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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACCTGCAT-AGACA--CATA---CACATAGATA--CA---AACAGAA---------AA---AAAGAGC-AA---ATGTT--G-GT-TGTAA--CTGATT--AGCGG-AGGATGTTC--TT-TGGAG-CC-ATGTCACAT-GGA--T-----G--TCAA---CTTTG----------------TATAA-----A---AAAAAAAAAAAAAAA---AA-----GAGAGACTATATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTTACACAAACAGATACAAACGT-ATTTTGTCACATTTGACAAATGCTTAT-------------------TTTTTTCA--GACAGA-GATT--CACC-------CATCA--CA--CT-GGTGGCA-GC-AT-CAG--AT--G-ATGAAGA-TGATTCATGT-----TTC-TCAACATAT-GTCCTT--CCAAAG---AGAC-CTA-TCAGCCAGAAA---GTGTCT-GAAGTGACTGGGTTGACA-TTCT-ATTCTTCAA-----CCAAC---TCTATG--C-----A-TCTGAAT-GGTGCATGT-GTGCCGCGCTGTTTTG-ATAAGTGAAGCTTTGAAC----T-TGTTATATCATATCTACATAGTTT--GC--CATCATGTGGGAAAACAAATCTTGTGGG--ACA--TAAAT-ATCAAAATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGCTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAA-TTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACTCCAAAACTGTTGTCAAAATCTGAATCTGAAGTCCTCACAGGTG-AAC-CATAGTAAA-TCT-TTCTGGCAAGCGATTTCGAATACTCTGA-CTGCACATGATGCAATAGGAGATGTAAAGACA-CTAAAA---CAATTAGTACAATCTGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTACTGACTATGTTTTCAACTTGTGTCAGAGAGACAGAAAAATGGAATTGTGTATATTATATACATGTATATCAAAGATGTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTGA-AGAGGTTACATAGACCAATTTATATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTATATGACAATTG--TATAGGTGGCAACATTTATTAAAATTATGATATATCTGAAATGTATAT-TAAAAAACTTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTCTTTATATCAGTTTAAAATGCATATTAT--TTTTTTCAAATTATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTCTTGACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TACATGTGAAAGATGTAGGCATATTTGGAAG--------GA-----TTTTAA-------TCACAAACTCCTCATTCTCATGTTGTT-AA--ATACTTCTGAGGGTTTAATTTGAAGG--TCTATAT---GTTTGAAGAGGTGTTAATTAATAGTGGA-TTTTT---ATACAGTTCA-TTGA-AATGTAGGT-ACTAG--TA-AGCTAAATAAAAAAAAAACCGAACTCCCCCCAAAAAA----CTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGAT---TAGTAT----GACA----GCTGT-TT---AA-ATATATAGCTTTAAAATTATGCTT-AAAC-AAACT---CATA-TCACATGCACATTCTAATATTTTTACCTAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTTATAATCTTTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTGTTAAAAAAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTA--AAAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAA-AATAATTATTAGGGTCATATCTGTACATTTATTT---TTTATTTCAATA-GTTC-TTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAA----ATGTAGGTA--TGT-----TGACATTAAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGATTACCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTTGCAAATGTTTCCTGTTAATATACAAGGTTAT-TTACTTTAGATTTATGAAATCATTAAGCATATAAAATATTTAACCAGTT-TTGTTGGGAAATTTTGTGGAAAAACTACTAT-AGGTGTAAATTTTGCAC----CTTTAATCAT-----G-G-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAGCT-TCTAT---ACCCCA-TCT-TTT-GAAATTGTTTTTCGTCACTACAAAAA-CATGTTTATC-ATTTACAAACCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GG-AATTTTT----CATGTGAGTAAACGTCATCCT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgcacctcgatagacatacataacatagataaccatagaagagaatcgaggaataagacaaagagccaactgatgtttgagtctgtaaaatcgatagcggtaggagttcttgtggcgtccatgtagcatcggaactgattcaggagctttggtaacagtacaatggatataacatgaatttaaaaaaataaaaaaagagactaaattgtaactgttcattattttcttcatttttttacaaacagatacaaacatattttgtcacatttgacaatgcttatttttttcaaggacagagatttgcatctaacccacatcacagcctaggtggcagcatacaggagtgaatgagatgattcatgtcgttcttctccacatatggtcctttgccgaagagcagacctactcagccagatatgtgtgtctcgaagtgactgggttgccagttctaattcttcaattccaactctatgcattctgaataggtgctcgtggtgcctggtagttttgtataagtgaatcattaacaaggtgtgtgctatcatatcgacatagttttggcaaaatcatgtggggaaaaaaatcttgtgggttacagttgaataatcaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatggtatAAATCCTCACAGGTGCAACTCAGAGTAAAGTTC-TTCTGGGAAGCGATT-CGAAAAC----ATCTGCACATAAGGCAATAGAAGATG--AAAACAGCTAAAAAAACAATTAG-ACA-TCTGCCATCCGTTAAGTCCAG
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttctaatatttttcataatgtttcattttcatctcatatattatgattttaatgtttaagttatgtaacttttaaaaaaaatggagtaaattcggaaggacatagttttaaaaaatggtctctaacccctcatttttatattgttaaaatgattattagggtcatatctgtacatttttttttttttcaatagttcttatcagtgggattttttcaatatgctgttgaaatgtaggtatgttgacattcAAAA----TTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGAT---TACCATAATAAACA----AATGT-TT---aaatgtttctttttaatatacaaggttattactttagatttatgaagtcattaagcatataaaatatttaaccatttttgttggaaaattttgtggaataatactgtaggtgtaaattttgcacctatattgatgtgaactgatgtgaatcagagccctatcttcaaaagcctgttgcaaaaaaagtagctctctaacccactcttttaaaattgtttttcgtcactacaaaaatttgtttatcatttacaagcctgggtttttcattcttatcagtggaatttttaacccatgtgagtaaacgtcatcctt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taagttatgtttcagtgcgaataaacttgaaaaaaatggagtaaaatcggaaggacatagtttgaacaaaaatgatctctaatcccccatttttatattgtttaaataattattagggtcatatctgtatatttattttttatttcaatagttcttatcagtgggatgtttcctgtatgctgttgaaatgtaggtatgttgacattcTTCTAATATTTTT-CATAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTT-TAATGTTTAAGTTATGT-------------AACTTTTAAAAAAAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTA--AAAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAA-AATGATTATTAGGGTCATATCTGTACATTTTTTT---TTT-TTTCAATA-GTTC-TTATCAGTGGGATTTTTTCAATATGCTGTTGAA----ATGTAGGTA--TGT-----TGACATTCAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGA--GCCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTAGCAAATGTTTCTTTTTAATATACAAGGTTAT-T-ACTTTAGATTTATGAAGTCATTAAGCATATAAAATATTTAACCATTT-TTGTTGGAAAATTTTGTGGAATAA-TACTGT-AGGTGTAAATTTTGCAC----CTATATTGAT-----GTG-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAGCTCTCTA----ACCCAC-TCT-TTT-AAAATTGTTTTTCGTCACTACAAAAA-TTTGTTTATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GG-AATTTTTAACCCATGTGAGTAAACGTCATCCTggacttgttgcaaatgttaatatacaagtttattaccttagatttatgaaatcattaagcatataa
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtgggcgtcaatgtgtactggtaggaatacagtgaaatttaaccgtatttggaagttctttctaacttcaaAAAAACTGAAAATGACAGAGGAAATTCAAATTAGTACAATAAAATAATGTTTAAAGGTGTGACATTTCTTTTTTGT-GATTT-CAAAACTTTGTCATTATAACTTTAT---ATAATT--GTCTCGAAAA-----AA--AGTTATGGTTGAGTAATTTTTT--------TAATATTAAGTG-GAATTACGCATAACTCCTAAATC-------G-G-ACTCTTCCATTC---ATGTTGGCCAGTGACA--CATTTTCAAAGGTCTCTAGCAAAAAA--AGTAGGT-CATTG---ACCTAG-TTA-TTT-GTAAGTGTATTTTGTCACTGT-AATA-TATGTCTATA-TTTTACAATATG-GGG-TTTTCCATTCCTATCAGtagatagctatttttagaatattattctagattgaaattttgaagaataaagc
