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lowQualScore                  :        .. ..     . .     ........... ....   .         ..  ..  .   . . .. ...   .  .     .     . ..  .  . .. .  .. . . ... .    .  . .       . .. .   ....   . ..  .   ..  .  ..     
lowQualScore                  :        00 99     1 1     99999999999 7777   2         33  99  1   1 1 00 777   1  2     1     2 11  4  2 11 4  11 2 2 999 2    2  2 4       2 11 2   7777   7 11  2   66  4  66     
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Reference ( gi|8 )            :    ATACT-G--TGCTT-G-TAAAAA---------ACT---TCT-CTCTGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-C--T-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|12                         :    ATACA-G--TGCTT-G-TAAAA-----------CC---TCT-CTCTGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-A--GA-TT-T--C-AT--T-G-----A-AAAT-CT-A-AACACTC-C--T-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|10                         :  ttATACA-G--TGCTT-G-TAAAG-----------CC---TTT-CTCTGTTTT--CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-C--T-CAT----AAC-T--CT-TGC--CC-GC--ATCCA
gi|13                         :   tATACA-G--TGCTT-G-TAAAA-----------CC---TCT-CTCTGTTT---CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---ACAAAT-CT-A-AACACTC-C--T-CA-----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCAt
gi|3                          :  ttATACTAG--TGCTT-G-TAAAAA---------CCT---TCTTCTTTGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GAATT-T--C-ATATC-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-C--T-CAT----AAC-T--CC-AGG--CC-GC--ATTC
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gi|1                          :  ttATACA-T--TGCTT-G-TAAAAATTAAAAAACATC---TCT-CTCTGTTTT--CC--TT-CAA-C-TC-C---AAA-AG-ATATA--ATAA-C--GATTT-T--C-AT--C-G-G---A-AAA--CT-A-AACACTC-C--TATAT----GAC-TCCCC-TGG--CT-AC--ATCCAt
gi|19                         : attATACA-G--TGCTT-G-TAAAA-----------CT---TCA-CT--GTTTT-TCC--T---AT-C-T--C---GAA--G-AAAT--CATAA-C--GA-TT-T--C-AT------G---A-AAAT-CT-A-AACA-TT-C--T-CAT----AA--T--CC-TGG---C-AC--ATC
gi|20                         :  ttATACA-G--TGCTT-G-TAAAA-----------CC---TCT-CTCTGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATA
gi|15                         :   ttTACA-G--TGCTT-G-TAAA------------CC---TCT-CTCTGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACCC-A--T-CAT----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCA
gi|7                          :        t-G--TGCTT-G-TACTAA----------CC---TCT-CTCTGGTTT-TCC--CT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AATTA-TCTAA-A--GA-TTAT--C-AT--TGG-A---A-AAAT-AT-A-AACA-TC-C--T-CAT----AAC-T---C-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|18                         : taaactca-G--TGCTTTG-TAAAC-----------CT---TCT-CTGTATTTT-CCC--TT-CAA-CCT--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TC-T--A-CT--C-A-ATTCA-A----CT-A-AA-ACTC-C--T-AA-----AAT-T--CC-t
gi|5                          :   ttatgcca--TGTTT-G-TAAAG-----------CC---TCT-TTCTGTTTT-TTCCGTT-CAA-C-T--CCTAAAA-AGTAAATA-CATAA-C--GA-TT-TTCC-AT--C---A---A-AATT-CG-AGAACACTC-C----CAT----AACTT--CC-TGGC-CC-GC--ATCCA
gi|16                         :       caat--TGCTT-G-TA--------------CC---TCT-CTC-GTGTT-TTC--TT-CAA-C-TTTC---AAA-AGGAAATA-CATAA-CCGAA-TT-T--CAAT--C-G-A---A-AAAT-CT---AACACCC-T--T-CAT-----AC-T--CC-TTGAACC-GCA-ATCC
gi|6                          :           agtGCTT-GGTAAAA-----------CC---TCT-CTCTGTTTC-CCT--TC-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATATTATAA----GA-TT-T--C-AT--T-G-A---A-AAAT-CT-AGAACATTT-CCAT-CA-----AACTT--CC-TGG--CC-GCCAATCCAt
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gi|2                          :          tatactaa-G-TAAACA---------TCTAACTCT-C-CTGTTTT-TCC--TT-CAAGC-T--C---ATATAG-AAA-A-CATAAAC--GA-TT-T--C-AT--C-G-G---A-AAATCCT-A-AACACTC-C--T-TACCTCGGAC-T--CT-GGG--TT-GC---TCCA





Alignments
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lowQualScore                  :           99       4 2 333  2 2 99999999999   22  4   4      77  22  2   2 2 44 333   2  4     2     2 22  4  2 22 4  22 2 2 333 2    2  2 4       2  2   7777   6 22  2   55  2  55     
lowQualScore                  :           ..       . . ...  . . ...........   ..  .   .      ..  ..  .   . . .. ...   .  .     .     . ..  .  . .. .  .. . . ... .    .  . .       .  .   ....   . ..  .   ..  .  ..     
