lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 111 666666666666666666666666666666666666666666 1111 33333333 1111 2222222222222222222 22 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 444444444 1 1111 11 1 55555555555 333333333 3 1 1 6666666666666666666666666666 11 0000000000000000000000000000000
lowQualScore : 5 5 55555555555555 111 111111111111111111111111111111111111111111 4 4444 88 1 00000000 0000 66 6666666666666666666 5 3 00 1 11111 4 777 55 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 00 444444444 6 2 2 7777 2 33 0 22222222222 666666666 3 0 5 4 7777777777777777777777777777 11 4 3333333333333333333333333333333 0 55 4 99999 4
lowQualScore : . . .............. ... .......................................... . .... .. . ........ .... .. ................... . . .. . ..... . ... .. ................................................................. . .. ......... . . . .... . .. . ........... ......... . . . . ............................ .. . ............................... . .. . ..... .
lowQualScore : 7 0 99999999999999 000 777777777777777777777777777777777777777777 4 4444 88 7 44444444 5555 88 8888888888888888888 5 1 22 1 55555 0 000 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 22 888888888 7 0 5 3333 5 88 5 33333333333 777777777 8 2 5 5 0000000000000000000000000000 00 4 9999999999999999999999999999999 5 55 4 11111 4
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACC-CAA----------ATG-GACAT-CCAAATGAA-AT-----T----A-A-A------TGC--A--TAT-C-GAA-TGCA---NC-GAAATGCACAATGAA----TT-CATTTCAAT---GAACTT-AAATGCATAT-C---GAAATGCA---GCGAAAATGCACA-TTGAATT---C-ATTTC-A---A--T-GA----A----C-T-TTAAA-----TGAA---G-ANCAGTGAA---AAAA---AANC---GNA-T-G-NTTTAATTA--------TAAA-ACTNCANACGTCTCCATT--AAAAAAAAAANAAACAAA---AAACAAACAAAAAA-TTTTAGCAAA-CGAACCTGTAACCAAAAAT-TAAAAAAAAAAAN---TTGT-T--AATCT--TTTTT-TTTCTATTA-ACGGTG---CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( gi|1 ) : GGTGCGTCTAT-TTACC-CAA----------ATC-GACAT-CCAAACGAA-AT----AT----A-A-A------TGC--A--T---C-GAA-TGCA---GC-AAAATGCACAATGAA----AT-CATTTCAAC---GAACTT-AAATGCATAT-C---GAAATGCA---GCAAAAATGCACA-TGGAATT---C-ATTTC-A---A--T-GA----A----C-TATTAAA---C-TAAA---G-AACAGT------AAAA---ACCC---GCA-T-G-ATTTAATTA--------TAAA-ATTGCATATGTCTCCATT--AAAGAAAAAAAAAACAAATACAAACAAACAAAAAAATTTTAGCAAAACGAACTTGTAACCGAAAATTTAAATAAAAAAATT--TTGT-T--AATCT--TTTTT-TTTCTATTATACGGCG--ACCCATCTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|6 : GGTGTGTCTAT-TTACC-CAA----------GTG-GATAC-CCAAATGAA-CT-----T----A-A-A------TGC--AAAT---T-GAA-TGCA---GC-AAAATGCACATTGAA----TT-TATTTCAA
gi|17 : gGTGCGTCTAT-TTACC-CAA----------ATG-GACAT-CCAAATAAA-CT-----T----A-T-A------TGCATA--T---C-GAA-TGCA---TC-AAAATGCACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|9 : GCGCGTCTAT-TTACC-CAA----------AAG-GAC---CCAAATGAACATCCAAAT----A-A-ACTCCAATGC--A--TAT-T-GAA-TGCA---CC-TAAGTGCACACTGAA----TT-CATTTCAA
gi|8 : GCGCGTCGATGTTACC-CAA----------ATCCGAC---CCATA-----------AT----A-A--------------------C-CAA-TG-----GC-GA--CCCA-AATGGA-----------TCAACCAAGAACTT-TAAAGCATAT-----GAA--GCA---CCAAAA-TGCACA-TA----T---C-ATTTTTA---A--T--A----A----C-T-TTAAA-----TGAA---G-ACCAGT------AAAA---AATC---GCA-T-G-TTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaacactttttaaaaatacattaaaatagaatactacatttcttgatttaaaatttctgaaataa
gi|19 : GCGTCGAT-TTACC-CAA----------ATG-GAC---CCAAACGGACAT----CC----A-A-A------TGtcatgtgaacactttttaaaaaatacatttaaaataaaactacaattatctataatttgaat
gi|2 : TCTAT-TTACC-CAAAAGGACCAATATG-GACAT-CCAAATGTA-CT-----T----A-A-A------TGCATA--T---CGGAA-TGC----GC--AAATTCAC-ATGAA----TT-CATTTCAAT---GAACTT---GT-TATAA-A---GAA---CA---GTGAAAA---AAA-TGGA--T---T-GTTTT-A---A--T-TA----A----a
gi|11 : aCTAT-TTACGACAA----------ATC-GACATGCAAAATG---AT----TT----A-ATT------TGC--A--TATGC-GAA-TGCAATGGCAAAAATGCAC-ATGAATTACAT--ATTTCAAaaataacttttttaaaaattccattagaatagaataccagagaacattatatgttttatatggatcgagaatacgtaagtctgattctaaaaaaaaaaaacatgatgaaatatgattttttttctataacagtgcccagctcttgtatggatggcatccctattattctctctctttaca
gi|16 : -CAA----------AT--GACAT-ACACAATAA-AT----ATCTTAATA-A------TGC--A--TAT-T-GAAATGCA---CC-AAAATGCACATTGAA----AT-tctgagacttttgaatgaagaacaagcacagatataatcgcagtgtttctaataaaaaacagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|5 : AT-CCAAATGAA-CT-----T----A-A-A------TGC--A--TAT-T-GAA-TGCA---CC-GAAATGCACATTTAA----TT-CA-TTCAAT---AAACTT-TAATGAAGAT-C-----AGTG-------AAAAA---AAA-TTGAAT------GTTTT-A---A--T-TAAAACA----C-T-TTAAAATGCATAGAATGG-AACACT------AA------------GTATT-G-ATTTAAtcgatt
gi|3 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-CCAAATGAA-AC----TT----A-A-A------TGCT-A--T-----GAA-TGCA----C-GAAATGCACATTTAA----TTTCATT-CAAT---AAACTTTAAGTG-AGAT-CAGTGAAA---A---ATAAAATTG-AGA-TG---TT------TTTT-A---A--TTGA----AAACAC-T-TTAAA------AAT---G---CAGT------AGAAGGAACACTAAGTA-TTG-ATTTAAaagacaaaaacatgataaaatat
gi|16 : ATACACAAT-AA----AT--ATCTTAAT-----------AATGCATAT-T---GAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAAATT---CGATTaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|17 : caaatgacAATGGA-------CATCCAAAT---AAACTT-ATATGCATAT-C---G-AATGCA---TC-AAAATGCACA-
gi|9 : gtgcgtctatttacccaAATGAA-------CATCCAAAT---AAACTC-CAATGCATAT-T---GAA-TGCA---CCTAAG-TGCACA-CTGAATT---C-ATTTC-A---A--
gi|2 : gcgcgtctatttacccaaaaggacccaATGGA-------CATCCAAAT---GTACTT-AAATGCATAT-C---GGAATGC----GC--AAATTCACA-T-GAATT---C-ATTTC-A---A--T-GA----A----CTTGTTA-------TAAA---G-AACAGTG-----AAAA---AAAT---GGATT-G-TTTTAATTA---------AAA-ATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaacactttttaaaaatacattaaaatagaatactacatttcttgatttaaaatttctgaaataa
gi|6 : atctatttacccaaaaggaccaatAAT---GAACTT-AAATGCAAAT-T---GAA-TGCA---GCAAAA-TGCACA-TTGAATT---T-ATTTC-A---A--N-NN----N----N-NNNNNNN---N-NNNN---N-NNNNNN------NNNN---NNNN---NNN-N-N-NNNNNNNNN--------AAAC-ACTTTAGA-GTCTTCATT--AAAAAAAAaacttttttaaaaattccattagaatagaataccagagaacattatatgttttatatggatcgagaatacgtaagtctgattctaaaaaaaaaaaacatgatgaaatatgattttttttctataacagtgcccagctcttgtatggatggcatccctattattctctctctttaca
gi|5 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaAAT---GAACTT-AAATGCATAT-T---G-AATGCA----CCGAAATGCACA-TTTAATT---C-A-TTC-A---A--T-AA----A----C-T-TTAA------TGAA---G-ATCAGTGAA---AAAA---AATT---GAA-T-G-TTTTAATTAAAACACTTTAAA-A-TGCATAtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|4 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccaAAT---GAACTT-AAATGCATAT-T---G-AATGCA----C-GAAATGCACA-T----TT---A-ATTTC-ATTCA--T-AA----A----C-T-TTAAG---T-TTGA---G-ATCAGTGAA---AAAA---AATT---GAA-T-GTTTTTAATTG---------AAA-Agaatggaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatat
gi|18 : aAT---GAA-TT-AAATGCGTAT-T---G-AATGCAC--GGGAAAGTGC-CA-TTTAATT---C-Acactttaaaatgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|11 : TGCATATGC---GAA-TGCAATGGCAAAAATGCACA-T-GAATTACAT-ATTTC-A---ATCT-GAG---A----C-TTTTGAA-----TGAA---G-AACA
gi|10 : ctatttacgacaaatcgacatgcaaaatgatttaatt----A----C-TATTAA------TAGA---GGAACAGTTAAAAAAGAA---ACCC---G-A-T-G-ATTTAATTA--------TAAACACTTCAGAT--CTC-ATT--AAAAGAAAAAG----------AAACAAACAAAAAA-----AGCACACAGAAACTCTAAACAAA---------AAAAAAACA--TTG---------------TT-TTTTTAATA-ACAGTG----CCATCCGTTGA-------ATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTTagcacagatataatcgcagtgtttctaataaaaaacagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|13 : AAA-AATGCAT-CATCTCCATT--TAA-AACAAAAAAATAAA---AAACACAT-------TTTTAGCAAA-CAAATCTGTAACCAAATATATAAAAGAAAAAAAGAATTGTCT--AATCT--TTTTTATTTC----ATAACGTG---CCC-TCTCTTG-C----ATATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTatg
gi|12 : ATGTCTCCATTTAAAAGAAAAAACAAACAAACAAAAATAA-CAAAAAA-TTTTAGCAAA-CGAACT-GTAACC-AAAATTTAAA--AAAAAAT-----GT-T--AATCT--TTTTT-TTTCTAT-A-ACGGTG---CCCAT-TCT----CTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|15 : aatgcTTTTAGCAAA-CGAACT-GTAACCAAAA-------TAAAA---------GT-T--AATCT--TTTTT-TTTTTTTTTTACAACGGTGCCCATCT------CTTGACATGGGT--GTCtgtgc
gi|2 : TCTAAAAAAAAAAAAC--ATGA-TGAAATATGATTTTT-TTTCTAT-A-ACAGTG---CCCAGCTCTTG-------TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCT
gi|4 : atctatttacccaaaaggaccaatatggacatccaaatgtacttaaatgcatatcggaatgcgcaaattcacatgaattcatttcaatgaacttgttataaagaacagtgaaaaaaatggattgttttaattaaaaataacttttttaaaaattccattagaatagaataccagagaacattatatgttttatatggatcgagaatacgtaagtctgatTTTT-TTTCTA-TA-ACGGTG---CCCAGCT-------TTGCCATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTctctctttaca
gi|14 : aaatgaacttaaatgcatattgaatgcacgaaatgcacatttaatttcattcataaactttaagtttgagatcagtgaaaaaaaattgaatgtttttaattgaaaacactttaaaatgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggTTTT-TTTCTAT-A-ACGGTG---CCCAGCTTTTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTTgcgt
gi|3 : atttaaaagacaaaaaaatgataaaaactatgggTTTT-TTTCTA-TA-ACGGTG---CCCAGCT-------TTGCCATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTtgcg
gi|6 : tccaaatgaaacttaaatgctatgaatgcacgaaatgcacatttaatttcattcaataaactttaagtgagatcagtgaaaaataaaattgagatgttttttaattgaaaacactttaaaaatgcagtagaaggaacactaagtattgatttaaaagacaagaacatgataaaatatgggT-TTCCTAT-A-ACGGTG---CCCAGCTCTTG--C----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaaatgaacttaaatgcaaattgaatgcagcaaaatgcacattgaatttatttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctaCATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTtgtta
Alignments
lowQualScore : 2222222222 1111111111 11 11 111111 1111 111111 111111 1111111 1111111111 111111111111111111111 1 1 1 33333333333 11 1111111 1 111111111111 1 55555555555555555555555555 222222 3333333
lowQualScore : 5 5 1111111111 5 5 9999999999 3 666 11 4 0 00 7 7777 1 000000 33 3 33 2 0000 0 999999 1 555555 2 666 3 6 5555555 3 3 6 9999999999 6666 3 3 555 8888 2 1 3 3 6 888888888888888888888 999 3 6 66 3 777 1 1 6 99 6 11111111111 999 44 1 1 3333333 6 6 3 99 999999999999 777 4 0 2 11111111111111111111111111 777777 4 4 7 6 8888888 55 4 777 0 4
lowQualScore : . . .......... . . .......... . ... .. . . .. . .... . ...... .. . .. . .... . ...... . ...... . ... . . ....... . . . .......... .... . . ... .... . . . . . ..................... ... . . .. . ... . . . .. . ........... ... .. . . ....... . . . .. ............ ... . . . .......................... ...... . . . . ....... .. . ... . .
