lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 11 11111 222222222222222222222222222222222 222222 111 11111111 33333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222 333333333 6666666666666666666 777777777 1 22222222 111111 11111 444444444444444444 1111 11111 1 11 333333333333333333333333333333333333333 22222 11 555555 3333333333333 1 111111
lowQualScore : 4 4 4 2 7 00 6666 11 22222 5 5 4 333333333333333333333333333333333 999999 0 4 0 000 66 4 4 4 22 44444444 8888 7 7777 4 3 44 4 555 888 77777 0 555 3 3 44 0 88888888888888888888888888888 3 2222222222222222222222222222222222 55 666666666 0 5 99999 9999999999999999999 5 5 6 1 333333333 5 4 1 77777777 3 5 4 4 333333 77777 4 777 4 111111111111111111 1 66 4444 2 11111 2 77 0 4 888888888888888888888888888888888888888 4 4 00000 00 0 000000 1111111111111 8 4 888 4 2 0 4 4 4 7 111111 1 3 3 8 2
lowQualScore : . . . . . .. .... .. ..... . . . ................................. ...... . . . ... .. . . . .. ........ .... . .... . . .. . ... ... ..... . ... . . .. . ............................. . .................................. .. ......... . . ..... ................... . . . . ......... . . . ........ . . . . ...... ..... . ... . .................. . .. .... . ..... . .. . . ....................................... . . ..... .. . ...... ............. . . ... . . . . . . . ...... . . . . .
lowQualScore : 4 4 4 7 0 66 2222 00 55555 0 0 4 555555555555555555555555555555555 777777 7 4 7 888 11 4 4 4 22 88888888 0000 3 1111 2 1 22 9 444 555 77777 3 444 1 1 22 9 11111111111111111111111111111 3 0000000000000000000000000000000000 00 666666666 5 3 22222 0000000000000000000 0 0 3 7 999999999 7 3 4 44444444 1 0 4 2 111111 33333 4 888 4 666666666666666666 0 11 0000 9 22222 8 99 7 8 999999999999999999999999999999999999999 4 4 33333 66 4 444444 6666666666666 0 0 777 0 5 9 4 0 0 9 777777 4 3 0 0 0
consensus : CATGG-GT-GAGCTT-TGCGAA--CAATAAGCCTATTCACGNN--TGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCT-NGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCC-TCT-----TACGTTAAAGTG------GAATAT----TGCTT-TCG--TATAT-GACAC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--C-TCC-AAC----AAATGTTTTGTGC-A--GCATTT---ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A--A---TCA-G------T--TCGAG-CTCTC-----T-ACCNCCTT-T--GGTACAACTCTGACGCACA--TTTGCTGTG-AA---T-TTTCTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A-G-----CGC--CAT--TTGC-TTTTG-TACTGAACTGTA-----GTAG-TTCAATATGCC-TTTTATACAGTNTACACTGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACC-----TTTC-T--CTT-CA---AGT-A--T-------TTTC-TT-AGTGTTGTT--AAAAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTA-AGTTGTCGTTTACA-----TACN-C-----A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAGGC-CCCATA-CTTGTTTACA-T-AGTTATTCACTA---GC-C------GCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGATCA-CC-ATG-CTGCGCAT---GA-GTAAAATTTAGCA-TAAATC
Reference ( gi|1 ) : CATGG-GT-GAGCTT-TACTAA--CAATAAGCCTATTCACGTA--TGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCT-TAAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCT-TCT-----TACGTTAAAGTG------GAATAC----TGCTT-TCGC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--T-TCC-AAC----AAATATTTTGTGC-A--GCGTTT---ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A--A---TCA-A------T--TCGAG-CTCTTATATGT-ACCACCTT-T--GGTACAACTCTGGTGCACA--TTTGCTGTA-AA--CT-TTTCTCGAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A-G-----TGC--CAT-ATTGC-TTTTG-TACTGGACTGTACCG--GTAG-TTCAATATGCC-TTTTATAAAGAATACACTGGTT-GCATATTTAACTTC-GGTACT-----TTTA-T--CTT-CA---AGT-A--T-------TTTCGTT-AATGTTGTT--AAAAC---TGTTCTCTT----TAACTTCCCTTTA-TGTTGTCGTTTACA-----TGCT-C-----A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAGGG-TCCATC-CTTGTTTACAGTGAGTTATTCACTA---AC-A------GCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTCTGATCA-CC-ATG-CTCTGCAT---GA-GCAAAACTTAGTA-TAGATC
gi|3 : CATGGAGT-G-GCTT-TACTAAA-CAATAAGCCTATTCACGTA--TGGGAGGCG
gi|8 : tCATGG-GTTGAGCTTGTACTAAAACAATAAGCCTATTCACGTA--TGGGGAGCGatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaacaagtcttaaaagtaaatccagttattcttcttacgttaaagtggaatctgtttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcaggttttacaactaccgttgctaaatataccaatatgataaatcaattcgagctcttatatgtaccactttggtcaaactctgtgcacatttgctgtaactttttcgaagacacaatgggacagaacgtgccatattgcttttgtactggatgtccggtgtagttatatgcctttttataaagatcactggtgcatattttaattcaggtacttttatcttcagtattttcgttaatgtgtttaaaacgtttctctttaacttcctttatgttgtcgttacatgctcaacatttcgacaaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcctaacaagcatttcgaatcatcttacttctgatcaccatgcctctgcattggcaaaacttagtattagatcgtgaaa
gi|4 : tcagaagatcaaaggatATGA-GT-GAGCTT-TGCGAA--CAATAA-CCTATTCACGAC--TGCGGAGatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaacaagtcttatagtagataaaatcagtttagttctcttgatagtacgttaaagtggaatatcttgcttcgcctacattggcgccagtattgatgctattagatttggattaattttttccaacaactattttgtgcagcgtttacaacctaccgttagacctaaaataccaaatatgataaaagtcaattcgagcatcatcgtcttt
gi|2 : aaaaaaagATGG-GT-GAGCTT-TG-TA----AACAAGCCTATT--CGTAACTGGGatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtctggaaagaaaataaattatttcttctttaggaatattgcttattgtatatgatatagtattggtgctttgattcccccccccctccccccaacaaatgttttgtgcaacatttacaacctaccgttgctaaaacaccacatacaataaagacttcacttcgagctctcgccttttttggtacaactctgacgcacatttgctgtgttttcccaaagatacaaatgggacagaaacagacacttgatttgcctttgtactgaatgtagctcaataagtcttttatacagtgtacactggttgcatatttaacttcgatatcgctcttcaagtacaagtgttgttaaaattaatgttctctttacctttccttaaattttacatacacagcacctttacaagataccccatacttgtttacagttattcactagctgcatgttcgaatcaattacttgtgataatcatg
gi|9 : gATGG-AT-GAGCTT-TGCGAA--CAATAAGCCTATTCcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|32 : aaagaagATGG-GT-GAGCTT-TGCGAA--CAATAAGCGTGTTCACAAC--TGGAAAGCGctcactgggcaccgtattattgcaatagatatagtaccgaactaaaaagttgtccaaaatatttaaagaacggcgtctgaaatactcaagctaccaaatattgctctggactctagtttggaaagtaaatctgctatttcctctaatgtcaaagtggaacatcatttgctttctgtatggcagtattgatgtttgtatttgcattcagcccccccccctcccctaaatgtttgagcagcatttgcaacctaccgttactaaaataccttgaacatagtaaaggcatgttctctcctctaacgcacatttgcaggtacaaatgaaacagaaacgacacttgatt
gi|20 : tgatATGG-GT-GATTTT-GGCGAA--TAGTAAGCCTATTCACattgcatatcgggagtttaaa
gi|5 : aaatttgaaaTGG-GT-GAGCTT-TGCGTA--CAATAACCCTATTAACGAC--TGGGGTGCGaacattgcgaatcgggagtttaaaatccgcattgattttacctgtatttacaatagatacagtaccgttctaaaatgctattcaaaatat
gi|24 : G-GT-GAGCTT-TGCGAA--GAATAAGCCTATTCATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactcaagtcttgaaagttatcagcactaaaaagcctttggattttgtatatgataaagtattaatgttttgttttggatttattttacccccacccccgaaatgttttgtgcagcatttactacctaacggtgctaaaatactgaatgtaaattcgagctctcgccgtttttggttaaactttgacgcacgtttgctgtgaatttttcttaaagatacaaatgggacagaaagagacactcgatttacttttgatgccttataagttatatatatatacagtgtacactggttgcatatttaatttagatacctttctttttcaagtaacttttttagtgttgttaaaattgttccctttaattttctttagagttatagtttacatacacaatacatgtactttcacaagaagccccaaatagttgatattaa
gi|3 : gtacacatatattataaaccttatgtaaattttaaaatagtatattaattttcaaagaagagtCAAGTCT-TAAAAGTA-----AATCCAGTT-ATT-CT-TCT-----TACGTTAAAGTG------GAAT-C----TG-TT-TCGC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--T-TCC-AAC----AAATATTTTGTGC-A--GGTTTT---ACAA-C---TACC-----GTTG---CTA-AATATACC---AATATGAT----A---A--A---TCA-A------T--TCGAG-CTCTTATATGT-ACCA-CTT-T--GGTCAAACTCT-GTGCACA--TTTGCTGT--AA--CT-TTT-TCGAAGACAC-AATGG----GACAG-AAC---G-----TGC--CAT-ATTGC-TTTTG-TACTGGA-TGT-CCGGTGTAG-TT--ATATGCCTTTTTATAAAG-AT-CACTGG-T-GCATATTTTAATTCAGGTACT-----TTTA-T--CTT-C----AGT-A--T-------TTTCGTT-AATGTGTTT--AAAAC---GTTTCTCTT----TAACTT-CCTTTA-TGTTGTCG-TTACA-----TGCT-C-----A--A---CAT----TT-------CGA-CAAAGAGGG-TCCATC-CTTGTTTACAGTGAGTTATTC-CTA---ACAA------GCAT-TTCG-AA-TC-ATC-TTACTTCTGATCA-CC-ATGCCTCTGCAT---TG-GCAAAACTTAGTATTAGATCactggaa
gi|2 : tcatggagtggctttactaaacaataagcctattcacgtatgggaggcgatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaaCAAGTCT-AGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTTC-CCT-----GATGTTAAAGTG------GAACAgtgaaa
gi|8 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggaccCAAGTCT-TATA-GTAGATAAAATC-AGTTTAGTTCT-CTTGATAGTACGTTAAAGTG------GAATATCT--TGCTT--CGCCTACATTGGCGCCAGTAT--TGATGCTATTAG-ATTTGGATTAA------TTTT--T-TCC-AAC----AACTATTTTGTGC-A--GCGTTT---ACAACC---TACC-----GTTAGACCTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A--AG--TCA-A------T--TCGAG-Ctaacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|7 : tcagaagatcaaaggatcatgggttgagcttgtactaaaacaataagcctattcacgtatggggagcgatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaaCAGGTCTATAAAA-TA-----AATC-CGTT--TTCCTCTCT-----GACACTGAAGTGCATGTGGAAAAT----CGCTC-TC---TGTAT-TACTT-TGTAT--C-ATGTT-TT-A-ATTTGGATTCA------TTTT--TCTCC-AAC----AAATGTTTTGTGT-ATAGCATAT---ACAACC---TAC------GTTG---CCA-AA-ATACC--AAACATAATA---A---A--------G-A------TG-TC-AG-TTCT--------------TT-T--GGT-------------ACA--TTTGCTGTG-AA--AG-TTCCCCATAGAT-------G----TATAGAAAC-A-G-----------AT-A--GT-TTTTG-TACTGAACTG-A-------AG-TTCAATATGCCGTCTT----------CATTGGTT-GCATATATAACTTC-GATACTTTCAATTTG-C--CTT-AA---AGT-A----------ATTCTTT-AGTGTTGCT--AAAA------------------AA-TGTCCTTTA-AGTTGTCGTTatcatcgtcttt
gi|6 : ttgatgttacccgtatttacaatagttgaaacgttgtccaaaatatgtaaataaagaacacacgattacaatgatggctggcgtacacaaggtaccaattattgccccgggccCAAGTCT-AAAAAGTA-----AATC-AGTT-ACTTCC-TCT-----TA--------------------AT----TGCTT-TCCG-TACTT-GACAC-AGTATATTGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTC--T-CCC-AAC----AAATGTTTTGTGC-A--GTGTTT---ACAACC---TACC-----GTTC---CTA-AA-ATACT--AAATATGATA---ATTTA--G---TAA-AGACATGT--TTGAG-CTCTTTGATTTAAATAC-------GGTA-----CTGGTACACAGTTTTG
gi|9 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagataggtgaactttgcgaacaattagcttatttatgactaggaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggaccAGTTT-GGAAAGTA-----AATC-TGCT-ATTTCC-TCT-----AATGTCAAAGTG------GAACATCATTTGCTT-TC---TGTAT-GGC---AGTAT--TGATG-T-TT-GTATTTGCATTCAGCCCCCCCCC--C-TCC-CCT----AAATG-TTTGAGC-A--GCATTT---GCAACC---TACC-----GTTA---CTA-AA-ATACCTTGAACATAGTA---A---A--G---GCATG------T--T-----CTCT------------CCTC-T-------AAC------GCACA--TTTGC--------------------AGGTACAAATGA----AACAGAAAC-atagtgta
gi|4 : aaagaagatggatgagctttgcgaacaataagcctattcctcactgggcaccgtattattgcaatagatatagtaccgaactaaaaagttgtccaaaatatttaaagaacggcgtctgaaatactcaagctaccaaatattgctctggactctGTCT-GGAAAGAA-----AATA-AATT-ATTTCT-TCT-----T----TA----G------GAATAT----TGCTTATTG--TATAT-GATAT-AGTAT--TGGTGCT-TT-G-ATTCCCCCCCC------CCTC--C-CCCCAAC----AAATGTTTTGTGC-A--ACATTT---ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ACACC--ACATACAATA---A---A--GACTTCA-C------T--TCGAG-CTCT------C-GCCTTTTT-T--GGTACAACTCTGACGCACA--TTTGCTGTG------T-TTTCCCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A-GACACTTG----AT--TTGC-CTTTG-TACTGAAT---------GTAG-CTCAATAAGTC-TTTTATACAGTGTACACTGGTT-GCATATTTAACTTC-GATA-------TCGC-T--CTT-CA---AGT-A-------------CA---AGTGTTGTT--AAAATTAATGTTCTCTT----TACCTTTCC-TTA-AAT-----TTTACA-----TACA-C-----A--G---CAC----CT-------TTA-C-AAGATAC-CCCATA-CTTGTTTAC----AGTTATTCACTA---GC-T------GCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGATAA-TC-ATG-gacacttgatt
gi|18 : aaaaaaagatgagtgagctttgcgaacaataacctattcacgactgcggagatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCC-TCT-----TA-------------------TAT----TGCTT-ACTG-TATAT-GACAC-AATAT--TGATGCT-TT-G-ATTC------A------TTTT--C-TCCTAAC----AAATGTTTTG-GC-A--ACATTT---ACAACC---AGCC-----GTTG---CTA-AA-ATATC--AAGT
gi|11 : aggtaccaaatattgctctgg-TCT-----TACGTTAAAGTG------GAATAT----TGTTT-CTG--TATAT-GACAC-ATTAT--TGATGC-----------------A------TTTT--C-TCC-AAC----AAATGCTCTGCGC-A--TCATTT---ACGACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A--G---ACA------------TGAG-CTCTC--------CCCTCTTCT--GGTACAACTCC--TGAGTC--TCTGACGCACAA-----TTTCACAAAGATACAAA----------AGAAACTT-GTTT--TGC----T-TTTAT-TTTTG-CACTAAACTG----------G-TTCAGTATGCC-ATTT
gi|5 : cTT-TTG--TATAT-GATAA-AGTAT--TAATGTT-TT-G-TTTTGGATTTA------TTTTACC-CCC-ACCCCCGAAATGTTTTGTGC-A--GCATTT---ACTACC---TAAC-----GGTG---CTA-AA-ATACT--GAATGTAA--------------------A------T--TCGAG-CTCTCG-------CCGTTTT-T--GGTTAAACTTTGACGCACG--TTTGCTGTG-AA--TT-TTTCTTAAAGATACAAATGG----GACAGAAAG-A-GACA--CTC--GAT--TTAC-TTTTG--A-TGCCTTATA-------AG-TT--ATATA----TATATACAGTGTACACTGGTT-GCATATTTAATTTA-GATACC-----TTTCTT--TTT-CA---AGT-AACT-------TTT--TT-AGTGTTGTT--AAAAT---TGTTCCCTT----TAATTTTCTTTAG-AGTTATAGTTTACA-----TACA-C-----AATA---CATGTACTT-------TCA-C-AAGAAGC-CCCA
