lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444 2222222222222222222222222222222222222222 22 5555555555 11 333333333 333333 1 1 1 1 111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 6 444444444444 2 3 2 66 2 2222222222222222222222222222222222222222 33 7777777777 11 0 999999999 6 3 3 2 333333 0 3 7 33 0 777 666 2 3 5 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 2 0 5 666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 4 44444444 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : . ............ . . . .. . ........................................ .. .......... .. . ......... . . . . ...... . . . .. . ... ... . . . . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . . ................................................ ..... . ........ . ........................................................................................
lowQualScore : 0 000000000000 0 2 2 55 0 6666666666666666666666666666666666666666 22 0000000000 00 8 444444444 0 2 2 2 888888 0 3 3 22 0 555 222 2 8 4 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 0 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333 00000 3 22222222 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGCGAAAAG-CCAGATCTAAAGTAGAACCATNNATC-T-TTNTTGA-------TAACAC----------TTA-ATCCAAGTGAGAACAAGTC-TTAT-TTG-AAG--CTGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATCATT--TT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAANGGAAGGTCAAGGTCAGAAA--------------ATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TAT--T-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AA---------NA-----A-A--------A------ATTGT----AAT---T-GCTTTGAAACTGAGCTAA----AACACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCA--AA-GC-AAATG-T--GGTCA-------AAA---AC-ATTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACCAA-ATGATATGTATCG----GC---ATATAAGAT---TT-------G------------------A-TA-------T----T------TTCTTTTGAAACTGA-GCTAAA-------CGT--CAG----------CG---TG--ACGG----AA----GGACAGA----AGGACGGAAG--------ACGGACATGACAAACA--CTATA---TG-N------CATGT-NTATGACCGGNCAT----ATTAAAGCTCATGNCCNTGNTGTAACGANGTATACCANNGNGTTTTGTTTAT
Reference ( gi|1 ) : TGACTGAATCAGTTCATTACAAAAAA-CCAAGTCCAAGGTAGAACTATAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACAT-CTTATCAGTTTAAATCCAAGTGAGAATGAGTCCTTAT-T---AAG--CTGTCT--C--ACA-GACGAATTTCTTCCTAAATTACG--TT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAA--------------ATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TAT--T-----CAGTGTAAGAGTTTCCATGAA---------GA-----A-A--------A------ATTG-----------T-GCTTTGAAACCGAGCTAATT--GGCACCAAA-TACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCA--AA-GTTAAATT-TCGGATCA-------AAAT--AC-ATTGA-TGCAGTTGA-ATAAAAGTCGCCAA-ATGATATGGATCG----GC---ATATAAGGT---TT-------G------------------A-TA-------T----T------TTCTTTTGAAACTGA-GCTAAA-------TGTT-CAA----------TG---CG--ATGG----AA----GGACAGA----AGGATGGAAG--------ACAGACATGACAAATA--ATATA---TGTA------CATGT-ATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA---ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGCAAA------------AAGATTAA--TATACATC-T-TT---GA-------TGGCAT--------GTTTAAATACAAGTGAGAAAAAGTCGTTTT-TTG-AAG--CTGTCT--GGAATA-AATTAATTTCTTCCTATACCATT--TTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAA--------------GTA-------ATGTCACAGT---------------CAG--C-------CAC--T-----TGGTACA--ACTTTTCATGAA---------AA-----A-AT-------ATTAAATATTGTAAATAAT---T-GCTTTGAAACCGAGCTAAT-----CA--AAA-TGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAA
gi|3 : agAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCCTCAATC-----ATTGG--TTTTTTAAC-------------------CAAGTGAGAACAAATC--TAT-TTGAAAG--CTG-------------ATGAATTTCTTCCTGAATCATT--TT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAA--------------ATA-------ATGCCAATGTT----------G-AATATTAGCTACAGCTAT--TTGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-------------------A-A--------A------ATTGTTGTCAATAGTT-GCTTTGAAACTGA---------AGCACCAAA-TGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCA--AA-G-GAAATG-TC--ATTAACAAGGTAAATAAAC-ACTGT-TGCAGTTGA-AT---AGCTGTC-A-TTAATAGGTATTG----GCAT-ATATAAGAT---TTTTAAAAAG------------------A-T-----------------------CTTTGAAGCCGA-GTTGAA-------Ttgaatagatgtcaccaatagg
gi|5 : TTGCAAAAAG-TCAGATCTAAAGTAGAACCATAAATCGTGTTTTTGAac
gi|2 : AAAGTAGAACCACTCACT-T-TGCTTAA--------AACACGCTT-TC---TTATATCCAAGTGAGAA-AAATC--TATCT---AAAACCTGTCTG-C--ATATGATGA--TTGTTCCTGAATC-CGCCTT-AAATACCAGAATA-GAAATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAA--------------ATACTTGACAATCTAATAATT----------TCAATAT--A-------TAT---------AGTGTAAGCATTTTCAT--A---------CA-----A-ACTTTGTTCA------ATGG-----------TTGCTTTGAAAGTGAGCTAA-----ACACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAGGAATGCTAA-------GGTCA-------AAA---ACTATTGAATGCAGTTGGGATAGATGTTAGCAATATG-TATAGCTCGTGAAGTTTGATA-AAGATATCTT-------GGA----------------A-TA-------G----T------TTCTTT-GAAACTGA-GCTAAA-------CA---CAA----------TGTTTTG--GCGA----AA----GGAGAGA----CGGAaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|12 : ttCCAAGTGAGAACAGGTCTTT-T-TGA-AAG--CTTTTT--C--ACT-GA
gi|5 : ---AAG--CTGTCTTGC--ATA-GATGAATT-CTTCTCGAGTCATT--TT-GAATAatcacatgaatacctaa
gi|7 : ttgcaaaaagtcagatctaaagtagaaccataaatcgtgtttttgaATA-TGAGGT-CAA---GGTCAACGTAAATGATAAGGTCAAAAACATTGATGCAATTGATATAG----ATGTCAC--------------C-AATAT--G-------TATCAT-----CA-CGT-AGAGTTT-GATCAAAATATCTTTGA-----ATA--------T------ATT------------T-TCTTTGAAACTGAGCTAAgggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|5 : AGGGTCAAGGTAAGAAA--------------ATA-------ATGCCACAGTTGAATAGCTACT-AATAT--G-------TG---T-----CAGTGTAAGAATTAACATTAA---------TATTGTCA-A--------T------AGT------------T-GCTTTGAAACTAAGCTAAACAAAACACCAAA-TATG-------GAGGTC---AAAAC------------AT---------------------------TTGA-TGTAGTTGC-ATAGATGTCACC----T-ATATGTACCA----GC---Aacgcaaaggacagagccgtgatggacgaaagaagacaaggatggaagacagatatagcaaacactatactatccagccataaagtattcatggcgaggcatcaaaatgac
gi|7 : ttgcaaaaagtcagatctaaagtagaaccataaatcgtgtttttgaaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatATGAGGTC---AAGGTCA--AC-GT-AAATGATAAGGTCA-------AAA---AC-ATTGA-TGCAATTGATATAGATGTCACCA-----ATATGTATCA----TC---ACGTAGAGT---TT-------GATCAAAATATCTTTGAATA-TA-------T----T------TTC-TTTGAAACTGA-GCTAAA-------CG---CAAAGGACAGAGCCG---TG--ATGGACGAAA----GAAGACA----AGGATGGAAG--------ACAGATATAGCAAACA--CTATA---C-------------T-AT----CCAGCCAT----A
gi|6 : atGCATTTAA-ATTGATGTCAC----A-GATATGTATCA----GC---ATACAAGAT---TT-------G------------------A-TG-------TATAGT------TTCTTT-GAAACTAAAGCTAAA-------TGTG-AAG----------TG---TG--ATGG----AAAGACGGACAAA----CGGAGGGAAG--------AAGGACATGACAAACG--CTATA---TG-ACCCGGCCATGT-TTAGGACGGGGTATGATAATTAAAGCTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTATaagtattcatggcgaggcatcaaaatgac
gi|8 : TCA----GC---ATATATAGT---TT-------G------------------A-TAAAATATCT----TGGACAGTTTCTTTGAAACTGA-GCTAAACCAAAAGTGTGGCAG----------CA---GG--ACGG----AA----GGACAGA----AGGATGGATG--------ACGGACATGACAAACACTATATACCCTGAC------CATAT-TTATGACGAGGCA-----A--AAAA---ATGCCCATAA-GTAAC-ATGTATA--AATGA-TTTTAatatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|9 : tgtcagcaataggtatcagcaat---TT-------G------------------AATA-------G----T------TTCTTT-GAAACTGA-GCTAAA-------CG---CAA----------AG---TG---TG-------------ACAGA----AGGACAGAAG--------ACGGACATGACAAACA--CTATA---TGCC------CCTGTCATATcagt
gi|10 : cagcatataaagactcataaaaatatcTTGAA-TTGA-GCTCAA-------AGTA-AAG----------TG---TG--GCGG----AA----GGACAGATAGAAGGAAGGAAGTACGGACCACGGACATGACAAACA--CTATG---TGTtcatgaacagagcaaatgaa
gi|11 : GA-GCTAAA-------CA---CAA----------TG---TGTGACGA----AA----ATACAGA--------CGGAAT--------ACACACATGACAAA-A--AT--------TA------CATGC------CCCGGCCAA----ATcctggtcatattcatgacggacataaaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|15 ): GGACAGACGGAAATGACGAACACTATATGCCCCGGTCA
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 000000000000000000000000000000000000000000000 1111 222222222222 3333333333 111 1 2222222 6666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888888888888888888 3333333333 111 66666666666666666666 1 555555555 222222222222222222 1 777777777777777777777777777777777777777777 2 66666666666666666666666666666 111111111 11111 11111111 5555555555555555 2222222 333333 11111 11
lowQualScore : 2 000 4 2 3 22 3 111111111111111111111111111111111111111111111 6666 333333333333 6 6 0000000000 3 3 6 4 6 6 11 5 6 8 444 3 3 8 66 6666666 4444444444444444444444444444444444444 3 1 0 77777777777777777777777777777777777777 0 0000000000 8 3 0 111 99999999999999999999 6 8 8 8 1 111111111 888888888888888888 0 777777777777777777777777777777777777777777 1 4 00000000000000000000000000000 0 555555555 33333 4 5 88888888 7777777777777777 2 1 1 8888888 888888 1 11 99999 6 77 2 22 66
lowQualScore : . ... . . . .. . ............................................. .... ............ . . .......... . . . . . . .. . . . ... . . . .. ....... ..................................... . . . ...................................... . .......... . . . ... .................... . . . . . ......... .................. . .......................................... . . ............................. . ......... ..... . . ........ ................ . . . ....... ...... . .. ..... . .. . .. ..
