lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 22222 1 22 33 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 111 11111 11111111 111111 11111111 111111111111 4444444444444444444444444444444 11111 11111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 11 2222222 1 11111 111111 33333333333333333333333333333 11 2222222222222222 11111 1
lowQualScore : 6 0 77777 5 77 00 0 4 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 77 2 222 2 1 22222 88888888 3 888888 999999 33 22222222 2 888888888888 2 33 2 7777777777777777777777777777777 5 66666 33 2 2 2 99999 2 33 11111 5555 444 55555555 2 5555 77777777 2 88888 222 2 2 666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333 0 6666666 2 2 2 22 2 2 22 2 4444 6666 22 44 33 7777777 2 4 2 2 6 22 8 4 2 8888 33333 555 33 66 2 333333 2 66666666666666666666666666666 6666 00 2 555 3 9999999999999999 00000 777 4 4 4 2 5
lowQualScore : . . ..... . .. .. . . . .................................................................................................................... . .. . ... . . ..... ........ . ...... ...... .. ........ . ............ . .. . ............................... . ..... .. . . . ..... . .. ..... .... ... ........ . .... ........ . ..... ... . . ... ........................................................................................................................................................................................................... ................. . ....... . . . .. . . .. . .... .... .. .. .. ....... . . . . . .. . . . .... ..... ... .. .. . ...... . ............................. .... .. . ... . ................ ..... ... . . . . .
lowQualScore : 0 0 00000 5 55 55 0 0 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 99 8 444 9 1 77777 33333333 6 888888 333333 44 44444444 4 000000000000 4 22 4 4444444444444444444444444444444 0 22222 44 7 7 7 33333 7 77 22222 0000 111 99999999 4 0000 44444444 4 22222 999 4 4 555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999999999999 1 5555555 0 0 0 44 0 0 11 0 2222 2222 88 88 66 9999999 1 0 0 2 0 99 4 2 1 2222 33333 777 11 99 5 444444 7 66666666666666666666666666666 1111 77 9 444 3 1111111111111111 11111 000 0 0 4 4 7
consensus : NNNCATTTAGAGTACAGANGCGTACCACCCCTCTAAACCCTACCNANAACCCCGGTCAGCAGGGAACATTCCGTAATGAACCGCCTTTAAAGTTNANTTGTA-------TGCGATGGCCGCTCATANTTGCTTGNGCGTGCATCCCAATAAGAGCTTTTNNGCTCNGCGACTGT--TCTGGAATA-----GAA----T-C-C-TGA------CTG------CTCTAG--AA------T-A-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GTTCT---GG---GT-CAGAA-T-C----CTG-ACT-G-----C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----CT----GT---TCT----A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---TT-G-C---ATGA--C------TGCT----C-TATAAA-----TATAT-ATGA---CTGGC-C--TA-G-AA---CAG-TT-TCCCCG-TCT----GCC--T-TCGA-ATAC-T-AGA-ATC-AC-G-NAG--TTC--GTCCT---CAATTTCAATT--G----------GA--AACT---G-----A-CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAAT-T-A----TT----A--A--T-TA--N----TTTTCG-TC-G-CTGA-TT--TCCTT-CA-AGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATA---A--------T--TT----AA--AA-AA---A-A-------------G--CCG----CA---AA-A-CAG-ATA-TTGAAA
Reference ( gi|1 ) : CGACACTTAGA-TACAGATGCG-ACCACC--TCTAACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAGAA--C-TTTTG-A-TGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGAACAGTTCTCC--TGACTGC----AA--GCTAGAGC-TGC-TC----TAAAA------CAGTTCTACAACCGC--TCTGGAATA-----GAA----T-T-C-TGA------CTG------CTCTAG--AA------T-A-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GTTAT---GG---GT-CAGAG-T-C----CTG-ACT-G-----C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----CT----GT---TGT----A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---TT-G-C---ATGA--C------TGCT----C-TATAAA-----TATAT-CTGA---CTAGC-C--TA-G-AA---CAG-TT-CCCCCA-TCT----GCC--T-TCGA-ATAC-T-AGA-ATC-AC-G-CAG--TTC--GTTCT---CAATTTCAATT--G----------GA--AACT---G-----A-CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAAC-T-A----TT----A--A--T-TA--A----TTTTCG-TC-G-CTGA-TT--TCCAT-CA-AGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATA---A--------T--TT----AA--AA-AA---A-A-------------G--CCA----CA---AA-A-CAG-ATA-TTGAAAC
gi|3 : CATTTAGAGTACAGAT-CGTACC-CC--TCTAAACTCTACTAATAA-------C-GCAGGG-----TTCGTA-TGA-CC--------AGTTT-CTTA-----------C--TGACCGCTCATAT--ATTTAAGCGTGTATC----TAAAAGCTTTTCTGCTCGACA-TTGT--TCTG--ATATCTGTGCC----TAT-C-TGA------CTG------CTCTAG--AG------A-A-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGAG---GTACAGAAAT-C----TTGTACTTG-----C--TACTA-A-CTTA-----GTA--G-----CCTTCCGC---TCT------GAT-T----A------A-TA-TATGCATA---TT-G-C---CCGA--C------TACTATCACATGTAAAAATATTATAT--TGA---CTGGCGC--TG-G-AAA--CTG-TCATCCCTG-TCTTCTGGCC--T-TTGA-TTCC-TCAGACATC-AC-G-AA-----C--ATTTT----AATGTC-----------------------CT---G-----A-----TC-----------------------GT-----A-----------T-----------G-A----G-A-GAGAGAC-G-G----------A--A--T--A--T----TTTTCG-TCTG-CTGAATC--TCCATTCA-AGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|2 : gACAGAAGTG-ACCACCCCTCTA--CCCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTA-AATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTA-------TGCGATGGTTG-----AATTGCT-GTGC-TGC-TCCCAATAAGA------AAA--CTGC--CCGCCCTCTGAA---------------------CGA------CTG------CTCTAA--AAGTTAGTT-A-GA--A-----T-CATA-A--TC-GATA---------AT-TAATA-T-CTAACCTG--CC-G-----T--T-CAC-G-AAAA-----G-A--AGAAAACT----GT---TCT------GAT-T----ATTTATAG-AG-T-----CA---TC-C-T---ATGA--T------T------------AAA-----TATAT-ATGAATTCT-GT-CAATA-G-AAACCTAG-TT-TTCCCG-TCT----GCT--TCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC-GATATCTTTCTTGTCCT---CAAT--CAATT-------------------TT---G-----A-AATA--------C--------------AGA----------------------------A-A-A-T--G-A-AAGAAAT-T-A----T-----A--A--T--A--T----TTTTCG-TC-G-CTAA-TT--TCCTC-CA-AATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATA---A--------TA-TT----AA--AA-AA---A-A-------------A--CC
gi|6 : cccggttaacattaCGACTG---TCTGGAATA-----GAA----T-TCC-TGGACTGTTCTG------CTCTAG--AA------A-A-GA-------------G-C--CT-GTTCTA--GG---AT-TAGAA-T-T----C---ATT-G-----C--
gi|28 : ACTGT--TCTGGGTCA-----GAA----T-C-C-TGA------CTG------CTCTAG--AA------A-A-GA---------------G--CT-GTTCT---AG---AT-CAGAA-T-C----catgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|11 : tcctgACTGC--TCTG-AATA-----GGAAAG-T-C-C-TGA------CTGTTTCTGCTCTAT--GA------T-A-AG--A----------G-A--CT-GTTattatatg
gi|26 : GT--TCTGGGATG-----AAA----T-A-C-TGA------CTGCA----CTCTAG--AA--------A-GA--A-----ctagttatgatcacttgcgatgaataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatgtcgaacattaaatataagatcgagagaaataaattttaattttatttttcgttcgctaa
gi|37 : aatagatcctgacttGT--TCTAGAATA-----GAATCATT-T-CATGA------CTG------CTCTAT--AA------cttttgtttctagattagaatgattggcatgaataaatat
gi|36 : --TCTGGGTCA-----GAA----T-C-T-TGA------CTG------CTCTAA--AA------A-A-GA--a
gi|5 : --TCTGGAATAC----GAG----T-C-C-TGA------CTGTTGTG-CTCTAG--AA------gctgctca
gi|13 : tgtgaATA-----GAA----T-C-C-TGA------CTC------TCCTGGCCAG------TCA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GCT-----------------------------------------------A-G-AAAA-----G-A--G-----CT----GT---TCT----A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATTT-G-C---ATGA--aaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|30 : A-----GAA----T-C-C-TGA------CAG------CTCTAG--AA--------A-AA--A------------G--CT-ATTCT---AG---AT-TAGAA-T-C----tgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcgaacatcaagtcttaagatcgagagaaattattaattaattatttttcattaga
gi|6 : gggtcGA------CTG-------TCTGG--AA------T-A-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GTT-------------------------------CT-G-----C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC----CT----GT---TCT----AGGAT-T----A------G-AATT-----CA---TT-GCC---ATGA--TAATACATGCT----N-NNNNNN-----NNNNN-NNNN---NNNNN-N--NN-N-NN---NNN-NN-NNNNNN-NNN----NNN--N-NNNN-NNNN-N-NNN-NNN-NN-N-NNN--NNN--NNNNN---NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNCT---GATCGAA-CAT------------------------AAAT-----AT----------TTA-------ACG-A-TCCG-A-GAG-AAT-T-A----TT----AATA--T-TA--T----TTTTC--TT-G-CCAA-GTCATCC-T-TA-AGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TA---------------------------------------TT----AA--AA-AA---C-ATACCCGCCCCCCCG--CCA----CA---TA-A-CAG-AAATTTGAAAattgcatgactctga
gi|11 : cA------CTG------CTCT-G--AA------T-A-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GTT-T-----------------------------CT-G-----C--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA----CT----GT---TCT----A-G-T-T----A------T-GA-T-----CAC--TT-G-CG--ATGA--tgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|5 : TG------ATCTGG--AA------T-ACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GTTataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatgtcgaacattaaatataagatcgagagaaataaattttaattttatttttcgttcgctaa
gi|4 : tgTCTGG--AA------T-A-GA--A-----T-C-TG-A---T-GTT--------------------------------T-G-----C--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG-----CT----GT---TCT----A-GATGTCAAGA------G-AA-T-----CA---TT-G-C---ATGA------------T----A-AATAAC-----TGTAT-ATGA-----GGC-C--TA-GAAA---CAG-T----CTCG-TC-----GTC--C-TGGA-ATAC-T-GGA-ATCGGC-G-CAG--TGT--GTCAC---CAATATCAATT--T----------AAATAACT---A-----A-CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAAGAT-----A-----------TTA-------A-G-A-C-CG-AGGAGAAAT-TGA----TT----A--AT-T-TAATA----TTTTCG-TC-G-CTAA-TA--TCT-T-CA-TGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATA---A--------T--TA----AA--AA-AA---C-T-------------G--CCA-----A---AA-A-CAG-Agtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|26 : --AA------T-A-GA--------T-CCTG-A--CTTGTTCT---GG---GA-TGAAA-T-A----CTG-ACT-G-----CACT-CTA-G-AAA------G-A--A-----CT----TT---TGTTTCTA-GAT-T----A------G-AA-T-----GA---TTGG-C---ATGA--------------------ATAAA-----TATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|13 : A------T-A-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CTCCT---GGCCAGT-CAGAA-T-C----CTG-ACT-G-----C--T---A-G-AAAA-----G-A--G-----CT----GT---TCT----A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATTT-G-CATGATGAANN------NNNN----N-NNNNNN-----NNNNN-NNNN---NNNNN-N--NN-N-NN---NNN-NN-NNNNNN-NNN----NNN--N-NNNN-NNNN-N-NNN-NNN-NN-N-NNN--NNN--NNNNN---NNNNNNNNNNN--N----------NN--AGTC---G-----AACAT---------C--------------AAGT-----C-----------TTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAAT-T-A----TT----A--A--T-TA--A----TT
