lowQualScore : 11 222 11111 11111 222222222222222222222 111111111 777777777777777777777777777777777777777777 4444444 222222 1111 3333 2 1 333333333333333 33
lowQualScore : 66 4 00 999 55 66666 6 7777 3 11111 3 77 77 44 7777 666666666666666666666 666666 3 3 999999999 44 44 666666666666666666666666666666666666666666 2 5555 444 7777777 33 66 33 444 444 5 66 2 33 5 5555 000000 33 2 66666 1111 33 7777 2 5 444 33 444 1 3 99 555 2 5 2 555 66 555 99 5 77 77 33 666666666666666 555 555 99 3 4
lowQualScore : .. . .. ... .. ..... . .... . ..... . .. .. .. .... ..................... ...... . . ......... .. .. .......................................... . .... ... ....... .. .. .. ... ... . .. . .. . .... ...... .. . ..... .... .. .... . . ... .. ... . . .. ... . . . ... .. ... .. . .. .. .. ............... ... ... .. . .
lowQualScore : 11 4 66 999 55 44444 7 1111 3 88888 3 99 99 66 1111 999999999999999999999 444444 3 3 222222222 66 66 666666666666666666666666666666666666666666 9 5555 777 9999999 77 33 77 777 777 3 33 7 77 3 7777 111111 77 7 77777 3333 77 4444 7 3 777 77 777 4 3 66 000 9 7 9 000 88 000 66 7 99 99 99 888888888888888 444 888 66 3 0
consensus : GCTTTA--C-G--TCTA-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--A--AT---T--C-AAT---A-----GG----T--TA-TT-TTA----CG-AAAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T-TTCA-----AA-A--GAA--TTTTT--T-A-G-T---TAA--A---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CG--GT--TTTA--TTT---------AA--T-T---GTT---ACG-TAT-GTG-TGAAT
Reference ( gi|10 ) : GCTTTA--C-G--TCTAATCGG--TTTC----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--TG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--A--AT---G--G-AAT---A-----G-----T--TA-GT-TT-----CG-AAAA---CT---A--C----TT--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T-TTCA-----AA-A--GAA--TTTTT--TCA-G-T---TAA--A---GCTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CG--GT--TTTA--TTT---------TA--TCT---GTT---AC--TAT-GTG-TGAAT
gi|7 : GCTTTA--C-G--TT--ATGGT--TTTT----A-CT----G-A-----T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-AA-CG-CCT--A---A--TGTTT-T---------CCT--A--AT---C--A-AATTAGG-----G-----T--TATGT-TTA----CG-CAAA---CT---A--A----TT--CTT--TG--G---C---TA-A---G-TTT--A-AA----TTT-A---T--T-TTCA-----AC-A--GAA--TTTT-----A-G-T---TAA--A---GTTAGG-ACGC-A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--GCCG--GT--TTTA--TTT---------AA--ATT---GTT---ACG-TAT-GTG-TGAA
gi|4 : ttcattatatcttattgtacttGCTTTA--T-G--TCTA-TAGGATCTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GAA----A---T----G-AACT--C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--A--AT---TTCA-AAT---A-----GG----T--TA-TT-TTA----CG-AAAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TAT--A-CC----CT--A---T--T-TTCA-----AA-A--GAAATTTTTT--TAA-GCC---TAA--A---AGTTAG-ACG--A---TT-TC-TGA---ACA--T---T--G-AG--GT--TTTA--TTT---------TAATTCTTACGTT---AT--TGTCGTG-
gi|5 : ttcattatatacttattgctactGCTTTAAGC-GGGTCTACT-GG--TTTTTTAAA-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----GGA--CG-C-T--A---A--T-TTT-TTATTTTTCGCCT--A--TT---T--C-ATT---A-----AGGGTTT--TA--T-TTGTAAGCG-AAAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG--GCAAA---TA-A--TG-TTT--A-CA----TTGAA---T--T-TTCA-----AA-A--GA-----TTT--TTA-G-T---TAA--A---G-TTAGTACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---TG-G-CGGTGT--TTTA--TTT---------AA--T-T---GTT---ACGGTAT-GTG-TGAAg
gi|9 : actGCTTTA--C-G--TCTNNNNNN--NNNN----N-NN----N-N-N---N-NN--NN--N--NNN----N---N----N-N--NN-N-N--N---N--N-NNN-N---------NNN--N--NN---N--N-NNN---N-----NNN---T--TA-TT-TTA----CG-AAAA---CT---A--A----TT--CTT---G--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--TATTCA-----AA-A--------TTTG--ATA-G-TATATAA--A---AGTTAG-ACGTGA---TT-TT-T-A---ACA--T---T--G-CG--GT--TTTA--TTT---------TA--ATT---GTT---ACGTTAT-GTGTTGAAT
gi|3 : tactGCTTTA--C-GG-TCTACTGGG--TTT-----A-CTAGGGG-AGA---T-TT--GGAGG--GGA----AGAGT----G-A---G-C-G--AGACA--T-TTT-T---------CCT--A--AT---T--C-AAT---ATG---G-----T--TA-GTGTTA----CG-AAAAAAGCT---A--GAA--TT--CTT---G--G---A---TA-AG-TG-TTT--AGCA----TT--AAAGT--T-TCCA-----AA-AAAGAA--TGTTT----A-G-T---TGA--A---AGTTAGGACG--A---TT-TG-T-A---ACAG-T---TTGG-CG--TT--GTTA--TTT---------AAC-TGT---GTTCGGAC--TGT-GTG-g
gi|2 : ttaatttattggtaagcctCTTTA--CTG--TCTA-TTGG--TTTT----A-CT------A-A---T-TTTTGA--G--TGG----A---TAATGG-A--CG-C-TTCA---A--T-TTT-T---------CCT--A--ATTCAA--G-AA----G-----G-----T--TA-TT-TTA----CG-AAAA---TA---A--A----TT--CTT--TGCTG---A---TA-A--TG-TTT--A-CAGTGGTT--A---TTGT-TTCACAAATAA-G--GGA--TATTT----A-G-T---TAA--A---G-TTAGCAAG--A----T-TG-T-AATTACATCT---C--G-CG--GT--TTTA--ATT---------TA--a
gi|12 : cttcattgtagattattgttctgcTTTA--C-G--TCTA--TGA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--A--AT---T--C-AAT---A-----GG----T--TA-TT-TTTA---CG-AAA----CT---AAAT----TG--TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T-TTCA-----AACA--GAA--TTTTT----A-G-T---AAA--A---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-CG--GT--TTTA--TTT---------AA--T-T---GTT---ACGTTAT-GTgattgtgacgtgattggtgtg
gi|11 : TTTA--C-G--TCTA--TGA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--A--AT---T--C-AAT---A-----GG----T--TA-TT-TTTA---CG-AAA----CT---AAAT----TG--TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T-TTCA-----AACA--GAA--TTTTT----A-G-T---AAA--A---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-CG--GT--TTTA--TTT---------AA--T-T---GTT---ACGTTAT-GT
gi|8 : --C-G--TCTCATGGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GG--GTGGAA----A---T----G-AATCG-C-T--G---AGAT-TCTAT---------CCTTTA--AT---T--C-ACT---ATCATTG-----T--TGTAT-TTA----CGTAAAA---CTTGAA--T----GT--CTTATTG--G---A---TG-A--TGATTT--A-CA----TT--A---T--T-TTTC-----AA-T--AAA--TTTTG--T-A-GCT---TAA--A---GTATAGTACGA-A---TT-TGCT-A---ACA--T---T--G-CG--GTTCTTTA--TTT---------AA--T-T---GTT---ACG-TAT-GTG-TGAA
gi|1 : --TTTT----A-CT----G-A-AATTTGTT--GAC-G--GGATAACA---T----G-A--CG-C----A---A--T-TTT-TTTA------CCT--A--AT---T--CCAAT---A-----GG----T--TA-CT-TTTA---CC-AAAA---CT---A--AAAGATTAACTT--TG--A---AGATTA-AATTG-TTTTAG-CA----TT--ATTAT--T-TTCA-----AA-AAGAAA--TCTTT--TTAGG-T---TAAATA---GTTTAGCACG--A---TTATG---A---ACA--T---A--T-CG--GT--TTAA--TTT---------AA--T-T---GTT---ACGATAT-GTG-TG
gi|6 : ttcattataatttattgtactgcaattagctgtcatggttTTT----A-CT----GTA-A---T-TTT-GA--G--GGA----A---TCC--G-A--CG-C-TTTA---T--T-TTT-T---------CCT--A--AT---T--C-AAT---A-----G-----TGTTA-TT-TA-----CG-CAAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG--G---A---TA-A--TG--TT--A-CA----TT--ATT-T--T-TTCA-----AA-C--GAA--TCCTT--T-A-G-T---TTA--A---G-TTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--TCCCT--GCCG--GT--TTTACCTTT---------AA--TTT---G
gi|13 : ttcatccagtattatctgttactgcttcatacgtccttccatgcata-CT----G-A-A---T-T---GA--G--GAA----A---T----T-A--CG-C-T--A---C--T-TTT-T---------CCT--ATCAT---A--G-GCT---------------T--TA-TT-TA-----CG-AAA----CT---AA-T----TT--CTTA-TG--G---A----A-A--T--TTT--A-CA----TT--A---T--T-TTCA-----CA----GAA--TTTTTATTAA-A-T---TAG--ACGTATTTAA-ACA--ACGTTT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CGGTGT--TTTT--TTT---------TA--T-T---GCT---ACG-TAT-GTG-TGAAT
gi|15 : atgtatttt--TA-TT-TTA----CG-AAAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG------A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T-TTCA-----AA-A--GAA--TTTTT----A-G-T---TAA--A---G-TTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CG--GT--TTTA--TTT---------AA--T-T---G-T---ACG-TAT-GTG-TGAAT
gi|14 : --TA-TT-TTA----CG-AAAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT------T--A-TTCA-----AC-A--GAA--TTTTT----A-G-T---TAA--A---G-TTAG-ACG------TT-TGTT-A---ACA--T---TG-G-CG--GTGGTTTG--TTTTTTTTTTTGTG--TTT---GTT---ACG-TAT-GTG-TGAAT
gi|16 : AAA---CT---A--AA---TT--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--ACCG----CT--A------T-TTCA-----AA-A--GAA--TTTTT----A-G-C---TAA--A---G-TTAG-
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11 111111111 11111111111111 111111 111111 11 1 1111111111 1
lowQualScore : 55 4 99 4 4 8 44 888888 6666 3 00000 3 77 77 44 6666 44444444 3 00 6 8888 555 44 3 3 777777777 44 77 66666666666666 999 2 2 33 22 444 2 2 4444 2 88 55 33 444 444 5 55 2 33 5 5555 333333 33 666 2 8888 555555 7777 00 444 2 777 4 7 0 777777 2 2 5 444 66 444 66 5 2 33 77 33 2 99 4444444444 2 2 2 2 1 2 3 44 3
lowQualScore : .. . .. . . . .. ...... .... . ..... . .. .. .. .... ........ . .. . .... ... .. . . ......... .. .. .............. ... . . .. .. ... . . .... . .. .. .. ... ... . .. . .. . .... ...... .. ... . .... ...... .... .. ... . ... . . . ...... . . . ... .. ... .. . . .. .. .. . .. .......... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 55 0 55 0 0 8 66 222222 5555 1 22222 1 33 33 22 5555 11111111 1 44 2 9999 444 22 1 1 777777777 22 33 66666666666666 666 5 5 44 66 444 5 5 6666 5 44 99 44 444 444 0 99 5 44 0 3333 999999 44 999 5 1111 444444 6666 99 444 5 888 1 5 7 999999 7 7 3 777 33 777 33 3 7 77 33 77 7 00 3333333333 7 7 9 9 4 9 1 22 6
consensus : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
Reference ( family-4877 ) : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|1 : --TTTT----A-CT----G-A-AATTTGTT--GAC-G--GGATAACA---T----G-A--CG-C----A---A--T-TTT-TTTA------CCT--AATTCC-AAT--A-G----G----TTACT-T-T-TA--CC-AAAA---CT-A-AAAGAT-TAACTT--TG--A---AGATTA-AATTG-TTTTAG-CA----TT--A---T--TATTTTCA-AA-AA-GAAATC---TTTT--T-AGG-T---T-AAATA-GTTTAGCACG--A---TTATG---A---ACA--T---A--T-C-G--GT--T--TA-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GAT-A-T--GTG-TG
gi|10 : ttcattataatttattgtactgcaattagctgtcatggttGCTTTA--C-G--TCT-AATCGG--TTTC----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--TG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATGG--AAT--A------G----TTA-G-T-T-T---CG-AAAA---CT---AC---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--TCAG--T---T-AAA---GCTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------T-ATCTGT-TAC---T-A-T--GTG-TGAAT
gi|11 : TTTA--C-G--TCT-A-T-GA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--AATTC--AAT--A-G----G----TTATT-T-T-TA--CG--AAA---CT-A-AA---T-TG-TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T---TTCA-AACA--GAA------TTTT--T-AG--T---A-AAA---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GT
gi|12 : TTTA--C-G--TCT-A-T-GA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--AATTC--AAT--A-G----G----TTATT-T-T-TA--CG--AAA---CT-A-AA---T-TG-TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T---TTCA-AACA--GAA------TTTT--T-AG--T---A-AAA---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GT
gi|13 : --TTTT------CT----G-A-A---T-T---GA--G--GAA----A---T----T-A--CG-C-T--A---C--T-TTT-T---------CCT--A--TC--A-T--A-G----GCT--TTA-T-T-T--A--CG-AAA----CT-A-AT---T-T--CTTA-TG--G---A----A-A--T--TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-CA----GAA--T---TTTTATT-AAA-T---T-AGACGTATTTAA-ACA--ACGTTT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GTGTT--TT-T--TTT----------T-AT-TGC-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|14 : atgtaTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT------T--A---TTCA-AC-A--GAA--T---TTTT----AG--T---T-AAA---GTT-AG-ACG------TT-TG-TTA---ACA--T---T--GGC-G--GTGGT--TT-G--TTTTTTTTTTTGTG-TT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|15 : TA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG------A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT----AG--T---T-AAA---GTT-AG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TG--TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|16 : TA-T-T-T-TA--CG-AAA----CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--ACCG----CT--A------T---TTCA-AA-A--GAA------TTTT--T-AG--C---T-AAA---GTT
gi|2 : CTTTA--CTG--TCT-A-TTGG--TTTT----A-CT------A-A---T-TTTTGA--G--TGG----A---TAATGG-A--CG-C-TTCA---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAGA-A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA----T-A-AA---T-T--CTT--TGCTG---A---TA-A--TG-TTT--A-CAGTGGTT--A---TTGT---TTCACAA-A--TAA--GGGATATT--T-AG--T---T-AAA---G-TTAGCAAG--A----T-TG-T-AATTACATCT---C--G-C-G--GT--T--TTAA--TTT----------AGAT-TGT-GAC-G-TGA-TTGGTG-TGag
gi|3 : cttcattgtagattattgttctgcGCTTTA--C-GG-TCT-A-CTGG--GTTT----A-CTAGGGG-AGA---T-TT--GGAGG--GGA----AGAGT----G-A---G-C-G--AGACA--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--ATG----G----TTA-G-TGT-TA--CG-AAAAAAGCT-AGAA---T-T--CTT---G--G---A---TA-AG-TG-TTT--AGCA----TT--AAAGT--T---TCCA-AA-AAAGAA--T---GTTT----AG--T---TGAAA---GTTAGG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACAG-T---TTGG-C-G--TT--G--TT-A--TTT----------A-AC-TGTGTTC-G-G-ACT--GTG-TGA
gi|4 : ttaatttattggtaagcctGCTTTA--T-G--TCT-A-TAGGATCTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GAA----A---T----G-AA-CT-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTTCAAAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TAT--A-CC----CT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAAATT---TTTT--T-AAGCC---T-AAA---AGTTAG-ACG--A---TT-TC-TGA---ACA--T---T--G-A-G--GT--T--TT-AT-TTT----------A-AT-TCT-TAC-G-T-
gi|5 : ttcattatatacttattgctactGCTTTAAGC-GGGTCT-A-CTGG--TTTTTTAAA-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----GGA--CG-C-T--A---A--T-TTT-TTATTTTTCGCCT--ATTTC--ATT--A-A----GGGTTTTA-T-T-TGTAAGCG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--GCAAA---TA-A--TG-TTT--A-CA----TTGAA---T--T---TTCA-AA-A--GA-------TTTT--T-AG--T---T-AAA---G-TTAGTACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---TG-G-C-GGTGT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TACGG-T-A-T--GTG-TGAAtattgtcgtgg
gi|6 : actTTT----A-CT----GTA-A---T-TTT-GA--G--GGA----A---TCC--G-A--CG-C-TTTA---T--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-GT---G----TTA---T-T-TA--CG-CAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG--TT--A-CA----TT--ATT-T--T---TTCA-AA-C--GAA--T---CCTT--T-AG--T---T-TAA---G-TTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--TCCCT--GCC-G--GT--T--TT-ACCTTT----------A-AT-T
gi|7 : ttcatccagtattatctgttactgcttcatacgtccttccatgcataGCTTTA--C-G--T-T-A-TGGT--TTTT----A-CT----G-A-----T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-AA-CG-CCT--A---A--TGTTT-T---------CCT--AATCA--AATTAG-G----G----TTA-TGT-T-TA--CG-CAAA---CT-A-A----T-T--CTT--TG--G---C---TA-A---G-TTT--A-AA----TTT-A---T--T---TTCA-AC-A--GAA--T---TTT-----AG--T---T-AAA---GTTAGG-ACGC-A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CCG--GT--T--TT-A--TTTA---------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAtg
gi|8 : ttcattatatcttattgtactt--C-G--TCTCA-TGGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GG--GTGGAA----A---T----G-AATCG-C-T--G---AGAT-TCTAT---------CCTTTAATTC--ACT--A-TCATTG----TTG-TAT-T-TA--CGTAAAA---CTTG-AA---TGT--CTTATTG--G---A---TG-A--TGATTT--A-CA----TT--A---T--T---TTTC-AA-T--AAA--T---TTTG--T-AGC-T---T-AAA---GTATAGTACG--AA--TT-TGCT-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--TCTTT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAA
gi|9 : GCTTTA--C-G--TCT-N-NNNN--NNNN----N-NN----N-N-N---N-NN--NN--N--NNN----N---N----N-N--NN-N-N--N---N--N-NNN-N---------NNN--NNNNN--NNN--N-N----NNN--TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-A----T-T--CTT---G--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--TA--TTCA-AA-A-------T---TTGA--T-AG--TATAT-AAA---AGTTAG-ACGTGA---TT-TT-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-AT-TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GTGTTGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11 111111111 11111111111111 111111 111111 11 1 1111111111 1
lowQualScore : 55 4 99 4 4 8 44 888888 6666 3 00000 3 77 77 44 6666 44444444 3 00 6 8888 555 44 3 3 777777777 44 77 66666666666666 999 2 2 33 22 444 2 2 4444 2 88 55 33 444 444 5 55 2 33 5 5555 333333 33 666 2 8888 555555 7777 00 444 2 777 4 7 0 777777 2 2 5 444 66 444 66 5 2 33 77 33 2 99 4444444444 2 2 2 2 1 2 3 44 3
lowQualScore : .. . .. . . . .. ...... .... . ..... . .. .. .. .... ........ . .. . .... ... .. . . ......... .. .. .............. ... . . .. .. ... . . .... . .. .. .. ... ... . .. . .. . .... ...... .. ... . .... ...... .... .. ... . ... . . . ...... . . . ... .. ... .. . . .. .. .. . .. .......... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 55 0 55 0 0 8 66 222222 5555 1 22222 1 33 33 22 5555 11111111 1 44 2 9999 444 22 1 1 777777777 22 33 66666666666666 666 5 5 44 66 444 5 5 6666 5 44 99 44 444 444 0 99 5 44 0 3333 999999 44 999 5 1111 444444 6666 99 444 5 888 1 5 7 999999 7 7 3 777 33 777 33 3 7 77 33 77 7 00 3333333333 7 7 9 9 4 9 1 22 6
consensus : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
Reference ( family-4877 ) : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|1 : --TTTT----A-CT----G-A-AATTTGTT--GAC-G--GGATAACA---T----G-A--CG-C----A---A--T-TTT-TTTA------CCT--AATTCC-AAT--A-G----G----TTACT-T-T-TA--CC-AAAA---CT-A-AAAGAT-TAACTT--TG--A---AGATTA-AATTG-TTTTAG-CA----TT--A---T--TATTTTCA-AA-AA-GAAATC---TTTT--T-AGG-T---T-AAATA-GTTTAGCACG--A---TTATG---A---ACA--T---A--T-C-G--GT--T--TA-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GAT-A-T--GTG-TG
gi|10 : ttcattataatttattgtactgcaattagctgtcatggttGCTTTA--C-G--TCT-AATCGG--TTTC----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--TG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATGG--AAT--A------G----TTA-G-T-T-T---CG-AAAA---CT---AC---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--TCAG--T---T-AAA---GCTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------T-ATCTGT-TAC---T-A-T--GTG-TGAAT
gi|11 : TTTA--C-G--TCT-A-T-GA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--AATTC--AAT--A-G----G----TTATT-T-T-TA--CG--AAA---CT-A-AA---T-TG-TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T---TTCA-AACA--GAA------TTTT--T-AG--T---A-AAA---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GT
gi|12 : TTTA--C-G--TCT-A-T-GA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--AATTC--AAT--A-G----G----TTATT-T-T-TA--CG--AAA---CT-A-AA---T-TG-TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T---TTCA-AACA--GAA------TTTT--T-AG--T---A-AAA---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GT
gi|13 : --TTTT------CT----G-A-A---T-T---GA--G--GAA----A---T----T-A--CG-C-T--A---C--T-TTT-T---------CCT--A--TC--A-T--A-G----GCT--TTA-T-T-T--A--CG-AAA----CT-A-AT---T-T--CTTA-TG--G---A----A-A--T--TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-CA----GAA--T---TTTTATT-AAA-T---T-AGACGTATTTAA-ACA--ACGTTT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GTGTT--TT-T--TTT----------T-AT-TGC-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|14 : atgtaTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT------T--A---TTCA-AC-A--GAA--T---TTTT----AG--T---T-AAA---GTT-AG-ACG------TT-TG-TTA---ACA--T---T--GGC-G--GTGGT--TT-G--TTTTTTTTTTTGTG-TT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|15 : TA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG------A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT----AG--T---T-AAA---GTT-AG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TG--TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|16 : TA-T-T-T-TA--CG-AAA----CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--ACCG----CT--A------T---TTCA-AA-A--GAA------TTTT--T-AG--C---T-AAA---GTT
gi|2 : CTTTA--CTG--TCT-A-TTGG--TTTT----A-CT------A-A---T-TTTTGA--G--TGG----A---TAATGG-A--CG-C-TTCA---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAGA-A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA----T-A-AA---T-T--CTT--TGCTG---A---TA-A--TG-TTT--A-CAGTGGTT--A---TTGT---TTCACAA-A--TAA--GGGATATT--T-AG--T---T-AAA---G-TTAGCAAG--A----T-TG-T-AATTACATCT---C--G-C-G--GT--T--TTAA--TTT----------AGAT-TGT-GAC-G-TGA-TTGGTG-TGag
gi|3 : cttcattgtagattattgttctgcGCTTTA--C-GG-TCT-A-CTGG--GTTT----A-CTAGGGG-AGA---T-TT--GGAGG--GGA----AGAGT----G-A---G-C-G--AGACA--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--ATG----G----TTA-G-TGT-TA--CG-AAAAAAGCT-AGAA---T-T--CTT---G--G---A---TA-AG-TG-TTT--AGCA----TT--AAAGT--T---TCCA-AA-AAAGAA--T---GTTT----AG--T---TGAAA---GTTAGG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACAG-T---TTGG-C-G--TT--G--TT-A--TTT----------A-AC-TGTGTTC-G-G-ACT--GTG-TGA
gi|4 : ttaatttattggtaagcctGCTTTA--T-G--TCT-A-TAGGATCTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GAA----A---T----G-AA-CT-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTTCAAAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TAT--A-CC----CT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAAATT---TTTT--T-AAGCC---T-AAA---AGTTAG-ACG--A---TT-TC-TGA---ACA--T---T--G-A-G--GT--T--TT-AT-TTT----------A-AT-TCT-TAC-G-T-
gi|5 : ttcattatatacttattgctactGCTTTAAGC-GGGTCT-A-CTGG--TTTTTTAAA-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----GGA--CG-C-T--A---A--T-TTT-TTATTTTTCGCCT--ATTTC--ATT--A-A----GGGTTTTA-T-T-TGTAAGCG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--GCAAA---TA-A--TG-TTT--A-CA----TTGAA---T--T---TTCA-AA-A--GA-------TTTT--T-AG--T---T-AAA---G-TTAGTACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---TG-G-C-GGTGT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TACGG-T-A-T--GTG-TGAAtattgtcgtgg
gi|6 : actTTT----A-CT----GTA-A---T-TTT-GA--G--GGA----A---TCC--G-A--CG-C-TTTA---T--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-GT---G----TTA---T-T-TA--CG-CAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG--TT--A-CA----TT--ATT-T--T---TTCA-AA-C--GAA--T---CCTT--T-AG--T---T-TAA---G-TTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--TCCCT--GCC-G--GT--T--TT-ACCTTT----------A-AT-T
gi|7 : ttcatccagtattatctgttactgcttcatacgtccttccatgcataGCTTTA--C-G--T-T-A-TGGT--TTTT----A-CT----G-A-----T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-AA-CG-CCT--A---A--TGTTT-T---------CCT--AATCA--AATTAG-G----G----TTA-TGT-T-TA--CG-CAAA---CT-A-A----T-T--CTT--TG--G---C---TA-A---G-TTT--A-AA----TTT-A---T--T---TTCA-AC-A--GAA--T---TTT-----AG--T---T-AAA---GTTAGG-ACGC-A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CCG--GT--T--TT-A--TTTA---------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAtg
gi|8 : ttcattatatcttattgtactt--C-G--TCTCA-TGGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GG--GTGGAA----A---T----G-AATCG-C-T--G---AGAT-TCTAT---------CCTTTAATTC--ACT--A-TCATTG----TTG-TAT-T-TA--CGTAAAA---CTTG-AA---TGT--CTTATTG--G---A---TG-A--TGATTT--A-CA----TT--A---T--T---TTTC-AA-T--AAA--T---TTTG--T-AGC-T---T-AAA---GTATAGTACG--AA--TT-TGCT-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--TCTTT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAA
gi|9 : GCTTTA--C-G--TCT-N-NNNN--NNNN----N-NN----N-N-N---N-NN--NN--N--NNN----N---N----N-N--NN-N-N--N---N--N-NNN-N---------NNN--NNNNN--NNN--N-N----NNN--TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-A----T-T--CTT---G--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--TA--TTCA-AA-A-------T---TTGA--T-AG--TATAT-AAA---AGTTAG-ACGTGA---TT-TT-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-AT-TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GTGTTGAAT
blockSeqs : AG T GG C . T AT TTAAA AGGG T CA . TT AG TG . TAATG G AT T TTC GAC GA G A TATTTTTCG TT CA AAGGGTT TT G G AG TA AAG T G C G G AT CT CAA . T G A . C GTGG AAAG TG A C AAA GGGA ATT GC ATA G CGT C T C ACGT . C T ATT TC CCC TG G C GT GT CT A CC TTTTTTTTGT G C G G T G C TG T
blockSeqs : . . G . . T . AG . . CA . T . . . GAGT . A T TTT . . . . . . . ATCATTG TT . . . A . . . A . G A . . . T . . . G . GAA . . . CA ATT TC A . . . T T T TGA . . G . G . G C . . GG . . T A . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . A . AG . . GA . . . . . TCC . A . CT . . . . . . . AGGCT TG . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . ATT . . . CA T T C . . . T T T CA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . T . A . . A . . . . . AT . . . T . . . . . . . TAGGG TA . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . TA . . . A T T . . . . T A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . A . . A . . . . . AT . . . T . . . . . . . NNNNN G . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T T . . . . T T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . A . . A . . . . . T . . . T . . . . . . . AAGG T . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T T . . . . T T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . N . A . . A . . . . . T . . . T . . . . . . . ATGG T . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T T . . . . T T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . A . . . . . T . . . G . . . . . . . AGTG T . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T T . . . . T A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . A . . . . . T . . . T . . . . . . . AGG T . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T T . . . . G T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . A . . . . . T . . . T . . . . . . . AGG T . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A T T . . . . T T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . N . . N . . . . . T . . . T . . . . . . . AGG G . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . C T T . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . N . . . N . . . . . . . AG T . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A**** ** **** T*** ********* ** AGG*********** T** A*** ** *** ** ** *** A*** T***** ** ***
originalCons : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
finalCons : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-AA----T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-CT---A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AATAGG-----------TTAT--T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AAA---GAAT-----TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111 11 111111111 11111111111111 111111 111111 11 1 1111111111 1
lowQualScore : 55 4 99 4 4 8 44 888888 6666 3 00000 3 77 77 44 6666 44444444 3 00 6 8888 555 44 3 3 777777777 44 77 66666666666666 999 2 2 33 22 444 2 2 4444 2 88 55 33 444 444 5 55 2 33 5 5555 333333 33 666 2 8888 555555 7777 00 444 2 777 4 7 0 777777 2 2 5 444 66 444 66 5 2 33 77 33 2 99 4444444444 2 2 2 2 1 2 3 44 3
lowQualScore : .. . .. . . . .. ...... .... . ..... . .. .. .. .... ........ . .. . .... ... .. . . ......... .. .. .............. ... . . .. .. ... . . .... . .. .. .. ... ... . .. . .. . .... ...... .. ... . .... ...... .... .. ... . ... . . . ...... . . . ... .. ... .. . . .. .. .. . .. .......... . . . . . . . .. .
lowQualScore : 55 0 55 0 0 8 66 222222 5555 1 22222 1 33 33 22 5555 11111111 1 44 2 9999 444 22 1 1 777777777 22 33 66666666666666 666 5 5 44 66 444 5 5 6666 5 44 99 44 444 444 0 99 5 44 0 3333 999999 44 999 5 1111 444444 6666 99 444 5 888 1 5 7 999999 7 7 3 777 33 777 33 3 7 77 33 77 7 00 3333333333 7 7 9 9 4 9 1 22 6
consensus : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
Reference ( family-4877 ) : GCTTTA--C-G--TCT-A-TNGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--CG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--T-AG--T---T-AAA---GTTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|1 : --TTTT----A-CT----G-A-AATTTGTT--GAC-G--GGATAACA---T----G-A--CG-C----A---A--T-TTT-TTTA------CCT--AATTCC-AAT--A-G----G----TTACT-T-T-TA--CC-AAAA---CT-A-AAAGAT-TAACTT--TG--A---AGATTA-AATTG-TTTTAG-CA----TT--A---T--TATTTTCA-AA-AA-GAAATC---TTTT--T-AGG-T---T-AAATA-GTTTAGCACG--A---TTATG---A---ACA--T---A--T-C-G--GT--T--TA-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GAT-A-T--GTG-TG
gi|10 : ttcattataatttattgtactgcaattagctgtcatggttGCTTTA--C-G--TCT-AATCGG--TTTC----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-A--TG-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATGG--AAT--A------G----TTA-G-T-T-T---CG-AAAA---CT---AC---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT--TCAG--T---T-AAA---GCTTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------T-ATCTGT-TAC---T-A-T--GTG-TGAAT
gi|11 : TTTA--C-G--TCT-A-T-GA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--AATTC--AAT--A-G----G----TTATT-T-T-TA--CG--AAA---CT-A-AA---T-TG-TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T---TTCA-AACA--GAA------TTTT--T-AG--T---A-AAA---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GT
gi|12 : TTTA--C-G--TCT-A-T-GA--TTTT----AGCT----G-ACA---T-TT--GA--G--GGA----AA--T----G-A--CGTC-T--A---A--T-TTT-T---------TCC--AATTC--AAT--A-G----G----TTATT-T-T-TA--CG--AAA---CT-A-AA---T-TG-TTT--TG--G---A---TATA--TG-TTT--A-CA----TT------T--T---TTCA-AACA--GAA------TTTT--T-AG--T---A-AAA---GTT--G-ACG--A---TT-TG-T-A---A-A--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GT
gi|13 : --TTTT------CT----G-A-A---T-T---GA--G--GAA----A---T----T-A--CG-C-T--A---C--T-TTT-T---------CCT--A--TC--A-T--A-G----GCT--TTA-T-T-T--A--CG-AAA----CT-A-AT---T-T--CTTA-TG--G---A----A-A--T--TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-CA----GAA--T---TTTTATT-AAA-T---T-AGACGTATTTAA-ACA--ACGTTT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GTGTT--TT-T--TTT----------T-AT-TGC-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|14 : atgtaTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT------T--A---TTCA-AC-A--GAA--T---TTTT----AG--T---T-AAA---GTT-AG-ACG------TT-TG-TTA---ACA--T---T--GGC-G--GTGGT--TT-G--TTTTTTTTTTTGTG-TT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|15 : TA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG------A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAA--T---TTTT----AG--T---T-AAA---GTT-AG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TG--TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAT
gi|16 : TA-T-T-T-TA--CG-AAA----CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TTT--ACCG----CT--A------T---TTCA-AA-A--GAA------TTTT--T-AG--C---T-AAA---GTT
gi|2 : CTTTA--CTG--TCT-A-TTGG--TTTT----A-CT------A-A---T-TTTTGA--G--TGG----A---TAATGG-A--CG-C-TTCA---A--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAGA-A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA----T-A-AA---T-T--CTT--TGCTG---A---TA-A--TG-TTT--A-CAGTGGTT--A---TTGT---TTCACAA-A--TAA--GGGATATT--T-AG--T---T-AAA---G-TTAGCAAG--A----T-TG-T-AATTACATCT---C--G-C-G--GT--T--TTAA--TTT----------AGAT-TGT-GAC-G-TGA-TTGGTG-TGag
gi|3 : cttcattgtagattattgttctgcGCTTTA--C-GG-TCT-A-CTGG--GTTT----A-CTAGGGG-AGA---T-TT--GGAGG--GGA----AGAGT----G-A---G-C-G--AGACA--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--ATG----G----TTA-G-TGT-TA--CG-AAAAAAGCT-AGAA---T-T--CTT---G--G---A---TA-AG-TG-TTT--AGCA----TT--AAAGT--T---TCCA-AA-AAAGAA--T---GTTT----AG--T---TGAAA---GTTAGG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACAG-T---TTGG-C-G--TT--G--TT-A--TTT----------A-AC-TGTGTTC-G-G-ACT--GTG-TGA
gi|4 : ttaatttattggtaagcctGCTTTA--T-G--TCT-A-TAGGATCTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GAA----A---T----G-AA-CT-C-T--A---A--T-TTT-T---------CCT--AATTTCAAAT--A-G----G----TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG-TAT--A-CC----CT--A---T--T---TTCA-AA-A--GAAATT---TTTT--T-AAGCC---T-AAA---AGTTAG-ACG--A---TT-TC-TGA---ACA--T---T--G-A-G--GT--T--TT-AT-TTT----------A-AT-TCT-TAC-G-T-
gi|5 : ttcattatatacttattgctactGCTTTAAGC-GGGTCT-A-CTGG--TTTTTTAAA-CT----G-A-A---T-TT--GA--G--GGA----A---T----GGA--CG-C-T--A---A--T-TTT-TTATTTTTCGCCT--ATTTC--ATT--A-A----GGGTTTTA-T-T-TGTAAGCG-AAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--GCAAA---TA-A--TG-TTT--A-CA----TTGAA---T--T---TTCA-AA-A--GA-------TTTT--T-AG--T---T-AAA---G-TTAGTACG--A---TT-TG-T-A---ACA--T---TG-G-C-GGTGT--T--TT-A--TTT----------A-AT-TGT-TACGG-T-A-T--GTG-TGAAtattgtcgtgg
gi|6 : actTTT----A-CT----GTA-A---T-TTT-GA--G--GGA----A---TCC--G-A--CG-C-TTTA---T--T-TTT-T---------CCT--AATTC--AAT--A-GT---G----TTA---T-T-TA--CG-CAAA---CT-A-AA---T-T--CTT--TG--G---A---TA-A--TG--TT--A-CA----TT--ATT-T--T---TTCA-AA-C--GAA--T---CCTT--T-AG--T---T-TAA---G-TTAG-ACG--A---TT-TG-T-A---ACA--TCCCT--GCC-G--GT--T--TT-ACCTTT----------A-AT-T
gi|7 : ttcatccagtattatctgttactgcttcatacgtccttccatgcataGCTTTA--C-G--T-T-A-TGGT--TTTT----A-CT----G-A-----T-TT--GA--G--GGA----A---T----G-AA-CG-CCT--A---A--TGTTT-T---------CCT--AATCA--AATTAG-G----G----TTA-TGT-T-TA--CG-CAAA---CT-A-A----T-T--CTT--TG--G---C---TA-A---G-TTT--A-AA----TTT-A---T--T---TTCA-AC-A--GAA--T---TTT-----AG--T---T-AAA---GTTAGG-ACGC-A---TT-TG-T-A---ACA--T---T--G-CCG--GT--T--TT-A--TTTA---------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAAtg
gi|8 : ttcattatatcttattgtactt--C-G--TCTCA-TGGG--TTTT----A-CT----G-A-A---T-TT--GG--GTGGAA----A---T----G-AATCG-C-T--G---AGAT-TCTAT---------CCTTTAATTC--ACT--A-TCATTG----TTG-TAT-T-TA--CGTAAAA---CTTG-AA---TGT--CTTATTG--G---A---TG-A--TGATTT--A-CA----TT--A---T--T---TTTC-AA-T--AAA--T---TTTG--T-AGC-T---T-AAA---GTATAGTACG--AA--TT-TGCT-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--TCTTT-A--TTT----------A-AT-TGT-TAC-G-T-A-T--GTG-TGAA
gi|9 : GCTTTA--C-G--TCT-N-NNNN--NNNN----N-NN----N-N-N---N-NN--NN--N--NNN----N---N----N-N--NN-N-N--N---N--N-NNN-N---------NNN--NNNNN--NNN--N-N----NNN--TTA-T-T-T-TA--CG-AAAA---CT-A-A----T-T--CTT---G--G---A---TA-A--TG-TTT--A-CA----TT--A---T--TA--TTCA-AA-A-------T---TTGA--T-AG--TATAT-AAA---AGTTAG-ACGTGA---TT-TT-T-A---ACA--T---T--G-C-G--GT--T--TT-AT-TTT----------A-AT-TGT-TAC-GTT-A-T--GTGTTGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN