lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 55555555555555555555555 333333333333 33 11 2222222222222222222222 1 11 11111 11111 0000000000000000000000000000 1111111 2222222222222222222 333 22222 11 111111111 111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 55555555555555 111 22 3333333333333 1 11111 77777777777777777777777777 2222 11
lowQualScore : 333 22 22 2 2 2 2 2 22 00000000000000000000000 2 333 2 666 2 33 4444 2 777777777777 3 3 44 3 4 4 0 11 3 9999999999999999999999 5 1 5 11 22222 888 5 66 00000 2222222222222222222222222222 8888888 4 4 777 4 7777777777777777777 555 66 4 11 4 4 4 000 4 4 1 22222 22 777777777 66 4 444 00 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 222222 4 4 4 5 5 5 2 99 44444444444444 5 5 222 00 6666666666666 5 66 5 1 77 5 5 77 1 5 5 22222 77 8 88888888888888888888888888 1111 2 33
lowQualScore : ... .. .. . . . . . .. ....................... . ... . ... . .. .... . ............ . . .. . . . . .. . ...................... . . . .. ..... ... . .. ..... ............................ ....... . . ... . ................... ... .. . .. . . . ... . . . ..... .. ......... .. . ... .. ...................................................... . ...... . . . . . . . .. .............. . . ... .. ............. . .. . . .. . . .. . . . ..... .. . .......................... .... . ..
lowQualScore : 777 66 99 1 1 1 1 1 99 66666666666666666666666 2 999 2 999 2 11 7777 0 111111111111 3 3 66 3 5 6 2 99 0 3333333333333333333333 7 4 7 99 55555 888 0 99 88888 6666666666666666666666666666 9999999 4 4 888 4 9999999999999999999 777 11 4 22 4 4 4 222 4 4 1 77777 44 888888888 11 2 222 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 888888 4 4 4 7 7 7 5 22 55555555555555 7 7 999 77 6666666666666 7 44 7 4 99 7 7 99 7 7 7 33333 99 0 22222222222222222222222222 2222 5 88
consensus : TAGCATTT---TT-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--G----GTGC--N--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TTG-A-TTG-ACGA-AGAAATATTACAGAT--TGGG--AGAC-G-GAT-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC--AT---------GTC-------A-A-TAA---AA-C-TNAAAAA-TT--------CCCAAGTC-CTA--AAG-TAGC-T-T-CTATA-TGC-AT-CCCAGGGAGG---AGGTTG-AAATCGC---------GAA--ANTN--TTTC--AATAGA------------------A-AT-A--AATAGTTGATGTC-----TC--------GCC-AGT------C-C-CTCTCAT-G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-T-ATATACCGTCCGC-CA-TTAT--TGA--CTGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TT--T-GA-TCA--TCAT-CAT-AACG--A--A--GTTTG-CACA-TGCGTAT-AATG-ACAACCGGCAG-CATA----ACA--TAATGGCA
Reference ( gi|5 ) : TAGCATTT---TTACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--G----GT-C--A--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TTG-A-TT--ACGA-AGAAATATTACAGAT--TGGG--AAAC-G-GATATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC--AT---------GTC-------A-A-TAA---AA-C-CGAAAAA-TT--------CCCAAGTT-CTA--AAG-TAGC-T-T-CTAT--TGC-AT-CCCAGGGAGG---A-GTTG-AAATCGC---------GAA--AATC--TTTC--AATAGA------------------A-A--A--AAT--------TC-----TG--------GCC-AGT------C-C-CTCTCAT-G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-T-ATACACCGTCCGC-CA-TTAT--TGAC-CTGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TT--T-GA-TCA--TCAT-CAT-AACG--A--A--GTTTG-CACA-T-CA----AATG-ACAACT--C---CATA----ACA--TAATGGCA
gi|4 : TAGCATTT---T-A-A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--G----GT-CCCA--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TTT-A-TTG-ACGA-AGAAAAATTACAAAT--TTGG--AGAC-G-GAAATTTA-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TAT--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG--AT---------GTC-------A-AGTAA---AA-CAC--AAAA-TT--------CCCAAGTTACTA--AAG-TA-C-TGT-CTATA-TGC-AT-CCCA-GGAGG---AGGTTG-AAATCGC---------GAA--CATTTATTTC---ATAGA------------------A-A--ATGAATAGTTGATGTCAAAAGTC--------GCC--GT------C-C-CTCTCATGG-AAT-TC-ACGCATC--AAGTC-T-AT--ACCATCCGC-CA-TTAT--TA---CTGATCA---T---------TAC-GTCA-CTAG-AC-TT--T-GA-TCA--TCAT-CAT-AACG--A--A--GTTTG-CACATT-CATAT-AATG-ACAACTG-CA--CATA----ACA--TGA
gi|1 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGC--TT---TTACATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--G--------A---ACTC---A-C---TGA--T----TTTG-CCTCCTCAGA----T---TGTGTTG-ATTT--GCGG-A-AGATATTTCAGAT--T-GG--AGACGG-GAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-T--TTGC----TAG--------------G--AT---------GTC-------ACA-TAG---AA-C-AACAAAATTT--------CCCAAG-T-CTA--AAATTAGC-T-TGCTATAGTGCTAT-CAAGGGGAGGGGAG-GTTG--AATCGC---------G-A--AGTT--ATTC--AATAGA------------------A-ATGA--AGTAGTTGATGTC-----AGGT------GCCAAGT------CGC-GTCTCAT-G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TGAT---CCGTCCG--CA-TTAT--TGACATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTT--TGGA-TCA--TCATGCAT-AACG--A--A--GTTTG-CACA-TGCATGATAATG-AAAACTGGCAG-CATA----A-A--TAATGGat
gi|34 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggTAGCAATT---TC-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--G----AT-G--C--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|29 : TAGCATTT---TC-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--G----ATGC--A--------ATTTA-TC---A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|31 : TAGCATTT---T--CA--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--G----ATGT--A--------ATTGA-TC---A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|36 : TAGTATTT---TTCCA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--aaccc
gi|3 : AGCATTT---T-ACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGG----GTGC--ATCACTACTA---A-TT---C-C---T-A--T----TTTG-CCTCCTCAGA----TTG-T---TTG-A-TTG-ACGA-AGAAA-ATTACAGAT--TGGG----AC-GTGAT-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGATCGTC-------A-A-TAAACTAA-C-TCAAAAT-TTCCCTTGCCCCCCAG-T-CTACTAAG-TGCT-T-T-CTATG-TGC-TC-CCCCGGGAGG---A-GTTGAAAATCGCGGGGCGGGGGAA--ATTA--TTTC--AATAGA------------------A-AT-G--AATAGTTGA--TC-----GGTAAAAGTCGCC-AGT--------C-CTCTCAT-GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTT-TTATACCGTCCGCTCATTTAT--TGA--CTGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TT--T-GATTCA--TC-T-CAT-AACGGAA--A--GTTTC-CTCA-TATG----AATG-ACAATG--CAAACATA----ACA--TAATGGCAcatgcaatttatca
gi|12 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT---CC-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--A----AT-G--C--------A---A-TC---G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TTT-A-TTG-ACGA-AGAAaagtg
gi|30 : AGCATTT---TC-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--G----ATGT--A--------ATTGA-TC---A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|28 : AGCATTTAATTTCCA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--G----AT-G--T--------A---A-TTTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCT
gi|6 : GCATTT---TC-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--G----GTGC--A--------A---T-TT---AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TTG-A-TTG-ACGA-AGAA-TATTACACATA-TAAG--A--C-G-GAT-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-C--TTGC----TAG----------------------------GTCT------A-A-TAA---AA-C-TCGAAAT-TT--------CCCAAGTC-CTA--AAG-TAGC-T-T-CTATA-TGC-AT-CCCAGGGAGG---AGGTTG-AAATCGC---------GAA--ATTC--TTTC--AACAGA------------------A-AT-A--AATGGTTGATGTCAAAAGTC--------GCC-AGT------C-C-CTCTCAT-G---T-T--------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTAT--TGAA-CTGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGTG-AC-GT--T-GA-TCA--TCTT-CAT-AACG--A--A--GTgccc
gi|8 : GCATTT---T--CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--G----GT-G--C--------A---A-TC-----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TTG-A-TTG-ACGATAGAAA-ATTACAGAT--TGGACAGAAC-G-AGTTTA-A-----A-GTCCAT-T-CA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC--ATTT-------GTTTAGATGTA-A-TAA---AA-C-ACAAAAA-TT--------C--AAGTC-CTA--AAG-TAGC-T-G-CTAT--GTC-AT-CCCAGGGAGG---A-GGTGAAAATCGC---------GGA--AATA--TTTCG-AATAGA------------------A-AT-G--AATA-------TC---------------GCC-AGT------C-C-CTCTCAT-G-AAT-TC-A
gi|20 : cCATTT---CC-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA---GG-C--A--------ATTTA-TC---T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TTT-A-TTG-ACAA-AG-AATATTACACAT--
gi|24 : aCAATT---CTCCA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAAT-GT-------------A---A-TC---A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TTG-A-TTG-ACGC-AAGAATATTGCacagaatgttgtttac
gi|7 : TT---TTACA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--G----GT-G--C--------A---A-TC---A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CTG-A-TTGAACGA--GAAAAATTACAGAT--TGG---AGAC-G-GAT-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----GTC------AC--ATTTGTAGAT-GTC-------A-A-TAA---AC-A-CAAACAT-TT--------TCCAAGTC-CTA--AAG-TAGC-T-T-CTATG-TGC-AT-CCCA-GGAGG---AGGTTG-GTATCGC---------GAA--AATTA-TTTC--AATAGA------------------A-A--G--AATAGTTGATGTCAAAAGTC--------GCC-AGT------C-C-CTCTCAT-G-AAT-TC-ACGC-TC--AA----------ACCGTCCGC-CA-TTA---TGAC-CTGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TT--T-GA-TCA--TCAT-CAT-AACG--A--A--GT
gi|2 : caTT---TTACA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT----------C--C--------A---A-TC---A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TTGTA-TT--GCGA--GAAAT--TACAAATATTGAG--CA-C-G---TAT--A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T--CTACATTGTAG----C------------AT---------GTC-------A-A-TTA---AA-C-T---AAA-TT--------TCGAAGTT-CTA--AAG-TGCT-T-T-CTATA-TGC-ATCCCCAGGGTAG---A-GTTG--AATCGC---------GAAACAATA---TTC--AATAGAAACTGAATATTTGATGTCA-A--A--AAG--------TC------G--------GCC-AGT------C-CTCGTCCAT-T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-T-A-ATACTGTCCGC-CA-TTA---TGAA-CTGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGGT-ACTTT--T-GA-TCA--TCAT-CATAAACG--CCTA--G--TGCCACA-T-CATAT-AATGTACTACCTGC---CACACTAGACACTCAATGGCA
gi|22 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacaTT---TTCTA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--G----AT-G--C--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TTG-A-TTC-ACAG-AG-AATATTACAaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|33 : TT---TTCCA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--G----ATGC--A--------ATTTA-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----tagaga
gi|23 : TT---TTCTA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---G----ATGC--A--------------TC---A-C---T---------TTTGCCCTC-TCAGATT--T---T---TTG-A-TTC-ACAG-AG-AATATTACA
gi|10 : T--AAGAA-----CTA---T-TCTTTG-------------------------AT---------GTC-------A-A-TGA---AATT-TGACATA--T--------CCCAAGTC-CTA--AAG-TTGC-T-T-CTA---TGC-AT-GCCAGGGAGG---AGGTTT-AAATCGC---------AAA--ATTC--TTTT--AATAGA------------------A-AC-A--AAG--------TC------G--------G-C-AGT------C-C-CTCTCAT-tagag
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--AT---------GTC-------A-A-TAA---A--C-TTACATA-T---------CCCAAGTC-CTA--AGC-TTGCTT-T-CTA---TGC-AT--CCAGGGAGG---AGGTTT-AAATCGC---------AAA--ATTC--TTTTTAAATAGA------------------ATA--A--GAT--------GT-----TC--------ACA-AGTCGGCAGC-C-CTCTCAT-tta