lowQualScore : 0 555 2 5 8 00 8 333333333333333333333333333333333333333333333 8888 222222222222 7 7 7777777777 2 2 7 2 7 7 66 0 4 0 000 8 8 6 00 0000000 6666666666666666666666666666666666666 8 4 8 44444444444444444444444444444444444444 8 6666666666 0 8 6 777 88888888888888888888 7 0 0 0 4 000000000 222222222222222222 9 444444444444444444444444444444444444444444 6 4 55555555555555555555555555555 9 222222222 88888 0 0 11111111 5555555555555555 2 0 0 0000000 555555 0 77 77777 7 77 5 00 00
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGCAAAAA-GCCAAATCTAAAGTAGAACCATAAATC-T-TTNTTGA-------TAACA-CGC----TTAT--------A-TCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTNAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGT-AA---T--AGT---TGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TCA-------GGTCAA-AA-AC-ATTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACCAA-T--G-ATATGTA--T----CG----GC---ATATAAGAT---TT-------G--A-T------------------AN----TTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAAC-------G-T------CAA-G---CG---TGACGGA----A----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATA------T--CC-GG-CCATATTTATGACCGGNCAT----ATTAAAG--CTCATGACTTTAATGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
Reference ( family-6614 ) : NNNCTGAATCAGTTCATTGCGAAAA-GCCAGATCTAAAGTAGAACCATNNATC-T-TTNTTGA-------TAACA-C------TTA---------A-TCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAANGGAAGGTCAAGGTCAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTG-------T--AAT---TGCTTTGAAACTGAGCT----AA--AACACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-CAAATG-T---------GGTCAA-AA-AC-ATTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACCAAAT--G-ATATGTA--T----CG----GC---ATATAAGAT---TT-------G--A-T------------------AT----TTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAAC-------G-T------CA--G---CG---TGACGGA----A----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATA------T------G-NCATGTNTATGACCGGNCAT----ATTAAAG--CTCATGNCCNTGNTGTAACGANGTATACCANNGNGTTTTGTTTAT
gi|1 : CTGAATCAGTTCATTACAAAAA-ACCAAGTCCAAGGTAGAACTATAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACATC------TTATCAGTTTAAA-TCCAAGTGAGAAT---GAGTCCTTATT------AA-GC-TGTCT--C--ACA-GACGAATTTCTTCCTAAATT-ACGTT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTCCATGAAGA--AAA--------ATTG----------------TGCTTTGAAACCGAGCT----AATTGGCACCAAA-TACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCAAAGTTAAATT-TCG-------GATCAA-AATAC-ATTGA-TGCAGTTGA-ATAAAAGTCGCCAAAT--G-ATATGGA--T----CG----GC---ATATAAGGT---TT-------G--A-T------------------AT----TTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAAT-------GTT------CA--A---TG---CGATGGA----A----GGACAGA----AGGATGGA-AG--------ACAGACATGACAAATAATATA------T------GTACATGTATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA-----ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|10 : tgaTTGAA-TTGA-GCTCAAA-------G-T------AAA-G---TG---TGGCGGA----A----GGACAGATAGAAGGAAGGA-AGTACGGACCACGGACATGACAAACACTATG------TGTCCTGG-TCATATTCATGA-CGGACAT----A
gi|11 : GA-GCTAAAC-------A--------CAATG---TG---TGACGAA----A----ATACAGA--------CGGA-AT--------ACACACATGACAAAAATTACA------T------G-CCaaa
gi|12 : CCAAGTGAGAAC---AGGTC-TT-TTT---GAAA-GC-TTTTT--C--A----------------CTGAATC-A-CAT-GAATACCT-AAccggccaaatccatggcgtggcatat
gi|15 : GGACAG--------ACGGAAATGACGAACACTATA------T------G-CC
gi|2 : TAAAGTAGAACCACTCA-C-T-TTGCTTA-------AAACA-CGCTTTCTTAT--------A-TCCAAGTGAGAA----AAATC-T-ATCT---A-AA-ACCTGTCTG-C--ATATGATGA--TTGTTCCTGAATCCGCCTT-AAATACCAGAATAGA-AATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAAATACTTGACAATCTAATAATT----------TCAATAT--A-------TAT-------AGTGTAAGCATTTTCAT-A-CA--AAC--------TTTG-------TTCAATGGTTGCTTTGAAAGTGAGCT----AA--A-CACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAGG----AATG-CTAA------GGTCAA-AA-ACTATTGAATGCAGTTGGGATAGATGTTAGCAA-------TATGTA--TAGCTCGTGAAGTTTGATA-AAGATATCTT-------GGAA-T------------------AG----TTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAAC-------A--------CA--A---TGTTTTGGCGAA----A----GGAGAGA----CGGAccggtca
gi|3 : tAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCCTCAATC-----ATTGG-------T--TT-T------TTA---------A--CCAAGTGAGAAC---AAATC-T-ATTT---G-AAAGC-TG-------------ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAAATA-------ATGCCAATGTT----------G-AATATTAGCTACAGCTATTTGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-------AAA--------ATTGTTGTCAAT--AGT---TGCTTTGAAACTG---------A--AGCACCAAA-TGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCAAAG-GAAATG-TCATTAACAAGGTAAATAA-AC-ACTGT-TGCAGTTGA-ATAGCTGTCAT----T--A-ATAGGTA--T----TG----GCAT-ATATAAGAT---TTTTAAAAAG--A-T----------------------------CTTTGAAGCCGA-GTTGAA
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGCAAAAA-G----AT-TAA--------TATACATC-T-TT---GA-------TGGCA-TGT----TTA---------AATACAAGTGAGAAA---AAGTCGTTTTTT---G-AA-GC-TGTCT--GGAATA-AATTAATTTCTTCCTATACC-ATTTTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAAGTA-------ATGTCACAGT---------------CAG--C-------CACT-----TGGTACA--ACTTTTCAT-GAAA--AAATATTAAATATTGTAAA---T--AAT---TGCTTTGAAACCGAGCT-----A--ATCA--AAA-TGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAATGAA---TAGATG-T---------CACCAA-tac
gi|5 : agTTGCAAAAA-GTCAGATCTAAAGTAGAACCATAAATCGTGTTTTTGA-------tagg
gi|5 : AAGT-AGAACCATAAATC-GTGTTTTTGA-AA-GC-TGTCTTGC--ATA-GATGAATT-CTTCTCGAGTC-ATTTT-GAATA------------------GGGT-CAA---GGT-A-----------------AGAAAATA-------ATGCCACAGTTGAATAGCTACT-AATAT--G-------TG-T-----CAGTGTAAGAAT-----T-AACATTAAT--------ATTGTCAA---T--AGT---TGCTTTGAAACTAAGCTAAACAA--AACACCAAA-TATGG----------------AGGTCAAAA-C--AT--------------------------TTGA-TGTAGTTGC-ATAGATGTCACC---T----ATATGTA--C----CA----GC---Aaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|6 : ttgcaaaaagtcagatctaGCATTTAA-ATTGATGTCAC---A---G-ATATGTA--T----CA----GC---ATACAAGAT---TT-------G--A-T------------------GTATAGTTTCTTT-GAAACTAAAGCTAAAT-------G-T------GAA-G---TG---TGATGGA----AAGACGGACAAA----CGGAGGGA-AG--------AAGGACATGACAAACGCTATA------TGACCCGG-CCATGTTTAGGACGGGGTATGATAATTAAAG--CTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTAT
gi|7 : ATGAGGTC---AAGGTCAACG-TAAATGATAA-------GGTCAA-AA-AC-ATTGA-TGCAATTGATATAGATGTCACCAA-------TATGTA--T----CA----TC---ACGTAGAGT---TT-------G--A-TCAAAATATCTTTGAATATAT----TTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAAC-------G-CAAAGGACA--GAGCCG---TGATGGACGAAA----GAAGACA----AGGATGGA-AG--------ACAGATATAGCAAACACTATA---------------------CTAT--CCAGCCA-------TAAAGTATTCATGGCatatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|8 : atA-ATAGGTATCAGCAATTCAGCATATATAGTT----TG---------ATAAAATAT---CTTG-----G--A-C------------------AG----TTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAACCAAAAGTG-TGG----CA--G---CA---GGACGGA----A----GGACAGA----AGGATGGA-TG--------ACGGACATGACAAACACTATA------TACCCTGA-CCATATTTATGACGAGGCAA----A--AAA------ATGCCCATAA-GTAAC-ATGTATAgaggcatcaaaatgac
gi|9 : tgtcagcC---ATA-AAAATATCTT-------G--AAT------------------AG----TTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAAC-------G--------CA--A---AG---TG--------------TGACAGA----AGGACAGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCT------G-TCATATTCATGAaatgattttacagt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA
Alignments
lowQualScore : 1 77777777777777777777777777777777777777777 1111 222222222222 3333333333 111 1 2222222 6666666666666666666666666666666666666 555555555555555555555555555 2222222222 111 4444444444444444444 1 4444444444 22222222222222 1 666666666666666666666666666666666 1 333333333333333333333333333333333 1111 1111 11111111 555 11111 1111 11 2222 2222 1
lowQualScore : 0 6 0 2 3 8 0 0 00000000000000000000000000000000000000000 6666 333333333333 6 6 0000000000 3 3 6 4 6 6 11 5 6 8 444 0 3 3 1 1 6666666 4444444444444444444444444444444444444 3 1 0 333333333333333333333333333 0 6666666666 8 0 111 3333333333333333333 8 8 8 8 8 1 7777777777 33333333333333 0 77 000000000000000000000000000000000 1 5 5 4 888888888888888888888888888888888 0000 1 0000 4 5 88888888 888 222 22222 88 1 4444 00 6 4 3333 4444 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ......................................... .... ............ . . .......... . . . . . . .. . . . ... . . . . . ....... ..................................... . . . ........................... . .......... . . ... ................... . . . . . . .......... .............. . .. ................................. . . . . ................................. .... . .... . . ........ ... ... ..... .. . .... .. . . .... .... . . .
lowQualScore : 0 5 8 5 8 0 6 8 88888888888888888888888888888888888888888 8888 222222222222 7 7 7777777777 2 2 7 2 7 7 66 0 4 0 000 8 8 8 4 0 0000000 6666666666666666666666666666666666666 8 4 8 000000000000000000000000000 8 8888888888 0 6 777 3333333333333333333 0 0 0 0 0 4 0000000000 99999999999999 9 99 000000000000000000000000000000000 0 0 5 4 666666666666666666666666666666666 6666 4 6666 0 0 11111111 888 555 55555 88 0 2222 77 0 0 5555 0000 0 0 0
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGA--T---TT--G------------------A-T----AGTTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAACGTNAA-G--------TG---T----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTA---TATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
Reference ( family-6614 ) : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACACGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTNAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGT----AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGA--T---TT--G------------------A-T----ANTTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAACGTCAA-G--------CG---T----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTA---TAT---CCGGCCA-----TATTTATGACCGGNCAT----ATTAAAGCTCATGACTTTAATGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
gi|1 : CTGAATCAGTTCATTAC-AAAAAACCAAGTCCAAGGTAGAACTA-TAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACAT-CTT----ATCAGTTTAAATCCAAGTGAGAAT---GAGTCCTTATT------AA-GC-TGTCT--C--ACA-GACGAATTTCTTCCTAAATT-ACGTT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTCCATGAAGA--AAA--------ATTG-----------TGCTTTGAAACCGAGCT----AATTGGCACCAAA-TACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCAAAGTTAAATT-TC-------GGATCAA-AATAC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAAAAGTCGCCAAAT---G-ATATGGA--TCG----GC---ATATAAGG--T---TT--G------------------A-T----ATTTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAATGTTCA-A--------TG---C----G--------ATGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-AG--------ACAGACATGACAAATAATA---TAT-----GTACA-----TGTATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA---ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|10 : tgaTTGAA-TTGA-GCTCAAAGTAAA-G--------TG---T----G--------GCGGAA----GGACAGATAGAAGGAAGGA-AGTACGGACCACGGACATGACAAACACTA---TGTGTCCTGGTCA-----TATTCATGA-CGGACAT----A
gi|11 : GA-GCTAAACA-CAATG--------TG---T----G--------ACGAAA----ATACA--------GACGGA-AT--------ACACACATGACAAAAATTA---CATGCCCCGGCCA-----AATCCATGGCGTGGCAT----ATaaa
gi|12 : CCAAGTGAGAAC---AGGTC-TT-TTT---GAAA-GC-TTTTT--C--A----------------CTGAATC-A-CAT-GAATACCT-AA
gi|15 : GGACAG--------ACGGAAATGACGAACACTA---TATGCCCCGGTCA-----
gi|2 : TAAAGTAGAACCACTCA--C-T-TTGCTTA-------AAACACGCTTTCTTAT--------ATCCAAGTGAGAA----AAATC-T-ATCT---A-AA-ACCTGTCTG-C--ATATGATGA--TTGTTCCTGAATCCGCCTT-AAATACCAGAATAGA-AATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAAATACTTGACAATCTAATAATT----------TCAATAT--A-------TAT-------AGTGTAAGCATTTTCAT-A-CA--AAC--------TTTGTTC--AATGGTTGCTTTGAAAGTGAGCT----AA--A-CACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAGG----AATGCTA-------AGGTCAA-AA-ACTA-TTGAATGCAGTTGGGATAGATGTTAGC-AAT-----ATGTATAGCTCGTGAAGTTTGATA-AAGA--TATCTT--GGA----------------A-T----AGTTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAACA-CAA----------TGTTTT----G--------GCGAAA----GGAGAGA----CGGA
gi|3 : tAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCC-TCAATC-----ATTGG-------T------TTT----TT--------AACCAAGTGAGAAC---AAATC-T-ATTT---G-AAAGC-TG-------------ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAAATA-------ATGCCAATGTT----------G-AATATTAGCTACAGCTATTTGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-------AAA--------ATTGTTGTCAATAGTTGCTTTGAAACTG---------A--AGCACCAAA-TGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCAAAG-GAAATG-TCATTAACAAGGTAAATAA-AC-A-CTGT-TGCAGTTGA-ATAGCTGTCAT----T---A-ATAGGTA--TTG----GCAT-ATATAAGATTT---TT--A------------------A-A----AAGATC-TTTGAAGCCGA-GTTGAA
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAG----AT-TAA--------TA-TACATC-T-TT---GA-------TGGCATGTTT----AA--------ATACAAGTGAGAAA---AAGTCGTTTTTT---G-AA-GC-TGTCT--GGAATA-AATTAATTTCTTCCTATACC-ATTTTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAAGTA-------ATGTCACAGT---------------CAG--C-------CACT-----TGGTACA--ACTTTTCAT-GAAA--AAATATTAAATATTGTA---AATAATTGCTTTGAAACCGAGCT-----A--ATCA--AAA-TGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAATGAA---TAGATG-TC-------Atac
