lowQualScore : 111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 33 11 22 666 111111111 1 11 11 111 666666666666666666 1 1 1 1 1 11 3333333333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444 1 3333 2222 2222 55555555 2222 1111111 11 44444444444444444444 11111111 1 1 44444444444444444 11 44444444 22222 1 7777777777777777777777777777777777777777 222 11 111 1 11 11 44444444444444 22 11111 1 1 1111 1 1 1 444444444 1111 22222222222222 222 11 1 111 88888888888888888888888888888888888888888888 1111 2222222222222222 4444444444444444 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 5 0 33 99 11 111 999999999 2 88 6 6 99 444 6 666666666666666666 4 3 0 2 0 0 0 0 6 33 1 8888888888888888 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222 9 77777777777 0 1111 1111 2 2 1111 77777777 3333 8888888 44 00000000000000000000 99999999 6 0 3 0 0 00000000000000000 33 55555555 66 55555 7 3 3333333333333333333333333333333333333333 3 111 88 3 555 0 44 88 6 9 6 7 6 99 11111111111111 77 66666 5 3 4444 3 4 6 888 7 5 000000000 5 0 0 3333 0 9 55555555555555 000 88 88 11 8 0 8 8 111 99999999999999999999999999999999999999999999 6 888 8 7777 1111111111111111 5 555 9999999999999999 0000 8888 55 6666666666666666666666666666666666666666666666 66 77 77 5
lowQualScore : . . .. .. .. ... ......... . .. . . .. ... . .................. . . . . . . . . . .. . ................ . ................................................. . ........... . .... .... . . .... ........ .... ....... .. .................... ........ . . . . . ................. .. ........ .. ..... . . ........................................ . ... .. . ... . .. .. . . . . . .. .............. .. ..... . . .... . . . ... . . ......... . . . .... . . .............. ... .. .. .. . . . . ... ............................................ . ... . .... ................ . ... ................ .... .... .. .............................................. .. .. .. .
lowQualScore : 5 0 55 00 00 000 333333333 0 33 0 7 33 000 0 777777777777777777 0 2 0 5 0 0 0 0 0 88 2 8888888888888888 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888 0 55555555555 0 0000 2222 5 5 2222 22222222 5555 2222222 77 00000000000000000000 88888888 0 0 2 0 8 55555555555555555 88 33333333 55 55555 3 3 5555555555555555555555555555555555555555 0 333 33 2 888 8 88 33 0 5 7 3 7 22 33333333333333 55 77777 3 3 2222 3 2 7 000 5 0 000000000 0 8 6 2222 8 0 22222222222222 444 88 66 88 0 0 0 0 888 66666666666666666666666666666666666666666666 0 444 0 0000 2222222222222222 7 222 8888888888888888 6666 6666 99 5555555555555555555555555555555555555555555555 99 99 99 7
consensus : TGATTTCTGCACGTTCAACTTNCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTACA-TTCTTTGTTGCGT--TCTGTATTTTCTTTTTT-AATTTCAGGTT-------------GG-TTTTTNTCTCAAGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGATT-N--TG--AA--G---TGANACT---------GG-T----------------A------------------CAATCCATAC-----------CAGGAC-AGATTATGAATNC--TGCCTTT----CTCTTNAAAATCTGTTNA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-G-AGCGGAAAAACATTGTTATCAAT--AGTACAG--TC-----C-CATGTTATA-AA--ATCCAGATC-AAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAAC---GCCG--T-------GT--TTTCTTTT--TC----ATACAATTTAATGTAN-TATCTGATC-GATATTATTTTCTTAACCGACATATGTGACAGTATATGAATAGTCATNGATCAGCATTTN--GAGCCTGT--CGTATCCAAGTTATTGGGGTTA--TAAAGTAGATGCATAG-GAG--TCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------A-CA--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAA-CCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTC-TTATAT---AACGTTTATANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTGT-GAC------TA----NA-TA-------AACT--GTTATNAAA--TTATTTTAGATGT-GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATTA-T-ATA--------TANA----TAC----ACAT-CTAAAA-TGTTA------TC------A------AT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TGAAGTACATC
Reference ( gi|2 ) : TGATTTCTGCA-GTTCCGCTGACATGCTGCAATTTGATTATTTCCTTGCACACTATACTTCTTTGTTGCAT--TTTGTATTTTCTTTTTTTAATTCCAGGTTATTGGTTGGGGTTGGGTTTTTTTCTCAAGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTCGT--TGGATT-T--TG--AA--G---TGACACT---------GG------------------A------------------CAATCAATAC-----------CAGGAC-AGATTATGAATGT--TGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACAAGTTG--TACTAAATG---TTTCCC-G-ATCGGAAAAACATTGTTATCAATAAAGTACAG--TCACGAGTACATGTTATACAA--ATCTAGATC-AAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAAC---ACTA--T-------GT--TTTCTTTT--TT----ATACAATTTAATGTAG-TATCTGATT-GATATT----TCTT------CA-----------AT-TAAAT-----TTGATCAGCATTTA--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTG--TAAAGTAGATGCATAACGAG--TTATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------A-TA--GTAGACA--CACC--A-AGTCTGTAT-GC----AGGT-GGTCAGTAA-CCAGTTT-CTAGTGCACTCCTGTTGACGA---T--TTAAACAGAATAGTC-TTATAT---AATGTTCGTACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGCCA-AATC-TTAT-GA-------TA----TA-TA-------AACT--GTTATTAAA--TCACTTTAAATGT-GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATTA-T-ATA--------TAGA----TAC----ACAT-TTGAAA-TGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
gi|4 : TGATTTCTGCACGTTT-ACTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCACTCTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTT-CTTTTTTTAATTTCAGGTTGTTGG-----GTTGGCTTTTTTTCTCAAGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGATT-G--TGAAAA--G---TGACACT---------GGATTACATGAATTGCTAGAA------------------CAATCCATAC-----------CAGGAC-AGATTATGAATAC--TGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTTA----TTGAAATA----C--TACTAAATA---TTTCCA-G-AGCGGAAATACTTTGTTATCAATTAAATACAG--T----ATCTCATGTT--------ATCCAGATC-AAGTAATGAAAATAAAATACA-AGCCTTAAAC---ACCAAGT-------GT--TTTCTTT
gi|5 : TGATT-CTATA-GTTCAACTTTCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGC---------TTCTTTGTTACGT--TCTGTAATTTTTTTT----ATTTCAGGTT-----------------TTTTGTTTCAAGAAAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-TTTTGT--TGGATT-G--TG--AAAAG---TGACACT---------GG------------------ATTAAATGAACTGCTAAAACAATCCATAC-----------CTTGAC-GAATTGTAAATGC--TGCTTTT----CTCTTCAAAATCTGTCGC----TTGAAACA--TTG--TACAAAACA---TTTCCT-GCGTGGAAAAAACATTTTT---AAT--AGTACAGAATC-----T-CATGTTATACAA--ATCCAGATA-AAGTAAT
gi|1 : aatacaaataccggattctttttaatctatatctatataccTGTACACTACAGTGAATTGTT-CATAATCT-TATTTT--TTGTTAAATTTCAGG---------------GAGTGTTCCCCCCAAGATAATG-G-TC-AACTG-CTTGGATGTGTCTGA--TGGACTGC--TG--AA--AAGTTGAGACT---------GATT----------------A-------------------AATGAATGCTGTAACATACCCAGGACCAGATTATGAAT----TGCCTTTAGTTCTGTTCAAAAGTCGTTCAAATTTTGAAAC--GCTGGCCACTAAATACTTTTTCTTTG-AGTGGAAAAACATTGT-ATCAGC----TA-----TCTC----ATATGTTATAAAACTATCCAGATCCAAG-AATGAAAAAAAACTACA-GGGCTTCAAT---GCCA--TGCCAACGGT--TTTCTTTTGATCAA--ATACAACTT--T---G-TATTTG-TC-GATA
gi|3 : tgttatgataaatgCTCA-GATAATGCAGTGGAACTGACT-GAATG-GTTTGTACTGGAAT-TGGTG--AA--T---TAAAATTAAATAGTTAGA------------------A------------------CAATCCACAC-----------CAGGAC-AGATTATGAATTTACTGCCTTT----CTCTTGAAAATCTGCTGA----TTGAAACA--CTG--TACTATATA---TTTCCC-G-AGCGGAAAAAaagtaaatactattaatctaatgtctaattagatattattttcttaaccgacatatatgaatagtcatggatcagcatttcccgagtctgtatcgtatccaagttattagggtgactaaagaagagagtcatggcttgaataatggatgccatttcaactgatatactagacagtcaccagagtctggatgcgctgaggtagcaacccagttttcatggcactgctgcttaagagaagaactttacattaaaacatctttaataaaaaagaagccatctcaagttatattgaaaacacaatcttggatggactagcgaagtaactcggtcattaaattttatttttgcagtcgaatttttttataaagaacgtcaattatatacacacatgtacaataacacctaaattatcatttcacactgctattcattgaagtaatg
gi|3 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataatattttttttaatttcaagttgcttgattccccccccccccccAA--ATCCAGATC-AAGTAATGAAAATGAAATACACAGTCTTCAAC---ACCA--T-------GTGTTTTCTTTT--TC----ATACAATCTAATGCATCTATCTGATT-GATATT----TCTT------CATATGTGACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTTA--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTA--TAAAATAGATGCATAGCAAG--TCATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTA-------A-CA--ATGGACA--CAGCTTG-AGTCCGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAA-CCATTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAATG---T--TTAAACAGAATAGTC-TTATAA---AATGATTATACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAATTATTATA-TAAAGCCA-AATC-TTGT-AA-------TA----CG-TA---------------TA---------ATTTTAAATGT-GAGTTTTTCTT----TA-A--A-AA--GTCAATTA-T-------------------------------------A-TGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTAatccagatcaagtaatgaaaatgaaatacacagtcttcaacaccatgtgttttctttttcatacaatctaatgcatctatctgattgatatttcttcatatgtgacagtattaaatttgatcagcatttagagcctgtcatatccaagttattgggattataaaatagatgcatagcaagtcatggattgaaaatggatccttaacaatggacacagcttgagtccggatgcaggtggtcaggaaccattttccaatgcactgctgttgaatgtttaaacagaatagtcttataaaatgattatacagagaaaaataggcattcaattattatataaagccaaatcttgtaatacgtataattttaaatgtgagtttttctttaaaaagtcaattatatgttatcaatgcgtcactgctattcataaagta
gi|15 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataatattttttttaatttcaagttgcttgattccccccccccccccctcagataatgcagtggaactgactgaatggtttgtactggaattggtgaattaaaattaaatagttagaacaatccacaccaggacagattatgaatttactgcctttctcttgaaaatctgctgattgaaacactgtactatatatttcccgagcggaaaATGAAAATAAAATGCA-AGTTTTCAACGTTATTG--T-------GT--TTACTTTT--TTTTTAACATAATTTAATGT
gi|1 : ----ATACTATT-AATCTAA-TGTCTAATTAGATATTATTTTCTTAACCGACAT----------ATATGAATAGTCATGGATCAGCATTTCCCGAGTCTGTATCGTATCCAAGTTATTAGGG-TGACTAAAGAAGA--------GAG--TCATGGCTTGAATAATGGATGCCATTTCAACTGATA-TA--CTAGACAGTCACC--AGAGTCTGGAT-GCGCTGAGGT-----AGCAACCCAGTTT-TCATGGCACTGCTG----------C--TTAAG-AGAAGAACT-TTACATTAAAACATCTTTA-ATAAAAAAGAAGCCATCTCAA--GTTATATTGAAAACACAATC-TTG--GA-------TG----GACTAGCGAAGTAACTCGGTCATTAAATTTTATTTTTGCAGTCGAA----TTTTTTTATA-A--A-GAACGTCAATTA-T-ATA--------CACACATGTACAATAACAC-CTAAA----TTA------TC------A------TT------TCA--------------C--A--CTGCTA--TTCATTGAAGTA
gi|8 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaattgttcataatcttattttttgttaaatttcagggagtgttccccccaagataatggtcaactgcttggatgtgtctgatggactgctgaaaagttgagactgattaaatgaatgctgtaacatacccaggaccagattatgaattgcctttagttctgttcaaaagtcgttcaaattttgaaacgctggccactaaatactttttctttgagtggaaaaacattgtatcagctatctcatatgttataaaactatccagatccaagaatgaaaaaaaactacagggcttcaatgccatgccaacggttttcttttgatcaaatacaactttgtatttgtcgataaagtaa--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTA--CAAAGTAGATGCATAGCGAG--TCATGGGTTTAA-AATGGAT-CC--TTC-------A-CA--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAA-CCAGTTT-CCAATACATTGCTGTTGCAGA---T--TTAAACAGAATAGTC-T--TAT---AATGTTCATACAGAGAAAAAGAGGCAC-TCAA-TATTTTA-TGAAGCCA-AATC-GTAT-GA-------TA----TA-TATT-----AACT--GTTATGAAA--Tatg
gi|9 : TTGGGGTTA--TGAAGTAGATGCATA--GAG--TCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------A-CA--ATAGATA--CACC--A-AGTCTGAAT-GC----AGGT-GGTCAGGAA-CCAGTTT-CCAATACACTGCTGTTGATGA---T--T
gi|7 : TAGGTG-ATAAAGAGAGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAA-CCAGTTT-TCAATGCACTGCTGTTGAAGAAATTAATTAAACAG--------TTA-AT---AA-----G-AAAGAGAAA-----GCAT--CAA--ATTATA-TGAAAGAA-AATC-TTGT-GAC------TG----GA-TT-------A-CT--GGTATTAAA--TTATTGTAGATGT-GAA----TTTT----TCTA--A-AA--GTCAATTAAT-ATACACACATGTAAA----TAC----ACATCTTGAAAATGTTA------TC------A------AT------ACATTGTATATTTGATGC--ACCCTGTTAATCTCA-TGAAGTACA
gi|6 : agttatTAGGTG-ATAAAGAGAGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAA-CCAGTTTTCCAATGCACTGCTGTTGA---------------AGAATATTAATTAAAC---A--GTTAATAAAAAGAAGTA-AAGCAC-TAAA-TAT---A-TGAAG-AA-AATCATTGTAGACCAGGGTTACTGGTA-TA-------AATT--ATT-TGGTG--TCATTTT---TCT--AG----TCAT----TA-ATTACAA--GTCATGTA-T-A-A--------TA-------AC----ACAC-TGAAAA-TGTTA-------C------A------AT------ACAT-------------C--aa
gi|12 : agttatAAATGT-GAA----TTTT----T-------------C--TT-----TA--------AAGA----TAC----ACAT-TTAAAA-TGTTATCAATGTC------A------AT------GCGT-------------CGTA--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCtaaatatatttccagattgcacctgctatctaatggaagtacaaatgtag
gi|11 : CTT----TA-A--A-AA--GTCAATTA-T-ATACACACACGTAAA----TAC----ACAT-CTAAGA-TGTTA------TC------AATATTGAT------GCAC-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TGAAGTACAT
gi|13 : --GTCAATTA-TTATA--------TATA----TAT----ATAT-CTAAAG-TATTA------TC------A------ATATTAATGCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACAgtg
gi|16 : -ATA--------TATA----TAT----ATAT-CTAAAG-TATTA------TCAATATTA------AT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACATCc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATAATGTTTGCCAATTTAAAGTTAATGACCCCCCCCCCCCCCCAGGTAATCATGCATAGCCTGAAAATGGCAGAGGTTCCTCTGGAATT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTCCCCCCCCCCCCCCCCAAGATGATGAGTGATGCATAATAATGGTCAATAAATTGGTAGAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 1 11 666666666 11 99999999999999999999999999999 3333333333 11 11 11 222222 4444444444444444444444444444444444444444 33333333333 111 1111 222222 333333333 111 11 111111 5555555555555555555555 11 22222 111 3333333333333333 1111 111111 222 11 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 11 1 222222222222 2222222222222 22 11111 1 1111 1 2222222 111111 11 222 11 1111 222222222222 3333333333333 111111111111 333333333 111111 111111 33333333333333333333333
lowQualScore : 7 3 2 1 88 333333333 6 2 33 2 9 999 0 44444444444444444444444444444 1 5555555555 8 8 8 8 8 11 8 77 11 333333 1 6666666666666666666666666666666666666666 00000000000 8 8 999 0 7777 8 0 111111 111111111 1 444 22 8 333333 4444444444444444444444 11 11111 444 8 0 8 9999999999999999 7777 888888 3 777 88 88 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 999 33 2 1 1 5 999999999999 0 5 5 5 77 2222222222222 33 11111 1 2222 1 1 5 3333333 3 7777777 555555 33 7777 1 111 6 44 6 33 6 6 3333 999999999999 99 3 9 99 0 6 4444444444444 222222222222 66 0 5 4 555555555 2 9999 9999 66 222222 222222 00000000000000000000000 66 66 66 5
lowQualScore : . . . . .. ......... . . .. . . ... . ............................. . .......... . . . . . .. . .. .. ...... . ........................................ ........... . . ... . .... . . ...... ......... . ... .. . ...... ...................... .. ..... ... . . . ................ .... ...... . ... .. .. . ......................................................... . ... .. . . . . ............ . . . . .. ............. .. ..... . .... . . . ....... . ....... ...... .. .... . ... . .. . .. . . .... ............ .. . . .. . . ............. ............ .. . . . ......... . .... .... .. ...... ...... ....................... .. .. .. .
lowQualScore : 3 3 3 0 33 333333333 5 0 88 5 6 888 8 66666666666666666666666666666 0 0000000000 0 0 0 0 0 00 0 00 00 222222 0 2222222222222222222222222222222222222222 00000000000 0 0 888 8 0000 8 6 444444 000000000 0 000 66 0 444444 0000000000000000000000 00 66666 000 0 8 0 0000000000000000 0000 888888 2 777 33 33 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 333 88 0 1 3 7 333333333333 7 7 0 7 99 3333333333333 33 77777 4 1111 4 7 7 9999999 2 7777777 888888 00 2222 0 000 7 00 7 55 7 7 5555 222222222222 22 0 8 22 8 7 3333333333333 777777777777 99 1 0 4 999999999 6 4444 4444 11 888888 888888 44444444444444444444444 11 99 99 0
consensus : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTTTTTTTTT-AATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTG----GA-------------TTA-A------------A---CAAT-----C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAATG--CTGCTTTT----CTCTTNAAAATCTGTTNA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCT-GAGCGG-AAAAACATTGT--TATCAAT--A--GTACAG-ATC-T-----CAT--GTT-ATACAAA---TCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACG---CCA-GT-------GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTTAATGTA-T-TATC--TGA--TTGATATT-----TCT------T-------CA-TAT-T--------GACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AAC-GTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT-GA--------A----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
Reference ( family-4962 ) : TGATTTCTGCACGTTCAACTTNCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTACA-TTCTTTGTTGCGT--TCTGTATTTTCTTTTTT-AATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTNTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTN-TG--AA--G---TGANACTG----G--------------T----------------A---CAAT-----C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAATN--CTGCCTTT----CTCTTNAAAATCTGTTNA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGT--TATCAAT--A--GTACAG--TC-C-----CAT--GTT-ATA-AAA---TCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACG---CC--GT-------GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTTAATGTA-N-TATC--TGA--TCGATATTATT-TTCT------TAACC-GACA-TATGT--------GACAGTATATGAATAGTCATNGATCAGCATTT--NGAGCCTG--TCGTATCCAAGTTATTGGGGTTA-TAAAGTAGATGCATAG-GAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AAC-GTTTATANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATNAAA--TTATTTTAGATGT-GA--------A----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------AAT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TGAAGTACATC
gi|1 : TTGTT-CATAATCT-TATTTT-TTGTTA-AATTTCAGG----------------GA-------G-TG--TTCCCCCCA----------AGATAATG-G-TC-AACTG-CTTGGATGTGTCTGA--TGGA-CTGCTG--AA--AAGTTGAGACTG----A--------------T----------------T---AAATGAATGCTGTAACATACCCAGGACCAGATTATGAAT----TGCCTTTAGTTCTGTTCAAAAGTCGTTCAAATTTTGAAACG--CTGGCCACTAAATACTTTTTCTTTGAGTGG-AAAAACATTGT---ATCAGC------TA-----TC-T-----CATATGTT-ATA-AAACTATCCAGATCCAAG-AATGAAAAAAAACTACA-GGGCTTCAATG---CC--ATGCCAACGGT----TTTCTTTTGATCAAATACAACTT--TGTATT-TGTCGATAAAGTAAATACTATTAATCTAATGTCTAATTAGATATTATTTTCTTAACCGACA-TATATGAATAGTCATGGATCAGCATTTCCCGAGTCTGTATCGTATCCAAGTTATTAGGGTGACTAAAGAAGA--------GAGTCATGGCTTGAATAATGGATGCCATTTCAACTGATAT-A--CTAGACAGTCACC--AGAGTCTGGAT-GCGCTGAGGT-AG-CA--ACCCAGTTT-TCATGGCACTGCTGCTTAAG-------------AGAAGAACTTTACATTAAAAC-ATCTTTAATAAAAAAGA-AGCCATCTCAA--GTTATATTGAAAACACAATC-TTGGATGGACTAGCGAAGTAACTCGGTCATTAAATTTTATTTTTGCAGTCGA--------A----TTTTTTTATA-A--A-GAACGTCAATT-AT-ATA--------CACACATGTACAATAACACCT--AAA---TTA------TC------ATT------TCA--------------C--A--CTGCTA--TTCATTGAAGTA
gi|11 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaaCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATACACACACGTAAA----TAC----ACATCT--AAGATGTTA------TC------AATATTGATGCAC-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TGAAGTACATatg
gi|12 : AAATGT-GA--------A----TTTT----T-------------C--TT-----TA--------AAGA----TAC----ACATTT--AAAATGTTATCAATGTC------AAT------GCGT-------------CGTA--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCgtg
gi|13 : --GTCAATT-ATTATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TC------AATATTAATGCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACA
gi|15 : ATGAAAATAAAATGCA-AGTTTTCAACGTTATT--GT-------GTTTACTTTTTTTT--TA--ACATAATTTAATGTc
gi|16 : -ATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TCAATATTAAT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACATC
gi|2 : TGATTTCTGCA-GTTCCGCTGACATGCTGCAATTTGATTATTTCCTTGCACACTATACTTCTTTGTTGCAT--TTTGTATTTTCTTTTTTTAATTCCAGGTTATTGGTTGGGGTTGG--------G-TT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTCGT--TGGA-TTT-TG--AA--G---TGACACTG----G-------------------------------A---CAAT-----C-----AATACC-AGGAC-AGATTATGAATG--TTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACAAGTTG--TACTAAATG---TTTCCC-GATCGG-AAAAACATTGT--TATCAAT--AAAGTACAG--TCACGAGTACAT--GTT-ATACAAA---TCTAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACA---CT--AT-------GT----TTTCTTTT--TT--ATACAATTTAATGTA-G-TATC--TGA--TTGATATT-----TCT------T-------------------------CAAT---TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTG-TAAAGTAGATGCATAACGAGTTATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AT-A--GTAGACA--CACC--A-AGTCTGTAT-GC----AGGT-GGTCAGTAACCAGTTT-CTAGTGCACTCCTGTTGACGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AAT-GTTCGTACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGCCA-AATC-TTA--T-GA-TATATA---AACT--GTTATTAAA--TCACTTTAAATGT-GA--------A----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TAGA----TAC----ACATTT--GAAATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCt
gi|3 : TTTTTTTT-AATTTCAAGTT--------------G--------C-TTGATTCCCCCCCCCCCCCCCTCAGATAATGCAGTGGAACTGACT-GAATG-GTTTGTACTGGAATTGGTG--AA--T---TAAAATTAAATAG--------------TTAGA------------A---CAAT-----C-----CACACC-AGGAC-AGATTATGAATTTACTGCC--T----TTCTC-----------------TTGAAA-----------------A---TCTGCT-GATTG----AAACACTGTACTAT--AT--A--TT------TC-C-----CGA--GCGGAAA-AAA---TCCAGAT-CAAGTAATGAAAATGAAATACACAGTCTTCAACA---CCATGT-------GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATCTAATGCA-TCTATC--TGA--TTGATATT-----TCT------T-------CA-TATGT--------GACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAATAGATGCATAGCAAGTCATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTA-------AC-A--ATGGACA--CAGCTTG-AGTCCGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCATTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAATG---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAA---AAT-GATTATACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAATTATTATA-TAAAGCCA-AATC-TTG--T-AA-TACGTA-----------TA---------ATTTTAAATGT-GA--------GTTTTTCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT--------------------------------------ATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTA
gi|4 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataataTGATTTCTGCACGTTTA-CTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCACTCTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTCTTTTTTT-AATTTCAGGTT--------------GTTGGGTTGGCTT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AAAAG---TGACACTG----GATTACATGAATTGCT----------------AGAACAAT-----C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAATA--CTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTTA----TTGAAATA--C----TACTAAATA---TTTCCA-GAGCGG-AAATACTTTGT--TATCAATTAA--ATACAGTATC-T-----CAT--GTT-------A---TCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGCCTTAAACA---CCAAGT-------GT----TTTCTTT
gi|5 : TGATT-CTATA-GTTCAACTTTCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGC---------TTCTTTGTTACGT--TCTGTAATTTTTTTT----ATTTCAGGTT--------------------------T--TTTGTTTCA----------AGAAAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-TTTTGT--TGGA-TTG-TGAAAA--G---TGACACTG----GA-------------TTAAATGAACTGCTAAAA---CAAT-----C-----CATACC-TTGAC-GAATTGTAAATG--CTGCTTTT----CTCTTCAAAATCTGTCGC----TTGAAACA--TTG--TACAAAACA---TTTCCT-GCGTGGAAAAAACATTTT--T---AAT--A--GTACAGAATC-T-----CAT--GTT-ATACAAA---TCCAGAT-AAAGTAAT
gi|6 : aatacaaataccggattctttttaatctatatctatataccAGTTATTAGG-TGA-TAAAG----------A-GAGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTTTCCAATGCACTGCTGTTGAAGAA--TA-TTAA-----------TTA------AACAGTTAATAAAAAGAAGTA-AAGCAC-TAAA-TAT---A-TGAAGA-A-AATCATTG--TAGACCAGGGT---TACT--GGTAT-AAA--TTATTT--GGTGT-CATTTTTCTAG----TCAT----TA-ATTACAA--GTCA--T-GT-ATA---------ATA-----AC----ACACTG--AAAATGTTA-------C------AAT------ACAT-------------C--
gi|7 : AGTTATTAGG-TGA-TAAAG----------A-GAGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTT-TCAATGCACTGCTGTTGAAGAAATTAATTAAACAG-------TTA-AT---AA--G-----AAAGAGAAA-----GCAT--CAA--ATTATA-TGAAAGAA-AATC-TTG--T-GACTGGATT---A-CT--GGTATTAAA--TTATTGTAGATGT-GA--------A----TTTT----TCTA--A-AA--GTCAATTAAT-ATACACACATGTAAA----TAC----ACATCTTGAAAATGTTA------TC------AAT------ACATTGTATATTTGATGC--ACCCTGTTAATCTCA-TGAAGTACAtaaatatatttccagattgcacctgctatctaatggaagtacaaatgtag
gi|8 : GAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-CAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGGTTTAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACATTGCTGTTGCAGA---T--TTAAACAGAATAGTCT--TAT---AAT-GTTCATACAGAGAAAAAGAGGCAC-TCAA-TATTTTA-TGAAGCCA-AATC-GTA--T-GA-TATATATT-AACT--GTTATGAAA--Taa
gi|9 : TTGGGGTTA-TGAAGTAGATGCATAG--AGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGATA--CACC--A-AGTCTGAAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACACTGCTGTTGATGA---T--T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATAATGTTTGCCAATTTAAAGTTAATGACCCCCCCCCCCCCCCAGGTAATCATGCATAGCCTGAAAATGGCAGAGGTTCCTCTGGAATT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTCCCCCCCCCCCCCCCCAAGATGATGAGTGATGCATAATAATGGTCAATAAATTGGTAGAATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 333 11 11 99999999999999999999999999999 3333333333 11 1 11 222222 00000000000000000000000000000000 22222 111 1111 1111 1111111 111 11 4444444444444444444444 11 11 444444444 1111 111111 11 1 1 55555555555 1 33333 11 11 1111111111111 333333333333 22 11111 1 1111 1 2222222 111 222222 222 11 1111 222222222222 33333333 1111 111111111111 333333333 111111 1111111111111 111111 2222222222222
lowQualScore : 7 3 2 88 222 6 33 2 8 11 0 44444444444444444444444444444 1 5555555555 8 8 8 8 8 11 8 6 11 333333 3 22222222222222222222222222222222 8 8 00000 8 8 777 7777 1 1 7777 4444444 444 00 8 1 66 0 9999999999999999999999 11 666 11 8 5 0 1 8 8 111111111 7777 666666 11 33 3 3 00000000000 3 33333 33 33 9 1 5 8888888888888 0 5 5 5 77 111111111111 33 11111 1 2222 1 1 5 3333333 1 88888 111 777777 1 111 6 44 6 33 6 6 3333 999999999999 99 3 7 99 0 00000000 4444 222222222222 66 0 5 4 555555555 2 9999 9999 66 222222 6666666666666 222222 0 4444444444444 66 66 66 5
lowQualScore : . . . .. ... . .. . . .. . ............................. . .......... . . . . . .. . . .. ...... . ................................ . . ..... . . ... .... . . .... ....... ... .. . . .. . ...................... .. ... .. . . . . . . ......... .... ...... .. .. . . ........... . ..... .. .. . . . ............. . . . . .. ............ .. ..... . .... . . . ....... . ..... ... ...... . ... . .. . .. . . .... ............ .. . . .. . ........ .... ............ .. . . . ......... . .... .... .. ...... ............. ...... . ............. .. .. .. .
lowQualScore : 3 3 0 33 333 5 88 5 0 66 8 66666666666666666666666666666 4 0000000000 0 0 0 0 0 00 0 0 00 222222 2 44444444444444444444444444444444 0 0 00000 0 0 444 0000 0 0 0000 2222222 000 22 0 0 44 8 6666666666666666666666 00 888 00 0 6 8 0 0 0 000000000 0000 000000 66 55 3 3 77777777777 3 33333 88 88 3 3 7 7777777777777 7 7 0 7 99 333333333333 33 77777 4 1111 4 7 7 9999999 5 00000 777 888888 0 000 7 00 7 55 7 7 5555 222222222222 22 0 2 22 8 88888888 2222 777777777777 99 1 0 4 999999999 6 4444 4444 11 888888 6666666666666 888888 7 4444444444444 11 99 99 0
consensus : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCC-AT-GT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTTAATGTAN-TATCTGATT-GATATT-TCTTCATA-C-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTTA--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTCA-------C-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
Reference ( family-4962 ) : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTNAAAATCTGTTNA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCT-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCC-A--GT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTTAATGTAT-TATCTGATT-GATATT-TCTTCATA-T-TGACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTTA--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTCA-------C-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
gi|1 : TTGTT-CATAATCT-TATTTT-TTGTTA-AATTTCAGG----------------GA-------G-TG--TTCCCCCCA----------AGATAATG-G-TC-AACTG-CTTGGATGTGTCTGA--TGGA-CTGCTG--AA--AAGTTGAGACTG-AT---T-------------A-------------AATGAATGCTGTAACATACCCAGGACCAGATTATGAAT----TGCCTTTAGTTCTGTTCAAAAGTCGTTCAAATTTTGAAACG--CTGGCCACTAAATACTTTTTCTTTGAGTGG-AAAAACATTGT-ATCAGC------TA-----TC-----T-CATATGTTATAAAACTATCCAGATCCAAG-AATGAAAAAAAACTACA-GGGCTTCAATGCC-AT-GCCAACGGT----TTTCTTTTGATCAAATACAACTT--TGTAT-T
gi|1 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaa--ATACTATT-AATCTAA-TGTCTAATTAGATATTATTTTCTTAAC-CGACA-TATATGAATAGTCATGGATCAGCATTTCCCGAGTCTGTATCGTATCCAAGTTATTAGGGTGACTAAAGAAGA--------GAGTCATGGCTTGAATAATGGATGCCATTTCAACTGATAT-A--CTAGACAGTCACC--AGAGTCTGGAT-GCGCTGAGGT-AG-CA--ACCCAGTTT-TCATGGCACTGCTGCTTAAG-------------AGAAGAACTTTACATTAAAACATCTTTAATAAAAAAGA-AGCCATCTCAA--GTTATATTGAAAACACAATC-TTGGATGGACTAGCGAAGTAACTCGGTCATTAAATTTTATTTTTGCAGTC-------GAA----TTTTTTTATA-A--A-GAACGTCAATT-AT-ATA--------CACACATGTACAATAACACCT--AAA---TTA------TC------A------TT------TCA--------------C--A--CTGCTA--TTCATTGAAGTAtgtcgataaagtaaatactattaatctaatgtctaattagatattattttcttaaccgacatatatgaatagtcatggatcagcatttcccgagtctgtatcgtatccaagttattagggtgactaaagaagagagtcatggcttgaataatggatgccatttcaactgatatactagacagtcaccagagtctggatgcgctgaggtagcaacccagttttcatggcactgctgcttaagagaagaactttacattaaaacatctttaataaaaaagaagccatctcaagttatattgaaaacacaatcttggatggactagcgaagtaactcggtcattaaattttatttttgcagtcgaatttttttataaagaacgtcaattatatacacacatgtacaataacacctaaattatcatttcacactgctattcattgaagtaatg
gi|11 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaattgttcataatcttattttttgttaaatttcagggagtgttccccccaagataatggtcaactgcttggatgtgtctgatggactgctgaaaagttgagactgattaaatgaatgctgtaacatacccaggaccagattatgaattgcctttagttctgttcaaaagtcgttcaaattttgaaacgctggccactaaatactttttctttgagtggaaaaacattgtatcagctatctcatatgttataaaactatccagatccaagaatgaaaaaaaactacagggcttcaatgccatgccaacggttttcttttgatcaaatacaactttgtatttgtcgataaagtaaCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATACACACACGTAAA----TAC----ACATCT--AAGATGTTA------TC------AATATTGAT------GCAC-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TGAAGTACATatg
gi|12 : AAATGT--------GAA----TTTT----T-------------C--TT-----TA--------AAGA----TAC----ACATTT--AAAATGTTATCAATGTC------A------AT------GCGT-------------CGTA--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCgtg
gi|13 : --GTCAATT-ATTATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TC------A------ATATTAATGCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACA
gi|15 : ATGAAAATAAAATGCA-AGTTTTCAACGTT-ATTGT-----GTTTACTTTTTTTT--TA--ACATAATTTAATGTc
gi|16 : -ATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TCAATATTA------AT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACATC
gi|2 : TGATTTCTGCA-GTTCCGCTGACATGCTGCAATTTGATTATTTCCTTGCACACTATACTTCTTTGTTGCAT--TTTGTATTTTCTTTTTTTAATTCCAGGTTATTGGTTGGGGTTGG--------G-TT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTCGT--TGGA-TTT-TG--AA--G---TGACACTGGA----------------------------------C-AAT-C-----AATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GTTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACAAGTTG--TACTAAATG---TTTCCC-GATCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--AAAGTACAG--TCACGAGTACAT--GTTATACAA--ATCTAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACACT-A---T-----GT----TTTCTTTT--TT--ATACAATTTAATGTAG-TATCTGATT-GATATT-TCTTCA------------AT-TAAAT-----TTGATCAGCATTTA--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTG-TAAAGTAGATGCATAACGAGTTATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTCA-------T-A--GTAGACA--CACC--A-AGTCTGTAT-GC----AGGT-GGTCAGTAACCAGTTT-CTAGTGCACTCCTGTTGACGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AATGTTCGTACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGCCA-AATC-TTA--T-GA-TATATA---AACT--GTTATTAAA--TCACTTTAAATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TAGA----TAC----ACATTT--GAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCt
gi|3 : T-TTTTTTTAATTTCAAGTT--------------G--------C-TTGATTCCCCCCCCCCCCCCCTCAGATAATGCAGTGGAACTGACT-GAATG-GTTTGTACTGGAATTGGTG--AA--T---TAAAATTAAATAGTT-------------AG------------AAC-AAT-C-----CACACC-AGGAC-AGATTATGAATTTACTGCCTTT----CTCTTGAAAATCTGCTGA----TTGAAACA--CTG--TACTATATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAA-------ATC-----------CAG-AT-------------------CAA--GT---AAT-GAA--AATG------AAATACACAGTCTTCAACACC-AT-GT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATCTAATGCATCTATCTGATT-GATATT-TCTTCATA-TGTGACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTTA--GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAATAGATGCATAGCAAGTCATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTAA-------C-A--ATGGACA--CAGCTTG-AGTCCGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCATTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAATG---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAA---AATGATTATACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAATTATTATA-TAAAGCCA-AATC-TTG--T-AA-TACGTA-----------TA---------ATTTTAAATGT--------GAGTTTTTCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT--------------------------------------ATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTA
gi|4 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataataTGATTTCTGCACGTTTA-CTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCACTCTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTC-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------GTTGGGTTGGCTT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AAAAG---TGACACTGGAT---T-------------ACATGAATTGCTAGAAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--ACTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTTA----TTGAAATA--C----TACTAAATA---TTTCCA-GAGCGG-AAATACTTTGTTATCAATTAA--ATACAGTATC-----T-CAT--GTT--------ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGCCTTAAACACCAA--GT-----GT----TTTCTTT
gi|5 : TGATT-CTATA-GTTCAACTTTCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGC---------TTCTTTGTTACGT--TCTGTAATTT-TTTTT---ATTTCAGGTT--------------------------T--TTTGTTTCA----------AGAAAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-TTTTGT--TGGA-TTG-TGAAAA--G---TGACACTGGAT---TAAATGAACTGCTAA-------------AAC-AAT-C-----CATACC-TTGAC-GAATTGTAAAT--GCTGCTTTT----CTCTTCAAAATCTGTCGC----TTGAAACA--TTG--TACAAAACA---TTTCCT-GCGTGGAAAAAACATTTTT---AAT--A--GTACAGAATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-AAAGTAAT
gi|6 : aatacaaataccggattctttttaatctatatctatataccAGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------AG--AGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTCA-------CTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTTTCCAATGCACTGCTGTTGAAGAA--TA-TTAATTA-AACAGT------T---AA------TAAAAAGAAGTA-AAGCAC-TAAA-TAT---A-TGAAGA-A-AATCATTG--TAGACCAGGGT---TACT--GGTAT-AAA--TTATTT--GGTGTCATTTTTCTAG----TCAT----TA-ATTACAA--GTCA--T-GT-ATA---------ATA-----AC----ACACTG--AAAATGTTA-------C------A------AT------ACAT-------------C--
gi|7 : AGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------AG--AGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTCA-------CTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTT-TCAATGCACTGCTGTTGAAGAAATTAATTAAACAG-------TTA-AT---AA-----G-AAAGAGAAA-----GCAT--CAA--ATTATA-TGAAAGAA-AATC-TTG--T-GACTGGATT---A-CT--GGTATTAAA--TTATTGTAGATGT--------GAA----TTTT----TCTA--A-AA--GTCAATTAAT-ATACACACATGTAAA----TAC----ACATCTTGAAAATGTTA------TC------A------AT------ACATTGTATATTTGATGC--ACCCTGTTAATCTCA-TGAAGTACAtaaatatatttccagattgcacctgctatctaatggaagtacaaatgtag
gi|8 : --GAGCCTGT--CATATCCAAGTTATTGGGATTA-CAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGGTTTAA-AATGGAT-CC--TTCA-------C-A--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACATTGCTGTTGCAGA---T--TTAAACAGAATAGTCT--TAT---AATGTTCATACAGAGAAAAAGAGGCAC-TCAA-TATTTTA-TGAAGCCA-AATC-GTA--T-GA-TATATATT-AACT--GTTATGAAA--Taa
gi|9 : TTGGGGTTA-TGAAGTAGATGCATAG--AGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTCA-------C-A--ATAGATA--CACC--A-AGTCTGAAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACACTGCTGTTGATGA---T--T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATAATGTTTGCCAATTTAAAGTTAATGACCCCCCCCCCCCCCCAGGTAATCATGCATAGCCTGAAAATGGCAGAGGTTCCTCTGGAATT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTCCCCCCCCCCCCCCCCAAGATGATGAGTGATGCATAATAATGGTCAATAAATTGGTAGAATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 333 11 11 99999999999999999999999999999 3333333333 11 1 11 222222 00000000000000000000000000000000 22222 111 1111 1111 1111111 111 4444444444444444444444 11 11 33333333333 111111 7777777777777777777 1 1111 222 33333 1 44444444444 1 33333 11 11 1111111111111 2222222222222 22 11111 1 1111 1 2222222 111 222222 222 11 1111 222222222222 33333333 1111 111111111111 333333333 111111 1111111111111 111111 2222222222222
lowQualScore : 7 3 2 88 222 6 33 2 8 11 0 44444444444444444444444444444 1 5555555555 8 8 8 8 8 11 8 6 11 333333 3 22222222222222222222222222222222 8 8 00000 8 8 777 7777 7777 4444444 444 99 8 1 66 0 9999999999999999999999 11 666 11 8 5 0 1 8 8 22222222222 888888 7777777777777777777 0 8888 333 33333 3 88888888888 3 33333 88 33 9 1 5 8888888888888 0 5 5 5 77 2222222222222 33 11111 1 2222 1 1 5 3333333 1 88888 111 777777 1 111 6 44 6 33 6 6 3333 999999999999 99 3 7 99 0 00000000 4444 222222222222 66 0 5 4 555555555 2 9999 9999 66 222222 6666666666666 222222 0 4444444444444 66 66 66 5
lowQualScore : . . . .. ... . .. . . .. . ............................. . .......... . . . . . .. . . .. ...... . ................................ . . ..... . . ... .... .... ....... ... .. . . .. . ...................... .. ... .. . . . . . . ........... ...... ................... . .... ... ..... . ........... . ..... .. .. . . . ............. . . . . .. ............. .. ..... . .... . . . ....... . ..... ... ...... . ... . .. . .. . . .... ............ .. . . .. . ........ .... ............ .. . . . ......... . .... .... .. ...... ............. ...... . ............. .. .. .. .
lowQualScore : 3 3 0 33 333 5 88 5 0 66 8 66666666666666666666666666666 4 0000000000 0 0 0 0 0 00 0 0 00 222222 2 44444444444444444444444444444444 0 0 00000 0 0 444 0000 0000 2222222 000 44 0 0 44 8 6666666666666666666666 00 888 00 0 6 8 0 0 0 88888888888 888888 5555555555555555555 0 7777 333 33333 3 33333333333 3 33333 33 88 3 3 7 7777777777777 7 7 0 7 99 3333333333333 33 77777 4 1111 4 7 7 9999999 5 00000 777 888888 0 000 7 00 7 55 7 7 5555 222222222222 22 0 2 22 8 88888888 2222 777777777777 99 1 0 4 999999999 6 4444 4444 11 888888 6666666666666 888888 7 4444444444444 11 99 99 0
consensus : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
Reference ( family-4962 ) : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
gi|1 : TTGTT-CATAATCT-TATTTT-TTGTTA-AATTTCAGG----------------GA-------G-TG--TTCCCCCCA----------AGATAATG-G-TC-AACTG-CTTGGATGTGTCTGA--TGGA-CTGCTG--AA--AAGTTGAGACTG-AT---T-------------A-------------AATGAATGCTGTAACATACCCAGGACCAGATTATGAAT----TGCCTTTAGTTCTGTTCAAAAGTCGTTCAAATTTTGAAACG--CTGGCCACTAAATACTTTTTCTTTGAGTGG-AAAAACATTGT-ATCAGC------TA-----TC-----T-CATATGTTATAAAACTATCCAGATCCAAG-AATGAAAAAAAACTACA-GGGCTTCAATGCCA-TGCCAACGGT----TTTCTTTTGATCAAATACAACTTTGTATTTGTCGATAAAGTAAATACTA-TTAATCTAATGTCTAATTAGATATTATTTTCTTAAC-CGACA-TATATGAATAGTCATGGATCAGCATTTCCCGAGTCTGTATCGTATCCAAGTTATTAGGGTGACTAAAGAAGA--------GAGTCATGGCTTGAATAATGGATGCCATTTCAACTGATAT-A--CTAGACAGTCACC--AGAGTCTGGAT-GCGCTGAGGT-AG-CA--ACCCAGTTT-TCATGGCACTGCTGCTTAAG-------------AGAAGAACTTTACATTAAAACATCTTTAATAAAAAAGA-AGCCATCTCAA--GTTATATTGAAAACACAATC-TTGGATGGACTAGCGAAGTAACTCGGTCATTAAATTTTATTTTTGCAGTC-------GAA----TTTTTTTATA-A--A-GAACGTCAATT-AT-ATA--------CACACATGTACAATAACACCT--AAA---TTA------TC------A------TT------TCA--------------C--A--CTGCTA--TTCATTGAAGTA
gi|11 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaaCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATACACACACGTAAA----TAC----ACATCT--AAGATGTTA------TC------AATATTGAT------GCAC-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TGAAGTACATatg
gi|12 : AAATGT--------GAA----TTTT----T-------------C--TT-----TA--------AAGA----TAC----ACATTT--AAAATGTTATCAATGTC------A------AT------GCGT-------------CGTA--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCgtg
gi|13 : --GTCAATT-ATTATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TC------A------ATATTAATGCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACA
gi|15 : ATGAAAATAAAATGCA-AGTTTTCAACGTTATTGT-----GTTTACTTTTTTTT--TA--ACATAATTT-------------------AATG-Tc
gi|16 : -ATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TCAATATTA------AT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACATC
gi|2 : TGATTTCTGCA-GTTCCGCTGACATGCTGCAATTTGATTATTTCCTTGCACACTATACTTCTTTGTTGCAT--TTTGTATTTTCTTTTTTTAATTCCAGGTTATTGGTTGGGGTTGG--------G-TT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTCGT--TGGA-TTT-TG--AA--G---TGACACTGGA----------------------------------C-AAT-C-----AATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GTTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACAAGTTG--TACTAAATG---TTTCCC-GATCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--AAAGTACAG--TCACGAGTACAT--GTTATACAA--ATCTAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACACTA-TGT-----------TTTCTTTT--TT--ATACAATTT-------------------AATG-TA-GT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCA------------AT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTG-TAAAGTAGATGCATAACGAGTTATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AT-A--GTAGACA--CACC--A-AGTCTGTAT-GC----AGGT-GGTCAGTAACCAGTTT-CTAGTGCACTCCTGTTGACGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AATGTTCGTACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGCCA-AATC-TTA--T-GA-TATATA---AACT--GTTATTAAA--TCACTTTAAATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TAGA----TAC----ACATTT--GAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCt
gi|3 : T-TTTTTTTAATTTCAAGTT--------------G--------C-TTGATTCCCCCCCCCCCCCCCTCAGATAATGCAGTGGAACTGACT-GAATG-GTTTGTACTGGAATTGGTG--AA--T---TAAAATTAAATAGTT-------------AG------------AAC-AAT-C-----CACACC-AGGAC-AGATTATGAATTTACTGCCTTT----CTCTTGAAAATCTGCTGA----TTGAAACA--CTG--TACTATATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAA-------ATC-----------CAG-AT-------------------CAA--GT---AAT-GAA--AATG------AAATACACAGTCTTCAACACCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATCT-------------------AATG-CATCT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-ATGTGACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAATAGATGCATAGCAAGTCATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTA-------AC-A--ATGGACA--CAGCTTG-AGTCCGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCATTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAATG---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAA---AATGATTATACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAATTATTATA-TAAAGCCA-AATC-TTG--T-AA-TACGTA-----------TA---------ATTTTAAATGT--------GAGTTTTTCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT--------------------------------------ATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTA
gi|4 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataataTGATTTCTGCACGTTTA-CTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCACTCTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTC-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------GTTGGGTTGGCTT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AAAAG---TGACACTGGAT---T-------------ACATGAATTGCTAGAAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--ACTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTTA----TTGAAATA--C----TACTAAATA---TTTCCA-GAGCGG-AAATACTTTGTTATCAATTAA--ATACAGTATC-----T-CAT--GTT--------ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGCCTTAAACACCA-AGT-----GT----TTTCTTT
gi|5 : TGATT-CTATA-GTTCAACTTTCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGC---------TTCTTTGTTACGT--TCTGTAATTT-TTTTT---ATTTCAGGTT--------------------------T--TTTGTTTCA----------AGAAAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-TTTTGT--TGGA-TTG-TGAAAA--G---TGACACTGGAT---TAAATGAACTGCTAA-------------AAC-AAT-C-----CATACC-TTGAC-GAATTGTAAAT--GCTGCTTTT----CTCTTCAAAATCTGTCGC----TTGAAACA--TTG--TACAAAACA---TTTCCT-GCGTGGAAAAAACATTTTT---AAT--A--GTACAGAATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-AAAGTAAT
gi|6 : aatacaaataccggattctttttaatctatatctatataccAGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------AG--AGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTTTCCAATGCACTGCTGTTGAAGAA--TA-TTAATTA-AACAGT------T---AA------TAAAAAGAAGTA-AAGCAC-TAAA-TAT---A-TGAAGA-A-AATCATTG--TAGACCAGGGT---TACT--GGTAT-AAA--TTATTT--GGTGTCATTTTTCTAG----TCAT----TA-ATTACAA--GTCA--T-GT-ATA---------ATA-----AC----ACACTG--AAAATGTTA-------C------A------AT------ACAT-------------C--
gi|7 : AGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------AG--AGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTT-TCAATGCACTGCTGTTGAAGAAATTAATTAAACAG-------TTA-AT---AA-----G-AAAGAGAAA-----GCAT--CAA--ATTATA-TGAAAGAA-AATC-TTG--T-GACTGGATT---A-CT--GGTATTAAA--TTATTGTAGATGT--------GAA----TTTT----TCTA--A-AA--GTCAATTAAT-ATACACACATGTAAA----TAC----ACATCTTGAAAATGTTA------TC------A------AT------ACATTGTATATTTGATGC--ACCCTGTTAATCTCA-TGAAGTACAtaaatatatttccagattgcacctgctatctaatggaagtacaaatgtag
gi|8 : GAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-CAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGGTTTAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACATTGCTGTTGCAGA---T--TTAAACAGAATAGTCT--TAT---AATGTTCATACAGAGAAAAAGAGGCAC-TCAA-TATTTTA-TGAAGCCA-AATC-GTA--T-GA-TATATATT-AACT--GTTATGAAA--Taa
gi|9 : TTGGGGTTA-TGAAGTAGATGCATAG--AGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGATA--CACC--A-AGTCTGAAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACACTGCTGTTGATGA---T--T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATAATGTTTGCCAATTTAAAGTTAATGACCCCCCCCCCCCCCCAGGTAATCATGCATAGCCTGAAAATGGCAGAGGTTCCTCTGGAATT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTCCCCCCCCCCCCCCCCAAGATGATGAGTGATGCATAATAATGGTCAATAAATTGGTAGAATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 333 11 11 99999999999999999999999999999 3333333333 11 1 11 222222 00000000000000000000000000000000 22222 111 1111 1111 1111111 111 4444444444444444444444 11 11 33333333333 111111 7777777777777777777 1 1111 222 33333 1 44444444444 1 33333 11 11 1111111111111 2222222222222 22 11111 1 1111 1 2222222 111 222222 222 11 1111 222222222222 33333333 1111 111111111111 333333333 111111 1111111111111 111111 2222222222222
lowQualScore : 7 3 2 88 222 6 33 2 8 11 0 44444444444444444444444444444 1 5555555555 8 8 8 8 8 11 8 6 11 333333 3 22222222222222222222222222222222 8 8 00000 8 8 777 7777 7777 4444444 444 99 8 1 66 0 9999999999999999999999 11 666 11 8 5 0 1 8 8 22222222222 888888 7777777777777777777 0 8888 333 33333 3 88888888888 3 33333 88 33 9 1 5 8888888888888 0 5 5 5 77 2222222222222 33 11111 1 2222 1 1 5 3333333 1 88888 111 777777 1 111 6 44 6 33 6 6 3333 999999999999 99 3 7 99 0 00000000 4444 222222222222 66 0 5 4 555555555 2 9999 9999 66 222222 6666666666666 222222 0 4444444444444 66 66 66 5
lowQualScore : . . . .. ... . .. . . .. . ............................. . .......... . . . . . .. . . .. ...... . ................................ . . ..... . . ... .... .... ....... ... .. . . .. . ...................... .. ... .. . . . . . . ........... ...... ................... . .... ... ..... . ........... . ..... .. .. . . . ............. . . . . .. ............. .. ..... . .... . . . ....... . ..... ... ...... . ... . .. . .. . . .... ............ .. . . .. . ........ .... ............ .. . . . ......... . .... .... .. ...... ............. ...... . ............. .. .. .. .
lowQualScore : 3 3 0 33 333 5 88 5 0 66 8 66666666666666666666666666666 4 0000000000 0 0 0 0 0 00 0 0 00 222222 2 44444444444444444444444444444444 0 0 00000 0 0 444 0000 0000 2222222 000 44 0 0 44 8 6666666666666666666666 00 888 00 0 6 8 0 0 0 88888888888 888888 5555555555555555555 0 7777 333 33333 3 33333333333 3 33333 33 88 3 3 7 7777777777777 7 7 0 7 99 3333333333333 33 77777 4 1111 4 7 7 9999999 5 00000 777 888888 0 000 7 00 7 55 7 7 5555 222222222222 22 0 2 22 8 88888888 2222 777777777777 99 1 0 4 999999999 6 4444 4444 11 888888 6666666666666 888888 7 4444444444444 11 99 99 0
consensus : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
Reference ( family-4962 ) : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
gi|1 : TTGTT-CATAATCT-TATTTT-TTGTTA-AATTTCAGG----------------GA-------G-TG--TTCCCCCCA----------AGATAATG-G-TC-AACTG-CTTGGATGTGTCTGA--TGGA-CTGCTG--AA--AAGTTGAGACTG-AT---T-------------A-------------AATGAATGCTGTAACATACCCAGGACCAGATTATGAAT----TGCCTTTAGTTCTGTTCAAAAGTCGTTCAAATTTTGAAACG--CTGGCCACTAAATACTTTTTCTTTGAGTGG-AAAAACATTGT-ATCAGC------TA-----TC-----T-CATATGTTATAAAACTATCCAGATCCAAG-AATGAAAAAAAACTACA-GGGCTTCAATGCCA-TGCCAACGGT----TTTCTTTTGATCAAATACAACTTTGTATTTGTCGATAAAGTAAATACTA-TTAATCTAATGTCTAATTAGATATTATTTTCTTAAC-CGACA-TATATGAATAGTCATGGATCAGCATTTCCCGAGTCTGTATCGTATCCAAGTTATTAGGGTGACTAAAGAAGA--------GAGTCATGGCTTGAATAATGGATGCCATTTCAACTGATAT-A--CTAGACAGTCACC--AGAGTCTGGAT-GCGCTGAGGT-AG-CA--ACCCAGTTT-TCATGGCACTGCTGCTTAAG-------------AGAAGAACTTTACATTAAAACATCTTTAATAAAAAAGA-AGCCATCTCAA--GTTATATTGAAAACACAATC-TTGGATGGACTAGCGAAGTAACTCGGTCATTAAATTTTATTTTTGCAGTC-------GAA----TTTTTTTATA-A--A-GAACGTCAATT-AT-ATA--------CACACATGTACAATAACACCT--AAA---TTA------TC------A------TT------TCA--------------C--A--CTGCTA--TTCATTGAAGTA
gi|11 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaaCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATACACACACGTAAA----TAC----ACATCT--AAGATGTTA------TC------AATATTGAT------GCAC-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TGAAGTACATatg
gi|12 : AAATGT--------GAA----TTTT----T-------------C--TT-----TA--------AAGA----TAC----ACATTT--AAAATGTTATCAATGTC------A------AT------GCGT-------------CGTA--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCgtg
gi|13 : --GTCAATT-ATTATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TC------A------ATATTAATGCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACA
gi|15 : ATGAAAATAAAATGCA-AGTTTTCAACGTTATTGT-----GTTTACTTTTTTTT--TA--ACATAATTT-------------------AATG-Tc
gi|16 : -ATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TCAATATTA------AT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACATC
gi|2 : TGATTTCTGCA-GTTCCGCTGACATGCTGCAATTTGATTATTTCCTTGCACACTATACTTCTTTGTTGCAT--TTTGTATTTTCTTTTTTTAATTCCAGGTTATTGGTTGGGGTTGG--------G-TT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTCGT--TGGA-TTT-TG--AA--G---TGACACTGGA----------------------------------C-AAT-C-----AATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GTTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACAAGTTG--TACTAAATG---TTTCCC-GATCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--AAAGTACAG--TCACGAGTACAT--GTTATACAA--ATCTAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACACTA-TGT-----------TTTCTTTT--TT--ATACAATTT-------------------AATG-TA-GT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCA------------AT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTG-TAAAGTAGATGCATAACGAGTTATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AT-A--GTAGACA--CACC--A-AGTCTGTAT-GC----AGGT-GGTCAGTAACCAGTTT-CTAGTGCACTCCTGTTGACGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AATGTTCGTACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGCCA-AATC-TTA--T-GA-TATATA---AACT--GTTATTAAA--TCACTTTAAATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TAGA----TAC----ACATTT--GAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCt
gi|3 : T-TTTTTTTAATTTCAAGTT--------------G--------C-TTGATTCCCCCCCCCCCCCCCTCAGATAATGCAGTGGAACTGACT-GAATG-GTTTGTACTGGAATTGGTG--AA--T---TAAAATTAAATAGTT-------------AG------------AAC-AAT-C-----CACACC-AGGAC-AGATTATGAATTTACTGCCTTT----CTCTTGAAAATCTGCTGA----TTGAAACA--CTG--TACTATATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAA-------ATC-----------CAG-AT-------------------CAA--GT---AAT-GAA--AATG------AAATACACAGTCTTCAACACCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATCT-------------------AATG-CATCT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-ATGTGACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAATAGATGCATAGCAAGTCATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTA-------AC-A--ATGGACA--CAGCTTG-AGTCCGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCATTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAATG---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAA---AATGATTATACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAATTATTATA-TAAAGCCA-AATC-TTG--T-AA-TACGTA-----------TA---------ATTTTAAATGT--------GAGTTTTTCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT--------------------------------------ATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTA
gi|4 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataataTGATTTCTGCACGTTTA-CTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCACTCTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTC-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------GTTGGGTTGGCTT--TTTTTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AAAAG---TGACACTGGAT---T-------------ACATGAATTGCTAGAAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--ACTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTTA----TTGAAATA--C----TACTAAATA---TTTCCA-GAGCGG-AAATACTTTGTTATCAATTAA--ATACAGTATC-----T-CAT--GTT--------ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGCCTTAAACACCA-AGT-----GT----TTTCTTT
gi|5 : TGATT-CTATA-GTTCAACTTTCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGC---------TTCTTTGTTACGT--TCTGTAATTT-TTTTT---ATTTCAGGTT--------------------------T--TTTGTTTCA----------AGAAAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-TTTTGT--TGGA-TTG-TGAAAA--G---TGACACTGGAT---TAAATGAACTGCTAA-------------AAC-AAT-C-----CATACC-TTGAC-GAATTGTAAAT--GCTGCTTTT----CTCTTCAAAATCTGTCGC----TTGAAACA--TTG--TACAAAACA---TTTCCT-GCGTGGAAAAAACATTTTT---AAT--A--GTACAGAATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-AAAGTAAT
gi|6 : aatacaaataccggattctttttaatctatatctatataccAGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------AG--AGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTTTCCAATGCACTGCTGTTGAAGAA--TA-TTAATTA-AACAGT------T---AA------TAAAAAGAAGTA-AAGCAC-TAAA-TAT---A-TGAAGA-A-AATCATTG--TAGACCAGGGT---TACT--GGTAT-AAA--TTATTT--GGTGTCATTTTTCTAG----TCAT----TA-ATTACAA--GTCA--T-GT-ATA---------ATA-----AC----ACACTG--AAAATGTTA-------C------A------AT------ACAT-------------C--
gi|7 : AGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------AG--AGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTT-TCAATGCACTGCTGTTGAAGAAATTAATTAAACAG-------TTA-AT---AA-----G-AAAGAGAAA-----GCAT--CAA--ATTATA-TGAAAGAA-AATC-TTG--T-GACTGGATT---A-CT--GGTATTAAA--TTATTGTAGATGT--------GAA----TTTT----TCTA--A-AA--GTCAATTAAT-ATACACACATGTAAA----TAC----ACATCTTGAAAATGTTA------TC------A------AT------ACATTGTATATTTGATGC--ACCCTGTTAATCTCA-TGAAGTACAtaaatatatttccagattgcacctgctatctaatggaagtacaaatgtag
gi|8 : GAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-CAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGGTTTAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACATTGCTGTTGCAGA---T--TTAAACAGAATAGTCT--TAT---AATGTTCATACAGAGAAAAAGAGGCAC-TCAA-TATTTTA-TGAAGCCA-AATC-GTA--T-GA-TATATATT-AACT--GTTATGAAA--Taa
gi|9 : TTGGGGTTA-TGAAGTAGATGCATAG--AGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGATA--CACC--A-AGTCTGAAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACACTGCTGTTGATGA---T--T
blockSeqs : T C A . ACT G . G C TT ATTGGTTGGGGTTGGGTT T CCCCCCCCTC C G A . . AC A G AA AAG G TTACATGAATTGCTAG . . . . . TTA . . AGTTG . C A A TA AAAGTACAGTCACGAGTA . ATA . . T T C T GTTTAC TA . . TCT . . . TATGTGACAG . . . . A T . TAGATGCATAACG . T . . ACTATT GT TTGA T . T T T AAATTAA T CTTAT . TGTTCG C AAT . TT . CC . A TA TATATATTAA . T T . CATTTTTC TTTT TAATTAC . A T CACACACGT A . . TG TCAATG AATATTG ATTAAT TGTATATTTGATG GT CC AT .
blockSeqs : . . . . . G . G . TT GTTGGGTTGGCTT C . . . . . . . . . . G A TTAAATGAACTGCTAA . . . . . G . . CTG . C . T TA TAAATACAGTATCT . ATA . . T T . . GT TT . . GT . . . . . . . . A T . TAGATGCATAGCA . T . . ACTATT GT AA T . T G . AATA T CTTAT . TGATTA C AAT . T . CC . . T CCAGGGTTA . G T . . . TCTAA . . . CACACATGT G . . . . AATATTA . . . . . .
blockSeqs : A . G . TT GCTTGA T . . . . . . . . . . T G TAGTTAG . . . . . A . . TTG . A . A A AGTACAGAATCT . . . . T T . . GT TC . . . A G . TAGATGCATAGCG . T . . ATA . AA . . . A . AT C TTA . TGTTCA A AAG . T . GA . . T TATATAAA . G G . . . TAAA . . . A T . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . T G . . . . . . . . . . G G . . . . . . G . . C . T . . T CAGAT . . . . . . . . . G G . TAGATGCATAG . T . . ACA . AA . . . A . GT T CTT . G A TA . T . CC . . T CTGGATTA . T . . . . TAAA . . . T T . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . T . AG . . . . ACA . A . . . G . AT . . . . C . . . . A . . T TACGTA . . . . . . TAAA . . . T G . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . T . AG . . . . ACA . A . . . G . AT T . . . T T . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . .
blockSeqCons : TT GCTTGGT********************** G***** TAGCTAG************************* ***** G** **** **** CTG**** *** C* AAGTACAGACT*********** ** *** ** GT********* TAGATGCATACG* ** ACA********** ** AA*** **** AT***** CTTAT *** AAT T* T*** CACGNATTA*** ** ** ******** TAAA******** ** **** ****
originalCons : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT--------------G--------G-TT--TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AA--G---TGACACTGGAT---T-------------A-------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAAT--GCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAAT--A--GTACAG-ATC-----T-CAT--GTTATACAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GACTANATA---AACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
finalCons : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTTGCTTGGT----------------------TTTCTCTCA----------AGATAATG-GGTG-AACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGGA-TTG-TG--AAG-----TGACACTGGATAGCTAG-------------------------AAC-AAT-C-----CATACC-AGGAC-AGATTATGAATG--CTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACACTG----TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAATAAGTACAGACT-----------CAT--GTT---CAA--ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGTGT---------TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATACG-AGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTCACA----------ATAGACA--CACCAA---GTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGAT-----TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAATAGGCAT-TCAAT-ATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTGT---GACACGNATTA---CT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT--------GAA----TCTTTAAA--------AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------A------AT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATAATGTTTGCCAATTTAAAGTTAATGACCCCCCCCCCCCCCCAGGTAATCATGCATAGCCTGAAAATGGCAGAGGTTCCTCTGGAATT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTCCCCCCCCCCCCCCCCAAGATGATGAGTGATGCATAATAATGGTCAATAAATTGGTAGAATAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 333 11 11 777777777777777777777 333333333 11 111 333333 777777777777777777777777 11 1111 1111 1111111 111 99999999999999999999999999999999999999999 33333333333 111111 7777777777777777777 1 1111 222 33333 1 44444444444 1 33333 11 11 333333333333 2222222222222 22 11111 1 1111 1 2222222 111 222222 111 11 1111 2222222222 3333333333333 111111111111 333333333 111111 111111 33333333333333333333333
lowQualScore : 7 3 2 88 222 6 33 2 8 11 0 888888888888888888888 1 222222222 8 8 8 8 8 11 8 111 444444 666666666666666666666666 0 8 8 11 6 7777 7777 4444444 444 99 8 1 5 0 0 44444444444444444444444444444444444444444 8 0 8 8 22222222222 888888 7777777777777777777 0 8888 333 33333 3 88888888888 3 33333 88 33 9 1 5 777777777777 0 5 5 5 77 2222222222222 33 11111 1 2222 1 1 5 3333333 1 88888 111 777777 7 222 6 44 6 33 6 6 3333 6666666666 99 3 7 99 0 6 4444444444444 222222222222 66 0 5 4 555555555 2 9999 9999 66 222222 222222 55555555555555555555555 66 66 66 5
lowQualScore : . . . .. ... . .. . . .. . ..................... . ......... . . . . . .. . ... ...... ........................ . . . .. . .... .... ....... ... .. . . . . . ......................................... . . . . ........... ...... ................... . .... ... ..... . ........... . ..... .. .. . . . ............ . . . . .. ............. .. ..... . .... . . . ....... . ..... ... ...... . ... . .. . .. . . .... .......... .. . . .. . . ............. ............ .. . . . ......... . .... .... .. ...... ...... ....................... .. .. .. .
lowQualScore : 3 3 0 33 333 5 88 5 0 66 8 888888888888888888888 4 000000000 0 0 0 0 0 00 0 000 222222 444444444444444444444444 8 0 0 00 4 0000 0000 2222222 000 44 0 0 6 8 8 22222222222222222222222222222222222222222 0 8 0 0 88888888888 888888 5555555555555555555 0 7777 333 33333 3 33333333333 3 33333 33 88 3 3 7 000000000000 7 7 0 7 99 3333333333333 66 77777 4 1111 4 7 7 9999999 5 00000 777 888888 5 555 7 00 7 55 7 7 5555 8888888888 22 0 2 22 8 7 3333333333333 777777777777 99 1 0 4 999999999 6 4444 4444 11 888888 888888 11111111111111111111111 11 99 99 0
consensus : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT---------GNT----TGG-TTTTTCTCTC---------AAGATAATG-GGT-GAACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGG-ATT-G-TGAAAAG---TGACACTGGATTA-ATGAA-TGCTAGAAC-----AATCCATACC-AGGAC-AGATTATGAA--TGCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAA-TAA-GTACAGT-A--C---T-C--ATGTTATACAA----ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATA-CGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACAGTCACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTACAGAGAAAAA-AGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GAC--ACGNATT-ACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT-GA--------A----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
Reference ( family-4962 ) : TGATTTCTGCA-GTTCAGCTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCAC-CTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTT-TTTTTTTAATTTCAGGTT---------GCT----TGG--TTTTCTCTC---------AAGATAATG-GGT-GAACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGG-ATT-G-TGAA--G---TGACACTGGAT-------A--GCTAGAAC-----AATCCATACC-AGGAC-AGATTATGAA--TGCTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACA--CTG--TACTAAATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAACATTGTTATCAA-TAA-GTACAG--A--C---T-C--ATGTT---CAA----ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACGCCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATTT-------------------AATG-TA-NT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-AC-CGACA-TAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAGTAGATGCATA-CGAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAAGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AACGTTCGTANAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGNCA-AATC-TTG--T-GAC--ACGNATT-ACT--GTTATTAAA--TTATTTTAGATGT-GA--------A----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TANA----TAC----ACATCT--AAAATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATC
gi|1 : TTGTT-CATAATCT-TATTTT-TTGTTA-AATTTCAGG-----------GAG----TG----TTCCCCCC---------AAGATAATG-G-T-CAACTG-CTTGGATGTGTCTGA--TGG-ACT-GCTGAA--AAGTTGAGACTGATT-------A--AAT-GAATGCTGTAA--CATACCCAGGACCAGATTATGAA--T--TGCCTTTAGTTCTGTTCAAAAGTCGTTCAAATTTTGAAACG--CTGGCCACTAAATACTTTTTCTTTGAGTGG-AAAAACATTG-TATCAG-C----TAT-------C---T-CATATGTTA--TAAAACTATCCAGATCCAAG-AATGAAAAAAAACTACA-GGGCTTCAATGCCA-TGCCAACGGT----TTTCTTTTGATCAAATACAACTTTGTATTTGTCGATAAAGTAAATACTA-TTAATCTAATGTCTAATTAGATATTATTTTCTTAAC-CGACA-TATATGAATAGTCATGGATCAGCATTTCCCGAGTCTGTATCGTATCCAAGTTATTAGGGTGACTAAAGAAGA--------GAGTCATGGCTTGAATAATGGATGCCATTTCAACTGATAT-A--CTAGACAGTCACC--AGAGTCTGGAT-GCGCTGAGGT-AG-CA--ACCCAGTTT-TCATGGCACTGCTGCTTAAG-------------AGAAGAACTTTACATTAAAACATCTTTA-ATAAAAAAGAAGCCATCTCAA--GTTATATTGAAAACACAATC-TTGGATGGACTAGCGAAGTAACTCGGTCATTAAATTTTATTTTTGCAGTCGA--------A----TTTTTTTATA-A--A-GAACGTCAATT-AT-ATA--------CACACATGTACAATAACACCT--AAA---TTA------TC------ATT------TCA--------------C--A--CTGCTA--TTCATTGAAGTA
gi|11 : tgttatgataaatgtgtacactacagtgaaCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATACACACACGTAAA----TAC----ACATCT--AAGATGTTA------TC------AATATTGATGCAC-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TGAAGTACATatg
gi|12 : AAATGT-GA--------A----TTTT----T-------------C--TT-----TA--------AAGA----TAC----ACATTT--AAAATGTTATCAATGTC------AAT------GCGT-------------CGTA--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCgtg
gi|13 : --GTCAATT-ATTATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TC------AATATTAATGCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACA
gi|15 : ATGAAAATAAAATGCA-AGTTTTCAACGTTATTGT-----GTTTACTTTTTTTT--TA--ACATAATTT-------------------AATG-Tc
gi|16 : -ATA--------TATA----TAT----ATATCT--AAAGTATTA------TCAATATTAAT------GCAT-------------C--A--CTGCTA--CTCA-TAAAGTACATC
gi|2 : TGATTTCTGCA-GTTCCGCTGACATGCTGCAATTTGATTATTTCCTTGCACACTATACTTCTTTGTTGCAT--TTTGTATTTTCTTTTTTTAATTCCAGGTTATTGGTTGGGGT----TGGGTTTTTTTCTC---------AAGATAATG-GGT-GAACTG-CT-GGATG-GTTCGT--TGG-ATT-T-TGAA--G---TGACACTGGA------------------C-----AATCAATACC-AGGAC-AGATTATGAA--TGTTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTGA----TTGAAACAAGTTG--TACTAAATG---TTTCCC-GATCGG-AAAAACATTGTTATCAA-TAAAGTACAGTCA--CGAGTAC--ATGTTATACAA----ATCTAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGTCTTCAACACTA-TGT-----------TTTCTTTT--TT--ATACAATTT-------------------AATG-TA-GT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCA------------AT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTG-TAAAGTAGATGCATAACGAGTTATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AT-A--GTAGACA--CACC--A-AGTCTGTAT-GC----AGGT-GGTCAGTAACCAGTTT-CTAGTGCACTCCTGTTGACGA---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAT---AATGTTCGTACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAA-TATTATA-TGAAGCCA-AATC-TTA--T-GAT--ATATA-A-ACT--GTTATTAAA--TCACTTTAAATGT-GA--------A----TCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT-ATA--------TAGA----TAC----ACATTT--GAAATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTACATCt
gi|3 : T-TTTTTTTAATTTCAAGTT---------GCT----TGA--TTCCCCCCCCCCCCCCCTCAGATAATGCAGTGGAACTGACT-GAATG-GTTTGTACTGGAATTGG-TGAA--T---TAAAATTAAAT-------A--GTTAGAAC-----AATCCACACC-AGGAC-AGATTATGAATTTACTGCCTTT----CTCTTGAAAATCTGCTGA----TTGAAACA--CTG--TACTATATA---TTTCCC-GAGCGG-AAAAA-------ATC----------CAG--A---------------T---CAA----------------GTAATGAAAATGAAATACACAGTCTTCAACACCA-TGT-----GT----TTTCTTTT--TC--ATACAATCT-------------------AATG-CATCT-ATCTGAT---TGAT-----ATT-TCTTCAT-ATGTGACAGTAT-TAAAT-----TTGATCAGCATTT--AGAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-TAAAATAGATGCATAGCAAGTCATGGATTGAA-AATGGAT-CC--TTA-------AC-A--ATGGACA--CAGCTTG-AGTCCGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCATTTT-CCAATGCACTGCTGTTGAATG---T--TTAAACAGAATAGTCTTATAA---AATGATTATACAGAGAAAAATAGGCAT-TCAATTATTATA-TAAAGCCA-AATC-TTG--T-AAT--ACGTA-T-A-----------------ATTTTAAATGT-GA--------GTTTTTCTT----TA-A--A-AA--GTCAATT-AT--------------------------------------ATGTTA------TC------AAT------GCGT-------------C--A--CTGCTA--TTCA-TAAAGTA
gi|4 : atgtcatatgaatagttgacttgagtgaatataataTGATTTCTGCACGTTTA-CTTACATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGCACTCTATACTTCTTTGTTGCAT--TCTGTATTTC-TTTTTTTAATTTCAGGTT---------GTTGGGTTGGCTTTTTTTCTC---------AAGATAATG-GGT-GAACTG-CT-GGATG-GTTTGT--TGG-ATT-G-TGAAAAG---TGACACTGGATTACATGAATTGCTAGAAC-----AATCCATACC-AGGAC-AGATTATGAA--TACTGCTTTT----CTCTTGAAAATCTGTTTA----TTGAAATA--C----TACTAAATA---TTTCCA-GAGCGG-AAATACTTTGTTATCAATTAA-ATACAGT-AT-C---T-C--ATGTT----------ATCCAGAT-CAAGTAATGAAAATAAAATACA-AGCCTTAAACACCA-AGT-----GT----TTTCTTT
gi|5 : TGATT-CTATA-GTTCAACTTTCATAATGCAAT--AATTATTTCCTTGC---------TTCTTTGTTACGT--TCTGTAATTT-TTTTT---ATTTCAGGTT---------------------TTTTGTTTC---------AAGAAAATG-GGT-GAACTG-CT-GGATG-TTTTGT--TGG-ATT-G-TGAAAAG---TGACACTGGATTAAATGAACTGCTAAAAC-----AATCCATACC-TTGAC-GAATTGTAAA--TGCTGCTTTT----CTCTTCAAAATCTGTCGC----TTGAAACA--TTG--TACAAAACA---TTTCCT-GCGTGGAAAAAACATTTTT---AA-T-A-GTACAG--AATC---T-C--ATGTTATACAA----ATCCAGAT-AAAGTAAT
gi|6 : aatacaaataccggattctttttaatctatatctatataccAGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------A--GAGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTTTCCAATGCACTGCTGTTGAAGAA--TA-TTAATTA-AACAGT------T---AA------TAAAAAGAAGTA-AAGCAC-TAAA-TAT---A-TGAAGA-A-AATCATTG--TAGAC--CAGGGTT-ACT--GGTAT-AAA--TTATTT--GGTGT-CATTTTTCTAG----TCAT----TA-ATTACAA--GTCA--T-GT-ATA---------ATA-----AC----ACACTG--AAAATGTTA-------C------AAT------ACAT-------------C--
gi|7 : AGTTATTAGG-TGA-TAAAG---------A--GAGTCATGTCTTGAA-AA--GAT-TC--TTC-------ACTATTATAGACAGTCACC--A---TCTGGATTGC----AGGTTGATCAGAAACCAGTTT-TCAATGCACTGCTGTTGAAGAAATTAATTAAACAG-------TTA-AT---AA-----G-AAAGAGAAA-----GCAT--CAA--ATTATA-TGAAAGAA-AATC-TTG--T-GAC---TGGATT-ACT--GGTATTAAA--TTATTGTAGATGT-GA--------A----TTTT----TCTA--A-AA--GTCAATTAAT-ATACACACATGTAAA----TAC----ACATCTTGAAAATGTTA------TC------AAT------ACATTGTATATTTGATGC--ACCCTGTTAATCTCA-TGAAGTACAtaaatatatttccagattgcacctgctatctaatggaagtacaaatgtag
gi|8 : GAGCCTG--TCATATCCAAGTTATTGGGATTA-CAAAGTAGATGCATAGCGAGTCATGGGTTTAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGACA--CACC--A-AGTCTGGAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACATTGCTGTTGCAGA---T--TTAAACAGAATAGTCT--TAT---AATGTTCATACAGAGAAAAAGAGGCAC-TCAA-TATTTTA-TGAAGCCA-AATC-GTA--T-GAT--ATATATTAACT--GTTATGAAA--Taa
gi|9 : TTGGGGTTA-TGAAGTAGATGCATA--GAGTCATGGCTTGAA-AATGGAT-CC--TTC-------AC-A--ATAGATA--CACC--A-AGTCTGAAT-GC----AGGT-GGTCAGGAACCAGTTT-CCAATACACTGCTGTTGATGA---T--T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATATAATGTTTGCCAATTTAAAGTTAATGACCCCCCCCCCCCCCCAGGTAATCATGCATAGCCTGAAAATGGCAGAGGTTCCTCTGGAATT
Unaligned ( gi|14 ): TTATTCCCCCCCCCCCCCCCCAAGATGATGAGTGATGCATAATAATGGTCAATAAATTGGTAGAATAT