lowQualScore : 1 2222222 5555555555555555555 111111111111111111111111111 1111111111 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 333333333333333333333 111 11111 111 999999999999999999
lowQualScore : 1 3 3 5 1 0000000 22 33 2 3333333333333333333 1 22 3 4 222 444 6 0 1 11 2 2 222 555555 2 222 1 333333333333333333333333333 22 0000000000 1 5 77 11 5555 1 11 444444 1 1 666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 66666666 333 22 22 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 777777 2 2 333333333 2 2 5 2 1 2 333333333333333333333 000 4 22222 66 88 5 5 777777 3 444 222222222222222222
lowQualScore : . . . . . ....... .. .. . ................... . .. . . ... ... . . . .. . . ... ...... . ... . ........................... .. .......... . . .. .. .... . .. ...... . . ... .................................................................... .... ........ ... .. .. . ............................................................................................. . . ...... . . ......... . . . . . . ..................... ... . ..... .. .. . . ...... . ... ..................
lowQualScore : 2 1 1 5 1 7777777 99 88 1 8888888888888888888 6 22 2 6 777 111 1 6 4 99 8 8 555 555555 9 666 5 111111111111111111111111111 00 5555555555 4 0 11 88 2222 3 88 000000 4 4 888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 00000000 000 44 33 7 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 222222 5 3 000000000 7 7 3 7 6 7 666666666666666666666 444 0 77777 99 11 7 7 666666 7 000 777777777777777777
consensus : TATCACCACCT-T-ATCATGAAA--G-A--ACCAC--AG-CA-TA-C------GT---TATAACGAA-AA--A-GCACC---A---CCTTATCA-TGAA--AGA-A-CC---AC------A-GCA---T-AT-----A--ATG-A--------------AA--AA-G-----C--ACCA-CCTTA-TC--A----T-G--AAAGA------A-CCAC-A--GCAT----AT--AA----AAAA----AAN----------A--------AAAAAC-CA--------------NCA-C--CTTAT-------CA---T--GAA--AG-AA----C-------A--A-------CANC--TTA-------------------T-C-A-TG-----A------AA------GA-----------ACC-A-C------A-GCATATAAC-A----A-A-A-AGC-ACAA-C--------C---TT-------AT---GA-AACGCGCCCAC--ATAAGGCA-GTA-ACGGCGTTCCATA---ATA-TNTAC--ACAGAT----TGTTGTGAA
Reference ( gi|4 ) : TATCACCATCT-T-AACATAAAA--ATA--ACCAC--AA-CA-TA-C------GT--GTATAATGAA-AA--A-GCGCC---A---CTTTATCA-TGAA--AGA-A-CC---AC------A-GCA---T-AT-----A--ATG-A--------------AA--AA-G-----C--ACCA-CTTTT-TC--A----T-G--AAAGA------A-CCAC-A--GCAT----GT--AA----AAAA----AAA----------A--------AAAAAC-CA--------------ACA-C--CTTAT-------CA---T--GAA--AG-AA----C-------A--A-------CAGC--TTA-------------------T-C-A-TG-----A------CA------GA-----------GCC-A-C------A-GCATATGAC-A----A-A-A-AGC-ACAA-C--------C---TT-------AT---GA-AACGCATCCAC--ATAAAGCA-GTA-ATGGCGTTCCATA---ATA-TGTACCAACAAATTCGATGTTGTGAATATATACTATGGTGATGGCACCAGTTTAAAATGGTATGCTTGTAAAAAAAA
gi|5 : TGTCACCATTT-C-AACATAAAAGAATATTAAAAT--GA-AA-AA-A------GT--ACATGACGAA-AA--A-GCACTTCAA---CCATAT-A-TGAA--ATA-A-CC---AC------A-GTT---C-AT-----T--ATG-A--------------AA--AA-AAAACCC--ATCA-CCCTA-TC--A----T-G--AAAGA------A-CCAC-A--GCGT----AT--CACC--AAAA----ACACCTTATCATGA--------TAAAAG-C---------------ACA-G--TGCAT-------AA---T--GAA--AA-AG----C-------A--T-------CAAC--TTA-------------------T-C-A-CA-----A------AA------GA-----------AAC-A-C------A-GCATATAAT-A----A-A-A-AG--ACAG-C--------
gi|12 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaaTATCACC---T-T-ATCATAAAA--GTA--AC-----------------------------AA-GAA-AA--A----TC---A---CCTTATTA-TGAA--TGA-A-TC---AC------A-GTA---T-AT-----A--ATG-A--------------AG--AA-G-----C--ATCA-CTGTA-TC--A----T-A--AAAGA------A-GCAC-A--ATATACA-GTCCAA----AAAAGTCCAAA----------C--------AAAAACATA--------------ACA-------AT-------GA---T--AAAGCAA-AA----C-------A--C-------CACT--TCA-------------------T-C-A-TG-----a
gi|3 : gACCACAACCTAT-AA---AAAA--AGA--ACCAC--AG-CA-----------AT--TTATGAC-AA-AA--A-GCACC---A---GCCTATCATTGAA--AGG-A-CC---ACAACAATA-ACA---T-GT-----A--ACA-A--------------AA--AA-G-----CA-ACAA-CCTTA-TC--A----T-G--AAAGA------ACCCAC-AC-TCAT----AT--AG----CAAA----AAA----------G--------CA-----CA--------------AC--C--CTTAT-------CATTTT--GAA--A--AA----C-------C--A-------CA
gi|3 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaCACCAGCC-T-ATCATTGAA--AGG--ACCAC--AA-CAATAAC------AT--GTA--ACAAA-AA--A-GCAAC---AA--CCTTATCA-TGAA--AGA-ACCC---AC------ACTCA---T-AT-----A--GCA-A--------------AA--AA-G-----C--ACAA-CCCTTATC--ATTT-T-G--AAA-A------A-CCACAA--ACAT----AT--AA----CAAA----AAA----------A--------aacatataacaaaaaaa
gi|6 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaaccacaacctataaaaaaagaaccacagcaatttatgacaaaaagCACCACCT-T-A---TGAAC--G-A--ACCAC--AG-CA-TA-------------TATAA---A-GA--A-GTACC---A---CCTTATCA-TGAA--ACA-C-GC---CC------A--CA---T-AT-----A--AGG-C--------------AGTTAA-G-----------G-CTTTC-T--------------AAGA------A-GTGG-AG-GCATTGTGGC--AA----AATA----GAT----------A--------AAAGGA-CA--------------CCT-T--CTTGT-------CA---T--GAA--AA-AA----A-------A--A-------AAAA--AAA-------------------A-CAA-AA-----A------CA------AAC----------ACC-A-C------A-GCATGTAAT-A----A-A-AGGGC-ACCA-C--------C---TT-------ATCACGA-AGCGCTCTCAT--ATA-------TATACGGCGTT
gi|8 : accaccttatgaacgaaccacaacatatatagtaaacaggCATCATAT-T-ATCACGAAA--G-A--ACTAC--AG-CA-TA-T-----------TATAATGAA-AA--T-ACATA---A---TCTTATCA-TGAA--CGA-A-CT---AA------A-ACA---T-AT-----A--AC---------------------AA-A-----C--CTCA-CATTA-TC--A----T-G--AAAAAAACCCCA-CCAC-A--ATAT----AT--AAT---GGAA----AAA----------C--------AAAAGT-CA--------------TCA-CTATTTGA-------CA---T--GAA--AG-AA----G-------T--A-------CAAT--GTA-------------------T-T---TG-----A------C
gi|2 : aaaagcatcaccttgccagcCACCATCT-T-ATCACGAAA--G-A--ACTAC--AA-CA-TA-CA-----GT--GATTAACGTA-AA--A-CTACC---A---CTTTATCA-TGAA--AGA-C-CC---GC------ATACA---T-AT-----G--Atttataatgatgaaacacgccacataatgcagtaatatataatagtttacacaaa
gi|17 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgatgaaaaagcatacctatatactgaaaaagcatcacctaaccacgaatgctcggcagtatataccaaaaaacaCACCACCT-T-ATCATGAAA---TA--GCCAC--AG-CA-TG--------------A-AATAAA-AT--A-GAACA---A---CCTCATCA-TGAA--AGA-A-g
gi|7 : aaaaaaatgCACCACCT-T-ATTATGCAG--A----ACCAT--GA-CA-TA-T------GAAAGTAT--TGCC-AA--A-GCACC---A---CGTCATCA-TGAA--AGACACCC---AC------A-
gi|1 : tgataaggtgatacattttcattatatcattacagcatatcatgaaaaaatcaccttatcttggaaatttacagtaaatgataaagaACCATCT-T-A-TAAAGAA--ATA--ATGCC--AG-TA-TA-T------GT--------TGAA-AA--G-ACCCC---A---TGTTTTGA-AGAAGAAAA-A-CCCTCACC-----A-GCA---T-G------A--ATGTA--------------GA--AA-A-----C--ACTA-TATTA-TC--ACATGT-GGTAAATA---------TGC-A--GCAT----GT--AA----AAAAGT--ATA----------A--------ACGAAC-CACAGCATGTAATGAAAAA-C--CATAT-------TA---TTAAAA--AA-AA----C-------A--C-------CACT--TTA-------------------T-C-A-TG-----A------AA------GA-----------ATT-A-C------A-GCATATAATGA----A-A-A-AGC-GTCA-C--------C---TTATC----AT---GA-AACACGCCCAC--ATTAGGCA-GTA-ATGGAATTCAATA---caaggcagttggggcggtccatgtacatgtataccaagagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|14 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactACAATCT-TTAGTATGAAA--GCA---CCAA--AG-CA-TA-T-----------TATA--GAA-AA--A--CGCC---A---CCTTATCA-TGAA--AGA-A-CC---AC------A-GCT---T-Atacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|6 : aaaaatACCACCT-T-A---TGAAC--G-A--ACCAC--AA-CA-TA-------------TATAGTAAA-CA--G-GCACC---A---CCTT---A-TGAA--CGA-A-CC---AC------A-GCA---T-AT--------ATA-A--------------AG--AA-G-----T--ACCA-CCTTA-TC--A----T-G--AAACA------C-GCCC-A---CAT----AT--AA----aaggcatattatctaacatattcatct
gi|3 : -T-AACA-AAAA--AGC--ACCACCTAGTCA-NN-N------NN--NNNNNNNNNN-NN--N-NNNNN---N---NACTATCA-TGGA--AAG-A-CC---AC------A-GCA---TAATTACAAA--AGG-A--------------AT--AA-C-----C--CCCA-CCCCC-CCAAA----A-A--AAAAA------A-CCAC-A--ACCT----AT--AA----AAAA----AGA----------A--------CCA----CA--------------GCA-A--TTTAT-------GA---C---AA--AA-AG----C-------A--C-------CAGC--CTA-------------------T-C-ATTG-----A------AA------GG-----------ACC-A-CAACAATA-ACATGTAACAA----A-A-A-AGCAACAA-C--------C---TTATC----AT---GA-AA-GAACCCAC--Aggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|10 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacataCATGAAA--G-A--ACCAC--AG-CA-TA---------------TAACAAATAAGCA-GCACC---A---CCTTACAA-TGAA--ACA-A-CC---AC------A-ACA---C-AT-----A--ACA-A--------------AA--TA-G-----C--ACCA-CCTT------A----T-G--AAAGA------A-CCAC-A--GCAC----------------AG----AAC----------A--------AAAGAG-CA--------------CAA-C--CTAAT-------CA---T--GAA--AG-AA----CCATTTTTA--G-------TAGCATTTAACATAAAAGCACCACCTAGT-C-A-TG-----A------AA------AA-----------ACC-A-C------A-ACATATAACAA----A-A-A-AGC-ACCA-C--------C---Tctcatatagcaaaaaagcacaacccttatcattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|11 : tCATGAAA--G-A--ACCAC--AG-CA-TA-T------G--------ACAAA-AA--A-GCACA---G---CCTTATCA-TGAA--AGA-A-CC---AC------A-ACA---T-AT-----AC-ATGTA--------------AN--NN-N-----N--NNNN-NNNNN-NN--N----N-N--NNNNN------N-NNNN-N--NNNN----NN--NN----NNNN----NNN----------N--------NNNNNN-NN--------------NNN-N--NNNA-----------------AA--AG-CA----C-------A--A-------C--C--TTA-------------------T-C-A-TG-----A------AA------GA-----------ACC-A-C------A-ACATATAACAA----A-A-A-AAC-ACAA-C--------
gi|13 : aaaaaacccacaacctattTAAAG--AT-----CAC--AG-CA-TA-T------G--------ATGAA-AA--A-GCACG---A---TATTATCA-TAAA--AGA-C-CC---AT------A-GCA---T-GT-----AATATG-ATATGAGATTGTTGTGA--AA-G--------ACC-----TA-TT--A----T-G--AAAGA------A-CAAC-A--G
gi|15 : gtattgtgataaagtggtgtgtctttatcgtgAA--AGA--ACTAC--AG-CA-TA-T------A---ATTTAAAAAC-AA--A-CCACC---A---CCTTAT----GAA--AGA-A-CC---AC------A-ATA---C-AT-----C--GTG-A--------------AA--AAAG-----C--ACCA---------------------AACGA------A-CCAC-A--GCA
gi|2 : tcgcgTA--ACCAC--GA--A-TG-CTCGGCAGT--ATATACCAAA-AA--ACACACC---A---TCTTATCA-CGAA--AGA-A-CT---AC------A-ACA---T-AC-----A--GTG-ATTAACGT-------AA--AA-C-----T--ACCA-CTTTA-TC--A----T-G--AAAGA------C-CCGC-AT-ACAT----AT--GA----
gi|2 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgatgaaaaagcatacctatatactgaaaaagcatcacc--AG-CA-TA-C------CT--ATATACTGAA-AA--A-GCATC---A---CCTAACCA-CGAA--TGC-T-CG---GC------A-GTA---T-AT-----A--CCA-A--------------AA--AACA-----C--ACCA-TCTTA-TC--A----C-G--AAAGA------A-CTAC-A--ACAT----AC--AGT---GATT----AAC----------G--------TAAAAC-TA--------------CCA-C--TTTAT-------CA---T--GAA--AG-Ag
gi|13 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgatgaaaa--GTATTGTGAT-AA--A-GTGGT---GTGTCTTTATCG-TGTA--AAG-A-TC---AC------A-GCA---T-AT-----G--ATG-A--------------AA--AA-G-----C--ACGA-TATTA-TC--A----T-A--AAAGA------C-CCAT-A--GCAT----GT--AATATGATAT----GAG----------ATTGTTGTGAAAGAC-C------------------------TAT-------TA---T--GAA--AG-AA----C-------A--A-------CAGcccgcatacatatgag
