lowQualScore : 111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777777777 2 3 11 33333 88888888888888888 222 22222 1 1 22222 1 4444444 22 1 111 33 22 444444444 6666666666666 7777777777 2 55 1 444444 2222 1 1 333 222222222222222222222222222 1 11 2222 11 1 1 33333333333333 2222 333 222222 111 1 1 555555555555 4444444444444444444 11 33 3333333333333 11 1 1 22222 66666666666 4 11 1 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 1 1 2 1 444444 11 4 22222222 2222222222222 11 6666666666666 333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 111 1111 1 111 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 2 555555555555555555555 44444444 1 8888888888888888888888 33 11111 7777777777777777777 11 222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 333333333333333333333333 1 333 11111 222 3333333333 1111 44 333 333 22 444444444444444 11111111 11111 44444444444444 111111 11 22222 111111 33 1 55555555555555 111 11 77777 33 4444444
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444 1 2 1 33 77777 3 44444444444444444 777 3 2 3 2 88888 3 0 6 44444 3 6666666 00 3 666 7 00 00 444444444 7777777777777 4444444444 7 55 5 999999 8888 6 7 3 666 111111111111111111111111111 3 99 8888 00 5 2 44444444444444 1111 111 000000 555 0 0 6 333333333333 6 7777777777777777777 33 6 11 3333333333333 11 3 3 22222 6 22222222222 0 7 44 3 5 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 0 0 0 0 666666 33 0 55555555 3 6666666666666 11 4444444444444 222222222 66 8 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 8 0 555 4444 0 2 6 6 6 111 8 222 8 8 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 6 0 1 99 3 6 666666666666666666666 6 6 22222222 3 9 7777777777777777777777 11 5 77 5 44444 1111111111111111111 33 5 333 5 1 5 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 66 4 4 777777777777777777777777 66 66 4 7 4 222 4 66 22222 555 1111111111 6 4444 6 11 000 000 44 5 77 222222222222222 33333333 0 888 888 22222 55555555555555 888888 5 5 11 0 77777 444444 5 888 66 5 5 5 5 77777777777777 333 3 11 11111 66 9999999
lowQualScore : ............................................ . . . .. ..... . ................. ... . . . . ..... . . . ..... . ....... .. . ... . .. .. ......... ............. .......... . .. . ...... .... . . . ... ........................... . .. .... .. . . .............. .... ... ...... ... . . . ............ . ................... .. . .. ............. .. . . ..... . ........... . . .. . . . ................................................................................................. ... . . . . ...... .. . ........ . ............. .. ............. ......... .. . .. .............................................................. . . . ... .... . . . . . ... . ... . . . ............................................................................. .. . . . .. . . ..................... . . ........ . . ...................... .. . .. . ..... ................... .. . ... . . . . ..................................................................................................................................... . .. . . ........................ .. .. . . . ... . .. ..... ... .......... . .... . .. ... ... .. . .. ............... ........ . ... ... ..... .............. ...... . . .. . ..... ...... . ... .. . . . . .............. ... . .. ..... .. .......
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222 2 5 5 88 88888 0 55555555555555555 222 2 5 2 5 88888 5 0 0 77777 3 7777777 77 3 333 3 77 33 000000000 8888888888888 0000000000 5 00 0 000000 3333 0 3 3 777 777777777777777777777777777 3 33 3333 00 0 3 44444444444444 2222 555 000000 888 0 0 0 222222222222 0 8888888888888888888 88 0 00 5555555555555 22 3 3 00000 7 33333333333 0 3 00 3 5 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 0 0 0 0 888888 88 0 88888888 2 8888888888888 00 2222222222222 000000000 44 0 44 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 888 8888 0 5 0 7 7 777 0 000 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 7 8 8 22 7 7 777777777777777777777 7 7 22222222 2 0 9999999999999999999999 44 7 99 7 33333 0000000000000000000 66 7 999 7 7 7 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 11 4 4 777777777777777777777777 11 11 4 8 4 777 4 11 55555 666 6666666666 7 2222 7 88 777 000 00 7 99 444444444444444 55555555 2 888 888 55555 00000000000000 000000 0 0 55 8 22222 444444 5 888 99 0 0 0 0 66666666666666 888 6 99 44444 99 1111111
consensus : ACTTAGTATTCTNATCAGAGACGCNCGCAC---ACACGCGCT-AG--ACCT-A-AGCG-AACG-TCAA--TCN----CCAGGAANATTACT--GCAG-GAC---ACGTAAAAN--TTGTTGCAAATGTGAT--ACTTTAAAAT-GTA-TA-TA-TAAA-AAC-TTAT--TCATGT-AACA-GCA-AATTAAAA--TTAATCAGAT-CGAATA-TTT-TA--TATTG-TAT-CCGTGA-AAGTGTCTTGCTNNGNACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----ATTTT-AACCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---TCTT-----GCAAT-ACA-TTTTAAAAT----CCCTCATGATCCTTTC----CATGCAGGG-AGGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCT-CAG-CATA---TGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTT--TTT--GCA--GTAAGC-ATAAC----GT----GTATTTT-CCA-TC-TAA-A-T-AGAGCGAA-AC--TCTC--GCAATT-TTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCNTATGCACNNNNCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CGGGGTTTAA-AGTT-GATTT-ATA--CGGGTTTA--GAATGTTC--AA---CACATATAAC-AAACTATGTAT--CAATGGATTTG-TAA--CA-A--ATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATAC--------------AA--------------AAAAT-TGCAGGTGCAAAA-CAGGTAT---TATGAAAAAA-TA-TT-G--TTTTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-ATA-AA-TAAGTA-TAAA---------A-CAT-ATTTTAAATT-A--TAGT--GAC-ACT-TATT-TATAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA-TTTTAT-GAT--TTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAGA-TGCACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT---CACACT--ATG--GCGATTGAGCCA--AACACA-GG--T-A-----AAAC---AC---------AC-GATTCCTGAA--CA-GGA-A-ACAT-TGCATAA-T-C-----AATT-G-TGT--ACA-ATG-T--CCCCA-TATCC-ACA----TTT-----TGA-C-----GC-A-CC-------C-CT---------------A--------T------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-G--------N---CT----------CTAA--A--ATAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT-AA-ATTG-GTAGCTCGGGTTCACAAGCT-ATATCAGG--AATA--GGGA-GGAAT---TCTTA-TCGCAATTCATTCG---TCTTGTGCA---CACA-----CATAAA------C-GAC---TGA-AG--GATTTC-AAATTC-TT-ATATTTGA--TAGC------TAAAGATT---ATAATGA-CCGTTTTTCA-ACT-CGAT-CTTTG-T----T----GACAG---TAGG--GCT-GTT-TTGAG-GCGCGAG--A---TGTTCGTCTAT
Reference ( gi|2 ) : ACTTAGTATTATAA-CA---ATGTAAGCAT---ATACGTACT-AG--ACCTCATAGCGCAACGCTCAA--TCG----CCAGGAAAATTA-T--ACAG-AACTTAACGTAAAAA--TTGTTGCAAATGTGAT--ACTTTAAAAT-GTAATA-TA-TAAA-AAC-TTATT-TCATGT-AACA-GCA-ACTTAAAAAATTAATCAGAT-AGAATA-TCTATA--TATTGCTAT-CCGTGACCAGTGTCTTGCTTAGA-----GTGCAATATAA--CAAGTCGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGCAAGATATATGCGCATGT----ATTTTAAACCGT-GCA---TTGTCACT----CTAGT---TTTCCAGATGCATT-ACA-TTTTCAAAT----CCTCCAGGATTCTTTC----CAGGCAAG--AGGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTC--CAT-G-GATCTCCAGCCATA---TGTGGTTACTTCTA-CACTTACGCT--TCT--GCA--GTGAGCAATAAC----GT----GTCTTTT-CCA-TC-TAA-A-T-AGAGCGAACACTTTCTC--GCAATTATTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CTGGGTTTAA-AGTT-GA-TT-ATA--AGGATTTA--GAA-GTTC--AA---CACATATAAC-AA-CTATG-AT--CAATGGATTT--T----CA-A--ATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATAC--------------AA--------------AAAATTTGCAGGTGC-AA--C-GCTAT---TATGAAAAAA-TA-TT-G--CTTTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-ATA-AA-TAAGTAATAAA---------AACAT-ATTTTTAATTTA--TAGT--TACCACT-TATT-TATAAATGGGCCGCGGGGGGGGGCTGTTCAT--CGGAAA-TTGTATTGAT--TTTTATATTC-A---------------------AT-AGTAGA-TGC-CAG---CGTAAAGGTTTTTGTAAACCTT--CA-ACT--ATG-CGCAA--GAGCCA-CAACACA-GG--T-A-----AAAC---GG---------AC-T-TTCCTGAA--CA-G-A-A-ACAT-TGCATAA-T-A-----CATT-G-TGTTAACA-ATG-T--CCC-A-TATCCCACAATTTTTT-----TGA-A-----GC-A-CC-------C-CT---------------A--------T------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-G--------T---CT----------CTAA--A--ATAT-GCATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT-AGCATTG-TAAGCTC-G-TTCACAAGCT-ATATCAGG--AATA--AGGA-GGAATA--TCTTA-TCGCAATTCATTCG---TCTTGTGCA---CACA-----CATAAA------CAAAC---TGA-AG--GATTTC-AAATTC-TT-ATATT--A--TAGC------TAAAAATT---ATAATG--CCG-TTTTCA-ACT-CGAT-CT----T----T----GACAG---TAGG--GCTAG---TTGA--GCGCGA---A---TGTTCGTCTAT
gi|15 : ACTTAGTATTCTAATCAGAGACGTACATATGTAATACACACTTAGCGGCCT-ATAGCG-AACG-TCAA--TCT----CCAGGAAAATTACT--GCAG-GAC---ACGTAAAAAGTCTGTTGCAAATGTGAT--A-TTTATAAT-GTGTTA-AAGTAAAGAACGTTA---TCATGTAAATAGGCA-ATTT--GAAATTAATCAGATCAAAATA-TTT-----TATTG-TAT-
gi|1 : TAGTATTTTTA-CA---ATGCCAGCAC---A-----GCT-AG--ACT--A-AGCGAAA-GTGCAAGATCAT---CCAGAAACATTA-CTCGCAG-GAC-----GTAAAAG--T----GCAA---TGATGTACTTTAAAATTATAATAGTA--AAA-AAC---ATTATCATG--AACA-GCACAATTAAAA--TTAATCAGAT-CGAATATTCTATATGTATTG------CATGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTTggcc
gi|3 : ac---ACACGCA-T-AG--ACCTTA-AGCG-AACG-TCAA--TCT----CCAGGAAAATTACT--GCAG-GA----ACGTAAAA---TTGTTGCAAATGT------C-----AAT-GTA-TA-TA-TAAA-AAT-TTAT---CATGT-AACA-GCC-AATTAAAA--TTAATCAGAT-CGAATA-TT--TA--TATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGCTACGT-----GTG-AATATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|20 : GCAACG-TCAA--TCGATCTCCAGAAACTTTACT--GCAGGAACT-------AAAT--TTGTTG-AAATGTGAT--AC-TTAAAAT-ATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaaggtatatttaaccgtagcaccgttgtcactaattcttttgcaatacattttacaatccctcatgatctttccatgcagggaggtagaggaaaactttctgcctgctccacgattttcatgggtctcagcatgtgtggttacttttaacttttgtttttaagtaatataagcataacgtcacggtattttaccatctaaatagagcgaaatttcgcaattttttgggtctgttttggaagtcatatgcacgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctccggtcggggtttaaagttgatttatacaggtttagaatgttcaaacacatataacaaactatgtatcaatggatttgtaacaaattaaaccttcttaggcttctatatacattgtcaaaggtgcaatacaaa
gi|1 : ataTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AGTTT-AACTGT-GCA---CTGTCACTTACATTAGTCAGTTTTGACA---ATTCACACTCTTTAAACATGACCTACATGATTCTTCCATCGCAGG---G--AGATAGAGGAGGAAACACTCTATCTGCCTCGTGCACA-CTCCTTT--ACT-GAGGTCT-CAG----------------CTCTTA----TTACGTTTGTTT--TCA--GTAAGC-ATAGC----GT----G-AATTA-CCA-TCATAACA-TCAGA-CGCACGCAATCTTCAGCAACT-TTTTTGGGTG-ATGTTTT-GGAAGta
gi|8 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggaATGCGCATGTTGATATTTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---T--------GCAAT-ACA-TTT-AAAAT----CCCTCATGATCTTTTC----CATGCAGGGAAGGTAGAGG----TTCACTTT-C-TGCCTGCTGC-AGTCGATTTTTTCATTG-GGTCTC-AGCAATAATGTGTGGTTACTTTTAACATTTTTG-T--TGT--GCA--GTAAGCA-TAACCATGGT----ATTTTAC-CCAATC-TGA-AGT-AGAGCGAA-ATTTTC----GCAATT---TTTGGGG-TCTGTTTTTGGAAGTTCTTATGCACACATTGAAATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGG-CGGGGTATAA-AGTT-GATTT-ATA--CAGGTTTA--GAATGTTCCAAA---CACA-AT-------------AT--CAATGGATTT--TGTAACA-A--ATTAAA----------CTTCTATATACGTTGCCA-AAGA-TGCAATAC--------------AA--------------AAA---TGCAGGTGCAAA--CAGGTAT---AGTGAAAAAA-TA-gcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|3 : gGT----ATATTTAACCGTAGCACCGTTGTCACT------AAT---TCTTT---TGCAAT-ACA-TTTTACAAT----CCCTCATGAT-CTTTC----CATGCAGGG-AGGTAGAGG----AAAACTTT--CTGCCTGCT-C-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCT-CAG-CATG---TGTGGTTACTTTTA--ACTTTTGTT--TTTAAGTAATATAAGC-ATAAC----GTCACGGTATTTTACCA-TC-TAA-A-T-AGAGCGAA-A---TTTC--GCAATT-TTTT---GGGTCTGTTTT-GGAAG-TCATA-----TGCACGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCCGGTCGGGGTTTAA-AGTT-GATTT-ATA--CAGGTTTA--GAATGTTCA-AA---CACATATAACAAA-CTATGTAT--CAATGGATTTG-TAA--CA-A--ATTAAACCTTCTTAGGCTTCTATATACATTGTCA-AAGG-TGCAATAC--------------AA--------------A
gi|17 : acacgcatagaccttaagcgaacgtcaatctccaggaaaattactgcaggaacgtaaaattgttgcaaatgtcaatgtatatataaaaatttatcatgtaacagccaattaaaattaatcagatcgaatatttatattgtatgccgtgaaagtgtcttgctacgtgtgaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaagG--AGGTAGAGG----AACACTTT--CTGCCTGCT-T-CA-CGATTTC--CAT-G-GGTGT-CAG-CATA---TGTGGTTATTTTT--CACTTTTG----TTT--GCA--GTAAGC-ATAAC----GT----GTATTTT-
gi|1 : ggCCTTCCGG-GCGGGTTTAACAGTTAGA-TT-ATACCAG---TTGCTGAATGTTC--AAAGCCATATCTAAC-AAACTATG-TT--CACTGGATTA--G----TA-ACAATGAAAC----------TTCTAT---TATTGCCATAAGAATGCAATG----------------A--------------ATAAT---AAGGTGG-AAAAC-ACGGT---TAT--AAAAA-TA-TTTGTTCTTTT--ACACATTCAGAA-TCACA-AT---ACAT-TGTACA-ATA-AA-TAAGTA-TAA------------CATTATTTTTAAATTAATTTGT--GACCA---TGTT-TAAAGGTG-------------------TCAT--CGGAAAAGTG-ATTTATGATTTTATATTCCA---------------------AT-AGTAAG-AGC-CAG----GTAAAGGTTTT-GTTAACCTCA-CA-CCTC-ATG--GCAATTG-GCCA--AACACACGG--TTA-----AAAC---AC---------AC-GATTTCTGAAACCA-G-GCA-AC---TGAGTAA-T-C-----AATT-GCTGT----A-ATG-TACCCC-ACTATACCACA---TTTT-----CGACAC----GC-A-CC-------C-CCTCG------------A--------T------TT------------------------CCTAATC--C-ACA-C--------T---TTTGATTGGCACCCAA--ATTCTAT-G-ATTGCTGT--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----AGTTTTTTTACTTT----CATTAAAATTGGTAGACTC-GGTTCACA-GCTGATATCAGGCGAATA--GGGAAGGAAT---TCTTAATCGCAATTCATTCG---TCTTGTCCA---CACA-----CATTTA-------AAACGCTTGA-AGCAGATTTT-AAATACTTT-ATATT--G--AAGC------T--AGATT---ATAATG--ACG-TTTTCA-AC--CGAT-CT----TTGTAT----GACAG---T--G--GCT-GCTTTTGA--G-GCGATG-AGCTTATTCGTCTATacc
gi|11 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaGGTTTAA-AGTT-GA-TTTATA----GTTTTA--GAATGTTC--AA----ACATATAGC-AAACTATATATAGCGATGGATCTG-TAA--TA-A--ATTAAGC---------CTTCTATATACATTGCCA-AATA-AACAATGCAGGTCACCTGTAAGAA--------------AAAA--TGCAGGTACAAA--CAGGTA----TATGAAAAAA-TA-TT-G--TTTTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAatca
gi|6 : aactctattccccttaatgccaccttttgacacactggccatttccttaaggcctttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtatA-CTATATAT--CAATGGATTTGTT----GATA--ATTAAAC---------CTTTCATA-ACATTGCCA-AAAA-AACAATAC--------------AAGTTCACTTGTAAGAAAAAAATGCAGTTGC-AAA-CAGGTATAGTTTTGAAAAAAATAGTT-G--TTTTTTTA-AC-TT-AGAATGCA-ACATTTAAAATATT-GCATATAGAA-TAAGTATTAGACGGCCAGGAAACAT-ATCTTAAATT-A--TAGTGGTACTA--------TATAA-TGA---------------TGTTCATATCTGAAA-TTTTAT-GAT--TTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAAA-TGCACAG----GTAAAGG-TTTTGTAAAACTCAGCA-CCC--ATG-GCCGT--TAGCCAGCTAAACA-TG--T-A-----AAAC---AC---------ACAA-TTCCAGAA--CAGG-A-A-ACAT-TTCATGA-TCA-----AATT-G-TGT--AC--ATG-T--CCC-CTTATCC
gi|5 : A--------------AAAAT--GCACGTGC-AAA-CAGGTAT---C-TGAAAAAA-TA-TT-G--TTGTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATA-AAATAAGTA-TAAA---------A-CAT-ATTTTAAATT-A--TAGT--GAC-ACG-TACTGTATAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA-TTTTAT-GAT--TTT-ATATTC-A---------------------AT-TGTAGAATGC-AAC---AGTAAATGGTTTTGTAGAC------A-ATT-------------GAGCCA-AAACACA-GG--T-A-----AAAC---AC---------AC-G-TTTCTGAA--CA-GGA-A-ACAT-TGCATAA-T-C-----AATTAG-TGT--ACA-TTG-T--CCCCA-TATC--ACA----TGT-----TGA-C-----GC-A-CC-------C-TC---------------A--------T------TTCCTTAATGCCACCTTTTGATGAA-CACA-TC--T-ACA-G--------A---CT----------CTAA--A--ATAT-GAATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTTATTGCAT-AA-ATTG-GTAGCTCGG-TTCACAA-CT-ATATCAGG--AATA--GG-----------TCT-----------------------TGTGCA---CACA-----CATAAA------C-GAC---TGA-AG--ATTTTC-AAATTC-TT--TATTTGA--TAGC------TAAATATT---ATAATGA-CCG-TTTTCA-ACT-TGAT-CTTTG-T----T----GACAG---TTAGCTGTT-----TTGAG-GCGCGAGAGA---TGTTCGTCTATacttggggatgtgtatagtatacaatccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcatcaaaaggtggcattaaggaaatgaggggtgtgtcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|4 : AATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATA-AA-TAAGTA----------------------------------TAGT--TAC-ACTGTATT-TATTAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA-TTTTAT--GT--TTATATATTC-ATTTTTTTTTTTTTTCCCAGAAATCAGTAGA-TGCACAG---T---AAGGTTTT-GTAAACCT---CA-ACTCCATG--GCGATTGAGCCA-AAACAAA-GGAGT-ACCAATAAAC---AGCTGATCCTCAC-A-TGCTTGAAG-CA-GGA-A-ACATCTGCATAA-T-GCCACTCACT-C-TGGTCGTACACGCT--CCC-A-CG-CATACAGTCCATCAATAGTGA-ACCAAGGC-A-CC-------CGCT---------------ACAGC----T------TC---------------TTGATTAACCCCAATTCGT-ACATG--------C---GT----------CTAAATA--GTATGGGATCG-TTTGTACGTATTCA-----CACA--TCCATAA----a
