lowQualScore : 111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33 11 000000000000 1 11 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 1 222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1 1
lowQualScore : 5 6 22 22 666666666666 6 5 6 6 6 66 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888888 0 5 2 2 4 5 888888888888888888888 1 3 555 6 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 6666666 4 4 1 4
lowQualScore : . . .. .. ............ . . . . . .. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... . . . . . . ..................... . . ... . . ................................................................................................................. .. ....... . . . .
lowQualScore : 0 0 00 00 000000000000 0 0 0 0 0 55 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444 2 0 9 1 1 0 888888888888888888888 4 3 888 7 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77 7777777 9 1 5 2
consensus : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATNCNAACGTCTCATGAAATAGNAGGATCCGNATCGAAACATTCCTGGTACA-GT------------TAACGTTATTGCGCGC------GCTGTAAACAA-GA--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AAGTTCTGGT-AGCNGGTTTCGATGTTTTATC--GATT------GC---------GNATCAATTAATT---CTCGC--TATTTCGACCCTGATTTACAGTTGAGGACNAG-TAA-----AATAT-----------------T-ATTCATAATTTG----AAACATTTC-ACNAGCANTGATCG-ATGC----AA-NT--G-G-TGA---ACG-TT---G-AA-A-------N-CGCG----TG--TAAC----T-G--A---TATTGCAC-------G--CA----TT-C--A--T--CAG-TG-C---A-----A--AT---------G-------CTTCAGTTTCT-AA-C--TTGACNAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( gi|1 ) : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAATG----------TAAGAGAATCCGCACTGTAACGCTCCTCGTGC--GT------------TAGCGTTATGGCAGGC----ATGCT-TCGATAA-GA--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTATATC--AATT------GC---------GAATCAATCAATT---TTCAAAATATTTCTACCCCGATTTACAGTTGCGGACCGG-CAA-----AATAT-----------------C-ATTTATAATTAG----AAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-GT--G-A-TGG---ACG-TT---G-AA-A-------T-TGCG----TG--TAGC----T-C--A---TATTTCAC-------G--TA----TT-C--A--T--TGG-TG-C---A-----A--AT---------G-------CTTAAGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|4 : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC-----------TAGGA---CCCGGATCGAAACATTTCGGGTACAAGT------------TAACGTTACTGCACGCTACGATG---TAAACAATGA--TGGC---TGACCAG-----CTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTTATCTAAAAT------GCATTTTAAAAGTATCAATTAATT---CTTGTTACATTTCGACCGTGACTTAAAGTTAAAGGCCAG-TAAATAATAATAT-----------------C-
gi|13 : ctaatattttattagcaatgaaatatttcGGTCATTATTGAATCCCAATGTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTGATACA-AT------------GGGTATTATGCCGAG-------GCTATAAACAA-AATGT--CGGAT---CAG-----ATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTG
gi|2 : AGGATACGCACCGAAACAC-CCTAGTAC--GTATATATACAAGGTAACATTATTGCACAC----TAGCTGTAAACAAAGA--T--G---T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCT-TGCC--AATCAACAAAGT---------AAA--AATTAATTCTTTTCA---TATTCAGACCTTGATTTACAGTTAAGGACTGGATAA-----GATAT-----------------TGATTTAGAATTTG----AAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-TTTGG-A-TGA---AGGTTT---G-AC-A-----------CG----TGCCTAACG---T-C--ACTGTATCACAC-------GCCTACACCTA-C--A--T----G-TG-T---ATC---A--GT---------ATCATTTCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAAg
gi|3 : gat---CAA-----GTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTTAGG--TATT------AA---------GGAACAATTCATC---TCCGCATTATTTTGACCCTTATGTACAACTGAGAACAAG--AA-----AATACTATGAAATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTG----AAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGCTGTTAG-GT--G-A-------ACA-TT---GAAA-A-------T-TG-G----TA--TAAC----TGT--AG--TATTGCAC-------T--CA----TT-C--A-------G-T------------A--AT---------G----------------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|6 : atgttagctgtagataagcatgacagacTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTCATC--GATT-------T---------G--TTA-TCAATT---CTTG------TTCTACC-----------TTG------------------ACAT-----------------T-ATCTATGACTTA----AAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----A--GTTTG-G-TGA---ACG-TT---G-AA-AACATAAATATAAA----TG--TA-----------A---TATTGGAC-------G--CA----TT-C--A--TGTTAGACC-C---AGC---A--AT---------G-------CTTCAGCTTCT-AAAC--TTGAACAGAAAATGAATAAAcaact
