lowQualScore : 222 1 2222222 11111111111111 111 44444444444444444444444444 22222 666666666666666666666 11 11 111111 111111 4444444444444444444444444444444 11 111111111 22222222222222222222 1111111 999999999999999999999999999 11111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111 111111 4444
lowQualScore : 4 1 88 55 0 222 5 8888888 77777777777777 66666 2 555 2 2 2 88888888888888888888888888 444 777777 33333 2 444 2 33 2 888888888888888888888 2 44 2 11 66 66666 444 222222 444 222222 77 444 3 2 2 2 444 33 2 33 4444444444444444444444444444444 444 00 000000000 00000000000000000000 333 3333333 555555555555555555555555555 2 33 33 2 2 444 444 2 99 2 0 88888888888888888888888888888888888888 555 33 444 2 33 88888888888888888888888 00 444 2 33 222222 44 3333 1 6
lowQualScore : . . .. .. . ... . ....... .............. ..... . ... . . . .......................... ... ...... ..... . ... . .. . ..................... . .. . .. .. ..... ... ...... ... ...... .. ... . . . . ... .. . .. ............................... ... .. ......... .................... ... ....... ........................... . .. .. . . ... ... . .. . . ...................................... ... .. ... . .. ....................... .. ... . .. ...... .. .... . .
lowQualScore : 2 4 66 00 4 222 2 3333333 22222222222222 22222 7 000 5 5 7 55555555555555555555555555 777 777777 44444 7 777 7 44 5 777777777777777777777 4 22 4 88 88 22222 444 555555 777 000000 33 777 4 7 7 7 999 77 7 44 3333333333333333333333333333333 111 33 777777777 00000000000000000000 999 3333333 777777777777777777777777777 5 44 44 5 5 444 444 5 33 7 6 99999999999999999999999999999999999999 111 77 777 5 44 99999999999999999999999 22 444 5 99 555555 66 2222 7 0
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACA--TTAATCCTATTATTTA-----TTTA--------T-----ATTTCAATGGC-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CCAA-A-A--------NT-----TA-------TAT---TTT------ATTT----TTA-A---GCT-AC--TC-CTA-----TATCTGATA----TA-AA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAA-T-----A---TAT------AT---TC---G--AT--ATT---TTA-T-TT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATGCCG-------TAA-----------CAG------GTACAAT---GC-------AAAAT-A-TT--CAAACTCAAAAAAAGT---GT-G--T--C-C-T---GG---T-AA-TATGG-CCTA-----A----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----T------GTA--------TTATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TA--TATAAAAATGAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( gi|3 ) : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACA--GTAATACTATTATTCC-----TTTA--------T-----ATTTCAATGGC-----CTGGAAACA-TA--G-CTT-CCAA-A-A--------TT-----TT-------TAT---TTT------ATTT----GTA-A---GCT-AC--TC-CAT-----TATCTGATACATGTA-AA-TGTA-TTTCAAAGGG-GAAT-T-----A---TAT------AT---TC---G--AT--ATT---TCA-T-TT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G-------TA--------------TT---TTA-CATGCTG-------TAA-----------CAA------GTACAAT---GC-------AAAAT-A-TT--CGAACTCAAAAAAAGTG-CAT-G--T--C-C-T---GG---T-AA-CATGG-CTTA-----A----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----C------GTA--------TTATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CA--TATAAAAATGAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAA
gi|9 : GACAGAC--GGT--ACATTTCCAACA--------------TT-------TTTA--------T-----ATTTCAATGGC-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CCAA-A-C--------AT-----TA-------TAT---TTT------ATTT----TCA-A---GCT-TC--TC-CTA-----TATCTGATA-----A-AA--GTA-TTTCAAAGGG-AAAA-T-----A---TAT------AT---TC---T--AT--ACT---TTA-A-TT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATACCG-------TAA-----------TAG------GTACATT---GC-------AAAAT-A------------------------GT-G--T--C-C-T---GG---T-AA-TATG--------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATG--TA-----T------GTA--------TTATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GA--TATAAAAATGAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
gi|2 : gGACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACA--TTAATCCTATTATTTA-----TTTA--------T-----ATTTCAATAGC-----CTTGAAACA-TT--G-CTT-CCAA-A-A--------AT-----TA-------TATATATTT-------TTT----TCA-A---GCC-TC--TC-CAA-----TATCTGA------TA-AA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAA-C-----A---TAT------AC---TC---A--AA--ATT---TTA-T-TT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G-------TGTTCATCGGGTTTTTTT---TTG-CATGC-G-------TAA-----------T-A------GTACCATATAGG-------AAAATAA-TTCACGAAATC-AAAAAAGTG--GT-A--T--CGC-TGGGGG---T-AATTATGATCCTA-----A----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAG--CC-----T------GTA--------TTGTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTAT-AAAGTGAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|8 : ttaagGACATGC--GGT--ACGTTTACGACA--TAAATCCTATTATT---------TACGAG----T-----ATTTCAATGGC-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CAAA-A-A--------AT-----TA-------TAT---TTT------ACTT----TTA-A---GCT-AC--TC-CTA-----TATTTAATA-AT-------TGTA-TCTCAAGGGG-AAAA-T-----A---TAT------AG---TC---A--CT--ATT---TTA-T-TT-TT-G-AGAAT--TT-AC--ATG----------------C--------------TT---TTG-CATGCCG-------TAA-----------CAG------GTACAAT---GCAAA----AAAAT-A-GT--CAAACTCAAAA-------CGT-G--T--C-C-----------------TGG-CCTA-----A------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAG--TA-----T------GTA--------TTATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----
gi|6 : gGGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT-A--------T-----ATTTTAATGAT-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CCAA-A-A--------AT-----TA-------TAA---TTT------ACTT-----TA-A---AGT-AC--TC-CTA-----TATCTGATATATGTA---------TTGCAAAGGA--AAC-T-----A---TAT------AT---TTT--A--AT--ATT---TTA-T-TT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---TTA-CATTTCG-------TAAA----------CAAA-----GTACAAT---GC-------AAAA--A-T---------------AAGTG--------T--C-C-T---TG---TTAA-TATGG-TTTA-----A----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----T------GTAAC------TTA-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TA--TATAGAAGTGt
gi|10 : ttgaagGACATAC--GCT--ACGATTCCGACA--TTAATCC----ATTTT-----TTT----------------TTTCAATGGC-----CTGGAAACA-T-------T-ATAG-A-----------------CG-------TAG---TTT------ATTT----TCA-A---GTT-AC--TC-CTA-----TATCTGATA-------AG-TGCA-TTTCAAAGGG-AAAA-T-----AAACTAT------AT---TC---G--AT--ATT---TTA-T-TT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G-------T---------------TT---TTG-CAAGCCG-------TAA-----------CAG------GTACAAT---GC-------AGAAT--------------------AGTGTCAG-G---------T---GG---T-AA-TAGGG-CTT-----------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TA--TATAAAGATGGGGGGAA--ATACTGCCTGTCCT
gi|12 : GACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACA--TTAATCTTATTATCTA-----TTTACATGTGTAT-----ATTTCAATGGC-----TAGAAAACG-TT--G-CTT-CCAA-A-A--------AT-----TA-------TAT---TTT------ATTTTTAAGTA-A---GCT-AA--TC-CTA-----TATTTGA------TA-AA-TGTATTTTCAAAGGG-AAA--T-----A---TAT------AT---TC---A--AA--GTT---TTATT-TT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATGCCA-------TAA-----------CAGGTACATGTACAAT---GC-------AAAAT-A-TT--C
gi|18 : aggGACATAT--GGT--ACATTTCCTACA--ATTATCCTATTATTTA-----TTTA--------TTATATATTTCAATGGC-----CTGGAAACATTA--G--------------------------------------AT---TTT------ATTT----TTA-A---GCT-AC--TC-C----------------TATGTA-A--------TTCAAAGGA-AAAA-T-----A---CAT------a
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACA--TTAATCCTATTATTTA-----TTTA--------T-----ATTTCAAAGGC-----CTG---ACA-TA--GACTT-ggttttgaatgctgta
gi|1 : taagGACAGATCTGGTTCACATTTCCGACA---------TA--ATTCC-----TATA--------T-----A----AATTGCGGATTTTTGAGATA-TT--G-CTTACCGA-ATA--------TT-----TTAATGTCCTCT---TCC------ATTT-----TA-ATACACTTAC--TC-CCTCCTAATATCTGTTACGCATA-AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAAA-T-----A---TAT------AT---TC---GTCAT--GTTGTGTAA-T-TT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------GTCCTTCCTA--------------TTGCCTCA-TTTGCCGGGAACGTTAATCATTTTTTTACAA--------ACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTT--CAAAACTAAAAAAGGTT-GAT-GGTT--C-CTT---GG---T-AG-TATCT-CTAA-----AGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTTTATTTGCC------ATT--------TCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATA--TATAAAAATGAGGAA---TGTATTgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|15 : aggCATAC--ATT--ACGTTCCCGACA--TTAATCCTTTTATCTA-----TTTA--------T-----ATTCCAATGGC-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CTAA-A-A--------AT-----TA-------TCT---CTT------ATTT----TTA-A---GCC-AC--TC-C-------TATAT--TAGA--TA-AA-TGTA-TTGC--AGG-------T-----A---TAT------AT---T
gi|4 : agaaGACA-GGT--ACGTTTCCGACA--TTAATCATATTAGTTA-----TATA--------C-----ATTTCAATGGC-----CTGGAAACA-TAATG-CTT-CCAA-A-AATGATACATG-----TG-------TAT---TTT------GTTT-----TA-A---GCT-AC--TC-CTA-----TATTTGA-----G-A-AA-TATA-TTTCAAAGGG-AAAA-T-----A---TAT------AT---AC---G--AT--ATT---TTA-T-TT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G-------C---------------CT---TTG-CATGCCG-------TAA-----------CAG------GTACAAT---GC-------AAAAT-A-TT--CAAATTCAAA------C-CTT-G--T--C-C-T---GG---T-AA-TATGA-CCTA-----A-----TT--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----T------GTACATATTTGTTATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TA--TATGAAAATGAGGAatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|26 : tcctcaagagaagacagatgGACA--TTAATCCTACTATGTAATAAATTTA--------T-----ATTTCAATGGC-----CTGGAAAC
gi|13 : AATTCTATTGTTTA-----TTTA--------T-----ATTTCAATTAC-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CCAA-A-----------------CT-------TAT---TTT------ATTT----TTA-A---GCT-AC--TC-CTA-----TATCTG-----T-TA-AA-TGTA-TATCAAAGGG-AAAA-T-----A---CAT------AT---TC---A--AT--ATT---TTA-T-TT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---CTG-CATGCCA-------TAA-----------CAG------GTACCAT---GC-------AAACT-A-TT--CAAACTCAAAAA-------GT-G--T--C-C-T---GG---T-AA-TATGG-CCTA-----A----TTT--TT------------TT-----TTTCAc
gi|11 : -----TTTA--------T-----ATTTCAATGGC-----CTAGATACA-TT--G-CTT-CCAA-A-AA-------TTATACATG-------TAT---TTT------ATTT----TTA-A---GCT-AC--T---------------GATA-------AA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAA-T-----G---TATCCCGGTAT---TC---G--AT--ATT---TTA-T-TTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G-------TA--------------TT-----AGCAGGCCG-------TAA-----------CAG------GTACAAT---GC-------AAAAT-A-TT--CAACCTCTTAAAA-------T-G--T--T-C-T---TG---T-AA-TATGG-CCTG-----A----TTA--TT------------TT-----T-GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----C-----------------------AA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CA--TATAAAAATGAGG
gi|23 : ccgacataTTA--------G-----ATTTTAATGGC-----CTGGAAACA-TT--G-CTT-CCAA-A-A--------CT-----TA-------TAT---TTT------ATTT----TTA-A---ACT-AC--TCATATC----TATCT--TA---ATA-AA-TGTA-TTTCAAAGG
gi|7 : aTTTCAAAGG---------GAAATA-TA--T-ATT-C--A-A-A--------GT-----TT-------TAT---TTTTTTAGCATTT----ACATG---GTT-TT--TG-CATGCCA-TAACAGGTACATGTACAA-TG------CAAA---------------A---TATTCAA--AC---TC---A--ATCAATT---TCC-TCTN-NN-N-NNNNN--NN-NN--NNN-------N-------NN--------------NN---NNN-NNNNNNN-------NNN-----------NNN------NNNNNNN---NN-------NNNNN-N-NN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N--T--C-C-T---CT---T-AA-TATGG----------A----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAG--TA-----T------GTA--------TTATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TA--TATAAAAATGAGGA-------ACTGTCTGTCCTT
gi|5 : at--G-CTT-CCAACA-A--------TT-----AAAA-----TAT---TTT------ATCT----TTA-A---GTT-ACATTC-CTA-----TGTCTGATA-AT-------TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT-TTCAAAA---TAT------ATGTATCATAG--GTCTATT---TCA-T-TT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG-------TT--------------TT---TTCTCATGCCG-------TAA-----------CAT------GTACAAT---GT-------AAAAC-A-TT--CAAAGTCGAAA--------GT-G--T--C-C-T---GG---T-AA-TATGG-CTTATTATTA----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAA--AA-----T------GT---------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TA--TATAAACATGAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTG
gi|19 : tt--TC-CTT-----TATCTA------GTA-AA-AATA-TTTCAAAGGG-AAAA-T-----A---TAT------AT---TT---G--AT--ATT---TTA-T-TT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATGTCG-------TAA-----------CAC------GTACAAT---GCA------AAAAT-A-Tatta
gi|14 : -----TATCTGAT-----TA-A--TGTA-TTTCAAAGGG-AAATAT-----A---TAT------AT---TT---C--AT--ATT---TCA-T-TT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATTTCG-------TAA-----------CAA------GTACAAT---GC-------AAAAT-------------------AAG-----T-G--T--C-C-T---GG---T-AA-TATGG-TTTA-----A----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----T------GTA--------ATATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TA--TATAGAAGTGAGGAAC
gi|16 : ctta--AT--ACT---TTA-T-TT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATGC---------------------------------------------------AAAAT-A-CT--CAAACTCAAAGG--------T-G--T--C-C-T---GG---C-AA-TATGG-TCTA-----A----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----T------GTA--------CTATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TA--TATAGAACTGATGAAC---GTACCGTGTGTCCT
gi|24 : --ATG-------G-------T---------------TT---TTG-CATGCCG-------TAATATAA------CAC------TTGCAAT---GC-------AAAAT-G-TT--TCATGTCAAAAA-------GT-T--T--C-C-T---GG---T-
gi|17 : --------------TT---TT--CATGCCG-------TAA-----------CAG------GTACAGT---GC-------AAAAT-A-TC--CAAACTAAAAAAAAGT--CATGG--TAAT-T-T---GGGCTT-TA-TTTGG-CCTAC----A----TTT--TT------------TT-----T
gi|25 : G-------TAA-----------CAA------GTACAAT---GC-------AAAAT-A------------------AGTG--------T--C-C-T---GT---T-AA-TATGG-TTTA-----A----TTT--GT------------TT-----Tctcaatttatatttatttatttattggttgcataaacgtgttttgatgcaaatatgtatttaaattcgaagaaaa
gi|17 : TTT-----A----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAA--TA-----T------GTA--------TT---TAA---A--TTCG-AAGAAAA--catcaata
gi|22 : ttttcatgccgtaacaggtacagtgcaaaatatccaaactaaaaaaaagtcatggtaatttgggctttatttggcctacattttttttctcaatttata------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG--TA-----CCGGTATGTA--------TTATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CA--CATAAAAATGAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|20 : CATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAA--TA-----T------GTA--------TTATACAA---ACTTTCA-AGG
gi|15 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctgaT-GCAGG--TA-----T------ATA--------TTATACAA---ACTTTCG-AG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 111111111111 22222222222222 1111111 111111 111111111111111 1111111 1111111 1111111 55555555555555555555555555 111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222
lowQualScore : 0 77 44 33 66666 000000000000000 33 2 1 99999999 444 777777777777 9999 2 33 77777777 88888888888888 2 2 0000000 444 666666 2 000000 33 444 5 2 444 33 2 33 7777777 444444444444444 55 4444 333 33 33 2222222 4 6666666 77777777 333 2222222 2 88888888888888888888888888 33 1 55 444 222222222 33 333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 33 444 2 666666 44444444444444 33 444 2 33 77777 3 44 0000
lowQualScore : . .. .. .. ..... ............... .. . . ........ ... ............ .... . .. ........ .............. . . ....... ... ...... . ...... .. ... . . ... .. . .. ....... ............... .. .... ... .. .. ....... . ....... ........ ... ....... . .......................... .. . .. ... ......... .. ... .......................................................... . .. ... . ...... .............. .. ... . .. ..... . .. ....
lowQualScore : 4 99 66 99 77777 444444444444444 44 7 9 77777777 777 999999999999 3333 7 44 55555555 44444444444444 2 4 0000000 111 888888 5 555555 44 444 0 5 888 44 5 22 6666666 777777777777777 66 7777 999 11 11 1111111 2 8888888 66666666 777 6666666 1 22222222222222222222222222 44 9 66 111 555555555 44 777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 44 444 4 888888 44444444444444 22 111 4 77 11111 1 22 6666
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCA--AACTCAAAAAA-GT-----G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( family-5171 ) : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAANT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCA--AACTCAAAAAAAGT-----G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
gi|1 : GACAGATCTGGTTCACATTTCCGACATAA--TTCCTAT-ATAAA-----TTG----CG--------GATTT--------TTGAGATAT--TGCTTACCGAATAT--------TT---TAATGTCCTCT---TCCATTTTAA--TACACTTAC--TCCCTCCTAA--TATCTGTTACGCATA-----AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAA-------ATA---TAT------AT-TC---GTCAT--GTTGTGTAA-TTT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------G---------------TCCTTCCTATTGCCTC--ATTTGCCGGGAACGTTAATCAT------TTTTTTACAAACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTTCA--AAACTAAAAAAGGTTGATGG--TTCC--TT---GGTAG---------TAT-----CTCTA------------------------AAGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTT------TATTTGCCA--------TTTCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTA
gi|10 : aggGACATAC--GCT--ACGATTCCGACATTA--ATCC----ATTTT-----TT-----T-----------TTTCAATGGCCTGGAAACAT--TAT------AGAC----------G---TA--------G---TTTATTTT----CAAGTT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA------AGTGCA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATAAACTAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G---------------T--TT----TTG---C--A--AGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AGAAT-A--------------------------G--TGTCAGGT---GGTAA---------TAG--GG-C-TT-------------------------------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TATATA-AAGATGGGGGGAA----ATACTGCCTGTCCTtt
gi|11 : TA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTAGATACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TACATGTA--T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--T----------------G------ATA------AATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATG---TATCCCGGTAT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G---------------T--AT----TAG---C--A--GGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCA--ACCTCTTAAAA-----------TGTT--CT---TGTAA---------TAT--GG-C-CTG------------------------A------TT--AT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG------------------------------TACAA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGG
gi|12 : ccgacaGACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACATTA--ATCTTATTATCTA-----TT-----TACATGTGTATATTTCAATGGCTAGAAAACGT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTTTAAGTAAGCT-AA--TCCT-----A--TATTTG--------A----TAAATGTATTTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCA--
gi|13 : aggA--ATTCTATTGTTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATTACCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAA-CT--------TA---T-------------TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG-------T-----TAAATGTA-TATCAAAGGG-AAA-------ATA---CAT------AT-TC---A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----CTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAG------GT--------ACCAT---GC-------AAACT-A-TTCA--AACTCAAAAA---------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTTCA
gi|14 : CTT-----A--TATCTG------AT-----TAA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT------ATA---TAT------AT-TT---C--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TTTCG-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A----A---------------------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------AT--ATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TATATA-GAAGT--GAGGAAC--
gi|15 : ACATAC--ATT--ACGTTCCCGACATTA--ATCCTTTTATCTA-----TT-----TA--------TATTCCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CTAAAAAT--------TA---TC--------T---CTTATTTT----TAAGCC-AC--TCCT-----A--TATT--------AGA----TAAATGTA-TTGC--AGG-------------TA---TAT------AT-T
gi|15 : agaT-GCAGGTA------TAT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCG-AGatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|16 : agaacatacattacgttcccgacattaatccttttatctatttatattccaatggcctggaaacattgcttctaaaaattatctcttatttttaagccactcctatattagataaatgtat--AT--ACTTT---A-TTT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGC-------------------------------------------------AAAAT-A-CTCA--AACTCAAAG----------G--TGTC--CT---GGCAA---------TAT--GG-T-CTA------------------------A-----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------CT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-GAACT--GATGAAC---GTACCGTGTGTCCTtccttaaattcgactttcata
gi|17 : T----TTT---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAGT---GC-------AAAAT-A-TCCA--AACTAAAAAAAAGT-----------C--AT---GGTAATTTGGGCTTTATTTGG-C-CTACATTTTTTTTCTCAATTTATATTTA-----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT-----TAA---A--TTCG-AAGAAAA--
gi|18 : GACATAT--GGT--ACATTTCCTACAATT--ATCCTATTATTTA-----TTTATTATA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACA----------------T--------TA---GA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT------------------------------ATGTA-ATTCAAAGGA-AAA-------ATA---CAT------
gi|19 : ttaag--TCCT-----T--TATCTA------GTA----AAAAT--A-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TT---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGTCG-------TAA-CAC------GT--------ACAAT---GCA------AAAAT-A-Tggttttgaatgctgta
gi|2 : GACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATAGCCTTGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------TATATTT-TTTT----CAAGCC-TC--TCCA-----A--TATCTG--------A----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ACA---TAT------AC-TC---A--AA--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------GTGTTCATCGGGTTTTT--TT----TTG---C--A--TG-CG-------TAA-TA-------GT--------ACCATATAGG-------AAAATAA-TTCACGAAATC-AAAAAAGTG----G--TATCG-CTGGGGGTAAT--------TAT--GATC-CTA------------------------A-----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAGCC------TGT-----A--------TT--GTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTATAAAGT--GAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAAAGGCCTG---ACAT--
gi|20 : taagCATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCA-AGGagacttgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|22 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctga------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTACCGGTATGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CACATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|23 : T-----TA--------GATTTTAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAACT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAACT-AC--TCAT-----ATCTATCTT------A-A----TAAATGTA-TTTCAAAGG
gi|24 : a--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCGTAATA--TAA-CAC------TT--------GCAAT---GC-------AAAAT-G-TTTC--ATGTCAAAAA---------G--TTTC--CT---GGT
gi|25 : G-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A------------------AGT-----G--T--C--CT---GTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATA
gi|26 : GACATTA--ATCCTACTATGTAATAAATT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC
gi|3 : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACAGTA--ATACTATTATTCC-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--AGCTT-CCAAAATT--------TT---TA--------T---TTTATTTG----TAAGCT-AC--TCCA-----T--TATCTG------ATACATGTAAATGTA-TTTCAAAGGG-GAA-------TTA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------TA-TT----TTA---C--A--TGCTG-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCG--AACTCAAAAAAAGT-----GCATGTC--CT---GGTAA---------CAT--GG-C-TTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------CGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAAc
gi|4 : GATGGACA-GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCATATTAGTTA-----TA-----TA--------CATTTCAATGGCCTGGAAACATAATGCTT-CCAAAAATGATACATGTG---TA--------T---TTTGTTTT-----AAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTG------AGA------AATATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-AC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------C--CT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCA--AATTCAAAC----C-----T--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GA-C-CTA------------------------A-----TTT--TA------------TT-----T-GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----ACATATTTGTT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATG-AAAAT--GAGGA
gi|5 : tcctcaagagaagacaT--TGCTT-CCAACAAT--------TAAAATA--------T---TTTATCTT----TAAGTT-ACATTCCT-----A--TGTCTG------ATA------ATTGTA-TTTCAAAGGG-AAATTTCAAAATA---TAT------GTATCATAG--GTCTATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG---------------T--TT----TTT---CTCA--TGCCG-------TAA-CAT------GT--------ACAAT---GT-------AAAAC-A-TTCA--AAGTCGAAA----------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-TTATTATT-------------------A-----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAAAA------TGT----------------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TATATA-AACAT--GAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTGA
gi|6 : GGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT------A--------TATTTTAATGATCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------A---TTTACTTT----AAAG-T-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TA--TGTA-TTGCAAAGG--AAA-------CTA---TAT------AT-TTT--A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTA---C--A--TTTCG-------TAAACAAA-----GT--------ACAAT---GC-------AAAA--A-T---------------AAGT-----G--T-CC--TT---GTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----AAC------TT--A-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TATATA-GAAGT--Gatta
gi|7 : ttgaag-TTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-TTCA--AACTCAA
gi|7 : atTC--CT---CTTAA---------TAT--GG------------------------------A-----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--T-----GTCTGTCCTTtcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcctcttaatatggacctttttttgcataaacatgtgttgatgcaagtatgtattatacaaaatttcgaggaaaattatataaaaatgaggaactgtctgtcctt
gi|8 : attttcaaagggaaatatatattcaaagttttatttttttagcatttacatggtttttgcatgccataacaggtacatgtacaatgcaaaatattcaaactcaatcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGC--GGT--ACGTTTACGACATAA--ATCCTATTATTTA-----CG-----AG--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CAAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTACTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTA--------A----TAATTGTA-TCTCAAGGGG-AAA-------ATA---TAT------AG-TC---A--CT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGAAT--TT-AC--AT--------G---------------C--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GCAAA----AAAAT-A-GTCA--AACTCAAAA----C-----G--TGTC--C--------------------T--GG-C-CTA------------------------A-------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAGTA------TGT-----A--------TT--ATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----T
gi|9 : gGACAGAC--GGT--ACATTTCCAACATT---------------------TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAACAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----CAAGCT-TC--TCCT-----A--TATCTG------ATA-----AAA-GTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---T--AT--ACTTT---A-ATT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TACCG-------TAA-TAG------GT--------ACATT---GC-------AAAAT-A--------------------------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--G-----------------------------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111 22222222222222 1111111 111111 111111111111111 1111111 1111111 1111111 555555555555555555555555555 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222
lowQualScore : 0 77 44 33 66666 000000000000000 33 2 0 99999999 444 77777777 444 9999 2 33 77777777 88888888888888 2 2 0000000 444 666666 2 000000 33 444 5 2 444 33 2 33 7777777 444444444444444 55 4444 333 33 33 2222222 4 6666666 77777777 333 2222222 2 222222222222222222222222222 33 0 55 444 222222222 33 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2 33 444 2 666666 44444444444444 33 444 2 33 77777 3 44 0000
lowQualScore : . .. .. .. ..... ............... .. . . ........ ... ........ ... .... . .. ........ .............. . . ....... ... ...... . ...... .. ... . . ... .. . .. ....... ............... .. .... ... .. .. ....... . ....... ........ ... ....... . ........................... .. . .. ... ......... .. ... ........................................................ . . .. ... . ...... .............. .. ... . .. ..... . .. ....
lowQualScore : 4 99 66 99 77777 444444444444444 44 7 2 77777777 777 33333333 777 3333 7 44 55555555 44444444444444 2 4 0000000 111 888888 5 555555 44 444 0 5 888 44 5 22 6666666 777777777777777 66 7777 999 11 11 1111111 2 8888888 66666666 777 6666666 1 666666666666666666666666666 44 4 66 111 555555555 44 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 44 444 4 888888 44444444444444 22 111 4 77 11111 1 22 6666
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAAA--------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( family-5171 ) : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAAA-GT-----G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
gi|1 : GACAGATCTGGTTCACATTTCCGACATAA--TTCCTAT-ATAAA-----TTG----CG--------GATTT--------TTGAGATAT--TGCTTACCGAATAT--------TT---TAATGTCCTCT---TCCATTTTAA--TACACTTAC--TCCCTCCTAA--TATCTGTTACGCATA-----AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAA-------ATA---TAT------AT-TC---GTCAT--GTTGTGTAA-TTT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------G---------------TCCTTCCTATTGCCTC--ATTTGCCGGGAACGTTAATCAT------TTTTTTACAAACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTTCAA--AACTAAAAAAG-GTTGATGG--TTCC--TT---GGTAG---------TAT-----CTCTA------------------------AAGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTT------TATTTGCCA--------TTTCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTA
gi|10 : aggGACATAC--GCT--ACGATTCCGACATTA--ATCC----ATTTT-----TT-----T-----------TTTCAATGGCCTGGAAACAT--T-------ATAGAC---------G---TA--------G---TTTATTTT----CAAGTT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA------AGTGCA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATAAACTAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G---------------T--TT----TTG---C--A--AGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AGAAT-A---------------------------G--TGTCAGGT---GGTAA---------TAG--GG-C-TT-------------------------------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TATATA-AAGATGGGGGGAA----ATACTGCCTGTCCTtt
gi|11 : TA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTAGATACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TACATGTA--T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--T----------------G------ATA------AATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATG---TATCCCGGTAT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G---------------T--AT----TAG---C--A--GGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--ACCTCTTAAAA-----------TGTT--CT---TGTAA---------TAT--GG-C-CTG------------------------A------TT--AT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG------------------------------TACAA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGG
gi|12 : ccgacaGACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACATTA--ATCTTATTATCTA-----TT-----TACATGTGTATATTTCAATGGCTAGAAAACGT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTTTAAGTAAGCT-AA--TCCT-----A--TATTTG--------A----TAAATGTATTTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--
gi|13 : aggA--ATTCTATTGTTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATTACCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAA--C--------T----TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG-------T-----TAAATGTA-TATCAAAGGG-AAA-------ATA---CAT------AT-TC---A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----CTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAG------GT--------ACCAT---GC-------AAACT-ATTC--A--AACTCAAAAA---------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTTCA
gi|14 : CTT-----A--TATCTG------AT-----TAA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT------ATA---TAT------AT-TT---C--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TTTCG-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----A---------------------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------AT--ATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TATATA-GAAGT--GAGGAAC--
gi|15 : ACATAC--ATT--ACGTTCCCGACATTA--ATCCTTTTATCTA-----TT-----TA--------TATTCCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CTAAAAAT--------TA---TC--------T---CTTATTTT----TAAGCC-AC--TCCT-----A--TATT--------AGA----TAAATGTA-TTGC--AGG-------------TA---TAT------AT-T
gi|15 : agaT-GCAGGTA------TAT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCG-AGatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|16 : agaacatacattacgttcccgacattaatccttttatctatttatattccaatggcctggaaacattgcttctaaaaattatctcttatttttaagccactcctatattagataaatgtat--AT--ACTTT---A-TTT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGC-------------------------------------------------AAAAT-ACTC--A--AACTCAAAG----------G--TGTC--CT---GGCAA---------TAT--GG-T-CTA------------------------A-----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------CT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-GAACT--GATGAAC---GTACCGTGTGTCCTtccttaaattcgactttcata
gi|17 : T----TTT---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAGT---GC-------AAAAT-ATCC--A--AACTAAAAAAA-A----------GTC--AT---GGTAATTTGGGCTTTATTTGG-C-CTACATTTTTTTTCTCAATTTATATTTA-----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT-----TAA---A--TTCG-AAGAAAA--
gi|18 : GACATAT--GGT--ACATTTCCTACAATT--ATCCTATTATTTA-----TTTATTATA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC----------------AT--------TA---GA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT------------------------------ATGTA-ATTCAAAGGA-AAA-------ATA---CAT------
gi|19 : ttaag--TCCT-----T--TATCTA------GTA----AAAAT--A-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TT---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGTCG-------TAA-CAC------GT--------ACAAT---GCA------AAAAT-ATggttttgaatgctgta
gi|2 : GACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATAGCCTTGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------TATATTT-TTTT----CAAGCC-TC--TCCA-----A--TATCTG--------A----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ACA---TAT------AC-TC---A--AA--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------GTGTTCATCGGGTTTTT--TT----TTG---C--A--TG-CG-------TAA-TA-------GT--------ACCATATAGG-------AAAATAATTC--ACGAAATCAAAAAA-GTG----G--TATCG-CTGGGGGTAAT--------TAT--GATC-CTA------------------------A-----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAGCC------TGT-----A--------TT--GTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTATAAAGT--GAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAAAGGCCTG---ACAT--
gi|20 : taagCATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCA-AGGagacttgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|22 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctga------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTACCGGTATGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CACATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|23 : T-----TA--------GATTTTAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAACT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAACT-AC--TCAT-----ATCTATCTT------A-A----TAAATGTA-TTTCAAAGG
gi|24 : a--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCGTAATA--TAA-CAC------TT--------GCAAT---GC-------AAAAT-GTTT--C--ATGTCAAAAA---------G--TTTC--CT---GGT
gi|25 : G-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A------------------A-GT-----G--T--C--CT---GTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATA
gi|26 : GACATTA--ATCCTACTATGTAATAAATT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC
gi|3 : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACAGTA--ATACTATTATTCC-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--AGCTT-CCAAAATT--------TT---TA--------T---TTTATTTG----TAAGCT-AC--TCCA-----T--TATCTG------ATACATGTAAATGTA-TTTCAAAGGG-GAA-------TTA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------TA-TT----TTA---C--A--TGCTG-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--G--AACTCAAAAAAAGT-----GCATGTC--CT---GGTAA---------CAT--GG-C-TTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------CGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAAc
gi|4 : GATGGACA-GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCATATTAGTTA-----TA-----TA--------CATTTCAATGGCCTGGAAACATAATGCTT-CCAAAAATGATACATGTG---TA--------T---TTTGTTTT-----AAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTG------AGA------AATATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-AC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------C--CT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AATTC---AAA-CC-----T--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GA-C-CTA------------------------A------TT--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----ACATATTTGTT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATG-AAAAT--GAGGA
gi|5 : tcctcaagagaagacaT--TGCTT-CCAACAAT--------TAAAATA--------T---TTTATCTT----TAAGTT-ACATTCCT-----A--TGTCTG------ATA------ATTGTA-TTTCAAAGGG-AAATTTCAAAATA---TAT------GTATCATAG--GTCTATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG---------------T--TT----TTT---CTCA--TGCCG-------TAA-CAT------GT--------ACAAT---GT-------AAAAC-ATTC--A--AAGTCGAAA----------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--GG-C-TTATTATT-------------------A-----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAAAA------TGT----------------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TATATA-AACAT--GAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTGA
gi|6 : GGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT------A--------TATTTTAATGATCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------A---TTTACTTT----AAAG-T-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TA--TGTA-TTGCAAAGG--AAA-------CTA---TAT------AT-TTT--A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTA---C--A--TTTCG-------TAAACAAA-----GT--------ACAAT---GC-------AAAA--AT----------------AA-GT-----G--T-CC--TT---GTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----AAC------TT--A-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TATATA-GAAGT--Gatta
gi|7 : ttgaag-TTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAA
gi|7 : atTC--CT---CTTAA---------TAT--GG------------------------------A-----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--T-----GTCTGTCCTTtcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcctcttaatatggacctttttttgcataaacatgtgttgatgcaagtatgtattatacaaaatttcgaggaaaattatataaaaatgaggaactgtctgtcctt
gi|8 : attttcaaagggaaatatatattcaaagttttatttttttagcatttacatggtttttgcatgccataacaggtacatgtacaatgcaaaatattcaaactcaatcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGC--GGT--ACGTTTACGACATAA--ATCCTATTATTTA-----CG-----AG--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CAAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTACTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTA--------A----TAATTGTA-TCTCAAGGGG-AAA-------ATA---TAT------AG-TC---A--CT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGAAT--TT-AC--AT--------G---------------C--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GCAAA----AAAAT-AGTC--A--AACTCAAAA----C-----G--TGTC--C--------------------T--GG-C-CTA------------------------A-------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAGTA------TGT-----A--------TT--ATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----T
gi|9 : gGACAGAC--GGT--ACATTTCCAACATT---------------------TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAACAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----CAAGCT-TC--TCCT-----A--TATCTG------ATA-----AAA-GTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---T--AT--ACTTT---A-ATT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TACCG-------TAA-TAG------GT--------ACATT---GC-------AAAAT-A---------------------------G--TGTC--CT---GGTAA---------TAT--G-----------------------------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111 22222222222222 1111111 111111 111111111111111 1111111 1111111 1111111 222222222222 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222
lowQualScore : 0 77 44 33 66666 000000000000000 33 2 0 99999999 444 77777777 444 9999 2 33 77777777 88888888888888 2 2 0000000 444 666666 2 000000 33 444 5 2 444 33 2 33 7777777 444444444444444 55 4444 333 33 33 2222222 4 6666666 77777777 333 2222222 2 111111111111 0 66666666666 444 33 55 444 2 222222222 33 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2 33 444 2 666666 44444444444444 33 444 2 33 77777 3 44 0000
lowQualScore : . .. .. .. ..... ............... .. . . ........ ... ........ ... .... . .. ........ .............. . . ....... ... ...... . ...... .. ... . . ... .. . .. ....... ............... .. .... ... .. .. ....... . ....... ........ ... ....... . ............ . ........... ... .. .. ... . ......... .. ... ........................................................ . . .. ... . ...... .............. .. ... . .. ..... . .. ....
lowQualScore : 4 99 66 99 77777 444444444444444 44 7 2 77777777 777 33333333 777 3333 7 44 55555555 44444444444444 2 4 0000000 111 888888 5 555555 44 444 0 5 888 44 5 22 6666666 777777777777777 66 7777 999 11 11 1111111 2 8888888 66666666 777 6666666 1 111111111111 1 66666666666 111 22 66 111 4 555555555 44 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 44 444 4 888888 44444444444444 22 111 4 77 11111 1 22 6666
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTC-AAAAAG-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( family-5171 ) : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAAAG-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
gi|1 : GACAGATCTGGTTCACATTTCCGACATAA--TTCCTAT-ATAAA-----TTG----CG--------GATTT--------TTGAGATAT--TGCTTACCGAATAT--------TT---TAATGTCCTCT---TCCATTTTAA--TACACTTAC--TCCCTCCTAA--TATCTGTTACGCATA-----AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAA-------ATA---TAT------AT-TC---GTCAT--GTTGTGTAA-TTT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------G---------------TCCTTCCTATTGCCTC--ATTTGCCGGGAACGTTAATCAT------TTTTTTACAAACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTTCAA--AACTAAAAAAGG-----TTGATGG---TTCC--TT---GGT-AG---------TAT-----CTCTA------------------------AAGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTT------TATTTGCCA--------TTTCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTA
gi|10 : aggGACATAC--GCT--ACGATTCCGACATTA--ATCC----ATTTT-----TT-----T-----------TTTCAATGGCCTGGAAACAT--T-------ATAGAC---------G---TA--------G---TTTATTTT----CAAGTT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA------AGTGCA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATAAACTAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G---------------T--TT----TTG---C--A--AGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AGAAT--------------------AG-----T-----G---T--CAGGT---GGT-AA---------TAG--GG-C-TT-------------------------------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TATATA-AAGATGGGGGGAA----ATACTGCCTGTCCTtt
gi|11 : TA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTAGATACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TACATGTA--T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--T----------------G------ATA------AATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATG---TATCCCGGTAT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G---------------T--AT----TAG---C--A--GGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--ACCTCTTAAAA------T-----G---T--T--CT---TGT-AA---------TAT--GG-C-CTG------------------------A------TT--AT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG------------------------------TACAA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGG
gi|12 : ccgacaGACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACATTA--ATCTTATTATCTA-----TT-----TACATGTGTATATTTCAATGGCTAGAAAACGT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTTTAAGTAAGCT-AA--TCCT-----A--TATTTG--------A----TAAATGTATTTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--
gi|13 : aggA--ATTCTATTGTTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATTACCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAA--C--------T----TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG-------T-----TAAATGTA-TATCAAAGGG-AAA-------ATA---CAT------AT-TC---A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----CTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAG------GT--------ACCAT---GC-------AAACT-ATTC--A--AACTC-AAAAAG-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTTCA
gi|14 : CTT-----A--TATCTG------AT-----TAA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT------ATA---TAT------AT-TT---C--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TTTCG-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-------------------AAG-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------AT--ATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TATATA-GAAGT--GAGGAAC--
gi|15 : ACATAC--ATT--ACGTTCCCGACATTA--ATCCTTTTATCTA-----TT-----TA--------TATTCCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CTAAAAAT--------TA---TC--------T---CTTATTTT----TAAGCC-AC--TCCT-----A--TATT--------AGA----TAAATGTA-TTGC--AGG-------------TA---TAT------AT-T
gi|15 : agaT-GCAGGTA------TAT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCG-AGatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|16 : agaacatacattacgttcccgacattaatccttttatctatttatattccaatggcctggaaacattgcttctaaaaattatctcttatttttaagccactcctatattagataaatgtat--AT--ACTTT---A-TTT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGC-------------------------------------------------AAAAT-ACTC--A--AACTCAAAG--G-----T-----G---T--C--CT---GGC-AA---------TAT--GG-T-CTA------------------------A-----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------CT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-GAACT--GATGAAC---GTACCGTGTGTCCTtccttaaattcgactttcata
gi|17 : T----TTT---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAGT---GC-------AAAAT-ATCC--A--AACTAAAAAAAA-----------G---T--C--AT---GGT-AATTTGGGCTTTATTTGG-C-CTACATTTTTTTTCTCAATTTATATTTA-----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT-----TAA---A--TTCG-AAGAAAA--
gi|18 : GACATAT--GGT--ACATTTCCTACAATT--ATCCTATTATTTA-----TTTATTATA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC----------------AT--------TA---GA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT------------------------------ATGTA-ATTCAAAGGA-AAA-------ATA---CAT------
gi|19 : ttaag--TCCT-----T--TATCTA------GTA----AAAAT--A-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TT---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGTCG-------TAA-CAC------GT--------ACAAT---GCA------AAAAT-ATggttttgaatgctgta
gi|2 : GACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATAGCCTTGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------TATATTT-TTTT----CAAGCC-TC--TCCA-----A--TATCTG--------A----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ACA---TAT------AC-TC---A--AA--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------GTGTTCATCGGGTTTTT--TT----TTG---C--A--TG-CG-------TAA-TA-------GT--------ACCATATAGG-------AAAATAATTC--ACGAAATCAAAAAAG-----T-----GGTAT--CG-CTGGGGGT-AAT--------TAT--GATC-CTA------------------------A-----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAGCC------TGT-----A--------TT--GTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTATAAAGT--GAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAAAGGCCTG---ACAT--
gi|20 : taagCATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCA-AGGagacttgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|22 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctga------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTACCGGTATGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CACATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|23 : T-----TA--------GATTTTAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAACT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAACT-AC--TCAT-----ATCTATCTT------A-A----TAAATGTA-TTTCAAAGG
