lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 1 2 33333 4444 1 3333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 66666666666666666 1 1 4 2 333333333 333 2 22 1 4 22 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333 11 1 1111 1 9999999999999999999999999999999999999 1111 2222222 3 11111 333333 2 6666666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888 1 55555555555555555 777777777777777777777777777777 2222222 333 11 44
lowQualScore : 2 3 8 11111 5555 3 0000000000 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 22222222222222222 3 2 6 0 0 000000000 444 0 77 5 0 2 6 0 11 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 99 6 99 7 99 888888888 1 5 5 5 33 1 888 5 5 5 77 2222 77 0 4 9999999999999999999999999999999999999 0 2222 1111111 5 77777 6 111111 5 77 5 2 5 5555555 5 1 5 3 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 5 2222222222222222222222222222222222222 0 5 66 00000000000000000 66 66 888 66 5 5 999999999999999999999999999999 99 1111111 000 11 11
lowQualScore : . . . ..... .... . .......... . ............................................................................................. ... . ..................................................... . . ................. . . . . . ......... ... . .. . . . . . .. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . .. . .. . .. ......... . . . . .. . ... . . . .. .... .. . . ..................................... . .... ....... . ..... . ...... . .. . . . ....... . . . . . ......................................................... . . . ..................................... . . .. ................. .. .. ... .. . . .............................. .. ....... ... .. ..
lowQualScore : 5 3 7 77777 3333 3 3333333333 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 00000000000000000 3 0 7 0 0 000000000 000 0 55 0 0 5 7 7 77 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 88 7 22 3 22 000000000 0 7 7 7 66 4 000 7 7 7 99 1111 99 4 3 4444444444444444444444444444444444444 7 7777 7777777 8 55555 7 000000 7 99 7 9 7 6666666 7 4 7 0 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 0 5555555555555555555555555555555555555 0 0 99 00000000000000000 44 99 888 99 0 0 888888888888888888888888888888 22 0000000 222 00 00
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGNTT-TAAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAAT-CCAGG---TTTACGCGTTG--C-A-CACAGG---TAG--G-CTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTACG--GT---AA-ATAA-TG--A--C-CA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCCAG-----CTCACGCTTCT-----GTG-G--G-AAT-G-ATGGTG-----------GTTTATTT-GTAT-GCAG-GG-------A--T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGA-TTGATTACAGAAATAAAGANTTGATAGGAAGACATACACGCCAGAAAGCATAATATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCGAATATGGTCCCGCCCGT-ATCGACATCAACTATAA-----TCGATACTCATGNTTGAACTATTGATGNATAGTATATTCTGCCCACCATTANNCAAGATTCGNACTATCCATTCCCNNTNCATCAGTTTNGATTGTAGTTTGAGTTCGNTGTCTGAGGATGTCAAAATNTTAGGGCNNAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT----------TTATATATATACTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TATTTTTTNTTCGNTNTNTAATCNNTTTACNNCGNNATACGACGTGTANG-NCCG--ATGGGA--C---TG-GG-T---GTTTA-----------TA-AAGG--CTTGT--TATA-AAATATA-ATTATTAT-G----T-GTAATTG-T-A-AATATGA-CACATGTCA-TACA-TATAATAA----ACAAT--TTAC-------T----TACT-N--A----AC---TAA-------TTGA-TT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TGTT-A--TCA-G-TAAA-TGGA-TAA-------TTGTTT----A---A--TTGGG----TA---N---A--CACGT-T---ATT-GC-T--TG-CTTCCGA-GAAT-C--A-TT--AAA-GAAGTTCC--------NTAAAA-AGG-AT-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTNA--TT-TTCCTCA----NAA-T---T-C-T---GA-T-------TTTT-TAAANTTA---TTTT----CT--G----TT-GT-TTT-GT-TT--ATTCTCAA--TGN-TT----GCCT-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TTG-A--GG----CTT--GCAAACAGC----CATTTTA-TTTTGTG----C--------CTTCCCGAAATAAAA--TTA-------ATTC-CAATG-A---AAAT-GACGTGCA--A---TTTTT-CG--A-CATCC-CTTCT-AT---TT-CACGCTCAAAAGTT-TGGA-T-CA-GG--T----AAG-CTTGG-TTTA-GT-TTTTGA--A-GCG---TGCAA-A-C-GGA-AT-TA-CTACT-CA----GG-TA---A---CCC---CGACT---CACCCC-G-GCA--TTTAAACC--CGG-CTT---C-GCGTGATC-C--G---TGG--AT-CA-A-CC--GC----A--TG---A-GC-GTTN--CTT--ATGT-A-----ACTA-GAGAT--GTGCAACCGGC
Reference ( gi|2 ) : CGGTTTGCGTATCTCGGGTT-TAAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAG-TCAGG---TTTACGCGTTGGGC-A-CACAGG---TAG--G-CTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTACG--GT---AA-ATAC-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCCAG----GCTTACGCTTCTCCA--ATG-G--G-AAT-G-ATGTTG-----------GTTTATTT-GTAT-GCAGTGG-------A--T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CC--AACGCATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGGAATATGGCCCCGGCTGTCATCGACATCAATAATAA-----TCGATAC--ATAT----AT--TTAATAAA---TA-ATTC--CATAC--TTACA-AA-----GTATTGTTTA-TCTTTTTTTA----TTTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT----------TTATATATATACTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-GCCG--ATGAGAGTC---TG-GG-T---GTTTA-----------TA-AAGG--CTTGT--TATA-AAATATA-ATCATTAT-G----T-GTAATTG-T-A-AATATGA-CACATGTCA-TATA-TATAATTA----ACAAT--TTAT-------T----TACT-A--A----GC---TAA-------T-GA-TT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TGTT-A--T-A-G-TAAACTGGC-TAA-------TTGTTT----A---A-GTTGGG----TA---G---A--TATAT-----ATT-GC----TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TT--AGACGAAGTTCC--------ATAAAACAGG-AT-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTCA--CT-TTCCTCA----AAA-T---T-C-T---GA-T-------TTTT-TAAATCTA---TTTTGGGGCTTCG----TT-GT-TTT-GT-TT--ATTCTCAA--TGC-TT----GCCT-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TTG-A--GG----TTT--GCAAATAGC----CATTTTAATTTTGTG----C-----GGGCTTCGCGAAATAAAA--TTA-------ATTCGCAATG-A---AAAT-GACGTGCA--AG--TTTTT-CG--A-CAT-C-CTTC--ATTTGTT-CACGCTCAAAAGTT-TGGA-TGCA-GG--T----AAGACTTGGATTTA-GT-TTTTGA--AGGCG---TGC---A-C-GGA-AT-TA-CTACT-GC----GG-TA---A---CCC---CG--T---CAGGCC-G-GCA--TTTAAACCGGCGG-CTT---C-GTGTGATC-C--G---TGG--AT-CA-AGCG--GC----A--TG---G-GC-GTTT--CTT--ATGT-A-----ACT--GAGAT--GTG--ACCGGCT
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTT-TAAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAAT-CCAG----TTTACGCGTTTTGC-A-CACAGG---TAG--GGCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAGA-TTACG--GT---AA-A-AA-TG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCCAG-----CTT-CACTTCTC----ATG-G--CCAAT---ATGGTG-----------TTTAATTT-GTAT-GCAGTGG-------A--T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGA-TTGATTA-AGAAATAAAGAA-TG-TA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAGCATAATATAT
gi|3 : cccgGTATCTCGGTTTGTAAAACCACCGATCA-AT--ATCCCT--GGT-TTGAATCTCAGG---TT-ACGCGTTG--C-AACACAAG----AG--G-GTGAG----T--GA--TAG-T-GCT-AGAATTAAGCTGT---AA-ATAC-TGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTCAG----CTTCACG-TTCT------TGTG--G-AAT-GAATGGT------------GTTTATTG-ATAT-TCAG-AG-------A--TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|6 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggatt-TAAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAAT-CCAGGGTTTTTAAGCGTTG--CTATCACAGGGCATAGTGG-CTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTACT--GTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAACCCTAGCGGTGCA-ACGTTT-TGTATTGTG-GATG-AATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGA-TTGATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCC--AAgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaTCAGAATTCCGGAATATGGCCTC--CCTTCATCGAC---------AA-----TCAA-ACTCATAA----AC--T-GATACA---TATATT----------TTAAT-AA-----GAATT-------CCTATTACA-------AGATT---------GTT-ATTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT----------TTGTATA-ATA------------TATGTAA-GC----TA-----AACCCACCTGCGCAATGCAGTCTATTTATTTCATTGTATTACATGTTAG-TCCG--ATGGG--CC---TGCGG-T---GT---------------A-AAGG--CTTGTATTATACAAATATACATTATTTT-GAA--T-GTAATAG-T-A-GA-------ACAT-TCACTATAATATAATAA----ACAATATTTAC-------T----TACT-G--T----ACACGTAA-------TTGA-TT---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA--TCA-G-TAAA-TGCA-TAA-------TT-TTT----AT--A-TTTGGG----TA---C---A--CATATGTAG-ATG-GCAT--TG-CTTCAAGT---T-C--A-CTTAAGA--AAGT-CC--------ATAATA-AGG-AT--A-CA---TT-T-AA------AT----GTCAAACAATTCCTCA----TA--T---T-C-T---AA-T-------TTTT--AAAT--A---TTT-----CT--G----TT-GT-TT--GT-TT--ACTC---A--TCC-AT----CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--GCAAAGAGC----CATTTTA-TTTTATTATTTC--------TTTCTCAAAATAA----TTA-------TCTC-CAATG-A---AAAT-GACGTATC--AA--CTTGT-CGAAA-CATCC-CTTCCTATATTTC-TACGCTCAAAAGTT-T-GA-T-CATGG--T----AAG-CTTG--TTTA-G--TTTTGA--A-CCG---TTCA--A-C-GGA-AT-TA-CTCAT-G---------A---A---CCC---CGACT---CA--CCTGCGCA--TTTAAACC----G-CTT---G-GCGT-ATCGC--G---TGG--AT-CA-A-C----C----A--CG---GAGC-G--T--ATT--ATGTAA-----ACT---AAAT--GTGCAACCGaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|6 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTACAATATCCGAATATGGTCCCGCCTGT-ATCGACATCAACTATAA-----ATGATc
gi|4 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgAATATCCGAATATGGTCCCGCCTGT-ATCGACATCAACTATAAATGATTTGAT-----TGTTTGAATTATTAATGAATAGTA-ATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCGTACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTGTATATCACCCAAATCTTA-AGATATCCT-AACGCCACTCACGTAA-GCCACGCAGTCTTATTTTTTTTCAGATTTGTAACTACACTTCGTCTTGCTCGGATGAGTATGAGCTGTAAT-AAAATC---T---G-C---TCTTA-----------GATCAGG--CTTGT--TATG-AAA-AT--ATCATTATAG----T-ATAATTttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|15 : acAA--T-CGCAAACTT--CTTG--TAT----------TCATATATATACTAAACGCC---------ATGC----CAGTC-TAcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|11 : ttaattaT----------TTATATATATACTAGACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-T--------GTTTTTATTTTATTGTTATACTGTTAAAAGTGACATATAGG-TCCG--ATGGG---C---TG-GG-T---GTTTAAAGGCTTATTATA-AA-----------TAT----------ATTATTATGG----T-GTAATTG-T-A-AATATAA-CATATGTCA-C----TGTAATAA----ACAAT--TTAC-------TTTCGTACT-T--A-----C---TAA-------TAGA-TT---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TGTT-A--TCA-G-TAAA-TGGA-TAttttatttcattgttatactgttaaaagtganaatagatttgagtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|13 : atatctTATATATACTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TATTTTTTATTTCATTGTTATACTGTTAAAAGTGACATACAGGT--------CCG--ATGGG---C---CG-GG-T---GTT-------------------------------TA-AAGTAT-----GTTGT-A----T-TT--TTT-T-----TATGA-CACATGTCA-C----TATAGTAA----ACAAT--ATAC-------T----TACT-T--A----Gcat
gi|8 : taatatcaagatttcctagacaaaccggaaatttattgtatttaacatatacttacaggcagtctat-GCCG--ATGG----C---TG-GGGT---GTTT------------TA-AAGG--CTTAT--TTTA-AAATA-A-ATTATATT-G----TTGTAATTG-TTA-AATATGA-CAAA---CC-TTCA-CATAATAA----ACAAT--TTAC-------T----TACT-A--CCTT-AC---TAA-------TTGA-TT---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TGTT-A--TCA-GCTAAA-TGGA-TAA-------T-GTTT--------------GA----TA-----------ACAT-----AGT-GCCT--TG-ATTTCAAAGAAT-C--A-TT--AA--GAAGTTTC--------TTAAAA--GGTAT-GA-CA---TT-TTAAT-TACAACA--CGTAA--TT-TGGC-CA----ATA-T---T---T---GA-A-------TTTT-TAAAATTA---TTTTG---CT--G----TTTGT-TTT-GTGTT--ATTCTCA---TGA-TT------CT-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TTG-A--GG----CTT--GCAAACATC----Ct
gi|24 : ttgttatacctatctaaaagtgcatataCG--ATG-GA--C---TG-GG-T---GTTTA--------------AAGG--CTTAT--TATA-AA--------TATTAT-GT---T-GTAATTG-T-CTAATATGA-TAtta
gi|5 : tnaAGAGTCGGATG-GG-CTGGGCTT------------TA-AAGGACTTTAT--TATA-AA-TA-A-ATTATTAT-GATTTC-GTAATTGAT-A-AATATGAACACATGTCA--AC--TATAATAA----ACAAT--TTACCC-----T----TACTTA--ACTGTAC---TAA-------TTGA-TT---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T--T-A--TCA-G-TAAA-TGGA-TAA-------TTGTTT------------TGGGA---TA---C---C--CACAT-----AT--GCACTATGTCTTCCAA-GAAT-C--AATT--A-AGGAAGTTTC--------TTAAAA--GT-AT-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTGA--TT-GTACCCA----TAT-T---T-C-T---GAAT-------TTTTATAAAATTA---TTTTTG--CCT-G----TT-AG-TTT-GT-TT--AT-CTCAA--TGA-TT-----TCT-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TTG-G--GC----TTG--GCAAACA-T----CACTTAAGTCT-----------------CCTCCCAAAATCAAT--TTA-------ATTC-CAATGGA---AAAT-GACGTGTA--AT--TTTTT-CG--A-CATCC-CTTCT-AT---TT-CACGCTTAAAAGTT-TGGA-T-CA-GG--T----AAG-CTCGG-TTTA-GT-T----A--GAGCG---TGCA--A-T-GGA-AT-TACCTACT-CA----GGCTA---A---CTCGA-C---T---CACCCC-G-G-A--TTTAAACC--CGG-CTCTTAC-GCTTGATC-C--G---TGG--AT-CG-AAC----C----AACTA---A-GC-TTGTAACTT--GTGT-A-----ACTA-GAGAT--GTGCAACCGGC
gi|1 : ttaaaagtgacatat-GG-T---GTTT------------TA-A--G--CTTGT--TATA-AA---TA--TC-TTAT-G----TTGTAATTG-A-A-AAT-CGA--ACATGTCC-TATAATATAATAACCACACAAT--TTACGTACCACT----TACT-ATAA----AC---TAAAATAATAT-GAATTGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTGTT-AC-T-A-G-TAAAATGATATAA-------TTGTTT----ACAAA-TTTGGG----CA---TCACA--TACGTGC---ATT-GC----GA-CTTCAGA-GAAT-C--A-TT--AAGC--AGGTCC--------ATGAAA-AAG-ATAGA-CA---TT-TTAAT-T-CAA---ACGT-A--CT-TTCCTCA----AAAAT---TAC-T---GA-T-------TTG---AAATTAA---TTTTCG--CT--G----TT-GT-TTTTGC-TTTAATTC-CAA--TGC-TTC---GCTA-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGC--TT-TTG-A--GGGGGTTTT--GCAACAAGC----CATTTTAATTTTG-G----T-----CGCCTTCCCAAAAATAAA--TTA-------ATTC-C--TG-----AAAT-GACGTGCA------TTTTTAAG--A-CATCC-CTTT--ATGT-TT-CACGCTCAAGAATTGTGTA-TTCA-AGGCT----AAG-CTTGG-TTTA-G--TTTTGA--A-GCGATTTGCCA-A-CGGGA-AT-TA-CTACTCAT----GT-TA---A---ACC---CG--A---CTCCCC-G-GCA--TTTAAACC--CGG-CT------GCGTGAT--C--G---TGGCAGTACA-ACCC--AC----G--TGTGAG-GCTGTTC--TTC--ATGTAA-----ACTA-GAGAT--GTGC-ACCGGCca
gi|4 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagc-------T-GA-TC----CTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TGTT-A--TCATG-TATATAGGT-TGAATCATTTTTGTTTTAATA---ATGTTGAG----TACTAG---AATTATATTTGGCATTAGC----TT-TTCCTA--GAAT-CTCA-TT--AAGAGGAGTTCTTATATATAATAAAGTGGG-CTTGA-CAATGTT-T-AAT-T-CAATACGTATC---TT-TTCCTCATGATGAA-TCTAT-C-TTTGGA-TAGTGTAATTAT-TATAACTAAAATTGTATGTATTTGCTGATT-GT-TTG-AT-TT--ATTCTCAAGACGCATTCTGCGCATATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TTG-ACGGG----TTTTTGCCAAAAGC-----ATTTTA-TTTTGTG----TCTGTGGGGTTCCCCAAAATAAGA--TTA-------ATTC-CAATG-A---AAAT-GACGTGCATGAGTATTTTC-CG--ACCAT-C-CTTCTAATT--TT-CACG-TCAAAAGTT-TTAATTTTATGG--TA---AAGTCTTTGGTCTT-GTGTTTTAA--ATGCGGT-TGCAA-A-C-GGATATATA--TACT--C----AG-TA---AGATCGCTGACG--TCTCCGGGCT-A-ATA--TTAAAACC-TCGG-CTT---G-ACA-GA-C-C--G---TTG--AT-CA-ca
gi|7 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagatAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--ATTT--AA-AATT--GTT-AATC-A-G-TAA--TGGA-TAA-------TTGTTT------------TGGGGCACTACC-G---T--CACGC-----AGT-GT----TG------GAAGAATAC--A-TTTAAGA--AAGTTCC--------TTAAAA-AGG-AT-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAAAG-ACGTTA--AT-TGTCTCA----ATA-T---T-CCT---GA-T-------TTTT-GAAAT-TA---TTTT----CT--G----TT-GTATCT-GT-TT--ACTCTCAA--TGA-T-----ACCT-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TGA-A--AG----CTT--GCAAACATC----C-----------GTG----C-----------CCCGAAATAAGAGGTTA-------ATTTCCAATG-A---AAAT-GACGTGCA--A---TTTTT-CG--A-CATCC-CTTCT-AT---TT-CACGCTC-AAAGTT-TGGA-T-CA-GG--TTTAGAGGTCTTGG--TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGA-CGGGA-AT-TA-CTACT--CTCCAGG-TA---A---CTCGA-C---T---CA-CCC-G-GCAGCTGTAAACGGCCGGCCTT---CAACGTGATG-CGGG---TGG--AT-CATAGCGCAGCTGTTA--AG---A-GC-GTAA--CTT--ATGT-A-----ACTACGAGAT--GTGCAACCCGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|10 : ctT-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATTG-A--GG----CAT--GCAAACAGCAGAATATGTTCCTTT-----------------CCCCG-GAAAAACAA--TTACGCAGCTATTC-CAAT--ATTTAGATAGGCTTGCA--AT--TTGTT-CG--A-CAT-AGCTTC------------C-CT---AAGTT-TGGA-T-CA-G---T----AAGCATTGG-TTTA-GT-T---GA--AG-CG---TGC---AAC-TGA-AT-CG-CTACT-CA----GT-TA---A---CCC---CG--T---CACACCTG-GCA--ATTAAACC--CAG-CTTAC-C-AT-TGTTC-C--GTGCTGG--AA-CA-A-CC--GC----A--Tca
gi|12 : ACTTGCA--A---TTTTT-CG--A-CAT-C-CTT----TTAGTTGCACACTCAAAAGTT-CAGA-TG-A-GG--T----AAG-CTTGG-TTTA-GT--TTTGA--A-GCG---TGCA--A-C-GGA-AT-CA-CTACT-TA----GG-TAACTA---CTC---CAACT---CA-CCC-G-GCA--TTTAAACC--CAG-CTT-----GCGTGATC-C--A---TGG--AT-CA-ATC---GC-------TG---A-GC-AGTA--CTTACATGT-ACCTACACTA-GAGATACGCA--ACCGGtgagcccgtacatacacgtaaactaagagatacaaacg
gi|22 : aacaacacaacccccccccaaaaaaaaacaaggagttttccaatgcattacT-TA-CTACT-CA----GG-TA---A---CTC---CGACT---CA-CCC-G-ACA--TTTAAATC--CGG-CTT-----ACGTGATT-T--G---TGG--AT-CA-A-CC--GC-------TG---A-GC-TGTA--CTT--ACGT-A-----AAC--AAGA
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTACAGTGTATATATAGTAAAAATATGTTGAAAAAATATTTGGAAAAGAACCAAAGGCAAATTGCAGAAATTTCTTCATATTCTATTTAATGCTAGAAAACAACATTTATATAAATAATATATCATGTGTTATGCGCTATGCATGTACACATCATTGTTAAAATATAAAAGTGACTTATAGGTCAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTATTTATCATTTATGATGTATAATGTTTTGTAATACTTAAAATGCACATGTCACTATAATAAAAGATTTACTTACTTA
Unaligned ( gi|14 ): TTTGTATAAATAATCTATTATGCGCTATGTTTGTACTTATAATTTTGAAATATAAAAGTGACTTATAGGTCAAACGGGCCAGGTGCAATTGATGTAATTATCATATACTGTATAGTGTTATGTTCTGCTTAATTAAATGCACATGCCACTATAATAAACGATTTACTTACTTAC
Unaligned ( gi|16 ): TGTGATATGCGCTTCGCGTGTAACATAATCAGTTGTTAAGAATATAAGAGGAGCTATATAGATCAAATGGGCCGGGCAACGTGAGATGTAATTATCGTATTTATGATGTATAATGTTTTGTGAAGTACTTGAATGGCAGATGCACTATAATAAGAAGATTTGACGTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TATATTATGTGTTATGCGCTATGCATGCACTTATCATTGTTAAAATATAAAAGTGACTTATAGGTCAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTATCATTTATGATGTATAATGTTTTGTAATATTTAAAATGCACATGTCACTATAATAAAAGATTTACTTGCTTACT
Unaligned ( gi|18 ): ATACAAACAGTGGACTTAGAGGTTCAAATGGGCCGAGTGCAACTGATATAATTTATCATTTATGATGACCAATGTGTTGCTCTACTTAATGCACTGAGTCCAATAATAAATATTTATACTTTA
Unaligned ( gi|19 ): AGTGACTTATAGGTAAGATGGGACGGGGTGCAACTGATGTAATTAATCATTTATGCTGTAATATTGTTATGTTCTAACTTAAATGCACATGTTACTTACTATAAAATAGGGTTTACTTACTTA
Unaligned ( gi|20 ): GACTTATAGGTCAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTATCATTTATGCTGTATATTGTTATGTTCTACTTAAATGCACATGTTACTATAATAAAAGGTTTACTTACTT
Unaligned ( gi|21 ): CAATTCTACAATTAGTATATACTGTAAAGTTTTTACAGTCTACTTATATACATGCATTATTTATATGCACATGTCACTATAATAAAAGATTTACTATATACACACC
Unaligned ( gi|23 ): ATTCAAACCCGATTTATATTCCATTTGATCCATAAATCAACTGCTGAGCTGTACTTCATAAACTAGAGATACGCAACT
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Unaligned ( gi|26 ): CAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTACATATGTATCATATACTATATATTAATTA
Unaligned ( gi|27 ): GGTGATCCGTAGATCAACCGCGAGCTGTACTTACGTAAACTAAACTAGAGATACGTT
Unaligned ( gi|28 ): CACGTCACTGTAATAAATTACTTACTTACTTACATATGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1 11 55555555555555555555 111 1 1 1 3333333 6666666666666666666666666666666666 1 1 2 44444444444444 1 1 2 3333333 222 1 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444444444 2 33333333 1111 111 11 77777777777777777777777777777777777777 111111 11 1111 22222222222222222222222222222222222 2222 3333333333333333333 2222222222222 22222222 1111 111111 333333 111111111111 222222222222222222222222222 11111 1111 1 1 11 1 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 111 111111 111 1 1 1111 1111 111 11 555555555555555555555 111111111 3333 111 333333333 11 1 1111 3333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 11111 22222222222 11 1 222 22 111 111 22 1 1111 11 33333333 333333333 111111111111 222222222222
lowQualScore : 1 0 0 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 2 777 0 3 33 33333333333333333333 777 0 0 0 3333333 6666666666666666666666666666666666 8 0 0 0 55555555555555 0 6 2 3 3 1 0000000 7 000 2 3 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 0 7 2 33 9 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 555555555555555555 3 55555555 22 7 0000 0 111 11 33333333333333333333333333333333333333 6 999999 88 4444 6 99999999999999999999999999999999999 7 1 55 55 0 55 7777 3 3 7777777777777777777 33 44 9999999999999 3 3 55555555 44 3 2222 3 000000 666 999999 55 55 7777 55 777777777777 999999999999999999999999999 00000 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 999 5 5 77 5 5 111 5 555555 5 55 77 77 5 5 555 5 1 1 5 3333 2222 0 5 88 000 888 44 444444444444444444444 999999999 5555 77 5 5 222 5 77 5 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 5 66 0000 66 5 1 2 33 4444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 33333 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 11 5 0 66 888 000 5 5 33 0 888 555 33 0 5 4 4 777 4 4 777 1111 1 4 55 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 3 4 777 333333333 888888888888 99 888888888888 888 1
lowQualScore : . . . . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... . . .. .................... ... . . . ....... .................................. . . . . .............. . . . . . . ....... . ... . . . ........................................................................................................................... . . . . . .. . . ..................................................................................... . .................. . ........ .. . .... . ... .. ...................................... . ...... .. .... . ................................... . . .. .. . .. .... . . ................... .. .. ............. . . ........ .. . .... . ...... ... ...... .. .. .... .. ............ ........................... ..... . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . ..................................................... ... . . .. . . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . .. ... ... .. ..................... ......... .... .. . . ... . .. . .. ......... . . . . .. . .. . . . .. .... .. . . . .. ............................... .. . .. .............. . . ..... . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. . . .. ... ... . . .. . ... ... .. . . . . ... . . ... .... . . .. .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . . . ... ......... ............ .. ............ ... .