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Reference ( family-629 )      :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|1                          :       ATAC--ATTGCTT-G-T---AA-A-AATTAAAAAACATCT--CT-CTC-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-TC-C---AAA-AG-ATATA--ATAA-C--GATTT-T--C-AT--C-G-G---A-AAA--CT-A-AACACTC-CTATAT----GAC-TCCCC-TGG--CT-AC--ATCCA
gi|10                         :    attATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-G-----------CCT--TT-CTC-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CT-TGC--CC-GC--ATCCA
gi|11                         :      tATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---ATA-AA-AAAT--TATAA-A--GA--T-T--C-AT--T-G-A---A-AAAA-TA-A-AACACTCTCT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CT--C--ATCCAt
gi|12                         :     ttATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-A--GA-TT-T--C-AT--T-G-----A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|13                         :     ttATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTT---CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---ACAAAT-CT-A-AACACTC-CT-CA-----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCA
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gi|16                         :              tTGCTT-G-T---A----------------CCT--CT-CTCGTGTTTT---C--TT-CAA-C-TTTC---AAA-AGGAAATA-CATAA-CCGAA-TT-T--CAAT--C-G-A---A-AAAT-CT---AACACCC-TT-CAT-----AC-T--CC-TTGAACC-GCA-ATCCt
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gi|18                         :   atactaaC--AGTGCTTTG-T---AA-A-C-----------CTT--CT-CTG-TATTTT-CCC--TT-CAA-CCT--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TC-T--A-CT--C-A-ATTCA-A----CT-A-AA-ACTC-CT-AA-----AAT-T--CC-
gi|19                         : ttatgcATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------C----TT-CAC-TGTTTT-TCC--T---AT-C-T--C----GA-AG-AAAT--CATAA-C--GA-TT-T--C-AT------G---A-AAAT-CT-A-AACA-TT-CT-CAT----AA--T--CC-TGG---C-AC--ATC
gi|2                          :       ttAC--ATTGCTAAG-T---AA-ACA-----------TCTAACT-CTCCTGTTTT-TCC--TT-CAAGC-T--C---ATATAG-AAA-A-CATAAAC--GA-TT-T--C-AT--C-G-G---A-AAATCCT-A-AACACTC-CT-TACCTCGGAC-T--CT-GGG--TT-GC---TCCA
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gi|3                          :     ttATACT-AGTGCTT-G-T---AA-A-AAC---------CTT--CTTCTT-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GAATT-T--C-ATATC-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-AGG--CC-GC--ATTC
gi|4                          :      tATACT-AGTGCTT-G-T---AA-A-AAC---------CTT--CTTCTT-TGTTTTTTCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--CTAT--C-GAA---A-AAAT-CT---AACACTC-CT-CAT----AACTT--CC-AGG--CC-GC--ATCCAca
gi|5                          :              tTGTTT-G-T---AA-A-G-----------CCT--CT-TTC-TGTTTT-TTCCGTT-CAA-C-T--CCTAAAA-AGTAAATA-CATAA-C--GA-TT-TTCC-AT--C---A---A-AATT-CG-AGAACACTC-C--CAT----AACTT--CC-TGGC-CC-GC--ATCCA
gi|6                          :            caatGCTT-GGT---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTC-CCT--TC-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATATTATAA----GA-TT-T--C-AT--T-G-A---A-AAAT-CT-AGAACATTT-C--CATCA--AACTT--CC-TGG--CC-GCCAATCCA
gi|7                          :   aacagggC--AGTGCTT-G-T---ACTA-A-----------CCT--CT-CTC-TGGTTT-TCC--CT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AATTA-TCTAA-A--GA-TTAT--C-AT--TGG-A---A-AAAT-AT-A-AACA-TC-CT-CAT----AAC-T---C-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|8                          : taaactATAC--TGTGCTT-G-T---AA-A-AAA---------CTT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|9                          :                  TT-G-T---AA-A-AA----------CCT--CT-CTT-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-TTAA-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CCAAGG--CC-GC--ATCCA





Alignments
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lowQualScore                  :           ..       . . ...  . . ...........   ..  .   .      ..  ..  .   . . .. ...   .  .     .     . ..  .  . .. .  .. . . ... .    .  . .       .  .   ....   . ..  .   ..  .  ..     
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Reference ( family-629 )      :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|1                          :       ATAC--ATTGCTT-G-T---AA-A-AATTAAAAAACATCT--CT-CTC-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-TC-C---AAA-AG-ATATA--ATAA-C--GATTT-T--C-AT--C-G-G---A-AAA--CT-A-AACACTC-CTATAT----GAC-TCCCC-TGG--CT-AC--ATCCA
gi|10                         :    attATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-G-----------CCT--TT-CTC-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CT-TGC--CC-GC--ATCCA
gi|11                         :      tATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---ATA-AA-AAAT--TATAA-A--GA--T-T--C-AT--T-G-A---A-AAAA-TA-A-AACACTCTCT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CT--C--ATCCAt
gi|12                         :     ttATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-A--GA-TT-T--C-AT--T-G-----A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|13                         :     ttATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTT---CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---ACAAAT-CT-A-AACACTC-CT-CA-----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCA
gi|14                         :     ttATACTGAGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TTTCAA-C-T--C---AAA-AG-AA----TATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T---C-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|15                         :       tTAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-------------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACCC-AT-CAT----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCA
gi|16                         :              tTGCTT-G-T---A----------------CCT--CT-CTCGTGTTTT---C--TT-CAA-C-TTTC---AAA-AGGAAATA-CATAA-CCGAA-TT-T--CAAT--C-G-A---A-AAAT-CT---AACACCC-TT-CAT-----AC-T--CC-TTGAACC-GCA-ATCCt
gi|17                         :               agtTT-G-TTTAAA-A-A-----------CCT--CT-CTT-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-TT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-AGG--CCTGC--ATt
gi|18                         :   atactaaC--AGTGCTTTG-T---AA-A-C-----------CTT--CT-CTG-TATTTT-CCC--TT-CAA-CCT--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TC-T--A-CT--C-A-ATTCA-A----CT-A-AA-ACTC-CT-AA-----AAT-T--CC-
gi|19                         : ttatgcATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------C----TT-CAC-TGTTTT-TCC--T---AT-C-T--C----GA-AG-AAAT--CATAA-C--GA-TT-T--C-AT------G---A-AAAT-CT-A-AACA-TT-CT-CAT----AA--T--CC-TGG---C-AC--ATC
gi|2                          :       ttAC--ATTGCTAAG-T---AA-ACA-----------TCTAACT-CTCCTGTTTT-TCC--TT-CAAGC-T--C---ATATAG-AAA-A-CATAAAC--GA-TT-T--C-AT--C-G-G---A-AAATCCT-A-AACACTC-CT-TACCTCGGAC-T--CT-GGG--TT-GC---TCCA
gi|20                         :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAt
gi|3                          :     ttATACT-AGTGCTT-G-T---AA-A-AAC---------CTT--CTTCTT-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GAATT-T--C-ATATC-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-AGG--CC-GC--ATTC
gi|4                          :      tATACT-AGTGCTT-G-T---AA-A-AAC---------CTT--CTTCTT-TGTTTTTTCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--CTAT--C-GAA---A-AAAT-CT---AACACTC-CT-CAT----AACTT--CC-AGG--CC-GC--ATCCAca
gi|5                          :              tTGTTT-G-T---AA-A-G-----------CCT--CT-TTC-TGTTTT-TTCCGTT-CAA-C-T--CCTAAAA-AGTAAATA-CATAA-C--GA-TT-TTCC-AT--C---A---A-AATT-CG-AGAACACTC-C--CAT----AACTT--CC-TGGC-CC-GC--ATCCA