gi|8 : TATATCTATCCTGATTTATAATTGGGGTCCAA--AA-----AGTATAGT--------------C-ATTCCTTATTTA----AAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AA-TT--T---TG---------T---G-AACA-------T-TGCA----TG--CA-T----T-C--A---TAT---------------TA----TT----G--T--TAA-TA-C---A-----A---------------------CTCAA-TTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|7 : gtacGATTTACAGTTAAGGACAAG-CGA---------C-----------------T-ATTTAAAATTTG----AAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AATGT--G-A-CGA---ACG-TTATCG-AT-A-------A-CGAG----GG--CAACCT--T-G--A---TATTGCAT-------A--CA----TC-CGAA--T--CAG-TA-CCAAA-----A--AT-----------------CTTCCGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAACcttcaat
gi|11 : ttcgacctgagt-ATTTATAATTAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGT----TA-GT--A-AGTGGGAAAGG-TT---G-AA-A-------T----G----TG--GATCACTGT-G--A---TATTT----------G--CA----TT-C--------CAG-T------------A--AT---------G-------CTTTAGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAA
gi|9 : TCACAATTTA----AAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-TT--GGA-TAA---ACT-TT---G-AA-A-------A-CGTG----CG--TAAT----T-GTGA---TGTTGCTT-------G--CA----TT-C--ACAT--CGG-TGTC---A-----ATAAT---------G-------CTTTAGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAAcataga
gi|10 : tgaTCATAATT-T----AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-TT--G-GGTGT---A-G-TT---GTAA-A-------CAGGCAAAACTG--TA-----------A---AATTTAAA-------G--TA----TT-C--AAAT--CAG-TT-C---T-----A--ATATCAATATTG-------GTTAAGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAAgc
gi|17 : T--G-G-TGA---ACG-TT---G-AA-AA------C-GGTG----TG--TAAC----T-GTGA---TATTGGAC-------G--CA----TT-T--A--T--CCA-TA-T---ATCCTTG--AT---------A-------CTCA-GTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAt
gi|18 : --G-G-TGA---ACG-TT---G-AA-A-------A-CGTG----TG--TAAC----T-GTGA---TATTGGAC-------G--CA----TT-T--A--T--CCA-TA-T---ATCCTTG--AT---------A-------CTTCAGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|15 : ---ACG-TT---G-AA-A-------T-TGTG----TG--TAAC----T-TTGA---TATTACAC-------G--CA----CT-C--ATGT--CAG-TG-CTT-AT----A--AT---------A-------CTTCAGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAA
gi|12 : G-TT---G-AA-A-------C-TGTA----TG--CAAC----T-G--A---TATCGCACACTACCGG--TA----TCAC--A--T--CAA-TG-CT--A-----ATGAT---------G-------CTTCCATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcac
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): CAAGAAAGCTATATCAAATTGGAATTTACAGAAAACAATACAAAATATTTTACTTTGCCATGTAAGTTAAACATAAATCACAGAAAATTGACACATCCCAGATACAAGTTAATGTCATTGCACTCTAATTGTAAACAAAGATGCCAGACCAGATATTGTGCTAAAAGCTCTGGTTGCCATTTTCAATGTTCCATCTATCAAGTAACACTGAATTCTAATATTTTGCTACTGATTTATTGTGAAAGACCTGAAGATATTATCA
Unaligned ( gi|14 ): CCATTATTGAGCGTCAACTTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAGAACAAGTTAACATTAAAATTGCACTCTAGGTTCAACAAAGATGGCGGACAAGATAT
Unaligned ( gi|16 ): ATTGGATGCTAACTTTCCAGGATCCTTACAGAAACATACCAAGTACAAGTTAACGTTAATGCACGCCAAGTTGAAAAAAAAATGGCGAC
Unaligned ( gi|19 ): CATTATCGAACGCCATCTATCTGTGAAATGACAGGATCCGCACCGGACATTCAGGTACAAGTTAATGTTA
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG
Alignments
lowQualScore : 222 2 7777777777777777 1 4444444444444 333333333 5555555555555555555555555 111 44444444444444444 33333333 55555555555555555555555555 1111111111 222222 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111111
lowQualScore : 3 77 111 2 0 2 1 1 2222222222222222 1 0 2 2 2 5555555555555 888 999999999 8888888888888888888888888 1 77 77 77 6 1 3 0 111 11111111111111111 1 4 3 44444444 5 5 888 0 0 1 33 00000000000000000000000000 5 3 4 5 1 4 9999 99 88 7 0 555 22 5555555555 666666 0 0000000 3 2222222222222222222222222222222222222222222 3333333333 44 3 3333333 1 0
