lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777 1111111 11111 44444444444444444444444444444444 11111 1111 11111111 111111 3333333333 111111111 11111111 33333333333333333333333 1111 111111 222222222222222222222 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 22222222 11111 2222222222222222 11111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 1111111 222222222222222222222222222 111111 111 11111111111 1111111 2222222222222222 111 222 33333333333333333 2222 111 11111 11111 11111 3333333333333 111111 222222222 11111 11 1 33333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 44444444444444444444444444444444444444 11 1111111111 222222222222222222 1111 222222222222 2222222222222222222 11 22222 111111 1111111 1111111111111111 1111111
lowQualScore : 6 666666666666666666666666666666666666666666 55 99999 1111111 555 3 7 88888 6 44 0 99999999999999999999999999999999 2 44444 3333 11111111 4 55 333 4 2 2 2 333 4 000000 3333333333 77777 2 2 4444 555555 888888888 444 22 222 1 3 3333 22 44 1 222 22 1 7777 88 00000000 1 44 66666666666666666666666 2 2 0000 888888 2 2 55 2 2 444444444444444444444 2 2 666666 7777777 4 4 4 777777 666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 8 11111111 4 11111 7777777777777777 99999 11111111 1 999 0 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 3333333333333 55 55 3333333 4 444444444444444444444444444 3 222222 44 3 999999 3 3 444 3 3 3 77777777777 3 1111111 6 3333333333333333 111 000 3 6 99 6 55555555555555555 88 5555 333 6 77777 88 22222 99 3 6 33333 6 1 6 6 0000000000000 444444 55 9 5 5 5 6 4 111111111 11111 00 77 5 33 5 33333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555 4 9999 8 999 4 4 3 2222222 77 3 3 99999999999999999999999999999999999999 00 44 3 7777777777 555 000000000000000000 2 2 2 3333 6666 2 777 33 5 2 2 33 666666666666 88888 1 22 1 1 4 3333 0 1 6666 1 22 1111111111111111111 22 4444 2 2 9999999999 666666 2 99 4 88888 2 11111 666666 6666 2 444 2 66 9999999999 2 444 5 888 111111 44444 2 77777 1111111 4444444444444444 66 3 0 3 6 2222222 4 55 99 5 5
lowQualScore : . .......................................... .. ..... ....... ... . . ..... . .. . ................................ . ..... .... ........ . .. ... . . . . ... . ...... .......... ..... . . .... ...... ......... ... .. ... . . .... .. .. . ... .. . .... .. ........ . .. ....................... . . .... ...... . . .. . . ..................... . . ...... ....... . . . ...... ...... .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .. . ........ . ..... ................ ..... ........ . ... . . .............................................................. . ............. .. .. ....... . ........................... . ...... .. . ...... . . ... . . . ........... . ....... . ................ ... ... . . .. . ................. .. .... ... . ..... .. ..... .. . . ..... . . . . ............. ...... .. . . . . . . ......... ..... .. .. . .. . ........... ................................................ . .... . ... . . . ....... .. . . ...................................... .. .. . .......... ... .................. . . . .... .... . ... .. . . . .. ............ ..... . .. . . . .... . . .... . .. ................... .. .... . . .......... ...... . .. . ..... . ..... ...... .... . ... . .. .......... . ... . ... ...... ..... . ..... ....... ................ .. . . . . ....... . .. .. . .
lowQualScore : 7 111111111111111111111111111111111111111111 00 11111 8888888 555 6 3 22222 7 22 2 66666666666666666666666666666666 4 88888 6666 88888888 2 88 777 2 1 1 1 777 2 888888 6666666666 00000 0 0 2222 222222 666666666 666 44 999 7 3 7777 33 00 6 888 22 6 2222 33 22222222 9 88 66666666666666666666666 0 0 3333 999999 2 1 00 1 1 666666666666666666666 7 2 999999 7777777 4 4 4 999999 444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 0 00000000 4 11111 3333333333333333 11111 33333333 4 444 4 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3333333333333 55 55 0000000 0 111111111111111111111111111 3 666666 33 3 666666 3 3 888 3 3 3 22222222222 3 8888888 2 8888888888888888 777 888 5 7 22 7 33333333333333333 88 2222 777 6 77777 33 00000 22 3 7 77777 7 5 7 7 8888888888888 444444 44 4 0 0 0 5 4 000000000 33333 66 77 7 33 7 99999999999 111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4444 9 777 0 0 4 5555555 11 6 6 55555555555555555555555555555555555555 11 22 1 9999999999 444 111111111111111111 9 9 9 9999 7777 7 999 99 0 4 4 22 333333333333 44444 9 66 8 9 3 9999 5 7 1111 7 44 1111111111111111111 99 5555 1 1 7777777777 444444 2 22 2 99999 1 55555 888888 5555 4 111 4 55 7777777777 5 444 0 333 111111 55555 9 11111 7777777 7777777777777777 55 3 5 3 7 7777777 3 55 55 0 0
consensus : CATTTAAGGTAGCTCATTACAC-CAA-------------AA-------TT--G---------------T--TT-----AA-------G-C-A-C-CTT-----TCAA-G--AAGCACG-----A------GT----TT--CG--C-CATCGAAA-AA-G---TAA-T--ACA-------AGCT-C--TC---AA-T-T-AT-T---T-T---A--TA-----N---GA-----T-T-T----T------TG--------GTG---A--T---T-TT-T----C--CCGG--A-AT---A--A-T----GAAA--AA--G----TTGT-T--T------------T--C-----T-T-T-GC----AAA-A---AA-GA-G--AT-TCT-A---G-A--G--------T---CCAA-A--T---TT-T-----G-CT-G-T--G---A------TT-T---------------G----AT-----ATGA-A-AT--AT---AT----G-A-ATG-TCAT------A--TAAA---A-C-N-T--GT-CT-A-AA----AAG-ACT-----C-A-GA--------TA-------T-A-C----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A---A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A---A-----T--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TT--T-T--G---TT--------------G-ATATT----T-------TTT----A--A----T-C-----T----ATG-GAT----AA--A--AT-CT-T-C----AA-AAA--A--C-A-TG-TCA-C-TT------------A--G---AAA--TAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----AA------T------ATA--------TT--T-CGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCC--A-AA-TTTT---AG-AA--ATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT-------------G---A-------------ACC--GA----G----C----CCGAT----C----------GA--A-ATT-A---CA--C---GAAA-AAGTCA-T-A-G--A--GAGAA----------T---TGTA---A-T--------AAG--AAA-------A-CTA-CA------TTC--CC-TTG---G-AGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---T-TAAA-T--GATTTT----A---TAAAGGAAAN--TAATTT---------CT-T--G---ATGAA--ATG--T------CCAT------A-NAA---TTAC--CAG-T--A--A-------T--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GGGA--TC-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CG-CGGAGAA--TA---AATC---TGAAATA-T--AGCGA-T--AN-A-TC--------TGAAA-NTAAGACAT-TTCATTT--CAATTTCNTTTT--A--AA-TATACT---TGTCT--AACATGTTCTT-CTTT-T---A-ATT-AA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAG-ATTTAA-AAA-AT-ATNAACA-A-ATAG-CGNTTTC---A-ATANTTCGTAAATATTTTATATTC-T------A----AAAAAT--T----A-AC------T-TC--TA-T----CT-GGG-TCT------TTT-A----GG-CA-T-GT-TT-TATATA--G-ATATT-CA-T-ATCA----TG-----CA-C-CA--AA----------------TCAN-A--G-C--AA-A----TTT---GGAT--A--------C-T---A-GA-AT-CTT-CTTA-T-TT-GC--AAACA-AA-A-C--AAC------------TTTTTT---C-A-TC--AT-T-CCG----GGAAA-AA----TCA-C--AA-----------A-------A--A----A-AT-CA---T-A-T-TA------A-AA--AAT-T-----G-AG-A---CT------TG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAN-----GG--TGAA-A---CCA-TGCTT---C------TT-G-A-AAG-G-----T-G-CTT-AAA--C------GA-A-T-CATG-A-AAT-A-A---A---TNTTGA--TGT--ANTGAGCCT-CCTA
Reference ( gi|4 ) : CATTTAAGGTAGCTCATTACAC-CAA-------------A--------TT--G---------------T--TT-----AA-------G-C-A-C-TTT-----TCAA-G--AAGCACA-----A------GT----TT--CG--C-CATCAAAA-AA-A---TAA-C--ACA-------GGCT-C--TC---AA-T-T-AT-T---T-T---A--TA-----A---GA-----T-T-T----T------TG--------GTG---A--T---T-TT-T----C--CCGG--A-AT---A--A-T----GAAA--AA--G----TTGT-T--T------------T--C-----T-T-T-GC----AAG-A---AA-GA-G--AT-TCT-A---G-A--G--------T---CCAA-A--T---TT-T-----G-CT-G-T--G---A------TT-T---------------G----AT-----ATGA-A-AT--AT---AT----G-A-ATG-TCAT------A--TAAA---A-C-C-T--GT-CT-A-AA----AAG-ACT-----C-A-GA--------TA-------T-A-C----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A---A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A---A-----T--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TT--T-T--G---TT--------------G-ATATT----T-------TTT----A--A----T-C-----T----ATG-GAT----AA--A--AT-AT-T-C----AA-AAA--A--C-A-TG-TCA-C-TT------------A--G---AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----AA------T------ATA--------TT--T-CAAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCC--A-AA-TTT----AG-AA--ATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT-------------G---A-------------ACC--AA----G----C----CCGAT----C----------GA--A-ATT-A---CA--C---AAAA-AAGTCA-T-A-G--A--GAGAA----------T---TGTA---A-T--------AAG--TAA-------A-CTG-CA------TTC--CC-TTG---A-AGATAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---T-TAAA-T--GATTTT----A---TAAAGGAAAG--TAAATT---------CT-T--G---ACGAA--ATA--T------CCAT------A-GAA---TTAC--CAG-T--A--A-------T--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GGGG--TC-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CG-CGGTGAA--TA---AATC---TGAAATA-T--AGCGA-T--AA-A-TC--------TGAAA-ATAAGACA--TTCATTT--CAATTTCGTTTT--A--AA-TATACT---TGTCT--AACATGCTTTT-CTTT-T---A-ATT-AA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAA-ATTCAA-AAA-AT-ATAAACA-A-TTAG-CGTTTTT---A-ATACTTTGTAAATATTTTATACTC-T------A----AAAAAT--T----A-AC------T-TC--TA-T----C--GGG-TTT------TTT-A----GG-CA-T-GT-TT-TATATA--G-ATATT-CA-T-ATCA----GG-----CA-C-CA--AA----------------TCAA-A--G-C--AA-A----TTT---GGAT--A--------C-T---A-GA-AT-CTT-CTTA-T-TT-GT--AAGCA-AA-A-C--AACA-----------TTTTTT---C-A-TC--AT-T-CTG----GAAAA-AA----TCA-C--AA-----------A-------A--A----A-AT-CA---T-A-T-TA------A-AA--AAT-T-----G-AG-A---CT------TG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GG--TGAA-A---CCA-TGCTT---C------TT-G-A-AAG-G-----T-G-CAT-AAA--C------GA-A-T-CATG-A-AAT-A-A---A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|3 : CATTTAAGGTAGCTCATTACAC-CAA-------------AA-------TT--G---------------T--TT-----AA-------G-C-A-C-TTT-----TCAA-G--AAGCACA------------GT----TT--CG--C-CATCAAAA-AA-A---TAA-C--ACA-------GGCT-C--TCTCAGA-T-TGAT-T---T-T---AAGTA-----AAG-GA-----T-T-TATTCT------TG--------GTG---A--T---T-TT-C----C--CCG---A-AT---A--A-T----GAAAG-AA--G----TTGT-T--T------------T--C-----T-T-T-GC----AAG-A---AA-GA-G--AT-TCT-A---G-A--G--------T---C-AA-A--T---TT-T-----G-CT-G-T--G---A------TT-T---------------G----AT-----A--A-G-AT--AT---AT----G-A-ATG-TCATC-----A--TAAA---AAC-C-T--GT-CT-A-AA----GAG--CT-----C-A-GA--------TA-------T-A-C----A-A--TC--GG-----T-------T---------------TTT---A---ACA--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A---A-----T--T--------ATGGAAAA-T---A-TT---AT----TT-------G---TT--------------G-ATATT----C-------TTT----A--A----T-C-----T----ATG-GAT----AA--A--AT-AT-T-C----AA-AAA-----C-A-TG-TCA-C-TT------------A--G---AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-------T------ATA--------TT--TTCAAAAA--G--AAATTGA-GA------T-G----AAAT-----A----GCC--A-AAATTT----AG-AA--ATA-TT------G--CG--A-T--TT----TT---C----A--AATTT-------------G---A-------------ACC--AA----G----C----CCGAT----C----------GA--A-ATT-A---CA--C---AAAA-AAGTCA-T-A-G--A--GAGAA----------T---TGTA---A-T--------AAG--TAA-------A-CTG-CA------TTC--CC-TTG---A-AG-TAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---T-TAAA-T--GATTTT----A---TAAAGGAAAG--TAAATT---------CT-T--G---ACGAA--ATA--T------CCAT------A-GAA---TTAC--CAG-T--A--A-------T--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTC--T---ATC-CA-GTT------CGA-TC-GGGG--TC-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCGCT----GG-CGGAGAA--TA---AATC---TGAAATA-T--AGCGA-T--AA-A-TC--------TGAAA-ATAAGACAT-TTCATTT--CAATTTCGTTTTA-A--AA-TATACT---TGTCT--AACATGCTTTT-CTTT-T---A-ATT-AA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAA-ATTCAA-AAA-AT-ATAAACA-A-ATAG-CGTTTTT---A-ATAC-TTGTAAATATTTTATACTC-T------A----AAAAATTAT----A-AC------T-TC--TA-T----CG-GGG-TTT------TTT-A----GGCCA-TGGT-TT-TAT-TA--G-ATATT-CA-T-ATCA-----T-----CA-C-CA--AA----------------TCAA-A--G-CG-AA-A----TTT---GGAT--A--------C-T---A-GA-AT-C-T-CTTA-T-TT-GT--AAGCA-AA-A-C--AACA-----------TTTTTT---C-A-TC--AT-T-CTG----GAAAA-AA----TCA-C--AA-----------A-------A--A----A-AT-CA---T-A---TA------A-AA--AAT-T-----G-AGAA---CT------TG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GG--TGAA-A---CCA-TGCTT---C------TT-G-A-AAG-G-----T-G-CAT-AAA--C------GA-A-T-CATG-A-AAT-A-A---A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|19 : aagTTAAAAGTAGCTCATTACAC-TAA-------------AAGTTTACTTT--G---------------C--TCTGTAAAA-------A-C-A-C-CCT-----CTTA-G--ATGTATG-----ACGTATGAT----TT--CAAAC-AATGAAAG-AA-G---TGA-T--ATATATGTAAGACT-C-------AT-T-T-AT-T---T-T---A--TA-----T---GA-----TAT-T----TAGGTAATGT-------GTG---A--T---T-TT-TTTTTC--ACGG--A-AT---A--A-T----AAAA--AA--G----GTGC-G--T------------T--G-----T-T-T-GC----AAta
gi|22 : TTAAAATAATTTATTATGCATGA-------------A--------TTCGA---------------T--TT-----AA-------G-CGA-CGCTT-----TTAA-GCAAGGCATG------------GT----TC--CA--C-ATTCGAAAGAA-A---TAAAT--ACA-------AGCTTC--TC---AA-TCT-AT-T---TAT---A--TG-----A---TA-----T-A-T----T------T---------------A--T---T-TT-atga
gi|28 : TTAAGGAGGCTCATTATAT-AAAC------------A--------TT--GGTTATTCATGATTAAT--TT-----AA-------GAC-A-C-TTT-----TTAG-A--AAACGCC-----A------GTTATATT--CG--------AAAA-GA-A---T-A-C---CA-------AGCT-C--GC---AT-T-G-AT-T---A-T------TA-----ATT-GA-----T-T-T----T------ctagtgatgacctaccttcgagcctc
gi|2 : aaagTAAGGTAGCTCACTACAC-CAA-------------AA-------TT--C---------------TAATT-----AATGATATCG-T-AAC-CTT-----TCAA-G--AA-CACA-----G------GT----TTTTCG--G-CATCGAAA-AA-A---TAA-A--AAG-------GGCT-C--TC---AA-T-T-AT-T---TAT---A--TG-----A----A-----T-T-T----T------TG--------GTG---A--T---T-TT-T----C--CCGG--A-AT---A--A-T----GAAA--AA--AAC--TTGT-T--T------------T--C-----T-T-T-GC----AAG-A---A------------------------G--------T---CCAA-A--T---TT-T-----G-TT-G-T--G---A------TT-T---------------G----AT-----GT---A-AT--AT----T----G-A-ATG-TCAT------A--TAAA---A-C-A-T--GT-CT-A-AA----A-G-ACT-----C-AAGA--------TA-------T-A-C----A-AG-TCC-GGG----T-------T---------------TTT---T---A-A--A--ATAA-A--AAAT----ATTT-AAT----------G--A---A-----TATT--------G----AA--T---A-TT----T----TT--G-T--G---TT--------------G-ATATT----T-------TTT----A--AA---T-C-----T----ATG-GAC----AA--A--GT-AT-T-C----AA-AAA--A--C-A-T--TCA-C-TT------------A--G---AAA--TAG-GAATATGT--T-G--------G-----AGAC---AA------T------ATG--------TT--T-TTAAAG--G--AAAATGA-AAAA----T-G----AAAT-----A----GCCC-A-AA-TTT----AG-AA---TA-TT------G--CG--A-T--TT----T----CTTAAA--AATTT-------------G---A-------------ACCCAAA----G----C----CCGAT----C----------GA--A-ATT-A---CA--A---CAAA-AAGTCA-T-AAG--A--GAGCA----------T---TGTA---A-T--------TAG--AAA-------AACTG-CA------TTC--CC-TTGTTTG-ATGTAA----GG-----TTT---A-CACA---T-TACA-T--GATTTT----A---TAAAGGAAAG--TAAATT---------CT-T--G------------------------------------------AC--CAG-TAAA--A-------T--AT--G-------AGTTATT-TC-----AG--TCC------CA----TATTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GGGA--TC-GG-T-AAC--TT-----T-TTT-------TCTCT----CG-CGGTG-A--TA---AATC---TGAAATA-T--AGCGA-T--AACATTC--------TAAAA-TTAAGACAT-TTCATTT--CAAATT-GTTTT--AATAA-TATACT---TGTCT--AACATGTCTTT-CCTT-A---A-ACA-AA-CCTGGTTATTTTTAAA--AGAAATTTTA------TCCATAG-ATTTAAGAAA-AT-ATCAACA-A-ATAGATGGTTTTCAAA-ATAGTTCGTATATATTTT-TTCTC-TTAAA--A----AAAAATCAT----A-AC------T-TCCTTA-T----T--GGG-TCTG-----TTTAA----GG-CA-TAGT-TT-TAT-TA--GAATATTCCA-TCATCA----TGAAAAACC-C-CA--AAAAAAAAAAAAAAATTTTCAC-A--G-C--GACA----TTTTTGAAAT--A--------C-T---A-GAGAT-CTCGTTTA---TT-GC--AAGT---A-A-C--AACA-----------CATTTT---CAA-TC--AT-T-CTG----GAAAA-AA----TCA-CAAAA-----------A-------A--A----A-AT-TA-----A-T-TA------A-AA--ATT-T-----G-AGAA---CT------TG-T--ATC-A---CCT-TT--TCGAA-----GG--TGAA-A---CTA-TGC-T---C------TT-GAA-AAG-G-----T-T-TTTAAAA--CGGATAGGA-A-C-CAT--A-AATAA-A---A---TATTGA--TGTA-ATTGAGCCT-CCT
gi|3 : aacacaAGGAGGCTCAATACAT-CAATATTTATTTCATGA--------TTC-G---------------T--TT-----AT-------G-C-A-C-CTT-----TCAA-G--AAGCATG------------GT----TT--CA--C-CTTCGAAA-AA-G---TAA-T--ACA-------AGTT-C--TC---AA-T-T--T-T---T-T---A--TA-----T---GA-----T-T-T----T------TTT-------GTG---A--T---T-TT-T----T--CCAG--A-AT---G--A-T----GAAA--AAATG----TTGT-T--T------------T--G-----C-T-T-AC----AAA-T---AA-GA-G--AT-TCT-A---G-T--A--------T---CCAA-A--T---TT-C-----G-CT-T-T--G---A------TT-T---------------G----GTG----ATG--------AT---AT----G-A-ATA-TCTA------A--TAAA---A-C-CATG-GC-CT-A-AA----AA--ACC-----C-C-GA--------TAGAAGT--T-A-T----A-A--T----------T-------T---------------TTT---A---G-A--GT-AT-A-A--AA-T----ATTT-A-C----------A--AGT-A-----T--TA-------A----AAA-C---G-CT---A------T--T-T--G---TT--------------T-ATATT----T-------TTTG---A--A----T-T-----T----ATG-GAT----AA--A--AT-CT-T-C----AATTTA--A--C-A-GG-TTA-A-TT------------A--A---AAG--AAA-AG-CATGT--T-A--------G-----ACA----AG------T------ATA--------TT--T-TAAAAC--G--AAATTGA--AA-----T-G----AAAT----------GTC--T-TA-TTTTC--AG-AT--TTA-TC------G--CT--A-TA-TT----T----C----A--GATTTATTCTCCGCCAGCG---AAAAAAGT------ACC--GA----C----C----CCGAT----CGAACTGGATAGA--A-ATT-A---C---T---GAAA-TAATCA-T-ATT--ACTGGTAA----------T---TCTATGGA-TATTTCGTCAAG---AA-------T-TTA-CT------TTC--CT-TT--------ATAAAA-TCA-----TTT---A--ATG---TGTAAA-C--CATTTT----ACTTCAAGGGAATG--CAGTTTA--------CT-T-------------AT-------------T------A-CAA---TTCT--C---T-----C-------T--AT--G-------A-CT-TT---------------------------T-TTG--T---GT--AA-TTT------CGA-TC-GGGC--TT-GG-------------------T-------TC--------------------A---AATT---TGAAAAA-T--CGCAA-T--AT-T-TC--------TAAAT-TTTGGCTAT-TTCATCT--CAATTTCTTTTTGAA--AA-TATA-T---TCTCC--AACATATCCTG-TTTC-T---A-AGT-GA-CATG-------TT--TTTGAATATTTTA------TCCATAG-ATT-AA-AGA-AT-ATCAACA-A-ATAA-TATTTTC---C-ATAATTCATAAATATTTT-TATTTGT------T----AAAAAC--C----G-AT------TGTA--TA-T----CT-GAG-CTC------TTT-A----GA-CA-G-GT-TT-T-TATGATG-ACATT-CA-T-ATAT----CT-----TA-T-CA--AA----------------TCAC-A--G-C--AA-A----ATT---TGAC--T--------C-T---A-GA-AT-C-T-CTTT-C-TT-GC--AAAGA-AA-A-C--AAC------------TTCTTT---C-A-TT--AT-T-C-G----GGGAA-AA----TCACC--AA-----------G-------AATA----A-AT-CCTT-T-ACT-TA------A-AATCAATCT-----G-AG-AGAGCC------TG-T--GTT-A---TTT-TT--TTGAT-----GG--CGAA-A---CTG-TGCTT---C------TT-G-A-AAA-G-----T-G-CTT-AAA--C--------------------------A---A---TTTTGG--TGT--AATGAGCTA-CCT
gi|27 : aagcattta--------TT--G---------------C--TT-----TT-------G-C-A-C-CTT-----TCGA-G--AATCACA------------------------------TTGAAT-GA-G---TGA-T--ACA-------TGCT-T--TT---AA-T-C-AT-T---T-T---A--GA-----T---GA-----T-T-T----T------TGGGAGGTTTGTG---ATTT---T-TT-T----T--CGGG--C-AT---G--G-T----GAAA--Aata
gi|16 : --------TC--G---------------T--TA-----AA-------A-C-A-C-CTC-----TTTT-G--AAATA---------------T----TT--CA--T-GATCGAAA-GG-----TAA-T--AAA-------AGAT-C--T-----A-T-T-ATGT---T-T---A--TAT----A---AA-----T-TAT----T------TA--------TTA---A--TATTT-TT-T----C--CCCA--A-AC---G--ACT----CAAA--AA--G----TTGT-T--TATA---------T--C-----T------C----AAT-AT--AA-GATA--AT-TCC-A---A-A--A--------G---TAAA-A--C---TT-T-----G-CT-G-TC-G---A------TC-T--------------------ATG----ATG--------GT---AT----G-A-TTT-CCA-------A--TAAA---agattaaacaaatatt
gi|2 : ---------------T--TT-----AA-------A-A-A-CCTTT-----TCAA-G--A-GCATA------------GT----TT--CA--C-CTTCGAAA-AG-G---TGA-T--ACA-------AGTT-C--TC---AA-----AT-T---T-T------TA-----ATT-AA-----T-T-T----T------TTTTT-----GTG---A--T---T-TT-T----T--CCAG--A-AT---G--A-TT---GAAA--AT--G----T-GT-TG-T------------T--A-----C-T-T-GC----AAT-A---AACGA-G--ATCTCT-A---GTA--T--------T---TCAA-AAAT---GT-C-----G-CT-G-T--GAAAA------TT-TTTTTTTTTTTTTTGGG----GTTTTTCATGATG-AT--G----------G-A-ATA-TTCT------AA-TAAA---A-C-TAT--GC-CTTA-AA----CAG-ACC-----C-A--A--------TAAGGAAGTT-A-T----G-A--TTT-T------T-------T---------------TTT---A---A-G--A--GAAA-A--AA-T----ATAT-A-C----------G--A---ACTATTT--T--------G----AAA-----A-CC---AT----CTATT-T--G---TT--------------G-ATATT----T-------TCTTA--A--A----T-C-----T----ATG-GAT----AA--A--AT--T-T-CTTTTAA-AAAT-AACC-A-GGTTTG-T-TT------------AAGG---AAA------GA-CATGT--T-A--------G-----ACA----AG------T------ATA--------TT--A-TTAAAA--C--AATTTGA--AA-----T-G----AAAT----------GTCTTA-AT-TTT----AG-AATGTTA-TC------G--CT--A-TA-TT----T----C----A--GATTTATCACCGC-----G---AGAGAAAAAAAGTTACC--GA----T----C----CCGAT----C----------GA--A-ATT-gacattaaataaattttggtatagttccatgtattgt
gi|6 : aacacataaggtagctcactacaccaaaattctaattaatgatatcgtaacctttcaagaacacaggtttttcggcatcgaaaaaataaaaagggctctcaattatttatatgaatttttggtgatttttcccggaataatgaaaaaaacttgttttctttgcaagaagtccaaattttgttgtgatttgatgtaatattgaatgtcatataaaacatgtctaaaagactcaagatatacaagtccgggttttttaaaataaaaaatatttaatgaatattgaatatttttgtgttgatattttttaaatctatggacaaagtattcaaaaaacattcacttagaaataggaatatgttggagacaatatgtttttaaaggaaaatgaaaaatgaaatagcccaaatttagaatattgcgattttcttaaaaatttgaacccaaagcccgatcgaaattacaacaaaaagtcataagagagcattgtaattagaaaaactgcattcccttgtttgatgtaaggtttacacattacatgattttataaaggaaagtaaattcttgaccagtaaaatatgagttatttcagtcccatattctatc---------------T--TT-----AA-------G-A-A-C-TTTAATGTTCAATG--AGGTAGACTTACA------GT----TTTTCG--CTCTTCGGAA-AA-ACGCTAA-TT-ACA-------AGCT-TCTTC---AAAC-T-AT-T---T-T---A--TATATATG---AA-----T-T-T----T------TG--------TTG---A--T---T-TTAT----C--CCGG--A-GT---A--A-T----GAGATAAA--G----TTGT-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGT-T-GC----AAA-ATTAAG-GA-G--CT-TCT-ATT-G-A--G--------T---C-AA-C--TG--TT-T-----G-CTTG-T--G---A------TTCT---------------G----ATT----GTAA-G-AT--AT---ATTTTTG-A--TG-TTATTGTATTA--TAAA---A-T-C-TTGGT-CT-TTAC----AAC-ACTT----C-A-GA--------TA-------T-A-G----AGA--TCT-GAAATTAT-------T---------------TTT---GT--A-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A---A-----T--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATG--T-T--GGGCTT--------------GTATATT----TACT----TTT----A--AAGGTT-C-----T----ATG--AT----AAGAA--AT-CT-T-C----GA-AAA--A--T---TG-TCATC-TT------------A--GCG-AAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----AA------TTATACGATA--------ATGGT-CAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCA--A-AA-TTTTG--AA-AA--ATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT-------------ATACG-------------ACC--AAATTTG----C----CCGAA----CA---------GA--A-ATT-GAC-CA--TTTTAACA-AAGTCA-TCA-G--A---AGAA----------TATATGTA---AAT--------AAG--AAAGGCAATAA-CTA-CA------CTCTACCGTTG---G-ATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C---AA-T--TATTTT----A---TAacggataggaaccataaataaaatattgatgtaattgagcctcct
gi|5 : ---------------T--TT-----AA-------G-A-A-C-TTTAATGTTCAATG--AGGTAGACTTACA------GT----TTTTCG--CTCTTCGGAA-AA-ACGCTAA-TT-ACA-------AGCT-TCTTC---AAAC-T-AT-T---T-T---A--TATATATG---AA-----T-T-T----T------TG--------TTG---A--T---T-TTAT----C--CCGG--A-GT---A--A-T----GAGATAAA--G----TTGT-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGT-T-GC----AAA-ATTAAG-GA-G--CT-TCT-ATT-G-A--G--------T---C-AA-C--TG--TT-T-----G-CTTG-T--G---A------TTCT---------------G----ATT----GTAA-G-AT--AT---ATTTTTG-A--TG-TTATTGTATTA--TAAA---A-T-C-TTGGT-CT-TTAC----AAC-ACTT----C-A-GA--------TA-------T-A-G----AGA--TCT-GAAATTAT-------T---------------TTT---GT--A-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A---A-----T--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATG--T-T--GGGCTT--------------GTATATT----TACT----TTT----A--AAGGTT-C-----T----ATG--AT----AAGAA--AT-CT-T-C----GA-AAA--A--T---TG-TCATC-TT------------A--GCG-AAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----AA------TTATACGATA--------ATGGT-CAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCA--A-AA-TTTTG--AA-AA--ATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT-------------ATACG-------------ACC--AAATTTG----C----CCGAA----CA---------GA--A-ATT-GAC-CA--TTTTAACA-AAGTCA-TCA-G--A---AGAA----------TATATGTA---AAT--------AAG--AAAGGCAATAA-CTA-CA------CTCTACCGTTG---G-ATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C---AA-T--TATTTT----A---TAtttttggaataaagg
gi|33 : -G--AAGCATG-----A-------T----TT--CA--C-C-TTGAAA-GA-G---TAA-T--GCAA------GGCT-T--TT---A---------------T---A--TA-----T---GA-----T-T-T----T------TG--------TTG---tttttggaataaagg
gi|32 : aaaacaaca--AAGCATG-----A-------T----TT--TA--C-CACCAAAG-AA-G---AAA-A--ACA-------AACT-C--TC---AA-T-C-TT-TGGCT-T---A--TAATC--A---TA-----T-T-T----T------T------------------T---T-TG-T----C--TCAG--A-AT---A--A-G----GAAA--AA--atacgatgtacataaaagagcc
gi|25 : tT----TT--TA--C-AATCAAAA-GA-G---AGA-T--GCA-------AACT-T--GC---AA-T-T-AC-C---T-C------CA-----AT--GA-----T-T-T----T------TG--------GGGT--A--T---T-TT-T----C--T--G--ATAT---G--A-T----AAAA--AA--A-----AGT-T--T------------T--G-----C-T-T-GT----TAG-T---AA-TA-C--AC-TTT-A---G-A--A--------T---TTAA-A--C---TT-A-----G-CT-T-T--C---A------AT-T---------------G----AT-----
gi|7 : tcG--C-CATTACAT-GA-AGT-TAT-T--ACA-------AGCT-C--TC---A--T-T-AT-T---T--------------------A-----T-T-G----T------TA--------AT-------T---T-TT-T----CAACTGGGAA-AC---A--A-T----GAAA--AAAAG----TAGT-T--T------------T--T-----C-T-T-TCGAAAAAG-AAG-AA-GA-G--AT-TCT-GAC-G-A--GTT------T---CCAA-A--T---TT-TTCCACA-CT-GCC--A---A------TT-T---------------A----AA-----ATTA-ATAT---T---AT----GTA-ATGATCTA------A--TAAA---A-C-A-T--GTACT-A-AG----AAG-ACT-------A-GA--------TAAT-----C-A-CTCAAG-A--TCCAGG-----TTG-----T---------------CTT---A---A-ATTA--ACGA-A--AG-T-----TTT-A-T----------T--ACT-A-----T--T--------G----AAA-TTAAA-TT---AG----TT--T-G--T---TT--------------GTATATTTTTAT-------TTT----AAGA----T-CTGAATT----ATGTGAT----AA--ATGAA-ATCT-C----AA-ACATCA--CGA-TG-TCC-CTTT------------A--G---AAA--AAG-GAGTAAGTAAT-GATCTCCAAG-----AGAAGAGAA------T------ATATCTTTTATTT--T-TAAAAA--G--AAATTGA-AAA-----TAG----AAGT-----AATAGGCC--A-AG---T----AG-AA--ATA-TT------G--CGGAA-TTCTT----T----C----AATAGTTT-------------A---A-------------ACC--GA----G----C----CGTAT----------------A--G-ATT---------C---GAAA-AAtcat
gi|14 : AAAA-GATA---TAG-C--ATA-------GGC--C--TC---AA-T-T-AT-T---T-TAGGA--TA-----C---AG-----T-T-T----T------TT--------GTG---A--T---T-TT---------CCGT--A-AT---G--A------GAAA--AA----------T-T--T------------TGGT-----T-T-T-AC----AAT-A---A---A-G--TT-TCT-A-----A--G--------T---ACCA-A--C---CT-C-----G-CT-GTT--G---A------CT-T---------------GTGTTGC-----ATAA-T-AG--AT---AC----G-G-A-------------A--TAGGC--A-C-A-T--GC-CT-A-AAGGGTGAG-ACC-----C-C-GAGTAGGAAGTA-------T-A-T------A--T----------T-------T---------------TTT---ATCTA-G--A--ACAA-A--AA-T----ATTa
gi|11 : aaccagataagcgttttcagattattggtAAA-AA-G---TAA-CTAACA-------AGCTTC--TC---AA-T-T-AT-T---T-TT--A--TA-----AACTGA-----T-T-T----T------TC--------TTTTTTA--T---T-TT-T----C--C--G--A-AT---G--A-T-----AAA--AA--G----TTGT-T--T------------T--C-----T-T-T-GC----AAC-A---TA-AA-A--GT-TCT-AAGTA-A--A--------T---CCAA-A--TCACTC-C-----GTCT-G-T--G---A------TT-G---------------G-----------GTGG-A-ATTGAT---AT----G-ATATG-T
gi|42 : tCT-C--TC---AA-T-T-AT-T---T-T---A--TA-----T---GAA----T-T-T----T------TT--------GCG---A--G---T-TT-T----C--CCAG--A-AT---A--A-T----GActcgaattgttgttgaataccatccttacacttagaaagggttcctttttaaatcgaacatgtaatataacatttaagtgtgaattgagcctccttaagg
gi|39 : T-C--TC---AA-T-T-AT-T---T-TT--A--TA-----T---GACTGAAT-T-T----T------TT--------GTG---A--T---T-TT-T----C--ACGG--A-AT---A--A-T----
gi|36 : ---GA-----T-T-T----T------T----------TG---A--T---T-TT-T----C----AG--A-ATGATA--A-T----TAAA--AAAGG----GTGT-T--T------------T--T-----G-TGT-GC----AAA-G---AA-GA-G--AT-TCT-T---A-A--G--------T---C
gi|35 : a------TG--------GTG---A--T---T-TT-T----C--CCAG--G-AC---A--A-T----CAAA--A---------TGT-TAAA------------T--G-----T-T-T-GC----AAA-AT--AC-GA-GA-AT-TCC-A---A-A--A--------T---CCAA-A---------A-----G-CT-G-T--G---A------TT-T---------------ccccccc
gi|45 : ------TG--------GTG---A--T---T-TT-T----C--ACGG--A-AT---A--A-T----GAAA--AA--G----TTGT-
gi|24 : --------GTT---A--T---TGTT-T----T--CCAC--A-AT---ATGA-TTA--AAAA--AA--G----GTGT-T--C------------T--G-----T-G-T-GC----AAA-A---TA-AG-G--AT-TCT-A---G-A--A--------T---CC---A--T---CT---------------------A------TA-T---------------G----GT-----GC-----AG--AT---AT----G---ATG-T-AT------A---AAA---A-C-A-T--GG-CT---TA----AGG-CCT-----T-A-GA--------TA-------
gi|44 : aaaaatttcagaacatc--------GCG---A--T---T-TT-T----C--TCTG--A-AT---A--A-T----GAAA--AA--G----TTGT-T--T------------T--C-----G-T-T-Gaattcc
gi|17 : TG---A--T---T-TC-C----C--CCGG--A-AT---A--A-TAGAAAAAA--AA--G----GTGT-T--TC-----------T--A-----T-T-T-GT----AAATA---AA-GA-G--AT-CCT-A---A-G--T--------T---CCAA-A------TT-T-----G-CT-G-T------A------TT-----------------------T-----CTGA-A-GT--CTA--AT----G-A-A-G-TT-T------AACTAAT---A-CAC-T--GT-CC-T-AA----ACA-ACT-----CAA-GA--------TA-------TAA-C----A-A--TCC-GT-----TTTTTTTCT---------------TTT---A---A-A--A--ATAT-A--AA-T----AT-----T----------A--A---A-----T--TTTGA----G----AAA-T---A-AT---TT----AT--T-T--G----T--------------A-ATATT----T-------TTA----A--A----T-CT----T----ATG-GAT----AA--A--
gi|12 : ---T-TT-T----C--CCAGT-A-AT---A--A-T----GAAA--AA--G----TTCC-T--T------------TTAC-----T-T-TAGC----AAA-AT--AA-GA-G--AT-TCT-
gi|34 : --CCGG--A-GT---A--A-T----GAAAC-AA--G----TTGTAT--T------------T--CTT---T-T-T-GCT---GAA-A---AA-GC-G--AT-TCT-A---G-ATGG--------TGCACAAA-A--TG--TTAT-----G-CT-G-T--G---A------TT-T---------------caaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaataagacatgtctaaaagtactcagatattacacatccggtttttcaaaaatgataaatatttaattaattacctctggaaaatagttatttggttgatgtaaccttggaagatgctc
gi|1 : -AT---A--A-T----GAAA--AA--AGTTTTTGT-T--T------------T--TATTTTT-T-T-GTTTA-AAA-A---AA-GA-AGAAT-TCTTA---G-A--AGTTTTTTTT---CCAA-A--T---TT-T-----GGCT-G-TTTG---AAATTTTTT-T---------------G----ATTGTT-ATTATA-AT--AT---A-------A-ATG-TTTT---------TAAATAAA-C-A-T--GT-CT-A-AA----AC--ACTTTGCCC-A-GA--------TAAAT----T-A-C----A-AATTCC-GG-----T-------TTTTTTTTTTTTTTTTTTT---T---T-G--A--ATAA-ATTAA-TTTTTATTT-A-T----------T--A---T-----T--TTGAA----A----AAA-T---A-TTTAAAT----TT--T-T--T---TTTTTTTTTTTTTTTGG-ATATT----TATCTTTTTTT----A--A----TTC-----TTTTAATG-GATTTTTGT--A--AT-CT-TTC----AA-AAATTA--C-AATG-TCC-CATTGCTGTAAAAGGGA--A---AAA--CAAAGA-TATTT--TCG--------G-----AGA----AACATTAGT------ATC--------TT--T-AGAAAA--G--AAAT-GA-AAAAAACCT-G----AAATTTTAAA----GCC--ACAA-TTTTT--AG-AA---TA-TTATTTTCG--CG--A-T--TT----TTTTTC----A--CTTTTTTTGAA-------A---A-------------ACC--AA----G----CGCCCCCCATTTTTC----------GA--ATATTTA---CAAAC---AAAA-AAGTCAAT-A-G--G--AAGAAAGCATTTTTTT---TTCA---A-T--------AAGAATAA-------A-CTT-TACCCTCCTTT--CG-TTG---A-TGGTTAAT-TGGGTTTTTTT---AACACAAAAT-TAAACT--AATTTTTTTTA---TAAAGGAAAGAATAAATTTTCTTTTTACT-T--GAAAAAAAA--ATG--T------CCATTTTAACA-AAATTGTTACCTCAGTT--A--A-------TACAT--GCAACCCTA-TTTTT-TTTCCCAAG--T--------AAATTTT-TTCTTT---ATT-CA-TTTTTTTTCCAA-TC-GGGAT-TC-GG-TAA----CT-----T-TTTTTTTTTCTTTCT----CG-CTGAGAAATTA---AATCCCTTGAAATA-TTAGGCGA-T--AG-A-TCCTTTTTTTTGAAATAAAAGAAA--ACCATT------TTTCATTTT--C--AA----ATT---TTTCT------TTTTTTT-TTTT-TTAAA-ATT-AA-
gi|20 : A-G--AT-TCT-A-----A--G--------CAA-CCAATA--TAA-TT-T-----G-AT-G-T--A---A------TA-C---------------GC---AT-----ATTG-A-AT--AT---GT----G-------TTA-------A--TAAA---A-T-CAT--GT-CT-A-AA----AAG-ATT-----G-G-GA--------TA-------T-A-C----A-G--TCC-GT-----A-------T---------------TTTGTAA---A-A--A--ATAA-AC-AA-T----A--T-A-T-----------------------------------------AA-T---A-TG---AA----TT--T-TGGG---TT--------------G-ATATT----T-------TTTTTTAA--A----C-CT----T----ATGTGAT----AA--A--Agtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|13 : agaAA-A--G---TT-T-----G-CT-T-A--C---A------TT-T---------------T----AT-----ATTA-T-TT--ATTTCAT----T-ACATGGCCATTA----A--TAAA---A-C-A-T--GT-CT-A-AA----AAGTATT-----C-A-GA--------TGTT-----T-ATC----A-AG-TCT-TG-------------T---------------TTT---A---T-A--A--ATAA-AATAA-T----ATTT-A-T----------G--ATATA-----T--T--------GGA--AAA-T---GCTT---AT----TT--TGT--T---TT--------------GCATATT----T-------TATCA--A--A----T-C-----T----ATG-AATTCACAA--A--ATAAT-T-T----AA-AAA--A--T-A--A-TTA---TT------------A--GTTTATA--TAA-AA-TATAT--T-AT-------G-----AAA----AA------
gi|12 : ------A--TAAG---A-C-A-T--GT-CT-A-AA----AGT-ACT-----C-A-GA--------TAT------T-A-C----ACA--TCC-GG-----T-------T---------------TTTC--A---A-A--A--ATGATA--AA-T----ATTTAA-T----------T--A---A-----T--TACCTCTGGA----AAA-T---AGTT---A-----TT--T-G--G---TT--------------G-ATGTcttgtagactatattctcgaagg
gi|15 : ttttcccagtaataatgaaaaagttccttttactttagcaaaataagagattctcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaAA-A--AA-T----GTTT-T-T----------GGAA---A-----T--T--------G----AAAAT---G-TT---AT----CT-------G---TT--------------A-ATATT----T-------TTA----A--AA---T-C-----T----ATG-ACT----AC--A--AT-CT-T-T----AA-GAA--T--C-A-TG-TCA-C-TTTT----------A--A---AAA--TAA-AA-CGTAT--T-G--------A-----AGA----AA------T------AT----------------------------------GAA-----T-G-------T------------------A-TTTTGTAAGTAA--ATA-TT------G--CT--ATT--TT----T----T----A--AATCT-------------T---A-------------ACC--GA----G----C----CTGAT----A----------TG--A-ACT-A---TA--C---AGCA-AATGCT-T-A-G--A--GAACA----------C---TGTG---A-T--------AAG---AA-------A------A------TTC--CC-TCG---aaccttggaagatgctc
gi|8 : ------ACA--------TT--T-TGAAAATTGTTAAAATAA-CCA-----T-G----AGAT-----G----GTC--ATAA-TTC----C--AA--ATACTT------T--CG--A-T--TT----T----T----C--AACTT-------------T---A-------------ACCGCAA----GGTCAC----TTGGT----C----------GGTCA-GGT-A---CA--A---GAAGCAAG-CG-T-A-GTAA--GAACA----------T---CATC---A-TC-------AAG---AA-------A--TA-TA------TTT--CC-TTG---G-TGATAAAAATGA-----TTT---A--------T-CAAA-TTCGATCT----------AAA--AAAT--TTATTT---------TT-TCTA---ATAAATGGTACTT------GCAA------A-CAA---TTAG--CAG-C--A--A-------A--ATTGG-------A-TTATTATC-----AGAGT--------AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------GGA-TT-GGGA--TC-GG-T-G----GT-----T-TTT-------TTTTT----Cggctcgatataaa
gi|30 : atggtcaaactcatgtcttccagataaaaagatgaactactgaagaagaacagtaAAA--G--AAA------GA-----T-A----AAA------A----CTT--A-AA-TTT----CG-AA--ATA-TT------G--CGA-A-T--TT----T----C--------ACTC-------------GT--G-------------ACC--TA----G----C----CTGAA----C----------AA--A-ATT-ATTTTA--T---AAAA-A--CCA-T-A-G--A--GAttttggt
gi|18 : ttttt----A--AGTTT-------------G---A-------------TCC--AA----G----T----CCGAC----T----------TG--A-ATT-A---TA--T---TAAA-ACGT--------------------------------TGTT---A-T--------GAG--AAA-------A---G--A------TTC--CC-TTC---A-A-ATTAAA-TGG-----ATT---A-CAAA---T-TCAA-T--AATTTT----A---TGCAACAATC--T-ATTT---------GTAT--G---ATAAA--ATA--T------GCAT-----------------T--CAG-T--A--AGGATTGGT--AT--G-------G-CTATT-TT-----AG--A--------AA----T-GTT--T---ATC-AA-ATT------TGA-TC-CGCA--GC-AG-T-A----CA-----T-TT
gi|21 : tGGA----------T---TATA---C-C--------AA----AA-------A-CTAACA------TTC-----TTG---ACAGATAACA-TGA-----TTT---A-TATA---T----------------------------GAAAC--TAATTT---------CT-T--G---ATGAA--ATG--TGGCAAACAAT------AAGAA----------AA-T--A--A-------T--AT--G-------A-T-ATT-TT-----AG--T--------AA----T-TTT--C---ATG-AA-TTT------TTC-TC-AGAA--TC-AGTT-A----CT-----T-TTT-------T
gi|26 : ---A-CACACCCT-TCAA-C--G---TT----A---TAAAGGAAAT--TAATTT---------CG-T--G---ATGAA--AAA--T------GAAA------A-GA----TTAG--CAG-C--AGTA-------T--AT--G-------A-TTAGT-TC-----AA--TTAATAATTAA----T-TTC--T---ATT-TA-TTT------AGA-TC-GGGA--TC-GG-C-G----CC-----T-TTT-------tc
gi|31 : AA--ATG--T------C-AT------A-CAA---TTACG-CAG-T--A--A-------T--AT--G-------A-TTATT-AT-----AG--T--------TA----T-TTC--CTTAATCTAATTTT------CGAGTCTGGGA--TCGGG-T-AAACGCT-----TGTTT-------TCct
gi|38 : AG-C--A--A-------T--A---------------ATT-TT-----AG--T--------AT----T-TTC--T---ATA-AA-TTC------TGA-TC-GGGA--TC-GA-T-A----CT-----T-TTC-------TTTCga
gi|9 : ----T-TTC--TGA-ATC-AA-ATT------TG--TC-GGA---TC-GG-T-AG---CTATGTAT-TTT-------TC-CT----CG-CTGAGCA--TATAGAATC---TGAAATATT--AGCGAGT--TC-A-TA--------TGAAA-ATAAAAC----TCATTC--CAATTTTTTCTT--A--AA-TATACTCACTGTCT--AACG-GTTCCTGCATT-T---AGATT-AAGTCTG-------TTatc
gi|29 : aaaagtcatgagagcatttaataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnac-TTC------ATC-A--TTT------CGA-TC-GGTGATTC-GG-T-A----CG-----T-TTT-------TTTCTACTACGTCGAGAAA--TA---AATCTT-TGAAA-A-T--AGCGA-TCCAT-A-TCG-------TGAAA-GAAAGAAATTTTCATTTC-CAAATTCTTTTT--
gi|2 : tta--TTCATTTTTCATTTTCCTTTA--A--AAACATA-T---TGTCTCCAACATATTCCT-ATTTCT---A-AGTGAA-TGTT-------TT---TTGAATACTTTG------TCCATAG-ATTTAA-AAA-AT-ATCAACACA---AA-AATATTC---A-ATATTCATTAAATATTTTTTATTT-T------A----AAAAAC--CCG--G-AC------T-TG--TA-TATCTT--GAG-TCT------TTT-A----GA-CA-T-GT-TT-TATAT---G-ACATT-CAAT-ATTA-----------CA-T-CA--AA----------------TCAC-A--A-C--AA-AA---TTT---GGA--------------------------CTT-CTT-------GC--AAAGA-AA-A-C--AAGT-----------TTTTTT---C-A-TT--AT-T-CCG----GGAAA-AA----TCA-C--CA-----------A-------A--A----A-TT-CA---T-A---TA------A-AT--AAT-T-----G-AG-AGC-CC------TT-T---TT-A---TTT-TT--TCGAT-----GC--CGAA-AAACCTG-TG-TT---C------TT-G-A-AAG-G-----T-----T---A--C------GATA-T-CATT-A-ATT-AGA---A---TTTTGG--TGT--AGTGAGCTA-CCT
gi|10 : aacacataTTGAAGATTTTAAGTTAGTCTATTA-ACCAAA-AAA-AA-AAAAAAA-A---AG-CAGATAC---A-AT-TTTTATAAATATTTTATTATT-T------A----AAACAT--T------AT------T-TC--CA-A----C----A-TTTACATGATTC-ATATTCG-CA-G-AT-TT-TAT-TA--C-ATATT-GA-C-ATCA----TG-----CA-A-TA--AA----------------TCAA-A--G-CA-AA-A----TTT---AGAT--atagcccaaatttagaatattgcgattttcttaaaaatttgaacccaaagcccgatcgaaattacaacaaaaagtcataagagagcattgtaattagaaaaactgcattcccttgtttgatgtaaggtttacacattacatgattttataaaggaaagtaaattcttgaccagtaaaatatgagttatttcagtcccatattctatcaatttcgatcgggatcggtaactttttttctctcgcggtgataaatctgaaatatagcgataacattctaaaattaagacatttcatttcaaattgttttaataatatacttgtctaacatgtctttccttaaacaaacctggttatttttaaaagaaattttatccatagatttaagaaaatatcaacaaatagatggttttcaaaatagttcgtatatattttttctcttaaaaaaaaatcataacttccttattgggtctgtttaaggcatagttttattagaatattccatcatcatgaaaaaccccaaaaaaaaaaaaaaaattttcacagcgacatttttgaaatactagagatctcgtttattgcaagtaacaacacattttcaatcattctggaaaaaatcacaaaaaaaaattaattaaaaatttgagaacttgtatcaccttttcgaaggtgaaactatgctcttgaaaaggtttttaaaacggataggaaccataaataaaatattgatgtaattgagcctcct
gi|41 : acAAGATTGTA------TCCATAG-ATTTCA-AAA-AT-ATTAACA-A-ATAA-CAATTTT---taaaaaaaatctggaaaaatttactaccacatcgtataaaataactgaacttaattactctttcgatgttgtatcatgcttcgtacgaggcaaaagaaatacatg
gi|40 : ttggAGATTGTA------TCCATAG-ATTTCA-AAA-AT-ATTAACA-A-ATAA-CAATTTT---
gi|17 : attggTTTA------TCCATAAGATTTAA-AAATATTACAAATA-AATTA----TTTCT---C-AAAATTT---AATATTT-ATATTT-TTAAAAGA----AAAAA--------A-ACGGATTGT-TA--TA-T----CTTGAG-TTG------TTT-A----GGACAGT-GT-AT-TAGTTA--A-AC-TT-CA-T---TA----GA-----CT-T-CAGAAA----------------T-AC-A--G-C--AA-A----TTT---GGA---A--------CTT---A-GG-AT-CTC-TTTA-T-TT-AC--AAATAGAA-A-C--ACCT-----------TTTTTTTC-T-A-TT--AT-T-CCG----GGGGA-AA----TCA-
gi|14 : -A-TAAG-CGTTTTC---AGATTATTGGTAA-TATTTT-TGTTC-T------AGATAAAAAATA-T----ATAC------T-TCC-TACT----C--GGGGTCTCACCC-TTT-A----GG-CA-T-GTGCC-TAT-TC--C-GTATC----T-ATTA----TG-----CAACACA--AG----------------TCAACA--G-C--GA-G----GTT---GG-T--A--------C-TT--A-GA-AA-CTT---TA-T-T--GT--AA----AA-C-C--AAAA-----------TTTTTC-------TC--AT-T-ACG----GAAAA-------TCA-C--AA-----------A-------A--A----A-CTGTA---T-C-C-TA------A-AAT-AAT-T-----G-AG-G---CC------TA-T--GCT-ATATCTT-TT--
gi|24 : aaccag----AAAAAT--TTCAGA-AC------A-TC--TA-T----CTAAGG-CCT------TA--A----GC-CA-T-GT-TT-T-TATA--C-AT----CA-T-ATC-----TG-----CA-C-CA--TA----------------T------------AG-A----T-----GGAT--T--------C-T---A-GA-AT-C---CTTATT-TT-GC--ACACA-GA-A-C--ACCT-----------TTTTTT---A-A-TCATAT-T-GTG----GAAAACAA----TAA-C--AA-----------
gi|1 : G-TGT------TTT-A----GA-CA-T-GT-TTATTTAAA--A-ACATT-TA-T-ATTATAATAA-----CAAT-CA--AAAAAATT----------TCAA-ACAG-CCAAA-A----TTT---GGAA--AAAAAACTTC-T---AAGA-ATTCTT-CTT--T-TT-TT--AAACA-AA-A-A--AATAAAAACAAAAACTTTTTT---C-A-TT--AT-ttcc
gi|16 : -TT-TAT-TG--G-AAAT--CA-T-ACCA----T------CA-T--A--GA----------------TCGACA--G-C--AA-AG---TTT------T--A--------C-TTTTG-GA-AT-TAT-CTTA-TATT-G---AGATATAA-A-C--AAC-------------TTTTT---G-AGTC--GT-T-TGG----GGAAA-AAATATTAA-T--AA-----------A-------T--A----A-TT-TA---T-A-T-AA------A-CAT-AAT---------AG-AT--CT------TT-T--ATT-A---CCT-TT---CGAT-----CA--TGAA-A-------TATTT---C------AA-A-A-GAG-G-----T-G-TTT-TAA--C------GA-G-A-CATT-A-AAT-A-A---A---TTTTGG--TAT--Atttgcccagataaattacaaattccggttttttttttttttttttttttgaataaattaatttttatttattattttgaaaaaatatttaaatttttttttttttttttttttggatatttatctttttttaattcttttaatggatttttgtaatctttcaaaaattacaatgtcccattgctgtaaaagggaaaaacaaagatattttcggagaaacattagtatctttagaaaagaaatgaaaaaaacctgaaattttaaagccacaatttttagaatattattttcgcgattttttttcactttttttgaaaaaccaagcgccccccatttttcgaatatttacaaacaaaaaagtcaataggaagaaagcatttttttttcaataagaataaactttaccctcctttcgttgatggttaattgggtttttttaacacaaaattaaactaattttttttataaaggaaagaataaattttctttttacttgaaaaaaaaatgtccattttaacaaaattgttacctcagttaatacatgcaaccctattttttttcccaagtaaattttttctttattcattttttttccaatcgggattcggtaactttttttttttctttctcgctgagaaattaaatcccttgaaatattaggcgatagatccttttttttgaaataaaagaaaaccatttttcattttcaaatttttcttttttttttttttaaaattaagtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|11 : TA--C-ATAT--CA-T-ATCA----ATTC---CA-C-CC--AA----------------TCAC-A--GAC--GG-AGTGATTT---GGATTTA--------C-TT--A-GA-A--CTT--TTA-TGTT-GC--AAAGA-AA-A-C--AAC--------------TTTT---T-A-TC--AT-T-C------GGAAA-AA----TAA-A--AA-----------AGA-----A--A----A-AT-CAGTTT-A-T-AA------A-AAT-AAT-T-----G-AG-AAG-CT------TG-TTAGTT-A---CTT-TTTCTCGAATTGTTGT--TGAATA---CCA-TCCTTACAC------TTAG-A-AAG-GGTTCCT-T-TTT-AAAT-C------GA-A---CATG-T-AAT-ATA---A---CATTTAAGTGTGAATTGAGCCT-CCTgttccatgtattgt
gi|25 : -----CA-T-CA--AT----------------TGAA-A--G-CT-AA-G----TTT---AAAT--T--------C-T---A-AA-GT-GT--ATTA-C-TA-AC--AAGCA-AA-A-C--T--------------TTTTTT---T-A-TC--ATAT-CAG----AAAAA-TA----CCC-C--AA-----------A-------A--A-------T-C------A-T-TG------G-AGGTAAT-T-----GCAA-G---TT------TG-C--ATC-T---CTC-TT--TTGAT-----TG--TAAA-A---TCA-Ttaagg
gi|35 : tA--AA----------------TCAC-A--G-C--T-------TTT---GGAT--T--------T-T---G-GA-AT-TCT-CGTA-T-TT--T----GCA-AACA-TTTAACA-----------TTTTG------A-TT--GT-C-CTG----GGAAA-AA----TCA-C--
gi|12 : tg---A-GA-AT-CT--CTTA-T-TTTGCTAAAGTA-AA-A-G--GA-A-----------CTTTTT---C-A-TT--AT-TACTG----GGAAA-A
gi|36 : ---A-GA-AT-CT--CTTC-T-TT-GC--ACACA-AA-AAC--ACCC-----------TTTTTTAATT-A-TC--AT-T-CTG------AAA-AA----TC------A-----------A-------A--A----A-AT-Ccaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaataagacatgtctaaaagtactcagatattacacatccggtttttcaaaaatgataaatatttaattaattacctctggaaaatagttatttggttgatgtaaccttggaagatgctc
gi|19 : agacttaTCA-T-TT-GC--AAACA-AC-G-C--ACC-------------TTTTT---T-A-TT--AT-T-CCGTGAAAAAAA-AA----TCA-C--AC-----------ATTACCT-A--A----ATAT-CA---T-A-T-AA------A-AT--AAA-T-----G-AG-T---CTTACATATA-T--ATC-A---CTT-CT--TTCAT-----TGTTTGAA-A---TCA-TACGT---CATACATCT-A-AGAGG-G-----T-G-TTT-TTA--C------AG-A-G-CA---A-AGT-A-A---AC--TTTTAG--TGT--AATGAGCccccccc
gi|44 : ttaaaagtaA-AA-A-C--AAC-------------TTTTT---C-A-TT--AT-T-CAG----AGAAA-AA----TCG-C--
gi|45 : -A-C--AAC-------------TTTTT---C-A-TT--AT-T-CCG----TGAAA-AA----TCA-C--cgttg
gi|32 : tg-----------TTTTTT---C-C-TT--AT-T-CTG----AGA----------CA----AA-----------A-------A--A----A-AT--A---TGA-T-TATAAGCCA-AA--GAT-T-----G-AG-AG--TT------TG-T--TTT-T---CTT-CT--TTGGT-----GG--TAAA-A---TCA-TGCTT---
gi|27 : TTTT---C-A-CC--AT-G-CCC----GAAAA-AAAA--TCA-C--AA-----------ACCTCCCAA--A----A-AT-CA---T---C-TA------A-AAT-GAT-T-----A-AA-AG--CA------TG-T--ATC-A---CTC-AT--TC-AA-----TG--TGA-------------TT---C------TC-G-A-AAG-G-----T-G-CAA-AAG--C------AA-A---GATT-A-AAC-A-A---A---TATT
gi|42 : T---C-A-TT--AT-T-CTG----GGAAA-AC----TCG-C--AA-----------A-------A--A----A-TT-CA---T-A-T-AA------A-AT--AAT-T-----G-AG-A---
gi|39 : c-A-TT--AT-T-CCG----TGAAA-AA----TCA-C--AA-----------A-------A--AATTCA-GT-CA---T-A-T-AA------A-AAT-AAT-T-----G-AG-A---
gi|10 : -T-CTG----GAAAA-AT----TTA-C--TA-----------C-------C--A----C-AT-CG---T-A-T-AA------A-AT--AAC-T-----G-A--A---CT------TA----ATT-A---CTC-TT--TCGAT-----GT--TG-T-A---TCA-TGCTT---C------GT-A-C-GAG---------G-CA--AAA--G------AA-A-TACATG-
gi|23 : acttgaagattttaagttagtctattaaccaaaaaaaaaaaaaaaaagcagatacaatttttataaatattttattatttaaaacattatttccaacatttacatgattcatattcgcagattttattacatattgacatcatgcaataaatcaaagcaaaatttagattaaaaaaaa----GGAAA-AA----TCA-C--AACAAATAAAAAAA-------A--A----A-A-------------TA------A-AA--AAT-TAAATGA-AG-A---CT------TG----ATT-A---CTT-TTTGTTGAA-----GG--TTAA-A---CCA-TCCTT---CA-----TT-G---AAG-G-----T-T-TAC-AACTTC------GA-A-C---TG-A-AAG-A-A---AGTTTGTTGA---GT--AGTGGGCCTGCCT
gi|33 : AAAA-CA----ACA-C--AAC----------A-------A--A----A-AT-CA---T-A-TATA------A-AA---------------G-C---CT------TG-C--ATT-A---CTC-TT--TC-AA-----GG--TGAA-A---TCA-TGCTT---C------AT-A-C-GAT-G-----T-A-CAT-AAA--A------GA-gatata
gi|22 : AA-AA----T------AA-----------A-------T--A----T-AT-CA---T-A-T-AA------A-TA--GAT-T-----G-AG-AAG-CT------TG-T--ATTTA---TTTCTT--TCGAA-----TG--TGGA-A---CCA-TGCCTTG-C------TT-A-A-AAGCG-----TCG-CTT-AAAT-C------GA-ATT-CATGCATAAT-A-A---AT--TATTgcc
gi|28 : --AA-----------G-------A--A----A-AT-CA-----A-T-TA------ATAATCAATGC-----G-AG-----CT------TGGT--ATT------CT-TT--TCGAA-----TA--T--A-A---CTGGCGTTT---T------CT-A-A-AAA-G-----T-GTCTT-AAA--T------TA-A-T-CATG-A-A-T-A-ACCAA---TGTTTA--TAT--AATGAGCCT-CCTttaactagtgatgacctaccttcgagcctc
gi|37 : a--AAT-TCTA--G-AG-G---CT------TG-TT-ATT-A---CAT-TT---CGAA-----TG--TGAA-A---CCACTTCTT---C------TT-A-A-AAG-G-----T-G-taa
gi|43 : A--C------GA-A-T-CATG-A-AAT-A-AC--A---TTTTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTgtaa
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 33333333333333 33333333 1111 111 1 111111 11 222222222222222 11111111 11 11111111 33333333333333333333333 2222 2222222222222222222 111 222222222 333333333333333333333 11 1111111 111 111111111 3333333333333 11111 11 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111 22222222222 1111111 1111111 222222 1 1 333333333333 11 1111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333 111111 111111111 1111111 22222222222222 2222222222 222222222222222 1111111 22222222222 33333333333333 44444444444444 11 111 22222 3333333333333333 2222222222222222222222222222222 1111111 11111 22222222 111111 1111 1111111 1111 11111 111 222 11 11 33333333 33333333333 111 1111 111 1111 11111 3333333 111111 11111 1 111 22222222222 44444444444444 11 22222 1 2 11 111111111 3333333333333333 111111111111111111111 111 22222222 11 111 11111 1111 22222222222 11111 11 1111111 1111 1111 111 111111111 2222222222 11
lowQualScore : 99999999 11 88888888888888 8 5 88888888 66 3333 555 3 222222 00 666 7 3 55555 444444444444444 3 7777 888888 22222222 2 33 4 5555 33 55 2 333 4444 11 00000000 2 2 33 66666666666666666666666 2 99 777 2 3333 66 2 3333333333333333333 5 3 555 3 88888 3 6 3 44 999999 6 4 777777777 4 4 888888888888888888888 55 8 55 11 4 8 66 9999999 4 666 4 555555555 4 6666666666666 77777 4 66 22 3 33 3 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 55555555 8888 55 99999999999 8888 1111111 5555555 5 111111 0 0 222222222222 33 8888 0 66 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 55 8 000000000000000000000000000000 8 6 777777 4 555555555 3333333 55 22222222222222 7777777777 444444444444444 2222222 55 3 3 55555555555 3 3 4 8 4 55 4 1 00000000000000 8 4 66 00000000000000 22 8 4 333 999 88 5 44444 99999999 55 4 55 8888 0 1 66 1 0 777 5 0000000000000000 6666666666666666666666666666666 4 55 55 55 55 3333333 4 4 00000 00000000 55 7777 3 222222 3 3 999999 3 3 3 3 3 3 3 3 5555 88888 3 1111111 0 2222 2 00000 111 000 55 6 55 1 6 00000000 7 11111111111 6 6 111 22 8888 444 4444 8 66666 8 2222222 3 999999 0 6 3 8888 1 22222 6 77 1 0 444 88888888888 77777777777777 55 9999 33333 6 6 3 5 6 77 33 5 999999999 555 3333333333333333 5 66 5 777777777777777777777 888 11111111 33 55 5 000 5 5 00000 4444 66 9 3 3 7777 1 44 11111111111 33 00000 3 999999 3 33 3333333 9999 0000 3 555 3 88 999999 3 6 000 3 666 4 000000000 4 4 0000000000 77 4 4 66 4 4 4 777 1 66 11 1 5
lowQualScore : ........ .. .............. . . ........ .. .... ... . ...... .. ... . . ..... ............... . .... ...... ........ . .. . .... .. .. . ... .... .. ........ . . .. ....................... . .. ... . .... .. . ................... . . ... . ..... . . . .. ...... . . ......... . . ..................... .. . .. .. . . .. ....... . ... . ......... . ............. ..... . .. .. . .. . . . ......................................................................... ....... ........ .... .. ........... .... ....... ....... . ...... . . ............ .. .... . .. . .................................................... .. .. .. . .............................. . . ...... . ......... ....... .. .............. .......... ............... ....... .. . . ........... . . . . . .. . . .............. . . .. .............. .. . . ... ... .. . ..... ........ .. . .. .... . . .. . . ... . ................ ............................... . .. .. .. .. ....... . . ..... ........ .. .... . ...... . . ...... . . . . . . . . .... ..... . ....... . .... . ..... ... ... .. . .. . . ........ . ........... . . ... .. .... ... .... . ..... . ....... . ...... . . . .... . ..... . .. . . ... ........... .............. .. .... ..... . . . . . .. .. . ......... ... ................ . .. . ..................... ... ........ .. .. . ... . . ..... .... .. . . . .... . .. ........... .. ..... . ...... . .. ....... .... .... . ... . .. ...... . . ... . ... . ......... . . .......... .. . . .. . . . ... . .. .. . .
lowQualScore : 22222222 00 44444444444444 0 0 22222222 99 1111 666 3 888888 00 444 3 6 33333 333333333333333 3 1111 222222 33333333 5 44 7 0000 11 33 1 777 5555 22 22222222 5 5 77 00000000000000000000000 7 00 999 9 5555 88 9 2222222222222222222 9 3 000 3 33333 3 7 3 66 666666 7 0 111111111 4 4 999999999999999999999 55 0 00 00 0 0 33 5555555 0 555 0 000000000 0 1111111111111 11111 4 11 22 6 66 6 6 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8888888 00000000 5555 55 55555555555 5555 5555555 5555555 0 444444 0 0 555555555555 88 6666 0 99 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 55 55 4 777777777777777777777777777777 0 0 333333 0 000000000 0000000 55 88888888888888 2222222222 444444444444444 7777777 00 6 6 88888888888 6 6 0 0 0 55 1 7 33333333333333 9 4 11 11111111111111 22 9 4 999 888 44 0 00000 99999999 55 0 55 5555 8 4 99 0 4 666 0 4444444444444444 2222222222222222222222222222222 0 55 55 55 55 0000000 0 0 00000 00000000 55 7777 3 666666 3 3 666666 3 3 3 3 3 3 3 3 0000 33333 3 8888888 1 1111 5 00000 777 888 88 7 88 0 7 88888888 5 55555555555 7 7 777 00 5555 000 8888 0 00000 0 5555555 2 222222 3 7 3 1111 0 44444 7 00 4 8 444 22222222222 00000000000000 88 8888 33333 7 7 3 7 0 55 11 0 000000000 111 1111111111111111 0 00 0 888888888888888888888 888 66666666 22 11 4 222 0 0 88888 2222 11 0 0 3 1111 8 22 99999999999 66 33333 3 666666 3 55 9999999 7777 1111 1 444 1 55 333333 3 7 444 6 000 0 666666666 4 4 6666666666 11 4 4 11 4 4 4 888 0 99 99 0 7
consensus : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCGAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TAT--G-----A-----T-TT----T------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-AT---AAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-T-T--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATNA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------TTTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-TATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TTAT----TTTT--G---TT-------G-ATA-------TT----T---TTT----A--AA---TC-----T----ATG-GA----TA----A--AATC-TTCAAAAA--AC-ATGTCA-C-TT------------AG--AAA--C-AGGA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A----T--TT----T-C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----CCCGA----TC-GA--A-A-TTA--C--AC---GA-AA-AAGTC-AT-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGA--AA-------A-C--TGCATTC--CC-TT-G---GA-GGTAAAA-T-GGTTT-----ACAC---A---TTAAA-T--GA----TTTTATAAAGGAA--ANTAA--TTTCT-T----------GACG--AAATG-----T-CCAT----ACAA-----TTA-C--CAG-T--A--AT--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAAATAAGA------CA--TTTCA-TTT-CAA---TTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACAT---GTTTTT-CTTTTA-A---TTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--CGTTTT--C--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TAN-ATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-C-GA-A----TTT---GGAT--ACTT--AGA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AACAAC-TTTTTTC-ATC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGA-----AGGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
Reference ( family-756 ) : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCAAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TAN--G-----A-----T-TT----T------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-AT---AAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-T-T--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATGA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------TTTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-TATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TTAT----TTTT--G---TT-------G-ATA-------TT----T---TTT----A--A----TC-----T----ATG-GA----TA----A--AATC-TTCAAAAA--AC-ATGTCA-C-TT------------AG--AAA--T-AGGA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A----T--TT----T-C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----CCCGA----TC-GA--A-A-TTA--C--AC---GA-AA-AAGTC-AT-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGA--AA-------A-C--TACATTC--CC-TT-G---GA-GGTAAAA-T-GGTTT-----ACAC---A---TTAAA-T--GA----TTTTATAAAGGAA--ANTAA--TTTCT-T----------GATG--AAATG-----T-CCAT----ANAA-----TTA-C--CAG-T--A--AT--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAANTAAGA------CA--TTTCA-TTT-CAA---TTTCNTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACAT---GTTCTT-CTTTTA-A---TTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--CGNTTT--C--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTATATAG-ATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-C-AA-A----TTT---GGAT--ACT---AGA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AACAAC-TTTTTTC-ATC--ATTCCGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGA-----NGGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TNTTGA--TGT--ANTGAGCCT-CCTA
gi|1 : -AT---AAT----GAAA--AA--AGTTTTTG-T-T--T------------T--TATTTTT-T-T--GTTTAAAA-A----AAGAAGAATTCTTA--GA--AGTTTTTTTT---CCAA-AT--TT-T-----GGCT-G-TTTGAAATTTTTT-TG-ATTGTTATTATAATA-T-A-------AATG-TTTTTAA---A--TAAA--C-AT--GT-CTA-AAAC-ACTTTGCCC-A-GATAAATT-AC----A-AATTCC-GG-----T-------TTTT---
gi|1 : AA-A--AA-TATTT-A---------------A--AT--T-----------------T---T-TTTT----TTTT--T---TTTTTTTTGG-ATATTTATCTTT----T---TTT----A--AT---TC-----TTTTAATG-GATTTTTG----T--AATCTTTCAAAAATTACAATGTCC-CATTGCTGTAAAAGGGAA--AAA--CAAAGA-TATTT--TCG--------G-----AGA----A-ACATTAGT------ATC--------TT--TAGAAAA--G--AAA-TGA-AAAAAACCT-G----AAATTTTAAA----GCCACAATTTT---TA-GAATA-TTATTTTCG--CG--ATTTTT--TT----T-C----A--CTTTTTTTGAAA---AACC--A--A----GCGCCCCCCATTTTTC-GA--ATATTTA--CAAAC---AA-AA-AAGTCAAT-A-G--GAAGAAAGCATTTTTTT---TTCAA-T-AAGAATAA-------A-CTTTACCCTC--CT-TTCGTT-GATGGTTAAT-TGGGTTTTTTTAACACAAAA---TTAAACT--AATTTTTTTTATAAAGGAAAGAATAAATTTTCT-TTTTACTTGAAAAAA--AAATG-----T-CCATTTTAACAAAATTGTTA-CCTCAGTT--A--ATACAT--GCAACCCTA-TTTTT-TTTCCCAAG--------T--AAATTTT-TTCTTT---ATT-CA-TTTTTTTTCCAA-TC-GG-GATT-C-GG-TAA----CT-----T-TTTTTTTTTCTTTCT----CGCTGAG-AAATTA---AATCCCTTGAAATATTAGGCGA-T--AGA-TCCTTTTTTTTGAAA-TAAAAGAAAACCATTTTTCATTTT-CAAATTTTTCTTTTT--------TTTT---TTTTTAAAATTAAGTACTT-TTTTTT-GGTCTTAA-CCTtttttttttttttttttgaataaattaatttttatttattattttgaaaaaatatttaaatttttttttttttttttttttggatatttatctttttttaattcttttaatggatttttgtaatctttcaaaaattacaatgtcccattgctgtaaaagggaaaaacaaagatattttcggagaaacattagtatctttagaaaagaaatgaaaaaaacctgaaattttaaagccacaatttttagaatattattttcgcgattttttttcactttttttgaaaaaccaagcgccccccatttttcgaatatttacaaacaaaaaagtcaataggaagaaagcatttttttttcaataagaataaactttaccctcctttcgttgatggttaattgggtttttttaacacaaaattaaactaattttttttataaaggaaagaataaattttctttttacttgaaaaaaaaatgtccattttaacaaaattgttacctcagttaatacatgcaaccctattttttttcccaagtaaattttttctttattcattttttttccaatcgggattcggtaactttttttttttctttctcgctgagaaattaaatcccttgaaatattaggcgatagatccttttttttgaaataaaagaaaaccatttttcattttcaaatttttcttttttttttttttaaaattaagtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|10 : ataatgaaaaaagtttttgtttttatttttttgtttaaaaaaagaagaattcttagaagttttttttccaaattttggctgtttgaaatttttttgattgttattataatataaatgtttttaaataaacatgtctaaaacactttgcccagataaattacaaattccggttttttttttttttttttttttgaataaattaatttttatttattattttgaTTGAAGATTTTAAGTTAGTCTATTAACCAAA-AAAAAA--AAAAAAAA-G--CAGATA--C--A-AT-TTTTATAAATATTTTATTATT-T------A----AAACAT--T----ATTTCCAACATT--TA-CATGATTCA-----TAT-TCG-CAG-AT-TTTAT-TAC-ATATT-GAC-ATCA--TG-----CA-A-TAAA----------------TC-AA-AG-C-AA-A----ATT-----------T---AGA--------TTA-------AAA---A-A-AA--------------------TCTGGAAAA-AT----TTAC--TA-----------CCACAT-CG---T-AT-AA------A-AT--AAC-T-----GA--A--CTTA----ATT-A---CTC-TT--TCGA-----TGTTGTA--TCA-TGCTT---C-ttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|11 : acTAC-ATAT--CAT-ATCAATTC-----CA-C-CCAA----------------TC-AC-AGAC-GG-AGTGATTT---GGATTTACTT--AGA-A-CTT--TTATGTT-GCAAA--GA-A-AACAAC-TTTTT---ATC--ATTC--GGAAA-AA----TAAA--AAAG---------AAAAAT-CAGTTT-AT-AA------A-AAT-AAT-T-----GAG-AAGCTTG-TTAGTT-A---CTT-TTTCTCGAATTGTTGTTGAATACCA-TCCTTACAC-TTAG-AAAG-GGTTCCT-T-TTT-A-AAT--C------GAA--CATG-T-A--AT-ATA-A---CATTTAAGTGTGAATTGAGCCT-CCTgtacgaggcaaaagaaatacatg
gi|12 : TTT-T----C--CCAGT-A-AT---AAT----GAAA--AA--G----TTC-C-T--T------------TTAC-----T-T-TA-GC---AAA-AT---AAGAG--ATTCT-taagg
gi|12 : ------A--TAAGA-C-AT--GT-CTA-AAAGTACT-----C-A-GATAT--T-AC----ACA--TCC-GG-----T-------TTTTC--A-A-A--A--ATGATA--AA-TATTTAA-T----------T--A--AT--TACCTCTGGA----AAA-T---AGTTA-----TTTG--G---TT-------G-ATG-------Tcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaataagacatgtctaaaagtactcagatattacacatccggtttttcaaaaatgataaatatttaattaattacctctggaaaatagttatttggttgatgtaaccttggaagatgctc
gi|14 : ttttcccagtaataatgaaaaagttccttttactttagcaaaataagagattctcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaCAGATAAG--CGTTTT--C--AGATTATTGGTAA-TATTTT-T-GTTCT------AGATAAAAAATA-T----AT-----ACTTCC-TACTCGGGGTCTCACCCTTT-AGG-CAT-GTGCCTAT-TCC-GTATC---T-ATTA--TG-----CAACACAAG----------------TC-AACAG-C-GA-G----GTT---GG-T--ACTT--AGA-AACTT---TAT-T--GTAAAACCA-A-AA------TTTTTC--TC--ATTACGG--AA-AA----TCAC--AA-----------AAAACTGTA---T-CC-TA------A-AAT-AAT-T-----GAG-G--CCTA-T--GCT-ATATCTT-TT--aaccttggaagatgctc
gi|15 : aacAA-A--AA-TGTTT-T-T----------GGAA--AT--T--------G----AAAAT---G-TTAT----CT----G---TT-------A-ATA-------TT----T---TTA----A--AA---TC-----T----ATG-AC----TA----C--AATC-TTTAAGAA--TC-ATGTCA-C-TTTT----------AA--AAA--T-AAAA-CGTAT--T-G--------A-----AGA----A-A------T------AT---------------------------------GAA-----T-G-------T----------------ATTTTGTAAGTAAATA-TT------G--CT--AT---T--TT----T-T----A--AATCT------T---AACC--G--A----G----CCTGA----TA-TG--A-A-CTA--T--AC---AG-CA-AATGC-TT-A-G--AGAACA----------C---TGTGA-T-AAGA--AA---------------ATTC--CC-TC-G---G
gi|16 : -TTTAT-TGG-AAAT--CAT-ACCA--T------CA-T--AGA----------------TCGAC-AG-C-AA-AG---TTT------T--ACTTTTGGA-ATTAT-CTTATATT-G-AGA--TATA-AACAAC-TTTTTGA-GTC--GTTTGGGGAAA-AAATATTAAT--AA-----------ATAATT-TA---T-AT-AA------A-CAT-AAT--------AG-AT-CTTT-T--ATT-A---C-C-TT--TCGA-----TCATGAA----A-TATTT---C-AA-A-AGAG-G-----T-G-TTT-T-AA---C------GAG-ACATT-A-A--AT-A-A-A---TTTTGG--TAT--AGTgctcgatataaa
gi|17 : TG-A--TTTC-C----C--CCGG--A-AT---AATAGAAAAAA--AA--G----GTG-T-T--TC-----------T--A-----T-T-T--GT---AAATA----AAGAG--ATCCT-A--AG--T--------T---CCAA-A---TT-T-----G-CT-G-T---A------TT-----T----CTGA-AGTC-TAAT----G-AA-G-TT-T------AACTAATA-CACT--GT-CCT-AAACAACT-----CAA-GATA---TAAC----A-A--TCC-GT-----TTTTTTTCTTTT---A-A-A--A--ATAT-A--AA-TAT-----T----------A--A--AT--TTTGA----G----AAA-T---A-ATTT----ATTT--G----T-------A-ATA-------TT----T---TTA----A--A----TCT----T----ATG-GA----TA----A--Atccatgtattgt
gi|18 : ----A--AGTTT------G---ATCC--A--A----G----TCCGA----CT-TG--A-A-TTA--T--AT---TA-AA-ACGT------------------------------TGTTA-T-GAGA--AA-------A-G-----ATTC--CC-TT-C---AA-ATTAAA--T-GGATT-----ACAA---A---TTCAA-T--AA----TTTTATGCAACAA--TCT-A--TTTGTAT----------GATA--AAATA-----T-GCAT----TCAG-----TAA-G--GAT-T--G--GT--AT--G-------G-CTATT-TT-----AG--------A--AA----T-GTT--T---ATC-AA-ATT------TGA-TC-CG-CA-G-C-AG-T-A----CA-----T-TT
gi|19 : tTTAAAAGTAGCTCATTACACTAAAAGTTTACTTTGC--TCTGTAAAA-------ACA-CCCTCTTAGATGTATGACGTATGATTT--CAAAC-AATGAAAGAAG---TGAT-ATATATGTAAGA-C--TC---AT-TT-ATTTT-A--TAT--G-----A-----TATT----TAGGTAATGT-------GTG-A--TTTT-TTTTTC--ACGG--A-AT---AAT----AAAA--AA--G----GTG-C-G--T------------T--G-----T-T-T--GC---AAA-
gi|2 : TAAGGTAGCTCACTACACCAAAA-------TTCTAATT-----AATGATATCGTAACCTTTCAAGAA-CACAG------GTTTTTCG--G-CATCGAAAAAA---TAAA-AAG------GGCTC--TC---AA-TT-ATTT--A--TAT--G-----AA----T-TT----T------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-AT---AAT----GAAA--AA--AAC--TTG-T-T--T------------T--C-----T-T-T--GC---AAG-A----A-------------------G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-TT-G-T--GA------TT-TG-AT----GT---AATA-T--T----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-AT--GT-CTA-AAA-GACT-----C-AAGATA---T-AC----A-AG-TCC-GGG----T-------TTTT---T-A-A--A--ATAA-A--AAATATTT-AAT----------G--A--ATATT--------G----AA--T---A-TT-T----TTGT--G---TT-------G-ATA-------TT----T---TTT----A--AA---TC-----T----ATG-GA----CA----A--AGTA-TTCAAAAA--AC-AT-TCA-C-TT------------AG--AAA--T-AGGAATATGT--T-G--------G-----AGAC---A-A------T------ATG--------TT--TTTAAAG--G--AAAATGA-AAAA----T-G----AAAT-----A----GCCC-AAATTT---AG-AA-TA-TT------G--CG--A----T--TT----T-CTTAAA--AATTT------G---AACCCAA--A----G----CCCGA----TC-GA--A-A-TTA--C--AA---CA-AA-AAGTC-AT-AAG--AGAGCA----------T---TGTAA-T-TAGA--AA-------AAC--TGCATTC--CC-TT-GTTTGA-TGTAA-----GGTTT-----ACAC---A---TTACA-T--GA----TTTTATAAAGGAA--AGTAA--ATTCT-T----------G------------------------------------A-C--CAG-TAAA--AT--AT--G-------AGTTATT-TC-----AG--------TCCCA----TATTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-AAC--TT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG--A--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-TA-ACATTC--------TAAAATTAAGA------CA--TTTCA-TTT-CAA---ATT-GTTTT-AATAATATACT---TGTCTAACAT---GTCTTT-CCTTAA-A---CAAA-CCTGGTTATTTTTAAA--AGAAATTTTA------TCCATAGATTTAAGAAAATATCAACAAATA-GATGGTTTT--CAAA-ATAGTTCGTATATATTTT----TTCTCTTAAAA----AAAAATCAT----A------ACTTCCTTA-T-TGGGTCTG----TTTAAGG-CATAGT-TTTAT-TAGAATATTCCATCATCA--TGAAAAACC-C-CAAAAAAAAAAAAAAAATTTTC-AC-AG-C-GACA----TTTTTGAAAT--ACT---AGAGATCTCGTTTA--TT-GCAAG--TA-ACAAC-AC-ATTTTCA-ATC--ATTCTGGAAAA-AA----TCACAAAA-----------AAAAAT-TA-----AT-TA------A-AA--ATT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATC-A---CCT-TT--TCGA-----AGGTGAA-ACTA-TGC-T---C-TT-GAAAAG-G-----T-T-TTTAA-AA---CGGATAGGAA-CCAT--A-A--ATAA-A-A---TATTGA--TGTA-ATTGAGCCT-CCTtga
gi|20 : aacacaAG--ATTCT-A---A--G--------CAA-CCAATATAATT-T-----G-AT-G-T--AA------TA-CGCAT----ATTG-AATA-T-GT----G------TTA-------A--TAAAATC-AT--GT-CTA-AAAAGATT-----G-G-GATA---T-AC----A-G--TCC-GT-----A-------TTTTGTAA-A-A--A--ATAA-AC-AA-TA--T-A-T-----------------------------------AA-T---A-TGAA----TTTTGGG---TT-------G-ATA-------TT----T---TTTTTTAA--A----CCT----T----ATGTGA----TA----A--AA
gi|21 : agaTTG-----ACAG---A---TAACA-T--GA----TTT-ATATATGAA--ACTAA--TTTCT-T----------GATG--AAATG-----TGGCAA----ACAA-----TAAGA--AAA-T--A--AT--AT--G-------A--TATT-TT-----AG--------T--AA----T-TTT--C---ATG-AA-TTT------TTC-TC-AG-AA-T-C-AGTT-A----CT-----T-TTT-------T
gi|22 : ggattataccaaaaactaacattcAA-AA----T-----AA-----------ATATAT-CA---T-AT-AA------A-TA--GAT-T-----GAG-AAGCTTG-T--ATTTA---TTTCTT--TCGA-----ATGTGGA-ACCA-TGCCTTG-C-TT-A-AAAGCG-----TCG-CTT-A-AAT--C------GAATTCATGCATA--AT-A-A-A---Ttc
gi|23 : GGAAA-AA----TCAC--AACAAATAAAAAAAAAAA------------TA------A-AA--AAT-TAAATGAAG-A--CTTG----ATT-A---CTT-TTTGTTGA-----AGGTTAA-ACCA-TCCTT---CATT-G--AAG-G-----T----TT-ACAACTTC------GAA-C--TG-A-A--AG-A-A-AGTTTGTTGA---GT--AGTGGGCCTGCCTtattttaactagtgatgacctaccttcgagcctc
gi|24 : ----AAAAAT--TTCAGA------ACATC--TA-TCTAAGGCC-----TTA-AGC-CAT-GT-TTT-TATAC-AT----CAT-ATC---TG-----CA-C-CATA----------------T--AG-A--------------T---GGAT--TCT---AGA-ATC---CTTAT-TTTGCACA--CA-G-AACACC-TTTTTTTAATCATATTGTGGAAAACAA----TAAC--AA-----------gatata
gi|25 : TTT--TA--C-AATCAAAAGAG---AGAT-GCA------AACTT--GC---AA-TT-ACCTC-C--AAT--G-----A-----T-TT----T------TG--------GGGTA--TTTT-T----C--T--G--ATAT---GAT----AAAA--AA--A-----AG-T-T--T------------T--G-----C-T-T--GT---TAG-T----AATAC--ACTTT-A--GA--A--------T---TTAA-AC--TT-A-----G-CT-T-T--CA------AT-TG-AT----ttcc
gi|26 : tc-----ACAC---ACCCTTCAA-C--G-------TTATAAAGGAA--ATTAA--TTTCG-T----------GATGAAAAATG---------AA----AAGA-----TTA-G--CAG-C--AGTAT--AT--G-------A-TTAGT-TC-----AATTAATAATT--AA----T-TTC--T---ATT-TA-TTT------AGA-TC-GG-GA-T-C-GG-C-G----CC-----T-TTT-------tcat
gi|27 : -------TTGC--TT-----TT-------GCA-CCTTTCGAGAATCAC---------------------ATTGAATGAG---TGAT-ACA------TGCTT--TT---AA-TC-ATTTT-A--GAT--G-----A-----T-TT----T------TGGGAGGTTTGTG-ATTTTTT-T----T--CGGG--C-AT---GGT----GAAA--Act
gi|28 : --AA-----------GAAAAT-CA-----AT-TA------ATAATCAATGC-----GAG----CTTGGT--ATT------CT-TT--TCGA-----ATAT--A-ACTGGCGTTT---T-CT-A-AAAA-G-----T-GTCTT-A-AA---T------TAA-TCATG-A-ATAAC-C-A-A---TGTTTA--TAT--AATGAGCCT-CCTagattaaacaaatatt
gi|29 : a-TTC------ATC-A--TTT------CGA-TC-GGTGA-TTC-GG-T-A----CG-----T-TTT-------TTTCTACTACGTCGAGAAA--TA---AATCTT-TGAAA-AT--AGCGA-TCCATA-TCG-------TGAAAGAAAGA------AAT-TTTCA-TTTCCAA---ATTCTTTTT-taa
gi|3 : ttaCATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTTTCAAGAAGCAC-A------GTTT--CG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TCTCAGA-TTGATTTT-AAGTAAAGG-----A-----T-TTATTCT------TG--------GTG-A--TTTT-C----C--CCG---A-AT---AAT----GAAAG-AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-T-T--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---C-AA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----A--A-GATA-T-AT----G-AATG-TCATC-----A--TAAAAAC-CT--GT-CTA-AAGAG-CT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TC--GG-----T-------TTTT---A-ACA--A--ATAA-A--AA-TATTT-A-T----------G--A--AT--T--------ATGGAAAA-T---A-TTAT----TT----G---TT-------G-ATA-------TT----C---TTT----A--A----TC-----T----ATG-GA----TA----A--AATA-TTCAAAAA---C-ATGTCA-C-TT------------AG--AAA--C-AGGA-TATGT--T-G--------G-----AGA----ATA------T------AT---------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GA------T-G----AAAT-----A----GCCA-AAATTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A----T--TT----TTC----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----CCCGA----TC-GA--A-A-TTA--C--AC---AA-AA-AAGTC-AT-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGT--AA-------A-C--TGCATTC--CC-TT-G---AA-G-TAAAA-T-GGTTT-----ACAC---A---TTAAA-T--GA----TTTTATAAAGGAA--AGTAA--ATTCT-T----------GACG--AAATA-----T-CCAT----AGAA-----TTA-C--CAG-T--A--AT--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTC--T---ATC-CA-GTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCGCT----GGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAAATAAGA------CA--TTTCA-TTT-CAA---TTTCGTTTTAA--AATATACT---TGTCTAACAT---GCTTTT-CTTTTA-A---TTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAAATTCAA-AAAATATAAACAAATA-G--CGTTTT--T--A-ATACTT-GTAAATATTTTAT-ACTCT------A----AAAAATTAT----A------ACTTC--TA-TCGGGGTTT-----TTT-AGGCCATGGT-TTTAT-TAG-ATATT-CAT-ATCA--T------CA-C-CAAA----------------TC-AA-AG-CGAA-A----TTT---GGAT--ACT---AGA-ATC-T-CTTAT-TT-GTAAG--CA-A-AACAACATTTTTTC-ATC--ATTCTGGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-A--TA------A-AA--AAT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGA-----AGGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CAT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|30 : aagAAA--G--AAA------GA-----T-A----AAA------A----CTTA-AATTTC----G-AAATA-TT------G--CGA-A----T--TT----T-C--------ACTC------GT--GACC--T--A----G----CCTGA----AC-AA--A-A-TTA--T--TT---TATAA-AAACC-AT-A-G--AGAta
gi|31 : ttttt--AAATG-----T-C-AT----ACAA-----TTA-CG-CAG-T--A--AT--AT--G-------A-TTATT-AT-----AG--------T--TA----T-TTC--CTTAATCTAATTTT------CGAGTCTGG-GA-T-CGGG-T-AAACGCT-----TGTTT-------TC
gi|32 : -TTTTTTC-CTT--ATTCTGAGA----------CA---AA-----------AAAAAT--A---TGAT-TATAAGCCA-AA--GAT-T-----GAG-AG-TTTG-T--TTT-T---CTT-CT--TTGG-----TGGTAAA-ATCA-TGCTT---ga
gi|33 : AAA-CA----ACAC--AAC----------AAAAAT-CA---T-ATATA------A-AA--------------G-C--CTTG-C--ATT-A---CTC-TT--TC-A-----AGGTGAA-ATCA-TGCTT---C-AT-A-CGAT-G-----T-A-CAT-A-AA---A------GA
gi|34 : a--CCGG--A-GT---AAT----GAAAC-AA--G----TTG-TAT--T------------T--C-----T-T-TTTGCT--GAA-A----AAGCG--ATTCT-A--GATGG--------TGCACAAA-ATG-TTAT-----G-CT-G-T--GA------TT-Tgcc
gi|35 : ------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCAG--G-AC---AAT----CAAA--A---------TG-T-TAAA------------T--G-----T-T-T--GC---AAA-AT---ACGAGA-ATTCC-A--AA--A--------T---CCAA-A------A-----G-CT-G-T--GA------TT-T
gi|36 : --G-----A-----T-TT----T------T----------TG-A--TTTT-T----C----AG--A-ATGATAAT----TAAA--AAAGG----GTG-T-T--T------------T--T-----G-TGT--GC---AAA-G----AAGAG--ATTCT-T--AA--G--------T---C
gi|37 : a--AAT-TCTA--GAG-G--CTTG-TT-ATT-A---CAT-TT---CGA-----ATGTGAA-ACCACTTCTT---C-TT-A-AAAG-G-----T-G-ccccccc
gi|38 : AG-C--A--AT--A---------------ATT-TT-----AG--------T--AT----T-TTC--T---ATA-AA-TTC------TGA-TC-GG-GA-T-C-GA-T-A----CT-----T-TTC-------TTTCgtaa
gi|39 : TC--TC---AA-TT-ATTTTTA--TAT--G-----ACTGAAT-TT----T------TT--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-AT---AAT----atc
gi|4 : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAA--------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTTTCAAGAAGCACAA------GTTT--CG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TAA--G-----A-----T-TT----T------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-AT---AAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-T-T--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATGA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-CT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------TTTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-TATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TTAT----TTTT--G---TT-------G-ATA-------TT----T---TTT----A--A----TC-----T----ATG-GA----TA----A--AATA-TTCAAAAA--AC-ATGTCA-C-TT------------AG--AAA--C-AGGA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AA-TTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A----T--TT----T-C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----CCCGA----TC-GA--A-A-TTA--C--AC---AA-AA-AAGTC-AT-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGT--AA-------A-C--TGCATTC--CC-TT-G---AA-GATAAAA-T-GGTTT-----ACAC---A---TTAAA-T--GA----TTTTATAAAGGAA--AGTAA--ATTCT-T----------GACG--AAATA-----T-CCAT----AGAA-----TTA-C--CAG-T--A--AT--AT--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAAATAAGA------CA---TTCA-TTT-CAA---TTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACAT---GCTTTT-CTTTTA-A---TTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAAATTCAA-AAAATATAAACAATTA-G--CGTTTT--T--A-ATACTTTGTAAATATTTTAT-ACTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TC-GGGTTT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTATATAG-ATATT-CAT-ATCA--GG-----CA-C-CAAA----------------TC-AA-AG-C-AA-A----TTT---GGAT--ACT---AGA-ATCTT-CTTAT-TT-GTAAG--CA-A-AACAACATTTTTTC-ATC--ATTCTGGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGA-----AGGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CAT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|40 : AGATTGTA------TCCATAGATTTCA-AAAATATTAACAAATA-A--CAATTTTCC--A-AT
gi|41 : AAGATTGTA------TCCATAGATTTCA-AAAATATTAACAAATA-A--CAATTT--
gi|42 : ttggaCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TAT--G-----AA----T-TT----T------TT--------GCG-A--GTTT-T----C--CCAG--A-AT---AAT----GA
gi|43 : A---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-ACA---TTTTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCT
gi|44 : --------GCG-A--TTTT-T----C--TCTG--A-AT---AAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----G-T-T--Gt
gi|45 : ------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-AT---AAT----GAAA--AA--G----TTG-T-
gi|5 : TTT--CG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATTTT-A--TAT--ATATGAA-----T-TT----T------TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GT---AAT----GAGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGT-T--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCTG-ATT---GTAA-GATA-T-ATTTTTG-A-TG-TTATTGTATTA--TAAAA-T-CTTGGT-CTTTACAACACTT----C-A-GATA---T-AG----AGA--TCT-GAAATTAT-------TTTT---GTA-A--ATTATAA-ATTCA-TATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TCATCAAATGTT--GGGCTT-------GTATA-------TT----TACTTTT----A--AAGGTTC-----T----ATG--A----TA----AGAAATC-TTCGAAAA--AT--TGTCATC-TT------------AGCGAAAGGT-AGAT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A----T--TTCTCTT-C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----CCCGA----ACAGA--A-A-TTGACC--ATTTTAA-CA-AAGTC-ATCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGA--AAGGCAATAA-C--TACACTCTACCGTT-G---GA-TGTAAAA-T-GGTTTTAG--GCAA---A---C--AA-T--TA----TTTTATA
gi|6 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttTTT--CG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATTTT-A--TAT--ATATGAA-----T-TT----T------TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GT---AAT----GAGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGT-T--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCTG-ATT---GTAA-GATA-T-ATTTTTG-A-TG-TTATTGTATTA--TAAAA-T-CTTGGT-CTTTACAACACTT----C-A-GATA---T-AG----AGA--TCT-GAAATTAT-------TTTT---GTA-A--ATTATAA-ATTCA-TATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TCATCAAATGTT--GGGCTT-------GTATA-------TT----TACTTTT----A--AAGGTTC-----T----ATG--A----TA----AGAAATC-TTCGAAAA--AT--TGTCATC-TT------------AGCGAAAGGT-AGAT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A----T--TTCTCTT-C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----CCCGA----ACAGA--A-A-TTGACC--ATTTTAA-CA-AAGTC-ATCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGA--AAGGCAATAA-C--TACACTCTACCGTT-G---GA-TGTAAAA-T-GGTTTTAG--GCAA---A---C--AA-T--TA----TTTTATAtttttggaataaagg
gi|7 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttAAG---TTATTACA------AGCTC--TC---A--TT-ATTT----------------A-----T-TG----T------TA--------AT-----TTTT-T----CAACTGGGAA-AC---AAT----GAAA--AAAAG----TAGTT-T--T------------T--C-----T-T-TC-GA---AAA-AGAAGAAGAG--ATTCT-GACGA--GTT------T---CCAA-AT--TT-TTCCACA-CT-GCC--AA------TT-TA-AA----ATT--AATATT-AT----GTAATGATCTA------A--TAAAA-C-AT--GTACTA-AGAAGACT-------A-GATAAT-C-ACTCAAG-A--TCCAGG-----TTG-----TCTT---A-A-ATTA--ACGA-A--AG-T-TTT-A-T----------T--ACTAT--T--------G----AAA-TTAAA-TTAG----TTTG--T---TT-------GTATA-------TTTTTAT---TTT----AAGA----TCTGAATT----ATGTGA----TAAATGA--AATC--TCAAACATCACGATGTCC-CTTT------------AG--AAA--A-AGGAGTAAGTAAT-GATCTCCAAG-----AGAAGAGA-A------T------ATATCTTTTATTT--TTAAAAA--G--AAATTGA-AAA-----TAG----AAGT-----AATAGGCCA-AG---T---AG-AAATA-TT------G--CGGAA----TTCTT----T-C----AATAGTTT------A---AACC--G--A----G----CCGTA----T---A--G-A-TT-------C---GA-AA-AAtttttggaataaagg
gi|8 : gccattacatg------ACA--------TT--TTGAAAATTGTTAAAATAA-CCA-----T-G----AGAT-----G----GTCATAATTCC---A---AATACTT------T--CG--A----T--TT----T-T----C--AACTT------T---AACC--GCAA----GGTCACTTGG----TC-GGTCA-G-GTA--C--AA---GA-AGCAAG-C-GT-A-GTAAGAACA----------T---CATCA-TCAAGA--AA------------TATATTT--CC-TT-G---GT-GATAAAAAT-GATTT-----A----------TCAAA-TTCGA----TCT---AAA--AA--ATTTA--TTTTT-TCT--------AAT---AAATGGTACTT-GCAA----ACAA-----TTA-G--CAG-C--A--AA--ATTGG-------A-TTATTATC-----AGAG------T--AA----T-TTC--T---ATC-AA-TTT------GGA-TT-GG-GA-T-C-GG-T-G----GT-----T-TTT-------TTTTT----Ca
gi|9 : atggtcaaactcatgtcttccagataaaaagatgaactactgaagaagaacagta----T-TTC--TGA-ATC-AA-ATT------TG--TC-GG--A-T-C-GG-T-AG---CTATGTAT-TTT-------TC-CT----CGCTGAG-CA--TATAGAATC---TGAAATATT-AGCGAGT--TCA-TA--------TGAAAATAAAA------C-----TCA-TTC-CAA---TTTTTTCTT-A--AATATACTCACTGTCTAACG----GTTCCTGCATTTAGA---TTAAGTCTG-------TTttttggt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAGTTTGCTTACATTTTATATTATTTATTTCATTACATGGCCATTAATAAAACATGTCTAAAAAGTATTCAGATGTTTATCAAGTCTTGTTTTATAAATAAAATAATATTTATGATATATTGGAAAATGCTTATTTTGTTTTGCATATTTTATCAAATCTATGAATTCACAAAATAATTTAAAAAATAATTATTAGTTTATATAAAATATATTATGAAAAACTTGTAGACTATATTCTCGAAGG
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 33333333333333 33333333 1111 111 1 111111 11 2222222222222222222 11111111 11 333333333333333333333 2222 2222222222222222222 111 222222222 333333333333333333333 11 1111111 111 111111111 55555555555555555555555555555 11111 11 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222 222222222222 111111111111 2222222 1 11 222222222222 11 111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333 111111 111111111 33333333333333333 2222222222 1111111111 111111 2222222222222 33333333333333 33333333333333333333 11 11111 111 111 333333333333333333333333333333333333 11111 111111 1111111 11111 22222222 111 1111 1111111 1111 11111 111 222 11 11 33333333 1111 1111 111 111 3333333 111111 111111111 1 111 22222222222 44444444444444 11 22222 1 11 111111111 3333333333333333 22222222222222222222 2222 11 111111 22222222 22222222222 11111 11 1111111 1111 1111 111 111111111 2222222222 111 11
lowQualScore : 99999999 11 88888888888888 8 4 5 88888888 66 3333 555 3 222222 00 666 7 3 55555 9999999999999999999 3 888888 33333333 2 33 5 5555 33 55 2 4444 11 33 9999 2 2 33 888888888888888888888 5 99 888 3 5555 77 3 6666666666666666666 5 3 555 3 88888 3 6 3 44 999999 6 4 333333333 4 4 888888888888888888888 55 8 55 11 4 8 66 9999999 4 666 4 555555555 4 22222222222222222222222222222 88888 4 55 11 3 88 3 7777 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 888888888888 111111111111 8888 99 666666666666 5 1111111 0 66 555555555555 33 444 5 0 66 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 55 44 000000000000000000000000000000 8 1 777777 4 555555555 99 4 55 11111111111111111 7777777777 8888888888 7777 7777 333333 55 3 7777777777777 3 3 4 8 4 55 4 1 00000000000000 8 4 66 99999999999999999999 22 8 777 44 88 11111 444 4 2 444 55 4 55 99999 1 777 0 777 5 111111111111111111111111111111111111 1 11111 111111 99 55 66666 3333333 4 4 00000 55 00000000 7777 3 555 3 3 999999 3 3 3 3 3 3 3 3 5555 88888 3 1111111 0 2222 2 00000 111 000 55 6 55 1 6 00000000 6 0000 88 22 3333 0 444 0 0 8 444 8 8 2222222 3 999999 0 6 3 222222222 77 6 77 1 0 444 88888888888 77777777777777 55 9999 33333 6 6 3 5 5 66 66 5 999999999 555 3333333333333333 5 66 5 33333333333333333333 9999 4 4 2 1111 00 4 3 888 4 4 222222 00000000 55 4 3 6666 0 444 00000000000 3 00000 3 999999 3 33 3333333 9999 0000 3 555 3 88 88888 3 6 000 3 666 4 000000000 4 4 0000000000 77 4 4 66 4 4 4 222 0 66 11 5
lowQualScore : ........ .. .............. . . . ........ .. .... ... . ...... .. ... . . ..... ................... . ...... ........ . .. . .... .. .. . .... .. .. .... . . .. ..................... . .. ... . .... .. . ................... . . ... . ..... . . . .. ...... . . ......... . . ..................... .. . .. .. . . .. ....... . ... . ......... . ............................. ..... . .. .. . .. . .... . . ................................................................................... ... ............ ............ .... .. ............ . ....... . .. ............ .. ... . . .. . .................................................... .. .. .. .. .............................. . . ...... . ......... .. . .. ................. .......... .......... .... .... ...... .. . ............. . . . . . .. . . .............. . . .. .................... .. . ... .. .. ..... ... . . ... .. . .. ..... . ... . ... . .................................... . ..... ...... .. .. ..... ....... . . ..... .. ........ .... . ... . . ...... . . . . . . . . .... ..... . ....... . .... . ..... ... ... .. . .. . . ........ . .... .. .. .... . ... . . . ... . . ....... . ...... . . . ......... .. . .. . . ... ........... .............. .. .... ..... . . . . . .. .. . ......... ... ................ . .. . .................... .... . . . .... .. . . ... . . ...... ........ .. . . .... . ... ........... . ..... . ...... . .. ....... .... .... . ... . .. ..... . . ... . ... . ......... . . .......... .. . . .. . . . ... . .. .. .
lowQualScore : 22222222 00 44444444444444 0 6 0 22222222 99 1111 666 3 888888 00 444 3 6 33333 0000000000000000000 6 888888 22222222 7 77 0 3333 22 66 2 7777 99 77 3333 7 7 99 222222222222222222222 7 66 555 1 4444 33 1 9999999999999999999 9 3 000 3 33333 3 7 3 66 666666 7 0 777777777 4 4 999999999999999999999 55 0 00 00 0 0 33 5555555 0 555 0 000000000 0 11111111111111111111111111111 22222 0 55 00 6 66 6 7777 6 6 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 000000000000 999999999999 5555 66 555555555555 0 4444444 0 99 666666666666 88 999 0 0 99 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 55 55 22 777777777777777777777777777777 0 1 333333 0 000000000 55 0 55 33333333333333333 2222222222 9999999999 7777 7777 333333 00 6 6666666666666 6 6 0 0 0 55 1 7 33333333333333 9 4 11 22222222222222222222 22 9 888 88 44 11111 000 0 5 000 55 0 55 33333 4 999 4 666 0 555555555555555555555555555555555555 1 11111 111111 55 55 99999 0000000 0 0 00000 55 00000000 7777 3 000 3 3 666666 3 3 3 3 3 3 3 3 0000 33333 3 8888888 1 1111 5 00000 777 888 88 7 88 0 7 88888888 7 8888 33 00 5555 8 000 8 8 0 000 0 0 5555555 2 222222 3 7 3 111111111 99 7 00 4 8 444 22222222222 00000000000000 88 8888 33333 7 7 3 7 0 00 22 0 000000000 111 1111111111111111 0 00 0 11111111111111111111 9999 4 4 0 0000 88 4 7 000 4 4 666666 11111111 55 1 1 5555 8 888 44444444444 1 33333 3 666666 3 55 9999999 7777 1111 1 444 1 55 33333 3 7 444 6 000 0 666666666 4 4 6666666666 11 4 4 11 4 4 4 222 1 99 99 7
consensus : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCGAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATNA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---GA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAA--TTTCT-T----------GACGAAA--TG-----T-CCAT----ACAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--C-G--TTTTC--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TA-NATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-CG-A-A----TTT---GGAT--ACTT--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AA-CAAC-TTTTTTC-A----TC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
Reference ( family-756 ) : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCGAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATNA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---GA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAA--TTTCT-T----------GACGAAA--TG-----T-CCAT----ACAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--C-G--TTTTC--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TA-NATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-CG-A-A----TTT---GGAT--ACTT--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AA-CAAC-TTTTTTC-A----TC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|1 : -ATAAT----GAAA--AA--AGTTTTTG-T-T--T------------T--TATTTTT-TT--GTTTAAAA-A----AAGAAGAATTCTTA--GA--AGTTTTTTTT---CCAA-AT--TT-T-----GGCT-G-TTTGAAATTTTTT-TG-ATTGTTATTATAATA-T-A-------AATG-TTTTTAA---A--TAAA--C-AT--GT-CTA-AAAC-ACTTTGCCC-A-GATAAATT-AC----A-AATTCC-GG-----T-------TTTTTTTTTTTTTTTTTTT---T-T-G--A--ATAA-ATTAA-TTTTTATTT-A-T----------T--A--TT--TTGAA----A----AAA-T---A-TTTAAAT----TTTT--T---TTTTTTTTTTTTTTTGG-ATA---TT----TATCTTTTTTTAA-T---TC-----TTTTAATG-GATTTTTG----T--AATCTTTCAAAAATTAC-AATGTCC-CA-TTGCTGTAAAAGGGAA--AAA--CAAAGA-TATTT--TCG--------G-----AGA----A-ACATTAGT------ATC--------TT--TAGAAAA--G--AAAT-GA-AAAAAACCT-G----AAATTTTAAA----GCCACAATTTT---TA-GAATA-TTATTTTCG--CG--A-T--TT----TTTTTC----A--CTTTTTTTGAAA---AACC--A--A----G----CGCCCCCCATTTTTC-GA--ATATTTA--CAAAC---AA-AA-AAGTCAAT-A-G--GAAGAAAGCATTTTTTT---TTCAA-T-AAGAATAA-------A-CTTTACCCTCCTTT--CG-TTG---ATGGTTAAT-TGGGTTTTTTT---AACACAAAATTAAACT--AATTTTTTTTATAAAGGAAAGAATAAATTTTCT-TTTTACTTGAAAAAAAAA--TG-----T-CCATTTTAACAAAATTGTTA-C-CTCAGTT-A--ATACAT--GCAACCCTA-TTTTT-TTTCCCAAG--T--------AAATTTT-TTCTTT-ATT-CA-TTTTTTTTCCAA-TC-GG-GATT-C-GG-TAA----CT-----T-TTTTTTTTTCTTTCT----CGCTGAG-AAATTA---AATCCCTTGAAATATTAGGCGA-T--AGA-TCCTTTTTTTTGAAATAAAAGAAA--ACCATT-----TTTCATTTT-C--AA---ATT---TTTCT----TTTTTTT-TTTTTTAAA-ATTAA-
gi|10 : TTGAAGATTTTAAGTTAGTCTATTAACCAAA-AAAAAA--AAAAAAAA-G--C-A--GATAC--A-AT-TTTTATAAATATTTTATTATT-T------A----AAACAT--T----ATTTCCAACATT--TA-CATGATTCA-----TAT-TCG-CAG-AT-TTTAT-TA-CATATT-GAC-ATCA--TG-----CA-A-TAAA----------------TC-AA-AG-CA-A-A----------------ATTT--A-GA--------TTA-------AAA---A-A-AA-------------------------TCTGGAAAA-AT----TTAC--TA-----------CCACAT-CG---T-AT-AA------A-AT--AAC-T-----GA--A--CTTA----ATT-A---CTC-TT--TCGAT-----GTTGTA--TCA-TGCTT---C-gtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|11 : ac-TA-CATAT--CAT-ATCAATTC-----CA-C-CCAA----------------TC-AC-AGACG-G-AGTGATTT---GGATTTACTT--A-GA-A-CTT--TTATGTT-GCAAA--GA-A-AA-CAAC-TTTTT---A----TC--ATTC--GGAAA-AA----TAAA--AAAG---------AAAAAT-CAGTTT-AT-AA------A-AAT-AAT-T-----GAG-AAGCTTG-TTAGTT-A---CTT-TTTCTCGAATTGTTGTTGAATACCA-TCCTTACAC-TTAG-AAAG-GGTTCCT-T-TTT-A-AAT--C------GAA--CATG-T-A--AT-ATA-A---CATTTAAGTGTGAATTGAGCCT-CCTgtacgaggcaaaagaaatacatg
gi|12 : TTT-T----C--CCAGT-A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTC-C-T--T------------TTAC-----T-TTA-GC---AAA-AT---AAGAG--ATTCT-taagg
gi|12 : ------A--TAAGA-C-AT--GT-CTA-AAAGTACT-----C-A-GATAT--T-AC----ACA--TCC-GG-----T-------T---------------TTTC--A-A-A--A--ATGATA--AA-T----ATTTAA-T----------T--A--AT--TACCTCTGGA----AAA-T---AGTT---A-----TTTG--G---TT--------------G-ATG---Tcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaataagacatgtctaaaagtactcagatattacacatccggtttttcaaaaatgataaatatttaattaattacctctggaaaatagttatttggttgatgtaaccttggaagatgctc
gi|14 : ttttcccagtaataatgaaaaagttccttttactttagcaaaataagagattctcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaCAGATAAG--C-G--TTTTC--AGATTATTGGTAA-TATTTT-T-GTTCT------AGATAAAAAATA-T----AT-----ACTTCC-TACTCGGGGTCTCACCCTTT-AGG-CAT-GTGCCTAT-TC-CGTATC---T-ATTA--TG-----CAACACAAG----------------TC-AACAG-CG-A-G----GTT---GG-T--ACTT--A-GA-AACTT---TAT-T--GTAAAACCA-A-AA-------TTTTTC------TC--ATTACGG--AA-AA----TCAC--AA-----------AAAACTGTA---T-CC-TA------A-AAT-AAT-T-----GAG-G--CCTA-T--GCT-ATATCTT-TT--aaccttggaagatgctc
gi|15 : aacAA-A--AA-T----GTTT-T-T----------GGAA--AT--T--------G----AAAAT---G-TT---AT----CT----G---TT--------------A-ATA---TT----T-------TTAAA-A---TC-----T----ATG-ACT----A----C--AATCTT-TAAGAA--TC-A-TGTCA-CTTTT------------AA--AAA--TAA-AA-CGTAT--T-G--------A-----AGA----A-A------T------AT---------------------------------GAA-----T-G-------T----------------ATTTTGTAAGTAAATA-TT------G--CT--ATT--TT----T----T----A--AATCT------T---AACC--G--A----G----C----CTGAT----A-TG--A-ACT-A--TA--C---AG-CA-AATGCT-T-A-G--AGAACA----------C---TGTGA-T-AAGAA--A-------------A------TTC--CC-TCG---G
gi|16 : -TTTAT-TG-GAAAT--CAT-ACCA--T------CA-T--AGA----------------TCGAC-AG-CA-A-AG---TTT------T--ACTTTTG-GA-ATTAT-CTTATATT-G-AGA--TATA-AA-CAAC-TTTTTGA-G----TC--GTTTGGGGAAA-AAATATTAAT--AA-----------ATAATT-TA---T-AT-AA------A-CAT-AAT--------AG-AT-CTTT-T--ATT-A---C-C-TT--TCGAT-----CATGAA----A-TATTT---C-AA-A-AGAG-G-----T-G-TTT-T-AA---C------GAG-ACATT-A-A--AT-A-A-A---TTTTGG--TAT--Agctcgatataaa
gi|17 : TG-A--TTTC-C----C--CCGG--A-ATAATAGAAAAAA--AA--G----GTG-T-T--TC-----------T--A-----T-TT--GT---AAATA----AAGAG--ATCCT-A--AG--T--------T---CCAA-A---TT-T-----G-CT-G-T---A------TT-----T----CTGA-AGTC-TAAT----G-AA-G-TT-T------AACTAATA-CACT--GT-CCT-AAACAACT-----CAA-GATA---TAAC----A-A--TCC-GT-----TTTTTTTCT---------------TTT---A-A-A--A--ATAT-A--AA-T----AT-----T----------A--A--AT--TTTGA----G----AAA-T---A-AT---TT----ATTT--G----T--------------A-ATA----T----T-------TTTAA-A---TCT----T----ATG-GAT----A----A--Agttccatgtattgt
gi|18 : ----A--AGTTT------G---ATCC--A--A----G----T----CCGAC----T-TG--A-ATT-A--TA--T---TA-AA-ACGT------------------------------TGTTA-T-GAGAA--A-------A---G-A------TTC--CC-TTC---AAATTAAA--TGG-----ATT---A-CAAA---TTCAA-T--AATTTT----ATGCAACAATC--T-A--TTTGTAT----------GATAAAA--TA-----T-GCAT----TCAG-----TAA-G-G--ATT--G--GTA--T--G-------G-CTATT-TT-----AG--A--------AA----T-GTTT---ATC-AA-ATT------TGA-TC-CG-CA-G-C-AG-T-A----CA-----T-TT
gi|19 : tTTAAAAGTAGCTCATTACACTAAAAGTTTACTTTGC--TCTGTAAAA-------ACA-CCCTCTTAGATGTATGACGTATGATTT--CAAAC-AATGAAAGAAG---TGAT-ATATATGTAAGA-C--TC---AT-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----TATTTAGGTAATGT-------GTG-A--TTTT-TTTTTC--ACGG--A-ATAAT----AAAA--AA--G----GTG-C-G--T------------T--G-----T-TT--GC---AAA-
gi|2 : TAAGGTAGCTCACTACACCAAAA-------TTCTAATT-----AATGATATCGTAACCTTTCAAGAA-CACAG------GTTTTTCG--G-CATCGAAAAAA---TAAA-AAG------GGCTC--TC---AA-TT-ATTT--A--TA------TG-----AA----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--AAC--TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----A-------------------G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-TT-G-T--GA------TT-TG-AT----GT---AATA-T--T----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-AT--GT-CTA-AAA-GACT-----C-AAGATA---T-AC----A-AG-TCC-GGG----T-------T---------------TTT---T-A-A--A--ATAA-A--AAAT----ATTT-AAT----------G--A--ATATT--------G----AA--T---A-TT----T----TTGT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAC----A----A--AGTATT-CAAAAA--AC-A-T-TCA-C--TT------------AG--AAA--TAG-GAATATGT--T-G--------G-----AGAC---A-A------T------ATG--------TT--TTTAAAG--G--AAAATGA-AAAA----T-G----AAAT-----A----GCCC-AAATTT---AG-AA-TA-TT------G--CG--A-T--TT----T----CTTAAA--AATTT------G---AACCCAA--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--A---CA-AA-AAGTCA-T-AAG--AGAGCA----------T---TGTAA-T-TAGAA--A-------AACTGCA------TTC--CC-TTGTTTGATGTAA----GG-----TTT---A-CACA---TTACA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAA--ATTCT-T----------G------------------------------------A-C-C--AGTAAA--ATA--T--G-------AGTTATT-TC-----AG--TCC------CA----TATTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-AAC--TT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG--A--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-TA-ACATTC--------TAAAA-TTAAGACA-TTTCATTT-CAAATT-GTTTT-AATAATATACT---TGTCTAACATGTCTTT-CCTTA---A-ACAAA-CCTGGTTATTTTTAAA--AGAAATTTTA------TCCATAGATTTAAGAAAATATCAACAAATA-GATG-G--TTTTCAAA-ATAGTTCGTATATATTTT----TTCTCTTAAAA----AAAAATCAT----A------ACTTCCTTA-T-TGGGTCTG----TTTAAGG-CATAGT-TTTAT-TAGAATATTCCATCATCA--TGAAAAACC-C-CAAAAAAAAAAAAAAAATTTTC-AC-AG-CG-ACA----TTTTTGAAAT--AC-T--A-GAGATCTCGTTTA--TT-GCAAG--TA-ACAA-C-AC-ATTTTCA-A----TC--ATTCTGGAAAA-AA----TCACAAAA-----------AAAAAT-TA-----AT-TA------A-AA--ATT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATC-A---CCT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACTA-TGC-T---C-TT-GAAAAG-G-----T-T-TTTAA-AA---CGGATAGGAA-CCAT--A-A--ATAA-A-A---TATTGA--TGTA-ATTGAGCCT-CCTtga
gi|20 : aacacaAG--ATTCT-A---A--G--------CAA-CCAATATAATT-T-----G-AT-G-T--AA------TA-CGCAT----ATTG-AATA-T-GT----G------TTA-------A--TAAAATC-AT--GT-CTA-AAAAGATT-----G-G-GATA---T-AC----A-G--TCC-GT-----A-------T---------------TTTGTAA-A-A--A--ATAA-AC-AA-T----A--T-A-T-----------------------------------AA-T---A-TG---AA----TTTTGGG---TT--------------G-ATATTTTT----T-------TTTAA-A---CCT----T----ATGTGAT----A----A--AA
gi|21 : aga-----TTG---A-CAGA---TAACA-T--GATTT-----ATATATGAAAC--TAA--TTTCT-T----------GATGAAA--TG-----TGGCAA----ACAA-----TAAGA-A--AAT--A--ATA--T--G-------A--TATT-TT-----AG--T--------AA----T-TTTC---ATG-AA-TTT------TTC-TC-AG-AA-T-C-AGTT-A----CT-----T-TTT-------T
gi|22 : ggattataccaaaaactaacattcAA-AA----T-----AA-----------ATATAT-CA---T-AT-AA------A-TA--GAT-T-----GAG-AAGCTTG-T--ATTTA---TTTCTT--TCGAA-----TGTGGA-ACCA-TGCCTTG-C-TT-A-AAAGCG-----TCG-CTT-A-AAT--C------GAATTCATGCATA--AT-A-A-AT--TATTtc
gi|23 : GGAAA-AA----TCAC--AACAAATAAAAAAAAAAA------------TA------A-AA--AAT-TAAATGAAG-A--CTTG----ATT-A---CTT-TTTGTTGAA-----GGTTAA-ACCA-TCCTT---CATT-G--AAG-G-----T----TT-ACAACTTC------GAA-C--TG-A-A--AG-A-A-AGTTTGTTGA---GT--AGTGGGCCTGCCTttaactagtgatgacctaccttcgagcctc
gi|24 : ----AAAAAT--TTCAGA------ACATC--TA-TCTAAGGCC-----TTA-AGC-CAT-GT-TTT---TA-TACAT--CAT-ATC---TG-----CA-C-CATA----------------T--AG-A--------------T---GGAT--TCT---A-GA-ATC---CTTAT-TTTGCACA--CA-G-AA-CACC-TTTTTTTAA----TCATATTGTGGAAAACAA----TAAC--AA-----------gatata
gi|25 : TTT--TA--C-AATCAAAAGAG---AGAT-GCA------AACTT--GC---AA-TT-ACCTC-C--AA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GGGTA--TTTT-T----C--T--G--ATATGAT----AAAA--AA--A-----AG-T-T--T------------T--G-----C-TT--GT---TAG-T----AATAC--ACTTT-A--GA--A--------T---TTAA-AC--TT-A-----G-CT-T-T--CA------AT-TG-AT----ttcc
gi|26 : tc---A-CACACCCTTCAA-C--G---TT----ATAAAGGAAAT--TAA--TTTCG-T----------GATGAAAAATG---------AA----AAGA-----TTA-G-C--AGC--AGTATA--T--G-------A-TTAGT-TC-----AA--TTAATAATTAA----T-TTCT---ATT-TA-TTT------AGA-TC-GG-GA-T-C-GG-C-G----CC-----T-TTT-------tcat
gi|27 : -------TTGC--TT-----TT-------GCA-CCTTTCGAGAATCAC---------------------ATTGAATGAG---TGAT-ACA------TGCTT--TT---AA-TC-ATTTT-A--GA------TG-----A-----T-TTT------TGGGAGGTTTGTG-ATTTTTT-T----T--CGGG--C-ATGGT----GAAA--Act
gi|28 : --AA-----------GAAAAT-CA-----AT-TA------ATAATCAATGC-----GAG----CTTGGT--ATT------CT-TT--TCGAA-----TAT--A-ACTGGCGTTT---T-CT-A-AAAA-G-----T-GTCTT-A-AA---T------TAA-TCATG-A-ATAAC-C-A-A---TGTTTA--TAT--AATGAGCCT-CCTagattaaacaaatatt
gi|29 : a-TTC----ATC-A--TTT------CGA-TC-GGTGA-TTC-GG-T-A----CG-----T-TTT-------TTTCTACTACGTCGAGAAA--TA---AATCTT-TGAAA-AT--AGCGA-TCCATA-TCG-------TGAAA-GAAAGAAATTTTCATTTCCAAATTCTTTTT-taa
gi|3 : ttaCATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTTTCAAGAAGCAC-A------GTTT--CG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TCTCAGA-TTGATTTT-AAGTAAAGGATTT-----A-----T-TCT------TG--------GTG-A--TTTT-C----C--CCG---A-ATAAT----GAAAG-AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---C-AA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----A--A-GATA-T-AT----G-AATG-TCATC-----A--TAAAAAC-CT--GT-CTA-AAGAG-CT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TC--GG-----T-------T---------------TTT---A-ACA--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------ATGGAAAA-T---A-TT---AT----TT----G---TT--------------G-ATA---TT----C-------TTTAA-----TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATATT-CAAAAA---C-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----ATA------T------AT---------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GA------T-G----AAAT-----A----GCCA-AAATTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----TT---C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---AA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGTA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---AAG-TAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAA--ATTCT-T----------GACGAAA--TA-----T-CCAT----AGAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-CA-GTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCGCT----GGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTTAA--AATATACT---TGTCTAACATGCTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAAATTCAA-AAAATATAAACAAATA-G--C-G--TTTTT--A-ATACTT-GTAAATATTTTAT-ACTCT------A----AAAAATTAT----A------ACTTC--TA-TCGGGGTTT-----TTT-AGGCCATGGT-TTTAT-TA-GATATT-CAT-ATCA--T------CA-C-CAAA----------------TC-AA-AG-CGAA-A----TTT---GGAT--AC-T--A-GA-ATC-T-CTTAT-TT-GTAAG--CA-A-AA-CAACATTTTTTC-A----TC--ATTCTGGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-A--TA------A-AA--AAT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CAT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|30 : aagAAA--G--AAA------GA-----T-A----AAA------A----CTTA-AATTTC----G-AAATA-TT------G--CGA-A-T--TT----T----C--------ACTC------GT--GACC--T--A----G----C----CTGAA----C-AA--A-ATT-A--TT--T---TATAA-AAACCA-T-A-G--AGAta
gi|31 : tttttAAA--TG-----T-C-AT----ACAA-----TTA-CGC--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-AT-----AG--T--------TA----T-TTCCTTAATCTAATTTT------CGAGTCTGG-GA-T-CGGG-T-AAACGCT-----TGTTT-------TC
gi|32 : -TTTTTTC-C----TT--ATTCTGAGA----------CA---AA-----------AAAAAT--A---TGAT-TATAAGCCA-AA--GAT-T-----GAG-AG-TTTG-T--TTT-T---CTT-CT--TTGGT-----GGTAAA-ATCA-TGCTT---ga
gi|33 : AAA-CA----ACAC--AAC----------AAAAAT-CA---T-ATATA------A-AA--------------G-C--CTTG-C--ATT-A---CTC-TT--TC-AA-----GGTGAA-ATCA-TGCTT---C-AT-A-CGAT-G-----T-A-CAT-A-AA---A------GA
gi|34 : a--CCGG--A-GTAAT----GAAAC-AA--G----TTG-TAT--T------------T--C-----T-TTTTGCT--GAA-A----AAGCG--ATTCT-A--GATGG--------TGCACAAA-ATG-TTAT-----G-CT-G-T--GA------TT-Tgcc
gi|35 : ------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCAG--G-ACAAT----CAAA--A---------TG-T-TAAA------------T--G-----T-TT--GC---AAA-AT---ACGAGA-ATTCC-A--AA--A--------T---CCAA-A------A-----G-CT-G-T--GA------TT-T
gi|36 : --ACTT--AAGA-ATCT--CTTCT-TT-GCACA--CA-A-AAACACC-CTTTTTT-AATTATC--ATTCTG--AAA-AA----TC-----A-----------AAAAAT-C
gi|37 : ag--AAT-TCTA--GAG-G--CTTG-TT-ATT-A---CAT-TT---CGAA-----TGTGAA-ACCACTTCTT---C-TT-A-AAAG-G-----T-G-ccccccc
gi|38 : --AGC--A--ATA-----------------ATT-TT-----AG--T--------AT----T-TTCT---ATA-AA-TTC------TGA-TC-GG-GA-T-C-GA-T-A----CT-----T-TTC-------TTTCgtaa
gi|39 : TC--TC---AA-TT-ATTTTTA--TA------TG-----ACTGAAT-TTT------TT--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-ATAAT----atc
gi|4 : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAA--------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTTTCAAGAAGCACAA------GTTT--CG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------AG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATGA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-CT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-----TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATATT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTT----AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---AA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGTA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---AAGATAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAA--ATTCT-T----------GACGAAA--TA-----T-CCAT----AGAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TT-CATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGCTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAAATTCAA-AAAATATAAACAATTA-G--C-G--TTTTT--A-ATACTTTGTAAATATTTTAT-ACTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TC-GGGTTT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTATATA-GATATT-CAT-ATCA--GG-----CA-C-CAAA----------------TC-AA-AG-CA-A-A----TTT---GGAT--AC-T--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GTAAG--CA-A-AA-CAACATTTTTTC-A----TC--ATTCTGGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CAT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|40 : AGATTGTA------TCCATAGATTTCA-AAAATATTAACAAATA-A--C-AATTTTCC--A-AT
gi|41 : AAGATTGTA------TCCATAGATTTCA-AAAATATTAACAAATA-A--CAA--TTTTC--
gi|42 : ttgCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TGA----A-----T-TTT------TT--------GCG-A--GTTT-T----C--CCAG--A-ATAAT----GA
gi|43 : A---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-ACA---TTTTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCT
gi|44 : --------GCG-A--TTTT-T----C--TCTG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----G-TT--Gt
gi|45 : ------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-
gi|5 : TTT--CG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATTTT-A--TA------TATATGAA-----T-TTT------TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GTAAT----GAGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGTT--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCTG-ATT---GTAA-GATA-T-ATTTTTG-A-TG-TTATTGTATTA--TAAAA-T-CTTGGT-CTTTACAACACTT----C-A-GATA---T-AG----AGA--TCT-GAAATTAT-------T---------------TTT---GTA-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATGTT--GGGCTT--------------GTATA---TT----TACT----TTTAA-AGGTTC-----T----ATG--AT----A----AGAAATCTT-CGAAAA--AT---TGTCATC--TT------------AGCGAAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----C----CCGAA----CAGA--A-ATT-GACCA--TTTTAA-CA-AAGTCA-TCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGAA--AGGCAATAA-CTACA------CTCTACCGTTG---GATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C--AA-T--TATTTT----ATA
gi|6 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttTTT--CG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATTTT-A--TA------TATATGAA-----T-TTT------TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GTAAT----GAGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGTT--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCTG-ATT---GTAA-GATA-T-ATTTTTG-A-TG-TTATTGTATTA--TAAAA-T-CTTGGT-CTTTACAACACTT----C-A-GATA---T-AG----AGA--TCT-GAAATTAT-------T---------------TTT---GTA-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATGTT--GGGCTT--------------GTATA---TT----TACT----TTTAA-AGGTTC-----T----ATG--AT----A----AGAAATCTT-CGAAAA--AT---TGTCATC--TT------------AGCGAAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----C----CCGAA----CAGA--A-ATT-GACCA--TTTTAA-CA-AAGTCA-TCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGAA--AGGCAATAA-CTACA------CTCTACCGTTG---GATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C--AA-T--TATTTT----ATAtttttggaataaagg
gi|7 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttAAG---TTATTACA------AGCTC--TC---A--TT-ATTT--------------------A-----T-TGT------TA--------AT-----TTTT-T----CAACTGGGAA-ACAAT----GAAA--AAAAG----TAGTT-T--T------------T--C-----T-TTC-GA---AAA-AGAAGAAGAG--ATTCT-GACGA--GTT------T---CCAA-AT--TT-TTCCACA-CT-GCC--AA------TT-TA-AA----ATT--AATATT-AT----GTAATGATCTA------A--TAAAA-C-AT--GTACTA-AGAAGACT-------A-GATAAT-C-ACTCAAG-A--TCCAGG-----TTG-----T---------------CTT---A-A-ATTA--ACGA-A--AG-T-----TTT-A-T----------T--ACTAT--T--------G----AAA-TTAAA-TT---AG----TTTG--T---TT--------------GTATA---TTTTTAT-------TTTAAGA---TCTGAATT----ATGTGAT----AAATGA--AATC-T-CAAACATCACGA-TGTCC-CT-TT------------AG--AAA--AAG-GAGTAAGTAAT-GATCTCCAAG-----AGAAGAGA-A------T------ATATCTTTTATTT--TTAAAAA--G--AAATTGA-AAA-----TAG----AAGT-----AATAGGCCA-AG---T---AG-AAATA-TT------G--CGGAA-TTCTT----T----C----AATAGTTT------A---AACC--G--A----G----C----CGTAT-------A--G-ATT--------C---GA-AA-AAtttttggaataaagg
gi|8 : gccattacatg------ACA--------TT--TTGAAAATTGTTAAAATAA-CCA-----T-G----AGAT-----G----GTCATAATTCC---A---AATACTT------T--CG--A-T--TT----T----T----C--AACTT------T---AACC--GCAA----GGTCAC----TTGGT----C-GGTCA-GGT-A--CA--A---GA-AGCAAG-CG-T-A-GTAAGAACA----------T---CATCA-TCAAGAA--A----------TATA------TTT--CC-TTG---GTGATAAAAATGA-----TTT---A--------TCAAA-TTCGATCT-------AAA--AAAT--TTA--TTTTT-TCT--------AAT-AAA--TGGTACTT-GCAA----ACAA-----TTA-G-C--AGC--A--AAA--TTGG-------A-TTATTATC-----AGAGT--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------GGA-TT-GG-GA-T-C-GG-T-G----GT-----T-TTT-------TTTTT----Ca
gi|9 : atggtcaaactcatgtcttccagataaaaagatgaactactgaagaagaacagta----T-TTCTGA-ATC-AA-ATT------TG--TC-GG--A-T-C-GG-T-AG---CTATGTAT-TTT-------TC-CT----CGCTGAG-CA--TATAGAATC---TGAAATATT-AGCGAGT--TCA-TA--------TGAAA-ATAAAAC----TCATTC-CAATTTTTTCTT-A--AATATACTCACTGTCTAACG-GTTCCTGCATTT---AGATTAAGTCTG-------TTttttggt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAGTTTGCTTACATTTTATATTATTTATTTCATTACATGGCCATTAATAAAACATGTCTAAAAAGTATTCAGATGTTTATCAAGTCTTGTTTTATAAATAAAATAATATTTATGATATATTGGAAAATGCTTATTTTGTTTTGCATATTTTATCAAATCTATGAATTCACAAAATAATTTAAAAAATAATTATTAGTTTATATAAAATATATTATGAAAAACTTGTAGACTATATTCTCGAAGG
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 33333333333333 33333333 1111 111 1 111111 11 2222222222222222222 11111111 11 333333333333333333333 2222 2222222222222222222 111 222222222 333333333333333333333 11 1111111 111 111111111 55555555555555555555555555555 11111 11 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222 222222222222 111111111111 2222222 1 11 222222222222 11 111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333 111111 111111111 33333333333333333 2222222222 1111111111 111111 2222222222222 33333333333333 33333333333333333333 11 11111 111 111 333333333333333333333333333333333333 11111 111111 1111111 11111 22222222 111 1111 1111111 1111 11111 111 222 11 11 33333333 1111 1111 111 111 3333333 111111 111111111 1 111 22222222222 44444444444444 11 22222 1 11 111111111 3333333333333333 22222222222222222222 2222 11 111111 22222222 22222222222 11111 11 1111111 1111 1111 111 111111111 2222222222 111 11
lowQualScore : 99999999 11 88888888888888 8 4 5 88888888 66 3333 555 3 222222 00 666 7 3 55555 9999999999999999999 3 888888 33333333 2 33 5 5555 33 55 2 4444 11 33 9999 2 2 33 888888888888888888888 5 99 888 3 5555 77 3 6666666666666666666 5 3 555 3 88888 3 6 3 44 999999 6 4 333333333 4 4 888888888888888888888 55 8 55 11 4 8 66 9999999 4 666 4 555555555 4 22222222222222222222222222222 88888 4 55 11 3 88 3 7777 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 888888888888 111111111111 8888 99 666666666666 5 1111111 0 66 555555555555 33 444 5 0 66 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 55 44 000000000000000000000000000000 8 1 777777 4 555555555 99 4 55 11111111111111111 7777777777 8888888888 7777 7777 333333 55 3 7777777777777 3 3 4 8 4 55 4 1 00000000000000 8 4 66 99999999999999999999 22 8 777 44 88 11111 444 4 2 444 55 4 55 99999 1 777 0 777 5 111111111111111111111111111111111111 1 11111 111111 99 55 66666 3333333 4 4 00000 55 00000000 7777 3 555 3 3 999999 3 3 3 3 3 3 3 3 5555 88888 3 1111111 0 2222 2 00000 111 000 55 6 55 1 6 00000000 6 0000 88 22 3333 0 444 0 0 8 444 8 8 2222222 3 999999 0 6 3 222222222 77 6 77 1 0 444 88888888888 77777777777777 55 9999 33333 6 6 3 5 5 66 66 5 999999999 555 3333333333333333 5 66 5 33333333333333333333 9999 4 4 2 1111 00 4 3 888 4 4 222222 00000000 55 4 3 6666 0 444 00000000000 3 00000 3 999999 3 33 3333333 9999 0000 3 555 3 88 88888 3 6 000 3 666 4 000000000 4 4 0000000000 77 4 4 66 4 4 4 222 0 66 11 5
lowQualScore : ........ .. .............. . . . ........ .. .... ... . ...... .. ... . . ..... ................... . ...... ........ . .. . .... .. .. . .... .. .. .... . . .. ..................... . .. ... . .... .. . ................... . . ... . ..... . . . .. ...... . . ......... . . ..................... .. . .. .. . . .. ....... . ... . ......... . ............................. ..... . .. .. . .. . .... . . ................................................................................... ... ............ ............ .... .. ............ . ....... . .. ............ .. ... . . .. . .................................................... .. .. .. .. .............................. . . ...... . ......... .. . .. ................. .......... .......... .... .... ...... .. . ............. . . . . . .. . . .............. . . .. .................... .. . ... .. .. ..... ... . . ... .. . .. ..... . ... . ... . .................................... . ..... ...... .. .. ..... ....... . . ..... .. ........ .... . ... . . ...... . . . . . . . . .... ..... . ....... . .... . ..... ... ... .. . .. . . ........ . .... .. .. .... . ... . . . ... . . ....... . ...... . . . ......... .. . .. . . ... ........... .............. .. .... ..... . . . . . .. .. . ......... ... ................ . .. . .................... .... . . . .... .. . . ... . . ...... ........ .. . . .... . ... ........... . ..... . ...... . .. ....... .... .... . ... . .. ..... . . ... . ... . ......... . . .......... .. . . .. . . . ... . .. .. .
lowQualScore : 22222222 00 44444444444444 0 6 0 22222222 99 1111 666 3 888888 00 444 3 6 33333 0000000000000000000 6 888888 22222222 7 77 0 3333 22 66 2 7777 99 77 3333 7 7 99 222222222222222222222 7 66 555 1 4444 33 1 9999999999999999999 9 3 000 3 33333 3 7 3 66 666666 7 0 777777777 4 4 999999999999999999999 55 0 00 00 0 0 33 5555555 0 555 0 000000000 0 11111111111111111111111111111 22222 0 55 00 6 66 6 7777 6 6 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 000000000000 999999999999 5555 66 555555555555 0 4444444 0 99 666666666666 88 999 0 0 99 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 55 55 22 777777777777777777777777777777 0 1 333333 0 000000000 55 0 55 33333333333333333 2222222222 9999999999 7777 7777 333333 00 6 6666666666666 6 6 0 0 0 55 1 7 33333333333333 9 4 11 22222222222222222222 22 9 888 88 44 11111 000 0 5 000 55 0 55 33333 4 999 4 666 0 555555555555555555555555555555555555 1 11111 111111 55 55 99999 0000000 0 0 00000 55 00000000 7777 3 000 3 3 666666 3 3 3 3 3 3 3 3 0000 33333 3 8888888 1 1111 5 00000 777 888 88 7 88 0 7 88888888 7 8888 33 00 5555 8 000 8 8 0 000 0 0 5555555 2 222222 3 7 3 111111111 99 7 00 4 8 444 22222222222 00000000000000 88 8888 33333 7 7 3 7 0 00 22 0 000000000 111 1111111111111111 0 00 0 11111111111111111111 9999 4 4 0 0000 88 4 7 000 4 4 666666 11111111 55 1 1 5555 8 888 44444444444 1 33333 3 666666 3 55 9999999 7777 1111 1 444 1 55 33333 3 7 444 6 000 0 666666666 4 4 6666666666 11 4 4 11 4 4 4 222 1 99 99 7
consensus : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCGAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATNA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---GA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAA--TTTCT-T----------GACGAAA--TG-----T-CCAT----ACAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--C-G--TTTTC--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TA-NATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-CG-A-A----TTT---GGAT--ACTT--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AA-CAAC-TTTTTTC-A----TC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
Reference ( family-756 ) : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCGAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATNA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---GA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAA--TTTCT-T----------GACGAAA--TG-----T-CCAT----ACAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--C-G--TTTTC--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TA-NATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-CG-A-A----TTT---GGAT--ACTT--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AA-CAAC-TTTTTTC-A----TC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|1 : -ATAAT----GAAA--AA--AGTTTTTG-T-T--T------------T--TATTTTT-TT--GTTTAAAA-A----AAGAAGAATTCTTA--GA--AGTTTTTTTT---CCAA-AT--TT-T-----GGCT-G-TTTGAAATTTTTT-TG-ATTGTTATTATAATA-T-A-------AATG-TTTTTAA---A--TAAA--C-AT--GT-CTA-AAAC-ACTTTGCCC-A-GATAAATT-AC----A-AATTCC-GG-----T-------TTTTTTTTTTTTTTTTTTT---T-T-G--A--ATAA-ATTAA-TTTTTATTT-A-T----------T--A--TT--TTGAA----A----AAA-T---A-TTTAAAT----TTTT--T---TTTTTTTTTTTTTTTGG-ATA---TT----TATCTTTTTTTAA-T---TC-----TTTTAATG-GATTTTTG----T--AATCTTTCAAAAATTAC-AATGTCC-CA-TTGCTGTAAAAGGGAA--AAA--CAAAGA-TATTT--TCG--------G-----AGA----A-ACATTAGT------ATC--------TT--TAGAAAA--G--AAAT-GA-AAAAAACCT-G----AAATTTTAAA----GCCACAATTTT---TA-GAATA-TTATTTTCG--CG--A-T--TT----TTTTTC----A--CTTTTTTTGAAA---AACC--A--A----G----CGCCCCCCATTTTTC-GA--ATATTTA--CAAAC---AA-AA-AAGTCAAT-A-G--GAAGAAAGCATTTTTTT---TTCAA-T-AAGAATAA-------A-CTTTACCCTCCTTT--CG-TTG---ATGGTTAAT-TGGGTTTTTTT---AACACAAAATTAAACT--AATTTTTTTTATAAAGGAAAGAATAAATTTTCT-TTTTACTTGAAAAAAAAA--TG-----T-CCATTTTAACAAAATTGTTA-C-CTCAGTT-A--ATACAT--GCAACCCTA-TTTTT-TTTCCCAAG--T--------AAATTTT-TTCTTT-ATT-CA-TTTTTTTTCCAA-TC-GG-GATT-C-GG-TAA----CT-----T-TTTTTTTTTCTTTCT----CGCTGAG-AAATTA---AATCCCTTGAAATATTAGGCGA-T--AGA-TCCTTTTTTTTGAAATAAAAGAAA--ACCATT-----TTTCATTTT-C--AA---ATT---TTTCT----TTTTTTT-TTTTTTAAA-ATTAA-
gi|10 : TTGAAGATTTTAAGTTAGTCTATTAACCAAA-AAAAAA--AAAAAAAA-G--C-A--GATAC--A-AT-TTTTATAAATATTTTATTATT-T------A----AAACAT--T----ATTTCCAACATT--TA-CATGATTCA-----TAT-TCG-CAG-AT-TTTAT-TA-CATATT-GAC-ATCA--TG-----CA-A-TAAA----------------TC-AA-AG-CA-A-A----------------ATTT--A-GA--------TTA-------AAA---A-A-AA-------------------------TCTGGAAAA-AT----TTAC--TA-----------CCACAT-CG---T-AT-AA------A-AT--AAC-T-----GA--A--CTTA----ATT-A---CTC-TT--TCGAT-----GTTGTA--TCA-TGCTT---C-gtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|11 : ac-TA-CATAT--CAT-ATCAATTC-----CA-C-CCAA----------------TC-AC-AGACG-G-AGTGATTT---GGATTTACTT--A-GA-A-CTT--TTATGTT-GCAAA--GA-A-AA-CAAC-TTTTT---A----TC--ATTC--GGAAA-AA----TAAA--AAAG---------AAAAAT-CAGTTT-AT-AA------A-AAT-AAT-T-----GAG-AAGCTTG-TTAGTT-A---CTT-TTTCTCGAATTGTTGTTGAATACCA-TCCTTACAC-TTAG-AAAG-GGTTCCT-T-TTT-A-AAT--C------GAA--CATG-T-A--AT-ATA-A---CATTTAAGTGTGAATTGAGCCT-CCTgtacgaggcaaaagaaatacatg
gi|12 : TTT-T----C--CCAGT-A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTC-C-T--T------------TTAC-----T-TTA-GC---AAA-AT---AAGAG--ATTCT-taagg
gi|12 : ------A--TAAGA-C-AT--GT-CTA-AAAGTACT-----C-A-GATAT--T-AC----ACA--TCC-GG-----T-------T---------------TTTC--A-A-A--A--ATGATA--AA-T----ATTTAA-T----------T--A--AT--TACCTCTGGA----AAA-T---AGTT---A-----TTTG--G---TT--------------G-ATG---Tcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaataagacatgtctaaaagtactcagatattacacatccggtttttcaaaaatgataaatatttaattaattacctctggaaaatagttatttggttgatgtaaccttggaagatgctc
gi|14 : ttttcccagtaataatgaaaaagttccttttactttagcaaaataagagattctcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaCAGATAAG--C-G--TTTTC--AGATTATTGGTAA-TATTTT-T-GTTCT------AGATAAAAAATA-T----AT-----ACTTCC-TACTCGGGGTCTCACCCTTT-AGG-CAT-GTGCCTAT-TC-CGTATC---T-ATTA--TG-----CAACACAAG----------------TC-AACAG-CG-A-G----GTT---GG-T--ACTT--A-GA-AACTT---TAT-T--GTAAAACCA-A-AA-------TTTTTC------TC--ATTACGG--AA-AA----TCAC--AA-----------AAAACTGTA---T-CC-TA------A-AAT-AAT-T-----GAG-G--CCTA-T--GCT-ATATCTT-TT--aaccttggaagatgctc
gi|15 : aacAA-A--AA-T----GTTT-T-T----------GGAA--AT--T--------G----AAAAT---G-TT---AT----CT----G---TT--------------A-ATA---TT----T-------TTAAA-A---TC-----T----ATG-ACT----A----C--AATCTT-TAAGAA--TC-A-TGTCA-CTTTT------------AA--AAA--TAA-AA-CGTAT--T-G--------A-----AGA----A-A------T------AT---------------------------------GAA-----T-G-------T----------------ATTTTGTAAGTAAATA-TT------G--CT--ATT--TT----T----T----A--AATCT------T---AACC--G--A----G----C----CTGAT----A-TG--A-ACT-A--TA--C---AG-CA-AATGCT-T-A-G--AGAACA----------C---TGTGA-T-AAGAA--A-------------A------TTC--CC-TCG---G
gi|16 : -TTTAT-TG-GAAAT--CAT-ACCA--T------CA-T--AGA----------------TCGAC-AG-CA-A-AG---TTT------T--ACTTTTG-GA-ATTAT-CTTATATT-G-AGA--TATA-AA-CAAC-TTTTTGA-G----TC--GTTTGGGGAAA-AAATATTAAT--AA-----------ATAATT-TA---T-AT-AA------A-CAT-AAT--------AG-AT-CTTT-T--ATT-A---C-C-TT--TCGAT-----CATGAA----A-TATTT---C-AA-A-AGAG-G-----T-G-TTT-T-AA---C------GAG-ACATT-A-A--AT-A-A-A---TTTTGG--TAT--Agctcgatataaa
gi|17 : TG-A--TTTC-C----C--CCGG--A-ATAATAGAAAAAA--AA--G----GTG-T-T--TC-----------T--A-----T-TT--GT---AAATA----AAGAG--ATCCT-A--AG--T--------T---CCAA-A---TT-T-----G-CT-G-T---A------TT-----T----CTGA-AGTC-TAAT----G-AA-G-TT-T------AACTAATA-CACT--GT-CCT-AAACAACT-----CAA-GATA---TAAC----A-A--TCC-GT-----TTTTTTTCT---------------TTT---A-A-A--A--ATAT-A--AA-T----AT-----T----------A--A--AT--TTTGA----G----AAA-T---A-AT---TT----ATTT--G----T--------------A-ATA----T----T-------TTTAA-A---TCT----T----ATG-GAT----A----A--Agttccatgtattgt
gi|18 : ----A--AGTTT------G---ATCC--A--A----G----T----CCGAC----T-TG--A-ATT-A--TA--T---TA-AA-ACGT------------------------------TGTTA-T-GAGAA--A-------A---G-A------TTC--CC-TTC---AAATTAAA--TGG-----ATT---A-CAAA---TTCAA-T--AATTTT----ATGCAACAATC--T-A--TTTGTAT----------GATAAAA--TA-----T-GCAT----TCAG-----TAA-G-G--ATT--G--GTA--T--G-------G-CTATT-TT-----AG--A--------AA----T-GTTT---ATC-AA-ATT------TGA-TC-CG-CA-G-C-AG-T-A----CA-----T-TT
gi|19 : tTTAAAAGTAGCTCATTACACTAAAAGTTTACTTTGC--TCTGTAAAA-------ACA-CCCTCTTAGATGTATGACGTATGATTT--CAAAC-AATGAAAGAAG---TGAT-ATATATGTAAGA-C--TC---AT-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----TATTTAGGTAATGT-------GTG-A--TTTT-TTTTTC--ACGG--A-ATAAT----AAAA--AA--G----GTG-C-G--T------------T--G-----T-TT--GC---AAA-
gi|2 : TAAGGTAGCTCACTACACCAAAA-------TTCTAATT-----AATGATATCGTAACCTTTCAAGAA-CACAG------GTTTTTCG--G-CATCGAAAAAA---TAAA-AAG------GGCTC--TC---AA-TT-ATTT--A--TA------TG-----AA----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--AAC--TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----A-------------------G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-TT-G-T--GA------TT-TG-AT----GT---AATA-T--T----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-AT--GT-CTA-AAA-GACT-----C-AAGATA---T-AC----A-AG-TCC-GGG----T-------T---------------TTT---T-A-A--A--ATAA-A--AAAT----ATTT-AAT----------G--A--ATATT--------G----AA--T---A-TT----T----TTGT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAC----A----A--AGTATT-CAAAAA--AC-A-T-TCA-C--TT------------AG--AAA--TAG-GAATATGT--T-G--------G-----AGAC---A-A------T------ATG--------TT--TTTAAAG--G--AAAATGA-AAAA----T-G----AAAT-----A----GCCC-AAATTT---AG-AA-TA-TT------G--CG--A-T--TT----T----CTTAAA--AATTT------G---AACCCAA--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--A---CA-AA-AAGTCA-T-AAG--AGAGCA----------T---TGTAA-T-TAGAA--A-------AACTGCA------TTC--CC-TTGTTTGATGTAA----GG-----TTT---A-CACA---TTACA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAA--ATTCT-T----------G------------------------------------A-C-C--AGTAAA--ATA--T--G-------AGTTATT-TC-----AG--TCC------CA----TATTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-AAC--TT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG--A--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-TA-ACATTC--------TAAAA-TTAAGACA-TTTCATTT-CAAATT-GTTTT-AATAATATACT---TGTCTAACATGTCTTT-CCTTA---A-ACAAA-CCTGGTTATTTTTAAA--AGAAATTTTA------TCCATAGATTTAAGAAAATATCAACAAATA-GATG-G--TTTTCAAA-ATAGTTCGTATATATTTT----TTCTCTTAAAA----AAAAATCAT----A------ACTTCCTTA-T-TGGGTCTG----TTTAAGG-CATAGT-TTTAT-TAGAATATTCCATCATCA--TGAAAAACC-C-CAAAAAAAAAAAAAAAATTTTC-AC-AG-CG-ACA----TTTTTGAAAT--AC-T--A-GAGATCTCGTTTA--TT-GCAAG--TA-ACAA-C-AC-ATTTTCA-A----TC--ATTCTGGAAAA-AA----TCACAAAA-----------AAAAAT-TA-----AT-TA------A-AA--ATT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATC-A---CCT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACTA-TGC-T---C-TT-GAAAAG-G-----T-T-TTTAA-AA---CGGATAGGAA-CCAT--A-A--ATAA-A-A---TATTGA--TGTA-ATTGAGCCT-CCTtga
gi|20 : aacacaAG--ATTCT-A---A--G--------CAA-CCAATATAATT-T-----G-AT-G-T--AA------TA-CGCAT----ATTG-AATA-T-GT----G------TTA-------A--TAAAATC-AT--GT-CTA-AAAAGATT-----G-G-GATA---T-AC----A-G--TCC-GT-----A-------T---------------TTTGTAA-A-A--A--ATAA-AC-AA-T----A--T-A-T-----------------------------------AA-T---A-TG---AA----TTTTGGG---TT--------------G-ATATTTTT----T-------TTTAA-A---CCT----T----ATGTGAT----A----A--AA
gi|21 : aga-----TTG---A-CAGA---TAACA-T--GATTT-----ATATATGAAAC--TAA--TTTCT-T----------GATGAAA--TG-----TGGCAA----ACAA-----TAAGA-A--AAT--A--ATA--T--G-------A--TATT-TT-----AG--T--------AA----T-TTTC---ATG-AA-TTT------TTC-TC-AG-AA-T-C-AGTT-A----CT-----T-TTT-------T
gi|22 : ggattataccaaaaactaacattcAA-AA----T-----AA-----------ATATAT-CA---T-AT-AA------A-TA--GAT-T-----GAG-AAGCTTG-T--ATTTA---TTTCTT--TCGAA-----TGTGGA-ACCA-TGCCTTG-C-TT-A-AAAGCG-----TCG-CTT-A-AAT--C------GAATTCATGCATA--AT-A-A-AT--TATTtc
gi|23 : GGAAA-AA----TCAC--AACAAATAAAAAAAAAAA------------TA------A-AA--AAT-TAAATGAAG-A--CTTG----ATT-A---CTT-TTTGTTGAA-----GGTTAA-ACCA-TCCTT---CATT-G--AAG-G-----T----TT-ACAACTTC------GAA-C--TG-A-A--AG-A-A-AGTTTGTTGA---GT--AGTGGGCCTGCCTttaactagtgatgacctaccttcgagcctc
gi|24 : ----AAAAAT--TTCAGA------ACATC--TA-TCTAAGGCC-----TTA-AGC-CAT-GT-TTT---TA-TACAT--CAT-ATC---TG-----CA-C-CATA----------------T--AG-A--------------T---GGAT--TCT---A-GA-ATC---CTTAT-TTTGCACA--CA-G-AA-CACC-TTTTTTTAA----TCATATTGTGGAAAACAA----TAAC--AA-----------gatata
gi|25 : TTT--TA--C-AATCAAAAGAG---AGAT-GCA------AACTT--GC---AA-TT-ACCTC-C--AA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GGGTA--TTTT-T----C--T--G--ATATGAT----AAAA--AA--A-----AG-T-T--T------------T--G-----C-TT--GT---TAG-T----AATAC--ACTTT-A--GA--A--------T---TTAA-AC--TT-A-----G-CT-T-T--CA------AT-TG-AT----ttcc
gi|26 : tc---A-CACACCCTTCAA-C--G---TT----ATAAAGGAAAT--TAA--TTTCG-T----------GATGAAAAATG---------AA----AAGA-----TTA-G-C--AGC--AGTATA--T--G-------A-TTAGT-TC-----AA--TTAATAATTAA----T-TTCT---ATT-TA-TTT------AGA-TC-GG-GA-T-C-GG-C-G----CC-----T-TTT-------tcat
gi|27 : -------TTGC--TT-----TT-------GCA-CCTTTCGAGAATCAC---------------------ATTGAATGAG---TGAT-ACA------TGCTT--TT---AA-TC-ATTTT-A--GA------TG-----A-----T-TTT------TGGGAGGTTTGTG-ATTTTTT-T----T--CGGG--C-ATGGT----GAAA--Act
gi|28 : --AA-----------GAAAAT-CA-----AT-TA------ATAATCAATGC-----GAG----CTTGGT--ATT------CT-TT--TCGAA-----TAT--A-ACTGGCGTTT---T-CT-A-AAAA-G-----T-GTCTT-A-AA---T------TAA-TCATG-A-ATAAC-C-A-A---TGTTTA--TAT--AATGAGCCT-CCTagattaaacaaatatt
gi|29 : a-TTC----ATC-A--TTT------CGA-TC-GGTGA-TTC-GG-T-A----CG-----T-TTT-------TTTCTACTACGTCGAGAAA--TA---AATCTT-TGAAA-AT--AGCGA-TCCATA-TCG-------TGAAA-GAAAGAAATTTTCATTTCCAAATTCTTTTT-taa
gi|3 : ttaCATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTTTCAAGAAGCAC-A------GTTT--CG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TCTCAGA-TTGATTTT-AAGTAAAGGATTT-----A-----T-TCT------TG--------GTG-A--TTTT-C----C--CCG---A-ATAAT----GAAAG-AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---C-AA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----A--A-GATA-T-AT----G-AATG-TCATC-----A--TAAAAAC-CT--GT-CTA-AAGAG-CT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TC--GG-----T-------T---------------TTT---A-ACA--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------ATGGAAAA-T---A-TT---AT----TT----G---TT--------------G-ATA---TT----C-------TTTAA-----TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATATT-CAAAAA---C-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----ATA------T------AT---------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GA------T-G----AAAT-----A----GCCA-AAATTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----TT---C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---AA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGTA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---AAG-TAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAA--ATTCT-T----------GACGAAA--TA-----T-CCAT----AGAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-CA-GTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCGCT----GGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTTAA--AATATACT---TGTCTAACATGCTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAAATTCAA-AAAATATAAACAAATA-G--C-G--TTTTT--A-ATACTT-GTAAATATTTTAT-ACTCT------A----AAAAATTAT----A------ACTTC--TA-TCGGGGTTT-----TTT-AGGCCATGGT-TTTAT-TA-GATATT-CAT-ATCA--T------CA-C-CAAA----------------TC-AA-AG-CGAA-A----TTT---GGAT--AC-T--A-GA-ATC-T-CTTAT-TT-GTAAG--CA-A-AA-CAACATTTTTTC-A----TC--ATTCTGGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-A--TA------A-AA--AAT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CAT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|30 : aagAAA--G--AAA------GA-----T-A----AAA------A----CTTA-AATTTC----G-AAATA-TT------G--CGA-A-T--TT----T----C--------ACTC------GT--GACC--T--A----G----C----CTGAA----C-AA--A-ATT-A--TT--T---TATAA-AAACCA-T-A-G--AGAta
gi|31 : tttttAAA--TG-----T-C-AT----ACAA-----TTA-CGC--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-AT-----AG--T--------TA----T-TTCCTTAATCTAATTTT------CGAGTCTGG-GA-T-CGGG-T-AAACGCT-----TGTTT-------TC
gi|32 : -TTTTTTC-C----TT--ATTCTGAGA----------CA---AA-----------AAAAAT--A---TGAT-TATAAGCCA-AA--GAT-T-----GAG-AG-TTTG-T--TTT-T---CTT-CT--TTGGT-----GGTAAA-ATCA-TGCTT---ga
gi|33 : AAA-CA----ACAC--AAC----------AAAAAT-CA---T-ATATA------A-AA--------------G-C--CTTG-C--ATT-A---CTC-TT--TC-AA-----GGTGAA-ATCA-TGCTT---C-AT-A-CGAT-G-----T-A-CAT-A-AA---A------GA
gi|34 : a--CCGG--A-GTAAT----GAAAC-AA--G----TTG-TAT--T------------T--C-----T-TTTTGCT--GAA-A----AAGCG--ATTCT-A--GATGG--------TGCACAAA-ATG-TTAT-----G-CT-G-T--GA------TT-Tgcc
gi|35 : ------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCAG--G-ACAAT----CAAA--A---------TG-T-TAAA------------T--G-----T-TT--GC---AAA-AT---ACGAGA-ATTCC-A--AA--A--------T---CCAA-A------A-----G-CT-G-T--GA------TT-T
gi|36 : --ACTT--AAGA-ATCT--CTTCT-TT-GCACA--CA-A-AAACACC-CTTTTTT-AATTATC--ATTCTG--AAA-AA----TC-----A-----------AAAAAT-C
gi|37 : ag--AAT-TCTA--GAG-G--CTTG-TT-ATT-A---CAT-TT---CGAA-----TGTGAA-ACCACTTCTT---C-TT-A-AAAG-G-----T-G-ccccccc
gi|38 : --AGC--A--ATA-----------------ATT-TT-----AG--T--------AT----T-TTCT---ATA-AA-TTC------TGA-TC-GG-GA-T-C-GA-T-A----CT-----T-TTC-------TTTCgtaa
gi|39 : TC--TC---AA-TT-ATTTTTA--TA------TG-----ACTGAAT-TTT------TT--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-ATAAT----atc
gi|4 : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAA--------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTTTCAAGAAGCACAA------GTTT--CG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------AG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATGA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-CT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-----TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATATT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTT----AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---AA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGTA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---AAGATAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAA--ATTCT-T----------GACGAAA--TA-----T-CCAT----AGAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TT-CATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGCTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAAATTCAA-AAAATATAAACAATTA-G--C-G--TTTTT--A-ATACTTTGTAAATATTTTAT-ACTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TC-GGGTTT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTATATA-GATATT-CAT-ATCA--GG-----CA-C-CAAA----------------TC-AA-AG-CA-A-A----TTT---GGAT--AC-T--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GTAAG--CA-A-AA-CAACATTTTTTC-A----TC--ATTCTGGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CAT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|40 : AGATTGTA------TCCATAGATTTCA-AAAATATTAACAAATA-A--C-AATTTTCC--A-AT
gi|41 : AAGATTGTA------TCCATAGATTTCA-AAAATATTAACAAATA-A--CAA--TTTTC--
gi|42 : ttgCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TGA----A-----T-TTT------TT--------GCG-A--GTTT-T----C--CCAG--A-ATAAT----GA
gi|43 : A---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-ACA---TTTTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCT
gi|44 : --------GCG-A--TTTT-T----C--TCTG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----G-TT--Gt
gi|45 : ------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-
gi|5 : TTT--CG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATTTT-A--TA------TATATGAA-----T-TTT------TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GTAAT----GAGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGTT--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCTG-ATT---GTAA-GATA-T-ATTTTTG-A-TG-TTATTGTATTA--TAAAA-T-CTTGGT-CTTTACAACACTT----C-A-GATA---T-AG----AGA--TCT-GAAATTAT-------T---------------TTT---GTA-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATGTT--GGGCTT--------------GTATA---TT----TACT----TTTAA-AGGTTC-----T----ATG--AT----A----AGAAATCTT-CGAAAA--AT---TGTCATC--TT------------AGCGAAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----C----CCGAA----CAGA--A-ATT-GACCA--TTTTAA-CA-AAGTCA-TCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGAA--AGGCAATAA-CTACA------CTCTACCGTTG---GATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C--AA-T--TATTTT----ATA
gi|6 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttTTT--CG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATTTT-A--TA------TATATGAA-----T-TTT------TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GTAAT----GAGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGTT--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCTG-ATT---GTAA-GATA-T-ATTTTTG-A-TG-TTATTGTATTA--TAAAA-T-CTTGGT-CTTTACAACACTT----C-A-GATA---T-AG----AGA--TCT-GAAATTAT-------T---------------TTT---GTA-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATGTT--GGGCTT--------------GTATA---TT----TACT----TTTAA-AGGTTC-----T----ATG--AT----A----AGAAATCTT-CGAAAA--AT---TGTCATC--TT------------AGCGAAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTAGAT-----AAC--GCAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----C----CCGAA----CAGA--A-ATT-GACCA--TTTTAA-CA-AAGTCA-TCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGAA--AGGCAATAA-CTACA------CTCTACCGTTG---GATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C--AA-T--TATTTT----ATAtttttggaataaagg
gi|7 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttAAG---TTATTACA------AGCTC--TC---A--TT-ATTT--------------------A-----T-TGT------TA--------AT-----TTTT-T----CAACTGGGAA-ACAAT----GAAA--AAAAG----TAGTT-T--T------------T--C-----T-TTC-GA---AAA-AGAAGAAGAG--ATTCT-GACGA--GTT------T---CCAA-AT--TT-TTCCACA-CT-GCC--AA------TT-TA-AA----ATT--AATATT-AT----GTAATGATCTA------A--TAAAA-C-AT--GTACTA-AGAAGACT-------A-GATAAT-C-ACTCAAG-A--TCCAGG-----TTG-----T---------------CTT---A-A-ATTA--ACGA-A--AG-T-----TTT-A-T----------T--ACTAT--T--------G----AAA-TTAAA-TT---AG----TTTG--T---TT--------------GTATA---TTTTTAT-------TTTAAGA---TCTGAATT----ATGTGAT----AAATGA--AATC-T-CAAACATCACGA-TGTCC-CT-TT------------AG--AAA--AAG-GAGTAAGTAAT-GATCTCCAAG-----AGAAGAGA-A------T------ATATCTTTTATTT--TTAAAAA--G--AAATTGA-AAA-----TAG----AAGT-----AATAGGCCA-AG---T---AG-AAATA-TT------G--CGGAA-TTCTT----T----C----AATAGTTT------A---AACC--G--A----G----C----CGTAT-------A--G-ATT--------C---GA-AA-AAtttttggaataaagg
gi|8 : gccattacatg------ACA--------TT--TTGAAAATTGTTAAAATAA-CCA-----T-G----AGAT-----G----GTCATAATTCC---A---AATACTT------T--CG--A-T--TT----T----T----C--AACTT------T---AACC--GCAA----GGTCAC----TTGGT----C-GGTCA-GGT-A--CA--A---GA-AGCAAG-CG-T-A-GTAAGAACA----------T---CATCA-TCAAGAA--A----------TATA------TTT--CC-TTG---GTGATAAAAATGA-----TTT---A--------TCAAA-TTCGATCT-------AAA--AAAT--TTA--TTTTT-TCT--------AAT-AAA--TGGTACTT-GCAA----ACAA-----TTA-G-C--AGC--A--AAA--TTGG-------A-TTATTATC-----AGAGT--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------GGA-TT-GG-GA-T-C-GG-T-G----GT-----T-TTT-------TTTTT----Ca
gi|9 : atggtcaaactcatgtcttccagataaaaagatgaactactgaagaagaacagta----T-TTCTGA-ATC-AA-ATT------TG--TC-GG--A-T-C-GG-T-AG---CTATGTAT-TTT-------TC-CT----CGCTGAG-CA--TATAGAATC---TGAAATATT-AGCGAGT--TCA-TA--------TGAAA-ATAAAAC----TCATTC-CAATTTTTTCTT-A--AATATACTCACTGTCTAACG-GTTCCTGCATTT---AGATTAAGTCTG-------TTttttggt
blockSeqs : A AA AATGATATC A A T AG TT CT CGC T . CT TCA A G TAAG AAGGATTTA . . GGAGGTTT T TT A TTTT AA GA T AGAA TA AA AC T A AA GGGTTCATATGATCA G TT T T GAAG A . GATGGTGCA C T TAA A TCCAC . T C . . C C TGTAA T A TTTTGATGTTATTGTATT AC T AC TG A T GT CA A AT A TCAAGA A TTTTTTTCT GTAA C TT TT T TT A . A A TCACGTTATTGAATTAATATCATCAAATGTTGGGCTTGT TTT TTTAT GATCTGAAT . TG AAATGA . TCACGA T TT . CG GGT . A AA . ATCTCCAAGAGAAGAGAATATATCTTTTATTT TT TT TT AT AGGATGTTTTAGATAAC T T GTAAGT C GTC GA T TC CTCTTCAT ATAC AAATTT GTCA . CA TC . GACCATTTTA T C . C A TA G C TATA A C . GGCAATAACTACA TA G TTT AT AA . TAG . A CCC TC . TC T A C T A CTAATAAATGGTACTTGCAA C . GAA AA GT TTG . G A . AG TAATAATT . A TTA T T . G T T . T G T . AACG ATGTA G . ACTA G AAA TAG TT T G CC C T G . TTTT TC CT AAT CAC G . G G . T . G C GATGG AA G TA G AT CTTAAAA TTCAGA CT CTCG CACCC A C A G A GA TC C TGAAAAA ACA AAAAAAAAAAAAATTT G AC A GAGTGATTTGGATTT TTTT A G A TCGT TG T C ACC T C CAACA TTAATTA AT G C ATAT CAA CAAATAAAAAA G GTTT A TAAGCC T TC TAAATG AAG TTA T TAT C TC TTGTT T G ACA A GA C TCG A C CGGATAG TT C T TA A . C GTT . A G
blockSeqs : A . TT . G G AA . CT CGC T . CT . A . TTA TGACTGAA . . . . . A . . . . . TA . . . . . GGGTTCATATGATCA G A . . TTA . . ACGAGTTT C . TG . . . T . . . C . TGTAA . . TTTTGATGTTATTGTATT . A A TG . T CA TC . T . ACA . AATTATT CA . . TT . TT . . . . TCACGTTATTGAATTAATATCATCAAATGTTGGGCTTGT . TACT AGGTTC . TG AAGA . TCA T T . CG GGT . G . . ATCGGAAGAAATTATACGATAATGG CA . . TT AGGATGTTTTAGATAAC . A GAA . GTC A . . CTCTTCAT ATAC AAATTT . . CA . . GACCATTTTA . . . C . . G C TATA A . . GGCAATAACTACA TA G . TG A . TAG . C . TA . . T G G A . GATGAAATGTGGCAA C . CGC . . T . . . . . CC . . GA . . . . . . . . . . . AC . . . . C AA . . . . A T . . . TTT T CG AA . . . . . . T . . A ACAAT . . AG C AT AGATA ATAT C TCT G . . G . . C C . ATTC C . . C . ACATTTTTGAAAT TT . . T ATC TA . T G . . ACACC TTAA . G . . A AG . TG . . . T TCTA AAG GT . . . TG . . C TG . A . TGT . . CTTC A . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . AA . A G A . G . T . . . . . CC TATATGAA . . . . . . . . . . . G . . . . . TTAC . C . . TTA . . TTGAGT C . TG . . . . . . . . . CTGA . . GTAATGATCTA . . A . . . AG TC . . . AAG . AATTATT GT . . . . C . . . . TAATTACCTCTGGAAAATAGTTATTTGGTTG . TACT AGGTTC . A AAGA . ACA . . . . T . . . . ATCGGAAGAAATTATACGATAATGG CA . . TT AAATAGAAGTAATAG . A GAA . G . . . TCTTAAA GT CAAA . . A . . ATACA . . . . . . G A C . . . AACTGCA . . . GA A . . . G . AA . . T T C T . GATAAAATATGCAT A . GG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . G AA . . . . . A . . . TTT T CG A . . . . . . . . . A AGCG . . AC T T A CATA . TCG . . . . . . C T . TG T . . C . AAATTTGGAT TT . . T TTC T . C T . . CAACA GAG . A . . C C . T . . . T GC AT TT . . . . . . . . . A . TG . . TC C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA . A . . . C . . . . . . . TA TATATGAA . . . . . . . . . . . C . . . . . CTA . . . . T . . TTGAGT T . TG . . . . . . . . . ATTG . . GAATGTCATC . . A . . . AG C . . . AGA . TTGT GT . . . . . . . . . TACTATTGAAATTAAATTAGTTTGTTTGT . T ATCT . G AC . ACA . . . . T . . . . GAGACAATATGTT CA . . TT AAAATGAAATA . T AG . G . . . TCAAT T GCAA . . T . . ATATT . . . . . . G A T . . . ACTGCA . . . TG A . . . C . TC . . T G T T . GACGAAATATCCAT G . CC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G CA . . . . . A . . . TT T TT A . . . . . . . T ACAA . . AC . . A TATA . TT . . . . . . G T . TG C . . C . AATTTGGAT TT . . T TT T . C T . . CAAC CAA . G . . T . . T . . . T T AA T . . . . . . . . . G . TT . . C C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . TA TGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . T . . AGCAA A . T . . . . . . . . . ATGA . . GAATGTCAT . . C . . . AG C . . . AGA . GTT A . . . . . . . . . AAATTTTGAGAAATAATTTATTTGTA . T ACCT . G AA . CA . . . . C . . . . GAGAATATATTT CA . . TT GAATGAAATA . T AG . G . . . TTCA G GA . . C . . ACAAC . . . . . . G A T . . . ACTGCA . . . TG A . . . C . TA . . T G G A . GACGAAATATCCAT C . GC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . C . . . T C G . . T GCG . . TA . TC . . . . . . T . . GG C . . G . AGGTTGGT T . . T TT T . T C . . CAAC TCA . A . . C . . T . . . . T AA T . . . . . . . . . A . TG . . T T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . TA TGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . AGTT C . C . . . . . . . . . ATT . . GAATGTCAT . . C . . . AC G . . . AA . TT T . . . . . . . . . GAATTATGGAAAATATTATTTGTTG . T ATC . G AA . AT . . . . C . . . . GAGAAATATATT TA . . TT CCATGAGATG . T AG . G . . . TTA G AA . . C . . ACACA . . . . . . G A T . . . TATA . . . GA . . . . C . TA . . T G G A . GATGAAAAATGAA G . CC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GCG . . . G . . T C . . A . AAGTTTT T . . T TC T . C C . . CACC TCC . A . . C . . T . . . . T AG T . . . . . . . . . G . TA . . C T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TA TGA . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . GAAT C . T . . . . . . . . . GT . . GAAGTTT . . C . . . AC C . . . AG . AT A . . . . . . . . . GGAAATTGAAAATGTTATCTGTTA . T ATC . G AA . AT . . . . A . . . . AAGAAATAT TG . . AT GATGAAATA . T AG . G . . . TCA G AA . . C . . ATTTT . . . . . . . C T . . . AGA . . . G . . . . A . CA . . T . T T . G C . CC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T C . . A . TGGAT T . . T TC T . T C . . CAC TCA . G . . C . . T . . . . T G T . . . . . . . . . A . TG . . A T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TA TGA . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . GAGT C . T . . . . . . . . . AA . . GTTA . . C . . . AG C . . . AA . TT A . . . . . . . . . GAATATTGAATATTTTTGTGTTG . C TC . . AA . . . . GATAAAAA . T G . G . . . TTC G TA . . C . . ACACA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . GC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . C . . . TC . A . . C . . T . . . . T A T . . . . . . . . . A . TG . . C T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . AAAT . . T . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . AA . TT A . . . . . . . . . GAATTGAAATATTATTTTTGTTG . T TC . . AA . . . GAATGT . . A . T . . . TC A AA . . C . . ACAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . . . T C T . . . . . . . . . G . T C
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . GAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATGAATTTTGGGTTG . T GA . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T G C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AA************ G******* C*** ****** TGAA*************** ****** ******** ** **** TC******************* *** ** GAGT*************** ** ****** GTNA***** GTAATGTCAT*********** AG C****** *** AGA****** TT*************************** ** **** T*********** ATCT******** **** AA********** ACA**** ** ************ TT GAATGAGATAA******************* G******** TCA************** G********* **** C***** ACACN******** T************* ** ACTGCA************** ***** *** T**** N** N** GACGAAATATGCA*********************** ***** NC**** ** T**** ******* ***** **** *** ****** ******* AA*** *** ** ******** TTT* T* *** ****** GCG****** AN T** NATA********** TC** AAGTTTGGAT********** TT** TC** T* C** CAAC** TCA***** T*** A** TG******* C********* T* ** **
originalCons : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTTTCGAGAAGCACGA------GTTT--CG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TA------TG-----A-----T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-AT----ATNA-AATA-T-AT----G-AATG-TCAT------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACT-----C-A-GATA---T-AC----A-A--TCC-GG-----T-------T---------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A---TC-----T----ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----AAAT-----A----GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--C---GA-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAA--TTTCT-T----------GACGAAA--TG-----T-CCAT----ACAA-----TTA-C-C--AGT--A--ATA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATA-G--C-G--TTTTC--A-ATANTTCGTAAATATTTTAT-ATTCT------A----AAAAAT--T----A------ACTTC--TA-TCTGGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TA-NATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-CG-A-A----TTT---GGAT--ACTT--A-GA-ATCTT-CTTAT-TT-GCAAA--CA-A-AA-CAAC-TTTTTTC-A----TC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TT-G-AAAG-G-----T-G-CTT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
finalCons : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TTAA------------GCA-CCTTTCGAGAAGCACG-------GTTT--CGC---CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATTTT-A--TATGAA---------------T-TTT------TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAAT----GAAA--AA--G----TTG-T-T--TTC-------------------T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-AGAGT---------------CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-TG-ATGTNA-----AATA-T-ATGTAATGTCAT-----------A--TAAAA-C-NT--GT-CTA-AAAAGACTC------A-GATA---T-ACAGA------TCC-GGTT---------------------------TTT---A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TTT-----------TTTAAATCT--------T----ATG-GATAA----------AATCTT-CAAAAAACA----TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGAGAATGAGATAA-------------------GCCA-AATTTT---AG-AAATA-TTG--------CG--A-T--TTTCA--------------AATTTG---------AACC--G--A----G----C----CCGATC-----GA--A-ATTACACN--------A-AA-AAGTCA-T-A-G--AGAGAAT-------------TGTAA-T-AAGAA--AACTGCA--------------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAAN--TTCT-TGACGAAATATGCA-----------------------ACAA-----TTANC----AGT--A--ATAT----G-------A-TTATT-TC-----AG--T--------AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAGAA---TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACATTT-CATTT-CAATTTCGTTTT-A--AATATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTTA------TCCATAGATTTAA-AAAATATNAACAAATAGCG------TTTTC--A-ATANTTCGTAAATATTTTT--ATTCT------A----AAAAATNATA----------ACTTC--TATC--GGGTCT-----TTT-AGG-CAT-GT-TTTAT-TA-NATATT-CAT-ATCA--TG-----CA-C-CAAA----------------TC-AN-AG-CGAAGTTTGGAT----------ACTT--A-GA-ATCTC--TTAT-TT-GCAAAC--A-A-AACAAC--TTTTTTCA-----TC--ATTCTGGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAAT-CA---T-AT-TA------A-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTGT---ATT-A---CTT-TT--TCGAA-----GGTGAA-ACCA-TGCTT---C-TTA--AAAG-GTG-------CTT-A-AAC---------GAAT-CATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAGTTTGCTTACATTTTATATTATTTATTTCATTACATGGCCATTAATAAAACATGTCTAAAAAGTATTCAGATGTTTATCAAGTCTTGTTTTATAAATAAAATAATATTTATGATATATTGGAAAATGCTTATTTTGTTTTGCATATTTTATCAAATCTATGAATTCACAAAATAATTTAAAAAATAATTATTAGTTTATATAAAATATATTATGAAAAACTTGTAGACTATATTCTCGAAGG
Alignments
lowQualScore : 22222222 11 33333333333333 11 22222 1111111 1111 111 1 111111 333333333333333333 11111111 11 333333333333333333333 2222 2222222222222222222 11 1111111 222222222 333333333333333333333 11 11111 111 1 444444444444444444444444444444444444 11 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222 222222222222222 111111111111 2222222 1 11 222222222222 11 111 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333333333 2222222 111111111 33333333333333333 2222222222 1111111111 111111 222222222222 22222222222222 33333333333333333333 11 11111 111 111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333 1111111 1111111 22222222222 111 1111 1111111 1111 11111 111 222 11 11 33333333 1111 11 111 111 3333333 2222222222222 111 22222222 1111 2222222222 22 22222222 111111111 33333333 222222222222 222222222 111 1111111 3333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222222222222222222 11111111111 111 1111 333333333333333 22222222222 222222222222 1111 1111 111 11111111111 11111 111 11111111 2222222222 111 11
lowQualScore : 99999999 11 88888888888888 8 11 00000 2 8888888 0000 444 2 111111 99 555 6 3 555 33 3 000000000000000000 555 33 22222222 2 33 4 5555 33 55 2 4444 11 33 9999 2 2 33 888888888888888888888 5 99 888 3 5555 77 3 6666666666666666666 5 3 44 1111111 3 6 3 44 999999 6 44 4 333333333 4 777777777777777777777 8 1 11 4 8 66 88888 8 666 4 777 0 4 4 444444444444444444444444444444444444 4 55 11 3 88 3 7777 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 888888888888 444444444444444 99 666666666666 5 1111111 0 66 555555555555 33 444 5 0 66 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 66 66 8 999999999999999999999999999999 8 1111111 4 555555555 99 4 55 11111111111111111 7777777777 8888888888 7777 7777 333333 55 3 000000000000 3 6 3 3 888 55 2 3 66666666666666 8 4 55 55555555555555555555 11 8 777 44 77 00000 222 3 2 222 55 3 55 88888 1 777 1 777777777 4 66 33 7777777777777777777777777777777777777777 3 55 1111111 66666 1111111 3 3 99999 11111111111 7777 3 555 3 3 999999 3 3 3 3 3 3 3 3 5555 88888 3 1111111 0 2222 2 00000 111 000 55 6 55 1 6 00000000 6 0000 88 22 11 88 444 0 0 8 444 8 8 2222222 0 3333333333333 000 00000000 5 3 888 5 66 1111 77777 5 44 7 9999999999 22 2 99999999 555555555 5 8888 5 00000000 5 555555555555 5 5 888888888 5 4 55 333 8888888 4444444444444444444444444444444444444444 3 1 4 1 4 444444444444444444444444444 4 4 66666666666 777 777 9999 2222 4 4 11 8 555555555555555 55 777 3 3 6666 2 33 00000000000 888888 3 77777777 3 000000000000 7777 0000 3 000 3 55555555555 22222 3 3 6 555 000 0 44 3 33333333 4 4 0000000000 77 4 4 66 4 4 4 222 0 66 11 5
lowQualScore : ........ .. .............. . .. ..... . ....... .... ... . ...... .. ... . . ... .. . .................. ... .. ........ . .. . .... .. .. . .... .. .. .... . . .. ..................... . .. ... . .... .. . ................... . . .. ....... . . . .. ...... . .. . ......... . ..................... . . .. . . .. ..... . ... . ... . . . .................................... . .. .. . .. . .... . . ................................................................................... ... ............ ............... .. ............ . ....... . .. ............ .. ... . . .. . .................................................... .. .. .. . .............................. . ....... . ......... .. . .. ................. .......... .......... .... .... ...... .. . ............ . . . . ... .. . . .............. . . .. .................... .. . ... .. .. ..... ... . . ... .. . .. ..... . ... . ......... . .. .. ........................................ . .. ....... ..... ....... . . ..... ........... .... . ... . . ...... . . . . . . . . .... ..... . ....... . .... . ..... ... ... .. . .. . . ........ . .... .. .. .. .. ... . . . ... . . ....... . ............. ... ........ . . ... . .. .... ..... . .. . .......... .. . ........ ......... . .... . ........ . ............ . . ......... . . .. ... ....... ........................................ . . . . . ........................... . . ........... ... ... .... .... . . .. . ............... .. ... . . .... . .. ........... ...... . ........ . ............ .... .... . ... . ........... ..... . . . ... ... . .. . ........ . . .......... .. . . .. . . . ... . .. .. .
lowQualScore : 22222222 00 44444444444444 0 00 00000 5 3333333 6666 000 0 555555 22 888 7 3 888 88 3 555555555555555555 888 99 33333333 5 44 7 0000 11 33 1 7777 22 44 3333 7 7 99 222222222222222222222 7 66 555 1 4444 33 1 9999999999999999999 9 3 66 1111111 3 7 3 66 666666 7 66 0 999999999 4 999999999999999999999 0 0 00 0 0 33 00000 0 555 0 000 7 0 0 888888888888888888888888888888888888 0 55 00 6 66 6 7777 6 6 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 000000000000 222222222222222 66 555555555555 0 4444444 0 99 666666666666 88 999 0 0 99 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 11 11 0 888888888888888888888888888888 0 1111111 0 000000000 55 0 55 33333333333333333 2222222222 9999999999 7777 7777 333333 00 6 444444444444 3 7 3 6 555 00 8 0 44444444444444 0 0 55 99999999999999999999 00 0 000 44 66 00000 777 6 4 777 22 6 00 55555 3 111 0 888888888 4 11 22 4444444444444444444444444444444444444444 6 00 8888888 44444 8888888 6 6 11111 00000000000 7777 3 000 3 3 666666 3 3 3 3 3 3 3 3 0000 33333 3 8888888 1 1111 5 00000 777 888 88 7 88 0 7 88888888 7 8888 33 00 00 88 000 8 8 0 000 0 0 5555555 8 9999999999999 000 77777777 7 0 888 0 99 0000 88888 7 55 8 2222222222 55 2 33333333 444444444 7 1111 7 33333333 7 333333333333 7 7 666666666 0 4 44 666 9999999 6666666666666666666666666666666666666666 3 0 4 9 4 999999999999999999999999999 0 0 00000000000 777 000 3333 7777 0 0 33 0 555555555555555 55 000 3 1 5555 1 99 44444444444 888888 1 44444444 3 555555555555 8888 1111 1 888 1 66666666666 99999 3 3 7 888 444 8 66 3 66666666 4 4 6666666666 11 4 4 11 4 4 4 222 1 99 99 7
consensus : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTT--TCGA-----GAAGCACG-G---TTTCG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATT---TT-AT-AT----GA----A-------TTT---T--TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAATG----AAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-T--G-AT-GTNA----AATA-TA-TGT--AATG-TCAT------ATAAAA-CNT--GT-CTA-AAAAGACT-----CA-GATA---TA-C---AGAT-CC-GG-----T--T---------------TTT-------A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A--TC----TT---ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----A---GAT----AA-G---CCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--CN--A-A-A-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAANTT---------CT-T--GACGAA--A---TA--T-GC-AT----A-CAA-----TTA-C-C--AGT-A--A-------TA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTTA--AA-TATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTT------A------TCCAT---AGA--------TTTAA-AAAATATNAACAAAT---A-G--C-G--TTTT--C--A-ATANTTCGTAAATA----------TTTTA-TNCTCT----A---AAAAATT--AT----A-ACTT-C--TA-T-C------GGG-TCT-----TTT----AGGC-AT-G---------T-TTTAT-TA-NATATT-CAT-------ATCA---TG-----C-AC-CA-----AA----------------TC-ANAG-CGA-A--GT---TTGG--AT------ACTT--A-GA-A----TC-TC--TTA-T-TT---GC---AAA--C-A-A-AACAAC-TTTTT----TC---------ATC--ATTCT---GGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAA------T-CA---TAT-TAA-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--T--------CGAA-----GGTGAA-AC-CA-TGC---TT---CTT--AAAAG-GT-G-C----TT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
Reference ( family-756 ) : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CCTT--TCGA-----GAAGCACG-G---TTTCG--C-CATCGAAAAAG---TAAT-ACA------AGCTC--TC---AA-TT-ATT---TT-AT-AT----GA----A-------TTT---T--TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAATG----AAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAA-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-T--G-AT-GTNA----AATA-TA-TGT--AATG-TCAT------ATAAAA-CNT--GT-CTA-AAAAGACT-----CA-GATA---TA-C---AGAT-CC-GG-----T--T---------------TTT-------A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A--TC----TT---ATG-GAT----A----A--AATCTT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCGAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----A---GAT----AA-G---CCA-AATTTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--G--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--CN--A-A-A-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGAA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---GAGGTAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAN--TAANTT---------CT-T--GACGAA--A---TA--T-GC-A-----A-CAA-----TTA-N-C--AGT-A--A-------TA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--ANA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTTA--AA-TATACT---TGTCTAACATGTTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTT------A------TCCAT---AGA--------TTTAA-AAAATATNAACAAAT---A-G--C-G--TTTT--C--A-ATANTTCGTAAATA----------TTTT--TATTCT----A---AAAAATN--AT----A-ACTT-C--TA-T-C------GGG-TCT-----TTT----AGGC-AT-G---------T-TTTAT-TA-NATATT-CAT-------ATCA---TG-----C-AC-CA-----AA----------------TC-ANAG-CGA-A--GT---TTGG--AT------ACTT--A-GA-A----TC-TC--TTA-T-TT---GC---AAA--C-A-A-AACAAC-TTTTT----TC---------ATC--ATTCT---GGGAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAA------T-CA---TAT-TAA-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--T--------CGAA-----GGTGAA-AC-CA-TGC---TT---CTT--AAAAG-GT-G-C----TT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|1 : -ATAATG----AAA--AA--AGTTTTTG-T-T--T------------T--TATTTTT-TT--GTTTAAAA-A----AAGAAGAATTCTTA--GA--AGTTTTTTTT---CCAA-AT--TT-T-----GGCT-G-TTTGAAATTTTTT-T--G-ATTGTTATTATAATA-TA------AATG-TTTTTAA---ATAAA--CAT--GT-CTA-AAAC-ACTTTGCCCA-GATAAATTA-C---AAATTCC-GG-----T--TTTTTTTTTTTTTTTTTTT-------T-T-G--A--ATAA-ATTAA-TTTTTATTT-A-T----------T--A--TT--TTGAA----A----AAA-T---A-TTTAAAT----TTTT--T---TTTTTTTTTTTTTTTGG-ATA---TT----TATCTTTTTTTAA-T--TC----TTTTAATG-GATTTTTG----T--AATCTTTCAAAAATTAC-AATGTCC-CA-TTGCTGTAAAAGGGAA--AAA--CAAAGA-TATTT--TCG--------G-----AGA----A-ACATTAGT------ATC--------TT--TAGAAAA--G--AAAT-GA-AAAAAACCT-G----A---AATTTTAAA-G---CCACAATTTT---TA-GAATA-TTATTTTCG--CG--A-T--TT----TTTTTC----A--CTTTTTTTGAAA---AACC--A--A----G----CGCCCCCCATTTTTC-GA--ATATTTA--CAAACA--A-A-A-AAGTCAAT-A-G--GAAGAAAGCATTTTTTT---TTCAA-T-AAGAATAA-------A-CTTTACCCTCCTTT--CG-TTG---ATGGTTAAT-TGGGTTTTTTT---AACACAAAATTAAACT--AATTTTTTTTATAAAGGAAAGAATAAATTTTCTTTTTACT-T--GAAAAA--AAAATG--T-CC-ATTTTAA-CAAAATTGTTA-C-CTCAGTTA--A-------TACAT--GCAACCCTA-TTTTT-TTTCCCAAG--------T--AAATTTT-TTCTTT-ATT-CA-TTTTTTTTCCAA-TC-GG-GATT-C-GG-TAA----CT-----T-TTTTTTTTTCTTTCT----CGCTGAG-AAATTA---AATCCCTTGAAATATTAGGCGA-T--AGA-TCCTTTTTTTTGAAATAAAAGAAA--ACCATT-----TTTCATTTTC--AA----ATT---TTTCT----TTTTTTT-TTTTTTAAA-ATTAA-
gi|1 : TTGAAGATTTTTTTAAAA------TC-ATTTAAGAATTGTTTTTTTGT-AAAAT-TAACCACATTTAA-G--C-C--TTTTTCC--A-ATAATTCCCAATTAACTTTAATTTTTTT--TTTTCTTTTCA---AAAAATC--AT----A-ATTT-T--T--T-CTTTTCGGGG-TCC-----TTTCTTTGGCC-AT-GGTTTTTTCTT-TTTAT-TT-AGTATT-TATTTTCAATATCAATTCG-----C-GT-CACTCAAAA----------------TCCAAAG-CGA-AAAGT---CTGGC-ATTTTTTTACTA--C-GA-AAAACTC-TT--TTA-T-TTTTGGCCCAAAG--G-A-A-AACAAC-TTTTT----TTTTTTTTTCAATT--ATTTTCCGGAAAAA-AA----TTAA--AA-----------AAAAAAAAATTT-CA---TAT---A-AT--CAT-TTGAG-GAG-G--CTT--T--GTT-AATCCTT-TT--TTTTTTTTCCGAATT---GTTGAA-ACAAA-TGCCCTCT---TTT--AAAAG-GT-G-gtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttttgaagatttttttaaaatcatttaagaattgtttttttgtaaaattaaccacatttaagcctttttccaataattcccaattaactttaatttttttttttcttttcaaaaaatcataattttttcttttcggggtcctttctttggccatggttttttctttttatttagtatttattttcaatatcaattcgcgtcactcaaaatccaaagcgaaaagtctggcatttttttactacgaaaaactcttttatttttggcccaaaggaaaacaacttttttttttttttcaattattttccggaaaaaaattaaaaaaaaaaaaatttcatataatcatttgaggaggctttgttaatccttttttttttttccgaattgttgaaacaaatgccctcttttaaaaggtg
gi|10 : ataatgaaaaaagtttttgtttttatttttttgtttaaaaaaagaagaattcttagaagttttttttccaaattttggctgtttgaaatttttttgattgttattataatataaatgtttttaaataaacatgtctaaaacactttgcccagataaattacaaattccggttttttttttttttttttttttgaataaattaatttttatttattattttgaaaaaatatttaaatttttttttttttttttttttggatatttatctttttttaattcttttaatggatttttgtaatctttcaaaaattacaatgtcccattgctgtaaaagggaaaaacaaagatattttcggagaaacattagtatctttagaaaagaaatgaaaaaaacctgaaattttaaagccacaatttttagaatattattttcgcgattttttttcactttttttgaaaaaccaagcgccccccatttttcgaatatttacaaacaaaaaagtcaataggaagaaagcatttttttttcaataagaataaactttaccctcctttcgttgatggttaattgggtttttttaacacaaaattaaactaattttttttataaaggaaagaataaattttctttttacttgaaaaaaaaatgtccattttaacaaaattgttacctcagttaatacatgcaaccctattttttttcccaagtaaattttttctttattcattttttttccaatcgggattcggtaactttttttttttctttctcgctgagaaattaaatcccttgaaatattaggcgatagatccttttttttgaaataaaagaaaaccatttttcattttcaaatttttcttttttttttttttaaaattaagtacttttttttggtcttaacctttggtcctccccctgggtctgctttttaattaatagttttttttttttttttttttttttttTTGAAGATTTT------AAGTTAGTCTAT---TAA--------CCAAA-AAAAAA--AAAAAAA---A-G--C-A--GATA--C--A-AT-TTTTATAAATA----------TTTTATTATT-T----A---AAACATT--ATTTCCA-ACAT-T--TA-CAT------GAT-TCA-----TAT----TCGC-AG-A---------T-TTTAT-TA-CATATT-GAC-------ATCA---TG-----C-AA-TA-----AA----------------TC-AAAG-CAA-A--AT---T----------------T--A-GA-------------TTA-------------AAA----A-A-AA--------------------------------TCT---GGAAAA-AT----TTAC--TA-----------CCACA------T-CG---TAT-AAA-AT--AAC-T-----GA--A--CTTA----ATT-A---CTC-TT--T--------CGAT-----GTTGTA--T-CA-TGC---TT---CGT--ACGAG-G
gi|11 : ac-TA-CATAT--CAT-------ATCAAT-TC-----C-AC-CC-----AA----------------TC-ACAGACGG-A--GTGATTTGG--ATTT----ACTT--A-GA-A-----C-TT--TTA-TGTT---GC---AAA--G-A-A-AACAAC-TTTTT---------------ATC--ATTC-----GGAAA-AA----TAAA--AAAG---------AAAAA------T-CAGTTTAT-AAA-AAT-AAT-T-----GAG-AAGCTTG-TTAGTT-A---CTT-TTTCT--------CGAATTGTTGTTGAATAC-CA-TCC---TTACACTTAGAAAGG-GT-T-CCTTTTT-A-AAT--C------GAA--CATG-T-A--AT-ATA-A---CATTTAAGTGTGAATTGAGCCT-CCTcaaaagaaatacatg
gi|12 : TTT-T----C--CCAGT-A-ATAATG----AAA--AA--G----TTC-C-T--T------------TTAC-----T-TTA-GC---AAA-AT---AAGAG--ATTCT-taagg
gi|12 : ------ATAAGA-CAT--GT-CTA-AAAGTACT-----CA-GATAT--TA-C---ACAT-CC-GG-----T--T---------------TTTC------A-A-A--A--ATGATA--AA-T----ATTTAA-T----------T--A--AT--TACCTCTGGA----AAA-T---AGTT---A-----TTTG--G---TT--------------G-ATG---Tcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaataagacatgtctaaaagtactcagatattacacatccggtttttcaaaaatgataaatatttaattaattacctctggaaaatagttatttggttgatgtaaccttggaagatgctc
gi|14 : ttttcccagtaataatgaaaaagttccttttactttagcaaaataagagattctcaaacagggggggttgtattttcccgcacccgattccaaccctttgcttgtagtgtgcggcttgcccctctgtccattgttgaCAGAT---AAG--C-G--TTTT--C--AGATTATTGGT-AATA----------TTTT--TGTTCT----AGATAAAAAAT--AT----ATACTTCC--TACT-CG-----GGG-TCTCACCCTTT----AGGC-AT-G---------TGCCTAT-TC-CGTATC---T-------ATTA---TG-----CAACACA-----AG----------------TCAACAG-CGA-G--GT---T--G--GT------ACTT--A-GA-A----AC-T---TTA---TT---GT---AAAACC-A-A-AA------TTTT----TC----------TC--ATTAC---GG--AA-AA----TCAC--AA-----------AAAAC------TGTA---TCC-TAA-AAT-AAT-T-----GAG-G--CCTA-T--GCT-ATATCTT-TT--aaccttggaagatgctc
gi|15 : aacAA-A--AA-T----GTTT-T-T----------GGAA--AT--T--------G----AAAAT---G-TT---AT----CT----G---TT--------------A-ATA---TT----T-------TTAAA-A--TC----T----ATG-ACT----A----C--AATCTT-TAAGAA--TC-A-TGTCA-CTTTT------------AA--AAA--TAA-AA-CGTAT--T-G--------A-----AGA----A-A------T------AT---------------------------------GAA-----T-G----------T----------------ATTTTGTAAGTAAATA-TT------G--CT--ATT--TT----T----T----A--AATCT------T---AACC--G--A----G----C----CTGAT----A-TG--A-ACT-A--TA--CA--G-C-A-AATGCT-T-A-G--AGAACA----------C---TGTGA-T-AAGAA--A-------------A------TTC--CC-TCG---G
gi|16 : -TTTAT-TG-GAAAT--CAT-------ACCA---T------C-AT--A-----GA----------------TCGACAG-CAA-A--GT---TT-----T------ACTTTTG-GA-A----TTATC--TTA-TATT---G----AGA--T-ATA-AACAAC-TTTTT----GA---------GTC--GTTTG---GGGAAA-AAATATTAAT--AA-----------ATAAT------T-TA---TAT-AAA-CAT-AAT--------AG-AT-CTTT-T--ATT-A---C-C-TT--T--------CGAT-----CATGAA-----A-TAT---TT---CAA--AAGAG-GT-G-T----TT-T-AA---C------GAG-ACATT-A-A--AT-A-A-A---TTTTGG--TAT--Agctcgatataaa
gi|17 : TG-A--TTTC-C----C--CCGG--A-ATAATAGAAAAAA--AA--G----GTG-T-T--TC-----------T--A-----T-TT--GT---AAATA----AAGAG--ATCCT-A--AG--T--------T---CCAA-AT--TT-------G-CT-G-T---A------TT-TCTG-AA-GTCT----AATG-AAGTTT--AAC--TAAT------ACA-----CT--GT-CCT-AAACAACT-----CAAGATA---TAAC---A-AT-CC-GT-----T--T---------------TTTTTCTTTTA-A-A--A--ATAT-A--AA-T----ATT---------------A--A--AT--TTTGA----G----AAA-T---A-AT---TT----ATTT--G---T---------------A-ATA---TT----T-------T-TAA-A--TC----TT---ATG-GAT----A----A--Agttccatgtattgt
gi|18 : ----A--AGTTT------G---ATCC--A--A----G----T----CCGAC----T-TG--A-ATT-A--TA--TT--A-A-A-ACGT------------------------------TGTTA-T-GAGAA--A-------A---G-A------TTC--CC-TTC---AAATTAAA--TGG-----ATT---A-CAAA---TTCAA-T--AATTTT----ATGCAACAATC--TA-TTT---------GTAT--GATAAA--A---TA--T-GC-----------A-----TT----C--AGT-A--AGGATTGGTA--T--G-------G-CTATT-TT-----AG--------A--AA----T-GTTT---ATC-AA-ATT------TGA-TC-CG-CA-G-C-AG-T-A----CA-----T-TT
gi|19 : tTTAAAAGTAGCTCATTACACTAAAAGTTTACTTTGC--TCTGTAAAA-------ACA-CCCTCTTAGATGTATGACGTATG-A---TTTCAAAC-AATGAAAGAAG---TGAT-ATATATGTAAGA-C--TC---AT-TT-ATT---TT-AT-AT----GAT---A-------TTTAGGTAATGT-------GTG-A--TTTT-TTTTTC--ACGG--A-ATAATA----AAA--AA--G----GTG-C-G--T------------T--G-----T-TT--GC---AAA-
gi|2 : TAAGGTAGCTCACTACACCAAAA-------TTCTAATT-----AATGATATCGTAACCTT--TCAA-----GAA-CACA-GGTTTTTCG--G-CATCGAAAAAA---TAAA-AAG------GGCTC--TC---AA-TT-ATT---T--AT-AT----GA----A-------TTT---T--TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAATG----AAA--AA--AAC--TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----A-------------------G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-TT-G-T--GA------TT-T--G-AT-GT------AATA-T--TG---AATG-TCAT------ATAAAA-CAT--GT-CTA-AAA-GACT-----CAAGATA---TA-C---AAGT-CC-GGG----T--T---------------TTT-------T-A-A--A--ATAA-A--AAAT----ATTT-AAT----------G--A--ATATT--------G----AA--T---A-TT----T----TTGT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA-A--TC----T----ATG-GAC----A----A--AGTATT-CAAAAA--AC-A-T-TCA-C--TT------------AG--AAA--TAG-GAATATGT--T-G--------G-----AGAC---A-A------T------ATG--------TT--TTTAAAG--G--AAAATGA-AAAA----T-G----A---AAT----AG-C---CCA-AATTT----AG-AA-TA-TT------G--CG--A-T--TT----T----CTTAAA--AATTT------G---AACCCAA--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--AC--A-A-A-AAGTCA-T-AAG--AGAGCA----------T---TGTAA-T-TAGAA--A-------AACTGCA------TTC--CC-TTGTTTGATGTAA----GG-----TTT---A-CACA---TTACA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAAATT---------CT-T--GAC----------------C-A-----G-TAA------------------A--A-------TA--T--G-------AGTTATT-TC-----AG--------TCCCA----TATTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GA-T-C-GG-T-AAC--TT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG--A--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-TA-ACATTC--------TAAAA-TTAAGACA-TTTCATTT-CAAATT-GTTTTAATAA-TATACT---TGTCTAACATGTCTTT-CCTTA---A-ACAAA-CCTGGTTATTTTTAAA--AGAAATTTT------A------TCCAT---AGA--------TTTAAGAAAATATCAACAAAT---A-GATG-G--TTTT--CAAA-ATAGTTCGTATATA----------TTTT--TTCTCTTAAAA---AAAAATC--AT----A-ACTT-CCTTA-T-T------GGG-TCTG----TTTA---AGGC-ATAG---------T-TTTAT-TAGAATATTCCATC------ATCA---TGAAAAAC-CC-CA-----AAAAAAAAAAAAAAATTTTC-ACAG-CGACA--TT---TTTGAAAT------AC-T--A-GAGA----TC-TCGTTTA---TT---GC---AAG--T-A-ACAAC-AC-ATTTT----CA---------ATC--ATTCT---GGAAAA-AA----TCACAAAA-----------AAAAA------T-TA----AT-TAA-AA--ATT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATC-A---CCT-TT--T--------CGAA-----GGTGAA-AC-TA-TGC---TC---TTG--AAAAG-GT-T-T----TTAA-AA---CGGATAGGAA-CCAT--A-A--ATAA-A-A---TATTGA--TGTA-ATTGAGCCT-CCTtga
gi|20 : aacacaAG--ATTCT-A---A--G--------CAA-CCAATATAATT-T-----G-AT-G-T--AA------TA-C--GCAT-ATTG----AATA-TG-TGT--TA-------------ATAAAATCAT--GT-CTA-AAAAGATT-----GG-GATA---TA-C---AG-T-CC-GT-----A--T---------------TTTGTA----A-A-A--A--ATAA-AC-AA-T----A--T-A-T-----------------------------------AA-T---A-TG---AA----TTTTGGG---TT--------------G-ATATTTTT----T-------TTTAA-A--CC----TT---ATGTGAT----A----A--AA
gi|21 : aga-----TTG---A-CAGA---TAACA-T--GATTT-----ATATATGAAAC--TAATTT---------CT-T--GATGAA--A---TG--TGGCAA-----A-CAA-----TAAGA-A--AAT-A--A-------TA--T--G-------A--TATT-TT-----AG--------T--AA----T-TTTC---ATG-AA-TTT------TTC-TC-AG-AA-T-C-AGTT-A----CT-----T-TTT-------T
gi|22 : ggattataccaaaaactaacattcAA-AA----T-----AA-----------ATATA------T-CA---TAT-AAA-TA--GAT-T-----GAG-AAGCTTG-T--ATTTA---TTTCTT--T--------CGAA-----TGTGGA-AC-CA-TGC---CTTG-CTT--AAAAGCGTCG-C----TT-A-AAT--C------GAATTCATGCATA--AT-A-A-AT--TATTtc
gi|23 : GGAAA-AA----TCAC--AACAAATAAAAAAAAAAA-----------------TAA-AA--AAT-TAAATGAAG-A--CTTG----ATT-A---CTT-TTTGT--------TGAA-----GGTTAA-AC-CA-TCC---TT---CAT--TGAAG-GT--------TT-ACAACTTC------GAA-C--TG-A-A--AG-A-A-AGTTTGTTGA---GT--AGTGGGCCTGCCTttaactagtgatgacctaccttcgagcctc
gi|24 : ---AAAAATTTCAG----A-ACAT-C--TA-T-CTA----AGG-CCT-----TA-----AGCC-AT-G---------T-TTT---TA-TACAT--CAT-------ATC----TG-----C-AC-CA-----TA----------------T--AGA---------------TGG--AT------TCT---A-GA-A----TC--C--TTATT-TT---GC---ACA--C-A-G-AACACC-TTTTT----TTA--------ATCATATTGT---GGAAAACAA----TAAC--AA-----------gatata
gi|25 : ATG-A---TTTTA--C-AATCAAAAGAG---AGAT-GCA------AACTT--GC---AA-TT-ACC---TC-CA-AT----GA------------TTT---T--TG--------GGGTA--TTTT-T----C--T--G--ATATGATA----AAA--AA--A-----AG-T-T--T------------T--G-----C-TT--GT---TAG-T----AATAC--ACTTT-A--GA--A--------T---TTAA-AC--TT-A-----G-CT-T-T--CA------AT-T--G-AT-Gttcc
gi|26 : t---A-CACACCCTTCAA-C--G---TT----ATAAAGGAAAT--TAATTT---------CG-T--GATGAA--A---AA--T-GA-A-----A-AGA-----TTA-G-C--AGC-AGTA-------TA--T--G-------A-TTAGT-TC-----AATTAATAATT--AA----T-TTCT---ATT-TA-TTT------AGA-TC-GG-GA-T-C-GG-C-G----CC-----T-TTT-------
gi|27 : -------TTGC--TT-----TT-------GCA-CCTT--TCGA-----GAATCA----------------CATTGAATGAG---TGAT-ACA------TGCTT--TT---AA-TC-ATT---TT-AG-AT----G-----A-------TTT---T--TGGGAGGTTTGTG-ATTTTTT-T----T--CGGG--C-ATGGTG----AAA--Act
gi|28 : --AA-----------GAAAA------T-CA----AT-TAATAATCAATGC-----GAG----CTTGGT--ATT------CT-TT--T--------CGAA-----TAT--A-AC-TGGCGT---TT---TCT--AAAAA-GT-GTC----TT-A-AA---T------TAA-TCATG-A-ATAAC-C-A-A---TGTTTA--TAT--AATGAGCCT-CCTagattaaacaaatatt
gi|29 : a-TTC----ATC-A--TTT------CGA-TC-GGTGA-TTC-GG-T-A----CG-----T-TTT-------TTTCTACTACGTCGAGAAA--TA---AATCTT-TGAAA-AT--AGCGA-TCCATA-TCG-------TGAAA-GAAAGAAATTTTCATTTCCAAATTCTTTTTtaa
gi|3 : ttaCATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAAA-------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTT--TCAA-----GAAGCACA-G---TTTCG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TCTCAGA-TTGATT---TT-AA-GT----AA----AGGATTTATTC---T--TG--------GTG-A--TTTT-C----C--CCG---A-ATAATG----AAAG-AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---C-AA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-T--G-AT---AA----GATA-TA-TG---AATG-TCATC-----ATAAAAACCT--GT-CTA-AAGAG-CT-----CA-GATA---TA-C---A-AT-C--GG-----T--T---------------TTT-------A-ACA--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------ATGGAAAA-T---A-TT---AT----TT----G---TT--------------G-ATA---TT----C-------TTTAA----TC----T----ATG-GAT----A----A--AATATT-CAAAAA---C-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----ATA------T------AT---------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GA------T-G----A---AAT----A--G---CCA-AAATTT---AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----TT---C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--CA--A-A-A-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGTA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---AAG-TAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAAATT---------CT-T--GACGAA--A---TA--T-CC-AT----A-GAA-----TTA-C-C--AGT-A--A-------TA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTCT---ATC-CA-GTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCGCT----GGCGGAG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TTTCATTT-CAATTTCGTTTTA--AAATATACT---TGTCTAACATGCTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTT------A------TCCAT---AAA--------TTCAA-AAAATATAAACAAAT---A-G--C-G--TTTT--T--A-ATACTT-GTAAATA----------TTTTA-TACTCT----A---AAAAATT--AT----A-ACTT-C--TA-T-C------GGGGTTT-----TTT----AGGCCAT-GG--------T-TTTAT-TA-GATATT-CAT-------ATCA---T------C-AC-CA-----AA----------------TC-AAAG-CGA-A--AT---TTGG--AT------ACT---A-GA-A----TC-TC--TTA-T-TT---GT---AAG--C-A-A-AACAACATTTTT----TC---------ATC--ATTCT---GGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAA------T-CA---TA--TAA-AA--AAT-T-----GAGAA--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--T--------CGAA-----GGTGAA-AC-CA-TGC---TT---CTT--GAAAG-GT-G-C----AT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|30 : aagA-GAA------------A---GAT----AA-AAACTTA-AATTTC----G-AAATA-TT------G--CGA-A-T--TT----T----C--------ACTC------GT--GACC--T--A----G----C----CTGAA----C-AA--A-ATT-A--TT--TT--ATA-A-AAACCA-T-A-G--AGAta
gi|31 : tttttaaAA--A---TG--T--C-AT----A-CAA-----TTA-CGC--AGT-A--A-------TA--T--G-------A-TTATT-AT-----AG--------T--TA----T-TTCCTTAATCTAATTTT------CGAGTCTGG-GA-T-CGGG-T-AAACGCT-----TGTTT-------TC
gi|32 : AAGCATG-A---TTTTA--C-CACCAAAGAAG---AAAA-ACA------AACTC--TC---AA-TC-TTTGGCTT-ATAAT----CAT---A-------TTT---T--T----------------TTTG-T----C--TCAG--A-ATAAGG----AAA--AA--ga
gi|33 : tAAA-CA----ACAC--AAC----------AAAAA------T-CA---TATATAA-AA--------------G-C--CTTG-C--ATT-A---CTC-TT--T--------C-AA-----GGTGAA-AT-CA-TGC---TT---CAT--ACGAT-GT-A-C----AT-A-AA---A------GA
gi|34 : a--CCGG--A-GTAATG----AAAC-AA--G----TTG-TAT--T------------T--C-----T-TTTTGCT--GAA-A----AAGCG--ATTCT-A--GATGG--------TGCACAAA-ATG-TTAT-----G-CT-G-T--GA------TT-T--gcc
gi|35 : --TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCAG--G-ACAATC----AAA--A---------TG-T-TAAA------------T--G-----T-TT--GC---AAA-AT---ACGAGA-ATTCC-A--AA--A--------T---CCAA-A------A-----G-CT-G-T--GA------TT-T--
gi|36 : ------ACTT--AAGA-A----TC-TC--TTC-T-TT---GC---ACA--CAA-A-AACACC-CTTTTTTAATT---------ATC--ATTCT-----GAAA-AA----TC-----A-----------AAAAA------T-C
gi|37 : ag--AAT-TCTA--GAG-G--CTTG-TT-ATT-A---CAT-TT-----------CGAA-----TGTGAA-AC-CACTTC---TT---CTT--AAAAG-GT-G-ccccccc
gi|38 : --AGC-A--A-------TA-----------------ATT-TT-----AG--------T--AT----T-TTCT---ATA-AA-TTC------TGA-TC-GG-GA-T-C-GA-T-A----CT-----T-TTC-------TTTCgtaa
gi|39 : TC--TC---AA-TT-ATT---TTTAT-AT----GACTGAA-------TTT---T--TT--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-ATAATatc
gi|4 : CATTTAAGGTAGCTCATTACACCAAA--------TTGT--TT-----AA-------GCA-CTTT--TCAA-----GAAGCACAAG---TTTCG--C-CATCAAAAAAA---TAAC-ACA------GGCTC--TC---AA-TT-ATT---TT-AT-AA----GA------------TTT---T--TG--------GTG-A--TTTT-T----C--CCGG--A-ATAATG----AAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----T-TT--GC---AAG-A----AAGAG--ATTCT-A--GA--G--------T---CCAA-AT--TT-T-----G-CT-G-T--GA------TT-T--G-AT-ATGA----AATA-TA-TG---AATG-TCAT------ATAAAA-CCT--GT-CTA-AAAAGACT-----CA-GATA---TA-C---A-AT-CC-GG-----T--T---------------TTT-------A-A-A--A--ATAA-A--AA-T----ATTT-A-T----------G--A--AT--T--------G----AAA-T---A-TT---AT----TTTT--G---TT--------------G-ATA---TT----T-------TTTAA----TC----T----ATG-GAT----A----A--AATATT-CAAAAA--AC-A-TGTCA-C--TT------------AG--AAA--CAG-GA-TATGT--T-G--------G-----AGA----A-A------T------ATA--------TT--TCAAAAA--G--AAATTGA-GAA-----T-G----A---AAT----A--G---CCA-AATTT----AG-AAATA-TT------G--CG--A-T--TT----T----C----A--AATTT------G---AACC--A--A----G----C----CCGAT----C-GA--A-ATT-A--CA--CA--A-A-A-AAGTCA-T-A-G--AGAGAA----------T---TGTAA-T-AAGTA--A-------A-CTGCA------TTC--CC-TTG---AAGATAAAA-TGG-----TTT---A-CACA---TTAAA-T--GATTTT----ATAAAGGAAAG--TAAATT---------CT-T--GACGAA--A---TA--T-CC-AT----A-GAA-----TTA-C-C--AGT-A--A-------TA--T--G-------A-TTATT-TC-----AG--------T--AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------CGA-TC-GG-GG-T-C-GG-T-A----CT-----T-TTT-------TCTCT----CGCGGTG-AA--TA---AATC---TGAAATAT--AGCGA-T--AAA-TC--------TGAAA-ATAAGACA-TT-CATTT-CAATTTCGTTTTA--AA-TATACT---TGTCTAACATGCTTTT-CTTTT---A-ATTAA-CCTG-------TTAAATTGAAGATTTT------A------TCCAT---AAA--------TTCAA-AAAATATAAACAATT---A-G--C-G--TTTT--T--A-ATACTTTGTAAATA----------TTTTA-TACTCT----A---AAAAAT----T----A-ACTT-C--TA-T-C------GGG-TTT-----TTT----AGGC-AT-G---------T-TTTATATA-GATATT-CAT-------ATCA---GG-----C-AC-CA-----AA----------------TC-AAAG-C-A-A--AT---TTGG--AT------AC-T--A-GA-A----TCTTC--TTA-T-TT---GT---AAG--C-A-A-AACAACATTTTT----TC---------ATC--ATTCT---GGAAAA-AA----TCAC--AA-----------AAAAA------T-CA---TAT-TAA-AA--AAT-T-----GAG-A--CTTG-T--ATT-A---CTT-TT--T--------CGAA-----GGTGAA-AC-CA-TGC---TT---CTT--GAAAG-GT-G-C----AT-A-AA---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-A-A---TATTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCTA
gi|40 : AGATTGT------A------TCCAT---AGA--------TTTCA-AAAATATTAACAAAT---A-A--C-AATTTTC--C--A-AT
gi|41 : AAGATTGT------A------TCCAT---AGA--------TTTCA-AAAATATTAACAAAT---A-A--CAA--TTTT--C--
gi|42 : ttgCTC--TC---AA-TT-ATT---TT-AT-AT----GA----A-------TTT---T--TT--------GCG-A--GTTT-T----C--CCAG--A-ATAATG----A
gi|43 : A---C------GAA-TCATG-A-A--AT-A-ACA---TTTTGA--TGT--ATTGAGCCT-CCT
gi|44 : --------GCG-A--TTTT-T----C--TCTG--A-ATAATG----AAA--AA--G----TTG-T-T--T------------T--C-----G-TT--Gt
gi|45 : --TG--------GTG-A--TTTT-T----C--ACGG--A-ATAATG----AAA--AA--G----TTG-T-
gi|5 : ---TTTCG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATT---TT-AT-ATATATGA----A-------TTT---T--TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GTAATG----AGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGTT--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCT--G-ATTGTAA----GATA-TA-TTTTTGATG-TTATTGTATTATAAAA-TCTTGGT-CTTTACAACACTT----CA-GATA---TA-G---AGAT-CT-GAAATTAT--T---------------TTT-------GTA-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATGTT--GGGCTT--------------GTATA---TT----TACT----TTTAA-AGGTT----CT---ATG--AT----A----AGAAATCTT-CGAAAA--AT---TGTCATC--TT------------AGCGAAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTA---GAT----AACG---CAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----C----CCGAA----CAGA--A-ATT-GACCA--TTTTA-ACA-AAGTCA-TCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGAA--AGGCAATAA-CTACA------CTCTACCGTTG---GATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C--AA-T--TATTTT----ATA
gi|6 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagtt---TTTCG--CTCTTCGGAAAAACGCTAATTACA------AGCTTCTTC---AAACT-ATT---TT-AT-ATATATGA----A-------TTT---T--TG--------TTG-A--TTTTAT----C--CCGG--A-GTAATG----AGATAAA--G----TTG-T-C--TGGGTTCATATGAT--CA----TGTT--GC---AAA-ATTA-AGGAG--CTTCT-ATTGA--G--------T---C-AA-CTG-TT-T-----G-CTTG-T--GA------TTCT--G-ATTGTAA----GATA-TA-TTTTTGATG-TTATTGTATTATAAAA-TCTTGGT-CTTTACAACACTT----CA-GATA---TA-G---AGAT-CT-GAAATTAT--T---------------TTT-------GTA-A--ATTATAA-ATTCA-T----ATTT-A-TTCACGTTATTG--A--AT--T--------------AA-T---A-TC---ATCAAATGTT--GGGCTT--------------GTATA---TT----TACT----TTTAA-AGGTT----CT---ATG--AT----A----AGAAATCTT-CGAAAA--AT---TGTCATC--TT------------AGCGAAAGGTAG-AT-TATAT--T-G--------ATCGGAAGA----A-A------TTATACGATA--------ATGGTCAAAGG--G--CAATTGAAGGA-----T-GTTTTA---GAT----AACG---CAA-AATTTTG--AA-AAATA-TT------GTCCG--A-T--TTCTCTT----C----AT-AATCT------ATACGACC--A--AATTTG----C----CCGAA----CAGA--A-ATT-GACCA--TTTTA-ACA-AAGTCA-TCA-G--A-AGAA----------TATATGTAAAT-AAGAA--AGGCAATAA-CTACA------CTCTACCGTTG---GATGTAAAA-TGG-----TTTTAGG-CAAA---C--AA-T--TATTTT----ATAtttttggaataaagg
gi|7 : tttaagaactttaatgttcaatgaggtagacttacagttAAG---TTATTACA------AGCTC--TC---A--TT-ATT---T-----------------A-------TTG---T--TA--------AT-----TTTT-T----CAACTGGGAA-ACAATG----AAA--AAAAG----TAGTT-T--T------------T--C-----T-TTC-GA---AAA-AGAAGAAGAG--ATTCT-GACGA--GTT------T---CCAA-AT--TT-TTCCACA-CT-GCC--AA------TT-T--A-AA-ATT-----AATATTA-TGT--AATGATCTA------ATAAAA-CAT--GTACTA-AGAAGACT------A-GATAAT-CA-CTCAAGAT-CCAGG-----TTGT---------------CTT-------A-A-ATTA--ACGA-A--AG-T-----TTT-A-T----------T--ACTAT--T--------G----AAA-TTAAA-TT---AG----TTTG--T---TT--------------GTATA---TTTTTAT-------TTTAAGA--TCTGAATT---ATGTGAT----AAATGA--AATC-T-CAAACATCACGA-TGTCC-CT-TT------------AG--AAA--AAG-GAGTAAGTAAT-GATCTCCAAG-----AGAAGAGA-A------T------ATATCTTTTATTT--TTAAAAA--G--AAATTGA-AAA-----TAG----AAGTAAT----AG-G---CCA-AG---T---AG-AAATA-TT------G--CGGAA-TTCTT----T----C----AATAGTTT------A---AACC--G--A----G----C----CGTAT-------A--G-ATT--------CG--A-A-A-AAtttttggaataaagg
gi|8 : gccattacatg------ACA--------TT--TTGAAAATTGTTAAAATAA-CCA-----T-G----A---GAT----G--G---TCATAATTCC---A---AATACTT------T--CG--A-T--TT----T----T----C--AACTT------T---AACC--GCAA----GGTCAC----TTGGT----C-GGTCA-GGT-A--CA--AG--A-A-GCAAG-CG-T-A-GTAAGAACA----------T---CATCA-TCAAGAA--A----------TATA------TTT--CC-TTG---GTGATAAAAATGA-----TTT---A--------TCAAA-TTCGATCT-------AAA--AAAT--TTATTT---------TT-TCTAATAAATGG---TACTT-GC-A-----AACAA-----TTA-G-C--AGC-A--A-------AA--TTGG-------A-TTATTATC-----AGAG------T--AA----T-TTCT---ATC-AA-TTT------GGA-TT-GG-GA-T-C-GG-T-G----GT-----T-TTT-------TTTTT----Ca
gi|9 : atggtcaaactcatgtcttccagataaaaagatgaactactgaagaagaacagta-A-A-AAGTCA-T---G--AGAGCA----------T---T-TAA-T-AANNN--N-------N-NNNNN------NNN--NN-NNN---NNNNNNNNN-NNN-----NNN---N-NNNN---NNNNN-N--NNNNNN----NNNNNNNNNNN--NNNNNN---------NN-N--NNNNNN--N---NN--N-NN-N-----N-NNN-----NNN-N-N--NNN-N--N-------NN--N--N-------N-NNNNN-NN-----NN-----------AC----T-TTCTGA-ATC-AA-ATT------TG--TC-GG--A-T-C-GG-T-AG---CTATGTAT-TTT-------TC-CT----CGCTGAG-CA--TATAGAATC---TGAAATATT-AGCGAGT--TCA-TA--------TGAAA-ATAAAAC----TCATTC-CAATTTTTTCTTA--AA-TATACTCACTGTCTAACG-GTTCCTGCATTT---AGATTAAGTCTG-------TTttttggt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAAGTTTGCTTACATTTTATATTATTTATTTCATTACATGGCCATTAATAAAACATGTCTAAAAAGTATTCAGATGTTTATCAAGTCTTGTTTTATAAATAAAATAATATTTATGATATATTGGAAAATGCTTATTTTGTTTTGCATATTTTATCAAATCTATGAATTCACAAAATAATTTAAAAAATAATTATTAGTTTATATAAAATATATTATGAAAAACTTGTAGACTATATTCTCGAAGG