lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555555555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 33333333333333333 1111 2222222222222 111111 44444444 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 11111 1 2222222 11 11111
lowQualScore : 6 5 0 1111111111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777 888888 2 888888 6 2 3333333333333333333333333333333333333333 4 3 1 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 666666666666666666666666666666666666666666666 44444444 7777 2 88888888888888888 2 6 5555 2 1111111111111 2 2 111111 5 88888888 33333 77 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 0 88888 22222 2 3 33 33 555 555 3 7777777 55 1 1 66666 0 3 0 5
lowQualScore : . . . ...................... .......................................... ...... . ...... . . ........................................ . . . . ................................................................... . .. ............................................. ........ .... . ................. . . .... . ............. . . ...... . ........ ..... .. ............................................................. ... . ..... ..... . . .. .. ... ... . ....... .. . . ..... . . . .
lowQualScore : 0 7 7 6666666666666666666666 555555555555555555555555555555555555555555 888888 9 222222 6 9 7777777777777777777777777777777777777777 7 1 0 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 44 666666666666666666666666666666666666666666666 99999999 3333 7 88888888888888888 7 1 1111 7 2222222222222 7 7 111111 2 44444444 00000 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 2 44444 33333 9 7 99 99 666 444 1 3333333 55 8 4 44444 2 1 2 5
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATT----NAATCACATGAT------ATAAACAA--TT---ATTCTCG--TTTCCTT--TCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACA-T------CAGGCTCTT---TTCATA-GCCC------ACC-GGCACTTT-ATA-TGTACATTTTCACCATTT-AGCCGTTT-GNCTCCTATTC-AA----TTTA-AG-TT-T--TTATTG-TATTTTATTACAGCCTTTCT------TACTTTTGAATT-CATGTTTACAT--CAANTC---------TCC---ACCACGTG-----------A--ATGTC---C-TACATTCATACGC--GTAT-TACGA-----A---T-N-----AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAGA-A------CAG-CG-ATTTT-AAA-CGATTTACAG----TNAGCATCAA--TNT--AATTGCA--C--CAAAAGTATTTCATA-------ATA---TAA--CTAAAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGCAT-N--TTAGAAAC---T-TTTACA--AGA--TTTC--TG---T-AANNCAGGNGTTG-ACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( gi|1 ) : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATT----AAATCACATGAT------ATAAACAA--TT---ATTCTTG--TTTCGTT--TCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACA-T------CGGGCTCTT---TATATA-GCTC------ACT-TGCAATTTGATA-TGCACATTTTCACCATTT-AGCCGTTT-TTCTCCTATTC-AAAAACTTTAAAGTTTATCGTTATTGTTATTTTATTACAGCCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-TATGTTTACAT--AAACTC---------TCC---ATTACGTG-----------G--ATGTC---C-TATATTCATACGC--GTAT-TACGA-----A---T-G-----AGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAGA-A------CAG-TA-ATTTT-AAA-CAATTTACAG----TTAACATTAA--CAC--CATTGCA--T--CAAAAGCATTTCATG-------CTA---TAA--CTAAAT------------A------------C----------A---TAAATGATGCAT-T--TTAGAAAT---T-TTGACA--AGA--TTTT--TG---T-AAAACAGGCGTTC-ACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATT----CAATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---------CTAGTA--TCCTTT-----------------------AACAGGTGGC-CA-T------CAGGCTCTT---T-TATA-GCCC------ACT-GACA--CTCATA-TGTACGTATCCACAGTTT-AGCCGTTTAGGCTCTTATTC-AA----TT---------------TTGTTA---TAT-----CCTCTCT------TACCTTTGAATT---------CAT--CAAATC---------TCC---ATT
gi|29 : attctttcaccatcagagggcgcgttacgaaagtTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATT----TAAttaggaaacatacaccctaactt
gi|4 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagtTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATT----TAATTGCAGGAT------ATAAATAG--TT---ACTC-------CCGTT--TCC-------------TTCTGGA------AACTGTTGATACA-T------CAGGCTCTT---TTTATA-GCTC------ACT-GGAACTTTCATA-TACATATGTACA-----T-ATCCATAA-TTTCGCTGTTT-AAA----TTA----TCATATTTATTACAATTTCAT-----CCTTTCT------TACTTTTGAATG-CATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------A--ATGTC---G-CACATTCATATA---GTAT-TACGAATTACA---T-GT----AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAGA-A------C----A-ATTT----A-C--TTTTC------TT---ATCAA--TGT--AATGGCA--C--AAAAAATATTTCATA-------ATA---TAA--CTAAAT------------ATTTAGTCTACGCC----------A---TAAATGGCGCAT-
gi|19 : gCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATT----TCATCACATGAT------ATAAAT-------------TTG--TAT-GTTAATCCCCTT----------TCTCGA------AACAG-TGATACACC------CAGACTCTT---TTTATA-GCCC------ACCAGGCAATCTCATGCTGTACATat
gi|6 : acatgtgcAACACTT-GGAGTCACGTGACAATT----TA-TCACATAAT------ATAAACAA--CC---AATCTCGGGTTTA--T--TCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACA-T------CAGATTTTT---TTCACA-GGTT------AC--TG--------------ACACTTTCACAATTT-AACTGTTT-CGCTTCCAT---------TTTATAGGTT-TCTTCA----TATTT--TTACCGCCTTT------TCTACTTTAGACTC-TATGTTTTTAT--TAAGTA---------TCC-----TACATG------------------------CATACGCATACCG--GTAT-TACGAAGTACA---T-GC----AGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAGA-A------CAT-CG-ATTTT-A------------------CAACATCAA--T------TTGCATTT--CATAGATATTTCGT-------------------CCAAA-------------A------------C----------A---CAAATGATGCA
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------------GT---CAA-------ATCCTGT--TTTCCCT--TCCTTT-AA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACA-T------CAGGCATTT---T-TATA-GTTC--------------------TG-TGTACATATCCACAATTT-AGCCGTTT-ATCTCTTATTC-AACA--TGT----TTTATCA----TG----TTTGTTACATCCTCTCTT---T---CTTCTGAATT-TATGTCTACAT--CAAATT---------TTC---A-CACGTG-----------A--ATATC---G-TTCATCCATACAC--ATTT-TACGAC----A---T-------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAGA-A------CAG-CG-ATTTC-AAA-CAATT
gi|2 : TT-GAAATCACGTGACAATT----AAAC-----------------AGCA---------TTCTCG--TTTTCTT--CCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAA-T------CAGGTTGTC---TTCATA-GACC------ACT-GGCTTTTTGAGA-AGTACATTTCTACCATTT-ATCTGTTT-------TATT--------TTCCAAGTT-----TTATCG-TATTT--TTACAGCCTTTC------AAAC-TTTAAATTCCATGTTTACATC-AAAC-A---------TCC---ACCACTTT-----------A--ATGTCGTACATATATTCATAAGC--GTAT-TTTAA-----AG--TAA-----AGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAAATAAAAACCCAG-CG-ATTTT-GAA-AAATTTACAG----TAAACATGAA--TAT--AATTGCG--T--CAAAGG-ATTTCATA-------AAA---TGA--CTAAAT------------A------------TTTAGTCTAAAA---CAAAAGAAAAA-----TTAAAAAC---T-TTTACA--AGA--TTTC--TG---T-GAAA-AGCCGTTG-ACAG---------TC--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|3 : gt----AAATCA---GAC------ATATACAAGCTTGACATTCTAT--TTTCTTA--TCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAA-T------CAGGCTCTTTTTTAT-TATGCCC------A----GC-------TA-TGGA-ACTTCCAC-ATTA-AGATGTTT-GTC-------------ATGTTA--GTTTCCAGGTA-----GTTTCATAAGCGCCTTTT---------CTTTCGATTC-CAT-TTTACAT--CAACTT---------TCC---ACTACATG-----------A--ATGTC---C-TACATT--------------TACGA-----A--------------------ACTCAGGATCA--GGGA-AA-----CAGGTG-ATTTT-AAAACATTCTACAGAAATTCAATATTTA--GATTGCATAGCA--CACCAAAAGCATTTCATAATGGAATATA---TAGTCCAAAAT------------A------------T----------A----AAATGATGCAT-TGATTAGAAAC---TATTTATA--GGA--TTCC--TA---TCAGAACAGg
gi|10 : caggagaagattgaACGTGAC------AAAAGTAA--TT------CCTG--TTTCCTT--T--TTCT---------TTCAGGC------GACAGGTAATGCA-T------CAGACTTTT---TTCAAA-GGAC------ACT-GGTACTTTGAAA-AGTACATTTTCACCATT-------------------------AAGCTTTAAA-----------TTGC-GTCTTATTCCAGCCTTTCTC----------------T-TAC-TTTACAT--TAAATC---------TCCGCCACCACGTG-----------A--ATGTT---C-TGCATTCATACGC--GTAT-TATGA-----A---G-T-----AAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAGA-G------CAG-CC-ATTTT-AAA-TGATTTACAG----aatcagagggtagtaccatacaatatccctggtagagaa
gi|23 : TAAACAA--TC---GTTCTCC--TTTTCTT--TCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAA-T------CCGGCTATT---TTCAGA-GCCCTAAAGGACA-T---ATTC-ATA-CGCAGACCTTCACCATTT-
gi|5 : T--TCCTTT-GA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACA-T------CAGATTTTT---T--------TC------AC-----AGGTT---A-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGTTT-CGCTTCCATT---------TTATAGGTT-TCTTCAT----ATTTTA---CCGCCTTT------TCTACTTTAGACTCGTATGTTTTTAT--TAAGTA---------TCC-----TACATG-----------C--A-GTA---C--GCATTC-TACCG--GTAT-TACGA-----AGTAC-A-----AGCGTACGAATTCTGGATCAACGAGA-A------CA---------T-----CGATTTACA--------ACATCAA--T------TTGCA--TTTCATAAATATTTAGT-------------------CCAAA-------------A------------C----------A---CAAATGATGCA--------------------AACA--AGA--TTTC--TG---T-AAAA-ACTC-TTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|13 : caatctcgggtttaA----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACA-TGTACATCACGCTCTT---TTTTTA-GCCC------ACC-AGTACTTTGGTA-TGTACATTTTCACCATTA-AGCCGTTT-GCCTCTTATTC-AACAAATT------------TTATTG---------TACA-CTTTTCT------TACTTTTGAATT-CATGCTTACAT--CAA----------------------------------------ATGTC---C-CACATCCATACAC--GTAT-TACGA-----A---T-ta
gi|21 : A----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACA-T------CATGCC--------------CCC------AAT-GGCACTTCGGTA-CGAACATTTTCGTCATTT-ATCCGTTT-GCCTCTTATTCTAAAAGCT-------------TTATTG-TA-TTTGTTACAGCTTTTtattatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACA-A------CAGACTTTC------ATA-ACCC------ACT-GGCACTTTTACA-AGTACATTTTCGCCATTT-AGCTGTTT-GTCTC--ATT-------TTTTACAATTT----TTATCG-TATTTT-TTACAGCCTTCCT------CACTTTTGATAC-CATGTTTACAT--CAAATC---------TCC---ACCA-------------------------------------ACGC--GTAT-TACGA-----A---A-T-----AGT-TCCA-----------------------------------TTT-AAA-CAATTTACAG----CAAGCATCA
gi|31 : CA-T------CAGGCTCTT---TTCATA-GTCC------ACA-GGTACTTTCATA-AATAAATTTTCACTA-TT-AGCTGCTT-
gi|12 : CTTTTGAATT-CATGTTTACAT--CACGTG---------TCC-----TCCATG-----------GTAATGAC---C-TACATTCATATGC--GTAT-TACGA-----A---C-A-----AGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAGA-A------CAG-CA-ATTCT-AAA-CAATTTACAG----TTAGCATCAA--TTT--AAGGGCA--T--CAAAAGTATTTCATA-------ATA---CAA--CCAA--------------A------------C----------A---TAACTGGTGCATATA-TTAGAA-----------------A--CTTT--TG---T-AA---AGAAGTTT-A-----GTA------GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|17 : tttTTTTAGATT-AATGTTTGTAT--CAAATC---------TGC---ACCACCTG-----------G--ATGTC---G-TTCATCCACACAG--ATAT-TGCAA-----A---T-T-----AGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAGA-A-------AG-CA-ATTTTCAAA-AAATTgatttg
gi|8 : ATGTTTACAT--CAAATC---------TCC---ACCACGTGTACACCATGTAA--ATGTC---C-CACATTCATACGC--ATAT-TACAA-----A---T-T-----AGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGAA-A------CAG-AT-ATTGT-GAA-CAATTCACAG----TAGGCACCAA--TTT--AATTGCA--T--CAAATATATTTCATA-------ATA---AAG--CTACAT------------ATTTAGTCTAAACC----------A---TAATTGGTGCGT-A--TTAAAAAC---T-TTTGCA--AGA--T-TT--TG---T-TATTCAGGAGATG-ACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGAaagccgagcataaatttaatcgcac
gi|15 : c--AAATTC----------CC---ACCACGTG-----------A--ATGTC---C-AACATTCATAGGC--GTAT-TA-GG-----A---T-GTGGTTAAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAAA-A------C-T-TACATTTT-AAA-TGACTAA--------TGAC-TT-A--TAT--GACTAAA--T--ATAAA--AT-------------CTA----AA--ATACAT------------G------------T----------A---TAGCTGATGCAT-A--TTAGAAACAGGT-TTTCCA--AAG--CTTT--T
gi|28 : tcACTC----------CT---ACCACGTG-----------A--ATGCC---G-TACATTCATACGCTTGTACATAAGA-----AA--T-T-----AGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAGA-A------CAG-CA-A-TTT-AAA-
gi|11 : gtgCC---ACCACGTG-----------A--ATGTC---G-TCCATTCATGCA---AT-T-TACGA-----A---T-T-----AGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAGA-A------CAG-CG-ATTTT-AAA-CAATTTACAG----TAAGCATCAA--TTT--CATTGCA--C--CGAAAGCATTTCATA-------ATA---TAA--CTTGATATTTAGTCCACAA------------C----------A---TAAATGGTGCAT-A--TTAGAAGG---T-TTTACA--AGG--TTTC--TG---T-AATCTAGGAGTTG-AGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|20 : -----A---T-T-----AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAAA-A------CCG-AA-ATTTT-TAA-CAATTCACAG----TAAGCATCAATTTACTATATTTCA--C--CAAAAGTATTTCATA-------ACA---TAG--CT
gi|16 : tatagtttaatctataaatcttAATTTACAG----TTAACATAAA--TTT--AATTGCA--C--CAAAAGCATTTCATA-------ATAATATAA--CGAGAT------------A------------T----------A---TAG----------T--CTA----T---T-TTTACA--AGA--TTTC--TG---T-AAATC--GCGTTG-ACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|22 : ATTGCA--G--CAAGGCTATTTCATA-------CTA---TAA--TTAAAT------------AACTAGTATAAAAC----------A---TAAACGGTGCAT-A--TTAGAAAC---T-TTTACA--AGA---TTC--TG---T-AATTTAGCCGTTG-ACAGAG
gi|24 : aatatcaattgaATTTCATA-------ATA---AAA--CTAAAT------------ATT----------C----------AGTCTAAATCATAAAA-T--T---AATT---T-TTCATATTAGAATTTTC--TG---T-AA---------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|26 : gaat--CTAAA-------------A------------C----------A---TAAATGGT-CAT-G--CTGGGAAG---T-TTTACA--AGA--TTTC--TGTCAT-AATATAGGAGTTG-AGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGA
gi|25 : agt------------A------------C----------A---TAAATGGTGCAT-G--TT-GAAAC---T-TTTAC--------TTTTTCTG---T-AATTCA---GTTG-ACTGAG-------TGGAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAAt
gi|18 : ctaaatatttagtctaca-T--TTAGAAAC---T-TTAACA--AGA--TTTC--TG---T-CAAGCAGGCGTTG-ATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAtgca
gi|30 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttca--TTAGATAC---T-TTTATA--AGA--TTTC--TG---T-AATTTAGGAGTTG-ACAGAGGTATACT------------GTGAAACTCTGGGTAGAGAAgtg
gi|34 : aTAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAAtgg
gi|32 : tagCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAAta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1111111111 1111111 3333333333333333 1111111 777777777777777777777777777777777777777 111111111111111 11111111111 1111111 22222222222222 11111111111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666 111 2222222
lowQualScore : 5 55555 666 111111 8888888888 6666 55 3 3 1111111 888888 777777 2 4 1 5555 1 33 99 1111111111111111 44 1 0 2 2 7777777 111111111111111111111111111111111111111 0 0 888888 7777 1 0 333333333333333 11111111111 0 5555 3333333 2 88888888888888 2 33 2 2 11111111111111 6 2 333 2 4444444444 8888888 444 444 9999999 555 6666 1111111111111111111111111111111111111 444 0 33 000 33 444 2 2 33 33 444 2 0000000 44 22 2
lowQualScore : . ..... ... ...... .......... .... .. . . ....... ...... ...... . . . .... . .. .. ................ .. . . . . ....... ....................................... . . ...... .... . . ............... ........... . .... ....... . .............. . .. . . .............. . . ... . .......... ....... ... ... ....... ... .... ..................................... ... . .. ... .. ... . . .. .. ... . ....... .. .. .