gi|27 : A------T-A-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GTTGT---GG------CAAAA-T-C----CAG-ACT-G-----C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----CT----GTATCTGA----A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---TT-G-C---ATGA------------T----T-TACAGA-----TATAatttttcattaga
gi|8 : -A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G--------G---AT-CAGAA-TGC----TTG-ACTTG-----C--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G-----------GT---TCT----A-GAT-T----G---------A-T-----TA---CT-G-C---ATGA--C------TGCT----C-TANNNN-----NNNNN-NNNN---NNNNN-N--NN-N-NN---NNN-NN-NNNNNN-NNN----NNN--N-NNNN-NNNN-N-NNN-NNN-NN-N-NNN--NNN--NNNNN---NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNGTCGAA-----A-CAT---------T--------------AAAT-----AA----------TCA-------A-G-A-T-GA-A-GAGAAAT-T-A----TTA---A--A--T-TG--A----TTAT-------------TT--TTCGT-CACAGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATA---A--------T--TT----AA--AATAA---ACA-------------A--CAA----CACGCAA-A-CAGAATG-TTGAA
gi|10 : A--A-----T-C-TG-AAACT-GTC-T---TG---GT-CAGAA-T-A----TGG-ACT-------C--T-CTA-G-AAAA-------A--G-----CT----GT---TTT----AAGAT-T----A------G-AA-TC----CA---TT-G-C---ATAA-------------------TATCAT-----TAGAC-GTGA---TNNNN-N--NN-N-NN---NNN-NN-NNNNNN-NNN----NNN--N-NNNN-NNNN-N-NNN-NNN-NN-N-NNN--NNN--NNNNN---NNNNNNNNNNN--N----------GA--TCTC---G-----G-CATGTC------C--------------AAAC-----A-----------TTA-------A-ATA-T-TG-A--AG-AAT-T-A----TT----A--A--T-CAT-ATTGTTTTTCG-TC-GCCTGA-TA--TCT-T-C--AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Agtggcgagg
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GTTCT---GG---GT-CAGAA-T-C----CTG-ACT-G-----C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----CT----GT---TCT----A-GAT-C----A------G-AA-T-----CA---TT-A-T---ATG
gi|36 : T---GG---GT-CAGAA-T-C----TTG-ACT-G-----C--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G-----CT----GC---T
gi|30 : tc---GG---GT-CAGAA-T-C----CTG-ACA-G-----C--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G-----CT----AT---TCT----A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---TT-G-C---ATGA--C------Tca
gi|5 : GAG-T-C----CTG-ACT-GTTGTGC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G-----CT----CT---TTT------GAT-T----A------G-AA-T-----CA----T-G-C---ATctga
gi|28 : tgtgatctggaatac-----CT----GT---TCT----G-GGT-C----A------G-AA-T-----C---------C----TGA--C------TGCT----C-TAGAAA-----tgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|37 : tcctga----GT---TCT----A-GAA-T----A------G-AA-T-----CA---TT-T-C---ATGA--C------TGCT----C-TATAAA-----agagctgttctagatcagaatcattatatg
gi|16 : T-T----A------GGAA-T-----CAA--TT-G-----ATGA-------------------TATAAAAT---TGTATTCTGT---CAA------T--G-AC---CAG-TC-CCCGGACTCT----A------TCGA-TTTT-T-ACT-ATC-AC-G-CAG--TTC--TGTCT---CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACT---G-----A--ACGTC------G--------------AAAC-----A-----------TTAAAATATTA-G-A-T-CG-A-GAGAAAT-T-A----TC----A--A--T-
gi|12 : -TAGAAA-----TATAT-ATGA---T--GT-CAATACG-AA----AG-TT-TCT--A-TCT---------T-TTGA-ATAC-T-AGA-AAC-AC-A-TAG--GTCTTGTCCT---CGAATTCA-TT--G--------------AAC----------A-CATG-----------------------AAAA-----G-----------TTG-------A-A-A------A-AAGGAAA-T------TT----A--A--T--A--T----TTTTCG-TC-G--TAA-TT----CAT-GC-AGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAA---A--------T--GT----AT--AA-c
gi|7 : ataataatacaatttaattaaatctaatatgctcgataaaaagcgtgtctctaatcttcagaacatatgcaA-G-GA---CAGATT-C----A-TCT----GTCCTT-TCAAGATAC-T-AGA-ATC-ACAG-GAA--TTT--GGTCCCTACAGTTTCA--T--G----------GA--AA-T---G-----A-CATGTC------CGAGGCATTA-----AAAT-----ACAGTGGTAACTTTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAATC-A-A----TTTTAAA--A--T-TA--AATATTTTCCC-TC-G-CTGACTT--TCCTT-CA-GTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATA---G--------TAGTT----AA--AA-GA---A-A-----------------CA----AA---AACA-CAA-ATA-t
gi|19 : AATTTCAATT--G----------GA--A-CT---G-----A-CATGTC------G--------------AAATTAAAGA-----------TCA-------A-G-A-T-AG-A-GAGAAA--T-A----AT----A--A--T-TA--T----TTCTCG-TC-G-CTAG-TT--TCT-T-CA-AGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA----------------T----AAATAA-AA---A-A-------------A--CTG----CA---AA-A-CAT-A-A-TTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|18 : gTTTCAATT--G----------GA--A-CT---G-----A-CATGTCGAAAATT--------------AAAG-----A-----------TCA-------A-G-A-T-AG-A-GAGAAA--T-A----AT----A--A--T-TA--T----TTCTCG-TC-G-CTAG-TT--TCCTT-CA-AGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA----------------T----AAATAA-AA---A-A-------------A--CTG----CA---AA-A-CAT-AAA-TTGAAtggtagg
gi|11 : -CATGTCGAACATT--------------AAAT-----A-----------T-A-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAA--T-AAATTTT----A--ATTT-TA--T----TTTTCGTTC-G-CTAA-tggtagg
gi|17 : actgctctgaataggaaagtcctgactgtttctgctctatgataagagactgttctagttatgatcacttgcgatgaataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat--------------AGAT-----A-----------TTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAAT-T-A----TT----A--A--T-TA--T----TTTTCG-TC-A-CTAA-TA--TCCTT-CA-AGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATA---A--------A--TA----AAT-AA-AA---A-A-------------GGTCCC----CA---AA-A-CAA-ATA-TTGAAA
gi|9 : att--------------AAAT-----A-----------TCA-------C-G-A-T-CG-A-GAGAAAA---A----TT----A--A--TCTT--A----TTTTCG-TC-G-CT-A-TT--TCCTT-CA-AATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATA---T--------C--TT----AA--AA-AAAACA-A-------------G--ACAAACGCA---AA-A-CAG-Atggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|33 : acatt--------------AAAT-----A-----------TTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAAT-T-A----TT----A--A--G-TA--ATTATTTTTCA-TC-aacttgcaatgggaacccataccagagagaatgtccgatcggtcaaatttctttaaatcgatgtgctattaaaacaattacatattacctgaattatgaacagagaaatcattgccattcccccaactattcttta
gi|29 : aatatt--------------AAAT-----T-----------TTA-------C-G-A-T-TG-A-GAGAAAT-T-A----TC----A--A--T-GA--ATTATTTTTGG-CC-G-TTTA-TT--TCCTG-CA-AGTT----
gi|23 : aacattAAT-----A-----------TTA-------A-G-A-T-CG-A-GAGAAAC-T-G----TG----A--A--T-CA--T----TTTTCG-TC-G-CTGA-TT--TCCTT-CA-AGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAA---AAATATTTTT--TT----CA--AA-AA---A-
gi|14 : cgaacatttAAT-----A-----------TTA-------A-A-A-C-CG-A-GAGAATTGT-G----TT----A--A--T-T---------TTTTG-TC-G-CTGA-TT--TCCTT----AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-TAA--AA-A-----------ATATATA--------T--TT----TA--AA-AC---A-A-------------A--CCA----AA---AA-A-Cca
gi|5 : atT-----A-----------TTA-------A-A-AAT-CGGA-AAAAAAA-T-A----TT----A-----T-TA--T----TTTTCA-TC-G-CTAA-TA--TCT-T-CC-AGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATA---A------------T----AA--TA-TA---A-A-------------C--CCG----TA---AA-AGCAG-A-A-TTGAAActtcaaacagaaatgaaattgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|21 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgat----TTTTCG-TCTG-CTGAATC--TCCATTCA-AGTT----C-----TTA--TTTG--taatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|32 : t-G-CTGA-TT--TCCTT-CA-AGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATA---T--------T--TTTTTCAA--AA-AA---ctatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|20 : -CTGA-TT--TCCTT-CA-AATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------Acat
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|22 ): GATTAGAATCATTGCATTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCG
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33 11 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 4444444444444444444444 11111111 111111111 1111 11111111111 555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 11111111111111111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 222222222222 1
lowQualScore : 5 77 11 6 44 0 3 11 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222 1 6666666666666666666666 6 4 4 66666666 6 3 44 3 33 0 333333333 2 2 7777 2 666 2 33 2 2 2 9999999 33 0000 2 444 4 2 8888 11111111111 2 2 88888 888 2 2 2 666 222222222222222222 6666 3 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000 0 3 3 3 3 3 55 1 777777777777777777 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444 8888888 1 1 1 1 1 333 33333333333333333333333333 44 1 444 2 2 2 44 2 22 2 8888 33333 333 33 66 2 9 5555 2 22222222222222222222222222222222222222222222 2 3 666666666666 55 777 4 4 2
lowQualScore : . .. .. . .. . . .. . ............................................................................................................... ...... . ...................... . . . ........ . . .. . .. . ......... . . .... . ... . .. . . . ....... .. .... . ... . . .... ........... . . ..... ... . . . ... .................. .... . . ................................................. . . . . . . .. . .................. . ........................................................... ................. ....... . . . . . ... .......................... .. . ... . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............ .. ... . . .
