lowQualScore : 4 55 999999999999999999999999 22 333 2222 2 2 3333333333333 3333333333333333333333 1 22222222222 22222 22222 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 111 1111 111 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444444444444444 4444444444444444444444444 11 4444444 777777777777777777 222 111 2222222222 22222 333333 222222222222222 111 111111 11 2
lowQualScore : 0 55 6 7 444444444444444444444444 3 11 111 6666 0 0 2222222222222 3 2 9 3 3 2 3333333333333333333333 0 5 11111111111 2 55555 88888 44 444 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 222 6666 55 0 1 5 77 5 555 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 4 66 88888888888888888 1 4 444 5555555555555555555555555 5 44 555 66 3333333 66 5 5 000000000000000000 4 4 4 0 4 55 000 444 1111111111 22222 5 55 111111 4 2 5 333333333333333 000 5 5 333333 11 2 3
lowQualScore : . .. . . ........................ . .. ... .... . . ............. . . . . . . ...................... . . ........... . ..... ..... .. ... . ................................................... .. ... .... .. . . . .. . ... .. ................................................................. . . . . .. ................. . . ... ......................... . .. ... .. ....... .. . . .................. . . . . . .. ... ... .......... ..... . .. ...... . . . ............... ... . . ...... .. . .
lowQualScore : 0 00 0 3 888888888888888888888888 7 00 000 0000 0 0 5555555555555 2 5 2 2 2 0 9999999999999999999999 8 2 00000000000 0 00000 00000 22 000 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 999 3333 11 1 4 7 99 9 000 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 4 11 44444444444444444 1 4 999 1111111111111111111111111 0 22 999 99 1111111 99 0 0 000000000000000000 4 4 4 9 4 88 333 333 3333333333 77777 0 55 000000 4 0 0 999999999999999 000 7 7 333333 88 2 7
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGACTTCGATATCAATATAATCAATTGTGAC--CAAC-TA-------C-CTT---TGAAAANATACAGCATTTCATATATTAAAGACATTCTAGGGCGCACAGGGGGAAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCAT-------TTNGTTTGTAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA-----AAAANCA--ACGACGATGAAAA---TGGAATTATAAA--ATCCAGT-CT-ATTGC--CTGCTT--NATNGAAGGATGATCAA-CCTTTA--TAACA-NTGG-CG-TGNAGGAAAATTGGC-AG--GGNC--AGATAAATAAA---TTAA---AAA-AG-----------AAAC----------TAAAA-CT-TCCAT------C---A-T-TAG-A-TA--TTA-A----CT-G-------ACA-G-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-T--GTT--TG-AA-GAA-TTTCTA--TA---T-N-AA--AAT-GT-CAACNT-GC-AG-CTAC--AAAACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-N-AA--TTACT-------A--TTTTA--CA-GTCAA--ATT---AGAAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-GAAA-TTTCC-NA---TT-NATAAATCTGT-ACGC
Reference ( gi|1 ) : TCACTTATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC-TAC------CTTTT---TGAAAAGATACAGCATTCCATAT-T-AAAGACATACT-GG-TGTAC-GAAAAAAAGCTTCAAAATTTGGTCATT--AAATATGAACTAGGAACACTCCCCAT-------TTTGTTTGCAA----AGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACTA-----AAAACCA--ACAATAATGAAAA---TGGAATTATGAA--ATCAAATTCTTATTGC--CTGCTT--CCTCGAAAGATG-TCAAACCTTTAC-TAACA-ATGG-TG-TGAAGGAAAATTGGC-AG--GGTC--AGATTGATAAAC--TTAA---AAA-AG-----------ACAC----------TGAAA-CT-TCCA-------C---A-T-TAG-A-TA--TTA-AA---CT-G-------ACA-G-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-T--GTTG-TG-AA-TAA-TTTCTA--TA---A-A-AA--AAT-GT-CAATAT-GC-A--CT-C--AGAACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-T-AA--TTATT-------G--TTTTA--CT-GTCAA--ATT---A-AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-GAAA-TTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGCC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGAC--CATT-TA-------CTCTT---TGAAAATATA
gi|2 : tcctcAGACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGACAAC-T
gi|4 : TATAAACAACTGTGAC--C----------------TT---TGAAAAGATACAGCATTTCATAT-TTAAAGACATTTT-GGGCGCAC-AGAAAAAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTTTTAAATATGAACTAGGAACACTCCCCAT-------TT-GTT-GCAA----AGCTCTCATCTCT--GTTTAAA-TATTACAAGAGACTA-----AAAAACC--ACAATAATGAAAA---TGAA----TGAA---------------TGC---TGCTT--C-TAGAA-GATG-ACAA-CCTTTA--TAATA-A-GA-TA-TGAAGGAAAATTAAT-TGCTAGTC---GATT-ATAAAAAATTAA---AAA-AA-----------GAAC----------TTAA--CG-TCCA-------T---A-T-TAG-A-TA--TTA------CT-G-------ACA-G-T-ACATT-----T--T-GCA-GCAT--GTT--TG-AA-GA---TTCTA--TATAAA-A-AA--AAT-GC-TAATA-----------------ACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATAT-GG-T-AAA-TTATT-------A--TTTCA--CA-GTCAAGTATT---AGAAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-GAAA-TTTCC-AA---TT-AATAAATCTGTtcgaaattacaaaataatattttttttttttatcaaaatctgcattttgagtgcatgcatacagactcagtaacagaaagccataattaaatatcggaacatttcctatctgctttataattaaagcttcctttctatggttgaaaattacaaaatattaaaaagcaatgacgatgaaaatggaattaaaaatccaatactcatggcagctacttttgaagtttatacaagcataccggaaaatttacaggaatgaataaacaagccagaaaaagaggggaaaaaaacaccccaaaaacttaaatcttacatcattagatattttacaactcctgaagaattacacatacatgtataaatataaattgataaatatantgtatactgaaaatgtcaacatacaactatataacactgaattctctaaacacggaaaattactattttacagtaaaattagaaaaaatctataaattactgacaaattttcaattgtgaaagcagt
gi|3 : ATTGTGAT--CAACGTACGTAATACGCCTAAATGAGAAAATACAGCATTT-ATATAT-AAAGACATTCTAGG-TGTACAGAGGGAAAGCTTTAAA----------T--AA---TGA-CTAGGA-CATTTCCCAT-------CTGCTTT--AA----AGCGCTCCTCTCTATATTTGAA-TATTATAAAAGACTA-----AAAA-----GTGATGAAAAAAA---TGGAATTA-AAA--ACCCAGT----ACTAG--CTGCTA--ATTAGAAGCACGATTA--TCTTTA--TAATA-TTGG-CA-TACAGGGAAATTGAC-AG--GGAC--AGATAAATTAAG--TTAG---GAATA--------------AC----------TAAAATCT-CCCAATCCAATC---A-T-T-G-A-TA--TTG-A-----T-G-------A-A-G-C-ACATT-----TTTA--CAA-C-T--CCT--TG-AA-GAA-TTATTA--TA---T-T-GA--AAT--T-CAACTT-GC-AGCTT-C--AAAACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAA-GG-A-AAAATTACT-------AAATTTTAA-CA-GTAAG--ATA---AGAAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GAAAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGTAccgctcta
gi|13 : AAATTTAGCCATT--ATATACGAACTAGGAATATCCCCCGTTCCTATCTTTGTTTGggct
gi|2 : cATT--AAATAT---C--GGAACATTTCCTAT-------CTGCTTTATAATTAAAGCTTCC-TTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATTA-----AAAAGCA--ATGACGATGAAAA---TGGAATTA-AAA--ATCCAATACTCATGGCAGCTACTT----TTGAAG------------TTTAT---ACA-A--G-CA-TACCGGAAAATTTAC-AG--GAAT--GAATAAACAAGC--CAGA---AAA-AGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAACTTAAAT-CT-TACAT------C---A-T-TAG-A-TATTTTACAACTCCT-GAAGAATTACACA-T-ACATG-----T--A-TAAATA-TAAATTGATA-AA-TAT-ANTGTA--TA---CTG-AA--AAT-GT-CAACAT-ACAA--CTAT--ATAACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACAC-GGAA-AA--TTACT-------A--TTTTA--CA-GTAAA--ATT---AGAAAAAATCTATAAAT-TACaatattataaaggggaaaaac
gi|5 : agacttcaatattaataaaattttgtgatgacaacttcgaaattacaaaataatattttttttttttatcaaaatctgcattttgagtgcatgcatacagactcagtaacagaaagccata-------TCTGCTT-TAA----AGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATT-TAAAAGATCCAGTGC-AAATGG--CTGCTA--AATTGGAAGATGAT--AACCTTTA--TAATA-TTGG--------GG--ACTTGGC-AG--GGAC--AAATAAATAAG---TTAA---GAA-AT-----------AAAC----------TAAAT-CT-TCAAT------C---A-T-TGA-A-TA--TTG-A-----T-G-------AAA-G-C-ACATT-----T--T-AC-AGC-TCCTTTG-AG-AATTAA-TATGTA--T----T-G-GA--AAT-GT-CAACTT-AC-AG-CTAC--TAAACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAA-GGAA-AA--TTACA-------A--TTTTA--CA-GTAAA--ATTAGGA-AAAAGAT-TAtgacaaattttcaattgtgaaagcagt
gi|6 : AATGGAAAGATTGGAATTA-GAA--ATCAATTTCTTATTGC---TGCTTTTCATCGAAGAATG-TCAA-CCTTTA--TAACA-ATGGGTG-TGAAGGAAA-TTGGC-AG--GGTCCAAGAT-GATAAA---TTAA---AAA-AG-----------ACAC----------TGAAAGCT-TCCGT------C---A-TGTAG-ATTA--TT---A---CT-GA------ACA-G-TAACATT-----T--ACGC-AGC-T--GTT--TGCAA-GAATTTTCTA--TA---T-A-AACGAATAGT-CAATAT-GCAA--CT-C--CAGACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGGG-T-AA----ATT-------A--GTTTA--TTAGT--A--ATA---G-AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-GAAA-TTtttgaaatttgcc
gi|7 : tcAACATTTATATAGCAGATGG-TGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---GATTGATAGA---TTAACATAAATAG-----------ACCG----------TAACA-CCCTTCATG-----C---A-T-TAGGA-TA--TTA------CTTG-------ACA-GCT-ACATT-----T--A-GCAGCC-T--GTT--TG-AA-AGA-ATTCTAATTA---T-ATAA--AAT-GTGCAATATCGCCAT-CT-CCAAGAACA-TTG-AACTTCTCCATAACGT-GG-T-AA----ATTCTGAGTGG--TTTTAGATA-GTCAA--ATT---AGAAAGAAT--ACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAGAAA-TTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|10 : CTTTA--TACTA-TTGG-CG-TACAAGAAAATTGGC-AA--GGAC--AAATACATAAA----TAAG--AAA-AT-----------AAAC----------T---A-CT-TCTC-------CTTTG-T-TAG-A-TA--GTA-A-----T-G-------AAA-G-C-ACAtctaa
