lowQualScore : 111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 444444 33333 1 33 1 1 1 555555555555 1 1 4444444 1 1 4 11 111 2 11 1 1 2 222222222222222222222222222222 2222 1111 1 2222222222 4444444444 11 33333 111 22222222222222 1 11111111 111 11 77777777777 222 111111 666666666666666666666 222222222 222222222222222 2 111 22222222 11 5555555555555 11 44444444444444444 6666666666666 222 333333333 2222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 44444444 1 1111111 222222222 33 2222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 00 888888 00000 0 2 33 0 0 0 333333333333 0 0 3 8888888 2 0 0 0 33 111 0 0 22 0 0 2 111111111111111111111111111111 8 3 0 0000 0000 5 7 0 3 7777777777 0000000000 11 5 5 33333 666 5 5 00000000000000 5 0 888 88888888 000 00 55555555555 77 0 333 5 666666 555555555555555555555 77 5 111111111 888888888888888 2 5 5 000 5 66666666 55 1 5 77 00 0000000000000 5 5 88 77777777777777777 5 5 77 5 5555555555555 999 5 55 111 000000000 7777777 0 5 888888888888888888888888888888888888888888888888 4 888888 55 4 22222222 3 4 6666666 4 4 2 333333333 55 66 22 4 4 6666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : .. ...... ..... . . .. . . . ............ . . . ....... . . . . .. ... . . .. . . . .............................. . . . .... .... . . . . .......... .......... .. . . ..... ... . . .............. . . ... ........ ... .. ........... .. . ... . ...... ..................... .. . ......... ............... . . . ... . ........ .. . . .. .. ............. . . .. ................. . . .. . ............. ... . .. ... ......... ....... . . ................................................ . ...... .. . ........ . . ....... . . . ......... .. .. .. . . ........................................
lowQualScore : 55 888888 00000 0 5 88 0 0 0 222222222222 0 0 2 5555555 5 0 0 0 22 000 0 2 55 0 0 0 222222222222222222222222222222 0 8 8 2222 6666 0 0 0 2 5555555555 5555555555 99 0 0 88888 000 0 0 11111111111111 0 0 888 11111111 333 00 77777777777 99 4 666 7 444444 777777777777777777777 33 7 777777777 444444444444444 7 7 7 000 7 99999999 99 4 3 99 77 6666666666666 7 7 00 44444444444444444 0 4 99 7 0000000000000 666 7 99 444 888888888 3333333 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 777777 55 0 66666666 6 5 2222222 0 0 5 555555555 55 11 88 4 4 4444444444444444444444444444444444444444
consensus : CAGTACATGAAACATAAC--AAGTTC-CCAGGG-ACAAGTTCTT-ATT-TC-AT-GC-A-CAT-----TACG-C-CTTCCCG---TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-T-ATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT-TATGTACTAT-----------------CAAA---------GAATT-GGAAATTAAATA--ACA----AT-GTTCCGGA-TTGGG-CTTGGA--ACGTTTCA---GA--TCT--T-G-ATAA--GG-AATGA-T-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-TAC-AG-T-TA--GGCTTGGCTGA-TCAAAAC------AATGAAGCTGCCT------------G-ATA-TCT-A-GCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATACA-T-GTA-ATT---GAT-A----AT--TTAT-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAACAATT--T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CAC-GGTCAAATTTT---CAAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCATTGA-A-CACATC-CCGC-----G---GC-TC-CG----TTG-ATTTC------AAATA----CG-CGGA--T---TTA--G-TTCATTTG--AGG--ATA-AAGA-CC--TCG-ATCA-G-AATNTCCATG-G--A---ATAT--AC--AAG-TTAT-A-CACAGA-TC--A--T---T-TA---TT-AT-CC--A---------AAAACCCAACGCG
Reference ( gi|5 ) : CAGTACATGAAACATA-C--A-GTTC-TC--GG-ACAAGTTCT--ATT-TC-AT-GC-AACAT-----TACG-C-CTTCC-G---T-ACGGTG-GT-C-CCGT-TGCGA-T-AT-CCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACTAT-----------------CAAA--------AGAATT-GGAAATTAAA-A--ACA----AT-GTTCCGGA-TTGG--CTTGGA--ACGTTTCA---G---TCT--T-G-ATAA--G--AATGA-C-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GATTACCCTGTC-AATTAATACCAG-T-TA--GGCTTGGCTGA-TCAAAAC------AATGAAGCTGCCT-----------AA-ATA-CCT-A-GCTT---CACCGAATA---AAA--TG--T--ATACAAT-GTA-ATT---GAT-A----CT--TTAT-ATTAAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAACCATT--T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CAC-GTGAAAATTGTAACCAAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCATTGA-A-CACATC-CCGCA---AG---GCATC-CG----TTG-ATTTT--G---AAAT-----CG-CGGA--T---TTA--G-TTCATTTG--ACG--TTA-AAGA-CC--TCG-ATCA-G-AATGTCCAT--G--A---ATAT--AC--AA--TTAT-A-CACAG--TCG-A--T---T-TA---GT-A--CCAAA---------AAAACCCAACGCG
gi|3 : CAGTA-ATGAAACATAAC--AAGTTC-CT--CG-ACAAGTTCTT-ATT-TC-AT-GC-A-CAG-----TACG-CGCTTCC-GAATT-ACA-TG-GTACACCGT--GCGA-T-ATTCCATAAT--CTAGC-AA-TCAAT-TATGTACTAT-----------------CAAA---------GAATT-GGAAATTAAATA--ACA----AT-GTCC--GA-TTGG--CTTG----ACGTTGCA---GAATCCTC-T-G-ATAA--GG-AATGAAT-ACG--ACATGAT---A--A---AT--AA-T-AAC----A--------GATTCACCTGTC-AAT--ATAC-AG-T-TA--GGCTTG-CTGA-TCAAAAC------AATGAATTAGC--------------G-ATA-TCT-AAGCTT---CACCAAATA---ATA--TG--T--ATAC-AT--TA-ATT---GA--A----TTAATTATAATTAAAACAAAA-TAAATTAA----A----TGAA-TAAGATGAACAATT--C-GACTTCT--AGT-AAATGGATATAACACGGTCAAACTTG----CATAGCCTGTAT-GAACAC-AC--AACAG------C-GCCCA-TGATA-CACATC-CCGC---------GC-TC-CG----TTA-ATCTC------AAATA----CG-CGGACTT---TTA--G-TTCATTTG--A-GAAAAA-AAGA-CCCTTCG-ATCAGG-AATGTCCAT--G--GAATATAT--AC--AAG-TTAT-A-CACAG--ATGCA--TA--T-TA---TT----CC------------AAAACCCAACG
gi|1 : ctgAGT-CATGAAACATA-C--AAGTTCCTCAGGG-ACAAGTTCTCTATT-CCCATTGCTCACATGGTCATACGGC-CTTCCCG---TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGAAT-AT-CCAAACTT-CTAGC-AACTATATATATGTACTAT-----------------CAAA---------GAATT-G-AAATTGAATA--ACA----ATTGTCCAGGAATTGGG-CTTCGAGCACGTTTCACAGA---TCT--TTG-ATAA--GG-AATGA-T-ACGG-ACCTG-T---A--ACTCAC--AA-TCAACTTACA--------ATTTATCATGTC-AATTATTAC-AG-TATA--GGCTTG-CTGA-TCAAAAC------AATGAAGCTGCCT-----------AA-ATACCCT-A-G-GT---CACCGAATA---AAAATTC--T--ATACATTGGTA-ATT---GATCA----AT--TTAT-ATTTAA--AAAA-TAAAC-ATTAAAG----TTAA-TAA-ATGAAACAATCGT-AC--TCT--AGTAAAATTGAT-T--CAC-GGTCAAATTTT---CAAAGCCTGT-TCG-ATAT-AGGGAACACTCGCGACGTCCCAT--G-C-CACATCTCCGCGGTCAGCCCGGATCTCGCCATTTG-ATTTTTCGC--AAATTCGACTG-CGGA--TTC-TTACCGCTTCATTTGTAGCA--TAATATGA-CC--TCGAATCA-A-GAAGTCCAT--GAAA---ATAT--AC--AAGTTCAT-A-CACAGA-TC--A--T-----------T-A--TCAAATCCCCATATAGAACCAAACGCGaggaga
gi|2 : ATGAAACATAAC--AAGTTC-CC--GGGACAAGTTCTT-ATT-TC-AT-GC-A-CAT------ACG-C-CT-CC-G---TTACGGTGAGT-CACCGTATGCGA-T-ATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT----------T------------------------------GAATTTGGAGAT-ATA-A--ATA----AC-ATTCCGGA-TTGGGCTTTCGA--GCGTTGCA---GA--TCT--T-G-ATAAAGG--AATGA-TTACGGCACATG-T---A--A----T--GA-T-AACT---AAAGAGAGAGATAACTCTGTCCAATTA-TACAGGCT-TA--GGCTTG--TGAGTCAAAAC------AATGAAGCGGCCTTTACCGACGTCAGCATA-TCT-A-GCTT---TACCGAATACTAGAA--TGGTC--ATACA-T-GTA-ATTATTGAT-A----AT--TTAT-ATTAAA--AAAAATAAA--TT----AAA--TGAA-TAA-ATGAAC-ATT----A---TTTTAAGTAAA-TGCATAT--CAC-GGTCAAATTTCAA---AAGCCTGA-T-G-ATAT-A---AACAC------GGGCCGAATGA-A-CACATC-CCAC-----G---GC-TC-CG----TTG-ATTTC------AAATA----CG-CGGA--T---TTA--G-TTCATTTG--AA----TA-AAGACCC--TCG-ATCA-GAAATGTCCATG-G--A---ATAT--AC--AAG-TTAT-A-CACAGA-TC--A--T---T-TA---TT-AT-CC------------AAAACTCAACGCGggaag
gi|4 : caagtATGAAACATA-TCAA-GTCT-TCAGGG-ACAAGTT----ATTATC-AT-GC-A-CAT------ACG-C-CTTCCCG---TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TTAT-CCACACTTTCTAGCCAA-TATATTTATGTACTATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATT-GGAAATTAAATA--ACA-----T-GT-CCGGA-TTGGG-CTTG-A--ACGTTGCA---GA--TCTATT-GGATAA--GG-AATGA-T-ACGG-ACATG-T---A--A---GT--AA-TTAACT---A--------TATTACCCTGTC-AATT---------------------GCTGA-TCAAAACTTACCGAAT--AGCT--C---------------ATA-TCTCA-GCT-----ACCGAATACT-AGA--CG--CTAATGCA-T-G-A-ATT---GAT-A----AG--TTAT-ATTTAA--TAAA--AAA--GT-------------------TAAACAATT--T-A---TTTT-AGTAAA-TGGATAT--CAC-GGTCAAATT----TCAAAGCCTGT-T-G-ATAT-AT--AACAC------GGGCCCAT-GA-A-CA-ATC-CCAC-----G---GC-TCACG----TTG-ATGTT--C---AAATA----CGGCGGA--T---TTA--G-TTCATTTG--AGA--TAA-GAGACCC--TCG-ATCA-G-AATGTCCATGGG--A---ATAT--AC--AAG-TTAT-ACCACAGAATC--ATTT---T-TA---TT-ATTCC-AA---------AAAACCCAACGCGgaaa
gi|10 : ttATT-GGA--TTGAA-ACGACATTATAT-GTTGCAGAATTTG--C-------ATGTT--A---T---TCT--T-G-ATAA--GG-AATGA-T-ACGG-ACATG-T---G--A---AA--AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA----------TA--GGTTT-GCTGA-TTAAAAC------AATGAAACTACTT-----------TA-Agaact
gi|17 : ccatatggcctatatcaatgtccag-A--ACA----AT-GT-CCGGA-TTGG--ATTGGA--ACGctaatagcatatgcatg
gi|7 : ccacattgcctat----AT-GTTGCAAA-T-----CTTG-----CATGTTA---T---TCT--T-G-AAAA--GGAAATGA-T-ATGG-ACATG-T---ACAA---AC--AAAT-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-TAT-AG-T-TATAGGTTTC-CTGA-TTAAAAC------AATGAA-------------------------TCT-A--CTT---TACCGAATA---GCA--TA--T--ACATAAT-ATA-ATT---AAT-A----AT--TTA----TCAA--AAAA-TGAAT-AA----A----TAAA-TAC-ATGTA--ATT--CAA---TCT------ACATGGATTT--CAC-GGTAAAA-TGT---CAAAACTTGA-G-G-ATA--A---AAgcatta
gi|14 : ----AT-GTTGCAGG-T-----CTTG-A--ATATTTT--------TCT--T-G-ATAAT-G--AATGA-T-ACGA-ACATA-TGAAA--A---ATTAAA-T-AAGT---A--------GAttcgcagatttagttcaattgagatagaggccctcagaatttccatggaatatacaagttata
gi|6 : GTTTT--------TCT--T-A-ATAA--GG-AATGA-T-ACGG-ACATG-C---G--A---A---AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA----------TA--GGTTTGG-TGA-TCGAAAC------AATGAAACTACTT---------------TA-CCT-A--------------ATA---GCA--T------ATACA-T-GTA-ATA---AAT-A----AT--TTAC-A----------A--AAA--AT----A----TGAA-TAA-ATAAATAATT--TAA---TCT------ACATGGGTTT--CAC-GGTAAAA----AATCAAAAGTTGT-A-G-ATAT-A---AACGC--------GTCCATTG-------ATT-TC-CA----------ATA-CG----CAG-ATT-------------------------------TA--G-TTCATTTG--GAA---TA-AAGA-CC--C----TCC-G-ATTTTCCCTG-G--A---ATAT--GC--AAG-TTAT-A-CACAGA-TC--A--T---TATA---TT-AT-CCAGA---------AAccatataa
gi|8 : gttgcaggtcttgcttCT-A-GCTTTTTCACCGAATA---AAA--TG--T--ATACA-T-GTAGATT---GAT-AATAATT--TAAT-ATTAAA--AAAA-TAAA--TT----AAAATTGAAATAA-ATGAACAATT--T-AAT-TCT--A-T-AAATGGATAT--CAC-GGTCAAATTTT--CAAAAGCCTGT-T-G-AGATGA---AACA-------CGGGCCA--GA-ATCACATC-CCG------G---GCTCC-CG----TTGAAGTTT--C---AAAT------A-CAGA--------------------G--A-----TA-AAGACCC--TCG-ATCA-G--ATGTCCAT--G--GC--ATAT--ACAGAG--TTATGA-CAccttacgtggac
gi|13 : tATT-A-A-CACATC-TCAC-----G---GC-TC-CG----TTG-ATTTC------AAATA----AG-CGGA--T---TTA--C-TTCATTTG--A-G--ATA-AAGA-CC--acatgatcatt
gi|11 : acatcacggatCA---AA---ATGTC-CC----TGG-ATTTC--GCCGACGT-----CG-CG-A--G---TTA--G-TTCATTTG--GAG--ATA-AAGA-TC--C----TTA-G-AATTTCCAT--G--G---ACATTCAC--AAG-TTAT-A-CTCAGA-TCA-A--TGTGT-TA------A--CC--A---------GAAACCCAct
gi|7 : ataaaaaaatatcaatcaactggatcttcaacggtaacaaaacaaT--A---AAATT----CG-CAGA--T---TTA--G-TTCAATTG--A-G--ATA-GAGG-CC--C----TCA-G-AATTTCCATG-G--A---ATAT--AC--AAG-TTAT-A-catgga
gi|16 : atgttgcaaatcttgcatgttattcttgaaaaggaaatgatatggacatgtacaaacaaataactagactaccctgtcaattatatagttataggtttcctgattaaaacaatgaatctactttaccgaatagcatatacataatataattaataatttatcaaaaaatgaataaataaatacatgtaattcaatctacatggatttcacggtaaaatgtcaaaacttgaggaG-CGAA--TGGATTA--G-TTAATATG--AGA--ATA-AAGA-CCC-TCG-ATCT-G-AATTTCCATG-G--A---ACAT--A
gi|9 : TTTG--AGA--TTA-AAGATCC--TC---TTA-G-AATTGCCAT--G--A---ATTC--AC--A-----GT-A-CTCAG--TCA-A--T---G-TACGGGTAA--CC--A---------GAAACCCTACt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTCATTATTGAGATAAAGATCCTTCAAATTCATGGACTTCGCTAAGTGTATGTGCGCTAGCAGATTGCCATATGTGTTTTATGCGTCAGATACGCCTACATGGAA
Unaligned ( gi|15 ): ATAACAATGTCCAGATAGGATTGGAGCGGTATTAATCATATGTTGCAGATCTTGCATGCAATTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 222 11 333333 11 1 88888888888888888888888888 11111 333333333333333333333333333333333 11 1111111 11111111 33333333333 11 77777777777777777777777777 11111 222222222222222 111 4444444444444 22222 222222 1 111 222222222222222222222 111 11111111111 111111 11111 1 111111 1111111 2222222222222
lowQualScore : 44 5 0 666 88 0 8 8 11 8 000000 8 0 11 0 8 8 0 88 0 88 11 8 8 6 88 33333333333333333333333333 8 8 8 88 7 5 55 66666 111111111111111111111111111111111 00 66 4 4 4 4 4 4 4 888888 4444444 4 8 777 66666666 7 77 0 33333333333 66 77 5 66 44444444444444444444444444 8 00000 111111111111111 8 66 5 888 66 5 8888 333 1 777 55 0000000000000 5 5 5 5 33333 333333 3 3 66 1 0 888 5 777 5 5 888 555555555555555555555 5 66 111 4 4 99999999999 55 4 8888 3 666 6 3 3 222222 44 3 3 3 55555 6 3 3 111111 3 3 1 666 88 4 4 4 4 4 4 66 4 5555555 888 2222222222222
lowQualScore : .. . . ... .. . . . .. . ...... . . .. . . . . .. . .. .. . . . .. .......................... . . . .. . . .. ..... ................................. .. .. . . . . . . . ...... ....... . . ... ........ . .. . ........... .. .. . .. .......................... . ..... ............... . .. . ... .. . .... ... . ... .. ............. . . . . ..... ...... . . .. . . ... . ... . . ... ..................... . .. ... . . ........... .. . .... . ... . . . ...... .. . . . ..... . . . ...... . . . ... .. . . . . . . .. . ....... ... .............
lowQualScore : 00 8 8 444 88 8 0 0 00 0 666666 0 8 00 8 0 0 8 88 8 88 66 0 0 0 88 00000000000000000000000000 0 0 0 22 0 0 99 66666 999999999999999999999999999999999 66 11 4 4 4 4 4 4 4 222222 7777777 4 9 888 11111111 6 55 9 99999999999 99 55 0 99 22222222222222222222222222 9 66666 111111111111111 9 11 0 888 99 0 9999 222 0 222 11 9999999999999 0 0 0 0 55555 999999 2 6 99 2 2 888 0 222 0 0 888 333333333333333333333 0 99 000 0 0 00000000000 55 0 5555 6 444 7 3 3 000000 66 3 3 3 99999 7 3 3 666666 6 6 0 444 66 0 0 0 0 4 4 33 4 8888888 888 8888888888888
consensus : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGATAT-TCCACACTTTCTAGC-AA-TATATAT-ATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAA-TGTTCCGG-ATTGGGCTTG-GA--ACG----------TTG--CAG-A-------------TC--T--TG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-TAC-AG--T-TA--GGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TA-TCT-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATACA-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATG-AACAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC---T-C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---TTA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCG-ATCA-G-AATGTCCAT-G-GA--ATATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
Reference ( family-5699 ) : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCC-CAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGATAT-TCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT-T-ATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAA-TGTTCCGG-ATTGGGCTTG-GA--ACG----------TTT--CAG-A-------------TC--T--TG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-TAC-AG--T-TA--GGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TA-TCT-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATACA-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATG-AACAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCATTGA-A-CACATC-CCGC--GGC---T-C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---TTA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCG-ATCA-G-AATNTCCAT-G-GA--ATATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
gi|1 : AGT-CATGAAACATA-CAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCTCTATTCCCATTGCTCA-CATGGTCATACGGCCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-ATATCCAAAC-TTCTAGC-AACTATATAT-ATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT--GAAAT-TGAATAACAATTGTCCAGGAATTGGGCTTC-GAGCACG----------TTTCACAG-A-------------TCT-T--TG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACCTG-T---A--ACTCAC--AA-TCAACTTACA--------ATTTATCATGTC-AATTATTAC-AG--TATA--GGCTT-GCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCTA-----------A-A-TACCCT-AG-GT---CACCGAATA---AAAATTC--T--ATACA-TTGGTA-ATT---GA--TCAAT---TTA-T-ATTTAA--AAAA-TAAAC-ATTAAAG----TTAA-TAA-ATGAAACAATCGT-AC--TCT--AGTAAAATTGAT-T--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-TCG-ATAT-AGGGAACACTCGCGACGTCCCAT--G-C-CACATCTCCGC--GGTCAGC-C-CGGATCTCGCCATTTGA--T-TTTTCGC-AAATTCGACTG-CG-GA--TTC-TTACCGCTTC-A-TTTGTAG-CATAATATGA-CC--TCGAATCA-A-GAAGTCCAT-GAAA--ATATACA-AGTTCAT-A-C-ACA-G-AT-C-A---T-TAT---CAAATCCCC--ATATAGAACCAAACGCG
gi|10 : ATATCAA-TGT-CCAG-ATTGGA-TTG-AA--ACGACATTATATGTTG--CAG-AATTTGCATGTTATTC--T--TG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---G--A---AA--AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA-----------TA--GGTTT-GCTGA-TTAAAAC--AATGAAACTAC---------------------TTT-AACT---------AATA---GCA------T--ATGCA-T--Gggaag
gi|11 : ccatatggcct---T-C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-GTCGCGA--G---TTA--G-TTC-A-TTTG-GA-GATAA-A-GA-TC--C----TTA-G-AATTTCCAT-G-GAC-ATTCACA-AGTT-AT-A-C-TCA-G-AT-CAA--TG-TGT---TA----ACC--A---GAAACCCA
gi|13 : ataaaaaaatatcaatcaactggatcttcaacggtaacaaaacaacaaaatgATT-A-A-CACATC-TCAC--GGC---T-C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AA-G-CG-GA--T---TTA--C-TTC-A-TTTG-A--GATAA-A-GA-CC--catgga
gi|14 : acatcacggatA-TGTTGCAG-GT----CTTG--A--ATA----------TTT--T-----------------TC--T--TG-ATAA-TGAA-TG-AT-ACGA-ACATA-TGAAA--A---ATTAAA-T-AAGT---A--------GACCAct
gi|16 : -G-CG-AA--TGGATTA--G-TTA-A-TATG-AG-AATAA-A-GA-CCC-TCG-ATCT-G-AATTTCCAT-G-GA--ACATAtataa
gi|17 : ATAACAA-TG-TCCGG-ATTGGA-TTG-GA--ACG----------t
gi|2 : ccacattgcctATGAAACATAACAAGTTCC-C-GGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT------ACG-CCT--CCG--TTACGGTGAGT-CACCGTATGCGATAT-TCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT-T-----------------------------------------GAATTTGGAGATATAAATAACA----TTCCGG-ATTGGGCTTTCGA--GCG----------TTG--CAG-A-------------TC--T--TG-ATAAAGGAA-TG-ATTACGGCACATG-T---A--A----T--GA-T-AACT---AAAGAGAGAGATAACTCTGTCCAATTA-TAC-AGGCT-TA--GGCTTG--TGAGTCAAAAC--AATGAAGCGGCCTTTACCGACGTCAGCA-TA-TCT-AGCTT---TACCGAATACTAGAA--TGGTC--ATACA-T--GTA-ATTATTGA--T-AAT---TTA-T-ATTAAA--AAAAATAAA--TT----AAA--TGAA-TAA-ATG-AACA--T-T-A---TTTTAAGTAAA-TGCATAT--CACGGTCAAATTTC---A-AAAGCCTGA-T-G-ATAT-A---AACAC------GGGCCGAATGA-A-CACATC-CCAC--GGC---T-C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---TTA--G-TTC-A-TTTG-A---ATAA-A-GACCC--TCG-ATCA-GAAATGTCCAT-G-GA--ATATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC------AAAACTCAACGCGgcatta
gi|3 : caagtCAGTA-ATGAAACATAACAAGTTCCTC---GACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAG-----TACG-CGCTTCCGAATTACA-TG-GTACACCGT--GCGATAT-TCCATAAT--CTAGC-AA-TCAAT-T-ATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAA-TGTCC--G-ATT-GGCTTG-----ACG----------TTG--CAGAA-------------TCCTC--TG-ATAA-GGAA-TGAAT-AC-G-ACATGAT---A--A---AT--AA-T-AAC----A--------GATTCACCTGTC-AA-TA-TAC-AG--T-TA--GGCTT-GCTGA-TCAAAAC--AATGAATTAGC--------------G-A-TA-TCTAAGCTT---CACCAAATA---ATA--TG--T--ATACA-T---TA-ATT---GAATT-AA----TTA-TAATTAAAACAAAA-TAAATTAA----A----TGAA-TAAGATG-AACAATT-C-GACTTCT--AGT-AAATGGATATAACACGGTCAAACTTG---C-ATAGCCTGTAT-GAACAC-AC--AACAG------C-GCCCA-TGATA-CACATC-CCGC---GC---T-C-CG-----------TTAA--T-CT----C-AAAT---AC-G-CG-GACTT---TTA--G-TTC-A-TTTG-AGAAAAAA-A-GA-CCCTTCG-ATCAGG-AATGTCCAT-G-GAATATATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-ATGC-A-----TAT---TA----TTC--C---AAAACCCAACGgaaa
gi|4 : ctgATGAAACATATCAAGTCTT-CAGGGACAAGTTAT-TAT--C-AT-GC--A-CAT------ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGATTA-TCCACACTTTCTAGCCAA-TATAT-TTATGTACTATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACA--TGT-CCGG-ATTGGGCTTG--A--ACG----------TTG--CAG-A-------------TC--TATTGGATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---GT--AA-TTAACT---A--------TATTACCCTGTC-AATT----------------------GCTGA-TCAAAACTTACCGAA--TAGCT------------C-A-TA-TCTCAGCT-----ACCGAATACT-AGA--CG--CTAATGCA-T--G-A-ATT---GA--T-AAG---TTA-T-ATTTAA--TAAA--AAA--GT-------------------TA-AACAATT-T-A---TTTT-AGTAAA-TGGATAT--CACGGTCAAA-TTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-AT--AACAC------GGGCCCA-TGA-A-CA-ATC-CCAC--GGC---T-CACG-----------TTGA--TGTT----C-AAAT---ACGG-CG-GA--T---TTA--G-TTC-A-TTTG-A--GATAAGA-GACCC--TCG-ATCA-G-AATGTCCATGG-GA--ATATACA-AGTT-AT-ACC-ACA-GAAT-C-ATTTT-TAT---TA----TTCCAA---AAAACCCAACGCGaggaga
gi|5 : ttCAGTACATGAAACATA-CA-GTTCT-C--GGACAAGTTCT--ATTTC-AT-GC--AACAT-----TACG-CCTTCC-G--T-ACGGTG-GT-C-CCGT-TGCGATAT--CCACACTTTCTAGC-AA-TATATAT-ATGTACT--------------------------ATCAAAAGAATT-GGAAAT-TAAA-AACAA-TGTTCCGG-ATTGG-CTTG-GA--ACG----------TTT--CAG---------------TC--T--TG-ATAA-G-AA-TG-AC-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GATTACCCTGTC-AATTAATACCAG--T-TA--GGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------A-AATA-CCT-AGCTT---CACCGAATA---AAA--TG--T--ATACAAT--GTA-ATT---GA--T-ACT---TTA-T-ATTAAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATG-AACCATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGTGAAAATTGTAACC-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCATTGA-A-CACATC-CCGCAAGGCA--T-C-CG-----------TTGA--T-TT----TGAAAT----C-G-CG-GA--T---TTA--G-TTC-A-TTTG-AC-GTTAA-A-GA-CC--TCG-ATCA-G-AATGTCCAT---GA--ATATACA-A-TT-AT-A-C-ACA-G--T-CGA--TT-TAG---TA-----CCAAA---AAAACCCAACGCGgaact
gi|6 : -------------TC--T--TA-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-C---G--A---A---AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA-----------TA--GGTTTGG-TGA-TCGAAAC--AATGAAACT----------------------------ACTT---TACCTAATA---GCA------T--ATACA-T--GTA-ATA---AA--T-AAT---TTA------CAA--------AAA--AT----A----TGAA-TAA-ATA-AATAATT-TAA---TCT------ACATGGGTTT--CACGGTAAAA-AAT---C-AAAAGTTGT-A-G-ATAT-A---AA-------------------------------CGC--G-----T-C-CA-----------TTGA--T-TT----C-CAAT---AC-G-CA-GA--T---TTA--G-TTC-A-TTTG--G-AATAA-A-GA-CC--C----TCC-G-ATTTTCCCT-G-GA--ATATGCA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TTATAT---TA----TCC--A---GAAACCTTACGTG
gi|7 : gttgcaggtcttgcttgtttt-------------TC--T--TG-AAAA-GGAAATG-AT-ATGG-ACATG-T---ACAA---AC--AAAT-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-TAT-AG--T-TATAGGTTTC-CTGA-TTAAAAC--AATGAA--------------------------TCT-A-CTT---TACCGAATA---GCA--TA--T--ACATAAT--ATA-ATT---AA--T-AAT---TTA-----TCAA--AAAA-TGAAT-AA----A----TAAA-TAC-ATG---TAATT-CAA---TCT------ACATGGATTT--CACGGTAAAA-TGT---C-AAAACTTGA-G-G-ATA--A---AAgac
gi|7 : atgttgcaaatcttgcatgttat-AAAT---TC-G-CA-GA--T---TTA--G-TTC-A-ATTG-AG--ATAG-A-GG-CC--C----TCA-G-AATTTCCAT-G-GA--ATATACA-AGTT-AT-A-ttcgcagatttagttcaattgagatagaggccctcagaatttccatggaatatacaagttata
gi|8 : atgttgcaaatcttgcatgttattcttgaaaaggaaatgatatggacatgtacaaacaaataactagactaccctgtcaattatatagttataggtttcctgattaaaacaatgaatctactttaccgaatagcatatacataatataattaataatttatcaaaaaatgaataaataaatacatgtaattcaatctacatggatttcacggtaaaatgtcaaaacttgaggata-TCT-AGCTTTTTCACCGAATA---AAA--TG--T--ATACA-T--GTAGATT---GA--T-AATAATTTAAT-ATTAAA--AAAA-TAAA--TT----AAAATTGAAATAA-ATG-AACAATT-T-AAT-TCT--A-T-AAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---CAAAAGCCTGT-T-G-AGATGA---AACA-------CGGGCCA--GA-ATCACATC-CCG---GGC---TCC-CG-----------TTGAAGT-TT----C-AAAT---AC----------------A--G-------------A-GATAA-A-GACCC--TCG-ATCA-G--ATGTCCAT-G-GC--ATATACAGAGTT-ATGA-CAACATG-AT-C-A--TT-
gi|9 : ---T-C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-G-CG-G---------A--G-TACTATTTTG-AG-ATTAA-A-GATCC--TC---TTA-G-AATTGCCAT---GA--ATTCACA------GT-A-C-TCA-G--T-CAA--TG-TACGGGTA----ACC--A---GAAACCCTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTCATTATTGAGATAAAGATCCTTCAAATTCATGGACTTCGCTAAGTGTATGTGCGCTAGCAGATTGCCATATGTGTTTTATGCGTCAGATACGCCTACATGGAA
Unaligned ( gi|15 ): ATAACAATGTCCAGATAGGATTGGAGCGGTATTAATCATATGTTGCAGATCTTGCATGCAATTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 11 333333 11 1 1 88888888888888888888888888 11111 2222222222 333333333333333 1111111 11111111 4444444444444 11 66666666666666666666666 11111 222222222222222 111 4444444444444 22222 222222 11111 111 222222222 1111111 111 11111111111 11111 1 1111111 1111111 2222222222222
lowQualScore : 44 5 0 0 3 5 88 0 8 8 11 8 000000 8 0 11 0 8 8 0 88 8 0 66 8 8 5 33333333333333333333333333 8 8 8 5 5 9 0 5 66 44444 5555555555 99 000000000000000 66 66 4 4 4 4 4 4 4 4 888888 4444444 4 8 777 66666666 7 77 0 0000000000000 77 5 66 66666666666666666666666 4 8 66666 111111111111111 4 4 66 5 888 66 5 8888 333 1 777 55 0000000000000 5 5 5 5 33333 333333 3 3 66 5 11111 5 777 5 5 888 222222222 3333333 5 66 4 111 4 99999999999 55 4 8888 3 666 6 3 3 777777 44 44 3 3 3 55555 6 3 3 1111111 3 3 1 3 88 3 4 4 4 4 4 4 66 4 5555555 888 2222222222222
lowQualScore : .. . . . . . .. . . . .. . ...... . . .. . . . . .. . . .. . . . .......................... . . . . . . . . .. ..... .......... .. ............... .. .. . . . . . . . . ...... ....... . . ... ........ . .. . ............. .. . .. ....................... . . ..... ............... . . .. . ... .. . .... ... . ... .. ............. . . . . ..... ...... . . .. . ..... . ... . . ... ......... ....... . .. . ... . ........... .. . .... . ... . . . ...... .. .. . . . ..... . . . ....... . . . . .. . . . . . . . .. . ....... ... .............
lowQualScore : 00 8 8 8 2 4 88 8 0 0 00 0 666666 0 8 00 8 0 0 8 88 0 6 44 0 0 8 00000000000000000000000000 0 0 0 0 7 3 7 7 00 66666 0000000000 22 333333333333333 11 11 4 4 4 4 4 4 4 4 222222 7777777 4 9 888 11111111 6 55 9 8888888888888 55 0 99 66666666666666666666666 4 9 00000 111111111111111 4 4 11 0 888 99 0 9999 222 0 222 11 9999999999999 0 0 0 0 55555 999999 2 6 99 1 00000 0 222 0 0 888 111111111 5555555 0 99 0 000 0 00000000000 55 0 5555 6 444 7 3 3 444444 66 66 3 3 3 99999 7 3 3 4444444 6 6 4 6 66 6 0 0 0 0 4 4 33 4 8888888 888 8888888888888
consensus : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AC-AG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TATC-T-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-A-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
Reference ( family-5699 ) : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AC-AG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TATC-T-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-A-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
gi|1 : AGT-CATGAAACATA-CAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCTCTATTCCCATTGCTCA-CATGGTCATACGGCCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGAATAT-CCAAACTT-CTAGC-AACTATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-G-AAAT-TGAATAACAATTGTCCAGGAATTGGGCTTC-GAGCACG----------TTTCACAG-A-------------TC--T--TTG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACCTG-T---A--ACTCAC--AA-TCAACTTACA--------ATTTATCATGTC-AATTA-TTAC-AG--TA-TAGGCTTG-CTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------A-AATACCCT-AGGT----CACCGAATA---AAAATTC--T--ATAC-A-TTGGTA-ATT---GA--TCAAT---TTA-T-ATTTAA--AAAA-TAAAC-ATTAAAG----TTAA-TAA-ATGAAACAATCGT-AC--TCT--AGTAAAATTGAT-T--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-TCG-ATAT-AGGGAACACTCGCGACGTCCCA-TGC---CACATCTCCGC--GGT-CAGCC-CGGATCTCGCCATTTGA--T-TTTTCGC-AAATTCGACTG-CG-GA--T---TCTTACCGCTTC-A-TTTGTAG-CATAATATGA-CC--TCGAATCA-A-GAAGTCCAT-GAA--AATATACA-AGTTCAT-A-C-ACA-G-AT-C-A---T-TAT---CAAATCCCC--ATATAGAACCAAACGCG
gi|10 : ATATCAAT-GT-CCAGA-TTGGA-TTG-AA--ACGACATTATATGTT--GCAG-AATTTGCATGTTATTC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---G--A---AA--AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA-------------TAGGTTT-GCTGA-TTAAAAC--AATGAAACTAC--------------------TT-T-AACT---------AATA---GCA------T--ATGC-A-T--Gggaag
gi|11 : ccatatggcct-T---C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-GTCGCGA--G---T--TA--G-TTC-A-TTTG-GA-GATAA-A-GA-TC--C----TTA-G-AATTTCCAT-GGAC-A-TTCACA-AGTT-AT-A-C-TCA-G-AT-CAA--TG-TGT---TA----ACC--A---GAAACCCA
gi|13 : ataaaaaaatatcaatcaactggatcttcaacggtaacaaaacaacaaaatgA-TTA-A-CACATC-TCAC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AA-G-CG-GA--T---T--TA--C-TTC-A-TTTG-A--GATAA-A-GA-CC--catgga
gi|14 : acatcacggat-------------TC--T--T-G-ATAA-TGAA-TG-AT-ACGA-ACATA-TGAAA--A---ATTAAA-T-AAGT---A--------GACCAct
gi|16 : atgttgcaggtcttgaatatttt-G-CG-AA--TGGAT--TA--G-TTA-A-TATG-AG-AATAA-A-GA-CCC-TCGA-TCT-G-AATTTCCAT-GGA--A-CATAtataa
gi|17 : ATAACAAT-G-TCCGGA-TTGGA-TTG-GA--ACG----------t
gi|2 : ccacattgcctATGAAACATAACAAGTTCCC--GGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT------ACG-CCT--CCG--TTACGGTGAGT-CACCGTATGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT------------------------------------T-----GAATTTGGAGATATAAATAACA----TTCCGGA-TTGGGCTTTCGA--GCG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAAAGGAA-TG-ATTACGGCACATG-T---A--A----T--GA-T-AACT---AAAGAGAGAGATAACTCTGTCCAATTA-T-AC-AGGCT--TAGGCTTG--TGAGTCAAAAC--AATGAAGCGGCCTTTACCGACGTCAGCA-TATC-T-AGCTT---TACCGAATACTAGAA--TGGTC--ATAC-A-T--GTA-ATTATTGA--T-AAT---TTA-T-ATTAAA--AAAAATAAA--TT----AAA--TGAA-TAA-ATGAA-CA--T-T-A---TTTTAAGTAAA-TGCATAT--CACGGTCAAATTTC---A-AAAGCCTGA-T-G-ATAT-A---AACAC------GGGCCGAATGA-A-CACATC-CCAC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-A---ATAA-A-GACCC--TCGA-TCA-GAAATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC------AAAACTCAACGCGgcatta
gi|3 : caagtCAGTA-ATGAAACATAACAAGTTCCTC---GACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAG-----TACG-CGCTTCCGAATTACA-TG-GTACACCGT--GCGA-TATTCCATAAT--CTAGC-AA-TCAAT-TATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTCC--GA-TT-GGCTTG-----ACG----------TT--GCAGAA-------------TCCTC--T-G-ATAA-GGAA-TGAAT-AC-G-ACATGAT---A--A---AT--AA-T-AAC----A--------GATTCACCTGTC-AA-TA-T-AC-AG--T--TAGGCTT-GCTGA-TCAAAAC--AATGAATTAGC--------------G-A-TATC-TAAGCTT---CACCAAATA---ATA--TG--T--ATAC-A-T---TA-ATT---GAATT-AA----TTA-TAATTAAAACAAAA-TAAATTAA----A----TGAA-TAAGATGAA-CAATT-C-GACTTCT--AGT-AAATGGATATAACACGGTCAAACTTG---C-ATAGCCTGTAT-GAACAC-AC--AACAG------C-GCCCA-TGATA-CACATC-CCGC---GC-T---C-CG-----------TTAA--T-CT----C-AAAT---AC-G-CG-GACTT---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AGAAAAAA-A-GA-CCCTTCGA-TCAGG-AATGTCCAT-GGAATA-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-ATGC-A-----TAT---TA----TTC--C---AAAACCCAACGgaaa
gi|4 : ctgATGAAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTTAT-TAT--C-AT-GC--A-CAT------ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TTATCCACACTTTCTAGCCAA-TATATTTATGTACTATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACA-T-GT-CCGGA-TTGGGCTTG--A--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--TATT-GGATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---GT--AA-TTAACT---A--------TATTACCCTGTC-AATT----------------------GCTGA-TCAAAACTTACCGAA--TAGCT------------C-A-TATC-TCAGCT-----ACCGAATACT-AGA--CG--CTAATGC-A-T--G-A-ATT---GA--T-AAG---TTA-T-ATTTAA--TAAA--AAA--GT-------------------TAAA-CAATT-T-A---TTTT-AGTAAA-TGGATAT--CACGGTCAAATTT----C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-AT--AACAC------GGGCCCA-TGA-A-CA-ATC-CCAC--GGC-T---CACG-----------TTGA--TGTT----C-AAAT---ACGG-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-A--GATAAGA-GACCC--TCGA-TCA-G-AATGTCCATGGGA--A-TATACA-AGTT-AT-ACC-ACA-GAAT-C-ATTTT-TAT---TA----TTCCAA---AAAACCCAACGCGaggaga
gi|5 : ttCAGTACATGAAACATA-CA-GTTC-TC--GGACAAGTTCT--ATTTC-AT-GC--AACAT-----TACG-CCTTCC-G--T-ACGGTG-GT-C-CCGT-TGCGA-TAT-CCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAAAGAATT-GGAAAT-TAAA-AACAAT-GTTCCGGA-TTGG-CTTG-GA--ACG----------TT--TCAG---------------TC--T--T-G-ATAA-G-AA-TG-AC-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GATTACCCTGTC-AATTAAT-ACCAG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------A-AATACC-T-AGCTT---CACCGAATA---AAA--TG--T--ATAC-AAT--GTA-ATT---GA--T-ACT---TTA-T-ATTAAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CCATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGTGAAAATTGTAACC-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCATTGA-A-CACATC-CCGCAAGGCAT---C-CG-----------TTGA--T-TT----TGAAAT----C-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AC-GTTAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT--GA--A-TATACA-A-TT-AT-A-C-ACA-G--T-CGA--TT-TAG---TA-----CCAAA---AAAACCCAACGCGgaact
gi|6 : -------------TC--T--T-A-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-C---G--A---A---AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA-------------TAGGTTTGG-TGA-TCGAAAC--AATGAAACT----------------------------ACTT---TACCTAATA---GCA------T--ATAC-A-T--GTA-ATA---AA--T-AAT---TTA------CAA--------AAA--AT----A----TGAA-TAA-ATAAA-TAATT-TAA---TCT------ACATGGGTTT--CACGGTAAAA-AAT---C-AAAAGTTGT-A-G-ATAT-A---AA-------------------------------CGC--G---T---C-CA-----------TTGA--T-TT----C-CAAT---AC-G-CA-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG--G-AATAA-A-GA-CC--C----TCC-G-ATTTTCCCT-GGA--A-TATGCA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TTATAT---TA----TCC--A---GAAACCTTACGTG
gi|7 : gttgcaggtcttgcttgtttt-------------TC--T--T-G-AAAA-GGAAATG-AT-ATGG-ACATG-T---ACAA---AC--AAAT-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AT-AG--TTATAGGTTT-CCTGA-TTAAAAC--AATGA-------------------------ATC-T-A-CTT---TACCGAATA---GCA--TA--T--ACATAA-T--ATA-ATT---AA--T-AAT---TTA-----TCAA--AAAA-TGAAT-AA----A----TAAA-TAC-ATG---TAATT-CAA---TCT------ACATGGATTT--CACGGTAAAA-TGT---C-AAAACTTGA-G-G-ATA--A---AAgac
gi|7 : atgttgcaaatcttgcatgttat-AAAT---TC-G-CA-GA--T---T--TA--G-TTC-A-ATTG-AG--ATAG-A-GG-CC--C----TCA-G-AATTTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-ttcgcagatttagttcaattgagatagaggccctcagaatttccatggaatatacaagttata
gi|8 : atgttgcaaatcttgcatgttattcttgaaaaggaaatgatatggacatgtacaaacaaataactagactaccctgtcaattatatagttataggtttcctgattaaaacaatgaatctactttaccgaatagcatatacataatataattaataatttatcaaaaaatgaataaataaatacatgtaattcaatctacatggatttcacggtaaaatgtcaaaacttgaggataTC-T-AGCTTTTTCACCGAATA---AAA--TG--T--ATAC-A-T--GTAGATT---GA--T-AATAATTTAAT-ATTAAA--AAAA-TAAA--TT----AAAATTGAAATAA-ATGAA-CAATT-T-AAT-TCT--A-T-AAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---CAAAAGCCTGT-T-G-AGATGA---AACA-------CGGGCCA--GA-ATCACATC-CCG---GGC-TC--C-CG-----------TTGAAGT-TT----C-AAAT---AC------------------A--G-------------A-GATAA-A-GACCC--TCGA-TCA-G--ATGTCCAT-GGC--A-TATACAGAGTT-ATGA-CAACATG-AT-C-A--TT-
gi|9 : -T---C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-G-CG-G-----------A--G-TACTATTTTG-AG-ATTAA-A-GATCC--TC---TTA-G-AATTGCCAT--GA--A-TTCACA------GT-A-C-TCA-G--T-CAA--TG-TACGGGTA----ACC--A---GAAACCCTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTCATTATTGAGATAAAGATCCTTCAAATTCATGGACTTCGCTAAGTGTATGTGCGCTAGCAGATTGCCATATGTGTTTTATGCGTCAGATACGCCTACATGGAA
Unaligned ( gi|15 ): ATAACAATGTCCAGATAGGATTGGAGCGGTATTAATCATATGTTGCAGATCTTGCATGCAATTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 11 333333 11 1 1 88888888888888888888888888 11111 2222222222 333333333333333 1111111 11111111 4444444444444 11 66666666666666666666666 11111 222222222222222 111 4444444444444 22222 222222 11111 111 222222222 1111111 111 11111111111 11111 1 1111111 1111111 2222222222222
lowQualScore : 44 5 0 0 3 5 88 0 8 8 11 8 000000 8 0 11 0 8 8 0 88 8 0 66 8 8 5 33333333333333333333333333 8 8 8 5 5 9 0 5 66 44444 5555555555 99 000000000000000 66 66 4 4 4 4 4 4 4 4 888888 4444444 4 8 777 66666666 7 77 0 0000000000000 77 5 66 66666666666666666666666 4 8 66666 111111111111111 4 4 66 5 888 66 5 8888 333 1 777 55 0000000000000 5 5 5 5 33333 333333 3 3 66 5 11111 5 777 5 5 888 222222222 3333333 5 66 4 111 4 99999999999 55 4 8888 3 666 6 3 3 777777 44 44 3 3 3 55555 6 3 3 1111111 3 3 1 3 88 3 4 4 4 4 4 4 66 4 5555555 888 2222222222222
lowQualScore : .. . . . . . .. . . . .. . ...... . . .. . . . . .. . . .. . . . .......................... . . . . . . . . .. ..... .......... .. ............... .. .. . . . . . . . . ...... ....... . . ... ........ . .. . ............. .. . .. ....................... . . ..... ............... . . .. . ... .. . .... ... . ... .. ............. . . . . ..... ...... . . .. . ..... . ... . . ... ......... ....... . .. . ... . ........... .. . .... . ... . . . ...... .. .. . . . ..... . . . ....... . . . . .. . . . . . . . .. . ....... ... .............
lowQualScore : 00 8 8 8 2 4 88 8 0 0 00 0 666666 0 8 00 8 0 0 8 88 0 6 44 0 0 8 00000000000000000000000000 0 0 0 0 7 3 7 7 00 66666 0000000000 22 333333333333333 11 11 4 4 4 4 4 4 4 4 222222 7777777 4 9 888 11111111 6 55 9 8888888888888 55 0 99 66666666666666666666666 4 9 00000 111111111111111 4 4 11 0 888 99 0 9999 222 0 222 11 9999999999999 0 0 0 0 55555 999999 2 6 99 1 00000 0 222 0 0 888 111111111 5555555 0 99 0 000 0 00000000000 55 0 5555 6 444 7 3 3 444444 66 66 3 3 3 99999 7 3 3 4444444 6 6 4 6 66 6 0 0 0 0 4 4 33 4 8888888 888 8888888888888
consensus : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AC-AG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TATC-T-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-A-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
Reference ( family-5699 ) : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AC-AG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TATC-T-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-A-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
gi|1 : AGT-CATGAAACATA-CAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCTCTATTCCCATTGCTCA-CATGGTCATACGGCCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGAATAT-CCAAACTT-CTAGC-AACTATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-G-AAAT-TGAATAACAATTGTCCAGGAATTGGGCTTC-GAGCACG----------TTTCACAG-A-------------TC--T--TTG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACCTG-T---A--ACTCAC--AA-TCAACTTACA--------ATTTATCATGTC-AATTA-TTAC-AG--TA-TAGGCTTG-CTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------A-AATACCCT-AGGT----CACCGAATA---AAAATTC--T--ATAC-A-TTGGTA-ATT---GA--TCAAT---TTA-T-ATTTAA--AAAA-TAAAC-ATTAAAG----TTAA-TAA-ATGAAACAATCGT-AC--TCT--AGTAAAATTGAT-T--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-TCG-ATAT-AGGGAACACTCGCGACGTCCCA-TGC---CACATCTCCGC--GGT-CAGCC-CGGATCTCGCCATTTGA--T-TTTTCGC-AAATTCGACTG-CG-GA--T---TCTTACCGCTTC-A-TTTGTAG-CATAATATGA-CC--TCGAATCA-A-GAAGTCCAT-GAA--AATATACA-AGTTCAT-A-C-ACA-G-AT-C-A---T-TAT---CAAATCCCC--ATATAGAACCAAACGCG
gi|10 : ATATCAAT-GT-CCAGA-TTGGA-TTG-AA--ACGACATTATATGTT--GCAG-AATTTGCATGTTATTC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---G--A---AA--AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA-------------TAGGTTT-GCTGA-TTAAAAC--AATGAAACTAC--------------------TT-T-AACT---------AATA---GCA------T--ATGC-A-T--Gggaag
gi|11 : ccatatggcct-T---C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-GTCGCGA--G---T--TA--G-TTC-A-TTTG-GA-GATAA-A-GA-TC--C----TTA-G-AATTTCCAT-GGAC-A-TTCACA-AGTT-AT-A-C-TCA-G-AT-CAA--TG-TGT---TA----ACC--A---GAAACCCA
gi|13 : ataaaaaaatatcaatcaactggatcttcaacggtaacaaaacaacaaaatgA-TTA-A-CACATC-TCAC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AA-G-CG-GA--T---T--TA--C-TTC-A-TTTG-A--GATAA-A-GA-CC--catgga
gi|14 : acatcacggat-------------TC--T--T-G-ATAA-TGAA-TG-AT-ACGA-ACATA-TGAAA--A---ATTAAA-T-AAGT---A--------GACCAct
gi|16 : atgttgcaggtcttgaatatttt-G-CG-AA--TGGAT--TA--G-TTA-A-TATG-AG-AATAA-A-GA-CCC-TCGA-TCT-G-AATTTCCAT-GGA--A-CATAtataa
gi|17 : ATAACAAT-G-TCCGGA-TTGGA-TTG-GA--ACG----------t
gi|2 : ccacattgcctATGAAACATAACAAGTTCCC--GGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT------ACG-CCT--CCG--TTACGGTGAGT-CACCGTATGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT------------------------------------T-----GAATTTGGAGATATAAATAACA----TTCCGGA-TTGGGCTTTCGA--GCG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAAAGGAA-TG-ATTACGGCACATG-T---A--A----T--GA-T-AACT---AAAGAGAGAGATAACTCTGTCCAATTA-T-AC-AGGCT--TAGGCTTG--TGAGTCAAAAC--AATGAAGCGGCCTTTACCGACGTCAGCA-TATC-T-AGCTT---TACCGAATACTAGAA--TGGTC--ATAC-A-T--GTA-ATTATTGA--T-AAT---TTA-T-ATTAAA--AAAAATAAA--TT----AAA--TGAA-TAA-ATGAA-CA--T-T-A---TTTTAAGTAAA-TGCATAT--CACGGTCAAATTTC---A-AAAGCCTGA-T-G-ATAT-A---AACAC------GGGCCGAATGA-A-CACATC-CCAC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-A---ATAA-A-GACCC--TCGA-TCA-GAAATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC------AAAACTCAACGCGgcatta
gi|3 : caagtCAGTA-ATGAAACATAACAAGTTCCTC---GACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAG-----TACG-CGCTTCCGAATTACA-TG-GTACACCGT--GCGA-TATTCCATAAT--CTAGC-AA-TCAAT-TATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTCC--GA-TT-GGCTTG-----ACG----------TT--GCAGAA-------------TCCTC--T-G-ATAA-GGAA-TGAAT-AC-G-ACATGAT---A--A---AT--AA-T-AAC----A--------GATTCACCTGTC-AA-TA-T-AC-AG--T--TAGGCTT-GCTGA-TCAAAAC--AATGAATTAGC--------------G-A-TATC-TAAGCTT---CACCAAATA---ATA--TG--T--ATAC-A-T---TA-ATT---GAATT-AA----TTA-TAATTAAAACAAAA-TAAATTAA----A----TGAA-TAAGATGAA-CAATT-C-GACTTCT--AGT-AAATGGATATAACACGGTCAAACTTG---C-ATAGCCTGTAT-GAACAC-AC--AACAG------C-GCCCA-TGATA-CACATC-CCGC---GC-T---C-CG-----------TTAA--T-CT----C-AAAT---AC-G-CG-GACTT---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AGAAAAAA-A-GA-CCCTTCGA-TCAGG-AATGTCCAT-GGAATA-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-ATGC-A-----TAT---TA----TTC--C---AAAACCCAACGgaaa
gi|4 : ctgATGAAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTTAT-TAT--C-AT-GC--A-CAT------ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TTATCCACACTTTCTAGCCAA-TATATTTATGTACTATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACA-T-GT-CCGGA-TTGGGCTTG--A--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--TATT-GGATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---GT--AA-TTAACT---A--------TATTACCCTGTC-AATT----------------------GCTGA-TCAAAACTTACCGAA--TAGCT------------C-A-TATC-TCAGCT-----ACCGAATACT-AGA--CG--CTAATGC-A-T--G-A-ATT---GA--T-AAG---TTA-T-ATTTAA--TAAA--AAA--GT-------------------TAAA-CAATT-T-A---TTTT-AGTAAA-TGGATAT--CACGGTCAAATTT----C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-AT--AACAC------GGGCCCA-TGA-A-CA-ATC-CCAC--GGC-T---CACG-----------TTGA--TGTT----C-AAAT---ACGG-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-A--GATAAGA-GACCC--TCGA-TCA-G-AATGTCCATGGGA--A-TATACA-AGTT-AT-ACC-ACA-GAAT-C-ATTTT-TAT---TA----TTCCAA---AAAACCCAACGCGaggaga
gi|5 : ttCAGTACATGAAACATA-CA-GTTC-TC--GGACAAGTTCT--ATTTC-AT-GC--AACAT-----TACG-CCTTCC-G--T-ACGGTG-GT-C-CCGT-TGCGA-TAT-CCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAAAGAATT-GGAAAT-TAAA-AACAAT-GTTCCGGA-TTGG-CTTG-GA--ACG----------TT--TCAG---------------TC--T--T-G-ATAA-G-AA-TG-AC-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GATTACCCTGTC-AATTAAT-ACCAG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------A-AATACC-T-AGCTT---CACCGAATA---AAA--TG--T--ATAC-AAT--GTA-ATT---GA--T-ACT---TTA-T-ATTAAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CCATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGTGAAAATTGTAACC-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCATTGA-A-CACATC-CCGCAAGGCAT---C-CG-----------TTGA--T-TT----TGAAAT----C-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AC-GTTAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT--GA--A-TATACA-A-TT-AT-A-C-ACA-G--T-CGA--TT-TAG---TA-----CCAAA---AAAACCCAACGCGgaact
gi|6 : -------------TC--T--T-A-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-C---G--A---A---AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCTA-------------TAGGTTTGG-TGA-TCGAAAC--AATGAAACT----------------------------ACTT---TACCTAATA---GCA------T--ATAC-A-T--GTA-ATA---AA--T-AAT---TTA------CAA--------AAA--AT----A----TGAA-TAA-ATAAA-TAATT-TAA---TCT------ACATGGGTTT--CACGGTAAAA-AAT---C-AAAAGTTGT-A-G-ATAT-A---AA-------------------------------CGC--G---T---C-CA-----------TTGA--T-TT----C-CAAT---AC-G-CA-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG--G-AATAA-A-GA-CC--C----TCC-G-ATTTTCCCT-GGA--A-TATGCA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TTATAT---TA----TCC--A---GAAACCTTACGTG
gi|7 : gttgcaggtcttgcttgtttt-------------TC--T--T-G-AAAA-GGAAATG-AT-ATGG-ACATG-T---ACAA---AC--AAAT-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AT-AG--TTATAGGTTT-CCTGA-TTAAAAC--AATGA-------------------------ATC-T-A-CTT---TACCGAATA---GCA--TA--T--ACATAA-T--ATA-ATT---AA--T-AAT---TTA-----TCAA--AAAA-TGAAT-AA----A----TAAA-TAC-ATG---TAATT-CAA---TCT------ACATGGATTT--CACGGTAAAA-TGT---C-AAAACTTGA-G-G-ATA--A---AAgac
gi|7 : atgttgcaaatcttgcatgttat-AAAT---TC-G-CA-GA--T---T--TA--G-TTC-A-ATTG-AG--ATAG-A-GG-CC--C----TCA-G-AATTTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-ttcgcagatttagttcaattgagatagaggccctcagaatttccatggaatatacaagttata
gi|8 : atgttgcaaatcttgcatgttattcttgaaaaggaaatgatatggacatgtacaaacaaataactagactaccctgtcaattatatagttataggtttcctgattaaaacaatgaatctactttaccgaatagcatatacataatataattaataatttatcaaaaaatgaataaataaatacatgtaattcaatctacatggatttcacggtaaaatgtcaaaacttgaggataTC-T-AGCTTTTTCACCGAATA---AAA--TG--T--ATAC-A-T--GTAGATT---GA--T-AATAATTTAAT-ATTAAA--AAAA-TAAA--TT----AAAATTGAAATAA-ATGAA-CAATT-T-AAT-TCT--A-T-AAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---CAAAAGCCTGT-T-G-AGATGA---AACA-------CGGGCCA--GA-ATCACATC-CCG---GGC-TC--C-CG-----------TTGAAGT-TT----C-AAAT---AC------------------A--G-------------A-GATAA-A-GACCC--TCGA-TCA-G--ATGTCCAT-GGC--A-TATACAGAGTT-ATGA-CAACATG-AT-C-A--TT-
gi|9 : -T---C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-G-CG-G-----------A--G-TACTATTTTG-AG-ATTAA-A-GATCC--TC---TTA-G-AATTGCCAT--GA--A-TTCACA------GT-A-C-TCA-G--T-CAA--TG-TACGGGTA----ACC--A---GAAACCCTAC
blockSeqs : AC A C A T . . . A T . AA A A AT . T TT C . T ATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTA A T A A . T . GC CGA ACATTATATG . AATTTGCATGTTAT CT AT . G A A A T C A GAAA ATTA A T . AAGAGAGA C CC TACAGGCT GG G TT GCGGCCTTTACCGACGTCAGCA . A TTTTC CTAGAATGGTC A A . G ATT AT . TAAT TA A ACA AT TTAAAAT A G . . GACT TAAGTA A A AA T GTAAC A AT A G C CGG ATGAA . AA A C A . AG G . G . G T C TGGA . . . T T AGAA G . C CTTCGA G A T G AT . G . G C A T AA G ATTTT GGG TTCCAA
blockSeqs : A A C . T . . . . T . . . . T . T TT . . A . . . . A . T . GC AA . . AA . . . . . . . . . . ACA AA . . . . A C ATACCAGT GG . . GCTGCCTAAA . C TT CTAGACGCTA . . . . . . . T AT A A T TTAAA . . . . AAT TAGTA A A . C TC . T . . T CGG TGATA . . . . . . . . . . . . . . CTT . . . . . GAG . . C CTCGA . . T . C . . . . . . . A . AATG . CCAAA
blockSeqs : T T . T . . . . . . . . . T . T TT . . . . . . . A . C . GC GA . . A . . . . . . . . . . G AT . . . . C C TATAGTTA G . . TTAGCGA . . TC ATATGT . . . . . . . G T T T T TTAAA . . . . AA AGTA A A . T TG . T . . . CCG TTGAA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AGA . . C TCGA . . G . . . . . . . . . A . GATT . ACCA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . A GA . . A . . . . . . . . . . A GT . . . . C C TACAGT G . . TAGCTCA . . TC AAATGT . . . . . . . T T A A T TAAA . . . . AA AGT A A . T AT . T . . . GC TTAA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . ACG . . T TCGA . . G . . . . . . . . . A . ATTA . TTCC
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . . . . . . . A AT . . . . C C . G . . ACTAC . . TT GCATAT . . . . . . . T T C A T ATA . . . . A AT A T . T GT . A . . . CG TGAA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AGA . . . TCGA . . G . . . . . . . . . A . AATG . TCCA
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . A AC . . . . . . . G . . ACT . . TT AAATGT . . . . . . . T . C A . ATA . . . . A . . T . . TT . G . . . . GAAT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AG . . . TCGA . . G . . . . . . . . . A . ATT . ACCA
blockSeqs : . . . . . . . . . . A T . . . . . . . C . . . . . . GCAT . . . . . . . . . A . . GT . . . . A . . A . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AG . . . TC . . T . . . . . . . . . . . ATT . TCC
blockSeqs : . . . . . . . . . . G A . . . . . . . GCAT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . GA . . . C . . T . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . AG . . . C . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AG . . . C . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . .
blockSeqCons : T* ** ****** TT GA*** ** AT***** *** GCTG******************* TT*** GNATGT********* ** NTAAA******** AA*** AGT*** T** *** CGG****** TGAA*** *** *********** **** *** ** ** AG*** TCGA*** ATT**** NCCA*********
originalCons : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC-AT-GC--A-CAT-----TACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AC-AG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTGCCT------------G-A-TATC-T-AGCTT---CACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-A-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAA--AT----A----TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-T-A---TCT--AGTAAAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-G-ATAT-A---AACAC------CGGCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTG-AG-GATAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TCC--A---AAAACCCAACGCG
finalCons : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCTT-ATTTC-AT-GC--A-CAT------ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAA-GAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTGGA---ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--AAT-----AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATTA-T-AC-AG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC--AATGAAGCTG-------------------TATC-T-AGCTTT---ACCGAATAGNATGT---------ATAC-A-T--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAANTAAA--------TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-TAA---TCTAGT---AAATGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGTT--G-ATAT-A---AACACGG------GCCCATGAA---CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTC-A-TTTGAG---ATAA-A-GA-CCTCGA---TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-CATT----TAT---TANCCA---------AAAACCCAACGCG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTCATTATTGAGATAAAGATCCTTCAAATTCATGGACTTCGCTAAGTGTATGTGCGCTAGCAGATTGCCATATGTGTTTTATGCGTCAGATACGCCTACATGGAA
Unaligned ( gi|15 ): ATAACAATGTCCAGATAGGATTGGAGCGGTATTAATCATATGTTGCAGATCTTGCATGCAATTC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 3333333333 11 1 1 88888888888888888888888888 11111 2222222222 333333333333333 1111111 11111111 33333333333333 11 111111 888888888888888888888888888888888 1111 222222222222222 111 222222222 111 1 111 111111111111111111111 111 11111111111 1 1111111 1111111 11111111111111
lowQualScore : 44 5 0 0 3 5 88 0 5555555555 8 8 8 8 0 11 0 8 8 0 88 8 0 66 8 8 5 33333333333333333333333333 8 8 8 5 5 9 0 5 4 4 44444 5555555555 99 000000000000000 66 66 4 4 4 4 4 4 4 4 888888 4444444 4 8 777 66666666 7 77 0 77777777777777 77 5 444444 888 111111111111111111111111111111111 0000 111111111111111 8 66 5 888 66 5 8888 333 1 66 5 000000000 5 5 5 5 222 7777 5 5 3 66 1 0 888 5 777 0 5 333 5 999999999999999999999 5 66 4 111 4 99999999999 55 4 8888 3 666 6 3 3 999999999 6666 6 3 77 6 6 3 3 1111111 3 3 1 3 88 3 4 4 4 4 4 4 66 4 5555555 888 99999999999999
lowQualScore : .. . . . . . .. . .......... . . . . . .. . . . . .. . . .. . . . .......................... . . . . . . . . . . ..... .......... .. ............... .. .. . . . . . . . . ...... ....... . . ... ........ . .. . .............. .. . ...... ... ................................. .... ............... . .. . ... .. . .... ... . .. . ......... . . . . ... .... . . . .. . . ... . ... . . ... . ..................... . .. . ... . ........... .. . .... . ... . . . ......... .... . . .. . . . . ....... . . . . .. . . . . . . . .. . ....... ... ..............
lowQualScore : 00 8 8 8 2 4 88 8 0000000000 0 0 0 0 8 00 8 0 0 8 88 0 6 44 0 0 8 00000000000000000000000000 0 0 0 0 7 3 7 7 3 3 66666 0000000000 22 333333333333333 11 11 4 4 4 4 4 4 4 4 222222 7777777 4 9 888 11111111 6 55 9 99999999999999 55 0 444444 888 999999999999999999999999999999999 2222 111111111111111 9 11 0 888 99 0 9999 222 0 99 0 666666666 0 0 0 0 444 8888 0 0 6 99 2 2 888 0 222 1 0 888 0 888888888888888888888 0 99 0 000 0 00000000000 55 0 5555 6 444 7 3 3 666666666 2222 7 3 99 7 7 3 3 4444444 6 6 4 6 66 6 0 0 0 0 4 4 33 4 8888888 888 55555555555555
consensus : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC----------ATGCA-CA-T-ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATC-AAAGAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATT-AT-A-CAG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC------AATGA---AGCT-G------------------T----AT---CT-AGCTTT---ACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-AT--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAAN--TAAA--TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-TAA--TCTA-GT-AAA-TGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-GATAT-A---AAC-AC----G--G-GCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTCATTTG-A-G--A-TAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TC-C--A---AAAACCCAACGCG
Reference ( family-5699 ) : CAGTACATGAAACATAACAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCT-TATTTC----------ATGCA-CA-T-ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATC-AAAGAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTTCCGGA-TTGGGCTTG-GA--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATT-AT-A-CAG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC------AATGA---AGCT-G------------------T----AT---CT-AGCTTT---ACCGAATA---GNA--TG--T--ATAC-AT--GTA-ATT---GA--T-AAT---TTA-T-ATTNAA--AAAA-TAAAN--TAAA--TGAA-TAA-ATGAA-CAATT-TAA--TCTA-GT-AAA-TGGATAT--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-T-GATAT-A---AAC-AC----G--G-GCCCA-TGA-A-CACATC-CCGC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTCATTTG-A-G--A-TAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----NC-C--A---AAAACCCAACGCG
gi|1 : AGT-CATGAAACATA-CAAGTTCCTCAGGGACAAGTTCTCTATTCCCATTGCTCACATGGT-CA-T-ACGGCCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGAATAT-CCAAACTT-CTAGC-AACTATATATATGTACT--------------------------ATC-AAAGAATT-G-AAAT-TGAATAACAATTGTCCAGGAATTGGGCTTC-GAGCACG----------TTTCACAG-A-------------TC--T--TTG-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACCTG-T---A--ACTCAC--AA-TCAACTTACA--------ATTTATCATGTC-AATT-ATTA-CAG--TA-TAGGCTTG-CTGA-TCAAAAC------AATGA---AGCT-G------------------CCTAAATACCCT-AGGTC----ACCGAATA---AAAATTC--T--ATAC-ATTGGTA-ATT---GA--TCAAT---TTA-T-ATTTAA--AAAA-TAAACATTAAAG-TTAA-TAA-ATGAAACAATCGTAC--TCTA-GT-AAAATTGAT-T--CACGGTCAAATTTT---C-AAAGCCTGT-TCGATAT-AGGGAAC-ACTCGCGACG-TCCCA-TGC---CACATCTCCGC--GGT-CAGCC-CGGATCTCGCCATTTGA--T-TTTTCGC-AAATTCGACTG-CG-GA--T---TCTTACCGCTTCATTTGTA-GC-A-TAATATGA-CC--TCGAATCA-A-GAAGTCCAT-GAA--AATATACA-AGTTCAT-A-C-ACA-G-AT-C-A---T-TAT---CAAATCCC-C--ATATAGAACCAAACGCG
gi|10 : ATATCAAT-GT-CCAGA-TTGGA-TTG-AA--ACGACATTATATGTT--GCAG-AATTTGCATGTTATTC--T--T-G-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---G--A---AA--AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCT-A------------TAGGTTT-GCTGA-TTAAAAC------AATGA---AACT----------------------------------ACTTT---AACTAATA---GCA------T--ATGC-AT--Gggaag
gi|11 : ccatatggcct-T---C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-GTCGCGA--G---T--TA--G-TTCATTTGGA-G--A-TAA-A-GA-TC--C----TTA-G-AATTTCCAT-GGAC-A-TTCACA-AGTT-AT-A-C-TCA-G-AT-CAA--TG-TGT---TA----AC-C--A---GAAACCCA
gi|13 : ataaaaaaatatcaatcaactggatcttcaacggtaacaaaacaacaaaatgC-AC----G--G-AT--A-TTA-A-CACATC-TCAC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AA-G-CG-GA--T---T--TA--C-TTCATTTG-A-G--A-TAA-A-GA-CC--catgga
gi|14 : acat-------------TC--T--T-G-ATAA-TGAA-TG-AT-ACGA-ACATA-TGAAA--A---ATTAAA-T-AAGT---A--------GACCAct
gi|16 : atgttgcaggtcttgaatatttt-G-CG-AA--TGGAT--TA--G-TTAATATG-A-G--AATAA-A-GA-CCC-TCGA-TCT-G-AATTTCCAT-GGA--A-CATAtataa
gi|17 : ATAACAAT-G-TCCGGA-TTGGA-TTG-GA--ACG----------t
gi|2 : ccacattgcctATGAAACATAACAAGTTCCC--GGGACAAGTTCT-TATTTC----------ATGCA-CA-T-ACG-CCT--CCG--TTACGGTGAGT-CACCGTATGCGA-TATTCCACACTTTCTAGC-AA-TATAT------------------------------------T-----GAATTTGGAGATATAAATAACA----TTCCGGA-TTGGGCTTTCGA--GCG----------TT--GCAG-A-------------TC--T--T-G-ATAAAGGAA-TG-ATTACGGCACATG-T---A--A----T--GA-T-AACT---AAAGAGAGAGATAACTCTGTCCAATT-AT-A-CAGGCT--TAGGCTTG--TGAGTCAAAAC------AATGA---AGCG-GCCTTTACCGACGTCAGCAT----AT---CT-AGCTTT---ACCGAATACTAGAA--TGGTC--ATAC-AT--GTA-ATTATTGA--T-AAT---TTA-T-ATTAAA--AAAAATAAAT--TAAA--TGAA-TAA-ATGAA-CA--T-TAT--TTTAAGT-AAA-TGCATAT--CACGGTCAAATTTC---A-AAAGCCTGA-T-GATAT-A---AAC-AC----G--G-GCCGAATGA-A-CACATC-CCAC--GGC-T---C-CG-----------TTGA--T-TT----C-AAAT---AC-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTCATTTG-A----A-TAA-A-GACCC--TCGA-TCA-GAAATGTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TT-TAT---TA----TC-C------AAAACTCAACGCGgcatta
gi|3 : caagtCAGTA-ATGAAACATAACAAGTTCCTC---GACAAGTTCT-TATTTC----------ATGCA-CAGT-ACG-CGCTTCCGAATTACA-TG-GTACACCGT--GCGA-TATTCCATAAT--CTAGC-AA-TCAAT-TATGTACT--------------------------ATC-AAAGAATT-GGAAAT-TAAATAACAAT-GTCC--GA-TT-GGCTTG-----ACG----------TT--GCAGAA-------------TCCTC--T-G-ATAA-GGAA-TGAAT-AC-G-ACATGAT---A--A---AT--AA-T-AAC----A--------GATTCACCTGTC-AA-T-AT-A-CAG--T--TAGGCTT-GCTGA-TCAAAAC------AATGAATTAGCG-A------------------T----AT---CTAAGCTTC---ACCAAATA---ATA--TG--T--ATAC-AT---TA-ATT---GAATT-AA----TTA-TAATTAAAACAAAA-TAAAT--TAAA--TGAA-TAAGATGAA-CAATT-CGACTTCTA-GT-AAA-TGGATATAACACGGTCAAACTTG---C-ATAGCCTGTAT-GA-AC-A---CACAAC----A--GCGCCCA-TGATA-CACATC-CCGC---GC-T---C-CG-----------TTAA--T-CT----C-AAAT---AC-G-CG-GACTT---T--TA--G-TTCATTTG-A-GAAA-AAA-A-GA-CCCTTCGA-TCAGG-AATGTCCAT-GGAATA-TATACA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-ATGC-A-----TAT---TA----TT-C--C---AAAACCCAACGgaaa
gi|4 : ctgATGAAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTTAT-TAT--C----------ATGCA-CA-T-ACG-CCTTCCCG--TTACGGTG-GT-CACCGT-TGCGA-TTATCCACACTTTCTAGCCAA-TATATTTATGTACTATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATC-AAAGAATT-GGAAAT-TAAATAACA-T-GT-CCGGA-TTGGGCTTG--A--ACG----------TT--GCAG-A-------------TC--TATT-GGATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-T---A--A---GT--AA-TTAACT---A--------TATTACCCTGTC-AATT----------------------GCTGA-TCAAAACTTACCGAAT-----AGCTCA------------------T----AT---CTCAGCT-----ACCGAATACT-AGA--CG--CTAATGC-AT--G-A-ATT---GA--T-AAG---TTA-T-ATTTAA--TAAA--AAAG--T---------------TAAA-CAATT-TAT--TTTA-GT-AAA-TGGATAT--CACGGTCAAA-TTT---C-AAAGCCTGT-T-GATAT-AT--AAC-AC----G--G-GCCCA-TGA-A-CA-ATC-CCAC--GGC-T---CACG-----------TTGA--TGTT----C-AAAT---ACGG-CG-GA--T---T--TA--G-TTCATTTG-A-G--A-TAAGA-GACCC--TCGA-TCA-G-AATGTCCATGGGA--A-TATACA-AGTT-AT-ACC-ACA-GAAT-C-ATTTT-TAT---TA----TT-CCAA---AAAACCCAACGCGaggaga
gi|5 : ttCAGTACATGAAACATA-CA-GTTC-TC--GGACAAGTTCT--ATTTC----------ATGCAACA-TTACG-CCTTCC-G--T-ACGGTG-GT-C-CCGT-TGCGA-TAT-CCACACTTTCTAGC-AA-TATATATATGTACT--------------------------ATCAAAAGAATT-GGAAAT-TAAA-AACAAT-GTTCCGGA-TT-GGCTTG-GA--ACG----------TT--TCAG---------------TC--T--T-G-ATAA--GAA-TG-AC-ACGG-ACATG-T---A--A---AT--AA-T-AACT---A--------GATTACCCTGTC-AATTAAT-ACCAG--T--TAGGCTTGGCTGA-TCAAAAC------AATGA---AGCT-GCCTAAA------------T----AC---CT-AGCTTC---ACCGAATA---AAA--TG--T--ATACAAT--GTA-ATT---GA--T-ACT---TTA-T-ATTAAA--AAAA-TAAAA--T--A--TGAA-TAA-ATGAA-CCATT-T-A--TCTA-GTAAAA-TGGATAT--CACGTGAAAATTGTAACC-AAAGCCTGT-T-GATAT-A---AAC-AC----C--G-GCCCATTGA-A-CACATC-CCGCAAGGCAT---C-CG-----------TTGA--T-TT----TGAAAT----C-G-CG-GA--T---T--TA--G-TTCATTTG-ACG--T-TAA-A-GA-CC--TCGA-TCA-G-AATGTCCAT--GA--A-TATACA-A-TT-AT-A-C-ACA-G--T-CGA--TT-TAG---TA----CCAA--A---AAAACCCAACGCGgaact
gi|6 : -------------TC--T--T-A-ATAA-GGAA-TG-AT-ACGG-ACATG-C---G--A---A---AA-T-AACT---A--------GACTA---TAT--AGCT-A------------TAGGTTTGG-TGA-TCGAAAC------AATGA---AACT----------------------------------ACTTT---ACCTAATA---GCA------T--ATAC-AT--GTA-ATA---AA--T-AAT---TTA------CAA--AAAA-T---------A--TGAA-TAA-ATAAA-TAATT-TAA--TC----T-ACA-TGGGTTT--CACGGTAAAA-AAT---C-AAAAGTTGT-A-GATAT-A---AAC-GC----G---------------------------------T---C-CA-----------TTGA--T-TT----C-CAAT---AC-G-CA-GA--T---T--TA--G-TTCATTTG-G-A--A-TAA-A-GA-CC--C----TCC-G-ATTTTCCCT-GGA--A-TATGCA-AGTT-AT-A-C-ACA-G-AT-C-A--TTATAT---TA----TC-C--A---GAAACCTTACGTG
gi|7 : gttgcaggtcttgcttgtttt-------------TC--T--T-G-AAAA-GGAAATG-AT-ATGG-ACATG-T---ACAA---AC--AAAT-AACT---A--------GACTACCCTGTC-AATT-AT-A-TAG--TTATAGGTTT-CCTGA-TTAAAAC------AATGA--------------------------------AT---CT-A-CTTT---ACCGAATA---GCA--TA--T--ACATAAT--ATA-ATT---AA--T-AAT---TTA-----TCAA--AAAA-TGAA---TAAA--TAAA-TAC-ATG---TAATT-CAA--TC----T-ACA-TGGATTT--CACGGTAAAA-TGT---C-AAAACTTGA-G-GATA--A---AAgac
gi|7 : atgttgcaaatcttgcatgttat-AAAT---TC-G-CA-GA--T---T--TA--G-TTCAATTG-A-G--A-TAG-A-GG-CC--C----TCA-G-AATTTCCAT-GGA--A-TATACA-AGTT-AT-A-ttcgcagatttagttcaattgagatagaggccctcagaatttccatggaatatacaagttata
gi|8 : atgttgcaaatcttgcatgttattcttgaaaaggaaatgatatggacatgtacaaacaaataactagactaccctgtcaattatatagttataggtttcctgattaaaacaatgaatctactttaccgaatagcatatacataatataattaataatttatcaaaaaatgaataaataaatacatgtaattcaatctacatggatttcacggtaaaatgtcaaaacttgaggataT---CT-AGCTTTTTCACCGAATA---AAA--TG--T--ATAC-AT--GTAGATT---GA--T-AATAATTTAAT-ATTAAA--AAAA-TAAAT--TAAAATTGAAATAA-ATGAA-CAATT-TAAT-TCTA--T-AAA-TGGATAT--CACGGTCAAATTTT---CAAAAGCCTGT-T-GAGATGA---AAC-AC----G--G-G-CCA--GA-ATCACATC-CCG---GGC-TC--C-CG-----------TTGAAGT-TT----C-AAAT---AC-A----------------------------G-A-G--A-TAA-A-GACCC--TCGA-TCA-G--ATGTCCAT-GGC--A-TATACAGAGTT-ATGA-CAACATG-AT-C-A--TT-
gi|9 : -T---C-CC-----------TGGA--T-TT----C-GCCG---AC-G-CG-GA--G---TACTA-----T--TTTG-A-G--ATTAA-A-GATCC--TC---TTA-G-AATTGCCAT--GA--A-TTCACA------GT-A-C-TCA-G--T-CAA--TG-TACGGGTA----AC-C--A---GAAACCCTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTCATTATTGAGATAAAGATCCTTCAAATTCATGGACTTCGCTAAGTGTATGTGCGCTAGCAGATTGCCATATGTGTTTTATGCGTCAGATACGCCTACATGGAA
Unaligned ( gi|15 ): ATAACAATGTCCAGATAGGATTGGAGCGGTATTAATCATATGTTGCAGATCTTGCATGCAATTC