lowQualScore : 1111111 1111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 2222222 33 1 1 222 11 1 5555555555555555555555555555555555555 1 1 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 1
lowQualScore : 0 6 1111111 00 6 7 7 000 88 5 8888888888888888888888888888888888888 2 3 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 7 0 5 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 333333 555 2 2 3
lowQualScore : . . ....... .. . . . ... .. . ..................................... . . . ......................................................... . . . . . ............................................................................................................................................ . ...... ... . . .
lowQualScore : 0 0 0000000 00 0 0 0 000 00 5 5555555555555555555555555555555555555 0 3 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 0 0 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 999999 000 9 7 9
consensus : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAACACGGATCCCACNAGTACCCCCCCCATTATTATGCTCTTTTT----TTTACTTTGAATGTGACCGTTGTC-TCGTTCTTTTGATT-AAAACG------------GTTTTCTTCAA-TTTT-------GTAATGG-------------AAA-TNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCCGGGG-CCCC-ATCA-GGACTTC-GC-TC---T-GAAAA-------TC-GTCN----AT-ACT--G-NCC--------GNG---------GGT--CCC--C---ACT----AGG----GCTTC---------GTCCGC-G-TCAGA-GCATG------C---ACTTCAG-TTTCGGCCTAGGTACGCCACT
Reference ( gi|3 ) : AATT-TTCAAAATCTT------ACTTTACTTTTACGGTAAGAATCACAAACACGGATTCCAC-----CCCCGCCCATTATGATGCTGATTTTAAAAATTACTTTGAATGTGACCCTTGTC-TCATTCTTTTGATT-AAAACG------------GTTTTCGTCAA-TTTT-------GTGAT---------------AAA-TAGTCAGAATCC-AGGAGATTCCGGGGGCCCCCACCA-GGGCTTC-GC-TT---TAAAAAA-------TC-ATCC----ATTACTTCG-TCC--------GCG---------GGC--CCC--C---ACC----AGG----GCTTC---------GTCCGC-G-TCAGA-GCATG------C---ACTTCAG-TTTCGGCATAGGTACGCCATT
gi|1 : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAAC--GGATTCCACCAGTACCCCCTTTATTATTAT-CTCTTTTT----TTTACTTTGAATTTGACCGTTGTC-TCATACTTTTGATTAAAAACGATGTAAATGCATGTTTTCTTTAATTTTT-------GTAAT---------------GA
gi|9 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaACGG-TCTCACA----TCCCTCCC-TTATTATG----TTTT--------CTTTGAAGGTGACCTTTGTCGCCAATCTTTCGATT-AAAtgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccttctgcccgtcagagtatgcgcatcggtttcggcctaggtacgctact
gi|20 : aACTTTGAATGTGACCATTGCT-TCGTTCTTTTGATT-AAAggtgtatgatagacatgtttttttttaatgttcgtaatgatttgatggt
gi|16 : CTTTTTATT-AATA----------------TTTTGTTAA-CGTT-------G--AT---------------AAAATGGTCAGAATCC-AGGAGCTTTCGGGG
gi|4 : ------------GTTTTCTTCAA-TTTT-------GTAATGGTTTAAGGGTGTTTAAA-TCGTCAGAATCC-AAGAGCTTCCTG-----------A-GGCTTTCTGT-TTGGGTCAACAACTGGACTTC-ATCCTGGTATCACTTGGGTCTTAGAGTAGGGA---------GGT--CCCAAT---ACC------------CTT-----------TCCCT-G-TCAGA-GCATGCACATGC---ACTTCAG-TTTCGGCCTAGGTACGACAT
gi|5 : aacgacat------------GTTTTCTTCAAATTTTCTTCATGGTAATTT-------------AAA-TTGTCAGAATCC-AGAAGCTTCC-----CCCCCNNNN-NNNNNNN-NN-NN---NNNNNNN-------NN-NNNN----NNNNNNNNN-NNN--------NNN---------NNN--NNN--N---NNN----NNNNGCTGCTCCTAGACCCCTGTC--C-G-TCAGA-ACATG------CCCTACTTCAG-T----GTATAGGTACGCCAC
