lowQualScore : 22222 1 444444 77777777777777777777777777777 33333 111 33333 222 11 2222222 22 222222 1111111 11 11 11111111 222 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 111 1 333333 1111 2222 1111 11 11 1111111 222222222222222 22222222222 5555555555 11111 11 11111111 11111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111111111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777 111111 2222222222222
lowQualScore : 00000 2 5 888888 22222222222222222222222222222 33333 88 6 555 22222 555 11 99 7777777 5 5 5 33 77 999999 5 6666666 00 66 5 5 66 6 11 88888888 666 2 33333 66 7777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0000 777 1 3 999999 0 0000 5 1111 888 9999 66 55 55 2222222 777777777777777 4 999999 4 8 4 4 4 66 88888888888 777 5555555555 55 66666 4 7 66 7 4 66 4 66 66 33333333 33333333 99999 3 55 3 44444 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 888888 2 3 666666666 555 3 33 33 5 111111 66 55555555555555555555555555555555555555555555 2 444444 2 6666666666666 33 66 2 666666666 99 2 2 0
lowQualScore : ..... . . ...... ............................. ..... .. . ... ..... ... .. .. ....... . . . .. .. ...... . ....... .. .. . . .. . .. ........ ... . ..... .. ................................................. . .... ... . . ...... . .... . .... ... .... .. .. .. ....... ............... . ...... . . . . . .. ........... ... .......... .. ..... . . .. . . .. . .. .. ........ ........ ..... . .. . ..... . .................................................... ... ...... . . ......... ... . .. .. . ...... .. ............................................ . ...... . ............. .. .. . ......... .. . . .
lowQualScore : 55555 5 0 555555 55555555555555555555555555555 55555 55 7 222 22222 333 88 22 1111111 7 7 7 66 99 222222 0 2222222 44 99 0 0 44 0 99 77777777 000 8 22222 99 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1 0000 555 9 6 000000 1 6666 0 1111 888 4444 99 44 00 4444444 888888888888888 4 444444 4 9 4 4 4 11 22222222222 888 0000000000 11 77777 4 1 11 2 4 11 4 11 66 77777777 22222222 11111 6 00 6 11111 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 444444 0 8 555555555 444 1 99 99 7 888888 11 44444444444444444444444444444444444444444444 7 111111 4 3333333333333 11 66 0 444444444 11 1 7 1
consensus : GTATGACGTTTAGGTAGATATGACTTGNCTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATNCATACTTCATTGATAACCTGCAACTCGAAGATCGGCTCAT-TGC--CCCCTAC---TTCCAC-CGAAANCTGTA--CCCCC-G--C-GCGG-CA-C-A-AC--TGAAAT---T-GAA-G-------TTTTC-GCCGTTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T-CGG-AAATC-ACGG--A-GGTG--TCT-GCTGCGGCG-TTA-ACGTAN-NNT--A-AGCA-TGCATATTAG-----GTAAATCG---TA---TGNAATGATA--NTA-AATA----A-TTGAAA---ATT---T----C--ACAAAATATCGATCGAAT----TT-GC--GTC--CT--TAC-GT-GTGGTTG-CCGAA-TA-TT-G-T-TGA--AGTG-TT---C-ATNCAC---TTCT---A-CCGCGAA-TTG-CGA-GGT-GNGAAA--CGA-GTG--AGA-GTA--AGATGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GTT--C-C-----GTGGTA--C------GT-T----A-A--TAT---A------C--AG-------CTAGTTTTA-N-CT-CTA--TTGCTGNAGCGGA----G---C-T--A--A-T-C----A-NGTCA--AT-TT-------G--CC-----TNC----T-AAAC------ACGCTTC-AAATTCC---GT-AC-CCCC---TAG-GGT---CA--CC-ACTCCG-T--A------CCCCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
Reference ( gi|3 ) : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAAT----TCATTGGTATTCTT--AGAA-ATAATTTATACTTCATTGATAGCCTGTAACTTGGAAATTGGTTCAT-TGC--TCCCTAC---CTCCAA-TGAAAGCTGTA--CCCCC-A--T-GTGG-CA-C-A--C--TGAAAT---T-GAA-G-------TTTTC-ACCGTTT--A-TTT-GAC-GTGGAA--TT--T-TGG-AAATT-ATGG--A-GGTA--TCT-GCTGCGGCG-TTATACGTAT-TCT--A-AGCA-TGCATATTAG-----GTAAATCA---TA---TGGAATGATA--C---AATA----A-TTGAAA---ATT---T----C--ACAAAATATCGATGGAAT----TC-GC--GTC--CT--TAT-GT-GTGGTTG-CCAAA-TA-TT-G-T-TGA--AGTG-GT---C-ACCCAT---TTCT---A-CCATAAA-CTG-TAA-GGT-GTGAAA--CTA-GTG--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GTT--C-C-----GTAGTA--T------GT-T----G-A--TAT---A------C--AG-------CTAGTTTTA-T-CT-CTA--TCGCTGAAGCTGA----G---C-T--A--A-T-C----A-TGTCA--GC-TT-------G--CC-----TGC----TAAAAC------ACGCTTC-AAATTCC---GT-AC-CCCC---TAG-GGT---CA--CT-ATTCCG-T--A------CCCCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
gi|5 : GTATGACGTTTAGATAGATATAA-TTGCCTGTAAT----TCATTGGTATTCTTTTAGAA--TAATT-ATACTTCATTGATAACCTGTAACTCGAAGATTGGCTCAT-TGC--CCCCTA-----TCCA--CGAAATCTGTA--CCCCC-A--A-GTGA-CA-C-A--C--TGAAAT---T-GAA-G-------TTTTT-GCCGTTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T-TGG-AG--T-CTGG--A-AGTA--TCT-GCTGCGGCG-TTATACGTAG-A----A-AGCA-TGCATATTAG-----GGAAATCG---TA---TG-AATGATG------AATA----AATTAAAA---ATT---T----C--ACAAAAGATCTATTGAAT----TT-GC--A-C--CT--TA--GT-GTGGACG-CCGAA-TA-TT-G-T-TGA--AGTG-TT---C-A-CCAT---TTTT---A-ACACGAA-CTG-TAA-GCT-GGGAAA--CTATGTG--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GTT--C-C-----GTAGTA--T------GT-T----A-A--TAT---G------C--AG-------CTAGTTTTA-T-CT-CTG--TTGCTGAAGCAGA----G---C-T--A--A-T-T----A-TGTCA--GT-TT-------G--CC-----TG-----TAAAAC------A-GCTTC-AAATTCC---GT-AC-CCCC---TA--GGT---CA--CA-TTTCCG-T--A------CCCCC
gi|6 : AGGTAAAT-TGACTTGATT-TAATAAAAT-ATTGGTAG------AGAAGATAATGCA---------GATA-----CAATTTCAAAAATGACTCCC-TAC--CCCCTCA---TTCCAC-CGAAAG-TGTA--CCCCCCG--C-GCGG-CA-C-AAAC--TAAAAC-----AAA-G-------TTTTT-GCCGTTT--A-TGT-GAA-GCGAAATTTT--T-CCA-AAA---ACGA--C-CGTG--TTT-GATGTAACG---A-ACAT-T-TATGAA-AGTA----ATCGTAG-------AAGTCGGGTTG---TGCA-TGATA--CTAAAATATCGGA-TTGTA-----TTCATT----C--ACAAG----CGAGCAAAT----CT-GC---TCG-CC--GAC-ATAGTG-TTC-TCAAG-TA-TT-G-C-TGA--AGTT-TT---C-ATGCAC---TTCTTA-A-CCG--AA-TTG-CGA-GGT-GTGATA--CGA-GTA--CAA-GTA--AGA-GAGA-------TATC--------AC-------T-GTT--T-C-----GTGGTA--C------AT-A----C-A--AATTTGA------C--AA-------C---TTTTA-A-CT-CAA--TTGCTGTA-TTGAT---G---C-T--A--A-T-C----A-AGTTG--AT-TT-------GTTCT-----TGT----T---TC------TTACTTC-AAACTCA---AC-AC-CCC--------GGTGTGCA--CC-GCTCCG-----------CCCTCT-AATG-TGGAC-TTG-ACAC
gi|7 : ATCGGTTCATGTGC--CGCCTAC---CTCCAC-TGAAATCTGTA--CCCCA-A----GTGG-CA-C-A--CACTGAAAT---T-GAA-G-------TTTTC-AGCGTTT--AATTT-GAC-GTGAAA--TT--T-CGT-AAATC-A--G--A-GGTAAATCTTGCTG-GG-G-TTATACGTAG-A----A-AGCA-GCCATATTAG-----GGAAATAA---TA---TGGAATGATA--G---AATA----A-TTGAAA---ATT---T----C--ACAAAATATCGATTGAAT----TC-GC--ATC--CT--TAC-GT-GTGA-CG-CCGAA-TG-TT-G-T-TGA--AGTG-TT---C-A-CCAT---TT-T---A-C-------TTG-TTA-AGT-GGGAAA--CTA-GTG--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GTT--C-CCGTAAGTAGTA--T------GT-T------A--TAT---G------C--AG-------CTAG-TTCA-T-CT-CGT--TTGCTGAAGCAGA----A---C-TAGA--A-T------A-TGTCA--GT-TT-------G--CC-----TGT----TAAAAC------ACGCTTC-AAATTCC---TT-AC-CCCC---AGA-GGT---CA--CT-ATTCCG-T----------CCCCACAATT-TGGGG-TTGTACAC
gi|4 : aagatggttaaattgagttaaagccaattgacactttctcaaaaattcatcacaatgTTCAT-TGTGGCCCGTACAACCTCCAGCTGAAATCTGTAAACCCCC-A--A-GTGGGCA-CCA--C--AGAAAT---T-GAA-G-------TTTTC-ACCGTTT--A-TTTTGAC-GTGAAAA-TT--T-TGGGAAATCCATGG--AAGGTA--TTG-G--GCGGCAATTA-ATGTGT-AGA--A-AGCAATGCATATTAA-----GTAAATCA---TA---TG-AATGATAGGC---A-TA----A-TTGAAA---AAT---T----CCAAAAAAATATCGATTGAAT----TTTGC--ATT--CT--CA--GT-GTGGTTT-GCGAA-TAATT-GGT-TGAGAAGTG-GT---TGACCCAT---TTCT---AACCACGA--CTG-CA--GGT-GGGAAAACCAA-GTG--AGA-GTA--AGCTGGAA-------TATC--------AC-----TGT-TAT--C-C-----GT-GTA--T------GT-T----A-A--TAT---AG-----C--AG-------CT-GTTTAATT-TT-CTA--TCGCTTAA-CAGA----G---C-T--ATTA-T-T----G-T-TCA--CCGTT-------A--TC-----TG-----TGAAACAGACCTACGCGTCGAAATTCTGTGGT-AC-CCCT---TAG-AGT---CA--CC-ATTCCG-T---------TCCCCA-AATG-TGGGG-TTGTACA
gi|9 : ggatggttttcaggttataattagtttgttttaagaactctaacaatggatctggggt-TAC--CCCCTCA---TTCCAC-CGAAAG-TGTA--TCCCC-G--T-GCGG-CA-C-ATAC--TAAAAA---GAGAA-G-------TTTTTTGCC-TTT--A-TTT-GAA-GCGAAA--TTCAT-CCA-AAA---ACGA--C-TGTG--TCT-GATG-------TA-ACGAAC-CTT---------TACA-A--AA-----GTAA-TCA---TAGAATGCAAAGATA--TTA-AAAA----A-TTGGATTTTATT---TATC-C--ACAAG----CGAGCAAATCTGCTC-TC--GCCGACA--TA--GT-GTG-TT----AAA-TA-TT-G-T-TGA--ACTG-TT---C-ATGCAC---TTCTGA-A-CCG--AA-TTG-CGA-GGT-G--AAA--CGA-GTA--AAACGTA--AGAGGAGA-------GATC--------AC-----CGT-GTT--C-C-----GTGGTA--C------ATAT----A-AATTGTTTGA------C--AA-------CT---TTTA-A-CT-TAA--TTGCTGTATC-GATTC-G---C-T--A--A-T-C----A-GGTCA--AT-TT-------A--CC-----TCCGTTTT----C------TCGCTTC-AAACTCC---AC-AC-CCCC-------GGTGTACA--CC-ACTCTG-T--A------GCCCCT-AATG-TGGt
gi|8 : tc-TAC--CCCCTACAATTCCCAC-CGAAAGTGATA--TCCC--G--TAGCGG-CAAT-A--C--TAAAA------AGA-GCAATGTTTTTTG-ACCGTTT--A-TTT-GATAGCGAAA--TT--CATACCAAA---ACGA--C-TGTG--TCT---TGTG-----TA-ACGAAC-TCT------TA-TACA-A--AA-----GTAA--CA---TAGAATGCAAAGATA--TTA-AAAA----A-TTGGATTTTATT---TTATCC--ACAAG----CGA-GCAAT----CT-GCTCG-C--CTGACATAGT-GTTGT-G-TAAAA-TACTT-G-TGTGA--AACT-GT---T---TCATGCCTTCTTGAA-CCG--AA-TTG-CGA-GGT-GTGAA---CGA-GTA--AC--GTA--AGA-GGAA-------GATC--------AC-----CGT-GTTATC-C-----G----A--T------GG-T----A-A--TAT---AATTTGAC--AA-------CT---TATA-A-CT-TTAA-TTGCTGTATACGA----ATTCC-T--A--A-T-C----A-GGTCAATAT-TT-------A--CC-----TCCGTTTT---CC------TCGCTTC-AAACTCC------AC-CCCC-----GTGATA--CA--CCAACTCTG-TCAG------CCCCCA-AATG-TGGactt
gi|1 : cCCCC-AGCC-GTGG-CA-C-ATAC--TAAAAAA--C-AAA-G-------TTTTG-TCCGTTTGAA-TTT-AAA-GCGAAA--TT--tacttgggcacg
gi|10 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactccaGAAATGGGT-GAACG-------TTTTG-ACCGTTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T-CAG-AAATC-ATGG--A-GATA--TCT-GCT---GCA-TTATGTGTAGATAT--ATAGCA-TGTATATTAGGTACTGTAAATTT---TA---TGGAA--AT---------T-------TTGAAA---ATT---T----C--GCAAAATATAGTTTGTAT----TT-GC--ATT--CT--TGC-------GTTG-CCGAA-TA-TT-G-T-TTA--AGTGTTT---C-A-CCAT---TTCT---G-CCACGAATCTG--AC-AGTAGGGAAA--CTA-ATG--AGT-ATA--AGCTGGGATTCGTAGTATCGGAGAGTTACAAATATAT-GTC--T-CTG---GTAGTA--T------TT-T----A-A--TAT---A------C--AG-------CTAGTTTTA----T-CTA--TTGCTAAAGCAGA----G---CAT--A--A-T------A-TGTCA--AA-T---------------------------AACC------AGG---T-AAATTCT---GT-GT-CCCT---TAC-GGT---CA--CT-ATTCCG-C--A------CCCCC--AATG-TGGGG-TTGTACcaagttaccaaacattccaagctgtgtctgatgtaacgtaacgtttatgtaaagcatcatagaggtcaggctacgcaaaagatatgcatatcggggatttcttaggaaatgtaatatcccaatagctgtgaagtaaacatctgctgccgacgactagtgatttgtctcaaattttgttgaagtgtttatgcactcttcctggaccgaatttgcgagggtttgtggtaagttacgagtaaaaagtaagaagagagatcatcatagtgtcggtggataccatagattatacaaatttgacaactttttagacgttagaaattgcgtgatacatcgaagctaaataccagacgttcaacttttgctccaccgttttcagtgcggttatacaaactccatacagcacccggtgtgcatgccacgccgtaccatcctaatgtggacttgggcacg
gi|14 : a-AAAGT-ATGGTAA-GCTG--TTT-G----GACA-TTAAACGTAA-TC---------------ATTCA-----GTAAATCT---TA---TGGAGTGATA--G---AATA----A-TTGAAA---ATT---T----C--ACAAACTATCGATTGAAT----TT-GC--ATC--CT--TAT-GT-GTGGTTG-C
gi|2 : aT-GTG-TTG-TCAAAATA-TTTG-T-TGA--AGTG-GTTTTC-ATGCAC---TTCTGA-A-CCG--AA-TTGACGA-GGT-GTGAAA--CGA-GTA--AAA-GTA--AGA-GAGA-------GATC--------AC-----TGTGGTT--C-C-----GTGG-----------GT-T------A--CAT---AC-----C--AGGATTTGACAACTTTTA-A-AC-TTAACTTGCTGTACCGAA----G---C-T--A--ATT-C----AGGGTCAT-AC-TTTCTCCCGG--TT-----TTC----T------------CGC-TC-AAACTCC---ATAAC-CCCCCGGTAG-TGC---CA--CC-ACTCCG-T--A------CCCCCT-AATG-TTGGggaa
gi|11 : tttaaataaaacattggtagatataatttatacatatttcaatttcaaaaatgactccctaacgcccctcatcccaccaactcctcaccccctgcgttggcacattaataaaaacaaaagtttttgtcggtttattttgaagcgaaaattcatccaaaataccacctgttgtctgattgtactaacgtttatataaaaaggcaattcatagaaggtcaggctacgcaaaatattagaatatcggattttttcatccaataagcgagtaaatttctgactcgccgacatGTTGGTCAAA-TA-TT-G-T-TGA--AGTGTTT---C-ATGCAC---TTCT---G--AACGAA-TTG-CGATGGT-GTGAAA--CGA-G-GATAAA-GTAAGAGAGGAGA-------GATC--------AC-----TGT-GTT--CTC-----GTGGTA--CATACAAAT-T----G-A--CCA---A------CTTTG-------TTAACTTAA-TGCTGTTA--TCG--GAAGCTAACCGTG---C-G--A--G-TGCGAGAG-TGTTA--CC-TC-------G--TT-----TCC----T-----------TCGCTTC-AA---CC---CC-AC-ACCC---CGG-TGTG--CA--GC-GCTCCGCT--A------CCCCT--AATG-TGGAC-TTGGACAacttggcac
gi|13 : GAGA-------GATC--------AC-----TGT-GTT--C-C-----GTGGTACAT------TT-T----GTA--CAT---A------C--A--------TTAATTGTA-G-AT------TCG--------AA----A---C-T--A--A-T-T----A-GGTAA--AT-TT-------A--CC-----TCCGTTTT----C------TCGCTTC-AAACTCC---AC-AC-TCCC-------GGTGTGCA--CC-ACTCCG-T--A------CCCCCT-AATG-TGGAG-TTGGGCACt
gi|12 : A-------TACC--------AT-----TGT-ATT--C-C-----GTTGTA--T------CT-TTTAAA-A--TAT---A------C--TG-------CTAGTTTTA-T-CT-CTA--TTGCTGAAGCAGA----G---C-T--G--A-T-T----A-TGTCA--TC-TT-------A--CC-----AAT----TAAAAC------A-GCTTC-AAATTCT---GT-AC-CCCC---TAT-GGT---CA--CT-ATCACG-T--A------CCCCCA-AATG-TGGAT-TTGTACAC
gi|15 : A--TTGCTGTAATCGA----G---C-T--A--AAT-C----A-GGCTA--AT-TT-------A--CCCCGTTTTC----T------------CGCTTC-AA--TCA------AC-CGCC---CGGTGGTG--CAAACC-GCTCCG-T--A------CCCCCT-AATG-TGG
gi|16 : caactttcaacttaaAGCGAA----G---C-T--A--A-T-T----A-TGTCC--AC-TT-------G--CC-----AAG----AAAAAC------ACGCTTC-AAATTCC---GT-AT-CCTT---GAA-GAT---CT--CT-ATTTCG-C--A-------ACCTA-GATG-TGAGG-TTCTACACGaacttgggcac
gi|19 : tttaattcaggcccccgttt--A--A-T-C----A-AGTCA--AT-TT-------A--CC-----T------------------ACG-------GTTTC---AC-AC-CCCC-------GGTGTGCA--CC-GCTCCG-T--A------CCCCTT-AATG-TGGAC-TTG
gi|18 : ----TAAAAC------ACGCTTC-ATGTTCC----T-AC-CCCC---TAG-GGT---CA--C--ATTCCA-T--A------CCCCC--AATGTTGGGGTTTGTAgg
gi|21 : ttatgtcgctgacagttAATTTT---GT-AC-CCCC---TAG-GGT---CA--CC-ATTCCG-T--A------CCCCCA-AATG-TGGGG-TTGCACA
gi|20 : gTCC----T-ACGCCCC---TG---------A--CT-ATTCCG-T--AAGGGGCCCCCCA-AATG-CGGGG-TTGTACACg
gi|22 : CCC---TAG-GGT---CA--CC-ATTC-G-T--A------CC---A-AATG-TGGGG-TTGCACAtggtg
gi|24 : tttgta-T--A------CCCCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGggg
gi|23 : -T--A------CCCCCA-AATG-TGGGG-TTGTACATGgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACACAAACATTCCAAGTTGTTGTTCTAGATATGCAAACAAGGTAATGTTTTTGTAAAGACCATGAATGTCAATGATGGTTCCACAAAAAATGATTCAT
Alignments
lowQualScore : 22222 333333 4444444444444 11 111111 22222 1 1 2222 11 11111 222222 222222 111111 11 333333333333333333333333333333333 11 33333333333333333333333333333 11111 1111 2222222222222 1111 1111 11111 2222222222 1 111 33333333333 11 11111111 11111111 11111 22222222222222222222 111 222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 2222222222222
lowQualScore : 0 0 99999 11 6 000000 4444444444444 22 3 999999 77777 6 6 5 888 66 6666 5 2 55 00 99999 88 444444 333333 4 111111 9999 4 55 8 4 55 11 55 777777777777777777777777777777777 55 4 00 44444444444444444444444444444 3 777 3 5 00000 99 1111 8 6 4 7777777777777 3 5555 777 5555 55 11111 22 4 8888888888 2 44 6 666 3 3 3 3 7 3 55 3 3 333 3 88 0 88888888888 3 3 3 2 3 666 2 55 666666 0 3 5555 3 55 33 22222222 11111111 77777 6 3 44 3 11111 3 0 77 3 77777777777777777777 6 3 222 2 33 66 444444444444444444 6666 44 55 66 33 2 33 444 5 1 66 444 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 2 1111 2 55 2222222222222 55 2 1 22 555555 1 88 1 2 0
lowQualScore : . . ..... .. . ...... ............. .. . ...... ..... . . . ... .. .... . . .. .. ..... .. ...... ...... . ...... .... . .. . . .. .. .. ................................. .. . .. ............................. . ... . . ..... .. .... . . . ............. . .... ... .... .. ..... .. . .......... . .. . ... . . . . . . .. . . ... . .. . ........... . . . . . ... . .. ...... . . .... . .. .. ........ ........ ..... . . .. . ..... . . .. . .................... . . ... . .. .. .................. .... .. .. .. .. . .. ... . . .. ... . ..................................................... ... . .... . .. ............. .. . . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 7 7 77777 77 7 222222 0000000000000 44 8 000000 66666 0 4 0 888 99 2222 0 2 55 66 66666 99 000000 999999 0 555555 9999 0 55 0 0 66 00 55 888888888888888888888888888888888 55 0 66 66666666666666666666666666666 6 000 6 6 00000 55 8888 8 0 0 3333333333333 8 2222 000 5555 55 55555 77 0 0000000000 1 66 0 555 6 3 6 6 3 6 00 6 6 666 6 11 4 44444444444 6 6 6 0 6 444 3 00 888888 5 6 9999 6 00 00 11111111 22222222 77777 2 1 22 1 99999 1 7 33 8 66666666666666666666 2 8 222 9 99 66 444444444444444444 1111 99 99 33 77 7 44 444 0 2 00 444 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 4 9999 1 00 7777777777777 55 0 8 55 222222 8 66 9 4 4
consensus : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAAATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCAC-A---ACTGAAAT---C-GAA-G------TTTTC-G-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACG--TA-NNNT--A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATGNAATGAT-ANT-A-AATA----ATTGAAA---AT---TT----C--ACAAAATA-TCGATCGAA-TTTGC--G--TC---CTNACGT-GTGGT-TG-CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CATGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT-T--C-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--AG--C-T--A---A-TCA-NG---TCA-A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TAG-GGTG--CA--CCA-CTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
Reference ( family-463 ) : GTATGACGTTTAGGTAGATATGACTTGNCTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATNCATACTTCATTGATAACCTGCAACT-CGAAGATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---TTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCAC-A---ACTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-G-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTA-ACG--TA-NNNT--A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATGNAATGAT-ANT-A-AATA----ATTGAAA---AT---TT----C--ACAAAATA-TCGATCGAA-TTTGC--G--TC---CTTACGT-GTGGT-TG-CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CATNCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGNG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT-T--C-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--AG--C-T--A---A-TCA-NG---TCA-A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TAG-GGT---CA--CCA-CTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
gi|1 : A--CCCCA--GCCGT-GGCAC-AT--ACTAAAAAA--C-AAA-G------TTTTG-T-CCG-TTTGAA-TTT-AAA-GCGAAA--TT--C----AA---GTTACCAAA---CATTCCA-AGCTGTG--TCT-G-ATGTA---AC-G-TA-ACGTTTA-TGTA--A-AGC-A-T-CAT-A
gi|1 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactccCAAA-T-T-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-TATGCACTCTT---CCTGGACCGAATT-TG-CGA-GGGTTTGTGGTAAGTTA--CGA-GTAA--AAA-GTA--AGAAGAGA-------GATC--------AT-----CATAGTGT--C-G-----G-TGGA-TACCA--T----A---GATTAT---A-CA---AATT-TGACA-ACTTTTTAGACGTTAGAAA--TTGCGTGATA-CA-TCGA--AG--C-T--AAATA-CCA-GACGTTCA-ACTT---------TT-------G--CTCCACCGTTT----T-CAG-T------GCGGTTATAC-AAACTCC---AT-ACAGCACC---CGG-TGTG--CATGCCA-CGCCG-T--A------CCATCCT-AATG-TGGAC-TTGGGCACGgaggtcaggctacgcaaaagatatgcatatcggggatttcttaggaaatgtaatatcccaatagctgtgaagtaaacatctgctgccgacgactagtgatttgtctcaaattttgttgaagtgtttatgcactcttcctggaccgaatttgcgagggtttgtggtaagttacgagtaaaaagtaagaagagagatcatcatagtgtcggtggataccatagattatacaaatttgacaactttttagacgttagaaattgcgtgatacatcgaagctaaataccagacgttcaacttttgctccaccgttttcagtgcggttatacaaactccatacagcacccggtgtgcatgccacgccgtaccatcctaatgtggacttgggcacg
gi|10 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactccaccccagccgtggcacatactaaaaaacaaagttttgtccgtttgaatttaaagcgaaattcaagttaccaaacattccaagctgtgtctgatgtaacgtaacgtttatgtaaagcatcatagaggtcaggctacgcaaaagatatgcatatcggggatttcttaggaaatgtaatatcccaatagctgtgaagtaaacatctgctgccgacgactagtgatttgtctGAAATGGGT-GAACG------TTTTG-A-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CA---G-----AAAT--CA--TGG-AG--ATA--TCT-G-CT------GC-ATTATGTG--TAGATAT--ATAGC-A-TGTAT-ATTAGGTACTGTAA--ATTT---TATGGAA-----ATT------------TTGAAA---AT---TT----C--GCAAAATA-TAGTTTGTA-TTTGC--A--TT---CTTGC------GT-TG-CCGAA-T-A-TT-GT-T--TAAG-T-GT--TT-CA-CCATTTCT---GCCA---CGAA-TCTG-ACA-GT---AGGG--AA---A--CTA-AT-G--AGT-ATA--AGCTGGGATTCGTAGTATCGGAGAGTTACAAATATAT-GT-C--T-CTG---G-TAG--TATTT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA---TCT-------------A--TTGC----TA-AA-GCAG--AG--CAT--A---A-T-A-TG---TCA-A----------------------------------A----T-AAC-C------AGG------T-AAATTCT---GT-GT--CCCT---TAC-GGT---CA--CTA-TTCCG-C--A------CC-CCC--AATG-TGGGG-TTGTAC
gi|11 : aGT-TGGTCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-GT--TT-CATGCACTTCT---G-AA---CGAA-T-TG-CGATGG---TGTG--AA---A--CGA-G--GATAAA-GTAAGAGAGGAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT-T--CTC-----G-TGG--TACATA-C----A---A---ATTG-ACCAACT--TTGT--TA-ACT-T-------------A--ATGC----TGTTA-TCGGA-AG--C-T--A---A-CCG-TG---CGA-G--TGCGAGAGTGTT-------A--CCTCGTT-TCC----T------------TCGCTT---C-AA---CC---CC-AC--ACCC---CGG-TGTG--CA--GCG-CTCCGCT--A------CC-CCT--AATG-TGGAC-TTGGACA
gi|12 : A-------TACC--------AT-----TGT-AT-T--C-C-----G-TTG--TATCT--TTTAAA---A--TAT---A-CTGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TTGC----TG-AA-GCAG--AG--C-T--G---A-TTA-TG---TCA-T--C---------TT-------A--CC------AAT----T-AAAAC------A-GCTT---C-AAATTCT---GT-AC--CCCC---TAT-GGT---CA--CTA-TCACG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGAT-TTGTACACt
gi|13 : GAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT-T--C-C-----G-TGG--TACAT--T----TTGTA--CAT---A-CA-TTAATT-G--TA-G-----------------A--TT-------------CGA--AA--C-T--A---A-TTA-GG---TAA-A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TCGCTT---C-AAACTCC---AC-AC--TCCC-------GGTGTGCA--CCA-CTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGGAG-TTGGGCAC
gi|14 : A-CATT--A-AAC-G-TA-ATCATTCA-----GTAA--ATCT---TATGGAGTGAT-AG----AATA----ATTGAAA---AT---TT----C--ACAAACTA-TCGATTGAA-TTTGC--A--TC---CTTATGT-GTGGT-TG-CGGAA-
gi|15 : aaaagtatggtaagctgtttggTT-T--CA-ACT-T-------------AAATTGC----TG-TA-ATCG--AG--C-T--A---AATCA-GG---CTA-A--T---------TT-------A--CCCCGTT-TTC----T-------------CGCTT---C-AA--TCA------AC--CGCC---CGGTGGTG--CAAACCG-CTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGG
gi|16 : caacA-GCGA--AG--C-T--A---A-TTA-TG---TCC-A--C---------TT-------G--CC------AAG----A-AAAAC------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AT--CCTT---GAA-GAT---CT--CTA-TTTCG-C--A-------A-CCTA-GATG-TGAGG-TTCTACACGaacttgggcac
gi|18 : tttaattcaggcccccgttt-AAA-C------ACGCTT---C-ATGTTCC----T-AC--CCCC---TAG-GGT---CA---CA-TTCCA-T--A------CC-CCC--AATGTTGGGGTTTGTA
gi|19 : ttatgtcgctgacagttta--A---A-TCA-AG---TCA-A--T---------TT-------A--CC------T-------------------ACG----------GTTTC---AC-AC--CCCC-------GGTGTGCA--CCG-CTCCG-T--A------CC-CCTT-AATG-TGGAC-TTG
gi|2 : AATAAAA-CATTGGTAG---------ATATAATTTATAC-------ATA--TTTCAATTTCAAAAAT-GACTCCC-TAACGC--CCCTCA----TCCCA-CC-AACTCCTCA--CCCCCT-GC-GTTGGCAC-ATTAATAAAAAC---A-AAA-G------TTTTT-G-TCGGTTT--A-TTTTGAA-GCGAAA--AT--T----CATCCA-----AAATACCA--CCT--G--TTG--TCT-GATTGTACTAAC-GTTT-ATA--TA-AAA---A-GGC-AATTCAT-AGAAG-----GTCA--GGC----TACGCAA-AAT-ATT-AGAATATCGGATTT-------T---TT----C--ATCCAATAAGCGAGTAAA-TTTCT--GACTCG--CCGACATTGTG-T-TG-TCAAAAT-A-TTTGT-T--GAAG-T-GGTTTT-CATGCACTTCTGA-ACCG-----AA-T-TGACGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-A--AAA-GTA--AGA-GAGA-------GATC--------AC-----TGTGGT-T--C-C-----G-TGGGTTACATACC----A---G--GATTTGA-CAACT--TT-T--AA-ACT-T-------------AACTTGC----TG-TA-CCGA--AG--C-T--A---ATTCAGGG---TCATA--C---------TTTCTCCCGG--TT------TTC----T-------------CGC-T---C-AAACTCC---ATAAC--CCCCCGGTAG-TGC---CA--CCA-CTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TTGGgg
gi|20 : tttaTCC----T-ACG-CCCC---TG---------A--CTA-TTCCG-T--AAGGGGCCC-CCCA-AATG-CGGGG-TTGTACACacttggcac
gi|21 : AATTTT---GT-AC--CCCC---TAG-GGT---CA--CCA-TTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGCACAtggtg
gi|22 : gCCC---TAG-GGT---CA--CCA-TTC-G-T--A------CC----A-AATG-TGGGG-TTGCACAg
gi|23 : tttgta-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACATGggg
gi|24 : -T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|3 : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAAT----TCATTGGTATTCTT--AGAA-ATAATTTATACTTCATTGATAGCCTGTAACT-TGGAAATTGGTTCAT-T---GC--TCCCTAC---CTCCA-ATGAAAGCTGTA--CCCCC--AT-GT-GGCAC-A----CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-A-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGGAA--TT--T----TG---G-----AAAT--TA--TGG-AG--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACG--TA-TTCT--A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCA---TATGGAATGAT-AC----AATA----ATTGAAA---AT---TT----C--ACAAAATA-TCGATGGAA-TTCGC--G--TC---CTTATGT-GTGGT-TG-CCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---GT-CACCCATTTCT---ACCA---TAAA-C-TG-TAA-GG---TGTG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT-T--C-C-----G-TAG--TATGT--T----G---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TCGC----TG-AA-GCTG--AG--C-T--A---A-TCA-TG---TCA-G--C---------TT-------G--CC------TGC----TAAAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TAG-GGT---CA--CTA-TTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|4 : TCAT-T---GTGGCCCGTACAACCTCCAGCTGAAATCTGTAAACCCCCAAGT-G--GGCAC-C---ACAGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-A-CCG-TTT--ATTTT-GAC-GTGAAAATTT--T----GG---G-----AAATC-CA--TGGAAG--GTA--TTG-G---GCG---GCAATTA-ATG--TG-TAGA--A-AGCAA-TGCAT-ATTAA-----GTAA--ATCA---TATG-AATGAT-AG--G-CATA----ATTGAAA---AA---TT----CCAAAAAAATA-TCGATTGAATTTTGC--A--TT---CTCA-GT-GTGGT-TT-GCGAA-TAA-TTGGT-TGAGAAG-TGG---TT-GACCCATTTCTA--ACCA---CG-A-C-TG-C-A-GG---TGGG--AA---AACCAA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGAA-------TATC--------AC-----TGT-TA-T--C-C-----G-T-G--TATGT--T----A---A--TAT---AGCAGCT-GTT-T--AATTTTCT-------------A--TCGC----T--TA-ACAG--AG--C-T------A-TTATTG---TTC-A--CCG-------TT-------A--TC------TGT----G-AAA-CAGACCTACGCGT---CGAAATTCTGTGGT-AC--CCCT---TAG-AGT---CA--CCA-TTCCG-T---------TC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACA
gi|5 : ggatggttttcaggttataattagtttgttttaagaactctaacaatggatctggggttGTATGACGTTTAGATAGATATAA-TTGCCTGTAAT----TCATTGGTATTCTTTTAGAA--TAATT-ATACTTCATTGATAACCTGTAACT-CGAAGATTGGCTCAT-T---GC--CCCCTA-----TCCA-C-GAAATCTGTA--CCCCC--AA-GT-GACAC-A----CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTT-G-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----TG---G-----AG-T--C---TGG-AA--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACG--TA-GA----A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GGAA--ATCG---TATG-AATGATGAAT-A-AAT-------TAAAA---AT---TT----C--ACAAAAGA-TCTATTGAA-TTTGC--A---C---CTTA-GT-GTGGA-CG-CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CA-CCATTTTT---AACA---CGAA-C-TG-TAA-GC---TGGG--AA---A--CTATGT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT-T--C-C-----G-TAG--TATGT--T----A---A--TAT---G-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------G--TTGC----TG-AA-GCAG--AG--C-T--A---A-TTA-TG---TCA-G--T---------TT-------G--CC------TGT----A-AAA-C------A-GCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TA--GGT---CA--CAT-TTCCG-T--A------CC-CCCt
gi|6 : AGGTAAAT-TGACTTGATT-TAATAAAAT-ATTGGTAG------AGAAGATAATGCA---------GATA-----CAATTTCAAAAAT-GACTCCC-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTAC-CCCCC--GC-GC-GGCACAA---ACTAAAA----C-AAA-G------TTTTT-G-CCG-TTT--A-TGT-GAA-GCGAAATTTT--T----CC---A-----AAA----A--CGA-CC--GTG--TTT-G-ATGTA---AC-G--A-ACA--T--TTATGAA-AGT-A----AT-CGTAG-------AA--GTCGGGTTGTGC-ATGAT-ACTAA-AATATCGGATTG--T---ATTCATT----C--ACAAG-----CGAGCAAA-TCTGC-----TCG--CCGACATAGT-GT-TC-TCAAG-T-A-TT-GC-T--GAAG-T-T---TT-CATGCACTTCTTA-AC-----CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AT---A--CGA-GT-A--CAA-GTA--AGA-GAGA-------TATC--------AC-------T-GT-T--T-C-----G-TGG--TACATACA----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-T--TA-ACTCA-------------A--TTGC----TG-TA-TTGA--TG--C-T--A---A-TCA-AG---TTG-A--T---------TT-------GTTCT------TGT----T---T-C------TTACTT---C-AAACTCA---AC-AC--CCC--------GGTGTGCA--CCG-CTCCG-----------CC-CTCT-AATG-TGGAC-TTG-ACAC
gi|7 : TTA-AAGCCAATTGACACTTTCTCAAAAA--TTCATCA-CAATGATCGGTTCATGT---GC--CGCCTAC---CTCCA-CTGAAATCTGTA--CCCCA--A--GT-GGCAC-AC--ACTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-A-GCG-TTT--AATTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CG---T-----AAAT--CA----G-AG--GTAAATCTTG-CTG-G---G--GTTATACG--TA-GA----A-AGC-A-GCCAT-ATTAG-----GGAA--ATAA---TATGGAATGAT-AG----AATA----ATTGAAA---AT---TT----C--ACAAAATA-TCGATTGAA-TTCGC--A--TC---CTTACGT-GTGA--CG-CCGAA-T-G-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CA-CCA-TTTT---AC----------T-TG-TTA-AG---TGGG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT-T--C-CCGTAAG-TAG--TATGT--T--------A--TAT---G-CAGCTAG-T-T--CA-TCTCG-------------T--TTGC----TG-AA-GCAG--AA--C-TAGA---A-T-A-TG---TCA-G--T---------TT-------G--CC------TGT----TAAAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---TT-AC--CCCC---AGA-GGT---CA--CTA-TTCCG-T----------C-CCCACAATT-TGGGG-TTGTACAC
gi|8 : aagatggttaaattgag-T---AC--CCCCTACAATTCCCA-CCGAAAGTGATA--TCCCG--TA-GC-GGCAA-T---ACTAAAA------AGA-GCAATGTTTTTT-GACCG-TTT--A-TTT-GATAGCGAAA--TT--CATACC----------AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT----TGTG--------TA-ACG--AA-CTCT------T-A-TACA--A--AA-----GTAAC-ATAG---AATGCAAAGAT-ATT-A-AAAA----ATTGGATTTTAT---TTTATCC--ACAAG-----CGAGC-AA-TCTGCTCG---C---CTGACATAGTGTTGTG-TAAAA-T-ACTT-GTGT--GAAACT-G---TTTCATGC-CTTCTTGAACCG-----AA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA------CGA-GT-A--AC--GTA--AGA-GGAA-------GATC--------AC-----CGT-GT-TATC-C-----GATGG--TAATA--T----A---A--TTTG--A-CAACT---T-A--TA-ACTTT-------------AA-TTGC----TG-TATACGA--ATTCC-T--A---A-TCA-GG---TCA-A--TAT-------TT-------A--CC------TCCGT--T-TTC-C------TCGCTT---C-AAACTCC------AC--CCCC-----GTGATA--CA--CCAACTCTG-TCAG------CC-CCCA-AATG-TGG
gi|9 : c-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--TCCCC--GT-GC-GGCAC-AT--ACTAAAAA---GAGAA-G------TTTTTTG-CC--TTT--A-TTT-GAA-GCGAAA--TTCAT----CC---A-----AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT-G-ATG----------TA-ACG--AA-CCTT----------TACA--A--AA-----GTAATCATAG---AATGCAAAGAT-ATT-A-AAAA----ATTGGATTTTAT---TTATC-C--ACAAG-----CGAGCAAA-TCTGC-----TCTCGCCGACATAGTG---TG-TTAAA-T-A-TT-GT-T--GAAC-T-G---TT-CATGCACTTCTGA-AC-----CGAA-T-TG-CGA-GG---T--G--AA---A--CGA-GT-A--AAACGTA--AGAGGAGA-------GATC--------AC-----CGT-GT-T--C-C-----G-TGG--TACATA-T----A---AATTGTTTGA-CAAC---TT-T--TA-ACTTA-------------A--TTGC----TG-TA-TCGATTCG--C-T--A---A-TCA-GG---TCA-A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TCGCTT---C-AAACTCC---AC-AC--CCCC-------GGTGTACA--CCA-CTCTG-T--A------GC-CCCT-AATG-TGGtacttgggcacg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACACAAACATTCCAAGTTGTTGTTCTAGATATGCAAACAAGGTAATGTTTTTGTAAAGACCATGAATGTCAATGATGGTTCCACAAAAAATGATTCAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 4444444444444 222222 222 11 1 2222 22222 2222 22222222 1111 444444444444444444444444444444444 11 22222222 2222222 1111 11 3333333333333 1111111 1111 11 222222222222 111111111111111 2222222222 111111 1111 111 33333333333 11 11111111 11111111 11111 22222222222222222222 111 222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111111 22
lowQualScore : 3 3 6 000000 4444444444444 8 3 111111 666 3 22 0 11 6 5 888 66 2222 5 2 55 66 44444 88 5555 88888888 8 3333 4 55 8 4 55 55 55 333333333333333333333333333333333 55 4 00 22222222 8 6666666 3 777 3 8 99999 88 4444 11 7 3 1111111111111 1 8888888 4444 00 000000000000 555555555555555 3 9999999999 1 888888 3333 888 3 3 3 7 3 55 3 3 333 3 8 0 88888888888 3 3 3 2 3 666 55 666 55 0 3 9999 3 55 33 11111111 11111111 77777 6 77 3 11111 3 0 77 3 77777777777777777777 6 3 444 2 33 66 444444444444444444 6666 44 55 66 33 2 33 444 5 1 66 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 0000 33 6666666 00 55 2 1 22 555555 1 88 1 2 0
lowQualScore : . . . ...... ............. . . ...... ... . .. . .. . . ... .. .... . . .. .. ..... .. .... ........ . .... . .. . . .. .. .. ................................. .. . .. ........ . ....... . ... . . ..... .. .... .. . . ............. . ....... .... .. ............ ............... . .......... . ...... .... ... . . . . . .. . . ... . . . ........... . . . . . ... .. ... .. . . .... . .. .. ........ ........ ..... . .. . ..... . . .. . .................... . . ... . .. .. .................. .... .. .. .. .. . .. ... . . .. ... ........................................................ . ... . .... .. ....... .. .. . . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 3 3 7 222222 0000000000000 6 8 888888 888 8 22 8 00 4 0 888 99 0000 0 2 55 11 00000 99 8888 44444444 0 0000 0 55 0 0 66 55 55 333333333333333333333333333333333 55 0 66 00000000 7 3333333 6 000 6 7 11111 66 4444 77 0 6 5555555555555 9 4444444 1111 00 444444444444 666666666666666 6 6666666666 0 777777 2222 000 3 6 6 3 6 00 6 6 666 6 2 4 44444444444 6 6 6 0 6 444 00 444 00 5 6 0000 6 00 00 00000000 22222222 77777 2 33 1 99999 1 7 33 8 66666666666666666666 2 8 111 9 99 66 444444444444444444 1111 99 99 33 77 7 44 444 0 2 00 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 111 4 3333 11 1111111 11 55 0 8 55 222222 8 66 9 4 4
consensus : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAA---N---CGAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
Reference ( family-463 ) : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAA---T---CGAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CTNACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CATGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
gi|1 : A--CCCCA--GCCGT-GGCACAT-A-CTAAAA---AA--CAAA-GTTTTG--TCCG-TTTGAA-TTT-AAA-GCGAAA--TT--C----AA---GTTACCAAA---CATTCCA-AGCTGTG--TCT-G-ATGTA---AC-GTAACGTTTA-TGTAA-AGC-A-T-CAT-A-GAG-----GTCA--GGC----TACGCAAAAGAT-A-TG-CA-T-----ATCGGG---G---ATTT----CTTAGGAAATG-TAATATCCCAATAGCTGTGAAGTAAACA-TCTGC-----TG---CCGACGACTAGTGATT-TGTCTCAAA-T-T-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-TATGCACTCTT---CCTGGACCGAATT-TG-CGA-GGGTTTGTGGTAAGTTA--CGA-GTAA--AAA-GTA--AGAAGAGA-------GATC--------AT-----CATAGTG-TC-G-----G-TGGA-TACCA--T----A---GATTAT---A-CA---AATT-TGACA-ACTTTTTAGACGTTAGAAA--TTGCGTGATA-CA-TCGA--A--GC-T--AAATA-CCA-GACGTTCA--ACTT---------TT-------G--CTCCACCGTTT----T-CAG-T------GC-GGTTATAC-AAACTCC---ATACAGCACCCGG-T--GTG-CATGCC-ACGCCG-T--A------CCATCCT-AATG-TGGAC-TTGGGCACG
gi|10 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactccGAAA---TGGGTGAACGTTTTG--ACCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CA---G-----AAAT--CA--TGG-AG--ATA--TCT-G-CT------GC-ATTATGTGTAGATATATAGC-A-TGTAT-ATTAGGTACTGTAA--ATTT---TATG-GAA-----ATT------------TTGAA---A---ATTT----C--GCAAAATA-T-------AGTT-----TGT-------A-TTTGC--A--TT---CTTGC--------G-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--TAAG-T-GT--TT-CAC-CATTTCT---GCCA---CGAA-TCTG-ACA-GT---AGGG--AA---A--CTA-AT-G--AGT-ATA--AGCTGGGATTCGTAGTATCGGAGAGTTACAAATATAT-GT--CT-CTG---G-TAG--TATTT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA---TCT-------------A--TTGC----TA-AA-GCAG--A--GCAT--A---A-T-A-TG---TCA--A----------------------------------A----T-AAC-C------AG-G------T-AAATTCT---GTGT--CCCTTAC-G--GT--CA--CT-ATTCCG-C--A------CC-CCC--AATG-TGGGG-TTGTAC
gi|11 : aG-T-TGG-TCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-GT--TT-CATGCACTTCT---G-AA---CGAA-T-TG-CGATGG---TGTG--AA---A--CGA-G--GATAAA-GTAAGAGAGGAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TCTC-----G-TGG--TACATA-C----A---A---ATTG-ACCAACT--TTGT--TA-ACT-T-------------A--ATGC----TGTTA-TCGGA-A--GC-T--A---A-CCG-TG---CGA--G--TGCGAGAGTGTT-------A--CCTCGTT-TCC----T------------TC-GCTT---C-AA---CC---CCAC--ACCCCGG-T--GTG-CA--GC-GCTCCGCT--A------CC-CCT--AATG-TGGAC-TTGGACA
gi|12 : A-------TACC--------AT-----TGT-AT--TC-C-----G-TTG--TATCT--TTTAAA---A--TAT---A-CTGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--G---A-TTA-TG---TCA--T--C---------TT-------A--CC------AAT----T-AAA--------ACAGCTT---C-AAATTCT---GTAC--CCCCTAT-G--GT--CA--CT-ATCACG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGAT-TTGTACACt
gi|13 : GAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACAT--T----TTGTA--CAT---A-CA-TTAATT-G--TA-G-----------------A--TT-------------CGA--A--AC-T--A---A-TTA-GG---TAA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TC-GCTT---C-AAACTCC---ACAC--TCCC--G-GT-GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGGAG-TTGGGCAC
gi|14 : A-CATTA-AAC-G-TA-ATCATTCA-----GTAA--ATCT---TATG-GAGTGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAACTA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTTGC--A--TC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CGGAA-
gi|15 : aaaagtatggtaagctgtttggTT-T--CA-ACT-T-------------AAATTGC----TG-TA-ATCG--A--GC-T--A---AATCA-GG---CTA--A--T---------TT-------A--CCCCGTT-TTC----T-------------C-GCTT---C-AA--TCA-----AC--CGCCCGGTG--GTG-CAAACC-GCTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGG
gi|16 : caacA-GCGA--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCC--A--C---------TT-------G--CC------AAG----A-AAAAC------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAT--CCTTGAA-G--AT--CT--CT-ATTTCG-C--A-------A-CCTA-GATG-TGAGG-TTCTACACGaacttgggcac
gi|18 : tttaattcaggcccccgttt-AAA-C------AC-GCTT---C-ATGTTCC----TAC--CCCCTAG-G--GT--CA--C--ATTCCA-T--A------CC-CCC--AATGTTGGGGTTTGTA
gi|19 : ttatgtcgctgacagttta--A---A-TCA-AG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------T-------------------AC-G----------GTTTC---ACAC--CCCC--G-GT-GTG-CA--CC-GCTCCG-T--A------CC-CCTT-AATG-TGGAC-TTG
gi|2 : AATAAAA-CATTGGTAG---------ATATAATTTATAC-------ATA--TTTCAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-TAACGC--CCCTCAT---C-CCA-CC-AACTCCTCA--CCCCCT-GC-GTTGGCACATTA-ATAAAA---A---CAAAAGTTTTT--GTCGGTTT--A-TTTTGAA-GCGAAA--AT--T----CATCCA-----AAATACCA--CCT--G--TTG--TCT-GATTGTACTAAC-GTT-TATATA-AAA-A-GGC-AATTCAT-AGAAG-----GTCA--GGC----TACG-CAA-AAT-ATTAGAA-TATCGGATTT----------TTT----C--ATCCAATAAG-------CGAG-----TAA-------A-TTTCT--GACTCG--CCGACA--TTGTG--T-TG--TCAAAAT-A-TTTGT-T--GAAG-T-GGTTTT-CATGCACTTCTGA-ACCG-----AA-T-TGACGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-A--AAA-GTA--AGA-GAGA-------GATC--------AC-----TGTGGT--TC-C-----G-TGGGTTACATACC----A---G--GATTTGA-CAACT--TT-T--AA-ACT-T-------------AACTTGC----TG-TA-CCGA--A--GC-T--A---ATTCAGGG---TCAT-A--C---------TTTCTCCCGG--TT------TTC----T-------------C-GC-T---C-AAACTCC---ATAA--CCCCCCG-GTAGTGCCA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TTGGgg
gi|20 : tttaA--CT-ATTCCG-T--AAGGGGCCC-CCCA-AATG-CGGGG-TTGTACACacttggcac
gi|21 : tcctacgcccctgAATTTT---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CC-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGCACAtggtg
gi|22 : gCCCTAG-G--GT--CA--CC-ATTC-G-T--A------CC----A-AATG-TGGGG-TTGCACAg
gi|23 : tttgta-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACATGggg
gi|24 : -T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|3 : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAAT----TCATTGGTATTCTT--AGAA-ATAATTTATACTTCATTGATAGCCTGTAACTT-GGAA--ATTGGTTCAT-T---GC--TCCCTAC---CTCCA-ATGAAAGCTGTA--CCCCC--AT-GT-GGCACA----CTGAAA---T---TGAA-GTTTTC--ACCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGGAA--TT--T----TG---G-----AAAT--TA--TGG-AG--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-TTCTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCA---TATG-GAATGAT-AC---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----GGA-------A-TTCGC--G--TC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---GT-CACCCATTTCT---ACCA---TAAA-C-TG-TAA-GG---TGTG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----G---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TCGC----TG-AA-GCTG--A--GC-T--A---A-TCA-TG---TCA--G--C---------TT-------G--CC------TGC----TAAAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CT-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|4 : TCAT-T---GTGGCCCGTACAACCTCCAGCTGAAATCTGTAAACCCCCAAGT-G--GGCACC--A-CAGAAA---T---TGAA-GTTTTC--ACCG-TTT--ATTTT-GAC-GTGAAAATTT--T----GG---G-----AAATC-CA--TGGAAG--GTA--TTG-G---GCG---GCAATTA-ATGTG-TAGAA-AGCAA-TGCAT-ATTAA-----GTAA--ATCA---TATG--AATGAT-AG-G-CA-TA----ATTGAA---A---AATT----CCAAAAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------ATTTTGC--A--TT---CTCA-G--T-GTGG-T-TT--GCGAA-TAA-TTGGT-TGAGAAG-TGG---TT-GACCCATTTCTA--ACCA---CG-A-C-TG-C-A-GG---TGGG--AA---AACCAA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGAA-------TATC--------AC-----TGT-TA--TC-C-----G-T-G--TATGT--T----A---A--TAT---AGCAGCT-GTT-T--AATTTTCT-------------A--TCGC----T--TA-ACAG--A--GC-T------A-TTATTG---TTC--A--CCG-------TT-------A--TC------TGT----G-AAA-CAGACCTAC-GCGT---CGAAATTCTGTGGTAC--CCCTTAG-A--GT--CA--CC-ATTCCG-T---------TC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACA
gi|5 : ggatggttttcaggttataattagtttgttttaagaactctaacaatggatctggggttGTATGACGTTTAGATAGATATAA-TTGCCTGTAAT----TCATTGGTATTCTTTTAGAA--TAATT-ATACTTCATTGATAACCTGTAACT-CGAAG--ATTGGCTCAT-T---GC--CCCCTA-----TCCA-C-GAAATCTGTA--CCCCC--AA-GT-GACACA----CTGAAA---T---TGAA-GTTTTT--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----TG---G-----AG-T--C---TGG-AA--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-GA--A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GGAA--ATCG---TATG--AATGATGAATA-AA-T-------TAAA---A---ATTT----C--ACAAAAGA-T-------CTAT-----TGA-------A-TTTGC--A---C---CTTA-G--T-GTGG-A-CG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CATTTTT---AACA---CGAA-C-TG-TAA-GC---TGGG--AA---A--CTATGT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----A---A--TAT---G-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------G--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----A-AAA-C------A--GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTA--G--GT--CA--CA-TTTCCG-T--A------CC-CCCt
gi|6 : AGGTAAAT-TGACTTGATT-TAATAAAAT-ATTGGTAG------AGAAGATAATGCA---------GATA-----CAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--CCCCCC-GC-GC-GGCACA--AACTAAAA-------CAAA-GTTTTT--GCCG-TTT--A-TGT-GAA-GCGAAA--TT--TTT--CC---A-----AAA----A--CGA-CC--GTG--TTT-G-ATGTA---AC-GA-ACATTTA-TGA-A-AGT-A----AT-CGTAG-------AA--GTCGGGTTGTG-CA-TGAT-ACTA-AAATATCGGATTGTATTCA-----TT----C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCTGC-----TCG--CCGACA--TAGTG--T-TC--TCAAG-T-A-TT-GC-T--GAAG-T-T---TT-CATGCACTTCTTA-AC-----CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AT---A--CGA-GT-A--CAA-GTA--AGA-GAGA-------TATC--------AC-------T-GT--TT-C-----G-TGG--TACATACA----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-T--TA-ACTCA-------------A--TTGC----TG-TA-TTGA--T--GC-T--A---A-TCA-AG---TTG--A--T---------TT-------GTTCT------TGT----T---T-C------TT-ACTT---C-AAACTCA---ACAC--CCC---G-GT-GTG-CA--CC-GCTCCG-----------CC-CTCT-AATG-TGGAC-TTG-ACAC
gi|7 : TTA-AAGCCAATTGACACTTTCTCAAAAA--TTCA---TCACAATGATCGGTTCATGT---GC--CGCCTAC---CTCCA-CTGAAATCTGTA--CCCCA--A--GT-GGCACAC-A-CTGAAA---T---TGAA-GTTTTC--AGCG-TTT--AATTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CG---T-----AAAT--CA----G-AG--GTAAATCTTG-CTG-G---G--GTTATACGTA-GA--A-AGC-A-GCCAT-ATTAG-----GGAA--ATAA---TATG-GAATGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTCGC--A--TC---CTTACG--T-GTGA---CG--CCGAA-T-G-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CA-TTTT---AC----------T-TG-TTA-AG---TGGG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-CCGTAAG-TAG--TATGT--T--------A--TAT---G-CAGCTAG-T-T--CA-TCTCG-------------T--TTGC----TG-AA-GCAG--A--AC-TAGA---A-T-A-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----TAAAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---TTAC--CCCCAGA-G--GT--CA--CT-ATTCCG-T----------C-CCCACAATT-TGGGG-TTGTACAC
gi|8 : aagatggttaaattgag-T---AC--CCCCTACAATTCCCA-CCGAAAGTGATA--TCCCG--TA-GC-GGCAAT--A-CTAAAAAGAG---CAAT-GTTTTTTGACCG-TTT--A-TTT-GATAGCGAAA--TT--CATACC----------AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT----TGTG--------TA-ACGAA-CTCT----T-A-TACA--A--AA-----GTAAC-ATAG---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTTATCC--ACAAG------------CGAG-----C-A-------A-TCTGCTCG---C---CTGACA--TAGTGT-TGTG--TAAAA-T-ACTT-GTGT--GAAACT-G---TTTCATGC-CTTCTTGAACCG-----AA-T-TG-CGA-GG---TGTG---A---A--CGA-GT----AAC-GTA--AGA-GGAA-------GATC--------AC-----CGT-GTTATC-C-----GATGG--TAATA--T----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-A--TA-ACTTTA------------A--TTGC----TG-TATACGA--ATTCC-T--A---A-TCA-GG---TCAATA--T---------TT-------A--CC------TCCGT--T-TTC-C------TC-GCTT---C-AAACTCC-----AC--CCCC--GTG--ATA-CA--CCAACTCTG-TCAG------CC-CCCA-AATG-TGG
gi|9 : c-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--TCCCC--GT-GC-GGCACAT-A-CTAAAAA--G---AGAA-GTTTTTT-GCC--TTT--A-TTT-GAA-GCGAAA--TTCAT----CC---A-----AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT-G-ATG----------TA-ACGAA-CCTT--------TACA--A--AA-----GTAATCATAG---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTATC-C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCTGC-----TCTCGCCGACA--TAGTG----TG--TTAAA-T-A-TT-GT-T--GAAC-T-G---TT-CATGCACTTCTGA-AC-----CGAA-T-TG-CGA-G-----GTG--AA---A--CGA-GT-A--AAACGTA--AGAGGAGA-------GATC--------AC-----CGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACATA-T----A---AATTGTTTGA-CAAC---TT-T--TA-ACTTA-------------A--TTGC----TG-TA-TCGATTC--GC-T--A---A-TCA-GG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TC-GCTT---C-AAACTCC---ACAC--CCCC--G-GT-GTA-CA--CC-ACTCTG-T--A------GC-CCCT-AATG-TGGtacttgggcacg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACACAAACATTCCAAGTTGTTGTTCTAGATATGCAAACAAGGTAATGTTTTTGTAAAGACCATGAATGTCAATGATGGTTCCACAAAAAATGATTCAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 4444444444444 222222 222 11 1 2222 22222 2222 111111 1111 444444444444444444444444444444444 11 22222222 2222222 1111 11 3333333333333 1111111 1111 11 222222222222 111111111111111 33333333333333333333 1111 111 333333333333 11 11111111 11111111 11111 22222222222222222222 111 222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111111 22
lowQualScore : 3 3 6 000000 4444444444444 8 3 111111 666 3 22 0 11 6 5 888 66 2222 5 2 55 66 44444 88 5555 2 777777 8 3333 4 55 8 4 55 55 55 333333333333333333333333333333333 55 4 00 22222222 8 6666666 3 777 3 8 99999 88 4444 11 7 3 1111111111111 1 8888888 4444 00 000000000000 555555555555555 3 55555555555555555555 3333 888 3 3 3 7 3 55 3 3 333 3 8 0 666666666666 3 3 3 2 3 666 55 666 55 0 3 9999 3 55 33 11111111 11111111 77777 6 77 3 11111 3 0 77 3 77777777777777777777 6 3 444 2 33 66 444444444444444444 6666 44 55 66 33 2 33 444 5 1 66 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 0000 33 6666666 00 55 2 1 22 555555 1 88 1 2 0
lowQualScore : . . . ...... ............. . . ...... ... . .. . .. . . ... .. .... . . .. .. ..... .. .... . ...... . .... . .. . . .. .. .. ................................. .. . .. ........ . ....... . ... . . ..... .. .... .. . . ............. . ....... .... .. ............ ............... . .................... .... ... . . . . . .. . . ... . . . ............ . . . . . ... .. ... .. . . .... . .. .. ........ ........ ..... . .. . ..... . . .. . .................... . . ... . .. .. .................. .... .. .. .. .. . .. ... . . .. ... ........................................................ . ... . .... .. ....... .. .. . . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 3 3 7 222222 0000000000000 6 8 888888 888 8 22 8 00 4 0 888 99 0000 0 2 55 11 00000 99 8888 7 111111 0 0000 0 55 0 0 66 55 55 333333333333333333333333333333333 55 0 66 00000000 7 3333333 6 000 6 7 11111 66 4444 77 0 6 5555555555555 9 4444444 1111 00 444444444444 666666666666666 6 55555555555555555555 2222 000 3 6 6 3 6 00 6 6 666 6 2 4 666666666666 6 6 6 0 6 444 00 444 00 5 6 0000 6 00 00 00000000 22222222 77777 2 33 1 99999 1 7 33 8 66666666666666666666 2 8 111 9 99 66 444444444444444444 1111 99 99 33 77 7 44 444 0 2 00 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 111 4 3333 11 1111111 11 55 0 8 55 222222 8 66 9 4 4
consensus : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAAN---C-GAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
Reference ( family-463 ) : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAAN---C-GAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
gi|1 : A--CCCCA--GCCGT-GGCACAT-A-CTAAAAAA--C-AAA-GTTTTG--TCCG-TTTGAA-TTT-AAA-GCGAAA--TT--C----AA---GTTACCAAA---CATTCCA-AGCTGTG--TCT-G-ATGTA---AC-GTAACGTTTA-TGTAA-AGC-A-T-CAT-A-GAG-----GTCA--GGC----TACGCAAAAGAT-A-TG-CA-T-----ATCGGG---G---ATTT----CTTAGGAAATG-TAATATCCCAATAGCTGTGAAGTAAACA-TCTGC-----TG---CCGACGACTAGTGATT-TGTCTCAAA-T-T-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-TATGCACTCTT---CCTGGACCGAATT-TG-CGA-GGGTTTGTGGTAAGTTA--CGA-GTAA--AAA-GTA--AGAAGAGA-------GATC--------AT-----CATAGTG-TC-G-----G-TGGA-TACCA--T----A---GATTAT---A-CA---AATT-TGACA-ACTTTTTAGACGTTAGAAA--TTGCGTGATA-CA-TCGA--A--GC-T--AAATA-CCA-GACGTTCA--ACTT---------TT-------G--CTCCACCGTTT----T-CAG-T------GC-GGTTATAC-AAACTCC---ATACAGCACCCGG-T--GTG-CATGCC-ACGCCG-T--A------CCATCCT-AATG-TGGAC-TTGGGCACG
gi|10 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactcc-GAACGTTTTG--ACCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CA---G-----AAAT--CA--TGG-AG--ATA--TCT-G-CT------GC-ATTATGTGTAGATATATAGC-A-TGTAT-ATTAGGTACTGTAA--ATTT---TATG-GAA-----ATT------------TTGAA---A---ATTT----C--GCAAAATA-T-------AGTT-----TGT-------A-TTTGC--A--TT---CT------T-GC-G-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--TAAG-T-GT--TT-CAC-CATTTCT---GCCA---CGAA-TCTG-ACA-GT---AGGG--AA---A--CTA-AT-G--AGT-ATA--AGCTGGGATTCGTAGTATCGGAGAGTTACAAATATAT-GT--CT-CTG---G-TAG--TATTT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA---TCT-------------A--TTGC----TA-AA-GCAG--A--GCAT--A---A-T-A-TG---TCA--A----------------------------------A----T-AAC-C------AG-G------T-AAATTCT---GTGT--CCCTTAC-G--GT--CA--CT-ATTCCG-C--A------CC-CCC--AATG-TGGGG-TTGTAC
gi|11 : agaaatgggtG-T-TGG-TCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-GT--TT-CATGCACTTCT---G-AA---CGAA-T-TG-CGATGG---TGTG--AA---A--CGA-G--GATAAA-GTAAGAGAGGAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TCTC-----G-TGG--TACATA-C----A---A---ATTG-ACCAACT--TTGT--TA-ACT-T-------------A--ATGC----TGTTA-TCGGA-A--GC-T--A---A-CCG-TG---CGA--G--TGCGAGAGTGTT-------A--CCTCGTT-TCC----T------------TC-GCTT---C-AA---CC---CCAC--ACCCCGG-T--GTG-CA--GC-GCTCCGCT--A------CC-CCT--AATG-TGGAC-TTGGACA
gi|12 : A-------TACC--------AT-----TGT-AT--TC-C-----G-TTG--TATCT--TTTAAA---A--TAT---A-CTGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--G---A-TTA-TG---TCA--T--C---------TT-------A--CC------AAT----T-AAA--------ACAGCTT---C-AAATTCT---GTAC--CCCCTAT-G--GT--CA--CT-ATCACG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGAT-TTGTACACt
gi|13 : GAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACAT--T----TTGTA--CAT---A-CA-TTAATT-G--TA-G-----------------A--TT-------------CGA--A--AC-T--A---A-TTA-GG---TAA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TC-GCTT---C-AAACTCC---ACAC--TCCC--G-GT-GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGGAG-TTGGGCAC
gi|14 : A-CATTA-AAC-G-TA-ATCATTCA-----GTAA--ATCT---TATG-GAGTGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAACTA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTTGC--A--TC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CGGAA-
gi|15 : aaaagtatggtaagctgtttggTT-T--CA-ACT-T-------------AAATTGC----TG-TA-ATCG--A--GC-T--A---AATCA-GG---CTA--A--T---------TT-------A--CCCCGTT-TTC----T-------------C-GCTT---C-AA--TCA-----AC--CGCCCGGTG--GTG-CAAACC-GCTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGG
gi|16 : caacA-GCGA--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCC--A--C---------TT-------G--CC------AAG----A-AAAAC------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAT--CCTTGAA-G--AT--CT--CT-ATTTCG-C--A-------A-CCTA-GATG-TGAGG-TTCTACACGaacttgggcac
gi|18 : tttaattcaggcccccgttt-AAA-C------AC-GCTT---C-ATGTTCC----TAC--CCCCTAG-G--GT--CA--C--ATTCCA-T--A------CC-CCC--AATGTTGGGGTTTGTA
gi|19 : ttatgtcgctgacagttta--A---A-TCA-AG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------T-------------------AC-G----------GTTTC---ACAC--CCCC--G-GT-GTG-CA--CC-GCTCCG-T--A------CC-CCTT-AATG-TGGAC-TTG
gi|2 : AATAAAA-CATTGGTAG---------ATATAATTTATAC-------ATA--TTTCAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-TAACGC--CCCTCAT---C-CCA-CC-AACTCCTCA--CCCCCT-GC-GTTGGCACATTA-ATAAAAA---C-AAAAGTTTTT--GTCGGTTT--A-TTTTGAA-GCGAAA--AT--T----CATCCA-----AAATACCA--CCT--G--TTG--TCT-GATTGTACTAAC-GTT-TATATA-AAA-A-GGC-AATTCAT-AGAAG-----GTCA--GGC----TACG-CAA-AAT-ATTAGAA-TATCGGATTT----------TTT----C--ATCCAATAAG-------CGAG-----TAA-------A-TTTCT--GACTCG--CCGACA--TTGTG--T-TG--TCAAAAT-A-TTTGT-T--GAAG-T-GGTTTT-CATGCACTTCTGA-ACCG-----AA-T-TGACGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-A--AAA-GTA--AGA-GAGA-------GATC--------AC-----TGTGGT--TC-C-----G-TGGGTTACATACC----A---G--GATTTGA-CAACT--TT-T--AA-ACT-T-------------AACTTGC----TG-TA-CCGA--A--GC-T--A---ATTCAGGG---TCAT-A--C---------TTTCTCCCGG--TT------TTC----T-------------C-GC-T---C-AAACTCC---ATAA--CCCCCCG-GTAGTGCCA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TTGGgg
gi|20 : tttaA--CT-ATTCCG-T--AAGGGGCCC-CCCA-AATG-CGGGG-TTGTACACacttggcac
gi|21 : tcctacgcccctgAATTTT---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CC-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGCACAtggtg
gi|22 : gCCCTAG-G--GT--CA--CC-ATTC-G-T--A------CC----A-AATG-TGGGG-TTGCACAg
gi|23 : tttgta-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACATGggg
gi|24 : -T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|3 : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAAT----TCATTGGTATTCTT--AGAA-ATAATTTATACTTCATTGATAGCCTGTAACTT-GGAA--ATTGGTTCAT-T---GC--TCCCTAC---CTCCA-ATGAAAGCTGTA--CCCCC--AT-GT-GGCACA----CTGAAAT---T-GAA-GTTTTC--ACCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGGAA--TT--T----TG---G-----AAAT--TA--TGG-AG--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-TTCTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCA---TATG-GAATGAT-AC---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----GGA-------A-TTCGC--G--TC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---GT-CACCCATTTCT---ACCA---TAAA-C-TG-TAA-GG---TGTG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----G---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TCGC----TG-AA-GCTG--A--GC-T--A---A-TCA-TG---TCA--G--C---------TT-------G--CC------TGC----TAAAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CT-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|4 : TCAT-T---GTGGCCCGTACAACCTCCAGCTGAAATCTGTAAACCCCCAAGT-G--GGCACC--A-CAGAAAT---T-GAA-GTTTTC--ACCG-TTT--ATTTT-GAC-GTGAAAATTT--T----GG---G-----AAATC-CA--TGGAAG--GTA--TTG-G---GCG---GCAATTA-ATGTG-TAGAA-AGCAA-TGCAT-ATTAA-----GTAA--ATCA---TATG--AATGAT-AG-G-CA-TA----ATTGAA---A---AATT----CCAAAAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------ATTTTGC--A--TT---CTCA-G--T-GTGG-T-TT--GCGAA-TAA-TTGGT-TGAGAAG-TGG---TT-GACCCATTTCTA--ACCA---CG-A-C-TG-C-A-GG---TGGG--AA---AACCAA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGAA-------TATC--------AC-----TGT-TA--TC-C-----G-T-G--TATGT--T----A---A--TAT---AGCAGCT-GTT-T--AATTTTCT-------------A--TCGC----T--TA-ACAG--A--GC-T------A-TTATTG---TTC--A--CCG-------TT-------A--TC------TGT----G-AAA-CAGACCTAC-GCGT---CGAAATTCTGTGGTAC--CCCTTAG-A--GT--CA--CC-ATTCCG-T---------TC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACA
gi|5 : ggatggttttcaggttataattagtttgttttaagaactctaacaatggatctggggttGTATGACGTTTAGATAGATATAA-TTGCCTGTAAT----TCATTGGTATTCTTTTAGAA--TAATT-ATACTTCATTGATAACCTGTAACT-CGAAG--ATTGGCTCAT-T---GC--CCCCTA-----TCCA-C-GAAATCTGTA--CCCCC--AA-GT-GACACA----CTGAAAT---T-GAA-GTTTTT--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----TG---G-----AG-T--C---TGG-AA--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-GA--A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GGAA--ATCG---TATG--AATGATGAATA-AA-T-------TAAA---A---ATTT----C--ACAAAAGA-T-------CTAT-----TGA-------A-TTTGC--A---C---CTTA-G--T-GTGG-A-CG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CATTTTT---AACA---CGAA-C-TG-TAA-GC---TGGG--AA---A--CTATGT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----A---A--TAT---G-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------G--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----A-AAA-C------A--GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTA--G--GT--CA--CA-TTTCCG-T--A------CC-CCCt
gi|6 : AGGTAAAT-TGACTTGATT-TAATAAAAT-ATTGGTAG------AGAAGATAATGCA---------GATA-----CAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--CCCCCC-GC-GC-GGCACA--AACT-AAAA---C-AAA-GTTTTT--GCCG-TTT--A-TGT-GAA-GCGAAA--TT--TTT--CC---A-----AAA----A--CGA-CC--GTG--TTT-G-ATGTA---AC-GA-ACATTTA-TGA-A-AGT-A----AT-CGTAG-------AA--GTCGGGTTGTG-CA-TGAT-ACTA-AAATATCGGATTGTATTCA-----TT----C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCTGC-----TCG--CCGACA--TAGTG--T-TC--TCAAG-T-A-TT-GC-T--GAAG-T-T---TT-CATGCACTTCTTA-ACCG-----AA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AT---A--CGA-GT-A--CAA-GTA--AGA-GAGA-------TATC--------AC-------T-GT--TT-C-----G-TGG--TACATACA----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-T--TA-ACTCA-------------A--TTGC----TG-TA-TTGA--T--GC-T--A---A-TCA-AG---TTG--A--T---------TT-------GTTCT------TGT----T---T-C------TT-ACTT---C-AAACTCA---ACAC--CCC---G-GT-GTG-CA--CC-GCTCCG-----------CC-CTCT-AATG-TGGAC-TTG-ACAC
gi|7 : TTA-AAGCCAATTGACACTTTCTCAAAAA--TTCA---TCACAATGATCGGTTCATGT---GC--CGCCTAC---CTCCA-CTGAAATCTGTA--CCCCA--A--GT-GGCACAC-A-CTGAAAT---T-GAA-GTTTTC--AGCG-TTT--AATTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CG---T-----AAAT--CA----G-AG--GTAAATCTTG-CTG-G---G--GTTATACGTA-GA--A-AGC-A-GCCAT-ATTAG-----GGAA--ATAA---TATG-GAATGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTCGC--A--TC---CTTACG--T-GTGA---CG--CCGAA-T-G-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CA-TTTT---AC----------T-TG-TTA-AG---TGGG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-CCGTAAG-TAG--TATGT--T--------A--TAT---G-CAGCTAG-T-T--CA-TCTCG-------------T--TTGC----TG-AA-GCAG--A--AC-TAGA---A-T-A-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----TAAAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---TTAC--CCCCAGA-G--GT--CA--CT-ATTCCG-T----------C-CCCACAATT-TGGGG-TTGTACAC
gi|8 : aagatggttaaattgag-T---AC--CCCCTACAATTCCCA-CCGAAAGTGATA--TCCCG--TA-GC-GGCAAT--A-CTAAAAAGAGC-AAT-GTTTTTTGACCG-TTT--A-TTT-GATAGCGAAA--TT--CATACC----------AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT----TGTG--------TA-ACGAA-CTCT----T-A-TACA--A--AA-----GTAAC-ATAG---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTTATCC--ACAAG------------CGAG-----C-A-------A-TCTGCTCG---C---CTGACA--TAGTGT-TGTG--TAAAA-T-ACTT-GTGT--GAAACT-G---TTTCATGC-CTTCTTGAACCG-----AA-T-TG-CGA-GG---TGTG---A---A--CGA-GT----AAC-GTA--AGA-GGAA-------GATC--------AC-----CGT-GTTATC-C-----GATGG--TAATA--T----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-A--TA-ACTTTA------------A--TTGC----TG-TATACGA--ATTCC-T--A---A-TCA-GG---TCAATA--T---------TT-------A--CC------TCCGT--T-TTC-C------TC-GCTT---C-AAACTCC-----AC--CCCC--GTG--ATA-CA--CCAACTCTG-TCAG------CC-CCCA-AATG-TGG
gi|9 : c-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--TCCCC--GT-GC-GGCACAT-A-CTAAAAA---GAGAA-GTTTTTT-GCC--TTT--A-TTT-GAA-GCGAAA--TTCAT----CC---A-----AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT-G-ATG----------TA-ACGAA-CCTT--------TACA--A--AA-----GTAATCATAG---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTATC-C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCTGC-----TCTCGCCGACA--TAGTG----TG--TTAAA-T-A-TT-GT-T--GAAC-T-G---TT-CATGCACTTCTGA-AC-----CGAA-T-TG-CGA-G-----GTG--AA---A--CGA-GT-A--AAACGTA--AGAGGAGA-------GATC--------AC-----CGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACATA-T----A---AATTGTTTGA-CAAC---TT-T--TA-ACTTA-------------A--TTGC----TG-TA-TCGATTC--GC-T--A---A-TCA-GG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TC-GCTT---C-AAACTCC---ACAC--CCCC--G-GT-GTA-CA--CC-ACTCTG-T--A------GC-CCCT-AATG-TGGtacttgggcacg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACACAAACATTCCAAGTTGTTGTTCTAGATATGCAAACAAGGTAATGTTTTTGTAAAGACCATGAATGTCAATGATGGTTCCACAAAAAATGATTCAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 4444444444444 222222 222 11 1 2222 22222 2222 111111 1111 444444444444444444444444444444444 11 22222222 2222222 1111 11 3333333333333 1111111 1111 11 222222222222 111111111111111 33333333333333333333 1111 111 333333333333 11 11111111 11111111 11111 22222222222222222222 111 222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111111 22
lowQualScore : 3 3 6 000000 4444444444444 8 3 111111 666 3 22 0 11 6 5 888 66 2222 5 2 55 66 44444 88 5555 2 777777 8 3333 4 55 8 4 55 55 55 333333333333333333333333333333333 55 4 00 22222222 8 6666666 3 777 3 8 99999 88 4444 11 7 3 1111111111111 1 8888888 4444 00 000000000000 555555555555555 3 55555555555555555555 3333 888 3 3 3 7 3 55 3 3 333 3 8 0 666666666666 3 3 3 2 3 666 55 666 55 0 3 9999 3 55 33 11111111 11111111 77777 6 77 3 11111 3 0 77 3 77777777777777777777 6 3 444 2 33 66 444444444444444444 6666 44 55 66 33 2 33 444 5 1 66 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 0000 33 6666666 00 55 2 1 22 555555 1 88 1 2 0
lowQualScore : . . . ...... ............. . . ...... ... . .. . .. . . ... .. .... . . .. .. ..... .. .... . ...... . .... . .. . . .. .. .. ................................. .. . .. ........ . ....... . ... . . ..... .. .... .. . . ............. . ....... .... .. ............ ............... . .................... .... ... . . . . . .. . . ... . . . ............ . . . . . ... .. ... .. . . .... . .. .. ........ ........ ..... . .. . ..... . . .. . .................... . . ... . .. .. .................. .... .. .. .. .. . .. ... . . .. ... ........................................................ . ... . .... .. ....... .. .. . . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 3 3 7 222222 0000000000000 6 8 888888 888 8 22 8 00 4 0 888 99 0000 0 2 55 11 00000 99 8888 7 111111 0 0000 0 55 0 0 66 55 55 333333333333333333333333333333333 55 0 66 00000000 7 3333333 6 000 6 7 11111 66 4444 77 0 6 5555555555555 9 4444444 1111 00 444444444444 666666666666666 6 55555555555555555555 2222 000 3 6 6 3 6 00 6 6 666 6 2 4 666666666666 6 6 6 0 6 444 00 444 00 5 6 0000 6 00 00 00000000 22222222 77777 2 33 1 99999 1 7 33 8 66666666666666666666 2 8 111 9 99 66 444444444444444444 1111 99 99 33 77 7 44 444 0 2 00 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 111 4 3333 11 1111111 11 55 0 8 55 222222 8 66 9 4 4
consensus : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAAN---C-GAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
Reference ( family-463 ) : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAAN---C-GAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
gi|1 : A--CCCCA--GCCGT-GGCACAT-A-CTAAAAAA--C-AAA-GTTTTG--TCCG-TTTGAA-TTT-AAA-GCGAAA--TT--C----AA---GTTACCAAA---CATTCCA-AGCTGTG--TCT-G-ATGTA---AC-GTAACGTTTA-TGTAA-AGC-A-T-CAT-A-GAG-----GTCA--GGC----TACGCAAAAGAT-A-TG-CA-T-----ATCGGG---G---ATTT----CTTAGGAAATG-TAATATCCCAATAGCTGTGAAGTAAACA-TCTGC-----TG---CCGACGACTAGTGATT-TGTCTCAAA-T-T-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-TATGCACTCTT---CCTGGACCGAATT-TG-CGA-GGGTTTGTGGTAAGTTA--CGA-GTAA--AAA-GTA--AGAAGAGA-------GATC--------AT-----CATAGTG-TC-G-----G-TGGA-TACCA--T----A---GATTAT---A-CA---AATT-TGACA-ACTTTTTAGACGTTAGAAA--TTGCGTGATA-CA-TCGA--A--GC-T--AAATA-CCA-GACGTTCA--ACTT---------TT-------G--CTCCACCGTTT----T-CAG-T------GC-GGTTATAC-AAACTCC---ATACAGCACCCGG-T--GTG-CATGCC-ACGCCG-T--A------CCATCCT-AATG-TGGAC-TTGGGCACG
gi|10 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactcc-GAACGTTTTG--ACCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CA---G-----AAAT--CA--TGG-AG--ATA--TCT-G-CT------GC-ATTATGTGTAGATATATAGC-A-TGTAT-ATTAGGTACTGTAA--ATTT---TATG-GAA-----ATT------------TTGAA---A---ATTT----C--GCAAAATA-T-------AGTT-----TGT-------A-TTTGC--A--TT---CT------T-GC-G-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--TAAG-T-GT--TT-CAC-CATTTCT---GCCA---CGAA-TCTG-ACA-GT---AGGG--AA---A--CTA-AT-G--AGT-ATA--AGCTGGGATTCGTAGTATCGGAGAGTTACAAATATAT-GT--CT-CTG---G-TAG--TATTT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA---TCT-------------A--TTGC----TA-AA-GCAG--A--GCAT--A---A-T-A-TG---TCA--A----------------------------------A----T-AAC-C------AG-G------T-AAATTCT---GTGT--CCCTTAC-G--GT--CA--CT-ATTCCG-C--A------CC-CCC--AATG-TGGGG-TTGTAC
gi|11 : agaaatgggtG-T-TGG-TCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-GT--TT-CATGCACTTCT---G-AA---CGAA-T-TG-CGATGG---TGTG--AA---A--CGA-G--GATAAA-GTAAGAGAGGAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TCTC-----G-TGG--TACATA-C----A---A---ATTG-ACCAACT--TTGT--TA-ACT-T-------------A--ATGC----TGTTA-TCGGA-A--GC-T--A---A-CCG-TG---CGA--G--TGCGAGAGTGTT-------A--CCTCGTT-TCC----T------------TC-GCTT---C-AA---CC---CCAC--ACCCCGG-T--GTG-CA--GC-GCTCCGCT--A------CC-CCT--AATG-TGGAC-TTGGACA
gi|12 : A-------TACC--------AT-----TGT-AT--TC-C-----G-TTG--TATCT--TTTAAA---A--TAT---A-CTGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--G---A-TTA-TG---TCA--T--C---------TT-------A--CC------AAT----T-AAA--------ACAGCTT---C-AAATTCT---GTAC--CCCCTAT-G--GT--CA--CT-ATCACG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGAT-TTGTACACt
gi|13 : GAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACAT--T----TTGTA--CAT---A-CA-TTAATT-G--TA-G-----------------A--TT-------------CGA--A--AC-T--A---A-TTA-GG---TAA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TC-GCTT---C-AAACTCC---ACAC--TCCC--G-GT-GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGGAG-TTGGGCAC
gi|14 : A-CATTA-AAC-G-TA-ATCATTCA-----GTAA--ATCT---TATG-GAGTGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAACTA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTTGC--A--TC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CGGAA-
gi|15 : aaaagtatggtaagctgtttggTT-T--CA-ACT-T-------------AAATTGC----TG-TA-ATCG--A--GC-T--A---AATCA-GG---CTA--A--T---------TT-------A--CCCCGTT-TTC----T-------------C-GCTT---C-AA--TCA-----AC--CGCCCGGTG--GTG-CAAACC-GCTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGG
gi|16 : caacA-GCGA--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCC--A--C---------TT-------G--CC------AAG----A-AAAAC------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAT--CCTTGAA-G--AT--CT--CT-ATTTCG-C--A-------A-CCTA-GATG-TGAGG-TTCTACACGaacttgggcac
gi|18 : tttaattcaggcccccgttt-AAA-C------AC-GCTT---C-ATGTTCC----TAC--CCCCTAG-G--GT--CA--C--ATTCCA-T--A------CC-CCC--AATGTTGGGGTTTGTA
gi|19 : ttatgtcgctgacagttta--A---A-TCA-AG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------T-------------------AC-G----------GTTTC---ACAC--CCCC--G-GT-GTG-CA--CC-GCTCCG-T--A------CC-CCTT-AATG-TGGAC-TTG
gi|2 : AATAAAA-CATTGGTAG---------ATATAATTTATAC-------ATA--TTTCAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-TAACGC--CCCTCAT---C-CCA-CC-AACTCCTCA--CCCCCT-GC-GTTGGCACATTA-ATAAAAA---C-AAAAGTTTTT--GTCGGTTT--A-TTTTGAA-GCGAAA--AT--T----CATCCA-----AAATACCA--CCT--G--TTG--TCT-GATTGTACTAAC-GTT-TATATA-AAA-A-GGC-AATTCAT-AGAAG-----GTCA--GGC----TACG-CAA-AAT-ATTAGAA-TATCGGATTT----------TTT----C--ATCCAATAAG-------CGAG-----TAA-------A-TTTCT--GACTCG--CCGACA--TTGTG--T-TG--TCAAAAT-A-TTTGT-T--GAAG-T-GGTTTT-CATGCACTTCTGA-ACCG-----AA-T-TGACGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-A--AAA-GTA--AGA-GAGA-------GATC--------AC-----TGTGGT--TC-C-----G-TGGGTTACATACC----A---G--GATTTGA-CAACT--TT-T--AA-ACT-T-------------AACTTGC----TG-TA-CCGA--A--GC-T--A---ATTCAGGG---TCAT-A--C---------TTTCTCCCGG--TT------TTC----T-------------C-GC-T---C-AAACTCC---ATAA--CCCCCCG-GTAGTGCCA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TTGGgg
gi|20 : tttaA--CT-ATTCCG-T--AAGGGGCCC-CCCA-AATG-CGGGG-TTGTACACacttggcac
gi|21 : tcctacgcccctgAATTTT---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CC-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGCACAtggtg
gi|22 : gCCCTAG-G--GT--CA--CC-ATTC-G-T--A------CC----A-AATG-TGGGG-TTGCACAg
gi|23 : tttgta-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACATGggg
gi|24 : -T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|3 : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAAT----TCATTGGTATTCTT--AGAA-ATAATTTATACTTCATTGATAGCCTGTAACTT-GGAA--ATTGGTTCAT-T---GC--TCCCTAC---CTCCA-ATGAAAGCTGTA--CCCCC--AT-GT-GGCACA----CTGAAAT---T-GAA-GTTTTC--ACCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGGAA--TT--T----TG---G-----AAAT--TA--TGG-AG--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-TTCTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCA---TATG-GAATGAT-AC---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----GGA-------A-TTCGC--G--TC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---GT-CACCCATTTCT---ACCA---TAAA-C-TG-TAA-GG---TGTG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----G---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TCGC----TG-AA-GCTG--A--GC-T--A---A-TCA-TG---TCA--G--C---------TT-------G--CC------TGC----TAAAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CT-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|4 : TCAT-T---GTGGCCCGTACAACCTCCAGCTGAAATCTGTAAACCCCCAAGT-G--GGCACC--A-CAGAAAT---T-GAA-GTTTTC--ACCG-TTT--ATTTT-GAC-GTGAAAATTT--T----GG---G-----AAATC-CA--TGGAAG--GTA--TTG-G---GCG---GCAATTA-ATGTG-TAGAA-AGCAA-TGCAT-ATTAA-----GTAA--ATCA---TATG--AATGAT-AG-G-CA-TA----ATTGAA---A---AATT----CCAAAAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------ATTTTGC--A--TT---CTCA-G--T-GTGG-T-TT--GCGAA-TAA-TTGGT-TGAGAAG-TGG---TT-GACCCATTTCTA--ACCA---CG-A-C-TG-C-A-GG---TGGG--AA---AACCAA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGAA-------TATC--------AC-----TGT-TA--TC-C-----G-T-G--TATGT--T----A---A--TAT---AGCAGCT-GTT-T--AATTTTCT-------------A--TCGC----T--TA-ACAG--A--GC-T------A-TTATTG---TTC--A--CCG-------TT-------A--TC------TGT----G-AAA-CAGACCTAC-GCGT---CGAAATTCTGTGGTAC--CCCTTAG-A--GT--CA--CC-ATTCCG-T---------TC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACA
gi|5 : ggatggttttcaggttataattagtttgttttaagaactctaacaatggatctggggttGTATGACGTTTAGATAGATATAA-TTGCCTGTAAT----TCATTGGTATTCTTTTAGAA--TAATT-ATACTTCATTGATAACCTGTAACT-CGAAG--ATTGGCTCAT-T---GC--CCCCTA-----TCCA-C-GAAATCTGTA--CCCCC--AA-GT-GACACA----CTGAAAT---T-GAA-GTTTTT--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----TG---G-----AG-T--C---TGG-AA--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-GA--A-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GGAA--ATCG---TATG--AATGATGAATA-AA-T-------TAAA---A---ATTT----C--ACAAAAGA-T-------CTAT-----TGA-------A-TTTGC--A---C---CTTA-G--T-GTGG-A-CG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CATTTTT---AACA---CGAA-C-TG-TAA-GC---TGGG--AA---A--CTATGT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----A---A--TAT---G-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------G--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----A-AAA-C------A--GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTA--G--GT--CA--CA-TTTCCG-T--A------CC-CCCt
gi|6 : AGGTAAAT-TGACTTGATT-TAATAAAAT-ATTGGTAG------AGAAGATAATGCA---------GATA-----CAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--CCCCCC-GC-GC-GGCACA--AACT-AAAA---C-AAA-GTTTTT--GCCG-TTT--A-TGT-GAA-GCGAAA--TT--TTT--CC---A-----AAA----A--CGA-CC--GTG--TTT-G-ATGTA---AC-GA-ACATTTA-TGA-A-AGT-A----AT-CGTAG-------AA--GTCGGGTTGTG-CA-TGAT-ACTA-AAATATCGGATTGTATTCA-----TT----C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCTGC-----TCG--CCGACA--TAGTG--T-TC--TCAAG-T-A-TT-GC-T--GAAG-T-T---TT-CATGCACTTCTTA-ACCG-----AA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AT---A--CGA-GT-A--CAA-GTA--AGA-GAGA-------TATC--------AC-------T-GT--TT-C-----G-TGG--TACATACA----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-T--TA-ACTCA-------------A--TTGC----TG-TA-TTGA--T--GC-T--A---A-TCA-AG---TTG--A--T---------TT-------GTTCT------TGT----T---T-C------TT-ACTT---C-AAACTCA---ACAC--CCC---G-GT-GTG-CA--CC-GCTCCG-----------CC-CTCT-AATG-TGGAC-TTG-ACAC
gi|7 : TTA-AAGCCAATTGACACTTTCTCAAAAA--TTCA---TCACAATGATCGGTTCATGT---GC--CGCCTAC---CTCCA-CTGAAATCTGTA--CCCCA--A--GT-GGCACAC-A-CTGAAAT---T-GAA-GTTTTC--AGCG-TTT--AATTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CG---T-----AAAT--CA----G-AG--GTAAATCTTG-CTG-G---G--GTTATACGTA-GA--A-AGC-A-GCCAT-ATTAG-----GGAA--ATAA---TATG-GAATGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTCGC--A--TC---CTTACG--T-GTGA---CG--CCGAA-T-G-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CA-TTTT---AC----------T-TG-TTA-AG---TGGG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-CCGTAAG-TAG--TATGT--T--------A--TAT---G-CAGCTAG-T-T--CA-TCTCG-------------T--TTGC----TG-AA-GCAG--A--AC-TAGA---A-T-A-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----TAAAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---TTAC--CCCCAGA-G--GT--CA--CT-ATTCCG-T----------C-CCCACAATT-TGGGG-TTGTACAC
gi|8 : aagatggttaaattgag-T---AC--CCCCTACAATTCCCA-CCGAAAGTGATA--TCCCG--TA-GC-GGCAAT--A-CTAAAAAGAGC-AAT-GTTTTTTGACCG-TTT--A-TTT-GATAGCGAAA--TT--CATACC----------AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT----TGTG--------TA-ACGAA-CTCT----T-A-TACA--A--AA-----GTAAC-ATAG---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTTATCC--ACAAG------------CGAG-----C-A-------A-TCTGCTCG---C---CTGACA--TAGTGT-TGTG--TAAAA-T-ACTT-GTGT--GAAACT-G---TTTCATGC-CTTCTTGAACCG-----AA-T-TG-CGA-GG---TGTG---A---A--CGA-GT----AAC-GTA--AGA-GGAA-------GATC--------AC-----CGT-GTTATC-C-----GATGG--TAATA--T----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-A--TA-ACTTTA------------A--TTGC----TG-TATACGA--ATTCC-T--A---A-TCA-GG---TCAATA--T---------TT-------A--CC------TCCGT--T-TTC-C------TC-GCTT---C-AAACTCC-----AC--CCCC--GTG--ATA-CA--CCAACTCTG-TCAG------CC-CCCA-AATG-TGG
gi|9 : c-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--TCCCC--GT-GC-GGCACAT-A-CTAAAAA---GAGAA-GTTTTTT-GCC--TTT--A-TTT-GAA-GCGAAA--TTCAT----CC---A-----AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT-G-ATG----------TA-ACGAA-CCTT--------TACA--A--AA-----GTAATCATAG---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTATC-C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCTGC-----TCTCGCCGACA--TAGTG----TG--TTAAA-T-A-TT-GT-T--GAAC-T-G---TT-CATGCACTTCTGA-AC-----CGAA-T-TG-CGA-G-----GTG--AA---A--CGA-GT-A--AAACGTA--AGAGGAGA-------GATC--------AC-----CGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACATA-T----A---AATTGTTTGA-CAAC---TT-T--TA-ACTTA-------------A--TTGC----TG-TA-TCGATTC--GC-T--A---A-TCA-GG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TC-GCTT---C-AAACTCC---ACAC--CCCC--G-GT-GTA-CA--CC-ACTCTG-T--A------GC-CCCT-AATG-TGGtacttgggcacg
blockSeqs : A C G AAAAT TTCTTTTAGAA T T TTCATT GCC G AC TG T G . GG CAAC G T GC AA AAGT TT TTA A AGAGC C TTGA G . T T TA AT CA CATCCAAAATACCACCTG AA T AT TACTAAC T GATATAT A ATT C T GTACT TC GGGT G T G TTAGAATATCGG A TTCA TATC CA ATAAG TGT T GACTCGCCGACATT TTG GT A A C T G GA C G GTT T G AACCACG . C A C T . . . AC T GAT C AG CT TTCGTAGT GGAGAGTT AAATA G TA T CGTAA A GT T ATAAATTGTTTG C G TAG G . TT TAAA . TT TA TT TT A AG . A C GG . GTGCGAGAGTGTTACCTCGTTTCCTT A . G GTGG . CCGGTA GC AA A C CA AGGGGC . AC T T
blockSeqs : . . . TC TTCTTAGAAA C T TTCATT ACC G AC . T . . . CAAT . T TC . TGC T AA G AGA A TTG . . A . C . . GGGAAATCCATGGAAG . . C CGGCA T CATTA . TG . T . C T G T . CTAAAATATCGG A TTTT ATC . ATAT TGA . TCTCGCCGACATA GT C . . . G . . . . T . G TGAACCG . . . G . . . . . . G . . AG G . . . . . TG . . A ACCAGGATTTG G A TAG . . A TAAC . A G A . . . . T T TT . ACCGTTATCTGTGAAACAGACCTA . . . G . CGGTG G . . . . . . A . .
blockSeqs : TC GAGAAGA G C TTTCTC A T AT . C . . . C . C TC . CGC T CA G AC . GA . . . . A . . CAGAAATCATGGAG . . C CGGC T TTCTA . TA . G . . T C T . TTAAAAA A TTTT . . CTAT TAA . TCGCCTGACATA GT C . . . . . . . . T . C GCCACG . . . G . . . . . . A . . CT T . . . . . . . . C TTTAAAATAT . G TAA . . T TTAA . A T . . . . . . T T . ATATTTACCTCCGTTTTCCT . . . C . TACG G . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . T TC . AT C TA G TT . TG . . . . C . . TGGAAATTATGGAG . . C CGGC T TAGAA . TG . T . . A G T . TTAAAAA A A . . ATAT GGA . TCGCCGACATA GT T . . . . . . . . . . C GAACCG . . . A . . . . . . G . . CT G . . . . . . . . A TTTGTACAT . A TAG . . G CTA . T G . . . . . . C T . TACTTTCTCCCGGTTTTCT . . . G . CGGT G . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . C . C GT . AA T A G TT . CA . . . . C . . TTCCAAAAACGACC . . A TAAC C AAAA . TG . T . . A C T . GGCATA A A . . ATAT TGA . ATCCTTATGT GT C . . . . . . . . . . G ACCATA . . . A . . . . . . G . . CT G . . . . . . . . A ACAAATTTG . G TAG . . A CTA . T A . . . . . . T T . ATTTACCTCCGTTTTCT . . . A . TATG G . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . A . C G . TA C A A TT . CA . . . . C . . ATACCAAAACGACT . . C GC T TGAA . TG . T . . G G T . ATAAAT T A . . AGAT TGA . GTCCTTATGT GT G . . . . . . . . . . G AACACG . . . G . . . . . . G . . CT T . . . . . . . . G ACAAATTG . G TAG . . A CTA . A G . . . . . . C G . ACTTGCCAAGAAAAACA . . . G . GAAG G . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . G . GT C . A AC . TG . . . . A . . TGGAGTCTGGAA . . A GG . CTCT . GC . G . . A C A . GAATA A A . . ATAT CAA . ATCCTTACGT GA C . . . . . . . . . . G TAACCG . . . T . . . . . . A . . AG T . . . . . . . . G TAATTTG . G TG . . T CTA . T C . . . . . . C G . GCTTGCCTGCTAAAACA . . . A . TAGG A . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . TT . TG . . . . C . . CGTAAATCAGAG . . . TG . CCTT . TA . T . . G C A . CAATA G A . . . TGA . ATTCTCAGT T T . . . . . . . . . . . GAACCG . . . G . . . . . . G . . A T . . . . . . . . G TAATAT . A T . . T CTG . A G . . . . . . C T . GTTTGCCTGTTAAAACA . . . A . TAGG A . . . . . . A . .
blockSeqs : . CA . . . . A . . CCAAAAACGACT . . . . . GAA . TA . . . . G . . . GAATA G A . . . CAA . ACCTTAGT T C . . . . . . . . . . . GAACG . . . G . . . . . . A . . A T . . . . . . . . A TGATAT . G T . . A CAA . T A . . . . . . T A . ATTTACCTCCGTTTTCT . . . G . TAGG . . . . . . . A . .
blockSeqs : GAA . . . . . . . . . . TT . . . . . CA . ATTCTT A T . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . G TAATAT . A . . . T CGT . A G . . . . . . T T . ATTTACCCCGTTTTCT . . . G . TAGG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . T . G . . . . . . . . T TAATAT . A . . . A TAA . T T . . . . . . C T . GTTTGCCTGTAAAACA . . . G . TAGA . . . . . . . A . .
blockSeqs : G . . . . . . . . A TATAT . . . . . A TA . T G . . . . . . C A . ATTTGTTCTTGTTTCT . . . A . AGAG . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . A . . T . . . . . . C T . TCTTACCAATTAAAA . . . T . GGT . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . ATTTACCTA . . . A . GGT . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . G . AATAACCA . . . . . TAG . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . GGT . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . GTG . . . . . . . T .
blockSeqs : GGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TTCATT G** *** GN*** TT**** ** CGGAAATCACGGAG******************* TNAA*** TG* G*** N* ** ATAT******** CGA************ ATCCCGACGT********** GT** C** GANNCG****** *** ** *** G*** ** ** TAATAT************** TAG ** CTA*************** **** *** *** *** ** ** **
originalCons : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC--GC-GC-GGCACA--A-CTGAAAN---C-GAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTA-NNNTA-AGC-A-TGCAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTTGC--G--TC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCT---ACCG---CGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GTG-CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
finalCons : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATTGATAG--TNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCCGN---GC-GGCACA--A-CTGAAATT----GAA-GTTTTC--GCCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--TCGGAAATCACGGAG-------------------GTG--TCT-G-CTGCG---GC-GTTATACGTATNAA---AGC-ATG-CAT-ATTAG-----GTAA--ATCG---TATGN-AATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATAT--------CGATCGA------------A-TTTGCATCCCGACGT----------GTGGT--TGC--CGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCACTTCTGANNCG------AA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GTG---AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGTTAATAT--------------A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCTA---------------TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------AC-GCTT---C-AAATTCC---GTAC--CCCCTAG-G--GT--CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACACAAACATTCCAAGTTGTTGTTCTAGATATGCAAACAAGGTAATGTTTTTGTAAAGACCATGAATGTCAATGATGGTTCCACAAAAAATGATTCAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333 4444444444444 111111 333 11 1 2222 11111 22222 222222 111111 444444444444444444444444444444444 11 3333333333333333333333333333 111 111111 11 3333333333333 1111111 1111 11 222222222222 111111111111111 2222222222222222 1111 111 111111 11 11111111 11111111 11111 22222222222222222222 111 222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 2222222222222
lowQualScore : 3 3 6 000000 4444444444444 8 3 999999 333 3 22 0 11 6 5 888 66 2222 5 2 55 66 55555 55 4 77777 333333 4 111111 9999 4 55 8 4 55 55 55 333333333333333333333333333333333 55 4 00 1111111111111111111111111111 4 4 888 4 99999 666666 11 7 3 1111111111111 1 8888888 4444 00 000000000000 555555555555555 3 55 7777777777777777 3333 888 3 3 3 7 3 55 3 3 333 3 8 666 333333 3 3 3 2 3 666 55 666 55 0 3 9999 3 55 33 11111111 11111111 77777 6 77 3 11111 3 0 77 3 77777777777777777777 6 3 444 2 33 66 444444444444444444 6666 44 55 66 33 2 33 444 5 1 66 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 2 1111 2 55 2222222222222 55 2 1 22 555555 1 88 1 2 0
lowQualScore : . . . ...... ............. . . ...... ... . .. . .. . . ... .. .... . . .. .. ..... .. . ..... ...... . ...... .... . .. . . .. .. .. ................................. .. . .. ............................ . . ... . ..... ...... .. . . ............. . ....... .... .. ............ ............... . .. ................ .... ... . . . . . .. . . ... . . ... ...... . . . . . ... .. ... .. . . .... . .. .. ........ ........ ..... . .. . ..... . . .. . .................... . . ... . .. .. .................. .... .. .. .. .. . .. ... . . .. ... ........................................................ ... . .... . .. ............. .. . . .. ...... . .. . . .
lowQualScore : 3 3 7 222222 0000000000000 6 8 000000 444 8 22 8 00 4 0 888 99 0000 0 2 55 11 33333 11 4 44444 999999 0 555555 9999 0 55 0 0 66 55 55 333333333333333333333333333333333 55 0 66 0000000000000000000000000000 0 0 777 3 11111 999999 77 0 6 5555555555555 9 4444444 1111 00 444444444444 666666666666666 6 00 5555555555555555 2222 000 3 6 6 3 6 00 6 6 666 6 2 444 222222 6 6 6 0 6 444 00 444 00 5 6 0000 6 00 00 00000000 22222222 77777 2 33 1 99999 1 7 33 8 66666666666666666666 2 8 111 9 99 66 444444444444444444 1111 99 99 33 77 7 44 444 0 2 00 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 4 9999 1 00 7777777777777 55 0 8 55 222222 8 66 9 4 4
consensus : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATCGATAACCTNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC-GN-GC-GG-CACA---A-CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-G-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-NTGCG---GC-G-----TTATACGT--AT-GA-AAGC-A-TGCATATTAG-----GTAAATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTT--GCATC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCAC---TTCT-GA-ANCGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TAG-GGTG--CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
Reference ( family-463 ) : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAATAAAATCATTGGTANTCTTTTAGAAGATAATTTATACTTCATTGATAG--TNCAACTTCGAAA--ATCGGCTCAT-T---GC--CCCCTAC---CTCCA-CCGAAANCTGTA--CCCCC-GN-GC-GG-CACA---A-CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-G-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GCGAAA--TT--T----CG---G-----AAAT--CA--CGG-AG--GTG--TCT-G-CTGCG---GC-G-----TTATACGT--AT-NA-AAGC-A-TGCATATTAG-----GTAAATCG---TATG-NAATGAT-ANTA-AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----CGA-------A-TTT--GCATC---CCGACG--T-GTGG-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CACGCAC---TTCT-GA-NNCGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-G--AGA-GTA--AGATGGGA-------NATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACGT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-NCTCT-------------A--TTGC----TG-NA-GCGG--A--GC-T--A---A-TCA-NG---TCA--A--T---------TT-------G--CC------TNC----T-AAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TAG-GGT---CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACG
gi|1 : A--CCCCA-GCCGT-GG-CACAT--A-CTAAAAAA--C-AAA-G------TTTTG-T-CCG-TTTGAA-TTT-AAA-GCGAAA--TT--C----AA---GTTACCAAA---CATTCCA-AGCTGTG--TCT-G-ATGTA---AC-G-----TAACGTTT--ATGTA-AAGC-A-T-CATA-GAG-----GTCAGGC----TACGCAAAAGAT-A-TG-CA-T-----ATCGGG---G---ATTT----CTTAGGAAATG-TAATATCCCAATAGCTGTGAAGTAAACA-TCT--GC-TG---CCGACGACTAGTGATT-TGTCTCAAA-T-T-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-TATGCACTCTTCCT-GG-ACCGAATT-TG-CGA-GGGTTTGTGGTAAGTTA--CGA-GTAA--AAA-GTA--AGAAGAGA-------GATC--------AT-----CATAGTG-TC-G-----G-TGGA-TACCA--T----A---GATTAT---A-CA---AATT-TGACA-ACTTTTTAGACGTTAGAAA--TTGCGTGATA-CA-TCGA--A--GC-T--AAATA-CCA-GACGTTCA--ACTT---------TT-------G--CTCCACCGTTT----T-CAG-T------GCGGTTATAC-AAACTCC---AT-ACAGCACC---CGG-TGTG--CATGCC-ACGCCG-T--A------CCATCCT-AATG-TGGAC-TTGGGCACG
gi|10 : gtagatatgaattactactaaatcatggtctccactaccctattaccttcataacccactaaactttctactccGAAATGGGT-GAACG------TTTTG-A-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CA---G-----AAAT--CA--TGG-AG--ATA--TCT-G-CT------GC-A-----TTATGTGTAGATATA-TAGC-A-TGTATATTAGGTACTGTAAATTT---TATG-GAA-----ATT------------TTGAA---A---ATTT----C--GCAAAATA-T-------AGTT-----TGT-------A-TTT--GCATT---CT------T-GC-G-T-TG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--TAAG-T-GT--TT-CAC-CAT---TTCT-GC-CACGAA-TCTG-ACA-GT---AGGG--AA---A--CTA-AT-G--AGT-ATA--AGCTGGGATTCGTAGTATCGGAGAGTTACAAATATAT-GT--CT-CTG---G-TAG--TATTT--T----A---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA---TCT-------------A--TTGC----TA-AA-GCAG--A--GCAT--A---A-T-A-TG---TCA--A----------------------------------A----T-AAC-C------AGG------T-AAATTCT---GT-GT--CCCT---TAC-GGT---CA--CT-ATTCCG-C--A------CC-CCC--AATG-TGGGG-TTGTAC
gi|11 : aG-T-TGG-TCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-GT--TT-CATGCAC---TTCT-GA--ACGAA-T-TG-CGATGG---TGTG--AA---A--CGA-G--GATAAA-GTAAGAGAGGAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TCTC-----G-TGG--TACATA-C----A---A---ATTG-ACCAACT--TTGT--TA-ACT-T-------------A--ATGC----TGTTA-TCGGA-A--GC-T--A---A-CCG-TG---CGA--G--TGCGAGAGTGTT-------A--CCTCGTT-TCC----T------------TCGCTT---C-AA---CC---CC-AC--ACCC---CGG-TGTG--CA--GC-GCTCCGCT--A------CC-CCT--AATG-TGGAC-TTGGACA
gi|12 : A-------TACC--------AT-----TGT-AT--TC-C-----G-TTG--TATCT--TTTAAA---A--TAT---A-CTGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--G---A-TTA-TG---TCA--T--C---------TT-------A--CC------AAT----T-AAAAC------A-GCTT---C-AAATTCT---GT-AC--CCCC---TAT-GGT---CA--CT-ATCACG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGAT-TTGTACACt
gi|13 : GAGA-------GATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACAT--T----TTGTA--CAT---A-CA-TTAATT-G--TA-G-----------------A--TT-------------CGA--A--AC-T--A---A-TTA-GG---TAA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TCGCTT---C-AAACTCC---AC-AC--TCCC-------GGTGTGCA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGGAG-TTGGGCAC
gi|14 : ATTCA-----GTAAATCT---TATG-GAGTGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAACTA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTT--GCATC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CGGAA-
gi|15 : aaaagtatggtaagctgtttggacattaaacgtaatcTT-T--CA-ACT-T-------------AAATTGC----TG-TA-ATCG--A--GC-T--A---AATCA-GG---CTA--A--T---------TT-------A--CCCCGTT-TTC----T-------------CGCTT---C-AA--TCA------AC--CGCC---CGGTGGTG--CAAACC-GCTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TGG
gi|16 : caacA-GCGA--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCC--A--C---------TT-------G--CC------AAG----A-AAAAC------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AT--CCTT---GAA-GAT---CT--CT-ATTTCG-C--A-------A-CCTA-GATG-TGAGG-TTCTACACGaacttgggcac
gi|18 : tttaattcaggcccccgttt-AAA-C------ACGCTT---C-ATGTTCC----T-AC--CCCC---TAG-GGT---CA---C-ATTCCA-T--A------CC-CCC--AATGTTGGGGTTTGTA
gi|19 : ttatgtcgctgacagttta--A---A-TCA-AG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------T-------------------ACG----------GTTTC---AC-AC--CCCC-------GGTGTGCA--CC-GCTCCG-T--A------CC-CCTT-AATG-TGGAC-TTG
gi|2 : AATAAAA-CATTGGTAG---------ATATAATTTATAC-------ATAT--TTCAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-TAACGC--CCCTCAT---C-CCA-CC-AACTCCTCA--CCCCCTGC-GTTGG-CACATTAA-TAAAAAC---A-AAA-G------TTTTT-G-TCGGTTT--A-TTTTGAA-GCGAAA--AT--T----CATCCA-----AAATACCA--CCT--G--TTG--TCT-GATTGTACTAAC-G-----TT-TATAT--AA-AA-AGGC-AATTCATAGAAG-----GTCAGGC----TACG-CAA-AAT-ATTAGAA-TATCGGATTT----------TTT----C--ATCCAATAAG-------CGAG-----TAA-------A-TTTCTGACTCG--CCGACA--TTGTG--T-TG--TCAAAAT-A-TTTGT-T--GAAG-T-GGTTTT-CATGCAC---TTCT-GA-ACCGAA-T-TGACGA-GG---TGTG--AA---A--CGA-GT-A--AAA-GTA--AGA-GAGA-------GATC--------AC-----TGTGGT--TC-C-----G-TGGGTTACATACC----A---G--GATTTGA-CAACT--TT-T--AA-ACT-T-------------AACTTGC----TG-TA-CCGA--A--GC-T--A---ATTCAGGG---TCAT-A--C---------TTTCTCCCGG--TT------TTC----T-------------CGC-T---C-AAACTCC---ATAAC--CCCCCGGTAG-TGC---CA--CC-ACTCCG-T--A------CC-CCCT-AATG-TTGGgg
gi|20 : tttaTCC----T-ACG-CCCC---TG---------A--CT-ATTCCG-T--AAGGGGCCC-CCCA-AATG-CGGGG-TTGTACACacttggcac
gi|21 : AATTTT---GT-AC--CCCC---TAG-GGT---CA--CC-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGCACAtggtg
gi|22 : gCCC---TAG-GGT---CA--CC-ATTC-G-T--A------CC----A-AATG-TGGGG-TTGCACAg
gi|23 : tttgta-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACATGggg
gi|24 : -T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|3 : GTATGACGTTTAGATAAAT-TAA-TTGCTTGTAAT----TCATTGGTATTCTT--AGAA-ATAATTTATACTTCATTGATAGCCTGTAACTT-GGAA--ATTGGTTCAT-T---GC--TCCCTAC---CTCCA-ATGAAAGCTGTA--CCCCC-AT-GT-GG-CACA-----CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-A-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGGAA--TT--T----TG---G-----AAAT--TA--TGG-AG--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-G-----TTATACGT--AT-TCTAAGC-A-TGCATATTAG-----GTAAATCA---TATG-GAATGAT-AC---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----GGA-------A-TTC--GCGTC---CTTATG--T-GTGG-T-TG--CCAAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---GT-CACCCAT---TTCT-AC-CATAAA-C-TG-TAA-GG---TGTG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----G---A--TAT---A-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------A--TCGC----TG-AA-GCTG--A--GC-T--A---A-TCA-TG---TCA--G--C---------TT-------G--CC------TGC----TAAAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TAG-GGT---CA--CT-ATTCCG-T--A------CC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACACGgt
gi|4 : TCAT-T---GTGGCCCGTACAACCTCCAGCTGAAATCTGTAAACCCCC-AA-GT-GGGCACC---A-CAGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-A-CCG-TTT--ATTTT-GAC-GTGAAAATTT--T----GG---G-----AAATC-CA--TGGAAG--GTA--TTG-G---GCG---GCAA-----TTA-ATGT--GTAGA-AAGCAA-TGCATATTAA-----GTAAATCA---TATG--AATGAT-AG-G-CA-TA----ATTGAA---A---AATT----CCAAAAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------ATTTT--GCATT---CTCA-G--T-GTGG-T-TT--GCGAA-TAA-TTGGT-TGAGAAG-TGG---TT-GACCCAT---TTCT-AACCACG-A-C-TG-C-A-GG---TGGG--AA---AACCAA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGAA-------TATC--------AC-----TGT-TA--TC-C-----G-T-G--TATGT--T----A---A--TAT---AGCAGCT-GTT-T--AATTTTCT-------------A--TCGC----T--TA-ACAG--A--GC-T------A-TTATTG---TTC--A--CCG-------TT-------A--TC------TGT----G-AAA-CAGACCTACGCGT---CGAAATTCTGTGGT-AC--CCCT---TAG-AGT---CA--CC-ATTCCG-T---------TC-CCCA-AATG-TGGGG-TTGTACA
gi|5 : ggatggttttcaggttataattagtttgttttaagaactctaacaatggatctggggttGTATGACGTTTAGATAGATATAA-TTGCCTGTAAT----TCATTGGTATTCTTTTAGAA--TAATT-ATACTTCATTGATAACCTGTAACT-CGAAG--ATTGGCTCAT-T---GC--CCCCTA-----TCCA-C-GAAATCTGTA--CCCCC-AA-GT-GA-CACA-----CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTT-G-CCG-TTT--A-TTT-GAC-GTGAAA--TT--T----TG---G-----AG-T--C---TGG-AA--GTA--TCT-G-CTGCG---GC-G-----TTATACGT--A--GA-AAGC-A-TGCATATTAG-----GGAAATCG---TATG--AATGATGAATA-AA-T-------TAAA---A---ATTT----C--ACAAAAGA-T-------CTAT-----TGA-------A-TTT--GCA-C---CTTA-G--T-GTGG-A-CG--CCGAA-T-A-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CAT---TTTT-AA-CACGAA-C-TG-TAA-GC---TGGG--AA---A--CTATGT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-C-----G-TAG--TATGT--T----A---A--TAT---G-CAGCTAGTT-T--TA-TCTCT-------------G--TTGC----TG-AA-GCAG--A--GC-T--A---A-TTA-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----A-AAA-C------A-GCTT---C-AAATTCC---GT-AC--CCCC---TA--GGT---CA--CA-TTTCCG-T--A------CC-CCCt
gi|6 : AGGTAAAT-TGACTTGATT-TAATAAAAT-ATTGGTAG------AGAAGATAATGCA---------GATA-----CAATTTCAAAA--AT-GACTCCC-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--CCCCCCGC-GC-GG-CACA---AACTAAAAC-----AAA-G------TTTTT-G-CCG-TTT--A-TGT-GAA-GCGAAA--TT--TTT--CC---A-----AAA----A--CGA-CC--GTG--TTT-G-ATGTA---AC-G-----A-ACATTT--AT-GA-AAGT-A----ATCGTAG-------AAGTCGGGTTGTG-CA-TGAT-ACTA-AAATATCGGATTGTATTCA-----TT----C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCT--GC-TCG--CCGACA--TAGTG--T-TC--TCAAG-T-A-TT-GC-T--GAAG-T-T---TT-CATGCAC---TTCT-TA-ACCGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG--AT---A--CGA-GT-A--CAA-GTA--AGA-GAGA-------TATC--------AC-------T-GT--TT-C-----G-TGG--TACATACA----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-T--TA-ACTCA-------------A--TTGC----TG-TA-TTGA--T--GC-T--A---A-TCA-AG---TTG--A--T---------TT-------GTTCT------TGT----T---T-C------TTACTT---C-AAACTCA---AC-AC--CCC--------GGTGTGCA--CC-GCTCCG-----------CC-CTCT-AATG-TGGAC-TTG-ACAC
gi|7 : TTA-AAGCCAATTGACACTTTCTCAAAAA--TTCA---TCACAATGATCGGTTCATGT---GC--CGCCTAC---CTCCA-CTGAAATCTGTA--CCCC--AA-GT-GG-CACAC--A-CTGAAAT---T-GAA-G------TTTTC-A-GCG-TTT--AATTT-GAC-GTGAAA--TT--T----CG---T-----AAAT--CA----G-AG--GTAAATCTTG-CTG-G---G--G-----TTATACGT--A--GA-AAGC-A-GCCATATTAG-----GGAAATAA---TATG-GAATGAT-AG---AA-TA----ATTGAA---A---ATTT----C--ACAAAATA-T-------CGAT-----TGA-------A-TTC--GCATC---CTTACG--T-GTGA---CG--CCGAA-T-G-TT-GT-T--GAAG-T-G---TT-CAC-CAT---TTT---------AC-T-TG-TTA-AG---TGGG--AA---A--CTA-GT-G--AGA-GTA--AGCTGGGA-------TATC--------AC-----TGT-GT--TC-CCGTAAG-TAG--TATGT--T--------A--TAT---G-CAGCTAG-T-T--CA-TCTCG-------------T--TTGC----TG-AA-GCAG--A--AC-TAGA---A-T-A-TG---TCA--G--T---------TT-------G--CC------TGT----TAAAA-C------ACGCTT---C-AAATTCC---TT-AC--CCCC---AGA-GGT---CA--CT-ATTCCG-T----------C-CCCACAATT-TGGGG-TTGTACAC
gi|8 : aagatggttaaattgag-T---AC--CCCCTACAATTCCCA-CCGAAAGTGATA--TCCCG-TA-GC-GG-CAAT---A-CTAAAA------AGA-GCAATGTTTTTT-GACCG-TTT--A-TTT-GATAGCGAAA--TT--CATACC----------AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT-T-GTGTA---AC-GAACTCTTATAC-------AA-AAGT-A--ACATA----------------G---AATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTTATCC--ACAAG------------CGAG-----C-A-------A-TCT--GC-TCGC-CTGACA--TAGTGT-TGTG--TAAAA-T-ACTT-GTGT--GAAACT-G---TTTCATGC-C---TTCTTGA-ACCGAA-T-TG-CGA-GG---TGTG---A---A--CGA-GT----AAC-GTA--AGA-GGAA-------GATC--------AC-----CGT-GTTATC-C-----GATGG--TAATA--T----A---A--TTTG--A-CAAC---TT-A--TA-ACTTTA------------A--TTGC----TG-TATACGA--ATTCC-T--A---A-TCA-GG---TCAATA--T---------TT-------A--CC------TCCGT--T-TTC-C------TCGCTT---C-AAACTCC------AC--CCCC-----GTGATA--CA--CCAACTCTG-TCAG------CC-CCCA-AATG-TGG
gi|9 : c-T---AC--CCCCTCA---TTCCA-CCGAAAG-TGTA--TCCCC-GT-GC-GG-CACAT--A-CTAAAAA---GAGAA-G------TTTTTTG-CC--TTT--A-TTT-GAA-GCGAAA--TTCAT----CC---A-----AAA----A--CGA-CT--GTG--TCT-G-ATGTA---AC-GAACC-TT-----T--AC-AA-AAGT-A------ATCA-------TAGA-------ATG-CAAAGAT-ATTA-AA-AA----ATTGGA---TTTTATTTATC-C--ACAAG------------CGAG-----CAA-------A-TCT--GC-TCTCGCCGACA--TAGTG----TG--TTAAA-T-A-TT-GT-T--GAAC-T-G---TT-CATGCAC---TTCT-GA-ACCGAA-T-TG-CGA-G-----GTG--AA---A--CGA-GT-A--AAACGTA--AGAGGAGA-------GATC--------AC-----CGT-GT--TC-C-----G-TGG--TACATA-T----A---AATTGTTTGA-CAAC---TT-T--TA-ACTTA-------------A--TTGC----TG-TA-TCGATTC--GC-T--A---A-TCA-GG---TCA--A--T---------TT-------A--CC------TCCGTTTT-----C------TCGCTT---C-AAACTCC---AC-AC--CCCC-------GGTGTACA--CC-ACTCTG-T--A------GC-CCCT-AATG-TGGtacttgggcacg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACACAAACATTCCAAGTTGTTGTTCTAGATATGCAAACAAGGTAATGTTTTTGTAAAGACCATGAATGTCAATGATGGTTCCACAAAAAATGATTCAT