lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111 11 4444444444444 22222222222222222 2222222222222222 1111 11111111111 111111 11 111111 111 111 222 33333333 1 111 33333333333 111 222222222 1 44444444444444 111 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222222222 111111 111 1111 1 222222 1 1 3333 444444444444 22222 11 33333333333333 111 1111111 1111 11 1 1111111 1111 11 33333333333333 111 11 5555555555555555555555555 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 22222222222 44444444444 00000000000000000000000000000000000000 1 11111 1 2 111 1 222222 1 55555555555555555555 1 1 22 1 11 11 11111 111 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222222222 444444444 111 11
lowQualScore : 0 5 333333 1 4 4 00 66 4 2222222222222 4 11111111111111111 555 555 4444444444444444 8 4 66 4 4 0000 5 55555555555 5 888 5 5 5 5 444444 66 22 5 5 444444 3 5 0 0 222 77 5 000 555 5 5555 77777777 77 1 77 5 5 5 000 5 6 1 6 55555555555 7 4 6 111 6 111111111 3 3 6 3 8 66666666666666 6 99 777 66666 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666666666666 6 555555 444 5 999 888 999 5 6666 0 5 66 555555 0 5 5 5 5 0 5 5 77 1 6 5555 6 444444444444 2 6 99 6 1 55555 11 6 88888888888888 99 6 6 000 1 3333333 0000 9999 8 5 5 5 8 33 1 0000000 2222 5 55 0 5 11111111111111 5 5 6 111 11 3333333333333333333333333 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 6 111111111 6 6 99999999999 6 6 6 99999999999 8 88 0 0 55555555555555555555555555555555555555 8 8 8 6 77777 6 0 8 111 0 888888 3 9 8 99999999999999999999 0 0 2 0 33 2 0 11 8 11 8 8 33333 111 0 11 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8 5555 0 666666666 88 111111111 111 88 8 11
lowQualScore : . . ...... . . . .. .. . ............. . ................. ... ... ................ . . .. . . .... . ........... . ... . . . . ...... .. .. . . ...... . . . . ... .. . ... ... . .... ........ .. . .. . . . ... . . . . ........... . . . ... . ......... . . . . . .............. . .. ... ..... . .......................................................................................... .............. . ...... ... . ... ... ... . .... . . .. ...... . . . . . . . . .. . . .... . ............ . . .. . . ..... .. . .............. .. . . ... . ....... .... .... . . . . . .. . ....... .... . .. . . .............. . . . ... .. ......................... . . ..................................................................... .. . ......... . . ........... . . . ........... . .. . . ...................................... . . . . ..... . . . ... . ...... . . . .................... . . . . .. . . .. . .. . . ..... ... . .. . ............................................................................................................................... . .... . ......... .. ......... ... .. . ..
lowQualScore : 8 7 999999 1 4 4 66 11 4 9999999999999 4 11111111111111111 666 333 2222222222222222 9 4 11 4 4 6666 0 00000000000 0 888 0 0 0 0 444444 99 11 0 0 444444 2 0 1 1 000 44 7 000 444 7 1111 66666666 99 4 99 7 7 7 000 7 7 7 7 77777777777 3 0 7 777 7 777777777 2 5 7 5 0 77777777777777 7 22 000 00000 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 7 000000 222 7 444 333 222 0 4444 0 0 99 444444 0 0 0 0 0 0 0 0 99 7 7 0000 7 555555555555 5 7 22 7 7 22222 88 7 77777777777777 22 7 7 888 7 5555555 8888 3333 7 7 7 7 4 66 4 6666666 1111 7 77 7 7 77777777777777 7 7 7 777 00 2222222222222222222222222 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 7 000000000 7 7 22222222222 7 7 7 00000000000 0 88 8 8 00000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0 00000 0 0 8 000 0 000000 0 8 8 55555555555555555555 2 0 5 0 88 8 8 88 0 00 0 0 00000 888 8 00 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 4444 8 000000000 88 888888888 888 88 0 00
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTC-CG-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-G-TA------A--TTTTT-AAGC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-CCCCC-TGT-AGCAAATNA-TGAGA---T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGGAAATAT-A-A---ATACC-CTTTTATG-GGT--TT-N-AAT--GG-TTCC-----A--TTTTG--T-AT--------G--A-A-T-T-A-T-AAAGGGCTTCTCTCCCCT----------CCC--CCCCC----------CTCTCT-----TT-TC--C-TC-TCTC----C-ATTT-G-C-TG-A-TGCT-CTTTA-TCATT-CA--GTC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCCT-----GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GA----TTTA--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TT----C-A--TATTCCTT-CT--------A-----TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACC-CA--CGA------AGT-ACA-CACA------------TNNNANNNNCNNNNCNTGNANANANNTCTNNNNGCGCNNNGNNANNCCAGAG---TCAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCT---TA--CA-GTT-C-TG-CAG-C--------TAAGCT-AG-TACACATCC----------AT-------TTT--AA--T--A------CG-AACTA-T-TTTGC-T-A-GGCGCTGAGATG-T-C-AAT-A-A--AACTCGNAAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGTA-GCTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-G-C--G-AAATTCT--TTC--AAT-AG---AAAT-TAAA-TGNTTCAGATGTC--A-AA-GTCAC-CNAGT-C-CCTCT-CATGAATT-CA-GCAAATTTCCGC--GAGTTG------CACGC-AAT-----CTCG--TCCACACCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCC-ACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( gi|4 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTC-TG-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-G-TA------A--TTTTC-AAGC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC--TGTTAGCAAATTA-TGAGA---T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGGAAATAT---A---ATACC-CTTTTATG-GGT--TT-A-AAT--GG-TTCC-----A--CCTTG--T-AT--------G--A-A-T-T-A-T-AAAG------------------------CCC--CCCCC----------CTCTCT-----TT-TC--T-TC-TCTC----C-ATTT-G-C-TG-A-TGCT-TTTTA-TTATT-CA--GTC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCCT----CGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GA----TTAA--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TT----C-A--TATTCCTT-CT--------A-----TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACC-CA--AGA------AGT-ACA-CA-A------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCT---TA--CA-GTT-C-TG-CAG-C--------GAAGCT-AG-TACACATCC----------AT-------TTC---------A------CG-AACTA-T-TT-GC-T-A-GGC-CT-AGATG-T-C-AAT-A-A--AACTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGTA-GCTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-G-C--G-AAATTCT--TTC--AAT-AG---ATATTTAAA-TGGTTCAGATGTC--A-AA-TTCA--CAAGT-C-CTTCT-CATGAATT-CACGCAAACTTCCGC-AGAGTTG-ATTTACACGCAAAT-----CTCGAATCCACACCGTCCGC--ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CT-ACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTT---------------------C-TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-G-TA------A--TTTTTAAAGC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-A-
gi|16 : TGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTT-TGAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATAT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTG-------GGTT-ACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGG-TA------A--TTTTT-AAGC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCA-GT-TATCATAT-A---TTTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC--TG-TAGCAAATAA-TGAGA---T-CAGT------CCCCTTTCAG-TG-CTATTTTGG-AATATTGAA---ATACC-TTTCTATA-GGT--TT-CTAATG-GG-TTCC-----C--ATTTGCTT-ATC-------GC-A-A-T-T-A-TCAAAGGGCTTCCCTCCCCTCTCT------CCC--CCCCC----------CCCTCT-----TT-CT--C-GC-TCTC----C-ATTTCG-C-TG-ATTGCT-CTTTAGTCATT-CAC-GTCGTT-A--CACT--TTGAGACC-TCAG-GTATTA-TGAGTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCACGCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TT----C-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-----TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACC-CA--CAACCGCACAGT-ACA-CACATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCTCCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTGGACAACTCCAGAG---TCAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA-CC-----A--CA-GCT-T-CGCCAGCC--------TAAGCTGAG-TACACATCCCACTTTCACAAT-------TTT---------A------CA-AACTA-TCTT-GC-T-ACGGCGCT-A-ATGCT-C-AATAA-A--AACCTGCAAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGTA-GCTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATC-G-CCGG-AAATTC---TTC--AAC-AG---AAA--TAAA-TGTTGCAGATGTCCAA-AA-GTCA--TCTGG-C-CCTCT-CATG-ATT-CA---------CCGA-AAAGTC-------CACAC---------CCCG--TCC---CC--------ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCC-ACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCC-CGCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-G-TA------A--TTTTT-AAGC-C-CTAG------AAG---------CTG---GT--ATCATAT-A---TTTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGACC-CGCC--TG-CAGCAG--TA--GAGAGAGT-CAGT--CGCGCCGCTTTC-GTGT-CTATTTAGG-AATG----------AGC-GTTTTATG-GGTTGTT-A-AATGCGG-TTCCATTTGA--TTTTG--T-GTCATTGTTAG--A-A-T-T---T-AAAGGGCTT-------------------CTCGGCCCGCGCGCGCGCGTCTCTCT-----TTCTC--C-TC-TGTC----CGATTT-GCC-TG-A-TGC---TGTA-TCAT---G--GTC-TTGA--CGTG--T--AGACCGT-AG---A-GA-TGAG-C-AAC-AAAttggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|9 : aATTGTGC-AAA-----CACCCC-----CCC-CCA-A--TG--G-AATTCC-TG-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-G-TA------AATTTTTT-AAGC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAG-TTGA-TTTTCGGGGTTT-A------TTTTTT--A-GGTAC--ACAAG-T-TA---G-TTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC--TG-TAGCAAATTA-TGAGA---TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT---G---AAATTACTTTTA-G-GGT--TT-T-AAT--GG-GT-C-----A--TTTTGT-T-AT--------GAAA-A-T-T-A-T-AAGG------------------------CTC--CTTCT----------TTCTC---------CC--C-TC-TCTC----A-ATTG-C-C-TGAA-GGCT-TTGTA---ATTCCC--GTC-TT-A--CATTTAT--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGCG-CTAACTAGAA--AAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTC-CG-------GT-T-ACGGCCta
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCTG-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-G-TACATGTAA--TTTTT-AAGC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-C-GTTAATCATATTA---TTT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACA-CCCCCATGT--GCAA-TAA-TGAGA---T-CAAA--C---CCCCTTTCAGTTG-CTTATTTGGAGATAT---AGAAATAC---TTTTATGCGGT--TTTA-GAT--GGGTTCC-----A--T-TTG--TTAT--------G--A-A-T-TTA-T-AAAGGGCTATTCTCTTCT----------CTT--CTCCC----------GCCTCT-----TC-TCATT-TC-TCTCTTCTC-ATTTTG-CATG---TGCA-TCTTA-TCATT-CAAAGTC-TT-ATACATTATC--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGGC-AAC-AAAA---AG-AAATTCA---GTCAACATT-GCCT-----GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-----TAA--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TT----C-A--TATTCCTT-TT--------AT----TGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------C-CACTACA------AGT-ACACCACA------------TATAAGCTGCAGAACATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGACAGATCAGAA---TCAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-G-G---TA--CATGTTAC-TG-CAG-CT-------TAAGCT-AG-TACAC-TCC----------ATGTGTAAATTT---------T------CG-AACTT-T-TT-GCGTAA-AGCGCTAAGATG-T-C-AAT-A-AACAAGTCG--AATTTCACAAGT--------------TCTAAAGTA-G-TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATC-G-C--G-AAATTCTAATTC--AAG-AG---A-ACATAAATTGGTTCAGATGTCA-A-AA-TTCAC-CAAGT-CACCTCTCCATGAATT-T---CAA-----CGC-----TTA-A---------AGAT-----C--------ACACCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACG-TC-AACTGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGTtg
gi|6 : AC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNN-NN-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-G-TA------A--TTTTT-AAGCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-A-GT-AAT---AT-A---ATTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACA-CCCCC-TGTAGGCAAATTAATGAGA---T-C-----C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGG-AATATGA-A---ATA-C-CTTTTATG-GGT--TC-A-GTT--AT-TTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G--A-ATT-T-ATT-AAAGGTTTTCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--CCCTC----------CTCTCTCTGTCTT-TC--TCTCGTCTC----C-ATTT-G-C-TG-A-TGCTCTTTTA-TCATT-CA--GTCATT-A--CATTCAT--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCCT-----G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|5 : aacCCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTC-TG-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-G-TA------A--TTTTT-AAGC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACA-CCCCC-TGT-AGCAAATAA-TGAGA---T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGGAA-TATGA-A---ATACC--TTTTATG-GGT--TT-T-AAT--GGGTTCC-----A--T------T-AA--------G--AGA-TGT-A-T-AAAG------------------------GCC--CCCTCTT--------CTCTCT-----CT-TT--C-TC-TCTC----C-ATTT-G-C-TG-A-TGCT-CTTTA-TCTTT-CA---TC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG---TCAA-AT---CCT-----GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTATTT---GA----TTTA--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAA-TATT-AA-C-C-TAACAAACT--A-CGT-GCA--A-T--TT----C-A--TATTCTTT-CT--------A-----T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA------AAACC--A--CGA------AGT-ACA-CA-A------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GCT----A--CA-GTT-C-TG-CAG-C--------TAAGCT-AG-TACACATCC----------AT-------TTC---------AAATTTACGGAACTA-T-TTTGC-T-A-GGC-C
gi|14 : aca-A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GATT-GCTA------G--T-------GC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-G-GT-AATCATAT-A---TTTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|12 : -TG-A-AGCT-CGTTA-TCATT-C-------TT-G--CAT-----------------ATG-TA-TGTG-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------TGACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT--------T--TTGATCC-AGCTGTTCCTC-AT--------AAAATTCGT-AATA-T-AATAA-G---AAAa
gi|11 : -TCATT-CA--CTC-TT-A--CATT--C--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACCT-----GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GA----TTTA--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATATT-AA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TT----C-A--TATTGCTT-CT--------A-----TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---A
gi|3 : TG-TCA-GTATTTTATGA----TTTAGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATA-TTAA-CGC-T-AC-AACT--AATGTAGCAGGA-TAGTT----CGA--TAAT--TG-CT--------A-----TGC-AACG-AAGATA
gi|7 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TT----C-A--TATTCCTTTCT--------A-----TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACCACG--GAA------AGTTACA-CA-A------------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCT---TA---A-GTT-C-TG-CAG-CTAAGCACTAAAGCT-AGATACACATCC----------AT-------TTTCAAATTT--A------CG-AACTA-T-TTTGC-T-A-G-C-CT-AGATG-T-C-AAT-ACA--AACTCGAAATTTTC--AAGTTCTAAA------GTT-------A-GCTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATC-GGC--GGAAATTCT--T-C--AATTAG---A-AT--AAA-TG--TCAG-TGTC--A-AAAGTCA--CCAGT-C-C--CT-C-TCAAT-------------------GAAT--------CACGC----------TTAAGTCCACACCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCA-ACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGTcacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|2 : --T-TTT------C--AG-AGA-GCTATGTA--CATGTT-C-TG-CAG-C--------tt
gi|3 : tgcaataacccaacccccccccaaattggaaattcctggttaccgccatgtacagctgaaataagtataataaatgccatgtacacatagcgtgaggaattcaaaagaagcggatgtacatgtaatttttaagccactagaagttattttctgcgttaatcatattatttagtgaattttccaggtttgattttttttttaaggtacaaagtatacgcgttttaccccatgttggacacccccatgtgcaataatgagatcaaaccccctttcagttgcttatttggagatatagaaatacttttatgcggttttagatgggttccatttgttatgaatttataaagggctattctcttctcttctcccgcctcttctcatttctctcttctcattttgcatgtgcatcttatcattcaaagtcttatacattatcggaccgtagcgtataatgaggcaacaaaaagaaattcagtcaacattgcctgccaacttcctttacgtattgtaatttagaaaataaatattcagtatttttagataattttaatttgcccgtagatgtacgatttgaagtaaaaataaattaaccataacaaagtaacgtggcaactttcatattccttttattgtaaatatggatatgaaaaaaaacaaccactacaagtacaccacatataa--T-TTT------C--AG-GAATGCG---AAACCA-GTT-CATG-CAG------------AATG-AG--AC-CATCC----------AT-------TTTTCAAAATTTA------CG-AACTATT-TT-GCAT-G-GGC-CTGATATG-TGCGAAT---A--AGCTCGGAA---TTCCAA-------------GGTTTTTAAATAGGCTTC-TATA--GCA-TCCAGGG-GG-GGG-TTG--AAATCGG-C--G--AATTCT--TTCGAGAT-AGGACATATTGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-TACACTCAGATAC-CCT--------ATT-CAGG--AATTTCCGC--TAGT--------------AGT-----CTC----TCACGCCGAC--C--AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT-----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAtattgacagatcagaatcaggttttttcagagaggtacatgttactgcagcttaagctagtacactccatgtgtaaattttcgaactttttgcgtaaagcgctaagatgtcaataaacaagtcgaatttcacaagttctaaagtagttacatatggaatcccagggaggcaggttgcaaaatcgcgaaattctaattcaagagaacataaattggttcagatgtcaaaattcaccaagtcacctctccatgaatttcaacgcttaaagatcacaccgtccgcctattattgaatgatcatggcactgtacatgtattacgtcaactgacttgtctcatcactaacgaagttttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|8 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctTAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATC-G-C--A-AAATAGT--TTC--AAT-AG---AAA--TAAA-AGGTT--GATATC--ACAA-GTTT--CTAGT-C-TCTCT-CAT---TTACACGCAAGTCTACGC------TGCCTCTA-AC----AT-----CCCG----TACAC------C--ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------C-ACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|19 : tcACTTCCGCCAGAGTTG-GTTTACACGCAAATGAGGCCTCGAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|15 ): TTTATAATCATTGTGGAATGGATAGGACCAAGTCAGTCCAAGTGGCAAATATATGATATACATGTATTTGAGCTCTCTGAAAATATATTGGGACAGATCAGAGGCTTTTTATATGGTTACAGTCCTGCAGC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 11 1111111 111111 111111 111 11111111 1 1111111111 222 1111111 11 11111 222222222222222 333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 11111 22222 22222222222222 11 1 22222222 111 1111111 333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222 11111 333333333333 7777777777777 1 1 1 11 1 444444444444444 11 11 111 11 33333333 11 111 0000000000000000000000000000000000000000000000 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 2 2 66666666 66 0 66 5 5 5 888 99 0 5 5 5 5 55 1 5 9999999999 1 1 5 1 888 999 5555555 5 77 66 5 99 5 44444 888888888 999999999999999 5 5 5 222222222222222222222222222222222222222 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 4 4 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 44444 5 0 5 77 5 0 00000 88 5 55555555555555 77 5 5 888 0 5 9999 8888 5 5 6 5 5 5 0 0 11 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 5 000 77 2222222 9 222222222222 6 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 99 6 111111111 6 6 44444 6 6 6 6 444444444444 6 6 6 6 3333333333333 6 3 7777 0 8 8 8 8 8 8 11 0 6 0 3 777777777777777 8 8 8 88 99 6 99 6 6 55 666 55 6 55555555 6 7 55 6 77 3 7 222 6 777 99 4444444444444444444444444444444444444444444444 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . . . ........ .. . .. . . . ... .. . . . . . .. . . .......... . . . . ... ... ....... . .. .. . .. . ..... ......... ............... . . . ....................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . . .. . . ..... .. . .............. .. . . ... . . .... .... . . . . . . . . .. . .. .... . .. . . ........ . . . . ... .. ....... . ............ . . ...................................................................... . .. . ......... . . ..... . . . . ............ . . . . ............. . . .... . . . . . . . .. . . . . ............... . . . .. .. . .. . . .. ... .. . ........ . . .. . .. . . ... . ... .. .............................................. .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 5 5 22222222 99 0 99 0 0 0 888 55 1 7 7 7 7 99 0 7 0000000000 4 7 7 7 777 444 4444444 7 99 77 7 33 7 33333 999999999 111111111111111 7 7 7 111111111111111111111111111111111111111 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 4 4 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 33333 7 7 7 99 7 1 33333 77 7 44444444444444 99 7 7 000 1 7 4444 0000 1 1 5 0 0 0 4 1 99 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 7 000 99 0000000 3 000000000000 7 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 22 7 000000000 7 7 88888 7 7 7 7 888888888888 7 7 7 7 5555555555555 7 3 8888 0 2 0 0 0 0 0 00 8 6 8 8 444444444444444 0 0 0 33 88 7 22 7 7 88 555 88 7 00000000 7 5 88 7 77 7 5 555 7 555 77 7777777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGT--TT-NA-ATG-GG-TTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-TA-T-AAAGGGC--TTCTCCCCC----CTC---CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTC-TTTA-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACA-CAA-----CA------------TNAAANANNTACGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGANACN---CCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA--CA-GTT-C-TG-CAG-C-T--------AAGCT-AG-TACACAT-CCAT-TTTC---AAATTT--AC-GAACTATTTTGC-T-A-GGCGCT-AGATG-T-C-AAT-A-A--AACTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAG-TAG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-G-C--GAAATTCT--TTCAA--TAGA-A---A-T--AAA-TGGTTCAGATGTC--A-AAG-TCACCNAG-T-C-CCTCT-C-ATGAATT-CA-GCGAATTT-CGC----TTG-----CAC----AATCT--CG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TNATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGT--TT-NA-AT--GG-TTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-TA-T-AAAGGGC--TTCTCTCCC----CTC---CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTC-TTTA-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACA-CA------CA------------TNNNANNNNCNNNN-CNTGNANANANNTCTNNNNGCGCNNNGNNANN---CCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA--CA-GTT-C-TG-CAG-C-T--------AAGCT-AG-TACACAT-CCAT-TTT----AA---T--AC-GAACTATTTTGC-T-A-GGCGCTGAGATG-T-C-AAT-A-A--AACTCGNAAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAG-TAG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-G-C--GAAATTCT--TTCAA--TAGA-A---ATT--AAA-TGNTTCAGATGTC--A-AAG-TCACCNAG-T-C-CCTCT-C-ATGAATT-CA-GCAAATTTCCGC-GAGTTG-----CACGC--AATCT--CG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-TCA-GT------CCCCTTTCAG-TGC-TATTTTGG-AATATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGT--TTCTA-ATG-GG-TTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-TA-TCAAAGGGC--TTCCCTCCCCTCTCTC---CCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTC-TTTAGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATT-ATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCAC-GCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACA-CA------CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTGGACAACT---CCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA-CC--A--CA-GCT-T-CGCCAGCC-T--------AAGCTGAG-TACACATCCCAC-TTTCAC-AATTTT--AC-AAACTATCTTGC-T-ACGGCGCT--AATGCT-C-AATAA-A--AACCTGCAAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAG-TAG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATC-G-CCGGAAATTC---TTCAA--CAGA-A---A-T--AAA-TGTTGCAGATGTCCAA-AAG-TCATCTGG---C-CCTCT-C-ATG-ATT-CA-CCGAA--------------------------AA------G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACC-----T-GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTC-GTTA-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATG-T-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------T-GACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|16 : TGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATATa
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T--GCAA--TAATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGT--TT-TAGATG-GG-TTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-TA-T-AAAGGGCTATTCTCTTCT----CTT---CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG--TGCAT-CTTA-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGG-C-AAC--AAA--AAG-AAATTCA---GTCAACATT-GCC-----T-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA------CA------------TATAAGCTGCAGAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGACAGA---TCAGAAT-CAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-G-GTA--CATGTTAC-TG-CAG-CTT--------AAGCT-AG-TACAC-T-CCATGTGT----AAATTT--TC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGCGCTAAGATG-T-C-AAT-A-AACAAGTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAG-TAG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATC-G-C--GAAATTCTAATTCAA--GAGA-A---CAT--AAATTGGTTCAGATGTC--A-AAATTCACCAAG-T-CACCTCTCC-ATGAATT-T---CAA-----CGC----TTA-----AA-----GAT----------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CA-GC-AG-TAGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGTT-AA-ATGCGG-TTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCC----CGCGCGCGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGA-TG--C-TGTA-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---A-G-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAGCAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------A-TGC-A---------AC-G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCA-G--A------CGT-GTA-TAGATCGTCA------------TGAAAAAAATATGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGATCCCTGTCCATAGTTC--T--T-TTT------C--AG-GAATGCGAAACCA-GTT-CATG-CAG-------------AATG-AG--AC-CAT-CCAT-TTTTCAAAA---TTTAC-GAACTATTTTGCAT-G-GGC-CTGATATG-TGCGAAT-A-A--G-CTCGGAA---TTCCAAG-------------GTTTTTAAA-TAGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATC-GGC--GAA-TTCT--TTCGAGATAGG-ACATATTGGAAC-CTCTCCGGATG-C--A-AAT-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAATTTCCGC-TAGT--------------AGTCT--C----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTA-GCAAA-TTATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGT--TT-AA-AT--GG-TTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-TA-T-AAAG--------------------C---CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTT-TTTA-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----TCGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA--G--A------AGT-ACA-CA-------A------------TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA--CA-GTT-C-TG-CAG-C-G--------AAGCT-AG-TACACAT-CCAT-TT----------C--AC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC-CT-AGATG-T-C-AAT-A-A--AACTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAG-TAG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-G-C--GAAATTCT--TTCAA--TAGATA---TTT--AAA-TGGTTCAGATGTC--A-AAT-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-C-ATGAATT-CACGCAAACTTCCGCAGAGTTGATTTACACGCA-AATCT--CGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGT--TT-TA-AT--GGGTTCC-----ATT---------AA--------G-AGA--TGTA-T-AAAGG------------------CC---CCCTCT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTC-TTTA-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG---TCAA-AT---CC-----T-GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTATTT---GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAA-TATT-AA-C-C-TAACAAACT--A-CGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA------AAACC-AC--G--A------AGT-ACA-CAA-----TN------------NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GCT-A--CA-GTT-C-TG-CAG-C-T--------AAGCT-AG-TACACAT-CCAT-TTC----AAATTT--ACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGT--TC-AG-TT--AT-TTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-AT-T-TATT-AAAGGTT--TTCTCCCCC----CCC---CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCC-----T-G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC--GGAA------AGTTACA-CAAT----NN------------NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---A-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCAT-TTTC---AAATTT--AC-GAACTATTTTGC-T-A----GCCTAGATG-T-C-AAT-ACA--AACTCG-AAATT-------TTCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAG---AG-TTG--AAATCGG-CG-GAAATTC---TTCAAT-TAGA-A-----T--AAA-TG--TCAG-TGTCA-A-AAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT-----------------------------CACGCTTAA------G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATC-G-C--AAAATAGT--TTCAA--TAGA-A---A-T--AAA-AGGTT--GATATC--ACAAG-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-C-AT---TTACACGCAAGTCTACGC-----TG-----C-C------TCTAACA--TC------CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTAC--ACAAG-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TTATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGT--TT-TA-AT--GG-GTC------ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-TA-T-AA--GGC--TCCTTCTTT----CTC---CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGA-AG-GC-TTTG-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|15 ): TTTATAATCATTGTGGAATGGATAGGACCAAGTCAGTCCAAGTGGCAAATATATGATATACATGTATTTGAGCTCTCTGAAAATATATTGGGACAGATCAGAGGCTTTTTATATGGTTACAGTCCTGCAGC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 1111111 111111 111111 111 11111111 1 111111 111 222 1111111 1111111111 22222222 11 1 33333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 22222 1111 22222 22222222222222 1111 1 1 1 22222222 111 111111 333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 222 1 1 2222222222 1111 1 111 111111 11 555555555555555 11 11 1 1111 2222222 111 111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 66 4 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 88 66666666 66 0 5 66 5 5 888 5 4 0 5 5 5 5 0 5 5 111111 000 1 1 5 1 888 999 5555555 5 77 66 5 66 5555555555 77 5 66666666 5 5 33 5 5 1 11111111111111111111111111111111111111 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 8 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 00000 0 5 0000 0 00000 88 5 0 55555555555555 77 5 5 888 0 5 77 5 5555 2 0 5 0 0 3 66 5 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 999999 1 222222222222 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 4444444 000 6 6 5 99 6 6 6 6 3 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 666 999 8 5 8 8 666666 11 88 222222222222222 8 8 8 88 44 6 99 3 99 6 99 7 99 3333 6 1111111 99 6 444 3 7 222 6 6 1111 6 88888888888888888888888888888888888888888888 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. . ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . .. ........ .. . . .. . . ... . . . . . . . . . . ...... ... . . . . ... ... ....... . .. .. . .. .......... .. . ........ . . .. . . . ...................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . .... . ..... .. . . .............. .. . . ... . . .. . .... . . . . . . .. . . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ............ . ....................................................................... . ....... ... . . . .. . . . . . .......... . . .. .... . . . ... ... . . . . ...... .. .. ............... . . . .. .. . .. . .. . .. . .. .... . ....... .. . ... . . ... . . .... . ............................................ .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 11 4 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 11 22222222 99 0 0 99 0 0 888 0 3 1 7 7 7 7 1 7 7 999999 000 4 4 7 7 777 444 4444444 7 99 77 7 44 7777777777 99 7 44444444 7 7 66 7 7 4 00000000000000000000000000000000000000 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 9 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 00000 7 7 7777 1 33333 77 7 1 44444444444444 99 7 7 000 1 7 99 7 0000 1 4 0 0 4 2 99 0 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 999999 0 000000000000 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 3333333 888 7 7 3 22 7 7 7 7 3 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 888 222 0 0 0 0 888888 88 88 222222222222222 0 0 0 33 00 7 22 3 22 7 22 3 22 5555 7 7777777 22 7 333 7 5 555 7 7 3333 7 22222222222222222222222222222222222222222222 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--T-G--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGATG-TA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTACA-AA--G-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGT--TTN-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCCCTC----CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGAT-GCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTAT-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAGAAA-TTCAGG--TCAA-ATT-GCCT-----GCCAACTTCC-TTAC--G-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAAT--TTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--GA-GT--A-AAAAATATTTAAC-C-TAACAAACT--AA-CGT-GCA--A-T--TTC-AT--ATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAAAA---ACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAAN--ACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGACA-CN---CCAGAGT-CAGG--T----TTTC---AG-AGA-GC-TA--CA-GTT-C-TGC-AGC-TAAGC--------T-AG-TACACATCC-ATTTTC--A-AATTT-AC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC---------TTGCA----AATCT--CG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--T-G--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGATG-TA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTACA-AA--G-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGT--TTN-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCCCTC----CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGAT-GCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTAT-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAGAAA-TTCAGG--TCAA-ATT-GCCT-----GCCAACTTCC-TTAC--G-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAAT--TTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--GA-GT--A-AAAAATATTTAAC-C-TAACAAACT--AA-CGT-GCA--A-T--TTC-AT--ATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAAAA---ACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATN------AAAN--ANNTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGANA-CN---CCAGAGT-CAGG--T----TTTC---AG-AGA-GCTTA--CA-GTT-C-TGC-AGC-TAAGC--------T-AG-TACACATCC-ATTTTC--A-AATTT-AC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC---------TTGCAC---AATCT--CG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TTG--G----AA-T---TCA--GAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTT-ACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTTTCGGG-TTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACA-AAAAG-T-TA---GTTTC-CCC-GTTCTCTGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-GT--C---CCC-TTTCAGT-GC-TATTTTGGAA-TATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGT--TTCTA-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-T-ATCAAAGGGC--TTCCC--TCCCCTCTCTCCCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTCTTT-AGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATTATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCACGCCAACTTCC-TTACCCG-TAT-GTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAAC-CCTAACAA-CT--AAACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACACA------CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTG-GACAACT---CCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCCAGCAGA-CC--A--CA-GCT-T-CGCCAGCCTAAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-T-ACGGC--GCT-A-ATGCTCAATA-A--AAACCTGC-AAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGT-AG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATCG-CCGG-AAATTCT--T-CAA--CAGAA-A--TAAA-TGT------TGCAGATGTCCAA-AA-G-TCATCTGG---C-CCTCT-CA-TG-ATT-CA-CCGAA---------------------------AA------G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTAT-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-GAAA-TTCAG---TCAA-AT--ACCT-----GCCAACTTCC-TTAG--G-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAAT--TTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--GA-GT--A-AAATATA-TTAAC-C-TAACAAACT--AA-CGT-GCA--A-A--TTC-AT--ATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAAAttggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGAA-GCTCGTT-A-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATGT-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATGAAG-TTCA-G--TCAA-ATTAG--T-----GACAACTTCC-TTAC--GTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAAT--TTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAAC-C-TATCAAACT--AA-CGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--T-G--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGATG-TA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--T-T--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGCA-AA--G-T-GA---TTTTC-CC
