lowQualScore : 1 1 222 11111 111111 2222222 1111 22222222222 333333333333333333333
lowQualScore : 33 3 0 1 3 3 44 3 2 44 888 555 3 6666 555 3 3 77777 77 4 3 1 3 3 33 6666 3 3 77 3 00000 9999 77 222222 44 3 6666 6 3 44 3 44 44 5555555 1111 22222222222 6 3 77 44 111111111111111111111 44 3 3
lowQualScore : .. . . . . . .. . . .. ... ... . .... ... . . ..... .. . . . . . .. .... . . .. . ..... .... .. ...... .. . .... . . .. . .. .. ....... .... ........... . . .. .. ..................... .. . .
lowQualScore : 55 6 0 2 1 1 22 3 8 66 888 444 1 5555 444 1 1 77777 33 0 1 1 1 1 77 5555 1 1 33 1 88888 9999 33 888888 22 1 5555 2 1 22 1 22 22 0000000 9999 55555555555 2 1 99 66 222222222222222222222 66 3 5
consensus : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAGG---CA-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACA-CCCA-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TAT-G--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
Reference ( gi|6 ) : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTTAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGGT--GACTATTAGG---CA-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACA-CCTA-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TAT-G--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|2 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTTAT-AGTGGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTAAAGGCT--GAATTTTAAG---CA-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACA-CCTA-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TAT-A--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATATA--A-AAATCA--ATATACATGTATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTCAA
gi|5 : cAGGGGTTCAAATTTTTTTTTCAT-AATAGCCAA-G-TTCG--GG-ACTTTAAGGGT--GAATTTTAGA---CA-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTACAC-----ATTG--GTAACACCCTA-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TAT-G--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAATATT--ATATT----CA------T-T--ATT-TA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCA
gi|4 : AGGGGTTCTAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAA-G-TCCG--GGCACTTGAAGGAT--GAATTTTAGA---CA-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-A-CCCA-T-TTTATTCA----T-CATTATA--AATT-A-AT-----TAT-GAAATTAACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AATA-AACA-AA--TA--CTA-------TTATT----TA------A-T--A---TA--G--AT--------------TT-----TTAATGA-TCTTTTTTTCAC
gi|3 : AGCGGTTCAA-CTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAGG---CA-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCATT-----ATTG--ATAACA-CCCA----TTA---A----T-CATAA-AT-AATTAA-ATAGAACTAT-----T--ACAT----T-TA--TGTG---T-G----A--G-AGGA-A--A-AA--CAACATA-------ATATCATA-CATAAT--T-T--A-T-TA--A--ATA-------------TT-----T--ATAA-TC-TTA-TTCACTTTAAg
gi|10 : AGGATTTCAA--TTT-TTTTTAT-GA--GT-AA-G-TC-G--AG-A-TTAAAGGAA--GGAT-CTAGG---CAGAG----TCCAAAGAAAAAAATTCACC-CAA--TCCAC-----ATTGG-ATTATA-CTTA-T-TTTA-ACA----TTCATTG-A--AATTAA-AG-----TAT----------AT---CT-TA--TTCATTTTTA----AATG-AATA-A--A-A----A--ACA-------A---C----TA------T-T--A-T-TA--A--AC--------------TT-----T--CAAA-T-TTTAATTCACTTta