gi|6 : tcatTTTGT-AA-TGAT-------GTAATGG-------------AAA-TAGTCAGAACCCCAAAAGCTCACGGGAGCTTC-ACCAAGGGCTCC-CCACC---TAAAGGT-------TTTGTCC-----TGACT-CG-CCA--------GGGCTTTAAGATGGC--TCC--C---AT-------G----CCTTC---------TGCC-T-G-TCAGA-GCATG------C---GCATCGG-TTTCTGCCTAGGTACGCCA
gi|12 : ATCA-GGACTTC-GC-TC-----GAAAA-------TC--TCA----AT------G-GCC--------ATG---------GGTGGCCC--CTGAACTCTGTAGT----GTTTC-----------TCGT---TCAGAAGCATGA-----C---ACT-CAG-GTTCGGCTTAGGTACGCc
gi|11 : ATCA-GGACTTC-GC-TC-----GAAAA-------TC--TCA----AT------G-GCC--------ATG---------GGTGGCCC--CTGAACTCTGTAGT----GTTTC-----------TCGT---TCAGAAGCATGA-----C---ACT-CAG-GTTCGGCTTAGGTACGC
gi|15 : G---------GGC--CAC--C---ACC----AGG----ATTTC---------GCCCTT-GATCACA-GCATA------T---ACTTCAA-TTTAGGCCTACGTACGCCAC
gi|14 : --CCC--C---ACT----AG---------C---------GTGCTT-G-CCTGA-GCATG------T---ACAACAG-TTTCGGCTTAGGAATGCCA
gi|8 : atgtggccataaggtggttcctagaC--C---AGT----AGG----GCCT----------GCCCA----TCAGA-GCATG------C---ACTTCAT-TTTCGGTGAAGGTACGCCAC
gi|1 : cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaagtggtgaCTTC---------TGCC-C-G-TCAGA-GTATG------C---GCATCGG-TTTCGGCCTAGGTACGCTACg
gi|17 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaaattattcaaagtctctcaaacactttcattttacagttagattccccaacggattccaccagtaccccctttattattatctcttttttttactttgaatttgaccgttgtctcatacttttgattaaaaacgatgtaaatgcatgttttctttaatttttgtaatgatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcTCTGCTG-TCAGA-GCATG------C---GCATCGGTTTTCTGCCTAGGTACGCCA
gi|13 : gcctC-A-TCAGA-GCATG------C---ACTTCAG-TTTTGGCCTAGGTACGCCA
gi|18 : agtcactgggtctctgggatctcagggcggtcccaagaccactgcatgtcC-A-TCAGT-GCATG------C---ACTTCAT-TTTCGGTGAAGGTACGCCACac
gi|7 : tctgcc-G-TCAGA-GTATG------C---ACTTCTG-TTTCGGCTTAGGTACGCCA
gi|19 : ctttattatgggtccccactaggactaggacttcgccctaaactcgatggggtcatatagggtgacccctagacccctgcaatgtgctt-TCAGT-GCATG------C---ACTTCAG-TTTCGACTAAGGTACACCAC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TCAAATATACCGTAAATTAATGGGTGTATCTCGGGATTGAATTTGATTCGGAAGGAGGGGGTTACCATTTTCTTTATGACTAGTAATTAAATATATTATATTCGGATGTCATAAATAAATGTTGTTTTGGCACATAACGATATTCAATACTAATTTTCAAAGAACAAATTACACCACATCCTATAATCAAATGAAACATTTTAAAAGTCGTTAAACGAATCATTAACTATATTTGTATCATAGAAAATTCAAAATCCGCAAGATAAAGGTGATGCTAGCATCTCAGCAGTCGTTGAAAATT
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGGGGGGGGTTACCTGTTTTCTTTATGGCCAGAAAAAAAAGGTGATATTCAAAAGTCATTACATGGCATATATTTATAACGATATTCAATGCAAGTGTACGCTTCAAATAACAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222 4444 44444444444444 1 888888888888888888888888888888 111 1111111 555555555555555 1111 444444444444444444 111 111111 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111
lowQualScore : 5 999999 55 4 4 2 2 7 7 0 7777 3 7 22222222222222 3 6 0 2 444444444444444444444444444444 3 333 8888888 777777777777777 1 8 6 4444 444444444444444444 2 555 666666 0 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 5 333333 444 2 2
lowQualScore : . ...... .. . . . . . . . .... . . .............. . . . . .............................. . ... ....... ............... . . . .... .................. . ... ...... . .. ........................................................................................... .... . ...... ... . .
