lowQualScore                  :                           111111                                  11111111                                                  1                                                                                                           11111                                      22222222222222222                        22222222222    1111111           333333333333                      1             
lowQualScore                  :              6  555       111111               33                 11111111       22    666     55   2 33      2    9      2 5    4     1    666666     1  2 4 33    4 2    2   5555         2   2  7        9 2         6 33    2 66666 22222  55      2   2   2 2    6666 444 2   55555555555555555 5 33  88  3 5 55   33  55555555555    5555555  2 7   33 444444444444  444      2          7  55         
lowQualScore                  :              .  ...       ......               ..                 ........       ..    ...     ..   . ..      .    .      . .    .     .    ......     .  . . ..    . .    .   ....         .   .  .        . .         . ..    . ..... .....  ..      .   .   . .    .... ... .   ................. . ..  ..  . . ..   ..  ...........    .......  . .   .. ............  ...      .          .  ..         
lowQualScore                  :              7  888       888888               99                 66666666       88    999     99   5 44      4    4      4 1    7     1    888888     2  4 7 22    7 4    4   0000         4   4  1        2 5         6 44    5 22222 55555  99      5   7   7 7    2222 777 7   55555555555555555 0 44  44  6 0 77   77  33333333333    0000000  7 0   77 222222222222  777      7          0  55         
consensus                     :   AGTTTTACCTC-TA---GAACCGTTC-CTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATTA-TTCAAA-AATACCAATT------ACACCCAA-A-C--TGGC-T-AATC-CTC----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAACACAC-AATGATCATAA--TTGC-A-----T-----AC--TTTAAT-TAC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TTG----ATG-A--AAG--GT-T--TA--TTTA-G-TATA--TC-T-A-------ATAA-----G-TA-ATTAA--AAT----AN---TAA---GGGCGA-TAACTCTCGCTAT--GAAATCAGT
Reference ( gi|3 )            :   AGTTTTACCTC-TA---AAACCGTCC-CTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATTA-TACAAA-AATACCAATT------ACACCCAA-A-C--TGGC-T-AATC-CTT----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAACACGC-AATGATCATGA--TTGC-A-----T-----AC--TTTAAT-TAC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TTG----ATG-G--AAG--AT-T--TA--TTCA-G-CATA--TC-C-G-------ATAA-----A-TA-ATTAA--ATT----AT---TAA---GGGCGA-TAACTCTCGCAAT--GAAATCAGT
gi|7                          :   AGTTTTACCTC-TA---GAACCGTTC-TTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCG-T------TTCATAT-ATGA-T--CGCAG--TGC-A--TAACTATTTTACAAATTA-TTCAAA-AATATCAATT------ACACCCAA-A-C--TGGC-T-AATC-C-T----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAACACAC-AATGATCATAA--TTGC-A-----T-----AC--TTTAAT-TACAAAA-A-ATTA-A--C---A-TTG----ATG-A--TAG--GT-T--TA--ATCA-G-CATA--TC-T-A-------ATTA-----G-TA-AATAA--AAT----GA---TAA---GGGCGA-TAACTCTCGC
gi|4                          :  gAGTTTAGCCGC-TA---AAACCATAC-TTTAACCAATGTCAAGAA-GAATCCTACATACCTGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATTA-TTCAAA-AATACTAATT------ACACCCAA-A-C--TAGC-A-AATC-CTC----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAACACAC-AATGATCATAA--TTGC-ATACCGT-----AC--TTTAAT-TAC-CAA-A-ATTA-G--C---A-TT--------------G--AT-T--CA--TTTA-G-CATA--TCTC-ATAACTTCATAA-----G-TA-ATTAA--AAT----GA---TAA---GGGCGA-TAACTCTCGCTAT--ta
gi|8                          :   AGTTTTACCTC-GA---GAACCGTTT-CTAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--CGT-A--TAACTA-TTTACAAATTA-TTCCAA-AATACCAATC------ACACCCAA-A-C--TGGC-T-AATCACTT----A-AGTATCC-ACT-AT-AGAAACACAC-AATGATCATAA--TTGT-A-----T-----ACT-TTTAATCTAC-CAA-A-ATCA-A--C---AGTTG----ATGAG--AAG---T-T--TA-----G-A-TATATCTC-T-A-------ATAAGT---G-TA-AATAA--AAT----GC---AGG---GGGCGA-TAACTCTC
gi|5                          :  gAGTTTTACCTC-TA---GAACCGTTC-T--AACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTTCTAT-TTGATTAGCGTAG--T-T-A--AAACTA-ATTA-----CA-TTTAAA-AATACCAATT-------CACCCAATA-C--TGGC-T-AATC-CTT----ATAGTATCCAATT-AT-AGAAACACAC-AATGATCATAAGTTTGTAA-----T-----AC--TTT-AT-TA--------------------A-TTG----A---G--AAG---T-T--TA--ATTT-G-TATC--TC-T-A-------ATAA-----AGTATATAAA--ATG----A----TAA---GGGCGA-TAAC-CTCGCTATTACAAATAAGT
gi|21                         :   AGTTTAACCCC-TA---GAACCGTTA-CTTAACAATCATCAAGAA-GAATCCTACATATCCGCA-TGCGCAGTTCATAT-gcgtacagc
gi|23                         : cgAGTTCCACCTC-CA---GAACTGTTC-TTAATCAATCGTCAAAAT-AAATCCTACATA
gi|2                          :  cgGTTTTACCTC-GA---GAACCGTTC-TTAAACCACCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTAATAT-ATGATT--CGTAA--TGT-A--TAACTA-TTGAATAATTA-TACGAA-AATACCAATT------ACACCC-A-A-C--TGGA-T-AATC-CTTAAGGATAGTGGAT-ACT--T-AGAAACACAT-AATGATCATAA--TTGT-A-----T-----AC---TTAAT-TAC-CAA-A-ATTA-A--T---A-TTG----ATG-A--TAG--GT-T--TA--CTTA-A-TATA--TC-C-C-------ATAA-----G-TA-ATTAA--AAT----AT---TAA---GGGCGA-TAA--CTCGCTAT--AAAAT
gi|1                          :     TTTTACCTC-TA---GAAGCATTC-CCAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCAGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATTA-TTCAAA-AATACCAATT------ACACCCAA-A-T--TGGC-T-ATTC-CTC----ATACTATCC-AAT-AT-AGAAACACAC-AATTATCATAA--TTGC-A-----T-----AC--TTTAAT-TAA-CAA-ACATAA-A--C---T-TTG----ATG-A--TAG--GG-T--TA--TTTA-G-TATA--TC-T-C-------ATAA-----G-TA-ACTAA--AAT----AT---TAA---GGGCGA-TAACTCTCGCTAT--GAAATCAGTaacgcatacagc
gi|15                         :    aTTTTACCTA-CGGAGAAACCG-CT-CTTAACCAGCGTCAA-AA-GAATCCTACAC----------------TCATATGATGAT---CGTAG--CGTTA--TAACTA-TT-GACAATTA-ATCAAA-AATACCAATT------ACACCCAA-AAC--TGGC-T-AATC-CTT----ATAGTATTC-ACTAAT-AG-AACACAC-AATGATCATAA--TTGT-A-----T-----AC--TTTAAT-Tcatacag
