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Reference ( family-656 ) : GCGAAAGTGCA-CAGCCAAATTCGTTTAGATAA-C------AGTC--G-TCTTGAC-----TTT---C-T-----NT-GTCG-C-AGT-CGCGG-AA-TA---------C-C--A-CA--GGT-A-T-CTTC---C----GTGTTA---A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-----NT--TTT-------GC-G-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAACGAGCTGA-CT-TG-AT-A-------AT--------TCCTT-TGTNA--T---G--AA-CTT-----AGAAAAC--AG----GTC-GAT-G----------G-----TA-ACA-AATA--TGAAATT-A----TAG-CG---TTAA-TAT-G--T-GT----CTTTTTTAAAA----GT-GT-CG-----T-AA-T---T--AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-TAAC-A-ACA-AATA-C-TC-T-G-AATAC-------TTTA---G-A-G--AA-T-TACAC-CCCCTGAA--A-------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCACGC
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gi|14 : tgcatttTT-----AGAAAAC--AG----TGG-GAT-G----------G-----TA--CA-AATA--CGAAATT-A------G-CT---TTGA-TAT-G--TTGTAG--CTTTTTAAAAA----GT-GT-CG-----T-AA-T---T--AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----GT-G-TAAC-A-ATA-A-TA-C-CC-T-G-AATAC-------TTTA---G-A-G--AA-T-TACAC-CCTCTGAA--A-------TT-TTTGT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TCTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCATGta
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gi|23 : -GA-A-GG-TTAGTG---TA-T----AC------------CACAGT--CG-TTTA---C-AG--GCAAGAC--ATGCACGCtctg
gi|25 : G-TG---TTAA-TGT----T-GTA---CTTTTTAAAAA----GT-GT-CG-----T-AA-T---T--gga
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gi|4 : atttG-TTAA---C-AG--CAAAGAC--ATGCACGCgcccctgacaaatacatggggagcgcctatggttaacagcaaagacatgcacgcgga
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gi|6 : GCGAA-GTGCA-CAGCCAAAGT-GTTTAGATAAAC------A-TC--G-TCTTGAT-----TAT---C-------CT-GTC--C-AGT-CGCGG-AT-TA---------C-CC-A-CA--G-T-A-T-T------C----GTGTTA---A-T-TTC------A--G-C-A-GCA-GC--AA-G--A-G-----CT--TT--------GC-A-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAAC-AGCTGA-CT-TG-ATAA-------AT--------TCCTT-TGTAA--T---G--AA-ATT------GACAAC--A-----GTCGGAT-G----------T-----AA-ACA-AAT---TG--ACT-AT---TAG-CG---TTAA-TAT-A--T-GTTGTACCTTTTTAAAA----AT-GT-CG-----C-AT-C---T--TG--ATAG-----G--GTA--TGT-----TG-G-TAATGA-AC--AATA-C-TC-T-G-AATAT-------TTTA---G-A-G--AATT-TACAC-CCGCTGAA--AT------TT-T--TT----TGC-ATGGA-A-GG-TTGG-G---TA-T----AC------------CA--GT---G-TTCA---CAAG--CAAAGGC--ATACGCG
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): ATAAAATTTCAGGGGGCATTCTAAGAGTAATTAAGTTGCATTGCTGGGGGTGGTGGTGGTGGGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACTTTTTCATGGGTCCCTCCCTATAACATTTCGTGGACATCCCAGGAAATTTTATTGCAC
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTTAAGTATGGTAGAGTAAAAATACAAGTTGTGA
Alignments
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Reference ( family-656 ) : GCGAAAGTGCA-CAGCCAAATT-GTTTAG-A------T-AA-CAGTC--G-TCTTGAC-----TTT---C-T-----NT-GTCG-C-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-C----ACA--GGT-A--CTTC---C----GTGTTA---A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--A-CG--A-G-NT--T-----TT-------GC-G-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAACGAGCTGA-CT-TG-AT-A-------AT--------TCCTT-TGTNA--T---G--AA-CTT-----AGAAAAC--AG----GTC-GAT-G----------G-----TA-ACA-AATA--TGAAATT-A----TAG-C---GTTAA-TATG---T-GT-A---CTTTT-TNAAAA----GT-GT-CG-----T-AAT---T--AT--ATAG----AG--GTC-----TGT--TG-G-TAAC-A-ACA-AATA-C-TC-T-G-AATAC-------TTTA---G-A-G--AA--T-TACACCCTCTGAA--A-------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCACGC
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gi|4 : atttG-TTAA---C-AG--CAAAGAC--ATGCACGCgcccctgacaaatacatggggagcgcctatggttaacagcaaagacatgcacgcgga