gi|16 : TGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATATa
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--T-GAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGATG-TACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTACA-AA--G-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T-G-CAA-T-AATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGT--TTT-AGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-T-AT-AAAGGGCTATTCTC--TTCTCTT----CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG-T-GCATCTT-A-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTATAATGAGG-C-AAC--AAA--AAGAAA-TTCA-G--TCAACATT-GCCT-----GCCAACTTCCTTTAC--G-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAAT--TTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGAA-GT--A-AAAATAAATTAAC-CATAACAAAGT--AA-CGTGGCA--ACT--TTC-AT--ATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA-----CATA------TAAG--CTGCA----GAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGACA-GA---TCAGAAT-CAGGTTT----TTTC---AG-AGA-G-GTA--CATGTTAC-TGC-AGCTTAAGC--------T-AG-TACAC-TCC-ATGTGT--A-AATTT-TC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGC--GCTAAGATG-TCAATA-AACAA--GTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAGT-AG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATCG-C--G-AAATTCTAATTCAA--GAGAACA--TAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AA-ATTCACCAAG-T-CACCTCTCCA-TGAATT-T---CAA------C-GC---------TTA-AA---GAT----------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--T-G--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGATG-TA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTACA-AG--G-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CAG-C-AGT-AGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGTTA-A-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCCCGCGCG---CGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGAT-G--CTGT-A-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---AG-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAAT--TTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--GA-GT--AGAAAAATATT-AACGC-TA-CAA-CT--AA-TGTAGCAGGA-TAGTTCGAT--AAT--TG-CT--------A-TGC-AAC----------G---AAGATA--CACATTA---TCCTGCA-G--A------CGT-GTATAGATCGTCATG------AAAA--AAATA----TGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGATC-CCTGTCCATAGTTC--T--T----TTTC---AG-GAATGCGAAACCA-GTT-CATGC-AG----AAT--------G-AG--AC-CATCC-ATTTTTCAA-AATTT-AC-GAACTATTTTGCAT-G-GGCCTGAT-ATGTG-CGAATA-A--G---CTCG-GAATT--CCAAG-------------GTTTTTAAAT-AGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATCGGC--G-AA-TTCT--TTCGAGATAGGACA--TAT--TGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-T-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAA-TTT-CCGC---------TAGTA-----GTCT--C----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--T-G--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGATG-TA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTACA-AA--G-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTAG-CAAAT-TATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGT--TTA-A-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAG------------------C----CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGAT-GCTTTTT-A-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTAT-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAGAAA-TTCAGG--TCAA-ATT-GCCTC----GCCAACTTCC-TTAC--G-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAAT--TTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--GA-GT--A-AAAAATATTTAAC-C-TAACAAACT--AA-CGT-GCA--A-T--TTC-AT--ATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAAAA---ACCCAA--G--A------AGT-ACACA-------ATN------NNNN--NNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNNNNNT-CAGG--T----TTTC---AG-AGA-GCTTA--CA-GTT-C-TGC-AGC-GAAGC--------T-AG-TACACATCC-AT----------TTC-AC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC---CT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAT-ATTTAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-T-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-CA-TGAATT-CACGCAAACTTC-C-GCAGAGTTGATTTACACGCAAATCT--CGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--A-A--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGATG-TA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTACA-AA--G-T-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGT--TTT-A-ATG-GGTTCC-----AT--------T-AA--------G-AGA--TGT-AT-AAAGG-----------CCCCCT---------CT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGAT-GCTCTTT-A-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTAT-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAGAAA-TTCA-G--TCAA-AT---CCT-----GCCAACTTCC-TT-C--G-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAAT--TTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--GA-GT----AAAAATA-TTAAC-C-TAACAAACT---A-CGT-GCA--A-T--TTC-AT--ATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AAA------CCAC--G--A------AGT-ACACAA-----TNNN------NNNN--NNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNNNNNT-CAGG--T----TTTTCA-AG-AGA-GC-TA--CA-GTT-C-TGC-AGC-TAAGC--------T-AG-TACACATCC-A-TTTC--A-AATTT-ACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC--
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTT-G--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGATG-TA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTACA-AA--GGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGT--T-C-A-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-A--T-TTATTAAAGGTT--TTCTC--CCCCCCC----CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGAT-GCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTAT-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAGAAA-TTCA-G--TCAA-A-T-GCCT-----G-CAACTTCC-TTAC----TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAAC-C-TAA--AACTTAAA-CGT-GCA--A-T--TTC-AT--ATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--AAA---ACC-AC--GGAA------AGTTACACAAT----NNNN------NNNN--NNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNNNNNT-CAGG--T----TTTC---AG-AGA-GCTTA---A-GTT-C-TGC-AGC-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACATCC-ATTTTC--A-AATTT-AC-GAACTATTTTGC-T-A-G-C---CT-AGATG-TCAATACA--AA--CTCG-AAATTT-------TCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATCGGC--GGAAATTCT--T-CAA--TTAGA-A--TAAA-TG--------TCAG-TGTC--A-AAAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT--CA-----------C-GC---------TT-------AA------G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATCG-C--A-AAATAGT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-AGG------TT--GATATC--ACAA-G-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-CA-T---TTACACGCAAG-TCTAC-GC----------TGC-C-----TCTAACA--TC------CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--T-G--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGATG-TA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTACACAA--G-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-TATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGT--TTT-A-ATG-GGT--C-----ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-T-AT-AA--GGC--TCCTT--CTTTCTC----CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGAA-G-GCTTT-G-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTAT-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|15 ): TTTATAATCATTGTGGAATGGATAGGACCAAGTCAGTCCAAGTGGCAAATATATGATATACATGTATTTGAGCTCTCTGAAAATATATTGGGACAGATCAGAGGCTTTTTATATGGTTACAGTCCTGCAGC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 11 1111111 111111 111111 111 11111111 1 1111111111 222 1111111 1111111111 22222222 11 1 333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 11111 22222 22222222222222 1111 1 11 1 22222222 111 111111 333333333333 555555555555555555555555555555555555 1111111 222222222 111 111 2222222222 1111 1 111 111111 11 555555555555555 11 11 1 1111 2222222 111 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 2 2 66666666 66 0 66 5 5 5 888 99 0 5 5 5 5 0 5 5 9999999999 1 1 5 1 888 999 5555555 5 77 66 5 66 5555555555 77 5 66666666 5 5 33 5 5 1 111111111111111111111111111111111111111 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 4 4 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 44444 5 0 5 77 5 0 00000 88 5 0 55555555555555 77 5 5 888 0 5 9999 5555 2 0 5 5 5 0 0 11 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 888888 1 222222222222 6 999999999999999999999999999999999999 0 1 1 1 9999999999999 9999999 6 99 6 111111111 6 6 6 111 6 6 6 6 111 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 666 999 8 5 8 8 666666 11 88 222222222222222 8 8 8 88 44 6 99 3 99 6 99 99 3333 6 1111111 99 6 444 3 7 222 6 6 1111 6 33333333333333333333333333333333333333333333 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . . . ........ .. . .. . . . ... .. . . . . . . . . .......... . . . . ... ... ....... . .. .. . .. .......... .. . ........ . . .. . . . ....................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . . .. . . ..... .. . . .............. .. . . ... . . .... .... . . . . . . . .. . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ............ . .................................... . . . . ............. ....... . .. . ......... . . . ... . . . . ... .......... . . .. .... . . . ... ... . . . . ...... .. .. ............... . . . .. .. . .. . .. . .. .. .... . ....... .. . ... . . ... . . .... . ............................................ .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 5 5 22222222 99 0 99 0 0 0 888 55 1 7 7 7 7 1 7 7 0000000000 4 7 7 7 777 444 4444444 7 99 77 7 44 7777777777 99 7 44444444 7 7 66 7 7 4 000000000000000000000000000000000000000 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 4 4 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 33333 7 7 7 99 7 1 33333 77 7 1 44444444444444 99 7 7 000 1 7 4444 0000 1 4 0 0 0 4 1 99 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 222222 0 000000000000 7 888888888888888888888888888888888888 3 0 0 0 8888888888888 0000000 7 22 7 000000000 7 7 7 777 7 7 7 7 777 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 888 222 0 0 0 0 888888 88 88 222222222222222 0 0 0 33 00 7 22 3 22 7 22 22 5555 7 7777777 22 7 333 7 5 555 7 7 3333 7 77777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGT--TT-TA-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGAC-ACN---CCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGT--TT-NA-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGAC-ACN---CCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-GT------CCCCTTTCAG-TGC-TATTTTGG-AATATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGT--TTCTA-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-T-ATCAAAGGGC--TTCCC--TCCCCTCTCTC-CCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTCTTT-AGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATT-ATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCAC-GCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACAC-A-----CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTG-GACAACT---CCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA--C-CA---CA-GCT-T-CGCCAGCC-TAAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-T-ACGGC--GCT-A-ATGCTCAATA-A--AAACCTGC-AAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGT-AG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATCG-CCGG-AAATTC---TTCAA--CAGAA-A--TAAA-TGT------TGCAGATGTCCAA-AA-G-TCATCTGG---C-CCTCT-CA-TG-ATT-CA-CCGAA--------------------------AA-----G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACC-----T-GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTCGTT-A-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATG-T-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------T-GACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|16 : TGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATATa
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T-G-CAA-T-AATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGT--TT-TAGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-T-AT-AAAGGGCTATTCTC--TTCT----CTT-CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG--TGCATCTT-A-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGG-C-AAC--AAA--AAG-AAATTCA---GTCAACATT-GCC-----T-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA-----CATA------TAA--GCTGCA----GAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGAC-AGA---TCAGAAT-CAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-GG-TA---CATGTTAC-TG-CAG-CTTAAGC--------T-AG-TACAC-T-CCATGTGT--A-AA-TTTTC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGC--GCTAAGATG-TCAATA-AACAA--GTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAGT-AG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATCG-C--G-AAATTCTAATTCAA--GAGAACA--TAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AA-ATTCACCAAG-T-CACCTCTCCA-TGAATT-T---CAA------C-GC----TT---------AAAGAT--------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CAG-C-AGT-AGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGTT-AA-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCCCG----CGCGCGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGA-TG--CTGT-A-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---A-G-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAGCAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------A-TGC-AAC----------G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCA-G--A------CGT-GTATAGATCGTCATG------AAA--AAAATA----TGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGAT-CCCTGTCCATAGTTC--T--T-TTT------C--AG-GAATGC-GAAACCA-GTT-CATG-CAG-----AAT--------G-AG--AC-CAT-CCATTTTTCAA-AA-TTTAC-GAACTATTTTGCAT-G-GGCCTGAT-ATGTG-CGAATA-A--G---CTCG-GAATT--CCAAG-------------GTTTTTAAAT-AGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATCGGC--G-AA-TTCT--TTCGAGATAGGACA--TAT--TGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-T-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAA-TTT-CCGC----TA---------GTAG-TCTC----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTAG-CAAAT-TATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGT--TT-AA-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAG----------------------C-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTTTTT-A-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----TCGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA--G--A------AGT-ACACA-------ATN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-GAAGC--------T-AG-TACACAT-CCAT-----------TTCAC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC---CT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAT-ATTTAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-T-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-CA-TGAATT-CACGCAAACTTC-C-GCAGAGTTGATTTACACGCAAATCTCGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGT--TT-TA-ATG-GGTTCC-----AT--------T-AA--------G-AGA--TGT-AT-AAAGG-----------CCCC----CT------CT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-AT---CC-----T-GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT----AAAAATA-TTAA-C-C-TAACAAACT---ACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AA---A---CCAC--G--A------AGT-ACACAA-----TNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCA-TTTC--A-AA-TTTACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC--