gi|8 : acaaA---AAA-AG-----------AAAC----------T--AA-CT-TCCA-------T---AAT-TAG-A-TA--TTA-A-----T-G-------ACA-G-T-ACATTAATTTT--A-GCA-GC-T--GTT--TG-AA-GAA-TTTCTA--TATATA-C-AA--AAT-GT-CAA-------------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGT-GG-T-AAA-TTATC-------A--TTTTA--CA-GTCAA--ATT---AGAAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-GAAA-TTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT
gi|15 : t-------C---A-T-TAG-A-TA--TTA------CT-G-------ACG-G-T-ACATT-----T--T-GC-AGC-T--GTT--TG-AA-GAA-TTTCTA--ccgctcta
gi|9 : A--AAT-GT-CAATTT-AC-AG-CTAC--AAAAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAA-GGAA-AA--TTACT-------A--TTTTA--CA-GTAAA--AT-------AAGAA
gi|14 : gaattattatattggCA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAA--TTACT-------G--TTTTA--TA-GTCAA--ATT---AGAAAGAAT-TATGAAC-TAaggaaaaaaaacaaaaacaaacaaacaacaaaaaaccccaactgatttacaagattacaatgtatttaatttcccattgtgaaagtacatttag
gi|11 : tctaatatA--TTATT-------A--TTTTA--CA-GTCAA--ATT---AGAAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-TAAA-TTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-GAAA-TTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGCccgctcta
Alignments
lowQualScore : 1 22 555555555555555555555555555 3333333 111 111 6666666666666666666666666666 3333333333333 11 333333333333333 1111 1 111 111 11 4444444 111 2222 22222222 1111 111111 33333333333333333333 111111 11 1111111 2222 11111 111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 1 11111 111111111111111 11
lowQualScore : 5 77 11 0 3 666666666666666666666666666 1 2222222 6 999 777 0000000000000000000000000000 1111111111111 11 8 5 0 0 000000000000000 99 66 88 1 4444 1 0 0 111 111 88 99 2 3 9999999 1 555 8888 1 22222222 0 2 5 888 4444 888 2 5 5 66 1 222222 3 5 5 4 4 4 2 66666666666666666666 66 111111 00 4444444 4 4 4 4 7777 4 2 555 55 11111 77 444 4 1 4 4 4 55 3333333 55 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4 4 0 444 0 55 44444 88 3 55 55 66 4 999999999999999 777 4 00 66 888 66 1 77
lowQualScore : . .. .. . . ........................... . ....... . ... ... ............................ ............. .. . . . . ............... .. .. .. . .... . . . ... ... .. .. . . ....... . ... .... . ........ . . . ... .... ... . . . .. . ...... . . . . . . . .................... .. ...... .. ....... . . . . .... . . ... .. ..... .. ... . . . . . .. ....... .. . ............................................................. . . . . . ... . .. ..... .. . .. .. .. . ............... ... . .. .. ... .. . ..
lowQualScore : 0 55 33 7 2 222222222222222222222222222 0 5555555 5 555 555 2222222222222222222222222222 8888888888888 00 0 6 8 8 000000000000000 33 77 33 0 2222 0 4 7 777 777 77 22 5 7 5555555 8 888 2222 0 77777777 1 5 0 999 2222 444 8 1 0 99 0 666666 6 0 0 4 4 4 9 11111111111111111111 11 999999 66 4444444 0 0 0 0 5555 0 5 999 55 11111 33 888 4 1 4 4 0 55 0000000 55 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0 3 000 9 00 11111 66 6 00 00 33 4 888888888888888 888 4 66 00 888 00 1 00
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGG-----GCGTACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATA-TGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACT----AAAAAACNACGACGATG---AAAA---TGGAATTATGAA--ATCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTTN---TCGAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGGC-AG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAGA--------------------AAC--T-AAAA-CT--TCC-------AT-CAT-TAG-A-TATT-AACTG-ACAG-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGTT-TG-AAGAA-TT--TC-------TA--TA-T-A---A-A-----------------AAT-GT---C--AATAT-G-CAGC-TACAA------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGTGGA-NAA-TTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
Reference ( family-7561 ) : NNNNNTATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGACTTCGATATCAATATAATCAATTGTGAC--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTAGG-----GCGCACAGG----G----GGAAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTT--AAATA-TGAACTAGGAACATTCCCCATTTNGTTTGTAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACT----AAAAANCAACGACGATG---AAAA---TGGAATTATAAA--ATCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTTN--ATNGAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGNAGGAAAATTGGC-AG--GGNC--AG--ATAAA-TAAA-TTA-A-A-AAAGA--------------------AAC--T-AAAA-CT--TCC-------AT-CAT-TAG-A-TATT-AACTG-ACAG-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGTT-TG-AAGAA-TT--TC-------TA--TA-T-N---A-A-----------------AAT-GT---C--AACNT-G-CAGC-TACAA------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGTGG--NAA-TTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NATAAATCTGT-ACGC
gi|1 : TATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---TTTGAAAAGATACAGCA-------TTCCATAT--TAAAG---ACATACT--G-----GTGTAC-GA----A----AAAAAGCTTCAAAATTTGGTCATT--AAATA-TGAACTAGGAACACTCCCCATTTTGTTTGCAA----AGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACT----AAAAACCAACAATAATG---AAAA---TGGAATTATGAA--ATCAAATTCT--T-ATTGC--CTGCTTC--CTCGAAAGATG-TCAAACCTTTACTA--ACAA-T-GGTG-TGAAGGAAAATTGGC-AG--GGTC--AG--ATTGA-TAAACTTA-A-A-AAAGA--------------------CAC--T-GAAA-CT--TCC-------A--CAT-TAG-A-TATTAAACTG-ACAG-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGTTGTG-AATAA-TT--TC-------TA--TA-A-A---A-A-----------------AAT-GT---C--AATAT-G-CA-C-T-CAG------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGTGG--TAA-TTA--TT-----GTTTT--ACTGTCAA--ATTA---AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGC
gi|10 : tcactC-AAC-TTTA-TA--CTAT-T-GGCG-TACAAGAAAATTGGC-AA--GGAC--AA--ATACA-TAAA-TAA-G-A-AAATA--------------------AAC--T----A-CTTCTCC-------TT-TGT-TAG-A-TAGT-AA-TG-AAAG-C-ACA--c
gi|11 : aA-TTA--TT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-T--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGAC--CATT--------TACTCTT---T--GAAAATATAtcta
gi|13 : tcctcCAAA-TTTAGCCATT--ATATA-CGAACTAGGAATATCCCCCGT--------------------TCCTATCTTTGTTTG-AATATTATAAAGGG------GAAAAAC
gi|14 : CA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGTGG--TAAATTA--CT-----GTTTT--ATAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAC-TA
gi|15 : tctaatat-CAT-TAG-A-TATT-A-CTG-ACGG-T-ACA--TT-----TT-GCA-GC-TGTT-TG-AAGAA-TT--TC-------TA--
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGC
gi|2 : GACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGACAAC--------T-----T---C--GAAATTACAAAATAATATTTTTTTTTTTTATCAAAATCTGCATTTTGAGTGCATGCATACAGACTCAGTAACAGAAAGCCATAA----------TT--AAATA-T---C--GGAACATTTCCTATCTGCTTTATAATTAAAGCT-TCCTTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATT----AAAAAGCAATGACGATG---AAAA---TGGAATTA-AAA--ATCCAATA-C--TCATGGCAGCTACTT----TTGAAG------------TTTA-TA---CAA----GCA-TACCGGAAAATTTAC-AG--GAAT--GA--ATAAA-CAAG-CCAGA-A-AAAGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAAC--T-TAAATCT--TAC-------AT-CAT-TAG-A-TATT--------------------T-----TA--CAA-C-T-CC-TG-AAGAA-TT--ACACATACATG--TA-T-A---A-ATATAAATTGATAAATATANT-GTATACTGAAAAT-GTCAACATACAACTATATAACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACACGGA-AAA-TTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAG--AAAAAATCTATAAAT-TA-------------------------CT-GACAAATTTTC-AA---TT-tctaa
gi|3 : aATTGTGAT--CAACGTACGTAATACGCCTAAAT--GAGAAAATACAGCA-------TTT-ATATAT-AAAG---ACATTCTAGG------TGTACAGA----G----GGAAAGCTT--------------T--AAATAATGA-CTAGGA-CATTTCCCATCTGCTTT--AA----AGCGCTCCTCTCTATATTTGAA-TATTATAAAAGACT----AAAAAGT---GATGAAA---AAAA---TGGAATTA-AAA--ACCCAGT-------ACTAG--CTGCTAA--TTAGAAGCACGATT-A-TCTTTA-TA--ATAT-T-GGCA-TACAGGGAAATTGAC-AG--GGAC--AG--ATAAATTAAG-TTA-G-G-AA--T--------------------AAC--T-AAAA-TC--TCCCAATCCAAT-CAT-T-G-A-TATT-GA-TG-A-AG-C-ACATTTT-----TA--CAA-C-TCCT-TG-AAGAA-TT--AT-------TA--TA-T-T---G-A-----------------AAT--T---C--AACTT-G-CAGC-TTCAA------AACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAAGGAAAAA-TTA--CTAA---ATTTTA-ACAGTAAG--ATAAG--AAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GA-AAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGT-AGGCgtgaaagcagt