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|19 : -T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-A--A-G-A-----TTT-T-------GC-A-G-C-AAG-AAA-GTT---T--AC-AGCAGA-CT-TC-AT-ATAT----AT--------ACCTT-TGTAGT-T---G--AA-ATT-----
gi|2 : atAAACTGCG-CAGCCAAGTT-GTTTTGAA-----T-AA---------------AC-----TTT---C-T-----AT-GTCA-C-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-C-----CATCAGT-A--CTCT---C----GTGTTA---A-T-TTC------A--A-C-A-G-A-GC--ACCG--A-G-A-----TTT-T-------GC-A-G-T-ATG-AA---TT---TTAGTGA----A-CT-TG-AT-A-------------------------TGA---------AA-CTT-----AGAACAC---------TC-GAT-G----------G-----TT-ACA-AATACTTGAAAAT------TAG-CACGATTAA-TATG---TTGT-A---CTTTTA--AAAA-AAGT-GTA------CGT-AAAT---T--AT---TA-----AT--GTC--TGTGGTGTTG-G-TAAC-A-AC--AATA-C-TC-T-GAAATAC-------TTTA---G-A-G--AAATT-CACACCC-CTGAAAGA-------TTGT--GT----TGCGAT-GA-A-GG-TTGGTT---GATT----AA------------CA--GT--CGATTTT---C-AA--C
gi|20 : tttgcAAAGTGCA-CAGCCAAATT-GTTTAGA------T-AA-CAGTC--G-TCTTGAT-----TTT---C-T-----AT-G-CG-C-AGT-CATGG-AA-------------TA-C-C----caggcgccccctaaacataacattacatggggagccgcctatggttacagcaaaagtcgatgatgtgga
gi|21 : ttgcCA--GGT-A--CT-----C----GTGTTA---A-T-TTC------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-AT----TTT-T-------GC-A-G-C-ATG-AAT-GTT---Tcac
gi|22 : gcccacagctg--GT----TGC-AT-GA-AAGG-TTGGTG---TA-T----AA------------CA---T--CA-TCTA---C-AG---AAAGGC--ATGCAat
gi|23 : -GA-A-GG-TTAGTG---TA-T----AC------------CACAGT--CG-TTTA---C-AG--GCAAGAC--ATGCACGCtctg
gi|25 : G-TG---TTAA-TGT----T-GT-A---CTTTTT--AAAA-A-GT-GT-------CGT-AA-T---T--gga
gi|3 : AAAGTGCAACAGGCAAATT-GTTTAGA------T-AA-CAGTC--G-TCTTGAC-----TTT---C-T-----AT-GTCA-C-AGT-CGCGG-AA-------------TAAC-C----AAA--AGT-A--------------GT-TTA---A-T-TTC------A--G-T-A-G-N-NN--NN-N--N-N-N-----NNN-N-------NN-N-N-N-NNN-NNN-NNN---NNNNNNNNNNNN-NN-NN-NN-N-------NN--------NNNNN-NNNNN--N---N--NN-NNN-----NNNNNNN--NN----NNN-NNN-N----------N-----NN-NNN-NNNN--NNNNNNN--------G-CG---TTAA-TATA---TTGT-A---CTTT----AAAA-A-GT-GT-------CTT-AA-T---T--AT--ATAG----AA--GTA--TGT-----TG-G-TAAC-A-ACA-A-TA-C-TT-T-G-AATAC-------TTTA---G-A-G--AA--A-TACACCCTCTGAG--A-------TT-TT-GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----ACATGTACATGTACCA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAGAGGC--ATGCACGC
gi|4 : ttgcGCAAAAGTGCG-CAGCCAAATT-G--------------------------------------------C-T-----TT-GTCA-C-AGT-CG--G-AA-------------TA-C-C----ACA--GGT-A--CTG---------GTGTAA---T-T-T-C------C--G-C-A-G-A-GC--A--G--ATA-A-----TAT-T-------GC-A-G-G-TTG-GAA-GTT---T----AAGCTGA-CT-TG-AT-AT------AT--------TC-TT-TGTAG--TT--G--AA-ATT-----AGCAA-C--AG-----CC-GAT-G----------------TA-A---AATA--TGAA--T------TAG-CG---TTAA-T--------GT-A---TTTTAA--AAAA-A-GT-GT-------CGT-AA-T---T--AT--ATAG----AT--GTC--TGT-----TA-G-TAAC-A-AC--AATA-C-TA-TGG-AATA--------TTTA---G-A-G--AA--A-TAAACCCTCTGAA--AT------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----A-------------CA--GT--CG--TTA---C-AG--CATAGAC--gga
gi|4 : atttG-TTAA---C-AG--CAAAGAC--ATGCACGCgcccctgacaaatacatggggagcgcctatggttaacagcaaagacatgcacgcgga
gi|5 : atttgcaaaagtgcgcagccaaattgctttgtcacagtcggaataccacaggtactggtgtaatttccgcagagcagataatattgcaggttggaagtttaagctgacttgatatattctttgtagttgaaattagcaacagccgatgtaaaatatgaattagcgttaatgtattttaaaaaaagtgtcgtaattatatagatgtctgttagtaacaacaatactatggaatatttagagaaataaaccctctgaaattttgttgcatgaaggttggtgtatacagtcgttacagcatagacgcccctgacaaatacatggggagcgcctatgGCGAAAGTGCA-CAGCCAAATTTGTTT-GA------T-AA-CAGTC--GATCTTGAT-----TTTG--C-C-----CT-GTCG-C-AGT-CGCGG-AT-------------TA-C-C----ACA--GGT-GATCTTC---C----GTGT-----A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-C-----TCT-T-------GC-GAG-CGATG-AAA-GTT---TTAACGAGCTGA-TT-TG-AT-A-------AT--------TCCTT-TGTCA--T---G--AA-CTT-----AGAAAAC--AG----GTC-GAT-G----------G-----TA-ACA-AATA--TGACATT-A----TAG-CG---TTAA-TATG---T-GT-----CTTTTT--TAAA-T-GT-GT-------CGC-AA-T---T--ATGAATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-TAAG-T-ACA-AATA-C-TC---G-ACTAC-------TTTA---G-A-G--AA--T-TAC-CCTCCTGAA--A-------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-GG-TT-GTG---GA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGTCAATGCACGCgga
gi|6 : GCGAA-GTGCA-CAGCCAAAGT-GTTTAGA------TAAA-CA-TC--G-TCTTGAT-----TAT---C-------CT-GTC--C-AGT-CGCGG-AT-------------TACC-C----ACA---GT-A----TT---C----GTGTTA---ATT-T-C------A--G-C-A-GCA-GC--AA-G--A-G-------CTT-T-------GC-A-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAAC-AGCTGA-CT-TG-ATAA-------AT--------TCCTT-TGTAA--T---G--AA-ATT------GACAAC--A-----GTCGGAT-G----------T-----AA-ACA-AAT---TG--ACT-AT---TAG-CG---TTAA-TATATGTT-GT-A---CCTTTT--TAAA-A-AT-GT-------CGC-AT-C---T--TG--ATAG-----G--GTA--TGT-----TG-G-TAATGA-AC--AATA-C-TC-T-G-AATAT-------TTTA---G-A-G--AAT-T-TACACCCGCTGAA--AT------TT-T--TT----TGC-ATGGA-A-GG-TTGG-G---TA-T----AC------------CA--GT---G-TTCA---CAAG--CAAAGGC--ATACGCG
gi|7 : ttT-CGCGG-A--------------TA-C-CC---AAA--GGT------TC---------TGTTA---A-T-T-C------AAGG-T-A-G-A-GC--AC-G--A-G-ATTGTCTTT-T-------GC-A-G-C-ATG---A-GTT---T--AGAAGCTGA-CCGTT-AT-A-------TA--------TCCTT-TCCGA--T---GTAAG-CTTTTTTGAAAAAACTTAGAACAGTC-GAT------------G-----TA-CAA-AATA--TATAATG-ACAATTAGCCG---TTAT-GAT----T-GT-A---CTTT-------A-A-GTGGT-------CAT--A-T---T--ATCAATTG----AA--GTC--TGT-----T--G-TAAC---ACA-AATACC-TCTT-G-AATACTTTAGATTTTA---G-A-G--AA--T-CACCGCTCCTGAA--A-------TT-T--TTTTTCTGC-AT-GACA-GGTTTGGTG---TA-CATAAAC------------CAC-GT--CT-TTTA---CGAG--CATAGGC--ATG
gi|8 : ccttgttcacatgcAAAGTGCA-CAGCCAAATC-ATTTAGA------T-AA-CAGTC--G-TCTTGAC------TT---C-T-----AT-GTCA-C-AGT-CGCGG-AA-------------TACC-C----ACA--GGT-A--CT-----C----GTGTTA---ATT-T-C------A--G-C-A------------G--N-N-N-----NNN-N-------NN-N-N-N-NNN-NNN-NNN---NNNNNNNNNNNN-NN-NN-NN-N-------NN--------NNNNN-NNNNN--N---N--NN-NNN-----NNNNNNN--NN----NNN-NNN-N----------N-----NN-NNN-NNNN--NNNNNNN-N----NNG-TG---TTAA-TATGT--T-GT-A---CTTTTT--AAAA-A-GT-GT-------CGT-AA-T---T--AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-TAAC----C-------C-TC-T-G-A-------------------------AA--T------------------------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-AG-TTGGTG---TA-T----AC------------acatgtcggaa
gi|9 : atttgcC--AC-A--G-GTA-----CTT-T-------GCAG-G-C-ATA-AAC-GTC---T-AA--AGC-GA-CT-TGCAT-A--------T--------TCCTT-TGGAT--T---G--AAACTT-----AGAAA-C--AA----GTC-GAT-T----------GACAACTT-ACA-AATA--TGAAATT-A------G-CG---TTAT-TAGG---TTGT-A---CTTTTT--AAAA---GTAGT-------CGT-AA-TATATGAAT--ATAG-----G--GTC--TGTGC---TGAG-TTA--A-ACACAATA-C-TC-T-G-AATAC-------TTTAATGG-A-G--TA--A-GACACCGTCTGAA--G-------TG-G--AT----TGC-AT-GA-A-GGTTTGGTG---TAGT----AT------------CATGGTTCCG-TTTAATTT-AGACCAAAGGC--ATGCACatg
blockSeqs : A T TAACTG A . GA CATCA TCACTTAAAGT . G A G . GCTGGCAACGGACC A G ACAG TC T CTTCCAGTA CACA A CTTGTTG AG . . C C G ACGAGATTGTC . TAAGCCA GA . G C AA TTG TAACG . G C CATATTCCTTC G G TAATTGAA AC TTTTGA C TT GTTGAA G G CGCCCACCCCGTAA T CT ACAATTA C CGA T ATGTT . AAT T A A G A G A ATA GA GA AG C GGTGT A . AACAC C A T G A TTTAGAT ATG A A . ATTC T AGA G TT TTTC G G C A T ACA CATAA ATGTACATGTAC CA TC A ATT A AC CA
blockSeqs : . . A . . G . GCCC . A . . . A C . CG T . ATCTTCC AT . TC . . . . . . GACGATAGA . . GA . . . A . TAGTG . . . ACATGTATAT . A AAGTTG AC A A . GAACAG . . GACAACTTA . G AATG . . . GCTT . G T . . A . . . . . CA AG . GC . . AATA . . . . . . . . . . TGT T AT . T . . . . . T . TT . TG . . . G . .
blockSeqs : . . . . . T . CTG . G . . . A C . C . . CTCTC AT . TC . . . . . . ACCGAGA . . AG . . . A . NNNNN . . . ATATAT . G GATGTA C A A . GC . . ATATA . . ATTA . . . GTT . . T . . . . . . . . . AT . . . . AACA . . . . . . . . . . TTT C AT . . . . . . . . . GT . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . CTA . A . . . A . . . . . CTT A . TC . . . . . . ACGAGAT . . A . . . A . TAACG . . . AAAT . A AGTTG A T A . GT . . GTAC . . ATG . . . ATT . . T . . . . . . . . . AG . . . . TACA . . . . . . . . . . TT T A . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . CTA . A . . . A . . . . . CTC A . G . . . . . . ACAGGTA . . A . . . T . NNNNN . . . ATAT . G AGTTG A A A . AG . . GTTA . . ATA . . . GTT . . A . . . . . . . . . AT . . . . GAAC . . . . . . . . . . TT T A . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . CTA . G . . . A . . . . . CTC A . C . . . . . . ACAAGA . . A . . . N . TAAC . . . AAAT . N AGTTG A T N . NN . . NNNN . . NNN . . . ATT . . T . . . . . . . . . AA . . . . AAC . . . . . . . . . . AT T T . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . CTT . A . . . A . . . . . CTG A . C . . . . . . NNNNNN . . A . . . A . TTA . . . NNN . G NNNN C A A . GG . . GTAA . . TA . . . GTT . . A . . . . . . . . . AT . . . . AAC . . . . . . . . . . AT C A . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CTA . . . . . T . . . . . TTC T . C . . . . . . AGATAA . . N . . . A . AGA . . . AAT . G CATG N N A . NN . . TAAA . . TA . . . GTT . . T . . . . . . . . . AG . . . . AAC . . . . . . . . . . AT G A . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CC . . . . . T . . . . . CTC A . C . . . . . . ACGAGC . . A . . . A . AC . . . ATA . G AATG A A A . AG . . GTAC . . A . . . AT . . T . . . . . . . . . AA . . . . ACA . . . . . . . . . . TT C A . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . TC A . C . . . . . . ATGGA . . A . . . A . AA . . . NNN . C NNNN C A N . G . . NNNN . . A . . . AG . . T . . . . . . . . . AG . . . . AA . . . . . . . . . . TC T G . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . AAGAG . . A . . . N . A . . . AT . N ATTG A N . . G . . GTA . . A . . . GT . . T . . . . . . . . . G . . . . AA . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . GNNN . . N . . . C . A . . . A . G TTG C A . . G . . GAG . . A . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GA N . . . G . . GTA . . A . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : G*** CTA********* G* **** CTC*********** ACGAGA************ TAAC* ATTG******* GTAA**************** TA****** GTT*** T** ******* AG****** ** AAC**** ** A********* ****
originalCons : GCGAAAGTGCA-CAGCCAAATT-GTTTAGA------T-AA-CAGTC--G-TCTTGAC-----TTT---C-T-----NT-GTCG-C-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-C----ACA--GGT-A--CTTC---C----GTGTTA---A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-A-----TTT-T-------GC-G-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAACGAGCTGA-CT-TG-AT-A-------AT--------TCCTT-TGTNA--T---G--AA-CTT-----AGAAAAC--AG----GTC-GAT-G----------G-----TA-ACA-AATA--TGAAATT-A----TAG-CG---TTAA-TATG---T-GT-A---CTTTTT--AAAA-A-GT-GT-------CGT-AA-T---T--AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-TAAC-A-ACA-AATA-C-TC-T-G-AATAC-------TTTA---G-A-G--AA--T-TACACCCTCTGAA--A-------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCACGC
finalCons : GCGAAAGTGCA-CAGCCAAATT-GTTTAGA------T-AA-CAGTCG---TCTTGAC-----TTTCTA---------T-GTCG-C-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-C----ACA--GGT-ACTC-----------GTGTTA---A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GCACGAGA------------TTT-T-------GC-G-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAAC-AGCTGA-CT-TG-AT-A-------AT--------TCCTT-TGTATTG-------AA-CTT-----AGAAAAC--AG----GTC-GAT-GGTAA----------------CA-AATA--TGAAATTTA------G-CG---TTAA-TATGTT---GT-A---CTTTTT--AAAA-A-GT-GT-------CGT-AA-T---T--AT--ATAGAG------GTC--TGT-----TG-G-TAACAAC----AATA-C-TC-T-G-AATAC-------TTTA---G-A-G--AA--T-TACACCCTCTGAAA---------TT-T--GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCACGC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTCATTTTCTTTAAAATTCACACTAAAACAGTATTATAATAAAATCTGTATCCGAAAAGTAAAGTGACACGACAATGGTTTGGGGGGGCGGGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTTTCTCTGTTTGAGTGGGAACATCTCCATGGTACTTTCGTGGCAGAAATTTCATTGCTCAGTCCAGATCAAATAAATCGACAGAGGCTGGAATATTTAACCCCCACCCCCTCGTGTGTTTAGTTTCATGGATTGACAGCAGGGAATACCCTATTCAACGTGTCT
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAATTTCAGGGGGCATTCTAAGAGTAATTAAGTTGCATTGCTGGGGGTGGTGGTGGTGGGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACTTTTTCATGGGTCCCTCCCTATAACATTTCGTGGACATCCCAGGAAATTTTATTGCAC
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTTAAGTATGGTAGAGTAAAAATACAAGTTGTGA
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Reference ( family-656 ) : GCGAAAGTGCA-CAGCCAAATT-GTTTAGA------TAA-CAGTC--G-TCTTGAC------TTT-C---TA----T-GTCG-C-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-C----ACA--GGT-A--CT--C------G----TGTTA---A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-A-TT-----T-T-------GC-G-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAAC-AGCTGA-CT-TG-AT-A-------A-T--------TCCTT----TGT--A-------TT--G--AA----CTTAGAAAACAG----GTCG-AT-G----------G-----TA-ACA-AATA--TGAAAT-----T-TAG----C-G---TTAA-TAT--G-TTGTA---CTTTTT--AAAAA-GT-G-T-------CGT-AA-T-T----AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-T--AAC-A-AC-AATAC-TCT-G-AATACTTTA---G-A-------G--AA--T-TACACCCTCTGAA--A-------TT-T-GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCACGC
gi|1 : AGA------TAAACAGTCTGG-TCT-GAC------TTT-TA--TA----TTGTCAAC-AG--CGCGGGAA-------------TA-C-CC---ACA--G-T-A--CT--C------GAACGTGTTT---A-T-T-C------A--GGCGA-A-A-GCCGAC-G----G-A-TT-----TAT-------GC-G-GGC-ATA-TAC-GTT---T-AAG-GGCTGAACT-CG-AT-C-------A-T--------TTCCT----TTT--A-------TTTGA--AA----CTTTGAAA-CAG----GTCA-AT-G----------T-----TG--CA-AATA--TGAA-------C-TAGGAGGT-G---TTAA-TAT--G-TTTTA---CTTTTTTAAAAAA-GT-G-TGTCGGAATGT-AA-T-T----AT--ATAGGATAAGACGTCGCTGT-----GG-GGT--AAC-ACACGAATACATCT-C-AATACTT-A---G-A-------GGAAA--T-AACGGCCTATGGA--GGAAGGTTTC-T-GTGG--TGC-AT-GA-A-GG-TTAGTG---TC-G----AC------------CA--GT--TG-TTTA---C-AG--CAAAGAC--ATGCACGC