gi|24 : a--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCGTAATA--TAA-CAC------TT--------GCAAT---GC-------AAAAT-GTTT--C--ATGTC-AAAAAG-----T-----T---T--C--CT---GGT-
gi|25 : G-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A------------------AG-----T-----G---T--C--CT---GTT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATA
gi|26 : GACATTA--ATCCTACTATGTAATAAATT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC
gi|3 : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACAGTA--ATACTATTATTCC-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--AGCTT-CCAAAATT--------TT---TA--------T---TTTATTTG----TAAGCT-AC--TCCA-----T--TATCTG------ATACATGTAAATGTA-TTTCAAAGGG-GAA-------TTA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------TA-TT----TTA---C--A--TGCTG-------TAA-CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--G--AACTCAAAAAAAGTGCAT-----G---T--C--CT---GGT-AA---------CAT--GG-C-TTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------CGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAAc
gi|4 : GATGGACA-GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCATATTAGTTA-----TA-----TA--------CATTTCAATGGCCTGGAAACATAATGCTT-CCAAAAATGATACATGTG---TA--------T---TTTGTTTT-----AAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTG------AGA------AATATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-AC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------C--CT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AATTC-AAACCT-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--GA-C-CTA------------------------A------TT--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----ACATATTTGTT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATG-AAAAT--GAGGA
gi|5 : tcctcaagagaagacaT--TGCTT-CCAACAAT--------TAAAATA--------T---TTTATCTT----TAAGTT-ACATTCCT-----A--TGTCTG------ATA------ATTGTA-TTTCAAAGGG-AAATTTCAAAATA---TAT------GTATCATAG--GTCTATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG---------------T--TT----TTT---CTCA--TGCCG-------TAA-CAT------GT--------ACAAT---GT-------AAAAC-ATTC--A--AAGTC--GAAAG-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--GG-C-TTATTATT-------------------A-----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAAAA------TGT----------------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TATATA-AACAT--GAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTGA
gi|6 : GGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT------A--------TATTTTAATGATCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------A---TTTACTTT----AAAG-T-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TA--TGTA-TTGCAAAGG--AAA-------CTA---TAT------AT-TTT--A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTA---C--A--TTTCG-------TAAACAAA-----GT--------ACAAT---GC-------AAAA--AT----------------AAG-----T-----G---T--C--CT---TGTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----AAC------TT--A-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TATATA-GAAGT--Gatta
gi|7 : ttgaag-TTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAA
gi|7 : at---T--C--CT---CTT-AA---------TAT--GG------------------------------A-----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--T-----GTCTGTCCTTtcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcctcttaatatggacctttttttgcataaacatgtgttgatgcaagtatgtattatacaaaatttcgaggaaaattatataaaaatgaggaactgtctgtcctt
gi|8 : attttcaaagggaaatatatattcaaagttttatttttttagcatttacatggtttttgcatgccataacaggtacatgtacaatgcaaaatattcaaactcaatcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGC--GGT--ACGTTTACGACATAA--ATCCTATTATTTA-----CG-----AG--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CAAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTACTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTA--------A----TAATTGTA-TCTCAAGGGG-AAA-------ATA---TAT------AG-TC---A--CT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGAAT--TT-AC--AT--------G---------------C--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-CAG------GT--------ACAAT---GCAAA----AAAAT-AGTC--A--AACTC-AAAACG-----T-----G---T--C--C---------------------T--GG-C-CTA------------------------A-------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAGTA------TGT-----A--------TT--ATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----T
gi|9 : gGACAGAC--GGT--ACATTTCCAACATT---------------------TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAACAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----CAAGCT-TC--TCCT-----A--TATCTG------ATA-----AAA-GTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---T--AT--ACTTT---A-ATT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TACCG-------TAA-TAG------GT--------ACATT---GC-------AAAAT--------------------AG-----T-----G---T--C--CT---GGT-AA---------TAT--G-----------------------------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111 22222222222222 1111111 111111 111111111111111 1111111 1111111 11111111111111111111111111 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222
lowQualScore : 0 77 44 33 66666 000000000000000 33 2 0 99999999 444 77777777 444 9999 2 33 77777777 88888888888888 2 2 0000000 444 666666 2 000000 33 444 5 2 444 33 2 33 7777777 444444444444444 55 4444 333 33 33 6666666 99999 6666666 77777777 333 2222222 2 0 55555555555555555555555555 55555 55 2 333 2 222222222 33 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2 33 444 2 666666 44444444444444 33 444 2 33 77777 3 44 0000
lowQualScore : . .. .. .. ..... ............... .. . . ........ ... ........ ... .... . .. ........ .............. . . ....... ... ...... . ...... .. ... . . ... .. . .. ....... ............... .. .... ... .. .. ....... ..... ....... ........ ... ....... . . .......................... ..... .. . ... . ......... .. ... ........................................................ . . .. ... . ...... .............. .. ... . .. ..... . .. ....
lowQualScore : 4 99 66 99 77777 444444444444444 44 7 2 77777777 777 33333333 777 3333 7 44 55555555 44444444444444 2 4 0000000 111 888888 5 555555 44 444 0 5 888 44 5 22 6666666 777777777777777 66 7777 999 11 11 8888888 55555 8888888 66666666 777 6666666 1 7 99999999999999999999999999 66666 33 2 999 4 555555555 44 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 44 444 4 888888 44444444444444 22 111 4 77 11111 1 22 6666
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( family-5171 ) : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
gi|1 : GACAGATCTGGTTCACATTTCCGACATAA--TTCCTAT-ATAAA-----TTG----CG--------GATTT--------TTGAGATAT--TGCTTACCGAATAT--------TT---TAATGTCCTCT---TCCATTTTAA--TACACTTAC--TCCCTCCTAA--TATCTGTTACGCATA-----AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAA-------ATA---TAT------AT-TC---GTCAT--GTTGTGTAA-TTT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------G---------------TCCTTCCTATTGCCTC--ATTTGCCGGGAACGTTAAT----CAT------TTTTTTACAAACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTTCAA--AACTAAAAAA----GGT----TGATGGTTC--CTT---GGT-AG---------TAT-----CTCTA------------------------AAGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTT------TATTTGCCA--------TTTCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTA
gi|10 : aggGACATAC--GCT--ACGATTCCGACATTA--ATCC----ATTTT-----TT-----T-----------TTTCAATGGCCTGGAAACAT--T-------ATAGAC---------G---TA--------G---TTTATTTT----CAAGTT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA------AGTGCA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATAAACTAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G---------------T--TT----TTG---C--A--AGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AGAAT-------------------A----G------TG-----TCAGG-T---GGT-AA---------TAG--GG-C-TT-------------------------------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TATATA-AAGATGGGGGGAA----ATACTGCCTGTCCTtt
gi|11 : TA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTAGATACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TACATGTA--T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--T----------------G------ATA------AATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATG---TATCCCGGTAT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G---------------T--AT----TAG---C--A--GGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--ACCTCTTAAA----A------TG-----TT--C-T---TGT-AA---------TAT--GG-C-CTG------------------------A------TT--AT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG------------------------------TACAA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGG
gi|12 : ccgacaGACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACATTA--ATCTTATTATCTA-----TT-----TACATGTGTATATTTCAATGGCTAGAAAACGT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTTTAAGTAAGCT-AA--TCCT-----A--TATTTG--------A----TAAATGTATTTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--
gi|13 : aggA--ATTCTATTGTTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATTACCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAA--C--------T----TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG-------T-----TAAATGTA-TATCAAAGGG-AAA-------ATA---CAT------AT-TC---A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----CTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAG------GT--------ACCAT---GC-------AAACT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTTCA
gi|14 : CTT-----A--TATCTG------AT-----TAA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT------ATA---TAT------AT-TT---C--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TTTCG-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----------------A----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------AT--ATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TATATA-GAAGT--GAGGAAC--
gi|15 : ACATAC--ATT--ACGTTCCCGACATTA--ATCCTTTTATCTA-----TT-----TA--------TATTCCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CTAAAAAT--------TA---TC--------T---CTTATTTT----TAAGCC-AC--TCCT-----A--TATT--------AGA----TAAATGTA-TTGC--AGG-------------TA---TAT------AT-T
gi|15 : agaT-GCAGGTA------TAT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCG-AGatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|16 : agaacatacattacgttcccgacattaatccttttatctatttatattccaatggcctggaaacattgcttctaaaaattatctcttatttttaagccactcctatattagataaatgtat--AT--ACTTT---A-TTT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGC-----------------------------------------------------AAAAT-ACTC--A--AACTCAAAG-----G------TG-----TC--C-T---GGC-AA---------TAT--GG-T-CTA------------------------A-----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------CT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-GAACT--GATGAAC---GTACCGTGTGTCCTtccttaaattcgactttcata
gi|17 : T----TTT---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAGT---GC-------AAAAT-ATCC--A--AACTAAAAAA----A------AG-----TC--A-T---GGT-AATTTGGGCTTTATTTGG-C-CTACATTTTTTTTCTCAATTTATATTTA-----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT-----TAA---A--TTCG-AAGAAAA--
gi|18 : GACATAT--GGT--ACATTTCCTACAATT--ATCCTATTATTTA-----TTTATTATA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC----------------AT--------TA---GA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT------------------------------ATGTA-ATTCAAAGGA-AAA-------ATA---CAT------
gi|19 : ttaag--TCCT-----T--TATCTA------GTA----AAAAT--A-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TT---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGTCG-------TAA-----CAC------GT--------ACAAT---GCA------AAAAT-ATggttttgaatgctgta
gi|2 : GACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATAGCCTTGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------TATATTT-TTTT----CAAGCC-TC--TCCA-----A--TATCTG--------A----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ACA---TAT------AC-TC---A--AA--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------GTGTTCATCGGGTTTTT--TT----TTG---C--A--TG-CG-------TAA-----TA-------GT--------ACCATATAGG-------AAAATAATTC--ACGAAATCAAAAAAGTGG------TA-----TCG-C-TGGGGGT-AAT--------TAT--GATC-CTA------------------------A-----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAGCC------TGT-----A--------TT--GTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTATAAAGT--GAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAAAGGCCTG---ACAT--
gi|20 : taagCATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCA-AGGagacttgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|22 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctga------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTACCGGTATGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CACATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|23 : T-----TA--------GATTTTAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAACT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAACT-AC--TCAT-----ATCTATCTT------A-A----TAAATGTA-TTTCAAAGG
gi|24 : a--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAATATAACAC------TT--------GCAAT---GC-------AAAAT-GTTT--C--ATGTCAAAAA----G------TT-----TC--C-T---GGT-
gi|25 : G-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----------------A----G------TG-----TC--C-T---GTT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATA
gi|26 : GACATTA--ATCCTACTATGTAATAAATT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC
gi|3 : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACAGTA--ATACTATTATTCC-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--AGCTT-CCAAAATT--------TT---TA--------T---TTTATTTG----TAAGCT-AC--TCCA-----T--TATCTG------ATACATGTAAATGTA-TTTCAAAGGG-GAA-------TTA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------TA-TT----TTA---C--A--TGCTG-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--G--AACTCAAAAA----AAGTGCATG-----TC--C-T---GGT-AA---------CAT--GG-C-TTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------CGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAAc
gi|4 : GATGGACA-GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCATATTAGTTA-----TA-----TA--------CATTTCAATGGCCTGGAAACATAATGCTT-CCAAAAATGATACATGTG---TA--------T---TTTGTTTT-----AAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTG------AGA------AATATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-AC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------C--CT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AATTCAAACC----T------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GA-C-CTA------------------------A------TT--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----ACATATTTGTT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATG-AAAAT--GAGGA
gi|5 : tcctcaagagaagacaT--TGCTT-CCAACAAT--------TAAAATA--------T---TTTATCTT----TAAGTT-ACATTCCT-----A--TGTCTG------ATA------ATTGTA-TTTCAAAGGG-AAATTTCAAAATA---TAT------GTATCATAG--GTCTATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG---------------T--TT----TTT---CTCA--TGCCG-------TAA-----CAT------GT--------ACAAT---GT-------AAAAC-ATTC--A--AAGTC-GAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-TTATTATT-------------------A-----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAAAA------TGT----------------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TATATA-AACAT--GAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTGA
gi|6 : GGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT------A--------TATTTTAATGATCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------A---TTTACTTT----AAAG-T-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TA--TGTA-TTGCAAAGG--AAA-------CTA---TAT------AT-TTT--A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTA---C--A--TTTCG-------TAAA----CAAA-----GT--------ACAAT---GC-------AAAA--AT---------------AA----G------TG-----TC--C-T---TGTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----AAC------TT--A-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TATATA-GAAGT--Gatta
gi|7 : ttgaag-TTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAATCA----A------TT-----TC--C-T---
gi|7 : at-----TC--C-T---CTT-AA---------TAT--GG------------------------------A-----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--T-----GTCTGTCCTTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcctcttaatatggacctttttttgcataaacatgtgttgatgcaagtatgtattatacaaaatttcgaggaaaattatataaaaatgaggaactgtctgtcctt
gi|8 : attttcaaagggaaatatatattcaaagttttatttttttagcatttacatggtttttgcatgccataacaggtacatgtacaatgcaaaatattcaaactcaatcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGC--GGT--ACGTTTACGACATAA--ATCCTATTATTTA-----CG-----AG--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CAAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTACTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTA--------A----TAATTGTA-TCTCAAGGGG-AAA-------ATA---TAT------AG-TC---A--CT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGAAT--TT-AC--AT--------G---------------C--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GCAAA----AAAAT-AGTC--A--AACTCAAAAC----G------TG-----TC--C----------------------T--GG-C-CTA------------------------A-------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAGTA------TGT-----A--------TT--ATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----T
gi|9 : gGACAGAC--GGT--ACATTTCCAACATT---------------------TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAACAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----CAAGCT-TC--TCCT-----A--TATCTG------ATA-----AAA-GTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---T--AT--ACTTT---A-ATT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TACCG-------TAA-----TAG------GT--------ACATT---GC-------AAAAT-------------------A----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--G-----------------------------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111 22222222222222 1111111 111111 111111111111111 1111111 1111111 11111111111111111111111111 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222
lowQualScore : 0 77 44 33 66666 000000000000000 33 2 0 99999999 444 77777777 444 9999 2 33 77777777 88888888888888 2 2 0000000 444 666666 2 000000 33 444 5 2 444 33 2 33 7777777 444444444444444 55 4444 333 33 33 6666666 99999 6666666 77777777 333 2222222 2 0 55555555555555555555555555 55555 55 2 333 2 222222222 33 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2 33 444 2 666666 44444444444444 33 444 2 33 77777 3 44 0000
lowQualScore : . .. .. .. ..... ............... .. . . ........ ... ........ ... .... . .. ........ .............. . . ....... ... ...... . ...... .. ... . . ... .. . .. ....... ............... .. .... ... .. .. ....... ..... ....... ........ ... ....... . . .......................... ..... .. . ... . ......... .. ... ........................................................ . . .. ... . ...... .............. .. ... . .. ..... . .. ....
lowQualScore : 4 99 66 99 77777 444444444444444 44 7 2 77777777 777 33333333 777 3333 7 44 55555555 44444444444444 2 4 0000000 111 888888 5 555555 44 444 0 5 888 44 5 22 6666666 777777777777777 66 7777 999 11 11 8888888 55555 8888888 66666666 777 6666666 1 7 99999999999999999999999999 66666 33 2 999 4 555555555 44 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 44 444 4 888888 44444444444444 22 111 4 77 11111 1 22 6666
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( family-5171 ) : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
gi|1 : GACAGATCTGGTTCACATTTCCGACATAA--TTCCTAT-ATAAA-----TTG----CG--------GATTT--------TTGAGATAT--TGCTTACCGAATAT--------TT---TAATGTCCTCT---TCCATTTTAA--TACACTTAC--TCCCTCCTAA--TATCTGTTACGCATA-----AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAA-------ATA---TAT------AT-TC---GTCAT--GTTGTGTAA-TTT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------G---------------TCCTTCCTATTGCCTC--ATTTGCCGGGAACGTTAAT----CAT------TTTTTTACAAACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTTCAA--AACTAAAAAA----GGT----TGATGGTTC--CTT---GGT-AG---------TAT-----CTCTA------------------------AAGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTT------TATTTGCCA--------TTTCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTA
gi|10 : aggGACATAC--GCT--ACGATTCCGACATTA--ATCC----ATTTT-----TT-----T-----------TTTCAATGGCCTGGAAACAT--T-------ATAGAC---------G---TA--------G---TTTATTTT----CAAGTT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA------AGTGCA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATAAACTAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G---------------T--TT----TTG---C--A--AGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AGAAT-------------------A----G------TG-----TCAGG-T---GGT-AA---------TAG--GG-C-TT-------------------------------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TATATA-AAGATGGGGGGAA----ATACTGCCTGTCCTtt
gi|11 : TA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTAGATACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TACATGTA--T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--T----------------G------ATA------AATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATG---TATCCCGGTAT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G---------------T--AT----TAG---C--A--GGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--ACCTCTTAAA----A------TG-----TT--C-T---TGT-AA---------TAT--GG-C-CTG------------------------A------TT--AT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG------------------------------TACAA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGG
gi|12 : ccgacaGACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACATTA--ATCTTATTATCTA-----TT-----TACATGTGTATATTTCAATGGCTAGAAAACGT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTTTAAGTAAGCT-AA--TCCT-----A--TATTTG--------A----TAAATGTATTTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--
gi|13 : aggA--ATTCTATTGTTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATTACCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAA--C--------T----TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG-------T-----TAAATGTA-TATCAAAGGG-AAA-------ATA---CAT------AT-TC---A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----CTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAG------GT--------ACCAT---GC-------AAACT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTTCA
gi|14 : CTT-----A--TATCTG------AT-----TAA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT------ATA---TAT------AT-TT---C--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TTTCG-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----------------A----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------AT--ATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TATATA-GAAGT--GAGGAAC--
gi|15 : ACATAC--ATT--ACGTTCCCGACATTA--ATCCTTTTATCTA-----TT-----TA--------TATTCCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CTAAAAAT--------TA---TC--------T---CTTATTTT----TAAGCC-AC--TCCT-----A--TATT--------AGA----TAAATGTA-TTGC--AGG-------------TA---TAT------AT-T
gi|15 : agaT-GCAGGTA------TAT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCG-AGatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|16 : agaacatacattacgttcccgacattaatccttttatctatttatattccaatggcctggaaacattgcttctaaaaattatctcttatttttaagccactcctatattagataaatgtat--AT--ACTTT---A-TTT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGC-----------------------------------------------------AAAAT-ACTC--A--AACTCAAAG-----G------TG-----TC--C-T---GGC-AA---------TAT--GG-T-CTA------------------------A-----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------CT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-GAACT--GATGAAC---GTACCGTGTGTCCTtccttaaattcgactttcata
gi|17 : T----TTT---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAGT---GC-------AAAAT-ATCC--A--AACTAAAAAA----A------AG-----TC--A-T---GGT-AATTTGGGCTTTATTTGG-C-CTACATTTTTTTTCTCAATTTATATTTA-----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT-----TAA---A--TTCG-AAGAAAA--
gi|18 : GACATAT--GGT--ACATTTCCTACAATT--ATCCTATTATTTA-----TTTATTATA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC----------------AT--------TA---GA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT------------------------------ATGTA-ATTCAAAGGA-AAA-------ATA---CAT------
gi|19 : ttaag--TCCT-----T--TATCTA------GTA----AAAAT--A-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TT---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGTCG-------TAA-----CAC------GT--------ACAAT---GCA------AAAAT-ATggttttgaatgctgta
gi|2 : GACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATAGCCTTGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------TATATTT-TTTT----CAAGCC-TC--TCCA-----A--TATCTG--------A----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ACA---TAT------AC-TC---A--AA--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------GTGTTCATCGGGTTTTT--TT----TTG---C--A--TG-CG-------TAA-----TA-------GT--------ACCATATAGG-------AAAATAATTC--ACGAAATCAAAAAAGTGG------TA-----TCG-C-TGGGGGT-AAT--------TAT--GATC-CTA------------------------A-----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAGCC------TGT-----A--------TT--GTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTATAAAGT--GAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAAAGGCCTG---ACAT--
gi|20 : taagCATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCA-AGGagacttgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|22 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctga------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTACCGGTATGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CACATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|23 : T-----TA--------GATTTTAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAACT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAACT-AC--TCAT-----ATCTATCTT------A-A----TAAATGTA-TTTCAAAGG
gi|24 : a--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAATATAACAC------TT--------GCAAT---GC-------AAAAT-GTTT--C--ATGTCAAAAA----G------TT-----TC--C-T---GGT-
gi|25 : G-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----------------A----G------TG-----TC--C-T---GTT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATA
gi|26 : GACATTA--ATCCTACTATGTAATAAATT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC
gi|3 : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACAGTA--ATACTATTATTCC-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--AGCTT-CCAAAATT--------TT---TA--------T---TTTATTTG----TAAGCT-AC--TCCA-----T--TATCTG------ATACATGTAAATGTA-TTTCAAAGGG-GAA-------TTA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------TA-TT----TTA---C--A--TGCTG-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--G--AACTCAAAAA----AAGTGCATG-----TC--C-T---GGT-AA---------CAT--GG-C-TTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------CGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAAc
gi|4 : GATGGACA-GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCATATTAGTTA-----TA-----TA--------CATTTCAATGGCCTGGAAACATAATGCTT-CCAAAAATGATACATGTG---TA--------T---TTTGTTTT-----AAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTG------AGA------AATATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-AC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------C--CT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AATTCAAACC----T------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GA-C-CTA------------------------A------TT--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----ACATATTTGTT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATG-AAAAT--GAGGA
gi|5 : tcctcaagagaagacaT--TGCTT-CCAACAAT--------TAAAATA--------T---TTTATCTT----TAAGTT-ACATTCCT-----A--TGTCTG------ATA------ATTGTA-TTTCAAAGGG-AAATTTCAAAATA---TAT------GTATCATAG--GTCTATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG---------------T--TT----TTT---CTCA--TGCCG-------TAA-----CAT------GT--------ACAAT---GT-------AAAAC-ATTC--A--AAGTC-GAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-TTATTATT-------------------A-----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAAAA------TGT----------------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TATATA-AACAT--GAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTGA
gi|6 : GGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT------A--------TATTTTAATGATCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------A---TTTACTTT----AAAG-T-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TA--TGTA-TTGCAAAGG--AAA-------CTA---TAT------AT-TTT--A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTA---C--A--TTTCG-------TAAA----CAAA-----GT--------ACAAT---GC-------AAAA--AT---------------AA----G------TG-----TC--C-T---TGTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----AAC------TT--A-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TATATA-GAAGT--Gatta
gi|7 : ttgaag-TTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAATCA----A------TT-----TC--C-T---
gi|7 : at-----TC--C-T---CTT-AA---------TAT--GG------------------------------A-----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--T-----GTCTGTCCTTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcctcttaatatggacctttttttgcataaacatgtgttgatgcaagtatgtattatacaaaatttcgaggaaaattatataaaaatgaggaactgtctgtcctt
gi|8 : attttcaaagggaaatatatattcaaagttttatttttttagcatttacatggtttttgcatgccataacaggtacatgtacaatgcaaaatattcaaactcaatcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGC--GGT--ACGTTTACGACATAA--ATCCTATTATTTA-----CG-----AG--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CAAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTACTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATTTA--------A----TAATTGTA-TCTCAAGGGG-AAA-------ATA---TAT------AG-TC---A--CT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGAAT--TT-AC--AT--------G---------------C--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GCAAA----AAAAT-AGTC--A--AACTCAAAAC----G------TG-----TC--C----------------------T--GG-C-CTA------------------------A-------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAGTA------TGT-----A--------TT--ATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----T
gi|9 : gGACAGAC--GGT--ACATTTCCAACATT---------------------TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAACAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----CAAGCT-TC--TCCT-----A--TATCTG------ATA-----AAA-GTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---T--AT--ACTTT---A-ATT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TACCG-------TAA-----TAG------GT--------ACATT---GC-------AAAAT-------------------A----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--G-----------------------------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
blockSeqs : A . TA ATAAA TACATGTGTA AA . GATACATG AAA CATGTA ATA TAAG . AT ATC ATACATGT T . TTTCAAA AAC CCCGGT A ATAG CT . T G TT CA . AT TAACATG TGTTCATCGGGTTTT A . . TC . . TATAA GGTACAT . ATA AAA A ACGAAATCAAAAAAGTGG . AG . GGG T TTTGGGCTT TT TC CATTTTTTTTCTCAATTTATATTTATTTATTTATTGG T . GG . G CCGGTA ACATATTTG . . A AG . T GG CATT
blockSeqs : . . . . TATTATA . . . . . . . . . A AGAT . . T . . . TA . . T . G . . . . . . . . . . . A GGTACAT . . A . GAACTCAAAAAAAGTGCA . G . . . T . C TTATTATTTTTTTTAGTTTTTAGTT T . . . . . AAC . . . . . . . CATT
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A GTAA . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . AA . . . . AACCTCTTAAAA . . . . . . . C ATTTTTTT T . . . . . A . . . . . . . CT
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A ATAT . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . AAACTCAAAAAG . . . . . . . C ATTTGTTT T . . . . . A . . . . . . . CT
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A ATA . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . G . . . . AAACTAAAAAAA . . . . . . . T ATTTTTAT T . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A ATA . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . CATGTCAAAAAG . . . . . . . T ATTTGTTT T . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . T ATT . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . AAATTCAAACCT . . . . . . . C ATTTTTTT T . . . . . A . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A AAT . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . AAACTCAATCAA . . . . . . . T ATTTGTTT T . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . T AGA . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . AAACTCAAAACG . . . . . . . C ACCTTTTT T . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A ATA . . . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . . . AAACTCAAAGG . . . . . . . C ATTATTT T . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . . . A ATA . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . AAAGTCGAAAG . . . . . . . C ATTTTAT . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . . . . . . . A AT . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . AAG . . . . . . . T ATGTTT . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . . . . . . . A TT . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . AG . . . . . . . C ATTTAT . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A AT . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . AT . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . AG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** TA************* ******** **** A******* ATA*********** G***** *** G** ** **** *** ** ******* ***** ******** ******* AAACTCAAAAAG************** ***** C** *** A************* ** *** *****
originalCons : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATCTG------ATA----TAAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
finalCons : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TTTA-------------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCTA-------TATCTGATA-----------AAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TCG-----AT--ATTTT---A-TTT-TTG--AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTCAAACTCAAAAAG--------------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GGC--CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGTA-------------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 11111111 111111 1111111 111111 111111111111111 1111111 1111111 11111111111111111111111111 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 2222
lowQualScore : 0 77 44 33 66666 000000000000000 33 2 0 99999999 444 77777777 444 9999 2 33 77777777 2 666666 555555 9 2 2 0000000 444 666666 2 000000 33 444 5 2 444 33 2 33 7777777 444444444444444 55 4444 333 33 33 6666666 99999 6666666 77777777 333 2222222 2 0 55555555555555555555555555 55555 55 2 333 2 222222222 33 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2 33 444 2 666666 44444444444444 33 444 2 33 77777 3 44 0000
lowQualScore : . .. .. .. ..... ............... .. . . ........ ... ........ ... .... . .. ........ . ...... ...... . . . ....... ... ...... . ...... .. ... . . ... .. . .. ....... ............... .. .... ... .. .. ....... ..... ....... ........ ... ....... . . .......................... ..... .. . ... . ......... .. ... ........................................................ . . .. ... . ...... .............. .. ... . .. ..... . .. ....
lowQualScore : 4 99 66 99 77777 444444444444444 44 7 2 77777777 777 33333333 777 3333 7 44 55555555 4 888888 111111 8 2 4 0000000 111 888888 5 555555 44 444 0 5 888 44 5 22 6666666 777777777777777 66 7777 999 11 11 8888888 55555 8888888 66666666 777 6666666 1 7 99999999999999999999999999 66666 33 2 999 4 555555555 44 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 44 444 4 888888 44444444444444 22 111 4 77 11111 1 22 6666
consensus : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATC-TG------ATA-----AAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
Reference ( family-5171 ) : GACAGAC--GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATC-TG------ATA-----AAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--TGTACCGTCTGTCCTTGA
gi|1 : GACAGATCTGGTTCACATTTCCGACATAA--TTCCTAT-ATAAA-----TTG----CG--------GATTT--------TTGAGATAT--TGCTTACCGAATAT--------TT---TAATGTCCTCT---TCCATTTTAA--TACACTTAC--TCCCTCCTAA--TATC-TGTTACGCATA-----AAATGTG-TTTCAAAGGGAAAA-------ATA---TAT------AT-TC---GTCAT--GTTGTGTAA-TTT-TTAG-AGCAT--TTAAC--ATG-------G---------------TCCTTCCTATTGCCTC--ATTTGCCGGGAACGTTAAT----CAT------TTTTTTACAAACAAT---GCCTCCACAGAAAT-ATTTCAA--AACTAAAAAA----GGT----TGATGGTTC--CTT---GGT-AG---------TAT-----CTCTA------------------------AAGTGGTTTGGTG------------TC-----TCCCATATAATTT--ATTGGGTGGAT-TCAAGTT------TATTTGCCA--------TTTCATCTAATCTAATTTCA-AGGAAAA--CTATAATATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTA
gi|10 : aggGACATAC--GCT--ACGATTCCGACATTA--ATCC----ATTTT-----TT-----T-----------TTTCAATGGCCTGGAAACAT--T-------ATAGAC---------G---TA--------G---TTTATTTT----CAAGTT-AC--TCCT-----A--TATC-TG------ATA-----AG-TGCA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATAAACTAT------AT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATA-------G---------------T--TT----TTG---C--A--AGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AGAAT-------------------A----G------TG-----TCAGG-T---GGT-AA---------TAG--GG-C-TT-------------------------------------------------------------ATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG----------------------------------A---AATTTCG-AAGAAAA--T-----TATATA-AAGATGGGGGGAA----ATACTGCCTGTCCTtt
gi|11 : TA-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTAGATACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TACATGTA--T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--T-----------------G------ATA-----AA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATG---TATCCCGGTAT-TC---G--AT--ATTTT---A-TTTGTT-A-AGTAT--TT-GC--ATG-------G---------------T--AT----TAG---C--A--GGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--ACCTCTTAAA----A------TG-----TT--C-T---TGT-AA---------TAT--GG-C-CTG------------------------A------TT--AT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAG------------------------------TACAA---CATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGG
gi|12 : ccgacaGACAGGC--GGC--AGGTTTCCGACATTA--ATCTTATTATCTA-----TT-----TACATGTGTATATTTCAATGGCTAGAAAACGT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTATTTTTAAGTAAGCT-AA--TCCT-----A--TATT-TG------AT------AAATGTATTTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--
gi|13 : aggA--ATTCTATTGTTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATTACCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAA--C--------T----TA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATC-TG------TTA-----AA-TGTA-TATCAAAGGG-AAA-------ATA---CAT------AT-TC---A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-C-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----CTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAG------GT--------ACCAT---GC-------AAACT-ATTC--A--AACTCAAAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-CTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTTCA
gi|14 : CTT-----A--TATC-TG------ATT-----AA-TGTA-TTTCAAAGGG-AAAT------ATA---TAT------AT-TT---C--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-ATCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TTTCG-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----------------A----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATGC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------AT--ATACAA---AATTTCG-AAAAAAAAGT-----TATATA-GAAGT--GAGGAAC--
gi|15 : ACATAC--ATT--ACGTTCCCGACATTA--ATCCTTTTATCTA-----TT-----TA--------TATTCCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CTAAAAAT--------TA---TC--------T---CTTATTTT----TAAGCC-AC--TCCT-----A--TATT-AG------AT------AAATGTA-TTGC--AGG-------------TA---TAT------AT-T
gi|15 : agaT-GCAGGTA------TAT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCG-AGatacaaactttcgagtccttaaattcgactttcata
gi|16 : agaacatacattacgttcccgacattaatccttttatctatttatattccaatggcctggaaacattgcttctaaaaattatctcttatttttaagccactcctatattagataaatgtat--AT--ACTTT---A-TTT-TT-TTAGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGC-----------------------------------------------------AAAAT-ACTC--A--AACTCAAAG-----G------TG-----TC--C-T---GGC-AA---------TAT--GG-T-CTA------------------------A-----TGT--TT---------------------GCATA-AA--T--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------CT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-GAACT--GATGAAC---GTACCGTGTGTCCTtccttaaattcgactttcata
gi|17 : T----TTT---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAGT---GC-------AAAAT-ATCC--A--AACTAAAAAA----A------AG-----TC--A-T---GGT-AATTTGGGCTTTATTTGG-C-CTACATTTTTTTTCTCAATTTATATTTA-----TTT--AT------------TTATTGGTTGCATA-AACGT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT-----TAA---A--TTCG-AAGAAAA--
gi|18 : GACATAT--GGT--ACATTTCCTACAATT--ATCCTATTATTTA-----TTTATTATA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC----------------AT--------TA---GA--------T---TTTATTTT----TAAGCT-AC--TCCT-------------------------------ATGTA-ATTCAAAGGA-AAA-------ATA---CAT------
gi|19 : ttaag--TCCT-----T--TATC-TA------GTA-----AAA-ATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TT---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-ACATATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGTCG-------TAA-----CAC------GT--------ACAAT---GCA------AAAAT-ATggttttgaatgctgta
gi|2 : GACAGAC--GGT--ACGTGTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAATAGCCTTGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------TATATTT-TTTT----CAAGCC-TC--TCCA-----A--TATC-TG------AT------AAATGTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ACA---TAT------AC-TC---A--AA--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------GTGTTCATCGGGTTTTT--TT----TTG---C--A--TG-CG-------TAA-----TA-------GT--------ACCATATAGG-------AAAATAATTC--ACGAAATCAAAAAAGTGG------TA-----TCG-C-TGGGGGT-AAT--------TAT--GATC-CTA------------------------A-----TTT--TT------------AT-----TTGCATA-ATCATGGGTT---TTGATGGCAAGCC------TGT-----A--------TT--GTACAA---AATTGTGAAGGAAAA--T-----GAGGTATAAAGT--GAGGAAC--TGTACTGTCTGTCC
gi|20 : ttaagGACATGC--GGA--ACATTTCCGACATTA--ATCCTATTATTTA-----TT-----TA--------TATTTCAAAGGCCTG---ACAT--
gi|20 : taagCATA-GACTT--GTT---TTGAT-GCAAATA------TGT-----A--------TT--ATACAA---ACTTTCA-AGGagacttgttttgatgcaaatatgtattatacaaactttcaagg
gi|22 : taaggacatgcggaacatttccgacattaatcctattatttatttatatttcaaaggcctga------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTACCGGTATGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCA-AGGAAAA--T-----CACATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACCATCTGTC
gi|23 : T-----TA--------GATTTTAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAACT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----TAAACT-AC--TCAT-----ATCTATCTTA------AT------AAATGTA-TTTCAAAGG
gi|24 : a--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAATATAACAC------TT--------GCAAT---GC-------AAAAT-GTTT--C--ATGTCAAAAA----G------TT-----TC--C-T---GGT-
gi|25 : G-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-A-----------------A----G------TG-----TC--C-T---GTT-AA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATA
gi|26 : GACATTA--ATCCTACTATGTAATAAATT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAAC
gi|3 : GGCAGAC--GGT--ACGTTTCCGACAGTA--ATACTATTATTCC-----TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--AGCTT-CCAAAATT--------TT---TA--------T---TTTATTTG----TAAGCT-AC--TCCA-----T--TATC-TG------ATACATGTAAATGTA-TTTCAAAGGG-GAA-------TTA---TAT------AT-TC---G--AT--ATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------TA-TT----TTA---C--A--TGCTG-------TAA-----CAA------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--G--AACTCAAAAA----AAGTGCATG-----TC--C-T---GGT-AA---------CAT--GG-C-TTA------------------------A-----TTT--TT------------TT-----TTGCACA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------CGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----CATATA-AAAAT--GAGGAACATTGTACTATCTGTCCTTAAc
gi|4 : GATGGACA-GGT--ACGTTTCCGACATTA--ATCATATTAGTTA-----TA-----TA--------CATTTCAATGGCCTGGAAACATAATGCTT-CCAAAAATGATACATGTG---TA--------T---TTTGTTTT-----AAGCT-AC--TCCT-----A--TATT-TG------A-G-----AAATATA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-AC---G--AT--ATTTT---A-TTT-TT-A-AGTAT--TT-AC--ATG-------G---------------C--CT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AATTCAAACC----T------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GA-C-CTA------------------------A------TT--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----ACATATTTGTT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATG-AAAAT--GAGGA
gi|5 : tcctcaagagaagacaT--TGCTT-CCAACAAT--------TAAAATA--------T---TTTATCTT----TAAGTT-ACATTCCT-----A--TGTC-TG------ATA-----AT-TGTA-TTTCAAAGGG-AAATTTCAAAATA---TAT------GTATCATAG--GTCTATTTC---A-TTT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATGTAACATGG---------------T--TT----TTT---CTCA--TGCCG-------TAA-----CAT------GT--------ACAAT---GT-------AAAAC-ATTC--A--AAGTC-GAAA----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--GG-C-TTATTATT-------------------A-----TTT--TTTTTAGTTTTTAGTT-----TTGCAT--AACAT--GTT---TTGAT-GCAAAAA------TGT----------------------AA---AATTTAG-AGGTAAA--T-----TATATA-AACAT--GAGGAAC---GCACCGCCTGTCCTTGA
gi|6 : GGCAGAC--GAT--AC-TTTCCGACATTATAATCCTTTTATTCA-----TT------A--------TATTTTAATGATCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAAAAT--------TA---TA--------A---TTTACTTT----AAAG-T-AC--TCCT-----A--TATC-TG------ATA-----TA-TGTA-TTGCAAAGG--AAA-------CTA---TAT------AT-TTT--A--AT--ATTTT---A-TTT-TT-T--GCATCATT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTA---C--A--TTTCG-------TAAA----CAAA-----GT--------ACAAT---GC-------AAAA--AT---------------AA----G------TG-----TC--C-T---TGTTAA---------TAT--GG-T-TTA------------------------A-----TTT--GT------------TT-----T--CATC-AATAC--GTT---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----AAC------TT--A-ACAA---TTCTTCG-AACAAAG--T-----TATATA-GAAGT--Gatta
gi|7 : ttgaag-TTTCAAAGGG--AA-------ATA---TAT------AT-TC---A--AA--GTTTT---ATTTT-TT-T-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TGCCA-------TAA-----CAGGTACATGT--------ACAAT---GC-------AAAAT-ATTC--A--AACTCAATCA----A------TT-----TC--C-T---
gi|7 : at-----TC--C-T---CTT-AA---------TAT--GG------------------------------A-----CCT--TT------------TT-----TTGCATA-AACAT--GTG---TTGAT-GCAAGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTCG-AGGAAAA--T-----TATATA-AAAAT--GAGGAAC--T-----GTCTGTCCTTctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcctcttaatatggacctttttttgcataaacatgtgttgatgcaagtatgtattatacaaaatttcgaggaaaattatataaaaatgaggaactgtctgtcctt
gi|8 : attttcaaagggaaatatatattcaaagttttatttttttagcatttacatggtttttgcatgccataacaggtacatgtacaatgcaaaatattcaaactcaatcaatttcctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATGC--GGT--ACGTTTACGACATAA--ATCCTATTATTTA-----CG-----AG--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CAAAAAAT--------TA---TA--------T---TTTACTTT----TAAGCT-AC--TCCT-----A--TATT-TA------AT------AATTGTA-TCTCAAGGGG-AAA-------ATA---TAT------AG-TC---A--CT--ATTTT---A-TTT-TT-G-AGAAT--TT-AC--AT--------G---------------C--TT----TTG---C--A--TGCCG-------TAA-----CAG------GT--------ACAAT---GCAAA----AAAAT-AGTC--A--AACTCAAAAC----G------TG-----TC--C----------------------T--GG-C-CTA------------------------A-------T--TT------------AT-----TTGCATA-AACAT--ATT---TTGAT-GTAAGTA------TGT-----A--------TT--ATTCAA---AATTTCG-ACAAAAA--T-----T
gi|9 : gGACAGAC--GGT--ACATTTCCAACATT---------------------TT-----TA--------TATTTCAATGGCCTGGAAACAT--TGCTT-CCAAACAT--------TA---TA--------T---TTTATTTT----CAAGCT-TC--TCCT-----A--TATC-TG------ATA-----AAA-GTA-TTTCAAAGGG-AAA-------ATA---TAT------AT-TC---T--AT--ACTTT---A-ATT-TT-G-AGCAT--TT-AC--ATG-------G---------------T--TT----TTG---C--A--TACCG-------TAA-----TAG------GT--------ACATT---GC-------AAAAT-------------------A----G------TG-----TC--C-T---GGT-AA---------TAT--G-----------------------------------------------------------------GCATA-AACAT--GTT---TTGAT-GCATGTA------TGT-----A--------TT--ATACAA---AATTTTG-AGGAAAA--T-----GATATA-AAAAT--GAGGAA---TGTACCATCTGTCCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATATTCTGCTCTGCTTTAATCTTTAGTGGCCCCATTCCAGCTAGTGGCTTTTGAGGCGCTAAAGATACATTGCAAAACAGTGTCCAAGATGGCGGGCAAATATG