lowQualScore : 0 0 0 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 5 555 0 2 00 22222222222222222222 555 0 0 0 5555555 2222222222222222222222222222222222 8 0 0 0 88888888888888 0 5 5 3 3 0 0000000 3 777 0 3 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 0 0 22 8 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 000000000000000000 3 00000000 00 3 0000 8 888 00 88888888888888888888888888888888888888 7 222222 33 2222 7 66666666666666666666666666666666666 7 9 00 00 5 00 6666 3 3 4444444444444444444 44 66 0000000000000 1 1 99999999 22 1 5555 3 333333 444 666666 00 00 7777 00 777777777777 555555555555555555555555555 99999 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 999 7 7 99 7 4 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 777 7 4 4 7 1111 7777 1 7 66 000 666 44 333333333333333333333 999999999 7777 99 7 7 999 7 99 7 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 0 99 6666 99 0 4 5 77 4444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 99999 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0 0 99 888 666 0 0 55 1 888 666 55 0 0 4 4 888 4 4 888 7777 9 4 77 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 6 0 000 888888888 333333333333 55 555555555555 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTT-TAAA-C-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGC---AG-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TTACGCTTC----TC--GTGG--GAAT-G-AT-----------GGTGGTTTATTT-GTAT-GCAGTGGA----------T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGACATCAACTATAANCGATACTNA-T-GTTTGAATTATTAATGAATAGTA-ATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-GTACTGTCCATTCTTTTTTTAT----TTAGATTGT-A-TTTGGGTTCG-TG--TGAGGAT-TCAA--TGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TATTTTTTTTTCATTGTGTAACTGC--TACTGTTAAAAGC---GACNTATAG-G-TCCG--ATGGG---CCG-GG-TG---T---T--TGTAA---AGGCTT-GT--TAT--A-AAATAT-A-AT-TATTAT-G----T---G--TAAT-TG-T-A-AATA--TGA-CACATG---TCA-CACA-TA--TAA--TAA----ACAAT--TTAC-------T----TACTN--A---AC---T-----AA-------TTGATT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG-TAC----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-NAA-GAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTC-ANNAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATT------ATTTT-G--CT--G-TT-G-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-ATTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GGA-AT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A-A-C---CGC---T-----GAG--C--GT---TACTT--ACGTA-----A-----ACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGNTT-TAAA-C-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-ATAA-TG--A--C-C---AG-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TCACGCTTC----T---GTGG--GAAT-G-AT-----------GGTGGTTTATTT-GTAT-GCAG-GGA----------T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGANTTGATAGGAAGACATACACGCCAGAAAG-CATAATATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGTCCCGCCCGT-ATCGACATCAACTATAATCGATACTCA-T-GNTTGAACTATTGATGNATAGTATATTCTGCCCACCATTANNCAAGATTCGNACTATCCATTCCCNNTNCATCAGTTTNGATTGT-AGTTTGAGTTCGNTGTCTGAGGATGTCAAAATNTTAGGGCNNAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TATTTTTTNTTCGNTNTNTAATCNNTTTACNNCGNNATAC---GACGTGTAN-G-NCCG--ATGGGA--CTG-GG-TG---T---T--TATAA---AGGCTT-GT--TAT--A-AAATAT-A-AT-TATTAT-G----T---G--TAAT-TG-T-A-AATA--TGA-CACATG---TCA-TACA-TA--TAA--TAA----ACAAT--TTAC-------T----TACTN--A---AC---T-----AA-------TTGATT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG-TAN----AC-ACGT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-CGA-GAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTC-ANAAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAANTT------ATTTT----CT--G-TT-G-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-ATTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GGA-AT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A-A-C---CGCA--T-----GAG--C--GT---TNCTT--ATGT------A-----ACT-A-GAGATGTGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTT-TAAA-C-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A-AA-TG--A--C-CCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT-CACTTC----TC--ATGGC-CAAT---AT-----------GGTGTTTAATTT-GTAT-GCAGTGGA----------T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGACACAC---CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccg-GG-TG---T---T--T-TAA-----GCTT-GT--TAT--A-AA---T-A----TCTTAT-G----TT--G--TAAT-TG-A-A-AAT---CGA--ACATG---TCC-TATAATA--TAA--TAACCACACAAT--TTACGTACCACT----TACTATAA---AC---T-----AAAATAATATGAATTGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG-CATCAC-AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGA-GAAT-C--A-TT-A-A-GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CAT--TT-T-AAT-T-C-A-A-ACGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA---TTT---------------------GAAATTA------ATTTTCG--CT--G-TT-GTT-TTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGC--TT-TT-GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTTAATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-----AAAT-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTAT-T-CA-AGGCT---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCGATTTGC-CAACGGGA-AT-TA-CTACT---CATGT-TA---A---ACCCGAC-T--C-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A-A-CCCACGTG--T-----GAGGCT--GT---TCTTC--ATGTA-----A-----ACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagc-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----AATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-CA-G---T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TGA-AT-CG-CTACT---CA-GT-TA---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A-A-C---CGCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC----ACGTA-----A-----ACTAA-GAGATca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAGACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TGTTTTTATTTTATTGT-TA-------TACTGTTAAAAGT---GACATATAG-G-TCCG--ATGGG---CTG-GG-TG---T---T----TAA---AGGCTT-AT--TAT----AAATAT---AT-TATTATGG----T---G--TAAT-TG-T-A-AATA--TAA-CATATG---TCA-C----TG--TAA--TAA----ACAAT--TTAC-------TTTCGTACTT------AC---T-----AA-------TAGATT---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aacaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-GA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GGA-AT-CA-CTACT---TA-GG-TAACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A-A-T---CGC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGT------ACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TATTTTTTATT-------TCATTGTTATACTGTTAAAAGT---GACATACAG-G-TCCG--ATGGG---CCG-GG-TG---T---T--T---A---AAGTAT-GT--TGT-------------AT-TTTT------------------T-T--------TA--TGA-CACATG---TCA-C----TA--TAG--TAA----ACAAT--ATAC-------T----TACTT--A---
gi|14 : taatatcaagatttcctagac---GACTTATAG-G-TCAA--ACGGG---CCA-GG-TGCAAT---TGATGTAA-------TT-AT--CAT--A-TACTGT-ATAG-TGTTAT-G----TTCTGCTTAAT-T----A-AATG------CACATG---CCA-C----TA--TAA--TAA----ACGAT--TTAC-------T----TACTT--A---gt
gi|15 : tttgtataaataatctattatgcgctatgtttgtacttataattttgaaatataaaagtTTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCC---------ATGC----CAGTC-TATTTTAT-TTCATTGTc
gi|17 : ---GACTTATAG-G-TCAA--ATGGG---CCG-GG-TG---CAACTGATGTAA-----------T--TAT--C-ATTTAT-G-ATGTATAAT-G----TTTTG--TAATATT-T-A-AA-A--TG--CACATG---TCA-C----TA--TAA--TAA----AAGAT--TTAC-------T----TGCTT--A---tatactgttaaaagtganaatagatttgagtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|2 : tatattatgtgttatgcgctatgcatgcacttatcattgttaaaatataaaagtTTGCGTATCTCGGGTT-TAAA-CTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-ATAC-TG--A--CGC---AG-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TTACGCTTC----TCCAATGG--GAAT-G-AT-----------GTTGGTTTATTT-GTAT-GCAGTGGA----------T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGACATCAATAATAATCGATACATA-T-ATTTAA--------TAAATA----ATTC--CATAC--TTA--CAAA----GTATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT---TGTGGGTTCGTTGG--GAGGAT-TCAA--TGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTC-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN-G-GCCG--ATGAGAGTCTG-GG-TG---T---T--TATAA---AGGCTT-GT--TAT--A-AAATAT-A-AT-CATTAT-G----T---G--TAAT-TG-T-A-AATA--TGA-CACATG---TCA-TATA-TA--TAA--TTA----ACAAT--TTAT-------T----TACTA--A---GC---T-----AA--------TGATT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG-TAG----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAA-GAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTC-AAAAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCT------ATTTTGGGGCTTCG-TT-G-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAATTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGCA-GG--T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GGA-AT-TA-CTACT---GC-GG-TA---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A-AGC---GGCA--T-----GGG--C--GT---TTCTT--ATGT------A-----ACT---GAGATGTG--ACCGGCct
gi|20 : cggt---GACTTATAG-G-TCAA--ATGGG---CCG-GG-TG---CAACTGATGTAA-------TT-AT--CATTTA-TGCTGT-ATAT-TGTTAT-G----T---T--CTAC-T--T-A-AATG------CACATG---T---TAC--TA--TAA--TAA----AAGGT--TTAC-------T----TACTt
gi|22 : T-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CTCCGAC-TCA--CCCGAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A-A-C---CGC---T-----GAG--C--TG---TACTT--ACGTA-----A-----ACA-A-GAGATt
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A-A-C---TGC---T-----GAG--C--TG---TACTTC-ATA-------A-----ACT-A-GAGATACGCAACacggc
gi|24 : CG--ATGG-A--CTG-GG-TG---T---T--TA--A---AGGCTT-AT--TAT--A-AA----------TATTAT-GT---T---G--TAAT-TG-T-CTAATA--TGA-TAt
gi|27 : tnaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A-A-C---CGC---------GAG--C--TG---TACTT--ACGTAAACTAA-----ACT-A-GAGAT
gi|3 : gGTATCTCGGTTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-ATAC-TGGAA--C-C---AG-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-CT---TCACGTTCT----T---GT-G--GAAT-GAAT-----------GGT-GTTTATTG-ATAT-TCAG-AGA----------TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAacgtt
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGG--CCTCCCTT------CATCGAC---AATCAA-ACTCA-T-A----AACT---GATACATA---TATT----------TTAAT-AAGA------------ATTCCTATTACA-------AGATTGTTA--TTG-----------TGAGGAT-TCAA--TGTT---GCACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TATAATATATGTAAGCTAAAC-CCACCTGCGCAATGC-----AGTC-TATTTATT--TCATTGTAT--------TACA----------------TGTTA-G-TCCG--ATGGGC--CTGCGG-TG---T---------AA---AGGCTT-GTATTAT--ACAAATAT-ACAT-TATTTT-GAA--T---G--TAAT-AG-T-A-GA---------ACAT----TCACTATAATA--TAA--TAA----ACAATATTTAC-------T----TACTG--T---ACACGT-----AA-------TTGATT---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG-TAC----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC---A-AGTT-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC-AT-AT---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--T------A-TTT----CT--G-TT-G---TTTGT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-ATTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-CATGG--T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GGA-AT-----TACT---CA-TG--A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A-A-C---CACG--------GAG--C--GT-----ATT--ATGTA-----A-----ACT----AAATGTGCAACCGgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGACATCAACTATAAATGAT-TTGA-TTGTTTGAATTATTAATGAATAGTA-ATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCGTACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGT-AGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AGA-TATC------CT-AACGCCACTCACGTAA-GCCACGCAGTCTTATTTTTTTTCAGATTTGTAACTAC---ACTTCGTCTTGCTCGGATGAGTAT-GAGCTGTAATAAAA--TC-----TG---C---T--CTTAGATCAGGCTT-GT--TATG-A-AAATAT-C-AT-TA-TA--G----T---A--TAAT-Tc
gi|4 : TATGA-AT-TATTAT-A----C---G---AAT------A-CATACTTAA-TACATGACTTCA-GTCA-TAGCTAACTTAA----AAAA--------------------ATTG--A---G-----------A-------TTGATC----CTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG-TACTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTA-GAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTC-ATGATGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTGTATGTATTTG----CT--GATT-G-T-TTGAT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-ATTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-TATGG--T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GGATATATA--TACT---CA--G-TA---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A-caactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctat---GACATATAGAG-TCGG--ATGGG---CTG-GG-C----T---T--TA-AA---GGACTTTAT--TAT--A-AA-TA--A-AT-TATTAT-GATTTC---G--TAAT-TGAT-A-AATA--TGAACACATG---TCA--AC--TA--TAA--TAA----ACAAT--TTACCC-----T----TACTT--A---AC---TGTACTAA-------TTGATT---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGATAC----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAA-GAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCC-ATATT---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATT------ATTTTTGC-CT--G-TT-A-G-TTTGT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GGA-AT-TACCTACT---CA-GGCTA---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA-A-C---CAAC--T-----AAG--CTTGT---AACTT--GTGT------A-----ACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : ttaaaagt-TAAA-C-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCAC---AGGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCAACGTTTTGTATT---GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAA-GGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGACATCAACTATAAATGAT-TTGATT-GTTTGAATTATTAATGAATAGTA-ATTCTGCCCACCATTACACAAGATTtggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T----------T--G-GGG-CACT---AC--CGT-C----AC---GCAG-TG--TTG-GAA-GAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTC-AATAT---T-CCTGA-TTTTT---------------------GAAA-TT------ATTTT----CT--G-TT-G-TATCTGT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC-----------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-CA-GG--TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGGA-AT-TA-CTACTCTCCA-GG-TA---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATA-G---CGCAGCTGTTAAGAG--C--GT---AACTT--ATGT------A-----ACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ctTAT-A-GCCG--ATGG----CTG-GGGTG---T---T--T-TAA---AGGCTT-AT--TTT--A-AAATA--A-AT-TATATT-G----TT--G--TAAT-TG-TTA-AATA--TGA-CAAA------CC-TTCA-CA--TAA--TAA----ACAAT--TTAC-------T----TACTA--CCTTAC---T-----AA-------TTGATT---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----G---A-T----------A----AC-A----T----AG-T-GCCT-TG-ATTT-CAAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-C-AATAT---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATT------ATTTTG---CT--G-TTTG-T-TTTGTGTT--ATTC-TCA---TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTACAGTGTATATATAGTAAAAATATGTTGAAAAAATATTTGGAAAAGAACCAAAGGCAAATTGCAGAAATTTCTTCATATTCTATTTAATGCTAGAAAACAACATTTATATAAATAATATATCATGTGTTATGCGCTATGCATGTACACATCATTGTTAAAATATAAAAGTGACTTATAGGTCAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTATTTATCATTTATGATGTATAATGTTTTGTAATACTTAAAATGCACATGTCACTATAATAAAAGATTTACTTACTTA
Unaligned ( gi|16 ): TGTGATATGCGCTTCGCGTGTAACATAATCAGTTGTTAAGAATATAAGAGGAGCTATATAGATCAAATGGGCCGGGCAACGTGAGATGTAATTATCGTATTTATGATGTATAATGTTTTGTGAAGTACTTGAATGGCAGATGCACTATAATAAGAAGATTTGACGTTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATACAAACAGTGGACTTAGAGGTTCAAATGGGCCGAGTGCAACTGATATAATTTATCATTTATGATGACCAATGTGTTGCTCTACTTAATGCACTGAGTCCAATAATAAATATTTATACTTTA
Unaligned ( gi|19 ): AGTGACTTATAGGTAAGATGGGACGGGGTGCAACTGATGTAATTAATCATTTATGCTGTAATATTGTTATGTTCTAACTTAAATGCACATGTTACTTACTATAAAATAGGGTTTACTTACTTA
Unaligned ( gi|21 ): CAATTCTACAATTAGTATATACTGTAAAGTTTTTACAGTCTACTTATATACATGCATTATTTATATGCACATGTCACTATAATAAAAGATTTACTATATACACACC
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Unaligned ( gi|26 ): CAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTACATATGTATCATATACTATATATTAATTA
Unaligned ( gi|28 ): CACGTCACTGTAATAAATTACTTACTTACTTACATATGTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1111 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 222222 2222222 1111 11 222 1 4444 33 2222222 1 11 11 1111 111 11 55555555555555555555555555555555555555 111111 11 11111 11111111 777777777 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222 4444444 1111111 222222222222222222222222222 11111 1111 1 1 11 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111 111111 111 1 1 1111 1111 111 11 555555555555555555555 11111 11111 1 111 333333333 11 1 1111 3333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 11111 22222222222 11 1 222 22 111 111 22 1 1111 11 33333333 222222222 1111111111 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 4444 1 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 1 0 999999 7777777 2222 88 22 6 3 2 3 111 0 5 3 2222 4 2 55 3 2222222 3 88 88 6 7 0000 0 111 11 99999999999999999999999999999999999999 5 666666 4 55 66666 3 66666666 77 777777777 5 6 2 3 44 1 11111111 555 3 555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 2 2 8888888888888888888888888888888888 555 7777777 33 33 6666 0 33 3333333 6666 555555555555555555555555555 00000 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 5 77 5 5 111 5 555555 5 55 77 77 5 5 555 5 1 1 5 3333 2222 0 5 77 000 888 44 444444444444444444444 1 77 44444 66666 5 77 1 222 5 77 5 1 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 5 66 0000 66 5 1 2 33 4444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 33333 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 11 5 0 66 888 000 5 5 33 0 888 555 33 0 5 4 4 777 4 4 777 1111 1 4 00 2 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 888888 4 444444444 9999999999 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... .... . ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . ...... ....... .... .. .. . . . . ... . . . .... . . .. . ....... . .. .. . . .... . ... .. ...................................... . ...... . .. ..... . ........ .. ......... . . . . .. . ........ ... . ... ....................................................... . . . .................................. ... ....... .. .. .... . .. ....... .... ........................... ..... . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .......................................................... .. . .. . . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . .. ... ... .. ..................... . .. ..... ..... . .. . ... . .. . . .. ......... . . . . .. . .. . . . .. .... .. . . . .. ............................... .. . .. .............. . . ..... . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. . . .. ... ... . . .. . ... ... .. . . . . ... . . ... .... . . .. . .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . ...... . ......... .......... ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 2222 0 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 0 555555 0000000 0000 00 88 5 2 5 2 777 7 5 0 5555 0 5 55 0 7777777 3 33 33 7 3 0000 8 888 00 44444444444444444444444444444444444444 7 444444 3 77 44444 1 77777777 99 777777777 7 4 2 1 22 9 22222222 444 1 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 7 7 1111111111111111111111111111111111 000 5555555 99 99 1111 7 99 2222222 1111 888888888888888888888888888 99999 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 7 99 7 4 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 777 7 4 4 7 1111 7777 1 7 66 000 666 44 333333333333333333333 7 99 33333 66666 7 99 4 999 7 99 7 4 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 0 99 6666 99 0 4 5 77 4444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 99999 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0 0 99 888 666 0 0 55 1 888 666 55 0 0 4 4 888 4 4 888 7777 9 4 11 9 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 222222 0 888888888 7777777777 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGGT-G--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTCTATTTTTN-TT----TC--ATTGT-TA-----TAC-TGTTAAAAGTGACNTATAG-GT--CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---T---T--TGTAAAGG--CT--TG--TTAT--A-AA---TAT-A---------AT-TAT-TAT-G----T---G--TAAT--TG-T-A-AATA--TGA-CACATG---TCAC---C---TA--TAA--TAA----ACG--ATTTAC-------T----TACTT--A---AC---T-----AA-------TTGATT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTC-AANAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTG-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-ATTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GGA-AT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAANC-GATACTNA-TGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TACTGTCCATTCTTTTTTTA----TTTAGATTGTA-TTTGGGTTC-GT-G--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTCTATTTTTT-TT----TC--ATTGTGTAACTGCTAC-TGTTAAAAGCGACNTATAG-GT--CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---T---T--TGTAAAGG--CT--TG--TTAT--A-AA--ATAT-A---------AT-TAT-TAT-G----T---G--TAAT--TG-T-A-AATA--TGA-CACATG---TCAC--AC-A-TA--TAA--TAA----ACA--ATTTAC-------T----TACTN--A---AC---T-----AA-------TTGATT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-NAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTC-ANNAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTG-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-ATTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GGA-AT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A--AATG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgG-GT--CCGATTGAGAGGAGGG---CTCGAGCGGTG---T---T--T-TAA--G--CT--TG--TTAT--A-AA-----T-A------------TCT-TAT-G----TT--G--TAAT--TG-A-A-AAT---CGA--ACATG---TCCT--AT-AATA--TAA--TAACCACACA--ATTTACGTACCACT----TACTATAA---AC---T-----AAAATAATATGAATTGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG----CATCAC----AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TT-A-A-GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CAT--TT-T-AAT-T-C-A-A-ACGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA----TT---------------------TGAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGTT-TTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGC--TT-TT-GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTTAATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-----AAAT-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTAT-T-CA-AGGCT---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCGATTTGC-CAACGGGA-AT-TA-CTACT---CATGT-TA---A---ACCCGAC-T--C-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A----ACCC-ACGTGT-----GAGGCT--GT---TCTTCATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtct-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----AATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-CA-G---T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TGA-AT-CG-CTACT---CA-GT-TA---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A----A-CC-GCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC--ACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAGACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTCTGTTTTTA-TT----TT--ATTGT-TA-----TAC-TGTTAAAAGTGACATATAG-GT--CCGAT--------GGG---C-TG---GGTG---T---T----TAAAGG--CT--TA--TTAT----AA--ATAT-----------AT-TAT-TATGG----T---G--TAAT--TG-T-A-AATA--TAA-CATATG---TCAC-------TG--TAA--TAA----ACA--ATTTAC-------TTTCGTACTT------AC---T-----AA-------TAGATT---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-GA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GGA-AT-CA-CTACT---TA-GG-TAACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A----A-TC-GC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTCTATTTTTTATT----TC--ATTGT-TA-----TAC-TGTTAAAAGTGACATACAG-GT--CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---T---T--T---AAAG--TA--TG--TTGT-----------------------AT-TTT-T------------------T--T--------TA--TGA-CACATG---TCAC-------TA--TAG--TAA----ACA--ATATAC-------T----TACTT--A---