lowQualScore : 0 33333 222 555555 0000000000 2222 55 5 4 5555555 222222 777777 7 9 4 7777 1 77 55 3333333333333333 22 2 1 9 5 0000000 111111111111111111111111111111111111111 4 5 888888 4444 9 8 555555555555555 99999999999 9 3333 1111111 5 11111111111111 5 44 5 5 66666666666666 3 5 111 9 9999999999 7777777 000 777 3333333 000 1111 4444444444444444444444444444444444444 777 3 44 888 77 777 7 7 77 77 777 7 0000000 44 66 7
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTC-AA----TT-TA-A-GTTT----TTATCGT-A-TTTTATTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------TAGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCAATTT---A----ATTG-------CA--CCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( family-688 ) : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTN----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACC-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTC-AA----TT-TA-A-GTTT----TTATTGT-A-TTTTATTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAANTCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------NAGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCAATNT---A----ATTG-------CA--CCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--NTTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGNGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
gi|1 : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTA----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTTG--TT--TCGTTTCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-GGGCTCTTTATATA----GCTC--ACT-TGCAA-T-TTG------A-TA-TGCACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-TTCTCCTATTC-AAAAACTT-TA-AAGTTTATCGTTATTGTTA-TTTTATTACAGCCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-T--ATGTTTACATAAACTCTC-----------C---ATTACGTG-----------GATGTCCTAT----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------GAGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAG-A-A------C--A-GTAATTTTAAACAATT-TACAG-TTAACATTAACAC---C----ATTG-------CA--TCAAAAGCATTTC---ATG-------CTATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGATGC--AT--TTTAGA--AAT---T-TTG-ACA--AGA--TTTTTG---T-AAAACAGGCGTTCACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|10 : ACGTGACA------AAAGTAA--TT-------CCTG--TT--TCCTTTTTCTTTCA-----------GGC------GACAGGTAATGCAT------C-AGACTTTTTTCAAA----GGAC--ACT-GGTAC-T-TTG------A-AA-AGTACATTTTCACCA-TTAAGC------------------------TT-TA-A-----------ATTGC-G-TCTTATTCCAGCCTTTCT--C------TT-----------AC-TTTACATTAAATCTC-----------CGCCACCACGTG-----------AATGTTCTGC----ATTCATACGC------GTAT-TATGA----A-G------TAAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAG-A-G------C--A-GCCATTTTAAATGATT-TACAG-
gi|11 : C-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCGTCC----ATTCATGCA-------AT-T-TACGA----A-T------TAGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACAATT-TACAG-TAAGCATCAATTT---C----ATTG-------CA--CCGAAAGCATTTC---ATA-------ATATAA--CTT----GATATTTAGTCCACAA------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AGG---T-TTT-ACA--AGG--TTTCTG---T-AATCTAGGAGTTGAGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|12 : TTTC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCACGTGTC-----------C---TCCATGGT-----------AATGACCTAC----ATTCATATGC------GTAT-TACGA----A-C------AAGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAG-A-A------C--A-GCAATTCTAAACAATT-TACAG-TTAGCATCAATTT---A----AGGG-------CA--TCAAAAGTATTTC---ATA-------ATACAA--CCA----A--------------A------------C----------A---TAACTGGTGCATAT--ATTAGA--AAC---T-TT----------------TG---T-AA-------------AGAAGTTTAGTA-GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|13 : A----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACATGTACATC-ACGCTCTTTTTTTA----GCCC--ACC-AGTAC-T-TT-------GGTA-TGTACATTTTCACCA-TTAAGCCGTTT-GCCTCTTATTC-AA-------CA-A-A-TT----TTATTG----------TACA-CTTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGCTTACATCA----------------------------------------AATGTCCCAC----ATCCATACAC------GTAT-TACGA----A-T------TAgatttg
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACAA------C-AGACT---TTCATA----ACCC--ACT-GGCAC-T-TTT------A-CA-AGTACATTTTCGCCA-TTTAGCTGTTT-GTCTC--ATTT-------TT-TACA-ATTT----TTATCGT-A-TTTT-TTACAGCCTTCCTCAC------TTTTGATAC-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCA-----------------------------------ACGC------GTAT-TACGA----A-A------TAGT-TCCA-------------------------------------TTTAAACAATT-TACAG-CAAGCATCAttatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|15 : TCAAATTCC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCAAC----ATTCATAGGC------GTAT-TAGGATGTGG-T------TAAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAA-A-A------CTTA--C-ATTTTAAATGACT----AA-TGA-CTT--ATAT---G----ACT----------------AAATAT------AAA-------ATCTA-----A----AAT------------A------------CATGT------A---TAGCTGATGC--AT--ATTAGA--AACAGGT-TTT-CCA--AAG--CTTTT
gi|16 : ATT-TACAG-TTAACATAAATTT---A----ATTG-------CA--CCAAAAGCATTTCATAATA-------ATATAA--CGA----GAT------------A------------T----------A---TA----GTCT--AT----------------T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AAATC--GCGTTGACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|17 : a------TTTTAGATT-A--ATGTTTGTATCAAATCTG-----------C---ACCACCTG-----------GATGTCGTTC----ATCCACACAG------ATAT-TGCAA----A-T------TAGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAG-A-A---------A-GCAATTTTCAAAAAAT-TA-AGCCGAGCATAAATTT---A----ATCG-------CA--C
gi|18 : TG-------CA--CCAAAAGTATTTC---AT
gi|18 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgC--AT---TTAGA--AAC---T-TTA-ACA--AGA--TTTCTG---T-CAAGCAGGCGTTGATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAttagaaactttaacaagatttctgtcaagcaggcgttgatagaggtatagttcaagaagcgcacataactctcgatagtgagtg
gi|19 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttTGCCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATTT----CATCACATGATA------TAAAT----TT---GTAT---G--TTAATCC----CCTTT-----------CTCGA------AACAG-TGATACAC------CCAGACTCTTTTTATA----GCCC--ACCAGGCAA-TCTC-------A-TGCTGTACATgtg
gi|2 : acatgTT-GAAATCACGTGACAATT------------------------AAACAG--C----AT-TCTCG--TT--TTCTTCCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAAT------C-AGGTTGTCTTCATA----GACC--ACT-GGCTT-T-TTG------A-GA-AGTACATTTCTACCA-TTTATCTGTTT-------TATTT-------TC-CA-A-GTTT----T-ATCGT-A-TTTT--TACAGCCTTTCAAAC-------TTTAAATTCC--ATGTTTACATCAAACATC-----------C---ACCACTTT-----------AATGTCGTACATATATTCATAAGC------GTAT-TTTAA----AGTA-----AAGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAA-ATAAAAACCC--A-GCGATTTTGAAAAATT-TACAG-TAAACATGAATAT---A----ATTG-------CG--TCAAAGG-ATTTC---ATA-------AAATGA--CTA----AAT------------A------------TTTAGTCTAAAA---CAAAAG--AA--AA--ATTAAA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-GAAA-AGCCGTTGACA---GT------C--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|20 : gt----A-T------TAGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAA-A-A------C--C-GAAATTTTTAACAATT-CACAG-TAAGCATCAATTT---ACTATATTT-------CA--CCAAAAGTATTTC---ATA-------ACATAG--CTg
gi|21 : tatagtttaatctataaatcttA----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACAT------C-ATGCC--------------CCC--AAT-GGCAC-T-TCG------G-TA-CGAACATTTTCGTCA-TTTATCCGTTT-GCCTCTTATTCTAA--------A-A-G-CT----TTATTGT-A--TTTGTTACAGCTTTT
gi|22 : ATCAATTG---A----ATTG-------CA--GCAAGGCTATTTC---ATA-------CTATAA--TTA----AAT------------AACTAGTATAAAAC----------A---TAAACGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA---TTCTG---T-AATTTAGCCGTTGACAGAG
gi|23 : aat------TAAACAA--TC---GT-TCTCC--TT--TTCTTTCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAAT------C-CGGCTATTTTCAGA----GCCCTAAAG-GACATAT-TC-------A-TA-CGCAGACCTTCACCA-TTT
gi|24 : AATATTTC---ATA-------ATAAAA--CTA----AAT------------ATT----------C----------AGTCTAAAT----C--AT--A--AAATTAAT---T-TTTCATATTAGAATTTTCTG---T-AA--------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|25 : g------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--GTT-GA--AAC---T-TTT-AC----TT--TTTCTG---T-AATTCA---GTTGACTG------AGTG-GAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAA
gi|26 : ctaaatatttagtctaca--CTA----AA-------------A------------C----------A---TAAATGGT-C--AT--GCTGGG--AAG---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGTCAT-AATATAGGAGTTGAGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGAtgca
gi|28 : agtCTC-----------CT--ACCACGTG-----------AATGCCGTAC----ATTCATACGCTT----GTACATAAGA----AAT------TAGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCAA-TTTAAAt
gi|29 : gtgaTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATTT----AA
gi|3 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagt----AATCA---GACA------TATACAAGCTTGACAT-TCTAT--TT--TCTTATCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAAT------C-AGGCTCTTTTT-TATTATGCCC--A----GC----------------TA-TGGA-ACTTCCA-CA-TTAAGATGTTT-G--TCATGTT--------------A-GTTT----CCA-GGT-AGTTTCATAAGCGCCTTTT---C------TTTCGATTC-C--AT-TTTACATCAACTTTC-----------C---ACTACATG-----------AATGTCCTAC----ATT--TACG--------------------------------------AAACTCAGGATCA--GGGAA-A------C--AGGTGATTTTAAAACATTCTACAG-AAAT--TCAATATTTAG----ATTGCATAGCACA--CCAAAAGCATTTC---ATAATGGAATATATAGTCCAA----AAT------------A------------T----------A----AAATGATGC--ATTGATTAGA--AAC---TATTT-ATA--GGA--TTCCTA---TCAGAACA-GAAT---CAGAGG----GT---AGT-ACCATACAATATCCCTGGTAGAGAA
gi|30 : caggagaagattgaaTTAGA--TAC---T-TTT-ATA--AGA--TTTCTG---T-AATTTAGGAGTTGACAGAGGTATACTGTGA------------AACTCTGGGTAGAGAA
gi|31 : aCAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GTCC--ACA-GGTAC-T-TTC------A-TA-AATAAATTTTCACTA--TTAGCTGCTT-tgg
gi|32 : TTCTG---T-AATTTGGGGGTTGACA-----------CGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAA
gi|34 : TAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAA
gi|4 : tagGTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATTT----AATTGCAGGATA------TAAATAG--TT---AC-TCCCG--TT--TCCTT------------------CTGGA------AACTGTTGATACAT------C-AGGCTCTTTTTATA----GCTC--ACT-GGAAC-T-TTCATATACA-TA-TGTACATATCCATAA-TTTCGCTGTTT-AAAT--TA-TC-A--------TA------T----TTATTAC-A-----ATTTCATCCTTTCTTAC------TTTTGAATG-C--ATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------AATGTCGCAC----ATTCATATA-------GTAT-TACGA----A-TTACATGTAGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A----ATTT---AC--TT-TTC---TT---ATCAATGT---A----ATGG-------CA--CAAAAAATATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------ATTTAGTCTACGCC----------A---TAAATGGCGC--AT--ATta
gi|5 : TTCCTTTGA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA--------------GGT----------------TA-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGTTT-CGCTTCCATT--------TTATA-G-GTTT----CT-TCAT-A-TT---TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAG-ACT-CGTATGTTTTTATTAAGTATC----------------CTACATG-----------CA-GTAC-GC----ATTC-TACCG------GTAT-TACGAAGT-A-C------AAGCGTACGAATTCTGGATCAACGAG-A-A------C-------AT------CGATT-TAC-----AACATCAAT-----------TTG-------C-----------ATTTC---ATA-------A-ATAT--TTAGTCCAAA------------A------------C----------A---CAAATGATGC--A------A----------------ACA--AGA--TTTCTG---T-AAAA-ACTCTTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|6 : caatctcgggtttaAACACTT-GGAGTCACGTGACAATTT----A-TCACATAATA------TAAACAA--CC---AA-TCTCGGGTT--TA--TTCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA----GGTT--ACT-GACAC------------------------TTTCACAA-TTTAACTGTTT-CGCTTCCATT--------TTATA-G-GTTT----CT-TCAT-A-TTT--TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAGACTC-T--ATGTTTTTATTAAG----------------------------------------TATCCTAC----ATGCATACGCATACCGGTAT-TACGA----AGTACATG-CAGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAG-A-A------C--A-TCGATTTTA---------------CAACATCAAT-----------TTG-------CATTTCATAGATATTTC---GT----------------CCA----AA-------------A------------C----------A---CAAATGATGC--Ata
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------G------T---CAA-------AT-CCT-G--TT--TTCCCTTCCTTTAA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACAT------C-AGGC-ATTTTTATA----G-----------------TT-------C-TG-TGTACATATCCACAA-TTTAGCCGTTT-ATCTCTTATTC-AA----CA-TG-----TT----TTATCAT-G--TTTGTTACATCCTCTCTTTC------TTCTGAATT-T--ATGTCTACATCAAATTTT-----------C---A-CACGTG-----------AATATCGTTC----ATCCATACAC------ATTT-TACGAC---A-T-------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTCAAACAATT-
gi|8 : -C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTGTACACCATGTAAATGTCCCAC----ATTCATACGC------ATAT-TACAA----A-T------TAGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGA-A-A------C--A-GATATTGTGAACAATT-CACAG-TAGGCACCAATTT---A----ATTG-------CA--TCAAATATATTTC---ATA-------ATAAAG--CTA----CAT------------ATTTAGTCTAAACC----------A---TAATTGGTGC--GT--ATTAAA--AAC---T-TTT-GCA--AGA--TTT-TG---T-TATTCAGGAGATGACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTC----AATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---CTAG--TA--TCCTTT----------------------------AACAGGTGGC-CAT------C-AGGCTCTTTT-ATA----GCCC--ACT-GACAC-T-C--------A-TA-TGTACGTATCCACAG-TTTAGCCGTTTAGGCTCTTATTC-AA--------------TT----TTGTTAT-A-T----------CCTCTCTTAC------CTTTGAATT-----------CATCAAATCTC-----------C---A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1111111111 1111111 3333333333333333 1111111 7777777777777777777777777777777777777777 111111111111111 11111111111 1111111 222222222222222 11111111111111 1111 6666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 5 11111 666 111111 8888888888 6666 55 3 3 1111111 888888 777777 2 4 1 5555 1 33 33 1111111111111111 44 1 0 2 2 7777777 3333333333333333333333333333333333333333 0 0 888888 7777 0 333333333333333 11111111111 0 5555 3333333 2 5555 000000000000000 2 33 2 2 11111111111111 6 2 33333 33 1111 8888888 0 444 9999999 555 6666 1111111111111111111111111111111111111 444 0 33 444 33 444 2 2 33 33 777 0000000 44 22 2
lowQualScore : . ..... ... ...... .......... .... .. . . ....... ...... ...... . . . .... . .. .. ................ .. . . . . ....... ........................................ . . ...... .... . ............... ........... . .... ....... . .... ............... . .. . . .............. . . ..... .. .... ....... . ... ....... ... .... ..................................... ... . .. ... .. ... . . .. .. ... ....... .. .. .
