lowQualScore                  :                     111111111111                            22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                    
lowQualScore                  :   1      33    11   000000000000       1             11     44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444          222222            1                222222222222222222222               44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444           1111111            1           1         
lowQualScore                  :   5 6    22    22   666666666666     6 5  6   6   6  66 2   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666          888888   0     5  2    2 4    5    888888888888888888888 1 3  555 6  3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   99      6666666     4      4    1      4         
lowQualScore                  :   . .    ..    ..   ............     . .  .   .   .  .. .   ...................................................................................................................................................................................................................................................................................          ......   .     .  .    . .    .    ..................... . .  ... .  . .................................................................................................................   ..      .......     .      .    .      .         
lowQualScore                  :   0 0    00    00   000000000000     0 0  0   0   0  55 5   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666          444444   2     0  9    1 1    0    888888888888888888888 4 3  888 7  3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   77      7777777     9      1    5      2         
consensus                     : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATNCNAACGTCTCATGAAATAGNAGGATCCGNATCGAAACATTCCTGGTACA-GT------------TAACGTTATTGCGCGC------GCTGTAAACAA-GA--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AAGTTCTGGT-AGCNGGTTTCGATGTTTTATC--GATT------GC---------GNATCAATTAATT---CTCGC--TATTTCGACCCTGATTTACAGTTGAGGACNAG-TAA-----AATAT-----------------T-ATTCATAATTTG----AAACATTTC-ACNAGCANTGATCG-ATGC----AA-NT--G-G-TGA---ACG-TT---G-AA-A-------N-CGCG----TG--TAAC----T-G--A---TATTGCAC-------G--CA----TT-C--A--T--CAG-TG-C---A-----A--AT---------G-------CTTCAGTTTCT-AA-C--TTGACNAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( gi|1 )            : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAATG----------TAAGAGAATCCGCACTGTAACGCTCCTCGTGC--GT------------TAGCGTTATGGCAGGC----ATGCT-TCGATAA-GA--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTATATC--AATT------GC---------GAATCAATCAATT---TTCAAAATATTTCTACCCCGATTTACAGTTGCGGACCGG-CAA-----AATAT-----------------C-ATTTATAATTAG----AAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-GT--G-A-TGG---ACG-TT---G-AA-A-------T-TGCG----TG--TAGC----T-C--A---TATTTCAC-------G--TA----TT-C--A--T--TGG-TG-C---A-----A--AT---------G-------CTTAAGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|4                          : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC-----------TAGGA---CCCGGATCGAAACATTTCGGGTACAAGT------------TAACGTTACTGCACGCTACGATG---TAAACAATGA--TGGC---TGACCAG-----CTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTTATCTAAAAT------GCATTTTAAAAGTATCAATTAATT---CTTGTTACATTTCGACCGTGACTTAAAGTTAAAGGCCAG-TAAATAATAATAT-----------------C-
gi|13                         :            ctaatattttattagcaatgaaatatttcGGTCATTATTGAATCCCAATGTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTGATACA-AT------------GGGTATTATGCCGAG-------GCTATAAACAA-AATGT--CGGAT---CAG-----ATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTG
gi|2                          :                                                                            AGGATACGCACCGAAACAC-CCTAGTAC--GTATATATACAAGGTAACATTATTGCACAC----TAGCTGTAAACAAAGA--T--G---T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCT-TGCC--AATCAACAAAGT---------AAA--AATTAATTCTTTTCA---TATTCAGACCTTGATTTACAGTTAAGGACTGGATAA-----GATAT-----------------TGATTTAGAATTTG----AAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-TTTGG-A-TGA---AGGTTT---G-AC-A-----------CG----TGCCTAACG---T-C--ACTGTATCACAC-------GCCTACACCTA-C--A--T----G-TG-T---ATC---A--GT---------ATCATTTCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAAg
gi|3                          :                                                                                                                                                                   gat---CAA-----GTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTTAGG--TATT------AA---------GGAACAATTCATC---TCCGCATTATTTTGACCCTTATGTACAACTGAGAACAAG--AA-----AATACTATGAAATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTG----AAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGCTGTTAG-GT--G-A-------ACA-TT---GAAA-A-------T-TG-G----TA--TAAC----TGT--AG--TATTGCAC-------T--CA----TT-C--A-------G-T------------A--AT---------G----------------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                      atgttagctgtagataagcatgacagacTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTCATC--GATT-------T---------G--TTA-TCAATT---CTTG------TTCTACC-----------TTG------------------ACAT-----------------T-ATCTATGACTTA----AAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----A--GTTTG-G-TGA---ACG-TT---G-AA-AACATAAATATAAA----TG--TA-----------A---TATTGGAC-------G--CA----TT-C--A--TGTTAGACC-C---AGC---A--AT---------G-------CTTCAGCTTCT-AAAC--TTGAACAGAAAATGAATAAAcaact
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               TATATCTATCCTGATTTATAATTGGGGTCCAA--AA-----AGTATAGT--------------C-ATTCCTTATTTA----AAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AA-TT--T---TG---------T---G-AACA-------T-TGCA----TG--CA-T----T-C--A---TAT---------------TA----TT----G--T--TAA-TA-C---A-----A---------------------CTCAA-TTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtacGATTTACAGTTAAGGACAAG-CGA---------C-----------------T-ATTTAAAATTTG----AAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AATGT--G-A-CGA---ACG-TTATCG-AT-A-------A-CGAG----GG--CAACCT--T-G--A---TATTGCAT-------A--CA----TC-CGAA--T--CAG-TA-CCAAA-----A--AT-----------------CTTCCGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAACcttcaat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttcgacctgagt-ATTTATAATTAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGT----TA-GT--A-AGTGGGAAAGG-TT---G-AA-A-------T----G----TG--GATCACTGT-G--A---TATTT----------G--CA----TT-C--------CAG-T------------A--AT---------G-------CTTTAGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCACAATTTA----AAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-TT--GGA-TAA---ACT-TT---G-AA-A-------A-CGTG----CG--TAAT----T-GTGA---TGTTGCTT-------G--CA----TT-C--ACAT--CGG-TGTC---A-----ATAAT---------G-------CTTTAGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAAcataga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgaTCATAATT-T----AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-TT--G-GGTGT---A-G-TT---GTAA-A-------CAGGCAAAACTG--TA-----------A---AATTTAAA-------G--TA----TT-C--AAAT--CAG-TT-C---T-----A--ATATCAATATTG-------GTTAAGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAAgc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T--G-G-TGA---ACG-TT---G-AA-AA------C-GGTG----TG--TAAC----T-GTGA---TATTGGAC-------G--CA----TT-T--A--T--CCA-TA-T---ATCCTTG--AT---------A-------CTCA-GTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --G-G-TGA---ACG-TT---G-AA-A-------A-CGTG----TG--TAAC----T-GTGA---TATTGGAC-------G--CA----TT-T--A--T--CCA-TA-T---ATCCTTG--AT---------A-------CTTCAGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---ACG-TT---G-AA-A-------T-TGTG----TG--TAAC----T-TTGA---TATTACAC-------G--CA----CT-C--ATGT--CAG-TG-CTT-AT----A--AT---------A-------CTTCAGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    G-TT---G-AA-A-------C-TGTA----TG--CAAC----T-G--A---TATCGCACACTACCGG--TA----TCAC--A--T--CAA-TG-CT--A-----ATGAT---------G-------CTTCCATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcac
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): CAAGAAAGCTATATCAAATTGGAATTTACAGAAAACAATACAAAATATTTTACTTTGCCATGTAAGTTAAACATAAATCACAGAAAATTGACACATCCCAGATACAAGTTAATGTCATTGCACTCTAATTGTAAACAAAGATGCCAGACCAGATATTGTGCTAAAAGCTCTGGTTGCCATTTTCAATGTTCCATCTATCAAGTAACACTGAATTCTAATATTTTGCTACTGATTTATTGTGAAAGACCTGAAGATATTATCA
Unaligned ( gi|14 ): CCATTATTGAGCGTCAACTTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAGAACAAGTTAACATTAAAATTGCACTCTAGGTTCAACAAAGATGGCGGACAAGATAT
Unaligned ( gi|16 ): ATTGGATGCTAACTTTCCAGGATCCTTACAGAAACATACCAAGTACAAGTTAACGTTAATGCACGCCAAGTTGAAAAAAAAATGGCGAC
Unaligned ( gi|19 ): CATTATCGAACGCCATCTATCTGTGAAATGACAGGATCCGCACCGGACATTCAGGTACAAGTTAATGTTA
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                           222       2                             7777777777777777                      1     4444444444444                 333333333           5555555555555555555555555                                               111   44444444444444444               33333333                                    55555555555555555555555555                                                                           1111111111      222222           1111111     6666666666666666666666666666666666666666666  1111111111              1111111                                  
lowQualScore                  :         3      77         111    2  0        2              1 1   2222222222222222        1  0 2     2  2     5555555555555         888     999999999           8888888888888888888888888       1  77  77  77        6   1 3    0       111   11111111111111111 1 4  3        44444444  5   5     888    0  0    1     33 00000000000000000000000000 5           3         4  5    1      4    9999  99 88  7    0   555    22 5555555555      666666     0     0000000   3 2222222222222222222222222222222222222222222  3333333333 44   3       3333333     1           0                
lowQualScore                  :         .      ..         ...    .  .        .              . .   ................        .  . .     .  .     .............         ...     .........           .........................       .  ..  ..  ..        .   . .    .       ...   ................. . .  .        ........  .   .     ...    .  .    .     .. .......................... .           .         .  .    .      .    ....  .. ..  .    .   ...    .. ..........      ......     .     .......   . ...........................................  .......... ..   .       .......     .           .                
lowQualScore                  :         0      00         555    5  0        5              0 0   3333333333333333        0  2 2     2  8     9999999999999         888     111111111           5555555555555555555555555       4  99  99  99        7   0 7    7       777   88888888888888888 0 0  2        22222222  0   0     888    1  2    1     88 44444444444444444444444444 0           7         4  3    0      4    4444  99 66  3    4   444    88 0000000000      777777     2     0000000   1 2222222222222222222222222222222222222222222  0000000000 22   1       2222222     0           5                
consensus                     :       TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCNGGTAC-----------AAGTTAACGTT---ATTGC--GCGCTA-GCTGTAAACAA-G-A--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AA--GCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC--NATTAA---------GTANCAATTAATTCTCGC--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAA--AATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-TT--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--G-----CGTAAC--TGT-ATATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GC--TTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 )     :       TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATNCNAAC-GTCTCATGAAATAGNAGGATCCGNATCGAAACATTCCTGGTAC-----------A-GTTAACGTT---ATTGC--GCGC---GCTGTAAACAA-G-A--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AA--GTTCTGGT-AGCNGGTTTCGATGTTTT---ATC--GATTGC---------GNATCAATTAATTCTCGC--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACNAG---------TAA--AATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCANTGATCG-ATGC----AA-NT--GG-TGAACGTT---GAAANCG-C--G-----TGTAAC--TG--ATATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GC--TTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACNAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1                          :       TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT----------AAGAGAATCCGCACTGTAACGCTCCTCGTGC-------------GTTAGCGTT---ATGGCAGGCAT---GCT-TCGATAA-G-A--T--C---T---CAG-----GTATCGTTTG--GT--AC--GCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC--AATTGC---------GAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAA--AATAT-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-GT--GA-TGGACGTT---GAAATTG-C--G-----TGTAGC--TC--ATATTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GC--TTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-TT--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-G--G-----CAAAAC--TGTAAAATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGG--TTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-GT--GG-GAAAGGTT---GAAAT-G-T--G-----GATCAC--TGTGATATT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GC--TTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atttataatGTT---GAAACTG-T--A-----TGCAAC--TG--ATATCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GC--TTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13                         :                            attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTGATAC-----------A-ATGGGTATT---ATGCC--GAG----GCTATAAACAA-A-ATGT--CGGAT---CAG-----ATGTCGAGTG--GT--AA--GCTCTGGtg
gi|14                         :                                                  CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCC-AGAACA----------A-GTTAACATTAAAATTGC--AC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cACGTT---GAAATTG-T--G-----TGTAACTTTG--ATATTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------AC--TTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAtctaggttcaacaaagatggcggacaagatat
gi|16                         :                                                      ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAAGTAC-----------AAGTTAACGTT---AATGC--ACGCCAAGTTGAAAAAAA-A-A--T--cac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--G-----TGTAAC--TGTGATATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC---TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--G-----TGTAACTGTG--ATATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC--TTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19                         :                                                  CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATTCA-GGTACA----------A-GTTAATGTT---A
gi|2                          :                                                                                   AGGATACGCACCGAAACAC-CCTAGTACGTATATATACAA-GGTAACATT---ATTGC--ACACTA-GCTGTAAACAAAG-A--T--G---T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--AT--GTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC--AACAAA---------GTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAA--GATAT-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-TTTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-T--GCCTAACGTCAC--TG---TATCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TC--TTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                gat---GCTGTAGATAA-GCA--T--G---A---CAGACCAAGTATCATTTGCTGTTGAA--GTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG--TATTAA---------GGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGA--AATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-TTA-GG-TGAACATT---GAAAATT-G--G-----TATAAC--TGTAGTATTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G------------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4                          : atgttaTAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGGGTAC-----------AAGTTAACGTT---ACTGC--ACGCTACGATGTAAACAATG-A--TGGC---TGACCAG-----CTATCGTTTG--GT--AA--GCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAAATAATAA-------T-ATcaact
gi|5                          :                                                               ctaatattttattagcaatgaaatatttcATTGACACATCCCAGATAC-----------AAGTTAATGTC---ATTGC--ACTCTA-ATTGTAAACAAAG-A--TGCCAGAC---CAG-----ATATTGT--G--CT--AAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC--TATCAA---------GTAACACTGAATTCTAA---T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AA--GATAT-------T-ATc
gi|6                          :                                                                                                     caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaTAGCGTTTT--GA--AA--GTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC--GATT------------TGTTA-TCAATTCTTG---------TTC-TACCT---TGAC----------------------------------AT-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTTT--GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAA-----TATAAA--TGTAATATTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GC--TTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGACAAG---------CGA------C-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AATGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-A--G-----GGCAACCTTG--ATATTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------C--TTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 C--T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA----------AA--AGTATAGT----C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AA-TT-----------TT--------------G-----TG-AAC--------ATTGCATGC-------ATT-CAT----------A--T--------TATTG-T---T-----A--AT---------ACAACTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtaTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-TT--GGATAAACTTT---GAAAACG-T--G-----CGTAAT--TGTGATGTTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GC--TTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                       222       1                             555555555555555                         222222222                              1         1         444444444444444444444444              11                             111   22222222   1111                 33333333                                 55555555555555555555555555555                                                                                           222222             1111111   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666            1111111                                  
lowQualScore                  :     1      22         111    1  5        1                    444444444444444              2        1 000000000               888     3 4  5 0 0 4     5  5 5 66 999999999999999999999999      1   77  55          6   1 1    0       111   22222222   4444     1     3     44444444  5   5     888    0  0    1     00000000000000000000000000000 5           3         4  5    0      4    9999  999 88  7        555    2 3  44 33    44  555555 3  3  55    0000000   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    3       3333333     5           0                
lowQualScore                  :     .      ..         ...    .  .        .                    ...............              .        . .........               ...     . .  . . . .     .  . . .. ........................      .   ..  ..          .   . .    .       ...   ........   ....     .     .     ........  .   .     ...    .  .    .     ............................. .           .         .  .    .      .    ....  ... ..  .        ...    . .  .. ..    ..  ...... .  .  ..    .......   .........................................................    .       .......     .           .                
lowQualScore                  :     0      00         555    0  5        0                    555555555555555              2        0 000000000               888     7 5  0 0 2 5     0  0 0 99 999999999999999999999999      7   99  77          7   0 0    7       777   77777777   2222     0     2     88888888  0   0     888    1  2    1     55555555555555555555555555555 0           7         4  3    9      4    4444  222 66  3        444    5 1  22 22    22  888888 1  1  55    0000000   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1       2222222     8           5                
consensus                     :   TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAAGTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAA-G-A--T--C----T---CA-----G-----GTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAA--GATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAAC-GT--GCGTAAC--TG----TGA-TA-TTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 )     :   TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCNG---------GTACAAGTTAACGTT---ATTGCGCGCT-A-GCTGTAAAC-AA-G-A--T--C----T---CA-----G-----GTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGC--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAA--AATAT-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAAC-GT--GCGTAAC--TG----T-A-TA-TTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1                          :   TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT------AAG----AGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC--GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGAT-AA-G-A--T--C----T---CA-----G-----GTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAA--AATAT-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATT-GC--GTGTAGC--T-----C-A-TA-TTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAAC-AG--GCAAAAC--TG----T-A-AAATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-T-GT--GGATCAC--TG----TGA-TA-TT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atttataatGTT---GAAACT-GT--ATGCAAC--TG------A-TA-TCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13                         :                        attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAA--TG--GGT---ATTATGC-CG-AGGCTATAAAC-AA-A-ATGT--CGGA-T---CA-----G-----ATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14                         :                                              CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAAGTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAAA-G-A--T--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cACGTT---GAAATT-GT--GTGTAAC--TT----TGA-TA-TTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAggcggacaagatat
gi|16                         :                                                  ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAAGTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTGAAAAA-AA-A-A--T--cac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--GTGTAAC--TG----TGA-TA-TTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --GG-TGAACGTT---GAAAAC-GT--GTGTAAC--TG----TGA-TA-TTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19                         :                                              CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAAGTTAATGTT---A
gi|2                          :                                                                            GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAAGGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAAA-G-A--T--G----T---CAGAGTGG-----GCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAA--GATAT-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACAC-GT--GCCTAAC---GTCACT-G-TA-TCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3                          :                                                                                                                                         GTT-A-GCTGTAGAT-AA-GCA--T--G----A---CA-----GACCAAGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGA--AATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAAT-TG--GTATAAC--TG----T-AGTA-TTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G----------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4                          : atTAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAAGTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAAC-AATG-A--TGGC----TGACCA-----G-----CTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAAATAATAA-------T-ATcaact
gi|5                          :                                                              ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAAGTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAAA-G-A--TG-CCAGAC---CA-----G-----ATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT-AA--T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AA--GATAT-------T-ATc
gi|6                          :                                                                                                  caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTTG---------TTC-TACCT---TGAC----------------------------------AT-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTT-T--GG-TGAACGTT---GAAAAC-ATAAATATAAA--TG----TAA-TA-TTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGAC-------------AA--GCGAC-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAAC-GA--GGGCAACCTTG------A-TA-TTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               C--T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA----------AA--AGTATAGT----C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----C-AT--GC---AT--T-----C-A-TA-TT-------------ATT--------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtaTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAAC-GT--GCGTAAT--TG----TGA-TG-TTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GCTTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                     222       1                             555555555555555                         222222222                                            444444444444444444444444444444               11                             111   22222222   1111                 33333333                                 44444444444444444444444444444                                                                                                         1111111   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666            1111111                                  
lowQualScore                  :   1      22         111    1  5        1                    444444444444444              2          000000000      66         888 3       8888 0 4       888888888888888888888888888888       1   77  55          6   1 1    0       111   22222222   4444     1     3     33333333  5   5     888    0  0    1     33333333333333333333333333333 5           3         4  5    0      4    9999  999 88  7        555    2  5555 2     1  1 555    55    0000000   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    3       3333333     5           0                
lowQualScore                  :   .      ..         ...    .  .        .                    ...............              .          .........      ..         ... .       .... . .       ..............................       .   ..  ..          .   . .    .       ...   ........   ....     .     .     ........  .   .     ...    .  .    .     ............................. .           .         .  .    .      .    ....  ... ..  .        ...    .  .... .     .  . ...    ..    .......   .........................................................    .       .......     .           .                
lowQualScore                  :   0      00         555    0  5        0                    555555555555555              2          000000000      99         888 9       4444 2 5       444444444444444444444444444444       7   99  77          7   0 0    7       777   77777777   2222     0     2     55555555  0   0     888    1  2    1     99999999999999999999999999999 0           7         4  3    9      4    4444  222 66  3        444    5  2222 5     5  4 444    55    0000000   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1       2222222     8           5                
consensus                     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 )     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1                          : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT------AAG----AGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC----GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGATAA--------G-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAAA-ATA-T-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATTG-C--GTGTAGC--TCA---TATTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-G--GCAAAACTGTAA---AATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-TG-T--GGATCACTGTGA---TATT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atttataatGTT---GAAACTG-T--ATGCAACTG--A---TATCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13                         :                      attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAATGGGTA---TT---A-TGC-CGA--G-GCTATAAACAA-------AATGT--CGGA-T---CA-----GATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14                         :                                            CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAA--GTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAA-------AG-AT--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cACGTT---GAAATTG-T--GTGTAACTTTGA---TATTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAggcggacaagatat
gi|16                         :                                                ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAA--GTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTG-AAAAAA-------AA-AT--cac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19                         :                                            CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAA--GTTAATGTT---A
gi|2                          :                                                                          GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAA--GGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--G----T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAAG-ATA-T-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-T--GCCTAAC-GTCACTGTATCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3                          :                                                                                                                                       ATGTT-A-GCTGTAGATAAGCATGACAG-AC--C---------A-----AGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGAA-ATG-TAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAATT-G--GTATAACTGTAG---TATTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G----------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4                          : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAA--GTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAACAA-------TG-ATGGC----TGACCA-----GCTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAA--ATA-A-------T-Acaact
gi|5                          :                                                            ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAA--GTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAA-------AG-ATG-CCAGAC---CA-----GATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT-AA--T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AAG-ATA-T-------T-ATatatc
gi|6                          :                                                                                                 caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTTG---------TTC-TACCT---TGAC---------------------------------A-T-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTT-T--GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAATATAAATGTAA---TATTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGAC-------------AAG-CGA-C-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-A--GGGCAACCTTGA---TATTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               --T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA---------AAAGTATAGT-------C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----CA-T--GCAT-----TCA---TATT-------------ATT--------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gtacTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAACG-T--GCGTAATTGTGA---TGTTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GCTTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                     222       1                             555555555555555                         222222222                                            444444444444444444444444444444               11                             111   22222222   1111                 33333333                                 44444444444444444444444444444                                                                                                         1111111   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666            1111111                                  
lowQualScore                  :   1      22         111    1  5        1                    444444444444444              2          000000000      66         888 3       8888 0 4       888888888888888888888888888888       1   77  55          6   1 1    0       111   22222222   4444     1     3     33333333  5   5     888    0  0    1     33333333333333333333333333333 5           3         4  5    0      4    9999  999 88  7        555    2  5555 2     1  1 555    55    0000000   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    3       3333333     5           0                
lowQualScore                  :   .      ..         ...    .  .        .                    ...............              .          .........      ..         ... .       .... . .       ..............................       .   ..  ..          .   . .    .       ...   ........   ....     .     .     ........  .   .     ...    .  .    .     ............................. .           .         .  .    .      .    ....  ... ..  .        ...    .  .... .     .  . ...    ..    .......   .........................................................    .       .......     .           .                
lowQualScore                  :   0      00         555    0  5        0                    555555555555555              2          000000000      99         888 9       4444 2 5       444444444444444444444444444444       7   99  77          7   0 0    7       777   77777777   2222     0     2     55555555  0   0     888    1  2    1     99999999999999999999999999999 0           7         4  3    9      4    4444  222 66  3        444    5  2222 5     5  4 444    55    0000000   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1       2222222     8           5                
consensus                     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 )     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1                          : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAAT-GT------AAG----AGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC----GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGATAA--------G-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAAAT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTTGCGGACCGG---------CAAA-ATA-T-------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATTG-C--GTGTAGC--TCA---TATTTCACGT-------ATT-C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AA-C--TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-G--GCAAAACTGTAA---AATTTAAAGT-------ATT-C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTTTG-AA-C--TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-TG-T--GGATCACTGTGA---TATT---TGC-------ATT-C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAA-G--TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atttataatGTT---GAAACTG-T--ATGCAACTG--A---TATCGCACACTACCGGTATCAC------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTT-AAAC--TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13                         :                      attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAAT-GTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAATGGGTA---TT---A-TGC-CGA--G-GCTATAAACAA-------AATGT--CGGA-T---CA-----GATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14                         :                                            CATTATTGAGCGTCAAC-TTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAA--GTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAA-------AG-AT--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cACGTT---GAAATTG-T--GTGTAACTTTGA---TATTACACGC-------ACT-C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT----C--TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAAggcggacaagatat
gi|16                         :                                                ATTGGATGCTAAC--TTTC---------CAGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAA--GTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTG-AAAAAA-------AA-AT--cac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGT--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAggcgac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GTGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT-T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCT-AG-A--TTGACAAGAAA
gi|19                         :                                            CATTATCGAACGCCATCTATCT-GTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAA--GTTAATGTT---A
gi|2                          :                                                                          GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAA--GGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--G----T---CAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTTTT--C--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTTAAGGACTGGA--------TAAG-ATA-T-------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-T--GCCTAAC-GTCACTGTATCACACGC-------CTA-CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCT-ACTC--TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3                          :                                                                                                                                       ATGTT-A-GCTGTAGATAAGCATGACAG-AC--C---------A-----AGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCCGCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACTGAGAACAAGAAAATACTATGAA-ATG-TAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAATT-G--GTATAACTGTAG---TATTGCACTC-------AT------------------T--------CAGT------------A--AT---------G----------------C--TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4                          : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAAC---------------TAGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAA--GTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAACAA-------TG-ATGGC----TGACCA-----GCTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTTGT--TACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGGCCAG---------TAA--ATA-A-------T-Acaact
gi|5                          :                                                            ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAA--GTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAA-------AG-ATG-CCAGAC---CA-----GATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT-AA--T--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTGAAAGACCTG----------AAG-ATA-T-------T-ATatatc
gi|6                          :                                                                                                 caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTTG---------TTC-TACCT---TGAC---------------------------------A-T-------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AGTT-T--GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAATATAAATGTAA---TATTGGACGC-------ATT-C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAA-C--TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTTAAGGAC-------------AAG-CGA-C-------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-A--GGGCAACCTTGA---TATTGCATAC-------ATC-CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCC-AG-CCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                               --T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATTGGGGTCCAA---------AAAGTATAGT-------C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----CA-T--GCAT-----TCA---TATT-------------ATT--------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAA-T--TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gtacTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAACG-T--GCGTAATTGTGA---TGTTGCTTGC-------ATT-C------------ACAT--------CGGTGTC---A-----ATAAT---------GCTTT-AGTTTCT-AA-C--TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat


blockSeqs                     :   A      AA         AAA    G  .        G                    GTCTCATGAAATAA               A          TACGTATAT      TG         AAA T       CAA    A       AGATGTCAGAGTG                        A   CT  TG          G   A T            CCA   TAAAATGC   TTAA     A     A     CGCATT    A   A     GAG            A     AAGAAAATACTATGAAATGTAATGATG   G           T         T  A           T    TAGT  TT  TG  G        ATC    A  TAA  C     T  A CTG    TA    TACCGGT   CACCTACATGTGTATCAGTATCATTT                                   G       AGCCT       C
blockSeqs                     :                                                             TTTTCGTGAAATGA               G          .              .          .   A       TAC    G       GCATGACAGACCA                        T   .   AA          .   A A            .     A          .        A     C     TGTTAC    .   .     .              G     CAAAAAGTATAGT                 .           G         .  T           .    .     TG  A   A        .      C  GT   G     T  G .      GC    .         CAAATCAGTTCTAATATCAATATTG                                    .       AAAG        C
blockSeqs                     :                                                             TATCTGTGAAATGA               A          .              .          .   T       TA     G       TGATGGCTGACCA                        T   .   .           .   C G            .     T          .        T     A     TTTC      .   .     .              A     TGGATAAGATAT                  .           G         .  T           .    .     TT  .   .        .      T  G    T     T  G .      AC    .         CATGTCAGTGCTTATAATA                                          .       AAAC        T
blockSeqs                     :                                                             TTTC                         A          .              .          .   C       TA     G       AGATGCCAGACCA                        T   .   .           .   C T            .     T          .        A     A     AAT       .   .     .              A     CAGTAAATAA                    .           A         .  C           .    .     T   .   .        .      A  T    T     T  G .      GG    .         TATCCATATATCCTTGATA                                          .       ACTC        C
blockSeqs                     :                                                             .                            A          .              .          .   T       TA     G       AATGTCGGATCA                         T   .   .           .   T G            .     G          .        T     .     TG        .   .     .              A     CTGAAGATAT                    .           G         .  A           .    .     G   .   .        .      A  T    T     T  G .      GG    .         TATCCATATATCCTTGATA                                          .       AAAC        A
blockSeqs                     :                                                                                          A          .              .          .   .       TA     G                                            .   .   .                                                                              .   .     .              G     AAGCGAC                       .           A         .  C           .    .     T   .   .        .      A  T    T     T  C .      AC    .         CATGTTAGACCCAGCAATG                                          .       GAAT        A
blockSeqs                     :                                                                                          .          .              .          .           G      .                                                                                                                                   .   .     .              .     AT                            .           A         .  T           .    .     T   .   .        .      A  T    C     T  A .      GC    .         CACATCGGTGTCAATAATG                                          .       AAC         A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .         .  .           .    .     T   .   .        .      A  T    T     T  A .      GG    .         ACATCAATGCTAATGATG                                           .       AGA         G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .   .        .      A  G    T     C  G .      GC    .         CGAATCAGTACCAAAAAT                                           .       AGA         C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .   .        .      A  A    G     T  C .      GC    .         GTTAATACAA                                                   .       AAC         G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .      .  T    C     .  G .      .     .         CCAGTAATG                                                    .       C           A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .      .  T    C     .  . .      .     .         TCAGTAATG                                                    .       C           G


blockSeqCons                  :                                                             TTTTCGTGAAATGA*                                                                              AGATGNCAGACCG*****************                                                                                                                             AGAAAATAT********************                                                                                                                                                                                        AAAC***
originalCons                  : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAAC-GTCTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAA-------AG-AT--C----T---CA-----GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACCGG---------TAAG-ATA-T-------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCT-AA-C--TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
finalCons                     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAACTTTTCGTGAAATGA-TAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAAGATGNCAGACCG-----------------GGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTCGN--T--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTTGAGGACAGAAAATAT--------------------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-T--GCGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT-C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCTAAAC---TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG






Alignments
lowQualScore                  :                     222       1                              33333333333333                        222222222                                                                        11                             111   22222222   1111                 3333333333                                   55555555555555555555555555555555                                                     11                                                  1111111   6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                                   
lowQualScore                  :   1      22         111    1  5        1                   1 55555555555555             2          000000000      66         888 3       8888 0 4        1   1 4    5 0     1   77  55          6   1 1    0       111   22222222   4444     1     3     6666666666  5   5     888    0  0    66   5  22222222222222222222222222222222 5           3         4  5    0      4    9999  444 22  7        555    2  3  666     1  1 555    55    0000000   1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    3       88888     5           0                
lowQualScore                  :   .      ..         ...    .  .        .                   . ..............             .          .........      ..         ... .       .... . .        .   . .    . .     .   ..  ..          .   . .    .       ...   ........   ....     .     .     ..........  .   .     ...    .  .    ..   .  ................................ .           .         .  .    .      .    ....  ... ..  .        ...    .  .  ...     .  . ...    ..    .......   ..........................................................    .       .....     .           .                
lowQualScore                  :   0      00         555    0  5        0                   0 88888888888888             2          000000000      99         888 9       4444 2 5        4   0 1    0 4     7   99  77          7   0 0    7       777   77777777   2222     0     2     1111111111  0   0     888    1  2    11   0  66666666666666666666666666666666 0           7         4  3    9      4    4444  888 33  3        444    5  1  777     5  4 444    55    0000000   1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    1       99999     8           5                
consensus                     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAACTTTCCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAAGATGNCGGACCAGGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTC--G--TT--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTT-GAGG-AC---A-G--AAGATAT-----------------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-TG--CGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT--C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCTAAAC-TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
Reference ( family-4872 )     : TANAGTGTANNTTGTGGATAAAATAGCNCATGAATACCTNGGTCATTATTGAACGCCAACTTTTCGTGAAATGATAGGATCCGCACCGAAACATTCCAG---------GTACAA--GTTAACGTT---ATTGCACGCT-A-GCTGTAAACAAAGATGNCAGACCGGGTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGT-AGCNGNTTTCGATGTTTT---ATC-------NATT----AAGTANCAATTAATTCTC--G--NT--AT-TTC-GACCC---TGATTTACAGTT-GAGG-AC---A-G--AAAATAT-----------------T-ATTCATAATTTGAAACATTTC-ACNAGCATTGATCG-ATGC----AA-T-T--GG-TGAACGTT---GAAAACG-TG--CGTAACTGTGA---TATTGCACGC-------ATT--C------------A--T--------CAGTG-C---A-----A--AT---------GCTTC-AGTTTCTAAAC-TTGACGAGAAAATGAATAAATTATCAACATAAAA
gi|1                          : TACAGTGTACTTTGTGAATA---TAGCCCATGAATACCTTGGCCATCATTAAACACCAA-------TG---TAAGAGAATCCGCACTGTAACGCTCCTC---------GTGC----GTTAGCGTT---ATGGCAGGCA-T-GCT-TCGAT-AAGATCTCA-----GGTATCGTTTG--GT--ACGCTCTGAT-AGCAGATTTCGATATTAT---ATC-------AATT----GCGAATCAATCAATTTTCAAA--AT--AT-TTC-TACCC---CGATTTACAGTT-GCGG-AC---C-GGCAAAATAT-----------------C-ATTTATAATTAGAAACATTTC-ACAAGCATTAATCG-ATGC----AA-G-T--GA-TGGACGTT---GAAATTG-CG--TGTAGC--TCA---TATTTCACGT-------ATT--C------------A--T--------TGGTG-C---A-----A--AT---------GCTTA-AGTTTCT-AAC-TTGACAAGAAAAGGAATAAATTATAAACATAAAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCATAATTT-AAACTTTTC-ACAAGCAATAGTCATATGA----AA-T-T--GGGTGTA-GTT---GTAAACA-GG--CAAAACTGTAA---AATTTAAAGT-------ATT--C------------AAAT--------CAGTT-C---T-----A--ATATCAATATTGGTTA-AGTTT-TGAAC-TTGATCAGAAAATGAATAAATTATCAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAATTTTAAA-ATTTC-ACTTGCGGGGATCA-ATGTTAGTAA-G-T--GG-GAAAGGTT---GAAA-TG-TG--GATCACTGTGA---TATT---TGC-------ATT--C------------------------CAGT------------A--AT---------GCTTT-AGTTTCTAAAG-TTGACCCAAAAAACAATGAA----GAACATAAAAt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atttataatGTT---GAAACTG-TA--TGCAACTG--A---TATCGCACACTACCGGTATCA-C------------A--T--------CAATG-CT--A-----ATGAT---------GCTTC-CATTTTTAAAC-TTGACTAGAAAATGAGCTAATTATTAACATAAAcataga
gi|13                         :                      attaactatcaattaatttGGTCATTATTGAATCCCAATGTCTCATGAAATAATAGGATCCGTATGGAAACATTCCTG---------ATACAATGGGTA---TT---A-TGC-CGA--G-GCTATAAACAAA-ATGTCGGATCAGATGTCGAGTG--GT--AAGCTCTGGtg
gi|14                         :                                            CATTATTGAGCGTCAACTTTTCGTGAAATGATAGGCTTCGCATCGGAAAGTTCCAG---------A-ACAA--GTTAACATTAAAATTGCACTCT-A-GGT-TCAACAAAGATGGCGGACAAGATAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cACGTT---GAAATTG-TG--TGTAACTTTGA---TATTACACGC-------ACT--C------------ATGT--------CAGTG-CTT-AT----A--AT---------ACTTC-AGTTGTT---C-TTGACCCAAACGTAAACAAATCATCGACATATAA
gi|16                         :                                                ATTGGATGCTAACTTTCC----------AGGATCCTTACAGAAACATACCAA---------GTACAA--GTTAACGTT---AATGCACGCCAA-GTTG-AAAAAAAAATGGC-GACcac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -T--GG-TGAACGTT---GAAAACGGTG--TGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT--T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------AC-TC-AGTTCCTAGA--TTGACAAGAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --GG-TGAACGTT---GAAAACG-TG--TGTAACTGTGA---TATTGGACGC-------ATT--T------------A--T--------CCATA-T---ATCCTTG--AT---------ACTTC-AGTTCCTAGA--TTGACAAGAAA
gi|19                         :                                            CATTATCGAACGCCATCTATCTGTGAAATGACAGGATCCGCACCG-GACATT-CAG---------GTACAA--GTTAATGTT---A
gi|2                          :                                                                         GATAGGATACGCACCGAAACACCCTAGTACGTATATATACAA--GGTAACATT---ATTGCACACT-A-GCTGTAAACAAAGATGTCAGAGTGGGCATTGTTCG--GT--ATGTTCTGGTGAACAGTTTTCATTGCTTGCCAATC-------AACA----AAGTAAAAATTAATTCTT--T--TC--ATATTCAGACCT---TGATTTACAGTT-AAGG-ACTGGA-T--AAGATAT-----------------TGATTTAGAATTTGAAATATTTA-ATTTGCAGTGGTAG-AGAG----AA-T-TTGGA-TGAAGGTT---TGACACG-TG--CCTAAC-GTCACTGTATCACACGC-------CTA--CACCTACATGTGTA--T--------CAGTA-T---C-----A--TT---------TCTTTGAGGTTCTACTC-TTGAAAAGGAAATGAAT---TTGTCAACATAA
gi|3                          :                                                                                                                                      ATGTT-A-GCTGTAGATAAGCATGACAGACCAAGTATCATTTGCTGTTGAAGTTATGGT-AGAAGATTTCAATGTTTT---AGG-------TATT----AAGGAACAATTCATCTCC--GCATT--AT-TTT-GACCC---TTATGTACAACT-GAGA-ACA--A-G--AAAATACTATGAAATGTAATGATGT-ATTCGTAATTTGAAGCATTTCTAC-AGCATTGATTG-ATGC----TG-T-TA-GG-TGAACATT---GAAAATT-GG--TATAACTGTAG---TATTGCACTC-------AT-------------------T--------CAGT------------A--AT---------G---------------C-TTGACGAGAAAATGAACAAATTATCAACATTAAA
gi|4                          : TAAAATGTAAATTGTAGATAAAATAACGTA-AAATACTTGGGTCATTATTGAATGCGAACT--------------AGGACCCGGATCGAAACATTTCGG---------GTACAA--GTTAACGTT---ACTGCACGCT-ACGATGTAAACAATGATGGCTGACCAGCTATCGTTTG--GT--AAGCTCTGGA-AGCCTGTTTTGGTATTTT---ATCTAAAATGCATTTTAAAAGTATCAATTAATTCTT--G--TTACAT-TTC-GACCG---TGACTTAAAGTTAAAGG-CC---A-G--TAAATAA-----------------T-Acaact
gi|5                          :                                                           ctaatattttattagcaatgaaatatttcGACACATCCCAG---------ATACAA--GTTAATGTC---ATTGCACTCT-A-ATTGTAAACAAAGATGCCAGACCAGATATTG--TG--CTAAAAGCTCTGGT-TGCCATTTTCAATGTTCC---ATC-------TATC----AAGTAACACTGAATTCT---A--AT--AT-TTT-GCTAC---TGATTTATTGTG-AAAG-AC---CTG--AAGATAT-----------------T-ATatatc
gi|6                          :                                                                               caagaaagctatatcaaattggaatttacagaaaacaatacaaaatattttactttgccatgtaagttaaacataaatcacagaaaattTAGCGTTTT--GA--AAGTTCTGAT-AGCTGGTTTCAATGTTTC---ATC-------GATT----TGTTATCAATT----CTT--G---------TTC-TACCT---TGAC-----------------------------AT-----------------T-ATCTATGACTTAAAATATTTC-ACCAGCGTTGATCG-ATGC----AG-T-TT-GG-TGAACGTT---GAAAACA-TAAATATAAATGTAA---TATTGGACGC-------ATT--C------------A--TGTTAGACCCAGC------------A--AT---------GCTTC-AGCTTCTAAAC-TTGAACAGAAAATGAATAAAca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTC-GACCTGAGTGATTTACAGTT-AAGG-AC---A-----AGCGAC-----------------T-ATTTAAAATTTGAAACGTTTC-ACAATCATTGGTTG-ATAC----AA-TGT--GA-CGAACGTTATCGATAACG-AG--GGCAACCTTGA---TATTGCATAC-------ATC--CGA----------A--T--------CAGTA-CCAAA-----A--AT----------CTTC-CGTTTCCAGCCTTTGACGAGAAAATAAACGCATTTTCAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 T--AT-ATC-TATCC---TGATTTATAATT-GGGGTCC---A-A--AAAGTATAGT--------------C-ATTCCTTATTTAAAACATTTT-ACCAGCATTGATTG-ATGC----AATT-T--TG-TGAACATT---G----CA-TG--CAT-----TCA---TATT-------------ATT---------------G--T--------TAATA-C---A-----A---------------CTC-AATTTCTGAAT-TTCACAAGAA----AATAAAATATCACCTTAAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtacTCACAATTTAAAACAATTC-ACTAGCACAGATCG-ATGC----AA-T-T--GGATAAACTTT---GAAAACG-TG--CGTAATTGTGA---TGTTGCTTGC-------ATTCAC------------A--T--------CGGTGTC---AAT---A--AT---------GCTTT-AGTTTCT-AAC-TTGGCGAGAAAATGAATAAATTGTCAGCATAAActtcaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TGATAATTTATTTGCAATAAAAGATTTCTAAATATATGAAGTCTAAGCAATGGGTATTCTGG