lowQualScore : 0 77 00 7 33 7 7 77 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000000 0 0000000000000000000000 7 2 0 00000000 7 3 66 3 99 1 333333333 7 7 7777 7 999 5 44 5 5 5 5555555 44 3333 5 111 7 4 6666 00000000000 4 4 22222 888 4 4 4 555 888888888888888888 5555 3 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 6 6 6 6 00 0 999999999999999999 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000000000000000 1111111 9 9 9 9 9 333 00000000000000000000000000 55 9 444 1 0 0 22 0 99 1 2222 33333 444 11 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 111111111111 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCG-ACCACCCCTCTAA-CTCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCCGTGATGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTTGCTC-TAACTGC----TTGAGC-TGC-TC----TAAA--AGCT-CCCCCGCTCTA--CGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C---ATGA--C------TGCT-T---AT----AAATA-TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACT---G-----A-CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AT---T-----AT----T----A-----A--T-TA--TTTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A--C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCATTTAGAGTACAGANGCGTACCACCCCTCTAAACCCTACCNANAACCCCGGTCAGCAGGGAACATTCCGTAATGAACCGCCTTTAAAGTTNANTTGTATGCGATGGCCGCTCATANTTGC----TTGNGCGTGCATCCCAATAAG--AGCT-TTTNNGCTCNG--CGACTGTTCTGGAA------TA---GAATC---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C---ATGA--C------TGCTCT---AT----AAATA-TATA-TGA---CTGGC-C-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACT---G-----A-CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AT---T-----AT----T----A-----A--T-TA--NTTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G--C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCG-ACCACC--TCTAACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AACTTT---TGATGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTT-CTCCTGACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAAA--A-------CAGTTCTA--CAACCGCTCTGGAA------TA---GAATT---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG--G---GT-CA-G-AGT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-GT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C---ATGA--C------TGCTCT---AT----AAATA-TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACT---G-----A-CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AC---T-----AT----T----A-----A--T-TA--ATTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G--C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT--G---GT-CA-G-AAT-ATGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G----C-T---GT-T-TT--AAGAT------T----AG-AA-TC----CA---T-T-G-C---ATAA--------------T---AT----CATTA-GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-GA--TCTC---G-----G-CATGTC------C--------------AAAC-----A-----------TTAA-------ATA-T-TG-A--AG-A---AT---T-----AT----T----AATCATA--T-TG--TTTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAATA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT--------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA---C-T---GT-T-CT--A-G-T------T----AT-GA-T-----CAC--T-T-G-CG--ATGA--
gi|11 : -CATGTCGAACATT--------------AAAT-----A-----------T-AA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----T----A-----ATTT-TA--TTTTTCGTTC-G-CTA-A-ataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatgtcgaacattaaatataagatcgagagaaataaattttaattttatttttcgttcgctaa
gi|12 : actgctctgaataggaaagtcctgactgtttctgctctatgataagagactgttctagttatgatcacttgcgatgaataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G----CGT---GTCT-CT--A--AT------CTTC-AG-AA-------CA---TAT-G-C---AT--------------------AG----AAATA-TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT-----------G-----AAC----------A-CATG-----------------------AAAA-----G-----------TTGA-------A-A----A-A-AGGAA---AT---T-----------T----A-----A--T--A--TTTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG--GCCAGT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------T----AC-AA-T-----CAAATT-T-G-CATGATGAANN------NNNNNN---NN----NNNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--AGTC---G-----AACAT---------C--------------AAGT-----C-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AT---T-----AT----T----A-----A--T-TA--ATTt
gi|14 : AAT-----A-----------TTAA-------A-A-C-CG-A-GAGAA---TTG--T-----GT----T----A-----A--T-T-----TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A--C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAatttttcattaga
gi|16 : atT------T----AGGAA-T-----CAA--T-T-G-----ATGA--------------T---AT----AAAAT-TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACT---G-----A--ACGTC------G--------------AAAC-----A-----------TTAAAATATTAG-A-T-CG-A-GAGAA---AT---T-----AT----C----A-----A--T-ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------AGAT-----A-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AT---T-----AT----T----A-----A--T-TA--TTTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AAT-A-------A-AAA-A----GGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT-----------G-GA--A-CT---G-----A-CATGTCGAAAATT--------------AAAG-----A-----------TCAA-------G-A-T-AG-A-GAGAA---AT---A-----AT---------A-----A--T-TA--TTTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A--C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT-----------G-GA--A-CT---G-----A-CATGTC------G--------------AAATTAAAGA-----------TCAA-------G-A-T-AG-A-GAGAA---AT---A-----AT---------A-----A--T-TA--TTTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A--C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTG-ACCACCCCTCTA--CCCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTA-AATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----AATTGC-----TGTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAACTGCCCGCCCTCTGAACGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA---GAATC---ATAA----TCGATAAT--TA--A-----TATCTA-A--C-------CTGCCG---TT-CACG-AA-------A--------------A-G-AAGA-----A-A--A----C-T---GT-T-CT----GATTATTTAT----AG-AG-T-----CA---T-C-C-T---ATGA--T----------------T----AAATA-TATA-TGAATTCTGTCAA-TA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TT---G-----A-AATA--------C--------------AG---------------------AA-------A-A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----T----A-----A----TA--TTTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A--C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|23 : AAT-----A-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AC---T-----GT----G----A-----A--T-CA--TTTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|26 : cgaacatttAATA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG--G---GA-TG-A-AAT-ACTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT------T----AG-AA-T-----GA---T-TGG-C---ATGA------------------AT----AAATA-Tca
gi|27 : ATA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG--G------CA-A-AAT-CCAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GTAT-CTGAA-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C---ATGA------------TTT---AC----AGATA-TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------C----AG-AA-T-----CA---T-T-A-T---ATG
gi|29 : --------------AAAT-----T-----------TTAC-------G-A-T-TG-A-GAGAA---AT---T-----AT----CAATGA-----A--T-TA--TTTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CGT---ACCCCTCTAAACTCTACTAATAAC--------GCAGGG-----TTCGT-ATG-ACC--------AGTTT-CTTAC------TGACCGCTCATA--TAT----TTAAGCGTGTATC----TAAA--AGCT-TTTCTGCTCGA--C-ATTGTTCTG--A------TATCTGTGCCTATCTGACTGCTCTAGAGAA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGA-G---GTACA-GAAAT-CTTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTTC-C---GC-T-CT----GAT------T----AA-TA-TATGCATA---T-T-G-C---CCGA--C------TACTATCACATGTAAAAATATTATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA------------------------------------ATGTC------C--------------TGAT-----C-----------GTAT-------G-A----G-A-GAGAG---AC---G-----G----------A-----A----TA--TTTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G----C-T---AT-T-CT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C---ATGA--C------T
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActga
gi|33 : --------------AAAT-----A-----------TTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGT----A-----A--T-TA--TTTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CTTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-GAA------T----AG-AA-T-----CA---T-T-T-C---ATGA--C------TGCTCT---AT----AAAa
gi|4 : --TCTG--G---AA-TA-G-AAT-C-TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG----C-T---GT-T-CT--A-GATG-----TCAAGAG-AA-T-----CA---T-T-G-C---ATGA------------TAA---AT----AACTG-TATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT-----------T-AAATAACT---A-----A-CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAAGAT-----A-----------TTAA-------G-A-C-CG-AGGAGAA---AT---TG----AT----T----A-----AT-T-TAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A--C----TGCCAAAA---A-CAG-A
gi|5 : TGATCTGGAATACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G----C-T---CT-T-TT----GAT------T----AG-AA-T-----CA-----T-G-C---ATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TTAA-------A-AAT-CGGA-AAAAA---AA---T-----AT----T----A--------T-TA--TTTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--TC--TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C--C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAtgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAATA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG-------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC---C-T---GT-T-CT--AGGAT------T----AG-AATT-----CA---T-T-GCC---ATGA--TAATACATGCTNN---NN----NNNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNCT---GATCGAA-CAT------------------------AAAT-----AT----------TTAAC------G-A-TCCG-A-GAG-A---AT---T-----AT----T----AAT---A--T-TA--TTTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Ataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|7 : cA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T-----------G-GA--AA-T---G-----A-CATGTC------CGAGGCATTA-----AAAT-----ACAGTGGTAACTTTAA-------G-A-T-CG-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----T----A-----A--A-TA--TTTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A--------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G---------G---AT-CA-G-AATGCTTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G----------GT-T-CT--A-GAT------T----G---A-T-----TA---C-T-G-C---ATGA--C------TGCTCT---AN----NNNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNGTCGAA-----A-CAT---------T--------------AAATA----A-----------TCAA-------G-A-T-GA-A-GAGAA---AT---T-----AT----T----AAATTGA--T-TA--TTTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A--CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------AAAT-----A-----------TCAC-------G-A-T-CG-A-GAGAA---AA---------AT----T----A-----A--TCTT--ATTTTCG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA--CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|21 ): TTTTTCGTCTGCTGAATCTCCATTCAAGTTCTTATTTGCTATCCTAATAAACTCGCACAAAAATTGAAATGGAGGTCTTATTACAGATTGAACGTCCGATGAGCAGCTCTTTTTTA
Unaligned ( gi|22 ): GATTAGAATCATTGCATTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCG
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 33333333333333333333 11 1 4444444444444444444444 11111111 111111111 11111 555555555555555 1111111111111111 11111 2222222222 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 55555 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 77777777777777777777 88 2 0 6666666666666666666666 6 4 4 66666666 6 3 44 3 33 0 333333333 2 2 7777 2 666 2 33 2 2 2 9999999 33 7777 5 444 4 2 6666 2 2 9999 666666 2 00000 888 2 2 4 2 55555 999999999999999 3 4 5555555555555555 777 11111 777 0000000000 0 4 4 4 4 4 55 1 888888888888888888 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 1 8888888 1 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . ..... . ................................................................................. . . .................... .. . . ...................... . . . ........ . . .. . .. . ......... . . .... . ... . .. . . . ....... .. .... . ... . . .... . . .... ...... . ..... ... . . . . ..... ............... . . ................ ... ..... ... .......... . . . . . . .. . .................. . ............................................................. ................. . ....... . . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 00000 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 33333333333333333333 33 0 7 0000000000000000000000 7 2 0 00000000 7 3 66 3 99 1 333333333 7 7 7777 7 999 5 44 5 5 5 5555555 44 8888 0 111 7 4 1111 5 4 1111 888888 4 66666 888 4 4 7 4 99999 888888888888888 3 4 2222222222222222 000 00000 000 5555555555 6 0 0 0 0 0 55 0 888888888888888888 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 9 1111111 9 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTTCGTGATGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TAACTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGCT-CCC-CGCTCT--ACGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-G-AT-T----A------G-AAT-----CA---T-T-GC-A-TG-----AC-T-CT--------TATAAATA-TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AA-CTG-----A-----CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCCGTGATGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTTGCTC-TAACTGC----TTGAGC-TGC-TC----TAA--AAGCTCCCC-CGCTCT--ACGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-G-AT-T----A------G-AAT-----CA---T-T-GC-A-TG-----AC-TGCT--------TATAAATA-TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AA-CTG-----A-----CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCT-AACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AAC-TTT--TGATGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TGACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAA--AA------C-AGTTCT--ACAACCGCTCTGGAA------TA---GAATT---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG--G---GT-CA-G-AGT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-GT--A-G-AT-T----A------G-AAT-----CA---T-T-GC-A-TG-----AC-TGCTC-------TATAAATA-TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AA-CTG-----A-----CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT--G---GT-CA-G-AAT-ATGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G----C-T---GT-T-TT--AAG-AT-T----A------G-AATC----CA---T-T-GC-A-TA-----A--------------TATCATTA-GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-GA--TC-TCG-----G-----CATGTC------C--------------AAAC-----A-----------TT-AA-------ATA-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAATA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT--------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA---C-T---GT-T-CT--A-G--T-T----A------T-GAT-----CAC--T-T-GCGA-TG-----A---------------ATAAAT
gi|11 : -----CATGTCGAACATT--------------AAAT-----A-----------T--AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-taacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatgtcgaacattaaatataagatcgagagaaataaattttaattttatttttcgttcgctaa
gi|12 : actgctctgaataggaaagtcctgactgtttctgctctatgataagagactgttctagttatgatcacttgcgatgaataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G----CGT---GTCT-CT--A---AT-CTTC-A------G-AA------CA---TAT-GC-A-T----------------------AGAAATA-TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT-----------G-----AA-C-------A-----CATG-----------------------AAAA-----G-----------TT-GA-------A-A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG--GCCAGT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-G-AT-T----A------C-AAT-----CAAATT-T-GC-A-TG-----At
gi|13 : -----A-----CAT---------C--------------AAGT-----C-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Ttgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcgaacatcaagtcttaagatcgagagaaattattaattaattatttttcattaga
gi|14 : atagaatcctgactctcctggccagtcagaatcctgactgctagaaaagagctgttctagattacaatcaaatttgcatgatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcgaAAT-----A-----------TT-AA-------A-A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT-T----A------GGAAT-----CAA--T-T-G--A-TG-----A--------------TATAAAAT-TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AA-CTG-----A------ACGTC------G--------------AAAC-----A-----------TT-AAAATATTAG-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------AGAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT-----------G-GA--A--CTG-----A-----CATGTCGAAAATT--------------AAAG-----A-----------TC-AA-------G-A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT-----------G-GA--A--CTG-----A-----CATGTC------G--------------AAATTAAAGA-----------TC-AA-------G-A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCT-A-C-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTA-AATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----AATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAACTGCCCGCCCTCTGAACGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA---GAATC---ATAA----TCGATAAT--TA--A-----TATCTA-A--C-------CTGCCG---TT-CACG-AA-------A--------------A-G-AAGA-----A-A--A----C-T---GT-T-CT----G-AT-T----ATTTATAG-AGT-----CA---T-C-CT-A-TG-----AT-T--------------AAATA-TATA-TGAATTCTGTC-AATA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT--------------------TTG-----A-----AATA--------C--------------AG----------------------AA-------A-A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|23 : AAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-ctatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|26 : cgaacatttAATA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG--G---GA-TG-A-AAT-ACTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A----C-TTTTGT-TTCT--A-G-AT-T----A------G-AAT-----GA---T-TGGC-A-TG-----A---------------ATAAATA-Tca
