lowQualScore : 11111111 11 11 3333333333 11 1111 3333333333333333333333 1111111111 11111111 2 111 11111111 111111 3333333333333333333333333333333333333 11111 111 22222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 111111 2222222222222 222 1 11 1111
lowQualScore : 4 55 99 8 777 44444444 4 4 4 77 4 4 4 4 55 4 66 66 66 8 4 66 4 4 4 4 66 4 22 4 66 66 66 4 66 4 9999 4 4 00 4 4 1111111111 33 4 66 777 2 66 4 8 4 4 66 8 4 4 66 66 8 4 4 555 4 4 4 4 4 66 4 6666 4 6666666666666666666666 55 7777777777 55 4 777 55 55 3 3 3 3 666 55 3 3 33333333 3 1 3 555 3 88888 22222222 3 666 3 9 3 6 3 3 555555 3 3 8888888888888888888888888888888888888 1 66666 55 55 55 111 77777777777 4 999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 55 4 88888 444 222 55 4 4 7777777777 4 4 888888 4 4 555 66 777 1111111111111 8 8 4 8 555 3 66 555 88 11 4 4 7777 3333 555 8 4
lowQualScore : . .. .. . ... ........ . . . .. . . . . .. . .. .. .. . . .. . . . . .. . .. . .. .. .. . .. . .... . . .. . . .......... .. . .. ... . .. . . . . .. . . . .. .. . . . ... . . . . . .. . .... . ...................... .. .......... .. . ... .. .. . . . . ... .. . . ........ . . . ... . ..... ........ . ... . . . . . . ...... . . ..................................... . ..... .. .. .. ... ........... . ... ......................................................... . . .. . ..... ... ... .. . . .......... . . ...... . . ... .. ... ............. . . . . ... . .. ... .. .. . . .... .... ... . .
lowQualScore : 0 55 55 0 000 55555555 0 0 0 00 0 0 4 4 66 4 11 11 11 9 4 11 4 4 4 4 11 4 99 4 33 11 11 4 11 4 4444 4 4 66 4 4 4444444444 22 4 11 888 0 88 6 9 4 4 11 9 4 4 11 11 9 4 4 333 4 4 4 4 4 11 4 5555 0 9999999999999999999999 55 5555555555 55 0 000 55 00 6 6 6 6 444 00 3 6 22222222 6 8 6 000 6 33333 11111111 6 444 6 6 6 7 6 6 666666 6 6 6666666666666666666666666666666666666 4 88888 00 00 55 000 00000000000 0 999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 55 0 33333 777 555 55 0 0 6666666666 0 4 222222 4 4 333 11 888 2222222222222 9 9 4 9 666 3 11 000 00 22 0 4 0000 9999 333 9 4
consensus : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATTG-AATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCT-CG--CCGAA--GGGT--A-TA-AAA--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GA-TCA-GTGTT-AC--A--ACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--ATCG-G-CTGAGAGAAGAAAT-AAAA---AAAAAAGG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTC-TT-TT--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATTAATT-GAT-A-T--AT-TC----A-AAACTC---------GA-----------G--CTG----------GA--AT-T---C--AAAAGA--G-CTG-ATTTG-A-GC---C--GCGC-TG-TA--------AGA-GCCGGG-AGCTA---A-AGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATTGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-G-------------------CG--AAGAGC-----CA--GAGC--CAC--G---AAG-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-GAA--GA--G-CC-AGGGCC-NGCT-----GC-A------TCAG--T---CA-T-TTGT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-AA--TA-----AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TC-CTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
Reference ( gi|7 ) : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATTA-AATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCT-CG--CCGAA--GGGT--A-TA-AAA--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GA-GCA-GTGTT-AC--A--ACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--ATCG-G-CTGAGAGAAGAAATAAAAA---AAAAAAAG-GTA--AT---TCATATT-TTTTA-TTTC-TT-TT--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATTAATT-GAT-A-T--AT-TC----A-AAACTC---------GA-----------G--CTG----------GA--AT-T---C--AAAAGA--G-CTG-ATTTG-A-GC---C--GCGC-TG-TA--------AGA-GCC-GG-AGCTA---A-AGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-G-------------------CG--AAGAGC-----CA--GAGC--CAC--G---AAG-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-GAA--GA--G-CC-AGGGCC-TGCT-----GC-A------TCA-------CA-T-TTGT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-AA--TA-----AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TC-TTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
gi|6 : AGGCGATTCCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-CCATGTAGAATTG-AATTT-AGACAAT-GACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCT-CGGGCCGAA--GGGT--A-TA-AAA--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAAATC--GA-GA-GCA-GTGTT-AC--A--ACAAG--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--ATCG-G-CTGGGAGAAGAA--AATAA---AAAAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTATTTTC-TT-TT--AA-TTAA-AA-CCAG--ACCCGTGACTGGAA-CAAGCCTGTTCC-T-GTTTTAA-ATTAATTAGAT-A-T--AT-TCA---A-AAACTC---------G------------G--CTG----------G---AT-T---C--AAAGAA--G-CTG-ATTTGAA-GC---C--GCGC-TGCTA--------AGA-GCCGGG-AGCTA---A-AGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATAGAGGC-CGA-GA-GCCCG-A-AATTG-A-GCC-AGAGC--CG-TA-TTGA-GCGAAAGAAGCCGCAGCGCACG--AAGAGC-----CG--GAGC--CAC--GAAAAAG-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-GAA--GA--GCCC-AGGGCC-AGCT-----GC-A------TCAGAATT--CA-T-TTGT--ACATA-CTTGA-----TTGAG-AAC-C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-GTT-AC-CAATCA-G---TA-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-AAATTA-----AAATA-TTAG-TTCCTCAGAAAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGC--TC-GCACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCAGGC
gi|5 : AGACGAT-CCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATGAGAATTTTAGACAAT-AAC-GATAG-ATGGC-G-TTA-GTCT-TG--CCAAA--GGG---A-TA-AAA--GGAAAGCGA-GGCGGT-G-AA-TC--GA-GA-TCA-GTGT--AC--A--ACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--ATCG-G-CTAAGAGAAGAAATTAAAA---AAAAA----GTA--AT---TCATATT-GTT-A-TTTC-TT-TT--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGACT-GAG-CAAGCAT-TTCC---GTTTT-A-ATTAATT-GAC-A-T--AT-TCA---A-AAACTC---------GA-----------G--CTG----------GA--AT-T---C--AAAAGA--G-CTG-ATTTG-A-GC---C--GCGC-TG-TA--------AGA-GCCGGG-AGCTA---A-AGTGAACCA-----AGCT-C--------GAAGAG---CGG-AATTGA-GC-CGA-GA-GCC---G-TATTG-A-GCGAAG-------------------------------------------AGC-----CA--GAGC--CAC--G---AAG-----------AGC-C-A-GA--------------------CC-AGGGCC-AGCT-----GG-A------TCAGATT---CA-T-TTGT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--CGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-AT--TA-----AAATA-TTAG-TT-CTC---AAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGCT-TC-CTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCtac
gi|9 : aatggtatttttgtatacattgtagaatttatgctcataaagaagatagctaactttgtcttatgtcttattttgttttgctaaaaaagagaaaaatttatatcatgcgaagtcgcatgaagtttgacggtgggtaatgAGACGAT-CTG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATTG-AATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCT-CG--CTGAA--GGGT--A-TA-AAA--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GA-TCA-GTTTT-AC--A--ACA-G--AC-TT----CAGA-G-TG---AG--ATCG-G-CTGAGAGAAGAAAT---TA---AAAAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTC-TT-TT--GA---AATAA-TCAG--A--CGTGACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATTAATT-GAT-A-T--AT-TC----A-AAACTCGAGCTGTAAGA-----------G--CTG----------GA--AT-T---C--AAAAGA--G-CTG-ATTTG-A-GC---C--GCAC-TG-TA--------AGA-GCCGGG-AGCTATTTATAGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATAGA-GCGCGATGA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-G-------------------CG--AAGAGC-----CG--GAGC--CAC--G---AAGA----------AGC-C---GAGGC----C-GAATTGA--G-CCAAGAGCC-tac
gi|2 : gAGACGAT-CCG--GAAAA--A-AAAATTA--------TTC-CGAT-C-ATGTAGAATTG-AATTTAGGACAATAAACCGATAG-GTGGC-GATTA-GTCT-CG--CCGAAAGGAGT--ATTA-AAA--GTAA-GCGAGGGCGGTAGGAA-TC--GA-GA-TCA-TTCTT-AC--A--ACA-G--ACTTT----CAGACG-GGAGAAGAAATCG-GTTTGAAGGAAGAA--AGAAA---AAAGAAGG-GTA--AT---TCATATTGGTTTA-TTTC-TT-TT--AATTTAA-AA-TCGATTA--TGCTACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATT------GC-A-T--AT-TC----ACAAACTC---------GAGCTGTAACGAGG--CTG----------GA--AT-T---C--AATAGG-----TG-AATTG-A-GTTCGC--GCGC-TG-TA--------AGA-GCCGGG-AGCTAG--A-AGTGAG-CA-----AGCTGC--------G-AGAGGGCCCGAAATTGA-GC-CAA-GA-GCC---G-TATTG-A-GGCGAAA------------------------------------G--AAG-GC-----CA---AGC--CAC--G---AAG-----------AGC-C-A-G---------------GA--A-CC-A-------GCT-----GCAA------TCAAGATTTCCA-T-TTGTTAGCATACCTTGAT---TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TTAG-TAAC-CAATCA-GTACT--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGAGAA--TA-----AAATA-TTA--TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGATG-C--ACTC-CGCT-TC-CTACA-TATA-TT--ACAA----TACACTTGAGG-TCGCACGCgtattgagcaaagagccggagtcacaaagagccagagccacgaagagccagggccaactgcatcagattcattttgtacatacttgaattaagacagatagtcaactttattgtacca
gi|10 : AGACGAT-CCG--GAAAAGAA-GG---TA--------TTTTCAGT-C-ATG-AGAATGA-ATGTTTA----AC-AACCGATAG-G-GGC-T-TTA--TCT-CG--CCGAA--GGGTCTA-TA-AAA--GGA---CCA-GGCA-T-GGAA-TC--GAAGA-TCT-GTGT--AC--A--ACA-GGAAC-TT----CAGA-GCTGAGAAG--ATCG-G-CTGAGAGAAGAAATTTAAA---AAAAA----GTA--AT---TCATAAT-GTT-A-TTTC-TT-TT--AA-TTAA-AAATCAG--A--CGTGACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATTAATT-GAT-A-T--AT-TC----A-AAATTC---------GA-----------G--CTGTTAAGAGCTGGA--AT-T---C--AAAAGA--G-CGG-ATTTG-A-GC---C--GCGCGTG-TA--------AGA-GCC-GGGAGCTA---A-AGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATTGA-GC-CAA-GA-GCC-------------GCTA--------------TGA-G-------------------C---AAGA-C-----CA--GAGC--CAC--GA--AAG-----------AGC-C-G-GAGC---------A--G------------------T-----GC-A------TCAG------CT-TCTTGT--ACA-------------------A---C--AGA-TAGCCAAC-TTTA---TT-G---AC-CAATCA-G---T--ATA--GTATT-A-TAATT---TGA-AA--TA-----AAATAGTTAG-TTCCTCAG-AAAGTTAAACTCG-GTGGTG-C--CAT--CGTT-TC--TACATTATA-TTTAA-AA----TA----TG-GG-taccaaattttgatggcagcggatatgggatcaaactaatattgaaatataattctgattataacgttgaaatatgaaatcttgaatatgacacatacgcatagagagctgagcggcaaacgctgaattagattatagaagctctccaagtacagtcatccacccccaccaatcactgagcagcctcatagattcaagttggtatgtccgaatttcgaagtgttttaccactcatactcttgtctagatgaggagagttgatcaaaaacacaagtgagcaaagacgagatctgtaaaatttgagccaacatgtcgcagcacgacatagcatgataagtatgatcctcagcccgtatcacacaaagagaagaaagacccagtctctagagagcatgtgtgtatgagcctccaagacaaacatacatacacgaaggaaatcttgtaatctaccgtatatctaccacgtaaagaccattgtttccacgaatccagacggtaacaaacacctaatggagc