lowQualScore : 5 555555 55 0 0 5 5 3 3 7 7777 7 3 77777777777777 2 5 0 0 999999999999999999999999999999 7 555 6666666 000000000000000 0 0 7 2222 444444444444444444 6 777 444444 4 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 3 000000 777 7 0
consensus : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATGCT--TTTTT----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C------ACCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------G------TCNAT-AC---GGCCGNGGGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
Reference ( family-4327 ) : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAACACGGATCCCACNAGTACCCCCCCCATTATTATGCTCTTTTTT----TTACTTTGAATGTGACCGTTGTC-TCGTTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C------ATCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------G------TCNAT-ACT--GNCCGNGGGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
gi|1 : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAAC--GGATTCCACCAGTACCCCCTTTATTATTAT-CTCTTTTTT----TTACTTTGAATTTGACCGTTGTC-TCATACTTTTGATTAAA--------------AACGATGTAAATGCATGTTTTCTTTAATT-TTT-------GTAATG
gi|1 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaCT--TC---T---G----CC-C--G-TC----AGA-GTATG------C---GCATCGGTTT-CGGCCTAGGTACGCTACTatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccttctgcccgtcagagtatgcgcatcggtttcggcctaggtacgctact
gi|11 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaaattattcaaagtctctcaaacactttcattttacagttagattccccaacggattccaccagtaccccctttattattatctcttttttttactttgaatttgaccgttgtctcatacttttgattaaaaacgatgtaaatgcatgttttctttaatttttgtaatgatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgc------ATCA---GGACT------TCGCTC-GAAAA---TC-------------TCAAT------GGCCATGGGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|12 : ------ATCA---GGACT------TCGCTC-GAAAA---TC-------------TCAAT------GGCCATGGGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|13 : GGT--CCCAAGACC---ACT-------GCA--T----G---T----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-TGGCCTAGGTACGCCA
gi|14 : agtcactgggtctctgggatctcagggc--CCC-----C---ACT----AG-------C---G---T----GCTT--G-CC----TGA-GCATG------T---ACAACAGTTT-CGGCTTAGGAATGCCAac
gi|15 : atgtggccataaggtggttcctagaGGGC--CAC-----C---ACC----AGGATT--TC---G---C----CCTT--GATC----ACA-GCATA------T---ACTTCAATTT-AGGCCTACGTACGCCACT
gi|16 : CTTTTTATTAAT--------------A----------------TTTTGTT-AA-C-GTT-------G--ATA--------------AAATGGTCAGAATCC-AGGAGCTTTC-GGG-G--
gi|17 : ---T----CTGCT-G-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTTTCTGCCTAGGTACGCCA
gi|18 : gcctC--A-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|19 : tctgcc-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGACTAAGGTACACCACT
gi|20 : ctaACTTTGAATGTGACCATTGCT-TCGTTCTTTTGATTAAA--------------
gi|3 : AATT-TTCAAAATCTT------ACTTTACTTTTACGGTAAGAATCACAAACACGGATTCCAC-----CCCCGCCCATTATGATGCTGATTTTAAAAATTACTTTGAATGTGACCCTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCGTCAA-T-TTT-------GTGAT---------------AAATAGTCAGAATCC-AGGAGATTCC-GGG-GGCCCC-----------C------ACCA---GGGCT------TCGCTTTAAAAAA--TC------A------TCCATTACTTCGTCCGCGGGC--CCC-----C---ACC----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCATAGGTACGCCATT
gi|4 : ------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGGTTTAAGGGTGTTTAAATCGTCAGAATCC-AAGAGCTTCCTGAG-G--CTTTCTGTTTGGGTC------AACAACTGGACT------TCATCCTGGTA----TCACTTGGG------TCT-T-AGA--GTAGGGAGGT--CCCAA---T---ACC--------CT--T--------T----CCCT--G-TC----AGA-GCATGCACATGC---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGACATT
gi|5 : aacgacat------------GTTTTCTTCAAAT-TTTCTTCATGGTAATTT-------------AAATTGTCAGAATCC-AGAAGCTTCC--------CCC-----------CCNNNNNNNNN---NNNNN------NNNNNNNNNNNN---NN------N------NNNNN-NNN--NNNNNNNNNN--NNN-----N---NNN----NNNGCTGCTC---C---TAGACCCCT--G-TCCGTCAGA-ACATG------CCCTACTTCAGT-----GTATAGGTACGCCACT
gi|6 : tcatT-------GTAATGG-------------AAATAGTCAGAACCCCAAAAGCTCAC-GGGAG--CTT-----------C------ACCAA--GGGCT------CCCCACCTAAAGGTTTT------G------TCCTG-ACT--CGCCAGGG----CTT-----T---AAG----ATGGCT--CCCATGCCTT----CTGCCTG-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTT-CTGCCTAGGTACGCCAC
gi|7 : tttgtaatga-GGG-T--CCC-----------C------ACTA---GGACTAGGACTTCGCCCT-AAAC---TC------GATGGGGTC-AT-AT--------AGGGT--GAC-----C---CCT----AGACCC--CT---GCAAT----GTGCTTG-TC----AGA-GTATG------C---ACTTCTGTTT-CGGCTTAGGTACGCCA
gi|8 : ctttattatC-----C---AGT----AGGGCC--T----G---C----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|9 : cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaagtggtgaACGG-TCTCAC----ATCCCTCCC-TTATTATG-------TT----TT-CTTTGAAGGTGACCTTTGTCGCCAATCTTTCGATTAAAGGTGTATGATAGACA-TG------------TTTTTTTTTAA-TGTTC-------GTAATGg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TCAAATATACCGTAAATTAATGGGTGTATCTCGGGATTGAATTTGATTCGGAAGGAGGGGGTTACCATTTTCTTTATGACTAGTAATTAAATATATTATATTCGGATGTCATAAATAAATGTTGTTTTGGCACATAACGATATTCAATACTAATTTTCAAAGAACAAATTACACCACATCCTATAATCAAATGAAACATTTTAAAAGTCGTTAAACGAATCATTAACTATATTTGTATCATAGAAAATTCAAAATCCGCAAGATAAAGGTGATGCTAGCATCTCAGCAGTCGTTGAAAATT
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGGGGGGGGTTACCTGTTTTCTTTATGGCCAGAAAAAAAAGGTGATATTCAAAAGTCATTACATGGCATATATTTATAACGATATTCAATGCAAGTGTACGCTTCAAATAACAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333 1 4444444444 1 888888888888888888888888888888 111 1111111 555555555555555 1111 4444444444444444444 111 111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 5 999999 22 1 1 1 1 7 7 55555 1 7 3 3333333333 1 0 444444444444444444444444444444 3 333 8888888 777777777777777 1 8 6 4444 6666666666666666666 555 666666 0 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 5 333333 444 2 2
lowQualScore : . ...... .. . . . . . . ..... . . . .......... . . .............................. . ... ....... ............... . . . .... ................... ... ...... . .. .......................................................................................... .... . ...... ... . .