gi|27 : ATA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG--G------CA-A-AAT-CCAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GTAT-CTGAA-G-AT-T----A------G-AAT-----CA---T-T-GC-A-TG-----A----TT--------TACAGATA-TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-G-AT-C----A------G-AAT-----CA---T-T-AT-A-TG-----
gi|29 : --------------AAAT-----T-----------TT-AC-------G-A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAA-------C-GCAGGG-----TTCGT-ATG-ACC--------AGTT-TCTTAC------TGACCGCTCATA--TAT----TTAAGCGTGTATC----TAA--AAGCTTTTC-TGCTCG--AC-ATTGTTCTG--A------TATCTGTGCCTATCTGACTGCTCTAGAGAA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGA-G---GTACA-GAAAT-CTTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTTC-C---GC-T-CT----G-AT-T----A------A-TATATGCATA---T-T-GC-C-CG-----AC-TACTATCACATGTAAAAATATTATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA--------------------------------------ATGTC------C--------------TGAT-----C-----------GT-AT-------G-A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G----C-T---AT-T-CT--A-G-AT-T----A------G-AAT-----CA---T-T-GC-A-TG-----AC-T
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActga
gi|33 : --------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CTTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-G-AA-T----A------G-AAT-----CA---T-T-TC-A-TG-----AC-TGCTC-------TATAAAa
gi|4 : --TCTG--G---AA-TA-G-AAT-C-TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG----C-T---GT-T-CT--A-G-ATGTCAAGA------G-AAT-----CA---T-T-GC-A-TG-----AT-AA-----------ATAACTG-TATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT-----------T-AAATAA-CTA-----A-----CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAAGAT-----A-----------TT-AA-------G-A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-A
gi|5 : TGATCTGGAATACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G----C-T---CT-T-TT----G-AT-T----A------G-AAT-----CA-----T-GC-ATTG-----A---------------GTAAATA-CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-AA-------A-AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAATA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG-------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----CCT---GT-T-CT--A-GGAT-T----A------G-AATT----CA---T-T-GCCA-TGATAATACATGCT--------NNNNNNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNNCTG-----ATCGAACAT------------------------AAAT-----A-----------TTTAAC------G-A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Ataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|7 : cA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T-----------G-GA--AA--TG-----A-----CATGTC------CGAGGCATTA-----AAAT-----ACAGTGGTAACTTT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G---------G---AT-CA-G-AATGCTTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G----------GT-T-CT--A-G-AT-T----G---------AT-----TA---C-T-GC-A-TG-----AC-TGCT--------C-TANNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NN-NNGTCGAAA-----CAT---------T--------------AAAT-----AA----------TC-AA-------G-A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------AAAT-----A-----------TC-AC-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|22 ): GATTAGAATCATTGCATTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCG
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 1 4444444444444444444444444 11 2222222 7777777777777777777777777777777 1 1 44444444444444444 2222 1 4444444444444444444444 11111111 111111111 1111 11111111111 555555555555555555 1111 1111 11111111 11111 2222222222 22222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 00 3 3 1111111111111111111111111 44 9999999 7 8888888888888888888888888888888 3 3 00000000000000000 3 8888 2 0 6666666666666666666666 6 4 4 66666666 6 3 44 3 33 0 333333333 2 2 7777 2 666 2 33 2 2 2 9999999 33 0000 2 444 4 2 8888 11111111111 2 2 88888 888 2 2 2 2 2 555555555555555555 1111 5 4444 1 66666666 777 11111 777 2222222222 0 4 4 4 4 4 66 1 00000000000 8888 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222 1 8888888 1 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . .. . . ......................... .. ....... . ............................... . . ................. . .... . . ...................... . . . ........ . . .. . .. . ......... . . .... . ... . .. . . . ....... .. .... . ... . . .... ........... . . ..... ... . . . . . .................. .... . .... . ........ ... ..... ... .......... . . . . . . .. . ........... .... . ....................................................... ................. . ....... . . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 77 3 3 7777777777777777777777777 77 7777777 3 0000000000000000000000000000000 3 3 00000000000000000 7 3333 0 7 0000000000000000000000 7 2 0 00000000 7 3 66 3 99 1 333333333 7 7 7777 7 999 5 44 5 5 5 5555555 44 3333 5 111 7 4 6666 00000000000 4 4 22222 888 4 4 4 4 4 999999999999999999 4444 0 6666 0 33333333 888 99999 888 2222222222 6 4 4 4 4 4 11 0 11111111111 9999 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 9 1111111 9 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAA---CGGTC-GTAGGGAAC-TTC-TGATGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TA--AAAGC-T-CCCGCTCT----ACGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGAC-----TAT---------AAATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACTG-----ACATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAA---CGGTC-GTAGGGAACTTTCGTGATGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ACTGC----T-GAGC-TGC-TC----TA--AAAGC-TCCCCGCTCT----ACGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGACT-CT-TAT---------AAATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACTG-----ACATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCT-AACCTCT-CTTATAG---CGGTC-GTAG--AACTTT--TGATGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TG-ACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TA--AAA------CAGTTCT----ACAACCGCTCTGGAA------TA---GAATT---CTGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG--G---GT-CA-G-AGT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-GT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGACTGCTCTAT---------AAATA----TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACTG-----ACATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT--G---GT-CA-G-AAT-ATGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G----C-T---GT-T-TT--AAGAT------T----AG-AA-TC----CA---T-T-G-C-A-TAA------TAT---------CATTA----GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-GA--TCTCG-----GCATGTC------C--------------AAAC-----A-----------TT-AA-------ATA-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAATA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT--------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA---C-T---GT-T-CT--A-G-T------T----AT-GA-T-----CAC--T-T-G-CGA-TGA-------AT---------AAAT
gi|11 : CATGTCGAACATT--------------AAAT-----A-----------T--AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-taacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcatgtcgaacattaaatataagatcgagagaaataaattttaattttatttttcgttcgctaa
gi|12 : actgctctgaataggaaagtcctgactgtttctgctctatgataagagactgttctagttatgatcacttgcgatgaataaattaacatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G----CGT---GTCT-CT--A--AT------CTTC-AG-AA-------CA---TAT-G-C-A-T---------AG---------AAATA----TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT-----------G-----AAC-------ACATG-----------------------AAAA-----G-----------TT-GA-------A-A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG--GCCAGT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------T----AC-AA-T-----CAAATT-T-G-C-A-TGAt
gi|13 : -----ACAT---------C--------------AAGT-----C-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Ttgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcgaacatcaagtcttaagatcgagagaaattattaattaattatttttcattaga
gi|14 : atagaatcctgactctcctggccagtcagaatcctgactgctagaaaagagctgttctagattacaatcaaatttgcatgatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcgaAAT-----A-----------TT-AA-------A-A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT------T----AGGAA-T-----CAA--T-T-G---A-TGA------TAT---------AAAAT----TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACTG-----A-ACGTC------G--------------AAAC-----A-----------TT-AAAATATTAG-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------AGAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT-----------G-GA--A-CTG-----ACATGTCGAAAATT--------------AAAG-----A-----------TC-AA-------G-A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT-----------G-GA--A-CTG-----ACATGTC------G--------------AAATTAAAGA-----------TC-AA-------G-A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCT--AC-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTAAATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----A-ATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAAC-TGCCCGCCCTCTGAACGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA---GAATC---ATAA----TCGATAAT--TA--A-----TATCTA-A--C-------CTGCCG---TT-CACG-AA-------A--------------A-G-AAGA-----A-A--A----C-T---GT-T-CT----GATTATTTAT----AG-AG-T-----CA---T-C-C-T-A-TGAT-------T---------AAATA----TATA-TGAATTCTGTCAA-TA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TTG-----AAATA--------C--------------AG----------------------AA-------A-A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|23 : AAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-ctatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|26 : cgaacatttAATA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG--G---GA-TG-A-AAT-ACTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT------T----AG-AA-T-----GA---T-TGG-C-A-TGA-------AT---------AAATA----Tca
gi|27 : ATA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG--G------CA-A-AAT-CCAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GTAT-CTGAA-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA---TT-TAC---------AGATA----TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT------C----AG-AA-T-----CA---T-T-A-T-A-TG
gi|29 : --------------AAAT-----T-----------TT-AC-------G-A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAA-------C-GCAGGG----TTCGT-ATG-ACC--------AGTT-TCTTAC------TGACCGCTCATATATT------T-AAGCGTGTATC----TA--AAAGCTTTTCTGCTCG----AC-ATTGTTCTG--A------TATCTGTGCCTATCTGACTGCTCTAGAGAA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGA-G---GTACA-GAAAT-CTTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTTC-C---GC-T-CT----GAT------T----AA-TA-TATGCATA---T-T-G-C-C-CGACT-AC-TATCACATGTAAAAATAT---TATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA--------------------------------ATGTC------C--------------TGAT-----C-----------GT-AT-------G-A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G----C-T---AT-T-CT--A-GAT------T----AG-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGACT-CT-
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AAga
gi|33 : --------------AAAT-----A-----------TT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CTTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-GAA------T----AG-AA-T-----CA---T-T-T-C-A-TGACTGCTCTAT---------AAAa
gi|4 : --TCTG--G---AA-TA-G-AAT-C-TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG----C-T---GT-T-CT--A-GATG-----TCAAGAG-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TG--------AT---------AAATAACTGTATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT-----------T-AAATAACTA-----ACAT-TC------CGAAACATTTAAAAAAGAT-----A-----------TT-AA-------G-A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-A
gi|5 : TGATCTGGAATACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G----C-T---CT-T-TT----GAT------T----AG-AA-T-----CA-----T-G-C-ATTGA-------GT---------AAATA----CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-AA-------A-AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAATA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG-------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC---C-T---GT-T-CT--AGGAT------T----AG-AATT-----CA---T-T-GCC-A-TGAtaatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : c--------------AAAT-----A-----------TTTAAC------G-A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Ataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|7 : cgactgtctggaatagaattcctggactgttctgctctagaaaagagcctgttctaggattagaattcattgccatgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacatA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T-----------G-GA--AA-TG-----ACATGTC------CGAGGCATTA-----AAAT-----ACAGTGGTAACTTT-AA-------G-A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G---------G---AT-CA-G-AATGCTTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G----------GT-T-CT--A-GAT------T----G---A-T-----TA---C-T-G-C-A-TGACT-GC-TCT---------ANNNN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNNNGTCGAAACAT---------T--------------AAAT-----AA----------TC-AA-------G-A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------AAAT-----A-----------TC-AC-------G-A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|22 ): GATTAGAATCATTGCATTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCG
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 4444444444444444444 1 11 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 1 222222 111 444444 11111111 111111111 1111 3333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 55555 3 0000000000000000000 3 3 44 9999999 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 8888 2 0 6 888888 777 555555 4 2 4 66666666 6 3 44 3 33 0 333333333 2 2 7777 2 666 2 33 2 2 2 9999999 33 0000 2 444 4 2 8888 2 8888 666666 2 2 77777 888 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333 2 9999 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 3 3 3 3 55 1 777777777777777777 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 11111111111111111 1 000000000000000 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . ..... . ................... . . .. ....... . ............................................................ . .... . . . ...... ... ...... . . . ........ . . .. . .. . ......... . . .... . ... . .. . . . ....... .. .... . ... . . .... . .... ...... . . ..... ... . . . . . ......................... . .... . ................................................. . . . . . . .. . .................. . ............................................................. .... ................. . ............... . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 00000 3 3333333333333333333 7 3 77 7777777 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3333 0 7 5 888888 555 000000 3 3 0 00000000 7 3 66 3 99 1 333333333 7 7 7777 7 999 5 44 5 5 5 5555555 44 3333 5 111 7 4 3333 2 6666 444444 2 2 88888 333 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 7 6666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 6 6 6 00 0 999999999999999999 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 00000000000000000 9 000000000000000 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCT----ACGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC--T-C-TGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTGA-TGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCT----ACGACCGCTCTGGAA------TA---GAATC----C-TGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCT-AACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AAC-TTTTGA-TGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TG-ACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAA--AA-------CAGTTCT----ACAACCGCTCTGGAA------TA---GAATT----C-TGACTGCTCTAGAATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG--G---GT-CA-G-AGT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-GT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CTGCTCTA---T------------AA-ATA----TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT-----------G-GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT--G---GT-CA-G-AAT-ATGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G----C-T---GT-T-TT--AAGAT-T----A------G-AA-TC----CA---T-T-G-C-A-TAA--T-----A---T------------CA-TTA----GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-GA--TCTCG-----G------CATGTC------C--------------A----AAC-----A-----------TT-AA-------AT------A-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAATA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT--------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA---C-T---GT-T-CT--A-G-T-T----A------T-GA-T-----CAC--T-T-G-CGA-TGA-AT-----AAATT------------AACATG----TNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNNNN-----NNNNNATCATGTCGAACATT--------------A----AAT-----A-----------T--AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-
gi|12 : ---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G----CGT---GTCT-CT--A--AT-CTTC-A------G-AA-------CA---TAT-G-C-A-T----------A---G------------AA-ATA----TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT-----------G-----AAC-------A------CATG-----------------------A----AAA-----G-----------TT-GA-------A-------A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataATA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG--GCCAGT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATT-T-G-C-A-TG---------A---T------------GA-ANN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNNNN-----N------NNNNNN------N--------------AGTCGAAC-----A-----------TC-AA-------GTCTTAAGA-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Tt
