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lowQualScore                  :      .        .  ..   ..    .............   . .. ..............          .         ...................   .         .    . .. .  ..         ..........    .      .  .   .    .  ...........................................   .   . .. ..      ..  .  . .  .. ......   .. .    . .....      .  .  ...        .  .    .........    . .    ..   .      ....   . .   ..    .  .    .     .   .  . .   . .    ........   .     .  . .    ....   ....... ...     . .  ..............   .  . . .  ..   ... .    .  ... ....  ..  . .            ............    .. . ............    . .     ...  .   ...  .    . .               .  ....     .. .  ........   .   .     . .          .   .....      .  . ....   .   .. .    
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Reference ( gi|7 )            :  TATG-CAAATGAGGAT-TCCC--TCGT------------TGAT-G--T--------------GTGCGGGGAA-GAAAAAGGG--GGG----------TGGTGTG-TGCACTGAA-TGCA-G--G-TA--GTGTATTGT--A-----TTGCAAACAATAT-AACTCG-GGCA-CA-----A----------T--T--------------A--------GGA-TAG-G--C--TGACAT--GGCAA-ATTTT-G------TAA--A-TCTA-T-----ATCAAA-CA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC---------CCCC-CACCCC--CCC-CAAATCAAC-CAT-C-CTG--TTTC-GA-CTCC-AACCC-ACG-AA-G-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---T-AATT-AT---T----AAG-TG-T-AAAGTGTATATA------------GATT-AA-CA-----A--AT-CCAT-A-CGAAT---TG-CCTA--GC-TTGC-T-ATTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGACCTGTCCAATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|3                          :  TATGGCAAATGAGAAT--CCC--TCGT------------CGAT-G--T--------------GT-CGGGGAA-GAAAAAGGG--GG-----------TGG-GTG-TGCACTGAA-TGCA-G--GGTA--GTGTATTGT--A-----T-GCAAACAATAT-AACTCA-GGCA-CA-----A----------T--T--------------A--------GGA-TAG-G--C--TGACATC-GGCAA-ATTTT-G------TTA--A-TCTA-T-----ATCAAA-CA-AA---CATTGGAA-TC-GCTCACCCC----CCCC-CCCCCC--CCC-CAAATCGAC-CAT-CTCTG--TTTC-GA-TCCC-AACCC-ACG-AA-G-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTT--C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---T-AATT-AT---TTTAAAAG-TG-T-AAAGTGTATATAGATTAATTGATTGATT-AA-CG-----A--ATACCAT-A-CGAAT---TG-CCTA--GC-TTGC-T-ATTTAAAACAAGTTT-AC--A-T-TAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCAATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|9                          :  TGTG-CAAATGAGAAT--CCC--TCGT------------CGAT-G--T--------------GT-CGGGGAA-GAAAAAGGG--GG-----------TGG-GTG-TGCACTGAA-TGCA-G--GGTA--GTGTATTGT--A-----T-GCAAACAATAT-AACTCA-GGCA-CA-----A----------T--T--------------A--------GGA-TAG-G--C--TGACATC-GGCAA-ATTTT-G------TTA--A-TCTA-T-----ATCAAA-CA-AA---CATTGGAA-TC-GCTCACCC-----CCCC-CCCCCC--CCC-CAAATCGAC-CAT-CTCTG--TTTC-GATCTCC-AACCC-ACG-AA-G-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-CG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---T-AATT-AT---TTTAAAAG-TG-T-AAAGTGTATATAGATTAATTGATTGATT-AA-CG-----A--ATACCAT-A-CGAAT---TG-CCTA--GC-TTGC-T-ATTTAAAACAAGTTT-
gi|2                          : aTATG-CAA-TGAGAAT-TCCC--TTGT------------CGAT-G--TACCCTCTGACGTTTGTGCGGGCAA---AAAAGGG--GAA----------CG----------CTGAA-TGCATG--G-TA--GTGT---GT--A-------GCAAACAATGT-AAGTCG-GGCA-CATTTTGA----------T--T--------------GTGGTTTCGGGA-CAG-G--C--TGACAT--GGGAA-AGTTTAG------TAA--A-TTTA-T-----AG------A-AA---TATTGTA------------------CACA-CACACA--CACACA---CA---CAC-A-CT----TTC-GA-CTAC-AACTC-ACA-AA-G-TTT-G-TCAG---C----CAT-CATAG-AA-A-CACT-----AA-------A---ATTTG-C-AG--------------ACA-TT-T-GTAA--AAA---T-A--T-AT---T--------TA-T-AAAG
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gi|12                         :    TG-CAAATGAGAAT-TCCC--TCGT-------------GAT-G--TT-------------GTGCGGGGAAAGAAAAAGGG--G------------TGG-GTG-TGCACTGAA-TGCA-G--GGTAA-GTGTATTGT--A-----TTGCAAACAATAT-AACTCG-GGCA-CA-----A----------T--TA-------------A--------GGA-TAG-G--C--TGACATCGGGTCA-ATTTT-GA-----TAA--A-TCTA-T-----ATCAAA-AC-AA---CATTGGAA-TC-GCTC---------ACCC---CCCC--CCC-CAAATC-GC-CAT-C-CTGT-TTTC-GA-CTCC-AACCC-ACG-AA-G-TT