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgtgAAGCGCGTAGCAAAAAAGTAGTAACT-CTCATTAAAGCCCACTCT-ATTAGAAATTGTTTCTC---AC-ACAAAAA-CATGTTTATCTATT--CTAAGCT-AGG-TTTTGCATTCT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTTTAAGTTACCGGTAA---CC----CATATGAGTAAATGTCATCaaaattgtgatgtggctcaggaacccatgagtaacatgatgcatcctta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAGAACAACATTTGGATGATGCTTGATCCGTATGAGTGAAACAATTCCTAGGCGGTTTTAAACTTCAAATAAACAAATTATGGTATCGAGGAAGGGTAAAGAAATTGTGGGACTACATTGCAGATCTCAGGAATCATCTTCCTGGAGGTGAGAGAAGGTGTATATATATGTCATAAAACTGTGTGGACACTGGGAGATGAAGGACCGTGATATTGAAAGTATCCTCCACCCTCTAAGCTTTCCGCCCTCTTGAAGATCAACCACCCAAGGACATTTATTTTCATGTGGAAGTGACTGATTTGGGTATGTTACACACACACTCACACACATCCTCACTTACACACTAATATATTTACAAACACACAATTTTACACAGTAAAACACTCAAAACTGAAATAGAAAAACATATCCCGACAG
Unaligned ( gi|14 ): TAAGAGAACAACATTTTTGATGGAATAGCCCTTGAATCCATATGAGTGAGACAACGTTTCTAGGCGG






Alignments
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acctgcatagacacatacacatagatacaaacagaaaaaaagagcaaatgttggttgtaactgattagcggaggatgttctttggagccatgtcacAAGCGCGTAGCAAAAAAGTAGTAACTC-TCATTAAAGCCCACTCT-ATTAGAAATTGTTTCTC---AC-ACAAAAA-CATGTTTATCTATTC-TAAG-CT-AGG-TTTTGCATTCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAGGTCTATAGCAAAAAA--AGTAGGCC---ATTGG--CCTA-GATATTT-GTAAATGTATTTTGTCACTGTAATAG-TAAATCTATG-TTTTACAA-TAT-GAGATTTTGCATTCCTAT--------GGAATTTTTATTCCACGTGAGTAAACGTCATCCaaaattgtgatgtggctcaggaacccatgagtaacatgatgcatcctta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtgTAAATCCTCACAGGTGCAACTCAGAGTAAAGTTC-TTCTGGGAAGCGATT-CGAAAAC----ATCTGCACATAAGGCAATAGAAGATG--AAAACAGCTAAAAAAACAATTAG-ACA-TCTGCCATCCGTTAAGTCCAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTTTAAGTTACCGG------TAACCCATATGAGTAAATGTCATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatcaaagaaccacATTTTGCAC----CTTTATTCAT-----G-GGA-------ACTA---AAGTGAATCAGAGCCCAGTATCTTCAAAATCC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---ACAGAGC-AA---ATGTT--G-GT-TGTAA--CCGATT--AGCGGG-AGA-GAT---TT-TGAGG-C
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACCTCGAT-AGACATACATAA----CATAGATAACCATAGAAGAGAATCGAGGAATAAGACAAAGAGCCAACTGATGTTTGA-GTCTGTAAAATCGAT---AGCGGTAGGA-GTTC--TTGTGGCGTCCATGTAGCATCGGAACT-----GATTCAGGAGCTTTGGTAACAGTACAATGGATAT-AAC-----ATGAATTTAAAAAAATAAAAAAA------------GAGACTAAATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTT-TACAAACAGATACAAACAT-ATTTTGTCACATTTGA-CAATGCTTAT-------------------TTTTTTCAAGGACAGA-GATTTGCATCTAACCCACATCA--CAGCCTAGGTGGCA-GC-ATACAGGAGT--GAATGAG--ATGATTCATGTCGTTCTTC-TCCACATATGGTCCTTTGCCGAAGAGCAGAC-CTACTCAGCCAGATATGTGTGTCTCGAAGTGACTGGGTTGCCAGTTCTAATTCTTCAA---TTCCAAC---TCTATG------CA-TTCTGAATAGGTGCTCGTGGTGCCTGGTAGTTTTGTATAAGTGAATCATT-AACAAGGTGTGTGCTATCATATCGACATAGTTTTGGCAAAATCATGTGGGGAAAAAAATCTTGTGGGTTACAGTTGAATAATCAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATGGTATATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGTTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAAATTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACCCCAAAACT--TGTCAAAATCTTAATCTTAAGTCCTCTCAGGTG-AAC-CAGAGTAAA-TCTCTTTTGGGAAGCGATTTCGAATAC----A-CTGCACATGATGCAATAGAAGATGTAAATACA-CTAAAA---CAATTAGTACA-TATGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTATTGACTATATTT-CAACTTGTGTCAGAGAGACAGATAAATGGAATTGTGTATAT------CATATATATCAAAGATTTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTCATAGAGGTTACATAGACCGATTTACATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTACATGGCAATTGTATATAGGTGGCA-CATTT-TTAAAAT---AATATATCTGAAATGTATATAAAAAAAACCTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTTTTTATGTCAGTTTAAAATGCATTTTATTATTTTTTCAAATCATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTTTTAACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TGCATGTGAAAAATACAG-TATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAATTCTTCATTCTCATGTTGTTAA-AATACTTCTGAGGGTTTAAATTGAAGGTCT----------------AGGTGTCAA-TTA-TTAGTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGATACTGTAGGTAACTAGTTTA-AGCT-AATAAAAAAAAAAA-AAA--------AAAAAACACCTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGAT--TAGTAT-ACAGCTTTCTTAATATATATA-CTT---TTAAAATTATGCTTAAAACAAAACTATCTATACTCA-ATGTACATTCTAATAGTTTC-CCTGTAGTTTCATTTTCATCTCATATATCATGGTTTATAATC-TTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTGTT-TAAA-AAATGGAGTAAGTTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGCCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACACTTATTTTCTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAAGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATtat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tgcCCTGCATGAGACA--CATAAGACACAC-------CA---AACAGTA-------ATTA---AA-GAGC-AA---ATGTT--GAGT-TGTAA--TCGATTTAGGCGCT-GGATGCTTAATT-TGGAATCTGTGTTACAT-TGA--TCATCAG--TCA--AGCTTT
gi|3                          : aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagtAGAAAGAAATTTAATTGTTGTGAGATTCAATGGTCAACTGTGTCATTATCTT-------TGGTACACAA-CAGATACAAACATTATTTTGTCACATTTGAACAATGTTTATGAGAATCTTCTTAATCTTATTTTTTCAA--ACAAAAGATTT-CACC-------CATCAAACA---CAGGTGGCAAGCGA-ACAG--ATTTG-ATGATGAATGATTCATG-----CTTCCTCAACCTAT-GTCCTT--CTGAAG---AGATTCTA-TCAGCC-GAAA---GCATTG-GAAGTAACTGGGTTGACA-TTTT-ATTCTCCAAGTCTTTCAACCGATCTGTGATCTTGCAA-TCTGAATGGGctagaaagaaatttaattgttgtgagattcaatggtcaactgtgtcattatctttggtacacaacagatacaaacattattttgtcacatttgaacaatgtttatgagaatcttcttaatcttattttttcaaacaaaagatttcacccatcaaacacaggtggcaagcgaacagatttgatgatgaatgattcatgcttcctcaacctatgtccttctgaagagattctatcagccgaaagcattggaagtaactgggttgacattttattctccaagtctttcaaccgatctgtgatcttgcaatctgaatgggcat
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTAATCATTTAGAA-A-A-------ACTATGTATGTGAATCAGAGCCC--TATCTC--AAAGCCTGTCGCAAAAAA--AGTAGCTC-TC--TAA--CCCA-TCT-TT--GAAATTGTTTTTCGTCACTACAAAAAACATGTTTATC-ATTTAC-AGCCTGGGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GGGATTTTTAATCCATGTGAGTAAACGTCATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAGAACAACATTTGGATGATGCTTGATCCGTATGAGTGAAACAATTCCTAGGCGGTTTTAAACTTCAAATAAACAAATTATGGTATCGAGGAAGGGTAAAGAAATTGTGGGACTACATTGCAGATCTCAGGAATCATCTTCCTGGAGGTGAGAGAAGGTGTATATATATGTCATAAAACTGTGTGGACACTGGGAGATGAAGGACCGTGATATTGAAAGTATCCTCCACCCTCTAAGCTTTCCGCCCTCTTGAAGATCAACCACCCAAGGACATTTATTTTCATGTGGAAGTGACTGATTTGGGTATGTTACACACACACTCACACACATCCTCACTTACACACTAATATATTTACAAACACACAATTTTACACAGTAAAACACTCAAAACTGAAATAGAAAAACATATCCCGACAG
Unaligned ( gi|14 ): TAAGAGAACAACATTTTTGATGGAATAGCCCTTGAATCCATATGAGTGAGACAACGTTTCTAGGCGG






Alignments