gi|14 : taatatcaagatttcctagacTAAAAGTGACTTATAG-GT--CAAAC--------GGG---C-CA---GGTGCAAT---TGATGTAA------T--TA--TCAT--A-TA--CTGT-AT--------AG-TGT-TAT-GTTC-T---GCTTAAT-----T-A-AAT-----G-CACATG---CCAC-------TA--TAA--TAA----ACG--ATTTAC-------T----TACTT--A---gt
gi|15 : tttgtataaataatctattatgcgctatgtttgtacttataattttgaaataTTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCC---------ATGC----CAGTCTA-TTTTA-TT----TC--ATTGT-TA-----TAC-TGTTAAAAGTGANA-ATAG-AT--TTGAc
gi|17 : TAAAAGTGACTTATAG-GT--CAAAT--------GGG---C-CG---GGTGCAAC---TGATGTAA-------------TTAT--C-AT--TTAT-G---------ATGTAT-AAT-GTTT-T---G--TAATA-TT-T-A-AA-A--TG--CACATG---TCAC-------TA--TAA--TAA----AAG--ATTTAC-------T----TGCTT--A---gtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|19 : tatattatgtgttatgcgctatgcatgcacttatcattgttaaaataAGTGACTTATAG-GT--AAGAT--------GGG---A-CG---GG-G---T-------GCAA-----CTGATG--TAAT--T-AATCATTT-ATGCTGTAATAT-TGT-TAT-G----T---TC-TAAC--T--T-A-AATG------CACATG---TTACTTAC---TA--TAA--AAT----AGG--GTTTAC-------T----TACTT--A---ct
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-AT-ACTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATA-TATTT--------AATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTA----TTTAGATTTT--TGTGGGTTC-GTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TATA-TATA------CTAAACGCCA--TGCGTAATGC----CAGTCTANNNNNN-NN----NN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNGGCCGAT--------GAGAGTC-TG---GGTG---T---T--TATAAAGG--CT--TG--TTAT--A-AA--ATAT-A---------AT-CAT-TAT-G----T---G--TAAT--TG-T-A-AATA--TGA-CACATG---TCAT--AT-A-TA--TAA--TTA----ACA--ATTTAT-------T----TACTA--A---GC---T-----AA--------TGATT---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG----TA---G----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTC-AAAAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTG-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAATTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGCA-GG--T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GGA-AT-TA-CTACT---GC-GG-TA---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----AGCG-GCA--T-----GGG--C--GT---TTCTTATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtGACTTATAG-GT--CAAAT--------GGG---C-CG---GGTG---CAACTGATGTAA------T--TA--TCATTTA-TG--CTGT-AT--------AT-TGT-TAT-G----T---T--CTAC--T--T-A-AATG------CACATG---TTAC-------TA--TAA--TAA----AAG--GTTTAC-------T----TACTt
gi|21 : --TGTAAAG----T--TT--TTAC--A-G----TCT-A---------CT-TATATAC-A----T---G--CA-T--TA-T-T-TATA--TG--CACATG---TCAC-------TA--TAA--TAA----AAG--ATTTAC-------T----t
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--TG---TACTTACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A----A-CT-GC---T-----GAG--C--TG---TACTT-CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGAT--------GGA---C-TG---GGTG---T---T--T--AAAGG--CT--TA--TTAT--A-AA--------------------TAT-TAT-GT---T---G--TAAT--TG-T-CTAATA--TGA-TAt
gi|27 : tnaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A----A-CC-GC---------GAG--C--TG---TACTTACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACG
gi|3 : gGTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-AT-ACTGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAtt
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATA-TATT-------TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttT-G--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TATAATATATGTAAGCTAAAC-CCACCTGCGCAATGC-----AGTCTATTTATT-T------C--ATTGTAT------TACATGTTA---------------GT--CCGAT--------GGG---C-CT---GCGG----------TGTAAAGG--CT--TGTATTAT--ACAA--ATAT-AC--------AT-TAT-TTT-GAA--T---G--TAAT--AG-T-A-GA---------ACAT----TCACT-ATAA-TA--TAA--TAA----ACAATATTTAC-------T----TACTG--T---ACACGT-----AA-------TTGATT---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG----TA---C----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC--AAG-TT-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC-A-TAT---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--TA--T-----TT-----C-T--G-TTG---TTTGT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-ATTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-CATGG--T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GGA-AT-----TACT---CA-TG--A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A----A-CC-AC---G-----GAG--C--G----TA-TTATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGT-GTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AGA-TATC------CT-AACGCCACTCACGTAA-GCCACGCAGTCTTATTTTT-TT----TCAGATT-TGTAACTAC-AC-Tc
gi|4 : TATGA---------AT-TAT-TAT-A----C---G---AAT-------A-CATACTTAA-TACATGACTTCAG--TC-A-TAGCTAACTTAA----AAA--A------------------ATTG--A---G-----------A-------TTGATC----CTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG----TA---CTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTC-ATGATGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTG-T-TTGAT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-ATTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-TATGG--T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GGATATATA--TACT---CA--G-TA---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A----tcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctatTTAAAAGTGACATATAGAGT--CGGAT--------GGG---C-TG---GGC--------T--T-TAAAGGACTT--TA--TTAT--A-AA---TA--A---------AT-TAT-TAT-GATTTC---G--TAAT--TGAT-A-AATA--TGAACACATG---TCA---AC---TA--TAA--TAA----ACA--ATTTACCC-----T----TACTT--A---AC---TGTACTAA-------TTGATT---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGA---TA---C----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCC-ATATT---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTA-G-TTTGT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GGA-AT-TACCTACT---CA-GGCTA---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA----A-CCAAC---T-----AAG--CTTGT---AACTTGTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGGCACTA---CCGTCAC-GCAG-T----GT-T-G------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTC-AATAT---T-CCTGA-TTTTT----------------------GAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTG-TATCTGT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC-----------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-CA-GG--TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGGA-AT-TA-CTACTCTCCA-GG-TA---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATAGCG-CA-GC---TGTTAAGAG--C--GT---AACTTATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ctTAAAAGTG-CATATAG-----CCGAT--------GGC---T-GG---GGTG---T---T--T-TAAAGG--CT--TA--TTTT--A-AA--ATA--A---------AT-TAT-ATT-G----TT--G--TAAT--TG-TTA-AATA--TGA-CAAACC---TT-----C-A-CA--TAA--TAA----ACA--ATTTAC-------T----TACTA--CCTTAC---T-----AA-------TTGATT---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----------------GA----TA-----------ACAT------AG-T-GCCT-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-C-AATAT---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTG-T-TTTGTGTT--ATTC-TC-A--TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : ttgttatacctatcAT------------TTA-----------------------TATA-AATA------ATATAT--CA--TGTGTTATGC------G-CTATGCATG-TACACATC--ATTGT-TAA-----AA-TAT-AAAAGTGACTTATAG-GT--CAAAT--------GGG---C-CG---GGTG---CAACTGATGTA------TT--TA--TCAT--T------TAT-G---------ATGTAT-AAT-G----TTTTG--TAATACT--T-A-AA-A--TG--CACATG---TCAC-------TA--TAA--TAA----AAG--ATTTAC-------T----TACTT--A---tta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTGATATGCGCTTCGCGTGTAACATAATCAGTTGTTAAGAATATAAGAGGAGCTATATAGATCAAATGGGCCGGGCAACGTGAGATGTAATTATCGTATTTATGATGTATAATGTTTTGTGAAGTACTTGAATGGCAGATGCACTATAATAAGAAGATTTGACGTTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATACAAACAGTGGACTTAGAGGTTCAAATGGGCCGAGTGCAACTGATATAATTTATCATTTATGATGACCAATGTGTTGCTCTACTTAATGCACTGAGTCCAATAATAAATATTTATACTTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Unaligned ( gi|26 ): CAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTACATATGTATCATATACTATATATTAATTA
Unaligned ( gi|28 ): CACGTCACTGTAATAAATTACTTACTTACTTACATATGTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1 11 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 1 3333333 1 1111 11 222 1 2222 11 11 1 11 11 1111 111 11 44444444444444444444444444444444444444 111111 11 11111 1111 11111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 11111111111111111 333333333 111111111111 111 333333333333333 111 111 1111 1 1 11 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111 111 1 1 2222 1111 111 5555555555555555555555 11111 11111 1 333333333 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 22222222222 1 222 11 111 111 22 1111 111 33333333 222222222 1111111111 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 0 3 11 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 0 5 22 2222222 5 2222 88 22 6 3 2 3 111 5 1 3333 1 1 88 1 2 88 3 88 88 6 7 0000 222 55 66666666666666666666666666666666666666 4 4 4 222222 9999 1 66 22 99999 55555 777 4 6666 0 4 777 777777 99 44 2 3 11111111 1 11111111 888 3 555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 11111111111 66666666666666666 33 33 444444444 5555 0 33 2 222222222222 000 3 5 5 111111111111111 000 77 000 0 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 77 5 888 5 555555 5 55 77 77 5 5 000 5 7 1 5 0000 2222 0 1 5 000 888 77 5555555555555555555555 1 77 44444 66666 5 77 1 77 5 5 77 5 1 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 55 66 0000 66 5 1 2 33 44444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 5 888 0 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 66 9999 0 5 888 000 5 5 77 0 2 888 555 33 5 5 5 4 4 777 1 555 777 1111 1 4 444 2 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 888888 4 444444444 9999999999 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... . . .. ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . .. ....... . .... .. .. . . . . ... . . .... . . .. . . .. . .. .. . . .... ... .. ...................................... . . . ...... .... . .. .. ..... ..... ... . .... . . ... ...... .. .. . . ........ . ........ ... . ... ..................................................... . . ........... ................. .. .. ......... .... . .. . ............ ... . . . ............... ... .. ... . . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .......................................................... . . .. . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . . ... ... .. ...................... . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . .. ......... . . . . .. . .. . . .. .. .... .. . . . .. ................................ .. . .. .............. . . . ... . . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. .... . . ... ... . . .. . . ... ... .. . . . . . ... . ... ... .... . . ... . .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . ...... . ......... .......... ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 0 2 00 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 5 00 5555555 5 0000 00 88 5 2 5 2 777 5 0 5555 0 0 00 0 5 33 3 33 33 7 3 0000 777 88 11111111111111111111111111111111111111 4 4 4 888888 4444 1 11 22 44444 00000 888 4 6666 6 4 000 111111 11 55 1 1 22222222 9 22222222 555 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 7 22222222222 77777777777777777 44 77 222222222 7777 5 77 7 777777777777 777 1 7 7 333333333333333 000 99 000 7 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 99 7 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 000 7 1 4 7 1111 7777 1 0 7 000 666 44 7777777777777777777777 7 99 33333 66666 7 99 4 11 7 7 99 7 4 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 11 99 6666 99 0 4 5 77 44444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 0 888 1 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0000 0 0 888 666 0 0 44 1 0 888 666 55 0 0 0 4 4 888 1 333 888 7777 9 4 888 9 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 222222 0 888888888 7777777777 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTA-TTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACNTATAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---T---T--TGTAA--AGG--CTTAT----TAT-A----AA---TATA-AT-TAT-TAT-G----T---G--TAAT--TG-T-A-AATATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGGTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTN-TTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACNTATAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---T---T--TGTAA--AGG--CTTGT----TAT-A----AA---TATA-AT-TAT-TAT-G----T---G--TAAT--TG-T-A-AATATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A-AA-TG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgAGCTA--CTTGC-TAT------------GTA-----------------------TAG-G-TATGA------CTGAAATTACGCATCC--CGCGGTGGGATGC----CAGTGCGC-TCTCTTGA-TATACA---TTGG---TCAATA------TATAAGTGTAGTCT-G-GT--------CCGATTGAGAGGAGGG---CTCGAGCGGTG---T---T--T-TAA----G--CTTGT----TAT-A----AA---TATC------T-TAT-G----TT--G--TAAT--TG-A-A-AAT-CGA--A--CATGTC---C---TATAATATAATAACCACACAAT--TT-ACGTACCACT----TACTA--TA-AAC-T------AAAATAATATGAA---T--TGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG----CATCAC----AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TTAA---GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CA---TT-TTAAT-T-CAA-A--CGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA-TTT------------------------GAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGT-TTTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-T--GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTT-AATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-A---AA-T-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTA--T-TCAA-GGCT---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTT-GAA---GCGATTTGC-CAAC-GGGA-AT-TA-CTACT---CATG-TTA---A---ACCCGAC-TC---CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A----ACCC-ACGTGT-----GAGGCT--GT---TCTTCATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatc-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----A-ATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-C--A-G--T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TG-A-AT-CG-CTACT---CAGT-T-A---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A----A-CC-GCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC--ACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAGA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TGTTTTTA-TTT-TA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACATATAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-TG---GGTG---T---T----TAA--AGG--CTTAT----TAT-A----AA---TAT--AT-TAT-TATGG----T---G--TAAT--TG-T-A-AATATAA-CA--TATGTC--A----C----TGTAATAA----ACAAT--TT-AC-------TTTCGTACT---T--A-C-T------AA-------TAGA---T--T---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-G--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-CA-CTACT---TAGG-T-AACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A----A-TC-GC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTTATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACATACAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---T---T--T---A--AAG--TATGT----TGT----------------AT-TTT-T------------------T--T--------TATGA-CA--CATGTC--A----C----TATAGTAA----ACAAT--AT-AC-------T----TACT---TA-
gi|14 : taatatcaagatttcctagac-TAAAAGTGACTTATAG-GT--------CAAAC--------GGG---C-CA---GGTGCAAT---TGATGTAA--------TTAT----CAT-A----TACTGTATA-G--TGT-TAT-GTTC-T---GCTTAAT-----T-A-AAT---G-CA--CATGCC--A----C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-gt
gi|15 : tttgtataaataatctattatgcgctatgtttgtacttataattttgaaataTTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--C------------ATGC----CAGT---C-TA-TTTTA-TTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGANA-ATAG-AT--------TTGAc
gi|17 : TA-----------------------TATTA-TGT-G------TTATG----CGC--TA--TGC------ATGC--------------ACTTAT------CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTGACTTATAG-GT--------CAAAT--------GGG---C-CG---GGTGCAAC---TGATGTAA--------TTAT----CAT-------T---TATG-ATGTAT-AAT-GTTT-T---G--TAATA-TT-T-A-AA-ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TGCT---TA-gtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|19 : AGTGACTTATAG-GT--------AAGAT--------GGGA--C-GG---GGTGCAAC---TGATGTAATTAAT--CAT-T----TAT-GCTGTAA---T----AT-TGT-TAT-GT---T---C--TAAC--T--T-A-AAT---G-CA--CATGTT--ACTTAC----TATAAAAT----AGGGT--TT-AC-------T----TACT---TA-ct
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-ATAC-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATAT-------ATT--TAATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TANNNNNN-NNN-NN---NNNN---N--NNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNGGCCGAT--------GAGAGTC-TG---GGTG---T---T--TATAA--AGG--CTTGT----TATAA----AA---TATA-AT-CAT-TAT-G----T---G--TAAT--TG-T-A-AATATGA-CA--CATGTCATAT---A----TATAATTA----ACAAT--TT-AT-------T----TACT---AA-G-C-T------AA--------TGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG----TA---G----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTCAAAA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAA-TTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGC--A-GG-T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GG-A-AT-TA-CTACT---GCGG-T-A---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----AGCG-GCA--T-----GGG--C--GT---TTCTTATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtGACTTATAG-GT--------CAAAT--------GGG---C-CG---GGTGCAAC---TGATGTAA--------TTAT----CAT-T----TATGCTGTATAT-TGT-TAT-G----T---T--CTAC--T--T-A-AAT---G-CA--CATGTT--A----C----TATAATAA----AAGGT--TT-AC-------T----TACT---Tt
gi|21 : --TGTAA--AG----TTTT----TAC-A----G----TCTA-CT-TATATAC-A----T---G--CA-T--TA-T-T-TATATG--CA--CATGTC--AC--------TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--TG---TACTTACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A----A-CT-GC---T-----GAG--C--TG---TACTT-CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGAT--------GGA---C-TG---GGTG---T---T--T--AA--AGG--CTTAT----TAT-A----AA-----------TAT-TAT-GT---T---G--TAAT--TG-T-CTAATATGA-TA--t
gi|27 : tnaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A----A-CC-GC---------GAG--C--TG---TACTTACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACG
gi|28 : g--CACGTC--AC--------TGTAATAA----ATTAC--TT-AC-------T----TACT---TA-tt
gi|3 : GTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-ATAC-TGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAcatatgtg
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATAT-------ATT-TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TAT-AATAT-ATGTAAGCTAAA----C-C--CACCTGCG-CA--ATGC-----AGT---C-TATTT--A-TTT-CA---TTGT---A--TTACATGT-TA---------------GT--------CCGAT--------GGG---C-CT---GCGG---T-------GTAA--AGG--CTTGTATTATAC-A----AA---TATACAT-TAT-TTT-GAA--T---G--TAAT--AG-T-A-GA-------A--CAT-TC--AC---TATAATATAATAA----ACAATATTT-AC-------T----TACTG--TACA-CGT------AA-------TTGA---T--T---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG----TA---C----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC-AAGT--T-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC-ATA-T---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--TA--T-----TT-----C-T--G-TTG--TTT-GT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-A-TTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-C--ATGG-T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GG-A-AT-----TACT---CATG---A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A----A-CC-AC---G-----GAG--C--G----TA-TTATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AG-A-TAT-C------CT-AA----CGC--CACTCACG-TA--A-GCCACGCAGT---CTTATTTTT--TTT-CAGATTTGTAACT--ACAC-Tc