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gi|1                          :      -CAAATGAGAAT-TCCC--TCGT------------CGATTG--T--------------GTGCGGGGAA-GAAAA---G--GGG----------TGGAGTG-TGCACTGAA-TGCA-G--G-TA--GTGTATTG---A-----TTGCAAACAATAT-AACTCG-GGCATTA-----A----------T--T--------------A--------GGA-TAGCG--TCGTGACCC--GGTAA-A-TTT-G------TAAACA-TCTA-A-----ATCAAA-CA-AAATGCA-TGGAACTC-GCTCACCA-----CCCC-CGCCTCCACCC-CCAATCAGC-CAT-C-CTGATTTTC-GA-CTCT-CACCCAAAG-AA-GCTTTAG-TCAG---TTTTATAT-GTTGG-AATG-CATT----GAAGGTAATCA---ATTTATC-AG--------------ACGCTT-T-A-AA--AAAT--T-AATT-AG---T----AAATTG-T-AAAGTGTATATA------------GATT-AA-CG-----A--AT-ACAT-ATCGAA----TG-CCTACGAC-TTGCTT-ATTTAAAACAAGTTTAAC--TATCTGAATT-TA--T-AGGTATA-TTACCTATTGT-TTAATTTTATCCGA------CAATGAAA-AAAACAAG-GGC--TAATCC
gi|10                         :     t-CAAATGAAGAAATCCCGGTCGT--------------------------------------CGGGGAA-GAAAAAAGG--TG-----------TGG-GTG-TGCACTGAA--GCA-G--GGTA--GTG-GTTGTGCA-----CTGCAA-CAATAT-AGGTAG-GGCA-CA-----A----------T--T--------------A--------GGAATAG-G--C--TGACATC-GGCAA-ATTA--G------TAA--A-TCTAAT-----ATAAAA-CC-AA---CATTGAAA-TC-GCTCAAAC-----CCCC-CCCCCC--CCC-CAAATCGAC-CA----------TTC-AA---------CC-ACGAAA-G-TTTAG-TCAG--------CAT-G-TGG-AG-ACCATT----GCA-------A---ATTTA-C-AGACACAATATTTTAAACG-TT-T-A-AA--AAA---A-AATA-AT---T--------------AAGTGTATATA------------GATT-AA-CT-----A--TA-CCATAA-CGAAT---TG-CCTA--GC-TTGC-T-ATTTAAAACAA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-5291 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATG-CAAATGA-GAATTCCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GTGCGGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----TTGCAAACAATA-TAACTCG-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-AA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-A--C---C-CCCCCNCCCC--CCCCAAATCGAC-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TG-TAAA-GTGTATATA------------GATT-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A--T-G---ACA-TTTACTATT-T-TTAATTTCAT-CAA-----CCA-ATG--G-A----AAG-GAC--T-GTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gagtgtattcaatggccttgctagaacgtcatttccattcaaaatgtactgaaaTT-AC--G-TCTTA--T-TAGCT-A---TTT-TTA--TATT-T-TTAACTTTAT-TGA-----CCA-ATGAAA-A----AAATAGC--T-ATCCtcaa
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        tTATG-CAAATGA-GAATTCCC--ATGTCA------------A-TG--T--------------GTGC-GGGAAG-AAAAA--GGG-----------TAG-GGG-T-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--G----TTG----------GGC--ACAATT-TCATCTGTGGT----------T----------T--T--------------G--------GG-ACAG-A--C--TGACACGGG--GATGTTTAG-T-AA-----A-TCT-A-TTAAAAATG-AAAAC-AA---TATTGGAA-TT-GCTC-A--C---A-CTCTCAC---------------------C-C-TG--TTTA-GA-C-TCTAAACCC-AT-G-AAG-TTTTG-TCAG---T----CAataagtcctgaccaccat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-------A---ATT-A-T-AA--------------ATG-T----A-AATGAAG---TTA-TC-ATATCT----AA--TGATTAA-GAGTATATA------------GATTTAA-C--ATTAGCATTGTTCAGGA-TAAAT-G-CCT------TTGC-TA-TTTAAAACAGCTAT-AC--T-GCTAA--T-AA--T-A---ATAGTTA-CTATT-T-CTCACTTTAT-CGA-----CCA-GTG--A-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               cttaaacaacTATG-CAAATGA-GAATTGCC--GTGCTG------------A-TG--TAACCTCTGACCTT-GTGCGAGGAGG-AAA--------------------G-GTG-C-GACACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTATGCAGC--C-----CTGC---CAATA--AA-TCG-GGTA-C-A-----GGTGTGTTCTTT--T--------------T--------GG-ATAG-G--A--TGGCA-CGG--GGAA----G-T-G------------------------AAACACAA---TATTGGAA-Tcg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A--T-G---ACA-TTTACTATT-T-TTAATTTCAT-CAA-----CCA-ATG--G-A----AAG-GAC--T-GTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gagtgtattcaatggccttgctagaacgtcatttccattcaaaatgtactgaaaTT-AC--G-TCTTA--T-TAGCT-A---TTT-TTA--TATT-T-TTAACTTTAT-TGA-----CCA-ATGAAA-A----AAATAGC--T-ATCCtcaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATG-CAA-TGA-GAATTCCC--TTGTCG------------A-TG--TACCCTCTGACGTTTGTGCGGGCAA---AAAAGGGGA---------------------A-CGCTGAA-TGCAT-GGT-A--GTGT---GT--A-------GCAAACAATG-TAAGTCG-GGCA-C-ATTTTGA----------T--T--------------GTGGTTTCGGG-ACAG-G--C--TGACATGGG--AAAGTTTAG-T-AA-----A-TTT-A-T-----AG------A-AA---TATTGTA---C-ACAC-A--C---A-CACACACACA--CAC-------AC------------TTTC-GA-C-TAC-AACTC-AC-A-AAG-TTT-G-TCAG---C----CAT-CATAG-AA-A-CACT-----AA-------A---ATTTG-C-AG--------------ACA-TT-T-GTAA--AAA---TA---T-AT---T--------TA-TAAA-G