gi|11 : ggggagaggggaggggagggaggggagagggtgaaattttctctgaaatgttatttgcagaaattctacaccattacgtacggaaagaacttgcaaaggactggcacAAAGTGTA-CAGCCAA-TT-GTTTAGA------TAA-CAGTC--G-TCTTGGCCATCATTTT-CACTTAAAGTT-CTCG-CAAGTGCACGG-AGCTGGCAACGGACCCA-C-C----AGG--GAT-A--CT--TCCAGTAG----TTTTACACA-C-T-CTTGTTGA--G-C-ACG-AGGCG-AC-GATA-G-A-TT-----T-CTAAGCCAGC-A-C-C-ATGCAAA-GTCTTGTTAAC-GCCTGA-CC-TG-AT-C-------A-TATTCCTTCTTCTT----TGTTAA-------TT--GAAAA----CTTACAAACCAG----CTCG-AT-GCGCCCACCCCG-----TA-AT----CA--TGAAA---------------------TTAA-TAT--G-TTGT----CTTcgg
gi|12 : tgc-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-CCG--ACAT-GGTTA--CT--T------T----TG-------------------G--G-C-A-G-G-G-------------------------------------G-C-ATG-AAAAGTT---TTTA--AG-TGA-CT-TG-AT-ACATGTATA-T--------TCCTT-----GT--A-------TTTGA--AA----CTTAGAA--CAG-----TCG-AT-G----------A-----TATACA-AATA--TGAAAT-----T--AG----C-G---TTT--TAT--GCTTGTAAATTTTTTT--AAAAAAGT-G-T-------CGT-AA-T-T----AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-T--A-C-A-A--AATAC-TCT-G-AATACTTTA---G-A-------G--AA--T-TACACCCTCTGAA--A-------TT-
gi|13 : AGTGCA-CAGCCATATT-GTTTAGATAACTGTAA-CAGTT--T-TCTTGAC------TTT-C---TG----T------C-AGT-CACGG-AA-------------TA-CGCACAGACA--GGC-A--CT--C------G----TGTTA---A-TAT-C------A--G-C-A-G-A-GC--AT-G----G-A--T-----T-T-------GC-GAG-C-A-A-AAA-------------AGCTG--CT-TC-ATAA-------A-T--------TCCTT----TGA--AG------TT--G--AA----ATTTAAAAACA-----GTCG-ATGG----------G-----TA-CAA-AATA--TGAA
gi|14 : tgcatttTTAGAAAACAG----TGGG-AT-G----------G-----TA--CA-AATA--CGAAAT-----T--AG----C-T---TTGA-TAT--G-TTGTAG--CTTTTT--AAAAA-GT-G-T-------CGT-AA-T-T----AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----GT-G-T--AAC-A-AT-AATAC-CCT-G-AATACTTTA---G-A-------G--AA--T-TACACCCTCTGAA--ATT-----TT-T-GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----AC------------CA--GT--CG-TCTA---C-AG--CAAAGGC--ATGCATGctaatggcta
gi|15 : tAA----GTCG-GT-G----------G------A-GCATAATA--GTAGAA-----T-TAG----C-G---T-AA-TAT--A-TT--A---CTCTT---AAATA-GT-----------CGTGAA-T-T-----C--ATAG----AT--GTCC-TGT------G-G-T--AAC-A-A---ATACATCT-G-A-TACTTTA---G-AA------G--AA--A-TACACCTCATGAA--T-------TT-T-GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTGACACA-T----AC------------AA--GT--CG-TTTA---C--G--CAAA-GC--ATGCACGCg
gi|17 : ga-------A-T--------TCCTT----CAT--AG------TT--G--AA----ATTTAAAAACAGTTGAATCG-AT-G----------G-----TA--CA-AATA--TGAAAC-----T-AAT----G-G---CTAATTATA-G---GGA---CTTTTT--a
gi|18 : AAAT-----T--AG----C-G---TTAA-TAT--A-TTATA---CTTTTT--AAAAA-GT-G-T-------TGT-AA-T-T----AT--ATTG----AG--GTA--TGT-----TG-G-T--AAC-A-AC-AACAC-TCT-G-AATACTTTA---GAA-------A--AA--TGTACACACTCTAAgcaacatttgaagtaatggtagagtaaaaatacaagttgtgaatagagagtcccat
gi|19 : -T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-A--A-G-A-TT-----T-T-------GC-A-G-C-AAG-AAA-GTT---T--AC-AGCAGA-CT-TC-AT-ATAT----A-T--------ACCTT----TGT--AG------TT--G--AA----ATT
gi|2 : atAAACTGCG-CAGCCAAGTT-GTTTTGAA-----TAA---------------AC------TTT-C---TA----T-GTCA-C-AGT-CGCGG-AA-------------TA-C-C-----CATCAGT-A--CT--CTC----G----TGTTA---A-T-TTC------A--A-C-A-G-A-GC--ACCG--A-G-A-TT-----T-T-------GC-A-G-T-ATG-AA---TT---TTAG-----TGAACT-TG-AT-A---------------------------TG---------------A--AA----CTTAGAACAC-------TCG-AT-G----------G-----TT-ACA-AATACTTGAAAA-----T-TAG----C-ACGATTAA-TAT--G-TTGTA---CTTTTA--AAAAAAGT-G-TA------CGT-AAAT-T----AT---TA-----AT--GTC--TGTGGTGTTG-G-T--AAC-A-AC-AATAC-TCT-GAAATACTTTA---G-A-------G--AAATT-CACACCC-CTGAAAGA-------TTGT-GT----TGCGAT-GA-A-GG-TTGGTT---GATT----AA------------CA--GT--CGATTTT---C-AA--C
gi|20 : tttgcAAAGTGCA-CAGCCAAATT-GTTTAGA------TAA-CAGTC--G-TCTTGAT------TTT-C---TA----T-G-CG-C-AGT-CATGG-AA-------------TA-C-C----caggcgccccctaaacataacattacatggggagccgcctatggttacagcaaaagtcgatgatgtgga
gi|21 : ttgcCA--GGT-A--CT--C------G----TGTTA---A-T-TTC------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-ATTT-----T-T-------GC-A-G-C-ATG-AAT-GTT---Tcac
gi|22 : gcccacagctg-GT----TGC-AT-GA-AAGG-TTGGTG---TA-T----AA------------CA---T--CA-TCTA---C-AG---AAAGGC--ATGCAat
gi|23 : -GA-A-GG-TTAGTG---TA-T----AC------------CACAGT--CG-TTTA---C-AG--GCAAGAC--ATGCACGCtctg
gi|25 : G----T-G---TTAA-T----G-TTGTA---CTTTTT--AAAAA-GT-G-T-------CGT-AA-T-T----gga
gi|3 : AAAGTGCAACAGGCAAATT-GTTTAGA------TAA-CAGTC--G-TCTTGAC------TTT-C---TA----T-GTCA-C-AGT-CGCGG-AA-------------TAAC-C----AAA--AGT-A-------------G----T-TTA---A-T-TTC------A--G-T-A-G-N-NN--NN-N--N-N-N-NN-----N-N-------NN-N-N-N-NNN-NNN-NNN---NNNNN-NNNNNN-NN-NN-NN-N-------N-N--------NNNNN----NNN--N-------NN--N--NN----NNNNNNNNNNNN----NNNN-NN-N----------N-----NN-NNN-NNNN--NNNNNN-----N-N-G----C-G---TTAA-TAT--A-TTGTA---CTTT----AAAAA-GT-G-T-------CTT-AA-T-T----AT--ATAG----AA--GTA--TGT-----TG-G-T--AAC-A-AC-AATAC-TTT-G-AATACTTTA---G-A-------G--AA--A-TACACCCTCTGAG--A-------TT-TTGT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----ACATGTACATGTACCA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAGAGGC--ATGCACGC
gi|4 : ttgcGCAAAAGTGCG-CAGCCAAATT-GCTT-------------------------------------------------T-GTCA-C-AGT-CG--G-AA-------------TA-C-C----ACA--GGT-A--CT--G------G----TGTAA---T-T-T-C------C--G-C-A-G-A-GC--A--G--ATA-A-TA-----T-T-------GC-A-G-G-TTG-GAA-GTT---T--A--AGCTGA-CT-TG-AT-AT------A-T--------TC-TT----TGT--AG------TT--G--AA----ATTAGCAA-CAG-----CCG-AT-G----------------TA-A---AATA--TGAA-------T-TAG----C-G---TTAA-T--------GTA---TTTTAA--AAAAA-GT-G-T-------CGT-AA-T-T----AT--ATAG----AT--GTC--TGT-----TA-G-T--AAC-A-AC-AATAC-TATGG-AATA-TTTA---G-A-------G--AA--A-TAAACCCTCTGAA--AT------TT-T-GT----TGC-AT-GA-A-GG-TTGGTG---TA-T----A-------------CA--GT--CG--TTA---C-AG--CATAGAC--gga
gi|4 : atttG-TTAA---C-AG--CAAAGAC--ATGCACGCgcccctgacaaatacatggggagcgcctatggttaacagcaaagacatgcacgcgga
gi|5 : atttgcaaaagtgcgcagccaaattgctttgtcacagtcggaataccacaggtactggtgtaatttccgcagagcagataatattgcaggttggaagtttaagctgacttgatatattctttgtagttgaaattagcaacagccgatgtaaaatatgaattagcgttaatgtattttaaaaaaagtgtcgtaattatatagatgtctgttagtaacaacaatactatggaatatttagagaaataaaccctctgaaattttgttgcatgaaggttggtgtatacagtcgttacagcatagacgcccctgacaaatacatggggagcgcctatgGCGAAAGTGCA-CAGCCAAATTTGTTT-GA------TAA-CAGTC--GATCTTGAT------TTTGC---CC----T-GTCG-C-AGT-CGCGG-AT-------------TA-C-C----ACA--GGT-GATCTTCC------G----TGT-----A-T-T-C------A--G-C-A-G-A-GC--AC-G--A-G-C-TC-----T-T-------GC-GAG-CGATG-AAA-GTT---TTAACGAGCTGA-TT-TG-AT-A-------A-T--------TCCTT----TGT--C-------AT--G--AA----CTTAGAAAACAG----GTCG-AT-G----------G-----TA-ACA-AATA--TGACAT-----TATAG----C-G---TTAA-TAT--G--TGT----CTTTTT--TAAAT-GT-G-T-------CGC-AA-T-T----ATGAATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-T--AAG-T-ACAAATAC-TC--G-ACTACTTTA---G-A-------G--AA--T-TAC-CCTCCTGAA--A-------TT-T-GT----TGC-AT-GA-A-GG-TT-GTG---GA-T----AC------------CA--GT--CG-TTTA---C-AG--CAAAGGTCAATGCACGCgga
gi|6 : GCGAA-GTGCA-CAGCCAAAGT-GTTTAGA------TAAACA-TC--G-TCTTGAT------TAT-C---C-----T-GTC--C-AGT-CGCGG-AT-------------TA-C-CC---ACA--G-T-A--TT--C------G----TGTTA---A-T-TTC------A--G-C-A-GCA-GC--AA-G--A-G---CT-----T-T-------GC-A-G-C-ATG-AAA-GTT---TTAAC-AGCTGA-CT-TG-AT-A-------AAT--------TCCTT----TGT--A-------AT--G--AA----ATT-GACAACAG-----TCGGAT-G----------T-----AA-ACA-AAT---TGACTA-----T-TAG----C-G---TTAA-TATATG-TTGTA---CCTTTT--TAAAA-AT-G-T-------CGC-AT-C-T----TG--ATAG-----G--GTA--TGT-----TG-G-T--AATGA-AC-AATAC-TCT-G-AATATTTTA---G-A-------G--AAT-T-TACACCCGCTGAA--AT------TT-T-TT----TGC-ATGGA-A-GG-TTGG-G---TA-T----AC------------CA--GT---G-TTCA---CAAG--CAAAGGC--ATACGCG
gi|7 : ttT-CGCGG-A--------------TA-C-CC---AAA--GGT-----T--C-----------TGTTA---A-T-T-C------AAGG-T-A-G-A-GC--AC-G--A-G-A-TTGTCTTT-T-------GC-A-G-C-ATG-AG----T---TTAGA-AGCTGA-CCGTT-AT-AT------A-T--------CCTTTCCGATGT--AAGCTTTTTT--G--AAAAAACTTAGAA--CAG-----TCG-AT-G----------------TA-CAA-AATA--TATAATGACAAT-TAG----CCG---TTA----T--GATTGTA---CTTT-------AA-GT-GGT-------CAT-A--T-T----ATCAATTG----AA--GTC--TGT-----TG---T--AAC-A-CA-AATACCTCTTG-AATACTTTA---G-ATTTTAGAG--AA--T-CACCGCTCCTGAA--A-------TT-T-TTTTTCTGC-AT-GACA-GGTTTGGTG---TA-CATAAAC------------CAC-GT--CT-TTTA---CGAG--CATAGGC--ATG
gi|8 : ccttgttcacatgcAAAGTGCA-CAGCCAAATC-ATTTAGA------TAA-CAGTC--G-TCTTGAC-------TT-C---TA----T-GTCA-C-AGT-CGCGG-AA-------------TACC-C----ACA--GGT-A--CT--C------G----TGTTA---ATT-T-C------A--G-C-A-G--------N-N--N-N-N-NN-----N-N-------NN-N-N-N-NNN-NNN-NNN---NNNNN-NNNNNN-NN-NN-NN-N-------N-N--------NNNNN----NNN--N-------NN--N--NN----NNNNNNNNNNNN----NNNN-NN-N----------N-----NN-NNN-NNNN--NNNNNN-----N-NNG----T-G---TTAA-TAT--G-TTGTA---CTTTTT--AAAAA-GT-G-T-------CGT-AA-T-T----AT--ATAG----AG--GTC--TGT-----TG-G-T--AAC----C-----C-TCT-G-A------------------------AA--T------------------------TT-T-GT----TGC-AT-GA-A-AG-TTGGTG---TA-T----AC------------acatgtcggaa
gi|9 : atttgcC--AC-A--G-GTA-CT-----T-T-------GCAG-G-C-ATA-AAC-GTC---T-AA--AGC-GA-CT-TGCAT-A---------T--------TCCTT----TGG--A-------TT--G--AAA---CTTAGAAA-CAA----GTCG-AT-T----------GACAACTT-ACA-AATA--TGAAAT-----T--AG----C-G---TTAT-TAG--G-TTGTA---CTTTTT---AAAA-GTAG-T-------CGT-AA-TATATGAAT--ATAG-----G--GTC--TGTGC---TGAG-TTAAAC---AC-AATAC-TCT-G-AATACTTTAATGG-A-------G--TA--A-GACACCGTCTGAA--G-------TG-G-AT----TGC-AT-GA-A-GGTTTGGTG---TAGT----AT------------CATGGTTCCG-TTTAATTT-AGACCAAAGGC--ATGCACatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTCATTTTCTTTAAAATTCACACTAAAACAGTATTATAATAAAATCTGTATCCGAAAAGTAAAGTGACACGACAATGGTTTGGGGGGGCGGGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTTTCTCTGTTTGAGTGGGAACATCTCCATGGTACTTTCGTGGCAGAAATTTCATTGCTCAGTCCAGATCAAATAAATCGACAGAGGCTGGAATATTTAACCCCCACCCCCTCGTGTGTTTAGTTTCATGGATTGACAGCAGGGAATACCCTATTCAACGTGTCT
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAATTTCAGGGGGCATTCTAAGAGTAATTAAGTTGCATTGCTGGGGGTGGTGGTGGTGGGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTACTTTTTCATGGGTCCCTCCCTATAACATTTCGTGGACATCCCAGGAAATTTTATTGCAC
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTTAAGTATGGTAGAGTAAAAATACAAGTTGTGA