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lowQualScore                  :          .        .. ..   .     ...    .   ......... .      .....  ..    ...............  ....... .. . . ...  .....  .................................................................................. ....   . ......... ... ........................ ...  ..  ..  .... . .  ........      .  . .. ..  .      . .    
lowQualScore                  :          6        55 00   9     444    4   222222222 4      88888  99    999999999999999  4444444 00 5 6 000  88888  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9999   3 333333333 333 555555555555555555555555 333  88  88  0000 3 3  77777777      4  4 00 44  4      7 7    
consensus                     :    TCTGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT--C-C----C-CCCCTT-----TT--TTTT-C-TCT---------GT-------C--C-G-C---TC-G---TT----G----A------------------A------G------------------CG------G---------AC--A---G-A----GAA-A---------A---A----------G-------------G---GG--GG--AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAG
Reference ( gi|6 )            :    TCTGAT-TAAAACCA-AG--ACC-TTCAA---TCTC-GCTGTCGC----C-CCCCTT-----TT--TTTT-T-TCT---------GT-------C--C-G-C---TC-G---TT----G----A------------------A------G------------------CG------G---------AC--A---G-A----GAA-A---------A---A----------G-------------G---GG--GG--AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAG
gi|3                          :    TCTGAT-TAAAACCA-GG---CC-TTCAA---TCTC-ACT---------C-CCCCCT-----TT--TTTT-C-TAT---------GTAATACTACTAC-G-C---TC-G---TT----G----A------------------A------G------------------CACGAGCAG---------AC--A---T-A----GAA-A---------A---AAAAG------G-------------G---GG--GA--AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCA
gi|7                          :   gTCCGAT-TAAAAACA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCCTCCCC----CACCCCCT-----TT--TTTT-T-TCTAC-------GT-------C--T-G-C---T------TC----A----ACG----------------A------G------------------TG------A---------AC--A---T-A----GAA-A---------A---AAAA-------G-------------G---GG--GG--GG----C-A-AA--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTT
gi|1                          :    TCTGAT-TAGCACCA-A---ACC-TTCAA---TCTC-GCT---------C-CACCTT-----TT--TTTT-C-TAT---------GT-------C--C-G-C---TC-G---TT----G----A------------------A------GGACCTCCAATTCAACGAACG------G---------AC--A---A-A----AAA-AAAAAAAAAGA---A----------G-------------A---AG--AG--AG----C-G-AA--------ATCAAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TTA
gi|5                          :  agTCTGAT-TAAAACC---G--ACC-TTCAA---TC-C-GCTCCCCCAACAC-CCCCCC-----CC--CCCT-T-TCT---------CG-------C--C-G-C---TC-G---TT----A----G------------------A-------------------------CG------G---------AC--A---G-A----GAA-A---------A---A----------A-------------G---GG--GGGAAG----C-G-AG--------ATGAGA-GG-T--CTGTG-GTTTTA-A-TCA
gi|9                          :    TCTGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---T-TC-GCT------------CCCTG-----TT--TTTT-C-TAT---------GT-------C--C-G-C---TC-G---TT---------A------------------A------G------------------C---------------------------A----AAA-A---------A---A----------A-------------G---AA--AA--AA----A-A-AA--------A--GAA-GG-T-----TG-GTTTTA-A-TCAct
gi|13                         :    TCTGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT----C----C-CCCCTT-----TT--TCT-----CT---------GT-------C--C-G-C---TC-G---TT----G----A------------------
gi|10                         :  agTCTAAT-TAAATCCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT---------T-CCCCTT-----TT--TTCT----AT---------GT-------C--C-G-C---TC-G---TT----G----A------------------A------G----------------------------------------A---G-G----GGG-G---------G---G----------G-------------G---GG--GG--AG----T-T-AG--------ACTgtgagattgaaggagactg
gi|19                         :   gTCTGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT----C----C-CCC--------TT--TTTT-C-TCT---------GT-------C--tagatgattct
gi|16                         :   gTCTGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTCTGCT---------C-CCCCTT-----TT--TTCT----CT---------GT-------C--C-G-
gi|15                         :   gTCTGAT-TAAAACC--AG--ACCTTTCAA---TCTC------CGC----T-CCCCCC-----TT--TTTT-C-TCT---------GT-------C--C-G-t