lowQualScore : 5 555555 00 0 0 0 0 3 3 77777 0 3 3 0000000000 0 0 999999999999999999999999999999 7 555 6666666 000000000000000 0 0 7 2222 6666666666666666666 777 444444 4 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 3 000000 777 7 0
consensus : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------GTCNAT-AC---G-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
Reference ( family-4327 ) : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------GTCNAT-AC---G-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
gi|1 : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAAC--GGATTCCACCAGTACCCCCTTTATTATTATCTCTT-TTTT-----TTACTTTGAATTTGACCGTTGTC-TCATACTTTTGATTAAA--------------AACGATGTAAATGCATGTTTTCTTTAATT-TTT-------GTAATG
gi|1 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaCT--TC---T---G----CC-C--G-TC----AGA-GTATG------C---GCATCGGTTT-CGGCCTAGGTACGCTACTatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccttctgcccgtcagagtatgcgcatcggtttcggcctaggtacgctact
gi|11 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaaattattcaaagtctctcaaacactttcattttacagttagattccccaacggattccaccagtaccccctttattattatctcttttttttactttgaatttgaccgttgtctcatacttttgattaaaaacgatgtaaatgcatgttttctttaatttttgtaatgatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgc-------ATCA---GGACT------TCGCTC-GAAAA---TC-------TCAAT------G-GCCAT---G-GGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|12 : -------ATCA---GGACT------TCGCTC-GAAAA---TC-------TCAAT------G-GCCAT---G-GGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|13 : -GGT--CCCAAGACC---ACT-------GCA--T----G---T----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-TGGCCTAGGTACGCCA
gi|14 : agtcactgggtctctgggatctcagggc--CCC-----C---ACT----AG-------C---G---T----GCTT--G-CC----TGA-GCATG------T---ACAACAGTTT-CGGCTTAGGAATGCCAac
gi|15 : atgtggccataaggtggttcctaga---G-GGC--CAC-----C---ACC----AGGATT--TC---G---C----CCTT--GATC----ACA-GCATA------T---ACTTCAATTT-AGGCCTACGTACGCCACT
gi|16 : CTTTTTATTAAT--------------A----------------TTTTGTT-AA-C-GTT-------G--ATA--------------AAATGGTCAGAATCC-AGGAGCTTTC-GGG-G--
gi|17 : ---T----CTGCT-G-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTTTCTGCCTAGGTACGCCA
gi|18 : gcctC--A-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|19 : tctgcc-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGACTAAGGTACACCACT
gi|20 : ctaACTTTGAATGTGACCATTGCT-TCGTTCTTTTGATTAAA--------------
gi|3 : AATT-TTCAAAATCTT------ACTTTACTTTTACGGTAAGAATCACAAACACGGATTCCAC-----CCCCGCCCATTATGATG-CTGATTTTAAAAATTACTTTGAATGTGACCCTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCGTCAA-T-TTT-------GTGAT---------------AAATAGTCAGAATCC-AGGAGATTCC-GGG-GGCCCC-----------C-------ACCA---GGGCT------TCGCTTTAAAAAA--TC------ATCCATTACTTCG-TCCGC---G-GGC--CCC-----C---ACC----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCATAGGTACGCCATT
gi|4 : ------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGGTTTAAGGGTGTTTAAATCGTCAGAATCC-AAGAGCTTCCTGAG-G--CTTTCTGTTTGGGTC-------AACAACTGGACT------TCATCCTGGTA----TCACTTGGGTCT-T-AG---A-GTAGG---GAGGT--CCCAA---T---ACC--------CT--T--------T----CCCT--G-TC----AGA-GCATGCACATGC---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGACATT
gi|5 : aacgacat------------GTTTTCTTCAAAT-TTTCTTCATGGTAATTT-------------AAATTGTCAGAATCC-AGAAGCTTCC--------CCC-----------CCNNNNNNNNNN---NNNNN------NNNNNNNNNNNN---NN------NNNNNN-NN---N-NNNNN---N-NNN--NNN-----N---NNN----NNNGCTGCTC---C---TAGACCCCT--G-TCCGTCAGA-ACATG------CCCTACTTCAGT-----GTATAGGTACGCCACT
gi|6 : tcatT-------GTAATGG-------------AAATAGTCAGAACCCCAAAAGCTCAC-GGGAG--CTT-----------C-------ACCAA--GGGCT------CCCCACCTAAAGGTTTT------GTCCTG-AC---TCGCCAG---G-G----CTT-----T---AAG----ATGGCT--CCCATGCCTT----CTGCCTG-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTT-CTGCCTAGGTACGCCAC
gi|7 : tttgtaatga-GGG-T--CCC-----------C-------ACTA---GGACTAGGACTTCGCCCT-AAAC---TC------G---AT-GG---G-GTCATATAG-GGT--GAC-----C---CCT----AGACCC--CT---GCAAT----GTGCTTG-TC----AGA-GTATG------C---ACTTCTGTTT-CGGCTTAGGTACGCCA
gi|8 : ctttattatC-----C---AGT----AGGGCC--T----G---C----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|9 : cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaagtggtgaACGG-TCTCAC----ATCCCTCCC-TTATTATG-TTT-T-----------CTTTGAAGGTGACCTTTGTCGCCAATCTTTCGATTAAAGGTGTATGATAGACA-TG------------TTTTTTTTTAA-TGTTC-------GTAATGg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TCAAATATACCGTAAATTAATGGGTGTATCTCGGGATTGAATTTGATTCGGAAGGAGGGGGTTACCATTTTCTTTATGACTAGTAATTAAATATATTATATTCGGATGTCATAAATAAATGTTGTTTTGGCACATAACGATATTCAATACTAATTTTCAAAGAACAAATTACACCACATCCTATAATCAAATGAAACATTTTAAAAGTCGTTAAACGAATCATTAACTATATTTGTATCATAGAAAATTCAAAATCCGCAAGATAAAGGTGATGCTAGCATCTCAGCAGTCGTTGAAAATT
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGGGGGGGGTTACCTGTTTTCTTTATGGCCAGAAAAAAAAGGTGATATTCAAAAGTCATTACATGGCATATATTTATAACGATATTCAATGCAAGTGTACGCTTCAAATAACAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333 1 4444444444 1 888888888888888888888888888888 111 1111111 555555555555555 1111 4444444444444444444 111 111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 5 999999 22 1 1 1 1 7 7 55555 1 7 3 3333333333 1 0 444444444444444444444444444444 3 333 8888888 777777777777777 1 8 6 4444 6666666666666666666 555 666666 0 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 5 333333 444 2 2
lowQualScore : . ...... .. . . . . . . ..... . . . .......... . . .............................. . ... ....... ............... . . . .... ................... ... ...... . .. .......................................................................................... .... . ...... ... . .
lowQualScore : 5 555555 00 0 0 0 0 3 3 77777 0 3 3 0000000000 0 0 999999999999999999999999999999 7 555 6666666 000000000000000 0 0 7 2222 6666666666666666666 777 444444 4 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7777 3 000000 777 7 0
consensus : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------GTCNAT-AC---G-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
Reference ( family-4327 ) : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------GTCNAT-AC---G-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
gi|1 : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAAC--GGATTCCACCAGTACCCCCTTTATTATTATCTCTT-TTTT-----TTACTTTGAATTTGACCGTTGTC-TCATACTTTTGATTAAA--------------AACGATGTAAATGCATGTTTTCTTTAATT-TTT-------GTAATG
gi|1 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaCT--TC---T---G----CC-C--G-TC----AGA-GTATG------C---GCATCGGTTT-CGGCCTAGGTACGCTACTatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccttctgcccgtcagagtatgcgcatcggtttcggcctaggtacgctact
gi|11 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaaattattcaaagtctctcaaacactttcattttacagttagattccccaacggattccaccagtaccccctttattattatctcttttttttactttgaatttgaccgttgtctcatacttttgattaaaaacgatgtaaatgcatgttttctttaatttttgtaatgatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgc-------ATCA---GGACT------TCGCTC-GAAAA---TC-------TCAAT------G-GCCAT---G-GGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|12 : -------ATCA---GGACT------TCGCTC-GAAAA---TC-------TCAAT------G-GCCAT---G-GGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|13 : -GGT--CCCAAGACC---ACT-------GCA--T----G---T----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-TGGCCTAGGTACGCCA
gi|14 : agtcactgggtctctgggatctcagggc--CCC-----C---ACT----AG-------C---G---T----GCTT--G-CC----TGA-GCATG------T---ACAACAGTTT-CGGCTTAGGAATGCCAac
gi|15 : atgtggccataaggtggttcctaga---G-GGC--CAC-----C---ACC----AGGATT--TC---G---C----CCTT--GATC----ACA-GCATA------T---ACTTCAATTT-AGGCCTACGTACGCCACT
gi|16 : CTTTTTATTAAT--------------A----------------TTTTGTT-AA-C-GTT-------G--ATA--------------AAATGGTCAGAATCC-AGGAGCTTTC-GGG-G--
gi|17 : ---T----CTGCT-G-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTTTCTGCCTAGGTACGCCA
gi|18 : gcctC--A-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|19 : tctgcc-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGACTAAGGTACACCACT
gi|20 : ctaACTTTGAATGTGACCATTGCT-TCGTTCTTTTGATTAAA--------------
gi|3 : AATT-TTCAAAATCTT------ACTTTACTTTTACGGTAAGAATCACAAACACGGATTCCAC-----CCCCGCCCATTATGATG-CTGATTTTAAAAATTACTTTGAATGTGACCCTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCGTCAA-T-TTT-------GTGAT---------------AAATAGTCAGAATCC-AGGAGATTCC-GGG-GGCCCC-----------C-------ACCA---GGGCT------TCGCTTTAAAAAA--TC------ATCCATTACTTCG-TCCGC---G-GGC--CCC-----C---ACC----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCATAGGTACGCCATT
gi|4 : ------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGGTTTAAGGGTGTTTAAATCGTCAGAATCC-AAGAGCTTCCTGAG-G--CTTTCTGTTTGGGTC-------AACAACTGGACT------TCATCCTGGTA----TCACTTGGGTCT-T-AG---A-GTAGG---GAGGT--CCCAA---T---ACC--------CT--T--------T----CCCT--G-TC----AGA-GCATGCACATGC---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGACATT
gi|5 : aacgacat------------GTTTTCTTCAAAT-TTTCTTCATGGTAATTT-------------AAATTGTCAGAATCC-AGAAGCTTCC--------CCC-----------CCNNNNNNNNNN---NNNNN------NNNNNNNNNNNN---NN------NNNNNN-NN---N-NNNNN---N-NNN--NNN-----N---NNN----NNNGCTGCTC---C---TAGACCCCT--G-TCCGTCAGA-ACATG------CCCTACTTCAGT-----GTATAGGTACGCCACT
gi|6 : tcatT-------GTAATGG-------------AAATAGTCAGAACCCCAAAAGCTCAC-GGGAG--CTT-----------C-------ACCAA--GGGCT------CCCCACCTAAAGGTTTT------GTCCTG-AC---TCGCCAG---G-G----CTT-----T---AAG----ATGGCT--CCCATGCCTT----CTGCCTG-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTT-CTGCCTAGGTACGCCAC
gi|7 : tttgtaatga-GGG-T--CCC-----------C-------ACTA---GGACTAGGACTTCGCCCT-AAAC---TC------G---AT-GG---G-GTCATATAG-GGT--GAC-----C---CCT----AGACCC--CT---GCAAT----GTGCTTG-TC----AGA-GTATG------C---ACTTCTGTTT-CGGCTTAGGTACGCCA
gi|8 : ctttattatC-----C---AGT----AGGGCC--T----G---C----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|9 : cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaagtggtgaACGG-TCTCAC----ATCCCTCCC-TTATTATG-TTT-T-----------CTTTGAAGGTGACCTTTGTCGCCAATCTTTCGATTAAAGGTGTATGATAGACA-TG------------TTTTTTTTTAA-TGTTC-------GTAATGg
blockSeqs : . . AC A A A A A A A G A . ATTTTAAAAA A G GGTGTATGATAGACATG C AT CTTCATG GGTTTAAGGGTGTTT A C T GGC TCTGTTTGGGTC ACT AGGACT TA GGTTTTGTCCTGACTCGCCAGGGCTTTAAGATGGCTCCCATGCCTTCTGCCTG CGTC A CACATG CCT T T
blockSeqs : A . . T . . T C . ACG C TG . TT C . . AG CCNNNNNN A . TG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGCTCCTAGACCCCTG . A A . . T
blockSeqs : T . A C C . GG T . . G C . . NN AATCATCCATTACTTCGTCCGCGGGCCCCCACCAGGGCTTCGTCCGCG . . A . . C
blockSeqs : T T . . A . . T C . . CT CTCGATGGGGTCATATAGGGTGACCCCTAGACCCCTGCAATGTGCTTG . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . G ATCTCAATGGCCATGGGTGGCCCCTGAACTCTGTAGTGTTTCTCGT . . . . . C
blockSeqs : . . . T TCACTTGGGTCTTAGAGTAGGGAGGTCCCAATACCCTTTCCCTG . . . . . C
blockSeqs : . . . . . G
blockSeqs : . . . . . T
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqs : . . . . . C
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqs : . . . . . C
blockSeqs : . . . . . T
blockSeqs : . . . . . G
blockSeqCons : T** *************** TN
originalCons : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------GTAATGG-------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCTGAAAA---TC------GTCNAT-AC---G-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
finalCons : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAAT--TTT-------GTAAT---------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCTNAAAA---TC------GTCNAT-AC---G-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TCAAATATACCGTAAATTAATGGGTGTATCTCGGGATTGAATTTGATTCGGAAGGAGGGGGTTACCATTTTCTTTATGACTAGTAATTAAATATATTATATTCGGATGTCATAAATAAATGTTGTTTTGGCACATAACGATATTCAATACTAATTTTCAAAGAACAAATTACACCACATCCTATAATCAAATGAAACATTTTAAAAGTCGTTAAACGAATCATTAACTATATTTGTATCATAGAAAATTCAAAATCCGCAAGATAAAGGTGATGCTAGCATCTCAGCAGTCGTTGAAAATT
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGGGGGGGGTTACCTGTTTTCTTTATGGCCAGAAAAAAAAGGTGATATTCAAAAGTCATTACATGGCATATATTTATAACGATATTCAATGCAAGTGTACGCTTCAAATAACAA
Alignments
lowQualScore : 1 222222 33333 1 4444444444 1 888888888888888888888888888888 111 1111111 555555555555555 1111 4444444444444444444 111 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 5 999999 22 1 1 1 1 7 7 55555 1 7 3 3333333333 1 0 444444444444444444444444444444 3 333 8888888 5 111111111111111 1 8 6 4444 6666666666666666666 555 666666 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 5 333333 444 2 2
lowQualScore : . ...... .. . . . . . . ..... . . . .......... . . .............................. . ... ....... . ............... . . . .... ................... ... ...... . ................................................................................................ .... . ...... ... . .
lowQualScore : 5 555555 00 0 0 0 0 3 3 77777 0 3 3 0000000000 0 0 999999999999999999999999999999 7 555 6666666 7 444444444444444 0 0 7 2222 6666666666666666666 777 444444 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7777 3 000000 777 7 0
consensus : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------G-TAAT---------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCT-GAAAA---TC------GTCNA-TA---CG-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
Reference ( family-4327 ) : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTNNTTTTACGGTNAGANTCNCNAACACGGATTCCAC----ACCCCNCCCATTATTATG-CTT-TTTT-----TTACTTTGAATGTGACCNTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------G-TAAT---------------AAATNGTCAGAATCC-AGGAGCTTCC-GGG-G--CCC-----------C-------ACCA---GGACT------TCGCTCT-NAAAA---TC------GTCNA-TA---CG-GCCGN---G-GGT--CCC-----C---ACT----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGCCACT
gi|1 : AATTATTCAAAGTCTCTCAAACACTTTCATTTTACAGTTAGATTCCCCAAC--GGATTCCACCAGTACCCCCTTTATTATTATCTCTT-TTTT-----TTACTTTGAATTTGACCGTTGTC-TCATACTTTTGATTAAA--------------AACGATGTAAATGCATGTTTTCTTTAATT-TTT-------G-TAAT---------------GA
gi|1 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaCT--TC---T---G----CC-C--G-TC----AGA-GTATG------C---GCATCGGTTT-CGGCCTAGGTACGCTACTtgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccttctgcccgtcagagtatgcgcatcggtttcggcctaggtacgctact
gi|11 : atacaatactccaaggaacaaattataacatgtcttgtaatcaaaagaaaatgtaagtcgttagacgaataattaaatgctgaattaattttcaattcaaaaactgtaagataaagatgacgctagcattttagcagtggctgacaaatatacaggcaataccatatgcaagatagcacagtcggacaaattattcaaagtctctcaaacactttcattttacagttagattccccaacggattccaccagtaccccctttattattatctcttttttttactttgaatttgaccgttgtctcatacttttgattaaaaacgatgtaaatgcatgttttctttaatttttgtaatgatgtaatggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgc-------ATCA---GGACT------TCGCTC--GAAAA---TC-------TCAA-T-----G-GCCAT---G-GGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|12 : -------ATCA---GGACT------TCGCTC--GAAAA---TC-------TCAA-T-----G-GCCAT---G-GGTGGCCC-----CTGAACTCTGTAGTGTT--TC------------TCGT----TC----AGAAGCATGA-----C---ACT-CAGGTT-CGGCTTAGGTACGC
gi|13 : -GGT--CCCAAGACC---ACT-------GCA--T----G---T----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-TGGCCTAGGTACGCCA
gi|14 : agtcactgggtctctgggatctcagggc--CCC-----C---ACT----AG-------C---G---T----GCTT--G-CC----TGA-GCATG------T---ACAACAGTTT-CGGCTTAGGAATGCCAac
gi|15 : atgtggccataaggtggttcctaga---G-GGC--CAC-----C---ACC----AGGATT--TC---G---C----CCTT--GATC----ACA-GCATA------T---ACTTCAATTT-AGGCCTACGTACGCCACT
gi|16 : CTTTTTATTAAT--------------A----------------TTTTGTT-AA-C-GTT-------GATAA-----------------AATGGTCAGAATCC-AGGAGCTTTC-GGG-G--
gi|17 : ---T----CTGCT-G-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTTTCTGCCTAGGTACGCCA
gi|18 : gcctC--A-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|19 : tctgcc-TC----AGT-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGACTAAGGTACACCACT
gi|20 : ctaACTTTGAATGTGACCATTGCT-TCGTTCTTTTGATTAAA--------------
gi|3 : AATT-TTCAAAATCTT------ACTTTACTTTTACGGTAAGAATCACAAACACGGATTCCAC-----CCCCGCCCATTATGATG-CTGATTTTAAAAATTACTTTGAATGTGACCCTTGTC-TCATTCTTTTGATTAAA--------------A-CG------------GTTTTCGTCAA-T-TTT-------G-TGAT---------------AAATAGTCAGAATCC-AGGAGATTCC-GGG-GGCCCC-----------C-------ACCA---GGGCT------TCGCTTTAAAAAA---TC------ATCCATTACTTCG-TCCGC---G-GGC--CCC-----C---ACC----AGGGCT--TC---G---T----CCGC--G-TC----AGA-GCATG------C---ACTTCAGTTT-CGGCATAGGTACGCCATT
gi|4 : ------------GTTTTCTTCAA-T-TTT-------G-TAATGGTTTAAGGGTGTTTAAATCGTCAGAATCC-AAGAGCTTCCTGAG-G--CTTTCTGTTTGGGTC-------AACAACTGGACT------TCATCCT-GGTA----TCACTTGGGTCT--TA---GA-GTAGG---GAGGT--CCCAA---T---ACC--------CT--T--------T----CCCT--G-TC----AGA-GCATGCACATGC---ACTTCAGTTT-CGGCCTAGGTACGACATT
gi|5 : aacgacat------------GTTTTCTTCAAAT-TTTCTTCATGG-TAATTT-------------AAATTGTCAGAATCC-AGAAGCTTCC--------CCC-----------CCNNNNNNNNNN---NNNNN------NNNNNNN-NNNNN---NN------NNNNN-NN---NN-NNNNN---N-NNN--NNN-----N---NNN----NNNGCTGCTC---C---TAGACCCCT--G-TCCGTCAGA-ACATG------CCCTACTTCAGT-----GTATAGGTACGCCACT
gi|6 : tcatT-------G-TAATGG-------------AAATAGTCAGAACCCCAAAAGCTCAC-GGGAG--CTT-----------C-------ACCAA--GGGCT------CCCCACC-TAAAGGTTTT------GTCCT-GA---CTCGCCAG---G-G----CTT-----T---AAG----ATGGCT--CCCATGCCTT----CTGCCTG-TC----AGA-GCATG------C---GCATCGGTTT-CTGCCTAGGTACGCCAC
gi|7 : tttgtaatga-GGG-T--CCC-----------C-------ACTA---GGACTAGGACTTCGCCCT-AAA------C-------TCGA-TG---GG-GTCATATAG-GGT--GAC-----C---CCT----AGACCC--CT---GCAAT----GTGCTTG-TC----AGA-GTATG------C---ACTTCTGTTT-CGGCTTAGGTACGCCA
gi|8 : ctttattatC-----C---AGT----AGGGCC--T----G---C----CCA-----TC----AGA-GCATG------C---ACTTCATTTT-CGGTGAAGGTACGCCACT
gi|9 : cggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaagtggtgaACGG-TCTCAC----ATCCCTCCC-TTATTATG-TTT-T-----------CTTTGAAGGTGACCTTTGTCGCCAATCTTTCGATTAAAGGTGTATGATAGACA-TG------------TTTTTTTTTAA-TGTTC-------G-TAAT---------------GATTTGg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TCAAATATACCGTAAATTAATGGGTGTATCTCGGGATTGAATTTGATTCGGAAGGAGGGGGTTACCATTTTCTTTATGACTAGTAATTAAATATATTATATTCGGATGTCATAAATAAATGTTGTTTTGGCACATAACGATATTCAATACTAATTTTCAAAGAACAAATTACACCACATCCTATAATCAAATGAAACATTTTAAAAGTCGTTAAACGAATCATTAACTATATTTGTATCATAGAAAATTCAAAATCCGCAAGATAAAGGTGATGCTAGCATCTCAGCAGTCGTTGAAAATT
Unaligned ( gi|10 ): GGGGGGGGGGGGTTACCTGTTTTCTTTATGGCCAGAAAAAAAAGGTGATATTCAAAAGTCATTACATGGCATATATTTATAACGATATTCAATGCAAGTGTACGCTTCAAATAACAA