gi|9                          :    gtTTTACCGCATA---AACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT-A-T-CAAATAATACAATTT------ACACC--A-A-C--TAGCAT-AATC-CTC----ATAGTATCC-AC--ATGAGAAACAC-C-AATA--CATAA---TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-TAC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTGGATCATA-GCTATG--ATCT--CA--TACACGTCATA--AG-T-A-------ATAA-----A-AA-A--AA--ATG----AT-----A---AGGCGA--AACTCTC-CTAT--GAgagaagtttaatt
gi|10                         :      TTTACCGCATA---AACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT-A-T-CAAATAATACAATTT------ACACC--A-A-C--TAGCAT-AATC-CTC----ATAGTATCC-AC--ATGAGAAACAC-C-AATA--CATAA---TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-TAC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTGGATCATA-GCTATG--ATCT--CA--TACACGTCATA--AG-T-A-------ATAA-----A-AA-A--AA--ATG----AT-----A---AGGCGA--AACTCTC
gi|17                         :         ACCTC-TA---AAACCATCC-TGCAACCAGTGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-GTGATC--CATAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATTATTTCAAA-AATACTGATT------ACACCCAA-A-C--TGGC-A-AATC-CTC----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAACACGC-ctatg
gi|11                         :                                taACCAGAGTTAAGAA-GAATTCTACATACCCGCA-T------TCCATAT-ATGATC--CGTAACTTGT-A--TAACTG-TTTACAAATTA-TTCAAA-AATACAAATT------ACACCCAA-A-C--TGGC-T-AATT-CTT----GTAGTATCC-ATT-AC-AGAAACGCAC-AATGATCATAA--TTGC-A-----T-----AC--TTGAAT-TAC-AAA-A-ATTA-A--C---A-TTG----ATG-A--TAG--GT-T--TA--TTTA-G-TATA--TC-T-C-------ATAA-----G-TA-AATAA--AAT----AA---TAA---GGGCGA-TAACTCTCGCTAT--caa
gi|6                          :                                cacCCAATGTCAAAAA--AATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CATAGT-TGT-ATTTAACTA-TTTACAAATTA-TTCAAA-AATAC--ATTAAGATAACACCAAA-A-CTGTGGC-A-AATC-CTC----ATAGTATCC-ACT-ATAAGAAACACACAAATGATCATAA--TTGC-A-----T-----ACTTTTTAAT-TAC-CAATA-ATTT-AGCC---A-TTG----A-----------GT-TCACA--TTTA-G-CATA--TT-T-C-------ATAACTTTCA-TA-G-TAA--ATTAAAAATGA-TAAGGGGGGCGATTAACTCTCGCTAT--GAA
gi|12                         :                                    acGCGTCAGGAA-GAATGCTACATACCCGAG-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATTA-TTCAAA-AATACTAATT------ACACCCAA-AAC--TGGC-T-AATC-CTT----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAACACAC-AATGATCAAAA--TCGC-A-----T-----AT--TTTAAT-TAC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TTG----ATG-A--AGG--GT-T--TA--TTTA-G-TATA--TC-T-C-------ATAA-----G-TA-ATCAA--A-T----AA---TAA---GGGCGA-CAACTCTCGCTAT--GAAATCAG
gi|19                         :                                           AAGAACAAATTCTACATATCCGCAGC------TTCATAT-ATAATC--CGTAG--TAT-A--TAATTA-TTTACAAATTG-AATAAA-AATACCAAAT------ATAATTAA-A-C--TGAC-T-GACT-TTT----ATCAAATCC-ACA-AT-AAAAa
gi|14                         :                                                  tATTCTAGATATCCGTAGC------TTCATAT-ATGATC--TGTAG--TGT-T--CAATTA-TTTGCAAATTC-AATAAA-AATACTAATT------ATACTAAA-A-C--CGGT-T-GATC-TTC----ATATAATCC-ACT-AT-AAAATTACAC-AATAATAATAA--TTGT-A-----T-----GC--TTAAAT-T-T-TAA-A-ATTA-A--C---A--TG----ATA-A--AAT--AT-T--TAT-TTTA-G-TATA--TT-T-G-------ATAA-----G-TA-ATTAAGGA-T----GG---CAA---GGGCTA-TAtc
gi|18                         :                                                                                          aacagG--TGT-A--TAATTA-TTTTAAAGATA-TTCAAA-AATACCAATT------ACACCGAC-A-C--TGGC-TAAATC-CCC----ATAGTATCC-ACT-AT-AGAAA-ACAC-A-----------------A-----T-----AC---TTAAT-TAC-CAT-A-ATTA-A--CACGA-TTG----ATG-A--AGGA-AT-T--TAAGTTTA-G-
gi|16                         :                                                                                                           ttTA-TTTAAACATTA-TTCGAA-AATTCCAATT------ACACCCAA-A-C--TGGC-T-AATC-CTT----ATAGTATCC-AAT-AT-AGATACACAC-AATGATCATAA--TTGC-A-----T-----AC--TTTAAT-TAC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TTA----ATG-T--TAG--GT-T--TA--TTTA-G-TATA--CC-T-T-------ATAA-----G-TA-ATTAA--ATA----ATAAATAA---GGGCGA-TAACT-TCGCTAC--GAAAattggtatctctatag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                     aaATAA--TTGT-A-----T-----AC--TTAAAT-T-T-TAA-A-ATTA-C--C---A--TA----AT-----AAGGTAT-G--TAT-TTTA-G-TATA--TT-T-A-------ATAA-----G-TA-ATTAG--A-T----ATGA-CAA---GGGCTA-TAa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaaa-T--TA--TTTA-G-TATA--TT-CTA-------ATAA-----G-TA-ATTAA--AAA----AC-----A---AGGCGA-TAACTCTTGCTAT---AAATCAG

Unaligned ( gi|13 ): TACAAATTATTATAAAAAACAACCAATAAATACATAGACTTACACCCAAATAACTGTGCTCAATTCTCCACTATAAGTCAGTCACACATAAATAACACACGAGCTGAAACATGATATAGCGCCATACAGTATAATCCAATAAATATTAACATTTTGATGATTAGGTTTAGCTGTTAAAGCACCTATCTCTTCATAAGTAATTAAAAATGATAAACCGAGTCAGATAACTCTCAGCTATGAA

lowQualScore                  :                                                                      11111111                                                                      1111111111111                                                                                                            11111                                                                                     111111111                     1111                                                     
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lowQualScore                  :                .  . ...   .  .  . .               ..                 ........       .      ..     ..   . ..      .          .. . . ..   .    .     ............. ......     .  . ... ..  .  . .    .  .....   .  ..   . .  . . .   .       .  ..    .     .......   . ..... .....  ..      . .  .   . .    . .. ... .  ..     ..  .  . ..  ..   ...........   ..   .  .........  . ........ ..  .   .... .  .. .  ...   ...    ..  .        .     ..         