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTGC-AG-A-CATTTGTAAAA-------ATATATTTA-C------------------CG-TTGT-A-AA--AAAAAATGA-TTGAT---T----AAG-AA-TA----TGTGAATA------------GATT--------------T--------A-AGAATTG-CCT-------TGC-TA-TTCAAAGCATCTTT-AA--T-GCTAA--T-TT--T-A---ATA-TTTCCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATG-AA-A----AAG-GAT--T-ACCaatttgcagacatttgtaaaaatatatttaccgttgtaaaaaaaaatgattgattaagaatatgtgaatagatttaagaattgccttgctattcaaagcatctttaatgctaattttaatatttcctatttttaactttatcgaccaatgaaaaaggattacc
gi|3                          : tatgcaatgagaattcccttgtcgatgtaccctctgacgtttgtgcgggcaaaaaaggggaacgctgaatgcatggtagtgtgtagcaaacaatgtaagtcgggcacattttgattgtggtttcgggacaggctgacatgggaaagtttagtaaatttatagaaatattgtacacacacacacacacacacacactttcgactacaactcacaaagtttgtcagccatcatagaaacactaaaatttgcagacatttgtaaaaatatatttataaagaatTATGGCAAATGA-GAAT-CCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GT-CGGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----T-GCAAACAATA-TAACTCA-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-TA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-ACCC---C-CCCCCCCCCC--CCCCAAATCGAC-CATCTC-TG--TTTC-GA-T-CCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTT--C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---TTTAAAAG-TG-TAAA-GTGTATATAGATTAATTGATTGATT-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--A-T-TAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATG-CAAATGA-GAATTCCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GTGC--GGAAGTAAAAGGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAGTGGT-A--GTGTATTGT--A-----TTGC-AACAATATTAACTC--GTCA-CAA-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-TAAA-----A-TCT-ATT-----ATCAAAACA-AA---CATTGGAA-TC-G-TC----C---C-CCCTCGCCCC--TCCCCAATCGAA-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGGAAG-A-CA-T----GAAAT-----A---ATTTATC-AG--------------ACG-TT-TAA-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TGCTAAA-GTGTATATA------------GA-T-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTGACCTA--GCTTTGC-TA-TTTAAAACAAG-TT-ACGTT-TCTAA--TATA--TAA---ATA-TTA-CTATT-TCTTAACTTTAT-CGA-----CCATATGAAAGA----AAG-GGCTTT-ATCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           TG-CAAATGA-GAATTCC---TCGTCG------------A-TG--T--------------GTG-GGGGAAG-AAAAGGGGGGGGGGGGGGGGTTGG-GTGGT-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----CTGCAAACAATA-TAACTCG-GGCA-C-A-----A----------TATT--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-AA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-A--CA--T-CCCCCCCCCC--CCCCAAATCGAC-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCCGAACCC-AC-G-AAG-TTT---TCAGA--T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TG-TAAA-GTGTATATA------------GATT-AA-CAGAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA-------------TACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCCc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATG-CAAATGA-GTAT-CCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GTGCGGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-G-T-A--GTGTATTGT--A-----TTGCAAACAATA-TAATTCG-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGGCATCGG--CAAATTTTG-T-AA-----AATCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TCCGCTC-A--C---C-CCCCC--CCC--CCCCAAATAGACACATC-C-TG--TTTCCGA-C-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAGGTCAG---T----TATAGTTGG-AT-A-CAT-----GAA-------A---ATTTA-C-AGG-------------ACG-TT-T-A-AA--AAAA--TAA-TT-AT---T----AAG-TG-TTAA-GTGTATATA------------GATT-AAAC-GAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATG-CAAATGA-GGATTCCC--TCGTTG------------A-TG--T--------------GTGCGGGGAAG-AAAAAGGGGGG----------TGGTGTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-G-T-A--GTGTATTGT--A-----TTGCAAACAATA-TAACTCG-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACAT-GG--CAAATTTTG-T-AA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC----------CCCCCACCCC--CCCCAAATCAAC-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TG-TAAA-GTGTATATA------------GATT-AA-C-AAAT-CCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGACCTGTCCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCCc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            G-CAAATGA-GAATTCCCA-TCGTCG------------A-TG--T--------------GTG-GGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAAGTGCAG-G-T-A--GTGTATTGT--T-----TGGCAAACAATA-TAA-TCG-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------AA-------GG-ATAG-GTGC--TGACATCGG--CAA------------------------T------TC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-A--CACTC-CACCCCCCAC--CCCCCAATCGAC--ATC-CCTG--TTTC-GA-CCTCC-AACCC-AAAG-AAGGTTTAG-TCAG---A----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A----TTTA-CGAG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAAATT-AT---T----AAG-TG-TAAAAGTGTATATA------------GATT-A--C-GAATACC-T--------A-GAAATTG-CCTA--GC-TTGC-TAATTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A----TA-TTAC-TATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTG-CAAATGA-GAAT-CCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GT-CGGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----T-GCAAACAATA-TAACTCA-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-TA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-AC-C---C-CCCCCCCCCC--CCCCAAATCGAC-CATCTC-TG--TTTC-GATC-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-CG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---TTTAAAAG-TG-TAAA-GTGTATATAGATTAATTGATTGATT-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-


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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .       .    T   .       .            .  .  .                        .    GG    .             .   . . .       .     .   . .          ACT         A       .   C   .    . . T                .  G                        .    . .  .          .     T  T . .  .     .   . . .       .     .  .          .  .    ACC            C    .     A     A C    . .  .     .  . .   .     .  . .   .   A .    T          .     .  . .    .      .       .       . .  .                .  . . .  .    .     .  .  .   .      .  .    .         .               .  . A         .        .       .    .   .    .  .              .  .  .     .  .  .  . .     .   C     . .          .   .       .   A  . .      .   .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .       .    T   .       .            .  .  .                        .    AG    .             .   . . .       .     .   . .          ATT         A       .   C   .    . . A                .  T                        .    . .  .          .     T  T . .  .     .   . . .       .     .  .          .  .    ACA            A    .     A     A C    . .  .     .  . .   .     .  . .   .   A .    T          .     .  . .    .      .       .       . .  .                .  . . .  .    .     .  .  .   .      .  .    .         .               .  . G         .        .       .    .   .    .  .              .  .  .     .  .  .  . .     .   C     . .          .   .       .   A  . .      .   .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .       .    T   .       .            .  .  .                        .    AG    .             .   . . .       .     .   . .          ATT         A       .   C   .    . . A                .  A                        .    . .  .          .     T  T . .  .     .   . . .       .     .  .          .  .    ACA            C    .     A     A C    . .  .     .  . .   .     .  . .   .   A .    T          .     .  . .    .      .       .       . .  .                .  . . .  .    .     .  .  .   .      .  .    .         .               .  . G         .        .       .    .   .    .  .              .  .  .     .  .  .  . .     .   .     . .          .   .       .   .  . .      .   .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .       .    T   .       .            .  .  .                        .    AG    .             .   . . .       .     .   . .          TTG         A       .   T   .    . . A                .  A                        .    . .  .          .     T  T . .  .     .   . . .       .     .  .          .  .    ACC            C    .     C     A .    . .  .     .  . .   .     .  . .   .   A .    A          .     .  . .    .      .       .       . .  .                .  . . .  .    .     .  .  .   .      .  .    .         .               .  . .         .        .       .    .   .    .  .              .  .  .     .  .  .  . .     .   .     . .          .   .       .   .  . .      .   .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             .       .    T   .       .            .  .  .                        .    AG    .             .   . . .       .     .   . .          AT          .       .   C   .    . . A                .  A                        .    . .  .          .     T  T . .  .     .   . . .       .     .  .          .  .    CC             .    .     A     . .    . .  .     .  . .   .     .  . .   .   . .    T          .     .  . .    .      .       .       . .  .                .  . . .  .    .     .  .  .   .      .  .    .         .               .  . .         .        .       .    .   .    .  .              .                 .  . .     .   .     . .          .   .       .   .  . .      .   .  .
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A--T-G---ACA-TTTACTATT-T-TTAATTTCAT-CAA-----CCA-ATG--G-A----AAG-GAC--T-GTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gagtgtattcaatggccttgctagaacgtcatttccattcaaaatgtactgaaaTT-AC--G-TCTTA--T-TAGCT-A---TTT-TTA--TATT-T-TTAACTTTAT-TGA-----CCA-ATGAAA-A----AAATAGC--T-ATCCtcaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATG-CAA-TGA-GAATTCCC--TTGTCG------------A-TG--TACCCTCTGACGTTTGTGCGGGCAA---AAAAGGGGA---------------------A-CGCTGAA-TGCAT-GGT-A--GTGT---GT--A-------GCAAACAATG-TAAGTCG-GGCA-C-ATTTTGA----------T--T--------------GTGGTTTCGGG-ACAG-G--C--TGACATGGG--AAAGTTTAG-T-AA-----A-TTT-A-T-----AG------A-AA---TATTGTA---C-ACAC-A--C---A-CACACACACA--CAC-------AC------------TTTC-GA-C-TAC-AACTC-AC-A-AAG-TTT-G-TCAG---C----CAT-CATAG-AA-A-CACT-----AA-------A---ATTTG-C-AG--------------ACA-TT-T-GTAA--AAA---TA---T-AT---T--------TA-TAAA-G
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTGC-AG-A-CATTTGTAAAA-------ATATATTTA-C------------------CG-TTGT-A-AA--AAAAAATGA-TTGAT---T----AAG-AA-TA----TGTGAATA------------GATT--------------T--------A-AGAATTG-CCT-------TGC-TA-TTCAAAGCATCTTT-AA--T-GCTAA--T-TT--T-A---ATA-TTTCCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATG-AA-A----AAG-GAT--T-ACCaatttgcagacatttgtaaaaatatatttaccgttgtaaaaaaaaatgattgattaagaatatgtgaatagatttaagaattgccttgctattcaaagcatctttaatgctaattttaatatttcctatttttaactttatcgaccaatgaaaaaggattacc
gi|3                          : tatgcaatgagaattcccttgtcgatgtaccctctgacgtttgtgcgggcaaaaaaggggaacgctgaatgcatggtagtgtgtagcaaacaatgtaagtcgggcacattttgattgtggtttcgggacaggctgacatgggaaagtttagtaaatttatagaaatattgtacacacacacacacacacacacactttcgactacaactcacaaagtttgtcagccatcatagaaacactaaaatttgcagacatttgtaaaaatatatttataaagaatTATGGCAAATGA-GAAT-CCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GT-CGGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----T-GCAAACAATA-TAACTCA-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-TA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-ACCC---C-CCCCCCCCCC--CCCCAAATCGAC-CATCTC-TG--TTTC-GA-T-CCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTT--C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---TTTAAAAG-TG-TAAA-GTGTATATAGATTAATTGATTGATT-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--A-T-TAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATG-CAAATGA-GAATTCCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GTGC--GGAAGTAAAAGGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAGTGGT-A--GTGTATTGT--A-----TTGC-AACAATATTAACTC--GTCA-CAA-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-TAAA-----A-TCT-ATT-----ATCAAAACA-AA---CATTGGAA-TC-G-TC----C---C-CCCTCGCCCC--TCCCCAATCGAA-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGGAAG-A-CA-T----GAAAT-----A---ATTTATC-AG--------------ACG-TT-TAA-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TGCTAAA-GTGTATATA------------GA-T-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTGACCTA--GCTTTGC-TA-TTTAAAACAAG-TT-ACGTT-TCTAA--TATA--TAA---ATA-TTA-CTATT-TCTTAACTTTAT-CGA-----CCATATGAAAGA----AAG-GGCTTT-ATCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           TG-CAAATGA-GAATTCC---TCGTCG------------A-TG--T--------------GTG-GGGGAAG-AAAAGGGGGGGGGGGGGGGGTTGG-GTGGT-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----CTGCAAACAATA-TAACTCG-GGCA-C-A-----A----------TATT--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-AA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-A--CA--T-CCCCCCCCCC--CCCCAAATCGAC-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCCGAACCC-AC-G-AAG-TTT---TCAGA--T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TG-TAAA-GTGTATATA------------GATT-AA-CAGAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA-------------TACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCCc
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATG-CAAATGA-GGATTCCC--TCGTTG------------A-TG--T--------------GTGCGGGGAAG-AAAAAGGGGGG----------TGGTGTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-G-T-A--GTGTATTGT--A-----TTGCAAACAATA-TAACTCG-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACAT-GG--CAAATTTTG-T-AA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC----------CCCCCACCCC--CCCCAAATCAAC-CATC-C-TG--TTTC-GA-C-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---T----AAG-TG-TAAA-GTGTATATA------------GATT-AA-C-AAAT-CCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A---ATA-TTACCTATT-T-TTAACTTTAT-CGACCTGTCCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCCc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            G-CAAATGA-GAATTCCCA-TCGTCG------------A-TG--T--------------GTG-GGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAAGTGCAG-G-T-A--GTGTATTGT--T-----TGGCAAACAATA-TAA-TCG-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------AA-------GG-ATAG-GTGC--TGACATCGG--CAA------------------------T------TC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-A--CACTC-CACCCCCCAC--CCCCCAATCGAC--ATC-CCTG--TTTC-GA-CCTCC-AACCC-AAAG-AAGGTTTAG-TCAG---A----TAT-GTTGG-AG-A-CATT----GAA-------A----TTTA-CGAG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAAATT-AT---T----AAG-TG-TAAAAGTGTATATA------------GATT-A--C-GAATACC-T--------A-GAAATTG-CCTA--GC-TTGC-TAATTTAAAACAAGTTT-AC--T-TCTAA--T-TA--T-A----TA-TTAC-TATT-T-TTAACTTTAT-CGA-----CCA-ATGAAA-A----AAG-GGC--T-ATCC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTG-CAAATGA-GAAT-CCC--TCGTCG------------A-TG--T--------------GT-CGGGGAAG-AAAAAGGGGG-----------TGG-GTG-T-G-CACTGAA-TGCAG-GGT-A--GTGTATTGT--A-----T-GCAAACAATA-TAACTCA-GGCA-C-A-----A----------T--T--------------A--------GG-ATAG-G--C--TGACATCGG--CAAATTTTG-T-TA-----A-TCT-A-T-----ATC-AAACA-AA---CATTGGAA-TC-GCTC-AC-C---C-CCCCCCCCCC--CCCCAAATCGAC-CATCTC-TG--TTTC-GATC-TCC-AACCC-AC-G-AAG-TTTAG-TCAG---T----TAT-GTTGG-CG-A-CATT----GAA-------A---ATTTA-C-AG--------------ACG-TT-T-A-AA--AAA---TAA-TT-AT---TTTAAAAG-TG-TAAA-GTGTATATAGATTAATTGATTGATT-AA-C-GAATACCAT--------A-CGAATTG-CCTA--GC-TTGC-TA-TTTAAAACAAGTTT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): ATGTCAATGAAATTTCCCATGTTAATTGTATCCTCTGACCCTTGCGA