gi|1 : gAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAAACTTG-AATTTTAGACAAT-AACCGATAGCGTGGCAG-TTA--TCT-CG--CCGGA--AGGT--A-TA-CAACCGAAG-GC-A-GGCGGT-GGA--TC--GA-GA-GCA-GTGTT-AC--AGAAC--G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--ATCG-G-CTGAGAGAAGAAA---------AAAAAAAGTGTATGAT---TCATATT-GTTTAGTTTC-TT-TTCCAACTTAA-AA-TCAG--A--CGTGACTTGAAGCAAGCCT-TTCGAT-GTT---A-ATTAATT-AAT-A-TGAAC-TCGTTAA-AGACTG---------GA-----------G---------------GA--ATGT---C--AAAAGA--GGCTG-ATTTG-A-GC---C--GCGC-TG-TA--------GAG-GCG-GG-AGCTA---A-AGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATAGA-GCTCGA-GA-GCC---GAAATTG-A--CCAAGAGCGTCG-AA-TTGATG-------------------CC--AAGAGCAACGTCATTGAGC--CAA--G---CAGCCGTATCTTGAAGC-C-A-GAGCC----C---A--GA--G-CC-A
gi|3 : gAGACGAT-CCGAAGAGAAT-A-AA---TAGTTCATGTTTC-CGGT-C--TGTAGAATTG-AATTTTAGACATT-AACC-ATAG-GTGGC-G-TAT-GTCTCCG--CCG-A--CGGT--ATTACACA--GGAG-GCGA--GCGG--GAAA-TCTGGA-GATACATGTGTT-ACTAA--ACA-A--CT-TT----CAGA-G-TGAGAAGA-ATCGAA-CT-AGAGA--GAATGAAAATTTTATAAAGG-ATA--ATATGCCATA-T-TGTTA-TTTCATTATA--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CG-GACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-TGGTGTT-ATATTAATT-GATAA-T--ATCTC----A-AAACTC---------GA-----------G--CTG----------GATTAT-T---CCAAAAAGAGTG-CTGCATTTG-A-GC---C--GCGC-T--TA--------AGAGGCCGGG-AGCTA---A-AGT-AGCCA-----AG----------------------CG-GAT-----------GATGCC---G-AATTGAA-GCCAAAGGC--CGTTA-TTGA-G-------------------CGATAAGA-C-----CA--GAGCTTCAC--G---AAGA----------AGC-C---GAGCCTTAACGGAA--GA--G-CC-AGAGCCATGCCAGCTGGC-ATCTATTTCA-------CT-T-TCGT--A-ATA-CT--A----TTTAAGTA---C--AGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-GT--T--ATAT--TA-TCATTA--TAGGTGA-AA--TAAGT--AGATA-TTAG-TTCATCCG-AA--TTAAACT----GGGTG-C--CA---CGCT-TC-TAACA-GATA-TT--A-AAT---TA-A-TTATGG-TTGCcagaagatgccaagagagtacttgagcaagtagccagagccacgaagagcacgagagcacgaagacggcccgcgcctgctgcatacatttgtacatacttgacaaatttagaccaagatagtcaacatttgaatttgtacacaatcagtccatattgtatcatctgaatacaccaaaataattagttcatcagaaagttaactggggtgcctcatcacgctcttttacattagttataattgggcttgcacgacttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|11 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGTTC-ATGTAGAATTG-AATTTTAGACAAA-TACCGATAG-GTGGC-G-TTAAGTCT-CA--CCGAA--GGGT--A-TA-AAA--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GA-TCA-TTCTTAAC--A--ACA-G--AC-TTTGAACAGA-G-TGAGAAG--GTCG-G-CTGAGA--------AAGAA---AAAAAAGG-GTA--AT---TC------------------T-TT--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATTAATT-GAT-ATT--AT-TC----A-AAACTC---------GA-----------G--CTG----------GA--AT-T---C---AAAGA--G-CTG-ATTTG-A-GC---C--GCGC-tacctacaacattttgttggcagtcggtgggatcaaacttaatatgaaaataatcttgagttataacgttgatatagaatcttggaggattattgacattctttacgatacgaattctcttgacggctaacctgctacttgcattagatttagagctctccaagtacagtcattctcatgactactacgctataccataatgcagcgacatctacatagaaaagttaaagtccgattcaggggtgtgttaccactcagtactttg
gi|15 : tgAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CTAT-C-CTGTAAAATTG-AATTTTAGACAAT-AACCGATAA-G
gi|8 : AT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATTG-AATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCT-CG--CCGAA--GGGT--A-TA-AAA--GGAA-GCGA-GGCGTT-TGAA-TC--GA-GA-TCT-TTGTT-AC--A--ACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--ATCG-G-CTGAGAGAAGAAAT--------GAAAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTC-TT-TT--AA-TTAG-AA-TCCG--A--CTTTACT-GAA-CAAGCCT-TTCC-T-GTTTT-A-ATTAATT-GAT-C-T--AT-TC----A-AAAGTCGAGCTGAAAGA-----------G--CTG----------AA--AT-T---C--AAAAGA--G-CTG-ATTTG-A-GC---C--GCTC-TG-TA--------AGA-GCCGGG-AGCTA---A-AGTGAGCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATTGA-TC-CGA-GA-GTC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-G-------------------CC--AAGAGCCTAA-CA--TAAT--CACAAG---AAA-----------AGT-C-ATTAGCC---AC-GA-------------------T-------------------------------T-TTGT--ATATA-ATTGA-----TTA----------ATA-TTGT-AAA-TACG---TT-T-C-AC-AAATCATT---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG-------------AACTG-TTAGAATCCTCAG-CAAGTT-ATCT-GAGGGATC-T--CAAC-CGCC-GCATT----TATA-AG--A-AT----TA-A-TAA-GG-TTACACG
gi|1 : agaa----A-GAGCTC---------GA-----------GAGCCG----------AA--AT-TGACC--AAGAGC--G-TCG-AATTG-ATGC---C-----------A--------AGA-GC-----AACGT---C-ATTGAGCCA-----AGCAGCCGTATCTTG-A-AG---CC-----AGA-GC-CCA-GA-GCCACAG-AA--G-ATGCCAAGAGA---G-TACTTGA-G-------------------CA--AGTAGC-----CA--GAGC--CAC--G---AAG-----------AGCACGA-GAGC----AC-GAA--GACGG-CC-CGCGCC-TGCT-----GC-A------T-A-------CA-T-TTGT--ACATA-CTTGACAAATTTA-G-A---CCAAGA-TAGTCAACATTTGAATTT-G-T-ACACAATCA-G---TCCATATTGTA-T---CA--T---CTG-AA--TACACCAAAATAATTAG-TTCATCAG-AAAGTT-AACT---GGGGTG-CCTCATCACGCTCTT-TTACA-T-TAGTT-----A----TA-A-TTG-GGCTTGCACGttaca
gi|4 : gagacgatccggaaaaaggtattccggtcatgtaaacttgaattttagacaataaccgatagcgtggcagttatctcgccggaaggtatacaaccgaaggcaggcggtggatcgagagcagtgttacagaacgacttcagagtgagaagatcggctgagagaagaaaaaaaaaagtgtatgattcatattgtttagtttcttttccaacttaaaatcagacgtgacttgaagcaagcctttcgatgttaattaattaatatgaactcgttaaagactggaggaatgtcaaaagaggctgatttgagccgcgctgtagaggcgggagctaaagtgagccaagctgcgagagccgaatAGA--G-CCG-AATTG-A-GC---CAAGAGC-CG-TATTGAGCGAAGA-GCC-AG-AGCCACG-A-A--GAGCCAGGGCCAGCTGC--------acttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|4 : ccaagctgcgGC-TG-CG--------AGA-GCC-G----------A-ATTGAGCCA---------------------AGAG---CCG-TATTGA-GC-GAA-GA-GCC-----------------AGAGC--C----------A-------------------CG--AAGAGC-----CA--GGGC--CAatcacatttgtacatacttgatttaagacagattagtcaactttatgtaccaatcagtatatgtatatattgaaataaaatattagttcctcagaaagttaactgggggtgcccatccgcttcctacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|4 : ccaaCCA-----AGCTGC--------G-AGAG---CCG-AATTGA-GC-Cgctgcatcacatttgtacatacttgatttaagacagattagtcaactttatgtaccaatcagtatatgtatatattgaaataaaatattagttcctcagaaagttaactgggggtgcccatccgcttcctacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|4 : -CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-G-------------------CG--AA------------------------------G-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-GAA--GA--G-CC-AGGGCC-AGCT-----GC-A------TCA-------CA-T-TTGT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGATTAGTCAAC-TTTA----T-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-AA--TA-----AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTGCC--CATC-CGCT-TC-CTACA-aagagccgtattgagcgaagagccagagccacgaagagccagggccagctgcatcacatttgtacatacttgatttaagacagattagtcaactttatgtaccaatcagtatatgtatatattgaaataaaatattagttcctcagaaagttaactgggggtgcccatccgcttcctacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|12 : ccaagctg-GAGTC---AC-GAA--GA--G-CC-AGGGCC-AGCT-----GC-A------TCA-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|9 : CT-----GC-A------TCAGATT---CATT-TTGT--ACATA-CTTGA----ATTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatattaagtaattgggttgcacgctacagtt
gi|13 : gagacgatctggaaaaagatattccggtcatgtagaattgaattttagacaataaccgataggtggcgttagtctcgctgaagggtataaaaggaagcgaggcggtggaatcgagatcagttttacaacagacttcagagtgagatcggctgagagaagaaattaaaaaaaaggtaattcatattgtttatttcttttgaaataatcagacgtgactgaacaagcctttcctgttttaattaattgatatattcaaaactcgagctgtaagagctggaattcaaaagagctgatttgagccgcactgtaagagccgggagctatttatagtgagccaagctgcgagagccgaatagagcgcgatgagccgaattgagccaagagccgtattgagcgaagagccggagccacgaagaagccgaggccgaattgagccaagagccgtattgagcaaagagccggagtcacaaagagccagagccacgaagagccagggccaa-T-TTGT--ACATA-ATTGA----TT-AAT-ATTGC--AAA-TA----AG-TTT---------C-AC-CAATCA-T---TT-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG-------------AACTG-TTAGAATCCTCAA-CAAGTT-ATCT-GAGGGATT-T--CAAC-CGC------CGCA-TCTT-TT--A-AAAAATCA-A-TAA-GG-TTACACAC
gi|12 : aagtctagagccacgatCA-TATA-TT--A-AG----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCtac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGCCTTATTTTGTTTTGCTAAAAAAAAAAAATCAATATCATGCGAGGTCGCATGAAGTTTGAGGCGTGGGTAATGAAACGATCCG
Unaligned ( gi|16 ): AGCTACGATTTTGTACATATTTGATTAATAGATTGTAAATACGTTTCACCAATCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 111 1 1111 44444444444444444444444 111 11111111 1 11111 11111 22222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555 4444444 11111 111 111111 111111111111111 222 1 1111
lowQualScore : 3 55 88 7 666 33333333 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 55 55 55 4 4 4 55 4 4 4 4 55 4 4 4 4 11 4 55 4 8888 4 4 55 4 8 77 000 8888 77 55 777 4 3 8 4 55 2 4 4 55 55 4 4 4 4 4 4 4 4 4 8 55 4 5555 3 77777777777777777777777 55 55 3 666 55 3 55 3 3 3 666 3 4 4 111 4 44444444 2 2 3 4 7 3 3 33333 3 3 55 3 3 7 555 55 1 66666 55 88 55 3 44444444444 3 999 11111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 3 7777777 88 3 55 3 55555 2 3 111 55 3 3 666 3 555 3 4 555555 4 4 8 4 55 777 555555555555555 8 8 4 8 222 2 55 1 4 999 3 0 4 55 4 8888 4 4 8 4
lowQualScore : . .. .. . ... ........ . . . . . . . . . . .. .. .. . . . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .... . . .. . . .. ... .... .. .. ... . . . . .. . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . .... . ....................... .. .. . ... .. . .. . . . ... . . . ... . ........ . . . . . . . ..... . . .. . . . ... .. . ..... .. .. .. . ........... . ... ............................................... . . . ....... .. . .. . ..... . . ... .. . . ... . ... . . ...... . . . . .. ... ............... . . . . ... . .. . . ... . . . .. . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 66 3 444 22222222 6 6 6 6 6 6 0 0 0 0 55 55 55 0 0 0 55 0 0 0 0 55 0 0 0 0 00 0 55 0 5555 0 0 55 0 0 22 444 5555 33 55 000 0 2 0 0 55 0 0 0 55 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0000 6 77777777777777777777777 00 00 6 444 00 6 00 6 6 6 444 6 0 0 000 0 55555555 5 2 5 0 3 6 6 33333 6 6 00 6 6 3 555 00 4 88888 00 66 00 6 55555555555 6 666 77777777777777777777777777777777777777777777777 8 6 6 8888888 66 6 00 6 88888 1 6 444 00 6 6 444 6 555 6 0 555555 0 0 0 0 55 000 666666666666666 0 0 0 0 000 0 55 1 0 777 6 9 0 55 0 0000 0 0 0 0
consensus : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--G-AGAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAG-AAAT-NAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TT-AA-AATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CAC--G-AAG-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-G---AA--GA--GCC-----------------AGG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
Reference ( family-66 ) : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--G-AGAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAG-AAAT-AAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TT-AA-AATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATTGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CAC--G-AAG-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-G---AA--GA--GCC-----------------AGG-----GCCNGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