gi|4 : TTGT----T-C-A----GA---TAT---C-TAT-TAT-G------------AAT--TA-T-T-A-TACGAATA--CATA---------C----T-TAATAC----ATGAC--TTCAG-------TCA--TAGC---TA-A-C-TTAAAAAAA-------TTGAGATTGAT---CCTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG----TA---CTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTCATGA-TGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTGT-TTG-AT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-A-TTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-T--ATGG-T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GG-ATATATA--TACT---CA-G-T-A---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A----tcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctaT-TAAAAGTGACATATAGAGT--------CGGAT--------GGG---C-TG---GGC--------T--T-TAA--AGGACTTTAT----TAT-A----AA---TA-A-AT-TAT-TAT-GATTTC---G--TAAT--TGAT-A-AATATGAACA--CATGTC--AA---C----TATAATAA----ACAAT--TT-ACCC-----T----TACT---TA-A-C-TGTACT-AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGA---TA---C----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCCATAT-T---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTAG-TTT-GT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A-----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GG-A-AT-TACCTACT---CAGGCT-A---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA----A-CCAAC---T-----AAG--CTTGT---AACTTGTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGGCACTA---CCGTCAC-GCAG-T----GT-T-G------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTCAATA-T---T-CCTGA-TTTTT----------------------GAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTGTATCT-GT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC------------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGG-A-AT-TA-CTACTCTCCAGG-T-A---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATAGCG-CA-GC---TGTTAAGAG--C--GT---AACTTATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ct---TTGT---T--ATACCTATCTAAAAGTG-CATATAG-----------CCGAT--------GGC---T-GG---GGTG---T---T--T-TAA--AGG--CTTAT----TTT-A----AAA--TA-A-AT-TAT-ATT-G----TT--G--TAAT--TG-TTA-AATATGA-CAAACCT-TC--AC---------ATAATAA----ACAAT--TT-AC-------T----TACTACCTT-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----------------GA----TA-----------ACAT------AG-T-GCCT-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-CAATA-T---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTGT-TTT-GTGTT--ATTC-TC-A--TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : AT------------TTA-----------------------TAT-A-AAT-A------ATATA----T----CA--TGTG-TT--ATGCG---CTAT---G-CATGTACA-CAT-CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTGACTTATAG-GT--------CAAAT--------GGG---C-CG---GGTG---CAACTGATGTA--------TTTAT----CAT-T---------TATG-ATGTAT-AAT-G----TTTTG--TAATACT--T-A-AA-ATG--CA--CATGTC--AC--------TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-tta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTGATATGCGCTTCGCGTGTAACATAATCAGTTGTTAAGAATATAAGAGGAGCTATATAGATCAAATGGGCCGGGCAACGTGAGATGTAATTATCGTATTTATGATGTATAATGTTTTGTGAAGTACTTGAATGGCAGATGCACTATAATAAGAAGATTTGACGTTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATACAAACAGTGGACTTAGAGGTTCAAATGGGCCGAGTGCAACTGATATAATTTATCATTTATGATGACCAATGTGTTGCTCTACTTAATGCACTGAGTCCAATAATAAATATTTATACTTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Unaligned ( gi|26 ): CAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTACATATGTATCATATACTATATATTAATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1 11 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 1 3333333 1 1111 11 222 1 2222 11 11 1 11 11 1111 111 11 33333333333333333333333333333333333333 111111 11 11111 111111 111 11 11111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333 1111111111111111 333333333 111111111111 111 333333333333333 111 111 1111 1 1 11 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111 111 1 1 2222 1111 111 5555555555555555555555 11111 11111 1 333333333 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 22222222222 1 222 11 111 111 22 1111 111 33333333 222222222 1111111111 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 0 3 11 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 0 5 22 2222222 5 2222 88 22 6 3 2 3 111 5 1 3333 1 1 88 1 1 88 3 88 88 6 7 0000 222 55 99999999999999999999999999999999999999 4 4 4 777777 2 8888 2 55 11 00000 555555 88888 111 2 4 666 888888 11 0 44 2 3 11111111 1 11111111 888 3 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 2 111111111 5555555555555555 33 33 444444444 5555 0 33 2 222222222222 000 3 5 5 111111111111111 000 77 000 0 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 77 5 888 5 555555 5 55 77 77 5 5 000 5 7 1 5 0000 2222 0 1 5 000 888 77 5555555555555555555555 1 77 44444 66666 5 77 1 77 5 5 77 5 1 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 55 66 0000 66 5 1 2 33 44444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 5 888 0 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 66 9999 0 5 888 000 5 5 77 0 2 888 555 33 5 5 5 4 4 777 1 555 777 1111 1 4 444 2 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 888888 4 444444444 9999999999 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... . . .. ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . .. ....... . .... .. .. . . . . ... . . .... . . .. . . .. . .. .. . . .... ... .. ...................................... . . . ...... . .... . .. .. ..... ...... ..... ... . . ... ...... .. . .. . . ........ . ........ ... . ... .................................................... . . ......... ................ .. .. ......... .... . .. . ............ ... . . . ............... ... .. ... . . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .......................................................... . . .. . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . . ... ... .. ...................... . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . .. ......... . . . . .. . .. . . .. .. .... .. . . . .. ................................ .. . .. .............. . . . ... . . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. .... . . ... ... . . .. . . ... ... .. . . . . . ... . ... ... .... . . ... . .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . ...... . ......... .......... ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 0 2 00 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 5 00 5555555 5 0000 00 88 5 2 5 2 777 5 0 5555 0 0 00 0 0 33 3 33 33 7 3 0000 777 88 99999999999999999999999999999999999999 0 0 0 000000 6 5555 5 55 00 88888 000000 55555 777 1 0 444 000000 99 9 55 1 1 22222222 9 22222222 555 1 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 222222222 0000000000000000 44 77 222222222 7777 5 77 7 777777777777 777 1 7 7 333333333333333 000 99 000 7 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 99 7 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 000 7 1 4 7 1111 7777 1 0 7 000 666 44 7777777777777777777777 7 99 33333 66666 7 99 4 11 7 7 99 7 4 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 11 99 6666 99 0 4 5 77 44444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 0 888 1 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0000 0 0 888 666 0 0 44 1 0 888 666 55 0 0 0 4 4 888 1 333 888 7777 9 4 888 9 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 222222 0 888888888 7777777777 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACNTATAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-CG---GGTGCAATT--TGTAAAGG--CTT--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-TAT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AATATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACNTATAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---TT--TGTAAAGG--CTT--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-TAT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AATATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A-AA-TG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgAGCTA--CTTGC-TAT------------GTA-----------------------TAG-G-TATGA------CTGAAATTACGCATCC--CGCGGTGGGATGC----CAGTGCGC-TCTCTT-GATATACA---TTGG---TCAATA------TATAAGTGTAGTCT-G-GT--------CCGATTGAGAGGAGGG---CTCGAGCGGTG---TT--T-TAA--G--CTT--G-----TTAT--A----AA---TATC------T-TAT-G----TTG--TAAT-TG-A-A-AAT-CGA--A--CATGTC---C---TATAATATAATAACCACACAAT--TT-ACGTACCACT----TACTA--TA-AAC-T------AAAATAATATGAA---T--TGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG----CATCAC----AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TTAA---GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CA---TT-TTAAT-T-CAA-A--CGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA-TTT------------------------GAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGT-TTTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-T--GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTT-AATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-A---AA-T-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTA--T-TCAA-GGCT---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTT-GAA---GCGATTTGC-CAAC-GGGA-AT-TA-CTACT---CATG-TTA---A---ACCCGAC-TC---CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A----ACCC-ACGTGT-----GAGGCT--GT---TCTTCATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatc-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----A-ATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-C--A-G--T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TG-A-AT-CG-CTACT---CAGT-T-A---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A----A-CC-GCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC--ACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAGA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TGTTTT-TATTT-TA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACATATAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-TG---GGTG---TT----TAAAGG--CTT--A-----TTAT--A----AA---TAT--AT-TAT-TATGG----T-G--TAAT-TG-T-A-AATATAA-CA--TATGTC--A----C----TGTAATAA----ACAAT--TT-AC-------TTTCGTACT---T--A-C-T------AA-------TAGA---T--T---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-G--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-CA-CTACT---TAGG-T-AACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A----A-TC-GC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTTATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGACATACAG-GT--------CCGAT--------GGG---C-CG---GGTG---TT--T---AAAG--TAT--G-----TTGT-----------------AT-TTT-T----------------T-T--------TATGA-CA--CATGTC--A----C----TATAGTAA----ACAAT--AT-AC-------T----TACT---TA-
gi|14 : taatatcaagatttcctagacT------------TTG-----------------------TAT-A-AAT-AAT----CTA--------T--TA--TGCG-CT--ATGT----T--T---G-TACTTA-TAATT------TTGA---A--ATA------TAAAAGTGACTTATAG-GT--------CAAAC--------GGG---C-CA---GGTGCAATTGATGTAA------TT--A-----TCAT--A----TACTGTATA-G--TGT-TAT-GTTC-T-GCTTAAT----T-A-AAT---G-CA--CATGCC--A----C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-gt
gi|15 : TTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--C------------ATGC----CAGT---C-TA-TTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTGANA-ATAG-AT--------TTGAc
gi|17 : TA-----------------------TATTA-TGT-G------TTATG----CGC--TA--TGC------ATGC--------------ACTT---AT---CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTGACTTATAG-GT--------CAAAT--------GGG---C-CG---GGTGCAACTGATGTAA------TT--A-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-AAT-GTTT-T-G--TAATATT-T-A-AA-ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TGCT---TA-gtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|19 : AGTGACTTATAG-GT--------AAGAT--------GGGA--C-GG---GGTGCAACTGATGTAA------TT--AATCATTTAT--GCTGTAA---T----AT-TGT-TAT-GT---T-C--TAAC-T--T-A-AAT---G-CA--CATGTT--ACTTAC----TATAAAAT----AGGGT--TT-AC-------T----TACT---TA-ct
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-ATAC-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATAT-------ATT--TAATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TANNNN-NNNNN-NN---NNNN---N--NNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNGGCCGAT--------GAGAGTC-TG---GGTG---TT--TATAAAGG--CTT--G-----TTATA-A----AA---TATA-AT-CAT-TAT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AATATGA-CA--CATGTCATAT---A----TATAATTA----ACAAT--TT-AT-------T----TACT---AA-G-C-T------AA--------TGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG----TA---G----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTCAAAA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAA-TTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGC--A-GG-T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GG-A-AT-TA-CTACT---GCGG-T-A---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----AGCG-GCA--T-----GGG--C--GT---TTCTTATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtGACTTATAG-GT--------CAAAT--------GGG---C-CG---GGTGCAACTGATGTAA------TT--A-----TCAT--T----TATGCTGTATAT-TGT-TAT-G----T-T--CTAC-T--T-A-AAT---G-CA--CATGTT--A----C----TATAATAA----AAGGT--TT-AC-------T----TACT---Tt
gi|21 : --TGTAAAG----TT--T-----TTAC--A----G----TCTA-CT-TATATAC-A----T-G--CA-T-TA-T-T-TATATG--CA--CATGTC--AC--------TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--TG---TACTTACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A----A-CT-GC---T-----GAG--C--TG---TACTT-CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGAT--------GGA---C-TG---GGTG---TT--T--AAAGG--CTT--A-----TTAT--A----AA-----------TAT-TAT-GT---T-G--TAAT-TG-T-CTAATATGA-TA--t
gi|27 : tnaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A----A-CC-GC---------GAG--C--TG---TACTTACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACG
gi|28 : g--CACGTC--AC--------TGTAATAA----ATTAC--TT-AC-------T----TACT---TA-tt
gi|3 : GTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-ATAC-TGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAcatatgtg
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATAT-------ATT-TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TAT-AATAT-ATGTAAGCTAAA----C-C--CACCTGCG-CA--ATGC-----AGT---C-TATTT---ATTT-CA---TTGT---A--TTACATGT-TA---------------GT--------CCGAT--------GGG---C-CT---GCGG---T----GTAAAGG--CTTGTA-----TTAT--ACA--AA---TATACAT-TAT-TTT-GAA--T-G--TAAT-AG-T-A-GA-------A--CAT-TC--AC---TATAATATAATAA----ACAATATTT-AC-------T----TACTG--TACA-CGT------AA-------TTGA---T--T---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG----TA---C----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC-AAGT--T-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC-ATA-T---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--TA--T-----TT-----C-T--G-TTG--TTT-GT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-A-TTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-C--ATGG-T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GG-A-AT-----TACT---CATG---A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A----A-CC-AC---G-----GAG--C--G----TA-TTATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AG-A-TAT-C------CT-AA----CGC--CACTCACG-TA--A-GCCACGCAGT---CTTATTTT-T-TTT-CAGATTTGTAACT--ACAC-Tc
gi|4 : T--A-----TTGTTCA----GA---TAT---C-TAT-TAT-G----------AAT-TA-T-T-A-TACGAATA--CATA---------C----T-TAATAC----ATGAC--TTCAG-------TCA--TAGC---TA-A-C-TTAAAAAAA-------TTGAGATTGAT---CCTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG----TA---CTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTCATGA-TGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTGT-TTG-AT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-A-TTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-T--ATGG-T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GG-ATATATA--TACT---CA-G-T-A---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A----tcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctcT-TAAAAGTGACATATAGAGT--------CGGAT--------GGG---C-TG---GGC-----T--T-TAAAGGACTTT--A-----TTAT--A----AA---TA-A-AT-TAT-TAT-GATTTC-G--TAAT-TGAT-A-AATATGAACA--CATGTC--AA---C----TATAATAA----ACAAT--TT-ACCC-----T----TACT---TA-A-C-TGTACT-AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGA---TA---C----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCCATAT-T---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTAG-TTT-GT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A-----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GG-A-AT-TACCTACT---CAGGCT-A---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA----A-CCAAC---T-----AAG--CTTGT---AACTTGTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGGCACTA---CCGTCAC-GCAG-T----GT-T-G------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTCAATA-T---T-CCTGA-TTTTT----------------------GAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTGTATCT-GT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC------------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGG-A-AT-TA-CTACTCTCCAGG-T-A---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATAGCG-CA-GC---TGTTAAGAG--C--GT---AACTTATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ct---TTGT---T--ATACCTATCTAAAAGTG-CATATAG-----------CCGAT--------GGC---T-GG---GGTG---TT--T-TAAAGG--CTT--A-----TTTT--A----AAA--TA-A-AT-TAT-ATT-G----TTG--TAAT-TG-TTA-AATATGA-CAAACCT-TC--AC---------ATAATAA----ACAAT--TT-AC-------T----TACTACCTT-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----------------GA----TA-----------ACAT------AG-T-GCCT-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-CAATA-T---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTGT-TTT-GTGTT--ATTC-TC-A--TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : AT------------TTA-----------------------TAT-A-AAT-A------ATATA----T----CA--TGTG-TT--ATGCG---CTAT---G-CATGTA-CACAT-CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTGACTTATAG-GT--------CAAAT--------GGG---C-CG---GGTGCAACTGATGTA------TTT--A-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-AAT-GTTT-T-G--TAATACT-T-A-AA-ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-tta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTGATATGCGCTTCGCGTGTAACATAATCAGTTGTTAAGAATATAAGAGGAGCTATATAGATCAAATGGGCCGGGCAACGTGAGATGTAATTATCGTATTTATGATGTATAATGTTTTGTGAAGTACTTGAATGGCAGATGCACTATAATAAGAAGATTTGACGTTAC
Unaligned ( gi|18 ): ATACAAACAGTGGACTTAGAGGTTCAAATGGGCCGAGTGCAACTGATATAATTTATCATTTATGATGACCAATGTGTTGCTCTACTTAATGCACTGAGTCCAATAATAAATATTTATACTTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Unaligned ( gi|26 ): CAAATGGGCCGGGTGCAACTGATGTAATTACATATGTATCATATACTATATATTAATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1 11 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 1 3333333 1 1111 11 222 1 2222 11 11 1 11 11 1111 111 11 33333333333333333333333333333333333333 111111 11 11111 111111 111 111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 111111111111 111 333333333333333 111 111 1111 1 1 11 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111 111 1 1 1111 1111 111 11 555555555555555555555 11111 11111 1 111 333333333 11 1 1111 3333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 11111 22222222222 11 1 222 22 111 111 22 1 1111 11 33333333 222222222 1111111111 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 0 3 11 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 0 5 22 2222222 5 2222 88 22 6 3 2 3 111 5 1 3333 1 1 88 1 1 88 3 88 88 6 7 0000 222 55 99999999999999999999999999999999999999 4 4 4 777777 2 8888 2 55 11 00000 555555 88888 111 2 4 666 888888 333333333 555 1 2 99999999 2 2 88888888 666 2 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 000000000000 7777 5555 4 333333333333 000 3 5 5 111111111111111 000 77 000 0 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 77 5 5 111 5 555555 5 55 77 77 5 5 555 5 1 1 5 3333 2222 0 5 1 000 888 44 444444444444444444444 1 77 44444 66666 5 77 1 222 5 77 5 1 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 5 66 0000 66 5 1 2 33 4444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 33333 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 11 5 0 66 888 000 5 5 33 0 888 555 33 0 5 4 4 777 4 4 777 1111 1 4 00 2 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 888888 4 444444444 9999999999 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... . . .. ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . .. ....... . .... .. .. . . . . ... . . .... . . .. . . .. . .. .. . . .... ... .. ...................................... . . . ...... . .... . .. .. ..... ...... ..... ... . . ... ...... ......... ... . . ........ . . ........ ... . . ............................................................................................................ .. ............ .... .... . ............ ... . . . ............... ... .. ... . . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .......................................................... . . .. . . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . . ... ... .. ..................... . .. ..... ..... . .. . ... . .. . . .. ......... . . . . .. . .. . . . .. .... .. . . . .. ............................... .. . .. .............. . . ..... . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. . . .. ... ... . . .. . ... ... .. . . . . ... . . ... .... . . .. . .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . ...... . ......... .......... ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 0 2 00 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 5 00 5555555 5 0000 00 88 5 2 5 2 777 5 0 5555 0 0 00 0 0 33 3 33 33 7 3 0000 777 88 99999999999999999999999999999999999999 0 0 0 000000 6 5555 5 55 00 88888 000000 55555 777 1 0 444 000000 555555555 222 9 5 11111111 7 2 55555555 555 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 888888888888 4444 9999 7 999999999999 000 1 7 7 333333333333333 000 99 000 7 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 99 7 4 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 777 7 4 4 7 1111 7777 1 7 0 000 666 44 333333333333333333333 7 99 33333 66666 7 99 4 999 7 99 7 4 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 0 99 6666 99 0 4 5 77 4444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 99999 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0 0 99 888 666 0 0 55 1 888 666 55 0 0 4 4 888 4 4 888 7777 9 4 11 9 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 222222 0 888888888 7777777777 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-T--GT-TAAAAGTG-A-CNTATAG-GT--------CCGA-T--------GGG---C-CG-GGTGCAACTGATG----TAA---AGG--CT--TA-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAA----T-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACG--ATTT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTC-AANAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTG-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-ATTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GGA-AT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-T--GT-TAAAAGTG-A-CNTATAG-GT--------CCGA-T--------GGG---C-CG-GGTGCAATT--TG----TAA---AGG--CT--TA-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAA----T-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACG--ATTT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTC-AANAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTG-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-ATTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GGA-AT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A-AA-TG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgAGCTA--CTTGC-TAT------------GTA-----------------------TAG-G-TATGA------CTGAAATTACGCATCC--CGCGGTGGGATGC----CAGTGCGC-TCTCTT-GATATACA---TTGG---TCAATA--------TATAAGTG-T-AGTCT-G-GT--------CCGA-TTGAGAGGAGGG---CTCG-AGCGGTGTT--T-----TAA-----G--CT--TG-----TTAT--A----AA---TATC------T-T-AT-G----TTG--TAA----T-TG-A-A-AAT-------CGA--A--CATGTC---C---TATAATATAATAACCACACA--ATTT-ACGTACCACT----TACTA--TA-AAC-T------AAAATAATATGAA---T--TGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG----CATCAC----AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TT-A-A-GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CAT--TT-T-AAT-T-C-A-A-ACGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA----TT---------------------TGAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGTT-TTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGC--TT-TT-GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTTAATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-----AAAT-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTAT-T-CA-AGGCT---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCGATTTGC-CAACGGGA-AT-TA-CTACT---CATGT-TA---A---ACCCGAC-T--C-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A----ACCC-ACGTGT-----GAGGCT--GT---TCTTCATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatc-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----AATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-CA-G---T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TGA-AT-CG-CTACT---CA-GT-TA---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A----A-CC-GCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC--ACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAGA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TGTTTT-TATTT-TA---TTGT---T--ATAC-T--GT-TAAAAGTG-A-CATATAG-GT--------CCGA-T--------GGG---C-TG-GGTG---TT--------TAA---AGG--CT--TA-----TTAT--A----AA---TAT--AT-TAT-T-ATGG----T-G--TAA----T-TG-T-A-AAT------ATAA-CA--TATGTC--A----C----TGTAATAA----ACA--ATTT-AC-------TTTCGTACT---T--A-C-T------AA-------TAGA---T--T---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-GA-GG--T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GGA-AT-CA-CTACT---TA-GG-TAACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A----A-TC-GC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTTATTT-CA---TTGT---T--ATAC-T--GT-TAAAAGTG-A-CATACAG-GT--------CCGA-T--------GGG---C-CG-GGTG---TT--T-------A---AAG--TA--TG-----TTGT-----------------AT-TTT-T---------------------T-T--------T------ATGA-CA--CATGTC--A----C----TATAGTAA----ACA--ATAT-AC-------T----TACT---TA-
gi|14 : taatatcaagatttcctagacT------------TTG-----------------------TAT-A-AAT-AAT----CTA--------T--TA--TGCG-CT--ATGT----T--T---G-TACTTA-TAATT------TTGA---A--ATA--------TAAAAGTG-A-CTTATAG-GT--------CAAA-C--------GGG---C-CA-GGTGCAATTGATG----TAA---------T--TA-----TCAT--A----TACTGTATA-G--TGT-T-AT-GTTC-T-GCTTAA----T----T-A-AAT---------G-CA--CATGCC--A----C----TATAATAA----ACG--ATTT-AC-------T----TACT---TA-gt
gi|15 : TTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--C------------ATGC----CAGT---C-TA-TTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-T--GT-TAAAAGTG-A-NA-ATAG-AT--------TTGA-c
gi|16 : TATAG-AT--------CAAA-T--------GGG---C-CG-G--GCAACG--TG-----AG---ATG---T--AA-----TTAT------------CGTA-TT-TAT-G-AT-G----T-A--TAATGTTT-TG-TGA-AGTACTTGAATGG-CA--GATG-C--A----C----TATAATAAG---AAG--ATTTGACG------T----TACgtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|17 : tgtgatatgcgcttcgcgtgtaacataatcagttgttaagaatataagaggagctaTA-----------------------TATTA-TGT-G------TTATG----CGC--TA--TGC------ATGC--------------ACTT---AT---CA---TTGT---T--AAAA-T--AT--AAAAGTG-A-CTTATAG-GT--------CAAA-T--------GGG---C-CG-GGTGCAACTGATG----TAA---------T--TA-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-A-AT-GTTT-T-G--TAA----TATT-T-A-AA-------ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAG--ATTT-AC-------T----TGCT---TA-
gi|18 : AACAGTGGA-CTTAGAG-GT--------TCAAAT--------GGG---C-CG-AGTGCAACTGATA----TAA--------TT--TA-----TCAT--------T---TATG-AT-GAC-CAAT-G----T-G--TTG----C-TC-T-A-CTTA-----ATG--CA--C-TGAG--TC---C----AATAATAA----AT---ATTT-A-------------TACT---Tct
gi|19 : atacaAGTG-A-CTTATAG-GT--------AAGA-T--------GGGA--C-GG-GGTGCAACTGATG----TAA---------T--TAATCATTTAT--GCTGTAA---T----AT-TGT-T-AT-GT---T-C--TAA----C-T--T-A-AAT---------G-CA--CATGTT--ACTTAC----TATAAAAT----AGG--GTTT-AC-------T----TACT---TA-ta
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-ATAC-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATAT-------ATT--TAATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TANNNN-NNNNN-NN---NNNN---N--NNNN-N--NN-NNNNNNNN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNGGCCGA-T--------GAGAGTC-TG-GGTG---TT--TA----TAA---AGG--CT--TG-----TTATA-A----AA---TATA-AT-CAT-T-AT-G----T-G--TAA----T-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTCATAT---A----TATAATTA----ACA--ATTT-AT-------T----TACT---AA-G-C-T------AA--------TGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG----TA---G----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTC-AAAAT---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTG-T-TTTGT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAATTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGCA-GG--T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GGA-AT-TA-CTACT---GC-GG-TA---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----AGCG-GCA--T-----GGG--C--GT---TTCTTATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtG-A-CTTATAG-GT--------CAAA-T--------GGG---C-CG-GGTGCAACTGATG----TAA---------T--TA-----TCAT--T----TATGCTGTATAT-TGT-T-AT-G----T-T--CTA----C-T--T-A-AAT---------G-CA--CATGTT--A----C----TATAATAA----AAG--GTTT-AC-------T----TACT---Tt
gi|21 : --TG----TAA---AG----T--TT-----TTAC--A----G----TCTA-CT-TATAT-AC-A----T-G--CA-----T-TA-T-T-TAT------ATG--CA--CATGTC--AC--------TATAATAA----AAG--ATTT-AC-------T----
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CA-GG-TA---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--TG---TACTTACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A----A-CT-GC---T-----GAG--C--TG---TACTT-CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGA-T--------GGA---C-TG-GGTG----T--T-----TAA---AGG--CT--TA-----TTAT--A----AA-----------TAT-T-AT-GT---T-G--TAA----T-TG-T-CTAAT------ATGA-TA--t
gi|26 : tnaA-T--------GGG---C-CG-GGTGCAACTGATG----TAA---------T--TA------CAT--A----TG---TATC-ATATAC-T-AT-A----T-AT-TAA----T-T
gi|27 : caaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A----A-CC-GC---------GAG--C--TG---TACTTACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACGa
gi|28 : g--CACGTC--AC--------TGTAATAA----ATT--ACTT-AC-------T----TACT---TA-tt
gi|3 : GTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-ATAC-TGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAcatatgtg
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATAT-------ATT-TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TAT-AATAT-ATGTAAGCTAAA----C-C--CACCTGCG-CA--ATGC-----AGT---C-TATTT---ATTT-CA---TTGT---A--TTACAT--GT-TA-----------------GT--------CCGA-T--------GGG---C-C----TGCGG----TG----TAA---AGG--CTTGTA-----TTATACA----AA---TATACAT-TAT-T-TT-GAA--T-G--TAA----T-AG-T-A-GA-------------A--CAT-TC--AC---TATAATATAATAA----ACAATATTT-AC-------T----TACTG--TACA-CGT------AA-------TTGA---T--T---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG----TA---C----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC-AAGT--T-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC--ATAT---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--TA--T-----TT-----C-T--G-TTG---TTTGT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-ATTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-CATGG--T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GGA-AT-----TACT---CA-TG--A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A----A-CC-AC---G-----GAG--C--G----TA-TTATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AG-A-TAT-C------CT-AA----CGC--CACTCACG-TA--A-GCCACGCAGT---CTTATTTT-T-TTT-CAGATTTGTAACT--ACAC-TTCGT-C----TTG-CTCGGATGA-GT-----------A-T--------GAG---C-TGTAATAAAATC--TGCTCTTAGATCAGG--CT--TG-----TTAT--G----AA---AAT--AT-CAT-T-ATAG----T-A--TAA----T-Tc
gi|4 : --TA-----TTGTTCA----GA---TAT---C-TAT-T-AT-G----------AA----T-TA-T-T-A-T------ACGAATA--CATA---------C----T-TAATAC----ATG--ACTTCAG-------TCA--TAGC---TA-A-C-TTAAAAAAA-------TTGAGATTGAT---CCTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG----TA---CTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTC-ATGATGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTG-T-TTGAT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-ATTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-TATGG--T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GGATATATA--TACT---CA--G-TA---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A----caactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttagctaatataggagacctcT-TAAAAGTG-A-CATATAGAGT--------CGGA-T--------GGG---C-TG-GGC-----T--T-----TAA---AGGACTT--TA-----TTAT--A----AA---TA-A-AT-TAT-T-AT-GATTTC-G--TAA----T-TGAT-A-AAT------ATGAACA--CATGTC--AA---C----TATAATAA----ACA--ATTT-ACCC-----T----TACT---TA-A-C-TGTACT-AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGA---TA---C----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCC-ATATT---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTA-G-TTTGT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-CA-GG--T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GGA-AT-TACCTACT---CA-GGCTA---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA----A-CCAAC---T-----AAG--CTTGT---AACTTGTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGGCACTA---CCGTCAC-GCAG-T----GT-T-G------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTC-AATAT---T-CCTGA-TTTTT----------------------GAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTG-TATCTGT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC-----------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-CA-GG--TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGGA-AT-TA-CTACTCTCCA-GG-TA---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATAGCG-CA-GC---TGTTAAGAG--C--GT---AACTTATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ct---TTGT---T--ATACCT--ATCTAAAAGTG---CATATAG-----------CCGA-T--------GGC---T-GG-GGTG---TT--T-----TAA---AGG--CT--TA-----TTTT--A----AAA--TA-A-AT-TAT-A-TT-G----TTG--TAA----T-TG-TTA-AAT------ATGA-CAAACCT-TC--AC---------ATAATAA----ACA--ATTT-AC-------T----TACTACCTT-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----------------GA----TA-----------ACAT------AG-T-GCCT-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-C-AATAT---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTG-T-TTTGTGTT--ATTC-TC-A--TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : AT------------TTA-----------------------TAT-A-AAT-A------ATATA----T----CA--TGTG-TT--ATGCG---CTAT---G-CATGTA-CACAT-CA---TTGT---T--AAAA-T--AT--AAAAGTG-A-CTTATAG-GT--------CAAA-T--------GGG---C-CG-GGTGCAACTGATG----TA---------TT--TA-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-A-AT-GTTT-T-G--TAA----TACT-T-A-AA-------ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAG--ATTT-AC-------T----TACT---TA-tta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1111 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 1 3333333 1 1111 11 222 1 2222 11 11 1 11 11 1111 111 11 33333333333333333333333333333333333333 111111 11 11111 111111 111 1111111 222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222222222222222222222222 333333333333 111111111111 111 333333333333333 111 111 1111 1 1 11 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111 111 1 1 2222 1111 111 5555555555555555555555 11111 11111 1 333333333 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 22222222222 1 222 11 111 111 22 1111 111 33333333 222222222 1111111111 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 4444 1 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 0 5 22 2222222 5 2222 88 22 6 3 2 3 111 5 1 3333 1 1 88 1 1 88 3 88 88 6 7 0000 222 55 99999999999999999999999999999999999999 4 4 4 777777 2 8888 2 55 11 00000 555555 88888 111 2 4 666 888888 5555555 2 1 2 3 2 444 2 4 666666666666666666666 0 333 777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 4 88888888888888888888888888888888888 33 000000000000 7777 22 33 4 333333333333 000 3 5 5 111111111111111 000 77 000 0 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 77 5 888 5 555555 5 55 77 77 5 5 000 5 7 1 5 0000 2222 0 1 5 000 888 77 5555555555555555555555 1 77 44444 66666 5 77 1 77 5 5 77 5 1 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 55 66 0000 66 5 1 2 33 44444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 5 888 0 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 66 9999 0 5 888 000 5 5 77 0 2 888 555 33 5 5 5 4 4 777 1 555 777 1111 1 4 444 2 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 888888 4 444444444 9999999999 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... .... . ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . .. ....... . .... .. .. . . . . ... . . .... . . .. . . .. . .. .. . . .... ... .. ...................................... . . . ...... . .... . .. .. ..... ...... ..... ... . . ... ...... ....... . . . . . ... . . ..................... . ... ............................................. . . . ................................... .. ............ .... .. .. . ............ ... . . . ............... ... .. ... . . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .......................................................... . . .. . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . . ... ... .. ...................... . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . .. ......... . . . . .. . .. . . .. .. .... .. . . . .. ................................ .. . .. .............. . . . ... . . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. .... . . ... ... . . .. . . ... ... .. . . . . . ... . ... ... .... . . ... . .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . ...... . ......... .......... ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 2222 0 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 5 00 5555555 5 0000 00 88 5 2 5 2 777 5 0 5555 0 0 00 0 0 33 3 33 33 7 3 0000 777 88 99999999999999999999999999999999999999 0 0 0 000000 6 5555 5 55 00 88888 000000 55555 777 1 0 444 000000 9999999 7 9 5 4 2 111 4 7 777777777777777777777 4 777 777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 2 22222222222222222222222222222222222 11 888888888888 4444 66 22 7 999999999999 000 1 7 7 333333333333333 000 99 000 7 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 99 7 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 000 7 1 4 7 1111 7777 1 0 7 000 666 44 7777777777777777777777 7 99 33333 66666 7 99 4 11 7 7 99 7 4 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 11 99 6666 99 0 4 5 77 44444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 0 888 1 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0000 0 0 888 666 0 0 44 1 0 888 666 55 0 0 0 4 4 888 1 333 888 7777 9 4 888 9 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 222222 0 888888888 7777777777 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A--AATG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgAGCTA--CTTGC-TAT------------GTA-----------------------TAG-G-TATGA------CTGAAATTACGCATCC--CGCGGTGGGATGC----CAGTGCGC-TCTCTT-GATATACA---TTGG---TCAATA------TATAAGTG-TAGTCT-G-GTCCGA-TTGAGAGG-AGGG-CTCGA------G-C--GG-----TGTTTTAA------G--CT-T--G-----TTAT--A----AA---TATC------T-T-AT-G----TTG--TAAT-TG-A-A-AAT-------CGA--A--CATGTC---C---TATAATATAATAACCACACAAT--TT-ACGTACCACT----TACTA--TA-AAC-T------AAAATAATATGAA---T--TGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG----CATCAC----AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TTAA---GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CA---TT-TTAAT-T-CAA-A--CGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA-TTT------------------------GAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGT-TTTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-T--GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTT-AATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-A---AA-T-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTA--T-TCAA-GGCT---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTT-GAA---GCGATTTGC-CAAC-GGGA-AT-TA-CTACT---CATG-TTA---A---ACCCGAC-TC---CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A----ACCC-ACGTGT-----GAGGCT--GT---TCTTCATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatc-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----A-ATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-C--A-G--T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TG-A-AT-CG-CTACT---CAGT-T-A---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A----A-CC-GCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC--ACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAGA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TGTTTT-TATTT-TA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACATATAG-GTCCGA-T---GGGC-TGGG-TG---------------------TTT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TAT--AT-TAT-T-ATGG----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATAA-CA--TATGTC--A----C----TGTAATAA----ACAAT--TT-AC-------TTTCGTACT---T--A-C-T------AA-------TAGA---T--T---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-G--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-CA-CTACT---TAGG-T-AACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A----A-TC-GC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTTATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACATACAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TG---------------------TTT---AA----AG------T--A-----------------------------TGT-T-GT-A----T-T--T--T-TT-T-----T------ATGA-CA--CATGTC--A----C----TATAGTAA----ACAAT--AT-AC-------T----TACT---TA-
gi|14 : taatatcaagatttcctagacT------------TTG-----------------------TAT-A-AAT-AAT----CTA--------T--TA--TGCG-CT--ATGT----T--T---G-TACTTA-TAATT------TTGA---A--ATA------TAAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-C---GGGC-CAGG-TGCAA------T-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCAT--A----TACTGTATA-G--TGT-T-AT-GTTC-T-GCTTAAT----T-A-AAT---------G-CA--CATGCC--A----C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-gt
gi|15 : TTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--C------------ATGC----CAGT---C-TA-TTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ANA-ATAG-ATTTGA-c
gi|16 : TATAG-ATCAAA-T---GGGC-CGG---GCAA------CGTGAGA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCGT--A----TT---TATG-ATGTAT-A-AT-G----T----T--T-TG-TGA-AGTACTTGAATGG-CA--GATG-C--A----C----TATAATAAG---AAGAT--TTGACG------T----TACgtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|17 : tgtgatatgcgcttcgcgtgtaacataatcagttgttaagaatataagaggagctaTA-----------------------TATTA-TGT-G------TTATG----CGC--TA--TGC------ATGC--------------ACTT---AT---CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-A-AT-GTTT-T-G--TAATATT-T-A-AA-------ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TGCT---TA-
gi|18 : AACAGTGGACTTAGAG-GTTCAAAT---GGGC-CGAG-TGCAA------C-T--GA-----TAT---AA---------TT-T--A-----TCAT--------T---TATG-AT-GAC-CAAT-G----T-G--TTGC-TC-T-A-CTTA-----ATG--CA--C-TGAG--TC---C----AATAATAA----AT-AT--TT-A-------------TACT---Tct
gi|19 : atacaAGTG-ACTTATAG-GTAAGA-T---GGGA-CGGGGTGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--AATCATTTAT--GCTGTAA---T----AT-TGT-T-AT-GT---T-C--TAAC-T--T-A-AAT---------G-CA--CATGTT--ACTTAC----TATAAAAT----AGGGT--TT-AC-------T----TACT---TA-ta
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-AT-ACTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATAT-------ATT--TAATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TANNNN-NNNNN-NN---NNNN---N--NNNN-NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN-N---NGGC-C-GA-TGAGAGT----C-T--GGGTGTTTAT---AA----AGG--CT-T--G-----TTATA-A----AA---TATA-AT-CAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTCATAT---A----TATAATTA----ACAAT--TT-AT-------T----TACT---AA-G-C-T------AA--------TGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG----TA---G----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTCAAAA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAA-TTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGC--A-GG-T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GG-A-AT-TA-CTACT---GCGG-T-A---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----AGCG-GCA--T-----GGG--C--GT---TTCTTATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCAT--T----TATGCTGTATAT-TGT-T-AT-G----T-T--CTAC-T--T-A-AAT---------G-CA--CATGTT--A----C----TATAATAA----AAGGT--TT-AC-------T----TACT---Tt
gi|21 : -----TGT---AA----AG----T-T--T-----TTAC--A----G----TCTA-CT-TATAT-AC-A----T-G--CA-T-TA-T-T-TAT------ATG--CA--CATGTC--AC--------TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--TG---TACTTACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A----A-CT-GC---T-----GAG--C--TG---TACTT-CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGA-T---GGAC-TGGG-TG---------------------TTT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA-----------TAT-T-AT-GT---T-G--TAAT-TG-T-CTAAT------ATGA-TA--t
gi|26 : tnaA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A------CAT--A----TG---TATC-ATATAC-T-AT-A----T-AT-TAAT-T
gi|27 : caaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A----A-CC-GC---------GAG--C--TG---TACTTACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACGa
gi|28 : g--CACGTC--AC--------TGTAATAA----ATTAC--TT-AC-------T----TACT---TA-tt
gi|3 : GTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-AT-ACTGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAcatatgtg
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATAT-------ATT-TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TAT-AATAT-ATGTAAGCTAAA----C-C--CACCTGCG-CA--ATGC-----AGT---C-TATTT---ATTT-CA---TTGT---A--TTACATGT-TA----------------GTCCGA-T---GGGC-C----TGC-------------GG-----TGT---AA----AGG--CT-TGTA-----TTAT--ACA--AA---TATACAT-TAT-T-TT-GAA--T-G--TAAT-AG-T-A-GA-------------A--CAT-TC--AC---TATAATATAATAA----ACAATATTT-AC-------T----TACTG--TACA-CGT------AA-------TTGA---T--T---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG----TA---C----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC-AAGT--T-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC-ATA-T---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--TA--T-----TT-----C-T--G-TTG--TTT-GT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-A-TTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-C--ATGG-T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GG-A-AT-----TACT---CATG---A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A----A-CC-AC---G-----GAG--C--G----TA-TTATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AG-A-TAT-C------CT-AA----CGC--CACTCACG-TA--A-GCCACGCAGT---CTTATTTT-T-TTT-CAGATTTGTAACT--ACAC-T-T-----------CGTCTTG-CTCGGA-T---GAGTATGAGCTGTAATAAAATC-T--GC-----TCT---TAGATCAGG--CT-T--G-----TTAT--G----AA---AAT--AT-CAT-T-ATAG----T-A--TAAT-Tc
gi|4 : AG------C-T--AA-----TAT---AG----GAGACCTCT--A-----TTGTTCA----GA---TAT---C-TAT-T-AT-G----------AAT-TA-T-T-A-T------ACGAATA--CATA---------C----T-TAATAC----ATGAC--TTCAG-------TCA--TAGC---TA-A-C-TTAAAAAAA-------TTGAGATTGAT---CCTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG----TA---CTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTCATGA-TGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTGT-TTG-AT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-A-TTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-T--ATGG-T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GG-ATATATA--TACT---CA-G-T-A---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A----caactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttT-TAAAAGTG-ACATATAGAGTCGGA-T---GGGC-TGGG-C----------------------TTT---AA----AGGACTT-T--A-----TTAT--A----AA---TA-A-AT-TAT-T-AT-GATTTC-G--TAAT-TGAT-A-AAT------ATGAACA--CATGTC--AA---C----TATAATAA----ACAAT--TT-ACCC-----T----TACT---TA-A-C-TGTACT-AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGA---TA---C----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCCATAT-T---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTAG-TTT-GT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A-----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GG-A-AT-TACCTACT---CAGGCT-A---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA----A-CCAAC---T-----AAG--CTTGT---AACTTGTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGGCACTA---CCGTCAC-GCAG-T----GT-T-G------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTCAATA-T---T-CCTGA-TTTTT----------------------GAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTGTATCT-GT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC------------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGG-A-AT-TA-CTACTCTCCAGG-T-A---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATAGCG-CA-GC---TGTTAAGAG--C--GT---AACTTATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ct---TTGT---T--ATACCTATCTAAAAGTG--CATATAG---CCGA-T---GGCT-GGGG-TGT--------------------TTT---AA----AGG--CT-T--A-----TTTT--A----AAA--TA-A-AT-TAT-A-TT-G----TTG--TAAT-TG-TTA-AAT------ATGA-CAAACCT-TC--AC---------ATAATAA----ACAAT--TT-AC-------T----TACTACCTT-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----------------GA----TA-----------ACAT------AG-T-GCCT-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-CAATA-T---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTGT-TTT-GTGTT--ATTC-TC-A--TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : AT------------TTA-----------------------TAT-A-AAT-A------ATATA----T----CA--TGTG-TT--ATGCG---CTAT---G-CATGTA-CACAT-CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---A----------TT-T--A-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-A-AT-GTTT-T-G--TAATACT-T-A-AA-------ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-tta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1111 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 1 3333333 1 1111 11 222 1 2222 11 11 1 11 11 1111 111 11 33333333333333333333333333333333333333 111111 11 11111 111111 111 1111111 222222222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222222222222222222222222 333333333333 111111111111 111 333333333333333 111 111 1111 1 1 11 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111 111 1 1 2222 1111 111 5555555555555555555555 11111 11111 1 333333333 11 1 1111 33333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 22222222222 1 222 11 111 111 22 1111 111 33333333 222222222 1111111111 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 4444 1 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 0 5 22 2222222 5 2222 88 22 6 3 2 3 111 5 1 3333 1 1 88 1 1 88 3 88 88 6 7 0000 222 55 99999999999999999999999999999999999999 4 4 4 777777 2 8888 2 55 11 00000 555555 88888 111 2 4 666 888888 5555555 2 1 2 3 2 444 2 4 666666666666666666666 0 333 777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 4 88888888888888888888888888888888888 33 000000000000 7777 22 33 4 333333333333 000 3 5 5 111111111111111 000 77 000 0 1 5 99 5 66 5 0000 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 77 5 888 5 555555 5 55 77 77 5 5 000 5 7 1 5 0000 2222 0 1 5 000 888 77 5555555555555555555555 1 77 44444 66666 5 77 1 77 5 5 77 5 1 77 222222222 5 5 5 5 11 0 66 5 5 55 66 0000 66 5 1 2 33 44444444444444444444444444444444 44 5 66 44444444444444 5 5 5 888 0 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 66 9999 0 5 888 000 5 5 77 0 2 888 555 33 5 5 5 4 4 777 1 555 777 1111 1 4 444 2 8888 55 55 99 4 22222222 3 3 55 666 55 3 3 888888 4 444444444 9999999999 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... .... . ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . .. ....... . .... .. .. . . . . ... . . .... . . .. . . .. . .. .. . . .... ... .. ...................................... . . . ...... . .... . .. .. ..... ...... ..... ... . . ... ...... ....... . . . . . ... . . ..................... . ... ............................................. . . . ................................... .. ............ .... .. .. . ............ ... . . . ............... ... .. ... . . . .. . .. . .... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .......................................................... . . .. . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . .... .... . . . ... ... .. ...................... . .. ..... ..... . .. . .. . . .. . . .. ......... . . . . .. . .. . . .. .. .... .. . . . .. ................................ .. . .. .............. . . . ... . . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. .... . . ... ... . . .. . . ... ... .. . . . . . ... . ... ... .... . . ... . .... .. .. .. . ........ . . .. ... .. . . ...... . ......... .......... ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 2222 0 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 5 00 5555555 5 0000 00 88 5 2 5 2 777 5 0 5555 0 0 00 0 0 33 3 33 33 7 3 0000 777 88 99999999999999999999999999999999999999 0 0 0 000000 6 5555 5 55 00 88888 000000 55555 777 1 0 444 000000 9999999 7 9 5 4 2 111 4 7 777777777777777777777 4 777 777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 2 22222222222222222222222222222222222 11 888888888888 4444 66 22 7 999999999999 000 1 7 7 333333333333333 000 99 000 7 9 7 66 0 99 0 6666 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 99 7 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 000 7 1 4 7 1111 7777 1 0 7 000 666 44 7777777777777777777777 7 99 33333 66666 7 99 4 11 7 7 99 7 4 99 666666666 0 0 0 0 99 0 99 0 0 11 99 6666 99 0 4 5 77 44444444444444444444444444444444 11 0 99 99999999999999 0 0 0 888 1 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0000 0 0 888 666 0 0 44 1 0 888 666 55 0 0 0 4 4 888 1 333 888 7777 9 4 888 9 5555 55 55 55 0 55555555 6 6 00 444 00 6 6 222222 0 888888888 7777777777 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A--AATG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgAGCTA--CTTGC-TAT------------GTA-----------------------TAG-G-TATGA------CTGAAATTACGCATCC--CGCGGTGGGATGC----CAGTGCGC-TCTCTT-GATATACA---TTGG---TCAATA------TATAAGTG-TAGTCT-G-GTCCGA-TTGAGAGG-AGGG-CTCGA------G-C--GG-----TGTTTTAA------G--CT-T--G-----TTAT--A----AA---TATC------T-T-AT-G----TTG--TAAT-TG-A-A-AAT-------CGA--A--CATGTC---C---TATAATATAATAACCACACAAT--TT-ACGTACCACT----TACTA--TA-AAC-T------AAAATAATATGAA---T--TGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTG-TTA-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG----CATCAC----AT-ACGTGC----AT-T-GC----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TTAA---GCA-GGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CA---TT-TTAAT-T-CAA-A--CGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TAC-TGA-TTT------------------------GAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGT-TTTTGC-TTTAATTC--CAA--TGC-TTC---GCT-A-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-T--GA--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTT-AATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TT-C-C--TG-A---AA-T-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTA--T-TCAA-GGCT---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTT-GAA---GCGATTTGC-CAAC-GGGA-AT-TA-CTACT---CATG-TTA---A---ACCCGAC-TC---CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CT---------GCG-TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A----ACCC-ACGTGT-----GAGGCT--GT---TCTTCATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatc-T-TAA-G-CT--TTAT-TT-----ACT-TTATT-GA--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----A-ATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TT-C-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-C--A-G--T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC-AA-C-TG-A-AT-CG-CTACT---CAGT-T-A---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAG-CTT------A-CCATTGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A----A-CC-GCAT-T-----GAGCCC--GTACATAC--ACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAGA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TGTTTT-TATTT-TA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACATATAG-GTCCGA-T---GGGC-TGGG-TG---------------------TTT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TAT--AT-TAT-T-ATGG----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATAA-CA--TATGTC--A----C----TGTAATAA----ACAAT--TT-AC-------TTTCGTACT---T--A-C-T------AA-------TAGA---T--T---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTT-C-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-G--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-CA-CTACT---TAGG-T-AACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAG-CTT--------GCG-TGATC-C--A---TGG--AT-C-A----A-TC-GC---T-----GAG--C--AG---TACTTACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTTATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACATACAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TG---------------------TTT---AA----AG------T--A-----------------------------TGT-T-GT-A----T-T--T--T-TT-T-----T------ATGA-CA--CATGTC--A----C----TATAGTAA----ACAAT--AT-AC-------T----TACT---TA-
gi|14 : taatatcaagatttcctagacT------------TTG-----------------------TAT-A-AAT-AAT----CTA--------T--TA--TGCG-CT--ATGT----T--T---G-TACTTA-TAATT------TTGA---A--ATA------TAAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-C---GGGC-CAGG-TGCAA------T-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCAT--A----TACTGTATA-G--TGT-T-AT-GTTC-T-GCTTAAT----T-A-AAT---------G-CA--CATGCC--A----C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-gt
gi|15 : TTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--C------------ATGC----CAGT---C-TA-TTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ANA-ATAG-ATTTGA-c
gi|16 : TATAG-ATCAAA-T---GGGC-CGG---GCAA------CGTGAGA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCGT--A----TT---TATG-ATGTAT-A-AT-G----T----T--T-TG-TGA-AGTACTTGAATGG-CA--GATG-C--A----C----TATAATAAG---AAGAT--TTGACG------T----TACgtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|17 : tgtgatatgcgcttcgcgtgtaacataatcagttgttaagaatataagaggagctaTA-----------------------TATTA-TGT-G------TTATG----CGC--TA--TGC------ATGC--------------ACTT---AT---CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-A-AT-GTTT-T-G--TAATATT-T-A-AA-------ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TGCT---TA-
gi|18 : AACAGTGGACTTAGAG-GTTCAAAT---GGGC-CGAG-TGCAA------C-T--GA-----TAT---AA---------TT-T--A-----TCAT--------T---TATG-AT-GAC-CAAT-G----T-G--TTGC-TC-T-A-CTTA-----ATG--CA--C-TGAG--TC---C----AATAATAA----AT-AT--TT-A-------------TACT---Tct
gi|19 : atacaAGTG-ACTTATAG-GTAAGA-T---GGGA-CGGGGTGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--AATCATTTAT--GCTGTAA---T----AT-TGT-T-AT-GT---T-C--TAAC-T--T-A-AAT---------G-CA--CATGTT--ACTTAC----TATAAAAT----AGGGT--TT-AC-------T----TACT---TA-ta
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-AT-ACTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATAT-------ATT--TAATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TANNNN-NNNNN-NN---NNNN---N--NNNN-NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN-N---NGGC-C-GA-TGAGAGT----C-T--GGGTGTTTAT---AA----AGG--CT-T--G-----TTATA-A----AA---TATA-AT-CAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTCATAT---A----TATAATTA----ACAAT--TT-AT-------T----TACT---AA-G-C-T------AA--------TGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TG-TTA-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG----TA---G----AT-ATA--T----AT-T-GC---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACGAA-GTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAATA-GCGTC-ACTTTCCTCAAAA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGC-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAA-TTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-CGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGC--A-GG-T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GG-A-AT-TA-CTACT---GCGG-T-A---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGG-CTT------C-GTG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----AGCG-GCA--T-----GGG--C--GT---TTCTTATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A-----TCAT--T----TATGCTGTATAT-TGT-T-AT-G----T-T--CTAC-T--T-A-AAT---------G-CA--CATGTT--A----C----TATAATAA----AAGGT--TT-AC-------T----TACT---Tt
gi|21 : -----TGT---AA----AG----T-T--T-----TTAC--A----G----TCTA-CT-TATAT-AC-A----T-G--CA-T-TA-T-T-TAT------ATG--CA--CATGTC--AC--------TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGG-CTT--------ACG-TGATT-T--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--TG---TACTTACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGA-TTTATATTCC-ATT-TGATC-C--A---TAA--AT-C-A----A-CT-GC---T-----GAG--C--TG---TACTT-CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGA-T---GGAC-TGGG-TG---------------------TTT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA-----------TAT-T-AT-GT---T-G--TAAT-TG-T-CTAAT------ATGA-TA--t
gi|26 : tnaA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----------T-T--A------CAT--A----TG---TATC-ATATAC-T-AT-A----T-AT-TAAT-T
gi|27 : caaG-TGATC-C--G---TAG--AT-C-A----A-CC-GC---------GAG--C--TG---TACTTACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACGa
gi|28 : g--CACGTC--AC--------TGTAATAA----ATTAC--TT-AC-------T----TACT---TA-tt
gi|3 : GTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-AT-ACTGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAcatatgtg
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATAT-------ATT-TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TAT-AATAT-ATGTAAGCTAAA----C-C--CACCTGCG-CA--ATGC-----AGT---C-TATTT---ATTT-CA---TTGT---A--TTACATGT-TA----------------GTCCGA-T---GGGC-C----TGC-------------GG-----TGT---AA----AGG--CT-TGTA-----TTAT--ACA--AA---TATACAT-TAT-T-TT-GAA--T-G--TAAT-AG-T-A-GA-------------A--CAT-TC--AC---TATAATATAATAA----ACAATATTT-AC-------T----TACTG--TACA-CGT------AA-------TTGA---T--T---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG----TA---C----AC-ATATGTAG--AT-G-GCAT-TG-CTTC-AAGT--T-C--A-CTTA-A-GAA-AGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-TAAATGT-CAA-A----CA-A--TTCCTC-ATA-T---T-C-TAA--TTTT---------------------TAAA--TA--T-----TT-----C-T--G-TTG--TTT-GT-TT--ACTCATCCA--T----------CCAT-TAA-G-TTGGTCATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-A-TTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-C--ATGG-T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GG-A-AT-----TACT---CATG---A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----G-CTT------G-GCG-T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A----A-CC-AC---G-----GAG--C--G----TA-TTATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AG-A-TAT-C------CT-AA----CGC--CACTCACG-TA--A-GCCACGCAGT---CTTATTTT-T-TTT-CAGATTTGTAACT--ACAC-T-T-----------CGTCTTG-CTCGGA-T---GAGTATGAGCTGTAATAAAATC-T--GC-----TCT---TAGATCAGG--CT-T--G-----TTAT--G----AA---AAT--AT-CAT-T-ATAG----T-A--TAAT-Tc
gi|4 : AG------C-T--AA-----TAT---AG----GAGACCTCT--A-----TTGTTCA----GA---TAT---C-TAT-T-AT-G----------AAT-TA-T-T-A-T------ACGAATA--CATA---------C----T-TAATAC----ATGAC--TTCAG-------TCA--TAGC---TA-A-C-TTAAAAAAA-------TTGAGATTGAT---CCTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TG-TTA-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG----TA---CTAGAATTATAT-TTGGCAT-TAGC-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-GGA-GTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AAT-T-CAA-T-ACGTATCTTTTCCTCATGA-TGAAT-C-T-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTGT-TTG-AT-TT--ATTC-TCAAGACGCATTCTGCGCA-TATAA-GGTTA-TCAT-TTATTAAGCTATT-TT-GACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-A-TTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-T--ATGG-T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGC-AAAC-GG-ATATATA--TACT---CA-G-T-A---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGG-CTT------G-ACA--GA-C-C--G---TTG--AT-C-A----caactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttT-TAAAAGTG-ACATATAGAGTCGGA-T---GGGC-TGGG-C----------------------TTT---AA----AGGACTT-T--A-----TTAT--A----AA---TA-A-AT-TAT-T-AT-GATTTC-G--TAAT-TGAT-A-AAT------ATGAACA--CATGTC--AA---C----TATAATAA----ACAAT--TT-ACCC-----T----TACT---TA-A-C-TGTACT-AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T---TA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGA---TA---C----CC-ACAT------ATGC-AC-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-GAA-GTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AATAT-CAA-A-CCGTG-ATTGTACCCATAT-T---T-C-TGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTAG-TTT-GT-TT--AT-C-TCAA--TGA-TT-----TC-T-TAACG-TT--TCAT-TT--TAAGTT-TT-TT-G---GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A-----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TT-C-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GG-A-AT-TACCTACT---CAGGCT-A---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGG-CTCTTA---C-GCT-TGATC-C--G---TGG--AT-CGA----A-CCAAC---T-----AAG--CTTGT---AACTTGTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TG-TTAATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGGCACTA---CCGTCAC-GCAG-T----GT-T-G------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AAT-T-CAA-AGACGTT-AATTGTCTCAATA-T---T-CCTGA-TTTTT----------------------GAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTGTATCT-GT-TT--ACTC-TCAA--TGA-T-----ACC-T-TAA-G-TT--TCAAATT--CAAGCT-TT-TG-AA--AG----CTT--G-CAAACATCC------------G----TGC---C-------------CCGAAATAA-GAGGTTA-------A------TTTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGG-A-AT-TA-CTACTCTCCAGG-T-A---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT------CAACG-TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATAGCG-CA-GC---TGTTAAGAG--C--GT---AACTTATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ct---TTGT---T--ATACCTATCTAAAAGTG--CATATAG---CCGA-T---GGCT-GGGG-TGT--------------------TTT---AA----AGG--CT-T--A-----TTTT--A----AAA--TA-A-AT-TAT-A-TT-G----TTG--TAAT-TG-TTA-AAT------ATGA-CAAACCT-TC--AC---------ATAATAA----ACAAT--TT-AC-------T----TACTACCTT-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-A--CTTTGTAG--CTATTA-TA----TT--CA-CTCGAA-A--T-TG-TTA-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AAT-------GTT-T----------------GA----TA-----------ACAT------AG-T-GCCT-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA---GAA-GTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CA---TT-TTAAT-TACAA-C-ACGTA-ATTTGGC-CAATA-T---T---TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTGT-TTT-GTGTT--ATTC-TC-A--TGA-TT------C-T-TAA-G-TT--TC-T-TT--TAA-CT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : AT------------TTA-----------------------TAT-A-AAT-A------ATATA----T----CA--TGTG-TT--ATGCG---CTAT---G-CATGTA-CACAT-CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---A----------TT-T--A-----TCAT--------T---TATG-ATGTAT-A-AT-GTTT-T-G--TAATACT-T-A-AA-------ATG--CA--CATGTC--A----C----TATAATAA----AAGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-tta
blockSeqs : G GTA T TATAG G AG G T G GTTT . GGCA GCATAGTG G TCCGACG CGT T A AG G GTC CATA C AACCACAGGCTGTAC TA G T G GGTGCAA C GTATTGTGGAT TGA CTTGCGTCTCG G T A GGGCTCGAGAACTTT C G G T C TGA GG ATA G A A . G A G G . A A C T A AT TGTTTGA A TAGT TG CC T A C A GT T G CAGT T G AG T G TC G AA AG G A ACG TAG GT TTAACATATACTTACAGGCAGTCTAT T A . TGTAAG G . G . CC TA CACGCA CT TTT T . GAT AACT CCTATCT G A A C A . A G AGAGTCTGGGTGTT . AGGCTTGTATTATACAAATATACAT A A G ATTTCGTAATTGATAAATATGAA AA ACTATAA G CA AT G TTTCG ACC C . G TAAAAAAA GAT GA . A T AA G AT C . G G . AT . T A T C C . TG CATTTT A TAATAATGTTGAGTACTAGAATTATATTTGGCATTAGCTT A A TC A AC A TATATA T CA TG CT . A ATG C A G A TAG ATCT A . GAA CC AT GGATAGTGTAATTATTATAACT T . ATGTA TGGGG C TC A TA . G . A A GA CATTCTGCG A A C G GG G AT A A TG CG . TT G C G AT TATTTTGTGTCTGTGGGGTTC AA C GG CGCAGCTA T G G TTT A CT T TGAGT G G T AA C A CTATAT T . G TT GC T . TTA GTC A A TG T TAG GT GA G . T A C CTC G CT ACT GATC A G ACA T TAAT GC GG GG C ATATTCC T G GG TGC . . G TAGCG A TGTTAA CCCGTACA TGTACC A AA A
blockSeqs : . . . ATG . T . . G T . CTAT TAG G TGAGT G T A . T . AT C GAACCAG T . . . TTCA T TCCAATGG TTG . T . . AGATGTG . A G . . TG . AT . . . C A . G . . . . . . TG TGTTTGA A TAGT TG CC C A C A CG . . . . . . ACC T . ATCACCCAAATCTTA . . . AT A . G . CT TA GCT C TT T . . T CATGTT . A . C . . . C TAATAAAATCTGC . GATCAGGCTTGTTATGAAAATAT . . A TTTTGTGAAGTACTTGAATGG . ACTTAC . CA . C TCA G . . . GTACTAA . . . A . AA . . . . . A . AT . . . . . . . . . . ATTTGGGTACACATATGTAGATGGCATTG . . . . GA . A . A . . . . . . T A . AGA CAC T . . C T AT A . . TTG . . T T . . . . C . CTTG . . . . A A . . . T . . . . T G AT TAATTTTGTGCGGGCTT AA . . AGGAGTT . . . . . . . . . . . . . C ATTTG . . A . C T . . GT . . T T G . A . . . . . . G T . C A . AG C . . . T . TTAC . . . . . . . AG . ATT CTTGT TAAAC A AC A
blockSeqs : . . AT . . . . G . . CAA AG . TGA T . A . T . AT G ACGCAG A . . . TTA . TTGTG TG . . . . TGGATT . G . C . . . . . . . . . TG . . . . . C . C A AT T . TTA . . . . A . G . . CT CA C AT T . . T CTGTT . T . A . . . . CAACGTGAGA . GAGACCTCTATTGTTCAGATATC . . . TTTTGTAATATTTAAAATG . ATATA . CG . . CCT . . . . AA . . . A . AA . . . . . . . AT . . . . . . . . . . TGGGGCACTACCGTCACGCAGTGTTG . . . . A . A . A . . . . . . . . . TA GAT G . . C T T A . . TG . . . T . . . . A . ATT . . . . . . . . . T . . . . G G AT TATTTTATTATTTCTTT TA . . A . . . . . . . . . . . . . C TAATT . . G . G . . . A . . T T T . A . . . . . . G T . C A . AC C . . . . . CA . . . . . . . A . AT CAG . A A A
blockSeqs : C T . TTG . . . . T . G . . TA CA G TT T . . A CTGTT . A . T . . . . CAATTGA . TTAATCATTTATGCTGTAATAT . . . TTGTAATTGTCTAATATGA . TCC . AG . . GT . . . . AA . . . T . AA . . . . . . . A . . . . . . . . . . TGGGATACCCACATATGCACTATGT . . . . G . T . A . . . . . . . . . AC TAA A . . C T T A . . TG . . . G . . . . A . ATA . . . . . . . . . T . . . . A G AC AATATGTTCCTTTC TA . . T . . . . . . . . . . . . . C AGT . . T . C . . . . . . G T . . . . . . . . . G T . C A . AC G . . . . . A . . . . . . . A . T CGT . A A A
blockSeqs : . . TCA . . . . A . G . . CA CA C NN N . . T CTGTT . T . A . . . . CAACTGA . AGGCTTGTTATAAAATATAAT . . . TTGTAATTGTTAAATATGA . AAC . AG . . T . . . . AA . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAGTTGGGTAGATATATATTGCTG . . . . A . T . G . . . . . . . . . CA AAT T . . C A T A . . T . . . T . . . . A . ATT . . . . . . . . . T . . . . C T G AAGTCTCCT TC . . A . . . . . . . . . . . . . C TAT . . G . T . . . . . . . T . . . . . . . . . T T . C A . AC G . . . . . C . . . . . . . A . T CTG . A A A
blockSeqs : TTA . . . . A . G . . TA CA C TT T . . T NNNNN . T . A . . . . CAACTGA . AGGACTTTATTATAAATAAAT . . . TTTTGTAATACTTAAAATG . AC . GG . . T . . . . AA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . GATAACATAGTGCCTTGA . . . . . . T . . . . . . . . . . . A AA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C T . GTGCC TA . . A . . . . . . . . . . . . . . TAT . . G . C . . . . . . . C . . . . . . . . . G T . C A . A C . . . . . G . . . . . . . A . T CTG . A A .
blockSeqs : TTG . . . . A . . . . TT T C AC T . . N ATAT . T . C . . . . CAACTGA . TTATCATTTATGCTGTATAT . . . TGTAATTGTAAATATAA . AC . CA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . T C . . . . . G . . . . . . . A . G CTG . . A
blockSeqs : TTA . . . . T . . . . . A G . A . . A ATAT . N . A . . . . CAACTGA . AGGCTTATTTTAAAATAAAT . . . TTCTGCTTAATTAAATG . AC . AG . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . T CGT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T CTT . T . N . . . . CAACTGA . AGGCTTATTATAAATATAT . . . TGTTGCTCTACTTAATG . AC . AG . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . CG . . .
blockSeqs : . T T . G . A . . . . CAACTGA . TTATCATATACTGTATAG . . . TGTAATTGTAAATATGA . AC . TT . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . C . . . . CGG . TTATCGTATTTATGATG . . . TGCATTATTTATATG . AC . CA . . T . .
blockSeqs : . A . C . . . . T . AGTTTTTACAGTCTACT . . . TTCTAACTTAAATG . AC . TG . . T . .
blockSeqs : . T . G . . . . . . TTACATATGTATCATA . . . AATGTAATAGTAGA . AC . CA . . T .
blockSeqs : . . . G . . . . . . TTTATCATTTATGATG . . . AATTATTATACGAA . AC . CA . . T .
blockSeqs : . C . . . . . . TTATCATTTATGATG . . . TTCTACTTAAATG . AC . AG . . T
blockSeqs : A . . . . . . TTTATCATTTATGAT . . . TTTTTTTTATGA . C . T . . .
blockSeqs : . . AGGCTTATTATAAA . . . .
blockSeqs : . AGTA . . .
blockSeqCons : AN** ** **** ** TA*** C**** T***** CTGTT** *** *** AGGCTTATTATANATATAT************************** TTGTAATTGTTAAATATGA**************** AC********** **** T*********** *** AA************* *** **** A** NA** NAT* C** T********************* ** ** ATT****** T* **** TATTTTGTNCCTT******************* TAT******** C*** *** ** T** AC* N******* ** A***** T******** CNG*******
originalCons : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AA----AGG--CT-T--A-----TTAT--A----AA---TATA-AT-TAT-T-AT-G----T-G--TAAT-TG-T-A-AAT------ATGA-CA--CATGTC--AC---C----TATAATAA----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAA-A-ACGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-C-TGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGN-TT----GCC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC-AAAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTT------C-GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-A----A-CC-GC---T-----GAG--C--GT---TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
finalCons : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-AT-ANTG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAAN--CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCGTA---ATGC----CAGTC----TATTTT-TATTT-CA---TTGTT-----ATACTGTT--AAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGGC-CGGG-TGCAA------C-T--GA-----TGT---AAAGGCTTATTATANATATAT--------------------------TAT-T-AT-GTTGTAATTGTTAAATATGA----------------CA--CATGTCAC----------TATAATAA----ACGAT--TT-ACT-----------TACT---TA-A-C-TAA-------------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TG-TTA-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG----TA---C----AC-ACAT-T----AT-T-GC-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAAA--GAA-GTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AAT-T-CAANA--CGTNAT-TTTCCTCAANA-T---TC--TGA-TTTTTT---------------------AAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTC-TCAA--TGATT------CC-T-TAA-G-TT--TCAT-TT--TAAGCT-TT-TT-GA--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTTATTTTGTNCCTT-------------------CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TT-C-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTCTAT--------TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TC---A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGGT--A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGG-CTTN-------GCG-TGATC-C--G---TGG--AT-C-AA-----CC-GCT--------GAGCNG-------TACTTACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 11111 1 22 1 1 2222 11 222222 222222222 3333333333 111 11 111 1 11 3333333333333333333 111 1 1 1 22222222 2222222222222 1111 44444444444 1 1 33333333333333333 1 1 1 111 11 111 1 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 1 1 1 1 3333333 1 1111 11 222 1 2222 11 11 1 11 11 1111 111 11 33333333333333333333333333333333333333 111111 11 11111 111111 111 1111111 3333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222 1111111 11111111111 111111111111 111 333333333333333 111 111 11111 1 1 11 1 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 111111 111 1 111 11 11111 5555555555555555555555 11111 11111 1 2222222222222222 11 1111 33333333333333333333333333333333 22222222222222 11111 22222222222 1 222 11 111 111 11 1111 111 2222222222 1111 2222222222 222222
lowQualScore : 6 777 0 66666 0 33 0 0 2 0000 33 444444 555555555 2 4444444444 666 3 3 33 1 777 0 3 11 8888888888888888888 777 0 0 0 66666666 6 5555555555555 3333 77777777777 8 0 0 22222222222222222 0 6 2 3 3 777 88 333 3 2 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3 0 2 0 0 0 0 0 5 22 2222222 5 2222 88 22 6 3 2 3 111 5 1 3333 1 1 88 1 1 88 3 88 88 6 7 7777 222 55 99999999999999999999999999999999999999 4 4 4 777777 2 8888 2 55 11 00000 555555 88888 111 2 4 666 888888 5555555 2 1 2 3 2 444 2 2 2 6666666666666666666666666666666666666 2 55 2222222222222222222222 2222222 3 6666 00 55555555555 33 7777777 5555 2 444 55555 7777 22 33 4 333333333333 000 3 5 5 111111111111111 000 77 000 0 1 55 6 5 66 5 44444 0 0 5 55 5 5 5 5 5 0 5 66 666666 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 5 77 5 5 111 5 555555 5 55 77 77 5 5 555 5 5 5 1 5 5 222 22 22 0 6666 22222 77 5555555555555555555555 77 44444 66666 5 77 1 5 77 5 77 11 0 5555555555555555 5 5 11 5 5 66 5 5 0 9999 0000 66 5 1 2 33 77777777777777777777777777777777 44 5 66 99999999999999 5 5 888 0 5 66 5 22222 5 5 5 66 5 5 66666666666 5 0 5 1 66 9999 0 5 888 000 5 5 77 0 2 888 555 66 5 5 5 4 4 777 1 555 777 1111 1 4 444 2 8888 55 55 99 55 3333333333 88 3 55 666 55 3 3 3 8 4 9999 4 4 88 1111111111 99 111111 5 888 1
lowQualScore : . ... . ..... . .. . . . .... .. ...... ......... . .......... ... . . .. . ... . . .. ................... ... . . . ........ . ............. .... ........... . . . ................. . . . . . ... .. ... . . . . ......................................................................................................................... . . . . . . . . . . .. ....... . .... .. .. . . . . ... . . .... . . .. . . .. . .. .. . . .... ... .. ...................................... . . . ...... . .... . .. .. ..... ...... ..... ... . . ... ...... ....... . . . . . ... . . . ..................................... . .. ...................... ....... . .... .. ........... .. ....... .... . ... ..... .... .. .. . ............ ... . . . ............... ... .. ... . . .. . . .. . ..... . . . .. . . . . . . . .. ...... . .............................................................. . . .. . . ... . ...... . .. .. .. . . ... . . . . . . ... .. .. . .... ..... .. ...................... .. ..... ..... . .. . . .. . .. .. . ................ . . .. . . .. . . . .... .... .. . . . .. ................................ .. . .. .............. . . ... . . .. . ..... . . . .. . . ........... . . . . .. .... . . ... ... . . .. . . ... ... .. . . . . . ... . ... ... .... . . ... . .... .. .. .. .. .......... .. . .. ... .. . . . . . .... . . .. .......... .. ...... . ... .
lowQualScore : 7 555 0 88888 0 88 0 0 5 8888 88 888888 555555555 5 5555555555 222 2 2 88 0 555 0 2 00 5555555555555555555 555 0 0 0 88888888 5 5555555555555 5555 55555555555 8 0 0 55555555555555555 0 5 5 3 3 777 33 777 3 0 3 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 5 0 0 0 0 0 5 00 5555555 5 0000 00 88 5 2 5 2 777 5 0 5555 0 0 00 0 0 33 3 33 33 7 3 8888 777 88 99999999999999999999999999999999999999 0 0 0 000000 6 5555 5 55 00 88888 000000 55555 777 1 0 444 000000 9999999 7 9 5 4 2 111 4 4 4 1111111111111111111111111111111111111 1 00 2222222222222222222222 6666666 9 1111 66 00000000000 22 1111111 0000 4 111 99999 4444 66 22 7 999999999999 000 1 7 7 333333333333333 000 99 000 7 9 99 2 0 99 0 22222 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 99 444444 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 7 99 7 4 666 7 333333 7 99 99 99 7 7 777 7 7 7 4 7 7 333 33 77 1 9999 44444 44 7777777777777777777777 99 33333 66666 7 99 4 7 11 7 99 66 1 8888888888888888 0 0 99 0 0 99 0 0 1 0000 6666 99 0 4 5 77 88888888888888888888888888888888 11 0 99 99999999999999 0 0 888 1 0 99 0 55555 0 0 0 99 0 6 55555555555 0 1 0 4 99 0000 0 0 888 666 0 0 44 1 0 888 666 99 0 0 0 4 4 888 1 333 888 7777 9 4 888 9 5555 55 55 55 55 1111111111 66 6 00 444 00 6 6 6 0 0 7777 0 0 99 5555555555 55 555555 7 888 4
consensus : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-C-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGG-C-CGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---AA----AGG--CT-T--ATTAT-ANA-----T------AT-AT-TATTATG---T---TGTAATT-GTTAAATA------T-GA-C--ACAT--G----TC----A-C---TATAATA-----A----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TGTT-A-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG-TA-------C----AC-ACAT-T----A--T-T-G-C-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-G-AAGTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AA-T-T-C-AANA-CGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-CTGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTCTCAATGAT---T-C-CT-------TAA-G-TT--TC-AT-TT--TAAGCT-TT-TTG-A--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TGC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGGC--T-T------NGCG--TGATC-C--G---TGG--AT-C-A-A-CC-GC---TGA-G-C-TGT----------ACTT--ACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
Reference ( family-534 ) : NNNNTTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-AT-GATCC-C--GGT-TTGAATC-CAGG---TTTACGCG--TTG--C-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GA--TAC-G-GCTTAGAATTA--CNGT---AA-ATAN-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAA-CCC-AG-C----TT-ACGCTTC---TC--GTGG--GAA-TG-AT-----------GGTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAATTGGTA--AAGACATACAC-CCAGAAAG-CATAATATATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCANAATATCCG-AATATGGCCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAC-GATACNNATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-G-TATTGTCCATTCTCTNTTTATCAGTTTNGATTNTAGTNTGGGTTCGNTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTAATTAAA-N-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACNTATAG-GTCCGA-T---GGG-C-CGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---AA----AGG--CT-T--ATTAT-ANA-----T------AT-AT-TATTATG---T---TGTAATT-GTTAAATA------T-GA-C--ACAT--G----TC----A-C---TATAATA-----A----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-TGTT-A-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T----A---A-T--T-GGG-TA-------C----AC-ACAT-T----A--T-T-G-C-T-TG-CTTC-AAAGAAT-C--A-TTAA-A-G-AAGTTCCN-----TAA-AA-AG--GA--T-GA-CA---TT-T-AA-T-T-C-AANA-CGTN-ATTTTCCTCAANA-T---T-CTGA-TTTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--G-TTGT-TTT-GT-TT--ATTCTCAATGAT---T-C-CT-------TAA-G-TT--TC-AT-TT--TAAGCT-TT-TTG-A--GG----CTT--G-CAAACAGCCATTTT-A-TTTTG----TNC---CT--------T--CCCGAAATAA-AA--TTA-------A------TTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CCCCGAC-TCAC-CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGGC--T-T------NGCG--TGATC-C--G---TGG--AT-C-A-A-CC-GC---TGA-G-C-NGT----------ACTT--ACG------TAAACT-A-GAGATGCGCAACCGGC
gi|1 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAAC-CACCGATCA-A--GATCC-C--GGG-TTGAATC-CA-G---TTTACGCGTTTTG--C-A-CACAGG---TAGG--GCTGAGGGTTT--GG--TAC-G-GCTTAG-ATTA--CGGT---AA-A-AA-TG--A--CCCAAGG-------TGTATGGGTGGTAT-TAAA-CCC-AG-C----TT--CACTTC---TC--ATGGC-CAA-T--AT-----------GGTGTTTAA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-GTT-AGATTGTAGAAAGATT-GATTA-AGAAATAAAGAAT--GTA--AAGAC--ACAC-CCAGAAAG-CATAATATAT
gi|1 : cccgAGCTA--CTTGC-TAT------------GTA-----------------------TAG-G-TATGA------CTGAAATTACGCATCC--CGCGGTGGGATGC----CAGTGCGC-TCTCTT-GATATACA---TTGG---TCAATA------TATAAGTG-TAGTCT-G-GTCCGA-TTGAGAG-G-AGGG-CTCGA------G-CGG-----TGTTTTAA------G--CT-T--GTTAT-AAA-----T------AT-CT-TAT---G---T---TGTAATT-G--AAA-A------TCGA----ACAT--G----TCCTATA-A---TATAATA-----ACCACACAAT--TT-ACGTACCACT----TACTA--TA-AAC-T------AAAATAATATGAA---T--TGTGTGTAATG-AACTCTT-TAG--CTATTA-TGAAAGTTTACA-CTCGAACAATTCTGTT-A-CTA-G-TAAAATGATAT--AAT------TGTT-T----ACAAA-T--TTGGG-CATCA----C----AT-ACGTGC----A--T-T-G-C----GACTTC-AGAGAAT-C--A-TTAA---G-CAGGTCCA-----TGA-AA-AA--GA--TAGA-CA---TT-TTAA-T-T-C-AA-A-CGT--ACTTTCCTCAAAAAT---TACTGA-TTT------------------------GAAATTAATT-----TTC---GC-T--G-TTGT-TTTTGC-TTTAATTC-CAATGCT---T-CGCTA------TAA-G-TT--TC-AT-TT--TAAGCT-TT-T-G-A--GGGGGTTTT--G-CAACAAGCCATTTT-AATTTTGGT--CGC---CT--------T--CCCAAAAATA-AA--TTA-------A------TTC-C--TG-A---AA-T-GACG--TG-CA-----T-TTT-T-AAG--A-CATCCCTTTA--TG--T---TTC-ACGCTCAAGAATTGTGTA--T-TCAA-GGCT---AAG---C-TTGG-TTTAGT-TTT-GAA---GCGATTTGCC-AAC-GGGA-AT-TA-CTACT---CATG-TTA---A---ACCCGAC-TC---CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CGGC--T---------GCG--TGAT--C--G---TGGCAGTAC-A-ACCC-ACGTGTGAGG-C-TGT----------TCTTC-ATG------TAAACT-A-GAGATGTGC-ACCGGCatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcagctacttgctatgtataggtatgactgaaattacgcatcccgcggtgggatgccagtgcgctctcttgatatacattggtcaatatataagtgtagtctggtccgattgagaggagggctcgagcggtgttttaagcttgttataaatatcttatgttgtaattgaaaatcgaacatgtcctataatataataaccacacaatttacgtaccacttactataaactaaaataatatgaattgtgtgtaatgaactctttagctattatgaaagtttacactcgaacaattctgttactagtaaaatgatataattgtttacaaatttgggcatcacatacgtgcattgcgacttcagagaatcattaagcaggtccatgaaaaagatagacattttaattcaaacgtactttcctcaaaaattactgatttgaaattaattttcgctgttgtttttgctttaattccaatgcttcgctataagtttcattttaagcttttgagggggttttgcaacaagccattttaattttggtcgccttcccaaaaataaattaattcctgaaatgacgtgcatttttaagacatccctttatgtttcacgctcaagaattgtgtattcaaggctaagcttggtttagttttgaagcgatttgccaacgggaattactactcatgttaaacccgactccccggcatttaaacccggctgcgtgatcgtggcagtacaacccacgtgtgaggctgttcttcatgtaaactagagatgtgcaccggcca
gi|10 : cccgttgcgtatctcgggtttaaaccaccgatcaagatcccgggttgaatccagtttacgcgttttgcacacaggtagggctgagggtttggtacggcttagattacggtaaaaatgacccaaggtgtatgggtggtattaaacccagcttcacttctcatggccaatatggtgtttaatttgtatgcagtggattgggttagattgtagaaagattgattaagaaataaagaatgtaaagacacacccagaaagcataatatatatattacgaaagtcgaggtgtagggcagacacggcctccgagcatttaagcgaaggcaaggacacggttgccatgcgaggaggtatagcatgctctgcttatcctctcgcagtcacaacccatattcgctttaaaatatccgcgaaatattgggccaccctgtcaatacgactactttcaaactaaatggcaaaaaatcgttgcatataaattttcaatactaaatctttttacccacttacttacaaagattgttatactgatttctatatgctgttgtctaatgctttattgaaccgttgttgtcgtgtttcaagaattacatttagccttctctctcctaaaacctagctaacctaccttatcT-------TAA-G-CT--TT-AT-TT-----ACT-TTATTG-A--GG----CAT--G-CAAACAGCAG-----A-ATATG----TTC---CT--------TTCCCCGGAAAAACAA--TTACGCAGCTA------TTC-CAAT--ATTTAGATAGGCT--TG-CA-----A-TTTGT-TCG--A-CATAGCTTC---C--------------CT---AAGTT-TGGA--T-C--A-G--T---AAG---CATTGG-TTTAGT-T---GAA---GCG---TGC--AAC-TG-A-AT-CG-CTACT---CAGT-T-A---A---CCCCG---TCACACCTGGC----A--ATTAAAC--C--CAGC--T-T------ACCAT-TGTTC-C--GTGCTGG--AA-C-A-A-CC-GCAT-TGA-GCC-CGT----------ACATACACG------TAAACTAA-GAGATACca
gi|11 : T------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAGA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TGTTTT-TATTT-TA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACATATAG-GTCCGA-T---GGG-C-TGGG-TG-------------------TTT---AA----AGG--CT-T--ATTAT-AAA-----T------AT-AT-TATTATG---G---TGTAATT-G-TAAATA------T-AA-C--ATAT--G----TC----A-C---TGTAATA-----A----ACAAT--TT-AC-------TTTCGTACT---T--A-C-T------AA-------TAGA---T--T---TCTAATA-AA--TTT-TAG--ACATTA-TA----ATT-CA-CCCGAA-AA-T-TGTT-A-TCA-G-TAAA-TGG-AT--Aaaacg
gi|12 : atatctC---CC--------C--CCCAAAAAAA-AA--C-A-------AGGAGTTTTC-CAATG-C---A--T-TACACTTG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCTTTT---AG--T---TGC-ACACTCAAAAGTT-CAGA--T-G--A-GG-T---AAG---C-TTGG-TTTAG--TTTTGAA---GCG---TGC--AAC-GG-A-AT-CA-CTACT---TAGG-T-AACTA---CTCCAAC-TCA--CCCGGC----A--TTTAAAC--C--CAGC--T-T-------GCG--TGATC-C--A---TGG--AT-C-A-A-TC-GC---TGA-G-C-AGT----------ACTT--ACATGTACCTACACT-A-GAGATACGCAACCGGcat
gi|13 : aacaacacaaccAAA-C-CGGAAATTT--ATTG--TAT------------TTAACATATACTTACAGGCAGTCTATTAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TATTTTTTATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ACATACAG-GTCCGA-T---GGG-C-CGGG-TG-------------------TTT---AA----AG---------------------------------------TATG---T---TGTATTT-TTT--TTA------T-GA-C--ACAT--G----TC----A-C---TATAGTA-----A----ACAAT--AT-AC-------T----TACT---TA-
gi|14 : taatatcaagatttcctagacT------------TTG-----------------------TAT-A-AAT-AAT----CTA--------T--TA--TGCG-CT--ATGT----T--T---G-TACTTA-TAATT------TTGA---A--ATA------TAAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-C---GGG-C-CAGG-TGCAA------T-TGA-----TGT---AA----------T-T--ATCAT-ATACTG--T------AT-AG-TGTTATG---T---TCTGCTTAATTAAAT----------G-C--ACAT--G----CC----A-C---TATAATA-----A----ACGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-gt
gi|15 : TTAATTAAA-T-CGCAAACTT--CTTG--TAT------------TCA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--C------------ATGC----CAGT---C-TA-TTT-TATTT-CA---TTGT---T--ATAC-TGT-TAAAAGTG-ANA-ATAG-ATTTGA-c
gi|16 : TATAG-ATCAAA-T---GGG-C-CGGG---CAA------CGTGAGA---TGT---AA----------T-T--ATCGT-ATT-----T------ATGATGTATAATG---T---T----TT-GTGAAGTACTTGAAT-GG-C--AGAT--G-----C----A-C---TATAATA-----AG---AAGAT--TTGACG------T----TACgtatttattttaacgtaatacattaattgttggtaaattaaacacgtgcagtcgaaatcaaattattta
gi|17 : tgtgatatgcgcttcgcgtgtaacataatcagttgttaagaatataagaggagctaTA-----------------------TATTA-TGT-G------TTATG----CGC--TA--TGC------ATGC--------------ACTT---AT---CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGG-C-CGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---AA----------T-T--ATCAT-TTA-----T------G--ATGTATAATGTT-T---TGTAATA-TTTAAA-A------T-G--C--ACAT--G----TC----A-C---TATAATA-----A----AAGAT--TT-AC-------T----TGCT---TA-
gi|18 : AACAGTGGACTTAGAG-GTTCAAAT---GGG-C-CGAG-TGCAA------C-TGA-----TAT---AA---------TT-T--ATCAT-TTA-----TG-----ATGAC-CAATGTG---T---TGCTCTA-CTTA---A------T-G--C--AC-TGAG----TC------C---AATAATA-----A----AT-AT--TT-A-------------TACT---Tct
gi|19 : atacaAGTG-ACTTATAG-GTAAGA-T---GGGAC-GGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---AA----------T-TA-ATCAT-TTA-----TGCTGTAAT-AT-TGTTATG---T---TCTAAC---TTAAAT----------G-C--ACAT--GTTACTT----A-C---TATAAAA-----T----AGGGT--TT-AC-------T----TACT---TA-ta
gi|2 : TTGCGTATCTCGGGTTT---AAACTCACCGATCA-AT-GATCCGC--GGT-TTGAAGT-CAGG---TTTACGCG--TTGGGC-A-CACAGG---TA-G--GCTGAGG---T--GAGTTAC-G-GCTTAGAATTA--CGGT---AA-ATAC-TG--A--CGCA--G-------TGTATGGGTGGT-T-TAAAGCCC-AGGC----TT-ACGCTTC---TCCAATGG--GAA-TG-AT-----------GTTGGTTTA-TTTGTAT-GCAGTG----GA-----T-T-GG-TTTGAGATTGTAGAAAGATTTGATTA-AGAAATAAAGAATTG-TA--AAGACATACAC-CCA--ACG-CATAAT-TATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGAATATCGG-AATATGGCCCCGGCTGTCATCGAC-ATC-AATA-ATAATC-GATACATAT-------ATT--TAATAAATA---ATTC--CATAC--TTACA-AAG------TATTGTTTAT-CTTTTTTTAT----TTAGATTTT--TGTGGGTTCGTTG--GGAGGAT-TC--AATGTT--GGCACAATTTGTTAA--C-CGCAAACTT--CTTGGTTAT------------TTA-----------------------TAT-A-TAT-A------CTAAA----CGC--CA--TGCG-TA--ATGC----CAGT---C-TANNNN-NNNNN-NN---NNNN---N--NNNN-NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNNN-N---NGG-C-C-GA-TGAGAGT----C-TGGGTGTTTAT---AA----AGG--CT-T--GTTATAAAA-----T------ATAAT-CATTATG-------TGTAATT-G-TAAATA------T-GA-C--ACAT--G----TC----A-TATATATAATT-----A----ACAAT--TT-AT-------T----TACT---AA-G-C-T------AA--------TGA---T--T---TCTAATA-AAACTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CAGCTCGAA-AATT-TGTT-A-T-A-G-TAAACTGG-CT--AAT------TGTT-T----A---AGT--T-GGG-TA-------G----AT-ATA--T----A--T-T-G-C---TG-CTTCAAAAGAAT-C--A-TTAG-ACG-AAGTTCCA-----TAA-AACAG--GA--T-GA-CA---TT-T-AA-T-T-C-AATAGCGTC-ACTTTCCTCAAAA-T---T-CTGA-TTTTT---------------------TAAATCTA--T-----TTTGGGGC-TTCG-TTGT-TTT-GT-TT--ATTCTCAATGCT---TGC-CT-------TAA-G-TT--TC-AT-TT--TAAGCT-TT-TTG-A--GG----TTT--G-CAAATAGCCATTTTAA-TTTTG----TGCGGGCT--------T--CGCGAAATAA-AA--TTA-------A------TTCGCAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----AGTTT-T-TCG--A-CAT-CCTTC----A--TTTGTTC-ACGCTCAAAAGTT-TGGA--TGC--A-GG-T---AAGA--C-TTGGATTTAGT-TTTTGAAG--GCG---TGC---AC-GG-A-AT-TA-CTACT---GCGG-T-A---A---CCCCG---TCAG-GCCGGC----A--TTTAAAC--CGGCGGC--T-T------CGTG--TGATC-C--G---TGG--AT-C-A-AGCG-GCA--TGG-G-C-GTT----------TCTT--ATG------T-AACT---GAGATGTG--ACCGGC
gi|20 : cggtG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGG-C-CGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---AA----------T-T--ATCAT-TTATGCTGT------AT-AT-TGTTATG---T---TCTA----CTTAAAT----------G-C--ACAT--G----TT----A-C---TATAATA-----A----AAGGT--TT-AC-------T----TACT---Tt
gi|21 : -----TGT---AA----AG----T-T--TTTAC-AG------T------CT-AC-T--TATA---TACATGCA-TT-ATTTA-TA------T-G--C--ACAT--G----TC----A-C---TATAATA-----A----AAGAT--TT-AC-------T----
gi|22 : caattctacaattagtatatacT-TA-CTACT---CAGG-T-A---A---CTCCGAC-TCAC-CC-GAC----A--TTTAAAT--C--CGGC--T-T------A-CG--TGATT-T--G---TGG--AT-C-A-A-CC-GC---TGA-G-C-TGT----------ACTT--ACG------TAAACA-A-GAGATACGatatacacacc
gi|23 : ----A--TTCAAAC--C--CGAT--T-TATATTCCATT--TGATC-C--A---TAA--AT-C-A-A-CT-GC---TGA-G-C-TGT----------ACTT---CA------TAAACT-A-GAGATACGCAACgc
gi|24 : CGA-T---GGA-C-TGGG-TG-------------------TTT---AA----AGG--CT-T--ATTAT-AAA-----T------AT-------TATG---T---TGTAATT-GTCTAATA------T-GA-T--At
gi|26 : tnaA-T---GGG-C-CGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---A----------------ATTAC-ATA-----T------GT-AT-CA-TATA---C---TATA--T-ATTAATTA------
gi|27 : caaG--TGATC-C--G---TAG--AT-C-A-A-CC-GC----GA-G-C-TGT----------ACTT--ACGTAAAC-TAAACT-A-GAGATACG
gi|28 : gCAC--G----TC----A-C---TGTAATA-----A----ATTAC--TT-AC-------T----TACT---TA-tt
gi|3 : GTATCTCGG-TTTGTAAAAC-CACCGATCA-AT--ATCC-CT-GGT-TTGAATCTCAGG----TTACGCG--TTG--CAA-CACAAG----A-G--GGTGA-G---T--GA--TAG-T-GC-TAGAATTAAGCTGT---AA-ATAC-TGGAA--C-CA--G-------TGTATGGATGGT-TATACA-CTC-AG-C----TTCACG-TTC---TT--GT-G--GAA-TGAAT-----------GGT-GTTTA-TTGATAT-TCAG-A----GA-----TGTGGG-TTTAA---TGTAGAAcatatgtg
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattTCAGAAT-TCCGGAATATGGCCTC-CCTTC-ATCGACAATCAAACTCATAAACTGATACATAT-------ATT-TTAATAAG----AATTC------CTATT--ACAAGATT-GTTATTGTgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttattgtgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|3 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgttTG--TGAGGAT-TC--AATGTT--G-CACA-TTAATTAAA-CGCGCAAACT---CTTG--TAT------------TTG-----------------------TAT-AATAT-ATGTAAGCTAAA----C-C--CACCTGCG-CA--ATGC-----AGT---C-TATTT---ATTT-CA---TTGT---A--TTACATGT-TA----------------GTCCGA-T---GGG-C-C----TGC-----------GG-----TGT---AA----AGG--CT-TGTATTAT-ACA-----A------AT-ATACATTATT---T---TG-AAT--GT--AATAG-----T-AG-A--ACAT-------TC----A-C---TATAATATAATAA----ACAATATTT-AC-------T----TACTG--TACA-CGT------AA-------TTGA---T--T---C----TA-AAACTAT-TAG--CTATTA-GA----ATT-CA-CTCGAA-A--T-TGTTTA-TCA-G-TAAA-TGC-AT--AAT------TTTTAT----A---T-T--T-GGG-TA-------C----AC-ATATGT----AGAT-G-G-CAT-TG-CTTC-AAGT--T-C--A-CTTA-A-G-AAAGTCCA-----TAA-TA-AG--GA--T--A-CA---TT-T-AAATGT-C-AA-A-C--A-ATT--CCTCA-TA-T---T-CTAA-TTTTT-----------------------AAAT-A--T-----TT-----C-T--G-TTGT-TT--GT-TT--A--CTCATCCAT---C-C-AT-------TAA-G-TTGGTC-ATGTT--TAAGCT-TT-TTGGA--GG----CTT--G-CAAAGAGCCATTTT-A-TTTTATTATTTC---TT--------T--CTCAAAAT---AA--TTA-------T------CTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TATCA-----A-CTT-G-TCGAAA-CATCCCTTCCTATA--T---TTCTACGCTCAAAAGTT-T-GA--T-C--ATGG-T---AAG---C-TT-G-TTTAG--TTTTGAA---CCG---TTC--AAC-GG-A-AT-----TACT---CATG---A---A---CCCCGAC-TCAC-CTGCGC----A--TTTAAAC--C----GC--T-T------GGCG--T-ATCGC--G---TGG--AT-C-A-A-CC-AC---GGA-G-C--GT----------A-TT--ATG------TAAACT----AAATGTGCAACCGgaggattcaatgttgcacattaattaaacgcgcaaactcttgtatttgtataatatatgtaagctaaacccacctgcgcaatgcagtctatttatttcattgtattacatgttagtccgatgggcctgcggtgtaaaggcttgtattatacaaatatacattattttgaatgtaatagtagaacattcactataatataataaacaatatttacttactgtacacgtaattgattctaaaactattagctattagaattcactcgaaattgtttatcagtaaatgcataatttttatatttgggtacacatatgtagatggcattgcttcaagttcacttaagaaagtccataataaggatacatttaaatgtcaaacaattcctcatattctaatttttaaatatttctgttgtttgtttactcatccatccattaagttggtcatgtttaagctttttggaggcttgcaaagagccattttattttattatttctttctcaaaataattatctccaatgaaaatgacgtatcaacttgtcgaaacatcccttcctatatttctacgctcaaaagtttgatcatggtaagcttgtttagttttgaaccgttcaacggaattactcatgaaccccgactcacctgcgcatttaaaccgcttggcgtatcgcgtggatcaaccacggagcgtattatgtaaactaaatgtgcaaccgc
gi|4 : tttctccgcatgtaattaaatgtacatatgggccaggattgtatctcggtttgtaaaaccaccgatcaatatccctggtttgaatctcaggttacgcgttgcaacacaagagggtgagtgatagtgctagaattaagctgtaaatactggaaccagtgtatggatggttatacactcagcttcacgttcttgtggaatgaatggtgtttattgatattcagagatgtgggtttaatgtagaagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatatactgtttcagaattccggaatatggcctcccttcatcgacaatcaaactcataaactgatacatatattttaataagaattcctattacaagattgttatACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATTCG-TACTATCCATTCTCTGTTTATCAGTTTTGATTGTAGTTTGAGTTCGGTGTCTGAGGATGTCAAAATCTTAGGGCCAAATTAATTAAACC-CTCA---TTAGCGTG--TATATCACCCAAATCTTA------------------------AG-A-TAT-C------CT-AA----CGC--CACTCACG-TA--A-GCCACGCAGT---CTTATTTT-T-TTT-CAGATTTGTAACT--ACAC-T-T-----------CGTCTTG-CTCGGA-T---GAG-TATGAGCTGTAATAAAATC-TGC-----TCT---TAGATCAGG--CT-T--GTTAT-GAA-----A------AT-AT-CATTATA---G---TATAATT-c
gi|4 : AG------C-TAA-----TAT---AG----GAGACCTCT--ATTGT-TCA-----G------AT-ATCTATTATG----------AATT-ATTA--TA------C-GAAT--ACAT-------------A-C---T-TAATA-----C----ATGAC--TTCAG-------TCA--TAGC---TA-A-C-TTAAAAAAA-------TTGAGATTGAT---CCTAAAATAAACTTT-TAGATCTAATACTA----TTTGCAACTAGTG-AATT-TGTT-A-TCATG-TATA-TAG-GTTGAATCATTTTTGTT-TTAATA---A-TGTT-GAG-TA-------CTAGAATTATAT-TTGGCA--T-TAG-C-T-T---TTC-CTAGAAT-CTCA-TTAAGA-G-GAGTTCTTATATATAATAA-AGTGGGCTT-GA-CAATGTT-T-AA-T-T-C-AATA-CGTATCTTTTCCTCATGA-TGAAT-CT-A-TCTTTGGATAGTGTAATTATTATAACTAAAATTG--TATGTATTT---GC-T--GATTGT-TTG-AT-TT--ATTCTCAA-GACGCAT-T-CTGCGCATATAA-GGTTA-TC-AT-TTATTAAGCTATT-TTG-ACGGG----TTTTTG-CCAAAAGC-ATTTT-A-TTTTG----TGT---CTGTGGGGTTC--CCCAAAATAA-GA--TTA-------A------TTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CATGAGTA-TTT-T-CCG--ACCAT-CCTTC---TAATT---TTC-ACG-TCAAAAGTT-TTAATTT-T--ATGG-T---AAAGTCT-TTGG-TCTTGTGTTTTAAAT--GCGGT-TGCA-AAC-GG-ATATATA--TACT---CA-G-T-A---AGATCGCTGACGTC-T-CCGGGCTAATA--TTAAAAC--CT-CGGC--T-T------GACA---GA-C-C--G---TTG--AT-C-A-caactttttagctaatataggagacctctattgttcagatatctattatgaattattatacgaatacatacttaatacatgacttcagtcatagctaacttaaaaaaattgagattgatcctaaaataaacttttagatctaatactatttgcaactagtgaatttgttatcatgtatataggttgaatcatttttgttttaataatgttgagtactagaattatatttggcattagcttttcctagaatctcattaagaggagttcttatatataataaagtgggcttgacaatgtttaattcaatacgtatcttttcctcatgatgaatctatctttggatagtgtaattattataactaaaattgtatgtatttgctgattgtttgatttattctcaagacgcattctgcgcatataaggttatcatttattaagctattttgacgggtttttgccaaaagcattttattttgtgtctgtggggttccccaaaataagattaattccaatgaaaatgacgtgcatgagtattttccgaccatccttctaattttcacgtcaaaagttttaattttatggtaaagtctttggtcttgtgttttaaatgcggttgcaaacggatatatatactcagtaagatcgctgacgtctccgggctaatattaaaacctcggcttgacagaccgttgatcactctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|5 : acaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagattcgtactatccattctctgtttatcagttttgattgtagtttgagttcggtgtctgaggatgtcaaaatcttagggccaaattaattaaaccctcattagcgtgtatatcacccaaatcttaagatatcctaacgccactcacgtaagccacgcagtcttattttttttcagatttgtaactacacttcgtcttgctcggatgagtatgagctgtaataaaatctgctcttagatcaggcttgttatgaaaatatcattatagtataattcaactttttT-TAAAAGTG-ACATATAGAGTCGGA-T---GGG-C-TGGG-C--------------------TTT---AA----AGGACTT-T--ATTAT-AAA-----T------AA-AT-TATTATGATTT---CGTAATT-GATAAATA------T-GAAC--ACAT--G----TC----AAC---TATAATA-----A----ACAAT--TT-ACCC-----T----TACT---TA-A-C-TGTACT-AA-------TTGA---T--T---TCTATTA-AT-TTTT-TAG--CTATTA-TA----TTT-CA-CTCGAA-AATT-T--T-A-TCA-G-TAAA-TGG-AT--AAT------TGTT-T-------------T-GGGATA-------C----CC-ACAT------A--TGC-A-C-TATGTCTTC-CAAGAAT-C--AATTAA-G-G-AAGTTTCT-----TAA-AA--G--TA--T-GAACA---TTCT-AA-TAT-C-AAAC-CGTG-ATTGTACCCATAT-T---T-CTGAATTTTTA--------------------TAAAATTA--T-----TTTT--GCCT--G-TTAG-TTT-GT-TT--AT-CTCAATGAT---T-T-CT-------TAACG-TT--TC-AT-TT--TAAGTT-TT-TTG----GG----CTT--GGCAAACA-TCACTTA-A-----G----TCT---CC--------T--CCCAAAATCA-AT--TTA-------A------TTC-CAATGGA---AAAT-GACG--TG-TA-----A-TTT-TTTCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTTAAAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-T---AAG---C-TCGG-TTTAG----TTAGA---GCG---TGC--AAT-GG-A-AT-TACCTACT---CAGGCT-A---A----CTCGAC-TCAC-CCCGG-----A--TTTAAAC--C--CGGC--TCT------TACGCTTGATC-C--G---TGG--AT-CGA-A-CCAAC---TAA-G-CTTGTA---------ACTT--GTG------T-AACT-A-GAGATGTGCAACCGGCctctggcaatcaatcactgtagcgcat
gi|6 : T---AAAC-CAACGATCATATAGATCC-CAGGGTGTTGAATC-CAGGGTTTTTAAGCG--TTG--CTATCACAGGGCATA-GTGGCTGAGG---TCCGACGTACCGTGCTTAGAATTA--CTGTGTCAACATAAGTG--AACCACA--GGCTGTACTGTGTGGGTGTT-A-TAAA-CCCTAG-CGGTGCA-ACGTTTTGTATT--GTGGATGAATTG-ATCTTGCGTCTCGAGTTGTCTATTTTGTATAGCAAGGGCTCGAGAACTT-T-GGCTTTGAGATTGTAGAAAGATT-GATTACAGAAATAAAGATTTGATAGGAAGACAT-CACGCCAAAAAGACAGAATca
gi|6 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcaACAATATCCG-AATATGGTCCCGCCTGT-ATCGAC-ATC-AACT-ATAAAT-GAT-TTGATTGTTTGAATTATTAATGAATAGTAATTCTGCCCACCATTACACAAGATT-tggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtacaatatccgaatatggtcccgcctgtatcgacatcaactataaatgatttgattgtttgaattattaatgaatagtaattctgcccaccattacacaagatt
gi|7 : ggacggttgcgcttacttagcggtaccatcataaaccaacgatcatatagatcccagggtgttgaatccagggtttttaagcgttgctatcacagggcatagtggctgaggtccgacgtaccgtgcttagaattactgtgtcaacataagtgaaccacaggctgtactgtgtgggtgttataaaccctagcggtgcaacgttttgtattgtggatgaattgatcttgcgtctcgagttgtctattttgtatagcaagggctcgagaactttggctttgagattgtagaaagattgattacagaaataaagatttgataggaagacatcacgccaaaaagacagaattggtgagtgatactcacccatacaactgaagtacgagtacgatagatgggcaacactggtgactctaccgacttttagagcagaaagcctaggatcaggtggccatggaggcaggtaagccatgactctggtgtctgacctcaggctcgacactccatggatgtcgtctgtAATTTG-TAG--TAATTG-TG----TTT--A-TTTAAA-A--T-TGTT-AATCA-G-TAA--TGG-AT--AAT------TGTT-T----------T--G-GGG-CACTACCGTC----AC-GCAG-T----G--T-T-G-------------GAAGAATAC--A-TTTA-A-GAAAGTTCCT-----TAA-AA-AG--GA--T-GG-CA---TT-T-AA-T-T-CAAAGA-CGTT-AATTGTCTCAATA-T---TCCTGA--TTTT---------------------TGAAATTA--T-----TTT----C-T--G-TTGTATCT-GT-TT--ACTCTCAATGAT---A-C-CT-------TAA-G-TT--TCAAA-TT--CAAGCT-TT-TGA-A--AG----CTT--G-CAAACATCC------------G----TGC----------------CCCGAAATAA-GAGGTTA-------AT-----TTC-CAATG-A---AAAT-GACG--TG-CA-----A-TTT-T-TCG--A-CATCCCTTC---TA--T---TTC-ACGCTC-AAAGTT-TGGA--T-C--A-GG-TTTAGAGGT-C-TTGG-TTACGG-TTTCGAATAGGCG---TGCGAGACGGG-A-AT-TA-CTACTCTCCAGG-T-A---A----CTCGAC-TCA--CCCGGC----AGCTGTAAACGGC--CGGCCTT-C------AACG--TGATG-CGGG---TGG--AT-C-ATA-GC-GC-----A-G-C-TGTTAAGAGCGTAACTT--ATG------T-AACT-ACGAGATGTGCAACCCGC
gi|8 : ct---TTGT---T--ATACCTATCTAAAAGTG--CATATAG---CCGA-T---GGC-T-GGGG-TGT------------------TTT---AA----AGG--CT-T--ATTTT-AAAA----T------AA-AT-TATATTG---T---TGTAATT-GTTAAATA------T-GA-CAAACCT-------TC----A-C----ATAATA-----A----ACAAT--TT-AC-------T----TACTACCTT-A-C-T------AA-------TTGA---T--T---TCTATT---AACTTTGTAG--CTATTA-TA-----TT-CA-CTCGAA-A--T-TGTT-A-TCA-GCTAAA-TGG-AT--AA-------TGTT-T----------------GA-TA------------AC-A----T----A--G-T-GCC-T-TGATTTC-AAAGAAT-C--A-TT-A-A-G-AAGTTTCT-----TAA-AA-GG--TA--T-GA-CAT--TT-T-AA-T-TAC-AACA-CGTA-ATTTGGC-CAATA-T---T--TGA-ATTTT---------------------TAAAATTA--T-----TTT---GC-T--GTTTGT-TTT-GTGTT--ATTCTC-ATGAT---T---CT-------TAA-G-TT--TC--T-TT--TAA-CT-TT-TTG-A--GG----CTT--G-CAAACATCCca
gi|9 : AT------------TTA-----------------------TAT-A-AAT-A------ATATA----T----CA--TGTG-TT--ATGCG---CTAT---G-CATGTA-CACAT-CA---TTGT---T--AAAA-TAT--AAAAGTG-ACTTATAG-GTCAAA-T---GGG-C-CGGG-TGCAA------C-TGA-----TGT---A----------TT-T--ATCAT-TTA-----T------G--ATGTATAATGTT-T---TGTAATA-CTTAAA-A------T-G--C--ACAT--G----TC----A-C---TATAATA-----A----AAGAT--TT-AC-------T----TACT---TA-tta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATATAGTTACAGGAAATGTAACTAAGCGCAGACTATCGCATGTATTAATTTTATCATTA