gi|14 : ----AAT-----A-----------TT-AA-------A-------A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT-T----A------GGAA-T-----CAA--T-T-G---A-TGA--T-----A---T------------AA-AAT----TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACTG-----A-------ACGTC------G--------------A----AAC-----A-----------TT-AAAATATTAG-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------A----GAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT-----------G-GA--A-CTG-----A------CATGTCGAAAATT--------------A----AAG-----A-----------TC-AA-------G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT-----------G-GA--A-CTG-----A------CATGTC------G--------------A----AATTAAAGA-----------TC-AA-------G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCT-A-C-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTAAATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----A-ATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAAC--TGCCCGCCCTCTGAACGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA---GAATC----A-TAA----TCGATAAT--TA--A-----TATCTA-A--C-------CTGCCG---TT-CACG-AA-------A--------------A-G-AAGA-----A-A--A----C-T---GT-T-CT----GAT-T----ATTTATAG-AG-T-----CA---T-C-C-T-A-TGA-TT-----A-----------------A-ATA----TATA-TGAATTCTGTC-AATA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TTG-----A------AATA--------C--------------A----G----------------------AA-------A-------A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|22 : -GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-T----T-----A---T------------AA-Actatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|23 : ----AAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcg
gi|26 : cgaacatttAATA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG--G---GA-TG-A-AAT-ACTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----GA---T-TGG-C-A-TGA--------A---T------------AA-ATA----Tca
gi|27 : ATA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG--G------CA-A-AAT-CCAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GTAT-CTGAA-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGATTT-----A---C------------AG-ATA----TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G----C-T---GT-T-CT--A-GAT-C----A------G-AA-T-----CA---T-T-A-T-A-TG
gi|29 : --------------A----AAT-----T-----------TT-AC-------G-------A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAA-------C-GCAGGG----TTCGTA-TG-ACC--------AGTT-TCTTAC------TGACCGCTCATATATT------T-AAGCGTGTATC----TAA--AAGCTTT-TCTGCTCG----AC-ATTGTTCTG--A------TATCTGTGCCTAT-C-TGACTGCTCTAGAGAA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGA-G---GTACA-GAAAT-CTTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTTC-C---GC-T-CT----GAT-T----A------A-TA-TATGCATA---T-T-G-C-C-CGA-CT-----A---CTATCACATGTAAAA-ATAT---TATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA--------------------------------------ATGTC------C--------------T----GAT-----C-----------GT-AT-------G-------A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG--G---GT-CA-G-AAT-CCTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G----C-T---AT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActga
gi|33 : --------------A----AAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG--G---GT-CA-G-AAT-CTTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-GAA-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-T-C-A-TGA-CT-----a
gi|37 : GTTCTAGAA------TA---GAATCATTTCATGACTGCTCTATAAgctctataaa
gi|4 : --TCTG--G---AA-TA-G-AAT-C-TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG----C-T---GT-T-CT--A-GATGTCAAGA------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TG---------A---T------------AA-ATAACTGTATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT-----------T-AAATAACTA-----A------CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAA----GAT-----A-----------TT-AA-------G-------A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-Aa
gi|5 : TGATCTGGAATACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G----C-T---CT-T-TT----GAT-T----A------G-AA-T-----CA-----T-G-C-ATTGA--------G---T------------AA-ATA----CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-AA-------A-------AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAATA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG-------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC---C-T---GT-T-CT--AGGAT-T----A------G-AATT-----CA---T-T-GCC-A-TGA-TA-----A---T------------AC-ATtaatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : c--------------A----AAT-----A-----------TTTAAC------G-------A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Agctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|7 : cgactgtctggaatagaattcctggactgttctgctctagaaaagagcctgttctaggattagaattcattgccatgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacatA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T-----------G-GA--AA-TG-----A------CATGTC------CGAGGCATTA-----A----AAT-----ACAGTGGTAACTTT-AA-------G-------A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G---------G---AT-CA-G-AATGCTTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G----------GT-T-CT--A-GAT-T----G---------A-T-----TA---C-T-G-C-A-TGA-CT-----GCTCT------------AN-NNN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-----------N-NN--NNNNGTCGAAA------CAT---------T--------------A----AAT-----AA----------TC-AA-------G-------A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------A----AAT-----A-----------TC-AC-------G-------A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 1 555555555555555555 1 3333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11111111 11111111111111 11111 3333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 4444 3 000000000000000000 1 3 3333333333 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 2 111111 4 66666666 3 1 3 44 3 33333333333333 2 9999999 33 666 2 33 2 2 2 88888 2 33 66666 2 444 4 2 8888 2 8888 666666 2 2 77777 888 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333 2 9999 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 3 3 3 3 55 1 777777777777777777 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 11111111111111111 1 6666666 1 8888888 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . .... . .................. . . .......... . .................................................................................................... . . ...... . ........ . . . .. . .............. . ....... .. ... . .. . . . ..... . .. ..... . ... . . .... . .... ...... . . ..... ... . . . . . ......................... . .... . ................................................. . . . . . . .. . .................. . ............................................................. .... ................. . ....... . ....... . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 0000 3 333333333333333333 0 3 3333333333 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 555555 0 00000000 3 8 3 66 3 00000000000000 7 3333333 44 999 5 44 5 5 5 88888 5 44 66666 5 111 7 4 3333 2 6666 444444 2 2 88888 333 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 7 6666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 6 6 6 00 0 999999999999999999 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 00000000000000000 9 2222222 9 1111111 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCTAA-C-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGCT-C--CCGCTCTAC-ACCGTTCTGGAATA-----GAAT----TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCTAA-C-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGAACCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGCT-C--CCGCTCTACGACCGCTCTGGAATA-----GAATC---TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCTAA-CCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AAC-TTTTGA-TGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TG-ACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAA--AA-------CAGTTCTACAACCGCTCTGGAATA-----GAAT----TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG-G---GT-CAG-AGT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-GT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CTGCTCTA---T------------AA-ATA----TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT-G---GT-CAG-AAT-A----TGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G-----C-T---GT-T-TT--AAGAT-T----A------G-AA-TC----CA---T-T-G-C-A-TAA--T-----A---T------------CA-TTA----GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------GA--TCTCG-----G------CATGTC------C--------------A----AAC-----A-----------TT-A-------A-AT------A-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAA------TA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT----------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA----C-T---GT-T-CT--A-G-T-T----A------T-GA-T-----CAC--T-T-G-CGA-TGA-AT-----AAATT------------AACATG----TNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----NNNNNATCATGTCGAACATT--------------A----AAT-----A-----------T--A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-
gi|12 : ---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G-----CGT---GTCT-CT--A--AT-CTTC-A------G-AA-------CA---TAT-G-C-A-T----------A---G------------AA-ATA----TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT--G--------------AAC-------A------CATG-----------------------A----AAA-----G-----------TT-G-------A-A-------A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG-GCCAGT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATT-T-G-C-A-TG---------A---T------------GA-ANN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----N------NNNNNN------N--------------AGTCGAAC-----A-----------TC-A-------A-GTCTTAAGA-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Tt
gi|14 : ----AAT-----A-----------TT-A-------A-A-------A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT-T----A------GGAA-T-----CAA--T-T-G---A-TGA--T-----A---T------------AA-AAT----TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACTG-----A-------ACGTC------G--------------A----AAC-----A-----------TT-AAAATATTA-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------A----GAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A------CATGTCGAAAATT--------------A----AAG-----A-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A------CATGTC------G--------------A----AATTAAAGA-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCTA--C-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTAAATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----A-ATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAACTGC--CCGCCCT---------CTGAA-------------------CGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA-GA--A-----T-CATA-A--TC-GA--T----A---AT-TAA-TAT-CTAACCTG--C---C-GT--T-CAC-G-AAAA-----G-A--AGAAAAC-T---GT-T-CT----GAT-T----ATTTATAG-AG-T-----CA---T-C-C-T-A-TGA-TT-----A-----------------A-ATA----TATA-TGAATTCTGTC-AATA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TTG-----A------AATA--------C--------------A----G----------------------A-------A-A-------A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|22 : -GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-T----T-----A---T------------AA-Actatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|23 : ----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcg
gi|26 : cgaacatttAA------TA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG-G---GA-TGA-AAT-A----CTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A-----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----GA---T-TGG-C-A-TGA--------A---T------------AA-ATA----Tca
gi|27 : A------TA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG-G------CAA-AAT-C----CAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GTAT-CTGAA-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGATTT-----A---C------------AG-ATA----TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-C----A------G-AA-T-----CA---T-T-A-T-A-TG
gi|29 : --------------A----AAT-----T-----------TT-A-------C-G-------A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAAC---G-----CAGGG----TTCGTA-TGA-----CC----AGTTT-CTTAC------TGACCGCTCATATATT------T-AAGCGTGTATC----TAA--AAGCT-TTTCTGCTCGAC-ATTGTTCTG--ATATCTGTGCCTA---TC-TGACTGCTCTAGAG------AA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGAG---GTACAGAAAT-C----TTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTT-C-C---GC-T-CT----GAT-T----A------A-TA-TATGCATA---T-T-G-C-C-CGA-CT-----A---CTATCACATGTAAAA-ATAT---TATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA--------------------------------------ATGTC------C--------------T----GAT-----C-----------GT-A-------T-G-------A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G-----C-T---AT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActga
gi|33 : --------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----TTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G-----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-GAA-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-T-C-A-TGA-CT-----a
gi|37 : GTTCTAGAATA-----GAATCATTTCATGACTGCTCTATAA------gctctataaa
gi|4 : --TCTG-G---AA-TAG-AAT-C-----TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG-----C-T---GT-T-CT--A-GATGTCAAGA------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TG---------A---T------------AA-ATAACTGTATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT--T----------AAATAACTA-----A------CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAA----GAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-Aa
gi|5 : TGATCTGGAA------TACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T--------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G-----C-T---CT-T-TT----GAT-T----A------G-AA-T-----CA-----T-G-C-ATTGA--------G---T------------AA-ATA----CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-A-------A-A-------AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAA------TA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG---------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC----C-T---GT-T-CT--AGGAT-T----A------G-AATT-----CA---T-T-GCC-A-TGA-TA-----A---T------------AC-ATtaatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : c--------------A----AAT-----A-----------TTTA-------ACG-------A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Agctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|7 : cgactgtctggaatagaattcctggactgttctgctctagaaaagagcctgttctaggattagaattcattgccatgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacatA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T--G----------GA--AA-TG-----A------CATGTC------CGAGGCATTA-----A----AAT-----ACAGTGGTAACTTT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G--------G---AT-CAG-AATGC----TTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G-----------GT-T-CT--A-GAT-T----G---------A-T-----TA---C-T-G-C-A-TGA-CT-----GCTCT------------AN-NNN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNGTCGAAA------CAT---------T--------------A----AAT-----AA----------TC-A-------A-G-------A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------A----AAT-----A-----------TC-A-------C-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 4444444444444444444 1 1 2222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 11111111 11111111111111 11111 3333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 55555 3 0000000000000000000 1 3 3 9999999 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 2 111111 4 66666666 3 1 3 44 3 33333333333333 2 9999999 33 666 2 33 2 2 2 88888 2 33 66666 2 444 4 2 8888 2 8888 666666 2 2 77777 888 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333 2 9999 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 3 3 3 3 55 1 777777777777777777 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 11111111111111111 1 6666666 1 8888888 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . ..... . ................... . . . ....... . ..................................................................................................... . . ...... . ........ . . . .. . .............. . ....... .. ... . .. . . . ..... . .. ..... . ... . . .... . .... ...... . . ..... ... . . . . . ......................... . .... . ................................................. . . . . . . .. . .................. . ............................................................. .... ................. . ....... . ....... . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 00000 3 3333333333333333333 0 3 3 7777777 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 555555 0 00000000 3 8 3 66 3 00000000000000 7 3333333 44 999 5 44 5 5 5 88888 5 44 66666 5 111 7 4 3333 2 6666 444444 2 2 88888 333 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 7 6666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 6 6 6 00 0 999999999999999999 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 00000000000000000 9 2222222 9 1111111 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCT-AACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AAC-TTTTGA-TGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TG-ACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAA--AA-------CAGTTCTACAACCGCTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG-G---GT-CAG-AGT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-GT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CTGCTCTA---T------------AA-ATA----TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT-G---GT-CAG-AAT-A----TGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G-----C-T---GT-T-TT--AAGAT-T----A------G-AA-TC----CA---T-T-G-C-A-TAA--T-----A---T------------CA-TTA----GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------GA--TCTCG-----G------CATGTC------C--------------A----AAC-----A-----------TT-A-------A-AT------A-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAA------TA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT----------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA----C-T---GT-T-CT--A-G-T-T----A------T-GA-T-----CAC--T-T-G-CGA-TGA-AT-----AAATT------------AACATG----TNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----NNNNNATCATGTCGAACATT--------------A----AAT-----A-----------T--A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-