gi|9 : TAATGAA-AA--C-GCACA---G---CATAA--A-TAAT--GGACA-CC---AC------A-GCA---T-AT-----A--ATA-G--------------AT--AA-C-----C--AAGA-TTT-------------------AGA------A-ACCC-A--GCAT----G-----------AT----AAT----------A--------ATAAAC-CA--------------ACA-G--CATATAAAAACTCA------GAT--AA-AAT---C-------C--A-------CAGC--ATA-------------------T-A-A-T------A------TA------GACCATAAATAATGCCCA-C------A-GCATATAAT-T----ATG-A-ACC-ACAA-T--------C---AT-------AT---AATAAATCACCCAC--ATAAGGCA-GCA-ACGGCGTTCCATA---
gi|7 : aaccacagccatgatataaaccacgctataatTGAT-AA--G-GTGAT---A---CATTTTCA-TTAT--ATC-A-TT---AC------A-GCA---T-AT-----C--ATG-A--------------AA--AA----------ATCA-CCTTA-TC--T----T-G--GAA-A------T-TTAC-A----------GT--AA----ATGA----TAA----------A--------GA-----CA--------------CCA-C--CTTAT-------TA---T--G-C--AG-AA----C------------------------------------------------C-A-TG-----A------CA------TAT----------G---A-A------A-GTAT-TGCC--------A-A-AGC-ACCA-CGT------CA--TC-------AT---GA-AAGACACCCAC--ACAAGGCA-GTT-GGGGCGGTCCATGTACATG-TATACCAAcaat
gi|1 : AA-AA--A-ACACC---A---CTTTATCA-TGAA--AGA-A-TT---AC------A-GCA---T-AT-----A--ATG-A--------------AA--AA-G-----C--GTCA-CCTTA-TC--A----T-G--AAAgagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|3 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactaccatcttataaagaaataatgccagtatatgttgaaaagaccccatgttttgaagaagaaaaaccctcaccagcatgaatgtagaaaacactatattatcacatgtggtaaatatgcagcatgtaaaaaagtataaacgaaccacagcatgtaatgaaaaaccatattattaaAA-AA--A-CCACA---A---CCT-ATAA-AAAA--AGA-A-CC---AC------A-GCAATTT-AT-----G--AC--A--------------AA--AA-G-----C--ACCA-GCCTA-TC--A----TTG--AAAGG------A-CCAC-A--ACA-----AT--AA----CATGT---AAC----------A--------AAAAAG-CA--------------ACAAC--CTTAT-------CA---T--GAA--AG-AA----C----------------------------------------------------------------------------------------CC-A-C------ACTCATATAGCAA----A-A-A-AGC-ACAACC--------C---TT-------AT---cacgcccacattaggcagtaatggaattcaatatacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|17 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaAA-AA--ATGCACC---A---CCTTATCA-TGAA--ATA-G-CC---AC------A-GCA---T-GA-----A--ATA-A--------------AA--TA-G-----A--ACAA-CCTCA-TC--A----T-G--AAAGA------A-cattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|6 : aaCC---A---CCTTAT----GAA--CGA-A-CC---AC------A-ACA---T-AT-----ATAGTA-A--------------AC--AG-G-----C--ACCA-CCTT------A----T-G--AACGA------A-CCAC-A--GCAT----AT--AT----AAAG----AAG--------------------------TA--------------CCA-C--CTTAT-------CA---T--GAA--A
gi|14 : a---CTTTAGTA-TGAA--AGC-A-CC---AA------A-GCA---T-AT-----T--ATA-G--------------AA--AA-A-----C--GCCA-CCTTA-TC--A----T-G--AAAGA------A-CCAC-A--GCcacgcccacatataaggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|8 : aaaaatacaatTTATCA-CGAA--AGA-A-CT---AC------A-GCA---T-ATTAT--A--ATG-A--------------AA--AT-A-----C--ATAA-TCTTA-TC--A----T-G--AACGA------A-CTAA-A--ACAT----AT--AA----CAAA-------------------------------C-CT---------------CA-C--ATTAT-------CA---T--GAA--AA-AAACCCC-------ACCA-------CAAT--ATA-------------------T-A-A-TGGAAAAA------CA------AAA----------GTC-ATC------A-CTATTTGAC-ATGAAA-G-A-AGT-ACAA-TGTATTTGAC---TTTATAATGAT---GA-AACACG-CCAC--ATAATGCA-GTA-ATA------TATA---ATAGTTTAC--ACAAAttaaaggcatattatctaacatattcatct
gi|15 : aaaagcatcaccttgccagccatcataTCG-CGAA--AGA-A-CT---AC------A-GCA---T-AT-----A--ATT-T--------------AA--AA-A-----CAAACCA-CCACC-TT--A----T-G--AAAGA------A-CCAC-AATACATC---GT--GA----AAAA----AGC----------A--------CCAAAC-GA--------------AC
gi|11 : -A--------------AA--AA-A-----CCCACAA-CCTAT-TC--A----T-G--AAAGA------A-CCAC-A--GCAT----AT-----------G----ACA----------A--------AAAAGC-----------------ACAGC--CTTAT-------CA---T--GAA--AG-AA----C-------C--A-------CAAC--ATA-------------------TAC-A-TG-----cacagca
gi|17 : -A--------------AA--AATG-----C--ACCA-CCTTA-TC--A----T-G--AAATA------G-CCAC-A--GCAT----G---AA----ATAA----AAT----------A--------GAA----CA----------------A-C--CTCAT-------CA---T--GAA--AG-AA----taannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaagcacaaccttatcatgaaagaaccacaacatataacaaaaaaacacaac
gi|14 : aa--------------AA--AA-A-----T--ACAATCTTTA-GT--A----T-G--AAAGC------A-CCAA-A--GCAT----AT--TA----TAGA----AAA----------A---------------CG--------------CCA-C--CTTAT-------CA---T--GAA--AG-AA----C-------C--A-------CAGC--TTA-------------------
gi|6 : --ACCA-CCTT------A----T-G--AACGA------A-CCAC-A--ACAT----AT--AT----AGTA----AAC----------A--------GG-----CA--------------CCA-C--CTTAT---------------------G-AA----C--------------------------------------------------------------------------GA-----------ACC-A-C------A-GCATAT-AT-A----A-AGA-AGT-ACCA-C--------C---TTATC----AT---GA-AACACGCCCACATATAAGGCA-GTT-AAGGCTTTCTAaaggcatattatctaacatattcatct
gi|15 : -TC--G----C-G--AAAGA------A-CTAC-A--GCAT----AT--AA--------TTT-AAA----------A--------ACAAAC-CA--------------CCA-C--CTT----------A---T--GAA--AG-AA----C-------C--A-------CAAT--ACA-------------------T-C-G-TG-----AAAAAAGCACCAAACGA-----------ACC-A-C------A-GCAagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|14 : ----------A--------AAGCAC-CA--------------A-A-G--CATAT-------TA---T--AGA--AA-AA----C-------G--C-------CACC--TTA-------------------T-C-A-TG-----A------AA------GA-----------ACC-A-C------A-GCTT-----------A-A-A-GGC-ATA---------------TT-------AT---CT-AACATATTCA
gi|12 : aaaaatacaatctttagtatgCA-C--CTTAT-------CA---T--AAA--AGTAA----C-------A--AGAAAAATCACC--TTA-------------------T-T-A-TG-----A------AT------GA-----------ATC-A-C------A-GTATATAATGA----A-G-A-AGC-ATCA-C--------T---GT-------AT---tct
gi|17 : gtatAA--AA-AATG--C-------A--C-------CACC--TTA-------------------T-C-A-TG-----A------AA------TA-----------GCC-A-C------A-GCATGAAAT-A----A-A-ATAGA-ACAA-C--------CTCATC-------AT---GA-AAcataaaagaagcacaatatacagtccaaaaaagtccaaacaaaaacataacaatgataaagcaaaacaccacttcatcatg
gi|13 : a--TTA-------------------T-C-G-TGT----A------AA------GA------------TC-A-C------A-GCATATGATGA----A-A-A-AGC-ACGA-T--------A---TT-------ATCA-TA-AAAG-ACCCAT------AGCATGTA-AT--------ATG---ATA-TG-------AGAT----TGTTGTGAAgaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGCGAGGAGTTCCGAGTGATCACCTCATCCACAGCACAATATGAAAACTCTCCATTTGTTATAAATTTTGAAGAAATAGTTCACATTGAAAA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222222 1 222222 11 1 11 8888
lowQualScore : 33 333 2 2 55555 8888888888888888888888888888888888 2 22 33 2 333 44 2 1 44 1 333 888888 333 1 5 22 666666666 66666666 22 3333 1 6666 3333 1 555555 1 1 88888 4444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 2 88888 0000000000000000000 2 888 2 2 2 2 444 33 2 3 3 666 7777 333333 99 2 33 0 44 5 5 11 0 1 88 6 5555
lowQualScore : .. ... . . ..... .................................. . .. .. . ... .. . . .. . ... ...... ... . . .. ......... ........ .. .... . .... .... . ...... . . ..... .... .......................................................................................................................... .... . ..... ................... . ... . . . . ... .. . . . ... .... ...... .. . .. . .. . . .. . . .. . ....
lowQualScore : 99 999 2 2 33333 9999999999999999999999999999999999 0 88 55 0 555 55 2 9 55 9 222 999999 000 8 5 55 444444444 99999999 44 7777 8 4444 9999 8 222222 8 9 66666 2222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 4 33333 6666666666666666666 4 888 5 5 5 5 777 77 7 3 3 444 7777 222222 55 5 44 1 44 7 3 88 0 0 33 0 0000
consensus : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACAGCAT-----A--T-TA---------TAAC--------------GAA-AA--A-GCA-CC---AC--CTTATCA-TGAA--AGA-ACC---AC------AGCA---TATA-ACG-AAA--AA-G-----C-ACCAC-------CTTA--TCA----T-G----A----AA-GA------A-CCA-CA-----GCAT----ATA----A-N-AA---A-A----ANA------------AA-AAAC--C-------------ANC------------A-CCT-TATC--AT--GAA---AGAAC-------ANCA-C---TTAT--CATG----AA-AGA-A---CCAC-------------------A-GCA---TATAAC-AA-AA-A-GCA---CA--A-CC-T-T---A----T------GA--AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
Reference ( family-758 ) : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACAGCAT-----ACGT-TA---------TAAC--------------GAA-AA--A-GCA-CC---AC--CTTATCA-TGAA--AGA-ACC---AC------AGCA---TATA-ATG-AAA--AA-G-----C-ACCAC-------CTTA--TCA----T-G----A----AA-GA------A-CCA-CA-----GCAT----ATA----A-A-AA---A-A----ANA------------AA-AAAC--C-------------ANC------------A-CCT-TATC--AT--GAA---AGAAC-------AACANC---TTAT--CATG----AA-AGA-A---CCAC-------------------A-GCA---TATAAC-AA-AA-A-GCA---CA--A-CC-T-T---A----T------GA--AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAGAT----TGTTGTGAA
gi|1 : ATGACCAC--CTTATCATAATCTAA-T-ATCCACAGC-------ACAT-TA---------TTTT--------------AAA-AA--A-T---CC---ACA-TTTGCTA-TAAA--ACT-ACC---AT--------CT---TATA-AAG-AAA--TA-A-----T-GCCAG-------TATA--TGT----T-G----A----AA-AG------A-CC--C-------CAT----GTT----T-T-GA---A-G----AAG------------AA-AAAC--C-------------CTC------------A-CC---AGC--AT--GAATGTAGAA--------AACACTATATTATCACATGTGGTAA-ATA------TGC-------------------A-GCA---TGTA---AA-AA-A-GTA---TA--A-
gi|1 : atatacgaggggttccgaACCAT--CTTATAAAGA---AA-T-AATGCCAGTAT-----ATGT-T----------------------------GAA-AA--G-ACC-CC---AT--GTTTTGA-AGAAGAAAA-ACCCTCACC-----AGCA---TG-A-ATGTAGA--AA-A-----C-ACTAT-------ATTA--TCACATGT-GGT--A----AA-TA---------TG-CA-----GCAT----GTA----A-A-AA---A-GT---ATA------------AACGAACCAC-------------AGCATGTAATGAAAAA-CCA-TATT--ATTAAAA---AAAAC-------ACCACT---TTAT--CATG----AA-AGA-A---TTAC-------------------A-GCA---TATAATGAA-AA-A-GCG---TC--A-CC-T-TATCA----T------GA--AACACGCCCACATTAGGCAGTA-ATGGAATTCAAT--ATA-CCTAacgaaccacagcatgtaatgaaaaaccatattattaaaaaaaacaccactttatcatgaaagaattacagcatataatgaaaaagcgtcaccttatcatgaaacacgcccacattaggcagtaatggaattcaatatacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactTCATGA---AA-G-AACCACAGCAT-----A---------------TAAC--------------AAATAAGCA-GCA-CC---AC--CTTACAA-TGAA--ACA-ACC---AC------AACA---CATA-ACA-AAA--TA-G-----C-ACCAC-------CTT-----A----T-G----A----AA-GA------A-CCA-CA-----GCAC----------------A---G-A----ACA------------AA-AGAG--C-------------ACA------------A-CCT-AATC--AT--GAA---AGAACCATTTTTAGTAGCAT-TTAA--CATA----AA-AGC-A---CCACCTAGTCATGAAAAAACCACA-ACA---TATAACAAA-AA-A-GCA---CC--A-CC-T-tctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|11 : CACAAC--CTATTCATGA---AA-G-AACCACAGCAT-----ATG---------------AC--------------AAA-AA--A-GCA-CA---GC--CTTATCA-TGAA--AGA-ACC---AC------AACA---TATACATGTAAN--NN-N-----N-NNNNN-------NNNN--NNN----N-N----N----NN-NN------N-NNN-NN-----NNNN----NNN----N-N-NN---N-N----NNN------------NN-NNNN--N-------------NNN------------N-NNN-NA---------AA---AGCAC-------AAC--C---TTAT--CATG----AA-AGA-A---CCAC-------------------A-ACA---TATAACAAA-AA-A-ACA---CA--A-C
gi|12 : aaaaaaccATCAC--CTTATCATAA---AA-G---------------------------------TAAC--------------AAG-AA--A-A-A-TC---AC--CTTATTA-TGAA--TGA-ATC---AC------AGTA---TATA-ATG-AAG--AA-G-----C-ATCAC-------TGTA--TCA----T-A----A----AA-GA------A-GCA-CA-----ATAT----ACAGTCCA-A-AA---A-AGTCCAAAC-----------AA-AAACA-T-------------AAC------------A------ATG--AT--AAAGC-AAAAC-------ACCACT---TCAT--CATG----
gi|13 : gtC--TTTATCG-TGTA--AAG-ATC---AC------AGCA---TATG-ATG-AAA--AA-G-----C-ACGAT-------ATTA--TCA----T-A----A----AA-GA------C-CCA-TA-----GCAT----GTA----ATA-TG---A-T----ATG------------AG-A--------------------------------------T-TGTT--GT--GAA---AGA--------------C---CTAT--TATG----AA-AGA-A---CAAC-------------------A-G
gi|14 : gtattgtgataaagtggtgtgtC--TTTAGTATGA---AA-G-CACCAAAGCAT-----A--T-TA---------TA----------------GAA-AA--A--CG-CC---AC--CTTATCA-TGAA--AGA-ACC---AC------AGCT---TA
gi|15 : aaaaatacaatTCGCGA---AA-G-AACTACAGCAT-----ATAA-TT---------TAAA--------------AAC-AA--A-CCA-CC---AC--CTT---A-TGAA--AGA-ACC---AC------AATA---CATC-GTGAAAA--AA-G-----C-ACCA----------------------------A----AC-GA------A-CCA-CA-----GCAaaggcatattatctaacatattcatct
gi|17 : AA-AA--ATGCA-CC---AC--CTTATCA-TGAA--ATA-GCC---AC------AGCA---TGAA-ATA-AAA--TA-G-----A-ACAAC-------CTCA--TCA----T-G----A----AA-GA------A-
gi|2 : aaAA-AA--A-ACAACC---AA--CTTTTGA-AAAAT-AAA-AAC---ACC-----AGCA---TG-A-ATG-TAA--AA-G-----G---CAT-------CTTAAAGCA----T-GTAATA----AA-GT------C-TCA-CATCTGAGCAT----TGA----G-A-AA---A-A----AAA------------AA-AAAC--CCACACGATGAAAAAGCAT----------A-CCTATATA--CT--GAA---AAAGC-------ATCACC---TAAC--CACG----AA-TGC-T---CGGC-------------------A-GTA---TATACC-AA-AA-A-ACA---CACCA-TC-T-T---A----TCAC---GA--AA
gi|2 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaAGCAT-----ACCTATA---------TACT--------------GAA-AA--A-GCA-TC---AC--CTAACCA-CGAA--TGC-TCG---GC------AGTA---TATA-CCA-AAA--AACA-----C-ACCAT-------CTTA--TCA----C-G----A----AA-GA------A-CTA-CA-----ACAT----ACA----GTG-AT---T-A----ACG------------TA-AAAC--T-------------ACC------------A-CTT-TATC--AT--GAA---AGAgaactacaacatacagtgattaacgtaaaactaccactttatcatgaaagacccgcatacatatgag
gi|2 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgatgaaaaACCAC--TTTATCATGA---AA-G-ACCC---GCAT-----ACAT-cccgcatacatatgag
gi|3 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgatgaaaaagcatacctatatactgaaaaagcatcacctaaccacgaatgctcggcagtatataccaaaaaacacaccatcttatcacgaaagaactacaacatacagtgattaacgtaaaactCACCAC--CTAGTCATGA---AA-A-AACCACAACAT-----A---------------TAAC--------------AAA-AA--A-GCA-CC---AC--CTAGTCA-NNNN--NNN-NNN---NN------NNNN---NNNN-NNN-NNA--------------------------CTA--TCA----T-G----G----AA-AG------A-CCA-CA-----GCAT----AAT----T-A-CA---A-A----AGG------------AA-TAAC--C-------------CCC------------A-CCC-CCCCAAAA--AAA---AAAAC-------CACAAC---CTAT--AAAA----AA-AGA-A---CCAC-------------------A-GCAATTTATGAC-AA-AA-A-GCA---CC--A-GC-C-T---ATCATT------GA--AA-G-GACCACA----ACAATA-ACatgag
gi|3 : acataaaagTATCATGG---AA-A-GACCACAGCAT-----A-AT-TACAAAAGGAATAACCCCCACCCCCCCAAAAA-AA--A-AAA-CC---ACAACCTATAA-AAAA--AGA-ACC---AC------AGCAATTTATG-AC--AAA--AA-G-----C-ACCAG-------CCTA--TCA----TTG----A----AA-GG------A-CCA-CA-----ACA-----ATA----A-C-AT---GTA----ACA------------AA-AAAG--C-------------AAC------------AACCT-TATC--AT--GAA---AGAAC-----------------------------------------CCAC-------------------ACTCA---TATAGCAAA-AA-A-GCA---CA--ACCC-T-T---A----T------atgtaacaaaaaagcaacaaccttatcatgaaagaacccacactcatatagcaaaaaagcacaacccttatcattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|3 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacACCACAACCTATAAAAA---AA-G-AACCACAGCA------AT-T-TA---------TGAC---------------AA-AA--A-GCA-CC---AG--CCTATCATTGAA--AGG-ACC---ACAACAATAACA---TGTA-ACA-AAA--AA-G-----CAACAAC-------CTTA--TCA----T-G----A----AA-GA------ACCCA-CAC----TCAT----ATA----G-C-AA---A-A----AAG------------CA-CAAC---------------------------------CCT-TATC--AT-----------------------------TT------TG----AA-A-A-A---CCACA------------------A-ACA---TATAAC-AA-AA-A-cattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|4 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaTATCACCAT--CTTAACATAA---AA-ATAACCACAACAT-----ACGTGTA---------TAAT--------------GAA-AA--A-GCG-CC---AC--TTTATCA-TGAA--AGA-ACC---AC------AGCA---TATA-ATG-AAA--AA-G-----C-ACCAC-------TTTT--TCA----T-G----A----AA-GA------A-CCA-CA-----GCAT----GTA----A-A-AA---A-A----AAA------------AA-AAAC--C-------------AAC------------A-CCT-TATC--AT--GAA---AGAAC-------AACAGC---TTAT--CATG----AC-AGA-G---CCAC-------------------A-GCA---TATGAC-AA-AA-A-GCA---CA--A-CC-T-T---A----T------GA--AACGCATCCACATAAAGCAGTA-ATGGCGTTCCATA-ATA-TGTACCAACAAATTCGATGTTGTGAAaa
gi|5 : TTA--TCA----T-T----A----TA-AA------A-CCA-CA-----GTAT----GTA----A----------------TA------------AA-ATGT--C-------------ACC------------A-TTT-CAAC--AT--AAA---AGAAT-------A--------TTAA--AATG----AA-AAA-A----------------------------GTA---CATGACGAA-AA-A-GCACTTCA--A-CCATAT---A----T------GA--AAtatatactatggtgatggcaccagtttaaaatggtatgcttgtaaaaaaaa
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttataTGTCACCAT--TTCAACATAA---AA-G-AATATTAAAATGAAAAAAGTACA---------TGAC--------------GAA-AA--A-GCA-CTTCAAC--CATAT-A-TGAA--ATA-ACC---AC------AGTT---CATT-ATG-AAA--AA-AAAACCC-ATCAC-------CCTA--TCA----T-G----A----AA-GA------A-CCA-CA-----GCGT----ATC----A-CCAA---A-A----ACACCTTATCATGATAA-AAGCA-C-------------AGT------------G-C----ATA--AT--GAA---AAAGC-------ATCAAC---TTAT--CACA----AA-AGA-A---ACAC-------------------A-GCA---TATAAT-AA-AA-A-G-A---CA--G-Ctaaccacagttcattatgaaaaaaaaacccatcaccctatcatgaaagaaccacagcgtatcaccaaaaacaccttatcatgataaaagcacagtgcataatgaaaaagcatcaacttatcacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaaCATCAC--CCTATCATGA---AA-G-AACCACAGCGT-----A---------------TCAC--------------CAA-AA--A------C---AC--CTTATCA-TGAT--AAA-AGC---AC------AGTG---CATA-ATG-AAA--AA-G-----C-ATCAA-------CTTA--TCA----C-A----A----AA-GA------A-ACA-CA-----GCAT----ATA----A-T-AA---A-A----AGA------------a
gi|6 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaaccatatatgaaataaccacagttcattatgaaaaaaaaaccACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACAACAT-----A----TA---------TAGT--------------AAA-CA--G-GCA-CC---AC--CTT---A-TGAA--CGA-ACC---AC------AGCA---TAT--ATA-AAG--AA-G-----T-ACCAC-------CTTA--TCA----T-G----A----AA-CA------C-GCC-CA------CAT----ATA----A-cagca
gi|6 : CACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACAGCAT-----A----TA---------TAA-----------------A-GA--A-GTA-CC---AC--CTTATCA-TGAA--ACA-CGC---CC------A-CA---TATA-AGG-CAGTTAA-G----------GC-------TTTC--T------------------AA-GA------A-GTG-GAG----GCATTGTGGCA----A-A-AT---A-G----ATA------------AA-AGGA--C-------------ACC------------T-TCT-TGTC--AT--GAA---AAAAA-------AAAAAA---AAAA--CAAA----AACAAACA---CCAC-------------------A-GCA---TGTAAT-AA-AAGG-GCA---CC--A-CC-T-T---A----TCAC---GA--AGCGCTCTCATATA------TATACGGCGTTggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|7 : accaccttatgaacgaaccacaacatatatagtaaacaggA---TATA-ATG-AAA--AT-G-----T-ATCAC-------CTTA--TCA----
gi|7 : ---AC------AGCA---TATC-ATG-AAA--AA---------ATCAC-------CTTA--TCT----T-G----G----AA--A------T-TTA-CA-----GTAA----ATG----A-T-AA---A-G----A-----------------------C-------------ACC------------A-CCT-TATT--AT--GCA----GAAC-------CATGAC-----AT---ATG----AA-AGT-ATTGCCAA-------------------A-GCA---C---------------CA---CG--T-CA-T-C---A----T------GA--AAGACACCCACACAAGGCAGTT-GGGGCGGTCCATGTACA-TGTAT--ACcattacagcatatcatgaaaaaatcaccttatcttggaaatttacagtaaatgataaagacaccaccttattatgcagaaccatgacatatgaaagtattgccaaagcaccacgtcatcatgaaagacacccacacaaggcagttggggcggtccatgtacatgtataccaagagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|8 : tgataaggtgatacattttcattatatcattA-AAAG--C-------------ATC------------A-CCT-TGCC--A-----------GCC-------ATCATA---TTAT--CACG----AA-AGA-A---CTAC-------------------A-GCATATTATAAT-GA-AA-ATACA---TA--A-TC-T-T---A----T------CATGAACGcaagagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|8 : CATCAT--ATTATCACGA---AA-G-AACTACAGCAT-----A--T-TA---------TAAT--------------GAA-AA--T-ACA-TA---AT--CTTATCA-TGAA--CGA-ACT---AA------AACA---TATA-AC-------AA-A-----C-CTCAC-------ATTA--TCA----T-G----A----AA-AAAACCCCA-CCA-CA-----ATAT----ATA----ATG-GA---A-A----AAC------------AA-AAGT--C-------------ATC------------A-C---TATT---T--GA-------------------------------CATG----AA-AGA-A---GTAC-------------------A-ATG---TAT--------------T---TG--A-CT-T-T---A----TAATGATGA--AACACG-CCACATAATGCAGTA-A------TATATA-ATAGTTTAC--ACAAAaactaaaacatataacaaacctcacattatcatgaaaaaaaccccaccacaatatataatggaaaaacaaaagtcatcactatttgacatgaaagaagtacaatgtatttgactttataatgatgaaacacgccacataatgcagtaatatataatagtttacacaaa
gi|9 : aaaagcatcaccttgccagcCATGA---TATA-AACCACGCTAT-----A-AT-TA-----------AT--------------GAA-AA--C-GCA-CA---GC--ATAA--A-TAAT--GGACACC---AC------AGCA---TATA-ATA-GAT--AA-C-----C-AAGATTTAGAAACCCA--GCA----T-G----ATAATAATAA------A-CCAACA-----GCAT----ATA----A-A-AACTCA-G----ATA------------AA-AT-C--C-------------A-C------------A-GCA-TATA--AT---------------------ATAG------AC--CAT-----AA-ATA-ATGCCCAC-------------------A-GCA---TATAAT-TATGA-A-CCA---CA--A-TC-A-T---A----T------AAT-AAATCACCCACATAAGGCAGCA-ACGGCGTTCCATA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGCGAGGAGTTCCGAGTGATCACCTCATCCACAGCACAATATGAAAACTCTCCATTTGTTATAAATTTTGAAGAAATAGTTCACATTGAAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 111 11 1 11
lowQualScore : 33 4 333 444 88888888 1 7777777777777777777777777777777777 555555 44 5555 22 1 77777777777 666666 222 1 555 1 22 22 8888888888 5555555 1 3333 11 555555 1 1 3 1 3333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444 0 888888888 2 55 888 4 2 4 2 666 33 888 3 7777 111 99 2 33 0 44 5 5 11 0 1 88
lowQualScore : .. . ... ... ........ . .................................. ...... .. .... .. . ........... ...... ... . ... . .. .. .......... ....... . .... .. ...... . . . . .... ............................................................................................. .... . ......... . .. ... . . . . ... .. ... . .... ... .. . .. . .. . . .. . . ..
lowQualScore : 44 0 555 222 88888888 9 1111111111111111111111111111111111 333333 55 7777 55 7 99999999999 555555 999 8 888 8 55 55 4444444444 9999999 7 7777 88 000000 7 8 6 8 9999 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 8 444444444 1 33 222 1 4 7 4 999 00 555 1 1111 777 55 5 44 1 44 7 3 88 0 0 33
consensus : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCA---TATA-ACG-AA-A--A--A-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATA----A--TA-A---A-A----ANA-AAAAAC-CACCA-CCTTATCATGAA---AGAA---C-----------------A-CA-C-T-T-A-T-----CATG----AAAGA-----A---CCAC-A--GCA---TATAAC-AA-AA-A-GCA---CAA-CC---T-TA----T---GA--AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
Reference ( family-758 ) : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCA---TATA-ACG-AA-A--A--A-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATA----A--NA-A---A-A----ANA-AAAAAC-CANCA-CCTTATCATGAA---AGAA---C-----------------ANCA-C-T-T-A-T-----CATG----AAAGA-----A---CCAC-A--GCA---TATAAC-AA-AA-A-GCA---CAA-CC---T-TA----T---GA--AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
gi|1 : ATGACCAC--CTTATCATAATCTAA-T-ATCCACA--------GCACA-T---TA---------TTTT--------------A-AAAAA-T-----CCACA-TTTGCTA----TA--AAACT-ACC-----------AT--------CT---TATA-AAG-AA-A--T--A-AT-GCC---AG-------TATATGTT-GA----AA-AG------A-CC--C---CA-TGTT----T--TG-A---A-G----AAG-AAAAAC-CCTCA-CC--AGCATGAATGTAGAA---------------------AACA-C-TAT-A-TTATCACATGTGGTAAATA----------TGC-A--GCA---TGTA---AA-AA-A-GTA---TAA-
gi|1 : atatacgaggggttccgaCA--------GCATG-----------------AAT--------------GTAGAAA-A-C--ACTAT--ATTATCACATGTGGTAAATA---T-----------GC------AGCA---TGTA-A----A-A--A--A-GT-A---------------------T-AA----AC-GA------A-CCA-CA-GCA-TGTA----A--TG-A---A-A----A-----------ACCA-TATTATTA-AAA---AAAA---C-----------------ACCA-C-T-TTA-T-----CATG----AAAGA-----A---TTAC-A--GCA---TATAATGAA-AA-A-GCG---TCA-CC---T-TA----TCATGA--AACACGCCCACATTAGGCAGTA-ATGGAATTCAAT--ATA-CCTAacgaaccacagcatgtaatgaaaaaccatattattaaaaaaaacaccactttatcatgaaagaattacagcatataatgaaaaagcgtcaccttatcatgaaacacgcccacattaggcagtaatggaattcaatatacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactaccatcttataaagaaataatgccagtatatgttgaaaagaccccatgttttgaagaagaaaaaccctcacTCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCA---TATA-ACA-AATA--AGCA-GC-ACC---AC-------CTTACAAT-GA----AA-CA------A-CCA-CA-ACA-CATA----A--CA-A---A-A-----TA-G------CACCA-CCTTAT--------------------------------------------------------G----AAAGA-----A---CCAC-A--GCA---CAGAAC-AA-AAGA-GCA---CAA-CCTAAT-CA----T---GA--AAtctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : CACCAC--CTTACAATGA---AA-C-AACCACA--------ACA-------CA---------TAAC--------------A-AAATA-G-C--ACCAC--CTT---A----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCA---CAGA-ACA-AA-A--G--A-GC-ACA---AC-------CTAATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-T------TTTT----A--G------------------------TAGCA--TTTAACATAAA---AG-----C-----------------ACCA-C-C-T-AGT-----CATG----AAAAA-----A---CCAC-A--ACA---TATAACAAA-AA-A-GCA---CCA-CC---T-gaaccatttttagtagcatttaacataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacct
gi|11 : tcatgaaagaaccacagcatataacaaataagcagCACAAC--CTATTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---------------GAC--------------A-AAAAA-G-C--ACAGC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AACA---TATACATGTAA-N--N--N-NN-NNN---NN-------NNNNNNNN-NN----NN-NN------N-NNN-NN-NNN-NNNN----N--NN-N---N-N----NNN-NNNNNN-NNNNN-NNNNA-----AA---AGCA---C-----------------AAC--C-T-T-A-T-----CATG----AAAGA-----A---CCAC-A--ACA---TATAACAAA-AA-A-ACA---CAA-C
gi|12 : aaaaaaccATCAC--CTTATCATAA---AA-G-------------------------------------TAAC--------------A-AGAAA-A----ATCAC--CTTATTA----TG--AATGA-ATC-----------AC------AGTA---TATA-ATG-AA-G--A--A-GC-ATC---AC-------TGTATCAT-AA----AA-GA------A-GCA-CA-ATA-TACAGTCCA--AA-A---A-AGTCCAAACAAAAACATAACA-----ATGATAAAGC-AAAA---C-----------------ACCA-C-T-TCA-T-----CATG----
gi|13 : gtC--TTTATCG----TG--TAAAG-ATC-----------AC------AGCA---TATG-ATG-AA-A--A--A-GC-ACG---AT-------ATTATCAT-AA----AA-GA------C-CCA-TA-GCA-TGTA----A--TATG---A-T----ATG-AGA------------TTGTTGTGAA---AG--------------------------A-C-C-T-A-T-----TATG----AAAGA-----A---CAAC-A--G
gi|14 : gtattgtgataaagtggtgtgtC--TTTAGTATGA---AA-G-CACCAAA--------GCATA-T---TA---------TA----------------G-AAAAA---C--GCCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCT---TA
gi|14 : aaaaatacaatCGCCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACAGCTTAAAGGCATA-T---TA---------Taaggcatattatctaacatattcatct
gi|15 : aaaaatacaatctttagtatgaaagcaccaaagcatattatagaaaaaTCGC-GA----AA-GA------A-CTA-CA-GCA-TATA----ATTTA-A---A-A----AC----AAAC-CACCA-CCTT---ATGAA---AGAA---C-----------------CACA-A-TAC-A-T-----CGTG----AAAAA-----A---GCAC-ctaacatattcatct
gi|15 : ACCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------ATACA-T---CG---------TGA-----------------AAAAA-G-C--ACCA------------------AACGA-ACC-----------AC------AGCA---caaacgaaccacagca
gi|17 : tcgcgaaagaactacagcatataatttaaaaacaa-AAAAATG-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAATA-GCC-----------AC------AGCA---TGAA-ATA-AA-A--T--A-GA-ACA---AC-------CTCATCAT-GA----AA-GA------A-
gi|2 : aaATGA---AA---AAGCATA--------CC-TA-T----A---------TACT--------------G-AAAAA-G-C--ATCAC--CTAACCA----CG--AATGC-TCG-----------GC------AGTA---TATA-CCA-AA-A--A--ACAC-ACC---AT-------CTTATCAC-GA----AA-GA------A-CTA-CA-ACA-TACA----G--TG-AT--T-A----ACG-TAAAAC-TACCA-CTTTATCATGAA---AGA
gi|2 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgACCAC--TTTATCATGA---AA-G-ACCCGCAT-------ACATA-T---cccgcatacatatgag
gi|3 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgatgaaaaagcatacctatatactgaaaaagcatcacctaaccacgaatgctcggcagtatataccaaaaaacacaccatcttatcacgaaagaactacaacatacagtgattaacgtaaaactCACCAC--CTAGTCATGA---AA-A-AACCACA--------ACATA-T---------------AAC--------------A-AAAAA-G-C--ACCAC--CTAGTCA----NN--NNNNN-NNN-----------NN------NNNN---NNNN-NNN-NN-A--------------------------CTATCAT-GG----AA-AG------A-CCA-CA-GCA-TA-A----T--TACA---A-A----AGG-AATAAC-CCCCA-CCCCCCCAAAAA---AAAAAACC-----------------ACAA-C-C-T-A-T-----AAAA----AAAGA-----A---CCAC-A--GCAATTTATGAC-AA-AA-A-GCA---CCA-GC---C-TATCATT---GA--AA-G-GACCACA----ACAATA-ACgag
gi|3 : acataaaagTATCATGG---AA-A-GACCACA--------GCATAAT---TACAAAAGGAATAACCCCCACCCCCCCAAA-AAAAA-A-A--ACCACAACCTATAA----AA--AAAGA-ACC-----------AC------AGCAATTTATG-AC--AA-A--A--A-GC-ACC---AG-------CCTATCATTGA----AA-GG------A-CCA-CA-ACA--ATA----A--CA-T---GTA----ACA-AAAAAG-CAACAACCTTATCATGAA---AGAA---C----------------------------------------------------------CCAC-AC-TCA---TATAGCAAA-AA-A-GCA---CAACCC---T-TA----T---atgtaacaaaaaagcaacaaccttatcatgaaagaacccacactcatatagcaaaaaagcacaacccttatcattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|3 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacACCACAACCTATAAAAA---AA-G-AACCACA--------GCAAT-T---TA---------TGAC----------------AAAAA-G-C--ACCAG--CCTATCAT---TG--AAAGG-ACC-----------ACAACAATAACA---TGTA-ACA-AA-A--A--A-GCAACA---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------ACCCA-CACTCA-TATA----G--CA-A---A-A----AAG-CACAAC-------CCTTATCAT--------------------------------------T-T-----------TG----AAA-A-----A---CCACAA--ACA---TATAAC-AA-AA-A-cattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|4 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaTATCACCAT--CTTAACATAA---AA-ATAACCACA--------ACATA-CGTGTA---------TAAT--------------G-AAAAA-G-C--GCCAC--TTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCA---TATA-ATG-AA-A--A--A-GC-ACC---AC-------TTTTTCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TGTA----A--AA-A---A-A----AAA-AAAAAC-CAACA-CCTTATCATGAA---AGAA---C-----------------AACAGC-T-T-A-T-----CATG----ACAGA-----G---CCAC-A--GCA---TATGAC-AA-AA-A-GCA---CAA-CC---T-TA----T---GA--AACGCATCCACATAAAGCAGTA-ATGGCGTTCCATA-ATA-TGTACCAACAAATTCGATGTTGTGAAaa
gi|5 : -ACC-----------ACC-----AACA---TG-A-ACG-TA-A--A--A-TG-ATTT--AT-------ATTATCAT-TA----TA-AA------A-CCA-CA-GTA-TGTA----A--TA-A---A-A----TG-------T-CACCA-TTTCAACATAAA---AGAA---T-----------------A------T-T-A-A-----AATG----AAAAA--------------A--GTA---CATGACGAA-AA-A-GCACTTCAA-CCA--TATA----T---GA--AAtatatactatggtgatggcaccagtttaaaatggtatgcttgtaaaaaaaa
gi|5 : ttgaagaaaaaatatTTATCATTA---TA-A-AACCACA--------GTATG-T---AA---------TAA-------------------AAT-GTC--ACCAT--TTCAACA----TA--AAAGA-ATATTAAAATGAAAAA------AGTA---CATG-ACG-AA-A--A--A-GC-ACTTCAAC-------CATAT-AT-GA----AA-TA------A-CCA-CA-GTT-CATT----A--TG-A---A-A----A-A-AAAACC-CATCA-CCCTATCATGAA---AGAA---CCACAGCGTATCACCAAAAACA-CCT-T-A-T-----CATG----ATAAA-----A---GCAC-A--GTG---CATAATGAA-AA-A-GCAT--CAA--C---T-TA----T---taaccacagttcattatgaaaaaaaaacccatcaccctatcatgaaagaaccacagcgtatcaccaaaaacaccttatcatgataaaagcacagtgcataatgaaaaagcatcaacttatcacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttataAC--CATAT-ATGA---AA-T-AACCACA--------GTTCA-T---TA---------TGAA--------------A-AAAAA-A-CCCATCAC--CCTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC------AGCG---TATC-ACC-AA-A--A--A------C---AC-------CTTATCAT-GA----TA-AA------A-GCA-CA-GTG-CATA----A--T--------------GA-AAAAGC-----------ATCA-----------------------------------A-C-T-T-A-T-----CACA----AAAGA-----A---ACAC-A--GCA---TATAAT-AA-AA-A-G-A---CAG-Ccacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaCATCAC--CCTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCGTA-T---CA------------C--------------C-AAAAA--------CAC--CTTATCA----TG--ATAAA-AGC-----------AC------AGTG---CATA-ATG-AA-A--A--A-GC-ATC---AA-------CTTATCAC-AA----AA-GA------A-ACA-CA-GCA-TATA----A--TA-A---A-A----AGA-a
gi|6 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaaccatatatgaaataaccacagttcattatgaaaaaaaaaccACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------ACATA-T----A---------TAGT--------------A-AACAG-G-C--ACCAC--CTTAT-------G--AACGA-ACC-----------AC------AGCA---TATA--TA-AA-G--A--A-GT-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-CA------C-GCC-CA--CA-TATA----A--cagca
gi|6 : CACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------GCATA-T----A---------TAA------------------AGAA-G-T--ACCAC--CTTATCA----TG--AAACA-CGC-----------CC------A-CA---TATA-AGG-CA-GTTA--A-G--------GC-------TTTCT----------AA-GA------A-GTG-GAGGCATTGTG----G--CA-A---A-ATAG-ATA-AAAGGA-CACCT-TCTTGTCATGAA---AAAA---A-----------------AAAA-A-----A-A-----AAAC----AAAAACAAACA---CCAC-A--GCA---TGTAAT-AA-AAGG-GCA---CCA-CC---T-TA----TCACGA--AGCGCTCTCATATA------TATACGGCGTTggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|7 : accaccttatgaacgaaccacaacatatatagtaaacagg-----------AC------AGCA---TATC-ATG-AA-A--A--A----ATC---AC-------CTTATCTT-GG----AA--A------T-TTA-CA-GTA-AATG----A--TA-A---A-G----A----------CACCA-CCTTATTATGCA---GAAC---C-----------------ATGA-C-----A-T------ATG----AAAGT-----ATTGCCAA-A--GCA---C---------------CA---CGT-CA---T-CA----T---GA--AAGACACCCACACAAGGCAGTT-GGGGCGGTCCATGTACA-TGTAT--ACCAA
gi|8 : tgataaggtgatacattttcattatatcattAAAAG-CATCA-CCTTGCCA---------GC---C-----------------ATCA-TAT-T-A-T-----CACG----AAAGA-----A---CTAC-A--GCATATTATAAT-GA-AA-ATACA---TAA-TC---T-TA----T---CATGAACGgagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|8 : CATCAT--ATTATCACGA---AA-G-AACTACA--------GCATA-T---TA---------TAAT--------------G-AAAAT-A-C--ATAAT--CTTATCA----TG--AACGA-ACT-----------AA------AACA---TATA-AC--------A--A-AC-CTC---AC-------ATTATCAT-GA----AA-AAAACCCCA-CCA-CA-ATA-TATA----A--TG-G---A-A----AAACAAAAGT-CATCA-C--TATT-TGA------------------------------------------------CATG----AAAGA-----A---GTAC-AATGTA---TTTGAC-------T-TTA---TAA------T-GA----T---GA--AACACG-CCACATAATGCAGTA-A------TATATA-ATAGTTTAC--ACAAAaactaaaacatataacaaacctcacattatcatgaaaaaaaccccaccacaatatataatggaaaaacaaaagtcatcactatttgacatgaaagaagtacaatgtatttgactttataatgatgaaacacgccacataatgcagtaatatataatagtttacacaaa
gi|9 : aaaagcatcaccttgccagcCATGA---TATA-AACCACG--------CTATA-A---T----------TAAT--------------G-AAAAC-G-C--ACAGC--ATAA--A----TA--ATGGACACC-----------AC------AGCA---TATA-ATA-GA-T--A--A-CC-AAG---ATTTAGAAACCCAGCAT-GATAATAATAA------A-CCAACA-GCA-TATA----A--AA-ACTCA-G----ATA-AAAT-C-CA-CA-GCATATAAT-AT---AGAC---C-----------------ATAA-------A-T-----AATG----C-------------CCAC-A--GCA---TATAAT-TATGA-A-CCA---CAA-TC---A-TA----T---AAT-AAATCACCCACATAAGGCAGCA-ACGGCGTTCCATA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGCGAGGAGTTCCGAGTGATCACCTCATCCACAGCACAATATGAAAACTCTCCATTTGTTATAAATTTTGAAGAAATAGTTCACATTGAAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111111 111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111 111111111 111 11 1 11
lowQualScore : 0 33 6 333 333 66666666 1 8888888888888888888888888888888888 222 22 44 5555 22 1 77777777777 1111111 222 1 77777 22 1111111111111111111 1 3333 1 444444 1 1 3 1 777777777777777777777777 1 1 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 444444444444 2 33 444 0 222222222 2 666 2 999 3 7777 111 4 55555 0 44 5 5 11 0 1 88
lowQualScore : . .. . ... ... ........ . .................................. ... .. .. .... .. . ........... ....... ... . ..... .. ................... . .... . ...... . . . . ........................ . . ... .......................................................... .... ............ . .. ... . ......... . ... . ... . .... ... . ..... . .. . . .. . . ..
lowQualScore : 8 77 2 555 000 99999999 9 3333333333333333333333333333333333 222 55 11 4444 44 7 66666666666 4444444 888 7 88888 44 2222222222222222222 7 5555 7 888888 7 7 5 7 777777777777777777777777 8 0 555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 999999999999 1 11 111 1 222222222 4 999 5 222 3 1111 777 4 33333 1 44 7 3 88 0 0 33
consensus : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--CG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---ANA-AAAAA-CCACCA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---C-A--------C-A------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
Reference ( family-758 ) : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--CG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---ANA-AAAAA-CCACCA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---C-A--------C-A------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
gi|1 : ATGACCAC--CTTATCATAATCTAA-T-ATCCACA--------GCACA-T---TA---------TTTT--------------A-AAAAA-T-----CCACA-TTTGCTA----TA--AAACT-ACC-----------AT---------CT---TATA-A--AG-AAA--TA-AT-GCC---AG-------TATATGTT-GA----AA-AG------A-CC--C---CA-TGTTT--TG-A-A-G---AAG-AAAAA-CCCTCA-CC--AGCATGAATGTAG-A---A---A-A--------C-A------------------CTAT-A----TTATCACATGTGGTAAAT---A--------TGC-A--GCA---TGTA---A-A----AA-AGTA---TAA-
gi|1 : atatacgaggggttccgaCA--------GCATG-----------------AAT--------------GTAGAAA-A-C--ACTAT--ATTATCACATGTGGTAAATA---T-----------GC-------AGCA---TGTA-A------AA--AA-GT-A---------------------T-AA----AC-GA------A-CCA-CA-GCA-TGTAA--TG-A-A-A---A-----------ACCA-TATTATTA-AAA---AA-A---A---C-A--------CCA------------------CT-TTA----T-----CATG----AAAG---A---A---TTAC-A--GCA---TATAATGA-A----AA-AGCG---TCA-CC---T-TA----TCATGA-AACACGCCCACATTAGGCAGTA-ATGGAATTCAAT--ATA-CCTAacgaaccacagcatgtaatgaaaaaccatattattaaaaaaaacaccactttatcatgaaagaattacagcatataatgaaaaagcgtcaccttatcatgaaacacgcccacattaggcagtaatggaattcaatatacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactaccatcttataaagaaataatgccagtatatgttgaaaagaccccatgttttgaagaagaaaaaccctcacTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---AA---------CAAA--------------T-AAGCA-G-C--ACCAC--CTTACAA----TG--AAACA-ACC-----------AC-------AACA---CATA-A--CA-AAA--TA-GC-ACC---AC-------CTT---AT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-C---------A-G-A---ACA-AAAGA-GCACAA-CCTAATCATGAA---AG-A---A---C----------C-A------------------TT-T-T----T---------------AG--------------T-A--GCA---TTTAAC-ATA----AA-AGCA---CCA-CCTAGT-CA----T---GA-AAtctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : TAGCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------GCACA-G---------------AAC--------------A-AAAGA-G-C--ACAAC--CTAATCA----TG--AAAGA-ACC-----------ATTTTTAGTAGCA---TTTA-A--CA-TAA--AA-GC-ACC---AC-------CTAGTCAT-GA----AA-AA------A-CCA-CA-ACA-TAT-----------A---ACA-AAAAA-GCACCA-CCTaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacct
gi|11 : tcatgaaagaaccacagcatataacaaataagcagcaccaccttacaatgaaacaaccacaacacataacaaaaCACAAC--CTATTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---------------GAC--------------A-AAAAA-G-C--ACAGC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AACA---TATACA--TGTAAN--NN-NN-NNN---NN-------NNNNNNNN-NN----NN-NN------N-NNN-NN-NNN-NNNNN--NN-N-N-N---NNN-NNNNN-NNNNNN-NNNNA-----AA---AG-C---A---C-A--------A-C------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--ACA---TATAACAA-A----AA-AACA---CAA-C
gi|12 : aaaaaacc-G-T--ATCAC--CTTATCA----TA--AAAG----------------------------------TA-A--CA-AGA--AA-A--ATC---AC-------CTTATTAT-GA----AT-GA------A-TCA-CA-GTA-TATAA--T------------G-AAGAA-GCATCA-CTGTATCATAAA---AG-A---AG--C-A--------C-A------------------ATAT-ACAGTC-----CAAA----AAAGTCCA---A---ACA--A--AAA---CATAAC-A-ATGATAA-AGCA---AAA-C
gi|12 : ATCA-CCTTATCATAAA---AGTA---A---C-AAGAAAAATC-AC-----------------CT-T-A----T-----TATG----AATG---A---A---TCAC-A--GTA---TATAATGA-A----GA-AGCA---TCA-CT---G-TA----T---accacttcatcatg
gi|12 : gtATCAC--CTTATTATGA---AT-G-AATCACA--------GTA-------TA---------TAAT--------------G-AAGAA-G-C--ATCAC--TGTATCA----TA--AAAGA-AGC-----------AC-------AATA---TACA-GTCCA-AAA--AA-GT--CC---A-----------------AA----CA-AA------A-ACA-TA-ACA--ATGA--T--A-A-A---GCA-AAA----CACCA-CTTCATCATGcataaaagaagcacaatatacagtccaaaaaagtccaaacaaaaacataacaatgataaagcaaaacaccacttcatcatg
gi|13 : gtatcaccttatcataaaagtaacaagaaaaC--TTTATCG----TG--TAAAG-ATC-----------AC-------AGCA---TATG-A--TG-AAA--AA-GC-ACG---AT-------ATTATCAT-AA----AA-GA------C-CCA-TA-GCA-TGTAA--TATG-A-T---ATG-AGA------------TTGTTGTGAA---AG----------------------A------------------CC-T-A----T-----TATG----AAAG---A---A---CAAC-A--G
gi|14 : gtattgtgataaagtggtgtgtC--TTTAGTATGA---AA-G-CACCAAA--------GCATA-T---TA---------TA----------------G-AAAAA---C--GCCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCT---TA
gi|14 : aaaaatacaatCGCCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACAGCTTAAAGGCATA-T---TA---------Taaggcatattatctaacatattcatct
gi|15 : aaaaatacaatctttagtatgaaagcaccaaagcatattatagaaaaaTCGC-GA----AA-GA------A-CTA-CA-GCA-TATAATTTA-A-A-A---AC----AAA-CCACCA-CCTT---ATGAA---AG-A---AC--C-A--------C-A------------------ATAC-A----T-----CGTG----AAAA---A---A---GCAC-ctaacatattcatct
gi|15 : ACCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------ATACA-T---CG---------TGA-----------------AAAAA-G-C--ACCA------------------AACGA-ACC-----------AC-------AGCA---caaacgaaccacagca
gi|17 : tcgcgaaagaactacagcatataatttaaaaacaa-AAAAATG-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAATA-GCC-----------AC-------AGCA---TGAA-A--TA-AAA--TA-GA-ACA---AC-------CTCATCAT-GA----AA-GA------A-
gi|2 : aaATGA---AA---AAGCATA--------CC-TA-T----A---------TACT--------------G-AAAAA-G-C--ATCAC--CTAACCA----CG--AATGC-TCG-----------GC-------AGTA---TATA-C--CA-AAA--AACAC-ACC---AT-------CTTATCAC-GA----AA-GA------A-CTA-CA-ACA-TACAG--TG-ATT-A---ACG-TAAAA-CTACCA-CTTTATCATGAA---AG-ACCCG---C-A--------T-A------------------CA-T-A----T-----
gi|3 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgCACCAC--CTAGTCATGA---AA-A-AACCACA--------ACATA-T---------------AAC--------------A-AAAAA-G-C--ACCAC--CTAGTCA----NN--NNNNN-NNN-----------NN-------NNNN---NNNN-N--NN-NNA------------------------CTATCAT-GG----AA-AG------A-CCA-CA-GCA-TA-AT--TACA-A-A---AGG-AATAA-CCCCCA-CCCCCCCAAAAA---AA-A---AAACC-A--------CAA------------------CC-T-A----T-----AAAA----AAAG---A---A---CCAC-A--GCAATTTATGAC-A-A----AA-AGCA---CCA-GC---C-TATCATT---GA-AA-G-GACCACA----ACAATA-ACgag
gi|3 : acataaaagTATCATGG---AA-A-GACCACA--------GCATAAT---TACAAAAGGAATAACCCCCACCCCCCCAAA-AAAAA-A-A--ACCACAACCTATAA----AA--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCAATTTATG-A--C--AAA--AA-GC-ACC---AG-------CCTATCATTGA----AA-GG------A-CCA-CA-ACA--ATAA--CA-T-GTA---ACA-AAAAA-GCAACAACCTTATCATGAA---AG-A---ACC-C-A--------C-A------------------CT-C-A----T------------------------------AT-A--GCA----------A-A----AA-AGCA---CAACCC---T-TA----T---atgtaacaaaaaagcaacaaccttatcatgaaagaacccacactcatatagcaaaaaagcacaacccttatcattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|3 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacACCACAACCTATAAAAA---AA-G-AACCACA--------GCAAT-T---TA---------TGAC----------------AAAAA-G-C--ACCAG--CCTATCAT---TG--AAAGG-ACC-----------ACAACAAT-AACA---TGTA-A--CA-AAA--AA-GCAACA---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------ACCCA-CACTCA-TATAG--CA-A-A-A---AAG-CACAA-C------CCTTATCAT--------------------------------------------------T-T--------------TG----AAA----A---A---CCACAA--ACA---TATAAC-A-A----AA-Acattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|4 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaTATCACCAT--CTTAACATAA---AA-ATAACCACA--------ACATA-CGTGTA---------TAAT--------------G-AAAAA-G-C--GCCAC--TTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--TG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------TTTTTCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TGTAA--AA-A-A-A---AAA-AAAAA-CCAACA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---CAA--------C-AG-----------------CT-T-A----T-----CATG----ACAG---A---G---CCAC-A--GCA---TATGAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCATCCACATAAAGCAGTA-ATGGCGTTCCATA-ATA-TGTACCAACAAATTCGATGTTGTGAAaa
gi|5 : -ACC-----------ACC------AACA---TG-A-A--CG-TAA--AA-TG-ATTT--AT-------ATTATCAT-TA----TA-AA------A-CCA-CA-GTA-TGTAA--TA-A-A-A---TG--------TCACCA-TTTCAACATAAA---AG-A---A---T-A------------------------------T-T-A----A-----AATG----AAAA---A------------A--GTA---CATGACGA-A----AA-AGCACTTCAA-CCA--TATA----T---GA-AAtatatactatggtgatggcaccagtttaaaatggtatgcttgtaaaaaaaa
gi|5 : ttgaagaaaaaatatTTATCATTA---TA-A-AACCACA--------GTATG-T---AA---------TAA-------------------AAT-GTC--ACCAT--TTCAACA----TA--AAAGA-ATATTAAAATGAAAAA-------AGTA---CATG-A--CG-AAA--AA-GC-ACTTCAAC-------CATAT-AT-GA----AA-TA------A-CCA-CA-GTT-CATTA--TG-A-A-A---A-A-AAAAC-CCATCA-CCCTATCATGAA---AG-A---AC--C-A--------C-AGCGTATCACCAAAAACACCT-T-A----T-----CATG----ATAA---A---A---GCAC-A--GTG---CATAATGA-A----AA-AGCAT--CAA--C---T-TA----T---taaccacagttcattatgaaaaaaaaacccatcaccctatcatgaaagaaccacagcgtatcaccaaaaacaccttatcatgataaaagcacagtgcataatgaaaaagcatcaacttatcacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttataAC--CATAT-ATGA---AA-T-AACCACA--------GTTCA-T---TA---------TGAA--------------A-AAAAA-A-CCCATCAC--CCTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCG---TATC-A--CC-AAA--AA------C---AC-------CTTATCAT-GA----TA-AA------A-GCA-CA-GTG-CATAA--T-----------GA-AAAAG-C----------ATCA-------------------------------A------------------CT-T-A----T-----CACA----AAAG---A---A---ACAC-A--GCA---TATAAT-A-A----AA-AG-A---CAG-Ccacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaCATCAC--CCTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCGTA-T---CA------------C--------------C-AAAAA--------CAC--CTTATCA----TG--ATAAA-AGC-----------AC-------AGTG---CATA-A--TG-AAA--AA-GC-ATC---AA-------CTTATCAC-AA----AA-GA------A-ACA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---AGA-a
gi|6 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaaccatatatgaaataaccacagttcattatgaaaaaaaaaccACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------ACATA-T----A---------TAGT--------------A-AACAG-G-C--ACCAC--CTTAT-------G--AACGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA----TA-AAG--AA-GT-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-CA------C-GCC-CA--CA-TATAA--cagca
gi|6 : CACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------GCATA-T----A---------TAA------------------AGAA-G-T--ACCAC--CTTATCA----TG--AAACA-CGC-----------CC-------A-CA---TATA-A--GG-CAGTTAA-G--------GC-------TTTCT----------AA-GA------A-GTG-GAGGCATTGTGG--CA-A-A-ATAGATA-AAAGG-ACACCT-TCTTGTCATGAA---AA-A---A---A-A--------A-A------------------AA-A-A----A-----AACA----AAAAC--AAACA---CCAC-A--GCA---TGTAAT-A-A----AAGGGCA---CCA-CC---T-TA----TCACGA-AGCGCTCTCATATA------TATACGGCGTTggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|7 : accaccttatgaacgaaccacaacatatatagtaaacagg-----------AC-------AGCA---TATC-A--TG-AAA--AA----ATC---AC-------CTTATCTT-GG----AA--A------T-TTA-CA-GTA-AATGA--TA-A-A-G---A----------CACCA-CCTTATTATGCA---GA-A---C---C-A--------TGA------------------C----A----T------ATG----AAAG---T---ATTGCCAA-A--GCA---C------------------CA---CGT-CA---T-CA----T---GA-AAGACACCCACACAAGGCAGTT-GGGGCGGTCCATGTACA-TGTAT--ACCAA
gi|8 : tgataaggtgatacattttcattatatcattCATCAT--ATTATCACGA---AA-G-AACTACA--------GCATA-T---TA---------TAAT--------------G-AAAAT-A-C--ATAAT--CTTATCA----TG--AACGA-ACT-----------AA-------AACA---TATA-A--C-------AA-AC-CTC---AC-------ATTATCAT-GA----AA-AAAACCCCA-CCA-CA-ATA-TATAA--TG-G-A-A---AAACAAAAG-TCATCA-C--TATT-TGA---------------------------------------------------------------CATG----AAAG---A---A---GTAC-AATGTA---TTTGAC-----------TTTA---TAA------T-GA----T---GA-AACACG-CCACATAATGCAGTA-A------TATATA-ATAGTTTAC--ACAAAgagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|9 : aaaagcatcaccttgccagcCATGA---TATA-AACCACG--------CTATA-A---T----------TAAT--------------G-AAAAC-G-C--ACAGC--ATAA--A----TA--ATGGACACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--TA-GAT--AA-CC-AAG---ATTTAGAAACCCAGCAT-GATAATAATAA------A-CCAACA-GCA-TATAA-----A-A-ACTCAGA-TAAAATCCAC-A-GCATATAAT-AT---AG-A---C---C-A--------T-A------------------A----A----T-----AATG----C--------------CCAC-A--GCA---TATAAT-T-AT---GA-ACCA---CAA-TC---A-TA----T---AATAAATCACCCACATAAGGCAGCA-ACGGCGTTCCATA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGCGAGGAGTTCCGAGTGATCACCTCATCCACAGCACAATATGAAAACTCTCCATTTGTTATAAATTTTGAAGAAATAGTTCACATTGAAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333 1111111 1111111111111111111 111111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111 111111111 111 11 1 11
lowQualScore : 0 33 6 333 333 66666666 1 8888888888888888888888888888888888 222 22 44 5555 22 1 77777777777 1111111 222 1 77777 22 1111111111111111111 1 3333 1 444444 1 1 3 1 777777777777777777777777 1 1 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 444444444444 2 33 444 0 222222222 2 666 2 999 3 7777 111 4 55555 0 44 5 5 11 0 1 88
lowQualScore : . .. . ... ... ........ . .................................. ... .. .. .... .. . ........... ....... ... . ..... .. ................... . .... . ...... . . . . ........................ . . ... .......................................................... .... ............ . .. ... . ......... . ... . ... . .... ... . ..... . .. . . .. . . ..
lowQualScore : 8 77 2 555 000 99999999 9 3333333333333333333333333333333333 222 55 11 4444 44 7 66666666666 4444444 888 7 88888 44 2222222222222222222 7 5555 7 888888 7 7 5 7 777777777777777777777777 8 0 555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 999999999999 1 11 111 1 222222222 4 999 5 222 3 1111 777 4 33333 1 44 7 3 88 0 0 33
consensus : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--CG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---ANA-AAAAA-CCACCA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---C-A--------C-A------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
Reference ( family-758 ) : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--CG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---ANA-AAAAA-CCACCA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---C-A--------C-A------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
gi|1 : ATGACCAC--CTTATCATAATCTAA-T-ATCCACA--------GCACA-T---TA---------TTTT--------------A-AAAAA-T-----CCACA-TTTGCTA----TA--AAACT-ACC-----------AT---------CT---TATA-A--AG-AAA--TA-AT-GCC---AG-------TATATGTT-GA----AA-AG------A-CC--C---CA-TGTTT--TG-A-A-G---AAG-AAAAA-CCCTCA-CC--AGCATGAATGTAG-A---A---A-A--------C-A------------------CTAT-A----TTATCACATGTGGTAAAT---A--------TGC-A--GCA---TGTA---A-A----AA-AGTA---TAA-
gi|1 : atatacgaggggttccgaCA--------GCATG-----------------AAT--------------GTAGAAA-A-C--ACTAT--ATTATCACATGTGGTAAATA---T-----------GC-------AGCA---TGTA-A------AA--AA-GT-A---------------------T-AA----AC-GA------A-CCA-CA-GCA-TGTAA--TG-A-A-A---A-----------ACCA-TATTATTA-AAA---AA-A---A---C-A--------CCA------------------CT-TTA----T-----CATG----AAAG---A---A---TTAC-A--GCA---TATAATGA-A----AA-AGCG---TCA-CC---T-TA----TCATGA-AACACGCCCACATTAGGCAGTA-ATGGAATTCAAT--ATA-CCTAacgaaccacagcatgtaatgaaaaaccatattattaaaaaaaacaccactttatcatgaaagaattacagcatataatgaaaaagcgtcaccttatcatgaaacacgcccacattaggcagtaatggaattcaatatacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactaccatcttataaagaaataatgccagtatatgttgaaaagaccccatgttttgaagaagaaaaaccctcacTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---AA---------CAAA--------------T-AAGCA-G-C--ACCAC--CTTACAA----TG--AAACA-ACC-----------AC-------AACA---CATA-A--CA-AAA--TA-GC-ACC---AC-------CTT---AT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-C---------A-G-A---ACA-AAAGA-GCACAA-CCTAATCATGAA---AG-A---A---C----------C-A------------------TT-T-T----T---------------AG--------------T-A--GCA---TTTAAC-ATA----AA-AGCA---CCA-CCTAGT-CA----T---GA-AAtctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : TAGCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------GCACA-G---------------AAC--------------A-AAAGA-G-C--ACAAC--CTAATCA----TG--AAAGA-ACC-----------ATTTTTAGTAGCA---TTTA-A--CA-TAA--AA-GC-ACC---AC-------CTAGTCAT-GA----AA-AA------A-CCA-CA-ACA-TAT-----------A---ACA-AAAAA-GCACCA-CCTaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacct
gi|11 : tcatgaaagaaccacagcatataacaaataagcagcaccaccttacaatgaaacaaccacaacacataacaaaaCACAAC--CTATTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---------------GAC--------------A-AAAAA-G-C--ACAGC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AACA---TATACA--TGTAAN--NN-NN-NNN---NN-------NNNNNNNN-NN----NN-NN------N-NNN-NN-NNN-NNNNN--NN-N-N-N---NNN-NNNNN-NNNNNN-NNNNA-----AA---AG-C---A---C-A--------A-C------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--ACA---TATAACAA-A----AA-AACA---CAA-C
gi|12 : aaaaaacc-G-T--ATCAC--CTTATCA----TA--AAAG----------------------------------TA-A--CA-AGA--AA-A--ATC---AC-------CTTATTAT-GA----AT-GA------A-TCA-CA-GTA-TATAA--T------------G-AAGAA-GCATCA-CTGTATCATAAA---AG-A---AG--C-A--------C-A------------------ATAT-ACAGTC-----CAAA----AAAGTCCA---A---ACA--A--AAA---CATAAC-A-ATGATAA-AGCA---AAA-C
gi|12 : ATCA-CCTTATCATAAA---AGTA---A---C-AAGAAAAATC-AC-----------------CT-T-A----T-----TATG----AATG---A---A---TCAC-A--GTA---TATAATGA-A----GA-AGCA---TCA-CT---G-TA----T---accacttcatcatg
gi|12 : gtATCAC--CTTATTATGA---AT-G-AATCACA--------GTA-------TA---------TAAT--------------G-AAGAA-G-C--ATCAC--TGTATCA----TA--AAAGA-AGC-----------AC-------AATA---TACA-GTCCA-AAA--AA-GT--CC---A-----------------AA----CA-AA------A-ACA-TA-ACA--ATGA--T--A-A-A---GCA-AAA----CACCA-CTTCATCATGcataaaagaagcacaatatacagtccaaaaaagtccaaacaaaaacataacaatgataaagcaaaacaccacttcatcatg
gi|13 : gtatcaccttatcataaaagtaacaagaaaaC--TTTATCG----TG--TAAAG-ATC-----------AC-------AGCA---TATG-A--TG-AAA--AA-GC-ACG---AT-------ATTATCAT-AA----AA-GA------C-CCA-TA-GCA-TGTAA--TATG-A-T---ATG-AGA------------TTGTTGTGAA---AG----------------------A------------------CC-T-A----T-----TATG----AAAG---A---A---CAAC-A--G
gi|14 : gtattgtgataaagtggtgtgtC--TTTAGTATGA---AA-G-CACCAAA--------GCATA-T---TA---------TA----------------G-AAAAA---C--GCCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCT---TA
gi|14 : aaaaatacaatCGCCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACAGCTTAAAGGCATA-T---TA---------Taaggcatattatctaacatattcatct
gi|15 : aaaaatacaatctttagtatgaaagcaccaaagcatattatagaaaaaTCGC-GA----AA-GA------A-CTA-CA-GCA-TATAATTTA-A-A-A---AC----AAA-CCACCA-CCTT---ATGAA---AG-A---AC--C-A--------C-A------------------ATAC-A----T-----CGTG----AAAA---A---A---GCAC-ctaacatattcatct
gi|15 : ACCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------ATACA-T---CG---------TGA-----------------AAAAA-G-C--ACCA------------------AACGA-ACC-----------AC-------AGCA---caaacgaaccacagca
gi|17 : tcgcgaaagaactacagcatataatttaaaaacaa-AAAAATG-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAATA-GCC-----------AC-------AGCA---TGAA-A--TA-AAA--TA-GA-ACA---AC-------CTCATCAT-GA----AA-GA------A-
gi|2 : aaATGA---AA---AAGCATA--------CC-TA-T----A---------TACT--------------G-AAAAA-G-C--ATCAC--CTAACCA----CG--AATGC-TCG-----------GC-------AGTA---TATA-C--CA-AAA--AACAC-ACC---AT-------CTTATCAC-GA----AA-GA------A-CTA-CA-ACA-TACAG--TG-ATT-A---ACG-TAAAA-CTACCA-CTTTATCATGAA---AG-ACCCG---C-A--------T-A------------------CA-T-A----T-----
gi|3 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgCACCAC--CTAGTCATGA---AA-A-AACCACA--------ACATA-T---------------AAC--------------A-AAAAA-G-C--ACCAC--CTAGTCA----NN--NNNNN-NNN-----------NN-------NNNN---NNNN-N--NN-NNA------------------------CTATCAT-GG----AA-AG------A-CCA-CA-GCA-TA-AT--TACA-A-A---AGG-AATAA-CCCCCA-CCCCCCCAAAAA---AA-A---AAACC-A--------CAA------------------CC-T-A----T-----AAAA----AAAG---A---A---CCAC-A--GCAATTTATGAC-A-A----AA-AGCA---CCA-GC---C-TATCATT---GA-AA-G-GACCACA----ACAATA-ACgag
gi|3 : acataaaagTATCATGG---AA-A-GACCACA--------GCATAAT---TACAAAAGGAATAACCCCCACCCCCCCAAA-AAAAA-A-A--ACCACAACCTATAA----AA--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCAATTTATG-A--C--AAA--AA-GC-ACC---AG-------CCTATCATTGA----AA-GG------A-CCA-CA-ACA--ATAA--CA-T-GTA---ACA-AAAAA-GCAACAACCTTATCATGAA---AG-A---ACC-C-A--------C-A------------------CT-C-A----T------------------------------AT-A--GCA----------A-A----AA-AGCA---CAACCC---T-TA----T---atgtaacaaaaaagcaacaaccttatcatgaaagaacccacactcatatagcaaaaaagcacaacccttatcattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|3 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacACCACAACCTATAAAAA---AA-G-AACCACA--------GCAAT-T---TA---------TGAC----------------AAAAA-G-C--ACCAG--CCTATCAT---TG--AAAGG-ACC-----------ACAACAAT-AACA---TGTA-A--CA-AAA--AA-GCAACA---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------ACCCA-CACTCA-TATAG--CA-A-A-A---AAG-CACAA-C------CCTTATCAT--------------------------------------------------T-T--------------TG----AAA----A---A---CCACAA--ACA---TATAAC-A-A----AA-Acattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|4 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaTATCACCAT--CTTAACATAA---AA-ATAACCACA--------ACATA-CGTGTA---------TAAT--------------G-AAAAA-G-C--GCCAC--TTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--TG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------TTTTTCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TGTAA--AA-A-A-A---AAA-AAAAA-CCAACA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---CAA--------C-AG-----------------CT-T-A----T-----CATG----ACAG---A---G---CCAC-A--GCA---TATGAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCATCCACATAAAGCAGTA-ATGGCGTTCCATA-ATA-TGTACCAACAAATTCGATGTTGTGAAaa
gi|5 : -ACC-----------ACC------AACA---TG-A-A--CG-TAA--AA-TG-ATTT--AT-------ATTATCAT-TA----TA-AA------A-CCA-CA-GTA-TGTAA--TA-A-A-A---TG--------TCACCA-TTTCAACATAAA---AG-A---A---T-A------------------------------T-T-A----A-----AATG----AAAA---A------------A--GTA---CATGACGA-A----AA-AGCACTTCAA-CCA--TATA----T---GA-AAtatatactatggtgatggcaccagtttaaaatggtatgcttgtaaaaaaaa
gi|5 : ttgaagaaaaaatatTTATCATTA---TA-A-AACCACA--------GTATG-T---AA---------TAA-------------------AAT-GTC--ACCAT--TTCAACA----TA--AAAGA-ATATTAAAATGAAAAA-------AGTA---CATG-A--CG-AAA--AA-GC-ACTTCAAC-------CATAT-AT-GA----AA-TA------A-CCA-CA-GTT-CATTA--TG-A-A-A---A-A-AAAAC-CCATCA-CCCTATCATGAA---AG-A---AC--C-A--------C-AGCGTATCACCAAAAACACCT-T-A----T-----CATG----ATAA---A---A---GCAC-A--GTG---CATAATGA-A----AA-AGCAT--CAA--C---T-TA----T---taaccacagttcattatgaaaaaaaaacccatcaccctatcatgaaagaaccacagcgtatcaccaaaaacaccttatcatgataaaagcacagtgcataatgaaaaagcatcaacttatcacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttataAC--CATAT-ATGA---AA-T-AACCACA--------GTTCA-T---TA---------TGAA--------------A-AAAAA-A-CCCATCAC--CCTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCG---TATC-A--CC-AAA--AA------C---AC-------CTTATCAT-GA----TA-AA------A-GCA-CA-GTG-CATAA--T-----------GA-AAAAG-C----------ATCA-------------------------------A------------------CT-T-A----T-----CACA----AAAG---A---A---ACAC-A--GCA---TATAAT-A-A----AA-AG-A---CAG-Ccacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaCATCAC--CCTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCGTA-T---CA------------C--------------C-AAAAA--------CAC--CTTATCA----TG--ATAAA-AGC-----------AC-------AGTG---CATA-A--TG-AAA--AA-GC-ATC---AA-------CTTATCAC-AA----AA-GA------A-ACA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---AGA-a
gi|6 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaaccatatatgaaataaccacagttcattatgaaaaaaaaaccACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------ACATA-T----A---------TAGT--------------A-AACAG-G-C--ACCAC--CTTAT-------G--AACGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA----TA-AAG--AA-GT-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-CA------C-GCC-CA--CA-TATAA--cagca
gi|6 : CACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------GCATA-T----A---------TAA------------------AGAA-G-T--ACCAC--CTTATCA----TG--AAACA-CGC-----------CC-------A-CA---TATA-A--GG-CAGTTAA-G--------GC-------TTTCT----------AA-GA------A-GTG-GAGGCATTGTGG--CA-A-A-ATAGATA-AAAGG-ACACCT-TCTTGTCATGAA---AA-A---A---A-A--------A-A------------------AA-A-A----A-----AACA----AAAAC--AAACA---CCAC-A--GCA---TGTAAT-A-A----AAGGGCA---CCA-CC---T-TA----TCACGA-AGCGCTCTCATATA------TATACGGCGTTggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|7 : accaccttatgaacgaaccacaacatatatagtaaacagg-----------AC-------AGCA---TATC-A--TG-AAA--AA----ATC---AC-------CTTATCTT-GG----AA--A------T-TTA-CA-GTA-AATGA--TA-A-A-G---A----------CACCA-CCTTATTATGCA---GA-A---C---C-A--------TGA------------------C----A----T------ATG----AAAG---T---ATTGCCAA-A--GCA---C------------------CA---CGT-CA---T-CA----T---GA-AAGACACCCACACAAGGCAGTT-GGGGCGGTCCATGTACA-TGTAT--ACCAA
gi|8 : tgataaggtgatacattttcattatatcattCATCAT--ATTATCACGA---AA-G-AACTACA--------GCATA-T---TA---------TAAT--------------G-AAAAT-A-C--ATAAT--CTTATCA----TG--AACGA-ACT-----------AA-------AACA---TATA-A--C-------AA-AC-CTC---AC-------ATTATCAT-GA----AA-AAAACCCCA-CCA-CA-ATA-TATAA--TG-G-A-A---AAACAAAAG-TCATCA-C--TATT-TGA---------------------------------------------------------------CATG----AAAG---A---A---GTAC-AATGTA---TTTGAC-----------TTTA---TAA------T-GA----T---GA-AACACG-CCACATAATGCAGTA-A------TATATA-ATAGTTTAC--ACAAAgagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|9 : aaaagcatcaccttgccagcCATGA---TATA-AACCACG--------CTATA-A---T----------TAAT--------------G-AAAAC-G-C--ACAGC--ATAA--A----TA--ATGGACACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--TA-GAT--AA-CC-AAG---ATTTAGAAACCCAGCAT-GATAATAATAA------A-CCAACA-GCA-TATAA-----A-A-ACTCAGA-TAAAATCCAC-A-GCATATAAT-AT---AG-A---C---C-A--------T-A------------------A----A----T-----AATG----C--------------CCAC-A--GCA---TATAAT-T-AT---GA-ACCA---CAA-TC---A-TA----T---AATAAATCACCCACATAAGGCAGCA-ACGGCGTTCCATA-
blockSeqs : AA C . AT GCTTAAAG A TACAAAAGGAATAACCCCCACCCCCCCAAA TG CC AA CATG GT C TTAAAATGAAA TTTTAGT ATT C TCCA TT CCAAGATTTAGAAA T TAAT T AACCCC C A C T CAAAATAGATAAAAGGA A . AACCACAGCGTATCACCAAAAACACCTTATC . CAAACAC A AT ATT CAATGAT G CTT C TAG A TCAT CAC T CGCAT AA T C GT G G .
blockSeqs : . C . TA . . GTGTATAATG GT . . T . . . AACAAT . . TGT . GCACTTCAAC . . . . . . G . AAACTCAGATAAAATC . . TAACAAGAAAAATCACCTTATT . TCCAAA . . . TGAA . T . A . . . . CGCTC AG . T A . G .
blockSeqs : . T . G . . AACAAAT A . . . . . . C . . CA . CACACCAT . . . . . . . . TGATTAACGTAAAAC . . AAGCACAATATACAGTCC . TATTGC . . . CATA . . . . . . . . GACAC AT . C A . T
blockSeqs : . T . G . . TATAATG G . . . . . . . . . CA . GCAACAAC . . . . . . . . TACAAAAGGAATAAC . . AAAACCACAACCTATA . AAT . . . CAAA . . . . . . . . ATCAC AG . G A
blockSeqs : . C . G . . TATGAAA G . . . . . . . . . CA . TGATTTAT . . . . . . . . CATGTAACAAAAAAG . . AACACCACTTTATC . AAC . . . TGAA . . . . . . . . CACG . . C
blockSeqs : . C . G . . TATAATG G . . . . . . . . . TG . GCACCAC . . . . . . . . TGGAAAAACAAAAGT . . AACCACAATACATC . AAT . . . CGAA . . . . . . . . GGA . . .
blockSeqs : . C . G . . ATACTG G . . . . . . . . . TA . GCACCAC . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNN . . AACAACAGCTTATC . AAC . . . TGAA . . . . . . . .
blockSeqs : . A . G . . TATGAC G . . . . . . . . . CA . NNNNNNN . . . . . . . . CAAAAAAGCACAAC . . AACCCACACTCAT . AAG . . . TTAT . . . . . . . .
blockSeqs : . C . G . . ATAGTA G . . . . . . . . . NN . GCACGAT . . . . . . . . AAAAAAAAAAAAAC . . CACAACCTTATC . AAC . . . CAA . . . . . . .
blockSeqs : . C . A . . TTAATG G . . . . . . . . . CA . GAACAAC . . . . . . . . TTTAAAAACAAAC . . AAAAAAAAAAAA . AAC . . . CAA . . . . . . .
blockSeqs : . C . A . . AATGT G . . . . . . . . . TG . GCACCAG . . . . . . . . TGAAAAAAAAACC . . AACCATTTTT . AGC . . . CAA . . . . . . .
blockSeqs : . C . G . . TATAG A . . . . . . . . . CG . GCACCAC . . . . . . . . AGAACAAAAGAG . . ACCATGACAT . AAG . . . TAA . . .
blockSeqs : . C . A . . CGTGA G . . . . . . . . . CG . GCATCAA . . . . . . . . TATGATATGAGA . . ACCATAAATA . AAA . . . TAA . . .
blockSeqs : . . . T . . AATAA G . . . . . . . . . CC . GTACCAC . . . . . . . . AACAAAAAAG . . AATATTAAA . AAG . . . AA . . .
blockSeqs : . . G . . AACA A . . . . . . . . . TG . ACCTCAC . . . . . . . . TAAAGCAAAA . . ACCTATT . A . . . C . . .
blockSeqs : . . G . . GACA G . . . . . . . . . TA . AATCAC . . . . . . . . TGAAAAAGC . . ACTTATC . C . . . . .
blockSeqs : . . G . . AACA G . . . . . . . . . GG . GTCCA . . . . . . . . TGAAGAAG . . TT . . . .
blockSeqs : . . G . . CACC A . . . . . . . . . TG . ATCAC . . . . . . . . TAAAATGT . . C . . .
blockSeqs : . . . . ATAA G . . . . . . . . . TA . GTA . . . . . . . . TGAAAA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . CAC . . . . . . . . TAAAGA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . GGC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : *** TATAACG*************************** ** TGAAAAAAAAAC************ *** **** AAC********* CAA****** *** A*
originalCons : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--CG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATAA--TA-A-A-A---ANA-AAAAA-CCACCA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---C-A--------C-A------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAG---A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A----AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
finalCons : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-TTATAACG---------------------------AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-A--CG-AAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCAT-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCA-TATAATGAAAAAAAAAC------------CACCA-CCTTATCATGAA---AG-A---A---C-A--------C-A------------------CT-T-A----T-----CATG----AAAGAAC---------CAC-A--GCA---TATAACAA------AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGCGAGGAGTTCCGAGTGATCACCTCATCCACAGCACAATATGAAAACTCTCCATTTGTTATAAATTTTGAAGAAATAGTTCACATTGAAAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444 1111111 111111111 555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 1111 111 111 11 1 11
lowQualScore : 0 33 5 333 333 66666666 1 0000000000000000000000000000000000 444444 44 5555 22 1 77777777777 1111111 222 1 44 22 7777777777 5555555 3333 1 3333 1 555555 1 1 1 22 22 555555555 22 333 333 555555555 2 0 333 333 333 111111111111111111111111111111111111111111111 4444 44444444444 2 33 444 1 1111 2 2 777 33 000 3 7777 222 4 55555 0 44 5 5 11 0 1 88
lowQualScore : . .. . ... ... ........ . .................................. ...... .. .... .. . ........... ....... ... . .. .. .......... ....... .... . .... . ...... . . . .. .. ......... .. ... ... ......... . . ... ... ... ............................................. .... ........... . .. ... . .... . . ... .. ... . .... ... . ..... . .. . . .. . . ..
lowQualScore : 8 77 3 555 000 99999999 9 6666666666666666666666666666666666 111111 33 7777 55 7 99999999999 9999999 999 8 00 55 3333333333 9999999 7777 7 7777 7 000000 7 8 8 00 55 222222222 66 333 333 888888888 0 6 333 777 777 666666666666666666666666666666666666666666666 7777 55555555555 4 44 777 3 3333 7 7 999 77 000 6 7777 777 4 33333 1 44 7 3 88 0 0 33
consensus : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-ACGAAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCA----T-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCAT-AT--AA----T--G-A--AAA---A---A----A-AACC-ACCACCTTATCATG--AA---AG---A---A---C-A-C-A------------------CT-T-AT-----CATG----AAAG-A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A-AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
Reference ( family-758 ) : TATCACCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---TA---------TAAC--------------G-AAAAA-G-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-ACGAAA--AA-GC-ACC---AC-------CTTATCA----T-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCAT-AT--AA----T--G-A--AAA---A---A----A-AACC-ACCACCTTATCATG--AA---AG---A---A---C-A-C-A------------------CT-T-AT-----CATG----AAAG-A---A---CCAC-A--GCA---TATAAC-A-A-AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCGCCCACATAAGGCAGTA-ACGGCGTTCCATA-ATA-TNTAC--ACAAATTCGATGTTGTGAA
gi|1 : ATGACCAC--CTTATCATAATCTAA-T-ATCCACA--------GCACA-T---TA---------TTTT--------------A-AAAAA-T-----CCACA-TTTGCTA----TA--AAACT-ACC-----------AT---------CT---TATA-AAGAAA--TA-AT-GCC---AG-------TATATGT----T-GA----AA-AG------A-CC--C---CAT-GT--TT----T--G-AAGAAG---A---A----A-AACC-CTCACC--AGCATG--AATGTAG---A---A---A-A-C-A------------------CTAT-ATTATCACATGTGGTAAAT-A--------TGC-A--GCA---TGTA---A-A-AA-AGTA---TAA-
gi|1 : atatacgaggggttccgaCA--------GCATG-----------------AAT--------------GTAGAAA-A-C--ACTAT--ATTATCACATGTGGTAAATA---T-----------GC-------AGCA---TGTA-A---AA--AA-GT-A-------------------------T-AA----AC-GA------A-CCA-CA-GCAT-GT--AA----T--G-A--AAA---A----------------CCATATTATTA-A--AA---AA---A---A---C-A-CCA------------------CT-TTAT-----CATG----AAAG-A---A---TTAC-A--GCA---TATAATGA-A-AA-AGCG---TCA-CC---T-TA----TCATGA-AACACGCCCACATTAGGCAGTA-ATGGAATTCAAT--ATA-CCTAacgaaccacagcatgtaatgaaaaaccatattattaaaaaaaacaccactttatcatgaaagaattacagcatataatgaaaaagcgtcaccttatcatgaaacacgcccacattaggcagtaatggaattcaatatacctatctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : atatacgaggggttccgaatgaccaccttatcataatctaatatccacagcacattattttaaaaaatccacatttgctataaaactaccatcttataaagaaataatgccagtatatgttgaaaagaccccatgttttgaagaagaaaaaccctcacTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---AA---------CAAA--------------T-AAGCA-G-C--ACCAC--CTTACAA----TG--AAACA-ACC-----------AC-------AACA---CATA-ACAAAA--TA-GC-ACC---AC-------CTT---A----T-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCAC-A------------G-A--ACA---A---A----A-GAGC-ACAACCTAATCATG--AA---AG---A---A---C---C-A------------------TT-T-TT---------------AG------------T-A--GCA---TTTAAC-ATA-AA-AGCA---CCA-CCTAGT-CA----T---GA-AAtctaaaacagtaaggcatagcgcaatcagcacaataattacaatcaatatttctttgtggcgaatgtacaaaataatatcaaattacaacatgtaatta
gi|10 : TAGCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------GCACA-G---------------AAC--------------A-AAAGA-G-C--ACAAC--CTAATCA----TG--AAAGA-ACC-----------ATTTTTAGTAGCA---TTTA-ACATAA--AA-GC-ACC---AC-------CTAGTCA----T-GA----AA-AA------A-CCA-CA-ACAT-AT--AA----C---------A---A---A----A-AAGC-ACCACCTaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacct
gi|11 : tcatgaaagaaccacagcatataacaaataagcagcaccaccttacaatgaaacaaccacaacacataacaaaaCACAAC--CTATTCATGA---AA-G-AACCACA--------GCATA-T---------------GAC--------------A-AAAAA-G-C--ACAGC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AACA---TATACATGTAA--NN-NN-NNN---NN-------NNNNNNN----N-NN----NN-NN------N-NNN-NN-NNNN-NN--NN----N--N-N--NNN---N---N----N-NNNN-NNNNNNNNNNNA----AA---AG---C---A---C-A-A-C------------------CT-T-AT-----CATG----AAAG-A---A---CCAC-A--ACA---TATAACAA-A-AA-AACA---CAA-C
gi|12 : aaaaaaccATCAC--CTTATCATAA---AA-G-------------------------------------TAAC--------------A-AGAAA-A----ATCAC--CTTATTA----TG--AATGA-ATC-----------AC-------AGTA---TATA-ATGAAG--AA-GC-ATC---AC-------TGTATCA----T-AA----AA-GA------A-GCA-CA-ATAT-AC--AG----TC-C-A--AAA---A---AGTCCA-AACA-AAAACATAACAATGATAA---AGCAAA---A---C-ACC-A------------------CT-TCAT-----CATG----
gi|13 : gtC--TTTATCG----TG--TAAAG-ATC-----------AC-------AGCA---TATG-ATGAAA--AA-GC-ACG---AT-------ATTATCA----T-AA----AA-GA------C-CCA-TA-GCAT-GT--AA----TATG-A--TAT---G---A----G-A----------TTGTTGTG--AA---AG---A--------------------------------CC-T-AT-----TATG----AAAG-A---A---CAAC-A--G
gi|14 : gtattgtgataaagtggtgtgtC--TTTAGTATGA---AA-G-CACCAAA--------GCATA-T---TA---------TA----------------G-AAAAA---C--GCCAC--CTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCT---TA
gi|14 : aaaaatacaatCGCCAC--CTTATCATGA---AA-G-AACCACAGCTTAAAGGCATA-T---TA---------Taaggcatattatctaacatattcatct
gi|15 : aaaaatacaatctttagtatgaaagcaccaaagcatattatagaaaaaTCG----C-GA----AA-GA------A-CTA-CA-GCAT-AT--AA----T--TTA--AAA---A---C----A-AACC-ACCACCTT---ATG--AA---AG---A---AC--C-A-C-A------------------ATAC-AT-----CGTG----AAAA-A---A---GCAC-ctaacatattcatct
gi|15 : ACCACCAC--CTTAT---GA---AA-G-AACCACA--------ATACA-T---CG---------TGA-----------------AAAAA-G-C--ACCA------------------AACGA-ACC-----------AC-------AGCA---caaacgaaccacagca
gi|17 : tcgcgaaagaactacagcatataatttaaaaacaa-AAAAATG-C--ACCAC--CTTATCA----TG--AAATA-GCC-----------AC-------AGCA---TGAA-ATAAAA--TA-GA-ACA---AC-------CTCATCA----T-GA----AA-GA------A-
gi|2 : aaATGA---AA---AAGCATA--------CC-TA-T----A---------TACT--------------G-AAAAA-G-C--ATCAC--CTAACCA----CG--AATGC-TCG-----------GC-------AGTA---TATA-CCAAAA--AACAC-ACC---AT-------CTTATCA----C-GA----AA-GA------A-CTA-CA-ACAT-AC--AG----T--G-A--TTA---ACGTA----A-AACT-ACCACTTTATCATG--AA---AG---ACCCG---C-A-T-A------------------CA-T-AT-----
gi|3 : tccacagcgcaatatgaaaaagctctactcgttagaagtccaccaaaatgtaaagaaatagccctaaaattgaaaaaaaaacaaccaacttttgaaaaataaaaacaccagcatgaatgtaaaaggcatcttaaagcatgtaataaagtctcacatctgagcattgagaaaaaaaaaaaaacccacacgCACCAC--CTAGTCATGA---AA-A-AACCACA--------ACATA-T---------------AAC--------------A-AAAAA-G-C--ACCAC--CTAGTCA----NN--NNNNN-NNN-----------NN-------NNNN---NNNN-NNNNNA------------------------CTATCA----T-GG----AA-AG------A-CCA-CA-GCATAAT--TA----C--A-A--AAG---G---A----ATAACC-CCCACCCCCCCAAA--AA---AA---A---AAACC-A-CAA------------------CC-T-AT-----AAAA----AAAG-A---A---CCAC-A--GCAATTTATGAC-A-A-AA-AGCA---CCA-GC---C-TATCATT---GA-AA-G-GACCACA----ACAATA-ACgag
gi|3 : acataaaagTATCATGG---AA-A-GACCACA--------GCATAAT---TACAAAAGGAATAACCCCCACCCCCCCAAA-AAAAA-A-A--ACCACAACCTATAA----AA--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCAATTTATG-AC-AAA--AA-GC-ACC---AG-------CCTATCA----TTGA----AA-GG------A-CCA-CA-ACA--AT--AACATGT--A-A--CAA---A---A----A-AGCA-ACAACCTTATCATG--AA---AG---A---ACC-C-A-C-A------------------CT-C-AT----------------------------AT-A--GCA----------A-A-AA-AGCA---CAACCC---T-TA----T---atgtaacaaaaaagcaacaaccttatcatgaaagaacccacactcatatagcaaaaaagcacaacccttatcattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|3 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacACCACAACCTATAAAAA---AA-G-AACCACA--------GCAAT-T---TA---------TGAC----------------AAAAA-G-C--ACCAG--CCTATCAT---TG--AAAGG-ACC-----------ACAACAAT-AACA---TGTA-ACAAAA--AA-GCAACA---AC-------CTTATCA----T-GA----AA-GA------ACCCA-CACTCAT-AT--AG----C----A--AAA---A---A----G-CACA-AC--CCTTATCAT-----------------------------------------------T-T----------TG----AAA--A---A---CCACAA--ACA---TATAAC-A-A-AA-Acattttgaaaaaccacaaacatataacaaaaaaa
gi|4 : acataaaagcaccacctagtcatgaaaaaaccacaacatataacaaaaaagcaccacctagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcatggaaagaccacagcataattacaaaaggaataacccccacccccccaaaaaaaaaaTATCACCAT--CTTAACATAA---AA-ATAACCACA--------ACATA-CGTGTA---------TAAT--------------G-AAAAA-G-C--GCCAC--TTTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA-ATGAAA--AA-GC-ACC---AC-------TTTTTCA----T-GA----AA-GA------A-CCA-CA-GCAT-GTAAAA----A--A-A--AAA---A---A----A-AACC-AACACCTTATCATG--AA---AG---A---A---CAA-C-AG-----------------CT-T-AT-----CATG----ACAG-A---G---CCAC-A--GCA---TATGAC-A-A-AA-AGCA---CAA-CC---T-TA----T---GA-AACGCATCCACATAAAGCAGTA-ATGGCGTTCCATA-ATA-TGTACCAACAAATTCGATGTTGTGAAaa
gi|5 : -ACC-----------ACC------AACA---TG-A-ACGTAA--AA-TG-ATTT--AT-------ATTATCA----T-TA----TA-AA------A-CCA-CA-GTAT-GT--AA----T---------A---A---A----A-TGTC-ACCATTTCAACATA--AA---AG---A---A---T-A-----------------------T-T-AA-----AATG----AAAA-A------------A--GTA---CATGACGA-A-AA-AGCACTTCAA-CCA--TATA----T---GA-AAtatatactatggtgatggcaccagtttaaaatggtatgcttgtaaaaaaaa
gi|5 : ttgaagaaaaaatatTTATCATTA---TA-A-AACCACA--------GTATG-T---AA---------TAA-------------------AAT-GTC--ACCAT--TTCAACA----TA--AAAGA-ATATTAAAATGAAAAA-------AGTA---CATG-ACGAAA--AA-GC-ACTTCAAC-------CATAT-A----T-GA----AA-TA------A-CCA-CA-GTTC-AT--TA----T--G-A--AAA---A---A----A-AACCCATCACCCTATCATG--AA---AG---A---AC--C-A-C-AGCGTATCACCAAAAACACCT-T-AT-----CATG----ATAA-A---A---GCAC-A--GTG---CATAATGA-A-AA-AGCAT--CAA--C---T-TA----T---taaccacagttcattatgaaaaaaaaacccatcaccctatcatgaaagaaccacagcgtatcaccaaaaacaccttatcatgataaaagcacagtgcataatgaaaaagcatcaacttatcacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttataAC--CATAT-ATGA---AA-T-AACCACA--------GTTCA-T---TA---------TGAA--------------A-AAAAA-A-CCCATCAC--CCTATCA----TG--AAAGA-ACC-----------AC-------AGCG---TATC-ACCAAA--AA------C---AC-------CTTATCA----T-GA----TA-AA------A-GCA-CA-GTGC-AT--AA----T--G-A--AAA---A---G---------C-ATCA------------------------------------A------------------CT-T-AT-----CACA----AAAG-A---A---ACAC-A--GCA---TATAAT-A-A-AA-AG-A---CAG-Ccacaaaagaaacacagcatataataaaaagacagca
gi|5 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaCATCAC--CCTATCATGA---AA-G-AACCACA--------GCGTA-T---CA------------C--------------C-AAAAA--------CAC--CTTATCA----TG--ATAAA-AGC-----------AC-------AGTG---CATA-ATGAAA--AA-GC-ATC---AA-------CTTATCA----C-AA----AA-GA------A-ACA-CA-GCAT-AT--AA----T--A-A--AAA---G---A----a
gi|6 : ttgaagaaaaaatataccaccaacatgaacgtaaaatgatttatattatcattataaaaccacagtatgtaataaaatgtcaccatttcaacataaaagaatattaaaatgaaaaaagtacatgacgaaaaagcacttcaaccatatatgaaataaccacagttcattatgaaaaaaaaaccACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------ACATA-T----A---------TAGT--------------A-AACAG-G-C--ACCAC--CTTAT-------G--AACGA-ACC-----------AC-------AGCA---TATA--TAAAG--AA-GT-ACC---AC-------CTTATCA----T-GA----AA-CA------C-GCC-CA--CAT-AT--AA----cagca
gi|6 : CACCAC--CTTAT---GA---AC-G-AACCACA--------GCATA-T----A---------TAA------------------AGAA-G-T--ACCAC--CTTATCA----TG--AAACA-CGC-----------CC-------A-CA---TATA-AGGCAGTTAA-G--------GC-------TTTCTAAGAAGT-GG----AG-GC------A-TTG-TG-GCA--A---AA----T--A-G--ATA---A---A----A-GGAC-ACCTTCTTGTCATG--AA---AA---A---A---A-A-A-A------------------AA-A-AA-----AACA----AAAACAAACA---CCAC-A--GCA---TGTAAT-A-A-AAGGGCA---CCA-CC---T-TA----TCACGA-AGCGCTCTCATATA------TATACGGCGTTggcagttaaggctttctaagaagtggaggcattgtggcaaaatagataaaaggacaccttcttgtcatgaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaacaaacaccacagcatgtaataaaagggcaccaccttatcacgaagcgctctcatatatatacggcgtt
gi|7 : accaccttatgaacgaaccacaacatatatagtaaacagg-----------AC-------AGCA---TATC-ATGAAA--AA----ATC---AC-------CTTATCT----T-GG----AA--A------T-TTA-CA-GTA------AA----T--G-A--TAA---A---G----A----C-ACCACCTTATTATG--CA---GA---A---C---C-A-TGA------------------C----AT------ATG----AAAG-T---ATTGCCAA-A--GCA---C---------------CA---CGT-CA---T-CA----T---GA-AAGACACCCACACAAGGCAGTT-GGGGCGGTCCATGTACA-TGTAT--ACCAA
gi|8 : tgataaggtgatacattttcattatatcattCATCAT--ATTATCACGA---AA-G-AACTACA--------GCATA-T---TA---------TAAT--------------G-AAAAT-A-C--ATAAT--CTTATCA----TG--AACGA-ACT-----------AA-------AACA---TATA-AC------AA-AC-CTC---AC-------ATTATCA----T-GA----AA-AAAACCCCA-CCA-CA-ATAT-AT--AA----T--G-G--AAAAACA---A----A-AGTC-ATCAC--TATT-TG--A------------------------------------------------------CATG----AAAG-A---A---GTAC-AATGTA---TTTGAC--------TTTA---TAA------T-GA----T---GA-AACACG-CCACATAATGCAGTA-A------TATATA-ATAGTTTAC--ACAAAgagcaagatggagtctttatacaaaatgtaatgatttagatattgcatgtaaaataaaac
gi|9 : aaaagcatcaccttgccagcCATGA---TATA-AACCACG--------CTATA-A---T----------TAAT--------------G-AAAAC-G-C--ACAGC--ATAA--A----TA--ATGGACACC-----------AC-------AGCA---TATA-ATAGAT--AA-CC-AAG---ATTTAGAAACCCAGCA----T-GATAATAATAA------A-CCAACA-GCAT-AT--AAAAACT--C-A--GAT---A---A----A-ATCC-AC-AGCATATAAT---AT---AG---A---C---C-A-T-A------------------A----AT-----AATG----C------------CCAC-A--GCA---TATAAT-T-ATGA-ACCA---CAA-TC---A-TA----T---AATAAATCACCCACATAAGGCAGCA-ACGGCGTTCCATA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGCGAGGAGTTCCGAGTGATCACCTCATCCACAGCACAATATGAAAACTCTCCATTTGTTATAAATTTTGAAGAAATAGTTCACATTGAAAA