gi|7 : tg-CG-TTATGATGA---TGATCA--------------AA-GTCA-CGTG-AC-GTAAT-GA-TCAGGTCAT-AAT-GGCG--G--ACGGTTTG-ttact
14 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AAAAACATCAGAAAATTTCTCAATGGTCTTTAACAAGCCCTAGGCGTTCTGAGTATGACTCCCGACGGTGCGAGGACCGTCTGAAAATCCGGCGACAGATTCTTTGTGCGTAAATAAGAAGAAATAAATGGTTCAGATGTCAAAAAGGCATCAGGCCCTCTCATAGGAGAATTCAC
Unaligned ( gi|13 ): CAAAGGCACCTCACATAATGTCAAAAGCACATCACATAATGATAAAAGCGCATAACTAAATAACAAAAGATACAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAATATACATGTACTTATACA
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|25 ): CTTATTGCCCTCCTCAAATTTGTTTTGTTTGACAGAGAGTATTTGGCAGACTCTGAGCATATTGTTTACG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 11 3333333333333 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 66666666666666666666 22222222222222 1 2222222222222 1 22222 3333333
lowQualScore : 4444 33 2 22 2 2 2 2 2 22 22 6666666666666 4 333 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 222 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 1 4 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 7 55 444444444 55 3 1 88 3 666 555 7777 88 3 3 2 22222222222222222222 3 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 1 5 5 77777 6 66666 6 8888888 6 6 1 99
lowQualScore : .... .. . .. . . . . . .. .. ............. . ... . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... .. .... ..................................... ....... . . . ... ... . . ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . .. ......... .. . . .. . ... ... .... .. . . . .................... . . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . ..... . ..... . ....... . . . ..
lowQualScore : 2222 88 0 88 0 0 0 0 0 88 88 6666666666666 0 555 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 222 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 4 0 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 00 555555555 00 6 0 33 6 444 000 7777 55 6 6 6 99999999999999999999 6 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 7 7 7 0 88888 7 00000 7 3333333 7 7 0 22
consensus : TAGCATTT----TC-C-A--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA-TGCA--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAATT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AATA----GAAA-TGA-A-TAGTT--GAT--GT----CAAAA--TC-GCCA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATGCAT-ATAATG-ACAACT-GC-AGCA-TA-ACA--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----TT-C-A--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GG-TGCN--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAATT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ANTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TAA-A-TAGTT--GAT--GT----C------TC-GCCA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATGCGT-ATAATG-ACAACCGGC-AGCA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----TA-C-ATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG-CGTGTAG-----A---ACTC---A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTTT--TTGC----TAG----G--------------------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTGAA--TC--GCG---------A--A-GTTA-T-T----C---AATA----GAAA-TGA-AGTAGTT--GAT--GT----CAGG---T--GCCAAGTCG-CGTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCGC--A-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AACG--A--AGTTTG-CACATGCATGATAATG-AAAACTGGC-AGCA-TA-A-A--TAATGG
gi|1 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggAT-AATG--A--A-TTAG-CACATGCAC-ATGATG-ATA-----T-AGCA-TC-ATA--TAATGACAaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggtagcttttacatggagttcagcaacttggcgtgtagaactcactgattttgcctcctcagattgtgttgatttgcggaagatatttcagattggagacgggatttaagtccatcttcacaattttagcgaactatgtttttgctaggatgtcacatagaacaacaaaatttcccaagtctaaaattagcttgctatagtgctatcaaggggaggggaggttgaatcgcgaagttattcaatagaaatgaagtagttgatgtcaggtgccaagtcgcgtctcatgaattcagtcaagtctgatccgtccgcattattgacattgatcattacgtcagagtgacgtttggatcatcatgcataacgaagtttgcacatgcatgataatgaaaactggcagcataaataatggaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtT--AAGAA-----CTAT---TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACATAT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GAGG--A--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA-CAA----AG----------------------TC-GGCA-GTCC-C-TCTCAT----aaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATAT--CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GAGG--A--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAAGA-T-GTT--CAC--AA----G------TC-GGCA-G-CC-C-TCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----CC-C-A--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA-TGC---------A---A-TC---G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|2 : CATTT----TA-C-A--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT-------CC--------A---A-TC---A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTAG---T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAATT-TCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GTAG--A---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGA-A-TATTT--GAT--GT----CAAAAAGTCGGCCA-GTCCTC-GTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCAC-GGT-ACTTTTG-A-TCATCAT-CATAAACG--CCTAG--TGCCACAT-CAT-ATAATGTACTACCTGC-CACACTAGACACTCAATGGCAtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaCATTT----CC-C-A--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA-GGCA--------ATTTA-TC---T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-aagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----TC-T-A--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA-TGC---------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----TC-T-A--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA-TGC-------------A-TC---A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----TC-C-A--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAATG-T--------A---A-TC---A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTTC-C-A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA-TG-T--------A---A-TTTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----TC-C-A--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA-TGCA--------ATTTA-TC---A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----TA-C-A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG-TGCATCACTACTA---A-TT---C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACAT---T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAATTT-CCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GAGG--A--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGA-A-TAGTT--GATCGGTAAAAG------TC-GCCA-GT-C-C-TCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTTG-ATTCATC-T-CAT-AACGGAA--AGTTTC-CTCATATG----AATG-ACAAT--GCAAACA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----TC-C-A--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA-TGTA--------ATTGA-TC---A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T--C-A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA-TGTA--------ATTGA-TC---A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----TC-C-A--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA-TGCA--------ATTTA-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----TC-C-A--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA-TGC---------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TT-CCA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA-TGCA--------ATTTA-TC---A-
gi|4 : TAGCATTT----T--A-A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG-TCCC--------A---AATC---A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTATA--T--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAATT-CCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----AGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGA-A-TAGTT--GAT--GT----CAAAAG-TC-GCC--GTCC-C-TCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-TAG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATTCAT-ATAATG-ACAACT-GC-A-CA-TA-ACA--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----TTAC-A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG-T-CA--------A---A-TC---A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAATT-CCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AA-A-T------------T----C------TG-GCCA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACAT-CA----AATG-ACAACT--C---CA-TA-ACA--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----TC-C-A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG-TGCA--------A---T-TT---AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTAT---C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAATTT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAA-A-TGGTT--GAT--GT----CAAAAG-TC-GCCA-GTCC-C-TCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCAC-GTG-AC-GTTG-A-TCATCTT-CAT-AACG--A--AGT
gi|7 : CATTT----TA-C-A--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG-TGC---------A---A-TC---A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACATTT-TCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA--GG----AGG--A--GGTTGGTA-TC--GCG---------A--A-AATTAT-TT---C---AATA----GAAA--GA-A-TAGTT--GAT--GT----CAAAAG-TC-GCCA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T--C-A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG-TGC---------A---A-TC-----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----TTG-T---TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAATT---C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGA-A-TA-----------------------TC-GCCA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGAGG--ACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAA-A-TGGTTCAGAT--GT----CAAAAAGGC-ATCA-GGCC-C-TCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAAAGGCACCTCACATAATGTCAAAAGCACATCACATAATGATAAAAGCGCATAACTAAATAACAAAAGATACAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAATATACATGTACTTATACA
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 11 111111 111 22222222222222 1 2222222222222 1 1 111111
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 2 999999999999999 22 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 222 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 1 4 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 7 55 888888888 55 3 66 3 666 555 7777 11 3 222222 5555 3 777 3 55 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 1 5 5 77777 6 9 88 6 6 99 2 888888 6 6 1 99
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. . ............... .. . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... .. .... ..................................... ....... . . . ... ... . . ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . .. ......... .. . .. . ... ... .... .. . ...... .... . ... . .. . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . ..... . . .. . . .. . ...... . . . ..