gi|12 : AGGGGTTCAATACTT-TTATCATGAATAGC--A-A-TC----GG-GCTGAAAGGGT--GAATTTT-GG---CA-AG----CTCA-GAAAGAAA---TGTC--AT-ATC-A------ATTA--ATAACA-ACTA-T-TTT---------T-CATTA-A--AATTAA--------TATTG--AT--CAATA--CT-TAGGTGTGTTTT-G----GAAG-AATG-T--A-AA--TC--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-Taat
gi|16 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--tatttcac
gi|9 : GGGGTTCAAATATT-TTTTCAT-A-TAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAGG---CA-AG----TCCAAG-AAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----AT-G--ATAACA-CCCA-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TAT-G--AT--ACAT---T------TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------TATAAA-T-TAT-A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTA-TTCACTTTAA
gi|8 : GGGTTCAAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAATG-TCCG--G--ACTTGAAGGAT--GAATTTTAGA---CA-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-A-CCCA-T-TTTA-TCA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TAT-A--AT--ACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AAT-----A-AA--CA--A-A-------ATATT----CA------T-TTAA-TATA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTTTTTCACGTTGA
gi|7 : GGTTCAAAATTT-GTTTTAT-GATGGTCAA-G-TCTG--GG-ATTTAAAGGGT--GGATTCTAGG---CA-AG----TCCAAGGAAAAAA---TGACTCAA-GTCCAC-----ATTG--ATTACA-CTTA-A-TTTA-ACATCATT-CATTA-A--AATTAA-AG-----TAT-A--AT--ATAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATGAAATA-A--A-AA--CA--ATAT------GTATT----AA------A-C--AGT-CA--A--AT-----------------------------TCTTAAATTCACTT
gi|15 : -TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCC----G-AC-TGAA-GAT--GAAT-TTAGG---CA-AGTCCATCCAACGAAGAAA---TGTC-CAA-Gaa
gi|1 : aaaaa-AATGGTCAA-GATCCGAAGG-ACGTTAAGGAT--GAAT-TTAAGTGCCA-AG----TCACAGGAAGAAA---TGT-------TCCACAATTAATTGCAGTAA-A-CCCA-TGTCTA-ACA----T-CA--A-ATCAATTAAGATG----TAT-A--ATA-ACATGTGCTGGA--TTTGTTTA-GAAATAATGAAATA-A--GTAA--C---ATA-------GTGTTGGTCCA------C-T--A-T-TG--ATGATGATGTAAAAGTATATT-----T--ATGAGTCTTTATTTCATT
gi|11 : AGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGATCGAAATTTTAG----CA-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAATGTCCAC-----ATTG--ATTATA-CCCATT-TTTA-ACA----T-C-TTA-A--A--TAG-AT-----TCA-G--AT--ACAT---C--TA---TTATTGT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAAT-----ATATT----CA------TATA-A-T-TAATA--AG--------------GT-----T--AT-A-TCTTTATTTCACTTTAAc
gi|13 : a---CA-AG----CCCACGGAAGAAA---TGTC-CAT-CTCCAC-----ATTG--ATAACA-CCAA-T-TTTA-ACA----T-CATTC-A--AATTAA-AT-----TAT-G--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AAAG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-C--A-T-TA--A--AT--------------CTTACGGT--ATGA-TCTTTATTTCATTTt
gi|14 : ttcgcAC-----ATTG--ATAACA-CCCA-T-TTCA-ACA----T-CAATA-A--AATTAA-AT-----TAT-G--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CATATAATT-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCATTTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222222 1111 11111111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 3 9 2 2 33 3 44 3 2 2 6666 555 2 2 77777 66 3 2 2 2 2 6666 2 2 66 5 00000 555 66 000000 33 2 6666 5 2 33 2 33 33 3333333 1111 99999999999 5 2 77 44 111111111111111111111 44 3 2
lowQualScore : . . . . . .. . .. . . . .... ... . . ..... .. . . . . . .... . . .. . ..... ... .. ...... .. . .... . . .. . .. .. ....... .... ........... . . .. .. ..................... .. . .
