGAgtg
gi|4                          :                                                  A--C--TCTGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GG-AACG------GACGAG----CGAG-ATCCGAA
gi|5                          : accgattgtgacatcatagtataTTGTAACTA-----------C-T---------TCGGCTAGTCCCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------AAAACAGGCTTAC-GGAAAATC-----GACGAG----CATG-ATCCGAt
gi|6                          :                          GTAACTA-----------CGT-ATA--C--TCGGCTA-TTCCC--G----------TA------------A-----CTGAATATC--CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAT------GGCGAG----TGTG-ATCCtt
gi|7                          :                      AATCGTAACTA-----------CGT-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TG------------A-----C----------CT----------------------A--------TTAC-GGAAAAT------GACGAG----CGTG-ATCCGAAca
gi|8                          :                                                 TA--C--TCAGCTA-TTTCC--G----------TC------------A-----CCGCAAATGAACG----------------------G--------TTAC-AGAAAAA------GAATAG----AGTG-ATC
gi|9                          :                taatgttacCGTAACCA-----------C-TTGT----------CTA-TTTCT--G----------TA------------A-----C----------CGAATTACCG--------------G--------TTAC-GAAAAAG------GACAAA----AGTG-ATCCG





Alignments
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lowQualScore                  :                                 33333333333333333333 11       2     1111111111111  77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    0      8888888      5555    1       
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Reference ( family-798 )      :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA
gi|1                          :                       ATCGTAATTA-----------C-T----------CG-CTA-TTTCCAGG----------TACCGAAGATTTGAA-----C----------CG----------------------G--------TTACTGGAAAGATAGATTAACGAG----CGTG-ATCCGA
gi|10                         :                                              accTA--C--TCGTCTA-TTTCC--GAAACTGCAATTA------------A-----A----------CG----------------------A--------TTAT-GGAATAG------GACGAA----CCTG-ATCttg
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gi|14                         :                 gtaaaAATCGTAACT-----------------T---C--TCGAGTT-TTTCC--G----------TA------------A-----A----------AG----------------------G--------TTAC-GGAAAAG------GTCGAG----TATT-ATTCGtatt
gi|15                         :                                                cTA--C--TCGGCTA-TCCCC--A----------TA------------A-----C----------TG--------------------------------------AAAAT------GGCGAG----CGTG-ATCCG
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gi|17                         :                                                                                                    aac----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAG------GACGAT----CGTG-ATCCGAt
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gi|19                         :                                                 TA--C--TCAGCTA-TTTC---------------A------------A-----C----------CG----------------------T--------TTAC-GGAAAAG------GACGGG----CTTG-ATCCGA
gi|2                          :                   aacAATCGTAACTATTCAGCTATTTC-T-GTAGCCGGTCAGCTA-TTTCC--A----------TA------------G-----C----------TG----------------------A--------TCAC-AGGAAAG------AACAAG----TGTG-ATCTGt
gi|20                         :                                                                                                c-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAA------GACGAGTGCATGTG-ATCCGAgttg
gi|3                          :                 tctttAATCGTAACTA-----------C-T------C--T--GCTA-TTTCC--G----------TA------------G-----T----------AGTTGATGCTCAAATGAATTTTCTG--------TTAC-GGAAAAT------GACGAA----CGTG-ACTCGAgtg
gi|4                          :                                                  A--C--TCTGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GG-AACG------GACGAG----CGAG-ATCCGAA
gi|5                          : accgattgtgacatcatagtataTTGTAACTA-----------C-T---------TCGGCTAGTCCCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------AAAACAGGCTTAC-GGAAAATC-----GACGAG----CATG-ATCCGAt
gi|6                          :                          GTAACTA-----------CGT-ATA--C--TCGGCTA-TTCCC--G----------TA------------A-----CTGAATATC--CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAT------GGCGAG----TGTG-ATCCtt
gi|7                          :                      AATCGTAACTA-----------CGT-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TG------------A-----C----------CT----------------------A--------TTAC-GGAAAAT------GACGAG----CGTG-ATCCGAAca
gi|8                          :                                                 TA--C--TCAGCTA-TTTCC--G----------TC------------A-----CCGCAAATGAACG----------------------G--------TTAC-AGAAAAA------GAATAG----AGTG-ATC
gi|9                          :                taatgttacCGTAACCA-----------C-TTGT----------CTA-TTTCT--G----------TA------------A-----C----------CGAATTACCG--------------G--------TTAC-GAAAAAG------GACAAA----AGTG-ATCCG


blockSeqs                     :                                 TTCAGCTATTTCTGTAGC   GG       G     GAAACTGCAAT    GTAGTTGATGCTCAAATGAATTTTCTG                                       .      TC           TGCA    T
blockSeqs                     :                                 CGTATA               .        .     G              ACCGCAAATGAACGG                                                   .      G            .       .
blockSeqs                     :                                 CGTGTA               .        .     G              ACCGAAGTTTCTGG                                                    .      T            .       .
blockSeqs                     :                                 CTTGT                .        .     G              ACCGAAAACAGGC                                                     .      T            .       .
blockSeqs                     :                                 GTA                  .        .     A              ACTGAATATCCGG                                                     .      A            .       .
blockSeqs                     :                                 CT                   .        .     C              ACCGAATTACCGG                                                     .      G            .       .
blockSeqs                     :                                 CT                   .        .     G              ACAAAAAATG                                                        .      T            .       .
blockSeqs                     :                                 CT                   .        .     A              ATCTTTCCGG                                                        .      T            .       .
blockSeqs                     :                                 CT                   .        .     G              AACCGG                                                            .      G            .       .
blockSeqs                     :                                 T                    .        .     G              AACGA                                                             .      G            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     G              AAAGG                                                             .      G            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     G              ACCTG                                                             .      G            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     G              ACCGT                                                             .      A            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     G              GCTGA                                                             .      T            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     G              ACCGG                                                             .      G            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     .              ACCTA                                                             .      T            .       .
blockSeqs                     :                                                      .        .     .              ACTG                                                              .      T            .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .      A            .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .      G                     


blockSeqCons                  :                                                                     G************                                                                           N******
originalCons                  :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA
finalCons                     :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCCG------------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA





Alignments
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lowQualScore                  :                                 66666666666666666666 33       2     0000000000000  11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    2      8888888      4444    2       
lowQualScore                  :                                 .................... ..       .     .............  ..............................................................    .      .......      ....    .       
lowQualScore                  :                                 33333333333333333333 11       2     1111111111111  77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    0      8888888      5555    1       
consensus                     :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA
Reference ( family-798 )      :                      AATCGTAACTA-----------C-T-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAN------GACGAG----CGTG-ATCCGAA
gi|1                          :                       ATCGTAATTA-----------C-T----------CG-CTA-TTTCCAGG----------TACCGAAGATTTGAA-----C----------CG----------------------G--------TTACTGGAAAGATAGATTAACGAG----CGTG-ATCCGA
gi|10                         :                                              accTA--C--TCGTCTA-TTTCC--GAAACTGCAATTA------------A-----A----------CG----------------------A--------TTAT-GGAATAG------GACGAA----CCTG-ATCttg
gi|11                         :                 cgtagcATCGTGA------------------GTA--C--TCGGGTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------AAAAAAT-----------------G--------TTAC-AGAAAAT------GACGAG----CGTG-ATCCGAt
gi|12                         :                       ATCGTAACTA-----------C-T----------CGGCTG-TTTGC--G----------TA------------AA----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAT------GACGAG----CGTGTGTCCGA
gi|13                         :                                               -GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--------------A------------ATCTTTC----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAA------GACGAG----CATG-GTCCt
gi|14                         :                 gtaaaAATCGTAACT-----------------T---C--TCGAGTT-TTTCC--G----------TA------------A-----A----------AG----------------------G--------TTAC-GGAAAAG------GTCGAG----TATT-ATTCGtatt
gi|15                         :                                                cTA--C--TCGGCTA-TCCCC--A----------TA------------A-----C----------TG--------------------------------------AAAAT------GGCGAG----CGTG-ATCCG
gi|16                         :                                  tcacaacacgtgtacTA--C--TCGGCTA-TTTCC--C----------TA------------A-----C----------CT----------------------G--------TCAG-GGAAAAT------GATGAG----CGTG-ATCCG
gi|17                         :                                                                                                    aac----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAG------GACGAT----CGTG-ATCCGAt
gi|18                         :    ctcaaattgaactgtcttttTTGTAACTA-----------C-T----------CGGTTC-TTTAC--G----------TA------------A-----C----------CGAAGTTTCTG-------------G--------TTAC-GGAAAAG------GACttg
gi|19                         :                                                 TA--C--TCAGCTA-TTTC---------------A------------A-----C----------CG----------------------T--------TTAC-GGAAAAG------GACGGG----CTTG-ATCCGA
gi|2                          :                   aacAATCGTAACTATTCAGCTATTTC-T-GTAGCCGGTCAGCTA-TTTCC--A----------TA------------G-----C----------TG----------------------A--------TCAC-AGGAAAG------AACAAG----TGTG-ATCTGt
gi|20                         :                                                                                                c-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAA------GACGAGTGCATGTG-ATCCGAgttg
gi|3                          :                 tctttAATCGTAACTA-----------C-T------C--T--GCTA-TTTCC--G----------TA------------G-----T----------AGTTGATGCTCAAATGAATTTTCTG--------TTAC-GGAAAAT------GACGAA----CGTG-ACTCGAgtg
gi|4                          :                                                  A--C--TCTGCTA-TTTCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------G--------TTAC-GG-AACG------GACGAG----CGAG-ATCCGAA
gi|5                          : accgattgtgacatcatagtataTTGTAACTA-----------C-T---------TCGGCTAGTCCCC--G----------TA------------A-----C----------CG----------------------AAAACAGGCTTAC-GGAAAATC-----GACGAG----CATG-ATCCGAt
gi|6                          :                          GTAACTA-----------CGT-ATA--C--TCGGCTA-TTCCC--G----------TA------------A-----CTGAATATC--CG----------------------G--------TTAC-GGAAAAT------GGCGAG----TGTG-ATCCtt
gi|7                          :                      AATCGTAACTA-----------CGT-GTA--C--TCGGCTA-TTTCC--G----------TG------------A-----C----------CT----------------------A--------TTAC-GGAAAAT------GACGAG----CGTG-ATCCGAAca
gi|8                          :                                                 TA--C--TCAGCTA-TTTCC--G----------TC------------A-----CCGCAAATGAACG----------------------G--------TTAC-AGAAAAA------GAATAG----AGTG-ATC
gi|9                          :                taatgttacCGTAACCA-----------C-TTGT----------CTA-TTTCT--G----------TA------------A-----C----------CGAATTACCG--------------G--------TTAC-GAAAAAG------GACAAA----AGTG-ATCCG