lowQualScore : 111 1111111 4444444444
lowQualScore : 6 99 4 8 0 55 0 333 2 2 5 33 1 8888888 0000000000 3 55 88
lowQualScore : . .. . . . .. . ... . . . .. . ....... .......... . .. ..
lowQualScore : 0 22 4 9 1 55 4 444 9 9 7 77 1 5555555 5555555555 6 00 66
consensus : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGA-NT-T-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
Reference ( gi|5 ) : TGACATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGA-AT-T-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
gi|2 : ATATAAGTC--AGAAA-T-ATAC--TTCCGG-TCGATAT-C-TTT-A--CTGACCC-----AAAAAAAAA--C----AACTTAAATG-C--GAGT--ATATA
gi|4 : aataatcgcaATATAAGTT--GGACA-T-AGAC--TTCAGGCTCG--AT-G-TTT-A--CTCCCCC-----attatggtac
gi|9 : ATATAAGTC--GGATA-TAAGACCTCTCAGGATTG--CT-T-TCT-A--CTCCttaacgacaagctacacttgagcaatgcgagtattta
gi|6 : aacatcatgatatttgtatgcacAAGTC--CGGCACT-AG-C--TTTAGGATCGT-TT-T-TTTCA--CTCCCC------AAAAAA-----C----GACTTA
gi|8 : AAGTC--GGACA-T-AAAC--TTCAGGGTCGA-CT-T-TCT-A--CTCCaaaaatatggagacatgtaaaacg
gi|10 : aaatattatgacattagtactcgcatcaAGTCTGGGGCA-T--GAC--TTTAG-ATCGA-CT-T-TTT-AAGCT-----------AAAAA-----------ACTTATATG-C--GAGTG-ATA-GCGGTaaa
gi|12 : GCA-T-A------TCAGGATCGA-CT-T-TTTTA--CTCCCCC-----AAAAAAA----C----TATTTATATG-T--GAGT--ATATACGGT
gi|7 : GCA-TGAGAC--TCCAGGAT-GG-ATAT-TTT-A--CTTCCA------AAAAAA-----CCTTGAACTTATATG-T--GAGC--ATATATGGT
gi|3 : agcCA-T-AGAC--ATCAGGGTCGA-CT-T-TCT-A--CT-CCAC-----AAAATACCC--C----GACTTATATG-C--AAGTTAATATACGGT
gi|15 : gtattaagatcaC--TCCAGGATCGT-AA-T-TTT-A---TCCCC---------AAA-----C----GACTTATATGCC--GAGT--AATTACGac
gi|13 : TCGGGATCGA-TT-TATTT-C--CTCCC---------AAAATTCCCC----GACTTGTATG-C--GAGT--ACATAC
gi|1 : A-AC-T-TTT-A--CTACCCC-----ATAAAA-----CT---GCTTTATATG-CCAGAGT--ATACAAGGTatgtac
gi|14 : aatttttttatggcaattgagtaagcatatatgagttgaaccttT-T-TTT-A--CCCCCCCCCCCCAAAA------------GACTTATATG-C--GAGT--ATATATGaac
gi|16 : cagttt-T-TTT-A--CTCAC-------AAAAAA-----TT---GACTTATATG-A--GAGT--ATATATGGTttat
gi|11 : --CCCCCCC-----GAAAAAAAC--C----GACTTATATG-C--GAAT--ATATACGGTatatgc
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333
lowQualScore : 77 4 8 55 66 2 5 33 2 2222222 6666666666 3 44 77
lowQualScore : .. . . .. .. . . .. . ....... .......... . .. ..
lowQualScore : 99 0 0 00 99 7 3 44 5 1111111 6666666666 3 66 99
consensus : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
Reference ( family-5092 ) : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAN-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
gi|1 : AA-CT-TTT-A--CTACCCC-----ATAAAA-----CT---GCTTTATATG-CCAGAGT--ATACAAGGT
gi|10 : aatttttttatggcaattgagtaagcatatatgagttgaaccttAGTCTGGGGCA-T--GAC--TTTAG-ATCGAC-TT-TTT-AAGCT-----------AAAAA-----------ACTTATATG-C--GAGTG-ATA-GCGGTaac
gi|11 : --CCCCCCC-----GAAAAAAAC--C----GACTTATATG-C--GAAT--ATATACGGT
gi|12 : gaacgttttttttatccccccGCA-T-A------TCAGGATCGAC-TT-TTTTA--CTCCCCC-----AAAAAAA----C----TATTTATATG-T--GAGT--ATATACGGTa
gi|13 : TCGGGATCGAT-TTATTT-C--CTCCC---------AAAATTCCCC----GACTTGTATG-C--GAGT--ACATAC
gi|14 : -TT-TTT-A--CCCCCCCCCCCCAAAA------------GACTTATATG-C--GAGT--ATATATGatgtac
gi|15 : cagtttC--TCCAGGATCGTA-AT-TTT-A---TCCCC---------AAA-----C----GACTTATATGCC--GAGT--AATTACGttat
gi|16 : T-TTT-A--CTCAC-------AAAAAA-----TT---GACTTATATG-A--GAGT--ATATATGGT
gi|2 : ATATAAGTC--AGAAA-T-ATAC--TTCCGG-TCGATATC-TTT-A--CTGACCC-----AAAAAAAAA--C----AACTTAAATG-C--GAGT--ATATAatatgc
gi|3 : aataatcgcaCA-T-AGAC--ATCAGGGTCGAC-TT-TCT-A--CT-CCAC-----AAAATACCC--C----GACTTATATG-C--AAGTTAATATACGGTattatggtac
gi|4 : gtattaagatcaATATAAGTT--GGACA-T-AGAC--TTCAGGCTCGA--TG-TTT-A--CTCCCCC-----ac
gi|5 : ACATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAA-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGTttaacgacaagctacacttgagcaatgcgagtattta
gi|6 : tgAAGTC--CGGCACT-AG-C--TTTAGGATCGTT-TT-TTTCA--CTCCCC------AAAAAA-----C----GACTTA
gi|7 : GCA-TGAGAC--TCCAGGATGGAT-AT-TTT-A--CT-TCCA-----AAAAAA-----CCTTGAACTTATATG-T--GAGC--ATATATGGTaaaaatatggagacatgtaaaacg
gi|8 : agcAAGTC--GGACA-T-AAAC--TTCAGGGTCGAC-TT-TCT-A--CTCC
gi|9 : aaatattatgacattagtactcgcatcaATATAAGTC--GGATA-TAAGACCTCTCAGGATTG-C-TT-TCT-A--CTCCaaa
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333
lowQualScore : 77 4 8 55 66 2 5 33 2 2222222 6666666666 3 44 77
lowQualScore : .. . . .. .. . . .. . ....... .......... . .. ..
lowQualScore : 99 0 0 00 77 7 3 44 5 1111111 6666666666 3 66 99
consensus : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
Reference ( family-5092 ) : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
gi|1 : T-TTT-A--CTACCCC-----ATAAAA-----CT---GCTTTATATG-CCAGAGT--ATACAAGGT
gi|10 : aatttttttatggcaattgagtaagcatatatgagttgaaccttaacAGTCTGGGGCA-T--GAC--TTTAG-ATCGAC-TT-TTT-AAGCT-----------AAAAA-----------ACTTATATG-C--GAGTG-ATA-GCGGTaac
gi|11 : --CCCCCCC-----GAAAAAAAC--C----GACTTATATG-C--GAAT--ATATACGGT
gi|12 : gaacgttttttttatccccccGCA-T-A------TCAGGATCGAC-TT-TTTTA--CTCCCCC-----AAAAAAA----C----TATTTATATG-T--GAGT--ATATACGGTa
gi|13 : TCGGGATCGAT-TTATTT-C--CTCCC---------AAAATTCCCC----GACTTGTATG-C--GAGT--ACATAC
gi|14 : -TT-TTT-A--CCCCCCCCCCCCAAAA------------GACTTATATG-C--GAGT--ATATATGatgtac
gi|15 : cagtttC--TCCAGGATCGTA-AT-TTT-A---TCCCC---------AAA-----C----GACTTATATGCC--GAGT--AATTACGttat
gi|16 : T-TTT-A--CTCAC-------AAAAAA-----TT---GACTTATATG-A--GAGT--ATATATGGT
gi|2 : ATATAAGTC--AGAAA-T-ATAC--TTCCGG-TCGATATC-TTT-A--CTGACCC-----AAAAAAAAA--C----AACTTAAATG-C--GAGT--ATATAatatgc
gi|3 : aataatcgcaCA-T-AGAC--ATCAGGGTCGAC-TT-TCT-A--CT-CCAC-----AAAATACCC--C----GACTTATATG-C--AAGTTAATATACGGTattatggtac
gi|4 : gtattaagatcaATATAAGTT--GGACA-T-AGAC--TTCAGGCTCGA--TG-TTT-A--CTCCCCC-----ac
gi|5 : ACATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAA-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGTttaacgacaagctacacttgagcaatgcgagtattta
gi|6 : tgAAGTC--CGGCACT-AG-C--TTTAGGATCGTT-TT-TTTCA--CTCCCC------AAAAAA-----C----GACTTA
gi|7 : GCA-TGAGAC--TCCAGGATGGAT-AT-TTT-A--CT-TCCA-----AAAAAA-----CCTTGAACTTATATG-T--GAGC--ATATATGGTaaaaatatggagacatgtaaaacg
gi|8 : agcAAGTC--GGACA-T-AAAC--TTCAGGGTCGAC-TT-TCT-A--CTCC
gi|9 : aaatattatgacattagtactcgcatcaATATAAGTC--GGATA-TAAGACCTCTCAGGATTG-C-TT-TCT-A--CTCCaaa
blockSeqs : . C G CT TA A T AG C CCCCCCC TTCCCC C . TA
blockSeqs : . . A . C . C . C CC CCTTG . . G
blockSeqs : . . . . T . . . C CC AACC . . .
blockSeqs : . . . . A . . . C CC AAAC . . .
blockSeqs : . . . . C . . . C AC CCCC . . .
blockSeqs : . . . . A . . . C CC AC . . .
blockSeqs : . . . T . . . G CC TT . . .
blockSeqs : . . . T . . . C CA C . . .
blockSeqs : . . . C . . . C C C . . .
blockSeqs : . C . . . C C C . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . C . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** C********* **
originalCons : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
finalCons : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAAC---------GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333333
lowQualScore : 77 4 8 55 66 2 5 33 2 2222222 6666666666 3 44 77
lowQualScore : .. . . .. .. . . .. . ....... .......... . .. ..
lowQualScore : 99 0 0 00 77 7 3 44 5 1111111 6666666666 3 66 99
consensus : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
Reference ( family-5092 ) : NNATATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAC-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGT
gi|1 : T-TTT-A--CTACCCC-----ATAAAA-----CT---GCTTTATATG-CCAGAGT--ATACAAGGT
gi|10 : aatttttttatggcaattgagtaagcatatatgagttgaaccttaacAGTCTGGGGCA-T--GAC--TTTAG-ATCGAC-TT-TTT-AAGCT-----------AAAAA-----------ACTTATATG-C--GAGTG-ATA-GCGGTaac
gi|11 : --CCCCCCC-----GAAAAAAAC--C----GACTTATATG-C--GAAT--ATATACGGT
gi|12 : gaacgttttttttatccccccGCA-T-A------TCAGGATCGAC-TT-TTTTA--CTCCCCC-----AAAAAAA----C----TATTTATATG-T--GAGT--ATATACGGTa
gi|13 : TCGGGATCGAT-TTATTT-C--CTCCC---------AAAATTCCCC----GACTTGTATG-C--GAGT--ACATAC
gi|14 : -TT-TTT-A--CCCCCCCCCCCCAAAA------------GACTTATATG-C--GAGT--ATATATGatgtac
gi|15 : cagtttC--TCCAGGATCGTA-AT-TTT-A---TCCCC---------AAA-----C----GACTTATATGCC--GAGT--AATTACGttat
gi|16 : T-TTT-A--CTCAC-------AAAAAA-----TT---GACTTATATG-A--GAGT--ATATATGGT
gi|2 : ATATAAGTC--AGAAA-T-ATAC--TTCCGG-TCGATATC-TTT-A--CTGACCC-----AAAAAAAAA--C----AACTTAAATG-C--GAGT--ATATAatatgc
gi|3 : aataatcgcaCA-T-AGAC--ATCAGGGTCGAC-TT-TCT-A--CT-CCAC-----AAAATACCC--C----GACTTATATG-C--AAGTTAATATACGGTattatggtac
gi|4 : gtattaagatcaATATAAGTT--GGACA-T-AGAC--TTCAGGCTCGA--TG-TTT-A--CTCCCCC-----ac
gi|5 : ACATAAGTC--GGGCA-T-AGAC--TTCAGGATCGAA-TT-TTT-A--CTCCCCC-----AAAAAA-----C----GACTTATATG-C--GAGT--ATATACGGTttaacgacaagctacacttgagcaatgcgagtattta
gi|6 : tgAAGTC--CGGCACT-AG-C--TTTAGGATCGTT-TT-TTTCA--CTCCCC------AAAAAA-----C----GACTTA
gi|7 : GCA-TGAGAC--TCCAGGATGGAT-AT-TTT-A--CT-TCCA-----AAAAAA-----CCTTGAACTTATATG-T--GAGC--ATATATGGTaaaaatatggagacatgtaaaacg
gi|8 : agcAAGTC--GGACA-T-AAAC--TTCAGGGTCGAC-TT-TCT-A--CTCC
gi|9 : aaatattatgacattagtactcgcatcaATATAAGTC--GGATA-TAAGACCTCTCAGGATTG-C-TT-TCT-A--CTCCaaa