lowQualScore                  :                2  4 444   2  2  8 0               11                 44444444       4      44     66   4 22      2          88 1 1 99   2    1     6666666666666 111111     1  1 999 99  1  2 2    1  22222   1  99   1 1  1 1 3   1       2  22    4     6666666   4 66666 11111  33      2 2  4   4 7    7 22 111 4  99     33  4  7 33  55   22222222222   11   2  111111111  4 55555555 22  4   0000 7  66 4  222   222    22  4        7     22         
consensus                     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAN-AG-GT-T--TA--TTT-----A-----GTA--TAT-CT-N-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
Reference ( family-6756 )     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAA-AG-GT-T--TA--TTT-----A-----GTA--TAT-CT-A-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-ANTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|1                          :       TTTTACCTC-TAGA---AGC-AT-TCCCAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCAGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---T--TG-GC-T-ATTC-CTC----ATA-CT--ATC-C-AATA-T-AGA-AACACAC-AA--TTAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AA-CAA-ACATAA-A--C---T-TT--GATGAT-AG-GG-T--TA--TTT-----A-----GTA--TAT-CT-C-------AT-A--------A--GT-AAC----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|10                         :       aTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GATCAT-AG-CTAT--GA--TCT-----C-----ATA--CAC-GT-C-------AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--catacag
gi|11                         :                                     ACCAGAGTTAAGAA-GAATTCTACATACCCGCA-T------TCCATAT-ATGATC--CGTAACTTGT-A--TAACTG-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CAAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATT-CTT----GTA-GT--ATC-C-ATTA-C-AGA-AACGCAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTGAAT-T-AC-AAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAT-AG-GT-T--TA--TTT-----A-----GTA--TAT-CT-C-------AT-A--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-AATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|12                         :                                      cacGCGTCAGGAA-GAATGCTACATACCCGAG-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CAAAA--T----CGC-A-----T-----AT--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAA-GG-GT-T--TA--TTT-----A-----GTA--TAT-CT-C-------AT-A--------A--GT-AAT----C--A--A-AT-AATAA---GGGC--GA-CAACTCTC-GCTAT--GAAATCAG
gi|13                         :                                                                                                                     TACAAATT--A-TTATAAAA-AACAACCAATAAATACATAGACTT------ACACCCAA-ATAAC--TGTGC-TCAATT-CTCCACTATAAGTCAGTCAC-AC-A-T-AAATAACACAC-GAGCTGAAACATGA--TATAGCGCCA-----T-----ACAGTATAAT-CCAA-TAA-ATATTA-A--C---A-TTTTGATGATTAG-GT-T--TA--GCTGTTAAA-----GCACCTAT-CT-CTTC----AT-A--------A--GT-AAT----TAAA--A-AT-GATAAACCGAGTCAGA-TAACTCTCAGCTAT--GAAa
gi|14                         :                                                      ATTCTAGATATCCGTAGC------TTCATAT-ATGATC--TGTAG--TGT-T--CAATTA-TTTGCAAATTCAA-T----AAA-AATA-CTAAT-------------T------ATACTAAA-A---C--CG-GT-T-GATC-TTC----ATA-TA--ATC-C-ACTA-T-AAA-ATTACAC-AA--TAAT-AATAA--T----TGT-A-----T-----GC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-A--C---A--T--GATAAA-AT-AT-T--TAT-TTT-----A-----GTA--TAT-TT-G-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AAG-G-AT-GGCAA---GGGC--TA-TA
gi|15                         :  aacagTTTTACCTA-CGGAGAAACC-GC-TC-TTAACCAGCGTCAA-AA-GAATCCTACAC----------------TCATATGATGATC---GTAG--CGTTA--TAACTA-TTGACAA-TT--A-ATC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATT-C-ACTAAT-AGA-A-CACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTTAAT-T-
gi|16                         :                                                                                                              gtTA-TTTAAACATT--A-TTC--GAA-AATT-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-AATA-T-AGA-TACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--AATGTT-AG-GT-T--TA--TTT-----A-----GTA--TAC-CT-T-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AAATA-ATAAATAA---GGGC--GA-TAACT-TC-GCTAC--GAAAgagaagtttaatt
gi|17                         :         aaACCTC-TAAA---ACC-AT-CCTGCAACCAGTGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-GTGATC--CATAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--ATTTC--AAA-AATA-CTGAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-a
gi|18                         :                                                                                                taG--TGT-A--TAATTA-TTTTAAAGAT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCGAC-A---C--TG-GC-TAAATC-CCC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AA-ACAC-A------------------------A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAT-A-ATTA-A--CACGA-TT--GATGAA-GGAAT-T--TAAGTTT-----AGATTGGTA--TCT-CT-A-------caa
gi|19                         :                                            ttAAGAACAAATTCTACATATCCGCAGC------TTCATAT-ATAATC--CGTAG--TAT-A--TAATTA-TTTACAAATTGAA-T----AAA-AATA-CCAAA-------------T------ATAATTAA-A---C--TG-AC-T-GACT-TTT----ATC-AA--ATC-C-ACAA-T-AAA-Atag
gi|2                          :     tGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TCTTAAACCACCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTAATAT-ATGATT--CGTAA--TGT-A--TAACTA-TTGAATAATT--A-TAC--GAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCC-A-A---C--TG-GA-T-AATC-CTTAAGGATA-GT--GGA-T-ACT--T-AGA-AACACAT-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--T---A-TT--GATGAT-AG-GT-T--TA--CTT-----A-----ATA--TAT-CC-C-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAA--CTC-GCTAT--AAAATtc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-C--C---A--T--AAT--A-AG-GTATG-TAT-TTT-----A-----GTA--TAT-TT-A-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AG--ATAT-GACAA---GGGC--TA-TAaacgcatacagc
gi|21                         : aaaaAGTTTAACCCC-TAGA---ACC-GT-TACTTAACAATCATCAAGAA-GAATCCTACATATCCGCA-TGCGCAGTTCATAT-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cg-T--TA--TTT-----A-----GTA--TATTCT-A-------AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-A--AACAA---GG-C--GA-TAACTCTT-GCTAT---AAATCAG
gi|23                         :     AGTTCCACCTC-CAGA---ACT-GT-TCTTAATCAATCGTCAAAAT-AAATCCTACATAacgtacag
gi|3                          :   cgAGTTTTACCTC-TAAA---ACC-GT-CCCTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TAC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-AA--TGAT-CATGA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGGA-AG-AT-T--TA--TTC-----A-----GCA--TAT-CC-G-------AT-A--------A--AT-AAT----T-AA--A-TT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCAAT--GAAATCAGT
gi|4                          :     AGTTTAGCCGC-TAAA---ACC-AT-ACTTTAACCAATGTCAAGAA-GAATCCTACATACCTGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TA-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-ATACCGT-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-G--C---A-TT--GA---------T-T--CA--TTT-----A-----GCA--TAT-CTCATAACTTCAT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|5                          :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TC--TAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTTCTAT-TTGATTAGCGTAG--T-T-A--AAACTA-ATTAC-------A-TTT--AAA-AATA-CCAAT-------------T-------CACCCAATA---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-CAATTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAAGTT----TGTAA-----T-----AC--TTT-AT-T-A--------------------A-TT--GA-GAA----GT-T--TA--ATT-----T-----GTA--TCT-CT-A-------ATAA--------A--GT-ATA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAAC-CTC-GCTATTACAAATAAGT