gi|7 : A-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATA-AA-TAAATA-TAAA---------A-CTT-AATTTAAATT-A--TAGC--GAC-ACT-G----TATAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA-TTTTAT-GAT--TTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAGA-TGCACAGACCTGTAAAGGTTTT-GTAAACCT---CACACT--ATG--ACAATTGAGCCA--AACACA-GG--T-A-----AAAC---AC---------AC-GATTCCTGAA--CA-GGA-A-ACAT-TACATAA-T-C-----GATT-G-TGT--ACA--TG-T--CCCCA-TATCC-ACA----TTT-----TGA-C-----GC-A-CC-------C-CTCATATCCTT------A--------TGCCACCTT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-G--------A---CT----------CTAA--A--ATAT-GGATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT-AA-ATTG-GTAGTTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAGG--AAT---AGGA-GAA---------------AATTCTTTCG---TCTTTTGCA---CACA-----CATAAA------C-GAC---TGA-----GATTTC-AAATTC-CT-TTATTG-A--TAGC------TAAAGATC---ATAATGA-CCGTTTTTCA-ACT-CGAT-CT----T----TGTTGGACAGA--TAGGT-GTT-T---TTGAAGGCGCGAG--A---TGTTCGTCTATtcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacctattcgatgccttgtgcatcacgcaactgtcataaatcaccacgaactgaacgatttcaaaatccttatttcgattagccctctacaagagttatgataatgaaccgtttttcacactacgatacttttgttgacagccatagggctgctttgaggcgcgagattgttcgtctatatcg
gi|9 : TGTTCAT--GGGAAA-TTTTAT-GAT--TTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAGA-TGCACAG----GTAAAGGTTTT-GTAAACCT---CACACT--ATG--GTAATTGAGCCA--AACACA-GG--T-A-----AAAC---AC---------AC-GATTCCTGAA--CA-GGA-A-ACAT-TACATAA-T-C-----AATT-G-T-TTA-CA--TG-T--CCCCA-TATCC-ACA----TTT-----TGA-C-----GC-A-CC-------C-CTCATTTCCTTAATGCCA--------TC-----TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-G--------A---CT----------CTAA--A--ACAT-GGATGG-TG--GAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----GTTTA-TTTA-TTT----CAT-AA-ATTG-GTAGCTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATAGGAGAA-AGAAT---TCTTA-TCGCGATTCATTCG---TCTTGTGCA---CACA-----CATAAA--------------TGACAA--GATTTC-AAATTC--T-ATATTTGA--TAGC------TAAAGATT---ATGATGA-CCG-TTTTCA-ACT-CGAT-CTTTG-T----T----GACAG---TAGG--GCT-GTT-TTGAG-GCGCGAG--A---TGTTCGTCTATa
gi|10 : tgtataaatggTTTTGTAAACCT---CACACT--ATGACACAAT-GAGCCA--AACACA-GG--T-A-----AAACACGGG---------A-----TCCTGAA--CA-G-G-ACACTT-TGCATAAAT-C-----AATT-G-TGT------ATG-T--CCC-A-TATCC-ACA----TTT-----TGA-A-----GC-AACCGTCATTTC-CT---------------AAATGTCATC------TT---------------TTGATAAAACCCAATC--TTACA-G--------A---CT----------CGAA--A--ATAT-GGGATG-TGT--AC--AT--A-----CACAT---CACAA----G-----TTTA-TTT----CAT-AA-ATTG-ATAGCTC-GGCTCACA-GCT-ATATCAGG--AATA---GGA-GAAATAATTCTTA-TCG-AATTTATTCG---TCTTGTGCA---CACA-----CGTAAA---------AC---GGA-AG---ATTTC-AAATTC-TT-ATTTG--A--TAGC------TAAAGATT---ATAATGA-TCGTTTTTCA-ACT-CGAT-CTTTG-T----T----GACAG---TTGG--GCTGT---TTGAG-GCGCGAG--A---TGTTCGTCTATatca
gi|6 : tgC-A-CACCCCTCA-TTTCCT-----TAA-T-----GCCA-CC------------------------------------------TT---------------TTGATGCA-CTCAATC--A-ACA-GAGCTTAATTAGACC----------CCAA--A--ATGT-GGATTG-TAT--AC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----G-----Tat
gi|24 : actatatatcaatggatttgttgataattaaacctttcataacattgccaaaaaaacaatacaagttcacttgtaagaaaaaaatgcagttgcaaacaggtatagttttgaaaaaaatagttgtttttttaacttagaatgcaacatttaaaatattgcatatagaataagtattagacggccaggaaacatatcttaaattatagtggtactatataatgatgttcatatctgaaattttatgattttatattcaatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaaactcagcacccatggccgttagccagctaaacatgtaaaacacacaattccagaacaggaaacatttcatgatcaaattgtgtacatgtccccttatccAA-CCCAATC--T-A---G--------T---CT----------CTAA--A--ATAT-GGATTG-CG--TAC-TAT--tcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|13 : C--T-ACA-G--------A---CT----------CTAA--A--ATAT-GGATTG-CGT--AC-TAT--AGAGTCTACATATCCACAATTTTA-----TTTA-TTT----CAT-AA-ATTG-GTAGCTC-GGTTCACA-GCT-TTATCAGG--AATAGGAGAA-AGAAT---TCTTA-TCGC---------------------A---CACA-----CATAAA------CGA-C---TGA-AG---ATTTC-AAATTC-TTCATTTG--A--TACT------TAAAGATT---ATAATGA-CCG-TTTTCA-ACT-CGAT-CTTTG-T----T----GACAG---TAGG--GCT-GTT-TTGAG-GCGCGAG--A---TGTTCGTCTAT
gi|21 : AGCTC-GGTTCACA-GCT-ATATCAGG--AATA--GGGat
gi|16 : GTAATTCATTCG---TCTTGTGCA---CACA-----CAAAAA------C-AAC---TGA-A---GATTTC-AAATTC-TT--TATTTGA--TAGC------TAAAGATT---ATAATGA-CCG-TTTTCA-ACT-CGAT-CTTGG-T----T----GATAG---TAGG--GCT-GTT-TTGAG-GCGCGAG--A---TGTTTGTCTATgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtg
gi|4 : tATTCGATGCCTTGTGCATCACGCAACTGTCATAAATCACCACGAAC---TGA-AC--GATTTCAAAATCC-TT-ATTTC--GATTAGCCCTCTACAAGAGTTATGATAATGAACCGTTTTTCACACTACGATACTTTTGT----T----GACAGCCATAGG--GCT-GCT-TTGAG-GCGCGA---GAT-TGTTCGTCTATat
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTATTTCATACAGCTCGATTCACAGGTATATTCGAAATAGAGGGGAGTGGGGTTAATACACATCAGGATTAGCATATTCTGATTGCAATGCTTTCGTCTGTTTTGGAATTCATATGCACACAACACACAATAATATTTGAAATACCCTTCTTTATTTGATAGCAAATCCCGTATCGATATATTATGATGCCTTATCTAGGACATAGTTTTGCTTTTCCAACTCGATCTTTGTTTACTTTACGTCAGAATCTATGATGGTGTTAGAGCGGAGAGTTTTCGTCTATATCAG
Unaligned ( gi|14 ): TAGCAAGCCGATTCTAAATATGTAATCACCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGAGGATTGGTATCCCTTTTTGGGGATGTGTATAGTACACAACCCACGATTTTTACATCCGAACTAAGCTCTGGGTGTTTGAGTTGGTCAAATAAGTGGCTCATTAAAGATTTGGATGAGGGGTGCGTGGGATTGAGAGGGGACTGTATA
Unaligned ( gi|18 ): TAGTTATTGCTTCCATCTTGATCTTTGTTTATTTTACGTCAGACTATGGTTGGTGGAAGGGCCATTTCGAGGCGCGAGATTTCGTCTATATC
Unaligned ( gi|19 ): TTAAGGAAATGAGGGGGGGGGGGGGGGTTCGTCAAAACGTAGCATTAAGCCTTAGGGGAAATAGATAAAAAAGTCTAAGGGGAAAAGAGTT
Unaligned ( gi|22 ): GGTCTAATTAAGCTCTGTTGATTGAGTTGGTCAAAAGGTGGCATTAAGGAAATGAGGGG
Unaligned ( gi|23 ): AAATCAATCAGATCGATTATTTATATTGTTTGCCGTGAAATTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444 111111 1 11 222 11 22222 22222 111 11 111111 11111 2222 1 2 222 11 1 1 11 1 222 1 55555555 1 11 1 2222 1 1 1 1111 55555555555555555555555 1 11 11 1 11 1 1111 222 111 11 222222 222 222 11 1111 11 1 1 11111 111 2222222 1 1 111 1 1 33333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 11 1111 2222222222 55555555555555555555555555555 111 1 111111 11 11 111 111 3333333333333333 1111 2222222 333333333333333 444444444444444444444 11 1111 11111111 11 11111 222222222 11 111 111111 111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 111 222 11111 111 1111111111 2222 222 1 1111 2222222222222 11111 11111111 111 11111 1 222222222222 22222222222222222 11111111 1111 1
lowQualScore : 3 1 111111 0 888 999999 5555 0 33 2 777 8 8 8 11 66666 1 8 44444 0 999 0 11 777777 1 3 8 77777 0000 0 0 888 33 0 0 3 33 8 0 88 0 8 000 0 66666666 2 88 2 3 3 1111 0 0 0 9999 33333333333333333333333 0 33 33 3 0 33 1 99 0 8 7777 111 111 8 11 8 8 8 000000 1 000 3 111 11 8 8 7777 88 99 0 0 22222 777 2222222 0 0 555 3 0 5 1 33333 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 8 0 11 11 0 0 8 9999 0 0 7 99 6 88 7 9999999999 3 6 6 88888888888888888888888888888 777 8 6 888888 6 6 8 11 11 8 8 3 5 5 000 6 555 6 6 6 6 3333333333333333 6 6 0000 6 5555555 5 555555555555555 77 77 77 5 5 5 888888888888888888888 5 5 00 7777 4 9 5 44444444 5 00 0 5 5 66 5 5 66 5 22222 000000000 44 0 11 0 5 5 66 99999 333 5 5 333333 4 999999 111 8 4 4 9999 4 66 4 66 9999 4 4444444 4 5555555555555555555555555555555555555555 0 8 777 55 3 6666666666666666666666 7777 99999 55 111 3 3 777 3 55 00000 888 0 3333333333 5 1111 66 5 4 444 9 4 66 4 9999 1 4 4 44 4444444 666 0000000000000 777 00000 777 22222222 4 3 444 4 00000 8 0 4 2 4 8888 4 000000000000 4 777 8888 4 33333333333333333 7 4 4 55 3 3 33333333 7777 2 3 44 55 3 55 0
lowQualScore : . . ...... . ... ...... .... . .. . ... . . . .. ..... . . ..... . ... . .. ...... . . . ..... .... . . ... .. . . . .. . . .. . . ... . ........ . .. . . . .... . . . .... ....................... . .. .. . . .. . .. . . .... ... ... . .. . . . ...... . ... . ... .. . . .... .. .. . . ..... ... ....... . . ... . . . . ..... . ............................................................... . . . . .. .. . . . .... . . . .. . .. . .......... . . . ............................. ... . . ...... . . . .. .. . . . . . ... . ... . . . . ................ . . .... . ....... . ............... .. .. .. . . . ..................... . . .. .... . . . ........ . .. . . . .. . . .. . ..... ......... .. . .. . . . .. ..... ... . . ...... . ...... ... . . . .... . .. . .. .... . ....... . ........................................ . . ... .. . ...................... .... ..... .. ... . . ... . .. ..... ... . .......... . .... .. . . ... . . .. . .... . . . .. ....... ... ............. ... ..... ... ........ . . ... . ..... . . . . . .... . ............ . ... .... . ................. . . . .. . . ........ .... . . .. .. . .. .
lowQualScore : 7 0 777777 7 333 777777 0000 0 88 5 000 0 0 0 00 00000 0 0 88888 8 888 8 00 666666 0 2 0 88888 8888 0 0 888 22 0 0 5 88 0 6 88 8 0 000 0 00000000 0 00 5 0 3 2222 0 0 0 5555 00000000000000000000000 0 88 88 2 0 88 2 88 0 0 0000 222 222 0 00 0 0 0 888888 8 000 8 666 00 0 0 0000 88 00 0 0 00000 555 0000000 0 0 000 2 0 5 0 00000 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5 0 8 44 00 8 8 0 0000 8 6 3 22 7 33 3 2222222222 2 7 7 11111111111111111111111111111 777 0 7 777777 7 7 0 00 00 0 0 5 7 7 000 7 222 7 7 7 7 2222222222222222 7 7 8888 7 0000000 7 777777777777777 99 99 99 7 7 7 666666666666666666666 7 7 77 9999 9 4 0 22222222 0 11 4 0 0 99 0 0 99 0 55555 000000000 66 1 99 4 0 0 99 66666 888 0 0 666666 0 888888 000 0 0 0 4444 4 11 4 11 4444 4 4444444 4 2222222222222222222222222222222222222222 1 0 000 00 6 5555555555555555555555 7777 11111 00 444 6 6 999 6 00 00000 444 8 6666666666 0 2222 99 0 4 666 9 4 11 4 2222 7 4 0 77 5555555 444 0000000000000 000 00000 000 11111111 0 2 666 0 00000 1 8 0 3 0 5555 0 555555555555 0 000 5555 0 22222222222222222 2 0 0 55 6 6 22222222 7777 3 6 99 00 6 00 9
consensus : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGC-CGTGA-AAGTGTCTTGCT-GGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---TTT-----T--G-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTA-CCA-TC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATT--TTC-GCAATT-TTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CC-------C-CTC--------------A--------T---------------TTTTGATGAA-CCCAA---TC--T-ACA---------GA-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTCGGGTTCACA-GCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AAG-AAT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
Reference ( family-625 ) : ACTTAGTATTCTNATCAGAGACGCNCGCAC---ACACGCGCT-AG--ACCT-A-AGCG-AACG-T-CAA--TCN----CCAGGAANATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AAC-TTA-TTCATGT-AACA-GCA-AATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TAT-C-CGTGA-AAGTGTCTTGCTNNGNACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---TCT-----T--G-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TATGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTT--CCA-TC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ACT--CTC-GCAATT-TTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCNTATGCACNNNNCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CGGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCG-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CC-------C-CT---------------A--------T---------------TTTTGATGAA-CCCAA---TC--T-ACA---------GN-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTCGGGTTCACAAGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AGG-AAT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
gi|1 : TAGTATTTTTA-CA---ATGCCAGCAC---A-----GCT-AG--AC-T-A-AGCG-AAAG-TGCAAGATCAT---CCAGAAACATTACTCGCAGGAC-----GTAAAA--GT----GCAATGATGT---ACTTTAAAAT-T-ATAATAGTA----AAA-AACATTA-T-CATG--AACA-GCACAATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTC-TATA-TG-TAT-TGCATGA-AAGTGTCTTGCT-GGAACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTT
gi|1 : acTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AG-TTTAA-CTGT-GCAC---TGTCACTTACATTAGTCAGTTT-----T--GACAATTCACACTCTTTAAACATGACCTACATGATTC-TTCCATCGCAGGGA-GATAGAGGAGGAAACACTCTATCTGCCTCGTGCACA-CTCCTTT--ACT-GAGGTCTC-AG-----------------CTCTTATTACGTTTGTTTT----CA--GTAAGCA-TAGC-GT----G--AATTA--CCA-TCATAACA-TCAGACGCACGCA-ATC--TTCAGCAACT-TTTTTGGGTG-ATGTTTT-GGAAG-GCATATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|1 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggaCCTTCCGG-GCGGGTTTAACAGTTAGATTATACCAGTTGCT-GAATGTTC-AAAGCCATATCTAACAAACTATGT-T--CACTGGA-TTAGT-AACAA--TGAAA---------CTTCTAT---TATTGCCATAAGAATGCAATG---------------A---------------ATAAT---AAGGTGGAAAACACGGT-----TAT---AAAAATA-TTTG--TTCTTTTACACATTCAGAA-TCACA-AT---ACAT-TGTACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AA---CATTATTTTTAAATT-AATTTGTGAC--CA-TGTT-TA---AA-GG---------------TGT-C--ATCGGAAAAGTGATTTAT-GATTTT-ATATTCCA---------------------AT-AGTAA-GAGC--CAG----GTAAAGGTTTT-GTTAACCT-CA-CA-CCTCATG-GCA-ATTG-GCC-A-A--A-CACACGG--TTA-----AAACA---------CACGATTTCTGAAACCAGGCAAC---TGAGTAA-T--C-A---ATT---GCT-GT----AATGTACCC---CACTA---TACC-A-CA----T-T--TTCGACAC----GCA-CC-------C-CCTCG------------A--------T---------------TT---------CCTAA---TC--C-ACACTTTTGATTGG-----------CA----C-----CCA--AATTCTAT--GATTGCTG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----AGTTTTTTTACTTT----CATTAAA-ATTGGTAGACTC-GGTTCAC-AGCTGATATCAGGCGAATA-GG-GA-AGG-AAT-TCTTAATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTCCA---CACA-----CATTTAAAA------C-GC-TTGAAGCAGATTTTAAA-T-----ACTT-TATATTGA--AGC----T---------------AGA-TTAT---AATG----A--C---------G-------TTTTCA-AC--CGAT--CTTTGTAT-GA--------CAG----T--GGCT-GCTTTT--GAGGCGAT--GAGCTTATTCGTCTATgtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|10 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACACAATGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CGGGAT-CCTGAA--CAGGACACTT-TGCATAAAT--C-A---ATT---G-T-GT--A---TGT-CCC----A-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AA----GCAACCGTCATTTC-CT---------------AAATGTCATC---------------TTTTGATAAAACCCAA---TC--TTACA---------GA-----------CT----C-----GAA--AA---TAT-GGGATG-TGT--AC--AT--A-----CACAT---CACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGATAG-CTCGG-CTCACA-GCT-ATATCAG--GAATA-GGAG--AAATAAT-TCTT-ATCG-AATTTATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CGT---AAA---------A-CGGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTTAT---TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-TC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TTGGGCT-G--TTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATatca
gi|11 : tgGGTTTAA-AGTTGATTTATA--GTTT--TAGAATGTTC-AA----ACATATAGCAAACTATATATAGCGATGGA-TCTGT-AATAAATTAAGC---------CTTCTATATACATTGCCA-AATA-AACAATGCAGGTCACCTGTAAGA---------------AAAAAT-GCAGGTACAAA-CA-GGTA---T-ATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAat
gi|12 : aactctattccccttaatgccaccttttgacacactggccatttccttaaggcctttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtat-----TTTA-TTT----CAT--A-------CAG-CTC-GATTCACAGG-T-ATATTCG--AAATA-GA-G--GGG-AGT-
gi|12 : AT-TCTG-ATTGCAATGCTTTCG---TCTGTTTTGGAATTCATATGCA---CACA------AC---ACA------C-AA-T---AA--TATTTGAAA-TACCCTTCTT-TAT-TTGAT-AGC----AA-ATCCCGTATCGATATA-TTAT---GATGCCTTA-TCTAGGACATAGTTTTGCTTTTCCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-TACTTTACGTCAGAATCTATGATG-G-TGTT--AGAGCG----GAGAGTTTTCGTCTATggggttaatacacatcaggattagcatattctgattgcaatgctttcgtctgttttggaattcatatgcacacaacacacaataatatttgaaatacccttctttatttgatagcaaatcccgtatcgatatattatgatgccttatctaggacatagttttgcttttccaactcgatctttgtttactttacgtcagaatctatgatggtgttagagcggagagttttcgtctatatcag
gi|13 : tttatttcatacagctcgattcacaggtatattcgaaatagaggggagtggggttaatacacatcaggattagcatC--T-ACA---------GA-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GGATTG-CGT--AC-TAT--AGAGTCTACATATCCACAATTTTA-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTCGG-TTCACA-GCT-TTATCAG--GAATA-GG-AGAAAG-AAT-TCTT-ATCGCA-------------------------------------CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-CAT-TTGAT-ACT----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATatcag
gi|14 : -CCC---CT-CA---T-CC-A-AA----TCT--TT-A--AT----GAG-CC-------A-CT------------------------T---------------ATTTGACCAA-CTCAAACACC--C-AGA---------GC-----------TTAGTTCGGATGTAA--AAAT-CGT-GGGTTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----at
gi|15 : tagcaagccgattctaaatatgtaatcaccatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggattggtatccctttACTTAGTATTCTAATCAGAGACGTACATATGTAATACACACTTAGCGGCCT-ATAGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAAAGTCTGTTGCAA--ATGTGATA-TTTATAATGT-GT-----TAAAGTAAAGAACGTTA--TCATGTAAATAGGCA-ATTT--GAAATTAATCAGATCAAAATATTT---TATTG-TAT-tgcgtgggattgagaggggactgtata
gi|16 : GTAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAA---AAA------C-AA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTGGT-T-GA--------TAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTTGTCTATggcc
gi|17 : tGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-C-TGCCTGCT-T-CA-CGATTTC--CAT-G-GGTGTC-AGC-A----TATGTGGTTATTTTT--CACTTTTG--TTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTT--at
gi|18 : GT-T-GG--------TGG----AAGGGCC-A-TTTC--GAGGCG-C--GAGA-T-TTCGTCTATacc
gi|2 : tagttattgcttccatcttgatctttgtttattttacgtcagactatgACTTAGTATTATAA-CA---ATGTAAGCAT---ATACGTACT-AG--ACCTCATAGCGCAACGCT-CAA--TCG----CCAGGAAAATTA-T-ACAGAACTTAACGTAAAA--ATTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGTAATA----TA---TAAA-AAC-TTATTTCATGT-AACA-GCA-ACTTAAAAAATTAATCAGATA-GAATATCTATATATTGCTAT-C-CGTGACCAGTGTCTTGCTTAGA-----GTGCAATATAA--CAAGTCGGTTTatc
gi|2 : TTGCAAGATATATGCGCATGT----AT-TTTAAACCGT-GCA---TTGTCACT----CTAGT---TTTCCAGAT--G-CATT--ACA--TTTTCAA-AT--CCTCCAGGATTCTTTCCAG-GCAAG-A-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTC--CAT-G-GATCTCCAGCCA----TATGTGGTTACTTCTA-CACTTACGCTTCT--GCA--GTGAGCAATAAC-GT----G-TCTTTT--CCA-TC-TAA-A-T-AGA---GCGAACACTTTCTC-GCAATTATTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CTGGGTTTAA-AGTTGATT-ATAAGGATT--TAGAA-GTTC-AA---CACATATAACAA-CTATG-AT--CAATGGA-TTT-T---CAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATTTGCAGGTGCAACGC----TA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--CT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTAAT-----------AAAAACAT-ATTTT-TAATTTA--TAGTTACCACT-TATT-TATA-AATGGGCCGCGGGGGGGGGCTGTTC--ATCGGAAA--T--TGTATTGATTTTTATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC--CAGC---GTAAAGGTTTTTGTAAACCTTCA--A-CT--ATGCGCA-A--GAGCC-ACA--A-CACA-GG--T-A-----AAACG---------GACT-TTCCTGAA--CAG-AAACAT-TGCATAA-T--A-C---ATT---G-T-GTTAACAATGT-CCC----A-TA---T-CCCA-CAATTTT-T--TT-G--AA----GCA-CC-------C-CT---------------A--------T---------------TTTTGATGAA-CCCAA---TC--T-ACA---------GT-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GCATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AGCATTGTAAG-CTC--GTTCACAAGCT-ATATCAG--GAATA-AG-G--AGG-AATATCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------CAAA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-T--AT-AGC----TA-A------------AAA-TTAT---AATG------CC---------G-------TTTTCA-ACT-CGAT--CT---T-T-GA--------CAG----TAGGGCTAG---TT--GA-GCG-C--GA-A-TGTTCGTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcaagatatatgcgcatgtattttaaaccgtgcattgtcactctagttttccagatgcattacattttcaaatcctccaggattctttccaggcaagaggtagaggaacactttcctgcctgctgccacgatttccatggatctccagccatatgtggttacttctacacttacgcttctgcagtgagcaataacgtgtcttttccatctaaatagagcgaacactttctcgcaattatttttgggggtctgttttggaagttcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctccggctgggtttaaagttgattataaggatttagaagttcaacacatataacaactatgatcaatggattttcaaattaaaccttctatatacattgccaaagatgcaatacaaaaaatttgcaggtgcaacgctattatgaaaaaatattgcttttaacttcagaaatcaaataaattaacaataaataagtaataaaaacatatttttaatttatagttaccacttatttataaatgggccgcgggggggggctgttcatcggaaattgtattgatttttatattcaatagtagatgccagcgtaaaggtttttgtaaaccttcaactatgcgcaagagccacaacacaggtaaaacggactttcctgaacagaaacattgcataatacattgtgttaacaatgtcccatatcccacaatttttttgaagcacccctatttttgatgaacccaatctacagtctctaaaatatgcattgtgttactatacacattccacaagtttatttcatagcattgtaagctcgttcacaagctatatcaggaataaggaggaatatcttatcgcaattcattcgtcttgtgcacacacataaacaaactgaaggatttcaaattcttatattatagctaaaaattataatgccgttttcaactcgatctttgacagtagggctagttgagcgcgaatgttcgtctat
gi|20 : acttagtattataacaatgtaagcatatacgtactagacctcatagcgcaacgctcaatcgccaggaaaattatacagaacttaacgtaaaaattgttgcaaatgtgatactttaaaatgtaatatataaaaacttatttcatgtaacagcaacttaaaaaattaatcagatagaatatctatatattgctatccgtgaccagtgtcttgcttagagtgcaatataacaagtcggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-AGC--AACG-T-CAA--TCGATCTCCAGAAACTTTACT-GCAGGA----AC-T-AAA--TTTGTTG-AA--ATGTGATAC-TTAAAATAT-ATA----
gi|21 : atAG-CTCGG-TTCACA-GCT-ATATCAG--GAATAGGG-G--AAG-NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-------------TGTG
gi|23 : AAATCAATCAGATC-GATTA-TT-TATATTG-TTTGC-CGTGA-AATTGTC
gi|24 : AA-CCCAA---TC--T-A-----------GT-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GGATTG-CG--TAC-TAT--
gi|3 : ---ACACGCA-T-AG--ACCTTA-AGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGA----ACGTAAAA---TTGTTGCAA--ATGT----C-----AATGT-ATA----TA---TAAA-AAT-TTA-T-CATGT-AACA-GCC-AATT--AAAATTAATCAGATC-GAATA-TT-TATATTG-TATGC-CGTGA-AAGTGTCTTGCT----ACG-TGTGA-ATAT
gi|3 : GT----ATATTTAA-CCGTAGCACCGTTGTCACT------AAT---TCT-----TTTG-CAAT--ACA--TTTTACA-AT--CCCTCATGATC-TTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AAAACTTT-C-TGCCTGCT-C-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA--ACTTTTGTTTTTAAGTAATATAAGCA-TAAC-GTCACGG-TATTTTA-CCA-TC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-A-T--TTC-GCAATT-TTTT---GGGTCTGTTTT-GGAAG-TCATATGCA-----CGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCCGGTCGGGGTTTAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTCAAA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAACCTTCTTAGGCTTCTATATACATTGTCA-AAGG-TGCAATACA-------------A---------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaaggtatatttaaccgtagcaccgttgtcactaattcttttgcaatacattttacaatccctcatgatctttccatgcagggaggtagaggaaaactttctgcctgctccacgattttcatgggtctcagcatgtgtggttacttttaacttttgtttttaagtaatataagcataacgtcacggtattttaccatctaaatagagcgaaatttcgcaattttttgggtctgttttggaagtcatatgcacgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctccggtcggggtttaaagttgatttatacaggtttagaatgttcaaacacatataacaaactatgtatcaatggatttgtaacaaattaaaccttcttaggcttctatatacattgtcaaaggtgcaatacaaa
gi|4 : acacgcatagaccttaagcgaacgtcaatctccaggaaaattactgcaggaacgtaaaattgttgcaaatgtcaatgtatatataaaaatttatcatgtaacagccaattaaaattaatcagatcgaatatttatattgtatgccgtgaaagtgtcttgctacgtgtgaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaagAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAGTA-T-----------A-------------------------GTTAC-ACTGTATT-TATT-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GTTTAT-ATATTC-ATTTTTTTTTTTTTTCCCAGAAATCAGTAG-ATGC-ACAG-----TAAGG--TTTTGTAAACCT-CA--A-CTCCATG-GCG-ATTGAGCC-A-A--AACAAA-GGAGT-ACCAATAAACAGCTGATCCTCAC-ATGCTTGAAG-CAGGAAACATCTGCATAA-TGCC-ACTCACTCTGG-TCGT--ACACGCT-CCCACGCA-TACAGT-CC-ATCA----A-TAGTG-A--ACCAAGGCA-CC-------CGCT---------------ACAGC----T---------------TCTTGATTAACCCCAA---TTCGT-ACAT--------GC-----------GT----C-----TAAATAG---TATGGGATCG-TTTGTACGTATTCA-----CACA--TCCATAA----
gi|4 : ATTCGATGCCT-------------TGTGCATCACGCAACTGTCAT---AAATCACCAC-GAACTGAAC--GATTTCAAAAT-----CCTTAT-T-TCGATTAGCCCTCTACA------------AGAGTTATGATAATG----AACC---------GT------TTTTCACACTACGATACTTTTGT-T-GA--------CAGCCA-TAGGGCT-G-CTTT--GAGGCG-C--GAGATTGTTCGTCTATtcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacctattcgatgccttgtgcatcacgcaactgtcataaatcaccacgaactgaacgatttcaaaatccttatttcgattagccctctacaagagttatgataatgaaccgtttttcacactacgatacttttgttgacagccatagggctgctttgaggcgcgagattgttcgtctatatcg
gi|5 : aatcaaataaattaaaataaataagtatagttacactgtatttattaatggtgttcatcggaaattttatgtttatatattcattttttttttttttcccagaaatcagtagatgcacagtaaggttttgtaaacctcaactccatggcgattgagccaaaacaaaggagtaccaataaacagctgatcctcacatgcttgaagcaggaaacatctgcataatgccactcactctggtcgtacacgctcccacgcatacagtccatcaatagtgaaccaaggcacccgctacagcttcttgattaaccccaattcgtacatgcgtctaaatagtatgggatcgtttgtacgtattcacacatccataatcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacct-------------A---------------AAAAT--GCACGTGCAAA-CA-GGTA---TC-TG-AAAAAATA-TT-G--TT--GTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATAA-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACG-TACTGTATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-TGTAGAATGCAACA-----GTAAATGGTTTTGTA------------------G-ACA-ATTGAGCCAA-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACG-TTTCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATTA--G-T-GT--ACATTGT-CCC---CA-TA---T--C-A-CA----T-G--TT-G--AC----GCA-CC-------C-TC---------------A--------TTTCCTTAATGCCACCTTTTGATGAA-CAC-A---TC--T-ACA---------GA-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GAATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTTATTGCAT--AA-ATTGGTAG-CTC-GGTTCACAA-CT-ATATCAG--GAATA-G--------------------------------G---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--ATTTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------ATA-TTAT---AATG----A-CC---------G-------TTTTCA-ACT-TGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----T-TAGCT-G-TTTT--GAGGCG-CGAGAGA-TGTTCGTCTATatcg
gi|6 : ACTATATAT--CAATGGA-TTTGTTGATAA-TTAAAC---------CTTTCATA-ACATTGCCA-AAAA-AACAATACA-------------AGTTCACTTGTAAGAAAAAAAT-GCAGTTGCAAA-CA-GGTATAGTTTTGAAAAAAATAGTT-GTTTT--TTTA-AC-TT-AGAATGCA-ACATTTAAAATATT-GCATAT-AGAATAAGTA-TTAGACGGCCAGGAAA-CAT-ATCTT-AAATT-A--TAGTGGT-AC-------TATATAATGA---------------TGTTCATATCTGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAA-ATGC-ACAG----GTAAAGG-TTTTGTAAAACT-CAGCACCC--ATG-GCC-GTT-AGCC-A-GCTA-AACA-TG--T-A-----AAACA---------CACAATTCCAGAA--CAGGAAACAT-TTCATGA-T--CAA---ATT---G-T-GT--AC-ATGT-CCC---CT-TA---T-CC-A-Ca
gi|6 : ATTT-CCC---CT-TAA--TGCC-A-CC----T-T--TT-G--AC----ACA-CC-------C-CTCATTTCCTTA-----A--------TGCCACC---------TTTTGATGCA-CTCAA---TC--A-ACA---------GAGCTTAATTAGACC----C-----CAA--AA---TGT-GGATTG-TA--TAC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----G-----Tttggggatgtgtatagtatacaatccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcatcaaaaggtggcattaaggaaatgaggggtgtgtcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|7 : actatatatcaatggatttgttgataattaaacctttcataacattgccaaaaaaacaatacaagttcacttgtaagaaaaaaatgcagttgcaaacaggtatagttttgaaaaaaatagttgtttttttaacttagaatgcaacatttaaaatattgcatatagaataagtattagacggccaggaaacatatcttaaattatagtggtactatataatgatgttcatatctgaaattttatgattttatattcaatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaaactcagcacccatggccgttagccagctaaacatgtaaaacacacaattccagaacaggaaacatttcatgatcaaattgtgtacatgtccccttatccA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAATA-T-----------AAAA-CTT-AATTT-AAATT-A--TAGCGAC-ACT-G----TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAGACCTGTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-G---ATT---G-T-GT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CC-------C-CTCATATCCTT------A--------TGCCACC---------TTTTGATGAA-CCCAA---TC--T-ACA---------GA-----------CT----C-----TAA--AA---TAT-GGATTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-TTCGG-TTCACA-GCT-ATATCAG--GAATA-GG-A--GAA-AAT-TCTT-------------TCG---TCT-------------TTTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGA----GATTTCAAA-T-----TCCTTTAT-T-GAT-AGC----TA-A------------AGA-TCAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-TGGA--------CAGA---TAGG--T-G-TTTTTGAAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|8 : -ATGCGCATGTTGATAT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---T----------G-CAAT--ACA--TTT-AAA-AT--CCCTCATGATCTTTTCCAT-GCAGGGAAGGTAGAGG----TTCACTTT-C-TGCCTGCTGC-AGTCGATTTTTTCATTG-GGTCTC-AGC-AATAATGTGTGGTTACTTTTAACATTTTTGTTGT---GCA--GTAAGCA-TAACCAT----GGTATTTTACCCAATC-TGA-AGT-AGA---GCGAA-ATT--TTC-GCAATT-TTT---GGGGTCTGTTTTTGGAAGTTCTTATGCACACATTGAAATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGG-CGGGGTATAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTC-CA---AAC-----ACAA------TAT--CAATGGATTTTGT-AACAAATTAAA----------CTTCTATATACGTTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAA--T-GCAGGTGC-AAACA-GGTA---TAGTG-AAAAAATA-a
gi|9 : g-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATGGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GTA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-A---ATT---G-T-TT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CC-------C-CTCATTTCCTTAATGCCA--------TC--------------TTTTGATGAA-CCCAA---TC--T-ACA---------GA-----------CT----C-----TAA--AA---CAT-GGATGG-TGG--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTTATTTCAT--AA-ATTGGTAG-CTCGG-TTCACA-GCT-ATATCAG--GAATA-GG-AGAAAG-AAT-TCTT-ATCGCGATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------T-GA-C---AA--GATTTCAAA-T-----TCT-ATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---GATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAAGGAAATGAGGGGGGGGGGGGGGGTTCGTCAAAACGTAGCATTAAGCCTTAGGGGAAATAGATAAAAAAGTCTAAGGGGAAAAGAGTT
Unaligned ( gi|22 ): GGTCTAATTAAGCTCTGTTGATTGAGTTGGTCAAAAGGTGGCATTAAGGAAATGAGGGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 111 1 11 1111 11 22222 22222 111 11 111111 11111 2222 1 1 222 11 1 1 11 11 1 333333333 1 11 1 2222 1 1 1 1111 44444444444444444444 1 11 11 1 11 1 1111 222 111 11 222222 222 222 11 1111 11 1 11111 111 1 11 1111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 11 1111 2222222222 55555555555555555555555555555 111 1 111111 11 11 111 111 3333333333333333 1111 2222222 333333333333333 444444444444444444444 11 1111 11111111 11111 222222222 11 111 111111 111 222222222222222222222222222222222 22222222222 222 11111 111 1111111111 2222 1 222222222 2222222222222 11111 11111111 111 11111 1 222222222222 22222222222222222 11111111 1111 1
lowQualScore : 1 3 333 0 777 7 00 2 0 33 7777 8 8 8 11 88888 0 8 44444 0 999 0 11 777777 1 3 8 77777 0000 0 9 888 33 0 0 1 33 8 0 88 0 8 5 0 111111111 2 88 1 1 3 1111 0 0 0 9999 88888888888888888888 0 33 33 3 0 33 1 99 0 8 7777 111 111 8 11 8 8 8 000000 1 000 3 111 11 8 8 7777 8 0 0 11 0 22222 777 0 7 99 8 4444 0 8 0 55555 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 8 0 11 11 0 0 8 9999 0 0 7 99 6 88 7 9999999999 3 6 6 88888888888888888888888888888 777 8 6 888888 6 6 8 11 11 8 8 3 5 5 000 6 555 6 6 6 6 3333333333333333 6 6 0000 6 5555555 5 555555555555555 77 77 77 5 5 5 888888888888888888888 5 5 00 7777 4 9 5 44444444 5 5 0 5 5 66 5 5 66 5 22222 000000000 44 0 11 0 5 5 66 99999 333 5 5 333333 4 999999 111 8 4 4 9999 4 66 4 66 9999 4 4 666 66 222222222222222222222222222222222 0 8 88 3 99999 77777777777 3 99999 99999 55 55 55 3 3 777 3 55 00000 666 2222222222 5 1111 66 5 888 4 6 7 4 4 66 4 444444444 4 4 44 4444444 666 0000000000000 777 00000 777 22222222 4 3 444 4 00000 8 0 4 2 4 8888 4 000000000000 4 777 8888 4 33333333333333333 7 4 4 55 3 3 33333333 7777 2 3 44 55 3 55 0
lowQualScore : . . ... . ... . .. . . .. .... . . . .. ..... . . ..... . ... . .. ...... . . . ..... .... . . ... .. . . . .. . . .. . . . . ......... . .. . . . .... . . . .... .................... . .. .. . . .. . .. . . .... ... ... . .. . . . ...... . ... . ... .. . . .... . . . .. . ..... ... . . .. . .... . . . ..... . ............................................................... . . . . .. .. . . . .... . . . .. . .. . .......... . . . ............................. ... . . ...... . . . .. .. . . . . . ... . ... . . . . ................ . . .... . ....... . ............... .. .. .. . . . ..................... . . .. .... . . . ........ . . . . . .. . . .. . ..... ......... .. . .. . . . .. ..... ... . . ...... . ...... ... . . . .... . .. . .. .... . . ... .. ................................. . . .. . ..... ........... . ..... ..... .. .. .. . . ... . .. ..... ... .......... . .... .. . ... . . . . . .. . ......... . . .. ....... ... ............. ... ..... ... ........ . . ... . ..... . . . . . .... . ............ . ... .... . ................. . . . .. . . ........ .... . . .. .. . .. .