lowQualScore : . .. ... . . . . . ................ . . . . . ............. ... ......... ......................... . .. .. .. . . . . ... ................. . . . ........ . . ... . . . .. .......................... . . . . . . .... .. .. . . ... .. .......... ...... . ....... . ........................................... .......... .. . ....... . .
lowQualScore : 0 00 555 5 0 5 0 0 3333333333333333 0 2 2 2 8 9999999999999 888 111111111 5555555555555555555555555 4 99 99 99 7 0 7 7 777 88888888888888888 0 0 2 22222222 0 0 888 1 2 1 88 44444444444444444444444444 0 7 4 3 0 4 4444 99 66 3 4 444 88 0000000000 777777 2 0000000 1 2222222222222222222222222222222222222222222 0000000000 22 1 2222222 0 5
consensus : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCNGGTAC-----------AAGTTAACGTT---ATTGC--GCGCTA-GCTGTAAACAA-G-A--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AA--GCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC--NATTAA---------GTANCAATTAATTCTCGC--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAA--AATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-TT--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--G-----CGTAAC--TGT-ATATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GC--TTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 ) : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATNCNAAC-GTCTCATGAAATAGNAGGATCCGNATCGAAACATTCCTGGTAC-----------A-GTTAACGTT---ATTGC--GCGC---GCTGTAAACAA-G-A--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AA--GTTCTGGT-AGCNGGTTTCGATGTTTT---ATC--GATTGC---------GNATCAATTAATTCTCGC--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACNAG---------TAA--AATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCANTGATCG-ATGC----AA-NT--GG-TGAACGTT---GAAANCG-C--G-----TGTAAC--TG--ATATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GC--TTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACNAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1 : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT----------AAGAGAATCCGCACTGTAACGCTCCTCGTGC-------------GTTAGCGTT---ATGGCAGGCAT---GCT-TCGATAA-G-A--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AC--GCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC--AATTGC---------GAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAA--AATAT-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-GT--GA-TGGACGTT---GAAATTG-C--G-----TGTAGC--TC--ATATTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GC--TTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10 : TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-TT--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-G--G-----CAAAAC--TGTAAAATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGG--TTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11 : TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-GT--GG-GAAAGGTT---GAAAT-G-T--G-----GATCAC--TGTGATATT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GC--TTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12 : atttataatGTT---GAAACTG-T--A-----TGCAAC--TG--ATATCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GC--TTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13 : attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTGATAC-----------A-ATGGGTATT---ATGCC--GAG----GCTATAAACAA-A-ATGT--CGGAT---CAG-----ATGTCGAGTG--GT--AA--GCTCTGGtg
gi|14 : CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCC-AGAACA----------A-GTTAACATTAAAATTGC--AC
gi|15 : cACGTT---GAAATTG-T--G-----TGTAACTTTG--ATATTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------AC--TTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAtctaggttcaacaaagatggcggacaagatat
gi|16 : ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAAGTAC-----------AAGTTAACGTT---AATGC--ACGCCAAGTTGAAAAAAA-A-A--T--cac
gi|17 : T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--G-----TGTAAC--TGTGATATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC---TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18 : --GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--G-----TGTAACTGTG--ATATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC--TTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19 : CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATTCA-GGTACA----------A-GTTAATGTT---A