gi|6                          :            caatGCTT-GGT---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTC-CCT--TC-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATATTATAA----GA-TT-T--C-AT--T-G-A---A-AAAT-CT-AGAACATTT-C--CATCA--AACTT--CC-TGG--CC-GCCAATCCA
gi|7                          :   aacagggC--AGTGCTT-G-T---ACTA-A-----------CCT--CT-CTC-TGGTTT-TCC--CT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AATTA-TCTAA-A--GA-TTAT--C-AT--TGG-A---A-AAAT-AT-A-AACA-TC-CT-CAT----AAC-T---C-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|8                          : taaactATAC--TGTGCTT-G-T---AA-A-AAA---------CTT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|9                          :                  TT-G-T---AA-A-AA----------CCT--CT-CTT-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-TTAA-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CCAAGG--CC-GC--ATCCA


blockSeqs                     :           TG       T G TTA  T C AC            AA  T   G      TT  CG  T   G C TT CTA   T  G     T     A CG  A  A TC A  AT G A TTC C    C  A G       T  .   CTCG   T .   A   AA  T  CA
blockSeqs                     :           T        A . .    . . AC            .   T   C      C   .   .   . . .  .     .  T     .     . .   .  . .  T  .  . . .   .    .  . G       .  .   CA     T .   .   C   .  A 
blockSeqs                     :           T        . . .    . . AA            .   .   .      C   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      T .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . A             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      C   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      C   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :           .        . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :                    . . .    . . .             .   .   .      T   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :                    . . .    . . .             .   .   .      .   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :                    . . .    . . .             .   .   .      .   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .   .   .  . 
blockSeqs                     :                    . . .    . . .             .   .   .      .   .   .   . . .  .     .  .     .     . .   .  . .  .  .  . . .   .    .  . .       .  .   .      . .   .            
blockSeqs                     :                    . . .    . . .             .   .   .      .   .   .   . . .  .     .  .     .                                                                                    


blockSeqCons                  :                                 ***********                  T*              **                                                                                    **
originalCons                  :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA
finalCons                     :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTTT-CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA





Alignments
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lowQualScore                  :           00       0 0 555  0 0 88888888888   88  0   0      00  88  0   0 0 88 555   0  0     0     1 99  2  1 99 2  99 1 1 777 1    1  1 2       1  1   4444   3 99  1   33  2  33     
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Reference ( family-629 )      :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|1                          :       ATAC--ATTGCTT-G-T---AA-A-AATTAAAAAACATCT--CT-CTC-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-TC-C---AAA-AG-ATATA--ATAA-C--GATTT-T--C-AT--C-G-G---A-AAA--CT-A-AACACTC-CTATAT----GAC-TCCCC-TGG--CT-AC--ATCCA
gi|10                         :    attATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-G-----------CCT--TT-CTC-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CT-TGC--CC-GC--ATCCA
gi|11                         :      tATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---ATA-AA-AAAT--TATAA-A--GA--T-T--C-AT--T-G-A---A-AAAA-TA-A-AACACTCTCT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CT--C--ATCCAt
gi|12                         :     ttATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-CCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-A--GA-TT-T--C-AT--T-G-----A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|13                         :     ttATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTT---CC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---ACAAAT-CT-A-AACACTC-CT-CA-----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCA
gi|14                         :     ttATACTGAGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TTTCAA-C-T--C---AAA-AG-AA----TATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T---C-TGG--CC-GC--ATCCA
gi|15                         :       tTAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-------------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACCC-AT-CAT----AAC-T--CC-TGA--CC-GC--ATCCA
gi|16                         :              tTGCTT-G-T---A----------------CCT--CT-CTCGTGTTTT---C--TT-CAA-C-TTTC---AAA-AGGAAATA-CATAA-CCGAA-TT-T--CAAT--C-G-A---A-AAAT-CT---AACACCC-TT-CAT-----AC-T--CC-TTGAACC-GCA-ATCCt
gi|17                         :               agtTT-G-TTTAAA-A-A-----------CCT--CT-CTT-TGTTTT--CC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-TT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-AGG--CCTGC--ATt
gi|18                         :   atactaaC--AGTGCTTTG-T---AA-A-C-----------CTT--CT-CTG-TATTTT-CCC--TT-CAA-CCT--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TC-T--A-CT--C-A-ATTCA-A----CT-A-AA-ACTC-CT-AA-----AAT-T--CC-
gi|19                         : ttatgcATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------C----TT-CAC-TGTTTT-TCC--T---AT-C-T--C----GA-AG-AAAT--CATAA-C--GA-TT-T--C-AT------G---A-AAAT-CT-A-AACA-TT-CT-CAT----AA--T--CC-TGG---C-AC--ATC
gi|2                          :       ttAC--ATTGCTAAG-T---AA-ACA-----------TCTAACT-CTCCTGTTTT-TCC--TT-CAAGC-T--C---ATATAG-AAA-A-CATAAAC--GA-TT-T--C-AT--C-G-G---A-AAATCCT-A-AACACTC-CT-TACCTCGGAC-T--CT-GGG--TT-GC---TCCA
gi|20                         :       ATAC--AGTGCTT-G-T---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAt
gi|3                          :     ttATACT-AGTGCTT-G-T---AA-A-AAC---------CTT--CTTCTT-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GAATT-T--C-ATATC-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-AGG--CC-GC--ATTC
gi|4                          :      tATACT-AGTGCTT-G-T---AA-A-AAC---------CTT--CTTCTT-TGTTTTTTCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--CTAT--C-GAA---A-AAAT-CT---AACACTC-CT-CAT----AACTT--CC-AGG--CC-GC--ATCCAca
gi|5                          :              tTGTTT-G-T---AA-A-G-----------CCT--CT-TTC-TGTTTT-TTCCGTT-CAA-C-T--CCTAAAA-AGTAAATA-CATAA-C--GA-TT-TTCC-AT--C---A---A-AATT-CG-AGAACACTC-C--CAT----AACTT--CC-TGGC-CC-GC--ATCCA
gi|6                          :            caatGCTT-GGT---AA-A-A-----------CCT--CT-CTC-TGTTTC-CCT--TC-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATATTATAA----GA-TT-T--C-AT--T-G-A---A-AAAT-CT-AGAACATTT-C--CATCA--AACTT--CC-TGG--CC-GCCAATCCA
gi|7                          :   aacagggC--AGTGCTT-G-T---ACTA-A-----------CCT--CT-CTC-TGGTTT-TCC--CT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AATTA-TCTAA-A--GA-TTAT--C-AT--TGG-A---A-AAAT-AT-A-AACA-TC-CT-CAT----AAC-T---C-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|8                          : taaactATAC--TGTGCTT-G-T---AA-A-AAA---------CTT--CT-CTC-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--C---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-CT-A-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CC-TGG--CC-GC--ATCCAt
gi|9                          :                  TT-G-T---AA-A-AA----------CCT--CT-CTT-TGTTTT-TCC--TT-CAA-C-T--T---AAA-AG-AAATA-CATAA-C--GA-TT-T--C-AT--C-G-A---A-AAAT-TTAA-AACACTC-CT-CAT----AAC-T--CCAAGG--CC-GC--ATCCA