lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 111 88888888888888888888 1 1 11111 666666666666 1 1111 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 4444444
lowQualScore : 555 6 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 0 55 00 6 222 0 99 11111111111111111111 5 1 5 0 1 11111 000000000000 0 4444 222222 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 9999 4 000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 8888888
lowQualScore : ... . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. .. . ... . .. .................... . . . . . ..... ............ . .... ...... .. ...................................................................................................... .... .... . ... ...................................................................................... ... .......
lowQualScore : 000 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 22 44 0 444 1 22 00000000000000000000 7 4 4 7 4 99999 999999999999 0 8888 888888 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 1111 2 000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 0000000
consensus : AAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGCTTGNATGGGTAANTTTACAGGCGCAA---AACAAGATAGAAACAA-----TA-----N-TA-ATACAGGNTA----AATCAAACCTGAT---ACACATATTCGACCATCA-TAGACAGGATTGATANGCAATG-----AGTATAGTGTAGT-GT--TTCTGTGTGTCTGTTGT-T-T-TGTTCATCCAT---CAGCACC-T--TGTG--AG--AGA-----TAAAGGGA--GTACTA--ATA------A----GGA-NN--ATCA--ANA--TC--G-TACGCATGTTCCCCATAGT--GAG--A--AAAAT-GC-CA-----ATT-G---T-----CAA-GGT------CATACTTTCA--TGGGTAATCATGAAGGA-AAAACAN-TGTTGATA-----A----G-NCN--AGGATCAT-CAAACTTGGT-GTGT--TACATGT-T-CC-C-ATGGTGT-TG---GTGCCAA--GTATA-T---T--------T----------A-----T---A----T-G-C---------------TTCTC------A--A---GT--TATACTTTATTA-GANTGAAATN-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA--------ACAAA-GCCATCTTAGANCTAACATTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAA---GTG------T--CAAAAG--N---------ANACT-G-TCAGAGCC---TTT------TNTTTT--T-AC--------------C-A--A----AGA-----------ATGG----TTTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT----G-CGA-TA--TATTGG-ATG---GCAGT-TATT--GTG-TGTCAGC-T-AGTG-TNTTGTTGNAACATTTTGCAAAACTAG-TGGNNNAAGACTATTGG-ATAATT
Reference ( gi|1 ) : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATGGGTAAATTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAA-----TA-----A-TA-CTACCGGGTA----AATAAAATTTGATAAAACACACATTC-ACCATT--TAGGCAGGATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGT-GT--TTCTGTGTGTCTGTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATC-T--TGTG--AG--AGA-----TAAAGGGA--GTACTA--A--------A---TGGA-AA--A--A--AAA--TT--G-TACACATGTTGCCCATGGT--GAA--A--AAAAT-ACTTA-----ATTTGT--C-----CAATGAT------CATACTTTTC--TGGGCAGTTATGAAAGT-AAAGCAT-TATTGATA-----A----G-CCA--AGAACCAT-CAAATTTGGTAGTATA-TACATGT-T-TC-C-ATGGTAT-TG---GTGTCAA--GTAT--T---T--------T----------A-----T---A------G-C---------------TTCTG------A--A---AT--TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA----T---GCAAA-ACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAA---TTG------T--CAAAAG--C---------ACACT-G-TCAGAGCC---TTT------TGTTTT--T-AC--------------C-A--C----AGA-----------ATGG----TTTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT----AAGGAGGA--TATTGG-ATG---GCAGT-TATT--GTGATGCCAAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATTTGAT
gi|13 : AAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC--AGA--GGTAACTTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAG-----TG-----C-TA-ATAC--GCTAGAATAATGAAATCTGAT---ACACATATT
gi|12 : AAA-TTTGCATGGGAGTATTTTTTGGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTA-----ATTA-GTGTAGGAT-----AATCAAAC---AT-AGACACATATTCAACCATCA-TAGACA-GATT
gi|2 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgGATAATTTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAA-----TACCAATA-TAGCTA--GGATA----A-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCAT-----------ATT-ATAGACAA-------ATTGTTGTGTGGT-GTGTTTCTGTGAGTTTGTT-----------CGTCCAT---CAGCACC-T--TGTGGAAA--AGG-----TGCAAAGA--TTACTG--ACAAGGATCA---TAGG-AT--ATTA--AAA--CCAGG-TACATCTGTTCCCCATAGT--GAG--AGGAACAT-GTTTATCACTATTTATGGT-----CGAT-AT------CATACTTTCA--AGAGTATTCATGAAGGGGAAAATATGTACTGATATTTAAA----G-GCG--TGGAC-AT-CAAATTTGGT-GTAT-----ATGT-T-CCGT-ATGATGT-TG---ATACCAA--ACATA-C---T--------T----------A---------A------A-CAAAAAATTGTTTTAATTTTC------A--A---GT--TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT----AT-A------TTA----TTTAACAAA-GCCATCTTAAA---AGTATTT
gi|16 : ATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACAT-----TA-----C-TA-ATA-AGGCTA----GAGTAACTTT-AT---ACACATGTTCAACCATCA-TAGACAGAATaaatt
gi|4 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggtttttcaaggtcatATTAAACTTGATA---CACAGATTC-AACCTTCATAGAT-GGATTG---TGTAATG------GTATAGTGTAGG-GT--TTTGATGTGTCTGTC-------TGTTCAATCAT---CAGTACT-T--T-----------A-----TAA---GA--GTACCAGTA--------A----GGT-GA--A--A--TGA---T--G--AAGCCTGGTACTTACAG---GAA--G--ACACA-AC--------ATTTG---------CAAAGGTCAAGGTCATACTCTCA--TGGGTAGTCATGGAGGA-AACTCAG-TCTCAATA-----A----A-TCT--ATTATCAT-CAAGCTTGTT--CA----ACATTT-C-CC-C-ATGGTGA-TG---GTAT-----ATAT--T---TTTAAAAGCT----------A-----T---AATGTT-G-C---------------TTCT-------C--A---GT--TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|25 : GTACAGTGTTATAGT--GTC-GTGTGTCTGTT-------TGTTCTTCCATTAGCAGCACC-T--TGTG--GGAAAGA-----TAA
gi|7 : ttcagccatagattATGGTACATT-GT--TCCTGTGTGTCTATTGTCTCT----TCACTCAT---CAAAA------------AG--AGAACTTATATACGG------CTA----------------GGA-TC--ATCA--AAC--TT--GGTAGACATGCTCTCGATAATAAGAA--T--AAAAT-ACCCA-----G---GT--CGATGGCAA-GAG------AATACTTTCA--TGAGTAATAATGAAAG---AAACAC-AAT-GATA-----A----G-GCT--CGAGTCAT-CAGATTTAG-----TA-TACATGTCC-CC-C-ATGGTGA-TG---GTGCCAAACGTAT--TTGAT--------T----------A-----T---AT-----A-C---------------TTCTT------A--T---AT--CATATTTCAga
gi|9 : tggtggtattatggaGTTTGTTTGTCCATTC-T---CAGC-TCAT--TGTGGAAA--AGA-----TAAAAGGACAG-GCTA----------------GGA-CA--ATCA--ACC--TA--G-TACACATGTACCCCATAGT--GAG--A--GGAA------------------------------GAT------TAT----------GGGTAATCATGAAGGA-AAAACAG-CATTAATA-----A----GACCA--AGT-TCAT-CAAACTT-----TGTG-TACATGT-TCTC-C-A-------TG---GTGCCAA--GTAat
gi|15 : aatattcagacttgatatacatattgaataaatgggttgtataaatgTTATCCAT---CATCACC-TAATGTG--GA--GGA-----CAAAGGGA--GTACTA--ATGAGGCT-A----GGATAATTA--A--ATA--TA--G-TACACA--TTCCCCACAGT--GAAACA--AAGAT-GCTcagttaaacctgt
gi|10 : tggggggtgtttaagaagtgatcttat--TGTG---G--AGA-----AGATGAGA--ATACTA--ATA------AGGCTAGG-AT--A--ATTAAACCTC--A-TACACATGCTCCCCATAGT--GAG--ATGAGGATGAC--A-----A---GG--T-----TAA-GGT------CATATTTCCA--TGGTTAATCAAGAAGGA-AAAACAG-TGCTGATA-----A----G-CC----------------TTTAATAGTGTA---CATGT-T-TC-CCATGGTGT-TG---GTGCCAA--GTATAGT---T--------T----------GAAAACT---A------GAA---------------TTCTA------A--A---AA--TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-ggttgtaaaacc
gi|14 : --G-TAGGCATGTTCCCCATGGTGAGAA--G--AAAAT-GC-CA-----GTT------------AA-AAT------CAT--CTTTCAATGGATAATCATGCAGGT-TAA----------ATA-----A----G-GCT--AGGACCATCCAAATTT----------TAAATGT-T-CCTC-ATGGTAT-
gi|22 : ataaagctaggatagtcaaacctg-----CAA-GGT------CATACGTCCA--TGGATAATTATGAAGG--AAAACGG-TACTAATT-----A----G-GCT--AGGATCAT-CAAACTT-GCAGTGTAGT---TGT-T-CCAC-GTGGTGT-TG---GT
gi|5 : gtAGTCAAGAAA---AGAGC-T-TGTAGATATA---ATGCTA-CCAC-AGGATCAT-CAGACTTGGT-GT------CATCT-T-TC---ATGGTAT-GGTAAGTGCTAG--ACAT--T---T--------TGAACTAGTG-A-----T---AATGATTG-C---------------TTCTC------ATTA---ATAATATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA--------ACAAA-ACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAA---GCG------T--CAAAAT--CCAAA-----AAACT-G--CAGA------TAT------AATTTT--TGAC--------------C-A--A----AAC-----------AT------TT--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT----
gi|3 : -AAAGC-T-TGTAGATATA---AT---G-CTACCAGGATCAT-CAGACTTGGTG------TACATCT-T-TC-CCATGGTATGTAA--GTGCTAG--ACAT--T---T--------TGAAAGTAGTGA-----T---ATGATT-G-C---------------TTCTC------A--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA--------ACAAA-ACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAA---GCG------T--CAAAAT--CCAAA-----AAAC----TCAGA-------TA------TATTTT--TGAC--------------C-A--A----AAC-----------AT------T---TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT----------GC--CATTGG-ACA---GC
gi|8 : gtcaagaaA-----A----G-GCT--AGAATCAT-CAAACTTGGTG------TAC-TGT-TATT-C-ATAGTGT-TG---TTGTCAA--GTAC--A---T--------T----------G-----T---G------G-C---------------TCCGC------A--A---GT--TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C--------------A-GTCAACTTATAACTAACGTTTTATTA-TACTCCCG--------AT-ATTAGAGAAA---TTG------T--CAAAAGAACACTGTCAGAACACT-G-TCAGAGCC---CTT------TG--TA--C-AT--------------C-A--A----AGA-----------ATGT----TTCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTT
gi|23 : CAT-CAAACTTG-----ATG-AACATGT-TCCC-C-ATGGT--------GTGT-----GTATA-T---T--------T----------A-----GAAAA------G-C---------------TTTTGCATCTCA--A---GT--TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAAtggaagtaaattcttctttt
gi|6 : t------A--A---AT---ATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA--------ACAAA-GCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAA---GTG------T--CAAAAG--A---------AAATT-T-TCAGAGCCATTTTT------TTTTTT--T-ACACCGAAGAATGCTTC-A--TTTGAAGA-----------ATGT----TTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATTGTTGGACGAGCG--TATT----TT---GTAG-----C--GTG--GCCA---T---TGCTCTTGCTGGAACATTTTG----------TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|11 : ttattcaacTTCATCAAT-TTGAT--------TTAAGTTT---GCCAATGCCATT-TAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCATTGAAATATT--CAATGT--C---------TGATTTG-TCAGAGTT---TTTCATTCTTCTTTTGTT-GC--------------C-AGCT----AGAGACTGGTTAATATGG----TTTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT----A-----TATTTATTGG-ATG---GT--T-TATT--aggttgtat
gi|20 : A-ACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAA---GTG------TTTCAAA-G--A---------ACACT-G-TTGGGGCC---ATT------T---TT--T-AT--------------C-A--G----TGA-----------CTGG----TTTATTTGGATATttacatcatgagtct
gi|24 : tCAGTACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAA---TTG------T--CAAAAG------------A-ACT-GGTCTGAGCC------------------------------------------------AGA-----------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CAT
gi|27 : -ATTAGAAAAA---GTG------T--CAAGAG--A---------ACACT-G-TCcggacagtat
gi|26 : AA---GTG------T--CAGAAG--A---------ACACT-A-TCAGAGCC-----A------TGTATT--G-AC--------------CAA--A----AGA-----------ATGGGTTTTTTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAtggtgtcggagacatttctttgtac
gi|17 : ----AGA-----------ATGG----TTCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT----TCTGAATA--TATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGGTGTGAGC-ATAGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|21 : GA-----------ATGG----TTTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT----GTTGA-TA--TATTGGAATGTGTGCATT-TTTT------TTTCAGCATGAG---TTTTGTT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GGTAGGAATTAATCAAACTTGTTGCTCATATTCAACCAACATAGAGGTACTGTATTATGATGTGGTGCAGTTTTTCTGTCTGTTTAACCTTCAGAATCTTGTAGGAA
Unaligned ( gi|19 ): TTGTGTTGTAGTACTGTGTAGTGCACCTGTCCGTTTGTCAGCGCCTTTTTGATCAAAACAATACATGTATGTATAAGGCTAGGATCGTCAAATTTGGTAC
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 333 1 333 222 2 222222 11 111 222222 2222222222 111 11111 88888888888888888 111 33333333333 222222 1111 5555555555555555555555555555555555555555555 777777777777777777777777777777777777777 111111111111111 555555555555555 000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 33333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555 3333333333333333333333333333333333333 666666666666666666 1 2
lowQualScore : 4 4 3333 555 2 4 2 5 2 111 111 0 000000 33 1 6 2 444 2 333333 1 3333333333 1 0 5 1 2 0 000 9 99 00000 88888888888888888 1 555 55555555555 0 888 1 66 666666 1 0 2222 1111111111111111111111111111111111111111111 2 66 444444444444444444444444444444444444444 4 4 4 1 4 2 777777777777777 99999 3 88888 1 333333333333333 3 3 3 3 77 9 3 44 666 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999 11111 66 55555 4 4 2 55 5 5555555555555555555 1 99 0 6666666666666 55 7777 1 4 22222222222 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 1 888 222222222222 6 2222222222222222222222222222222222222 1 1 111111111111111111 3333 5 0
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... ... . ...... .. . . . ... . ...... . .......... . . . . . . ... . .. ..... ................. . ... ........... . ... . .. ...... . . .... ........................................... . .. ....................................... . . . . . . ............... ..... . ..... . ............... . . . . .. . . .. ... . . ............................................. ..... .. ..... . . . .. . ................... . .. . ............. .. .... . . ........... . ............................................................................... . . ... . ... ............ . ..................................... . . .................. .... . .