lowQualScore : 3 3 2 9 9 99 1 22 1 9 9 1111 000 9 9 11111 88 0 9 9 9 9 1111 9 9 88 7 00000 666 88 666666 99 9 1111 7 9 99 9 99 99 2222222 1111 66666666666 7 9 33 22 888888888888888888888 22 1 5
consensus : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
Reference ( family-6186 ) : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|1 : -AATGGTCAA-GATCCGAAGG-ACGTTAAGGAT--GAATTTAAGTGCCA-AG----TCACAGGAAGAAA---TGT-------TCCACAATTAATTGCAGTAA-ACCC-A-TGTCTA-ACA----T-CA--A-ATCAATTAAGATG----TATA--ATA-ACATGTGCTGGA--TTTGTTTA-GAAATAATGAAATA-A--GTAA--C---ATA-------GTGTTGGTCCA------C-T--A-T-TG--ATGATGATGTAAAAGTATATT-----T--ATGAGTCTTTATTTCATT
gi|10 : AGGATTTCAA--TTT-TTTTTAT-GA--GT-AA-G-TC-G--AG-A-TTAAAGGAA--GGATCT-AG-GC-AGAG----TCCAAAGAAAAAAATTCACC-CAA--TCCAC-----ATTGG-ATTATACTT-A-T-TTTA-ACA----TTCATTG-A--AATTAA-AG-----TAT---------AT---CT-TA--TTCATTTTTA----AATG-AATA-A--A-A----A--ACA-------A---C----TA------T-T--A-T-TA--A--AC--------------TT-----T--CAAA-T-TTTAATTCACTTc
gi|11 : AGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGATCGAAATTTTAG--C-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAATGTCCAC-----ATTG--ATTATACCC-ATT-TTTA-ACA----T-C-TTA-A--A--TAG-AT-----TCAG--AT--ACAT---C--TA---TTATTGT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAAT-----ATATT----CA------TATA-A-T-TAATA--AG--------------GT-----T--AT-A-TCTTTATTTCACTTTAAaat
gi|12 : aAGGGGTTCAATACTT-TTATCATGAATAG-CAA----TCG--GG--CTGAAAGGGT--GAATTTT-G-GC-A-AG----CTCA-GAAAGAAA---TGTC--AT-ATC-A------ATTA--ATAACAACT-A-T-TTT---------T-CATTA-A--AATTAATAT-----T--G--AT--CAATA--CT-TAGGTGTGTTTT-G----GAAG-AATG-T--A-AA--TC--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-Tt
gi|13 : C-A-AG----CCCACGGAAGAAA---TGTC-CAT-CTCCAC-----ATTG--ATAACACCA-A-T-TTTA-ACA----T-CATTC-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AAAG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-C--A-T-TA--A--AT--------------CTTACGGT--ATGA-TCTTTATTTCATTTtatttcac
gi|14 : ttcgcAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTCA-ACA----T-CAATA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CATATAATT-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCATTTTAA
gi|15 : -TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCC----G-AC-TGAA-GAT--GAA-TTTAG-GC-A-AGTCCATCCAACGAAGAAA---TGTC-CAA-Gt
gi|16 : aaaaaAGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--
gi|2 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTTAT-AGTGGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTAAAGGCT--GAATTTTAA-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCT-A-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATA--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATATA--A-AAATCA--ATATACATGTATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTCAA
gi|3 : cAGCGGTTCAA-CTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCATT-----ATTG--ATAACACCC-A----TTA---A----T-CATAA-AT-AATTAA-ATAGAACTAT----T--ACAT----T-TA--TGTG---T-G----A--G-AGGA-A--A-AA--CAACATA-------ATATCATA-CATAAT--T-T--A-T-TA--A--ATA-------------TT-----T--ATAA-TC-TTA-TTCACTTTAA
gi|4 : AGGGGTTCTAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAA-G-TCCG--GGCACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-ACCC-A-T-TTTATTCA----T-CATTATA--AATT-A-AT-----TATGAAATTAACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AATA-AACA-AA--TA--CTA-------TTATT----TA------A-T--A---TA--G--AT--------------TT-----TTAATGA-TCTTTTTTTCACta
gi|5 : AGGGGTTCAAATTTTTTTTTCAT-AATAGCCAA-G-TTCG--GG-ACTTTAAGGGT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTACAC-----ATTG--GTAACACCCTA-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAATATT--ATATT----CA------T-T--ATT-TA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCAg
gi|6 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTTAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGGT--GACTATTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCT-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|7 : GGTTCAAAATTT-GTTTTAT-GATGGTCAA-G-TCTG--GG-ATTTAAAGGGT--GGATTCTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAAAAA---TGACTCAA-GTCCAC-----ATTG--ATTACACTT-A-A-TTTA-ACATCATT-CATTA-A--AATTAA-AG-----TATA--AT--ATAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATGAAATA-A--A-AA--CA--ATAT------GTATT----AA------A-C--AGT-CA--A--AT-----------------------------TCTTAAATTCACTT
gi|8 : GGGTTCAAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAATG-TCCG--G--ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-ACCC-A-T-TTTA-TCA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATA--AT--ACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AAT-----A-AA--CA--A-A-------ATATT----CA------T-TTAA-TATA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTTTTTCACGTTGAaa
gi|9 : GGGGTTCAAATATT-TTTTCAT-A-TAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAA-GAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----A-TG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---T------TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------TATAAA-T-TAT-A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTA-TTCACTTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222222 1111 11111111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 3 9 2 2 33 3 44 3 2 2 6666 555 2 2 77777 66 3 2 2 2 2 6666 2 2 66 5 00000 555 66 000000 33 2 6666 5 2 33 2 33 33 3333333 1111 99999999999 5 2 77 44 111111111111111111111 44 3 2
lowQualScore : . . . . . .. . .. . . . .... ... . . ..... .. . . . . . .... . . .. . ..... ... .. ...... .. . .... . . .. . .. .. ....... .... ........... . . .. .. ..................... .. . .
lowQualScore : 3 3 2 9 9 99 1 22 1 9 9 1111 000 9 9 11111 88 0 9 9 9 9 1111 9 9 88 7 00000 666 88 666666 99 9 1111 7 9 99 9 99 99 2222222 1111 66666666666 7 9 33 22 888888888888888888888 22 1 5
consensus : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
Reference ( family-6186 ) : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|1 : -AATGGTCAA-GATCCGAAGG-ACGTTAAGGAT--GAATTTAAGTGCCA-AG----TCACAGGAAGAAA---TGT-------TCCACAATTAATTGCAGTAA-ACCC-A-TGTCTA-ACA----T-CA--A-ATCAATTAAGATG----TATA--ATA-ACATGTGCTGGA--TTTGTTTA-GAAATAATGAAATA-A--GTAA--C---ATA-------GTGTTGGTCCA------C-T--A-T-TG--ATGATGATGTAAAAGTATATT-----T--ATGAGTCTTTATTTCATT
gi|10 : AGGATTTCAA--TTT-TTTTTAT-GA--GT-AA-G-TC-G--AG-A-TTAAAGGAA--GGATCT-AG-GC-AGAG----TCCAAAGAAAAAAATTCACC-CAA--TCCAC-----ATTGG-ATTATACTT-A-T-TTTA-ACA----TTCATTG-A--AATTAA-AG-----TAT---------AT---CT-TA--TTCATTTTTA----AATG-AATA-A--A-A----A--ACA-------A---C----TA------T-T--A-T-TA--A--AC--------------TT-----T--CAAA-T-TTTAATTCACTTc
gi|11 : AGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGATCGAAATTTTAG--C-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAATGTCCAC-----ATTG--ATTATACCC-ATT-TTTA-ACA----T-C-TTA-A--A--TAG-AT-----TCAG--AT--ACAT---C--TA---TTATTGT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAAT-----ATATT----CA------TATA-A-T-TAATA--AG--------------GT-----T--AT-A-TCTTTATTTCACTTTAAaat
gi|12 : aAGGGGTTCAATACTT-TTATCATGAATAG-CAA----TCG--GG--CTGAAAGGGT--GAATTTT-G-GC-A-AG----CTCA-GAAAGAAA---TGTC--AT-ATC-A------ATTA--ATAACAACT-A-T-TTT---------T-CATTA-A--AATTAATAT-----T--G--AT--CAATA--CT-TAGGTGTGTTTT-G----GAAG-AATG-T--A-AA--TC--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-Tt
gi|13 : C-A-AG----CCCACGGAAGAAA---TGTC-CAT-CTCCAC-----ATTG--ATAACACCA-A-T-TTTA-ACA----T-CATTC-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AAAG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-C--A-T-TA--A--AT--------------CTTACGGT--ATGA-TCTTTATTTCATTTtatttcac
gi|14 : ttcgcAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTCA-ACA----T-CAATA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CATATAATT-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCATTTTAA
gi|15 : -TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCC----G-AC-TGAA-GAT--GAA-TTTAG-GC-A-AGTCCATCCAACGAAGAAA---TGTC-CAA-Gt