gi|4 : TATAAACAACTGTGAC--C----------------TT---T--GAAAAGATACAGCA-------TTTCATAT-TTAAAG---ACATTTT-GG-----GCGCACAGA----A----A-AAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTTTTAAATA-TGAACTAGGAACACTCCCCATTTG--TTGCAA----AGCTCTCATCTCT--GTTT-AAATATTACAAGAGACT----AAAAAACCACAATAATG---AAAA---TGAA----TGAA------------------TGC---TGCTTC---TAGAAG-ATGA-C-AACCTTTA-TA--ATAA---GATA-TGAAGGAAAATTAAT-TGCTAGTC--GATTATAAA--AAA-TTA-A-A-AAAAG--------------------AAC--T-TAA--CG--TCC-------AT--AT-TAG-A-TATT-A-CTG-ACAG-T-ACA--TT-----TT-GCA-GCATGTT-TG-AAGA---T--TC-------TA--TA-T-A---A-A-----------------AA----------AA-AT-G-C----TA-AT------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATATGG--TAAATTA--TT-----ATTTC--ACAGTCAAGTATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-G--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCt
gi|5 : TAA----AGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATT-TAAAAGATCCAGTG-C--A-AATGG--CTGCTAA--ATTGGAAGATGAT--AACCTTTA-TA--ATAT-T-GG-------GG--ACTTGGC-AG--GGAC--AA--ATAAA-TAAG-TTA-A-G-AAATA--------------------AAC--T-AAAT-CT--TCA-------AT-CAT-TGA-A-TATT-GA-TG-AAAG-C-ACA--TT-----TT-AC-AGC-TCCT-TT-GAGAA-TTAATA-------TG--TATT-G---G-A-----------------AAT-GT---C--AACTT-A-CAGC-TACTA------AACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAAGGA-AAA-TTA--CA-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAGGAAAAAGAT-TATtcta
gi|6 : tctgcttCAATG---GAAAGATTGGAATTA-GAA--ATCAATT--TCTT-ATTGC---TGCTTTTCATCGAAGAATG-TC-AACCTTTA-TA--ACAA-TGGGTG-TGAAGG-AAATTGGC-AG--GGTCCAAG--AT-GA-TAAA-TTA-A-A-AAAGA--------------------CAC--TGAAAG-CT--TCC-------GT-CATGTAG-ATTATT--ACTGAACAG-TAACA--TT-----TACGC-AGC-TGTT-TGCAAGAATTT--TC-------TA--TA-T-A---A-ACG---------------AATAGT---C--AATAT-G-CAAC-T-CCA------GACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGGGTAAA-TTAGTTT-----ATT------AGT-AA----TAG--AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-G--AAATTttgaaatttgcc
gi|7 : t-AACATTTA-TATAGCAGAT-GGTGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---G--ATTGA-TAGA-TTA-ACATAAATA--------------------GACCGT-AACA-CCC-TTC-------ATGCAT-TAGGA-TATT-ACTTG-ACAGCT-ACA--TT-----TA-GCAGCC-TGTT-TG-AAAGA-AT--TC-------TAATTA-TAT---A-A-----------------AAT-GTG--C--AATATCGCCATC-TCCAAG-----AACA-TTG-AACTTCTCCATAACGTGG--TAA-ATT--CTGAGTGGTTTTAGATAGTCAA--ATTAG--AAAGAA--TACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAG--AAATTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|8 : -A-A-AAAGA--------------------AAC--T-AA---CT--TCC-------AT-AAT-TAG-A-TATT-AA-TG-ACAG-T-ACA--TTAATTTTA-GCA-GC-TGTT-TG-AAGAA-TT--TC-------TA--TA-T-ATACA-A-----------------AAT-GT---C--AA-----------------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGTGG--TAAATTA--TC-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-G--AAATTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCtctaa
gi|9 : tGAA-TT--AT-------TA--TA-T-T---GGA-----------------AAT-GT---C--AATTT-A-CAGC-TACAA------AAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAAGGA-AAA-TTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATAAG--AAAGGAtcta
Alignments
lowQualScore : 1 11 5555555555555555555555555555 3333333 111 111 4444444 44444444444 22222222222222 22222222 1111 111 111 11 4444444 111 33333333 22222222 1111 111111 2222222222 3333333333333333333 1111111 3333333333 1111111 222222222222222 22222 11111 111 11111 111111111111111 11
lowQualScore : 5 88 3 0000000000000000000000000000 1 2222222 6 999 777 8888888 3 11111111111 66666666666666 999 0 0 3 6 22222222 99 66 88 1 4444 8 0 111 111 88 99 2 3 9999999 1 555 11111111 22222222 0 2 5 66 4444 888 3 5 66 1 888888 44 5 5 4 4 4 3333333333 1111111111111111111 66 4444444 4 4 4 4 3333333333 7777777 4 4 4 000000000000000 4 777 4 4 4 777 55 4 11111 66 4 4 999999 7 55555 4 4 4 4 0 222 44444 88 3 3 55 55 66 4 999999999999999 777 4 00 66 888 66 0 77
lowQualScore : . .. . ............................ . ....... . ... ... ....... . ........... .............. ... . . . . ........ .. .. .. . .... . . ... ... .. .. . . ....... . ... ........ ........ . . . .. .... ... . . .. . ...... .. . . . . . .......... ................... .. ....... . . . . .......... ....... . . . ............... . ... . . . ... .. . ..... .. . . ...... . ..... . . . . . ... ..... .. . . .. .. .. . ............... ... . .. .. ... .. . ..
lowQualScore : 0 55 2 0000000000000000000000000000 0 5555555 5 555 555 8888888 2 88888888888 22222222222222 444 8 8 7 7 88888888 33 77 33 0 2222 8 7 777 777 77 22 5 7 5555555 8 888 55555555 77777777 1 5 0 99 2222 444 0 0 99 0 000000 88 0 0 4 4 4 4444444444 8888888888888888888 11 4444444 0 0 0 0 2222222222 0000000 0 0 0 000000000000000 4 888 4 4 0 000 55 4 77777 11 4 4 999999 4 00000 0 0 0 0 3 888 11111 66 6 6 00 00 33 4 888888888888888 888 4 66 00 888 00 4 00
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGG------CGTACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGAT-AAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T-AA-ANCT--TCC-------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGTGG-NAAATTACT-----ATTTT--A-CAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
Reference ( family-7561 ) : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGG-----GCGTACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGAT-AAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T-AA-AACT--TCC-------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAATAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGTGG-ANAATTACT-----ATTTT--A-CAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
gi|1 : TATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---TTTGAAAAGATACAGCA-------TTCCATAT--TAAAG---ACATACTGG-------TGTAC-GA----A----AAAAAGCTTCAAAATTTGGTCATT--AAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTTGTTTGCAA----AGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACTA----AAAACCAACAATAATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCAAATTCT--T-ATTGC--CTGCTTCC-TC---GAAAGATG-TCAAACCTTTACTA--ACAA-T-GGTG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGTC--AG--ATTGAT-AAACTTA-A-A-AAAG---------ACAC------------T-GA-AACT--TCC-------A--CAT-TA-GA-TATTA---AA---CTG-------ACA-G-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-TGT---TGTG-AATAA-T---TTCTA--TA-A-A---AA--AAT-GT-CAATAT-G-CA-CT-CAG-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGTGG--TAATTATT-----GTTTT--A-CTGTCAA--ATTA---AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGC
gi|10 : tcactC-AAC-TTTA-TA--CTAT-T-GGCG-TACAAGAAAATTGG-CAA--GGAC--AA--ATACAT-AAA-TAA-G-A-AAAT---------AAAC------------T-----ACTTCTCC-------TT-TGT-TA-GA-TAGT----AA----TG-------AAA-G-C-ACAc
gi|11 : aATTATT-----ATTTT--A-CAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-T--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGAC--CATT--------TACTCTT---T--GAAAATATAtcta
gi|13 : tcctcCAAA-TTTAGCCATT--ATATACGAACTAGGAATATCCCCCGT--------------------TCCTATCTTTGTTTG-AATATTATAAAGGG--G----AAAAAC
gi|14 : CA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGTGG-TAAATTACT-----GTTTT--A-TAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAC-TA
gi|15 : tctaatat-CAT-TA-GA-TATT----A----CTG-------ACG-G-T-ACATT-----T--T-GCA-GC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGC
gi|2 : GACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGACAAC--------T-----T---C--GAAATTACAAAATAATATTTTTTTTTTTTATCAAAATCTGCATTTTGAGTGCATGCATACAGACTCAGTAACAGAAAGCCATAA----------TT--AAATAT---C--GGAACATTTCCTATCTGCTTTATAATTAAAGCT-TCCTTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATTA----AAAAGCAATGACGATGA---AAA---TGGAATTA-AAAA--TCCAATA-C--TCATGGCAGCTACTT-T-T----GAAG------------TTTA-T---ACAA----GCA-TACCGGAAAATTTA-CAG--GAAT--GA--ATAAAC-AAG-CCAGA-A-AAAGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAACTT-AA-ATCT--TAC-------AT-CAT-TA-GA-TATTTTACAACTCCTGAAGAATTACACA-T-ACATG-----T--A-TAAA---TATAAAT-TG-ATAAA-TATANTGTA--TACT-G---AA--AAT-GT-CAACAT-A-CAACTATAT-AACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACACGG-AAAATTACT-----ATTTT--A-CAGTAAA--ATTAG--AAAAAATCTATAAAT-TA-------------------------CT-GACAAATTTTC-AA---TT-tctaa
gi|3 : aATTGTGAT--CAACGTACGTAATACGCCTAAAT--GAGAAAATACAGCA-------TTT-ATATAT-AAAG---ACATTCTAGG------TGTACAGA----G----GGAAAGCTTTAAA-T------------AATG---ACTAGGA-CATTTCCCATCTGCTTT--AA----AGCGCTCCTCTCTATATTTGAA-TATTATAAAAGACTA----AAAAGT---GATGAAAA---AAA---TGGAATTA-AAAA--CCCAGT-------ACTAG--CTGCTA-A-TTA--GAAGCACGATT-A-TCTTTA-TA--ATAT-T-GGCA-TACAGGGAAATTGA-CAG--GGAC--AG--ATAAATTAAG-TTA-G-G-AAT-----------AAC------------T-AA-AATC--TCCCAATCCAAT-CAT-T--GA-TATT----GA----TG-------A-A-G-C-ACATT-----TTTA--CAA-C-TCC---T-TG-AAGAA-T---TATTA--TA-T-T---GA--AAT--T-CAACTT-G-CAGCTTCAA-AACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAAGGAAAAATTACTAA---ATTTTA-A-CAGTAAG--ATAAG--AAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GA-AAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGT-AGGCgtgaaagcagt