gi|1 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAAACTT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAGCGTGGCAG-TTA--TCTC-G--CCGGA--AGG--TA-T-ACA-ACCGAAG-GC-A-GGCGGT-GG-A-TC--G-AGAG-CA-GTGTT-ACAGAAC--G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAG------AAAAA----AAAAAGTGTATGAT---TCATATT-GTTTAGTTTCTTT-TCCAACTT-AA-AATCAG--A--CGTGACTT-GAAGCAAGCCT-TTC--GATG-TT-A-ATTAATT-AATA-TGAAC-TCGTTAA-AGACTG----------GA----------------GGA--ATGT---C--AAAAGAGG--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-T-AGA-GGCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GCTCGA-GA-GCC---GAAATTG-A--CCAAGAGCGTCG-AA-TTGATGCC--AA--GAGCAACGTCATTGAGC--CAA--G-CAGCCGTATCTTGAAGC-C-A-GAGCC----C------A--GA--GCC-----------------A
gi|1 : g----A-GAGCTC----------GA-----------GAGCCGAA--AT-TGACC--AAGAGC-G--TCG-AATTG-ATGC---C---------AAGA-GC----AACGT---C-ATTGAGCCAAGCAGCCGTATCTTGA-AGCCA----GA-GC-CCA-GA-GCCACAG-AA--G-ATGCCAAGAGA---G-TACTTGA-GCA--AG--TAGC-----CA--GAGC--CAC--G-AAG-----------AGCACGA-GAGC----AC-G---AA--GACGGCC-----------------CGC-----GCCTGCT-GC-AT-A-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGACAAATTTA-G-A---CCAAGA-TAGTCAACATTTGAATTT-G-T-ACACAATCA-G---TCCATATTGTA-TCA-T---C---TGA-ATACA--CCA---AAATAATTAG-TTCATCAG-AAAGTT-AACT---GGGGTG-CCTCATCACGCTCTTTTACA-T-TAGTT-----A----TA-A-TTG-GGCTTGCACGcagaagatgccaagagagtacttgagcaagtagccagagccacgaagagcacgagagcacgaagacggcccgcgcctgctgcatacatttgtacatacttgacaaatttagaccaagatagtcaacatttgaatttgtacacaatcagtccatattgtatcatctgaatacaccaaaataattagttcatcagaaagttaactggggtgcctcatcacgctcttttacattagttataattgggcttgcacgacttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|10 : gagacgatccggaaaaaggtattccggtcatgtaaacttgaattttagacaataaccgatagcgtggcagttatctcgccggaaggtatacaaccgaaggcaggcggtggatcgagagcagtgttacagaacgacttcagagtgagaagatcggctgagagaagaaaaaaaaaagtgtatgattcatattgtttagtttcttttccaacttaaaatcagacgtgacttgaagcaagcctttcgatgttaattaattaatatgaactcgttaaagactggaggaatgtcaaaagaggctgatttgagccgcgctgtagaggcgggagctaaagtgagccaagctgcgagagccgaatAGACGAT-CCG--GAAAAGAA-GG---TA--------TTTTCAGT-C-ATG-AGAAT--GAATGTT---TAAC-AACCGATAG-G-GGC-T-TTA--TCTC-G--CCGAA--GGGTCTA-T-AAA-A--GGA---CCA-GGC-AT-GGAA-TC--GAAGAT-CT-GTG-T-AC--AACA-GGAAC-TT----CAGA-GCTGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAG-AAAT-TTAAA----AAAAA--GTA--AT---TCATAAT-G-TTA-TTTCTTT-T--AA-TTAAA-AATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAATTCGAGCTGTTAAGA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CGG-ATTTG-A-GC---CGCGCGTG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATTGA-GC-CAA-GA-GCC-------------GCTA--------------TGA-GC---AA--GA-C-----CA--GAGC--CAC--GAAAG-----------AGC-C-G-GAGC------------A--G-------------------------------------T-GC-ATCAG-----CTT--CTT-GT--ACA-------------------A---C--AGA-TAGCCAAC-TTTA---TT-G---AC-CAATCA-G---T--ATA--GTATT-A-TAATT---TGA-A---A--T-A---AAATAGTTAG-TTCCTCAG-AAAGTTAAACTCG-GTGGTG-C--CAT--CG-T-TTCTACATTATA-TTTAA-AA----TA----TG-GG-acttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|11 : gAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGTTC-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAA-TACCGATAG-GTGGC-G-TTAAGTCTC-A--CCGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--G-AGAT-CA-TTCTTAAC--AACA-G--AC-TTTGAACAGA-G-TGAGAAG--G-TCGG-CTGAGA-AAG--------AAA----AAAAAGGGTA--AT---TC-----------------TT-T--AA-TT-AA-AATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATATT--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C---AAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-
gi|12 : tg-GAGTC---AC-G---AA--GA--GCC-----------------AGG-----GCCAGCT-GC-ATCA
gi|12 : CA-TATA-TT--A-AG----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatattaagtaattgggttgcacgctacagtt
gi|13 : gagtcacgaagagccagggccagctgcatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TTT-GT--ACATA-ATTGA----TT-AAT-ATTGC--AAA-TA----AG-TTT---------C-AC-CAATCA-T---TT-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAA-CAAGTT-ATCT-GAGGGATT-T--CAAC-CG-----CCGCA-TCTT-TT--A-AAAAATCA-A-TAA-GG-TTACACACtacagtt
gi|15 : aagtctagagccacgatAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CTAT-C-CTGTAAAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAA-Gtac
gi|2 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-AAAATTA--------TTC-CGAT-C-ATGTAGAATT-GAATTTAGGACAATAAACCGATAG-GTGGC-GATTA-GTCTC-G--CCGAAAGGAG--TATT-AAA-A--GTAA-GCGAGGGCGGTAGGAA-TC--G-AGAT-CA-TTCTT-AC--AACA-G--ACTTT----CAGACG-GGAGAAGAAA-TCGGTTTGAAGGAAG-AAA--GAAAA----AAGAAGGGTA--AT---TCATATTGGTTTA-TTTCTTT-T--AATTT-AA-AATCGATTA--TGCTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATT------GCA-T--AT-TC----ACAAACTC----------GAGCTGTAACGAGG--CTGGA--AT-T---C--AATAGG-----TG-AATTG-A-GTTCGCGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTAG--A-AGTGAG-CAAGCTGC--------GAGAG-------GG-CC-CGA------------AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGAGGCG--AA--A-----------------------G-AAG------------GC-C-A--AGCC---AC-G---AA--GA--GCC-----------------AGGA----ACCAGCT-GCAATCAAGATTTCCA--TTT-GTTAGCATACCTTGAT---TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TTAG-TAAC-CAATCA-GTACT--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGAGA---A--T-A---AAATA-TTA--TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGATG-C--ACTC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--ACAA----TACACTTGAGG-TCGCACGC
gi|3 : AGACGAT-CCGAAGAGAAT-A-AA---TAGTTCATGTTTC-CGGT-C--TGTAGAATT-GAATTTTAGACATT-AACC-ATAG-GTGGC-G-TAT-GTCTCCG--CCGAC--GG---TA-TTACACA--GGAG-GCGA-G-CGG--GAAA-TCTGG-AGATACATGTGTT-ACTAAACA-A--CT-TT----CAGA-G-TGAGAAG--AATCGAACT-AGAGAG---AAT-GAAAATTTTATAAAGGATA--ATATGCCATATT-GTT-A-TTTCATTAT--AAATT-AA-AATCAG--A--CG-GAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-GTGTT-ATATTAATT-GATAAT--ATCTC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGATTAT-T---CCAAAAAGA-GTGCTGCATTTG-A-GC---CGCGC-T--TAAGAGGCCGGGAGCTA---A-AGT-AGCCAAG------------------CGGAT-----------GATGCC---G-AATTGAA-GCCAAAGGC--CGTTA-TTGA-GCGATAA--GA-C-----CA--GAGCTTCAC--G-AAGA----------AGC-C---GAGCCTTAACGG---AA--GA--GCC-----------------AGAGCCATGCCAGCTGGC-ATCTATT---TCACTTTC-GT--A-ATA-CT--A----TTTAAGTA---C--AGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-GT--T--ATAT--TA-TCATTA--TAGGTGA-A---A--T-AAGTAGATA-TTAG-TTCATCCG-AA--TTAAACT----GGGTG-C--CA---CGCT-TCTAACA-GATA-TT--A-AAT---TA-A-TTATGG-TTGCtaccaaattttgatggcagcggatatgggatcaaactaatattgaaatataattctgattataacgttgaaatatgaaatcttgaatatgacacatacgcatagagagctgagcggcaaacgctgaattagattatagaagctctccaagtacagtcatccacccccaccaatcactgagcagcctcatagattcaagttggtatgtccgaatttcgaagtgttttaccactcatactcttgtctagatgaggagagttgatcaaaaacacaagtgagcaaagacgagatctgtaaaatttgagccaacatgtcgcagcacgacatagcatgataagtatgatcctcagcccgtatcacacaaagagaagaaagacccagtctctagagagcatgtgtgtatgagcctccaagacaaacatacatacacgaaggaaatcttgtaatctaccgtatatctaccacgtaaagaccattgtttccacgaatccagacggtaacaaacacctaatggagc
gi|4 : -CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CAC--G-AAG-----------AGC-C-A-G--------------------------------------------G-----GCCAGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGATTAGTCAAC-TTTA----T-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-tacctacaacattttgttggcagtcggtgggatcaaacttaatatgaaaataatcttgagttataacgttgatatagaatcttggaggattattgacattctttacgatacgaattctcttgacggctaacctgctacttgcattagatttagagctctccaagtacagtcattctcatgactactacgctataccataatgcagcgacatctacatagaaaagttaaagtccgattcaggggtgtgttaccactcagtactttg
gi|5 : ccaagctgAGACGAT-CCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATGAGAATTTTAGACAAT-AAC-GATAG-ATGGC-G-TTA-GTCTT-G--CCAAA--GGG---A-T-AAA-A--GGAAAGCGA-GGCGGT-G-AA-TC--G-AGAT-CA-GTGT--AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTAAGAGAAG-AAAT-TAAAA----AAAAAG--TA--AT---TCATATT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TT-AA-AATCAG--A--CGTGAC-T-GAG-CAAGCAT-TTCC-G-TT-TT-A-ATTAATT-GACA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAACCAAGCT-C--------GA------------------A-GA-GCG---G-AATTG-A-GCCGAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CAC--G-AAG-----------AGC-C-A-GA----------------------CC-----------------AGG-----GCCAGCT-GG-ATCAGAT---TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--CGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---T--T-A---AAATA-TTAG-TT-CTC---AAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|6 : aatggtatttttgtatacattgtagaatttatgctcataaagaagatagctaactttgtcttatgtcttattttgttttgctaaaaaagagaaaaatttatatcatgcgaagtcgcatgaagtttgacggtgggtaatgAGGCGATTCCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-CCATGTAGAATT-GAATTT-AGACAAT-GACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-GGGCCGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAAATC--G-AGAG-CA-GTGTT-AC--AACAAG--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGGGAGAAGAAAAT-AAAAA----AAAA--GGTA--AT---TCATATT-GTTTATTTTCTTT-T--AA-TT-AA-AACCAG--ACCCGTGAC-TGGAA-CAAGCCTGTTCCTG-TT-TTAA-ATTAATTAGATA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------G------------G--CTGG---AT-T---C--AAAGAA-G--CTG-ATTTGAA-GC---CGCGC-TGCTAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGAGGC-CGA-GA-GCCCG-A-AATTG-A-GCC-AGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AAAGAAGC-----CG--CAGCG-CAC--G-AAG-----------AGC-C-G-GAGCC---AC-GAAAAA--GA--GCCAGAGCCACGAAGAGCCCAGG-----GCCAGCT-GC-ATCAGAAT--TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA-----TTGAG-AAC-C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-GTT-AC-CAATCA-G---TA-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---AATT-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAGAAAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGC--TCGCACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCAGGCtac
gi|7 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-AAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--G-AGAG-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAG-AAATAAAAAA----AAAAAAGGTA--AT---TCATATT-TTTTA-TTTCTTT-T--AA-TT-AA-AATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCC-GGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CAC--G-AAG-----------AGC-C-A-GAGCC---AC-G---AA--GA--GCC-----------------AGG-----GCCTGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCTTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCtac
gi|8 : AT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGTT-TGAA-TC--G-AGAT-CT-TTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAG-AAAT-GAAAA----AA----GGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TT-AG-AATCCG--A--CTTTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATC-T--AT-TC----A-AAAGTCGAGCTGAAA-GA-----------G--CTGAA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCTC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATTGA-TC-CGA-GA-GTC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCC--AA--GAGCCTAA-CA--TAAT--CACAAG-AAA-----------AGT-C-ATTAGCC---AC-G--------------------------------------------------------------A--TTTTGT--ATATA-ATTGA-----TTA----------ATA-TTGT-AAA-TACG---TT-T-C-AC-AAATCATT---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAG-CAAGTT-ATCT-GAGGGATC-T--CAAC-CG-----CCGCA-TTTA-TA--A-GAAT--TA-A-TAA-GG-TTACACG
gi|9 : agaaAGACGAT-CTG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CTGAA--GGG--TA-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--G-AGAT-CA-GTTTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TG---AG--A-TCGG-CTGAGAGAAG-AAAT-TAAAA----AAAA--GGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--GA----AATAATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTCGAGCTGTAA-GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCAC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTATTTATAGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GCGCGATGA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CG--GAGC--CAC--G-AAGA----------AGC-C---GAGGC----C-G---AATTGA--GCCA----------------AGA-----GCCttaca
gi|9 : gCT-GC-ATCAGAT---TCAT-TTT-GT--ACATA-CTTGA----ATTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAgtattgagcaaagagccggagtcacaaagagccagagccacgaagagccagggccaactgcatcagattcattttgtacatacttgaattaagacagatagtcaactttattgtacca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGCCTTATTTTGTTTTGCTAAAAAAAAAAAATCAATATCATGCGAGGTCGCATGAAGTTTGAGGCGTGGGTAATGAAACGATCCG
Unaligned ( gi|16 ): AGCTACGATTTTGTACATATTTGATTAATAGATTGTAAATACGTTTCACCAATCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 111 1 1111 44444444444444444444444 111 22222222222222222222222222 111 333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333 4444444 11111 111 111111 111111111111111 222 1 1111
lowQualScore : 3 55 88 7 666 33333333 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 55 55 55 4 4 4 55 4 4 4 4 55 4 4 4 44 11 4 55 4 8888 4 4 55 4 8 111 8888 44 55 777 4 999 4 55 2 4 4 55 55 4 4 4 4 4 4 4 4 4 8 55 4 5555 3 77777777777777777777777 55 55 3 666 55 3 55 3 3 3 666 3 4 4 111 4 66666666666666666666666666 3 3 111 3 3 3 55 7 3 7 555 55 1 99999 55 88 333333333333333333333333333333333 44 44 111111111111111111111111 3 3 4444444 88 3 55 3 55555 2 3 111 55 3 3 666 3 555 3 4 555555 4 4 8 4 55 777 555555555555555 8 8 4 8 222 2 55 1 4 999 3 0 4 55 4 8888 4 4 8 4
lowQualScore : . .. .. . ... ........ . . . . . . . . . . .. .. .. . . . .. . . . . .. . . . .. .. . .. . .... . . .. . . ... .... .. .. ... . ... . .. . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . .... . ....................... .. .. . ... .. . .. . . . ... . . . ... . .......................... . . ... . . . .. . . . ... .. . ..... .. .. ................................. .. .. ........................ . . ....... .. . .. . ..... . . ... .. . . ... . ... . . ...... . . . . .. ... ............... . . . . ... . .. . . ... . . . .. . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 66 3 444 22222222 6 6 6 6 6 6 0 0 0 0 55 55 55 0 0 0 55 0 0 0 0 55 0 0 0 88 00 0 55 0 5555 0 0 55 0 0 111 5555 11 55 000 0 555 0 55 0 0 0 55 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0000 6 77777777777777777777777 00 00 6 444 00 6 00 6 6 6 444 6 0 0 000 0 00000000000000000000000000 6 6 444 6 6 6 00 3 6 3 555 00 4 11111 00 66 666666666666666666666666666666666 66 66 888888888888888888888888 6 6 6666666 66 6 00 6 88888 1 6 444 00 6 6 444 6 555 6 0 555555 0 0 0 0 55 000 666666666666666 0 0 0 0 000 0 55 1 0 777 6 9 0 55 0 0000 0 0 0 0
consensus : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-NAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
Reference ( family-66 ) : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-NAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
gi|1 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAAACTT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAGCGTGGCAG-TTA--TCTC-G--CCGGA--AGGT--A-T-ACA-ACCGAAG-GC-A-GGCGGT-GG-A-TC--GA-GAG-CA-GTGTT-ACAGAAC--G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGA-----AAAA----AAAAAGTGTATGAT---TCATATT-GTTTAGTTTCTTT-TCCAACTTAA-AA-TCAG--A--CGTGACTT-GAAGCAAGCCT-TTC--GATG-TT-A-ATTAATT-AATA-TGAAC-TCGTTAA-AGACTG----------GA----------------GGA--ATGT---C--AAAAGAGG--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-T-AGA-GGCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GCTCGA-GA-GCC---GAAATTG-A--CCAAGAGCGTCG-AA-TTGATGCC--AA--GAGCAACGTCATTGAGC--CAAGCAGCCGTATCTTGAAGC-C-AGAGCC----C------A--GA--GCCA-----------------
gi|1 : g----A-GAGCTC----------GA-----------GAGCCGAA--AT-TGACC--AAGAGC-G--TCG-AATTG-ATGC---C---------AAGA-GC----AACGT---C-ATTGAGCCAAGCAGCCGTATCTTGA-AGCC----AGA-GC-CCA-GA-GCCACAG-AA--G-ATGCCAAGAGA---G-TACTTGA-GCA--AG--TAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGCACGAGAGC----AC-G---AA--GACGGCCC-----------------GC-----GCCTGCT-GC-AT-A-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGACAAATTTA-G-A---CCAAGA-TAGTCAACATTTGAATTT-G-T-ACACAATCA-G---TCCATATTGTA-TCA-T---C---TGA-ATACA--CCA---AAATAATTAG-TTCATCAG-AAAGTT-AACT---GGGGTG-CCTCATCACGCTCTTTTACA-T-TAGTT-----A----TA-A-TTG-GGCTTGCACGcagaagatgccaagagagtacttgagcaagtagccagagccacgaagagcacgagagcacgaagacggcccgcgcctgctgcatacatttgtacatacttgacaaatttagaccaagatagtcaacatttgaatttgtacacaatcagtccatattgtatcatctgaatacaccaaaataattagttcatcagaaagttaactggggtgcctcatcacgctcttttacattagttataattgggcttgcacgacttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|10 : gagacgatccggaaaaaggtattccggtcatgtaaacttgaattttagacaataaccgatagcgtggcagttatctcgccggaaggtatacaaccgaaggcaggcggtggatcgagagcagtgttacagaacgacttcagagtgagaagatcggctgagagaagaaaaaaaaaagtgtatgattcatattgtttagtttcttttccaacttaaaatcagacgtgacttgaagcaagcctttcgatgttaattaattaatatgaactcgttaaagactggaggaatgtcaaaagaggctgatttgagccgcgctgtagaggcgggagctaaagtgagccaagctgcgagagccgaatAGACGAT-CCG--GAAAAGAA-GG---TA--------TTTTCAGT-C-ATG-AGAAT--GAATGTT---TAAC-AACCGATAG-G-GGC-T-TTA--TCTC-G--CCGAA--GGGTCTA-T-AAA-A--GGA---CCA-GGCA-T-GGAA-TC--GAAGAT-CT-GTGT--AC--AACA-GGAAC-TT----CAGA-GCTGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-TTAAA----AAAAAG--TA--AT---TCATAAT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AAATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAATTCGAGCTGTTAAGA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CGG-ATTTG-A-GC---CGCGCGTG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTG---------------------------CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CGCTA--TGA-GC---AA--GA-C-----CA--GAGC--CACGA-----------------------------------AA--GA--GCCG-----------------GA-----G-CAG-T-GC-ATCAG-----CTT--CTT-GT--ACA-------------------A---C--AGA-TAGCCAAC-TTTA---TT-G---AC-CAATCA-G---T--ATA--GTATT-A-TAATT---TGA-A---A--T-A---AAATAGTTAG-TTCCTCAG-AAAGTTAAACTCG-GTGGTG-C--CAT--CG-T-TTCTACATTATA-TTTAA-AA----TA----TG-GG-acttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|11 : gAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGTTC-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAA-TACCGATAG-GTGGC-G-TTAAGTCTC-A--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-TTCTTAAC--AACA-G--AC-TTTGAACAGA-G-TGAGAAG--G-TCGG-CTGAGA-AAG-------AAA----AAAAAGGGTA--AT---TC-----------------TT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATATT--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C---AAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-
gi|12 : tgGAGTC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCA
gi|12 : CA-TATA-TT--A-AG----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatattaagtaattgggttgcacgctacagtt
gi|13 : gagtcacgaagagccagggccagctgcatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TTT-GT--ACATA-ATTGA----TT-AAT-ATTGC--AAA-TA----AG-TTT---------C-AC-CAATCA-T---TT-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAA-CAAGTT-ATCT-GAGGGATT-T--CAAC-CG-----CCGCA-TCTT-TT--A-AAAAATCA-A-TAA-GG-TTACACACtacagtt
gi|15 : aagtctagagccacgatAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CTAT-C-CTGTAAAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAA-Gtac
gi|2 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-AAAATTA--------TTC-CGAT-C-ATGTAGAATT-GAATTTAGGACAATAAACCGATAG-GTGGC-GATTA-GTCTC-G--CCGAAAGGAGT--ATT-AAA-A--GTAA-GCGAGGGCGGTAGGAA-TC--GA-GAT-CA-TTCTT-AC--AACA-G--ACTTT----CAGACG-GGAGAAGAAA-TCGGTTTGAAGGAAGAAA--GAAAA----AAGAAGGGTA--AT---TCATATTGGTTTA-TTTCTTT-T--AATTTAA-AA-TCGATTA--TGCTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATT------GCA-T--AT-TC----ACAAACTC----------GAGCTGTAACGAGG--CTGGA--AT-T---C--AATAGG-----TG-AATTG-A-GTTCGCGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTAG--A-AGTGAG-CAAGCTGC--------GAGAG-------GG-CC-CGA------------AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGAGGCG--AA--A---------------------GAAG------------GC-C-A-AGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GGA----ACCAGCT-GCAATCAAGATTTCCA--TTT-GTTAGCATACCTTGAT---TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TTAG-TAAC-CAATCA-GTACT--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGAGA---A--T-A---AAATA-TTA--TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGATG-C--ACTC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--ACAA----TACACTTGAGG-TCGCACGC
