lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555 3 44444444 4444444 2 11 22 3333 3333 1 1 2 22222 111111 5555555555 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 2 11111 111111 3333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 333333333333333333333333333333 111 222 111 11111 22222 111 1 111 1111111111 2 111 111111 1 222222 1 44444444 3333 111 1 11 11111 22 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 1111 2222 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 1111 444444 111111 11 2222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111111 1 1111 333333333333 1111
lowQualScore : 6 333333333333333333333 5 2 0 8 00000000 2 6 3333333 1 2 3 33 22 1111 8888 7 2 0 0 1 99999 444444 3333333333 2 111 99 6 99 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 6 3 66 777 4 3 4 99999 1 66 666666 777 22 4 8888888 9999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44444 5 44444 999 666666666666666666666666666666 77 888 5 000 111 6 99 5 77 8888 5 5 88888 5 77 00000 6 111 1 5 777 7777777777 5 8 5 333 5 6 777777 0 5 66 5 66 333333 66 5 77777 5 0 0 5 99999999 5 5 3333 333 0 77 5 5 5 22222 55 5 66 5 5 888 5 66 666 888 888 5 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 66 00 5 666 0000 3333 2 777 0 66 1 333 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 7 3 99999999999 4 5555 66 4 9999 222222 9999 666666 00 66 4444 66 4 777 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 77777 5 88888 000000 0 5555 5 5 66 999999999999 5 5 5 1111
lowQualScore : . ..................... . . . . ........ . . ....... . . . .. .. .... .... . . . . . ..... ...... .......... . ... .. . .. .. ................................................................ ... . . .. ... . . . ..... . .. ...... ... .. . ....... .... ..................................................................... ..... . ..... ... .............................. .. ... . ... ... . .. . .. .... . . ..... . .. ..... . ... . . ... .......... . . . ... . . ...... . . .. . .. ...... .. . ..... . . . . ........ . . .... ... . .. . . . ..... .. . .. . . ... . .. ... ... ... . .. ..................................................................................................................................................................................... . . .. .. . ... .... .... . ... . .. . ... .. ................................................................................. . . . ........... . .... .. . .... ...... .... ...... .. .. .... .. . ... . ................................................................................... .. ..... . ..... ...... . .... . . .. ............ . . . ....
lowQualScore : 7 777777777777777777777 8 5 7 0 00000000 5 5 8888888 2 0 2 88 55 2222 8888 0 5 0 0 2 55555 000000 8888888888 2 777 22 7 22 22 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 7 7 11 888 4 9 4 44444 9 11 999999 888 88 4 9999999 4444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333 0 33333 111 666666666666666666666666666666 11 666 7 000 777 7 22 7 99 1111 7 7 00000 7 99 00000 7 777 4 7 999 4444444444 7 6 7 111 7 3 888888 0 0 99 0 99 111111 99 0 55555 0 1 0 0 66666666 0 0 4444 888 0 22 0 0 0 55555 44 0 99 0 0 888 0 99 222 222 888 0 99 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 99 00 0 111 0000 9999 2 111 2 00 6 111 00 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 3 6 88888888888 0 5555 11 4 4444 888888 4444 444444 66 11 2222 11 4 888 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 66666 7 33333 888888 2 6666 0 0 99 666666666666 7 7 7 6666
consensus : TCACGGGCA-CA---CTT-CTAACATAATCA--GTTGAGTT-TCCAATNTTT-GCATGTTGG-GATG---AACATGCGCAAGGT-C-CTCTATTTT-CAACA--TCTTGCGAG-C--ATGTCC----GTCCTTTCCA-GC-AACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACA-AATT---CAG--C-C--TT--TTT----A-GGA-G---------C---GTAT--ATA-TGTGTA-----------------TTTGAG-TTTACATGT-T-GTT-T-TTAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ATT--C--TG-C-----AA---GTG-----TTGAGTC-----TTGC-TGC------AT-C--CC--CT-C-CT---T--CTTGT-ATT-GCT-ATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-TG--NAA---AGN-A--AACT-CGAGTT-CA-T-TTCAGAAT-AAACATC--T---TCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG--T-TT-GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA---GCTT-CTCAA-T-ATGG--N-TT---CA-CTTT-GAAGAC-GATCT-GG-AG-----CTCT-GGATA-CAT-TTT-G-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GA--T------A-AA---CGT-ATAT----AGT--AC--A-----A----A-TT------AC-CTGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----------TTTCAA--GGTTT--------TT------CG----TT-----TT-----TC-------------A-----------A-----A-T---T-C-AAAG--AAAA-TTT-A-AATA---TAT-G--AAGTC--ACAGACTT-TAAGCATCAAG--GAAC--TT--------------T----T--AAT--C-------------C-----------ACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------C--TC-CA-GA-CTCA--GGAT-CCTGTG----TCA-----TCTTTGTC----AC--A---GC--TTCA--CCAN---G--CAAA-CCA---A-TAGT---GTC---AG---T-T--C-----T--A----G-------A--CAG----TTCAT-------C--ACAA---C-T---CTNTAT--ATC-T-C-TG-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AG--TGT----A-TA-TA-AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( gi|5 ) : TCACGGGCA-CA---CTTGCTAACATAAT-A--GTTGAGTTGTCCAATCTCT-GCATGCTGGTGATG---AACATGCACAAAGT-C-CTCTATTTTTCAACA--TCT-GCGAGGC--ATGTCCC---GTCCTTTCCA-GC-AACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----A-AGA-G---------C---ATAT--ATA-TGTGCA-----------------TT-GAGATTTACATGT-T-GTT-TATTAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TTAAGTC-----TTAC-TGC------AT-C--TC--CT-T-CT---T--CTTGC-ATT-G-T-ATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-TG--GAA---AGT-A--AACT-CGA-TT-CA-T-TTCAGAAT-AGACATC--T---TCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG--T-TT-GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA--TGC-T-CTCAA-T-ATGG--A-TT---CA-CTTT-TAAGAC-GATCT-GG-AG-----CTCT-GGATA-CA--TTT-G-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GA--T------A-AA---CGT-ATAT----AGT--AC--A-----A----A---------AC-CTGCTGA-----AAATC-GAT-AAT----------TTCCCA--G------------TT------CG----TT-----TT-----TC-------------A-----------A-----A-T---T-C-AAAG--ACAA-TTT-A-AATA---TAT-T--AAGTC--ACAGACTT-TAAGTATCAAA--GAAC--TT--------------T----T--AA---C-------------C-----------ACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------C--TC-CA-GC-CTCA--GGAT-CCTGTG----TC------TCTTTGTC----AC--A---GC--TTCA--TCAT---G--CAAA-CCA---A-TAGT---G-C---A----T-T--C-----T--A----A-------A--C------TTCAT-------C--ACAA---C-T---TTAAAT--ATC-T-C-TG-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AG--TGT----A-T--T--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|3 : TCAAGGGCAACA---CTT-CTA-CATAAT-ACAGTTCAGTT--TCAATCTCT-GCATGCTGG--AT----AACATGCACAAAGTACACTCTACTTTACAACAAATCTTGCGAAGCCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAGC-CACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC---GGCACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTAGA-GGA-G---------CTAAGTAT--ATA-TGTGCA-----------------TTTGAGTTGTACATGT---GTT-TATTAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C-TT---T-CG-TT--CT--AGCC----CATTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-AAGTC-----TAGT-TGC------AT-CAACC--CT-T------T--CTTGCCATTTG-T-A-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGGT--TA-GC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-TG--TAA---AGT-A--AACT-CGAGTT-CA-T-TTCAGAAT-AGACATCC-T---TCTAGCA-A--TT-CTCT--GTT------CG--T-TT-GG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA---GCTT-CTCAA-TAATGG--A-TTTTGCA-CTTTCTAAGAC-GATCTCGG-AGTTAACCTCT--GATA-CA--TTT-G-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-G-AGAC-TTC---TGGA--T------A-AAAACTGTAATAT----AGT--AC--A-----ACTTTATGC------AC-CTGCCTG-----AAATC--AT-AAT----------TTCCCA--GATTT--------TT------TGTTGTTT-----TT-----CC-------------A-----------A-----ATT---T-C-AAAG--ACAA-TTT-T-AATATGCTAT-G--AAGGCCAACAGACTT-TATTAATCAAAGGGGAC--TT--------------G----T--AAT--C-------------C-----------ACT-------------------------TTTG-A-TGAT--------C--TC-CA-GCTCTCA--G--T-CCTGTG----TCTA----TCTTTGTC----ACTAG---GC--TTCA--TCATCC-GACCAAA-CCA---A-TAGT---GTC---AG---T-T--C-----T--A----A-------GATCAGTTCATTCAT-------C--ACAA---CGTG--TTAAAT--ATC-T-CTTGCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AG--TGT----A-TA-TA-AAAGCCTTT-G-C-A--AG
gi|8 : cttatTCACGGGCA-CA---CCCTCTA-CA-AATCA--GTTGAGTT-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GATG---AACATGCACAA-GT-C--TCTATTTT-CAACA--TCTTGCGAG-C--ATGTCC----ATCCTTTC-A-GCCAACCTTCTGG--AAAAGAAAAA-CCCGGG---CAAAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----A-GAT-G---------CT--GTATC-ATA-TGTGCA-----------------TTTGAG-TTTACATGT-TCGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT---TT---TTCG-TT--TG---GCC----CATT-CCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG-----T-AAGTC-----TTGCCTGC------AT-C--TC--CC-T-CT---T--CTTGC-ATT-G-T-ATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T-GTT--AA-GC--AA-----CTTTC
gi|10 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttgaTCGCGGGCA-CA---CTT-CTA-CATAATCA--GTTGAGTT-TCCAATCTTT-GCATGTTGG-GATG---AA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTATTTT-CAACA--TCT-GCGAG-C--ATGTCCA---GTCCTTTCCA-CC-AATCTTCTGG-AAGAAG-----TTCCGG--CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTTAG--A-GGA-A---------T---GTAG--ATA-TGTGTATTTGTAGATATTTGTATTT-GAG-TTTACATGT-T-GTT-T-TTAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-GT---TTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|1 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGC--CATGTCTT--TAAAAT--C-A--GTTGGATGTTTCAGTGTTT-GCATGTTGGGAATATTTGACATG-GCAAG------TCTAATTTTCA-CA--TCT--CGAG-C--ATGTCC----ATCTTT--CA-GC-AATCT-CTG-----AAGAATTAACCAG---CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT----AGAGA-GACTGTAGACC---ACTT--A-A-TGTGAG-----------------TT-TATGTTTGTTTTT-T-TTT-T-TTAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA-------T---TTCA-TTATTAGTTGCC----CATTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCTGAGTC-----TGTC-TGCT-----GT-C--CC--CTCT-CTA--C--CTTGT-ATTTGCT-ATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C-ATT--TAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGTGCAGAA---CGC-AGAAACTTCGAGTT-CA-T-ATAAGAAT-A-ACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACT--TATT-GT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA---GC-TTCTCAA-T-ATGGGCA-TT---CAACTTT-GAAGAC-GATCT-GG-AG-----CTCTGGGATA-CAATTTT-GTTCTC---TTAGTTT--GCG--G-AG---TTC---T-GA--TATA---A-AA---CACGATATTCCAAGT--AC--A-----A----ACTTTCGCATACAGTGTCGA-----AAA-C-AATGAAT----------TTTCAATGG------------TT------TA----TTTGTTGTT-----TC-------------A-----------GC----A-TTTAT-C-AAAG--AATA-TTT-
gi|19 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaTCACGGGCA-CA---CCT-CT-ACATAATCA--GTTGAGTT-TCCAATATTT-GCATGTTGttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|11 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaTCACGGGCA-CATGTCTT--TAAAAT--C-A--GTTGAGTT-TCCAGTATC
gi|2 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaAATT---TAG--C-CAATT--ATT----AGAGG-GAC-------T---GTAG--ATACTGTGTAAT---------------TT-GAG--TGACATA----GTTCTAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C-TT---T-CG-TT--TG----CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TTGAGTC-----TTCT-TGC------CTGC--TCGCCC-C-CT---T--CTTGT-AAT-G-TGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T-GCTGTTA-GC--AAA----TTTTCT-T---AAATT-TG--CAA---CGG-A--AACT-TGAGTT-CA---TTCAG-AT-AAACATC--T---TCTA-GC-A--TT-TTCT--GTTCGC---CG--T-TTGGG--T-TTGAT-AA-GCCTCCTCA---GC---CTCAATT-ATGGT-T-TT---CA-CTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTA-CAT-TTT-G-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTC---T-GA--T------T-AA---C-C-ATATCTC-AGT--AC--A-----G----GATTAGC---AC-CTGTGAA-----AAATCAAAT-AATGTTTCAAGGCTTCCTT--G------------TTTTTTTCCA----TT-----TT-----TCTAAACAGAACTTTA-----------A-----A-T---T-CTCAAG--AAAA-TTT-ATAATA---TATATGGAAATT--ACAGACTT-AAAGCATCAAA--GGACCATT--------------TCACGT--AA---C-------------CCA---------ACTTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTG-A-T-ATTACCCATAC--TC-CATGC--------GATTCCTGTGAATATCAA----TTTTTGT-----AA--A---GCT-TTCA--TCATATAG--CAAA-CCACAGG-TTGT---T-CGAAG----T-TTGC-----T--G----A-------A--CGA----TTCATGAGATAAG--ACAAACTC-T---GTGTAT--ATA-TAC-AG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AG--TGT------T--TAAAAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|4 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatgcacgAATT---CAG--C-T--TT--TT-------AGATA---------C---ATGTCGATA-TGTGTA-----------------TTTGCAGTTTACATGTATAGTT-T-TTAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CA-TTTC-TTGGTTTTGATT--CG---GTC----C--TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAATTTGC-TGCCTTTTAAT-C--CT--CT-CACT---TATCTTGT-AT--G-T-ATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T-G----TA-GC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-TGA-GAACTCAGTAA--AATT-CGA-GT-CACT-TCCAGACTGAAACATC------TCTA-CACA--TTACTCT--G-T------CGCTT-CT-GC--TATTGATAAA-GTCCCC-CAGCTGT-C-CTCAA-T-ATGC--CTTT---CA-CTTT-GAAGAC-TGT-T-GG-AG-----CTC---GATACCA--TTT-G-TCTC---TTAG-TTTAGCGA---AG-C-TTC---TGGA--TCTACTGA-TA---CGT-TTCC----AGTC-AC--AACTT-A----G---------AC-CTGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----------aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|6 : aaagaggtccagaacgTTAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCGTT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TTGAGTC-----TTGC-TG--------T-C--TC--CT-C-CTCTCT--CTTGT-ATT-GCT-ATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T-GGT---A-GC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-TG--CAA---A-C-G--AATT-TGA-TTTCA-TATTCAGAA--AAACATC--T----CTAGCA-A--TC-CT----GTT------CG--C-TT-GTACT-CTGATAAATGTCTCC-CAAGTTT-T-CTCA--T-ATGG--T-TT---CAACTTT-GAAGAC-GATCT-GG-AA-----CTCT-GGATA-CAT-TTT-G-TCT----TTAG-TT--GCGACG-AG-CATTC---TAGATGT------A-AA---TGT-TTAT----CATCAACTTA-----G----C---------AC-CTGCTGAGATAGAAGTC-AAT-AAT----------TTTAAA--GGTTTA-------CT------TG----TT-----TTCTTTCTC-------------ATTT--------ACCTTTA-T---T-C-AAAGCAATAA-TTT-ATGATA---CA--G--AAGT---A-AAATTT-TA---ATTAAT--GAAA--TT--------------T----C--Agttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatacatttaattcccccttttgaatattctcatactcaggctcacgtgtcagtagatcttgcacatgcttcaccaagcaaaccaaacagtgtcagttcccagatagcactcattcaactctctactaatcgttgccgagactggatgcaattcatttgaaggatatatagtgaagccctgacaaagtct
gi|20 : TTAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC-TT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TTGAGTC-----TTGC-TG--------T-C--TC--CT-C-CTCTCT--CTTGT-ATT-GCT-ATAA---ggctattaagcatcataaggaagtttcctatgacctcctcactatattacaatttttaatccacttttgcatattccatattcataggatcctgtgtcattttgtcacaattgcttcaccaagcaaagcaaaaagtgtcaagatttctagagtagattcattacacaactgtcttatatcgtttgcatcagcatggatgcaattatctttgaagggtaataattaaaagtcttagcaatagtcttctc
gi|7 : tT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-GT---TTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|9 : -CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-TG--CAA---ACG-A--AACT-TGAGTT-CA-T-TTCAGAAT-AAACATC--T---TCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG--C-TT-TG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA---GCTT-CTCAA-T-ATGGC-A-TT---CA-CTTT-GAAGAC-GATCT-GG-AG-----CTCT-GGATA-CAT-TTT-G-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-T-TTC---T-GA--T------ATAA---CGT-ATCC----AGT--AC--A-----ACTTTAGC-------AC-CTGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----------TTTCAA--GGTTTCTTGTTTTTC------CA----TT-----TT-----TC-------------AAAGAATAATTTA-----A-T---T-C-AGAG--AAAATTTT-A-ATTA---CAT-G--AAATT--ACAGGCTT-TAAGCATCAAC--GAAG--TT--------------CCA--T--GA---C-------------CAAACATAATTTACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------T--CA-CA-TA-CTCA--GGAT-CCTGTG----TCA-----TCTTTGTC----AC--A---GC--TTCA--CCAA---G--CAAA-CCA---A-TAGT---GTC---AG---T-T--C-----T--A----G-------A--TAG----TTCAT-------C--ACAA---C-T---CTCTAT--ATC-G-T-TG-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AG--GGT----ATT--T--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCttctcaatgtggctttcactgtaaagacgatctggagctctggatacattttgtctcttagttgcaagaacttctgatataacgtatccagtacatgtacaattttagcacctgctgaaaatcccagttttcttggtttttccaatttcaaagaaaattttaaatatatgaaatcacagaagtatcaaggaacttccgcagccaaacatttaatccacttttgatatctccatactcaggatcctgtgtcatctttgtcacagcttcatcacgcaaaccaatagtgtcagttctagatagttcatcataactctttatatctctgccagcattggatgcaatttctttgaagtgtataaaaagtcttgcaagtcttctcaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|16 : -T-TG--GAA---AGT-A--AATT-CGAGTT-CA-A-TTCAGAAT-AGACATC--T---TCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG--T-TT-GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA---GCTT-CTCAA-T-ATGG--CTTT---CA-CTTT-GAAGAC-GATCT-GG-AG-----CTCA-GGATA-CAT-TTT-G-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-GTCTTGT-GA--T------G-TA---CTG-ATAT----A
gi|7 : atatttgcatgATC--T---TCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACT------CG--T-TT-TG--T-TTGCCCA---TTTCC-C-----T-T-CTCAA-T-GTGG--C-TTT--CA-CTGT-AAAGAC-GATCT-GG-AG-----CTCT-GGATA-CA--TTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-G-AA-C-TTC---T-GA--T------ATAA---CGT-ATCC----AGT--AC--ATGTACA----ATTTTAGC--AC-CTGCTGA-----AAATC-C-C-AGT----------TTTC-----------------TT------GG----TT-----TT-----TC-------------C-----------A-----A-T---TTC-AAAG--AAAA-TTTTA-AATA---TAT-G--AAATC--ACAGA------AGTATCAAG--GAAC--TTCCGCAGCCAAACATT----T--AAT--C-------------C-----------ACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------C--TC-CA-TA-CTCA--GGAT-CCTGTG----TCA-----TCTTTGTC----AC--A---GC--TTCA--TCAC---G--CAAA-CCA---A-TAGT---GTC---AG---T-T--C-----T--A----G-------A--TAG----TTCAT-------C--ATAA---C-T---CTTTAT--ATC-T-C-TG-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AG--TGT----A-TA-A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTCacgtt
gi|18 : t---------AC-CTTCTGA-----AAATC-CAT-AAT----------GTTTAA--GGC----------TT------C-----TT-----TT-----TC-------------A-----------A-----A-------G-AAAA--AT---TTT-A-AATA---AAT-G--AATTC--ACAATCTTCCAAGTATCGAG--GAAC--TT--------------CG---C--AA---C-------------CAA---------ACC-------------------------TTTA-A-T-aacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|17 : gtacaactttagc-T---T-C-AAAG--AAAA-TTTTA-AATA---AAT-G--AATTC--ACAGATTT-CAAGTATCGAG--GAAC--TT--------------C----TGCAA---CCAAACCTTTAATTC-----------ACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------C--CT-CA-GG-CTCA-------------------------TATTTGTC----GC--A---GC--TTCA--TCAA---G--CACA-CCA---A-TAGcact
gi|14 : ATA---TAT-G--AAGTC--ACAGACTT-TAAGTATCAAA--GAAC--TT--------------T----T--AAT--C-------------C-----------ACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------C--TC-CA-GC-
