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Reference ( gi|3 )            :                         GTGATCCATG-AA-TCAC-TTAGCAT--TATATTATAAACCG-CCAATCTAATTAATTTCTGATATTGAATTAATTAAC-AT--ATT---C--TATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAA--ATATA---T-A-AG-ACA--------AAT-TCAAGAC-ATCTACAT-A-ATTATATCTGGAAC-G-TAC--AT-AT-ATAAAC-ATGC-ATG-ATGA--TGG-----ACAAG-AA----------G--------------------------AATAT-----AC-----CGG--ATC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGAT---A-T---C-CC--CCC-----------------------TTAT-T---AA-CA-----CCCCCCCCCTCAA-ATAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACA-TT-ATTGT--TTGT---TC-ACAGTTCA-C---A-------TAT-AC------G-CAC-ATATA--C---TGAAT----A-AA-CAGAAACATGCTGTT------C--AA--CATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACC------CATGT---AGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG----ATA-----CG-G---GG--GGAGTG-----------------TTA-TA-----------ATAACCGGC----AAAAA-------------------AA------------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
gi|16                         :                            ATCCATGGAA-TCAC-TTCGCAT--TA-ATCATAAAATA-CC----CAACTAATTTCTAATAATGGA-TAATTAACAAG--ATTTAAC--T-TCATG-TGAAGAT-GATAA
gi|1                          :                              tCATG-AA-TCGCGTTAGCAT--TAGATTATAAACCGCCCAATC----TAATTTCTGATA-TGAATTAATTAACAAG--ATTAA-T--AATCA-GTTGAAGATGGATAACT
gi|13                         :                              tCATG-AAATCACGTTAGCATGTTATATTATAAAGTG-T---TCCATCTAATTTCTTATAT-GGATTAATTAAC-AAGAATA---A--TATAATGTTGAAGAT-GATAACTgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|5                          :                                                                                          atgaATTAATTAAC-AA--GAC---CAATATCAAATTGAAGAT-GATAACTgaatttactaaaaatctatattgtctcggtatatatacgatgtggccatgtgaggtttt
gi|1                          :                                                                                                                                            TATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAAT-TGTATATT-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTATAGG---AAAA-TAATC--AAA--ATATAGTATGA-AG-ACATCTTACATAAT-T----AT-ATCTACGT-ACATT-TAT---AAAT-A-TAC--ATGATGATGGAC-AAGG-GGG-GTGGGGTGG-----G-GGG-AG----------GGGTGTTAAATTTTGTC----------AACAT-----AC-----TGG--ATC---GT--AACAA-CCACCATATTACT--TTGAT---A-T---C-TC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTATTAT-T---AA-CA-----ACCCCCA----AA-ATAT---TACA------TCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACA-TT-GTTGT--T-------C-ACAGTTCA-C------------------------------TACA--C---TGTAT----A-AA-C-GAAACATGCTG--------A--AA--CATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCC------CATAT---AGCTTT--GCTTC---TAC-GG-CG----AAA-----CG-G---GG--GGGGGGGGGGAGGGCGGAAAAAATTA-TA-----------ATAACAGGC----AAAAA-------------------AAAAAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
gi|5                          : tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggTATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC-T------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAA--ATATA---A-A-TGTACA--------TGTATGAAGACAATCTACG------TATATCT-AAAC-G-TAC--AT-TT-ATAAAT-AT-C-ATG-ATGA--TGGGGGGAACAAA-AAAGGGGGGGGTG--------------------------AATGTTGTCAACGATTTTGG--ATC---GTACAAAAAGCCACCATAT-ATT--ATAATTACA-C---C-CC--CCC-----------------------CTTT-TA--AA-CA-----AACCCCC-----A-ATAT---T
gi|13                         :                                                           attaattaacaagaccaatatcaaattgaagatgataactgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggTATA-CGATGTGGCCATGTGAGGTTTT
gi|14                         :      atgacatgaaatcacgttagcatgttatattataaagtgttccatctaatttcttatatggattaattaacaagaataatataatgttgaagatgataactgaatttactaaaaatctatattgtctcggtataTATA-CAATGTGGCCATGTGAG
gi|2                          :                              atgactcatattagctaagattaaaatctgcccaatctaatttctgatacgattaacaagaataatcatgataaaaataatactgaataaactgtagcttcttaaaaatccattgtttcaaAGCCATGTGAAGTTT-AAAA--TAGCTAA-CTTCAAAAA-TTTTTCCGATATCATTTACAC-GTA-GCGC-TATA--GA-AATGCT----A-GC-TG-T---T---AAAAC-T------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-ATA--GGAAAAAAA-TA-TC---AA--ATA-A---C-G-GG-ATG--------AA----AAAAC-ATCTACA--A-ATAATATCTATCACAG-TTT--AT-TT-AT-----ATGCAAAG-ATG----GG-----AGAGG-GA----------GGGGCGTTACAATTTAGTTC-------AACAT-----AC-----CGATCATT---AT--AATAAGCCACCAT-TGACTCCTTGAT---A-A---C-CCCTCCC-----------------------CCAT-T---AAGCA-----AACCC-----CAA-ATATATATACA------TCAG-ATT---CAC-TGTTATAACA-AC-----ATTGT--TTCG---GC-ACAGTCAG-CCTAA-------TAT-AC------A-CACAATACAACC---TGTATTGTGA-AA-GACACACATACACTTAATAAACTGAA--CATCCAAGAAAA-GC-GAAATA----GCACA----------------AACTTTTAGC-TT---TACGGGGCGTTAAATA-----CG-GCGAGA--GGGGTA-----------------TAA-TA-----------ATAACAGGC----AAAAAACGAAAAAAGAAAAAAAATAA------------------CTATTGATG-TGGTTAGAAAATTtt
gi|7                          :                                                              attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC-T------T-----------GTA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--G-----------------AA--ATGTA---T-G-AA-A---------------------------------ACTATATCT--AAC-GGTAC--AT-TT-ATAAAT-ATGC-ATG-ATGA--TGG-----ACAAG-AA----------GGAGAGGGGGCCAATTTTGTC------AACAT-----AC-----CAG--ATC---GT--AACAAGGCACCATATGACT--TTCAT---A-TAT-C-CC--CCC-----------------------TTAT-T---AA-CA-----AACCCCCA---AA-ATAT---TACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACA-TT-ATTGT--TTGT---TC-ACAGGTCA-C---A-------TAT-ACATGTATA-CAC-ACATA--CA--TGTAT----G-AA-CAGAAACATGCTG--------A--AA--CATCc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                         AG-ATCTA-AC-GTAAG-GC-TATA-TGA-AATGCT----ACAT-TGGTTGGTACAAAAACAA------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                             TCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC-T------TGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCGTA--CA---ATAA-AA-TTGGAAATTATATA---T-A-TGTATG--------AA-----AGAC-ATCTATATAA-ATTATATTT---CC-G-TACCAAT-TT-ATAAATAATGC-ATGAATGA--TGG-----ACAAA-GG----------G--------------------------AAGAT-----
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TAAA--T--CAT---AC-GTA--GG---AAAAATA-TC--AAA--ATAAA---T-GTAT-ATG--------TAT-T-GATAT-ATTTACAT-A---TATATCT--ATC-G-TGC--AT-TT-ATCTAT-ATGC-ATG-ATGA--TGG-----ACAAGAAA----------GGGGGCGTGGGGTGGTTAAATCTTCTCAACAT-----AC-----CGG--ATCATCGT--AACAAGCCACTATATGACT--GTGAT---ACT---C-CC--GCC-----------------------TTAT--------CA-----CCCCC------AACATAT---TACA------TCAGGATT---CAC-TGTTATAACACACA-TTAATTA---TTGTTAATC-ACAGATCA-C---ATTATATGTAT-AC------A-CAC-ATACA--C---TGTAT----A-AA-GAGAAACATGCTG--------A--AA--CATCCAAGGAAAGGC-GAAtgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatttatctaacaaccccgcccaaaaatattacatcagccttgtgcacatgttttgacacacatttattgttattgttcaaaagttcagcataaacacatatactgttagaacaggaacatgctgaaacatccaagaaatgcgaaatatacgacacgcctatatatgagctttgcttcgtatacgggcgaagagaccgaggggggcgctctcactaataaaacaggagccaacaataaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttAT-ATCTACAT-A---TATAT----AAT-G-TAT--AT-TT-ATGAAT-ATGC-ATG-ATGG--TGA-----GCAAG-AG----------GGGGAGGCTGTTGAATTCAGTC-----AACAT-----AC-----CAG--ATT---GT--TACAAGCCACCATATCACT--TTGAT---A-TAGAT-CC--CCC-----------------------TTAT-T---AA-AAAAAGACCCA-------AA-ATAT---TACA------TCAGTATT---AAC-TGCTCTAACACACA-TT-A
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tctagat--------------------------AACAT-----GC-----CGG--ATC---G------AA--CACCATATGACT--TTGAT---G-C---CTCC--CCC-----------------------TTAT-T---AAACA-----CCCCCC-----AA-ATAT---TACA------TCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACA-TT-ATTGT--TTGT---TC-ACAGTT-A-C---A-------TAT-AC------ACCACTATACA--C---TGTAT----A-AA-CAGAAAACTGCTG--------A--AA--CATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGTACATGT---AGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG----AAG-----CG-G---GG--AGGGGGGGGGGCAGGACAAA---TTA-TAACTATAACAAGATAACAGGC----AAAGA-------------------AAAGAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttttgtc--------------------------AACAC-----AT-----CAA--GTC---GT--AACAAGCCACCATATGGCT--TTAAC---A-TAA-A-CC--CCC-----------------------TTAT-TTAAAA-AA------------CCTAAA-ATAT---TACA------TAAGCA-T---AAC-TGTTCCAACACACA-TT-AGTGT--TTGT---TA-TCAGGTCA-C---A-------TAT-AT------A-CAT-GTATA--T---------------A-CATAAACAT--TG--------A--AA--AATCCAAGAGAAGGC-GAAATA----GCACATC------CATTT---GGCTTT--GCTTT---CAT-TGGCG----AAT-----CGTG---GGTTGAAGTG-----------------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aggggagggggggggtgtaatttaatc-----------------------TTATCT---AA-CA-----ACCCCGCCCAAAA-ATAT---TACA------TCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTT-ATTGTTATTGT---TCAAAAGTTCAGC---A-------TAA-A---------CAC-ATATA--C---TG-TT----AGAA-CAGGAACATGCTG--------A--AA--CATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCC------TATATATGAGCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG----A-AGAGACCG-A---GG--GGGGCGCTC--------------TCACTA-----------ATAAgagaaggggcgtaggaaattataacagacaccccccccccaaatgaaaaaaaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tctacaccgtaggctataataagaatgccctacacgcctgatgtgaaacttgggagatgagagcaataaaaataacttaaagcgtacaataaaattggaaattatatatatgtatgaaagacatctatataaattatatttccgtaccaatttataaataatgcatgaatgatggacaaagggaagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatTCA-C---A-------TGTCAT------G-TAT-ATACA--CCCATGTAT----A-TA-CAGA--CATA-TATT------T--GATGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATC------CATGT---AGCTTT--GC-TT---TAC-GGGCG----AAA-----CG-G---GC--GTCGGG-----------------TTG--A-----------GTAG-GGGCGCAGAAAAA-------------------AA------------------TTATaacaggagccaacaataaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T-AC------A-CTC-A-ATA--CA--TGTAT----A-AAATAGAAACATAATG--------A--AA--C-TCCAAGATAACTCAGAAATA----GCACACC-------ATGT---AGCTTT--GCGTT----AC-GGGCG----AAA-----CG-G---GG--GGGGaacaggcaaaaagatattaaatagataaaagaaaagaaaactattgttgttggttagataattgg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----AAGAA-------------------AA------------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGGgggggttcaggcaggaaaaaaatcataacaggtaaaagcataaaaagaaaaacgaaagaaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA






Alignments
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Reference ( family-4526 )     :                                                                                                                                                                                                                                     NNNATCCATG-AA-TCGCGTTAGCAT--TA-A--TTATAAANC-GCC--TCCA--CTAATTTCTNATA-T-GGATTAATTAACAAGATT--ACT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGTGGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CNTCAAAAT-TTTCTCAGATAG-ATCTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTA----------GGAAAA---TA-TCAAAATATA--TGNG-ACGAATT-AAGACA-TCT-ACGTAA-TTATATCT--AA-CG-TAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----ACAA----G--A----------GGG---------------G-G---------------GT-------------AAC-ATACCGG--ATC---GTA--ACAAGCCACCATATGACT--TTGAT-AT--A--------------------C-CCC--C--CT--TAT-T-AA-CAA---CCCC-----CAA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACACACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACGCCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGNG-----------------TT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tTATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAAT-TGTATATT-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTATA--------GGAAAA---TAATCAAAATATA---------GTATG-AAGACA-TCTTACATAA-TTATATCT--A--CG-TAC--A-TTTATAAATA-TACATGA-TGATGG-----ACAA----G--G----------GGGGTGGGGTGGGGGGAGG-G---------------GTGTTAAATTTTGTCAAC-ATACTGG--ATC---GTA--ACAA-CCACCATATTACT--TTGAT-AT--CTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCC--C--CTATTAT-T-AA-CAA---CCCC-----CAA-AA-TAT---TACA------TCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACATT-G-TTGTT---------CACA-GTTCAC--------------------------------TACA--CTGTAT----A-AA-C-GAAACATGC---T-G--A-------AACATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCCCATAT---A------GCTTT--GCTTC---TAC-GG-CG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGGGGGGGAGGGCGGAAAAAATT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggT---CACA-TGTCAT---G--------T-------ATATAC-AC-C-CA-----TGTAT----A-TA-CAGACATATAT---TTG--A-------TGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATCCATGT---A------GCTTT--GCTTT----AC-GGGCG--AAACGGGCGTC---GGGTTGAGTA-----GGGGCG-----------------CAGAAAAAAATT-----------ATAACAGG---CAAAAAGATATTAAATAGATAAAAGAAAAG--AA--------------AA---------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGG
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gi|3                          :                                                                                                                                   attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaaATCCATG-AA-TCAC-TTAGCAT--TATA--TTATAAACC-GCCAATCTAA-TTAATTTCTGATA-TTGAATTAATTAACA-TATT---CT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTA----------GGAAAA---TA-TCAAAATATA--TAAG-ACAAATTCAAGACA-TCT-ACATAA-TTATATCTGGAA-CG-TAC--A-TATATAAACA-TGCATGA-TGATGG-----ACAA----G--A----------AG-------------------------------------------------AAT-ATACCGG--ATC---GTA--ACAAGCCACCATATGACT--TTGAT-AT-----------------------C-CCC--C--CT--TAT-T-AA-CAC---CCCCCCCCTCAA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACGC-AC-A-TATA--CTGAAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-GTTC-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--ATA-------C---GGG------G-----GGAGTG-----------------TT-------ATA-----------ATAACCGG---C--------------------------AAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtgTCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC-T------TGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCGTACAATAAAATTGGAAAT---TA-T----ATATA--TGT--ATGAA----AGACA-TCT-ATATAAATTATATTT--C--CG-TACCAA-TTTATAAATAATGCATGAATGATGG-----ACAA-------A----------GGG---------------
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T--TATCT-AA-CAA---CCCCGCC--CAA-AAATAT---TACA------TCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTTA-TTGTTATTGTT---CAAAAGTTCA----G--------C-------ATAAAC-AC-A-TATA--CTGT-T----AGAA-CAGGAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCCTATATATGA------GCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG--AAGAGAC---C---GAG------G-----GGGGCG-----------------CTCTCACTAATA-----------A-AACAGGAGCCA-----------------------ACAAT--AA--------------AA---------------aagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatttatctaacaaccccgcccaaaaatattacatcagccttgtgcacatgttttgacacacatttattgttattgttcaaaagttcagcataaacacatatactgttagaacaggaacatgctgaaacatccaagaaatgcgaaatatacgacacgcctatatatgagctttgcttcgtatacgggcgaagagaccgaggggggcgctctcactaataaaacaggagccaacaataaaa
gi|5                          : tctacaccgtaggctataataagaatgccctacacgcctgatgtgaaacttgggagatgagagcaataaaaataacttaaagcgtacaataaaattggaaattatatatatgtatgaaagacatctatataaattatatttccgtaccaatttataaataatgcatgaatgatggacaaagggaagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatATTAATTAACAAGACC--AAT-ATCAAATTGAAGAT-GATAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC-T------T-----------GCA-TAAA--T--C-T---AG-GTA----------GGAAAA---TA-TCAAAATATAAATGTACATGTATG-AAGACAATCT-ACGTA-----TATCT--AAACG-TAC--A-TTTATAAATA-T-CATGA-TGATGGGGGGAACAAAAAAG--G----------GGG---------------G-G---------------GTGAATGTTGTC---AACGATTTTGG--ATC---GTACAAAAAGCCACCATAT-ATT--ATAATTAC--A--------------------C-CCC--CCCCT--TTT-A-AA-CAA---ACCC-----CCA-A--TAT---Tgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attaattaacaagaccaatatcaaattgaagatgataactgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcgg-TAAA--T--CAT---AC-GTA----------GGAAAAA--TA-TCAAAATAAA--TGTATATGTATT-GATATA-TTT-ACATA---TATATCT--AT-CG-TGC--A-TTTATCTATA-TGCATGA-TGATGG-----ACAA----G--AAAGGGGGCGTGGG---------------GTG---------------GTTAAATCTTCTC--AAC-ATACCGG--ATCATCGTA--ACAAGCCACTATATGACT--GTGAT-AC--T--------------------C-CCG--C--CT--TAT-C-A--------CCCC-----CAACA--TAT---TACA------TCAGGATT---CAC-TGTTATAACACACATT-AATTATT---GTTAATCACA-GATCAC---A--------TTATATGTATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-GAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGGAAAGGC-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC-T------T-----------GTA-TAAA--T--C-T---AG-GTA----------G--------------AAATGTA--TG-----------AAAAC--------------TATATCT--AA-CGGTAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----ACAA----G--AAGGAGA----GGG---------------G-GCCAATTTT-------GTC------------AAC-ATACCAG--ATC---GTA--ACAAGGCACCATATGACT--TTCAT-AT--AT-------------------C-CCC--C--CT--TAT-T-AA-CAAA--CCCC-----CAA-AA-TAT---TACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GGTCAC---ATATACATGT-------ATACAC-AC-A-TACA---TGTAT----G-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -------------AAC-ATGCCGG--ATC---G------AA--CACCATATGACT--TTGAT-GC--C--------------------T-CCC--C--CT--TAT-T-AAACAC---CCCC-----CAA-A--TAT---TACA------TCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTT-AC---A--------T-------ATACACCACTA-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAAACTGC---T-G--A-------AACATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGT---ACATGTAGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAG-------C---GGG------GAGGGGGGGGGGCAGGACAAA--------TT-------ATAACTATAACAAGATAACAGG---CA-----------------------AAGAA--AA--------------GAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttttgtcAG----G--G----------GGG---------------G-G---------------GTGTAATTTAATC--AAC-ACATCAA--GTC---GTA--ACAAGCCACCATATGGCT--TTAAC-AT--A--------------------AACCC--C--CT--TAT-TTAA-AAA---ACCT-----AAA-A--TAT---TACA------TAAGCAT----AAC-TGTTCCAACACACATT-A-GTGTT--TGTT---ATCA-GGTCAC---A--------T-------ATATAC-A-----------TGTAT----A-TA-CATAAACAT-----T-G--A-------AAAATCCAAGAGAAGGC-GAAATA----GCACATCCATTT---G------GCTTT--GCTTT---CAT-TGGCG--AAT-------C---GTG------G-----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA






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Reference ( family-4526 )     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNATCCATG-AA-TCACGTTAGCA--TTATATTATAAANC-GCC--TCCAATCTAATTTCTGATA-T-GGATTAATTAACAAGA-NTAAT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCGGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-ATCTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC------TTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAGGAAAA---T-ATC--AAAATAT--ATGTG-ATGNAT--AAGAC-ATC-TACAT-AATTATATCT--AACG-TAC--A-TTTATAAAT-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AAG--A----------GG---GG-G-----GT----------------N--A--------T------AA----------C-ATACCGG--ATC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT--A--C-CCC--CC----------------------TTAT-T-AA-CAA---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACACACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGNG-----------------TT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAATTGTATATTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTATAGGAAAA---TAATC--AAAATAT--A-GT--ATG-----AAGAC-ATCTTACAT-AATTATATCT---ACG-TAC--A-TTTATAAAT-ATACATG-ATGATGG-----AC----AAG--G----------GGGGTGG-G-----GTGGGGGGAGGGGTGTTAA--A--------TTTTGTCAA----------C-ATACTGG--ATC---GT--AACAA-CCACCATATTACT--TTGA-TAT--C--T-CCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTATTAT-T-AA-CAA---CCCC-----CAAA-A--TAT---TACA------TCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACATT-G-----T--TGTT---CACA-GTTCAC--------------------------------TACA--CTGTAT----A-AA-C-GAAACATGC---T-G--A-------AACATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCCCATAT---A------GCTTT--GCTTC---TAC--GGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGGGGGGGAGGGCGGAAAAAATT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggT---CACA-TGTCAT---G--------T-------ATATAC-AC-C-CA-----TGTAT----A-TA-CAGACATATAT---TTG--A-------TGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATCCATGT---A------GCTTT--GCTTT----AC-GGGCG--AAACGGGCGTC---GGGTTGAGTA-----GGGGCG-----------------CAGAAAAAAATT-----------ATAACAGG---CAAAAAGATATTAAATAGATAAAAGAAAAG--AA--------------AA---------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGG
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gi|14                         :                                                                                                        atgacatgaaatcacgttagcatgttatattataaagtgttccatctaatttcttatatggattaattaacaagaataatataatgttgaagatgataactgaatttactaaaaatctatattgtctcggtataATG-AC-TCATATTAGC---TAAGATTA-AAATCTGCC----CAATCTAATTTCTGATA-C-G-----ATTAACAAGA-ATA---ATCATGATAAAAAT-AATA
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gi|3                          :                                                                                                                                     attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaaATCCATG-AA-TCAC-TTAGCA--TTATATTATAAACC-GCCAATCTAAT-TAATTTCTGATA-TTGAATTAATTAACA-TA-TTC-T-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC------TTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAGGAAAA---T-ATC--AAAATAT--ATAAG-ACAAATTCAAGAC-ATC-TACAT-AATTATATCTGGAACG-TAC--A-TATATAAAC-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AAG--A----------AG-------------------------------------------------AA----------T-ATACCGG--ATC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT-----C-CCC--CC----------------------TTAT-T-AA-CAC---CCCCCCCCTC-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACGC-AC-A-TATA--CTGAAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-GTTC-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--ATA-------C---GGG------G-----GGAGTG-----------------TT-------ATA-----------ATAACCGG---C--------------------------AAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgTCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC------TTGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCG--TACAATAA---A-ATTGGAAATTAT--ATAT--ATGTATGAAAGAC-ATC-TATATAAATTATATTT---CCG-TACCAA-TTTATAAATAATGCATGAATGATGG-----AC----AA---A----------GG---G
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----------------------TTATCT-AA-CAA---CCCCGCC--C-AA-AAATAT---TACA------TCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTTA-TTGTTATTGTT---CAAAAGTTCA----G--------C-------ATAAAC-AC-A-TATA--CTGT-T----AGAA-CAGGAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCCTATATATGA------GCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG--AAGAGAC---C---GAG------G-----GGGGCG-----------------CTCTCACTAATA-----------A-AACAGGAGCCA-----------------------ACAAT--AA--------------AA---------------aagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatttatctaacaaccccgcccaaaaatattacatcagccttgtgcacatgttttgacacacatttattgttattgttcaaaagttcagcataaacacatatactgttagaacaggaacatgctgaaacatccaagaaatgcgaaatatacgacacgcctatatatgagctttgcttcgtatacgggcgaagagaccgaggggggcgctctcactaataaaacaggagccaacaataaaa
gi|5                          : tctacaccgtaggctataataagaatgccctacacgcctgatgtgaaacttgggagatgagagcaataaaaataacttaaagcgtacaataaaattggaaattatatatatgtatgaaagacatctatataaattatatttccgtaccaatttataaataatgcatgaatgatggacaaagggaagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatATTAATTAACAAGA-CCAAT-ATCAAATTGAAGAT-GATAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC------TTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAGGAAAA---T-ATC--AAAATATAAATGTACATGTATG-AAGACAATC-TACG-----TATATCTA-AACG-TAC--A-TTTATAAAT-AT-CATG-ATGATGGGGGGAACAAAAAAG--G----------GG---GG-G-----GT----------------G--AATGTTGT-C------AA----------CGATTTTGG--ATC---GTACAAAAAGCCACCATAT-ATT--ATAATTAC--ACCC-CCC--CC----------------------TTTT-A-AA-CAA---ACCC-----C-CA-A--TAT---Tgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       attaattaacaagaccaatatcaaattgaagatgataactgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcgg-TAAA--T--CAT---AC-G--TAGGAAAAA--T-ATC--AAAATAA--ATGTATATGTATT-GATAT-ATT-TACAT-A--TATATCT--ATCG-TGC--A-TTTATCTAT-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AAG--AAAGGGGGCGTGG---GGTG-----GT----------------T--AAATCTTCTC------AA----------C-ATACCGG--ATCATCGT--AACAAGCCACTATATGACT--GTGA-TAC--T--C-CCG--CC----------------------TTAT-C-A--------CCCC-----C-AACA--TAT---TACA------TCAGGATT---CAC-TGTTATAACACACATT-AATTATT---GTTAATCACA-GATCAC---A--------TTATATGTATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-GAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGGAAAGGC-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC------TTG-----------TA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAG----------------AAATGT--ATG-----------AAAAC--------------TATATCT--AACGGTAC--A-TTTATAAAT-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AAG--AAGGAGA----GG---GG-G-----CC----------------A--A--------TTTTGTCAA----------C-ATACCAG--ATC---GT--AACAAGGCACCATATGACT--TTCA-TAT--AT-C-CCC--CC----------------------TTAT-T-AA-CAAA--CCCC-----C-AA-AA-TAT---TACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GGTCAC---ATATACATGT-------ATACAC-AC-A-TACA---TGTAT----G-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ------AA----------C-ATGCCGG--ATC---G------AA--CACCATATGACT--TTGA-TGC--C--T-CCC--CC----------------------TTAT-T-AAACAC---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTT-AC---A--------T-------ATACACCACTA-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAAACTGC---T-G--A-------AACATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGT---ACATGTAGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAG-------C---GGG------GAGGGGGGGGGGCAGGACAAA--------TT-------ATAACTATAACAAGATAACAGG---CA-----------------------AAGAA--AA--------------GAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttttgtcGG-----AG----GGG--G----------GG---GG-T-----GT----------------A--A--------TTTAATCAA----------C-ACATCAA--GTC---GT--AACAAGCCACCATATGGCT--TTAA-CAT--A--AACCC--CC----------------------TTAT-TTAA-AAA---ACCT-----A-AA-A--TAT---TACA------TAAGCAT----AAC-TGTTCCAACACACATT-A-GTGTT--TGTT---ATCA-GGTCAC---A--------T-------ATATAC-A-----------TGTAT----A-TA-CATAAACAT-----T-G--A-------AAAATCCAAGAGAAGGC-GAAATA----GCACATCCATTT---G------GCTTT--GCTTT---CAT-TGGCG--AAT-------C---GTG------G-----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA






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Reference ( family-4526 )     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNATCCATG-AA-TCACGTTAGCA--TTANATTATAAANC-GCC--TCCAATCTAATTTCTGATA-T-GGATTAATTAACAAGA-NTAAT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCGGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-ATCTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC------TTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAGG---AAAA-T-ATC--AAAATAT--ATGTG-ATGTAT--AAGAC-ATC-TACAT-AATTATATCT--AACG-TAC--A-TTTATAAAT-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AA-----------------GA----------GG------G-----G-G---------GT--NA----C----T--G--TCAAC-A-TACC-GG--A--TC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT--A--C-CC--CCC----------------------TTAT-T-AA-CAA---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACACACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGNG-----------------TT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAATTGTATATTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTATAGG---AAAA-TAATC--AAAATAT--A-------GTATG-AAGAC-ATCTTACAT-AATTATATCT---ACG-TAC--A-TTTATAAAT-ATACATG-ATGATGG-----AC----AAGGGGGGTGGGGTGGGGGGA----------GG------G-----G-T---------GT--TAAATTT----T--G--TCAAC-A-TACT-GG--A--TC---GT--AACAA-CCACCATATTACT--TTGA-TAT--C--T-CC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTATTAT-T-AA-CAA---CCCC-----CAAA-A--TAT---TACA------TCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACATT-G-----T--TGTT---CACA-GTTCAC--------------------------------TACA--CTGTAT----A-AA-C-GAAACATGC---T-G--A-------AACATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCCCATAT---A------GCTTT--GCTTC---TAC--GGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGGGGGGGAGGGCGGAAAAAATT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggT---CACA-TGTCAT---G--------T-------ATATAC-AC-C-CA-----TGTAT----A-TA-CAGACATATAT---TTG--A-------TGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATCCATGT---A------GCTTT--GCTTT----AC-GGGCG--AAACGGGCGTC---GGGTTGAGTA-----GGGGCG-----------------CAGAAAAAAATT-----------ATAACAGG---CAAAAAGATATTAAATAGATAAAAGAAAAG--AA--------------AA---------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGG
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gi|3                          :                                                                                                                                     attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaaATCCATG-AA-TCAC-TTAGCA--TTATATTATAAACC-GCCAATCTAAT-TAATTTCTGATA-TTGAATTAATTAACA-TA-TTC-T-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC------TTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAGG---AAAA-T-ATC--AAAATAT--ATAAG-ACAAATTCAAGAC-ATC-TACAT-AATTATATCTGGAACG-TAC--A-TATATAAAC-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AG-----------------------------------------------AAT-A-TACC-GG--A--TC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT-----C-CC--CCC----------------------TTAT-T-AA-CAC---CCCCCCCCTC-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACGC-AC-A-TATA--CTGAAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-GTTC-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--ATA-------C---GGG------G-----GGAGTG-----------------TT-------ATA-----------ATAACCGG---C--------------------------AAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgTCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC------TTGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCG--TACA---ATAA-A-ATTGGAAATTAT--ATAT--ATGTATGAAAGAC-ATC-TATATAAATTATATTT---CCG-TACCAA-TTTATAAATAATGCATGAATGATGG-----AC----AA-----------------AG----------GGAAGATTG-----G-GTGTTTAAAAGT--TA----G----TAGG--TCAAC-ATTACCTGG--AGGTTAA-GT--AACAAG-CACAATAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ----------------------TTATCT-AA-CAA---CCCCGCC--C-AA-AAATAT---TACA------TCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTTA-TTGTTATTGTT---CAAAAGTTCA----G--------C-------ATAAAC-AC-A-TATA--CTGT-T----AGAA-CAGGAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCCTATATATGA------GCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG--AAGAGAC---C---GAG------G-----GGGGCG-----------------CTCTCACTAATA-----------A-AACAGGAGCCA-----------------------ACAAT--AA--------------AA---------------agttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatttatctaacaaccccgcccaaaaatattacatcagccttgtgcacatgttttgacacacatttattgttattgttcaaaagttcagcataaacacatatactgttagaacaggaacatgctgaaacatccaagaaatgcgaaatatacgacacgcctatatatgagctttgcttcgtatacgggcgaagagaccgaggggggcgctctcactaataaaacaggagccaacaataaaa
gi|5                          : tctacaccgtaggctataataagaatgccctacacgcctgatgtgaaacttgggagatgagagcaataaaaataacttaaagcgtacaataaaattggaaattatatatatgtatgaaagacatctatataaattatatttccgtaccaatttataaataatgcatgaatgatggacaaagggaagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatATTAATTAACAAGA-CCAAT-ATCAAATTGAAGAT-GATAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC------TTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAGG---AAAA-T-ATC--AAAATATAAATGTACATGTATG-AAGACAATC-TACG-----TATATCTA-AACG-TAC--A-TTTATAAAT-AT-CATG-ATGATGGGGGGAACAAAAAA-----------------GG----------GG------G-----G-G---------GT--GAATG-T----T--G--TCAACGA-TTTT-GG--A--TC---GTACAAAAAGCCACCATAT-ATT--ATAATTAC--ACCC-CC--CCC----------------------TTTT-A-AA-CAA---ACCC-----C-CA-A--TAT---Tgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       attaattaacaagaccaatatcaaattgaagatgataactgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcgg-TAAA--T--CAT---AC-G--TAGG---AAAAAT-ATC--AAAATAA--ATGTATATGTATT-GATAT-ATT-TACAT-A--TATATCT--ATCG-TGC--A-TTTATCTAT-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AA-----------------GAAAGGGGGCGTGG------G-----GTG---------GT--TAAATCT----T--C--TCAAC-A-TACC-GG--A--TCATCGT--AACAAGCCACTATATGACT--GTGA-TAC--T--C-CC--GCC----------------------TTAT-C-A--------CCCC-----C-AACA--TAT---TACA------TCAGGATT---CAC-TGTTATAACACACATT-AATTATT---GTTAATCACA-GATCAC---A--------TTATATGTATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-GAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGGAAAGGC-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC------TTG-----------TA-TAAA--T--C-T---AG-G--TAG-----------------AAATGT--ATG-----------AAAAC--------------TATATCT--AACGGTAC--A-TTTATAAAT-ATGCATG-ATGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AG------GAGAGGG-G---------GC--CAATT-T----T--G--TCAAC-A-TACC-AG--A--TC---GT--AACAAGGCACCATATGACT--TTCA-TAT--AT-C-CC--CCC----------------------TTAT-T-AA-CAAA--CCCC-----C-AA-AA-TAT---TACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GGTCAC---ATATACATGT-------ATACAC-AC-A-TACA---TGTAT----G-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----T--G--TCAAC-A-TGCC-GG--A--TC---G------AA--CACCATATGACT--TTGA-TGC--C--T-CC--CCC----------------------TTAT-T-AAACAC---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTT-AC---A--------T-------ATACACCACTA-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAAACTGC---T-G--A-------AACATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGT---ACATGTAGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAG-------C---GGG------GAGGGGGGGGGGCAGGACAAA--------TT-------ATAACTATAACAAGATAACAGG---CA-----------------------AAGAA--AA--------------GAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttGG-----AG----GG-----------------GG----------GG------G-----G-T---------GT--AA----T----TTAA--TCAAC-A-CATC-AA--G--TC---GT--AACAAGCCACCATATGGCT--TTAA-CAT--A--AACC--CCC----------------------TTAT-TTAA-AAA---ACCT-----A-AA-A--TAT---TACA------TAAGCAT----AAC-TGTTCCAACACACATT-A-GTGTT--TGTT---ATCA-GGTCAC---A--------T-------ATATAC-A-----------TGTAT----A-TA-CATAAACAT-----T-G--A-------AAAATCCAAGAGAAGGC-GAAATA----GCACATCCATTT---G------GCTTT--GCTTT---CAT-TGGCG--AAT-------C---GTG------G-----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA






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Reference ( family-4526 )     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNATCCATG-AA-TCACGTTAGCA--TTANATTATAAANC-GCC--TCCAATCTAATTTCTGATA-T-GGATTAATTAACAAGA-NTAAT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCGGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-ATCTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATAT--ATGTG-ATGTA-TGAA-GAC-ATC-TACATAA-TTATATCT--AACG-TAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------GGG------G-GG------T--N------AA---TT-----G-TCAAC-AT-ACC-GG--A--TC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT--A--CCC--CCC----------------------TTA-T-TAA-CAA---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACACACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGNG-----------------TT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAAT-TGTATATTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTATAGG---AAAA-TAATC--AAAATAT--A-------GTA-TGAA-GAC-ATCTTACATAA-TTATATCT---ACG-TAC--A-TTTATAAATA-TACATGA-TGATGG-----AC----AAGGGGGGTGGGGTGGGGGGA----------GGG------G-TG------T--T------AAATTTT-----G-TCAAC-AT-ACT-GG--A--TC---GT--AACAA-CCACCATATTACT--TTGA-TAT--C--TCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTATTA-T-TAA-CAA---CCCC-----CAAA-A--TAT---TACA------TCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACATT-G-----T--TGTT---CACA-GTTCAC--------------------------------TACA--CTGTAT----A-AA-C-GAAACATGC---T-G--A-------AACATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCCCATAT---A------GCTTT--GCTTC---TAC--GGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGGGGGGGAGGGCGGAAAAAATT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggT---CACA-TGTCAT---G--------T-------ATATAC-AC-C-CA-----TGTAT----A-TA-CAGACATATAT---TTG--A-------TGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATCCATGT---A------GCTTT--GCTTT----AC-GGGCG--AAACGGGCGTC---GGGTTGAGTA-----GGGGCG-----------------CAGAAAAAAATT-----------ATAACAGG---CAAAAAGATATTAAATAGATAAAAGAAAAG--AA--------------AA---------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGG
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gi|3                          :                                                                                                                                     attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaaATCCATG-AA-TCAC-TTAGCA--TTATATTATAAACC-GCCAATCTAAT-TAATTTCTGATA-TTGAATTAATTAACA-TA-TTC-T-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATAT--ATAAG-ACAAATTCAA-GAC-ATC-TACATAA-TTATATCTGGAACG-TAC--A-TATATAAACA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AG-------------------------------------------AAT-AT-ACC-GG--A--TC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT-----CCC--CCC----------------------TTA-T-TAA-CAC---CCCCCCCCTC-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACGC-AC-A-TATA--CTGAAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-GTTC-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--ATA-------C---GGG------G-----GGAGTG-----------------TT-------ATA-----------ATAACCGG---C--------------------------AAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgTCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC-T------TGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCGTA--CA---ATAA-AA-TTGGAAATTAT--ATAT--ATGTA-TGAAAGAC-ATC-TATATAAATTATATTT--C-CG-TACCAA-TTTATAAATAATGCATGAATGATGG-----AC----AA------------------A----------GGGAAGATTG-GG------T--GTTTAAAAG---TTAGTAGG-TCAAC-ATTACCTGG--AGGTTAA-GT--AACAAG-CACAATAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----------------------TTA-TCTAA-CAA---CCCCGCC--C-AA-AAATAT---TACA------TCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTTA-TTGTTATTGTT---CAAAAGTTCA----G--------C-------ATAAAC-AC-A-TATA--CTGT-T----AGAA-CAGGAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCCTATATATGA------GCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG--AAGAGAC---C---GAG------G-----GGGGCG-----------------CTCTCACTAATA-----------A-AACAGGAGCCA-----------------------ACAAT--AA--------------AA---------------agttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatttatctaacaaccccgcccaaaaatattacatcagccttgtgcacatgttttgacacacatttattgttattgttcaaaagttcagcataaacacatatactgttagaacaggaacatgctgaaacatccaagaaatgcgaaatatacgacacgcctatatatgagctttgcttcgtatacgggcgaagagaccgaggggggcgctctcactaataaaacaggagccaacaataaaa
gi|5                          : tctacaccgtaggctataataagaatgccctacacgcctgatgtgaaacttgggagatgagagcaataaaaataacttaaagcgtacaataaaattggaaattatatatatgtatgaaagacatctatataaattatatttccgtaccaatttataaataatgcatgaatgatggacaaagggaagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatATTAATTAACAAGA-CCAAT-ATCAAATTGAAGAT-GATAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATATAAATGTACATGTA-TGAA-GACAATC-TACG-----TATATCTA-AACG-TAC--A-TTTATAAATA-T-CATGA-TGATGGGGGGAACAAAAAA-----------------GG----------GGG------G-GG------T--G------AATG-TT-----G-TCAACGAT-TTT-GG--A--TC---GTACAAAAAGCCACCATAT-ATT--ATAATTAC--ACCCCC--CCC----------------------TTT-T-AAA-CAA---ACCC-----C-CA-A--TAT---Tgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attaattaacaagaccaatatcaaattgaagatgataactgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcgg-TAAA--T--CAT---AC-GTA--GG---AAAAATA-TC--AAAATAA--ATGTATATGTA-TTGA-TAT-ATT-TACATA---TATATCT--ATCG-TGC--A-TTTATCTATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GAAAGGGGGCGTGGG------GTGG------T--T------AAATCTT-----C-TCAAC-AT-ACC-GG--A--TCATCGT--AACAAGCCACTATATGACT--GTGA-TAC--T--CCC--GCC----------------------TTA-T-CA--------CCCC-----C-AACA--TAT---TACA------TCAGGATT---CAC-TGTTATAACACACATT-AATTATT---GTTAATCACA-GATCAC---A--------TTATATGTATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-GAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGGAAAGGC-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC-T------TG-----------TA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GA---AA--------------------------TGTA-TGAA-AAC--------------TATATCT--AACGGTAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AGGAGAGG-G-GG------C--C------AA---TTTT---G-TCAAC-AT-ACC-AG--A--TC---GT--AACAAGGCACCATATGACT--TTCA-TAT--AT-CCC--CCC----------------------TTA-T-TAA-CAAA--CCCC-----C-AA-AA-TAT---TACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GGTCAC---ATATACATGT-------ATACAC-AC-A-TACA---TGTAT----G-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---TT-----G-TCAAC-AT-GCC-GG--A--TC---G------AA--CACCATATGACT--TTGA-TGC--C--TCC--CCC----------------------TTA-T-TAAACAC---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTT-AC---A--------T-------ATACACCACTA-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAAACTGC---T-G--A-------AACATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGT---ACATGTAGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAG-------C---GGG------GAGGGGGGGGGGCAGGACAAA--------TT-------ATAACTATAACAAGATAACAGG---CA-----------------------AAGAA--AA--------------GAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tt----AG-----------------GG----------GGG------G-GG------TG-T------AA---TTTA---A-TCAAC-AC-ATC-AA--G--TC---GT--AACAAGCCACCATATGGCT--TTAA-CATA-A--ACC--CCC----------------------TTATT-TAA-AAA---ACCT-----A-AA-A--TAT---TACA------TAAGCA-T---AAC-TGTTCCAACACACATT-A-GTGTT--TGTT---ATCA-GGTCAC---A--------T-------ATATAC-A-----------TGTAT----A-TA-CATAAACAT-----T-G--A-------AAAATCCAAGAGAAGGC-GAAATA----GCACATCCATTT---G------GCTTT--GCTTT---CAT-TGGCG--AAT-------C---GTG------G-----G
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA






Alignments
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Reference ( family-4526 )     :                                                                                                                                                                                                                                       NNNATCCATG-AA-TCACGTTAGCA--TTANATTATAAANC-GCC--TCCAATCTAATTTCTGATA-T-GGATTAATTAACAAGA-NTAAT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCGGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-ATCTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATAT--ATGTG-ATGTA-TGAA-GAC-ATC-TACATAA-TTATATCT--AACG-TAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------GGG------G-GG------T--N------AA---TT-----G-TCAAC-AT-ACC-GG--A--TC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT--A--CCC--CCC----------------------TTA-T-TAA-CAA---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACACACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGNG-----------------TT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAAT-TGTATATTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTATAGG---AAAA-TAATC--AAAATAT--A-------GTA-TGAA-GAC-ATCTTACATAA-TTATATCT---ACG-TAC--A-TTTATAAATA-TACATGA-TGATGG-----AC----AAGGGGGGTGGGGTGGGGGGA----------GGG------G-TG------T--T------AAATTTT-----G-TCAAC-AT-ACT-GG--A--TC---GT--AACAA-CCACCATATTACT--TTGA-TAT--C--TCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTATTA-T-TAA-CAA---CCCC-----CAAA-A--TAT---TACA------TCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACATT-G-----T--TGTT---CACA-GTTCAC--------------------------------TACA--CTGTAT----A-AA-C-GAAACATGC---T-G--A-------AACATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCCCATAT---A------GCTTT--GCTTC---TAC--GGCG--AAA-------C---GGG------G-----GGGGGGGGGGAGGGCGGAAAAAATT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggT---CACA-TGTCAT---G--------T-------ATATAC-AC-C-CA-----TGTAT----A-TA-CAGACATATAT---TTG--A-------TGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATCCATGT---A------GCTTT--GCTTT----AC-GGGCG--AAACGGGCGTC---GGGTTGAGTA-----GGGGCG-----------------CAGAAAAAAATT-----------ATAACAGG---CAAAAAGATATTAAATAGATAAAAGAAAAG--AA--------------AA---------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGG
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gi|3                          :                                                                                                                                     attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaaATCCATG-AA-TCAC-TTAGCA--TTATATTATAAACC-GCCAATCTAAT-TAATTTCTGATA-TTGAATTAATTAACA-TA-TTC-T-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATAT--ATAAG-ACAAATTCAA-GAC-ATC-TACATAA-TTATATCTGGAACG-TAC--A-TATATAAACA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AG-------------------------------------------AAT-AT-ACC-GG--A--TC---GT--AACAAGCCACCATATGACT--TTGA-TAT-----CCC--CCC----------------------TTA-T-TAA-CAC---CCCCCCCCTC-AA-A--TAT---TACA------TCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACGC-AC-A-TATA--CTGAAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-GTTC-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--ATA-------C---GGG------G-----GGAGTG-----------------TT-------ATA-----------ATAACCGG---C--------------------------AAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtgTCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC-T------TGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCGTA--CA---ATAA-AA-TTGGAAATTAT--ATAT--ATGTA-TGAAAGAC-ATC-TATATAAATTATATTT--C-CG-TACCAA-TTTATAAATAATGCATGAATGATGG-----AC----AA------------------A----------GGGAAGATTG-GG------T--GTTTAAAAG---TTAGTAGG-TCAAC-ATTACCTGG--AGGTTAA-GT--AACAAG-CACAATAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----------------------TTA-TCTAA-CAA---CCCCGCC--C-AA-AAATAT---TACA------TCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTTA-TTGTTATTGTT---CAAAAGTTCA----G--------C-------ATAAAC-AC-A-TATA--CTGT-T----AGAA-CAGGAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCCTATATATGA------GCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG--AAGAGAC---C---GAG------G-----GGGGCG-----------------CTCTCACTAATA-----------A-AACAGGAGCCA-----------------------ACAAT--AA--------------AA---------------agttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatttatctaacaaccccgcccaaaaatattacatcagccttgtgcacatgttttgacacacatttattgttattgttcaaaagttcagcataaacacatatactgttagaacaggaacatgctgaaacatccaagaaatgcgaaatatacgacacgcctatatatgagctttgcttcgtatacgggcgaagagaccgaggggggcgctctcactaataaaacaggagccaacaataaaa
gi|5                          : tctacaccgtaggctataataagaatgccctacacgcctgatgtgaaacttgggagatgagagcaataaaaataacttaaagcgtacaataaaattggaaattatatatatgtatgaaagacatctatataaattatatttccgtaccaatttataaataatgcatgaatgatggacaaagggaagattgggtgtttaaaagttagtaggtcaacattacctggaggttaagtaacaagcacaatatagttacctgattccagtttcgtacacatgacaggtgatcccctcgagccgttatATTAATTAACAAGA-CCAAT-ATCAAATTGAAGAT-GATAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATATAAATGTACATGTA-TGAA-GACAATC-TACG-----TATATCTA-AACG-TAC--A-TTTATAAATA-T-CATGA-TGATGGGGGGAACAAAAAA-----------------GG----------GGG------G-GG------T--G------AATG-TT-----G-TCAACGAT-TTT-GG--A--TC---GTACAAAAAGCCACCATAT-ATT--ATAATTAC--ACCCCC--CCC----------------------TTT-T-AAA-CAA---ACCC-----C-CA-A--TAT---Tgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attaattaacaagaccaatatcaaattgaagatgataactgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcgg-TAAA--T--CAT---AC-GTA--GG---AAAAATA-TC--AAAATAA--ATGTATATGTA-TTGA-TAT-ATT-TACATA---TATATCT--ATCG-TGC--A-TTTATCTATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GAAAGGGGGCGTGGG------GTGG------T--T------AAATCTT-----C-TCAAC-AT-ACC-GG--A--TCATCGT--AACAAGCCACTATATGACT--GTGA-TAC--T--CCC--GCC----------------------TTA-T-CA--------CCCC-----C-AACA--TAT---TACA------TCAGGATT---CAC-TGTTATAACACACATT-AATTATT---GTTAATCACA-GATCAC---A--------TTATATGTATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-GAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGGAAAGGC-GAA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC-T------TG-----------TA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GA---AA--------------------------TGTA-TGAA-AAC--------------TATATCT--AACGGTAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AGGAGAGG-G-GG------C--C------AA---TTTT---G-TCAAC-AT-ACC-AG--A--TC---GT--AACAAGGCACCATATGACT--TTCA-TAT--AT-CCC--CCC----------------------TTA-T-TAA-CAAA--CCCC-----C-AA-AA-TAT---TACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GGTCAC---ATATACATGT-------ATACAC-AC-A-TACA---TGTAT----G-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---TT-----G-TCAAC-AT-GCC-GG--A--TC---G------AA--CACCATATGACT--TTGA-TGC--C--TCC--CCC----------------------TTA-T-TAAACAC---CCCC-----C-AA-A--TAT---TACA------TCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTT-AC---A--------T-------ATACACCACTA-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAAACTGC---T-G--A-------AACATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGT---ACATGTAGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAG-------C---GGG------GAGGGGGGGGGGCAGGACAAA--------TT-------ATAACTATAACAAGATAACAGG---CA-----------------------AAGAA--AA--------------GAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tt----AG-----------------GG----------GGG------G-GG------TG-T------AA---TTTA---A-TCAAC-AC-ATC-AA--G--TC---GT--AACAAGCCACCATATGGCT--TTAA-CATA-A--ACC--CCC----------------------TTATT-TAA-AAA---ACCT-----A-AA-A--TAT---TACA------TAAGCA-T---AAC-TGTTCCAACACACATT-A-GTGTT--TGTT---ATCA-GGTCAC---A--------T-------ATATAC-A-----------TGTAT----A-TA-CATAAACAT-----T-G--A-------AAAATCCAAGAGAAGGC-GAAATA----GCACATCCATTT---G------GCTTT--GCTTT---CAT-TGGCG--AAT-------C---GTG------G-----G


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA






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Reference ( family-4526 )     :                                                                                                                                NNNATCCATG-AA-TCACGTTAGCA--TTANATTATAAANC-GCC--TCCAATCTAATTTCTGATA-T-GGATTAATTAACAAGA-NTAAT-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCGGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-ATCTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATA--TA----T-ANATGTA-TG--AA-GAC-ATCT-ACATA---T-ATATCT--ANCG-TAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------GGG------G-GG------T--N------AA---TT-----G-TCAAC-AT-ACC-GG--A--TC---GT--AACAAGC-CACCATA------TGACT-----TTGA-TACA-N------------CCC-CCC---------------------TTA-T-T-AA-C-AA---CCCC-----C-AA-A--TAT------TACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACACACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACAC-AC-A-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAA-------CGGG------G-------GGGG-------NG-----------------TT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGG
gi|1                          :                                                                                                                                      CATG-AA-TCGCGTTAGCA--TTAGATTATAAACC-GCC----CAATCTAATTTCTGATA-T-GAATTAATTAACAAGA-TTAATAATCA-GTTGAAGATGGATAACT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                tTATA-CGATG-GGCCATGTGAG--TTTAAAT--T--TTTATCTTTAAAAT-TTTCTCAGATAG-AT-TACAC-GTA-G-GCATATA-TAA-AATGCT----AAGC-TGAT--GT---AAAAT-TGTATATTG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTATAGG---AAAA-TAATC--AAAATA--TA----------GTA-TG--AA-GAC-ATCTTACATAAT-T-ATATCT--A-CG-TAC--A-TTTATAAATA-TACATGA-TGATGG-----AC----AAGGGGGGTGGGGTGGGGGGA----------GGG------G-TG------T--T------AAATTTT-----G-TCAAC-AT-ACT-GG--A--TC---GT--AACAA-C-CACCATA------TTACT-----TTGA-TATC-T------------CCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTATTA-T-T-AA-C-AA---CCCC-----CAAA-A--TAT------TACATCAGCTTT---CAC-TGTTATAACACACATT-G-----T--TGTT---CACA-GTTCAC--------------------------------TACA--CTGTAT----A-AA-C-GAAACATGC---T-G--A-------AACATCC-------GAC-GAAATA----ACA-GCCCATAT---A------GCTTT--GCTTC---TAC--GGCG--AAA-------CGGG------G-------GGGG-------GGGGGGAGGGCGGAAAAAATT-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAA--AA--------------AAAT-------------ATATTGCTGTT-GTTAGAAAATTGgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggtatacgatgggccatgtgagtttaaatttttatctttaaaattttctcagatagattacacgtaggcatatataaaatgctaagctgatgtaaaattgtatattgcataaatctaggtataggaaaataatcaaaatatagtatgaagacatcttacataattatatctacgtacatttataaatatacatgatgatggacaaggggggtggggtggggggaggggtgttaaattttgtcaacatactggatcgtaacaaccaccatattactttgatatctccccccccccccccccccccccccctattattaacaacccccaaaatattacatcagctttcactgttataacacacattgttgttcacagttcactacactgtataaacgaaacatgctgaaacatccgacgaaataacagcccatatagctttgcttctacggcgaaacggggggggggggggagggcggaaaaaattataataacaggcaaaaaaaaaaatatattgctgttgttagaaaattg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tcatgaatcgcgttagcattagattataaaccgcccaatctaatttctgatatgaattaattaacaagattaataatcagttgaagatggataactgaatagaagttggctttactatttgaaaaatctattgtctcggT---CACA-TGTCAT---G--------T-------ATATAC-AC-C-CA-----TGTAT----A-TA-CAGACATATAT---TTG--A-------TGCATCCAAGACAAGGC-GAA-TG----GCACATCCATGT---A------GCTTT--GCTTT----AC-GGGCG--AAACGGGCGTCGGGTTGAGTA-------GGGG-------CG-----------------CAGAAAAAAATT-----------ATAACAGG---CAAAAAGATATTAAATAGATAAAAGAAAAG--AA--------------AA---------------CTATTGTTGTTGGTTAGATAATTGG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AT-ATCT-ACATA---T-ATAT----AATG-TAT--A-TTTATGAATA-TGCATGA-TGGTGA-----GC----AA-----------------GA----------GGG------G-GAGGCTGTT--G------AA---TTCA---G-TCAAC-AT-ACC-AG--A--TT---GT--TACAAGC-CACCATA------TCACT-----TTGA-TATAGA------------TCC-CCC---------------------TTA-T-T-AA-A-AAAAGACCC-----A-AA-A--TAT------TACATCAGTATT---AAC-TGCTCTAACACACATT-A-
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tctagatTACAC-TC-AATACA---TGTAT----A-AAATAGAAACATAA---T-G--A-------AAC-TCCAAGATAACTCAGAAATA----GCACACC-ATGT---A------GCTTT--GCGTT----AC-GGGCG--AAA-------CGGG------G-------GGGG-------GGGGG--------------TT-------------------------CAGG---CA-----------------------GGAAA--AA--------------AA---------------TCAT
gi|13                         :                                                                                                                                      CATG-AAATCACGTTAGCATGTTATATTATAAAGT-G-T--TCC-ATCTAATTTCTTATA-T-GGATTAATTAACAAGA-ATAAT-ATAATGTTGAAGAT-GATAACTaacaggtaaaagcataaaaagaaaaacgaaagaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                             atgaTATA-CGATGTGGCCATGTGAGGTTTTgaatttactaaaaatctatattgtctcggtatatatacgatgtggccatgtgaggtttt
gi|14                         : atgacatgaaatcacgttagcatgttatattataaagtgttccatctaatttcttatatggattaattaacaagaataatataatgttgaagatgataactgaatttactaaaaatctatattgtctcggtataATG-AC-TCATATTAGC---TAAGATTA-AAATCTGCC----CAATCTAATTTCTGATA-C-G-----ATTAACAAGA-ATA---ATCATGATAAAAAT-AATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                 TATA-CAATGTGGCCATGTGAGctgaataaactgtagcttcttaaaaatccattgtttcaatatacaatgtggccatgtgagtt
gi|16                         :          atgactcatattagctaagattaaaatctgcccaatctaatttctgatacgattaacaagaataatcatgataaaaataatactgaataaactgtagcttcttaaaaatccattgtttcaaATCCATGGAA-TCAC-TTCGCA--TTA-ATCATAAAAT-ACC----CAA-CTAATTTCTAATAAT-GGAT-AATTAACAAGATTTAAC-TTCATG-TGAAGAT-GATAAtt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tAG-ATCTA-AC-GTAAG-GC-TATA-TGA-AATGCT----ACAT-TGGTTGGTACAAAAACAA------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---A
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                             GCCATGTGAAGTTT-AAAA--TAGCTAA-CTTCAAAAA-TTTTTCCGATATCATTTACAC-GTA-GCGC-TATA--GA-AATGCT----A-GC-TG-T---T---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-ATA--GGAAAAAAA-TA-TC--AA-------A----T-AACGGGA-TGAAAA-AAC-ATCT-ACAAA---TAATATCT--ATC---AC--AGTTTATTTATA-TGCA--A-AGATGG-----GA----GAGG---------------GA----------GGG------G-CG------TTAC------AA---TTTA---GTTCAAC-AT-ACC-GATCA--TT---AT--AATAAGC-CACCAT-------TGACTCC---TTGA-TA-A-C------------CCCTCCC---------------------CCA-T-T-AAGC-AA---ACCC-----C-AA-A--TATATA---TACATCAG-ATT---CAC-TGTTATAACA-AC----A-TTGTT--TCGG---CACA-GTCAGCCTAA--------T-------ATACAC-ACAA-TACAACCTGTATTGTGA-AA-GACACACATACACTT-A--ATAAACTGAACATCCAAGAAAA-GC-GAAATA----GCACA----------A------ACTTTTAGC-TT---TACGGGGCGTTAAATACGG--CGAG------A-------GGGG-------TA-----------------TA-------ATA-----------ATAACAGG---CA-----------------------AAAAACGAAAAAAGAAAAAAAATAA---------------CTATTGATG-TGGTTAGAAAATT
gi|3                          :                              attataagcctgtggcctcttgttttatatgaattgtatgaacagaggattaatgaatagactgtactagtgcctttactaaaaattatattcgcctgaaaATCCATG-AA-TCAC-TTAGCA--TTATATTATAAACC-GCCAATCTAAT-TAATTTCTGATA-TTGAATTAATTAACA-TA-TTC-T-ATCATGTTGAAGAT-GATAACTATA-CGATGCAGCCATGTGAGGTTTTAAAA--T--TTTA-CGTTAAAAT-TTTCTCTGATAG-ATCTACAC-ATA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATA--TA----TAAGACAAATTC--AA-GAC-ATCT-ACATAAT-T-ATATCTGGAACG-TAC--A-TATATAAACA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AG-------------------------------------------AAT-AT-ACC-GG--A--TC---GT--AACAAGC-CACCATA------TGACT-----TTGA-T--A-T------------CCC-CCC---------------------TTA-T-T-AA-C-AC---CCCCCCCCTC-AA-A--TAT------TACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTTCAC---A--------T-------ATACGC-AC-A-TATA--CTGAAT----A-AA-CAGAAACATGC---T-GTTC-------AACATCCAAGAAAAGGC-GAAATA----GCACACCCATGT---A------GCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--ATA-------CGGG------G-------GGAG-------TG-----------------TT-------ATA-----------ATAACCGG---C--------------------------AAA--AA--------------AA---------------CTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTGGc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtgTCTACACCGTA-G-GC-TATAATAAGAATGCCCTACACGCCTGAT--GT---GAAAC-T------TGGGAGATGAGAGCAATAAAAATAAC-TTAAAGCGTA--CA---ATAA-AA-TTGGAAATTA--TA----T-ATATGTA-TG--AAAGAC-ATCT-ATATAAATT-ATATTT---CCG-TACCAA-TTTATAAATAATGCATGAATGATGG-----AC----AA------------------A----------GGGAAGATTG-GG------T--GTTTAAAAG---TTAGTAGG-TCAAC-ATTACCTGG--AGGTTAA-GT--AACAAGCACAATATAGTTACCTGATTCCAGTTTCG-TACA-CATGACAGGTGATCCC-CTCGAGCCGTTAT-----------TTA-TCT-AA-C-AA---CCCCGCC--C-AA-AAATAT------TACATCAGCCTTGTGCACATGTTTTGACACACATTTA-TTGTTATTGTT---CAAAAGTTCA----G--------C-------ATAAAC-AC-A-TATA--CTGT-T----AGAA-CAGGAACATGC---T-G--A-------AACATCCAAG-AAATGC-GAAATATACGACACGCCTATATATGA------GCTTT--GCTTCGTATAC-GGGCG--AAGAGAC---CGAG------G-------GGGG-------CG-----------------CTCTCACTAATA-----------A-AACAGGAGCCA-----------------------ACAAT--AA--------------AA---------------
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                       ATTAATTAACAAGA-CCAAT-ATCAAATTGAAGAT-GATAACT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                 TATAACGA-GTGGCCAATCGAGGTTTCAAAAAAT--TTTA-CGTCAAAATATTTTTCAAATAG-A-CTACAC-GTA-G-GC-TATA-TAA-AA-GCA----ACGC-TGGT--GT---AAAAC-T------TG-----------CA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--GG---AAAA-TA-TC--AAAATA--TAAATGT-ACATGTA-TG--AA-GACAATCT-AC--G---T-ATATCTA-AACG-TAC--A-TTTATAAATA-T-CATGA-TGATGGGGGGAACAAAAAA-----------------GG----------GGG------G-GG------T--G------AATG-TT-----G-TCAACGAT-TTT-GG--A--TC---GTACAAAAAGC-CACCATA------T-ATT-----ATAATTACA-C------------CCC-CCC---------------------CTT-T-TAAA-C-AA---ACCC-----C-CA-A--TAT------Tgaattaagacgtaggctttaataaaatacttattacctcggtataacgagtggccaatcgaggtttcaaaaaattttacgtcaaaatatttttcaaatagactacacgtaggctatataaaagcaacgctggtgtaaaacttgcataaatctaggtaggaaaatatcaaaatataaatgtacatgtatgaagacaatctacgtatatctaaacgtacatttataaatatcatgatgatggggggaacaaaaaaggggggggtgaatgttgtcaacgattttggatcgtacaaaaagccaccatatattataattacaccccccccttttaaacaaacccccaatatt
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                           aattgatttccaatacatttcaagaaaattagattgaacaatttGTATTAAAA--T--TTTA-CGTTTAGAT-TTTCTTAGATAT-ATCTATAT-GTA-G-GC-TATA-TAA-AATGCT----ACGC-TGAT--GT---AAACC-T------TG-----------TA-TAAA--T--C-T---AG-GTA--G--------------------------------AAATGTA-TG--AA-AAC--------------T-ATATCT--AACGGTAC--A-TTTATAAATA-TGCATGA-TGATGG-----AC----AA-----------------GA----------AGGAGAGG-G-GG------C--C------AA---TTTT---G-TCAAC-AT-ACC-AG--A--TC---GT--AACAAGG-CACCATA------TGACT-----TTCA-TATA-T------------CCC-CCC---------------------TTA-T-T-AA-CAAA---CCCC-----CAAA-A--TATTACATGTACATCAGCATT---CAC-TGTTATAACGCACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GGTCAC---ATATACATGT-------ATACAC-AC-A-TACA---TGTAT----G-AA-CAGAAACATGC---T-G--A-------AACATC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---TT-----G-TCAAC-AT-GCC-GG--A--TC---G------AA---CACCATA------TGACT-----TTGA-TGC--C------------TCC-CCC---------------------TTA-T-T-AAAC-AC---CCCC-----C-AA-A--TAT------TACATCATCAT----CAC-TGTTATAACAAACATT-A-TTGTT--TGTT---CACA-GTT-AC---A--------T-------ATACACCACTA-TACA--CTGTAT----A-AA-CAGAAAACTGC---T-G--A-------AACATCCAAGTAAAGGC-GAAATA----GTACACCCATGT---ACATGTAGCTTT--GCTTT---TAC-GGGCG--AAG-------CGGG------GAGGGGGGGGGGCAGGACAAA-----------------TT-------ATAACTATAACAAGATAACAGG---CA-----------------------AAGAA--AA--------------GAAAAAAGAAAGAAAATCTATTGCTGTTGGTTAGAAAATTG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTAGGGGGGATTTTGGGAGGGGGGGGGGGTTACTTTTTATCAATTACATATCCTGGAGGGCACAGACGGGCGGTTAAACATTACCCCCATCCCCACCCCACCCCCCCCCTTCTGTTATTACA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTGTTTGTTTTTTTTTAATTTTACGTTTTCTCAGATA