gi|12 : ---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G-----CGT---GTCT-CT--A--AT-CTTC-A------G-AA-------CA---TAT-G-C-A-T----------A---G------------AA-ATA----TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT--G--------------AAC-------A------CATG-----------------------A----AAA-----G-----------TT-G-------A-A-------A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG-GCCAGT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATT-T-G-C-A-TG---------A---T------------GA-ANN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----N------NNNNNN------N--------------AGTCGAAC-----A-----------TC-A-------A-GTCTTAAGA-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Tt
gi|14 : ----AAT-----A-----------TT-A-------A-A-------A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT-T----A------GGAA-T-----CAA--T-T-G---A-TGA--T-----A---T------------AA-AAT----TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACTG-----A-------ACGTC------G--------------A----AAC-----A-----------TT-AAAATATTA-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------A----GAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A------CATGTCGAAAATT--------------A----AAG-----A-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A------CATGTC------G--------------A----AATTAAAGA-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCT-A-C-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTAAATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----A-ATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAAC--TGCCCGCCCT---------CTGAA--------------------CGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA-GA--A-----T-CATA-A--TC-GA--T----A---AT-TAA-TAT-CTAACCTG--C---C-GT--T-CAC-G-AAAA-----G-A--AGAAAAC-T---GT-T-CT----GAT-T----ATTTATAG-AG-T-----CA---T-C-C-T-A-TGA-TT-----A-----------------A-ATA----TATA-TGAATTCTGTC-AATA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TTG-----A------AATA--------C--------------A----G----------------------A-------A-A-------A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|22 : -GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-T----T-----A---T------------AA-Actatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|23 : ----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcg
gi|26 : cgaacatttAA------TA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG-G---GA-TGA-AAT-A----CTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A-----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----GA---T-TGG-C-A-TGA--------A---T------------AA-ATA----Tca
gi|27 : A------TA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG-G------CAA-AAT-C----CAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GTAT-CTGAA-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGATTT-----A---C------------AG-ATA----TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-C----A------G-AA-T-----CA---T-T-A-T-A-TG
gi|29 : --------------A----AAT-----T-----------TT-A-------C-G-------A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAA-------C-GCAGGG----TTCGTA-TGA-CC--------AGTT-TCTTAC------TGACCGCTCATATATT------T-AAGCGTGTATC----TAA--AAGCTTT-TCTGCTCGACA-TTGTTCTG--ATATCTGTGCC----TATC-TGACTGCTCTAGAG------AA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGAG---GTACAGAAAT-C----TTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTT-C-C---GC-T-CT----GAT-T----A------A-TA-TATGCATA---T-T-G-C-C-CGA-CT-----A---CTATCACATGTAAAA-ATAT---TATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA--------------------------------------ATGTC------C--------------T----GAT-----C-----------GT-A-------T-G-------A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G-----C-T---AT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActga
gi|33 : --------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----TTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G-----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-GAA-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-T-C-A-TGA-CT-----a
gi|37 : GTTCTAGAATA-----GAATCATT-TCATGACTGCTCTATAA------gctctataaa
gi|4 : --TCTG-G---AA-TAG-AAT-C-----TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG-----C-T---GT-T-CT--A-GATGTCAAGA------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TG---------A---T------------AA-ATAACTGTATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT--T----------AAATAACTA-----A------CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAA----GAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-Aa
gi|5 : TGATCTGGAA------TACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T--------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G-----C-T---CT-T-TT----GAT-T----A------G-AA-T-----CA-----T-G-C-ATTGA--------G---T------------AA-ATA----CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-A-------A-A-------AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAA------TA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG---------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC----C-T---GT-T-CT--AGGAT-T----A------G-AATT-----CA---T-T-GCC-A-TGA-TA-----A---T------------AC-ATtaatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : c--------------A----AAT-----A-----------TTTA-------ACG-------A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Agctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|7 : cgactgtctggaatagaattcctggactgttctgctctagaaaagagcctgttctaggattagaattcattgccatgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacatA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T--G----------GA--AA-TG-----A------CATGTC------CGAGGCATTA-----A----AAT-----ACAGTGGTAACTTT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G--------G---AT-CAG-AATGC----TTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G-----------GT-T-CT--A-GAT-T----G---------A-T-----TA---C-T-G-C-A-TGA-CT-----GCTCT------------AN-NNN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNGTCGAAA------CAT---------T--------------A----AAT-----AA----------TC-A-------A-G-------A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------A----AAT-----A-----------TC-A-------C-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 4444444444444444444 1 1 2222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 11111111 11111111111111 11111 3333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 55555 3 0000000000000000000 1 3 3 9999999 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 2 111111 4 66666666 3 1 3 44 3 33333333333333 2 9999999 33 666 2 33 2 2 2 88888 2 33 66666 2 444 4 2 8888 2 8888 666666 2 2 77777 888 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333 2 9999 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 3 3 3 3 55 1 777777777777777777 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 11111111111111111 1 6666666 1 8888888 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . ..... . ................... . . . ....... . ..................................................................................................... . . ...... . ........ . . . .. . .............. . ....... .. ... . .. . . . ..... . .. ..... . ... . . .... . .... ...... . . ..... ... . . . . . ......................... . .... . ................................................. . . . . . . .. . .................. . ............................................................. .... ................. . ....... . ....... . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 00000 3 3333333333333333333 0 3 3 7777777 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 555555 0 00000000 3 8 3 66 3 00000000000000 7 3333333 44 999 5 44 5 5 5 88888 5 44 66666 5 111 7 4 3333 2 6666 444444 2 2 88888 333 2 2 2 2 2 6666666666666666666666666 7 6666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 6 6 6 00 0 999999999999999999 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 00000000000000000 9 2222222 9 1111111 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCT-AACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AAC-TTTTGA-TGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TG-ACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAA--AA-------CAGTTCTACAACCGCTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG-G---GT-CAG-AGT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-GT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CTGCTCTA---T------------AA-ATA----TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT-G---GT-CAG-AAT-A----TGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G-----C-T---GT-T-TT--AAGAT-T----A------G-AA-TC----CA---T-T-G-C-A-TAA--T-----A---T------------CA-TTA----GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------GA--TCTCG-----G------CATGTC------C--------------A----AAC-----A-----------TT-A-------A-AT------A-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAA------TA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT----------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA----C-T---GT-T-CT--A-G-T-T----A------T-GA-T-----CAC--T-T-G-CGA-TGA-AT-----AAATT------------AACATG----TNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----NNNNNATCATGTCGAACATT--------------A----AAT-----A-----------T--A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-
gi|12 : ---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G-----CGT---GTCT-CT--A--AT-CTTC-A------G-AA-------CA---TAT-G-C-A-T----------A---G------------AA-ATA----TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT--G--------------AAC-------A------CATG-----------------------A----AAA-----G-----------TT-G-------A-A-------A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG-GCCAGT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATT-T-G-C-A-TG---------A---T------------GA-ANN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----N------NNNNNN------N--------------AGTCGAAC-----A-----------TC-A-------A-GTCTTAAGA-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Tt
gi|14 : ----AAT-----A-----------TT-A-------A-A-------A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT-T----A------GGAA-T-----CAA--T-T-G---A-TGA--T-----A---T------------AA-AAT----TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACTG-----A-------ACGTC------G--------------A----AAC-----A-----------TT-AAAATATTA-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------A----GAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A------CATGTCGAAAATT--------------A----AAG-----A-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A------CATGTC------G--------------A----AATTAAAGA-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCT-A-C-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTAAATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----A-ATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAAC--TGCCCGCCCT---------CTGAA--------------------CGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA-GA--A-----T-CATA-A--TC-GA--T----A---AT-TAA-TAT-CTAACCTG--C---C-GT--T-CAC-G-AAAA-----G-A--AGAAAAC-T---GT-T-CT----GAT-T----ATTTATAG-AG-T-----CA---T-C-C-T-A-TGA-TT-----A-----------------A-ATA----TATA-TGAATTCTGTC-AATA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TTG-----A------AATA--------C--------------A----G----------------------A-------A-A-------A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|22 : -GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-T----T-----A---T------------AA-Actatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|23 : ----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcg
gi|26 : cgaacatttAA------TA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG-G---GA-TGA-AAT-A----CTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A-----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----GA---T-TGG-C-A-TGA--------A---T------------AA-ATA----Tca
gi|27 : A------TA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG-G------CAA-AAT-C----CAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GTAT-CTGAA-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGATTT-----A---C------------AG-ATA----TA
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-C----A------G-AA-T-----CA---T-T-A-T-A-TG
gi|29 : --------------A----AAT-----T-----------TT-A-------C-G-------A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAA-------C-GCAGGG----TTCGTA-TGA-CC--------AGTT-TCTTAC------TGACCGCTCATATATT------T-AAGCGTGTATC----TAA--AAGCTTT-TCTGCTCGACA-TTGTTCTG--ATATCTGTGCC----TATC-TGACTGCTCTAGAG------AA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGAG---GTACAGAAAT-C----TTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTT-C-C---GC-T-CT----GAT-T----A------A-TA-TATGCATA---T-T-G-C-C-CGA-CT-----A---CTATCACATGTAAAA-ATAT---TATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA--------------------------------------ATGTC------C--------------T----GAT-----C-----------GT-A-------T-G-------A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G-----C-T---AT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActga
gi|33 : --------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----TTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G-----C-T---GC-T-C
gi|37 : ---GT-T-CT--A-GAA-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-T-C-A-TGA-CT-----a
gi|37 : GTTCTAGAATA-----GAATCATT-TCATGACTGCTCTATAA------gctctataaa
gi|4 : --TCTG-G---AA-TAG-AAT-C-----TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG-----C-T---GT-T-CT--A-GATGTCAAGA------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TG---------A---T------------AA-ATAACTGTATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT--T----------AAATAACTA-----A------CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAA----GAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-Aa
gi|5 : TGATCTGGAA------TACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T--------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G-----C-T---CT-T-TT----GAT-T----A------G-AA-T-----CA-----T-G-C-ATTGA--------G---T------------AA-ATA----CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-A-------A-A-------AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAA------TA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG---------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC----C-T---GT-T-CT--AGGAT-T----A------G-AATT-----CA---T-T-GCC-A-TGA-TA-----A---T------------AC-ATtaatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : c--------------A----AAT-----A-----------TTTA-------ACG-------A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Agctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|7 : cgactgtctggaatagaattcctggactgttctgctctagaaaagagcctgttctaggattagaattcattgccatgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacatA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T--G----------GA--AA-TG-----A------CATGTC------CGAGGCATTA-----A----AAT-----ACAGTGGTAACTTT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G--------G---AT-CAG-AATGC----TTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G-----------GT-T-CT--A-GAT-T----G---------A-T-----TA---C-T-G-C-A-TGA-CT-----GCTCT------------AN-NNN----NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNGTCGAAA------CAT---------T--------------A----AAT-----AA----------TC-A-------A-G-------A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------A----AAT-----A-----------TC-A-------C-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
blockSeqs : G G A C AAAC A CCCCGGTTAGTAAAAAACA A A A GCCTTTA A CTGACCGCTCATATATTTAAGCGTGTATCTAAAAGCTTTTCTGCTCGACATTGTTCTGATATCTGTGCCTATC A GTTAGT C CGAGTGGC T C G AA T TGTCTGAGGTA A CTAACC TA GTT T AC A T A AAAAA T AG GAAAA G TTT C T GAA G CAAG TTTATA G T ATGCA AAT A G C G T CTACTATCACATGTAA C ACTG T ATTCTGTCAATAGAAACCTAGTTTTCCCGTCTGCTTC G C C C G AG N ATCTTTCTTGTCCT N TAAATAACTAACATTCCGAAACATTTAAAAA GTCG ACAGTGGTAACT T AAATATT C TCTTAAG A C G G TCA TTTAAA TAAG ATCATAT TA A T T C GA A CA A ATGG AAGTA GTT TT TC A T TAAA C AAATATATATTTTAAAACAAACC T C CAAGACAAA CA AAC G A T
blockSeqs : . . C AC . CGCAGGG T . . . . TATGCGATGGTTGAATTGCTGTGCTGCTCCCAATAAGAAAACTGCCCGCCCTCTGAA A . . AAAG . C . . . CCTGGCCAGT . GCT A T . . . . . A . . CCTT . . A . AA . TTC . . . C C . . . . . ATAAATT . T . CTGGCGCTGGAAACTGTCATCCCTGTCTTCTGGCCT . . . . . . N GGTCTTGTCCT N NNNNNNNNNNNNNATCATGTCGAACATT . TAAAGA . . . T . . . . . TATTA . AATTGAT . . . T . G C . A AGG AATA G . CT . T . . GATATATATATATAGTAGTTAAA . . ACAACA . . . . A
blockSeqs : A . . A . A . . . TCTGGGA . AT A . . . . . . . . . A . . . . AG . . . . . . A . . . . . CTGCTCT . . . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . T TTTGGTCCCTA N TAGAAGAAGAAGTAAAACTGAACGTCG . AA . . . . . . . . . AAAT . ATGAAT . . . . . A . . . . CG G . . . T . . AAAAAATATTTTTTTCAA . . AGGTC . . . . T
blockSeqs : G . . A . C . . . TCTGGGT . CC A . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . TTTAC . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . N NNNNNNNNN A GGAAATGACATGTCCGAGGCATTA . A . . . . . . . . . GT . ATTT . . . . . A . . . . . G . . . T . . ATATTTTTTTCAAA . . AC . . . . T
blockSeqs : G . . A . C . . . TCTGGGT . AC A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TAAT . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . C NNNNNNNNN A GGAACTGACATGTCGAAAATT . A . . . . . . . . . TG . ATAT . . . . . G . . . . . A . . . . . . AATATAAATAAAT . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . A . C . . . TCTGGAA . CC A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TAT . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . A NNNNNNNNN A NNNNNNNGTCGAAACATT . G . . . . . . . . . T . ATCT . . . . . A . . . . . G . . . . . . TTATAATATTAAA . . AC . . . . .
blockSeqs : . . G . T . . . CTTGGT . CC A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TAT . . . CTGTCAATGACCAGTCCCCGGACTCTA . . . . . . A GTTCTGTCT A NGATCTCGGCATGTCC . A . . . . . . . . . T . AT . . . . . A . . . . . G . . . . . . AAAATGTATA . . AC . . . . .
blockSeqs : . . A . C . . . TGTGG . CT A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTA . . . TGTCAATACGAAAGTTTCTATCTT . . . . . . C GTGTGTCAC A NNNNNNNNNNNNNNNN . A . . . . . . . . . T . AT . . . . . A . . . . . A . . . . . . AATATAATTA . . AC . . . .
blockSeqs : . . A . C . . . TAAT . CC A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TAT . . . GGCCTAGAAACAGTCTCGTCGTCC . . . . . . A NNNNNNNNN N GGAACTGACATGTCG . A . . . . . . . . . T . AT . . . . . A . . . . . A . . . . . . ATAATTTAAA . . CC . . . .
blockSeqs : . . . . . . TCTG . CT A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . N C . GAACACATG . A . . . . . . . . . A . AT . . . . . G . . . . . A . . . . . . ATATCTTAAA . . .
blockSeqs : . . . . . GAT . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT . . . TTGAAATAC . A . . . . . . . . . A . AT . . . . . G . . . . . A . . . . . . ATATAAATA . .
blockSeqs : TT . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT . . . ATGTCC . A . . . . . . . . . T . AT . . . . . G . . . . . A . . . . . . ATATAAATA .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . T . . . . . . . . . T . AT . . . . . T . . . . . G . . . . . . ATAATAAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . C . . . . . . . . . T . AT . . . . . G . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . AT . . . . . A . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . AT . . . . . A . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . AA . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . A . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqCons : TAT**********************
originalCons : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGA-CT-----A---T------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
finalCons : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A-TGATAT----------------------AA-ATA----TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A------CATGTC------C--------------A----AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT
Alignments
lowQualScore : 1 11111 1 4444444444444444444 1 1 2222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 11111111 11111111111111 11111 3333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 111111111 1111111111111 11111 33333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 1
lowQualScore : 5 6 7 6 55555 3 0000000000000000000 1 3 3 9999999 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 2 111111 4 66666666 3 1 3 44 3 33333333333333 2 9999999 33 666 2 33 2 2 2 88888 2 33 66666 2 444 5 2 9999 2 9999 666666 2 2 88888 888 2 2 2 2 7777 0000000000000000000000000 2 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 3 3 3 3 55 1 777777777777777777 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 1 6666666 1 8888888 1 1 1 1 333 222222222 4444 1111111111111 22 1 1 3 1 33 3 22 4 7777 22222 333 22 66 2 9 5555 2 11111111111111111111111111111111111111111111 2 3 9999999999999 55 777 4 4 2
lowQualScore : . . . . ..... . ................... . . . ....... . ..................................................................................................... . . ...... . ........ . . . .. . .............. . ....... .. ... . .. . . . ..... . .. ..... . ... . . .... . .... ...... . . ..... ... . . . . .... ......................... . . ................................................. . . . . . . .. . .................. . ............................................................... ................. . ....... . ....... . . . . ... ......... .... ............. .. . . . . .. . .. . .... ..... ... .. .. . . .... . ............................................ . . ............. .. ... . . .
lowQualScore : 0 7 3 7 00000 3 3333333333333333333 0 3 3 7777777 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 555555 0 00000000 3 8 3 66 3 00000000000000 7 3333333 44 999 5 44 5 5 5 88888 5 44 66666 5 444 0 5 5555 4 1111 888888 4 4 22222 888 4 4 4 4 4444 2222222222222222222222222 9 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 6 6 6 00 0 999999999999999999 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00000000000000000 9 2222222 9 1111111 9 9 9 9 333 999999999 0000 7777777777777 88 9 9 8 9 55 8 88 0 8888 66666 666 99 55 4 4 0000 5 77777777777777777777777777777777777777777777 9 3 5555555555555 55 000 0 0 6
consensus : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----TGA------T--AT---------A----AATA-TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A--------CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
Reference ( family-67 ) : NNNCACTTAGAGTACAGATGCGACCACCCCTCT-AAC-TCT-CTTATAAC---GGTC-GTAGGGAAC-TTCTNA-TGA-CCGCCCT--AAGTTAACTTANA----ACGGTCGCCC-TA-ATTGC----T-GAGC-TGC-TC----TAA--AAGC--T-CCCGCTCTACA-CCGTTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----TGA------T--AT---------A----AATA-TATA-TGA---CTGNC-N-TA-G-AA---CAGTT-TC-CCCG---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GNAGT-----TC--GTCCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A--------CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----CGC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|1 : CACTTAGA-TACAGATGCGACCACC--TCT-AACCTCT-CTTATAGC---GGTC-GTAG--AAC-TTTTGA-TGA-CCGCTCT--AAGTTAACTTAGA----ACAGTTCTCC-TG-ACTGCAAGCTAGAGC-TGC-TC----TAA--AA-------CAGTTCTACAACCGCTCTGGAATA-----GAA----T-TC-TGACTGCTCTAGAA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-GT--TATG-G---GT-CAG-AGT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-GT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----TGACTGCTCT--AT---------A----AATA-TATC-TGA---CTAGC-C-TA-G-AA---CAGTT-CC-CCCA---TCT----GCCT-TCGA-ATA-CT-AGA-ATC-AC--GCAGT-----TC--GTTCT--CAATTTCAATT--G----------GA--AACTG-----A--------CATGTC------C--------------AAAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----AT----TA-----A--T----T--AA-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-ATCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------A-AAA-A----G---C----CAC--AAA---A-CAG-ATATTGAAA
gi|10 : cgaA--A-----T-C-TG-AAACT-GT---CTT-G---GT-CAG-AAT-A----TGG-AC---T--C--T-CTA-G-AAAA-------A--G-----C-T---GT-T-TT--AAGAT-T----A------G-AA-TC----CA---T-T-G-C-A----TAA------T--AT---------C----ATTA-GACG-TGA---TNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------GA--TCTCG-----G--------CATGTC------C--------------AAAC-----A-----------TT-A-------A-AT------A-TT-G-A--AG-A---AT---T-----AT----TAATCATA--T----T--GT-TTTTCG-TC-GCCTG-A-TA--T-C-TTC-AGTT----C-----TCG--TTT---A--T-TA-T----Ac
gi|11 : ACTGCTCT-GAA------TA-GG--AAAG--T-CCTG-A--CT-GT--TT----------------------------C---T-GC--T-CTATG-ATAA-----G-A--GA----C-T---GT-T-CT--A-G-T-T----A------T-GA-T-----CAC--T-T-G-CGA----TGA---------AT---------AAATTAACA-TGTN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----NNNNNNNATCATGTCGAACATT--------------AAAT-----A-----------T--A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---ATAAAT-----TT----TA-----ATTT----T--AT-TTTTCGTTC-G-CTA-A-
gi|12 : ---T-GC--T-CGA-T-AAAA-------A--G-----CGT---GTCT-CT--A--AT-CTTC-A------G-AA-------CA---TAT-G-C-A----T-----------AG---------A----AATA-TATA-TGA----TGTC-AATACG-AA----AGTT-TC-T--A---TCT-------T-TTGA-ATA-CT-AGA-AAC-AC--ATAGG-----TCTTGTCCT--CGAATTCA-TT--G--------------AAC-------A--------CATG-----------------------AAAA-----G-----------TT-G-------A-A-------A----A-A-AGGAA---AT---T-----------TA-----A--T-------AT-TTTTCG-TC-G--TA-A-TT---CA-TGCA-GTT----C-----TGG--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAA--------T--GT----AT--A-------A-
gi|13 : ataataatacaatttaattaaatctaataA------TA-GA--A-----T-CCTG-A--CT-CT--CCTG-GCCAGT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T---A-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-T----A------C-AA-T-----CAAATT-T-G-C-A----TGA------TGAAN---------N----NNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNN-----N--------NNNAGT------C--------------GAAC-----A-----------TC-A-------A-GTCTTAAGA-TC-G-A-GAGAA---AT---TATTA-AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCA-Tt
gi|14 : AAT-----A-----------TT-A-------A-A-------A-CC-G-A-GAGAA---TTG--T-----GT----TA-----A--T----T------TTTTG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TT--AGTT----C-----TGG--TTT---G--T-TA-T----AA-AAAATAT-----ATAT--------T--TT----AA--AACAAACCA-AAA-A----A---C----CTT--CAA---A-CAG-A-AATGAAAtaga
gi|16 : atT-T----A------GGAA-T-----CAA--T-T-G---A----TGA------T--AT---------A----AAAT-TGTA-TT----CTGTC-A-AT-G-AC---CAGT---C-CCCGGACTCT----A----TCGA-TTT-TT-ACT-ATC-AC--GCAGT-----TCT-GTC-T--CAATTTCAATTTAGAAGAAGAAGTAA--AACTG-----A---------ACGTC------G--------------AAAC-----A-----------TT-AAAATATTA-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--T----ttgggggttattacagattgaacgtccaatcggtatttcttttttaatttttgccattattcaaaagaatgcaattacacggaatatt
gi|17 : --------------AGAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----TA-----A--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-CTA-A-TA--TCC-TTCAAGTT----C-----AGA--TTTG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------A--TA----AA--T-------A-AAA-A----AGGTC----CCC--AAA---A-CAA-ATATTGAAAc
gi|18 : attTTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A--------CATGTCGAAAATT--------------AAAG-----A-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TCC-TTCAAGTTATGGCAAGTATGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-AAATTGAAtggaggtatcgtccgatcggtaaaatttattttatt
gi|19 : AATTTCAATT--G----------GA--A-CTG-----A--------CATGTC------G--------------AAATTAAAGA-----------TC-A-------A-G-------A-TA-G-A-GAGAA---AT---A-----AT-----A-----A--T----T--AT-TTCTCG-TC-G-CTA-G-TT--TC--TTCAAGTTAGG-CAATA-TGG--TTTG--G--T-TATT----AA-G-----------ATA-------------T----AAATA-------A-AAA-A----A---C----TGC--AAA---A-CAT-A-ATTGAAtggtagg
gi|2 : gACAGAAGTGACCACCCCTCT-A-C-CCT-CCTAAAACCCCGGTTAGTAAAAAACATTCTAAATGAACCGCCTTTAAAGTTAAATTGTATGCGATGGTTG-----A-ATTGC----T-GTGC-TGC-TCCCAATAAGAAAAC--TGCCCGCCCT---------CTGAA--------------------CGACTGCTCTAAAAGTTAGTTA-GA--A-----T-CATA-A--TC-GA--T----A---AT-TAA-TAT-CTAACCTG--C---C-GT--T-CAC-G-AAAA-----G-A--AGAAAAC-T---GT-T-CT----GAT-T----ATTTATAG-AG-T-----CA---T-C-C-T-A----TGA------T---T---------A----AATA-TATA-TGAATTCTGTC-AATA-G-AAACCTAGTT-TT-CCCG---TCT----GCTTCTTGA-ATACCT-AGA-ATC-AC--GATATCTTTCTT--GTCCT--CAA--TCAATT-------------------TTG-----A--------AATA--------C--------------AG----------------------A-------A-A-------A-T--G-A-AAGAA---AT---T-----A-----TA-----A-------T--AT-TTTTCG-TC-G-CTA-A-TT--TCC-TCCAAATT----CCG---TGGTTTTTG--G--TAAA-T----AACATT---------ATAA--------TA-TT----AA--A-------A-AAA-A----A---C----Ctggtagg
gi|20 : cccggttaacatta-CTG-A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------A
gi|21 : T-TTTTCG-TCTG-CTG-AATC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccgatcgataaatttctttaaat
gi|22 : -GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----T--------T--AT---------A----AActatcctaataaactcgcacaaaaattgaaatggaggtcttattacagattgaacgtccgatgagcagctctttttta
gi|23 : AAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AC---T-----GT----GA-----A--T----C--AT-TTTTCG-TC-G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-T----AA-A-----------AAAAAATATTTTT--TT----CA--A-------A-AAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcg
gi|26 : cgaacatttAA------TA-GA--------T-CCTG-A--CTTGT--TCTG-G---GA-TGA-AAT-A----CTG-AC---T-GCACT-CTA-G-AAA------G-A--A-----C-TTTTGT-TTCT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----GA---T-TGG-C-A----TGA---------AT---------A----AATA-Tca
gi|27 : A------TA-GA--A-----T-CCTA-C--TT-GT--TGTG-G------CAA-AAT-C----CAG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GTAT-CTGAA-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----TGA------T--TT---------A----CAGA-TATA-
gi|28 : -----T-CCTG-A--CT-GT--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---T-GC--T-CTA-G-AAAA-----G-A--G-----C-T---GT-T-CT--A-GAT-C----A------G-AA-T-----CA---T-T-A-T-A----TG
gi|29 : --------------AAAT-----T-----------TT-A-------C-G-------A-TT-G-A-GAGAA---AT---T-----AT----CA-----A--TGAATT--AT-TTTTGG-CC-G-TTT-A-TT--TCC-TGCAAGTT----
gi|3 : aacattCATTTAGAGTACAGAT-CG--TACCCCTCTAAAC-TCTACTAATAA-------C-GCAGGG----TTCGTA-TGA-CC--------AGTT-TCTTAC------TGACCGCTCATATATT------T-AAGCGTGTATC----TAA--AAGCTTT-TCTGCTCGACA-TTGTTCTG--ATATCTGTGCC----TATC-TGACTGCTCTAGAG------AA-GACGAGTGGCT-CTTG-A--CT-GTTGTCTGAG---GTACAGAAAT-C----TTGTACT--T-GC--TACTA-A-CTTA-----GTA--GCCTT-C-C---GC-T-CT----GAT-T----A------A-TA-TATGCATA---T-T-G-C-C----CGACTAC--T--ATCACATGTAAA----AATATTATATTGA---CTGGCGC-TG-GAAA---CTGTCATC-CCTG---TCTTCTGGCCT-TTGA-TTC-CTCAGACATC-AC--GAA--------C-----------ATTTTA----------------------------------------ATGTC------C--------------TGAT-----C-----------GT-A-------T-G-------A----G-A-GAGAG---AC---G-----G------A-----A-------T--AT-TTTTCG-TCTG-CTGAA-TC--TCCATTCAAGTT----C-----TTA--TTTG--
gi|30 : gG-G---GT-CAG-AAT-C----CTG-AC---A-GC--T-CTA-G-AAAA-----A-A--G-----C-T---AT-T-CT--A-GAT-T----A------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----TGA------
gi|32 : -G-CTG-A-TT--TCC-TTCAAGTT----C-----TGA--TTTG--G--T-TA-TTAAAAA-A-----------ATAT--------T--TTTTTCAA--A-------A-AActctga
gi|33 : --------------AAAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AT---T-----ATTAAGTA-----A--T----T--AT-TTTTCA-TC-cat
gi|36 : aatatt--TCTG-G---GT-CAG-AAT-C----TTG-AC---T-GC--T-CTA-A-AAAA-----G-A--G-----C-T---GC-T-C
gi|37 : GTTCTAGAATA-----GAATCATT-TCATGACTGCTCTATAA------a
gi|4 : --TCTG-G---AA-TAG-AAT-C-----TG-ATGTTT-GC--T-CTA-G-AAAAA----G-AAGG-----C-T---GT-T-CT--A-GATGTCAAGA------G-AA-T-----CA---T-T-G-C-A----TGA------TAAAT---------A----ACTG-TATA-TGA-----GGC-C-TA-GAAA---CAGT-----CTCG---TC-----GTCC-TGGA-ATA-CT-GGA-ATCGGC--GCAGT-----GT--GTCAC--CAATATCAATT--T----------AAATAACTA-----A--------CAT-TC------CGAAACATTTAAAAAAGAT-----A-----------TT-A-------A-G-------A-CC-G-AGGAGAA---AT---TG----AT----TA-----A--T----TTAATATTTTCG-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCATGTT----C-----AG-----TG--C--T-TA-T----AA-AAAT--------ATAA--------T--T---------A-------A-AAA-A----A---C----TGCCAAAA---A-CAG-Aa
gi|5 : TGATCTGGAA------TACGA--G-----T-CCTG-A--CT-GT--T--------------------------G------T-GC--T-CTA-GAAAAA-----G-A--G-----C-T---CT-T-TT----GAT-T----A------G-AA-T-----CA-----T-G-C-AT---TGA---------GT---------A----AATA-CATagaataaatggaggtctatataattgaacgtccaatcgggttaagtttcttttaagttttgctatgaacatgcatattacacgaatgaacgagaattgtgccattcg
gi|5 : tgT-----A-----------TT-A-------A-A-------AATC-GGA-AAAAA---AA---T-----AT----TA--------T----T--AT-TTTTCA-TC-G-CTA-A-TA--T-C-TTCCAGTT----C-----AGG--TTTT--G--C-TT-T----GA-A-----------ATAA------------T----AA--T-------A-TAA-A----C---C----CGT--AAA---AGCAG-A-ATTGAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgattattaaaaatcggaaaaaaaatattattatttttcatcgctaatatcttccagttcaggttttgctttgaaataataatataaacccgtaaaagcagaattgaaataatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : tgtgatctggaatacgagtcctgactgttgtgctctagaaaaagagctcttttgattagaatcatgcattgagtaaatacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggttgaacattgatGACTG-TCTGGAA------TA-GA--A-----TTCCTGGA--CT-GT--TCTG---------------------------------C--T-CTA-G-AAAA-----G-A--GC----C-T---GT-T-CT--AGGAT-T----A------G-AATT-----CA---T-T-GCC-A----TGA------T------------------AATA-CATtaatagtctattacaaattgaaacgtcgatccagtaaaaatttcttttaaaa
gi|6 : c--------------AAAT-----A-----------TTTA-------ACG-------A-TCCG-A-GAGAA----T---T-----AT----TA-----A--TAT--T--AT-TTTTC--TT-G-CCA-A-GTCATCC-TT-AAGTT----C-----AGT--GTTG--C--T-TATT----AA-A-----------Agctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacataaatatttaacgatccgagagaattattaatattatttttcttgccaagtcatccttaagttcagtgttgcttattaaaaaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|7 : cgactgtctggaatagaattcctggactgttctgctctagaaaagagcctgttctaggattagaattcattgccatgataatacatgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatcgaacatA-G-GA---CAGAT-TCATCTG---TC------CTT-TCAAGATA-CT-AGA-ATC-ACAGGAATT-----TG--GTCCCTACAGTTTCA--T--G----------GA--AA-TG-----A--------CATGTC------CGAGGCATTA-----AAAT-----ACAGTGGTAACTTT-A-------A-G-------A-TC-G-A-GAGAATCAAT---TTTAAAAT----TA-----A--A----T--AT-TTTCCC-TC-G-CTG-ACTT--TCC-TTCAGTTC----C-----TGG---TTG--GTCT-TA-T----GA-AGATATATATATATAG--------TAGTT----AA--A-------A-GAA-A---------------C--AAAAACA-CAA-ATaacatacccgcccccccgccacataacagaaatttgaaatgaggtctagcaaaatttgaacgtc
gi|8 : A-GA--A-----T-C-TG-A--CT-G--------G---AT-CAG-AATGC----TTG-AC---TTGC--T-TTA-A-AAAAAAAAAG-A--G-----------GT-T-CT--A-GAT-T----G---------A-T-----TA---C-T-G-C-ATGACTGC------T--CT---------A----NNNN-NNNN-NNN---NNNNN-N-NN-N-NN---NNNNN-NN-NNNN---NNN----NNNN-NNNN-NNN-NN-NNN-NNN-NN--NNNNN-----NN--NNNNN--NNNNNNNNNNN--N----------NN--NNNNGTCGAAA--------CAT---------T--------------AAAT-----AA----------TC-A-------A-G-------A-TG-A-A-GAGAA---AT---T-----AT----TAAATTGA--T----T--AT-TTTTCG-TC-A-C-----------------AGTC----C-----TGG---TTG--GCTT-TATT----AA-A-----------ATAA--------T--TT----AA--A-------ATAAACA----A---CAACACGC---AA---A-CAGAATGTTGAAaacaaactaaaagacaaacaaaaaacagaaaacaaactgcaaatacgagaaattgaaattacagattgaacgtccgagctcggcatttttcattttttttt
gi|9 : --------------AAAT-----A-----------TC-A-------C-G-------A-TC-G-A-GAGAA---AA---------AT----TA-----A--TCT--T--AT-TTT-CG-TC-G-CT--A-TT--TCC-TTCAAATT----C-----TGA--TTTGTTG--T-TA------AA-A-----------ATAT--------C--TT----AA--A-------A-AAA-ACAAGA---CAAA-CGC--AAA---A-CAG-Agtggcgagg
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATATATTTATAAAAAGCAATCCCGCAATACATAATTTGAAATGGAGGTCTAACAGATTGAACGTCCGATCGGTAAATTTCTTGTAATTTGTGCTATTAAAACAATGCATATACACTAATATTGAGCGAGAATCATGCCATTCGCACCGAGCTTATTTTCTA
Unaligned ( gi|24 ): AACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATA
Unaligned ( gi|25 ): ACAGAAATTGAAATGGAGATAATTTACAGATTGAATGTCTAATCCGTAAATGTCTTTTAGTTTTTGCAATTAAAACAACGCATATACAAAAATAT
Unaligned ( gi|31 ): AATAGCATCAATGCTGACTAATGCCAAGAACTTGCAAAAAATTTTGAAATCAGATACTGG
Unaligned ( gi|34 ): CGTCCGACCGGTAAATTTCTTTTAATGTTTGCTATTAAAAACAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATCGGTAAGATTTCTTTTAATTTTTGCTGTTAAATCAATGCAT