lowQualScore : 0 77777 222 555555 0000000000 2222 55 5 4 5555555 222222 777777 7 9 4 7777 1 77 88 3333333333333333 22 2 1 9 5 0000000 3333333333333333333333333333333333333333 4 5 888888 4444 8 555555555555555 99999999999 9 3333 1111111 5 0000 666666666666666 5 44 5 5 66666666666666 3 5 22222 77 8888 7777777 6 777 3333333 000 1111 4444444444444444444444444444444444444 777 3 44 111 77 777 7 7 77 77 333 6666666 44 66 7
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTC-A-A----TT-TA-A-GTTT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( family-688 ) : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTC-A-A----TT-TA-A-GTTT----TTATCGT-A-TTTTATTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
gi|1 : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTA----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTTG--TT--TCGTTTCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-GGGCTCTTTATATA----GCTC--ACT-TGCAA-T-TTG------A-TA-TGCACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-TTCTCCTATTC-A-AAAACTT-TA-AAGTTTATCGTTATTGTTA-TTTTATTACAGCCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-T--ATGTTTACATAAACTCTC-----------C---ATTACGTG-----------GATGTCCTAT----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------G------AGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAG-A-A------C--A-GTAATTTTAAACAATT-TACAG-TTAACATTA--ACACC----ATTG-------CATCAAAAGCATTTC---ATG-------CTATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGATGC--AT--TTTAGA--AAT---T-TTG-ACA--AGA--TTTTTGT---AAAACAGGCGTTCACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|10 : ACGTGACA------AAAGTAA--TT-------CCTG--TT--TCCTTTTTCTTTCA-----------GGC------GACAGGTAATGCAT------C-AGACTTTTTTCAAA----GGAC--ACT-GGTAC-T-TTG------A-AA-AGTACATTTTCACCA-TTAAGC-------------------------TT-TA-A-ATT----------GC-G-TCTTATTCCAGCCTTTCT--C------TT-----------AC-TTTACATTAAATCTC-----------CGCCACCACGTG-----------AATGTTCTGC----ATTCATACGC------GTAT-TATGA----A-G------T------AAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAG-A-G------C--A-GCCATTTTAAATGATT-TACAG-
gi|11 : C-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCGTCC----ATTCATGCA-------AT-T-TACGA----A-T------T------AGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACAATT-TACAG-TAAGCATCA--ATTTC----ATTG-------CACCGAAAGCATTTC---ATA-------ATATAA--CTT----GATATTTAGTCCACAA------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AGG---T-TTT-ACA--AGG--TTTCTGT---AATCTAGGAGTTGAGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|12 : TTTC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCACGTGTC-----------C---TCCATGGT-----------AATGACCTAC----ATTCATATGC------GTAT-TACGA----A-C------A------AGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAG-A-A------C--A-GCAATTCTAAACAATT-TACAG-TTAGCATCA--ATTTA----AGGG-------CATCAAAAGTATTTC---ATA-------ATACAA--CCA----A--------------A------------C----------A---TAACTGGTGCATAT--ATTAGA--AAC---T-TT----------------TGT---AA-------------AGAAGTTTAGTA-GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|13 : A----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACATGTACATC-ACGCTCTTTTTTTA----GCCC--ACC-AGTAC-T-TT-------GGTA-TGTACATTTTCACCA-TTAAGCCGTTT-GCCTCTTATTC-A-A-------CA-A-A-TT----TTATTG----------TACA-CTTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGCTTACATCA----------------------------------------AATGTCCCAC----ATCCATACAC------GTAT-TACGA----A-T------T------Agatttg
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACAA------C-AGACT---TTCATA----ACCC--ACT-GGCAC-T-TTT------A-CA-AGTACATTTTCGCCA-TTTAGCTGTTT-GTCTC--ATTT--------TT-TACA-ATTT----TTATCGT-A-TTTT-TTACAGCCTTCCTCAC------TTTTGATAC-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCA-----------------------------------ACGC------GTAT-TACGA----A-A------T------AGT-TCCA-------------------------------------TTTAAACAATT-TACAG-CAAGCATCA--ttatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|15 : TCAAATTCC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCAAC----ATTCATAGGC------GTAT-TAGGATGTGG-T------T------AAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAA-A-A------CTTA--C-ATTTTAAATGACT----AA-TG---------ACTTA----TATG--------ACTAAA--TAT------AAA-------ATCTA-----A----AAT------------A------------CATGT------A---TAGCTGATGC--AT--ATTAGA--AACAGGT-TTT-CCA--AAG--CTTTT
gi|16 : ATT-TACAG-TTAACATAA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGCATTTCATAATA-------ATATAA--CGA----GAT------------A------------T----------A---TA----GTCT--AT----------------T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AAATC--GCGTTGACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|17 : a------TTTTAGATT-A--ATGTTTGTATCAAATCTG-----------C---ACCACCTG-----------GATGTCGTTC----ATCCACACAG------ATAT-TGCAA----A-T------T------AGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAG-A-A---------A-GCAATTTTCAAAAAAT-TA-AGCCGAGCATAA--ATTTA----ATCG-------CAC
gi|18 : TG-------CACCAAAAGTATTTC---AT
gi|18 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgC--AT---TTAGA--AAC---T-TTA-ACA--AGA--TTTCTGT---CAAGCAGGCGTTGATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAttagaaactttaacaagatttctgtcaagcaggcgttgatagaggtatagttcaagaagcgcacataactctcgatagtgagtg
gi|19 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttTGCCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATTT----CATCACATGATA------TAAAT----TT---GTAT---G--TTAATCC----CCTTT-----------CTCGA------AACAG-TGATACAC------CCAGACTCTTTTTATA----GCCC--ACCAGGCAA-TCTC-------A-TGCTGTACATgtg
gi|2 : acatgTT-GAAATCACGTGACAATT------------------------AAACAG--C----AT-TCTCG--TT--TTCTTCCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAAT------C-AGGTTGTCTTCATA----GACC--ACT-GGCTT-T-TTG------A-GA-AGTACATTTCTACCA-TTTATCTGTTT-------TATTT--------TC-CA-A-GTTT----T-ATCGT-A-TTTT--TACAGCCTTTCAAAC-------TTTAAATTCC--ATGTTTACATCAAACATC-----------C---ACCACTTT-----------AATGTCGTACATATATTCATAAGC------GTAT-TTTAA----A-G------TAA----AGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAA-ATAAAAACCC--A-GCGATTTTGAAAAATT-TACAG-TAAACATGA--ATATA----ATTG-------CGTCAAAGG-ATTTC---ATA-------AAATGA--CTA----AAT------------A------------TTTAGTCTAAAA---CAAAAG--AA--AA--ATTAAA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---GAAA-AGCCGTTGACA---GT------C--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|20 : gt----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAA-A-A------C--C-GAAATTTTTAACAATT-CACAG-TAAGCATCA--ATTTACTATATTT-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ACATAG--CTg
gi|21 : tatagtttaatctataaatcttA----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACAT------C-ATGCC--------------CCC--AAT-GGCAC-T-TCG------G-TA-CGAACATTTTCGTCA-TTTATCCGTTT-GCCTCTTATTCTA-A--------A-A-G-CT----TTATTGT-A--TTTGTTACAGCTTTT
gi|22 : ATCA--ATTGA----ATTG-------CAGCAAGGCTATTTC---ATA-------CTATAA--TTA----AAT------------AACTAGTATAAAAC----------A---TAAACGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA---TTCTGT---AATTTAGCCGTTGACAGAG
gi|23 : aat------TAAACAA--TC---GT-TCTCC--TT--TTCTTTCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAAT------C-CGGCTATTTTCAGA----GCCCTAAAG-GACATAT-TC-------A-TA-CGCAGACCTTCACCA-TTT
gi|24 : AATATTTC---ATA-------ATAAAA--CTA----AAT------------ATT----------C----------AGTCTAAAT----C--AT--A--AAATTAAT---T-TTTCATATTAGAATTTTCTGT---AA--------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|25 : g------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--GTT-GA--AAC---T-TTT-AC----TT--TTTCTGT---AATTCA---GTTGACTG------AGTG-GAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAA
gi|26 : ctaaatatttagtctaca--CTA----AA-------------A------------C----------A---TAAATGGT-C--AT--GCTGGG--AAG---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGTCATAATATAGGAGTTGAGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGAtgca
gi|28 : agtCTC-----------CT--ACCACGTG-----------AATGCCGTAC----ATTCATACGCTT----GTACATAAGA----AAT------T------AGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCAA-TTTAAAt
gi|29 : gtgaTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATTT----AA
gi|3 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagt----AATCA---GACA------TATACAAGCTTGACAT-TCTAT--TT--TCTTATCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAAT------C-AGGCTCTTTTT-TATTATGCCC--A----GC----------------TA-TGGA-ACTTCCA-CA-TTAAGATGTTT-G--TCATGTT---------------A-GTTT----CCA-GGT-AGTTTCATAAGCGCCTTTT---C------TTTCGATTC-C--AT-TTTACATCAACTTTC-----------C---ACTACATG-----------AATGTCCTAC----ATT--TACG--------------------------------------------AAACTCAGGATCA--GGGAA-A------C--AGGTGATTTTAAAACATTCTACAG-AAAT--TCAATATTTAG---ATTGCATAGCACACCAAAAGCATTTC---ATAATGGAATATATAGTCCAA----AAT------------A------------T----------A----AAATGATGC--ATTGATTAGA--AAC---TATTT-ATA--GGA--TTCCTATC--AGAACAGA-AT---CAGAGG----GT---AGT-ACCATACAATATCCCTGGTAGAGAA
gi|30 : caggagaagattgaa--ATTAGA--TAC---T-TTT-ATA--AGA--TTTCTGT---AATTTAGGAGTTGACAGAGGTATACTGTGA------------AACTCTGGGTAGAGAA
gi|31 : CAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GTCC--ACA-GGTAC-T-TTC------A-TA-AATAAATTTTCACTA--TTAGCTGCTT-tgg
gi|32 : TTCTGT---AATTTGGGGGTTGACA-----------CGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAA
gi|34 : TAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAA
gi|4 : tagGTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATTT----AATTGCAGGATA------TAAATAG--TT---AC-TCCCG--TT--TCCTT------------------CTGGA------AACTGTTGATACAT------C-AGGCTCTTTTTATA----GCTC--ACT-GGAAC-T-TTCATATACA-TA-TGTACATATCCATAA-TTTCGCTGTTT-AAAT--TA-TC-ATA----TT-TA-----------TTA-CA--A-TTTCAT-----CCTTTCTTAC------TTTTGAATG-C--ATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------AATGTCGCAC----ATTCATATA-------GTAT-TACGA----A-TTACATGT------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A----ATTT---AC--TT-TTC---TT---ATCA--ATGTA----ATGG-------CACAAAAAATATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------ATTTAGTCTACGCC----------A---TAAATGGCGC--AT--ATta
gi|5 : TTCCTTTGA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA--------------GGT----------------TA-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGTTT-CGCTTCCATT---------TTATA-G-GTTT----CT-TCAT-A-TT---TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAG-ACT-CGTATGTTTTTATTAAGTATC----------------CTACATG-----------CA-GTAC-GC----ATTC-TACCG------GTAT-TACGA----A-G------TACA---AGCGTACGAATTCTGGATCAACGAG-A-A------C-------AT------CGATT-TAC-----AACATCA--ATTT------------------------GCATTTC---ATA-------A-ATAT--TTAGTCCAAA------------A------------C----------A---CAAATGATGC--A---A-------------------ACA--AGA--TTTCTGT---AAAA-ACTCTTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|6 : caatctcgggtttaAACACTT-GGAGTCACGTGACAATTT----A-TCACATAATA------TAAACAA--CC---AA-TCTCGGGTT--TA--TTCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA----GGTT--ACT-GACAC------------------------TTTCACAA-TTTAACTGTTT-CGCTTCCATT---------TTATA-G-GTTT----CT-TCAT-A-TTT--TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAGACTC-T--ATGTTTTTAT-----------------------------TA-----------AGTATCCTAC----ATGCATACGCATACCGGTAT-TACGA----A-G------TACATGCAGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAG-A-A------C--A-TCGATTTTA---------------CAACATCA--ATTTGC---ATTT-------CAT---AGATATTTC---GT----------------CCA----AA-------------A------------C----------A---CAAATGATGC--Ata
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------G------T---CAA-------AT-CCT-G--TT--TTCCCTTCCTTTAA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACAT------C-AGGC-ATTTTTATA----G-----------------TT-------C-TG-TGTACATATCCACAA-TTTAGCCGTTT-ATCTCTTATTC-A-A----CA-TG-----TT----TTATCAT-G--TTTGTTACATCCTCTCTTTC------TTCTGAATT-T--ATGTCTACATCAAATTTT-----------C---A-CACGTG-----------AATATCGTTC----ATCCATACAC------ATTT-TACGA----C-A------T------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTCAAACAATT-
gi|8 : -C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTGTACACCATGTAAATGTCCCAC----ATTCATACGC------ATAT-TACAA----A-T------T------AGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGA-A-A------C--A-GATATTGTGAACAATT-CACAG-TAGGCACCA--ATTTA----ATTG-------CATCAAATATATTTC---ATA-------ATAAAG--CTA----CAT------------ATTTAGTCTAAACC----------A---TAATTGGTGC--GT--ATTAAA--AAC---T-TTT-GCA--AGA--TTT-TGT---TATTCAGGAGATGACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTC----AATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---CTAG--TA--TCCTTT----------------------------AACAGGTGGC-CAT------C-AGGCTCTTTT-ATA----GCCC--ACT-GACAC-T-C--------A-TA-TGTACGTATCCACAG-TTTAGCCGTTTAGGCTCTTATTC-A------------------------------A-TTTTGTTATATCCTCTCTTAC------CTTTGAATT-----------CATCAAATCTC-----------C---A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1111111111 1111111 3333333333333333 1111111 777777777777777777777777777777777777777 111111111111111 11111111111 1111111 222222222222222 11111111111111 1111 6666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 5 11111 666 111111 8888888888 6666 55 3 3 1111111 888888 777777 2 4 1 5555 1 33 33 1111111111111111 44 1 0 2 2 7777777 555555555555555555555555555555555555555 0 0 888888 7777 0 333333333333333 11111111111 0 5555 3333333 2 5555 000000000000000 2 33 2 2 11111111111111 6 2 33333 33 1111 8888888 0 444 9999999 555 6666 1111111111111111111111111111111111111 444 0 33 444 33 444 2 2 33 33 777 0000000 44 22 2
lowQualScore : . ..... ... ...... .......... .... .. . . ....... ...... ...... . . . .... . .. .. ................ .. . . . . ....... ....................................... . . ...... .... . ............... ........... . .... ....... . .... ............... . .. . . .............. . . ..... .. .... ....... . ... ....... ... .... ..................................... ... . .. ... .. ... . . .. .. ... ....... .. .. .
lowQualScore : 0 77777 222 555555 0000000000 2222 55 5 4 5555555 222222 777777 7 9 4 7777 1 77 88 3333333333333333 22 2 1 9 5 0000000 222222222222222222222222222222222222222 4 5 888888 4444 8 555555555555555 99999999999 9 3333 1111111 5 0000 666666666666666 5 44 5 5 66666666666666 3 5 22222 77 8888 7777777 6 777 3333333 000 1111 4444444444444444444444444444444444444 777 3 44 111 77 777 7 7 77 77 333 6666666 44 66 7
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTC-A-----TT-TA-A-GTTT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( family-688 ) : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTC-AA----TT-TA-A-GTTT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
gi|1 : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTA----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTTG--TT--TCGTTTCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-GGGCTCTTTATATA----GCTC--ACT-TGCAA-T-TTG------A-TA-TGCACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-TTCTCCTATTC-AAAAACTT-TA-AAGTTTATCGTTATTGTTA-TTTTATTACAGCCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-T--ATGTTTACATAAACTCTC-----------C---ATTACGTG-----------GATGTCCTAT----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------G------AGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAG-A-A------C--A-GTAATTTTAAACAATT-TACAG-TTAACATTA--ACACC----ATTG-------CATCAAAAGCATTTC---ATG-------CTATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGATGC--AT--TTTAGA--AAT---T-TTG-ACA--AGA--TTTTTGT---AAAACAGGCGTTCACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|10 : ACGTGACA------AAAGTAA--TT-------CCTG--TT--TCCTTTTTCTTTCA-----------GGC------GACAGGTAATGCAT------C-AGACTTTTTTCAAA----GGAC--ACT-GGTAC-T-TTG------A-AA-AGTACATTTTCACCA-TTAAGC------------------------TT-TA-A-ATT----------GC-G-TCTTATTCCAGCCTTTCT--C------TT-----------AC-TTTACATTAAATCTC-----------CGCCACCACGTG-----------AATGTTCTGC----ATTCATACGC------GTAT-TATGA----A-G------T------AAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAG-A-G------C--A-GCCATTTTAAATGATT-TACAG-
gi|11 : C-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCGTCC----ATTCATGCA-------AT-T-TACGA----A-T------T------AGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACAATT-TACAG-TAAGCATCA--ATTTC----ATTG-------CACCGAAAGCATTTC---ATA-------ATATAA--CTT----GATATTTAGTCCACAA------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AGG---T-TTT-ACA--AGG--TTTCTGT---AATCTAGGAGTTGAGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|12 : TTTC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCACGTGTC-----------C---TCCATGGT-----------AATGACCTAC----ATTCATATGC------GTAT-TACGA----A-C------A------AGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAG-A-A------C--A-GCAATTCTAAACAATT-TACAG-TTAGCATCA--ATTTA----AGGG-------CATCAAAAGTATTTC---ATA-------ATACAA--CCA----A--------------A------------C----------A---TAACTGGTGCATAT--ATTAGA--AAC---T-TT----------------TGT---AA-------------AGAAGTTTAGTA-GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|13 : A----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACATGTACATC-ACGCTCTTTTTTTA----GCCC--ACC-AGTAC-T-TT-------GGTA-TGTACATTTTCACCA-TTAAGCCGTTT-GCCTCTTATTC-AA-------CA-A-A-TT----TTATTG----------TACA-CTTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGCTTACATCA----------------------------------------AATGTCCCAC----ATCCATACAC------GTAT-TACGA----A-T------T------Agatttg
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACAA------C-AGACT---TTCATA----ACCC--ACT-GGCAC-T-TTT------A-CA-AGTACATTTTCGCCA-TTTAGCTGTTT-GTCTC--ATTT-------TT-TACA-ATTT----TTATCGT-A-TTTT-TTACAGCCTTCCTCAC------TTTTGATAC-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCA-----------------------------------ACGC------GTAT-TACGA----A-A------T------AGT-TCCA-------------------------------------TTTAAACAATT-TACAG-CAAGCATCA--ttatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|15 : TCAAATTCC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCAAC----ATTCATAGGC------GTAT-TAGGATGTGG-T------T------AAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAA-A-A------CTTA--C-ATTTTAAATGACT----AA-TG---------ACTTA----TATG--------ACTAAA--TAT------AAA-------ATCTA-----A----AAT------------A------------CATGT------A---TAGCTGATGC--AT--ATTAGA--AACAGGT-TTT-CCA--AAG--CTTTT
gi|16 : ATT-TACAG-TTAACATAA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGCATTTCATAATA-------ATATAA--CGA----GAT------------A------------T----------A---TA----GTCT--AT----------------T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AAATC--GCGTTGACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|17 : a------TTTTAGATT-A--ATGTTTGTATCAAATCTG-----------C---ACCACCTG-----------GATGTCGTTC----ATCCACACAG------ATAT-TGCAA----A-T------T------AGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAG-A-A---------A-GCAATTTTCAAAAAAT-TA-AGCCGAGCATAA--ATTTA----ATCG-------CAC
gi|18 : TG-------CACCAAAAGTATTTC---AT
gi|18 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgC--AT---TTAGA--AAC---T-TTA-ACA--AGA--TTTCTGT---CAAGCAGGCGTTGATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAttagaaactttaacaagatttctgtcaagcaggcgttgatagaggtatagttcaagaagcgcacataactctcgatagtgagtg
gi|19 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttTGCCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATTT----CATCACATGATA------TAAAT----TT---GTAT---G--TTAATCC----CCTTT-----------CTCGA------AACAG-TGATACAC------CCAGACTCTTTTTATA----GCCC--ACCAGGCAA-TCTC-------A-TGCTGTACATgtg
gi|2 : acatgTT-GAAATCACGTGACAATT------------------------AAACAG--C----AT-TCTCG--TT--TTCTTCCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAAT------C-AGGTTGTCTTCATA----GACC--ACT-GGCTT-T-TTG------A-GA-AGTACATTTCTACCA-TTTATCTGTTT-------TATTT-------TC-CA-A-GTTT----T-ATCGT-A-TTTT--TACAGCCTTTCAAAC-------TTTAAATTCC--ATGTTTACATCAAACATC-----------C---ACCACTTT-----------AATGTCGTACATATATTCATAAGC------GTAT-TTTAA----A-G------TAA----AGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAA-ATAAAAACCC--A-GCGATTTTGAAAAATT-TACAG-TAAACATGA--ATATA----ATTG-------CGTCAAAGG-ATTTC---ATA-------AAATGA--CTA----AAT------------A------------TTTAGTCTAAAA---CAAAAG--AA--AA--ATTAAA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---GAAA-AGCCGTTGACA---GT------C--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|20 : gt----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAA-A-A------C--C-GAAATTTTTAACAATT-CACAG-TAAGCATCA--ATTTACTATATTT-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ACATAG--CTg
gi|21 : tatagtttaatctataaatcttA----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACAT------C-ATGCC--------------CCC--AAT-GGCAC-T-TCG------G-TA-CGAACATTTTCGTCA-TTTATCCGTTT-GCCTCTTATTCTAA--------A-A-G-CT----TTATTGT-A--TTTGTTACAGCTTTT
gi|22 : ATCA--ATTGA----ATTG-------CAGCAAGGCTATTTC---ATA-------CTATAA--TTA----AAT------------AACTAGTATAAAAC----------A---TAAACGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA---TTCTGT---AATTTAGCCGTTGACAGAG
gi|23 : aat------TAAACAA--TC---GT-TCTCC--TT--TTCTTTCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAAT------C-CGGCTATTTTCAGA----GCCCTAAAG-GACATAT-TC-------A-TA-CGCAGACCTTCACCA-TTT
gi|24 : AATATTTC---ATA-------ATAAAA--CTA----AAT------------ATT----------C----------AGTCTAAAT----C--AT--A--AAATTAAT---T-TTTCATATTAGAATTTTCTGT---AA--------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|25 : g------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--GTT-GA--AAC---T-TTT-AC----TT--TTTCTGT---AATTCA---GTTGACTG------AGTG-GAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAA
gi|26 : ctaaatatttagtctaca--CTA----AA-------------A------------C----------A---TAAATGGT-C--AT--GCTGGG--AAG---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGTCATAATATAGGAGTTGAGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGAtgca
gi|28 : agtCTC-----------CT--ACCACGTG-----------AATGCCGTAC----ATTCATACGCTT----GTACATAAGA----AAT------T------AGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCAA-TTTAAAt
gi|29 : gtgaTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATTT----AA
gi|3 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagt----AATCA---GACA------TATACAAGCTTGACAT-TCTAT--TT--TCTTATCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAAT------C-AGGCTCTTTTT-TATTATGCCC--A----GC----------------TA-TGGA-ACTTCCA-CA-TTAAGATGTTT-G--TCATGTT--------------A-GTTT----CCA-GGT-AGTTTCATAAGCGCCTTTT---C------TTTCGATTC-C--AT-TTTACATCAACTTTC-----------C---ACTACATG-----------AATGTCCTAC----ATT--TACG--------------------------------------------AAACTCAGGATCA--GGGAA-A------C--AGGTGATTTTAAAACATTCTACAG-AAAT--TCAATATTTAG---ATTGCATAGCACACCAAAAGCATTTC---ATAATGGAATATATAGTCCAA----AAT------------A------------T----------A----AAATGATGC--ATTGATTAGA--AAC---TATTT-ATA--GGA--TTCCTATC--AGAACAGA-AT---CAGAGG----GT---AGT-ACCATACAATATCCCTGGTAGAGAA
gi|30 : caggagaagattgaa--ATTAGA--TAC---T-TTT-ATA--AGA--TTTCTGT---AATTTAGGAGTTGACAGAGGTATACTGTGA------------AACTCTGGGTAGAGAA
gi|31 : CAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GTCC--ACA-GGTAC-T-TTC------A-TA-AATAAATTTTCACTA--TTAGCTGCTT-tgg
gi|32 : TTCTGT---AATTTGGGGGTTGACA-----------CGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAA
gi|34 : TAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAA
gi|4 : tagGTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATTT----AATTGCAGGATA------TAAATAG--TT---AC-TCCCG--TT--TCCTT------------------CTGGA------AACTGTTGATACAT------C-AGGCTCTTTTTATA----GCTC--ACT-GGAAC-T-TTCATATACA-TA-TGTACATATCCATAA-TTTCGCTGTTT-AAAT--TA-TC-A--------TA------T----TTATTAC-A-ATTT----CATCCTTTCTTAC------TTTTGAATG-C--ATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------AATGTCGCAC----ATTCATATA-------GTAT-TACGA----A-TTACATGT------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A----ATTT---AC--TT-TTC---TT---ATCA--ATGTA----ATGG-------CACAAAAAATATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------ATTTAGTCTACGCC----------A---TAAATGGCGC--AT--ATta
gi|5 : TTCCTTTGA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA--------------GGT----------------TA-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGTTT-CGCTTCCATT--------TTATA-G-GTTT----CT-TCAT-A-TT---TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAG-ACT-CGTATGTTTTTATTAAGTATC----------------CTACATG-----------CA-GTAC-GC----ATTC-TACCG------GTAT-TACGA----A-G------TACA---AGCGTACGAATTCTGGATCAACGAG-A-A------C-------AT------CGATT-TAC-----AACATCA--ATTT------------------------GCATTTC---ATA-------A-ATAT--TTAGTCCAAA------------A------------C----------A---CAAATGATGC--A---A-------------------ACA--AGA--TTTCTGT---AAAA-ACTCTTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|6 : caatctcgggtttaAACACTT-GGAGTCACGTGACAATTT----A-TCACATAATA------TAAACAA--CC---AA-TCTCGGGTT--TA--TTCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA----GGTT--ACT-GACAC------------------------TTTCACAA-TTTAACTGTTT-CGCTTCCATT--------TTATA-G-GTTT----CT-TCAT-A-TTT--TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAGACTC-T--ATGTTTTTAT-----------------------------TA-----------AGTATCCTAC----ATGCATACGCATACCGGTAT-TACGA----A-G------TACATGCAGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAG-A-A------C--A-TCGATTTTA---------------CAACATCA--ATTTGC---ATTT-------CAT---AGATATTTC---GT----------------CCA----AA-------------A------------C----------A---CAAATGATGC--Ata
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------G------T---CAA-------AT-CCT-G--TT--TTCCCTTCCTTTAA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACAT------C-AGGC-ATTTTTATA----G-----------------TT-------C-TG-TGTACATATCCACAA-TTTAGCCGTTT-ATCTCTTATTC-AA----CA-TG-----TT----TTATCAT-G--TTTGTTACATCCTCTCTTTC------TTCTGAATT-T--ATGTCTACATCAAATTTT-----------C---A-CACGTG-----------AATATCGTTC----ATCCATACAC------ATTT-TACGA----C-A------T------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTCAAACAATT-
gi|8 : -C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTGTACACCATGTAAATGTCCCAC----ATTCATACGC------ATAT-TACAA----A-T------T------AGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGA-A-A------C--A-GATATTGTGAACAATT-CACAG-TAGGCACCA--ATTTA----ATTG-------CATCAAATATATTTC---ATA-------ATAAAG--CTA----CAT------------ATTTAGTCTAAACC----------A---TAATTGGTGC--GT--ATTAAA--AAC---T-TTT-GCA--AGA--TTT-TGT---TATTCAGGAGATGACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTC----AATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---CTAG--TA--TCCTTT----------------------------AACAGGTGGC-CAT------C-AGGCTCTTTT-ATA----GCCC--ACT-GACAC-T-C--------A-TA-TGTACGTATCCACAG-TTTAGCCGTTTAGGCTCTTATTC-A-----------------------------A-TTTTGTTATATCCTCTCTTAC------CTTTGAATT-----------CATCAAATCTC-----------C---A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1111111111 1111111 3333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 11111111111 1111111 222222222222222 11111111111111 1111 6666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 5 11111 666 111111 8888888888 6666 55 3 3 1111111 888888 777777 2 4 1 5555 1 33 33 1111111111111111 44 1 0 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 888888 7777 0 333333333333333 11111111111 0 5555 3333333 2 5555 000000000000000 2 33 2 2 11111111111111 6 2 33333 33 1111 8888888 0 444 9999999 555 6666 1111111111111111111111111111111111111 444 0 33 444 33 444 2 2 33 33 444 2 0000000 44 22 2
lowQualScore : . ..... ... ...... .......... .... .. . . ....... ...... ...... . . . .... . .. .. ................ .. . . . . .................................................. . . ...... .... . ............... ........... . .... ....... . .... ............... . .. . . .............. . . ..... .. .... ....... . ... ....... ... .... ..................................... ... . .. ... .. ... . . .. .. ... . ....... .. .. .
lowQualScore : 0 77777 222 555555 0000000000 2222 55 5 4 5555555 222222 777777 7 9 4 7777 1 77 88 3333333333333333 22 2 1 9 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222 4 5 888888 4444 8 555555555555555 99999999999 9 3333 1111111 5 0000 666666666666666 5 44 5 5 66666666666666 3 5 22222 77 8888 7777777 6 777 3333333 000 1111 4444444444444444444444444444444444444 777 3 44 111 77 777 7 7 77 77 777 7 6666666 44 66 7
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTCA-----TT-TA-A-GT-TT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( family-688 ) : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTCA-----TT-TA-A-GT-TT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
gi|1 : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTA----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTTG--TT--TCGTTTCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-GGGCTCTTTATATA----GCTC--ACT-TGCAA-T-TTG------A-TA-TGCACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-TTCTCCTATTCAAAAACTT-TA-AAGT-TTATCGTTATTGTTA-TTTTATTACAGCCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-T--ATGTTTACATAAACTCTC-----------C---ATTACGTG-----------GATGTCCTAT----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------G------AGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAG-A-A------C--A-GTAATTTTAAACAATT-TACAG-TTAACATTA--ACACC----ATTG-------CATCAAAAGCATTTC---ATG-------CTATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGATGC--AT--TTTAGA--AAT---T-TTG-ACA--AGA--TTTTTG---T-AAAACAGGCGTTCACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|10 : ACGTGACA------AAAGTAA--TT-------CCTG--TT--TCCTTTTTCTTTCA-----------GGC------GACAGGTAATGCAT------C-AGACTTTTTTCAAA----GGAC--ACT-GGTAC-T-TTG------A-AA-AGTACATTTTCACCA-TTAAGC-----------------------TT-TA-A-AT-T----------GC-G-TCTTATTCCAGCCTTTCT--C------TT-----------AC-TTTACATTAAATCTC-----------CGCCACCACGTG-----------AATGTTCTGC----ATTCATACGC------GTAT-TATGA----A-G------T------AAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAG-A-G------C--A-GCCATTTTAAATGATT-TACAG-
gi|11 : C-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCGTCC----ATTCATGCA-------AT-T-TACGA----A-T------T------AGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACAATT-TACAG-TAAGCATCA--ATTTC----ATTG-------CACCGAAAGCATTTC---ATA-------ATATAA--CTT----GATATTTAGTCCACAA------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AGG---T-TTT-ACA--AGG--TTTCTG---T-AATCTAGGAGTTGAGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|12 : TTTC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCACGTGTC-----------C---TCCATGGT-----------AATGACCTAC----ATTCATATGC------GTAT-TACGA----A-C------A------AGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAG-A-A------C--A-GCAATTCTAAACAATT-TACAG-TTAGCATCA--ATTTA----AGGG-------CATCAAAAGTATTTC---ATA-------ATACAA--CCA----A--------------A------------C----------A---TAACTGGTGCATAT--ATTAGA--AAC---T-TT----------------TG---T-AA-------------AGAAGTTTAGTA-GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|13 : A----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACATGTACATC-ACGCTCTTTTTTTA----GCCC--ACC-AGTAC-T-TT-------GGTA-TGTACATTTTCACCA-TTAAGCCGTTT-GCCTCTTATTCA-----AC-AA-A----TT----TTATTG----------TACA-CTTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGCTTACATCA----------------------------------------AATGTCCCAC----ATCCATACAC------GTAT-TACGA----A-T------T------Agatttg
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACAA------C-AGACT---TTCATA----ACCC--ACT-GGCAC-T-TTT------A-CA-AGTACATTTTCGCCA-TTTAGCTGTTT-GTCTC--ATTT------TT-TACA-AT-TT----TTATCGT-A-TTTT-TTACAGCCTTCCTCAC------TTTTGATAC-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCA-----------------------------------ACGC------GTAT-TACGA----A-A------T------AGT-TCCA-------------------------------------TTTAAACAATT-TACAG-CAAGCATCA--ttatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|15 : TCAAATTCC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCAAC----ATTCATAGGC------GTAT-TAGGATGTGG-T------T------AAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAA-A-A------CTTA--C-ATTTTAAATGACT----AA-TG---------ACTTA----TATG--------ACTAAA--TAT------AAA-------ATCTA-----A----AAT------------A------------CATGT------A---TAGCTGATGC--AT--ATTAGA--AACAGGT-TTT-CCA--AAG--CTTTT
gi|16 : ATT-TACAG-TTAACATAA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGCATTTCATAATA-------ATATAA--CGA----GAT------------A------------T----------A---TA----GTCT--AT----------------T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AAATC--GCGTTGACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|17 : a------TTTTAGATT-A--ATGTTTGTATCAAATCTG-----------C---ACCACCTG-----------GATGTCGTTC----ATCCACACAG------ATAT-TGCAA----A-T------T------AGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAG-A-A---------A-GCAATTTTCAAAAAAT-TA-AGCCGAGCATAA--ATTTA----ATCG-------CAC
gi|18 : TG-------CACCAAAAGTATTTC---AT
gi|18 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgC--AT---TTAGA--AAC---T-TTA-ACA--AGA--TTTCTG---T-CAAGCAGGCGTTGATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAttagaaactttaacaagatttctgtcaagcaggcgttgatagaggtatagttcaagaagcgcacataactctcgatagtgagtg
gi|19 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttTGCCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATTT----CATCACATGATA------TAAAT----TT---GTAT---G--TTAATCC----CCTTT-----------CTCGA------AACAG-TGATACAC------CCAGACTCTTTTTATA----GCCC--ACCAGGCAA-TCTC-------A-TGCTGTACATgtg
gi|2 : acatgTT-GAAATCACGTGACAATT------------------------AAACAG--C----AT-TCTCG--TT--TTCTTCCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAAT------C-AGGTTGTCTTCATA----GACC--ACT-GGCTT-T-TTG------A-GA-AGTACATTTCTACCA-TTTATCTGTTT-------TATTT------TC-CA-A-GT-TT----T-ATCGT-A-TTTT--TACAGCCTTTCAAAC-------TTTAAATTCC--ATGTTTACATCAAACATC-----------C---ACCACTTT-----------AATGTCGTACATATATTCATAAGC------GTAT-TTTAA----A-G------TAA----AGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAA-ATAAAAACCC--A-GCGATTTTGAAAAATT-TACAG-TAAACATGA--ATATA----ATTG-------CGTCAAAGG-ATTTC---ATA-------AAATGA--CTA----AAT------------A------------TTTAGTCTAAAA---CAAAAG--AA--AA--ATTAAA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-GAAA-AGCCGTTGACA---GT------C--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|20 : gt----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAA-A-A------C--C-GAAATTTTTAACAATT-CACAG-TAAGCATCA--ATTTACTATATTT-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ACATAG--CTg
gi|21 : tatagtttaatctataaatcttA----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACAT------C-ATGCC--------------CCC--AAT-GGCAC-T-TCG------G-TA-CGAACATTTTCGTCA-TTTATCCGTTT-GCCTCTTATTC-------T-AA-A-AG-CT----TTATTGT-A--TTTGTTACAGCTTTT
gi|22 : ATCA--ATTGA----ATTG-------CAGCAAGGCTATTTC---ATA-------CTATAA--TTA----AAT------------AACTAGTATAAAAC----------A---TAAACGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA---TTCTG---T-AATTTAGCCGTTGACAGAG
gi|23 : aat------TAAACAA--TC---GT-TCTCC--TT--TTCTTTCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAAT------C-CGGCTATTTTCAGA----GCCCTAAAG-GACATAT-TC-------A-TA-CGCAGACCTTCACCA-TTT
gi|24 : AATATTTC---ATA-------ATAAAA--CTA----AAT------------ATT----------C----------AGTCTAAAT----C--AT--A--AAATTAAT---T-TTTCATATTAGAATTTTCTG---T-AA--------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|25 : g------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--GTT-GA--AAC---T-TTT-AC----TT--TTTCTG---T-AATTCA---GTTGACTG------AGTG-GAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAA
gi|26 : ctaaatatttagtctaca--CTA----AA-------------A------------C----------A---TAAATGGT-C--AT--GCTGGG--AAG---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGTCAT-AATATAGGAGTTGAGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGAtgca
gi|28 : agtCTC-----------CT--ACCACGTG-----------AATGCCGTAC----ATTCATACGCTT----GTACATAAGA----AAT------T------AGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCAA-TTTAAAt
gi|29 : gtgaTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATTT----AA
gi|3 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagt----AATCA---GACA------TATACAAGCTTGACAT-TCTAT--TT--TCTTATCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAAT------C-AGGCTCTTTTT-TATTATGCCC--A----GC----------------TA-TGGA-ACTTCCA-CA-TTAAGATGTTT-G--------TCA-----TG-TT-A-GT-TT----CCA-GGT-AGTTTCATAAGCGCCTTTT---C------TTTCGATTC-C--AT-TTTACATCAACTTTC-----------C---ACTACATG-----------AATGTCCTAC----ATT--TACG--------------------------------------------AAACTCAGGATCA--GGGAA-A------C--AGGTGATTTTAAAACATTCTACAG-AAAT--TCAATATTTAG---ATTGCATAGCACACCAAAAGCATTTC---ATAATGGAATATATAGTCCAA----AAT------------A------------T----------A----AAATGATGC--ATTGATTAGA--AAC---TATTT-ATA--GGA--TTCCTA---TCAGAACAGA-AT---CAGAGG----GT---AGT-ACCATACAATATCCCTGGTAGAGAA
gi|30 : caggagaagattgaa--ATTAGA--TAC---T-TTT-ATA--AGA--TTTCTG---T-AATTTAGGAGTTGACAGAGGTATACTGTGA------------AACTCTGGGTAGAGAA
gi|31 : CAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GTCC--ACA-GGTAC-T-TTC------A-TA-AATAAATTTTCACTA--TTAGCTGCTT-tgg
gi|32 : TTCTG---T-AATTTGGGGGTTGACA-----------CGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAA
gi|34 : TAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAA
gi|4 : tagGTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATTT----AATTGCAGGATA------TAAATAG--TT---AC-TCCCG--TT--TCCTT------------------CTGGA------AACTGTTGATACAT------C-AGGCTCTTTTTATA----GCTC--ACT-GGAAC-T-TTCATATACA-TA-TGTACATATCCATAA-TTTCGCTGTTT-AAAT--TA-TCA--------TA-------T----TTATTAC-A-ATTT----CATCCTTTCTTAC------TTTTGAATG-C--ATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------AATGTCGCAC----ATTCATATA-------GTAT-TACGA----A-TTACATGT------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A----ATTT---AC--TT-TTC---TT---ATCA--ATGTA----ATGG-------CACAAAAAATATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------ATTTAGTCTACGCC----------A---TAAATGGCGC--AT--ATta
gi|5 : TTCCTTTGA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA--------------GGT----------------TA-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGTTT-CGCTTCCATT-------TTATA-G-GT-TT----CT-TCAT-A-TT---TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAG-ACT-CGTATGTTTTTATTAAGTATC----------------CTACATG-----------CA-GTAC-GC----ATTC-TACCG------GTAT-TACGA----A-G------TACA---AGCGTACGAATTCTGGATCAACGAG-A-A------C-------AT------CGATT-TAC-----AACATCA--ATTT------------------------GCATTTC---ATA-------A-ATAT--TTAGTCCAAA------------A------------C----------A---CAAATGATGC--A---A-------------------ACA--AGA--TTTCTG---T-AAAA-ACTCTTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|6 : caatctcgggtttaAACACTT-GGAGTCACGTGACAATTT----A-TCACATAATA------TAAACAA--CC---AA-TCTCGGGTT--TA--TTCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA----GGTT--ACT-GACAC------------------------TTTCACAA-TTTAACTGTTT-CGCTTCCATT-------TTATA-G-GT-TT----CT-TCAT-A-TTT--TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAGACTC-T--ATGTTTTTAT-----------------------------TA-----------AGTATCCTAC----ATGCATACGCATACCGGTAT-TACGA----A-G------TACATGCAGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAG-A-A------C--A-TCGATTTTA---------------CAACATCA--ATTTGC---ATTT-------CAT---AGATATTTC---GT----------------CCA----AA-------------A------------C----------A---CAAATGATGC--Ata
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------G------T---CAA-------AT-CCT-G--TT--TTCCCTTCCTTTAA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACAT------C-AGGC-ATTTTTATA----G-----------------TT-------C-TG-TGTACATATCCACAA-TTTAGCCGTTT-ATCTCTTATTCA---------A-C-ATGTT----TTATCAT-G--TTTGTTACATCCTCTCTTTC------TTCTGAATT-T--ATGTCTACATCAAATTTT-----------C---A-CACGTG-----------AATATCGTTC----ATCCATACAC------ATTT-TACGA----C-A------T------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTCAAACAATT-
gi|8 : -C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTGTACACCATGTAAATGTCCCAC----ATTCATACGC------ATAT-TACAA----A-T------T------AGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGA-A-A------C--A-GATATTGTGAACAATT-CACAG-TAGGCACCA--ATTTA----ATTG-------CATCAAATATATTTC---ATA-------ATAAAG--CTA----CAT------------ATTTAGTCTAAACC----------A---TAATTGGTGC--GT--ATTAAA--AAC---T-TTT-GCA--AGA--TTT-TG---T-TATTCAGGAGATGACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTC----AATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---CTAG--TA--TCCTTT----------------------------AACAGGTGGC-CAT------C-AGGCTCTTTT-ATA----GCCC--ACT-GACAC-T-C--------A-TA-TGTACGTATCCACAG-TTTAGCCGTTTAGGCTCTTATTCA------------------------------A-TTTTGTTATATCCTCTCTTAC------CTTTGAATT-----------CATCAAATCTC-----------C---A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1111111111 1111111 3333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111 11111111111 1111111 222222222222222 11111111111111 1111 6666666666666666666666666666666666666 2222222
lowQualScore : 5 11111 666 111111 8888888888 6666 55 3 3 1111111 888888 777777 2 4 1 5555 1 33 33 1111111111111111 44 1 0 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 888888 7777 0 333333333333333 11111111111 0 5555 3333333 2 5555 000000000000000 2 33 2 2 11111111111111 6 2 33333 33 1111 8888888 0 444 9999999 555 6666 1111111111111111111111111111111111111 444 0 33 444 33 444 2 2 33 33 444 2 0000000 44 22 2
lowQualScore : . ..... ... ...... .......... .... .. . . ....... ...... ...... . . . .... . .. .. ................ .. . . . . .................................................. . . ...... .... . ............... ........... . .... ....... . .... ............... . .. . . .............. . . ..... .. .... ....... . ... ....... ... .... ..................................... ... . .. ... .. ... . . .. .. ... . ....... .. .. .
lowQualScore : 0 77777 222 555555 0000000000 2222 55 5 4 5555555 222222 777777 7 9 4 7777 1 77 88 3333333333333333 22 2 1 9 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222 4 5 888888 4444 8 555555555555555 99999999999 9 3333 1111111 5 0000 666666666666666 5 44 5 5 66666666666666 3 5 22222 77 8888 7777777 6 777 3333333 000 1111 4444444444444444444444444444444444444 777 3 44 111 77 777 7 7 77 77 777 7 6666666 44 66 7
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTCA-----TT-TA-A-GT-TT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( family-688 ) : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTCA-----TT-TA-A-GT-TT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
gi|1 : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTA----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTTG--TT--TCGTTTCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-GGGCTCTTTATATA----GCTC--ACT-TGCAA-T-TTG------A-TA-TGCACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-TTCTCCTATTCAAAAACTT-TA-AAGT-TTATCGTTATTGTTA-TTTTATTACAGCCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-T--ATGTTTACATAAACTCTC-----------C---ATTACGTG-----------GATGTCCTAT----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------G------AGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAG-A-A------C--A-GTAATTTTAAACAATT-TACAG-TTAACATTA--ACACC----ATTG-------CATCAAAAGCATTTC---ATG-------CTATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGATGC--AT--TTTAGA--AAT---T-TTG-ACA--AGA--TTTTTG---T-AAAACAGGCGTTCACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|10 : ACGTGACA------AAAGTAA--TT-------CCTG--TT--TCCTTTTTCTTTCA-----------GGC------GACAGGTAATGCAT------C-AGACTTTTTTCAAA----GGAC--ACT-GGTAC-T-TTG------A-AA-AGTACATTTTCACCA-TTAAGC-----------------------TT-TA-A-AT-T----------GC-G-TCTTATTCCAGCCTTTCT--C------TT-----------AC-TTTACATTAAATCTC-----------CGCCACCACGTG-----------AATGTTCTGC----ATTCATACGC------GTAT-TATGA----A-G------T------AAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAG-A-G------C--A-GCCATTTTAAATGATT-TACAG-
gi|11 : C-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCGTCC----ATTCATGCA-------AT-T-TACGA----A-T------T------AGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACAATT-TACAG-TAAGCATCA--ATTTC----ATTG-------CACCGAAAGCATTTC---ATA-------ATATAA--CTT----GATATTTAGTCCACAA------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AGG---T-TTT-ACA--AGG--TTTCTG---T-AATCTAGGAGTTGAGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|12 : TTTC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCACGTGTC-----------C---TCCATGGT-----------AATGACCTAC----ATTCATATGC------GTAT-TACGA----A-C------A------AGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAG-A-A------C--A-GCAATTCTAAACAATT-TACAG-TTAGCATCA--ATTTA----AGGG-------CATCAAAAGTATTTC---ATA-------ATACAA--CCA----A--------------A------------C----------A---TAACTGGTGCATAT--ATTAGA--AAC---T-TT----------------TG---T-AA-------------AGAAGTTTAGTA-GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|13 : A----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACATGTACATC-ACGCTCTTTTTTTA----GCCC--ACC-AGTAC-T-TT-------GGTA-TGTACATTTTCACCA-TTAAGCCGTTT-GCCTCTTATTCA-----AC-AA-A----TT----TTATTG----------TACA-CTTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGCTTACATCA----------------------------------------AATGTCCCAC----ATCCATACAC------GTAT-TACGA----A-T------T------Agatttg
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACAA------C-AGACT---TTCATA----ACCC--ACT-GGCAC-T-TTT------A-CA-AGTACATTTTCGCCA-TTTAGCTGTTT-GTCTC--ATTT------TT-TACA-AT-TT----TTATCGT-A-TTTT-TTACAGCCTTCCTCAC------TTTTGATAC-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCA-----------------------------------ACGC------GTAT-TACGA----A-A------T------AGT-TCCA-------------------------------------TTTAAACAATT-TACAG-CAAGCATCA--ttatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|15 : TCAAATTCC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCAAC----ATTCATAGGC------GTAT-TAGGATGTGG-T------T------AAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAA-A-A------CTTA--C-ATTTTAAATGACT----AA-TG---------ACTTA----TATG--------ACTAAA--TAT------AAA-------ATCTA-----A----AAT------------A------------CATGT------A---TAGCTGATGC--AT--ATTAGA--AACAGGT-TTT-CCA--AAG--CTTTT
gi|16 : ATT-TACAG-TTAACATAA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGCATTTCATAATA-------ATATAA--CGA----GAT------------A------------T----------A---TA----GTCT--AT----------------T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AAATC--GCGTTGACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|17 : a------TTTTAGATT-A--ATGTTTGTATCAAATCTG-----------C---ACCACCTG-----------GATGTCGTTC----ATCCACACAG------ATAT-TGCAA----A-T------T------AGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAG-A-A---------A-GCAATTTTCAAAAAAT-TA-AGCCGAGCATAA--ATTTA----ATCG-------CAC
gi|18 : TG-------CACCAAAAGTATTTC---AT
gi|18 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgC--AT---TTAGA--AAC---T-TTA-ACA--AGA--TTTCTG---T-CAAGCAGGCGTTGATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAttagaaactttaacaagatttctgtcaagcaggcgttgatagaggtatagttcaagaagcgcacataactctcgatagtgagtg
gi|19 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttTGCCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATTT----CATCACATGATA------TAAAT----TT---GTAT---G--TTAATCC----CCTTT-----------CTCGA------AACAG-TGATACAC------CCAGACTCTTTTTATA----GCCC--ACCAGGCAA-TCTC-------A-TGCTGTACATgtg
gi|2 : acatgTT-GAAATCACGTGACAATT------------------------AAACAG--C----AT-TCTCG--TT--TTCTTCCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAAT------C-AGGTTGTCTTCATA----GACC--ACT-GGCTT-T-TTG------A-GA-AGTACATTTCTACCA-TTTATCTGTTT-------TATTT------TC-CA-A-GT-TT----T-ATCGT-A-TTTT--TACAGCCTTTCAAAC-------TTTAAATTCC--ATGTTTACATCAAACATC-----------C---ACCACTTT-----------AATGTCGTACATATATTCATAAGC------GTAT-TTTAA----A-G------TAA----AGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAA-ATAAAAACCC--A-GCGATTTTGAAAAATT-TACAG-TAAACATGA--ATATA----ATTG-------CGTCAAAGG-ATTTC---ATA-------AAATGA--CTA----AAT------------A------------TTTAGTCTAAAA---CAAAAG--AA--AA--ATTAAA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-GAAA-AGCCGTTGACA---GT------C--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|20 : gt----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAA-A-A------C--C-GAAATTTTTAACAATT-CACAG-TAAGCATCA--ATTTACTATATTT-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ACATAG--CTg
gi|21 : tatagtttaatctataaatcttA----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACAT------C-ATGCC--------------CCC--AAT-GGCAC-T-TCG------G-TA-CGAACATTTTCGTCA-TTTATCCGTTT-GCCTCTTATTC-------T-AA-A-AG-CT----TTATTGT-A--TTTGTTACAGCTTTT
gi|22 : ATCA--ATTGA----ATTG-------CAGCAAGGCTATTTC---ATA-------CTATAA--TTA----AAT------------AACTAGTATAAAAC----------A---TAAACGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA---TTCTG---T-AATTTAGCCGTTGACAGAG
gi|23 : aat------TAAACAA--TC---GT-TCTCC--TT--TTCTTTCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAAT------C-CGGCTATTTTCAGA----GCCCTAAAG-GACATAT-TC-------A-TA-CGCAGACCTTCACCA-TTT
gi|24 : AATATTTC---ATA-------ATAAAA--CTA----AAT------------ATT----------C----------AGTCTAAAT----C--AT--A--AAATTAAT---T-TTTCATATTAGAATTTTCTG---T-AA--------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|25 : g------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--GTT-GA--AAC---T-TTT-AC----TT--TTTCTG---T-AATTCA---GTTGACTG------AGTG-GAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAA
gi|26 : ctaaatatttagtctaca--CTA----AA-------------A------------C----------A---TAAATGGT-C--AT--GCTGGG--AAG---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGTCAT-AATATAGGAGTTGAGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGAtgca
gi|28 : agtCTC-----------CT--ACCACGTG-----------AATGCCGTAC----ATTCATACGCTT----GTACATAAGA----AAT------T------AGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCAA-TTTAAAt
gi|29 : gtgaTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATTT----AA
gi|3 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagt----AATCA---GACA------TATACAAGCTTGACAT-TCTAT--TT--TCTTATCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAAT------C-AGGCTCTTTTT-TATTATGCCC--A----GC----------------TA-TGGA-ACTTCCA-CA-TTAAGATGTTT-G--------TCA-----TG-TT-A-GT-TT----CCA-GGT-AGTTTCATAAGCGCCTTTT---C------TTTCGATTC-C--AT-TTTACATCAACTTTC-----------C---ACTACATG-----------AATGTCCTAC----ATT--TACG--------------------------------------------AAACTCAGGATCA--GGGAA-A------C--AGGTGATTTTAAAACATTCTACAG-AAAT--TCAATATTTAG---ATTGCATAGCACACCAAAAGCATTTC---ATAATGGAATATATAGTCCAA----AAT------------A------------T----------A----AAATGATGC--ATTGATTAGA--AAC---TATTT-ATA--GGA--TTCCTA---TCAGAACAGA-AT---CAGAGG----GT---AGT-ACCATACAATATCCCTGGTAGAGAA
gi|30 : caggagaagattgaa--ATTAGA--TAC---T-TTT-ATA--AGA--TTTCTG---T-AATTTAGGAGTTGACAGAGGTATACTGTGA------------AACTCTGGGTAGAGAA
gi|31 : CAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GTCC--ACA-GGTAC-T-TTC------A-TA-AATAAATTTTCACTA--TTAGCTGCTT-tgg
gi|32 : TTCTG---T-AATTTGGGGGTTGACA-----------CGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAA
gi|34 : TAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAA
gi|4 : tagGTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATTT----AATTGCAGGATA------TAAATAG--TT---AC-TCCCG--TT--TCCTT------------------CTGGA------AACTGTTGATACAT------C-AGGCTCTTTTTATA----GCTC--ACT-GGAAC-T-TTCATATACA-TA-TGTACATATCCATAA-TTTCGCTGTTT-AAAT--TA-TCA--------TA-------T----TTATTAC-A-ATTT----CATCCTTTCTTAC------TTTTGAATG-C--ATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------AATGTCGCAC----ATTCATATA-------GTAT-TACGA----A-TTACATGT------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A----ATTT---AC--TT-TTC---TT---ATCA--ATGTA----ATGG-------CACAAAAAATATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------ATTTAGTCTACGCC----------A---TAAATGGCGC--AT--ATta
gi|5 : TTCCTTTGA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA--------------GGT----------------TA-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGTTT-CGCTTCCATT-------TTATA-G-GT-TT----CT-TCAT-A-TT---TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAG-ACT-CGTATGTTTTTATTAAGTATC----------------CTACATG-----------CA-GTAC-GC----ATTC-TACCG------GTAT-TACGA----A-G------TACA---AGCGTACGAATTCTGGATCAACGAG-A-A------C-------AT------CGATT-TAC-----AACATCA--ATTT------------------------GCATTTC---ATA-------A-ATAT--TTAGTCCAAA------------A------------C----------A---CAAATGATGC--A---A-------------------ACA--AGA--TTTCTG---T-AAAA-ACTCTTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|6 : caatctcgggtttaAACACTT-GGAGTCACGTGACAATTT----A-TCACATAATA------TAAACAA--CC---AA-TCTCGGGTT--TA--TTCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA----GGTT--ACT-GACAC------------------------TTTCACAA-TTTAACTGTTT-CGCTTCCATT-------TTATA-G-GT-TT----CT-TCAT-A-TTT--TTACCGCCTTTTCTAC------TTTAGACTC-T--ATGTTTTTAT-----------------------------TA-----------AGTATCCTAC----ATGCATACGCATACCGGTAT-TACGA----A-G------TACATGCAGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAG-A-A------C--A-TCGATTTTA---------------CAACATCA--ATTTGC---ATTT-------CAT---AGATATTTC---GT----------------CCA----AA-------------A------------C----------A---CAAATGATGC--Ata
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------G------T---CAA-------AT-CCT-G--TT--TTCCCTTCCTTTAA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACAT------C-AGGC-ATTTTTATA----G-----------------TT-------C-TG-TGTACATATCCACAA-TTTAGCCGTTT-ATCTCTTATTCA---------A-C-ATGTT----TTATCAT-G--TTTGTTACATCCTCTCTTTC------TTCTGAATT-T--ATGTCTACATCAAATTTT-----------C---A-CACGTG-----------AATATCGTTC----ATCCATACAC------ATTT-TACGA----C-A------T------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTCAAACAATT-
gi|8 : -C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTGTACACCATGTAAATGTCCCAC----ATTCATACGC------ATAT-TACAA----A-T------T------AGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGA-A-A------C--A-GATATTGTGAACAATT-CACAG-TAGGCACCA--ATTTA----ATTG-------CATCAAATATATTTC---ATA-------ATAAAG--CTA----CAT------------ATTTAGTCTAAACC----------A---TAATTGGTGC--GT--ATTAAA--AAC---T-TTT-GCA--AGA--TTT-TG---T-TATTCAGGAGATGACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTC----AATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---CTAG--TA--TCCTTT----------------------------AACAGGTGGC-CAT------C-AGGCTCTTTT-ATA----GCCC--ACT-GACAC-T-C--------A-TA-TGTACGTATCCACAG-TTTAGCCGTTTAGGCTCTTATTCA------------------------------A-TTTTGTTATATCCTCTCTTAC------CTTTGAATT-----------CATCAAATCTC-----------C---A
blockSeqs : T TTTAA CGT CATGCA GCTTGACAT CGGG AA T C TTAAAAG CATGGC GTACAT C T C TTAT G TA CA ACTTTCATATACA CT T T C GTCTCATTTTTTACAATTTTTATCGTATTTT . CGT CACCATGTGCCC TACACCATGTA ATAT CATACCG A TGTG TTACATGT G AC A T AAAACCCAGCG G C CCGAG AT CTAT CATAGCA ATA ATGGAAT GTC GTCC TATTTAGTCCACAAC GTC AT TGA TT AGG A C TT AT TCA C TCTAGGA AT GC A
blockSeqs : . T CAT . TTGTA TG . C A AGG . . . C T . C . T ACTTTGA A T . T GCCTCTTATTCTAAAAGCTTTATTGTATTTG . CC CGCC . . CTT . . GTACATGC . . . . CAGGTG A . TAAG . G . . . A . TAACTAGTATAAAAC . . A . . . . . . . . AGCAGGC TT GC .
blockSeqs : . T CAG . TCGT CG . C A AAG . . . C C . C . C ACTTTGG T T . T ATCTCTTATTCAACATGTTTTATCATGTTTG . C CT . . C . . GTACA . . . . CAGCC A . TTAG . C . . . A . TATTTAGTCTACGCC . . A . . . . . . . . TTTAGCC AT TC .
blockSeqs : . T CAT . TTAC CC . C A GAG . . . G T . C . T ACTTTTA A T . C CGCTTCCATTTTATAGGTTTCTTCATATTT . C C . . C . . GTAA . . . . CAGCG A . CAAG . . . . . A . TATTTAGTCTAAACC . . A . . . . . . . . TATAGGA AT GC .
blockSeqs : . T CAT . CCAA AT . T G ATA . . . A C . A . T AATCTCA A T . T CGCTTCCATTTTATAGGTTTCTTCATATT . C C . . C . . ATT . . . . CAGCA G . TTAA . . . . . A . TATTTAGTCTAAA . . A . . . . . . . . TTTAGGA AA GT .
blockSeqs : . C . . CAT CG . C A AAG . . . C C . C . T TTTTTGA C A . T GTCATGTTAGTTTCCAGGTAGTTTCA . A C . . C . . GT . . . . CTTAC A . TAAA . . . . . G . TACATGT . . A . . . . . . . . TTTGGGG AT GT .
blockSeqs : . . . . TTA AG . T A AAG . . . C T . C . G ACTTCGG C C . T GCCTCTTATTCAACAAATTTTATTG . C C . . C . . TT . . . . CCGAA A . TAAG . . . . . A . TATTC . . A . . . . . . . . TTCAGGA AT GC .
blockSeqs : . . TT G . . . ACT . . . C C . C . A ATATTCA T G . T TATTTTCCAAGTTTTATCGTATTTT . C C . . G . . CA . . . . CAGCA A . AAAT . . . . . A . TAT . . G . . . . . . . . AAAGCC GC GC .
blockSeqs : . AT G . . . . . . . T T . T . T ACTTTCA A T . T AAATTATCATATTTATTACAATTT . T C . . C . . TT . . . . CATCG C . TAGG . . . . . A . TAT . . G . . . . . . . . AACAGA AA AC .
blockSeqs : . . . . . . T C . C . T ACTCA T T . C AGGCTCTTATTCAATTTTG . T C . . G . . AT . . . . CAGCG G . CAA . . . . . T . AAC . . A . . . . . . . . AAACTC . A .
blockSeqs : . . . . A C . G . T TTC T T . C TTTAAATTGCGTCTTA . C C . . C . . TT . . . . CAGAT A . TG . . . . . G . AC . . A . . . . . . . . ATCGC . C .
blockSeqs : . . . . C T . C . . AC T T . . . . C . . C . . TT . . . . AGCA A . TT . . . . . . . AC . . A . . . . . . . . TTCA . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . TT . . . . CA . . AA . . . . . . . AC . . A . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GCCTCTTATTCTACAAGTTTTATCGTATTTN******************* ****** TATTGTAC*****************************
originalCons : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTT-GNCTCCTATTCA-----TT-TA-A-GT-TT----TTATCGT-A-TTTTGTTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AAT------------A------------C----------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
finalCons : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGTTTGCCTCTTATTCTACAAGTTTTATCGTATTTN-------------------TTACAGCCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTC---ATA-------ATATAA--CTA----AATATTGTAC-----------------------------A---TAAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTG---T-AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 1111111111 1111111 3333333333333333 11111 111 2222222222222 111111111111111 11111111111 1111111 222222222222222 11111111111111 1111 8888888888888888888888888 2222222
lowQualScore : 5 11111 666 111111 8888888888 6666 55 3 3 1111111 888888 777777 2 4 1 5555 1 33 33 1111111111111111 44 1 0 2 555 44444 6 111 33 999999 3333333333333 999999 0 888888 7777 0 333333333333333 11111111111 0 5555 3333333 2 5555 000000000000000 2 33 2 2 11111111111111 6 2 33333 33 4444 8888888 0 5555 0 0 1111111111111111111111111 2 0 33 444 33 444 2 2 33 33 777 0000000 44 22 2
lowQualScore : . ..... ... ...... .......... .... .. . . ....... ...... ...... . . . .... . .. .. ................ .. . . . ... ..... . ... .. ...... ............. ...... . ...... .... . ............... ........... . .... ....... . .... ............... . .. . . .............. . . ..... .. .... ....... . .... . . ......................... . . .. ... .. ... . . .. .. ... ....... .. .. .
lowQualScore : 0 77777 222 555555 0000000000 2222 55 5 4 5555555 222222 777777 7 9 4 7777 1 77 88 3333333333333333 22 2 1 9 444 11111 6 888 44 666666 1111111111111 666666 5 888888 4444 8 555555555555555 99999999999 9 3333 1111111 5 0000 666666666666666 5 44 5 5 66666666666666 3 5 22222 77 6666 7777777 1 9999 1 5 3333333333333333333333333 7 3 44 111 77 777 7 7 77 77 333 6666666 44 66 7
consensus : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGT---TT-GCC-TCTTATTCTACAAGTTT------TATCGT-------ATTT--TTACAG------CCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTCATAATA---TAACTAAATA--T-T--GT-----A--------CAT-AAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
Reference ( family-688 ) : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTT----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTCG--TT--TCCTTTCCCTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GCCC--ACT-GGCAC-T-TT-------A-TA-TGTACATTTTCACCA-TTTAGCCGT---TT-GCC-TCTTATTCTACAAGTTT------TATCGT-------ATTTN-TTACAG------CCTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCTAC----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACGATT-TACAG-TNAGCATCA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGTATTTCATAATA---TAACTAAATA--T-T--GT-----A--------CAT-AAATGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AANNCAGGCGTTGACAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAGAGAA
gi|1 : TCTATCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTA----AATCACATGATA------TAAACAA--TT---AT-TCTTG--TT--TCGTTTCCTTTTAA----AAGTTCTGGC------AACAGGTGATACAT------C-GGGCTCTTTATATA----GCTC--ACT-TGCAA-T-TTG------A-TA-TGCACATTTTCACCA-TTTAGCCGT---TT-TTC-TCCTATTCAAAAACTTTAAAGTTTATCGTTATTGTTATTTTATTACAG------CCTTTCTTACGTATACTTTTGAATT-T--ATGTTTACATAAACTCTC-----------C---ATTACGTG-----------GATGTCCTAT----ATTCATACGC------GTAT-TACGA----A-T------G------AGT-TCCAAGTTCGGGATTG--GAG-A-A------C--A-GTAATTTTAAACAATT-TACAG-TTAACATTA--ACACC----ATTG-------CATCAAAAGCATTTCATGCTA---TAACTAAA----------T-----A--------CAT-AAATGATGC--AT--TTTAGA--AAT---T-TTG-ACA--AGA--TTTTTGT---AAAACAGGCGTTCACAGAGGTATAATTCGAGT-AGCGCATGGAACTCTAGGTAGAGAA
gi|10 : ACGTGACA------AAAGTAA--TT-------CCTG--TT--TCCTTTTTCTTTCA-----------GGC------GACAGGTAATGCAT------C-AGACTTTTTTCAAA----GGAC--ACT-GGTAC-T-TTG------A-AA-AGTACATTTTCACCA-TTAAGCTTTAAATT-GCG-TCTTATTC-------------------------------------CAG------CCTTTCT--C------TT-----------AC-TTTACATTAAATCTC-----------CGCCACCACGTG-----------AATGTTCTGC----ATTCATACGC------GTAT-TATGA----A-G------T------AAT-TCCAAATCCAGGATCG--GAG-A-G------C--A-GCCATTTTAAATGATT-TACAG-
gi|11 : C-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCGTCC----ATTCATGCA-------AT-T-TACGA----A-T------T------AGT-TCGAAATTCGGGA--A--GAG-A-A------C--A-GCGATTTTAAACAATT-TACAG-TAAGCATCA--ATTTC----ATTG-------CACCGAAAGCATTTCATAATA---TAACTTGATA--T-TTAGTCCACAA--------CAT-AAATGGTGC--AT--ATTAGA--AGG---T-TTT-ACA--AGG--TTTCTGT---AATCTAGGAGTTGAGAGAGGTATAGTGCGAGT-AGCGCACGGATTTCTGGGTAGAGAA
gi|12 : TTTC------TTTTGAATT-C--ATGTTTACATCACGTGTC-----------C---TCCATGGT-----------AATGACCTAC----ATTCATATGC------GTAT-TACGA----A-C------A------AGT-TCCAGATTCGGGATCA--AAG-A-A------C--A-GCAATTCTAAACAATT-TACAG-TTAGCATCA--ATTTA----AGGG-------CATCAAAAGTATTTCATAATA---CAACCAA-----------------A--------CAT-AACTGGTGCATAT--ATTAGA--AAC---T-TT----------------TGT---AA-------------AGAAGTTTAGTA-GAGT-AGCGCACGAAAC
gi|13 : A----AGGTTCTGGT------AACAGGTGATACATGTACATC-ACGCTCTTTTTTTA----GCCC--ACC-AGTAC-T-TT-------GGTA-TGTACATTTTCACCA-TTAAGCCGT---TT-GCC-TCTTATTCAACAAATTT------TATTG---------------TACA-------CTTTTCTTAC------TTTTGAATT-C--ATGCTTACATCA----------------------------------------AATGTCCCAC----ATCCATACAC------GTAT-TACGA----A-T------T------Agatttg
gi|14 : GTTCTGGC------AACAAGTGATACAA------C-AGACT---TTCATA----ACCC--ACT-GGCAC-T-TTT------A-CA-AGTACATTTTCGCCA-TTTAGCTGT---TT-GTC-TCATTTTTTACAATTTT------TATCGT-------ATTTT-TTACAG------CCTTCCTCAC------TTTTGATAC-C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCA-----------------------------------ACGC------GTAT-TACGA----A-A------T------AGT-TCCA-------------------------------------TTTAAACAATT-TACAG-CAAGCATCA--ttatagaccagacttgctagcgtcaaacaat
gi|15 : TCAAATTCC-----------C---ACCACGTG-----------AATGTCCAAC----ATTCATAGGC------GTAT-TAGGATGTGG-T------T------AAT-TCAAAGTTCAGGATCA--GAA-A-A------CTTA--C-ATTTTAAATGACT----AA-TG---------ACTTA----TATG--------ACTAAA--TAT---AAAATC---TA---AAATA--CAT--GT---------------AT-AGCTGATGC--AT--ATTAGA--AACAGGT-TTT-CCA--AAG--CTTTT
gi|16 : ATT-TACAG-TTAACATAA--ATTTA----ATTG-------CACCAAAAGCATTTCATAATAATATAACGAGATA--T--------------------------ATAGTCT--AT----------------T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---AAATC--GCGTTGACAGAGGTATAATGCGAGGAAACGCTTGGAACTCTGGGTAAAG
gi|17 : a------TTTTAGATT-A--ATGTTTGTATCAAATCTG-----------C---ACCACCTG-----------GATGTCGTTC----ATCCACACAG------ATAT-TGCAA----A-T------T------AGT-TTCAAATTCGGGATAA--GAG-A-A---------A-GCAATTTTCAAAAAAT-TA-AGCCGAGCATAA--ATTTA----ATCG-------CAC
gi|18 : TG-------CACCAAAAGTATTTCAT
gi|18 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgC--AT---TTAGA--AAC---T-TTA-ACA--AGA--TTTCTGT---CAAGCAGGCGTTGATAGAGGTATAGTTCAAGA-AGCGCACATAACTCTCGATAGTGAttagaaactttaacaagatttctgtcaagcaggcgttgatagaggtatagttcaagaagcgcacataactctcgatagtgagtg
gi|19 : aaacagcttcctaaacaacggctgaagctctgtgcaccaaaagtatttTGCCAACTTTTTGGAA-CACGT-ACAATTT----CATCACATGATA------TAAAT----TT---GTAT---G--TTAATCC----CCTTT-----------CTCGA------AACAG-TGATACAC------CCAGACTCTTTTTATA----GCCC--ACCAGGCAA-TCTC-------A-TGCTGTACATgtg
gi|2 : acatgTT-GAAATCACGTGACAATT------------------------AAACAG--C----AT-TCTCG--TT--TTCTTCCCCTTTAATTAAAAGTTCTGGCCATGGCAACAGGTGATAAAT------C-AGGTTGTCTTCATA----GACC--ACT-GGCTT-T-TTG------A-GA-AGTACATTTCTACCA-TTTATCTGT---TT--------TATTTTCCAAGTTT------TATCGT-------ATTT--TTACAG------CCTTTCAAAC-------TTTAAATTCC--ATGTTTACATCAAACATC-----------C---ACCACTTT-----------AATGTCGTACATATATTCATAAGC------GTAT-TTTAA----A-G------TAA----AGC-TTCAAATTCAGGATTA--AAA-ATAAAAACCC--A-GCGATTTTGAAAAATT-TACAG-TAAACATGA--ATATA----ATTG-------CGTCAAAGG-ATTTCATAAAA---TGACTAAATA--T-TTAGTCTA--A--------AAC-AAAAG--AA--AA--ATTAAA--AAC---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGT---GAAA-AGCCGTTGACA---GT------C--GC-AGCACACGGAACTCTAGGTAGAGA
gi|20 : gt----A-T------T------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAA-A-A------C--C-GAAATTTTTAACAATT-CACAG-TAAGCATCA--ATTTACTATATTT-------CACCAAAAGTATTTCATAACA---TAGCTg
gi|21 : tatagtttaatctataaatcttA----AAGTTTCGGC------AATAGGTGATACAT------C-ATGCC--------------CCC--AAT-GGCAC-T-TCG------G-TA-CGAACATTTTCGTCA-TTTATCCGT---TT-GCC-TCTTATTCTAAAAGCTT------TATTGT-------ATTTG-TTACAG------CTTTT
gi|22 : ATCA--ATTGA----ATTG-------CAGCAAGGCTATTTCATACTA---TAATTAAATAACT-A--GT-----ATAAAA---CAT-AAACGGTGC--AT--ATTAGA--AAC---T-TTT-ACA--AGA---TTCTGT---AATTTAGCCGTTGACAGAG
gi|23 : aat------TAAACAA--TC---GT-TCTCC--TT--TTCTTTCCCTTTAA----GAGTTCTAGA------AATGGGGGATAAAT------C-CGGCTATTTTCAGA----GCCCTAAAG-GACATAT-TC-------A-TA-CGCAGACCTTCACCA-TTT
gi|24 : AATATTTCATAATA---AAACTAAATA--T-TCAGT--------------C-T-AAAT----C--AT--A--AAATTAAT---T-TTTCATATTAGAATTTTCTGT---AA--------------GAGGTAAAATGCGAGT-AGCACATGGAACTCTGGTTA
gi|25 : gCTAAATA--T-TTAGTCTACAA--------CAT-AAATGGTGC--AT--GTT-GA--AAC---T-TTT-AC----TT--TTTCTGT---AATTCA---GTTGACTG------AGTG-GAGT-AGCGCACGGAAC-CAGGGTAGAGAA
gi|26 : -----A--------CAT-AAATGGT-C--AT--GCTGGG--AAG---T-TTT-ACA--AGA--TTTCTGTCATAATATAGGAGTTGAGAGAG--ATAGTGTAAGC-AGCGCATGGAACTCTGGGTTGAGAtgca
gi|28 : agtctaaaCTC-----------CT--ACCACGTG-----------AATGCCGTAC----ATTCATACGCTT----GTACATAAGA----AAT------T------AGT-TCTGAATTGGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCAA-TTTAAAt
gi|29 : gtgaTCTGTCGACTCTT-GGAATGACTTTACAATTT----AA
gi|3 : attccctcaccgccagagggcacgttacacaagtgtttcttgcagt----AATCA---GACA------TATACAAGCTTGACAT-TCTAT--TT--TCTTATCACTTTAA----ATATTCTAGC------AACAGGTGATAAAT------C-AGGCTCTTTTT-TATTATGCCC--A----GC----------------TA-TGGA-ACTTCCA-CA-TTAAGATGT---TT-GTCATGTTAGTTTCCAGG---------TA--GT--------TTCA-TAAGCG------CCTTTT---C------TTTCGATTC-C--AT-TTTACATCAACTTTC-----------C---ACTACATG-----------AATGTCCTAC----ATT--TACG--------------------------------------------AAACTCAGGATCA--GGGAA-A------C--AGGTGATTTTAAAACATTCTACAG-AAAT--TCAATATTTAG---ATTGCATAGCACACCAAAAGCATTTCATAATG---GAAT---ATA--T-A--GTCCAAAA--------TATAAAATGATGC--ATTGATTAGA--AAC---TATTT-ATA--GGA--TTCCTATC--AGAACAGA-AT---CAGAGG----GT---AGT-ACCATACAATATCCCTGGTAGAGAA
gi|30 : caggagaagattgaa--ATTAGA--TAC---T-TTT-ATA--AGA--TTTCTGT---AATTTAGGAGTTGACAGAGGTATACTGTGA------------AACTCTGGGTAGAGAA
gi|31 : CAT------C-AGGCTCTTTTCATA----GTCC--ACA-GGTAC-T-TTC------A-TA-AATAAATTTTCACTA--TTAGCTGC---TT-tgg
gi|32 : TTCTGT---AATTTGGGGGTTGACA-----------CGAGT-AGCGCACGGAACTCTGGGTAAAAA
gi|34 : TAGTGCGAGT-AGCGCACGGATCTCCGGGTAGAGAA
gi|4 : tagGTCAATTCCT-GGAATCACGTGACAATTT----AATTGCAGGATA------TAAATAG--TT---AC-TCCCG--TT--TCCTT------------------CTGGA------AACTGTTGATACAT------C-AGGCTCTTTTTATA----GCTC--ACT-GGAAC-T-TTCATATACA-TA-TGTACATATCCATAA-TTTCGCTGT---TT-A--------------AA---T------TATCAT-------ATTTA-TTACAATTTCATCCTTTCTTAC------TTTTGAATG-C--ATGTTTACATCGAATCTCCACCATGTGCCC---ACCACGTG-----------AATGTCGCAC----ATTCATATA-------GTAT-TACGA----A-TTACATGT------AGT-TCCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A----ATTT---AC--TT-TTC---TT---ATCA--ATGTA----ATGG-------CACAAAAAATATTTCATAATA---TAACTAAATA--T-T---T-----AGTCTACGCCAT-AAATGGCGC--AT--ATta
gi|5 : TTCCTTTGA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA--------------GGT----------------TA-TG-ACACTTTCACAATTTTAACTGT---TTCGCT-TC-CATTTTATAGGTTT------CTTCAT-------ATT---TTACCG------CCTTTTCTAC------TTTAG-ACT-CGTATGTTTTTATTAAGTATC----------------CTACATG-----------CA-GTAC-GC----ATTC-TACCG------GTAT-TACGA----A-G------TACA---AGCGTACGAATTCTGGATCAACGAG-A-A------C-------AT------CGATT-TAC-----AACATCA--ATTTGC---ATTT-------CAT---AAATATT---TAGT-------CCAAA----------------A--------CAC-AAATGATGC--A---A-------------------ACA--AGA--TTTCTGT---AAAA-ACTCTTCGACAGAGGTGCAGTGCTCGT-AATGCATAAAACTCGGGGTAGAGAA
gi|6 : caatctcgggtttaAACACTT-GGAGTCACGTGACAATTT----A-TCACATAATA------TAAACAA--CC---AA-TCTCGGGTT--TA--TTCCTTTGAA----AAGTTCTGGC------CACAGGTGATACAT------C-AGATTTTTTTCACA----GGTT--ACT-GACAC------------------------TTTCACAA-TTTAACTGT---TTCGCT-TC-CATTTTATAGGTTT------CTTCAT-------ATTT--TTACCG------CCTTTTCTAC------TTTAGACTC-T--ATGTTTTTAT-----------------------------TA-----------AGTATCCTAC----ATGCATACGCATACCGGTAT-TACGA----A-G------TACATGCAGT-ACCGAATTCTGGATCA--GAG-A-A------C--A-TCGATTTTA---------------CAACATCA--ATTTGC---ATTT-------CAT---AGATATTTCGT----------CCAAA----------------A--------CAC-AAATGATGC--Ata
gi|7 : taCTT-GGAATCACGTGACAATTTTTAAAATCA------G------T---CAA-------AT-CCT-G--TT--TTCCCTTCCTTTAA----ACTTTCTGGC------AAATGGAGATACAT------C-AGGC-ATTTTTATA----G-----------------TT-------C-TG-TGTACATATCCACAA-TTTAGCCGT---TT-ATC-TCTTATTCAACATGTTT------TATCAT-------GTTTG-TTACAT------CCTCTCTTTC------TTCTGAATT-T--ATGTCTACATCAAATTTT-----------C---A-CACGTG-----------AATATCGTTC----ATCCATACAC------ATTT-TACGA----C-A------T------AGT-TTCAAATTCGGGATCA--GAG-A-A------C--A-GCGATTTCAAACAATT-
gi|8 : -C--ATGTTTACATCAAATCTC-----------C---ACCACGTGTACACCATGTAAATGTCCCAC----ATTCATACGC------ATAT-TACAA----A-T------T------AGT-TCCAATTTCGG-ATTA--GGA-A-A------C--A-GATATTGTGAACAATT-CACAG-TAGGCACCA--ATTTA----ATTG-------CATCAAATATATTTCATAATA---AAGCTACATA--T-T---T-----AGTCTAAACCAT-AATTGGTGC--GT--ATTAAA--AAC---T-TTT-GCA--AGA--TTT-TGT---TATTCAGGAGATGACAGATGTAAAGTACGAGT-AACACGCGGAACTATGGGTAGTGA
gi|9 : TCTGTCAACTCTT-GGAATCACGTGACAATTC----AATAACATGATACATGCATAAACAG--TT---A---CTAG--TA--TCCTTT----------------------------AACAGGTGGC-CAT------C-AGGCTCTTTT-ATA----GCCC--ACT-GACAC-T-C--------A-TA-TGTACGTATCCACAG-TTTAGCCGT---TTAGGC-TCTTATTC----AATTT------TGTTAT-------AT----------------CCTCTCTTAC------CTTTGAATT-----------CATCAAATCTC-----------C---A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTTCTCATAAGAGAGCGCGTTACGTAGGCTCTGTGAACACTAGAAAAATAGTTCCAGTCGCATGGCATTTTAATCACACTACATGTAAACAA
Unaligned ( gi|33 ): GTGACANGACTATTTCCTCACCACAAGGTGCGTTACGCAAGCCCGTC