gi|2 : AGGATACGCACCGAAACAC-CCTAGTACGTATATATACAA-GGTAACATT---ATTGC--ACACTA-GCTGTAAACAAAG-A--T--G---T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--AT--GTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC--AACAAA---------GTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAA--GATAT-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-TTTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-T--GCCTAACGTCAC--TG---TATCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TC--TTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3 : gat---GCTGTAGATAA-GCA--T--G---A---CAGACCAAGTATCATTTGCTGTTGAA--GTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG--TATTAA---------GGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGA--AATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-TTA-GG-TGAACATT---GAAAATT-G--G-----TATAAC--TGTAGTATTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G------------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4 : atgttaTAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGGGTAC-----------AAGTTAACGTT---ACTGC--ACGCTACGATGTAAACAATG-A--TGGC---TGACCAG-----CTATCGTTTG--GT--AA--GCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAAATAATAA-------T-ATcaact
gi|5 : ctaatattttattagcaatgaaatatttcATTGACACATCCCAGATAC-----------AAGTTAATGTC---ATTGC--ACTCTA-ATTGTAAACAAAG-A--TGCCAGAC---CAG-----ATATTGT--G--CT--AAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC--TATCAA---------GTAACACTGAATTCTAA---T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AA--GATAT-------T-ATc
gi|6 : caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaTAGCGTTTT--GA--AA--GTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC--GATT------------TGTTA-TCAATTCTTG---------TTC-TACCT---TGAC----------------------------------AT-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTTT--GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAA-----TATAAA--TGTAATATTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GC--TTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7 : -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGACAAG---------CGA------C-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AATGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-A--G-----GGCAACCTTG--ATATTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------C--TTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8 : C--T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA----------AA--AGTATAGT----C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AA-TT-----------TT--------------G-----TG-AAC--------ATTGCATGC-------ATT-CAT----------A--T--------TATTG-T---T-----A--AT---------ACAACTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9 : gtaTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-TT--GGATAAACTTT---GAAAACG-T--G-----CGTAAT--TGTGATGTTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GC--TTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG
Alignments
lowQualScore : 222 1 555555555555555 222222222 1 1 444444444444444444444444 11 111 22222222 1111 33333333 55555555555555555555555555555 222222 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 1 22 111 1 5 1 444444444444444 2 1 000000000 888 3 4 5 0 0 4 5 5 5 66 999999999999999999999999 1 77 55 6 1 1 0 111 22222222 4444 1 3 44444444 5 5 888 0 0 1 00000000000000000000000000000 5 3 4 5 0 4 9999 999 88 7 555 2 3 44 33 44 555555 3 3 55 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3333333 5 0
lowQualScore : . .. ... . . . ............... . . ......... ... . . . . . . . . . .. ........................ . .. .. . . . . ... ........ .... . . ........ . . ... . . . ............................. . . . . . . .... ... .. . ... . . .. .. .. ...... . . .. ....... ......................................................... . ....... . .