gi|16 : aaaaaAGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--
gi|2 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTTAT-AGTGGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTAAAGGCT--GAATTTTAA-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCT-A-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATA--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATATA--A-AAATCA--ATATACATGTATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTCAA
gi|3 : cAGCGGTTCAA-CTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCATT-----ATTG--ATAACACCC-A----TTA---A----T-CATAA-AT-AATTAA-ATAGAACTAT----T--ACAT----T-TA--TGTG---T-G----A--G-AGGA-A--A-AA--CAACATA-------ATATCATA-CATAAT--T-T--A-T-TA--A--ATA-------------TT-----T--ATAA-TC-TTA-TTCACTTTAA
gi|4 : AGGGGTTCTAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAA-G-TCCG--GGCACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-ACCC-A-T-TTTATTCA----T-CATTATA--AATT-A-AT-----TATGAAATTAACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AATA-AACA-AA--TA--CTA-------TTATT----TA------A-T--A---TA--G--AT--------------TT-----TTAATGA-TCTTTTTTTCACta
gi|5 : AGGGGTTCAAATTTTTTTTTCAT-AATAGCCAA-G-TTCG--GG-ACTTTAAGGGT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTACAC-----ATTG--GTAACACCCTA-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAATATT--ATATT----CA------T-T--ATT-TA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCAg
gi|6 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTTAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGGT--GACTATTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCT-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|7 : GGTTCAAAATTT-GTTTTAT-GATGGTCAA-G-TCTG--GG-ATTTAAAGGGT--GGATTCTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAAAAA---TGACTCAA-GTCCAC-----ATTG--ATTACACTT-A-A-TTTA-ACATCATT-CATTA-A--AATTAA-AG-----TATA--AT--ATAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATGAAATA-A--A-AA--CA--ATAT------GTATT----AA------A-C--AGT-CA--A--AT-----------------------------TCTTAAATTCACTT
gi|8 : GGGTTCAAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAATG-TCCG--G--ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-ACCC-A-T-TTTA-TCA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATA--AT--ACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AAT-----A-AA--CA--A-A-------ATATT----CA------T-TTAA-TATA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTTTTTCACGTTGAaa
gi|9 : GGGGTTCAAATATT-TTTTCAT-A-TAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAA-GAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----A-TG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---T------TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------TATAAA-T-TAT-A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTA-TTCACTTTAA
blockSeqs : T T G T . . C CG . . G TCCA ATT T T . G T T T . T TCAT T T T T AGAAC GAA TA ACT GG T . A T AC . AT AC TACATGT ATA TATAATTT T A AT . CTTACGG TA . A
blockSeqs : A . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . CT . . . . . . . . . ATATT . TAATTT G . T . ATT . . T
blockSeqs : A . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G . CT . . . . . . . . . AT . TATAA . . . . TT . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G . CT . . . . . . . . . T . TATA . . . . GT . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G . CT . . . . . . . . . . . TTTA . . . . TT . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . CT . . . . . . . . . . . TT . . . . CT . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G . CT . . . . . . . . . . . TT . . . . TT . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G . CT . . . . . . . . . . . TC . . . . TT . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . TT . . . . CT . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . AT . . . . TT . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . G . T . . . . . . . . . . . TT . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . AC . .
