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lowQualScore                  :                        22   00000    444444444444444444    44 44  3 3 3   6  3 3 3 22222222 3  3  44   1111  3          3    5  6666 2  2   00000000 2  3 88888 777   888  3    3 6  2  6666 2 2 2  2 2       2   8888 33   66   2 2 999999     2 2  2 55555  4    2  9999   5555   2 2      6666666666666666666666666666666666666666666666666666  444 777 33 5555 2   444 2 33 2 66 99999999 666 2       33 33   99  000 5     11111        
lowQualScore                  :                        ..   .....    ..................    .. ..  . . .   .  . . . ........ .  .  ..   ....  .          .    .  .... .  .   ........ .  . ..... ...   ...  .    . .  .  .... . . .  . .       .   .... ..   ..   . . ......     . .  . .....  .    .  ....   ....   . .      ....................................................  ... ... .. .... .   ... . .. . .. ........ ... .       .. ..   ..  ... .     .....        
lowQualScore                  :                        44   00000    777777777777777777    66 66  3 3 3   7  3 3 3 99999999 3  3  66   7777  3          4    7  1111 9  9   44444444 9  1 55555 111   555  1    1 2  9  1111 9 9 9  9 9       9   2222 99   33   7 7 111111     7 7  7 88888  6    7  3333   7777   7 7      4444444444444444444444444444444444444444444444444444  777 333 77 7777 7   777 7 77 7 66 11111111 999 5       44 44   00  000 0     77777        
consensus                     :              GTCACATGGAA-CTG-----GGGG-GG------GG---TGG-GGGG--G--GG-G-G-GCG-AC-T-A-A---GACCTC-GG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGGCCAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G---T-AAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-GTATC-T-CT--AC-TGT--A---G---GG--C-T-G----T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---A-GTGGCGG--A--TTTAGAGA-GG-GGCCG---CCGCCCCCCC
Reference ( gi|4 )            :              GTCACATGGAA-CTG-----GGGG---------GA---TAA-GGGG--G--GG-G-G-GCG-AC-T-A-A---GACCTC-GG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGACCAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G---T-AAGCATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-GTATCATACT--AC-TGT--A--TA---GG--C-T-G----T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---A-GTGGCGG--A--TTTAAAGA-AG-GGCCG---CTGCCCCCCC
gi|9                          :              GTCACATGGAA-CTG-----GGGGTGGGGCGGGGG---T---GGGG--G--GG-G-G-GTG-GC-CGA-A---GAC-TC-GG-CT--TGC----CA-TGATTTACTG-CCAG-CC----C--C-AGA--G-----T-ATAT-C---T-A-TCC---A--AGA--A-AT-CT----T-TTG-TG-T-TTAAAAG-AAAT---A--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G---TAAAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-GTAT----CT--AC-TGT---------------------------------AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A--C--------C---A-GTGGCGG--A--TTT--AGA-AG-
gi|10                         :             aGTCACATGGAAACTG-----GCGG---------GA---GGGTGGGG--G--GG-G-GCGCG-AC-A-A-A-------TC-GGACT--TGA----CACTTATTTACTG-CCAT-GC----C-AC-AGA----------AT-T-C---T---TCC---AT-AG-T-A-ATTCT----T-T-G-TG-T-TTTAAA--ATATCTAT--ATA--TCA-ATAC--T--CAT----------------------AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-GTAT------------------------------T-C----T-T-TT----AA---A---T-AG----A-TAT---AGG--T-A-CCTGATTCAGT---A-GTGGCGG--A--TTTAGA
gi|6                          :            aaGTC-CATGGAA-CTG-----AGGG---------G--------GGGG--G--GG-G-A-GGG-AC-T-ATA---GA-----GG-GC--TGAAC--CA-TGATTTACTGCCCAG--C----C-AC-AGA--G-----TCAT-T-CGTAT-A-TCC-------GAT-ACGT-GT----TGG-G-TG-T-TTTTAAG-AGAA---TGGATA--TCG-A-AC--CTACAGTT-T-CT-GGTAT-AA--ATA-AAATAGTCCGGTGGTG-T-GGGGGC-GTATTTTG----AC-TGT--A---A---GG----T-G-------------------A---T-TA----G-T----------T-A-CC--------C-----GTGGCGG--ATGTTTAGAGtgccc
gi|17                         :                CACATGGAG---G-----GGGG---------G--------GGGGCAG--GA-GCG-GCGTAC-T-A-ACCCGAC-TC-GG-ATGCTGC----AA-TGATTTACTGGCCAG-AC----C-AC-AGA--G-----T-Accga
gi|8                          : gctaatccaaattgggACATGGA--CTG-----GGGGTGGGG----GG---TGG-GGGG--G--GG-G-G-GGC-AC-T-A-A---G-CCTC-GG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGGCCAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-G---T-AAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-G--TTAT-CT--AC-TGTA-A--GG---GG--C-T-G----T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---A-GGGGCG------TTTAGA
gi|7                          :               caACATGGA--CTG-----GGGGTGGGG----GG---TGG-GGGG--G--GG-G-G-GGC-AC-T-A-A---G-CCTC-GG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGGCCAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-G---T-AAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-G--TTAT-CT--AC-TGTA-A--GG---GG--C-T-G----T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---A-GGGGCG------TTTAGA
gi|5                          :               caACATGGA--CTGTGGGTGGGG---------GG---TGG-GCGG--G--GGTG-G-GC--AC-T-A-A---GGCCTCCGG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGGCCAG-CC----C-AC-AGGACG-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAGAAAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-G---T-AAACATA-A------TC----GTA-T-GTGGGC-GT----TATT--AC-TGT--AAGGG---GG--C-T-G----T-T-TT--A-AA---A---TCCA----A-TAT---A-G--TAA-CC--------CA--A-GGGGC-G--A--TTTAGAG
gi|12                         :                   ATGGA---TG-----GGGGCGG------GG---TGG-GGGG--AATGG-G-G-GCG-AAAT-A-A---GATC-C-GG-CT---GA----C--TG-TTTACTGACCAGGTT----C-ACCAGA--G-----T-AT-T-C---TTA-TCCC--ATCAGAT-A--T-AT----T-T-G-TG-T-TTGTAAG-AAAT---T--ATA--T-G-G-AC-----CATTT-A-CT-G---T-AAACATAGAA----TCC----G---T-GTGGGC-----CGTTTT--A--TGT--A--AG---GG--C-------------------------------------TAT---A-G--T-A--A--------C---A-GTGACGG--A--TT
gi|3                          :                            G-----GGGG---------GAGGTTGG-GGGG--G--GG-G-G-GCG-AC-T-A-AA--GATC-C-GG-CT--TGAACGTCA-TGATTTACTGGC-AG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-ATAT-CT----T-T-G-TG---TTTAAAG-AAAT---T--ATA--T-G-A-AC--C--CATTTAA-CT-G---TAAAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC--TATCTTA----AC-TGT--A---A---GG--C-C-G----T-T-TT--ACAA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------A---G-GTGGCGG--A--TTTACAGAGGG-GGCCG----TGCCCCatag
gi|11                         :     tcacatggatcggggggggggggG-----GGGG---------GA---T----GGG--G--GG-G-G-GCG-AC-T-A-A---GAC-TC-GG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGGCCAGCCC----C-AC-AGA--G-----T-AT-TAT---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AG-CT----T-T-G-T--T-TTTAAAG-AAA----T--GTA--------------------------------AAACATT-AA----TCC----GTA-T-GTGGGC-G--TTAT-CT--AC-TGT--A--AG---GG--C-T-G----T-TATT--A-AA---AC--T-CA----A-TAT---A-G--T-A--C--------C---A-GGGGCGG--A--TTTAGAGG-GG-GGCCG---CCGCGCCCC
gi|13                         :                                                            --G--GG-G-G-GGG-AC-T-A-A---TAC-TC-GG-CT--TGA----AT-TGACTTACTG--CAG-CC----C-AC-AGA--T-----T-AT-T-C---TTA-TCC---AT-AGAT-A-TC-TT----T-T-G-TGCT-TTTAAAG-AA---------TA--TCG-A-AC--TG-CATTT-A-CT-G---T-AA-CATA-AA----TCC----GTA---GTGGGC-GTATC----T--AC-TGT--A--CA---GGG-C-T-GAT--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-A--T-A-CC--------C---A-GTGGCGG--A--TTT
gi|2                          :                                                    catggact--G--GG-G-G-GCGGAC-T-A-A---GAC-TC-GG-CT--TGA----CA-TGATTTACTGGCCAG-TCGCCAC-AC-GAA--A-----A-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-GTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G---T----CAT--AA----TCC----GTA-T-GGGCCC-GTATCGGTCT--ACGTGTGAG--TAAC-GG--C-C-GCTGTT-T-TT--A-AACATA---C-CATGTTA-TAT---A-G--T-A-CC--------C---A-GT-GCGGATA--TTTAACGA-GG-GACCG---T--CCCCCCtagag
gi|14                         :                                                                  gtcacatggaacagagagtcccatggtctgtggtagggcgacggcagcgcTAATGGCCAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-CG--T-AATCC---AT-AGAT-A-AT-TT----T-G-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATAATTCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G---T-AAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGGCAGTAT----CT--AC-TGT--A--AAG--GG--CGC-G----T-T-TTA-A-AA---A---T-CA----A-TA----A-G--T-A-CC--------C---A-GGGGGGG--A--TTTAGAG--GG-GGCCG---CTGCCCCC
gi|1                          :                                                                                                                           CAG-CC----CCAC-AGAC-GCCTATT-AT-C-C---T-AGTCCCTGGT-AGATTA-AT-CCGGGAT-T-GCTG-TATTTACGA-AAAT---T--ATAC-TCGGA-ACATTA-CACTT-AACT-------AAACATA-AAAC--TCC----GTA-TTGTGGGC-CGAGCCTCCCTCAC-T-T--G--TAAGGGG--C-TTG----T-T-CTCTA-AG---AGCTC-CA----A-TAT---A-AGTT-A-CC--------CCCTA-GTGGCGG--A--TTT--AGA-GG-GGGCG---CTGCTCCC
gi|15                         :                                                                                          taagtcaaccatggatcgggagggcgccgactaagactttcagcgcaagaccggggatttgagcgggatgaattttttttaactgcgctttT-TT----T-C-A-TG-T-ATTAAG---AAT---T--AT---TC--A-AC-----CATTT-A-CT-G---T-AACT----AA----TCC----GTA-T-G-G----GTATC-TACT-----TGT--A--AG---GG--C-T-G----TAT-TT--A-AA---A---T-CA----ATTAT---A---------C--------C---A-GTG--GG--A--TTTAGAGact
gi|16                         :                                                                                                                                                                             tgggaggcgggggatagactcactttgacatattacaggcagccacgg--TCG-A-AC--CG-CATTT-A-CTTG---T-AA-CATA-AA----TCC----GTACT-GTGGCC-GTAT----CT--AC-TGT--A---A---GGGCC-T-G----T-T-TTTCA-AA---A---T-CA----A-TATTTAA-G--T-AGCT--------C---AGGTGGCGG--A--TTTAGAGG-GGAGGCCGCCCCCGCGCCCCCcc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -CC--------C---A-GTGGCGG--A--TTT--AGA-GG-GGGCG---CTGCCCCCCC





Alignments
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Reference ( family-562 )      :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T-CT-AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAGAGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
gi|1                          :                                                                       GG----G----A------G--GG-CGCCG-AC-T-A-A---GACTTTCAGCGCAAGACC-GGGGATT--TGAG---CGGGA-TGAATTTTTTTTAACTGCGCTTTCAG-CC----CCAC-AGAC-GCCTATT-AT-C-C---T-AGTCCCTGGT-AGATTA-AT-CCGGGAT-T-GCTG-TATTTACGA-AAAT---T--ATAC-TCGGA-ACATTA-CACTT-AACT----AAA-CATA-AAAC--TCC----GTA-TTGTGGG-CCGAG-CCTC--C-CTCAC-TTGT--AAG-GG--------G--C-TTG--T-T-CTCTA-AG---AGCTC-CA----A-TAT---A-AGTT-A-CC--------CCCTAG-TGGCGG--A--TT-TAGAGGGG-G--CG---CTGCTCCC
gi|10                         : taagtcaaccatggatcGTCACATGGAAACTG--GCG-GG------A----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-CG-CG-AC-A-A-A-------T------------C-GGA--CT--TGA----C---ACTTA------TTTA-CTG--C---CAT-GC----C-AC-AGA----------AT-T-C---T---TCC---AT-AG-T-A-ATTCT----T-T-G-TG-T-TTTAAA--ATATCTAT--ATA--TCA-ATAC--T--CAT--------------------AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TAT---T-CT----------------------------------T-T-T-----AA---A---T-AG----A-TAT---AGG--T-A-CCTGATTCAGT---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAact
gi|11                         :                                  aa-G-GG------G----G-----GA--------TGGGG----G----G------G--GG----CG-AC-T-A-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAGCCC----C-AC-AGA--G-----T-AT-TAT---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AG-CT----T-T-G-T--T-TTTAAAG-AAA----T--GTA-----------------------------AAA-CATT-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GTA-A---GG--------G--C-T-G--T-TATT--A-AA---AC--T-CA----A-TAT---A-G--T-A--C--------C---AG-GGGCGG--A--TT-TAGAGGGG-GGCCG---CCGCGCCCCtgccc
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gi|4                          :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----A---------------TAAGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-AC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAG-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATCA-TACT-AC-T-GT--AT--AG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAAAGAAG-GGCCG---CTGCCCCCCC
gi|5                          :                     ACATGGA--CTGTGG-GTGG------G----G-----GG--------TGGGC----G----G------G--GGTGGGC--AC-T-A-A---GGCCT------------CCGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGGACG-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAGAAAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-A------TC----GTA-T-GTGGG-C---GTTAT------T-AC-T-GT--AAGGGG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---TCCA----A-TAT---A-G--TAA-CC--------CA--AG-GGGC-G--A--TT-TAGAG
gi|6                          :                  GTC-CATGGAA-CTG--A-G-GG------G----G-----GG---------GGGG----G----A------G--G------G-AC-T-ATA---GA-----------------GG---GC--TGAAC--C---A-TGA------TTTA-CTG-CC---CAG--C----C-AC-AGA--G-----TCAT-T-CGTAT-A-TCC-------GAT-ACGT-GT----TGG-G-TG-T-TTTTAAG-AGAA---TGGATA--TCG-A-AC--CTACAGTT-T-CTGGT-ATA-AATA-AAATAGTCCGGTGGTG-T-GGGGG-C---G-TATT--T-TG-AC-T-GT--A---AG--------G----T-G-----------------A---T-TA----G-T----------T-A-CC--------C----G-TGGCGG--ATGTT-TAGAG
gi|7                          :                     ACATGGA--CTG--G-G-GGTGG---G----G-----GG--------TGGGG---------G------G--GG-GGGGGCAC-T-A-A---G-CCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGAccga
gi|8                          :                   caACATGGA--CTG--G-G-GGTGG---G----G-----GG--------TGGGG---------G------G--GG-GGGGGCAC-T-A-A---G-CCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGA
gi|9                          :                caGTCACATGGAA-CTG--G-G-GGT-----G----G-----GG--------CGGGG----GTGGGG------G--GG-GGGTG-GC-CGA-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGC----C---A-TGA------TTTA-CTG--C---CAG-CC----C--C-AGA--G-----T-ATAT-C---T-A-TCC---A--AGA--A-AT-CT----T-TTG-TG-T-TTAAAAG-AAAT---A--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T----AC-T-GT--A----------------------------------A---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC------------AG-TGGCGG--A--TT-TAGA





Alignments
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lowQualScore                  :                            33   00 3 3  999999 1111 33333  22222222     444444444 777777 77  7   1 7  7 3 7 777 1 22222222222222 7  333  77   0000 777 7   777777    5   44 444   0  3333 5  5  666666666 5  7 77777 555   333  7    7 3  7  7777 7 7 7  7 7       7   1111 77   99   5 5 888888     5 5  0  5   5    5  8888   3333   5 5     5 999 5 66666 33 5  0 5  9999999999999999 44 999 99 5 5  44 5  444 999 99 3333 5   444 5 44 5 66 444444444444  4      22 66  4     1   0 5   888          
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Reference ( family-562 )      :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T-CT-AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
gi|1                          :                                                                       GG----G----A------G--GG-CGCCG-AC-T-A-A---GACTTTCAGCGCAAGACC-GGGGATT--TGAG---CGGGA-TGAATTTTTTTTAACTGCGCTTTCAG-CC----CCAC-AGAC-GCCTATT-AT-C-C---T-AGTCCCTGGT-AGATTA-AT-CCGGGAT-T-GCTG-TATTTACGA-AAAT---T--ATAC-TCGGA-ACATTA-CACTT-AACT----AAA-CATA-AAAC--TCC----GTA-TTGTGGG-CCGAG-CCTC--C-CTCAC-TTGT--AAG-GG--------G--C-TTG--T-T-CTCTA-AG---AGCTC-CA----A-TAT---A-AGTT-A-CC--------CCCTAG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-G--CG---CTGCTCCC
gi|10                         : taagtcaaccatggatcGTCACATGGAAACTG--GCG-GG------A----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-CG-CG-AC-A-A-A-------T------------C-GGA--CT--TGA----C---ACTTA------TTTA-CTG--C---CAT-GC----C-AC-AGA----------AT-T-C---T---TCC---AT-AG-T-A-ATTCT----T-T-G-TG-T-TTTAAA--ATATCTAT--ATA--TCA-ATAC--T--CAT--------------------AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TAT---T-CT----------------------------------T-T-T-----AA---A---T-AG----A-TAT---AGG--T-A-CCTGATTCAGT---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAact
gi|11                         :                                  aa-G-GG------G----G-----GA--------TGGGG----G----G------G--GG----CG-AC-T-A-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAGCCC----C-AC-AGA--G-----T-AT-TAT---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AG-CT----T-T-G-T--T-TTTAAAG-AAA----T--GTA-----------------------------AAA-CATT-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GTA-A---GG--------G--C-T-G--T-TATT--A-AA---AC--T-CA----A-TAT---A-G--T-A--C--------C---AG-GGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCGCCCCtgccc
gi|12                         :                       ATGGA---TG--G-G-GGC-----G----G-----GG--------TGGGG----G----G------AATGG-GGGCG-AAAT-A-A---GATC-------------C-GG---CT---GA----C-----TG-------TTTA-CTG-AC---CAGGTT----C-ACCAGA--G-----T-AT-T-C---TTA-TCCC--ATCAGAT-A--T-AT----T-T-G-TG-T-TTGTAAG-AAAT---T--ATA--T-G-G-AC-----CATTT-A-CT-GT-AAA-CATAGAA----TCC----G---T-GTGGGCC---G-T-----T-TT-A--T-GTA-A---GG--------G--C-----------------------------------TAT---A-G--T-A--A--------C---AG-TGACGG--A--TTATAG
gi|13                         :                                                                                   ------G--GG-GGGGG-AC-T-A-A---TAC-T------------C-GG---CT--TGA----A---T-TGA------CTTA-CTG------CAG-CC----C-AC-AGA--T-----T-AT-T-C---TTA-TCC---AT-AGAT-A-TC-TT----T-T-G-TGCT-TTTAAAG-A---------ATA--TCG-A-AC--TG-CATTT-A-CT-GT--AA-CATA-AA----TCC----GTA---GTGGG-C---G-TA----T-CT-AC-T-GTACA---GG--------G--C-T-GATT-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-A--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--AT-TT-TAGAG-
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gi|15                         :                                                            --------TGGGA----G----G------C--GG-GGG---AT-----A---GAC-T------------C-AC---TT--TGA----C---A-TA--------TTA-CAG-GC----AG-CC------AC-GG-----------------------------------------T-TT----T-C-A-TG-T-ATTAAG---AAT---T--AT---TC--A-AC-----CATTT-A-CT-GT-AAC-T----AA----TCC----GTA-T-G-G-------G-TA----T-CT-ACTT-GTA-A---GG--------G--C-T-G--TAT-TT--A-AA---A---T-CA----ATTAT---A---------C--------C---AG-TG--GG--A--TT-TAGAG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  --TCG-A-AC--CG-CATTT-A-CTTGT-AA--CATA-AA----TCC----GTACT-GTGGC-C---G-TATC--T----AC-T-GT--A---AG--------GGCC-T-G--T-T-TTTCA-AA---A---T-CA----A-TATTTAA-G--T-AGCT--------C---AGGTGGCGG--A--TT-TAGAG-GGGAGGCCGCCCCCGCGCCCCCcc
gi|17                         :                    CACATGGA-------G-G-GG------G----G-----GG---------GGGC----A----G------G--AG-CGGCGTAC-T-A-ACCCGAC-T------------C-GG---ATGCTGC----A---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-AC----C-AC-AGA--G-----T-A
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gi|2                          :       tcaattaaaacGTCACATGGAA-CAG--A-G-AGTCCCATG----GTCTGTGG--------TAGGGCGACG----GCAGCGCG--GG-GGGCGGAC-T-A-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-TCGCCAC-AC-GAA--A-----A-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-GTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-----CAT--AA----TCC----GTA-T-GGGCC-C---G-TATCGGT-CT-ACGT-GT--G---AGTAACGGCCG--C-T-GT-T-T-TT--A-AACATA---C-CATGTTA-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-T-GCGGATA--TT-TAACG-AGG-GACCG---TCCCCCCcc
gi|3                          :                   TCACATGGAT-CGG--G-G-GG------GGGGGG-----GGGGGGAGGTTGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-TAA-A---GATC-------------C-GG---CT--TGAACGTC---A-TGA------TTTA-CTG-G----CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-ATAT-CT----T-T-G-TG---TTTAAAG-AAAT---T--ATA--T-G-A-AC--C--CATTTAA-CT-GTAAAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C-----TATC--T-TA-AC-T-GT--A---AG--------G--C-C-G--T-T-TT--ACAA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------A---GG-TGGCGG--A--TT-TACAGAGGG-GGCCG----TGCCCC
gi|4                          :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----A---------------TAAGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-AC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAG-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATCA-TACT-AC-T-GT--AT--AG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAAAG-AAG-GGCCG---CTGCCCCCCC
gi|5                          :                     ACATGGA--CTGTGG-GTGG------G----G-----GG--------TGGGC----G----G------G--GGTGGGC--AC-T-A-A---GGCCT------------CCGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGGACG-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAGAAAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-A------TC----GTA-T-GTGGG-C---GTTAT------T-AC-T-GT--AAGGGG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---TCCA----A-TAT---A-G--TAA-CC--------CA--AG-GGGC-G--A--TT-TAGAG-
gi|6                          :                  GTC-CATGGAA-CTG--A-G-GG------G----G-----GG---------GGGG----G----A------G--G------G-AC-T-ATA---GA-----------------GG---GC--TGAAC--C---A-TGA------TTTA-CTG-CC---CAG--C----C-AC-AGA--G-----TCAT-T-CGTAT-A-TCC-------GAT-ACGT-GT----TGG-G-TG-T-TTTTAAG-AGAA---TGGATA--TCG-A-AC--CTACAGTT-T-CTGGT-ATA-AATA-AAATAGTCCGGTGGTG-T-GGGGG-C---G-TATT--T-TG-AC-T-GT--A---AG--------G----T-G-----------------A---T-TA----G-T----------T-A-CC--------C----G-TGGCGG--ATGTT-TAGAG-
gi|7                          :                     ACATGGA--CTG--G-G-GGTGG---G----G-----GG--------TGGGG---------G------G--GG-GGGGGCAC-T-A-A---G-CCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGAccga
gi|8                          :                   caACATGGA--CTG--G-G-GGTGG---G----G-----GG--------TGGGG---------G------G--GG-GGGGGCAC-T-A-A---G-CCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGA
gi|9                          :                caGTCACATGGAA-CTG--G-G-GGT-----G----G-----GG--------CGGGG----GTGGGG------G--GG-GGGTG-GC-CGA-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGC----C---A-TGA------TTTA-CTG--C---CAG-CC----C--C-AGA--G-----T-ATAT-C---T-A-TCC---A--AGA--A-AT-CT----T-TTG-TG-T-TTAAAAG-AAAT---A--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T----AC-T-GT--A----------------------------------A---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC------------AG-TGGCGG--A--TT-TAGAA-G





Alignments
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lowQualScore                  :                            99   55 3 3  777777 7777 88888  11111111     000000000 777777 33  2   1 0  2 5 2 444 0 77777777777777 2  777  33   2222 444 2   777777    2   55 444   5  5555 2  2  000000000 2  2 77777 666   777  2    2 5  2  5555 2 2 2  2 2       2   7777 33   55   2 2 666666     2 2  5  2   2    2  8888   5555   2 2     2 666 2 00000 33 2  5 2  6666666666666666 33 333 55 2 2  99 2  444 666 22 5555 2   444 2 33 2 22 000000000000  2      33 55  2     3   5 4   888          
lowQualScore                  :                            ..   .. . .  ...... .... .....  ........     ......... ...... ..  .   . .  . . . ... . .............. .  ...  ..   .... ... .   ......    .   .. ...   .  .... .  .  ......... .  . ..... ...   ...  .    . .  .  .... . . .  . .       .   .... ..   ..   . . ......     . .  .  .   .    .  ....   ....   . .     . ... . ..... .. .  . .  ................ .. ... .. . .  .. .  ... ... .. .... .   ... . .. . .. ............  .      .. ..  .     .   . .   ...          
lowQualScore                  :                            33   00 3 3  999999 1111 33333  22222222     444444444 777777 77  7   1 7  7 3 7 777 1 22222222222222 7  333  77   0000 777 7   777777    5   44 444   0  3333 5  5  666666666 5  7 77777 555   333  7    7 3  7  7777 7 7 7  7 7       7   1111 77   99   5 5 888888     5 5  0  5   5    5  8888   3333   5 5     5 999 5 66666 33 5  0 5  9999999999999999 44 999 99 5 5  44 5  444 999 99 3333 5   444 5 44 5 66 444444444444  4      22 66  4     1   0 5   888          
consensus                     :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T-CT-AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
Reference ( family-562 )      :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T-CT-AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
gi|1                          :                                                                       GG----G----A------G--GG-CGCCG-AC-T-A-A---GACTTTCAGCGCAAGACC-GGGGATT--TGAG---CGGGA-TGAATTTTTTTTAACTGCGCTTTCAG-CC----CCAC-AGAC-GCCTATT-AT-C-C---T-AGTCCCTGGT-AGATTA-AT-CCGGGAT-T-GCTG-TATTTACGA-AAAT---T--ATAC-TCGGA-ACATTA-CACTT-AACT----AAA-CATA-AAAC--TCC----GTA-TTGTGGG-CCGAG-CCTC--C-CTCAC-TTGT--AAG-GG--------G--C-TTG--T-T-CTCTA-AG---AGCTC-CA----A-TAT---A-AGTT-A-CC--------CCCTAG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-G--CG---CTGCTCCC
gi|10                         : taagtcaaccatggatcGTCACATGGAAACTG--GCG-GG------A----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-CG-CG-AC-A-A-A-------T------------C-GGA--CT--TGA----C---ACTTA------TTTA-CTG--C---CAT-GC----C-AC-AGA----------AT-T-C---T---TCC---AT-AG-T-A-ATTCT----T-T-G-TG-T-TTTAAA--ATATCTAT--ATA--TCA-ATAC--T--CAT--------------------AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TAT---T-CT----------------------------------T-T-T-----AA---A---T-AG----A-TAT---AGG--T-A-CCTGATTCAGT---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAact
gi|11                         :                                  aa-G-GG------G----G-----GA--------TGGGG----G----G------G--GG----CG-AC-T-A-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAGCCC----C-AC-AGA--G-----T-AT-TAT---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AG-CT----T-T-G-T--T-TTTAAAG-AAA----T--GTA-----------------------------AAA-CATT-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GTA-A---GG--------G--C-T-G--T-TATT--A-AA---AC--T-CA----A-TAT---A-G--T-A--C--------C---AG-GGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCGCCCCtgccc
gi|12                         :                       ATGGA---TG--G-G-GGC-----G----G-----GG--------TGGGG----G----G------AATGG-GGGCG-AAAT-A-A---GATC-------------C-GG---CT---GA----C-----TG-------TTTA-CTG-AC---CAGGTT----C-ACCAGA--G-----T-AT-T-C---TTA-TCCC--ATCAGAT-A--T-AT----T-T-G-TG-T-TTGTAAG-AAAT---T--ATA--T-G-G-AC-----CATTT-A-CT-GT-AAA-CATAGAA----TCC----G---T-GTGGGCC---G-T-----T-TT-A--T-GTA-A---GG--------G--C-----------------------------------TAT---A-G--T-A--A--------C---AG-TGACGG--A--TTATAG
gi|13                         :                                                                                   ------G--GG-GGGGG-AC-T-A-A---TAC-T------------C-GG---CT--TGA----A---T-TGA------CTTA-CTG------CAG-CC----C-AC-AGA--T-----T-AT-T-C---TTA-TCC---AT-AGAT-A-TC-TT----T-T-G-TGCT-TTTAAAG-A---------ATA--TCG-A-AC--TG-CATTT-A-CT-GT--AA-CATA-AA----TCC----GTA---GTGGG-C---G-TA----T-CT-AC-T-GTACA---GG--------G--C-T-GATT-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-A--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--AT-TT-TAGAG-
gi|14                         :                                                                                                                                                            catggactTA-ATG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-CG--T-AATCC---AT-AGAT-A-AT-TT----T-G-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATAATTCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-CA--G-TA----T-CT-AC-T-GTAAA---GG--------G--CGC-G--T-T-TTA-A-AA---A---T-CA----A-TA----A-G--T-A-CC--------C---AG-GGGGGG--A--TT-TAGA--GGG-GGCCG---CTGCCCCC
gi|15                         :                                                            --------TGGGA----G----G------C--GG-GGG---AT-----A---GAC-T------------C-AC---TT--TGA----C---A-TA--------TTA-CAG-GC----AG-CC------AC-GG-----------------------------------------T-TT----T-C-A-TG-T-ATTAAG---AAT---T--AT---TC--A-AC-----CATTT-A-CT-GT-AAC-T----AA----TCC----GTA-T-G-G-------G-TA----T-CT-ACTT-GTA-A---GG--------G--C-T-G--TAT-TT--A-AA---A---T-CA----ATTAT---A---------C--------C---AG-TG--GG--A--TT-TAGAG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  --TCG-A-AC--CG-CATTT-A-CTTGT-AA--CATA-AA----TCC----GTACT-GTGGC-C---G-TATC--T----AC-T-GT--A---AG--------GGCC-T-G--T-T-TTTCA-AA---A---T-CA----A-TATTTAA-G--T-AGCT--------C---AGGTGGCGG--A--TT-TAGAG-GGGAGGCCGCCCCCGCGCCCCCcc
gi|17                         :                    CACATGGA-------G-G-GG------G----G-----GG---------GGGC----A----G------G--AG-CGGCGTAC-T-A-ACCCGAC-T------------C-GG---ATGCTGC----A---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-AC----C-AC-AGA--G-----T-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gctaatccaaattggg-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-G--CG---CTGCCCCCCC
gi|2                          :       tcaattaaaacGTCACATGGAA-CAG--A-G-AGTCCCATG----GTCTGTGG--------TAGGGCGACG----GCAGCGCG--GG-GGGCGGAC-T-A-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-TCGCCAC-AC-GAA--A-----A-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-GTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-----CAT--AA----TCC----GTA-T-GGGCC-C---G-TATCGGT-CT-ACGT-GT--G---AGTAACGGCCG--C-T-GT-T-T-TT--A-AACATA---C-CATGTTA-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-T-GCGGATA--TT-TAACG-AGG-GACCG---TCCCCCCcc
gi|3                          :                   TCACATGGAT-CGG--G-G-GG------GGGGGG-----GGGGGGAGGTTGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-TAA-A---GATC-------------C-GG---CT--TGAACGTC---A-TGA------TTTA-CTG-G----CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-ATAT-CT----T-T-G-TG---TTTAAAG-AAAT---T--ATA--T-G-A-AC--C--CATTTAA-CT-GTAAAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C-----TATC--T-TA-AC-T-GT--A---AG--------G--C-C-G--T-T-TT--ACAA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------A---GG-TGGCGG--A--TT-TACAGAGGG-GGCCG----TGCCCC
gi|4                          :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----A---------------TAAGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-AC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAG-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATCA-TACT-AC-T-GT--AT--AG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAAAG-AAG-GGCCG---CTGCCCCCCC
gi|5                          :                     ACATGGA--CTGTGG-GTGG------G----G-----GG--------TGGGC----G----G------G--GGTGGGC--AC-T-A-A---GGCCT------------CCGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGGACG-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAGAAAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-A------TC----GTA-T-GTGGG-C---GTTAT------T-AC-T-GT--AAGGGG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---TCCA----A-TAT---A-G--TAA-CC--------CA--AG-GGGC-G--A--TT-TAGAG-
gi|6                          :                  GTC-CATGGAA-CTG--A-G-GG------G----G-----GG---------GGGG----G----A------G--G------G-AC-T-ATA---GA-----------------GG---GC--TGAAC--C---A-TGA------TTTA-CTG-CC---CAG--C----C-AC-AGA--G-----TCAT-T-CGTAT-A-TCC-------GAT-ACGT-GT----TGG-G-TG-T-TTTTAAG-AGAA---TGGATA--TCG-A-AC--CTACAGTT-T-CTGGT-ATA-AATA-AAATAGTCCGGTGGTG-T-GGGGG-C---G-TATT--T-TG-AC-T-GT--A---AG--------G----T-G-----------------A---T-TA----G-T----------T-A-CC--------C----G-TGGCGG--ATGTT-TAGAG-
gi|7                          :                     ACATGGA--CTG--G-G-GGTGG---G----G-----GG--------TGGGG---------G------G--GG-GGGGGCAC-T-A-A---G-CCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGAccga
gi|8                          :                   caACATGGA--CTG--G-G-GGTGG---G----G-----GG--------TGGGG---------G------G--GG-GGGGGCAC-T-A-A---G-CCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-T-TA--T-CT-AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGA
gi|9                          :                caGTCACATGGAA-CTG--G-G-GGT-----G----G-----GG--------CGGGG----GTGGGG------G--GG-GGGTG-GC-CGA-A---GAC-T------------C-GG---CT--TGC----C---A-TGA------TTTA-CTG--C---CAG-CC----C--C-AGA--G-----T-ATAT-C---T-A-TCC---A--AGA--A-AT-CT----T-TTG-TG-T-TTAAAAG-AAAT---A--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAAACATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T----AC-T-GT--A----------------------------------A---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC------------AG-TGGCGG--A--TT-TAGAA-G


blockSeqs                     :                            A    TG . T  TCCCAT GGGG TCTGT  GGGGAGGT     CGACG     CAGCGC AT  T   C T  A A T CCC   CT             C  A    GC   ACGT .   C   .         .   G  .     C  GCCA .  C  GACG      C  A CGTA  TA    C    C    . T  T  .    G T .  C .       A   TCTA GG   AT   . T CCTA       A .  T  A   A    G  ATAG   GGTG   C .     C A   T ATCGG AC .  T .  GAGTAACGGCC      GC GC  AT A A  TC C  CAT C   CC TGTT T   TTA G .  A GC TGATTCAGT     G      AT TG  A     A   A G   CCC
blockSeqs                     :                            T    .  . .  TGG    .    .      .            GTGGG     .      .   .   C G  . G . .     CT             .  .    .    AC   .   .   .         .   A  .     G  .    .  .  AG        .  . AT    TA    .    .    . C  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . CTG        . .  G  .   .    .  .      .      . .     . .   . ATCA  C  .  G .  AAGGGG           .  T   T  . .  A  .  .   .   A  .    .   .   . .  . C  CA            .      .  T   .     .   . G   .  
blockSeqs                     :                            A    .  . .  TGG    .    .      .            G         .      .   .   C C  . . . .     CT             .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AG        .  . CG    AA    .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . CCG        . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . ATC   C  .  . .  ACAGG            .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .   . G   .  
blockSeqs                     :                            A    .  . .  C      .    .      .            G         .      .   .   G C  . . . .     CT             .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AT        .  . C     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . CT         . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . ATC   T  .  . .  AAAGG            .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .   . A   .  
blockSeqs                     :                            A    .  . .  T      .    .      .            G         .      .   .   C .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AG        .  . C     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . CT         . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . ATT   C  .  . .  AAGGG            .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .   . G   .  
blockSeqs                     :                            .    .  . .  .      .    .      .            G         .      .   .   C .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AG        .  . C     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . CT         . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . ATC   C  .  . .  AAGGG            .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .   . G   .  
blockSeqs                     :                            .    .  . .  .      .    .      .            A         .      .   .   C .  . . . .     C              .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AA        .  . C     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . CC         . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . AT    C  .  . .  AAGG             .  C   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .   . .   .  
blockSeqs                     :                            .    .  . .  .      .    .      .            G         .      .   .   C .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   A  .     .  .    .  .  AG        .  . C     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   G    .    .    . . CT         . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . TA    C  .  . .  AAGG             .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .            
blockSeqs                     :                            .    .  . .  .      .    .      .            G         .      .   .   C .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AG        .  . C     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   A    .    .    . . CT         . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . AT    T  .  . .  AAGG             .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .            
blockSeqs                     :                            .    .  . .  .      .    .      .            G         .      .   .   G .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   C  .     .  .    .  .  AG        .  . A     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   G    .    .    . . C          . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . TA    T  .  . .  ATAG             .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .     .            
blockSeqs                     :                                    . .  .      .    .      .            G         .      .   .   G .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  AG        .  . A     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   G    .    .    . . C          . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . TA    C  .  . .  AAG              .  T   .  . .  .  .  .   .   T  .    .   .   . .  . A  A             .      .  .   .     .            
blockSeqs                     :                                                            .            .         .      .   .   T .  . . . .     C              .  .    .    .    .   .   .         .   G  .     .  .    .  .  A         .  . A     A     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   T    .    .    . . T          . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . A     C  .  . .  AAG              .  T   .  . .  .  .  .   .   C  .    .   .   . .  . A  C             .      .  .   .     .            
blockSeqs                     :                                                                         .         .      .   .   . .  . . . .     T              .  .    .    .    .   .   .         .   .  .     .  .    .  .  G         .  . C     .     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   .    .    .    . . T          . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . A     .  .  . .  AAG              .  .   .  . .  .  .  .   .   .  .    .   .   . .  . C  C             .      .  .   .                  
blockSeqs                     :                                                                                   .      .   .   . .  . . . .     .              .  .    .    .    .   .   .         .   .  .     .  .    .  .  G         .  . .     .     .    .    . .  .  .    . . .  . .       .   .    .    .    . . T          . .  .  .   .    .  .      .      . .     . .   . A     .  .  . .  A                .  .   .  . .  .  .  .   .   .  .    .   .   . .  . .  C             .      .  .   .                  
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blockSeqCons                  :                            **                                                                                     T*************    ***       **** ***     ******        G* ***                 AG*******            A**   ***               ****                                **       CT****                         ****                    ***   AT***                                T**         **        ***                   **      C***********
originalCons                  :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG------G----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TATC--T-CT-AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
finalCons                     :                  GTCACATGGA--CTG--G-G-GG------G----G-----GG--------TGGGG----G----G------G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACT-------------C-GG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTGG-C---CAG-CC----C-AC-AGAG-------T-AT-T-C---TA--TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----T-T-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-ACT----CATTT-A-CT-GT-AAA-CATA-AA----TCC----GTA-T-GTGGG-C---G-TAT---T-CT-AC-T-GT--A---GG--------G--CT--G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CCC-----------AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC





Alignments
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lowQualScore                  :                            ..   .. . .  .........   ........      .... . ..  .   ...  . . . ...   . .............   ...  ..   .... ... .   ......    .   .. ...   .  .... .  .  ......... .  . ..... ...   ...  .    . .  .  ....  . .  . .       .   .... ..   ..   . . ......     . .  . . .  ..    .  ....    ....  . .      ...  ........  .....  . .  ................ .. ... .. . .  .. .  ... ... .. .... .   ... . .. . .. ............  .      .. ..  .     .   . .   ...          
lowQualScore                  :                            66   66 1 1  111111111   44444444      3333 7 77  7   111  7 3 7 777   7 3333333333333   333  77   0000 777 7   777777    5   44 444   0  3333 5  5  666666666 5  7 77777 555   333  7    7 3  7  7777  7 3  7 7       7   1111 77   99   5 5 888888     5 5  5 5 5  11    5  8888    3333  5 5      888  33333333  22222  0 5  9999999999999999 44 999 99 5 5  44 5  444 999 99 3333 5   444 5 44 5 66 444444444444  4      22 66  4     1   0 5   888          
consensus                     :                  GTCACATGGA--CTG--G-G-GG---G-----GGG--------TGGGGG----G-G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GAC-T-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TAT---T---CT-----AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
Reference ( family-562 )      :                  GTCACATGGA--CTG--G-G-GG---G-----GGG--------TGGGGG----G-G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GAC-T-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TAT---T---CT-----AC-T-GT--A---GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCCCCCCC
gi|1                          :                                                                GGG----A-G--GG-CGCCG-AC-T-A-A---GAC-TTTCAGCGCAAGACCGGGGATT--TGAG---CGGGA-TGAATTTTTTTTAACTGCGCTTTCAG-CC----CCAC-AGAC-GCCTATT-AT-C-C---T-AGTCCCTGGT-AGATTA-AT-CCGGGATT-GCTG-TATTTACGA-AAAT---T--ATAC-TCGGA-ACATTA-CACTT-AACT-----AAA-CATA-AAAC--TCCG----TA-TTGTGGGC-C-GAG---C---CTCCCTCAC-TTGT--AAG-GG--------G--C-TTG--T-T-CTCTA-AG---AGCTC-CA----A-TAT---A-AGTT-A-CC--------CCCTAG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-G--CG---CTGCTCCC
gi|10                         : taagtcaaccatggatcGTCACATGGAAACTG--GCG-GG---A-----GGG--------TGGGGG----G-G--GG-CG-CG-AC-A-A-A-------T-------------CGGA--CT--TGA----C---ACTTA------TTTA-CTG--C---CAT-GC----C-AC-AGA----------AT-T-C---T---TCC---AT-AG-T-A-ATTCT----TT-G-TG-T-TTTAAA--ATATCTAT--ATA--TCA-ATAC--T--CAT---------------------AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TAT---T---CT--------------------------------------T-T-T-----AA---A---T-AG----A-TAT---AGG--T-A-CCTGATTCAGT---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAact
gi|11                         :                                  aa-G-GG---G-----GGA--------TGGGG----------GG-GGGCG-AC-T-A-A---GAC-T-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAGCCC----C-AC-AGA--G-----T-AT-TAT---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AG-CT----TT-G-T--T-TTTAAAG-AAA----T--GTA------------------------------AAA-CATT-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TTA---T---CT-----AC-T-GTA-A---GG--------G--C-T-G--T-TATT--A-AA---AC--T-CA----A-TAT---A-G--T-A--C--------C---AG-GGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-GGCCG---CCGCGCCCCtgccc
gi|12                         :                       ATGGA---TG--G-G-GGC--G-----GGG--------TGGGGG----G-AATGG-GGGCG-AAAT-A-A---GAT-C-------------CGG---CT---GA----C-----TG-------TTTA-CTG-AC---CAGGTT----C-ACCAGA--G-----T-AT-T-C---TTA-TCCC--ATCAGAT-A--T-AT----TT-G-TG-T-TTGTAAG-AAAT---T--ATA--T-G-G-AC-----CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATAGAA----TCCG-------T-GTGGGC---CGT---T---TT-----A--T-GTA-A---GG--------G--C-----------------------------------TAT---A-G--T-A--A--------C---AG-TGACGG--A--TTATAG
gi|13                         :                      CATGGA--CTG--G-G-GG---G-----GG---------------------------------AC-T-A-A---TAC-T-------------CGG---CT--TGA----A---T-TGA------CTTA-CTG------CAG-CC----C-AC-AGA--T-----T-AT-T-C---TTA-TCC---AT-AGAT-A-TC-TT----TT-G-TGCT-TTTAAAG-AA---------TA--TCG-A-AC--TG-CATTT-A-CT-G-T-AA--CATA-AA----TCCG----TA---GTGGGC-G-TAT-------CT-----AC-T-GT--ACA-GG--------G--C-T-GATT-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-A--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--AT-TT-TAGAG-
gi|14                         :                                                                                                                                                    TA-ATG-GC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-CG--T-AATCC---AT-AGAT-A-AT-TT----TG-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATAATTCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGCAG-TA----T---CT-----AC-T-GTAAA---GG--------G--CGC-G--T-T-TTA-A-AA---A---T-CA----A-TA----A-G--T-A-CC--------C---AG-GGGGGG--A--TT-TAGA--GGG-GGCCG---CTGCCCCC
gi|15                         :                                                     --------TGGGAG----G-C--GG-GGG---AT-----A---GAC-T-------------CAC---TT--TGA----C---A-TA--------TTA-CAG-GC----AG-CC------AC-GG-----------------------------------------T-TT----TC-A-TG-T-ATTAAG---AAT---T--AT---TC--A-AC-----CATTT-A-CT-G-T-AAC-T----AA----TCCG----TA-T-G-G----G-TA----T---CT-----ACTT-GTA-A---GG--------G--C-T-G--TAT-TT--A-AA---A---T-CA----ATTAT---A---------C--------C---AG-TG--GG--A--TT-TAGAG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 --TCG-A-AC--CG-CATTT-A-CTTG-T-AA--CATA-AA----TCCG----TACT-GTGGCC-G-TAT-------CT-----AC-T-GT--A---AG--------GGCC-T-G--T-T-TTTCA-AA---A---T-CA----A-TATTTAA-G--T-AGCT--------C---AGGTGGCGG--A--TT-TAGAG-GGGAGGCCGCCCCCGCGCCCCCcc
gi|17                         :                    CACATGGA--GGG--G-G-GG---G-----GGG--------C----A----G-G--AG-CGGCGTAC-T-A-ACCCGAC-T-------------CGG---ATGCTGC----A---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-AC----C-AC-AGA--G-----T-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gctaatccaaattggg-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAGAG-GGG-G--CG---CTGCCCCCCC
gi|2                          :       tcaattaaaacGTCCCATGGT--CTG--T-G-GT---A-----GGG--------CGACGGCAGCGCG--GG-GGGCGGAC-T-A-A---GAC-T-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-TCGCCAC-AC-GAA--A-----A-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-GTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G-T-----CAT--AA----TCCG----TA-T-GGGCCC-G-TATCGGT---CT-----ACGT-GT--G---AGTAACGGCCG--C-T-GT-T-T-TT--A-AACATA---C-CATGTTA-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-T-GCGGATA--TT-TAACG-AGG-GACCG---TCCCCCCcc
gi|3                          :  gtcacatggaacagagaTCACATGGA--TCG--G-G-GG---GGGGGGGGGGGGGAGGTTGGGGG----G-G--GG-GGGCG-AC-TAA-A---GAT-C-------------CGG---CT--TGAACGTC---A-TGA------TTTA-CTG-G----CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-ATAT-CT----TT-G-TG---TTTAAAG-AAAT---T--ATA--T-G-A-AC--C--CATTTAA-CT-G-TAAAA-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC---TAT---C---TTA----AC-T-GT--A---AG--------G--C-C-G--T-T-TT--ACAA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------A---GG-TGGCGG--A--TT-TACAGAGGG-GGCCG----TGCCCC
gi|4                          :                  GTCACATGGAA-CTG--G-G-GG---G-----A----------TAAGGG----G-G--GG-GGGCG-AC-T-A-A---GACCT-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-AC---CAG-CC----C-AC-AGA--G-----T-AT-T-C---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-TTTAAAG-AAAT---T--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G-T-AAG-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TAT---CATACT-----AC-T-GT--AT--AG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC--------C---AG-TGGCGG--A--TT-TAAAG-AAG-GGCCG---CTGCCCCCCC
gi|5                          :                     ACATGGA--CTGTGG-GTGG---G-----GGG--------TGGGCG----G-G--GGTGGGC--AC-T-A-A---GGC-CTC-----------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AGGACG-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-TTTAAAGAAAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATA-A------TCG----TA-T-GTGGGC-GTTAT--------T-----AC-T-GT--AAGGGG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---TCCA----A-TAT---A-G--TAA-CC--------CA--AG-GGGC-G--A--TT-TAGAG-
gi|6                          :                  GTC-CATGGAA-CTG--A-G-GG---G-----GGG-------------G----G-G--GG-AGG-G-AC-T-ATA---GA-----------------GG---GC--TGAAC--C---A-TGA------TTTA-CTG-CC---CAG-CC------AC-AGA--G-----TCAT-T-CGTAT-A-TCC-------GAT-ACGT-GT----TG-GGTG-T-TTTTAAG-AGAA---TGGATA--TCG-A-AC--CTACAGTT-T-CT-GGT-ATA-AATA-AAATAGTCCGGTGGTG-T-GGGGGC-G-TAT---T---TTG----AC-T-GT--A---AG--------G----T-G-----------------A---T-TA----G-T----------T-A-CC--------C----G-TGGCGG--ATGTT-TAGAG-
gi|7                          :                     ACATGGA--CTG--G-G-GGTGGG-----GGG--------TGGGGG----G-G--GG-GGGGC-AC-T-A-A---GCC-T-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TTA---T---CT-----AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGAccga
gi|8                          :                   caACATGGA--CTG--G-G-GGTGGG-----GGG--------TGGGGG----G-G--GG-GGGGC-AC-T-A-A---GCC-T-------------CGG---CT--TGA----C---A-TGA------TTTA-CTG-GC---CAG-CC----C-AC-AG---G-----T-AT-T-A---T-A-TCC---AT-AGAT-A-AT-CT----TT-G-TG-T-TTTAAAG-AAAG---T--ATA--TCG-A-A---T--CATTT-A-CT-G-T-AAA-CATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TTA---T---CT-----AC-T-GT--AAG-GG--------G--C-T-G--T-T-TT--A-AA---A---T--A----A-TAT---A-G--T-A-AC--------C---AG-GGGCG------TT-TAGA
gi|9                          :                caGTCACATGGAA-CTG--G-G-GGT--G-----GGG--------CGGGGGTGGGG-G--GG-GGGTG-GC-CGA-A---GAC-T-------------CGG---CT--TGC----C---A-TGA------TTTA-CTG--C---CAG-CC----C--C-AGA--G-----T-ATAT-C---T-A-TCC---A--AGA--A-AT-CT----TTTG-TG-T-TTAAAAG-AAAT---A--ATA--TCG-A-AC--T--CATTT-A-CT-G-T-AAAACATA-AA----TCCG----TA-T-GTGGGC-G-TAT-------CT-----AC-T-GT--A----------------------------------A---A---T-CA----A-TAT---A-G--T-A-CC------------AG-TGGCGG--A--TT-TAGAA-G