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGT--T--CA-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-A--T-TTATTAAAGGTT--TTCTC--CCCC----CCC-CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCC-----T-G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC--GGAA------AGTTACACAAT----NNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TT---AA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-G-C---CT-AGATG-TCAATACA--AA--CTCG-AAATTT-------TCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATCGGC--GGAAATTCT--T-CAA--TTAGA-A--TAAA-TG--------TCAG-TGTC--A-AAAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT--CA-----------C-GC----TT------------AA----G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATCG-C--A-AAATAGT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-AGG------TT--GATATC--ACAA-G-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-CA-T---TTACACGCAAG-TCTAC-GC-----T---------GC----CTCT--AACATC--CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTAC--ACAAG-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-TATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGT--TT-TA-ATG-GGT--C-----ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-T-AT-AA--GGC--TCCTT--CTTT----CTC-CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGA-AG-GCTTT-G-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|15 ): TTTATAATCATTGTGGAATGGATAGGACCAAGTCAGTCCAAGTGGCAAATATATGATATACATGTATTTGAGCTCTCTGAAAATATATTGGGACAGATCAGAGGCTTTTTATATGGTTACAGTCCTGCAGC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 11 1111111 111111 111111 111 11111111 1 1111111111 222 1111111 111 1111111111 22222222 11 1 333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 11111 22222 22222222222222 1111 1 11 1 22222222 111 111111 333333333333 555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111 111 2222222222 1111 1 111 111111 11 555555555555555 11 11 1 1111 2222222 111 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 2 2 66666666 66 0 66 5 5 5 888 99 0 5 5 5 5 0 5 5 9999999999 1 1 5 1 888 999 5555555 5 5 333 5 66 5555555555 77 5 66666666 5 5 33 5 5 1 111111111111111111111111111111111111111 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 4 4 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 44444 5 0 5 77 5 0 00000 88 5 0 55555555555555 77 5 5 888 0 5 9999 5555 2 0 5 5 5 0 0 11 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 888888 1 222222222222 6 999999999999999999999999999999999999 0 1 1 1 9999999999999 7777777 5 5 77 5 888888888 5 5 5 000 5 5 5 5 888 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 666 999 8 5 8 8 666666 11 88 222222222222222 8 8 8 88 44 6 99 3 99 6 99 99 3333 6 1111111 99 6 444 3 7 222 6 6 1111 6 33333333333333333333333333333333333333333333 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . . . ........ .. . .. . . . ... .. . . . . . . . . .......... . . . . ... ... ....... . . ... . .. .......... .. . ........ . . .. . . . ....................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . . .. . . ..... .. . . .............. .. . . ... . . .... .... . . . . . . . .. . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ............ . .................................... . . . . ............. ....... . . .. . ......... . . . ... . . . . ... .......... . . .. .... . . . ... ... . . . . ...... .. .. ............... . . . .. .. . .. . .. . .. .. .... . ....... .. . ... . . ... . . .... . ............................................ .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 5 5 22222222 99 0 99 0 0 0 888 55 1 7 7 7 7 1 7 7 0000000000 4 7 7 7 777 444 4444444 7 7 111 7 44 7777777777 99 7 44444444 7 7 66 7 7 4 000000000000000000000000000000000000000 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 4 4 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 33333 7 7 7 99 7 1 33333 77 7 1 44444444444444 99 7 7 000 1 7 4444 0000 1 4 0 0 0 4 1 99 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 222222 0 000000000000 7 888888888888888888888888888888888888 3 0 0 0 8888888888888 3333333 7 0 99 7 999999999 7 7 7 000 7 7 7 7 666 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 888 222 0 0 0 0 888888 88 88 222222222222222 0 0 0 33 00 7 22 3 22 7 22 22 5555 7 7777777 22 7 333 7 5 555 7 7 3333 7 77777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGAC-ANN---CCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGAC-ACN---CCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-GT------CCCCTTTCAG-TGC-TATTTTGG-AATATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGTT-TCT-A-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-T-ATCAAAGGGC--TTCCC--TCCCCTCTCTC-CCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTCTTT-AGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATT-ATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCAC-GCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACAC-A-----CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTG-GACAACT---CCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA--C-CA---CA-GCT-T-CGCCAGCC-TAAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-T-ACGGC--GCT-A-ATGCTCAATA-A--AAACCTGC-AAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGT-AG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATCG-CCGG-AAATTC---TTCAA--CAGAA-A--TAAA-TGT------TGCAGATGTCCAA-AA-G-TCATCTGG---C-CCTCT-CA-TG-ATT-CA-CCGAA--------------------------AA-----G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACC-----T-GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTCGTT-A-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATG-T-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------T-GACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|15 : GAC-AGA---TCAGAGG-C-----T-TTT------T--AT-ATG-GT-TA---CA-GTC-C-TG-CAG-C-a
gi|16 : tttataatcattgtggaatggataggaccaagtcagtccaagtggcaaatatatgatatacatgtatttgagctctctgaaaatatattggTGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATAT
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T-G-CAA-T-AATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGTT-T-T-AGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-T-AT-AAAGGGCTATTCTC--TTCT----CTT-CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG--TGCATCTT-A-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGG-C-AAC--AAA--AAG-AAATTCA---GTCAACATT-GCC-----T-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA-----CATA------TAA--GCTGCA----GAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGAC-AGA---TCAGAAT-CAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-GG-TA---CATGTTAC-TG-CAG-CTTAAGC--------T-AG-TACAC-T-CCATGTGT--A-AA-TTTTC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGC--GCTAAGATG-TCAATA-AACAA--GTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAGT-AG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATCG-C--G-AAATTCTAATTCAA--GAGAACA--TAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AA-ATTCACCAAG-T-CACCTCTCCA-TGAATT-T---CAA------C-GC----TT---------AAAGAT--------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CAG-C-AGT-AGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGT-TAA-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCCCG----CGCGCGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGA-TG--CTGT-A-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---A-G-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAGCAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------A-TGC-AAC----------G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCA-G--A------CGT-GTATAGATCGTCATG------AAA--AAAATA----TGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGAT-CCCTGTCCATAGTTC--T--T-TTT------C--AG-GAATGC-GAAACCA-GTT-CATG-CAG-----AAT--------G-AG--AC-CAT-CCATTTTTCAA-AA-TTTAC-GAACTATTTTGCAT-G-GGCCTGAT-ATGTG-CGAATA-A--G---CTCG-GAATT--CCAAG-------------GTTTTTAAAT-AGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATCGGC--G-AA-TTCT--TTCGAGATAGGACA--TAT--TGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-T-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAA-TTT-CCGC----TA---------GTAG-TCTC----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTAG-CAAAT-TATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-A-A-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAG----------------------C-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTTTTT-A-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----TCGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA--G--A------AGT-ACACA-------ATN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-GAAGC--------T-AG-TACACAT-CCAT-----------TTCAC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC---CT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAT-ATTTAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-T-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-CA-TGAATT-CACGCAAACTTC-C-GCAGAGTTGATTTACACGCAAATCTCGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----AT--------T-AA--------G-AGA--TGT-AT-AAAGG-----------CCCC----CT------CT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-AT---CC-----T-GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT----AAAAATA-TTAA-C-C-TAACAAACT---ACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AA---A---CCAC--G--A------AGT-ACACAA-----TNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCA-TTTC--A-AA-TTTACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC--
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGTT-C---A-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-A--T-TTATTAAAGGTT--TTCTC--CCCC----CCC-CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCC-----T-G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC--GGAA------AGTTACACAAT----NNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN---NNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TT---AA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-G-C---CT-AGATG-TCAATACA--AA--CTCG-AAATTT-------TCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATCGGC--GGAAATTCT--T-CAA--TTAGA-A--TAAA-TG--------TCAG-TGTC--A-AAAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT--CA-----------C-GC----TT------------AA----G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATCG-C--A-AAATAGT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-AGG------TT--GATATC--ACAA-G-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-CA-T---TTACACGCAAG-TCTAC-GC-----T---------GC----CTCT--AACATC--CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTAC--ACAAG-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-TATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGTT-T-T-A-ATG-GGT--C-----ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-T-AT-AA--GGC--TCCTT--CTTT----CTC-CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGA-AG-GCTTT-G-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 11 1111111 111111 111111 111 11111111 1 1111111111 222 1111111 111 1111111111 22222222 11 1 333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 11111 22222 22222222222222 1111 1 11 1 22222222 111 111111 333333333333 555555555555555555555555555555555555 11111111 111111111 111 2222222222 1111 1 111 111111 11 555555555555555 11 11 1 1111 2222222 111 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 2 2 66666666 66 0 66 5 5 5 888 99 0 5 5 5 5 0 5 5 9999999999 1 1 5 1 888 999 5555555 5 5 333 5 66 5555555555 77 5 66666666 5 5 33 5 5 1 111111111111111111111111111111111111111 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 4 4 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 44444 5 0 5 77 5 0 00000 88 5 0 55555555555555 77 5 5 888 0 5 9999 5555 2 0 5 5 5 0 0 11 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 888888 1 222222222222 6 999999999999999999999999999999999999 0 1 1 1 9999999999999 11111111 5 5 77 5 888888888 5 5 5 000 5 5 5 5 888 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 666 999 8 5 8 8 666666 11 88 222222222222222 8 8 8 88 44 6 99 3 99 6 99 99 3333 6 1111111 99 6 444 3 7 222 6 6 1111 6 33333333333333333333333333333333333333333333 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . . . ........ .. . .. . . . ... .. . . . . . . . . .......... . . . . ... ... ....... . . ... . .. .......... .. . ........ . . .. . . . ....................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . . .. . . ..... .. . . .............. .. . . ... . . .... .... . . . . . . . .. . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ............ . .................................... . . . . ............. ........ . . .. . ......... . . . ... . . . . ... .......... . . .. .... . . . ... ... . . . . ...... .. .. ............... . . . .. .. . .. . .. . .. .. .... . ....... .. . ... . . ... . . .... . ............................................ .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 5 5 22222222 99 0 99 0 0 0 888 55 1 7 7 7 7 1 7 7 0000000000 4 7 7 7 777 444 4444444 7 7 111 7 44 7777777777 99 7 44444444 7 7 66 7 7 4 000000000000000000000000000000000000000 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 4 4 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 33333 7 7 7 99 7 1 33333 77 7 1 44444444444444 99 7 7 000 1 7 4444 0000 1 4 0 0 0 4 1 99 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 222222 0 000000000000 7 888888888888888888888888888888888888 3 0 0 0 8888888888888 44444444 7 0 99 7 999999999 7 7 7 000 7 7 7 7 666 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 888 222 0 0 0 0 888888 88 88 222222222222222 0 0 0 33 00 7 22 3 22 7 22 22 5555 7 7777777 22 7 333 7 5 555 7 7 3333 7 77777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---C-AGNCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---C-ANNCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-GT------CCCCTTTCAG-TGC-TATTTTGG-AATATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGTT-TCT-A-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-T-ATCAAAGGGC--TTCCC--TCCCCTCTCTC-CCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTCTTT-AGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATT-ATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCAC-GCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACAC-A-----CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTG-GA---CAACTCCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA--C-CA---CA-GCT-T-CGCCAGCC-TAAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-T-ACGGC--GCT-A-ATGCTCAATA-A--AAACCTGC-AAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGT-AG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATCG-CCGG-AAATTC---TTCAA--CAGAA-A--TAAA-TGT------TGCAGATGTCCAA-AA-G-TCATCTGG---C-CCTCT-CA-TG-ATT-CA-CCGAA--------------------------AA-----G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACC-----T-GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTCGTT-A-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATG-T-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------T-GACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|15 : GA---C-AGATCAGAGG-C-----T-TTT------T--AT-ATG-GT-TA---CA-GTC-C-TG-CAG-C-a
gi|16 : tttataatcattgtggaatggataggaccaagtcagtccaagtggcaaatatatgatatacatgtatttgagctctctgaaaatatattggTGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATAT
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T-G-CAA-T-AATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGTT-T-T-AGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-T-AT-AAAGGGCTATTCTC--TTCT----CTT-CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG--TGCATCTT-A-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGG-C-AAC--AAA--AAG-AAATTCA---GTCAACATT-GCC-----T-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA-----CATA------TAA--GCTGCA----GAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGA---C-AGATCAGAAT-CAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-GG-TA---CATGTTAC-TG-CAG-CTTAAGC--------T-AG-TACAC-T-CCATGTGT--A-AA-TTTTC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGC--GCTAAGATG-TCAATA-AACAA--GTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAGT-AG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATCG-C--G-AAATTCTAATTCAA--GAGAACA--TAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AA-ATTCACCAAG-T-CACCTCTCCA-TGAATT-T---CAA------C-GC----TT---------AAAGAT--------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CAG-C-AGT-AGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGT-TAA-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCCCG----CGCGCGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGA-TG--CTGT-A-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---A-G-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAGCAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------A-TGC-AAC----------G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCA-G--A------CGT-GTATAGATCGTCATG------AAA--AAAATA----TGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGATCCC-TGTCCATAGTTC--T--T-TTT------C--AG-GAATGC-GAAACCA-GTT-CATG-CAG-----AAT--------G-AG--AC-CAT-CCATTTTTCAA-AA-TTTAC-GAACTATTTTGCAT-G-GGCCTGAT-ATGTG-CGAATA-A--G---CTCG-GAATT--CCAAG-------------GTTTTTAAAT-AGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATCGGC--G-AA-TTCT--TTCGAGATAGGACA--TAT--TGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-T-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAA-TTT-CCGC----TA---------GTAG-TCTC----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTAG-CAAAT-TATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-A-A-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAG----------------------C-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTTTTT-A-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----TCGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA--G--A------AGT-ACACA-------ATN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-NNNNNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-GAAGC--------T-AG-TACACAT-CCAT-----------TTCAC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC---CT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAT-ATTTAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-T-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-CA-TGAATT-CACGCAAACTTC-C-GCAGAGTTGATTTACACGCAAATCTCGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----AT--------T-AA--------G-AGA--TGT-AT-AAAGG-----------CCCC----CT------CT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-AT---CC-----T-GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT----AAAAATA-TTAA-C-C-TAACAAACT---ACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AA---A---CCAC--G--A------AGT-ACACAA-----TNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-NNNNNNNNNT-CAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCA-TTTC--A-AA-TTTACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC--
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGTT-C---A-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-A--T-TTATTAAAGGTT--TTCTC--CCCC----CCC-CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCC-----T-G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC--GGAA------AGTTACACAAT----NNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-NNNNNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TT---AA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-G-C---CT-AGATG-TCAATACA--AA--CTCG-AAATTT-------TCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATCGGC--GGAAATTCT--T-CAA--TTAGA-A--TAAA-TG--------TCAG-TGTC--A-AAAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT--CA-----------C-GC----TT------------AA----G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATCG-C--A-AAATAGT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-AGG------TT--GATATC--ACAA-G-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-CA-T---TTACACGCAAG-TCTAC-GC-----T---------GC----CTCT--AACATC--CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTAC--ACAAG-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-TATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGTT-T-T-A-ATG-GGT--C-----ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-T-AT-AA--GGC--TCCTT--CTTT----CTC-CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGA-AG-GCTTT-G-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 11 1111111 111111 111111 111 11111111 1 1111111111 222 1111111 111 1111111111 22222222 11 1 333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 11111 22222 22222222222222 1111 1 11 1 22222222 111 111111 333333333333 555555555555555555555555555555555555 111 111111111 111 2222222222 1111 1 111 111111 11 555555555555555 11 11 1 1111 2222222 111 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 2 2 66666666 66 0 66 5 5 5 888 99 0 5 5 5 5 0 5 5 9999999999 1 1 5 1 888 999 5555555 5 5 333 5 66 5555555555 77 5 66666666 5 5 33 5 5 1 111111111111111111111111111111111111111 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 4 4 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 44444 5 0 5 77 5 0 00000 88 5 0 55555555555555 77 5 5 888 0 5 9999 5555 2 0 5 5 5 0 0 11 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 888888 1 222222222222 6 999999999999999999999999999999999999 0 1 1 1 9999999999999 000 66 5 5 77 5 888888888 5 5 5 000 5 5 5 5 888 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 666 999 8 5 8 8 666666 11 88 222222222222222 8 8 8 88 44 6 99 3 99 6 99 99 3333 6 1111111 99 6 444 3 7 222 6 6 1111 6 33333333333333333333333333333333333333333333 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . . . ........ .. . .. . . . ... .. . . . . . . . . .......... . . . . ... ... ....... . . ... . .. .......... .. . ........ . . .. . . . ....................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . . .. . . ..... .. . . .............. .. . . ... . . .... .... . . . . . . . .. . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ............ . .................................... . . . . ............. ... .. . . .. . ......... . . . ... . . . . ... .......... . . .. .... . . . ... ... . . . . ...... .. .. ............... . . . .. .. . .. . .. . .. .. .... . ....... .. . ... . . ... . . .... . ............................................ .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 5 5 22222222 99 0 99 0 0 0 888 55 1 7 7 7 7 1 7 7 0000000000 4 7 7 7 777 444 4444444 7 7 111 7 44 7777777777 99 7 44444444 7 7 66 7 7 4 000000000000000000000000000000000000000 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 4 4 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 33333 7 7 7 99 7 1 33333 77 7 1 44444444444444 99 7 7 000 1 7 4444 0000 1 4 0 0 0 4 1 99 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 222222 0 000000000000 7 888888888888888888888888888888888888 3 0 0 0 8888888888888 000 77 7 0 99 7 999999999 7 7 7 000 7 7 7 7 666 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 888 222 0 0 0 0 888888 88 88 222222222222222 0 0 0 33 00 7 22 3 22 7 22 22 5555 7 7777777 22 7 333 7 5 555 7 7 3333 7 77777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---CAG-NCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---CAG-NCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-GT------CCCCTTTCAG-TGC-TATTTTGG-AATATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGTT-TCT-A-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-T-ATCAAAGGGC--TTCCC--TCCCCTCTCTC-CCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTCTTT-AGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATT-ATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCAC-GCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACAC-A-----CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTG-GA---CAACTCCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA--C-CA---CA-GCT-T-CGCCAGCC-TAAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-T-ACGGC--GCT-A-ATGCTCAATA-A--AAACCTGC-AAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGT-AG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATCG-CCGG-AAATTC---TTCAA--CAGAA-A--TAAA-TGT------TGCAGATGTCCAA-AA-G-TCATCTGG---C-CCTCT-CA-TG-ATT-CA-CCGAA--------------------------AA-----G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACC-----T-GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTCGTT-A-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATG-T-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------T-GACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|15 : GA---CAG-ATCAGAGG-C-----T-TTT------T--AT-ATG-GT-TA---CA-GTC-C-TG-CAG-C-a
gi|16 : tttataatcattgtggaatggataggaccaagtcagtccaagtggcaaatatatgatatacatgtatttgagctctctgaaaatatattggTGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATAT
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T-G-CAA-T-AATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGTT-T-T-AGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-T-AT-AAAGGGCTATTCTC--TTCT----CTT-CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG--TGCATCTT-A-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGG-C-AAC--AAA--AAG-AAATTCA---GTCAACATT-GCC-----T-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA-----CATA------TAA--GCTGCA----GAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGA---CAG-ATCAGAAT-CAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-GG-TA---CATGTTAC-TG-CAG-CTTAAGC--------T-AG-TACAC-T-CCATGTGT--A-AA-TTTTC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGC--GCTAAGATG-TCAATA-AACAA--GTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAGT-AG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATCG-C--G-AAATTCTAATTCAA--GAGAACA--TAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AA-ATTCACCAAG-T-CACCTCTCCA-TGAATT-T---CAA------C-GC----TT---------AAAGAT--------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CAG-C-AGT-AGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGT-TAA-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCCCG----CGCGCGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGA-TG--CTGT-A-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---A-G-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAGCAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------A-TGC-AAC----------G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCA-G--A------CGT-GTATAGATCGTCATG------AAA--AAAATA----TGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGATCCCTG-TCCATAGTTC--T--T-TTT------C--AG-GAATGC-GAAACCA-GTT-CATG-CAG-----AAT--------G-AG--AC-CAT-CCATTTTTCAA-AA-TTTAC-GAACTATTTTGCAT-G-GGCCTGAT-ATGTG-CGAATA-A--G---CTCG-GAATT--CCAAG-------------GTTTTTAAAT-AGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATCGGC--G-AA-TTCT--TTCGAGATAGGACA--TAT--TGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-T-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAA-TTT-CCGC----TA---------GTAG-TCTC----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTAG-CAAAT-TATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-A-A-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAG----------------------C-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTTTTT-A-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----TCGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA--G--A------AGT-ACACA-------ATN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-GAAGC--------T-AG-TACACAT-CCAT-----------TTCAC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC---CT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAT-ATTTAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-T-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-CA-TGAATT-CACGCAAACTTC-C-GCAGAGTTGATTTACACGCAAATCTCGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----AT--------T-AA--------G-AGA--TGT-AT-AAAGG-----------CCCC----CT------CT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-AT---CC-----T-GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT----AAAAATA-TTAA-C-C-TAACAAACT---ACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AA---A---CCAC--G--A------AGT-ACACAA-----TNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNT-CAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCA-TTTC--A-AA-TTTACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC--
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGTT-C---A-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-A--T-TTATTAAAGGTT--TTCTC--CCCC----CCC-CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCC-----T-G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC--GGAA------AGTTACACAAT----NNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TT---AA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-G-C---CT-AGATG-TCAATACA--AA--CTCG-AAATTT-------TCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATCGGC--GGAAATTCT--T-CAA--TTAGA-A--TAAA-TG--------TCAG-TGTC--A-AAAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT--CA-----------C-GC----TT------------AA----G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATCG-C--A-AAATAGT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-AGG------TT--GATATC--ACAA-G-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-CA-T---TTACACGCAAG-TCTAC-GC-----T---------GC----CTCT--AACATC--CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTAC--ACAAG-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-TATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGTT-T-T-A-ATG-GGT--C-----ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-T-AT-AA--GGC--TCCTT--CTTT----CTC-CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGA-AG-GCTTT-G-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 333333333333333 11111111111111111 2222222222 11 1111111 111111 111111 111 11111111 1 1111111111 222 1111111 111 1111111111 22222222 11 1 333333333333333333333333333333333333333 2222222222222 1 11111 22222222 2222 111 11111 22222 22222222222222 1111 1 11 1 22222222 111 111111 333333333333 555555555555555555555555555555555555 111 111111111 111 2222222222 1111 1 111 111111 11 555555555555555 11 11 1 1111 2222222 111 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 111 111111 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 99 55 4 666666666666666 55555555555555555 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 4 4 222222 1 4 55 5 55 5 888 888 5 2 2 66666666 66 0 66 5 5 5 888 99 0 5 5 5 5 0 5 5 9999999999 1 1 5 1 888 999 5555555 5 5 333 5 66 5555555555 77 5 66666666 5 5 33 5 5 1 111111111111111111111111111111111111111 5555555555555 5 77 5 5 5 1 5 5 22 5 4 4 22222 8 66 4 00000000 8 4 4 4 4 4 4 4 4 66 0 5 7777 5 222 44444 5 0 5 77 5 0 00000 88 5 0 55555555555555 77 5 5 888 0 5 9999 5555 2 0 5 5 5 0 0 11 0 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 888888 1 222222222222 6 999999999999999999999999999999999999 0 1 1 1 9999999999999 000 66 5 5 77 5 888888888 5 5 5 000 5 5 5 5 888 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 666 999 8 5 8 8 666666 11 88 222222222222222 8 8 8 88 44 6 99 3 99 6 99 99 3333 6 1111111 99 6 444 3 7 222 6 6 1111 6 33333333333333333333333333333333333333333333 99 3 6 6 111 222222 6 6 22222 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . .. .. . ............... ................. . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . . . ...... . . .. . .. . ... ... . . . ........ .. . .. . . . ... .. . . . . . . . . .......... . . . . ... ... ....... . . ... . .. .......... .. . ........ . . .. . . . ....................................... ............. . .. . . . . . . .. . . . ..... . .. . ........ . . . . . . . . . .. . . .... . ... ..... . . . .. . . ..... .. . . .............. .. . . ... . . .... .... . . . . . . . .. . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ............ . .................................... . . . . ............. ... .. . . .. . ......... . . . ... . . . . ... .......... . . .. .... . . . ... ... . . . . ...... .. .. ............... . . . .. .. . .. . .. . .. .. .... . ....... .. . ... . . ... . . .... . ............................................ .. . . . ... ...... . . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 0 0 55 55 0 777777777777777 22222222222222222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 4 4 888888 9 4 22 0 44 0 888 999 0 5 5 22222222 99 0 99 0 0 0 888 55 1 7 7 7 7 1 7 7 0000000000 4 7 7 7 777 444 4444444 7 7 111 7 44 7777777777 99 7 44444444 7 7 66 7 7 4 000000000000000000000000000000000000000 1111111111111 7 99 7 7 7 4 0 0 88 0 4 4 44444 9 11 4 66666666 9 4 4 4 4 4 4 4 4 99 4 7 1111 7 444 33333 7 7 7 99 7 1 33333 77 7 1 44444444444444 99 7 7 000 1 7 4444 0000 1 4 0 0 0 4 1 99 0 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 222222 0 000000000000 7 888888888888888888888888888888888888 3 0 0 0 8888888888888 000 77 7 0 99 7 999999999 7 7 7 000 7 7 7 7 666 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 888 222 0 0 0 0 888888 88 88 222222222222222 0 0 0 33 00 7 22 3 22 7 22 22 5555 7 7777777 22 7 333 7 5 555 7 7 3333 7 77777777777777777777777777777777777777777777 22 7 7 7 777 222222 7 7 22222 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---CAG-NCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---CAG-NCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGG-------G--TTACGGCCCCTG-----T--AC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-A-TTTACTGCAG-T-TATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AAG-T-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-GT------CCCCTTTCAG-TGC-TATTTTGG-AATATTGAAA--TACCTTTCTATA-GGTT-TCT-A-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTT-ATC-------GCA-A--T-T-ATCAAAGGGC--TTCCC--TCCCCTCTCTC-CCCCCC----------CCCCTCT-----T--T-CT-CGC-TCT--CC-A-TTTCG-C-TGATTGCTCTTT-AGTCATT-C--ACGTCGT--T-ACAC--T--TTGAGACC-TCAG-GTATT-ATGA-GTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCAGTCCTCAG-AAT-GCCCTGCAC-GCCAACTTCC-TTACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT--TCACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA---A-GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-GCA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAA-TAT-AATACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC--A--ACCGCACAGT-ACAC-A-----CATAGCCTGCAAACTTACATAGCTCCCT-CCTGAAAAAATATCTGATTGCGCTG-GA---CAACTCCAGAGT-CAGG--TGTTTTTTCTCC--AGCAGA--C-CA---CA-GCT-T-CGCCAGCC-TAAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-T-ACGGC--GCT-A-ATGCTCAATA-A--AAACCTGC-AAATTCCCCAATTTCTA-------------AAAGT-AG-CTTC-TATA--GCATCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATCG-CCGG-AAATTC---TTCAA--CAGAA-A--TAAA-TGT------TGCAGATGTCCAA-AA-G-TCATCTGG---C-CCTCT-CA-TG-ATT-CA-CCGAA--------------------------AA-----G--TCCACACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCAT-GCACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-C--A-CTC-T--T-ACAT--T--C--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCAG---TCAA-AT--ACC-----T-GCCAACTTCC-TTA--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTCGTT-A-TCATT-C--------T--T-GCAT-------------------ATG-T-ATGT-G-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA---GTCAA-ATTAG-------T-GACAACTTCC-TTA--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCC-CCA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGA--CATAA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCTCCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC-----------------------TG-----T--AA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC-C-CTAG------AAG-T-ATTTTACTG-Atttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC-C-TTAG------AAGTT-ATTTTACTG-GG-T-AATCATAT-AT---TTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AAG-T-GA---TTTTC-CC
gi|15 : GA---CAG-ATCAGAGG-C-----T-TTT------T--AT-ATG-GT-TA---CA-GTC-C-TG-CAG-C-a
gi|16 : tttataatcattgtggaatggataggaccaagtcagtccaagtggcaaatatatgatatacatgtatttgagctctctgaaaatatattggTGAATTGTTC-AAA-----CCCCCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT--GAATT---A--T-ACTGCAC-TT-----T---C---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATAT
gi|2 : TGC-AAT-----AACCCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCT-G-------G--TTACCGCCA-TG-----T--ACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC-CACTAG------AAGTT-ATTTT-CTG-CG-TTAATCATATTAT---TT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AAG-TATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T-G-CAA-T-AATGAGA-TCA-AA--C---CCCCTTTCAGTTGC-TTATTTGGAGATATAGAAA--TA--CTTTTATGCGGTT-T-T-AGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--T-AT--------G-A-AT-T-T-AT-AAAGGGCTATTCTC--TTCT----CTT-CTCCCG----------CCTCTTC-----TCAT-TT-CTC-TCTTCTC-ATTTT-G-CATG--TGCATCTT-A-TCATT-CAAA-GTC-TTAT-ACATTAT--C--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGG-C-AAC--AAA--AAG-AAATTCA---GTCAACATT-GCC-----T-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGA-T--A--A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGTGGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCACTAC--A------AGT-ACACCA-----CATA------TAA--GCTGCA----GAA-CATGTACATAGCTCTCTGAAAATATTGA---CAG-ATCAGAAT-CAGGTTT-TTT------C--AG-AGA-GG-TA---CATGTTAC-TG-CAG-CTTAAGC--------T-AG-TACAC-T-CCATGTGT--A-AA-TTTTC-GAACT-TTTTGCGTAA-AGC--GCTAAGATG-TCAATA-AACAA--GTCG--AATTTCACA------A--------GTTCTAAAGT-AG--TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATCG-C--G-AAATTCTAATTCAA--GAGAACA--TAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AA-ATTCACCAAG-T-CACCTCTCCA-TGAATT-T---CAA------C-GC----TT---------AAAGAT--------CACA--CCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC-----CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCC--G-------GT-T-ACGGCCtttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACCCCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC--GCGCGCGCGCTT-ACGGCCT-GG-----TCTACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAG---------CTG--G-T--ATCATAT-AT---TTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AGG-T-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CAG-C-AGT-AGAGAGAGTCA-GT--CGCGCCGCTTTC-GTGTC-TATTTAGGA---AT--GAG-----CGTTTTATG-GGTTGT-TAA-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--T-GTCATTGTTAG-A-A--T-T--T-AAAGGGC--TTCTCGGCCCG----CGCGCGCGCG----------TCTCTCT-----T--TCTC-CTC-TGT--CCGA-TTT-GCC-TGA-TG--CTGT-A-TCAT-----G-GTC-T--TGACGT--G--T--AGACCGT-AG---A-G-ATGA-G-C-AAC-AAAtg
gi|3 : aTG-TCA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAGCAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------A-TGC-AAC----------G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCA-G--A------CGT-GTATAGATCGTCATG------AAA--AAAATA----TGGACAAGGATAGAGAC--ACAGGCGCTCCGATCCCTG-TCCATAGTTC--T--T-TTT------C--AG-GAATGC-GAAACCA-GTT-CATG-CAG-----AAT--------G-AG--AC-CAT-CCATTTTTCAA-AA-TTTAC-GAACTATTTTGCAT-G-GGCCTGAT-ATGTG-CGAATA-A--G---CTCG-GAATT--CCAAG-------------GTTTTTAAAT-AGGCTTC-TATA--GCATCC-AGGGGGG--GG-TTG--AAATCGGC--G-AA-TTCT--TTCGAGATAGGACA--TAT--TGGAACCTCTCCGGATG-C--A-AA-T-ACACTCAGATAC-CCT---------ATT-CA-G-GAA-TTT-CCGC----TA---------GTAG-TCTC----TCACG--CCG---ACC-AATATATGAACT---AA-------------GAGT-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTAG-CAAAT-TATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT---AA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-A-A-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAG----------------------C-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-TTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTTTTT-A-TTATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----TCGCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGT-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA--G--A------AGT-ACACA-------ATN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-GAAGC--------T-AG-TACACAT-CCAT-----------TTCAC-GAACTA-TTTGC-T-A-GGC---CT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCACCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAT-ATTTAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-T-TCA-CAAG-T-C-CTTCT-CA-TGAATT-CACGCAAACTTC-C-GCAGAGTTGATTTACACGCAAATCTCGAATCCACA--CCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT--G-------G--T-TAGGCC--TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAGGCCTAGAAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTT-GA-TTATCGG---TT--TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGG-AATATG-AAA--TA-CCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----AT--------T-AA--------G-AGA--TGT-AT-AAAGG-----------CCCC----CT------CT----------TCTCTCT-----C--T-TT-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCTTT-C--A--TC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-AT---CC-----T-GCCAACTTCC-TT---CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATG-TCA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT----AAAAATA-TTAA-C-C-TAACAAACT---ACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------A-T-C-AATA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AA---A---CCAC--G--A------AGT-ACACAA-----TNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNT-CAGG--T-TTT------TCAAG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCA-TTTC--A-AA-TTTACGGAACTATTTTGC-T-A-GGC--
gi|6 : acaAC-----CCCCCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN--N-------N--N-NNNNNNN-NNNNNNNT--AC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCAC-CTAG------AAGTTTATTTTACTG-AG-T-AAT---AT-AA---TTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTGT--------TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTTC-CCC-ATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-TC------C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATG-AAA--TACC-TTTTATG-GGTT-C---A-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--T-AT--------G-A-A--T-TTATTAAAGGTT--TTCTC--CCCC----CCC-CCCCCCCCCCCCCCCTCCTCTCTCTGTCT--T-TCTCTCGTCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-C--A-GTCAT--T-ACAT--TCAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA---GTCAA-A-T-GCC-----T-G-CAACTTCC-TTA--C--TACCTTAACCT--A--AAAc
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------A-TGT-AATA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC--GGAA------AGTTACACAAT----NNNN------NNN--NNNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TT---AA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-G-C---CT-AGATG-TCAATACA--AA--CTCG-AAATTT-------TCAA--------GTTCTAAAGTTAG-CTTCATATAT-GCATCCCAGGGAGA---G-TTG--AAATCGGC--GGAAATTCT--T-CAA--TTAGA-A--TAAA-TG--------TCAG-TGTC--A-AAAG-TCACC-AG-T-C-CCTCT-CAATGAAT--CA-----------C-GC----TT------------AA----G--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAA-GCATCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATCG-C--A-AAATAGT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-AGG------TT--GATATC--ACAA-G-TT-TCTAG-T-C-TCTCT-CA-T---TTACACGCAAG-TCTAC-GC-----T---------GC----CTCT--AACATC--CCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA--G----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CACCCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT--G-------T--T-ACGGCCC--G-----T--AA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAGTT-GA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTT-----A-GGTAC--ACAAG-T-TA---GTT-C-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-TATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTATTT--GGAATAT--GAAATTAC--TTTTA-G-GGTT-T-T-A-ATG-GGT--C-----ATT--TTG--TTAT--------G-A-AAAT-T-AT-AA--GGC--TCCTT--CTTT----CTC-CCC---------------TCTCT-----------------------C-A-ATT-GCC-TGA-AG-GCTTT-G-TAATTCC--C-GTC-T--T-ACAT--TTAT--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGC-G-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
blockSeqs : C CACCGC G C AT CC A GCGCGCGCGCTT NNNNNNNNTAC G T A . GTTGGGTATT AG TC T C AA T C AACA G GT GGAAG G TCA A A . CATGTA AT A T A A GCCTAG T T A C TA T ATT TTT A T G TTTTGTG TA G . C G A CGC TA . A T G T G AGTCGCG A T C T AGA AGA TACCC C G TA G GC ATTTGATT . T CATTGTTA . G AA G T T TTTTCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCT CTGTCTTTCT G TC G T . C A . CT T . C AAAG A TA G TATC G . C . A G . T T . . GG C TTA . C T . T TGA AT . ATGATTTAGG . G G TGT . TGA AG A . G A TA G GG TAG G . T . T A . A T . AT C TAT C TACA T AGATCGTCATGAAAAAAATATGGA T C T CTCTGAAAATATT TCC A T A TT . TCA . T T AAC T A A . CT ACTAAAGCT A . TG CAA . G G AA CTG A G . C ACAA AA TC AGTTCTAAACCCGGG T G A TG CA . CA G . G AA GA ATT T GAACCTC . C AT C A ATA A C ATGA A CGCAAACTTCCGCAGAGTTGATTTACACGCAAATCTCGAATC . G T A . TGGCA G . AACGT A TA . C AA
blockSeqs : . A . . A . . GAATTAT ATGTACAGC . . . . C . . G . . . . . . . AGG . . . . . . . . . . . . T . G . A . . TT . C G GATTT . . . . . . . C . . . . . . CCATTCC A T . A AAA GA ATTAC . . T . G GTTCA . . . . . T . . . GCTTCTCGGCCCGCGCGCGCGCG TCATTT . . . . . C . . CA . . . AC . . . TCAT G . . . . . . . . . . G . TT . . . . . GAA G . TAGATAA . . . T . G A T . . . . A . CT . . . . . . . A . . . C AAA T GGAA . AATNNNNNNNNNNNNNNNN G T G NNNNNNNNNNNNN . A . A . . T . . . . . . . . C T . . TT A . . A G G . T . . AA G TC TCAA . . . T A . . G . . . . CA . G . . AG C C T . . TGA . GGAATTTCCGCTAGTAGTCTCT . A . . . TGCA . . ACGT C . . . .
blockSeqs : . T . . . . . TGGTT TGGTCTACC . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . C . A . . TT . G G ATTT . . . . . . . C . . . . . . AAAC A T . T GAA GA TACC . . A . G ATT . . . . . . . . . GCTATTCTCTTCTCTTCTCCCG TTCTC . . . . . . . . CT . . . GG . . . TTAT . . . . . . . . . . . G . TT . . . . . AG C . GATTTA . . . C . G A T . . . . . . A . . . . . . . A . . . C AAA C AGA . CACATATAAGCTGCAGAA N N N NNNNNNNNNNNNN . T . A . . C . . . . . . . . C G . . TT A . . . A . . G . . AA A T AG . . . T A . . . . . . . CA . G . . T C A T . . TGA . CGCAAGTCTACGCTGCCTCTAA . G . . . TGCA . . ACG T . . . .
blockSeqs : . C . . . . . GGTT CTGTAC . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . A . A . . TT . G G ATTT . . . . . . . C . . . . . . AATC A T . T AA G TACC . . T . T ACC . . . . . . . . . GCTCCTTCTTTCTCCCC TTTC . . . . . . . . CT . . . AG . . . TC . . . . . . . . . . . G . T . . . . . A G . GATTAA . . . T . G A . . . . . . . T . . . . . . . A . . . C A C GA . AATNNNNNNNNNNNNNNN N N N NNNNNNNNNNNNN . N . A . . C . . . . . . . . C T . . T A . . . A . . G . . G . . A . . . A . . . . . . . . A . G . . T T T T . . T . CAACGCTTAAAGAT . G . . . G . . C A . . . .
blockSeqs : . C . . . . . GGT TGTAA . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . A . A . . TT . G G TTT . . . . . . . C . . . . . . AATC C T . T AA G TAC . . T . G ATT . . . . . . . . . CCCCCTCT CTTT . . . . . . . . CT . . . AG . . . GT . . . . . . . . . . . G . T . . . . . A G . GATTTA . . . T . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . GA . AATNNNNNNNNNNNNN N N N ACAGGCGCTCC . N . . . . C . . . . . . . . C T . . T . . . . A . . . . . . . . . A . . . . G . . T . . . . CGCTTAAGTC . A . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . C . . . . . GGT CTTTC . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T . A . A . . TT . G . A . . . . . . . C . . . . . . C . A . . A . CG . . . . . AT . . . . . . . . . CCCCCCC . . . . . . . . . G . . . CG . . . TT . . . . . . . . . . . G . T . . . . . A G . A . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . N . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . NNN TGTAC . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . TT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . GTT CGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : C***** GTT************ CGTAC************ ** ** A* ** C* AATC****** AA* GA* T** ** ******** GCTCCCCCTCCCCCCCN********************** AG*** TT****** ** G*** TT* ***** ** A**** G* GATTTA******** ** T** G*** A*** ** ** ******** *** AAA*** GA********** AATNNNCANGNNGNAGATA***************** CTCTGAAAATATT A* C******** C** T********* A*** A** *** AA**** AG************* T* ** CA** ** T** TGA* CGCAAATTTCCGCTGCCTCTAA********************** ** *** TGCG** ACGC*
originalCons : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC--G-------G--T-ACGGCCC-TG-----T--AC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTG-AG-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCA-AT--C---CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAAATAT--AAA--TACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGC--TTCTC--CCCC----CTC-CCCCCC----------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-C--A-GTC-T--T-ACAT--T--T--AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG--GTCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATG-TCA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGA--TATGA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC--G--A------AGT-ACACAA-----CATA------AAA--NACGTA----CGN-CATGNANANAGATCTNNNNGCGCTNCGA---CAG-NCCAGAGT-CAGG--T-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-C-TAAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-T-A-GGC--GCT-AGATG-TCAATA-A--AA--CTCG-AAATTTCCCAAGTTCTA--------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAA-A--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAG-T-C-CCTCT-CA-TGAATT-CA-GCGAA-TTT-C-GC----TT---------GCAAATCTCG--TCCACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCAT-GCA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
finalCons : TGAATTGTGC-AAC-----CCCCCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCGTT------------ACGGCCCGTAC------------TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC-C-CTAG------AAGTT-ATTTTACTGA-G-T-AATCATAT-AT---TTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AAG-T-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAG-CAAAT-AATGAGA-TCAATC------CCCCTTTCAGTTGC-TATTTTGGAA-TATGA-AA--TACCCTTTTATG-GGTT-TT--A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--T-AT--------G-A-A--T-T-AT-AAAGGGCTCCCCCTCCCCCCCN----------------------CCTCTCT-----T--T-TC-CTC-TCT--CC-A-TTT-G-C-TGA-TGCTCTTT-A-TCATT-CAG---TC-T--T-ACATTT------AGACC-T-AG-GTA-T-ATGA-G-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAG---TCAA-ATT-GCC-----T-GCCAACTTCC-TTA--CG-TATTGTAATTTA----AAAATACATG-TCA-GTATTTTGATTTA--------TTTTAA--TTTGCC-C-TAGAT--ATGA-TTG---AGTA---AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-GCA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------A-TGC-AATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAAAAA---CCCACGA----------AGT-ACACAATNNNCANGNNGNAGATA-----------------CATGNANANAGATCTCTGAAAATATTGA---CAGA-CCAGAGT-CAGG--T-TTTC--------AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAGC--TAAGCT---------AG-TACACAT-CCATTTTCA---AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-TA--GGC---CT-AGATG-TCAATA-AAA----CTCG-AAATTTCCCAAG-------------GTTCTAAAGT-AG-CTTC-TATAT-GCATCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATCG-C--G-AAATTCT--TTCAA--TAGAACA--TAAA-TGG------TTCAGATGTC--A-AA-G-TCACCNAGT--C-CCTCT-CATGA-ATT-CACGCAAATTTCCGCTGCCTCTAA----------------------CACA--CCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCATGCG--CT-TACAT-GTATTACGC-CCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 4444444444444444 22222222222 111 2222222222 11 1111111 111111 111111 2 111111111 1 11 111111 111 111111111111111 33333333333 8888888888888888888888888888888888 111111 11111 1 1 1111 22222 1111 222222 1111 22222 22222222222222 1111 1 11 22222222 111 111111 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 111 2222222222 1111 1 111 1 11 11111 555555555555555 1 1 11 111 111 2222222 11 111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222 111 2222222 11111
lowQualScore : 5 111111 4 4 4 99 55 4 0000000000000000 44444444444 222 4 4 4 4 1111111111 55 99 8 4 55 4 4 9999 4 00 1111111 4 777 4 4 4 222222 66 4 4 777777 4 66 999 55 5 888 7 5 8 0 666666666 66 0 66 5 5 5 888 55 0 5 5 5 5 55 5 5 1 555555 1 1 5 1 5 5 5 5 222 5 5 888 5 66 888888888888888 00000000000 5 5 5 5 5 0000000000000000000000000000000000 5 3 666666 44444 5 1 5 5 1 5 5 5 22 5 4 4 2222 8 4 66 11111 8 4 4 4 4 8 4 4 66 6 5 5 2222 5 222222 5 0 1111 5 0 00000 3 5 5 0 55555555555555 77 5 5 0 77 5 9999 5555 2 0 5 5 5 0 0 11 5 5 77 8888 5 77 0 5 00000000 5 5 5 1 5 000 77 4 888888 1 8888888 6 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 5 666666666 5 5 5 000 5 5 5 5 8888 5555555555 6 6 44 0000 6 6 3 444 3 8 33 8 8 8 88 66666 8 0 3 222222222222222 8 8 8 8 1 6 6 6 99 3 55 666 99 6 999 6 1111111 55 6 1 6 3 7 222 6 3 99 6 3333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 6 6 111 3 4444444 6 77777 1 99 6 6 99
lowQualScore : . ...... . . . .. .. . ................ ........... ... . . . . .......... .. .. . . .. . . .... . .. ....... . ... . . . ...... .. . . ...... . .. ... .. . ... . . . . ......... .. . .. . . . ... .. . . . . . .. . . . ...... . . . . . . . . ... . . ... . .. ............... ........... . . . . . .................................. . . ...... ..... . . . . . . . . .. . . . .... . . .. ..... . . . . . . . . .. . . . .... . ...... . . .... . . ..... . . . . .............. .. . . . .. . .... .... . . . . . . . .. . . .. .... . .. . . ........ . . . . . ... .. . ...... . ....... . . ................................................................................ . . . ......... . . . ... . . . . .... .......... . . .. .... . . . ... . . .. . . . .. ..... . . . ............... . . . . . . . . .. . .. ... .. . ... . ....... .. . . . . . ... . . .. . .............................................. . . . . ... . ....... . ..... . .. . . ..
lowQualScore : 0 222222 4 0 0 55 55 0 4444444444444444 77777777777 222 4 0 0 0 5555555555 55 55 0 0 55 0 0 4444 4 66 1111111 4 888 4 4 4 888888 11 4 4 222222 4 33 777 44 0 888 8 0 8 1 222222222 99 0 99 0 0 0 888 88 1 7 7 7 7 99 7 7 4 000000 4 7 7 7 7 7 7 7 333 7 7 333 7 44 777777777777777 00000000000 7 7 7 7 7 4444444444444444444444444444444444 7 0 444444 33333 7 4 7 7 4 7 0 0 88 0 4 4 4444 9 4 11 44444 9 4 4 4 4 9 4 4 99 5 7 7 1111 7 999999 7 7 6666 7 1 33333 0 7 7 1 44444444444444 99 7 7 1 99 7 4444 0000 1 4 0 0 0 4 1 99 0 7 99 3333 7 99 7 7 77777777 7 7 7 4 7 000 99 3 222222 0 5555555 7 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 0 7 777777777 7 7 7 000 7 7 7 7 5555 8888888888 7 7 88 8888 7 7 3 333 3 0 00 0 0 0 88 00000 0 8 8 222222222222222 0 0 0 0 7 7 7 7 22 3 88 555 22 7 333 7 7777777 88 7 0 7 7 5 555 7 3 77 7 5555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 7 7 777 2 8888888 7 00000 0 22 7 7 22
consensus : TGAATTGTGC-AAC-----CCC-CCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC---G---------T--TACGGCC-C--G------TAC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC------C-CTAGAAG-TTATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAG-TTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AA-GT-TA---GTTTC-CCCCGTTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGG-A-ATA-T-GAAATACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--TAT--------G--A-A-T-T-AT-AAAGGG----CT-------TC----------TCCTC---CCCC-CCTC------CTCTCT-----TT-TC-CTC-TCTCC-ATTT-G-C-TGA-TGCTC-TTTA-TCATT-CA--GTC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA-GTC----AA-AT----T-GCCT-GCCAACTTCCTT-A--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATGT-CA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGATAT--GA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-G-CA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------AT-GCAA-TA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC-G--A--AGT-ACACA-ATANACACGNAGCANATA----CACGTACAT-AGCT-------CTCT-----GAAAATAT--TG--A------CGGA-----CCAGAGT-CAGGT-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-CT-AAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-TA-G-GC-CT-A-GATG-T-C-AATA-AA--A--CTCG-AAATTTCCCAA-------------GGTTCT-AAAG-TA-GCTTC-TATATGCA-TCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-GC--GAAATTCT--TTC--AA-TAGA-ACATAAAT-GG------TTCAGATGTC--A-AAGT-CACCNAG-T-C-CCTCTC-ATGAATT-CACGCAAA-TTCCGC--------------T----GC----CTCTAA----CACGCCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCATG-CA-CT-TACAT-GTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
Reference ( family-5890 ) : TGAATTGTGC-AAC-----CCC-CCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCC---G---------T--TACGGCC-C--G------TAC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC------C-CTAGAAG-TTATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AA-GT-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGG-A-ATA-T-GAAATACCCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----ATT--TTG--TAT--------G--A-A-T-T-AT-AAAGGG----CT-------CC----------CCCTC---CCCC-CCNC------CTCTCT-----TT-TC-CTC-TCTCC-ATTT-G-C-TGA-TGCTC-TTTA-TCATT-CA--GTC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA-GTC----AA-AT----T-GCCT-GCCAACTTCCTT-A--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATGT-CA-GTATTTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGATAT--GA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-G-CA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------AT-GCAA-TA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAC-G--A--AGT-ACACA-ATNNNCANGNNGNAGATA----CATGNANAN-AGAT-------CTCT-----GAAAATAT--TG--A------CAGA-----CCAGAGT-CAGGT-TTT------C--AG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-CT-AAGC--------T-AG-TACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-TA-G-GC-CT-A-GATG-T-C-AATA-AA--A--CTCG-AAATTTCCCAA-------------GGTTCT-AAAG-TA-GCTTC-TATATGCA-TCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-GC--GAAATTCT--TTC--AA-TAGA-ACATAAAT-GG------TTCAGATGTC--A-AAGT-CACCNAG-T-C-CCTCTC-ATGAATT-CACGCAAATTTCCGC--------------T----GC----CTCTAA----CACACCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---GATCATG-CG-CT-TACAT-GTATT-ACGCCCACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGT
gi|1 : GAATTGTCC-A--------CC-CCCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCCTGGG---------T--TACGGCC-CCTG------TAC---TG-G-A-TTAT----------A--TC-ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACGT-TG--G----AA-T---TC--AGAAA-GC-GGATGGTA------A--TTTTT-AA-GC------C-CTAGAAG-TTA-TTTACTGCA-GT-TATCATAT-A---TTTGAG-TTGA-TTTTC-GGGTTT-GTTT---TTTTTT--ACGGTACAAA-AA-GT-TA---GTTT--CCCCGTTCTCTGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-T-CAGT------CCCCTTTCAG-TG-CTATTTTGG-A-ATATT-GAAATACCTTTCTATA-GGTT-TCT-A-ATG-GGTTCC-----CAT--TTGCTTATC-------GC-A-A-T-T-ATCAAAGGG----CTTCCC---TC----------CCCTCTCTCCCC-CCCC------CCCTCT-----TT-CT-CGC-TCTCC-ATTTCG-C-TGATTGCTC-TTTAGTCATT-CAC-GTCGTT-A--CACT--TTGAGACC-TCAG-GTATTA-TGAGTC-AAC-AAAATCAAGAAAATTCA-GTCCTCAGA-ATGCCCT-GCAC-GCCAACTTCCTT-ACCCG-TA-TGTAATTT--AGGAAAACACAT-T-CACGTATTTT--GAATAGTGAA--TTTTAATGTCTGCC-C-TAGA-A---GACTT--GAAGTCGA-AAAAATATTAAACC-C-TAAC-AACTA-AACGT-G-CA--A-T--TTC-ACTCATTCCTT-CTTAAGCTAAAT-ATAA-TACTGCATAT-GGAAAAAAAA--AACAAAACAAACCCAC----A--ACC-GCACA-GTACACACATAGCCTGCA----AACTTACAT-AGCT-------CCCTCCTGAAAAAATATC-TG--ATTGCGCTGGACAACTCCAGAGT-CAGGTGTTTTTTCTCC--AGCAGA--C-CA---CA-GCT-T-CGCCAGCCT-AAGC--------TGAG-TACACATCCCACTTTC--ACAATTTTAC-AAACTATCTTGC-TACG-GCGCT-A--ATGCT-C-AATA-AA--AACCTGC-AAATTCCCCAA--------------TTTCTAAAAG-TA-GCTTC-TATA-GCA-TCCCAGGGAGG-AGGCTTG--AAATC-GCCGGAAATTC---TTC--AA-CAGA-A-ATAAAT-GT------TGCAGATGTCCAA-AAGT-CATCTGG---C-CCTCTC-ATG-ATT-CACCGAAAAGTCC--------------------------------A----CACCCCGTCC-CC-ATTAT-TCAACTTTGAATCATG-CACCT-TACATCGTATT-ACGTCCACGTGACTTT--GATCACTCATCA-T--AACGAAGT
gi|11 : -TCATT-CA--CTC-TT-A--CATT--C--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--A-G-AAATTCA-GTC----AA-AT------ACCT-GCCAACTTCCTT-A--GG-TATTGTAATTTTGA--AAAATACATGT-CA-GTATTTT--GATT--T--A--TTATAA--TTTGCC-C-TAGATAT--GA-TT--G-AGT--A-AAATATA-TTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-G-CA--A-A--TTC-A--TATTGCTT-CT--------AT-GCAA-TA-TGGATAT-G---AAGAAAATAACAA---Attggcacatcatataatgacaactgccacataacactaatgcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattaagatgcaaaaaatgtcacattacatgaattaagcactaacataatgatacagcacatcacataatggcaaagcaaatacaagacaactgcacaataatgaaccaaagcacatcacaaaataatcgtttatgtacaaaatgaaccaggcacgtacacacaataatgaaaagcacatcacataatgacaactgcagcaccataatgataaatgccatccgcttaataaaaagccaaacatcagttaagataaagcacatacaaacaaaaaagcaatcacataatggataaatgccacatcacacaatgaattaaaaggcacaatcacattaagataatagacatctatctattgatatagcacatcatataatgacaaaggcacatcacgccataatgacaaaagcaacatcacattaatgaacataaagcgcatgctaataagcaatagataaaacacacaatacatgatgtaaatcaccatcacataatgacaaaaagcgccatcatataatgcattaaaagccgcgcatcaaaataacacaaagaacataagaggcagttaaggcgtca
gi|12 : -TGA-AGCTC-GTTA-TCATT-C-------TT-G--CAT-----------------ATG-TA-TGTG-C-AAC-AAAA--ATG-AAGTTCA-GTC----AA-AT----TAG--T-GACAACTTCCTT-A--CGTTATTGTAATGA--A--AAAAAATCCCC-CA-A-ACTGT--A--------------TAA--TTTGCC-C-CAGACAT--AA----------------------TTAA-C-C-TATCAAACT--AACGT-
gi|13 : TGAAT-GTGCCAACACCGCCCT-CCCCCCCCCCC-CCA-AA-TG--G-AAATTTC------------------------T--G------TAA---TG-A-AAT-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AAGTTCATCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTTAAA-GC------C-CTAGAAG--TATTTTACTG-A-tttgatccagctgttcctcataaaattcgtaatataataagaaa
gi|14 : -A-T-ATC---------A--C--ATAA-T-G--TATC-ATGTACAAACACATA-TCG--TT--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-G-------------A--TTGCT-AGTGC------C-TTAGAAG-TTATTTTACTG-G-GT-AATCATAT-A---TTTGGG-TTGA-TTTTCTG---TT-A-------TTTTT--A-CCTGC--A-AA-GT-GA---TTTTC-CC
gi|15 : ATA----CATGTATTTGAGCT-------CTCT-----GAAAATATATTGGGA------CAGA-----TCAGAGG-C---T-TTT------T--AT-ATG-GT-TA---CA-GTC-C-TG-CAG-Ca
gi|16 : tttataatcattgtggaatggataggaccaagtcagtccaagtggcaaatatatgatTGAATTGTTC-AAA-----CCC-CCCCCCCCCCCGTTA-A---A--A-AAATTTT---GAA-------TTATACTGCA-C--T------TTC---TG-T-A-T-AT----------A--TTCATAATT-A--TC-C-ATAT
gi|2 : TGC-AAT-----AAC-CCAACCCCCCC-CCA-AATTG--G-AAATTCCTG-G---------T--TACCGCCAT--G------TACAGCTG-A-A---AT----------AAGT--ATAA-T-AAATG-CCATGTACA----CATA-GCG--TGAGG----AA-T---TCAAAAGAA-GC-GGAT-GTACATGTAA--TTTTT-AA-GC------CACTAGAAG-TTATTTT-CTG-C-GTTAATCATATTA---TTT-AGT--GAATTTTCCAGGTTTGATTT---TTTTTTTAA-GGTAC--A-AA-GTATACGCGTTTTACCCCAT-GT-TGGACACCCCCATG-T--GCAA--TAATGAGA-T-CAAA--C---CCCCTTTCAGTTG-CTTATTTGG-AGATA-TAGAAATAC--TTTTATGCGGTT-T-T-AGATG-GGTTCC-----ATT--TGT--TAT--------G--A-A-T-TTAT-AAAGGG----CTATTCTCTTC----------TCTTC---TCCCGCCTC------TTCTCA-----TT-TCTCTC-TTCTC-ATTTTG-CATG--TGCAT-CTTA-TCATT-CAAAGTC-TT-ATACATTATC--GGACCGT-AGCGTA-TAATGAGGC-AAC-AAAA--A-G-AAATTCA-GTC----AACAT----T-GCCT-GCCAACTTCCTTTA--CG-TATTGTAATTT--AG-AAAATAAATATTCA-GTATTTTTAGATA-----A--TTTTAA--TTTGCC-CGTAGATGTACGA-TTTGA-AGT--A-AAAATAAATTAA-C-CATAACAAAGT--AACGT-GGCA--ACT--TTC-A--TATTCCTT-TT--------ATTGTAAATA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA-------CCAC-T--ACAAGT-ACACC-ACATATAAGCTGCAGA-A----CATGTACAT-AGCT-------CTCT-----GAAAATAT--TG--A------CAGA-----TCAGAAT-CAGGT-TTTTT----C--AG-AGA-GG-TA---CATGTTAC-TG-CAG-CTTAAGC--------T-AG-TACAC-T-CCATGTGT--A-AA-TTTTC-GAACT-TTTTGCGTA-AAGCGCT-AAGATG-T-C-AATA-AACAA--GTCG-AA-TTTCACAA-------------G-TTCT-AAAG-TA-G-TTA-CATATGGAATCCCAGGGAGGCAGG-TTGCAAAATC-GC--GAAATTCTAATTC--AA-GAGA-ACATAAATTGG------TTCAGATGTC--A-AAATTCACCAAG-T-CACCTCTCCATGAATT-T---CAA-----CGC--------------T-------------TAAAGATCACACCGTCCGCCTATTAT-TGAA-T---GATCATGGCA-CTGTACAT-GTATT-ACGTCAAC-TGACTT----GTC--TCATCACT--AACGAAGT
gi|20 : GTGC-AAC-----CCC------CCCCCC-CCA-A--TG--GAAAATTCCG--G---------T--TACGGCC-T--G------tttcacaatacatataatgacaactgcaacatacataatggggcaagtgcaccatcacataatgacagatgcacgattcagcataatgactaaaagcacatatcacttcaatgatagcacaaaatgaacacacatatgtaaaagcacatcaacataatgataagtgcacatcacataatgagcaaatgtacattacataatgacaaattgcacacatcacattaatgacaaaactgcagataactaattgtaaaagacacatgcacgtagatgaatgtaaaaaatgaacaaccaagtaatgatacaagaccattcacataaatgacaaacatgcacatcagctagtgcagtgaaagtgcacatcgcatagagatgattaagcagcacagaagcgtagaatgaataaaaagcaacattacataatacaaagcacaatcaatataaggataaatgacgatcacacaaatgataaaagacattcaataattgataatagcaaatatgttgatgaatagcacatcatattatgatacgaatagacacatacatataattgataatagcacattaattaaatggataaatagcacaatcacgaataatgataaacagccacatcacaaatattgatgaaaatcaacatcaaattaatgacaaaaagaccacatcactataatactaagaaaaaggcatcacgtaaataacaaaacaccataagaagggcattaaggcggttgccagtacttt
gi|3 : GAATTGTGC-AAC-----ACC-CCCCCCCACCC-CCGCG--CGCCG-ACACCCC---GCGCGCGCGCT--TACGGCC-T--GGTC---TACC--TG-ATA-T-ATGTTGGGTATTA--T--ATAA-TCA--TG-C-ATGTACA----CAGAGACG--TG--GGAAGAA-T---TCAAAGATA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GC------C-CTAGAAG---------CTG---GT--ATCATAT-A---TTTGAG-TTGA-TTTTCGTGTTTT-TTTTGTGTTATTT--AGGGTAC--A-AG-GT-T----TTTTC-GCGCG-CGT-TGGAC-CCGCC-TG-CA-GC-AG-TAGAGAGAGT-CAGT--CGCGCCGCTTTC-GTGT-CTATTTAGG-A---A-T-GAG----CGTTTTATG-GGTTGT-TAA-ATGCGGTTCCATTTGATT--TTG--TGTCATTGTTAG--A-A-T-T--T-AAAGGG----CT-------TC----------TCGGC---CCGC-GCGCGCGCGTCTCTCT-----TTCTC-CTC-TGTCCGATTT-GCC-TGA-TG--C-TGTA-TCAT---G--GTC-TTGA--CGTG--T--AGACCGT-AG---A-GA-TGAG-C-AAC-AAA
gi|3 : aTGT-CA-GTATTTTATGATT--T--AGGTTTTAA--TTTGCCGT-TAGATAT--GA-TT--G-AGT--AGAAAAATATT-AA-CGC-TA-CAA-CT--AATGTAG-CAGGA-TAGTTCGA--TAAT--TG-CT--------AT-GCAA-C----------G---AAGATA--CACAT---TATCCTGCAG--A--CGT-GTATAGATCGTCATGAAAAAAATATGGACAAGGATAG-AGACACAGGCGCTCC-----GA--------TC--C------CTGT-----CCATAGTTC--TT-TTT------C--AG-GAATGC-GAAACCA-GTT-CATG-CAG-----AAT--------G-AG--AC-CAT-CCATTTTTCAA-AA-TTTAC-GAACTATTTTGCATG-G-GC-CTGA-TATG-TGCGAAT--AA--G--CTCG-GAATT--CCAA-------------GGTTTT-TAAA-TAGGCTTC-TATA-GCA-T-CCAGGG-GG-GGG-TTG--AAATCGGC--G-AATTCT--TTCGAGA-TAGG-ACAT-ATT-GGAACCTCTCCGGATG-C--A-AATA-CACTCAGATAC-CCT--------ATT-CAGG--AATTTCCGC--------------TAGTAGT----CTCT------CACGCCG---ACC-AATATATGAACT---AA----G-AG--------T-GTATT----CTCAAGTGACTTTTAGATCA-TCATCA-T--AACGAgttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagtttgtcagtattttatgatttaggttttaatttgccgttagatatgattgagtagaaaaatattaacgctacaactaatgtagcaggatagttcgataattgctatgcaacgaagatacacattatcctgcagacgtgtatagatcgtcatgaaaaaaatatggacaaggatagagacacaggcgctccgatccctgtccatagttctttttcaggaatgcgaaaccagttcatgcagaatgagaccatccatttttcaaaatttacgaactattttgcatgggcctgatatgtgcgaataagctcggaattccaaggtttttaaataggcttctatagcatccaggggggggttgaaatcggcgaattctttcgagataggacatattggaacctctccggatgcaaatacactcagataccctattcaggaatttccgctagtagtctctcacgccgaccaatatatgaactaagagtgtattctcaagtgacttttagatcatcatcataacgaccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|4 : agaattgtgcaacacccccccccacccccgcgcgccgacaccccgcgcgcgcgcttacggcctggtctacctgatatatgttgggtattatataatcatgcatgtacacagagacgtgggaagaattcaaagatagcggatgtaatttttaagccctagaagctggtatcatatatttgagttgattttcgtgttttttttgtgttatttagggtacaaggttttttcgcgcgcgttggacccgcctgcagcagtagagagagtcagtcgcgccgctttcgtgtctatttaggaatgagcgttttatgggttgttaaatgcggttccatttgattttgtgtcattgttagaatttaaagggcttctcggcccgcgcgcgcgcgtctctctttctcctctgtccgatttgcctgatgctgtatcatggtcttgacgtgtagaccgtagagatgagcaacaaagttgcagtaaagtgtgtgagagagtgaagaagttTGAATTGTGC-AAC-----CCCC-CCCCCCCCCC-CCA-A--TG--G-AAATTCT---G---------G--TACGGCC-CT-G------TAC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTC-AA-GC------C-CTAGAAG-TTATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAGTTTGA-TTTTCGGGGTTT-ATTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AA-GT-TA---GTTTC-CCCCATTGT-TGGACA-GCCC-TGTTA-GCAAA-TTATGAGA-T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGGAA-ATA-T---AATACCCTTTTATG-GGTT-T-A-A-AT--GGTTCC-----ACC--TTG--TAT--------G--A-A-T-T-AT-AAAG-----------------------------------CCCC-CCCC------CTCTCT-----TT-TC-TTC-TCTCC-ATTT-G-C-TGA-TGCTT-TTTA-TTATT-CA--GTC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCAGGTC----AA-AT----T-GCCTCGCCAACTTCCTT-A--CG-TATTGTAATTT--A--AAAATACATGT-CA-GTATTTT--GATT--A--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGATAT--GA-TT--G-AGT--A-AAAAATATTTAA-C-C-TAACAAACT--AACGT-G-CA--A-T--TTC-A--TATTCCTT-CT--------AT-GTAA-TA-TGGATAT-G---AAAAAA--AACAA---AAACCCAA-G--A--AGT-ACACA-AT---NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNN-NNNN-------NNNN-----NNNNNNNN--NN--N------NNNN-----NNNNNNT-CAGGT-TTT------C--AG-AGA-GCTTA---CA-GTT-C-TG-CAG-CG-AAGC--------T-AG-TACACAT-CCAT-----------TTCAC-GAACTA-TTTGC-TA-G-GC-CT-A-GATG-T-C-AATA-AA--A--CTCGAAAATTTCCCAAGTTCTAAACCCGGGGTTCT-AAAG-TA-GCTTC-TATATGCA-CCCCAGGGAGG-AGG-TTG--AAATC-GC--GAAATTCT--TTC--AA-TAGATATTTAAAT-GG------TTCAGATGTC--A-AATT-CA-CAAG-T-C-CTTCTC-ATGAATT-CACGCAAACTTCCGCAGAGTTGATTTACAC----GCAAATCTCGAATC--CACACCGTCCG-C-ATTAT-TGAACT---GATCATG-CA-CT-TACAT-GTATT-ACG-CTACGTGACTTT--GATCA-TCATCA-T--AACGAAGTccccgctcttgcgcaccatttcaggatatatgatgtactgcacatagat
gi|5 : CCCCCCCC-GCA-A--TG--G-AAATTCT---GG--------T--TA-GGCC-T--G------TAC---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTACA----CATA-ACG--AA--G----AA-T---TCAAAGAAA-GC-GGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCCCTAGGC-CTAGAAG-TTATTTTACTG-A-GT-AATCATAT-A---TTTGAG-TTGA-TTATC--GGTT---TTT---TTTTTT--A-GGTAC--A-AA-GT-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TAATGAGA-T-CAAT--C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGG-A-ATA-T-GAAATA-CCTTTTATG-GGTT-T-T-A-ATG-GGTTCC-----AT--------TAA--------G--AGA-TGT-AT-AAAGG------------------------------C---CCCC-TCTT------CTCTCT-----CT-TT-CTC-TCTCC-ATTT-G-C-TGA-TGCTC-TTTA-TCTTT-CA---TC-TT-A--CATT--T--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA-GTC----AA-AT-------CCT-GCCAACTTCCTT----CG-TATTGTAATTTGAA--AAAATACATGT-CA-GTA-TTT--GATT--T--A--TTTTAA--TTTGCC-C-TAGATAT--GA-TT--G-AGT----AAAAATA-TTAA-C-C-TAACAAACT---ACGT-G-CA--A-T--TTC-A--TATTCTTT-CT--------AT--CAA-TA-TGGAT-T-G---AAAAAA--AA-AA---A---CCAC-G--A--AGT-ACACA-AT-NNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNN-NNNN-------NNNN-----NNNNNNNN--NN--N------NNNN-----NNNNNNT-CAGGT-TTT------TCAAG-AGA-GC-TA---CA-GTT-C-TG-CAG-CT-AAGC--------T-AG-TACACAT-CCA-TTTC--A-AA-TTTACGGAACTATTTTGC-TA-G-GC-C
gi|6 : acaAC-----CCC-CCCCCCCNNNN-NNN-N--NN--N-NNNNNNN---N---------N--NNNNNNN-N--NNNNNNNTAC---TGGA-A-T--T----------A--T--ATAA-T-A--TG-C-ATGTAAA----C-TA-ACGGTTG--------A-T---TCAAAGAAAAGCAGGAT-GTA------A--TTTTT-AA-GCA-----C-CTAGAAGTTTATTTTACTG-A-GT-A---ATAT-A---ATTGAG-TTGA-TTTTCGGGG-----TGT---TGTTTT--A-GGTAC--A-AAGGT-TA---GTTT--CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TAGGCAAATTAATGAGA-T-C-----C---CCCCTTTCAGTTG-CTATTTTGG-A-ATA-T-GAAATA-CCTTTTATG-GG-T-T-C-A-GTT-ATTTTT-----GTTCATTG--TAT--------G--A-ATT-T-AT-TAAAGGTTTTCT-------CCCCCCCCCCCCCCCCC---CCCC-CCTC------CTCTCTCTGTCTT-TCTCTCGTCTCC-ATTT-G-C-TGA-TGCTCTTTTA-TCATT-CA--GTCATT-A--CATTCAT--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGAG-C-AAC-AAAA--AAG-AAATTCA-GTC----AA-A-----T-GCCT-G-CAACTTCCTT-A--C--TACCTTAACCT--A--AAA
gi|7 : aacTAA-C-C-TAA--AACTTAAACGT-G-CA--A-T--TTC-A--TATTCCTTTCT--------AT-GTAA-TA-TGGATATTG---GAAAAA--AA--A---AAACC-AC-GGAA--AGTTACACA-ATNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNN-NNNN-------NNNN-----NNNNNNNN--NN--N------NNNN-----NNNNNNT-CAGGT-TTT------C--AG-AGA-GC-TT---AA-GTT-C-TG-CAG-CT-AAGCACTAAAGCT-AGATACACAT-CCATTTTC--A-AA-TTTAC-GAACTATTTTGC-TA---GC-CT-A-GATG-T-C-AATACAA--A--CTCG-AAATTTTC--A-------------AGTTCT-AAAGTTA-GCTTCATATATGCA-TCCCAGGGAG---AG-TTG--AAATCGGCG-GAAATTC---TTC--AATTAGA---ATAAAT-G--------TCAG-TGTCA-A-AAGT-CACC-AG-T-C-CCTCTCAATGAA-T-CACGC----TTAAG---------------------------TC-------CACACCGTCCGCC-ATTAT-TGAACT---TATCATG-CA-CT-TACAT-GTATTAACGTCAACGTGACTTT--GATCA-TCATTA-TAAAACGAAGT
gi|8 : TAAGCA-TCACAGGGAGG-AAG-TTG--AAATC-GC--AAAATAGT--TTC--AA-TAGA-A-ATAAAA-GG------TT--GATATC--ACAAGT-T-TCTAG-T-C-TCTCTC-AT---TTACACGCAAGTCTACGC--------------T----GC----CTCTAA----CATCCCGTACACC-ATTCT-TGAACT---GATCA-G-----T-TATA--GCAT-------CACGTGACGTT--AATCA-TTATCA-T--AACGAAGTtt
gi|9 : tcATTGTGC-AAA-----CAC-CCCCCCCC------A-A--TG--G-AATTCCT---G---------T--TACGGCC-C--G------TAA---TG-A-A-T-AT----------A--T--ATAAGT-A--TC-G-ATGTACA----CATA-ACG--TG--G----AA-T---TCAAAGCAA-AC-GGAT-GTA------AATTTTTT-AA-GC------C-CTAGAAG-TTATTTTACTG-ATCT-AATCACAT-ATATTTTGAG-TTGA-TTTTCGGGGTTT-A------TTTTTT--A-GGTAC--ACAA-GT-TA---G-TTC-CCCCATTGT-TGGACACCCCC-TG-TA-GCAAA-TTATGAGA-TCCCATTCC---CCCCTTTCCCATGCCTA-TTTGG-A-ATA-T-GAAAT-TACTTTTA-G-GGTT-T-T-A-ATG-GGT--C-----ATT--TTGT-TAT--------GAAA-A-T-T-AT-AA--GG----CT-------CC----------TTCTT---TCTC-C------------------------C-CTC-TCTCA-ATTG-C-C-TGA-AG-GC-TTTG-TAATTCCC--GTC-TT-A--CATTTAT--AGACC-T-AG-GTA-TA-TGCG-CTAACTAGAA--AAttgcacaccacataatgataaatacacatcacgcattgacaaatcatagcataatgacaaaagcacatcatacaataacaaatgcacatcacatattgataaaagcagttaaagcatgtcatataatgttaaaagcgcattacattatggtaaaagcacatcacataatgaaagaaacacatcacataatgagagaaacacaacatataatgaaagaattgagaccatcatatactgaaagaatttagcccatcacataatgaaagaattgaaccta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACCCATTGACAACATAACAGTCACATAATGACAACAGCACGTCTCATTATGACGAAAGCACATCTCATAATGACGAAAGCATAGCGCAGTAAGCGCACAATGATACTTAGTAAGTACATGGCATAATAATAAGTGCACACAACAAAATGATAACTTATGCACATGACATCACGCACATAGCGATATTAAAAATGCACAAGGTATAGTTATTAGTGCACGTGGTATAATGAGACCCCAATGAGACAAACACATGTCGTAATGAACTTATCACATAATGAGAGAAGCACATCAC
Unaligned ( gi|17 ): TTCATATAATGAAAAAGCGCATCAAATAAATAACAAAGAACATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATATA
Unaligned ( gi|18 ): AAATAATAAAAGAATCATAAGAAGGCAGTTAAGGCGTTCCATACAGTG
Unaligned ( gi|19 ): ACTTCCGCCAGAGTTGGTTTACACGCAAATGAGGCCTCGACGGGG