lowQualScore : 0 00 555 0 5 0 555555555555555 2 0 000000000 888 7 5 0 0 2 5 0 0 0 99 999999999999999999999999 7 99 77 7 0 0 7 777 77777777 2222 0 2 88888888 0 0 888 1 2 1 55555555555555555555555555555 0 7 4 3 9 4 4444 222 66 3 444 5 1 22 22 22 888888 1 1 55 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2222222 8 5
consensus : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAAGTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAA-G-A--T--C----T---CA-----G-----GTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAA--GATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAAC-GT--GCGTAAC--TG----TGA-TA-TTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 ) : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCNG---------GTACAAGTTAACGTT---ATTGCGCGCT-A-GCTGTAAAC-AA-G-A--T--C----T---CA-----G-----GTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGC--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAA--AATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAAC-GT--GCGTAAC--TG----T-A-TA-TTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1 : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT------AAG----AGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC--GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGAT-AA-G-A--T--C----T---CA-----G-----GTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAA--AATAT-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATT-GC--GTGTAGC--T-----C-A-TA-TTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10 : TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAAC-AG--GCAAAAC--TG----T-A-AAATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11 : TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-T-GT--GGATCAC--TG----TGA-TA-TT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12 : atttataatGTT---GAAACT-GT--ATGCAAC--TG------A-TA-TCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13 : attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAA--TG--GGT---ATTATGC-CG-AGGCTATAAAC-AA-A-ATGT--CGGA-T---CA-----G-----ATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14 : CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAAGTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAAA-G-A--T--
gi|15 : cACGTT---GAAATT-GT--GTGTAAC--TT----TGA-TA-TTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAggcggacaagatat
gi|16 : ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAAGTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTGAAAAA-AA-A-A--T--cac
gi|17 : -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--GTGTAAC--TG----TGA-TA-TTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18 : --GG-TGAACGTT---GAAAAC-GT--GTGTAAC--TG----TGA-TA-TTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19 : CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAAGTTAATGTT---A
gi|2 : GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAAGGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAAA-G-A--T--G----T---CAGAGTGG-----GCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAA--GATAT-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACAC-GT--GCCTAAC---GTCACT-G-TA-TCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3 : GTT-A-GCTGTAGAT-AA-GCA--T--G----A---CA-----GACCAAGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGA--AATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAAT-TG--GTATAAC--TG----T-AGTA-TTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G----------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4 : atTAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAAGTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAAC-AATG-A--TGGC----TGACCA-----G-----CTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAAATAATAA-------T-ATcaact
gi|5 : ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAAGTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAAA-G-A--TG-CCAGAC---CA-----G-----ATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT-AA--T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AA--GATAT-------T-ATc
gi|6 : caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTTG---------TTC-TACCT---TGAC----------------------------------AT-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTT-T--GG-TGAACGTT---GAAAAC-ATAAATATAAA--TG----TAA-TA-TTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7 : -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGAC-------------AA--GCGAC-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAAC-GA--GGGCAACCTTG------A-TA-TTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8 : C--T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA----------AA--AGTATAGT----C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----C-AT--GC---AT--T-----C-A-TA-TT-------------ATT--------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9 : gtaTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAAC-GT--GCGTAAT--TG----TGA-TG-TTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GCTTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG
Alignments
lowQualScore : 222 1 555555555555555 222222222 444444444444444444444444444444 11 111 22222222 1111 33333333 44444444444444444444444444444 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 1 22 111 1 5 1 444444444444444 2 000000000 66 888 3 8888 0 4 888888888888888888888888888888 1 77 55 6 1 1 0 111 22222222 4444 1 3 33333333 5 5 888 0 0 1 33333333333333333333333333333 5 3 4 5 0 4 9999 999 88 7 555 2 5555 2 1 1 555 55 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3333333 5 0
lowQualScore : . .. ... . . . ............... . ......... .. ... . .... . . .............................. . .. .. . . . . ... ........ .... . . ........ . . ... . . . ............................. . . . . . . .... ... .. . ... . .... . . . ... .. ....... ......................................................... . ....... . .