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 0 888888888888888 88 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 222 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 4 0 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 00 222222222 00 6 55 6 444 000 7777 66 6 888888 5555 6 666 6 00 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 7 7 7 0 88888 7 2 33 7 7 22 5 000000 7 7 0 22
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAATT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--CA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACAT-CAT-AT-AATG-AC-AACT-GC-AGCA-TA-ACA--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAATT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--CA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATGCAT-AT-AATG-AC-AACT-GC-AGCA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--------G---AACTC--A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTTT--TTGC----TAG----G--------------------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTGAA--TC--GCG---------A--A-GTTA-T-T----C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT--G-TCA-GG----T-GC--CAAGTCG-CGTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCGC--A-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AACG--A--AGTTTG-CACATGCATGAT-AATG-AA-AACTGGC-AGCA-TA-A-A--TAATGG
gi|1 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggAT-AATG--A--A-TTAG-CACATGCAC-AT-GATG-A-----T-AT-AGCA-TC-ATA--TAATGACAaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggtagcttttacatggagttcagcaacttggcgtgtagaactcactgattttgcctcctcagattgtgttgatttgcggaagatatttcagattggagacgggatttaagtccatcttcacaattttagcgaactatgtttttgctaggatgtcacatagaacaacaaaatttcccaagtctaaaattagcttgctatagtgctatcaaggggaggggaggttgaatcgcgaagttattcaatagaaatgaagtagttgatgtcaggtgccaagtcgcgtctcatgaattcagtcaagtctgatccgtccgcattattgacattgatcattacgtcagagtgacgtttggatcatcatgcataacgaagtttgcacatgcatgataatgaaaactggcagcataaataatggaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtT--AAGAA-----CTAT---TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACATAT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GAGG--A--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA---------------------CA-AAG--TC-GG--CA-GTCC-C-TCTCAT----aaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATAT--CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GAGG--A--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT--GTTCACAAG--TC-GG--CA-G-CC-C-TCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGC----------A---A--TC--G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|2 : CATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--------C-C--------A---A--TC--A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTAG---T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAATT-TCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GTAG--A---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT--G-TCA-AAAAGTCGGC--CA-GTCCTC-GTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCAC-GGT-ACTTTTG-A-TCATCAT-CATAAACG--CCTAG--TGCCACAT-CAT-AT-AATGTACTACCT-GC-CACACTAGACACTCAATGGCAtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGC-A--------ATTTA--TC--T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-aagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGC-A---------------TC--A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGT-A--------A------TC--A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGT-A--------A---T--TTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGC-ATCACTACTA---A--TT--C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACAT---T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAATTT-CCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GAGG--A--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCGG-TAA-AAG--TC-GC--CA-GT-C-C-TCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTTG-ATTCATC-T-CAT-AACGGAA--AGTTT----CCT-CAT-ATGAATG-AC-AA-T-GCAAACA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC----------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCCA--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTATA--T--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAATT-CCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----AGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C--GTCC-C-TCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-TAG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATTCAT-AT-AATG-AC-AACT-GC-A-CA-TA-ACA--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-C-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAATT-CCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T-------------TC-------TG-GC--CA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACAT-CA-----AATG-AC-AACT--C---CA-TA-ACA--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A---T--TT--AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTAT---C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAATTT-CCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--CA-GTCC-C-TCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCAC-GTG-AC-GTTG-A-TCATCTT-CAT-AACG--A--AGT
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC--A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTAT---T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACATTT-TCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA---G---GAGG--A--GGTTGGTA-TC--GCGA--------A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--CA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTTG-A-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTAT---T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAATT---C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GAGG--A--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-T-------------------A--TC-GC--CA-GTCC-C-TCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGAGG--ACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT--G-TCA-AAA--AG-GCATCA-GGCC-C-TCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAAAGGCACCTCACATAATGTCAAAAGCACATCACATAATGATAAAAGCGCATAACTAAATAACAAAAGATACAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAATATACATGTACTTATACA
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 11 111111 111 22222222222222 1 2222222222222 1 222 11
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 2 999999999999999 22 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 777 4 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 55 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 1 7 55 888888888 55 3 44 3 666 555 7777 11 3 222222 5555 3 777 3 55 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 0 5 5 77777 3 5 5 5 88 5 5 5 4 5 666 5 8 11
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. . ............... .. . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... . .. .... ..................................... ....... . . . ... ... .. ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . . .. ......... .. . .. . ... ... .... .. . ...... .... . ... . .. . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . ..... . . . . .. . . . . . ... . . ..
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 0 888888888888888 88 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 888 4 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 44 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 3 00 222222222 00 6 66 6 444 000 7777 66 6 888888 5555 6 666 6 00 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 0 4 0 0 88888 2 7 7 7 00 7 7 7 3 7 777 7 0 00
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-T-CAT-AT-AATG-AC-AACT-GC-A-CA-TA-ACA--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-T-CAT-AT-AATG-AC-AACT-GC-AGCA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--------G---AACTC--A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-T--TTGC----TAG--------------G----------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTG-AA-TC--GCG---------A--A-GTTA---TT---C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT--G-TCA-GG----T-GC--CAAGTCGC-GTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCG--CA-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-TGCATGAT-AATG-AA-AACTGGC-AGCA-TA-A-A--TAATGG
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggT--AAGAA-----CTA---T-TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACAT-ATCCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA---------------------CA-AAG--TC-GG--C-AGTC-C-CTCTCAT----aagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATA-T-CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT--GTTCACAAG--TC-GG--C-AG-C-C-CTCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGC----------A---A--TC--G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|2 : CATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--------C-C--------A---A--TC--A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAA-TTTCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GT--AGA---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT--G-TCA-AAAAGTCGGC--C-AGTC-CTCGTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGGT-ACTTTT-GA-TCATCAT-CATAAACG--CCTAG--TGCCACA-T-CAT-AT-AATGTACTACCT-GC-CACACTAGACACTCAATGGCAtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaA-TCACTAC-CCT-GACT--A--AAT--G-CACA-T-TGC-AT-AATG-AC-AAAT-GC-A-CA-Taagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacTG-CACA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAAT-GC-A-CA-Tgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaaCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGC-A--------ATTTA--TC--T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-tctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGC-A---------------TC--A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGT-A--------A------TC--A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGT-A--------A---T--TTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGC-ATCACTACTA---A--TT--C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAAT-TTCCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GA--GGA--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCGG-TAA-AAG--TC-GC--C-AGT--C-CTCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTT-GATTCATC-T-CAT-AACGGAA--AGTTT----CC-T-CAT-ATGAATG-AC-AA-T-GCAAACA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC----------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCCA--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TAT--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAA-TTCCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C--GTC-C-CTCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CTAG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATT-CAT-AT-AATG-AC-AACT-GC-A-CA-TA-ACA--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-C-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAA-TTCCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T-------------TC-------TG-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-T-CA-----AATG-AC-AACT--C---CA-TA-ACA--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A---T--TT--AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAAT-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGTG-AC-GTT-GA-TCATCTT-CAT-AACG--A--AGT
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC--A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACAT-TTTCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA---G---GA--GGA--GGTTGGTA-TC--GCGA--------A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAA-TT--C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-T-------------------A--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGA--GGACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT--G-TCA-AAA--AG-GCATC-AGGC-C-CTCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAAAGGCACCTCACATAATGTCAAAAGCACATCACATAATGATAAAAGCGCATAACTAAATAACAAAAGATACAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAATATACATGTACTTATACA
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 11 111111 111 22222222222222 1 2222222222222 1
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 2 999999999999999 22 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 777 4 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 55 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 1 7 55 888888888 55 3 44 3 666 555 7777 11 3 222222 5555 3 777 3 55 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 0 5 5 77777 3 4 4 4 77 4 4 4 777 4 8888 4 5 77
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. . ............... .. . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... . .. .... ..................................... ....... . . . ... ... .. ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . . .. ......... .. . .. . ... ... .... .. . ...... .... . ... . .. . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . ..... . . . . .. . . . ... . .... . . ..
