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Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                                  TACA-CAAT-GAAACA-A----TTTA---TT-TC----AA---AT---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-TCAA--GCTA--AATCA----------CA----T------T---------A-------------T-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-T--------------------CTCA------CT--------------C-G----C---------CA---A----C-----GACA---GTA-A--A---AG--AA-T-C--TAA-A--ACCTGG------CAA---------T--TT-ACTAA-A--ACCCT---AAAT-AT-AT---G-T---A------TATCGTTTT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGGAT-----------A-ATGA---TT--------CAAGA-AC-T-----A-A---------A-CGATGG-C--A--TAT-GC-AA-A----TCAA--T---AATAAG--A--TCACAAA-TATAAACCCTAT-CT-A-AT---CT-AA-CTT-TTA--CTTCGGTAGATGT-AG--A-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA---C-T-AAC--AA----TTCTGTT-G-TT---CTC-CGACA--C-AG--CCCACAACTAC------CG---A---ACCT-ATCCA--AC--------------A-CGATT---CCT--TACT-C--TGAA-GCA--AAA----GTC-A-CACA-GA-CA-----------------C----------TG-TTG-C--GT-----A------GTCACCA----AGAC----A----C-------CT-G-TC---GT-AAAGCC-T-AGTCA-CA---CAGA----------CAC-----A-GA-ACCTTG--CC-AAG-------------GA-ACTG-AGTGG---A-TAG--CT--CAAC--AATTCTGTT-G--CTTTCCGACAC-AGTCCT-------TAAACA-TGCTCCGGC-TTCA-CGTTC-AC-TCA-C-AGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAACATTCAGC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                  TACA-TAAT-CAAACA-A----TTTA---TT-TT----AA---AT---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-TCAA--GTTA--AATCA----------CA----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------TT-------A-------------C-CAT-TT-------------------CTCC------CCACAGCAACAGCAGAC-G----A---------CA---A----CTGATAAACA---ATA-ACAA---AG--CA-A-C--AAA-AGAACCT--------CAA---------A--TG-ACTAA-A--ATCCG---GAAT-AT-AT---G-T---A------TGTCGATTT-T---AT--CGGTTC-TATC-TGGAT-----------A-ATGATGATT--------CAAGA-AC-T-----A-A---------A-CAACGA-CA-A--TAA-GC-AA-A----TTAA--C---AACAAT--A--TTACAAA--ATAAACCCTATATT-A-A----CT-AA-TCT-CTA--CTTCGGCAGAAGT-AG--A-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA---C-T-AAC--AA----TTCTGTT-G-TT---CTC-TAAC-------------CGA--AT------CG---A---ACC---------AC--------------A-CGATT---CCC--TACT-C--TTAA-GCA--AAA----GTC-A-CACA-G---A-----------------C----------TA-T---------------------------------------------------------TT---GT-AAAGCC-T-TGTCA-CA---CAGA---------------------A-A-CTTG--CC-AAG-------------GA-AATG-AATGG---A-TAG--CT--GAAC--AATTCTGCT-G--CTTTCCGACAC-AGTCCT-------TAGACT-TGCTCCGGC--------TTC-AC-TCA-TGGGA-T-CA-A-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGTAAAAGTCAG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                         gtaacgaacTACA-CAAT-CAAACA-------TTAACTCT-TA----AA---AT---A-CTAAT-TGAGTCCTGCTTAGGTTTC-TT-CC-----AGA--TCAA--GTTA----TCA----------CA----TAACTATT---------A-------------TCTGTTTTTGTCCGAAACAGC--AC------T--------A-------------C-TAG-T--------------------CTCA------CT--------------CCA----C---------CG---A----T-----GATA---GTA-A--A---AG--AA-T-C--TAA-A---CCTGG------CAA---------G--TTGACTAA-A----TCT---AA-T-AT-AT---GAC---A------TATCGTTAT-C---CTTCCCGTC--TATC-TG-AT-----------A-ATGA---T---------CAAGA-AAAT-----A-A---------A-CAACGA-C--AA-TAA-GC-AAGA----TCAA--C---AAGAA---A--TCACA---TATAAACCTAAT-CT-A--T---CT-AAACCT-CT----CTCAGTAGAAGTGAG--A-CC-----T---G-A-GT-GG-C-CGAAA---C-T-AAC--AA----TTCTGTT-G-TT---CTC--GACA--C-AG--CCTACAACTAC------CG---A---AC-T-AACCA--CC--------------AACGATT---CCT--TACT-C--TG---GCA--AAA----GTCAA-CACATGA-C------------------C----------TATTTGCC--GT-----A------GTCACCA----AG-C----A----C-------CT-G-TC---GTAAAAGCC-T--GTCA-CA---CAAA----------CAC-----A-GA-ACC-TG--CCTAAG-------------GA-ACTGAAGTGG---A-TAG------CGAC---ATTCTGTT-G--CTTTCCGACACAAGTCCT-------TAGACCTTGCTCCGGC-TTCCTCGTTCAAC-TCA-C-AGATGCCAGGCGTGAACCACG--AGTATACTGAAAGATTCAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                          caacgaacTGCA-CAAT-CAAACA-A----TTTA---TT-TT----AA---ATTATA-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-TCAA--GTTA--AATCAAAATAAAACTTA----T------T---------ACTTTATTCGACAGT-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-T--------------------CTCA------C--------------------------------CA---AGAGAC-----GACA---GTA-A--A---AG--AA-C-C--TAA-A---CTTGG------CAA---------T--TG-ACTAA-A--ATCCT---A---------------------------TCGTTTT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGGAT-----------A-ATGA---GT--------CAAGA-AC-T-----T-T---------A-CAACGA-C--AC-TAA-GC-AA-A----TCAA--C---AA---G--A--TCACAAA-TATGAACCCTAT-CT-A-AG---CT-AA-CCT-CTA--CTTCGGTGGAAGT-AG--A-C------T---G-A-GT-AG-C-T--AC---C-T-AAC--AA----Ttgcaagcgtatttactacccttgttgcccctcaagtttgattgtcaatatttaactcctgattggttagaaaagctgtaatttgaattgcgttaatgattgaaggc
gi|13                         :                                                                                                       aagaaatttgggtgttggtatgtagttttaaagaaaatttgggtagtggtatttcaacgaaccaccgctgctatcaaattgtgtaacgaacTACA-TAATTGAAACA-A----CCTA---TT-TT----AA---AT---A-CTAAG-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA--CAAT-ACAA--AATTATT--------CA----T------TCGACA----A-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-T--------------------CTCA------CC--------------C-A----C---------GG---A----C-----GACA---GTA-A--G---AG--AA-T-C--TAA-A----CT---------------------------TTAA-A--ATCTT---AGAT-AT-AA---G-T---A------TATCATTTT-C---CT--CAGTCC-TATC-TGGAT-----------A-ATGA---TT--------CAAGA-AC-T-----A-A---------A-CAAAGA-C--AATTA--GC-AA-A----TCAA--C---AAGAAG--A--TTACAAA-TATAAACCCT--------AT---CT-AA-CCT-TTA--CTTCGGTAGAAGT-AG--A-C------T---G-N-NN-NN-N-N--NN---N-N-NNN--NN----NNNNNNN-N-NT---GTC-TGAC
gi|19                         :                                                                                                                                                           tgtaatgaaccaccgctgctaccaaattatgtaacgaacTACAACAAT-CAAACATA----TTAA---TC-T-----AA---AT---A-CTAAT-TGGGTCC-GTTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-TCAA--G-TA--AATCAATTAAACTTTCA----T------TTCTTCGACAG-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-T--------------------CTCA------CT--------------C-GGA--C---------CG---A----C-----AACA---GTA-A--A---A---AA-T-C--TAA-A--ACCTGG------CAA---------T--TG-ACTAA-A--ACCCT---AAATAAT-AT---G-T---A------TATCGTTTTCC---CT--CGGTCC-TATC-TGGAT-----------A-ATGA---TT---------AACATAC-T-----A-AC--------A-CGc
gi|28                         :                                                                                                                                                                                            acgaacTGCA-TAAT-CAAACA-A----TTTA---TC-TT----AA---AT---A-CTAGT-TGTGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-TCAA--GTTA--AATCG----------CA----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------T--------taaatgaacaacaata
gi|29                         :                                                                                                                                                                                        tgttacggacTACA-TAAT-CAAACA-A----TTTA---TT-TC----AA---AT---A-TTAAT-TGGGTTC-GCTTAGGTTCCCTtatttatttcgacagcaact
gi|35                         :                                                                                                                                                            gtaacgaaccaccgctactaccaaattatgtaacgaacTACA-TAAT-CAAACA-A----TCTA---TT-TT----AG---AT---A-TTAAT-TG
gi|1                          :                                                                                                                                                             gatatgtaacgaaccaccgctgctatcgaattatgtaacgaacAAT-CAAACG-A----TTTA---GT-TT----AA---TT---A-CTAAT-TGAGTCC-GCTTAGGTTTCCAT-CC---AAAGAA-------GTTA--AATCA----------CA----A------T---------A-------------A-----------------ATCTTAC------C--------ATTTACCCCAGGACC-TAG-T--------------------CTCA------ACAAA-----------C-G----A---------CATTAA----C-----AATA---GTA-A--ATAAAG--AA-T-C--TAA-A---CCTGG------CAA---------T--TG-ACTAA-A--ATCCT---AAAT-AT-AT---G-T---ACATTTATATTGTTTT-A---CT--AGGTCC-TATC-TGGAT-----------A-ATGA---TT--------CAAGA-AA-T-----A-A---------A-CAATGA-C--AA-TAA-GC-AA-T----TCAAA-C---AATGAA--A--TAACAAA-TA--AACCATAT-CT-TTAT---CT-GA-CCT-CTA--CTTCTGCAGAGGT-AG--G-C------T---A-A-GT-GG-C-T--AA---C-T-AAC--AA----TTCTGTT-G-TT---CTC-CGACA--C-AG--CCCACAACTACATGTATCT---A---ACCT-AACCA--CC--------------G-CGATT---CCC--TACT-C--TTAA-ACA--AAA----GTC-A-CACA-GG-CA-----------------T----------TA-TCG-C--TA-----A------GTCACCA----TGAC----A----C-------A--A-TT---TT-AAAGCC-T-AGTCA-CG---CAGA----------CAC-----A-GA-ACCTTG--CT-AAG-------------GA-ACTG-AGTGG---A-TAG--CT--GAAC--AATTCTGTT-G--CTTTCTGACAC-ATTTCT-------TAGATT-TGCTCCGGC-TTTA-CGTTC-AC-TCA-G-GGA-A-TCAA-ATAAA-CA-G--AGTG-ACTGAAACAGTCAG
gi|36                         : tattacatgatcgaataatgttgtgctttccgactggctgacatgaaaaaactacggaaaacagaatgttacattcacctgtaaatattacatttgatttcttcacatcgagcgaaaaataaatttgagagttcataattgaaatatttgggggtcactaatgaaatatcacttctttactcgactgccttgtgtgatgaAT-GTAACA-A----TTTA---TT-TT----AG---TC---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---Ttgccgttgtatttataacctgttgccccaagttgattggctgatacattcactactgattggttaaaccaatcagggaagttgtaatctgattgactaatgattaaaggcatttaatttcacctttttcatcacattacctacgccttcgaaaaaatatacttcctcgcataagcaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                     ctaaatttataagtatttataaatAAACA-AAATATTT----TT-TA----AA---ATT--G-TTGAT-TAAGTAC-GCTTTGGTTCCCTT-TC---TAA-AA-TCAAA-GTTA--AGTTA----------CA----C------C---------A-------------C-----------------A----ACAAAATGT--------A---------------TGA-T--------------------TTCG------CT--------------CAG----C---------AG---A----C-----GACA---CCA-A--A---AC--AG---CAATAA-A--AC--GG------CAA---------C--TG-ACTAG-G--ATCTG---GAAT-AT-AT---G-T---A------TCTATTTTC-C---CT--AGGTCC-GATT-CAAATGAA--------A-ATGA---AC--------TATGA-AC-T-----
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gi|2                          :                                                                                  ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatatttACA-A----TCTA---TTCTG----AA---AT---A-CTAATATGGGGTC-GCTTAG--TTCCTT-CCC--TAAGAA-TCAAGCGCTAACAGTCA----------CAATTTT------T---------A-------------TTATC-------------A----ACT-----T--------A-------------T-TAT-TTCCATTTCGATCAGCAAATACTTA------GT--------------C-GTAACC---------CACAGA----C-----GACA----TA-AGGA---AG--AA-T-C--TAA-A--------------TAA---------TCCTT-AATAT-A--A-TGT---ACAT-AT--T---G-TTTAA------TATCGTTTT-TTCACT-----TCC-TATC-TGGAT-----------T-TTGA---TTG-------CAAGA-ACTT-----A-A---------A-CAACGA-CCAA--TAA-GCAAA-A----TCAA--C---CAGAA---A--TCACATG-TGTAAACCCACT-CG-A-ACG--CTAAA-CCT-CTACTCTTC-GTAGAAGT-AG--ATC------C---GAA-GT-GGTT-T--AA---T-T-AAC--AAATTCTTCT-CT-G-TTTAGTTC-AGACA--C-AG--CCCA-AAATAC------CG---AAATACCTAATCCAC-AC--------------A-TCCTTC--CCC--TACTCC--CGAACGCA--AAA----GTC-A-CACA-TATCA-----------------C----------TA--TG-C--A------A------GTCATTAAAAGAGAC----ACTATC-------TT-A-TC---GT-TAA--C-TAAGTTA-CCTCTCAGAT---------CAC-----------CCTTG--TC-AA--------------GA-AC-G-A--GG---A-TAGATCT--GAACAAAATTCAGTT-GTCCTTTCCGACAG-GGTCCTTTTTATGTGGATA-CGTTGCGCC-TTT--CAATT-ACATCA-C-AGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--GATA-A-TGAAAacaaaaataaactgacaagtaaagcatcacaaaattaaactatctggatctaaactcgcttcgcagatgtagactcgatgtgggctaacctagcaa
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----TCAA--TGAGAATAAAGTA--TCACAAAATATAACCGCTAT-C--A-ATTGGCT-AA-CTTGCTA--CTTCGGTAGAAGT-AG--A-C------T---G-A-AT-GG-C-T--AA---C-TAAAC--AA----TTATGTT-G-TT---CTC-CGACA--C-A----CCACAACTAC------CG---A---ACAT-AACCA--AC--------------A-CGATT---C----TACT-C--TGAA-AC---AAA----GTC-A-CAAC-GA-CA-----------------CT---------TA-TTG-C--TC-----AAG----ATCACAC----AGAC----A----CTAAAATACTAA-TC---GT-AAAGCC-T-AGTCA-CA---CAGA----------CAC-----
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tAA--T---AATAAG--A--TCACAAA-TATAAACCCTAT-AT-A-AG---CT-AA-C-C-TTA--CTTC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAGC-A--TCACAAA-ATTAAAC--TAT-CT-GGAT---CT-AAACTC---G--CTTCG-CAGATGT-AG--A-C------TC--G-ATGTGGG-C-T--AAC--C-T-AGC--AA----
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatatttaacaatttattattagtcacaattgggtccgcttaggtttcctttccattaaaaatcatgttaaatcacaatacttttccctcagaaaccagtctcagcagaactgacatcggatagcaatatcatatgtataaagaatgccaaacccgcaattttactaatattatcctaaatatatacagtgtatcgttttctcggtcgtatctggatgttaattctataatgattcaataacttataacaacggaccaatatagcaaacagttcaacctcgtgagcatcactatgaactatcacaaaaataaactgacaagtaAA-TATAA-CCCTAA-CC-T-AT---CT-TA-CCT-C-A--CTTCGGTAGACAT-CGTAA-C------T---G-A-GT-GGGC-TTAAA---C-T-AAC--AA----TT-TGTT-G-TT---CTCTCGACA--A-AG--CCCACAACTAC------CA---A---ACAT-AACGA--CC--------------A-CGATT---CTC--TACT-C--TTAA-GCA--CAA----GTC-A-CACA-GA-CA-----------------C----------TA-TTG-C--TA-----A------GCCATCA----AGAC----A----C-------TA-C-CC---GT-GAAGCC-T-AGTCA-CA---CAGA----------CAC-----A-GA-ACCTTG--CC-AAG-------------GA-ACTG-AGTGG---A-TAG--GT--GAAC--AATTCTGTT-G--CTT-----------TCCT-------TAGACT-TGCTCTGGC-TTCT-CATTC-AC-TCG-G-GGA-A-TCGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAAAAGTCAGC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTA--GTTCGGTAGTTGT-AG--G-C------T---G-T-GT-CG-A-G--AA---C---AACAGAA----T--TGTT-A-GT---TTC-GGCCACTC-AGGTCTCACTTCTAC------TG---A---
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caacgaactacacaatcaaacattaactcttaaaatactaattgagtcctgcttaggtttcttccagatcaagttatcacataactattatctgtttttgtccgaaacagcactactagtctcactccaccgatgatagtaaaagaatctaaacctggcaagttgactaaatctaatatatgacatatcgttatccttcccgtctatctgataatgatcaagaaaataaacaacgacaataagcaagatcaacaagaaatcacatataaacctaatctatctaaacctctcTA--CTTCGGTAGTTAC-AG--A-CACTCATTACAG-A-CT-GT-C-T--AA---C-T-AAC--GA----TTCCGTT-G-TT---CTC-CGACA--C-AG--CTCAAAACTAC------GG---A---TCCccaccaacgattccttactctggcaaaagtcaacacatgacctatttgccgtagtcaccaagcacctgtcgtaaaagcctgtcacacaaacacagaacctgcctaaggaactgaagtggatagcgacattctgttgctttccgacacaagtccttagaccttgctccggcttcctcgttcaactcacagatgccaggcgtgaaccacgagtatactgaaagattcagtgcaagcgtatttactacccttgttgcccctcaagtttgattgtcaatatttaactcctgattggttagaaaagctgtaatttgaattgcgttaatgattgaaggc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taccgatatgtaagaaatatcataatctaaacaaaatattttttaaaattgttgattaagtacgctttggttccctttctaaaatcaaagttaagttacaccacaacaaaatgtatgatttcgctcagcagacgacaccaaaacagcaataaaacggcaactgactaggatctggaatatatgtatctattttccctaggtccgattcaaatgaaaatgaactatgaactttttccaca--A-C------T---G-A-GG-TG-A-T--AG---C-TGAAC--AA----TTCTGTT-G-CT---TTC-CGACA--C-AG--TCCaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gacactattgttaagtcacccagacactagttggaaagcctatcacacagacacagaactgagga--A-C------T---G-A-GT-TG-A-T--AG---CAG-AAC--AA-----TCTGTTGG-CT---TTC-CGACA--ttagacttgctccggcttcacattcactcgcagagcagagagaacagagtaattgaaagattagtgcggcggtattttaccctgttgccccaagttgattggcttatgtattaactctgattggttagaaaagatgtaatctgattggctaaagatgaagccagctagtccctttcatcac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tctccgacacaacccacaaattacgaccttaaccacccacgattttcccctactccttgagcaaaatagagtcacacagacacattgcttaagtcaccaagaccactacttgtaattaagccatagtcatacagaaccttgtgccaagga--A-C------T---G---GT-GG-C-C--AATAGC-T-AAC--AA----CATTATT-GTTT---TTC-CGATA--CAAA--TCCACAAgtcttagacttgcccggcgttcacgttcactcagcggaatcaagtgaacaggcagaactgaaaggttcagcttggcagcatttatcctgtatggttgccccataggttgcattgactaatacaataaacacctggttggtgtagaaattcgttatctgattgaaggcgtttcaaattcatagttttatcacacta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctatcagcctgggagatagtcaccgagacactatccttctaccagcctacaacttgggagaacatcacgagacactatccataactcaggtcaccaagactcaccactccagtcaacaaagacagtaagaggacaaagcttagga-C------T---G-A-GT-GG-CCT--AG---G-T-AAC--AA----TTTTGTT-G-CT---TTT-CGTCA--C-AA--CCC-CAAagattggtcgatatttcagtcaagagacccaatcgagttcgagttcacagcactaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tctctaccaccctatcacctggaaaagtcatcaagacactatcgctgatacaagtcaccaagactcaatttttcactgtattacttcagttaaaaagacactaacgacgaaccttaggagT---CTC-CGACA--C-AA--CCCACAAATTA------CG---A---CCTT-AACCA--CCC-------------A-CGATTTTCCCC--TACT-CCTTGA--GCA--AAATAGAGTC-A-CACA-GA-CA-----------------C-----------A-TTG-C--TT-----AA-----GTCACCA----AGACCACTA----C-------TT-G-TA---AT-TAAGCCAT-AGTCA-TA---CAGA-----------------------ACCTTGTGCC-AAG-------------GA-ACTG-AGTTG---A-TAG--CA--GAAC--AA-TCTGTTGG--CTTTCCG--AC-AGT-CT-------TAGACT-TGC-CCGGCGTTCA-CGTTC-AC-TCAGC-GGA-A-TCAA-GTGAA-CA-GGCAG-A-ACTGAAAGGTTCAGCagattgtcctcaataccaacccattatcacagtcatgagacctcaatcgagttcgagtacaaacacactaactgaggatggcaggataactttggactctggctgatgcatcatgcttgtctacctatcttcaggctatgattgaatgactaaacaatgctgattatataaagataacatattcatctgattgatcgatcatagtgtatgcttcgatctgctctaattaagtttcatcacattacc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A--AAA----GTC-ATCA-A-GA-CA-----------------C----------TA-TCG-CTGAT-----ACAA---GTCACCA----AGACTCA-A----T-------TT-T-TCACTGT-ATTACT-TCAGTTA-AA---AAGA----------CACTAACGACGA-ACCTT-------AG-------------GA-GCTG-AGTGG---CCTAG--GT---AAC--AATTTTGTT-G--CTTTTCGTCAC-AACCCttggcagcatttatcctgtatggttgccccataggttgcattgactaatacaataaacacctggttggtgtagaaattcgttatctgattgaaggcgtttcaaattcatagttttatcacacta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tctctaccaccctatcacctggTC-A-CG-A-GA-CA-----------------C----------TA-TC--C--AT-----AACTCAGGTCACCA----AGACTC--A----C-------C--------------ACTC-C-AGTCAACA---AAGA----------CAGTAAG-A-GG-ACAAAG--CT-TAG-------------GA-ACTG--GTGGCCAA-TAG--CTAACAAC--ATTATTGTT-----TTTCCGATACAAATCCA-------CAAAGA-Tcaaagattgtcctcaataccaacccattatcacagtcatgagacctcaatcgagttcgagtacaaacacactaactgaggatggcaggataactttggactctggctgatgcatcatgcttgtctacctatcttcaggctatgattgaatgactaaacaatgctgattatataaagataacatattcatctgattgatcgatcatagtgtatgcttcgatctgctctaattaagtttcatcacattacc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctatcagcctgggagatagtcaccgagacactatccttctaccagcctacaacttgggagaaca-GA-CA-----------------C----------TA-TTG-T--TA-----A------GTCACCC----AGAC----A----C-------TA-G-TT---GG-AAAGCC-T-A-TCA-CA---CAGA----------CAC-----A-GA-AC--TG------AG-------------GA-ACTG-AGGTG---A-TAG--CT--GAAC--AATTCTGTT-G--CTTTCCGACAC-AGTCCT-------TAGACT-TGCTCCGGC-TTCA-CATTC-AC-TCG-C-AGA-G-CAGA-GAGAA-CA-G--AGTA-ATTGAAAGATtggtcgatatttcagtcaagagacccaatcgagttcgagttcacagcactaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -ACTTTG--CAGAAG-------------TAGACTG-AGTGG---C-TAA--CT---AAC--AATTTTGTT-G--TTCTCCCACAC-AGCCCagtgcggcggtattttaccctgttgccccaagttgattggcttatgtattaactctgattggttagaaaagatgtaatctgattggctaaagatgaagccagctagtccctttcatcac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaaaactccgacaaccgggctatttactaaaatctggaatataattatatcgttttccttggtcctatctggataatgattcaagaactaaaacaacgacaacaagcaaattaacaataagatagaaaataaacattatcttatttaacctcc-ACTG-AATGG---C-TAA--CT--AAAC--AATTATGTT-G--TTCTCCGACAC-Aacaactactgaacctaaccaccactgaacctaaccgctacgattccctactcgtatgcaaaagtcacacaggcactattgcttaaagtcatcaagacactaattgcaaagcctagtcagacagacagagaacctcgcccaaggaacagtggatag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttcaatgagaataaagtatcacaaaatataaccgctatcaattggctaacttgctacttcggtagaagtag-TAA--CT---AAC--GATTCCGTT-G--TTCTCCGACAC-AG--CT-------CAAAccacaactaccgaacataaccaacacgattctactctgaaacaaagtcacaacgacacttattgctcaagatcacacagacactaaaatactaatcgtaaagcctagtcacacagacac
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): AACAAATAACTGAAGATGACAGAATGGCTCTATTTATACCCTCTGGCTGATGAACAATGATTGGCTACTTATACTAAGATTGTGATTGGATGAATAAACAACGCTGATTGGATAATAATAACATCATCTGATTGGTCGATCATTATGTATGTTTCAATCCGCTCTGTGTACGTTTCATCACAATA
Unaligned ( gi|23 ): CTTTTTAATGATTGAATTATTCTGTGCTTTCCCAGCTGAGATCTAACATGGGGAAAATAGAAAATTATATTCACCTGCACAATCCTTTGGAGTGGATATTACATTTGACTTCTTCCACAACTGATTAAAACAAACTGGGATTTTCAAAATTGATAATTTTTAGGGCATTCTCGATGAA
Unaligned ( gi|24 ): TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTTTCAACACATTGCCCACGCCTTCGAAAAAATAAGCGTCCTCGCATAGGCAAA
Unaligned ( gi|25 ): CTCGGGCTAATACACAATGATTGGCAACTTATAATAAGATTAGGATTGGATGAGTAAACAATACTGATTGGATAATAAGAATATTATCTGATTGGTCGATGATAAAATATACTTTAATCCGCTCTACATACATTTCATCACATT
Unaligned ( gi|27 ): ACCGCCCTTCATCTGGGAAGTCACAAAGACATTAATCCCTTCTACCGTCTATCACTAATGGGGAAGTCACCGAACACTAGCCTATCTAAGCCGCTATCACCCGAGGAAAGTACACAAGAAC
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Unaligned ( gi|31 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTGTCAGATGGAAAAGATAAATGTATTTGAGCAAGACTGAATTCATTATCATTTAATAACTTTCACTTTTCCTCCAGAATTG
Unaligned ( gi|33 ): ATACACTATCCCTTCTACCGCCTTATCACTTGGGGAAGTCACCAAGACACTACCCCTGATACAAGTCACCAATTTTGATCAC
Unaligned ( gi|34 ): TAGCATTATATGAGTGAATAATTCTGTGCTTTGGGACTGGCTGATATCCACTGACCTAGAAAAATAAAATGTTATATTCAC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATTGAA--ACAACCTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAG-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-CA-AT-ACAA--AA-TTATT--------C-A----T------TCGACA----A-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACC---C----------A--CG----G---AC----GACAG-----------TAA-------------G-----AG----AA-T-C--TA-A-A----CT-----------------------TTAA--A----------ATCTT---AGAT-AT-AA---G-T------------A------TATCATTTT-C---CT--CAGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAA-GA--CAATT-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-GAAG--ATTACAAA-TATAA---ACCCT--------AT---CT-AA-CCT-TTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-N-NN-NN-N-N--NN-NN-NNNNN----NNNNNNNNNT---GTC-TGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgtaatgaaccaccgctgctaccaaattatgtaacgaacCA-TAATCTAA--ACAAAATA--TT-TTTTAAAA-----TT--G-TTGAT-TAAGTAC-GCTTTGGTTCCCTT-TC---TAA-AATCA-AA-GTTA--AG-TTA----------C-A----C------C---------A-------------C-----------------A----ACAAAATGT--------A---------------TGA-TTTCGCT---CA---------G--CA----G---AC----GACAC-----------CAA-------------A-----AC----AG---CAATA-A-A--AC--GG------CA-A-CTG-A-----CTAG--G----------ATCTG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TCTATTTTC-C---CT--AGGTCC-GATT-CAA-----------ATGAAA-ATGAA---C-TATGA-AC-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taccgatatgtaagaaatatTA--CTTCGGTAGT-T--AC-A--GA-CACTCATTACAG-A-CT-GT-C-T--AA-CT-AACGA----TTCCGTTGTT---CTC-CGACACAG-CTCAAAACTA--C------GG---A---TCCttttccacatacttcggtagttacagacactcattacagactgtctaactaacgattccgttgttctccgacacagctcaaaactacggatccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taccgatatgtaagaaatatcataatctaaacaaaatattttttaaaattgttgattaagtacgctttggttccctttctaaaatcaaagttaagttacaccacaacaaaatgtatgatttcgctcagcagacgacaccaaaacagcaataaaacggcaactgactaggatctggaatatatgtatctattttccctaggtccgattcaaatgaaaatgaactatgaactttttccacaAA-TATAA----CCCTAA-CC-T-AT---CT-TA-CCT-C-A--CTTCGGTAGACATCGT-A---A-C------T---G-A-GT-GGGC-TTAAA-CT-AACAA----TT-TGTTGTT---CTCTCGACAAAG-CCCACAACTA--C------CA---A---ACATAACGACC----------------A-CGA----TT---CTCTACT-C-TTAA--GCA--CAA----GTCA-CACA-GA-CA-----------------C-TA----TT----G------CT-----A-A-----G-CCATCA----AGAC----A----------C-------TA--------C-CC---GTGAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAGGAACTGA-GTGG---A-TAG--GTGAAC--AATTCTGTT-G--CTT------------TCCTT---------AGAC-TTGCTCTGGC-TTCT-CATTC-AC-TC-GGGGA-A-TCGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAAAAGTCAGCaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATC-AACAACAATTTAATTC-TT---AAAACTTAT---A-CTAAT-TGGGCCG-GGTTAGGTTCCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCAATAT------C-AAAC-T------T---------A-------------T-----------------T----AC------TTTAATTCGA-------------CGTAACTCTAGTT---C----------A--CCAAGAG---AC----GAC-G-----------TAA-------------AT----AG----AA---C--TA-A-A----CTTG------CA-T-TTG-A-----CTAA--A----------A---------------AT---C-T------------C------TATCGTTTC-T---CT---GGTCCGTATC-TGG-----------A----G-ATGAG---T-CA-GA-AC-TT--CTTTA-C----AAC-GA--CCACT-AAC-AA--A----TCAAAC--AA---AG--ATCACAAA-TATGA---ACCCGAT-CTAA-AG---CT-AA-CTC-TTA--CTTC-GTGGA-A--GT-A--GA-C------T---G---GT-AG-C-T--AC-CT-AACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -GA-CA-----------------C-TA----TT----G------TT-----A-A-----G-TCACCC----AGAC----A----------C-------TA--------G-TT---GGAAA-G--CC-T---A-TCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAAC--TG------AGGAACTGA-GGTG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGTT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GCAGA-G-CAGA-GAGAA-CA-G--AGTA-ATTGAAAGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCTACAAC-TTGG--GAG--AAC----ATCA-CG-A-GA-CA-----------------C-TA----TCCATAA------CT-----C-A-----GGTCACCA----AGACTC--A----------C-------C--------------------A-C--TC-C---AGTCAACA---AAGA-CAGTAAG-A------GGACAAAG--CT-TAGGAACTG--GTGGCCAA-TAG--CT-AAC--AACATTATT-G--TTTTTCCGATACA-agtgcggcggtattttaccctgttgccccaagttgattggcttatgtattaactctgattggttagaaaagatgtaatctgattggctaaagatgaagccagctagtccctttcatcac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctatcagcctgggagatagtcaccgagacactatccttctaccagTACAACAATC-AA--ACATATTA--AT-CT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GTTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GT-A--AA-TCAATTAAACTTTC-A----T------TTCTTCGACAG-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------GGACC----G---AC----AACAG-----------TAA-------------A-----A-----AA-T-C--TA-A-A--ACCTGG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ACCCT---AAATAAT-AT---G-T------------A------TATCGTTTTCC---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T--AACATAC-T---A---A-C-----AC-G------TA-AAT-GA--A-----CAA-C--AA-TAaatccacaaagattggtcgatatttcagtcaagagacccaatcgagttcgagttcacagcactaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acgaacTACAATTATC-A----CAATCTA--TT-CTG--AAA-----T---A-CTAATATGGGGTC-GCTTAG--TTCCTT-CCC--TAAGAATCA-AGCGCTAACAG-TCA----------C-AATTTT------T---------A-------------TTATC-------------A----ACT-----T--------A-------------T-TAT-TTCCATT-----------------TC----G---AT------CAG-----------CAA-------------ATACTTAGTCGTAA-C-C--CACA-G--AC--GA------CATA-AGG-AAGAATCTAAATA----------ATCCT---TAAT-ATAAT---G-TACATATTGTTTAA------TATCGTTTT-TTCACT-----TCC-TATC-TGG-----------AT---T-TTGAT---TGCAAGA-ACTTA--A---A-C----AAC-GAC-CAATA-AGCAAA--A----TCAA-C--CA-GAA---ATCACATG-TGTAA---ACCCACT-CG-A-ACG--CTAAA-CCT-CTACTCTTC-GTAGA-A--GT-A--GATC------C---GAA-GT-GGTT-T--AA-TT-AACAAATTCTTCT-CTGTTTAGTTC-AGACACAG-CCCA-AAATA--C------CG---AAATACCTAATCCAC----------------A-C-ATCCTTC---CCCTACT-C-CCGAACGCA--AAA----GTCA-CACA-TATCA-----------------C-TA----T-----G------C------A-A-----G-TCATTAAAAGAGAC----ACTAT------C-------TT--------A-TC---GTTAA-----C-TA--AGTTA-CCTCTCAGATCAC---------------CCTTG--TC-AA-GAAC-GA---GG---A-TAGATCTGAACAAAATTCAGTT-GTCCTTT-CCGACAGG-GTCCTTTTTATGTGGATACGTTGCGCC--T-TTCA--ATT--ACATC-ACAGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--GATA-A-TGAAAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gact--AA-TAAAGTATCACAAAATATAA---CCGCTAT-C--A-ATTGGCT-AA-CTTGCTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-AT-GG-C-T--AA-CTAAACAA----TTATGTTGTT---CTC-CGACACA---CCACAACTA--C------CG---A---ACATAACCAAC----------------A-CGA----TT-----CTACT-C-TGAA--AC---AAA----GTCA-CAAC-GA-CA-----------------CTTA----TT----G------CT-----C-AAG---A-TCACAC----AGAC----A----------CTAAAATACTA-------A-TC---GTAAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----aaaaaaaaaaattcagcacctggcatacggatatttttatgtttacatccctgttgccccaagttaattatttggttattattgtattattaattctaatggttagaaaggcttgttattacatctgacttgtggctgaatgatatgaatacgatttcagtccatcccttttctattcacac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcaatgag------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------A---A----G---AC----GA-AG-----------CAA-------------C-----AG----AACT-C--TA-A-A--ACATGG------CA-A-ATG-A------TAA--AGCTCACTACCACCCTTTCAATT-AT-AT---G-A------------G------TAATGTTTT-C---CT--C-GTCC-TATCTTGG-----------AT---ATATGA----T-CAAG--AC-TA--A---A-C----
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCA-TAATC-AA--ACAATTTA--TC-TT---AAA-----T---A-CTAGT-TGTGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCG----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------T--------ta
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgttacggacTACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TC---AAA-----T---A-TTAAT-TGGGTTC-GCTTAGGTTCCCTtatttatttcgacagcaact
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtaacgaaccaccgctactaccaaattatgtaacgaac-TT---AAA-----T---AATTATT-TGAGTTC-GCTTAGGTTTCCTTTCC---TAAGAA--------------A-TCA----------A-G----T------T---------C-------------T-----------------A----A------------------------------------------T---C----------A--TG----A---AC----GTTAA-----------TAA---------------------------------TG-A-A--ACCAGGATAGACTA-A-CTG-A-----CTAA--A----------ACCCG---AAAT-A----------------------A------TAT---TAT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATTAT---T----GA-A--TA--A---A-CCCAGAACTAA--CAGTA-AAG-AACGA----TCAA-----A-TGA---ATTA---A-TATAAGAAATC--AC-C--A-AT---CT-AA-C----TA--ATTAAGTATA-G--CT-ACGGA-C------T---G-A-GT-GG-TAT--AA-CTTAAAAA----TTCTATTGTT---TCC-CGACACAG---------TA--T------GGAGTA---ACCTAATCTAC----------------A-CAA----TT---TCTAACA-C-CCTA--TCACCGAA----GTCA-CCAA-GA-CACTACCCCTTCTACCGCCC-TA----TC----G------CCTGGAAA-A-----G-TCACCA----AGAT----ATGTACACTATC-------CCAGATACAAG-TC---ACAAA-GAACA-TTTCAGTCA-CA---AAGA-TACT----AAGGGACGAAGCTTT-------GGAGCTGA-GTGGT--C-TAG--C-GAAC--AATATTGTT-G--CTTT-CCGACACA-ATCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -C------T---G-A-GT-GGTC-T--AG-CG-AACAA----TATTGTTGCT---TTC-CGACACAATCCCAAAATTGTCC------TG---A---AT---ACCAAC----------------T-CGA----Tcaaaattgtcctgaataccaactcgatatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|35                         : ttaaataattatttgagttcgcttaggtttcctttcctaagaaatcaagttctaatcatgaacgttaataatgaaaccaggatagactaactgactaaaacccgaaataatattatcctcggtcctatctggataattattgaataaacccagaactaacagtaaagaacgatcaaatgaattaatataagaaatcaccaatctaactaattaagtatagctacggactgagtggtataacttaaaaattctattgtttcccgacacagtatggagtaacctaatctacacaatttctaacaccctatcaccgaagtcaccaagacactaccccttctaccgccctatcgcctggaaaagtcaccaagatatgtacactatcccagatacaagtcacaaagaacatttcagtcacaaagatactaagggacgaagctttggagTACA-TAATC-AA--ACAATCTA--TT-TT---AGA-----T---A-TTAAT-TGatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatatgtaacgaaccaccgctgctatcgaattatgtaacgaacA--ACAATTTA--TT-TT---AGT-----C---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---T
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctaaatttataagtatttataaatatgtAA-T--AA-TAAG--ATCACAAA-TATAA---ACCCTAT-AT-A-AG---CT-AA-CCT--TA--CTTC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-CAATC-AA--ACA--TTAACTC-TT---AAAA----T---A-CTAAT-TGAGTCCTGCTTAGGTTTC-TT-CC-----AGA-TCA-A--GTTA-----TCA----------C-A----TAACTATT---------A-------------TCTGTTTTTGTCCGAAACAGC--AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---CC---------A--CC----G---AT----GATAG-----------TAA-------------A-----AG----AA-T-C--TA-A-A---CCTGG------CA-AGTTG-A-----CTAA--A------------TCT---AA-T-AT-AT---GAC------------A------TATCGTTAT-C---CTTCCCGTC--TATC-TG------------AT---A-ATGAT-----CAAGA-AAATA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AAG-A----TCAA-C--AA-GAA---ATCACA---TATAA---ACCTAAT-CT-A--T---CT-AAACCT-CT----CTCAGTAGA-A--GTGA--GA-CC-----T---G-A-GT-GG-C-CGAAA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC--GACACAG-CCTACAACTA--C------CG---A---AC-TAACCACC----------------AACGA----TT---CCTTACT-C-T--G--GCA--AAA----GTCAACACATGA-C------------------C-TA----TTT---G------CC-----GTA-----G-TCACCA----AG-C----A----------C-------CT--------G-TC---GTAAAAG--CC-T----GTCA-CA---CAAA-CAC-----A------GAACCT-G--CCTAAGGAACTGAAGTGG---A-TAG--C--GAC--A-TTCTGTT-G--CTTT-CCGACACAAGTCCTT---------AGACCTTGCTCCGGC-TTCCTCGTTCAAC-TC-ACAGATGCCAGGCGTGAACCACG--AGTATACTGAAAGATTCAG
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCA----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------TT-------A-------------C-CA--TTTCTCC---CCACAGCAACAG--CA----G---AC----GACAACTGATAAACAATAACA-----------A-----AG----CA-A-C--AA-A-AGAACCT--------CA-A-ATG-A-----CTAA--A----------ATCCG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TGTCGATTT-T---AT--CGGTTC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGATGATT-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AA--A----TTAA-C--AA-CAAT--ATTACAAA--ATAA---ACCCTATATT-A-A----CT-AA-TCT-CTA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC-TA----------------A--C------CG---A---ATCGAACCA-C----------------A-CGA----TT---CCCTACT-C-TTAA--GCA--AAA----GTCA-CACA-G---A-----------------C-TA----T------------------------------------------------------------------------------TT---GTAAA-G--CC-T---TGTCA-CA---CAGA-----------------AA-CTTG--CC-AAGGAAATGA-ATGG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGCT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-C--TC-A---T-G-GGA-T-CA-A-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGTAAAAGTCAG
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gi|8                          :                                                                                                                          ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatatttaacaatttattattagtcacaattgggtccgcttaggtttcctttccattaaaaatcatgttaaatcacaatacttttccctcagaaaccagtctcagcagaactgacatcggatagcaatatcatatgtataaagaatgccaaacccgcaattttactaatattatcctaaatatatacagtgtatcgttttctcggtcgtatctggatgttaattctataatgattcaataacttataacaacggaccaatatagcaaacagttcaacctcgtgagcatcAATCACA--ATAA--AACTCA----------CGA----T------T---------TCCCT---------T-----------------A----GC------A--------A-------------C-CAA-TCTCA----------------A--CA----A---AC----AATAA-----------CAA-------------T-----AGTA--AA-T-C--TA-A-A---CTCAG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ATCCT---AAAT-ATTAT---G-T------------A------TATAATTTT-C---CT--CGGTCC-TATT-TGG-----------AT---A-ATGA------------AC-TA--C---A-C----AAT-GA--CAATA-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-TGAC--ACCACAAA-TA--A---ACCCTCT-CC-T-AT---TT-AA-CTT-CAA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTCATT---CTC-CGACACAG-CCCACAACTA--C------CG---A---ACCTAACCACC----------------A-CGA----TG---CCCTACT-C-TTAA--GCG--AAA----GTCA-TATA-GA-CA-----------------C-TATAAGTC----ATTATTTCT-----A-A-----G-TCACCA----AGAC----A------------------CT--------GCTT---GTAAA-G--CC-T---AATCA-CA---TAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAG-------------------G--CTGAAC--AATTCTATT-G--CTTT-CCGACACT-ATCCTT---------AGAC-TTGCTTCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GGGGA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aA--AAA----GTCATCA-A-GA-CA-----------------C-TA----TC----G------CT-----G-ATACAAG-TCACCA----AGACTCA-A----------T-------TT--------T-TCACTGTATT-A--CT-TC--AGTTA-AA---AAGA-CACTAACGAC-----GAACCTT-------AGGAGCTGA-GTGG---CCTAG--GT-AAC--AATTTTGTT-G--CTTT-TCGTCACA-ACCCat
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|31 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATTGAA--ACAACCTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAG-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-CA-AT-ACAA--AA-TTATT--------C-A----T------TCGACA----A-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACC---C----------A--CG----G---AC----GACAG-----------TAA-------------G-----AG----AA-T-C--TA-A-A----CT-----------------------TTAA--A----------ATCTT---AGAT-AT-AA---G-T------------A------TATCATTTT-C---CT--CAGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAA-GA--CAATT-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-GAAG--ATTACAAA-TATAA---ACCCT--------AT---CT-AA-CCT-TTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-N-NN-NN-N-N--NN-NN-NNNNN----NNNNNNNNNT---GTC-TGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgtaatgaaccaccgctgctaccaaattatgtaacgaacCA-TAATCTAA--ACAAAATA--TT-TTTTAAAA-----TT--G-TTGAT-TAAGTAC-GCTTTGGTTCCCTT-TC---TAA-AATCA-AA-GTTA--AG-TTA----------C-A----C------C---------A-------------C-----------------A----ACAAAATGT--------A---------------TGA-TTTCGCT---CA---------G--CA----G---AC----GACAC-----------CAA-------------A-----AC----AG---CAATA-A-A--AC--GG------CA-A-CTG-A-----CTAG--G----------ATCTG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TCTATTTTC-C---CT--AGGTCC-GATT-CAA-----------ATGAAA-ATGAA---C-TATGA-AC-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taccgatatgtaagaaatatTA--CTTCGGTAGT-T--AC-A--GA-CACTCATTACAG-A-CT-GT-C-T--AA-CT-AACGA----TTCCGTTGTT---CTC-CGACACAG-CTCAAAACTA--C------GG---A---TCCttttccacatacttcggtagttacagacactcattacagactgtctaactaacgattccgttgttctccgacacagctcaaaactacggatccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taccgatatgtaagaaatatcataatctaaacaaaatattttttaaaattgttgattaagtacgctttggttccctttctaaaatcaaagttaagttacaccacaacaaaatgtatgatttcgctcagcagacgacaccaaaacagcaataaaacggcaactgactaggatctggaatatatgtatctattttccctaggtccgattcaaatgaaaatgaactatgaactttttccacaAA-TATAA----CCCTAA-CC-T-AT---CT-TA-CCT-C-A--CTTCGGTAGACATCGT-A---A-C------T---G-A-GT-GGGC-TTAAA-CT-AACAA----TT-TGTTGTT---CTCTCGACAAAG-CCCACAACTA--C------CA---A---ACATAA-CGAC-C----------------A-CGATT---CTCTACT-C-TTAA--GCA--CAA----GTCA-CACA-GA-CA-----------------C-TA----TT-G------CT-----A-A-----G-CCATCA----AGAC----A----------C-------TA--------C-CC---GTGAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAGGAACTGA-GTGG---A-TAG--GTGAAC--AATTCTGTT-G--CTT------------TCCTT---------AGAC-TTGCTCTGGC-TTCT-CATTC-AC-TC-GGGGA-A-TCGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAAAAGTCAGCaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATC-AACAACAATTTAATTC-TT---AAAACTTAT---A-CTAAT-TGGGCCG-GGTTAGGTTCCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCAATAT------C-AAAC-T------T---------A-------------T-----------------T----AC------TTTAATTCGA-------------CGTAACTCTAGTT---C----------A--CCAAGAG---AC----GAC-G-----------TAA-------------AT----AG----AA---C--TA-A-A----CTTG------CA-T-TTG-A-----CTAA--A----------A---------------AT---C-T------------C------TATCGTTTC-T---CT---GGTCCGTATC-TGG-----------A----G-ATGAG---T-CA-GA-AC-TT--CTTTA-C----AAC-GA--CCACT-AAC-AA--A----TCAAAC--AA---AG--ATCACAAA-TATGA---ACCCGAT-CTAA-AG---CT-AA-CTC-TTA--CTTC-GTGGA-A--GT-A--GA-C------T---G---GT-AG-C-T--AC-CT-AACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GA-CA-----------------C-TA----TT-G------TT-----A-A-----G-TCACCC----AGAC----A----------C-------TA--------G-TT---GGAAA-G--CC-T---A-TCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAAC--TG------AGGAACTGA-GGTG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGTT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GCAGA-G-CAGA-GAGAA-CA-G--AGTA-ATTGAAAGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTACAAC-TTGG--GAG--AAC----ATCA-CG-A-GA-CA-----------------C-TA----TC-C------AT-----A-ACTCAGG-TCACCA----AGACTC--A----------C-------C--------------------A-C--TC-C---AGTCAACA---AAGA-CAGTAAG-A------GGACAAAG--CT-TAGGAACTG--GTGGCCAA-TAG--CT-AAC--AACATTATT-G--TTTTTCCGATACA-agtgcggcggtattttaccctgttgccccaagttgattggcttatgtattaactctgattggttagaaaagatgtaatctgattggctaaagatgaagccagctagtccctttcatcac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctatcagcctgggagatagtcaccgagacactatccttctaccagTACAACAATC-AA--ACATATTA--AT-CT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GTTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GT-A--AA-TCAATTAAACTTTC-A----T------TTCTTCGACAG-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------GGACC----G---AC----AACAG-----------TAA-------------A-----A-----AA-T-C--TA-A-A--ACCTGG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ACCCT---AAATAAT-AT---G-T------------A------TATCGTTTTCC---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T--AACATAC-T---A---A-C-----AC-G------TA-AAT-GA--A-----CAA-C--AA-TAaatccacaaagattggtcgatatttcagtcaagagacccaatcgagttcgagttcacagcactaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acgaacTACAATTATC-A----CAATCTA--TT-CTG--AAA-----T---A-CTAATATGGGGTC-GCTTAG--TTCCTT-CCC--TAAGAATCA-AGCGCTAACAG-TCA----------C-AATTTT------T---------A-------------TTATC-------------A----ACT-----T--------A-------------T-TAT-TTCCATT-----------------TC----G---AT------CAG-----------CAA-------------ATACTTAGTCGTAA-C-C--CACA-G--AC--GA------CATA-AGG-AAGAATCTAAATA----------ATCCT---TAAT-ATAAT---G-TACATATTGTTTAA------TATCGTTTT-TTCACT-----TCC-TATC-TGG-----------AT---T-TTGAT---TGCAAGA-ACTTA--A---A-C----AAC-GAC-CAATA-AGCAAA--A----TCAA-C--CA-GAA---ATCACATG-TGTAA---ACCCACT-CG-A-ACG--CTAAA-CCT-CTACTCTTC-GTAGA-A--GT-A--GATC------C---GAA-GT-GGTT-T--AA-TT-AACAAATTCTTCT-CTGTTTAGTTC-AGACACAG-CCCA-AAATA--C------CG---AAATACCTAATCCACAC----------------A-TCCTTC--CCCTACT-C-CCGAACGCA--AAA----GTCA-CACA-TATCA-----------------C-TA----T--G------C------A-A-----G-TCATTAAAAGAGAC----ACTAT------C-------TT--------A-TC---GTTAA-----C-TA--AGTTA-CCTCTCAGATCAC---------------CCTTG--TC-AA-GAAC-GA---GG---A-TAGATCTGAACAAAATTCAGTT-GTCCTTT-CCGACAGG-GTCCTTTTTATGTGGATACGTTGCGCC--T-TTCA--ATT--ACATC-ACAGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--GATA-A-TGAAAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gact--AA-TAAAGTATCACAAAATATAA---CCGCTAT-C--A-ATTGGCT-AA-CTTGCTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-AT-GG-C-T--AA-CTAAACAA----TTATGTTGTT---CTC-CGACACA---CCACAACTA--C------CG---A---ACATAA-CCAA-C----------------A-CGATT-----CTACT-C-TGAA--AC---AAA----GTCA-CAAC-GA-CA-----------------CTTA----TT-G------CTC----A-A-----GATCACAC----AGAC----A----------CTAAAATACTA-------A-TC---GTAAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----aaaaaaaaaaattcagcacctggcatacggatatttttatgtttacatccctgttgccccaagttaattatttggttattattgtattattaattctaatggttagaaaggcttgttattacatctgacttgtggctgaatgatatgaatacgatttcagtccatcccttttctattcacac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcaatgag------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------A---A----G---AC----GA-AG-----------CAA-------------C-----AG----AACT-C--TA-A-A--ACATGG------CA-A-ATG-A------TAA--AGCTCACTACCACCCTTTCAATT-AT-AT---G-A------------G------TAATGTTTT-C---CT--C-GTCC-TATCTTGG-----------AT---ATATGA----T-CAAG--AC-TA--A---A-C----
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCA-TAATC-AA--ACAATTTA--TC-TT---AAA-----T---A-CTAGT-TGTGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCG----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------T--------ta
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgttacggacTACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TC---AAA-----T---A-TTAAT-TGGGTTC-GCTTAGGTTCCCTtatttatttcgacagcaact
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtaacgaaccaccgctactaccaaattatgtaacgaac-TT---AAA-----T---AATTATT-TGAGTTC-GCTTAGGTTTCCTTTCC---TAAGAA--------------A-TCA----------A-G----T------T---------C-------------T-----------------A----A------------------------------------------T---C----------A--TG----A---AC----GTTAA-----------TAA---------------------------------TG-A-A--ACCAGGATAGACTA-A-CTG-A-----CTAA--A----------ACCCG---AAAT-A----------------------A------TAT---TAT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATTAT---T----GA-A--TA--A---A-CCCAGAACTAA--CAGTA-AAG-AACGA----TCAA-----A-TGA---ATTA---A-TATAAGAAATC--AC-C--A-AT---CT-AA-C----TA--ATTAAGTATA-G--CT-ACGGA-C------T---G-A-GT-GG-TAT--AA-CTTAAAAA----TTCTATTGTT---TCC-CGACACAG---------TA--T------GGAGTA---ACCTAA-TCTA-C----------------A-CAATT---TCTAACA-C-CCTA--TCACCGAA----GTCA-CCAA-GA-CACTACCCCTTCTACCGCCC-TA----TC-G------CCTGGAAA-A-----G-TCACCA----AGAT----ATGTACACTATC-------CCAGATACAAG-TC---ACAAA-GAACA-TTTCAGTCA-CA---AAGA-TACT----AAGGGACGAAGCTTT-------GGAGCTGA-GTGGT--C-TAG--C-GAAC--AATATTGTT-G--CTTT-CCGACACA-ATCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -C------T---G-A-GT-GGTC-T--AG-CG-AACAA----TATTGTTGCT---TTC-CGACACAATCCCAAAATTGTCC------TG---A---AT---A-CCAA-C----------------T-CGATcaaaattgtcctgaataccaactcgatatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|35                         : ttaaataattatttgagttcgcttaggtttcctttcctaagaaatcaagttctaatcatgaacgttaataatgaaaccaggatagactaactgactaaaacccgaaataatattatcctcggtcctatctggataattattgaataaacccagaactaacagtaaagaacgatcaaatgaattaatataagaaatcaccaatctaactaattaagtatagctacggactgagtggtataacttaaaaattctattgtttcccgacacagtatggagtaacctaatctacacaatttctaacaccctatcaccgaagtcaccaagacactaccccttctaccgccctatcgcctggaaaagtcaccaagatatgtacactatcccagatacaagtcacaaagaacatttcagtcacaaagatactaagggacgaagctttggagTACA-TAATC-AA--ACAATCTA--TT-TT---AGA-----T---A-TTAAT-TGatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatatgtaacgaaccaccgctgctatcgaattatgtaacgaacA--ACAATTTA--TT-TT---AGT-----C---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---T
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctaaatttataagtatttataaatatgtAA-T--AA-TAAG--ATCACAAA-TATAA---ACCCTAT-AT-A-AG---CT-AA-CCT--TA--CTTC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-CAATC-AA--ACA--TTAACTC-TT---AAAA----T---A-CTAAT-TGAGTCCTGCTTAGGTTTC-TT-CC-----AGA-TCA-A--GTTA-----TCA----------C-A----TAACTATT---------A-------------TCTGTTTTTGTCCGAAACAGC--AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---CC---------A--CC----G---AT----GATAG-----------TAA-------------A-----AG----AA-T-C--TA-A-A---CCTGG------CA-AGTTG-A-----CTAA--A------------TCT---AA-T-AT-AT---GAC------------A------TATCGTTAT-C---CTTCCCGTC--TATC-TG------------AT---A-ATGAT-----CAAGA-AAATA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AAG-A----TCAA-C--AA-GAA---ATCACA---TATAA---ACCTAAT-CT-A--T---CT-AAACCT-CT----CTCAGTAGA-A--GTGA--GA-CC-----T---G-A-GT-GG-C-CGAAA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC--GACACAG-CCTACAACTA--C------CG---A---AC-TAA-CCAC-C----------------AACGATT---CCTTACT-C-T--G--GCA--AAA----GTCAACACATGA-C------------------C-TA----TTTG------CC-----GTA-----G-TCACCA----AG-C----A----------C-------CT--------G-TC---GTAAAAG--CC-T----GTCA-CA---CAAA-CAC-----A------GAACCT-G--CCTAAGGAACTGAAGTGG---A-TAG--C--GAC--A-TTCTGTT-G--CTTT-CCGACACAAGTCCTT---------AGACCTTGCTCCGGC-TTCCTCGTTCAAC-TC-ACAGATGCCAGGCGTGAACCACG--AGTATACTGAAAGATTCAG
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCA----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------TT-------A-------------C-CA--TTTCTCC---CCACAGCAACAG--CA----G---AC----GACAACTGATAAACAATAACA-----------A-----AG----CA-A-C--AA-A-AGAACCT--------CA-A-ATG-A-----CTAA--A----------ATCCG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TGTCGATTT-T---AT--CGGTTC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGATGATT-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AA--A----TTAA-C--AA-CAAT--ATTACAAA--ATAA---ACCCTATATT-A-A----CT-AA-TCT-CTA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC-TA----------------A--C------CG---A---ATCGAA-CCA--C----------------A-CGATT---CCCTACT-C-TTAA--GCA--AAA----GTCA-CACA-G---A-----------------C-TA----T---------------------------------------------------------------------------TT---GTAAA-G--CC-T---TGTCA-CA---CAGA-----------------AA-CTTG--CC-AAGGAAATGA-ATGG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGCT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-C--TC-A---T-G-GGA-T-CA-A-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGTAAAAGTCAG
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gi|8                          :                                                                                                                          ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatatttaacaatttattattagtcacaattgggtccgcttaggtttcctttccattaaaaatcatgttaaatcacaatacttttccctcagaaaccagtctcagcagaactgacatcggatagcaatatcatatgtataaagaatgccaaacccgcaattttactaatattatcctaaatatatacagtgtatcgttttctcggtcgtatctggatgttaattctataatgattcaataacttataacaacggaccaatatagcaaacagttcaacctcgtgagcatcAATCACA--ATAA--AACTCA----------CGA----T------T---------TCCCT---------T-----------------A----GC------A--------A-------------C-CAA-TCTCA----------------A--CA----A---AC----AATAA-----------CAA-------------T-----AGTA--AA-T-C--TA-A-A---CTCAG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ATCCT---AAAT-ATTAT---G-T------------A------TATAATTTT-C---CT--CGGTCC-TATT-TGG-----------AT---A-ATGA------------AC-TA--C---A-C----AAT-GA--CAATA-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-TGAC--ACCACAAA-TA--A---ACCCTCT-CC-T-AT---TT-AA-CTT-CAA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTCATT---CTC-CGACACAG-CCCACAACTA--C------CG---A---ACCTAA-CCAC-C----------------A-CGATG---CCCTACT-C-TTAA--GCG--AAA----GTCA-TATA-GA-CA-----------------C-TATAAGTC-ATTATTTCT-----A-A-----G-TCACCA----AGAC----A------------------CT--------GCTT---GTAAA-G--CC-T---AATCA-CA---TAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAG-------------------G--CTGAAC--AATTCTATT-G--CTTT-CCGACACT-ATCCTT---------AGAC-TTGCTTCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GGGGA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aA--AAA----GTCATCA-A-GA-CA-----------------C-TA----TC-G------CTGATACA-A-----G-TCACCA----AGACTCA-A----------T-------TT--------T-TCACTGTATT-A--CT-TC--AGTTA-AA---AAGA-CACTAACGAC-----GAACCTT-------AGGAGCTGA-GTGG---CCTAG--GT-AAC--AATTTTGTT-G--CTTT-TCGTCACA-ACCCat
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|31 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATTGAA--ACAACCTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAG-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-CA-AT-ACAA--AA-TTATT--------C-A----T------TCGACA----A-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACC---C----------A--CG----G---AC----GACAG-----------TAA-------------G-----AG----AA-T-C--TA-A-A----CT-----------------------TTAA--A----------ATCTT---AGAT-AT-AA---G-T------------A------TATCATTTT-C---CT--CAGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAA-GA--CAATT-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-GAAG--ATTACAAA-TATAA---ACCCT--------AT---CT-AA-CCT-TTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-N-NN-NN-N-N--NN-NN-NNNNN----NNNNNNNNNT---GTC-TGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgtaatgaaccaccgctgctaccaaattatgtaacgaacCA-TAATCTAA--ACAAAATA--TT-TTTTAAAA-----TT--G-TTGAT-TAAGTAC-GCTTTGGTTCCCTT-TC---TAA-AATCA-AA-GTTA--AG-TTA----------C-A----C------C---------A-------------C-----------------A----ACAAAATGT--------A---------------TGA-TTTCGCT---CA---------G--CA----G---AC----GACAC-----------CAA-------------A-----AC----AG---CAATA-A-A--AC--GG------CA-A-CTG-A-----CTAG--G----------ATCTG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TCTATTTTC-C---CT--AGGTCC-GATT-CAA-----------ATGAAA-ATGAA---C-TATGA-AC-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taccgatatgtaagaaatatTA--CTTCGGTAGT-T--AC-A--GA-CACTCATTACAG-A-CT-GT-C-T--AA-CT-AACGA----TTCCGTTGTT---CTC-CGACACAG-CTCAAAACTA--C------GG---A---TCCttttccacatacttcggtagttacagacactcattacagactgtctaactaacgattccgttgttctccgacacagctcaaaactacggatccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taccgatatgtaagaaatatcataatctaaacaaaatattttttaaaattgttgattaagtacgctttggttccctttctaaaatcaaagttaagttacaccacaacaaaatgtatgatttcgctcagcagacgacaccaaaacagcaataaaacggcaactgactaggatctggaatatatgtatctattttccctaggtccgattcaaatgaaaatgaactatgaactttttccacaAA-TATAA----CCCTAA-CC-T-AT---CT-TA-CCT-C-A--CTTCGGTAGACATCGT-A---A-C------T---G-A-GT-GGGC-TTAAA-CT-AACAA----TT-TGTTGTT---CTCTCGACAAAG-CCCACAACTA--C------CA---A---ACATAA-CGAC-C----------------A-CGATT---CTCTACT-C-TTAA--GCA--CAA----GTCA-CACA-GA-CA-----------------C-TA----TT-G------CT-----A-A-----G-CCATCA----AGAC----A----------C-------TA--------C-CC---GTGAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAGGAACTGA-GTGG---A-TAG--GTGAAC--AATTCTGTT-G--CTT------------TCCTT---------AGAC-TTGCTCTGGC-TTCT-CATTC-AC-TC-GGGGA-A-TCGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAAAAGTCAGCaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATC-AACAACAATTTAATTC-TT---AAAACTTAT---A-CTAAT-TGGGCCG-GGTTAGGTTCCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCAATAT------C-AAAC-T------T---------A-------------T-----------------T----AC------TTTAATTCGA-------------CGTAACTCTAGTT---C----------A--CCAAGAG---AC----GAC-G-----------TAA-------------AT----AG----AA---C--TA-A-A----CTTG------CA-T-TTG-A-----CTAA--A----------A---------------AT---C-T------------C------TATCGTTTC-T---CT---GGTCCGTATC-TGG-----------A----G-ATGAG---T-CA-GA-AC-TT--CTTTA-C----AAC-GA--CCACT-AAC-AA--A----TCAAAC--AA---AG--ATCACAAA-TATGA---ACCCGAT-CTAA-AG---CT-AA-CTC-TTA--CTTC-GTGGA-A--GT-A--GA-C------T---G---GT-AG-C-T--AC-CT-AACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GA-CA-----------------C-TA----TT-G------TT-----A-A-----G-TCACCC----AGAC----A----------C-------TA--------G-TT---GGAAA-G--CC-T---A-TCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAAC--TG------AGGAACTGA-GGTG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGTT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GCAGA-G-CAGA-GAGAA-CA-G--AGTA-ATTGAAAGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTACAAC-TTGG--GAG--AAC----ATCA-CG-A-GA-CA-----------------C-TA----TC-C------AT-----A-ACTCAGG-TCACCA----AGACTC--A----------C-------C--------------------A-C--TC-C---AGTCAACA---AAGA-CAGTAAG-A------GGACAAAG--CT-TAGGAACTG--GTGGCCAA-TAG--CT-AAC--AACATTATT-G--TTTTTCCGATACA-agtgcggcggtattttaccctgttgccccaagttgattggcttatgtattaactctgattggttagaaaagatgtaatctgattggctaaagatgaagccagctagtccctttcatcac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctatcagcctgggagatagtcaccgagacactatccttctaccagTACAACAATC-AA--ACATATTA--AT-CT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GTTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GT-A--AA-TCAATTAAACTTTC-A----T------TTCTTCGACAG-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------GGACC----G---AC----AACAG-----------TAA-------------A-----A-----AA-T-C--TA-A-A--ACCTGG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ACCCT---AAATAAT-AT---G-T------------A------TATCGTTTTCC---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T--AACATAC-T---A---A-C-----AC-G------TA-AAT-GA--A-----CAA-C--AA-TAaatccacaaagattggtcgatatttcagtcaagagacccaatcgagttcgagttcacagcactaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acgaacTACAATTATC-A----CAATCTA--TT-CTG--AAA-----T---A-CTAATATGGGGTC-GCTTAG--TTCCTT-CCC--TAAGAATCA-AGCGCTAACAG-TCA----------C-AATTTT------T---------A-------------TTATC-------------A----ACT-----T--------A-------------T-TAT-TTCCATT-----------------TC----G---AT------CAG-----------CAA-------------ATACTTAGTCGTAA-C-C--CACA-G--AC--GA------CATA-AGG-AAGAATCTAAATA----------ATCCT---TAAT-ATAAT---G-TACATATTGTTTAA------TATCGTTTT-TTCACT-----TCC-TATC-TGG-----------AT---T-TTGAT---TGCAAGA-ACTTA--A---A-C----AAC-GAC-CAATA-AGCAAA--A----TCAA-C--CA-GAA---ATCACATG-TGTAA---ACCCACT-CG-A-ACG--CTAAA-CCT-CTACTCTTC-GTAGA-A--GT-A--GATC------C---GAA-GT-GGTT-T--AA-TT-AACAAATTCTTCT-CTGTTTAGTTC-AGACACAG-CCCA-AAATA--C------CG---AAATACCTAATCCACAC----------------A-TCCTTC--CCCTACT-C-CCGAACGCA--AAA----GTCA-CACA-TATCA-----------------C-TA----T--G------C------A-A-----G-TCATTAAAAGAGAC----ACTAT------C-------TT--------A-TC---GTTAA-----C-TA--AGTTA-CCTCTCAGATCAC---------------CCTTG--TC-AA-GAAC-GA---GG---A-TAGATCTGAACAAAATTCAGTT-GTCCTTT-CCGACAGG-GTCCTTTTTATGTGGATACGTTGCGCC--T-TTCA--ATT--ACATC-ACAGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--GATA-A-TGAAAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gact--AA-TAAAGTATCACAAAATATAA---CCGCTAT-C--A-ATTGGCT-AA-CTTGCTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-AT-GG-C-T--AA-CTAAACAA----TTATGTTGTT---CTC-CGACACA---CCACAACTA--C------CG---A---ACATAA-CCAA-C----------------A-CGATT-----CTACT-C-TGAA--AC---AAA----GTCA-CAAC-GA-CA-----------------CTTA----TT-G------CTC----A-A-----GATCACAC----AGAC----A----------CTAAAATACTA-------A-TC---GTAAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----aaaaaaaaaaattcagcacctggcatacggatatttttatgtttacatccctgttgccccaagttaattatttggttattattgtattattaattctaatggttagaaaggcttgttattacatctgacttgtggctgaatgatatgaatacgatttcagtccatcccttttctattcacac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcaatgag------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------A---A----G---AC----GA-AG-----------CAA-------------C-----AG----AACT-C--TA-A-A--ACATGG------CA-A-ATG-A------TAA--AGCTCACTACCACCCTTTCAATT-AT-AT---G-A------------G------TAATGTTTT-C---CT--C-GTCC-TATCTTGG-----------AT---ATATGA----T-CAAG--AC-TA--A---A-C----
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCA-TAATC-AA--ACAATTTA--TC-TT---AAA-----T---A-CTAGT-TGTGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCG----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------T--------ta
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgttacggacTACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TC---AAA-----T---A-TTAAT-TGGGTTC-GCTTAGGTTCCCTtatttatttcgacagcaact
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtaacgaaccaccgctactaccaaattatgtaacgaac-TT---AAA-----T---AATTATT-TGAGTTC-GCTTAGGTTTCCTTTCC---TAAGAA--------------A-TCA----------A-G----T------T---------C-------------T-----------------A----A------------------------------------------T---C----------A--TG----A---AC----GTTAA-----------TAA---------------------------------TG-A-A--ACCAGGATAGACTA-A-CTG-A-----CTAA--A----------ACCCG---AAAT-A----------------------A------TAT---TAT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATTAT---T----GA-A--TA--A---A-CCCAGAACTAA--CAGTA-AAG-AACGA----TCAA-----A-TGA---ATTA---A-TATAAGAAATC--AC-C--A-AT---CT-AA-C----TA--ATTAAGTATA-G--CT-ACGGA-C------T---G-A-GT-GG-TAT--AA-CTTAAAAA----TTCTATTGTT---TCC-CGACACAG---------TA--T------GGAGTA---ACCTAA-TCTA-C----------------A-CAATT---TCTAACA-C-CCTA--TCACCGAA----GTCA-CCAA-GA-CACTACCCCTTCTACCGCCC-TA----TC-G------CCTGGAAA-A-----G-TCACCA----AGAT----ATGTACACTATC-------CCAGATACAAG-TC---ACAAA-GAACA-TTTCAGTCA-CA---AAGA-TACT----AAGGGACGAAGCTTT-------GGAGCTGA-GTGGT--C-TAG--C-GAAC--AATATTGTT-G--CTTT-CCGACACA-ATCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -C------T---G-A-GT-GGTC-T--AG-CG-AACAA----TATTGTTGCT---TTC-CGACACAATCCCAAAATTGTCC------TG---A---AT---A-CCAA-C----------------T-CGATcaaaattgtcctgaataccaactcgatatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|35                         : ttaaataattatttgagttcgcttaggtttcctttcctaagaaatcaagttctaatcatgaacgttaataatgaaaccaggatagactaactgactaaaacccgaaataatattatcctcggtcctatctggataattattgaataaacccagaactaacagtaaagaacgatcaaatgaattaatataagaaatcaccaatctaactaattaagtatagctacggactgagtggtataacttaaaaattctattgtttcccgacacagtatggagtaacctaatctacacaatttctaacaccctatcaccgaagtcaccaagacactaccccttctaccgccctatcgcctggaaaagtcaccaagatatgtacactatcccagatacaagtcacaaagaacatttcagtcacaaagatactaagggacgaagctttggagTACA-TAATC-AA--ACAATCTA--TT-TT---AGA-----T---A-TTAAT-TGatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatatgtaacgaaccaccgctgctatcgaattatgtaacgaacA--ACAATTTA--TT-TT---AGT-----C---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---T
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctaaatttataagtatttataaatatgtAA-T--AA-TAAG--ATCACAAA-TATAA---ACCCTAT-AT-A-AG---CT-AA-CCT--TA--CTTC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-CAATC-AA--ACA--TTAACTC-TT---AAAA----T---A-CTAAT-TGAGTCCTGCTTAGGTTTC-TT-CC-----AGA-TCA-A--GTTA-----TCA----------C-A----TAACTATT---------A-------------TCTGTTTTTGTCCGAAACAGC--AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---CC---------A--CC----G---AT----GATAG-----------TAA-------------A-----AG----AA-T-C--TA-A-A---CCTGG------CA-AGTTG-A-----CTAA--A------------TCT---AA-T-AT-AT---GAC------------A------TATCGTTAT-C---CTTCCCGTC--TATC-TG------------AT---A-ATGAT-----CAAGA-AAATA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AAG-A----TCAA-C--AA-GAA---ATCACA---TATAA---ACCTAAT-CT-A--T---CT-AAACCT-CT----CTCAGTAGA-A--GTGA--GA-CC-----T---G-A-GT-GG-C-CGAAA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC--GACACAG-CCTACAACTA--C------CG---A---AC-TAA-CCAC-C----------------AACGATT---CCTTACT-C-T--G--GCA--AAA----GTCAACACATGA-C------------------C-TA----TTTG------CC-----GTA-----G-TCACCA----AG-C----A----------C-------CT--------G-TC---GTAAAAG--CC-T----GTCA-CA---CAAA-CAC-----A------GAACCT-G--CCTAAGGAACTGAAGTGG---A-TAG--C--GAC--A-TTCTGTT-G--CTTT-CCGACACAAGTCCTT---------AGACCTTGCTCCGGC-TTCCTCGTTCAAC-TC-ACAGATGCCAGGCGTGAACCACG--AGTATACTGAAAGATTCAG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caacgaacTACA-CAATG-AA--ACAATTTA--TT-TC---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GCTA--AA-TCA----------C-A----T------T---------A-------------T-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------G--CC----A---AC----GACAG-----------TAA-------------A-----AG----AA-T-C--TA-A-A--ACCTGG------CA-A-TTT-A-----CTAA--A----------ACCCT---AAAT-AT-AT---G-T------------A------TATCGTTTT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---A-C----GAT-GG--CA-TA-TGC-AA--A----TCAA-T--AA-TAAG--ATCACAAA-TATAA---ACCCTAT-CT-A-AT---CT-AA-CTT-TTA--CTTCGGTAGA-T--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC-CGACACAG-CCCACAACTA--C------CG---A---ACCTAT-CCAA-C----------------A-CGATT---CCTTACT-C-TGAA--GCA--AAA----GTCA-CACA-GA-CA-----------------C-TG----TT-G------CG-----T-A-----G-TCACCA----AGAC----A----------C-------CT--------G-TC---GTAAA-G--CC-T---AGTCA-CA---CAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAGGAACTGA-GTGG---A-TAG--CTCAAC--AATTCTGTT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AAAC-ATGCTCCGGC-TTCA-CGTTC-AC-TC-ACAGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAACATTCAGCtgcaagcgtatttactacccttgttgcccctcaagtttgattgtcaatatttaactcctgattggttagaaaagctgtaatttgaattgcgttaatgattgaaggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCA----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------TT-------A-------------C-CA--TTTCTCC---CCACAGCAACAG--CA----G---AC----GACAACTGATAAACAATAACA-----------A-----AG----CA-A-C--AA-A-AGAACCT--------CA-A-ATG-A-----CTAA--A----------ATCCG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TGTCGATTT-T---AT--CGGTTC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGATGATT-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AA--A----TTAA-C--AA-CAAT--ATTACAAA--ATAA---ACCCTATATT-A-A----CT-AA-TCT-CTA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC-TA----------------A--C------CG---A---ATCGAA-CCA--C----------------A-CGATT---CCCTACT-C-TTAA--GCA--AAA----GTCA-CACA-G---A-----------------C-TA----T---------------------------------------------------------------------------TT---GTAAA-G--CC-T---TGTCA-CA---CAGA-----------------AA-CTTG--CC-AAGGAAATGA-ATGG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGCT-G--CTTT-CCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-C--TC-A---T-G-GGA-T-CA-A-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGTAAAAGTCAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtaacgaacA--ACAATTTA--TTATT---AGT-----C---A-C-AAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-TCCATTAAAAATCA-T--GTTA--AA-TCA----------C-A----A------T---------ACTTT---------T-----------------C----CC------TCAGAA---A-------------C-CAG-TCTCAGC---A----------GAACT----G---ACATCGGATAG-----------CAATATCATATGTATAA-----AG----AA-TGC--CA-A-A--CCC--G------CA-A-TTTTA-----CTAAT-ATT--------ATCCT---AAAT-AT-ATACAG-T------------G------TATCGTTTT-C----T--CGGTCG-TATC-TGGATGTTAATTCTAT---A-ATGAT---T-CAATA-ACTTAT-A---A-C----AAC-GGACCAATATAGC-AA--ACAGTTCAA-CCTCG-TGAGC-ATCAC----TATGA---A--CTAT-C
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatattt-AC-TATGA---A-C----TAT-CA--CAA-A-AAT-AA--A----CTGA-C--AAGTAAAGCATCACAAA-ATTAA---A--CTAT-CTGG-AT---CT-AA-ACT-C-G--CTTC-GCAGA-T--GT-A--GA-C------TC--G-ATGTGGG-C-T--AACCT-AGCAA----acaaaaataaactgacaagtaaagcatcacaaaattaaactatctggatctaaactcgcttcgcagatgtagactcgatgtgggctaacctagcaa
gi|8                          :                                                                                                                          ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatatttaacaatttattattagtcacaattgggtccgcttaggtttcctttccattaaaaatcatgttaaatcacaatacttttccctcagaaaccagtctcagcagaactgacatcggatagcaatatcatatgtataaagaatgccaaacccgcaattttactaatattatcctaaatatatacagtgtatcgttttctcggtcgtatctggatgttaattctataatgattcaataacttataacaacggaccaatatagcaaacagttcaacctcgtgagcatcAATCACA--ATAA--AACTCA----------CGA----T------T---------TCCCT---------T-----------------A----GC------A--------A-------------C-CAA-TCTCA----------------A--CA----A---AC----AATAA-----------CAA-------------T-----AGTA--AA-T-C--TA-A-A---CTCAG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ATCCT---AAAT-ATTAT---G-T------------A------TATAATTTT-C---CT--CGGTCC-TATT-TGG-----------AT---A-ATGA------------AC-TA--C---A-C----AAT-GA--CAATA-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-TGAC--ACCACAAA-TA--A---ACCCTCT-CC-T-AT---TT-AA-CTT-CAA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTCATT---CTC-CGACACAG-CCCACAACTA--C------CG---A---ACCTAA-CCAC-C----------------A-CGATG---CCCTACT-C-TTAA--GCG--AAA----GTCA-TATA-GA-CA-----------------C-TATAAGTC-ATTATTTCT-----A-A-----G-TCACCA----AGAC----A------------------CT--------GCTT---GTAAA-G--CC-T---AATCA-CA---TAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAG-------------------G--CTGAAC--AATTCTATT-G--CTTT-CCGACACT-ATCCTT---------AGAC-TTGCTTCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GGGGA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aA--AAA----GTCATCA-A-GA-CA-----------------C-TA----TC-G------CTGATACA-A-----G-TCACCA----AGACTCA-A----------T-------TT--------T-TCACTGTATT-A--CT-TC--AGTTA-AA---AAGA-CACTAACGAC-----GAACCTT-------AGGAGCTGA-GTGG---CCTAG--GT-AAC--AATTTTGTT-G--CTTT-TCGTCACA-ACCCat


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13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATGAATTATATGAGTTATCTTAGGTTTGTATCTATCCTAGAGAAATAAAATCACATTGTAAGCTAATTACACTACAGTGTAACTTCTAATATACATTAGCGTTATCCATGATACAGGTATAGACTAATGATTAAAACCTCGGAATGATATTTTCCCCGGTCTTATCGTAGATAGATGTGGATAACGAAAGAAACTAACAGATAAATAATACGAATAAATCA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAATAACTGAAGATGACAGAATGGCTCTATTTATACCCTCTGGCTGATGAACAATGATTGGCTACTTATACTAAGATTGTGATTGGATGAATAAACAACGCTGATTGGATAATAATAACATCATCTGATTGGTCGATCATTATGTATGTTTCAATCCGCTCTGTGTACGTTTCATCACAATA
Unaligned ( gi|23 ): CTTTTTAATGATTGAATTATTCTGTGCTTTCCCAGCTGAGATCTAACATGGGGAAAATAGAAAATTATATTCACCTGCACAATCCTTTGGAGTGGATATTACATTTGACTTCTTCCACAACTGATTAAAACAAACTGGGATTTTCAAAATTGATAATTTTTAGGGCATTCTCGATGAA
Unaligned ( gi|24 ): TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCTTTCAACACATTGCCCACGCCTTCGAAAAAATAAGCGTCCTCGCATAGGCAAA
Unaligned ( gi|25 ): CTCGGGCTAATACACAATGATTGGCAACTTATAATAAGATTAGGATTGGATGAGTAAACAATACTGATTGGATAATAAGAATATTATCTGATTGGTCGATGATAAAATATACTTTAATCCGCTCTACATACATTTCATCACATT
Unaligned ( gi|27 ): ACCGCCCTTCATCTGGGAAGTCACAAAGACATTAATCCCTTCTACCGTCTATCACTAATGGGGAAGTCACCGAACACTAGCCTATCTAAGCCGCTATCACCCGAGGAAAGTACACAAGAAC
Unaligned ( gi|30 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
Unaligned ( gi|31 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTGTCAGATGGAAAAGATAAATGTATTTGAGCAAGACTGAATTCATTATCATTTAATAACTTTCACTTTTCCTCCAGAATTG
Unaligned ( gi|33 ): ATACACTATCCCTTCTACCGCCTTATCACTTGGGGAAGTCACCAAGACACTACCCCTGATACAAGTCACCAATTTTGATCAC
Unaligned ( gi|34 ): TAGCATTATATGAGTGAATAATTCTGTGCTTTGGGACTGGCTGATATCCACTGACCTAGAAAAATAAAATGTTATATTCAC
Unaligned ( gi|37 ): ATATGATCGAATAAATCTGTGTTTTCCAATTGGCCGAGATATAACAACCTTGGGAAAATAGAATGCATGT
Unaligned ( gi|39 ): ATGTAATGTATTAACTCAAAGAATTATTTTCTTCATTGT






Alignments
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-------------A-----AA----AC-T-C--CG-ACA--ACCGGG------CT-A-TTT-A-----CTAA--A----------ATCTG---GAAT-AT-AA---T-T------------A------TATCGTTTT-C---CT--TGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---AAC----AAC-GA--CAACA-AGC-AA--A----TTAA-C--AA-TAAG--AT-AGAAA--ATAA---ACATTAT-CT-T-AT---TT-AA-CCT-CCA--CTTTG-CAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTTTGTTGTT---CTC-CCACACAG-CCCACAACTA--C------TG---A---ACCTAA-CCAC-CACTGAACCTAACCGCTA-CGATT---CCCTACT-C-GTAT--GCA--AAA----GTCA-CACA-GG-CA-----------------C-TA----TT-G------CTTA---A-A-----G-T--------CATCA----AG------A--C---A----CT------------AATT---GC----AA---A-G--CC-T---AGTCAGA---CAGA-CAG-----A------GAACCTCGC-CC-AAGGAAC--A-GTGG---A-TAG--ttggcagcatttatcctgtatggttgccccataggttgcattgactaatacaataaacacctggttggtgtagaaattcgttatctgattgaaggcgtttcaaattcatagttttatcacacta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATTGAA--ACAACCTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAG-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAA-CA-AT-ACAA--AA-TTATT--------C-A----T------TCGACA----A-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACC---C----------A--CG----G---AC----GACAG-----------TAA-------------G-----AG----AA-T-C--TA-A-A----CT-----------------------TTAA--A----------ATCTT---AGAT-AT-AA---G-T------------A------TATCATTTT-C---CT--CAGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAA-GA--CAATT-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-GAAG--ATTACAAA-TATAA---ACCCT--------AT---CT-AA-CCT-TTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-N-NN-NN-N-N--NN-NN-NNNNN----NNNNNNNNNT---GTC-TGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgtaatgaaccaccgctgctaccaaattatgtaacgaacCA-TAATCTAA--ACAAAATA--TT-TTTTAAAA-----TT--G-TTGAT-TAAGTAC-GCTTTGGTTCCCTT-TC---TAA-AATCA-AA-GTTA--AG-TTA----------C-A----C------C---------A-------------C-----------------A----ACAAAATGT--------A---------------TGA-TTTCGCT---CA---------G--CA----G---AC----GACAC-----------CAA-------------A-----AC----AG---CAATA-A-A--AC--GG------CA-A-CTG-A-----CTAG--G----------ATCTG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TCTATTTTC-C---CT--AGGTCC-GATT-CAA-----------ATGAAA-ATGAA---C-TATGA-AC-Tc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taccgatatgtaagaaatatTA--CTTCGGTAGT-T--AC-A--GA-CACTCATTACAG-A-CT-GT-C-T--AA-CT-AACGA----TTCCGTTGTT---CTC-CGACACAG-CTCAAAACTA--C------GG---A---TCCttttccacatacttcggtagttacagacactcattacagactgtctaactaacgattccgttgttctccgacacagctcaaaactacggatccaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     taccgatatgtaagaaatatcataatctaaacaaaatattttttaaaattgttgattaagtacgctttggttccctttctaaaatcaaagttaagttacaccacaacaaaatgtatgatttcgctcagcagacgacaccaaaacagcaataaaacggcaactgactaggatctggaatatatgtatctattttccctaggtccgattcaaatgaaaatgaactatgaactttttccacaAA-TATAA----CCCTAA-CC-T-AT---CT-TA-CCT-C-A--CTTCGGTAGACATCGT-A---A-C------T---G-A-GT-GGGC-TTAAA-CT-AACAA----TT-TGTTGTT---CTCTCGACAAAG-CCCACAACTA--C------CA---A---ACATAA-CGAC-C----------------A-CGATT---CTCTACT-C-TTAA--GCA--CAA----GTCA-CACA-GA-CA-----------------C-TA----TT-G------CT-----A-A-----G-C--------CATCA----AG------A--C---A----CT------------ACCC---GT----GA---A-G--CC-T---AGTCACA---CAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAGGAACTGA-GTGG---A-TAG--GTGAAC--AATTCTGTT-G--CTT-----------TCCTT---------AGAC-TTGCTCTGGC-TTCT-CATTC-AC-TC-GGGGA-A-TCGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAAAAGTCAGCaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATC-AACAACAATTTAATTC-TT---AAAACTTAT---A-CTAAT-TGGGCCG-GGTTAGGTTCCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCAATAT------C-AAAC-T------T---------A-------------T-----------------T----AC------TTTAATTCGA-------------CGTAACTCTAGTT---C----------A--CCAAGAG---AC----GAC-G-----------TAA-------------AT----AG----AA---C--TA-A-A----CTTG------CA-T-TTG-A-----CTAA--A----------A---------------AT---C-T------------C------TATCGTTTC-T---CT---GGTCCGTATC-TGG-----------A----G-ATGAG---T-CA-GA-AC-TT--CTTTA-C----AAC-GA--CCACT-AAC-AA--A----TCAAAC--AA---AG--ATCACAAA-TATGA---ACCCGAT-CTAA-AG---CT-AA-CTC-TTA--CTTC-GTGGA-A--GT-A--GA-C------T---G---GT-AG-C-T--AC-CT-AACA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GA-CA-----------------C-TA----TT-G------TT-----A-A-----G-T--------CACCC----AG------A--C---A----CT------------AGTT---GG----AA---A-G--CC-T---A-TCACA---CAGA-CAC-----A------GAAC--TG------AGGAACTGA-GGTG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGTT-G--CTTTCCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GCAGA-G-CAGA-GAGAA-CA-G--AGTA-ATTGAAAGAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTACAAC-TTGG--GAG--AAC----ATCA-CG-A-GA-CA-----------------C-TA----TC-C------AT-----A-ACTCAGG-T--------CACCA----AG------ACTC---A----CC------------ACTCCA-GTCAACAA---A-G--AC-----AGTAAGA----GGA-CAA-----A------G---CTT-------AGGAACTG--GTGGCCAA-TAG--CT-AAC--AACATTATT-GT-TTTTCCGATACA-agtgcggcggtattttaccctgttgccccaagttgattggcttatgtattaactctgattggttagaaaagatgtaatctgattggctaaagatgaagccagctagtccctttcatcac
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctatcagcctgggagatagtcaccgagacactatccttctaccagTACAACAATC-AA--ACATATTA--AT-CT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GTTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GT-A--AA-TCAATTAAACTTTC-A----T------TTCTTCGACAG-------------C-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------GGACC----G---AC----AACAG-----------TAA-------------A-----A-----AA-T-C--TA-A-A--ACCTGG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ACCCT---AAATAAT-AT---G-T------------A------TATCGTTTTCC---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T--AACATAC-T---A---A-C-----AC-G------TA-AAT-GA--A-----CAA-C--AA-TAaatccacaaagattggtcgatatttcagtcaagagacccaatcgagttcgagttcacagcactaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acgaacTACAATTATC-A----CAATCTA--TT-CTG--AAA-----T---A-CTAATATGGGGTC-GCTTAG--TTCCTT-CCC--TAAGAATCA-AGCGCTAACAG-TCA----------C-AATTTT------T---------A-------------TTATC-------------A----ACT-----T--------A-------------T-TAT-TTCCATT-----------------TC----G---AT------CAG-----------CAA-------------ATACTTAGTCGTAA-C-C--CACA-G--AC--GA------CATA-AGG-AAGAATCTAAATA----------ATCCT---TAAT-ATAAT---G-TACATATTGTTTAA------TATCGTTTT-TTCACT-----TCC-TATC-TGG-----------AT---T-TTGAT---TGCAAGA-ACTTA--A---A-C----AAC-GAC-CAATA-AGCAAA--A----TCAA-C--CA-GAA---ATCACATG-TGTAA---ACCCACT-CG-A-ACG--CTAAA-CCT-CTACTCTTC-GTAGA-A--GT-A--GATC------C---GAA-GT-GGTT-T--AA-TT-AACAAATTCTTCT-CTGTTTAGTTC-AGACACAG-CCCA-AAATA--C------CG---AAATACCTAATCCACAC----------------A-TCCTTC--CCCTACT-C-CCGAACGCA--AAA----GTCA-CACA-TATCA-----------------C-TA----T--G------C------A-A-----G-T--------CATTAAAAGAG------A--C---ACTATCT------------TATC---GT----TA---A-----C-TA--AGTTACCTCTCAGATCAC---------------CCTTG--TC-AA-GAAC-GA---GG---A-TAGATCTGAACAAAATTCAGTT-GTCCTTTCCGACAGG-GTCCTTTTTATGTGGATACGTTGCGCC--T-TTCA--ATT--ACATC-ACAGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--GATA-A-TGAAAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gact--AA-TAAAGTATCACAAAATATAA---CCGCTAT-C--A-ATTGGCT-AA-CTTGCTA--CTTCGGTAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-AT-GG-C-T--AA-CTAAACAA----TTATGTTGTT---CTC-CGACACA---CCACAACTA--C------CG---A---ACATAA-CCAA-C----------------A-CGATT-----CTACT-C-TGAA--AC---AAA----GTCA-CAAC-GA-CA-----------------CTTA----TT-G------CTC----A-A-----GATCACACAGACACTA----AA------A--T---A----CT------------AATC---GT----AA---A-G--CC-T---AGTCACA---CAGA-CAC-----aaaaaaaaaaattcagcacctggcatacggatatttttatgtttacatccctgttgccccaagttaattatttggttattattgtattattaattctaatggttagaaaggcttgttattacatctgacttgtggctgaatgatatgaatacgatttcagtccatcccttttctattcacac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcaatgag------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------A---A----G---AC----GA-AG-----------CAA-------------C-----AG----AACT-C--TA-A-A--ACATGG------CA-A-ATG-A------TAA--AGCTCACTACCACCCTTTCAATT-AT-AT---G-A------------G------TAATGTTTT-C---CT--C-GTCC-TATCTTGG-----------AT---ATATGA----T-CAAG--AC-TA--A---A-C----
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCA-TAATC-AA--ACAATTTA--TC-TT---AAA-----T---A-CTAGT-TGTGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCG----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------T--------ta
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgttacggacTACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TC---AAA-----T---A-TTAAT-TGGGTTC-GCTTAGGTTCCCTtatttatttcgacagcaact
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtaacgaaccaccgctactaccaaattatgtaacgaac-TT---AAA-----T---AATTATT-TGAGTTC-GCTTAGGTTTCCTTTCC---TAAGAA--------------A-TCA----------A-G----T------T---------C-------------T-----------------A----A------------------------------------------T---C----------A--TG----A---AC----GTTAA-----------TAA---------------------------------TG-A-A--ACCAGGATAGACTA-A-CTG-A-----CTAA--A----------ACCCG---AAAT-A----------------------A------TAT---TAT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATTAT---T----GA-A--TA--A---A-CCCAGAACTAA--CAGTA-AAG-AACGA----TCAA-----A-TGA---ATTA---A-TATAAGAAATC--AC-C--A-AT---CT-AA-C----TA--ATTAAGTATA-G--CT-ACGGA-C------T---G-A-GT-GG-TAT--AA-CTTAAAAA----TTCTATTGTT---TCC-CGACACAG---------TA--T------GGAGTA---ACCTAA-TCTA-C----------------A-CAATT---TCTAACA-C-CCTA--TCACCGAA----GTCA-CCAA-GA-CACTACCCCTTCTACCGCCC-TA----TC-G------CCTGGAAA-A-----G-T--------CACCA----AGATATGTA--C---A----CTATCCCAGATACAAGTC---AC----AA---A-GAACA-TTTCAGTCACA---AAGA-TACT----AAGGGACGAAGCTTT-------GGAGCTGA-GTGGT--C-TAG--C-GAAC--AATATTGTT-G--CTTTCCGACACA-ATCC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -C------T---G-A-GT-GGTC-T--AG-CG-AACAA----TATTGTTGCT---TTC-CGACACAATCCCAAAATTGTCC------TG---A---AT---A-CCAA-C----------------T-CGATcaaaattgtcctgaataccaactcgatatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|35                         : ttaaataattatttgagttcgcttaggtttcctttcctaagaaatcaagttctaatcatgaacgttaataatgaaaccaggatagactaactgactaaaacccgaaataatattatcctcggtcctatctggataattattgaataaacccagaactaacagtaaagaacgatcaaatgaattaatataagaaatcaccaatctaactaattaagtatagctacggactgagtggtataacttaaaaattctattgtttcccgacacagtatggagtaacctaatctacacaatttctaacaccctatcaccgaagtcaccaagacactaccccttctaccgccctatcgcctggaaaagtcaccaagatatgtacactatcccagatacaagtcacaaagaacatttcagtcacaaagatactaagggacgaagctttggagTACA-TAATC-AA--ACAATCTA--TT-TT---AGA-----T---A-TTAAT-TGatcacagtcaaaagacttcaatcgagttcgagtaccaacatactaactgaggatggctctatttatacactccggactctggttgttgcccagtgattggctacttatactaagattgtgattggatgaatggataataattacatcgtctaattgattaatcataaagtatgtttcaatccgctctatataagtttcatcatattacccacgccttagaaaaatatgcgtcctccgataggcaga
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatatgtaacgaaccaccgctgctatcgaattatgtaacgaacA--ACAATTTA--TT-TT---AGT-----C---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---T
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ctaaatttataagtatttataaatatgtAA-T--AA-TAAG--ATCACAAA-TATAA---ACCCTAT-AT-A-AG---CT-AA-CCT--TA--CTTC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-CAATC-AA--ACA--TTAACTC-TT---AAAA----T---A-CTAAT-TGAGTCCTGCTTAGGTTTC-TT-CC-----AGA-TCA-A--GTTA-----TCA----------C-A----TAACTATT---------A-------------TCTGTTTTTGTCCGAAACAGC--AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---CC---------A--CC----G---AT----GATAG-----------TAA-------------A-----AG----AA-T-C--TA-A-A---CCTGG------CA-AGTTG-A-----CTAA--A------------TCT---AA-T-AT-AT---GAC------------A------TATCGTTAT-C---CTTCCCGTC--TATC-TG------------AT---A-ATGAT-----CAAGA-AAATA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AAG-A----TCAA-C--AA-GAA---ATCACA---TATAA---ACCTAAT-CT-A--T---CT-AAACCT-CT----CTCAGTAGA-A--GTGA--GA-CC-----T---G-A-GT-GG-C-CGAAA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC--GACACAG-CCTACAACTA--C------CG---A---AC-TAA-CCAC-C----------------AACGATT---CCTTACT-C-T--G--GCA--AAA----GTCAACACATGA-C------------------C-TA----TTTG------CC-----GTA-----G-T--------CACCA----AG---------C---A----CC------------TGTC---GT----AA---AAG--CC-T----GTCACA---CAAA-CAC-----A------GAACCT-G--CCTAAGGAACTGAAGTGG---A-TAG--C--GAC--A-TTCTGTT-G--CTTTCCGACACAAGTCCTT---------AGACCTTGCTCCGGC-TTCCTCGTTCAAC-TC-ACAGATGCCAGGCGTGAACCACG--AGTATACTGAAAGATTCAG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caacgaacTACA-CAATG-AA--ACAATTTA--TT-TC---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GCTA--AA-TCA----------C-A----T------T---------A-------------T-----------------A----AC------T--------A-------------C-TAG-TCTCACT---C----------G--CC----A---AC----GACAG-----------TAA-------------A-----AG----AA-T-C--TA-A-A--ACCTGG------CA-A-TTT-A-----CTAA--A----------ACCCT---AAAT-AT-AT---G-T------------A------TATCGTTTT-C---CT--CGGTCC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGAT---T-CAAGA-AC-TA--A---A-C----GAT-GG--CA-TA-TGC-AA--A----TCAA-T--AA-TAAG--ATCACAAA-TATAA---ACCCTAT-CT-A-AT---CT-AA-CTT-TTA--CTTCGGTAGA-T--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC-CGACACAG-CCCACAACTA--C------CG---A---ACCTAT-CCAA-C----------------A-CGATT---CCTTACT-C-TGAA--GCA--AAA----GTCA-CACA-GA-CA-----------------C-TG----TT-G------CG-----T-A-----G-T--------CACCA----AG------A--C---A----CC------------TGTC---GT----AA---A-G--CC-T---AGTCACA---CAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAGGAACTGA-GTGG---A-TAG--CTCAAC--AATTCTGTT-G--CTTTCCGACACA-GTCCTT---------AAAC-ATGCTCCGGC-TTCA-CGTTC-AC-TC-ACAGA-G-CAGA-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGAAACATTCAGCtgcaagcgtatttactacccttgttgcccctcaagtttgattgtcaatatttaactcctgattggttagaaaagctgtaatttgaattgcgttaatgattgaaggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA-TAATC-AA--ACAATTTA--TT-TT---AAA-----T---A-CTAAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-CC---TAAGAATCA-A--GTTA--AA-TCA----------C-A----A------T---------A-------------A-----------------A----AC------TT-------A-------------C-CA--TTTCTCC---CCACAGCAACAG--CA----G---AC----GACAACTGATAAACAATAACA-----------A-----AG----CA-A-C--AA-A-AGAACCT--------CA-A-ATG-A-----CTAA--A----------ATCCG---GAAT-AT-AT---G-T------------A------TGTCGATTT-T---AT--CGGTTC-TATC-TGG-----------AT---A-ATGATGATT-CAAGA-AC-TA--A---A-C----AAC-GA--CAATA-AGC-AA--A----TTAA-C--AA-CAAT--ATTACAAA--ATAA---ACCCTATATT-A-A----CT-AA-TCT-CTA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTTGTT---CTC-TA----------------A--C------CG---A---ATCGAA-CCA--C----------------A-CGATT---CCCTACT-C-TTAA--GCA--AAA----GTCA-CACA-G-----------------------------------------------------------------------------------------A----CT------------ATTT---GT----AA---A-G--CC-T---TGTCACA---CAGA-----------------AA-CTTG--CC-AAGGAAATGA-ATGG---A-TAG--CTGAAC--AATTCTGCT-G--CTTTCCGACACA-GTCCTT---------AGAC-TTGCTCCGGC-TTCA-C--TC-A---T-G-GGA-T-CA-A-GTGAA-CA-G--AGTA-ACTGTAAAAGTCAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtaacgaacA--ACAATTTA--TTATT---AGT-----C---A-C-AAT-TGGGTCC-GCTTAGGTTTCCTT-TCCATTAAAAATCA-T--GTTA--AA-TCA----------C-A----A------T---------ACTTT---------T-----------------C----CC------TCAGAA---A-------------C-CAG-TCTCAGC---A----------GAACT----G---ACATCGGATAG-----------CAATATCATATGTATAA-----AG----AA-TGC--CA-A-A--CCC--G------CA-A-TTTTA-----CTAAT-ATT--------ATCCT---AAAT-AT-ATACAG-T------------G------TATCGTTTT-C----T--CGGTCG-TATC-TGGATGTTAATTCTAT---A-ATGAT---T-CAATA-ACTTAT-A---A-C----AAC-GGACCAATATAGC-AA--ACAGTTCAA-CCTCG-TGAGC-ATCAC----TATGA---A--CTAT-C
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatattt-AC-TATGA---A-C----TAT-CA--CAA-A-AAT-AA--A----CTGA-C--AAGTAAAGCATCACAAA-ATTAA---A--CTAT-CTGG-AT---CT-AA-ACT-C-G--CTTC-GCAGA-T--GT-A--GA-C------TC--G-ATGTGGG-C-T--AACCT-AGCAA----acaaaaataaactgacaagtaaagcatcacaaaattaaactatctggatctaaactcgcttcgcagatgtagactcgatgtgggctaacctagcaa
gi|8                          :                                                                                                                          ctgtagaggatcacatctactctcttctcatgcacagaagggaatttacataagttttagaagtaagttggttcactttgtattaaaaaactattctaaattttatagtattgtataaaatatttaacaatttattattagtcacaattgggtccgcttaggtttcctttccattaaaaatcatgttaaatcacaatacttttccctcagaaaccagtctcagcagaactgacatcggatagcaatatcatatgtataaagaatgccaaacccgcaattttactaatattatcctaaatatatacagtgtatcgttttctcggtcgtatctggatgttaattctataatgattcaataacttataacaacggaccaatatagcaaacagttcaacctcgtgagcatcAATCACA--ATAA--AACTCA----------CGA----T------T---------TCCCT---------T-----------------A----GC------A--------A-------------C-CAA-TCTCA----------------A--CA----A---AC----AATAA-----------CAA-------------T-----AGTA--AA-T-C--TA-A-A---CTCAG------CA-A-TTG-A-----CTAA--A----------ATCCT---AAAT-ATTAT---G-T------------A------TATAATTTT-C---CT--CGGTCC-TATT-TGG-----------AT---A-ATGA------------AC-TA--C---A-C----AAT-GA--CAATA-AGC-AA--A----TCAA-C--AA-TGAC--ACCACAAA-TA--A---ACCCTCT-CC-T-AT---TT-AA-CTT-CAA--CTTCGGCAGA-A--GT-A--GA-C------T---G-A-GT-GG-C-T--AA-CT-AACAA----TTCTGTCATT---CTC-CGACACAG-CCCACAACTA--C------CG---A---ACCTAA-CCAC-C----------------A-CGATG---CCCTACT-C-TTAA--GCG--AAA----GTCA-TATA-GA-CA-----------------C-TATAAGTC-ATTATTTCT-----A-A-----G-T--------CACCA----AG------A--C---A----CT------------GCTT---GT----AA---A-G--CC-T---AATCACA---TAGA-CAC-----A------GAACCTTG--CC-AAG-------------------G--CTGAAC--AATTCTATT-G--CTTTCCGACACT-ATCCTT---------AGAC-TTGCTTCGGC-TTCA-CATTC-AC-TC-GGGGA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aA--AAA----GTCATCA-A-GA-CA-----------------C-TA----TC-G------CTGATACA-A-----G-T--------CACCA----AG------A--CTCAA----TT------------TTTCACTGT----AT---T-A--CT-TC--AGTTAAA---AAGA-CACTAACGAC-----GAACCTT-------AGGAGCTGA-GTGG---CCTAG--GT-AAC--AATTTTGTT-G--CTTTTCGTCACA-ACCCat
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AATGAATTATATGAGTTATCTTAGGTTTGTATCTATCCTAGAGAAATAAAATCACATTGTAAGCTAATTACACTACAGTGTAACTTCTAATATACATTAGCGTTATCCATGATACAGGTATAGACTAATGATTAAAACCTCGGAATGATATTTTCCCCGGTCTTATCGTAGATAGATGTGGATAACGAAAGAAACTAACAGATAAATAATACGAATAAATCA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAATAACTGAAGATGACAGAATGGCTCTATTTATACCCTCTGGCTGATGAACAATGATTGGCTACTTATACTAAGATTGTGATTGGATGAATAAACAACGCTGATTGGATAATAATAACATCATCTGATTGGTCGATCATTATGTATGTTTCAATCCGCTCTGTGTACGTTTCATCACAATA
Unaligned ( gi|23 ): CTTTTTAATGATTGAATTATTCTGTGCTTTCCCAGCTGAGATCTAACATGGGGAAAATAGAAAATTATATTCACCTGCACAATCCTTTGGAGTGGATATTACATTTGACTTCTTCCACAACTGATTAAAACAAACTGGGATTTTCAAAATTGATAATTTTTAGGGCATTCTCGATGAA
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Unaligned ( gi|25 ): CTCGGGCTAATACACAATGATTGGCAACTTATAATAAGATTAGGATTGGATGAGTAAACAATACTGATTGGATAATAAGAATATTATCTGATTGGTCGATGATAAAATATACTTTAATCCGCTCTACATACATTTCATCACATT
Unaligned ( gi|27 ): ACCGCCCTTCATCTGGGAAGTCACAAAGACATTAATCCCTTCTACCGTCTATCACTAATGGGGAAGTCACCGAACACTAGCCTATCTAAGCCGCTATCACCCGAGGAAAGTACACAAGAAC
Unaligned ( gi|30 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
Unaligned ( gi|31 ): ATATATGATAAAATAATTCAGTGCTTGCTCATTGGCTGAAATTTAACAAACTAGGAAAAATAGAATGCTGTGTTCTGTATTATAATTGAT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTGTCAGATGGAAAAGATAAATGTATTTGAGCAAGACTGAATTCATTATCATTTAATAACTTTCACTTTTCCTCCAGAATTG
Unaligned ( gi|33 ): ATACACTATCCCTTCTACCGCCTTATCACTTGGGGAAGTCACCAAGACACTACCCCTGATACAAGTCACCAATTTTGATCAC
Unaligned ( gi|34 ): TAGCATTATATGAGTGAATAATTCTGTGCTTTGGGACTGGCTGATATCCACTGACCTAGAAAAATAAAATGTTATATTCAC
Unaligned ( gi|37 ): ATATGATCGAATAAATCTGTGTTTTCCAATTGGCCGAGATATAACAACCTTGGGAAAATAGAATGCATGT
Unaligned ( gi|39 ): ATGTAATGTATTAACTCAAAGAATTATTTTCTTCATTGT