gi|4 : TATAAACAACTGTGA-----------------C-CTT---T--GAAAAGATACAGCA-------TTTCATAT-TTAAAG---ACATTTTGGG------CGCACAGA----A----A-AAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTTTTAAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTG--TTGCAA----AGCTCTCATCTCT--GTTT-AAATATTACAAGAGACTA----AAAAACCACAATAATGA---AAA---TGAA----TGAA------------------TGC---TGCTT-C-TA---GAAG-ATGA-C-AACCTTTA-TA--ATAA---GATA-TGAAGGAAAATTAA-TTGCTAGTC--GATTATAAA--AAA-TTA-A-A-AAAA---------GAAC------------T-TA-A-CG--TCC-------AT--AT-TA-GA-TATT----A----CTG-------ACA-G-T-ACATT-----T--T-GCA-GCATGT---T-TG-AAGA------TTCTA--TA-T-A---AA--AA------AA-AT-G-C---TA-AT-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATATGG-TAAATTATT-----ATTTC--A-CAGTCAAGTATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-G--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCt
gi|5 : TCTGCTTT--AA----AGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATT-TAAAAGATCCAGTG-C--A-AATGG--CTGCTA-AATT---GGAAGATGAT--AACCTTTA-TA--ATAT-T-GG-------GGAC--TTGG-CAG--GGAC--AA--ATAAAT-AAG-TTA-A-G-AAAT---------AAAC------------T-AA-ATCT--TCA-------AT-CAT-TG-AA-TATT----GA----TG-------AAA-G-C-ACATT-----T--T-ACA-GC-TCC---T-TT-GAGAA-T---TAATA--TG-T-ATTGGA--AAT-GT-CAACTT-A-CAGCTACTA-AACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAAGG-AAAATTACA-----ATTTT--A-CAGTAAA--ATTAGGAAAAAGAT-TATtcta
gi|6 : CAATGG---AAAGATTGGAATTA-GAAA--TCAATT--TCTT-ATTGC---TGCTT-T-TCATCGAAGAATG-TC-AACCTTTA-TA--ACAA-TGGGTG-TGAAGG-AAATTGG-CAG--GGTCCAAG--AT-GAT-AAA-TTA-A-A-AAAG---------ACAC------------TGAA-AGCT--TCC-------GT-CATGTA-GATTATT-----A---CTGA------ACA-G-TAACATT-----T--ACGC-AGC-TGT---T-TGCAAGAATT---TTCTA--TA-T-A---AACGAATAGT-CAATAT-G-CAACT-CCA-GACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGG-GTAA--ATT-----AGTTT--ATTAGT-AA----TAG--AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-G--AAATTttgaaatttgcc
gi|7 : t-AACATTTA-TATAGCAGAT-GGTGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---G--ATTGAT-AGA-TTA-ACATAAAT---------AGACCG----------T-AACACCC--TTC-------ATGCAT-TAGGA-TATT----AC---TTG-------ACA-GCT-ACATT-----T--A-GCAGCC-TGT---T-TG-AAAGA-A---TTCTAATTA-T-AT--AA--AAT-GTGCAATATCGCCATCTCCAAGAACA-TTG-AACTTCTCCATAACGTGG-TAAATT-CTGAGTGGTTTTAGA-TAGTCAA--ATTAG--AAAGAA--TACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAG--AAATTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|8 : -A-A-AAAG---------AAAC------------T-AA---CT--TCC-------AT-AAT-TA-GA-TATT----AA----TG-------ACA-G-T-ACATTAATTTT--A-GCA-GC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-ATACAA--AAT-GT-CAA-----------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGTGG-TAAATTATC-----ATTTT--A-CAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-G--AAATTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCtctaa
gi|9 : tGAA-T---TATTA--TA-TTG---GA--AAT-GT-CAATTT-A-CAGCTACAA-AAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAAGG-AAAATTACT-----ATTTT--A-CAGTAAA--ATAAG--AAAGGAtcta
Alignments
lowQualScore : 1 11 5555555555555555555555555555 3333333 111 111 222222 44444444444 22222222222222 22222222 1111 111 111 11 4444444 111 33333333 22222222 1111 111111 3333333333333333333333 111111 1111111 2222 222222222222222 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111111111111111 11
lowQualScore : 5 88 3 0000000000000000000000000000 1 2222222 6 999 777 44 888888 3 11111111111 66666666666666 999 0 0 3 6 22222222 99 66 88 1 4444 8 0 111 111 88 99 2 3 9999999 1 555 11111111 22222222 0 2 5 888 4444 888 3 5 66 1 888888 44 5 5 4 4 4 7777777777777777777777 66 222222 66 4444444 4 4 4 4 7777 4 2 555 000000000000000 4 1 4 4 4 1 3333333 55 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 4 44 55 55 44444 88 3 55 55 66 4 999999999999999 777 4 00 66 888 66 0 77
lowQualScore : . .. . ............................ . ....... . ... ... .. ...... . ........... .............. ... . . . . ........ .. .. .. . .... . . ... ... .. .. . . ....... . ... ........ ........ . . . ... .... ... . . .. . ...... .. . . . . . ...................... .. ...... .. ....... . . . . .... . . ... ............... . . . . . . ....... .. . .......................................................... . . . . .. .. .. ..... .. . .. .. .. . ............... ... . .. .. ... .. . ..
lowQualScore : 0 55 2 0000000000000000000000000000 0 5555555 5 555 555 55 888888 2 88888888888 22222222222222 444 8 8 7 7 88888888 33 77 33 0 2222 8 7 777 777 77 22 5 7 5555555 8 888 55555555 77777777 1 5 0 999 2222 444 0 0 99 0 000000 88 0 0 4 4 4 1111111111111111111111 11 999999 11 4444444 0 0 0 0 5555 0 5 999 000000000000000 4 1 4 4 0 4 0000000 55 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 0 0 33 00 00 11111 66 6 00 00 33 4 888888888888888 888 4 66 00 888 00 4 00
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGAT-AAA-TTA-A-A-AAAGA--------------------AAC--T-AA-A-CT--TCC-------AT-CAT-TA-GA-TATT-AACTG-ACAG-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-TGTT-TG-AAGAA-TTTC-------TA--TAT-A---AA-----------------AAT-GT---C--AATAT-G-CAGC-TACAA------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
Reference ( family-7561 ) : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGCG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGAT-AAA-TTA-A-A-AAAGA--------------------AAC--T-AA-ANCT--TCC-------AT-CAT-TA-GA-TATT-AACTG-ACAG-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-TGTT-TG-AAGAA-TTTC-------TA--TAT-A---AA-----------------AAT-GT---C--AACAT-G-CAGC-TACAA------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-NAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
gi|1 : TATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---TTTGAAAAGATACAGCA-------TTCCATAT--TAAAG---ACATACTGG-TG------TAC-GA----A----AAAAAGCTTCAAAATTTGGTCATT--AAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTTGTTTGCAA----AGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACTA----AAAACCAACAATAATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCAAATTCT--T-ATTGC--CTGCTTCC-TC---GAAAGATG-TCAAACCTTTACTA--ACAA-T-GGTG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGTC--AG--ATTGAT-AAACTTA-A-A-AAAGA--------------------CAC--T-GA-AACT--TCC-------A--CAT-TA-GA-TATTAAACTG-ACAG-T-ACATT-----T--A-GCAAGC-TGTTGTG-AATAA-TTTC-------TA--TAA-A---AA-----------------AAT-GT---C--AATAT-G-CA-C-T-CAG------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-T-AATTA--TT-----GTTTT--ACTGTCAA--ATTA---AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGC
gi|10 : tcactC-AAC-TTTA-TA--CTAT-T-GGCG-TACAAGAAAATTGG-CAA--GGAC--AA--ATACAT-AAA-TAA-G-A-AAATA--------------------AAC--T-A----CTTCTCC-------TT-TGT-TA-GA-TAGT-AA-TG-AAAG-C-ACAc
gi|11 : aATTA--TT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-T--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGAC--CATT--------TACTCTT---T--GAAAATATAtcta
gi|13 : tcctcCAAA-TTTAGCCATT--ATATACGAACTAGGAATATCCCCCGT--------------------TCCTATCTTTGTTTG-AATATTATAAAGGG--G----AAAAAC
gi|14 : CA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----GTTTT--ATAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAC-TA
gi|15 : tctaatat-CAT-TA-GA-TATT-A-CTG-ACGG-T-ACATT-----T--T-GCA-GC-TGTT-TG-AAGAA-TTTC-------TA--
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGC
gi|2 : GACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGACAAC--------T-----T---C--GAAATTACAAAATAATATTTTTTTTTTTTATCAAAATCTGCATTTTGAGTGCATGCATACAGACTCAGTAACAGAAAGCCATAA----------TT--AAATAT---C--GGAACATTTCCTATCTGCTTTATAATTAAAGCT-TCCTTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATTA----AAAAGCAATGACGATGA---AAA---TGGAATTA-AAAA--TCCAATA-C--TCATGGCAGCTACTT-T-T----GAAG------------TTTA-TA---CAA----GCA-TACCGGAAAATTTA-CAG--GAAT--GA--ATAAAC-AAG-CCAGA-A-AAAGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAAC--TTAA-ATCT--TAC-------AT-CAT-TA-GA-TATT------------------T-----T--A--CAA-C-T-CC-TG-AAGAA-TTACACATACATG--TAT-A---AATATAAATTGATAAATATANT-GTATACTGAAAAT-GTCAACATACAACTATATAACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACAC-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAG--AAAAAATCTATAAAT-TA-------------------------CT-GACAAATTTTC-AA---TT-tctaa
