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Reference ( gi|2 ) : TCAGTACCGGTACTATAGTCTGCATAAGTTCGTTGTA-------T-TAGCGCGGA-GGCGC--GTTG----CGTAA--A----TA-TG--------------TT--ACTTT---CAACGC-AC---C---GCAC----CGTCAA----G-C-AA-AC---A--A------GCAAC---GCG---CCTTCGC-GC---TA----ACACA-ACATT-A---GGTAAC------T-C-GC-TTG---AAGAT---------TAG-------A--------TCGCGT--------TA-------ACAC-----------AA-----------------CTTT-ACACAA-ATTG-C-A---TT---GCGCTG-A--------TA--A-----------G-----------CA------AC-----GC-G--CCT---TC----G-C---GT-T--A-------ACA-C-AATTTT--A------CGCAA-----C-TC--------------------------A--T-CTTC---------GCGCT---TA-CAC-----------A-AC-T-TT--ACA--CA--ACT--C----GCA--TTTGCGC--TAA-----------T-----------C-T-------T-------CGCGC-------TATCA-----C---A-AC-TT-T-ACAGA---ACACGCA-------TT-C------GCGCTA-----A-A--ACGA---T-A---A--AA--A--TTGA---AT-T---C--TT-----A-------------------T---GT--------TA-G-TGCAA------AG-GCACG---TTGCGT--AA-AG-TTG------AATTT-----T-----T-------ATCGTGTT-AGTGC-G-------A-------AGG-----TGC--GTT-G--C--GT----AA-------A-----G------T----------------G---------------GC------A------C---G--------TTG-C--GT---A-A---AG-----TT-----------G--TGTCA----GCG----CGA-----A-G-------------------G------C-------G----T----T-----------A--------AGTT------G--T-----GT---CA----GCGCGA-----A-G-------G---------C-------G-------TA--AAG-TTG--TGT----CAGCGCGA---A-G-------G-------CG-------T----AAA-G-T---T----GT-T--C---------------TATT-------AAA--G----T-AATGC-------GCTTT--CACGCTTT---TGCAAATGGCCCAATCTTGACACCA-TA-TAACAGAGTCTTTTTAA
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gi|8 : attcgcgctgctgacaagcaacgcgccttcacgccaacatttacacaacgcacactacgcaataattttttttgaG----CGTGACAA----CG-CG--------------TT--ACTTT---CAACAC-GC---C--------------------------A-AC---A--A------GCAAT---GCG---CCTTTGC-GC---TA----AGAAA-AC--T-A---CGCAAC------A-CAAC-GCG---CAGAC---------AAGC------AATACGCCTTCGCGC--------TA-------ACAC-----------AA-----------------ATTTAACGCAA-aggcgtatcgcgtaaagttgtgttggcgcgatgcatgtacatgtagttgtgttagcgcgaatgtgcgttacgtaaagtttgtt
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gi|7 : aacaagtttacacaacgccccttcgttctggtaat--ACTTTACGCAACGC-GC---CATTGCAC----TGACA-------C-AA-GC---ATTA------CGAAT---GCG---CCGTCGC-GC---TA----AC-TT-ACTTT-A---TGCAAC------G-C-AC-CT-------------------------------------TCGCCC--------TA-------ACAC-----------AA-----------------C----------------------TT---ACGC-----------------------------------------A------AC-----GC-G--CCT---CC----ATT---GC-T--A-------CCATT-AACTTT--A------CGCAG-------TC--------------------------A--C-CTTC---------ACGC----TA-AAC-----------ACAC-T-TT--AGG--CA--A-T--T----GC----CTGCGC--TAA-----------CA----------C-T-------A-------CGC----------AACA-----C---A-CC-TT-tgtgctagaatgtaacgcgctttaatttgcaaatggccctattcagatttcatcat
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gi|10 : taaatatgtctataaaaagttgctgttcctagggtgtccgaataaggccgtttgcaaaacggtgagaacgtgttatattgaatactcaA----A-C-AA-ACTTTA--C------GTAAC---GCA---CATTCGC-GC---TA----ACACA-ACTAC-A---TGTA-C------A-T-GC-------------------------------A--------TCGCGC--------CA-------ACAC-----------AA-----------------CTTT-ACGCGA---TA-C-GCCTTT---GCGCTA-ACACAACTTTA--A-----------A-----------CA------AC-----GT-G--CCA---TC----A-C---GC-T--A-------ATA-C-AACTTT--A------CGCAA-----C-GT--------------------------G--C-ATTC---------GCGCC---AA-CAC-----------A-Acgcaaaac
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gi|3 : gtgctaacacaaaattac------GCAAC---GCA---CCTTTGC-GC---TA----GCACG-ATAcaaaattctattttcatcgtgttagcgcgaaggcatgttgcgtaaagtagtgtttgcgcgttgcgtaaagttgcgttagctcgaaggtgcattgcgaacagttgtctaagcgcacttcgcgtaaagttgtgctactttgcgtaaaactttacacaacgcgacctcgcgctaaaaataaaaattttattagcgcaaagtcacgttgcgtaaagttgtgttagcgcaacttacgtaaaattgttttagagcaaaggcacgttacgtaaaattgtgctagtgcgaatgtgcgatgcttgaagttttattaaatagtaacactttgtcacgcttttgcaaatggccctatccggacatcattataatcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
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gi|13 : gccattggcgtaacagggcttt------GCAGT---GCG---CCTTCGC-GC---TA----ACACG-ATAaacagaaacttataaagcgctatcacgcttttacaaatgaccctatccggacaccataac
gi|16 : aaaaattcaatttt------GCAAC---GTG---CATTCGC-TC---TATATAACACA-ATTTT-A---CGCAGC------G-C-GC----------AT---------T-------------------CGCTC--------TA-------ACAC-----------AA-----------------CTTT-ATAT--------------------------A--------TA--C-----------G-----------CA------AT-----GC-A--CCT---TC----G-C---GC-T--A-------ACA-C-AACTTT--A------CGCAA-----gtaaagttgtattagtgcgaaaggttgtgttggaaagtgcagtcacgcttttgcaaatggccctatctggaaccataaaaacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|11 : ------GCAAT---GCG---GCTTTGC-TC---TA----ACA---ACATT-TTTTGGTAGCATAG--TGC-GCGTTGCGTAAAGT---------T-G-------T--------TACCAT--------TA-------ACAC-----------GG-----------------CGT----ACAA--------------------CC--A--------CA--A-----------G-----------CA------AC-----GC-G--CCT---TT----G-TA--GC-T--A-------ACA-C-A--TTT--A------CGCGA-----C-TC--------------------------A--C-CTTC---------GCGTA---CA-CAC-----------A-AC-T-gtatattgtgccagaaagtaacgcgctatcatgcttaat
gi|14 : ------GCAAC---GTG---CTTTCGC-AC---CA----ACAAA-ACTTT-A-----------------C-GC-T------ACAT---------TCC----------------TCTCGC--------TA-------ACACGAGAAAAATTGAA-----------------CTTT--TATAGTGTTG------------GCGCCA-A--------CA--A-----------G-----------CA------AC-----GC-G--CGT---CCCGCAA-C---AT-TGTA-------ACA-C-AACTTT--A------CGTAA-----C-CC--------------------------G--C-ATTC---------ACGCataagttgtgttatgcaaaggtacttgcaataaatttgtcagcgcgaaggcacatcgcgcaaagttgtgtcaggcgaagtgcgttgcg
gi|4 : ttgctttcgCAAC---TCA---CCCTCGC-AT---TA----ACACA-ACTTT-A---CGCAAC------acataaagttgcgagagaaagtggccctatccggac
gi|8 : gccattggcgtaacagggctttactttgtacaCAAC---GCGTTACTTTC---------A----ACACG-CCAAC-A---AGCAAT------G-C-GC-CT-------------------------------------TTGCGC--------TA-------AGAA-----------AA-----------------CT---ACGCAA---CA-C-A---AC---GCGCAG-A--------CA--A-----------G-----------CA------AT-----AC-G--CCT---TC----G-C---GC-T--A-------ACA-CAAATTTA--A------CGCAA-----atatctttgcgctagttttacaagaaaaaaaatcaatttttagtgcgaaggtgtgtgtgtgtgttagcacgaaggcgcgtcacttgtcttgtcttgtcagtgcgaaagcgagttgtgtaaagtaatgttggcgcgacggcgtgttgacggtaacaactaggccttcgcgctaacacgcgcgttgcataaatatgtgttagcgcgaatgtgcaaagttgcaacagaaacttataaagcgctatcacgcttttacaaatgaccctatccggacaccataac
gi|17 : aaaagcgtgaCAAC---ACA---CTCTCAT-AC---TA----ACACA-ATATC-A---CACAAC------A-C-AC-TC-------------------------------------TCACAC--------TA-------ACAC-----------AG-----------------TTGT-ATACGT-ACTAAC-A---CA---GTTCT--A--------TA--------------------------CA------AC-----TC-A--CCT----C----T-C---AC-T--A-------ACA-C-AGTTTT--A------TACAA-----C-AC--------------------------A--C-Ctgaaaacgtgttagtgcgaaggtgcgatgcgtaaaattgtgttgaactaacgcgctttcacaaatggccctatccggacaccatacaaaattaagttcatttcgccaataaatgggtaatacgattaccattgt
gi|9 : ctttatcatcaacacagtttgctaCG---CCCTCGC-GC---TG----ACTT-----TC-A---CACAAC------T-C-GC-CT-------------------------------------TCGCGC--------TA-------AC-T-----------AA-----------------CTTT-ACA----ACTG---A---TTTTCGCGCTG-A--------CA--A-----------G-------------------GC-----GCCA--CCT---TC----G-T---GC-T--A-------AAA-C-AACTTT--C------CATAA-----C-TCCCTTCACTCTGTCAGTCAAGCAGCGCA--C-CTGC---------GTACT---AA-CAC-----------A-AC-T-TT--ATA--CA--TCT--T----GC
gi|4 : tagaaattgaacatcatctgtaatatcacaagttgacaa--------TCGCAT--------TA-------ACAC-----------AA-----------------CTTT-ACGCAACATAT-C-T---TT---GCGCTgctttcagcttttgaaaaggtcctatccgacaccat
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gi|16 : aaaaattcaatttttCGCGT--------TACTTTCTGGCAC-----------AA------------------TAT-ACGCAA-CGTG-C-A---TTC--GCTCTATA--------TA--ACACAATTTTACG-----------CA------GC-----GC-G--CAT---TC----G-C---TC-T--A-------ACA-C-AACTTT--ATATATACGCAA-----T-GC--------------------------A--C-CTTC---------GCGCT---AA-CAC-----------A-AC-T-TT--ACG--CA--Aaaggttgtgttggaaagtgcagtcacgcttttgcaaatggccctatctggaaccataaaaacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|8 : CGCGT--------TAGTTCA--ACAC-----------AA-----------------TTTT-ACGC---ATCG-C-ACCTTC---GCACT----------------------------------------A------AC-----AC-G--TTT---TCATT-G-C---GT-T--A-------Actatcatgcttaat
gi|7 : aaaagcgtgacaacgcgttactttcaacacgccaacaagcaatgcgcctttgcgctaagaaaactacgcaacacaacgcgcagacaagcaatacgccttcgcgctaacacaaatT--------CA-------ACAA-----------AA-----------------CTTT-ACGCAA-CGCG-CCA---TT---GCACTG-A--------CACAA-----------G-----------CATTACGAAT-----GC-G--CCG---TC----G-C---GC-T--A-------ACT-T-A-CTTT--A------TGCAA-----C-GC--------------------------A--C-CTTC---------GCCCT---AA-CAC-----------A-AC-T-T---ACG--CA--ACG--C----GC-------CTC--CA--------------------------T-------T----------GC-------TACCA-----TT--A-AC-TT-T-ACGCA---GT-CACC-------TT-C------ACGCTA-----A-A--ctttcacaaatggccctatccggacaccatacaaaattaagttcatttcgccaataaatgggtaatacgattaccattgt
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gi|6 : attcgcgctgctgacaaA-----------------CTTT-CAACAC-AT---C-A---TC---ATGCAA-A--------CA--A-----------G-----------CA------AT-----AC-A--CCT---TC----A-T---GC-T--A-------ACA-C-AGCTTT--A------AGCAA-----C-TT--------------------------G--C-TTTT---------GCAC----TA--------------------------ACG--CA--ATT--C----GCA--TTCGTGC--TGA-----------TAAGCAACACGCC-T-------T-------TGTGC-------TAACA-----T---A-AC-TT-T-ACCCA---ACA----------------------TGCCA-----A-C--AAGA---T-A---A--AA--T--TTCA---AT-T---T--TTTTTTCA-------------------T---CT--------TA-G-CCCGA------AA-GCATG---TTGCGT--
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gi|6 : agttgtgtgtacgcgaaggtgagtcgcgtaaatgtgttagctacaaaggcgcgttgcttgtggttgtacgccgtgttaatggtaA---ACATGCT-------TT-C------GGGCTA-----A-G--ATGA---A-A---A--AA--AAATTGA---AA-T---T--TT-----A-------------------T---CT--------TG-T-TG------------GCATG---TTGGGT--AA-AG-TT----------------------------------ATGTT-AGCAC-A-------A-------AGG-----CGT--GTT-G--C--TT-------------A-----T------C----------------A---------------GC------A------C---GA-------ATG-C--G----------AA-----TT-----------G--CGTTA----GTG----CAA-----A-A-------------------G------CAA-----G----T----TGCTTA------A--------AGCT------G--T-----GT---TA----GCATGA-----A-G-------G---------T-------G-------TA------TTGCTTGT----TTGCATGA---T-G-------A-------TG-------TGTTGAAA-G-TAACA----AC-T--T---------------TAT-------------G----T-AATGC-------GC---------CTTT---TGCAgcg
gi|9 : aacaaaattgcacaaatcaaggttaaattaaattttaaatttattatgttag---T-A---G--AA--A--TTGA---ACAT---C--AT-----C-------------------T---GTAA------TA-T-CACAAGTTGACAA-GCAAG---ATGTAT--AA-AG-TTG----------------------------------TGTT-AGTAC-G-------C-------AGG-----TGC--GCT-G--C--TT----GACTGACAGA-----G------T----------------GAAG------------GG------A----------G--------TTA-T--GG---A-A---AG-----TT-----------G--TTTTA----GCA----CGA-----A-G-------------------G------T-------G---------------------G--------CGCC------T--T-----GT---CA----GCGCGAAAATCA-G-------T---------T-------G-------TA--AAG-TTA---GT----TAGCGCGA---A-G-------G-------CG--------------A-G-T---T----G---------------------TGTG-------AAA--G----TCAGCGCGAGGGCGGCTTT--CA-GCTTT---TGAAAA-GGTCCTATC-CGACACCA-Tgcgt
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gi|5 : aacaagtttacacaacgccccttcgttctggtaatttttagcgtgaaggcgcattccgtaaagttgtgttagcgcgaaggcgcgttgcttgtcagcgcaaatgcgag--TT-----G-------------------T---GT--------TA-G-CTCAA------AG-AGGAG---TTGTGT--AA-AG-TT----------------------------------GTGTT-ATCGC-A-------A-------AGG-----CGC--GTT-G-----GT-------------T-----G------TC---------------G---------------GC------A------C---GAAGGCGATTTG-T--GT---C-A---AA-----TT-----------T--TGTCA----TGG----TGA-----G-G-------------------G------C-------G----C--------------------------GTT------GTTT-----GT---TT----GCGC-A-----A-A-------G---------T-------G-------TC--AAG-TTT--TGT----CGGGGCGA---A-G-------G-------CG-------C--------G-T---T----GT-T--TGTCGGCGTGACTGAGTATT-------CAAT-A----T-AACAC-------GTTCT--CACCGTTT---TGCAAACGGCCTTATTCGGACACCC-TAGGAACAGCAACTTTTTAtcagatttcatcat
gi|16 : taaatatgtcta--TT-----G-------------------T---GT--------TA-G-CGCGA------AG-GTGCA---TTGCGT--AT-AT-ATA------AAGTT----------------------GTGTT-AGAGC-G-------A-------ATG-----CGC--GCT-G--C--GT----AA-------AATT--G------T----------------GTTATATAGAGCGAATGC------A------C---G--------TTG-C--GT---A-T---A------TT-----------G--TGCCA----Gctttacttaactcgctgccacgccaacaagcaacgcacattcgcgcactttacacaacttgttttcgcggtaacgcaaaac
gi|11 : ttgcgtaaagT-----G-------------------T---GT--------TA-GCTACAA------AG-GCGCG---TTGCTT--GT-GG-TTG----------T-----A-----C-------GCCGTGTT-AATGG-T-------A-------ACA------AC--TTT-A--C--GC----AA-------C-----G------C--------------------------------GC------A------CTATG--------CTA-C--CA---A-A---AA-----AT-----------GT-TGTTA----GAG----CAA-----A-GCC-----------------G------C-------A----TTGCAT-----------A--------AGTT------G--T-----GT---TA-----TGCAA-----A-G-------GTACT-----T-------G-------CAATAAA-TT---TGT----CAGCGCGA---A-GGCACATCG-------CG-------C----AAA-G-T---T----GT-aaagtaacgcgctatcatgcttaat
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gi|6 : attcgcgctgctgacaagcaacgcgccttcacgccaacatttacacGT--TA-AA-TTA------AATTT-----TAAATTT-------ATTATGTT-AGTGCAA-------A-------AGG-----CGC--ATT-A--C--AT----AA-------A-----G------T----------------taaagtttgtt
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gi|14 : a--AA-AG-TTC------AATTT-----T-----T-------CTCGTGTT-AGCGA-G-------A---------------------------------------------------------------------------G---------------GA------A------T---G--------TAG-C--GT---A-A---AG-----TT-----------T--TGTTG----GTG----CGA-----A-A-------------------GCA----C-------G----T----TGCACATA----A--------AGTT------G--C-----Gtggaaagtgcagtcacgcttttgcaaatggccctatctggaaccataaaaacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|8 : ttgctttcggcgtgaatgcgggttacgtaaagttgtgttacaatgttgcgggacgcgcgttgcttgttggcgccaacactataG-TTA------AATTT----------------------GTGTT-AGCGC-G-------A-------AGG-----CGT--ATT-G--C--TT-------------------G------TC---------------T---------------GC------G------C---G--------TTG-T--GTTGCG-T---AG-----TT-----------T--TCTTA----GCG----CAA-----A-G-------------------G------C-------G----C--------------------------ATT------GCTT-----GT---TG----GCGTGagagaaagtggccctatccggac
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gi|3 : gtgctaacacaaaattacgcaactcgccgtcgcgctaacacaactttacgcatcgctctattacaactttatgcaatgtgcattcgcactaacacaactttacgcaatgcgcttttgtgctagcacgatcaaaattctattttcatcgtgttagcgcgaaggcatgttgcgtaaagtagtgtttgcgcgttgcgtaaagttgcgttagctcgaaggtgcattgcgaacagttgtctaagcgcacttcgcgtaaagttgtgctactttgcgtaaaactttacacaacgcgacctcgcgctaaaaataaaaattttatta-G--C--GT----GA-------A-----G---------------------------------------GC------G------C---A--------TTC-C--GT---A-A---AG-----TT-----------G--TGTTA----GCG----CGA-----A-G-------------------G------C-------G----C--------------------------GTT------GCTT-----GT---CA----GCGCAA-----A-T-------G---------C-------G------------AG-TTG--TGT----TTACGCGA---A-GATGAGTTG-------CG-------T----AAA-A-T---T----tcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
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gi|11 : agttgtgtgtacgcgaaggtgagtcgcgtaaatgtgttagctacaaaggcgcgttgcttgtggttgtacgccgtgttaatggtaacaactttacgcaacgcgcactatgctaccaaaaaatgttgttaga-------A-----G------T----------------G----------------C------G------C---G--------TTG-C--GT---A-A---AG-----TT-----------G--Ttgcg
gi|8 : agttgtgtgtacgcgaaggtgagtcgcgtaaatgtgttagctacaaaggcgcgttgcttgtggttgtacgccgtgttaatggta------C---A--------TTG-C--GTT--A-A---AT-----TT-----------G--TGTTA----GCG----CGA-----A-G-------------------G------C-------G----T--------------------------ATT------GCTT-----GT---CT----GCGCGT-----T-GTGTT---G---------C-------G-------T----AG-TTT--TCT----TAGCGCAA---A-G-------G-------CG-------C----ATT-GCT---T----GT-TGGCG--------------TGTTG------AAA--G----T-AACGC-------GTTGT--CACGCTTT---Tatgctaccaaaaaatgttgttagagcaaagccgcattgcataagttgtgttatgcaaaggtacttgcaataaatttgtcagcgcgaaggcacatcgcgcaaagttgtgtcaggcgaagtgcgttgcg
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gi|13 : gtgctaacacaaaattacgcaactcgccgtcgcgctaacacaactttaTC------G--T-----GT---TA----GCGCGA-----A-G-------G---------C-------GCACTGCGTA--AAG-TTG--TAT----TAGTGCGA---A-A-------G-------------------------G-T---T----GT---------------------GTTGG-----AAA--G----T-------------GCAGT--CACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCTGGA-ACCA-TA-AAAtcaaaattctattttcatcgtgttagcgcgaaggcatgttgcgtaaagtagtgtttgcgcgttgcgtaaagttgcgttagctcgaaggtgcattgcgaacagttgtctaagcgcacttcgcgtaaagttgtgctactttgcgtaaaactttacacaacgcgacctcgcgctaaaaataaaaattttattagcgcaaagtcacgttgcgtaaagttgtgttagcgcaacttacgtaaaattgttttagagcaaaggcacgttacgtaaaattgtgctagtgcgaatgtgcgatgcttgaagttttattaaatagtaacactttgtcacgcttttgcaaatggccctatccggacatcattataatcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|20 : aaaaattcaatttttaT---TA----GCGCGA-----A-T-------G---------C-------------------AGG-TTG------------CGCAA---A--------------------------------AA-A-T---C----GT-T-------------------AC--------AAA--G----T-GAAGC-------GCTGT--TACGATTT---TGCAAATGTTCCCATCCGGACAacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
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gi|12 : aaaagcgtgacaacgcgttactttcaacacgccaacaagcaatgcgcctttgcgctaagaaaactacgcaacacaacgcgcagacaagcaatacgccttcgcgctaacacaaatttaacgcaatgaaaacGCGA---C-GTT-----G-------CG-------T----CAA-G-T---T----GT---------------------GTTCG-----AAA--G----T-ACCGT-------GCTAT--TACGCTTGAAACGCAAATGGTCCAATCCAGACACCA-TA-aattaagttcatttcgccaataaatgggtaatacgattaccattgt
gi|18 : cgttgagtacataaaattgcacttctttcaatgttattcagattttatcacagacatgacgtcgcagcttgttcgtgcattgtacta----T-GACGC-------GCTTT--CACGCTTT---TGTAAATTACCCTATCCGAACACCA-Tattatacaagacattttgttgcgaaactcttggtttgttttg
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-6175 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGTAAATTTGTTGTGTTAGCGCGAA-GGCGCGTTGCGTAA-AGT---GCGTTACTTTC------AAC-----GCGCCGCGCCGTCANGC-AA--ACAA------GCAACGCGCCTTCGC-GCTA----ACA-CAACTT-------T-----AC-GCAA--------CGCGCNT----------T-----CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CT-TT--------ACGCAA--T-CG--C---A---T---------T-G-CG-----C------TGAC-------AA-------GCAACGCGCCTTC---------GC-GC-------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTC-----G-CGCTA-AC-A-C------AACTTT-----A-CG--CAACTCGCATTCGCGCTAA------------C------------TTCG----CGCT-AAC-------ACAAC-TTTACG-CAACGCGCCT----TCGC-GCTA-----ACACG--AT-AAAA---ATTG--AAT-T---T---TT-------------------GTGTTAGCGCGA------AG-GCGCGTTGCGTA-----AAGTTG---T-----TTT---GT---G--------T-----------TAGCGCGAAGGCGCGTT-------------------GC--GTAA-------AGT-G---GCA------CG--------TT-GCGTAAAGTTGTGTTAGCG----CGA---AGGCGT--TAAGTTGT--GTTA----GCGCGA-----AG-------GC-------G-------TAAAGTTGTG-TTAGCGCGAA--G------G-------CG-----TAAAGTTGTT-T----------------ATT--AAA-----GT-AACGC-------GCTNTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCCGGACACCA---TA-NAACAGCAACTTTTTA
gi|1 : TTGC-GCTA----ACA-CAACTT-------T-----AC-GCAA--------CGTGACT----------T-----TGCGCTA-ATAA-----------A--A-----TT-TTTATTTTTAGCGCGAGGT-CG--C---G---T---------T-G-TG-----TAAAGTTTTACGCA----AA-------GTAGCACAACTTTACGCGAAGTGC-GC-------TTAGACAACTGTTCGCAATGCACCTTC-----G-AGCTA-AC-G-C------AACTTT-----A-CG--CAACGCGCA------------------------------------------------AAC-------ACTAC-TTTACG-CAACATGCCT----TCGC-GCTA-----ACACG--AT-GAAA---ATAG--AAT-T---TTGATC-------------------GTGCTAGCACAA------AA-GCGCATTGCGTA-----AAG-------------TT---GT---G--------T-----------TAGTGCGAATGCACATT-------------------GC--ATAA-------AGT-T---GTAATAGAGCG--------AT-GCGTAAAGTTGTGTTAGCG----CGA---CGGCG-----AGTT--------------------------------GC-------G-------TAATTTTGTG-TTAGCAC
gi|1 : GT-GCTA----ACA-CAAAAT-------T-----AC-GCAA--------CTCGCCG----------T-----CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CT-TT--------ACGCA---T-CG--CTCTA---T---------T-A-CA--------------ACTTT----AT-------GCAATGTGCATTC---------GC-AC-------TAACACAACTTTACGCAATGCGCTTTT-----G-TGCTA-GC-A-CGATCAAAATTCT-----A-TTTTCA--TCGTGTTAGCGCGAAGGCA--------T------------GTTG----CG-T-AAA-------GTAGTGTTTGCG-CGTTGCG--TAAAGTTGC-GTTA-----GCTCG--A---AGGTGCATTGCGAAC-A---G---TT-------------------GTCTAAGCGCA-------------CTTCGCGTA-----AAGTTG---TGCTACTTT---GC---G--------TAAAACTTTACACAACGCGACCTCGCGCTAAAAATAAAAATTTTATTAGC--GCAA-------AGT------CA------CG--------TT-GCGTAAAGTTGTGTTAGCG----CAACTTA--CGT--AAAATTGT--TTTA----GAGCAA-----AG-------GCACGTTACG-------TAAAATTGTG-CTAGTGCGAAT-GT-----G-------CGATGCTTGAAGTT--T-T----------------ATT--AAATA---GT-AACAC-------TTTGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCCGGACATCAT--TA-TAActtacgtaaaattgttttagagcaaaggcacgttacgtaaaattgtgctagtgcgaatgtgcgatgcttgaagttttattaaatagtaacactttgtcacgcttttgcaaatggccctatccggacatcattataatcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : CGCGC-----TGC-TG--ACAA------GCAACGCGCCTTCAC-GCCA----ACA-----TT-------T-----AC-ACAA--------CGCACAC----------TA----CGCAATA-Atcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : attA----ACA--AACTT-------T-----AC-GTAA--------CGCACAT----------T-----CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CT-AC--------ATGTA---------C---A---T-----------------------------------------------GCA--------TC---------GC-GC-------CAACACAACTTTACGCGATACGCCTTT-----G-CGCTA-AC-A-C------AACTTT-----A-AA--CAAC--------GTGCCA---------------------------TCA----CGCT-AAT-------ACAAC-TTTACG-CAACGTGCAT----TCGC-GCCA-----ACACA--ATCAAAA---A--A--AAT-T---A---TT-------------------GCG-TAGT-------------GTGCGTTGTGTA-----AA--------------------T---G--------T-----------TGGCGTGAAGGCGCGTT-------------------GC--ttttttttgattgtgttggcgcgaatgcacgttgcgtaaagttgtattagcgtgatggcacgttgtttaaagttgtgttagcgcaaaggcgtatcgcgtaaagttgtgttggcgcgatgcatgtacatgtagttgtgttagcgcgaatgtgcgttacgtaaagtttgtt
gi|11 : attcgcgctgctgacaaGCGCGTTGCGTAA-AGT----TGTTACCATT------AAC-----ACG--GCG------TAC-AACCACAA------GCAACGCGCCTTTGTAGCTA----ACA-CA--TT-------T-----AC-GCGA--------CTCACCT----------T-----CGCG-TACACAC-----------A--A-----CT-
gi|11 : ------GCAATGCGGCTTTGC-TCTA----ACAACATTTT-------TTGGTAGC-ATAG--------TGCGCGT----------T------GCG-TA-A--------------A--G-----TTGTT--------AC-CAT--T-AA--C---A---C---------G-G-CGTACAAC------C-AC-------AA-------GCAACGCGCCTTT---------GTAGC-------TAACACA--TTTACGCGACTCACCTTC-----G-CG-TACAC-A-C------AACTactatgctaccaaaaaatgttgttagagcaaagccgcattgcataagttgtgttatgcaaaggtacttgcaataaatttgtcagcgcgaaggcacatcgcgcaaagttgtgtcaggcgaagtgcgttgcg
gi|11 : C-GCAA--------CGCAC-T----------T-----CGC-CTG-ACAC-----------A--A-----CT-TT--------GCGCGA--TGTG--C---C---T---------TCG-CG-----C------TGAC-------AAATTTATTGCAA-GTACCTTT---------GC-A--------TAACACAAC-TTATGCAATGCGGCTTT-----G-CTCTA-ACAA-C------ATTTTTTGGTAG-CA--TAGTGCGCGTT-GCG-TAA------------A------------GTTGTTACCATT-AACACGGCGTACAAC-CACAAG-CAACGCGCCT----TTGTAGCTA-----ACACataagttgtgttatgcaaaggtacttgcaataaatttgtcagcgcgaaggcacatcgcgcaaagttgtgtcaggcgaagtgcgttgcg
gi|11 : agttgtgtgtacgcgaaggtgagtcgcgtaaat-------GCAACGCAC-TTC---------GC--C-------TGACACAACTTTGCGCGATGTGCCTTC-----G-CGCTG-AC-A--------AA-TTT-----ATTG--CAA---G---------TAC------------C------------TTTG----CA-T-AAC-------ACAAC--TTATG-CAATGCGGCT----TTGC-TCTA-----ACA----AC---------------AT-T---T---TT--------------------TGGTAGCAT--------AGTGCGCGTTGCGTA-----AAGTTG---T-----T
gi|12 : agttgtgtgtacgcgaaggtgagtcgcgtaaatgtgttagctacaaaggcgcgttgcttgtggttgtacgccgtgttaatggtTTGTA-CTAGCG--AC--GTT----G-------CG-----TCAAGTTGTG-T----------------TCG--AAA-----GT-ACCGT-------GCTATTACGCTTGAAACGCAAATGGTCCAATCCAGACACCA---TA-g
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gi|13 : TCGT--GTTA----GCGCGA-----AG-------GC-------GCACTGCGTAAAGTTGTA-TTAGTGCGAA--A------G------------------GTTG---T----------------GTTGGAAA-----GT-------------GCAGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCTGGA-ACCA---TA-AAAaggttgtgttggaaagtgcagtcacgcttttgcaaatggccctatctggaaccataaaaacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|14 : aaaaattcaattttta------GCAACGTGCTTTCGC-ACCA----ACA-AAACTT-------T-----AC-GCTA--------CATTCCT----------------CTCGCTA-ACACGAGAAAAATTGA--A-----CT-TT--------T----A--T-AG--T---G---T---------T-GGCG-----C------CAAC-------AA-------GCAACGCGCGTCC----------C-GCAACATTGTAACACAACTTTACGTAACCCGCATTC-----A-CGCacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
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gi|15 : acgccttgtaaataaca-AACAC-------GCCGTTACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATACGGACACCA---TA-tttgcaaatggccctatacggacaccata
gi|16 : acgccttgtaaataacattgcgctagcgcgttgttttttacaatgctagcgcgaagtgacaagtaacaacgcgctagcccgacattacaacgtgctctcactgtgcgctagtgcgttgttaccGCATGATAGC---GCGTTACTTTC-----------------------TGGCA--C-AAT-ATAC------GCAACGTGCATTCGC-TCTATATAACA-CAATTT-------T-----AC-GCAG--------CGCGCAT----------T-----CGCTCTA-ACAC-----------A--A-----CT-TT--------AT---A--T-------------------------------------------AT-------AC-------GCAATGCACCTTC---------GC-GC-------TAACACAACTTTACGCAA
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gi|10 : gtgctaacacaaaattacgcaactcgccgtcgcgctaacacaTTCGC-GCTG-------CTGACAA--------------GCAA--------CGCGCCT----------T---CACGCCA-ACA-----------------------TTT--------ACACAA----CG--CA---tcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
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gi|11 : attcgcgctgctgacaaGCATA-GTGCGCGTTGCGTAA-AGT----TGTTACCATT------AAC-----ACGGCGTACAACCAC-----------AA-------GCAACGCGCCTTTGTAGCTA------AC--ACA--TT-------TAC-GCGA--------CTCACCT----------T---CGCG-TACACA-C-----------A--A-----CT
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lowQualScore : 3 0 7 7 3 7 77777777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 5 1 333333 7 8 7777777 7 77777777 7 00000000000000 1 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 8 4 2 8888888888888888888888 2222222 8888888 1 99 5 0000 99999 4 4 7 44444444444 44 5 555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 9 9 11111 555555555555 11 77777 3333 3 666666666666666666666666666666666666 7 4 1 555555 6 55 777777777777777 4 4 7777777777777777777777777777777777777777 7 7 6666 99 777777777777777 55 1111 22222222222222222222222222 1 5555 44444 777777777777777777777777777777777777777777777 555555555 1 0000000 0 888 222 00 5 0
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Reference ( family-6175 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCATAANTTTATCGTGTTAGCGCGAA-GGCGCGTTGCG-TAA-AGC---GCGTTACTTTC------AAC-----GCANCGCGCCNTCGC-GC--AA-AC---A-------A------GCA-ACGCGCCTTCGC-GCTA------ACACAACTT-------TAC-GCAA--------CGCGC-CT----------T---CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CTTT--------A----CGCAA--T-CG--CG---T---------C-G-CGC---------CGAC-------A------------AGC--AACGCGCCTT-C---------G------------CGC-------TAACA-------CAAC-TTTACG--CAACGCGCCT----TC-----G-C-GCTAACA-CAA-----C-----TTT--A-CGC-A-AC--T--C---GC---C---G---C-GCTA--------A---------C------------TTCGCGCT-A-A-----CACAACTTTACG------------CAACGCGCCTTCGCGCTA-----ACACG--AT-AAAAATTGAAT-T--T---TT-------------------GTGTTAGCGCGA------AG-GCGCGTTGCGTAAAGT--TG--------T---C--GTTAGCGCGAAGGCGCGTTG-----C------------GTAAAGT-------GG-ACG--TTG-CGT-AAAGTTGTGTTAGCG----CGA--AGGCGC--G--GT-----CGC--GTTA----GCGCGA-----A--G-------GCG-------TAAAGTTGTGTTA----GCGCGAA--G--GCG-----TAAAG-TTGT--T-----------------A-----TT--AA--A-G----T-AACGC-------GCTGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCCGGACACCA---TA-NAACAGCGNCTTTTTA
gi|1 : AC-----GTAACGTGCCTTTGC-TCTAAA-AC---A-------A------TTTTACGTAAGTT-GC-GCTA------ACACAACTT-------TAC-GCAA--------CGTGA-CT----------T---TGCGCTA-ATAA-----------A--A-----TTTTTATTTTTAG----CGCGAGGT-CG--CG---T---------T-G-TGTAAAGTTTTACGCA-------A------------AGT--AGCACAACTT-TACGCGAAGTG------------CGC-------TTAGA-------CAAC-TGTTCG--CAATGCACCT----TC-----G-A-GCTAACG-CAA-----C-----TTT--A-CGC-A-AC--------------------------------------------------------------GCGCA-A-A-----CACTACTTTACG------------CAACATGCCTTCGCGCTA-----ACACG--AT-GAAAATAGAAT-T--TTGATC-------------------GTGCTAGCACAA------AA-GCGCATTGCGTAAAGT--TG--------T------GTTAGTGCGAATGCACATTG-----C------------ATAAAGTTGTAATAGA-GCG--ATG-CGT-AAAGTTGTGTTAGCG----CGA-------C--G--G------CGA--GTT---------------------------GCG-------TAATTTTGTGTTA----GCAC
gi|1 : CGTCGCGCTAA---C---ACA--ACTTT--------AC-----GCATCGCTCTATTAC------A-ACTTTA-------T------GCA-ATGTGCATTCGC-ACTA------ACACAACTT-------TAC-GCAA--------TGCGC-TT----------T---TGTGCTA-GCACGATCAA-----A--A-----TTCT--------ATTTTC---A--T-CG--TG---T---------TAG-CG----------CGA--------A------------GGC---ATG-----T-T---------G------------CG--------TAAAG-------TAGTGTTTGCG--CGTTGCG--TAAAGTT-----G-C-GTTAGCT-CGAAGGTGC-----ATT--G-CG--A-ACAGT--T---GT---CTAAG---C-GC----------A---------C------------TTCGCG-T-A-AAGTTGTGCTACTTTGCGTAAAACTTTACACAACGCGACCTCGCGCTA-----AAA----AT-AAAAATT---T------------------------------TATTAGCGCAA------AG-TCACGTTGCGTAAAGT--TG--------T------GTTAGCGCAA---C----------------------------------------------TTA-CGT-AAAATTGTTTTAGAG----CAA--AGG---------------CAC--GTTA---------------------------CG-------TAAAATTGTGCTA----GTGCGAAT-GT-GCGATGCTTGAAG-TT-T--T-----------------A-----TT--AAATA-G----T-AACAC-------TTTGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCCGGACATCAT--TA-TAAaaaattgtgctagtgcgaatgtgcgatgcttgaagttttattaaatagtaacactttgtcacgcttttgcaaatggccctatccggacatcattataatcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : gtgctaacacaaaattacgcaactcgcCGCTGC--TG-AC---A-------A------GCA-ACGCGCCTTCAC-GCCA------ACA----TT-------TAC-ACAA--------CGCACACT----------A---CGCAATA-Atcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : attcgA------ACA-AACTT-------TAC-GTAA--------CGCAC-AT----------T---CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CT----------A----C---A--T------G---T---------------------------AC-------A------------TGC--A--------T-C---------G------------CGC-------CAACA-------CAAC-TTTACG--CGATACGCCT----TT-----G-C-GCTAACA-CAA-----C-----TTT--A-AAC-A-AC------------------G---T-GCCA--------------------------------TCACGCT-A-A-----TACAACTTTACG------------CAACGTGCATTCGCGCCA-----ACACA--ATCAAAAA--AAAT-T--A---TT-------------------GCG-TAGT-------------GTGCGTTGTGTAAA------------------T--GTTGGCGTGAAGGCGCGTTG-----C------------ttttttttgattgtgttggcgcgaatgcacgttgcgtaaagttgtattagcgtgatggcacgttgtttaaagttgtgttagcgcaaaggcgtatcgcgtaaagttgtgttggcgcgatgcatgtacatgtagttgtgttagcgcgaatgtgcgttacgtaaagtttgtt
gi|11 : attcgcgctgctgacaaGCGCGTTGCG-TAA-AGT----TGTTACCATT------AAC-----ACGGCGTACAACC----------AC---A-------A------GCA-ACGCGCCTTTGTAGCTA------ACACA--TT-------TAC-GCGA--------CTCAC-CT----------T---CGCG-TACACAC-----------A--A-----CT
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gi|11 : GC--AACGCAC-TT-C---------G------------C-C-------TGACA-------CAAC-TTTGCG--CGATGTGCCT----TC-----G-C-GCTGACA--AA-----------TTT--ATTGC-A-A----------G----------------TA--------C---------C------------TTTGCA-T-A-A-----CACAAC-TTATG------------CAATGCGGCTTTGCTCTA-----ACA----AC----------AT-T--T---TT--------------------TGGTAGCAT--------AGTGCGCGTTGCGTAAAGT--TG--------TTACC--ATTAACACG
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gi|12 : cgttgagtacataaaattgcacttctttcaatgttattcagattttatcacagacatgacgtTTGTACTA----GCG--AC--GTTGCG-----TCAAG-TTGT--------------------G-----TTCGAA--A-G----T-ACCGT-------GCTATTACGCTTGAAACGCAAATGGTCCAATCCAGACACCA---TA-attacgcttgaaacgcaaatggtccaatccagacaccataattatacaagacattttgttgcgaaactcttggtttgttttg
gi|13 : cgttgagtacataaaattgcacttctttcaatgttattcagattttatcacagacatgacgtcgcagcttgttcgtgca------------TTCGCACT-A-A-----TACAACTTTACG------------CAGTGCGCCTTCGCGCTA-----ACACG--AT-AAAAATTGAAT-T--T---TT-------------------attatacaagacattttgttgcgaaactcttggtttgttttg
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gi|14 : aaaaattcaattttta------GCA-ACGTGCTTTCGC-ACCA------ACAAAACTT-------TAC-GCTA--------CATTC-CT--------------CTCGCTA-ACACGAGAAAAATTGA--A-----CTTT--------T--------A--T-AG--TG---T---------T-GGCGC---------CAAC-------A------------AGC--AACGCGCGTC-C----------------------CGCAACATTGTAACA-------CAAC-TTTACG--TAACCCGCAT----TC-----A-C-GCacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|14 : ttgctttcgCG-------CAAC-TTTATGTGCAACGTGCTT----TC-----G-C-ACCAACA-AAA-----C-----TTT--A-CGC-T-ACATT--C---CT---C---T---C-GCTA--------A---------C------------acataaagttgcgagagaaagtggccctatccggac
gi|15 : ttgctttcggcgtgaatgcgggttacgtaaagttgtgttacaatgttgcgggacgcgcgttgcttgttggcgccaacactataaaagttcaatttttctcgt----------T---TGCGCTA-GCGC-----------GTTG-----TTTT--------T----TACAA--T--G--C----T---------A-G-CGCGAAG-----TGAC-------A------------AGT--AACAA------C---------G------------CGC-------TAGCC-------CGAC-ATTA----CAACGTGCTC----TCACTGTG-C-GCTAGTG-CGT-----T-----GTT--A-C-C-A-AC--A--C---GC---C---GTTAC-GCTagagaaagtggccctatccggac
gi|15 : acgccttgtaaataacaTGCTAGCG----CGA--AGTGAC--AA-GTAACAACGC--GCTA----GCCCGA-----C--A-------TTA-------CAACGTGCTCTCACTGTGCGCTAG--T--GCG-----T------TGT--T-----------------A-----CC--AA-------------CAC-------GCCGTTACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATACGGACACCA---TA-tttgcaaatggccctatacggacaccata
gi|16 : acgccttgtaaataacattgcgctagcgcgttgttttttacaaGCA-TGATAGC---GCGTTACTTTC-------------------------TGGC-AC--AATAT---A-------C------GCA-ACGTGCATTCGC-TCTATATA--ACACAATTT-------TAC-GCAG--------CGCGC-AT----------T---CGCTCTA-ACAC-----------A--A-----CTTT--------A----T---A--T--------------------------------------AT-------A------------CGC--AATGCACCTT-C---------G------------CGC-------TAACA-------CAAC-TTTACG--CAA
gi|17 : C--AACACACTCT-C---------A------------TAC-------TAACA-------CAAT-ATCACA--CAACACACTC----TC-----A-C-ACTAACA-CAG-----T-----TGT--A-TAC-GTAC--TAAC---AC---A---G---T-TCTATACAACTCA---------C------------CTCTCACT-A-A-----CACAGTTTTATA------------CAACACACCttaat
gi|18 : ctttatcatcaacacagtttgcta----T-GACGC-------GCTTTCACGCTTT---TGTAAATTACCCTATCCGAACACCATGCTA-AAAC
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gi|20 : tcagtaccggtactatagtcTTA----GCGCGA-----A--T-------GC----------AGGTT----------GCGCAA---------------AAAA-TCGT--T-----------------A------C--AA--A-G----T-GAAGC-------GCTGTTACGATTT---TGCAAATGTTCCCATCCGGACAa
gi|21 : ACAAGTTTACGT-----------CA------CTTCGCGCTA-----GCGCGTTGT-AAAAAtatgt
gi|21 : taacgccttgtaaataacatcgcgctagt-----CGC--GCTA----GCGCGA-----AGTG-------ACG-------TAAACTTGTaagtaacaacgcg
gi|21 : taacgccttgtaaataacatcgcgctagttttttacaaGCGCTA----GCGCGAAGTG--ACG-----TAAAC-TTGT--A-----------------A-----GT--AA---------C-AACGC-------Gaagtaacaacgcg
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gi|4 : aacaagtttacacaacgccccttcgttctggtaatttTA----GCGCAA-----A--GATATGTTGCG-------TAAAGTTGTGTTA----ATGCGAG--G--GTG--------AG-TTGTG-T-----------------A------C--AA--A-G----T-AAAGC-------CCTGTTACGCC---------AATGGCatttttatggtgttacacgtagcgcgaaggcacgttgcgtaaagttgtgttagcgcaaaggcgcattgcataaagttgtgctagaatgtaacgcgctttaatttgcaaatggccctattcagatttcatcat
gi|4 : A-----C-----TTTGTA-CAC-A-AC--T--C---AC---C--------------------------------------------CTCGCATT-A-A-----CACAACTTTACG------------CAACATATCTTTGCGCTAGTTTTACAAG--AA-AAAAAATCAAT-T--T---TTAGTGCGAAGGTGTGTGTGTGTGTTAGCACGA------AG-GCGCGTCACTT---GTCTTG--------T---CTTGTCAGTGCGAAAGCGAGTTG-----T------------GTAAAGT-------A--ATG--TTGGCGC-GACGGCGTGTTGACGGTAACAACTAGGCCT------T-----CGC--GCTAACACGCGCGT--------T-------GCA-------TAAATATGTGTTA----GCGCGAA--T--GTG-----CAAAG-TTGC--A-----------------A-----CA--GA--A-ACTTAT-AAAGC-------GCTATCACGCTTT---TACAAATGACCCTATCCGGACACCA---TA-gttttacaagaaaaaaaatcaatttttagtgcgaaggtgtgtgtgtgtgttagcacgaaggcgcgtcacttgtcttgtcttgtcagtgcgaaagcgagttgtgtaaagtaatgttggcgcgacggcgtgttgacggtaacaactaggccttcgcgctaacacgcgcgttgcataaatatgtgttagcgcgaatgtgcaaagttgcaacagaaacttataaagcgctatcacgcttttacaaatgaccctatccggacaccataac
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gi|5 : taaatatgtctaTCAC-GC--CG-AC---A-------A------ACA-ACGCGCCTTCGC-CCCG------ACAAAACTTGACACTTTGC-GCAAACAAACAACGCGC-CC----------T---CACCATG-ACAA-----------A--A-----TTTG--------A----CACAAA-T-CG--CC---TT--------C-G-TGC---------CGAC-------A------------ACC--AACGCGCCTT-T---------G------------CGA-------TAACA-------CAAC-TTTACA--CAACTCCTCT----TT-----G-A-GCTAACA-CAA-----C-----TTT--A-CTT-A-AC--T--CGCTGC---C---A---C-GCCA--------A---------CAAGCAACGCACATTCGCGC--------------ACTTTACA------------CAACTTGTTTTCGCGGTA-----ACGCA--Actttacttaactcgctgccacgccaacaagcaacgcacattcgcgcactttacacaacttgttttcgcggtaacgcaaaac
gi|6 : taaatatgtctataaaaagttgctgttcctagggtgtccgaataaggccgtttgcaaaacggtgagaacgtgttatattgaatactcagTAAATTTATTATGTTAGTGCAAAAGGCGCATTACA-TAA-AGT----TGTTACTTTC------AAC-----ACATC-----ATCAT-GC--AA-AC---A-------A------GCA-ATACACCTTCAT-GCTA------ACACAGCTT-------TAA-GCAA--------CTTGC-TT----------T---TGCACTA-ACGC-----------A--A-----TT---------------CGC-A--T----------T---------C-G-TGC---------TGAT-------A------------AGC--AACACGCCTT-T---------G------------TGC-------TAACA-------TAAC-TTTACC--CAACATGCCaac
gi|6 : aacaaaattgcacaaatcaaggttaaattaaattt--A-----CTTTCA------A----CACA---T-CA-------T---------C-A-TGC---------AAAC-------A------------AGC--AATACACCTT-C---------A------------TGC-------TAACA-------CAGC-TTTAAG--CAACTTGCTT----TT-----G-C-ACTAACG-CAA-----T-----T------CGC---AT--T--C---G----T---G---CTGATA--------AGCAACACGCC------------TTTGTGCT-A-A-----CATAACTTTACC------------CAACATGCC--------A-----ACAAG--AT-AAAATTTCAAT-T--T---TTTTTTC--------------ATCTTAGCCCGA------AA-GCATGTTGCGTaacaagataaaatttcaatttttttttcatcttagcccgaaagcatgttgcgt
gi|7 : aacaaaattgcacaaatcaaggttaaattaaattttaaatttattatgttagtgcaaaaggcgcattacataaagttgttACTTT--------AC-----GCAGT-CACCTTCAC-GCT-AA-AC---ACACTTTAG------GCA-AT-TGCCT--GC-GCTA------ACAC------------TAC-GCAA--------CACAC-CT----------T---CG
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Reference ( family-6175 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCATAANTTTATCGTGTTAGCGCGAA-GGCGCGTTGCG-TAA-AGC---GCGTTACTTTC------AAC-----GCANCGCGCCNTCGC-GC--AA-AC---A-------A------GCA-ACGCGCCTTCGC-GCTA------ACACAACTT-------TAC-GCAA--------CGCGC-CT----------T---CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CTTT--------A----CGCAA--T-CG--CG---T---------C-G-CGC---------CGAC-------A------------AGC--AACGCGCCTT-C---------G------------CGC-------TAACA-------CAAC-TTTACG--CAACGCGCCT----TC-----G-C-GCTAACA-CAA-----C-----TTT--A-CGC-A-AC--T--C---GC---C---G---C-GCTA--------A---------C------------TTCGCGCT-A-A-----CACAACTTTACG------------CAACGCGCCTTCGCGCTA-----ACACG--AT-AAAAATTGAAT-T--T---TT-------------------GTGTTAGCGCGA------AG-GCGCGTTGCGTAAAGT--TG--------T---C--GTTAGCGCGAAGGCGCGTTG-----C------------GTAAAGT-------GG-ACG--TTG-CGT-AAAGTTGTGTTAGCG----CGA--AGGCGC--G--GT-----CGC--GTTA----GCGCGA-----A--G-------GCG-------TAAAGTTGTGTTA----GCGCGAA--G--GCG-----TAAAG-TTGT--T-----------------A-----TT--AA--A-G----T-AACGC-------GCTGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCCGGACACCA---TA-NAACAGCGNCTTTTTA
gi|1 : AC-----GTAACGTGCCTTTGC-TCTAAA-AC---A-------A------TTTTACGTAAGTT-GC-GCTA------ACACAACTT-------TAC-GCAA--------CGTGA-CT----------T---TGCGCTA-ATAA-----------A--A-----TTTTTATTTTTAG----CGCGAGGT-CG--CG---T---------T-G-TGTAAAGTTTTACGCA-------A------------AGT--AGCACAACTT-TACGCGAAGTG------------CGC-------TTAGA-------CAAC-TGTTCG--CAATGCACCT----TC-----G-A-GCTAACG-CAA-----C-----TTT--A-CGC-A-AC--------------------------------------------------------------GCGCA-A-A-----CACTACTTTACG------------CAACATGCCTTCGCGCTA-----ACACG--AT-GAAAATAGAAT-T--TTGATC-------------------GTGCTAGCACAA------AA-GCGCATTGCGTAAAGT--TG--------T------GTTAGTGCGAATGCACATTG-----C------------ATAAAGTTGTAATAGA-GCG--ATG-CGT-AAAGTTGTGTTAGCG----CGA-------C--G--G------CGA--GTT---------------------------GCG-------TAATTTTGTGTTA----GCAC
gi|1 : CGTCGCGCTAA---C---ACA--ACTTT--------AC-----GCATCGCTCTATTAC------A-ACTTTA-------T------GCA-ATGTGCATTCGC-ACTA------ACACAACTT-------TAC-GCAA--------TGCGC-TT----------T---TGTGCTA-GCACGATCAA-----A--A-----TTCT--------ATTTTC---A--T-CG--TG---T---------TAG-CG----------CGA--------A------------GGC---ATG-----T-T---------G------------CG--------TAAAG-------TAGTGTTTGCG--CGTTGCG--TAAAGTT-----G-C-GTTAGCT-CGAAGGTGC-----ATT--G-CG--A-ACAGT--T---GT---CTAAG---C-GC----------A---------C------------TTCGCG-T-A-AAGTTGTGCTACTTTGCGTAAAACTTTACACAACGCGACCTCGCGCTA-----AAA----AT-AAAAATT---T------------------------------TATTAGCGCAA------AG-TCACGTTGCGTAAAGT--TG--------T------GTTAGCGCAA---C----------------------------------------------TTA-CGT-AAAATTGTTTTAGAG----CAA--AGG---------------CAC--GTTA---------------------------CG-------TAAAATTGTGCTA----GTGCGAAT-GT-GCGATGCTTGAAG-TT-T--T-----------------A-----TT--AAATA-G----T-AACAC-------TTTGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCCGGACATCAT--TA-TAAaaaattgtgctagtgcgaatgtgcgatgcttgaagttttattaaatagtaacactttgtcacgcttttgcaaatggccctatccggacatcattataatcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : gtgctaacacaaaattacgcaactcgcCGCTGC--TG-AC---A-------A------GCA-ACGCGCCTTCAC-GCCA------ACA----TT-------TAC-ACAA--------CGCACACT----------A---CGCAATA-Atcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : attcgA------ACA-AACTT-------TAC-GTAA--------CGCAC-AT----------T---CGCGCTA-ACAC-----------A--A-----CT----------A----C---A--T------G---T---------------------------AC-------A------------TGC--A--------T-C---------G------------CGC-------CAACA-------CAAC-TTTACG--CGATACGCCT----TT-----G-C-GCTAACA-CAA-----C-----TTT--A-AAC-A-AC------------------G---T-GCCA--------------------------------TCACGCT-A-A-----TACAACTTTACG------------CAACGTGCATTCGCGCCA-----ACACA--ATCAAAAA--AAAT-T--A---TT-------------------GCG-TAGT-------------GTGCGTTGTGTAAA------------------T--GTTGGCGTGAAGGCGCGTTG-----C------------ttttttttgattgtgttggcgcgaatgcacgttgcgtaaagttgtattagcgtgatggcacgttgtttaaagttgtgttagcgcaaaggcgtatcgcgtaaagttgtgttggcgcgatgcatgtacatgtagttgtgttagcgcgaatgtgcgttacgtaaagtttgtt
gi|11 : attcgcgctgctgacaaGCGCGTTGCG-TAA-AGT----TGTTACCATT------AAC-----ACGGCGTACAACC----------AC---A-------A------GCA-ACGCGCCTTTGTAGCTA------ACACA--TT-------TAC-GCGA--------CTCAC-CT----------T---CGCG-TACACAC-----------A--A-----CT
gi|11 : C-----GCAACGCAC-TTCGC-CT--GACAC---A-------ACTTTGCGCG-ATGTGCCTTCGC-GCTG------ACA-AA-TT-------TATTGCAA---------GTAC-CT----------T---TGCA-TA-ACAC-----------A--A-----C-TT--------A----TGCAA--T--G--CGGCTT---------T-G-CTC---------TAAC-------AACATTTTTTGGTAGCATAGTGCGCGTTGC---------GTAAAGTTGTTACCAT-------TAACACGGCGTACAAC-CACAAG--CAACGCGCCT----TT-----G-TAGCTAACA-CA------------TTT--A-CGC-G-AC--T--C---AC-----------------------------------C------------TTCGCG-T-ACA-----CACAACTactatgctaccaaaaaatgttgttagagcaaagccgcattgcataagttgtgttatgcaaaggtacttgcaataaatttgtcagcgcgaaggcacatcgcgcaaagttgtgtcaggcgaagtgcgttgcg
gi|11 : GC--AACGCAC-TT-C---------G------------C-C-------TGACA-------CAAC-TTTGCG--CGATGTGCCT----TC-----G-C-GCTGACA--AA-----------TTT--ATTGC-A-A----------G----------------TA--------C---------C------------TTTGCA-T-A-A-----CACAAC-TTATG------------CAATGCGGCTTTGCTCTA-----ACA----AC----------AT-T--T---TT--------------------TGGTAGCAT--------AGTGCGCGTTGCGTAAAGT--TG--------TTACC--ATTAACACG
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gi|12 : cgttgagtacataaaattgcacttctttcaatgttattcagattttatcacagacatgacgtTTGTACTA----GCG--AC--GTTGCG-----TCAAG-TTGT--------------------G-----TTCGAA--A-G----T-ACCGT-------GCTATTACGCTTGAAACGCAAATGGTCCAATCCAGACACCA---TA-attacgcttgaaacgcaaatggtccaatccagacaccataattatacaagacattttgttgcgaaactcttggtttgttttg
gi|13 : cgttgagtacataaaattgcacttctttcaatgttattcagattttatcacagacatgacgtcgcagcttgttcgtgca------------TTCGCACT-A-A-----TACAACTTTACG------------CAGTGCGCCTTCGCGCTA-----ACACG--AT-AAAAATTGAAT-T--T---TT-------------------attatacaagacattttgttgcgaaactcttggtttgttttg
gi|13 : T-----CGT--GTTA----GCGCGA-----A--G-------GCGCACTGCGTAAAGTTGTATTA----GTGCGAA--A--G-----------G-TTGT--------------------G-----TTGGAA--A-G----T-------------GCAGTCACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATCTGGA-ACCA---TA-AAAaggttgtgttggaaagtgcagtcacgcttttgcaaatggccctatctggaaccataaaaacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|14 : aaaaattcaattttta------GCA-ACGTGCTTTCGC-ACCA------ACAAAACTT-------TAC-GCTA--------CATTC-CT--------------CTCGCTA-ACACGAGAAAAATTGA--A-----CTTT--------T--------A--T-AG--TG---T---------T-GGCGC---------CAAC-------A------------AGC--AACGCGCGTC-C----------------------CGCAACATTGTAACA-------CAAC-TTTACG--TAACCCGCAT----TC-----A-C-GCacgttatcttatgcatgtgttgtaaattattaattagattattcttcctatgtaattttgactacattttgatatatcatat
gi|14 : ttgctttcgCG-------CAAC-TTTATGTGCAACGTGCTT----TC-----G-C-ACCAACA-AAA-----C-----TTT--A-CGC-T-ACATT--C---CT---C---T---C-GCTA--------A---------C------------acataaagttgcgagagaaagtggccctatccggac
gi|15 : ttgctttcggcgtgaatgcgggttacgtaaagttgtgttacaatgttgcgggacgcgcgttgcttgttggcgccaacactataaaagttcaatttttctcgt----------T---TGCGCTA-GCGC-----------GTTG-----TTTT--------T----TACAA--T--G--C----T---------A-G-CGCGAAG-----TGAC-------A------------AGT--AACAA------C---------G------------CGC-------TAGCC-------CGAC-ATTA----CAACGTGCTC----TCACTGTG-C-GCTAGTG-CGT-----T-----GTT--A-C-C-A-AC--A--C---GC---C---GTTAC-GCTagagaaagtggccctatccggac
gi|15 : acgccttgtaaataacaTGCTAGCG----CGA--AGTGAC--AA-GTAACAACGC--GCTA----GCCCGA-----C--A-------TTA-------CAACGTGCTCTCACTGTGCGCTAG--T--GCG-----T------TGT--T-----------------A-----CC--AA-------------CAC-------GCCGTTACGCTTT---TGCAAATGGCCCTATACGGACACCA---TA-tttgcaaatggccctatacggacaccata
gi|16 : acgccttgtaaataacattgcgctagcgcgttgttttttacaaGCA-TGATAGC---GCGTTACTTTC-------------------------TGGC-AC--AATAT---A-------C------GCA-ACGTGCATTCGC-TCTATATA--ACACAATTT-------TAC-GCAG--------CGCGC-AT----------T---CGCTCTA-ACAC-----------A--A-----CTTT--------A----T---A--T--------------------------------------AT-------A------------CGC--AATGCACCTT-C---------G------------CGC-------TAACA-------CAAC-TTTACG--CAA
gi|17 : C--AACACACTCT-C---------A------------TAC-------TAACA-------CAAT-ATCACA--CAACACACTC----TC-----A-C-ACTAACA-CAG-----T-----TGT--A-TAC-GTAC--TAAC---AC---A---G---T-TCTATACAACTCA---------C------------CTCTCACT-A-A-----CACAGTTTTATA------------CAACACACCttaat
gi|18 : ctttatcatcaacacagtttgcta----T-GACGC-------GCTTTCACGCTTT---TGTAAATTACCCTATCCGAACACCATGCTA-AAAC
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gi|4 : aacaagtttacacaacgccccttcgttctggtaatttTA----GCGCAA-----A--GATATGTTGCG-------TAAAGTTGTGTTA----ATGCGAG--G--GTG--------AG-TTGTG-T-----------------A------C--AA--A-G----T-AAAGC-------CCTGTTACGCC---------AATGGCatttttatggtgttacacgtagcgcgaaggcacgttgcgtaaagttgtgttagcgcaaaggcgcattgcataaagttgtgctagaatgtaacgcgctttaatttgcaaatggccctattcagatttcatcat
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gi|5 : gccattggcgtaacagggcttt---TT-------------------GTGTTAGCTCAA------AG-AGGAGTTGTGTAAAGT--TG--------T------GTTATCGCAAAGGCGCGTTGGTTGTC------------GGCACGA-------AG-GCGATTTG-TGT-CAAATTTTGTCATGG----TGA--GGGCGC--GTTGT-----T-T--GTTT----GCGCAA-----A--G--------TG-------TCAAGTTTTGTCG----GGGCGAA--G--GCG-----C---G-TTGT--TTGTCGGCGTGACTGAGTA-----TT--CA--ATA----T-AACAC-------GTTCTCACCGTTT---TGCAAACGGCCTTATTCGGACACCC---TAGGAACAGCAACTTTTTAac
gi|5 : taaatatgtctaTCAC-GC--CG-AC---A-------A------ACA-ACGCGCCTTCGC-CCCG------ACAAAACTTGACACTTTGC-GCAAACAAACAACGCGC-CC----------T---CACCATG-ACAA-----------A--A-----TTTG--------A----CACAAA-T-CG--CC---TT--------C-G-TGC---------CGAC-------A------------ACC--AACGCGCCTT-T---------G------------CGA-------TAACA-------CAAC-TTTACA--CAACTCCTCT----TT-----G-A-GCTAACA-CAA-----C-----TTT--A-CTT-A-AC--T--CGCTGC---C---A---C-GCCA--------A---------CAAGCAACGCACATTCGCGC--------------ACTTTACA------------CAACTTGTTTTCGCGGTA-----ACGCA--Actttacttaactcgctgccacgccaacaagcaacgcacattcgcgcactttacacaacttgttttcgcggtaacgcaaaac
gi|6 : taaatatgtctataaaaagttgctgttcctagggtgtccgaataaggccgtttgcaaaacggtgagaacgtgttatattgaatactcagTAAATTTATTATGTTAGTGCAAAAGGCGCATTACA-TAA-AGT----TGTTACTTTC------AAC-----ACATC-----ATCAT-GC--AA-AC---A-------A------GCA-ATACACCTTCAT-GCTA------ACACAGCTT-------TAA-GCAA--------CTTGC-TT----------T---TGCACTA-ACGC-----------A--A-----TT---------------CGC-A--T----------T---------C-G-TGC---------TGAT-------A------------AGC--AACACGCCTT-T---------G------------TGC-------TAACA-------TAAC-TTTACC--CAACATGCCaac
gi|6 : aacaaaattgcacaaatcaaggttaaattaaattt--A-----CTTTCA------A----CACA---T-CA-------T---------C-A-TGC---------AAAC-------A------------AGC--AATACACCTT-C---------A------------TGC-------TAACA-------CAGC-TTTAAG--CAACTTGCTT----TT-----G-C-ACTAACG-CAA-----T-----T------CGC---AT--T--C---G----T---G---CTGATA--------AGCAACACGCC------------TTTGTGCT-A-A-----CATAACTTTACC------------CAACATGCC--------A-----ACAAG--AT-AAAATTTCAAT-T--T---TTTTTTC--------------ATCTTAGCCCGA------AA-GCATGTTGCGTaacaagataaaatttcaatttttttttcatcttagcccgaaagcatgttgcgt
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gi|7 : A------ACAAAACTT-------TAC-GCAA--------CGCGC-CA----------T---TGCACTG-ACAC-----------A--AG----CATT--------A----CG-AA--TGCGC-CG---T---------C-G-CGC---------TAACTTACTTTA------------TGC--AACGCACCTT-C---------G------------CCC-------TAACA-------CAAC--TTACG--CAACGCGCCT----CC-----ATT-GCTACCATTAA-----C-----TTT--A-CGC-A------------GT---C---A---C-----------------------C------------TTCACGCTAA-A-----CAC-ACTTTAGG------------CAAT-TGCCT--GCGCTA-----ACACtaatggtagcaatggaggcgcgttgcgtaagttgtgttagggcgaaggtgcgttgcataaagtaagttagcgcgacggcgcattcgtaatgcttgtgtcagtgcaatggcgcgttgcgtaaagttttgttgaaagtaaatctatcatgcatgcaaatagctcatcagaacgtcataactggaagacaatggaaatctatg
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|1 : AC-----GTAACGTGCCTTTGC-TCTAAA-ACA-------A-------TTTTACGTAAGTT-GCGCTA------ACACAACTT-------TACGCAA--------CGTGA-CT----------T---TGCGCTAATA-A-----------A--A-----TTTTTATTTTTAGCGCGAGGT-CG--CGT---------TG-TGTAAAGTTTTACG--CA-------AA------GTAGCACAACTTTACGCGAAGTGCGC-------TTAGACAACTGTTCG--CAATGCACCTTC-----G-A-GCTAACG-C------AAC-----TTT--A-CGC-A-AC-----------------------------------------------------------GCGCA-A-ACACTACTTTACG-CAA---CATGCCTTCGCGCTA-----ACACG--ATGAAAA-TAG-AATTTTGATC-------------------GTGCTAGCACAAAA-GCGCATTGCGT-AAAGT--TG--------T-------G-----TTAGTGCGAATGCACA-----TTG--C------------AT-------AAA------------GTTGTAATAG--AGCGA-TG-CGT--------AAAGTTGTGTTAGCG----CGA--CG-------GCGA---GTTGC---GTtcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
gi|10 : gtgctaacacaaaattCGCTGC--TG-ACA-------A-------GCA-ACGCGCCTTCACGCCA------ACA----TT-------TACACAA--------CGCACACT----------A---CGCAATAAaaaattgtgctagtgcgaatgtgcgatgcttgaagttttattaaatagtaacactttgtcacgcttttgcaaatggccctatccggacatcattataatcataaggaactatatttattttctttacttttttctgaggatactggacattttttaaatgcatatacatgtacaataaaacacatacacatat
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gi|9 : aaaagcgtgacaacgcgttactttcaacacgccaacaagcaatgcgcctttgcgctaagaaaactacgcaacacaacgcgcagacaagcaatacgcctTGTAT-AAAGT--TG--------T-------G-----TTAGTACGCAGGTGCG-----CTG--CTTGACTGACAGAGT-------GAA------------GG-------G--A--GT-TA-TGG--------AAAGTTGTTTTAGCA----CGA--AG---------GT---GGCGCCTTGTCA----GCGCGAAAATCA---G-------TTG-------TAA---AGTTA---GTTAGCGCGAAG--GCG----------AGTTG---TGT------------G----------------A--------------AA---GTC------------AGCGCGAGGGCGGCTTTCA-GCTTT---TGAAAA-GGTCCTATCC-GACACCA---Taattaagttcatttcgccaataaatgggtaatacgattaccattgt
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