lowQualScore : 7 0 9999999999 0 0 4444444444 6 444 88 0 9 44 5 1111 7 111111 88 1 44 9 8888 4 888888 5 999999 5 888 1 2 0000000 3 3 7 7777777777 5555 1 1 444 6666 0 0 3 3 1 777777777777777777777 666 6 2 11 3 888 0 0 2 22 7 22222222222 444 00 0 0 3333333 7 7 5 22 000000000000 000 0 4 0 11111111111111111111111111 444444 0 0 5 6 0000000 00 0 000 9 0
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TG-GA-C----------ATCCAAA-TGA---AC-T-TAAATGCATAT-CGAATGCANCG----AAATGCACAATGAA-TT---CA-TTTCAA--TGA-A-C--TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-T-T---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----T-TT-A---AA--T-GAAGANC-A-GTGAAAA--A---A--AATC---G-NA-TG--TTT-TAATTAAAA--A-AC---TTCAGA-GTCTCCATT--AAAA-AAAAAANAAACAAA---AAACA-AAC-AAAAAATTTTA---G---C-AAAC-GAACCTGTAA--CCAAAAA-T-T---AA---A-AAA-AAAAANNTGN-T--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( family-4997 ) : GGCGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TG-GA-C----------ATCCAAA-TGA---AA-T-TAAATGCATAT-CGAATGCANCG----AAATGCACAATGAA-TT---CA-TTTCAA--TGA-A-C--TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-T-T---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----T-TT-A---AA--T-GAAGANC-A-GTGAAAA--A---A--AANC---G-NA-TG--NTT-TAATTATAA--A-AC---TNCANACGTCTCCATT--AAAA-AAAAAANAAACAAA---AAACA-AAC-AAAAAATTTTA---G---C-AAAC-GAACCTGTAA--CCAAAAA-T-T---AA---A-AAA-AAAAANTTGT-T--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|1 : GGTGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TC-GA-C----------ATCCAAA-CGA---AA-TATAAATGCAT---CGAATGCAGCA----AAATGCACAATGAA-AT---CA-TTTCAA--CGA-A-C--TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCAAAAATGCACATGG-A-A-T-T---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----TATT-A---AAC-T-AAAGAAC-A-GT---AA--A---A--ACCC---G-CA-TG--ATT-TAATTATAA--A-AT---TGCATATGTCTCCATT--AAAG-AAAAAAAAAACAAATACAAACA-AACAAAAAAATTTTA---G---CAAAAC-GAACTTGTAA--CCGAAAATT-T---AA---ATAAA-AAAATTTTGT-T--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----ATACGGCGACCCATCTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|10 : ----AC----T-AT-T---AA--TAGAGGAAC-A-GTTAAAA--A---AGAAACC---C-GA-TG--ATT-TAATTATAA--ACAC---TTCAGA--TCTC-ATT--AAAA-GAAAAAG----------AAACA-AAC-AAAAAA----A---G---C-ACACAGAAACTCTAA--AC------------AA---A-AAA-AAAACATTG----------------------TTTTTTTAAT----A-ACAGTG--CCA--TC-CG---TTG-AATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTT
gi|11 : CTAT-TTACGACAAA----------TC-GA-C----------ATGCAAAATGATTTAA-T-T---TGCATATGCGAATGCAATGGCAAAAATGCAC-ATGAA-TTACATA-TTTCAATCTGAGA-CTTTTGAATGatg
gi|11 : ATCG----ACATGCAAAATGAT-TT---AA-TTT--------------------GCATATGCGAA-TGCAATGGCAAAAATGCACA-TG-A-A-T-TACAT-ATTTC-A-A-TCTGAGA----CT----T-TT-G---AA--T-GAAGAACAA-GCACAGAT-A---T--AATC---G-CAGTG--TTTCTAA-TAAAA--A-AC---aagaacaagcacagatataatcgcagtgtttctaataaaaaacagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|12 : ctatttacgacaaATGTCTCCATTTAAAAG-AAAAAACAAACAAAC--AAAAATAAC-AAAAAATTTTA---G---C-AAAC-GAAC-TGTAA--CCAAAAT-T-T---AA---A-AAA-AAA----TGT-T--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCA-TTCT----CTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|13 : aatgcAA--A-AA---TGCAT-CATCTCCATT--TAAA-ACAAAA-AAATAAA---AAACA-CAT-------TTTTA---G---C-AAAC-AAATCTGTAA--CCAAATA-TAT---AAAAGA-AAA-AAAGAATTGTCT--AA--T--CT--T---TTTTATTTCA-T----A-AC-GTG-CCC-TCTCTTG--CAT---ATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTtgtgc
gi|14 : -T-T---AA---A-AGACAAAAAAATGA-T--AA--AAACTA-TGGGTTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTTTTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTT
gi|15 : atTTTTA---G---C-AAAC-GAAC-TGTAA--CCAAAA----T---AA---A-A-----------GT-T--AA--T--CT--T---TTTTTTTTTTTTTTACA-ACGGTG-CCCATCTCTTG-----A-CATGGGT--GTCtgcg
gi|16 : AATG----ACATACACAATAAA-T-----A-TCTTAA--T-----------AATGCATAT-TGAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAA-A-T-T---CGATT
gi|17 : caGTGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TG-GA-C----------ATCCAAA-TAA---AC-T-TATATGCATAT-CGAATGCATCA----AAATGCACA
gi|18 : A--TGA-A----TTAAATGCGTAT-TG-AATGCAC--GGGAAAGTGC-CATTT-A-A-T-T---C-A
gi|19 : GCGTCGAT-TTACC-CAAA----------TG-GA-CCCAAACGGACATCCAAA-TGA---
gi|2 : ATGGA------CA-TCCAAA--TGT-A-C--TTAAATGCATAT-CGGAATGC----GC--AAATTCACAT-G-A-A-T-T---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----T-TG-T---TA--T-AAAGAAC-A-GTGAAAA--A---A--A--T---G-GATTG--TTT-TAATTAAAAATA-ACTTTTTTAAAAAT-TCCATT--AGAATAGAATAC---CAGA---GAAC---AT-TATATGTTTTATATGGATC-GA---GAATACGTAAGTCT---GA-T-TCTAAA---A-AAA-AAAAACATGA-TGAAA--T--ATGAT---TTTTTTTCTA-T----A-ACAGTG-CCCAGCT------CTTG-TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCT
gi|3 : atctatttacccaaaaggaccaatTCCAAA-TGA---AACT-TAAATGC-TAT--GAATGCA-CG----AAATGCACATTTAATTT---CA--TTCAA--TAA-A-CT-TTAAGT--------GAGAT-CA---GTGAAAAATAAAATTG-AGA-T-G---T-TTTTT-A-ATT----GAAAACAC----T-TT-A---A------AAATGC-A-GTAGAAG--G---A--ACACTAAG-TATTG--ATT-TAActctctttaca
gi|3 : AA--TGA-AAC--TTAAATGC-TAT---GAATGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATT-T---C-A-TTC-A-A-T----AA----AC----T-TT-A---AG--T-G-AGATC-A-GTGAAAAATA---A--AATT---GAGA-TGTTTTT-TAATTGAAA--ACAC---TTTAAAaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|3 : tcca-T-T---AA---A-AGACAAGAACATGA-T--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTaatgcagtagaaggaacactaagtattgatttaaaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : tccaaatgaaacttaaatgctatgaatgcacgaaatgcacatttaatttcattcaataaactttaagtgagatcagtgaaaaataaaattgagatgttttttaattgaaaacactttaaaaatgcagtagaaggaacactaagtattgatAAA-TGA---AC-T-TAAATGCATAT-TGAATGCA-CG----AAATGCACATTTAATTT---CA-TTC--A--TAA-A-CT-TTAAGT-----T-TGAGAT-CA---GTGAAAA--AAAATTG-A-A-TGT------TTTT-A-ATT----GAAAACAC----T-TTAA---AA--T-GCATAGA-ATGTGAACA--C---T--AA-----G-TATTG--ATT-TAAtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : AA--TGA-A-C--TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATT-T---C-ATTC----A-T----AA----AC----T-TT-A---AGTTT-G-AGATC-A-GTGAAAA--A---A--AATT---G-AA-TGT-TTT-TAATTGAAA--ACAC---TTTAAAaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|4 : a-T-T---AA---A-AGACAAAAACATGA-T--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTatgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|5 : aaatgaacttaaatgcatattgaatgcacgaaatgcacatttaatttcattcataaactttaagtttgagatcagtgaaaaaaaattgaatgtttttaattgaaaacactttaaaatgcatagaatgtgaacactaagtattgat----------ATCCAAA-TGA---AC-T-TAAATGCATAT-TGAATGCACCG----AAATGCACATTTAA-TT---CA--TTCAA--TAA-A-C--TTTAATGAAGAT--------CA---GTGAAAA--AAAATTG-A-A-T-------GTTTT-A-A-T----TAAAACAC----T-TT-A---AA--gcgt
gi|6 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTGTGTCTAT-TTACC-CAAG----------TG-GA-T----------ACCCAAA-TGA---AC-T-TAAATGCAAAT-TGAATGCAGCA----AAATGCACATTGAA-TT---TA-TTTCAA--atgcatagaatggaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatat
gi|6 : gAA--TGA-A-C--TTAAATGCAAAT-TGAA-TGCA---GC-AAAATGCACATTG-A-A-T-T---T-ATTTC-A-A-N----NN----NN----N-NN-N---NN--N-NNNNNNN-N-NNNNNNN--N---N--NNNN---N-NN-NN--NNN-NNNNNA-AA--C-AC---TTTAGA-GTCTTCATT--AAAA-AAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|6 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaA-T-T---AA---A-AAA-AA--------------------T--C---CTATTTCCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--C----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaaatgaacttaaatgcaaattgaatgcagcaaaatgcacattgaatttatttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttc-ATTTC-A-A-T----AA----AT----T-AT-ATTTAA--T-GAAGATC-A-G-GAAAA--ATATA--AGTT---G-AA-TG--TTT-T-ATTG-AA--A-CC---CTCAGAtgtta
gi|7 : a-CATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTgatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaccatggatgtcattactaatttagtttttgtcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : aatttcaataaattatatttaatgaagatcaggaaaaatataagttgaatgttttattgaaaccctcagagatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcacGCGCGTCGATGTTACC-CAAA----------TCCGA-C------------CCA--------------TAA-----TAA-CCAATG--GCG----A--CCCA-AATGGA-TC---AA-C--CAA---GA-A-C--TTTAAAGCATAT--GAA--GCA---CC-AAAATGCACAT-----A-T-----C-ATTTTTA-A-T-----A----AC----T-TT-A---AA--T-GAAGACC-A-GT---AA--A---A--AATC---G-CA-TG--TTT-Tcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : ACC-CAAA----------TG-GATC----------AACCAA---GA---AC-T-TTAAAGCATAT--GAA-GCACCA----AAATGCAC-ATA----T---CATTTTTAA--TAA-C-T--TTAAATGAAGAC--------CA---GTAAAAAATCGCAT-----G-T-T------TTTC-ATG-T----GA----ACACTTT-TT-A---AA-----AAATAC-A-TTTAAAA--T---A--AAAC---tcatgtgaacactttttaaaaaatacatttaaaataaaactacaattatctataatttgaat
gi|9 : gcgcgtcgatgttacccaaatccgacccataataaccaatggcgGCGCGTCTAT-TTACC-CAAAAGGACCCAAATG-AA-C----------ATCCAAA-TAA---AC-T-CCAATGCATAT-TGAATGCACCT----AAGTGCACACTGAA-TT---CA-TTTCAA--tacaattatctataatttgaat
Alignments
lowQualScore : 2222222222 11111 1 1111 111111 111111 111 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 3333333
lowQualScore : 6 5555555555 5 5 77 5 0 5 11111 1 1 2 1 4 5 2 2222 4 1 666 666666 999999 4 111 3 6 77777 3 3 3 6666 6666 6666 2 0 555 777 2 2 1 5 7777777 99 555 33 88 44 3 7777777777 3 3 55 8888 44 7777 8 55 0000 66 5 88 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777777 4 4 7 6 8888888 55 4 777 0 4
lowQualScore : . .......... . . .. . . . ..... . . . . . . . .... . . ... ...... ...... . ... . . ..... . . . .... .... .... . . ... ... . . . . ....... .. ... .. .. .. . .......... . . .. .... .. .... . .. .... .. . .. ........................................................................................................................ ...... . . . . ....... .. . ... . .
lowQualScore : 7 0000000000 7 7 11 0 2 0 11111 4 4 4 4 4 3 7 8888 4 9 333 000000 222222 5 111 3 7 11111 1 1 1 5555 1111 1111 9 4 000 666 9 1 0 7 7777777 66 000 99 55 11 1 6666666666 1 3 55 8888 22 7777 2 55 6666 99 0 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444444 0 0 5 6 0000000 00 0 000 9 0
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GA-CATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCA-TTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----T-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--T----T-TAA-TTA-AAA--A-A--CTTT----AGA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAANAAAC------AA---A---AAACA--AC-AA-AAAATTTTA---G---C-AAAC-GAACCTGTA-A--CCAAAAA-T-T---AA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( family-4997 ) : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GA-CATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCA-TTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----T-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--T----T-TAA-TTA-AAA--A-A--CTTC----AGA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAANAAAC------AA---A---AAACA-AAC-AA-AAAATTTTA---G---C-AAAC-GAACCTGTA-A--CCAAAAA-T-T---AA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|1 : GGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TC-GA-CATCCA-AACGAA-ATAT--AAATGCAT--CGAATGC-AGCAAAATGCACAATGAA-ATCA-TTTCAACGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCAAAAATGCACATGG-A-A-TT---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----TATTA---AAC-T-AAAGAAC-AGT-------AA--A---A--ACC-CG-CA-TG--A--T----T-TAA-TTA-TAA--A-A--TTGC----ATATGTCT----CCATT--AAAG-AAAAAAAAAAC------AA---ATACAAACA-AACAAA-AAAATTTTA---G---CAAAAC-GAACTTGTA-A--CCGAAAATT-T---AA---ATAAA---AAAATTTTG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----ATACGGCGACCCATCTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|10 : ----AC----T-ATT---AA--TAGAGGAAC-AGT-TAA---AA--A---AGAAAC-CC-GA-TG--A--T----T-TAA-TTATAAA--C-A--CTTC----AGA--TCT----C-ATT--AAAA-GAAAAAGAAAC------AA---A-----------C-AA-AAAA----A---G---C-ACACAGAAACTCTA-A--ACAAAAA----------------A---AAAACATTG----------------------TTTTTTTAAT----A-ACAGTG--CCA--TC-CG---TTG-AATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTT
gi|11 : -ATCGACATGCAAAATGAT-TTAA-TTT----------------GCATATGCGAA-TGCAATGGCAAAAATGCACA-TG-A-A-TTACAT-ATTTC-A-A-TCTGAGA----CT----T-TTG---AA--T-GAAGAACAAGC-ACA---GAT-A---T--AAT-CG-CAGTG--T--T----TCTAA--TA-AAA--A-A--Catg
gi|12 : ctatttacgacaa-GTCT----CCATTTAAAAG-AAAAAACAAAC------AA---AC--AAAAATAAC-AA-AAAATTTTA---G---C-AAAC-GAAC-TGTA-A--CCAAAAT-T-T---AA---A-AAA---AAA----TG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCA-TTCT----CTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|13 : aatgcat-AAA--A-ATGCATC----A----TCT----CCATT--TAAA-ACAAAA-AAAT------AA---A---AAACA-CAT--------TTTTA---G---C-AAAC-AAATCTGTA-A--CCAAATA-TAT---AAAAGA-AAA---AAAGAATTGTCT--AA--T--CT--T---TTTTATTTCA-T----A-AC-GTG-CCC-TCTCTTG--CAT---ATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTtgtgc
gi|14 : -T-T---AA---A-AGAC--AAAAAAATG-AT--AA--AAACTA-TGGGTTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTTTTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTT
gi|15 : atTTTTA---G---C-AAAC-GAAC-TGTA-A--CCAAAA----T---AA---A-A-------------G-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTTTTTTTTACA-ACGGTG-CCCATCTCTTG-----A-CATGGGT--GTCtgcg
gi|16 : -AATGACATACACAATAAA-T--A-TCTTAAT---------AATGCATAT-TGAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAA-A-TT---CGATT
gi|17 : caGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GA-CATCCA-AATAAA-CT-T--ATATGCATATCGAATGC-ATCAAAATGCACA
gi|18 : ATGAA---TTAAATGCGTAT-TG-AATGCAC--GGGAAAGTGC-CATTT-A-A-TT---C-A
gi|19 : GCGTCGAT-TTACCCAAA----------TG-GA-C--CCA-AACGGA-CA-TCCAAATG
gi|2 : ATGGA---CA-TCCAAATGTA-C-TTAAATGCATAT-CGGAATGC----GC--AAATTCACAT-G-A-A-TT---C-ATTTC-A-A-T----GA----AC----T-TGT---TA--T-AAAGAAC-AGT-G-A---AA--A---A--AAT-GG-AT-TG--T--T----T-TAA-TTA-AAAATA-A--CTTTTTTAAAA-AT-T----CCATT--AGAATAGAATAC---C------AG---A---GAAC---AT-TA-TATGTTTTATATGGATC-GA---GAATACGTA-AGTCT---GA-T-TCTAAA---A-AAA---AAAAACATG-ATGAAA--T--ATGAT---TTTTTTTCTA-T----A-ACAGTG-CCCAGCT------CTTG-TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCTa
gi|3 : atctatttacccaaaaggaccaatTCCA-AATGAAACT-T--AAATGC-TAT-GAATGC-A-CGAAATGCACATTTAATTTCA--TTCAATAAA-CTTTAAGT--------GAGAT-CA---GTGAAAAATAAAATTG-AGA-TG---T-TTTTT-A-ATT----GAAAACAC----T-TTA---A------AAATGC-AGTAGAA---GG--A---A--CAC----TA-AG--T--A----T-TGATTTA-AAA--G-A--Cctctctttaca
gi|3 : AATGAAAC-TTAAATGC-TAT---GAATGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-A-TTC-A-A-T----AA----AC----T-TTA---AG--T-G-AGATC-AGT-GAA---AAATA---A--AAT-TGAGA-TGTTT--T----T-TAA-TTG-AAA--ACA--CTTT----AAA-aagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|3 : tcca-T-T---AA---A-AGAC--AAGAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTaatgcagtagaaggaacactaagtattgatttaaaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : tccaaatgaaacttaaatgctatgaatgcacgaaatgcacatttaatttcattcaataaactttaagtgagatcagtgaaaaataaaattgagatgttttttaattgaaaacactttaaaaatgcagtagaaggaacactaagtattgatAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-ATTC----A-T----AA----AC----T-TTA---AGTTT-G-AGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TGT-T--T----T-TAA-TTG-AAA--ACA--CTTT----AAA-ATtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : a-A-A-T----GA----AC----T-T-A---AA--T-GCATAT----T-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAAT----T-TCA-TTC-ATA--A-A--CTTT----A-A-GTTTGAGATCAGT--GAAA-AAAAATTGAATGTTTTTAATTGA---AAACA---C-TTTAAAAT-------G---C-ATA--GAATGTGAACA--CTAAGTA-T-T---GATTTA-AAAGACAAAAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|5 : aAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCGAAA-TGCACATTT-A-A-TT---C-ATT-C-A-A-T----AA----AC----T-TTA---A---T-GAAGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TG--T--T----T-TAA-TTA-AAA--C-A--CTTT----AAA-ATgcgt
gi|6 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccaGGTGTGTCTAT-TTACCCAAG----------TG-GA-TACCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCAAATTGAATGC-AGCAAAATGCACATTGAA-TTTA-TTTCAAgcatagaatggaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatat
gi|6 : gAATGAA-C-TTAAATGCAAAT-TGAA-TGCA---GC-AAAATGCACATTG-A-A-TT---T-ATTTC-A-A------NN----NN----N-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--N----N-NNN-NNN-AAA--C-A--CTTT----AGA-GTCT----TCATT--AAAA-AAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|6 : gggtgtgtctatttacccaagtggataccca-A-A-T----GA----AC----T-T-A---AA--T-GCAAATTGAAT-GCA---GC--A---A--AAT--G-CA-CA--T--TGAATT-TAT-TTC-AAN--N-N--NNNN----NNN-NNNN----NNNNN--NNNN-NNNNNNNNNNN------NN---N---NNNNN-NNN-NA-AACACTTTA---G-----------AGTCT-------TCA-----T-T---AA---A-AAA---AA-----TC-CT--A-----------------TTTCCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--C----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggataccca-ATTTC-A-A-T----AA----AT----T-ATATTTAA--T-GAAGATC-AG--GAA---AA--ATATA--AGT-TG-AA-TG--T--T----T-T-A-TT--GAA--A-C--CCTC----AGA-Gtgtta
gi|7 : a-CATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaccatggatgtcattactaatttagtttttgtcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : aatttcaataaattatatttaatgaagatcaggaaaaatataagttgaatgttttattgaaaccctcagagatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcacGCGCGTCGATGTTACCCAAA----------TCCGA-C--CCATAAT-AA-CC-----AATG----------GCGACCCAAATG---GATCAA-C-------CAA-GAA-C-TTTAAAGCATAT--GAA--GCA---CC-AAAATGCACAT-----A-T----C-ATTTTTA-A-T-----A----AC----T-TTA---AA--T-GAAGACC-AGT-------AA--A---A--AAT-CG-CA-TG--T--T----T-Tcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : ACCCAAA----------TG-GATCAACCA-A--GAA-CT-T--TAAAGCATAT-GAA-GC-ACCAAAATGCAC-ATA----TCATTTTTAATAAC-T-TTAAATGAAGAC--------CA---GTAAAAAATCGCAT-----G-TT------TTTC-ATG-T----GA----ACACTTT-TTA---AA-----AAATAC-ATT-TAA---AAT-A---A--AAtcatgtgaacactttttaaaaaatacatttaaaataaaactacaattatctataatttgaat
gi|9 : gcgcgtcgatgttacccaaatccgacccataataaccaatggcgGCGCGTCTAT-TTACCCAAAAGGACCCAAATG-AA-CATCCA-AATAAA-CT-C--CAATGCATATTGAATGC-ACCTAAGTGCACACTGAA-TTCA-TTTCAActacaattatctataatttgaat
Alignments
lowQualScore : 2222222222 1111 11111 1111 11 1 222222 1111111 11111 1111111111111111111 666666666666666666666666666666666666 11 4444444444444444444444444444444444444444 222222 3333333
lowQualScore : 6 9999999999 6 7 5 1 5 3333 22222 5 5 2 8888 2 555 11 5 000000 8 999 3 6 555 3 3 3 77777 6666 2 555 888 2 4 2 2 1111111 66 555 33 88888 2 00000 2 3 2 9999 2 6666 6666 7777777777777777777 55 4 222222222222222222222222222222222222 1 333 888 888 5 5 77 66 5 66 888888888 7777777777777777777777777777777777777777 777777 4 4 7 6 8888888 55 4 777 0 4
lowQualScore : . .......... . . . . . .... ..... . . . .... . ... .. . ...... . ... . . ... . . . ..... .... . ... ... . . . . ....... .. ... .. ..... . ..... . . . .... . .... .... ................... .. . .................................... . ... ... ... . . .. .. . .. ......... ........................................ ...... . . . . ....... .. . ... . .
lowQualScore : 7 2222222222 7 3 7 7 7 7777 55555 0 9 2 2222 9 000 88 5 777777 6 000 3 7 888 1 1 1 00000 1111 9 000 444 9 6 0 9 4444444 88 000 99 55555 9 88888 9 9 9 0000 9 9999 1111 8888888888888888888 55 0 000000000000000000000000000000000000 7 888 888 888 0 0 55 11 0 99 777777777 3333333333333333333333333333333333333333 444444 0 0 5 6 0000000 00 0 000 9 0
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAANA-T-T---AA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( family-4997 ) : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAAAA-T-T---AA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|1 : GGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TC-GACATCCA-AACGAA-ATAT--AAATGCAT--CGAATGC-AGCAAAATGCACAATGAA-ATCATTTCAACGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCAAAAATGCACATGG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACTATTA---AAC-T-AAAGAAC-AGT-------AA--A---A--ACC-CG-CA-TG--A--TT-TAA-TTA---TA-A--A-AT----TGC----A---TATGTCT----CCATT--AAAG-AAAAAA--A--AAAC-------AA---ATACAAACAAACA--AAAAAATTTTA---G---CAA-AAC-GAACTTGTA-A--CCGAAAATT-T---AA---ATAAA---AAAATTTTG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----ATACGGCGACCCATCTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|10 : ----ACT-ATT---AA--TAGAGGAAC-AGT-TAA---AA--A---AGAAAC-CC-GA-TG--A--TT-TAA-TTAT--AA-A--C-AC----TTC----A---GA--TCT----C-ATT--AAAA-GAAAAA--G--AAAC-------AA---A----------C---AAAAAA----A---G---C-A-CACAGAAACTCTA-A--ACAAAAA----------------A---AAAACATTG-------------T--T---TTTT----TAAT----A-ACAGTG--CCA--TC-CG---TTG-AATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTT
gi|11 : -ATCGACATGCAAAATGAT-TTAATTT----------------GCATATGCGAA-TGCAATGGCAAAAATGCACAT-G-A-A-TTACAT-ATTTC-AA-TCTGAGA----CTT-TTG---AA--T-GAAGAACAAGC-ACA---GAT-A---T--AAT-CG-CAGTG--T--TTCTAA--TA---AA-A--A-AC----atg
gi|12 : ctatttacgacaa-GTCT----CCATTTAAAAG-AAAAAA--C--AAAC-------AA---ACAAAAAT-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAA-CTGTA-A--CCAAAAT-T-T---AA---A-AAA---AAA----TG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTA-T----A-ACGGTG-CCCA-TTCT----CTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|13 : aatgcatTCT----CCATT--TAAA-ACAAAA-----AAAT-------AA---A---AAAC-A-C---AT----TTTTA---G---C-A-AAC-AAATCTGTA-A--CCAAATA-TAT---AAAAGA-AAA---AAAGAATTGTCT--AA--T--CT--T---TTTTATTTCA-T----A-AC-GTG-CCC-TCTCTTG--CAT---ATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTtgtgc
gi|14 : aaaaatgcatca-T-T---AA---A-AGAC--AAAAAAATG-AT--AA--AAACTA-TGGGTTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTTTTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTT
gi|15 : atTTTTA---G---C-A-AAC-GAAC-TGTA-A--CCAAAA----T---AA---A-A-------------G-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTTTTTTTTACA-ACGGTG-CCCATCTCTTG-----A-CATGGGT--GTCtgcg
gi|16 : -AATGACATACACAATAAA-T--ATCTTAAT---------AATGCATAT-TGAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAA-A-TT---CGATT
gi|17 : caGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATAAA-CT-T--ATATGCATATCGAATGC-ATCAAAATGCACA
gi|18 : ATGAA---TTAAATGCGTAT-TG-AATGCAC--GGGAAAGTGC-CATTT-A-A-TT---C-A
gi|19 : GCGTCGAT-TTACCCAAA----------TG-GAC--CCA-AACGGA-CA-TCCAAATG
gi|2 : ATGGA---CATCCAAATGTA-C-TTAAATGCATAT-CGGAATGC----GC--AAATTCACAT-G-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TGT---TA--T-AAAGAAC-AGT-G-A---AA--A---A--AAT-GG-AT-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-AATA-AC----TTTTTTAA---AA-AT-T----CCATT--AGAATAGAATA--C-----C-------AG---A---GAAC--AT---TATATGTTTTATATGGATC-G-A---GAATACGTA-AGTCT---GA-T-TCTAAA---A-AAA---AAAAACATG-ATGAAA--T--ATGAT---TTTTTTTCTA-T----A-ACAGTG-CCCAGCT------CTTG-TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCTa
gi|3 : atctatttacccaaaaggaccaatTCCA-AATGAAACT-T--AAATGC-TAT-GAATGC-A-CGAAATGCACATTTAATTTCA-TTCAATAAA-CTTTAAGT--------GAGAT-CA---GTGAAAAATAAAATTG-AGA-TG---T-TTTTT-AATT----GAAAACACT-TTA---A------AAATGC-AGTAGAA---GG--A---A--CAC----TA-AG--T--AT-TGATTTA---AA-A--G-AC----ctctctttaca
gi|3 : AATGAAAC-TTAAATGC-TAT---GAATGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-A-TTC-AA-T----AA----ACT-TTA---AG--T-G-AGATC-AGT-GAA---AAATA---A--AAT-TGAGA-TGTTT--TT-TAA-TTG---AA-A--ACAC----TTT----A---AA-aagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|3 : tcca-AA-T----GA----AAC-TTA---AA--T-G-----C-TAT-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAATT-TCA-TTC---AATA--A-AC----TTT----AAGTGA-G-AT----CAGTG--AAAA-ATAAAA--TTGAGATGTTTTTTAATTGA---AAAC-A-CTTTAAAAA--TGCA---G---T-AGAAG-GAAC------A--CTAAGTA-T-T---GATTTA-AAAGACAAGAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTaatgcagtagaaggaacactaagtattgatttaaaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : tccaAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-ATTC---A-T----AA----ACT-TTA---AGTTT-G-AGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TGT-T--TT-TAA-TTG---AA-A--ACAC----TTT----A---AA-ATtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : a-AA-T----GA----ACT-T-A---AA--T-GCATAT----T-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAATT-TCA-TTC---AT-A--A-AC----TTT----A----A-GTTTGAGATCAGT--GAAA-AAAAAT--T--GAATGTTTTT-AATTGA---AAAC-ACT---TTAAAAT-------G---C-A-TA--GAATGTGAACA--CTAAGTA-T-T---GATTTA-AAAGACAAAAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|5 : aAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCGAAA-TGCACATTT-A-A-TT---C-ATT-C-AA-T----AA----ACT-TTA---A---T-GAAGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--C-AC----TTT----A---AA-ATgcgt
gi|6 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccaGGTGTGTCTAT-TTACCCAAG----------TG-GATACCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCAAATTGAATGC-AGCAAAATGCACATTGAA-TTTATTTCAAgcatagaatggaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatat
gi|6 : gAATGAA-C-TTAAATGCAAAT-TGAA-TGCA---GC-AAAATGCACATTG-A-A-TT---T-ATTTC-AA-N----NN----NNN-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--NN-NNN-NNA---AA-C--A--C----TTT----A---GA-GTCT----TCATT--AAAA-AAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|6 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaA-T-T---AA---A-AAA---AA-----TC-CT--A-----------------TTTCCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--C----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaaatgaacttaaatgcaaattgaatgcagcaaaatgcacattgaatttatttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttc-ATTTC-AA-T----AA----ATT-ATATTTAA--T-GAAGATC-AG--GAA---AA--ATATA--AGT-TG-AA-TG--T--TT-T-A-TT----GA-A--A-CC----CTC----A---GA-Gtgtta
gi|7 : a-CATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaccatggatgtcattactaatttagtttttgtcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : aatttcaataaattatatttaatgaagatcaggaaaaatataagttgaatgttttattgaaaccctcagagatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcacGCGCGTCGATGTTACCCAAA----------TCCGAC--CCATAAT-AA-CC-----AATG----------GCGACCCAAATG---GATCAA-C------CAA-GAA-C-TTTAAAGCATAT--GAA--GCA---CC-AAAATGCACAT-----A-T----C-ATTTTTAA-T-----A----ACT-TTA---AA--T-GAAGACC-AGT-------AA--A---A--AAT-CG-CA-TG--T--TT-T---TCATGTGA-A--C-AC----TTT----------------------TT--AAAA-AATACATTT--AAA--------AT---A---AAAC-TAC---AAcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|9 : GCGCGTCTAT-TTACCCAAAAGGACCCAAATG-AACATCCA-AATAAA-CT-C--CAATGCATATTGAATGC-ACCTAAGTGCACACTGAA-TTCATTTCAAttatctataatttgaat
gi|9 : AATGAA---CATCCAAATAAA-C-TCCAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCTAAG-TGCACACTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-N----NN----NNN-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--NN-NNN-NNG---AA-G--A-ACACTTTTT----A---AA-A-AT----ACATT--AAAA-TAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaacactttttaaaaatacattaaaatagaatactacatttcttgatttaaaatttctgaaataa
Alignments
lowQualScore : 2222222222 1111 11111 1111 11 1 222222 1111111 11111 1111111111111111111 6666666666666666666666666 1111111 11 111 222 44444444444444444444444444444444 222222 3333333
lowQualScore : 6 9999999999 6 7 5 1 5 3333 22222 5 5 2 8888 2 555 11 5 000000 8 999 3 6 555 3 3 3 77777 6666 2 555 888 2 4 2 2 1111111 66 555 33 88888 2 00000 2 3 2 9999 2 6666 6666 7777777777777777777 55 4 3333333333333333333333333 9999999 1 333 888 888 5 5 77 66 0 5 66 222 4 111 4 77777777777777777777777777777777 777777 4 4 7 6 8888888 55 4 777 0 4
lowQualScore : . .......... . . . . . .... ..... . . . .... . ... .. . ...... . ... . . ... . . . ..... .... . ... ... . . . . ....... .. ... .. ..... . ..... . . . .... . .... .... ................... .. . ......................... ....... . ... ... ... . . .. .. . . .. ... . ... . ................................ ...... . . . . ....... .. . ... . .
lowQualScore : 7 2222222222 7 3 7 7 7 7777 55555 0 9 2 2222 9 000 88 5 777777 6 000 3 7 888 1 1 1 00000 1111 9 000 444 9 6 0 9 4444444 88 000 99 55555 9 88888 9 9 9 0000 9 9999 1111 8888888888888888888 55 0 6666666666666666666666666 4444444 7 888 888 888 0 0 55 11 2 0 99 444 0 000 0 11111111111111111111111111111111 444444 0 0 5 6 0000000 00 0 000 9 0
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAANA-T-TAA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( family-4997 ) : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAANA-T-TAA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|1 : GGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TC-GACATCCA-AACGAA-ATAT--AAATGCAT--CGAATGC-AGCAAAATGCACAATGAA-ATCATTTCAACGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCAAAAATGCACATGG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACTATTA---AAC-T-AAAGAAC-AGT-------AA--A---A--ACC-CG-CA-TG--A--TT-TAA-TTA---TA-A--A-AT----TGC----A---TATGTCT----CCATT--AAAG-AAAAAA--A--AAAC-------AA---ATACAAACAAACA--AAAAAATTTTA---G---CAA-AAC-GAACTTGTA-A--CCGAAAATT-TAA---ATAAA---AAAATTTTG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----ATACGGCGACCCATCTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|10 : ----ACT-ATT---AA--TAGAGGAAC-AGT-TAA---AA--A---AGAAAC-CC-GA-TG--A--TT-TAA-TTAT--AA-A--C-AC----TTC----A---GA--TCT----C-ATT--AAAA-GAAAAA--G--AAAC-------A-------------AAC---AAAAAA----A---G---C-A-CACAGAAACT-------CTAAAC-----AA---A-AAA---AAAACATTG----------------------TTTTTTTAAT----A-ACAGTG--CCA--TC-CG---TTG-AATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTT
gi|11 : -ATCGACATGCAAAATGAT-TTAATTT----------------GCATATGCGAA-TGCAATGGCAAAAATGCACAT-G-A-A-TTACAT-ATTTC-AA-TCTGAGA----CTT-TTG---AA--T-GAAGAACAAGC-ACA---GAT-A---T--AAT-CG-CAGTG--T--TTCTAA--TA---AA-A--A-AC----atg
gi|12 : ctatttacgacaa-GTCT----CCATTTAAAAG-AAAAAA--C--AAAC-------AA---ACAAAAAT-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAA-CTGTA-A--CCAAAAT-T-TAA---A-AAA---AAA----TG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTA-T----A-ACGGTG-CCCA-TTCT----CTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|13 : aatgcatTCT----CCATT--TAAA-ACAAAA-----AAAT-------AA---A---AAAC-A-C---AT----TTTTA---G---C-A-AAC-AAATCTGTA-A--CCAAATA-TATAAAAGA-AAA---AAAGAATTGTCT--AA--T--CT--T---TTTTATTTCA-T----A-AC-GTG-CCC-TCTCTTG--CAT---ATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTtgtgc
gi|14 : aaaaatgcatca-T-TAA---A-AGAC--AAAAAAATG-AT--AA--AAACTA-TGGGTTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTTTTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTT
gi|15 : atTTTTA---G---C-A-AAC-GAAC-TGTA-A--CCAAAA----TAA---A-A-------------G-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTTTTTTTTACA-ACGGTG-CCCATCTCTTG-----A-CATGGGT--GTCtgcg
gi|16 : -AATGACATACACAATAAA-T--ATCTTAAT---------AATGCATAT-TGAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAA-A-TT---CGATT
gi|17 : caGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATAAA-CT-T--ATATGCATATCGAATGC-ATCAAAATGCACA
gi|18 : ATGAA---TTAAATGCGTAT-TG-AATGCAC--GGGAAAGTGC-CATTT-A-A-TT---C-A
gi|19 : GCGTCGAT-TTACCCAAA----------TG-GAC--CCA-AACGGA-CA-TCCAAATG
gi|2 : ATGGA---CATCCAAATGTA-C-TTAAATGCATAT-CGGAATGC----GC--AAATTCACAT-G-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TGT---TA--T-AAAGAAC-AGT-G-A---AA--A---A--AAT-GG-AT-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-AATA-AC----TTTTTTAA---AA-AT-T----CCATT--AGAATAGAATA--C-----C-------AG---A---GAAC--AT---TATATGTTTTATATGGATC-G-A---GAATACGTA-AGTCTGATTC-T-AAA---A-AAA---AAAAACATG-ATGAAA--T--ATGAT---TTTTTTTCTA-T----A-ACAGTG-CCCAGCT------CTTG-TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCTa
gi|3 : atctatttacccaaaaggaccaatTCCA-AATGAAACT-T--AAATGC-TAT-GAATGC-A-CGAAATGCACATTTAATTTCA-TTCAATAAA-CTTTAAGT--------GAGAT-CA---GTGAAAAATAAAATTG-AGA-TG---T-TTTTT-AATT----GAAAACACT-TTA---A------AAATGC-AGTAGAA---GG--A---A--CAC----TA-AG--T--AT-TGATTTA---AA-A--G-AC----ctctctttaca
gi|3 : AATGAAAC-TTAAATGC-TAT---GAATGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-A-TTC-AA-T----AA----ACT-TTA---AG--T-G-AGATC-AGT-GAA---AAATA---A--AAT-TGAGA-TGTTT--TT-TAA-TTG---AA-A--ACAC----TTT----A---AA-aagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|3 : tcca-AA-T----GA----AAC-TTA---AA--T-G-----C-TAT-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAATT-TCA-TTC---AATA--A-AC----TTT----AAGTGA-G-AT----CAGTG--AAAA-ATAAAA--TTGAGATGTTTTTTAATTGA---AAAC-A-CTTTAAAAA--TGCA---G---T-AGAAG-GAAC------A--CTAAGTA-T-TGATTTA-AAAGACAAGAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTaatgcagtagaaggaacactaagtattgatttaaaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : tccaAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-ATTC---A-T----AA----ACT-TTA---AGTTT-G-AGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TGT-T--TT-TAA-TTG---AA-A--ACAC----TTT----A---AA-ATtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : a-AA-T----GA----ACT-T-A---AA--T-GCATAT----T-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAATT-TCA-TTC---AT-A--A-AC----TTT----A----A-GTTTGAGATCAGT--GAAA-AAAAAT--T--GAATGTTTTT-AATTGA---AAAC-ACT---TTAAAAT-------G---C-A-TA--GAATGTGAACA--CTAAGTA-T-TGATTTA-AAAGACAAAAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|5 : aAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCGAAA-TGCACATTT-A-A-TT---C-ATT-C-AA-T----AA----ACT-TTA---A---T-GAAGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--C-AC----TTT----A---AA-ATgcgt
gi|6 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccaGGTGTGTCTAT-TTACCCAAG----------TG-GATACCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCAAATTGAATGC-AGCAAAATGCACATTGAA-TTTATTTCAAgcatagaatggaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatat
gi|6 : gAATGAA-C-TTAAATGCAAAT-TGAA-TGCA---GC-AAAATGCACATTG-A-A-TT---T-ATTTC-AA-N----NN----NNN-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--NN-NNN-NNA---AA-C--A--C----TTT----A---GA-GTCT----TCATT--AAAA-AAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|6 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaA-T-TAA---A-AAA---AA-----TC-CT--A-----------------TTTCCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--C----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaaatgaacttaaatgcaaattgaatgcagcaaaatgcacattgaatttatttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttc-ATTTC-AA-T----AA----ATT-ATATTTAA--T-GAAGATC-AG--GAA---AA--ATATA--AGT-TG-AA-TG--T--TT-T-A-TT----GA-A--A-CC----CTC----A---GA-Gtgtta
gi|7 : a-CATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaccatggatgtcattactaatttagtttttgtcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : aatttcaataaattatatttaatgaagatcaggaaaaatataagttgaatgttttattgaaaccctcagagatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcacGCGCGTCGATGTTACCCAAA----------TCCGAC--CCATAAT-AA-CC-----AATG----------GCGACCCAAATG---GATCAA-C------CAA-GAA-C-TTTAAAGCATAT--GAA--GCA---CC-AAAATGCACAT-----A-T----C-ATTTTTAA-T-----A----ACT-TTA---AA--T-GAAGACC-AGT-------AA--A---A--AAT-CG-CA-TG--T--TT-T---TCATGTGA-A--C-AC----TTT----------------------TT--AAAA-AATACATTT--AAA--------AT---A---AAAC-TAC---AAcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|9 : GCGCGTCTAT-TTACCCAAAAGGACCCAAATG-AACATCCA-AATAAA-CT-C--CAATGCATATTGAATGC-ACCTAAGTGCACACTGAA-TTCATTTCAAttatctataatttgaat
gi|9 : AATGAA---CATCCAAATAAA-C-TCCAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCTAAG-TGCACACTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-N----NN----NNN-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--NN-NNN-NNG---AA-G--A-ACACTTTTT----A---AA-A-AT----ACATT--AAAA-TAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaacactttttaaaaatacattaaaatagaatactacatttcttgatttaaaatttctgaaataa
Alignments
lowQualScore : 2222222222 1111 11111 1111 11 1 222222 1111111 11111 1111111111111111111 6666666666666666666666666 1111111 11 111 222 44444444444444444444444444444444 222222 3333333
lowQualScore : 6 9999999999 6 7 5 1 5 3333 22222 5 5 2 8888 2 555 11 5 000000 8 999 3 6 555 3 3 3 77777 6666 2 555 888 2 4 2 2 1111111 66 555 33 88888 2 00000 2 3 2 9999 2 6666 6666 7777777777777777777 55 4 3333333333333333333333333 9999999 1 333 888 888 5 5 77 66 0 5 66 222 4 111 4 77777777777777777777777777777777 777777 4 4 7 6 8888888 55 4 777 0 4
lowQualScore : . .......... . . . . . .... ..... . . . .... . ... .. . ...... . ... . . ... . . . ..... .... . ... ... . . . . ....... .. ... .. ..... . ..... . . . .... . .... .... ................... .. . ......................... ....... . ... ... ... . . .. .. . . .. ... . ... . ................................ ...... . . . . ....... .. . ... . .
lowQualScore : 7 2222222222 7 3 7 7 7 7777 55555 0 9 2 2222 9 000 88 5 777777 6 000 3 7 888 1 1 1 00000 1111 9 000 444 9 6 0 9 4444444 88 000 99 55555 9 88888 9 9 9 0000 9 9999 1111 8888888888888888888 55 0 6666666666666666666666666 4444444 7 888 888 888 0 0 55 11 2 0 99 444 0 000 0 11111111111111111111111111111111 444444 0 0 5 6 0000000 00 0 000 9 0
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAANA-T-TAA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( family-4997 ) : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAANA-T-TAA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|1 : GGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TC-GACATCCA-AACGAA-ATAT--AAATGCAT--CGAATGC-AGCAAAATGCACAATGAA-ATCATTTCAACGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCAAAAATGCACATGG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACTATTA---AAC-T-AAAGAAC-AGT-------AA--A---A--ACC-CG-CA-TG--A--TT-TAA-TTA---TA-A--A-AT----TGC----A---TATGTCT----CCATT--AAAG-AAAAAA--A--AAAC-------AA---ATACAAACAAACA--AAAAAATTTTA---G---CAA-AAC-GAACTTGTA-A--CCGAAAATT-TAA---ATAAA---AAAATTTTG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----ATACGGCGACCCATCTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|10 : ----ACT-ATT---AA--TAGAGGAAC-AGT-TAA---AA--A---AGAAAC-CC-GA-TG--A--TT-TAA-TTAT--AA-A--C-AC----TTC----A---GA--TCT----C-ATT--AAAA-GAAAAA--G--AAAC-------A-------------AAC---AAAAAA----A---G---C-A-CACAGAAACT-------CTAAAC-----AA---A-AAA---AAAACATTG----------------------TTTTTTTAAT----A-ACAGTG--CCA--TC-CG---TTG-AATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTT
gi|11 : -ATCGACATGCAAAATGAT-TTAATTT----------------GCATATGCGAA-TGCAATGGCAAAAATGCACAT-G-A-A-TTACAT-ATTTC-AA-TCTGAGA----CTT-TTG---AA--T-GAAGAACAAGC-ACA---GAT-A---T--AAT-CG-CAGTG--T--TTCTAA--TA---AA-A--A-AC----atg
gi|12 : ctatttacgacaa-GTCT----CCATTTAAAAG-AAAAAA--C--AAAC-------AA---ACAAAAAT-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAA-CTGTA-A--CCAAAAT-T-TAA---A-AAA---AAA----TG-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTA-T----A-ACGGTG-CCCA-TTCT----CTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|13 : aatgcatTCT----CCATT--TAAA-ACAAAA-----AAAT-------AA---A---AAAC-A-C---AT----TTTTA---G---C-A-AAC-AAATCTGTA-A--CCAAATA-TATAAAAGA-AAA---AAAGAATTGTCT--AA--T--CT--T---TTTTATTTCA-T----A-AC-GTG-CCC-TCTCTTG--CAT---ATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTtgtgc
gi|14 : aaaaatgcatca-T-TAA---A-AGAC--AAAAAAATG-AT--AA--AAACTA-TGGGTTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTTTTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTT
gi|15 : atTTTTA---G---C-A-AAC-GAAC-TGTA-A--CCAAAA----TAA---A-A-------------G-TT--AA--T--CT--T---TTTTTTTTTTTTTTACA-ACGGTG-CCCATCTCTTG-----A-CATGGGT--GTCtgcg
gi|16 : -AATGACATACACAATAAA-T--ATCTTAAT---------AATGCATAT-TGAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAA-A-TT---CGATT
gi|17 : caGTGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATAAA-CT-T--ATATGCATATCGAATGC-ATCAAAATGCACA
gi|18 : ATGAA---TTAAATGCGTAT-TG-AATGCAC--GGGAAAGTGC-CATTT-A-A-TT---C-A
gi|19 : GCGTCGAT-TTACCCAAA----------TG-GAC--CCA-AACGGA-CA-TCCAAATG
gi|2 : ATGGA---CATCCAAATGTA-C-TTAAATGCATAT-CGGAATGC----GC--AAATTCACAT-G-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TGT---TA--T-AAAGAAC-AGT-G-A---AA--A---A--AAT-GG-AT-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-AATA-AC----TTTTTTAA---AA-AT-T----CCATT--AGAATAGAATA--C-----C-------AG---A---GAAC--AT---TATATGTTTTATATGGATC-G-A---GAATACGTA-AGTCTGATTC-T-AAA---A-AAA---AAAAACATG-ATGAAA--T--ATGAT---TTTTTTTCTA-T----A-ACAGTG-CCCAGCT------CTTG-TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCTa
gi|3 : atctatttacccaaaaggaccaatTCCA-AATGAAACT-T--AAATGC-TAT-GAATGC-A-CGAAATGCACATTTAATTTCA-TTCAATAAA-CTTTAAGT--------GAGAT-CA---GTGAAAAATAAAATTG-AGA-TG---T-TTTTT-AATT----GAAAACACT-TTA---A------AAATGC-AGTAGAA---GG--A---A--CAC----TA-AG--T--AT-TGATTTA---AA-A--G-AC----ctctctttaca
gi|3 : AATGAAAC-TTAAATGC-TAT---GAATGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-A-TTC-AA-T----AA----ACT-TTA---AG--T-G-AGATC-AGT-GAA---AAATA---A--AAT-TGAGA-TGTTT--TT-TAA-TTG---AA-A--ACAC----TTT----A---AA-aagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|3 : tcca-AA-T----GA----AAC-TTA---AA--T-G-----C-TAT-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAATT-TCA-TTC---AATA--A-AC----TTT----AAGTGA-G-AT----CAGTG--AAAA-ATAAAA--TTGAGATGTTTTTTAATTGA---AAAC-A-CTTTAAAAA--TGCA---G---T-AGAAG-GAAC------A--CTAAGTA-T-TGATTTA-AAAGACAAGAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTaatgcagtagaaggaacactaagtattgatttaaaagacaagaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttttgtttgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : tccaAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA----CGAAA-TGCACATTT-A-ATTT---C-ATTC---A-T----AA----ACT-TTA---AGTTT-G-AGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TGT-T--TT-TAA-TTG---AA-A--ACAC----TTT----A---AA-ATtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|4 : a-AA-T----GA----ACT-T-A---AA--T-GCATAT----T-GAATGCAC--G---A--AATGCA-CA-TT--TAATT-TCA-TTC---AT-A--A-AC----TTT----A----A-GTTTGAGATCAGT--GAAA-AAAAAT--T--GAATGTTTTT-AATTGA---AAAC-ACT---TTAAAAT-------G---C-A-TA--GAATGTGAACA--CTAAGTA-T-TGATTTA-AAAGACAAAAACATG-AT--AAAAT--AT--GGG-TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCT-TTG--C----CATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTgcatagaatgtgaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatatgggtttttttctataacggtgcccagctttgccatggatgtcattcctaaatatttgtttttgtgcgt
gi|5 : aAATGAA-C-TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCGAAA-TGCACATTT-A-A-TT---C-ATT-C-AA-T----AA----ACT-TTA---A---T-GAAGATC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-TG-AA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--C-AC----TTT----A---AA-ATgcgt
gi|6 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccaGGTGTGTCTAT-TTACCCAAG----------TG-GATACCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCAAATTGAATGC-AGCAAAATGCACATTGAA-TTTATTTCAAgcatagaatggaacactaagtattgatttaaaagacaaaaacatgataaaatat
gi|6 : gAATGAA-C-TTAAATGCAAAT-TGAA-TGCA---GC-AAAATGCACATTG-A-A-TT---T-ATTTC-AA-N----NN----NNN-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--NN-NNN-NNA---AA-C--A--C----TTT----A---GA-GTCT----TCATT--AAAA-AAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|6 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaA-T-TAA---A-AAA---AA-----TC-CT--A-----------------TTTCCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--C----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaaatgaacttaaatgcaaattgaatgcagcaaaatgcacattgaatttatttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttc-ATTTC-AA-T----AA----ATT-ATATTTAA--T-GAAGATC-AG--GAA---AA--ATATA--AGT-TG-AA-TG--T--TT-T-A-TT----GA-A--A-CC----CTC----A---GA-Gtgtta
gi|7 : a-CATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaccatggatgtcattactaatttagtttttgtcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : aatttcaataaattatatttaatgaagatcaggaaaaatataagttgaatgttttattgaaaccctcagagatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcacGCGCGTCGATGTTACCCAAA----------TCCGAC--CCATAAT-AA-CC-----AATG----------GCGACCCAAATG---GATCAA-C------CAA-GAA-C-TTTAAAGCATAT--GAA--GCA---CC-AAAATGCACAT-----A-T----C-ATTTTTAA-T-----A----ACT-TTA---AA--T-GAAGACC-AGT-------AA--A---A--AAT-CG-CA-TG--T--TT-T---TCATGTGA-A--C-AC----TTT----------------------TT--AAAA-AATACATTT--AAA--------AT---A---AAAC-TAC---AAcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|9 : GCGCGTCTAT-TTACCCAAAAGGACCCAAATG-AACATCCA-AATAAA-CT-C--CAATGCATATTGAATGC-ACCTAAGTGCACACTGAA-TTCATTTCAAttatctataatttgaat
gi|9 : AATGAA---CATCCAAATAAA-C-TCCAATGCATAT-TGAA-TGCA---CCTAAG-TGCACACTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-N----NN----NNN-NNN---NN--N-NNNNNNN-NNN-NNN---NN--N---N--NNN-NN-NN-NN--N--NN-NNN-NNG---AA-G--A-ACACTTTTT----A---AA-A-AT----ACATT--AAAA-TAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaacactttttaaaaatacattaaaatagaatactacatttcttgatttaaaatttctgaaataa
blockSeqs : G AGGACCCAAA C A T A A TCC ATATC G T G TTTC T CT GC A ATGGCA A TGA G T ACA G T T CTGAG AAAC . TTT GTT A A A A GAATGC AT TAT GA TGAG G TTT C A T ATGT T ATA ACTT TTTAAAAATT TA T TTGAGATGTTTTTTAATTGA ACTTT A ATT TAT GAT . G CA AC C GT AT A AAG . CAAAAAAATGATAAAAACTATGGG TTTTAC . . T C CTTGA TG G AAT G
blockSeqs : . . . A . G . T AAATT . A G TTA A AC T A CGGG A TT . T . . . . G . . . A . A A . GAATGC T . . GCAC . TAA . A . AT . AC . AAGTTTGAGA . . TGAATGTTTTTAATTGA AAC A GTT . . . . C TC . . TA . TTT . GACAAGAACATGATAAAATATGGG AT . . G C CTTG . . . .
blockSeqs : . . . A . G . T ATATT . T A TTT C C T A GTG G TG . . . . . . G . . . A . A A . AGAA . . . GCAC . TAA . A . A . AC . AAGTGAGAT . . CAAACAAACAA AAC T TT . . . . C TA . . TC . TTT . GACAAAAACATGATAAAATATGGG T . . T C TTG . . . .
blockSeqs : . . . . . G . T TAT . G G TTC C C C A CCG A TT . . . . . . A . . . A . A G . TAA . . . CCG . TT . G . A . C . AGAGTCT . . TTTAAAATA ACT A AT . . . . C TG . . TA . . . AAAAACATGATGAAATATGAT T . . G T CAT . . . .
blockSeqs : . . . . . A . C . . C A T C C T A CCT A TT . . . . . . G . . . G . C T . ACA . . . CGC . A . A . A . A . AGATCT . . AAATAAA TAC A A . . . . G C . . TA . . . AAAGAATTGTCTAATCTT T . . G C C . . . .
blockSeqs : . . . . . C C C C C T . CC A TT . . . . . . A . . . A . A T . GAA . . . GGA . T . C . G . G . AAAAAT . . GAAACA AC . T . . . . . C . . C . . . AAATGTTAATCTT T . . G C A . . . .
blockSeqs : . . T C A C T . GC A TG . . . . . . G . . . A . N T . GAA . . . TGA . T . A . C . A . . . . CCAGA AT . . . . . C . . A . . . AAAACATTG T . . G . C . . . .
blockSeqs : C . C T . CG . TG . . . . . . A . . . N . A T . GAA . . . TGA . T . C . G . A . . . . . . GTTAATCTT T . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . CG . G . . . . . . N . . . A . A N . NNN . . . NNN . T . A . C . C . . . . . . AATCCTA T . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . GC . G . . . . . . A . . . A . N T . GAA . . . TGA . N . N . A . A . .
blockSeqs : . . . CC . . . . . . . . N . . . N . . C . NNN . . . CGC . T . N . A . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . N . GA . . . NNN . T . . . G . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . N . . . . . A .
blockSeqCons : T*** ATATT TTC* CC**** A** GAA**** AAAGNT************* TAAATAACGA*************** AAC**** ATT TA* AAAAACATGNTAAATCTGGN************ T***** C******
originalCons : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CT-T--AAATGCATATCGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAA-TTCATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCA---GCGAAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGT-GAA---AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTT----A---GA-GTCT----CCATT--AAAA-AAAAAA--N--AAAC-------AA---A---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAANA-T-TAA---A-AAA---AAAAANNTG-NT--AA--T--CT--T---TTTTTTTCTATT----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTG--CTTG-CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
finalCons : GGCGCGTCTAT-TTACCCAAA----------TG-GACATCCA-AATGAA-CTT---AAATGCATATTGAATGC-ANCGAAATGCACAATGAATTC-ATTTCAATGAA-C-TTAAATGCATAT-CGAAATGCACC----AAAATGCACATTG-A-A-TT---C-ATTTC-AA-T----GA----ACT-TTA---AA--T-GAAGANC-AGTGAA----AA--A---A--AAT-CG-NA-TG--T--TT-TAA-TTA---AA-A--A-AC----TTTAAAGNT-------------CCATT--AAAA-AAAAAATAAATAACGA---------------AAACAAC----AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CCAAATA-T-TAA---A-AAAAAAAACATGNTAAATCTGGN------------TTTTTTTCTAT-----A-ACGGTG-CCCAGCTCTTGC------CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222 1111 11111 111111 2 1111 111111 11 1111 2222222222222222 5555555555555555555555555555 11 11111111111 222 3333333333333333 2222222
lowQualScore : 5 5 5555555555 66 5 5 5 0 1 0000 5 1 66 4 1 66666 888888 2 999999 66 3 99 1 5555 2 777 888 4 4 88888 3 666 3 3 2 3 888888 3 666666 7 1 3 00 3 6 2222 3 55 7777 9999999999999999 33 44 3 44 0 999 4 7777777777777777777777777777 0 333 888 888 5 5 77 66 5 66 66 66666666666 4 000 8888 2 5555555555555555 4 4 4 66 4 0000000 55 4 777 0 4
lowQualScore : . . .......... .. . . . . . .... . . .. . . ..... ...... . ...... .. . .. . .... . ... ... . . ..... . ... . . . . ...... . ...... . . . .. . . .... . .. .... ................ .. .. . .. . ... . ............................ . ... ... ... . . .. .. . .. .. ........... . ... .... . ................ . . . .. . ....... .. . ... . .
lowQualScore : 7 7 0000000000 44 0 7 0 2 4 9999 0 4 66 4 0 44444 222222 9 666666 11 6 22 6 6666 5 555 888 4 0 99999 6 444 6 6 3 6 555555 6 555555 3 0 6 00 6 1 1111 6 00 7777 5555555555555555 22 22 1 22 7 444 0 4444444444444444444444444444 4 888 888 888 0 0 55 11 0 99 99 99999999999 4 000 2222 6 6666666666666666 0 0 0 55 1 0000000 00 0 000 9 0
consensus : GGCGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TG-GACATCCA-AA-TGAACT-T--AAAT-GCATAT-CGAATGC-ANCG----AAATGCACAATGAATT---CATTTCAA--TGA-AC--TTAAATGCATAT-CGAAATGCA----CCAAAATGCACATTG-AATT---C-ATTTC-AAT----GAACT-TTA---AA-T-GAAGANC-AGTGAA---AA-A---A--AAT-CGCA-TGT--TT-TAATTA---AA-A--AAC----TTT----A-A-----AG-ATC-CATT--AA-AA--AAAAAAT--A-AAT-------AA-C-GA---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CC--AAATAT-TAA---AA-AA---AAAAACA--TGNT-AAA---TN---TGGTTTTTTTTCTA-TA-ACGGTG-CCCAN-CTCTTG-C-----CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
Reference ( family-4997 ) : GGCGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TG-GACATCCA-AA-TGAACT-T--AAAT-GCATAT-TGAATGC-ANCG----AAATGCACAATGAATT---CATTTCAA--TGA-AC--TTAAATGCATAT-CGAAATGCA----CCAAAATGCACATTG-AATT---C-ATTTC-AAT----GAACT-TTA---AA-T-GAAGANC-AGTGAA---AA-A---A--AAT-CGNA-TGT--TT-TAATTA---AA-A--AAC----TTT----A-A-----AG-NTC-CATT--AA-AA--AAAAAAT--A-AAT-------AA-C-GA---AAAC-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAACCTGTA-A--CC--AAATAT-TAA---AA-AA---AAAAACA--TGNT-AAA---TC---TGGNTTTTTTTCTA-TA-ACGGTG-CCCAG-CTCTTG-C-----CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|1 : GGTGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TC-GACATCCA-AA-CGAAATAT--AAAT-GCAT---CGAATGC-AGCA----AAATGCACAATGAAAT---CATTTCAA--CGA-AC--TTAAATGCATAT-CGAAATGCAG---CAAAAATGCACATGG-AATT---C-ATTTC-AAT----GAACTATTA---AACT-AAAGAAC-AGT------AA-A---A--ACC-CGCA-TGA--TT-TAATTA---TA-A--AAT----TGC----ATA-----TGTCTC-CATT--AA-AG--AAAAAAA--A-AAC-------AA-A-TAC--AAACAAACA--AAAAAATTTTA---G---CAA-AAC-GAACTTGTA-A--CCGAAAAT-T-TAA---AT-AA---AAAAATT--TTGT-TAA---TC---T--TTTTTTTTCTATTATACGGCGACCCAT-CTCTTGACCTTGACATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTT
gi|10 : ACT-ATT---AA-TAGAGGAAC-AGTTAA---AA-A---AGAAAC-CCGA-TGA--TT-TAATTAT--AA-A--CAC----TTC------------AG-ATCTCATT--AA-AA--GAAAAAG--A-AAC-------A--------------AAC---AAAAAA----A---G---C-A-CACAGAAACTCTA-A--AC-----------A---AA-AA---AAAAACA--T---------------TG---TTTTTTTAA-TA-ACAGTG--CCAT-CCGTTG-------AATGGCG--GCCATCGCTTA---TTTTA--TTTTGTT
gi|11 : CTAT-TTACGACAAA----------TC-GACATGCA-AAATGA-TT-T--AATTTGCATATGCGAATGC-AATGGCAAAAATGCAC-ATGAATTACATATTTCAATCTGAGACTTTTGAATGatg
gi|11 : -ATCG----ACATGCAAAATGATTT---AATTT-------------------GCATATGCGAA-TGCAATGGCAAAAATGCACA-TG-AATTACAT-ATTTC-AATCTGAGACTT-TTG---AA-T-GAAGAACAAGCACA---GATA---T--AAT-CGCAGTGT--TTCTAA-TA---AA-A--AAC-------------------AG-CTT-TTTT--AACCA--AAACAAT--A-aagaacaagcacagatataatcgcagtgtttctaataaaaaacagcttttttaaccaaaacaatatcattaaatagacagag
gi|12 : ctatttacgacaaTC-CATTTAAA-AG--AAAAAAC--A-AAC-------AAAC-AA---AAAT-AAC---AAAAAATTTTA---G---C-A-AAC-GAAC-TGTA-A--CC--AAA-AT-TTA---AA-AA---AAAA-----TGTT-AA----TC---T--TTTTTTTTCTA-TA-ACGGTG-CCCATTCTCTTG-A-----CATGGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcattaaatagacagag
gi|13 : aatgcatgtcTC-CATT--TA-AA--ACAAAA---A-AAT-------AA----A---AAAC-A-C---AT----TTTTA---G---C-A-AAC-AAATCTGTA-A--CC--AAATATATAA---AAGAA---AAAAAGAATTGTC-TAA---TC---T--TTTTTATTTCA-TA-AC-GTG-CCC-T-CTCTTG-CA----TATGGGTTGGTCG-C-CCTA---ATTTA-TTTTtgtgc
gi|14 : aaaaatgcatcatcT-TAA---AA-GAC--AAAAAAA--TGAT-AAAAACTA---TGGGTTTTTTTCTA-TA-ACGGTG-CCCAG-CTTTTG-C-----CATGGAT--GTCATT-CCTA---AATTT-TTTTTGTT
gi|15 : atTTTTA---G---C-A-AAC-GAA-CTGTA-A--CC--AAA-A--TAA---AA----------------GTT--AA---TCTTTTTTTTTTTTTTTTA-CA-ACGGTG-CCCAT-CTCTTG-A-----CATGGGT--GTCtgcg
gi|16 : -AATG----ACATACACAATAAAT-----ATCTTAA--T----------AATGCATAT-TGAAATGCA----CCAAAATGCACATTGAAATT---CGATT
gi|17 : caGTGCGTCTAT-TTACC-CAAA----------TG-GACATCCA-AA-TAAACT-T--ATAT-GCATAT-CGAATGC-ATCA----AAATGCACA
gi|18 : A-TGAA-T-T--AAAT-GCGTAT-TGAATGC-ACGGGA--AAGTGC-CATTTAATT---CA
gi|19 : GCGTCGAT-TTACC-CAAA----------TG-GAC--CCA-AA-CGGACA-TCCAAAT-G
gi|2 : ATGGA-----CATCCAAA--TGT-AC--TTAAATGCATAT-CGGAATGCG----C--AAATTCACAT-G-AATT---C-ATTTC-AAT----GAACT-TGT---TA-T-AAAGAAC-AGTG-A---AA-A---A--AAT-GGAT-TGT--TT-TAATTA---AA-AATAAC----TTTTTTAA-A-----AA-TTC-CATT-----------AGAAT--AGAAT-------AC-CAGA---GAAC--AT---TATATGTTTTATATGGATC-G-A---GAATACGTA-AGTCT--GATTCT-AAA---AA-AA---AAAAACA--TGATGAAA---TA---TGATTTTTTTTCTA-TA-ACAGTG-CCCAG-CTCTTG-------TATGGAT--GGCATC-CCTA-----TTA-TTCTa
gi|3 : atctatttacccaaaaggaccaat-AAT----GAAAC-TTA---AA-T-G-----C-TATGAATGCAC-G---A--AATGCACA-TTTAATT-TCATTC---AATA--AAC----TTT----A-AGTG--AG-ATC-AGTG--AA-AA--ATAAAATTGA-GATGTTTTTTAA-TTGA---AAAC-A-CTTTAAAAA--TGCA---G---T-AGAAG-GAAC------A--CT--AAGTAT-TGATTTAA-AAGACAAGAACA--TGAT-AAAA--TA---TGGGTTTTTTTCTA-TA-ACGGTG-CCCAG-CT-TTG-C-----CATGGAT--GTCATT-CCTA---A-ATA-TTTTTGTTctctctttaca
gi|4 : tcca-AAT----GAACT-T-A---AA-T-GCATAT----TGAATGCAC-G---A--AATGCACA-TTTAATT-TCATTC---AT-A--AAC----TTT----A-AGTTTGAG-ATC--AGT--GA-AA--AAAAATT--G-AATGTTTTT-AA-TTGA---AAAC-ACT---TTAAAAT-------G---C-A-TA--GAATGTGAACA--CT--AAGTAT-TGATTTAA-AAGACAAAAACA--TGAT-AAAA--TA---TGGGTTTTTTTCTA-TA-ACGGTG-CCCAG-CT-TTG-C-----CATGGAT--GTCATT-CCTAAATATTTG-TTTTTGTtgtggttagtagaaggagtctagcttggaa
gi|5 : aAA--TGA-AC--TTAAATGCATAT-TGAA-TGCA----CCGAAATGCACATTT-AATT---C-ATT-C-AAT----AAACT-TTA---A--T-GAAGATC-AGTGAA---AA-A---A--AAT-TGAA-TGT--TT-TAATTA---AA-A--CAC----TTT----A-A-----A--ATG-CA-T--AG-AATGGAACACT--A-AGT-------AT-T-GATTTAAAA-GAC---AAAAAgcgt
gi|6 : ggtgcgtcgatttacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccaGGTGTGTCTAT-TTACC-CAAG----------TG-GATACCCA-AA-TGAACT-T--AAAT-GCAAAT-TGAATGC-AGCA----AAATGCACATTGAATT---TATTTCAA--catgataaaatat
gi|6 : gAA--TGA-AC--TTAAATGCAAAT-TGAA-TGCA----GCAAAATGCACATTG-AATT---T-ATTTC-AA-----NNNNN-NNN---NN-N-NNNNNNN-NNNNNN---NN-N---N--NNN-NNNN-NNN--NN-NNNNNN---AA-A--CAC----TTT----A-G-----AGTCTT-CATT--AA-AA--AAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|6 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaTTTCCTA-TA-ACGGTG-CCCAG-CTCTTG-C-----CATAGGT--GTCATC-CCTA---ATTTA-TTTTTGTTtcctatttcctataacggtgcccagctcttgccataggtgtcatccctaatttatttttgtttgtta
gi|7 : gggtgtgtctatttacccaagtggatacccaaatgaacttaaatgcaaattgaatgcagcaaaatgcacattgaatttatttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacactttagagtcttcattaaaaaaaatccta-ATTTC-AAT----AAATT-ATATTTAA-T-GAAGATC-AG-GAA---AA-ATATA--AGT-TGAA-TGT--TT-T-ATT----GA-A--ACC----CTC----A-G-----AG-ATG-CATG--AT-GA--ATGGAAC--A-ACT-------AA-tgtta
gi|7 : a-C-----CATGGAT--GTCATT-ACTA---ATTTAGTTTTTGTgtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaccatggatgtcattactaatttagtttttgtcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|8 : aatttcaataaattatatttaatgaagatcaggaaaaatataagttgaatgttttattgaaaccctcagagatgcatgatgaatggaacaactaagtatatttaaatagacataaataatgaattagaatattattttttattatactctaatgtgcgagaatgcaGCGCGTCGATGTTACC-CAAA----------TCCGAC--CCATAA-T-AACC-----AAT-G-----------GCGACCC----AAATG---GATCAAC---------CAA---GA-AC--TTTAAAGCATAT--GAA--GCA----CCAAAATGCACAT----AT----C-ATTTTTAAT-----AACT-TTA---AA-T-GAAGACC-AGT------AA-A---A--AAT-CGCA-TGT--TT-T--TCATGTGA-A--CAC----TTTTTA-A-A-----AA-ATA-CATT--TA-AA--ATAAAAcagcgattgtagaaaagttttggaaa
gi|9 : GCGCGTCTAT-TTACC-CAAAAGGACCCAAATG-AACATCCA-AA-TAAACT-C--CAAT-GCATAT-TGAATGC-ACCT----AAGTGCACACTGAATT---CATTTCAA--ctacaattatctataatttgaat
gi|9 : AATGAA-----CATCCAAA--TAA-AC--TCCAATGCATAT-TGAA-TGCA----CCTAAGTGCACACTG-AATT---C-ATTTC-AAN----NNNNN-NNN---NN-N-NNNNNNN-NNNNNN---NN-N---N--NNN-NNNN-NNN--NN-NNNNNG---AA-G--AACACTTTTT----A-A-----AA-ATA-CATT--AA-AA--TAGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagaacactttttaaaaatacattaaaatagaatactacatttcttgatttaaaatttctgaaataa