lowQualScore                  :                                 1                                      
lowQualScore                  :            2 22   88888 1    1  6   22          6666      2   2        
lowQualScore                  :            . ..   ..... .    .  .   ..          ....      .   .        
lowQualScore                  :            0 88   88888 9    9  4   66          7777      1   1        
consensus                     :        TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
Reference ( gi|10 )           :        TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTTCGA--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|9                          :        TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGCACA----AATCGT-GAC-ATTTCTGG
gi|6                          :        TCGC-G--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCACACA----AATTGC-GCC-ATTTCTGG
gi|17                         :       cTCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGCACG----AATCG--GCT-ATTTCT
gi|13                         :        TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGTGA--GGCTCCTACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|11                         :        TTGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTAGCACG----AATCGC-GCC-ATTTATGG
gi|5                          :        TCGC-A--CTG-----G-AGTTTGTGCGA--GACTCGCACG----TATCGC-GCCAATTTCTGG
gi|15                         :        TCGC-A--CTGTCGA-G-AGTG-GTACAA--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATTa
gi|12                         :       cTCGC-A--CTG-----A-ATTG-GCGCGA--GACTCACGCG----AATCGC-GTC-ATTTCTGG
gi|3                          :        TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GT--GA--GACTTGCACGAATCAATCGC-GCC-ATTACTGG
gi|8                          :        TCGC-T--ATG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGTACG----AAACGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|14                         :        TCGC-A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGCGCG----AATCGC-ACC-ATTTCTGG
gi|4                          :        TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGGACGACTCGCACG----AATCGC-CGC-ATTTCTAG
gi|19                         :        TCGCCA--CTG-----GGAGTG-GTAC-A--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATTa
gi|16                         :        TCGC-A--CTG-----G-AGCG-G--CGC--AACTCGCACA----AATCGC-ACT-ATTTCTGG
gi|2                          :        TTGC-A--CTGTCCGAG-AGTG-GTGTGA--AACTCGTACA----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|7                          :       cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AATTTT-GTC-ATATCTGGa
gi|22                         :       cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AA
gi|21                         :       cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AA
gi|1                          :        cCGC-AATCTG-----G-AGTG-GTGCGA--TGCTCGCTAGAA--AATCGCGGCC-ATTTCTGG
gi|18                         : accagcctctc-A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGCGCG----AATCGC-ACC-ATTTCTGa
gi|20                         :                 cg-----G-AGTA-GTGCGA--GACTCGCACG----AATCGT-GCC-ATTTCTGG





Alignments
lowQualScore                  :                1 22   88888 1    1      22       333  3333      2   2        
lowQualScore                  :                . ..   ..... .    .      ..       ...  ....      .   .        
lowQualScore                  :                9 66   44444 8    8      55       444  9999      0   0        
consensus                     :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
Reference ( family-765 )      :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|1                          :             CGC-AATCTG-----G-AGTG-GTGCGA--TGCTCGCTAGAA----AATCGCGGCC-ATTTCTGG
gi|10                         : accagcctctcTCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTTCGA--GACTCGC--ACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|11                         :            TTGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTAGC--ACG----AATCGC-GCC-ATTTATGG
gi|12                         :            TCGC-A--CTG-----A-ATTG-GCGCGA--GACTCAC--GCG----AATCGC-GTC-ATTTCTGG
gi|13                         :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGTGA--GGCTCCT--ACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|14                         :            TCGC-A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGC--GCG----AATCGC-ACC-ATTTCTGG
gi|15                         :            TCGC-A--CTGTCGA-G-AGTG-GTACAA--GACTCGC--ACG----AATCGC-GCC-ATT
gi|16                         :           cTCGC-A--CTG-----G-AGCG-GCGCAA----CTCGC--ACA----AATCGC-ACT-ATTTCTGG
gi|17                         :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGC--ACG----AATCG--GCT-ATTTCT
gi|18                         :                -A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGC--GCG----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|19                         :          cgTCGCCA--CTG-----GGAGTG-GTAC-A--GACTCGC--ACG----AATCGC-GCC-ATT
gi|2                          :            TTGC-A--CTGTCCGAG-AGTG-GTGTGA--AACTCGT--ACA----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|20                         :                      c-----G-AGTA-GTGCGA--GACTCGC--ACG----AATCGT-GCC-ATTTCTGGa
gi|21                         :            TCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AA
gi|22                         :           cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AA
gi|3                          :           cTCGC-A--CTG-----G-AGTG---GTGA--GACTTGC--ACGAATCAATCGC-GCC-ATTACTGG
gi|4                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGGACGACTCGC--ACG----AATCGC-CGC-ATTTCTAGa
gi|5                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTTTGTGCGA--GACTCGC--ACG----TATCGC-GCCAATTTCTGGa
gi|6                          :            TCGC-G--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCAC--ACA----AATTGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|7                          :           cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATTTT-GTC-ATATCTGG
gi|8                          :           cTCGC-T--ATG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGT--ACG----AAACGC-GCC-ATTTCTGG
gi|9                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGC--ACA----AATCGT-GAC-ATTTCTGG