gi|23 : tgggtgagctttgcgtacaataaccctattaacgactggggtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactcaagtcttgaaagttatcagcactaaaaagcctttggaA------TTTT--T-CCA-AAC----AAATGTTTTGAAC-A--GCA-TT---ACAA-C---TACA-----G-TA---CTA-AA-TTACC--ACA-ATTATT---A---AGCA---TTG-G------TTCTCCAGCCTCTT-T-TGA-ACAACCTT-T--GGaatagttgatattaa
gi|10 : tggCC-TAC----ATATCTTTTGTGC-A--GATTTTTTCACAACC---TCCC-----GTTG---CTA-AG-A------AA----GAC-----------A---TCA-G------T--TTGA------------T-AC---------------AACT--GACGAACA--TTTGCTGTG-AATTTT-TTTCTTAAAG-TACAAATGAAAATGAGAGATAC-ATT-----TG----AT--TTGC-TTTTGTTGTTGTACTGTAAT---GTAGTTTCAATAGGCT-TTTTATACAGTCTACACAGGTT-GCATATTTAATTTC-GATACC-----TTTC-T---TT-TA---AGTAA--C-------TTT--TT-AATGCCCTT--TAAAT---TGTTCTCTT----TAACCTTCCTTTA-AGTTGTC
gi|17 : tca----AAATGTTT-GTGCCG--GCATTT---ACTACTG--TACCCAAACGGTG---CTATAA-ATAC----GATGTAATA---A---AC-A---TCA-G------T--TCGAG-CTATT-----C-GCCGTGTT-TTCGGTTCAACT-TGACACACA--TTTGCTGTG-AA-----TTTCTCAAAGATACAAATAG----GACAGAAAG-A-G-----GAC--CTTGATTTCGTTTTG-Tc
gi|2 : cacccccacccgTGTGC-A--GCATTT---ACAACCGGGTA-------GGTG---CTA-AA-ATGCC--AAAAATGGTGTTGG---C--A---TCA-G------T--TTGAG-ATCTCTCTCGT---CTCTTT-T--CGTACAACT--GACGTACA--TTTGCTGTG-----CTATTTTCCAAAGATACAAATGG----AACAGAAAC-A-GA----CACTTCAT--TTGT-TTTTG-TACTGAACTGTAC---------TTCACTATGCC-TCT-----AGTCTCCACTGGTT-GCATAGTTAACTTC-GATACC-----TTTA-TAACTTATATACAGT-C--TACACTGGTTTCAT---ATCTAACTCCAGTAC---T-TTCTTTTCAAGTAACTT--CTTTAGTGTTGTTG---AAAT----TGTT-CTCTTTA--A---C-T----TT-------CCATC-AAG------TCGTCACTTACATACA--CAG-CATTCACTGTTTAC-ATTAGCCGCATGTTCG-AA-TC-A-ATTTACTTGTAATCA-TC-ATG-CTGCGCAT---GA-GTAAAATTGAGCA-TAAATt
gi|28 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtaA--TTTGCTGTG-AA--TT-TCTCTCAAAGATGCAAATGT----TACAGAAAG-A-G-----tgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|12 : ACACGTTGGTTCGCATATTTGATATA-GATACC-----TCT-----CTT-CA---AGT-AACC-------TTT--TT-AGTGTTGTT--AGAAT---TATTCTTTT----TAACTTTGAATTA--GTTATAGATAACA-----TACA-C-----A--A---CAC----CT-------TCC-C-GAGA-GA-CCCAAA-ATTGTGAATAGTA----ATTCACTA---AC-C------GCGTGTT----------------------------C-ATG-CTGTGCAT---GA-GTAAAATTTAGCA-TAAacacttgatttgtgtttgtttttgatgcagtgtacactgg
gi|26 : aatacatgcTACACCGTTT-GGATATTGAACATT-GATATT-----TTTC-T--CTT-CA---AGT-A--A-------TTCCCTTCAGTGCTGTT--GAAAT---TGTT-TCTG----TATCTTTCCTTTC-AGTTGTctgctaaaagacaaataataatggaaagtctagt
gi|15 : tcAACTTC-GACGCC-----TTTC-T--CCT-CA---AGT-A--T-------GTTCTCT-AGTGCTGTA--GACAT---TGTTCTCT------AACTTTTCTATA-ATTTGTTCTTTACACAATATACT-C-----A-------------CT-------TCA-C-AGGAAAC-CTCATA-CTTCTTTACA-T---TTATTCGCTA---GC-C------GCATGCTTG-AA-TC-A-A-TTACTTATGTTCA-TC-ATG-CTGT----------GTAAAATTTAGCA-Taggtt
gi|16 : ACTTTCCTTTA-GGTGGCCGTTTCCA-----AACA-C-----A--AACCCGTG---CA-------TCA-C-GAGAGGC-CTCATC-CTTATT-ACA-T---TTATTCACAC---GC-C------GCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT
gi|13 : TTGTCCTTTACA-----TGCGGC-----A--A---CAT----CCCGTACTCTCA-T-AAGAGCGCTTCATA-TTTGTTTACACTT--TCATTCACTA---GC-C------TCATGTTCGAAA-TCAA-A-TTACTTGTGATCA-TCAATG-CTGCGCAT---AACGCAAAagtttttaagactacatgtacatactatttgtaaaacttagcgtaaaatccaaagacatatgataatggaaagtttag
gi|29 : aagggcgagctttgtcgaacaatgtccttgtgtcctcaatcc-------TTA-C-AAGAGGT-CCCACA-CTGGTTTGTATACATTTATTCACTAT--AT-GC-----GCATATTTG-AA-TC-C-A-TTACTCAAG---A-CC-ATG-CTccaaattgcataacagttgccgaaa
gi|21 : CACTA---GC-C------GCATGTTCG-AAATC-A-A-TTTCTTGTGATCA-CC-GTG---CTGCGTAAAGA-TTAAAATTT
gi|19 : tacttcacagaggcctcatgatggcttaCACTA---GC-C------GCATGTTCGAAA-TC---A-TTTCTTGTGATCATCC-GTG-taattaaaaattgccgaagacaataaacgagaagtctagta
gi|34 : cttcacagagccctcatgcatgcttaC-ATG-CTACGCAT---GA-GTACAATTTAGCA-TAAATtgcgtaaagattaaaaattttaattaaaaatttgccgaagacaaataagagacgagaaaagtctag
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AAAAGAAAATGGGAAAGATTTGAGAACAAACAGCTTATTCACTACTGGGACCAATACCGAACTAGCAGTTTAAAATCGGCATTTTACAATACATAAAGTTCAGGACTAATAAGTTGTCCACATTTTCTTAAACAAATACACAGATGTGTGTAGTACCCAAGGTAATAAAGGAATTATTTCGAGTTCTCGCCTC
Unaligned ( gi|22 ): ATTGCTCAGACCCAAGGCTAGAAAGTTAATCAGCACTAAAAAAAGCCTTGGAATTTGTAGTATATGATAATTTAAAGGATTTGGATGGTACTTGATGTTTTGAATAATTTT
Unaligned ( gi|25 ): TATCATTGATGGTAACCGTATTTAACATAGATATAGTAGTGTATTGAAACGTTATCCAAAATATTTGAATAACGGTTTTAACACACACAAGATTACACTGA
Unaligned ( gi|27 ): TTCTAATAATTACCTGTGATTTATCAATGCCGTGGGCATGAGTTAACTTTAGCATAAATTGCCAAAGACAATTAATAATGAAAAGTGT
Unaligned ( gi|30 ): TTGCTCAGGACCCAAGGCTAGAAAGTTATCAGCACTAAAAAGCCTTGGAATTTTGTATATGATAAATTTAAAGATTTG
Unaligned ( gi|31 ): TTGCTCTGGAGCCCAAGTCTAGAAAGTAATCAGCCTTGGAATCTAGTATTATTGCTTTGATTTGGATTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): TAAAACGTTGTCCAAGCCATTTAAATAACGGCTTTTAACACACATGTTTACACTGATGTTTGGAGT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333 1111 222222222222222222222 11 444444444444444 111111111 111111 11111 4444444444444444444444 44444444444444 11 11 222222222222 111 11111 1111111111111 1111111 3333333 111111111 11111111111 111
lowQualScore : 3 3 3 77 22 22 99999 3 1 444 0000000000000000000000000000000000000000 0 3 8888 3 1 1 3 55 2 3 3 3 999999 77 6 6666 33 2 6666 777 77777 555 2 2 444 2 0 444444444444444444444 11 3 44 3 777777777777777 44 4 444444444 9 111111 22222 2 7777 8888888888888888888888 1 4 0 2 99999999999999 11 66 1 1 1 0 55 4 4 777 11 4 4 000000000000 4 777 8888 111 99999 88888 55 777 3333333333333 0000000 3 3 0 3 0 44 55 1111111 1 444444444 666 3 6 3 555 3 66666666666 6666 3 3 44 3 7 000 7777 55 4
lowQualScore : . . . .. .. .. ..... . . ... ........................................ . . .... . . . . .. . . . . ...... .. . .... .. . .... ... ..... ... . . ... . . ..................... .. . .. . ............... .. . ......... . ...... ..... . .... ...................... . . . . .............. .. .. . . . . .. . . ... .. . . ............ . ... .... ... ..... ..... .. ... ............. ....... . . . . . .. .. ....... . ......... ... . . . ... . ........... .... . . .. . . ... .... .. .
lowQualScore : 3 3 3 99 00 22 11111 6 3 555 2222222222222222222222222222222222222222 5 6 6666 6 7 0 6 00 0 6 6 6 666666 99 7 5555 99 9 1111 999 11111 000 9 9 000 0 7 444444444444444444444 44 8 22 1 555555555555555 66 5 555555555 1 111111 66666 7 7777 9999999999999999999999 2 0 1 6 77777777777777 11 44 8 1 0 9 55 4 0 000 00 0 0 666666666666 0 000 5555 000 22222 99999 44 888 9999999999999 8888888 3 3 4 3 8 66 00 3333333 2 555555555 444 6 7 3 777 3 33333333333 3333 1 1 66 6 3 000 7777 00 4
consensus : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----T--TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A---G---T-----CA-GTTCGAG--C-TCTC-----C-G-CCNCTTTT--GGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGT-A-CTTTC-T----T-AGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
Reference ( family-771 ) : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGNNTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----T--TGCTT-TC-G--TATAT-GACAC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A---A---T-----CA-GTTCGAG--C-TCTC-----T-A-CCNCCTTT--GGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGT-A-TTTTC-T----T-AGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
gi|1 : CATGG-GT-GAGCTT-TAC--TAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|1 : CAAGTCTTAAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----C--TGCTT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A---A---T-----CA-ATTCGAG--C-TCTTATATGT-A-CCACCTTT--GGTACAA---------CTCTGGTGCACATTTGCTGTA-A-ACTTT-T---CTCGAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---TGC--C---ATATTGCTTTTGT-ACTGGA----CTGTACCGGTAGTT-CAATATGCC-TTTTATAAAGAATACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GGTACTTT---TAT--CTT-CAAGT-A-TTTTCGT----T-AATGTTGT---TAA----AAC---TGTTCTCTT----TAACTTCCCTTTATGTTGTCGTTTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GGTCC--ATCCTTGTT--TACAGTGAGTTATTCAC---------TA---AC-AGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TCT-GC-ATGA---GCA----AAA--CTTAGTA-TAGATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtcttaaaagtaaatcagttatttcttcttacgttaaagtggaatactgctttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcagcgtttacaacctaccgttgctaaaataccaaatatgataaaatcaattcgagctcttatatgtaccacctttggtacaactctggtgcacatttgctgtaaacttttctcgaagatacaaatgggacagaaacagtgccatattgcttttgtactggactgtaccggtagttcaatatgccttttataaagaatacactggttgcatatttaacttcggtacttttatcttcaagtattttcgttaatgttgttaaaactgttctctttaacttccctttatgttgtcgtttacatgctcaacatcttcacaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcactaacagcatgttcgaatcaattacttctgatcaccatgctctgcatgagcaaaacttagtatagatc
gi|10 : catgggtgagctttactaacaataagcctattcacgtatggggagcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--CACC-TAC----ATATCTTTTGTG--C-AG-ATTTTTTCACAACC---TCCC-----GTTG---CTA-AG-A-------AA---GACA---------------T-----CA-GTTTGA------------------------------TACAA---------CT--GACGAACATTTGCTGTG-A-A-TTT-TTTTCTTAAAG-TACAAATGAAAATGAGAGATAC-ATTTG------------AT-TTGCTTTTGTTGTTGTA----CTGTAAT-GTAGTTTCAATAGGCT-TTTTATACAGTCTACAC--AGGTT-GCATATTTAATTTC-GATACCTT---TCT---TT-TAAGT-A-ACTTT-T----T-AATGCCCT---TTA----AAT---TGTTCTCTT----TAACCTTCCTTTAAGTTGTC
gi|11 : CTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----T--TGTTT-CT-G--TATAT-GACAC-ATTAT--TGATG-----------------CA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGCTCTGCG--C-ATCATTT----ACGACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A---G---A-----CA----TGAG--C-TCTC-----C---CCTCTTCT--GGTACAACTCCTGAGTCTCTGACGCACA----------A----TT-T---CACAAAGATACAAA----------AGAAACTT---GTTTTGC--T----T-TTATTTTTGC-ACTAAA----CTG--------GTT-CAGTATGCC-ATTTc
gi|12 : ATACA-TGCACACGTTGGTTCGCATATTTGATATA-GATACCT-----CT--CTT-CAAGT-AACCTTT-T----T-AGTGTTGT---TAG----AAT---TATTCTTTT----TAACTTTGAATT-AGTTATAGATAACA-----TACA-C---A--A---CAC----CT-------TCC-C-GAGAG-ACCCA--A-AATTG----TGAA-T-AGTAATTCAC---------TA---AC-CGCGTGTT----------------------------------------C-A-TGC--TGT-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAA
gi|13 : aTTGTCCTTTACA-----TGCGGC---A--A---CAT----CCCGTACTCTCA-T-AAGAGCGCTTC--ATATTTGTT--TACA-C-TTTCATTCAC---------TA---GC-CTCATGTTCGAAA-TCAA-A-TTACTTGTGAT---------C-A-T--CAA-TGC--TGC-GC-ATAAC--GCAAACCAAA--TT--GCA-TAActgctaaaagacaaataataatggaaagtctagt
gi|14 : aagggcgagctttgtcgaacaatgtccttgtgtcctcaatccATGG-GA-AAGATT-TGA--GAACAAACAGCTTATTCACTACTGGGcagttgccgaaa
gi|15 : aaaagaaaAACTTC-GACGCCTT---TCT--CCT-CAAGT-A-TGTTC-TC---T-AGTGCTGT---AGA----CAT---TGTTCTCT------AACTTTTCTATAATTTGTTCTTTACACAATATACT-C---A-------------CT-------TCA-C-AGGAA-ACCTC--ATACTTCTT--TACA-T---TTATTCGC---------TA---GC-CGCATGCTTG-AA-TC-A-A-TTACTTATGTT---------C-A-T--C-A-TGC--TGT-----------GTA----AAA--TTTAGCA-accaataccgaactagcagtttaaaatcggcattttacaatacataaagttcaggactaataagttgtccacattttcttaaacaaatacacagatgtgtgtagtacccaaggtaataaaggaattatttcgagttctcgcctc
gi|16 : ACTTTCCTTTAGGTGGCCGTTTCCA-----AACA-C---A--AACCCGTG---CA-------TCA-C-GAGAG-GCCTC--ATCCTTATT---ACA-T---TTATTCAC---------AC---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGATAGTTTTTAAG-A-CTAC-A-TG---TAC-AT-ACTATTTGTA----AAA--CTTAGCG-TAAA
gi|17 : ----AAATGTTT-GTG--CCGGCATTT----ACTACTG--TACCCAAACGGTG---CTATAA-ATAC----GATGTAATA---A---AC--A---T-----CA-GTTCGAG--C-TATT-----C-G-CCGTGTTTTCGGTTCAA---------CT-TGACACACATTTGCTGTG-A-A-TTT-----CTCAAAGATACAAATAG----GACAGAAAG-A---G---GAC--CTTGAT-TTCGTTTTGT-atccaaagacatatgataatggaaagtttag
gi|18 : cacccccacccgTCTGGAA-GTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------A-----------------------TA----T--TGCTT-ACTG--TATAT-GACAC-AATAT--TGATGCT-TT-G-ATT------CA------TTTT--CTCCTAAC----AAATGTTTTG-G--C-AACATTT----ACAACC---AGCC-----GTTG---CTA-AA-ATATC--AAGTt
gi|19 : aggtaccaaatattgc----CT-------TCA-C-A-GAG-CCCTC--ATGCATGCT--TACA------------C---------TA---GC-CGCATGTTCGAAA-TC---A-TTTCTTGTGAT---------C-ATC--C-G-TG---TGC-GTAAAGA---TTA----AAAATTTTA
gi|2 : ATGG-GT-GAGCTT-TGT--AAAC---AAGCCTATTCGTAACTGGGattaaaaatttgccgaagacaaataagagacgagaaaagtctag