lowQualScore : 0 00 555 0 5 0 555555555555555 2 000000000 99 888 9 4444 2 5 444444444444444444444444444444 7 99 77 7 0 0 7 777 77777777 2222 0 2 55555555 0 0 888 1 2 1 99999999999999999999999999999 0 7 4 3 9 4 4444 222 66 3 444 5 2222 5 5 4 444 55 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2222222 8 5
consensus : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 ) : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1 : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT------AAG----AGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC----GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGATAA--------G-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAAA-ATA-T-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATTG-C--GTGTAGC--TCA---TATTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10 : TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-G--GCAAAACTGTAA---AATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11 : TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-TG-T--GGATCACTGTGA---TATT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12 : atttataatGTT---GAAACTG-T--ATGCAACTG--A---TATCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13 : attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAATGGGTA---TT---A-TGC-CGA--G-GCTATAAACAA-------AATGT--CGGA-T---CA-----GATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14 : CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAA--GTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAA-------AG-AT--
gi|15 : cACGTT---GAAATTG-T--GTGTAACTTTGA---TATTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAggcggacaagatat
gi|16 : ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAA--GTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTG-AAAAAA-------AA-AT--cac
gi|17 : -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18 : --GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19 : CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAA--GTTAATGTT---A
gi|2 : GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAA--GGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--G----T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAAG-ATA-T-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-T--GCCTAAC-GTCACTGTATCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3 : ATGTT-A-GCTGTAGATAAGCATGACAG-AC--C---------A-----AGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGAA-ATG-TAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAATT-G--GTATAACTGTAG---TATTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G----------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4 : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAA--GTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAACAA-------TG-ATGGC----TGACCA-----GCTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAA--ATA-A-------T-Acaact
gi|5 : ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAA--GTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAA-------AG-ATG-CCAGAC---CA-----GATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT-AA--T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AAG-ATA-T-------T-ATatatc
gi|6 : caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTTG---------TTC-TACCT---TGAC---------------------------------A-T-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTT-T--GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAATATAAATGTAA---TATTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7 : -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGAC-------------AAG-CGA-C-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-A--GGGCAACCTTGA---TATTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8 : --T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA---------AAAGTATAGT-------C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----CA-T--GCAT-----TCA---TATT-------------ATT--------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9 : gtacTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAACG-T--GCGTAATTGTGA---TGTTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GCTTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG
Alignments
lowQualScore : 222 1 555555555555555 222222222 444444444444444444444444444444 11 111 22222222 1111 33333333 44444444444444444444444444444 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111
lowQualScore : 1 22 111 1 5 1 444444444444444 2 000000000 66 888 3 8888 0 4 888888888888888888888888888888 1 77 55 6 1 1 0 111 22222222 4444 1 3 33333333 5 5 888 0 0 1 33333333333333333333333333333 5 3 4 5 0 4 9999 999 88 7 555 2 5555 2 1 1 555 55 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3333333 5 0
lowQualScore : . .. ... . . . ............... . ......... .. ... . .... . . .............................. . .. .. . . . . ... ........ .... . . ........ . . ... . . . ............................. . . . . . . .... ... .. . ... . .... . . . ... .. ....... ......................................................... . ....... . .
lowQualScore : 0 00 555 0 5 0 555555555555555 2 000000000 99 888 9 4444 2 5 444444444444444444444444444444 7 99 77 7 0 0 7 777 77777777 2222 0 2 55555555 0 0 888 1 2 1 99999999999999999999999999999 0 7 4 3 9 4 4444 222 66 3 444 5 2222 5 5 4 444 55 0000000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 2222222 8 5
consensus : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 ) : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1 : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT------AAG----AGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC----GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGATAA--------G-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAAA-ATA-T-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATTG-C--GTGTAGC--TCA---TATTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10 : TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-G--GCAAAACTGTAA---AATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11 : TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-TG-T--GGATCACTGTGA---TATT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12 : atttataatGTT---GAAACTG-T--ATGCAACTG--A---TATCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13 : attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAATGGGTA---TT---A-TGC-CGA--G-GCTATAAACAA-------AATGT--CGGA-T---CA-----GATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14 : CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAA--GTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAA-------AG-AT--
