lowQualScore                  :                                                                                                                                                 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                 11          7777777777777777777777777777      222222222222222222           111111111111111111                   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666         11111      4444444444                     111111111                        666666666666666666666666666666                 44444       1    
lowQualScore                  :                                 88      4   5555555555555555555555555555   4  222222222222222222   6666    777777777777777777  33    3        0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777     1 5 55555      9999999999             8888 55 666666666  4    666    88    777 999999999999999999999999999999   555  1 4   6  55555 1     0    
lowQualScore                  :                                 ..      .   ............................   .  ..................   ....    ..................  ..    .        . ............................................................................................................................................................................................................     . . .....      ..........             .... .. .........  .    ...    ..    ... ..............................   ...  . .   .  ..... .     .    
lowQualScore                  :                                 44      4   6666666666666666666666666666   6  333333333333333333   4444    000000000000000000  99    1        5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     4 0 66666      1111111111             5555 55 000000000  0    888    77    888 222222222222222222222222222222   999  7 0   7  55555 0     5    
consensus                     :                NTTCAGGCCGCGCAAGAGCGCGGTC-TGT------NCTG-AT--------------TATGCGT----T----T--------CTG--CGGAAT------T--AATGTT---TTC-GTTT-CTGCGGGATT---NATGTGA-TG---ATGTAT-TTT-----TAAAAA-TATTTCCA-----------AAATTAATG-TAATACG--TAC-TT-A-TTN-----GGG--ATTGANGTTAT-GTG--TT-----AATA---AGCTT--C--CTG-T--GTT-TAAT---C-TCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAACATNAAAAAAATGTA--ATAAACA-T--TAGAGTTGT-NAAT-TTG-TACTGCGTTTGTT----T--C---------GG-GTTC-GGTTTA-TTTCA---T---T--TA-T----ATC---TAT----CACTATTCGTTCACGAA-ATT----ACAAAAANGGGT
Reference ( gi|2 )            :                TTTCAGGCCGCACAAGAAGGCGGTC-TGT------ACTG-AT--------------TATGCGT----T----T--------CTG--CGGAAT------T--AACGTT---TTC-GTTT-CTGCGGAATT---AATGTGAGTGTACATGTATCTTT-----TAAAAA-TATTTCCA-----------AAATCAATG-TAATACG--TAC-TT-A-TTA-----GGGC-ATTGACGTTATCGTGC-TT-----AATA---GGCCT--C--CTGAT--GTT-TAAT---T-TCTAAA---AATAAAACAAGCGTACTAACATAAAAAAAATATATTATAAACA-T--TAAAGTTGTAAAAA-TTC-TACTGCGTTTGTT----T--C---------GG-GTTC-AGTTTA-CTTCA---T---T--TA------ATC---TAT----CACTATTCATTTACGAA-ATTG---ATAAAAATGGGTG
gi|5                          :                 TTCAGGCCGCACAAGAGCGCGGTC-TGT------TCTGTGT--------------TATCAGT------------------CTA--ACGAATCATCAGT--AATGTT---TTC-GTTT-CTGCGGGATT---GTTATACGTG-A-ATGTAGTTTT-------AAAA-CATTTCTA-----------AAATCAATT-TAACTCG--TAC-TT-A-ATT-----TGGA-ATTGAATTTAT--TGT-TTATAAAAATAATTAGCTT--T--CTAGT--GGTATAATTTAT-TTTAA------------AAGTGTAT----------GAAATGTA--ATGGATATT--TAGAGTTGT-CAAT-TTG-TACGACGTTTGTT----T--C---------GG-ATTC-AGT
gi|14                         :                   CAAGCCGTGCAAGAGCGCGGTC-TATTCAA--ACTG-TA--------------CATGCGT----T----T--------CTG--TAGAAT------T--AATGAT---TTT-ATTT-CTGCAGGATT---TATGTGG------ATGCATTTTTCCCCATAAAAA-AG--TCCA-----------AAATCAATT-TATTCTA--TAC-TTCA-TTT-----GGGa
gi|3                          :                  aCAGGCCGTGCAAGAC--CTGTC-TGT------TCTG-AT---------------ACGGGT----T----T--------TTA-----AAC------T-----GTTCA-TGC-GTTT-TTGCGGATTT---AAT---------CA---ATGTTT-----T------CATTTCCGTGGGATTGATTGAATCCATG-TAATATT--TAC-CTAA-TTG-----GGG--ATTAAAGTTATCGTA--TT-----ATTA---GGCTT--C--CGCGT--G-----------------A---AAT-AAATAAATATATTAACCCCCAAAAA-------ATAAACA-TAATAGAATTGT-CAAT-TTG-TACTG----TGTT----T--C---------TG-GTTC-CATTTA-TTTCA---T---T--T
gi|7                          :                  taAGGCCGCGCACGAGCGCTGTC-TGT------TCTG-ATATGAGTTTTCAAAGTGTGCATGTCTT----T--------CTG--CTGTAT------T----TTTT---TTT-ATTT-CTGCGGGATT---CATGT--GTATGCA------TTT-----TCAAAA-CAATTTCA-----------AG--------------G--TAC-TTAA-TTG-----GGGG-ATT---GCTA--G-----------AATC---AGCTT--CGGCT--T--GTA-TAAT---C-TCAAAA---AATAAATCAAGCGTACAAAgttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|6                          :                 taaAGGCTGTGCAGGAGCGCCGTC-TGTTCTAATACTG-GTAGTCTAACTCCA--CATGAGT----T----T--------CTG--CAGAAT------T--AATG----------TTT-CTGCAGAA------------------ATG-ATTTTT-----T--------TTTTCA-----------AAATTAATG-TAATACG--TAC-TTGA-TTT-----GG---ATCAGTGTTATttgtcggtttgtactgttttt
gi|15                         :                    AGGCCGCACAAAAGTGAGAAC-TCT------TCTG-AT---------------ACGGGT----T----T--------CTAAACAG---------T--ACCGGTACATAT-GTGT-CTACA-AATT---AA----AATTTTCAT-----TTC-----T------TATTTCCA-----------AAATTAATG-TAATATG--TAC-TT-G--------------ATTGAACTTATTGTggaattattacctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|12                         :                       CCACACAA-AACAAGGTC-TGT------TCTG-AT---------------ACGGGT----T----TTTCAGACTCTG--CGAAAT------C--GACCTT---TTC-ATTT-CTGCGGGA---------TGATTG-----------TT-----TGAAAG-TAATTTCA-----------AATTTTATG-CAATACGTATAC-TTAA-TTAAATTCGGG--ATTGAt
gi|8                          :                          ttacaatAGTCGGTC-TAT------A--------------------TATG--T----T----T--------CTG--CGGAAT------T--gtat
gi|1                          : tcataaaggcagcgcaagagcgtagtcttttcaaaccGTCATGT------ACT--------------------TGCGT----T----T--------CTG--TGGTAT------TTTATTGTT---TTCCGTTT-CTGCGAGATT---GATGTGACTGTATTTTTA----T-----TAAAAA--A--TCTA-----------CAATTAACGACAATGTA--TAC-TTAA-TTG-----GAGCTATTGATG--AT--------------ATA---AGCCT-------------TT-GAAT---TGTCC--------TTAATCAA---------CATA---AAAATGCA--ATAAACA-T--CATGGTTGT-CAAT-TTA-TACAGCGTTTGTT----A--C---------GG-GTCC-CGTTCATTTTTA---TGTGT--TACTTTT-ATC---TAT------TTATTTATTCATGAATATTggtaattgatgcgaatctattctaaaaactatttttaattcaatgtaataagtacagaatttgggattgaaattattttggatattaacttttgaactgtatatactctcgaaatacat
gi|16                         :           ccgcgcaagagtgctggctgctcctagtattggttattcacact-AC--------------TGTGCAT----TCATGT--------CTG--CAGAAT------C--AATGCA---TTT-GAAT-CT-CGGAATT---TATGTGAATGTttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
gi|21                         :                tcttaactcttctcataggccacgcaaaagcagcccagttttcatacaggtttttgaATGCAC----A----T--------CTT--CAGAAT------T--AATGTT---TTA-ATAT-CT-CTGAATT---CATGTGAATAGATATTTAgaattttaa
gi|4                          :                          aggctgcacaagatcgggtatgttttggtgcaggttttaaaactgtgcTGCGTCAA-T----T--------CTT--CGGAAT------T--AATGAT---TTT-GTTTACTGCGGGAAT---GATGTGA------ATGAAT-TTC-----TAAAAG-TATGTCCA-----------AA-TTAATG-CAAAGTC--TAC-TT-A-T-A-----G-----TT-ATGTT----TGA-T-------ATA---AGCCT--T--C-AATTTGTA-TAAT---C-TGTAGA---ATTAAATCAAGCGTATTAATATGATAAAGGTA----ATGAACA-T--TAAAGTTTT-TAAT-TTG-TACTGCGTTTATT----TGGCTTTGTTATGGA-GTTC-TATCTG-TTTCATATT---T--TG------ATT---TCT----AACAATTTATTT--GAA-A
gi|18                         :                                                                                                  ctgatacgggttttcaaactcgacc---TTC-GTTT-CTGCAGG-TT-------TGA------ATGCATCTTT-------AAAA-TATTTCCA-----------AAATTAATG-TAATTCG--TAC-TT-A-TTA-----G---------CGTT----TG---------------------------TGTT--GTTATAAT---C-TCTTGA---AATATATCAAGCGTGTTAac
gi|8                          :                                                                                                                                 -GTTT-CTGCGGAATTGGTAAT-TGA-TGCGAATCTAT--TC-----TAAAAACTATTTTTA-----------AT-TCAATG-TAATAAG--TACAGA-A-TTT-----GGG--ATTGAAATTATgaa
gi|11                         :                                                                                                                                      tcataaaggcagcgcaagagcgtagtcttttcaaaccagtcggtctatatatTTCCA-----------AAAT----G-TAATATG--TAC-TT-AATTT-----GAG--ATTGAAGTCA-CATGTATT-----ACTG---AGATTAGC--CTG--------TGAG---T-TGTGAATACAGTAAATCA-TCGTAT---CATTAAAAAT-TGTGTAATAAACA-G--TAGCGTTGT----------TACTGCCTTTCTT----T--T---------GG-GTTC-AGTTTA-TTTCA---T---tttggatattaacttttgaactgtatatactctcgaaatacat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAATGTAATACAAA-A-T------GTTGTCAA---TTCATACTGCGTTTGTT----T--C---------AG-GTTC-AGTCTA-CTTTA---T---CTGTA------A-C---TATATAATATTATACCTTTAC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atcaacacAACG-T----AAGTTGTAAAAC-GTA-TACTGCGTTTGTTTAGAT--C---------GGAGTTC-GATATA-TTTCA---T---T--TATTACTTATA---TAT----CA-TATTCTTTCACAAT-ACTGAAAATACAAAGGAGTtcatttctgaaatatttgcctacgttgtggattcactagtaatatt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAAA-T--CAGAATTGTTAAT--TTG-TACTATATT-GTT----T--C---------GG-GTTT-GATTTA-TTTCG---TTAAT--TACTTTATATC---TAT------TTATTGATTCAGTAA-AT-----ACAAAAACGG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAAACACTTC-AATTGTGAGTGTT----T--C---------GG-GTTC-ATGTTA-TTAAA---T---T--TA------------TAT----TACTAT--GTTCATGAA-ATctttcagtgttttgtggattgaagacaattttgatgattcaaactggtatggtagtcaagtggtc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaatgcaaAA-TTTGTACTACCTTTGTT----T--C---------GG-GTTCGATTTTA-TTTCA---T---T--TT------AACACATAT----CCCAACTCGTTCATGAA-AT-----GCAAAAAacaacaaggatttgcattgtttgtggatccaagactttttt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AAATGCAATAAGCAATAGTTGTCAATTTGTACTGTGCTTGTTTTAAATTGGTTCATTTATTAGTTCATGAAATACAAAAAGGATGTGCAGTGTTTTGTGGATTCAAATCTTTCTCTCTTTTTTTTCGCTGATTCACACACTAACAACTAGAAATACATTGAAATGATCTTGAG
Unaligned ( gi|19 ): ATTTCATTAATTACTTCATATTTATTTATGTATTCATGAAATACAAAAAGATGTCCAGTGTTTTGTTGATTCAAGACTATTTCGTCGGATTTATTCTTGTGATAGTGAGGT
Unaligned ( gi|23 ): ATTGAATTATTGTTGATATCAAGCTTGAGTGGTAAATCAGGTAACATAAGAATGTAATAAACATAAGAACTGTCAAATGATACAGTGTTTGTTTAGGGGT
Unaligned ( gi|24 ): TATTACAGGGCCTCGCAAGGCCGCAGTCTGTCCTGATATAGGTTTTCAAACTGCACGTGCATGTAAGCTTT
Unaligned ( gi|25 ): TGCATGCCGCGCAAGTGCGCAGTCTGTTCTGATACGGGTTTCTA
Unaligned ( gi|26 ): CAGTGTTTTATAGATTCAAGATTCACACAAGTCAACTAGTA






Alignments
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Reference ( family-7261 )     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCGCGGTCTGTNC--------TG-AT------------------T----AT------------------GCGT----TT--------CTG--CGGA----AT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATT----NATGTGA-TG---ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TAC-TT------A-TTNGGG--ATTGANGTTA--T-GT--G-TT------A-ATA---AGCTT--C----C--T-G-TGTT-TAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAACATNAAAAAA-ATGTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-NAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC------GAA-ATT-ACAAAAANGGGT
gi|1                          :                                     CCGCGCAAGAGTGCTGGCTGCTCCTAGTAT-TG-GT------------------T----ATTCACACTGTCATGTACTTGCGT----TT--------CTG--TGGT----AT------TTTATTGTTTTCCGTTT-CTGCGAGATT----GATGTGA-C-----TGT--AT-TTT------TATTAAAAAATCTACAA--TT-AACGACAATGTA--TAC-TT------AATTGGAGCTATTGATG--A--T-----------------ATA---AGCCT--T-------T-G-AATT---GT---CCTTAA-------------------TCAACAT---AAAA-ATGCA--ATA-AACA-T--CATGGTTGT-CAA-TTTATACAGCGTTTGTTA----CGG-GTCCCG-TTCATTTTTA--------TGTGTT--ACTTT-TATCTAT--TTATTTATTCAT------GAATATT-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AAAA-T--CAGAATTGT-TAA-TTTGTACTATATT-GTTT----CGG-GTTTGA-TTTA-TTTCGTTAATTACT---TT--A-----TATCTAT--TTATTGATTCAG------TAA-A-T-ACAAAAACGGttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
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gi|15                         :                                 aAGGCCGCACAAAAGTGAGAACTCTTC--------TG-AT-----------------------AC------------------GGGT----TT--------CTAAACAGT----AC------C--GGTACATAT-GTGT-CTACAA-ATT----AA-------A---ATTTTCAT-TTC------T-------TATTTCCAAAATT-AATG-TAATATG--TAC-TT-------------G--ATTGAACTTA--T--T--G-TT------
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAAATCAGG-----TAACAT---AAGA-ATGTA--ATA-AACA-T--AAGAACTGT-CAA-ATGATACAGTGTTTGTTT----AGG-Gatttgttttgtggatttaata
gi|25                         : attgaattattgttgatatcaagcttgagtggCATGCCGCGCAAGTGCGCAGTCTGTTC--------TG-A-------------------T----AC------------------GGGT----TT--------CTgt
gi|3                          :                               tgCAGGCCGTGCAAGA-C-CTGTCTGTTC--------TG-ATACGGGTTTTTAAACTGTTC----AT------------------GCGT----TT--------TTG--CGGATTTAAT------C--AATGTTTTC-ATTT-CCGTGGGATT----GA----------------------T------TG--AA------TCCA--------TG-TAATATT--TAC-CTA-----A-TTGGGG--ATTAAAGTTA--TCGT--A-TT------A-TTA---GGCTT--C----C----G-CGT--------------GA---AATAAAT-AAATATATTAACCCCCAAAA------A--ATA-AACA-TAATAGAATTGT-CAA-TTTGTACTG----TGTTT----CTG-GTTCCA-TTTA-TTTCA--------T---TT--G-----Ta
gi|4                          :                                                                                               taT------------------GCGTCAA-TT--------CTT--CGGA----AT------T--AATGATTTT-GTTTACTGCGGGAAT----GATGTGA------ATGA--AT-TTC------TA--AAAGTATGTCCAAA-TT-AATG-CAAAGTC--TAC-TT------A-T------------AGTTA--T-GT--T-TG------ATATA---AGCCT--T----CAAT-T-TGTA-TAAT---CTGTAGA---ATTAAATCAAGCGTATTAATATGATAAAG---GTA--ATG-AACA-T--TAAAGTTTT-TAA-TTTGTACTGCGTTTATTT-----GG-CTTTG---TTA-Ttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|5                          :      ctgatacgggttttcaaactcgaccTTCAGGCCGCACAAGAGCGCGGTCTGTTC--------TGTGT------------------T----AT------------------CAG------T--------CTA--ACGA----ATCATCAGT--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTGTTATACGTGA------ATGT--AG-TTT------T---AAAACATTTCTAAAATC-AATT-TAACTCG--TAC-TTA-----A-TTTGGA--ATTGAATTTA--T--T--G-TTTATAAAA-ATAATTAGCTT--T----C--TAG-TGGTATAATTTATTTTAA------------AAGTGTAT----------GAA-ATGTA--ATG-GATATT--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACGACGTTTGTTT----CGG-ATTCAG-Tggagttctatctgtttcatattttgatttctaacaatttatttgaaaac
gi|6                          :                                  AGGCTGTGCAGGAGCGCCGTCTGTTC--------TA-ATACTGGTAGTCTAACTCCAC----AT------------------GAGT----TT--------CTG--CAGA----AT------T--AAT-------GTTT-CTGCAGAA------------A-TG---AT-----T-TTT------T---------TTTTCAAAATT-AATG-TAATACG--TAC-TTG-----A-TTT-GG--ATCAGTGTTA--T-Ga
gi|7                          :                                  AGGCCGCGCACGAGCGCTGTCTGTTC--------TG-ATATGAGTTTTCAAAG----T----GT------------------GCATGTCTTT--------CTG--CTGT----AT------T----TTTTTTT-ATTT-CTGCGGGATT----CATGTG--T----ATGC--AT-TTT------CA--AAACAATTTC--AAG--------------G--TAC-TT------AATTGGGGG-ATTG---CTA--------G---------A-ATC---AGCTT--CGG--C--T---TGTA-TAAT---CTCAAAA---AATAAATCAAGCGTAgaattattacctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|8                          :                               taaAGGCAGCGCAAGAGCGTAGTCTTTTCAAACCAGTCG-GTCTA---------------T----AT------------------ATGT----TT--------CTG--CGGA----AT------T--GGTA------------------ATT----GATGCGA------ATCT--AT-TCT------AA--AAACTATTTTTAA--TTCAATG-TAATAAG--TACAGA------A-TTTGGG--ATTGAAATTA--T-TTTGG-AT------A-TTA---A-CTT--TTGAAC--T-G-TATA-TACT---CTCGAAA---caaattgtcggtttgtactgttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcataaAA-ATGCA--ATA-AGCA-----ATAGTTGT-CAA-TTTGTACTGTGCTTGTTT----TAA-ATT-GG-TTCA-TT-----------------------------------TATTAGTTCAT------GAA-A-T-ACAAAAAGtacat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                         NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T-GT--G-TT------A--ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-G---TAT-AAT---CTCTAAAAATAAATCAAGCGTATTAACAT--NAAAAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
Reference ( family-7261 )     :                         NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T-GT--G-TT------A--ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-G---TNT-AAT---CTCTAAAAATAAATCAAGCGTATTAACAT--AAAAAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
gi|1                          :                                CCGCGCAAGAGTG---CTGGCT--------GCTCCTAGTAT-T--G-G------------------T------------------T----ATTCACACTGTCATGTACTTGCGT----T----T--------CTG--TGG----TAT------TTTATTGTTTTCCGTTT-CTGCGAGATTG----ATGTGA------CTGT--AT-TTT------TATTAAAAAA--TCTACAATT-AACGACAATGTA--TACTT------A--------ATTGGAGCTA--T--T--G-AT------GATATA---AG-----C----C--T-T-T-G---AAT-TGT---CCTTA----------------ATCAACAT---AAAAAT---GCA--ATA-AACA-T--CATGGTTGT-CAA-TTTATACAGCGTTTGTTA----CGG-GTCCCG-TTCATTTTTA--------TGTGTT--ACTTT-TATCTAT--TTATTTATTCAT-------GAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AAAA-T--CAGAATTGT-TAA-TTTGTACTATATT-GTTT----CGG-GTTTGA-TTTA-TTTCGTTAATTACT---TT--A-----TATCTAT--TTATTGATTCAG-------TAAAT--ACAAAAACGGtattttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