blockSeqCons : ** ***** ** ** ***** ** CT**** **** **** ** TT*******************
originalCons : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
finalCons : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACATCT----TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--ATTT-------------------T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222222 1111 11111111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 3 9 2 2 33 3 44 3 2 2 6666 555 2 2 77777 66 3 2 2 2 2 6666 2 2 66 5 00000 555 66 000000 33 2 6666 5 2 33 2 33 33 3333333 1111 99999999999 5 2 77 44 111111111111111111111 44 3 2
lowQualScore : . . . . . .. . .. . . . .... ... . . ..... .. . . . . . .... . . .. . ..... ... .. ...... .. . .... . . .. . .. .. ....... .... ........... . . .. .. ..................... .. . .
lowQualScore : 3 3 2 9 9 99 1 22 1 9 9 1111 000 9 9 11111 88 0 9 9 9 9 1111 9 9 88 7 00000 666 88 666666 99 9 1111 7 9 99 9 99 99 2222222 1111 66666666666 7 9 33 22 888888888888888888888 22 1 5
consensus : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
Reference ( family-6186 ) : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|1 : -AATGGTCAA-GATCCGAAGG-ACGTTAAGGAT--GAATTTAAGTGCCA-AG----TCACAGGAAGAAA---TGT-------TCCACAATTAATTGCAGTAA-ACCC-A-TGTCTA-ACA----T-CA--A-ATCAATTAAGATG----TATA--ATA-ACATGTGCTGGA--TTTGTTTA-GAAATAATGAAATA-A--GTAA--C---ATA-------GTGTTGGTCCA------C-T--A-T-TG--ATGATGATGTAAAAGTATATT-----T--ATGAGTCTTTATTTCATT
gi|10 : AGGATTTCAA--TTT-TTTTTAT-GA--GT-AA-G-TC-G--AG-A-TTAAAGGAA--GGATCT-AG-GC-AGAG----TCCAAAGAAAAAAATTCACC-CAA--TCCAC-----ATTGG-ATTATACTT-A-T-TTTA-ACA----TTCATTG-A--AATTAA-AG-----TAT---------AT---CT-TA--TTCATTTTTA----AATG-AATA-A--A-A----A--ACA-------A---C----TA------T-T--A-T-TA--A--AC--------------TT-----T--CAAA-T-TTTAATTCACTTc
gi|11 : AGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGATCGAAATTTTAG--C-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAATGTCCAC-----ATTG--ATTATACCC-ATT-TTTA-ACA----T-C-TTA-A--A--TAG-AT-----TCAG--AT--ACAT---C--TA---TTATTGT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAAT-----ATATT----CA------TATA-A-T-TAATA--AG--------------GT-----T--AT-A-TCTTTATTTCACTTTAAaat
gi|12 : aAGGGGTTCAATACTT-TTATCATGAATAG-CAA----TCG--GG--CTGAAAGGGT--GAATTTT-G-GC-A-AG----CTCA-GAAAGAAA---TGTC--AT-ATC-A------ATTA--ATAACAACT-A-T-TTT---------T-CATTA-A--AATTAATAT-----T--G--AT--CAATA--CT-TAGGTGTGTTTT-G----GAAG-AATG-T--A-AA--TC--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-Tt
gi|13 : C-A-AG----CCCACGGAAGAAA---TGTC-CAT-CTCCAC-----ATTG--ATAACACCA-A-T-TTTA-ACA----T-CATTC-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AAAG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-C--A-T-TA--A--AT--------------CTTACGGT--ATGA-TCTTTATTTCATTTtatttcac
gi|14 : ttcgcAC-----ATTG--ATAACACCC-A-T-TTCA-ACA----T-CAATA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CATATAATT-T--A-T-TA--A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCATTTTAA
gi|15 : -TTTTCAT-AATAGTCAA-G-TCC----G-AC-TGAA-GAT--GAA-TTTAG-GC-A-AGTCCATCCAACGAAGAAA---TGTC-CAA-Gt
gi|16 : aaaaaAGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--
gi|2 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTTAT-AGTGGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTAAAGGCT--GAATTTTAA-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCT-A-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATA--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATATA--A-AAATCA--ATATACATGTATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTCAA
gi|3 : cAGCGGTTCAA-CTTT-TTTTCAC-AATAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCATT-----ATTG--ATAACACCC-A----TTA---A----T-CATAA-AT-AATTAA-ATAGAACTAT----T--ACAT----T-TA--TGTG---T-G----A--G-AGGA-A--A-AA--CAACATA-------ATATCATA-CATAAT--T-T--A-T-TA--A--ATA-------------TT-----T--ATAA-TC-TTA-TTCACTTTAA
gi|4 : AGGGGTTCTAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAA-G-TCCG--GGCACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-ACCC-A-T-TTTATTCA----T-CATTATA--AATT-A-AT-----TATGAAATTAACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AATA-AACA-AA--TA--CTA-------TTATT----TA------A-T--A---TA--G--AT--------------TT-----TTAATGA-TCTTTTTTTCACta
gi|5 : AGGGGTTCAAATTTTTTTTTCAT-AATAGCCAA-G-TTCG--GG-ACTTTAAGGGT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-GAA-GTACAC-----ATTG--GTAACACCCTA-T-TCTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATAATATT--ATATT----CA------T-T--ATT-TA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTATTTCAg
gi|6 : AGGGGTTCAAATTTT-TTTTCAT-AATAGTTAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGGT--GACTATTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTG--ATAACACCT-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------T-T--A-T-TA--A--AT--------------CT-----T--ATGA-TCTTTATTTCACTTTAA
gi|7 : GGTTCAAAATTT-GTTTTAT-GATGGTCAA-G-TCTG--GG-ATTTAAAGGGT--GGATTCTAG-GC-A-AG----TCCAAGGAAAAAA---TGACTCAA-GTCCAC-----ATTG--ATTACACTT-A-A-TTTA-ACATCATT-CATTA-A--AATTAA-AG-----TATA--AT--ATAT---CT-TA--TTTGTTTT-G----AATGAAATA-A--A-AA--CA--ATAT------GTATT----AA------A-C--AGT-CA--A--AT-----------------------------TCTTAAATTCACTT
gi|8 : GGGTTCAAATTTT-TTTTCATTAATAGTCAATG-TCCG--G--ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-AC-A-AG----TCCAAGGAAG-AT---TGTC-CAA-GTCCAC-----ATTT--GGAA-ACCC-A-T-TTTA-TCA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATA--AT--ACAT----T-TA--TTTGGTTT-G----AATG-AAT-----A-AA--CA--A-A-------ATATT----CA------T-TTAA-TATA--G--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTTTTTCACGTTGAaa
gi|9 : GGGGTTCAAATATT-TTTTCAT-A-TAGTCAA-G-TCCG--GG-ACTTGAAGGAT--GAATTTTAG-GC-A-AG----TCCAA-GAAGAAA---TGTC-CAA-GTCCAC-----A-TG--ATAACACCC-A-T-TTTA-ACA----T-CATTA-A--AATTAA-AT-----TATG--AT--ACAT---T------TTTGTTTT-G----AATG-AATA-A--A-AA--CA--ATA-------ATATT----CA------TATAAA-T-TAT-A--AT--------------TT-----T--ATGA-TCTTTA-TTCACTTTAA