gi|18                         :   tTCTGAT-TAAA-CCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT----C----C-CCCC--------T--TGTT-C-TCT---------GT-------C--C-ct
gi|21                         :    TCTGATATAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT----C----C-CCCCTT-----TT--TCTc
gi|17                         :   gTCTGAT-TATAACTA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT---AC----C-CC----------T--TTTT-A-TCT---------GT-------C--C-G-C---
gi|23                         : cagTCTGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GC
gi|4                          :     CTGAT-TAAAACCA-CGTCACC-TTCAA---TCTT-GGCCCCCC----C-CCCCTC-----TT--TTTT-T-TCT---------ATGGA----C--T-G-C---TTAG---TTCAGGG----A------------------A------C------------------AG------G---------AA--G---G-A----AAA-A---------A---AATT-------G-------------GCAAGG--GG--GG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-ATTTT
gi|12                         :   tgCTGAA-TTAAATAA-AG--AC--TTCA----TCT--GCT---------C-CCCCTT-----TT--TTCC-T-TCC---------G---------------------------------------------------------------G------------------CG---------------------------------A-A---------A---A----------T-------------G---GA--GG--AG----C-A-AG--------ATTGAA--G-T--C--TG-GTTTTA-A-
gi|3                          :      TGAT-TAAAACCA--G--ACC-TTCAA---TCTC-GCT-TC------C-CCCCTT-----TT--TTTT-C-TAT---------GT-------C--T-G-C---TC-GTGCTT----C----AACG---------------A------G------------------CGTA----GTAGTATTACAT--A---G-A----AAA-A---------A---A----------G-------------G---GG--GG--AG----T-G-AG--------ATTGAA-GG-C--C--TG-GTTTTA-A-TCAG
gi|1                          :    gtTAAT-TAAAACCA--G--ACC-TTTGA---TTTC-GCTCTCTT----C-TTCTTT-----TTTTTTTT-T-TTT---------GT-------C--C-G-T---TC-G---TT----G----AATTGGAGGTCCTTCAACGA------G------------------CG------G---------ACATA---G-A----AAA-A---------A---A----------A-------------G---GT--GG--AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--T--TG-GTGCTA-A-TCAG
gi|5                          :   agtTGAT-TAAAACCACAG--ACC-TCTCA---TCTC-GCT-TC------C-CCCCTT-----TT--TTCT----CT---------GT-------C--C-G-----TC------T----A----ACG----------------A------G------------------CG------G----------C------G-A----GAA-A---------G---G----------GGGGGGGGGGTGTTG---GG--GG--AG----C-G--G--------ATTGAA-GG-T--C---G-GTTTTA-A-TCAG
gi|9                          :      TGAT-TAAAACCA-A----CC-TTC-----TTTT-------------------TT-----TT--TTTC-T-TTT---------TT-------T--T-G-C---TT-A---AC----G----A-------------------------G------------------CG------G---------AC--A---T-A----GAA-A---------A---A----------A-------------C---AG--GG--AG----C-G-A---------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAGact
gi|11                         :     tTGAT-TAAAACCA--G--AC------------TC-CCT----C----C-CCCATT-----TC--TTCTATATAT---------GC-------C--C-A-C---TC-G---TT----G----A------------------A------GA-----------------CG------G---------GC--A---T-A----GAA-A---------A---A----------A-------------G---GG--GG---G----C---------------TAAA-GG-T--C--TG-
gi|8                          :  cagtgGAT-TAAAACAT-AA--CCC-TTCAA---TCTT-GCT-TCAT----C-CACCTT-----AT--CTT-----AT---------GT-------G--C-C-T---TC-----TT----C----A------------------ACAATTTG------------------TG-----------------C--A---TTA----GAA-A---------A---A----------GA------------G---GG--GG--AG----C-G-AG--------ACTGAA-GG-
gi|8                          :        AC-TATAACTG-GG--ACCCTTCAG---TCTC-GCT---------C-CCCCTC-----TT--TTTC-T-AAT---------G-----------C-A-CAAATT-G---TT----G----A------------------A------G------------------AA------G---------GC--ACATA-A----GAT-A---------A---G----------G-------------T---GGATGA--AG----C-A-AG--------ATTGAA-GG-G--T--TATGTTTTA-A-TCgtcccagttatagt
gi|12                         :        AT-TAAAACCA--G--AC--TTCAA---TCTT-GCT----C----C-TCCATT-----TT---------------------------------C-G-C----C-G---------G----A------------------A------G---------------------------------------------------GAA-A---------A---A----------A-------------G---GG--GG--AG----C---AG--------A-TGAA--G-T--C--TT-TATTTA-ATTCAG
gi|2                          :         T-TAAAACCA-GA--ACC-TTCAATTGTCAC-ACCCCCCC----C-CCCCTT-----CT--TTTT-T-TCTTTTTTTCTAGT-------C--C-GCC---TC-G---TT----A----ACG----------------A------G------------------CG------G---------AC--A---T-A----GAA-A---------A---AAAAGAGGGGGG-------------G---GG--GG--GG----C-G-AG--------AT
gi|4                          :            AAAATCA--G--ACC-TTCAA---TC-------TCGC----C-CCCCTTGCCAATT--TTTT-T-TCC---------TT-------C--CTG-T---TC-C---CT----GAACTA------------------A------G------------------CA------GTCC------AT--A---G-A----AAA-A---------AAAGA----------G-------------G---GG--GG--GGGGGCC-A-AG--------ATTGAA-GG-TGACG-TG-GTTTTA-A-TCAGcagatgatatctctaa
gi|20                         :          tgAAAACCA--G--ACC-TTTAA---TCTC-GCC-CCTC----C-CCCCTT-----TT--T
gi|7                          :              AACCA--G--ACC-TTCAA---TTTT-GCC----C----C-CCCCTT-----TT--TTTT-C-TAT---------GT-------T--C-A-C---TC-G---TT----G----A------------------A------G------------------CA------G---------ACGTA---G-A----AAA-A---------A---AAAGGGGGT--G-------------G---GG--GA--GG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-TTTTTA-A-TCGGtctcatact
gi|2                          :                                A---TCTC-GCCCCCCC----C-CCCCCTC----TT--TTTT-T-TCTAT-------GT-------C--C-G-C---TC-G---TTAAC-G----A------------------G------G------------------CG------G---------ACT-A---G-A----AAA-A---------A---A----------GAAAAAAAGAA---G---GG--GG--GG----G-G-GGGTGTGACAATTGAA-GGTT--C--TG-GTTTTA-A-a
gi|11                         :                                               GC----C-CCCCTT-----TT--TTCT----AT---------GC-------C--C-G-----TC-T---TC----A----ACG----------------A------G------------------TG------G---------GC--A---T-ATATAGAAGA---------A---A----------T-------------G---GG--GG--AG----G-G-AG------------------T--C--TG-GTTTTA-A-TCAcagatgatatctctaa
gi|13                         :                                                                                                                           cagtg------------------A------G------------------CG------G---------AC--A---G-A----GAA-A---------A---A----------G-------------G---GG--GG--AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAGtaaaggtctg
gi|10                         :                                                                                                                             agt------------------A------G------------------CG------G---------AC--A---T-A----GAA-A---------A---A----------A-------------G---GG--GA--AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GATTTA-A-TTAGcgttgagtgagattgaaggagactg
gi|17                         :                                                                                                                                                 gt------G------------------CG------G---------AC--A---G-A----TAA-A---------A---A----------G-------------G---GG--T---AG----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TA-GTTATA-A-TCAGcgttgaagaggggggggggggggagttagacttagatgattct
gi|16                         :                                                                                                                                                      cagt------------------CG------G---------AC--A---G-A----GAA-A---------A---A----------A-------------G---GG--GG--AG----CAG-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAG
gi|15                         :                                                                                                                                                        gt------------------CG------G---------AC--A---G-A----GAA-A---------A---AA---------G-------------G---GG--GG--AG----C-GGAG--------ATTGAAAGG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAGt
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                            gtAA-A---------A---A----------G-------------G---GG--GG--AGGGG-C-G-AG--------ATTAAA-GG-T--C--TG-GTTTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     G----C-G-AG--------ATTGAA-GG-T--C--TG-GTTTTA-A-TCAGtctcatact
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCTGAATATTAAACAGCGACAGACCTATCAACTTCTCGCCTCGCCCTGTATTTCTAG
Unaligned ( gi|22 ): AACCTGCAATACAAACCCAAATCTTTAGCTA






Alignments
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lowQualScore                  :          .         . ..   .        .  ...  ....    .................       .   .  . ...    ...  . ...  ............................................... ...      .........  ................... ...  ..  ..  ... .   ........        .  ..  .      .     
lowQualScore                  :          3         2 22   9        7  777  2222    66666666666666666       9   1  9 000    444  1 444  77777777777777777777777777777777777777777777777 444      999999999  5555555555555555555 999  11  11  999 2   11111111        4  22  4      9     
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Reference ( family-7565 )     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACC-TTCAATCT-CG---CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCTCTG-T---CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-GAG--------ATTGAAGG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCTGAATATTAAACAGCGACAGACCTATCAACTTCTCGCCTCGCCCTGTATTTCTAG
Unaligned ( gi|22 ): AACCTGCAATACAAACCCAAATCTTTAGCTA






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Reference ( family-7565 )     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-NTGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
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gi|21                         :                                                                                                                                                          AGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTATATCAGtctcatact
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gi|5                          :   tgTCTGA-TTAAAACC--G--ACCTTCAATC-CG-----CT--C-CCCCAACACCCCCCC------CCCCCTT-TCT-C-G--CCGC---TC-G---TT----AG---A-------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GGGAAG---C-G-AG--------ATGAGA-GG-TCTGTG-GTTTTA-ATCA
gi|6                          :     TCTGA-TTAAAACCAAG--ACCTTCAATCTCG-----CTGTCGCCCC---------CC------TTTTTTT-TTT-CTGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGct
gi|7                          :               AACCA-G--ACCTTCAATTTTG-----C---C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-TCAC---TC-G---TT----GA---AG------------------CA--G---------ACGTA---GAAAAA---------AAAAGGGGGTG----------G---GG--GA--GG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-TTTTTA-ATCGG
gi|8                          :                         CCTTCAGTCTCG-----CT--C-CCCC---------TC---------TTTT-TCTAATG---CACAAATT-G---TT----GA---AG------------------AA--G---------GC--ACATAAGATA---------AG--------G----------T---GGATGA--AG---C-A-AG--------ATTGAA-GG-GT--TATGTTTTA-ATCa
gi|9                          :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAAT-TCG-----CT--C-CC-------------------TGTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT-----A---AG------------------C----------------------AAAAA---------AA--------A----------G---AA--AA--AA---A-A-AA--------A--GAA-GG-T---TG-GTTTTA-ATCAgtcccagttatagt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCTGAATATTAAACAGCGACAGACCTATCAACTTCTCGCCTCGCCCTGTATTTCTAG
Unaligned ( gi|22 ): AACCTGCAATACAAACCCAAATCTTTAGCTA






Alignments
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lowQualScore                  :          6         7 66             11111  22 1    555555555555555555      1   33  66    444  1 444  5555555555555555555555555555555555555555555  66 111      444444444  2222222222222222222 777  99  99  777 1 1  66666666      2  2  11  2      7     
consensus                     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
Reference ( family-7565 )     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
gi|1                          :     TCTGA-TTAGCACCA-A--ACCTTCAATCTCG-----CT-----CCA---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AGGACCTCCAATTCAACGAACG--G---------AC--A---AAAAAAAAAAAAAAGAA--------G----------A---AG--AG--AG---C-G-AA--------ATCAAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATTA
gi|10                         :   agTCTAA-TTAAATCCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--T-CCCC-------------------TTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------------------------A---GGGGGG---------GG--------G----------G---GG--GG--AG---T-T-AG--------ACT
gi|11                         :      gTGA-TTAAAACCA-G--AC--------TCC-----CT--C-CCCC---------AT------TTCTTCTATAT-ATGC-CCAC---TC-G---TT----GA---AGA-----------------CG--G---------GC--A---TAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GG---G---C---------------TAAA-GG-TC--TG-tagatgattct
gi|12                         : cagtgCTGAATTAAATAAA-G--AC-TTCA-TCT-G-----CT--C-CCCC------------------TTTTTT-CCT----T-CCG-----------------------G------------------CG------------------------AA---------AA--------T----------G---GA--GG--AG---C-A-AG--------ATTGAA--G-TC--TG-GTTTTA-AT
gi|13                         :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------C----------TTTT-TCT-CTGT-CCGC---TC-G---TT----GA---
gi|15                         :                                                                                                               ag------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AAA-------G----------G---GG--GG--AG---C-GGAG--------ATTGAAAGG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGgtgagattgaaggagactg
gi|16                         :                                                                                                                t------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GG--AG---CAG-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGact
gi|17                         :                                                                                                              gtG------------------CG--G---------AC--A---GATAAA---------AA--------G----------G---GG--T---AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TA-GTTATA-ATCAGt
gi|18                         :                                                                                                                                cagtG--G---------AC--A---GAGAAC---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-G-TTTA-ATCAG
gi|19                         :                                                                                                                                     --G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGac
gi|2                          :                             gtATCTCG-----CC--C-CCCC---------CCCCCCTCTTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TTAAC-GA---GG------------------CG--G---------ACT-A---GAAAAA---------AA--------GAAAAAAAGAAG---GG--GG--GG---G-G-GGGTGTGACAATTGAA-GGTTC--TG-GTTTTA-
gi|20                         :                                                                                                                                                            AAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AGGGGC-G-AG--------ATTAAA-GG-TC--TG-GTTTTcagatgatatctctaa
gi|21                         :                                                                                                                                                          AGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTATATCAGtctcatact
gi|23                         :   gtTCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----C
gi|3                          :       TGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--T-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CTGC---TC-GTGCTT----CAACGAG------------------CGTAGTAGTATTACAT--A---GAAAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---T-G-AG--------ATTGAA-GG-CC--TG-GTTTTA-ATCAG
gi|4                          :    gtCTGA-TTAAAACCACGTCACCTTCAATCTTGGCCCCCC--C-CCCC---------TC------TTTTTTT-TCT-ATGGACTGC---TTAG---TTCAGGGA---AC------------------AG--G---------AA--G---GAAAAA---------AAATT-----G----------GCAAGG--GG--GG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-ATTTT
gi|5                          :   tgTCTGA-TTAAAACC--G--ACCTTCAATC-CG-----CT--C-CCCCAACACCCCCCC------CCCCCTT-TCT--CG--CCGC---TC-G---TT----AG---A-------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GGGAAG---C-G-AG--------ATGAGA-GG-TCTGTG-GTTTTA-ATCA
gi|6                          :     TCTGA-TTAAAACCAAG--ACCTTCAATCTCG-----CTGTCGCCCC---------CC------TTTTTTT-TTT-CTGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGct
gi|7                          :               AACCA-G--ACCTTCAATTTTG-----C---C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-TCAC---TC-G---TT----GA---AG------------------CA--G---------ACGTA---GAAAAA---------AAAAGGGGGTG----------G---GG--GA--GG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-TTTTTA-ATCGG
gi|8                          :                         CCTTCAGTCTCG-----CT--C-CCCC---------TC---------TTTT-TCTAATG---CACAAATT-G---TT----GA---AG------------------AA--G---------GC--ACATAAGATA---------AG--------G----------T---GGATGA--AG---C-A-AG--------ATTGAA-GG-GT--TATGTTTTA-ATCa
gi|9                          :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAAT-TCG-----CT--C-CC-------------------TGTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT-----A---AG------------------C----------------------AAAAA---------AA--------A----------G---AA--AA--AA---A-A-AA--------A--GAA-GG-T---TG-GTTTTA-ATCAgtcccagttatagt


blockSeqs                     :          A         C TC             GCCCC  GT G    AACACCCCCCCC            A   AA  GA    AAA  A TGC  CAACGAGCGTAGTAGTATTAC                        GT CAT      .          GAAAAAAAGAA         CAA  AT  GA  GGG A G  GTGTGACA      A  T  TG  T      T
blockSeqs                     :          .         A .              .      .  .    CCCCCCTCT               .   A   T     .    . .    CAGGGAACAGG                                  T  .        .          AAGGGGGTG           .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    ATT                     .   A   C     .    . .    AACGAGGCGG                                   .  .        .          ATTG                .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    CCT                     .   C   T     .    . .    GAAGACGG                                     .  .        .          AG                  .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    TCT                     .   A   T     .    . .    GAAGCGG                                      .  .        .          G                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    CCT                     .   A   T     .    . .    GAAGCAG                                      .  .        .          A                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    CCT                     .   A   T     .    . .    GAAGAAG                                      .  .        .          T                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    TC                      .   C   T     .    . .    AGACGG                                       .  .        .          A                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    C                       .   A   T     .    . .    GAAG                                         .  .        .          G                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :          .         . .              .      .  .    T                       .   A   T     .    . .    AAGC                                         .  .        .          G                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :                    . .              .      .  .    .                       .   .   .     .    . .    GCG                                          .  .        .          A                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :                                     .      .  .    .                       .   .   .     .    . .                                                 .  .        .          G                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
blockSeqs                     :                                     .                                                                                                             .  .        .          G                   .    .   .   .   . .  .             .  .  .   .      .
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blockSeqCons                  :                                                                                                      GAAGCGG************************************              *********
originalCons                  :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
finalCons                     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TTGAAGCGG------------------------------------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGTCTGAATATTAAACAGCGACAGACCTATCAACTTCTCGCCTCGCCCTGTATTTCTAG
Unaligned ( gi|22 ): AACCTGCAATACAAACCCAAATCTTTAGCTA






Alignments
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consensus                     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
Reference ( family-7565 )     :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAG
gi|1                          :     TCTGA-TTAGCACCA-A--ACCTTCAATCTCG-----CT-----CCA---------CC------TTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AGGACCTCCAATTCAACGAACG--G---------AC--A---AAAAAAAAAAAAAAGAA--------G----------A---AG--AG--AG---C-G-AA--------ATCAAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATTA
gi|10                         :   agTCTAA-TTAAATCCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--T-CCCC-------------------TTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TT----GA---AG------------------------------------A---GGGGGG---------GG--------G----------G---GG--GG--AG---T-T-AG--------ACT
gi|11                         :      gTGA-TTAAAACCA-G--AC--------TCC-----CT--C-CCCC---------AT------TTCTTCTATAT-ATGC-CCAC---TC-G---TT----GA---AGA-----------------CG--G---------GC--A---TAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GG---G---C---------------TAAA-GG-TC--TG-tagatgattct
gi|12                         : cagtgCTGAATTAAATAAA-G--AC-TTCA-TCT-G-----CT--C-CCCC------------------TTTTTT-CCT----T-CCG-----------------------G------------------CG------------------------AA---------AA--------T----------G---GA--GG--AG---C-A-AG--------ATTGAA--G-TC--TG-GTTTTA-AT
gi|13                         :     TCTGA-TTAAAACCA-G--ACCTTCAATCTCG-----CT--C-CCCC---------C----------TTTT-TCT-CTGT-CCGC---TC-G---TT----GA---
gi|15                         :                                                                                                               ag------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AAA-------G----------G---GG--GG--AG---C-GGAG--------ATTGAAAGG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGgtgagattgaaggagactg
gi|16                         :                                                                                                                t------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GG--AG---CAG-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGact
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gi|18                         :                                                                                                                                cagtG--G---------AC--A---GAGAAC---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-G-TTTA-ATCAG
gi|19                         :                                                                                                                                     --G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTA-ATCAGac
gi|2                          :                             gtATCTCG-----CC--C-CCCC---------CCCCCCTCTTTTTTT-TCT-ATGT-CCGC---TC-G---TTAAC-GA---GG------------------CG--G---------ACT-A---GAAAAA---------AA--------GAAAAAAAGAAG---GG--GG--GG---G-G-GGGTGTGACAATTGAA-GGTTC--TG-GTTTTA-
gi|20                         :                                                                                                                                                            AAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AGGGGC-G-AG--------ATTAAA-GG-TC--TG-GTTTTcagatgatatctctaa
gi|21                         :                                                                                                                                                          AGAAA---------AA--------G----------G---GG--GG--AG---C-G-AG--------ATTGAA-GG-TC--TG-GTTTTATATCAGtctcatact
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gi|5                          :   tgTCTGA-TTAAAACC--G--ACCTTCAATC-CG-----CT--C-CCCCAACACCCCCCC------CCCCCTT-TCT--CG--CCGC---TC-G---TT----AG---A-------------------CG--G---------AC--A---GAGAAA---------AA--------A----------G---GG--GGGAAG---C-G-AG--------ATGAGA-GG-TCTGTG-GTTTTA-ATCA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): AACCTGCAATACAAACCCAAATCTTTAGCTA