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gi|12                         :                                CCACACAAAA-CA---AGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----TTTCAGACTCTG--CGA----AAT------C--GACCTTTTC-ATTT-CTGCGGGA-TG----AT-TG-----------------TT------TG--AAAGTAATTTCAAATTT-TATG-CAATACGTATACTTAATTAAA-TTCGGG-ATTGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttacaatATCAACAC--AAAA--T---GTA--ATACAAAA-T------GTTGT-CAA-TTCATACTGCGTTTGTTT----CAG-GTTCAG-TCTA-CTTTA--------T---CT--G-----TAACTATgtat
gi|14                         :                            CAAGCCGTGCAAGAGCG---CGGTCT--------ATTC--------A--A-A------------------C------------------TGTACAT------------------GCGT----T----T--------CTG--TAG----AAT------T--AATGATTTT-ATTT-CTGCAGGATTT----ATGTGG------ATGC--AT-TTTTCCCCATA--AAAAAG--TCCAAAATC-AATT-TATTCTA--TACTTC-----A-TTTGGG-ataatattatacctttactcatttctgaaatatttgcctacgttgtggattcactagtaatatt
gi|15                         :                            aAGGCCGCACAAAAGTG---AGAACT--------CTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----T--------CTAAACAG----TAC------C--GGTACATAT-GTGT-CTACAA-ATTA----A----A------ATTTTCAT-TTC------T-------TATTTCCAAAATT-AATG-TAATATG--TACTT-------------G-ATTGAACTTA--T--T--G-TT------
gi|16                         :                             AGGCCACGCAAAAGCAGCCCAGTTTTCATACAGGTTT--------TTGA-A------------------C------------------T----GT------------------GCAT----TCATGT--------CTG--CAG----AAT------C--AATGCATTT-GAAT-CT-CGGAATTT----ATGTGA------ATGTG-AA-TTT------TA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcttaactcttctcatAAAAT---GCA--ATA-AACA-C--T-------T-CAA-TT-GT---GAGT--GTTT----CGG-GTTCAT-GTTA-TTAAA--------T---TT--A---------TATTACTAT--GTTCAT-------GAAAT--ACAACAAGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                  TTC-GTTT-CTGCAGG-TT--------TGA------ATGC--AT-CTT------TA--AAA-TATTTCCAAAATT-AATG-TAATTCG--TACTT------A-TTAGCG--TT---------T-GT--G-T-------------------------------T-G-T-----TAT-AAT---CTCTTGAAATATATCAAGCGTGTTAatttgcattgtttgtggatccaagactttttt
gi|2                          :                          TTCAGGCCGCACAAGAAGG---CGGTCT--------GTAC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AACGTTTTC-GTTT-CTGCGGAATTA----ATGTGAGTGTACATGT--ATCTTT------TA--AAAATATTTCCAAAATC-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTAGGGCATTGACGTTA--TCGT--GCTT------A--ATA---GGCCT--C----C--T-GAT-G---TTT-AAT---TTCTAAAAATAAAACAAGCGTACTAACATAAAAAAAAT---ATATTATA-AACA-T--TAAAGTTGTAAAA-ATTCTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCAG-TTTA-CTTCA--------T---TT--A------ATCTATCACTATTCATTTAC-------GAAATTGATAAAAATGGGTgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tAGTTGT-AAAACGTATACTGCGTTTGTTTAGATCGGAGTTCGA-TATA-TTTCA--------T---TT--ATTACTTATATATCA-TATTCTTTCACAATACTGAAAAT--AC--AAAGGAGTg
gi|21                         :                       aacgtaAGGCTGCACAAGATCG----GGTAT--------GTTT--------T--G-G------------------TGCAGGTTTTAAAACTGTGC----AT------------------GCAC----A----T--------CTT--CAG----AAT------T--AATGTTTTA-ATAT-CT-CTGAATTC----ATGTGA------ATAG--AT-ATT------TA--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AA-TTTGTACTACCTTTGTTT----CGG-GTTCGATTTTA-TTTCA--------T---TTTAA-----CACATATCCCAACTCGTTCAT-------GAAAT--GCAAAAAGG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -ATTGAA-TTA--T--T--G-TT------G--ATATCAAGCTT------------G-A-G---TG----------------GTAAATCAGG-----TAACAT--AAGAA-T---GTA--ATA-AACA-T--AAGAACTGT-CAA-ATGATACAGTGTTTGTTT----AGG-Gatttgttttgtggatttaata
gi|25                         :                            CATGCCGCGCAAGTGCG---CAGTCT--------GTTC--------T--G-A-------------------------------------T----AC------------------GGGT----T----T--------CTgt
gi|3                          :                          tgCAGGCCGTGCAAGA-C----CTGTCT--------GTTC--------T--G-ATACGGGTTTTTAAACTGTT------------------C----AT------------------GCGT----T----T--------TTG--CGGATTTAAT------C--AATGTTTTC-ATTT-CCGTGGGATTG----AT-TGA------A-----------------------------TCC--------ATG-TAATATT--TACCTA-----A-TTGGGG-ATTAAAGTTA--TCGT--A-TT------A--TTA---GGCTT--C----C----G-C-G---TGA-AAT---------AAATAAAT-----ATATTAACCC--CCAAAA------A--ATA-AACA-TAATAGAATTGT-CAA-TTTGTACTG----TGTTT----CTG-GTTCCA-TTTA-TTTCA--------T---TT--G-----Ta
gi|4                          :                                                                                                                         taT------------------GCGTCAA-T----T--------CTT--CGG----AAT------T--AATGATTTT-GTTTACTGCGGGAATG----ATGTGA------ATGA--AT-TTC------TA--AAAGTATGTCCAAA-TT-AATG-CAAAGTC--TACTT------A-T-----------AGTTA--T-GT--T-TG------AT-ATA---AGCCT--T----CAAT-T-T-G---TAT-AAT---CTGTAGAATTAAATCAAGCGTATTAATAT--GATAAAG---GTA--ATG-AACA-T--TAAAGTTTT-TAA-TTTGTACTGCGTTTATTT-----GG-CTTTG---TTA-Ttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|5                          : ctgatacgggttttcaaactcgaccTTCAGGCCGCACAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--GTG------------------T------------------T----AT------------------CAG----------T--------CTA--ACG----AATCATCAGT--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTGTTATACGTGA------ATGT--AG-TTT------T---AAAACATTTCTAAAATC-AATT-TAACTCG--TACTTA-----A-TTTGGA-ATTGAATTTA--T--T--G-TTTATAAAA--ATAATTAGCTT--T----C--TAG-TGG---TAT-AATTTATTTTAA---------AAGTGTAT----------GAAAT---GTA--ATG-GATATT--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACGACGTTTGTTT----CGG-ATTCAG-Tggagttctatctgtttcatattttgatttctaacaatttatttgaaaac
gi|6                          :                             AGGCTGTGCAGGAGCG---CCGTCT--------GTTC--------T--A-A------------------TACTGGTAGTCTAACTCCAC----AT------------------GAGT----T----T--------CTG--CAG----AAT------T--AAT-------GTTT-CTGCAGAAATG----AT-----------------T-TTT------T---------TTTTCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTTG-----A-TTT-GG-ATCAGTGTTA--T-Ga
gi|7                          :                             AGGCCGCGCACGAGCG---CTGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------TATGAGTTTTCAAAG----T----GT------------------GCATGTCTT----T--------CTG--CTG----TAT------T----TTTTTTT-ATTT-CTGCGGGATTC----ATGTGT------ATGC--AT-TTT------CA--AAACAATTTC--AAG--------------G--TACTT------AATTGGGGGATTG---CTA--------G---------A--ATC---AGCTT--CGG--C--T---T-G---TAT-AAT---CTCAAAAAATAAATCAAGCGTAgaattattacctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|8                          :                          taaAGGCAGCGCAAGAGCG---TAGTCT--------TTTCAAACCAGTC--G-G------------------TCTA---------------T----AT------------------ATGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--GGTA------------------ATTG----ATGCGA------ATCT--AT-TCT------AA--AAACTATTTTTAA--TTCAATG-TAATAAG--TACAG------AATTTGGG-ATTGAAATTA--T-TTTGG-AT------A--TTA---A-CTT--TTGAAC--T-G-T-A---TAT-ACT---CTCGAAAcaaattgtcggtttgtactgttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tcataaAAAT---GCA--ATA-AGCA-----ATAGTTGT-CAA-TTTGTACTGTGCTTGTTT----TAA-ATT-GG-TTCA-TT-----------------------------------TATTAGTTCAT-------GAAAT--ACAAAAAGGtacat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTCATTAATTACTTCATATTTATTTATGTATTCATGAAATACAAAAAGATGTCCAGTGTTTTGTTGATTCAAGACTATTTCGTCGGATTTATTCTTGTGATAGTGAGGT
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consensus                     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T-GT--G-TT------A--ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAACAT---AAAAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
Reference ( family-7261 )     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T-GT--G-TT------A--ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAACAT--NAAAAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
gi|1                          :                                     CCGCGCAAGAGTG---CTGGCT--------GCTCCTAGTAT-T--G-G------------------T------------------T----ATTCACACTGTCATGTACTTGCGT----T----T--------CTG--TGG----TAT------TTTATTGTTTTCCGTTT-CTGCGAGATTG----ATGTGA------CTGT--AT-TTT------TATTAAAAAA--TCTACAATT-AACGACAATGTA--TACTT------A--------ATTGGAGCTA--T--T--G-AT------GATATA---AG-----C----C--T-T-T-GAATTGT---CCTTA-------------------ATCAACAT---AAAAAT---GCA--ATA-AACA-T--CATGGTTGT-CAA-TTTATACAGCGTTTGTTA----CGG-GTCCCG-TTCATTTTTA--------TGTGTT--ACTTT-TATCTAT--TTATTTATTCAT-------GAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AAAA-T--CAGAATTGT-TAA-TTTGTACTATATT-GTTT----CGG-GTTTGA-TTTA-TTTCGTTAATTACT---TT--A-----TATCTAT--TTATTGATTCAG-------TAAAT--ACAAAAACGGtattttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        TTCCAAAAT-----G-TAATATG--TACTT------AATTTGAG-ATTGAAGTCACAT-GT--A-TT------A--CTG---AGATTAGC----C--T-G-T-G---AGT----TGTGAATACAGTAAATCA-TCGTAT---CAT--TAAAAATTGTGTA--ATA-AACA-G--TAGCGTTGT---------TACTGCCTTTCTTT----TGG-GTTCAG-TTTA-TTTCA--------T---ctttcagtgttttgtggattgaagacaattttgatgattcaaactggtatggtagtcaagtggtc
gi|12                         :                                     CCACACAAAA-CA---AGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----TTTCAGACTCTG--CGA----AAT------C--GACCTTTTC-ATTT-CTGCGGGA-TG----AT-TG-----------------TT------TG--AAAGTAATTTCAAATTT-TATG-CAATACGTATACTTAATTAAA-TTCGGG-ATTGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttacaatATCAACAC----AAAAT---GTA--ATACAAAA-T------GTTGT-CAA-TTCATACTGCGTTTGTTT----CAG-GTTCAG-TCTA-CTTTA--------T---CT--G-----TAACTATgtat
gi|14                         :                                 CAAGCCGTGCAAGAGCG---CGGTCT--------ATTC--------A--A-A------------------C------------------TGTACAT------------------GCGT----T----T--------CTG--TAG----AAT------T--AATGATTTT-ATTT-CTGCAGGATTT----ATGTGG------ATGC--AT-TTTTCCCCATA--AAAAAG--TCCAAAATC-AATT-TATTCTA--TACTTC-----A-TTTGGG-ataatattatacctttactcatttctgaaatatttgcctacgttgtggattcactagtaatatt
gi|15                         :                                 aAGGCCGCACAAAAGTG---AGAACT--------CTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----T--------CTAAACAG----TAC------C--GGTACATAT-GTGT-CTACAA-ATTA----A----A------ATTTTCAT-TTC------T-------TATTTCCAAAATT-AATG-TAATATG--TACTT-------------G-ATTGAACTTA--T--T--G-TT------
gi|16                         :                                  AGGCCACGCAAAAGCAGCCCAGTTTTCATACAGGTTT--------TTGA-A------------------C------------------T----GT------------------GCAT----TCATGT--------CTG--CAG----AAT------C--AATGCATTT-GAAT-CT-CGGAATTT----ATGTGA------ATGTG-AA-TTT------TA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tcttaactcttctcatAAAAT---GCA--ATA-AACA-C--T-------T-CAA-TT-GT---GAGT--GTTT----CGG-GTTCAT-GTTA-TTAAA--------T---TT--A---------TATTACTAT--GTTCAT-------GAAAT--ACAACAAGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                       TTC-GTTT-CTGCAGG-TT--------TGA------ATGC--AT-CTT------TA--AAA-TATTTCCAAAATT-AATG-TAATTCG--TACTT------A-TTAGCG--TT---------T-GT--G-T-------------------------------T-G-T--TATAAT---CTCTTGA---AATATATCAAGCGTGTTAatttgcattgtttgtggatccaagactttttt
gi|2                          :                               TTCAGGCCGCACAAGAAGG---CGGTCT--------GTAC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AACGTTTTC-GTTT-CTGCGGAATTA----ATGTGAGTGTACATGT--ATCTTT------TA--AAAATATTTCCAAAATC-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTAGGGCATTGACGTTA--TCGT--GCTT------A--ATA---GGCCT--C----C--T-GAT-GTTTAAT---TTCTAAA---AATAAAACAAGCGTACTAACATAAAAAAAAT---ATATTATA-AACA-T--TAAAGTTGTAAAA-ATTCTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCAG-TTTA-CTTCA--------T---TT--A------ATCTATCACTATTCATTTAC-------GAAATTGATAAAAATGGGTgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tAGTTGT-AAAACGTATACTGCGTTTGTTTAGATCGGAGTTCGA-TATA-TTTCA--------T---TT--ATTACTTATATATCA-TATTCTTTCACAATACTGAAAAT--AC--AAAGGAGTg
gi|21                         :                            aacgtaAGGCTGCACAAGATCG----GGTAT--------GTTT--------T--G-G------------------TGCAGGTTTTAAAACTGTGC----AT------------------GCAC----A----T--------CTT--CAG----AAT------T--AATGTTTTA-ATAT-CT-CTGAATTC----ATGTGA------ATAG--AT-ATT------TA--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA-TTTGTACTACCTTTGTTT----CGG-GTTCGATTTTA-TTTCA--------T---TTTAA-----CACATATCCCAACTCGTTCAT-------GAAAT--GCAAAAAGG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAAATCAGG-----TAACAT---AAGAAT---GTA--ATA-AACA-T--AAGAACTGT-CAA-ATGATACAGTGTTTGTTT----AGG-Gatttgttttgtggatttaata
gi|25                         : attgaattattgttgatatcaagcttgagtggCATGCCGCGCAAGTGCG---CAGTCT--------GTTC--------T--G-A-------------------------------------T----AC------------------GGGT----T----T--------CTgt
gi|3                          :                               tgCAGGCCGTGCAAGA-C----CTGTCT--------GTTC--------T--G-ATACGGGTTTTTAAACTGTT------------------C----AT------------------GCGT----T----T--------TTG--CGGATTTAAT------C--AATGTTTTC-ATTT-CCGTGGGATTG----AT-TGA------A-----------------------------TCC--------ATG-TAATATT--TACCTA-----A-TTGGGG-ATTAAAGTTA--TCGT--A-TT------A--TTA---GGCTT--C----C----G-C-GTGAAAT---------A---AATAAAT-----ATATTAACCC--CCAAAA------A--ATA-AACA-TAATAGAATTGT-CAA-TTTGTACTG----TGTTT----CTG-GTTCCA-TTTA-TTTCA--------T---TT--G-----Ta
gi|4                          :                                                                                                                              taT------------------GCGTCAA-T----T--------CTT--CGG----AAT------T--AATGATTTT-GTTTACTGCGGGAATG----ATGTGA------ATGA--AT-TTC------TA--AAAGTATGTCCAAA-TT-AATG-CAAAGTC--TACTT------A-T-----------AGTTA--T-GT--T-TG------AT-ATA---AGCCT--T----CAAT-T-T-GTATAAT---CTGTAGA---ATTAAATCAAGCGTATTAATAT--GATAAAG---GTA--ATG-AACA-T--TAAAGTTTT-TAA-TTTGTACTGCGTTTATTT-----GG-CTTTG---TTA-Ttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|5                          :      ctgatacgggttttcaaactcgaccTTCAGGCCGCACAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--GTG------------------T------------------T----AT------------------CAG----------T--------CTA--ACG----AATCATCAGT--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTGTTATACGTGA------ATGT--AG-TTT------T---AAAACATTTCTAAAATC-AATT-TAACTCG--TACTTA-----A-TTTGGA-ATTGAATTTA--T--T--G-TTTATAAAA--ATAATTAGCTT--T----C--TAG-TGGTATAATTTATTTTAA------------AAGTGTAT----------GAAAT---GTA--ATG-GATATT--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACGACGTTTGTTT----CGG-ATTCAG-Tggagttctatctgtttcatattttgatttctaacaatttatttgaaaac
gi|6                          :                                  AGGCTGTGCAGGAGCG---CCGTCT--------GTTC--------T--A-A------------------TACTGGTAGTCTAACTCCAC----AT------------------GAGT----T----T--------CTG--CAG----AAT------T--AAT-------GTTT-CTGCAGAAATG----AT-----------------T-TTT------T---------TTTTCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTTG-----A-TTT-GG-ATCAGTGTTA--T-Ga
gi|7                          :                                  AGGCCGCGCACGAGCG---CTGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------TATGAGTTTTCAAAG----T----GT------------------GCATGTCTT----T--------CTG--CTG----TAT------T----TTTTTTT-ATTT-CTGCGGGATTC----ATGTGT------ATGC--AT-TTT------CA--AAACAATTTC--AAG--------------G--TACTT------AATTGGGGGATTG---CTA--------G---------A--ATC---AGCTT--CGG--C--T---T-GTATAAT---CTCAAAA---AATAAATCAAGCGTAgaattattacctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|8                          :                               taaAGGCAGCGCAAGAGCG---TAGTCT--------TTTCAAACCAGTC--G-G------------------TCTA---------------T----AT------------------ATGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--GGTA------------------ATTG----ATGCGA------ATCT--AT-TCT------AA--AAACTATTTTTAA--TTCAATG-TAATAAG--TACAG------AATTTGGG-ATTGAAATTA--T-TTTGG-AT------A--TTA---A-CTT--TTGAAC--T-G-T-ATATACT---CTCGAAA---caaattgtcggtttgtactgttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcataaAAAT---GCA--ATA-AGCA-----ATAGTTGT-CAA-TTTGTACTGTGCTTGTTT----TAA-ATT-GG-TTCA-TT-----------------------------------TATTAGTTCAT-------GAAAT--ACAAAAAGGtacat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTCATTAATTACTTCATATTTATTTATGTATTCATGAAATACAAAAAGATGTCCAGTGTTTTGTTGATTCAAGACTATTTCGTCGGATTTATTCTTGTGATAGTGAGGT
Unaligned ( gi|24 ): TATTACAGGGCCTCGCAAGGCCGCAGTCTGTCCTGATATAGGTTTTCAAACTGCACGTGCATGTAAGCTTT
Unaligned ( gi|26 ): CAGTGTTTTATAGATTCAAGATTCACACAAGTCAACTAGTA






Alignments
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Reference ( family-7261 )     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T--GT--G-TT------A-ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAA--CAT---AA-AAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
gi|1                          :                                     CCGCGCAAGAGTG---CTGGCT--------GCTCCTAGTAT-T--G-G------------------T------------------T----ATTCACACTGTCATGTACTTGCGT----T----T--------CTG--TGG----TAT------TTTATTGTTTTCCGTTT-CTGCGAGATTG----ATGTGA------CTGT--AT-TTT------TATTAAAAAATCTACAA--TT-AACGACAATGTA--TACTT------A--------ATTGGAGCTA--TTGAT--G-AT------A--TA---AGC---------C--T-T-T-GAATTGT---CCTTAA-------------------TCAA--CAT---AA-AAAT---GCA--ATA-AACA-T--CATGGTTGT-CAA-TTTATACAGCGTTTGTTA----CGG-GTCCCG-TTCATTTTTA--------TGTGTT--ACTTT-TATCTAT--TTATTTATTCAT-------GAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -AAAA-T--CAGAATTGT-TAA-TTTGTACTATATT-GTTT----CGG-GTTTGA-TTTA-TTTCGTTAATTACT---TT--A-----TATCTAT--TTATTGATTCAG-------TAAAT--ACAAAAACGGtattttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
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gi|12                         :                                     CCACACAAAA-CA---AGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----TTTCAGACTCTG--CGA----AAT------C--GACCTTTTC-ATTT-CTGCGGGA-TG----AT-TG-----------------TT------TG--AAAGTAATTTCAAATTT-TATG-CAATACGTATACTTAATTAAA-TTCGGG-ATTGA
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gi|15                         :                                 aAGGCCGCACAAAAGTG---AGAACT--------CTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----T--------CTAAACAG----TAC------C--GGTACATAT-GTGT-CTACAA-ATTA----A----A------ATTTTCAT-TTC------T-------TATTTCCAAAATT-AATG-TAATATG--TACTT-------------G-ATTGAACTTA--T---T--G-TT------
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gi|2                          :                               TTCAGGCCGCACAAGAAGG---CGGTCT--------GTAC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AACGTTTTC-GTTT-CTGCGGAATTA----ATGTGAGTGTACATGT--ATCTTT------TA--AAAATATTTCCAAAATC-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTAGGGCATTGACGTTA--TC-GT--GCTT------A-ATA---GGCCT--C----C--T-GAT-GTTTAAT---TTCTAAA---AATAAAACAAGCGTACTAA--CATAAAAA-AAAT---ATATTATA-AACA-T--TAAAGTTGTAAAA-ATTCTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCAG-TTTA-CTTCA--------T---TT--A------ATCTATCACTATTCATTTAC-------GAAATTGATAAAAATGGGTgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tAGTTGT-AAAACGTATACTGCGTTTGTTTAGATCGGAGTTCGA-TATA-TTTCA--------T---TT--ATTACTTATATATCA-TATTCTTTCACAATACTGAAAAT--AC--AAAGGAGTg
gi|21                         :                            aacgtaAGGCTGCACAAGATCG----GGTAT--------GTTT--------T--G-G------------------TGCAGGTTTTAAAACTGTGC----AT------------------GCAC----A----T--------CTT--CAG----AAT------T--AATGTTTTA-ATAT-CT-CTGAATTC----ATGTGA------ATAG--AT-ATT------TA--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-TTTGTACTACCTTTGTTT----CGG-GTTCGATTTTA-TTTCA--------T---TTTAA-----CACATATCCCAACTCGTTCAT-------GAAAT--GCAAAAAGG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAAATCAGG-----TAA--CAT---AA-GAAT---GTA--ATA-AACA-T--AAGAACTGT-CAA-ATGATACAGTGTTTGTTT----AGG-Gatttgttttgtggatttaata
gi|25                         : attgaattattgttgatatcaagcttgagtggCATGCCGCGCAAGTGCG---CAGTCT--------GTTC--------T--G-A-------------------------------------T----AC------------------GGGT----T----T--------CTgt
gi|3                          :                               tgCAGGCCGTGCAAGA-C----CTGTCT--------GTTC--------T--G-ATACGGGTTTTTAAACTGTT------------------C----AT------------------GCGT----T----T--------TTG--CGGATTTAAT------C--AATGTTTTC-ATTT-CCGTGGGATTG----AT-TGA------A-----------------------------TCC--------ATG-TAATATT--TACCTA-----A-TTGGGG-ATTAAAGTTA--TC-GT--A-TT------A-TTA---GGCTT--C----C----G-C-GTGAAAT---------A---AATAAAT-----ATATTAACCCCC---AA-AA-------A--ATA-AACA-TAATAGAATTGT-CAA-TTTGTACTG----TGTTT----CTG-GTTCCA-TTTA-TTTCA--------T---TT--G-----Ta
gi|4                          :                                                                                                                              taT------------------GCGTCAA-T----T--------CTT--CGG----AAT------T--AATGATTTT-GTTTACTGCGGGAATG----ATGTGA------ATGA--AT-TTC------TA--AAAGTATGTCCAAA-TT-AATG-CAAAGTC--TACTT------A-T-----------AGTTA--T--GT--T-TG------ATATA---AGCCT--T----CAAT-T-T-GTATAAT---CTGTAGA---ATTAAATCAAGCGTATTAA--TAT---GATAAAG---GTA--ATG-AACA-T--TAAAGTTTT-TAA-TTTGTACTGCGTTTATTT-----GG-CTTTG---TTA-Ttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|5                          :      ctgatacgggttttcaaactcgaccTTCAGGCCGCACAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--GTG------------------T------------------T----AT------------------CAG----------T--------CTA--ACG----AATCATCAGT--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTGTTATACGTGA------ATGT--AG-TTT------T---AAAACATTTCTAAAATC-AATT-TAACTCG--TACTTA-----A-TTTGGA-ATTGAATTTA--T---T--G-TTTATAAAA-ATAATTAGCTT--T----C--TAG-TGGTATAATTTATTTTAA------------AAGTGTAT------------G-AAAT---GTA--ATG-GATATT--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACGACGTTTGTTT----CGG-ATTCAG-Tggagttctatctgtttcatattttgatttctaacaatttatttgaaaac
gi|6                          :                                  AGGCTGTGCAGGAGCG---CCGTCT--------GTTC--------T--A-A------------------TACTGGTAGTCTAACTCCAC----AT------------------GAGT----T----T--------CTG--CAG----AAT------T--AAT-------GTTT-CTGCAGAAATG----AT-----------------T-TTT------T---------TTTTCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTTG-----A-TTT-GG-ATCAGTGTTA--T--Ga
gi|7                          :                                  AGGCCGCGCACGAGCG---CTGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------TATGAGTTTTCAAAG----T----GT------------------GCATGTCTT----T--------CTG--CTG----TAT------T----TTTTTTT-ATTT-CTGCGGGATTC----ATGTGT------ATGC--AT-TTT------CA--AAACAATTTC--AAG--------------G--TACTT------AATTGGGGGATTG---CTA---------G---------A-ATC---AGCTT--CGG--C--T---T-GTATAAT---CTCAAAA---AATAAATCAAGCGTAgaattattacctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|8                          :                               taaAGGCAGCGCAAGAGCG---TAGTCT--------TTTCAAACCAGTC--G-G------------------TCTA---------------T----AT------------------ATGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--GGTA------------------ATTG----ATGCGA------ATCT--AT-TCT------AA--AAACTATTTTTAA--TTCAATG-TAATAAG--TACAG------AATTTGGG-ATTGAAATTA--T--TTTGG-AT------A-TTA---A-CTT--TTGAAC--T-G-T-ATATACT---CTCGAAA---caaattgtcggtttgtactgttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcataa-AAAT---GCA--ATA-AGCA-----ATAGTTGT-CAA-TTTGTACTGTGCTTGTTT----TAA-ATT-GG-TTCA-TT-----------------------------------TATTAGTTCAT-------GAAAT--ACAAAAAGGtacat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTCATTAATTACTTCATATTTATTTATGTATTCATGAAATACAAAAAGATGTCCAGTGTTTTGTTGATTCAAGACTATTTCGTCGGATTTATTCTTGTGATAGTGAGGT
Unaligned ( gi|24 ): TATTACAGGGCCTCGCAAGGCCGCAGTCTGTCCTGATATAGGTTTTCAAACTGCACGTGCATGTAAGCTTT
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consensus                     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T--GT--G-TT------A-ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAA--CAT---AA-AAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
Reference ( family-7261 )     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T--GT--G-TT------A-ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAA--CAT---AA-AAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
gi|1                          :                                     CCGCGCAAGAGTG---CTGGCT--------GCTCCTAGTAT-T--G-G------------------T------------------T----ATTCACACTGTCATGTACTTGCGT----T----T--------CTG--TGG----TAT------TTTATTGTTTTCCGTTT-CTGCGAGATTG----ATGTGA------CTGT--AT-TTT------TATTAAAAAATCTACAA--TT-AACGACAATGTA--TACTT------A--------ATTGGAGCTA--TTGAT--G-AT------A--TA---AGC---------C--T-T-T-GAATTGT---CCTTAA-------------------TCAA--CAT---AA-AAAT---GCA--ATA-AACA-T--CATGGTTGT-CAA-TTTATACAGCGTTTGTTA----CGG-GTCCCG-TTCATTTTTA--------TGTGTT--ACTTT-TATCTAT--TTATTTATTCAT-------GAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -AAAA-T--CAGAATTGT-TAA-TTTGTACTATATT-GTTT----CGG-GTTTGA-TTTA-TTTCGTTAATTACT---TT--A-----TATCTAT--TTATTGATTCAG-------TAAAT--ACAAAAACGGtattttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        TTCCAAAAT-----G-TAATATG--TACTT------AATTTGAG-ATTGAAGTCACAT--GT--A-TT------A-CTG---AGATTAGC----C--T-G-T-G---AGT----TGTGAATACAGTAAATCA-TCGTAT-----CATT--AA-AAATTGTGTA--ATA-AACA-G--TAGCGTTGT---------TACTGCCTTTCTTT----TGG-GTTCAG-TTTA-TTTCA--------T---ctttcagtgttttgtggattgaagacaattttgatgattcaaactggtatggtagtcaagtggtc
gi|12                         :                                     CCACACAAAA-CA---AGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----TTTCAGACTCTG--CGA----AAT------C--GACCTTTTC-ATTT-CTGCGGGA-TG----AT-TG-----------------TT------TG--AAAGTAATTTCAAATTT-TATG-CAATACGTATACTTAATTAAA-TTCGGG-ATTGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttacaatATCAA--CAC---AA-AA-T---GTA--ATACAAAA-T------GTTGT-CAA-TTCATACTGCGTTTGTTT----CAG-GTTCAG-TCTA-CTTTA--------T---CT--G-----TAACTATgtat
gi|14                         :                                 CAAGCCGTGCAAGAGCG---CGGTCT--------ATTC--------A--A-A------------------C------------------TGTACAT------------------GCGT----T----T--------CTG--TAG----AAT------T--AATGATTTT-ATTT-CTGCAGGATTT----ATGTGG------ATGC--AT-TTTTCCCCATA--AAAAAG--TCCAAAATC-AATT-TATTCTA--TACTTC-----A-TTTGGG-ataatattatacctttactcatttctgaaatatttgcctacgttgtggattcactagtaatatt
gi|15                         :                                 aAGGCCGCACAAAAGTG---AGAACT--------CTTC--------T--G-A------------------T-----------------------AC------------------GGGT----T----T--------CTAAACAG----TAC------C--GGTACATAT-GTGT-CTACAA-ATTA----A----A------ATTTTCAT-TTC------T-------TATTTCCAAAATT-AATG-TAATATG--TACTT-------------G-ATTGAACTTA--T---T--G-TT------
gi|16                         :                                  AGGCCACGCAAAAGCAGCCCAGTTTTCATACAGGTTT--------TTGA-A------------------C------------------T----GT------------------GCAT----TCATGT--------CTG--CAG----AAT------C--AATGCATTT-GAAT-CT-CGGAATTT----ATGTGA------ATGTG-AA-TTT------TA--A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcttaactcttctcatA-AAAT---GCA--ATA-AACA-C--T-------T-CAA-TT-GT---GAGT--GTTT----CGG-GTTCAT-GTTA-TTAAA--------T---TT--A---------TATTACTAT--GTTCAT-------GAAAT--ACAACAAGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                       TTC-GTTT-CTGCAGG-TT--------TGA------ATGC--AT-CTT------TA--AAA-TATTTCCAAAATT-AATG-TAATTCG--TACTT------A-TTAGCG--TT---------T--GT--G-T------------------------------T-G-T--TATAAT---CTCTTGA---AATATATCAAGCGTGTTAatttgcattgtttgtggatccaagactttttt
gi|2                          :                               TTCAGGCCGCACAAGAAGG---CGGTCT--------GTAC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AACGTTTTC-GTTT-CTGCGGAATTA----ATGTGAGTGTACATGT--ATCTTT------TA--AAAATATTTCCAAAATC-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTAGGGCATTGACGTTA--TC-GT--GCTT------A-ATA---GGCCT--C----C--T-GAT-GTTTAAT---TTCTAAA---AATAAAACAAGCGTACTAA--CATAAAAA-AAAT---ATATTATA-AACA-T--TAAAGTTGTAAAA-ATTCTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCAG-TTTA-CTTCA--------T---TT--A------ATCTATCACTATTCATTTAC-------GAAATTGATAAAAATGGGTgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tAGTTGT-AAAACGTATACTGCGTTTGTTTAGATCGGAGTTCGA-TATA-TTTCA--------T---TT--ATTACTTATATATCA-TATTCTTTCACAATACTGAAAAT--AC--AAAGGAGTg
gi|21                         :                            aacgtaAGGCTGCACAAGATCG----GGTAT--------GTTT--------T--G-G------------------TGCAGGTTTTAAAACTGTGC----AT------------------GCAC----A----T--------CTT--CAG----AAT------T--AATGTTTTA-ATAT-CT-CTGAATTC----ATGTGA------ATAG--AT-ATT------TA--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA-TTTGTACTACCTTTGTTT----CGG-GTTCGATTTTA-TTTCA--------T---TTTAA-----CACATATCCCAACTCGTTCAT-------GAAAT--GCAAAAAGG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAAATCAGG-----TAA--CAT---AA-GAAT---GTA--ATA-AACA-T--AAGAACTGT-CAA-ATGATACAGTGTTTGTTT----AGG-Gatttgttttgtggatttaata
gi|25                         : attgaattattgttgatatcaagcttgagtggCATGCCGCGCAAGTGCG---CAGTCT--------GTTC--------T--G-A-------------------------------------T----AC------------------GGGT----T----T--------CTgt
gi|3                          :                               tgCAGGCCGTGCAAGA-C----CTGTCT--------GTTC--------T--G-ATACGGGTTTTTAAACTGTT------------------C----AT------------------GCGT----T----T--------TTG--CGGATTTAAT------C--AATGTTTTC-ATTT-CCGTGGGATTG----AT-TGA------A-----------------------------TCC--------ATG-TAATATT--TACCTA-----A-TTGGGG-ATTAAAGTTA--TC-GT--A-TT------A-TTA---GGCTT--C----C----G-C-GTGAAAT---------A---AATAAAT-----ATATTAACCCCC---AA-AA-------A--ATA-AACA-TAATAGAATTGT-CAA-TTTGTACTG----TGTTT----CTG-GTTCCA-TTTA-TTTCA--------T---TT--G-----Ta
gi|4                          :                                                                                                                              taT------------------GCGTCAA-T----T--------CTT--CGG----AAT------T--AATGATTTT-GTTTACTGCGGGAATG----ATGTGA------ATGA--AT-TTC------TA--AAAGTATGTCCAAA-TT-AATG-CAAAGTC--TACTT------A-T-----------AGTTA--T--GT--T-TG------ATATA---AGCCT--T----CAAT-T-T-GTATAAT---CTGTAGA---ATTAAATCAAGCGTATTAA--TAT---GATAAAG---GTA--ATG-AACA-T--TAAAGTTTT-TAA-TTTGTACTGCGTTTATTT-----GG-CTTTG---TTA-Ttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|5                          :      ctgatacgggttttcaaactcgaccTTCAGGCCGCACAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--GTG------------------T------------------T----AT------------------CAG----------T--------CTA--ACG----AATCATCAGT--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTGTTATACGTGA------ATGT--AG-TTT------T---AAAACATTTCTAAAATC-AATT-TAACTCG--TACTTA-----A-TTTGGA-ATTGAATTTA--T---T--G-TTTATAAAA-ATAATTAGCTT--T----C--TAG-TGGTATAATTTATTTTAA------------AAGTGTAT------------G-AAAT---GTA--ATG-GATATT--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACGACGTTTGTTT----CGG-ATTCAG-Tggagttctatctgtttcatattttgatttctaacaatttatttgaaaac
gi|6                          :                                  AGGCTGTGCAGGAGCG---CCGTCT--------GTTC--------T--A-A------------------TACTGGTAGTCTAACTCCAC----AT------------------GAGT----T----T--------CTG--CAG----AAT------T--AAT-------GTTT-CTGCAGAAATG----AT-----------------T-TTT------T---------TTTTCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTTG-----A-TTT-GG-ATCAGTGTTA--T--Ga
gi|7                          :                                  AGGCCGCGCACGAGCG---CTGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------TATGAGTTTTCAAAG----T----GT------------------GCATGTCTT----T--------CTG--CTG----TAT------T----TTTTTTT-ATTT-CTGCGGGATTC----ATGTGT------ATGC--AT-TTT------CA--AAACAATTTC--AAG--------------G--TACTT------AATTGGGGGATTG---CTA---------G---------A-ATC---AGCTT--CGG--C--T---T-GTATAAT---CTCAAAA---AATAAATCAAGCGTAgaattattacctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|8                          :                               taaAGGCAGCGCAAGAGCG---TAGTCT--------TTTCAAACCAGTC--G-G------------------TCTA---------------T----AT------------------ATGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--GGTA------------------ATTG----ATGCGA------ATCT--AT-TCT------AA--AAACTATTTTTAA--TTCAATG-TAATAAG--TACAG------AATTTGGG-ATTGAAATTA--T--TTTGG-AT------A-TTA---A-CTT--TTGAAC--T-G-T-ATATACT---CTCGAAA---caaattgtcggtttgtactgttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcataa-AAAT---GCA--ATA-AGCA-----ATAGTTGT-CAA-TTTGTACTGTGCTTGTTT----TAA-ATT-GG-TTCA-TT-----------------------------------TATTAGTTCAT-------GAAAT--ACAAAAAGGtacat


blockSeqs                     :                                                  GCCCA    TCATACAG    TGGTGCAGGTTTTAAAACTGTGCAT                                                       TTTTCAGACT           AA   ATTT   CATCAG .    CT   C     A          GTTAT  G   GTGTACATGT    C   TCCCCATAAAAAA          ATTT     .    AT TA     AATTAAA   T   C    AAG   TTGTTTATAAAAATAATTAGCTTTCTAG                   G       TGTGAATAC     G     C AGC    C  CC   AAA  T    TGT   TT   C    TAAT  G      AA  A                  AGAT   A    GAT    .     TTAATTACTTTATATCTATT                GA    CAATACTG     TG
blockSeqs                     :                                                  AG       .           TGATACGGGTTTTTAAACTGTTCAT                                                       TCATGT               .    .      .      .    GA   T     .          G      G   ATTTTC        .   TGAAAGT                AATC     .    AC .      AA        C   G    AAC   TTTTGGATATTAACTTTTGAACTG                       .       TTATTTTAA     A     C AGC    T  .    T    .    .     .    .    TTT   G      T   .                  .      .    GA     .     TTTATTACTTATATATCA                  CA    G            . 
blockSeqs                     :                                                  CG       .           TAATACTGGTAGTCTAACTCCACAT                                                       GTCTTT               .    .      .      .    AC   T     .          T      G   ATGTG         .   TAAAAAT                AATT     .    CT .      CA        T   .    ACG   CATGTATTACTGAGATTAGCCTG                        .       CTCTTGA       A     C AGC    T  .    .    .    .     .    .    TC    A      C   .                  .      .    AG     .     TTTTAACACATATCCC                    CT    T            . 
blockSeqs                     :                                                  AG       .           TGATATGAGTTTTCAAAGTGT                                                           CAATT                .    .      .      .    GC   T     .          A      G   ATGC          .   TAAAAGT                AATT     .    AT .      AA        A   .    AAG   TCGTGCTTAATAGGCCTCCTGA                         .       TTCTAAA       A     C AGT    T  .    .    .    .     .    .    GT    G      C   .                  .      .    AG     .     TTTAATCTATCAC                       CG    C            . 
blockSeqs                     :                                                  CG       .           AAACCAGTCGGTCTATAT                                                              TT                   .    .      .      .    GT   C     .          T      G   ATGC          .   CAAAACA                AATC     .    TC .      AA        A   .    AAT   TGTTTGATATAAGCCTTCAATT                         .       CTGTAGA       T     C AGC    T  .    .    .    .     .    .    CT    G      A   .                  .      .    AT     .     TTTATATTAC                          AG    T            . 
blockSeqs                     :                                                  CA       .           AAACTGTACAT                                                                     TT                   .    .      .      .    GT   C     .          A      G   ATAG          .   AAAAACT                AATC     .    AC .      GA        G   .    GTG   TCGTATTATTAGGCTTCCG                            .       CTCAAAA       A     C TC     T  .    .    .    .     .    .    TT    A      C   .                  .      .    AG     .     .                                   G     T              
blockSeqs                     :                                                  CT       .           TTGAACTGT                                                                       TT                   .    .      .      .    GT   A     .          C      G   ATGA          .   TAAAAT                 AATT     .    AT .      AA        T   .    AAA   GAATCAGCTTCGGCT                                .       CTCGAAA       .     . GG     .  .    .    .    .     .    .    TA    G      C   .                  .      .    GA     .                                                              
blockSeqs                     :                                                  CG       .           TGTGTTAT                                                                        AT                   .    .      .      .    GA   C     .          G      G   ATGT          .   TAAAAC                 AAT      .    GT .      AA        T   .    AG    TGTGTTG                                        .       A                   . .      .            .    .     .    .    TT    T      T   .                  .      .    CA     .                                                              
blockSeqs                     :                                                  CC       .           TGATTAT                                                                         TT                   .    .      .      .    GT   T     .          G      .   ATGC          .   TT                     ATT      .    TC .      A         G   .    .                                                                                                      .    .     .    .    T     .      C   .                  .      .    AG     .                                                              
blockSeqs                     :                                                  CT       .           TGATAC                                                                          TT                   .    .      .      .    TT   C     .          G      .   ATCT          .   T                      TTC      .    AC .      A         T   .    .                                                                                                                      .    .     .      C   .                  .      .    GG     .                                                              
blockSeqs                     :                                                  TA       .           TGATAC                                                                          TT                   .    .      .      .    A    T     .          C      .   A             .   .                      AG       .    AA .      A         .   .                                                                                                                                             .   .                  .      .    G                                                                     
blockSeqs                     :                                                  G        .           TGATAC                                                                          TT                   .    .      .      .    .    .     .          G      .   .             .                          .        .    .  .      .         .   .                                                                                                                                                 .                  .      .                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                       T                                                 .     .          .      .   .             .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                               **        C*                                            TAAAAT*********        AATC*                   AA******                 TTGTGTTATTAAGCTTCCG***************************         CTCTAAA******         AGC                                                                                                   TTTATATCTATCAC******************
originalCons                  :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTT------TA--AAAATATTTCCAAAATT-AATG-TAATACG--TACTT------A-TTNGGG-ATTGAAGTTA--T--GT--G-TT------A-ATA---AGCTT--C----C--T-G-T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAA--CAT---AA-AAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
finalCons                     :                              NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-A------------------T------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGG----AAT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--AT-TTTTAAAAT---------ATTTCCAAAATC-AATG-TAATACG--TACTTAA------TTNGGG-ATTGAAGTTATTGTGTTATTAAGCTTCCG---------------------------T-GTATAATCTCTAAA------AATAAATCAAGCGTATTAA--CAT---AA-AAAT---GTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCATTTATATCTATCAC------------------TATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTCATTAATTACTTCATATTTATTTATGTATTCATGAAATACAAAAAGATGTCCAGTGTTTTGTTGATTCAAGACTATTTCGTCGGATTTATTCTTGTGATAGTGAGGT
Unaligned ( gi|24 ): TATTACAGGGCCTCGCAAGGCCGCAGTCTGTCCTGATATAGGTTTTCAAACTGCACGTGCATGTAAGCTTT
Unaligned ( gi|26 ): CAGTGTTTTATAGATTCAAGATTCACACAAGTCAACTAGTA






Alignments
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lowQualScore                  :                                          .  .....    ........    .......................................................... .  ..................   ..    ....  ...... ..    .   ..    .  .       .....  .   ......  ....     ..................         . .    .    .. ..     ......   .. . .   ....    .. .......   ..........     ................................... .  .  ..  .    .  ..  .....  .  ....    ..   .    ..... .      ..  .                  ....   .    ...    .     ................................    ..    ........     ..            
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Reference ( family-7261 )     :                         NTTCAGGCCGCGCAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--G-AT------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGGA----AT------T--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTG----ATGTGA------ATGT--ATTTT------T--A---AAA-TATTTCCAAAATCAATG-TAATACG--TACTT-----AATT-NGGG-ATTGAAGTTAT-TG-T-G-T-TAT-----TA---AGCTT---C--C--G---T-GTATAAT---CTCTAAA---AATAAATCAAGCGTATTAA--CA-T---AA-AAA---TGTA--ATA-AACA-T--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCGG-TTTA-TTTCA--------T---TT--A-----TATCTATCACTATTCGTTCAC-------GAAAT--ACAAAAAGGGGT
gi|1                          :                                CCGCGCAAGAGTG---CTGGCT--------GCTCCTAGTAT-T--G-GT------------------T----ATTCACACTGTCATGTACTTGCGT----T----T--------CTG--TGGT----AT------TTTATTGTTTTCCGTTT-CTGCGAGATTG----ATGTGA------CTGT--ATTTT------T--ATTAAAA-AATCTACAA--TTAACGACAATGTA--TACTT-----AATT-GG--------AGCTAT-TGAT-G-A-TAT------A---AGCCT---T---------T-GAATTGT---CCTTAA-------------------TCAA--CA-T---AA-AAA---TGCA--ATA-AACA-T--CATGGTTGT-CAA-TTTATACAGCGTTTGTTA----CGG-GTCCCG-TTCATTTTTA--------TGTGTT--ACTTT-TATCTAT--TTATTTATTCAT-------GAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -AAAA-T--CAGAATTGT-TAA-TTTGTACTATATT-GTTT----CGG-GTTTGA-TTTA-TTTCGTTAATTACT---TT--A-----TATCTAT--TTATTGATTCAG-------TAAAT--ACAAAAACGGtattttatggattcaagattatttttgaagattcacacaactgactggtaataagttgaagtggtcttgag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                   TTCCAAAAT----G-TAATATG--TACTT-----AATT-TGAG-ATTGAAGTCACATG-T-A-T-TAC-----TG---AGATTAGCC--T--G---T-G---AGT----TGTGAATACAGTAAATC-ATCGTAT-----CATT---AA-AAATTGTGTA--ATA-AACA-G--TAGCGTTGT---------TACTGCCTTTCTTT----TGG-GTTCAG-TTTA-TTTCA--------T---ctttcagtgttttgtggattgaagacaattttgatgattcaaactggtatggtagtcaagtggtc
gi|12                         :                                CCACACAAAA-CA---AGGTCT--------GTTC--------T--G-AT-----------------------AC------------------GGGT----T----TTTCAGACTCTG--CGAA----AT------C--GACCTTTTC-ATTT-CTGCGGGA-TG----AT-TG---------------TTT------G--A---AAG-TAATTTCAAATTTTATG-CAATACGTATACTTAATTAAATT-CGGG-ATTGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttacaatATCAA--CA-C---AA-AA----TGTA--ATACAAAA-T------GTTGT-CAA-TTCATACTGCGTTTGTTT----CAG-GTTCAG-TCTA-CTTTA--------T---CT--G-----TAACTATgtat
gi|14                         :                            CAAGCCGTGCAAGAGCG---CGGTCT--------ATTC--------A--A-AC------------------TGTACAT------------------GCGT----T----T--------CTG--TAGA----AT------T--AATGATTTT-ATTT-CTGCAGGATTT----ATGTGG------ATGC--ATTTTTCCCCAT--A---AAA--AAGTCCAAAATCAATT-TATTCTA--TACTT-----CATT-TGGG-ataatattatacctttactcatttctgaaatatttgcctacgttgtggattcactagtaatatt
gi|15                         :                            aAGGCCGCACAAAAGTG---AGAACT--------CTTC--------T--G-AT-----------------------AC------------------GGGT----T----T--------CTAAACAGT----AC------C--GGTACATAT-GTGT-CTACAA-ATTA----A----A------ATTTTCATTTC------T----------TATTTCCAAAATTAATG-TAATATG--TACTT-------------G-ATTGAACTTAT-TG-T-
gi|16                         :                             AGGCCACGCAAAAGCAGCCCAGTTTTCATACAGGTTT--------TTGA-AC------------------T----GT------------------GCAT----TCATGT--------CTG--CAGA----AT------C--AATGCATTT-GAAT-CT-CGGAATTT----ATGTGA------ATGTG-AATTT------T--A---At
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcttaactcttctcatA-AAA---TGCA--ATA-AACA-C--T-------T-CAA-TT-GT---GAGT--GTTT----CGG-GTTCAT-GTTA-TTAAA--------T---TT--A---------TATTACTAT--GTTCAT-------GAAAT--ACAACAAGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                TTC-GTTT-CTGCAGG-TT--------TGA------ATGC--ATCTT------T--A---AAA-TATTTCCAAAATTAATG-TAATTCG--TACTT------ATT-AGCG--T--------T-TG-T-G-T-TGT-------------------------------TATAAT---CTCTTGA---AATATATCAAGCGTGTTAatttgcattgtttgtggatccaagactttttt
gi|2                          :                          TTCAGGCCGCACAAGAAGG---CGGTCT--------GTAC--------T--G-AT------------------T----AT------------------GCGT----T----T--------CTG--CGGA----AT------T--AACGTTTTC-GTTT-CTGCGGAATTA----ATGTGAGTGTACATGT--ATCTT------TTAA---AAA-TATTTCCAAAATCAATG-TAATACG--TACTT------ATT-AGGGCATTGACGTTAT-CG-T-GCT-TAA-----TA---GGCCT---C--CTGA---T-GTTTAAT---TTCTAAA---AATAAAACAAGCGTACTAA--CA-TAAAAA-AAA---TATATTATA-AACA-T--TAAAGTTGTAAAA-ATTCTACTGCGTTTGTTT----CGG-GTTCAG-TTTA-CTTCA--------T---TT--A------ATCTATCACTATTCATTTAC-------GAAATTGATAAAAATGGGTgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tAGTTGT-AAAACGTATACTGCGTTTGTTTAGATCGGAGTTCGA-TATA-TTTCA--------T---TT--ATTACTTATATATCA-TATTCTTTCACAATACTGAAAAT--AC--AAAGGAGTg
gi|21                         :                       aacgtaAGGCTGCACAAGATCG----GGTAT--------GTTT--------T--G-GTGCAGGTTTTAAAACTGTGC----AT------------------GCAC----A----T--------CTT--CAGA----AT------T--AATGTTTTA-ATAT-CT-CTGAATTC----ATGTGA------ATAG--ATATT------T--A---
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AA-TTTGTACTACCTTTGTTT----CGG-GTTCGATTTTA-TTTCA--------T---TTTAA-----CACATATCCCAACTCGTTCAT-------GAAAT--GCAAAAAGG
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -ATTGAA-TTAT-TG-TTG-A-TAT-----CA---AGCTT---G--A--G---T-G--------------------GTAAATCAGG-----TAA--CA-T---AA-GAA---TGTA--ATA-AACA-T--AAGAACTGT-CAA-ATGATACAGTGTTTGTTT----AGG-Gatttgttttgtggatttaata
gi|25                         :                            CATGCCGCGCAAGTGCG---CAGTCT--------GTTC--------T--G-A-------------------T----AC------------------GGGT----T----T--------CTgt
gi|3                          :                          tgCAGGCCGTGCAAGA-C----CTGTCT--------GTTC--------T--G-ATACGGGTTTTTAAACTGTTC----AT------------------GCGT----T----T--------TTG--CGGATTTAAT------C--AATGTTTTC-ATTT-CCGTGGGATTG----AT-TGA------AT-------------------------------CCA-------TG-TAATATT--TACCT-----AATT-GGGG-ATTAAAGTTAT-CG-T-A-T-TAT-----TA---GGCTT---C--C--G---C-GTGAAAT---------A---AATAAAT-----ATATTAACCCC-C---AA-AA-------A--ATA-AACA-TAATAGAATTGT-CAA-TTTGTACTG----TGTTT----CTG-GTTCCA-TTTA-TTTCA--------T---TT--G-----Ta
gi|4                          :                                                                                                       taT------------------GCGTCAA-T----T--------CTT--CGGA----AT------T--AATGATTTT-GTTTACTGCGGGAATG----ATGTGA------ATGA--ATTTC------T--A---AAAGTATGTCCAAA-TTAATG-CAAAGTC--TACTT-----A-----------T--AGTTAT--G-T-T-T-GATA----TA---AGCCT---T--C--AATTT-GTATAAT---CTGTAGA---ATTAAATCAAGCGTATTAA--TA-T---GATAAA---GGTA--ATG-AACA-T--TAAAGTTTT-TAA-TTTGTACTGCGTTTATTT-----GG-CTTTG---TTA-Ttactttaattatatttttatttcggttaatctgaattttgtctatttatagttttgatctttga
gi|5                          : ctgatacgggttttcaaactcgaccTTCAGGCCGCACAAGAGCG---CGGTCT--------GTTC--------T--GTGT------------------T----AT------------------CAGT------------------CTA--ACGA----ATCATCAGT--AATGTTTTC-GTTT-CTGCGGGATTGTTATACGTGA------ATGT--AGTTT------T--A---AAA-CATTTCTAAAATCAATT-TAACTCG--TACTT-----AATT-TGGA-ATTGAATTTAT-TG-T---T-TATAAAAATAATTAGCTT---T--CTAG---TGGTATAATTTATTTTAA------------AAGTGTAT-------------G-AAA---TGTA--ATG-GATATT--TAGAGTTGT-CAA-TTTGTACGACGTTTGTTT----CGG-ATTCAG-Tggagttctatctgtttcatattttgatttctaacaatttatttgaaaac
gi|6                          :                             AGGCTGTGCAGGAGCG---CCGTCT--------GTTC--------T--A-ATACTGGTAGTCTAACTCCAC----AT------------------GAGT----T----T--------CTG--CAGA----AT------T--AATGTTT--------CTGCAGAAATG----AT-----------------TTTT------T------------TTTTCAAAATTAATG-TAATACG--TACTT-----GATT-T-GG-ATCAGTGTTAT-GG-A-A-T-TAT-----TA---a
gi|7                          :                             AGGCCGCGCACGAGCG---CTGTCT--------GTTC--------T--G-ATATGAGTTTTCAAAG----T----GT------------------GCATGTCTT----T--------CTG--CTGT----AT------T----TTTTTTT-ATTT-CTGCGGGATTC----ATGTGT------ATGC--ATTTT------C--A---AAA-CAATTTCAAG--------------G--TACTT-----AATTGGGGG-ATT---GCTA---G--------AA-----TC---AGCTT---CGGC--T---T-GTATAAT---CTCAAAA---AATAAATCAAGCGTAcctgccagttaaaaacttagttcgaagatcgtgtttaattcgattgaatttactgaattgatgaaggtagtgcagtatacctgtcaatagaattaacggacatttgtttttcagt
gi|8                          :                          taaAGGCAGCGCAAGAGCG---TAGTCT--------TTTCAAACCAGTC--G-GTCTA---------------T----AT------------------ATGT----T----T--------CTG--CGGA----AT------T--GGTA------------------ATTG----ATGCGA------ATCT--ATTCT------A--A---AAACTATTTTTAAT-TCAATG-TAATAAG--TACAG-----AATT-TGGG-ATTGAAATTAT-TT-T-G-GATAT-----TA---A-CTT---T--T--GAACT-GTATATA---CTCTCGA---AATACATcaaattgtcggtttgtactgttttt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tcataa-AAA---TGCA--ATA-AGCA-----ATAGTTGT-CAA-TTTGTACTGTGCTTGTTT----TAA-ATT-GG-TTCA-TT-----------------------------------TATTAGTTCAT-------GAAAT--ACAAAAAGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTCATTAATTACTTCATATTTATTTATGTATTCATGAAATACAAAAAGATGTCCAGTGTTTTGTTGATTCAAGACTATTTCGTCGGATTTATTCTTGTGATAGTGAGGT
Unaligned ( gi|24 ): TATTACAGGGCCTCGCAAGGCCGCAGTCTGTCCTGATATAGGTTTTCAAACTGCACGTGCATGTAAGCTTT
Unaligned ( gi|26 ): CAGTGTTTTATAGATTCAAGATTCACACAAGTCAACTAGTA