gi|2 : gCAAGTCTAGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTTCCCTG------ATGTTAAAG----TG------GAACA----T--cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|2 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggaccTGTG--C-AGCATTT----ACAACCGGGTA-------GGTG---CTA-AA-ATGCC--AAAAATGGTGTTGG---C---A---T-----CA-GTTTGAGATC-TCTC-----TCG-TCTCTTTT--CGTACAA---------CT--GACGTACATTTGCTGTG-CTA-TTT-T---C-CAAAGATACAAATGG----AACAGAAAC-A---GA--CACTTC---AT-TTGTTTTTGT-ACTGAA----CT------GTACTT-CACTATGCC-TCT-----AGTCTCCAC--TGGTT-GCATAGTTAACTTC-GATACCTT---TATAACTT--ATAT-A-CAGTC-TACACT-GGTTTCATATCTAACTCCAGTA--CTTTCTTTTCAAGTAACTT--CTTTAG--TGTTGTTGAAATTG--TTCT-CTTTA--A---C-T----TT-------CCATC-AAGTC-GTC------ACTTACA--TACA-C-AG-CATTCACTGTTTACATTA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-ATTTACTTGTAAT---------C-A-T--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTGAGCA-TAAATaacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|20 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtaATGG-GT-GATTTT-GGC--GAATAGTAAGCCTATTCACtgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|21 : aaatttgaaa----CT-------TCA-C-A-GAG-GCCTC--ATGATGGCT--TACA------------C---------TA---GC-CGCATGTTCG-AAATC-A-A-TTTCTTGTGAT---------C-A-C--C-G-TGC--TGC-GTAAAGA---TTA----AAA--TTTaacattgcgaatcgggagtttaaaatccgcattgattttacctgtatttacaatagatacagtaccgttctaaaatgctattcaaaatat
gi|23 : taA------TTTT--TCCA-AAC----AAATGTTTTGAA--C-AGCA-TT----ACAA-C---TACA-----G-TA---CTA-AA-TTACC--ACA-ATTATT---A---A---G---------CA---TTG-G--T-TCTC-----C-AGCCTCTTTT--GA-ACAA---------Ctaattaaaaattgccgaagacaataaacgagaagtctagta
gi|24 : tggG-GT-GAGCTT-TGC--GAAGAATAAGCCTATTCATGACTGGctttgg
gi|26 : gtacacatatattataaaccttatgtaaattttaaaatagtatattaattttcaaagaagagtTCTACAC--CGTTT-GGATATTGAACATT-GATATTTT---TCT--CTT-CAAGTAA-TTCCC-T----TCAGTGCTGT---TGA----AAT---TGTT-TCTG----TATCTTTCCTTTCAGTTGTaa
gi|27 : TTCT-AA-T--A-A-TTACCTGTGAT---------TTA-T--C-AATGCCGTGG-GC-ATGA---GTT----AAC--TTTAGCA-TAAATaggtt
gi|28 : ATTTGCTGTG-A-A-TTTCT---CTCAAAGATGCAAATGT----TACAGAA---A---G---AGA--C---AC-TTGA-TTTGT----------------------GTT------TGTT-TTTGATGCAGTGTACAC--TGGtgccaaagacaattaataatgaaaagtgt
gi|29 : -------TTA-C-AAGAG-GTCCC--ACACTGGTTTGTATA-C-ATTTATTCAC---------TATATG--CGCATATTTG-AA-TC-C-A-TTACTCAAG-------------A-C--C-A-TGC--T
gi|3 : CATGGAGT-G-GCTT-TACT-AAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGAGGCG
gi|3 : tCAAGTCTTAAAAGTA-----AATCCAGTT-ATT-CTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAAT-----C--TG-TT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGGTTTT----ACAA-C---TACC-----GTTG---CTA-AATATACC---AATATGAT----A---A---A---T-----CA-ATTCGAG--C-TCTTATATGT-A-CCA-CTTT--GGTCAAA---------CTCTG-TGCACATTTGCTGT--A-A-CTT-T---TTCGAAGACAC-AATGG----GACAG-AAC-----G---TGC--C---ATATTGCTTTTGT-ACTGGATGTCCGGT----GTAGTT---ATATGCCTTTTTATAAAG-AT-CAC--TGG-T-GCATATTTTAATTCAGGTACTTT---TAT--CTT-C-AGT-A-TTTTCGT----T-AATGTGTT---TAA----AAC---GTTTCTCTT----TAAC-TTCCTTTATGTTGTCG-TTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----TT-------CGA-CAAAGAG-GGTCC--ATCCTTGTT--TACAGTGAGTTATTC-C---------TA---ACAAGCAT-TTCG-AA-TC-ATC-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--CTCTGC-ATTG---GCA----AAA--CTTAGTATTAGATCatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaacaagtcttaaaagtaaatccagttattcttcttacgttaaagtggaatctgtttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcaggttttacaactaccgttgctaaatataccaatatgataaatcaattcgagctcttatatgtaccactttggtcaaactctgtgcacatttgctgtaactttttcgaagacacaatgggacagaacgtgccatattgcttttgtactggatgtccggtgtagttatatgcctttttataaagatcactggtgcatattttaattcaggtacttttatcttcagtattttcgttaatgtgtttaaaacgtttctctttaacttcctttatgttgtcgttacatgctcaacatttcgacaaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcctaacaagcatttcgaatcatcttacttctgatcaccatgcctctgcattggcaaaacttagtattagatcgtgaaa
gi|31 : tcatggagtggctttactaaacaataagcctattcacgtatgggaggcgatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaaCAAGTCTAGAAAGT------AATC-AG-------CCT----------------------TG------GAA------------TC-TA-G--TAT-----------TAT-----TGCT-TT-G-ATTTGGATTTA------TTTgtgaaa
gi|32 : ttgctctggagccATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCGTGTTCACAACTGGAAAGCG
gi|34 : tgat--C-A-TGC--TAC-GC-ATGA---GTA----CAA--TTTAGCA-TAAATattgcatatcgggagtttaaa
gi|4 : tATGA-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAA-CCTATTCACGACTGCGGAGtgc
gi|4 : aaaaaaagGTCTGGAAAGAA-----AATA-AATT-ATTTCTTCTT----------TA--------G------GAATA----T--TGCTTATT-G--TATAT-GATAT-AGTAT--TGGTGCT-TT-G-ATTCCCCCCCC------CCTC--CCCCCAAC----AAATGTTTTGTG--C-AACATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ACACC--ACATACAATA---A---A---GACTT-----CA-CTTCGAG--C-TCTC-------G-CCTTTTTT--GGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-----TTT-T---CCCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---GA--CAC--TTG-AT-TTGCCTTTGT-ACTGAA----T-------GTAGCT-CAATAAGTC-TTTTATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATATC-----GCT--CTT-CAAGT-A-------C----A-AGTGTTGT---TAA----AATTAATGTTCTCTT----TACCTTTCC-TTAAAT-----TTTACA-----TACA-C---A--G---CAC----CT-------TTA-C-AAGAT-ACCCC--ATACTTGTT--TAC----AGTTATTCAC---------TA---GC-TGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------A-A-T--C-A-TGatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtctggaaagaaaataaattatttcttctttaggaatattgcttattgtatatgatatagtattggtgctttgattcccccccccctccccccaacaaatgttttgtgcaacatttacaacctaccgttgctaaaacaccacatacaataaagacttcacttcgagctctcgccttttttggtacaactctgacgcacatttgctgtgttttcccaaagatacaaatgggacagaaacagacacttgatttgcctttgtactgaatgtagctcaataagtcttttatacagtgtacactggttgcatatttaacttcgatatcgctcttcaagtacaagtgttgttaaaattaatgttctctttacctttccttaaattttacatacacagcacctttacaagataccccatacttgtttacagttattcactagctgcatgttcgaatcaattacttgtgataatcatg
gi|5 : aaaaaaagatgagtgagctttgcgaacaataacctattcacgactgcggagatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGG-GT-GAGCTT-TGC--GTACAATAACCCTATTAACGACTGGGGTGCG
gi|5 : CAAGTCTTGAAAGTT-----A-TC-AG--------CACTA------A----AAAGCCTTTG------GA-------------TT-TT-G--TATAT-GATAA-AGTAT--TAATGTT-TT-G-TTTTGGATTTA------TTTTACCCCC-ACCCCCGAAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACTACC---TAAC-----GGTG---CTA-AA-ATACT--GAATGT-------A---A---A---T----------TCGAG--C-TCTC-------G-CCGTTTTT--GGTTAAA---------CTTTGACGCACGTTTGCTGTG-A-A-TTT-TT--CTTAAAGATACAAATGG----GACAGAAAG-A---GACACTC--G---AT-TTACTTTTG--A-TGCC----TTATA-----AGTT---ATATA----TATATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAATTTA-GATACCTT---TCT--TTTTCAAGT-AACTTTT-T----T-AGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCCCTT----TAATTTTCTTTAGAGTTATAGTTTACA-----TACA-C---AATA---CATGTACTT-------TCA-C-AAGAA-GCCCCAAATAGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactcaagtcttgaaagttatcagcactaaaaagcctttggattttgtatatgataaagtattaatgttttgttttggatttattttacccccacccccgaaatgttttgtgcagcatttactacctaacggtgctaaaatactgaatgtaaattcgagctctcgccgtttttggttaaactttgacgcacgtttgctgtgaatttttcttaaagatacaaatgggacagaaagagacactcgatttacttttgatgccttataagttatatatatatacagtgtacactggttgcatatttaatttagatacctttctttttcaagtaacttttttagtgttgttaaaattgttccctttaattttctttagagttatagtttacatacacaatacatgtactttcacaagaagccccaaatagttgatattaa
gi|6 : tgggtgagctttgcgtacaataaccctattaacgactggggtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactATAG-GT-GAACTT-TGC--GAACAATTAGCTTATTTATGACTAGGAAGCatattaa
gi|6 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagCAAGTCTAAAAAGTA-----AATC-AGTT-ACTTCCTCTT------A------------------------A----T--TGCTT-TCCG--TACTT-GACAC-AGTATATTGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTC--TCCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGTGTTT----ACAACC---TACC-----GTTC---CTA-AA-ATACT--AAATATGATA---ATTTA---G---TAAAGACATGTTTGAG--C-TCTT-----T-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggacccaagtctaaaaagtaaatcagttacttcctcttaattgctttccgtacttgacacagtatattgatgctttgatttggattcatttctcccaacaaatgttttgtgcagtgtttacaacctaccgttcctaaaatactaaatatgataatttagtaaagacatgtttgagctctttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|7 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagataggtgaactttgcgaacaattagcttatttatgactaggaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggaccCAGGTCTATAAAATA-----AATC-CGTT---TTCCTCTCTG----ACACTGAAG----TGCATGTGGAAAA----T--CGCTC-TC----TGTAT-TACTT-TGTAT--C-ATGTT-TT-A-ATTTGGATTCA------TTTTT-CTCC-AAC----AAATGTTTTGTGTAT-AGCATAT----ACAACC---TA-C-----GTTG---CCA-AA-ATACC--AAACATAATA---A---AGATG---T-----CA-GTT------------------------CTTTT--GGT----------------------ACATTTGCTGTGAA-A-GTT-C---CCCATAGAT-------G----TATAGAAAC-A---G------------A--TAGTTTTTGT-ACTGAA----CTG-A-----AGTT-CAATATGCC----------GTCTTCAT--TGGTT-GCATATATAACTTC-GATACTTTCAATTTGCCTT-AAAGT-A-ATTCT-T----T-AGTGTTGC---TAA----AA------------------AA-TGTCCTTTAAGTTGTCGTTgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|8 : ttgatgttacccgtatttacaatagttgaaacgttgtccaaaatatgtaaataaagaacacacgattacaatgatggctggcgtacacaaggtaccaattattgccccgggccCATGG-GTTGAGCTTGTACTAAAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|8 : tcagaagatcaaaggatCAAGTCTT-ATAGTAGATAAAATC-AGTTTAGTTC-TCTTGATAGTACGTTAAAG----TG------GAATA----TCTTGCTT--C-GCCTACATTGGCGCCAGTAT--TGATGCTATTAG-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AACTATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTAGACCTA-AA-ATACC--AAATATGATA---A---A---AG--T-----CA-ATTCGAG--CATC---------A-TCGTCTTT--atcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaacaagtcttatagtagataaaatcagtttagttctcttgatagtacgttaaagtggaatatcttgcttcgcctacattggcgccagtattgatgctattagatttggattaattttttccaacaactattttgtgcagcgtttacaacctaccgttagacctaaaataccaaatatgataaaagtcaattcgagcatcatcgtcttt
gi|9 : tcagaagatcaaaggatcatgggttgagcttgtactaaaacaataagcctattcacgtatggggagcgatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaaATGG-AT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCCTCACTGGG
gi|9 : aaagaagAGTTTGGAAAGTA-----AATC-TGCT-ATTTCCTCTA------ATGTCAAAG----TG------GAACATCATT--TGCTT-TC----TGTAT-G--GC-AGTAT--TGATG-T-TT-GTATTTGCATTCAGCCCCCCCCC--CTCC-CCT----AAATG-TTTGAG--C-AGCATTT----GCAACC---TACC-----GTTA---CTA-AA-ATACCTTGAACATAGTA---A---A---G---G-----CATGTT------C-TCTC-----------------------------------CTCTAACGCACATTTGC----------------------AGGTACAAATGA----AACAGAAA----------CGA--C---AC-TTGATTcaccgtattattgcaatagatatagtaccgaactaaaaagttgtccaaaatatttaaagaacggcgtctgaaatactcaagctaccaaatattgctctggactctagtttggaaagtaaatctgctatttcctctaatgtcaaagtggaacatcatttgctttctgtatggcagtattgatgtttgtatttgcattcagcccccccccctcccctaaatgtttgagcagcatttgcaacctaccgttactaaaataccttgaacatagtaaaggcatgttctctcctctaacgcacatttgcaggtacaaatgaaacagaaacgacacttgatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTGCTCAGACCCAAGGCTAGAAAGTTAATCAGCACTAAAAAAAGCCTTGGAATTTGTAGTATATGATAATTTAAAGGATTTGGATGGTACTTGATGTTTTGAATAATTTT
Unaligned ( gi|25 ): TATCATTGATGGTAACCGTATTTAACATAGATATAGTAGTGTATTGAAACGTTATCCAAAATATTTGAATAACGGTTTTAACACACACAAGATTACACTGA
Unaligned ( gi|30 ): TTGCTCAGGACCCAAGGCTAGAAAGTTATCAGCACTAAAAAGCCTTGGAATTTTGTATATGATAAATTTAAAGATTTG
Unaligned ( gi|33 ): TAAAACGTTGTCCAAGCCATTTAAATAACGGCTTTTAACACACATGTTTACACTGATGTTTGGAGT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222222222222222 1111 2222 111111 22222222222222222 11 4444444444444444 111111111 111111 11111 4444444444444444444444 44444444444444 11 11 2222222222222 111 11111 1111111111111 1111111 3333333 111111111 11111111111 111
lowQualScore : 3 3 3 77 33 00000 4 4 111111111111111111111111111 0 2222 4 1111 4 0 0 4 55 3 4 4 4 000000 77 6 6666 33 2 6666 777 77777 555 2 2 444 2 0 3 99999999999999999 11 3 44 4444444444444444 4 444444444 9 111111 22222 2 7777 8888888888888888888888 1 4 0 2 99999999999999 11 66 1 1 1 0 55 4 4 777 11 4 4444444444444 777 8888 111 99999 88888 55 777 3333333333333 0000000 3 3 0 3 0 44 55 1111111 1 444444444 666 3 6 3 555 3 66666666666 6666 3 3 44 3 7 000 7777 55 4
lowQualScore : . . . .. .. ..... . . ........................... . .... . .... . . . . .. . . . . ...... .. . .... .. . .... ... ..... ... . . ... . . . ................. .. . .. ................ . ......... . ...... ..... . .... ...................... . . . . .............. .. .. . . . . .. . . ... .. . ............. ... .... ... ..... ..... .. ... ............. ....... . . . . . .. .. ....... . ......... ... . . . ... . ........... .... . . .. . . ... .... .. .
lowQualScore : 3 3 3 99 33 00000 0 0 555555555555555555555555555 5 7777 0 5555 0 4 5 0 55 2 0 0 0 555555 99 7 5555 99 9 1111 999 11111 000 9 9 000 0 7 1 77777777777777777 44 8 22 7777777777777777 5 555555555 1 111111 66666 7 7777 9999999999999999999999 2 0 1 6 77777777777777 11 44 8 1 0 9 55 4 0 000 00 0 7777777777777 000 5555 000 22222 99999 44 888 9999999999999 8888888 3 3 4 3 8 66 00 3333333 2 555555555 444 6 7 3 777 3 33333333333 3333 1 1 66 6 3 000 7777 00 4
consensus : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG--CTCTC-----C-GCCNC--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
Reference ( family-771 ) : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG--CTCTC-----C-GCCNC--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
gi|1 : CATGG-GT-GAGCTT-TAC--TAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|1 : CAAGTCTTAAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAC----TGCTT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---A---T-----CA-ATTCGAG--CTCTTATATGT-ACCAC--CTTTGGTACAA---------CTCTGGTGCACATTTGCTGTA-A-ACTTT-T---CTCGAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---TGC--C---ATATTGCTTTTGT-ACTGGA----CTGTACCGGTAGTT-CAATATGCC-TTTTATAAAGAATACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GGTACTTT---TAT--CTT-CAAGTA-TTTTCG-T----TAATGTTGT---TAA----AAC---TGTTCTCTT----TAACTTCCCTTTATGTTGTCGTTTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GGTCC--ATCCTTGTT--TACAGTGAGTTATTCAC---------TA---AC-AGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TCT-GC-ATGA---GCA----AAA--CTTAGTA-TAGATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtcttaaaagtaaatcagttatttcttcttacgttaaagtggaatactgctttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcagcgtttacaacctaccgttgctaaaataccaaatatgataaaatcaattcgagctcttatatgtaccacctttggtacaactctggtgcacatttgctgtaaacttttctcgaagatacaaatgggacagaaacagtgccatattgcttttgtactggactgtaccggtagttcaatatgccttttataaagaatacactggttgcatatttaacttcggtacttttatcttcaagtattttcgttaatgttgttaaaactgttctctttaacttccctttatgttgtcgtttacatgctcaacatcttcacaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcactaacagcatgttcgaatcaattacttctgatcaccatgctctgcatgagcaaaacttagtatagatc
gi|10 : catgggtgagctttactaacaataagcctattcacgtatggggagcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--CACC-TAC----ATATCTTTTGTG--C-AG-ATTTTTTCACAACC---TCCC-----GTTG---CTA-AG-A-------AA---GAC-A------------T-----CA-GTTTGA----------------------------TACAA---------CT--GACGAACATTTGCTGTG-A-A-TTT-TTTTCTTAAAG-TACAAATGAAAATGAGAGATAC-ATTTG------------AT-TTGCTTTTGTTGTTGTA----CTGTAAT-GTAGTTTCAATAGGCT-TTTTATACAGTCTACAC--AGGTT-GCATATTTAATTTC-GATACCTT---TCT---TT-TAAGTA-ACTTT--T----TAATGCCCT---TTA----AAT---TGTTCTCTT----TAACCTTCCTTTAAGTTGTC
gi|11 : CTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGTTT-CT-G--TATAT-GACAC-ATTAT--TGATG-----------------CA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGCTCTGCG--C-ATCATTT----ACGACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---A-----CA----TGAG--CTCTC-----C--CCTC--TTCTGGTACAACTCCTGAGTCTCTGACGCACA----------A----TT-T---CACAAAGATACAAA----------AGAAACTT---GTTTTGC--T----T-TTATTTTTGC-ACTAAA----CTG--------GTT-CAGTATGCC-ATTTc
gi|12 : ATACA-TGCACACGTTGGTTCGCATATTTGATATA-GATACCT-----CT--CTT-CAAGTAACCTTT--T----TAGTGTTGT---TAG----AAT---TATTCTTTT----TAACTTTGAATT-AGTTATAGATAACA-----TACA-C---A--A---CAC----CT-------TCC-C-GAGAG-ACCCA--A-AATTG----TGAA-T-AGTAATTCAC---------TA---AC-CGCGTGTT----------------------------------------C-A-TGC--TGT-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAA
gi|13 : aTTGTCCTTTACA-----TGCGGC---A--A---CAT----CCCGTACTCTCA-T-AAGAGCGCTTC--ATATTTGTT--TACA-C-TTTCATTCAC---------TA---GC-CTCATGTTCGAAA-TCAA-A-TTACTTGTGAT---------C-A-T--CAA-TGC--TGC-GC-ATAAC--GCAAACCAAA--TT--GCA-TAActgctaaaagacaaataataatggaaagtctagt
gi|14 : aagggcgagctttgtcgaacaatgtccttgtgtcctcaatccATGG-GA-AAGATT-TGA--GAACAAACAGCTTATTCACTACTGGGcagttgccgaaa
gi|15 : aaaagaaaAACTTC-GACGCCTT---TCT--CCT-CAAGTA-TGTTC--TC---TAGTGCTGT---AGA----CAT---TGTTCTCT------AACTTTTCTATAATTTGTTCTTTACACAATATACT-C---A-------------CT-------TCA-C-AGGAA-ACCTC--ATACTTCTT--TACA-T---TTATTCGC---------TA---GC-CGCATGCTTG-AA-TC-A-A-TTACTTATGTT---------C-A-T--C-A-TGC--TGT-----------GTA----AAA--TTTAGCA-accaataccgaactagcagtttaaaatcggcattttacaatacataaagttcaggactaataagttgtccacattttcttaaacaaatacacagatgtgtgtagtacccaaggtaataaaggaattatttcgagttctcgcctc
gi|16 : ACTTTCCTTTAGGTGGCCGTTTCCA-----AACA-C---A--AACCCGTG---CA-------TCA-C-GAGAG-GCCTC--ATCCTTATT---ACA-T---TTATTCAC---------AC---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGATAGTTTTTAAG-A-CTAC-A-TG---TAC-AT-ACTATTTGTA----AAA--CTTAGCG-TAAA
gi|17 : ----AAATGTTT-GTG--CCGGCATTT----ACTACTG--TACCCAAACGGTG---CTATAA-ATAC----GATGTAAT-AA---AC--A---T-----CA-GTTCGAG--CTATT-----C-GCCGTGTTTTCGGTTCAA---------CT-TGACACACATTTGCTGTG-A-A-TTT-----CTCAAAGATACAAATAG----GACAGAAAG-A---G---GAC--CTTGAT-TTCGTTTTGT-atccaaagacatatgataatggaaagtttag
gi|18 : cacccccacccgTCTGGAA-GTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------A-----------------------TAT----TGCTT-ACTG--TATAT-GACAC-AATAT--TGATGCT-TT-G-ATT------CA------TTTT--CTCCTAAC----AAATGTTTTG-G--C-AACATTT----ACAACC---AGCC-----GTTG---CTA-AA-ATATC--AAGTt
gi|19 : aggtaccaaatattgc----CT-------TCA-C-A-GAG-CCCTC--ATGCATGCT--TACA------------C---------TA---GC-CGCATGTTCGAAA-TC---A-TTTCTTGTGAT---------C-ATC--C-G-TG---TGC-GTAAAGA---TTA----AAAATTTTA
gi|2 : ATGG-GT-GAGCTT-TGT--AAAC---AAGCCTATTCGTAACTGGGattaaaaatttgccgaagacaaataagagacgagaaaagtctag
gi|2 : gCAAGTCTAGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTTCCCTG------ATGTTAAAG----TG------GAACAT----cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|2 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggaccTGTG--C-AGCATTT----ACAACCGGGTA-------GGTG---CTA-AA-ATGCC--AAAAATGGT-GT---T---GGCAT-----CA-GTTTGAGATCTCTCT----C-GTCTC--TTTTCGTACAA---------CT--GACGTACATTTGCTGTG-CTA-TTT-T---C-CAAAGATACAAATGG----AACAGAAAC-A---GA--CACTTC---AT-TTGTTTTTGT-ACTGAA----CT------GTACTT-CACTATGCC-TCT-----AGTCTCCAC--TGGTT-GCATAGTTAACTTC-GATACCTT---TATAACTT--ATATA-CAGTC--TACACTGGTTTCATATCTAACTCCAGTA--CTTTCTTTTCAAGTAACTT--CTTTAG--TGTTGTTGAAATTG--TTCT-CTTTA--A---C-T----TT-------CCATC-AAGTC-GTC------ACTTACA--TACA-C-AG-CATTCACTGTTTACATTA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-ATTTACTTGTAAT---------C-A-T--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTGAGCA-TAAATaacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|20 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtaATGG-GT-GATTTT-GGC--GAATAGTAAGCCTATTCACAACtgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|21 : aaatttgaaa----CT-------TCA-C-A-GAG-GCCTC--ATGATGGCT--TACA------------C---------TA---GC-CGCATGTTCG-AAATC-A-A-TTTCTTGTGAT---------C-A-C--C-G-TGC--TGC-GTAAAGA---TTA----AAA--TTTattgcgaatcgggagtttaaaatccgcattgattttacctgtatttacaatagatacagtaccgttctaaaatgctattcaaaatat
gi|23 : taA------TTTT--TCCA-AAC----AAATGTTTTGAA--C-AGCA-TT----ACAA-C---TACA-----G-TA---CTA-AA-TTACC--ACA-ATTAT-TA---A---G---------CA---TTG-G--TTCTC-----CAGCCTC--TTTTGA-ACAA---------Ctaattaaaaattgccgaagacaataaacgagaagtctagta
gi|24 : tggG-GT-GAGCTT-TGC--GAAGAATAAGCCTATTCATGACTGGctttgg
gi|26 : gtacacatatattataaaccttatgtaaattttaaaatagtatattaattttcaaagaagagtTCTACAC--CGTTT-GGATATTGAACATT-GATATTTT---TCT--CTT-CAAGTA-ATTCCCTT----CAGTGCTGT---TGA----AAT---TGTT-TCTG----TATCTTTCCTTTCAGTTGTaa
gi|27 : TTCT-AA-T--A-A-TTACCTGTGAT---------TTA-T--C-AATGCCGTGG-GC-ATGA---GTT----AAC--TTTAGCA-TAAATaggtt
gi|28 : ATTTGCTGTG-A-A-TTTCT---CTCAAAGATGCAAATGT----TACAGAA---A---G---AGA--C---AC-TTGA-TTTGT----------------------GTT------TGTT-TTTGATGCAGTGTACAC--TGGtgccaaagacaattaataatgaaaagtgt
gi|29 : -------TTA-C-AAGAG-GTCCC--ACACTGGTTTGTATA-C-ATTTATTCAC---------TATATG--CGCATATTTG-AA-TC-C-A-TTACTCAAG-------------A-C--C-A-TGC--T
gi|3 : CATGGAGT-G-GCTT-TACT-AAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGAGGCG
gi|3 : tCAAGTCTTAAAAGTA-----AATCCAGTT-ATT-CTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAAT-C----TG-TT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGGTTTT----ACAA-C---TACC-----GTTG---CTA-AATATACC---AATATGAT-AA---A-------T-----CA-ATTCGAG--CTCTTATATGT-ACCAC---TTTGGTCAAA---------CTCTG-TGCACATTTGCTGT--A-A-CTT-T---TTCGAAGACAC-AATGG----GACAG-AAC-----G---TGC--C---ATATTGCTTTTGT-ACTGGATGTCCGGT----GTAGTT---ATATGCCTTTTTATAAAG-AT-CAC--TGG-T-GCATATTTTAATTCAGGTACTTT---TAT--CTT-C-AGTA-TTTTCG-T----TAATGTGTT---TAA----AAC---GTTTCTCTT----TAAC-TTCCTTTATGTTGTCG-TTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----TT-------CGA-CAAAGAG-GGTCC--ATCCTTGTT--TACAGTGAGTTATTC-C---------TA---ACAAGCAT-TTCG-AA-TC-ATC-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--CTCTGC-ATTG---GCA----AAA--CTTAGTATTAGATCatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaacaagtcttaaaagtaaatccagttattcttcttacgttaaagtggaatctgtttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcaggttttacaactaccgttgctaaatataccaatatgataaatcaattcgagctcttatatgtaccactttggtcaaactctgtgcacatttgctgtaactttttcgaagacacaatgggacagaacgtgccatattgcttttgtactggatgtccggtgtagttatatgcctttttataaagatcactggtgcatattttaattcaggtacttttatcttcagtattttcgttaatgtgtttaaaacgtttctctttaacttcctttatgttgtcgttacatgctcaacatttcgacaaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcctaacaagcatttcgaatcatcttacttctgatcaccatgcctctgcattggcaaaacttagtattagatcgtgaaa
gi|32 : tcatggagtggctttactaaacaataagcctattcacgtatgggaggcgatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaaATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCGTGTTCACAACTGGAAAGCGgtgaaa
gi|34 : tgat--C-A-TGC--TAC-GC-ATGA---GTA----CAA--TTTAGCA-TAAATattgcatatcgggagtttaaa
gi|4 : tATGA-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAA-CCTATTCACGACTGCGGAGtgc
gi|4 : aaaaaaagGTCTGGAAAGAA-----AATA-AATT-ATTTCTTCTT----------TA--------G------GAATAT----TGCTTATT-G--TATAT-GATAT-AGTAT--TGGTGCT-TT-G-ATTCCCCCCCC------CCTC--CCCCCAAC----AAATGTTTTGTG--C-AACATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ACACC--ACATACAAT-AA---A---GACTT-----CA-CTTCGAG--CTCT------C-GCCTT--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-----TTT-T---CCCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---GA--CAC--TTG-AT-TTGCCTTTGT-ACTGAA----T-------GTAGCT-CAATAAGTC-TTTTATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATATC-----GCT--CTT-CAAGTA-C-----------AAGTGTTGT---TAA----AATTAATGTTCTCTT----TACCTTTCC-TTAAAT-----TTTACA-----TACA-C---A--G---CAC----CT-------TTA-C-AAGAT-ACCCC--ATACTTGTT--TAC----AGTTATTCAC---------TA---GC-TGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------A-A-T--C-A-TGatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtctggaaagaaaataaattatttcttctttaggaatattgcttattgtatatgatatagtattggtgctttgattcccccccccctccccccaacaaatgttttgtgcaacatttacaacctaccgttgctaaaacaccacatacaataaagacttcacttcgagctctcgccttttttggtacaactctgacgcacatttgctgtgttttcccaaagatacaaatgggacagaaacagacacttgatttgcctttgtactgaatgtagctcaataagtcttttatacagtgtacactggttgcatatttaacttcgatatcgctcttcaagtacaagtgttgttaaaattaatgttctctttacctttccttaaattttacatacacagcacctttacaagataccccatacttgtttacagttattcactagctgcatgttcgaatcaattacttgtgataatcatg
gi|5 : aaaaaaagatgagtgagctttgcgaacaataacctattcacgactgcggagatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGG-GT-GAGCTT-TGC--GTACAATAACCCTATTAACGACTGGGGTGCG
gi|5 : CAAGTCTTGAAAGTT-----A-TC-AG--------CACTA------A----AAAGCCTTTG------GA-----------TT-TT-G--TATAT-GATAA-AGTAT--TAATGTT-TT-G-TTTTGGATTTA------TTTTACCCCC-ACCCCCGAAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACTACC---TAAC-----GGTG---CTA-AA-ATACT--GAATGT----AA---A-----------------TTCGAG--CTCTC-------GCCGT--TTTTGGTTAAA---------CTTTGACGCACGTTTGCTGTG-A-A-TTT-TT--CTTAAAGATACAAATGG----GACAGAAAG-A---GACACTC--G---AT-TTACTTTTG--A-TGCC----TTATA-----AGTT---ATATA----TATATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAATTTA-GATACCTT---TCT--TTTTCAAGTAACTTTT--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCCCTT----TAATTTTCTTTAGAGTTATAGTTTACA-----TACA-C---AATA---CATGTACTT-------TCA-C-AAGAA-GCCCCAAATAGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactcaagtcttgaaagttatcagcactaaaaagcctttggattttgtatatgataaagtattaatgttttgttttggatttattttacccccacccccgaaatgttttgtgcagcatttactacctaacggtgctaaaatactgaatgtaaattcgagctctcgccgtttttggttaaactttgacgcacgtttgctgtgaatttttcttaaagatacaaatgggacagaaagagacactcgatttacttttgatgccttataagttatatatatatacagtgtacactggttgcatatttaatttagatacctttctttttcaagtaacttttttagtgttgttaaaattgttccctttaattttctttagagttatagtttacatacacaatacatgtactttcacaagaagccccaaatagttgatattaa
gi|6 : tgggtgagctttgcgtacaataaccctattaacgactggggtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactATAG-GT-GAACTT-TGC--GAACAATTAGCTTATTTATGACTAGGAAGCatattaa
gi|6 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagCAAGTCTAAAAAGTA-----AATC-AGTT-ACTTCCTCTT------A------------------------AT----TGCTT-TCCG--TACTT-GACAC-AGTATATTGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTC--TCCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGTGTTT----ACAACC---TACC-----GTTC---CTA-AA-ATACT--AAATATGAT-AATTTA---G---TAAAGACATGTTTGAG--CTCTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggacccaagtctaaaaagtaaatcagttacttcctcttaattgctttccgtacttgacacagtatattgatgctttgatttggattcatttctcccaacaaatgttttgtgcagtgtttacaacctaccgttcctaaaatactaaatatgataatttagtaaagacatgtttgagctctttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|7 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagataggtgaactttgcgaacaattagcttatttatgactaggaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggaccCAGGTCTATAAAATA-----AATC-CGTT---TTCCTCTCTG----ACACTGAAG----TGCATGTGGAAAAT----CGCTC-TC----TGTAT-TACTT-TGTAT--C-ATGTT-TT-A-ATTTGGATTCA------TTTTT-CTCC-AAC----AAATGTTTTGTGTAT-AGCATAT----ACAACC---TA-C-----GTTG---CCA-AA-ATACC--AAACATAAT-AA---AGATG---T-----CA-GTT----------------------C--TTTTGGT----------------------ACATTTGCTGTGAA-A-GTT-C---CCCATAGAT-------G----TATAGAAAC-A---G------------A--TAGTTTTTGT-ACTGAA----CTG-A-----AGTT-CAATATGCC----------GTCTTCAT--TGGTT-GCATATATAACTTC-GATACTTTCAATTTGCCTT-AAAGTA-ATTCT--T----TAGTGTTGC---TAA----AA------------------AA-TGTCCTTTAAGTTGTCGTTttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|8 : ttgatgttacccgtatttacaatagttgaaacgttgtccaaaatatgtaaataaagaacacacgattacaatgatggctggcgtacacaaggtaccaattattgccccgggccCATGG-GTTGAGCTTGTACTAAAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|8 : tcagaagatcaaaggatCAAGTCTT-ATAGTAGATAAAATC-AGTTTAGTTC-TCTTGATAGTACGTTAAAG----TG------GAATATCT--TGCTT--C-GCCTACATTGGCGCCAGTAT--TGATGCTATTAG-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AACTATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTAGACCTA-AA-ATACC--AAATATGATAAA---A---G---T-----CA-ATTCGAG--Catcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaacaagtcttatagtagataaaatcagtttagttctcttgatagtacgttaaagtggaatatcttgcttcgcctacattggcgccagtattgatgctattagatttggattaattttttccaacaactattttgtgcagcgtttacaacctaccgttagacctaaaataccaaatatgataaaagtcaattcgagcatcatcgtcttt
gi|9 : tcagaagatcaaaggatcatgggttgagcttgtactaaaacaataagcctattcacgtatggggagcgatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaaATGG-AT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCCTCACTGGGatcatcgtcttt
gi|9 : aaagaagAGTTTGGAAAGTA-----AATC-TGCT-ATTTCCTCTA------ATGTCAAAG----TG------GAACATCATTTGCTT-TC----TGTAT-G--GC-AGTAT--TGATG-T-TT-GTATTTGCATTCAGCCCCCCCCC--CTCC-CCT----AAATGTTT-GAG--C-AGCATTT----GCAACC---TACC-----GTTA---CTA-AA-ATACCTTGAACATAGT-AA---A---G---G-----CATGTT------CTCTC----------------------------------CTCTAACGCACATTTGC----------------------AGGTACAAATGA----AACAGAAA----------CGA--C---AC-TTGATTcaccgtattattgcaatagatatagtaccgaactaaaaagttgtccaaaatatttaaagaacggcgtctgaaatactcaagctaccaaatattgctctggactctagtttggaaagtaaatctgctatttcctctaatgtcaaagtggaacatcatttgctttctgtatggcagtattgatgtttgtatttgcattcagcccccccccctcccctaaatgtttgagcagcatttgcaacctaccgttactaaaataccttgaacatagtaaaggcatgttctctcctctaacgcacatttgcaggtacaaatgaaacagaaacgacacttgatt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTGCTCAGACCCAAGGCTAGAAAGTTAATCAGCACTAAAAAAAGCCTTGGAATTTGTAGTATATGATAATTTAAAGGATTTGGATGGTACTTGATGTTTTGAATAATTTT
Unaligned ( gi|25 ): TATCATTGATGGTAACCGTATTTAACATAGATATAGTAGTGTATTGAAACGTTATCCAAAATATTTGAATAACGGTTTTAACACACACAAGATTACACTGA
Unaligned ( gi|30 ): TTGCTCAGGACCCAAGGCTAGAAAGTTATCAGCACTAAAAAGCCTTGGAATTTTGTATATGATAAATTTAAAGATTTG
Unaligned ( gi|31 ): TTGCTCTGGAGCCCAAGTCTAGAAAGTAATCAGCCTTGGAATCTAGTATTATTGCTTTGATTTGGATTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): TAAAACGTTGTCCAAGCCATTTAAATAACGGCTTTTAACACACATGTTTACACTGATGTTTGGAGT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222222222222222 1111 2222 111111 22222222222222222 11 4444444444444444 111111111 111111 11111 4444444444444444444444 44444444444444 11 11 2222222222222 111 11111 1111111111111 1111111 3333333 111111111 11111111111 111
lowQualScore : 3 3 3 77 33 00000 4 4 111111111111111111111111111 0 2222 4 1111 4 0 0 4 55 3 4 4 4 000000 77 6 6666 33 2 6666 777 77777 555 2 2 444 2 0 3 99999999999999999 11 3 44 4444444444444444 4 444444444 9 111111 22222 2 7777 8888888888888888888888 1 4 0 2 99999999999999 11 66 1 1 1 0 55 4 4 777 11 4 4444444444444 777 8888 111 99999 88888 55 777 3333333333333 0000000 3 3 0 3 0 44 55 1111111 1 444444444 666 3 6 3 555 3 66666666666 6666 3 3 44 3 7 000 7777 55 4
lowQualScore : . . . .. .. ..... . . ........................... . .... . .... . . . . .. . . . . ...... .. . .... .. . .... ... ..... ... . . ... . . . ................. .. . .. ................ . ......... . ...... ..... . .... ...................... . . . . .............. .. .. . . . . .. . . ... .. . ............. ... .... ... ..... ..... .. ... ............. ....... . . . . . .. .. ....... . ......... ... . . . ... . ........... .... . . .. . . ... .... .. .
lowQualScore : 3 3 3 99 33 00000 0 0 555555555555555555555555555 5 7777 0 5555 0 4 5 0 55 2 0 0 0 555555 99 7 5555 99 9 1111 999 11111 000 9 9 000 0 7 1 77777777777777777 44 8 22 7777777777777777 5 555555555 1 111111 66666 7 7777 9999999999999999999999 2 0 1 6 77777777777777 11 44 8 1 0 9 55 4 0 000 00 0 7777777777777 000 5555 000 22222 99999 44 888 9999999999999 8888888 3 3 4 3 8 66 00 3333333 2 555555555 444 6 7 3 777 3 33333333333 3333 1 1 66 6 3 000 7777 00 4
consensus : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG--CTCTC-----C-GCCNC--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
Reference ( family-771 ) : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG--CTCTC-----C-GCCNC--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
gi|1 : CATGG-GT-GAGCTT-TAC--TAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|1 : CAAGTCTTAAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAC----TGCTT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---A---T-----CA-ATTCGAG--CTCTTATATGT-ACCAC--CTTTGGTACAA---------CTCTGGTGCACATTTGCTGTA-A-ACTTT-T---CTCGAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---TGC--C---ATATTGCTTTTGT-ACTGGA----CTGTACCGGTAGTT-CAATATGCC-TTTTATAAAGAATACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GGTACTTT---TAT--CTT-CAAGTA-TTTTCG-T----TAATGTTGT---TAA----AAC---TGTTCTCTT----TAACTTCCCTTTATGTTGTCGTTTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GGTCC--ATCCTTGTT--TACAGTGAGTTATTCAC---------TA---AC-AGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TCT-GC-ATGA---GCA----AAA--CTTAGTA-TAGATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtcttaaaagtaaatcagttatttcttcttacgttaaagtggaatactgctttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcagcgtttacaacctaccgttgctaaaataccaaatatgataaaatcaattcgagctcttatatgtaccacctttggtacaactctggtgcacatttgctgtaaacttttctcgaagatacaaatgggacagaaacagtgccatattgcttttgtactggactgtaccggtagttcaatatgccttttataaagaatacactggttgcatatttaacttcggtacttttatcttcaagtattttcgttaatgttgttaaaactgttctctttaacttccctttatgttgtcgtttacatgctcaacatcttcacaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcactaacagcatgttcgaatcaattacttctgatcaccatgctctgcatgagcaaaacttagtatagatc
gi|10 : catgggtgagctttactaacaataagcctattcacgtatggggagcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--CACC-TAC----ATATCTTTTGTG--C-AG-ATTTTTTCACAACC---TCCC-----GTTG---CTA-AG-A-------AA---GAC-A------------T-----CA-GTTTGA----------------------------TACAA---------CT--GACGAACATTTGCTGTG-A-A-TTT-TTTTCTTAAAG-TACAAATGAAAATGAGAGATAC-ATTTG------------AT-TTGCTTTTGTTGTTGTA----CTGTAAT-GTAGTTTCAATAGGCT-TTTTATACAGTCTACAC--AGGTT-GCATATTTAATTTC-GATACCTT---TCT---TT-TAAGTA-ACTTT--T----TAATGCCCT---TTA----AAT---TGTTCTCTT----TAACCTTCCTTTAAGTTGTC
gi|11 : CTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGTTT-CT-G--TATAT-GACAC-ATTAT--TGATG-----------------CA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGCTCTGCG--C-ATCATTT----ACGACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---A-----CA----TGAG--CTCTC-----C--CCTC--TTCTGGTACAACTCCTGAGTCTCTGACGCACA----------A----TT-T---CACAAAGATACAAA----------AGAAACTT---GTTTTGC--T----T-TTATTTTTGC-ACTAAA----CTG--------GTT-CAGTATGCC-ATTTc
gi|12 : ATACA-TGCACACGTTGGTTCGCATATTTGATATA-GATACCT-----CT--CTT-CAAGTAACCTTT--T----TAGTGTTGT---TAG----AAT---TATTCTTTT----TAACTTTGAATT-AGTTATAGATAACA-----TACA-C---A--A---CAC----CT-------TCC-C-GAGAG-ACCCA--A-AATTG----TGAA-T-AGTAATTCAC---------TA---AC-CGCGTGTT----------------------------------------C-A-TGC--TGT-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAA
gi|13 : aTTGTCCTTTACA-----TGCGGC---A--A---CAT----CCCGTACTCTCA-T-AAGAGCGCTTC--ATATTTGTT--TACA-C-TTTCATTCAC---------TA---GC-CTCATGTTCGAAA-TCAA-A-TTACTTGTGAT---------C-A-T--CAA-TGC--TGC-GC-ATAAC--GCAAACCAAA--TT--GCA-TAActgctaaaagacaaataataatggaaagtctagt
gi|14 : aagggcgagctttgtcgaacaatgtccttgtgtcctcaatccATGG-GA-AAGATT-TGA--GAACAAACAGCTTATTCACTACTGGGcagttgccgaaa
gi|15 : aaaagaaaAACTTC-GACGCCTT---TCT--CCT-CAAGTA-TGTTC--TC---TAGTGCTGT---AGA----CAT---TGTTCTCT------AACTTTTCTATAATTTGTTCTTTACACAATATACT-C---A-------------CT-------TCA-C-AGGAA-ACCTC--ATACTTCTT--TACA-T---TTATTCGC---------TA---GC-CGCATGCTTG-AA-TC-A-A-TTACTTATGTT---------C-A-T--C-A-TGC--TGT-----------GTA----AAA--TTTAGCA-accaataccgaactagcagtttaaaatcggcattttacaatacataaagttcaggactaataagttgtccacattttcttaaacaaatacacagatgtgtgtagtacccaaggtaataaaggaattatttcgagttctcgcctc
gi|16 : ACTTTCCTTTAGGTGGCCGTTTCCA-----AACA-C---A--AACCCGTG---CA-------TCA-C-GAGAG-GCCTC--ATCCTTATT---ACA-T---TTATTCAC---------AC---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGATAGTTTTTAAG-A-CTAC-A-TG---TAC-AT-ACTATTTGTA----AAA--CTTAGCG-TAAA
gi|17 : ----AAATGTTT-GTG--CCGGCATTT----ACTACTG--TACCCAAACGGTG---CTATAA-ATAC----GATGTAAT-AA---AC--A---T-----CA-GTTCGAG--CTATT-----C-GCCGTGTTTTCGGTTCAA---------CT-TGACACACATTTGCTGTG-A-A-TTT-----CTCAAAGATACAAATAG----GACAGAAAG-A---G---GAC--CTTGAT-TTCGTTTTGT-atccaaagacatatgataatggaaagtttag
gi|18 : cacccccacccgTCTGGAA-GTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------A-----------------------TAT----TGCTT-ACTG--TATAT-GACAC-AATAT--TGATGCT-TT-G-ATT------CA------TTTT--CTCCTAAC----AAATGTTTTG-G--C-AACATTT----ACAACC---AGCC-----GTTG---CTA-AA-ATATC--AAGTt
gi|19 : aggtaccaaatattgc----CT-------TCA-C-A-GAG-CCCTC--ATGCATGCT--TACA------------C---------TA---GC-CGCATGTTCGAAA-TC---A-TTTCTTGTGAT---------C-ATC--C-G-TG---TGC-GTAAAGA---TTA----AAAATTTTA
gi|2 : ATGG-GT-GAGCTT-TGT--AAAC---AAGCCTATTCGTAACTGGGattaaaaatttgccgaagacaaataagagacgagaaaagtctag
gi|2 : gCAAGTCTAGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTTCCCTG------ATGTTAAAG----TG------GAACAT----cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|2 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggaccTGTG--C-AGCATTT----ACAACCGGGTA-------GGTG---CTA-AA-ATGCC--AAAAATGGT-GT---T---GGCAT-----CA-GTTTGAGATCTCTCT----C-GTCTC--TTTTCGTACAA---------CT--GACGTACATTTGCTGTG-CTA-TTT-T---C-CAAAGATACAAATGG----AACAGAAAC-A---GA--CACTTC---AT-TTGTTTTTGT-ACTGAA----CT------GTACTT-CACTATGCC-TCT-----AGTCTCCAC--TGGTT-GCATAGTTAACTTC-GATACCTT---TATAACTT--ATATA-CAGTC--TACACTGGTTTCATATCTAACTCCAGTA--CTTTCTTTTCAAGTAACTT--CTTTAG--TGTTGTTGAAATTG--TTCT-CTTTA--A---C-T----TT-------CCATC-AAGTC-GTC------ACTTACA--TACA-C-AG-CATTCACTGTTTACATTA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-ATTTACTTGTAAT---------C-A-T--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTGAGCA-TAAATaacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|20 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtaATGG-GT-GATTTT-GGC--GAATAGTAAGCCTATTCACAACtgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|21 : aaatttgaaa----CT-------TCA-C-A-GAG-GCCTC--ATGATGGCT--TACA------------C---------TA---GC-CGCATGTTCG-AAATC-A-A-TTTCTTGTGAT---------C-A-C--C-G-TGC--TGC-GTAAAGA---TTA----AAA--TTTattgcgaatcgggagtttaaaatccgcattgattttacctgtatttacaatagatacagtaccgttctaaaatgctattcaaaatat
gi|23 : taA------TTTT--TCCA-AAC----AAATGTTTTGAA--C-AGCA-TT----ACAA-C---TACA-----G-TA---CTA-AA-TTACC--ACA-ATTAT-TA---A---G---------CA---TTG-G--TTCTC-----CAGCCTC--TTTTGA-ACAA---------Ctaattaaaaattgccgaagacaataaacgagaagtctagta
gi|24 : tggG-GT-GAGCTT-TGC--GAAGAATAAGCCTATTCATGACTGGctttgg
gi|26 : gtacacatatattataaaccttatgtaaattttaaaatagtatattaattttcaaagaagagtTCTACAC--CGTTT-GGATATTGAACATT-GATATTTT---TCT--CTT-CAAGTA-ATTCCCTT----CAGTGCTGT---TGA----AAT---TGTT-TCTG----TATCTTTCCTTTCAGTTGTaa
gi|27 : TTCT-AA-T--A-A-TTACCTGTGAT---------TTA-T--C-AATGCCGTGG-GC-ATGA---GTT----AAC--TTTAGCA-TAAATaggtt
gi|28 : ATTTGCTGTG-A-A-TTTCT---CTCAAAGATGCAAATGT----TACAGAA---A---G---AGA--C---AC-TTGA-TTTGT----------------------GTT------TGTT-TTTGATGCAGTGTACAC--TGGtgccaaagacaattaataatgaaaagtgt
gi|29 : -------TTA-C-AAGAG-GTCCC--ACACTGGTTTGTATA-C-ATTTATTCAC---------TATATG--CGCATATTTG-AA-TC-C-A-TTACTCAAG-------------A-C--C-A-TGC--T
gi|3 : CATGGAGT-G-GCTT-TACT-AAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGAGGCG
gi|3 : tCAAGTCTTAAAAGTA-----AATCCAGTT-ATT-CTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAAT-C----TG-TT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGGTTTT----ACAA-C---TACC-----GTTG---CTA-AATATACC---AATATGAT-AA---A-------T-----CA-ATTCGAG--CTCTTATATGT-ACCAC---TTTGGTCAAA---------CTCTG-TGCACATTTGCTGT--A-A-CTT-T---TTCGAAGACAC-AATGG----GACAG-AAC-----G---TGC--C---ATATTGCTTTTGT-ACTGGATGTCCGGT----GTAGTT---ATATGCCTTTTTATAAAG-AT-CAC--TGG-T-GCATATTTTAATTCAGGTACTTT---TAT--CTT-C-AGTA-TTTTCG-T----TAATGTGTT---TAA----AAC---GTTTCTCTT----TAAC-TTCCTTTATGTTGTCG-TTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----TT-------CGA-CAAAGAG-GGTCC--ATCCTTGTT--TACAGTGAGTTATTC-C---------TA---ACAAGCAT-TTCG-AA-TC-ATC-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--CTCTGC-ATTG---GCA----AAA--CTTAGTATTAGATCatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaacaagtcttaaaagtaaatccagttattcttcttacgttaaagtggaatctgtttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcaggttttacaactaccgttgctaaatataccaatatgataaatcaattcgagctcttatatgtaccactttggtcaaactctgtgcacatttgctgtaactttttcgaagacacaatgggacagaacgtgccatattgcttttgtactggatgtccggtgtagttatatgcctttttataaagatcactggtgcatattttaattcaggtacttttatcttcagtattttcgttaatgtgtttaaaacgtttctctttaacttcctttatgttgtcgttacatgctcaacatttcgacaaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcctaacaagcatttcgaatcatcttacttctgatcaccatgcctctgcattggcaaaacttagtattagatcgtgaaa
gi|32 : tcatggagtggctttactaaacaataagcctattcacgtatgggaggcgatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaaATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCGTGTTCACAACTGGAAAGCGgtgaaa
gi|34 : tgat--C-A-TGC--TAC-GC-ATGA---GTA----CAA--TTTAGCA-TAAATattgcatatcgggagtttaaa
gi|4 : tATGA-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAA-CCTATTCACGACTGCGGAGtgc
gi|4 : aaaaaaagGTCTGGAAAGAA-----AATA-AATT-ATTTCTTCTT----------TA--------G------GAATAT----TGCTTATT-G--TATAT-GATAT-AGTAT--TGGTGCT-TT-G-ATTCCCCCCCC------CCTC--CCCCCAAC----AAATGTTTTGTG--C-AACATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ACACC--ACATACAAT-AA---A---GACTT-----CA-CTTCGAG--CTCT------C-GCCTT--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-----TTT-T---CCCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---GA--CAC--TTG-AT-TTGCCTTTGT-ACTGAA----T-------GTAGCT-CAATAAGTC-TTTTATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATATC-----GCT--CTT-CAAGTA-C-----------AAGTGTTGT---TAA----AATTAATGTTCTCTT----TACCTTTCC-TTAAAT-----TTTACA-----TACA-C---A--G---CAC----CT-------TTA-C-AAGAT-ACCCC--ATACTTGTT--TAC----AGTTATTCAC---------TA---GC-TGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------A-A-T--C-A-TGatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtctggaaagaaaataaattatttcttctttaggaatattgcttattgtatatgatatagtattggtgctttgattcccccccccctccccccaacaaatgttttgtgcaacatttacaacctaccgttgctaaaacaccacatacaataaagacttcacttcgagctctcgccttttttggtacaactctgacgcacatttgctgtgttttcccaaagatacaaatgggacagaaacagacacttgatttgcctttgtactgaatgtagctcaataagtcttttatacagtgtacactggttgcatatttaacttcgatatcgctcttcaagtacaagtgttgttaaaattaatgttctctttacctttccttaaattttacatacacagcacctttacaagataccccatacttgtttacagttattcactagctgcatgttcgaatcaattacttgtgataatcatg
gi|5 : aaaaaaagatgagtgagctttgcgaacaataacctattcacgactgcggagatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGG-GT-GAGCTT-TGC--GTACAATAACCCTATTAACGACTGGGGTGCG
gi|5 : CAAGTCTTGAAAGTT-----A-TC-AG--------CACTA------A----AAAGCCTTTG------GA-----------TT-TT-G--TATAT-GATAA-AGTAT--TAATGTT-TT-G-TTTTGGATTTA------TTTTACCCCC-ACCCCCGAAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACTACC---TAAC-----GGTG---CTA-AA-ATACT--GAATGT----AA---A-----------------TTCGAG--CTCTC-------GCCGT--TTTTGGTTAAA---------CTTTGACGCACGTTTGCTGTG-A-A-TTT-TT--CTTAAAGATACAAATGG----GACAGAAAG-A---GACACTC--G---AT-TTACTTTTG--A-TGCC----TTATA-----AGTT---ATATA----TATATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAATTTA-GATACCTT---TCT--TTTTCAAGTAACTTTT--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCCCTT----TAATTTTCTTTAGAGTTATAGTTTACA-----TACA-C---AATA---CATGTACTT-------TCA-C-AAGAA-GCCCCAAATAGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactcaagtcttgaaagttatcagcactaaaaagcctttggattttgtatatgataaagtattaatgttttgttttggatttattttacccccacccccgaaatgttttgtgcagcatttactacctaacggtgctaaaatactgaatgtaaattcgagctctcgccgtttttggttaaactttgacgcacgtttgctgtgaatttttcttaaagatacaaatgggacagaaagagacactcgatttacttttgatgccttataagttatatatatatacagtgtacactggttgcatatttaatttagatacctttctttttcaagtaacttttttagtgttgttaaaattgttccctttaattttctttagagttatagtttacatacacaatacatgtactttcacaagaagccccaaatagttgatattaa
gi|6 : tgggtgagctttgcgtacaataaccctattaacgactggggtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactATAG-GT-GAACTT-TGC--GAACAATTAGCTTATTTATGACTAGGAAGCatattaa
gi|6 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagCAAGTCTAAAAAGTA-----AATC-AGTT-ACTTCCTCTT------A------------------------AT----TGCTT-TCCG--TACTT-GACAC-AGTATATTGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTC--TCCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGTGTTT----ACAACC---TACC-----GTTC---CTA-AA-ATACT--AAATATGAT-AATTTA---G---TAAAGACATGTTTGAG--CTCTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggacccaagtctaaaaagtaaatcagttacttcctcttaattgctttccgtacttgacacagtatattgatgctttgatttggattcatttctcccaacaaatgttttgtgcagtgtttacaacctaccgttcctaaaatactaaatatgataatttagtaaagacatgtttgagctctttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|7 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagataggtgaactttgcgaacaattagcttatttatgactaggaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggaccCAGGTCTATAAAATA-----AATC-CGTT---TTCCTCTCTG----ACACTGAAG----TGCATGTGGAAAAT----CGCTC-TC----TGTAT-TACTT-TGTAT--C-ATGTT-TT-A-ATTTGGATTCA------TTTTT-CTCC-AAC----AAATGTTTTGTGTAT-AGCATAT----ACAACC---TA-C-----GTTG---CCA-AA-ATACC--AAACATAAT-AA---AGATG---T-----CA-GTT----------------------C--TTTTGGT----------------------ACATTTGCTGTGAA-A-GTT-C---CCCATAGAT-------G----TATAGAAAC-A---G------------A--TAGTTTTTGT-ACTGAA----CTG-A-----AGTT-CAATATGCC----------GTCTTCAT--TGGTT-GCATATATAACTTC-GATACTTTCAATTTGCCTT-AAAGTA-ATTCT--T----TAGTGTTGC---TAA----AA------------------AA-TGTCCTTTAAGTTGTCGTTttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|8 : ttgatgttacccgtatttacaatagttgaaacgttgtccaaaatatgtaaataaagaacacacgattacaatgatggctggcgtacacaaggtaccaattattgccccgggccCATGG-GTTGAGCTTGTACTAAAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|8 : tcagaagatcaaaggatCAAGTCTT-ATAGTAGATAAAATC-AGTTTAGTTC-TCTTGATAGTACGTTAAAG----TG------GAATATCT--TGCTT--C-GCCTACATTGGCGCCAGTAT--TGATGCTATTAG-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AACTATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTAGACCTA-AA-ATACC--AAATATGATAAA---A---G---T-----CA-ATTCGAG--Catcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaacaagtcttatagtagataaaatcagtttagttctcttgatagtacgttaaagtggaatatcttgcttcgcctacattggcgccagtattgatgctattagatttggattaattttttccaacaactattttgtgcagcgtttacaacctaccgttagacctaaaataccaaatatgataaaagtcaattcgagcatcatcgtcttt
gi|9 : tcagaagatcaaaggatcatgggttgagcttgtactaaaacaataagcctattcacgtatggggagcgatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaaATGG-AT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCCTCACTGGGatcatcgtcttt
gi|9 : aaagaagAGTTTGGAAAGTA-----AATC-TGCT-ATTTCCTCTA------ATGTCAAAG----TG------GAACATCATTTGCTT-TC----TGTAT-G--GC-AGTAT--TGATG-T-TT-GTATTTGCATTCAGCCCCCCCCC--CTCC-CCT----AAATGTTT-GAG--C-AGCATTT----GCAACC---TACC-----GTTA---CTA-AA-ATACCTTGAACATAGT-AA---A---G---G-----CATGTT------CTCTC----------------------------------CTCTAACGCACATTTGC----------------------AGGTACAAATGA----AACAGAAA----------CGA--C---AC-TTGATTcaccgtattattgcaatagatatagtaccgaactaaaaagttgtccaaaatatttaaagaacggcgtctgaaatactcaagctaccaaatattgctctggactctagtttggaaagtaaatctgctatttcctctaatgtcaaagtggaacatcatttgctttctgtatggcagtattgatgtttgtatttgcattcagcccccccccctcccctaaatgtttgagcagcatttgcaacctaccgttactaaaataccttgaacatagtaaaggcatgttctctcctctaacgcacatttgcaggtacaaatgaaacagaaacgacacttgatt
blockSeqs : A T G TA GG GATAA C T TGACACTGAAGTGCATGTG CATT A GCC T C AT C A A T GCCCCC AC T CCCG TA C TTTC GGG CAAAC GAC T T TTG T A TTTAGTAAAGA TG T AT TATATGTACCAC A CTCCTGAGT C GCTA TTTT T AAAT CTTGTTTTGCTT C T T TGTCCGGTGT TC TT T C C GT C A CAA AA T CAGTCTACAC ATC CTCC TAA TCAAG CAATA GG TTT ATACATGTAC CGTACTC T A C AA TG GTGAGTT A TGTTTACAT TAT A A A AA T AGTTTTTAAG CTA A A CG T A TTT AACC AT T