gi|15 : cACGTT---GAAATTG-T--GTGTAACTTTGA---TATTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAggcggacaagatat
gi|16 : ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAA--GTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTG-AAAAAA-------AA-AT--cac
gi|17 : -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18 : --GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19 : CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAA--GTTAATGTT---A
gi|2 : GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAA--GGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--G----T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAAG-ATA-T-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-T--GCCTAAC-GTCACTGTATCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3 : ATGTT-A-GCTGTAGATAAGCATGACAG-AC--C---------A-----AGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGAA-ATG-TAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAATT-G--GTATAACTGTAG---TATTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G----------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4 : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAA--GTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAACAA-------TG-ATGGC----TGACCA-----GCTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAA--ATA-A-------T-Acaact
gi|5 : ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAA--GTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAA-------AG-ATG-CCAGAC---CA-----GATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT-AA--T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AAG-ATA-T-------T-ATatatc
gi|6 : caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTTG---------TTC-TACCT---TGAC---------------------------------A-T-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTT-T--GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAATATAAATGTAA---TATTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7 : -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGAC-------------AAG-CGA-C-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-A--GGGCAACCTTGA---TATTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8 : --T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA---------AAAGTATAGT-------C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----CA-T--GCAT-----TCA---TATT-------------ATT--------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9 : gtacTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAACG-T--GCGTAATTGTGA---TGTTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GCTTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
blockSeqs : A AA AAA G . G GTCTCATGAAATAA A TACGTATAT TG AAA T CAA A AGATGTCAGAGTG A CT TG G A T CCA TAAAATGC TTAA A A CGCATT A A GAG A AAGAAAATACTATGAAATGTAATGATG G T T A T TAGT TT TG G ATC A TAA C T A CTG TA TACCGGT CACCTACATGTGTATCAGTATCATTT G AGCCT C
blockSeqs : TTTTCGTGAAATGA G . . . A TAC G GCATGACAGACCA T . AA . A A . A . A C TGTTAC . . . G CAAAAAGTATAGT . G . T . . TG A A . C GT G T G . GC . CAAATCAGTTCTAATATCAATATTG . AAAG C
blockSeqs : TATCTGTGAAATGA A . . . T TA G TGATGGCTGACCA T . . . C G . T . T A TTTC . . . A TGGATAAGATAT . G . T . . TT . . . T G T T G . AC . CATGTCAGTGCTTATAATA . AAAC T
blockSeqs : TTTC A . . . C TA G AGATGCCAGACCA T . . . C T . T . A A AAT . . . A CAGTAAATAA . A . C . . T . . . A T T T G . GG . TATCCATATATCCTTGATA . ACTC C
blockSeqs : . A . . . T TA G AATGTCGGATCA T . . . T G . G . T . TG . . . A CTGAAGATAT . G . A . . G . . . A T T T G . GG . TATCCATATATCCTTGATA . AAAC A
blockSeqs : A . . . . TA G . . . . . . G AAGCGAC . A . C . . T . . . A T T T C . AC . CATGTTAGACCCAGCAATG . GAAT A
blockSeqs : . . . . G . . . . . AT . A . T . . T . . . A T C T A . GC . CACATCGGTGTCAATAATG . AAC A
blockSeqs : . . . . . T . . . A T T T A . GG . ACATCAATGCTAATGATG . AGA G
blockSeqs : . . . A G T C G . GC . CGAATCAGTACCAAAAAT . AGA C
blockSeqs : . . . A A G T C . GC . GTTAATACAA . AAC G
blockSeqs : . . T C . G . . . CCAGTAATG . C A
blockSeqs : . . T C . . . . . TCAGTAATG . C G
blockSeqCons : TTTTCGTGAAATGA* AGATGNCAGACCG***************** AGAAAATAT******************** AAAC***
originalCons : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
finalCons : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAACTTTTCGTGAAATGA-TAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAAGATGNCAGACCG-----------------GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACAGAAAATAT--------------------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCTAAAC---TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG
Alignments
lowQualScore : 222 1 33333333333333 222222222 11 111 22222222 1111 3333333333 55555555555555555555555555555555 11 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 1 22 111 1 5 1 1 55555555555555 2 000000000 66 888 3 8888 0 4 1 1 4 5 0 1 77 55 6 1 1 0 111 22222222 4444 1 3 6666666666 5 5 888 0 0 66 5 22222222222222222222222222222222 5 3 4 5 0 4 9999 444 22 7 555 2 3 666 1 1 555 55 0000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 88888 5 0
lowQualScore : . .. ... . . . . .............. . ......... .. ... . .... . . . . . . . . .. .. . . . . ... ........ .... . . .......... . . ... . . .. . ................................ . . . . . . .... ... .. . ... . . ... . . ... .. ....... .......................................................... . ..... . .