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CTTTGGAGCCATGTCACA-TGGATGTCAACTTTGTATAAA---AAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGACTATATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTTACACAAACAGATACAAACGT-ATTTTGTCACATTTGA-CAAATGCTTAT-------------------TTTTTTCA-G-ACAGA-GATT--CACC-------CATCA--CA--CT-GGTGGCA-GCAT-CAGA--TGA-TGAAGA-TGATTCATGT--TTC---TCAACATATG-TCCTT--CCAAAGAG-A--CCTA-TCAGCCAGAAA---GTGTC-TGAAGTGACTGGGTTGACA-TTCTA-TTCTTCAA-----CCAAC---TCTATG--C-----AT-CTGAATGG-TGCATGTG-TGCCGCGCTGTTTTG-ATAAGTGAAGCTTTGAAC----T-TGTTATATCATATCTACATAGTTT--GCCA-------------------TCATGTGGG--------AAA-----ACAAATCTTGTGGGACATAAATAT-------CA----AAATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGCTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAA-TTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACTCCAAAACTGTTGTCAAAATCTGAATCTGAAGTCCTCACAGGTG-AAC-CATAGTAAAT-CTTTCTGGCAAGCGATTTCGAATACTCTGA-CTGCACATGATGCAATAGGAGATGTAAAGACA-CT---AAAACAATTAGTACAATCTGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTACTGACTATGTTTTCAACTTGTGTCAGAGAGACAGAAAAATGGAATTGTGTATATTATATACATGTATATCAAAGATGTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTGA-AGAGGTTACATAGACCAATTTATATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTATATGACAATTGTATA--GGTGGCAACATTTATTAAAATTATGATATATCTGAAATGTATATTAAAAAA-CTTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTCTTTATATCAGTTTAAAATGCATATTATT--TTTTTCAAATTATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTCTTGACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TACATGTGAAAGATGTAGGCATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAACTCCTCATTCTCATGTTGTTAA-A-TACTTCTGAGGGTTTAATTTGAAGGTCTATATG------TTTGAAGAGGTGTT-AATTAATA-GTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGA-AATGTAGGT-ACTAG-T-AAGCTAAATAAAAAAAAAACCGAACTCCCCCCAAAAAA---CTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTATGACAGC--TGT-TTA-A-ATATATA-GCT---TTAAAATTATGCTTAAA-CAAA-CT---CATA-TCACATGCACATTCTAATATTTTTACCTAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTTATAATCTTTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTG-TTAAAA-AAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACATTTATTTTTTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAGGTATGTTGACATTAAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGATTACCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTTGCAAATGTTTCCTGTT---AATATACAAGGTTATTTACTTTAGATTTATGAAATCATTAAGCATATAAAATATTTAACCAGTT-TTGTTGGGAAATTTTGTGGAAAAACTACTATAGGTGTAAATTTTGCAC----CTTTAATCAT-----G-G-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAGCTTCTA-TAC--CCCA-TCT-TTT-GAAATTGTTTTTCGTCACTAC-AAAAACATGTTTATC-ATTTACAAACCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GGAATTTTT----CATGTGAGTAAACGTCATCCTggatgtcaactttgtataaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagagactatattgtaactgttcattattttcttcattttttacacaaacagatacaaacgtattttgtcacatttgacaaatgcttatttttttcagacagagattcacccatcacactggtggcagcatcagatgatgaagatgattcatgtttctcaacatatgtccttccaaagagacctatcagccagaaagtgtctgaagtgactgggttgacattctattcttcaaccaactctatgcatctgaatggtgcatgtgtgccgcgctgttttgataagtgaagctttgaacttgttatatcatatctacatagtttgccatcatgtgggaaaacaaatcttgtgggacataaatatcaaaatatatgactgtcttgttccgacaaatgctttgaagaactgtaatttgattacaatttccatgcagaagttactggttataaagacactccaaaactgttgtcaaaatctgaatctgaagtcctcacaggtgaaccatagtaaatctttctggcaagcgatttcgaatactctgactgcacatgatgcaataggagatgtaaagacactaaaacaattagtacaatctgccatccgttaattcagaatcaaagagactggattttttactgactatgttttcaacttgtgtcagagagacagaaaaatggaattgtgtatattatatacatgtatatcaaagatgttgtgcactgtatttagagattgcattgtgtgtgttgaagaggttacatagaccaatttatattcatatagaattggtgacctcagatagcagaaattatgattatcaggtatatgacaattgtataggtggcaacatttattaaaattatgatatatctgaaatgtatattaaaaaactttttatcttcaaaatggtgaaatttatctctttatatcagtttaaaatgcatattatttttttcaaattattatacctaatgctagagtatcattcaaaacctcttgacaaagtgtgtgtatcattggcactgtacatgtgaaagatgtaggcatatttggaaggattttaatcacaaactcctcattctcatgttgttaaatacttctgagggtttaatttgaaggtctatatgtttgaagaggtgttaattaatagtggatttttatacagttcattgaaatgtaggtactagtaagctaaataaaaaaaaaaccgaactccccccaaaaaactgaaaacgacagaggaaattcggattagtatgacagctgtttaaatatatagctttaaaattatgcttaaacaaactcatatcacatgcacattctaatatttttacctaatgtttcattttcatctcatatattatgatttataatctttaagttatgtttcaatgcaaataaacttgttaaaaaaatggagtaaattcggaaggacatagttttaaaaaatggtctctaacccctcatttttatattgttaaaataattattagggtcatatctgtacatttattttttatttcaatagttcttatcagtgggattttttctatatgctgttgaaatgtaggtatgttgacattaaaaattggaaatgacagaggaaattcggattaccataataaacaaatgtttggacttcttgcaaatgtttcctgttaatatacaaggttatttactttagatttatgaaatcattaagcatataaaatatttaaccagttttgttgggaaattttgtggaaaaactactataggtgtaaattttgcacctttaatcatggaactgatgtgaatcagagccctatcttcaaaagcctgttgcaaaaaaagtagcttctataccccatcttttgaaattgtttttcgtcactacaaaaacatgtttatcatttacaaacctgggtttttcattcttatcagtggaatttttcatgtgagtaaacgtcatcct
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtgTAAATCCTCACAGGTGCAACTCAGAGTAAAGTTCTTCTGGGAAGCGA-TTCGAAAAC----ATCTGCACATAAGGCAATAGAAGATG--AAAACAGCTAAAAAAACAATTAG-ACA-TCTGCCATCCGTTAAGTCCAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTTTAAGTTACCGG------TAACCCATATGAGTAAATGTCATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tatcaaagaaccacATTTTGCAC----CTTTATTCAT-----G-GGA-------ACTA---AAGTGAATCAGAGCCCAGTATCTTCAAAATCC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A---ACAGAGC-AA---ATGTT--G-GT-TGTAA--CCGATT--AGCGGGAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCTCGAT-AGACATACATAACA--TAGATAACCATAGAAGAGAATCGAGGAATAAGACAAAGAGCCAACTGATGTTTGA-GTCTGTAAAATCGAT---AGCGGTAGGAGTTC--TTGTGGCGTCCATGTAGCATCGGAACT-----GATTCAGGAGCTTTGGTAACA-GT-ACAATGGATAT-AAC-----ATGAATTTAAAAAAATAAAAAAA----GAGACTAAATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTT-TACAAACAGATACAAACAT-ATTTTGTCACATTTGA-CAA-TGCTTAT-------------------TTTTTTCAAGGACAGA-GATTTGCATCTAACCCACATCA--CAGCCTAGGTGGCA-GCATACAGGAGTGAATGAG--ATGATTCATGTCGTTCTTCTCCACATATGGTCCTTTGCCGAAGAGCAGACCTACTCAGCCAGATATGTGTGTCTCGAAGTGACTGGGTTGCCAGTTCTAATTCTTCAA---TTCCAAC---TCTATG--C-----ATTCTGAATAGGTGCTCGTGGTGCCTGGTAGTTTTGTATAAGTGAATCATT-AACAAGGTGTGTGCTATCATATCGACATAGTTTTGGCAAAATCATGTGGGGAAAAAAATCTTGTGGGTTACAGTTGAATAATCAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATGGTATATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGTTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAAATTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACCCCAAAACT--TGTCAAAATCTTAATCTTAAGTCCTCTCAGGTG-AAC-CAGAGTAAATCTCTTTTGGGAAGCGATTTCGAATAC----A-CTGCACATGATGCAATAGAAGATGTAAATACA-CT---AAAACAATTAGTACA-TATGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTATTGACTATATTT-CAACTTGTGTCAGAGAGACAGATAAATGGAATTGTGTATAT------CATATATATCAAAGATTTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTCATAGAGGTTACATAGACCGATTTACATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTACATGGCAATTGTATATAGGTGGCA-CATTT-TTAAAAT---AATATATCTGAAATGTATATAAAAAAAACCTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTTTTTATGTCAGTTTAAAATGCATTTTATTATTTTTTCAAATCATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTTTTAACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TGCATGTGAAAAATACAG-TATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAATTCTTCATTCTCATGTTGTTAA-AATACTTCTGAGGGTTTAAATTGAAGGTCT------------------AGGTGTCAA-TTA-TTAGTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGATACTGTAGGTAACTAGTTTAAGCTAA-TAAAAAAAAAAA-AAA--------AAAAAACACCTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTAT-ACAGC--TTTCTTA-ATATATATA-CTT---TTAAAATTATGCTTAAAACAAAACTATCTATACTCA-ATGTACATTCTAATAGTTTC-CCTGTAGTTTCATTTTCATCTCATATATCATGGTTTATAATC-TTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTGTT-TAAA-AAATGGAGTAAGTTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGCCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACACTTATTTTCTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAAGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATgattttgaggctat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgcCCTGCATGAGACA--CATAAGACACAC-----CA---AACAGTA-------ATTA---AA-GAGC-AA---ATGTT--GAGT-TGTAA--TCGATTTAGGCGCTGGATGCTTAATT-TGGAATCTGTGTTACAT-TGA--TCATCAG--TCA--AGCTTT
gi|3                          : aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagt-GAGATTCAATGGTCAACTGTGTCATTATCTT-------TGGTACACAA-CAGATACAAACATTATTTTGTCACATTTGAACAA-TGTTTATGAGAATCTTCTTAATCTTATTTTTTCAA--ACAAAAGATTT-CACC-------CATCAAACA--C-AGGTGGCAAGCGAACAGATTTGA-TGATGAATGATTCATGC--TTC--CTCAACCTATG-TCCTT--CTGAAGAG-AT-TCTA-TCAGCC-GAAA---GCATT-GGAAGTAACTGGGTTGACA-TTTT-ATTCTCCAAGTCTTTCAACCGATCTGTGATCTTGCAAT-CTGAATGGGctagaaagaaatttaattgttgtgagattcaatggtcaactgtgtcattatctttggtacacaacagatacaaacattattttgtcacatttgaacaatgtttatgagaatcttcttaatcttattttttcaaacaaaagatttcacccatcaaacacaggtggcaagcgaacagatttgatgatgaatgattcatgcttcctcaacctatgtccttctgaagagattctatcagccgaaagcattggaagtaactgggttgacattttattctccaagtctttcaaccgatctgtgatcttgcaatctgaatgggcat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAGAACAACATTTGGATGATGCTTGATCCGTATGAGTGAAACAATTCCTAGGCGGTTTTAAACTTCAAATAAACAAATTATGGTATCGAGGAAGGGTAAAGAAATTGTGGGACTACATTGCAGATCTCAGGAATCATCTTCCTGGAGGTGAGAGAAGGTGTATATATATGTCATAAAACTGTGTGGACACTGGGAGATGAAGGACCGTGATATTGAAAGTATCCTCCACCCTCTAAGCTTTCCGCCCTCTTGAAGATCAACCACCCAAGGACATTTATTTTCATGTGGAAGTGACTGATTTGGGTATGTTACACACACACTCACACACATCCTCACTTACACACTAATATATTTACAAACACACAATTTTACACAGTAAAACACTCAAAACTGAAATAGAAAAACATATCCCGACAG
Unaligned ( gi|14 ): TAAGAGAACAACATTTTTGATGGAATAGCCCTTGAATCCATATGAGTGAGACAACGTTTCTAGGCGG






Alignments
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CTTTGGAGCCATGTCACA-TGGATGTCAACTTTGTATAAA---AAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGACTATATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTTACACAAACAGATACAAACGT-ATTTTGTCACATTTGA-CAAATGCTTAT-------------------TTTTTTCA-G-ACAGA-GATT--CACC-------CATCA--CA--CT-GGTGGCA-GCAT-CAGA--T--GA-TGAAGA-TGATTCATGT--TTC---TCAACATATG-TCCTT--CCAAAGAG---A-CCTA-TCAGCCAGAAA---GTGTC-TGAAGTGACTGGGTTGACA-TTCTA-TTCTTCAA-----CCAAC---TCTATG--C-----AT-CTGAATGG-TGCATGTG-TGCCGCGCTGTTTTG-ATAAGTGAAGCTTTGAAC----T-TGTTATATCATATCTACATAGTTT--GCCA-------------------TCATGTGGG--------AAA-----ACAAATCTTGTGGGACATAAATAT-------CA----AAATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGCTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAA-TTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACTCCAAAACTGTTGTCAAAATCTGAATCTGAAGTCCTCACAGGTG-AAC-CATAGTAAATCT-TTCTGGCAAGCGATTTCGAATACTCTGA-CTGCACATGATGCAATAGGAGATGTAAAGACA-CT---AAAACAATTAGTACAATCTGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTACTGACTATGTTTTCAACTTGTGTCAGAGAGACAGAAAAATGGAATTGTGTATATTATATACATGTATATCAAAGATGTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTGA-AGAGGTTACATAGACCAATTTATATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTATATGACAATTGTATA--GGTGGCAACATTTATTAAAATTATGATATATCTGAAATGTATATTAAAAAA-CTTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTCTTTATATCAGTTTAAAATGCATATTATT--TTTTTCAAATTATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTCTTGACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TACATGTGAAAGATGTAGGCATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAACTCCTCATTCTCATGTTGTTAA-A-TACTTCTGAGGGTTTAATTTGAAGGTCT------ATATGTTTGAAGAGGTGTT-AATTAATA-GTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGA-AATGTAGGT-ACTAG--TA-AGCTAAATAAAAAAAAAACCGAACTCCCCCCAAAAAA----CTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTATGACAGC--TGT-TTA-A-ATATATA-GCT---TTAAAATTATGCTTAAA-CAAA-CT---CATA-TCACATGCACATTCTAATATTTTTACCTAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTTATAATCTTTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTG-TTAAAA-AAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACATTTATTTTTTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAGGTATGTTGACATTAAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGATTACCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTTGCAAATGTTTCCTGTT---AATATACAAGGTTATTTACTTTAGATTTATGAAATCATTAAGCATATAAAATATTTAACCAGTT-TTGTTGGGAAATTTTGTGGAAAAACTACTATAGGTGTAAATTTTGCAC----CTTTAATCAT-----G-G-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAG-CTTCTA-TAC--CCCA-TCT-TTT-GAAATTGTTTTTCGTCACTAC-AAAAACATGTTTATC-ATTTACAAACCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GGAATTTTT----CATGTGAGTAAACGTCATCCTggatgtcaactttgtataaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagagactatattgtaactgttcattattttcttcattttttacacaaacagatacaaacgtattttgtcacatttgacaaatgcttatttttttcagacagagattcacccatcacactggtggcagcatcagatgatgaagatgattcatgtttctcaacatatgtccttccaaagagacctatcagccagaaagtgtctgaagtgactgggttgacattctattcttcaaccaactctatgcatctgaatggtgcatgtgtgccgcgctgttttgataagtgaagctttgaacttgttatatcatatctacatagtttgccatcatgtgggaaaacaaatcttgtgggacataaatatcaaaatatatgactgtcttgttccgacaaatgctttgaagaactgtaatttgattacaatttccatgcagaagttactggttataaagacactccaaaactgttgtcaaaatctgaatctgaagtcctcacaggtgaaccatagtaaatctttctggcaagcgatttcgaatactctgactgcacatgatgcaataggagatgtaaagacactaaaacaattagtacaatctgccatccgttaattcagaatcaaagagactggattttttactgactatgttttcaacttgtgtcagagagacagaaaaatggaattgtgtatattatatacatgtatatcaaagatgttgtgcactgtatttagagattgcattgtgtgtgttgaagaggttacatagaccaatttatattcatatagaattggtgacctcagatagcagaaattatgattatcaggtatatgacaattgtataggtggcaacatttattaaaattatgatatatctgaaatgtatattaaaaaactttttatcttcaaaatggtgaaatttatctctttatatcagtttaaaatgcatattatttttttcaaattattatacctaatgctagagtatcattcaaaacctcttgacaaagtgtgtgtatcattggcactgtacatgtgaaagatgtaggcatatttggaaggattttaatcacaaactcctcattctcatgttgttaaatacttctgagggtttaatttgaaggtctatatgtttgaagaggtgttaattaatagtggatttttatacagttcattgaaatgtaggtactagtaagctaaataaaaaaaaaaccgaactccccccaaaaaactgaaaacgacagaggaaattcggattagtatgacagctgtttaaatatatagctttaaaattatgcttaaacaaactcatatcacatgcacattctaatatttttacctaatgtttcattttcatctcatatattatgatttataatctttaagttatgtttcaatgcaaataaacttgttaaaaaaatggagtaaattcggaaggacatagttttaaaaaatggtctctaacccctcatttttatattgttaaaataattattagggtcatatctgtacatttattttttatttcaatagttcttatcagtgggattttttctatatgctgttgaaatgtaggtatgttgacattaaaaattggaaatgacagaggaaattcggattaccataataaacaaatgtttggacttcttgcaaatgtttcctgttaatatacaaggttatttactttagatttatgaaatcattaagcatataaaatatttaaccagttttgttgggaaattttgtggaaaaactactataggtgtaaattttgcacctttaatcatggaactgatgtgaatcagagccctatcttcaaaagcctgttgcaaaaaaagtagcttctataccccatcttttgaaattgtttttcgtcactacaaaaacatgtttatcatttacaaacctgggtttttcattcttatcagtggaatttttcatgtgagtaaacgtcatcct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acctgcatagacacatacacatagatacaaacagaaaaaaagagcaaatgttggttgtaactgattagcggaggatgttAAGCGCGTAGCAAAAAAGTAGTAA-CTCTCATTAAAGCCCACTCT-ATTAGAAATTGTTTCTC---AC-AC-AAAAACATGTTTATCTATTC-TAAG-CT-AGG-TTTTGCATTCT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtgTAAATCCTCACAGGTGCAACTCAGAGTAAAGTTCTTCTGGGAAGCGA-TTCGAAAAC----ATCTGCACATAAGGCAATAGAAGATG--AAAACAGCTAAAAAAACAATTAG-ACA-TCTGCCATCCGTTAAGTCCAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTTTAAGTTACCGG------TAACCCATATGAGTAAATGTCATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatcaaagaaccacATTTTGCAC----CTTTATTCAT-----G-GGA-------ACTA---AAGTGAATCAGAGCCCAGTATCTTCAAAATCC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA----CAGAGC-AA---ATGTT--G-GT-TGTAA--CCGATT--AGCGGGAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCTCGAT-AGACATACATAACA--TAGATAACCATAGAAGAGAATCGAGGAATAAGACAAAGAGCCAACTGATGTTTGA-GTCTGTAAAATCGAT---AGCGGTAGGAGTTC--TTGTGGCGTCCATGTAGCATCGGAACT-----GATTCAGGAGCTTTGGTAACA-GT-ACAATGGATAT-AAC-----ATGAATTTAAAAAAATAAAAAAA----GAGACTAAATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTT-TACAAACAGATACAAACAT-ATTTTGTCACATTTGA-CAA-TGCTTAT-------------------TTTTTTCAAGGACAGA-GATTTGCATCTAACCCACATCA--CAGCCTAGGTGGCA-GCATACAGGAGT--GAATGAG--ATGATTCATGTCGTTCTTCTCCACATATGGTCCTTTGCCGAAGAGCAGA-CCTACTCAGCCAGATATGTGTGTCTCGAAGTGACTGGGTTGCCAGTTCTAATTCTTCAA---TTCCAAC---TCTATG--C-----ATTCTGAATAGGTGCTCGTGGTGCCTGGTAGTTTTGTATAAGTGAATCATT-AACAAGGTGTGTGCTATCATATCGACATAGTTTTGGCAAAATCATGTGGGGAAAAAAATCTTGTGGGTTACAGTTGAATAATCAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATGGTATATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGTTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAAATTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACCCCAAAACT--TGTCAAAATCTTAATCTTAAGTCCTCTCAGGTG-AAC-CAGAGTAAATCTCTTTTGGGAAGCGATTTCGAATAC----A-CTGCACATGATGCAATAGAAGATGTAAATACA-CT---AAAACAATTAGTACA-TATGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTATTGACTATATTT-CAACTTGTGTCAGAGAGACAGATAAATGGAATTGTGTATAT------CATATATATCAAAGATTTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTCATAGAGGTTACATAGACCGATTTACATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTACATGGCAATTGTATATAGGTGGCA-CATTT-TTAAAAT---AATATATCTGAAATGTATATAAAAAAAACCTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTTTTTATGTCAGTTTAAAATGCATTTTATTATTTTTTCAAATCATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTTTTAACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TGCATGTGAAAAATACAG-TATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAATTCTTCATTCTCATGTTGTTAA-AATACTTCTGAGGGTTTAAATTGAAGGTCT------------------AGGTGTCAA-TTA-TTAGTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGATACTGTAGGTAACTAGTTTA-AGCTAA-TAAAAAAAAAA--AAA--------AAAAAAACACCTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTAT-ACAGC--TTTCTTA-ATATATATA-CTT---TTAAAATTATGCTTAAAACAAAACTATCTATACTCA-ATGTACATTCTAATAGTTTC-CCTGTAGTTTCATTTTCATCTCATATATCATGGTTTATAATC-TTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTGTT-TAAA-AAATGGAGTAAGTTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGCCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACACTTATTTTCTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAAGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATgattttgaggctat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgcCCTGCATGAGACA--CATAAGACACAC-----CA---AACAGTA-------ATTA----AAGAGC-AA---ATGTT--GAGT-TGTAA--TCGATTTAGGCGCTGGATGCTTAATT-TGGAATCTGTGTTACAT-TGA--TCATCAG--TCA--AGCTTT
gi|3                          : aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagt-GAGATTCAATGGTCAACTGTGTCATTATCTT-------TGGTACACAA-CAGATACAAACATTATTTTGTCACATTTGAACAA-TGTTTATGAGAATCTTCTTAATCTTATTTTTTCAA--ACAAAAGATTT-CACC-------CATCAAACA--C-AGGTGGCAAGCGAACAGA--TTTGA-TGATGAATGATTCATGC--TTC--CTCAACCTATG-TCCTT--CTGAAGAG---ATTCTA-TCAGCC-GAAA---GCATT-GGAAGTAACTGGGTTGACA-TTTT-ATTCTCCAAGTCTTTCAACCGATCTGTGATCTTGCAAT-CTGAATGGGctagaaagaaatttaattgttgtgagattcaatggtcaactgtgtcattatctttggtacacaacagatacaaacattattttgtcacatttgaacaatgtttatgagaatcttcttaatcttattttttcaaacaaaagatttcacccatcaaacacaggtggcaagcgaacagatttgatgatgaatgattcatgcttcctcaacctatgtccttctgaagagattctatcagccgaaagcattggaagtaactgggttgacattttattctccaagtctttcaaccgatctgtgatcttgcaatctgaatgggcat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagtcctgcatgagacacataagacacaccaaacagtaattaaagagcaaatgttgagttgtaatcgatttaggcgctggatgcttaatttggaatctgtgttacattgatcatcagtcaagctttctagaaagaaatttaattgttgtTTCTAATATTTTT-CATAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTT-TAATGTTTAAGTTATGT-------------AACTTT-T-AAAAAAAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATGATTATTAGGGTCATATCTGTACATTT-TTTTTTTTTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCAATATGCTGTTGAAATGTAGGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGA--GCCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTAGCAAATGTTTCTTTTT---AATATACAAGGTTATT-ACTTTAGATTTATGAAGTCATTAAGCATATAAAATATTTAACCATTT-TTGTTGGAAAATTTTGTGGAATAA-TACTGTAGGTGTAAATTTTGCAC----CTATATTGAT-----GTG-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAG-CTCTC--TAA--CCCACTCT-TTT-AAAATTGTTTTTCGTCACTAC-AAAAATTTGTTTATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GGAATTTTTAACCCATGTGAGTAAACGTCATCCTcat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAGAACAACATTTGGATGATGCTTGATCCGTATGAGTGAAACAATTCCTAGGCGGTTTTAAACTTCAAATAAACAAATTATGGTATCGAGGAAGGGTAAAGAAATTGTGGGACTACATTGCAGATCTCAGGAATCATCTTCCTGGAGGTGAGAGAAGGTGTATATATATGTCATAAAACTGTGTGGACACTGGGAGATGAAGGACCGTGATATTGAAAGTATCCTCCACCCTCTAAGCTTTCCGCCCTCTTGAAGATCAACCACCCAAGGACATTTATTTTCATGTGGAAGTGACTGATTTGGGTATGTTACACACACACTCACACACATCCTCACTTACACACTAATATATTTACAAACACACAATTTTACACAGTAAAACACTCAAAACTGAAATAGAAAAACATATCCCGACAG
Unaligned ( gi|14 ): TAAGAGAACAACATTTTTGATGGAATAGCCCTTGAATCCATATGAGTGAGACAACGTTTCTAGGCGG






Alignments
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CTTTGGAGCCATGTCACA-TGGATGTCAACTTTGTATAAA---AAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGACTATATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTTACACAAACAGATACAAACGT-ATTTTGTCACATTTGA-CAAATGCTTAT-------------------TTTTTTCA-G-ACAGA-GATT--CACC-------CATCA--CA--CT-GGTGGCA-GCAT-CAGA--T--GA-TGAAGA-TGATTCATGT--TTC---TCAACATATG-TCCTT--CCAAAGAG---A-CCTA-TCAGCCAGAAA---GTGTC-TGAAGTGACTGGGTTGACA-TTCTA-TTCTTCAA-----CCAAC---TCTATG--C-----AT-CTGAATGG-TGCATGTG-TGCCGCGCTGTTTTG-ATAAGTGAAGCTTTGAAC----T-TGTTATATCATATCTACATAGTTT--GCCA-------------------TCATGTGGG--------AAA-----ACAAATCTTGTGGGACATAAATAT-------CA----AAATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGCTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAA-TTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACTCCAAAACTGTTGTCAAAATCTGAATCTGAAGTCCTCACAGGTG-AAC-CATAGTAAATCT-TTCTGGCAAGCGATTTCGAATACTCTGA-CTGCACATGATGCAATAGGAGATGTAAAGACA-CT---AAAACAATTAGTACAATCTGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTACTGACTATGTTTTCAACTTGTGTCAGAGAGACAGAAAAATGGAATTGTGTATATTATATACATGTATATCAAAGATGTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTGA-AGAGGTTACATAGACCAATTTATATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTATATGACAATTGTATA--GGTGGCAACATTTATTAAAATTATGATATATCTGAAATGTATATTAAAAAA-CTTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTCTTTATATCAGTTTAAAATGCATATTATT--TTTTTCAAATTATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTCTTGACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TACATGTGAAAGATGTAGGCATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAACTCCTCATTCTCATGTTGTTAA-A-TACTTCTGAGGGTTTAATTTGAAGGTCT------ATATGTTTGAAGAGGTGTT-AATTAATA-GTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGA-AATGTAGGT-ACTAG--TA-AGCTAAATAAAAAAAAAACCGAACTCCCCCCAAAAAA----CTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTATGACAGC--TGT-TTA-A-ATATATA-GCT---TTAAAATTATGCTTAAA-CAAA-CT---CATA-TCACATGCACATTCTAATATTTTTACCTAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTTATAATCTTTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTG-TTAAAA-AAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACATTTATTTTTTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAGGTATGTTGACATTAAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGATTACCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTTGCAAATGTTTCCTGTT---AATATACAAGGTTATTTACTTTAGATTTATGAAATCATTAAGCATATAAAATATTTAACCAGTT-TTGTTGGGAAATTTTGTGGAAAAACTACTATAGGTGTAAATTTTGCAC----CTTTAATCAT-----G-G-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAG-CTTCTA-TAC--CCCA-TCT-TTT-GAAATTGTTTTTCGTCACTAC-AAAAACATGTTTATC-ATTTACAAACCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GGAATTTTT----CATGTGAGTAAACGTCATCCTggatgtcaactttgtataaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagagactatattgtaactgttcattattttcttcattttttacacaaacagatacaaacgtattttgtcacatttgacaaatgcttatttttttcagacagagattcacccatcacactggtggcagcatcagatgatgaagatgattcatgtttctcaacatatgtccttccaaagagacctatcagccagaaagtgtctgaagtgactgggttgacattctattcttcaaccaactctatgcatctgaatggtgcatgtgtgccgcgctgttttgataagtgaagctttgaacttgttatatcatatctacatagtttgccatcatgtgggaaaacaaatcttgtgggacataaatatcaaaatatatgactgtcttgttccgacaaatgctttgaagaactgtaatttgattacaatttccatgcagaagttactggttataaagacactccaaaactgttgtcaaaatctgaatctgaagtcctcacaggtgaaccatagtaaatctttctggcaagcgatttcgaatactctgactgcacatgatgcaataggagatgtaaagacactaaaacaattagtacaatctgccatccgttaattcagaatcaaagagactggattttttactgactatgttttcaacttgtgtcagagagacagaaaaatggaattgtgtatattatatacatgtatatcaaagatgttgtgcactgtatttagagattgcattgtgtgtgttgaagaggttacatagaccaatttatattcatatagaattggtgacctcagatagcagaaattatgattatcaggtatatgacaattgtataggtggcaacatttattaaaattatgatatatctgaaatgtatattaaaaaactttttatcttcaaaatggtgaaatttatctctttatatcagtttaaaatgcatattatttttttcaaattattatacctaatgctagagtatcattcaaaacctcttgacaaagtgtgtgtatcattggcactgtacatgtgaaagatgtaggcatatttggaaggattttaatcacaaactcctcattctcatgttgttaaatacttctgagggtttaatttgaaggtctatatgtttgaagaggtgttaattaatagtggatttttatacagttcattgaaatgtaggtactagtaagctaaataaaaaaaaaaccgaactccccccaaaaaactgaaaacgacagaggaaattcggattagtatgacagctgtttaaatatatagctttaaaattatgcttaaacaaactcatatcacatgcacattctaatatttttacctaatgtttcattttcatctcatatattatgatttataatctttaagttatgtttcaatgcaaataaacttgttaaaaaaatggagtaaattcggaaggacatagttttaaaaaatggtctctaacccctcatttttatattgttaaaataattattagggtcatatctgtacatttattttttatttcaatagttcttatcagtgggattttttctatatgctgttgaaatgtaggtatgttgacattaaaaattggaaatgacagaggaaattcggattaccataataaacaaatgtttggacttcttgcaaatgtttcctgttaatatacaaggttatttactttagatttatgaaatcattaagcatataaaatatttaaccagttttgttgggaaattttgtggaaaaactactataggtgtaaattttgcacctttaatcatggaactgatgtgaatcagagccctatcttcaaaagcctgttgcaaaaaaagtagcttctataccccatcttttgaaattgtttttcgtcactacaaaaacatgtttatcatttacaaacctgggtttttcattcttatcagtggaatttttcatgtgagtaaacgtcatcct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acctgcatagacacatacacatagatacaaacagaaaaaaagagcaaatgttggttgtaactgattagcggaggatgttAAGCGCGTAGCAAAAAAGTAGTAA-CTCTCATTAAAGCCCACTCT-ATTAGAAATTGTTTCTC---AC-AC-AAAAACATGTTTATCTATTC-TAAG-CT-AGG-TTTTGCATTCT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtgTAAATCCTCACAGGTGCAACTCAGAGTAAAGTTCTTCTGGGAAGCGA-TTCGAAAAC----ATCTGCACATAAGGCAATAGAAGATG--AAAACAGCTAAAAAAACAATTAG-ACA-TCTGCCATCCGTTAAGTCCAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTTTAAGTTACCGG------TAACCCATATGAGTAAATGTCATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatcaaagaaccacATTTTGCAC----CTTTATTCAT-----G-GGA-------ACTA---AAGTGAATCAGAGCCCAGTATCTTCAAAATCC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA----CAGAGC-AA---ATGTT--G-GT-TGTAA--CCGATT--AGCGGGAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCTCGAT-AGACATACATAACA--TAGATAACCATAGAAGAGAATCGAGGAATAAGACAAAGAGCCAACTGATGTTTGA-GTCTGTAAAATCGAT---AGCGGTAGGAGTTC--TTGTGGCGTCCATGTAGCATCGGAACT-----GATTCAGGAGCTTTGGTAACA-GT-ACAATGGATAT-AAC-----ATGAATTTAAAAAAATAAAAAAA----GAGACTAAATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTT-TACAAACAGATACAAACAT-ATTTTGTCACATTTGA-CAA-TGCTTAT-------------------TTTTTTCAAGGACAGA-GATTTGCATCTAACCCACATCA--CAGCCTAGGTGGCA-GCATACAGGAGT--GAATGAG--ATGATTCATGTCGTTCTTCTCCACATATGGTCCTTTGCCGAAGAGCAGA-CCTACTCAGCCAGATATGTGTGTCTCGAAGTGACTGGGTTGCCAGTTCTAATTCTTCAA---TTCCAAC---TCTATG--C-----ATTCTGAATAGGTGCTCGTGGTGCCTGGTAGTTTTGTATAAGTGAATCATT-AACAAGGTGTGTGCTATCATATCGACATAGTTTTGGCAAAATCATGTGGGGAAAAAAATCTTGTGGGTTACAGTTGAATAATCAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATGGTATATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGTTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAAATTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACCCCAAAACT--TGTCAAAATCTTAATCTTAAGTCCTCTCAGGTG-AAC-CAGAGTAAATCTCTTTTGGGAAGCGATTTCGAATAC----A-CTGCACATGATGCAATAGAAGATGTAAATACA-CT---AAAACAATTAGTACA-TATGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTATTGACTATATTT-CAACTTGTGTCAGAGAGACAGATAAATGGAATTGTGTATAT------CATATATATCAAAGATTTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTCATAGAGGTTACATAGACCGATTTACATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTACATGGCAATTGTATATAGGTGGCA-CATTT-TTAAAAT---AATATATCTGAAATGTATATAAAAAAAACCTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTTTTTATGTCAGTTTAAAATGCATTTTATTATTTTTTCAAATCATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTTTTAACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TGCATGTGAAAAATACAG-TATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAATTCTTCATTCTCATGTTGTTAA-AATACTTCTGAGGGTTTAAATTGAAGGTCT------------------AGGTGTCAA-TTA-TTAGTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGATACTGTAGGTAACTAGTTTA-AGCTAA-TAAAAAAAAAA--AAA--------AAAAAAACACCTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTAT-ACAGC--TTTCTTA-ATATATATA-CTT---TTAAAATTATGCTTAAAACAAAACTATCTATACTCA-ATGTACATTCTAATAGTTTC-CCTGTAGTTTCATTTTCATCTCATATATCATGGTTTATAATC-TTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTGTT-TAAA-AAATGGAGTAAGTTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGCCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACACTTATTTTCTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAAGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATgattttgaggctat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgcCCTGCATGAGACA--CATAAGACACAC-----CA---AACAGTA-------ATTA----AAGAGC-AA---ATGTT--GAGT-TGTAA--TCGATTTAGGCGCTGGATGCTTAATT-TGGAATCTGTGTTACAT-TGA--TCATCAG--TCA--AGCTTT
gi|3                          : aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagt-GAGATTCAATGGTCAACTGTGTCATTATCTT-------TGGTACACAA-CAGATACAAACATTATTTTGTCACATTTGAACAA-TGTTTATGAGAATCTTCTTAATCTTATTTTTTCAA--ACAAAAGATTT-CACC-------CATCAAACA--C-AGGTGGCAAGCGAACAGA--TTTGA-TGATGAATGATTCATGC--TTC--CTCAACCTATG-TCCTT--CTGAAGAG---ATTCTA-TCAGCC-GAAA---GCATT-GGAAGTAACTGGGTTGACA-TTTT-ATTCTCCAAGTCTTTCAACCGATCTGTGATCTTGCAAT-CTGAATGGGctagaaagaaatttaattgttgtgagattcaatggtcaactgtgtcattatctttggtacacaacagatacaaacattattttgtcacatttgaacaatgtttatgagaatcttcttaatcttattttttcaaacaaaagatttcacccatcaaacacaggtggcaagcgaacagatttgatgatgaatgattcatgcttcctcaacctatgtccttctgaagagattctatcagccgaaagcattggaagtaactgggttgacattttattctccaagtctttcaaccgatctgtgatcttgcaatctgaatgggcat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagtcctgcatgagacacataagacacaccaaacagtaattaaagagcaaatgttgagttgtaatcgatttaggcgctggatgcttaatttggaatctgtgttacattgatcatcagtcaagctttctagaaagaaatttaattgttgtTTCTAATATTTTT-CATAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTT-TAATGTTTAAGTTATGT-------------AACTTT-T-AAAAAAAATGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATGATTATTAGGGTCATATCTGTACATTT-TTTTTTTTTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCAATATGCTGTTGAAATGTAGGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGA--GCCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTAGCAAATGTTTCTTTTT---AATATACAAGGTTATT-ACTTTAGATTTATGAAGTCATTAAGCATATAAAATATTTAACCATTT-TTGTTGGAAAATTTTGTGGAATAA-TACTGTAGGTGTAAATTTTGCAC----CTATATTGAT-----GTG-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAG-CTCTC--TAA--CCCACTCT-TTT-AAAATTGTTTTTCGTCACTAC-AAAAATTTGTTTATC-ATTTACAAGCCT-GGG-TTTTTCATTCTTATCAGT----GGAATTTTTAACCCATGTGAGTAAACGTCATCCTcat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAGAACAACATTTGGATGATGCTTGATCCGTATGAGTGAAACAATTCCTAGGCGGTTTTAAACTTCAAATAAACAAATTATGGTATCGAGGAAGGGTAAAGAAATTGTGGGACTACATTGCAGATCTCAGGAATCATCTTCCTGGAGGTGAGAGAAGGTGTATATATATGTCATAAAACTGTGTGGACACTGGGAGATGAAGGACCGTGATATTGAAAGTATCCTCCACCCTCTAAGCTTTCCGCCCTCTTGAAGATCAACCACCCAAGGACATTTATTTTCATGTGGAAGTGACTGATTTGGGTATGTTACACACACACTCACACACATCCTCACTTACACACTAATATATTTACAAACACACAATTTTACACAGTAAAACACTCAAAACTGAAATAGAAAAACATATCCCGACAG
Unaligned ( gi|14 ): TAAGAGAACAACATTTTTGATGGAATAGCCCTTGAATCCATATGAGTGAGACAACGTTTCTAGGCGG






Alignments
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CTTTGGAGCCATGTCACA-TGGATGTCAACTTTGTATAAA---AAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGACTATATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTTACACAAACAGATACAAACGT-ATTTTGTCACATTTGA-CAAATGCTTAT-------------------TTTTTTCA-G-ACAGA-GATT--CACC-------CATCA--CA--CT-GGTGGCA-GCAT-CAGA--T--GA-TGAAGA-TGATTCATGT--TTC---TCAACATATG-TCCTT--CCAAAGAG---A-CCTA-TCAGCCAGAAA---GTGTC-TGAAGTGACTGGGTTGACA-TTCTA-TTCTTCAA-----CCAAC---TCTATG--C-----AT-CTGAATGG-TGCATGTG-TGCCGCGCTGTTTTG-ATAAGTGAAGCTTTGAAC----T-TGTTATATCATATCTACATAGTTT--GCCA-------------------TCATGTGGG--------AAA-----ACAAATCTTGTGGGACATAAATAT-------CA----AAATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGCTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAA-TTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACTCCAAAACTGTTGTCAAAATCTGAATCTGAAGTCCTCACAGGTG-AAC-CATAGTAAATCT-TTCTGGCAAGCGATTTCGAATACTCTGA-CTGCACATGATGCAATAGGAGATGTAAAGACA-CT---AAAACAATTAGTACAATCTGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTACTGACTATGTTTTCAACTTGTGTCAGAGAGACAGAAAAATGGAATTGTGTATATTATATACATGTATATCAAAGATGTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTGA-AGAGGTTACATAGACCAATTTATATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTATATGACAATTGTATA--GGTGGCAACATTTATTAAAATTATGATATATCTGAAATGTATATTAAAAAA-CTTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTCTTTATATCAGTTTAAAATGCATATTATT--TTTTTCAAATTATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTCTTGACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TACATGTGAAAGATGTAGGCATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAACTCCTCATTCTCATGTTGTTAA-A-TACTTCTGAGGGTTTAATTTGAAGGTCT------ATATGTTTGAAGAGGTGTT-AATTAATA-GTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGA-AATGTAGGT-ACTAG--TA-AGCTAAATAAAAAAAAAACCGAACTCCCCCCAAAAAA----CTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTATGACAGC--TGT-TTA-A-ATATATA-GCT---TTAAAATTATGCTTAAA-CAAA-CT---CATA-TCACATGCACATTCTAATATTTTTACCTAATGTTTCATTTTCATCTCATATATTATGATTTATAATCTTTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTG-TTAAAAAAA-TGGAGTAAATTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGTCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACATTTATTTTTTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAGGTATGTTGACATTAAAAATTGGAAATGACAGAGGAAATTCGGATTACCATAATAAACAAATGTTTGGACTTCTTGCAAATGTTTCCTGTT---AATATACAAGGTTATTTACTTTAGATTTATGAAATCATTAAGCATATAAAATATTTAACCAGTT-TTGTTGGGAAATTTTGTGGAAAAACTACTATAGGTGTAAATTTTGCAC----CTTTAATCAT-----G-G-A-------ACTG---ATGTGAATCAGAGCCC--TATCTTCAAAAGCCTGTTGCAAAAAA--AGTAGCT-TC--TATA--CCCCATCTTTT-GAAATTGTTTTTCGTCACTACAAAA-ACATGTTTATC-ATTTACAAACCT-G-GGTTTTTCATTCTTATCAGT----GGAATTTTT----CATGTGAGTAAACGTCATCCTggatgtcaactttgtataaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagagactatattgtaactgttcattattttcttcattttttacacaaacagatacaaacgtattttgtcacatttgacaaatgcttatttttttcagacagagattcacccatcacactggtggcagcatcagatgatgaagatgattcatgtttctcaacatatgtccttccaaagagacctatcagccagaaagtgtctgaagtgactgggttgacattctattcttcaaccaactctatgcatctgaatggtgcatgtgtgccgcgctgttttgataagtgaagctttgaacttgttatatcatatctacatagtttgccatcatgtgggaaaacaaatcttgtgggacataaatatcaaaatatatgactgtcttgttccgacaaatgctttgaagaactgtaatttgattacaatttccatgcagaagttactggttataaagacactccaaaactgttgtcaaaatctgaatctgaagtcctcacaggtgaaccatagtaaatctttctggcaagcgatttcgaatactctgactgcacatgatgcaataggagatgtaaagacactaaaacaattagtacaatctgccatccgttaattcagaatcaaagagactggattttttactgactatgttttcaacttgtgtcagagagacagaaaaatggaattgtgtatattatatacatgtatatcaaagatgttgtgcactgtatttagagattgcattgtgtgtgttgaagaggttacatagaccaatttatattcatatagaattggtgacctcagatagcagaaattatgattatcaggtatatgacaattgtataggtggcaacatttattaaaattatgatatatctgaaatgtatattaaaaaactttttatcttcaaaatggtgaaatttatctctttatatcagtttaaaatgcatattatttttttcaaattattatacctaatgctagagtatcattcaaaacctcttgacaaagtgtgtgtatcattggcactgtacatgtgaaagatgtaggcatatttggaaggattttaatcacaaactcctcattctcatgttgttaaatacttctgagggtttaatttgaaggtctatatgtttgaagaggtgttaattaatagtggatttttatacagttcattgaaatgtaggtactagtaagctaaataaaaaaaaaaccgaactccccccaaaaaactgaaaacgacagaggaaattcggattagtatgacagctgtttaaatatatagctttaaaattatgcttaaacaaactcatatcacatgcacattctaatatttttacctaatgtttcattttcatctcatatattatgatttataatctttaagttatgtttcaatgcaaataaacttgttaaaaaaatggagtaaattcggaaggacatagttttaaaaaatggtctctaacccctcatttttatattgttaaaataattattagggtcatatctgtacatttattttttatttcaatagttcttatcagtgggattttttctatatgctgttgaaatgtaggtatgttgacattaaaaattggaaatgacagaggaaattcggattaccataataaacaaatgtttggacttcttgcaaatgtttcctgttaatatacaaggttatttactttagatttatgaaatcattaagcatataaaatatttaaccagttttgttgggaaattttgtggaaaaactactataggtgtaaattttgcacctttaatcatggaactgatgtgaatcagagccctatcttcaaaagcctgttgcaaaaaaagtagcttctataccccatcttttgaaattgtttttcgtcactacaaaaacatgtttatcatttacaaacctgggtttttcattcttatcagtggaatttttcatgtgagtaaacgtcatcct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acctgcatagacacatacacatagatacaaacagaaaaaaagagcaaatgttggttgtaactgattagcggaggatgttAAGCGCGTAGCAAAAAAGTAGTAACTCTCATTA-AAGCCCACTCTATTAGAAATTGTTTCTC---AC-ACAAAA-ACATGTTTATCTATTC-TAAG-CT-A-GGTTTTGCATTCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAAGGTCTATAGCAAAAAA--AGTAGGCCAT--TG-G--CCTAGATATTT-GTAAATGTATTTTGTCACTGTAATA-GTAAATCTATG-TTTTACAA-TAT-GAGATTTTGCATTCCTA----T----GGAATTTTTATTCCACGTGAGTAAACGTCATCCaaaattgtgatgtggctcaggaacccatgagtaacatgatgcatcctta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtgTAAATCCTCACAGGTGCAACTCAGAGTAAAGTTCTTCTGGGAAGCGA-TTCGAAAAC----ATCTGCACATAAGGCAATAGAAGATG--AAAACAGCTAAAAAAACAATTAG-ACA-TCTGCCATCCGTTAAGTCCAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATC-ATTTACAAGCCT-G-GGTTTTTCATTCTTTTAAGTTACCGG------TAACCCATATGAGTAAATGTCATC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatcaaagaaccacATTTTGCAC----CTTTATTCAT-----G-GGA-------ACTA---AAGTGAATCAGAGCCCAGTATCTTCAAAATCC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA----CAGAGC-AA---ATGTT--G-GT-TGTAA--CCGATT--AGCGGGAGA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCTCGAT-AGACATACATAACA--TAGATAACCATAGAAGAGAATCGAGGAATAAGACAAAGAGCCAACTGATGTTTGA-GTCTGTAAAATCGAT---AGCGGTAGGAGTTC--TTGTGGCGTCCATGTAGCATCGGAACT-----GATTCAGGAGCTTTGGTAACA-GT-ACAATGGATAT-AAC-----ATGAATTTAAAAAAATAAAAAAA----GAGACTAAATTGT-AACTGT-TCATTATTTTCTTCATTTTTT-TACAAACAGATACAAACAT-ATTTTGTCACATTTGA-CAA-TGCTTAT-------------------TTTTTTCAAGGACAGA-GATTTGCATCTAACCCACATCA--CAGCCTAGGTGGCA-GCATACAGGAGT--GAATGAG--ATGATTCATGTCGTTCTTCTCCACATATGGTCCTTTGCCGAAGAGCAGA-CCTACTCAGCCAGATATGTGTGTCTCGAAGTGACTGGGTTGCCAGTTCTAATTCTTCAA---TTCCAAC---TCTATG--C-----ATTCTGAATAGGTGCTCGTGGTGCCTGGTAGTTTTGTATAAGTGAATCATT-AACAAGGTGTGTGCTATCATATCGACATAGTTTTGGCAAAATCATGTGGGGAAAAAAATCTTGTGGGTTACAGTTGAATAATCAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATGGTATATATATGACTGTCTTGTTCCGACAAATGTTTTGAAGAACTGTAATTTGATTACAAATTTCCATGCAGAAGTTACTGGTTATAAAGACACCCCAAAACT--TGTCAAAATCTTAATCTTAAGTCCTCTCAGGTG-AAC-CAGAGTAAATCTCTTTTGGGAAGCGATTTCGAATAC----A-CTGCACATGATGCAATAGAAGATGTAAATACA-CT---AAAACAATTAGTACA-TATGCCATCCGTTAA-TTCAGAATCAAAGAGACTGGATTTTTTATTGACTATATTT-CAACTTGTGTCAGAGAGACAGATAAATGGAATTGTGTATAT------CATATATATCAAAGATTTTGTGCACTGTATTTAGAGATTGCATTGTGTGTGTTCATAGAGGTTACATAGACCGATTTACATTCATATAGAATTGGTGACCTCAGATAGCAGAAATTATGATTATCAGGTACATGGCAATTGTATATAGGTGGCA-CATTT-TTAAAAT---AATATATCTGAAATGTATATAAAAAAAACCTTTTATCTTCAAAATGGTGAAATTTATCTTTTTATGTCAGTTTAAAATGCATTTTATTATTTTTTCAAATCATTATACCTAATGCTAGAGTATCATTCAAAACCTTTTAACAAAGTGTGTGTATCATTG-GCACTG-------TGCATGTGAAAAATACAG-TATATTTGGAAG--------GATTTTAATCACAAATTCTTCATTCTCATGTTGTTAA-AATACTTCTGAGGGTTTAAATTGAAGGTCT------------------AGGTGTCAA-TTA-TTAGTGGATTTTTATACAGTTC-ATTGATACTGTAGGTAACTAGTTTA-AGCTAA-TAAAAAAAAAA--AAA--------AAAAAAACACCTGAAAACGACAGAGGAAATTCGGATTAGTAT-ACAGC--TTTCTTA-ATATATATA-CTT---TTAAAATTATGCTTAAAACAAAACTATCTATACTCA-ATGTACATTCTAATAGTTTC-CCTGTAGTTTCATTTTCATCTCATATATCATGGTTTATAATC-TTAAGTTATGTTTCAATGCAAATAAACTTGTT-TAAAAAA-TGGAGTAAGTTCGGAAGGACATAGTTTTAA--AAAATGGCCTCTAACCCCTCATTTTTATATTGTTAAAATAATTATTAGGGTCATATCTGTACACTTATTTTCTATTTCAATAGTTCTTATCAGTGGGATTTTTTCTATATGCTGTTGAAATGTAAGTATGTTGACATTCAAAATTGGAAATgattttgaggctat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgcCCTGCATGAGACA--CATAAGACACAC-----CA---AACAGTA-------ATTA----AAGAGC-AA---ATGTT--GAGT-TGTAA--TCGATTTAGGCGCTGGATGCTTAATT-TGGAATCTGTGTTACAT-TGA--TCATCAG--TCA--AGCTTT
gi|3                          : aagatcaacatgctgatcgttgccgtcaatatgagtgaaacaatttttctaggcggtcaatataatcaaattaacaaacggttgaagaatacaaaaatataattggatggcgttatcagtttttaaatatcaagaaatcatacttcctggaggtgagagggggccgaatgagtaaatgaactctgtggacctgggaagatgacagagctgacattgaatagcaaacctcctaagctttctccctctgagactcaatacccaagagacataatttatgtttcatgtgcgagagtgacggtttgggtatatttacagttcctcacttcaactaataatattttcacacacacaaaaaaacacataaaatctgaatgaaatacatactcagacaggcacaaccacacactgtgacacccacatacataatgacagcacatgtgattcaccatatacagacgtatcacacacacacatacacacactacgacacacacacatcagtacacatgctatgtaaaacataattgcagaagatattcacttgtacaaacacgacccacacaactacacacatatgtacgagacaaagcaatgcataacacattcagctacacaaaaaaaatctcaactacacaaagattatcagacacacacacttatacaccttccacagaatacacgacaatgctgaatatacgacaaagaacttccgcacacacgctgtacacagacaaacacaagagggattaattacttcatacacaaacactccatattgagaacaaagacaaattcatctacacaacatatcagacatgtacacacaaaattgtacaggcagt-GAGATTCAATGGTCAACTGTGTCATTATCTT-------TGGTACACAA-CAGATACAAACATTATTTTGTCACATTTGAACAA-TGTTTATGAGAATCTTCTTAATCTTATTTTTTCAA--ACAAAAGATTT-CACC-------CATCAAACA--C-AGGTGGCAAGCGAACAGA--TTTGA-TGATGAATGATTCATGC--TTC--CTCAACCTATG-TCCTT--CTGAAGAG---ATTCTA-TCAGCC-GAAA---GCATT-GGAAGTAACTGGGTTGACA-TTTT-ATTCTCCAAGTCTTTCAACCGATCTGTGATCTTGCAAT-CTGAATGGGctagaaagaaatttaattgttgtgagattcaatggtcaactgtgtcattatctttggtacacaacagatacaaacattattttgtcacatttgaacaatgtttatgagaatcttcttaatcttattttttcaaacaaaagatttcacccatcaaacacaggtggcaagcgaacagatttgatgatgaatgattcatgcttcctcaacctatgtccttctgaagagattctatcagccgaaagcattggaagtaactgggttgacattttattctccaagtctttcaaccgatctgtgatcttgcaatctgaatgggcat
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAAGAACAACATTTGGATGATGCTTGATCCGTATGAGTGAAACAATTCCTAGGCGGTTTTAAACTTCAAATAAACAAATTATGGTATCGAGGAAGGGTAAAGAAATTGTGGGACTACATTGCAGATCTCAGGAATCATCTTCCTGGAGGTGAGAGAAGGTGTATATATATGTCATAAAACTGTGTGGACACTGGGAGATGAAGGACCGTGATATTGAAAGTATCCTCCACCCTCTAAGCTTTCCGCCCTCTTGAAGATCAACCACCCAAGGACATTTATTTTCATGTGGAAGTGACTGATTTGGGTATGTTACACACACACTCACACACATCCTCACTTACACACTAATATATTTACAAACACACAATTTTACACAGTAAAACACTCAAAACTGAAATAGAAAAACATATCCCGACAG
Unaligned ( gi|14 ): TAAGAGAACAACATTTTTGATGGAATAGCCCTTGAATCCATATGAGTGAGACAACGTTTCTAGGCGG