gi|6                          :                                      CCAATGTCAAAAA--AATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CATAGT-TGT-ATTTAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-C--AT-------------TAAGATAACACCAAA-A---CTGTG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-TAAGA-AACACACAAA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----ACTTTTTAAT-T-AC-CAATA-ATTT-AGCC---A-TT--GA--------GT-TCACA--TTT-----A-----GCA--TAT-TT-C-------AT-AACTTTCATA--GTAAAT----TAAA--A-AT-GATAAGGGGGGC--GATTAACTCTC-GCTAT--GAAgcgtacagc
gi|7                          :   acAGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCTTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCG-T------TTCATAT-ATGAT---CGCAG--TGC-A--TAACTATTTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-TCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CT-----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-ACAAAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAT-AG-GT-T--TA--ATC-----A-----GCA--TAT-CT-A-------AT-T--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTA
gi|8                          :    gAGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TTCTAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--CGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--CAA-AATA-CCAAT-------------C------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATCACTT----A-A-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----ACT-TTTAATCT-AC-CAA-A-ATCA-A--C---AGTT--GATGAG-AA-GT-T--TA--GAT-----A------TA--TCT-CT-A-------AT-A--------AGTGT-AAA----T-AA--A-AT-GCAGG---GGGC--GA-TAACTCTC-
gi|9                          :       gTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GATCAT-AG-CTAT--GA--TCT-----C-----ATA--CAC-GT-C-------AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--GA

lowQualScore                  :                                                                      11111111                                                                      1111111111111                                                                                                            11111                                                                                                                  1111                                                     
lowQualScore                  :                6  1 555   6  6  3 1               33                 00000000       2      33     55   2 33      2          55 2 4 22   4    2     1111111111111 666666     0  2 777 22  2  4 4    2  99999   2  22   2 2  0 2 6   2       2  33    2     5555555   4 55555 11111  88      2 2  2   2 4    4 33 444 2  77     77   33 4 33  55   77777    33   2 88888888 5555  2 88888888 33  2   0000 4  55 2  2     888    33  2        2     44         
lowQualScore                  :                .  . ...   .  .  . .               ..                 ........       .      ..     ..   . ..      .          .. . . ..   .    .     ............. ......     .  . ... ..  .  . .    .  .....   .  ..   . .  . . .   .       .  ..    .     .......   . ..... .....  ..      . .  .   . .    . .. ... .  ..     ..   .. . ..  ..   .....    ..   . ........ ....  . ........ ..  .   .... .  .. .  .     ...    ..  .        .     ..         
lowQualScore                  :                2  4 444   2  2  8 0               11                 44444444       4      44     66   4 22      2          88 1 1 99   2    1     6666666666666 111111     1  1 999 99  1  2 2    1  22222   1  99   1 1  1 1 3   1       2  22    4     6666666   4 66666 11111  33      2 2  4   4 7    7 22 111 4  99     33   22 4 11  33   88888    22   4 55555555 1111  4 55555555 22  4   0000 7  66 4  4     222    22  4        7     22         
consensus                     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AGTA--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
Reference ( family-6756 )     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAN-AGG--T-T--TA--TTT-----AGTA--TAT-C--------TN---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|1                          :       TTTTACCTC-TAGA---AGC-AT-TCCCAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCAGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---T--TG-GC-T-ATTC-CTC----ATA-CT--ATC-C-AATA-T-AGA-AACACAC-AA--TTAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AA-CAA-ACATAA-A--C---T-TT--GATGAT-AGG--G-T--TA--TTT-----AGTA--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAC----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|10                         :       aTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GATCAT-AGC--TAT--GA--TCT-----CATA--CAC-G--------TC---AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--catacag
gi|11                         :                                     ACCAGAGTTAAGAA-GAATTCTACATACCCGCA-T------TCCATAT-ATGATC--CGTAACTTGT-A--TAACTG-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CAAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATT-CTT----GTA-GT--ATC-C-ATTA-C-AGA-AACGCAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTGAAT-T-AC-AAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AGTA--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-AATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|12                         :                                      cacGCGTCAGGAA-GAATGCTACATACCCGAG-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CAAAA--T----CGC-A-----T-----AT--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAA-GGG--T-T--TA--TTT-----AGTA--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----C--A--A-AT-AATAA---GGGC--GA-CAACTCTC-GCTAT--GAAATCAG
gi|13                         :                                                                                                                     TACAAATT--A-TTATAAAA-AACAACCAATAAATACATAGACTT------ACACCCAA-ATAAC--TGTGC-TCAATT-CTCCACTATAAGTCAGTCAC-AC-A-T-AAATAACACAC-GAGCTGAAACATGA--TATAGCGCCA-----T-----ACAGTATAAT-CCAA-TAA-ATATTA-A--C---A-TTTTGATGATTAGG--T-T--TA--GCTGTTAAAGCACCTAT-C--------TCTTCAT-A--------A--GT-AAT----TAAA--A-AT-GATAAACCGAGTCAGA-TAACTCTCAGCTAT--GAAa
gi|14                         :                                                      ATTCTAGATATCCGTAGC------TTCATAT-ATGATC--TGTAG--TGT-T--CAATTA-TTTGCAAATTCAA-T----AAA-AATA-CTAAT-------------T------ATACTAAA-A---C--CG-GT-T-GATC-TTC----ATA-TA--ATC-C-ACTA-T-AAA-ATTACAC-AA--TAAT-AATAA--T----TGT-A-----T-----GC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-A--C---A--T--GATAAA-ATA--T-T--TAT-TTT-----AGTA--TAT-T--------TG---AT-A--------A--GT-AAT----T-AAG-G-AT-GGCAA---GGGC--TA-TA
gi|15                         :  aacagTTTTACCTA-CGGAGAAACC-GC-TC-TTAACCAGCGTCAA-AA-GAATCCTACAC----------------TCATATGATGATC---GTAG--CGTTA--TAACTA-TTGACAA-TT--A-ATC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATT-C-ACTAAT-AGA-A-CACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTTAAT-T-