blockSeqs : . . . T AG . . . GATAGTACGTTAAAGTG CT . TG . . . C . . . . T C . . . . G . . . . A T . TGGCAT TG T . TCGCCGTGTT A . C GAAA CT A . GAGGACCTTGAT T . A CTGTAATGT C T T C G . . . . GC . ATTCCCTT . . A T TTG A . AACCCGTG . . . . . . TAGTA A . . . A . AT . TT TC . . . . A C . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . ACGTTAAAGTG . . GC . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A T . AGACTT G C . CTCGTCTCT T . C GAA TT T . CAGACACTTCAT G . A TTATA C A G C C . . . . . . ACCTTTT . . . T . T . ACAC . . . . . . CTTTC G . . . . . A . C T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GG . . . ATGTTAAAGTG . . CG . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A A . AGATGT G T . CCAGCCTCT A . T GAA T T . CAGACACTTGAT T . G CTGT C T T A C . . . . . . TGTTCTC . . . G . A . ACAT . . . . . . CATTT A . . . . . A . C T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TG . . . ACGTTAAAGTG . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A T . ACAT G T . CCCCTCT A . C GAA T T . GAGACACTCGAT A . A CTGA C T T C G . . . . . . TTTTCGT . . . T . T . ACAT . . . . . . CAGC A . . . . . A . C T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . AAAAGCCTTTG . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A T . AGA A C . CGCCTTT C . . GAA T C . CGTGCCATA C . C CTG . T T C A . . . . . . ACTTTTT . . . T . T . GCAC . . . . . . AGTT A . . . . . A . C C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AT . . . ATGTCAAAGTG . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . G T . AGT C C . CGCCGTT A . . AA T T . CATTTGAT C . A TGT . . . . G . . . . . . ACTTTT . . . T . A . ACT . . . . . . TTT A . . . . . A . C T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GG . . . TAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . AGG G C . CT T . . A C C . AGAGACAC C . . . . . . . G . . . . . . ATTCTT . . . . . A . . . . . . . . TTT . . . . . . C . C C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . AG A T . C . . . G . . . CGACAC T . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . A T . AT . C . . . . . . . . CAGA A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AGT************** CGCCTCT********* GAA*** CAGACACTTGAT********** CTGT********** AGTT***
originalCons : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG--CTCTC-----C-GCCNC--TTTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAAC-A---G---CGC--C---AT-TTGCTTTTGT-ACTGAA----CTGTA---GTAGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACA-T-AGTTATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
finalCons : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATAT----TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AAAGT--------------CA-GTTCGAG--CTCTCGCCTCT---------TTTGGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTGAA---TTT-T---CTCAAAGATACAAATGG----GACAGAAACAGACACTTGAT----------TTGCTTTTGT-ACTGAACTGT----------AGTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTT--TACAAGTT---ATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTGCTCAGACCCAAGGCTAGAAAGTTAATCAGCACTAAAAAAAGCCTTGGAATTTGTAGTATATGATAATTTAAAGGATTTGGATGGTACTTGATGTTTTGAATAATTTT
Unaligned ( gi|25 ): TATCATTGATGGTAACCGTATTTAACATAGATATAGTAGTGTATTGAAACGTTATCCAAAATATTTGAATAACGGTTTTAACACACACAAGATTACACTGA
Unaligned ( gi|30 ): TTGCTCAGGACCCAAGGCTAGAAAGTTATCAGCACTAAAAAGCCTTGGAATTTTGTATATGATAAATTTAAAGATTTG
Unaligned ( gi|31 ): TTGCTCTGGAGCCCAAGTCTAGAAAGTAATCAGCCTTGGAATCTAGTATTATTGCTTTGATTTGGATTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): TAAAACGTTGTCCAAGCCATTTAAATAACGGCTTTTAACACACATGTTTACACTGATGTTTGGAGT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222222222222222 2222 111111 3333333333333 11 1111111111 111111111 111111 11111 11 111111 111111 22222222222222 11 2222222222222 111 11111 1111111111111 1111111 33333333 111111111 11111111111 111
lowQualScore : 3 3 3 77 33 00000 4 4 111111111111111111111111111 0 8888888 4 1111 4 0 0 4 55 3 4 4 4 000000 77 6 6666 33 2 6666 777 77777 555 2 2 444 2 1 2 555 1111111111111 11 1 6666 2 2 2 9999999999 33 0 3 4 444444444 9 111111 22222 2 1 777 00 7 111111 111111 2 33333333333333 2 4 88 0 66 1 1 1 0 55 4 4 777 11 4 4444444444444 777 8888 111 99999 88888 55 777 3333333333333 0000000 3 3 0 3 0 44 99999999 1 444444444 666 3 6 3 555 3 66666666666 6666 3 3 44 3 7 000 7777 55 4
lowQualScore : . . . .. .. ..... . . ........................... . ....... . .... . . . . .. . . . . ...... .. . .... .. . .... ... ..... ... . . ... . . . ... ............. .. . .... . . . .......... .. . . . ......... . ...... ..... . . ... .. . ...... ...... . .............. . . .. . .. . . . . .. . . ... .. . ............. ... .... ... ..... ..... .. ... ............. ....... . . . . . .. ........ . ......... ... . . . ... . ........... .... . . .. . . ... .... .. .
lowQualScore : 3 3 3 99 33 00000 0 0 555555555555555555555555555 5 6666666 0 5555 0 4 5 0 55 2 0 0 0 555555 99 7 5555 99 9 1111 999 11111 000 9 7 777 9 1 9 000 0000000000000 66 1 1111 9 9 9 0000000000 66 3 6 5 555555555 1 111111 66666 7 2 111 00 3 555555 555555 6 99999999999999 0 4 33 1 44 8 1 0 9 55 4 0 000 00 0 7777777777777 000 5555 000 22222 99999 44 888 9999999999999 8888888 3 3 4 3 8 66 99999999 2 555555555 444 6 7 3 777 3 33333333333 3333 1 1 66 6 3 000 7777 00 4
consensus : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----T--TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG----C-T-C-T------C--GCC-TCTTTT-GGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGGGACAGAAACA-GACACTTG--AT-TTGC------TTTTGT------ACTGAAC------T------GTA-GTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTTTACA---AGTT-ATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
Reference ( family-771 ) : CATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCACGACTGGGGAGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTCTNGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----T--TGCTT-TC-G--TATAT-GACGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---T-----CA-GTTCGAG----C-T-C-T------C--GCC-TCTTTT-GGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-A-A-TTT-T---CTCAAAGATACAAATGGGACAGAAACA-GACACTTG--AT-TTGC------TTTTGT------ACTGAAC------T------GTA-GTT-CAATATGCC-TTTTATACAGTNTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATACCTT---TCT--CTT-CAAGTA-CTTTC--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCTCTT----TAACTTTCCTTTAAGTTGTCGTTTACA-----TACN-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GCCCC--ATACTTGTTTACA---AGTT-ATTCAC---------TA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAATC
gi|1 : CATGG-GT-GAGCTT-TAC--TAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|1 : CAAGTCTTAAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTCTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----C--TGCTT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---A---T-----CA-ATTCGAG----C-T-C-TTATATGT--ACC-ACCTTT-GGTACAA---------CTCTGGTGCACATTTGCTGTA-A-ACTTT-T---CTCGAAGATACAAATGGGACAGAAACA-G-----TGCCATATTGC------TTTTGT------ACTGGAC------TGTACCGGTA-GTT-CAATATGCC-TTTTATAAAGAATACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GGTACTTT---TAT--CTT-CAAGTA-TTTTCG-T----TAATGTTGT---TAA----AAC---TGTTCTCTT----TAACTTCCCTTTATGTTGTCGTTTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----CT-------TCA-C-AAGAG-GGTCC--ATCCTTGTTTACAGTGAGTT-ATTCAC---------TA---AC-AGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--TCT-GC-ATGA---GCA----AAA--CTTAGTA-TAGATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagtcttaaaagtaaatcagttatttcttcttacgttaaagtggaatactgctttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcagcgtttacaacctaccgttgctaaaataccaaatatgataaaatcaattcgagctcttatatgtaccacctttggtacaactctggtgcacatttgctgtaaacttttctcgaagatacaaatgggacagaaacagtgccatattgcttttgtactggactgtaccggtagttcaatatgccttttataaagaatacactggttgcatatttaacttcggtacttttatcttcaagtattttcgttaatgttgttaaaactgttctctttaacttccctttatgttgtcgtttacatgctcaacatcttcacaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcactaacagcatgttcgaatcaattacttctgatcaccatgctctgcatgagcaaaacttagtatagatc
gi|10 : catgggtgagctttactaacaataagcctattcacgtatggggagcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--CACC-TAC----ATATCTTTTGTG--C-AG-ATTTTTTCACAACC---TCCC-----GTTG---CTA-AG-A-------AA---GAC-A------------T-----CA-GTTTGA----------------------------------TACAA---------CT--GACGAACATTTGCTGTG-A-A-TTT-TTTTCTTAAAG-TACAAATGAAAATGAGAGA-TACATTTG--AT-TTGC------TTTTGTTGTTGTACTGTAA------T------GTA-GTTTCAATAGGCT-TTTTATACAGTCTACAC--AGGTT-GCATATTTAATTTC-GATACCTT---TCT---TT-TAAGTA-ACTTT--T----TAATGCCCT---TTA----AAT---TGTTCTCTT----TAACCTTCCTTTAAGTTGTC
gi|11 : CTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAATA----T--TGTTT-CT-G--TATAT-GACAC-ATTAT--TGATG-----------------CA------TTTT--CTCC-AAC----AAATGCTCTGCG--C-ATCATTT----ACGACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ATACC--AAATATGAT-AA---A---G---A-----CA----TGAG----C-T-C-T------C--CCC-TCTTCT-GGTACAACTCCTGAGTCTCTGACGCACA----------A----TT-T---CACAAAGATACAAA------AGAA-------ACTTG--TT-TTGCTTTTATTTTTGC------ACTAAAC------T------G---GTT-CAGTATGCC-ATTTc
gi|12 : ATACA-TGCACACGTTGGTTCGCATATTTGATATA-GATACCT-----CT--CTT-CAAGTAACCTTT--T----TAGTGTTGT---TAG----AAT---TATTCTTTT----TAACTTTGAATT-AGTTATAGATAACA-----TACA-C---A--A---CAC----CT-------TCC-C-GAGAG-ACCCA--A-AATTGTGAAT----AGTA-ATTCAC---------TA---AC-CGCGTGTT----------------------------------------C-A-TGC--TGT-GC-ATGA---GTA----AAA--TTTAGCA-TAAA
gi|13 : aTTGTCCTTTACA-----TGCGGC---A--A---CAT----CCCGTACTCTCA-T-AAGAGCGCTTC--ATATTTGTTTACA---CTTTCATTCAC---------TA---GC-CTCATGTTCGAAA-TCAA-A-TTACTTGTGAT---------C-A-T--CAA-TGC--TGC-GC-ATAAC--GCAAACCAAA--TT--GCA-TAActgctaaaagacaaataataatggaaagtctagt
gi|14 : aagggcgagctttgtcgaacaatgtccttgtgtcctcaatccATGG-GA-AAGATT-TGA--GAACAAACAGCTTATTCACTACTGGGcagttgccgaaa
gi|14 : aaaagaaaA-GTACC--CAAGGTAAT-AA---A---GGAAT-----TA-TTTCGAG----T-T-C-T------C--GCC-TCaccaataccgaactagcagtttaaaatcggcattttacaatacataaagttcaggactaataagttgtccacattttcttaaacaaatacacagatgtgtgtagtacccaaggtaataaaggaattatttcgagttctcgcctc
gi|15 : aaaagaaaatgggaaagatttgagaacaaacagcttattcactactgggaccaataccgaactagcagtttaaaatcggcattttacaatacataaagttcaggactaataagttgtccacattttcttaaacaaatacacagatgtgtgtAACTTC-GACGCCTT---TCT--CCT-CAAGTA-TGTTC--TC---TAGTGCTGT---AGA----CAT---TGTTCTCT------AACTTTTCTATAATTTGTTCTTTACACAATATACT-C---A-------------CT-------TCA-C-AGGAA-ACCTC--ATACTTCTTTACA----TTT-ATTCGC---------TA---GC-CGCATGCTTG-AA-TC-A-A-TTACTTATGTT---------C-A-T--C-A-TGC--TGT-----------GTA----AAA--TTTAGCA-
gi|16 : ACTTTCCTTTAGGTGGCCGTTTCCA-----AACA-C---A--AACCCGTG---CA-------TCA-C-GAGAG-GCCTC--ATCCTTATT-ACA----TTT-ATTCAC---------AC---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGATAGTTTTTAAG-A-CTAC-A-TG---TAC-AT-ACTATTTGTA----AAA--CTTAGCG-TAAA
gi|17 : ----AAATGTTT-GTG--CCGGCATTT----ACTACTG--TACCCAAACGGTG---CTATAA-ATAC----GATGTAAT-AA---AC--A---T-----CA-GTTCGAG----C-TAT-T------C--GCCGTGTTTTCGGTTCAA---------CT-TGACACACATTTGCTGTG-A-A-TTT-----CTCAAAGATACAAATAGGACAGAAAGAGGAC-CTTG--AT-TTCG------TTTTGT------atccaaagacatatgataatggaaagtttag
gi|18 : cacccccacccgTCTGGAA-GTA-----AATC-AGTT-ATTTCCTCTT------A-----------------------TA----T--TGCTT-ACTG--TATAT-GACAC-AATAT--TGATGCT-TT-G-ATT------CA------TTTT--CTCCTAAC----AAATGTTTTG-G--C-AACATTT----ACAACC---AGCC-----GTTG---CTA-AA-ATATC--AAGTt
gi|19 : aggtaccaaatattgc----CT-------TCA-C-A-GAG-CCCTC--ATGCATGCTTACA-------------C---------TA---GC-CGCATGTTCGAAA-TC---A-TTTCTTGTGAT---------C-ATC--C-G-TG---TGC-GTAAAGA---TTA----AAAATTTTA
gi|2 : ATGG-GT-GAGCTT-TGT--AAAC---AAGCCTATTCGTAACTGGGattaaaaatttgccgaagacaaataagagacgagaaaagtctag
gi|2 : gCAAGTCTAGAAAGTA-----AATC-AGTT-ATTTTCCCTG------ATGTTAAAG----TG------GAACA----T--cannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|2 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggaccTGTG--C-AGCATTT----ACAACCGGGTA-------GGTG---CTA-AA-ATGCC--AAAAATGGT-GT---T---GGCAT-----CA-GTTTGAGATCTC-T-C-T------C--GTC-TCTTTT-CGTACAA---------CT--GACGTACATTTGCTGTG-CTA-TTT-T---C-CAAAGATACAAATGGAACAGAAACA-GACACTTC--AT-TTGT------TTTTGT------ACTGAAC------T------GTA-CTT-CACTATGCC-TCT-----AGTCTCCAC--TGGTT-GCATAGTTAACTTC-GATACCTT---TATAACTT--ATATA-CAGTC--TACACTGGTTTCATATCTAACTCCAGTA--CTTTCTTTTCAAGTAACTT--CTTTAG--TGTTGTTGAAATTG--TTCT-CTTTA--A---C-T----TT-------CCATC-AAGTC-GTC------ACTTACATACAC--AG-C-ATTCACTGTTTACATTA---GC-CGCATGTTCG-AA-TC-A-ATTTACTTGTAAT---------C-A-T--C-A-TGC--TGC-GC-ATGA---GTA----AAA--TTGAGCA-TAAATaacacagtatgtgcagcatttacaaccgggtaggtgctaaaatgccaaaaatggtgttggcatcagtttgagatctctctcgtctcttttcgtacaactgacgtacatttgctgtgctattttccaaagatacaaatggaacagaaacagacacttcatttgtttttgtactgaactgtacttcactatgcctctagtctccactggttgcatagttaacttcgatacctttataacttatatacagtctacactggtttcatatctaactccagtactttcttttcaagtaacttctttagtgttgttgaaattgttctctttaactttccatcaagtcgtcacttacatacacagcattcactgtttacattagccgcatgttcgaatcaatttacttgtaatcatcatgctgcgcatgagtaaaattgagcataaattgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|20 : gatgggtgagctttgtaaacaagcctattcgtaactgggcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgctctggacccaagtctagaaagtaaatcagttattttccctgatgttaaagtggaacataacacagtaATGG-GT-GATTTT-GGC--GAATAGTAAGCCTATTCACAACtgccaaaactagtataattggagagtctag
gi|21 : aaatttgaaa----CT-------TCA-C-A-GAG-GCCTC--ATGATGGCTTACA-------------C---------TA---GC-CGCATGTTCG-AAATC-A-A-TTTCTTGTGAT---------C-A-C--C-G-TGC--TGC-GTAAAGA---TTA----AAA--TTTattgcgaatcgggagtttaaaatccgcattgattttacctgtatttacaatagatacagtaccgttctaaaatgctattcaaaatat
gi|23 : taA------TTTT--TCCA-AAC----AAATGTTTTGAA--C-AGCA-TT----ACAA-C---TACA-----G-TA---CTA-AA-TTACC--ACA-ATTAT-TA---A---G---------CA---TTG-G----T-T-C-T------CCAGCC-TCTTTT-GA-ACAA---------Ctaattaaaaattgccgaagacaataaacgagaagtctagta
gi|24 : tggG-GT-GAGCTT-TGC--GAAGAATAAGCCTATTCATGACTGGctttgg
gi|26 : gtacacatatattataaaccttatgtaaattttaaaatagtatattaattttcaaagaagagtTCTACAC--CGTTT-GGATATTGAACATT-GATATTTT---TCT--CTT-CAAGTA-ATTCCCTT----CAGTGCTGT---TGA----AAT---TGTT-TCTG----TATCTTTCCTTTCAGTTGTaa
gi|27 : TTCT-AA-T--A-A-TTACCTGTGAT---------TTA-T--C-AATGCCGTGG-GC-ATGA---GTT----AAC--TTTAGCA-TAAATaggtt
gi|28 : ATTTGCTGTG-A-A-TTTCT---CTCAAAGATGCAAATGTTACAGAAAGA-GACACTTG--AT-TTGT------GTTTGT------------------------------------------T-TTTGATGCAGTGTACAC--TGGtgccaaagacaattaataatgaaaagtgt
gi|29 : -------TTA-C-AAGAG-GTCCC--ACACTGGTTTGTATACATTT-ATTCAC---------TATATG--CGCATATTTG-AA-TC-C-A-TTACTCAAG-------------A-C--C-A-TGC--T
gi|3 : CATGGAGT-G-GCTT-TACT-AAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGAGGCG
gi|3 : tCAAGTCTTAAAAGTA-----AATCCAGTT-ATT-CTTCTT------ACGTTAAAG----TG------GAAT-----C--TG-TT-TC-GC-TACAT-GGCGC-AGTAT--TGATGCT-TT-G-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AAATATTTTGTG--C-AGGTTTT----ACAA-C---TACC-----GTTG---CTA-AATATACC---AATATGAT-AA---A-------T-----CA-ATTCGAG----C-T-C-TTATATGT--ACC-AC-TTT-GGTCAAA---------CTCTG-TGCACATTTGCTGT--A-A-CTT-T---TTCGAAGACAC-AATGGGACAGA--------ACGTGCCATATTGC------TTTTGT------ACTGGATGTCCGGT------GTA-GTT---ATATGCCTTTTTATAAAG-AT-CAC--TGG-T-GCATATTTTAATTCAGGTACTTT---TAT--CTT-C-AGTA-TTTTCG-T----TAATGTGTT---TAA----AAC---GTTTCTCTT----TAAC-TTCCTTTATGTTGTCG-TTACA-----TGCT-C---A--A---CAT----TT-------CGA-CAAAGAG-GGTCC--ATCCTTGTTTACAGTGAGTT-ATTC-C---------TA---ACAAGCAT-TTCG-AA-TC-ATC-TTACTTCTGAT---------C-A-C--C-A-TGC--CTCTGC-ATTG---GCA----AAA--CTTAGTATTAGATCatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaacaagtcttaaaagtaaatccagttattcttcttacgttaaagtggaatctgtttcgctacatggcgcagtattgatgctttgatttggattaattttttccaacaaatattttgtgcaggttttacaactaccgttgctaaatataccaatatgataaatcaattcgagctcttatatgtaccactttggtcaaactctgtgcacatttgctgtaactttttcgaagacacaatgggacagaacgtgccatattgcttttgtactggatgtccggtgtagttatatgcctttttataaagatcactggtgcatattttaattcaggtacttttatcttcagtattttcgttaatgtgtttaaaacgtttctctttaacttcctttatgttgtcgttacatgctcaacatttcgacaaagagggtccatccttgtttacagtgagttattcctaacaagcatttcgaatcatcttacttctgatcaccatgcctctgcattggcaaaacttagtattagatcgtgaaa
gi|32 : tcatggagtggctttactaaacaataagcctattcacgtatgggaggcgatcgcgattcggagtttaaattttgcgtgatgttacctgtattaatacatacgtgtatactactgtactaaaacgttttcaaatatttaaagaacggttttaatatatgattacaccgatgtcttgggtacccatggtacaaaATGG-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCGTGTTCACAACTGGAAAGCGgtgaaa
gi|34 : tgat--C-A-TGC--TAC-GC-ATGA---GTA----CAA--TTTAGCA-TAAATattgcatatcgggagtttaaa
gi|4 : tATGA-GT-GAGCTT-TGC--GAACAATAA-CCTATTCACGACTGCGGAGtgc
gi|4 : aaaaaaagGTCTGGAAAGAA-----AATA-AATT-ATTTCTTCTT----------TA--------G------GAATA----T--TGCTTATT-G--TATAT-GATAT-AGTAT--TGGTGCT-TT-G-ATTCCCCCCCC------CCTC--CCCCCAAC----AAATGTTTTGTG--C-AACATTT----ACAACC---TACC-----GTTG---CTA-AA-ACACC--ACATACAAT-AA---A---GACTT-----CA-CTTCGAG----C-T-C-T------C--GCC-TTTTTT-GGTACAA---------CTCTGACGCACATTTGCTGTG-----TTT-T---CCCAAAGATACAAATGGGACAGAAACA-GACACTTG--AT-TTGC------CTTTGT------ACTGAA-------T------GTA-GCT-CAATAAGTC-TTTTATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAACTTC-GATATC-----GCT--CTT-CAAGTA-C-----------AAGTGTTGT---TAA----AATTAATGTTCTCTT----TACCTTTCC-TTAAAT-----TTTACA-----TACA-C---A--G---CAC----CT-------TTA-C-AAGAT-ACCCC--ATACTTGTTTAC----AGTT-ATTCAC---------TA---GC-TGCATGTTCG-AA-TC-A-A-TTACTTGTGAT---------A-A-T--C-A-TGatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtctggaaagaaaataaattatttcttctttaggaatattgcttattgtatatgatatagtattggtgctttgattcccccccccctccccccaacaaatgttttgtgcaacatttacaacctaccgttgctaaaacaccacatacaataaagacttcacttcgagctctcgccttttttggtacaactctgacgcacatttgctgtgttttcccaaagatacaaatgggacagaaacagacacttgatttgcctttgtactgaatgtagctcaataagtcttttatacagtgtacactggttgcatatttaacttcgatatcgctcttcaagtacaagtgttgttaaaattaatgttctctttacctttccttaaattttacatacacagcacctttacaagataccccatacttgtttacagttattcactagctgcatgttcgaatcaattacttgtgataatcatg
gi|5 : aaaaaaagatgagtgagctttgcgaacaataacctattcacgactgcggagatcgagatcgcgaaaacccgcatcaccattggtgttacccgtctctgcaatagatcgtactaaaactttatccaaaatatttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGG-GT-GAGCTT-TGC--GTACAATAACCCTATTAACGACTGGGGTGCG
gi|5 : CAAGTCTTGAAAGTT-----A-TC-AG--------CACTA------A----AAAGCCTTTG------GA-------------TT-TT-G--TATAT-GATAA-AGTAT--TAATGTT-TT-G-TTTTGGATTTA------TTTTACCCCC-ACCCCCGAAATGTTTTGTG--C-AGCATTT----ACTACC---TAAC-----GGTG---CTA-AA-ATACT--GAATGT----AA---A-----------------TTCGAG----C-T-C-T------C--GCC-GTTTTT-GGTTAAA---------CTTTGACGCACGTTTGCTGTG-A-A-TTT-TT--CTTAAAGATACAAATGGGACAGAAAGA-GACACTCG--AT-TTAC------TTTTG-------A-TGCCT------T------ATAAGTT---ATATA----TATATACAGTGTACAC--TGGTT-GCATATTTAATTTA-GATACCTT---TCT--TTTTCAAGTAACTTTT--T----TAGTGTTGT---TAA----AAT---TGTTCCCTT----TAATTTTCTTTAGAGTTATAGTTTACA-----TACA-C---AATA---CATGTACTT-------TCA-C-AAGAA-GCCCCAAATAGTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactcaagtcttgaaagttatcagcactaaaaagcctttggattttgtatatgataaagtattaatgttttgttttggatttattttacccccacccccgaaatgttttgtgcagcatttactacctaacggtgctaaaatactgaatgtaaattcgagctctcgccgtttttggttaaactttgacgcacgtttgctgtgaatttttcttaaagatacaaatgggacagaaagagacactcgatttacttttgatgccttataagttatatatatatacagtgtacactggttgcatatttaatttagatacctttctttttcaagtaacttttttagtgttgttaaaattgttccctttaattttctttagagttatagtttacatacacaatacatgtactttcacaagaagccccaaatagttgatattaa
gi|6 : tgggtgagctttgcgtacaataaccctattaacgactggggtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattactccggactATAG-GT-GAACTT-TGC--GAACAATTAGCTTATTTATGACTAGGAAGCatattaa
gi|6 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagCAAGTCTAAAAAGTA-----AATC-AGTT-ACTTCCTCTT------A------------------------A----T--TGCTT-TCCG--TACTT-GACAC-AGTATATTGATGCT-TT-G-ATTTGGATTCA------TTTC--TCCC-AAC----AAATGTTTTGTG--C-AGTGTTT----ACAACC---TACC-----GTTC---CTA-AA-ATACT--AAATATGAT-AATTTA---G---TAAAGACATGTTTGAG----C-T-C-T------tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggacccaagtctaaaaagtaaatcagttacttcctcttaattgctttccgtacttgacacagtatattgatgctttgatttggattcatttctcccaacaaatgttttgtgcagtgtttacaacctaccgttcctaaaatactaaatatgataatttagtaaagacatgtttgagctctttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|7 : actgtacacaatattacacattaaggtattttacattttactcaaagaagataggtgaactttgcgaacaattagcttatttatgactaggaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaaagaacagttattattaactcacagttttacacttatgtctggagtacccaaggtgctgaaaattgctctggaccCAGGTCTATAAAATA-----AATC-CGTT---TTCCTCTCTG----ACACTGAAG----TGCATGTGGAAAA----T--CGCTC-TC----TGTAT-TACTT-TGTAT--C-ATGTT-TT-A-ATTTGGATTCA------TTTTT-CTCC-AAC----AAATGTTTTGTGTAT-AGCATAT----ACAACC---TA-C-----GTTG---CCA-AA-ATACC--AAACATAAT-AA---AGATG---T-----CA-GT-----------------------------TCTTTT-GGT----------------------ACATTTGCTGTGAA-A-GTT-C---CCCATAGAT-------GTATAGAAACA-GATA-----------GT------TTTTGT------ACTGAAC------T------GAA-GTT-CAATATGCC----------GTCTTCAT--TGGTT-GCATATATAACTTC-GATACTTTCAATTTGCCTT-AAAGTA-ATTCT--T----TAGTGTTGC---TAA----AA------------------AA-TGTCCTTTAAGTTGTCGTTttgatttaaatacggtactggtacacagttttgatagtgta
gi|8 : ttgatgttacccgtatttacaatagttgaaacgttgtccaaaatatgtaaataaagaacacacgattacaatgatggctggcgtacacaaggtaccaattattgccccgggccCATGG-GTTGAGCTTGTACTAAAACAATAAGCCTATTCACGTATGGGGAGCG
gi|8 : tcagaagatcaaaggatCAAGTCTT-ATAGTAGATAAAATC-AGTTTAGTTC-TCTTGATAGTACGTTAAAG----TG------GAATA----TCTTGCTT--C-GCCTACATTGGCGCCAGTAT--TGATGCTATTAG-ATTTGGATTAA------TTTT--TTCC-AAC----AACTATTTTGTG--C-AGCGTTT----ACAACC---TACC-----GTTAGACCTA-AA-ATACC--AAATATGATAAA---A---G---T-----CA-ATTCGAG----CAT-CAT------C--GTC-TTTatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaacaagtcttatagtagataaaatcagtttagttctcttgatagtacgttaaagtggaatatcttgcttcgcctacattggcgccagtattgatgctattagatttggattaattttttccaacaactattttgtgcagcgtttacaacctaccgttagacctaaaataccaaatatgataaaagtcaattcgagcatcatcgtcttt
gi|9 : tcagaagatcaaaggatcatgggttgagcttgtactaaaacaataagcctattcacgtatggggagcgatcgcgattcgggagctttaaaattttgcgttgatggttacgctgttttagctcaaaatacaatacgtgtatactactgtactaaaaaacgtggttccaaaaatatttaaaggaacggttatttaactatattaatgatcaatcacacgattgttctggagtacccagtaccaaaaATGG-AT-GAGCTT-TGC--GAACAATAAGCCTATTCCTCACTGGG
gi|9 : aaagaagAGTTTGGAAAGTA-----AATC-TGCT-ATTTCCTCTA------ATGTCAAAG----TG------GAACATCATT--TGCTT-TC----TGTAT-G--GC-AGTAT--TGATG-T-TT-GTATTTGCATTCAGCCCCCCCCC--CTCC-CCT----AAATG-TTTGAG--C-AGCATTT----GCAACC---TACC-----GTTA---CTA-AA-ATACCTTGAACATAGT-AA---A---G---G-----CATGTT--------C-T-C-T------C-----------------------------CTCTAACGCACATTTGC----------------------AGGTACAAATGAAACAGAAAC--GACACTTG--AT-Tcaccgtattattgcaatagatatagtaccgaactaaaaagttgtccaaaatatttaaagaacggcgtctgaaatactcaagctaccaaatattgctctggactctagtttggaaagtaaatctgctatttcctctaatgtcaaagtggaacatcatttgctttctgtatggcagtattgatgtttgtatttgcattcagcccccccccctcccctaaatgtttgagcagcatttgcaacctaccgttactaaaataccttgaacatagtaaaggcatgttctctcctctaacgcacatttgcaggtacaaatgaaacagaaacgacacttgatt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTGCTCAGACCCAAGGCTAGAAAGTTAATCAGCACTAAAAAAAGCCTTGGAATTTGTAGTATATGATAATTTAAAGGATTTGGATGGTACTTGATGTTTTGAATAATTTT
Unaligned ( gi|25 ): TATCATTGATGGTAACCGTATTTAACATAGATATAGTAGTGTATTGAAACGTTATCCAAAATATTTGAATAACGGTTTTAACACACACAAGATTACACTGA
Unaligned ( gi|30 ): TTGCTCAGGACCCAAGGCTAGAAAGTTATCAGCACTAAAAAGCCTTGGAATTTTGTATATGATAAATTTAAAGATTTG
Unaligned ( gi|31 ): TTGCTCTGGAGCCCAAGTCTAGAAAGTAATCAGCCTTGGAATCTAGTATTATTGCTTTGATTTGGATTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): TAAAACGTTGTCCAAGCCATTTAAATAACGGCTTTTAACACACATGTTTACACTGATGTTTGGAGT