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 0 888888888888888 88 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 888 4 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 44 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 3 00 222222222 00 6 66 6 444 000 7777 66 6 888888 5555 6 666 6 00 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 0 4 0 0 88888 2 4 4 4 66 4 4 4 999 4 7777 4 7 99
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-T-CAC-AT-AATG-AC-AANT-G-C--A-CA-TA-ACA--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-T-CAT-AT-AATG-AC-AACT-G-C--A-CA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--------G---AACTC--A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-T--TTGC----TAG--------------G----------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTG-AA-TC--GCG---------A--A-GTTA---TT---C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT--G-TCA-GG----T-GC--CAAGTCGC-GTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCG--CA-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-TGCATGAT-AATG-AA-AACTGG-C--AGCA-TA-A-A--TAATGG
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggT--AAGAA-----CTA---T-TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACAT-ATCCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA---------------------CA-AAG--TC-GG--C-AGTC-C-CTCTCAT----aagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATA-T-CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT--GTTCACAAG--TC-GG--C-AG-C-C-CTCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGC----------A---A--TC--G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|13 : G-CACC-T-CAC-AT-AATG-TC-AAAA-G-C--A-CA-TC-ACA--TAATGtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|13 : caaagG-CACA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAAA-G-C--G-CA-TA-AC---TAAataaaagcgcataactaaataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : caaaggcacctcacataatgtcaaaaCATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--------C-C--------A---A--TC--A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAA-TTTCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GT--AGA---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT--G-TCA-AAAAGTCGGC--C-AGTC-CTCGTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGGT-ACTTTT-GA-TCATCAT-CATAAACG--CCTAG--TGCCACA-T-CAT-AT-AATGTACTACCT-GCC--A-CACTAGACACTCAATGGCAataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaA-TCACTAC-CCT-GACT--A--AAT--G-CACA-T-TGC-AT-AATG-AC-AAAT-G-C--A-CA-Taagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacTG-CACA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAAT-G-C--A-CA-Tgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaaCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGC-A--------ATTTA--TC--T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-tctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGC-A---------------TC--A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGT-A--------A------TC--A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGT-A--------A---T--TTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGC-ATCACTACTA---A--TT--C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAAT-TTCCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GA--GGA--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCGG-TAA-AAG--TC-GC--C-AGT--C-CTCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTT-GATTCATC-T-CAT-AACGGAA--AGTTT----CC-T-CAT-ATGAATG-AC-AA-T-G-CAAA-CA-TA-ACA--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC----------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCCA--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TAT--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAA-TTCCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C--GTC-C-CTCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CTAG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACATT-CAT-AT-AATG-AC-AACT-G-C--A-CA-TA-ACA--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-C-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAA-TTCCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T-------------TC-------TG-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGTTTG-CACA-T-CA-----AATG-AC-AACT---C----CA-TA-ACA--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A---T--TT--AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAAT-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGTG-AC-GTT-GA-TCATCTT-CAT-AACG--A--AGT
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC--A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACAT-TTTCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA---G---GA--GGA--GGTTGGTA-TC--GCGA--------A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AACG--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAA-TT--C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-T-------------------A--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGA--GGACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT--G-TCA-AAA--AG-GCATC-AGGC-C-CTCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 11 111111 111 22222222222222 1 2222222222222 1 11 11111
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 2 999999999999999 22 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 777 4 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 55 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 1 7 55 888888888 55 3 44 3 666 555 7777 11 3 222222 5555 3 777 3 55 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 4 7 3 55 55 22 3 44 3 3 6 3 3 3 888 4 777 77777 3 55 55555
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. . ............... .. . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... . .. .... ..................................... ....... . . . ... ... .. ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . . .. ......... .. . .. . ... ... .... .. . ...... .... . ... . .. . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . .. .. .. . .. . . . . . . ... . ... ..... . .. .....
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 0 888888888888888 88 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 888 4 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 44 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 3 00 222222222 00 6 66 6 444 000 7777 66 6 888888 5555 6 666 6 00 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 0 0 3 6 00 00 00 1 22 1 1 2 1 1 1 555 0 777 55555 1 77 99999
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC---AAAT-G-C--A--CA-TN-AC--A--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC---AANT-G-C--A--CA-TA-AC--A--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--------G---AACTC--A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-T--TTGC----TAG--------------G----------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTG-AA-TC--GCG---------A--A-GTTA---TT---C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT--G-TCA-GG----T-GC--CAAGTCGC-GTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCG--CA-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-TGCATGAT-AATG-AA---AACTGG-C--AG-CA-TA-A---A--TAATGG
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggT--AAGAA-----CTA---T-TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACAT-ATCCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA---------------------CA-AAG--TC-GG--C-AGTC-C-CTCTCAT----aagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATA-T-CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT--GTTCACAAG--TC-GG--C-AG-C-C-CTCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGC----------A---A--TC--G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|13 : G-C--A-CC-T-CAC-AT-AATG-TC---AAAA-G-C--A--CA-TC-AC--A--TAATGtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|13 : caaagG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AT---AAAA-G-C--G--CA-TA-AC-----TAAataaaagcgcataactaaataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : caaaggcacctcacataatgtcaaaaCATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--------C-C--------A---A--TC--A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAA-TTTCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GT--AGA---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT--G-TCA-AAAAGTCGGC--C-AGTC-CTCGTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGGT-ACTTTT-GA-TCATCAT-CATAAAC-G--CCTAG--TGCC--A-CA-T-CAT-AT-AATGTACT--ACCT-GCC--A--CACTAGAC--ACTCAATGGCAataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaAT-GGC-A--A--AGT--G-C--AGCA-T-CAC-AT-AATG-AC---AAAT---C--AACCA-TC-ACAAA--TAATaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaA-TCACTAC-CCT-GAC-T--A--AAT--G-C--A-CA-T-TGC-AT-AATG-AC---AAAT-G-C--A--CA-Taaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacCAT-AAT-GAC-A--A--A---TG-C--A-CA-TGCCC-AA-ATTG-AC---AAAT-G-C--A--CA-TC-AC--T--TAATgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgTG-C--A-CA-T-CAC-TT-AATA-TG---AAAT-G-C--A--CA-TT-AC--AC-TAATGatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaaTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AT---AAAT-G-C--A--CA-Tatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaaATTAT-TATGAACAG--A--AG---G-CGAA-CA-T-CAC-AT-AATG-ACAAAAAGT---C--A--CA-TC-AC-----TAATGtctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGC-A--------ATTTA--TC--T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-aatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGC-A---------------TC--A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGT-A--------A------TC--A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGT-A--------A---T--TTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGC-ATCACTACTA---A--TT--C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAAT-TTCCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GA--GGA--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCGG-TAA-AAG--TC-GC--C-AGT--C-CTCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTT-GATTCATC-T-CAT-AAC-GGAA--AGTTT-------CC-T-CAT-ATGAATG-AC---AA-T-G-CAAA--CA-TA-AC--A--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC----------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCCA--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TAT--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAA-TTCCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C--GTC-C-CTCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CTAG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CATT-CAT-AT-AATG-AC---AACT-G-C--A--CA-TA-AC--A--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-C-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAA-TTCCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T-------------TC-------TG-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CA-----AATG-AC---AACT---C-----CA-TA-AC--A--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A---T--TT--AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAAT-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGTG-AC-GTT-GA-TCATCTT-CAT-AAC-G--A--AGT
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC--A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACAT-TTTCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA---G---GA--GGA--GGTTGGTA-TC--GCGA--------A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAA-TT--C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-T-------------------A--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGA--GGACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT--G-TCA-AAA--AG-GCATC-AGGC-C-CTCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 11 111111 111 22222222222222 1 2222222222222 1 11 11111 11111
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 2 999999999999999 22 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 777 4 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 55 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 1 7 55 888888888 55 3 44 3 666 555 7777 11 3 222222 5555 3 777 3 55 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 4 7 3 55 55 22 2 33 2 2 5 2 2 2 2 555 666 33 66 11111 22222
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. . ............... .. . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... . .. .... ..................................... ....... . . . ... ... .. ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . . .. ......... .. . .. . ... ... .... .. . ...... .... . ... . .. . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . .. .. .. . .. . . . . . . . ... ... .. .. ..... .....