gi|3 : AGACGAT-CCGAAGAGAAT-A-AA---TAGTTCATGTTTC-CGGT-C--TGTAGAATT-GAATTTTAGACATT-AACC-ATAG-GTGGC-G-TAT-GTCTCCG--CCGAC--GG-T--A-TTACACA--GGAG-GCGA-G-CGG--GAAA-TCTGGA-GATACATGTGTT-ACTAAACA-A--CT-TT----CAGA-G-TGAGAAG--AATCGAACT-AGAGAG--AAT-GAAAATTTTATAAAGGATA--ATATGCCATATT-GTT-A-TTTCATTAT--AAATTAA-AA-TCAG--A--CG-GAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-GTGTT-ATATTAATT-GATAAT--ATCTC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGATTAT-T---CCAAAAAGA-GTGCTGCATTTG-A-GC---CGCGC-T--TAAGAGGCCGGGAGCTA---A-AGT-AGCCAAG------------------CGGAT-----------GATGCC---G-AATTGAA-GCCAAAGGC--CGTTA-TTGA-GCGATAA--GA-C-----CA--GAGCTTCACGAAGA----------AGC-C--GAGCCTTAACGG---AA--GA--GCCA-----------------GAGCCATGCCAGCTGGC-ATCTATT---TCACTTTC-GT--A-ATA-CT--A----TTTAAGTA---C--AGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-GT--T--ATAT--TA-TCATTA--TAGGTGA-A---A--T-AAGTAGATA-TTAG-TTCATCCG-AA--TTAAACT----GGGTG-C--CA---CGCT-TCTAACA-GATA-TT--A-AAT---TA-A-TTATGG-TTGCtaccaaattttgatggcagcggatatgggatcaaactaatattgaaatataattctgattataacgttgaaatatgaaatcttgaatatgacacatacgcatagagagctgagcggcaaacgctgaattagattatagaagctctccaagtacagtcatccacccccaccaatcactgagcagcctcatagattcaagttggtatgtccgaatttcgaagtgttttaccactcatactcttgtctagatgaggagagttgatcaaaaacacaagtgagcaaagacgagatctgtaaaatttgagccaacatgtcgcagcacgacatagcatgataagtatgatcctcagcccgtatcacacaaagagaagaaagacccagtctctagagagcatgtgtgtatgagcctccaagacaaacatacatacacgaaggaaatcttgtaatctaccgtatatctaccacgtaaagaccattgtttccacgaatccagacggtaacaaacacctaatggagc
gi|4 : -CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AG--------------------------------------------G-----GCCAGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGATTAGTCAAC-TTTA----T-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-tacctacaacattttgttggcagtcggtgggatcaaacttaatatgaaaataatcttgagttataacgttgatatagaatcttggaggattattgacattctttacgatacgaattctcttgacggctaacctgctacttgcattagatttagagctctccaagtacagtcattctcatgactactacgctataccataatgcagcgacatctacatagaaaagttaaagtccgattcaggggtgtgttaccactcagtactttg
gi|5 : ccaagctgAGACGAT-CCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATGAGAATTTTAGACAAT-AAC-GATAG-ATGGC-G-TTA-GTCTT-G--CCAAA--GGG---A-T-AAA-A--GGAAAGCGA-GGCGGT-G-AA-TC--GA-GAT-CA-GTGT--AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTAAGAGAAGAAAT-TAAAA----AAAAAG--TA--AT---TCATATT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAG-CAAGCAT-TTCC-G-TT-TT-A-ATTAATT-GACA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAACCAAGCT-C--------GA------------------A-GA-GCG---G-AATTG-A-GCCGAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGA----------------------CCA-----------------GG-----GCCAGCT-GG-ATCAGAT---TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--CGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---T--T-A---AAATA-TTAG-TT-CTC---AAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|6 : aatggtatttttgtatacattgtagaatttatgctcataaagaagatagctaactttgtcttatgtcttattttgttttgctaaaaaagagaaaaatttatatcatgcgaagtcgcatgaagtttgacggtgggtaatgAGGCGATTCCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-CCATGTAGAATT-GAATTT-AGACAAT-GACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-GGGCCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAAATC--GA-GAG-CA-GTGTT-AC--AACAAG--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGGGAGAAGAAAA-TAAAA----AAAAA-GGTA--AT---TCATATT-GTTTATTTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-CCAG--ACCCGTGAC-TGGAA-CAAGCCTGTTCCTG-TT-TTAA-ATTAATTAGATA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------G------------G--CTGG---AT-T---C--AAAGAA-G--CTG-ATTTGAA-GC---CGCGC-TGCTAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGAGGC-CGA-GA-GCCCG-A-AATTG-A-GCC-AGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AAAGAAGC-----CG--CAGCG-CACGAAG-----------AGC-C-GGAGCC---AC-GAAAAA--GA--GCCAGAGCCACGAAGAGCCCAGG-----GCCAGCT-GC-ATCAGAAT--TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA-----TTGAG-AAC-C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-GTT-AC-CAATCA-G---TA-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---AATT-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAGAAAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGC--TCGCACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCAGGCtac
gi|7 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-AAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAG-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAATAAAAAA----AAAAAAGGTA--AT---TCATATT-TTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCC-GGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCTGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCTTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCtac
gi|8 : AT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGTT-TGAA-TC--GA-GAT-CT-TTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-GAAAA----AA----GGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAG-AA-TCCG--A--CTTTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATC-T--AT-TC----A-AAAGTCGAGCTGAAA-GA-----------G--CTGAA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCTC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATTGA-TC-CGA-GA-GTC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCC--AA--GAGC-----CT--AA----CAT---------------AAT-C-A----C---AA-G---AA--AA--GTCA-------------------------TTAGCC-AC-G-----------A--TTTTGT--ATATA-ATTGA-----TTA----------ATA-TTGT-AAA-TACG---TT-T-C-AC-AAATCATT---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAG-CAAGTT-ATCT-GAGGGATC-T--CAAC-CG-----CCGCA-TTTA-TA--A-GAAT--TA-A-TAA-GG-TTACACG
gi|9 : agaaAGACGAT-CTG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CTGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTTTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TG---AG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-TAAAA----AAAA--GGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--GA---AATAA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTCGAGCTGTAA-GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCAC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTATTTATAGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GCGCGATGA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CG--GAGC--CACGAAGA----------AGC-C--GAGGC----C-G---AATTGA--GCCA-----------------AG--------AGCC-GT-ATttaca
gi|9 : g-----TCAT-TTT-GT--ACATA-CTTGA----ATTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAtgagcaaagagccggagtcacaaagagccagagccacgaagagccagggccaactgcatcagattcattttgtacatacttgaattaagacagatagtcaactttattgtacca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGCCTTATTTTGTTTTGCTAAAAAAAAAAAATCAATATCATGCGAGGTCGCATGAAGTTTGAGGCGTGGGTAATGAAACGATCCG
Unaligned ( gi|16 ): AGCTACGATTTTGTACATATTTGATTAATAGATTGTAAATACGTTTCACCAATCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 111 1 1111 44444444444444444444444 111 22222222222222222222222222 111 333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333 4444444 11111 111 111111 111111111111111 222 1 1111
lowQualScore : 3 55 88 7 666 33333333 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 55 55 55 4 4 4 55 4 4 4 4 55 4 4 4 44 11 4 55 4 8888 4 4 55 4 8 111 8888 44 55 777 4 999 4 55 2 4 4 55 55 4 4 4 4 4 4 4 4 4 8 55 4 5555 3 77777777777777777777777 55 55 3 666 55 3 55 3 3 3 666 3 4 4 111 4 66666666666666666666666666 3 3 111 3 3 3 55 7 3 7 555 55 1 99999 55 88 333333333333333333333333333333333 44 44 111111111111111111111111 3 3 4444444 88 3 55 3 55555 2 3 111 55 3 3 666 3 555 3 4 555555 4 4 8 4 55 777 555555555555555 8 8 4 8 222 2 55 1 4 999 3 0 4 55 4 8888 4 4 8 4
lowQualScore : . .. .. . ... ........ . . . . . . . . . . .. .. .. . . . .. . . . . .. . . . .. .. . .. . .... . . .. . . ... .... .. .. ... . ... . .. . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . .... . ....................... .. .. . ... .. . .. . . . ... . . . ... . .......................... . . ... . . . .. . . . ... .. . ..... .. .. ................................. .. .. ........................ . . ....... .. . .. . ..... . . ... .. . . ... . ... . . ...... . . . . .. ... ............... . . . . ... . .. . . ... . . . .. . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 66 3 444 22222222 6 6 6 6 6 6 0 0 0 0 55 55 55 0 0 0 55 0 0 0 0 55 0 0 0 88 00 0 55 0 5555 0 0 55 0 0 111 5555 11 55 000 0 555 0 55 0 0 0 55 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0000 6 77777777777777777777777 00 00 6 444 00 6 00 6 6 6 444 6 0 0 000 0 00000000000000000000000000 6 6 444 6 6 6 00 3 6 3 555 00 4 11111 00 66 666666666666666666666666666666666 66 66 888888888888888888888888 6 6 6666666 66 6 00 6 88888 1 6 444 00 6 6 444 6 555 6 0 555555 0 0 0 0 55 000 666666666666666 0 0 0 0 000 0 55 1 0 777 6 9 0 55 0 0000 0 0 0 0
consensus : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-NAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
Reference ( family-66 ) : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-NAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
gi|1 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAAACTT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAGCGTGGCAG-TTA--TCTC-G--CCGGA--AGGT--A-T-ACA-ACCGAAG-GC-A-GGCGGT-GG-A-TC--GA-GAG-CA-GTGTT-ACAGAAC--G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGA-----AAAA----AAAAAGTGTATGAT---TCATATT-GTTTAGTTTCTTT-TCCAACTTAA-AA-TCAG--A--CGTGACTT-GAAGCAAGCCT-TTC--GATG-TT-A-ATTAATT-AATA-TGAAC-TCGTTAA-AGACTG----------GA----------------GGA--ATGT---C--AAAAGAGG--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-T-AGA-GGCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GCTCGA-GA-GCC---GAAATTG-A--CCAAGAGCGTCG-AA-TTGATGCC--AA--GAGCAACGTCATTGAGC--CAAGCAGCCGTATCTTGAAGC-C-AGAGCC----C------A--GA--GCCA-----------------
gi|1 : g----A-GAGCTC----------GA-----------GAGCCGAA--AT-TGACC--AAGAGC-G--TCG-AATTG-ATGC---C---------AAGA-GC----AACGT---C-ATTGAGCCAAGCAGCCGTATCTTGA-AGCC----AGA-GC-CCA-GA-GCCACAG-AA--G-ATGCCAAGAGA---G-TACTTGA-GCA--AG--TAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGCACGAGAGC----AC-G---AA--GACGGCCC-----------------GC-----GCCTGCT-GC-AT-A-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGACAAATTTA-G-A---CCAAGA-TAGTCAACATTTGAATTT-G-T-ACACAATCA-G---TCCATATTGTA-TCA-T---C---TGA-ATACA--CCA---AAATAATTAG-TTCATCAG-AAAGTT-AACT---GGGGTG-CCTCATCACGCTCTTTTACA-T-TAGTT-----A----TA-A-TTG-GGCTTGCACGcagaagatgccaagagagtacttgagcaagtagccagagccacgaagagcacgagagcacgaagacggcccgcgcctgctgcatacatttgtacatacttgacaaatttagaccaagatagtcaacatttgaatttgtacacaatcagtccatattgtatcatctgaatacaccaaaataattagttcatcagaaagttaactggggtgcctcatcacgctcttttacattagttataattgggcttgcacgacttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|10 : gagacgatccggaaaaaggtattccggtcatgtaaacttgaattttagacaataaccgatagcgtggcagttatctcgccggaaggtatacaaccgaaggcaggcggtggatcgagagcagtgttacagaacgacttcagagtgagaagatcggctgagagaagaaaaaaaaaagtgtatgattcatattgtttagtttcttttccaacttaaaatcagacgtgacttgaagcaagcctttcgatgttaattaattaatatgaactcgttaaagactggaggaatgtcaaaagaggctgatttgagccgcgctgtagaggcgggagctaaagtgagccaagctgcgagagccgaatAGACGAT-CCG--GAAAAGAA-GG---TA--------TTTTCAGT-C-ATG-AGAAT--GAATGTT---TAAC-AACCGATAG-G-GGC-T-TTA--TCTC-G--CCGAA--GGGTCTA-T-AAA-A--GGA---CCA-GGCA-T-GGAA-TC--GAAGAT-CT-GTGT--AC--AACA-GGAAC-TT----CAGA-GCTGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-TTAAA----AAAAAG--TA--AT---TCATAAT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AAATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAATTCGAGCTGTTAAGA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CGG-ATTTG-A-GC---CGCGCGTG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTG---------------------------CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CGCTA--TGA-GC---AA--GA-C-----CA--GAGC--CACGA-----------------------------------AA--GA--GCCG-----------------GA-----G-CAG-T-GC-ATCAG-----CTT--CTT-GT--ACA-------------------A---C--AGA-TAGCCAAC-TTTA---TT-G---AC-CAATCA-G---T--ATA--GTATT-A-TAATT---TGA-A---A--T-A---AAATAGTTAG-TTCCTCAG-AAAGTTAAACTCG-GTGGTG-C--CAT--CG-T-TTCTACATTATA-TTTAA-AA----TA----TG-GG-acttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|11 : gAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGTTC-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAA-TACCGATAG-GTGGC-G-TTAAGTCTC-A--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-TTCTTAAC--AACA-G--AC-TTTGAACAGA-G-TGAGAAG--G-TCGG-CTGAGA-AAG-------AAA----AAAAAGGGTA--AT---TC-----------------TT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATATT--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C---AAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-
gi|12 : tgGAGTC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCA
gi|12 : CA-TATA-TT--A-AG----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatattaagtaattgggttgcacgctacagtt
gi|13 : gagtcacgaagagccagggccagctgcatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TTT-GT--ACATA-ATTGA----TT-AAT-ATTGC--AAA-TA----AG-TTT---------C-AC-CAATCA-T---TT-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAA-CAAGTT-ATCT-GAGGGATT-T--CAAC-CG-----CCGCA-TCTT-TT--A-AAAAATCA-A-TAA-GG-TTACACACtacagtt
gi|15 : aagtctagagccacgatAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CTAT-C-CTGTAAAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAA-Gtac
gi|2 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-AAAATTA--------TTC-CGAT-C-ATGTAGAATT-GAATTTAGGACAATAAACCGATAG-GTGGC-GATTA-GTCTC-G--CCGAAAGGAGT--ATT-AAA-A--GTAA-GCGAGGGCGGTAGGAA-TC--GA-GAT-CA-TTCTT-AC--AACA-G--ACTTT----CAGACG-GGAGAAGAAA-TCGGTTTGAAGGAAGAAA--GAAAA----AAGAAGGGTA--AT---TCATATTGGTTTA-TTTCTTT-T--AATTTAA-AA-TCGATTA--TGCTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATT------GCA-T--AT-TC----ACAAACTC----------GAGCTGTAACGAGG--CTGGA--AT-T---C--AATAGG-----TG-AATTG-A-GTTCGCGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTAG--A-AGTGAG-CAAGCTGC--------GAGAG-------GG-CC-CGA------------AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGAGGCG--AA--A---------------------GAAG------------GC-C-A-AGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GGA----ACCAGCT-GCAATCAAGATTTCCA--TTT-GTTAGCATACCTTGAT---TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TTAG-TAAC-CAATCA-GTACT--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGAGA---A--T-A---AAATA-TTA--TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGATG-C--ACTC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--ACAA----TACACTTGAGG-TCGCACGC
gi|3 : AGACGAT-CCGAAGAGAAT-A-AA---TAGTTCATGTTTC-CGGT-C--TGTAGAATT-GAATTTTAGACATT-AACC-ATAG-GTGGC-G-TAT-GTCTCCG--CCGAC--GG-T--A-TTACACA--GGAG-GCGA-G-CGG--GAAA-TCTGGA-GATACATGTGTT-ACTAAACA-A--CT-TT----CAGA-G-TGAGAAG--AATCGAACT-AGAGAG--AAT-GAAAATTTTATAAAGGATA--ATATGCCATATT-GTT-A-TTTCATTAT--AAATTAA-AA-TCAG--A--CG-GAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-GTGTT-ATATTAATT-GATAAT--ATCTC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGATTAT-T---CCAAAAAGA-GTGCTGCATTTG-A-GC---CGCGC-T--TAAGAGGCCGGGAGCTA---A-AGT-AGCCAAG------------------CGGAT-----------GATGCC---G-AATTGAA-GCCAAAGGC--CGTTA-TTGA-GCGATAA--GA-C-----CA--GAGCTTCACGAAGA----------AGC-C--GAGCCTTAACGG---AA--GA--GCCA-----------------GAGCCATGCCAGCTGGC-ATCTATT---TCACTTTC-GT--A-ATA-CT--A----TTTAAGTA---C--AGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-GT--T--ATAT--TA-TCATTA--TAGGTGA-A---A--T-AAGTAGATA-TTAG-TTCATCCG-AA--TTAAACT----GGGTG-C--CA---CGCT-TCTAACA-GATA-TT--A-AAT---TA-A-TTATGG-TTGCtaccaaattttgatggcagcggatatgggatcaaactaatattgaaatataattctgattataacgttgaaatatgaaatcttgaatatgacacatacgcatagagagctgagcggcaaacgctgaattagattatagaagctctccaagtacagtcatccacccccaccaatcactgagcagcctcatagattcaagttggtatgtccgaatttcgaagtgttttaccactcatactcttgtctagatgaggagagttgatcaaaaacacaagtgagcaaagacgagatctgtaaaatttgagccaacatgtcgcagcacgacatagcatgataagtatgatcctcagcccgtatcacacaaagagaagaaagacccagtctctagagagcatgtgtgtatgagcctccaagacaaacatacatacacgaaggaaatcttgtaatctaccgtatatctaccacgtaaagaccattgtttccacgaatccagacggtaacaaacacctaatggagc
gi|4 : -CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AG--------------------------------------------G-----GCCAGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGATTAGTCAAC-TTTA----T-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-tacctacaacattttgttggcagtcggtgggatcaaacttaatatgaaaataatcttgagttataacgttgatatagaatcttggaggattattgacattctttacgatacgaattctcttgacggctaacctgctacttgcattagatttagagctctccaagtacagtcattctcatgactactacgctataccataatgcagcgacatctacatagaaaagttaaagtccgattcaggggtgtgttaccactcagtactttg
gi|5 : ccaagctgAGACGAT-CCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATGAGAATTTTAGACAAT-AAC-GATAG-ATGGC-G-TTA-GTCTT-G--CCAAA--GGG---A-T-AAA-A--GGAAAGCGA-GGCGGT-G-AA-TC--GA-GAT-CA-GTGT--AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTAAGAGAAGAAAT-TAAAA----AAAAAG--TA--AT---TCATATT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAG-CAAGCAT-TTCC-G-TT-TT-A-ATTAATT-GACA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAACCAAGCT-C--------GA------------------A-GA-GCG---G-AATTG-A-GCCGAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGA----------------------CCA-----------------GG-----GCCAGCT-GG-ATCAGAT---TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--CGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---T--T-A---AAATA-TTAG-TT-CTC---AAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|6 : aatggtatttttgtatacattgtagaatttatgctcataaagaagatagctaactttgtcttatgtcttattttgttttgctaaaaaagagaaaaatttatatcatgcgaagtcgcatgaagtttgacggtgggtaatgAGGCGATTCCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-CCATGTAGAATT-GAATTT-AGACAAT-GACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-GGGCCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAAATC--GA-GAG-CA-GTGTT-AC--AACAAG--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGGGAGAAGAAAA-TAAAA----AAAAA-GGTA--AT---TCATATT-GTTTATTTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-CCAG--ACCCGTGAC-TGGAA-CAAGCCTGTTCCTG-TT-TTAA-ATTAATTAGATA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------G------------G--CTGG---AT-T---C--AAAGAA-G--CTG-ATTTGAA-GC---CGCGC-TGCTAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGAGGC-CGA-GA-GCCCG-A-AATTG-A-GCC-AGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AAAGAAGC-----CG--CAGCG-CACGAAG-----------AGC-C-GGAGCC---AC-GAAAAA--GA--GCCAGAGCCACGAAGAGCCCAGG-----GCCAGCT-GC-ATCAGAAT--TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA-----TTGAG-AAC-C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-GTT-AC-CAATCA-G---TA-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---AATT-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAGAAAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGC--TCGCACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCAGGCtac
gi|7 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-AAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAG-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAATAAAAAA----AAAAAAGGTA--AT---TCATATT-TTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCC-GGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCTGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCTTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCtac
gi|8 : AT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGTT-TGAA-TC--GA-GAT-CT-TTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-GAAAA----AA----GGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAG-AA-TCCG--A--CTTTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATC-T--AT-TC----A-AAAGTCGAGCTGAAA-GA-----------G--CTGAA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCTC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATTGA-TC-CGA-GA-GTC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCC--AA--GAGC-----CT--AA----CAT---------------AAT-C-A----C---AA-G---AA--AA--GTCA-------------------------TTAGCC-AC-G-----------A--TTTTGT--ATATA-ATTGA-----TTA----------ATA-TTGT-AAA-TACG---TT-T-C-AC-AAATCATT---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAG-CAAGTT-ATCT-GAGGGATC-T--CAAC-CG-----CCGCA-TTTA-TA--A-GAAT--TA-A-TAA-GG-TTACACG
gi|9 : agaaAGACGAT-CTG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CTGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTTTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TG---AG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-TAAAA----AAAA--GGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--GA---AATAA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTCGAGCTGTAA-GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCAC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTATTTATAGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GCGCGATGA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CG--GAGC--CACGAAGA----------AGC-C--GAGGC----C-G---AATTGA--GCCA-----------------AG--------AGCC-GT-ATttaca
gi|9 : g-----TCAT-TTT-GT--ACATA-CTTGA----ATTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAtgagcaaagagccggagtcacaaagagccagagccacgaagagccagggccaactgcatcagattcattttgtacatacttgaattaagacagatagtcaactttattgtacca
blockSeqs : T AA GA A AAT GTTCATGT T T C A A . . A A C GG AG CT T T C . A G A A TG A A T TA TA A GA T TGAA C C AA A T TAA TTTT GG . ATG G TAT A . T T A TT CC . G . G . G A T A T . C A C GAGCTGTAACGAG AG TT . GAC CA . TG C A T TCG G C G TTT T CGTATCTTGAAGCCAGAGC T T ACA . A T . C C G GAT AG G . . TT AAGCCGAGCCTTAACGG TT CG GAGCCACGAAGAGCCCAGG G A AGATTTC CT T TA C TT A T TTG . T . . A TA . T TACT . T C T AT AGG AAATAAGT G A A A CG C . T . CT T . TA C AAAT C C A .
blockSeqs : . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A TT . GG . . . TA . . A . . . . . . . . . . . . . A . . A . GAGCTGTTAAGA . . . . . . . . . . . . . . G . GAGAGCCGAATAGAGGC . . CG . . . . T . . A . G . . G AGCCGGAGCCACGAAA . . GAGCCAT . . GAATT T . . . T A . AC . . . . . TT . . TT . . . . . . AAAATTA . A . A GA C . A . CT . . . . AT . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TG . GG . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAGCTGAAAGA . . . . . . . . . . . . . . . . GAGAGCCGAATAGAGCG . . . . . . . . . . G . G . . . AGCACGAGAGCACG . . GGA . . ATTT . . . . T A . . . . . . . C . . TT . . . . . . AGAATA . . . . GA C . T . CT . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TT . AG . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAGCTGTAAGA . . . . . . . . . . . . . . . . GAGAGCCGAATAGAGC . . . . . . . . . . G . G . . . AGCCAGAGCCACG . . GA . . GATT . . . . T A . . . . . . . T . . TA . . . . . . AAATA . . . . G . . T . CT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . AT . G . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . GAGAGCCGAATTGATC . . . . . . . . . . G . G . . . AAGCCGAGGCCG . . GG . . GC . . . . T A . . . . . . . T . . T . . . . . . AAATA . . . . G . . T . CT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TG . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . GAGAGGGCC . . . . . . . . . . G . G . . . GCCAAGCCACG . . GG . . . . . . . T A . . . . . . . T . . T . . . . . . AATTA . . . . G . . T . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TT . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . CGGAT . . . . . . . . . . G . G . . . AATCACAAG . . GG . . . . . . . A A . . . . . . . T . . T . . . . . . AAATA . . . . . . . T . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . C . . . . . AGCCAGA . . AG . . . . . . . . A . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AGCCAG . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** ** TT* G* ** TA* ** ** **** GAGAGCCGAATGAGC*********** ** ***** ** AGCCAGAGCCACG******************** T**** ** *** T***** AAATA********** G** ** CT*
originalCons : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAAT-NAAAA----AAAAAGGGTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATAGA-GC-CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
finalCons : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CTGAGAGAAGAAATT-AAAA----AAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGCGAGAGCCGAATGAGC-----------CGA-GA-GCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAGAGCCAGAGCCACG--------------------AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGAT----TTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-GT-----ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGAAATA----------AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACTG--GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGCCTTATTTTGTTTTGCTAAAAAAAAAAAATCAATATCATGCGAGGTCGCATGAAGTTTGAGGCGTGGGTAATGAAACGATCCG
Unaligned ( gi|16 ): AGCTACGATTTTGTACATATTTGATTAATAGATTGTAAATACGTTTCACCAATCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11 111111 1 1111 44444444444444444444444 111 11111111 22222222222 111 333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333 4444444 11111 111 111111 111111111111111 222 1 1111
lowQualScore : 3 55 88 7 666 33333333 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 55 55 55 4 4 4 55 4 4 4 4 55 4 4 4 44 11 4 55 4 8888 4 4 55 4 8 4 4 444444 55 55 55 777 4 999 4 55 2 4 4 55 55 4 4 4 4 4 4 4 4 4 8 55 4 5555 3 77777777777777777777777 55 55 3 666 55 3 55 3 3 3 666 3 4 4 111 4 33333333 3 1 66666666666 3 111 3 3 3 55 7 3 7 555 55 1 99999 55 88 333333333333333333333333333333333 44 44 111111111111111111111111 3 3 4444444 88 3 55 3 55555 2 3 111 55 3 3 666 3 555 3 4 555555 4 4 8 4 55 777 555555555555555 8 8 4 8 222 2 55 1 4 999 3 0 4 55 4 8888 4 4 8 4
lowQualScore : . .. .. . ... ........ . . . . . . . . . . .. .. .. . . . .. . . . . .. . . . .. .. . .. . .... . . .. . . . . ...... .. .. .. ... . ... . .. . . . .. .. . . . . . . . . . . .. . .... . ....................... .. .. . ... .. . .. . . . ... . . . ... . ........ . . ........... . ... . . . .. . . . ... .. . ..... .. .. ................................. .. .. ........................ . . ....... .. . .. . ..... . . ... .. . . ... . ... . . ...... . . . . .. ... ............... . . . . ... . .. . . ... . . . .. . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 66 3 444 22222222 6 6 6 6 6 6 0 0 0 0 55 55 55 0 0 0 55 0 0 0 0 55 0 0 0 88 00 0 55 0 5555 0 0 55 0 0 0 0 666666 55 66 55 000 0 555 0 55 0 0 0 55 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0000 6 77777777777777777777777 00 00 6 444 00 6 00 6 6 6 444 6 0 0 000 0 22222222 6 4 77777777777 6 444 6 6 6 00 3 6 3 555 00 4 11111 00 66 666666666666666666666666666666666 66 66 888888888888888888888888 6 6 6666666 66 6 00 6 88888 1 6 444 00 6 6 444 6 555 6 0 555555 0 0 0 0 55 000 666666666666666 0 0 0 0 000 0 55 1 0 777 6 9 0 55 0 0000 0 0 0 0
consensus : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GAAA---TTAAAA--AAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-T-GA-GC-CGA-GAGCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
Reference ( family-66 ) : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GAAA---TTAAAA--AAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-T-GA-GC-CGA-GAGCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCAG-----TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGC
gi|1 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAAACTT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAGCGTGGCAG-TTA--TCTC-G--CCGGA--AGGT--A-T-ACA-ACCGAAG-GC-A-GGCGGT-GG-A-TC--GA-GAG-CA-GTGTT-ACAGAAC--G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GA-------AAAA--AAAAAGTGTATGAT---TCATATT-GTTTAGTTTCTTT-TCCAACTTAA-AA-TCAG--A--CGTGACTT-GAAGCAAGCCT-TTC--GATG-TT-A-ATTAATT-AATA-TGAAC-TCGTTAA-AGACTG----------GA----------------GGA--ATGT---C--AAAAGAGG--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-T-AGA-GGCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-TAGA-GCTCGA-GAGCC---GAAATTG-A--CCAAGAGCGTCG-AA-TTGATGCC--AA--GAGCAACGTCATTGAGC--CAAGCAGCCGTATCTTGAAGC-C-AGAGCC----C------A--GA--GCCA-----------------
gi|1 : g----A-GAGCTC----------GA-----------GAGCCGAA--AT-TGACC--AAGAGC-G--TCG-AATTG-ATGC---C---------AAGA-GC----AACGT---C-ATTGAGCCAAGCAGCCGTATCTTGA-AGCCA-----GA-GC-CCA-GAGCCACAG-AA--G-ATGCCAAGAGA---G-TACTTGA-GCA--AG--TAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGCACGAGAGC----AC-G---AA--GACGGCCC-----------------GC-----GCCTGCT-GC-AT-A-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGACAAATTTA-G-A---CCAAGA-TAGTCAACATTTGAATTT-G-T-ACACAATCA-G---TCCATATTGTA-TCA-T---C---TGA-ATACA--CCA---AAATAATTAG-TTCATCAG-AAAGTT-AACT---GGGGTG-CCTCATCACGCTCTTTTACA-T-TAGTT-----A----TA-A-TTG-GGCTTGCACGcagaagatgccaagagagtacttgagcaagtagccagagccacgaagagcacgagagcacgaagacggcccgcgcctgctgcatacatttgtacatacttgacaaatttagaccaagatagtcaacatttgaatttgtacacaatcagtccatattgtatcatctgaatacaccaaaataattagttcatcagaaagttaactggggtgcctcatcacgctcttttacattagttataattgggcttgcacgacttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|10 : gagacgatccggaaaaaggtattccggtcatgtaaacttgaattttagacaataaccgatagcgtggcagttatctcgccggaaggtatacaaccgaaggcaggcggtggatcgagagcagtgttacagaacgacttcagagtgagaagatcggctgagagaagaaaaaaaaaagtgtatgattcatattgtttagtttcttttccaacttaaaatcagacgtgacttgaagcaagcctttcgatgttaattaattaatatgaactcgttaaagactggaggaatgtcaaaagaggctgatttgagccgcgctgtagaggcgggagctaaagtgagccaagctgcgagagccgaatAGACGAT-CCG--GAAAAGAA-GG---TA--------TTTTCAGT-C-ATG-AGAAT--GAATGTT---TAAC-AACCGATAG-G-GGC-T-TTA--TCTC-G--CCGAA--GGGTCTA-T-AAA-A--GGA---CCA-GGCA-T-GGAA-TC--GAAGAT-CT-GTGT--AC--AACA-GGAAC-TT----CAGA-GCTGAGAAG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GAAA---TTTAAA--AAAAAG--TA--AT---TCATAAT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AAATCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAATTCGAGCTGTTAAGA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CGG-ATTTG-A-GC---CGCGCGTG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTG----------------------------CGA-GAGCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CGCTA--TGA-GC---AA--GA-C-----CA--GAGC--CACGA-----------------------------------AA--GA--GCCG-----------------GA-----G-CAG-T-GC-ATCAG-----CTT--CTT-GT--ACA-------------------A---C--AGA-TAGCCAAC-TTTA---TT-G---AC-CAATCA-G---T--ATA--GTATT-A-TAATT---TGA-A---A--T-A---AAATAGTTAG-TTCCTCAG-AAAGTTAAACTCG-GTGGTG-C--CAT--CG-T-TTCTACATTATA-TTTAA-AA----TA----TG-GG-acttaacaaattttggtggcagcggtgggaatcaaactcttgattatacacgttgaatatgaatcttgtacgtgatattgactatcgcatacgaggcttgagcgcaaactgtctgattagattagagctctcaagaaagtcatctcaacctccccaatccatatgagcagacacagacaagtttatggtcgattcggtgttgttacctaccattgacttgttagatgagaagagttagataaaacacagtgatacaggaaatagaacgtctgttaaaattatggagcacaaagtcagagcacgaatagacataggcgatacttttagaatattaagtcaaccctatactatcacaaatagaagaaaagacgtctccgagagatgtgtttgactatgagccgtccagagccaacataacataccagaaggaacatctggaatcatccgttacctaccctaagagaccatgtggtcccagacattccagggcacaattctacaatggggccatggtcccatcgtaaaagtgctcgaatatcccaacagcgaactt
gi|11 : gAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGTTC-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAA-TACCGATAG-GTGGC-G-TTAAGTCTC-A--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-TTCTTAAC--AACA-G--AC-TTTGAACAGA-G-TGAGAAG--G-TCGG-CT-GAGA-AA-G--------AAAA--AAAAGG-GTA--AT---TC-----------------TT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATATT--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C---AAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-
gi|12 : tgGAGTC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCAGCT-GC-ATCA
gi|12 : CA-TATA-TT--A-AG----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatattaagtaattgggttgcacgctacagtt
gi|13 : gagtcacgaagagccagggccagctgcatcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TTT-GT--ACATA-ATTGA----TT-AAT-ATTGC--AAA-TA----AG-TTT---------C-AC-CAATCA-T---TT-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAA-CAAGTT-ATCT-GAGGGATT-T--CAAC-CG-----CCGCA-TCTT-TT--A-AAAAATCA-A-TAA-GG-TTACACACtacagtt
gi|15 : aagtctagagccacgatAGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CTAT-C-CTGTAAAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAA-Gtac
gi|2 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-AAAATTA--------TTC-CGAT-C-ATGTAGAATT-GAATTTAGGACAATAAACCGATAG-GTGGC-GATTA-GTCTC-G--CCGAAAGGAGT--ATT-AAA-A--GTAA-GCGAGGGCGGTAGGAA-TC--GA-GAT-CA-TTCTT-AC--AACA-G--ACTTT----CAGACG-GGAGAAGAAA-TCGGTTT-GAAGGAA-GAAA---GAAAAA--AGAAGG-GTA--AT---TCATATTGGTTTA-TTTCTTT-T--AATTTAA-AA-TCGATTA--TGCTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATT------GCA-T--AT-TC----ACAAACTC----------GAGCTGTAACGAGG--CTGGA--AT-T---C--AATAGG-----TG-AATTG-A-GTTCGCGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTAG--A-AGTGAG-CAAGCTGC--------GAGAG--------GG-CC-CGA-----------AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGAGGCG--AA--A---------------------GAAG------------GC-C-A-AGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GGA----ACCAGCT-GCAATCAAGATTTCCA--TTT-GTTAGCATACCTTGAT---TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TTAG-TAAC-CAATCA-GTACT--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGAGA---A--T-A---AAATA-TTA--TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGATG-C--ACTC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--ACAA----TACACTTGAGG-TCGCACGC
gi|3 : AGACGAT-CCGAAGAGAAT-A-AA---TAGTTCATGTTTC-CGGT-C--TGTAGAATT-GAATTTTAGACATT-AACC-ATAG-GTGGC-G-TAT-GTCTCCG--CCGAC--GG-T--A-TTACACA--GGAG-GCGA-G-CGG--GAAA-TCTGGA-GATACATGTGTT-ACTAAACA-A--CT-TT----CAGA-G-TGAGAAG--AATCGAACTAGAGAGAATGAAAATTTTATAA--AG---G-ATA--ATATGCCATATT-GTT-A-TTTCATTAT--AAATTAA-AA-TCAG--A--CG-GAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-GTGTT-ATATTAATT-GATAAT--ATCTC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGATTAT-T---CCAAAAAGA-GTGCTGCATTTG-A-GC---CGCGC-T--TAAGAGGCCGGGAGCTA---A-AGT-AGCCAAG------------------CGGA-T-GA-T--------GCC---G-AATTGAA-GCCAAAGGC--CGTTA-TTGA-GCGATAA--GA-C-----CA--GAGCTTCACGAAGA----------AGC-C--GAGCCTTAACGG---AA--GA--GCCA-----------------GAGCCATGCCAGCTGGC-ATCTATT---TCACTTTC-GT--A-ATA-CT--A----TTTAAGTA---C--AGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-GT--T--ATAT--TA-TCATTA--TAGGTGA-A---A--T-AAGTAGATA-TTAG-TTCATCCG-AA--TTAAACT----GGGTG-C--CA---CGCT-TCTAACA-GATA-TT--A-AAT---TA-A-TTATGG-TTGCtaccaaattttgatggcagcggatatgggatcaaactaatattgaaatataattctgattataacgttgaaatatgaaatcttgaatatgacacatacgcatagagagctgagcggcaaacgctgaattagattatagaagctctccaagtacagtcatccacccccaccaatcactgagcagcctcatagattcaagttggtatgtccgaatttcgaagtgttttaccactcatactcttgtctagatgaggagagttgatcaaaaacacaagtgagcaaagacgagatctgtaaaatttgagccaacatgtcgcagcacgacatagcatgataagtatgatcctcagcccgtatcacacaaagagaagaaagacccagtctctagagagcatgtgtgtatgagcctccaagacaaacatacatacacgaaggaaatcttgtaatctaccgtatatctaccacgtaaagaccattgtttccacgaatccagacggtaacaaacacctaatggagc
gi|4 : CCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-TTGA-GC-Ctacctacaacattttgttggcagtcggtgggatcaaacttaatatgaaaataatcttgagttataacgttgatatagaatcttggaggattattgacattctttacgatacgaattctcttgacggctaacctgctacttgcattagatttagagctctccaagtacagtcattctcatgactactacgctataccataatgcagcgacatctacatagaaaagttaaagtccgattcaggggtgtgttaccactcagtactttg
gi|4 : -CGA-GAGCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AG--------------------------------------------G-----GCCAGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGATTAGTCAAC-TTTA----T-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-aagagccgtattgagcgaagagccagagccacgaagagccagggccagctgcatcacatttgtacatacttgatttaagacagattagtcaactttatgtaccaatcagtatatgtatatattgaaataaaatattagttcctcagaaagttaactgggggtgcccatccgcttcctacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|5 : ccaagctgAGACGAT-CCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATGAGAATTTTAGACAAT-AAC-GATAG-ATGGC-G-TTA-GTCTT-G--CCAAA--GGG---A-T-AAA-A--GGAAAGCGA-GGCGGT-G-AA-TC--GA-GAT-CA-GTGT--AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-AAGAGAA-GAAA---TTAAAA--AAAAAG--TA--AT---TCATATT-GTT-A-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAG-CAAGCAT-TTCC-G-TT-TT-A-ATTAATT-GACA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAACCAAGCT-C--------GA-------------------A-GAGCG---G-AATTG-A-GCCGAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGA----------------------CCA-----------------GG-----GCCAGCT-GG-ATCAGAT---TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--CGA-TAGTCGAC-TTTA---TC-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---T--T-A---AAATA-TTAG-TT-CTC---AAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGCT-TCCTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgatatgagagcttgagcggcaaactgctgaattagatttagagctctccaagtacagtcattccactcccaaccatatgggcagacctcatagacaagttatgtccgatccgggtgttgttaccactcgtactttgttagagaagagtttgataaaacacggtgagcaaagagaattctgtaaaatttggagcaaatgtcgcagacgacatagacatggataattatgatctcagcccgtatttacacgaagaagaaagacagtctccgagagatgtgttgtatgaccagacaacataacatacagaaggaaatctggaatatcgttacctacccgtaaagagccatgttttccagaattccagggcacaaacactatggagccatggtcaaatcgtaaaagtgctccga
gi|6 : aatggtatttttgtatacattgtagaatttatgctcataaagaagatagctaactttgtcttatgtcttattttgttttgctaaaaaagagaaaaatttatatcatgcgaagtcgcatgaagtttgacggtgggtaatgAGGCGATTCCG--GAAAA--AAGG---TA--------TTC-CGGT-CCATGTAGAATT-GAATTT-AGACAAT-GACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-GGGCCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAAATC--GA-GAG-CA-GTGTT-AC--AACAAG--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-GGGAGAA-GAAA---ATAAAA--AAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTATTTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-CCAG--ACCCGTGAC-TGGAA-CAAGCCTGTTCCTG-TT-TTAA-ATTAATTAGATA-T--AT-TCA---A-AAACTC----------G------------G--CTGG---AT-T---C--AAAGAA-G--CTG-ATTTGAA-GC---CGCGC-TGCTAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-TAGAGGC-CGA-GAGCCCG-A-AATTG-A-GCC-AGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AAAGAAGC-----CG--CAGCG-CACGAAG-----------AGC-C-GGAGCC---AC-GAAAAA--GA--GCCAGAGCCACGAAGAGCCCAGG-----GCCAGCT-GC-ATCAGAAT--TCA--TTT-GT--ACATA-CTTGA-----TTGAG-AAC-C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-GTT-AC-CAATCA-G---TA-ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---AATT-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAGAAAAGTT-AACT---GGGGTGCC--CATC-CGC--TCGCACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCAGGCtac
gi|7 : AGACGAT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-AAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAG-CA-GTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GAAA---TAAAAAAAAAAAAG-GTA--AT---TCATATT-TTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAA-AA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTC----------GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCGC-TG-TAAGA-GCC-GGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-TAGA-GC-CGA-GAGCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CA--GAGC--CACGAAG-----------AGC-C-AGAGCC---AC-G---AA--GA--GCCA-----------------GG-----GCCTGCT-GC-ATCA-------CA--TTT-GT--ACATA-CTTGA----TTTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAATCA-G---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TGA-A---A--T-A---AAATA-TTAG-TTCCTCAG-AAAGTT-AACT-G-GGGGTG-C--CATC-CGCT-TCTTACA-TATA-TT--A-AA----TA-A-TTG-GG-TTGCACGCtac
gi|8 : AT-CCG--GAAAA--A-GG---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CCGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGTT-TGAA-TC--GA-GAT-CT-TTGTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TGAGAAG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GAAA---T---GA--AAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--AA-TTAG-AA-TCCG--A--CTTTAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATC-T--AT-TC----A-AAAGTCGAGCTGAAA-GA-----------G--CTGAA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCTC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTA---A-AGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAATT-GA-TC-CGA-GAGTC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCC--AA--GAGC-----CT--AA----CAT---------------AAT-C-A----C---AA-G---AA--AA--GTCA-------------------------TTAGCC-AC-G-----------A--TTTTGT--ATATA-ATTGA-----TTA----------ATA-TTGT-AAA-TACG---TT-T-C-AC-AAATCATT---T--ATAT-GTA-T-A-TA--T---TG---------------AACTG-TTAGAATCCTCAG-CAAGTT-ATCT-GAGGGATC-T--CAAC-CG-----CCGCA-TTTA-TA--A-GAAT--TA-A-TAA-GG-TTACACG
gi|9 : agaaAGACGAT-CTG--GAAAA--A-GA---TA--------TTC-CGGT-C-ATGTAGAATT-GAATTTTAGACAAT-AACCGATAG-GTGGC-G-TTA-GTCTC-G--CTGAA--GGGT--A-T-AAA-A--GGAA-GCGA-GGCGGT-GGAA-TC--GA-GAT-CA-GTTTT-AC--AACA-G--AC-TT----CAGA-G-TG---AG--A-TCGG-CT-GAGAGAA-GAAA---TT-AAA--AAAAAG-GTA--AT---TCATATT-GTTTA-TTTCTTT-T--GA---AATAA-TCAG--A--CGTGAC-T-GAA-CAAGCCT-TTCCTG-TT-TT-A-ATTAATT-GATA-T--AT-TC----A-AAACTCGAGCTGTAA-GA-----------G--CTGGA--AT-T---C--AAAAGA-G--CTG-ATTTG-A-GC---CGCAC-TG-TAAGA-GCCGGGAGCTATTTATAGTGAGCCAAGCTGC--------GAGAGCCGAA-TAGA-GCGCGATGAGCC---G-AATTG-A-GCCAAGAGC--CG-TA-TTGA-GCG--AA--GAGC-----CG--GAGC--CACGAAGA----------AGC-C--GAGGC----C-G---AATTGA--GCCA-----------------AG--------AGCC-GT-ATttaca
gi|9 : g-----TCAT-TTT-GT--ACATA-CTTGA----ATTAAG-A---C--AGA-TAGTCAAC-TTTA---TT-G-T-AC-CAtgagcaaagagccggagtcacaaagagccagagccacgaagagccagggccaactgcatcagattcattttgtacatacttgaattaagacagatagtcaactttattgtacca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGCCTTATTTTGTTTTGCTAAAAAAAAAAAATCAATATCATGCGAGGTCGCATGAAGTTTGAGGCGTGGGTAATGAAACGATCCG
Unaligned ( gi|16 ): AGCTACGATTTTGTACATATTTGATTAATAGATTGTAAATACGTTTCACCAATCA