gi|1 : AAGCACCAA---GAAG--TT--------------T--------------------------------------ACT-------------------------TTTG-AGT-AT--------TGTTCACA-GA-CTCT--GGAT-CCTGT-----TCA-----TCTTTGTCACATAC--A---GCATTTCAAGCCACA--G--CAAA--CG---A-TAGTGGGG-A---G----TGT--C-----T--A----GGATTAGTG--T------TTCAT-------CAGACAAT--C-T---CTATAT---TC-G-T-TG-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAG--GGT----ATT--T--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|6 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaAAT--TT--------------T----T--AAT--C-------------C-----------ACT-------------------------TTTGCA-T-AT-----------TC-CA-TA-TTCATAGGAT-CCTGTG----TC------ATTTTGTC----AC--AATTGC--TTCA--CCAA---G--CAAAGCAA---A-AAGT---GTC---AAGATT-T--C-----T--AGAGTA-------G--A------TTCATTA-----C--ACAA---C-TGTCTT--AT--ATCGT-T-TG-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AG--GGTAATAA-T--TA-AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|4 : ttatattttcataaattctatccattgcgttttaggtttgcccatttcccatacagcctctcttatattaactggcaagtgttgagtcttgctgtctcctcctctctcttgtattgctataatgaggttagatctacatggtagcaaaatagtcttcttaaaattgcaaacgaatttgatttcatattcagaaaaacatctctagcaatcctgttcgcttgtactctgataaatgtctcccaagttttctcatatggtttcaactttgaagacgatctggaactctggatacattttgtctttagttgcgacgagcattctagatgtaaatgtttatcatcaacttagcacctgctgagatagaagtcaataattttaaaggtttacttgttttctttctcatttacctttattcaaagcaataatttatgatacagaagtaaaattttaattaatgaaatttcaggctattaagcatcataaggaagtttcctatgacctcctcactatattacAC--AT--------------T----T--AATTCC-------------C-----------CCT-------------------------TTTG-AAT-AT--------T--CT-CA-TA-CTCA--GGCT-CACGTG----TCAGTAGATCTT-G-C----AC--AT--GC--TTCA--CCAA---G--CAAA-CCA---AACAGT---GTC---AG---T-T--CCCAGAT--A----GC------A--C------T-CAT-------T---CAA---C-T---CTCTACTAATC-G-T-TG-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGATAT----A-TAGT--GAAGCC-CT-GACAA--AGTCT
gi|22 : aaagaggtccagaacgaattcagctttttagatacatgtcgatatgtgtatttgcagtttacatgtatagtttttatatcttcataaaattgaaatcttccatttcttggttttgattcggtccttaccacttatacaggcatccgttgatgaatatctgtcaagtgttaatgcggaatttgctgccttttaatcctctcacttatcttgtatgtataaagttaatctatcaatgtagcaacattctctaaattgagaactcagtaaaattcgagtcacttccagactgaaacatctctacacattactctgtcgcttctgctattgataaagtcccccagctgtcctcaatatgcctttcactttgaagactgttggagctcgataccatttgtctcttagtttagcgaagcttctggatctactgatacgtttccagtcacaacttagacctgctgaaaatcaataatgttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattat---C-------------C-----------ACT-------------------------TTTG-A-T-AT--------C--TC-AA-GA-CTCA--GGAT-CCTGTG----TCA-----TCTTTGTC----AC-------C--ATGC--TCAT---G---AAA-GCA---A-TAGT---GTC---AG---T-T--C-----TAGA----A-------A--G------TTCA-----------ACAATGTT-T---TTCAAT--AT
gi|14 : aat--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AG--TGT----A-T--
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC
Alignments
lowQualScore : 2222 22222 333333 1 11 11 11 333 111 111 1 11 111 1111 333333333333333333 111 111111 33333333333333333 111 11111 2222222222 3333333 1111111 222222222 1111 1 11111111111 2222222 2222222222222 1111111 22222222 1111 1 111 111 111 11111 111 222222222222 111111 111 11 11 1111 111 11111 1 33333333 1111 666666666666666666 11111111 11111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333 11111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111 1111111 111 1111 333333333 222222222222 1111 1111 2222222
lowQualScore : 5 5 66 5 77 6666 5 5 5 1 6 8 00000 0 3 111111 8 6 0 11 11 8 8 11 8 000 88 111 5 111 1 0 22 55 6 5 1 000 77 0000 77 000000000000000000 444 666666 5 99999999999999999 5 5 5 5 222 8 66 66 777 4 3 4 99999 1 66 1111111111 1 4 0000000 9999 6666666 5 777777777 0000 0 33333333333 5 66 2 88888 0000000 888 3333333333333 1111111 5 5 00000000 4444 777777 66 5 0 5 3 777 000 5 77 5 66 5 66 5 5 5 333 5 66 77777 5 000 5 5 5 1 222222222222 5 5 5 0 5 5 66 8 8 4 66 4 66 222222 333 4 00 4 22 4 4 888888 8 4 6666 666 4 4 4 4 4 4 11111 4 4 4 4 777 4 66 4 4 666 777 3 11111111 777 0 8 7777 4 111111111111111111 66666666 3 11111 77 4 3333 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 7777777777777777 77777777777 777 2 66 4 4 0 55 55 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 9999999999 9999 3 555 222 44 8888 3333333 8888 4 55 555 99 666 7777 55 4 4 55 4 777 777 4 66 8 111111111 66 444444444444 4 5 5 66 66 1111 888 5 66 66 77 777 3333 4 4 1 4 7777777 5 5 5 9999
lowQualScore : . . .. . .. .... . . . . . . ..... . . ...... . . . .. .. . . .. . ... .. ... . ... . . .. .. . . . ... .. .... .. .................. ... ...... . ................. . . . . ... . .. .. ... . . . ..... . .. .......... . . ....... .... ....... . ......... .... . ........... . .. . ..... ....... ... ............. ....... . . ........ .... ...... .. . . . . ... ... . .. . .. . .. . . . ... . .. ..... . ... . . . . ............ . . . . . . .. . . . .. . .. ...... ... . .. . .. . . ...... . . .... ... . . . . . . ..... . . . . ... . .. . . ... ... . ........ ... . . .... . .................. ........ . ..... .. . .... . . ..................................................................... . . . ................ ........... ... . .. . . . .. .. .. ................................................................................ . .......... .... . ... ... .. .... ....... .... . .. ... .. ... .... .. . . .. . ... ... . .. . ......... .. ............ . . . .. .. .... ... . .. .. .. ... .... . . . . ....... . . . ....
lowQualScore : 7 7 66 7 99 0000 7 7 7 0 7 0 00000 8 2 222222 0 0 8 00 44 0 0 00 0 000 88 000 6 222 0 6 00 00 7 7 1 000 99 7777 99 666666666666666666 999 444444 7 00000000000000000 7 7 7 7 999 9 11 11 888 4 9 4 44444 9 11 0000000000 9 4 7777777 4444 5555555 0 888888888 6666 0 22222222222 0 99 8 99999 6666666 888 0000000000000 8888888 0 0 88888888 0000 999999 99 0 4 0 9 555 000 7 99 0 99 0 99 0 0 0 444 0 99 55555 7 000 0 0 0 0 666666666666 0 0 0 1 0 0 11 9 9 4 11 4 11 888888 999 4 66 4 44 4 4 777777 9 4 0000 777 4 4 4 4 4 4 11111 4 4 8 4 888 4 11 4 4 222 888 3 11111111 888 1 9 2222 4 000000000000000000 11111111 4 11111 99 4 9999 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 5555555555555555 22222222222 888 7 11 4 4 5 55 55 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 5555555555 5555 6 888 555 77 5555 9999999 5555 0 55 000 55 000 5555 55 0 0 55 4 888 888 4 11 9 000000000 11 666666666666 4 0 0 00 99 1111 888 0 99 11 11 888 9999 4 4 7 4 2222222 0 0 0 0000
consensus : TCACGGGC-A-CACC-T-CT--AACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGTGC----------------A-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-T---TTTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CT--T--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAA----AG-N----AAACT-CGAGTTCA-T-TTCAGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TTGG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--C--TTCTCAAT-ATG-G--N-TT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-ATAT----AGT-ACA-----ACTTTA---A---CC--------TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--TT--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CANA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA--CCA---AG--CAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--TAG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( family-6687 ) : TCACGGGC-A-CACT-T-CT--AACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATNTTT-GCATGTTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACA-AATT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGTGT----------------A-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-T---TTTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ATT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CT--T--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GNAA----AG-N----AAACT-CGAGTTCA-T-TTCAGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TTGG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--C--TTCTCAAT-ATG-G--N-TT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-ATAT----AGT-ACA-----AATT-----A---CC--------TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--TT--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CAGA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA--CCA---NG--CAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--CAG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|1 : TCACGGGCCA-TGTC-T-TT--AA---AAT-CAGTTGGATGT-TTCAGTGTTT-GCATGTTGG-GAATATTTGA-CATG-GCAAG------TCTAATTTT-CA-CA--TCT--CGA-G-C--ATG-TCC---ATCTTT--CA-G-CAATCT-CTG-----AAGAATTAACC--AG-CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT----AGA--GAGACT---GTAG--ACCACTTAA-TGTGA----------------G-TTTA-TG-TT-TGTTTTT-T-TTTT-T--TAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA----------TTTCA-TTATTAGTTGCC----CATTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCT------GAGTCTGTCT---G-C-TG--------TC--C-CCTC-TC--TACCTTGT-ATTTGCTATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C-ATT--TAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGT-GCAG----AA-CGCAGAAACTTCGAGTTCA-T-ATAAGAAT-AACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACT---TATTGT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA-G--C--TTCTCAAT-ATG-GGCA-TT---CAA-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCTGGGATACAATTTTGTTCTC---TTAGTTT--GCG--G-AG---TTC---T-GATATA---A-AA---CACGATATTCCAAGT-ACA-----AACT-----T---TCGCATACAGTGTCGA-----AAA-C-AATGAAT----TTT-CAATGG-----------TTTATTT--G----TTGTT-----TC----------------A---GC----A-TTTATC-AAAG-AA-TATTT--------------
gi|1 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaAAGCACC--AA--G-AAG--TT--------------T-------------------------AC-----------TT-------------------------TTGAGT----------AT-TGTTCACAGA-CTC---TGGA-TCCTGT-----TC-A-----TCTTTGTCACATA-C--A---GCATTTCAAGCCAC--AG--CAAA--CGA-TAG--TGGGG---AG---TGT--CT-AGGATTAGTGT-T--TCAT---------CAGACAATC-T-CT-ATAT---TC-GT-T---G-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|10 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaTCGCGGGC-A-CACT-T-CT--A-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGTTGG-GA-----TGAA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TC-TGCGA-G-C--ATG-TCCA--GTCCTTTCCA-C-CAATCTTCTGG-AAGAAG------TTCCGG-CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTTAG--AG---GAA--T---GTAG--AT------A-TGTGTATTTGTAGATATTTGTA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-G---TTTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|11 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGC-A-CATG-T-CTTTAA---AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAGTAT
gi|14 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--TT--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CAGc
gi|14 : --AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|16 : atatatgaagtcacagactttaagtatcaaagaacttttaatccacttttgatatctccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-T-GGAA----AG-T----AAATT-CGAGTTCA-A-TTCAGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TTGG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--C--TTCTCAAT-ATG-GC-T-TT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCA-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-GTCTTGT-GAT------G-TA---CTG-ATAT----A
gi|17 : atatttgcatg-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAGATT-T-CAAGTATC--GA--GGAAC--TTCTGCAACCAAACCTT------------TAAT--T----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C----------CTC---AGG----CT--------C-A-----TATTTGTC----G-C--A---GC--TTCA--TCA---AG--CACA-CCAA-TAG--acgtt
gi|18 : GT-ACA-----ACTTTAGC-A---CC--------TTCTGA-----AAATC-CAT-AAT----GTT-TAA-GG-----------CTT-C---------TT-TT-----TC----------------A---A--------------AGAA-AA-ATTTT--------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAATCT-TCCAAGTATC--GA--GGAAC--TT--------------
gi|19 : TCACGGGC-A-CACC-T-CT--A-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATATTT-GCATGTTGcgcaaccaaacctttaatcact
gi|2 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaG-CACG-AATT---TAG--C-CAATT--ATT----AGAGGGAC--T---GTAG--AT------ACTGTGT----------------AATTTG-AG-TG--ACATA----GTTC-TAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C-T---TT-CG-TT--TG----CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TT------GAGTCT---TCTTG-CCTGC-------TC--G-CCCC-CT--T--CTTGT-AAT-GTGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T-GCTGTTA-GC--AAA----TTTTCT-T---AAA-T-TTGCAA----CG-G----AAACT-TGAGTTCA-T-T-CAGA-T-AA-AC--AT-CTTCTA-GC-A--TT-TTCT--GTT------CGCCGT-TTGGG-T-TTGATAA--GCCTCCTCA-G--C----CTCAATTATG-G--T-TTT--C-A-CTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTAC-ATTTTG-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTC---T-GAT------T-AA---C-C-ATATCTC-AGT-ACAG----GATTAGC--A---CC--------TGTGAA-----AAATCAAAT-AATG---TTT-CAA-GGCTTCCTTGTTTTTT-TCC--A----TT-TT-----TCTAAACAGAACTTT---A---A-----A-T---TCTCAAG-AA-AATTT--------------ATAAT----A---T--ATATGGAAATT--ACAGACT-T-AAAGCATC--AA--AGGACCATT--------------TCACG--------TAAC--C----CAAC-----------TTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTGA-T----------AT-TA-CC-CATA-CTCCATGCGATTCCTGTGAATATCAA-----TTTTTGT-----A-A--A---GCT-TTCA--TCATATAG--CAAA-CC-A-CAGGTT-GTTCGAAG---T-TTGCT-GAA--CGA----T--TCATGAGATAAGAC--A-AA-C-T-CT-GTGT--ATA-TA-TACAG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AGTGT-TTA---A--AAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|20 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatT-T--TAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC-T---TTTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TC--T--CTTGT-ATT-GCTATAA---aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|22 : AAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-AAGA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----ACC--AT--GC--T------CA---TG---AAA-GCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--AAG----T--TCA-------------ACAA-
gi|3 : TCAAGGGC-AACACT-T-CT--A-CATAATACAGTTCAGT-T-TC-AATCTCT-GCATGCTGG--A-----T-AACATGCACAAAGTACACTCTA-CTTTACAACAAATCTTGCGAAG-CCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAG-CCACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC--GG-CACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTAGAG---GAG--CTAAGTAT--AT------A-TGTGC----------------A-TTTG-AG-TTGTACATGT---GTTTAT--TAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C-T---TT-CG-TT--CT--AGCC----CATTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-------AAGTCT---A---G-T-TGC------ATCAAC-CCT---T--T--CTTGCCATT-TGTA-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGGT--TA-GC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-T-GTAA----AG-T----AAACT-CGAGTTCA-T-TTCAGAAT-AG-AC--ATCCTTCTAGCA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TTGG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA-G--C--TTCTCAATAATG-G--A-TTTTGC-A-CTTTCTAAGAC-GATCTCGGA-GTTAACCTCT--GATAC-A-TTTG-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-G-AGAC-TTC---TGGAT------A-AAAACTGTAATAT----AGT-ACA-----ACTTTATGCA---CC--------TGCCTG-----AAATC--AT-AAT----TTC-CCA-GA-----------TTT-TTT--GTTGTTT-TT-----CC----------------A---A-----ATT---TC-AAAG-AC-AATTT--------------T-AAT----ATGCT--AT---GAAGGCCAACAGACT-T-TATTAATC--AAAGGGGAC--TT--------------G------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-TG---------AT-C--TC-CAGCTCTC---AG---TCCTGTG----TCTA-----TCTTTGTC----A-CTAG---GC--TTCA--TCATC-CGACCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CTAAGAT-CAGTTCAT--TCAT---------C--ACAA-CGTGTT-AAAT--ATC-TCTT---GCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCCTTT-G-C-A--AGtgtttttcaatat
gi|4 : cttatACG-AATT---CAG--C----TT--TTT----AG---ATA--C---ATGTCGAT------A-TGTGT----------------A-TTTGCAG-TT-TACATGTATAGTTT-T--TAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CATTT-C-TTGGTTTTGATT--CG---GTC----C--TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAAT-T---T---G-C-TGCCTTTTAATC--C-TCTCACTTAT--CTTGT-A-T-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T-G----TA-GC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-T-GAGAACTCAGTA----AAATT-CGAG-TCACT-TCCAGACTGAA-AC--AT-C-TCTA-CACA--TTACTCT--G-T------CGCT-T-CTGC--TATTGATAAA-GTCCCC-CA-G--CTGTCCTCAAT-ATGCC--T-TT---C-A-CTTT-GAAGAC-TGT-T-GGA-G-----CTC---GATAC-CATTTG-TCTC---TTAG-TTTAGCGA---AG-C-TTC---TGGATCTACTGA-TA---CGT-TTCC----AGTCACA-----ACTTAG---A---CC--------TGCTGA-----AAATC-AAT-AATGTTGTTTAAAA-GG-----------CTTATTCTTG----TT-TT-----T
gi|4 : aaagaggtccagaAC--AT--------------T------------TAATTCC----C-CC-----------TT-------------------------TTGAAT----------AT-T--CT-CATA-CTC---AGGC-TCACGTG----TC-AGTAGATCTT-G-C----A-C--AT--GC--TTCA--CCA---AG--CAAA-CCAAACAG--T-GTC---AG---T-T--CCCAGA--TAG----CACTCAT---------T---CAA-C-T-CT-CTACTAATC-GT-T---G-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGAT-ATA--TAGTGAAGCC-CT-GACAA--AGTCTtttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatacatttaattcccccttttgaatattctcatactcaggctcacgtgtcagtagatcttgcacatgcttcaccaagcaaaccaaacagtgtcagttcccagatagcactcattcaactctctactaatcgttgccgagactggatgcaattcatttgaaggatatatagtgaagccctgacaaagtct
gi|5 : aaagaggtccagaacgaattcagctttttagatacatgtcgatatgtgtatttgcagtttacatgtatagtttttatatcttcataaaattgaaatcttccatttcttggttttgattcggtccttaccacttatacaggcatccgttgatgaatatctgtcaagtgttaatgcggaatttgctgccttttaatcctctcacttatcttgtatgtataaagttaatctatcaatgtagcaacattctctaaattgagaactcagtaaaattcgagtcacttccagactgaaacatctctacacattactctgtcgcttctgctattgataaagtcccccagctgtcctcaatatgcctttcactttgaagactgttggagctcgataccatttgtctcttagtttagcgaagcttctggatctactgatacgtttccagtcacaacttagacctgctgaaaatcaataatgttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatTCACGGGC-A-CACT-TGCT--AACATAAT--AGTTGAGT-TGTCCAATCTCT-GCATGCTGGTGA-----TGAACATGCACAAAGT-C-CTCTA-TTTTTCAACA--TCT-GCGA-GGC--ATG-TCCC--GTCCTTTCCA-G-CAACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AA---GAG--C---ATAT--AT------A-TGTGC----------------A-TT-G-AGATT-TACATGT-T-GTTTAT--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-T---TTTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------AAGTCT---T---A-C-TGC------ATC--T-CCTT-CT--T--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GGAA----AG-T----AAACT-CGA-TTCA-T-TTCAGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TTGG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CATG--C---TCTCAAT-ATG-G--A-TT---C-A-CTTT-TAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-A-TTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-ATAT----AGT-ACA-----AA-------A---CC--------TGCTGA-----AAATC-GAT-AAT----TTC-CCA-G----------------TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AC-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---TAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--TT--------------T------------TAA---C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CAGC-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-------TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA--TCA---TG--CAAA-CCAA-TAG--T-G-C---A----T-T--CT-AAA--C------T--TCAT---------C--ACAA-C-T-TT-AAAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AGTGT-AT---T---AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|6 : -T--TAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCGT---TTTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TC--T--CTTGT-ATT-GCTATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T-GGT---A-GC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-T-GCAA----A--C----GAATT-TGATTTCA-TATTCAGAA--AA-AC--AT-CT-CTAGCA-A--TC-CT----GTT------CG---C-TTGTACT-CTGATAAATGTCTCC-CA-AGTT--TTCTCA-T-ATG-G--T-TT---C-AACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-A-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCT----TTAG-TT--GCGACG-AG-CATTC---TAGATGT----A-AA---TGT-TTAT----CAT--CA-----ACTT-----AGCACC--------TGCTGAGATAGAAGTC-AAT-AAT----TTT-AAA-GG-----------TTTACTT--G----TT-TTCTTTCTC----------------ATTTACCTTTA-T---TC-AAAGCAATAATTTATGATACAGAAGTAA-AATTTTAA---TTAAT---GAAATT--TCAGGCTAT-TAAGCATCATAA--GGAAG--TT--------------TCCTA--------TGAC--CTCCTC-ACTATATTACAATTT-------------------------TTAA-TCCACTTTTGCATAT--TC-CATA-TTCAT-AGGA-TCCTGTG----TC-A-----T-TTTGTC----A-C--AATTGC--TTCA--CCA---AG--CAAAGCAAA-AAG--T-GTC---AAGATT-T--CT-AGAG-TAGA---T--TCATTA-------C--ACAA-C-T-GTCTTAT--ATCGTT-T---G-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AGGGTAATAATTA--AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|7 : --AT-CTTCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACT------CG---T-TTTG--T-TTGCCCA---TTTCC-C--------TTCTCAAT-GTG-G--C-TTT--C-A-CTGT-AAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-G-AA-C-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-ATCC----AGT-ACATGTACAATTTTAGCA---CC--------TGCTGA-----AAATC-C-C-AGT----TTT-CTT-GG-----------TTT-TTC------------------C----------------A---A-----T-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---T--AT---GAAATC--ACAGA-------AGTATC--AA--GGAAC--TTCCGCAGCCAAACATT------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CATA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA--TCA---CG--CAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--TAG----T--TCAT---------C--ATAA-C-T-CT-TTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA---A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|8 : tTCACGGGC-A-CACCCT-CT--A-CA-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCACAAG---T-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---ATCCTTT-CA-GCCAACCTTCT-G-GAAAAG-AAAAACCCGGG-CA-A-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---ATG--CT--GTATC-AT------A-TGTGC----------------A-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-CGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT---T---TTTCG-TT--TG---GCC----CA-TTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG------T------AAGTCT---T---GCC-TGC------ATC--T-CCCT-CT--T--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T-GTT--AA-GC--AA-----CTTTCaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|9 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttga-CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-T-GCAA----AC-G----AAACT-TGAGTTCA-T-TTCAGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---C-TTTG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA-G--C--TTCTCAAT-ATG-G--CATT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-T-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-ATCC----AGT-ACA-----ACTTTAGC-A---CC--------TGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-CTT--G----TT-TT-----TCCATTTTTCAAAGAATAATTTA-----A-T---TC-AGAG-AA-AATTT--------------T-AATT---A---C--AT---GAAATT--ACAGGCT-T-TAAGCATC--AA--CGAAG--TT--------------CCATGACCAAACATAAT--T----T-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-T--CA-CATA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA--CCA---AG--CAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--TAG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-CTAT--ATC-GT-T---G-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111 2222 22222 333333 1 11 11 11 333 111 111 1 11 111 1111 333333333333333333 111 111111 3333333333333333 111 11111 111111 3333333 1111111 222222222 1111 1 11111111111 2222222 2222222222222 1111111 22222222 1111 11 1 111 111 111 11111 111 2222222222 111111 11 11 1111 222 11111 333333333333333333333333333333 333 11111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333 11111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111 1111111 111 1111 111 2222222222 222222222222 1111 1111 2222222
lowQualScore : 5 5 0000 5 6666 5 5 5 6 8 00000 0 3 111111 8 6 0 11 11 8 8 11 8 000 88 111 5 111 1 0 22 55 6 5 0 000 77 0000 77 000000000000000000 444 666666 5 7777777777777777 0 5 5 5 5 222 8 66 66 777 4 3 4 99999 1 66 666666 777 1 4 0000000 9999 6666666 5 777777777 0000 0 33333333333 5 66 4 88888 0000000 888 3333333333333 1111111 5 5 00000000 4444 55 33 5 5 3 777 000 5 77 5 66 5 66 5 5 666 5 66 77777 5 000 5 5 5 1 3333333333 5 5 5 5 0 5 5 66 8 1 8 4 66 4 66 222222 88888 66 00 4 22 4 4 888888 8 6666 111 4 4 4 4 4 4 11111 4 4 4 4 777 4 66 4 4 666 777 8 4 444444444444444444444444444444 4 4 4 0 2 888 777 66 3 11111 77 4 3333 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 7777777777777777 77777777777 777 2 66 4 4 0 55 55 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 9999999999 9999 3 444 222 44 8888 3333333 8888 4 55 555 99 4444 111 4 4 55 4 777 777 4 66 8 6666666666 66 444444444444 4 5 5 66 66 1111 888 5 66 66 77 777 3333 4 4 1 4 7777777 5 5 5 9999
lowQualScore : . . .... . .... . . . . . ..... . . ...... . . . .. .. . . .. . ... .. ... . ... . . .. .. . . . ... .. .... .. .................. ... ...... . ................ . . . . . ... . .. .. ... . . . ..... . .. ...... ... . . ....... .... ....... . ......... .... . ........... . .. . ..... ....... ... ............. ....... . . ........ .... .. .. . . . ... ... . .. . .. . .. . . ... . .. ..... . ... . . . . .......... . . . . . . . .. . . . . .. . .. ...... ..... .. .. . .. . . ...... . .... ... . . . . . . ..... . . . . ... . .. . . ... ... . . .............................. . . . . . ... ... .. . ..... .. . .... . . ..................................................................... . . . ................ ........... ... . .. . . . .. .. .. ................................................................................ . .......... .... . ... ... .. .... ....... .... . .. ... .. .... ... . . .. . ... ... . .. . .......... .. ............ . . . .. .. .... ... . .. .. .. ... .... . . . . ....... . . . ....
lowQualScore : 7 7 4444 7 0000 7 7 7 7 0 00000 8 2 222222 0 0 8 00 44 0 0 00 0 000 88 000 6 222 0 6 00 00 7 7 4 000 99 7777 99 666666666666666666 999 444444 7 9999999999999999 4 7 7 7 7 999 9 11 11 888 4 9 4 44444 9 11 999999 888 9 4 7777777 4444 5555555 0 888888888 6666 0 22222222222 0 99 2 99999 6666666 888 0000000000000 8888888 0 0 88888888 0000 22 88 0 0 9 555 000 7 99 0 99 0 99 0 0 444 0 99 55555 7 000 0 0 0 4 6666666666 0 0 0 0 1 0 0 11 9 9 9 4 11 4 11 888888 22222 11 66 4 44 4 4 777777 9 0000 111 4 4 4 4 4 4 11111 4 4 8 4 888 4 11 4 4 222 888 9 4 777777777777777777777777777777 0 4 4 1 0 333 888 11 4 11111 99 4 9999 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 5555555555555555 22222222222 888 7 11 4 4 5 55 55 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 5555555555 5555 6 666 555 77 5555 9999999 5555 0 55 000 55 0000 000 0 0 55 4 888 888 4 11 9 6666666666 11 666666666666 4 0 0 00 99 1111 888 0 99 11 11 888 9999 4 4 7 4 2222222 0 0 0 0000
consensus : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-ATGG--N-TTT--C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-G-AT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTAGC-AC---C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--TT--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CATA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( family-6687 ) : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GN----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-ATGG--N-TT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-G-AT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA---AC---C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--TT--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CANA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|1 : TCACGGGCCA-TGT--C-T-TTAA---AAT-CAGTTGGATGT-TTCAGTGTTT-GCATGTTGG-GAATATTTGA-CATG-GCAAG------TCTAATTTT-CA-CA--TCT--CGA-G-C--ATG-TCC---ATCTTT--CA-G-CAATCT-CTG-----AAGAATTAACC--AG-CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT----AGA--GAGACT---GTAG--ACCACTTAA-TGT----------------GAG-TTTA-TG-TT-TGTTTTT-T-TTTT-T--TAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA-------T---TTCA-TTATTAGTTGCC----CATTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCT------GAGTCTGTCT---G-C-TG--------TC--C-CCTC-TCTACCTTGT-ATTTGCTATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C-ATT--TAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGT-GCAGA----ACGCAGAAA-CTTCGAGTTCAT-ATA-AGAAT-AACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACT---TATT--GT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGGGCA-TT---CAA-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCTGGGATACAATTTTGTTCTC---TTAGTTT--GCG--G-AG---TTC---T-G-ATATA---A-AA---CACGAT-----ATTCCAA-GT-ACAAACTTTC---GCATACAGTGTCGA-----AAA-C-AATGAAT----TTT-CAATGG-----------TTTATTT--G----TTGTT-----TC----------------A---GC----A-TTTATC-AAAG-AA-TATTT--------------
gi|1 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaAAGCACC--AA--G-AAG--TT--------------T-------------------------AC-----------TT-------------------------TTGAGT----------AT-TGTTCACAGA-CTC---TGGA-TCCTGT-----TC-A-----TCTTTGTCACATA-C--A---GCATTTCAAG--CCAC--AGCAAA--CGA-TAG--TGGGG---AG---TGT--CT-AGGATT-AGTGT-T--TCAT---------CAGACAATC-T-CT-ATAT---TC-GT-T---G-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|10 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaTCGCGGGC-A-CAC--T-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGTTGG-GA-----TGAA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TC-TGCGA-G-C--ATG-TCCA--GTCCTTTCCA-C-CAATCTTCTGG-AAGAAG------TTCCGG-CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTTAG--AG---GAA--T---GTAG--AT------A-TGTGTATTTGTAGATATTTGTA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-GT---TTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|11 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGC-A-CATGTC-T-TTAA---AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAGT
gi|14 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--TT--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CAatc
gi|14 : --AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|16 : atatatgaagtcacagactttaagtatcaaagaacttttaatccacttttgatatctccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-T-GGAAA----GT----AAA-TT-CGAGTTCAA-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-ATGGC-T-TT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCA-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-GTCTTGT-G-AT------G-TA---CTG-AT-----AT----A-
gi|17 : atatttgcatg-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAGATT-T-CAAGTATC--GA--GGAAC--TTCTGCAACCAAACCTT------------TAAT--T----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C----------CTC---AGG----CT--------C-A-----TATTTGTC----G-C--A---GC--TTCA----TCA---AGCACA-CCAA-TAG--acgtt
gi|18 : -GT-AC-AACTTTAGC-AC---C--TTCTGA-----AAATC-CAT-AAT----GTT-TAA-GG-----------CTT-C---------TT-TT-----TC----------------A---A--------------AGAA-AA-ATTTT--------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAATCT-TCCAAGTATC--GA--GGAAC--TT--------------
gi|19 : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATATTT-GCATGTTGcgcaaccaaacctttaatcact
gi|2 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaG-CACG-AATT---TAG--C-CAATT--ATT----AGAGGGAC--T---GTAG--AT------ACTGT----------------GTAATTTG-AG-TG--ACATA----GTTC-TAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C-TT---T-CG-TT--TG----CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TT------GAGTCT---TCTTG-CCTGC-------TC--G-CCCC-CTT--CTTGT-AAT-GTGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T-GCTGTTA-GC--AAA----TTTTCT-T---AAA-T-TTGCAAC----GG----AAA-CT-TGAGTTCAT-T-C-AGA-T-AA-AC--AT-CTTCTA-GC-A--TT-TTCT--GTT------CGCCGT-TT--GGG-T-TTGATAA--GCCTCCTCA-G--C----CTCAATTATGG--T-TTT--C-A-CTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTAC-ATTTTG-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTC---T-G-AT------T-AA---C-C-AT-----ATCTC-A-GT-AC-AGGATTAGC-AC---C--TGTGAA-----AAATCAAAT-AATG---TTT-CAA-GGCTTCCTTGTTTTTT-TCC--A----TT-TT-----TCTAAACAGAACTTT---A---A-----A-T---TCTCAAG-AA-AATTT--------------ATAAT----A---T--ATATGGAAATT--ACAGACT-T-AAAGCATC--AA--AGGACCATT--------------TCACG--------TAAC--C----CAAC-----------TTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTGA-T----------AT-TA-CC-CATA-CTCCATGCGATTCCTGTGAATATCAA-----TTTTTGT-----A-A--A---GCT-TTCA----TCATATAGCAAA-CC-A-CAGGTT-GTTCGAAG---T-TTGCT-GAA--C-GA----T--TCATGAGATAAGAC--A-AA-C-T-CT-GTGT--ATA-TA-TACAG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AGTGT-TTA---A--AAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|20 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatT-T--TAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC-TT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAA---aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|22 : AAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-AAGA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----ACC--AT--GC--T--------CA---TG-AAA-GCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--A-AG----T--TCA-------------ACAA-
gi|3 : TCAAGGGC-AACAC--T-T-CTA-CATAATACAGTTCAGT-T-TC-AATCTCT-GCATGCTGG--A-----T-AACATGCACAAAGTACACTCTA-CTTTACAACAAATCTTGCGAAG-CCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAG-CCACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC--GG-CACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTAGAG---GAG--CTAAGTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TTGTACATGT---GTTTAT--TAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C-TT---T-CG-TT--CT--AGCC----CATTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-------AAGTCT---A---G-T-TGC------ATCAAC-CCT---TT--CTTGCCATT-TGTA-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGGT--TA-GC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-T-GTAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--ATCCTTCTAGCA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA-G--CT--TCTCAATAATGG--A-TTTTGC-A-CTTTCTAAGAC-GATCTCGGA-GTTAACCTCT--GATAC-A-TTTG-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-G-AGAC-TTC---TGG-AT------A-AAAACTGTAAT-----AT----A-GT-AC-AACTTTATGCAC---C--TGCCTG-----AAATC--AT-AAT----TTC-CCA-GA-----------TTT-TTT--GTTGTTT-TT-----CC----------------A---A-----ATT---TC-AAAG-AC-AATTT--------------T-AAT----ATGCT--AT---GAAGGCCAACAGACT-T-TATTAATC--AAAGGGGAC--TT--------------G------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-TG---------AT-C--TC-CAGCTCTC---AG---TCCTGTG----TCTA-----TCTTTGTC----A-CTAG---GC--TTCATCATCCG---ACCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CTAAGA--TCAGTTCAT--TCAT---------C--ACAA-CGTGTT-AAAT--ATC-TCTT---GCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCCTTT-G-C-A--AGtgtttttcaatat
gi|4 : cttatACG-AATT---CAG--C----TT--TTT----AG---ATA--C---ATGTCGAT------A-TGT----------------GTA-TTTGCAG-TT-TACATGTATAGTTT-T--TAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CA-TTTC-TTGGTTTTGATT--CG---GTC----C--TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAAT-T---T---G-C-TGCCTTTTAATC--C-TCTCACTTATCTTGT-AT--G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T-GT----A-GC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-T-GAGAACTCAGT----AAAATT-CGAGT-CAC-TTCCAGACTGAA-AC--AT-CT-CTA-CACA--TTACTCT--GT-------CG---C-TTCTGC--TATTGATAAA-GTCCCC-CA-G--CTGTCCTCAAT-ATGC--C-TTT--C-A-CTTT-GAAGAC-TGT-T-GGA-G-----CTC---GATAC-CATTTG-TCTC---TTAG-TTTAGCGA---AG-C-TTC---T-GGATCTACTGA-TA---CGT-TT-----CC----A-GTCAC-AACTTAG---AC---C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AATGTTGTTTAAAA-GG-----------CTTATTCTTG----TT-TT-----T
gi|4 : aaagaggtccagaAC--AT--------------T------------TAATTCC----C-CC-----------TT-------------------------TTGAAT----------AT-T--CT-CATA-CTC---AGGC-TCACGTG----TC-AGTAGATCTT-G-C----A-C--AT--GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAAACAG--T-GTC---AG---T-T--CCCAGA--T-AG----CACTCAT---------T---CAA-C-T-CT-CTACTAATC-GT-T---G-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGAT-ATA--TAGTGAAGCC-CT-GACAA--AGTCTtttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatacatttaattcccccttttgaatattctcatactcaggctcacgtgtcagtagatcttgcacatgcttcaccaagcaaaccaaacagtgtcagttcccagatagcactcattcaactctctactaatcgttgccgagactggatgcaattcatttgaaggatatatagtgaagccctgacaaagtct
gi|5 : aaagaggtccagaacgaattcagctttttagatacatgtcgatatgtgtatttgcagtttacatgtatagtttttatatcttcataaaattgaaatcttccatttcttggttttgattcggtccttaccacttatacaggcatccgttgatgaatatctgtcaagtgttaatgcggaatttgctgccttttaatcctctcacttatcttgtatgtataaagttaatctatcaatgtagcaacattctctaaattgagaactcagtaaaattcgagtcacttccagactgaaacatctctacacattactctgtcgcttctgctattgataaagtcccccagctgtcctcaatatgcctttcactttgaagactgttggagctcgataccatttgtctcttagtttagcgaagcttctggatctactgatacgtttccagtcacaacttagacctgctgaaaatcaataatgttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatTCACGGGC-A-CAC--T-TGCTAACATAAT--AGTTGAGT-TGTCCAATCTCT-GCATGCTGGTGA-----TGAACATGCACAAAGT-C-CTCTA-TTTTTCAACA--TCT-GCGA-GGC--ATG-TCCC--GTCCTTTCCA-G-CAACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AA---GAG--C---ATAT--AT------A-TGT----------------GCA-TT-G-AGATT-TACATGT-T-GTTTAT--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------AAGTCT---T---A-C-TGC------ATC--T-CCTT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GGAAA----GT----AAA-CT-CGA-TTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CATG--C---TCTCAAT-ATGG--A-TT---C-A-CTTT-TAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-A-TTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-G-AT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AA----A---AC---C--TGCTGA-----AAATC-GAT-AAT----TTC-CCA-G----------------TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AC-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---TAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--TT--------------T------------TAA---C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CAGC-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-------TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---TGCAAA-CCAA-TAG--T-G-C---A----T-T--CT-AAA--C-------T--TCAT---------C--ACAA-C-T-TT-AAAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AGTGT-AT---T---AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|6 : -T--TAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCGTT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T-GGT---A-GC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-T-GCAAA-----C----GAA-TT-TGATTTCATATTC-AGAA--AA-AC--AT-CT-CTAGCA-A--TC-CT----GTT------CG---C-TT--GTACT-CTGATAAATGTCTCC-CA-AGTTT--TCTCA-T-ATGG--T-TT---C-AACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-A-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCT----TTAG-TT--GCGACG-AG-CATTC---TAG-ATGT----A-AA---TGT-TT-----AT----C-AT--C-AACTT-AGC-AC---C--TGCTGAGATAGAAGTC-AAT-AAT----TTT-AAA-GG-----------TTTACTT--G----TT-TTCTTTCTC----------------ATTTACCTTTA-T---TC-AAAGCAATAATTTATGATACAGAAGTAA-AATTTTAA---TTAAT---GAAATT--TCAGGCTAT-TAAGCATCATAA--GGAAG--TT--------------TCCTA--------TGAC--CTCCTC-ACTATATTACAATTT-------------------------TTAA-TCCACTTTTGCATAT--TC-CATA-TTCAT-AGGA-TCCTGTG----TC-A-----T-TTTGTC----A-C--AATTGC--TTCA----CCA---AGCAAAGCAAA-AAG--T-GTC---AAGATT-T--CT-AGAG-T-AGA---T--TCATTA-------C--ACAA-C-T-GTCTTAT--ATCGTT-T---G-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AGGGTAATAATTA--AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|7 : --AT-CTTCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACT------CG---T-TT--TG--T-TTGCCCA---TTTCC-C------T--TCTCAAT-GTGG--C-TTT--C-A-CTGT-AAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-G-AA-C-TTC---T-G-AT------ATAA---CGT-ATCCAGTAC----ATGT-AC-AATTTTAGC-AC---C--TGCTGA-----AAATC-C-C-AGT----TTT-CTT-GG-----------TTT-TTC------------------C----------------A---A-----T-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---T--AT---GAAATC--ACAGA-------AGTATC--AA--GGAAC--TTCCGCAGCCAAACATT------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CATA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---CGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ATAA-C-T-CT-TTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA---A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|8 : tTCACGGGC-A-CAC--CCT-CTA-CA-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCACAAG---T-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---ATCCTTT-CA-GCCAACCTTCT-G-GAAAAG-AAAAACCCGGG-CA-A-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---ATG--CT--GTATC-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-CGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT---TT---TTCG-TT--TG---GCC----CA-TTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG------T------AAGTCT---T---GCC-TGC------ATC--T-CCCT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T-GTT--AA-GC--AA-----CTTTCaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|9 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttga-CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----CG----AAA-CT-TGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---C-TT--TG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGG--CATT---C-A-CTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-T-TTC---T-G-AT------ATAA---CGT-AT-----CC----A-GT-AC-AACTTTAGC-AC---C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-CTT--G----TT-TT-----TCCATTTTTCAAAGAATAATTTA-----A-T---TC-AGAG-AA-AATTT--------------T-AATT---A---C--AT---GAAATT--ACAGGCT-T-TAAGCATC--AA--CGAAG--TT--------------CCATGACCAAACATAAT--T----T-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-T--CA-CATA-CTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-CTAT--ATC-GT-T---G-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111 2222 22222 333333 1 11 11 11 333 111 111 1 11 111 1111 333333333333333333 111 111111 3333333333333333 111 11111 111111 3333333 1111111 222222222 1111 1 11111111111 2222222 2222222222222 1111111 22222222 1111 11 1 111 111 111 11111 111 2222222222 111111 11 11 11111 1 333333333333333333333333333333 11111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111 1111111 111 1111 111 2222222222 222222222222 1111 1111 2222222
lowQualScore : 5 5 0000 5 6666 5 5 5 6 8 00000 0 3 111111 8 6 0 11 11 8 8 11 8 000 88 111 5 111 1 0 22 55 6 5 0 000 77 0000 77 000000000000000000 444 666666 5 7777777777777777 0 5 5 5 5 222 8 66 66 777 4 3 4 99999 1 66 666666 777 1 4 0000000 9999 6666666 5 777777777 0000 0 33333333333 5 66 4 88888 0000000 888 3333333333333 1111111 5 5 00000000 4444 55 33 5 5 3 777 000 5 77 5 66 5 66 5 5 666 5 66 77777 5 000 5 5 5 1 3333333333 5 5 5 5 0 5 5 66 8 1 8 4 66 4 66 222222 88888 66 00 4 22 4 4 888888 8 666 66 4 4 4 4 4 11111 4 4 4 4 777 4 66 4 4 666 777 3 444444444444444444444444444444 4 4 4 22 4 4 66 3 11111 77 4 3333 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 7777777777777777 77777777777 777 2 66 4 4 0 55 55 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 9999999999 9999 3 6666 222 44 8888 3333333 8888 4 55 555 99 4444 111 4 4 55 4 777 777 4 66 8 6666666666 66 444444444444 4 5 5 66 66 1111 888 5 66 66 77 777 3333 4 4 1 4 7777777 5 5 5 9999
lowQualScore : . . .... . .... . . . . . ..... . . ...... . . . .. .. . . .. . ... .. ... . ... . . .. .. . . . ... .. .... .. .................. ... ...... . ................ . . . . . ... . .. .. ... . . . ..... . .. ...... ... . . ....... .... ....... . ......... .... . ........... . .. . ..... ....... ... ............. ....... . . ........ .... .. .. . . . ... ... . .. . .. . .. . . ... . .. ..... . ... . . . . .......... . . . . . . . .. . . . . .. . .. ...... ..... .. .. . .. . . ...... . ... .. . . . . . ..... . . . . ... . .. . . ... ... . .............................. . . . .. . . .. . ..... .. . .... . . ..................................................................... . . . ................ ........... ... . .. . . . .. .. .. ............................................................................................... . .......... .... . .... ... .. .... ....... .... . .. ... .. .... ... . . .. . ... ... . .. . .......... .. ............ . . . .. .. .... ... . .. .. .. ... .... . . . . ....... . . . ....
lowQualScore : 7 7 4444 7 0000 7 7 7 7 0 00000 8 2 222222 0 0 8 00 44 0 0 00 0 000 88 000 6 222 0 6 00 00 7 7 4 000 99 7777 99 666666666666666666 999 444444 7 9999999999999999 4 7 7 7 7 999 9 11 11 888 4 9 4 44444 9 11 999999 888 9 4 7777777 4444 5555555 0 888888888 6666 0 22222222222 0 99 2 99999 6666666 888 0000000000000 8888888 0 0 88888888 0000 22 88 0 0 9 555 000 7 99 0 99 0 99 0 0 444 0 99 55555 7 000 0 0 0 4 4444444444 0 0 0 0 1 0 0 11 9 9 9 4 11 4 11 888888 22222 11 66 4 44 4 4 777777 9 444 11 4 4 4 4 4 11111 4 4 8 4 888 4 11 4 4 222 888 3 777777777777777777777777777777 0 4 4 11 4 4 11 4 11111 99 4 9999 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 5555555555555555 22222222222 888 7 11 4 4 5 55 55 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 5555555555 5555 6 3333 555 77 5555 9999999 5555 0 55 000 55 0000 000 0 0 55 4 888 888 4 11 9 6666666666 11 666666666666 4 0 0 00 99 1111 888 0 99 11 11 888 9999 4 4 7 4 2222222 0 0 0 0000
consensus : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-ATGGCT-TT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( family-6687 ) : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-ATGGNT-TT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|1 : TCACGGGCCA-TGT--C-T-TTAA---AAT-CAGTTGGATGT-TTCAGTGTTT-GCATGTTGG-GAATATTTGA-CATG-GCAAG------TCTAATTTT-CA-CA--TCT--CGA-G-C--ATG-TCC---ATCTTT--CA-G-CAATCT-CTG-----AAGAATTAACC--AG-CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT----AGA--GAGACT---GTAG--ACCACTTAA-TGT----------------GAG-TTTA-TG-TT-TGTTTTT-T-TTTT-T--TAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA-------T---TTCA-TTATTAGTTGCC----CATTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCT------GAGTCTGTCT---G-C-TG--------TC--C-CCTC-TCTACCTTGT-ATTTGCTATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C-ATT--TAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGT-GCAGA----ACGCAGAAA-CTTCGAGTTCAT-ATA-AGAAT-AACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACT---TATT--GT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGGGCATT--CAACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCTGGGATACAATTTTGTTCTC---TTAGTTT--GCG--G-AG---TTC---T-GATATA---A-AA---CACGAT-----ATTCCAA-GT-ACAAACTTTC-GCATACAGTGTCGA-----AAA-C-AATGAAT----TTT-CAATGG-----------TTTATTT--G----TTGTT-----TC----------------A---GC----A-TTTATC-AAAG-AA-TATTT--------------
gi|1 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaAAGCACC--AA--G-AAG--T--------------T--------------T-------------------------AC-----------TT-------------------------TTGAGT----------AT-TGTTCACA--GACTC---TGGA-TCCTGT-----TC-A-----TCTTTGTCACATA-C--A---GCATTTCAAG--CCAC--AGCAAA--CGA-TAG--TGGGG---AG---TGT--CT-AGGATT-AGTGT-T--TCAT---------CAGACAATC-T-CT-ATAT---TC-GT-T---G-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|10 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaTCGCGGGC-A-CAC--T-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGTTGG-GA-----TGAA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TC-TGCGA-G-C--ATG-TCCA--GTCCTTTCCA-C-CAATCTTCTGG-AAGAAG------TTCCGG-CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTTAG--AG---GAA--T---GTAG--AT------A-TGTGTATTTGTAGATATTTGTA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-GT---TTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|11 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGC-A-CATGTC-T-TTAA---AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAGT
gi|14 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--atc
gi|14 : --AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|16 : atatatgaagtcacagactttaagtatcaaagaacttttaatccacttttgatatctccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-T-GGAAA----GT----AAA-TT-CGAGTTCAA-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-ATGGCT-TT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCA-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-GTCTTGT-GAT------G-TA---CTG-AT-----AT----A-
gi|17 : atatttgcatg-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAGATT-T-CAAGTATC--GA--GGAAC--TTCTGCAACCAAACCT--------------T------------TAAT--T----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C-----------CTC---AGG---C---------TC-A-----TATTTGTC----G-C--A---GC--TTCA----TCA---AGCACA-CCAA-TAG--acgtt
gi|18 : -GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TTCTGA-----AAATC-CAT-AAT----GTT-TAA-GG-----------CTT-C---------TT-TT-----TC----------------A---A--------------AGAA-AA-ATTTT--------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAATCT-TCCAAGTATC--GA--GGAAC--T--------------T--------------
gi|19 : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATATTT-GCATGTTGcgcaaccaaacctttaatcact
gi|2 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaG-CACG-AATT---TAG--C-CAATT--ATT----AGAGGGAC--T---GTAG--AT------ACTGT----------------GTAATTTG-AG-TG--ACATA----GTTC-TAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C-TT---T-CG-TT--TG----CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TT------GAGTCT---TCTTG-CCTGC-------TC--G-CCCC-CTT--CTTGT-AAT-GTGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T-GCTGTTA-GC--AAA----TTTTCT-T---AAA-T-TTGCAAC----GG----AAA-CT-TGAGTTCAT-T-C-AGA-T-AA-AC--AT-CTTCTA-GC-A--TT-TTCT--GTT------CGCCGT-TT--GGG-T-TTGATAA--GCCTCCTCA-G--C----CTCAATTATGGTT-TT--C-ACTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTAC-ATTTTG-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTC---T-GAT------T-AA---C-C-AT-----ATCTC-A-GT-AC-AGGATTA-GCAC-C--TGTGAA-----AAATCAAAT-AATG---TTT-CAA-GGCTTCCTTGTTTTTT-TCC--A----TT-TT-----TCTAAACAGAACTTT---A---A-----A-T---TCTCAAG-AA-AATTT--------------ATAAT----A---T--ATATGGAAATT--ACAGACT-T-AAAGCATC--AA--AGGACCAT--------------T--------------TCACG--------TAAC--C----CAAC-----------TTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTGA-T----------AT-TA-CC-CA--TACTCCATGCGATTCCTGTGAATATCAA-----TTTTTGT-----A-A--A---GCT-TTCA----TCATATAGCAAA-CC-A-CAGGTT-GTTCGAAG---T-TTGCT-GAA--C-GA----T--TCATGAGATAAGAC--A-AA-C-T-CT-GTGT--ATA-TA-TACAG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AGTGT-TTA---A--AAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|20 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatT-T--TAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC-TT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAA---aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|22 : AAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-AA--GACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----ACC--AT--GC--T--------CA---TG-AAA-GCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--A-AG----T--TCA-------------ACAA-
gi|3 : TCAAGGGC-AACAC--T-T-CTA-CATAATACAGTTCAGT-T-TC-AATCTCT-GCATGCTGG--A-----T-AACATGCACAAAGTACACTCTA-CTTTACAACAAATCTTGCGAAG-CCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAG-CCACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC--GG-CACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTAGAG---GAG--CTAAGTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TTGTACATGT---GTTTAT--TAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C-TT---T-CG-TT--CT--AGCC----CATTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-------AAGTCT---A---G-T-TGC------ATCAAC-CCT---TT--CTTGCCATT-TGTA-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGGT--TA-GC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-T-GTAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--ATCCTTCTAGCA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA-G--CT--TCTCAATAATGGAT-TTTGC-ACTTTCTAAGAC-GATCTCGGA-GTTAACCTCT--GATAC-A-TTTG-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-G-AGAC-TTC---TGGAT------A-AAAACTGTAAT-----AT----A-GT-AC-AACTTTATGCAC-C--TGCCTG-----AAATC--AT-AAT----TTC-CCA-GA-----------TTT-TTT--GTTGTTT-TT-----CC----------------A---A-----ATT---TC-AAAG-AC-AATTT--------------T-AAT----ATGCT--AT---GAAGGCCAACAGACT-T-TATTAATC--AAAGGGGAC--T--------------T--------------G------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-TG---------AT-C--TC-CAGCT-CTC---AG---TCCTGTG----TCTA-----TCTTTGTC----A-CTAG---GC--TTCATCATCCG---ACCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CTAAGA--TCAGTTCAT--TCAT---------C--ACAA-CGTGTT-AAAT--ATC-TCTT---GCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCCTTT-G-C-A--AGtgtttttcaatat
gi|4 : cttatACG-AATT---CAG--C----TT--TTT----AG---ATA--C---ATGTCGAT------A-TGT----------------GTA-TTTGCAG-TT-TACATGTATAGTTT-T--TAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CA-TTTC-TTGGTTTTGATT--CG---GTC----C--TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAAT-T---T---G-C-TGCCTTTTAATC--C-TCTCACTTATCTTGT-AT--G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T-GT----A-GC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-T-GAGAACTCAGT----AAAATT-CGAGT-CAC-TTCCAGACTGAA-AC--AT-CT-CTA-CACA--TTACTCT--GT-------CG---C-TTCTGC--TATTGATAAA-GTCCCC-CA-G--CTGTCCTCAAT-ATGCCT-TT--C-ACTTT-GAAGAC-TGT-T-GGA-G-----CTC---GATAC-CATTTG-TCTC---TTAG-TTTAGCGA---AG-C-TTC---TGGATCTACTGA-TA---CGT-TT-----CC----A-GTCAC-AAC-TTA-G-AC-C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AATGTTGTTTAAAA-GG-----------CTTATTCTTG----TT-TT-----T
gi|4 : aaagaggtccagaAC--A--------------T--------------T------------TAATTCC----C-CC-----------TT-------------------------TTGAAT----------AT-T--CT-CA--TACTC---AGGC-TCACGTG----TC-AGTAGATCTT-G-C----A-C--AT--GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAAACAG--T-GTC---AG---T-T--CCCAGA--T-AG----CACTCAT---------T---CAA-C-T-CT-CTACTAATC-GT-T---G-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGAT-ATA--TAGTGAAGCC-CT-GACAA--AGTCTtttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatacatttaattcccccttttgaatattctcatactcaggctcacgtgtcagtagatcttgcacatgcttcaccaagcaaaccaaacagtgtcagttcccagatagcactcattcaactctctactaatcgttgccgagactggatgcaattcatttgaaggatatatagtgaagccctgacaaagtct
gi|5 : aaagaggtccagaacgaattcagctttttagatacatgtcgatatgtgtatttgcagtttacatgtatagtttttatatcttcataaaattgaaatcttccatttcttggttttgattcggtccttaccacttatacaggcatccgttgatgaatatctgtcaagtgttaatgcggaatttgctgccttttaatcctctcacttatcttgtatgtataaagttaatctatcaatgtagcaacattctctaaattgagaactcagtaaaattcgagtcacttccagactgaaacatctctacacattactctgtcgcttctgctattgataaagtcccccagctgtcctcaatatgcctttcactttgaagactgttggagctcgataccatttgtctcttagtttagcgaagcttctggatctactgatacgtttccagtcacaacttagacctgctgaaaatcaataatgttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatTCACGGGC-A-CAC--T-TGCTAACATAAT--AGTTGAGT-TGTCCAATCTCT-GCATGCTGGTGA-----TGAACATGCACAAAGT-C-CTCTA-TTTTTCAACA--TCT-GCGA-GGC--ATG-TCCC--GTCCTTTCCA-G-CAACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AA---GAG--C---ATAT--AT------A-TGT----------------GCA-TT-G-AGATT-TACATGT-T-GTTTAT--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------AAGTCT---T---A-C-TGC------ATC--T-CCTT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GGAAA----GT----AAA-CT-CGA-TTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CATG--C---TCTCAAT-ATGGA--TT--C-ACTTT-TAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-A-TTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AA----A---AC-C--TGCTGA-----AAATC-GAT-AAT----TTC-CCA-G----------------TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AC-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---TAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--T--------------T--------------T------------TAA---C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--GCCTC---AGGA-TCCTGTG----TC-------TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---TGCAAA-CCAA-TAG--T-G-C---A----T-T--CT-AAA--C-------T--TCAT---------C--ACAA-C-T-TT-AAAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AGTGT-AT---T---AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|6 : -T--TAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCGTT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T-GGT---A-GC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-T-GCAAA-----C----GAA-TT-TGATTTCATATTC-AGAA--AA-AC--AT-CT-CTAGCA-A--TC-CT----GTT------CG---C-TT--GTACT-CTGATAAATGTCTCC-CA-AGTTT--TCTCA-T-ATGGTT-TC--A-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-A-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCT----TTAG-TT--GCGACG-AG-CATTC---TAGATGT----A-AA---TGT-TT-----AT----C-AT--C-AACTT-A-GCAC-C--TGCTGAGATAGAAGTC-AAT-AAT----TTT-AAA-GG-----------TTTACTT--G----TT-TTCTTTCTC----------------ATTTACCTTTA-T---TC-AAAGCAATAATTTATGATACAGAAGTAA-AATTTTAA---TTAAT---GAAATT--TCAGGCTAT-TAAGCATCATAA--GGAAG--T--------------T--------------TCCTA--------TGAC--CTCCTC-ACTATATTACAATTT-------------------------TTAA-TCCACTTTTGCATAT--TC-CA--TATTCAT-AGGA-TCCTGTG----TC-A-----T-TTTGTC----A-C--AATTGC--TTCA----CCA---AGCAAAGCAAA-AAG--T-GTC---AAGATT-T--CT-AGAG-T-AGA---T--TCATTA-------C--ACAA-C-T-GTCTTAT--ATCGTT-T---G-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AGGGTAATAATTA--AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|7 : --AT-CTTCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACT------CG---T-TT--TG--T-TTGCCCA---TTTCC-C------T--TCTCAAT-GTGGCT-TT--C-ACTGT-AAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-G-AA-C-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-ATCCAGTAC----ATGT-AC-AATTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATC-C-C-AGT----TTT-CTT-GG-----------TTT-TTC------------------C----------------A---A-----T-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---T--AT---GAAATC--ACAGA-------AGTATC--AA--GGAAC--T--------------TCCGCAGCCAAACATT------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---CGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ATAA-C-T-CT-TTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA---A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|8 : tTCACGGGC-A-CAC--CCT-CTA-CA-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCACAAG---T-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---ATCCTTT-CA-GCCAACCTTCT-G-GAAAAG-AAAAACCCGGG-CA-A-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---ATG--CT--GTATC-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-CGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT---TT---TTCG-TT--TG---GCC----CA-TTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG------T------AAGTCT---T---GCC-TGC------ATC--T-CCCT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T-GTT--AA-GC--AA-----CTTTCaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|9 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttga-CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----CG----AAA-CT-TGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---C-TT--TG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGGCA-TT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-T-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-AT-----CC----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-CTT--G----TT-TT-----TCCATTTTTCAAAGAATAATTTA-----A-T---TC-AGAG-AA-AATTT--------------T-AATT---A---C--AT---GAAATT--ACAGGCT-T-TAAGCATC--AA--CGAAG--T--------------T--------------CCATGACCAAACATAAT--T----T-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-T--CA-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-CTAT--ATC-GT-T---G-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111 2222 22222 333333 1 11 11 11 333 111 111 1 11 111 1111 333333333333333333 111 111111 3333333333333333 111 11111 111111 3333333 1111111 222222222 1111 1 11111111111 2222222 2222222222222 1111111 22222222 1111 11 1 111 111 111 11111 111 2222222222 111111 11 11 11111 1 333333333333333333333333333333 11111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111 1111111 111 1111 111 2222222222 222222222222 1111 1111 2222222
lowQualScore : 5 5 0000 5 6666 5 5 5 6 8 00000 0 3 111111 8 6 0 11 11 8 8 11 8 000 88 111 5 111 1 0 22 55 6 5 0 000 77 0000 77 000000000000000000 444 666666 5 7777777777777777 0 5 5 5 5 222 8 66 66 777 4 3 4 99999 1 66 666666 777 1 4 0000000 9999 6666666 5 777777777 0000 0 33333333333 5 66 4 88888 0000000 888 3333333333333 1111111 5 5 00000000 4444 55 33 5 5 3 777 000 5 77 5 66 5 66 5 5 666 5 66 77777 5 000 5 5 5 1 3333333333 5 5 5 5 0 5 5 66 8 1 8 4 66 4 66 222222 88888 66 00 4 22 4 4 888888 8 4 2 66 4 4 4 4 4 11111 4 4 4 4 777 4 66 4 4 666 777 3 444444444444444444444444444444 4 4 4 22 4 4 66 3 11111 77 4 3333 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 7777777777777777 77777777777 777 2 66 4 4 0 55 55 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 9999999999 9999 3 6666 222 44 8888 3333333 8888 4 55 555 99 4444 111 4 4 55 4 777 777 4 66 8 6666666666 66 444444444444 4 5 5 66 66 1111 888 5 66 66 77 777 3333 4 4 1 4 7777777 5 5 5 9999
lowQualScore : . . .... . .... . . . . . ..... . . ...... . . . .. .. . . .. . ... .. ... . ... . . .. .. . . . ... .. .... .. .................. ... ...... . ................ . . . . . ... . .. .. ... . . . ..... . .. ...... ... . . ....... .... ....... . ......... .... . ........... . .. . ..... ....... ... ............. ....... . . ........ .... .. .. . . . ... ... . .. . .. . .. . . ... . .. ..... . ... . . . . .......... . . . . . . . .. . . . . .. . .. ...... ..... .. .. . .. . . ...... . . . .. . . . . . ..... . . . . ... . .. . . ... ... . .............................. . . . .. . . .. . ..... .. . .... . . ..................................................................... . . . ................ ........... ... . .. . . . .. .. .. ............................................................................................... . .......... .... . .... ... .. .... ....... .... . .. ... .. .... ... . . .. . ... ... . .. . .......... .. ............ . . . .. .. .... ... . .. .. .. ... .... . . . . ....... . . . ....
lowQualScore : 7 7 4444 7 0000 7 7 7 7 0 00000 8 2 222222 0 0 8 00 44 0 0 00 0 000 88 000 6 222 0 6 00 00 7 7 4 000 99 7777 99 666666666666666666 999 444444 7 9999999999999999 4 7 7 7 7 999 9 11 11 888 4 9 4 44444 9 11 999999 888 9 4 7777777 4444 5555555 0 888888888 6666 0 22222222222 0 99 2 99999 6666666 888 0000000000000 8888888 0 0 88888888 0000 22 88 0 0 9 555 000 7 99 0 99 0 99 0 0 444 0 99 55555 7 000 0 0 0 4 4444444444 0 0 0 0 1 0 0 11 9 9 9 4 11 4 11 888888 22222 11 66 4 44 4 4 777777 9 4 2 11 4 4 4 4 4 11111 4 4 8 4 888 4 11 4 4 222 888 3 777777777777777777777777777777 0 4 4 11 4 4 11 4 11111 99 4 9999 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 5555555555555555 22222222222 888 7 11 4 4 5 55 55 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 5555555555 5555 6 3333 555 77 5555 9999999 5555 0 55 000 55 0000 000 0 0 55 4 888 888 4 11 9 6666666666 11 666666666666 4 0 0 00 99 1111 888 0 99 11 11 888 9999 4 4 7 4 2222222 0 0 0 0000
consensus : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( family-6687 ) : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|1 : TCACGGGCCA-TGT--C-T-TTAA---AAT-CAGTTGGATGT-TTCAGTGTTT-GCATGTTGG-GAATATTTGA-CATG-GCAAG------TCTAATTTT-CA-CA--TCT--CGA-G-C--ATG-TCC---ATCTTT--CA-G-CAATCT-CTG-----AAGAATTAACC--AG-CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT----AGA--GAGACT---GTAG--ACCACTTAA-TGT----------------GAG-TTTA-TG-TT-TGTTTTT-T-TTTT-T--TAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA-------T---TTCA-TTATTAGTTGCC----CATTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCT------GAGTCTGTCT---G-C-TG--------TC--C-CCTC-TCTACCTTGT-ATTTGCTATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C-ATT--TAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGT-GCAGA----ACGCAGAAA-CTTCGAGTTCAT-ATA-AGAAT-AACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACT---TATT--GT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGGGCATT--CAACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCTGGGATACAATTTTGTTCTC---TTAGTTT--GCG--G-AG---TTC---T-GATATA---A-AA---CACGAT-----ATTCCAA-GT-ACAAACTTTC-GCATACAGTGTCGA-----AAA-C-AATGAAT----TTT-CAATGG-----------TTTATTT--G----TTGTT-----TC----------------A---GC----A-TTTATC-AAAG-AA-TATTT--------------
gi|1 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaAAGCACC--AA--G-AAG--T--------------T--------------T-------------------------AC-----------TT-------------------------TTGAGT----------AT-TGTTCACA--GACTC---TGGA-TCCTGT-----TC-A-----TCTTTGTCACATA-C--A---GCATTTCAAG--CCAC--AGCAAA--CGA-TAG--TGGGG---AG---TGT--CT-AGGATT-AGTGT-T--TCAT---------CAGACAATC-T-CT-ATAT---TC-GT-T---G-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|10 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaTCGCGGGC-A-CAC--T-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGTTGG-GA-----TGAA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TC-TGCGA-G-C--ATG-TCCA--GTCCTTTCCA-C-CAATCTTCTGG-AAGAAG------TTCCGG-CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTTAG--AG---GAA--T---GTAG--AT------A-TGTGTATTTGTAGATATTTGTA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-GT---TTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|11 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGC-A-CATGTC-T-TTAA---AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAGT
gi|14 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--atc
gi|14 : --AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|16 : atatatgaagtcacagactttaagtatcaaagaacttttaatccacttttgatatctccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-T-GGAAA----GT----AAA-TT-CGAGTTCAA-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCA-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-GTCTTGT-GAT------G-TA---CTG-AT-----AT----A-
gi|17 : atatttgcatg-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAGATT-T-CAAGTATC--GA--GGAAC--TTCTGCAACCAAACCT--------------T------------TAAT--T----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C-----------CTC---AGG---C---------TC-A-----TATTTGTC----G-C--A---GC--TTCA----TCA---AGCACA-CCAA-TAG--acgtt
gi|18 : -GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TTCTGA-----AAATC-CAT-AAT----GTT-TAA-GG-----------CTT-C---------TT-TT-----TC----------------A---A--------------AGAA-AA-ATTTT--------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAATCT-TCCAAGTATC--GA--GGAAC--T--------------T--------------
gi|19 : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATATTT-GCATGTTGcgcaaccaaacctttaatcact
gi|2 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaG-CACG-AATT---TAG--C-CAATT--ATT----AGAGGGAC--T---GTAG--AT------ACTGT----------------GTAATTTG-AG-TG--ACATA----GTTC-TAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C-TT---T-CG-TT--TG----CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TT------GAGTCT---TCTTG-CCTGC-------TC--G-CCCC-CTT--CTTGT-AAT-GTGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T-GCTGTTA-GC--AAA----TTTTCT-T---AAA-T-TTGCAAC----GG----AAA-CT-TGAGTTCAT-T-C-AGA-T-AA-AC--AT-CTTCTA-GC-A--TT-TTCT--GTT------CGCCGT-TT--GGG-T-TTGATAA--GCCTCCTCA-G--C----CTCAATTAT-GGTTTT--C-ACTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTAC-ATTTTG-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTC---T-GAT------T-AA---C-C-AT-----ATCTC-A-GT-AC-AGGATTA-GCAC-C--TGTGAA-----AAATCAAAT-AATG---TTT-CAA-GGCTTCCTTGTTTTTT-TCC--A----TT-TT-----TCTAAACAGAACTTT---A---A-----A-T---TCTCAAG-AA-AATTT--------------ATAAT----A---T--ATATGGAAATT--ACAGACT-T-AAAGCATC--AA--AGGACCAT--------------T--------------TCACG--------TAAC--C----CAAC-----------TTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTGA-T----------AT-TA-CC-CA--TACTCCATGCGATTCCTGTGAATATCAA-----TTTTTGT-----A-A--A---GCT-TTCA----TCATATAGCAAA-CC-A-CAGGTT-GTTCGAAG---T-TTGCT-GAA--C-GA----T--TCATGAGATAAGAC--A-AA-C-T-CT-GTGT--ATA-TA-TACAG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AGTGT-TTA---A--AAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|20 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatT-T--TAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC-TT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAA---aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|22 : AAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-AA--GACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----ACC--AT--GC--T--------CA---TG-AAA-GCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--A-AG----T--TCA-------------ACAA-
gi|3 : TCAAGGGC-AACAC--T-T-CTA-CATAATACAGTTCAGT-T-TC-AATCTCT-GCATGCTGG--A-----T-AACATGCACAAAGTACACTCTA-CTTTACAACAAATCTTGCGAAG-CCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAG-CCACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC--GG-CACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTAGAG---GAG--CTAAGTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TTGTACATGT---GTTTAT--TAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C-TT---T-CG-TT--CT--AGCC----CATTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-------AAGTCT---A---G-T-TGC------ATCAAC-CCT---TT--CTTGCCATT-TGTA-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGGT--TA-GC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-T-GTAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--ATCCTTCTAGCA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA-G--CT--TCTCAATAAT-GGATTTTGC-ACTTTCTAAGAC-GATCTCGGA-GTTAACCTCT--GATAC-A-TTTG-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-G-AGAC-TTC---TGGAT------A-AAAACTGTAAT-----AT----A-GT-AC-AACTTTATGCAC-C--TGCCTG-----AAATC--AT-AAT----TTC-CCA-GA-----------TTT-TTT--GTTGTTT-TT-----CC----------------A---A-----ATT---TC-AAAG-AC-AATTT--------------T-AAT----ATGCT--AT---GAAGGCCAACAGACT-T-TATTAATC--AAAGGGGAC--T--------------T--------------G------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-TG---------AT-C--TC-CAGCT-CTC---AG---TCCTGTG----TCTA-----TCTTTGTC----A-CTAG---GC--TTCATCATCCG---ACCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CTAAGA--TCAGTTCAT--TCAT---------C--ACAA-CGTGTT-AAAT--ATC-TCTT---GCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCCTTT-G-C-A--AGtgtttttcaatat
gi|4 : cttatACG-AATT---CAG--C----TT--TTT----AG---ATA--C---ATGTCGAT------A-TGT----------------GTA-TTTGCAG-TT-TACATGTATAGTTT-T--TAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CA-TTTC-TTGGTTTTGATT--CG---GTC----C--TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAAT-T---T---G-C-TGCCTTTTAATC--C-TCTCACTTATCTTGT-AT--G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T-GT----A-GC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-T-GAGAACTCAGT----AAAATT-CGAGT-CAC-TTCCAGACTGAA-AC--AT-CT-CTA-CACA--TTACTCT--GT-------CG---C-TTCTGC--TATTGATAAA-GTCCCC-CA-G--CTGTCCTCAAT-AT-GCCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-TGT-T-GGA-G-----CTC---GATAC-CATTTG-TCTC---TTAG-TTTAGCGA---AG-C-TTC---TGGATCTACTGA-TA---CGT-TT-----CC----A-GTCAC-AAC-TTA-G-AC-C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AATGTTGTTTAAAA-GG-----------CTTATTCTTG----TT-TT-----T
gi|4 : aaagaggtccagaAC--A--------------T--------------T------------TAATTCC----C-CC-----------TT-------------------------TTGAAT----------AT-T--CT-CA--TACTC---AGGC-TCACGTG----TC-AGTAGATCTT-G-C----A-C--AT--GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAAACAG--T-GTC---AG---T-T--CCCAGA--T-AG----CACTCAT---------T---CAA-C-T-CT-CTACTAATC-GT-T---G-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGAT-ATA--TAGTGAAGCC-CT-GACAA--AGTCTtttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatacatttaattcccccttttgaatattctcatactcaggctcacgtgtcagtagatcttgcacatgcttcaccaagcaaaccaaacagtgtcagttcccagatagcactcattcaactctctactaatcgttgccgagactggatgcaattcatttgaaggatatatagtgaagccctgacaaagtct
gi|5 : aaagaggtccagaacgaattcagctttttagatacatgtcgatatgtgtatttgcagtttacatgtatagtttttatatcttcataaaattgaaatcttccatttcttggttttgattcggtccttaccacttatacaggcatccgttgatgaatatctgtcaagtgttaatgcggaatttgctgccttttaatcctctcacttatcttgtatgtataaagttaatctatcaatgtagcaacattctctaaattgagaactcagtaaaattcgagtcacttccagactgaaacatctctacacattactctgtcgcttctgctattgataaagtcccccagctgtcctcaatatgcctttcactttgaagactgttggagctcgataccatttgtctcttagtttagcgaagcttctggatctactgatacgtttccagtcacaacttagacctgctgaaaatcaataatgttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatTCACGGGC-A-CAC--T-TGCTAACATAAT--AGTTGAGT-TGTCCAATCTCT-GCATGCTGGTGA-----TGAACATGCACAAAGT-C-CTCTA-TTTTTCAACA--TCT-GCGA-GGC--ATG-TCCC--GTCCTTTCCA-G-CAACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AA---GAG--C---ATAT--AT------A-TGT----------------GCA-TT-G-AGATT-TACATGT-T-GTTTAT--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------AAGTCT---T---A-C-TGC------ATC--T-CCTT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GGAAA----GT----AAA-CT-CGA-TTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CATG--C---TCTCAAT-AT-GGA-TT--C-ACTTT-TAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-A-TTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AA----A---AC-C--TGCTGA-----AAATC-GAT-AAT----TTC-CCA-G----------------TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AC-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---TAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--T--------------T--------------T------------TAA---C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--GCCTC---AGGA-TCCTGTG----TC-------TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---TGCAAA-CCAA-TAG--T-G-C---A----T-T--CT-AAA--C-------T--TCAT---------C--ACAA-C-T-TT-AAAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AGTGT-AT---T---AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|6 : -T--TAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCGTT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T-GGT---A-GC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-T-GCAAA-----C----GAA-TT-TGATTTCATATTC-AGAA--AA-AC--AT-CT-CTAGCA-A--TC-CT----GTT------CG---C-TT--GTACT-CTGATAAATGTCTCC-CA-AGTTT--TCTCA-T-AT-GGTTTC--A-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-A-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCT----TTAG-TT--GCGACG-AG-CATTC---TAGATGT----A-AA---TGT-TT-----AT----C-AT--C-AACTT-A-GCAC-C--TGCTGAGATAGAAGTC-AAT-AAT----TTT-AAA-GG-----------TTTACTT--G----TT-TTCTTTCTC----------------ATTTACCTTTA-T---TC-AAAGCAATAATTTATGATACAGAAGTAA-AATTTTAA---TTAAT---GAAATT--TCAGGCTAT-TAAGCATCATAA--GGAAG--T--------------T--------------TCCTA--------TGAC--CTCCTC-ACTATATTACAATTT-------------------------TTAA-TCCACTTTTGCATAT--TC-CA--TATTCAT-AGGA-TCCTGTG----TC-A-----T-TTTGTC----A-C--AATTGC--TTCA----CCA---AGCAAAGCAAA-AAG--T-GTC---AAGATT-T--CT-AGAG-T-AGA---T--TCATTA-------C--ACAA-C-T-GTCTTAT--ATCGTT-T---G-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AGGGTAATAATTA--AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|7 : --AT-CTTCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACT------CG---T-TT--TG--T-TTGCCCA---TTTCC-C------T--TCTCAAT-GT-GGCTTT--C-ACTGT-AAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-G-AA-C-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-ATCCAGTAC----ATGT-AC-AATTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATC-C-C-AGT----TTT-CTT-GG-----------TTT-TTC------------------C----------------A---A-----T-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---T--AT---GAAATC--ACAGA-------AGTATC--AA--GGAAC--T--------------TCCGCAGCCAAACATT------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---CGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ATAA-C-T-CT-TTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA---A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|8 : tTCACGGGC-A-CAC--CCT-CTA-CA-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCACAAG---T-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---ATCCTTT-CA-GCCAACCTTCT-G-GAAAAG-AAAAACCCGGG-CA-A-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---ATG--CT--GTATC-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-CGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT---TT---TTCG-TT--TG---GCC----CA-TTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG------T------AAGTCT---T---GCC-TGC------ATC--T-CCCT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T-GTT--AA-GC--AA-----CTTTCaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|9 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttga-CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----CG----AAA-CT-TGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---C-TT--TG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCATT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-T-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-AT-----CC----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-CTT--G----TT-TT-----TCCATTTTTCAAAGAATAATTTA-----A-T---TC-AGAG-AA-AATTT--------------T-AATT---A---C--AT---GAAATT--ACAGGCT-T-TAAGCATC--AA--CGAAG--T--------------T--------------CCATGACCAAACATAAT--T----T-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-T--CA-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-CTAT--ATC-GT-T---G-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111 2222 22222 333333 1 11 11 11 333 111 111 1 11 111 1111 333333333333333333 111 111111 3333333333333333 111 11111 111111 3333333 1111111 222222222 1111 1 11111111111 2222222 2222222222222 1111111 22222222 1111 11 1 111 111 111 11111 111 2222222222 111111 11 11 11111 1 333333333333333333333333333333 11111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333333333333333 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111 1111111 111 1111 111 2222222222 222222222222 1111 1111 2222222
lowQualScore : 5 5 0000 5 6666 5 5 5 6 8 00000 0 3 111111 8 6 0 11 11 8 8 11 8 000 88 111 5 111 1 0 22 55 6 5 0 000 77 0000 77 000000000000000000 444 666666 5 7777777777777777 0 5 5 5 5 222 8 66 66 777 4 3 4 99999 1 66 666666 777 1 4 0000000 9999 6666666 5 777777777 0000 0 33333333333 5 66 4 88888 0000000 888 3333333333333 1111111 5 5 00000000 4444 55 33 5 5 3 777 000 5 77 5 66 5 66 5 5 666 5 66 77777 5 000 5 5 5 1 3333333333 5 5 5 5 0 5 5 66 8 1 8 4 66 4 66 222222 88888 66 00 4 22 4 4 888888 8 4 2 66 4 4 4 4 4 11111 4 4 4 4 777 4 66 4 4 666 777 3 444444444444444444444444444444 4 4 4 22 4 4 66 3 11111 77 4 3333 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 7777777777777777 77777777777 777 2 66 4 4 0 55 55 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 9999999999 9999 3 6666 222 44 8888 3333333 8888 4 55 555 99 4444 111 4 4 55 4 777 777 4 66 8 6666666666 66 444444444444 4 5 5 66 66 1111 888 5 66 66 77 777 3333 4 4 1 4 7777777 5 5 5 9999
lowQualScore : . . .... . .... . . . . . ..... . . ...... . . . .. .. . . .. . ... .. ... . ... . . .. .. . . . ... .. .... .. .................. ... ...... . ................ . . . . . ... . .. .. ... . . . ..... . .. ...... ... . . ....... .... ....... . ......... .... . ........... . .. . ..... ....... ... ............. ....... . . ........ .... .. .. . . . ... ... . .. . .. . .. . . ... . .. ..... . ... . . . . .......... . . . . . . . .. . . . . .. . .. ...... ..... .. .. . .. . . ...... . . . .. . . . . . ..... . . . . ... . .. . . ... ... . .............................. . . . .. . . .. . ..... .. . .... . . ..................................................................... . . . ................ ........... ... . .. . . . .. .. .. ............................................................................................... . .......... .... . .... ... .. .... ....... .... . .. ... .. .... ... . . .. . ... ... . .. . .......... .. ............ . . . .. .. .... ... . .. .. .. ... .... . . . . ....... . . . ....
lowQualScore : 7 7 4444 7 0000 7 7 7 7 0 00000 8 2 222222 0 0 8 00 44 0 0 00 0 000 88 000 6 222 0 6 00 00 7 7 4 000 99 7777 99 666666666666666666 999 444444 7 9999999999999999 4 7 7 7 7 999 9 11 11 888 4 9 4 44444 9 11 999999 888 9 4 7777777 4444 5555555 0 888888888 6666 0 22222222222 0 99 2 99999 6666666 888 0000000000000 8888888 0 0 88888888 0000 22 88 0 0 9 555 000 7 99 0 99 0 99 0 0 444 0 99 55555 7 000 0 0 0 4 4444444444 0 0 0 0 1 0 0 11 9 9 9 4 11 4 11 888888 22222 11 66 4 44 4 4 777777 9 4 2 11 4 4 4 4 4 11111 4 4 8 4 888 4 11 4 4 222 888 3 777777777777777777777777777777 0 4 4 11 4 4 11 4 11111 99 4 9999 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 5555555555555555 22222222222 888 7 11 4 4 5 55 55 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 5555555555 5555 6 3333 555 77 5555 9999999 5555 0 55 000 55 0000 000 0 0 55 4 888 888 4 11 9 6666666666 11 666666666666 4 0 0 00 99 1111 888 0 99 11 11 888 9999 4 4 7 4 2222222 0 0 0 0000
consensus : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( family-6687 ) : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|1 : TCACGGGCCA-TGT--C-T-TTAA---AAT-CAGTTGGATGT-TTCAGTGTTT-GCATGTTGG-GAATATTTGA-CATG-GCAAG------TCTAATTTT-CA-CA--TCT--CGA-G-C--ATG-TCC---ATCTTT--CA-G-CAATCT-CTG-----AAGAATTAACC--AG-CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT----AGA--GAGACT---GTAG--ACCACTTAA-TGT----------------GAG-TTTA-TG-TT-TGTTTTT-T-TTTT-T--TAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA-------T---TTCA-TTATTAGTTGCC----CATTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCT------GAGTCTGTCT---G-C-TG--------TC--C-CCTC-TCTACCTTGT-ATTTGCTATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C-ATT--TAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGT-GCAGA----ACGCAGAAA-CTTCGAGTTCAT-ATA-AGAAT-AACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACT---TATT--GT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGGGCATT--CAACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCTGGGATACAATTTTGTTCTC---TTAGTTT--GCG--G-AG---TTC---T-GATATA---A-AA---CACGAT-----ATTCCAA-GT-ACAAACTTTC-GCATACAGTGTCGA-----AAA-C-AATGAAT----TTT-CAATGG-----------TTTATTT--G----TTGTT-----TC----------------A---GC----A-TTTATC-AAAG-AA-TATTT--------------
gi|1 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaAAGCACC--AA--G-AAG--T--------------T--------------T-------------------------AC-----------TT-------------------------TTGAGT----------AT-TGTTCACA--GACTC---TGGA-TCCTGT-----TC-A-----TCTTTGTCACATA-C--A---GCATTTCAAG--CCAC--AGCAAA--CGA-TAG--TGGGG---AG---TGT--CT-AGGATT-AGTGT-T--TCAT---------CAGACAATC-T-CT-ATAT---TC-GT-T---G-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|10 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaTCGCGGGC-A-CAC--T-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGTTGG-GA-----TGAA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TC-TGCGA-G-C--ATG-TCCA--GTCCTTTCCA-C-CAATCTTCTGG-AAGAAG------TTCCGG-CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTTAG--AG---GAA--T---GTAG--AT------A-TGTGTATTTGTAGATATTTGTA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-GT---TTTG-TT------TGCC----CATTTCCC---
gi|11 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGC-A-CATGTC-T-TTAA---AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAGT
gi|14 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--atc
gi|14 : --AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|16 : atatatgaagtcacagactttaagtatcaaagaacttttaatccacttttgatatctccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-T-GGAAA----GT----AAA-TT-CGAGTTCAA-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCA-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-GTCTTGT-GAT------G-TA---CTG-AT-----AT----A-
gi|17 : atatttgcatg-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAGATT-T-CAAGTATC--GA--GGAAC--TTCTGCAACCAAACCT--------------T------------TAAT--T----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C-----------CTC---AGG---C---------TC-A-----TATTTGTC----G-C--A---GC--TTCA----TCA---AGCACA-CCAA-TAG--acgtt
gi|18 : -GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TTCTGA-----AAATC-CAT-AAT----GTT-TAA-GG-----------CTT-C---------TT-TT-----TC----------------A---A--------------AGAA-AA-ATTTT--------------A-AAT----A---A--AT---GAATTC--ACAATCT-TCCAAGTATC--GA--GGAAC--T--------------T--------------
gi|19 : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATATTT-GCATGTTGcgcaaccaaacctttaatcact
gi|2 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaG-CACG-AATT---TAG--C-CAATT--ATT----AGAGGGAC--T---GTAG--AT------ACTGT----------------GTAATTTG-AG-TG--ACATA----GTTC-TAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C-TT---T-CG-TT--TG----CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TT------GAGTCT---TCTTG-CCTGC-------TC--G-CCCC-CTT--CTTGT-AAT-GTGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T-GCTGTTA-GC--AAA----TTTTCT-T---AAA-T-TTGCAAC----GG----AAA-CT-TGAGTTCAT-T-C-AGA-T-AA-AC--AT-CTTCTA-GC-A--TT-TTCT--GTT------CGCCGT-TT--GGG-T-TTGATAA--GCCTCCTCA-G--C----CTCAATTAT-GGTTTT--C-ACTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTAC-ATTTTG-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTC---T-GAT------T-AA---C-C-AT-----ATCTC-A-GT-AC-AGGATTA-GCAC-C--TGTGAA-----AAATCAAAT-AATG---TTT-CAA-GGCTTCCTTGTTTTTT-TCC--A----TT-TT-----TCTAAACAGAACTTT---A---A-----A-T---TCTCAAG-AA-AATTT--------------ATAAT----A---T--ATATGGAAATT--ACAGACT-T-AAAGCATC--AA--AGGACCAT--------------T--------------TCACG--------TAAC--C----CAAC-----------TTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTGA-T----------AT-TA-CC-CA--TACTCCATGCGATTCCTGTGAATATCAA-----TTTTTGT-----A-A--A---GCT-TTCA----TCATATAGCAAA-CC-A-CAGGTT-GTTCGAAG---T-TTGCT-GAA--C-GA----T--TCATGAGATAAGAC--A-AA-C-T-CT-GTGT--ATA-TA-TACAG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AGTGT-TTA---A--AAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|20 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatT-T--TAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC-TT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAA---aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|22 : AAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-AA--GACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----ACC--AT--GC--T--------CA---TG-AAA-GCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--A-AG----T--TCA-------------ACAA-
gi|3 : TCAAGGGC-AACAC--T-T-CTA-CATAATACAGTTCAGT-T-TC-AATCTCT-GCATGCTGG--A-----T-AACATGCACAAAGTACACTCTA-CTTTACAACAAATCTTGCGAAG-CCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAG-CCACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC--GG-CACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTAGAG---GAG--CTAAGTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TTGTACATGT---GTTTAT--TAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C-TT---T-CG-TT--CT--AGCC----CATTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-------AAGTCT---A---G-T-TGC------ATCAAC-CCT---TT--CTTGCCATT-TGTA-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGGT--TA-GC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-T-GTAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--ATCCTTCTAGCA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA-G--CT--TCTCAATAAT-GGATTTTGC-ACTTTCTAAGAC-GATCTCGGA-GTTAACCTCT--GATAC-A-TTTG-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-G-AGAC-TTC---TGGAT------A-AAAACTGTAAT-----AT----A-GT-AC-AACTTTATGCAC-C--TGCCTG-----AAATC--AT-AAT----TTC-CCA-GA-----------TTT-TTT--GTTGTTT-TT-----CC----------------A---A-----ATT---TC-AAAG-AC-AATTT--------------T-AAT----ATGCT--AT---GAAGGCCAACAGACT-T-TATTAATC--AAAGGGGAC--T--------------T--------------G------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-TG---------AT-C--TC-CAGCT-CTC---AG---TCCTGTG----TCTA-----TCTTTGTC----A-CTAG---GC--TTCATCATCCG---ACCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CTAAGA--TCAGTTCAT--TCAT---------C--ACAA-CGTGTT-AAAT--ATC-TCTT---GCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCCTTT-G-C-A--AGtgtttttcaatat
gi|4 : cttatACG-AATT---CAG--C----TT--TTT----AG---ATA--C---ATGTCGAT------A-TGT----------------GTA-TTTGCAG-TT-TACATGTATAGTTT-T--TAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CA-TTTC-TTGGTTTTGATT--CG---GTC----C--TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAAT-T---T---G-C-TGCCTTTTAATC--C-TCTCACTTATCTTGT-AT--G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T-GT----A-GC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-T-GAGAACTCAGT----AAAATT-CGAGT-CAC-TTCCAGACTGAA-AC--AT-CT-CTA-CACA--TTACTCT--GT-------CG---C-TTCTGC--TATTGATAAA-GTCCCC-CA-G--CTGTCCTCAAT-AT-GCCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-TGT-T-GGA-G-----CTC---GATAC-CATTTG-TCTC---TTAG-TTTAGCGA---AG-C-TTC---TGGATCTACTGA-TA---CGT-TT-----CC----A-GTCAC-AAC-TTA-G-AC-C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AATGTTGTTTAAAA-GG-----------CTTATTCTTG----TT-TT-----T
gi|4 : aaagaggtccagaAC--A--------------T--------------T------------TAATTCC----C-CC-----------TT-------------------------TTGAAT----------AT-T--CT-CA--TACTC---AGGC-TCACGTG----TC-AGTAGATCTT-G-C----A-C--AT--GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAAACAG--T-GTC---AG---T-T--CCCAGA--T-AG----CACTCAT---------T---CAA-C-T-CT-CTACTAATC-GT-T---G-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGAT-ATA--TAGTGAAGCC-CT-GACAA--AGTCTtttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatacatttaattcccccttttgaatattctcatactcaggctcacgtgtcagtagatcttgcacatgcttcaccaagcaaaccaaacagtgtcagttcccagatagcactcattcaactctctactaatcgttgccgagactggatgcaattcatttgaaggatatatagtgaagccctgacaaagtct
gi|5 : aaagaggtccagaacgaattcagctttttagatacatgtcgatatgtgtatttgcagtttacatgtatagtttttatatcttcataaaattgaaatcttccatttcttggttttgattcggtccttaccacttatacaggcatccgttgatgaatatctgtcaagtgttaatgcggaatttgctgccttttaatcctctcacttatcttgtatgtataaagttaatctatcaatgtagcaacattctctaaattgagaactcagtaaaattcgagtcacttccagactgaaacatctctacacattactctgtcgcttctgctattgataaagtcccccagctgtcctcaatatgcctttcactttgaagactgttggagctcgataccatttgtctcttagtttagcgaagcttctggatctactgatacgtttccagtcacaacttagacctgctgaaaatcaataatgttgtttaaaaggcttattcttgttttttttccattttgttctctaaaataataatttaatttccagagagaaaatttttatatcatgacatttgacgggtgtgctttcagcatcataggagagacctaacaaacaaatacattatTCACGGGC-A-CAC--T-TGCTAACATAAT--AGTTGAGT-TGTCCAATCTCT-GCATGCTGGTGA-----TGAACATGCACAAAGT-C-CTCTA-TTTTTCAACA--TCT-GCGA-GGC--ATG-TCCC--GTCCTTTCCA-G-CAACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AA---GAG--C---ATAT--AT------A-TGT----------------GCA-TT-G-AGATT-TACATGT-T-GTTTAT--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------AAGTCT---T---A-C-TGC------ATC--T-CCTT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GGAAA----GT----AAA-CT-CGA-TTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CATG--C---TCTCAAT-AT-GGA-TT--C-ACTTT-TAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-A-TTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AA----A---AC-C--TGCTGA-----AAATC-GAT-AAT----TTC-CCA-G----------------TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AC-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---TAAGTC--ACAGACT-T-TAAGTATC--AA--AGAAC--T--------------T--------------T------------TAA---C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--GCCTC---AGGA-TCCTGTG----TC-------TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---TGCAAA-CCAA-TAG--T-G-C---A----T-T--CT-AAA--C-------T--TCAT---------C--ACAA-C-T-TT-AAAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AGTGT-AT---T---AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|6 : -T--TAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCGTT---TTAG-GT--T---TGCC----CATTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T-GGT---A-GC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-T-GCAAA-----C----GAA-TT-TGATTTCATATTC-AGAA--AA-AC--AT-CT-CTAGCA-A--TC-CT----GTT------CG---C-TT--GTACT-CTGATAAATGTCTCC-CA-AGTTT--TCTCA-T-AT-GGTTTC--A-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-A-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCT----TTAG-TT--GCGACG-AG-CATTC---TAGATGT----A-AA---TGT-TT-----AT----C-AT--C-AACTT-A-GCAC-C--TGCTGAGATAGAAGTC-AAT-AAT----TTT-AAA-GG-----------TTTACTT--G----TT-TTCTTTCTC----------------ATTTACCTTTA-T---TC-AAAGCAATAATTTATGATACAGAAGTAA-AATTTTAA---TTAAT---GAAATT--TCAGGCTAT-TAAGCATCATAA--GGAAG--T--------------T--------------TCCTA--------TGAC--CTCCTC-ACTATATTACAATTT-------------------------TTAA-TCCACTTTTGCATAT--TC-CA--TATTCAT-AGGA-TCCTGTG----TC-A-----T-TTTGTC----A-C--AATTGC--TTCA----CCA---AGCAAAGCAAA-AAG--T-GTC---AAGATT-T--CT-AGAG-T-AGA---T--TCATTA-------C--ACAA-C-T-GTCTTAT--ATCGTT-T---G-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AGGGTAATAATTA--AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|7 : --AT-CTTCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACT------CG---T-TT--TG--T-TTGCCCA---TTTCC-C------T--TCTCAAT-GT-GGCTTT--C-ACTGT-AAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-G-AA-C-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-ATCCAGTAC----ATGT-AC-AATTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATC-C-C-AGT----TTT-CTT-GG-----------TTT-TTC------------------C----------------A---A-----T-T---TC-AAAG-AA-AATTTT-------------A-AAT----A---T--AT---GAAATC--ACAGA-------AGTATC--AA--GGAAC--T--------------TCCGCAGCCAAACATT------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---CGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ATAA-C-T-CT-TTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA---A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|8 : tTCACGGGC-A-CAC--CCT-CTA-CA-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCACAAG---T-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---ATCCTTT-CA-GCCAACCTTCT-G-GAAAAG-AAAAACCCGGG-CA-A-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---ATG--CT--GTATC-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-CGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT---TT---TTCG-TT--TG---GCC----CA-TTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG------T------AAGTCT---T---GCC-TGC------ATC--T-CCCT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T-GTT--AA-GC--AA-----CTTTCaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|9 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttga-CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----CG----AAA-CT-TGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---C-TT--TG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCATT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-T-TTC---T-GAT------ATAA---CGT-AT-----CC----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-CTT--G----TT-TT-----TCCATTTTTCAAAGAATAATTTA-----A-T---TC-AGAG-AA-AATTT--------------T-AATT---A---C--AT---GAAATT--ACAGGCT-T-TAAGCATC--AA--CGAAG--T--------------T--------------CCATGACCAAACATAAT--T----T-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-T--CA-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-CTAT--ATC-GT-T---G-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTC
blockSeqs : . A GTC G ACAT A . G T T . T AGTACA . A AA TT A G CG C TCA TC AG T AGT A A AA CC A T TGC . CAA . GTAGAGGAGCTAA TCG . C GTATTTGTAGATATTT A C A G ATA A AA GA . T C A GAAA C TC TTGCG GGT T A CTA GCAA CGAGCTC G TATCAAAG . T GTTGATGA G TA T CCT CTTCTA . TTAATGCG TCTT C C CCTTTTAA AAC CA AT C . T TGA AGT G . A AC G CA A A GTT . . AATAG C TAC A . T G CTCAGT A . A C G . . C T G C GT A CC . CCGT CT AC A AT T T CTGT T . T TG . C T C A TTAAC . . T . GGA . TA C A AC TTG G CTACTGATACGTTTCC T C . CT T . . T GATAG AA . GTTG A . CTTCCTTGTTTTTTTCCATTTTTCTAAACAGAACTTTAAAT T C T ATGATACAGAAGTAA TTTAATTA ATG T CA A C AT AG CA TTCACGTAACCCAACTTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTT A CCACTTTTGC TA . GCT CAT AT AATA AGTAGA . C TA ATT T TCAT TAT G A GT . CGA GAT . TG A TCAGTTCA AC GAGATAAGAC . G G CT TA TCT ACA C AT GA TT . A C . T A ATAGT T A A AAT
blockSeqs : . . CC . CAT . . . . . . C AGTC . T . TT . . . . A CC GC T GG T A AA CG . . . . TC . AGAGGGACT TC . . . . . . . T A . . . . C . T G . TTGC . T . TGT . CACTA . CAGG . T CTT . . T AAC TC . TT T . . TC CT C . . . C . . . . . . . . . . T . . A . . . . . C GT . . . . . . . . T G . . . . . T . G . AT . . GTTT A . T . . . . . . . . . T . . . . . . CA . G ATAACGTATCCAGTAC . . . GA . . . G . C . G . . TTTCTTGTTTTTCCATTTTTCAAAGAATAATTTAAT . . . AT ATGCT . T . . . . . . TTCCTATGACCTCCTCACTATATTACAATTT . G AT . TA AT A . AA . . . T . . . . . . . . . . . C GTAGA . TAC . . . G . GTT . . . . T . . . . T . AATTA . . . AA
blockSeqs : . . T . CAT . . . . . . C GTC . . . T . . . . C TC C G GG A . AA CG . . . . C . AGAGGAAT G . . . . . . . T . . . . . A . T T . TCTC . T . TG . ACC . GC . . TT . . C T GC . TT A . . CA CT C . . . G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T GG . . . . . . . . T . . . . . . T . . . A . . CT . . T . . . . . . . . . A . . . . . . C . A AAAAACTGTAATAT . . . CT . . . C . A . . . . TTTACTTGTTTTCTTTCTCATTTACCTTTAT . . . TA TAC . A . . . . . . TCTGCAACCAAACCTTTAATTCACTT . . C . GA . C . TA . . . T . . . . . . . . . . . . CGA . C . . . A . TA . . . . T . . . . T . ATA . . . A
blockSeqs : . . C . CAT . . . . . . C GT . . . T . . . . . T G T G A . . . . . . . C . AGATGCT G . . . . . . . T . . . . . C . T C . TTTC . T . TT . ACT . T . . TT . . C A C . TT T . . CA G T . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A GT . . . . . . . . T . . . . . . C . . . A . . CT . . T . . . . . . . . . T . . . . . . C . . TAACCATATCTC . . . CT . . . T . G . . . . TTTTTTGTTGTTTTTCCAAATT . . . A AA . G . . . . . . TCCGCAGCCAAACATTTAATCCACTT . . C . TA . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAG . T . . . C . GT . . . . C . . . . G . AA . . . A
blockSeqs : . . T . CA . . . . . . . . C . AGATAC T . . . . . . . . . . . . . A . T T . CTC . T . CG . ACT . T . . TT . . T C G . TT T . . TC C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G GT . . . . . . . . T . . . . . . T . . . A . . CT . . T . . . . . . . . . T . . . . . . C . . GTAAATGTTTAT . . . TT . . . T . A . . . . TTCGTTTTTCAAAT . . . T AA . G . . . . . . TCCATGACCAAACATAATTTACTT . . C . GC . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . TAG . C . . . A . TC . . . . T . . . . T . AA . . . A
blockSeqs : . . T . A . . . . . . . . AAGAGC T . . . . . . . . . . . . . C . . C . TTC . T . TT . ACT . G . . TT . . C C C . T T . . CA T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C CG . . . . . . . . T . . . . . . C . . . A . . C . . T . . . . . . . . . T . . . . . . C . . ATAACGTATCC . . . CT . . . T . C . . . . CTTCTTTTTCAA . . . A AT . A . . . . . . TTTAATTCCCCCTT . . C . TA . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . TAG . C . . . T . TC . . . . T . . . . G . TT . . . A
blockSeqs : . . . . . A . . A . CTC . . . TG . A . T . . TT . . . C C . T T . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . GTACTGATAT . . . C . . . T . A . . . . TTTTTCCAATT . . . T AT . A . . . . . . TTTAATCCACTT . . T . TA . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . TAG . C . . . C . GT . . . . C . . . . T . T . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . C . CT . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AAACGTATAT . . . . . . . T . . . . . . . . . AT . A . . . . . . TGTAATCCACTT . . C . TA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . TTTAACCACTT . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T .
blockSeqCons : CAT* ***** GTC*** *** TC G** GG* CG ** ** AGAGGAACT********* ****** *** T**** CTC*** TG***** ACT**** **** TT********* C****** *** TT*********** T****** CA****** ** *** ** *** ** GT******** ** ****** C**** C** AAACGTATAC******************** ** N*************** C*** **** ** **** *** TAG******* C*********** *** **** A***
originalCons : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTAACATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT----AG---GAG--C---GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C-TT---TTCG-TT--TG--TGCC----CATTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT--TA-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CG---T-TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AG-C-TTC---T-GAT------A-AA---CGT-AT-----AT----A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTT--------------A-AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
finalCons : TCACGGGC-A-CAC--C-T-CTACAT-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTT-GCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAGTC---CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCAG--CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTTAGAGGAACT---------GTAT--AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TTT----CCCTC--CACTC---TT---TTCG-TTTG-----GCC----CATTTCCCACT----T-ACA-T-------CA----TC-CTT---------A-T--ACT--C--TGC------AA---GTGTT-----------GAGTCTT------G-C-TGCA------TC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T-GTT---A-GC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAAGT--------AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTT------CGC----TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-G-AGC--TTC---T-GATAAACGTATAC--------------------A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATC-AAT-AAT----TTT-CAA-GG-----------TTT-TTC--G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-T---TC-AAAG-AA-AATTTN---------------AAT----A---T--AT---GAAGTC--ACAGACT-T-TAAGCATC--AA--GGAAC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------ATC---TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGATAG-------T--TCATC-----------ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-CA---AGTCTTCTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1 111 1 11 11 11 333 111 111 1 11 111 1111 22222222 11 111111 3333333333333333 111 11111 2222 111 1111 1111111 222222222 1111 1 11111111111 2222222 2222222222222 1111111 22222222 1111 11 1 111 111 1111111 11111 111 2222222222 11111 11 11 11111 4444444444444444444444444444444444 11111 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 111 1111111 111 1111 111 2222222222 222222222222 1111 1111 2222222
lowQualScore : 5 5 4 5 5 5 5 5 5 6 8 00000 0 3 6 666 8 6 0 11 11 8 8 11 8 000 88 111 5 111 1 0 22 55 6 5 0 000 77 0000 77 77 5 11111111 00 666666 5 7777777777777777 0 5 5 5 5 222 8 66 66 777 4 3 4 99999 1 66 4 1111 222 33 4 2222 777 6666666 5 777777777 0000 0 33333333333 5 66 4 88888 0000000 888 3333333333333 1111111 5 5 00000000 4444 55 33 5 5 3 777 000 5 77 5 66 5 66 5 66 6666666 66 77777 5 000 5 5 5 1 3333333333 5 5 5 5 0 5 5 66 8 1 8 4 66 4 66 66 88888 66 00 4 22 4 4 888888 8 4 2 66 4 4 4 4 4 11111 4 4 4 4 777 4 66 4 4 666 8 5 0000000000000000000000000000000000 4 4 4 0 4 4 4 66 3 11111 3 4 4 3333 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 8 4 11111 777 3 11 8888 4 4 55 3 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 9999999999 9999 3 6666 222 44 8888 3333333 8888 4 55 555 99 4444 111 4 4 55 4 777 777 4 66 8 6666666666 66 444444444444 4 5 5 66 66 1111 888 5 66 66 77 777 3333 4 4 1 4 7777777 5 5 5 9999
lowQualScore : . . . . . . . . . . . ..... . . . ... . . . .. .. . . .. . ... .. ... . ... . . .. .. . . . ... .. .... .. .. . ........ .. ...... . ................ . . . . . ... . .. .. ... . . . ..... . .. . .... ... .. . .... ... ....... . ......... .... . ........... . .. . ..... ....... ... ............. ....... . . ........ .... .. .. . . . ... ... . .. . .. . .. . .. ....... .. ..... . ... . . . . .......... . . . . . . . .. . . . . .. . .. .. ..... .. .. . .. . . ...... . . . .. . . . . . ..... . . . . ... . .. . . ... . . .................................. . . . . . . . .. . ..... . . . .... . ....................................................................................................................... .. . . ..... ... . .. .... . . .. . .. ............................................................................................................................. . .......... .... . .... ... .. .... ....... .... . .. ... .. .... ... . . .. . ... ... . .. . .......... .. ............ . . . .. .. .... ... . .. .. .. ... .... . . . . ....... . . . ....
lowQualScore : 7 7 0 7 7 4 7 7 7 7 0 00000 8 2 0 000 0 0 8 00 44 0 0 00 0 000 88 000 6 222 0 6 00 00 7 7 4 000 99 7777 99 99 7 00000000 44 444444 7 9999999999999999 4 7 7 7 7 999 9 11 11 888 4 9 4 44444 9 11 4 2222 222 88 4 7777 888 5555555 0 888888888 6666 0 22222222222 0 99 2 99999 6666666 888 0000000000000 8888888 0 0 88888888 0000 22 88 0 0 9 555 000 7 99 0 99 0 99 0 99 8888888 99 55555 7 000 0 0 0 4 4444444444 0 0 0 0 1 0 0 11 9 9 9 4 11 4 11 11 99999 11 66 4 44 4 4 777777 9 4 2 11 4 4 4 4 4 11111 4 4 8 4 888 4 11 4 4 222 9 0 0000000000000000000000000000000000 4 4 4 1 6 4 4 11 4 11111 4 4 4 9999 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 0 0 33333 000 0 00 5555 0 0 00 6 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 5555555555 5555 6 3333 555 77 5555 9999999 5555 0 55 000 55 0000 000 0 0 55 4 888 888 4 11 9 6666666666 11 666666666666 4 0 0 00 99 1111 888 0 99 11 11 888 9999 4 4 7 4 2222222 0 0 0 0000
consensus : TCACGGGCA-CA-CNT-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATC-TTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAAAGT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT--A-GAGGAAC-T--GTAG-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C--TT---TTCG-TT-TG-GCCCA---TTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T--G---TT--AGC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTTC--GC-----TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-GA-G-C-TTCT-G-AT-T----A-AA---C---GT-AT-----A---C--A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATCAA-T-AAT----TTTCAA-GG--------------TTT-TTC------G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-------------T---TC---AAAG----------------------AAAATTTT-AA-T-A---T-AT---GAAATC--ACAGA----CT-T-TAAGCATC--A-A--GGA-------------------------AC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
Reference ( family-6687 ) : TCACGGGCA-CA-CCT-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATC-TTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---GTCCTTTCCA-G-CAACCTTCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGG-CACG-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT--A-GAGGAAC-T--GTAT-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C--TT---TTCG-TT-TG-GCCCA---TTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGC------ATC--C-CCTC-CTT--CTTGT-ATT-GCTATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T--G---TT--AGC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTTC--GC-----TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-GA-G-C-TTCT-G-AT------A-AA---C---GT-AT-----A---C--A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCCGA-----AAATCAA-T-AAT----TTTCAA-GG--------------TTT-TTC------G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-------------T---TC---AAAG----------------------AAAATTTN-AA-T-A---T-AT---GAAGTC--ACAGA----CT-T-TAAGCATC--A-A--GGA-------------------------AC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-NTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|1 : TCACGGGC--CA-TGT-CTT-TAAAAT-CAGTTGGATGT-TTCAGTG-TTTGCATGTTGG-GAATATTTGA-CATG-GCAA-GT-C----TAATTTT-CA-CA--TCT--CGA-G-C--ATG-TCC---ATCTTT--CA-G-CAATCT-CTG-----AAGAATTAACC--AG-CACG-AATT---CAGACC-C--TTAATTT--A-GAGAGAC-T--GTAG-ACCACTTAA-TGT----------------GAG-TTTA-TG-TT-TGTTTTT-T-TTTT-T--TAT--ATCATGTC-AATCAAA-TTAT---CCATC--CA-TT-TCATTA--TTAG-TT----GCCCA---TTTCCC-----T-C-ACA-T-------TAGAGCTC-C-TATAT-----A-T--ATT--C--TGAC-----AAAGAGTGAGGTCCT------GAGTCTGTCT---G-C-TG--------TC--C-CCTC-TCTACCTTGT-ATTTGCTATAACGAGG---ATA-AAGT-CG--A-C--G-C--A---TTTAAGCCAAA-----TTTT---T---AAA-TGT-GCAGA----ACGCAGAAA-CTTCGAGTTCAT-ATA-AGAAT-AACACCGATACATTTA-CA-A--TT-TTCT--GTTTCAGCACTTATT--GT--T-TTGCTAAG-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-ATGGGCATT--CAACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCTGGGATACAATTTTGTTCTC---TTAGTTT--GCG--GA-G---TTCT-G-ATATA---A-AA---CACGAT-AT-----T---CCAA-GT-ACAAACTTTC-GCATACAGTGTCGA-----AAA-CAA-TGAAT----TTTCAATGG--------------TTTATTT------G----TTGTT-----TC----------------A---GC----A-------------TTTATC---AAAG----------------------AATATTT
gi|1 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgaAAGCACC--A-A--G-A-------------------------AG--T--------------T--------------T-------------------------AC-----------TT-------------------------TTGAGT----------AT-TGTTCACA--GACTC---TGGA-TCCTGT-----TC-A-----TCTTTGTCACATA-C--A---GCATTTCAAG--CCAC--AGCAAA--CGA-TAG--TGGGG---AG---TGT--CT-AGGATT-AGTGT-T--TCAT---------CAGACAATC-T-CT-ATAT---TC-GT-T---G-C--A--AGCG-ACGAGGAATGCAATTAGCGTCT-TTGATAGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C----AGTCGTCttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaaagcaccaagaagtttacttttgagtattgttcacagactctggatcctgttcatctttgtcacatacagcatttcaagccacagcaaacgatagtggggagtgtctaggattagtgtttcatcagacaatctctatattcgttgcaagcgacgaggaatgcaattagcgtctttgatagggtatttaaagccttgcagtcgtc
gi|10 : atcaacaaaaacgataacataattatgatcaaagaaatctggctaacttcattcacgttgaaaatctaaagcttggaagtatttctccctgcaatctacattctatcaaagctgcatggacaatccgggagataacattttcatgaatgatgaaatttagaatgtatagagtgttattgattggatatcccttcctcgtaaacaacatcgtaggaatggataacgcgtacagcaagacataaatgtctcatctgtagtgaatattaattgaattttgagtctgatcacgggccatgtctttaaaatcagttggatgtttcagtgtttgcatgttgggaatatttgacatggcaagtctaattttcacatctcgagcatgtccatctttcagcaatctctgaagaattaaccagcacgaattcagacccttaatttagagagactgtagaccacttaatgtgagtttatgtttgttttttttttttatatcatgtcaatcaaattatccatccatttcattattagttgcccatttccctcacattagagctcctatatatattctgacaaagagtgaggtcctgagtctgtctgctgtcccctctctaccttgtatttgctataacgaggataaagtcgacgcatttaagccaaatttttaaatgtgcagaacgcagaaacttcgagttcatataagaataacaccgatacatttacaattttctgtttcagcacttattgttttgctaaggtctcctagcttctcaatatgggcattcaactttgaagacgatctggagctctgggatacaattttgttctcttagtttgcggagttctgatataaaacacgatattccaagtacaaactttcgcatacagtgtcgaaaacaatgaattttcaatggtttatttgttgtttcagcatttatcaaagaatatttttatttcaggaaaaacttttaactatacacatgaattacatagcaggctttagccatagcaaaaagaaagtatccatgaccaTCGCGGGCA-CA-CTT-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATC-TTTGCATGTTGG-GA-----TGAA-ATGTGCAA-GT-C-CTCTA-TTTT-CAACA--TC-TGCGA-G-C--ATG-TCCA--GTCCTTTCCA-C-CAATCTTCTGG-AAGAAG------TTCCGG-CACA-ATTT---CAG--C-C--TT--TTT--A-GAGGAA--T--GTAG-AT------A-TGTGTATTTGTAGATATTTGTA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-GTTT-T--TAT--ATC---TT-CATCAAG-TT-T---CCCTC--CA-CT-C--GT---TTTG-TT-T--GCCCA---TTTCCC---
gi|11 : tgaaataacatggtttatccataatgataaaccggcattaattaaattttcagcctgaTCACGGGCA-CA-TGT-CTT-TAAAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAGT
gi|14 : acatatcaaacaaaaacataacataattatgacaaagaatcatgctaacttcattcacgtgaatctaaagcttggaagtattttcctgcaatctacatttctttcaaagctgatggacaccgatacacattttcattgatgaatttagaatgtatcgagtgttttgattggatatccctctcttcgtaaacaacatcgtaggaaggataacgcgtacagaaataatgtctcatctgtaggtgaatattaattgaattttgagtctgaA-T-A---T-AT---GAAGTC--ACAGA----CT-T-TAAGTATC--A-A--AGA-------------------------AC--T--------------T--------------T------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--atc
gi|14 : --AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcattggatgcaatttctttgaagtgtata
gi|16 : atatatgaagtcacagactttaagtatcaaagaacttttaatccacttttgatatctccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-T-T-GGAAA----GT----AAA-TT-CGAGTTCAA-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTTC--GT-----TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCA-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-GA-G-C-GTCT-
gi|17 : atatttgcatg-------------T---TC---AAAG----------------------AAAATTTT-AAAT-A---A-AT---GAATTC--ACAGA----TT-T-CAAGTATC--G-A--GGA-------------------------AC--TTCTGCAACCAAACCT--------------T------------TAAT--T----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C-----------CTC---AGG---C---------TC-A-----TATTTGTC----G-C--A---GC--TTCA----TCA---AGCACA-CCAA-TAG--tgtgatgtactgatataacgtt
gi|18 : -GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TTCTGA-----AAATCCA-T-AAT----GTTTAA-GG--------------CTT-C-------------TT-TT-----TC----------------A---A----------------------------AGAA----------------------AAATTTTA-AA-T-A---A-AT---GAATTC--ACAAT----CT-TCCAAGTATC--G-A--GGA-------------------------AC--T--------------T--------------
gi|19 : TCACGGGCA-CA-CCT-CTA-CATAAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATA-TTTGCATGTTGcgcaaccaaacctttaatcact
gi|2 : gaacatcgaaggagggataatgcgtgcagatataatgtctcatctgtcgctgaatattgaattttcagtctgaG-CACG-AATT---TAG--C-CAATT--ATT--A-GAGGGAC-T--GTAG-AT------ACTGT----------------GTAATTTG-AG-TG--ACATA----GTTC-TAATATGAATC---TA-CATCAAA--------CCGTC--CA-TT-C--TT---T-CG-TT-TG-CCGCAATATTTCCCCGAGCTCT-ACA-TATCAAAGCA----TC-CCT---T-----T-T--ATT--T--TG-CTTCTAAG---GTG-----TT------GAGTCT---TCTTG-CCTGC-------TC--G-CCCC-CTT--CTTGT-AAT-GTGATAG---AGAGTTTA-A--T-CT--AGT--A-T--GCTGTT--AGC--AAA----TTTTCT-T---AAA-T-TTGCAAC----GG----AAA-CT-TGAGTTCAT-T-C-AGA-T-AA-AC--AT-CTTCTA-GC-A--TT-TTCT--GTTC--GCCGT--TT--GGG-T-TTGATAA--GCCTCCTCA-G--C----CTCAATTAT-GGTTTT--C-ACTTT-GAAGACTGATCT-GGAAG-----CTCT-GGCTAC-ATTTTG-TCTC---CTTA-TT--TCGA-GAAG-C-TTCT-G-AT------T-AA---C----C-AT-----ATCTC--A-GT-AC-AGGATTA-GCAC-C--TGTGAA-----AAATCAAAT-AATG---TTTCAA-GGCTTCCTTGTTT---TTT-TCC------A----TT-TT-----TCTAAACAGAACTTT---A---A-----A-------------T---TCT--CAAG----------------------AAAATTTATAA-T-A---T-ATATGGAAATT--ACAGA----CT-T-AAAGCATC--A-A--AGG-------------------------ACCAT--------------T--------------TCACG--------TAAC--C----CAAC-----------TTATTATAGCATTGTTAAGTACCACTTTTGA-T----------AT-TA-CC-CA--TACTCCATGCGATTCCTGTGAATATCAA-----TTTTTGT-----A-A--A---GCT-TTCA----TCATATAGCAAA-CC-A-CAGGTT-GTTCGAAG---T-TTGCT-GAA--C-GA----T--TCATGAGATAAGAC--A-AA-C-T-CT-GTGT--ATA-TA-TACAG-C--CGAAGCATTT---GAATGCAAAT----TGTCTTAA-AGTGT-TTA---A--AAAGCT-GT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|20 : catatctgaacggatattcctcacctacaaacagtctttccttgaaagattgtaccatT-T--TAT--ATT---TT-CATAAAA-TT------CTTC--CA-TTGC--TT---TTAG-GT-TT-GCCCA---TTTCCC---ACC-TGACAGC-------CA----TCTC-T---T-----A-T--ATT--A--CG-C-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAA---aacttggattgcatggctcactttctccacaacttgaattgggattgtagatagatttgaataatcagaattacagaattctttctaatattcataatgctccatttcccgcgagtaataactagttcaaacctcattcagaggaatttcttcaagcgaaatagtctggtattcgatgggatttcctgagactttatatcagcccaaacgtgcaatagggtttctctcctggcaccatcttacctaattattcaagattgtggttcattcacgaaggcacttgcactatatgaaggataaaata
gi|22 : AAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-AA--GACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----ACC--AT--GC--T--------CA---TG-AAA-GCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--A-AG----T--TCA-------------ACAA-
gi|3 : TCAAGGGCAACA-CTT-CTA-CATAATACAGTTCAGT-T-TC-AATC-TCTGCATGCTGG--A-----T-AACATGCACAAAGTACACTCTA-CTTTACAACAAATCTTGCGAAG-CCGATGCTCCTCAGTCCTTCCCAAG-CCACCTTCTAGTGTAAAGAAAAAACC--GG-CACA-AGTTTGCCAG--CTC--TT--TTTGTA-GAGGAGC-TAAGTAT-AT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TTGTACATGT---GTTTAT--TAT--ATC---TTTCATCAAAATT-T---CCCTCTCCATCT-C--TT---T-CG-TTCTA-GCCCA---TTTCCCC--ACTAT-A-A-T-------CA----TC-C-T---T-----AGT--ACT--CCTTG-G-----CA---GTG-----T-------AAGTCT---A---G-T-TGC------ATCAAC-CCT---TT--CTTGCCATT-TGTA-AA---AG---TTA-A--TACT--A-C--AATAGG---TT--AGC--AA-----TTTTCT-TTACAAT-T-T-GTAAA----GT----AAA-CT-CGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--ATCCTTCTAGCA-A--TT-CTCT--GTTC--GT-----TT--GG--G-TTGATAAATGTCTCC-CA-G--CT--TCTCAATAAT-GGATTTTGC-ACTTTCTAAGAC-GATCTCGGA-GTTAACCTCT--GATAC-A-TTTG-TCTCGGATTAG-TT--GCGA-GA-GAC-TTCTGG-AT------A-AAAACT---GTAAT-----A---T--A-GT-AC-AACTTTATGCAC-C--TGCCTG-----AAATC-A-T-AAT----TTCCCA-GA--------------TTT-TTT------GTTGTTT-TT-----CC----------------A---A-----AT------------T---TC---AAAG----------------------ACAATTTT-AA-T-ATGCT-AT---GAAGGCCAACAGA----CT-T-TATTAATC--A-AAGGGG-------------------------AC--T--------------T--------------G------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-TG---------AT-C--TC-CAGCT-CTC---AG---TCCTGTG----TCTA-----TCTTTGTC----A-CTAG---GC--TTCATCATCCG---ACCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CTAAGA--TCAGTTCAT--TCAT---------C--ACAA-CGTGTT-AAAT--ATC-TCTT---GCC--C--AGCA-TT---GGAT-CAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA--TA--AAAGCCTTT-G-C-A--AGtgtttttcaatat
gi|4 : cttatACG-AATT---CAG--C----TT--TTT--A-GAT--ACAT--GTCG-AT------A-TGT----------------GTA-TTTGCAG-TT-TACATGTATAGTTT-T--TAT--ATC---TT-CATAAAA-TT-GAAATCTTC--CA-TTTC--TTGGTTTTGATT-CG-GTCC-----TTACC---ACT-T-ATA-CAGG----CA----TC-CGT---TGATGAA-T--A-T--C--TGTC-----AA---GTG-----TTAATGCGGAAT-T---T---G-C-TGCCTTTTAATC--C-TCTCACTTATCTTGT-AT--G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-TCAA-T--G---T---AGC--AA-----CATTCTCT---AAA-T-T-GAGAACTCAGT----AAAATT-CGAGT-CAC-TTCCAGACTGAA-AC--AT-CT-CTA-CACA--TTACTCT--GT-C--GC-----TTCTGC--TATTGATAAA-GTCCCC-CA-G--CTGTCCTCAAT-AT-GCCTTT--C-ACTTT-GAAGAC-TGT-T-GGA-G-----CTC---GATAC-CATTTG-TCTC---TTAG-TTTAGCGA--A-G-C-TTCT-GGATCTACTGA-TA---C---GT-TT-----C---C--A-GTCAC-AACTT-A-G-AC-C--TGCTGA-----AAATCAA-T-AATGTTGTTTAAA-AGGCTTATTCTTGTTTTTT-TTCCATTTTG----TT-CT-----CT----------------A---A-----AATAATAATTTAATT---TCCAGAGAG----------------------AAAATTTT-TA-T-A---TCAT---GACATTTGACGGGTGTGCT-T-TCAGCATC--ATA--GGAGAGACCTAACAAACAAATACATTATAC--A--------------T--------------T------------TAATTCC----C-CC-----------TT-------------------------TTGAAT----------AT-T--CT-CA--TACTC---AGGC-TCACGTG----TC-AGTAGATCTT-G-C----A-C--AT--GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAAACAG--T-GTC---AG---T-T--CCCAGA--T-AG----CACTCAT---------T---CAA-C-T-CT-CTACTAATC-GT-T---G-C--C--GAGA-CT---GGATGCAATT----CAT-TTGA-AGGAT-ATA--TAGTGAAGCC-CT-GACAA--AGTCT
gi|5 : aaagaggtccagaTCACGGGCA-CA-CTTGCTAACATAAT--AGTTGAGT-TGTCCAATC-TCTGCATGCTGGTGA-----TGAACATGCACAAAGT-C-CTCTA-TTTTTCAACA--TCT-GCGA-GGC--ATG-TCCC--GTCCTTTCCA-G-CAACCTGCTGG-GAAAAGAAAAAACCCGGGACACATAGTT---CAG--C-C--TT--TTT--AAGAGCA-------TAT-AT------A-TGT----------------GCA-TT-G-AGATT-TACATGT-T-GTTTAT--TAT--ATC---TT-CATCAAA-TT-T---CCCTC--CA-CT-C--TT---TTCG-TT-TGTGCCCA---TTTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-T--ACT--C--TG-C-----AA---GTG-----TT------AAGTCT---T---A-C-TGC------ATC--T-CCTT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TTA-A--T-CT--A-C--A-T--GT--TT--AGC--AA-----TTTTCT-T---AAA-T-T-GGAAA----GT----AAA-CT-CGA-TTCAT-TTC-AGAAT-AG-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTTC--GT-----TT--GG--T-TTGATAAA-GTCTCC-CATG--C---TCTCAAT-AT-GGA-TT--C-ACTTT-TAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-A-TTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-GA-G-C-TTCT-G-AT------A-AA---C---GT-AT-----A---T--A-GT-AC-AA----A---AC-C--TGCTGA-----AAATCGA-T-AAT----TTCCCA-G-------------------TTC------G----TT-TT-----TC----------------A---A-----A-------------T---TC---AAAG----------------------ACAATTTA-AA-T-A---T-AT---TAAGTC--ACAGA----CT-T-TAAGTATC--A-A--AGA-------------------------AC--T--------------T--------------T------------TAA---C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--GCCTC---AGGA-TCCTGTG----TC-------TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---TGCAAA-CCAA-TAG--T-G-C---A----T-T--CT-AAA--C-------T--TCAT---------C--ACAA-C-T-TT-AAAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATACAATT----TCT-TTGA-AGTGT-AT---T---AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|6 : -T--TAT--ATT---TT-CAT-AAA-TT-----CTATC--CA-TTGCG-TT---TTAG-GT-TT-GCCCA---TTTCCC---A---T-ACA-G-------CC----TCTC-T---T-----A-T--ATTAAC--TGGC-----AA---GTG-----TT------GAGTCT---T---G-C-TGT------CTC--CTCCTC-TCT--CTTGT-ATT-GCTATAATGAGG---TTAGA--T-CT--A-C--A-T--G---GT--AGC--AAAATAGTCTTCT-T---AAAAT-T-GCAAA-----C----GAA-TT-TGATTTCATATTC-AGAA--AA-AC--AT-CT-CTAGCA-A--TC-CT----GTTC--GC-----TT--GTACT-CTGATAAATGTCTCC-CA-AGTTT--TCTCA-T-AT-GGTTTC--A-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-A-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCT----TTAG-TT--GCGACGA-G-CATTCTAG-ATGT----A-AA---T---GT-TT-----A---T--C-AT--C-AACTT-A-GCAC-C--TGCTGAGATAGAAGTCAA-T-AAT----TTTAAA-GG--------------TTTACTT------G----TT-TTCTTTCTC----------------ATTTACCTTTA-------------T---TC---AAAGCAATAATTTATGATACAGAAGTAAAATTTT-AA-T-T---A-AT---GAAATT--TCAGG----CTAT-TAAGCATCATA-A--GGA-------------------------AG--T--------------T--------------TCCTA--------TGAC--CTCCTC-ACTATATTACAATTT-------------------------TTAA-TCCACTTTTGCATAT--TC-CA--TATTCAT-AGGA-TCCTGTG----TC-A-----T-TTTGTC----A-C--AATTGC--TTCA----CCA---AGCAAAGCAAA-AAG--T-GTC---AAGATT-T--CT-AGAG-T-AGA---T--TCATTA-------C--ACAA-C-T-GTCTTAT--ATCGTT-T---G-CATC--AGCA--T---GGATGCAATTA---TCT-TTGA-AGGGTAATAATTA--AAAGTC-TTAG-C-AATAGTCTTCTC
gi|7 : --AT-CTTCAT-CA-AGTTT-CCCTCCACTC--GT-----TT--TG--T-TTGCCCA---TTTCC-C------T--TCTCAAT-GT-GGCTTT--C-ACTGT-AAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCAA-GA-A-C-TTCT-G-AT------ATAA---C---GT-ATCCAGTA---C--ATGT-AC-AATTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATCC--C-AGT----TTTCTT-GG--------------TTT-TTC----------------------C----------------A---A-----T-------------T---TC---AAAG----------------------AAAATTTT-AAAT-A---T-AT---GAAATC--ACAGA-----------AGTATC--A-A--GGA-------------------------AC--T--------------TCCGCAGCCAAACATT------------TAAT--C----C-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-C--TC-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----TCA---CGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ATAA-C-T-CT-TTAT--ATC-TC-T---G-C--C--AGCA-TT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGTGT-ATA---A--AAAGTC-TT-G-C-A--AGTCTTCTC
gi|8 : tTCACGGGCA-CACCCT-CTA-CA-AAT-CAGTTGAGT-T-TCCAATCTTTTGCATGCTGG-GA-----TGAACATGCACAA-GT---CTCTA-TTTT-CAACA--TCTTGCGA-G-C--ATG-TCC---ATCCTTT-CA-GCCAACCTTCT-G-GAAAAG-AAAAACCCGGG-CA-A-AGTT---CAG--C-C--TT--TTT--A-GATG--C-T--GTATCAT------A-TGT----------------GCA-TTTG-AG-TT-TACATGT-T-CGTT-T--TAT--GAT---TT-CATAAAA-AT-T---TCCTC--CA-CT----TT---TTCG-TT-TG-GCCCA----TTCCC---ACT-T-ACA-T-------CA----TC-C-T---T-----A-TTAACT--C--TA-C-----AC---GTG------T------AAGTCT---T---GCC-TGC------ATC--T-CCCT-CTT--CTTGC-ATT-G-TATAA---AG---TT--A--T-CTACA-C--A-T--G---TTA-AGC--AA-----CTTTCaacttgggtcgcagtgcgctcactttctccacaactttgaattttgattgtggtagatatttaaatccataatgcccaagttttttttttcaataattcataatgtccatttttcagaaattcatcactccttataactatttcaacctcatccggatgatattatttcgaggaaattgtttggaggatattctgttttcagcagacatcttaatgcaatttcgaagggtctc
gi|9 : aattaaaaaaaatgatattaatataattagcagatgcccaaattaaatattcatgcaaccctaatttcacttgaatctaaagctgcgtaagtgttttccttcaaatcttcatttcttttaaagctttggacatgacacattttcattgattgaatttagaagtctcgaggagttttttgaatggaaaatccttctcttcctgaggaacatcgttggagggataatgcgtgcgtaatgtctcattcttgtcgtgaatattaattgaatttcagcttga-CT--A-C--A-T--G---TT--AGC--AA-----ATTTCT-T---AAA-T-T-GCAAA----CG----AAA-CT-TGAGTTCAT-TTC-AGAAT-AA-AC--AT-CTTCTA-CA-A--TT-CTCT--GTTC--GC-----TT--TG--T-TTGATAAA-GTCTCC-TA-G--CT--TCTCAAT-AT-GGCATT--C-ACTTT-GAAGAC-GATCT-GGA-G-----CTCT-GGATAC-ATTTTG-TCTC---TTAG-TT--GCGA-GA-G-T-TTCT-G-AT------ATAA---C---GT-AT-----C---C--A-GT-AC-AACTTTA-GCAC-C--TGCTGA-----AAATCAA-T-AAT----TTTCAA-GG--------------TTT-CTT------G----TT-TT-----TCCATTTTTCAAAGAATAATTTA-----A-------------T---TC---AGAG----------------------AAAATTTT-AA-TTA---C-AT---GAAATT--ACAGG----CT-T-TAAGCATC--A-A--CGA-------------------------AG--T--------------T--------------CCATGACCAAACATAAT--T----T-AC-----------TT-------------------------TTGA-T----------AT-T--CA-CA--TACTC---AGGA-TCCTGTG----TC-A-----TCTTTGTC----A-C--A---GC--TTCA----CCA---AGCAAA-CCAA-TAG--T-GTC---AG---T-T--CT-AGA--T-AG----T--TCAT---------C--ACAA-C-T-CT-CTAT--ATC-GT-T---G-C--C--AGCA-CT---GGATGCAATT----TCT-TTGA-AGGGT-AT---TT--AAAGCC-TT-G-C-A--AGTCTTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGTTTTTCAATATTCATAATGTGCATTTTTCAGAAATCCATCACTCCTTATAACTACTTCAACCTCATCAGGATGCCATTTTTCAAGGAAATTGTAGTCTTGGGGATATTCTGTGTTCAGCAGACATCTTAATGCAACTCCAAATGGTGCAAGGGTTGTCTTCTGCGCCATTACAAATCCTAGCGTGTCTCTTCACGAGGACATGTATATAACAATTATAGAATAT
Unaligned ( gi|13 ): CTTGATCGCAGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTTGGATTGTGATAGATGTTTAAATTCATAATGCAATTTTCTTTTCATTGATTCATAATGTCAATTTTAAAAAAAAAAGAAGAAATTTCATCACTCCTTATTAACTATTCTGTTTTCAGCAGATATCTTAATGTAACTTCAAGTGTTGTCTCTCCTACGCCATTACAAATTCTTGCGTGTC
Unaligned ( gi|15 ): AGTGTGCTCACTTTCTCCACAACTTTGAATTGGGATTGAGATAGATTTGAAAATCAGAATTTACGAAATTCTTTTGAATAATTCATAATGTCCATTTTGTTTCAGAAGCTAACTAGTTAAACCTCATCAGGATGAATTTCGTCAAGGAAATTGTATTCGTGGGGATATTCTGTCTTAATGCAGCTCCAAAGAGTG
Unaligned ( gi|21 ): TTCATTTGCTTCACTTGATCGCAGTGTGGCTCACTTTCTCCACAACTTTTGTGATTTGGATTCGTTGATTAGATGTTTAAATTTCGATGATGCCCAATTTTCTTTCAATGATTCATAATGT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTCTGTTTCAGCAGACATCTAATACAACTCCAAAGGGTGCGCATGGTTGTCTCTCCGCATTCTTACCAATTATTGCGTGTC