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consensus                     :     CTTGTC-CC--AT-G-A-TCCC----TTG-CT-----C--T-A-CGAT-T--T--G--------C--AAT--CG-T-AG----AG-------C----AAGGGA-T-C-AT--GG-GACAAAGAC
Reference ( gi|1 )            :     CTTGTC-CC--AT-G-A-TCCC----TTG-CT-----C--T-A-CGAT-T--T-AGGA-CC---CT-AAT--CG-T-AG----AG-------C----AAGGGA-T-C-AT--GG-GACAAAGAC
gi|5                          :     CTTGTC-CC--AT-G-A-TCCC----CTG-CT-----C--T-A-CGAT-T--T-GGGGTCC---CC-AAA--CG-T-AG----AG-------C----AGGGGA-T-C-AT--GG-GACA
gi|3                          :     CTTGTT-CC--AT-G-A-TCCC----CTG-CT-----C--T-A-CGAT-T--T-GGGT-CC---CC-AAA--CGTT-AG----AG-------C----AGGGGA---C-AT--GG-
gi|14                         :  ttgCTTGTC-CC--AT-G-A-TCCC----TTG-CT-----T--T-A-CGAT-----------------T-AAT--CG-T-AGAGCAAG-------C----AAGGGA-T-C-AT--GG-Gact
gi|4                          :     CTTGTTTCC--AT-G-A-TCCC----CTG-CT-----C--T-A-CGAT-T--T-GGGT-CC---CC-AAA--CGTT-AG----AG-------C----AGGGGA---C-AT--GG-G-CAa
gi|4                          :     CTTG-C-CC--AT-G---TCCC----CTG-CT-----C--T-AACGTT-T--G-GGGA-CC---CA-AAT--CG-T-AG----AG-------C----AGGGGA-T-C-AT--GGAAACAg
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gi|8                          :     CTTGTC-CC--AT-G-A--CCC----TTG-CT-----T--T-A-CGAT-T-----------------AAT--CG-T-AG----AGGCAAG--C----AAGGGA-T-C-AT---G-GACAac
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gi|18                         :   tcCTTGCC-CC--AT-G-A-TCCT----TTG-C--------------G---T--T-AAG---------------CA-T-AA----CG-------C----AAGGAA-T-C-AT--GG-GACA
gi|12                         :    tCTTGTC-CC--AT-G-A-TCCT----TTG-C-----------A-CTGT-T--T------------T-AA---CA-T-AG----TG-------C----AAAAGA-T-G-AT--TA-GAC-AAGACg
gi|12                         :     CTTGTC-TA--AT-C-A-TCTT----TTG-CA-----C--T-A-TG---T--T-AAAA-C-----------------AG----TG-------C----AAAGGA-T-C-AT--GG-GACAa
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gi|15                         :      TTGTC-CC--AT-G-A-TCCT----CTG-CA-----C--T-A-CG----------------------AT--CG-T-AG----AG-------CAGCTAGGGGA-T-C-AT--GG-AACAg
gi|10                         :    tcTCGTC-CC--AT-G-A-TTCC----TTG-CG-----T--T-A-CACT-T--TCAGCA-C-----------------AG----CG-------C----AAAGGA-T-C-AT--GG-GACA
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gi|21                         :     gTTGTC-CC--AT-G-A-TCCT----TTG--------C--T-A-CACT-TG-T-AG----------------CG-G-AG----CG-------C----AAAGGA-T-
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gi|6                          :      aTGTC-CC--AT-G-A-TCCC----TTG-CT-----T--T-A-CGAT-T--
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gi|22                         :        ttg-CC--AT-G-A-TCCC----CTGGCT-----C--T-A-CG-----------------------------T-AG----AG-------C-----AGGGA-T-C-A---GG-GACAt
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gi|6                          :                                                                  ---CT-AAT--CG-T-AA----AG-------C----AAGGGA-T-C-AT--GG-GACAGA
gi|25                         :                                                                 t---CT-AAT---G-T-AG----AG-------C----AAGGGA-T-C-AT--GG-GAC-AAGACctaattaaaccttccttcttcgtccacacagcc
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gi|26                         :                                                                            cat-T-GG----AG-------C----AAGG-A-T-C-AT--GG-GAC-AAGACtaatcgttctcccttactcacagcc
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGTCTTCTCCCATGATCTTTGAGCTGGAAGAGTATTAATGCAAGGAGTAATAGGACAAGAC
Unaligned ( gi|17 ): CCATGTCCTTTGCGCTCCGCTTACGTGTAGCAAAGGAATCACTGGAGGACAAGAC
Unaligned ( gi|19 ): TGCCCAATGATTCTTTGCGTTGCTCTACAATGACGCAAGGAATCATGGGAC






Alignments
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lowQualScore                  :                  8  55   8       9999       5555555555555555555555  8 0000  555555 9999999 9      9  0       5     
consensus                     :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----GCTCTACGAT-TTG-------CAAN----CG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
Reference ( family-5294 )     :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----GCTCTACGAT-TTG-------CAAT----CG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
gi|1                          :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----GCTCTACGAT-TTAGGACCC-TAAT----CG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
gi|10                         :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----GCGCTGTG---CTG-------AAAG----TG-T----AA----C-G-------C-AAGGAA-TC-ATGGGACGAA
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gi|12                         :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----GCACT--GTT-TT---------AA-----CA-T----AG----T-G-------C-AAAAGA-TG-ATTAGAC-AAGACcg
gi|13                         :                                                    -------CATT----CG-T----AG----A-GG------C-AAGGGA-TC-ATGGGAC-AAGACa
gi|14                         :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----GCTTTACGAT-T----------AAT----CG-T----AGAGCAA-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGtaatcgttctcccttactcacagcc
gi|15                         :            CTTGTT-CC--ATG-ATCCCCTAGCTGCTCTACGAT-------------------CG-T----AG----T-G-------C-AGAGGA-TC-ATGGGACAa
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gi|2                          :                 C-CC--ATG-ATCCCTT----GCTCTACGAT-TAG-------CAAG----CT-TTTAAAA----A-GTATCTCAC-AAGGGA-TC-ATGGGAC-AAGAC
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gi|21                         :            tTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----G--CTAC-AC-TTG-------TAG-----CG-G----AG----C-G-------C-AAAGGA-T
gi|22                         :             TTGTC-CC---TG-ATCCCT-----GCTCTACG------------------------T----AG----A-G-------CCAGGGGA-TC-ATGG
gi|23                         :           gCTTGTC-CC--GTG-ATCCCCT----TCTCTA-----------------------CG-T----AG----T-G-------C-AGGGGA-TC-AT
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gi|6                          :              TGTC-CC--ATG-ATCCCTT----GCTTTACGAT-T
gi|7                          :         tctCTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----GC---ACAATGTTAT------CAGTATAACG-T----AG----T-G-------C-AAAGAA-TC-ATGGTGCAgactaattaaaccttccttcttcgtccacacagcc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGTCTTCTCCCATGATCTTTGAGCTGGAAGAGTATTAATGCAAGGAGTAATAGGACAAGAC
Unaligned ( gi|17 ): CCATGTCCTTTGCGCTCCGCTTACGTGTAGCAAAGGAATCACTGGAGGACAAGAC






Alignments
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lowQualScore                  :                  .  ..   .       .... .       ...................  . ....  .............. .      .  .             
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Reference ( family-5294 )     :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-CTCTACG--ATTTG-------CA-ANCG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGTCTTCTCCCATGATCTTTGAGCTGGAAGAGTATTAATGCAAGGAGTAATAGGACAAGAC
Unaligned ( gi|17 ): CCATGTCCTTTGCGCTCCGCTTACGTGTAGCAAAGGAATCACTGGAGGACAAGAC






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Reference ( family-5294 )     :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-CTCTACG--ATTTG-------CA-ANCG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
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blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       ATTTGGGTCCCCAAA      T A     AGGCAAG        .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       ATTTGGGTCCCCAAA      . .     AGCAAG         .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       TTATCAGTATAA         . .     ACG            .      .  .
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blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       TCTACAAT             . .     CG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       CTGAAAG              . .     TG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       CTACAAG              . .     TG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       ACTAAG               . .     AT             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       TTTTAA               . .     CG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       ATTAAT               . .     AG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       GTTAAG               . .     AG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       ATTAAT               . .     TG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       AT                   . .     AG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       AT                   . .     AG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       .                    . .     AG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       .                    . .     AG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .       .                    . .     TG             .      .  .
blockSeqs                     :                  .  .    .       .    .                            . .     .              .      .  .
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blockSeqCons                  :                                               ATTAAN*************
originalCons                  :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-CTCTACG--ATTTG-------CA-ANCG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
finalCons                     :            CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-CTCTACGATTAAN-------------CG-T----AG----A-G-------C-AAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGTCTTCTCCCATGATCTTTGAGCTGGAAGAGTATTAATGCAAGGAGTAATAGGACAAGAC
Unaligned ( gi|17 ): CCATGTCCTTTGCGCTCCGCTTACGTGTAGCAAAGGAATCACTGGAGGACAAGAC






Alignments
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lowQualScore                  :                   1  22   1       3333 1 44444      222 777777777777777777  4 6666  333333333333333       2  2       1     
lowQualScore                  :                   .  ..   .       .... . .....      ... ..................  . ....  ...............       .  .       .     
lowQualScore                  :                   7  33   7       5555 7 22222      666 333333333333333333  2 6666  666666666666666       1  2       3     
consensus                     :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TCTACG--ATT----------A----AGCG-T----AG-----A-G-------CAAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
Reference ( family-5294 )     :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TCTACG--ATT----------A----ANCG-T----AG-----A-G-------CAAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
gi|1                          :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TCTACG--ATTTAGGACCCT-A----ATCG-T----AG-----A-G-------CAAGGGA-TC-ATGGGACAAAGAC
gi|10                         :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----G-C-----GCTGTG--CTGA---------A----AGTG-T----AA-----C-G-------CAAGGAA-TC-ATGGGACGAA
gi|11                         :            tCTTGCC-CCTCATGGATCCTTT----G-C-----GTTAC---ACT----------A----AGCA-T----AA-----C-G-------CAAGG-A-TC-ATGGGACA
gi|12                         :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----G-C-----ACT--G--TTT----------T----AACA-T----AG-----T-G-------CAAAAGA-TG-ATTAGAC-AAGACcg
gi|13                         :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----GCC-----TCTACG--Aa
gi|14                         :          catCTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TTTACG--ATT----------A----ATCG-T----AGAGCA-A-G-------CAAGGGA-TC-ATGGGactaatcgttctcccttactcacagcc
gi|15                         :             CTTGTT-CC--ATG-ATCCCCTAGCTG-C-----TCTACG--AT------------------CG-T----AG-----T-G-------CAGAGGA-TC-ATGGGACAa
gi|16                         :            tCTTGTC-CC--ATG-AT-CCTT----G-C-----TCT-CG--AT------------------CG-TA---AG-----A-T-------CAAGGGACTCAATGGG
gi|18                         :         gttcCTTGCC-CC--ATG-ATCCTTT----G-C-------------GTT----------A----AGCA-T----AA-----C-G-------CAAGGAA-TC-ATGGGACAac
gi|19                         :              tTGCC-CA--ATG-ATTCTTT----G-CGTTGCTCTACA--AT---------------------------G-----ACG-------CAAGGAA-TC-ATGGGACg
gi|2                          :                  C-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TCTACG--ATTAGC-------A----AGCT-TTTAAAA-----A-GTATCTCACAAGGGA-TC-ATGGGAC-AAGAC
gi|20                         :             CTTGTC-CC--CTG-ATGCCCT----G-C-----TCTACG-------------------------T----AG-----A-G-------CAGGGGA-TC-ATGGG
gi|21                         :             tTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----G--------CTACA--CTT----------GT---AGCG-G----AG-----C-G-------CAAAGGA-T
gi|22                         :              TTGTC-CC---TG-ATCCCT-----G-C-----TCTACG-------------------------T----AG-----A-GC------CAGGGGA-TC-ATGG
gi|23                         :            gCTTGTC-CC--GTG-ATCCCCT----T-C-----TCTA------------------------CG-T----AG-----T-G-------CAGGGGA-TC-AT
gi|24                         :              TTGTA-CC--ATG-ATCCC-T----G-C-----TCTACG--ATT----------a
gi|25                         : tttggggtccccCTTGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TCTAC---ATT----------A----a
gi|26                         :           acCTTGTC-CC--ATG-AT-CCTT----G-C-----TCCAacta
gi|3                          :        tacgaCTTGTT-CC--ATG-ATCCCCT----G-C-----TCTACG--ATTTGGGTCCCC-A----AACGTT----AG-----A-G-------CAGGGGA--C-ATGGacta
gi|4                          :          ttgCTTGTTTCC--ATG-ATCCCCT----G-C-----TCTACG--ATTTGGGTCCCC-A----AACGTT----AG-----A-G-------CAGGGGA--C-ATGGG-CAact
gi|5                          :             CTTGTC-CC--ATG-ATCCCCT----G-C-----TCTACG--ATTTGGGGTCCCCA----AACG-T----AG-----A-G-------CAGGGGA-TC-ATGGGACAg
gi|6                          :               TGTC-CC--ATG-ATCCCTT----G-C-----TTTACG--ATT----------A----
gi|7                          :           tcCTTGTC-CC--ATG-ATCCTTT----G-C-----ACAATGTTATC----------AGTATAACG-T----AG-----T-G-------CAAAGAA-TC-ATGGTGCAgactaattaaaccttccttcttcgtccacacagcc
gi|8                          :             CTTGTC-CC--ATG-A-CCCTT----G-C-----TTTACG--ATT----------A----ATCG-T----AGAGGCAA-G-------CAAGGGA-TC-AT-GGACAa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGTCTTCTCCCATGATCTTTGAGCTGGAAGAGTATTAATGCAAGGAGTAATAGGACAAGAC
Unaligned ( gi|17 ): CCATGTCCTTTGCGCTCCGCTTACGTGTAGCAAAGGAATCACTGGAGGACAAGAC