Alignments
lowQualScore                  :                1 22   88888 1    1      22       333  3333      2   2        
lowQualScore                  :                . ..   ..... .    .      ..       ...  ....      .   .        
lowQualScore                  :                9 66   44444 8    8      55       444  9999      0   0        
consensus                     :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
Reference ( family-765 )      :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|1                          :             CGC-AATCTG-----G-AGTG-GTGCGA--TGCTCGCTAGAA----AATCGCGGCC-ATTTCTGG
gi|10                         : accagcctctcTCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTTCGA--GACTCGC--ACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|11                         :            TTGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTAGC--ACG----AATCGC-GCC-ATTTATGG
gi|12                         :            TCGC-A--CTG-----A-ATTG-GCGCGA--GACTCAC--GCG----AATCGC-GTC-ATTTCTGG
gi|13                         :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGTGA--GGCTCCT--ACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|14                         :            TCGC-A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGC--GCG----AATCGC-ACC-ATTTCTGG
gi|15                         :            TCGC-A--CTGTCGA-G-AGTG-GTACAA--GACTCGC--ACG----AATCGC-GCC-ATT
gi|16                         :           cTCGC-A--CTG-----G-AGCG-GCGCAA----CTCGC--ACA----AATCGC-ACT-ATTTCTGG
gi|17                         :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGC--ACG----AATCG--GCT-ATTTCT
gi|18                         :                -A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGC--GCG----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|19                         :          cgTCGCCA--CTG-----GGAGTG-GTAC-A--GACTCGC--ACG----AATCGC-GCC-ATT
gi|2                          :            TTGC-A--CTGTCCGAG-AGTG-GTGTGA--AACTCGT--ACA----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|20                         :                      c-----G-AGTA-GTGCGA--GACTCGC--ACG----AATCGT-GCC-ATTTCTGGa
gi|21                         :            TCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AA
gi|22                         :           cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AA
gi|3                          :           cTCGC-A--CTG-----G-AGTG---GTGA--GACTTGC--ACGAATCAATCGC-GCC-ATTACTGG
gi|4                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGGACGACTCGC--ACG----AATCGC-CGC-ATTTCTAGa
gi|5                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTTTGTGCGA--GACTCGC--ACG----TATCGC-GCCAATTTCTGGa
gi|6                          :            TCGC-G--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCAC--ACA----AATTGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|7                          :           cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATTTT-GTC-ATATCTGG
gi|8                          :           cTCGC-T--ATG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGT--ACG----AAACGC-GCC-ATTTCTGG
gi|9                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGC--ACA----AATCGT-GAC-ATTTCTGG


blockSeqs                     :                C .    TCCGA G    T      AC       A    AATC      .   A
blockSeqs                     :                . .    TCGA  .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        G    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        G    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        G    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        G    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        G    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        G    .         .   .
blockSeqs                     :                . .    .     .    .      .        A    .              
blockSeqs                     :                       .     .    .      .        A    .              


blockSeqCons                  :                  **                              A**
originalCons                  :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGC--GCG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
finalCons                     :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGCA--CG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG





Alignments
lowQualScore                  :                1 22   88888 1    1      22          6666      2   2        
lowQualScore                  :                . ..   ..... .    .      ..          ....      .   .        
lowQualScore                  :                9 66   44444 8    8      55          4444      0   0        
consensus                     :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
Reference ( family-765 )      :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|1                          :             CGC-AATCTG-----G-AGTG-GTGCGA--TGCTCGCTAGAA--AATCGCGGCC-ATTTCTGG
gi|10                         : accagcctctcTCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTTCGA--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|11                         :            TTGC-A--CTG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTAGCACG----AATCGC-GCC-ATTTATGG
gi|12                         :            TCGC-A--CTG-----A-ATTG-GCGCGA--GACTCACGCG----AATCGC-GTC-ATTTCTGG
gi|13                         :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGTGA--GGCTCCTACG----AATCGC-GCC-ATTTCTGG
gi|14                         :            TCGC-A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGCGCG----AATCGC-ACC-ATTTCTGG
gi|15                         :            TCGC-A--CTGTCGA-G-AGTG-GTACAA--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATT
gi|16                         :           cTCGC-A--CTG-----G-AGCG-GCGCAA----CTCGCACA----AATCGC-ACT-ATTTCTGG
gi|17                         :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGCACG----AATCG--GCT-ATTTCT
gi|18                         :                -A--TTG-----G-AGTA-GCGCAA--GACTTGCGCG----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|19                         :          cgTCGCCA--CTG-----GGAGTG-GTAC-A--GACTCGCACG----AATCGC-GCC-ATT
gi|2                          :            TTGC-A--CTGTCCGAG-AGTG-GTGTGA--AACTCGTACA----AATCGC-ACC-ATTTCTG
gi|20                         :                      c-----G-AGTA-GTGCGA--GACTCGCACG----AATCGT-GCC-ATTTCTGGa
gi|21                         :            TCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AA
gi|22                         :           cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AA
gi|3                          :           cTCGC-A--CTG-----G-AGTG---GTGA--GACTTGCACGAATCAATCGC-GCC-ATTACTGG
gi|4                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGGACGACTCGCACG----AATCGC-CGC-ATTTCTAGa
gi|5                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTTTGTGCGA--GACTCGCACG----TATCGC-GCCAATTTCTGGa
gi|6                          :            TCGC-G--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCACACA----AATTGC-GCC-ATTTCTGGa
gi|7                          :           cTCGC-A--CTG-----C-AGTG-GCGCGA--GACTCGCGCG----AATTTT-GTC-ATATCTGG
gi|8                          :           cTCGC-T--ATG-----G-AGTG-GCGCGA--GACTCGTACG----AAACGC-GCC-ATTTCTGG
gi|9                          :            TCGC-A--CTG-----G-AGTG-GTGCGA--GACTCGCACA----AATCGT-GAC-ATTTCTGG