gi|16                         :                                                                                                              gtTA-TTTAAACATT--A-TTC--GAA-AATT-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-AATA-T-AGA-TACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--AATGTT-AGG--T-T--TA--TTT-----AGTA--TAC-C--------TT---AT-A--------A--GT-AAT----T-AAATA-ATAAATAA---GGGC--GA-TAACT-TC-GCTAC--GAAAgagaagtttaatt
gi|17                         :         aaACCTC-TAAA---ACC-AT-CCTGCAACCAGTGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-GTGATC--CATAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--ATTTC--AAA-AATA-CTGAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-a
gi|18                         :                                                                                                taG--TGT-A--TAATTA-TTTTAAAGAT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCGAC-A---C--TG-GC-TAAATC-CCC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AA-ACAC-A------------------------A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAT-A-ATTA-A--CACGA-TT--GATGA--AGGAAT-T--TAAGTTT-----AGcaa
gi|19                         :                                            ttAAGAACAAATTCTACATATCCGCAGC------TTCATAT-ATAATC--CGTAG--TAT-A--TAATTA-TTTACAAATTGAA-T----AAA-AATA-CCAAA-------------T------ATAATTAA-A---C--TG-AC-T-GACT-TTT----ATC-AA--ATC-C-ACAA-T-AAA-Aattggtatctctatag
gi|2                          :     tGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TCTTAAACCACCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTAATAT-ATGATT--CGTAA--TGT-A--TAACTA-TTGAATAATT--A-TAC--GAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCC-A-A---C--TG-GA-T-AATC-CTTAAGGATA-GT--GGA-T-ACT--T-AGA-AACACAT-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--T---A-TT--GATGAT-AGG--T-T--TA--CTT-----AATA--TAT-C--------CC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAA--CTC-GCTAT--AAAATtc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-C--C---A-T---AATAAG-GTA--T-G--TA--TTTT----AGTA--TAT-T--------TA---AT-A--------A--GT-AAT----T-AG--ATAT-GACAA---GGGC--TA-TAaacgcatacagc
gi|21                         : aaaaAGTTTAACCCC-TAGA---ACC-GT-TACTTAACAATCATCAAGAA-GAATCCTACATATCCGCA-TGCGCAGTTCATAT-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cg-T--TA--TTT-----AGTA--TATTC--------TA---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-A--AACAA---GG-C--GA-TAACTCTT-GCTAT---AAATCAG
gi|23                         :     AGTTCCACCTC-CAGA---ACT-GT-TCTTAATCAATCGTCAAAAT-AAATCCTACATAacgtacag
gi|3                          :   cgAGTTTTACCTC-TAAA---ACC-GT-CCCTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TAC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-AA--TGAT-CATGA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGGA-AGA--T-T--TA--TTC-----AGCA--TAT-C--------CG---AT-A--------A--AT-AAT----T-AA--A-TT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCAAT--GAAATCAGT
gi|4                          :     AGTTTAGCCGC-TAAA---ACC-AT-ACTTTAACCAATGTCAAGAA-GAATCCTACATACCTGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TA-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-ATACCGT-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-G--C---A-TT--GA----------T-T--CA--TTT-----AGCA--TAT-CTCATAACTTC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|5                          :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TC--TAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTTCTAT-TTGATTAGCGTAG--T-T-A--AAACTA-ATTAC-------A-TTT--AAA-AATA-CCAAT-------------T-------CACCCAATA---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-CAATTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAAGTT----TGTAA-----T-----AC--TTT---------------ATTA-A--T-----------TGAG-AAG--T-T--TA--ATT-----TGTA--TCT-C--------TA---ATAA--------A--GT-ATA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAAC-CTC-GCTATTACAAATAAGT
gi|6                          :                                      CCAATGTCAAAAA--AATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CATAGT-TGT-ATTTAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-C--AT-------------TAAGATAACACCAAA-A---CTGTG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-TAAGA-AACACACAAA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----ACTTTTTAAT-T-AC-CAATA-ATTT-AGCC---A-TT--GA-------G--T-TCACA--TTT-----AGCA--TAT-T--------TC---AT-AACTTTCATA--GTAAAT----TAAA--A-AT-GATAAGGGGGGC--GATTAACTCTC-GCTAT--GAAgcgtacagc
gi|7                          :   acAGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCTTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCG-T------TTCATAT-ATGAT---CGCAG--TGC-A--TAACTATTTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-TCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CT-----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-ACAAAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GATGAT-AGG--T-T--TA--ATC-----AGCA--TAT-C--------TA---AT-T--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTA
gi|8                          :    gAGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TTCTAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--CGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--CAA-AATA-CCAAT-------------C------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATCACTT----A-A-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----ACT-TTTAATCT-AC-CAA-A-ATCA-A--C---AGTT--GATGAG-AAG--T-T--TA--GAT-----A-TA--TCT-C--------TA---AT-A--------AGTGT-AAA----T-AA--A-AT-GCAGG---GGGC--GA-TAACTCTC-
gi|9                          :       gTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GATCAT-AGC--TAT--GA--TCT-----CATA--CAC-G--------TC---AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--GA

lowQualScore                  :                                                                      11111111                                                                      1111111111111                                                                                                            11111                                                                                                                       1111                                                     
lowQualScore                  :                6  1 555   6  6  3 1               33                 00000000       2      33     55   2 33      2          55 2 4 22   4    2     1111111111111 666666     0  2 777 22  2  4 4    2  99999   2  22   2 2  0 2 6   2       2  33    2     5555555   4 55555 11111  88      2 2  2   2 4    4 33 444 2  77   33  66   33 4 33  55   55555  2 33 33   2 88888888  999  2 88888888 33  2   0000 4  55 2  2     888    33  2        2     44         
lowQualScore                  :                .  . ...   .  .  . .               ..                 ........       .      ..     ..   . ..      .          .. . . ..   .    .     ............. ......     .  . ... ..  .  . .    .  .....   .  ..   . .  . . .   .       .  ..    .     .......   . ..... .....  ..      . .  .   . .    . .. ... .  ..   ..  ..   .. . ..  ..   .....  . .. ..   . ........  ...  . ........ ..  .   .... .  .. .  .     ...    ..  .        .     ..         
lowQualScore                  :                2  4 444   2  2  8 0               11                 44444444       4      44     66   4 22      2          88 1 1 99   2    1     6666666666666 111111     1  1 999 99  1  2 2    1  22222   1  99   1 1  1 1 3   1       2  22    4     6666666   4 66666 11111  33      2 2  4   4 7    7 22 111 4  99   22  55   22 4 11  33   66666  2 11 11   2 11111111  222  2 11111111 22  4   0000 7  66 4  4     222    22  4        7     22         
consensus                     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
Reference ( family-6756 )     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|1                          :       TTTTACCTC-TAGA---AGC-AT-TCCCAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCAGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---T--TG-GC-T-ATTC-CTC----ATA-CT--ATC-C-AATA-T-AGA-AACACAC-AA--TTAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AA-CAA-ACATAA-A--C---T-TT--GAT--GAT-AGG--G-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAC----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|10                         :       aTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GAT--CAT-AGC--TAT--GA--TCT-----CA-T--A--CAC-G--------TC---AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--catacag
gi|11                         :                                     ACCAGAGTTAAGAA-GAATTCTACATACCCGCA-T------TCCATAT-ATGATC--CGTAACTTGT-A--TAACTG-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CAAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATT-CTT----GTA-GT--ATC-C-ATTA-C-AGA-AACGCAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTGAAT-T-AC-AAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-AATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|12                         :                                      cacGCGTCAGGAA-GAATGCTACATACCCGAG-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CAAAA--T----CGC-A-----T-----AT--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAA-GGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----C--A--A-AT-AATAA---GGGC--GA-CAACTCTC-GCTAT--GAAATCAG
gi|13                         :                                                                                                                     TACAAATT--A-TTATAAAA-AACAACCAATAAATACATAGACTT------ACACCCAA-ATAAC--TGTGC-TCAATT-CTCCACTATAAGTCAGTCAC-AC-A-T-AAATAACACAC-GAGCTGAAACATGA--TATAGCGCCA-----T-----ACAGTATAAT-CCAA-TAA-ATATTA-A--C---A-TTTTGAT--GATTAGG--T-T--TA--GCTGTTAAAG-C--ACCTAT-C--------TCTTCAT-A--------A--GT-AAT----TAAA--A-AT-GATAAACCGAGTCAGA-TAACTCTCAGCTAT--GAAa
gi|14                         :                                                      ATTCTAGATATCCGTAGC------TTCATAT-ATGATC--TGTAG--TGT-T--CAATTA-TTTGCAAATTCAA-T----AAA-AATA-CTAAT-------------T------ATACTAAA-A---C--CG-GT-T-GATC-TTC----ATA-TA--ATC-C-ACTA-T-AAA-ATTACAC-AA--TAAT-AATAA--T----TGT-A-----T-----GC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-A--C---A--T--GAT--AAA-ATA--T-T--TAT-TTT-----AG-T--A--TAT-T--------TG---AT-A--------A--GT-AAT----T-AAG-G-AT-GGCAA---GGGC--TA-TA
gi|15                         :  aacagTTTTACCTA-CGGAGAAACC-GC-TC-TTAACCAGCGTCAA-AA-GAATCCTACAC----------------TCATATGATGATC---GTAG--CGTTA--TAACTA-TTGACAA-TT--A-ATC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATT-C-ACTAAT-AGA-A-CACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTTAAT-T-
gi|16                         :                                                                                                              gtTA-TTTAAACATT--A-TTC--GAA-AATT-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-AATA-T-AGA-TACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--AAT--GTT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAC-C--------TT---AT-A--------A--GT-AAT----T-AAATA-ATAAATAA---GGGC--GA-TAACT-TC-GCTAC--GAAAgagaagtttaatt
gi|17                         :         aaACCTC-TAAA---ACC-AT-CCTGCAACCAGTGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-GTGATC--CATAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--ATTTC--AAA-AATA-CTGAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-a
gi|18                         :                                                                                                taG--TGT-A--TAATTA-TTTTAAAGAT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCGAC-A---C--TG-GC-TAAATC-CCC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AA-ACAC-A------------------------A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAT-A-ATTA-A--CACGA-TT--GAT--GA--AGGAAT-T--TAAGTTT-----AGATTGG--TAT-C--------TCT--AT-A--------caa
gi|19                         :                                            ttAAGAACAAATTCTACATATCCGCAGC------TTCATAT-ATAATC--CGTAG--TAT-A--TAATTA-TTTACAAATTGAA-T----AAA-AATA-CCAAA-------------T------ATAATTAA-A---C--TG-AC-T-GACT-TTT----ATC-AA--ATC-C-ACAA-T-AAA-Ag
gi|2                          :     tGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TCTTAAACCACCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTAATAT-ATGATT--CGTAA--TGT-A--TAACTA-TTGAATAATT--A-TAC--GAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCC-A-A---C--TG-GA-T-AATC-CTTAAGGATA-GT--GGA-T-ACT--T-AGA-AACACAT-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--T---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--CTT-----AA-T--A--TAT-C--------CC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAA--CTC-GCTAT--AAAATtc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-C--C---A--T--AATAAGGT-ATG--T-A--T---TTT-----AG-T--A--TAT-T--------TA---AT-A--------A--GT-AAT----T-AG--ATAT-GACAA---GGGC--TA-TAaacgcatacagc
gi|21                         : aaaaAGTTTAACCCC-TAGA---ACC-GT-TACTTAACAATCATCAAGAA-GAATCCTACATATCCGCA-TGCGCAGTTCATAT-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cg-T--TA--TTT-----AG-T--A--TATTC--------TA---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-A--AACAA---GG-C--GA-TAACTCTT-GCTAT---AAATCAG
gi|23                         :     AGTTCCACCTC-CAGA---ACT-GT-TCTTAATCAATCGTCAAAAT-AAATCCTACATAacgtacag
gi|3                          :   cgAGTTTTACCTC-TAAA---ACC-GT-CCCTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TAC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-AA--TGAT-CATGA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GGA-AGA--T-T--TA--TTC-----AG-C--A--TAT-C--------CG---AT-A--------A--AT-AAT----T-AA--A-TT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCAAT--GAAATCAGT
gi|4                          :     AGTTTAGCCGC-TAAA---ACC-AT-ACTTTAACCAATGTCAAGAA-GAATCCTACATACCTGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TA-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-ATACCGT-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-G--C---A-TT--GA------------T-T--CA--TTT-----AG-C--A--TAT-CTCATAACTTC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|5                          :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TC--TAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTTCTAT-TTGATTAGCGTAG--T-T-A--AAACTA-ATTAC-------A-TTT--AAA-AATA-CCAAT-------------T-------CACCCAATA---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-CAATTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAAGTT----TGTAA-----T-----AC--TTT---------------ATTA-A--T-----------T--GAG-AAG--T-T--TA--ATT-----TG-T--A--TCT-C--------TA---ATAA--------A--GT-ATA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAAC-CTC-GCTATTACAAATAAGT
gi|6                          :                                      CCAATGTCAAAAA--AATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CATAGT-TGT-ATTTAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-C--AT-------------TAAGATAACACCAAA-A---CTGTG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-TAAGA-AACACACAAA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----ACTTTTTAAT-T-AC-CAATA-ATTT-AGCC---A-TT--GA---------G--T-TCACA--TTT-----AG-C--A--TAT-T--------TC---AT-AACTTTCATA--GTAAAT----TAAA--A-AT-GATAAGGGGGGC--GATTAACTCTC-GCTAT--GAAgcgtacagc
gi|7                          :   acAGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCTTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCG-T------TTCATAT-ATGAT---CGCAG--TGC-A--TAACTATTTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-TCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CT-----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-ACAAAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--ATC-----AG-C--A--TAT-C--------TA---AT-T--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTA
gi|8                          :    gAGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TTCTAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--CGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--CAA-AATA-CCAAT-------------C------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATCACTT----A-A-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----ACT-TTTAATCT-AC-CAA-A-ATCA-A--C---AGTT--GAT--GAG-AAG--T-T--TA----------GA-T--A--TAT-C--------TCTA-AT-A--------AGTGT-AAA----T-AA--A-AT-GCAGG---GGGC--GA-TAACTCTC-
gi|9                          :       gTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GAT--CAT-AGC--TAT--GA--TCT-----CA-T--A--CAC-G--------TC---AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--GA

lowQualScore                  :                                                                      11111111                                                                      1111111111111                                                                                                            11111                                                                                                                       1111                                                     
lowQualScore                  :                6  1 555   6  6  3 1               33                 00000000       2      33     55   2 33      2          55 2 4 22   4    2     1111111111111 666666     0  2 777 22  2  4 4    2  99999   2  22   2 2  0 2 6   2       2  33    2     5555555   4 55555 11111  88      2 2  2   2 4    4 33 444 2  77   33  66   33 4 33  55   55555  2 33 33   2 88888888  999  2 88888888 33  2   0000 4  55 2  2     888    33  2        2     44         
lowQualScore                  :                .  . ...   .  .  . .               ..                 ........       .      ..     ..   . ..      .          .. . . ..   .    .     ............. ......     .  . ... ..  .  . .    .  .....   .  ..   . .  . . .   .       .  ..    .     .......   . ..... .....  ..      . .  .   . .    . .. ... .  ..   ..  ..   .. . ..  ..   .....  . .. ..   . ........  ...  . ........ ..  .   .... .  .. .  .     ...    ..  .        .     ..         
lowQualScore                  :                2  4 444   2  2  8 0               11                 44444444       4      44     66   4 22      2          88 1 1 99   2    1     6666666666666 111111     1  1 999 99  1  2 2    1  22222   1  99   1 1  1 1 3   1       2  22    4     6666666   4 66666 11111  33      2 2  4   4 7    7 22 111 4  99   22  55   22 4 11  33   66666  2 11 11   2 11111111  222  2 11111111 22  4   0000 7  66 4  4     222    22  4        7     22         
consensus                     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
Reference ( family-6756 )     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|1                          :       TTTTACCTC-TAGA---AGC-AT-TCCCAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCAGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---T--TG-GC-T-ATTC-CTC----ATA-CT--ATC-C-AATA-T-AGA-AACACAC-AA--TTAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AA-CAA-ACATAA-A--C---T-TT--GAT--GAT-AGG--G-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAC----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
gi|10                         :       aTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GAT--CAT-AGC--TAT--GA--TCT-----CA-T--A--CAC-G--------TC---AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--catacag
gi|11                         :                                     ACCAGAGTTAAGAA-GAATTCTACATACCCGCA-T------TCCATAT-ATGATC--CGTAACTTGT-A--TAACTG-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CAAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATT-CTT----GTA-GT--ATC-C-ATTA-C-AGA-AACGCAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTGAAT-T-AC-AAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-AATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|12                         :                                      cacGCGTCAGGAA-GAATGCTACATACCCGAG-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CAAAA--T----CGC-A-----T-----AT--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAA-GGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----C--A--A-AT-AATAA---GGGC--GA-CAACTCTC-GCTAT--GAAATCAG
gi|13                         :                                                                                                                     TACAAATT--A-TTATAAAA-AACAACCAATAAATACATAGACTT------ACACCCAA-ATAAC--TGTGC-TCAATT-CTCCACTATAAGTCAGTCAC-AC-A-T-AAATAACACAC-GAGCTGAAACATGA--TATAGCGCCA-----T-----ACAGTATAAT-CCAA-TAA-ATATTA-A--C---A-TTTTGAT--GATTAGG--T-T--TA--GCTGTTAAAG-C--ACCTAT-C--------TCTTCAT-A--------A--GT-AAT----TAAA--A-AT-GATAAACCGAGTCAGA-TAACTCTCAGCTAT--GAAa
gi|14                         :                                                      ATTCTAGATATCCGTAGC------TTCATAT-ATGATC--TGTAG--TGT-T--CAATTA-TTTGCAAATTCAA-T----AAA-AATA-CTAAT-------------T------ATACTAAA-A---C--CG-GT-T-GATC-TTC----ATA-TA--ATC-C-ACTA-T-AAA-ATTACAC-AA--TAAT-AATAA--T----TGT-A-----T-----GC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-A--C---A--T--GAT--AAA-ATA--T-T--TAT-TTT-----AG-T--A--TAT-T--------TG---AT-A--------A--GT-AAT----T-AAG-G-AT-GGCAA---GGGC--TA-TA
gi|15                         :  aacagTTTTACCTA-CGGAGAAACC-GC-TC-TTAACCAGCGTCAA-AA-GAATCCTACAC----------------TCATATGATGATC---GTAG--CGTTA--TAACTA-TTGACAA-TT--A-ATC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-AA--C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATT-C-ACTAAT-AGA-A-CACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTTAAT-T-
gi|16                         :                                                                                                              gtTA-TTTAAACATT--A-TTC--GAA-AATT-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-AATA-T-AGA-TACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--AAT--GTT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAC-C--------TT---AT-A--------A--GT-AAT----T-AAATA-ATAAATAA---GGGC--GA-TAACT-TC-GCTAC--GAAAgagaagtttaatt
gi|17                         :         aaACCTC-TAAA---ACC-AT-CCTGCAACCAGTGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-GTGATC--CATAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--ATTTC--AAA-AATA-CTGAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-a
gi|18                         :                                                                                                taG--TGT-A--TAATTA-TTTTAAAGAT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCGAC-A---C--TG-GC-TAAATC-CCC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AA-ACAC-A------------------------A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAT-A-ATTA-A--CACGA-TT--GAT--GA--AGGAAT-T--TAAGTTT-----AGATTGG--TAT-C--------TCT--AT-A--------caa
gi|19                         :                                            ttAAGAACAAATTCTACATATCCGCAGC------TTCATAT-ATAATC--CGTAG--TAT-A--TAATTA-TTTACAAATTGAA-T----AAA-AATA-CCAAA-------------T------ATAATTAA-A---C--TG-AC-T-GACT-TTT----ATC-AA--ATC-C-ACAA-T-AAA-Ag
gi|2                          :     tGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TCTTAAACCACCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTAATAT-ATGATT--CGTAA--TGT-A--TAACTA-TTGAATAATT--A-TAC--GAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCC-A-A---C--TG-GA-T-AATC-CTTAAGGATA-GT--GGA-T-ACT--T-AGA-AACACAT-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----AC---TTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--T---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--CTT-----AA-T--A--TAT-C--------CC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-ATTAA---GGGC--GA-TAA--CTC-GCTAT--AAAATtc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ATAA--T----TGT-A-----T-----AC--TTAAAT-T--T-TAA-A-ATTA-C--C---A--T--AATAAGGT-ATG--T-A--T---TTT-----AG-T--A--TAT-T--------TA---AT-A--------A--GT-AAT----T-AG--ATAT-GACAA---GGGC--TA-TAaacgcatacagc
gi|21                         : aaaaAGTTTAACCCC-TAGA---ACC-GT-TACTTAACAATCATCAAGAA-GAATCCTACATATCCGCA-TGCGCAGTTCATAT-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cg-T--TA--TTT-----AG-T--A--TATTC--------TA---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-A--AACAA---GG-C--GA-TAACTCTT-GCTAT---AAATCAG
gi|23                         :     AGTTCCACCTC-CAGA---ACT-GT-TCTTAATCAATCGTCAAAAT-AAATCCTACATAacgtacag
gi|3                          :   cgAGTTTTACCTC-TAAA---ACC-GT-CCCTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTAAAAATT--A-TAC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACGC-AA--TGAT-CATGA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GGA-AGA--T-T--TA--TTC-----AG-C--A--TAT-C--------CG---AT-A--------A--AT-AAT----T-AA--A-TT-ATTAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCAAT--GAAATCAGT
gi|4                          :     AGTTTAGCCGC-TAAA---ACC-AT-ACTTTAACCAATGTCAAGAA-GAATCCTACATACCTGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CTAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TA-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-ATACCGT-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-G--C---A-TT--GA------------T-T--CA--TTT-----AG-C--A--TAT-CTCATAACTTC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--
gi|5                          :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TC--TAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTTCTAT-TTGATTAGCGTAG--T-T-A--AAACTA-ATTAC-------A-TTT--AAA-AATA-CCAAT-------------T-------CACCCAATA---C--TG-GC-T-AATC-CTT----ATA-GT--ATC-CAATTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAAGTT----TGTAA-----T-----AC--TTT---------------ATTA-A--T-----------T--GAG-AAG--T-T--TA--ATT-----TG-T--A--TCT-C--------TA---ATAA--------A--GT-ATA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAAC-CTC-GCTATTACAAATAAGT
gi|6                          :                                      CCAATGTCAAAAA--AATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CATAGT-TGT-ATTTAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-C--AT-------------TAAGATAACACCAAA-A---CTGTG-GC-A-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-TAAGA-AACACACAAA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----ACTTTTTAAT-T-AC-CAATA-ATTT-AGCC---A-TT--GA---------G--T-TCACA--TTT-----AG-C--A--TAT-T--------TC---AT-AACTTTCATA--GTAAAT----TAAA--A-AT-GATAAGGGGGGC--GATTAACTCTC-GCTAT--GAAgcgtacagc
gi|7                          :   acAGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCTTAAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCG-T------TTCATAT-ATGAT---CGCAG--TGC-A--TAACTATTTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-TCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CT-----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-ACAAAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--ATC-----AG-C--A--TAT-C--------TA---AT-T--------A--GT-AAA----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTA
gi|8                          :    gAGTTTTACCTC-GAGA---ACC-GT-TTCTAAACTAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATT--CGTAG--CGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--CAA-AATA-CCAAT-------------C------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATCACTT----A-A-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGT-A-----T-----ACT-TTTAATCT-AC-CAA-A-ATCA-A--C---AGTT--GAT--GAG-AAG--T-T--TA----------GA-T--A--TAT-C--------TCTA-AT-A--------AGTGT-AAA----T-AA--A-AT-GCAGG---GGGC--GA-TAACTCTC-
gi|9                          :       gTTTACCGCATA-A---ACCAGTATACTTAACCAATGTCAAGAA---ATC-TACATACCTGAACT------TTCATAT---GATC--C-TAG--TGT-A---AACTA-TATACAAAT---A-T-C--AAATAATA-CAATT-------------T------ACACC--A-A---C--TA-GCAT-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-AC-A-TGAGA-AACAC-C-AA--TA---CATAA-------TGC-A-----TACCGGAC--CTTAAG-T-AC-CAA-A-ATTAGG--C---A-TTG-GAT--CAT-AGC--TAT--GA--TCT-----CA-T--A--CAC-G--------TC---AT-A--------A--GT-AATAAAAA-AA--A-AT-GATAA----GGC--GA--AACTCTC--CTAT--GA


blockSeqs                     :                A  G GAA   A  A  C T               CA                 TGCGCAG        G      AG     CT   T TT      T          CA T T TA   T    A     AAATACATAGACT AAGATA        T TAA TG  T  A C    A  CCACT   A  CA   A A    A G   T       A  GC    A     TATAG     C TACCG ACCGG  AG      C C  A   T T    G GC ACG G  TT   AA  TT   AA A CA  AG   GTTAA  A TG CC   T TCATAACT  TTC  A ACTTTCAT GT  A   AAAA A  AT T  A     ACC    CA  T        A     TA
blockSeqs                     :                A  A .     A  A  T T               G                  CT             .      .      T    . .       .          GA . T .    T    .     .             .             . A   .   .  A A    .  TAAGG   .  .    . .    . A   .       .  .     .     GTT       A .     ACCGG  TT      . .  .   . .    G .  .   .  G    .   T    .  A .   T    .      . .  .    . .         TA   . .        .   .   AAAA A  G  .  .     GGG    .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  G .     .  .  T C               G                  GC             .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . A   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . G   .       .  .     .     T         . .     .      T       . .  .   . .    . .  .   .  G    .   T    .  . .   .    .      . .  .    . .         T    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  G .     .  .  C A               G                  GC             .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   A    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  G .     .  .  T T               G                  CT             .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   A    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  A .     .  .  C A               G                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   T    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  A .     .  .  T A               G                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   T    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  G .     .  .  T T               A                  T              .      .      .    . .       .          .  . A .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   T    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  G .     .  .  C T               G                  T              .      .      .    . .       .          .  . A .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   A    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  G .     .  .  C A               G                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   G    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  . .     .  .  . A               G                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   T    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                .  . .     .  .  . T               G                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   G    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .     . 
blockSeqs                     :                                                   G                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   T    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .       
blockSeqs                     :                                                   .                  T              .      .      .    . .       .          .  . T .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     T         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   .    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .        .       
blockSeqs                     :                                                   .                  T              .      .      .    . .       .          .  . . .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . .   .       .  .     .     .         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   .    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .                
blockSeqs                     :                                                   .                  .              .             .    . .       .          .  . . .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  T       .  .    . .    . .   .       .  .     .     .         . .     .      .       . .  .   . .    . .  .   .  .    .   .    .  . .   .    .      . .  .    . .         .    . .        .   .   .    .  .  .  .     .      .   .                
blockSeqs                     :                                                                                                                  .          .  . . .    .    .     .             .             . .   .   .  . .    .  C       .  .    . .    . .   .       .              .         . .     .      .       . .                                          . .   .    .      . .  .    . .         .    . .                                                                
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originalCons                  :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT
finalCons                     :     AGTTTTACCTC-TAGA---ACC-GT-TCCTNAACCAGCGTCAAGAA-GAATCCTACATACCCGCA-T------TTCATAT-ATGATC--CGTAG--TGT-A--TAACTA-TTTACAAATT--A-TTC--AAA-AATA-CCAAT-------------T------ACACCCAA-A---C--TG-GC-T-AATC-CTC----ATA-GT--ATC-C-ACTA-T-AGA-AACACAC-AA--TGAT-CATAA--T----TGC-A-----T-----AC--TTTAAT-T-AC-CAA-A-ATTA-A--C---A-TT--GAT--GAT-AGG--T-T--TA--TTT-----AG-T--A--TAT-C--------TC---AT-A--------A--GT-AAT----T-AA--A-AT-GATAA---GGGC--GA-TAACTCTC-GCTAT--GAAATCAGT