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 0 888888888888888 88 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 888 4 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 44 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 3 00 222222222 00 6 66 6 444 000 7777 66 6 888888 5555 6 666 6 00 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 0 0 3 6 00 00 00 9 99 9 9 7 9 9 9 9 000 444 99 88 00000 11111
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--------G---AACTC--A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-T--TTGC----TAG--------------G----------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTG-AA-TC--GCG---------A--A-GTTA---TT---C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT--G-TCA-GG----T-GC--CAAGTCGC-GTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCG--CA-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-TGCATGAT-AATG-AA-AAC---TGG-C--AG-CAT----AA---A--TAATGG
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggT--AAGAA-----CTA---T-TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACAT-ATCCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA---------------------CA-AAG--TC-GG--C-AGTC-C-CTCTCAT----aagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATA-T-CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT--GTTCACAAG--TC-GG--C-AG-C-C-CTCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGC----------A---A--TC--G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|13 : G-C--A-CC-T-CAC-AT-AATG-TC-AAA---A-G-C--A--CAT----CAC--A--TAATGtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|13 : caaagG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAA---A-G-C--G--CAT----AAC-----TAAataaaagcgcataactaaataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : caaaggcacctcacataatgtcaaaaCATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--------C-C--------A---A--TC--A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAA-TTTCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GT--AGA---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT--G-TCA-AAAAGTCGGC--C-AGTC-CTCGTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGGT-ACTTTT-GA-TCATCAT-CATAAAC-G--CCTAG--TGCC--A-CA-T-CAT-AT-AATGTACTACC---T-GCC--A--CACTA--GAC--ACTCAATGGCAataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaAT-GGC-A--A--AGT--G-C--AGCA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T---C--AACCAT----CACAAA--TAATaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaA-TCACTAC-CCT-GAC-T--A--AAT--G-C--A-CA-T-TGC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----aaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacCAT-AAT-GAC-A--A--A---TG-C--A-CA-TGCCC-AA-ATTG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----CAC--T--TAATgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgTG-C--A-CA-T-CAC-TT-AATA-TG-AAA---T-G-C--A--CAT----TAC--AC-TAATGatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaaG-C--A-CA-T--AC-AA-AAT-----AAA---T-G-C--A--CAT----CAC--A--TAATGatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaaTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAA---T-G-C--A--CATTCTACAC--A--TAataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaaATTAT-TATGAACAG--A--AG---G-CGAA-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAAAAGT---C--A--CAT----CAC-----TAATGtgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGC-A--------ATTTA--TC--T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-aatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGC-A---------------TC--A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGT-A--------A------TC--A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGT-A--------A---T--TTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGC-ATCACTACTA---A--TT--C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAAT-TTCCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GA--GGA--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCGG-TAA-AAG--TC-GC--C-AGT--C-CTCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTT-GATTCATC-T-CAT-AAC-GGAA--AGTTT-------CC-T-CAT-ATGAATG-AC--AA---T-G-CAAA--CAT----AAC--A--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC----------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCCA--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TAT--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAA-TTCCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C--GTC-C-CTCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CTAG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CATT-CAT-AT-AATG-AC-AAC---T-G-C--A--CAT----AAC--A--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-C-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAA-TTCCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T-------------TC-------TG-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CA-----AATG-AC-AAC---T---C-----CAT----AAC--A--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A---T--TT--AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAAT-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGTG-AC-GTT-GA-TCATCTT-CAT-AAC-G--A--AGT
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC--A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACAT-TTTCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA---G---GA--GGA--GGTTGGTA-TC--GCGA--------A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAA-TT--C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-T-------------------A--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGA--GGACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT--G-TCA-AAA--AG-GCATC-AGGC-C-CTCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 333333333333 11 1 11111 1 11 11111 8888888888888888888888888888888888888 1111111 111 111 11111111 111111111 111 11 111111 111 22222222222222 1 2222222222222 1 11 11111 11111
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 2 999999999999999 22 2 666 2 22 4444 111111111111 33 2 2 2 6 2 44 4 22 0 555 66 5 5 22222 5 0 5 00 11111 777 4 66 9999 5555555555555555555555555555555555555 3333333 4 4 4 111 333 55 33333333 88 1 0 3 3 3 55 77 3 3 55 666 55 55 1 7 55 888888888 55 3 44 3 666 555 7777 11 3 222222 5555 3 777 3 55 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 66 5 1 5 5 4 7 3 55 55 22 2 33 2 2 5 2 2 2 2 555 666 33 66 11111 22222
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. . ............... .. . ... . .. .... ............ .. . . . . . .. . .. . ... .. . . ..... . . . .. ..... ... . .. .... ..................................... ....... . . . ... ... .. ........ .. . . . . . .. .. . . .. ... .. .. . . .. ......... .. . .. . ... ... .... .. . ...... .... . ... . .. . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . .. .. .. . .. . . . . . . . ... ... .. .. ..... .....
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 0 888888888888888 88 0 666 1 99 5555 444444444444 99 9 9 9 1 5 22 0 66 0 111 99 0 0 55555 0 0 0 66 11111 888 4 11 4444 5555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 000 666 44 22222222 66 3 6 6 6 6 00 66 6 6 00 444 00 00 3 3 00 222222222 00 6 66 6 444 000 7777 66 6 888888 5555 6 666 6 00 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 7 44 7 4 7 0 0 3 6 00 00 00 9 99 9 9 7 9 9 9 9 000 444 99 88 00000 11111
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGT-A--------G---AACTC--A-C---TGA--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGTGTT--G-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGAT-TGG--AG-ACG-GGA--T-TT-A-----A-GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-T--TTGC----TAG--------------G----------A--T--------GT-------C-ACA-TAGA---ACAACAAAATTTCCC--------AAGTC--TAAAATTAGC-T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTG-AA-TC--GCG---------A--A-GTTA---TT---C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT--G-TCA-GG----T-GC--CAAGTCGC-GTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCG--CA-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGTG-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-TGCATGAT-AATG-AA-AAC---TGG-C--AG-CAT----AA---A--TAATGG
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggT--AAGAA-----CTA---T-TCTTTG---------------------------------A--T--------GT-------C-A-A-TGAA---ATTTGACAT-ATCCC--------AAGTC--CTAAAGTTGC-T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA---------------------CA-AAG--TC-GG--C-AGTC-C-CTCTCAT----aagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA----CTTACATA-T-CCC--------AAGTC--CTAAGCTTGC-T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GA--GGA--GGTTTAAA-TC--GCA---------A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT--GTTCACAAG--TC-GG--C-AG-C-C-CTCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGC----------A---A--TC--G-C---T-A--T----TTTG-CCTCTCCAGATTTTT---T---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|13 : G-C--A-CC-T-CAC-AT-AATG-TC-AAA---A-G-C--A--CAT----CAC--A--TAATGtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|13 : caaagG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAA---A-G-C--G--CAT----AAC-----TAAataaaagcgcataactaaataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : caaaggcacctcacataatgtcaaaaCATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--------C-C--------A---A--TC--A-C---T-AACT----TCTGCCACTCTCAGA----T---T---TT--GTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAAT-ATTG-AGCACG-T-A--T----A-----A-GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T--CTACATTGTAG----C--------------------A--T--------GT-------C-A-A-TTAA---ACT---AAA-TTTCG--------AAGTT--CTAAAGTGCT-T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GT--AGA---GTTG-AA-TC--GCG---------A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT--G-TCA-AAAAGTCGGC--C-AGTC-CTCGTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGGT-ACTTTT-GA-TCATCAT-CATAAAC-G--CCTAG--TGCC--A-CA-T-CAT-AT-AATGTACTACC---T-GCC--A--CACTA--GAC--ACTCAATGGCAataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaAT-GGC-A--A--AGT--G-C--AGCA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T---C--AACCAT----CACAAA--TAATaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaA-TCACTAC-CCT-GAC-T--A--AAT--G-C--A-CA-T-TGC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----aaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacCAT-AAT-GAC-A--A--A---TG-C--A-CA-TGCCC-AA-ATTG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----CAC--T--TAATgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgTG-C--A-CA-T-CAC-TT-AATA-TG-AAA---T-G-C--A--CAT----TAC--AC-TAATGatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaaG-C--A-CA-T--AC-AA-AAT-----AAA---T-G-C--A--CAT----CAC--A--TAATGatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaaTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAA---T-G-C--A--CATTCTACAC--A--TAataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaaATTAT-TATGAACAG--A--AG---G-CGAA-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAAAAGT---C--A--CAT----CAC-----TAATGtgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGC-A--------ATTTA--TC--T-G---T-A--T----GTTGCCCTCCCCAGA----TTTGT---TT--T-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACAT-aatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGATT--T---T---TT--G-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGC-A---------------TC--A-C---T---------TTTGCCCTCTC-AGA----T---T---TTTTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGT-A--------A------TC--A-C---T-A--C----TTT-------CCAGAGT--T---T---TT--G-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAATTTGT---T---TT--G-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGAC-T
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGT-A--------A---T--TTGAA-T---T-A--TCAAGTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-TAA-T-A--T----TTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGC-ATCACTACTA---A--TT--C-C---T-A--T----TTTGCC-TCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGAT-TGGG-A---CGTG-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-T--TTGC----TAGGT--CT-------ACCAATTGGGAGA--TC-------GT-------C-A-A-TAAACTAACTCAAAAT-TTCCCTTGCCCCCCAGTCTACTAA-GTGCT-T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GA--GGA--G-TTGAAAATC--GCGGGGCGGGGGA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCGG-TAA-AAG--TC-GC--C-AGT--C-CTCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GTGAAC-TTT-GATTCATC-T-CAT-AAC-GGAA--AGTTT-------CC-T-CAT-ATGAATG-AC--AA---T-G-CAAA--CAT----AAC--A--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGT-A--------ATTGA--TC--A-C---T-A--T----TTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC----------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGC-A--------ATTTA--TC--A-
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCCA--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTT--CCTCCTCAGA----TATGT---TT--T-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAAT-TTGG-AG-ACG-G-AAAT-TT-A-----A-GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TAT--TTGC----TAGGT--CTTATTTGTAG----------A--T--------GT-------C-A-AGTAAA---AC-ACAAAA-TTCCC--------AAGTTA-CTAAAGTA-C-TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C--GTC-C-CTCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CTAG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CATT-CAT-AT-AATG-AC-AAC---T-G-C--A--CAT----AAC--A--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-C-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCTCAGA----T---T---TT--G-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AA-ACG-G-A--TATT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACCGAAAAA-TTCCC--------AAGTT--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA---GTTGAAA-TC--GCG---------A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T-------------TC-------TG-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CA-----AATG-AC-AAC---T---C-----CAT----AAC--A--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A---T--TT--AAC---T-A--T----ATTGCCTTCCCCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGA-AGAA-TATT--ACACATATA---AG-ACG-G-A--T-TT-ACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-C--TTGC----TAG-------------------------------------GT-------CTA-A-TAAA---ACTCGAAAT-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGTG-AC-GTT-GA-TCATCTT-CAT-AAC-G--A--AGT
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC--A-CAACT-A--T----TTGGCCCTCCTCAGA----T---TGT-CT--G-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGAT-TGG--AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----GTC------AC----------A--TTTGTAGATGT-------C-A-A-TAAAC--AC-AAACAT-TTTCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA---G---GA--GGA--GGTTGGTA-TC--GCGA--------A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGT
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGC-A--------A------TC----C---T-A--T----TTTTCCCTCCTCAGA----T---TGT-TT--G-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGAT-TGGACAGAACG-A-G--T-TTAA-----A-GTCCA--TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC-----AGAGGTCT-------AC----------ATTT--------GTTTAGATGT-A-A-TAAA---ACACAAAAA-TT--C--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTGAAAA-TC--GCG---------G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-T-------------------A--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cC--------AAGCC--CTAG----GCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGA--GGACCGTCTGAAAATCCGGCG---------ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT--G-TCA-AAA--AG-GCATC-AGGC-C-CTCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
blockSeqs : AATT T A . A T T T T TG A C TCACTACTAA GA A AAC . AC CAAG TTTTTT TT T A T A T TG A AC C TG AA A A CATAG C C . T CTAGC . A CT ATTG GTCTACCAATTGGGAGATC TTAGATG T . G CTA TTG T TTGCCCCC TA A G G . AG A . C AC TGC . CC A A CG GGGCGGGGG CA C TA A GTG GTA AGAA CT . GGTTCA CGG C AAG G AT . . T AGGAG G A CA CAAGGTCTTTTATA T T A C . GTTACATGTAG G C A T . T . A A GA CT TT C GA G T G . G T T AAG GC AA AC TCTAC ACT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTTA . . AA . . . TTTGTT . . . . A T . . G A T . . . . . . . . . . . . . GTCTTATTTGTAGAT . . . . C TTA A . A G . . . . A . . . . . . A A . A . . C . . TA . AT . ATTT GT . AG . . . . . GA . . C AAGTCTATACA . . . C . TCTT . C . . . . . G . . . TT . . . . . . . . . . G . . TAG AAA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTTA . . . . . . TTTGT . . . . G T . . G . G . . . . . . . . . . . . . GTCACATTTGTAGAT . . . . . TCA A . . A . . . . G . . . . . . A . . . . . C . . G . T . AGTT G . AG . . . . . GG . . C ACTCTAATA . . . . . T . C . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . G . . C AC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTGA . . . . . . TATGT . . . . A T . . G . G . . . . . . . . . . . . . AGGTCTACATTT . . . . . CGA T . . A . . . . A . . . . . . A . . . . . A . . . . T . AGTT G . AG . . . . . T . . C AAGTCTATA . . . . . T . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTGA . . . . . . TTTT . . . . A T . . G . G . . . . . . . . . . . . . CTACAT . . . . . TCG A . . A . . . . A . . . . . . A . . . . . A . . . . T . GGTT G . G . . . . . G . . C TATT . . . . . T . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . C T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTTA . . . . . . GTTT . . . . A T . . . . G . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . ACA A . . A . . . . G . . . . . . A . . . . . C . . . . T . AGTT G . G . . . . . G . . . AAA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATTTA . . . . . . TTGT . . . . A A . . . . A . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . AC T . . A . . . . G . . . . . . G . . . . . C . . . . T . . G . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . TTGT . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . AA T . . A . . . . A . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . TTGT . . . . A T . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . TTGT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ATA************ TTGT******** G* G** ** *** GTCACATTAT*************************** N* A* ** AG* C* ** C* T* G** **
originalCons : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-A--------A---A--TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGA----T---T---TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACG-G-A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAG----CT-------AC----------A--T--------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAA-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAA--TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGTTTG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
finalCons : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGC-AATA------------TC--A-C---T-A--T----TTTGCCCTCCCCAGATTGT--------TT--G-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGAT-TGGG-AG-ACGG--A--T-TT-A-----A-GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-T--TTGC----TAGGTCACATTAT---------------------------GT-------C-A-A-TAAA---ACTNAAAAN-TTCCC--------AAGTC--CTAAAGTAGC-T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTGAAA-TC--GCG---------A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT--G-TCA-AAAG-TC-GC--C-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCAC-GTG-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-AAC-G--A--AGT-TG-C--A-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---TG--C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 11 11111 1 11 11111 6666666666666666 111 11111111 11111111 111111111 111 111111 22222222222222 1 2222222222222 11 1 11111 11111 11111
lowQualScore : 4444 2 2 22 2 2 2 2 2 22 44 333333333333333 4444 22 2 22 99 2 77 2 2 2 2 9 2 44 11 5 5 555 66 5 5 77777 0 5 11 22222 888 5 5 8888888888888888 4 4 4 777 4 000 5 33333333 55 88 33333333 3 3 55 77 3 3 55 666 55 888 44 3 55 444444444 3 55 3 44 3 666 555 7777 888 3 000000 444 77 3 3 3 3 3 999999 4 4 66 44444444444444 5 5 5 1 77 9999999999999 5 00 5 5 0 5 4 6 5 2 2 33 33 66666 2 2 2 5 5 2 5 8888888 33 66 11111 00000
lowQualScore : .... . . .. . . . . . .. .. ............... .... .. . .. .. . .. . . . . . . .. .. . . ... .. . . ..... . . .. ..... ... . . ................ . . . ... . ... . ........ .. .. ........ . . .. .. . . .. ... .. ... .. . .. ......... . .. . .. . ... ... .... ... . ...... ... .. . . . . . ...... . . .. .............. . . . . .. ............. . .. . . . . . . . . . .. .. ..... . . . . . . . ....... .. .. ..... .....
lowQualScore : 2222 0 0 88 0 0 0 0 0 88 88 888888888888888 2222 99 1 99 00 9 11 9 9 9 9 6 5 22 55 0 0 111 99 0 0 55555 0 0 99 55555 888 0 0 8888888888888888 0 0 0 000 0 222 8 22222222 00 66 22222222 6 6 00 66 6 6 00 444 00 666 99 6 00 555555555 6 00 6 66 6 444 000 7777 999 6 666666 111 99 6 6 6 6 6 444444 4 4 44 00000000000000 7 7 7 4 99 6666666666666 0 66 0 0 0 0 4 7 7 9 7 77 77 44444 9 9 9 7 7 9 7 0000000 99 88 00000 11111
consensus : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGCA--A-------T--A-TCA----C--T-A--TTTTGCCCTCCCCAGA--T-TG-T-TTG-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGATTGGG-AG-A-CG-G-A--T-TTA-A-----GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-TTTGC-TAGGTC-AC--ATT-G-----AT-GTCA-A-TAA---A-AC-TCAAAATTT--------CCCAA--GTC--CTAAAGTAGC--------T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTG-AAA-TC--GC---------G-A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT-G-TC-AAAA-GTC-GCC-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGT-G-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-A-AC-G--A--A-G-TTGCA-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
Reference ( family-618 ) : TAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGCA--A-------T--A-TCA----C--T-A--TTTTGCCCTCCCCAGA--T-TG-T-TTG-ATTGA-CGA-AGAAATATT--ACAGATTGGG-AG-A-CG-G-A--T-TTA-A-----GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-TTTGC-TAGGTC-AC--ATT-------AT-GTCA-A-TAA---A-AC-TNAAAANTT--------CCCAA--GTC--CTAAAGTAGC--------T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTG-AAA-TC--GC---------G-A--A-ATTN-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GAT-G-TC-AAAA-GTC-GCC-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATATACCGTCCGC-CA-TTATTG-A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGT-G-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-A-AC-G--A--A-G-TTGCA-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----NAC--A--TAATGGCA
gi|1 : TAGC-TTT----T-A-CATGGAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GGCGTGTA--G-------A--ACTCA----C--TGA--TTTTGCC-TCCTCAGA--T-TG-TGTTG-ATTTG-CGG-A-AGATATT--TCAGATTGG--AG-A-CG-GGA--T-TTA-A-----GTCCATCTTCACAATTTTAGCGAA-----CTATGTT-TTTGC-TAGG-----------------AT-GTCACA-TAG---A-ACAACAAAATTT--------CCCAA--GTC--TAAAATTAGC--------T-TGCTA--TAGTGCTAT-CAAG--GG---GAGGGGA--GGTTG--AA-TC--GC---------G-A--A-GTTA---TT---C---AATA----GAAA-TGAAGTAGTT--GAT-G-TC---AG-GT--GCCAAGTCGC-GTCTCAT----G-AAT-TC-A-G--TC--AAGTC-TG-AT-CCGTCCG--CA-TTATTG-A-CATTGATCA---T---------TAC-GTCAGAGT-G-ACGTTTGGA-TCATCATGCAT-A-AC-G--A--A-GTTTGCA-CA-TGCATGAT-AATG-AA-AAC---TGG-C--AG-CAT----AA---A--TAATGG
gi|1 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggCATCA--CAT-T-AA-G--A--A-G-ATGTA-CA-T-C-C-ATTAATG-AC-AAA---A-G-C--A--CAA----CAC--A--TAaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaattacatcacattaagaagatgtacatccattaatgacaaaagcacaacacatataatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|10 : aactgcaggtgtagtgacaattaataattaacaaagttcaaggcacagatattgcgtaaaaatcggccatagcaacttgaaaaatcaatgacttttcaacaccgttcaattatacggtagcttttacatggagttcagcaacttggcgtgtagaactcactgattttgcctcctcagattgtgttgatttgcggaagatatttcagattggagacgggatttaagtccatcttcacaattttagcgaactatgtttttgctaggatgtcacatagaacaacaaaatttcccaagtctaaaattagcttgctatagtgctatcaaggggaggggaggttgaatcgcgaagttattcaatagaaatgaagtagttgatgtcaggtgccaagtcgcgtctcatgaattcagtcaagtctgatccgtccgcattattgacattgatcattacgtcagagtgacgtttggatcatcatgcataacgaagtttgcacatgcatgataatgaaaactggcagcataaataatggaagtgcacataacacagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaaaacagtaatgatcaaaagccacatcacaataagtgataaaagcatcacataatgatgtaaaagtgtatggcacagcacaagtagatgatagaagacagttacataataacccaaaatgcagcatcaataatataaaagtggcacatgcatatatgataaaagagcacataagttaatgtaagagagtcactgtacaatagatgacaaaagcagcatcacagtaactgatatgcacagtcacacaatgatacacaagccatcacaggtataatgaattagcacatgcacatgatgatatagcatcatataatgacaaaggacaatgcacaggtaatgagcaaaacacatgcaaaaacgataatgtaaagagcaatcaaaagtacatgaataaatta-------AT-GTCA-A-TGA---A-AT-TTGACATAT--------CCCAA--GTC--CTAAAGTTGC--------T-T-CTA--T---GC-AT-GCCA--GG---GA--GGA--GGTTT-AAA-TC--GC---------A-A--A-ATTC-T-TT---T---AATA----GAAA-C---------------------AAA-GTC-GGC-AGTC-C-CTCTCAT----taatgataaagcgcatctaataacaagaataacataagagaggcaggttaaggcgttcgc
gi|11 : tataagacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataagaactattctttg-------AT-GTCA-A-TAA---A--C-TTACATAT---------CCCAA--GTC--CTAAGCTTGC--------T-T--TC--TA-TGC-AT-CC-A--GG---GA--GGA--GGTTT-AAA-TC--GC---------A-A--A-ATTC-T-TT---TTA-AATA----G-AA-TAA---------GAT-GTTC-ACAA-GTC-GGC-AG-C-C-CTCTCAT----tta
gi|12 : tgAGCATTT----C-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--AA--TGCA-------------A-TCG----C--T-A--TTTTG-CCTCTCCAGATTT-TT-T-TTT-ATTGA-CGA-AGAAttact
gi|13 : C-A--A--A-G---GCA-CC-T-CAC-AT-AATG-TC-AAA---A-G-C--A--CAT----CAC--A--TAATGtactgtttacgaatgagttgttgtagtgtacgttaaattctgacta
gi|13 : GCA-CA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAA---A-G-C--G--CAT----AAC-----TAAataaaagcgcataactaaataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : caaaggcacctcacataatgtcaaaaCATTT----T-A-CA--AAGCAT-CA-TC-AA-CTT--C-----CA--A-------T-----CA----C--T-AACTTCTGCCACTCTCAGA--T-T----TTGTATTG--CGA--GAAAT--T--ACAAATATTG-AGCA-CG-T-A--T---A-A-----GTCC-T-TTCA-AGATT--ACGAG-----CTA---G-T---C-TACATT-GT--AGC-------AT-GTCA-A-TTA---A-AC-TAAA---TT--------TCGAA--GTT--CTAAAGTGCT--------T-T-CTA--TA-TGC-ATCCCCA--GG---GT--AGA---GTTG--AA-TC--GC---------G-A--A-ACAA-TATT---C---AATA----GAAACTGAA-TATTT--GAT-G-TCAAAAA-GTCGGCC-AGTC-CTCGTCCAT----T-AATGTCAACGC-TC---ACTC-TA-ATACTGTCCGC-CA-TTATGA-A-C--TGATCATCTT---------TAC-GTCA-CGG-T-ACTTTT-GA-TCATCAT-CATAA-AC-G--CCTA-G-TGCCA-CA-T-CAT-AT-AATGTACTACC---T-GCC--A--CACTA--GAC--ACTCAATGGCAataacaaaagatacaagaaggcagttaaggcgttccataaatatacatgtacttataca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtaAT-G-GC-A--A--A-G-T-GCAGCA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAA---T---C--AACCAT----CACAAA--TAATaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaCAT-TAC-AGAC-A--A--ATG-T--CA-CA-T-CACTAC-CCTG-ACTAAA---T-G-C--A--CAT----TGC--A--TAATGACAaaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatataA-TCACTAC-CCT-G-AC-T--A--A-A-T-GCA-CA-T-TGC-AT-AATG-AC-AAA---T-G-C--A--CAT----aatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacT-G-AC-A--A--A----TGCA-CA-T-CAC-TT-AATA-TG-AAA---T-G-C--A--CAT----TAC--AC-TAATGgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaatAC-ATCA--GTAG-AT-TTA-AA-GCA-CATACAA-A-AT-A--A--A----TGCA-CA-T-CAC-AT-AATG-AT-AAA---T-G-C--A--CATTCTACAC--A--TAatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|2 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcATTAT-TATGA-ACAG--A--A-G-GCGAA-CA-T-CAC-AT-AATG-AC-AAAAAGT---C--A--CAT----CAC-----TAATGtgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatattattatgaacagaaggcgaacatcacataatgacaaaaagtcacatcactaatgaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|20 : acaacctggcaagcagttgtagttgacaatattatagcaacaaagttcaagaccaacttgaaaatccatcttttcaccgttcatctatacgtacattttacaaagcatcatcaacttccaatcactaacttctgccactctcagattttgtattgcgagaaattacaaatattgagcacgtataagtcctttcaagattacgagctagtctacattgtagcatgtcaattaaactaaatttcgaagttctaaagtgctttctatatgcatccccagggtagagttgaatcgcgaaacaatattcaatagaaactgaatatttgatgtcaaaaagtcggccagtcctcgtccattaatgtcaacgctcactctaatactgtccgccattatgaactgatcatctttacgtcacggtacttttgatcatcatcataaacgcctagtgccacatcatataatgtactacctgccacactagacactcaatggcaaagtgcagcatcacataatgacaaatcaaccatcacaaataataaataagcaacatcctacaataatgaatacaagaaatgctacatcacaaactgataaaaagcacatcaacatagtgataaaggccacatatacattacagacaaatgtcacatcactaccctgactaaatgcacattgcataatgacaaatgcacatgcccaaattgacaaatgcacatcacttaatatgaaatgcacattacactaatgatgtaaataaagccgactacccagtaatataatagcacattacataaataaaaatgcaatcaacataatgatgaaactccacatcgcataaatgataaaagcacatcagtagatttaaagcacatacaaaataaatgcacatcacataatgataaatgcacattctacacatatgataaaggcgcatcacataagataaagctacatccataatataatagcacagtcatCATTT----C-C-CA--GAGT-T-AG-GC-AA-CTT--GA--GGCA--ATT-----T--A-TCT----G--T-A--TGTTGCCCTCCCCAGAT-T-TG-T-TTT-ATTGA-CAA-AG-AATATT--ACACATaatataaaagcccacatcacaataatgattaaaatcacatcacataagtacaatgatgtatcatctacataatgaacaaaagcacatcatattaatgaaaaagctgcatcactaatataacaaaaattaacaataagaggcagttaatggcgtcca
gi|22 : aTTT----T-C-TA--GAGT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGCA--A-------T-----CA----C--T-A--TTTTGCCCTCCTCAGA--T-TT-T-TTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAacagaatgttgtttac
gi|23 : TTT----T-C-TA--GAGT-T-GGTGC-AA-CT---GA--TGCA---------------TCA----C--T-----TTTGCCCTCTC-AGA--T-TT-T-TTG-ATTCA-CAG-AG-AATATT--ACAtagaga
gi|24 : ATTC----T-C-CA--GAGT-TTCG-GC-AA-CCT--AAA-TGTA--A-------T-----CA----C--T-A--CTTT-------CCAGA--G-TT-T-TTG-ATTGA-CGC-AAGAATATT--GCtagag
gi|25 : caTTGCCCTCCTCAAAT-T-TGTT-TTG-TTTGA-CAG-AG-AGTATTTGGCAGACT
gi|28 : cttaAGCATTTAATTT-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GA--TGTA--ATTTGAATT--A-TCA---------A--GTTTGTCCTGCCCctgagcatattgtttacg
gi|29 : TAGCATTT----T-C-CA--GAAT-T-TG-GC-AA-CTT--GA--TGCA--ATT-----T--A-TCA----TAAT-A--TTTTGCCTTCCCC
gi|3 : AGCATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTTTGGG--TGCATCAC------T--A-CTAATTCC--T-A--TTTTGCC-TCCTCAGA--T-TG-T-TTG-ATTGA-CGA-AGAAA-ATT--ACAGATTGGG-A----CGTG-A--T-TTA-A-----GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGGA-----ACA---T-TTTGC-TAGGTCTACCAATTGGGAG--ATCGTCA-A-TAAACTA-AC-TCAAAATTTCCCTTGCCCCCCA--GTCTACT-AAGTGCT--------T-T-CTA--TG-TGC-TC-CCCC--GG---GA--GGA---GTTGAAAA-TC--GCGGGGCGGGGG-A--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA-TGAA-TAGTT--GATCG-GT-AAAA-GTC-GCC-AGT--C-CTCTCAT----GAAAT-TC-ACGC-TCCAAGGTCTTTTATACCGTCCGCTCATTTATTG-A-C--TGATAT---T---------TACGGTCA--GT-GAAC-TTT-GATTCATC-T-CAT-A-AC-GGAA--A-G-TTTC--C--T-CAT-ATGAATG-AC--AA---T-G-CAAA--CAT----AAC--A--TAATGGCA
gi|30 : acagacctgcaggtgagtggagcagggtattatctaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcaattatacggtaAGCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-TTT--GA--TGTA--A-------TTGA-TCA----C--T-A--TTTCACCCAACCCAGaagtg
gi|31 : TAGCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AATTTT--GA--TGTA--A-------TTGA-TCA----C--T-A--TTTCACCC
gi|33 : TTT----T-C-CA--GAGT-T-GG-GC-AA-CTT--GA--TGCA--ATT-----T--A-TCA----C--T-A--TTTTGCCCTCCCCAGA--aaccc
gi|34 : TAGCAATT----T-C-CA--GAGT-T-CG-GC-AA-CTT--GA--TGCA-------------A-TCA----C--T-A--TTTTGCCCTCC
gi|36 : TAGTATTT----TTC-CA--AAGT-T-CG-GC-AA-CTT--CA--TGCA--ATT-----T--A-TCA----
gi|4 : TAGCATTT----T-A--A--GAGT-T-CA-G--AG-CTT--GG--TCCC--A-------A--A-TCA----C--T-A--TTTT--CCTCCTCAGA--TATG-T-TTT-ATTGA-CGA-AGAAAAATT--ACAAATTTGG-AG-A-CG-G-AAAT-TTA-A-----GTCCATCTTCA-AATTTT-ACGAA-----CTA---TATTTGC-TAGGTC-TT--ATTTGTAG--AT-GTCA-AGTAA---A-AC-ACAAAA-TT--------CCCAA--GTTA-CTAAAGTA-C--------TGT-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTG-AAA-TC--GC---------G-A--ACATTTAT-TT---C---A-TA----GAAAATGAA-TAGTT--GAT-G-TC-AAAA-GTC-GCC--GTC-C-CTCTCAT----GGAAT-TC-ACGCATC--AAGTC-TATA--CCATCCGC-CA-TTATT--A-C--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CTA-G-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-A-AC-G--A--A-GTTTGCA-CATT-CAT-AT-AATG-AC-AAC---T-G-C--A--CAT----AAC--A--TGA
gi|5 : acaacctgcaggtgtagttgacaattatatcttaacaacagtttcaaggcagattattgcgtaaatcggaacaacttgaaaaatccatctttcacacgttcaattatacaTAGCATTT----T-TACA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--T-CA--A----------A-TCA----C--T-A--TTTTGCCCTCCTCAGA--T-T----TTG-ATT-A-CGA-AGAAATATT--ACAGATTGGG-AA-A-CG-G-A--TATTA-A-----GTCCAT-TTCA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-TTTGC-TAGCT--AC--AT-----------GTCA-A-TAA---A-AC-CGAAAAATT--------CCCAA--GTT--CTAAAGTAGC--------T-T-CTA--T--TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA---GTTG-AAA-TC--GC---------G-A--A-AATC-T-TT---C---AATA----GAAA--AAA-T------------TC-------TG-GCC-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AAGTC-TATACACCGTCCGC-CA-TTATTG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGT-G-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-A-AC-G--A--A-GTTTGCA-CA-T-CA-----AATG-AC-AAC---T---C-----CAT----AAC--A--TAATGGCAat
gi|6 : GCATTT----T-C-CA--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGCA--A-------T--T-TAA----C--T-A--TATTGCCTTCCCCAGA--T-TG-T-TTG-ATTGA-CGA-AG-AATATT--ACACA-TATA-AG-A-CG-G-A--T-TTACATAGACGTCCAT-TTCA-ATTTT--ACGAACTAGCCTA---T-CTTGC-TAGGTC--------------------TA-A-TAA---A-AC-TCGAAATTT--------CCCAA--GTC--CTAAAGTAGC--------T-T-CTA--TA-TGC-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTTG-AAA-TC--GC---------G-A--A-ATTC-T-TT---C---AACA----GAAA-TAAA-TGGTT--GAT-G-TC-AAAA-GTC-GCC-AGTC-C-CTCTCAT----G---T-T-------------------TATTCCGTCCGC-CA-TTATTGAA-C--TGATCAG--TTACATGTAGTAC-GTCA-CGT-G-AC-GTT-GA-TCATCTT-CAT-A-AC-G--A--A-G-T
gi|7 : CATTT----T-A-CA--GAGT-T-CA-GCTAA-CTT--GG--TGCA--A-------TC-A-CAA----C--T-A--TTTGGCCCTCCTCAGA--T-TG-T-CTG-ATTGAACGA--GAAAAATT--ACAGATTGG--AG-A-CG-G-A--T-TTA-A-----GTCCAT-TTCA-AAT----ACGAA-----CTA---T-TTTGC-TAGGTC-AC--ATTTGTAG--AT-GTCA-A-TAA---ACAC--AAACATTT--------TCCAA--GTC--CTAAAGTAGC--------T-T-CTA--TG-TGC-AT-CCCA--GG----A--GGA--GGTTG-GTA-TC--GC---------GAA--A-ATTA-T-TT---C---AATA----GAAA--GAA-TAGTT--GAT-G-TC-AAAA-GTC-GCC-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-ACGC-TC--AA---------ACCGTCCGC-CA-TTA-TG-ACC--TGATCA---T---------TAC-GTCA-CGT-G-AC-TTT-GA-TCATCAT-CAT-A-AC-G--A--A-G-T
gi|8 : GCATTT----T-C--A--GAGT-T-CA-GC-AA-CTT--GG--TGCA--A-------T-----C-----C--T-A--TTTTTCCCTCCTCAGA--T-TG-T-TTG-ATTGA-CGATAGAAA-ATT--ACAGATTGGACAG-AACG-A-G--T-TTA-AA----GTCCAT-T-CA-AATTT--ACGAA-----CTA---T-TTTGCAGAGGTCTAC--ATTTGTTTAGAT-GT-A-A-TAA---A-AC-ACAAAAATT--------C--AA--GTC--CTAAAGTAGC--------T-G-CTA--TG-T-C-AT-CCCA--GG---GA--GGA--GGTGA-AAA-TC--GC---------G-G--A-AATA-T-TT---CG--AATA----GAAA-TGAA-TA--------------------TC-GCC-AGTC-C-CTCTCAT----G-AAT-TC-A
gi|9 : cAAAATTT--------CTCAATGGTC--TTTAACAAGCCCTAGGCGT-T-CTGAGTA-TGA-CT-CCCGACGGTGCGA--GGACCGTCTG-AAAATCCGGC---------G-ACAG-ATTC-T-TTGTGCGTAAATAAGAAGAAA-TAAA-TGGTTCAGAT-G-TC-AAAAAGGC-ATC-AGGC-C-CTCTCATAGGAG-AAT-TC-AC
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACCTGCAGGTGTAGTGACAAATTATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATTATACT
Unaligned ( gi|15 ): TACTCCCGCGCTTGCATTGACAATTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATATATG
Unaligned ( gi|16 ): CAACCTGCAAGCTGTAGTGACAAATTATATTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATAC
Unaligned ( gi|17 ): ACAACCGCGAGTGTAGTGACAATTATATCTAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAC
Unaligned ( gi|18 ): GCATTGTGCAATGACAATAACAATAAAGATCAAGGACAGAGACATCGCCTATCGGTCTGCATACAAACTTGCAAAACCTGTCTTTTCATACTGTCAATTATTACATG
Unaligned ( gi|19 ): AACCTGCAGTGTAGTGACAATTAATATCTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT
Unaligned ( gi|21 ): GACCAGCGTTGCAATGACAATTAAAAAAAGCTGCTAAGAACATGACATTGCGTTAAATCGGACATAAAACTAGAAAACCCCTGTCTTTCACCACGG
Unaligned ( gi|26 ): AAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAAACTTTCCATGTTTATTTCTATTCATGTTTTGCTCTCTTTC
Unaligned ( gi|27 ): TAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATAGACCTACATGTATTGTAACTGCATGGTCTGCATCTGTTT
Unaligned ( gi|32 ): CTAGTCAATATCTGATTTAGATTAGATTGACTATACATTTCAATTCAAAATCCG
Unaligned ( gi|35 ): AAATAACAAAATAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATACTT