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Reference ( family-552 ) : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TT-GG--TTG--T-CA-----A-C----A-T--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-N--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T----T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCTCA------------T-C---------ATNANTACCGA-CGGCGAGGGG---GGNGNG-A----GA-GA------GA-GA---GGNG---GG-G-GNG----GG----G------GG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--AT----T-A---------T----C-CG-T--A-ATAA-ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCTT----A--TA---T-CGA----AA---G-TT---TATAA-C--T--------T-G-AT-A-AA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
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gi|10 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtatgagcttggttgtcaaccactattaaccagtaagtctgttgagccagtaatatcctctcgtatttttctatttgctgtggctctatgctccgcaaatttctatttaatcttatataatagattcatattttcttgaatttttttttaaaaactttgactcatacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcCTTATCTC----TGT-T---G-ATT--AAAT--G-CAA--T--CCG-TTGCGAA-CGT--T---T-AAC-TG--TT-----C--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGGG--TTG--TCCA-----A-C----ATT--------T----A-A-------A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CTG----C-G-T--AG--T-TCT-CTT-A---G---------T----AT-GT----C---A---T-C-T--G---A-TG--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---TTCTGT----G-A---TTTT--TTTCA-A---ATAACTT--GCTC-------------------------------ACCGA-----GAGAGT---GACGAG-A----GA-GA------GA--------------G-G-GGG----GG----G------GG-GGA--GA--TGG-----------------GG-T-AT--AGT---A-TC--------AT----T-A---------T----C-CG-T--A-ATAA-ATT--G--AT---GA--A-G--G-TCTTA---A--TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-A-C--T--------T-G-AT-ACAC---AA--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---------AA--------ATA-TC-AC--AT-----GCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AATA-CATTCAGag
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gi|17 : CTTATCTCAGTCTGT-T--TG-ATT--TA-T--A-TAA--T--T-G-TTGC--A-CGC--A---A-AA--T------------------TTTA-GC-TTT-G-GA-G----A-TC-AC--TCG--T-CA-----A-C----A-T--------T----A------------------TC--T--T---G-T-G-----A-----A----C-T---GT-----C-A-T--TG--T-T-T-TTT-A---C---------C----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--T---CCT-TTT-AA---A--A-TCA----------T---T----C---C----TCAAAG-AAACTTTT--CTT-A-A---atgtcgatgagagaatgatgagacgaatttagtaggtttagatcgattgttt
gi|18 : tatTTATCTC----TGT-C--CG-ACT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-TGT--T---T-AA--T---CT-----T--AT--ATTTA-AA-TTT-A-GA-G----A-TT-GG--TTG--T-CA-----A-C----A-A--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TT--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-TCCTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-A---------------------------------------------G-A---TTTT--T---------A-AACTT--GCTCA------------
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gi|20 : cttatctctgtttcgattaattggcaaaatcgtgacacgttttaatgttttagtcatttagattttatgagctggtttgtcaacattaaaccaaaatctttgtccttgaaaatacaacatcataacgccagggattattcttaagatattaataattgacttggagtcatgcatcatggataccttCTTATCTC----TGTGT--CG--TT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG---T-----T--AT--A-TTA-GA-TTT-A--A-G----C-TT--G--TTG--T-CA-----A-C----A-T--------T----A-A-C--C--A--AGAA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-
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Reference ( family-552 ) : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCTCAC----C------------ACGA-----CAGCGAGAGNGA-----AGNGAG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C-----G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
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gi|1 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtat----C-C-----G-T--A-A-TAA--ATTTGG--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AAGC--TC-------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-TG-TT-C-----ACT--AT-------AT-------C---T----AAA----------A-TT-AC--TTCCA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---CAA----------GC-A----T--T--CAC--A-TGT-C--AA-A-CATTCAGAtacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcccgtaataaatttggatgataggtcttaatatcgaaagtttataagctctgataaaatttaaaaagttgttcactatatctaaaattacttccatccatttacattatacaagcattcacatgtcaaacattcagaag
gi|10 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtatgagcttggttgtcaaccactattaaccagtaagtctgttgagccagtaatatcctctcgtatttttctatttgctgtggctctatgctccgcaaatttctatttaatcttatataatagattcatattttcttgaatttttttttaaaaactttgactcatacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcCTTATCTC----TGT-T---G-ATT--AAAT--G-CAA--T--CCG-TTGCGAA-CGT--T---T-AAC-TG--TT-----C--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGGG-TTG--T-CCA-----A-C----AT--------TT---A-A-------A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CTG----C-G-T--AG--T-TCT-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--A----T-C-T--G---A-TG--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--TCTGTG-A---TTTT--TTTCA-A---ATAACTT--GCTCAC----C--------------GA---------GAGAGTGA-------CGAG-A-GA-GAGA---GGGG----GGGG----------GG-GGA--GA--T-G-----------------GGGT-AT--AGT--A--TC-----A---TT-A---------T----C-C-----G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA--A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-A--C--T--------T-G-AT-ACAC--AA--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---------AA--------ATA-TC-AC--AT-G----CCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AATA-CATTCAGag
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consensus : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----C----C-------------A-----GAN-AGC-GAGA---GN-GA-----AGNG-AG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
Reference ( family-552 ) : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----C----C-------------A-----GAN-AGC-GAGA---GN-GA-----AGNG-AG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
gi|1 : -GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-CCACTAT--------T----A-A-C--C--AGTA-AG--TC--TGTT---G-A-GCCAGTA-----ATATCC-T---CT-----C-G-T--AT--T-T-T-TCT-ATTTGCTGTGGCTCT----AT-GCTCCGC--AAATTT-C-T------A-TTTAA---TCT-TAT-AT---A--A-T-AGATTCATATTT---T----C---T--T----G-AATTTTTT--TTT-A-A---A-AACTTTGACT-CATACTTC----C-------------C-----GAT-GAT-GAGACCCAC-GA-----TGAG-AG-A-
gi|1 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtat----C-C------G-T--A-A-TAA--ATTTGG--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AAGC--TC-------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-TG-TT-C-----ACT--AT-------AT-------C---T----AAA----------A-TT-AC--TTCCA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---CAA----------GC-A----T--T--CAC--A-TGT-C--AA-A-CATTCAGAtctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcccgtaataaatttggatgataggtcttaatatcgaaagtttataagctctgataaaatttaaaaagttgttcactatatctaaaattacttccatccatttacattatacaagcattcacatgtcaaacattcagaag
gi|10 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtatgagcttggttgtcaaccactattaaccagtaagtctgttgagccagtaatatcctctcgtatttttctatttgctgtggctctatgctccgcaaatttctatttaatcttatataatagattcatattttcttgaatttttttttaaaaactttgactcatacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcCTTATCTC----TGT-T---G-ATT--AAAT--G-CAA--T--CCG-TTGCGAA-CGT--T---T-AAC-TG--TT-----C--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGGG-TTG--T-CCA-----A-C----AT--------TT---A-A-------A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CTG----C-G-T--AG--T-TCT-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--A----T-C-T--G---A-TG--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--TCTGTG-A---TTTT--TTTCA-A---ATAACTT--GCT-CA-----C----C-------------------GA------GAGA---GT-GA-------CG-AG-A-GA-GAGA---GGGG----GGGG----------GG-GGA--GA--T-G-----------------GGGT-AT--AGT--A--TC-----A---TT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA--A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-A--C--T--------T-G-AT-ACAC--AA--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---------AA--------ATA-TC-AC--AT-G----CCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AATA-CATTCAGag
gi|11 : CTTATCTC----TGT----CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----A--TT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-------A-C----A---------T----A-A-C--CA-A--A-AA--TCT-T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG----G-T-CTT-T---G---------T----AT-G-----------------T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------TTTCT----C---T--T----GAA---TTGT--TTT-A-A---A----TT--GCT-CA-----CGN--N-------------N-----NNN-NNN-NNNN---NN-NN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNN----NNN-NNN--NN--N-N-----------------NN-N-N---NNN--NN-NN-----N--NNN-N---------T----G-G------G-T--A-AGTAAC-ATT--T--AT---G-----------CG---T---A-A-T--------------A---A-TT---TATAAA-C--T--------T-G-ATAAAA---AT--TT-TAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------A--------T---T----AAA--------GTA-TC-A------CA--TCCA--TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A-------T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATT-AGA
gi|12 : TCTC----TGT----CG-ATT--AA-T--G-CA---T--C-G-TTGC--A--GT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--TATTA-GA-TTT-A-GA-G----A-T--G--TCG--T-T-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG----T-T-CTT-A---G---------------T-GT----CAAAA---T-C-TG-G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------A---T----T---T--T----G-A----ATT--TTT-A-T---A-AACTT--G---------------C-------------N-----NNN-NNN-NNNN---NN-NN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNN----NNN-NNN--NN--T-G-----------------GG-T-AC--AGT--AA-TC--------ATT-A------------------------------------------G--AC---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-TCAT--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-A----------T-AT-TT-C-----ATTG-AT-------AT-------T---A----CAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--T---T-GT------AC-ATT--T---ATAA---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA----ATTCAGA
gi|13 : TATCGC-----GT-T--CG-AAT--AA-T--GGCAA--TG-C-GGTTGCC-A-CGTATT---T-AAA-TA--GT-----T--ATTAGTTTA-GAATTT-A-GA-G----C-TTGAGTTTA--TGC-ATAATCA-C----GT--------TTCATA-A-C--C--A--G-AAGATCACT--T---G-CAG-----A-----A----C-TGCGTC-----C-GAT--A---T-G-T-CTT-AT--G---------T----AT-GTAT--CTGAA---T-C-T--AGAAA-TT--AAATCGT-GGT-AGG--A--A-T-A----------T---TTTTTC---T--T----G-A---TTTTTTTTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----C----G-------------A-----GAG-AGC-GAAG---GA-GA-----AGA--AG-A-GATGAGA---CCTG----AGAAT-GGGTAATGGG-GAT--GA--T-------------------GG-T-A---AGT-----TA-----A--AGT-A---------T----C-T------A-T--A-
gi|14 : tatcta--TTT-A-T---A-ACCTT--G----A-----G----A-------------A-----GAG-AG--AAGA---GGAGAT----AGAG-AG-A-GA-GAGA---GGAG----AAGG---AG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GGGT-A---AGT--AA-TC-----C--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A--AA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT-------A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AA--TT-TAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---GAAGAAAA--------ATA-TC-A------CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--TG-GAC--A-T-T-CCAAA-A-CATTCttccgtacattaatt
gi|15 : -----------------GG-T-A---AGT--AAATC-----A---TT-A---------T----C-C------G-TTAA-A-TAA--ATTT-G--ATATAGA-TACG--G-TCT---T---A-AGTA---T-CGAGA--AA---G-TTCTATAT-AAAC--T--------T-G-AT-AAAGAGAT--TT-AAA-A--A-AAGATATAAGAT-AT-TT-C-----ACTT-ATATGTATAAT-------T---T----AAAG-------ATA-TC-ACG-AC-AA--TCCA--TT------AC-A-T--G---GT-A---G-AGTGAGCGACTGC-A----T--CAACAT--A-T-T-C--AA-A-CA
gi|16 : ----C-T---CT-----C-GGTGAAG--T-T-TACTT-A---G---------CG---AT-GT----C--AG---A-T-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---AATA-T-A----------T---T----C---T--TTC--G-A---ATTT--TTT-------A-AACTT--GCT-CA-----A----C-------------G-----AGT-TGCAGAGA---GA-GT-----AGAGCAG-ATGA-GAGA---GGCG----GATGTCGAT----GAG-AGAATGA--T-G-----------------AG-
gi|17 : CTTATCTCAGTCTGT-T--TG-ATT--TA-T--A-TAA--T--T-G-TTGC--A-CGC--A---A-AA--T------------------TTTA-GC-TTT-G-GA-G----A-TCAC--TCG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A------------------TC--T--T---G-T-G-----A-----A----C-T---GT-----C-A-T--TG--T-T-T-TTT-A---C---------C----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--T---CCT-TTT-AA---A--A-TCA----------T---T----C---C--TCAAAG-AAACTTTT--CTT-A-A---acgaatttagtaggtttagatcgattgttt
gi|18 : tatTTATCTC----TGT-C--CG-ACT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-TGT--T---T-AA--T---CT-----T--AT--ATTTA-AA-TTT-A-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AA--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TT--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-TCCTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-A-------------------------------------------G-A---TTTT--T---------A-AACTT--GCT-CA-----
gi|19 : --T---T-AAAGTG--TTCT---T--AT--ATTTA-A---TT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-ACC--C--A--A-GAATTC--TA-T---GTC-G-----A-----A----C-T---TG-----C-C-G--GG--T-T-T-CTC-A---
gi|2 : cttggatctatgcttagattaatacgatatatcacgggcttcgccactataCTTATCTC----TGT-TT-CG-ATT--AA-TTGG-CAAAAT--C-G-TGAC--A-CGT--T---TTAA--TG--TT-----TTAGTC-ATTTA-GA-TTTTATGA-G----C-TGGT--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------TA---A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---cgcactagtatctt
gi|2 : A---C-C-T--T---A-TT--A---CGG-TTT-AGC--A--A-T-A----------T---T----TGCTT--T----G-AACATTTT--TTT-A-AG--A-AACTTA-GCT-CA-----CGTGTCA------------A-----GAG-AA--GAGA---GC-GATTTCGAGAG-GG-G-GG-GAGA---GATGTTTTGAGTT-TGA----TAG-GTA--GA--A-G-----------------GG-A-G---AGT--AA-TCTTTGGA--GCT-ACACGATAACT----C-C------A-C--A-A-AAAT-ATT--GGTAT---GATTA-G--GATCC---TGAAA-A-TA---T-CGAGATGAA---G-TG---AGT--A-C--T--------TGG-ATGAAA---ATGGTT-AAA-A--AGG----------TGATCTT-CTATCAACTG-AT-------ATACTAATAT---C----AAATAATTCCTATG-TCGACCAAT-CAGGCCCATATTAACAAAAT-A-TA-T---AT-A---C-A----------GC-C----TTAT--TAC--A-T-T-C---A-A-CATTCAGtgtccttgaaaatacaacatcataacgccagggattattcttaagatattaataattgacttggagtcatgcatcatggataccttattacggtttagcaatatttgctttgaacatttttttaagaaacttagctcacgtgtcaagagaagagagcgatttcgagagggggggagagatgttttgagtttgataggtagaagggagagtaatctttggagctacacgataactccacaaaaatattggtatgattaggatcctgaaaatatcgagatgaagtgagtacttggatgaaaatggttaaaaaggtgatcttctatcaactgatatactaatatcaaataattcctatgtcgaccaatcaggcccatattaacaaaatatatatacagccttattacattcaacattcag
gi|20 : cttatctctgtttcgattaattggcaaaatcgtgacacgttttaatgttttagtcatttagattttatgagctggtttgtcaacattaaaccaaaatctttgtccttgaaaatacaacatcataacgccagggattattcttaagatattaataattgacttggagtcatgcatcatggatCTTATCTC----TGTGT--CG--TT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG---T-----T--AT--A-TTA-GA-TTT-A--A-G----C-TT-G--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--AGAA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-
gi|22 : tCTTATCTC----TGT-C--CG-ACT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-TGT--T---T-AA--T---CT-----T--AT--ATTTA-AA-TTT-A-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----c
gi|23 : t--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-GC-G-TCT---TA--A-A-TA---T-CGA----AA---GTTT---TAT-AACC--T--------T-G-AG-AA
gi|3 : tccttaTATTTC----TGT-TTACG-ATTTAAA-T--G-CAA--TGTC-G-TTGC--AACGT--TGGTT-AACATGATTTAGCCAT--AT--ATTTTTGA-TTTTA-GG-GACATC-TGTG--TTG----C-A-----A-A----ACAGATTTCGT----A-A-CAAC--G--G-AT--TC--T--TTTCG-C-A-----ATTTAAA----CCT---CTACAAGC-C-T--AT--T-T-T-CTTTA---G---------TTTTAAT-CTA---C--AA---T-C-TCTGT--A-TT--A---CCTCTTT-AG---A--AAT-A----------T---TT---C---T--T----G------TTT--TTT-A-ATTTA-AACTTTTGCT-CA-----C----G-------------AAGAATGAGTAGC-GAGA---GA-GA-----AGAG-AG-A-GA-GAGACATAGTGCCC-AGGGT-GGG----TGGTGGA--AA--T-GAGATCTTCGATAAAGCAGG-T-A---CGT--AA-TC-----ACAGTT-A---------TAAATCAC------G-A--A-A-TAA--A----G--AT---GAATA-G--G-TCTCTTT---A-A-TA---T-CGA----AA---GCTT---TAC-AA-C--T--------T-G-AT--AA---AT--TT-AAACATCA-G----------T-AT-TC-A-----ACTG-AT-------TA-------T---T----AAATATTCACTATA-TC-AC--A---A--TGTGT-TG------AC-A-T--TAAGATGA---C-A----------GC-GGGATT--T--CACTAA-T-TGC--AA-A-
gi|4 : TCTT----TGT-T--CGCATT--AAAT--G-CGAATT--C-GGTTGC--A-C--------T-GA--TG--TTAATT-T--AT--ATTTA-GA-TTT-ATGATG----C-TTGA--TTG--TTC-A-----A-CC---AT--------T----AGA-C--C--A--A-AT--TC--T--T---G-C-G-----C-----A----CCT---CT-----C-G-TT-AGCTT-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---TTT--C---T--T----G-A---TTTT--TTT-TTA---A-AACTT--GCTTCA-----C------------------------GAT-----GAGA---GC-GA-----TAGG-AG-A-GA-GAGA---GAGG----GGGGT-GGG----GGG-AGA--GA--T-GT----------------GG-T-AGACAGCTGAA-TC-----A--TTTTA---------T----C-C------GGT--A-A-TAA--AAT--G--AT---GCCTA-GT-G-TCT---T---A---TA---T-CGA----AT---T-TT---TAA-GA-C--TAT------C-A-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--AAG----------T-AT-TTTC-----ACTG-AT-------AT-------T---A----AAA--------ATA-TC-A------CA--TCCAT-CTTAA---AC-A-T--T---A--A---C-AG---------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
gi|5 : atTATCTC----TGTAT--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TGG-TT-----T--AT--ATTTAAGA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTT--C-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C-----A-AA--TC--T--T---GCC-G-----A-----A----C-T---CT-----CGG-T--AG--T-T-T-CTTCA---G---------T----ATAGT----C--AA---T-CTT--G---ACTT--A---CCT-TTT-AGCGAA--A-T-A----------T---T----T---TTCT----G-A----TTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-TA----------------------------------AGC-CAGA---GA-GA-------TG-AGTA-GA-G-GA---GATG----AGAGA-GGG----GGG-GAA--GAACT-G-----------------GGATAA---AGT--AA-TC-----A----T-A---------T----CAC------G-T--A-A-TAA--A-T--G--ATTTAAA-CA-ACTG-TCT---TA--A-A-TAAAGT-CGC----AATATG-TT---TTT-AA-T--C--------A-A-GT-AAA---AT--CT-GAA-
gi|6 : tcCTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-CT-C--AC-A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----C----C-T---CT-----C-GAT--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-G--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----T----CNNNNNNNNNNNNNN-----NNN-NNN-NNNN---NN-NN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNG----AGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T-----T-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-GTAT-TAA---ATA-TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--TC-CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGActtccttgtgttgaaatcattgtttgttgattcatatattgaatattatcaaaatttacgcatttaaattaagaa
gi|7 : TC----TGT-T--CG-ATT--AA-T----CAA--T--C-G-TTGC--AACGT--T---T-AA--TG--TT-----G--ATG-ATTTAAGA-TTTGA-GA-G----CCTTGGA-TTGCGT-C-AT----A-C----AT--------G----A-A-C--CCAA--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-GTT--AG--T-T-A-CTT-A---G---------T----AT-GT----CA-AA---TGC-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-TCATT--------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-T-A---A-AAC-T--GCT-CA-----C---------------------------------AGA---GA-G------AGTG-AG-A-GA-GA--------G----GGGGT-GGG----GGG-AGATGGA----G-----------------GG-TAA---AGT--TA-TC-----A----T-A---------G----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--GT-AT---TT-AA-G--G-TCT---T---A-A-TA---TACGA----AA---G-TT---T-T-AA-C--TCTAACTAAT-G-ATAAAA---AT--TTAAAA-A--A-G----------T-AT-TT-CAA---ACTGAAT-------AT-------TAACT----AGA--------ATA-T--GC--A--CA--TCCAT-TT------ACTA-TGGT---AT-A---C-A----------GC-ACT--T--C--CAC--ATT-T-C--AA-ACCATT
gi|8 : TGTCTC----TGT-TG-CG-ATTG-AA-T--G--AA--T--C-G-TTGC--AGCGT--T---T-AA--TG--TT-----A--GTG-ATTTA-GA-TTTTA-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----AGC----ATG-------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-A-G-----A-----A------T---CT-----C-G-TT-AG--TAT-T-CTT-A---G---------T----AT-GT--------A---T-C-T--G---ACTT--A---CGT-TTTGAG---A--A-T-A----------T---T----T---T--TT---G-A---TTTT--TT----A---A-AACTT--GC----------------------------------GTC-AAC-GAGA---G---------AGCG-AG-A-GA-GAGA---GGAG----GAGAG-GGG----GGG-GGG--GA--TGG-----------------GG-T-A---AGG--TA-TC--------ATT-A---------T----C-C------G-T--AGA-TAA--ATT--G--AT---GA-TAGG--G-TCT---T---AGA-TA---T-GGA----AA---G-TT---TGT-AA-C--T--------T-G-AT--AA---AT--TT---A-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------A--------T---T----AAA--------ATAGTC-A-------A--TCCATGTT------ACAA-T--T---AT-AAGGC-A----------GCGA----TG-T--CAC--A-T-T-A--AAGA-CATTCAGAaa
gi|9 : ----TGT-T--CG-ATT--AA-T--A-CAA--T--C-G-TTGC--A-AGT--T---T-AA--TG--TT--------AT--ATTTA-GA-TT--A-GA-G----A-TTGG--TCG--T-T-G-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-GA----A-----A----C-T---C------C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTA-AG---A--A-T-AAT--------T---T----C---T--T----G-AAT-TTTT--TTT---------AACTT--GCT-CA-----C----N-------------N-----NNN-NNN-NNNN---NN-NN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNN----NNN-NNN--NN--N-N-----------------NN-N-N---NNN--NN-NN-----N--NNN-N---------N----N-NNATGGGG-T--A-AGCAATCATTG-G--AC---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A------------T-AT-TT-C-----ACTG-A--------A--------T---T----AAA--------ATA-TC-A------CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGAa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-552 ) : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----C----C-------------A-----GAN-AGC-GAGA---GN-GA-----AGNG-AG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
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gi|10 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtatgagcttggttgtcaaccactattaaccagtaagtctgttgagccagtaatatcctctcgtatttttctatttgctgtggctctatgctccgcaaatttctatttaatcttatataatagattcatattttcttgaatttttttttaaaaactttgactcatacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcCTTATCTC----TGT-T---G-ATT--AAAT--G-CAA--T--CCG-TTGCGAA-CGT--T---T-AAC-TG--TT-----C--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGGG-TTG--T-CCA-----A-C----AT--------TT---A-A-------A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CTG----C-G-T--AG--T-TCT-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--A----T-C-T--G---A-TG--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--TCTGTG-A---TTTT--TTTCA-A---ATAACTT--GCT-CA-----C----C-------------------GA------GAGA---GT-GA-------CG-AG-A-GA-GAGA---GGGG----GGGG----------GG-GGA--GA--T-G-----------------GGGT-AT--AGT--A--TC-----A---TT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA--A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-A--C--T--------T-G-AT-ACAC--AA--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---------AA--------ATA-TC-AC--AT-G----CCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AATA-CATTCAGag
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gi|5 : atTATCTC----TGTAT--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TGG-TT-----T--AT--ATTTAAGA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTT--C-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C-----A-AA--TC--T--T---GCC-G-----A-----A----C-T---CT-----CGG-T--AG--T-T-T-CTTCA---G---------T----ATAGT----C--AA---T-CTT--G---ACTT--A---CCT-TTT-AGCGAA--A-T-A----------T---T----T---TTCT----G-A----TTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-TA----------------------------------AGC-CAGA---GA-GA-------TG-AGTA-GA-G-GA---GATG----AGAGA-GGG----GGG-GAA--GAACT-G-----------------GGATAA---AGT--AA-TC-----A----T-A---------T----CAC------G-T--A-A-TAA--A-T--G--ATTTAAA-CA-ACTG-TCT---TA--A-A-TAAAGT-CGC----AATATG-TT---TTT-AA-T--C--------A-A-GT-AAA---AT--CT-GAA-
gi|6 : tcCTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-CT-C--AC-A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----C----C-T---CT-----C-GAT--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-G--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----T----CNNNNNNNNNNNNNN-----NNN-NNN-NNNN---NN-NN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNG----AGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T-----T-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-GTAT-TAA---ATA-TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--TC-CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGActtccttgtgttgaaatcattgtttgttgattcatatattgaatattatcaaaatttacgcatttaaattaagaa
gi|7 : TC----TGT-T--CG-ATT--AA-T----CAA--T--C-G-TTGC--AACGT--T---T-AA--TG--TT-----G--ATG-ATTTAAGA-TTTGA-GA-G----CCTTGGA-TTGCGT-C-AT----A-C----AT--------G----A-A-C--CCAA--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-GTT--AG--T-T-A-CTT-A---G---------T----AT-GT----CA-AA---TGC-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-TCATT--------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-T-A---A-AAC-T--GCT-CA-----C---------------------------------AGA---GA-G------AGTG-AG-A-GA-GA--------G----GGGGT-GGG----GGG-AGATGGA----G-----------------GG-TAA---AGT--TA-TC-----A----T-A---------G----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--GT-AT---TT-AA-G--G-TCT---T---A-A-TA---TACGA----AA---G-TT---T-T-AA-C--TCTAACTAAT-G-ATAAAA---AT--TTAAAA-A--A-G----------T-AT-TT-CAA---ACTGAAT-------AT-------TAACT----AGA--------ATA-T--GC--A--CA--TCCAT-TT------ACTA-TGGT---AT-A---C-A----------GC-ACT--T--C--CAC--ATT-T-C--AA-ACCATT
gi|8 : TGTCTC----TGT-TG-CG-ATTG-AA-T--G--AA--T--C-G-TTGC--AGCGT--T---T-AA--TG--TT-----A--GTG-ATTTA-GA-TTTTA-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----AGC----ATG-------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-A-G-----A-----A------T---CT-----C-G-TT-AG--TAT-T-CTT-A---G---------T----AT-GT--------A---T-C-T--G---ACTT--A---CGT-TTTGAG---A--A-T-A----------T---T----T---T--TT---G-A---TTTT--TT----A---A-AACTT--GC----------------------------------GTC-AAC-GAGA---G---------AGCG-AG-A-GA-GAGA---GGAG----GAGAG-GGG----GGG-GGG--GA--TGG-----------------GG-T-A---AGG--TA-TC--------ATT-A---------T----C-C------G-T--AGA-TAA--ATT--G--AT---GA-TAGG--G-TCT---T---AGA-TA---T-GGA----AA---G-TT---TGT-AA-C--T--------T-G-AT--AA---AT--TT---A-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------A--------T---T----AAA--------ATAGTC-A-------A--TCCATGTT------ACAA-T--T---AT-AAGGC-A----------GCGA----TG-T--CAC--A-T-T-A--AAGA-CATTCAGAaa
gi|9 : ----TGT-T--CG-ATT--AA-T--A-CAA--T--C-G-TTGC--A-AGT--T---T-AA--TG--TT--------AT--ATTTA-GA-TT--A-GA-G----A-TTGG--TCG--T-T-G-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-GA----A-----A----C-T---C------C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTA-AG---A--A-T-AAT--------T---T----C---T--T----G-AAT-TTTT--TTT---------AACTT--GCT-CA-----C----N-------------N-----NNN-NNN-NNNN---NN-NN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNN----NNN-NNN--NN--N-N-----------------NN-N-N---NNN--NN-NN-----N--NNN-N---------N----N-NNATGGGG-T--A-AGCAATCATTG-G--AC---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A------------T-AT-TT-C-----ACTG-A--------A--------T---T----AAA--------ATA-TC-A------CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGAa
blockSeqs : AGTC TTA C TA A TG G AA GT . G C A AT GGT T AG AT AGCCAT TA T A T T T ACATC GT CG G C TAATC G C AGATTTCGT G C AA CAA G GA AC A TTC T A A TTTAA . C GCG ACAAG G GTGA CT A C A T T TTTTA A ATCTG . G T AGAA C . AAT C G CGA AT A C TTCCTCAAAGAAACT TT AATTT T TT T TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . CGATTTCGA C C T T T CAT NN TTTT TC TAAT T AT ACT AGATCTTCGATAAAGCA TAGAC TGAA TTTGGAGCTACACGATAACTCC G TA G G TC T GT ATA T C CT A CTT GAA G G AAG A GATG TAT T CTA A A CA CTAACTAA G T A GAG GG A C TC AAGATATAAGA G C T TATCA A ATACTAATATCAAATAATTCCT G G CCAAT GG A AACAAA T T GG AAG A AGG . GTGAGCGACT G GGATTT TA T . G CA T C
blockSeqs : . TT . G . . . AT G . G . A . . . CA G AATTT C A . T T . CC G . T . T . . TTCAT . . T AA . AT T . . C . . . . C . G . AT . . . C C . CG . CAA . . . CTGT C . . . . G . . C TTTGCTTTGAACAT . CAA . A . CGAAGAATGAGTAGC . GAGATA N . . . . . NN CCC N . . TG TG T ATAA AAA ACAGTTATAAATCAC . . . G C G T TTA A G C . . A . . . . GA . C . . C . AT . . G C A . . . GG . . . AA . ATGTATAATTTAAAG . . CGAC . G TAA A . A . G . . G . TCAA . . . . . G .
blockSeqs : . GT . . . . . . . . . . G . . . A . CTT G A . G . . C A . . . . . . TT . . . AC . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . AC . . . GG . . . . . C . . . TTCTTCTGTGAT . AAG . . . CGTGTCAAGAGAA . NNNN N . . . . . CT . N . . . N . TAC NN NNNNNNNNNATGGG . . . . T . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AG . . . . . TATTAAATATTCACT . . CAT . . . . . . . . . . . . TTAT . . . . . . .
blockSeqs : . AT . . . . . . . . . . . . . . . . TTA G . . T . . A . . . . . . . TA . . . A . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . T . CA . . . G . . . . . . . . . TTTCTCTTGAAT . TTA . . . CGNNNNNNNNN . NNNN A . . . . . GA . T . . . T . GTA AA ATTTTATCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTGAAGAAAA . . CAT . . . . . . . . . . . . CTTC . . . . . . .
blockSeqs : . TG . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . GT . . . A . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . C . . . G . . . . . . . . . TTTTTTCTTGAT . AA . . . ACGAGTTGCA . AGAA A . . . . . GC . T . . . T . TAA AA NNNNNTGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTAACTAGA . . CAT . . . . . . . . . . . . TTG . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . C . C . . . G . . . . . . . . . ATTTCTTGAATT . AT . . . CGAGAGAGC . AGTA A . . . . . AT . T . . . T . NN AA AAGTATCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . ATTACAA . . CA . . . . . . . . . . . . TTC . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . C . . . G . . . . . . . . . TTCTTTCGAA . AA . . . CNNNNNNNN . AGAA A . . . . . GT . T . . . T . TA AA CATTATCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTAAAA . . CA . . . . . . . . . . . . TGT . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . C . . . G . . . . . . . . . TTTTCTTGAT . AT . . . CNNNNNNN . CGAT A . . . . . AG . A . . . A . TA AA AATTATCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTTAAA . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . C . . . T . . . . . . . . . TTTTCTTGAT . AA . . . GAAGAGAG . NNNN G . . . . . AT . N . . . T . AG AA ATTATCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTAAA . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . C . . . G . . . . . . . . . TTTTTCTGA . AA . . . GTCAAC . NNNN T . . . . . NN . T . . . T . TA TA ATATCAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTAAA . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . C . . . G . . . . . . . . . TTTTTTGAT . AA . . . CCGA . TGA N . . . . . GA . G . . . T . TA TA ATTATCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . ATTAAA . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . C . . . G . . . . . . . . . TTCTTGAT . TA . . . CGAT . AGA T . . . . . NN . N . . . N . TA NN ATAGCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTAA . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . ATTTTGA . A . . . AGC . AGA C . . . . . . . . . . . . . NN . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TTTCTTG . . . . . C . A N . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . GAT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** **** A**** ** ***** **** *** T************* C****** *** G***** ** TTTTCTTGAT**************************** ** CGAGNGAGC***************************** *** T* TA***** AA*** ATTATCC***************************** ** ******** CA****
originalCons : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---G---------T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-A----------T---T----C---T--T----G-A---TTTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CA-----C----C-------------A-----GAN-AGC-GAGA---GN-GA-----AGNG-AG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-TC-----A--ATT-A---------T----C-C------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-AC--AT-CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
finalCons : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--CA----A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---GT-------------AT-GTC------AA---T-C-TG-----A-TT--A---CCT-TTT-AG---A--A-T-ATTTTCTTGAT----------------------------TTT--TTT-A-A---A-AACTT--GCT-CACGAGNGAGC-----------------------------GAGA---GN-GA-----AGNG-AG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GGTA-----AGTAA---TCATTATCC-----------------------------G-T--A-A-TAA--ATT--G--AT---GA-TA-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------T-G-AT-AAA---AT--TT-AAA-A--A-G----------T-AT-TT-C-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------ATA-TC-ACA----CA--TCCAT-TT------AC-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T--T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-552 ) : CTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---------G---T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-T-ATT-T-T--CT-T--G-A------TTTT--TTT-AA---A-AACTT--GC-TC-A-------------CG-----A-----GNG-AGC-GAGAGNGA-----AGNG-AG-A-GA-GAGA---GGNG----GGGGT-GGG----GGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-T-C-A---T-TA---------------T----C-C-------GT--A-A-TAA--ATT--G--AT---G-A-T-A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------TG-AT-A-AA---AT--TT-AAA-A--AG----------T-A-T-TTC-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------A-TA-TC-AC-A-C-ATC-----CAT-T-T---A------C-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T-T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
gi|1 : -GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-CCACTAT--------T----A-A-C--C--AGTA-AG--TC--TGTT---G-A-GCCAGTA-----ATATCC-T---CT-----C-G-T--AT--T-T-T-TCT-ATTTGCTGTGGCTCT----AT-GCTCCGC--AAATTT-C-T------A-TTTAA---TCT-TATATAAT-AG---ATTCA-T-ATT-T-T--CT-T--G-AATT---TTTT--TTT-AA---A-AACTTTGAC-TC-A-------------
gi|1 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtat----C-C-------GT--A-A-TAA--ATTTGG--AT---G-A-T-A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AAGC--TC-------TG-AT-A-AA---AT--TT-AAA-A--AG----------T-T-G-TTC-----ACT--AT-------AT-------C---T----AAA--------ATTA-CT-TC---C-ATC-----CAT-T-T---A------C-A-T--T---AT-A---CAA----------GC-A----T-T--CAC--A-TGT-C--AA-A-CATTCAGAtacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcccgtaataaatttggatgataggtcttaatatcgaaagtttataagctctgataaaatttaaaaagttgttcactatatctaaaattacttccatccatttacattatacaagcattcacatgtcaaacattcagaag
gi|10 : aattcttacttgttacgcaattatatgtgtctaaaaaatttcgctttgacaccgtgatgtttatgttaattcataactatgaaactttgtatgagcttggttgtcaaccactattaaccagtaagtctgttgagccagtaatatcctctcgtatttttctatttgctgtggctctatgctccgcaaatttctatttaatcttatataatagattcatattttcttgaatttttttttaaaaactttgactcatacttcccgatgatgagacccacgatgagagatctgatgcgcgagacaaagtgatgaggcaggcgtgtgggtgtggagaaagatagagtttgatgtcaatccctactggtccagcagtagttaagtgatctgcgtttgtttaagaatgtcaacgtgtgcCTTATCTC----TGT-T---G-ATT--AAAT--G-CAA--T--CCG-TTGCGAA-CGT--T---T-AAC-TG--TT-----C--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGGG-TTG--T-CCA-----A-C----AT--------TT---A-A-------A--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CTG----C-G-T--AG--T-TCT-CTT-A---------G---T----AT-GT----C--A----T-C-T--G---A-TG--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-T-ATTCT-T--CTGT--G-A------TTTT--TTTCAA---ATAACTT--GC-TC-A-------------C-------------CG-AG---AGAGTGA-------CG-AG-A-GA-GAGA---GGGG----GGGG----------GG-GGA--GA--T-G-----------------GGGT-AT--AGT--A--T-C-A---T-TA---------------T----C-C-------GT--A-A-TAA--ATT--G--AT---G-A---A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT--A-C--T--------TG-AT-ACAC---AA--TT-AAA-A--AG----------T-A-T-TTC-----ACTG-AT-------AT-------T---------AA--------A-TA-TC-AC-A-T-G-C-----CAT-T-T---A------C-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T-T--CAC--A-T-T-C--AATA-CATTCAGag
gi|11 : CTTATCTC----TGT----CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----A--TT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-------A-C----A---------T----A-A-C--CA-A--A-AA--TCT-T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG----G-T-CTT-T---------G---T----AT-G-----------------T--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-T-ATT-TCT--CT-T--GAA------TTGT--TTT-AA---A----TT--GC-TC-A-------------CG-----N-----NNN-NNN-NNNNNNNN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNN----NNN-NNN--NN--N-N-----------------NN-N-N---NNN--NN-N-N-N---N-NN---------------N----N-NTGG----GT--A-AGTAAC-ATT--T--AT---G-------------CG---T---A-A-T--------------A---A-TT---TATAAA-C--T--------TG-ATAA-AA---AT--TT-TAA-A--AG----------T-A-T-TTC-----ACTG-AT-------A--------T---T----AAA--------G-TA-T---C-A-C-ATC-----CA--T-T---A------C-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A------T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATT-AGA
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gi|13 : TATCGC-----GT-T--CG-AAT--AA-T--GGCAA--TG-C-GGTTGCC-A-CGTATT---T-AAA-TA--GT-----T--ATTAGTTTA-GAATTT-A-GA-G----C-TTGAGTTTA--TGC-ATAATCA-C----GT--------TTCATA-A-C--C--A--G-AAGATCACT--T---G-CAG-----A-----A----C-TGCGTC-----C-GAT--A---T-G-T-CTT-AT--------G---T----AT-GTAT--CTGAA---T-C-T--AGAAA-TT--AAATCGT-G---G--T-AGG--A---A-T-ATT-T-TTTCT-T--G-A------TTTTTTTTT-AA---A-AACTT--GC-TC-A-------------CG-----A-----GAG-AGC-GAAGGAGA-----AGA--AG-A-GATGAGA---CCTG----AGAAT-GGGTAATGGG-GAT--GA--T-------------------GG-T-A---AGTTAAA-G-T-A---TCTATAT------------T----C-C-------GT--ACA-TTA--ATT--
gi|14 : tatcta--TTT-AT---A-ACCTT--G-----A-------------GA-----A-----GAG-AG--AAGAGGAG-----ATAG-AG-A-GA-GAGA---GAGG----AGAAG-GAG----GGG-GGA--GA--TGG-----------------GG-T-A---AGT--AA-TCC-A---T-TA---------------T----C-C-------GT--A-A--AA--ATT--G--AT---G-A-T-A-G--G-TC----T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------TG-AT-A-AA---AA--TT-TAA-A--AG----------T-A-T-TTC-----ACTG-AT-------AT-------T---GAAGAAAA--------A-TA-T---C-A-C-ATC-----CAT-T-T---A------C-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T-TG-GAC--A-T-T-CCAAA-A-CATTC
gi|15 : -----------------GG-T-A---AGT--AAAT-C-A---T-TA---------------T----C-C-------GTTAA-A-TAA--ATTT-G--ATATAG-A-T-ACG--G-TCT---T---A-AGTA---T-CGAGA--AA---G-TTCTATAT-AAAC--T--------TG-AT-A-AAGAGAT--TT-AAA-A--AAAGATATAAGAT-A-T-TTC-----ACTT-ATATGTATAAT-------T---T----AAAG-------A-TA-TC-ACGA-CAATC-----CA--T-T---A------C-A-T--G---GT-A---G-AGTGAGCGACTGC-A----T-CAACAT--A-T-T-C--AA-A-CA
gi|16 : ----C-T---CT-----C-GGTGAAG--T-T-TACTT-A---------G---CG---AT-GT----C--AG---A-T-T--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-T-ATA-T-T--CT-TTCG-A------ATTT--TTT------A-AACTT--GC-TCAA-------------CG-----A-----GTT--GCAGAGAGAGT-----AGAGCAG-ATGA-GAGA---GGCG----GATGTCGAT----GAG-AGAATGA--T-G-----------------AG-
gi|17 : CTTATCTCAGTCTGT-T--TG-ATT--TA-T--A-TAA--T--T-G-TTGC--A-CGC--A---A-AA--T------------------TTTA-GC-TTT-G-GA-G----A-TCAC--TCG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A------------------TC--T--T---G-T-G-----A-----A----C-T---GT-----C-A-T--TG--T-T-T-TTT-A---------C---C----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--T---CCT-T---T--T-AA---A---A-T-CAT-T-C--CT-C--A-AAGAAACTTTT--CTT-AA---acgaatttagtaggtttagatcgattgttt
gi|18 : tatTTATCTC----TGT-C--CG-ACT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-TGT--T---T-AA--T---CT-----T--AT--ATTTA-AA-TTT-A-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AA--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TT--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-T--AG--T-T-TCCTT-A---------G---T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-A---------------------------G-A------TTTT--T--------A-AACTT--GC-TC-A-------------
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gi|2 : cttggatctatgcttagattaatacgatatatcacgggcttcgccactataCTTATCTC----TGT-TT-CG-ATT--AA-TTGG-CAAAAT--C-G-TGAC--A-CGT--T---TTAA--TG--TT-----TTAGTC-ATTTA-GA-TTTTATGA-G----C-TGGT--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------TA---A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---cgcactagtatctt
gi|2 : A---C-C-T--T---A-TT--A---CGG-T---T--T-AGC--A---A-T-ATT-T-G--CT-TT-G-AACA---TTTT--TTT-AAG--A-AACTTA-GC-TC-A-------------CGTGTCAA-----GAG-AA--GAGAGCGATTTCGAGAG-GG-G-GG-GAGA---GATGTTTTGAGTT-TGA----TAG-GTA--GA--A-G-----------------GG-A-G---AGT--AA-T-C-T---T-TGGAGCTACACGATAACT----C-C-------AC--A-A-AAAT-ATT--GGTAT---G-A-TTA-G--GATCC---TGAAA-A-TA---T-CGAGATGAA---G-TG---AGT-A--C--T--------TGGATGA-AA---ATGGTT-AAA-A--AGG---------TGA-TCTTCTATCAACTG-AT-------ATACTAATAT---C----AAATAATTCCTA-TG-TCGAC-C-A-ATCAGGCCCATAT-T---AACAAAAT-A-TA-T---AT-A---C-A----------GC-C----T-TATTAC--A-T-T-C--AA---CATTCAGtgtccttgaaaatacaacatcataacgccagggattattcttaagatattaataattgacttggagtcatgcatcatggataccttattacggtttagcaatatttgctttgaacatttttttaagaaacttagctcacgtgtcaagagaagagagcgatttcgagagggggggagagatgttttgagtttgataggtagaagggagagtaatctttggagctacacgataactccacaaaaatattggtatgattaggatcctgaaaatatcgagatgaagtgagtacttggatgaaaatggttaaaaaggtgatcttctatcaactgatatactaatatcaaataattcctatgtcgaccaatcaggcccatattaacaaaatatatatacagccttattacattcaacattcag
gi|20 : cttatctctgtttcgattaattggcaaaatcgtgacacgttttaatgttttagtcatttagattttatgagctggtttgtcaacattaaaccaaaatctttgtccttgaaaatacaacatcataacgccagggattattcttaagatattaataattgacttggagtcatgcatcatggatCTTATCTC----TGTGT--CG--TT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG---T-----T--AT--A-TTA-GA-TTT-A--A-G----C-TT-G--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--AGAA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-
gi|22 : tCTTATCTC----TGT-C--CG-ACT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-TGT--T---T-AA--T---CT-----T--AT--ATTTA-AA-TTT-A-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----c
gi|23 : t--A-A-TAA--ATT--G--AT---G-A-T-A-GC-G-TCT---TA--A-A-TA---T-CGA----AA---GTTT---TAT-AACC--T--------TG-AG-A-A
gi|3 : tccttaTATTTC----TGT-TTACG-ATTTAAA-T--G-CAA--TGTC-G-TTGC--AACGT--TGGTT-AACATGATTTAGCCAT--AT--ATTTTTGA-TTTTA-GG-GACATC-TGTG--TTG----C-A-----A-A----ACAGATTTCGT----A-A-CAAC--G--G-AT--TC--T--TTTCG-C-A-----ATTTAAA----CCT---CTACAAGC-C-T--AT--T-T-T-CTTTA---------G---TTTTAAT-CTA---C--AA---T-C-TCTGT--A-TT--A---CCTCT---T--T-AG---A---AAT-ATT-T----CT-T--G---------TTT--TTT-AATTTA-AACTTTTGC-TC-A-------------CG-----AAGAATGAGTAGC-GAGAGAGA-----AGAG-AG-A-GA-GAGACATAGTGCCC-AGGGT-GGG----TGGTGGA--AA--T-GAGATCTTCGATAAAGCAGG-T-A---CGT--AA-T-C-ACAGT-TA---------------TAAATCAC-------GA--A-A-TAA--A----G--AT---G-AAT-A-G--G-TCTCTTT---A-A-TA---T-CGA----AA---GCTT---TAC-AA-C--T--------TG-AT---AA---AT--TT-AAACATCAG----------T-A-T-TCA-----ACTG-AT-------TA-------T---T----AAATATTCACTA-TA-TC-AC-A---ATG-----TGT-T-G---A------C-A-T--TAAGATGA---C-A----------GC-GGGATT-T--CACTAA-T-TGC--AA-A-
gi|4 : TCTT----TGT-T--CGCATT--AAAT--G-CGAATT--C-GGTTGC--A-C--------T-GA--TG--TTAATT-T--AT--ATTTA-GA-TTT-ATGATG----C-TTGA--TTG--TTC-A-----A-CC---AT--------T----AGA-C--C--A--A-AT--TC--T--T---G-C-G-----C-----A----CCT---CT-----C-G-TT-AGCTT-T-T-CTT-A---------G---T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-T-ATT-T-T--CT-T--G-AT-----TTTT--TTT-TA---A-AACTT--GCTTC-A-------------CG-----AT----GAG-AGC-GATAG-----------G-AG-A-GA-GAGA---GAGG----GGGGT-GGG----GGG-AGA--GA--T-GT----------------GG-T-AGACAGCTGAA-T-C-ATT-T-TA---------------T----C-CG------GT--A-A-TAA--AAT--G--AT---GCC-T-A-GT-G-TCT---T-----A-TA---T-CGA----AT---T-TT---TAA-GA-CTAT--------CA-AT-A-AA---AT--TTAAAA-A--AG----------T-ATT-TTC-----ACTG-AT-------AT-------T---A----AAA--------A-TA-T---C-A-C-ATC-----CAT-C-TTAAA------C-A-T--T---A--A---C-AG---------GC-A----T-T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGA
gi|5 : atTATCTC----TGTAT--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TGG-TT-----T--AT--ATTTAAGA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTT--C-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-C--C-----A-AA--TC--T--T---GCC-G-----A-----A----C-T---CT-----CGG-T--AG--T-T-T-CTTCA---------G---T----ATAGT----C--AA---T-CTT--G---ACTT--A---CCT-T---T--T-AGCGAA---A-T-ATT-T-T--TC-T--G-A-------TTT--TTT-AA---A-AACTT--GC-TT-A------------------------------AGC-CAGAGAGA-------TG-AGTA-GA-G-GA---GATG----AGAGA-GGG----GGG-GAA--GAACT-G-----------------GGATAA---AGT--AA-T-C-A-----TA---------------T----CAC-------GT--A-A-TAA--A-T--G--ATTTAA-A-C-A-ACTG-TCT---TA--A-A-TAAAGT-CGC----AATATG-TT---TTT-AA-T--C--------AA-GT-A-AA---AT--CT-GAA-
gi|6 : tcCTTATCTC----TGT-T--CG-ATT--AA-T--G-CAA--T--C-G-TTGC--A-CGT--T---T-AA--TG--TT-----T--AT--ATTTA-GA-TTT-A-GA-G----C-TTGG--TTG--T-C-A-----A-C----AT--------T----A-A-CT-C--AC-A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----C----C-T---CT-----C-GAT--AG--T-T-T-CTT-A---------G---T----AT-GT----C--AA---T-C-G--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-T-A---T-T--CT-T--G-A------TTTT--TTT-AA---A-AACTT--GC-TC-ATCNNNNNNNNNNNNN-----N-----NNN-NNN-NNNNNNNN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNG----AGG-GGA--GA--T-G-----------------GG-T-A---AGT--AA-T-CAA---T-TA---------------T----C-C-------GT--A-A-TAA--ATT--G--AT---G-A-T-A-G--G-TCT---T-----T-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------TGTAT-T-AA---ATA-TT-AAA-A--AG----------T-A-T-TTC-----ACTG-AT-------AT-------T---T----AAA--------A-TA-TC-AC-ATC-ATC-----CAT-T-T---A------C-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T-TC-CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGActtccttgtgttgaaatcattgtttgttgattcatatattgaatattatcaaaatttacgcatttaaattaagaa
gi|7 : TC----TGT-T--CG-ATT--AA-T----CAA--T--C-G-TTGC--AACGT--T---T-AA--TG--TT-----G--ATG-ATTTAAGA-TTTGA-GA-G----CCTTGGA-TTGCGT-C-AT----A-C----AT--------G----A-A-C--CCAA--A-AA--TC--T--T---G-C-G-----A-----A----C-T---CT-----C-G-TT-AG--T-T-A-CTT-A---------G---T----AT-GT----C--AAA--TGC-T--G---A-TT--A---CCT-T---T--T-AG---A---A-TCATT-T-T--CT-T--G-A------TTTT--TTT-TA---A-AAC-T--GC-TC-A-------------C------A-----GAG-AG---------------AGTG-AG-A-GA-GA--------G----GGGGT-GGG----GGG-AGATGGA----G-----------------GG-TAA---AGT--TA-T-C-A-----TA---------------G----C-C-------GT--A-A-TAA--ATT--GT-AT---T-T-A-A-G--G-TCT---T---A-A-TA---TACGA----AA---G-TT---T-T-AA-C--TCTAACTAATG-ATAA-AA---AT--TTAAAA-A--AG----------T-A-T-TTCAA---ACTGAAT-------AT-------TAACT----AGA--------A-TA-T--GC-A-C-ATC-----CAT-T-T---A------CTA-TGGT---AT-A---C-A----------GC-ACT--T-C--CAC--ATT-T-C--AA-ACCATT
gi|8 : TGTCTC----TGT-TG-CG-ATTG-AA-T--G--AA--T--C-G-TTGC--AGCGT--T---T-AA--TG--TT-----A--GTG-ATTTA-GA-TTTTA-GA-G----A-TTGG--TTG--T-C-A-----AGC----ATG-------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-A-G-----A-----A------T---CT-----C-G-TT-AG--TAT-T-CTT-A---------G---T----AT-GT--------A---T-C-T--G---ACTT--A---CGT-T---T--TGAG---A---A-T-ATT-T-T---T-T--G-A------TTTT--TT---A---A-AACTT--GC-------------------------------GTC-AAC-GAGAG--------AGCG-AG-A-GA-GAGA---GGAG----GAGAG-GGG----GGG-GGG--GA--TGG-----------------GG-T-A---AGG--TA-T-C-A---T-TA---------------T----C-C-------GT--AGA-TAA--ATT--G--AT---G-A-T-AGG--G-TCT---T---AGA-TA---T-GGA----AA---G-TT---TGT-AA-C--T--------TG-AT---AA---AT--TT---A-A--AG----------T-A-T-TTC-----ACTG-AT-------A--------T---T----AAA--------A-TAGTC-A------ATC-----CATGT-T---A------CAA-T--T---AT-AAGGC-A----------GCGA----TGT--CAC--A-T-T-A--AAGA-CATTCAGAaa
gi|9 : ----TGT-T--CG-ATT--AA-T--A-CAA--T--C-G-TTGC--A-AGT--T---T-AA--TG--TT--------AT--ATTTA-GA-TT--A-GA-G----A-TTGG--TCG--T-T-G-----A-C----AT--------T----A-A-C--C--A--A-AA--TC--T--T---G-C-GA----A-----A----C-T---C------C-G-T--AG--T-T-T-CTT-A---------G---T----AT-GT----C--AA---T-C-T--G---A-TT--A---CCT-T---T--A-AG---A---A-T-AAT-T-T--CT-T--G-AAT----TTTT--TTT--------AACTT--GC-TC-A-------------CN-----N-----NNN-NNN-NNNNNNNN-----NNNN-NN-N-NN-NNNN---NNNN----NNNNN-NNN----NNN-NNN--NN--N-N-----------------NN-N-N---NNN--NN-N-N-N---N-NN---------------N----N-NNNATGGGGT--A-AGCAATCATTG-G--AC---G-A-T-A-G--G-TCT---T---A-A-TA---T-CGA----AA---G-TT---TAT-AA-C--T--------TG-AT-A-AA---AT--TT-AAA-A--A-----------T-A-T-TTC-----ACTG-A--------A--------T---T----AAA--------A-TA-T---C-A-C-ATC-----CAT-T-T---A------C-A-T--T---AT-A---C-A----------GC-A----T-T--CAC--A-T-T-C--AA-A-CATTCAGAa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCTTTATTTGAAATTTTCAAATTGTTGTTTTATTTGAGGAAATGGTTTTTGCTTCAATGAATGAGGAGAGAAGAGAGAAGAGAGTGAGAG