lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 66666 1 1 1 1 1 7777777777777777777777 111 222 4444 2 44444444 2 1 11 4444444444444444444444444444 2222 1 3333 222222 222222222222 2 1 1 2222222222 666666666666666666666666666666666 1111 2222222 99999 222 111 22222222222222222222222 1111111 22222222222222 111111 111111 111111 1111111111 6666666666666666666666 111111
lowQualScore : 6 5 77777 7 6 7 7 5 6 5 1111111111111111111111 555 4 111 2222 0 2 22222222 2 4 0 6 7 4 88 7777777777777777777777777777 3 1111 8 3 3 2222 777777 999999999999 3 1 3 5 3 0 3 0 1 4444444444 0 8 888888888888888888888888888888888 7777 0000000 00000 555 0 99 6 5 6 8 99 99 000 4 666 4 4 1 5 4 66 4 0 2 4 11111111111111111111111 4 3333333 4 4 3 11111111111111 555555 5555 3 000000 000000 55 3 3 3 4 666 2 5 6 55 3 3 3 5555555555 6666666666666666666666 3 000000 99999 999 3 7777 666 55
lowQualScore : . . ..... . . . . . . . ...................... ... . ... .... . . ........ . . . . . . .. ............................ . .... . . . .... ...... ............ . . . . . . . . . .......... . . ................................. .... ....... ..... ... . .. . . . . .. .. ... . ... . . . . . .. . . . . ....................... . ....... . . . .............. ...... .... . ...... ...... .. . . . . ... . . . .. . . . .......... ...................... . ...... ..... ... . .... ... ..
lowQualScore : 0 0 00000 0 0 0 0 0 0 0 5555555555555555555555 000 0 555 5555 0 5 00000000 5 0 0 0 0 0 00 3333333333333333333333333333 7 7777 3 7 3 3333 777777 777777777777 7 0 2 0 2 0 5 8 4 0000000000 8 0 999999999999999999999999999999999 0000 2222222 22222 777 1 22 7 7 7 3 22 22 000 4 999 0 0 1 2 4 11 4 7 0 0 33333333333333333333333 4 0000000 0 0 6 44444444444444 555555 8888 6 555555 555555 00 3 3 6 0 444 8 0 7 66 3 3 6 9999999999 1111111111111111111111 6 555555 11111 111 6 7777 444 00
consensus : CCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANGCAAGCNACGTGTATTAGTAAAGTTGATATAANTTCGTCCATCTAAATNTTACATGTNTAAACACCTTATTGACCATGTTGCAGTTGCAAAATTATTTANCTAAACCCACTTTT-AATTCAAT-TAGAAATATATTTCCAAAATTAANGTT--ATCATCACACTNTTTAT-ATATCGGAAAC-TGG--CCGACATAAGAA-ATCCCATTAG-AAAGAAGAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGA-NNAGTTTCGCACTTTATGC-TTAAA-GTCCCGCATTAT-A----A---------G-ATCTT----CGATTAAAATTT--NT--AAAAC-----CATATTATTTCAG-T-CGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCATC--AA--AT---ACTA-AAGA-A-CTATG-CAATATCGGAAAA-TACNTA-CA--AA-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGGTC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATG--------------TAT------TTAA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT---ATGTAACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-T----------TTTGATTTGT----------T--TGTAT----GTATAT-CT------ATAT-----GCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( gi|1 ) : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTC-ATCAAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTT--ATCTTCACACTGTTTAT-ATATTGGAAAC-TGG--CCGACATCAGAAAATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGA-TGAGTTTCACACTTTATGC-TTAAATGTCCCTCATTAT-A----A---------A-ATCTT----CGATTAAAATTT--TT--GAAACTGTGGCATATTATTTCAG-A-CGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGA-A-CTATG-CAATATTGGAAAA-TACTTA-CA--AA-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATG--------------TAT------TTGA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT---ATGTAACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-T----------TTTGATTTGT----------T--TGTATACTAGTATAT-CT------ATAT-----GCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|24 : CCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTC-ATCTAAATGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-------------TTTAAAATTAATGTT--ATCTTCACACTAATTAT-ATATCG-AAAC-TGG--CCGACATAAGAAAATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAA-GTAGTTTCAC--CTTATGC-TTAAATGTTCCGCAT-AT-AT---A---------G-ATCTT----CGATTAAAATTT--TT--AAAAC-----CATATTTTTTCAG-C-CGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATA-A-CTATG-CAATATTGGGAAA-TACATA-CA--AA-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTATG--------------TAT------TTAA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT---ATGTAACGGT-ATA--T-TAT-ATA-T----------TTTGA----T----------T--TGTAT----GTATAT-CT------ATAT-----GCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACTg
gi|4 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTTGTTAAAG-GAAA---------ATAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTCATCCAT-----TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----ATT-----TAGAAATATATTTC--AAATTAAGGTTGGA-CATCACATTGTCTATAATA-TAAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACATCCAATTAG-AAAGAAGAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGA-CGAGTT--GCACTTGATGCGTTAAA-GTCCCGC-TTAT-A----AAGATGAACTA-GTATT----CGATTTAAAACT--AT--AAAAC-----CATATTATTTCAGTT-CGAGCCT
gi|15 : ATATTT-CAAAATTAAAGTT--GTCATCACACTTTTTAT-ATATC-GAATC-T------TACACC--------CCATTAG-AGAGGATAATATGCTCCATGTGTAAAG------------------GTTT--CACTTTATGC-
gi|3 : AAGATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTTCATTTTAAAC-TTATAAGTCACGC-TTATTA----A---------G-ATCTT----CGATTAATATTT--AT--AACACT-----ATATTATTTCAG-T-TGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGA-A-TTGTG-CAATACCGGCA-------TA-CA--AA-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CATG--------------TACCCTCAATTAT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC---ATATTACGTT-ATA-TTATAT-ATA-T----------ATTGA----T----------T--TGTAT----GTATAT-CT------ATAT-----GCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTAgt
gi|6 : gGA-AGACTTGTACACTTTATGA-TTG---------CA-TAT-AGAACA---------G-ATCTTTAACCGATTAAAATTTTATT--AAAAC-----CATATTATTTCAG-AGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGG-CTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT
gi|16 : CATTAT-A----A---------AGATCTT----CGATTAAAATTT--CTAAGAAA-------AGGTTATTTCAG-T-CGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Ccgttaattttaaaacat
gi|5 : cataattggtttaTTATTTCAG-T-CGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGA-ATCTATG-CA-TATTGGAAAA-TTCATAGCA--AT-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGAT-TAGCGGTTATA-CT-TAT-ATA-TGCATGGTATATTT-ATTTCT----------TATTATTTGCTTGT-TAT-CTTTATATATAT-----GCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGA-A-CTATG-CAATATTGGAAAA-tt
gi|20 : aTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGA-A-TTATG-TAATATCAGCAAA-TGTATG-C---AA-AAGCTATTGATAA-Acg
gi|17 : ---ACTA-AAGA-A-TTATG-CAATACCCGCAAA-TTTATA-CA--AACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CATA--------------TA
gi|9 : cTA-AAGA----TGTG-TTGTATTGGAAAA-TACTTA-CA--AA-AAGCCT----------------------T------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATG--------------TAT------TTAA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT---ATGTAACTGT-ATA-TT-TAT-ATATT----------TTTGATTTGT----------T--TATA------TATAT-CT------ATAT-----GCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAccccca
gi|7 : -AAGA-G-CTATG-CAATATTGGAAAA-TACTTA-CA--AA-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATG--------------TAT------TTAAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT---ATGTAACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-T----------TTTGATTTGT----------T--TGTA------TATAT-CT------ATAT-----GCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : -A-CTATG-CAATATTGGAAAA-TACTTA-CA--AA-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATG--------------TAT------TTAA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT---AT---------ATA-TT-TAT-a
gi|8 : cgactatttcacttatggtgctAAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CATGCACTATATGATTAGTATC-----TTAA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT---------------ATA-CA-TGT-GTA-T----------TTTGATTTGTATACACTGTAT--TATATACATGTATATTCT------ATATAGTATGCTGTTA--TGCAT-T-----GATCAAAAA---ACTA--tt
gi|23 : -------T-ATGAA-TATG--------------TAT------TTGA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TACgtctacat
gi|11 : ta-CATT--------------TTT------TTAA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT---ATGTAACTGTAATAGCT-TAT-ATA-T----------TTTGATT--T----------T--TGT----TAGTAAAT-CT------ATAT-----GCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTA
gi|12 : G--------------TAT------TTAA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT---ATGTAACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-T----------TTTGATTTGT----------T--TGTA------TATAT-CT------ATAT-----GCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Ga
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T---ATGTAACGGT-ATA-TT--AT-GTA-T----------ATTGATTTGC----------------AT----GTATAT-CC------ATAT-----GCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|18 : ttaatgcttagtagcattgtt---ATGTAACGGT-CTA-AT-CATTATA-T----------TTTAATTTGT----------A--TGT------GTAT----T------ATAT-----GCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAac
gi|19 : cAACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-T----------TTTGATTTGT----------T--TGTATA------TAT-CT------ATAT-----GCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT
Unaligned ( gi|22 ): ATATTATATTACAGTTATATTATATGTTTGATGTGTAGTATATCTATATTCCGTATGCATTGTCGATAAA
Alignments
lowQualScore : 22 11111111111111111 3333 4444 2 2 11 2 1111 3333333333 22 1 1 111 1 11 222 111 2222 11111 22222222 111111111 1111 111 11111 11 111111 1111111 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222 2222222222222222
lowQualScore : 3 2 77 4 4 77777777777777777 4 3 2 7 1 6 11 1 1111 4444 3 1 3 44 1 1 0 0 0 3 0 1 7 0 8888 0000000000 77 1 0 4 1 0 999 0 33 2 3 0 111 4 8 0 8 1 333 8888 6 66666 7 6 44444444 888888888 4444 000 66666 11 77 5 5 5 2 77 77 888 4 7 3 1 1 44 1 4 55 4 0 3 888888 111111 8888888 4 1111111 3 3 3 3 88888888888888 44 222222 555 44 3 999999 999999 44 3 3 3 3 3333333333333333333 555 3 5 2 2 2 3 444 77777 0000000000000000 3 77777 77 3 6666 555 44
lowQualScore : . . .. . . ................. . . . . . . .. . .... .... . . . .. . . . . . . . . . . .... .......... .. . . . . . ... . .. . . . ... . . . . . ... .... . ..... . . ........ ......... .... ... ..... .. .. . . . . .. .. ... . . . . . .. . . .. . . . ...... ...... ....... . ....... . . . . .............. .. ...... ... .. . ...... ...... .. . . . . ................... ... . . . . . . ... ..... ................ . ..... .. . .... ... ..
lowQualScore : 0 5 55 0 0 00000000000000000 0 0 5 3 0 7 77 0 7777 3333 7 0 3 33 0 0 7 7 7 3 7 0 3 7 7777 3333333333 88 0 0 0 0 0 555 0 88 5 0 2 000 0 0 8 0 0 333 0000 7 44444 3 7 33333333 333333333 2222 222 77777 77 99 7 0 7 1 99 99 888 0 3 6 6 2 11 0 0 55 0 4 6 888888 555555 5555555 0 8888888 6 6 3 1 11111111111111 22 999999 888 22 3 666666 666666 66 1 1 3 6 8888888888888888888 000 0 7 9 9 9 1 888 77777 1111111111111111 1 77777 33 1 5555 444 66
consensus : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTC-ATC-AAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTTC-AAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTAT-ATATCGGAAAC-TGG--CCGACATAAGAA-AATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT-AGTTTC-CACTTTATGC-TTA-AATGTCCCGCAT-TAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( family-456 ) : CCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANGCAAGCNACGTGTATTAGTAAAGTTGATATAANTTCGTCCATCTAAATNTTACATGTNTAAACACCTTATTGACCATGTTGCAGTTGCAAAATTATTTANCTAAACCCACTTTT-AATTCAAT-TAGAAATATATTTCCAAAATTAANGTTAT-CATCACACTNTTTAT-ATATCGGAAAC-TGG--CCGACATAAGAA-A-TCCCATTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGANN-AGTTTCGCACTTTATGC-TTA-AA-GTCCCGCAT-TAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCATC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGGTC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|1 : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTC-ATCAAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTTAT-CTTCACACTGTTTAT-ATATTGGAAAC-TGG--CCGACATCAGAA-AATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGATG-AGTTTCACACTTTATGC-TTA-AATGTCCCTCAT-TAT-A----A-AAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TGAAACTGTGGCATATTATTTCAG-ACGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---GA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------ATACTAGTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : A-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT-------------------AT------------ATA-TT-TAT-
gi|11 : cgactatttcacttatggtgct-CAT-T--------------T--TT------TT---AA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT-------------------ATGTA---ACTGTAATAGCT-TAT-ATA-TTTTGATT--T-----TTGT---------TA----GTAAA-TCTA-----TATGCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTAtt
gi|12 : -G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T-------------------ATGTA---ACGGT-ATA-TT--AT-GTA-TATTGATTTGC------------------AT----GTATA-TCCA-----TATGCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|15 : ttaatgcttagtagcattgttATATTTC-AAAATTAAAGTTGT-CATCACACTTTTTAT-ATATC-GAATC-TTA--C------------A-CCCCATTAGAGAGGA-TAATATGCTCCATGTGTAAAG------------------GTTT--CACTTTATGC-ac
gi|16 : CAT-TAT-A----AAGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTC--TAAGAA-----AAGGTTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Cgt
gi|17 : cataattggttta---ACTA-AAGAA-TTATG-CAATACCCGCAAAT-TTATA-CAA--ACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CAT-A--------------T--A
gi|18 : c-------------------ATGTA---ACGGT-CTA-AT-CATTATA-TTTTAA----T-----TTGT---------AT----GTGTA-T-TA-----TATGCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAccccca
gi|19 : cA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT------ATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTC-ATCTAAATGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-T----------TT--AAAATTAATGTTAT-CTTCACACTAATTAT-ATATCG-AAAC-TGG--CCGACATAAGAA-AATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAAGT-AGTTTC--ACCTTATGC-TTA-AATGTTCCGCATATAT-A------GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TAAAAC-----CATATTTTTTCAG-CCGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATAA-CTATG-CAATATTGGGAAAT-ACATA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTAT-G--------------T--AT------TT---AA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT-------------------ATGTA---ACGGT-ATA--T-TAT-ATA-TTTTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACT
gi|20 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGAA-TTATG-TAATATCAGCAAAT-GTATG-C-A--A-AAGCTATTGATAA-A
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAA
gi|22 : aATATT-------------------ATATT---ACAGTTATA-TT--AT-ATG-TTT-GAT--GT-------GT---------A-----GTATA-TCTA-----TATTCCGT-A--TGCAT-T------GTCGATAA---Acg
gi|23 : -------T-ATGAA-TAT-G--------------T--AT------TT---GA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TAC
gi|24 : taCCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Gg
gi|3 : GAA-GATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTTCATTTTAAAC-TTATAA-GTCACGC-T-TATTA----A-GAT---C-----TT----CGATTAATATTTA--TAACAC-----TATATTATTTCAG-TTGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGAA-TTGTG-CAATACCGG-------CATA-CAA--A-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CAT-G--------------T--ACCCTCAATT---AT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC-------------------ATATT---ACGTT-ATA-TTATAT-ATA-TATTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTA
gi|4 : TTGTTAAAGGAAAA----------TAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTCATCCAT-----TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----AT----T-TAGAAATATATTTC--AAATTAAGGTTGGACATCACATTGTCTATAATAT-AAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACA-TCCAATTAGAAAGAA-GAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGACG-AGTT--GCACTTGATGCGTTA-AA-GTCCCGC-T-TATAA----A-GATGAACTAGTATT----CGATTTAAAACTA--TAAAAC-----CATATTATTTCAGTTCGAGCCT
gi|5 : TTATTTCAG-TCGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGAATCTATG-CA-TATTGGAAAAT-TCATAGCAA--T-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGATTAGCGGTTATACTTATATATGCATGGT-ATA-TT-TAT-TTC-TTATTATTTGC-----TTGTT--------AT----CTTTA-TATA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|6 : GAAGACT-TGT---ACACTTTATGA-TT----------GCAT--AT-AGAACA-GAT---C-----TTTAACCGATTAAAATTTTATTAAAAC-----CATATTATTTCAGAGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGGCTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATCG--------------TTAAT------TTTAAAA--CATtt
gi|7 : -AAGAG-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|8 : AAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CAT-GCACTATATGATTAGT--ATC-----TT---AA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT----------------------------------ATA-CA-TGT-GTA-TTTTGATTTGTATACACTGTATTATATACAT----GTATATTCTATATAGTATGCTGTTA--TGCA--TT----GATCAAAAA---ACTA--a
gi|9 : TA-AAGA---TGTG-TTGTATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGC--------------------C--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATATTTTTGATTTGT-----T--T---------AT----ATATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAgtctacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222 1 11111 1 1111 2222222222 1 1 1 111 1 111 11111111111 1 222222 111111111 1111 111 11111 11 111111 1111111 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222 2222222222222222
lowQualScore : 1 2 88 1 1 1 1 1 7 1 6 1 3 8888 3 6 66666 3 7 8888 8888888888 0 3 0 0 1 0 0 999 0 666 3 0 3 1 8 0 8 1 88888888888 6 11 0 7 555555 6 888888888 4444 000 66666 11 77 5 5 5 1 77 77 888 4 7 3 1 1 44 1 4 55 4 0 3 666666 111111 8888888 4 1111111 3 3 3 3 88888888888888 44 222222 555 44 3 999999 999999 44 3 3 3 3 3333333333333333333 555 3 5 2 2 2 3 444 77777 0000000000000000 3 77777 77 3 6666 555 44
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . . . .... . . ..... . . .... .......... . . . . . . . ... . ... . . . . . . . . ........... . .. . . ...... . ......... .... ... ..... .. .. . . . . .. .. ... . . . . . .. . . .. . . . ...... ...... ....... . ....... . . . . .............. .. ...... ... .. . ...... ...... .. . . . . ................... ... . . . . . . ... ..... ................ . ..... .. . .... ... ..
lowQualScore : 0 5 00 0 0 0 0 0 3 0 7 0 3 3333 3 7 33333 3 3 7777 0000000000 0 2 2 0 0 2 0 555 0 222 0 2 0 0 0 8 0 0 55555555555 7 88 8 3 222222 7 333333333 2222 222 77777 77 99 7 0 7 0 99 99 888 0 3 6 6 2 11 0 0 55 0 4 6 111111 555555 5555555 0 8888888 6 6 3 1 11111111111111 22 999999 888 22 3 666666 666666 66 1 1 3 6 8888888888888888888 000 0 7 9 9 9 1 888 77777 1111111111111111 1 77777 33 1 5555 444 66
consensus : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT-AGT-TTN-CACTTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( family-456 ) : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT-AGT-TTC-CACTTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|1 : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTTAT-CTTCACACTGTTTATA-TATTGGAAACT-GGCC--GACATCAGAAAATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGATG-AGT-TTCACACTTTATGC-TTAAATGTCCCTCATTAT-A----A-AAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TGAAACTGTGGCATATTATTTCAG-ACGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---GA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------ATACTAGTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : A-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT-------------------AT------------ATA-TT-TAT-
gi|11 : cgactatttcacttatggtgct-CAT-T--------------T--TT------TT---AA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT-------------------ATGTA---ACTGTAATAGCT-TAT-ATA-TTTTGATT--T-----TTGT---------TA----GTAAA-TCTA-----TATGCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTAtt
gi|12 : -G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T-------------------ATGTA---ACGGT-ATA-TT--AT-GTA-TATTGATTTGC------------------AT----GTATA-TCCA-----TATGCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|15 : ttaatgcttagtagcattgttATATTT-CAAAATTAAAGTTGT-CATCACACTTTTTATA-TATC-GAATCT-TAC--------------ACCCCATTAGAGAGGA-TAATATGCTCCATGTGTAAAG------------------GT-TT--CACTTTATGC-ac
gi|16 : CATTAT-A----AAGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTC--TAAGAA-----AAGGTTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Cgt
gi|17 : cataattggttta---ACTA-AAGAA-TTATG-CAATACCCGCAAAT-TTATA-CAA--ACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CAT-A--------------T--A
gi|18 : c-------------------ATGTA---ACGGT-CTA-AT-CATTATA-TTTTAA----T-----TTGT---------AT----GTGTA-T-TA-----TATGCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAccccca
gi|19 : cA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT------ATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATCTAAA-TGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-T-----------T-TAAAATTAATGTTAT-CTTCACACTAATTATA-TATCG-AAACT-GGCC--GACATAAGAAAATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAAGT-AGT-TTC--ACCTTATGC-TTAAATGTTCCGCA-TAT-AT---A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TAAAAC-----CATATTTTTTCAG-CCGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATAA-CTATG-CAATATTGGGAAAT-ACATA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTAT-G--------------T--AT------TT---AA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT-------------------ATGTA---ACGGT-ATA--T-TAT-ATA-TTTTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACT
gi|20 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGAA-TTATG-TAATATCAGCAAAT-GTATG-C-A--A-AAGCTATTGATAA-A
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAA
gi|22 : aATATT-------------------ATATT---ACAGTTATA-TT--AT-ATG-TTT-GAT--GT-------GT---------A-----GTATA-TCTA-----TATTCCGT-A--TGCAT-T------GTCGATAA---Acg
gi|23 : -------T-ATGAA-TAT-G--------------T--AT------TT---GA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TAC
gi|24 : taCCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Gg
gi|3 : GAA-GATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTT-CATTTTAAAC-TTATAAGTCACGC-TTATTA----A-GAT---C-----TT----CGATTAATATTTA--TAACAC-----TATATTATTTCAG-TTGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGAA-TTGTG-CAATACCGG-------CATA-CAA--A-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CAT-G--------------T--ACCCTCAATT---AT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC-------------------ATATT---ACGTT-ATA-TTATAT-ATA-TATTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTA
gi|4 : TTGTTAAAGGAAAA----------TAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTC---ATC-CAT-TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----AT----T-TAGAAATATATTT-CAAA-TTAAGGTTGGACATCACATTGTCTATAATAT-AAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACATCCAATTAGAAAGAA-GAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGACG-AG--TTG-CACTTGATGCGTTAAA-GTCCCGC-TTATAA----A-GATGAACTAGTATT----CGATTTAAAACTA--TAAAAC-----CATATTATTTCAGTTCGAGCCT
gi|5 : TTATTTCAG-TCGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGAATCTATG-CA-TATTGGAAAAT-TCATAGCAA--T-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGATTAGCGGTTATACTTATATATGCATGGT-ATA-TT-TAT-TTC-TTATTATTTGC-----TTGTT--------AT----CTTTA-TATA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|6 : GAAGACT---T-GTA-CACTTTATGA-TT---------GCAT-AT-AGAACA-GAT---C-----TTTAACCGATTAAAATTTTATTAAAAC-----CATATTATTTCAGAGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGGCTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATCG--------------TTAAT------TTTAAAA--CATtt
gi|7 : -AAGAG-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|8 : AAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CAT-GCACTATATGATTAGT--ATC-----TT---AA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT----------------------------------ATA-CA-TGT-GTA-TTTTGATTTGTATACACTGTATTATATACAT----GTATATTCTATATAGTATGCTGTTA--TGCA--TT----GATCAAAAA---ACTA--a
gi|9 : TA-AAGA---TGTG-TTGTATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGC--------------------C--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATATTTTTGATTTGT-----T--T---------AT----ATATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAgtctacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222 1 11111 1 1111 2222222222 1 1 1 111 1 111 22222222222 1 222222 111111111 1111 111 11111 11 111111 1111111 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222 2222222222222222
lowQualScore : 1 2 88 1 1 1 1 1 7 1 6 1 3 8888 3 6 66666 3 7 8888 8888888888 0 3 0 0 1 0 0 999 0 666 3 0 3 1 8 0 8 1 33333333333 6 11 0 7 555555 6 888888888 4444 000 66666 11 77 5 5 5 1 77 77 888 4 7 3 1 1 44 1 4 55 4 0 3 666666 111111 8888888 4 1111111 3 3 3 3 88888888888888 44 222222 555 44 3 999999 999999 44 3 3 3 3 3333333333333333333 555 3 5 2 2 2 3 444 77777 0000000000000000 3 77777 77 3 6666 555 44
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . . . .... . . ..... . . .... .......... . . . . . . . ... . ... . . . . . . . . ........... . .. . . ...... . ......... .... ... ..... .. .. . . . . .. .. ... . . . . . .. . . .. . . . ...... ...... ....... . ....... . . . . .............. .. ...... ... .. . ...... ...... .. . . . . ................... ... . . . . . . ... ..... ................ . ..... .. . .... ... ..
lowQualScore : 0 5 00 0 0 0 0 0 3 0 7 0 3 3333 3 7 33333 3 3 7777 0000000000 0 2 2 0 0 2 0 555 0 222 0 2 0 0 0 8 0 0 22222222222 7 88 8 3 222222 7 333333333 2222 222 77777 77 99 7 0 7 0 99 99 888 0 3 6 6 2 11 0 0 55 0 4 6 111111 555555 5555555 0 8888888 6 6 3 1 11111111111111 22 999999 888 22 3 666666 666666 66 1 1 3 6 8888888888888888888 000 0 7 9 9 9 1 888 77777 1111111111111111 1 77777 33 1 5555 444 66
consensus : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT-AGT-TT--CACTTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( family-456 ) : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT-AGT-TTN-CACTTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|1 : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTTAT-CTTCACACTGTTTATA-TATTGGAAACT-GGCC--GACATCAGAAAATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGATG-AGT-TTCACACTTTATGC-TTAAATGTCCCTCATTAT-A----A-AAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TGAAACTGTGGCATATTATTTCAG-ACGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---GA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------ATACTAGTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : A-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT-------------------AT------------ATA-TT-TAT-
gi|11 : cgactatttcacttatggtgct-CAT-T--------------T--TT------TT---AA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT-------------------ATGTA---ACTGTAATAGCT-TAT-ATA-TTTTGATT--T-----TTGT---------TA----GTAAA-TCTA-----TATGCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTAtt
gi|12 : -G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T-------------------ATGTA---ACGGT-ATA-TT--AT-GTA-TATTGATTTGC------------------AT----GTATA-TCCA-----TATGCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|15 : ttaatgcttagtagcattgttATATTT-CAAAATTAAAGTTGT-CATCACACTTTTTATA-TATC-GAATCT-TAC--------------ACCCCATTAGAGAGGA-TAATATGCTCCATGTGTAAAG------------------GT-TT--CACTTTATGC-ac
gi|16 : CATTAT-A----AAGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTC--TAAGAA-----AAGGTTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Cgt
gi|17 : cataattggttta---ACTA-AAGAA-TTATG-CAATACCCGCAAAT-TTATA-CAA--ACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CAT-A--------------T--A
gi|18 : c-------------------ATGTA---ACGGT-CTA-AT-CATTATA-TTTTAA----T-----TTGT---------AT----GTGTA-T-TA-----TATGCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAccccca
gi|19 : cA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT------ATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATCTAAA-TGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-T-----------T-TAAAATTAATGTTAT-CTTCACACTAATTATA-TATCG-AAACT-GGCC--GACATAAGAAAATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAAGT-AGT-TT--CACCTTATGC-TTAAATGTTCCGCA-TAT-AT---A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TAAAAC-----CATATTTTTTCAG-CCGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATAA-CTATG-CAATATTGGGAAAT-ACATA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTAT-G--------------T--AT------TT---AA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT-------------------ATGTA---ACGGT-ATA--T-TAT-ATA-TTTTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACT
gi|20 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGAA-TTATG-TAATATCAGCAAAT-GTATG-C-A--A-AAGCTATTGATAA-A
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAA
gi|22 : aATATT-------------------ATATT---ACAGTTATA-TT--AT-ATG-TTT-GAT--GT-------GT---------A-----GTATA-TCTA-----TATTCCGT-A--TGCAT-T------GTCGATAA---Acg
gi|23 : -------T-ATGAA-TAT-G--------------T--AT------TT---GA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TAC
gi|24 : taCCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Gg
gi|3 : GAA-GATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTT-CATTTTAAAC-TTATAAGTCACGC-TTATTA----A-GAT---C-----TT----CGATTAATATTTA--TAACAC-----TATATTATTTCAG-TTGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGAA-TTGTG-CAATACCGG-------CATA-CAA--A-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CAT-G--------------T--ACCCTCAATT---AT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC-------------------ATATT---ACGTT-ATA-TTATAT-ATA-TATTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTA
gi|4 : TTGTTAAAGGAAAA----------TAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTC---ATC-CAT-TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----AT----T-TAGAAATATATTT-CAAA-TTAAGGTTGGACATCACATTGTCTATAATAT-AAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACATCCAATTAGAAAGAA-GAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGACG-AG--TTG-CACTTGATGCGTTAAA-GTCCCGC-TTATAA----A-GATGAACTAGTATT----CGATTTAAAACTA--TAAAAC-----CATATTATTTCAGTTCGAGCCT
gi|5 : TTATTTCAG-TCGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGAATCTATG-CA-TATTGGAAAAT-TCATAGCAA--T-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGATTAGCGGTTATACTTATATATGCATGGT-ATA-TT-TAT-TTC-TTATTATTTGC-----TTGTT--------AT----CTTTA-TATA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|6 : GAAGACT---T-GTA-CACTTTATGA-TT---------GCAT-AT-AGAACA-GAT---C-----TTTAACCGATTAAAATTTTATTAAAAC-----CATATTATTTCAGAGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGGCTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATCG--------------TTAAT------TTTAAAA--CATtt
gi|7 : -AAGAG-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|8 : AAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CAT-GCACTATATGATTAGT--ATC-----TT---AA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT----------------------------------ATA-CA-TGT-GTA-TTTTGATTTGTATACACTGTATTATATACAT----GTATATTCTATATAGTATGCTGTTA--TGCA--TT----GATCAAAAA---ACTA--a
gi|9 : TA-AAGA---TGTG-TTGTATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGC--------------------C--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATATTTTTGATTTGT-----T--T---------AT----ATATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAgtctacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222 1 11111 1 1111 2222222222 1 1 1 111 1 111 111111 1 222222 111111111 1111 111 11111 11 111111 1111111 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222 2222222222222222
lowQualScore : 1 2 88 1 1 1 1 1 7 1 6 1 3 8888 3 6 66666 3 7 8888 8888888888 0 3 0 0 1 0 0 999 0 666 3 0 3 1 8 0 8 1 999999 3 99 6 11 0 7 555555 6 888888888 4444 000 66666 11 77 5 5 5 1 77 77 888 4 7 3 1 1 44 1 4 55 4 0 3 666666 111111 8888888 4 1111111 3 3 3 3 88888888888888 44 222222 555 44 3 999999 999999 44 3 3 3 3 3333333333333333333 555 3 5 2 2 2 3 444 77777 0000000000000000 3 77777 77 3 6666 555 44
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . . . .... . . ..... . . .... .......... . . . . . . . ... . ... . . . . . . . . ...... . .. . .. . . ...... . ......... .... ... ..... .. .. . . . . .. .. ... . . . . . .. . . .. . . . ...... ...... ....... . ....... . . . . .............. .. ...... ... .. . ...... ...... .. . . . . ................... ... . . . . . . ... ..... ................ . ..... .. . .... ... ..
lowQualScore : 0 5 00 0 0 0 0 0 3 0 7 0 3 3333 3 7 33333 3 3 7777 0000000000 0 2 2 0 0 2 0 555 0 222 0 2 0 0 0 8 0 0 222222 2 22 7 88 8 3 222222 7 333333333 2222 222 77777 77 99 7 0 7 0 99 99 888 0 3 6 6 2 11 0 0 55 0 4 6 111111 555555 5555555 0 8888888 6 6 3 1 11111111111111 22 999999 888 22 3 666666 666666 66 1 1 3 6 8888888888888888888 000 0 7 9 9 9 1 888 77777 1111111111111111 1 77777 33 1 5555 444 66
consensus : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( family-456 ) : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|1 : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTTAT-CTTCACACTGTTTATA-TATTGGAAACT-GGCC--GACATCAGAAAATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGATG--A-GTTTCACACTTTATGC-TTAAATGTCCCTCATTAT-A----A-AAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TGAAACTGTGGCATATTATTTCAG-ACGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---GA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------ATACTAGTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : A-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT-------------------AT------------ATA-TT-TAT-
gi|11 : cgactatttcacttatggtgct-CAT-T--------------T--TT------TT---AA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT-------------------ATGTA---ACTGTAATAGCT-TAT-ATA-TTTTGATT--T-----TTGT---------TA----GTAAA-TCTA-----TATGCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTAtt
gi|12 : -G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T-------------------ATGTA---ACGGT-ATA-TT--AT-GTA-TATTGATTTGC------------------AT----GTATA-TCCA-----TATGCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|15 : ttaatgcttagtagcattgttATATTT-CAAAATTAAAGTTGT-CATCACACTTTTTATA-TATC-GAATCT-TAC--------------ACCCCATTAGAGAGGA-TAATATGCTCCATGTGTAAAG--------------------GTTTCAC--TTTATGC-ac
gi|16 : CATTAT-A----AAGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTC--TAAGAA-----AAGGTTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Cgt
gi|17 : cataattggttta---ACTA-AAGAA-TTATG-CAATACCCGCAAAT-TTATA-CAA--ACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CAT-A--------------T--A
gi|18 : c-------------------ATGTA---ACGGT-CTA-AT-CATTATA-TTTTAA----T-----TTGT---------AT----GTGTA-T-TA-----TATGCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAccccca
gi|19 : cA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT------ATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATCTAAA-TGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-T-----------T-TAAAATTAATGTTAT-CTTCACACTAATTATA-TATCG-AAACT-GGCC--GACATAAGAAAATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAAGT--A-GTTTCAC--CTTATGC-TTAAATGTTCCGCA-TAT-AT---A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TAAAAC-----CATATTTTTTCAG-CCGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATAA-CTATG-CAATATTGGGAAAT-ACATA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTAT-G--------------T--AT------TT---AA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT-------------------ATGTA---ACGGT-ATA--T-TAT-ATA-TTTTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACT
gi|20 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGAA-TTATG-TAATATCAGCAAAT-GTATG-C-A--A-AAGCTATTGATAA-A
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAA
gi|22 : aATATT-------------------ATATT---ACAGTTATA-TT--AT-ATG-TTT-GAT--GT-------GT---------A-----GTATA-TCTA-----TATTCCGT-A--TGCAT-T------GTCGATAA---Acg
gi|23 : -------T-ATGAA-TAT-G--------------T--AT------TT---GA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TAC
gi|24 : taCCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Gg
gi|3 : GAA-GATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTTCAT--TTTAAAC-TTATAAGTCACGC-TTATTA----A-GAT---C-----TT----CGATTAATATTTA--TAACAC-----TATATTATTTCAG-TTGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGAA-TTGTG-CAATACCGG-------CATA-CAA--A-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CAT-G--------------T--ACCCTCAATT---AT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC-------------------ATATT---ACGTT-ATA-TTATAT-ATA-TATTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTA
gi|4 : TTGTTAAAGGAAAA----------TAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTC---ATC-CAT-TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----AT----T-TAGAAATATATTT-CAAA-TTAAGGTTGGACATCACATTGTCTATAATAT-AAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACATCCAATTAGAAAGAA-GAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGACG--A-GTTGCAC--TTGATGCGTTAAA-GTCCCGC-TTATAA----A-GATGAACTAGTATT----CGATTTAAAACTA--TAAAAC-----CATATTATTTCAGTTCGAGCCT
gi|5 : TTATTTCAG-TCGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGAATCTATG-CA-TATTGGAAAAT-TCATAGCAA--T-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGATTAGCGGTTATACTTATATATGCATGGT-ATA-TT-TAT-TTC-TTATTATTTGC-----TTGTT--------AT----CTTTA-TATA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|6 : GAAGACT--T-GTA-CAC--TTTATGA-TT---------GCAT-AT-AGAACA-GAT---C-----TTTAACCGATTAAAATTTTATTAAAAC-----CATATTATTTCAGAGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGGCTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATCG--------------TTAAT------TTTAAAA--CATtt
gi|7 : -AAGAG-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|8 : AAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CAT-GCACTATATGATTAGT--ATC-----TT---AA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT----------------------------------ATA-CA-TGT-GTA-TTTTGATTTGTATACACTGTATTATATACAT----GTATATTCTATATAGTATGCTGTTA--TGCA--TT----GATCAAAAA---ACTA--a
gi|9 : TA-AAGA---TGTG-TTGTATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGC--------------------C--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATATTTTTGATTTGT-----T--T---------AT----ATATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAgtctacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222 1 11111 1 1111 2222222222 1 1 1 111 1 111 111111 1 222222 111111111 1111 111 11111 11 111111 1111111 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222 2222222222222222
lowQualScore : 1 2 88 1 1 1 1 1 7 1 6 1 3 8888 3 6 66666 3 7 8888 8888888888 0 3 0 0 1 0 0 999 0 666 3 0 3 1 8 0 8 1 999999 3 99 6 11 0 7 555555 6 888888888 4444 000 66666 11 77 5 5 5 1 77 77 888 4 7 3 1 1 44 1 4 55 4 0 3 666666 111111 8888888 4 1111111 3 3 3 3 88888888888888 44 222222 555 44 3 999999 999999 44 3 3 3 3 3333333333333333333 555 3 5 2 2 2 3 444 77777 0000000000000000 3 77777 77 3 6666 555 44
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . . . .... . . ..... . . .... .......... . . . . . . . ... . ... . . . . . . . . ...... . .. . .. . . ...... . ......... .... ... ..... .. .. . . . . .. .. ... . . . . . .. . . .. . . . ...... ...... ....... . ....... . . . . .............. .. ...... ... .. . ...... ...... .. . . . . ................... ... . . . . . . ... ..... ................ . ..... .. . .... ... ..
lowQualScore : 0 5 00 0 0 0 0 0 3 0 7 0 3 3333 3 7 33333 3 3 7777 0000000000 0 2 2 0 0 2 0 555 0 222 0 2 0 0 0 8 0 0 222222 2 22 7 88 8 3 222222 7 333333333 2222 222 77777 77 99 7 0 7 0 99 99 888 0 3 6 6 2 11 0 0 55 0 4 6 111111 555555 5555555 0 8888888 6 6 3 1 11111111111111 22 999999 888 22 3 666666 666666 66 1 1 3 6 8888888888888888888 000 0 7 9 9 9 1 888 77777 1111111111111111 1 77777 33 1 5555 444 66
consensus : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( family-456 ) : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|1 : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTTAT-CTTCACACTGTTTATA-TATTGGAAACT-GGCC--GACATCAGAAAATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGATG--A-GTTTCACACTTTATGC-TTAAATGTCCCTCATTAT-A----A-AAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TGAAACTGTGGCATATTATTTCAG-ACGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---GA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------ATACTAGTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : A-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT-------------------AT------------ATA-TT-TAT-
gi|11 : cgactatttcacttatggtgct-CAT-T--------------T--TT------TT---AA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT-------------------ATGTA---ACTGTAATAGCT-TAT-ATA-TTTTGATT--T-----TTGT---------TA----GTAAA-TCTA-----TATGCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTAtt
gi|12 : -G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T-------------------ATGTA---ACGGT-ATA-TT--AT-GTA-TATTGATTTGC------------------AT----GTATA-TCCA-----TATGCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|15 : ttaatgcttagtagcattgttATATTT-CAAAATTAAAGTTGT-CATCACACTTTTTATA-TATC-GAATCT-TAC--------------ACCCCATTAGAGAGGA-TAATATGCTCCATGTGTAAAG--------------------GTTTCAC--TTTATGC-ac
gi|16 : CATTAT-A----AAGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTC--TAAGAA-----AAGGTTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Cgt
gi|17 : cataattggttta---ACTA-AAGAA-TTATG-CAATACCCGCAAAT-TTATA-CAA--ACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CAT-A--------------T--A
gi|18 : c-------------------ATGTA---ACGGT-CTA-AT-CATTATA-TTTTAA----T-----TTGT---------AT----GTGTA-T-TA-----TATGCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAccccca
gi|19 : cA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT------ATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATCTAAA-TGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-T-----------T-TAAAATTAATGTTAT-CTTCACACTAATTATA-TATCG-AAACT-GGCC--GACATAAGAAAATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAAGT--A-GTTTCAC--CTTATGC-TTAAATGTTCCGCA-TAT-AT---A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TAAAAC-----CATATTTTTTCAG-CCGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATAA-CTATG-CAATATTGGGAAAT-ACATA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTAT-G--------------T--AT------TT---AA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT-------------------ATGTA---ACGGT-ATA--T-TAT-ATA-TTTTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACT
gi|20 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGAA-TTATG-TAATATCAGCAAAT-GTATG-C-A--A-AAGCTATTGATAA-A
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAA
gi|22 : aATATT-------------------ATATT---ACAGTTATA-TT--AT-ATG-TTT-GAT--GT-------GT---------A-----GTATA-TCTA-----TATTCCGT-A--TGCAT-T------GTCGATAA---Acg
gi|23 : -------T-ATGAA-TAT-G--------------T--AT------TT---GA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TAC
gi|24 : taCCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Gg
gi|3 : GAA-GATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTTCAT--TTTAAAC-TTATAAGTCACGC-TTATTA----A-GAT---C-----TT----CGATTAATATTTA--TAACAC-----TATATTATTTCAG-TTGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGAA-TTGTG-CAATACCGG-------CATA-CAA--A-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CAT-G--------------T--ACCCTCAATT---AT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC-------------------ATATT---ACGTT-ATA-TTATAT-ATA-TATTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTA
gi|4 : TTGTTAAAGGAAAA----------TAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTC---ATC-CAT-TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----AT----T-TAGAAATATATTT-CAAA-TTAAGGTTGGACATCACATTGTCTATAATAT-AAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACATCCAATTAGAAAGAA-GAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGACG--A-GTTGCAC--TTGATGCGTTAAA-GTCCCGC-TTATAA----A-GATGAACTAGTATT----CGATTTAAAACTA--TAAAAC-----CATATTATTTCAGTTCGAGCCT
gi|5 : TTATTTCAG-TCGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGAATCTATG-CA-TATTGGAAAAT-TCATAGCAA--T-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGATTAGCGGTTATACTTATATATGCATGGT-ATA-TT-TAT-TTC-TTATTATTTGC-----TTGTT--------AT----CTTTA-TATA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|6 : GAAGACT--T-GTA-CAC--TTTATGA-TT---------GCAT-AT-AGAACA-GAT---C-----TTTAACCGATTAAAATTTTATTAAAAC-----CATATTATTTCAGAGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGGCTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATCG--------------TTAAT------TTTAAAA--CATtt
gi|7 : -AAGAG-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|8 : AAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CAT-GCACTATATGATTAGT--ATC-----TT---AA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT----------------------------------ATA-CA-TGT-GTA-TTTTGATTTGTATACACTGTATTATATACAT----GTATATTCTATATAGTATGCTGTTA--TGCA--TT----GATCAAAAA---ACTA--a
gi|9 : TA-AAGA---TGTG-TTGTATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGC--------------------C--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATATTTTTGATTTGT-----T--T---------AT----ATATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAgtctacat
blockSeqs : T G . A A T T G T T C T T GTAA T G TAAA G A TTT CAATT . A A A A CG T CCC A A A . A T CTTAAT T . G AA T A AGAAC A GAACTAGTA TAAC TAT . TT CA G T G A CA AC TTA C T T T A TA T G CA C T GGTTAA ATAGCA CACTCTC T TGAAATA A G T C CACTATATGATTAG TA CCTCAA TAA AA A CATAAT TCTTCC AG C A A C TCGATTAGCGGTTATACTT TGC T A G A T T TTT ATACA ATTATATACATG T TATAG TC G GATC CAT AG
blockSeqs : . A . A . . . . CAT . . . TTAGA . A . T . CG . C A C T . . A GTA T . . AT A A AT . C . C . AG . . . . A . . . . G . C C A A . . . . AATC . TT . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T T . . . . TTT . TATC . . T . . . .
blockSeqs : . . . A . AA . . . . A . . T CGA T . . AA . A TA . C . T . T . . . . T . . . . . . T G T A . . . . AATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TTT . TAG . . . . . . .
blockSeqs : . . . CTT G . . . . . AA . C . A . C . . . . A . . . . . . C C A A . . . . GATC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TTT . ATG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . C . A . T . . . . A . . . . . . T A G A . . . . GATC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TTT . ATG . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . T . . . . . . C A T A . . . . AGTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TTT . ATG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T A A T . . . . GGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TTT . ATG . . . . . . .
blockSeqs : . . . T A A T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TT . ATA . . . . . . .
blockSeqs : . . . T A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . AT . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . AG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** AA**** ***** ATG*************
originalCons : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTAT-A----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
finalCons : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCATTATAA----A-GAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGTATG-------------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 2222 1 11111 1 1111 2222222222 1 1 1 111 1 111 111111 1 111111111 1111 111 11111 11 111111 1111111 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222 2222222222222222
lowQualScore : 1 2 88 1 1 1 1 1 7 1 6 1 3 8888 3 6 66666 3 7 8888 8888888888 0 3 0 0 1 0 0 999 0 666 3 0 3 1 8 0 8 1 999999 3 99 6 11 0 7 6 6 888888888 4444 000 66666 11 77 5 5 5 1 77 77 888 4 7 3 1 1 44 1 4 55 4 0 3 666666 111111 8888888 4 1111111 3 3 3 3 88888888888888 44 222222 555 44 3 999999 999999 44 3 3 3 3 3333333333333333333 555 3 5 2 2 2 3 444 77777 0000000000000000 3 77777 77 3 6666 555 44
lowQualScore : . . .. . . . . . . . . . . .... . . ..... . . .... .......... . . . . . . . ... . ... . . . . . . . . ...... . .. . .. . . . . ......... .... ... ..... .. .. . . . . .. .. ... . . . . . .. . . .. . . . ...... ...... ....... . ....... . . . . .............. .. ...... ... .. . ...... ...... .. . . . . ................... ... . . . . . . ... ..... ................ . ..... .. . .... ... ..
lowQualScore : 0 5 00 0 0 0 0 0 3 0 7 0 3 3333 3 7 33333 3 3 7777 0000000000 0 2 2 0 0 2 0 555 0 222 0 2 0 0 0 8 0 0 222222 2 22 7 88 8 3 7 7 333333333 2222 222 77777 77 99 7 0 7 0 99 99 888 0 3 6 6 2 11 0 0 55 0 4 6 111111 555555 5555555 0 8888888 6 6 3 1 11111111111111 22 999999 888 22 3 666666 666666 66 1 1 3 6 8888888888888888888 000 0 7 9 9 9 1 888 77777 1111111111111111 1 77777 33 1 5555 444 66
consensus : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCAT-TATAA-AGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
Reference ( family-456 ) : CCCCATCNATCGTCAGGTGTGAACAAACATNAATCTACACCACATGANGATACATATTATGAAAATGACANTGNTTGAGCTCCAAATATGTTATTNGTATTGTTAAAGANAGACTTACTGATATANACAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAA-TGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTATTTAACTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-TAGGAATATATTT-CAAAATTAAGGTTGT-CNTCACACTGTTTATA-TATCGGAAACT-GGCC--GACATAAGAAAATCCCNTTAGAAAGAA-GAATATGCCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGACT--A-GTTTCAC--TTTATGC-TTAAATGTCCCGCAT-TATAA-AGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTN--TAAAAC-----CATATTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCNTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATCGGAAAAT-ACNTA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACNGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|1 : CCTCATCGATCTTCAGGTGTGAACAAACATTAATCTACACTACATGATGATACATATTATGAAAATGACAATGGTTGAGCTCCAAATATGTTATTTGTATTGTTAAAGAGAGACTTACTGATATAGATAAGCAAAA-ATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATC-AAAATGTTACATGTATAAACATCTTATTGATCATGTTACA-TTACAAAATTACTAAACTAAACCCATTTTTTAATTCAATATAAGAATATATTTTCAAAATTAAGGTTAT-CTTCACACTGTTTATA-TATTGGAAACT-GGCC--GACATCAGAAAATTCCTTTAGAAAAAAAGAATATGCCAAATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAGATG--A-GTTTCACACTTTATGC-TTAAATGTCCCTCAT-TATAA-A-AT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TGAAACTGTGGCATATTATTTCAG-ACGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---GA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------ATACTAGTATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|10 : A-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGCCTTTGAAAA-AAGAAACAATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACTCTT-GTAT-GATATT-------------------AT------------ATA-TT-TAT-
gi|11 : cgactatttcacttatggtgct-CAT-T--------------T--TT------TT---AA--CAT---ACA-C------ATTCTTCCATC--TAT--CTTATTG--GCACA-TACCCTT-GTAT--ATATT-------------------ATGTA---ACTGTAATAGCT-TAT-ATA-TTTTGATT--T-----TTGT---------TA----GTAAA-TCTA-----TATGCGTTAATCGGCATGTT----GATCAATAACATACTA--GACTAtt
gi|12 : -G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT--------C--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-CT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-CT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|13 : -TCTATTGTGGCACA-TACCCTT-GTAT------T-------------------ATGTA---ACGGT-ATA-TT--AT-GTA-TATTGATTTGC------------------AT----GTATA-TCCA-----TATGCTGTAT--GGGAG-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|15 : ttaatgcttagtagcattgttATATTT-CAAAATTAAAGTTGT-CATCACACTTTTTATA-TATC-GAATCT-TAC--------------ACCCCATTAGAGAGGA-TAATATGCTCCATGTGTAAAG--------------------GTTTCAC--TTTATGC-ac
gi|16 : CAT-TATAA-AGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTC--TAAGAA-----AAGGTTATTTCAG-TCGACCCTCTGTCTTC--AAAC-TTGTTCAA-Cgt
gi|17 : cataattggttta---ACTA-AAGAA-TTATG-CAATACCCGCAAAT-TTATA-CAA--ACAAGCTTGTGAAAATAAGAAATGG-A--TT------TG-------AATTT-------T-AA-AA-CAT-A--------------T--A
gi|18 : c-------------------ATGTA---ACGGT-CTA-AT-CATTATA-TTTTAA----T-----TTGT---------AT----GTGTA-T-TA-----TATGCTGTAAT-AGCAT-TG----AATCATT------CTA--TACTAccccca
gi|19 : cA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------AT------ATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GACAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTATa
gi|2 : CATTGTTTGAGCTCTAAATATGTTATTGGTAT--------ATAGACTTACTGATATATGCAAGCAAAATATATTA----AGT-GATATAACTTCGTCATCTAAA-TGTTACATGTTTAAACACTTTATTGATCATGTTGCA-TTGTAAAATTATTTATCTAAACCCATTTTT-AAT-CAAT-T-----------T-TAAAATTAATGTTAT-CTTCACACTAATTATA-TATCG-AAACT-GGCC--GACATAAGAAAATTGCTTTAGAAAAAA-GAATATGTCACATGTGTAAAGAGG-ATGTCGAAAAGT--A-GTTTCAC--CTTATGC-TTAAATGTTCCGCAT--ATAT-AGAT---C-----TT----CGATTAAAATTTT--TAAAAC-----CATATTTTTTCAG-CCGACCCTCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTCCCTCATC--AA--AT---ACTA-AATAA-CTATG-CAATATTGGGAAAT-ACATA-CAA--A-AAGCTTTTGAAAA-AAGAAACAATT--TTATAGCATGCACTCTCAA-TTTGAAATAT-AT-GATTAT-G--------------T--AT------TT---AA--TATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTAGCACA-TACCCTT-GGAT-GATATT-------------------ATGTA---ACGGT-ATA--T-TAT-ATA-TTTTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTGT--GGCAT-TT----AATCAATAA---ACTA--TACT
gi|20 : tgaaaatattgaatttatcattcataatctataggtggggacatgtgTGTTCAA-CT-TCTTTCCTCAAC--AA--AC---ACTC-AAGAA-TTATG-TAATATCAGCAAAT-GTATG-C-A--A-AAGCTATTGATAA-A
gi|21 : CCCTGTTTTC--AAAC-TTGTTCAA-CT-TTTTTCCTCTTC--AA--AT---ACTA-AAGAA-CTATG-CAATATTGGAAAA
gi|22 : aATATT-------------------ATATT---ACAGTTATA-TT--AT-ATG-TTT-GAT--GT-------GT---------A-----GTATA-TCTA-----TATTCCGT-A--TGCAT-T------GTCGATAA---Acg
gi|23 : -------T-ATGAA-TAT-G--------------T--AT------TT---GA--TATTGTATA-C------AT------ATC--TATA-TTCATTGTTACACA-TAC
gi|24 : taCCCCATCTATTGT--GGTGTGAACAAACATAAATCTACACCACATGAAGAT
gi|25 : A--TATTGTACA-A------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TACCCTT-Gg
gi|3 : GAA-GATTATGCCACTTGTGTAAAGAGG-ATGACGAAAACTTAATATTTCAT--TTTAAAC-TTATAAGTCACGC-T-TATTA-AGAT---C-----TT----CGATTAATATTTA--TAACAC-----TATATTATTTCAG-TTGACCCTTTGTATTC--AAAC-GTGTTCAG-CT-TCTTTCCTCAAC--AAACAC---ACTA-AAGAA-TTGTG-CAATACCGG-------CATA-CAA--A-AAGCTTTTGATAA-AAGAAATGGTTAATT------TT-------AA-TT-------TAAT-AA-CAT-G--------------T--ACCCTCAATT---AT--TATTGTACA-G------AT------ATC--TAT-------------ACA-TACCCTT-GTAT-GGTATC-------------------ATATT---ACGTT-ATA-TTATAT-ATA-TATTGA----T-----TTGT---------AT----GTATA-TCTA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TTGATCGATCAATAA---ACTAAGTACTA
gi|4 : TTGTTAAAGGAAAA----------TAAACAAACTACG-GTATTAGTAAAGTTGATATAAATTC---ATC-CAT-TTTTACATGTATAAACATCTTATTGACCATGTTACAGTTACAAAATTATTTAATTAA--CCACT-----AT----T-TAGAAATATATTT-CAAA-TTAAGGTTGGACATCACATTGTCTATAATAT-AAAAACTTGGCCCCGACATAAAAACATCCAATTAGAAAGAA-GAACATGTCACATGTGTTAAGAGGAATGTCGGAGACG--A-GTTGCAC--TTGATGCGTTAAA-GTCCCGC-T-TATAA-AGATGAACTAGTATT----CGATTTAAAACTA--TAAAAC-----CATATTATTTCAGTTCGAGCCT
gi|5 : TTATTTCAG-TCGACCC-CTGTCTTCCAAGACGTTGTTCAA-CTGTCTTTCCTCATCCAAA--AT---ACTA-AAGAATCTATG-CA-TATTGGAAAAT-TCATAGCAA--T-AAGCTTTTGAAAA-AAGA----------T------TG-------AA------------AT-AA------------------------------------------TTGTACAAC------GT------ATC--TATA-TTTATTGTGCGACAATCCCTTT-G-AT-GATATTTCGATTAGCGGTTATACTTATATATGCATGGT-ATA-TT-TAT-TTC-TTATTATTTGC-----TTGTT--------AT----CTTTA-TATA-----TATGCTGTAT--GGCAT-TT----GATCAATAT---ACTA--TACT
gi|6 : GAAGACT--T-GTA-CAC--TTTATGA-TT---------GCATATAGAACAGAT---C-----TTTAACCGATTAAAATTTTATTAAAAC-----CATATTATTTCAGAGCGACACTCTGTCTTC--AAAC-TT-TTCAATCT-TCTTTCCTCTTC--AA--ATTTAATTACAAGAGGCTATGTCAATATTGGAAAATTACTTA-AAACAA-AAGCTTAGAAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CATCG--------------TTAAT------TTTAAAA--CATtt
gi|7 : -AAGAG-CTATG-CAATATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-A-GCCTTAGAAAA-AAGAAACGATC--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AAAACATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-GTTATTGTGGCACA-CACCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATA-TTTTGATTTGT-----TTGT---------A------TATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAT
gi|8 : AAA-AGAAAACAGTC--TT------TTTT-----AA-TT-------T-AT-AG-CAT-GCACTATATGATTAGT--ATC-----TT---AA--CATT-TACA-CCATAATAT------ATCAGTATACTTTAT-GTGGCACA--ACCCTTAGTATCGATAT----------------------------------ATA-CA-TGT-GTA-TTTTGATTTGTATACACTGTATTATATACAT----GTATATTCTATATAGTATGCTGTTA--TGCA--TT----GATCAAAAA---ACTA--a
gi|9 : TA-AAGA---TGTG-TTGTATTGGAAAAT-ACTTA-CAA--A-AAGC--------------------C--TT------TG-------AA-TT-------T-AT-AA-CAT-G--------------T--AT------TT---AA--CATTGTACA-C------AT------ATC--TATA-TTTATTGTGGCACA-TATCCTT-GTAT-GATATT-------------------ATGTA---ACTGT-ATA-TT-TAT-ATATTTTTGATTTGT-----T--T---------AT----ATATA-TCTA-----TATGCTGTAA--GGCAT-TT----GATCAATAA---ACTA--TACTAgtctacat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTTGTGAAAAAAGGAAATAAGTTCTTAAAAAATCCTAGCATGTACCCTCAATGGATATATCTTATTATGTTTATATGGTACACCAGGAAGATATTTATTATTGTCAGACATACCCTT