lowQualScore : 0 0 0000 000 5 0 5 5 5 000 555 0 777777 88 0 4 8 000 2 000000 0 2222222222 0 8 0 7 7 7 000 0 22 33333 88888888888888888 0 333 88888888888 4 888 4 11 000000 7 4 3333 7777777777777777777777777777777777777777777 0 11 999999999999999999999999999999999999999 0 0 4 9 0 6 000000000000000 11111 6 77777 0 888888888888888 1 1 1 1 33 2 1 66 444 7 5 555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 55555 8 4 6 44 0 7777777777777777777 0 33 5 1111111111111 55 0000 0 9 00000000000 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 111 8 888 888888888888 7 0000000000000000000000000000000000000 0 0 333333333333333333 7777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTAAACTTTGCAGGGCTTG-ATGGG--TAATTTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTATGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTT---TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTG--GG--AGATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----A-------TAATC-AAAA-TC--G-TACACATGTTCCCCATAGTGAG--A-G--A--A-AA----TG----CC-G--A--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACAGTGT--TGAT-----A-AGG----CTAGGATCATCAAACTTG--GT-GT----T--ACAT-G-T-T-C--C-C-ATGG--TGTTG---GTGCCAAGTATA-T----T---------T----------A-----TA--A-----TGC-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAACAC-----------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATT--NT-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGCTTGNATGGG--TAANTTTACAGGCGCAA---AACAAGATAGAAACAAT------ANTAATAC---AG----GNTAAATCAAACCTGATA---CACATATTCGACCAT--CATAGACAGG-ATTGATANGCAAT-----GAGTATAGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTT---TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTG--AG--AGATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----A-------NNATC-AANA-TC--G-TACGCATGTTCCCCATAGTGAG--A----A--A-AA----TG----CC-A--A--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACANTGT--TGAT-----A-AGN----CNAGGATCATCAAACTTG--GT-GT-GT-T--ACAT-G-T-T-C--C-C-ATGG--TGTTG---GTGCCAAGTATA-T----T---------T----------A-----TA--------TGC-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GANTGAAATN-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACATTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGTGT--CAAA----AGNANAC-----------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ATG---GCAGT-TATT--GT-G-TGTC--AGC-T-AGTG-TNTTGTTGNAACATTTTGCAAAACTAG-TGGNNNAAGACTATTGG-ATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATGGG--TAAATTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTAAATAAAATTTGATAAAACACACATTC-ACCAT--T-TAGGCAGG-ATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTG--AG--AGATAAAGGGA--GTACTAA-A-------TGG-----A-------AAA---AAAA-TT--G-TACACATGTTGCCCATGGTGAA--A----A--A-AA----TA----CTTA--A--T---TT---GTCCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCATTAT--TGAT-----A-AGC----CAAGAACCATCAAATTTG--GTAGT-ATAT--ACAT-G-T-T-T--C-C-ATGG--TATTG---GTGTCAAGTAT--T----T---------T----------A-----TA---------GC-----TTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGCACAC-----------TG-TCAGAGC-C-TTT------TGTTTT--T----AC--C-AC----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTAAGG-A--GG-ATATTGG-ATG---GCAGT-TATT--GT-GATGCC--AAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTG---G--AGAAGATGAGA--ATACTAATA-------AGGCTAGGA-------TAATT-AAACCTC--A-TACACATGCTCCCCATAGTGAG--ATG--A--G-GA----TG----AC-A--A--G--------GTT-AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACAGTGC--TGAT-----A-AGC----CT-------TTAA---TA--GT-G-----T--ACAT-GTT-T-C--C-C-ATGG--TGTTG---GTGCCAAGTATAGT----T---------T----------GAAAACTA--------GAA-----TTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----A-TATTCAATGTCTGATTTG-TCAGAGT-T-TTTCATTCTTCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT---A-T---ATTTATTGG-ATG---GT--T-TATT--TT-A-CATC--A
gi|12 : TTGCATGGGAGTATTTTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATAA-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACCAT--CATAGACA-G-ATTtgagtct
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgaaatAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC----AGAGG--TAACTTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT-AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : -------AGG-----A-------TAGTC-AA-A-CCTGG-TAGGCATGTTCCCCATGGTGAG--AAG--A--A-AA----TG----CC-A--------------GTT-AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATGCA-GGTTA-----A-----------AT-----A-AGG----CTAGGACCATCCAAATT----------T-T--AAAT-G-T-T-C--CTC-ATGG--TAT
gi|15 : ataaagctTCT---TATTTATCCAT---CATCACCTAATGTG--GA--GGACAAAGGGA--GTACTAATGAGGCT--AGG-----A-------TAATTAAATA-TA--G-TACACA--TTCCCCACAGTGAAACA----A--A-GA----TG----CT-G--G--T---T----GTA-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagtgaTGTTTCCAATGATCAG--AGGACA--A-AACC--TG----TG-G--T--T---T----TTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACATTAC--TAAT-----A-AGG----CTAGAGT-----AACTT----T-AT-A--C--ACAT-G-T-T-CAAC-C-ATacc
gi|16 : TTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGTAA-CTTTATA---CACATGTTCAACCAT--CATAGACAGA-ATcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggtttttcaaggtcata----AGA---------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT---T-CTGAATATATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGG-TGTG--AGCAT-AGTG-AATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|18 : AATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACCAA--CATAGA--GGTACTG-TATT--AT-----GA-TGTGGTGCAGTTTTTCTGT----CT-----------GTTTAACCTT---CAGAATCT--TGTA--GG--A
gi|2 : ggtaggaattGA--TAATTTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATAA-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGACAA--ATTGTT--------------GTGTGGTGT---GTTTCTGTGAGT--------T---TGTTCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGAAA--AGGTGCAAAGA--TTACTGACA-------AGG-----ATCATAGGATATT-AAAA-CCAGG-TACATCTGTTCCCCATAGTGAG--AGG--A--A-CA----TGTTTATC-ACTA--T---TTATGGTC-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATA-TGTACTGATATTTAA-AGG----CGTGGA-CATCAAATTTG--GT-G-----T--ATAT-G-T-T-C--CGT-ATGA--TGTTG---ATACCAAACATA-C----T---------T----------A-----AACAAAAAATTGTTTTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTAa
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GAACAC-----------TG-TTGGGGC-C-ATT------T---TT--T----AT--C-AG----TGA---------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA---------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---GTT--GATATATTGGAATGTGTGCATT-TTTT-------TTTC--AGC-A-TGAG-TTTTGTT
gi|22 : ----GTC-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACGGTAC--TAAT-----T-AGG----CTAGGATCATCAAACTTGCAGT-GTAGT-------T-G-T-T-C--CAC-GTGG--TGTTG---GTttt
gi|23 : TCATCAAACTTG--AT-GA-------ACAT-G-T-T-C--C-CCATGG--TGT-----GTG-----TATA-T----T---------T----------A-----GAAAAGCTTTTGC-----ATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGAA--C-----------TGGTCTGAGC-C-----------------------------------AGA-------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CATC---G-
gi|25 : cagG-ATTG-TA--CAGT-----G-TTATAGTGT--------CGTGTGTCTG----TT---TGTTCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTG--GGAAAGATAAgacagtat
gi|26 : ttcagccataAAGTGT--CAGA----AGAACAC-----------TA-TCAGAGC-C-ATG------TA--TT--G----AC--CAAA----AGA---------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGAACACTGTCTGG----TG-TCGGAGA-C-ATT------TCTTTG--T----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC-TTGT--AGAT-----ATAATGCTACCAGGATCATCAGACTTG--GT-G-----T--ACATCT-T-T-C--C-C-ATGGTATGTAA---GTGCTAGACAT--T----T---------TGAAAGTAGTGA-----TATGAT----TGC-----TTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAAAAAC--------------TCAGA------TA------TATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT---G-C------CATTGG-ACA---GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACCTT--CATAGAT-GG-ATTG---TGTAAT-----G-GTATAGTGTAGGGTTTTGATGTGTCTGTC-------TGTTCAATCAT---CAGTACTT--T-----------ATAA---GA--GTACCAGTA-------AGGTGAA-A-------TGATG-AA------------GCCTGGTACTTACAGGAAG--A----C--ACAACATTTG----CA-A--A--G--------GTC-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCAGTCT--CAAT-----A-AAT----CTATTATCATCAAGCTTG---------T-TCAACAT-T-T-C-C--C-C-ATGG--TGATG---GT-----ATATA-T----TTTTAAAAGCT----------A-----TAATGT----TGC-----TTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AGGATCATCAGACTTG--GT-GT--------CAT-C-T-T-T--C---ATGG--TATGGTAAGTGCTAGACAT--T----T---------TGAACTAGTG-A-----TAATGAT---TGC-----TTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAAAAAC-----------TG--CAGA-----TAT------AATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT---
gi|6 : agtcaagaaaagagcttgtagatataatgctaccac-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGAAAAT-----------TT-TCAGAGC-CATTT------TTTTTT--TTTACAC--C-GA----AGA---------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATT---G----------TTGG-ACGA--GCG---TATT--TT-G-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaATGGTACATTGTTCCTGTGTGTCTATTGTCT---C-TTCACTCAT---CAA---------------------AAAGAGA----ACTTATATACGGCTAGG-----A-------TCATC-AAAC-TT--GGTAGACATGCTCTCGATAATAAG--A----ATAA-AA----TA----CC-C--AGGTCGAT----GGC-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACAA-----TGAT-----A-AGG----CTCGAGTCATCAGATTTA--GT-A-----T--ACAT-G-TCC-C--C-C-ATGG--TGATG---GTGCCAAACGTA-TTTGAT---------T----------A-----TA--------TAC-----TTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtggtattatgga-----A-AGG----CTAGAATCATCAAACTTG--GT-GT-------AC-T-G-T-TAT--T-C-ATAG--TGTTG---TTGTCAAGTACA-T----T--------------------G-----TG---------GC-----TCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGAACAC-----------TG-TCAGAACAC-TGTCAGAGCCCTTTG--T----ACATC-AA----AGA---------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TTGTTT----GTCCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGGAAA--AGATAAAAGGACAG-GCTA-----------GG-----A-------CAATC-AACC-TA--G-TACACATGTACCCCATAGTGAG--A----G--G-AA-------------G--A--T---T------------------------ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACAGCAT--TAAT-----A-AGA----CCAAGTTCATCAAACTT----T-GT-G--T--ACAT-G-T-T-CT-C-C-A--------TG---GTGCCAAGTACA-G----T---------T----------A-----tggaagtaaattcttctttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTGTTGTAGTACTGTGTAGTGCACCTGTCCGTTTGTCAGCGCCTTTTTGATCAAAACAATACATGTATGTATAAGGCTAGGATCGTCAAATTTGGTAC
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 1 222 1 66666666 111 222222 2222 1111 111 6666666666666 11 33333333333 22222222 1111 3333333333333333333333333333 2222222 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111 11111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555 333333333 2222222222222 222 111 333333333333333333 1 1
lowQualScore : 1 1 3333 111 1 1 1 5 1 111 2 6 3 77777777 8 6 444 1 333333 0000 4444 3 5 0 888 777777 222 5 5 0 6666666666666 11 444 22 4 33333333333 0 888 1 66 22222222 1 0 2222 1111111111111111111111111111 11 4444444 5 5 4 222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 1 4 2 88888 6666666666666666 77777 77 22222 555 2 2222222 2 2 9999 8 44 555 1 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 66 55555 4 4 3 66 5 5555555555555555555 1 1 99 0 6666666666666 1 55 7777 4 44444444444444444 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 2 888 222222222222 6 0 111111111 7777777777777 111 333 999999999999999999 5 5
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... . . . ........ . . ... . ...... .... .... . . . ... ...... ... . . . ............. .. ... .. . ........... . ... . .. ........ . . .... ............................ .. ....... . . . ....................................... . . . . . . ..... ................ ..... .. ..... ... . ....... . . .... . .. ... . . ................................................ .. ..... . . . .. . ................... . . .. . ............. . .. .... . ................. . ..................................................................................... . . ... . ... ............ . . ......... ............. ... ... .................. . .
lowQualScore : 0 0 0000 555 0 0 0 5 0 555 3 7 7 00000000 0 4 000 4 000000 4444 2222 5 0 2 888 999999 999 0 7 1 9999999999999 00 333 33 9 44444444444 4 888 4 11 88888888 7 4 3333 4444444444444444444444444444 22 2222222 0 0 4 222222222222222222222222222222222222222 0 0 4 9 0 4 33333 2222222222222222 11111 99 11111 888 7 8888888 9 9 9999 6 22 888 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 11 55555 8 4 7 33 0 7777777777777777777 0 4 33 5 1111111111111 2 55 0000 0 77777777777777777 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 111 7 888 888888888888 7 7 111111111 2222222222222 222 222 777777777777777777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC---A--GGGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACC--ATCATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTT---TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTGG--G--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----AT-A------ATCAAA-N-TN--G-TACA-CATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TNTTT--TT----AC--C-AA--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATT--TT-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTAAACTTTGCAGGGCTTGA-TGGGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACC--ATCATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTATGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTT---TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTGG--G--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----AT-A------ATCAAA-A-TC--G-TACA-CATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TNTTT--TT----AC--C-AA--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATT--NT-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATGGGTAAA-TTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTAAATAAAATTTGATAAAACACACATTCA-CC--ATT-TAGGCAGG-ATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTGA--G--A--GATAAAGGGA--GTACTAA-A-------TGG-----AA-A------A--AAA-A-TT--G-TACA-CATGTTGCCCATGGTGAA-A-----AAA-A----TAC------T--TAATT---T----GTCCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCA-T--T----AT-T-G-AT-----A--AGCCAA-----GAACCATCAAATTTG--GTAGTATAT--ACATG-T-T-T--C-CATGGT--ATTG---GTGTCAAGTAT-TT-----------T---------A--TA-----------G----C-----TTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGC-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TGTTT--TT----AC--C-AC--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTAAGG-A--GG-ATATTGG-ATG---GCAGT-TATT--GT-GATGCC--AAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTGG-----A--GAAGATGAGA--ATACTAATA-------AGGCTAGGAT-A------ATTAAA-CCTC--A-TACA-CATGCTCCCCATAGTGAG-ATG---AGG-A----TGA------C--AA--G--------GTT-AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GC-T-G-AT-----A--AGCCT------------TTAA---TA--GT-G----T--ACATGTT-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATAGT-----------T---------T--GA-A-------A-A----CTAGAATTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----ATATTCAATGTCTGATT-------TG-TCAGAGT-T-TTTCATTCT------TCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT---A-T---ATTTATTGG-ATG---GT--T-TATT--TT-A-CATC--A
gi|12 : -AT-----A--AGGCAA-----GGATCATT---CTTG--GT-A----C--ATATG-T-T-T--C-TAAGG---ATTG---Gtgagtct
gi|12 : tTGAAATTTGCATGG-------GAGTATT-TTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATAA-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACC--ATCATAGACA-G-ATTatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgaaatttgcatgggagtattttttggcacaaaacaagatataaaaaatgtattaattagtgtaggataatcaaacatagacacatattcaaccatcatagacagatt
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC---A-GAGGTAAC-TTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT-AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : -------AGG-----AT-A------GTCAAA-CCTG--G-TAGG-CATGTTCCCCATGGTGAGAA-G---AAA-A----TGC------C--A------------GTT-AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATG---------------CA-G-------GT-TAA-AT-----A--AGGCTA-----GGACCATCCAAATT-------T---T--AAATG-T-T-C--CTCATGGT--AT
gi|15 : ataaagctTCT---TATTTATCCAT---CATCACCTAATGTGG--A--G--GACAAAGGGA--GTACTAATGAGGCT--AGG-----AT-A------ATTAAATA-TA--G-TACA-CA--TTCCCCACAGTGAA-A-C---AAAGA----TGC------T--GG--T---T----GTA-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagtgaTGTTTCCAATGATCAG-A-GGACAAA-ACC--TGT------G--GT--T---T----TTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACA-T--T----AC-T-A-AT-----A--AGGCTA-----GAGT-----AACTT----T-ATA--C--ACATG-T-T-CAAC-CATacc
gi|16 : GGTCATATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGTAA-CTTTATA---CACATGTTCAACC--ATCATAGACAGA-ATcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggtttttcaa--AGA-----------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT---T-CTGAATATATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGG-TGTG--AGCAT-AGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|18 : G----AATTAATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACC--AACATAGA--GGTACTG-TAT-TA-T-----GA-TGTGGTGCAGTTTTTCTGT----CT-----------GTTTAACCTT---CAGAATCT--TGTAG--G--A--
gi|19 : ggtagAA-----AACA-A--TACATGTAT-GTAT-----A--AGGCTA-----GGATCGTCAAATTTG--GT-a
gi|2 : ttgtgttgtagtactgtgtagtgcacctgtccgtttgtcagcgcctttttgatcGATAAT-TTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATAA-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGACA-A-ATTG-T-T------------GTGTGGT---GTGTTTCTGTGAG--------TT---TGTTCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGAAA--A--GGTGCAAAGA--TTACTGACA-------AGG-----ATCATAGGATATTAAA-A-CCAGG-TACA-TCTGTTCCCCATAGTGAG-A-G---GAACA----TGTTTATCAC--TA--T---TTATGGTC-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATATG--T----AC-T-G-ATATTTAA--AGGCGT-----GGA-CATCAAATTTG--GT-G----T--ATATG-T-T-C--CGTATGAT--GTTG---ATACCAAACATACT-----------TAA-------A--CA-AAAAAT--T-G----TTTTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTAac
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GA-ACA---------C-------TG-TTGGGGC-C-AT------T------T---T--TT----AT--C-AG--TGA-----------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA-----------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---GTT--GATATATTGGAATGTGTGCATT-TTTT--TT-----TC--AGC-A-TGAG-TTTTGTT
gi|22 : ----GTC-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACG-G--T----AC-T-A-AT-----T--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTGCAGT-G----T--AGTTG-T-T-C--CACGTGGT--GTTG---GTttt
gi|23 : TCATCAAACTTG--AT-G----A--ACATG-T-TCC--C-CATGGT--GT-----GT-----GTATATT-----------T---------A--GA-AAAGCTTTT-G----C-----ATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGA-AC------------------TGGTCTGAGC-C---------------------------------------AGA---------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CATC---G-
gi|25 : cagTTCAGCC--AT--------AG-ATTG-TAC-----------AGTGT--TATAGTGTC---GTGTGTCTGTT-------TGTTCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTGG--GAAA--GATAAgacagtat
gi|26 : AAGTGT--CAGA----AGA-ACA---------C-------TA-TCAGAGC-C-AT------G------TA--T--TG----AC--CAAA--AGA-----------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGA-ACA---------CTGTCTGGTG-TCGGAGA-C-AT------T------TCTTT--GT----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC--T--T----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCA--GGATCATCAGACTTG--GT-GT------ACATC-T-TTC--C-CATGGTATGTAA---GTGCTAGACATTTTGAAAGTAGTGAT---------A--TG-A-------TTG----C-----TTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAA-AAA---------C----------TCAGA------T------A------TATTT--TTG---AC--C-AA--AAC-----------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT---G-C------CATTGG-ACA---GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACC--TTCATAGAT-GG-ATTG-TGT--AAT-----G-GTATAGTGTAGGGTTTTGATGTGTCTGTC-------TGTTCAATCAT---CAGTACTT--T-------------ATAA---GA--GTACCAGTA-------AGG-----------------TGAA-A-TG--A-TGAAGCCTGGTACTTACAGGAAG-A-C---ACA-ACATTTGC------A--AA--G--------GTC-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCA-G--T----CT-C-A-AT-----A--AATCTA-----TTATCATCAAGCT-----T-GT---TCAACATT-T-C-C--C-CATGGT--GATG---GT-----ATATATTTTTAAAAGC--T---------A--TA-ATGT----T-G----C-----TTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AA-----AAGA-GCTT----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCACAGGATCATCAGACTTG--GT-GT-------CATC-T-T-T--C--ATGGT--ATGGTAAGTGCTAGACAT-TT-----------TGAACTAGTGA--TA-A-------T-GATTGC-----TTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAA-AAA---------C-------TG--CAGA-----TA------T------AATTT--TTG---AC--C-AA--AAC-----------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT---
gi|6 : agtcaag-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGA-AAA---------T-------TT-TCAGAGC-CATT------T------TTTTT--TTTTACAC--C-GA--AGA-----------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATT---G----------TTGG-ACGA--GCG---TATT--TT-G-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaG-TAT-TA-T-----G-GAATGGTACATTGTTCCTGTGTGTCTATTGTCT---C-TTCACTCAT---CAA-----------------------AAAGAGA----ACTTATATACGGCTAGG-----AT-C------ATCAAA-C-TT--GGTAGA-CATGCTCTCGATAATAAG-A-AT--AAA-A----TAC------CCAGG--TCGAT----GGC-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACA-A--T----G------AT-----A--AGGCTC-----GAGTCATCAGATTTA--GT-A----T--ACATG-TCC-C--C-CATGGT--GATG---GTGCCAAACGTATT-----------T---------GATTATA-------T-A----C-----TTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtg-----A--AGGCTA-----GAATCATCAAACTTG--GT-GT------AC-TG-T-TAT--T-CATAGT--GTTG---TTGTCAAGTACATT---------------------G--TG-----------G----C-----TCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAACAC-TG------TCAGAGCCCTTT--GT----ACATC-AA--AGA-----------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TCAGACTTGATA---TACATATTGAA--------TAAATGGG--TTG-TAT--AA----------ATGGT--------------------TTGTTT----GTCCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGG--A--AAAGATAAAAGGACAG-GCTA-----------GG-----AC-A------ATCAAC-C-TA--G-TACA-CATGTACCCCATAGTGAG-A-G---GAA------------------GA--T---T------------------------ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--C----AT-T-A-AT-----A--AGACCA-----AGTTCATCAAACTTT--GT-G----T--ACATG-T-T-CT-C-CA--------TG---GTGCCAAGTACAGT-----------T---------A--tggaagtaaattcttctttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 1 222 1 3333333333 111 222222 2222 1111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 1111 3333333333333333333333333333 2222222 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111 11111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555 333333333 222222222222 222 111 333333333333333333 1 1
lowQualScore : 1 1 3333 111 1 1 1 5 1 111 2 6 1 9999999999 8 6 444 1 333333 0000 4444 3 5 0 888 777777 222 5 5 0 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 888 1 66 22222222 1 0 2222 1111111111111111111111111111 2 1111111 5 0 4 222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 1 4 2 88888 6666666666666666 77777 77 22222 555 2 2222222 2 2 9999 8 44 555 1 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 66 55555 4 4 3 66 5 5555555555555555555 1 1 99 0 6666666666666 1 55 7777 4 44444444444444444 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 2 888 222222222222 6 0 111111111 666666666666 111 333 999999999999999999 5 5
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... . . . .......... . . ... . ...... .... .... . . . ... ...... ... . . . ................................................ . ... . .. ........ . . .... ............................ . ....... . . . ....................................... . . . . . . ..... ................ ..... .. ..... ... . ....... . . .... . .. ... . . ................................................ .. ..... . . . .. . ................... . . .. . ............. . .. .... . ................. . ..................................................................................... . . ... . ... ............ . . ......... ............ ... ... .................. . .
lowQualScore : 0 0 0000 555 0 0 0 5 0 555 0 7 0 4444444444 0 4 000 4 000000 4444 2222 5 0 2 888 999999 999 0 7 1 888888888888888888888888888888888888888888888888 4 888 4 11 88888888 7 4 3333 8888888888888888888888888888 2 8888888 0 1 4 222222222222222222222222222222222222222 0 0 4 9 0 4 33333 2222222222222222 11111 99 11111 888 7 8888888 9 9 9999 6 22 888 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 11 55555 8 4 7 33 0 7777777777777777777 0 4 33 5 1111111111111 2 55 0000 0 77777777777777777 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 111 7 888 888888888888 7 7 111111111 222222222222 222 222 777777777777777777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACC--ATCATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TCT---TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTGG--G--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----AT-A------ATCAAA-CCT--NG-TACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TNTTT--TT----AC--C-AA--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACC--ATCATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTT---TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTGG--G--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----AT-A------ATCAAA-N-T--NG-TACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TNTTT--TT----AC--C-AA--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATG-GGTAAA-TTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTAAATAAAATTTGATAAAACACACATTCA-CC--ATT-TAGGCAGG-ATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTGA--G--A--GATAAAGGGA--GTACTAA-A-------TGG-----AA-A------A--AAA-A-T--TG-TACACATGTTGCCCATGGTGAA-A-----AAA-A----TAC------T--TAATT---T----GTCCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCA-T--T----AT-T-G-AT-----A--AGCCAA-----GAACCATCAAATTTG--GTAGTATAT--ACATG-T-T-T--C-CATGGT--ATTG---GTGTCAAGTAT-TT-----------T---------A--TA-----------G----C-----TTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGC-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TGTTT--TT----AC--C-AC--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTAAGG-A--GG-ATATTGG-ATG---GCAGT-TATTG--T-GATGCC--AAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTGG-----A--GAAGATGAGA--ATACTAATA-------AGGCTAGGAT-A------ATTAAA-CCT--CA-TACACATGCTCCCCATAGTGAG-ATG---AGG-A----TGA------C--AA--G--------GTT-AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GC-T-G-AT-----A--AGCCT------------TTAA---TA--GT-G----T--ACATGTT-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATAGT-----------T---------T--GA-A-------A-A----CTAGAATTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----ATATTCAATGTCTGATT-------TG-TCAGAGT-T-TTTCATTCT------TCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT---A-T---ATTTATTGG-ATG---GT--T-TATTT--T-A-CATC--A
gi|12 : -AT-----A--AGGCAA-----GGATCATT---CTTG--GT-A----C--ATATG-T-T-T--C-TAAGG---ATTG---Gtgagtct
gi|12 : tTGAAATTTGCATGG-------G-AGTATT-TTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATAA-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACC--ATCATAGACA-G-ATTatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgaaatttgcatgggagtattttttggcacaaaacaagatataaaaaatgtattaattagtgtaggataatcaaacatagacacatattcaaccatcatagacagatt
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC----A-GAGGTAAC-TTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT-AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : -------AGG-----AT-A------GTCAAA-CCT--GG-TAGGCATGTTCCCCATGGTGAGAA-G---AAA-A----TGC------C--A------------GTT-AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATG---------------CA-G-------GT-TAA-AT-----A--AGGCTA-----GGACCATCCAAATT-------T---T--AAATG-T-T-C--CTCATGGT--AT
gi|15 : ataaagctTCT---TATTTATCCAT---CATCACCTAATGTGG--A--G--GACAAAGGGA--GTACTAATGAGGCT--AGG-----AT-A------ATTAAATA-T--AG-TACACA--TTCCCCACAGTGAA-A-C---AAAGA----TGC------T--GG--T---T----GTA-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagtgaTGTTTCCAATGATCAG-A-GGACAAA-ACC--TGT------G--GT--T---T----TTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACA-T--T----AC-T-A-AT-----A--AGGCTA-----GAGT-----AACTT----T-ATA--C--ACATG-T-T-CAAC-CATacc
gi|16 : C----A-A-GGTCATATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGTAA-CTTTATA---CACATGTTCAACC--ATCATAGACAGA-ATcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggttttt--AGA-----------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT---T-CTGAATATATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGG-TGTG--AGCAT-AGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|18 : G----AATTAATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACC--AACATAGA--GGTACTG-TAT-TA-T-----GA-TGTGGTGCAGTTTTTCTGT----CT-----------GTTTAACCTT---CAGAATCT--TGTAG--G--A--
gi|19 : ggtagAA-----AACA-A--TACATGTAT-GTAT-----A--AGGCTA-----GGATCGTCAAATTTG--GT-a
gi|2 : ttgtgttgtagtactgtgtagtgcacctgtccgtttgtcagcgcctttttgatc-GATAAT-TTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATAA-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGACA-A-ATTG-T-T------------GTGTGGT---GTGTTTCTGTGAG--------TT---TGTTCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGAAA--A--GGTGCAAAGA--TTACTGACA-------AGG-----ATCATAGGATATTAAA-A-CCAGG-TACATCTGTTCCCCATAGTGAG-A-G---GAACA----TGTTTATCAC--TA--T---TTATGGTC-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATATG--T----AC-T-G-ATATTTAA--AGGCGT-----GGA-CATCAAATTTG--GT-G----T--ATATG-T-T-C--CGTATGAT--GTTG---ATACCAAACATACT-----------TAA-------A--CA-AAAAAT--T-G----TTTTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTAac
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GA-ACA---------C-------TG-TTGGGGC-C-AT------T------T---T--TT----AT--C-AG--TGA-----------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA-----------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---GTT--GATATATTGGAATGTGTGCATT-TTTTT--T-----TC--AGC-A-TGAG-TTTTGTT
gi|22 : ----GTC-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACG-G--T----AC-T-A-AT-----T--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTGCAGT-G----T--AGTTG-T-T-C--CACGTGGT--GTTG---GTttt
gi|23 : TCATCAAACTTG--AT-G----A--ACATG-T-TCC--C-CATGGT--GT-----GT-----GTATATT-----------T---------A--GA-AAAGCTTTT-G----C-----ATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGA-AC------------------TGGTCTGAGC-C---------------------------------------AGA---------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CATC---G-
gi|25 : cagTTCAGCC--AT--------AG-ATTG-TAC-----------AGTGT--TATAGTGTC---GTGTGTCTGTT-------TGTTCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTGG--GAAA--GATAAgacagtat
gi|26 : AAGTGT--CAGA----AGA-ACA---------C-------TA-TCAGAGC-C-AT------G------TA--T--TG----AC--CAAA--AGA-----------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGA-ACA---------CTGTCTGGTG-TCGGAGA-C-AT------T------TCTTT--GT----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC--T--T----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCA--GGATCATCAGACTTG--GT-GT------ACATC-T-TTC--C-CATGGTATGTAA---GTGCTAGACATTTTGAAAGTAGTGAT---------A--TG-A-------TTG----C-----TTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAA-AAA---------C----------TCAGA------T------A------TATTT--TTG---AC--C-AA--AAC-----------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT---G-C------CATTGG-ACA---GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACC--TTCATAGAT-GG-ATTG-TGT--AAT-----G-GTATAGTGTAGGGTTTTGATGTGTCTGTC-------TGTTCAATCAT---CAGTACTT--T-------------ATAA---GA--GTACCAGTA-------AGGTGAA-AT-G------ATGAAG-CCT--GG-TAC-----TT----ACAGGAAG-A-C---ACA-ACATTTGC------A--AA--G--------GTC-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCA-G--T----CT-C-A-AT-----A--AATCTA-----TTATCATCAAGCT-----T-GT---TCAACATT-T-C-C--C-CATGGT--GATG---GT-----ATATATTTTTAAAAGC--T---------A--TA-ATGT----T-G----C-----TTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AA-----AAGA-GCTT----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCACAGGATCATCAGACTTG--GT-GT-------CATC-T-T-T--C--ATGGT--ATGGTAAGTGCTAGACAT-TT-----------TGAACTAGTGA--TA-A-------T-GATTGC-----TTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAA-AAA---------C-------TG--CAGA-----TA------T------AATTT--TTG---AC--C-AA--AAC-----------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT---
gi|6 : agtcaag-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGA-AAA---------T-------TT-TCAGAGC-CATT------T------TTTTT--TTTTACAC--C-GA--AGA-----------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATT---G----------TTGG-ACGA--GCG---TATTT--T-G-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaG-TAT-TA-T-----G-GAATGGTACATTGTTCCTGTGTGTCTATTGTCT---C-TTCACTCAT---CAA-----------------------AAAGAGA----ACTTATATACGGCTAGG-----AT-C------ATCAAA-C-T--TGGTAGACATGCTCTCGATAATAAG-A-AT--AAA-A----TAC------CCAGG--TCGAT----GGC-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACA-A--T----G------AT-----A--AGGCTC-----GAGTCATCAGATTTA--GT-A----T--ACATG-TCC-C--C-CATGGT--GATG---GTGCCAAACGTATT-----------T---------GATTATA-------T-A----C-----TTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtg-----A--AGGCTA-----GAATCATCAAACTTG--GT-GT------AC-TG-T-TAT--T-CATAGT--GTTG---TTGTCAAGTACATT---------------------G--TG-----------G----C-----TCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAACAC-TG------TCAGAGCCCTTT--GT----ACATC-AA--AGA-----------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TCAGACTTGATA---TACATATTGAA--------TAAATGGG--TTG-TAT-AAAT-----G-----------------------GTTTGTT-------TGTCCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGG--A--AAAGATAAAAGGACAG-GCTA-----------GG-----AC-A------ATCAAC-C-T--AG-TACACATGTACCCCATAGTGAG-A-G---GAA------------------GA--T---T------------------------ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--C----AT-T-A-AT-----A--AGACCA-----AGTTCATCAAACTTT--GT-G----T--ACATG-T-T-CT-C-CA--------TG---GTGCCAAGTACAGT-----------T---------A--tggaagtaaattcttctttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 1 222 1 3333333333 111 222222 2222 1111 1111 5555555555555 111 333333333333 222222 1111 22222222222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111 11111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555 333333333 222222222222 222 111 333333333333333333 1 1
lowQualScore : 1 1 3333 111 1 1 1 5 1 111 2 6 1 9999999999 8 6 444 1 333333 0000 4444 3 5 0 888 3333 777777 5 0 3333333333333 0 3 555 111 333333333333 0 888 1 66 222222 1 0 2222 99999999999999999999999999999999 1 0 4 222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 1 4 2 88888 6666666666666666 77777 77 22222 555 2 2222222 2 2 9999 8 44 555 1 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 66 55555 4 4 3 66 5 5555555555555555555 1 1 99 0 6666666666666 1 55 7777 4 44444444444444444 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 2 888 222222222222 6 0 111111111 666666666666 111 333 999999999999999999 5 5
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... . . . .......... . . ... . ...... .... .... . . . ... .... ...... . . ............. . . ... ... ............ . ... . .. ...... . . .... ................................ . . . ....................................... . . . . . . ..... ................ ..... .. ..... ... . ....... . . .... . .. ... . . ................................................ .. ..... . . . .. . ................... . . .. . ............. . .. .... . ................. . ..................................................................................... . . ... . ... ............ . . ......... ............ ... ... .................. . .
lowQualScore : 0 0 0000 555 0 0 0 5 0 555 0 7 0 4444444444 0 4 000 4 000000 4444 2222 5 0 2 888 4444 888888 7 1 1111111111111 4 0 666 333 444444444444 4 888 4 11 888888 7 4 3333 88888888888888888888888888888888 0 1 4 222222222222222222222222222222222222222 0 0 4 9 0 4 33333 2222222222222222 11111 99 11111 888 7 8888888 9 9 9999 6 22 888 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 11 55555 8 4 7 33 0 7777777777777777777 0 4 33 5 1111111111111 2 55 0000 0 77777777777777777 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 111 7 888 888888888888 7 7 111111111 222222222222 222 222 777777777777777777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-T-TTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TNTTT--TT----AC--C-AA--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TCTTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTNGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TNTTT--TT----AC--C-AA--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATG-GGTAAA-TTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTAAATAAAATTTGATAAAACACACATTCA-CCAT--T-TAGGCAGG-ATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-GTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTGAG--A--GATAAAGGGA--GTACTAA-A-------TGG-----A-AA----------AAAAATTGTACACATGTTGCCCATGGTGAA-A-----AAA-A----TAC------T--TAATT---T----GTCCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCA-T--T----AT-T-G-AT-----A--AGCCAA-----GAACCATCAAATTTG--GTAGTATAT--ACATG-T-T-T--C-CATGGT--ATTG---GTGTCAAGTAT-TT-----------T---------A--TA-----------G----C-----TTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGC-ACA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TT------T------TGTTT--TT----AC--C-AC--AGA-----------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTAAGG-A--GG-ATATTGG-ATG---GCAGT-TATTG--T-GATGCC--AAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTGG---A--GAAGATGAGA--ATACTAATA-------AGGCTAGGATAATT--------AAACCTCATACACATGCTCCCCATAGTGAG-ATG---AGG-A----TGA------C--AA--G--------GTT-AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GC-T-G-AT-----A--AGCCT------------TTAA---TA--GT-G----T--ACATGTT-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATAGT-----------T---------T--GA-A-------A-A----CTAGAATTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----ATATTCAATGTCTGATT-------TG-TCAGAGT-T-TTTCATTCT------TCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT---A-T---ATTTATTGG-ATG---GT--T-TATTT--T-A-CATC--A
gi|12 : -AT-----A--AGGCAA-----GGATCATT---CTTG--GT-A----C--ATATG-T-T-T--C-TAAGG---ATTG---Gtgagtct
gi|12 : tTGAAATTTGCATGG-------G-AGTATT-TTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATAA-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACCAT--CATAGACA-G-ATTatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgaaatttgcatgggagtattttttggcacaaaacaagatataaaaaatgtattaattagtgtaggataatcaaacatagacacatattcaaccatcatagacagatt
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC----A-GAGGTAAC-TTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT-AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : -------AGG-----ATAGTC--------AAACCTGGTAGGCATGTTCCCCATGGTGAGAA-G---AAA-A----TGC------C--A------------GTT-AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATG---------------CA-G-------GT-TAA-AT-----A--AGGCTA-----GGACCATCCAAATT-------T---T--AAATG-T-T-C--CTCATGGT--AT
gi|15 : ataaagct-TCTTAT----TTATCCAT---CATCACCTAATGTGGA--G--GACAAAGGGA--GTACTAATGAGGCT--AGG-----ATAATT--------AAATATAGTACACA--TTCCCCACAGTGAA-A-C---AAAGA----TGC------T--GG--T---T----GTA-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagtgaTGTTTCCAATGATCAG-A-GGACAAA-ACC--TGT------G--GT--T---T----TTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACA-T--T----AC-T-A-AT-----A--AGGCTA-----GAGT-----AACTT----T-ATA--C--ACATG-T-T-CAAC-CATacc
gi|16 : C----A-A-GGTCATATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGTAA-CTTTATA---CACATGTTCAACCAT--CATAGACAGA-ATcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggttttt--AGA-----------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT---T-CTGAATATATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGG-TGTG--AGCAT-AGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|18 : G----AATTAATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACCAA--CATAG--AGGTACTG-TAT-T-AT-----GA-TGTGGTGCAGTTTTTC----TGTCTGTT-T-----------AACCTT---CAGAATCT--TGTAGG--A--
gi|19 : ggtagAA-----AACA-A--TACATGTAT-GTAT-----A--AGGCTA-----GGATCGTCAAATTTG--GT-a
gi|2 : ttgtgttgtagtactgtgtagtgcacctgtccgtttgtcagcgcctttttgatc-GATAAT-TTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATAA-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGACAA--ATTG-T------T-----G--TGTGGTGT---GTTTCTGTGAGT--------TTGT----TCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGA--AAAGGTGCAAAGA--TTACTGACA-------AGG-----ATCATAGGATATTAAAACCAGGTACATCTGTTCCCCATAGTGAG-A-G---GAACA----TGTTTATCAC--TA--T---TTATGGTC-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATATG--T----AC-T-G-ATATTTAA--AGGCGT-----GGA-CATCAAATTTG--GT-G----T--ATATG-T-T-C--CGTATGAT--GTTG---ATACCAAACATACT-----------TAA-------A--CA-AAAAAT--T-G----TTTTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTAac
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GA-ACA---------C-------TG-TTGGGGC-C-AT------T------T---T--TT----AT--C-AG--TGA-----------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA-----------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---GTT--GATATATTGGAATGTGTGCATT-TTTTT--T-----TC--AGC-A-TGAG-TTTTGTT
gi|22 : ----GTC-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACG-G--T----AC-T-A-AT-----T--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTGCAGT-G----T--AGTTG-T-T-C--CACGTGGT--GTTG---GTttt
gi|23 : TCATCAAACTTG--AT-G----A--ACATG-T-TCC--C-CATGGT--GT-----GT-----GTATATT-----------T---------A--GA-AAAGCTTTT-G----C-----ATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGA-AC------------------TGGTCTGAGC-C---------------------------------------AGA---------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CATC---G-
gi|25 : cagTTCAGCCAT----------AG-ATTG-TAC-----------AGTGT--TATAGTGTC---GTGTGTCTGT----TTGT----TCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTGGGAAA--GATAAgacagtat
gi|26 : AAGTGT--CAGA----AGA-ACA---------C-------TA-TCAGAGC-C-AT------G------TA--T--TG----AC--CAAA--AGA-----------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGA-ACA---------CTGTCTGGTG-TCGGAGA-C-AT------T------TCTTT--GT----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC--T--T----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCA--GGATCATCAGACTTG--GT-GT------ACATC-T-TTC--C-CATGGTATGTAA---GTGCTAGACATTTTGAAAGTAGTGAT---------A--TG-A-------TTG----C-----TTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAA-AAA---------C----------TCAGA------T------A------TATTT--TTG---AC--C-AA--AAC-----------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT---G-C------CATTGG-ACA---GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACCTT--CATAGAT-GG-ATTG-TGT--AAT-----G-GTATAGTGTAGGGTTTTGATGTGTCTGTC-T---GT----TCAATCAT---CAGTACTT--T-----------ATAA---GA--GTACCAGTA-------AGGTGAA-ATGATG--------AAGCCTGGTAC-----TT----ACAGGAAG-A-C---ACA-ACATTTGC------A--AA--G--------GTC-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCA-G--T----CT-C-A-AT-----A--AATCTA-----TTATCATCAAGCT-----T-GT---TCAACATT-T-C-C--C-CATGGT--GATG---GT-----ATATATTTTTAAAAGC--T---------A--TA-ATGT----T-G----C-----TTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AA-----AAGA-GCTT----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCACAGGATCATCAGACTTG--GT-GT-------CATC-T-T-T--C--ATGGT--ATGGTAAGTGCTAGACAT-TT-----------TGAACTAGTGA--TA-A-------T-GATTGC-----TTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAA-AAA---------C-------TG--CAGA-----TA------T------AATTT--TTG---AC--C-AA--AAC-----------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT---
gi|6 : agtcaag-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGA-AAA---------T-------TT-TCAGAGC-CATT------T------TTTTT--TTTTACAC--C-GA--AGA-----------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATT---G----------TTGG-ACGA--GCG---TATTT--T-G-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaG-TAT-TA-T-----G-GAATGGTACATTGTTCCTGTGTGTCTATTGTCTC-T----TCACTCAT---CAA---------------------AAAGAGA----ACTTATATACGGCTAGG-----ATCATC--------AAACTTGGTAGACATGCTCTCGATAATAAG-A-AT--AAA-A----TAC------CCAGG--TCGAT----GGC-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACA-A--T----G------AT-----A--AGGCTC-----GAGTCATCAGATTTA--GT-A----T--ACATG-TCC-C--C-CATGGT--GATG---GTGCCAAACGTATT-----------T---------GATTATA-------T-A----C-----TTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtg-----A--AGGCTA-----GAATCATCAAACTTG--GT-GT------AC-TG-T-TAT--T-CATAGT--GTTG---TTGTCAAGTACATT---------------------G--TG-----------G----C-----TCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGA-ACA---------C-------TG-TCAGAACAC-TG------TCAGAGCCCTTT--GT----ACATC-AA--AGA-----------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TCAGACTTGATA---TACATATTGAA--------TAAATGGG--TTG-TAT-AAAT-----G-----------------------GTTTGTT-T---GT----CCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGGA--AAAGATAAAAGGACAG-GCTA-----------GG-----ACAATC--------AA-CCTAGTACACATGTACCCCATAGTGAG-A-G---GAA------------------GA--T---T------------------------ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--C----AT-T-A-AT-----A--AGACCA-----AGTTCATCAAACTTT--GT-G----T--ACATG-T-T-CT-C-CA--------TG---GTGCCAAGTACAGT-----------T---------A--tggaagtaaattcttctttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 1 222 1 3333333333 111 222222 2222 1111 1111 5555555555555 111 2222222222 222222 1111 222222222222222222 222222222 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111 11111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555 333333333 222222222222 222 111 333333333333333333 1 1
lowQualScore : 1 1 3333 111 1 1 1 5 1 111 2 6 1 9999999999 8 6 444 1 333333 0000 4444 3 5 0 888 3333 777777 5 0 3333333333333 0 3 555 111 9999999999 0 888 1 66 222222 1 0 2222 999999999999999999 111111111 0 4 222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 1 4 2 88888 6666666666666666 77777 77 22222 555 2 2222222 2 2 9999 8 44 555 1 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 66 55555 4 4 3 66 5 5555555555555555555 1 1 99 0 6666666666666 1 55 7777 4 44444444444444444 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 2 888 222222222222 6 0 111111111 666666666666 111 333 999999999999999999 5 5
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... . . . .......... . . ... . ...... .... .... . . . ... .... ...... . . ............. . . ... ... .......... . ... . .. ...... . . .... .................. ......... . . ....................................... . . . . . . ..... ................ ..... .. ..... ... . ....... . . .... . .. ... . . ................................................ .. ..... . . . .. . ................... . . .. . ............. . .. .... . ................. . ............................................................................... . . ... . ... ............ . . ......... ............ ... ... .................. . .
lowQualScore : 0 0 0000 555 0 0 0 5 0 555 0 7 0 4444444444 0 4 000 4 000000 4444 2222 5 0 2 888 4444 888888 7 1 1111111111111 4 0 666 333 1111111111 4 888 4 11 888888 7 4 3333 444444444444444444 555555555 1 4 222222222222222222222222222222222222222 0 0 4 9 0 4 33333 2222222222222222 11111 99 11111 888 7 8888888 9 9 9999 6 22 888 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 11 55555 8 4 7 33 0 7777777777777777777 0 4 33 5 1111111111111 2 55 0000 0 77777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 111 7 888 888888888888 7 7 111111111 222222222222 222 222 777777777777777777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TTTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TTTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATG-GGTAAA-TTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTAAATAAAATTTGATAAAACACACATTCA-CCAT--T-TAGGCAGG-ATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTGAG--A--GATAAAGGGA--GTACTAA-A-------TGG-----AAAA----------AAAATTG-TACACATGTTGCCCATGGTGAA-A-----AAA-A----TAC------T--TAATT---T----GTCCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCA-T--T----AT-T-G-AT-----A--AGCCAA-----GAACCATCAAATTTG--GTAGTATAT--ACATG-T-T-T--C-CATGGT--ATTG---GTGTCAAGTAT-TT-----------T---------A--TA-----------G----C-----TTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGCA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TGTTTT--T----AC--C-AC----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTAAGG-A--GG-ATATTGG-ATG---GCAGT-TATTG--T-GATGCC--AAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTGG---A--GAAGATGAGA--ATACTAATA-------AGGCTAGGATAATT--------AAACCTCATACACATGCTCCCCATAGTGAG-ATG---AGG-A----TGA------C--AA--G--------GTT-AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GC-T-G-AT-----A--AGCCT------------TTAA---TA--GT-G----T--ACATGTT-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATAGT-----------T---------T--GA-A-------A-A----CTAGAATTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----ATATTCAATGTCTGATT-------TG-TCAGAGT-T-TTTCATTCTTCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT---A-T---ATTTATTGG-ATG---GT--T-TATTT--T-A-CATC--A
gi|12 : -AT-----A--AGGCAA-----GGATCATT---CTTG--GT-A----C--ATATG-T-T-T--C-TAAGG---ATTG---Gtgagtct
gi|12 : tTGAAATTTGCATGG-------G-AGTATT-TTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATAA-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACCAT--CATAGACA-G-ATTatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgaaatttgcatgggagtattttttggcacaaaacaagatataaaaaatgtattaattagtgtaggataatcaaacatagacacatattcaaccatcatagacagatt
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC----A-GAGGTAAC-TTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT-AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : -------AGG-----ATAGTC--------AAACCTGGTAGGCATGTTCCCCATGGTGAGAA-G---AAA-A----TGC------C--A------------GTT-AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATG---------------CA-G-------GT-TAA-AT-----A--AGGCTA-----GGACCATCCAAATT-------T---T--AAATG-T-T-C--CTCATGGT--AT
gi|15 : ataaagctTGAT-CTTAT----TTATCCAT---CATCACCTAATGTGGA--G--GACAAAGGGA--GTACTAATGAGGCT--AGG-----ATAATT--------AAATATAGTACACA--TTCCCCACAGTGAA-A-C---AAAGA----TGC------T--GG--T---T----GTA-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagTGTTTCCAATGATCAG-A-GGACAAA-ACC--TGT------G--GT--T---T----TTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACA-T--T----AC-T-A-AT-----A--AGGCTA-----GAGT-----AACTT----T-ATA--C--ACATG-T-T-CAAC-CATacc
gi|16 : C----A-A-GGTCATATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGTAA-CTTTATA---CACATGTTCAACCAT--CATAGACAGA-ATcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggttttt----AGA---------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT---T-CTGAATATATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGG-TGTG--AGCAT-AGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|18 : G----AATTAATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACCAA--CATAG--AGGTACTG-TAT-T-AT-----GA-TGTGGTGCAGTTTTTC----TGTCTGTT-T----------AACCTT---CAGAATCT--TGTAGG--A--
gi|19 : ggtagAA-----AACA-A--TACATGTAT-GTAT-----A--AGGCTA-----GGATCGTCAAATTTG--GT-a
gi|2 : ttgtgttgtagtactgtgtagtgcacctgtccgtttgtcagcgcctttttgatc-GATAAT-TTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATAA-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGACAA--ATTG-T------T-----G--TGTGGTGT---GTTTCTGTGAGT-------TTGT----TCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGA--AAAGGTGCAAAGA--TTACTGACA-------AGG-----ATCATAGGATATTAAAACCAGGTACATCTGTTCCCCATAGTGAG-A-G---GAACA----TGTTTATCAC--TA--T---TTATGGTC-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATATG--T----AC-T-G-ATATTTAA--AGGCGT-----GGA-CATCAAATTTG--GT-G----T--ATATG-T-T-C--CGTATGAT--GTTG---ATACCAAACATACT-----------TAA-------A--CA-AAAAAT--T-G----TTTTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTAac
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GAA-CA---------C-------TG-TTGGGGC-C-ATT------T---TT--T----AT--C-AG----TGA---------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA---------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---GTT--GATATATTGGAATGTGTGCATT-TTTTT--T-----TC--AGC-A-TGAG-TTTTGTT
gi|22 : ----GTC-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACG-G--T----AC-T-A-AT-----T--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTGCAGT-G----T--AGTTG-T-T-C--CACGTGGT--GTTG---GTttt
gi|23 : TCATCAAACTTG--AT-G----A--ACATG-T-TCC--C-CATGGT--GT-----GT-----GTATATT-----------T---------A--GA-AAAGCTTTT-G----C-----ATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGAA-C------------------TGGTCTGAGC-C-----------------------------------AGA-------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CATC---G-
gi|25 : cagTTCAGCCAT----------AG-ATTG-TAC-----------AGTGT--TATAGTGTC---GTGTGTCTGTT-T--GT----TCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTGGGAAA--GATAAgacagtat
gi|26 : AAGTGT--CAGA----AGAA-CA---------C-------TA-TCAGAGC-C-ATG------TA--TT--G----AC--CAAA----AGA---------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGAA-CA---------CTGTCTGGTG-TCGGAGA-C-ATT------TCTTTG--T----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC--T--T----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCA--GGATCATCAGACTTG--GT-GT------ACATC-T-TTC--C-CATGGTATGTAA---GTGCTAGACATTTTGAAAGTAGTGAT---------A--TG-A-------TTG----C-----TTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAAA-AA---------C----------TCAGA------TA------TATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT---G-C------CATTGG-ACA---GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACCTT--CATAGAT-GG-ATTG-TGT--AAT-----G-GTATAGTGTAGGGTTTTGATGTGTCTGTC-T--GT----TCAATCAT---CAGTACTT--T-----------ATAA---GA--GTACCAGTA-------AGGTGAA-ATGATG--------AAGCCTGGTAC-----TT----ACAGGAAG-A-C---ACA-ACATTTGC------A--AA--G--------GTC-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCA-G--T----CT-C-A-AT-----A--AATCTA-----TTATCATCAAGCT-----T-GT---TCAACATT-T-C-C--C-CATGGT--GATG---GT-----ATATATTTTTAAAAGC--T---------A--TA-ATGT----T-G----C-----TTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AA-----AAGA-GCTT----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCACAGGATCATCAGACTTG--GT-GT-------CATC-T-T-T--C--ATGGT--ATGGTAAGTGCTAGACAT-TT-----------TGAACTAGTGA--TA-A-------T-GATTGC-----TTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAAA-AA---------C-------TG--CAGA-----TAT------AATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT---
gi|6 : agtcaag-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGAA-AA---------T-------TT-TCAGAGC-CATTT------TTTTTT--TTTACAC--C-GA----AGA---------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATT---G----------TTGG-ACGA--GCG---TATTT--T-G-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaG-TAT-TA-T-----G-GAATGGTACATTGTTCCTGTGTGTCTATTGTCTCT----TCACTCAT---CAA---------------------AAAGAGA----ACTTATATACGGCTAGG-----ATCATC--------AAACTTGGTAGACATGCTCTCGATAATAAG-A-AT--AAA-A----TAC------CCAGG--TCGAT----GGC-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACA-A--T----G------AT-----A--AGGCTC-----GAGTCATCAGATTTA--GT-A----T--ACATG-TCC-C--C-CATGGT--GATG---GTGCCAAACGTATT-----------T---------GATTATA-------T-A----C-----TTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtg-----A--AGGCTA-----GAATCATCAAACTTG--GT-GT------AC-TG-T-TAT--T-CATAGT--GTTG---TTGTCAAGTACATT---------------------G--TG-----------G----C-----TCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAACAC-TGTCAGAGCCCTTTG--T----ACATC-AA----AGA---------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TCAGACTTGATA---TACATATTGAA--------TAAATGGG--TTG-TAT-AAAT-----G-----------------------GTTTGTT-T--GT----CCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGGA--AAAGATAAAAGGACAG-GCTA-----------GG-----ACAATC--------AA-CCTAGTACACATGTACCCCATAGTGAG-A-G---GAA------------------GA--T---T------------------------ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--C----AT-T-A-AT-----A--AGACCA-----AGTTCATCAAACTTT--GT-G----T--ACATG-T-T-CT-C-CA--------TG---GTGCCAAGTACAGT-----------T---------A--tggaagtaaattcttctttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 1 222 1 3333333333 111 222222 2222 1111 1111 5555555555555 111 2222222222 222222 1111 222222222222222222 222222222 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111 11111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555 333333333 222222222222 222 111 333333333333333333 1 1
lowQualScore : 1 1 3333 111 1 1 1 5 1 111 2 6 1 9999999999 8 6 444 1 333333 0000 4444 3 5 0 888 3333 777777 5 0 3333333333333 0 3 555 111 9999999999 0 888 1 66 222222 1 0 2222 999999999999999999 111111111 0 4 222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 1 4 2 88888 6666666666666666 77777 77 22222 555 2 2222222 2 2 9999 8 44 555 1 3 777777777777777777777777777777777777777777777777 66 55555 4 4 3 66 5 5555555555555555555 1 1 99 0 6666666666666 1 55 7777 4 44444444444444444 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 2 888 222222222222 6 0 111111111 666666666666 111 333 999999999999999999 5 5
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... . . . .......... . . ... . ...... .... .... . . . ... .... ...... . . ............. . . ... ... .......... . ... . .. ...... . . .... .................. ......... . . ....................................... . . . . . . ..... ................ ..... .. ..... ... . ....... . . .... . .. ... . . ................................................ .. ..... . . . .. . ................... . . .. . ............. . .. .... . ................. . ............................................................................... . . ... . ... ............ . . ......... ............ ... ... .................. . .
lowQualScore : 0 0 0000 555 0 0 0 5 0 555 0 7 0 4444444444 0 4 000 4 000000 4444 2222 5 0 2 888 4444 888888 7 1 1111111111111 4 0 666 333 1111111111 4 888 4 11 888888 7 4 3333 444444444444444444 555555555 1 4 222222222222222222222222222222222222222 0 0 4 9 0 4 33333 2222222222222222 11111 99 11111 888 7 8888888 9 9 9999 6 22 888 6 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 11 55555 8 4 7 33 0 7777777777777777777 0 4 33 5 1111111111111 2 55 0000 0 77777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 111 7 888 888888888888 7 7 111111111 222222222222 222 222 777777777777777777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TTTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TTTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATG-GGTAAA-TTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTAAATAAAATTTGATAAAACACACATTCA-CCAT--T-TAGGCAGG-ATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGTGTCTGTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTGAG--A--GATAAAGGGA--GTACTAA-A-------TGG-----AAAA----------AAAATTG-TACACATGTTGCCCATGGTGAA-A-----AAA-A----TAC------T--TAATT---T----GTCCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCA-T--T----AT-T-G-AT-----A--AGCCAA-----GAACCATCAAATTTG--GTAGTATAT--ACATG-T-T-T--C-CATGGT--ATTG---GTGTCAAGTAT-TT-----------T---------A--TA-----------G----C-----TTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGCA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TGTTTT--T----AC--C-AC----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTAAGG-A--GG-ATATTGG-ATG---GCAGT-TATTG--T-GATGCC--AAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTGG---A--GAAGATGAGA--ATACTAATA-------AGGCTAGGATAATT--------AAACCTCATACACATGCTCCCCATAGTGAG-ATG---AGG-A----TGA------C--AA--G--------GTT-AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GC-T-G-AT-----A--AGCCT------------TTAA---TA--GT-G----T--ACATGTT-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATAGT-----------T---------T--GA-A-------A-A----CTAGAATTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----ATATTCAATGTCTGATT-------TG-TCAGAGT-T-TTTCATTCTTCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTG---CATT---A-T---ATTTATTGG-ATG---GT--T-TATTT--T-A-CATC--A
gi|12 : -AT-----A--AGGCAA-----GGATCATT---CTTG--GT-A----C--ATATG-T-T-T--C-TAAGG---ATTG---Gtgagtct
gi|12 : tTGAAATTTGCATGG-------G-AGTATT-TTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATAA-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACCAT--CATAGACA-G-ATTatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggtgaaatttgcatgggagtattttttggcacaaaacaagatataaaaaatgtattaattagtgtaggataatcaaacatagacacatattcaaccatcatagacagatt
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC----A-GAGGTAAC-TTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT-AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : -------AGG-----ATAGTC--------AAACCTGGTAGGCATGTTCCCCATGGTGAGAA-G---AAA-A----TGC------C--A------------GTT-AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATG---------------CA-G-------GT-TAA-AT-----A--AGGCTA-----GGACCATCCAAATT-------T---T--AAATG-T-T-C--CTCATGGT--AT
gi|15 : ataaagctTGAT-CTTAT----TTATCCAT---CATCACCTAATGTGGA--G--GACAAAGGGA--GTACTAATGAGGCT--AGG-----ATAATT--------AAATATAGTACACA--TTCCCCACAGTGAA-A-C---AAAGA----TGC------T--GG--T---T----GTA-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagTGTTTCCAATGATCAG-A-GGACAAA-ACC--TGT------G--GT--T---T----TTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACA-T--T----AC-T-A-AT-----A--AGGCTA-----GAGT-----AACTT----T-ATA--C--ACATG-T-T-CAAC-CATacc
gi|16 : C----A-A-GGTCATATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGTAA-CTTTATA---CACATGTTCAACCAT--CATAGACAGA-ATcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggttttt----AGA---------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTG---CATT---T-CTGAATATATTTG-ATG-----AGTGTATTTGGTGG-TGTG--AGCAT-AGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAG
gi|18 : G----AATTAATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACCAA--CATAG--AGGTACTG-TAT-T-AT-----GA-TGTGGTGCAGTTTTTC----TGTCTGTT-T----------AACCTT---CAGAATCT--TGTAGG--A--
gi|19 : ggtagAA-----AACA-A--TACATGTAT-GTAT-----A--AGGCTA-----GGATCGTCAAATTTG--GT-a
gi|2 : ttgtgttgtagtactgtgtagtgcacctgtccgtttgtcagcgcctttttgatc-GATAAT-TTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATAA-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGACAA--ATTG-T------T-----G--TGTGGTGT---GTTTCTGTGAGT-------TTGT----TCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGA--AAAGGTGCAAAGA--TTACTGACA-------AGG-----ATCATAGGATATTAAAACCAGGTACATCTGTTCCCCATAGTGAG-A-G---GAACA----TGTTTATCAC--TA--T---TTATGGTC-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATATG--T----AC-T-G-ATATTTAA--AGGCGT-----GGA-CATCAAATTTG--GT-G----T--ATATG-T-T-C--CGTATGAT--GTTG---ATACCAAACATACT-----------TAA-------A--CA-AAAAAT--T-G----TTTTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTAac
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GAA-CA---------C-------TG-TTGGGGC-C-ATT------T---TT--T----AT--C-AG----TGA---------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA---------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTG---CATT---GTT--GATATATTGGAATGTGTGCATT-TTTTT--T-----TC--AGC-A-TGAG-TTTTGTT
gi|22 : ----GTC-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACG-G--T----AC-T-A-AT-----T--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTGCAGT-G----T--AGTTG-T-T-C--CACGTGGT--GTTG---GTttt
gi|23 : TCATCAAACTTG--AT-G----A--ACATG-T-TCC--C-CATGGT--GT-----GT-----GTATATT-----------T---------A--GA-AAAGCTTTT-G----C-----ATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGAA-C------------------TGGTCTGAGC-C-----------------------------------AGA-------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTG---CATC---G-
gi|25 : cagTTCAGCCAT----------AG-ATTG-TAC-----------AGTGT--TATAGTGTC---GTGTGTCTGTT-T--GT----TCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTGGGAAA--GATAAgacagtat
gi|26 : AAGTGT--CAGA----AGAA-CA---------C-------TA-TCAGAGC-C-ATG------TA--TT--G----AC--CAAA----AGA---------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGAA-CA---------CTGTCTGGTG-TCGGAGA-C-ATT------TCTTTG--T----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC--T--T----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCA--GGATCATCAGACTTG--GT-GT------ACATC-T-TTC--C-CATGGTATGTAA---GTGCTAGACATTTTGAAAGTAGTGAT---------A--TG-A-------TTG----C-----TTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAAA-AA---------C----------TCAGA------TA------TATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTG---TATT---G-C------CATTGG-ACA---GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACCTT--CATAGAT-GG-ATTG-TGT--AAT-----G-GTATAGTGTAGGGTTTTGATGTGTCTGTC-T--GT----TCAATCAT---CAGTACTT--T-----------ATAA---GA--GTACCAGTA-------AGGTGAA-ATGATG--------AAGCCTGGTAC-----TT----ACAGGAAG-A-C---ACA-ACATTTGC------A--AA--G--------GTC-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCA-G--T----CT-C-A-AT-----A--AATCTA-----TTATCATCAAGCT-----T-GT---TCAACATT-T-C-C--C-CATGGT--GATG---GT-----ATATATTTTTAAAAGC--T---------A--TA-ATGT----T-G----C-----TTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AA-----AAGA-GCTT----GT-A-G-AT-----ATAATGCTACCACAGGATCATCAGACTTG--GT-GT-------CATC-T-T-T--C--ATGGT--ATGGTAAGTGCTAGACAT-TT-----------TGAACTAGTGA--TA-A-------T-GATTGC-----TTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAAA-AA---------C-------TG--CAGA-----TAT------AATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTG---TATT---
gi|6 : agtcaag-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGAA-AA---------T-------TT-TCAGAGC-CATTT------TTTTTT--TTTACAC--C-GA----AGA---------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGCTCCATT---G----------TTGG-ACGA--GCG---TATTT--T-G-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaG-TAT-TA-T-----G-GAATGGTACATTGTTCCTGTGTGTCTATTGTCTCT----TCACTCAT---CAA---------------------AAAGAGA----ACTTATATACGGCTAGG-----ATCATC--------AAACTTGGTAGACATGCTCTCGATAATAAG-A-AT--AAA-A----TAC------CCAGG--TCGAT----GGC-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACA-A--T----G------AT-----A--AGGCTC-----GAGTCATCAGATTTA--GT-A----T--ACATG-TCC-C--C-CATGGT--GATG---GTGCCAAACGTATT-----------T---------GATTATA-------T-A----C-----TTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtg-----A--AGGCTA-----GAATCATCAAACTTG--GT-GT------AC-TG-T-TAT--T-CATAGT--GTTG---TTGTCAAGTACATT---------------------G--TG-----------G----C-----TCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAACAC-TGTCAGAGCCCTTTG--T----ACATC-AA----AGA---------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TCAGACTTGATA---TACATATTGAA--------TAAATGGG--TTG-TAT-AAAT-----G-----------------------GTTTGTT-T--GT----CCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGGA--AAAGATAAAAGGACAG-GCTA-----------GG-----ACAATC--------AA-CCTAGTACACATGTACCCCATAGTGAG-A-G---GAA------------------GA--T---T------------------------ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--C----AT-T-A-AT-----A--AGACCA-----AGTTCATCAAACTTT--GT-G----T--ACATG-T-T-CT-C-CA--------TG---GTGCCAAGTACAGT-----------T---------A--tggaagtaaattcttctttt
blockSeqs : T T GCCT . C T G A C A G G T GCAGA A C TTA A GTATTA CGCT CTAG A A . ATTA ACAGA . TATGA G AGT TCT GTCTCT TAG C AA AAAA T CAG ATATACGGCTAGG AGGATATTA A GGAACATGTTTATCACTATTTATG . . A T G A ATGGC ATACATGTATGT ATTTA TA CCACA GCA . TTCA T C CAA T AT TAA G A TGAACTAGTGATAATGATTGC TT AATAA C A C GA G AAAAGATTTAA G G TG TGAAAACACCATG C TT ATCC T ATGTCTGATT G GTTTTTCATTCTTCTTTTGTTGCCAGCTAGAGACTGGTTAATATGGTTTA T T CGA T CTC TCTGAATA A TGTGCATT GGTGGTGTG AT CTC TTTGCAAAACTAG A .
blockSeqs : A . G GG . C . T . T . A A . CA ATGGG . AATGG G AGT TTG CTTAT . A . GAAA A AT ATAAGGCTAGG T . ATAAAATACCCAGGTCGAT . . . A . A . GCTTGTAG . TA CCA A . TAC . . CC G . . A A TAAACAAAAAATTGTTTTAA . AA C . T C . TTAAGTTTGC A A CA TGAAAACACCATG T . ATCC . CTGTCTGG . GCCATTTTTTTTTTTTACACCGAAGAATGCTTCATTTGAAGAATGTTTTA T G A C . GTTGATA . AGTG TGTAGCGT A AA ACATTTTG
blockSeqs : . T . G . T . T A . CA ACAG . TATGG A AGG CCT TTGT . C . AAAA A GT ATGAGGCTAGG C . GGACAAAACCTGTGGTTT . . . G . G . TGTACTG . . . G . TT . . TC A . . G A GAAAGTAGTGATATGATTGC . . C . G C . AGATTTTAA A A CA CTTAT T . . . C . ACACTGTCAGAGCCCTTTGTACATCAAAGAATGTTTCT T G G T . ATATT . AGCG TACATC C TT
blockSeqs : . . . A . . . A A . CA AGGT . AAATG G ATT TC TGT . C . AG A TT GTAAGGTGAA T . CACAACATTTGCAAAG . . . A . A . GTGCTG . . . G . T . . AT . . . G T TTTAAAAGCTATAATGTTGC . . G . A T . ATTTAA C A CG GTGAT T . . . C . GCCATGTATTGACCAAAAGAATGGGTTTTTTT T T A T . GC . GTT TTC
blockSeqs : . . . . CA ACAA . TG . . . TGT . T . GA A GT ACAAGG G . CAAAGATGCTGGTT . . . G . A . GGTTAA . . . G . C . . CT . . . G A TAGAAAAGCTTTTGC . . T . A A . GAGTAA C A T TCAAT T . . . C . GCCATTTTTTATCAGTGACTGGTTTA T T C T . G .
blockSeqs : . . . ATGG . AG . . . TGT . C . A . . GG C . TGAGGATGACAAG . . . G . A . TTACTA . . . G . T . . C . . . G A TTGAAAACTAGAA . . G . G C . AC T G . TAAA C . . . C . TATAATTTTTGACCAAAACATTT T T C A .
blockSeqs : . . AG T . . . . C . GAAAATGCCA . . . G . A . GTACTA . . . G . T . . T . . . G A TGATTATATAC . . T . A A . A CGAT C . . . T . TATATTTTTGACCAAAACATT T A C A .
blockSeqs : . . . GGAAGATT . . . . . . . TTGTAG . . . G . A . . C . . . . A GTGGC . . T . . T T . . . C . GCCAGA A . T C
blockSeqs : . . . . . GTCTCA . . . A . T . . C . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . GCATTA . . . G . T . . C . . . .
blockSeqs : . ATG . . . T . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . T . . C .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** CA** ACGG** NATGG******** TGT******* GA**** ATAAGGCTAGG******* C******** NGAANATGCCGGTT************************* T****** TAAAAGTATAATTTGC******************************** GCAT******** GCG****** TGCGCC******
originalCons : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGACAGG-ATTG-TAT-TAAT-----GAGTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTT-TTTGT----TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGA--GTACTAATA-------AGG-----ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-A-G---AAA-A----TGC------C--GA--T---T----GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT---T--ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATT-----------T---------A--TA-A-------T-G----C-----TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATT---G-C--GATATATTGG-ACG---GCAGT-TATTT--T-G-TGTC--AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
finalCons : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATAAATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCATCA--TAGACGG--ATTG-TATNATGG--------TGTGGTGTAGTGTTTCTGTGTGTCTGTTTGT-------TCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGGA----GATAAAGGGA--GTACTAATAAGGCTAGG-------ATAATC--------AAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAG-ANGAANATGCCGGTT-------------------------GTC-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--T----GT-T-G-AT-----A--AGGCTA-----GGATCATCAAACTTG--GT-GT------ACATG-T-T-C--C-CATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATATTTAAAAGTATAATTTGC--------------------------------TTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTG---CATTGCAT--------TATTGG-ACGGCG------TATTTTGCGCC------AGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 2222 222 1 222 1 3333333333 111 222222 2222 1111 11 1111 111 22222222222 1111111 222222 111111111 66666666666666666666666666666666 111111 11111111 11111 11 77777777777777777777777777 11111 4444444444444444444 3333333333333 1111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444444 1 11111 44444444444444444444 11 333333333333333333 1 1
lowQualScore : 1 1 3333 111 1 1 1 5 1 111 2 6 1 9999999999 8 6 444 1 333333 0000 4444 00 7 4 888 3333 55 000 0 44444444444 1 2 0 999 55 1 888 4444444 0 1 777 0 55 666666 0 1 9 999999999 7777 2 0 1 4 1 55555555555555555555555555555555 3 3 4 0 4 2 99999 000000 3 00000000 44444 3 444 77777 3 3 6 77 9 3 44 666 0 0 22 00000000000000000000000000 66 55555 4 4 3 66 5 5555555555555555555 1 1 99 0 6666666666666 1 55 7777 4 44444444444444444 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 3 777 2 7777777777777777777 2 3 33333 00000000000000000000 22 999999999999999999 5 5
lowQualScore : . . .... ... . . . . . ... . . . .......... . . ... . ...... .... .... .. . . ... .... .. ... . ........... . . . ... .. . ... ....... . . ... . .. ...... . . . ......... .... . . . . . ................................ . . . . . . ..... ...... . ........ ..... . ... ..... . . . .. . . .. ... . . .. .......................... .. ..... . . . .. . ................... . . .. . ............. . .. .... . ................. . ............................................................................... . . ... . ................... . . ..... .................... .. .................. . .
lowQualScore : 0 0 0000 555 0 0 0 5 0 555 0 7 0 4444444444 0 4 000 4 000000 4444 2222 22 1 5 888 4444 22 000 1 77777777777 4 0 1 444 44 4 888 4444444 1 0 888 1 55 000000 4 1 6 666666666 0000 3 7 0 0 0 44444444444444444444444444444444 6 2 0 7 0 4 11111 000000 6 77777777 22222 1 444 77777 1 1 2 33 2 1 66 444 7 5 33 55555555555555555555555555 11 55555 8 4 7 33 0 7777777777777777777 0 4 33 5 1111111111111 2 55 0000 0 77777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 2 111 7 4444444444444444444 2 3 00000 55555555555555555555 00 777777777777777777 5 0
consensus : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATA-AATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGAC-GGATTG---TATAATG------GTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGT-GTCT---GTT-------TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGAGTAC---T-A---ATAAGG--C-TAGGATAATCAAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAGANG-AANAT--GC------C---G-GT---T----GT-C-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--TGTT-GAT-----A--AGGCTA-----GGATCAT-CAAACTTG--GTG-----TACATG-T-T-C--C-C-ATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATA-TTT-AAA--AG-T-A-TAA----T----TTGCTTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTGCAT---T-----G--C--A-T-TATTGGACG-GCG--T--ATTT-----TG-C-GC-CAGC-T-AGTGCTNTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
Reference ( family-651 ) : AAAAANANTTTATGTAGGCCTATATTTTANANGTTNAAACTGNCAGTACATTCTGCTGAACTTTGCANGGC----A-G-GGTAAT-TTTACAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------ACTAATAC---AG----GATA-AATCAAACTTGATA---CACATATTCAACCAT--CATAGAC-GGATTG---TATNATG------GTGTGGTGTAGTGTTTCTGTGT-GTCT---GTT-------TGTTCATCCAT---CAGCACCT--TGTGGG--A--GATAAAGGGAGTAC---T-A---ATAAGG--C-TAGGATAATCAAACCTGGTACACATGTTCCCCATAGTGAGANG-AANAT--GC------C---G-GT---T----GT-C-AA-GGTCATACTTTC-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--TGTT-GAT-----A--AGGCTA-----GGATCAT-CAAACTTG--GTG-----TACATG-T-T-C--C-C-ATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATA-TTT-AAA--AG-T-A-TAA----T----TTGCTTCTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GAGTGAAATC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTA-A------CAAAGCCATCTTAGANCTAACGTTTTATCGATACTCTCGA-------AT-ATTAGAGAAAGCGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TNTTTT--T----AC--C-AA----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTGCAT---T-----G--C--A-T-TATTGGACG-GCG--T--ATTT-----TG-C-GC-CAGC-T-AGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AACTAG-TGAATAAAGACCATTGGCATAATT
gi|1 : AAAAAAAATTTATGTAG----ATATTTTAAAAGTTCAA-CTGGCAGTACATTCTGTT---CTTTGCAAG-CTTAAATG-GGTAAA-TTTGTAGGCACAA---AACAAGATGGAAACAAT------AATACTAC---CG----GGTA-AATAAAATTTGATAAAACACACATTCA-CCAT--T-TAGGCAGGATTGATATATAATACCGAGAGTATGGTGTGGTGTTTCTGTGT-GTCT---GTTGTTTGTGTGCTCATCCAT---CAGCATCT--TGTGAG--A--GATAAAGGGAGTAC---T-A---A--A------TGGAAAAA--AAA--TTGTACACATGTTGCCCATGGTGAAAAA-AATAC--TT------A---A-TT---T----GT-CCAATGATCATACTTTT-CTGGGCAGTTATGAA-AGTAA-----AGCA-T--TATT-GAT-----A--AGCCAA-----GAACCAT-CAAATTTG--GTAGTATATACATG-T-T-T--C-C-ATGGT--ATTG---GTGTCAAGTAT---TT---------T-A-TA------------GCTTCTGA--AAT-----TATACTTTATTA-GAGGGGAACC-TTTCTTCAAT-TTGAT-A------TTATG------CAAAACCATCGTAAAACTAGCATTTTACCAATACTGTCGG-------AT-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGCA-CA---------C-------TG-TCAGAGC-C-TTT------TGTTTT--T----AC--C-AC----AGA---------ATG---------------G----T-TTATTTGGATGTTAATCC--TTTCTTTGATTACCACTGCAT---TAAGGAG--G--A---TATTGGATG-GCAGTT--ATTG-----TGAT-GC-CAAC-TGAGTGCTTTTGTTGGA----TTTG---AATTAACTGAATAAAGACC-TTGGCATAATT
gi|10 : --TGTGG---A--GAAGATGAGAATAC---T-A---ATAAGG--C-TAGGATAATTAAACCTCATACACATGCTCCCCATAGTGAGATG-AGGAT--GA------CAA-G-GT---T---------AA-GGTCATATTTCC-ATGGTTAATCAAGAA-GGAAA-----AACA-G--TGCT-GAT-----A--AGCCT------------T-TAA---TA--GTG-----TACATGTT-T-C--C-C-ATGGT--GTTG---GTGCCAAGTATAGTTTGAAA--AC-T-A-GAA-------------TTCTAA--AAA-----TATACTTTATTT-GACTGAAATC-TATCATCAAT-tgat
gi|11 : TTCATCAAT-TTGAT--------TTA-AGTTTGCCAATGCCAT-TTAGAGCTAACGTTCTATTGATACTCTCTT-------AT-AATAGTGAAAGCAT--TGAA----ATATTCAATGTCTGATT-------TG-TCAGAGT-T-TTTCATTCTTCTTTTGTT----GC--C-AGCTAGAGACTGGTTAATATG---------------G----T-TTATTTGGATATTAATTA--TTTCTTTGATTAGTACTGCAT---T-----A--T--ATT-TATTGGATG-GTT--T--ATTT-----TA-C-AT-CA
gi|12 : ---ATAAGG--C-AAGGATCATT---CTTGGTACATATGTTTCTAAGGATTGGATG-AAAAA--GT------CTTTG-TT---T----TT-C-AA-GGTAAT--TATC-ACAGGTtgagtct
gi|12 : tTGAAATTTGCATGG-------G-AGTATT-TTTT--GGCACAA---AACAAGATATAAAAAATGTATTAATTAGTGT---AG----GATA-A-TCAAACAT-AGA---CACATATTCAACCAT--CATAGAC-AGATTcaaggtgaaatttgcatgggagtattttttggcacaaaacaagatataaaaaatgtattaattagtgtaggataatcaaacatagacacatattcaaccatcatagacagatt
gi|13 : tataaggcaaggatcattcttggtacatatgtttctaaggattggatgaaaaagtctttgtttttcaaggtaattatcacaggtcaaggAAAAATATTTTATATAGGCCTATAT---ACATGTTGAAATTGCCAG-A-ATTTTGCTAAACTTT-CAGGGC----A-GAGGTAAC-TTTACAGGCACAA---AACAAGATTGAAACAGT------GCTAATACGCTAG----AAT--AATGAAATCTGATA---CACATATT
gi|14 : ---ATAAAG--C-TAGGATAGTCAAACCTGGTAGGCATGTTCCCCATGGTGAGAAG-AAAAT--GC------C---A-GT---T---------AA-AATCAT-CTTTCAATGGATAATCATG---------------CA-G---GTTAAAT-----A--AGGCTA-----GGACCATCCAAATTT-----------TAAATG-T-T-C--CTC-ATGGT--AT
gi|15 : T-------TATTTATCCAT---CATCACCTAATGTGGA--G--GACAAAGGGAGTAC---T-A---ATGAGG--C-TAGGATAATTAAATATAGTACACA--TTCCCCACAGTGAAACA-AAGAT--GC------T---G-GT---T----GT-A-AA-
gi|16 : tggggggtgtttaagaagtgatcTGTTTCCAATGATCAGAGG-ACAAA--AC------CTGTG-GT---T----TTTC-AA-GGTCATATTTAC-A-GG-----CACAAA-GCAAGATGGCAACA-T--TACT-AAT-----A--AGGCTA-----GAGT------AACTTT--ATA-----CACATG-T-T-CAAC-C-ATacc
gi|16 : C----A-A-GGTCATATTTACAGGCACAA---AGCAAGATGGCAACATT------ACTAATA----AG----GCTAGAGT--AACTTTATA---CACATGTTCAACCAT--CATAGAC-AGAcatagacagaat
gi|17 : tgtttccaatgatcagaggacaaaacctgtggttttt----AGA---------ATG---------------G----T-TCATTTGGATACGACTCG--TTATTTCAATTAGCACTGCATTTCT-----G--A--A-TATATTTGATGAGTG--T--ATTTGGTGGTG-T-G---AGCAT-AGTGA-ATTGTTGCA----TTTGCAAAACTAG-TGACTAAAGat
gi|18 : G----AATT-AATCAAACTTGTTG---CTCATATTCAACCAA--CATAGAG-GTACTG---TATTATG------ATGTGGTGCAGTTTTTC----T-GTCT---GTT-------T----AACCTT---CAGAATCT--TGTAGG--A--
gi|19 : ggtagTGTGTTGTAGTA---CTGTGTAGTGC---ACC-------TGTCCGTTTGT---CAGCGCCT--TTTTG-------ATCAAAACAATACATGT-ATGTATAAGG--C-TAGGATCGTCAAATTTGGTACa
gi|2 : t-GATAAT-TTTATAGGTGCAATTAAAGAAGATAAAAACAAT------ACCAATAT---AGCTAGGATA-A-TCAAACCTGATT---CACATATTCGACCATATTATAGAC-AAATTG---T----TG-------TGTGGTGT---GTTTCTGTGA-GT-------T-------TGTTCGTCCAT---CAGCACCT--TGTGGA--AAAGGTGCAAAGATTAC---T-G---ACAAGGATCATAGGATATTAAAACCAGGTACATCTGTTCCCCATAGTGAGAGG-AACAT--GTTTATCAC---T-AT---TTATGGT-C-GA-TATCATACTTTC-AAGAGTATTCATGAAGGGGAA-----AATATG--TACT-GATATTTAA--AGGCGT-----GGA-CAT-CAAATTTG--GTG-----TATATG-T-T-C--CGT-ATGAT--GTTG---ATACCAAACATA-CTT-AAA--CA-A-A-AAATTGTT----TTAATTTTCA--AGT-----TATACTTTATTA-GATTAAAATC-TTTCTACAAT-ATATT-AT-----TTA-A------CAAAGCCATCTTAAAAGTA
gi|20 : AACCACCGTAGAACTAACATCTTAT------TTTTAA-------A-----AGTGAAAGTGTTTCAAA-----GAA-CA---------C-------TG-TTGGGGC-C-ATT------T---TT--T----AT--C-AG----TGA---------CTG---------------G----T-TTATTTGGATATtttaaatt
gi|21 : tGA---------ATG---------------G----T-TTGTTTGGATGTGAATCA--TTTCTTTGATTACTACTGCAT---T-----G--TTGA-TATATTGGAAT-GTG--TGCATTT-----T
gi|22 : ----GT-C-AA-GGTCATACGTCC-ATGGATAATTATGAA-GG-AA-----AACG-G--TACT-AAT-----T--AGGCTA-----GGATCAT-CAAACTTGCAGTG-----TAGTTG-T-T-C--CAC-GTGGT--GTTG---GTtttttcagcatgagttttgttttt
gi|23 : TCAT-CAAACTTG--ATG-----AACATG-T-T-C--C-CCATGGT--GT-----GTG-----TATA-TTT-AGA--A-------AAGCT-T----TTGCATCTCA--AGT-----TCTACTTGATCA-AAGTGAAACT-TTTGTTCAA
gi|24 : TACTCTGTG-------AT-ATCAAGGAAATTGT--CAAA----AGAA-C------------------TGGTCTGAGC-C-----------------------------------AGA-------------------------------------TTGGGATGTTAATCC--TTTGTTTGGTTACTGCTGCAT---C-----GGAC--A-G-TAT
gi|25 : cagTTCAGCCAT----------AGATTG---TACA---------GTGT--TATAGTGTC---GTGT-GTCT---GTT-------TGTTCTTCCATTAGCAGCACCT--TGTGGGAAA--GATAA
gi|26 : AAGTGT--CAGA----AGAA-CA---------C-------TA-TCAGAGC-C-ATG------TA--TT--G----AC--CAAA----AGA---------ATG---------------GGTTTT-TTTTTTGGATGCTAA----------TTGATTACTAga
gi|27 : -ATTAGAAAAAGTGT--CAAG----AGAA-CA---------CTGTCTGGTG-TCGGAGA-C-ATT------TCTTTG--T----AC--
gi|3 : AA-GAAAA-----AGC--T--TGTA-GAT-----ATAATGCTACCA--GGATCAT-CAGACTTG--GTG-----TACATC-T-TTC--C-C-ATGGTATGTAA---GTGCTAGACAT--TTT-GAA--AG-T-AGTGA----TATGATTGCTTCTCA--ATTAATAATATAGTTTATTA-GAATGAAATA-TTTCCTCAGT-TTGAT-AGATT--TTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGAAAGCGT--CAAAATCCAAAA-AA---------C----------TCAGA------TA------TATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T----TTTGGG----AGTCC--TTTCTTTGATTACAACTGTAT---T-----G--C------CATTGGACA-GC
gi|4 : gtcATTAAACTTGATA---CACAGATTCAACCTT--CATAGAT-GGATTG---TGTAATG------GTATAGTGTAGGGTTTTGATGT-GTCT---GTC-------TGTTCAATCAT---CAGTACTT--T-----------ATAA---GAGTAC---C-A---GTAAGG----TGAAATGATGAAGCCTGGTAC-----TT----ACAGGAAGACACAACATTTGC------A---AAG---------GT-C-AA-GGTCATACTCTC-ATGGGTAGTCATGGA-GGAAA-----CTCA-G--TCTC-AAT-----A--AATCTA-----TTATCAT-CAAGCTTG--TTC-----AACATT-T-C-C--C-C-ATGGT--GATG---GT---ATATATT-TTT-AAA--AGCT-A-TAA----TG---TTGCTTCTC---AGT-----TATATTTTA--------GAAGTC-TTTCTTCAA
gi|5 : AA-----AAGA-GCTTGTA-GAT-----ATAATGCTACCACAGGATCAT-CAGACTTG--GTG-----T-CATC-T-T-T--C---ATGGT--ATGGTAAGTGCTAGACAT--TTT-GAACTAG-TGA-TAA----TGA--TTGCTTCTCATTAATAA---TATAGTTTTTTAAGAATGAAATGATTTCCTCAGTGTTGAT-AAAAGATTTA-A------CAAAACCATCTTGGACTTAACATTTTATCAAAACTCTTGAAAACACCATGATTAGAGCAAGCGT--CAAAATCCAAAA-AA---------C-------TG--CAGA-----TAT------AATTTT--TG---AC--C-AA----AAC---------AT---------------------T-T--TTTGGG----AGTCCGATTTCTTTGATTACAACTGTAT---T-----
gi|6 : agtcaag-----TATA---TAATA-AAGTGAAATA-TTTCTTGAAT-ATGATGA------GTA-A------CAAAGCCATCGTAGATCTAGCATTTTATCGATATTCTTCA-------AT-ATTGCAGAAAGTGT--CAAA----AGAA-AA---------T-------TT-TCAGAGC-CATTT------TTTTTT--TTTACAC--C-GA----AGA---------ATGCTTCATTTGAAGAATG----TTTTATTTGGTTGTTAACCC--TTCCTTTGATTACCCCCGC-----T-----C--C--A-T-TGTTGGACGAGCG--T--ATTT-----TG-TAGCGTGGC-C-ATTGCTCTTGCTGGAACATTTT---------G-TGGAACAAGACTATTGG-ATAATT
gi|7 : ttattcaacaaaG---TATTATG------GAATGGTACATTGTTCCTGTGT-GTCTATTGTC-------TCTTCACTCAT---CAA---------------------AAAGAGA--AC---TTAT--ATACGG--C-TAGGATCATCAAACTTGGTAGACATGCTCTCGATAATAAGAAT-AAAAT--AC------CCA-G-GTCGAT----GG-C-AA-GAGAATACTTTC-ATGAGTAATAATGAA-AGAAA-----CACA-A-----T-GAT-----A--AGGCTC-----GAGTCAT-CAGATTTA--GTA-----TACATG-TCC-C--C-C-ATGGT--GATG---GTGCCAAACGTA-TTT---G--AT-T-A-TA-----------TACTTCTTA--TAT-----CATATTTCAaggttgtat
gi|8 : tggtg-----A--AGGCTA-----GAATCAT-CAAACTTG--GTG-----TAC-TG-T-TAT--T-C-ATAGT--GTTG---TTGTCAAGTACA-TT--------G-T-G---------------GCTCCGCA--AGT-----TATATTTT-TTC-AAATGAAATT-TCTTTTC--T-TTGAT-A------C-------------AGTCAACTTATAACTAACGTTTTATT-ATACTCCCGA--------T-ATTAGAGAAATTGT--CAAA----AGAA-CA---------C-------TG-TCAGAACAC-TGTCAGAGCCCTTTG--T----ACATC-AA----AGA---------ATG---------------T----T-TCTTTTGGAAGTAAAT-T--TTTCTTTat
gi|9 : TCAGACTTGATA---TACATATTGAA--------TAAAT-GGGTTG---TATAA--------------------------ATG--GTTT---GTT-------TGTCCATTC-T---CAGCTCAT--TGTGGA--AAAGATAAAAGGA---C------------AGG--C-TAGGACAATCAA-CCTAGTACACATGTACCCCATAGTGAGAGG-AAGA---------------------------------------------TT-ATGGGTAATCATGAA-GGAAA-----AACA-G--CATT-AAT-----A--AGACCA-----AGTTCAT-CAAACTTT--GTG-----TACATG-T-T-CT-C-C-A--------TG---GTGCCAAGTACA-GTT-AAA--tggaagtaaattcttctttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GCCATAACTTTGCAACAACTATTTGAGATCAAATTTGTTT