lowQualScore : 0 3 333 7 555 0 55 5 0 88 6666 0 0 0 00 22222 6 0 88888 8 888 8 00 666666 0 2 0 88888 8888 0 0 888 22 0 0 0 88 0 8 66 8 0 0 0 000000000 0 00 0 0 3 2222 0 0 0 5555 88888888888888888888 0 88 88 2 0 88 2 88 0 0 0000 222 222 0 00 0 0 0 888888 4 000 8 666 00 0 0 0000 0 8 8 00 0 00000 555 0 0 00 0 4444 8 0 6 66666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 8 44 00 8 8 0 0000 8 6 3 22 7 33 3 2222222222 2 7 7 11111111111111111111111111111 777 0 7 777777 7 7 0 00 00 0 0 5 7 7 000 7 222 7 7 7 7 2222222222222222 7 7 8888 7 0000000 7 777777777777777 99 99 99 7 7 7 666666666666666666666 7 7 77 9999 9 4 0 22222222 0 0 4 0 0 99 0 0 99 0 55555 000000000 66 1 99 4 0 0 99 66666 888 0 0 666666 0 888888 000 0 0 0 4444 4 11 4 11 4444 4 4 222 11 888888888888888888888888888888888 1 0 66 6 11111 77777777777 6 11111 11111 00 00 00 6 6 999 6 00 00000 444 4444444444 0 2222 99 0 888 4 7 8 4 4 11 4 333333333 4 4 77 5555555 444 0000000000000 000 00000 000 11111111 0 2 666 0 00000 1 8 0 3 0 5555 0 555555555555 0 000 5555 0 22222222222222222 2 0 0 55 6 6 22222222 7777 3 6 99 00 6 00 9
consensus : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT-A--TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTCGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
Reference ( family-625 ) : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
gi|1 : TAGTATTTTTA-CA---ATGCCAGCAC---A-----GCT-AG--ACT--A-AGCG-AAAG-TGCAAGATCAT---CCAGAAACATTACTCGCAGGAC-----GTAAAA--GT----GCAATGATGT---ACTTTAAAAT-T-ATAATAGTA----AAA-AACATTA-T-CATG--AACA-GCACAATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTC-TATA-TG-TATTGCATGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTT
gi|1 : acTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AG-TTTAA-CTGT-GCAC---TGTCACTTACATTAGTCAGTTT-----TGACAATTCACACTCTTTAAACATGACCTACATGATTC-TTCCATCGCAGGGA-GATAGAGGAGGAAACACTCTATCTGCCTCGTGCACA-CTCCTTT--ACT-GAGGTCTC-AG-----------------CTCTTATTACGTTTGTTTT----CA--GTAAGCA-TAGC-GT----G-AA--TTACC--ATCATAACA-TCAGACGCACGCA-ATCTTCA-GCAACT-TTTTTGGGTG-ATGTTTT-GGAAG-GCATATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|1 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggaCCTTCCGG-GCGGGTTTAACAGTTAGATTATACCAGTTGCT-GAATGTTC-AAAGCCATATCTAACAAACTATGT-T--CACTGGA-TTAGT-AACAA--TGAAA---------CTTCTAT---TATTGCCATAAGAATGCAATG---------------A---------------ATAAT---AAGGTGGAAAACACGGT-----TAT---AAAAATA-TTTG--TTCTTTTACACATTCAGAA-TCACA-AT---ACAT-TGTACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AA---CATTATTTTTAAATT-AATTTGTGAC--CA-TGTT-TA---AA-GG---------------TGT-C--ATCGGAAAAGTGATTTAT-GATTTT-ATATTCCA---------------------AT-AGTAA-GAGC--CAG----GTAAAGGTTTT-GTTAACCT-CA-CA-CCTCATG-GCA-ATTG-GCC-A-A--A-CACACGG--TTA-----AAACA---------CACGATTTCTGAAACCAGGCAAC---TGAGTAA-T--C-A---ATT---GCT-GT----AATGTACCC---CACTA---TACC-A-CA----T-T--TTCGACAC----GCACCCC-CT-CGA--T---------------TT------------------------CCTAATC--C-ACACTTTTGA-----------T-TGGCACC-----CAA--ATTC--TAT--GATTGCTG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----AGTTTTTTTACTTT----CATTAAA-AT---TGGTAGACTC-GGTTCAC-AGCTGATATCAGGCGAATA-GG-G--AAGG-A-AT-TCTTAATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTCCA---CACA-----CATTTAAAA------C-GC-TTGAAGCAGATTTTAAA-T-----ACTT-TATATTGA--AGC----T---------------AGA-TTAT---AATG----A--C---------G-------TTTTCA-AC--CGAT--CTTTGTAT-GA--------CAG----T--GGCT-GCTTTT--GAGGCGAT--GAGCTTATTCGTCTATgtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|10 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACACAATGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CGGGAT-CCTGAA--CAGGACACTT-TGCATAAAT--C-A---ATT---G-T-GT--A---TGT-CCC----A-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AA----GCA-ACC-GT-C-A--T---------------TTCCTAAATGTCATCTTTTGATAAAACCCAATC--TTACA-----GA-----------C-T-----C-----GAA--A--A--TAT-GGGATG-TGT--AC--AT--A-----CACAT---CACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGATAG-CTCGG-CTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GGAG--AA-ATA-AT-TCTT-ATCG-AATTTATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CGT---AAA---------A-CGGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTTAT---TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-TC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TTGGGCT-G--TTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATatca
gi|11 : tgGGTTTAA-AGTTGATTTATA--GTTT--TAGAATGTTC-AA----ACATATAGCAAACTATATATAGCGATGGA-TCTGT-AATAAATTAAGC---------CTTCTATATACATTGCCA-AATA-AACAATGCAGGTCACCTGTAAGA---------------AAAAAT-GCAGGTACAAA-CA-GGTA---T-ATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAat
gi|12 : aactctattccccttaatgccaccttttgacacactggccatttccttaaggcctttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtat-TTCACAG----G-----TATA-TT-----CG---AA-ATAGAGGGGAG--TGGGGTTAAT-A--C-ACATCAG--GATTA-GC---------ATAT-TCTG-ATTGCAATGCTTTCG---TCTGTTTTGGAATTCATATGCA---CACA------AC---ACA------C-AA-T---AA--TATTTGAAA-TACCCTTCTT-TAT-TTGAT-AGC----AA-ATCCCGTATCGATATA-TTAT---GATGCCTTA-TCTAGGACATAGTTTTGCTTTTCCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-TACTTTACGTCAGAATCTATGATG-G-TGTT--AGAGCG----GAGAGTTTTCGTCTAT
gi|12 : tttatttcatacagctcgaTT--GCAATG-CTTTCG----TCTGTTTT-GGAA-TTCATATGCACACAatcag
gi|13 : tttatttcatacagctcgattcacaggtatattcgaaatagaggggagtggggttaatacacatcaggattagcatattctgaC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-CGT--AC-TAT--AGAGTCTACATATCCACAATTTTA-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-TTATCAG--GAATA-GG-AGAAA-G-A-AT-TCTT-ATCGCA-------------------------------------CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-CAT-TTGAT-ACT----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATacacacaataatatttgaaatacccttctttatttgatagcaaatcccgtatcgatatattatgatgccttatctaggacatagttttgcttttccaactcgatctttgtttactttacgtcagaatctatgatggtgttagagcggagagttttcgtctatatcag
gi|14 : -CCC---CT-CA---T-CC-A-AA----TCT--TT-A--AT----GAG-CCA-CT-T-A--T---------------TT-----------------GACCAA-CTCAAACA-C-CCA-----GAGCTTAG-----T-T-----CGGATGTAA--A--AATCGT-GGGTTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----at
gi|15 : tagcaagccgattctaaatatgtaatcaccatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggattggtatccctttACTTAGTATTCTAATCAGAGACGTACATATGTAATACACACTTAGCGGCCT-ATAGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAAAGTCTGTTGCAA--ATGTGATA-TTTATAATGT-GT-----TAAAGTAAAGAACGTTA--TCATGTAAATAGGCA-ATTT--GAAATTAATCAGATCAAAATATTT---TATTG-TATGtgcgtgggattgagaggggactgtata
gi|16 : GTAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAA---AAA------C-AA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTGGT-T-GA--------TAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTTGTCTATgcc
gi|17 : tGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-C-TGCCTGCT-T-CA-CGATTTC--CAT-G-GGTGTC-AGC-A----TATGTGGTTATTTTT--CACTTTTG--TTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--at
gi|18 : GT-T-GG--------TGG----AAGGGCC-A-TTTC--GAGGCG-C--GAGA-T-TTCGTCTAT
gi|2 : tagttattgcttccatcttgatctttgtttattttacgtcagactatgACTTAGTATTATAA-CA---ATGTAAGCAT---ATACGTACT-AG--ACCTCATAGCGCAACGCT-CAA--TCG----CCAGGAAAATTA-T-ACAGAACTTAACGTAAAA--ATTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGTAATA----TA---TAAA-AAC-TTATTTCATGT-AACA-GCA-ACTTAAAAAATTAATCAGATA-GAATATCTATATATTGCTAT-CCGTGACCAGTGTCTTGCTTAGA-----GTGCAATATAA--CAAGTCGGTTTatc
gi|2 : TTGCAAGATATATGCGCATGT----AT-TTTAAACCGT-GCA---TTGTCACT----CTAGT---TTTCCAGATG-CATT--ACA--TTTTCAA-AT--CCTCCAGGATTCTTTCCAG-GCAAG-A-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTC--CAT-G-GATCTCCAGCCA----TATGTGGTTACTTCTA-CACTTACGCTTCT--GCA--GTGAGCAATAAC-GT----G-TCTTTT-CC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAACACTTTCTCGCAATTATTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CTGGGTTTAA-AGTTGATT-ATAAGGATT--TAGAA-GTTC-AA---CACATATAACAA-CTATG-AT--CAATGGA-TTT-T---CAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATTTGCAGGTGCAACGC----TA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--CT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTAAT-----------AAAAACAT-ATTTT-TAATTTA--TAGTTACCACT-TATT-TATA-AATGGGCCGCGGGGGGGGGCTGTTC--ATCGGAAA--T--TGTATTGATTTTTATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC--CAGC---GTAAAGGTTTTTGTAAACCTTCA--A-CT--ATGCGCA-A--GAGCC-ACA--A-CACA-GG--T-A-----AAACG---------GACT-TTCCTGAA--CAG-AAACAT-TGCATAA-T--A-C---ATT---G-T-GTTAACAATGT-CCC----A-TA---T-CCCA-CAATTTT-T--TT-G--AA----GCA-CCC-CT---A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GT-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GCATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AGCAT---TGTAAG-CTC--GTTCACAAGCT-ATATCAG--GAATA-AG-G--AG-G-A-ATATCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------CAAA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-T--AT-AGC----TA-A------------AAA-TTAT---AATG------CC---------G-------TTTTCA-ACT-CGAT--CT---T-T-GA--------CAG----TAGGGCTAG---TT--GA-GCG-C--GA-A-TGTTCGTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcaagatatatgcgcatgtattttaaaccgtgcattgtcactctagttttccagatgcattacattttcaaatcctccaggattctttccaggcaagaggtagaggaacactttcctgcctgctgccacgatttccatggatctccagccatatgtggttacttctacacttacgcttctgcagtgagcaataacgtgtcttttccatctaaatagagcgaacactttctcgcaattatttttgggggtctgttttggaagttcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctccggctgggtttaaagttgattataaggatttagaagttcaacacatataacaactatgatcaatggattttcaaattaaaccttctatatacattgccaaagatgcaatacaaaaaatttgcaggtgcaacgctattatgaaaaaatattgcttttaacttcagaaatcaaataaattaacaataaataagtaataaaaacatatttttaatttatagttaccacttatttataaatgggccgcgggggggggctgttcatcggaaattgtattgatttttatattcaatagtagatgccagcgtaaaggtttttgtaaaccttcaactatgcgcaagagccacaacacaggtaaaacggactttcctgaacagaaacattgcataatacattgtgttaacaatgtcccatatcccacaatttttttgaagcacccctatttttgatgaacccaatctacagtctctaaaatatgcattgtgttactatacacattccacaagtttatttcatagcattgtaagctcgttcacaagctatatcaggaataaggaggaatatcttatcgcaattcattcgtcttgtgcacacacataaacaaactgaaggatttcaaattcttatattatagctaaaaattataatgccgttttcaactcgatctttgacagtagggctagttgagcgcgaatgttcgtctat
gi|20 : acttagtattataacaatgtaagcatatacgtactagacctcatagcgcaacgctcaatcgccaggaaaattatacagaacttaacgtaaaaattgttgcaaatgtgatactttaaaatgtaatatataaaaacttatttcatgtaacagcaacttaaaaaattaatcagatagaatatctatatattgctatccgtgaccagtgtcttgcttagagtgcaatataacaagtcggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATAGC--AACG-T-CAA--TCGATCTCCAGAAACTTTACT-GCAGGA----AC-T-AAA--TTTGTTG-AA--ATGTGATAC-TTAAAATAT-ATA----
gi|21 : AG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATAGGG-G--AA-G-N-NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-------------TGTG
gi|23 : AAATCAATCAGATC-GATTATTT--ATATTG-TTTGCCGTGA-AATTGTC
gi|24 : AA-CCCAATC--T-A-------GT-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-CG--TAC-TAT--
gi|3 : ---ACACGCA-T-AG--ACCTTA-AGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGA----ACGTAAAA---TTGTTGCAA--ATGT----C-----AATGT-ATA----TA---TAAA-AAT-TTA-T-CATGT-AACA-GCC-AATT--AAAATTAATCAGATC-GAATA-TT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-T---ACG-TGTGA-ATAT
gi|3 : GT----ATATTTAA-CCGTAGCACCGTTGTCACTAA--TT--C---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTACA-AT--CCCTCATGATC-TTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AAAACTTT-C-TGCCTGCT-C-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA--ACTTTTGTTTTTAAGTAATATAAGCA-TAAC-GTCACGG-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-A-TTTC--GCAATT-TTTT---GGGTCTGTTTT-GGAAG-TCATATGCA-----CGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCCGGTCGGGGTTTAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTCAAA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAACCTTCTTAGGCTTCTATATACATTGTCA-AAGG-TGCAATACA-------------A---------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaaggtatatttaaccgtagcaccgttgtcactaattcttttgcaatacattttacaatccctcatgatctttccatgcagggaggtagaggaaaactttctgcctgctccacgattttcatgggtctcagcatgtgtggttacttttaacttttgtttttaagtaatataagcataacgtcacggtattttaccatctaaatagagcgaaatttcgcaattttttgggtctgttttggaagtcatatgcacgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctccggtcggggtttaaagttgatttatacaggtttagaatgttcaaacacatataacaaactatgtatcaatggatttgtaacaaattaaaccttcttaggcttctatatacattgtcaaaggtgcaatacaaa
gi|4 : acacgcatagaccttaagcgaacgtcaatctccaggaaaattactgcaggaacgtaaaattgttgcaaatgtcaatgtatatataaaaatttatcatgtaacagccaattaaaattaatcagatcgaatatttatattgtatgccgtgaaagtgtcttgctacgtgtgaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaagAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAGTA-T-----------A-------------------------GTTAC-ACTGTATT-TATT-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GTTTAT-ATATTC-ATTTTTTTTTTTTTTCCCAGAAATCAGTAG-ATGC-ACAG-----TAAGG--TTTTGTAAACCT-CA--A-CTCCATG-GCG-ATTGAGCC-A-A--AACAAA-GGAGT-ACCAATAAACAGCTGATCCTCAC-ATGCTTGAAG-CAGGAAACATCTGCATAA-TGCC-ACTCACTCTGG-TCGT--ACACGCT-CCCACGCA-TACAGT-CC-ATCA----A-TAGTG-A--ACCAAGGCA-CCCGCTAC-AGCT---------------TC---------------TTGATTAACCCCAATTCGT-ACA-----TG-----------CGT-----C-----TAAATA--G--TATGGGATCG-TTTGTACGTATTCA-----CACA--TCCATAA----
gi|4 : ATTCGATGCCT-------------TGTGCATCACGCAACTGTCAT---AAATCACCAC-GAACTGAAC--GATTTCAAAAT-----CCTTAT-T-TCGATTAGCCCTCTACA------------AGAGTTATGATAATG----AACC---------GT------TTTTCACACTACGATACTTTTGT-T-GA--------CAGCCA-TAGGGCT-G-CTTT--GAGGCG-C--GAGATTGTTCGTCTATtcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacctattcgatgccttgtgcatcacgcaactgtcataaatcaccacgaactgaacgatttcaaaatccttatttcgattagccctctacaagagttatgataatgaaccgtttttcacactacgatacttttgttgacagccatagggctgctttgaggcgcgagattgttcgtctatatcg
gi|5 : aatcaaataaattaaaataaataagtatagttacactgtatttattaatggtgttcatcggaaattttatgtttatatattcattttttttttttttcccagaaatcagtagatgcacagtaaggttttgtaaacctcaactccatggcgattgagccaaaacaaaggagtaccaataaacagctgatcctcacatgcttgaagcaggaaacatctgcataatgccactcactctggtcgtacacgctcccacgcatacagtccatcaatagtgaaccaaggcacccgctacagcttcttgattaaccccaattcgtacatgcgtctaaatagtatgggatcgtttgtacgtattcacacatccataatcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacct-------------A---------------AAAAT--GCACGTGCAAA-CA-GGTA---TC-TG-AAAAAATA-TT-G--TT--GTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATAA-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACG-TACTGTATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-TGTAGAATGCAACA-----GTAAATGGTTTTGTA------------------G-ACA-ATTGAGCCAA-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACG-TTTCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATTA--G-T-GT--ACATTGT-CCC---CA-TA---T--C-A-CA----T-G--TT-G--AC----GCA--CC-CT-C-A--TTTCCTTAATGCCACCTT---------------TTGATGAA-CAC-ATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GAATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTTATTGCAT--AA-AT---TGGTAG-CTC-GGTTCAC-AACT-ATATCAG--GAATA-G----------------------------------G---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--ATTTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------ATA-TTAT---AATG----A-CC---------G-------TTTTCA-ACT-TGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----T-TAGCT-G-TTTT--GAGGCG-CGAGAGA-TGTTCGTCTATatcg
gi|6 : ACTATATAT--CAATGGA-TTTGTTGATAA-TTAAAC---------CTTTCATA-ACATTGCCA-AAAA-AACAATACA-------------AGTTCACTTGTAAGAAAAAAAT-GCAGTTGCAAA-CA-GGTATAGTTTTGAAAAAAATAGTT-GTTTT--TTTA-AC-TT-AGAATGCA-ACATTTAAAATATT-GCATAT-AGAATAAGTA-TTAGACGGCCAGGAAA-CAT-ATCTT-AAATT-A--TAGTGGT-AC-------TATATAATGA---------------TGTTCATATCTGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAA-ATGC-ACAG----GTAAAGG-TTTTGTAAAACT-CAGCACCC--ATG-GCC-GTT-AGCC-A-GCTA-AACA-TG--T-A-----AAACA---------CACAATTCCAGAA--CAGGAAACAT-TTCATGA-T--CAA---ATT---G-T-GT--AC-ATGT-CCC---CT-TA---T-CC-A-Ca
gi|6 : ATTT-CCC---CT-TAA--TGCC-A-CC----T-T--TT-G--AC----ACA-CCC-CT-C-A--T---------------TTCCTTAATGCCACCTTTTGATGCA-CTCAATC--A-ACA-----GAGCTTAATTAGAC-C-----C-----CAA--A--A--TGT-GGATTG-TA--TAC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----G-----Tttggggatgtgtatagtatacaatccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcatcaaaaggtggcattaaggaaatgaggggtgtgtcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|7 : actatatatcaatggatttgttgataattaaacctttcataacattgccaaaaaaacaatacaagttcacttgtaagaaaaaaatgcagttgcaaacaggtatagttttgaaaaaaatagttgtttttttaacttagaatgcaacatttaaaatattgcatatagaataagtattagacggccaggaaacatatcttaaattatagtggtactatataatgatgttcatatctgaaattttatgattttatattcaatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaaactcagcacccatggccgttagccagctaaacatgtaaaacacacaattccagaacaggaaacatttcatgatcaaattgtgtacatgtccccttatccA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAATA-T-----------AAAA-CTT-AATTT-AAATT-A--TAGCGAC-ACT-G----TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAGACCTGTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-G---ATT---G-T-GT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--TATCCTTATGCCACC-TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-TTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-A--GA-A-A-AT-TCTT-------------TCG---TCT-------------TTTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGA----GATTTCAAA-T-----TCCTTTAT-T-GAT-AGC----TA-A------------AGA-TCAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-TGGA--------CAGA---TAGG--T-G-TTTTTGAAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|8 : -ATGCGCATGTTGATAT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT----TTAGT---T--------G-CAAT--ACA--TTT-AAA-AT--CCCTCATGATCTTTTCCAT-GCAGGGAAGGTAGAGG----TTCACTTT-C-TGCCTGCTGC-AGTCGATTTTTTCATTG-GGTCTC-AGC-AATAATGTGTGGTTACTTTTAACATTTTTGTTGT---GCA--GTAAGCA-TAACCAT----GGTATTTTACCCAATC-TGA-AGT-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTT---GGGGTCTGTTTTTGGAAGTTCTTATGCACACATTGAAATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGG-CGGGGTATAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTC-CA---AAC-----ACAA------TAT--CAATGGATTTTGT-AACAAATTAAA----------CTTCTATATACGTTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAA--T-GCAGGTGC-AAACA-GGTA---TAGTG-AAAAAATA-a
gi|9 : g-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATGGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GTA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-A---ATT---G-T-TT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TTCCTTAATGCCATCTTTTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--CAT-GGATGG-TGG--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTTATTTCAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-AGAAA-G-A-AT-TCTT-ATCGCGATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------T-GA-C---AA--GATTTCAAA-T-----TCT-ATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---GATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAAGGAAATGAGGGGGGGGGGGGGGGTTCGTCAAAACGTAGCATTAAGCCTTAGGGGAAATAGATAAAAAAGTCTAAGGGGAAAAGAGTT
Unaligned ( gi|22 ): GGTCTAATTAAGCTCTGTTGATTGAGTTGGTCAAAAGGTGGCATTAAGGAAATGAGGGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 111 1 11 1111 11 22222 22222 111 11 111111 11111 2222 1 1 222 11 1 1 11 11 1 333333333 1 11 1 2222 1 1 1 1111 555555555555555555555 1 11 11 1 11 1 1111 222 111 11 222222 222 222 11 1111 11 1 11111 111 1 11 1111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 11 1111 2222222222 55555555555555555555555555555 111 1 111111 11 11 111 111 3333333333333333 1111 2222222 333333333333333 444444444444444444444 11 1111 11111111 11111 222222222 11 111 111111 111 222222222222222222222222222222222 22222222222 222 11111 111 1111111111 2222 1 222222222 2222222222222 11111 11111111 111 11111 1 222222222222 22222222222222222 11111111 1111 1
lowQualScore : 1 3 333 0 777 7 00 2 0 33 7777 8 8 8 11 88888 0 8 44444 0 999 0 11 777777 1 3 8 77777 0000 0 9 888 33 0 0 1 33 8 0 88 0 8 5 0 111111111 2 88 1 1 3 1111 0 0 0 9999 666666666666666666666 0 33 33 3 0 33 1 99 0 8 7777 111 111 8 11 8 8 8 000000 1 000 3 111 11 8 8 7777 8 0 0 11 0 22222 777 0 7 99 8 7777 0 8 0 55555 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 8 0 11 11 0 0 8 9999 0 0 7 99 6 88 7 9999999999 3 6 6 88888888888888888888888888888 777 8 6 888888 6 6 8 11 11 8 8 3 5 5 000 6 555 6 6 6 6 3333333333333333 6 6 0000 6 5555555 5 555555555555555 77 77 77 5 5 5 888888888888888888888 5 5 00 7777 4 9 5 44444444 5 5 0 5 5 66 5 5 66 5 22222 000000000 44 0 11 0 5 5 66 99999 333 5 5 333333 4 999999 111 8 4 4 9999 4 66 4 66 9999 4 4 666 66 222222222222222222222222222222222 0 8 88 3 99999 77777777777 3 99999 99999 55 55 55 3 3 777 3 55 00000 666 2222222222 5 1111 66 5 888 4 6 7 4 4 66 4 444444444 4 4 44 4444444 666 0000000000000 777 00000 777 22222222 4 3 444 4 00000 8 0 4 2 4 8888 4 000000000000 4 777 8888 4 33333333333333333 7 4 4 55 3 3 33333333 7777 2 3 44 55 3 55 0
lowQualScore : . . ... . ... . .. . . .. .... . . . .. ..... . . ..... . ... . .. ...... . . . ..... .... . . ... .. . . . .. . . .. . . . . ......... . .. . . . .... . . . .... ..................... . .. .. . . .. . .. . . .... ... ... . .. . . . ...... . ... . ... .. . . .... . . . .. . ..... ... . . .. . .... . . . ..... . ............................................................... . . . . .. .. . . . .... . . . .. . .. . .......... . . . ............................. ... . . ...... . . . .. .. . . . . . ... . ... . . . . ................ . . .... . ....... . ............... .. .. .. . . . ..................... . . .. .... . . . ........ . . . . . .. . . .. . ..... ......... .. . .. . . . .. ..... ... . . ...... . ...... ... . . . .... . .. . .. .... . . ... .. ................................. . . .. . ..... ........... . ..... ..... .. .. .. . . ... . .. ..... ... .......... . .... .. . ... . . . . . .. . ......... . . .. ....... ... ............. ... ..... ... ........ . . ... . ..... . . . . . .... . ............ . ... .... . ................. . . . .. . . ........ .... . . .. .. . .. .
lowQualScore : 0 3 333 7 555 0 55 5 0 88 6666 0 0 0 00 22222 6 0 88888 8 888 8 00 666666 0 2 0 88888 8888 0 0 888 22 0 0 0 88 0 8 66 8 0 0 0 000000000 0 00 0 0 3 2222 0 0 0 5555 888888888888888888888 0 88 88 2 0 88 2 88 0 0 0000 222 222 0 00 0 0 0 888888 4 000 8 666 00 0 0 0000 0 8 8 00 0 00000 555 0 0 00 0 2222 8 0 6 66666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 8 44 00 8 8 0 0000 8 6 3 22 7 33 3 2222222222 2 7 7 11111111111111111111111111111 777 0 7 777777 7 7 0 00 00 0 0 5 7 7 000 7 222 7 7 7 7 2222222222222222 7 7 8888 7 0000000 7 777777777777777 99 99 99 7 7 7 666666666666666666666 7 7 77 9999 9 4 0 22222222 0 0 4 0 0 99 0 0 99 0 55555 000000000 66 1 99 4 0 0 99 66666 888 0 0 666666 0 888888 000 0 0 0 4444 4 11 4 11 4444 4 4 222 11 888888888888888888888888888888888 1 0 66 6 11111 77777777777 6 11111 11111 00 00 00 6 6 999 6 00 00000 444 4444444444 0 2222 99 0 888 4 7 8 4 4 11 4 333333333 4 4 77 5555555 444 0000000000000 000 00000 000 11111111 0 2 666 0 00000 1 8 0 3 0 5555 0 555555555555 0 000 5555 0 22222222222222222 2 0 0 55 6 6 22222222 7777 3 6 99 00 6 00 9
consensus : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTCGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
Reference ( family-625 ) : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTCGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
gi|1 : TAGTATTTTTA-CA---ATGCCAGCAC---A-----GCT-AG--ACT--A-AGCG-AAAG-TGCAAGATCAT---CCAGAAACATTACTCGCAGGAC-----GTAAAA--GT----GCAATGATGT---ACTTTAAAAT-T-ATAATAGTA----AAA-AACATTA-T-CATG--AACA-GCACAATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTC-TATA-TG-TATTGCATGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTT
gi|1 : acTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AG-TTTAA-CTGT-GCAC---TGTCACTTACA-TTAGTCAGTTT-----TGACAATTCACACTCTTTAAACATGACCTACATGATTC-TTCCATCGCAGGGA-GATAGAGGAGGAAACACTCTATCTGCCTCGTGCACA-CTCCTTT--ACT-GAGGTCTC-AG-----------------CTCTTATTACGTTTGTTTT----CA--GTAAGCA-TAGC-GT----G-AA--TTACC--ATCATAACA-TCAGACGCACGCA-ATCTTCA-GCAACT-TTTTTGGGTG-ATGTTTT-GGAAG-GCATATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|1 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggaCCTTCCGG-GCGGGTTTAACAGTTAGATTATACCAGTTGCT-GAATGTTC-AAAGCCATATCTAACAAACTATGT-T--CACTGGA-TTAGT-AACAA--TGAAA---------CTTCTAT---TATTGCCATAAGAATGCAATG---------------A---------------ATAAT---AAGGTGGAAAACACGGT-----TAT---AAAAATA-TTTG--TTCTTTTACACATTCAGAA-TCACA-AT---ACAT-TGTACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AA---CATTATTTTTAAATT-AATTTGTGAC--CA-TGTT-TA---AA-GG---------------TGT-C--ATCGGAAAAGTGATTTAT-GATTTT-ATATTCCA---------------------AT-AGTAA-GAGC--CAG----GTAAAGGTTTT-GTTAACCT-CA-CA-CCTCATG-GCA-ATTG-GCC-A-A--A-CACACGG--TTA-----AAACA---------CACGATTTCTGAAACCAGGCAAC---TGAGTAA-T--C-A---ATT---GCT-GT----AATGTACCC---CACTA---TACC-A-CA----T-T--TTCGACAC----GCACCCC-CT-CGA--T---------------TT------------------------CCTAATC--C-ACACTTTTGA-----------T-TGGCACC-----CAA--ATTC--TAT--GATTGCTG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----AGTTTTTTTACTTT----CATTAAA-AT---TGGTAGACTC-GGTTCAC-AGCTGATATCAGGCGAATA-GG-G--AAGG-A-AT-TCTTAATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTCCA---CACA-----CATTTAAAA------C-GC-TTGAAGCAGATTTTAAA-T-----ACTT-TATATTGA--AGC----T---------------AGA-TTAT---AATG----A--C---------G-------TTTTCA-AC--CGAT--CTTTGTAT-GA--------CAG----T--GGCT-GCTTTT--GAGGCGAT--GAGCTTATTCGTCTATgtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|10 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACACAATGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CGGGAT-CCTGAA--CAGGACACTT-TGCATAAAT--C-A---ATT---G-T-GT--A---TGT-CCC----A-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AA----GCA-ACC-GT-C-A--T---------------TTCCTAAATGTCATCTTTTGATAAAACCCAATC--TTACA-----GA-----------C-T-----C-----GAA--A--A--TAT-GGGATG-TGT--AC--AT--A-----CACAT---CACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGATAG-CTCGG-CTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GGAG--AA-ATA-AT-TCTT-ATCG-AATTTATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CGT---AAA---------A-CGGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTTAT---TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-TC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TTGGGCT-G--TTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATatca
gi|11 : tgGGTTTAA-AGTTGATTTATA--GTTT--TAGAATGTTC-AA----ACATATAGCAAACTATATATAGCGATGGA-TCTGT-AATAAATTAAGC---------CTTCTATATACATTGCCA-AATA-AACAATGCAGGTCACCTGTAAGA---------------AAAAAT-GCAGGTACAAA-CA-GGTA---T-ATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAat
gi|12 : aactctattccccttaatgccaccttttgacacactggccatttccttaaggcctttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtat-TTCACAG----G-----TATA-TT-----CG---AA-ATAGAGGGGAG--TGGGGTTAAT-A--C-ACATCAG--GATTA-GC---------ATAT-TCTG-ATTGCAATGCTTTCG---TCTGTTTTGGAATTCATATGCA---CACA------AC---ACA------C-AA-T---AA--TATTTGAAA-TACCCTTCTT-TAT-TTGAT-AGC----AA-ATCCCGTATCGATATA-TTAT---GATGCCTTA-TCTAGGACATAGTTTTGCTTTTCCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-TACTTTACGTCAGAATCTATGATG-G-TGTT--AGAGCG----GAGAGTTTTCGTCTAT
gi|12 : tttatttcatacagctcgaTT--GCAATG-CTTTCG----TCTGTTTT-GGAA-TTCATATGCACACAatcag
gi|13 : tttatttcatacagctcgattcacaggtatattcgaaatagaggggagtggggttaatacacatcaggattagcatattctgaC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-CGT--AC-TAT--AGAGTCTACATATCCACAATTTTA-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-TTATCAG--GAATA-GG-AGAAA-G-A-AT-TCTT-ATCGCA-------------------------------------CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-CAT-TTGAT-ACT----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATacacacaataatatttgaaatacccttctttatttgatagcaaatcccgtatcgatatattatgatgccttatctaggacatagttttgcttttccaactcgatctttgtttactttacgtcagaatctatgatggtgttagagcggagagttttcgtctatatcag
gi|14 : -CCC---CT-CA---T-CC-A-AA----TCT--TT-A--AT----GAG-CCA-CT-T-A--T---------------TT-----------------GACCAA-CTCAAACA-C-CCA-----GAGCTTAG-----T-T-----CGGATGTAA--A--AATCGT-GGGTTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----at
gi|15 : tagcaagccgattctaaatatgtaatcaccatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggattggtatccctttACTTAGTATTCTAATCAGAGACGTACATATGTAATACACACTTAGCGGCCT-ATAGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAAAGTCTGTTGCAA--ATGTGATA-TTTATAATGT-GT-----TAAAGTAAAGAACGTTA--TCATGTAAATAGGCA-ATTT--GAAATTAATCAGATCAAAATATTT---TATTG-TATGtgcgtgggattgagaggggactgtata
gi|16 : GTAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAA---AAA------C-AA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTGGT-T-GA--------TAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTTGTCTATgcc
gi|17 : tGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-C-TGCCTGCT-T-CA-CGATTTC--CAT-G-GGTGTC-AGC-A----TATGTGGTTATTTTT--CACTTTTG--TTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--at
gi|18 : GT-T-GG--------TGG----AAGGGCC-A-TTTC--GAGGCG-C--GAGA-T-TTCGTCTAT
gi|2 : tagttattgcttccatcttgatctttgtttattttacgtcagactatgACTTAGTATTATAA-CA---ATGTAAGCAT---ATACGTACT-AG--ACCTCATAGCGCAACGCT-CAA--TCG----CCAGGAAAATTA-T-ACAGAACTTAACGTAAAA--ATTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGTAATA----TA---TAAA-AAC-TTATTTCATGT-AACA-GCA-ACTTAAAAAATTAATCAGATA-GAATATCTATATATTGCTAT-CCGTGACCAGTGTCTTGCTTAGA-----GTGCAATATAA--CAAGTCGGTTTatc
gi|2 : TTGCAAGATATATGCGCATGT----AT-TTTAAACCGT-GCA---TTGTCACT-----CTAGT---TTTCCAGATG-CATT--ACA--TTTTCAA-AT--CCTCCAGGATTCTTTCCAG-GCAAG-A-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTC--CAT-G-GATCTCCAGCCA----TATGTGGTTACTTCTA-CACTTACGCTTCT--GCA--GTGAGCAATAAC-GT----G-TCTTTT-CC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAACACTTTCTCGCAATTATTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CTGGGTTTAA-AGTTGATT-ATAAGGATT--TAGAA-GTTC-AA---CACATATAACAA-CTATG-AT--CAATGGA-TTT-T---CAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATTTGCAGGTGCAACGC----TA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--CT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTAAT-----------AAAAACAT-ATTTT-TAATTTA--TAGTTACCACT-TATT-TATA-AATGGGCCGCGGGGGGGGGCTGTTC--ATCGGAAA--T--TGTATTGATTTTTATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC--CAGC---GTAAAGGTTTTTGTAAACCTTCA--A-CT--ATGCGCA-A--GAGCC-ACA--A-CACA-GG--T-A-----AAACG---------GACT-TTCCTGAA--CAG-AAACAT-TGCATAA-T--A-C---ATT---G-T-GTTAACAATGT-CCC----A-TA---T-CCCA-CAATTTT-T--TT-G--AA----GCA-CCC-CT---A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GT-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GCATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AGCAT---TGTAAG-CTC--GTTCACAAGCT-ATATCAG--GAATA-AG-G--AG-G-A-ATATCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------CAAA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-T--AT-AGC----TA-A------------AAA-TTAT---AATG------CC---------G-------TTTTCA-ACT-CGAT--CT---T-T-GA--------CAG----TAGGGCTAG---TT--GA-GCG-C--GA-A-TGTTCGTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcaagatatatgcgcatgtattttaaaccgtgcattgtcactctagttttccagatgcattacattttcaaatcctccaggattctttccaggcaagaggtagaggaacactttcctgcctgctgccacgatttccatggatctccagccatatgtggttacttctacacttacgcttctgcagtgagcaataacgtgtcttttccatctaaatagagcgaacactttctcgcaattatttttgggggtctgttttggaagttcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctccggctgggtttaaagttgattataaggatttagaagttcaacacatataacaactatgatcaatggattttcaaattaaaccttctatatacattgccaaagatgcaatacaaaaaatttgcaggtgcaacgctattatgaaaaaatattgcttttaacttcagaaatcaaataaattaacaataaataagtaataaaaacatatttttaatttatagttaccacttatttataaatgggccgcgggggggggctgttcatcggaaattgtattgatttttatattcaatagtagatgccagcgtaaaggtttttgtaaaccttcaactatgcgcaagagccacaacacaggtaaaacggactttcctgaacagaaacattgcataatacattgtgttaacaatgtcccatatcccacaatttttttgaagcacccctatttttgatgaacccaatctacagtctctaaaatatgcattgtgttactatacacattccacaagtttatttcatagcattgtaagctcgttcacaagctatatcaggaataaggaggaatatcttatcgcaattcattcgtcttgtgcacacacataaacaaactgaaggatttcaaattcttatattatagctaaaaattataatgccgttttcaactcgatctttgacagtagggctagttgagcgcgaatgttcgtctat
gi|20 : acttagtattataacaatgtaagcatatacgtactagacctcatagcgcaacgctcaatcgccaggaaaattatacagaacttaacgtaaaaattgttgcaaatgtgatactttaaaatgtaatatataaaaacttatttcatgtaacagcaacttaaaaaattaatcagatagaatatctatatattgctatccgtgaccagtgtcttgcttagagtgcaatataacaagtcggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATAGC--AACG-T-CAA--TCGATCTCCAGAAACTTTACT-GCAGGA----AC-T-AAA--TTTGTTG-AA--ATGTGATAC-TTAAAATAT-ATA----
gi|21 : AG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATAGGG-G--AA-G-N-NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-------------TGTG
gi|23 : AAATCAATCAGATC-GATTATTT--ATATTG-TTTGCCGTGA-AATTGTC
gi|24 : AA-CCCAATC--T-A-------GT-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-CG--TAC-TAT--
gi|3 : ---ACACGCA-T-AG--ACCTTA-AGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGA----ACGTAAAA---TTGTTGCAA--ATGT----C-----AATGT-ATA----TA---TAAA-AAT-TTA-T-CATGT-AACA-GCC-AATT--AAAATTAATCAGATC-GAATA-TT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-T---ACG-TGTGA-ATAT
gi|3 : GT----ATATTTAA-CCGTAGCACCGTTGTCACT---AATT--C---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTACA-AT--CCCTCATGATC-TTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AAAACTTT-C-TGCCTGCT-C-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA--ACTTTTGTTTTTAAGTAATATAAGCA-TAAC-GTCACGG-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-A-TTTC--GCAATT-TTTT---GGGTCTGTTTT-GGAAG-TCATATGCA-----CGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCCGGTCGGGGTTTAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTCAAA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAACCTTCTTAGGCTTCTATATACATTGTCA-AAGG-TGCAATACA-------------A---------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaaggtatatttaaccgtagcaccgttgtcactaattcttttgcaatacattttacaatccctcatgatctttccatgcagggaggtagaggaaaactttctgcctgctccacgattttcatgggtctcagcatgtgtggttacttttaacttttgtttttaagtaatataagcataacgtcacggtattttaccatctaaatagagcgaaatttcgcaattttttgggtctgttttggaagtcatatgcacgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctccggtcggggtttaaagttgatttatacaggtttagaatgttcaaacacatataacaaactatgtatcaatggatttgtaacaaattaaaccttcttaggcttctatatacattgtcaaaggtgcaatacaaa
gi|4 : acacgcatagaccttaagcgaacgtcaatctccaggaaaattactgcaggaacgtaaaattgttgcaaatgtcaatgtatatataaaaatttatcatgtaacagccaattaaaattaatcagatcgaatatttatattgtatgccgtgaaagtgtcttgctacgtgtgaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaagAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAGTA-T-----------A-------------------------GTTAC-ACTGTATT-TATT-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GTTTAT-ATATTC-ATTTTTTTTTTTTTTCCCAGAAATCAGTAG-ATGC-ACAG-----TAAGG--TTTTGTAAACCT-CA--A-CTCCATG-GCG-ATTGAGCC-A-A--AACAAA-GGAGT-ACCAATAAACAGCTGATCCTCAC-ATGCTTGAAG-CAGGAAACATCTGCATAA-TGCC-ACTCACTCTGG-TCGT--ACACGCT-CCCACGCA-TACAGT-CC-ATCA----A-TAGTG-A--ACCAAGGCA-CCCGCTAC-AGCT---------------TC---------------TTGATTAACCCCAATTCGT-ACA-----TG-----------CGT-----C-----TAAATA--G--TATGGGATCG-TTTGTACGTATTCA-----CACA--TCCATAA----
gi|4 : ATTCGATGCCT-------------TGTGCATCACGCAACTGTCAT---AAATCACCAC-GAACTGAAC--GATTTCAAAAT-----CCTTAT-T-TCGATTAGCCCTCTACA------------AGAGTTATGATAATG----AACC---------GT------TTTTCACACTACGATACTTTTGT-T-GA--------CAGCCA-TAGGGCT-G-CTTT--GAGGCG-C--GAGATTGTTCGTCTATtcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacctattcgatgccttgtgcatcacgcaactgtcataaatcaccacgaactgaacgatttcaaaatccttatttcgattagccctctacaagagttatgataatgaaccgtttttcacactacgatacttttgttgacagccatagggctgctttgaggcgcgagattgttcgtctatatcg
gi|5 : aatcaaataaattaaaataaataagtatagttacactgtatttattaatggtgttcatcggaaattttatgtttatatattcattttttttttttttcccagaaatcagtagatgcacagtaaggttttgtaaacctcaactccatggcgattgagccaaaacaaaggagtaccaataaacagctgatcctcacatgcttgaagcaggaaacatctgcataatgccactcactctggtcgtacacgctcccacgcatacagtccatcaatagtgaaccaaggcacccgctacagcttcttgattaaccccaattcgtacatgcgtctaaatagtatgggatcgtttgtacgtattcacacatccataatcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacct-------------A---------------AAAAT--GCACGTGCAAA-CA-GGTA---TC-TG-AAAAAATA-TT-G--TT--GTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATAA-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACG-TACTGTATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-TGTAGAATGCAACA-----GTAAATGGTTTTGTA------------------G-ACA-ATTGAGCCAA-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACG-TTTCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATTA--G-T-GT--ACATTGT-CCC---CA-TA---T--C-A-CA----T-G--TT-G--AC----GCA--CC-CT-C-A--TTTCCTTAATGCCACCTT---------------TTGATGAA-CAC-ATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GAATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTTATTGCAT--AA-AT---TGGTAG-CTC-GGTTCAC-AACT-ATATCAG--GAATA-G----------------------------------G---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--ATTTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------ATA-TTAT---AATG----A-CC---------G-------TTTTCA-ACT-TGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----T-TAGCT-G-TTTT--GAGGCG-CGAGAGA-TGTTCGTCTATatcg
gi|6 : ACTATATAT--CAATGGA-TTTGTTGATAA-TTAAAC---------CTTTCATA-ACATTGCCA-AAAA-AACAATACA-------------AGTTCACTTGTAAGAAAAAAAT-GCAGTTGCAAA-CA-GGTATAGTTTTGAAAAAAATAGTT-GTTTT--TTTA-AC-TT-AGAATGCA-ACATTTAAAATATT-GCATAT-AGAATAAGTA-TTAGACGGCCAGGAAA-CAT-ATCTT-AAATT-A--TAGTGGT-AC-------TATATAATGA---------------TGTTCATATCTGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAA-ATGC-ACAG----GTAAAGG-TTTTGTAAAACT-CAGCACCC--ATG-GCC-GTT-AGCC-A-GCTA-AACA-TG--T-A-----AAACA---------CACAATTCCAGAA--CAGGAAACAT-TTCATGA-T--CAA---ATT---G-T-GT--AC-ATGT-CCC---CT-TA---T-CC-A-Ca
gi|6 : ATTT-CCC---CT-TAA--TGCC-A-CC----T-T--TT-G--AC----ACA-CCC-CT-C-A--T---------------TTCCTTAATGCCACCTTTTGATGCA-CTCAATC--A-ACA-----GAGCTTAATTAGAC-C-----C-----CAA--A--A--TGT-GGATTG-TA--TAC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----G-----Tttggggatgtgtatagtatacaatccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcatcaaaaggtggcattaaggaaatgaggggtgtgtcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|7 : actatatatcaatggatttgttgataattaaacctttcataacattgccaaaaaaacaatacaagttcacttgtaagaaaaaaatgcagttgcaaacaggtatagttttgaaaaaaatagttgtttttttaacttagaatgcaacatttaaaatattgcatatagaataagtattagacggccaggaaacatatcttaaattatagtggtactatataatgatgttcatatctgaaattttatgattttatattcaatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaaactcagcacccatggccgttagccagctaaacatgtaaaacacacaattccagaacaggaaacatttcatgatcaaattgtgtacatgtccccttatccA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAATA-T-----------AAAA-CTT-AATTT-AAATT-A--TAGCGAC-ACT-G----TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAGACCTGTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-G---ATT---G-T-GT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--TATCCTTATGCCACC-TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-TTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-A--GA-A-A-AT-TCTT-------------TCG---TCT-------------TTTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGA----GATTTCAAA-T-----TCCTTTAT-T-GAT-AGC----TA-A------------AGA-TCAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-TGGA--------CAGA---TAGG--T-G-TTTTTGAAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|8 : -ATGCGCATGTTGATAT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT-----TTAGT---T--------G-CAAT--ACA--TTT-AAA-AT--CCCTCATGATCTTTTCCAT-GCAGGGAAGGTAGAGG----TTCACTTT-C-TGCCTGCTGC-AGTCGATTTTTTCATTG-GGTCTC-AGC-AATAATGTGTGGTTACTTTTAACATTTTTGTTGT---GCA--GTAAGCA-TAACCAT----GGTATTTTACCCAATC-TGA-AGT-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTT---GGGGTCTGTTTTTGGAAGTTCTTATGCACACATTGAAATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGG-CGGGGTATAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTC-CA---AAC-----ACAA------TAT--CAATGGATTTTGT-AACAAATTAAA----------CTTCTATATACGTTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAA--T-GCAGGTGC-AAACA-GGTA---TAGTG-AAAAAATA-a
gi|9 : g-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATGGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GTA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-A---ATT---G-T-TT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TTCCTTAATGCCATCTTTTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--CAT-GGATGG-TGG--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTTATTTCAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-AGAAA-G-A-AT-TCTT-ATCGCGATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------T-GA-C---AA--GATTTCAAA-T-----TCT-ATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---GATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAAGGAAATGAGGGGGGGGGGGGGGGTTCGTCAAAACGTAGCATTAAGCCTTAGGGGAAATAGATAAAAAAGTCTAAGGGGAAAAGAGTT
Unaligned ( gi|22 ): GGTCTAATTAAGCTCTGTTGATTGAGTTGGTCAAAAGGTGGCATTAAGGAAATGAGGGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 111 1 11 1111 11 22222 22222 111 11 111111 11111 2222 1 1 222 11 1 1 11 11 1 333333333 1 11 1 2222 1 1 1 1111 555555555555555555555 1 11 11 1 11 1 1111 222 111 11 222222 222 222 11 1111 11 1 11111 111 1 11 1111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 11 1111 2222222222 55555555555555555555555555555 111 1 111111 11 11 111 111 3333333333333333 1111 2222222 333333333333333 444444444444444444444 11 1111 11111111 11111 222222222 11 111 111111 111 222222222222222222222222222222222 22222222222 222 11111 111 1111111111 2222 1 222222222 2222222222222 11111 11111111 111 11111 1 222222222222 22222222222222222 11111111 1111 1
lowQualScore : 1 3 333 0 777 7 00 2 0 33 7777 8 8 8 11 88888 0 8 44444 0 999 0 11 777777 1 3 8 77777 0000 0 9 888 33 0 0 1 33 8 0 88 0 8 5 0 111111111 2 88 1 1 3 1111 0 0 0 9999 666666666666666666666 0 33 33 3 0 33 1 99 0 8 7777 111 111 8 11 8 8 8 000000 1 000 3 111 11 8 8 7777 8 0 0 11 0 22222 777 0 7 99 8 7777 0 8 0 55555 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 8 0 11 11 0 0 8 9999 0 0 7 99 6 88 7 9999999999 3 6 6 88888888888888888888888888888 777 8 6 888888 6 6 8 11 11 8 8 3 5 5 000 6 555 6 6 6 6 3333333333333333 6 6 0000 6 5555555 5 555555555555555 77 77 77 5 5 5 888888888888888888888 5 5 00 7777 4 9 5 44444444 5 5 0 5 5 66 5 5 66 5 22222 000000000 44 0 11 0 5 5 66 99999 333 5 5 333333 4 999999 111 8 4 4 9999 4 66 4 66 9999 4 4 666 66 222222222222222222222222222222222 0 8 88 3 99999 77777777777 3 99999 99999 55 55 55 3 3 777 3 55 00000 666 2222222222 5 1111 66 5 888 4 6 7 4 4 66 4 444444444 4 4 44 4444444 666 0000000000000 777 00000 777 22222222 4 3 444 4 00000 8 0 4 2 4 8888 4 000000000000 4 777 8888 4 33333333333333333 7 4 4 55 3 3 33333333 7777 2 3 44 55 3 55 0
lowQualScore : . . ... . ... . .. . . .. .... . . . .. ..... . . ..... . ... . .. ...... . . . ..... .... . . ... .. . . . .. . . .. . . . . ......... . .. . . . .... . . . .... ..................... . .. .. . . .. . .. . . .... ... ... . .. . . . ...... . ... . ... .. . . .... . . . .. . ..... ... . . .. . .... . . . ..... . ............................................................... . . . . .. .. . . . .... . . . .. . .. . .......... . . . ............................. ... . . ...... . . . .. .. . . . . . ... . ... . . . . ................ . . .... . ....... . ............... .. .. .. . . . ..................... . . .. .... . . . ........ . . . . . .. . . .. . ..... ......... .. . .. . . . .. ..... ... . . ...... . ...... ... . . . .... . .. . .. .... . . ... .. ................................. . . .. . ..... ........... . ..... ..... .. .. .. . . ... . .. ..... ... .......... . .... .. . ... . . . . . .. . ......... . . .. ....... ... ............. ... ..... ... ........ . . ... . ..... . . . . . .... . ............ . ... .... . ................. . . . .. . . ........ .... . . .. .. . .. .
lowQualScore : 0 3 333 7 555 0 55 5 0 88 6666 0 0 0 00 22222 6 0 88888 8 888 8 00 666666 0 2 0 88888 8888 0 0 888 22 0 0 0 88 0 8 66 8 0 0 0 000000000 0 00 0 0 3 2222 0 0 0 5555 888888888888888888888 0 88 88 2 0 88 2 88 0 0 0000 222 222 0 00 0 0 0 888888 4 000 8 666 00 0 0 0000 0 8 8 00 0 00000 555 0 0 00 0 2222 8 0 6 66666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 8 44 00 8 8 0 0000 8 6 3 22 7 33 3 2222222222 2 7 7 11111111111111111111111111111 777 0 7 777777 7 7 0 00 00 0 0 5 7 7 000 7 222 7 7 7 7 2222222222222222 7 7 8888 7 0000000 7 777777777777777 99 99 99 7 7 7 666666666666666666666 7 7 77 9999 9 4 0 22222222 0 0 4 0 0 99 0 0 99 0 55555 000000000 66 1 99 4 0 0 99 66666 888 0 0 666666 0 888888 000 0 0 0 4444 4 11 4 11 4444 4 4 222 11 888888888888888888888888888888888 1 0 66 6 11111 77777777777 6 11111 11111 00 00 00 6 6 999 6 00 00000 444 4444444444 0 2222 99 0 888 4 7 8 4 4 11 4 333333333 4 4 77 5555555 444 0000000000000 000 00000 000 11111111 0 2 666 0 00000 1 8 0 3 0 5555 0 555555555555 0 000 5555 0 22222222222222222 2 0 0 55 6 6 22222222 7777 3 6 99 00 6 00 9
consensus : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTCGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
Reference ( family-625 ) : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTCGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
gi|1 : TAGTATTTTTA-CA---ATGCCAGCAC---A-----GCT-AG--ACT--A-AGCG-AAAG-TGCAAGATCAT---CCAGAAACATTACTCGCAGGAC-----GTAAAA--GT----GCAATGATGT---ACTTTAAAAT-T-ATAATAGTA----AAA-AACATTA-T-CATG--AACA-GCACAATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTC-TATA-TG-TATTGCATGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTT
gi|1 : acTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AG-TTTAA-CTGT-GCAC---TGTCACTTACA-TTAGTCAGTTT-----TGACAATTCACACTCTTTAAACATGACCTACATGATTC-TTCCATCGCAGGGA-GATAGAGGAGGAAACACTCTATCTGCCTCGTGCACA-CTCCTTT--ACT-GAGGTCTC-AG-----------------CTCTTATTACGTTTGTTTT----CA--GTAAGCA-TAGC-GT----G-AA--TTACC--ATCATAACA-TCAGACGCACGCA-ATCTTCA-GCAACT-TTTTTGGGTG-ATGTTTT-GGAAG-GCATATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|1 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggaCCTTCCGG-GCGGGTTTAACAGTTAGATTATACCAGTTGCT-GAATGTTC-AAAGCCATATCTAACAAACTATGT-T--CACTGGA-TTAGT-AACAA--TGAAA---------CTTCTAT---TATTGCCATAAGAATGCAATG---------------A---------------ATAAT---AAGGTGGAAAACACGGT-----TAT---AAAAATA-TTTG--TTCTTTTACACATTCAGAA-TCACA-AT---ACAT-TGTACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AA---CATTATTTTTAAATT-AATTTGTGAC--CA-TGTT-TA---AA-GG---------------TGT-C--ATCGGAAAAGTGATTTAT-GATTTT-ATATTCCA---------------------AT-AGTAA-GAGC--CAG----GTAAAGGTTTT-GTTAACCT-CA-CA-CCTCATG-GCA-ATTG-GCC-A-A--A-CACACGG--TTA-----AAACA---------CACGATTTCTGAAACCAGGCAAC---TGAGTAA-T--C-A---ATT---GCT-GT----AATGTACCC---CACTA---TACC-A-CA----T-T--TTCGACAC----GCACCCC-CT-CGA--T---------------TT------------------------CCTAATC--C-ACACTTTTGA-----------T-TGGCACC-----CAA--ATTC--TAT--GATTGCTG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----AGTTTTTTTACTTT----CATTAAA-AT---TGGTAGACTC-GGTTCAC-AGCTGATATCAGGCGAATA-GG-G--AAGG-A-AT-TCTTAATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTCCA---CACA-----CATTTAAAA------C-GC-TTGAAGCAGATTTTAAA-T-----ACTT-TATATTGA--AGC----T---------------AGA-TTAT---AATG----A--C---------G-------TTTTCA-AC--CGAT--CTTTGTAT-GA--------CAG----T--GGCT-GCTTTT--GAGGCGAT--GAGCTTATTCGTCTATgtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|10 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACACAATGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CGGGAT-CCTGAA--CAGGACACTT-TGCATAAAT--C-A---ATT---G-T-GT--A---TGT-CCC----A-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AA----GCA-ACC-GT-C-A--T---------------TTCCTAAATGTCATCTTTTGATAAAACCCAATC--TTACA-----GA-----------C-T-----C-----GAA--A--A--TAT-GGGATG-TGT--AC--AT--A-----CACAT---CACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGATAG-CTCGG-CTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GGAG--AA-ATA-AT-TCTT-ATCG-AATTTATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CGT---AAA---------A-CGGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTTAT---TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-TC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TTGGGCT-G--TTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATatca
gi|11 : tgGGTTTAA-AGTTGATTTATA--GTTT--TAGAATGTTC-AA----ACATATAGCAAACTATATATAGCGATGGA-TCTGT-AATAAATTAAGC---------CTTCTATATACATTGCCA-AATA-AACAATGCAGGTCACCTGTAAGA---------------AAAAAT-GCAGGTACAAA-CA-GGTA---T-ATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAat
gi|12 : aactctattccccttaatgccaccttttgacacactggccatttccttaaggcctttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtat-TTCACAG----G-----TATA-TT-----CG---AA-ATAGAGGGGAG--TGGGGTTAAT-A--C-ACATCAG--GATTA-GC---------ATAT-TCTG-ATTGCAATGCTTTCG---TCTGTTTTGGAATTCATATGCA---CACA------AC---ACA------C-AA-T---AA--TATTTGAAA-TACCCTTCTT-TAT-TTGAT-AGC----AA-ATCCCGTATCGATATA-TTAT---GATGCCTTA-TCTAGGACATAGTTTTGCTTTTCCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-TACTTTACGTCAGAATCTATGATG-G-TGTT--AGAGCG----GAGAGTTTTCGTCTAT
gi|12 : tttatttcatacagctcgaTT--GCAATG-CTTTCG----TCTGTTTT-GGAA-TTCATATGCACACAatcag
gi|13 : tttatttcatacagctcgattcacaggtatattcgaaatagaggggagtggggttaatacacatcaggattagcatattctgaC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-CGT--AC-TAT--AGAGTCTACATATCCACAATTTTA-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-TTATCAG--GAATA-GG-AGAAA-G-A-AT-TCTT-ATCGCA-------------------------------------CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-CAT-TTGAT-ACT----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATacacacaataatatttgaaatacccttctttatttgatagcaaatcccgtatcgatatattatgatgccttatctaggacatagttttgcttttccaactcgatctttgtttactttacgtcagaatctatgatggtgttagagcggagagttttcgtctatatcag
gi|14 : -CCC---CT-CA---T-CC-A-AA----TCT--TT-A--AT----GAG-CCA-CT-T-A--T---------------TT-----------------GACCAA-CTCAAACA-C-CCA-----GAGCTTAG-----T-T-----CGGATGTAA--A--AATCGT-GGGTTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----at
gi|15 : tagcaagccgattctaaatatgtaatcaccatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggattggtatccctttACTTAGTATTCTAATCAGAGACGTACATATGTAATACACACTTAGCGGCCT-ATAGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAAAGTCTGTTGCAA--ATGTGATA-TTTATAATGT-GT-----TAAAGTAAAGAACGTTA--TCATGTAAATAGGCA-ATTT--GAAATTAATCAGATCAAAATATTT---TATTG-TATGtgcgtgggattgagaggggactgtata
gi|16 : GTAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAA---AAA------C-AA-CTGAAG---ATTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTGGT-T-GA--------TAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTTGTCTATgcc
gi|17 : tGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-C-TGCCTGCT-T-CA-CGATTTC--CAT-G-GGTGTC-AGC-A----TATGTGGTTATTTTT--CACTTTTG--TTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--at
gi|18 : GT-T-GG--------TGG----AAGGGCC-A-TTTC--GAGGCG-C--GAGA-T-TTCGTCTAT
gi|2 : tagttattgcttccatcttgatctttgtttattttacgtcagactatgACTTAGTATTATAA-CA---ATGTAAGCAT---ATACGTACT-AG--ACCTCATAGCGCAACGCT-CAA--TCG----CCAGGAAAATTA-T-ACAGAACTTAACGTAAAA--ATTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGTAATA----TA---TAAA-AAC-TTATTTCATGT-AACA-GCA-ACTTAAAAAATTAATCAGATA-GAATATCTATATATTGCTAT-CCGTGACCAGTGTCTTGCTTAGA-----GTGCAATATAA--CAAGTCGGTTTatc
gi|2 : TTGCAAGATATATGCGCATGT----AT-TTTAAACCGT-GCA---TTGTCACT-----CTAGT---TTTCCAGATG-CATT--ACA--TTTTCAA-AT--CCTCCAGGATTCTTTCCAG-GCAAG-A-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTC--CAT-G-GATCTCCAGCCA----TATGTGGTTACTTCTA-CACTTACGCTTCT--GCA--GTGAGCAATAAC-GT----G-TCTTTT-CC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAACACTTTCTCGCAATTATTTTTGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CTGGGTTTAA-AGTTGATT-ATAAGGATT--TAGAA-GTTC-AA---CACATATAACAA-CTATG-AT--CAATGGA-TTT-T---CAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATTTGCAGGTGCAACGC----TA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--CT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTAAT-----------AAAAACAT-ATTTT-TAATTTA--TAGTTACCACT-TATT-TATA-AATGGGCCGCGGGGGGGGGCTGTTC--ATCGGAAA--T--TGTATTGATTTTTATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC--CAGC---GTAAAGGTTTTTGTAAACCTTCA--A-CT--ATGCGCA-A--GAGCC-ACA--A-CACA-GG--T-A-----AAACG---------GACT-TTCCTGAA--CAG-AAACAT-TGCATAA-T--A-C---ATT---G-T-GTTAACAATGT-CCC----A-TA---T-CCCA-CAATTTT-T--TT-G--AA----GCA-CCC-CT---A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GT-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GCATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AGCAT---TGTAAG-CTC--GTTCACAAGCT-ATATCAG--GAATA-AG-G--AG-G-A-ATATCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------CAAA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-T--AT-AGC----TA-A------------AAA-TTAT---AATG------CC---------G-------TTTTCA-ACT-CGAT--CT---T-T-GA--------CAG----TAGGGCTAG---TT--GA-GCG-C--GA-A-TGTTCGTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcaagatatatgcgcatgtattttaaaccgtgcattgtcactctagttttccagatgcattacattttcaaatcctccaggattctttccaggcaagaggtagaggaacactttcctgcctgctgccacgatttccatggatctccagccatatgtggttacttctacacttacgcttctgcagtgagcaataacgtgtcttttccatctaaatagagcgaacactttctcgcaattatttttgggggtctgttttggaagttcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctccggctgggtttaaagttgattataaggatttagaagttcaacacatataacaactatgatcaatggattttcaaattaaaccttctatatacattgccaaagatgcaatacaaaaaatttgcaggtgcaacgctattatgaaaaaatattgcttttaacttcagaaatcaaataaattaacaataaataagtaataaaaacatatttttaatttatagttaccacttatttataaatgggccgcgggggggggctgttcatcggaaattgtattgatttttatattcaatagtagatgccagcgtaaaggtttttgtaaaccttcaactatgcgcaagagccacaacacaggtaaaacggactttcctgaacagaaacattgcataatacattgtgttaacaatgtcccatatcccacaatttttttgaagcacccctatttttgatgaacccaatctacagtctctaaaatatgcattgtgttactatacacattccacaagtttatttcatagcattgtaagctcgttcacaagctatatcaggaataaggaggaatatcttatcgcaattcattcgtcttgtgcacacacataaacaaactgaaggatttcaaattcttatattatagctaaaaattataatgccgttttcaactcgatctttgacagtagggctagttgagcgcgaatgttcgtctat
gi|20 : acttagtattataacaatgtaagcatatacgtactagacctcatagcgcaacgctcaatcgccaggaaaattatacagaacttaacgtaaaaattgttgcaaatgtgatactttaaaatgtaatatataaaaacttatttcatgtaacagcaacttaaaaaattaatcagatagaatatctatatattgctatccgtgaccagtgtcttgcttagagtgcaatataacaagtcggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATAGC--AACG-T-CAA--TCGATCTCCAGAAACTTTACT-GCAGGA----AC-T-AAA--TTTGTTG-AA--ATGTGATAC-TTAAAATAT-ATA----
gi|21 : AG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATAGGG-G--AA-G-N-NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNN---NNN-------------TGTG
gi|23 : AAATCAATCAGATC-GATTATTT--ATATTG-TTTGCCGTGA-AATTGTC
gi|24 : AA-CCCAATC--T-A-------GT-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-CG--TAC-TAT--
gi|3 : ---ACACGCA-T-AG--ACCTTA-AGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGA----ACGTAAAA---TTGTTGCAA--ATGT----C-----AATGT-ATA----TA---TAAA-AAT-TTA-T-CATGT-AACA-GCC-AATT--AAAATTAATCAGATC-GAATA-TT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-T---ACG-TGTGA-ATAT
gi|3 : GT----ATATTTAA-CCGTAGCACCGTTGTCACT---AATT--C---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTACA-AT--CCCTCATGATC-TTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AAAACTTT-C-TGCCTGCT-C-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA--ACTTTTGTTTTTAAGTAATATAAGCA-TAAC-GTCACGG-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-A-TTTC--GCAATT-TTTT---GGGTCTGTTTT-GGAAG-TCATATGCA-----CGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCCGGTCGGGGTTTAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTCAAA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAACCTTCTTAGGCTTCTATATACATTGTCA-AAGG-TGCAATACA-------------A---------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaaggtatatttaaccgtagcaccgttgtcactaattcttttgcaatacattttacaatccctcatgatctttccatgcagggaggtagaggaaaactttctgcctgctccacgattttcatgggtctcagcatgtgtggttacttttaacttttgtttttaagtaatataagcataacgtcacggtattttaccatctaaatagagcgaaatttcgcaattttttgggtctgttttggaagtcatatgcacgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctccggtcggggtttaaagttgatttatacaggtttagaatgttcaaacacatataacaaactatgtatcaatggatttgtaacaaattaaaccttcttaggcttctatatacattgtcaaaggtgcaatacaaa
gi|4 : acacgcatagaccttaagcgaacgtcaatctccaggaaaattactgcaggaacgtaaaattgttgcaaatgtcaatgtatatataaaaatttatcatgtaacagccaattaaaattaatcagatcgaatatttatattgtatgccgtgaaagtgtcttgctacgtgtgaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaagAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAGTA-T-----------A-------------------------GTTAC-ACTGTATT-TATT-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GTTTAT-ATATTC-ATTTTTTTTTTTTTTCCCAGAAATCAGTAG-ATGC-ACAG-----TAAGG--TTTTGTAAACCT-CA--A-CTCCATG-GCG-ATTGAGCC-A-A--AACAAA-GGAGT-ACCAATAAACAGCTGATCCTCAC-ATGCTTGAAG-CAGGAAACATCTGCATAA-TGCC-ACTCACTCTGG-TCGT--ACACGCT-CCCACGCA-TACAGT-CC-ATCA----A-TAGTG-A--ACCAAGGCA-CCCGCTAC-AGCT---------------TC---------------TTGATTAACCCCAATTCGT-ACA-----TG-----------CGT-----C-----TAAATA--G--TATGGGATCG-TTTGTACGTATTCA-----CACA--TCCATAA----
gi|4 : ATTCGATGCCT-------------TGTGCATCACGCAACTGTCAT---AAATCACCAC-GAACTGAAC--GATTTCAAAAT-----CCTTAT-T-TCGATTAGCCCTCTACA------------AGAGTTATGATAATG----AACC---------GT------TTTTCACACTACGATACTTTTGT-T-GA--------CAGCCA-TAGGGCT-G-CTTT--GAGGCG-C--GAGATTGTTCGTCTATtcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacctattcgatgccttgtgcatcacgcaactgtcataaatcaccacgaactgaacgatttcaaaatccttatttcgattagccctctacaagagttatgataatgaaccgtttttcacactacgatacttttgttgacagccatagggctgctttgaggcgcgagattgttcgtctatatcg
gi|5 : aatcaaataaattaaaataaataagtatagttacactgtatttattaatggtgttcatcggaaattttatgtttatatattcattttttttttttttcccagaaatcagtagatgcacagtaaggttttgtaaacctcaactccatggcgattgagccaaaacaaaggagtaccaataaacagctgatcctcacatgcttgaagcaggaaacatctgcataatgccactcactctggtcgtacacgctcccacgcatacagtccatcaatagtgaaccaaggcacccgctacagcttcttgattaaccccaattcgtacatgcgtctaaatagtatgggatcgtttgtacgtattcacacatccataatcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacct-------------A---------------AAAAT--GCACGTGCAAA-CA-GGTA---TC-TG-AAAAAATA-TT-G--TT--GTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-A-A-ATAA-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACG-TACTGTATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-TGTAGAATGCAACA-----GTAAATGGTTTTGTA------------------G-ACA-ATTGAGCCAA-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACG-TTTCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATTA--G-T-GT--ACATTGT-CCC---CA-TA---T--C-A-CA----T-G--TT-G--AC----GCA--CC-CT-C-A--TTTCCTTAATGCCACCTT---------------TTGATGAA-CAC-ATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GAATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTTATTGCAT--AA-AT---TGGTAG-CTC-GGTTCAC-AACT-ATATCAG--GAATA-G----------------------------------G---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--ATTTTCAAA-T-----TCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------ATA-TTAT---AATG----A-CC---------G-------TTTTCA-ACT-TGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----T-TAGCT-G-TTTT--GAGGCG-CGAGAGA-TGTTCGTCTATatcg
gi|6 : ACTATATAT--CAATGGA-TTTGTTGATAA-TTAAAC---------CTTTCATA-ACATTGCCA-AAAA-AACAATACA-------------AGTTCACTTGTAAGAAAAAAAT-GCAGTTGCAAA-CA-GGTATAGTTTTGAAAAAAATAGTT-GTTTT--TTTA-AC-TT-AGAATGCA-ACATTTAAAATATT-GCATAT-AGAATAAGTA-TTAGACGGCCAGGAAA-CAT-ATCTT-AAATT-A--TAGTGGT-AC-------TATATAATGA---------------TGTTCATATCTGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAA-ATGC-ACAG----GTAAAGG-TTTTGTAAAACT-CAGCACCC--ATG-GCC-GTT-AGCC-A-GCTA-AACA-TG--T-A-----AAACA---------CACAATTCCAGAA--CAGGAAACAT-TTCATGA-T--CAA---ATT---G-T-GT--AC-ATGT-CCC---CT-TA---T-CC-A-Ca
gi|6 : ATTT-CCC---CT-TAA--TGCC-A-CC----T-T--TT-G--AC----ACA-CCC-CT-C-A--T---------------TTCCTTAATGCCACCTTTTGATGCA-CTCAATC--A-ACA-----GAGCTTAATTAGAC-C-----C-----CAA--A--A--TGT-GGATTG-TA--TAC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----G-----Tttggggatgtgtatagtatacaatccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcatcaaaaggtggcattaaggaaatgaggggtgtgtcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|7 : actatatatcaatggatttgttgataattaaacctttcataacattgccaaaaaaacaatacaagttcacttgtaagaaaaaaatgcagttgcaaacaggtatagttttgaaaaaaatagttgtttttttaacttagaatgcaacatttaaaatattgcatatagaataagtattagacggccaggaaacatatcttaaattatagtggtactatataatgatgttcatatctgaaattttatgattttatattcaatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaaactcagcacccatggccgttagccagctaaacatgtaaaacacacaattccagaacaggaaacatttcatgatcaaattgtgtacatgtccccttatccA-A-AT---AAAT-TA-A-A-AT-A-AATAAATA-T-----------AAAA-CTT-AATTT-AAATT-A--TAGCGAC-ACT-G----TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAGACCTGTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-G---ATT---G-T-GT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--TATCCTTATGCCACC-TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-TTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-A--GA-A-A-AT-TCTT-------------TCG---TCT-------------TTTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGA----GATTTCAAA-T-----TCCTTTAT-T-GAT-AGC----TA-A------------AGA-TCAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-TGGA--------CAGA---TAGG--T-G-TTTTTGAAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|8 : -ATGCGCATGTTGATAT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT-----TTAGT---T--------G-CAAT--ACA--TTT-AAA-AT--CCCTCATGATCTTTTCCAT-GCAGGGAAGGTAGAGG----TTCACTTT-C-TGCCTGCTGC-AGTCGATTTTTTCATTG-GGTCTC-AGC-AATAATGTGTGGTTACTTTTAACATTTTTGTTGT---GCA--GTAAGCA-TAACCAT----GGTATTTTACCCAATC-TGA-AGT-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTT---GGGGTCTGTTTTTGGAAGTTCTTATGCACACATTGAAATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGG-CGGGGTATAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTC-CA---AAC-----ACAA------TAT--CAATGGATTTTGT-AACAAATTAAA----------CTTCTATATACGTTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAA--T-GCAGGTGC-AAACA-GGTA---TAGTG-AAAAAATA-a
gi|9 : g-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATGGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GTA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-A---ATT---G-T-TT--ACA-TGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TTCCTTAATGCCATCTTTTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--CAT-GGATGG-TGG--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----G-----TTTA-TTTATTTCAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-AGAAA-G-A-AT-TCTT-ATCGCGATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------T-GA-C---AA--GATTTCAAA-T-----TCT-ATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---GATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
blockSeqs : C T GAG GTA T C T CG TCAT C C . . GATCT . CTTAA AGT . GATACT T G A A AAGT G G TTT TA G . T AA A AT C G C TTAGA A . T G T TGAT A A A CCGT CTAGTTTTCCAGA . . . T . . C CT . A . CC GC T TT T . C AATAA A AAC C TAA AT A C CACG G CA . AGT . C C TC A TTGG T T CACAT T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T T . AG . A C A AG T TG A CCTTCTTAGG T . . AGTTCACTTGTAAGAA TTT G . TAGTTT A G . TT . . . A . C TTA A AC T A G A TAGACGGCCAGGAAA . . TA C TGTATT T GCCGCGGGGGGGGGC AT . . T T . TTTTTTTTTTTTTTCCCAGAA C A AA ACCT T T T GCACCC C C A C CT A . AG . CCAAT GCTGATCCT GA G C A GC ACTC CTG . C TAACAA . ACGCA CAG G C T ATTT C AG . . CAAG . G AC GC TTCCTAAATGTCATCTTT A CG T . GCTTAATTAGA G . GGATG AT . AT G . TGT G TC GAGTC TAT TTTTA . ATTG . C AGA . G G A . . G AGAAAT T A A CAATGCT ATG GTTTTGGAATTCA TCA ACTGT . TCACCAC A G T A ACCCT A . T T CCTC C TCCCGTATCGAT G GAT CCTT A TAGGACATAGTTTTGCT T C A AC . G CTTTACGT AATC T A T TG . GA G
blockSeqs : A . . . T C . . TAT . . . . T . CA A . GATAT A G . A T . . T T . . C . . T . G . TACG . . . . . . CT AATTCTTT . . . T . . T TT . . . C GC . . . . . CA A AC T T . . . . . . . AT . . T . . TCG . T . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G . CA . . C A . . A A C T . . GGTCACCTGTAAGA AT A . TTA . . . . . . . A . . . . GC . . . . AAAAA . . A . GTACTG . . . . . . . . . . . A C G T . ACTCC . . . . . . . . . . . AA . . . . AA A . . ACAC . CT A . . . . . . . . . . . C . TTCCTTAATGCCACCTTT C A . . GCTTAG . . . . . . . . TT . . . TC G . ATTT . . . . G G . . . . AGAAAG . . A TAATTCA . . . . . CA . T G . . A . T . . . . . . . . GT C . . . . . . CCA A . T . . . T
blockSeqs : . C . . . TTA . . . . G . A T . GATAC A A . A T . . T T . . A . . . . G . . . . . T TTAGTT . . . . . . T T . . . C T . . . . . A G C T T . . . . . . . AT . . . . . T . T . G . CA . . A A . . A A C T . . A AT . . TAG . . . . . . . A . . . . A . . . . AAAA . . A . TTATT . . . . . . . . . . . A . T T . CACT . . . . . . . . . . . GA . . . . A . . . ACAT . CA . . . . . . . . . . . . T . TTCCTTAATGCCACCTTT . . . . . . . . . . . . . T . . . TT G . . . . . . G G . . . . AGAAAG . . A CAATTCA . . . . . C . T G . . A . T . . . . . . . . GT T . . . . . . A A . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . A . . C . G . . . . . . . . C C . . . . . A G A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A A C T . . A T . . TA . . . . . . . A . . . . A . . . . AAAA . . A . TG . . . . . . . . . . . A . T T . CACT . . . . . . . . . . . GA . . . . C . . . ACA . CT . . . . . . . . . . . . C . TTCCTTAATGCCATCTTT . . . . . . . . . . . . . T . . . TC G . . . . . . G . . . . . GAGG . . A NNNNNNN . . . . . C . T A . . T . T . . . . . . . . GT T . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A T . . TC . . T . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . CACT . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . ACA . CT . . . . . . . . . . . . C . ATCCTTATGCCACCTTT . . . . . . . . . . . . . T . . . T G . . . . . . G . . . . . GAAG . . N CGATTCA . . . . . C . T G . . A . C . . . . . . . . GT T . . . . . . . A . C . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . ACA . CA . . . . . . . . . . . . C . TTT . . . . . . . . . . . . . T . . . T G . . . . . . G . . . . . AGAA . . A AATTTA . . . . . C . T G . . . . T . . . . . . . . GT T . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . A . CA . . . . . . . . . . . . C . TCT . . . . . . . . . . . . . T . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . C . T . . . . . T . . . . . . . . GT . . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . T . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** T**** ** GATAC* A**** ** **** C** C** A***** AC* T** ** TG** ** C*** AT* ** A** AAAA************ A*** TGTACT* ** ** A* CACT**** ** ACA*** CN**** ** C** TTCCTTAATGCCACCTTT*************** ***** ***** ** G********* ** ** AGAAAG*** A* *** G** GT*************** T*
originalCons : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCG----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATACTTTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT-TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTT-CCTGCCTGCTGC-CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTCGGGGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TA-ACA-AT-A-AATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACT-TATT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGC-ACAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACAATGT-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CT-C-A--T---------------TT---------------TTGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GG-G--AA-G-A-AT-TCTT-ATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
finalCons : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TCT----CCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATAC-TTAAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTT--ATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTTTC--TGCCTGCTC--CA-CGATTTT--CAT-G-GGTCTC-AGCA-----TGTGTGGTTACTTTTAC-ACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT-TTTTG--GGGTCTGTTTT-GGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AAC---ACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAAAT-GCAGGTGCAAAACA-GGTA---TTATG-AAAAAATA-TT-G--TT--TTTA-AC-TTCAGAAATCA-A-AT---AAAT-TAA--A-AT-A-AATAAGTA-TAAAA------------CAT-ATTTT-AAATTA---TAGTGAC-ACTGTACT-TATA-AATGG---------------TGTTC--ATCGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC-A---------------------AT-AGTAG-ATGCA-CAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CACACT----ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--A-CACA-GG--T-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GTACA---TGT-CCCCN----TA---T-CC-A-CA----T-T--TT-G--AC----GCA-CCC-CTC--A--TTTCCTTAATGCCACCTTT---------------TGATGAA-CCCAATC--T-ACA-----GA-----------C-T-----C-----TAA--A--A--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAAG---------TTTA-TTT----CAT--AA-AT---TGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAG--GAATA-GGAGAAAG---A-AT-TCTTA-TCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAGG--ATTTCAAA-T-----TCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CCGT---------------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-GT-TTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAAGGAAATGAGGGGGGGGGGGGGGGTTCGTCAAAACGTAGCATTAAGCCTTAGGGGAAATAGATAAAAAAGTCTAAGGGGAAAAGAGTT
Unaligned ( gi|22 ): GGTCTAATTAAGCTCTGTTGATTGAGTTGGTCAAAAGGTGGCATTAAGGAAATGAGGGG
Alignments
lowQualScore : 1 222 111 1 11 1111 11 2222 22222 2222 11 111111111 11111 2222 1 1 222 11 1 1 11 11 1 333333333 1 11 1 2222 1 1 1 1111 555555555555555555555 1 11 11 1 11 1 1111 11 11 11 11 11 222222 222 222 11 1111 11 1 11111 111 1 11 11 1 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 11 11 1111 2222222222 777777777777777777777777777777 111111 11 11 2222222222 3333333333333333 1111 111 333333333333333 555555555555555555555 11 1111 11111111 1 11111 222222222 11 111 111111 11111 1111 11111111111111111 1111111111 222 11111 111 2222222222 1111 222 222222222222222222222222222222 2222222222222 11111 11111111 111 11111 1 222222222222 22222222222222222 11111111 1111 1
lowQualScore : 1 3 333 0 777 7 00 2 0 33 7777 8 8 8 11 5555 0 8 44444 0000 0 11 222222222 1 3 8 77777 0000 0 9 888 33 0 0 1 33 8 99 0 0 8 5 0 111111111 2 88 1 1 3 1111 0 0 0 9999 666666666666666666666 0 33 33 3 0 33 1 99 0 8 7777 11 8 11 11 11 11 8 8 8 000000 1 000 3 111 11 8 8 7777 8 0 0 11 0 22222 777 0 7 99 3 11 0 8 8 8 0 55555 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 8 0 11 11 0 0 8 9999 0 0 7 99 6 88 7 9999999999 3 6 6 444444444444444444444444444444 6 7 9 6 888888 6 6 8 11 11 8 8 3 5 5 99 6 9999999999 6 6 3333333333333333 6 6 0000 7777 888 1 555555555555555 77 77 77 5 5 444444444444444444444 5 5 00 7777 4 9 5 44444444 5 5 0 0 5 66 5 66 5 22222 000000000 44 0 11 0 5 5 66 99999 333 4 4 66 8 3 3 333333 55555 3 3 8888 55 4 4444 3 3 7777 1 44 88 3 3 55 6 66666666666666666 3 3 5555555555 55 55 3 3 777 3 55 00000 888 0 3333333333 5 0000 66 5 4 444 4 4 66 9999 3 999999999999999999999999999999 555 4444444 777 2222222222222 777 00000 777 22222222 4 3 444 44444 8 0 4 4 8888 4 000000000000 4 777 8888 4 88888888888888888 2 4 4 55 3 3 33333333 7777 2 3 44 55 3 55 0
lowQualScore : . . ... . ... . .. . . .. .... . . . .. .... . . ..... .... . .. ......... . . . ..... .... . . ... .. . . . .. . .. . . . . . ......... . .. . . . .... . . . .... ..................... . .. .. . . .. . .. . . .... .. . .. .. .. .. . . . ...... . ... . ... .. . . .... . . . .. . ..... ... . . .. . .. . . . . . ..... . ............................................................... . . . . .. .. . . . .... . . . .. . .. . .......... . . . .............................. . . . . ...... . . . .. .. . . . . . .. . .......... . . ................ . . .... .... ... . ............... .. .. .. . . ..................... . . .. .... . . . ........ . . . . . .. . .. . ..... ......... .. . .. . . . .. ..... ... . . .. . . . ...... ..... . . .... .. . .... . . .... . .. .. . . .. . ................. . . .......... .. .. . . ... . .. ..... ... . .......... . .... .. . . ... . . .. .... . .............................. ... ....... ... ............. ... ..... ... ........ . . ... ..... . . . . .... . ............ . ... .... . ................. . . . .. . . ........ .... . . .. .. . .. .
lowQualScore : 0 3 333 7 555 0 55 5 0 88 6666 0 0 0 00 0000 6 0 88888 6666 8 00 888888888 0 2 0 88888 8888 0 0 888 22 0 0 0 88 0 00 8 8 0 0 0 000000000 0 00 0 0 3 2222 0 0 0 5555 888888888888888888888 0 88 88 2 0 88 2 88 0 0 0000 00 0 22 00 00 00 0 0 0 888888 4 000 8 666 00 0 0 0000 0 8 8 00 0 00000 555 0 0 00 8 00 0 0 0 0 6 66666 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 8 44 00 8 8 0 0000 8 6 3 22 7 33 3 2222222222 2 7 7 555555555555555555555555555555 7 3 8 7 777777 7 7 0 00 00 0 0 5 7 7 22 7 2222222222 7 7 2222222222222222 7 7 8888 2222 333 4 777777777777777 99 99 99 7 7 333333333333333333333 7 7 77 9999 9 4 0 22222222 0 0 4 0 0 99 0 99 0 55555 000000000 66 1 99 4 0 0 99 66666 888 4 4 11 0 6 6 666666 55555 6 6 5555 55 0 0000 6 6 7777 2 66 66 6 6 00 7 99999999999999999 3 6 9999999999 00 00 6 6 999 6 00 00000 444 8 1111111111 0 6666 99 0 4 666 4 4 11 4444 6 888888888888888888888888888888 222 2222222 000 0000000000000 000 00000 000 11111111 0 2 666 00000 1 8 0 0 5555 0 555555555555 0 000 5555 0 11111111111111111 3 0 0 55 6 6 22222222 7777 3 6 99 00 6 00 9
consensus : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TC----TCCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATAC-TT-AAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATT--TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTT--TC-TGCCTGCT-NCA--CGAT--TTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT--TTTTNGGG-T-CTG-TTTTGGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAAAT-GCAGGTGCAAAACA-GGTAT---TATGAAAAAA-TA-TT-GTT--TTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-ATAAATT--AA-AATA----------AA-TAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACTGTACT-TATAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC---------------------AAT-AGTAGA-TGCA-CAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--ACACA-G--GT-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACA-TG-T-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----TT--TT-GAC----GCACCCC-TC-ATT----TCCTTAAT--GCCAC--CT-T-TTGAT--GAA-CCCAATC--T-AC-----------AGA-C-TC----------TAA--AA--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATA----GGAG-------AA--------AGAAT--------TCTTA-TCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-----TTCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
Reference ( family-625 ) : ACTTAGTATTNTAA-CA---ACGTAAGCAT---ATACGCACT-AG--ACCTCATAGCG-AACG-T-CAA--TC----TCCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAA--NTTGTTGCAA--ATGTGATAC-TT-AAAATGT-ATA----TA---TAAA-AACGTTA-TTCATGT-AACA-GCA-ANTT--AAAATTAATCAGATC-GAATATT--TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACG-TGTGAGATATAAACCAAGTCGGNTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGCAGNACA-ATGCGCATGT----AT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT---A-TTAGT---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTAAA-AT--CCCTCATGATCCTTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AACACTT--TC-TGCCTGCT-CCA--CGAT--TTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA-CACTTTTGTTTTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAATT--TTTTGGGG-T-CTG-TTTTGGAAGTTCATATGCACACATCGNGATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CNGGGTTTAA-AGTTGATTTATACGGGTT--TAGAATGTTC-AA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAAAT-GCAGGTGCAAAACA-GGTAT---TATGAAAAAA-TA-TT-GTT--TTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-ATAAATT--AA-AATA----------AA-TAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-ACTGTACT-TATAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC---------------------AAT-AGTAGA-TGCA-CAG----GTAAAGGTTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GCA-ATTGAGCC-A-A--ACACA-G--GT-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATT---G-T-GT--ACA-TG-T-CCC---CN-TA---T-CC-A-CA----TT--TT-GAC----GCACCCC-TC-ATT----TCCTTAAT--GCCAC--CT-T-TTGAT--GAA-CCCAATC--T-AC-----------AGA-C-TC----------TAA--AA--TAT-GGATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTCGGGTTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATA----GGAG-------AA--------AGAAT--------TCTTA-TCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--GATTTCAAA-----TTCTTATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT
gi|1 : TAGTATTTTTA-CA---ATGCCAGCAC---A-----GCT-AG--ACT--A-AGCG-AAAG-TGCAAGATCA---TCCAGAAACATTACTCGCAGGAC-----GTAAAA--GT----GCAATGATGT---AC-TTTAAAAT-T-ATAATAGTA----AAA-AACATTA-T-CATG--AACA-GCACAATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATTC-TATA-TG-TATTGCATGA-AAGTGTCTTGC-TGGAACGTTGTGAGATATAAACCAAGTCGGGTT
gi|1 : acTTGCAGTACA-ATGCGCATGT----AG-TTTAA-CTGT-GCAC---TGTCACTTACA-TTAGTCAGTTT-----TGACAATTCACACTCTTTAAACATGACCTACATGATTC-TTCCATCGCAGGGA-GATAGAGGAGGAAACACTCTATC-TGCCTCGT-GCA--CACTCCTTT--ACT-GAGGTCTC-AG-----------------CTCTTATTACGTTTGTTTT----CA--GTAAGCA-TAGC-GT----G-AA--TTACC--ATCATAACA-TCAGACGCACGCA-ATCTTCA-GCAACT--TTTTTGGG-TGATG-TTTTGGAAG-GCATATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|1 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggaCCTTCCGG-GCGGGTTTAACAGTTAGATTATACCAGTTGCT-GAATGTTC-AAAGCCATATCTAACAAACTATGT-T--CACTGGA-TTAGT-AACAA--TGAAA---------CTTCTAT---TATTGCCATAAGAATGCAATG-------------------------------AATAAT-A-AGGTGGAAAACACGGT-----TAT--AAAAA-TA-TTTGTTCTTTT--ACACATTCAGAA-TCACA-ATACATTGTAC-AATA----------AA-TAAGTA-T-----------AA---CATTATTTTTAAATT-AATTTGTGAC-CATGT----T-TAAA-GG---------------TGT-CAT--CGGAAAAGTGATTTAT-GATTTT-ATATTCC--------------------AAT-AGTAAG-AGC--CAG----GTAAAGGTTTT-GTTAACCT-CA-CA-CCTCATG-GCA-ATTG-GCC-A-A--ACACACG--GTTA-----AAACA---------CACGATTTCTGAAACCAGGCAAC---TGAGTAA-T--C-A---ATT---GCT-GT--A-A-TG-TACCC---CACTA---TACC-A-CA----TT--TTCGACAC--GCACCCCCTCGATT----TCCT-AAT---CCACA-CT-T-TTGATTGGCA-CCCAA---------------------A-T-TC----------TA---------T-G-ATTGCTGT--AC-TAT--A-----CACAT--CCACAA----AGTTTTTTTACTTT----CATTAAA-ATTGGTAGACTCGG-TTCAC-AGCTGATATCAGGCGAATA----GG-G-------AA--------GGAAT--------TCTTAATCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTCCA---CACA-----CATTTAAAA------C-GC-TTGAAGCAGATTTTAAA-----TACTT-TATATTGA--AGC----T---------------AGA-TTAT---AATG----A--C---------G-------TTTTCA-AC--CGAT--CTTTGTAT-GA--------CAG----T--GGCT-GCTTTT--GAGGCGAT--GAGCTTATTCGTCTATgtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaccttccgggcgggtttaacagttagattataccagttgctgaatgttcaaagccatatctaacaaactatgttcactggattagtaacaatgaaacttctattattgccataagaatgcaatgaataataaggtggaaaacacggttataaaaatatttgttcttttacacattcagaatcacaatacattgtacaataaataagtataacattatttttaaattaatttgtgaccatgtttaaaggtgtcatcggaaaagtgatttatgattttatattccaatagtaagagccaggtaaaggttttgttaacctcacacctcatggcaattggccaaacacacggttaaaacacacgatttctgaaaccaggcaactgagtaatcaattgctgtaatgtaccccactataccacattttcgacacgcaccccctcgatttcctaatccacacttttgattggcacccaaattctatgattgctgtactatacacatccacaaagtttttttactttcattaaaattggtagactcggttcacagctgatatcaggcgaatagggaaggaattcttaatcgcaattcattcgtcttgtccacacacatttaaaacgcttgaagcagattttaaatactttatattgaagctagattataatgacgttttcaaccgatctttgtatgacagtggctgcttttgaggcgatgagcttattcgtctatatca
gi|10 : actagtatttttacaatgccagcacagctagactaagcgaaagtgcaagatcatccagaaacattactcgcaggacgtaaaagtgcaatgatgtactttaaaattataatagtaaaaaacattatcatgaacagcacaattaaaattaatcagatcgaatattctatatgtattgcatgaaagtgtcttgctggaacgttgtgagatataaaccaagtcgggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgacccgctactagaaggattgcagtacaatgcgcatgtagtttaactgtgcactgtcacttacattagtcagttttgacaattcacactctttaaacatgacctacatgattcttccatcgcagggagatagaggaggaaacactctatctgcctcgtgcacactcctttactgaggtctcagctcttattacgtttgttttcagtaagcatagcgtgaattaccatcataacatcagacgcacgcaatcttcagcaacttttttgggtgatgttttggaaggcatatgcagtactgcaaaaaccagtccaagaaaacaggtttctcctataatagtaaccgatttccgaggcaggctctcccatcttccaccccacgtattataagaaagtgccgccccccccaTTTTGTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACACAATGAGCC-A-A--ACACA-G--GT-A-----AAACA---------CGGGAT-CCTGAA--CAGGACACTT-TGCATAAAT--C-A---ATT---G-T-GT--A---TG-T-CCC----A-TA---T-CC-A-CA----TT--TT-GAA----GCAACCG-TC-ATT----TCCTAAAT--GTCAT--CT-T-TTGAT--AAAACCCAATC--TTAC-----------AGA-C-TC----------GAA--AA--TAT-GGGATG-TGT--AC--AT--A-----CACAT---CACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGATAG-CTCGG-CTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATA----GGAG-------AA--------ATAAT--------TCTTA-TCG-AATTTATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CGT---AAA---------A-CGGAAG---ATTTCAAA-----TTCTTAT---TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-TC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TTGGGCT-G--TTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATatca
gi|11 : tg-T-CCC---CT-TAA--TGCC-A-CC----TT--TT-GAC----ACACTGG-CC-ATT----TCCTTAAG--GCCat
gi|11 : aactctatGGTTTAA-AGTTGATTTATA--GTTT--TAGAATGTTC-AA----ACATATAGCAAACTATATATAGCGATGGA-TCTGT-AATAAATTAAGC---------CTTCTATATACATTGCCA-AATA-AACAATGCAGGTCACCTGTAAGA---------------AAAAAT-GCAGGTAC-AAACA-GGTA----TATGAAAAAA-TA-TT-GTT--TTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-ATAAtttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtatggtttaaagttgatttatagttttagaatgttcaaacatatagcaaactatatatagcgatggatctgtaataaattaagccttctatatacattgccaaataaacaatgcaggtcacctgtaagaaaaaatgcaggtacaaacaggtatatgaaaaaatattgtttttaacttcagaaatcaaataa
gi|12 : aactctattccccttaatgccaccttttgacacactggccatttccttaaggcctttctattgctttcccctcagagaatttttgataatgaaatgaaaacgttaaaaaaaatgtat-----TTTA-TTT----CAT--A-------CAG-CTCGA-TTCAC-AGGT-ATATTCGA--AATAGAGGGGAGTGGGGTTAATACACATCAGGATTAGCATATTCTGA-TTGCAATGCTTTCG---TCTGTTTTGGAATTCATATGCA---CACA------AC---ACA------C-AA-T---AA--TATTTGAAATACCCTTCTT-TAT-TTGAT-AGC----AA-ATCCCGTATCGATATA-TTAT---GATGCCTTA-TCTAGGACATAGTTTTGCTTTTCCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-TACTTTACGTCAGAATCTATGATG-G-TGTT--AGAGCG----GAGAGTTTTCGTCTAT
gi|12 : TT--GCAATG--CTTTCG---T-CTG-TTTTGGAA-TTCATATGCACACAatcag
gi|13 : tttatttcatacagctcgattcacaggtatattcgaaatagaggggagtggggttaatacacatcaggattagcatattctgaC--T-AC-----------AGA-C-TC----------TAA--AA--TAT-GGATTG-CGT--AC-TAT--AGAGTCTACATATCCACAATTTTA-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTCGG-TTCAC-AGCT-TTATCAGG--AATA----GGAG-------AA--------AGAAT--------TCTTA-TCGCA-------------------------------------CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG---ATTTCAAA-----TTCTT-CAT-TTGAT-ACT----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATacacacaataatatttgaaatacccttctttatttgatagcaaatcccgtatcgatatattatgatgccttatctaggacatagttttgcttttccaactcgatctttgtttactttacgtcagaatctatgatggtgttagagcggagagttttcgtctatatcag
gi|14 : -T-AT--ACA--G-T-CCC---C-------T-CT---CA----AT--CC-CAC----GCACCCC-TC-ATCCAAATCTTTAATGAGCCAC--TTAT-TTGAC--CAA-CTCAAACA-C-CC-----------AGAGC-TTAGTTCGGATGTAA--AAATCGT-GGGTTG-TG--TAC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----at
gi|15 : tagcaagccgattctaaatatgtaatcaccatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaggattggtatccctttACTTAGTATTCTAATCAGAGACGTACATATGTAATACACACTTAGCGGCCT-ATAGCG-AACG-T-CAA--TC----TCCAGGAAAATTACT-GCAGGAC---ACGTAAAAAGTCTGTTGCAA--ATGTGATAT-TT-ATAATGT-GT-----TAAAGTAAAGAACGTTA--TCATGTAAATAGGCA-ATTT--GAAATTAATCAGATCAAAATATT--T-TATTG-TATG
gi|16 : GTAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAA---AAA------C-AA-CTGAAG---ATTTCAAA-----TTCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---AATG----A-CC---------GT------TTT-CA-ACT-CGAT--CTTGGT-T-GA--------TAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTTGTCTATgcc
gi|17 : tGGGA-GGTAGAGG----AACACTT--TC-TGCCTGCT-TCA--CGAT--TTC--CAT-G-GGTGTC-AGC-A----TATGTGGTTATTTTT--CACTTTTG--TTT--GCA--GTAAGCA-TAAC-GT----G-TATTTTACC--at
gi|18 : GT-T-GG--------TGG----AAGGGCC-A-TTTC--GAGGCG-C--GAGA-T-TTCGTCTAT
gi|19 : tagttattgcttccatcttgatctttgtttattttacgtcagactatgCTTAAT--GCTAC--GT-T-TTGAC--GAA-CCCatc
gi|2 : ttaaggaaatgaggggggggggggACTTAGTATTATAA-CA---ATGTAAGCAT---ATACGTACT-AG--ACCTCATAGCGCAACGCT-CAA--TC----GCCAGGAAAATTA-T-ACAGAACTTAACGTAAAA--ATTGTTGCAA--ATGTGATACTTT-AAAATGTAATA----TA---TAAA-AAC-TTATTTCATGT-AACA-GCA-ACTTAAAAAATTAATCAGATA-GAATATCTATATATTGCTAT-CCGTGACCAGTGTCTTGCTTAGA-----GTGCAATATAA--CAAGTCGGTTTccttaggggaaatagataaaaaagtctaaggggaaaagagtt
gi|2 : TTGCAAGATATATGCGCATGT----AT-TTTAAACCGT-GCA---TTGTCACT-----CTAGT---TTTCCAGATG-CATT--ACA--TTTTCAA-AT--CCTCCAGGATTCTTTCCAG-GCAAG-A-GGTAGAGG----AACACTT--TCCTGCCTGCTGCCA--CGAT--TTC--CAT-G-GATCTCCAGCCA----TATGTGGTTACTTCTA-CACTTACGCTTCT--GCA--GTGAGCAATAAC-GT----G-TCTTTT-CC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAACACTTTCTCGCAATTATTTTTGGGGGT-CTG-TTTTGGAAGTTCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTCCGG-CTGGGTTTAA-AGTTGATT-ATAAGGATT--TAGAA-GTTC-AA---CACATATAACAA-CTATG-AT--CAATGGA-TTT-T---CAAATTAAAC---------CTTCTATATACATTGCCA-AAGA-TGCAATACA-------------A---------------AAAATTTGCAGGTGCAACGC----TAT---TATGAAAAAA-TA-TT-GCT--TTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-ATAAATT--AACAATA----------AA-TAAGTAAT-----------AAAAACAT-ATTTT-TAATTTA--TAGTTACCACT-TATT-TATAAATGGGCCGCGGGGGGGGGCTGTTCAT--CGGAAA--T--TGTATTGATTTTTATATTC---------------------AAT-AGTAGA-TGC--CAGC---GTAAAGGTTTTTGTAAACCTTCA--A-CT--ATGCGCA-A--GAGCC-ACA--ACACA-G--GT-A-----AAACG---------GACT-TTCCTGAA--CAG-AAACAT-TGCATAA-T--A-C---ATT---G-T-GTTAACAATG-T-CCC----A-TA---T-CCCA-CAATTTTT--TT-GAA----GCACCCC-T---------------AT----------T-T-TTGAT--GAA-CCCAATC--T-AC-----------AGT-C-TC----------TAA--AA--TAT-GCATTG-TGT-TAC-TAT--A-----CACAT-TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AGCATTGTAAG-CTC--GTTCACAAGCT-ATATCAGG--AATA------AG-------GA--------GGAATA-------TCTTA-TCGCAATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------CAAA-CTGAAG--GATTTCAAA-----TTCTTATAT-T--AT-AGC----TA-A------------AAA-TTAT---AATG------CC---------G-------TTTTCA-ACT-CGAT--CT---T-T-GA--------CAG----TAGGGCTAG---TT--GA-GCG-C--GA-A-TGTTCGTCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgcaagatatatgcgcatgtattttaaaccgtgcattgtcactctagttttccagatgcattacattttcaaatcctccaggattctttccaggcaagaggtagaggaacactttcctgcctgctgccacgatttccatggatctccagccatatgtggttacttctacacttacgcttctgcagtgagcaataacgtgtcttttccatctaaatagagcgaacactttctcgcaattatttttgggggtctgttttggaagttcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccctccggctgggtttaaagttgattataaggatttagaagttcaacacatataacaactatgatcaatggattttcaaattaaaccttctatatacattgccaaagatgcaatacaaaaaatttgcaggtgcaacgctattatgaaaaaatattgcttttaacttcagaaatcaaataaattaacaataaataagtaataaaaacatatttttaatttatagttaccacttatttataaatgggccgcgggggggggctgttcatcggaaattgtattgatttttatattcaatagtagatgccagcgtaaaggtttttgtaaaccttcaactatgcgcaagagccacaacacaggtaaaacggactttcctgaacagaaacattgcataatacattgtgttaacaatgtcccatatcccacaatttttttgaagcacccctatttttgatgaacccaatctacagtctctaaaatatgcattgtgttactatacacattccacaagtttatttcatagcattgtaagctcgttcacaagctatatcaggaataaggaggaatatcttatcgcaattcattcgtcttgtgcacacacataaacaaactgaaggatttcaaattcttatattatagctaaaaattataatgccgttttcaactcgatctttgacagtagggctagttgagcgcgaatgttcgtctat
gi|20 : acttagtattataacaatgtaagcatatacgtactagacctcatagcgcaacgctcaatcgccaggaaaattatacagaacttaacgtaaaaattgttgcaaatgtgatactttaaaatgtaatatataaaaacttatttcatgtaacagcaacttaaaaaattaatcagatagaatatctatatattgctatccgtgaccagtgtcttgcttagagtgcaatataacaagtcggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATAGC--AACG-T-CAA--TCGATCTCCAGAAACTTTACT-GCAGGA----AC-TAAA---TTTGTTG-AA--ATGTGATAC-TT-AAAATAT-ATA----
gi|21 : AG-CTCGG-TTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATA----GGGG-------AA--------
gi|22 : CCCC-TC-ATT----TCCTTAAT--GCCAC--CT-T-TTGAC--CAA-CTCAATC--A-AC-----------AGA-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtg
gi|23 : ggtctaattaagcAAATCAATCAGATC-GATTATT--TATATTG-TTTGCCGTGA-AATTGTC
gi|24 : AA-CCCAATC--T-A-------------GT-C-TC----------TAA--AA--TAT-GGATTG-CG--TAC-TAT--
gi|3 : ---ACACGCA-T-AG--ACCTTA-AGCG-AACG-T-CAA--TC----TCCAGGAAAATTACT-GCAGGA----ACGTAAAA---TTGTTGCAA--ATGT----C------AATGT-ATA----TA---TAAA-AAT-TTA-T-CATGT-AACA-GCC-AATT--AAAATTAATCAGATC-GAATATT--TATATTG-TATGCCGTGA-AAGTGTCTTGC-T---ACG-TGTGA-ATAT
gi|3 : GT----ATATTTAA-CCGTAGCACCGTTGTCACT---AATT--C---TTT-----TG-CAAT--ACA--TTTTACA-AT--CCCTCATGATC-TTTCCAT-GCAGGGA-GGTAGAGG----AAAACTT--TC-TGCCTGCT-CCA--CGAT--TTT--CAT-G-GGTCTC-AGC-A----TGTGTGGTTACTTTTA--ACTTTTGTTTTTAAGTAATATAAGCA-TAAC-GTCACGG-TATTTTACC--ATC-TAA-A-T-AGA---GCGAA-A-TTTC--GCAATT--TTTT-GGG-T-CTG-TTTTGGAAG-TCATATGCA-----CGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCCGGTCGGGGTTTAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTCAAA---CACATATAACAAACTATGTAT--CAATGGA-TTTGT-AACAAATTAAACCTTCTTAGGCTTCTATATACATTGTCA-AAGG-TGCAATACA-------------A---------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaaggtatatttaaccgtagcaccgttgtcactaattcttttgcaatacattttacaatccctcatgatctttccatgcagggaggtagaggaaaactttctgcctgctccacgattttcatgggtctcagcatgtgtggttacttttaacttttgtttttaagtaatataagcataacgtcacggtattttaccatctaaatagagcgaaatttcgcaattttttgggtctgttttggaagtcatatgcacgtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctccggtcggggtttaaagttgatttatacaggtttagaatgttcaaacacatataacaaactatgtatcaatggatttgtaacaaattaaaccttcttaggcttctatatacattgtcaaaggtgcaatacaaa
gi|4 : acacgcatagaccttaagcgaacgtcaatctccaggaaaattactgcaggaacgtaaaattgttgcaaatgtcaatgtatatataaaaatttatcatgtaacagccaattaaaattaatcagatcgaatatttatattgtatgccgtgaaagtgtcttgctacgtgtgaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaggcaaagtaatcgagtgcgccgattaagAATCA-A-ATAAATT--AA-AATA----------AA-TAAGTA-T-----------A-------------------------GTTAC-ACTGTATT-TATTAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA--T--TTTAT-GTTTAT-ATATTCATTTTTTTTTTTTTTCCCAGAAATCAGTAGA-TGCA-CA-----GTAAGG--TTTTGTAAACCT-CA--A-CTCCATG-GCG-ATTGAGCCAA-A--ACAAA-GGAGT-ACCAATAAACAGCTGATCCTCAC-ATGCTTGAAG-CAGGAAACATCTGCATAA-TGCC-ACTCACTCTGG-TCGT--ACA-CGCT-CCCACGCA-TACAGT-CC-ATCA----ATAGTG-AACCAAGGCACCC----------------------GCTACAGCT-TCTTGAT--TAACCCCAATTCGT-AC-----------ATG-CGTC----------TAAATAG--TATGGGATCG-TTTGTACGTATTCA-----CACA--TCCATAA----
gi|4 : ATTCGATGCCT-------------TGTGCATCACGCAACTGTCAT---AAATCACCAC-GAACTGAAC--GATTTCAAAA----TCCTTAT-T-TCGATTAGCCCTCTACA------------AGAGTTATGATAATG----AACC---------GT------TTTTCACACTACGATACTTTTGT-T-GA--------CAGCCA-TAGGGCT-G-CTTT--GAGGCG-C--GAGATTGTTCGTCTATtcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacctattcgatgccttgtgcatcacgcaactgtcataaatcaccacgaactgaacgatttcaaaatccttatttcgattagccctctacaagagttatgataatgaaccgtttttcacactacgatacttttgttgacagccatagggctgctttgaggcgcgagattgttcgtctatatcg
gi|5 : aatcaaataaattaaaataaataagtatagttacactgtatttattaatggtgttcatcggaaattttatgtttatatattcattttttttttttttcccagaaatcagtagatgcacagtaaggttttgtaaacctcaactccatggcgattgagccaaaacaaaggagtaccaataaacagctgatcctcacatgcttgaagcaggaaacatctgcataatgccactcactctggtcgtacacgctcccacgcatacagtccatcaatagtgaaccaaggcacccgctacagcttcttgattaaccccaattcgtacatgcgtctaaatagtatgggatcgtttgtacgtattcacacatccataatcacaccacagttattgttggcgagatcacttagcgaaagattggagctgagcttcggttcacagacgcttattgacatacagccagcctacagaactgtaattagggaaggaaacagatcaagcttccctccctactccgtcacct---------------AAAAAT-GCACGTGCAAA-CA-GGTAT---C-TGAAAAAA-TA-TT-GTT--GTT--A-AC-TTCAGAAATCA-A-ATAAATT--AA-AATA----------AAATAAGTA-T-----------AAAA-CAT-ATTTT-AAATT-A--TAGTGAC-AC-GTACTGTATAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC---------------------AAT-TGTAGAATGCAACAG-----TAAATGGTTTTGTA------------------G-ACA-ATTGAGCCAA-A--ACACA-G--GT-A-----AAACA---------CACG-TTTCTGAA--CAGGAAACAT-TGCATAA-T--C-A---ATTA--G-T-GT--ACATTG-T-CCC---CA-TA---T--C-A-CA----TG--TT-GAC----GCA-CCC-TC-ATT----TCCTTAAT--GCCAC--CT-T-TTGAT--GAA-CAC-ATC--T-AC-----------AGA-C-TC----------TAA--AA--TAT-GAATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTTATTGCAT--AA-ATTGGTAG-CTC-GGTTCAC-AACT-ATATCAGG--AATA----GG--------------------------------TCTT------------------------------------GTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGAAG--ATTTTCAAA-----TTCTT-TAT-TTGAT-AGC----TA-A------------ATA-TTAT---AATG----A-CC---------G-------TTTTCA-ACT-TGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----T-TAGCT-G-TTTT--GAGGCG-CGAGAGA-TGTTCGTCTATatcg
gi|6 : ACTATATAT--CAATGGA-TTTGTTGATAA-TTAAAC---------CTTTCATA-ACATTGCCA-AAAA-AACAATACA-------------AGTTCACTTGTAAGAAAAAAAT-GCAGTTGCAAA-CA-GGTATAGTTTTGAAAAAAATAGTT-GTT--TTTTTA-AC-TT-AGAATGCA-ACAT---TT--AA-AATATTGCATATAGAA-TAAGTA-TTAGACGGCCAGGAAA-CAT-ATCTT-AAATT-A--TAGTG------GTACTATATAA-TGA---------------TGTTCATATCTGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC---------------------AAT-AGTAAA-TGCA-CAG----GTAAAGG-TTTTGTAAAACT-CAGCACCC--ATG-GCC-GTT-AGCC-A-GCTAAACA-T--GT-A-----AAACA---------CACAATTCCAGAA--CAGGAAACAT-TTCATGA-T--CAA---ATT---G-T-GT--ACA-TG-T-CCC---CT-TA---T-CC-A-Ca
gi|6 : CA-TT-T-CCC---CT-TAA--TGCC-A-CC----TT--TT-GAC----ACACCCC-TC-ATT----TCCTTAAT--GCCAC--CT-T-TTGAT--GCA-CTCAATC--A-ACAGAGCTTAATTAGA-C-CC----------CAA--AA--TGT-GGATTG-TA--TAC-TAT--A-----CACAT-CCC-CAA----G-----Tttggggatgtgtatagtatacaatccacattttggggtctaattaagctctgttgattgagtgcatcaaaaggtggcattaaggaaatgaggggtgtgtcaaaaggtggcattaaggggaaatggataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|7 : actatatatcaatggatttgttgataattaaacctttcataacattgccaaaaaaacaatacaagttcacttgtaagaaaaaaatgcagttgcaaacaggtatagttttgaaaaaaatagttgtttttttaacttagaatgcaacatttaaaatattgcatatagaataagtattagacggccaggaaacatatcttaaattatagtggtactatataatgatgttcatatctgaaattttatgattttatattcaatagtaaatgcacaggtaaaggttttgtaaaactcagcacccatggccgttagccagctaaacatgtaaaacacacaattccagaacaggaaacatttcatgatcaaattgtgtacatgtccccttatccA-A-ATAAATT--AA-AATA----------AA-TAAATA-T-----------AAAA-CTT-AATTT-AAATT-A--TAGCGAC-ACTGTA-----TAAATGG---------------TGTTCAT--CGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC---------------------AAT-AGTAGA-TGCA-CAGACCTGTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-ACA-ATTGAGCC-A-A--ACACA-G--GT-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-G---ATT---G-T-GT--ACA-TG-T-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----TT--TT-GAC----GCACCCC-TC-ATA----TCCTT-AT--GCCAC--CT-T-TTGAT--GAA-CCCAATC--T-AC-----------AGA-C-TC----------TAA--AA--TAT-GGATTG-TG--TAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----G-----TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-TTC-GGTTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATA----GGAG-------AA----------AAT--------TCT-------------TTCG---TCT-------------TTTGCA---CACA-----CAT---AAA------C-GA-CTGA----GATTTCAAA-----TTCCTTTA--TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TCAT---AATG----A-CC---------GT------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-TGGA--------CAGA---TAGG--T-G-TTTTTGAAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTATgataaaaaggtttaaggggaaaa
gi|8 : -ATGCGCATGTTGATAT-TTTAA-CCGT-GCAC--TTGTCACT-----TTAGT---T--------G-CAAT--ACA--TTT-AAA-AT--CCCTCATGATCTTTTCCAT-GCAGGGAAGGTAGAGG----TTCACTT--TC-TGCCTGCT-GCAGTCGAT--TTTTTCATTG-GGTCTC-AGC-AATAATGTGTGGTTACTTTTAACATTTTTGTTGT---GCA--GTAAGCA-TAACCAT----GGTATTTTACCCAATC-TGA-AGT-AGA---GCGAA-ATTTTC--GCAA-T--TTTTGGGG-T-CTGTTTTTGGAAGTTCTTATGCACACATTGAAATATTGAAAAATATCCCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGG-CGGGGTATAA-AGTTGATTTATACAGGTT--TAGAATGTTC-CA---AAC-----ACAA------TAT--CAATGGATTTTGT-AACAAATTAAA----------CTTCTATATACGTTGCCA-AAGA-TGCAATAC------------------------------AAAAAT-GCAGGTGC-AAACA-GGTAT---AGTGAAAAAA-TA-a
gi|9 : g-TATAAATGG---------------TGTTCAT--GGGAAA--T--TTTAT-GATTTT-ATATTC---------------------AAT-AGTAGA-TGCA-CAG----GTAAAGGTTTT-GTAAACCT-CA-CA-CT--ATG-GTA-ATTGAGCC-A-A--ACACA-G--GT-A-----AAACA---------CACGATTCCTGAA--CAGGAAACAT-TACATAA-T--C-A---ATT---G-T-TT--ACA-TG-T-CCC---CA-TA---T-CC-A-CA----TT--TT-GAC----GCACCCC-TC-ATT----TCCTTAAT--GCCAT--CT-T-TTGAT--GAA-CCCAATC--T-AC-----------AGA-C-TC----------TAA--AA--CAT-GGATGG-TG--GAC-TAT--A-----CACA--TCCACAA----GTTTA-TTTA-TTT----CAT--AA-ATTGGTAG-CTC-GGTTCAC-AGCT-ATATCAGG--AATA----GGAG-------AA--------AGAAT--------TCTTA-TCGCGATTCATTCG---TCT-------------TGTGCA---CACA-----CAT---AAA------T-GA-C---AA--GATTTCAAA-----TTC-TATAT-TTGAT-AGC----TA-A------------AGA-TTAT---GATG----A-CC---------G-------TTTTCA-ACT-CGAT--CTTTGT-T-GA--------CAG----TAGGGCT-G-TTTT--GAGGCG-C--GAGA-TGTTCGTCTAT