gi|3 : aATTGTGAT--CAACGTACGTAATACGCCTAAAT--GAGAAAATACAGCA-------TTT-ATATAT-AAAG---ACATTCTAGGTG------TACAGA----G----GGAAAGCTTTAAA-T------------AATG---ACTAGGA-CATTTCCCATCTGCTTT--AA----AGCGCTCCTCTCTATATTTGAA-TATTATAAAAGACTA----AAAAGT---GATGAAAA---AAA---TGGAATTA-AAAA--CCCAGT-------ACTAG--CTGCTA-A-TTA--GAAGCACGATT-A-TCTTTA-TA--ATAT-T-GGCA-TACAGGGAAATTGA-CAG--GGAC--AG--ATAAATTAAG-TTA-G-G-AAT----------------------AAC--T-AA-AATC--TCCCAATCCAAT-CAT-T--GA-TATT-GA-TG-A-AG-C-ACATT-----TTTA--CAA-C-TCCT-TG-AAGAA-TTAT-------TA--TAT-T---GA-----------------AAT--T---C--AACTT-G-CAGC-TTCAA------AACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAA-GGAAAAATTA--CTAA---ATTTTA-ACAGTAAG--ATAAG--AAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GA-AAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGT-AGGCgtgaaagcagt
gi|4 : TATAAACAACTGTGA-----------------C-CTT---T--GAAAAGATACAGCA-------TTTCATAT-TTAAAG---ACATTTTGGGCG------CACAGA----A----A-AAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTTTTAAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTG--TTGCAA----AGCTCTCATCTCT--GTTT-AAATATTACAAGAGACTA----AAAAACCACAATAATGA---AAA---TGAA----TGAA------------------TGC---TGCTT-C-TA---GAAG-ATGA-C-AACCTTTA-TA--ATAA---GATA-TGAAGGAAAATTAA-TTGCTAGTC--GATTATAAA--AAA-TTA-A-A-AAAAG--------------------AAC--T-TA-A-CG--TCC-------AT--AT-TA-GA-TATT-A-CTG-ACAG-T-ACATT-----T--T-GCA-GCATGTT-TG-AAGA---TTC-------TA--TAT-A---AA-----------------AA----------AA-AT-G-C----TA-AT------AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATAT-GG-TAAATTA--TT-----ATTTC--ACAGTCAAGTATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-G--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCt
gi|5 : TCTGCTTT--AA----AGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATT-TAAAAGATCCAGTG-C--A-AATGG--CTGCTA-AATT---GGAAGATGAT--AACCTTTA-TA--ATAT-T-GG-------GGAC--TTGG-CAG--GGAC--AA--ATAAAT-AAG-TTA-A-G-AAATA--------------------AAC--T-AA-ATCT--TCA-------AT-CAT-TG-AA-TATT-GA-TG-AAAG-C-ACATT-----T--T-ACA-GC-TCCT-TT-GAGAA-TTAA-------TA--TGT-ATTGGA-----------------AAT-GT---C--AACTT-A-CAGC-TACTA------AACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CA-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAGGAAAAAGAT-TATtcta
gi|6 : CAATGG---AAAGATTGGAATTA-GAAA--TCAATT--TCTT-ATTGC---TGCTT-T-TCATCGAAGAATG-TC-AACCTTTA-TA--ACAA-TGGGTG-TGAAGG-AAATTGG-CAG--GGTCCAAG--AT-GAT-AAA-TTA-A-A-AAAGA--------------------CAC--TGAA-AGCT--TCC-------GT-CATGTA-GATTATT--ACTGAACAG-TAACATT-----T--ACGC-AGC-TGTT-TGCAAGAATTTTC-------TA--TAT-A---AACG---------------AATAGT---C--AATAT-G-CAAC-T-CCA------GACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGGG-TAAATTAGTTT-----ATT------AGT-AA----TAG--AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-G--AAATTttgaaatttgcc
gi|7 : t-AACATTTA-TATAGCAGAT-GGTGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---G--ATTGAT-AGA-TTA-ACATAAATA--------------------GACCGT-AACACCC--TTC-------ATGCAT-TAGGA-TATT-ACTTG-ACAGCT-ACATT-----T--A-GCAGCC-TGTT-TG-AAAGA-ATTC-------TAATTAT-AT--AA-----------------AAT-GTG--C--AATATCGCCATC-TCCAAG-----AACA-TTG-AACTTCTCCATAACGT-GG-TAAATT---CTGAGTGGTTTTAGATAGTCAA--ATTAG--AAAGAA--TACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAG--AAATTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|8 : -A-A-AAAGA--------------------AAC--T-AA---CT--TCC-------AT-AAT-TA-GA-TATT-AA-TG-ACAG-T-ACATTAATTTT--A-GCA-GC-TGTT-TG-AAGAA-TTTC-------TA--TAT-ATACAA-----------------AAT-GT---C--AA-----------------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGT-GG-TAAATTA--TC-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-G--AAATTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCtctaa
gi|9 : tGAA-TTAT-------TA--TATTG---GA-----------------AAT-GT---C--AATTT-A-CAGC-TACAA------AAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATAAG--AAAGGAtcta
Alignments
lowQualScore : 1 11 5555555555555555555555555555 3333333 111 111 222222 44444444444 22222222222222 22222222 1111 111 111 11 444444444 111 33333333 222222222 1111 111111 2222222222 444444444444444444444 111111 3333333333 1111111 11111 11 22222 11111 11111 111111111111111 11
lowQualScore : 5 88 3 0000000000000000000000000000 1 2222222 6 999 777 2 888888 3 11111111111 66666666666666 999 0 0 3 6 22222222 99 66 88 1 4444 8 0 111 111 88 99 2 888888888 1 555 11111111 222222222 2 5 66 4444 888 3 5 66 1 888888 44 5 5 4 4 4 0000000000 555555555555555555555 66 222222 4 4 4 4 3333333333 7777777 4 4 4 55 11111 44 88 4 777 4 4 4 777 55 4 11111 66 4 4 999999 7 55555 4 4 4 4 44 55 55 44444 88 3 55 55 66 4 999999999999999 777 4 00 66 888 66 0 77
lowQualScore : . .. . ............................ . ....... . ... ... . ...... . ........... .............. ... . . . . ........ .. .. .. . .... . . ... ... .. .. . ......... . ... ........ ......... . . .. .... ... . . .. . ...... .. . . . . . .......... ..................... .. ...... . . . . .......... ....... . . . .. ..... .. .. . ... . . . ... .. . ..... .. . . ...... . ..... . . . . .. .. .. ..... .. . .. .. .. . ............... ... . .. .. ... .. . ..
lowQualScore : 0 55 2 0000000000000000000000000000 0 5555555 5 555 555 5 888888 2 88888888888 22222222222222 444 8 8 7 7 88888888 33 77 33 0 2222 8 7 777 777 77 22 5 222222222 8 888 55555555 888888888 5 0 99 2222 444 0 0 99 0 000000 88 0 0 4 4 4 7777777777 444444444444444444444 11 888888 0 0 0 0 2222222222 0000000 0 0 0 55 11111 66 33 4 888 4 4 0 000 55 4 77777 11 4 4 999999 4 00000 0 0 0 0 33 44 00 11111 66 6 00 00 33 4 888888888888888 888 4 66 00 888 00 4 00
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA-A--CT--TCC------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
Reference ( family-7561 ) : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA-A--CT--TCC------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAATAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
gi|1 : TATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---TTTGAAAAGATACAGCA-------TTCCATAT--TAAAG---ACATACTGG-TG------TAC-GA----A----AAAAAGCTTCAAAATTTGGTCATT--AAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTTGTTTGCAA----AGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACTA----AAAACCAACAATAATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCAAATTCT--T-ATTGC--CTGCTTCC-TC---GAAAGATG-TCAAACCTTTACTA--ACAA-T-GGTG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGTC--AG--ATTGA-TAAACTTA-A-A-AAAG---------ACAC------------TG-AA-A--CT--TCC------A--CAT-TA-GA-TATTA---AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---TGTG-AATAA-T---TTCTA--TA-A-A---AA--AAT-GT-CAATAT-G-CA-CT-CAG-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-T-AATTA--TT-----GTTTT--ACTGTCAA--ATTA---AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGC
gi|10 : tcactC-AAC-TTTA-TA--CTAT-T-GGCG-TACAAGAAAATTGG-CAA--GGAC--AA--ATACA-TAAA-TAA-G-A-AAAT---------AAAC------------T-----A--CTTCTCC------TT-TGT-TA-GA-TAGT----AA----TG-------AAA-G-C-ACA--c
gi|11 : aATTA--TT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-T--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGAC--CATT--------TACTCTT---T--GAAAATATAtcta
gi|13 : tcctcCAAA-TTTAGCCATT--ATATACGAACTAGGAATATCCCCCGT--------------------TCCTATCTTTGTTTG-AATATTATAAAGGG--G----AAAAAC
gi|14 : CA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----GTTTT--ATAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAC-TA
gi|15 : tctaatat-CAT-TA-GA-TATT----A----CTG-------ACG-G-T-ACA--TT-----TT-GCA-GC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGC
gi|2 : GACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGACAAC--------T-----T---C--GAAATTACAAAATAATATTTTTTTTTTTTATCAAAATCTGCATTTTGAGTGCATGCATACAGACTCAGTAACAGAAAGCCATAA----------TT--AAATAT---C--GGAACATTTCCTATCTGCTTTATAATTAAAGCT-TCCTTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATTA----AAAAGCAATGACGATGA---AAA---TGGAATTA-AAAA--TCCAATA-C--TCATGGCAGCTACTT-T-T----GAAG------------TTTA-T---ACAA----GCA-TACCGGAAAATTTA-CAG--GAAT--GA--ATAAA-CAAG-CCAGA-A-AAAGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAACTT--AA-AT-CT--TAC------AT-CAT-TA-GA-TATTTTACAACTCCTGAAGAATTACACA-T-ACA--TG-----TA-TAAA---TATAAAT-TG-ATAAA-TATANTGTA--TACT-G---AA--AAT-GT-CAACAT-A-CAACTATAT-AACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACAC-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAG--AAAAAATCTATAAAT-TA-------------------------CT-GACAAATTTTC-AA---TT-tctaa
gi|3 : aATTGTGAT--CAACGTACGTAATACGCCTAAAT--GAGAAAATACAGCA-------TTT-ATATAT-AAAG---ACATTCTAGGTG------TACAGA----G----GGAAAGCTTTAAA-T------------AATG---ACTAGGA-CATTTCCCATCTGCTTT--AA----AGCGCTCCTCTCTATATTTGAA-TATTATAAAAGACTA----AAAAGT---GATGAAAA---AAA---TGGAATTA-AAAA--CCCAG------T-ACTAG--CTGCTA-A-TTA--GAAGCACGATT--ATCTTTA-TA--ATAT-T-GGCA-TACAGGGAAATTGA-CAG--GGAC--AG--ATAAATTAAG-TTA-G-G-AA-----------TAAC------------T--AA-AATCT--CCCAATCCAAT-CAT-T--GA-TATT----GA----TG-------A-A-G-C-ACATTTT-----TA--CAA-C-TCC---T-TG-AAGAA-T---TATTA--TA-T-T---GA--AAT--T-CAACTT-G-CAGCTTCAA-AACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAA-GGAAAAATTA--CTAA---ATTTTA-ACAGTAAG--ATAAG--AAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GA-AAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGT-AGGCgtgaaagcagt
gi|4 : TATAAACAACTGTGA-----------------C-CTT---T--GAAAAGATACAGCA-------TTTCATAT-TTAAAG---ACATTTTGGGCG------CACAGA----A----A-AAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTTTTAAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTG--TTGCAA----AGCTCTCATCTCT--GTTT-AAATATTACAAGAGACTA----AAAAACCACAATAATGA---AAA---TGAA----TGAA------------------TGC---TGCTT-C-TA---GAAG-ATGA-C-AACCTTTA-TA--ATAA---GATA-TGAAGGAAAATTAA-TTGCTAGTC--GATTATAAA--AAA-TTA-A-A-AAAA---------GAAC------------T--TA-A--CG--TCC------AT--AT-TA-GA-TATT----A----CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TT-GCA-GCATGT---T-TG-AAGA------TTCTA--TA-T-A---AA--AA------AA-AT-G-C---TA-AT-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATAT-GG-TAAATTA--TT-----ATTTC--ACAGTCAAGTATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-G--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCt
gi|5 : TCTGCTTT--AA----AGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATT-TAAAAGATCCAGTG-C--A-AATGG--CTGCTA-AATT---GGAAGATGAT--AACCTTTA-TA--ATAT-T-GG-------GGAC--TTGG-CAG--GGAC--AA--ATAAA-TAAG-TTA-A-G-AAAT---------AAAC------------T--AA-AT-CT--TCA------AT-CAT-TG-AA-TATT----GA----TG-------AAA-G-C-ACA--TT-----TT-ACA-GC-TCC---T-TT-GAGAA-T---TAATA--TG-T-ATTGGA--AAT-GT-CAACTT-A-CAGCTACTA-AACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CA-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAGGAAAAAGAT-TATtcta
gi|6 : CAATGG---AAAGATTGGAATTA-GAAA--TCAATT--TCTT-ATTGC---TGCTT-T-TCATCGAAGAATG-TC-AACCTTTA-TA--ACAA-TGGGTG-TGAAGG-AAATTGG-CAG--GGTCCAAG--AT-GA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------ACAC------------TGAAA-G--CT--TCC------GT-CATGTA-GATTATT-----A---CTGA------ACA-G-TAACA--TT-----TACGC-AGC-TGT---T-TGCAAGAATT---TTCTA--TA-T-A---AACGAATAGT-CAATAT-G-CAACT-CCA-GACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGGG-TAAATTAGTTT-----ATT------AGT-AA----TAG--AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-G--AAATTttgaaatttgcc
gi|7 : t-AACATTTA-TATAGCAGAT-GGTGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---G--ATTGA-TAGA-TTA-ACATAAAT---------AGACCG----------T--AACAC-CC--TTC------ATGCAT-TAGGA-TATT----AC---TTG-------ACA-GCT-ACA--TT-----TA-GCAGCC-TGT---T-TG-AAAGA-A---TTCTAATTA-T-AT--AA--AAT-GTGCAATATCGCCATCTCCAAGAACA-TTG-AACTTCTCCATAACGT-GG-TAAATT---CTGAGTGGTTTTAGATAGTCAA--ATTAG--AAAGAA--TACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAG--AAATTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|8 : -A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA----CT--TCC------AT-AAT-TA-GA-TATT----AA----TG-------ACA-G-T-ACA--TTAATTTTA-GCA-GC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-ATACAA--AAT-GT-CAA-----------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGT-GG-TAAATTA--TC-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-G--AAATTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCtctaa
gi|9 : tGAA-T---TATTA--TA-TTG---GA--AAT-GT-CAATTT-A-CAGCTACAA-AAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATAAG--AAAGGAtcta
Alignments
lowQualScore : 1 11 5555555555555555555555555555 3333333 111 111 222222 44444444444 22222222222222 22222222 1111 111 111 11 444444444 111 33333333 222222222 1111 111111 2222222222 444444444444444444444 111111 3333333333 1111111 11111 11 22222 111111 11111 11111 111111111111111 11
lowQualScore : 5 88 3 0000000000000000000000000000 1 2222222 6 999 777 2 888888 3 11111111111 66666666666666 999 0 0 3 6 22222222 99 66 88 1 4444 8 0 111 111 88 99 2 888888888 1 555 11111111 222222222 2 5 66 4444 888 3 5 66 1 888888 44 5 5 4 4 4 0000000000 555555555555555555555 66 222222 4 4 4 4 3333333333 7777777 4 4 4 55 11111 44 88 4 777 4 4 4 777 55 4 11111 66 4 4 111111 7 55555 4 4 4 4 44 55 55 44444 88 3 55 55 66 4 999999999999999 777 4 00 66 888 66 0 77
lowQualScore : . .. . ............................ . ....... . ... ... . ...... . ........... .............. ... . . . . ........ .. .. .. . .... . . ... ... .. .. . ......... . ... ........ ......... . . .. .... ... . . .. . ...... .. . . . . . .......... ..................... .. ...... . . . . .......... ....... . . . .. ..... .. .. . ... . . . ... .. . ..... .. . . ...... . ..... . . . . .. .. .. ..... .. . .. .. .. . ............... ... . .. .. ... .. . ..
lowQualScore : 0 55 2 0000000000000000000000000000 0 5555555 5 555 555 5 888888 2 88888888888 22222222222222 444 8 8 7 7 88888888 33 77 33 0 2222 8 7 777 777 77 22 5 222222222 8 888 55555555 888888888 5 0 99 2222 444 0 0 99 0 000000 88 0 0 4 4 4 7777777777 444444444444444444444 11 888888 0 0 0 0 2222222222 0000000 0 0 0 55 11111 66 33 4 888 4 4 0 000 55 4 77777 11 4 4 222222 4 00000 0 0 0 0 33 44 00 11111 66 6 00 00 33 4 888888888888888 888 4 66 00 888 00 4 00
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA-A--CT--TCC------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
Reference ( family-7561 ) : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA-A--CT--TCC------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
gi|1 : TATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---TTTGAAAAGATACAGCA-------TTCCATAT--TAAAG---ACATACTGG-TG------TAC-GA----A----AAAAAGCTTCAAAATTTGGTCATT--AAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTTGTTTGCAA----AGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACTA----AAAACCAACAATAATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCAAATTCT--T-ATTGC--CTGCTTCC-TC---GAAAGATG-TCAAACCTTTACTA--ACAA-T-GGTG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGTC--AG--ATTGA-TAAACTTA-A-A-AAAG---------ACAC------------TG-AA-A--CT--TCC------A--CAT-TA-GA-TATTA---AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---TGTG-AATAA-T---TTCTA--TA-A-A---AA--AAT-GT-CAATAT-G-CA-CT-CAG-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-T-AATTA--TT-----GTTTT--ACTGTCAA--ATTA---AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGC
gi|10 : tcactC-AAC-TTTA-TA--CTAT-T-GGCG-TACAAGAAAATTGG-CAA--GGAC--AA--ATACA-TAAA-TAA-G-A-AAAT---------AAAC------------T-----A--CTTCTCC------TT-TGT-TA-GA-TAGT----AA----TG-------AAA-G-C-ACA--c
gi|11 : aATTA--TT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-T--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGAC--CATT--------TACTCTT---T--GAAAATATAtcta
gi|13 : tcctcCAAA-TTTAGCCATT--ATATACGAACTAGGAATATCCCCCGT--------------------TCCTATCTTTGTTTG-AATATTATAAAGGG--G----AAAAAC
gi|14 : CA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----GTTTT--ATAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAC-TA
gi|15 : tctaatat-CAT-TA-GA-TATT----A----CTG-------ACG-G-T-ACA--TT-----TT-GCA-GC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGC
gi|2 : GACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGACAAC--------T-----T---C--GAAATTACAAAATAATATTTTTTTTTTTTATCAAAATCTGCATTTTGAGTGCATGCATACAGACTCAGTAACAGAAAGCCATAA----------TT--AAATAT---C--GGAACATTTCCTATCTGCTTTATAATTAAAGCT-TCCTTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATTA----AAAAGCAATGACGATGA---AAA---TGGAATTA-AAAA--TCCAATA-C--TCATGGCAGCTACTT-T-T----GAAG------------TTTA-T---ACAA----GCA-TACCGGAAAATTTA-CAG--GAAT--GA--ATAAA-CAAG-CCAGA-A-AAAGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAACTT--AA-AT-CT--TAC------AT-CAT-TA-GA-TATTTTACAACTCCTGAAGAATTACACA-T-ACA--TG-----TA-TAAA---TATAAAT-TG-ATAAA-TATANTGTA--TACT-G---AA--AAT-GT-CAACAT-A-CAACTATAT-AACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACAC-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAG--AAAAAATCTATAAAT-TA-------------------------CT-GACAAATTTTC-AA---TT-tctaa
gi|3 : aATTGTGAT--CAACGTACGTAATACGCCTAAAT--GAGAAAATACAGCA-------TTT-ATATAT-AAAG---ACATTCTAGGTG------TACAGA----G----GGAAAGCTTTAAA-T------------AATG---ACTAGGA-CATTTCCCATCTGCTTT--AA----AGCGCTCCTCTCTATATTTGAA-TATTATAAAAGACTA----AAAAGT---GATGAAAA---AAA---TGGAATTA-AAAA--CCCAG------T-ACTAG--CTGCTA-A-TTA--GAAGCACGATT--ATCTTTA-TA--ATAT-T-GGCA-TACAGGGAAATTGA-CAG--GGAC--AG--ATAAATTAAG-TTA-G-G-AA-----------TAAC------------T--AA-AATCT--CCCAATCCAAT-CAT-T--GA-TATT----GA----TG-------A-A-G-C-ACATTTT-----TA--CAA-C-TCC---T-TG-AAGAA-T---TATTA--TA-T-T---GA--AAT--T-CAACTT-G-CAGCTTCAA-AACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAA-GGAAAAATTA--CTAA---ATTTTA-ACAGTAAG--ATAAG--AAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GA-AAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGT-AGGCgtgaaagcagt
gi|4 : TATAAACAACTGTGA-----------------C-CTT---T--GAAAAGATACAGCA-------TTTCATAT-TTAAAG---ACATTTTGGGCG------CACAGA----A----A-AAAGCCTCGAA-TTTGGCCGTTTTAAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTG--TTGCAA----AGCTCTCATCTCT--GTTT-AAATATTACAAGAGACTA----AAAAACCACAATAATGA---AAA---TGAA----TGAA------------------TGC---TGCTT-C-TA---GAAG-ATGA-C-AACCTTTA-TA--ATAA---GATA-TGAAGGAAAATTAA-TTGCTAGTC--GATTATAAA--AAA-TTA-A-A-AAAA---------GAAC------------T--TA-A--CG--TCC------AT--AT-TA-GA-TATT----A----CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TT-GCA-GCATGT---T-TG-AAGA------TTCTA--TA-T-A---AA--AA------AA-AT-G-C---TA-AT-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATAT-GG-TAAATTA--TT-----ATTTC--ACAGTCAAGTATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-G--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCt
gi|5 : TCTGCTTT--AA----AGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATT-TAAAAGATCCAGTG-C--A-AATGG--CTGCTA-AATT---GGAAGATGAT--AACCTTTA-TA--ATAT-T-GG-------GGAC--TTGG-CAG--GGAC--AA--ATAAA-TAAG-TTA-A-G-AAAT---------AAAC------------T--AA-AT-CT--TCA------AT-CAT-TG-AA-TATT----GA----TG-------AAA-G-C-ACA--TT-----TT-ACA-GC-TCC---T-TT-GAGAA-T---TAATA--TG-T-ATTGGA--AAT-GT-CAACTT-A-CAGCTACTA-AACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CA-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAGGAAAAAGAT-TATtcta
gi|6 : CAATGG---AAAGATTGGAATTA-GAAA--TCAATT--TCTT-ATTGC---TGCTT-T-TCATCGAAGAATG-TC-AACCTTTA-TA--ACAA-TGGGTG-TGAAGG-AAATTGG-CAG--GGTCCAAG--AT-GA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------ACAC------------TGAAA-G--CT--TCC------GT-CATGTA-GATTATT-----A---CTGA------ACA-G-TAACA--TT-----TACGC-AGC-TGT---T-TGCAAGAATT---TTCTA--TA-T-A---AACGAATAGT-CAATAT-G-CAACT-CCA-GACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGGG-TAAATTAGTTT-----ATT------AGT-AA----TAG--AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-G--AAATTttgaaatttgcc
gi|7 : t-AACATTTA-TATAGCAGAT-GGTGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---G--ATTGA-TAGA-TTA-ACATAAAT---------AGACCG----------T--AACAC-CC--TTC------ATGCAT-TAGGA-TATT----AC---TTG-------ACA-GCT-ACA--TT-----TA-GCAGCC-TGT---T-TG-AAAGA-A---TTCTAATTA-T-AT--AA--AAT-GTGCAATATCGCCATCTCCAAGAACA-TTG-AACTTCTCCATAACGT-GG-TAAATT---CTGAGTGGTTTTAGATAGTCAA--ATTAG--AAAGAA--TACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAG--AAATTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|8 : -A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA----CT--TCC------AT-AAT-TA-GA-TATT----AA----TG-------ACA-G-T-ACA--TTAATTTTA-GCA-GC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-ATACAA--AAT-GT-CAA-----------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGT-GG-TAAATTA--TC-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-G--AAATTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCtctaa
gi|9 : tGAA-T---TATTA--TA-TTG---GA--AAT-GT-CAATTT-A-CAGCTACAA-AAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATAAG--AAAGGAtcta
blockSeqs : C . A TCAACGTACGTAATACGCCTAAAT T ATATTTT T ATC TCT G CATGCA A CTCAGTAACAG ATTTGGCCGTTTT CGA C C ATAATTAA GC TT GA T TTAA A TTA GAT A GA C ATACTC T AGC TTCATC CACGATT C . TA ATG TGC C C CT A GATT AC T . G C T GAGGGGAAAA ACCCCAAAAACTTAAAT TC AATCCA G G G T TTACAACTCC AAGAATT C C A TT AATTT CG AG A AAA . C T ATA AT C ATTG CG A G TATCGC A CCAAG T G C T TG AA GT GAGTG AG C GT GA TC A GAATTACGTAG AAC A AC TT ACC GT C
blockSeqs : A CCATTTACTCTTT T . C AT . G . A GGG ATTTAGCCATT TGA C C GCAA TC AT GA C . C . . A . C TTTCTT C C ATTA GATGATA C . . GAT CG C . . A CAAG AA . . . . . T CGTAACAC . . . . . . ACT A . . . . . G GC . . . . . . . . ATAC . . . CATA G ATAT . . . . T T . AA A C . . T . AGAAGT . . A A . A A
blockSeqs : . TGACAACTTC A . . TT . G . A AA TT T T C AA CT AT G C . C . . T . C GTGCA A C AATT AATGTCA C . . TT CA C . . A AA AA . . . . . A TAAAAT . . . . . . AA . . . . . . T G . . . . . . . . AT . . . CTTG G TCAA . . . . C A . . . A . . T . AGCT . . . T . C A
blockSeqs : CCTTT G AT . C . AA T A A C . . . . T . A GT T . CTA ATGACA C . . TT CA A . . T GA AA . . . . . T TGAAAG . . . . . . AC . . . . . . G A . . . . . . . . TG . . . CTTA A ACTA . . . . A T . . . A . . C . AG . . . A . A C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . TT . A . . TT TA A . . A AG AA . . . . . G TAAAT . . . . . . GA . . . . . . A A . . . . . . . . G . . . TATG T ACAA . . . . T A . . . C . . T . AG . . . T . C A
blockSeqs : . . . A TG A . . T AA TG . . . . . T TTAA . . . . . . AC . . . . . . G G . . . . . . . . T . . . TTTA G AAT . . . . A T . . . A . . T . AG . . . A . A C
blockSeqs : . . . A . . . . T G G . . . . . G TAA . . . . . . GA . . . . . . G G . . . . . . . . A . . . ATG . CCA . . . . T T . . . C . . T . AG . . . A .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . AC . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T T . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . . . . . . A A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : CCCACGCTTT****************** ATT*********** AA****** GA A* C** NACGATA** TAAAA**************** AA******** G* NCAA* N*
originalCons : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGAT--CAAC--------TAC-CTT---T--GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAA-TTTGGCCGTT--AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTGCAA----AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTATGAAA--TCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGATC-AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T--AA-A--CT--TCC------AT-CAT-TA-GA-TATT----AA---CTG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAGC-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTACAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
finalCons : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGACCCACGCTTT------------------GAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCCTCAAATT-----------AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTTAA------AGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATTA-GAAA--TCCAGT--C--T-ATTGCC--TGCTT-N-TC---GAAGNACGATA--ACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAACTAAAA----------------CT--TCC------AT-CAT-TA-GA-TATTAA--------TG-------ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAG-C-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTNCAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGTN-CGC
Alignments
lowQualScore : 1 11 666666666666 111 3333333 111 111 222222 44444444444 1 555555555555555555555 222222222 11 1111 111 111 1111 444444444 111 33333333 22222222 1111 111111 2222222222 3333333333333333333 1111111 2222222222222222222 11111 22222 1111111111111111 11111 111111111111111 11
lowQualScore : 5 88 3 444444444444 444 1 2222222 6 999 777 2 888888 3 11111111111 0 77 888888888888888888888 999 0 0 3 1 333333333 99 66 66 1 4444 5 3 0 111 111 0000 2 888888888 1 555 11111111 33333333 5 66 4444 888 3 5 66 1 888888 44 5 5 4 4 4 0000000000 1111111111111111111 66 4444444 4 4 4 4 9999999999999999999 4 4 4 4 55 11111 77 4 4 4 777 4 4 4 777 55 4 11111 66 4 4 6666666666666666 4 4 4 4 44 55 55 44444 88 3 55 55 66 4 999999999999999 777 4 00 66 888 66 0 66
lowQualScore : . .. . ............ ... . ....... . ... ... . ...... . ........... . .. ..................... ... . . . . ......... .. .. .. . .... . . . ... ... .... . ......... . ... ........ ........ . .. .... ... . . .. . ...... .. . . . . . .......... ................... .. ....... . . . . ................... . . . . .. ..... .. . . . ... . . . ... .. . ..... .. . . ................ . . . . .. .. .. ..... .. . .. .. .. . ............... ... . .. .. ... .. . ..
lowQualScore : 0 55 2 444444444444 000 0 5555555 5 555 555 5 888888 2 88888888888 0 22 888888888888888888888 444 8 8 7 0 333333333 33 77 55 0 2222 7 8 7 777 777 8888 5 222222222 8 888 55555555 44444444 0 99 2222 444 0 0 99 0 000000 88 0 0 4 4 4 7777777777 8888888888888888888 11 4444444 0 0 0 0 1111111111111111111 0 0 0 0 55 11111 33 4 4 4 888 4 4 0 000 55 4 77777 11 4 4 3333333333333333 0 0 0 0 33 44 00 11111 66 6 00 00 33 4 888888888888888 888 4 66 00 888 00 4 77
consensus : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGACCA--NAC-AC---TT---TGAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCC-TCGAA---------TT----------AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTT--A------AAGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATT--A-GAAATCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGGATGAT--AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T-AA-ANCT--TCC-------AT-CAT-TA-GA-TATT---------------AA--TG-ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GC-AG-C-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCT-CAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-ACGC
Reference ( family-7561 ) : NNNNNTATACGGTTCTGAAAATATGGACCTCGGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGACC---CAC-GC---TT---TGAAAANATACAGCA-------TTTCATATATTAAAG---ACATTCTGGGTG------TACAGA----G----AGAAAGCC-TCAAA---------TT----------AAATATGAACTAGGAACATTCCCCATCTGCTTT--A------AAGCTCTCCTCTCTATGTTTGAAATATTACAAAAGACTA----AAAAACNACGACGATGA---AAA---TGGAATT--A-GAAATCCAGT--C--T-ATTGC--CTGCTT-N-TC---GAAGNACGAT--AACCTTTA-TA--ACAN-T-GGCG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGNC--GG--ATAGA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------AAAC------------T-AA-AACT--TCC-------AT-CAT-TA-GA-TATT---------------AA--TG-ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GC-AG-C-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-A---AA--AAT-GT-CAACAT-G-CAGCTNCAA-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-NA---TT-NACAAATCTGT-NCGC
gi|1 : TATA-GGTTCTGAAAATATGGATCTCAGACTTTAATATTAATATAATCAATTGTGATC---AACTACCTTTT---TGAAAAGATACAGCA-------TTCCATAT--TAAAG---ACATACTGG-TG------TAC-GA----A----AAAAAGCT-TCAAAATTTGGTCATT----------AAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTTGTTTGCA------AAGCTTTCATCTCTATGTTTAAAATATTACAAGAGACTA----AAAACCAACAATAATGA---AAA---TGGAATT--ATGAAATCAAATTCT--T-ATTGC--CTGCTTCC-TC---GAAAGATG-TCAAACCTTTACTA--ACAA-T-GGTG-TGAAGGAAAATTGG-CAG--GGTC--AG--ATTGA-TAAACTTA-A-A-AAAG---------ACAC------------T-GA-AACT--TCC-------A--CAT-TA-GA-TATT---------------AAACTG-ACA-G-T-ACA--TT-----TA-GCAAG-C-TGT---TGTG-AATAA-T---TTCTA--TA-A-A---AA--AAT-GT-CAATAT-G-CA-CT-CAG-AACA-TTG-AA-TTCTCCA-AACGT-GG-T-AATTA--TT-----GTTTT--ACTGTCAA--ATTA---AAAGAAT-TACGAAT-TACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTTCC-TA---TT-CACAAATCTGTAACGC
gi|10 : tcactCTTTA-TA--CTAT-T-GGCG-TACAAGAAAATTGG-CAA--GGAC--AA--ATACA-TAAA-TAA-G-A-AAAT---------AAAC------------T-----ACTTCTCC-------TT-TGT-TA-GA-TAGT---------------AA--TG-AAA-G-C-ACA--c
gi|11 : acaaATTA--TT-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AGAAGTCCT---ACTT-T--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGC
gi|12 : TATACGGTTCTGAA--TATGGACCTCGGATTTTGATATCAATTTACTCAATTGTGACCATTTAC-TC---TT---TGAAAATATAtcta
gi|13 : tcctcA---------TT----------ATATACGAACTAGGAATATCCCCCGT----------------------TCCTATCTTTGTTTG-AATATTATAAAGGG--G----AAAAAC
gi|14 : caaatttagccCA-TTGGAA-TTCTCCA-AACGT-GG-TAAATTA--CT-----GTTTT--ATAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATGAAC-TA
gi|15 : tctaatat-CAT-TA-GA-TATT---------------AC--TG-ACG-G-T-ACA--TT-----TT-GC-AG-C-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--
gi|16 : ACA---------AG----TCT---ACCT-G--AAATTATC-TA---TT-CACAAATCTGT-ACGC
gi|2 : GACTTCAATATTAATAAAATT--TTGTGATGA--CA--AC---TT---CGAAATTACAAAATAATATTTTTTTTTTTTATCAAAATCTGCATTTTGAGTGCATGCATACAGACTCAGTAACAGAAAGCCAT--AA---------TT----------AAATAT---C--GGAACATTTCCTATCTGCTTT--ATAATTAAAGCT-TCCTTTCTATGGTTGAAA-ATTACAAAATATTA----AAAAGCAATGACGATGA---AAA---TGGAATT--A-AAAATCCAATA-C--TCATGGCAGCTACTT-T-T----GAAG------------TTTA-T---ACAA----GCA-TACCGGAAAATTTA-CAG--GAAT--GA--ATAAA-CAAG-CCAGA-A-AAAGAGGGGAAAAAAACACCCCAAAAACTT-AA-ATCT--TAC-------AT-CAT-TA-GA-TATTTTACAACTCCTGAAGAA--TT-ACACA-T-ACA--TG-----TA--T-AA-A-TATAAAT-TG-ATAAA-TATANTGTA--TACT-G---AA--AAT-GT-CAACAT-A-CAACTATAT-AACA-CTG-AA-TTCTCTA-AACAC-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAG--AAAAAATCTATAAAT-TA-------------------------CT-GACAAATTTTC-AA---TT-tctaa
gi|3 : aAC-GC---CTAAATGAGAAAATACAGCA-------TTT-ATATAT-AAAG---ACATTCTAGGTG------TACAGA----G----GGAAAGCT-TTAAA---------T------------AATG---ACTAGGA-CATTTCCCATCTGCTTT--A------AAGCGCTCCTCTCTATATTTG-AATATTATAAAAGACTA----AAAA---GTGATGAAAA---AAA---TGGAATT--A-AAAACCCAG------T-ACTAG--CTGCTA-A-TTA--GAAGCACGAT--TATCTTTA-TA--ATAT-T-GGCA-TACAGGGAAATTGA-CAG--GGAC--AG--ATAAATTAAG-TTA-G-G-AA-----------TAAC------------T-AA-AATC--TCCCAATCCAAT-CAT-T--GA-TATT---------------GA--TG-A-A-G-C-ACATTTT-----TA--C-AA-C-TCC---T-TG-AAGAA-T---TATTA--TA-T-T---GA--AAT--T-CAACTT-G-CAGCTTCAA-AACA-CTG-AA-TTTTCTA-AGCAA-GGAAAAATTA--CTAA---ATTTTA-ACAGTAAG--ATAAG--AAAAAAC-TATGAGT-TACAGAATTACGTAG----TA----ACTT-GA-AAATTTCC-TA---TTGTAAAAATCAGT-AGGCgtgaaagcagt
gi|4 : attgtgatcaacgtacgtaatTATAAACAACTGTGACC------------TT---TGAAAAGATACAGCA-------TTTCATAT-TTAAAG---ACATTTTGGGCG------CACAGA----A----A-AAAGCC-TCGAA---------TTTGGCCGTTTTAAATATGAACTAGGAACACTCCCCATTTGTTGC--A------AAGCTCTCATCTCT--GTTT-AAATATTACAAGAGACTA----AAAAACCACAATAATGA---AAA---TG-AAT-----GAA----------------TGC---TGCTT-C-TA---GAAG-ATGAC--AACCTTTA-TA--ATAA---GATA-TGAAGGAAAATTAA-TTGCTAGTC--GATTATAAA--AAA-TTA-A-A-AAAA---------GAAC------------T-TA-A-CG--TCC-------AT--AT-TA-GA-TATT---------------AC--TG-ACA-G-T-ACA--TT-----TT-GC-AG-CATGT---T-TG-AAGA------TTCTA--TA-T-A---AA--AA------AA-AT-G-C-----TAATAACA-TTG-AA-TTCTCCA-AATAT-GG-TAAATTA--TT-----ATTTC--ACAGTCAAGTATTAG--AAAGAAT-TATGAAT-TACA---------AG----TCT---ACTT-G--AAATTTCC-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCt
gi|5 : TCTGCTTT--A------AAGTCTTCCTCTTTA-------AATATTATAAAAGACTATTAAAAAAACCACAATGATAATTAAAA---TGGAATTTAA-AAGATCCAGTG-C--A-AATGG--CTGCTA-AATT---GGAAGATGAT--AACCTTTA-TA--ATAT-T-GG-------GGAC--TTGG-CAG--GGAC--AA--ATAAA-TAAG-TTA-A-G-AAAT---------AAAC------------T-AA-ATCT--TCA-------AT-CAT-TG-AA-TATT---------------GA--TG-AAA-G-C-ACA--TT-----TT-AC-AG-C-TCC---T-TT-GAGAA-T---TAATA--TG-T-ATTGGA--AAT-GT-CAACTT-A-CAGCTACTA-AACT-CTT-AA-TTTTCTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CA-----ATTTT--ACAGTAAA--ATTAGGAAAAAGAT-TATtcta
gi|6 : CAATGG---AAAGATTGGAATT--A-GAAATCAATT--TCTT-ATTGC---TGCTT-T-TCATCGAAGAATGTC--AACCTTTA-TA--ACAA-TGGGTG-TGAAGG-AAATTGG-CAG--GGTCCAAG--AT-GA-TAAA-TTA-A-A-AAAG---------ACAC------------TGAA-AGCT--TCC-------GT-CATGTA-GATTATT---------------AC--TGAACA-G-TAACA--TT-----TACGC-AG-C-TGT---T-TGCAAGAATT---TTCTA--TA-T-A---AACGAATAGT-CAATAT-G-CAACTCC-A-GACATTTG-AA-TT-TCC--AACGTGGG-TAAATTAGTTT-----ATT------AGT-AA----TAG--AAAGAA---ACGAATATACA---------AG----TCT---TACT-G--AAATTttgaaatttgcc
gi|7 : t--AACATTTA-TATAGCAGAT-GGTGCTGAAGGAAAATTGGCCAG--GGTC---G--ATTGA-TAGA-TTA-ACATAAAT---------AGACCG----------T-AACACCC--TTC-------ATGCAT-TAGGA-TATT---------------ACT-TG-ACA-GCT-ACA--TT-----TA-GC-AGCC-TGT---T-TG-AAAGA-A---TTCTAATTA-T-AT--AA--AAT-GTGCAATATCGCCATCTCCAAGAACA-TTG-AACTTCTCCATAACGT-GG-TAAATT---CTGAGTGGTTTTAGATAGTCAA--ATTAG--AAAGAA--TACGAAT-TACA---------AGCT--TCTAACACCTAG--AAATTTCCTTAACCTT-CACAATCTTGT-ACGCcgctcta
gi|8 : -A-A-AAAG---------AAAC------------T-AA---CT--TCC-------AT-AAT-TA-GA-TATT---------------AA--TG-ACA-G-T-ACA--TTAATTTTA-GC-AG-C-TGT---T-TG-AAGAA-T---TTCTA--TA-T-ATACAA--AAT-GT-CAA-----------------ACA-TTG-AA-CTCTCCA-AATGT-GG-TAAATTA--TC-----ATTTT--ACAGTCAA--ATTAG--AAAGAAT-TATAAAT-TACA---------AG----TCT---CCTT-G--AAATTTGT-AA---TT-AATAAATCTGT-CCGCtctaa
gi|9 : tGAA-T---TATTA--TA-TTG---GA--AAT-GT-CAATTT-A-CAGCTACAA-AAGA-TTG-AA-TTTTTTA-AGCAA-GG-AAAATTA--CT-----ATTTT--ACAGTAAA--ATAAG--AAAGGAtcta