gi|5 : agTTGC-AAAAAGTCAGATCTAAAGTAGAACCA-TAAATCGTGTTTTTGA-------ccaatagg
gi|5 : AAGT-AGAACCATAAATC-GTGTTTTTGA-AA-GC-TGTCTTGC--ATA-GATGAATT-CTTCTCGAGTC-ATTTT-GAATA------------------GGGT-CAA---GG------------------TAAGAAAATA-------ATGCCACAGTTGAATAGCTACT-AATAT--G-------TG-T-----CAGTGTAAGAAT-----T-AACATTAAT--------ATTGTC---AATAGTTGCTTTGAAACTAAGCTAAACAA--AACACCAAA-TATG-------GAGGTC---A----------------------------------AA-AC-ATTTGA-TGTAGTTGC-ATAGATGTCACC---T-----ATATGTA--CCA----GC---Aaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|6 : ttgcaaaaagtcagatctaGCATTTAA-ATTGATGTCAC---A----G-ATATGTA--TCA----GC---ATACAAGA--T---TT--G------------------A-TGTATAGTTTCTTT-GAAACTAAAGCTAAATGTGAA-G--------TG---T----G--------ATGGAAAGACGGACAAA----CGGAGGGA-AG--------AAGGACATGACAAACGCTA---TATGACCCGGCCA-----TGTTTAGGACGGGGTATGATAATTAAAGCTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTAT
gi|7 : ATGAGGTC---AAGGTCAACG-TAAATGATA-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAATTGATATAGATGTCACC-A-------ATATGTA--TCA----TC---ACGTAGAG--T---TT--GATCAAAATATCTTTGAATA-T----ATTTTC-TTTGAAACTGA-GCTAAACGCAAA-GGACAGAGCCG---TGATGG--------ACGAAA----GAAGACA----AGGATGGA-AG--------ACAGATATAGCAAACACTATACTAT---CCAGCCATAAAGTATTCATGGCGAGGCAT----atatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|8 : atA-ATAGGTATCAGC-AATTCAGCATATATAGTTTG---------ATAAAATA--T---CTTGG------------------A-C----AGTTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAACCAAAA-G--------TG---T----GGCAGCAGGACGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-TG--------ACGGACATGACAAACACTA---TATACCCTGACCA-----TATTTATGACGAGGCAA----AAAAATGCCCATAAcaaaatgac
gi|9 : tgtcagcC---ATA-AAAA--TATCTT--G------------------AAT----AGTTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAACGCAAA-G--------TG---T----G--------AC------------AGA----AGGACAGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTA---TATGCCCCTGTCA-----TATTCATGAgtaacatgtataaatgattttacagt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA
Alignments
lowQualScore : 1 66666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 3333333333 111 1 2222222 6666666666666666666666666666666666666 444444444444444444 22222 2222222222 111 4444444444444444444 1 4444444444 22222222222222 1 333333333333333333 33333333333333 1 22222222 1111111111111 1111 11111 11111111 11111 1111 11 2222 2222 1
lowQualScore : 0 6 0 2 3 8 0 0 77777777777777777777777777777777777777777 6666 333333333333 6 6 0000000000 3 3 6 4 6 6 11 5 6 8 444 0 3 3 1 0 6666666 4444444444444444444444444444444444444 3 1 0 000000000000000000 66666 0 6666666666 8 0 111 3333333333333333333 8 8 8 8 8 1 7777777777 33333333333333 0 777777777777777777 33333333333333 5 4 22 33333333 8888888888888 0000 33333 4 5 88888888 0 22222 6 4444 00 1 3333 4444 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ......................................... .... ............ . . .......... . . . . . . .. . . . ... . . . . . ....... ..................................... . . . .................. ..... . .......... . . ... ................... . . . . . . .......... .............. . .................. .............. . . .. ........ ............. .... ..... . . ........ . ..... . .... .. . .... .... . . .
lowQualScore : 0 5 8 5 8 0 6 8 33333333333333333333333333333333333333333 8888 222222222222 7 7 7777777777 2 2 7 2 7 7 66 0 4 0 000 8 8 8 4 6 0000000 6666666666666666666666666666666666666 8 4 8 000000000000000000 88888 8 8888888888 0 6 777 3333333333333333333 0 0 0 0 0 4 0000000000 99999999999999 9 999999999999999999 66666666666666 5 4 88 11111111 8888888888888 6666 88888 0 0 11111111 2 55555 0 2222 33 0 5555 0000 0 0 0
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACGCAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
Reference ( family-6614 ) : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACGTNAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
gi|1 : CTGAATCAGTTCATTAC-AAAAAACCAAGTCCAAGGTAGAACTA-TAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACAT-CTT----ATCAGTTTAAATCCAAGTGAGAAT---GAGTCCTTATT------AA-GC-TGTCT--C--ACA-GACGAATTTCTTCCTAAATT-ACGTT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTCCATGAAGA--AAA--------ATTG-----------TGCTTTGAAACCGAGCT----AATTGGCACCAAA-TACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCAAAGTTAAATT-TC-------GGATCAA-AATAC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAAAAGTCGCCAAAT---G-ATATGGA--TCG----GC---ATATAAGGT---TT---G--A-T----ATTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAATGTTCAA--------TGC----G--------ATGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-AG--------ACAGACATGACAAATAATATATGT-----ACA-----TGTATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA---ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|10 : tgaTTGAA-TTGA-GCTCAAAGTAAAG--------TGT----G--------GCGGAA----GGACAGATAGAAGGAAGGA-AGTACGGACCACGGACATGACAAACACTATGTGTCCTGGTCA-----TATTCATGACG-GACAT----A
gi|11 : GA-GCTAAACACAATG--------TGT----G--------ACGAAA----ATACAGA--------CGGA-AT--------ACACACATGACAAAAATTACATGCCCCGGCCA-----AATCCATGGCGTGGCAT----ATaaa
gi|12 : CCAAGTGAGAAC---AGGTC-TT-TTT---GAAA-GC-TTTTT--C--A----------------CTGAATC-A-CAT-GAATACCT-AA
gi|15 : GGACAG--------ACGGAAATGACGAACACTATATGCCCCGGTCA-----
gi|2 : TAAAGTAGAACCACTCA--C-T-TTGCTTA-------AAACACGCTTTCTTAT--------ATCCAAGTGAGAA----AAATC-T-ATCT---A-AA-ACCTGTCTG-C--ATATGATGA--TTGTTCCTGAATCCGCCTT-AAATACCAGAATAGA-AATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAAATACTTGACAATCTAATAATT----------TCAATAT--A-------TAT-------AGTGTAAGCATTTTCAT-A-CA--AAC--------TTTGTTC--AATGGTTGCTTTGAAAGTGAGCT----AA--A-CACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAGG----AATGCTA-------AGGTCAA-AA-ACTA-TTGAATGCAGTTGGGATAGATGTTAGC-AAT-----ATGTATAGCTCGTGAAGTTTGATA-AAGATATCTT---GGAA-T----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACACAATGT-------TTT----G--------GCGAAA----GGAGAGA----CGGA
gi|3 : tAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCC-TCAATC-----ATTGG-------T------TTT----TT--------AACCAAGTGAGAAC---AAATC-T-ATTT---G-AAAGC-TG-------------ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAAATA-------ATGCCAATGTT----------G-AATATTAGCTACAGCTATTTGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-------AAA--------ATTGTTGTCAATAGTTGCTTTGAAACTG---------A--AGCACCAAA-TGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCAAAG-GAAATG-TCATTAACAAGGTAAATAA-AC-A-CTGT-TGCAGTTGA-ATAGCTGTCAT----T---A-ATAGGTA--TTG----GCAT-ATATAAGAT---TTTTAA--A-A----AGAT--C--------------TTTGAAGCCGA-GTTGAA
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAG----AT-TAA--------TA-TACATC-T-TT---GA-------TGGCATGTTT----AA--------ATACAAGTGAGAAA---AAGTCGTTTTTT---G-AA-GC-TGTCT--GGAATA-AATTAATTTCTTCCTATACC-ATTTTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAAGTA-------ATGTCACAGT---------------CAG--C-------CACT-----TGGTACA--ACTTTTCAT-GAAA--AAATATTAAATATTGTA---AATAATTGCTTTGAAACCGAGCT-----A--ATCA--AAA-TGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAATGAA---TAGATG-TC-------Atac
gi|5 : agTTGC-AAAAAGTCAGATCTAAAGTAGAACCA-TAAATCGTGTTTTTGA-------ccaatagg
gi|5 : AAGT-AGAACCATAAATC-GTGTTTTTGA-AA-GC-TGTCTTGC--ATA-GATGAATT-CTTCTCGAGTC-ATTTT-GAATA------------------GGGT-CAA---GG------------------TAAGAAAATA-------ATGCCACAGTTGAATAGCTACT-AATAT--G-------TG-T-----CAGTGTAAGAAT-----T-AACATTAAT--------ATTGTC---AATAGTTGCTTTGAAACTAAGCTAAACAA--AACACCAAA-TATG-------GAGGTC---A----------------------------------AA-AC-ATTTGA-TGTAGTTGC-ATAGATGTCACC---T-----ATATGTA--CCA----GC---Aaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|6 : ttgcaaaaagtcagatctaGCATTTAA-ATTGATGTCAC---A----G-ATATGTA--TCA----GC---ATACAAGAT---TT---G--A-TGTATAGTTTCT--------------TT-GAAACTAAAGCTAAATGTGAAG--------TGT----G--------ATGGAAAGACGGACAAA----CGGAGGGA-AG--------AAGGACATGACAAACGCTATATGACCCGGCCA-----TGTTTAGGACGGGGTATGATAATTAAAGCTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTAT
gi|7 : ATGAGGTC---AAGGTCAACG-TAAATGATA-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAATTGATATAGATGTCACC-A-------ATATGTA--TCA----TC---ACGTAGAGT---TT---G--A-TCAA-AATATCTTTGAATATATTTTCTTTGAAACTGA-GCTAAACGCAAAGGACAGAGCCGTGATGG--------ACGAAA----GAAGACA----AGGATGGA-AG--------ACAGATATAGCAAACACTATACTATCCAGCCATAAAGTATTCATGGCGAGGCAT----atatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|8 : atA-ATAGGTATCAGC-AATTCAGCATATATAGTTTG---------ATAAAATAT---CTTG-G--A-C----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACCAAAAG--------TGT----GGCAGCAGGACGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-TG--------ACGGACATGACAAACACTATATACCCTGACCA-----TATTTATGACGAGGCAA----AAAAATGCCCATAAcaaaatgac
gi|9 : tgtcagcC---ATA-AAAATATCTT---G--AAT----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACGCAAAG--------TGT----G--------AC------------AGA----AGGACAGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCTGTCA-----TATTCATGAgtaacatgtataaatgattttacagt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA
Alignments
lowQualScore : 1 66666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 3333333333 111 1 2222222 6666666666666666666666666666666666666 444444444444444444 22222 2222222222 111 4444444444444444444 1 4444444444 22222222222222 1 333333333333333333 33333333333333 1 22222222 1111111111111 1111 11111 11111111 11111 1111 11 2222 2222 1
lowQualScore : 0 6 0 2 3 8 0 0 77777777777777777777777777777777777777777 6666 333333333333 6 6 0000000000 3 3 6 4 6 6 11 5 6 8 444 0 3 3 1 0 6666666 4444444444444444444444444444444444444 3 1 0 000000000000000000 66666 0 6666666666 8 0 111 3333333333333333333 8 8 8 8 8 1 7777777777 33333333333333 0 777777777777777777 33333333333333 5 4 66 3 33333333 8888888888888 0000 33333 4 5 88888888 0 22222 6 4444 00 1 3333 4444 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ......................................... .... ............ . . .......... . . . . . . .. . . . ... . . . . . ....... ..................................... . . . .................. ..... . .......... . . ... ................... . . . . . . .......... .............. . .................. .............. . . .. . ........ ............. .... ..... . . ........ . ..... . .... .. . .... .... . . .
lowQualScore : 0 5 8 5 8 0 6 8 33333333333333333333333333333333333333333 8888 222222222222 7 7 7777777777 2 2 7 2 7 7 66 0 4 0 000 8 8 8 4 6 0000000 6666666666666666666666666666666666666 8 4 8 000000000000000000 88888 8 8888888888 0 6 777 3333333333333333333 0 0 0 0 0 4 0000000000 99999999999999 9 999999999999999999 66666666666666 5 4 99 6 11111111 8888888888888 6666 88888 0 0 11111111 2 55555 0 2222 33 0 5555 0000 0 0 0
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
Reference ( family-6614 ) : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
gi|1 : CTGAATCAGTTCATTAC-AAAAAACCAAGTCCAAGGTAGAACTA-TAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACAT-CTT----ATCAGTTTAAATCCAAGTGAGAAT---GAGTCCTTATT------AA-GC-TGTCT--C--ACA-GACGAATTTCTTCCTAAATT-ACGTT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTCCATGAAGA--AAA--------ATTG-----------TGCTTTGAAACCGAGCT----AATTGGCACCAAA-TACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCAAAGTTAAATT-TC-------GGATCAA-AATAC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAAAAGTCGCCAAAT---G-ATATGGA--TCG----GC---ATATAAGGT---TT---G--A-T----ATTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAATGTTCAA----------TGC----G--------ATGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-AG--------ACAGACATGACAAATAATATATGT-----ACA-----TGTATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA---ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|10 : tgaTTGAA-TTGA-GCTCAAAG--TAAAG--------TGT----G--------GCGGAA----GGACAGATAGAAGGAAGGA-AGTACGGACCACGGACATGACAAACACTATGTGTCCTGGTCA-----TATTCATGACG-GACAT----A
gi|11 : GA-GCTAAACA--CAATG--------TGT----G--------ACGAAA----ATACAGA--------CGGA-AT--------ACACACATGACAAAAATTACATGCCCCGGCCA-----AATCCATGGCGTGGCAT----ATaaa
gi|12 : CCAAGTGAGAAC---AGGTC-TT-TTT---GAAA-GC-TTTTT--C--A----------------CTGAATC-A-CAT-GAATACCT-AA
gi|15 : GGACAG--------ACGGAAATGACGAACACTATATGCCCCGGTCA-----
gi|2 : TAAAGTAGAACCACTCA--C-T-TTGCTTA-------AAACACGCTTTCTTAT--------ATCCAAGTGAGAA----AAATC-T-ATCT---A-AA-ACCTGTCTG-C--ATATGATGA--TTGTTCCTGAATCCGCCTT-AAATACCAGAATAGA-AATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAAATACTTGACAATCTAATAATT----------TCAATAT--A-------TAT-------AGTGTAAGCATTTTCAT-A-CA--AAC--------TTTGTTC--AATGGTTGCTTTGAAAGTGAGCT----AA--A-CACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAGG----AATGCTA-------AGGTCAA-AA-ACTA-TTGAATGCAGTTGGGATAGATGTTAGC-AAT-----ATGTATAGCTCGTGAAGTTTGATA-AAGATATCTT---GGAA-T----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACA--CAATGT-------TTT----G--------GCGAAA----GGAGAGA----CGGA
gi|3 : tAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCC-TCAATC-----ATTGG-------T------TTT----TT--------AACCAAGTGAGAAC---AAATC-T-ATTT---G-AAAGC-TG-------------ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAAATA-------ATGCCAATGTT----------G-AATATTAGCTACAGCTATTTGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-------AAA--------ATTGTTGTCAATAGTTGCTTTGAAACTG---------A--AGCACCAAA-TGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCAAAG-GAAATG-TCATTAACAAGGTAAATAA-AC-A-CTGT-TGCAGTTGA-ATAGCTGTCAT----T---A-ATAGGTA--TTG----GCAT-ATATAAGAT---TTTTAA--A-A----AGAT--C--------------TTTGAAGCCGA-GTTGAA
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAG----AT-TAA--------TA-TACATC-T-TT---GA-------TGGCATGTTT----AA--------ATACAAGTGAGAAA---AAGTCGTTTTTT---G-AA-GC-TGTCT--GGAATA-AATTAATTTCTTCCTATACC-ATTTTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAAGTA-------ATGTCACAGT---------------CAG--C-------CACT-----TGGTACA--ACTTTTCAT-GAAA--AAATATTAAATATTGTA---AATAATTGCTTTGAAACCGAGCT-----A--ATCA--AAA-TGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAATGAA---TAGATG-TC-------Atac
gi|5 : agTTGC-AAAAAGTCAGATCTAAAGTAGAACCA-TAAATCGTGTTTTTGA-------ccaatagg
gi|5 : AAGT-AGAACCATAAATC-GTGTTTTTGA-AA-GC-TGTCTTGC--ATA-GATGAATT-CTTCTCGAGTC-ATTTT-GAATA------------------GGGT-CAA---GG------------------TAAGAAAATA-------ATGCCACAGTTGAATAGCTACT-AATAT--G-------TG-T-----CAGTGTAAGAAT-----T-AACATTAAT--------ATTGTC---AATAGTTGCTTTGAAACTAAGCTAAACAA--AACACCAAA-TATG-------GAGGTC---A----------------------------------AA-AC-ATTTGA-TGTAGTTGC-ATAGATGTCACC---T-----ATATGTA--CCA----GC---Aaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|6 : ttgcaaaaagtcagatctaGCATTTAA-ATTGATGTCAC---A----G-ATATGTA--TCA----GC---ATACAAGAT---TT---G--A-TGTATAGTTTCT--------------TT-GAAACTAAAGCTAAATG--TGAAG--------TGT----G--------ATGGAAAGACGGACAAA----CGGAGGGA-AG--------AAGGACATGACAAACGCTATATGACCCGGCCA-----TGTTTAGGACGGGGTATGATAATTAAAGCTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTAT
gi|7 : ATGAGGTC---AAGGTCAACG-TAAATGATA-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAATTGATATAGATGTCACC-A-------ATATGTA--TCA----TC---ACGTAGAGT---TT---G--A-TCAA-AATATCTTTGAATATATTTTCTTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAGGACAGAGCCGTGATGG--------ACGAAA----GAAGACA----AGGATGGA-AG--------ACAGATATAGCAAACACTATACTATCCAGCCATAAAGTATTCATGGCGAGGCAT----atatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|8 : atA-ATAGGTATCAGC-AATTCAGCATATATAGTTTG---------ATAAAATAT---CTTG-G--A-C----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACC--AAAAG--------TGT----GGCAGCAGGACGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-TG--------ACGGACATGACAAACACTATATACCCTGACCA-----TATTTATGACGAGGCAA----AAAAATGCCCATAAcaaaatgac
gi|9 : tgtcagcC---ATA-AAAATATCTT---G--AAT----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------AC------------AGA----AGGACAGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCTGTCA-----TATTCATGAgtaacatgtataaatgattttacagt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA
Alignments
lowQualScore : 1 66666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 3333333333 111 1 2222222 6666666666666666666666666666666666666 444444444444444444 22222 2222222222 111 4444444444444444444 1 4444444444 22222222222222 1 333333333333333333 33333333333333 1 22222222 1111111111111 1111 11111 11111111 11111 1111 11 2222 2222 1
lowQualScore : 0 6 0 2 3 8 0 0 77777777777777777777777777777777777777777 6666 333333333333 6 6 0000000000 3 3 6 4 6 6 11 5 6 8 444 0 3 3 1 0 6666666 4444444444444444444444444444444444444 3 1 0 000000000000000000 66666 0 6666666666 8 0 111 3333333333333333333 8 8 8 8 8 1 7777777777 33333333333333 0 777777777777777777 33333333333333 5 4 66 3 33333333 8888888888888 0000 33333 4 5 88888888 0 22222 6 4444 00 1 3333 4444 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ......................................... .... ............ . . .......... . . . . . . .. . . . ... . . . . . ....... ..................................... . . . .................. ..... . .......... . . ... ................... . . . . . . .......... .............. . .................. .............. . . .. . ........ ............. .... ..... . . ........ . ..... . .... .. . .... .... . . .
lowQualScore : 0 5 8 5 8 0 6 8 33333333333333333333333333333333333333333 8888 222222222222 7 7 7777777777 2 2 7 2 7 7 66 0 4 0 000 8 8 8 4 6 0000000 6666666666666666666666666666666666666 8 4 8 000000000000000000 88888 8 8888888888 0 6 777 3333333333333333333 0 0 0 0 0 4 0000000000 99999999999999 9 999999999999999999 66666666666666 5 4 99 6 11111111 8888888888888 6666 88888 0 0 11111111 2 55555 0 2222 33 0 5555 0000 0 0 0
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
Reference ( family-6614 ) : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
gi|1 : CTGAATCAGTTCATTAC-AAAAAACCAAGTCCAAGGTAGAACTA-TAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACAT-CTT----ATCAGTTTAAATCCAAGTGAGAAT---GAGTCCTTATT------AA-GC-TGTCT--C--ACA-GACGAATTTCTTCCTAAATT-ACGTT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTCCATGAAGA--AAA--------ATTG-----------TGCTTTGAAACCGAGCT----AATTGGCACCAAA-TACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCAAAGTTAAATT-TC-------GGATCAA-AATAC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAAAAGTCGCCAAAT---G-ATATGGA--TCG----GC---ATATAAGGT---TT---G--A-T----ATTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAATGTTCAA----------TGC----G--------ATGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-AG--------ACAGACATGACAAATAATATATGT-----ACA-----TGTATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA---ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|10 : tgaTTGAA-TTGA-GCTCAAAG--TAAAG--------TGT----G--------GCGGAA----GGACAGATAGAAGGAAGGA-AGTACGGACCACGGACATGACAAACACTATGTGTCCTGGTCA-----TATTCATGACG-GACAT----A
gi|11 : GA-GCTAAACA--CAATG--------TGT----G--------ACGAAA----ATACAGA--------CGGA-AT--------ACACACATGACAAAAATTACATGCCCCGGCCA-----AATCCATGGCGTGGCAT----ATaaa
gi|12 : CCAAGTGAGAAC---AGGTC-TT-TTT---GAAA-GC-TTTTT--C--A----------------CTGAATC-A-CAT-GAATACCT-AA
gi|15 : GGACAG--------ACGGAAATGACGAACACTATATGCCCCGGTCA-----
gi|2 : TAAAGTAGAACCACTCA--C-T-TTGCTTA-------AAACACGCTTTCTTAT--------ATCCAAGTGAGAA----AAATC-T-ATCT---A-AA-ACCTGTCTG-C--ATATGATGA--TTGTTCCTGAATCCGCCTT-AAATACCAGAATAGA-AATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAAATACTTGACAATCTAATAATT----------TCAATAT--A-------TAT-------AGTGTAAGCATTTTCAT-A-CA--AAC--------TTTGTTC--AATGGTTGCTTTGAAAGTGAGCT----AA--A-CACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAGG----AATGCTA-------AGGTCAA-AA-ACTA-TTGAATGCAGTTGGGATAGATGTTAGC-AAT-----ATGTATAGCTCGTGAAGTTTGATA-AAGATATCTT---GGAA-T----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACA--CAATGT-------TTT----G--------GCGAAA----GGAGAGA----CGGA
gi|3 : tAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCC-TCAATC-----ATTGG-------T------TTT----TT--------AACCAAGTGAGAAC---AAATC-T-ATTT---G-AAAGC-TG-------------ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAAATA-------ATGCCAATGTT----------G-AATATTAGCTACAGCTATTTGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-------AAA--------ATTGTTGTCAATAGTTGCTTTGAAACTG---------A--AGCACCAAA-TGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCAAAG-GAAATG-TCATTAACAAGGTAAATAA-AC-A-CTGT-TGCAGTTGA-ATAGCTGTCAT----T---A-ATAGGTA--TTG----GCAT-ATATAAGAT---TTTTAA--A-A----AGAT--C--------------TTTGAAGCCGA-GTTGAA
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAG----AT-TAA--------TA-TACATC-T-TT---GA-------TGGCATGTTT----AA--------ATACAAGTGAGAAA---AAGTCGTTTTTT---G-AA-GC-TGTCT--GGAATA-AATTAATTTCTTCCTATACC-ATTTTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAAGTA-------ATGTCACAGT---------------CAG--C-------CACT-----TGGTACA--ACTTTTCAT-GAAA--AAATATTAAATATTGTA---AATAATTGCTTTGAAACCGAGCT-----A--ATCA--AAA-TGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAATGAA---TAGATG-TC-------Atac
gi|5 : agTTGC-AAAAAGTCAGATCTAAAGTAGAACCA-TAAATCGTGTTTTTGA-------ccaatagg
gi|5 : AAGT-AGAACCATAAATC-GTGTTTTTGA-AA-GC-TGTCTTGC--ATA-GATGAATT-CTTCTCGAGTC-ATTTT-GAATA------------------GGGT-CAA---GG------------------TAAGAAAATA-------ATGCCACAGTTGAATAGCTACT-AATAT--G-------TG-T-----CAGTGTAAGAAT-----T-AACATTAAT--------ATTGTC---AATAGTTGCTTTGAAACTAAGCTAAACAA--AACACCAAA-TATG-------GAGGTC---A----------------------------------AA-AC-ATTTGA-TGTAGTTGC-ATAGATGTCACC---T-----ATATGTA--CCA----GC---Aaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|6 : ttgcaaaaagtcagatctaGCATTTAA-ATTGATGTCAC---A----G-ATATGTA--TCA----GC---ATACAAGAT---TT---G--A-TGTATAGTTTCT--------------TT-GAAACTAAAGCTAAATG--TGAAG--------TGT----G--------ATGGAAAGACGGACAAA----CGGAGGGA-AG--------AAGGACATGACAAACGCTATATGACCCGGCCA-----TGTTTAGGACGGGGTATGATAATTAAAGCTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTAT
gi|7 : ATGAGGTC---AAGGTCAACG-TAAATGATA-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAATTGATATAGATGTCACC-A-------ATATGTA--TCA----TC---ACGTAGAGT---TT---G--A-TCAA-AATATCTTTGAATATATTTTCTTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAGGACAGAGCCGTGATGG--------ACGAAA----GAAGACA----AGGATGGA-AG--------ACAGATATAGCAAACACTATACTATCCAGCCATAAAGTATTCATGGCGAGGCAT----atatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|8 : atA-ATAGGTATCAGC-AATTCAGCATATATAGTTTG---------ATAAAATAT---CTTG-G--A-C----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACC--AAAAG--------TGT----GGCAGCAGGACGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-TG--------ACGGACATGACAAACACTATATACCCTGACCA-----TATTTATGACGAGGCAA----AAAAATGCCCATAAcaaaatgac
gi|9 : tgtcagcC---ATA-AAAATATCTT---G--AAT----AGTTTCT--------------TT-GAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------AC------------AGA----AGGACAGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCTGTCA-----TATTCATGAgtaacatgtataaatgattttacagt
blockSeqs : G C C A C TTTGCTTAAAACACGCTTTCTTAT CCAT GTGTTTTTGA A C GCATATG A T C C T G TA G G T TTA G C G CTTGACA TGAATATTAGCTACAGCTATTTGTAA A A GAAAAAATATTAAAT TTGTC AAACAAAA A TGA AGGAAATGTCATTAACA T . T T A G CAATTCAGC GCTCGTGAAGTTTG T ATCTTGGAAT TTGAATATATTTTC T A . A GACAGAGC GGCAGCAGG AGAC TAGAA A C TACGGACC TAAAG T GATA CT T . . C T G
blockSeqs : . T C A . TTTGATGGCATGTTTAA C GTTTTTTG . . GGAATAA A T . T . . TA G T . . T A A . TGAATAGCTACTAATATGTGT G G AACATTAAT TTC AAA . . CGTAAATGATA . . . . . T CAAT TTGGCAT C TTGATGTAT . T . . T T GATGG . C C . . . G . CC
blockSeqs : . . . A . ATTGGTTTTTT C TTTTTGA . . TGCATAG A T . T . . GT . C . . A T . . TTCAATATATAT A C ACAAAC TA AAG . . GAATGCTA . . . . . . TA CCAGC T ATCTTGAAT . T . . T . G . C G . . . A .
blockSeqs : . . A TATCTA . . CA . . . T . . . . . . . . . . . CAGCCACT . A AAA TC AAT . . TAGATGTC . . . . . . CT TCAGC A TTTTAAAA . . . . A . G . A T . . . A .
blockSeqs : . TATTTG . . . . . . . . . . . . AG TCATC . TTGATCAA . . . . A . G . A T . . . . .
blockSeqs : . CA GTTTG . CTTGGAC . . . . A . G . A C . . .
blockSeqs : . . . A . G . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : GGAATAG*** TAGCCACGTATTGT*********************** AACAAAC*********** TTC** AAN******* AAATGTA************ CG******** TCTTGATAN********* **
originalCons : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCT--C--ATA-GATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTT----------T-AATAT--G-------TATT-----CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AANA--AAA--------ATTGTT---AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCT----AA--AGCACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAG-TAAATG-TC-------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACC-AAT---G-ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGAT---TT---G--A-T----AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
finalCons : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGTCTGGAATAG---ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATA-------ATGTCACAGTTAGCCACGTATTGT-----------------------CAGTGTAAGAGTTTTCATAACAAAC-----------ATTGTTC--AATAGTTGCTTTGAAACCGAGCTAAN-------CACCAAA-TGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAAAAATGTA------------AGGTCAA-AA-AC-A-TTGA-TGCAGTTGA-ATAGATGTCACCG--------ATATGTA--TCG----GC---ATATAAGATTCTTGATAN---------AGTTTCT--------------TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA
Alignments
lowQualScore : 1 66666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222 22222222222222 111 1 9999999999999999999999999999999999999 444444444444444 3 1111 111 111 444444444444444444 11111 11111 44444444444444444444444444444444444444444444 22222222 1111111111111 1111 11111 11111111 11111 1111 11 2222 2222 1
lowQualScore : 0 6 0 2 3 8 0 0 77777777777777777777777777777777777777777 6666 333333333333 6 6 88888888888888 3 8 8 8 11 5 6 8 444 0 3 3 1 0 4444444444444444444444444444444444444 1 0 222222222222222 4 0 0 5555 888 0 0 111 555555555555555555 0 8 8 8 8 8 6 5 44444 44444 3 44444444444444444444444444444444444444444444 1 7 9 4 66 3 33333333 8888888888888 0000 33333 4 5 88888888 0 22222 6 4444 00 1 3333 4444 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ......................................... .... ............ . . .............. . . . . .. . . . ... . . . . . ..................................... . . ............... . . . .... ... . . ... .................. . . . . . . . . ..... ..... . ............................................ . . . . .. . ........ ............. .... ..... . . ........ . ..... . .... .. . .... .... . . .
lowQualScore : 0 5 8 5 8 0 6 8 33333333333333333333333333333333333333333 8888 222222222222 7 7 33333333333333 2 0 0 0 66 0 4 0 000 8 8 8 4 6 6666666666666666666666666666666666666 4 8 000000000000000 6 2 8 0000 000 8 6 777 888888888888888888 8 0 0 0 0 0 7 7 99999 33333 0 22222222222222222222222222222222222222222222 0 1 4 4 99 6 11111111 8888888888888 6666 88888 0 0 11111111 2 55555 0 2222 33 0 5555 0000 0 0 0
consensus : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGT----CTGGA-ATAGATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATAATGTCACAG-------T--AATAGC--TAC--A--TA-T-TGT--CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AA--------CA--AATATTG-TCAATAGTTGCTTTGAAACCGAGCTAA---GCACC-AAATGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAA-G--AAATG-T-------AAGGTCAA-AA-AC-A-TTG-ATGCAGTT-GA-ATAGATGTCACC----GAT-----ATGTATCGGC------------ATATAA-----GATA------TCTT--GAT--ATAGTTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
Reference ( family-6614 ) : NNNCTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCA-TAAATC-T-TTNTTGA-------TAACATGCTT----AT--------ATCCAAGTGAGAAC---AAGTC-TTATTT---G-AA-GC-TGT----CTGGA-ATAGATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCANANGGAAGGTCGAGGTAAGAAAATAATGTCACAG-------T----TAGC--CAC--G--TA-T-TGT--CAGTGTAAGAGTTTTCAT-AA--------CA--AACATTGTTCAATAGTTGCTTTGAAACCGAGCTAA---NCACC-AAATGTGGAAAAATGAGGTC---AAGGTCAA----AAATG-T-------AAGGTCAA-AA-AC-A-TTG-ATGCAGTT-GA-ATAGATGTCACC----GAT-----ATGTATCGGC------------ATATAA-----GAT-------TCTT--GAT--ANAGTTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------ACGGAA----GGACAGA----AGGACGGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCGGCCA-----TATTCATGACGAGGCAT----ATTAAAGCCCATGATTTTGNTGCAACGAAGTATANCANGGTGTTTTGTTTAT
gi|1 : CTGAATCAGTTCATTAC-AAAAAACCAAGTCCAAGGTAGAACTA-TAAACC-T-TTCTTGACTTTTTTTAACAT-CTT----ATCAGTTTAAATCCAAGTGAGAAT---GAGTCCTTATT------AA-GC-TGT----CTC---ACAGACGAATTTCTTCCTAAATT-ACGTT-GAATACCA-AATAAGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCACAGGAAAGGTCAAGGTAAAAAAATAATGTCACAG-------T----TTAA--TAT--G--TA-T---T--CAGTGTAAGAGTTTCCATGAA--------GA--AAAATTG---------TGCTTTGAAACCGAGCTAATTGGCACC-AAATACGGAAAAATGAGGTC---AAGACCAAAGTTAAATT-T-------CGGATCAA-AATAC-A-TTG-ATGCAGTT-GA-ATAAAAGTCGCCAAATGAT-----ATGGATCGGC------------ATATAA-----GGT---------TT--GAT--AT--TTTCTTTTGAAACTGA-GCTAAATGTTCAA----------TGC----G--------ATGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-AG--------ACAGACATGACAAATAATATATGT-----ACA-----TGTATATGCCCAGCCAT----ATTAAAA---ATGATTTTAATGCAACGAAGTATAGCAAGGT-TTTTATTTAT
gi|10 : tgaTTGAA-TTGA-GCTCAAAG--TAAAG--------TGT----G--------GCGGAA----GGACAGATAGAAGGAAGGA-AGTACGGACCACGGACATGACAAACACTATGTGTCCTGGTCA-----TATTCATGACG-GACAT----A
gi|11 : GA-GCTAAACA--CAATG--------TGT----G--------ACGAAA----ATACAGA--------CGGA-AT--------ACACACATGACAAAAATTACATGCCCCGGCCA-----AATCCATGGCGTGGCAT----ATaaa
gi|12 : CCAAGTGAGAAC---AGGTC-TT-TTT---GAAA-GC-TTTTTCACTGAA-TCACATGAAT
gi|15 : GGACAG--------ACGGAAATGACGAACACTATATGCCCCGGTCA-----acctaa
gi|2 : TAAAGTAGAACCACTCA--C-T-TTGCTTA-------AAACACGCTTTCTTAT--------ATCCAAGTGAGAA----AAATC-T-ATCT---A-AA-ACCTGT----CTGCATAT-GATGA--TTGTTCCTGAATCCGCCTT-AAATACCAGAATAGA-AATAGGGAGATTCAATTAGGTCAGACGGAAGGTCGGGGTAAGAAAATACT-TGACAA-------TCTAATAATTTCA---A--TA-TATAT---AGTGTAAGCATTTTCAT-A---------CA--AACTTTGTTCAATGGTTGCTTTGAAAGTGAGCTAA---ACACCAAAATGTGGGAAAATGAGGTCTGAAAGGTCAG----GAATGCT-------AAGGTCAA-AA-ACTA-TTGAATGCAGTTGGG-ATAGATGTTAGC----AAT-----ATGTAT-AGCTCGTGAAGTTTGATA-AA-----GATA------TCTT--GGA--ATAGTTTC-TTTGAAACTGA-GCTAAACA--CAATGT-------TTT----G--------GCGAAA----GGAGAGA----CGGA
gi|3 : tAATTTATTGCGAAAAAGCCAAATCTAAAGTAGAACCC-TCAATC-----ATTGG-------T------TTT----TT--------AACCAAGTGAGAAC---AAATC-T-ATTT---G-AAAGC-TG---------------ATGAATTTCTTCCTGAATC-ATTTT-GAATACCA-AATAGGGAATAGTGAGGT-CAA---GGTCATAAGGAATCTCAAGGACAGAAAATAATGCCAATGTTGAATAT----TAGC--TAC--AGCTATT-TGTAACAGTGTAGAAGTTTTTAT-AA---------A--ATTGTTG-TCAATAGTTGCTTTGAAACTG----AA---GCACC-AAATGTGGAAACACGAGGTA---AAGGTCAAAGG-AAATG-TCATTAACAAGGTAAATAA-AC-A-CTG-TTGCAGTT-GA-ATAGCTGTCATT----AAT-----AGGTATTGGCAT----------ATATAA-----GAT-------TTTT--AA---AAAGAT--CTTTGAAGCCGA-GTTGAA
gi|4 : CTGAATCAGTTCATTGC-AAAAAG----AT-TAA--------TA-TACATC-T-TT---GA-------TGGCATGTTT----AA--------ATACAAGTGAGAAA---AAGTCGTTTTTT---G-AA-GC-TGT----CTGGA-ATAAATTAATTTCTTCCTATACC-ATTTTTGAGTACCA-AAGTGGGAATAGCGAGGT-CAA---GGTCAAATGGAAGGTT-AGGTCCGAAAGTAATGTCACAG-------T----CAGC--CAC--------T-TG-------GTACAACTTTTCAT-GAAAAAATATTA--AATATTG-TAAATAATTGCTTTGAAACCGAGCTAA---TCA---AAATGTGGAAAAGTGAGGTC---AAAATGAAT---AGATG-T-------tac
gi|5 : agTTGC-AAAAAGTCAGATCTAAAGTAGAACCA-TAAATCGTGTTTTTGA-------caccaatagg
gi|5 : AAGT-AGAACCATAAATC-GTGTTTTTGA-AA-GC-TGT----CTTGC-ATAGATGAA-TTCTTCTCGAGTC-ATTTT-GAATA------------------GGGT-CAA---GG------------------TAAGAAAATAATGCCACAG-------TTGAATAGC--TACTAA--TA-TGTGT--CAGTGTAAGAAT-----T-AA--------CATTAATATTG-TCAATAGTTGCTTTGAAACTAAGCTAA---ACA---AAA----------------C---A---CCAA----ATATG---------GAGGTC-A-AA-AC-ATTTG-ATGTAGTT-GC-ATAGATGTCACC----TAT-----ATGTACCAGC------------Aaagctgtcttgcatagatgaattcttctcgagtcattttgaatagggtcaaggtaagaaaataatgccacagttgaatagctactaatatgtgtcagtgtaagaattaacattaatattgtcaatagttgctttgaaactaagctaaacaaaacaccaaatatggaggtcaaaacatttgatgtagttgcatagatgtcacctatatgtaccagca
gi|6 : ttgcaaaaagtcagatctaGCATTT-AA-ATTGATGTCACA----GAT-----ATGTATCAGC------------ATACAA-----GAT-------T--T--GATGTATAGTTTCTTT-GAAACTAAAGCTAAATG--TGAAG--------TGT----G--------ATGGAAAGACGGACAAA----CGGAGGGA-AG--------AAGGACATGACAAACGCTATATGACCCGGCCA-----TGTTTAGGACGGGGTATGATAATTAAAGCTCATGATTTTGTT----TGAA----ACCATGGTGTTTTGTTTAT
gi|7 : ATGAGGTC---AAGGTCAACGT-AAATGAT-------AAGGTCAA-AA-AC-A-TTG-ATGCAATT-GATATAGATGTCACC----AAT-----ATGTATCATC------------ACGTAGAGTTTGATCAAAATATCTTTGAAT--ATATTTTC-TTTGAAACTGA-GCTAAACG--CAAAGGACAGAGCCGTGATGG--------ACGAAA----GAAGACA----AGGATGGA-AG--------ACAGATATAGCAAACACTATACTATCCAGCCATAAAGTATTCATGGCGAGGCAT----atatatatacagtgactaaatcttcttttgaatatacctt
gi|8 : atA-ATAGGTATCAGC----AATTCAGCATATATAGTT------------TGATAA-----AATA------TCTT--GG---ACAGTTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAACC--AAAAG--------TGT----GGCAGCAGGACGGAA----GGACAGA----AGGATGGA-TG--------ACGGACATGACAAACACTATATACCCTGACCA-----TATTTATGACGAGGCAA----AAAAATGCCCATAAcaaaatgac
gi|9 : tgtcagcC------------ATA-AA-----AATA------TCTT--GA---ATAGTTTCTTT-GAAACTGA-GCTAAACG--CAAAG--------TGT----G--------AC------------AGA----AGGACAGA-AG--------ACGGACATGACAAACACTATATGCCCCTGTCA-----TATTCATGAgtaacatgtataaatgattttacagt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGCGACCAAATACTTGTAATAAATTATCGTTTTCAGTCCCCTGTAAACCTTAAT
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAAAATTGTAATTGTAGCGGCAGGCAATGTTAGATTATTTATTT
Unaligned ( gi|16 ): GATGTCACCCCTTCTTTTAATAAATGAGTTCACAATA