lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 888888888888888888888888888 2222222222 222222222 111111111111 888888888888888888888888888888 111111111 1 22222222222222 2222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 999999999999999999999
lowQualScore : 3 888 99999 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 1 8 66 5 000 66 888888888888888888888888888 5555555555 3 2 666666666 5 3 444444444444 4 222222222222222222222222222222 4 99 4 99 2 3 666666666 0 3 444 3 11111111111111 4 777 5555555555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 11111 5 88 888 777777777777777777777
lowQualScore : . ... ..... ....................................................................................................... . . . .. . ... .. ........................... .......... . . ......... . . ............ . .............................. . .. . .. . . ......... . . ... . .............. . ... .......... ................................................................................. . . . ..... . .. ... .....................
lowQualScore : 9 888 88888 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 7 0 11 7 000 77 444444444444444444444444444 0000000000 0 0 222222222 4 4 444444444444 4 888888888888888888888888888888 4 99 0 55 3 3 000000000 3 6 000 6 44444444444444 4 888 0000000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 11111 0 11 888 666666666666666666666
consensus : TAATGCGTTCTA---TT---TATAGC---------GC---TATNTTTAG--AA-CA--GGGA-ATTT--CTC-T------TTTCCGGTCTGA-TAA--GA-GTCTGAATA-ATTGAGAC--GA----NAT-TTTTTCCTNGG--TTG-TT---ACGTTTCGT-GAATAC----------A----------C----AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC--A-ATANAAGTNTTAATTTC-----GACAAGTTCCTT-TCAAACATAC--G------TACAAAC-----CTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACTCCC--TGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-T---ATC----------AATCA------------------------CAC----A-ATCA-----------ACC----TAGAC---------------AN--NATTGA-TG-A-A-----AT-ATTTGATCT-AAGCGT---CAGT-------T-A-C-------ACGATGAGGCAATT
Reference ( gi|3 ) : TAATGTGGTCTA---TT---TCTAGC---------AC---TATTTTTAG--AA-CA--GG---ATTT--CTT-T------TTTCCGGTCTGAGTAATCGAGGTCTGAATA-ATTGAGAC--AA----TGT-TTTTTCCTTGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATAC----------A----------C----AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC--A-TTAAAAGTGTTAATTTT-----GATAAGTTCCTT-TCAAACATAC--T------TACAAAC---T-CTGT-GAAATTAGC-ACGA-ACAAAACTCCT--TGGCTTTAAAATG---------AAGTAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-T---ATC----------AATCA------------------------CA-----A-GTTA-----------ATC----TAGAC---------------AG--GATTGA-TG-A-A-----AT-ATTTGATCT-GAGCAT---CAGT-------TAAAT-------ATGATGAGGCAATT
gi|12 : TAATGCGTTCTA---TT---TATAGCCCTAGGCCTACATGTATGTTTTG--AA-CA--GAGA-ATTT--CTC-T------TTTCCAGTCTG-------------T--ATA-ATCGAGACGAAA----TAT-TTTTTCCATGG--TTG-TT---GCATTTCGT-
gi|14 : TAATGCGTTCTA---TA---TATAGC---------AC---TATCTTTAGAAAA-AA--AG---ATTTTCCTC-C------TCTCGGGTCTGAATAATCGAGA-CAAAATATATT---------------T-TTTGTCCTTGG--TT
gi|15 : acTAATGCATTCTA---TT---TAAAGC---------TT---TGTTTTTGG--AA-CA--GA---ATGT--CTG-T------TTT--G----GA--AA--AAAGTCTGAATA-ATCAAGACAAAA----GAC-TTTTTCCTTGG--TTtggt
gi|4 : acAATGTGTTCTA---TT---T--AAA---------A----TGTATTTAG--AA-CATGGA---AAAT--CTA-T------TTTC---------TA------GCCTAAATG-ATTGAGAC--AA----AATATTTGTACTAGT--TTG-TT---ACGTTTCCT-GAA-------------A----------T----AAAAC----------AA----------------------------TACTTTT-----GCCAAGTTC--T-TCAAACA------------------------CTAT-AAAA---GC-ATAA-ACAAAACTCCC--TGGCCTTAAAATG---------AAACAA-ATA-A-T-TTT--------------TGTATGCTTC-T---ATC----------AATCA------------------------CAC----A-ACCA-----------ACCA---TGGACGAACGAATACAATTTAGCCTATTAA-TT-A-A-----AT-ATTTAATCT-AAGCGT---t
gi|6 : gATGCATTCTA---TT---TATAGC---------GC---TAT------------G--GA---ATTT--CTC-T------TTTTCGGTCT------------------TA-ATT--------A----T-T-TTTGTTCAAGG--TTG-TT---TCGTTTTGT-GAATAC----------AAGTCTGACTAT----AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC--A-ATACAAGTATTGATTTC-----GACAAGTTCCTT-ACAAACATAC--CGGTATGTACTAACACGTACTAT-AAAATTAGC-ATAA-ACAACACTCCC--TGGCTTTAAAATGAAATAATTCAAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCATC-T---Aaccctgccacgatgaagtaattaaaatgcttctcacaaatat
gi|5 : gATGTGATCTA---TT---CATAGC---------GC---TA----------------GGTA-ATTT--CTC-TATCGCATTCGCAGTCTAATTAAACGA--TCGGGACG-A--AAGA-----------T-TTTTTCCTAGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA
gi|1 : ATGTGTTCTAAGTTTCAATCCAGC---------GCC--TATTTTTAG--AAACA--GGGCGATTT--CTCCT------TTTCCGGT----GTAA---A----TGAATA-AAGGCGACGAAA----GAC-CTTTTCGTAAGGTTTG-TTCTAACAGTTTGT-GAATACCACTACTTCAA----------CGATTAAAGTTAAACTAGTAAAACTGTATCAAATGCGAA-T--AAAGTATCAAATTTCGTCGGAT---CTCCTTGTCAAA-A------------TATAAAC---TAC-----AAATCACCAAGGA-ACAAAAATACTA-TAGCTCT-ACATG---------AAATAA-ACACG-G-TTTGTATCTGTTTTATACGTCTGCTTCAG---AGC----------AATCA------------------------CA---------CA-----------ATC------AAC---------------AA-----TGA-CG-A-A-----Atagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaaacacaattatgttttaattttgacaaattccttttaaacatatgtacaaacactataaaaattagcataaacaaaactccctgaattttaaattagataaacaagttttgtctgtttatatgca
gi|8 : GTGTTCTA---TT---T-TAGC---------GC---TATTTT-AG--AA-CA--GGGA-ATTG--CAC-T------TTTCCG----------TC----TTTAAAAA-ATTG-GAC--GAAAGATGT-TTTT--CTTGG--TTGCTT---ACATTTTGT-AAATAC----------A----------C----TAAAT----------AAACTGTATCAAACAA--A--TATAAGTGTAAGATTC-----GAC-AGTACCTT-TCAAACATACAGT------AACAAAC---A-CT-T-AAAATTAGC-ACGA-ACAAAACCCTG--TGACTCTAAATTG---------AAATAA-AGA-A-GATGT--------------CGTaaacagcacaattcaaacgtggcagtgtgcaagaa
gi|7 : ataATAGGAGTCTGCA-A-ATTGAGAC--GA----AAT-TTTGTCCT--G--ATG-TT---ACATTTTGTTGAATAC----------G----------------AAAT----------AAATTTAATCAA-CAC--A-ATAAAAGTGTTA------------------TCTT-TCGA---------------T-CAAGT---C-CTTT--AAGTTTGT-AC--------ATTCCT--TG-CGTACGAATG---------AA-TAA-GCA-ATG-TTT--------------CGTCT-CTTC-TCTCATCTTTGGACGAAAATT-------------------------CA-----A-TTTA-----------ACC----TAGAC---------------AT--GTTTGAGTGTATA-----AT-ATTTGATCTCGA--AT---CAGT-------
gi|2 : ----------AAAATGTATCAAGTAT--A-ATATAA-TATTAATTTC-----GACAAGTTCTTT-TCAAACATAT--G------TAGAA-------------AAATTAGC-A-GACACAAAA--GCTAATGGCCTTCAAAT-------------TAA-GCA-C-A-TTC--------------CATCTGCTTC-T---ATC----------AATCA------------------------CACGACCA-ATCATAGACGAACACATCCACATAGGC---------------AG--CATTGA-TG-A-A-----AT-ATTTGATTT-AAGCATGTCCAGT----------GC-------ACGATGAGACAATgatgcaatta
gi|11 : ctaagttgtttgtatgtcatgaaaaatatctttaaaacattgaaattagttaaactatattgtgataaaaatattaaatgtctaatgataatttatctccatta----------AAAATGTATCAAACAC--A-ATTAAAGTTCTGCTTTC-----GACATTTTCCTT-TCAAACATAT--G------TACAGAC-------ATAAAAATTTGC-ATGA-ACAAAACTCCC--TGTCTTTAAAATG---------AAATAATAC----G-CTT--------------CGTCTGCTgggaatgtatcttaaatatacagatata
gi|5 : TATCAAACAC--AATTAT--GTTTTAATTTT-----GACAAATTCCTT-TTAAACATAT--G------TACAAAC---A-CTATAAAAATTAGC-ATAA-ACAAAACTCCC--TGAATTTTAAATT---------AGATAA-ACA-A-G-TTT--------------TGTCTGTTTA-T---AT
gi|13 : atgtgatctattcatagcgctaggtaatttctctatcgcattcgcagtctaattaaacgatcgggacgaaagattttttcctaggttgttacattttgtaaatatagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTA-----GACAAATTCCTT-TCTAACATAT--G------TACAAAC---A-CTG---AAATAATC-GTAA-ACAAACCTCCT--TGACTGTAAAATT---------AAATTA-ACA-A-A-TTT--------------TGTCAACTTC-T---ATT----------AATgca
gi|9 : gA-ACAAACCTCCT--TGGGTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTC--------------TATCTGCTTC-T---ATC----------AATCA------------------------CAC----A-ATCA-----------ATC-------AT---------------AT--G---GA-CG-A-ACACACATGATTTAACCT-AAGCAG---TAATGATCTTCTAAACGCCAGTGACGATGGGGCAAT
gi|10 : taA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-T---ATC----------AATCACATGATCAATCATGGGCAAACACACA-----ATATTA-----------ACC----TAGAC---------------AG--TATTGA-TG-A-A-----GT-ATTTGATTT-AAGTGT---CAGT-----------G-------ACGATGACGCAATTgtagaatgcttctcacggatatat
gi|16 : CA------------------------CA-----A-TTTT-----------ACC----TAAAT---------------AA---ATTGA------A-----AT-ATTTCATCT-AGGCGC---CAG--------TGACT----------ATGAGACAATTtaaatgcttctcatagatatatgatt
gi|17 : cacaC----TAGAC---------------AT--GTTTGA-TG-A-A-----AT-ATTTGATCT-CAGAAT---CAGT-------agagtgcttcttacagatatga
gi|19 : cA-TG-A-A-----AT-ATTTGATTT-GAACGT---CAGT-----------T-------ACGATGGGGCAATTgatgcaattagaatgtttctcacagataaataatcat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAAATACATAAAATTAAACTGGAGCAAAACCCATGAATTAAAGTTCCTTATCAAACATTACGTACTAATT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222 1 111111 99999999999999999999 11111111111111 111 5555555555555555555555555 2222222222 333333333333333333333333 111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 4444444444444444444 1111111111 111111 33333
lowQualScore : 66 888888 33333333333333 1 0 4 2 44 4 222222 00000000000000000000 2 99999999999999 111 1 55 5 888 2 2 4 5 6666666666666666666666666 3333333333 2 4 4 0 3 444 1 3 7 111111111111111111111111 88 44 4 0 3 3 1 2 444444444 3 3 3 3 99999999999999 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 5 1111111111111111111 888 6666666666 4 66 777 2 222222 66666
lowQualScore : .. ...... .............. . . . . .. . ...... .................... . .............. ... . .. . ... . . . . ......................... .......... . . . . . ... . . . ........................ .. .. . . . . . . ......... . . . . .............. . ............................................................. ... . ................... ... .......... . .. ... . ...... .....
lowQualScore : 11 111111 77777777777777 2 9 4 9 66 4 888888 11111111111111111111 2 77777777777777 000 0 55 0 888 0 0 4 0 1111111111111111111111111 9999999999 9 0 9 9 8 000 2 6 3 333333333333333333333333 66 88 0 4 6 6 2 2 555555555 3 3 3 3 66666666666666 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 0 9999999999999999999 888 4444444444 4 11 888 4 777777 77777
consensus : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGC-----GC-------TAT-TTTAG-AACAGGG-AATTTCT-CT------TTTCCGGTCT-A-TA---GAG-TCTGAATAATCGAGAC--G--AAA--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-A-ATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAACA----CTATAAAA-TTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGA---TCTAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
Reference ( family-4716 ) : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGC-----GC-------TATNTTTAG-AACAGGG-AATTTCT-CT------TTTCCGGTCTGA-TAA--GAG-TCTGAATAATTGAGAC--G--ANA--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACGTTTCGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTNTT-A-ATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC-----CTATAAAA-TTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGA---TCTAAGCG--T---CAGTT--ACACGATGAGGCAATT
gi|1 : ATGTGTTCTAAGTTTCAATCCAGC-----GCC------TATTTTTAGAAACAGGGCGATTTCTCCT------TTTCCGGT---G-TAA--A-----TGAATAAAGGCGAC--GAAAGA--C---CTTT---TCGTAAGGTTTG-TTCTAACAGTTTGT-GAATACCA----------CTACTTCAACGATTAAAGTTAAACTAGTAAAACTGTATCAAATGCGAATA-AAGTATCAA-ATTTCGTCGGATCTCCTTGTCAAA------------AT-ATAAA------CTAC-AAA-TCACCAAGGA-ACAAAAATACTATAGCTCT-ACATG---------AAATAA-ACACG-G-TTTGTATCTGTTTTATACGTCTGCTTCAGAGCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------AC
gi|10 : A-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAATCACATGATCAATCATGGGCAAAC-----ACA------CAA-TATTA---------------ACC---TAGAC-A-----------------GTAT---TGA-T------G-A-AGTATT--TGA---TTTAAGTG--T---CAGT----GACGATGACGCAATTaatgacgaaaaaacagcacaattcaaacgtggcagtgtgcaagaa
gi|11 : ----------AAAATGTATCAAACAC-AATTAAAGTTCT-G-CTTTCGACATTT-TCCTT-TCAAACA-TAT------GT-ACAGAC-----ATA-AAAA-TTTGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGTCTTTAAAATG---------AAATAATAC----G-CTT--------------CGTCTGCTtaaatgcttctcatagatatatgatt
gi|12 : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCCCTAGGCCTACATGTATGTTTTG-AACAGAG-AATTTCT-CT------TTTCC--------------AG-TCTGTATAATCGAGAC--GAAATA--T---TTTT---TCCATGG--TTG-TT---GCATTTCGT-
gi|13 : -ATTTAGACAAAT-TCCTT-TCTAACA-TAT------GT-ACAAACA----CTG--AAA-TAATC-GTAA-ACAAACCT-CCTTGACTGTAAAATT---------AAATTA-ACA-A-A-TTT--------------TGTCAACTTC-TATTAAT----------------------
gi|14 : gTAATGCGTTCTA--TAT--AT--AGC-----AC-------TATCTTTAG-AAAAAAA-GATTTTC-CT------CCTC---TC---------GGG-TCTGAATAATCGAGAC--A--AAA--TATATTTTTTGTCCTTGG--TT
gi|15 : acTAATGCATTCTA--TTT--AA--AGC-----TT-------TGTTTTTGG-AACA--G-AATGTCT-GT------TTT--G----GA-AAA--AAG-TCTGAATAATCAAGACAAA--AGA--C---TTTT---TCCTTGG--TTtggt
gi|16 : ac----------------------C-----ACA------CAA-T--TTT--------------ACC---TAAAT-A-----------------A-AT---TGA------------AATATT--TCA---TCTAGGCG--C---CAGT----GACTATGAGACAATTt
gi|17 : caCC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGA-T------G-A-AATATT--TGA---TCTCAGAA--T---CAGTG--ATGCAATTAGagagtgcttcttacagatatga
gi|18 : T-AAATA-CA----------T-------------AAAATT---------AAACTGGAGCAAAACC-CATGAA----TT-A-A--------AGT-TCCTTATCAAACATTAC------GT-ACTAAaatgtttctcacagataaataatcat
gi|19 : A-T------G-A-AATATT--TGA---TTTGAACG--T---CAGTT----ACGATGGGGCAATTtt
gi|2 : ----------AAAATGTATCAAGTAT-AATATAA-TATT-A-ATTTCGACAAGT-TCTTT-TCAAACA-TAT------GT-AGA------------AAAA-TTAGC-A-GACACAAAAGC-TAATGGCCTTCAAAT-------------TAA-GCA-C-A-TTC--------------CATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACACGAC--CAA-T--CATAGACGAACACATCCACA---TAGGC-A-----------------GCAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGA---TTTAAGCA--TGTCCAG-T--GCACGATGAGACAATgtgatttttctcaaagatatatgattat
gi|3 : ctaagttgtttgtatgtcatgaaaaatatctttaaaacattgaaattagttaaactatattgtgataaaaatattaaatgtctaatgataatttatctccattaTAATGTGGTCTA--TTT--CT--AGC-----AC-------TATTTTTAG-AACAGG---ATTTCT-TT------TTTCCGGTCTGAGTAATCGAGGTCTGAATAATTGAGAC--A--ATG--T---TTTT---TCCTTGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-ATTAAAAGTGTT-A-ATTTTGATAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------TT-ACAAACT----CTGTGAAA-TTAGC-ACGA-ACAAAACT-CCTTGGCTTTAAAATG---------AAGTAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA-------AG-T--TA---------------ATC---TAGAC-A-----------------GGAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGA---TCTGAGCA--T---CAGTTAAATATGATGAGGCAATTgggaatgtatcttaaatatacagatata
gi|4 : AATGTGTTCTA--TTT--AA--AAT-----G----------TATTTAG-AACATGG-AAAATCT-AT------TTTCT--------------AG-CCTAAATGATTGAGAC--A--AAA--TA--TTTG---TACTAGT--TTG-TT---ACGTTTCCT-GAA--------------------------------AT----------AAA-----------AC-AATAC-----------TTTTGCCAAGT-TC--T-TCAAACA------------------------CTATAAA----AGC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGGCCTTAAAATG---------AAACAA-ATA-A-T-TTT--------------TGTATGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-C--CA---------------ACCA--TGGAC-GAACGAATACAATTTAGCCTAT---TAA-T------T-A-AATATT--TAA---TCTAAGCG--TA--CCCTG--CCACGATGAAGTAATT
gi|5 : gATGTGATCTA--TTC--AT--AGC-----GC-------TA------------GGT-AATTTCT-CTATCGCATTCGCAGTCTAA-T----------TAAACGATCGGGAC--G--AAAGAT---TTTT---TCCTAGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-TA----------G-------------AAaaaatgcttctcacaaatat
gi|5 : TATCAAACAC-AAT-TATGTTTT-A-ATTTTGACAAAT-TCCTT-TTAAACA-TAT------GT-ACAAACA----CTATAAAAATTAGC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGAATTTTAAATT---------AGATAA-ACA-A-G-TTT--------------TGTCTGTTTA-TATcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaaacacaattatgttttaattttgacaaattccttttaaacatatgtacaaacactataaaaattagcataaacaaaactccctgaattttaaattagataaacaagttttgtctgtttatatgca
gi|6 : atgtgatctattcatagcgctaggtaatttctctatcgcattcgcagtctaattaaacgatcgggacgaaagattttttcctaggttgttacattttgtaaatatagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATTCTA--TTT--AT--AGC-----GC-------TAT------------GG-AATTTCT-CT------TTTTCGGTCT------------------TAATT------------A--T---TTTTG--TTCAAGG--TTG-TT---TCGTTTTGT-GAATA-CAAGTCTGACTAT-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATACAAGTATT-G-ATTTCGACAAGT-TCCTT-ACAAACA-TACCGGTATGT-ACTAACACGTACTATAAAA-TTAGC-ATAA-ACAACACT-CCCTGGCTTTAAAATGAAATAATTCAAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCATC-TAgca
gi|7 : gA-TAG--GAG-TCTGCA-AATTGAGAC--G--AAA--T---TTTG---TCCTGA----TG-TT---ACATTTTGTTGAATA-CG-------------------------AAAT----------AAATTTAATCAA-CAC-AATAAAAGTGTT-ATCTTTCGA------------TCAA-------------GT------C-----CTTTAAG--TT-----TGT-ACA----T-TCCTTGCGTACGAATG---------AA-TAA-GCA-ATG-TTT--------------CGTCT-CTTC-TCTC-AT----------------------CTTTGGACGAAAATTCAATT--TA---------------ACC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGAGT------GTATAATATT--TGA---TCT---CGAAT---CAGTG--ATGCAAT
gi|8 : GTGTTCTA--TTT---T--AGC-----GC-------TAT-TTTAG-AACAGGG-AATTGCA-CT------TTTCCG-TCT-------------TTAAAAAATTG-GAC--G--AAAGAT---GTTT---TTCTTGG--TTGCTT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------TAAAT----------AAACTGTATCAAACA--AATATAAGTGTA-A-GATTCGAC-AGT-ACCTT-TCAAACA-TACA-----GTAACAAACA----CT-TAAAA-TTAGC-ACGA-ACAAAACC-CTGTGACTCTAAATTG---------AAATAA-AGA-A-GATGT--------------CGTta
gi|9 : ataTAA-ACAAACCT-CCTTGGGTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTC--------------TATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ATCATATGGACGA-----------------ACACACATGA-TTTAACCT-A-AGCAGTAATGATCTTCTAAACG--C---CAGT----GACGATGGGGCAAT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 111111 6666666666666666666666 222222222 111 5555555555555555555555555 2222222222 1111111 111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 4444444444444444444 1111111111 111111 22222
lowQualScore : 66 888888 4 111111111111111111111 4 77 4 222222 7777777777777777777777 0 2 555555555 111 1 55 5 888 4 5 6666666666666666666666666 3333333333 2 4 4 0 4 55 1 1 3 7 3 6666666 3 8888 88 4 0 4 0 3 3 1 2 444444444 3 3 3 3 99999999999999 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 5 1111111111111111111 888 6666666666 4 66 777 2 666666 33333 1 0
lowQualScore : .. ...... . ..................... . .. . ...... ...................... . . ......... ... . .. . ... . . ......................... .......... . . . . . .. . . . . . ....... . .... .. . . . . . . . . ......... . . . . .............. . ............................................................. ... . ................... ... .......... . .. ... . ...... ..... . .
lowQualScore : 11 111111 4 000000000000000000000 4 33 4 888888 5555555555555555555555 5 2 000000000 000 0 55 0 888 4 0 1111111111111111111111111 9999999999 9 0 9 9 8 33 2 2 6 3 6 7777777 6 5555 66 0 9 0 4 6 6 2 2 555555555 3 3 3 3 66666666666666 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 0 9999999999999999999 888 4444444444 4 11 888 4 000000 66666 1 1
consensus : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTCCGGTCT-----A-A--AG-TCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTATAAAA-TTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
Reference ( family-4716 ) : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTCCGGTCT-----ATAG-AG-TCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTATAAAA-TTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
gi|1 : ATGTGTTCTAAGTTTCAATCCAGCGCCTA--------------T-TTTTAGAAACAGGGCGATTTCTCCT------TTTCCGGTGT-----AAA-------TGAATAAAGGCGACGAA--AGAC---CTTT---TCGTAAGGTTTG-TTCTAACAGTTTGT-GAATACCA----------CTACTTCAACGATTAAAGTTAAACTAGTAAAACTGTATCAAATGCGAATA-AAGTATCAAATTTCGTCGGATCTCCTTGTCAAA------------AT-ATAA------ACTAC-AAA-TCACCAAGGA-ACAAAAATACTATAGCTCT-ACATG---------AAATAA-ACACG-G-TTTGTATCTGTTTTATACGTCTGCTTCAGAGCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------AC
gi|10 : A-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAATCACATGATCAATCATGGGCAAAC-----ACA------CAA-TATTA---------------ACC---TAGAC-A-----------------GTAT---TGA-T------G-A-AGTATT--TGATT---TAAGTG--T---CAGT----GACGATGACGCAATTaatgacgaaaaaacagcacaattcaaacgtggcagtgtgcaagaa
gi|11 : ----------AAAATGTATCAAACAC-AATTAAAGTTCT-GCTTTCGACATTT-TCCTT-TCAAACA-TAT------GT-ACAGAC----A-TA-AAAA-TTTGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGTCTTTAAAATG---------AAATAATAC----G-CTT--------------CGTCTGCTtaaatgcttctcatagatatatgatt
gi|12 : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCCC-TAGGCCTACATGTATGT-TTT--GAA-CAGAG-AATTTCTC-T------TTTCC---------------AG-TCTGTATAATCGAGACGAAATA--T---TTTT---TCCATGG--TTG-TT---GCATTTCGT-
gi|13 : ATTTAGACAAAT-TCCTT-TCTAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTG--AAA-TAATC-GTAA-ACAAACCT-CCTTGACTGTAAAATT---------AAATTA-ACA-A-A-TTT--------------TGTCAACTTC-TATTAAT----------------------
gi|14 : gTAATGCGTTCTA--TAT--AT--AGCAC-TA--------------TCTTT-AGAA-AAAAA-GATTTTCC-T------CCTC---TC---------G-GG-TCTGAATAATCGAGACAAA--A--TATATTTTTTGTCCTTGG--TT
gi|15 : acTAATGCATTCTA--TTT--AA--AGCTT-TG--------------T-TTTTGGAA-CAG---AATGTCTG-T------TTT--GGA-------AAAA-AG-TCTGAATAATCAAGACAAAAGA--C---TTTT---TCCTTGG--TTtggt
gi|16 : ac----------------------C-----ACA------CAA-T--TTT--------------ACC---TAAAT-A-----------------A-AT---TGA------------AATATT--TCATC---TAGGCG--C---CAGT----GACTATGAGACAATTt
gi|17 : caCC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TCAGAA--T---CAGT-------GAT---GCAATTagagtgcttcttacagatatga
gi|18 : T-AAATA-CA----------T-------------AAAATT---------AAACTGGAGCAAAACC-CATGAA----TT-AA--------AGT-TCCTTATCAAACATTAC------GT-ACTAAagaatgtttctcacagataaataatcat
gi|19 : A-T------G-A-AATATT--TGATT---TGAACG--T---CAGT----TACGATGGGGCAATTtt
gi|2 : ----------AAAATGTATCAAGTAT-AATATAA-TATT-AATTTCGACAAGT-TCTTT-TCAAACA-TAT------GT-AGA------------AAAA-TTAGC-A-GACACAAAAGC-TAATGGCCTTCAAAT-------------TAA-GCA-C-A-TTC--------------CATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACACGAC--CAA-T--CATAGACGAACACATCCACA---TAGGC-A-----------------GCAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATT---TAAGCA--TGTCCAGTG---CACGATGAGACAATgtgatttttctcaaagatatatgattat
gi|3 : ctaagttgtttgtatgtcatgaaaaatatctttaaaacattgaaattagttaaactatattgtgataaaaatattaaatgtctaatgataatttatctccattaTAATGTGGTCTA--TTT--CT--AGCAC-TA--------------T-TTTTAGAA-CAGG---ATTTCTT-T------TTTCCGGTCTGAGTAATCG-AGGTCTGAATAATTGAGACAAT--G--T---TTTT---TCCTTGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-ATTAAAAGTGTT-AATTTTGATAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------TT-ACAAAC----TCTGTGAAA-TTAGC-ACGA-ACAAAACT-CCTTGGCTTTAAAATG---------AAGTAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA-------AG-T--TA---------------ATC---TAGAC-A-----------------GGAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TGAGCA--T---CAGTTAAATATGATGAGGCAATTgggaatgtatcttaaatatacagatata
gi|4 : AATGTGTTCTA--TTT--AA--AATG--TA--------------T-TT--AGAA-CATGG-AAAATCTA-T------TTTCTAGCCT-----A-----------AATGATTGAGACAAA--A--TA--TTTG---TACTAGT--TTG-TT---ACGTTTCCT-GAA--------------------------------AT----------AAA-----------AC-AATAC----------TTTTGCCAAGT-TCTT-----------------------CAAAC----ACTATAAAA----GC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGGCCTTAAAATG---------AAACAA-ATA-A-T-TTT--------------TGTATGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-C--CA---------------ACCA--TGGAC-GAACGAATACAATTTAGCCTAT---TAA-T------T-A-AATATT--TAATC---TAAGCG--TACCCTGC----CACGATGAAGTAATT
gi|5 : gATGTGATCTA--TTC--AT--AGCGC-TA---------------------------GGT-AATTTCTC-TATCGCATTCGCAGTCT-----A-----A-T-TAAACGATCGGGACGAA--AGAT---TTTT---TCCTAGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-TA----------G-------------AAaaaatgcttctcacaaatat
gi|5 : TATCAAACAC-AAT-TATGTTTT-AATTTTGACAAAT-TCCTT-TTAAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTATAAAAATTAGC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGAATTTTAAATT---------AGATAA-ACA-A-G-TTT--------------TGTCTGTTTA-TATcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaaacacaattatgttttaattttgacaaattccttttaaacatatgtacaaacactataaaaattagcataaacaaaactccctgaattttaaattagataaacaagttttgtctgtttatatgca
gi|6 : atgtgatctattcatagcgctaggtaatttctctatcgcattcgcagtctaattaaacgatcgggacgaaagattttttcctaggttgttacattttgtaaatatagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-------------GG-AATTTCTC-T------TTTTCGGTCT-------------------TAATT----------A--T---TTTTG--TTCAAGG--TTG-TT---TCGTTTTGT-GAATA-CAAGTCTGACTAT-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATACAAGTATT-GATTTCGACAAGT-TCCTT-ACAAACA-TACCGGTATGT-ACTAACACGTACTATAAAA-TTAGC-ATAA-ACAACACT-CCCTGGCTTTAAAATGAAATAATTCAAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCATC-TAgca
gi|7 : g-----ATAGGAG-TCTGCA-AATTGAGACGAA--A--T---TTTG---TCCTGA----TG-TT---ACATTTTGTTGAATA-CG-------------------------AAAT----------AAATTTAATCAA-CAC-AATAAAAGTGTT--AT-------------CTT-TCGA--------------T--CAAGT----CCTTTAAG--TT-----TGT-ACA----T-TCCTTGCGTACGAATG---------AA-TAA-GCA-ATG-TTT--------------CGTCT-CTTC-TCTC-AT----------------------CTTTGGACGAAAATTCAATT--TA---------------ACC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGAGT------GTATAATATT--TGATC---T---CGAAT---CAGT-------GAT---GCAATT
gi|8 : GTGTTCTA--TTT---T--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTGCAC-T------TTTCCG-TCT-----TTA---------AAAAATTG-GACGAA--AGAT---GTTT---TTCTTGG--TTGCTT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------TAAAT----------AAACTGTATCAAACA--AATATAAGTGTA-AGATTCGAC-AGT-ACCTT-TCAAACA-TACA-----GTAACAAAC----ACT-TAAAA-TTAGC-ACGA-ACAAAACC-CTGTGACTCTAAATTG---------AAATAA-AGA-A-GATGT--------------CGTa
gi|9 : ataTAA-ACAAACCT-CCTTGGGTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTC--------------TATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ATCATATGGACGA-----------------ACACACATGA-TTTAACCT-A-AGCAGTAATGATCTTCTAAACG--C---CAGT----GACGATGGGGCAAT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 111111 44444444444444444 222222222 111 5555555555555555555555555 2222222222 1111111 111 111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 4444444444444444444 1111111111 111111 22222
lowQualScore : 66 888888 4 111111111111111111111 4 77 4 222222 44 44444444444444444 0 0 2 555555555 111 1 55 5 888 4 5 6666666666666666666666666 3333333333 2 4 4 0 4 55 1 1 3 7 3 6666666 3 8888 222 0 4 0 3 3 1 2 444444444 3 3 3 3 99999999999999 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 5 1111111111111111111 888 6666666666 4 66 777 2 666666 33333 1 0
lowQualScore : .. ...... . ..................... . .. . ...... .. ................. . . . ......... ... . .. . ... . . ......................... .......... . . . . . .. . . . . . ....... . .... ... . . . . . . . ......... . . . . .............. . ............................................................. ... . ................... ... .......... . .. ... . ...... ..... . .
lowQualScore : 11 111111 4 000000000000000000000 4 33 4 888888 66 99999999999999999 8 5 2 000000000 000 0 55 0 888 4 0 1111111111111111111111111 9999999999 9 0 9 9 8 33 2 2 6 3 6 7777777 6 5555 666 9 0 4 6 6 2 2 555555555 3 3 3 3 66666666666666 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 0 9999999999999999999 888 4444444444 4 11 888 4 000000 66666 1 1
consensus : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTC-CGGTCTAAA--------GTCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
Reference ( family-4716 ) : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTC-CGGTCTAAA--------GTCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
gi|1 : ATGTGTTCTAAGTTTCAATCCAGCGCCTA--------------T-TTTTAGAAACAGGGCGATTTCTCCT------TTTC-CGGTGTAAA-----------TGAATAAAGGCGACGAA--AGAC---CTTT---TCGTAAGGTTTG-TTCTAACAGTTTGT-GAATACCA----------CTACTTCAACGATTAAAGTTAAACTAGTAAAACTGTATCAAATGCGAATA-AAGTATCAAATTTCGTCGGATCTCCTTGTCAAA------------AT-ATAA------ACTAC--AAATCACCAAGGA-ACAAAAATACTATAGCTCT-ACATG---------AAATAA-ACACG-G-TTTGTATCTGTTTTATACGTCTGCTTCAGAGCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------AC
gi|10 : A-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAATCACATGATCAATCATGGGCAAAC-----ACA------CAA-TATTA---------------ACC---TAGAC-A-----------------GTAT---TGA-T------G-A-AGTATT--TGATT---TAAGTG--T---CAGT----GACGATGACGCAATTaatgacgaaaaaacagcacaattcaaacgtggcagtgtgcaagaa
gi|11 : ----------AAAATGTATCAAACAC-AATTAAAGTTCT-GCTTTCGACATTT-TCCTT-TCAAACA-TAT------GT-ACAGAC----A-TA--AAAATTTGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGTCTTTAAAATG---------AAATAATAC----G-CTT--------------CGTCTGCTtaaatgcttctcatagatatatgatt
gi|12 : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCCC-TAGGCCTACATGTATGT-TTT--GAA-CAGAG-AATTTCTC-T------TTTC-C-------A--------GTCTGTATAATCGAGACGAAATA--T---TTTT---TCCATGG--TTG-TT---GCATTTCGT-
gi|13 : ATTTAGACAAAT-TCCTT-TCTAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTG---AAATAATC-GTAA-ACAAACCT-CCTTGACTGTAAAATT---------AAATTA-ACA-A-A-TTT--------------TGTCAACTTC-TATTAAT----------------------
gi|14 : gTAATGCGTTCTA--TAT--AT--AGCAC-TA--------------TCTTT-AGAA-AAAAA-GATTTTCC-T------CCTCTCGG--------------GTCTGAATAATCGAGACAAA--A--TATATTTTTTGTCCTTGG--TT
gi|15 : acTAATGCATTCTA--TTT--AA--AGCTT-TG--------------T-TTTTGGAA-CAG---AATGTCTG-T------TTT---GGAAAAAA--------GTCTGAATAATCAAGACAAAAGA--C---TTTT---TCCTTGG--TTtggt
gi|16 : ac----------------------C-----ACA------CAA-T--TTT--------------ACC---TAAAT-A-----------------A-AT---TGA------------AATATT--TCATC---TAGGCG--C---CAGT----GACTATGAGACAATTt
gi|17 : caCC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TCAGAA--T---CAGT-------GAT---GCAATTagagtgcttcttacagatatga
gi|18 : T-AAATA-CA----------T-------------AAAATT---------AAACTGGAGCAAAACC-CATGAA----TT-AA--------AGT-TCCTTATCAAACATTAC------GT-ACTAAagaatgtttctcacagataaataatcat
gi|19 : A-T------G-A-AATATT--TGATT---TGAACG--T---CAGT----TACGATGGGGCAATTtt
gi|2 : ----------AAAATGTATCAAGTAT-AATATAA-TATT-AATTTCGACAAGT-TCTTT-TCAAACA-TAT------GT-AGA-------------AAAATTAGC-A-GACACAAAAGC-TAATGGCCTTCAAAT-------------TAA-GCA-C-A-TTC--------------CATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACACGAC--CAA-T--CATAGACGAACACATCCACA---TAGGC-A-----------------GCAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATT---TAAGCA--TGTCCAGTG---CACGATGAGACAATgtgatttttctcaaagatatatgattat
gi|3 : ctaagttgtttgtatgtcatgaaaaatatctttaaaacattgaaattagttaaactatattgtgataaaaatattaaatgtctaatgataatttatctccattaTAATGTGGTCTA--TTT--CT--AGCAC-TA--------------T-TTTTAGAA-CAGG---ATTTCTT-T------TTTC-CGGTCTGAGTAATCGAGGTCTGAATAATTGAGACAAT--G--T---TTTT---TCCTTGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-ATTAAAAGTGTT-AATTTTGATAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------TT-ACAAAC----TCTGT-GAAATTAGC-ACGA-ACAAAACT-CCTTGGCTTTAAAATG---------AAGTAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA-------AG-T--TA---------------ATC---TAGAC-A-----------------GGAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TGAGCA--T---CAGTTAAATATGATGAGGCAATTgggaatgtatcttaaatatacagatata
gi|4 : AATGTGTTCTA--TTT--AA--AATG--TA--------------T-TT--AGAA-CATGG-AAAATCTA-T------TTTC-TAGCCTAAA---------------TGATTGAGACAAA--A--TA--TTTG---TACTAGT--TTG-TT---ACGTTTCCT-GAA--------------------------------AT----------AAA-----------AC-AATAC----------TTTTGCCAAGT-TCTT-----------------------CAAAC----ACTAT-AAAA---GC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGGCCTTAAAATG---------AAACAA-ATA-A-T-TTT--------------TGTATGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-C--CA---------------ACCA--TGGAC-GAACGAATACAATTTAGCCTAT---TAA-T------T-A-AATATT--TAATC---TAAGCG--TACCCTGC----CACGATGAAGTAATT
gi|5 : gATGTGATCTA--TTC--AT--AGCGC-TA---------------------------GGT-AATTTCTC-TATCGCATTCG-CAGTCTAA-----------TTAAACGATCGGGACGAA--AGAT---TTTT---TCCTAGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-TA----------G-------------AAaaaatgcttctcacaaatat
gi|5 : TATCAAACAC-AAT-TATGTTTT-AATTTTGACAAAT-TCCTT-TTAAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTATAAAAATTAGC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGAATTTTAAATT---------AGATAA-ACA-A-G-TTT--------------TGTCTGTTTA-TATcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaaacacaattatgttttaattttgacaaattccttttaaacatatgtacaaacactataaaaattagcataaacaaaactccctgaattttaaattagataaacaagttttgtctgtttatatgca
gi|6 : atgtgatctattcatagcgctaggtaatttctctatcgcattcgcagtctaattaaacgatcgggacgaaagattttttcctaggttgttacattttgtaaatatagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-------------GG-AATTTCTC-T------TTTT-CGGTCT------------------TAATT----------A--T---TTTTG--TTCAAGG--TTG-TT---TCGTTTTGT-GAATA-CAAGTCTGACTAT-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATACAAGTATT-GATTTCGACAAGT-TCCTT-ACAAACA-TACCGGTATGT-ACTAACACGTACTAT-AAAATTAGC-ATAA-ACAACACT-CCCTGGCTTTAAAATGAAATAATTCAAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCATC-TAgca
gi|7 : gA--------GTCTGCA-AATTGAGACGAA--A--T---TTTG---TCCTGA----TG-TT---ACATTTTGTTGAATA-CG-------------------------AAAT----------AAATTTAATCAA-CAC-AATAAAAGTGTT--AT-------------CTT-TCGA--------------T--CAAGT----CCTTT-AAG-TT-----TGT-ACA----T-TCCTTGCGTACGAATG---------AA-TAA-GCA-ATG-TTT--------------CGTCT-CTTC-TCTC-AT----------------------CTTTGGACGAAAATTCAATT--TA---------------ACC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGAGT------GTATAATATT--TGATC---T---CGAAT---CAGT-------GAT---GCAATT
gi|8 : ataggGTGTTCTA--TTT---T--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTGCAC-T------TTTC-CG-TCT-------------TTAAAAAATTG-GACGAA--AGAT---GTTT---TTCTTGG--TTGCTT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------TAAAT----------AAACTGTATCAAACA--AATATAAGTGTA-AGATTCGAC-AGT-ACCTT-TCAAACA-TACA-----GTAACAAAC----ACT-T-AAAATTAGC-ACGA-ACAAAACC-CTGTGACTCTAAATTG---------AAATAA-AGA-A-GATGT--------------CGTa
gi|9 : ataTAA-ACAAACCT-CCTTGGGTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTC--------------TATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ATCATATGGACGA-----------------ACACACATGA-TTTAACCT-A-AGCAGTAATGATCTTCTAAACG--C---CAGT----GACGATGGGGCAAT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 111111 44444444444444444 222222222 111 5555555555555555555555555 2222222222 1111111 111 111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 4444444444444444444 1111111111 111111 22222
lowQualScore : 66 888888 4 111111111111111111111 4 77 4 222222 44 44444444444444444 0 0 2 555555555 111 1 55 5 888 4 5 6666666666666666666666666 3333333333 2 4 4 0 4 55 1 1 3 7 3 6666666 3 8888 222 0 4 0 3 3 1 2 444444444 3 3 3 3 99999999999999 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 5 1111111111111111111 888 6666666666 4 66 777 2 666666 33333 1 0
lowQualScore : .. ...... . ..................... . .. . ...... .. ................. . . . ......... ... . .. . ... . . ......................... .......... . . . . . .. . . . . . ....... . .... ... . . . . . . . ......... . . . . .............. . ............................................................. ... . ................... ... .......... . .. ... . ...... ..... . .
lowQualScore : 11 111111 4 000000000000000000000 4 33 4 888888 66 99999999999999999 8 5 2 000000000 000 0 55 0 888 4 0 1111111111111111111111111 9999999999 9 0 9 9 8 33 2 2 6 3 6 7777777 6 5555 666 9 0 4 6 6 2 2 555555555 3 3 3 3 66666666666666 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 0 9999999999999999999 888 4444444444 4 11 888 4 000000 66666 1 1
consensus : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTC-CGGTCTAAA--------GTCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
Reference ( family-4716 ) : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTC-CGGTCTAAA--------GTCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
gi|1 : ATGTGTTCTAAGTTTCAATCCAGCGCCTA--------------T-TTTTAGAAACAGGGCGATTTCTCCT------TTTC-CGGTGTAAA-----------TGAATAAAGGCGACGAA--AGAC---CTTT---TCGTAAGGTTTG-TTCTAACAGTTTGT-GAATACCA----------CTACTTCAACGATTAAAGTTAAACTAGTAAAACTGTATCAAATGCGAATA-AAGTATCAAATTTCGTCGGATCTCCTTGTCAAA------------AT-ATAA------ACTAC--AAATCACCAAGGA-ACAAAAATACTATAGCTCT-ACATG---------AAATAA-ACACG-G-TTTGTATCTGTTTTATACGTCTGCTTCAGAGCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------AC
gi|10 : A-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAATCACATGATCAATCATGGGCAAAC-----ACA------CAA-TATTA---------------ACC---TAGAC-A-----------------GTAT---TGA-T------G-A-AGTATT--TGATT---TAAGTG--T---CAGT----GACGATGACGCAATTaatgacgaaaaaacagcacaattcaaacgtggcagtgtgcaagaa
gi|11 : ----------AAAATGTATCAAACAC-AATTAAAGTTCT-GCTTTCGACATTT-TCCTT-TCAAACA-TAT------GT-ACAGAC----A-TA--AAAATTTGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGTCTTTAAAATG---------AAATAATAC----G-CTT--------------CGTCTGCTtaaatgcttctcatagatatatgatt
gi|12 : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCCC-TAGGCCTACATGTATGT-TTT--GAA-CAGAG-AATTTCTC-T------TTTC-C-------A--------GTCTGTATAATCGAGACGAAATA--T---TTTT---TCCATGG--TTG-TT---GCATTTCGT-
gi|13 : ATTTAGACAAAT-TCCTT-TCTAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTG---AAATAATC-GTAA-ACAAACCT-CCTTGACTGTAAAATT---------AAATTA-ACA-A-A-TTT--------------TGTCAACTTC-TATTAAT----------------------
gi|14 : gTAATGCGTTCTA--TAT--AT--AGCAC-TA--------------TCTTT-AGAA-AAAAA-GATTTTCC-T------CCTCTCGG--------------GTCTGAATAATCGAGACAAA--A--TATATTTTTTGTCCTTGG--TT
gi|15 : acTAATGCATTCTA--TTT--AA--AGCTT-TG--------------T-TTTTGGAA-CAG---AATGTCTG-T------TTT---GGAAAAAA--------GTCTGAATAATCAAGACAAAAGA--C---TTTT---TCCTTGG--TTtggt
gi|16 : ac----------------------C-----ACA------CAA-T--TTT--------------ACC---TAAAT-A-----------------A-AT---TGA------------AATATT--TCATC---TAGGCG--C---CAGT----GACTATGAGACAATTt
gi|17 : caCC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TCAGAA--T---CAGT-------GAT---GCAATTagagtgcttcttacagatatga
gi|18 : T-AAATA-CA----------T-------------AAAATT---------AAACTGGAGCAAAACC-CATGAA----TT-AA--------AGT-TCCTTATCAAACATTAC------GT-ACTAAagaatgtttctcacagataaataatcat
gi|19 : A-T------G-A-AATATT--TGATT---TGAACG--T---CAGT----TACGATGGGGCAATTtt
gi|2 : ----------AAAATGTATCAAGTAT-AATATAA-TATT-AATTTCGACAAGT-TCTTT-TCAAACA-TAT------GT-AGA-------------AAAATTAGC-A-GACACAAAAGC-TAATGGCCTTCAAAT-------------TAA-GCA-C-A-TTC--------------CATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACACGAC--CAA-T--CATAGACGAACACATCCACA---TAGGC-A-----------------GCAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATT---TAAGCA--TGTCCAGTG---CACGATGAGACAATgtgatttttctcaaagatatatgattat
gi|3 : ctaagttgtttgtatgtcatgaaaaatatctttaaaacattgaaattagttaaactatattgtgataaaaatattaaatgtctaatgataatttatctccattaTAATGTGGTCTA--TTT--CT--AGCAC-TA--------------T-TTTTAGAA-CAGG---ATTTCTT-T------TTTC-CGGTCTGAGTAATCGAGGTCTGAATAATTGAGACAAT--G--T---TTTT---TCCTTGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-ATTAAAAGTGTT-AATTTTGATAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------TT-ACAAAC----TCTGT-GAAATTAGC-ACGA-ACAAAACT-CCTTGGCTTTAAAATG---------AAGTAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA-------AG-T--TA---------------ATC---TAGAC-A-----------------GGAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TGAGCA--T---CAGTTAAATATGATGAGGCAATTgggaatgtatcttaaatatacagatata
gi|4 : AATGTGTTCTA--TTT--AA--AATG--TA--------------T-TT--AGAA-CATGG-AAAATCTA-T------TTTC-TAGCCTAAA---------------TGATTGAGACAAA--A--TA--TTTG---TACTAGT--TTG-TT---ACGTTTCCT-GAA--------------------------------AT----------AAA-----------AC-AATAC----------TTTTGCCAAGT-TCTT-----------------------CAAAC----ACTAT-AAAA---GC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGGCCTTAAAATG---------AAACAA-ATA-A-T-TTT--------------TGTATGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-C--CA---------------ACCA--TGGAC-GAACGAATACAATTTAGCCTAT---TAA-T------T-A-AATATT--TAATC---TAAGCG--TACCCTGC----CACGATGAAGTAATT
gi|5 : gATGTGATCTA--TTC--AT--AGCGC-TA---------------------------GGT-AATTTCTC-TATCGCATTCG-CAGTCTAA-----------TTAAACGATCGGGACGAA--AGAT---TTTT---TCCTAGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-TA----------G-------------AAaaaatgcttctcacaaatat
gi|5 : TATCAAACAC-AAT-TATGTTTT-AATTTTGACAAAT-TCCTT-TTAAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTATAAAAATTAGC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGAATTTTAAATT---------AGATAA-ACA-A-G-TTT--------------TGTCTGTTTA-TATcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaaacacaattatgttttaattttgacaaattccttttaaacatatgtacaaacactataaaaattagcataaacaaaactccctgaattttaaattagataaacaagttttgtctgtttatatgca
gi|6 : atgtgatctattcatagcgctaggtaatttctctatcgcattcgcagtctaattaaacgatcgggacgaaagattttttcctaggttgttacattttgtaaatatagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-------------GG-AATTTCTC-T------TTTT-CGGTCT------------------TAATT----------A--T---TTTTG--TTCAAGG--TTG-TT---TCGTTTTGT-GAATA-CAAGTCTGACTAT-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATACAAGTATT-GATTTCGACAAGT-TCCTT-ACAAACA-TACCGGTATGT-ACTAACACGTACTAT-AAAATTAGC-ATAA-ACAACACT-CCCTGGCTTTAAAATGAAATAATTCAAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCATC-TAgca
gi|7 : gA--------GTCTGCA-AATTGAGACGAA--A--T---TTTG---TCCTGA----TG-TT---ACATTTTGTTGAATA-CG-------------------------AAAT----------AAATTTAATCAA-CAC-AATAAAAGTGTT--AT-------------CTT-TCGA--------------T--CAAGT----CCTTT-AAG-TT-----TGT-ACA----T-TCCTTGCGTACGAATG---------AA-TAA-GCA-ATG-TTT--------------CGTCT-CTTC-TCTC-AT----------------------CTTTGGACGAAAATTCAATT--TA---------------ACC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGAGT------GTATAATATT--TGATC---T---CGAAT---CAGT-------GAT---GCAATT
gi|8 : ataggGTGTTCTA--TTT---T--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTGCAC-T------TTTC-CG-TCT-------------TTAAAAAATTG-GACGAA--AGAT---GTTT---TTCTTGG--TTGCTT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------TAAAT----------AAACTGTATCAAACA--AATATAAGTGTA-AGATTCGAC-AGT-ACCTT-TCAAACA-TACA-----GTAACAAAC----ACT-T-AAAATTAGC-ACGA-ACAAAACC-CTGTGACTCTAAATTG---------AAATAA-AGA-A-GATGT--------------CGTa
gi|9 : ataTAA-ACAAACCT-CCTTGGGTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTC--------------TATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ATCATATGGACGA-----------------ACACACATGA-TTTAACCT-A-AGCAGTAATGATCTTCTAAACG--C---CAGT----GACGATGGGGCAAT
blockSeqs : . AT . GGCCTACATGTATGTTTT . G . ATCGCA CT TCTGAGTAATCGAGGTC A ATATA TTG T . C . T . AGTCTGACTATA T A . A T G C A . A T CCGGTAT A ACGT ATA . C . C A AAATAATTC T . T A . . CACATGATCAATCATGGGCAAACACACAATATTA ATA G AACGAATACAATTTAGCCT ACA TTTAACCT T AA TTC A TGTC TAAAT G
blockSeqs : . AT . TCTTTA . A . . C AAAAAAGTC A ATAT G T . . . . . TA . C . A A A A A . . . CA . . GT . . . T A . . . . . . . CACACGACCAATCATAGACGAACACATCC A . TG . GTGT . . . C TACC GC G
blockSeqs : . AA . TTTTTG . G . . C CCTAAA A AGAC . T . . . . . CA . A . T G A C A . . . T . . AT . . . A C . . . . . . . CTTTGGACGAAAATTCAATTTA . . GC . TG . . . G AAT G G
blockSeqs : . CT . TTTTTA . T . . C TCTAAT A AGAT . T . . . . . GA . C . A T A T A . . . T . . AT . . . T A . . . . . . . CACACAATTTT . . GG . TG . . . A C T G
blockSeqs : . AA . TTTTA . G . . G AGTC A AGAT . A . . . . . CT . C . C A A T A . . . C . . TT . . . C A . . . . . . . CACACAACCA . . TG . TG . . . G T C G
blockSeqs : . AT . TTTA . G . . T TCTT G ATA . A . . . . . . . T . T G G T A . . . T . . A . . . C T . . . . . . . CACACAATCA . . AC . TG . . . A T G G
blockSeqs : . AT . T . . . . C GTC A GT . A . . . . . . . C . C G A C A . . . C . . G . . . C A . . . . . . . CACAAGTTA . . A . TT . . . A T . .
blockSeqs : . T . . . . . . . TCT . AT . G . . . . . A . . C . . . . T . . T . . . C C . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . AT . T . . T . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** AT**** G* TCTAAT*********** ** *** CA*********************** ********** A* T****** **************
originalCons : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTC-CGGTCTAAA--------GTCTGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAC------GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
finalCons : TAATGCGTTCTA--TTTAT----AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTTCTC-T------TTTC-CGGTCTAAT-----------TGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CACA-----------------------AAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTTA-ATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA-TAT------GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 111111 555555555555555555 222222222 111 6666666666666666666666666 2222222222 111111 111 111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 4444444444444444444 1111111111 111111 22222
lowQualScore : 66 888888 4 111111111111111111111 4 2 44 66 4 222222 0 444444444444444444 0 2 555555555 111 1 55 5 888 5 5 4444444444444444444444444 1111111111 4 0 4 5 3 66 4 4 111111 77777 8888 222 0 4 0 3 3 1 2 444444444 3 3 3 3 99999999999999 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333 5 1111111111111111111 888 6666666666 4 66 777 2 666666 33333 1 0
lowQualScore : .. ...... . ..................... . . .. .. . ...... . .................. . . ......... ... . .. . ... . . ......................... .......... . . . . . .. . . ...... ..... .... ... . . . . . . . ......... . . . . .............. . ............................................................. ... . ................... ... .......... . .. ... . ...... ..... . .
lowQualScore : 11 111111 4 000000000000000000000 4 9 66 11 4 888888 1 333333333333333333 5 2 000000000 000 0 55 0 888 0 7 6666666666666666666666666 9999999999 5 8 4 3 7 99 0 0 555555 00000 5555 666 9 0 4 6 6 2 2 555555555 3 3 3 3 66666666666666 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 0 9999999999999999999 888 4444444444 4 11 888 4 000000 66666 1 1
consensus : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTT--CTC-T------TTTCCGGTCT----AA-----------TGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA------TAT-GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
Reference ( family-4716 ) : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTT--CTC-T------TTTCCGGTCT----AA---T-------TGAATAATCGAGACGAA--A--T---TTTT---TCCTNGG--TTG-TT---ACATTTTGT-GAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATANAAGTGTT-AATTTCGACAAGT-TCCTT-TCAAACA------TAT-GT-ACAAAC----ACTAT-AAAATTAGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGGCTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ACC---TAGAC-A-----------------NNAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TAAGCG--T---CAGT----NACGATGAGGCAATT
gi|1 : ATGTGTTCTAAGTTTCAATCCAGCGCCTA--------------T-TTTTAGAAACAGGGCGATTT--CTCCT------TTTCCGGTGT----AA---A-------TGAATAAAGGCGACGAAAGA--C---CTTT---TCGTAAGGTTTG-TTCTAACAGTTTGT-GAATACCA----------CTACTTCAACGATTAAAGTTAAACTAGTAAAACTGTATCAAATGCGAATA-AAGTATCAAATTTCGTCGGATCTCCTTGTCAAA-A------TAT------AA------ACTAC--AAATCACCAAGGA-ACAAAAATACTATAGCTCT-ACATG---------AAATAA-ACACG-G-TTTGTATCTGTTTTATACGTCTGCTTCAGAGCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------AC
gi|10 : A-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAATCACATGATCAATCATGGGCAAAC-----ACA------CAA-TATTA---------------ACC---TAGAC-A-----------------GTAT---TGA-T------G-A-AGTATT--TGATT---TAAGTG--T---CAGT----GACGATGACGCAATTaatgacgaaaaaacagcacaattcaaacgtggcagtgtgcaagaa
gi|11 : ----------AAAATGTATCAAACAC-AATTAAAGTTCT-GCTTTCGACATTT-TCCTT-TCAAACA------TAT-GT-ACAGAC----A-TA--AAAATTTGC-ATGA-ACAAAACT-CCCTGTCTTTAAAATG---------AAATAATAC----G-CTT--------------CGTCTGCTtaaatgcttctcatagatatatgatt
gi|12 : TAATGCGTTCTA--TTT--AT--AGCCC-TAGGCCTACATGTATGT-TTT--GAA-CAGAG-AATTT--CTC-T------TTTCCAGTC------------------TGTATAATCGAGACGAAATA--T---TTTT---TCCATGG--TTG-TT---GCATTTCGT-
gi|13 : ATTTAGACAAAT-TCCTT-TCTAACA------TAT-GT-ACAAAC----ACTG---AAATAATC-GTAA-ACAAACCT-CCTTGACTGTAAAATT---------AAATTA-ACA-A-A-TTT--------------TGTCAACTTC-TATTAAT----------------------
gi|14 : gTAATGCGTTCTA--TAT--AT--AGCAC-TA--------------TCTTT-AGAA-AAAAA-GATTTTCCTC-C------TCTCGGGTC------------------TGAATAATCGAGACAAA--A--TATATTTTTTGTCCTTGG--TT
gi|15 : acTAATGCATTCTA--TTT--AA--AGCTT-TGT-------------T-TTT-GGAA-CA--G-AATGT--CTG-T------TTT--GGAAA----AAAGTC-------TGAATAATCAAGACAAAAGA--C---TTTT---TCCTTGG--TTtggt
gi|16 : ac----------------------C-----ACA------CAA-T--TTT--------------ACC---TAAAT-A-----------------A-AT---TGA------------AATATT--TCATC---TAGGCG--C---CAGT----GACTATGAGACAATTt
gi|17 : caCC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TCAGAA--T---CAGT-------GAT---GCAATTagagtgcttcttacagatatga
gi|19 : A-T------G-A-AATATT--TGATT---TGAACG--T---CAGT----TACGATGGGGCAATTagaatgtttctcacagataaataatcat
gi|2 : ----------AAAATGTATCAAGTAT-AATATAA-TATT-AATTTCGACAAGT-TCTTT-TCAAACA------TAT-GT-AGA-------------AAAATTAGC-A-GACACAAAAGC-TAATGGCCTTCAAAT-------------TAA-GCA-C-A-TTC--------------CATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACACGAC--CAA-T--CATAGACGAACACATCCACA---TAGGC-A-----------------GCAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATT---TAAGCA--TGTCCAGTG---CACGATGAGACAATgtgatttttctcaaagatatatgattat
gi|3 : ctaagttgtttgtatgtcatgaaaaatatctttaaaacattgaaattagttaaactatattgtgataaaaatattaaatgtctaatgataatttatctccattaTAATGTGGTCTA--TTT--CT--AGCAC-TA--------------T-TTTTAGAA-CAGG---ATTT--CTT-T------TTTCCGGTCTGAGTAA---TCGAGGTCTGAATAATTGAGACAAT--G--T---TTTT---TCCTTGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-ATTAAAAGTGTT-AATTTTGATAAGT-TCCTT-TCAAACA------TAC-TT-ACAAAC----TCTGT-GAAATTAGC-ACGA-ACAAAACT-CCTTGGCTTTAAAATG---------AAGTAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA-------AG-T--TA---------------ATC---TAGAC-A-----------------GGAT---TGA-T------G-A-AATATT--TGATC---TGAGCA--T---CAGTTAAATATGATGAGGCAATTgggaatgtatcttaaatatacagatata
gi|4 : AATGTGTTCTA--TTT--AA--AATG--TA--------------T-TT--AGAA-CATGG-AAAAT--CTA-T------TTTCTAGCCT----AA--------------ATGATTGAGACAAA--A--TA--TTTG---TACTAGT--TTG-TT---ACGTTTCCT-GAA--------------------------------AT----------AAA-----------AC-AATAC----------TTTTGCCAAGT-TCTT-----------------------CAAAC----ACTAT-AAAA---GC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGGCCTTAAAATG---------AAACAA-ATA-A-T-TTT--------------TGTATGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-C--CA---------------ACCA--TGGAC-GAACGAATACAATTTAGCCTAT---TAA-T------T-A-AATATT--TAATC---TAAGCG--TACCCTGC----CACGATGAAGTAATT
gi|5 : gATGTGATCTA--TTC--AT--AGCGC-TA---------------------------GGT-AATTT--CTC-TATCGCATTCGCAGTCT----AA---T-------TAAACGATCGGGACGAA--AGAT---TTTT---TCCTAGG--TTG-TT---ACATTTTGT-AAATA-TA----------G-------------AAaaaatgcttctcacaaatat
gi|5 : TATCAAACAC-AAT-TATGTTTT-AATTTTGACAAAT-TCCTT-TTAAACA------TAT-GT-ACAAAC----ACTATAAAAATTAGC-ATAA-ACAAAACT-CCCTGAATTTTAAATT---------AGATAA-ACA-A-G-TTT--------------TGTCTGTTTA-TATcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcaaacacaattatgttttaattttgacaaattccttttaaacatatgtacaaacactataaaaattagcataaacaaaactccctgaattttaaattagataaacaagttttgtctgtttatatgca
gi|6 : atgtgatctattcatagcgctaggtaatttctctatcgcattcgcagtctaattaaacgatcgggacgaaagattttttcctaggttgttacattttgtaaatatagaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATTCTA--TTT--AT--AGCGC-TA--------------T-------------GG-AATTT--CTC-T------TTTTCGGTCT---------------------TAATT----------A--T---TTTTG--TTCAAGG--TTG-TT---TCGTTTTGT-GAATA-CAAGTCTGACTAT-------------AAAAT----------AAACTGTATCAAACAC-AATACAAGTATT-GATTTCGACAAGT-TCCTT-ACAAACATACCGGTAT-GT-ACTAACACGTACTAT-AAAATTAGC-ATAA-ACAACACT-CCCTGGCTTTAAAATGAAATAATTCAAATAA-ACA-A-G-TTT--------------CGTCTGCATC-TAgca
gi|7 : gAATTGAGACGAA--A--T---TTTG---TCCTGA----TG-TT---ACATTTTGTTGAATA-CG-------------------------AAAT----------AAATTTAATCAA-CAC-AATAAAAGTGTT--AT-------------CTT-TCGA--------------T--CAAGT----CCTTT-AAG-TT-----TGT-ACA----T-TCCTTGCGTACGAATG---------AA-TAA-GCA-ATG-TTT--------------CGTCT-CTTC-TCTC-AT----------------------CTTTGGACGAAAATTCAATT--TA---------------ACC---TAGAC-A-----------------TGTT---TGAGT------GTATAATATT--TGATC---T---CGAAT---CAGT-------GAT---GCAATT
gi|8 : ataggagtctgcaGTGTTCTA--TTT---T--AGCGC-TA--------------T-TTT-AGAA-CAGGG-AATTG--CAC-T------TTTCCG-TCT---------T-------TAAAAAATTG-GACGAA--AGAT---GTTT---TTCTTGG--TTGCTT---ACATTTTGT-AAATA-CA----------C-------------TAAAT----------AAACTGTATCAAACA--AATATAAGTGTA-AGATTCGAC-AGT-ACCTT-TCAAACA------TACAGTAACAAAC----ACT-T-AAAATTAGC-ACGA-ACAAAACC-CTGTGACTCTAAATTG---------AAATAA-AGA-A-GATGT--------------CGTa
gi|9 : ataTAA-ACAAACCT-CCTTGGGTTTAAAATG---------AAATAA-ACA-A-G-TTC--------------TATCTGCTTC-TATCAAT----------------------C-----ACA------CAA-T--CA---------------ATCATATGGACGA-----------------ACACACATGA-TTTAACCT-A-AGCAGTAATGATCTTCTAAACG--C---CAGT----GACGATGGGGCAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAAATACATAAAATTAAACTGGAGCAAAACCCATGAATTAAAGTTCCTTATCAAACATTACGTACTAATT