lowQualScore : 0 00 555 0 5 0 0 88888888888888 2 000000000 99 888 9 4444 2 5 4 0 1 0 4 7 99 77 7 0 0 7 777 77777777 2222 0 2 1111111111 0 0 888 1 2 11 0 66666666666666666666666666666666 0 7 4 3 9 4 4444 888 33 3 444 5 1 777 5 4 444 55 0000000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 99999 8 5
consensus : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAACTTTCCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAAGATGNCGGACCAGGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTC--G--TT--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTT-GAGG-AC---A-G--AAGATAT-----------------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-TG--CGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT--C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCTAAAC-TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 ) : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAACTTTTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAAGATGNCAGACCGGGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTC--G--NT--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTT-GAGG-AC---A-G--AAAATAT-----------------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-TG--CGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT--C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCTAAAC-TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1 : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAA-------TG---TAAGAGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC----GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGAT-AAGATCTCA-----GGTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAA--AT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTT-GCGG-AC---C-GGCAAAATAT-----------------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATTG-CG--TGTAGC--TCA---TATTTCACGT-------ATT--C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AAC-TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10 : TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-GG--CAAAACTGTAA---AATTTAAAGT-------ATT--C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTT-TGAAC-TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11 : TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-TG-TG--GATCACTGTGA---TATT---TGC-------ATT--C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAAG-TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12 : atttataatGTT---GAAACTG-TA--TGCAACTG--A---TATCGCACACTACCGGTATCA-C------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTTAAAC-TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13 : attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAATGTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAATGGGTA---TT---A-TGC-CGA--G-GCTATAAACAAA-ATGTCGGATCAGATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14 : CATTATTGAGCGTCAACTTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAA--GTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAAAGATGGCGGACAAGATAT
gi|15 : cACGTT---GAAATTG-TG--TGTAACTTTGA---TATTACACGC-------ACT--C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT---C-TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAA
gi|16 : ATTGGATGCTAACTTTCC----------AGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAA--GTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTG-AAAAAAAAATGGC-GACcac
gi|17 : -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGTG--TGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT--T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCTAGA--TTGACAAGAA
gi|18 : --GG-TGAACGTT---GAAAACG-TG--TGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT--T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCTAGA--TTGACAAGAAA
gi|19 : CATTATCGAACGCCATCTATCTGTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAA--GTTAATGTT---A
gi|2 : GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAA--GGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAAAGATGTCAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTT--T--TC--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTT-AAGG-ACTGGA-T--AAGATAT-----------------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-TG--CCTAAC-GTCACTGTATCACACGC-------CTA--CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCTACTC-TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3 : ATGTT-A-GCTGTAGATAAGCATGACAGACCAAGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCC--GCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACT-GAGA-ACA--A-G--AAAATACTATGAAATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAATT-GG--TATAACTGTAG---TATTGCACTC-------AT-------------------T--------CAGT------------A--AT---------G---------------C-TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4 : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAACT--------------AGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAA--GTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAACAATGATGGCTGACCAGCTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTT--G--TTACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGG-CC---A-G--TAAATAA-----------------T-Acaact
gi|5 : ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAA--GTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAAAGATGCCAGACCAGATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT---A--AT--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTG-AAAG-AC---CTG--AAGATAT-----------------T-ATatatc
gi|6 : caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTT--G---------TTC-TACCT---TGAC-----------------------------AT-----------------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AG-T-TT-GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAATATAAATGTAA---TATTGGACGC-------ATT--C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAAC-TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7 : -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTT-AAGG-AC---A-----AGCGAC-----------------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-AG--GGCAACCTTGA---TATTGCATAC-------ATC--CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCCAGCCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8 : T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATT-GGGGTCC---A-A--AAAGTATAGT--------------C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----CA-TG--CAT-----TCA---TATT-------------ATT---------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAAT-TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9 : gtacTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAACG-TG--CGTAATTGTGA---TGTTGCTTGC-------ATTCAC------------A--T--------CGGTGTC---AAT---A--AT---------GCTTT-AGTTTCT-AAC-TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG